Three-dimensional Human Genome structure at the population scale: computational algorithm and experimental validation for lymphoblastoid cell lines of selected families from 1000 Genomes Project (Q84241)
Jump to navigation
Jump to search
Project Q84241 in Poland
| Language | Label | Description | Also known as |
|---|---|---|---|
| English | Three-dimensional Human Genome structure at the population scale: computational algorithm and experimental validation for lymphoblastoid cell lines of selected families from 1000 Genomes Project |
Project Q84241 in Poland |
Statements
3,487,570.0 zloty
0 references
3,487,570.0 zloty
0 references
100.0 percent
0 references
1 October 2017
0 references
29 June 2021
0 references
UNIWERSYTET WARSZAWSKI
0 references
The aim of the research project is to explore at the population scale the relation between the three-dimensional structure variability of Human cell nucleus, and the emergence and the nature of the genomic sequence alterations. The research team will use public and proprietary experimental results of large-scale next-generation sequencing studies, and recently developed theoretical algorithms. The project will establish novel multi-scale computer method that is able to predict the 3D structure of genome for an individual using only its 1D genomic sequence (the list of structural variants SVs) by applying biopolymer theory, statistical learning and the biophysical properties of chromatin. The results will be validated by chromatin conformation capture experiments for selected families from 1000 Genomes Project, with the additional aim to better understand both normal and pathological structural changes occurring during evolution of Human genome. (Polish)
0 references
The aim of the research project is to explore at the population scale the relation between the three-dimensional structure variability of Human cell nucleus, and the emergence and the nature of the genomic sequence alterations. The research team will use public and proprietary experimental results of large-scale next-generation sequencing studies, and recently developed theoretical algorithms. The project will establish novel multi-scale computer method that is able to predict the 3D structure of genome for an individual using only its 1D genomic sequence (the list of structural variants SVs) by applying biopolymer theory, statistical learning and the biophysical properties of chromatin. The results will be validated by chromatin conformation capture experiments for selected families from 1000 Genomes Project, with the additional aim to better understand both normal and pathological structural changes occurring during evolution of Human genome. (English)
14 October 2020
0.6829196826189956
0 references
L’objectif du projet de recherche est d’explorer à l’échelle de la population la relation entre la variabilité tridimensionnelle de la structure du noyau cellulaire humain et l’émergence et la nature des altérations des séquences génomiques. L’équipe de recherche utilisera les résultats expérimentaux publics et exclusifs d’études de séquençage de nouvelle génération à grande échelle, et d’algorithmes théoriques récemment développés. Le projet établira une nouvelle méthode informatique multi-échelle capable de prédire la structure 3D du génome pour un individu en utilisant uniquement sa séquence génomique 1D (la liste des variantes structurelles SVS) en appliquant la théorie du biopolymère, l’apprentissage statistique et les propriétés biophysiques de la chromatine. Les résultats seront validés par des expériences de capture de conformation de la chromatine pour des familles sélectionnées du Projet 1000 Génomes, dans le but supplémentaire de mieux comprendre les changements structurels normaux et pathologiques qui se produisent au cours de l’évolution du génome humain. (French)
30 November 2021
0 references
Ziel des Forschungsprojekts ist es, auf der Populationsskala die Beziehung zwischen der dreidimensionalen Strukturvariabilität des menschlichen Zellkerns und der Entstehung und der Natur der genomischen Sequenzänderungen zu untersuchen. Das Forscherteam wird öffentliche und proprietäre experimentelle Ergebnisse von groß angelegten Sequenzierungsstudien der nächsten Generation und kürzlich entwickelte theoretische Algorithmen verwenden. Das Projekt wird eine neuartige Multi-Skalen-Computermethode etablieren, die in der Lage ist, die 3D-Struktur des Genoms für eine Person anhand ihrer genomischen 1D-Sequenz (die Liste der Strukturvarianten SVS) durch Anwendung der Biopolymertheorie, des statistischen Lernens und der biophysikalischen Eigenschaften von Chromatin vorherzusagen. Die Ergebnisse werden durch Chromatin-Konformationserfassungsexperimente für ausgewählte Familien aus dem 1000 Genomes Project validiert, mit dem zusätzlichen Ziel, sowohl normale als auch pathologische strukturelle Veränderungen, die während der Evolution des menschlichen Genoms auftreten, besser zu verstehen. (German)
7 December 2021
0 references
Het doel van het onderzoeksproject is om op bevolkingsschaal de relatie te onderzoeken tussen de driedimensionale structuurvariabiliteit van de menselijke celkern en de opkomst en de aard van de genomische sequentieveranderingen. Het onderzoeksteam zal publieke en eigen experimentele resultaten van grootschalige next-generation sequencing studies en recent ontwikkelde theoretische algoritmen gebruiken. Het project zal nieuwe multi-scale computermethode vaststellen die in staat is om de 3D-structuur van het genoom voor een individu te voorspellen met alleen zijn 1D genomische sequentie (de lijst van structurele varianten SVS) door biopolymeertheorie, statistisch leren en de biofysische eigenschappen van chromatine toe te passen. De resultaten zullen worden gevalideerd door chromatine conformation capture experimenten voor geselecteerde families van 1000 Genomes Project, met het extra doel om zowel normale als pathologische structurele veranderingen die zich voordoen tijdens de evolutie van het menselijk genoom beter te begrijpen. (Dutch)
16 December 2021
0 references
Lo scopo del progetto di ricerca è quello di esplorare a livello di popolazione la relazione tra la variabilità tridimensionale della struttura del nucleo cellulare umano e l'emergere e la natura delle alterazioni della sequenza genomica. Il team di ricerca utilizzerà i risultati sperimentali pubblici e proprietari di studi di sequenziamento di prossima generazione su larga scala e algoritmi teorici sviluppati di recente. Il progetto stabilirà un nuovo metodo informatico multi-scala in grado di prevedere la struttura 3D del genoma per un individuo utilizzando solo la sua sequenza genomica 1D (l'elenco delle varianti strutturali SVS) applicando la teoria dei biopolimeri, l'apprendimento statistico e le proprietà biofisiche della cromatina. I risultati saranno convalidati da esperimenti di cattura della conformazione cromatica per famiglie selezionate del progetto 1000 genomi, con l'obiettivo aggiuntivo di comprendere meglio i cambiamenti strutturali sia normali che patologici che si verificano durante l'evoluzione del genoma umano. (Italian)
16 January 2022
0 references
El objetivo del proyecto de investigación es explorar a escala poblacional la relación entre la variabilidad de la estructura tridimensional del núcleo celular humano, y la aparición y la naturaleza de las alteraciones de la secuencia genómica. El equipo de investigación utilizará resultados experimentales públicos y patentados de estudios de secuenciación de próxima generación a gran escala, y recientemente desarrolló algoritmos teóricos. El proyecto establecerá un novedoso método informático multiescala que es capaz de predecir la estructura 3D del genoma para un individuo utilizando solo su secuencia genómica 1D (la lista de variantes estructurales SVS) mediante la aplicación de la teoría del biopolímero, el aprendizaje estadístico y las propiedades biofísicas de la cromatina. Los resultados serán validados por experimentos de captura de conformación de cromatina para familias seleccionadas de 1000 Genomes Project, con el objetivo adicional de comprender mejor los cambios estructurales normales y patológicos que ocurren durante la evolución del genoma humano. (Spanish)
19 January 2022
0 references
Formålet med forskningsprojektet er på befolkningsskalaen at undersøge forholdet mellem den tredimensionelle strukturvariabilitet i den menneskelige cellekerne og fremkomsten og arten af de genomiske sekvensændringer. Forskerholdet vil bruge offentlige og proprietære eksperimentelle resultater af store næste generations sekventeringsstudier og nyligt udviklede teoretiske algoritmer. Projektet vil etablere en ny multiskala computermetode, der er i stand til at forudsige 3D-genomstrukturen for en person, der kun bruger sin 1D-genomsekvens (listen over strukturelle varianter SVS) ved at anvende biopolymerteori, statistisk læring og kromatins biofysiske egenskaber. Resultaterne vil blive valideret af kromatin konformationsforsøg for udvalgte familier fra 1000 Genomes Project, med det yderligere formål at bedre forstå både normale og patologiske strukturelle ændringer, der opstår under udviklingen af menneskeligt genom. (Danish)
26 July 2022
0 references
Ο στόχος του ερευνητικού προγράμματος είναι να διερευνήσει στην κλίμακα του πληθυσμού τη σχέση μεταξύ της τρισδιάστατης δομής της μεταβλητότητας του ανθρώπινου κυτταρικού πυρήνα, και της εμφάνισης και της φύσης των μεταβολών της γονιδιωματικής αλληλουχίας. Η ερευνητική ομάδα θα χρησιμοποιήσει δημόσια και ιδιοκτησιακά πειραματικά αποτελέσματα μεγάλης κλίμακας μελετών αλληλουχίας επόμενης γενιάς και πρόσφατα αναπτυγμένων θεωρητικών αλγορίθμων. Το έργο θα καθιερώσει μια νέα μέθοδο υπολογιστή πολλαπλών κλιμάκων που θα είναι σε θέση να προβλέψει την τρισδιάστατη δομή του γονιδιώματος για ένα άτομο χρησιμοποιώντας μόνο την 1D γονιδιωματική ακολουθία (ο κατάλογος των δομικών παραλλαγών SVS) εφαρμόζοντας τη θεωρία του βιοπολυμερούς, τη στατιστική μάθηση και τις βιοφυσικές ιδιότητες της χρωματίνης. Τα αποτελέσματα θα επικυρωθούν με πειράματα δέσμευσης διάπλασης χρωματίνης για επιλεγμένες οικογένειες από το πρόγραμμα 1000 γονιδιωμάτων, με επιπλέον στόχο την καλύτερη κατανόηση τόσο των φυσιολογικών όσο και των παθολογικών δομικών αλλαγών που συμβαίνουν κατά τη διάρκεια της εξέλιξης του ανθρώπινου γονιδιώματος. (Greek)
26 July 2022
0 references
Cilj istraživačkog projekta je istražiti na populacijskoj skali odnos između trodimenzionalne varijabilnosti strukture jezgre ljudskih stanica te pojave i prirode promjena genomskih sekvenci. Istraživački tim koristit će javne i vlasničke eksperimentalne rezultate velikih studija sekvenciranja sljedeće generacije i nedavno razvijene teorijske algoritme. Projekt će uspostaviti novu višeslojnu računalnu metodu koja može predvidjeti 3D strukturu genoma za pojedinca koristeći samo svoj 1D genomski slijed (popis strukturnih varijanti SVS) primjenom teorije biopolimera, statističkog učenja i biofizičkih svojstava kromatina. Rezultati će biti potvrđeni pokusima hvatanja kromatina za odabrane obitelji iz projekta 1000 genoma, s dodatnim ciljem boljeg razumijevanja normalnih i patoloških strukturnih promjena koje se događaju tijekom evolucije ljudskog genoma. (Croatian)
26 July 2022
0 references
Scopul proiectului de cercetare este de a explora la scara populației relația dintre variabilitatea structurii tridimensionale a nucleului celular uman și apariția și natura modificărilor secvenței genomice. Echipa de cercetare va utiliza rezultatele experimentale publice și brevetate ale studiilor de secvențiere de ultimă generație la scară largă, precum și algoritmi teoretici recent dezvoltați. Proiectul va stabili o nouă metodă computerizată multi-scale care este capabilă să prezică structura 3D a genomului pentru un individ folosind doar secvența genomică 1D (lista variantelor structurale SVS) prin aplicarea teoriei biopolimerilor, a învățării statistice și a proprietăților biofizice ale cromatinei. Rezultatele vor fi validate prin experimente de captare a conformației cromatice pentru familiile selectate din proiectul 1000 Genomes, cu scopul suplimentar de a înțelege mai bine schimbările structurale normale și patologice care apar în timpul evoluției genomului uman. (Romanian)
26 July 2022
0 references
Cieľom výskumného projektu je preskúmať v populačnej škále vzťah medzi trojrozmernou štruktúrou variability ľudského bunkového jadra a vznikom a povahou zmien genómovej sekvencie. Výskumný tím bude využívať verejné a proprietárne experimentálne výsledky rozsiahlych sekvenčných štúdií novej generácie a nedávno vyvinutých teoretických algoritmov. Projekt vytvorí novú viacrozmernú počítačovú metódu, ktorá dokáže predpovedať 3D štruktúru genómu pre jednotlivca iba pomocou 1D genómovej sekvencie (zoznam štrukturálnych variantov SVS) uplatnením biopolymérnej teórie, štatistického učenia a biofyzikálnych vlastností chromatínu. Výsledky budú validované experimentmi zachytávania chromatínu pre vybrané rodiny z projektu 1000 Genomes s dodatočným cieľom lepšie porozumieť normálnym aj patologickým štrukturálnym zmenám vyskytujúcim sa počas evolúcie ľudského genómu. (Slovak)
26 July 2022
0 references
L-għan tal-proġett ta’ riċerka huwa li jesplora fuq l-iskala tal-popolazzjoni r-relazzjoni bejn il-varjabbiltà tal-istruttura tridimensjonali tan-nukleu taċ-ċelloli umani, u l-emerġenza u n-natura tal-alterazzjonijiet fis-sekwenza ġenomika. It-tim tar-riċerka se juża riżultati sperimentali pubbliċi u proprjetarji ta’ studji ta’ sekwenzar tal-ġenerazzjoni li jmiss fuq skala kbira, u algoritmi teoretiċi żviluppati reċentement. Il-proġett se jistabbilixxi metodu tal-kompjuter ġdid fuq diversi skala li jista’ jbassar l-istruttura 3D tal-ġenoma għal individwu billi juża biss is-sekwenza ġenomika 1D tiegħu (il-lista ta’ varjanti strutturali SVS) billi japplika t-teorija tal-bijopolimeri, it-tagħlim statistiku u l-proprjetajiet bijofiżiċi tal-kromatina. Ir-riżultati se jiġu vvalidati minn esperimenti tal-qbid tal-konformazzjoni tal-kromatina għal familji magħżula minn 1000 Proġett Ġenomi, bl-għan addizzjonali li jifhmu aħjar kemm il-bidliet strutturali normali kif ukoll dawk patoloġiċi li jseħħu matul l-evoluzzjoni tal-ġenoma umana. (Maltese)
26 July 2022
0 references
O objetivo do projeto de pesquisa é explorar na escala populacional a relação entre a variabilidade da estrutura tridimensional do núcleo telemóvel humano e o surgimento e a natureza das alterações da sequência genômica. A equipa de pesquisa usará resultados experimentais públicos e proprietários de estudos de sequenciamento de próxima geração em larga escala e algoritmos teóricos recentemente desenvolvidos. O projeto estabelecerá um novo método computacional multiescala que é capaz de prever a estrutura 3D do genoma para um indivíduo usando apenas sua sequência genômica 1D (a lista de variantes estruturais SVS) aplicando a teoria do biopolímero, a aprendizagem estatística e as propriedades biofísicas da cromatina. Os resultados serão validados por experimentos de captura de conformação de cromatina para famílias selecionadas do Projeto 1000 Genomas, com o objetivo adicional de entender melhor as mudanças estruturais normais e patológicas que ocorrem durante a evolução do genoma humano. (Portuguese)
26 July 2022
0 references
Tutkimushankkeen tavoitteena on tutkia väestötasolla ihmissoluytimen kolmiulotteisen rakenteen vaihtelun suhdetta genomisekvenssin muutosten syntymiseen ja luonteeseen. Tutkimusryhmä käyttää julkisia ja omia kokeellisia tuloksia laajamittaisista seuraavan sukupolven sekvensointitutkimuksista ja äskettäin kehitetyistä teoreettisista algoritmeista. Hankkeessa luodaan uusi moniulotteinen tietokonemenetelmä, joka pystyy ennustamaan yksilön genomin 3D-rakennetta käyttäen vain sen 1D-genomisekvenssiä (rakennevarianttien luettelo SVS) soveltamalla biopolymeeriteoriaa, tilastollista oppimista ja kromatiinin biofysikaalisia ominaisuuksia. Tulokset validoidaan kromatiinin konformaatiokokeilla valituille perheille 1000 Genomes Projectista, ja lisäksi tavoitteena on ymmärtää paremmin sekä normaaleja että patologisia rakenteellisia muutoksia, jotka tapahtuvat ihmisen genomin evoluution aikana. (Finnish)
26 July 2022
0 references
Cilj raziskovalnega projekta je na populacijski lestvici raziskati razmerje med tridimenzionalno variabilnostjo strukture jedra človeških celic ter pojavom in naravo sprememb genomskega zaporedja. Raziskovalna skupina bo uporabila javne in lastniške eksperimentalne rezultate obsežnih študij sekvenciranja naslednje generacije ter nedavno razvila teoretične algoritme. Projekt bo vzpostavil novo večplastno računalniško metodo, ki lahko z uporabo biopolimerne teorije, statističnega učenja in biofizikalnih lastnosti kromatina za posameznika z uporabo biopolimerne teorije, statističnega učenja in biofizikalnih lastnosti kromatina predvidi le svojo 1D genomsko zaporedje (seznam strukturnih različic SVS). Rezultati bodo potrjeni s poskusi zajemanja kromatina za izbrane družine iz projekta 1000 Genomes, z dodatnim ciljem boljšega razumevanja normalnih in patoloških strukturnih sprememb, ki se pojavljajo med evolucijo človeškega genoma. (Slovenian)
26 July 2022
0 references
Cílem výzkumného projektu je prozkoumat v populačním měřítku vztah mezi trojrozměrnou strukturní variabilitou jádra lidských buněk a vznikem a povahou změn genomické sekvence. Výzkumný tým bude využívat veřejné a proprietární experimentální výsledky rozsáhlých sekvenačních studií nové generace a nedávno vyvinutých teoretických algoritmů. Projekt vytvoří novou vícerozměrnou počítačovou metodu, která je schopna předpovědět 3D strukturu genomu pro jednotlivce pouze za použití jeho 1D genomické sekvence (seznam strukturních variant SVS) pomocí biopolymerové teorie, statistického učení a biofyzikálních vlastností chromatinu. Výsledky budou validovány experimenty se zachycováním chromatinu pro vybrané rodiny z projektu 1000 genomů s dalším cílem lépe porozumět normálním i patologickým strukturálním změnám vyskytujícím se během evoluce lidského genomu. (Czech)
26 July 2022
0 references
Tyrimo projekto tikslas – ištirti ryšį tarp trimatės struktūros kintamumo žmogaus ląstelių branduolyje ir genominės sekos pakitimų atsiradimo ir pobūdžio. Mokslinių tyrimų grupė naudos viešus ir patentuotus didelės apimties naujos kartos sekos tyrimų eksperimentinius rezultatus ir neseniai sukurtus teorinius algoritmus. Įgyvendinant projektą bus sukurtas naujas daugiasluoksnis kompiuterinis metodas, galintis numatyti genomo 3D struktūrą individui, naudojant tik jo 1D genominę seką (struktūrinių variantų sąrašą SVS), taikant biopolimerų teoriją, statistinį mokymąsi ir chromatino biofizines savybes. Rezultatai bus patvirtinti chromatino konformacijos surinkimo eksperimentais atrinktoms šeimoms iš 1000 genomų projekto, siekiant geriau suprasti tiek normalius, tiek patologinius struktūrinius pokyčius, vykstančius žmogaus genomo evoliucijos metu. (Lithuanian)
26 July 2022
0 references
Pētījuma projekta mērķis ir populācijas mērogā izpētīt saikni starp cilvēka šūnu kodola trīsdimensiju struktūras mainīgumu un genomikas sekvences izmaiņu rašanos un raksturu. Pētniecības komanda izmantos plaša mēroga nākamās paaudzes sekvencēšanas pētījumu publiskos un patentētos eksperimentālos rezultātus un nesen izstrādātos teorētiskos algoritmus. Projektā tiks izveidota jauna multimēroga datormetode, kas spēj prognozēt cilvēka genoma 3D struktūru, izmantojot tikai tās 1D genomisko secību (strukturālo variantu sarakstu SVS), pielietojot biopolimēru teoriju, statistisko mācīšanos un hromatīna biofizikālās īpašības. Rezultātus validēs hromatīna konformācijas uztveršanas eksperimenti izvēlētām ģimenēm no 1000 genomu projekta ar papildu mērķi labāk izprast gan normālas, gan patoloģiskas strukturālas izmaiņas, kas rodas cilvēka genoma evolūcijas laikā. (Latvian)
26 July 2022
0 references
Целта на изследователския проект е да проучи в мащаба на населението връзката между триизмерната структура вариабилност на човешкото клетъчно ядро и появата и естеството на промените в геномната последователност. Изследователският екип ще използва публични и собствени експериментални резултати от мащабни проучвания за секвениране от следващо поколение и наскоро разработени теоретични алгоритми. Проектът ще създаде нов многомащабен компютърен метод, който е в състояние да предскаже 3D структурата на генома за индивида, като използва само неговата 1D геномна последователност (списък на структурните варианти SVS) чрез прилагане на биополимерна теория, статистическо обучение и биофизични свойства на хроматин. Резултатите ще бъдат валидирани чрез експерименти за улавяне на хроматин за избрани семейства от проекта 1000 генома, с допълнителната цел да се разберат по-добре както нормалните, така и патологичните структурни промени, настъпващи по време на еволюцията на човешкия геном. (Bulgarian)
26 July 2022
0 references
A kutatási projekt célja az emberi sejtmag háromdimenziós szerkezetváltozhatósága és a genomi szekvenciaváltozások megjelenése és jellege közötti összefüggés vizsgálata a populációs skálán. A kutatócsoport nagyléptékű következő generációs szekvenálási vizsgálatok nyilvános és szabadalmaztatott kísérleti eredményeit, valamint a közelmúltban kifejlesztett elméleti algoritmusokat fogja felhasználni. A projekt olyan új, többléptékű számítógépes módszert hoz létre, amely képes megjósolni a genom 3D szerkezetét egy egyén számára az 1D genom szekvenciájával (az SVS szerkezeti variánsainak listája) biopolimer elmélet, statisztikai tanulás és a kromatin biofizikai tulajdonságainak alkalmazásával. Az eredményeket az 1000 Genomes Project kiválasztott családjainak kromatin konformációs felvételi kísérleteivel validálják, azzal a további céllal, hogy jobban megértsék mind a normális, mind a kóros szerkezeti változásokat, amelyek az emberi genom evolúciója során fordulnak elő. (Hungarian)
26 July 2022
0 references
Is é aidhm an tionscadail taighde an gaol idir athraitheacht struchtúr tríthoiseach núicléas na gceall daonna agus teacht chun cinn agus nádúr na n-athruithe seicheamh géanómaíoch a fhiosrú ar scála an daonra. Bainfidh an fhoireann taighde úsáid as torthaí turgnamhacha poiblí agus dílsithe ó staidéir sheichimh den chéad ghlúin eile ar scála mór, agus as algartaim theoiriciúla a forbraíodh le déanaí. Bunóidh an tionscadal modh ríomhaireachta nua ilscála atá in ann struchtúr géanóim 3D a thuar do dhuine aonair gan úsáid a bhaint as ach a sheicheamh géanómaíoch 1D (liosta na n-athraitheacha struchtúracha SVS) trí theoiric bithpholaiméire, foghlaim staitistiúil agus airíonna bithfhisiceacha chromatin a chur i bhfeidhm. Déanfaidh turgnaimh gabhála chromatin comhlíonadh na dtorthaí a bhailíochtú do theaghlaigh roghnaithe ó 1000 Tionscadal Genomes, agus é mar aidhm bhreise tuiscint níos fearr a fháil ar ghnáthathruithe struchtúracha agus ar athruithe struchtúracha paiteolaíocha a tharlaíonn le linn éabhlóid ghéanóim Daonna. (Irish)
26 July 2022
0 references
Syftet med forskningsprojektet är att på befolkningsskalan undersöka sambandet mellan den tredimensionella strukturvariationen hos den mänskliga cellkärnan och uppkomsten och arten av genomiska sekvensförändringar. Forskargruppen kommer att använda offentliga och egenutvecklade experimentella resultat från storskaliga nästa generations sekvensstudier, och nyligen utvecklade teoretiska algoritmer. Projektet kommer att etablera ny datormetod i flera skala som kan förutsäga genomets 3D-struktur för en individ med endast dess 1D-genomiska sekvens (listan över strukturella varianter SVS) genom att tillämpa biopolymerteori, statistisk inlärning och kromatins biofysiska egenskaper. Resultaten kommer att valideras av kromatinkonformationsexperiment för utvalda familjer från 1000 Genomes Project, med det ytterligare målet att bättre förstå både normala och patologiska strukturella förändringar som inträffar under utvecklingen av mänskligt genom. (Swedish)
26 July 2022
0 references
Uurimisprojekti eesmärk on uurida populatsiooni skaalal suhet inimese rakutuuma kolmemõõtmelise struktuuri varieeruvuse ning genoomiliste järjestuste muutuste tekkimise ja olemuse vahel. Uurimisrühm kasutab avaliku ja patenteeritud eksperimentaalseid tulemusi suuremahuliste järgmise põlvkonna sekveneerimise uuringute ja hiljuti välja töötatud teoreetilisi algoritme. Projektiga luuakse uudne mitmemõõtmeline arvutimeetod, mis suudab ennustada genoomi 3D struktuuri üksikisiku jaoks, kasutades ainult 1D genoomi järjestust (strukturaalsete variantide SVS loetelu), rakendades biopolümeeride teooriat, statistilist õppimist ja kromatiini biofüüsikalisi omadusi. Tulemused valideeritakse kromatiini konformatsiooni püüdmise katsetega valitud perekondadele 1000 genoomi projektist, mille eesmärk on paremini mõista nii normaalseid kui ka patoloogilisi struktuurimuutusi, mis ilmnevad inimese genoomi evolutsiooni ajal. (Estonian)
26 July 2022
0 references
Cały Kraj
0 references
6 July 2023
0 references
Identifiers
POIR.04.04.00-00-3CA6/16
0 references