Development of the ELTE X-ray cristallographic infrastructure to investigate and fine-tune the structure and interactions of biomachromolecules and biologically active molecules (Q3958268)
Jump to navigation
Jump to search
Project Q3958268 in Hungary
| Language | Label | Description | Also known as |
|---|---|---|---|
| English | Development of the ELTE X-ray cristallographic infrastructure to investigate and fine-tune the structure and interactions of biomachromolecules and biologically active molecules |
Project Q3958268 in Hungary |
Statements
178,170,750.0 forint
0 references
237,561,000.0 forint
0 references
75.0 percent
0 references
19 April 2018
0 references
31 December 2020
0 references
EÖTVÖS LORÁND TUDOMÁNYEGYETEM
0 references
47°29'30.62"N, 18°58'44.15"E
0 references
A) CÉLKITŰZÉS - A projekt célja a hazai szerkezeti kémiai és szerkezeti biológiai kutatások elősegítése, új élvonalbeli alapkutatási és innovációs tevékenységek indításának támogatása a meglévő röntgendiffrakciós infrastruktúra bővítésével. A jelenlegi infrastruktúra felszerelt kristályosító laboratóriumokból, kristályosító robotból és egy fehérje szerkezetvizsgálatra alkalmas, de elavult diffraktométerből áll. A tervezett fejlesztés, egy forgóanóddal és a legkorszerűbb hibrid pixel detektorral ellátott diffraktométer beszerzés, lehetővé tenné az alkalmazások körének kiterjesztését a Magyarországon egyedülálló érzékenységgel rendelkező új készülék segítségével. A RÖNTGENDIFFRAKCIÓS KUTATÁSOK JELENTŐSÉGE - Az élő szervezet működésében kikerülhetetlen szerepet kap a molekulák finoman szabályozott kölcsönhatási hálózata – ezek között is kitüntetett szerepet kapnak a fehérjék egymással és más molekulákkal létrejövő kölcsönhatásai, állandó vagy tranziens komplexei. A három-dimenziós megjelenítés nagy szerepet játszik e folyamatok megértésében. A molekulák, molekula komplexek és kölcsönhatások atomi részletességű térbeli vizsgálatának egyik fő eszköze a röntgendiffrakció – ahol a mérés sikere, a mért adatok információtartalma a vizsgált kristály minőségén, és a diffrakciós készülék korszerűségén egyaránt múlik. A KUTATÁS FÓKUSZPONTJAI - A projekt interdiszciplináris kutatásokat fog össze, fókuszában intermolekuláris kölcsönhatások, térbeli kölcsönhatás-mintázatok atomi szintű jellemzése és tervezése áll fehérjék komplexeiben, valamint kismolekulás kristályokban. Az kutatásaink egyik fő célja a fehérjefunkció és kölcsönható fehérje-hálózatok jobb megértése, betegségekkel összefüggő fehérjevariánsok és fehérjemódosulatok megváltozott szerkezeti-kölcsönhatási tulajdonságainak feltérképezése ligandumok és fehérjék (kölcsönható peptid motívumok) tervezésének segítése. 1) A fehérje betegségekkel összefüggő kémiai módosulása (pl. oxidáció a Parkinson-kór elleni védőfunkciót betöltő DJ-1 fehérje; pontmutációk az RNS szerkezet finomhangolásában szerepet játszó pszeudo-uridin előállításáért felelős enzim esetén) és az ezek hatására létrejövő szerkezeti- és kölcsönhatás-átrendeződések megértése a funkció szerkezeti elemeinek tisztázása miatt kiemelt fontosságú. Emellett célunk, hogy hatékony segítséget nyújtsunk specifikusan kötődő ligandumok tervezésében (nagy áteresztőképességű módszerekkel kombinálva) majd a továbbfejlesztett ligandumok hatóanyag-jelöltként vagy molekuláris szenzorként való hasznosításában (pl. DJ-1, és a D-aminosav oxidáz). A beszerezni kívánt diffraktométerrel kevésbé jól szóró kristályokról is rutinszerűen jó minőségű mérési adatok gyűjthetők, ami meggyorsítja a tervezési folyamatot. 2) Az immunrendszer kóros aktiválódásának specifikus gátlásával gyógyászatban vagy az aktiválódási útvonalak (pl. komplement rendszer) részletesebb vizsgálatában alkalmazható inhibitor molekulák fejleszthetők ki. A röntgendiffrakciós infrastruktúrával ezeknek az irányított evolúcióval kifejlesztendő, és kifejlesztett új fehérje inhibitormolekuláknak a specificitását és szelektivitását szeretnénk megérteni kémiai szempontból. 3) A fehérje-fehérje kölcsönhatás mintázatok között gyógyászati szempontból is jelentősek a csomóponti fehérjék kölcsönhatásai, amelyek jellemzője, hogy különféle kölcsönható motívumokat felismernek, ezáltal több fehérjepartner működésének befolyásolásán keresztül az élettani folyamatokat jelentősen befolyásolják (pl. a metasztázisban szerepet játszó S100 fehérjék, vagy a jelátviteli folyamatokban résztvevő MAP kinázok, sejtosztódási és -mozgási folyamatokat szabályozó tirozin kinázok). A fehérje kölcsönható felszínek kémiai megváltoztatása (pl. foszforiláció) univerzális a jelátviteli folyamatok szabályozásában, gyakran kóros folyamatok hátterében is ez áll. 4) Az önszerveződő, multimereket létrehozó fehérjék esetén, amelyek üregrendszerrel különítik el az általuk katalizált kémiai reakciót a külvilágtól, ezáltal biotechnológiai alkalmazások potenciális célpontjai, célunk a fehérje-önszerveződés szempontjából fontos szerkezeti részletek azonosítása és jellemzése (oligopeptidázok). 5) Kismolekulák szerkezet-meghatározásával egyik célunk a molekulageometria nagy pontosságú meghatározása, amiből következtethetünk egy vegyületsorozaton belül a reaktivitás változására biológiailag aktív vegyületek esetén (pl. ferrocénszármazékok, citosztatikus hatású vegyületek). 6) A kölcsönható partnerek szelektív, királis felismerése a biológiai rendszerek működésében alapvető fontosságú. Bioaktív molekulák előállításakor ezért nagy fontosságú a képződő tükörképi párok hatékony elválasztása (királis elválasztás), amelynek leghatékonyabb módszere általában a szilárd fázisban, kristályosodás által keltett királis felismerés. Másfelől a királis felismerésben fontos szerepet játszó irányított kölcsönhatások, alak szerinti illeszkedés geometriai jellemzői jó minőségű kismolekulás kristályokon tanulmányozhatók részletesen. (Hungarian)
0 references
A) OBJECTIVE No. 2 — The aim of the project is to promote domestic structural chemistry and structural biological research, to support the launch of new cutting-edge basic research and innovation activities by expanding the existing X-ray diffraction infrastructure. The current infrastructure consists of equipped crystallising laboratories, crystallising robot and an outdated diffractometer suitable for protein structure testing. The planned development, the acquisition of a diffractometer with a rotary annode and state-of-the-art hybrid pixel detector, would make it possible to extend the range of applications with the help of a new device with unique sensitivity in Hungary. The importance of X-ray diffraction RESEARCHs — The well-regulated interaction network of molecules plays an unavoidable role in the functioning of the living organism, including the interactions and permanent or transient complexes of proteins with each other and with other molecules. Three-dimensional representation plays a major role in understanding these processes. X-ray diffraction — where the success of the measurement, the information content of the measured data depends both on the quality of the tested crystal and on the state-of-the-art of the diffraction apparatus, is one of the main tools for spatial examination of molecules, molecular complexes and interactions in atomic detail. The Focal Points of RESEARCH — The project brings together interdisciplinary research, focusing on intermolecular interactions, atomic characterisation and design of spatial interaction patterns in protein complexes and small molecule crystals. One of the main objectives of our research is to better understand protein function and loanable protein networks, to map the altered structural-interaction properties of protein variants and protein changes associated with diseases, to help design ligands and proteins (liable peptide motifs). 1) Chemical modification of protein related to diseases (e.g. oxidation is the DJ-1 protein that performs the protective function against Parkinson’s disease; point mutations in the case of an enzyme responsible for the production of pseudouridine involved in fine-tuning of the RNA structure) and understanding of the structural and interaction shifts resulting from these, in order to clarify the structural elements of the function. In addition, our aim is to provide effective assistance in the design of specific ligands (in combination with highly permeable methods) and in the use of advanced ligands as active substance candidates or molecular sensors (e.g. DJ-1 and D-aminoacid oxidase). The diffractometer to be obtained also routinely collects high-quality measurement data from less dispersing crystals, which speeds up the design process. 2) By specific inhibition of the abnormal activation of the immune system, inhibitor molecules that can be used in medicine or in a more detailed examination of activation pathways (e.g. complement system) can be developed. With the X-ray diffraction infrastructure, we want to understand the specificity and selectivity of these new protein inhibitor molecules developed with directional evolution. 3) Between protein-protein interaction patterns, the interactions of node proteins are also significant from a medical point of view, which are characterised by the recognition of various loanable motives, thereby significantly affecting physiological processes by influencing the operation of several protein partners (e.g. S100 proteins involved in metastasis, or MAP kinases, tyrosine kinases that control cell division and motion processes involved in signal transmission processes). The chemical change of protein borrowable surfaces (e.g. phosphorylation) is universal in the regulation of signal transmission processes, often in the background of pathological processes. 4) In the case of self-organised, multimers-generating proteins that separate the chemical reaction they catalyse from the outside world by a cavity system, thus potential targets for biotechnological applications, our aim is to identify and characterise structural details important for protein self-organisation (oligopeptidases). 5) By defining the structure of small molecules, one of our goals is the high precision determination of molecules, from which we can infer the change of reactivity within a series of compounds in the case of biologically active compounds (e.g. ferrocene derivatives, compounds with cytostatic action). 6) Selective, kiral recognition of loanable partners is essential in the functioning of biological systems. In the production of bioactive molecules, therefore, effective separation of mirror image pairs (chiral separation) is of great importance, the most effective method of which is usually the chiral recognition generated by crystallisation in the solid phase. On the other hand, the geometric characteristics of directional interactions and shape fit, which play an important role in chiral recog... (English)
9 February 2022
0.7637221685835967
0 references
A) OBJECTIF No 2 — L’objectif du projet est de promouvoir la chimie structurelle nationale et la recherche biologique structurelle, de soutenir le lancement de nouvelles activités de recherche fondamentale et d’innovation de pointe en élargissant l’infrastructure existante de diffraction des rayons X. L’infrastructure actuelle se compose de laboratoires de cristallisation équipés, d’un robot cristallisant et d’un diffractomètre périmé adapté aux tests de structure protéique. Le développement prévu, l’acquisition d’un diffractomètre avec annode rotatif et détecteur de pixels hybrides de pointe, permettrait d’étendre la gamme d’applications à l’aide d’un nouvel appareil de sensibilité unique en Hongrie. L’importance des recherches sur la diffraction des rayons X — Le réseau d’interaction bien réglementé des molécules joue un rôle inévitable dans le fonctionnement de l’organisme vivant, y compris les interactions et les complexes permanents ou transitoires des protéines entre eux et avec d’autres molécules. La représentation tridimensionnelle joue un rôle majeur dans la compréhension de ces processus. Diffraction aux rayons X — où le succès de la mesure, le contenu informationnel des données mesurées dépend à la fois de la qualité du cristal testé et de l’état de la technique de l’appareil de diffraction, est l’un des principaux outils pour l’examen spatial des molécules, des complexes moléculaires et des interactions dans les détails atomiques. Les points focaux de la RECHERCHE — Le projet rassemble des recherches interdisciplinaires, axées sur les interactions intermoléculaires, la caractérisation atomique et la conception de modèles d’interaction spatiale dans les complexes protéiques et les cristaux de petites molécules. L’un des principaux objectifs de notre recherche est de mieux comprendre la fonction protéique et les réseaux de protéines prêtables, de cartographier les propriétés structurales-interactions altérées des variantes protéiques et les changements de protéines associés aux maladies, afin d’aider à concevoir des ligands et des protéines (motifs peptides fiables). 1) Modification chimique des protéines liées aux maladies (par exemple, l’oxydation est la protéine DJ-1 qui assure la fonction de protection contre la maladie de Parkinson; mutations ponctuelles dans le cas d’une enzyme responsable de la production de pseudouridine impliquée dans le réglage fin de la structure de l’ARN) et compréhension des changements structurels et d’interaction qui en résultent, afin de clarifier les éléments structurels de la fonction. En outre, notre objectif est de fournir une aide efficace dans la conception de ligands spécifiques (en combinaison avec des méthodes hautement perméables) et dans l’utilisation de ligands avancés comme substances actives candidates ou capteurs moléculaires (par exemple DJ-1 et D-aminoacide oxydase). Le diffractomètre à obtenir collecte également régulièrement des données de mesure de haute qualité à partir de cristaux moins dispersants, ce qui accélère le processus de conception. 2) Par l’inhibition spécifique de l’activation anormale du système immunitaire, des molécules inhibitrices pouvant être utilisées en médecine ou dans un examen plus détaillé des voies d’activation (par exemple, système de complément) peuvent être développées. Avec l’infrastructure de diffraction des rayons X, nous voulons comprendre la spécificité et la sélectivité de ces nouvelles molécules d’inhibiteurs de protéines développées avec l’évolution directionnelle. 3) Entre les modèles d’interaction protéine-protéine, les interactions des protéines de noeuds sont également significatives d’un point de vue médical, qui se caractérisent par la reconnaissance de divers motifs prêtables, affectant ainsi de manière significative les processus physiologiques en influençant le fonctionnement de plusieurs partenaires protéiques (p. ex. protéines S100 impliquées dans les métastases, ou kinases MAP, tyrosine kinases qui contrôlent la division cellulaire et les processus de mouvement impliqués dans les processus de transmission des signaux). Dans le cas des protéines auto-organisées, génératrices de multimères qui séparent la réaction chimique qu’elles catalysent du monde extérieur par un système de cavité, donc des cibles potentielles pour les applications biotechnologiques, notre objectif est d’identifier et de caractériser les détails structurels importants pour l’auto-organisation des protéines (oligopeptidases). 5) En définissant la structure des petites molécules, l’un de nos objectifs est la détermination de haute précision des molécules, à partir de laquelle nous pouvons déduire le changement de réactivité à l’intérieur d’une série de composés dans le cas de composés biologiquement actifs (par exemple dérivés de ferrocène, composés à action cytostatique). 6) La reconnaissance sélective et kiral des partenaires prêtables est essentielle au fonctionnement des systèmes biologiques. Dans la production de moléc... (French)
10 February 2022
0 references
A) OBJEKTIIV nr 2 – Projekti eesmärk on edendada kodumaist struktuurikeemiat ja bioloogilisi struktuuriuuringuid, toetada uute tipptasemel alusuuringute ja innovatsiooni käivitamist olemasoleva röntgenikiirguse difraktsiooni infrastruktuuri laiendamise kaudu. Praegune infrastruktuur koosneb varustatud kristalliseerumislaboritest, kristalliseerivast robotist ja vananenud difraktomeetrist, mis sobib valgu struktuuri testimiseks. Kavandatud arendus, pöördanoodiga difraktomeetri ja kaasaegse hübriidpiksli detektori omandamine võimaldaks laiendada rakenduste valikut Ungaris ainulaadse tundlikkusega uue seadme abil. Röntgenkiirguse difraktsiooniuuringute tähtsus – molekulide hästi reguleeritud interaktsioonivõrgustikul on vältimatu roll elusorganismi toimimises, sealhulgas valkude koostoimetes ja püsivates või mööduvates kompleksides üksteisega ja teiste molekulidega. Nende protsesside mõistmisel on oluline roll kolmemõõtmelisel esindatusel. Röntgenkiirguse difraktsioon – kui mõõtmise edukus sõltub nii uuritava kristalli kvaliteedist kui ka difraktsiooniseadme tehnika tasemest, on see üks peamisi vahendeid molekulide, molekulaarkomplekside ja interaktsioonide ruumiliseks uurimiseks aatomiandmetes. RESEARCHi teabekeskused – Projekt koondab interdistsiplinaarseid uuringuid, keskendudes intermolekulaarsetele koostoimetele, aatomi iseloomustamisele ja ruumilise interaktsiooni mustrite kujundamisele valgukompleksides ja väikestes molekulkristallides. Meie uurimistöö üks peamisi eesmärke on paremini mõista valgufunktsiooni ja laenatavaid valguvõrke, kaardistada valguvariantide ja haigustega seotud valgumuutuste struktuuri-koostoimed, aidata kujundada ligandiid ja valke (usaldusväärsed peptiidmotiivid). 1) haigustega seotud valgu keemiline modifitseerimine (nt oksüdatsioon on DJ-1 valk, mis täidab Parkinsoni tõve vastu kaitsvat funktsiooni; punktmutatsioonid ensüümi puhul, mis vastutab pseudouridiini tootmise eest RNA struktuuri peenhäälestamisega seotud ensüümi puhul) ja nendest tulenevate struktuuriliste ja koostoimeliste muutuste mõistmine, et selgitada funktsiooni struktuurielemente. Lisaks on meie eesmärk pakkuda tõhusat abi konkreetsete ligandite (koos väga läbilaskvate meetoditega) projekteerimisel ja täiustatud ligandi kasutamisel toimeainete või molekulaaranduritena (nt DJ-1 ja D-aminohappe oksüdaasi). Difraktomeetriga kogutakse ka rutiinselt kvaliteetseid mõõtmisandmeid vähem hajutavatelt kristallidelt, mis kiirendab projekteerimisprotsessi. 2) Immuunsüsteemi ebanormaalse aktiveerumise spetsiifilise inhibeerimisega saab välja töötada inhibiitori molekulid, mida saab kasutada meditsiinis või aktiveerimisradade üksikasjalikumal uurimisel (nt komplemendisüsteem). Röntgenkiirguse difraktsiooni infrastruktuuriga tahame mõista nende uute valgu inhibiitorite molekulide spetsiifilisust ja selektiivsust, mis on välja töötatud suunalise evolutsiooniga. 3) Valgu-valgu koostoimete mustrite vahel on sõlmvalkude koostoimed olulised ka meditsiinilisest seisukohast, mida iseloomustab erinevate laenatavate motiivide äratundmine, mõjutades seeläbi oluliselt füsioloogilisi protsesse, mõjutades mitme valgupartneri toimimist (nt metastaasides osalevad S100 valgud või MAP kinaasid, türosiinkinaasid, mis kontrollivad rakkude jagunemist ja signaali edastamise protsessidega seotud liikumisprotsesse). Valgu laenatavate pindade keemiline muutus (nt fosforüülimine) on signaali edastamise protsesside reguleerimisel universaalne, sageli patoloogiliste protsesside taustal. 4) Selliste iseorganiseerunud multimeersete valkude puhul, mis eraldavad keemilist reaktsiooni, mida nad katalüüsivad välismaailmast õõnsussüsteemi abil, on meie eesmärk tuvastada ja iseloomustada valgu iseorganiseerumise (oligopeptidaasid) jaoks olulisi struktuurilisi üksikasju. 5) Väikeste molekulide struktuuri määratlemisega on üks meie eesmärke molekulide suure täpsusega määramine, millest saame bioloogiliselt aktiivsete ühendite (nt ferrotseeni derivaadid, tsütostaatilise toimega ühendid) puhul tuletada reaktsioonivõime muutuse mitme ühendi sees. 6) Bioloogiliste süsteemide toimimiseks on eluliselt tähtis laenukõlblike partnerite valikuline tunnustamine Kiraalis. Bioaktiivsete molekulide tootmisel on seetõttu väga oluline peeglipaaride tõhus eraldamine (hiitraalne eraldamine), mille kõige tõhusam meetod on tavaliselt kiraalne äratundmine, mis tekib kristalliseerumisel tahkes faasis. Teiselt poolt geomeetrilised omadused suunas interaktsioonid ja kuju sobivad, mis mängivad olulist rolli kiraalkonogi... (Estonian)
13 August 2022
0 references
A) TIKSLAS Nr. 2 – Projekto tikslas – skatinti vidaus struktūrinę chemiją ir struktūrinius biologinius tyrimus, remti naujų pažangiausių fundamentinių mokslinių tyrimų ir inovacijų veiklos pradžią plečiant esamą rentgeno difrakcijos infrastruktūrą. Dabartinę infrastruktūrą sudaro įrengtos kristalizavimo laboratorijos, kristalizuojantis robotas ir pasenęs direfraktometras, tinkamas baltymų struktūros tyrimams. Planuojama plėtra, difuzraktometro su rotaciniu annodu ir moderniausiu hibridiniu pikselių detektoriumi įsigijimas leistų Vengrijoje išplėsti taikymo sritį naudojant naują įrenginį, pasižymintį unikaliu jautrumu. Rentgeno difrakcijos tyrimų svarba – gerai reguliuojamas molekulių sąveikos tinklas atlieka neišvengiamą vaidmenį gyvojo organizmo funkcionavimui, įskaitant sąveiką ir nuolatinius ar trumpalaikius baltymų kompleksus tarpusavyje ir su kitomis molekulėmis. Trimatis atstovavimas vaidina svarbų vaidmenį suprantant šiuos procesus. Rentgeno spindulių difrakcija – kai matavimo sėkmė, išmatuotų duomenų informacijos turinys priklauso tiek nuo išbandyto kristalo kokybės, tiek nuo difrakcijos aparato modernumo, yra viena iš pagrindinių molekulių, molekulinių kompleksų ir sąveikos atominių detalių erdvinio tyrimo priemonių. The Focal Points of RESEARCH – Projektas sujungia tarpdisciplininius tyrimus, sutelkiant dėmesį į intermolekulines sąveikas, atominį apibūdinimą ir erdvinės sąveikos modelių kūrimą baltymų kompleksuose ir mažuose molekulių kristaluose. Vienas iš pagrindinių mūsų mokslinių tyrimų tikslų yra geriau suprasti baltymų funkciją ir skolinamus baltymų tinklus, nustatyti pakeistas baltymų variantų ir baltymų pokyčių, susijusių su ligomis, struktūrines-sąveikos savybes, padėti kurti ligandus ir baltymus (patikimi peptidų motyvai). 1) cheminė baltymų modifikacija, susijusi su ligomis (pvz., oksidacija yra DJ-1 baltymas, atliekantis apsauginę funkciją nuo Parkinsono ligos; taškinės mutacijos, kai fermentas atsakingas už pseudouridino, dalyvaujančio koreguojant RNR struktūrą, gamybą) ir dėl to atsirandančių struktūrinių ir sąveikos pokyčių supratimą, siekiant išsiaiškinti struktūrinius funkcijos elementus. Be to, mūsų tikslas – teikti veiksmingą pagalbą kuriant specifinius ligandus (kartu su labai pralaidžiais metodais) ir naudojant pažangius ligandus kaip veikliąją medžiagą arba molekulinius jutiklius (pvz., DJ-1 ir D-aminoacidoksidazę). Gautinas difrakcinis matuoklis taip pat reguliariai renka aukštos kokybės matavimo duomenis iš mažiau išsklaidančių kristalų, kurie pagreitina projektavimo procesą. 2) specifiškai slopinant nenormalų imuninės sistemos aktyvavimą, galima sukurti inhibitorių molekulių, kurias galima naudoti medicinoje arba išsamiau ištirti aktyvinimo kelius (pvz., komplemento sistemą). Su rentgeno difrakcijos infrastruktūra, mes norime suprasti šių naujų baltymų inhibitorių molekulių specifiškumą ir selektyvumą, sukurtus su krypties evoliucija. 3) Tarp baltymų ir baltymų sąveikos modelių, mazgų baltymų sąveika taip pat yra reikšminga medicininiu požiūriu, kuriam būdingas įvairių skolinamų motyvų atpažinimas, o tai labai veikia fiziologinius procesus, darydami įtaką kelių baltymų partnerių veiklai (pvz., S100 baltymų, dalyvaujančių metastazėje, arba MAP kinazės, tirozino kinazės, kurios kontroliuoja ląstelių dalijimąsi ir judesio procesus, susijusius su signalų perdavimo procesais). Cheminis baltymų pasiskolintų paviršių pokytis (pvz., fosforilinimas) yra universalus reguliuojant signalų perdavimo procesus, dažnai patologinių procesų fone. 4) Savaimiškai organizuojamų, multimerus generuojančių baltymų, kurie skiria cheminę reakciją, katalizuojančią iš išorinio pasaulio ertmės sistema, tokiu būdu potencialiems biotechnologiniams pritaikymams, atveju, mūsų tikslas yra nustatyti ir apibūdinti struktūrines detales, svarbias baltymų saviorganizacijai (oligopeptidazėms). 5) Apibrėžiant mažų molekulių struktūrą, vienas iš mūsų tikslų yra didelio tikslumo molekulių nustatymas, iš kurio mes galime daryti išvadą apie reaktyvumo pokytį junginių serijoje biologiškai aktyvių junginių (pvz., feroceno darinių, junginių, turinčių citostatinį poveikį). 6) Atrankinis, Kiral skolinamų partnerių pripažinimas yra labai svarbus biologinių sistemų funkcionavimui. Todėl gaminant biologiškai aktyvias molekules labai svarbus veiksmingas veidrodinių vaizdų porų atskyrimas (chiralinis atskyrimas), kurio veiksmingiausias metodas paprastai yra chiralinis atpažinimas, kurį sukelia kristalizacija kietojoje fazėje. Kita vertus, geometrinės charakteristikos krypties sąveikos ir formos tinka, kurie vaidina svarbų vaidmenį chiralinis rekog... (Lithuanian)
13 August 2022
0 references
A) OBIETTIVO n. 2 — L'obiettivo del progetto è promuovere la chimica strutturale interna e la ricerca biologica strutturale, sostenere l'avvio di nuove attività di ricerca e innovazione di base di base ampliando l'attuale infrastruttura di diffrazione a raggi X. L'infrastruttura attuale è costituita da laboratori di cristallizzazione attrezzati, robot di cristallizzazione e un diffrattometro obsoleto adatto per il test della struttura proteica. Lo sviluppo previsto, l'acquisizione di un diffrattometro con un annoto rotante e un rivelatore ibrido di pixel all'avanguardia, consentirebbe di estendere la gamma di applicazioni con l'aiuto di un nuovo dispositivo con sensibilità unica in Ungheria. L'importanza delle ricerche sulla diffrazione dei raggi X — La rete di interazione ben regolamentata delle molecole svolge un ruolo inevitabile nel funzionamento dell'organismo vivente, comprese le interazioni e complessi permanenti o transitori delle proteine tra loro e con altre molecole. La rappresentazione tridimensionale svolge un ruolo importante nella comprensione di questi processi. La diffrazione a raggi X — dove il successo della misurazione, il contenuto informativo dei dati misurati dipende sia dalla qualità del cristallo testato sia dallo stato dell'arte dell'apparato di diffrazione, è uno dei principali strumenti per l'esame spaziale di molecole, complessi molecolari e interazioni in dettaglio atomico. The Focal Points of RESEARCH — Il progetto riunisce la ricerca interdisciplinare, concentrandosi sulle interazioni intermolecolari, la caratterizzazione atomica e la progettazione di schemi di interazione spaziale in complessi proteici e piccoli cristalli molecolari. Uno degli obiettivi principali della nostra ricerca è quello di comprendere meglio la funzione proteica e le reti proteiche prestabili, di mappare le proprietà strutturali-interazione alterate delle varianti proteiche e dei cambiamenti proteici associati alle malattie, per aiutare a progettare ligandi e proteine (motivi peptidi affidabili). 1) Modifica chimica delle proteine correlate a malattie (ad esempio l'ossidazione è la proteina DJ-1 che svolge la funzione protettiva contro il morbo di Parkinson; mutazioni puntuali nel caso di un enzima responsabile della produzione di pseudouridina coinvolto nella messa a punto della struttura dell'RNA) e comprensione dei cambiamenti strutturali e di interazione che ne derivano, al fine di chiarire gli elementi strutturali della funzione. Inoltre, il nostro obiettivo è quello di fornire un'assistenza efficace nella progettazione di specifici leganti (in combinazione con metodi altamente permeabili) e nell'uso di ligandi avanzati come sostanze attive candidate o sensori molecolari (ad esempio DJ-1 e D-amminoacido ossidasi). Il diffrattometro da ottenere raccoglie anche regolarmente dati di misurazione di alta qualità da cristalli meno disperdenti, il che accelera il processo di progettazione. 2) Con l'inibizione specifica dell'attivazione anormale del sistema immunitario, si possono sviluppare molecole inibitrici che possono essere utilizzate in medicina o in un esame più dettagliato delle vie di attivazione (ad esempio sistema di complemento). Con l'infrastruttura di diffrazione a raggi X, vogliamo capire la specificità e la selettività di queste nuove molecole di inibitore proteico sviluppate con l'evoluzione direzionale. 3) Tra i modelli di interazione proteina-proteina, le interazioni delle proteine dei nodi sono significative anche dal punto di vista medico, che sono caratterizzate dal riconoscimento di vari motivi prestabili, influenzando in modo significativo i processi fisiologici influenzando il funzionamento di diversi partner proteici (ad esempio proteine S100 coinvolte nella metastasi, o MAP chinasi, tirosin chinasi che controllano la divisione cellulare e i processi di movimento coinvolti nei processi di trasmissione del segnale). Il cambiamento chimico delle superfici mutuabili di proteine (ad esempio la fosforilazione) è universale nella regolazione dei processi di trasmissione del segnale, spesso sullo sfondo di processi patologici. 4) Nel caso di proteine auto-organizzate, che generano multimers, che separano la reazione chimica che catalizzano dal mondo esterno da un sistema di cavità, quindi potenziali bersagli per applicazioni biotecnologiche, il nostro obiettivo è identificare e caratterizzare dettagli strutturali importanti per l'auto-organizzazione proteica (oligopeptidasi). 5) Definindo la struttura delle piccole molecole, uno dei nostri obiettivi è la determinazione ad alta precisione delle molecole, da cui possiamo dedurre il cambiamento di reattività all'interno di una serie di composti nel caso di composti biologicamente attivi (ad esempio derivati del ferrocene, composti ad azione citostatica). 6) Il riconoscimento selettivo e Kiral dei partner prestabili è essenziale per il funzionamento dei sistemi biologici. Nella produzione di molecole bioattive, quindi, l'effettiva sepa... (Italian)
13 August 2022
0 references
A) CILJ br. 2 – Cilj projekta je promicati domaću strukturnu kemiju i strukturno biološko istraživanje, podržati pokretanje novih najsuvremenijih osnovnih istraživačkih i inovacijskih aktivnosti širenjem postojeće infrastrukture za difrakciju rendgenskih zraka. Postojeća infrastruktura sastoji se od opremljenih kristalizirajućih laboratorija, kristalizirajućeg robota i zastarjelog difraktometra prikladnog za ispitivanje strukture proteina. Planirani razvoj, stjecanje difraktometra s rotacijskom annodom i najsuvremenijim hibridnim detektorom piksela, omogućio bi proširenje raspona aplikacija uz pomoć novog uređaja s jedinstvenom osjetljivošću u Mađarskoj. Važnost rendgenskih difrakcijskih istraživanja – dobro regulirana interakcijska mreža molekula igra neizbježnu ulogu u funkcioniranju živog organizma, uključujući interakcije i trajne ili prolazne komplekse proteina jedni s drugima i s drugim molekulama. Trodimenzionalni prikaz igra važnu ulogu u razumijevanju tih procesa. Rendgenska difrakcija – gdje uspjeh mjerenja, sadržaj informacija izmjerenih podataka ovisi i o kvaliteti testiranog kristala i o najsuvremenijem difrakcijskom aparatu, jedan je od glavnih alata za prostorno ispitivanje molekula, molekularnih kompleksa i interakcija u atomskim detaljima. Focal Points of RESEARCH – Projekt okuplja interdisciplinarna istraživanja, s naglaskom na intermolekularne interakcije, atomsku karakterizaciju i dizajn prostornih obrazaca interakcije u proteinskim kompleksima i malim molekulama kristala. Jedan od glavnih ciljeva našeg istraživanja je bolje razumijevanje funkcije proteina i pozajmljivih proteinskih mreža, mapiranje izmijenjenih strukturalno-interakcijskih svojstava proteinskih varijanti i promjena proteina povezanih s bolestima, kako bi se pomoglo u dizajniranju liganda i proteina (podnošljivi peptidni motivi). 1) Kemijska modifikacija proteina povezanih s bolestima (npr. oksidacija je DJ-1 protein koji obavlja zaštitnu funkciju protiv Parkinsonove bolesti; točkaste mutacije u slučaju enzima odgovornog za proizvodnju pseudouridina uključenih u fino podešavanje strukture RNK) i razumijevanje strukturnih promjena i promjena međudjelovanja koje iz njih proizlaze, kako bi se razjasnili strukturni elementi funkcije. Osim toga, naš je cilj pružiti učinkovitu pomoć u dizajniranju specifičnih liganda (u kombinaciji s vrlo propusnim metodama) i u uporabi naprednih liganda kao kandidata za aktivnu tvar ili molekularnih senzora (npr. DJ-1 i D-aminoacid oksidaza). Difraktometar koji se dobiva također rutinski prikuplja visokokvalitetne mjerne podatke iz manje raspršenih kristala, što ubrzava proces projektiranja. 2) Specifičnom inhibicijom abnormalne aktivacije imunološkog sustava mogu se razviti inhibitorne molekule koje se mogu koristiti u medicini ili u detaljnijem pregledu načina aktivacije (npr. sustav komplementa). Uz rendgensku difrakcijsku infrastrukturu, želimo razumjeti specifičnost i selektivnost tih novih molekula inhibitora proteina razvijenih s usmjerenom evolucijom. 3) Između obrazaca interakcije proteina i proteina, interakcije proteina čvorova također su značajne s medicinskog stajališta, koje karakterizira prepoznavanje različitih pozajmljivih motiva, čime značajno utječu na fiziološke procese utječući na rad nekoliko proteinskih partnera (npr. S100 proteini uključeni u metastaze ili MAP kinaze, tirozin kinaze koje kontroliraju staničnu diobu i procese kretanja uključene u procese prijenosa signala). Kemijska promjena površina koje se mogu posuditi bjelančevinama (npr. fosforilacija) univerzalna je u regulaciji procesa prijenosa signala, često u pozadini patoloških procesa. 4) U slučaju samoorganiziranih proteina koji stvaraju multimers koji razdvajaju kemijsku reakciju koju kataliziraju od vanjskog svijeta sustavom šupljine, a time i potencijalne ciljeve za biotehnološke primjene, naš je cilj utvrditi i karakterizirati strukturne detalje važne za samoorganizaciju proteina (oligopeptidaze). 5) definiranjem strukture malih molekula jedan od naših ciljeva je visoko precizno određivanje molekula iz kojih možemo zaključiti promjenu reaktivnosti unutar niza spojeva u slučaju biološki aktivnih spojeva (npr. derivati ferocena, spojevi s citostatskim djelovanjem). 6) Selektivni, Kiral priznavanje pozajmljenih partnera je bitan u funkcioniranju bioloških sustava. U proizvodnji bioaktivnih molekula, dakle, učinkovito odvajanje parova zrcalnih slika (chiralno odvajanje) od velike je važnosti, čija je najučinkovitija metoda obično prepoznavanje kirala koje nastaje kristalizacijom u čvrstoj fazi. S druge strane, geometrijske karakteristike usmjerene interakcije i oblik stane, koje igraju važnu ulogu u kiralnom recog... (Croatian)
13 August 2022
0 references
Α) ΣΤΟΧΟΣ αριθ. 2 — Στόχος του έργου είναι η προώθηση της εγχώριας δομικής χημείας και της δομικής βιολογικής έρευνας, η υποστήριξη της έναρξης νέων δραστηριοτήτων βασικής έρευνας και καινοτομίας αιχμής μέσω της επέκτασης των υφιστάμενων υποδομών περίθλασης ακτίνων Χ. Η τρέχουσα υποδομή αποτελείται από εξοπλισμένα εργαστήρια κρυστάλλωσης, κρυσταλλικό ρομπότ και ένα παρωχημένο περίφραγμα κατάλληλο για δοκιμές πρωτεϊνικής δομής. Η σχεδιαζόμενη ανάπτυξη, η απόκτηση ενός περιθλακτόμετρου με περιστροφικό ανόδιο και υπερσύγχρονο ανιχνευτή υβριδικών εικονοστοιχείων, θα επέτρεπε την επέκταση του φάσματος εφαρμογών με τη βοήθεια μιας νέας συσκευής με μοναδική ευαισθησία στην Ουγγαρία. Η σημασία των ερευνών περίθλασης ακτίνων Χ — Το καλά ρυθμιζόμενο δίκτυο αλληλεπίδρασης των μορίων διαδραματίζει αναπόφευκτη ρόλο στη λειτουργία του ζωντανού οργανισμού, συμπεριλαμβανομένων των αλληλεπιδράσεων και των μόνιμων ή μεταβατικών συμπλοκών πρωτεϊνών μεταξύ τους και με άλλα μόρια. Η τρισδιάστατη αναπαράσταση διαδραματίζει σημαντικό ρόλο στην κατανόηση αυτών των διαδικασιών. Περίθλαση ακτίνων Χ — όπου η επιτυχία της μέτρησης, το περιεχόμενο πληροφοριών των μετρούμενων δεδομένων εξαρτάται τόσο από την ποιότητα του ελεγχόμενου κρυστάλλου όσο και από την υπερσύγχρονη τεχνολογία της συσκευής περίθλασης, είναι ένα από τα κύρια εργαλεία για τη χωρική εξέταση των μορίων, των μοριακών συμπλοκών και των αλληλεπιδράσεων με ατομικές λεπτομέρειες. The Focal Points of RESEARCH — Το έργο συγκεντρώνει διεπιστημονική έρευνα, εστιάζοντας στις ατερματικές αλληλεπιδράσεις, τον ατομικό χαρακτηρισμό και το σχεδιασμό προτύπων χωρικής αλληλεπίδρασης σε πρωτεϊνικά σύμπλοκα και μικρούς κρύσταλλους μορίων. Ένας από τους κύριους στόχους της έρευνάς μας είναι να κατανοήσουμε καλύτερα την πρωτεϊνική λειτουργία και τα δανειζόμενα πρωτεϊνικά δίκτυα, να χαρτογραφήσουμε τις τροποποιημένες ιδιότητες δομικής αλληλεπίδρασης των πρωτεϊνικών παραλλαγών και των μεταβολών των πρωτεϊνών που σχετίζονται με ασθένειες, να βοηθήσουμε στο σχεδιασμό των δεσμών και των πρωτεϊνών (liable πεπτιδικά μοτίβα). 1) Χημική τροποποίηση της πρωτεΐνης που σχετίζεται με ασθένειες (π.χ. οξείδωση είναι η πρωτεΐνη DJ-1 που εκτελεί την προστατευτική λειτουργία ενάντια στη νόσο του Parkinson. σημειακές μεταλλάξεις στην περίπτωση ενζύμου υπεύθυνου για την παραγωγή ψευδοουριδίνης που εμπλέκεται στη βελτίωση της δομής του RNA) και κατανόηση των μεταβολών δομής και αλληλεπίδρασης που προκύπτουν από αυτές, προκειμένου να αποσαφηνιστούν τα δομικά στοιχεία της λειτουργίας. Επιπλέον, στόχος μας είναι να παρέχουμε αποτελεσματική βοήθεια στο σχεδιασμό συγκεκριμένων συνδέσμων (σε συνδυασμό με εξαιρετικά διαπερατές μεθόδους) και στη χρήση προηγμένων συνδέσμων ως υποψήφιων δραστικών ουσιών ή μοριακών αισθητήρων (π.χ. DJ-1 και D-αμινοξέα οξειδάση). Το περίφραγμα που λαμβάνεται συλλέγει επίσης τακτικά δεδομένα μέτρησης υψηλής ποιότητας από λιγότερο διασκορπιζόμενους κρυστάλλους, γεγονός που επιταχύνει τη διαδικασία σχεδιασμού. 2) Με συγκεκριμένη αναστολή της μη φυσιολογικής ενεργοποίησης του ανοσοποιητικού συστήματος, μπορούν να αναπτυχθούν μόρια αναστολέων που μπορούν να χρησιμοποιηθούν στην ιατρική ή σε μια λεπτομερέστερη εξέταση των οδών ενεργοποίησης (π.χ. σύστημα συμπληρώματος). Με την υποδομή περίθλασης ακτίνων Χ, θέλουμε να κατανοήσουμε την ιδιαιτερότητα και την επιλεκτικότητα αυτών των νέων μορίων πρωτεϊνικού αναστολέα που αναπτύχθηκαν με κατευθυντική εξέλιξη. 3) Μεταξύ των προτύπων αλληλεπίδρασης πρωτεΐνης-πρωτεΐνης, οι αλληλεπιδράσεις των πρωτεϊνών κόμβου είναι επίσης σημαντικές από ιατρική άποψη, οι οποίες χαρακτηρίζονται από την αναγνώριση διαφόρων δανείσιμων κινήτρων, επηρεάζοντας έτσι σημαντικά τις φυσιολογικές διεργασίες επηρεάζοντας τη λειτουργία πολλών πρωτεϊνικών εταίρων (π.χ. πρωτεΐνες S100 που εμπλέκονται στη μετάσταση, ή κινάσες MAP, κινάσες τυροσίνης που ελέγχουν την κυτταρική διαίρεση και τις διαδικασίες κίνησης που εμπλέκονται σε διεργασίες μετάδοσης σήματος). Η χημική αλλαγή των δανειζόμενων πρωτεϊνικών επιφανειών (π.χ. φωσφορυλίωση) είναι καθολική στη ρύθμιση των διαδικασιών μετάδοσης σήματος, συχνά στο πλαίσιο παθολογικών διεργασιών. 4) Στην περίπτωση των αυτοοργανωμένων, πολυμερών πρωτεϊνών που διαχωρίζουν τη χημική αντίδραση που καταλύουν από τον έξω κόσμο με ένα σύστημα κοιλότητας, έτσι πιθανοί στόχοι για βιοτεχνολογικές εφαρμογές, στόχος μας είναι να εντοπίσουμε και να χαρακτηρίσουμε δομικά στοιχεία σημαντικά για την αυτοοργάνωση πρωτεϊνών (ολιγοπεπτιδάσες). 5) Καθορίζοντας τη δομή των μικρών μορίων, ένας από τους στόχους μας είναι ο προσδιορισμός υψηλής ακρίβειας των μορίων, από τα οποία μπορούμε να συμπεράνουμε την αλλαγή της αντιδραστικότητας μέσα σε μια σειρά ενώσεων στην περίπτωση των βιολογικώς ενεργών ενώσεων (π.χ. παράγωγα σιδηροκενίου, ενώσεις με κυτταροστατική δράση). 6) Επιλεκτική, Kiral αναγνώριση των δανειζόμενων εταίρων είναι απαραίτητη για τη λειτουργία των βιολογικών συστημάτων. Στην παραγωγή βιοενεργών μορίων, ως εκ τούτου, ο αποτελεσματικός διαχωρισμός των... (Greek)
13 August 2022
0 references
A) CIEĽ č. 2 – Cieľom projektu je podpora domácej štrukturálnej chémie a štrukturálneho biologického výskumu, podpora začatia nových špičkových základných výskumných a inovačných činností rozšírením existujúcej infraštruktúry röntgenovej difrakcie. Súčasná infraštruktúra pozostáva z vybavených kryštalizačných laboratórií, kryštalizačného robota a zastaraného difraktometra vhodného na testovanie proteínovej štruktúry. Plánovaný vývoj, získanie difraktometra s rotačným anódou a najmodernejším hybridným pixelovým detektorom, by umožnil rozšíriť rozsah aplikácií pomocou nového zariadenia s jedinečnou citlivosťou v Maďarsku. Význam röntgenových difrakčných výskumov – Dobre regulovaná interakčná sieť molekúl hrá nevyhnutnú úlohu vo fungovaní živého organizmu, vrátane interakcií a trvalých alebo prechodných komplexov proteínov navzájom a s inými molekulami. Trojrozmerné zastúpenie zohráva významnú úlohu pri pochopení týchto procesov. Röntgenová difrakcia – kde úspech merania, informačný obsah nameraných údajov závisí od kvality testovaného kryštálu, ako aj od stavu difrakčného prístroja, je jedným z hlavných nástrojov pre priestorové skúmanie molekúl, molekulárnych komplexov a interakcií v atómových detailoch. Kontaktné miesta RESEARCH – Projekt spája interdisciplinárny výskum so zameraním na intermolekulárne interakcie, atómovú charakterizáciu a návrh priestorových interakčných modelov v proteínových komplexoch a malých molekulových kryštáloch. Jedným z hlavných cieľov nášho výskumu je lepšie pochopiť funkciu bielkovín a požičateľné proteínové siete, mapovať zmenené štrukturálne interakčné vlastnosti proteínových variantov a proteínových zmien spojených s chorobami, pomôcť navrhnúť ligandy a proteíny (spoľahlivé peptidové motívy). 1) Chemická modifikácia bielkovín súvisiacich s ochoreniami (napr. oxidáciou je proteín DJ-1, ktorý vykonáva ochrannú funkciu proti Parkinsonovej chorobe; bodové mutácie v prípade enzýmu zodpovedného za tvorbu pseudouridínu, ktorý sa podieľa na dolaďovaní štruktúry RNA) a pochopenie štrukturálnych a interakčných posunov, ktoré z nich vyplývajú, s cieľom objasniť štrukturálne prvky funkcie. Okrem toho je naším cieľom poskytnúť účinnú pomoc pri navrhovaní špecifických ligandov (v kombinácii s vysoko priepustnými metódami) a pri používaní pokročilých ligandov ako účinných látok alebo molekulárnych snímačov (napr. DJ-1 a D-aminokyselinoxidáza). Difraktometer, ktorý sa má získať, pravidelne zhromažďuje aj vysokokvalitné meracie údaje z menej rozptýlených kryštálov, čo urýchľuje proces navrhovania. 2) Konkrétnou inhibíciou abnormálnej aktivácie imunitného systému sa môžu vyvinúť inhibičné molekuly, ktoré sa môžu použiť v medicíne, alebo podrobnejšie vyšetrenie aktivačných ciest (napr. komplementárny systém). S infraštruktúrou röntgenovej difrakcie chceme pochopiť špecifickosť a selektivitu týchto nových molekúl proteínového inhibítora vyvinutých smerovou evolúciou. 3) Medzi interakčnými modelmi proteínov s proteínmi sú interakcie proteínov uzlov tiež významné z medicínskeho hľadiska, ktoré sú charakterizované rozpoznávaním rôznych pôžitkových motívov, čím významne ovplyvňujú fyziologické procesy tým, že ovplyvňujú činnosť niekoľkých proteínových partnerov (napr. proteíny S100 zapojené do metastáz, alebo MAP kinázy, tyrozínkinázy, ktoré riadia bunkové delenie a procesy pohybu zapojené do procesov prenosu signálu). Chemická zmena povrchov požičateľných bielkovín (napr. fosforylácia) je univerzálna pri regulácii procesov prenosu signálu, často na pozadí patologických procesov. 4) V prípade samoorganizovaných, multimérových proteínov, ktoré oddeľujú chemickú reakciu, ktorú katalyzujú z vonkajšieho sveta systémom dutín, teda potenciálnymi cieľmi pre biotechnologické aplikácie, je naším cieľom identifikovať a charakterizovať štrukturálne detaily dôležité pre samoorganizáciu bielkovín (oligopeptidázy). 5) Definovaním štruktúry malých molekúl je jedným z našich cieľov vysoká presnosť stanovenia molekúl, z ktorých môžeme odvodiť zmenu reaktivity v rámci série zlúčenín v prípade biologicky aktívnych zlúčenín (napr. deriváty ferocénu, zlúčeniny s cytostatickým účinkom). 6) Selektívne, Kiral uznanie vypožičateľných partnerov je nevyhnutné pre fungovanie biologických systémov. Pri výrobe bioaktívnych molekúl je preto veľmi dôležité efektívne oddelenie párov zrkadlového obrazu (chiral separácia), ktorého najefektívnejšou metódou je zvyčajne chirálne rozpoznávanie generované kryštalizáciou v pevnej fáze. Na druhej strane geometrické charakteristiky smerových interakcií a tvar fit, ktoré hrajú dôležitú úlohu v chiral recog... (Slovak)
13 August 2022
0 references
A) OHJELMA nro 2 – Hankkeen tavoitteena on edistää kotimaista rakennekemiaa ja rakenteellista biologista tutkimusta sekä tukea uuden huipputason perustutkimuksen ja innovaatiotoiminnan käynnistämistä laajentamalla nykyistä röntgendiffraktioinfrastruktuuria. Nykyinen infrastruktuuri koostuu varustetuista kiteytyslaboratorioista, kiteyttävästä robotista ja vanhentuneesta diffraktometristä, joka soveltuu proteiinirakenteen testaukseen. Suunniteltu kehitys, diffraktometrin hankinta pyörivällä annodilla ja huipputason hybridipikselinilmaisimella, mahdollistaisi sovellusvalikoiman laajentamisen uuden, ainutlaatuisen herkkyyden omaavan laitteen avulla Unkarissa. Röntgendiffraktiotutkimusten merkitys – molekyylien hyvin säännellyllä vuorovaikutusverkostolla on väistämätön rooli elävän organismin toiminnassa, mukaan lukien proteiinien vuorovaikutukset ja pysyvät tai ohimenevät kompleksit toistensa ja muiden molekyylien kanssa. Kolmiulotteisella edustuksella on tärkeä merkitys näiden prosessien ymmärtämisessä. Röntgendiffraktio – jossa mittauksen onnistuminen, mitattujen tietojen tietosisältö riippuu sekä testatun kristallin laadusta että diffraktiolaitteen uusimmasta tekniikasta, on yksi tärkeimmistä välineistä molekyylien, molekyylikompleksien ja vuorovaikutusten alueellisessa tutkimisessa atomiyksityiskohdissa. The Focal Points of RESEARCH – Hanke kokoaa yhteen tieteidenvälistä tutkimusta keskittyen epäolekulaarisiin vuorovaikutuksiin, atomikuvaukseen ja proteiinikompleksien ja pienten molekyylikiteiden alueellisten vuorovaikutusmallien suunnitteluun. Yksi tutkimuksen päätavoitteista on ymmärtää paremmin proteiinin toimintaa ja lainattavissa olevia proteiiniverkostoja, kartoittaa proteiinimuunnelmien ja sairauksiin liittyvien proteiinimuutosten muuttuneita rakenteellisia vuorovaikutusominaisuuksia, auttaa suunnittelemaan ligandeja ja proteiineja (luotettavat peptidiaiheet). 1) Sairauksiin liittyvän proteiinin kemiallinen muuntaminen (esim. hapetus on DJ-1-proteiini, joka suojaa Parkinsonin tautia vastaan; pistemutaatiot, kun on kyse pseudouridiinin tuotannosta vastaavasta entsyymistä, joka osallistuu RNA-rakenteen hienosäätöön) ja niiden aiheuttamien rakenteellisten ja vuorovaikutuksen muutosten ymmärtäminen toiminnon rakenteellisten osien selventämiseksi. Lisäksi tavoitteenamme on tarjota tehokasta apua tiettyjen ligandien suunnittelussa (yhdessä erittäin läpäisevien menetelmien kanssa) ja kehittyneiden ligandien käytössä vaikuttavina aineehdokkaina tai molekyyliantureina (esim. DJ-1 ja D-aminohappooksidaasi). Hankittava diffraktometri kerää myös rutiininomaisesti korkealaatuisia mittaustietoja vähemmän dispergoituvista kiteistä, mikä nopeuttaa suunnitteluprosessia. 2) Immuunijärjestelmän epänormaalin aktivoitumisen spesifisellä estämisellä voidaan kehittää inhibiittorimolekyylejä, joita voidaan käyttää lääketieteessä tai aktivaatioreittien (esim. komplementtijärjestelmän) yksityiskohtaisemmassa tutkimisessa. Röntgendiffraktioinfrastruktuurin avulla haluamme ymmärtää näiden uusien proteiininestäjien molekyylien spesifisyyden ja valikoivuuden, jotka on kehitetty suuntaavalla evoluutiolla. 3) Proteiini-proteiinien yhteisvaikutukset ovat lääketieteellisesti merkittäviä, joille on ominaista erilaisten lainattavien motiivejen tunnustaminen, mikä vaikuttaa merkittävästi fysiologisiin prosesseihin vaikuttamalla useiden proteiinikumppaneiden toimintaan (esim. S100-proteiinit, jotka osallistuvat etäpesäkkeiseen tai MAP-kinaasiin, tyrosiinikinaasit, jotka ohjaavat solujen jakautumista ja signaalinsiirtoprosesseihin liittyviä prosesseja). Proteiinin lainattavissa olevien pintojen kemiallinen muutos (esim. fosforylaatio) on yleinen signaalinsiirtoprosessien säätelyssä, usein patologisten prosessien taustalla. 4) Itsejärjesteltyjen, multimeerejä tuottavien proteiinien tapauksessa, jotka erottavat kemiallisen reaktion, jonka ne katalysoivat ulkomaailmasta ontelojärjestelmällä, ja siten bioteknologisten sovellusten mahdollisia kohteita, tavoitteenamme on tunnistaa ja luonnehtia proteiinin itseorganisoinnille tärkeitä rakenteellisia yksityiskohtia (oligopeptidaaseja). 5) Määrittelemällä pienten molekyylien rakenteen yksi tavoitteistamme on molekyylien korkea tarkkuusmääritys, josta voimme päätellä reaktiivisuuden muutoksen yhdisteiden sarjassa biologisesti aktiivisten yhdisteiden tapauksessa (esim. ferroseenijohdannaiset, sytostaattinen vaikutus). 6) Valikoiva, Kiral tunnustus lainattavissa kumppanit on olennaista toiminnan biologisten järjestelmien. Bioaktiivisten molekyylien tuotannossa peilikuvaparien tehokas erottaminen (kierteinen erottaminen) on erittäin tärkeää, ja tehokkain menetelmä on yleensä kiteytyksen aiheuttama kiteytyminen kiinteässä faasissa. Toisaalta, geometriset ominaisuudet suuntaava vuorovaikutus ja muoto sovi, joilla on tärkeä rooli... (Finnish)
13 August 2022
0 references
A) cel nr 2 – Celem projektu jest promowanie krajowej chemii strukturalnej i badań strukturalnych biologicznych, wspieranie nowych, najnowocześniejszych działań w zakresie badań podstawowych i innowacji poprzez rozbudowę istniejącej infrastruktury dyfrakcji rentgenowskiej. Obecna infrastruktura składa się z wyposażonych laboratoriów krystalizujących, robota krystalizującego oraz przestarzałego dyfraktometru nadającego się do testowania struktury białek. Planowany rozwój, nabycie dyfraktometru z węzłem obrotowym i najnowocześniejszym hybrydowym wykrywaczem pikseli, umożliwiłoby rozszerzenie zakresu zastosowań za pomocą nowego urządzenia o wyjątkowej czułości na Węgrzech. Znaczenie badań dyfrakcji rentgenowskiej – dobrze uregulowana sieć interakcji cząsteczek odgrywa nieuniknioną rolę w funkcjonowaniu żywego organizmu, w tym interakcje i stałe lub przejściowe kompleksy białek ze sobą i z innymi cząsteczkami. Reprezentacja trójwymiarowa odgrywa ważną rolę w zrozumieniu tych procesów. Dyfrakcja rentgenowska – gdzie powodzenie pomiaru, zawartość informacji zmierzonych danych zależy zarówno od jakości badanego kryształu, jak i od najnowocześniejszego aparatu dyfrakcji, jest jednym z głównych narzędzi do badania przestrzennego cząsteczek, kompleksów molekularnych i interakcji w szczegółach atomowych. Punkty kontaktowe RESEARCH – Projekt skupia interdyscyplinarne badania, skupiające się na interakcjach międzycząsteczkowych, charakterystyce atomowej i projektowaniu wzorców interakcji przestrzennych w kompleksach białek i kryształach małych cząsteczek. Jednym z głównych celów naszych badań jest lepsze zrozumienie funkcji białek i pożyczonych sieci białek, mapowanie zmienionych właściwości strukturalnych interakcji wariantów białek i zmian białek związanych z chorobami, aby pomóc w projektowaniu ligandów i białek (wiarygodne motywy peptydowe). 1) Modyfikacja chemiczna białek związanych z chorobami (np. utlenianie to białko DJ-1 pełniące funkcję ochronną przeciwko chorobie Parkinsona; mutacje punktowe w przypadku enzymu odpowiedzialnego za wytwarzanie pseudouridyny biorącej udział w dostrojeniu struktury RNA) oraz zrozumienie wynikających z nich zmian strukturalnych i interakcji w celu wyjaśnienia elementów strukturalnych funkcji. Ponadto naszym celem jest zapewnienie skutecznej pomocy w projektowaniu określonych ligandów (w połączeniu z wysoce przepuszczalnymi metodami) oraz w stosowaniu zaawansowanych ligandów jako substancji czynnej lub czujników molekularnych (np. oksydazy DJ-1 i D-aminokwasów). Difraktometr, który ma być otrzymywany, zbiera również rutynowo wysokiej jakości dane pomiarowe z mniej rozproszonych kryształów, co przyspiesza proces projektowania. 2) Poprzez swoiste hamowanie nieprawidłowej aktywacji układu odpornościowego, można opracować cząsteczki inhibitorów, które mogą być stosowane w medycynie lub w bardziej szczegółowym badaniu ścieżek aktywacji (np. układu uzupełniającego). Dzięki infrastrukturze dyfrakcji rentgenowskiej chcemy zrozumieć specyficzność i selektywność tych nowych cząsteczek inhibitorów białek opracowanych z ewolucją kierunkową. 3) Pomiędzy schematami interakcji białkowo-białkowej, interakcje białek węzłowych są również istotne z medycznego punktu widzenia, które charakteryzują się rozpoznawaniem różnych użyczalnych motywów, co znacząco wpływa na procesy fizjologiczne poprzez wywieranie wpływu na działanie kilku partnerów białkowych (np. białka S100 biorące udział w przerzutach, kinazy MAP, kinazy tyrozyny kontrolujące podział komórek i procesy ruchu związane z procesami transmisji sygnału). Chemiczna zmiana powierzchni zapożyczalnych białek (np. fosforylacja) jest uniwersalna w regulacji procesów transmisji sygnału, często w tle procesów patologicznych. 4) W przypadku samoorganizowanych białek wytwarzających multimers, które oddzielają reakcję chemiczną od świata zewnętrznego za pomocą systemu jamy, a tym samym potencjalnych celów dla zastosowań biotechnologicznych, naszym celem jest zidentyfikowanie i scharakteryzowanie szczegółów strukturalnych istotnych dla samoorganizacji białek (oligopeptidases). 5) Definiując strukturę małych cząsteczek, jednym z naszych celów jest precyzyjne oznaczanie cząsteczek, z których możemy wywnioskować zmianę reaktywności w ramach szeregu związków w przypadku związków biologicznie aktywnych (np. pochodne ferrocenu, związki o działaniu cytostatycznym). 6) Wybiórcze, Kiral uznanie pożyczonych partnerów jest niezbędne w funkcjonowaniu systemów biologicznych. W produkcji bioaktywnych cząsteczek bardzo ważne jest zatem skuteczne rozdzielanie par obrazów lustrzanych (oddzielenie chiralne), których najskuteczniejszą metodą jest zwykle rozpoznawanie chiralne generowane przez krystalizacja w fazie stałej. Z drugiej strony, geometryczne cechy oddziaływań kierunkowych i dopasowanie kształtu, które odgrywają ważną rolę w... (Polish)
13 August 2022
0 references
A) DOELSTELLING Nr. 2 — Het doel van het project is het bevorderen van binnenlandse structurele chemie en structureel biologisch onderzoek, ter ondersteuning van de start van nieuwe baanbrekende fundamentele onderzoeks- en innovatieactiviteiten door uitbreiding van de bestaande Röntgenstraaldiffractie-infrastructuur. De huidige infrastructuur bestaat uit uitgeruste kristalliseerlaboratoria, kristalliseerrobot en een verouderde diffractometer die geschikt is voor het testen van de eiwitstructuur. De geplande ontwikkeling, de aanschaf van een diffractometer met een roterende annode en state-of-the-art hybride pixeldetector, zou het mogelijk maken om het toepassingsgebied uit te breiden met behulp van een nieuw apparaat met unieke gevoeligheid in Hongarije. Het belang van X-ray diffractieonderzoek — Het goed gereguleerde interactienetwerk van moleculen speelt een onvermijdelijke rol in de werking van het levende organisme, inclusief de interacties en permanente of voorbijgaande complexen van eiwitten met elkaar en met andere moleculen. Driedimensionale representatie speelt een belangrijke rol bij het begrijpen van deze processen. X-ray diffractie — waar het succes van de meting, het informatiegehalte van de gemeten gegevens afhankelijk is van zowel de kwaliteit van het geteste kristal als van de state-of-the-art van het diffractieapparaat, is een van de belangrijkste instrumenten voor het ruimtelijk onderzoek van moleculen, moleculaire complexen en interacties in atomair detail. De Focal Points of RESEARCH — Het project brengt interdisciplinair onderzoek samen, gericht op intertermoleculaire interacties, atomaire karakterisering en ontwerp van ruimtelijke interactiepatronen in eiwitcomplexen en kleine molecuulkristallen. Een van de belangrijkste doelstellingen van ons onderzoek is om de eiwitfunctie en leenbare eiwitnetwerken beter te begrijpen, de veranderde structuur-interactie-eigenschappen van eiwitvarianten en eiwitveranderingen in verband met ziekten in kaart te brengen, om liganden en eiwitten (liable peptide motieven) te helpen ontwerpen. 1) Chemische modificatie van eiwit gerelateerd aan ziekten (bv. oxidatie is het DJ-1-eiwit dat de beschermende functie tegen de ziekte van Parkinson vervult; puntmutaties in het geval van een enzym dat verantwoordelijk is voor de productie van pseudouridine betrokken bij het verfijnen van de RNA-structuur) en inzicht in de structurele en interactieverschuivingen die hieruit voortvloeien, om de structurele elementen van de functie te verduidelijken. Daarnaast is ons doel om effectieve hulp te bieden bij het ontwerpen van specifieke liganden (in combinatie met zeer doorlatende methoden) en bij het gebruik van geavanceerde liganden als werkzame stofkandidaten of moleculaire sensoren (bijv. DJ-1 en D-aminoacidoxidase). De te verkrijgen diffractometer verzamelt ook routinematig hoogwaardige meetgegevens van minder verspreide kristallen, waardoor het ontwerpproces wordt versneld. 2) Door specifieke remming van de abnormale activering van het immuunsysteem kunnen remmermoleculen worden ontwikkeld die in de geneeskunde of in een meer gedetailleerd onderzoek van activeringswegen (bv. complementsysteem) kunnen worden gebruikt. Met de X-ray diffractie-infrastructuur willen we de specificiteit en selectiviteit van deze nieuwe eiwitremmermoleculen begrijpen die ontwikkeld zijn met een gerichte evolutie. 3) Tussen eiwit-eiwitinteractiepatronen zijn de interacties van knoopproteïnen ook significant vanuit medisch oogpunt, die worden gekenmerkt door de erkenning van verschillende leenbare motieven, waardoor de fysiologische processen aanzienlijk worden beïnvloed door de werking van verschillende eiwitpartners te beïnvloeden (bv. S100-eiwitten die betrokken zijn bij metastases, of MAP-kinasen, tyrosinekinasen die celdeling en bewegingsprocessen regelen die betrokken zijn bij signaaltransmissieprocessen). De chemische verandering van eiwit leende oppervlakken (bv. fosforylatie) is universeel in de regulering van signaaltransmissie processen, vaak in de achtergrond van pathologische processen. 4) In het geval van zelfgeorganiseerde, multimers-genererende eiwitten die de chemische reactie die ze katalyseren van de buitenwereld scheiden door een holtesysteem, dus potentiële doelen voor biotechnologische toepassingen, is ons doel om structurele details te identificeren en te karakteriseren die belangrijk zijn voor eiwitzelforganisatie (oligopeptidases). 5) Door de structuur van kleine moleculen te definiëren, is een van onze doelen de hoge precisiebepaling van moleculen, waaruit we de verandering van reactiviteit binnen een reeks verbindingen kunnen afleiden in het geval van biologisch actieve verbindingen (bv. ferroceenderivaten, verbindingen met cytostatische werking). 6) De selectieve, Kiral erkenning van leenbare partners is essentieel in het functioneren van biologische systemen. Bij de productie van bioactieve moleculen is daarom effectieve scheiding van spiegelbeeldparen (chirale... (Dutch)
13 August 2022
0 references
A) CÍL č. 2 – Cílem projektu je podpořit domácí strukturální chemii a strukturální biologický výzkum, podpořit zahájení nových špičkových základních výzkumných a inovačních činností rozšířením stávající RTG difrakční infrastruktury. Současná infrastruktura se skládá z vybavených krystalizačních laboratoří, krystalizačního robota a zastaralého difraktometru vhodného pro testování struktury proteinů. Plánovaný vývoj, pořízení difraktometru s rotačním annodem a nejmodernějším detektorem hybridních pixelů by umožnil rozšířit škálu aplikací pomocí nového zařízení s jedinečnou citlivostí v Maďarsku. Význam výzkumu rentgenové difrakce – dobře regulovaná interakční síť molekul hraje nevyhnutelnou roli ve fungování živého organismu, včetně interakcí a trvalých nebo přechodných komplexů proteinů mezi sebou a s jinými molekulami. Trojrozměrné zastoupení hraje významnou úlohu při pochopení těchto procesů. Rentgenová difrakce – kde úspěch měření, informační obsah naměřených dat závisí jak na kvalitě zkoušeného krystalu, tak na stavu techniky difrakčního přístroje, je jedním z hlavních nástrojů pro prostorové zkoumání molekul, molekulárních komplexů a interakcí v atomových detailech. Kontaktní místa RESEARCH – Projekt spojuje interdisciplinární výzkum zaměřený na intermolekulární interakce, atomovou charakterizaci a návrh prostorových interakcí v proteinových komplexech a krystalech malých molekul. Jedním z hlavních cílů našeho výzkumu je lépe porozumět proteinové funkci a pronajímatelným proteinovým sítím, zmapovat změněné strukturálně-interakční vlastnosti proteinových variant a změn proteinů spojených s onemocněními, pomoci navrhnout ligandy a proteiny (spolehlivé peptidové motivy). 1) Chemická modifikace bílkovin souvisejících s nemocemi (např. oxidace je protein DJ-1, který plní ochrannou funkci proti Parkinsonově chorobě; bodové mutace v případě enzymu odpovědného za tvorbu pseudouridinu podílejícího se na doladění struktury RNA) a pochopení strukturálních a interakčních posunů, které z nich vyplývají, aby se objasnily strukturální prvky funkce. Kromě toho je naším cílem poskytnout účinnou pomoc při navrhování specifických ligandů (v kombinaci s vysoce propustnými metodami) a při používání pokročilých ligandů jako účinných látek nebo molekulárních senzorů (např. DJ-1 a D-aminokyselina oxidáza). Difraktometr, který má být získán, také běžně shromažďuje vysoce kvalitní údaje o měření z méně rozptýlených krystalů, což urychluje proces návrhu. 2) specifickou inhibicí abnormální aktivace imunitního systému mohou být vyvinuty molekuly inhibitorů, které mohou být použity v medicíně nebo při podrobnějším zkoumání aktivačních drah (např. komplementního systému). S rentgenovou difrakční infrastrukturou chceme pochopit specifičnost a selektivitu těchto nových proteinových inhibitorů vyvinutých s směrovou evolucí. 3) Mezi interakčními vzory proteinů a proteinů jsou interakce proteinů uzlu rovněž významné z lékařského hlediska, které jsou charakterizovány rozpoznáním různých půjčitelných motivů, čímž významně ovlivňují fyziologické procesy tím, že ovlivňují provoz několika proteinových partnerů (např. proteiny S100 zapojené do metastáz, nebo MAP kinázy, tyrosinkinázy, které řídí dělení buněk a pohybové procesy zapojené do procesů přenosu signálu). Chemická změna vypůjčitelných ploch proteinů (např. fosforylace) je univerzální v regulaci procesů přenosu signálu, často na pozadí patologických procesů. 4) V případě samoorganizovaných, multimers-generujících proteinů, které oddělují chemickou reakci, kterou katalyzují z vnějšího světa dutinovým systémem, tedy potenciálními cíli pro biotechnologické aplikace, naším cílem je identifikovat a charakterizovat strukturální detaily důležité pro samoorganizaci proteinů (oligopeptidázy). 5) definováním struktury malých molekul je jedním z našich cílů vysoká přesnost stanovení molekul, ze které můžeme odvodit změnu reaktivity v rámci řady sloučenin v případě biologicky aktivních sloučenin (např. ferocénových derivátů, sloučenin s cytostatickým účinkem). 6) Selektivní, Kiral uznání zapůjčených partnerů je zásadní pro fungování biologických systémů. Při výrobě bioaktivních molekul je proto velmi důležité účinné oddělení párů zrcadlových obrazů (chirální separace), jejichž nejúčinnější metodou je obvykle chirální rozpoznávání generované krystalizací v pevné fázi. Na druhé straně, geometrické vlastnosti směrových interakcí a tvar fit, které hrají důležitou roli v chirální rozpoznávání... (Czech)
13 August 2022
0 references
A) MĒRĶIS Nr. 2 — Projekta mērķis ir veicināt vietējo strukturālo ķīmiju un strukturālo bioloģisko pētniecību, atbalstīt jaunu progresīvu fundamentālu pētniecības un inovācijas darbību uzsākšanu, paplašinot esošo rentgena difrakcijas infrastruktūru. Pašreizējā infrastruktūra sastāv no aprīkotām kristalizācijas laboratorijām, kristalizācijas robota un novecojuša difraktometra, kas piemērots olbaltumvielu struktūras testēšanai. Plānotā izstrāde, difraktometra iegāde ar rotācijas annodu un modernu hibrīda pikseļu detektoru ļautu paplašināt lietojumu klāstu, izmantojot jaunu ierīci ar unikālu jutību Ungārijā. Rentgena difrakcijas pētījumu nozīme — labi regulētam molekulu mijiedarbības tīklam ir neizbēgama loma dzīvā organisma darbībā, ieskaitot mijiedarbību un pastāvīgus vai pārejošus olbaltumvielu kompleksus savā starpā un ar citām molekulām. Šo procesu izprašanā liela nozīme ir trīsdimensiju pārstāvībai. Rentgena difrakcija — kur mērījumu sekmes, izmērīto datu informācijas saturs ir atkarīgs gan no pārbaudītā kristāla kvalitātes, gan no difrakcijas aparāta jaunākajiem sasniegumiem, ir viens no galvenajiem instrumentiem molekulu, molekulāro kompleksu un mijiedarbības telpiskajai izmeklēšanai atomu detaļās. RESEARCH fokuspunkti — Projekts apvieno starpdisciplinārus pētījumus, koncentrējoties uz intermolekulāru mijiedarbību, atomu raksturojumu un telpiskās mijiedarbības modeļu izstrādi olbaltumvielu kompleksos un mazo molekulu kristālos. Viens no galvenajiem mūsu pētījumu mērķiem ir labāk izprast olbaltumvielu funkciju un aizdodamos proteīnu tīklus, kartēt mainītās olbaltumvielu variantu strukturālās mijiedarbības īpašības un olbaltumvielu izmaiņas, kas saistītas ar slimībām, lai palīdzētu izstrādāt ligandus un olbaltumvielas (liable peptīdu motīvi). 1) ar slimībām saistītā proteīna ķīmiskā modifikācija (piemēram, oksidācija ir DJ-1 proteīns, kas veic aizsargājošu funkciju pret Parkinsona slimību; punktveida mutācijas, ja ferments ir atbildīgs par pseudouridīna sintēzi, kas iesaistīts RNS struktūras precizēšanā), un izpratne par to izraisītajām strukturālajām un mijiedarbības maiņām, lai precizētu funkcijas strukturālos elementus. Turklāt mūsu mērķis ir sniegt efektīvu palīdzību specifisku ligandu izstrādē (kombinācijā ar ļoti caurlaidīgām metodēm) un progresīvu ligandu izmantošanā kā aktīvās vielas kandidāti vai molekulārie sensori (piemēram, DJ-1 un D-aminoskābes oksidāze). Iegūstamais difraktometrs arī regulāri vāc augstas kvalitātes mērījumu datus no mazāk izkliedētiem kristāliem, kas paātrina projektēšanas procesu. 2) Nomācot patoloģisku imūnsistēmas aktivāciju, var izstrādāt inhibitoru molekulas, kuras var izmantot medicīnā, vai detalizētāk pārbaudīt aktivācijas ceļus (piemēram, komplementu sistēmu). Ar rentgena difrakcijas infrastruktūru mēs vēlamies saprast šo jauno olbaltumvielu inhibitoru molekulu specifiku un selektivitāti, kas izstrādātas ar virziena evolūciju. 3) Starp olbaltumvielu un olbaltumvielu mijiedarbības modeļiem mezgla proteīnu mijiedarbība ir nozīmīga arī no medicīniskā viedokļa, ko raksturo dažādu aizdodamu motīvu atzīšana, tādējādi būtiski ietekmējot fizioloģiskos procesus, ietekmējot vairāku olbaltumvielu partneru darbību (piemēram, S100 olbaltumvielas, kas iesaistītas metastāzijā, vai MAP kināzes, tirozīnkināzes, kas kontrolē šūnu dalīšanos un kustības procesus, kas iesaistīti signālu pārraides procesos). Olbaltumvielu aizņemamo virsmu ķīmiskās izmaiņas (piemēram, fosforilācija) ir universālas signālu pārraides procesu regulēšanā, bieži patoloģisko procesu fonā. 4) Attiecībā uz pašorganizētiem, multimers ražojošiem proteīniem, kas atdala ķīmisko reakciju, ko tie katalizē no ārpasaules ar dobumu sistēmu, tādējādi potenciālie biotehnoloģiskie pielietojumi, mūsu mērķis ir identificēt un raksturot strukturālās detaļas, kas ir svarīgas olbaltumvielu pašorganizācijai (oligopeptidāzes). 5) Nosakot mazo molekulu struktūru, viens no mūsu mērķiem ir molekulu augstas precizitātes noteikšana, no kuras mēs varam secināt reaktivitātes maiņu vairākos savienojumos bioloģiski aktīvo savienojumu gadījumā (piemēram, ferocēna atvasinājumi, savienojumi ar citostatisku iedarbību). 6) Bioloģisko sistēmu darbībā būtiska nozīme ir selektīviem, Kiral atzītiem aizdodamiem partneriem. Tāpēc bioaktīvo molekulu ražošanā liela nozīme ir efektīvai spoguļattēla pāru atdalīšanai (hiral atdalīšanai), kuras visefektīvākā metode parasti ir kristalizācijas izraisītā hirāla atpazīšana cietā fāzē. No otras puses, ģeometriskās īpašības virziena mijiedarbības un formas fit, kas spēlē svarīgu lomu chiral recog... (Latvian)
13 August 2022
0 references
A) OBJECTIVE Uimh. 2 — Is é is aidhm don tionscadal ceimic struchtúrach intíre agus taighde struchtúrach bitheolaíoch a chur chun cinn, chun tacú le seoladh bunghníomhaíochtaí nua ceannródaíocha taighde agus nuálaíochta tríd an mbonneagar díraonta X-ghathaithe atá ann cheana a leathnú. Is éard atá sa bhonneagar atá ann faoi láthair saotharlanna crystallising feistithe, robot crystallising agus diffractometer as dáta oiriúnach le haghaidh tástála struchtúr próitéine. D’fhágfadh an fhorbairt atá beartaithe, diffractometer a fháil le annóid rothlach agus brathadóir picteilín hibrideach úrscothach, go bhféadfaí raon na bhfeidhmchlár a leathnú le cabhair ó ghléas nua le híogaireacht uathúil san Ungáir. An tábhacht a bhaineann le taighde díraonadh X-gha — Tá ról dosheachanta ag an líonra idirghníomhaíochta dea-rialáilte de mhóilíní i bhfeidhmiú an orgánaigh bheo, lena n-áirítear idirghníomhaíochtaí agus coimpléisc bhuana nó neamhbhuan próitéiní lena chéile agus le móilíní eile. Tá ról mór ag ionadaíocht tríthoiseach maidir leis na próisis seo a thuiscint. X-ghathaithe díraonadh — i gcás ina mbraitheann an rath a bhí ar an tomhas, an t-ábhar faisnéise na sonraí tomhaiste araon ar cháilíocht an criostail a thástáil agus ar an staid-de-aimseartha an gaireas díraonadh, ar cheann de na príomhuirlisí le haghaidh scrúdú spásúil móilíní, coimpléisc mhóilíneach agus idirghníomhaíochtaí i mion adamhach. Pointí Fócais RESEARCH — Tugann an tionscadal taighde idirdhisciplíneach le chéile, ag díriú ar idirghníomhaíochtaí idirmhóilíneacha, ar thréithriú adamhach agus ar dhearadh patrúin idirghníomhaíochta spásúla i gcoimpléisc próitéine agus i criostail móilín bheaga. Ceann de phríomhchuspóirí ár dtaighde is ea tuiscint níos fearr a fháil ar fheidhm próitéine agus ar líonraí próitéine iniasachtaithe, chun airíonna struchtúrtha athraitheacha próitéine agus athruithe próitéine a bhaineann le galair a mhapáil, chun cabhrú le ligands agus próitéiní a dhearadh (móitífeanna peptide inólta). 1) Modhnú ceimiceach ar phróitéin a bhaineann le galair (e.g. is ocsaídiú an próitéin DJ-1 a fheidhmíonn an fheidhm chosanta i gcoinne galar Parkinson; sócháin phointe i gcás einsíme atá freagrach as táirgeadh súnádúiríní a bhfuil baint aici le mionchoigeartú struchtúr RNA) agus tuiscint ar na haistrithe struchtúracha agus idirghníomhaíochta a eascraíonn astu sin, d’fhonn eilimintí struchtúracha na feidhme a shoiléiriú. Ina theannta sin, is é an aidhm atá againn ná cúnamh éifeachtach a sholáthar i ndearadh ligandaí sonracha (i gcomhar le modhanna an-tréscaoilteacha) agus in úsáid ligandaí chun cinn mar iarrthóirí substainte gníomhaí nó braiteoirí móilíneacha (e.g. DJ-1 agus D-aimínaigid oxidase). Bailíonn an diffractometer atá le fáil go rialta sonraí tomhais ardchaighdeáin ó chriostail níos lú scaipthe, rud a chuireann dlús leis an bpróiseas dearaidh. 2) Trí chosc ar leith ar ghníomhachtú neamhghnácha an chórais imdhíonachta, is féidir móilíní inhibitor is féidir a úsáid i leigheas nó i scrúdú níos mionsonraithe ar chonairí gníomhachtaithe (e.g. córas a chomhlánú) a fhorbairt. Leis an mbonneagar X-ghathaithe, ba mhaith linn tuiscint a fháil ar shainiúlacht agus roghnaíocht na móilíní inhibitor próitéine nua seo a forbraíodh le héabhlóid treorach. 3) Idir patrúin idirghníomhaíocht próitéine próitéine, tá idirghníomhaíochtaí próitéiní nód suntasach ó thaobh leighis de, arb iad is sainairíonna iad na cúiseanna iasachta éagsúla a aithint, rud a chuireann isteach go mór ar phróisis fhiseolaíocha trí thionchar a imirt ar oibriú comhpháirtithe próitéine éagsúla (e.g. próitéiní S100 a bhfuil baint acu le metastasis, nó kinases MAP, kinases tyrosine a rialaíonn deighilt cille agus próisis tairiscint a bhfuil baint acu le próisis tarchurtha comharthaí). Tá an t-athrú ceimiceach ar dhromchlaí in-iasachtaí próitéine (e.g. fosfarúchán) uilíoch maidir le próisis tarchurtha comharthaí a rialáil, go minic i gcúlra na bpróiseas paiteolaíoch. 4) I gcás próitéiní féin-eagraithe, il-ghinte a scarann an t-imoibriú ceimiceach a spreagann siad ón domhan lasmuigh trí chóras cavity, dá bhrí sin spriocanna féideartha le haghaidh feidhmeanna biteicneolaíochta, is é an aidhm atá againn sonraí struchtúracha a aithint agus a thréithriú atá tábhachtach d’fhéineagrú próitéine (oligopeptidases). 5) Trí struchtúr móilíní beaga a shainmhíniú, is é ceann dár spriocanna an cinneadh beachtais ard ar mhóilíní, as ar féidir linn an t-athrú imoibríochta a bhaint amach laistigh de shraith comhdhúile i gcás comhdhúile atá gníomhach go bitheolaíoch (e.g. díorthaigh ferrocene, comhdhúile le gníomh cytostatic). 6) Roghnach, aitheantas Kiral comhpháirtithe ar iasacht riachtanach i bhfeidhmiú na gcóras bitheolaíochta. I dtáirgeadh móilíní bithghníomhacha, dá bhrí sin, tá tábhacht mhór ag baint le scaradh éifeachtach na bpéirí íomhá scátháin (idirscaradh ciseal), is é an modh is éifeachtaí an t-aitheantas ciral a ghintear trí chriostalú sa chéim sholadach. Ar an láimh eile, na saintréithe ge... (Irish)
13 August 2022
0 references
A) CILJ št. 2 – Cilj projekta je spodbujanje domače strukturne kemije in strukturnih bioloških raziskav, podpora zagonu novih vrhunskih temeljnih raziskovalnih in inovacijskih dejavnosti z razširitvijo obstoječe rentgenske difrakcijske infrastrukture. Trenutno infrastrukturo sestavljajo opremljeni kristalizacijski laboratoriji, kristalizacijski robot in zastarel difraktometer, primeren za testiranje strukture beljakovin. Načrtovani razvoj, nakup difraktometra z rotacijskim annodo in najsodobnejšim hibridnim detektorjem slikovnih pik, bi omogočil razširitev področja uporabe s pomočjo nove naprave z edinstveno občutljivostjo na Madžarskem. Pomen raziskav rentgenske difrakcije – dobro regulirana interakcijska mreža molekul igra neizogibno vlogo pri delovanju živega organizma, vključno z interakcijami in trajnimi ali prehodnimi kompleksi beljakovin med seboj in z drugimi molekulami. Tridimenzionalna zastopanost ima pomembno vlogo pri razumevanju teh procesov. Rentgenska difrakcija – kjer je uspeh meritve, vsebina informacij izmerjenih podatkov odvisna tako od kakovosti testiranega kristala kot od najsodobnejšega difrakcijskega aparata, je eno od glavnih orodij za prostorsko preučevanje molekul, molekulskih kompleksov in interakcij v atomskih podrobnostih. Focal Points of RESEARCH – Projekt združuje interdisciplinarne raziskave, ki se osredotočajo na interolekularne interakcije, atomsko karakterizacijo in oblikovanje prostorskih interakcijskih vzorcev v beljakovinskih kompleksih in majhnih molekulskih kristalih. Eden od glavnih ciljev naših raziskav je boljše razumevanje beljakovinske funkcije in izposojenih beljakovinskih mrež, kartiranje spremenjenih strukturno-interakcijskih lastnosti proteinskih variant in beljakovinskih sprememb, povezanih z boleznimi, za pomoč pri oblikovanju ligandov in beljakovin (zanesljivi peptidni motivi). 1) Kemijska modifikacija beljakovin, povezanih z boleznimi (npr. oksidacija je beljakovina DJ-1, ki opravlja zaščitno funkcijo proti Parkinsonovi bolezni; točkovne mutacije v primeru encima, odgovornega za proizvodnjo psevdouridina, ki sodeluje pri natančnem uravnavanju RNK strukture) ter razumevanje strukturnih in interakcijskih premikov, ki izhajajo iz njih, da se pojasnijo strukturni elementi funkcije. Poleg tega je naš cilj zagotoviti učinkovito pomoč pri oblikovanju posebnih ligandov (v kombinaciji z visokoprepustnimi metodami) in pri uporabi naprednih ligandov kot kandidatov za aktivno snov ali molekularnih senzorjev (npr. DJ-1 in D-aminoacid oksidaza). Difraktometer, ki ga je treba pridobiti, prav tako redno zbira visokokakovostne merilne podatke iz manj razpršenih kristalov, kar pospeši proces načrtovanja. 2) S specifičnim zaviranjem nenormalne aktivacije imunskega sistema se lahko razvijejo inhibitorne molekule, ki se lahko uporabljajo v medicini ali pri podrobnejšem pregledu aktivacijskih poti (npr. sistem komplementa). Z rentgensko difrakcijsko infrastrukturo želimo razumeti specifičnost in selektivnost teh novih molekul zaviralcev beljakovin, razvitih z usmerjenim razvojem. 3) Med vzorci interakcij med beljakovinami in beljakovinami so interakcije proteinov vozlišč pomembne tudi z medicinskega vidika, za katere je značilno prepoznavanje različnih izposoljivih motivov, kar znatno vpliva na fiziološke procese z vplivanjem na delovanje več proteinskih partnerjev (npr. beljakovine S100, ki so vključene v metastazo, ali MAP kinaze, tirozin kinaze, ki nadzorujejo delitev celic in procese gibanja, ki sodelujejo pri procesih prenosa signalov). Kemična sprememba izposojenih površin beljakovin (npr. fosforilacija) je univerzalna pri regulaciji procesov prenosa signalov, pogosto v ozadju patoloških procesov. 4) V primeru samoorganiziranih, multimerov generirajočih beljakovin, ki ločujejo kemično reakcijo, ki jo katalizirajo od zunanjega sveta s sistemom votline, in s tem potencialne cilje za biotehnološke aplikacije, je naš cilj opredeliti in opredeliti strukturne podrobnosti, pomembne za samoorganizacijo beljakovin (oligopeptidaze). 5) Z opredelitvijo strukture majhnih molekul je eden od naših ciljev visoka natančnost določanja molekul, iz katere lahko sklepamo spremembo reaktivnosti znotraj serije spojin v primeru biološko aktivnih spojin (npr. derivati ferocena, spojine s citostatičnim delovanjem). 6) Selektivno, Kiralsko priznanje izposojenih partnerjev je bistvenega pomena za delovanje bioloških sistemov. Pri proizvodnji bioaktivnih molekul je zato zelo pomembno učinkovito ločevanje zrcalnih parov slik (hiralna ločitev), katerega najučinkovitejša metoda je običajno kiralno prepoznavanje, ki ga ustvari kristalizacija v trdni fazi. Po drugi strani pa se ujemajo geometrijske značilnosti usmerjenih interakcij in oblik, ki igrajo pomembno vlogo pri kiralnih rekonstrukcijah... (Slovenian)
13 August 2022
0 references
A) OBJETIVO N.º 2 — El objetivo del proyecto es promover la química estructural doméstica y la investigación biológica estructural, apoyar el lanzamiento de nuevas actividades de investigación e innovación básicas de vanguardia mediante la ampliación de la infraestructura de difracción de rayos X existente. La infraestructura actual consiste en laboratorios de cristalización equipados, robot de cristalización y un diffracómetro anticuado adecuado para pruebas de estructura de proteínas. El desarrollo previsto, la adquisición de un difractómetro con un annodo rotativo y un detector híbrido de píxeles de última generación permitiría ampliar la gama de aplicaciones con la ayuda de un nuevo dispositivo con sensibilidad única en Hungría. La importancia de las investigaciones de difracción de rayos X — La red de interacción bien regulada de moléculas juega un papel inevitable en el funcionamiento del organismo vivo, incluyendo las interacciones y los complejos permanentes o transitorios de proteínas entre sí y con otras moléculas. La representación tridimensional desempeña un papel importante en la comprensión de estos procesos. Difracción de rayos X — donde el éxito de la medición, el contenido de información de los datos medidos depende tanto de la calidad del cristal probado como del estado de la técnica del aparato de difracción, es una de las principales herramientas para el examen espacial de moléculas, complejos moleculares e interacciones en detalle atómico. Los Puntos Focales de INVESTIGACIÓN — El proyecto reúne la investigación interdisciplinaria, centrándose en las interacciones intermoleculares, la caracterización atómica y el diseño de patrones de interacción espacial en complejos de proteínas y pequeños cristales de moléculas. Uno de los principales objetivos de nuestra investigación es comprender mejor la función proteica y las redes proteicas prestables, mapear las propiedades estructurales-interacción alteradas de las variantes proteicas y los cambios proteicos asociados con las enfermedades, para ayudar a diseñar ligandos y proteínas (motivos de péptidos confiables). 1) Modificación química de la proteína relacionada con enfermedades (por ejemplo, la oxidación es la proteína DJ-1 que realiza la función protectora contra la enfermedad de Parkinson; mutaciones puntuales en el caso de una enzima responsable de la producción de pseudouridina involucrada en el ajuste de la estructura del ARN) y comprensión de los cambios estructurales y de interacción resultantes de estos, con el fin de aclarar los elementos estructurales de la función. Además, nuestro objetivo es proporcionar asistencia eficaz en el diseño de ligandos específicos (en combinación con métodos altamente permeables) y en el uso de ligandos avanzados como candidatos a sustancias activas o sensores moleculares (por ejemplo, DJ-1 y D-aminoácido oxidasa). El difractómetro a obtener también recopila de forma rutinaria datos de medición de alta calidad de cristales menos dispersos, lo que acelera el proceso de diseño. 2) Mediante la inhibición específica de la activación anormal del sistema inmunitario, se pueden desarrollar moléculas inhibidoras que pueden utilizarse en medicina o en un examen más detallado de las vías de activación (por ejemplo, el sistema de complemento). Con la infraestructura de difracción de rayos X, queremos entender la especificidad y selectividad de estas nuevas moléculas inhibidoras de proteínas desarrolladas con evolución direccional. 3) Entre los patrones de interacción proteína-proteína, las interacciones de las proteínas de los ganglios también son significativas desde el punto de vista médico, que se caracterizan por el reconocimiento de diversos motivos prestables, afectando significativamente los procesos fisiológicos al influir en el funcionamiento de varios socios proteicos (por ejemplo, proteínas S100 involucradas en metástasis, o MAP quinasas, tirosina quinasas que controlan la división celular y los procesos de movimiento involucrados en los procesos de transmisión de señales). El cambio químico de las superficies prestables de proteínas (por ejemplo, la fosforilación) es universal en la regulación de los procesos de transmisión de señales, a menudo en el fondo de los procesos patológicos. 4) En el caso de las proteínas autoorganizadas y generadoras de múltiplos que separan la reacción química que catalizan del mundo exterior por un sistema de cavidades, por lo tanto, potenciales objetivos para aplicaciones biotecnológicas, nuestro objetivo es identificar y caracterizar detalles estructurales importantes para la autoorganización de proteínas (oligopeptidases). 5) Al definir la estructura de moléculas pequeñas, uno de nuestros objetivos es la determinación de alta precisión de las moléculas, de la cual podemos inferir el cambio de reactividad dentro de una serie de compuestos en el caso de compuestos biológicamente activos (por ejemplo, derivados del ferroceno, compuestos con acción citostática). 6) El... (Spanish)
13 August 2022
0 references
A) ОВЕКТИВА № 2 — Целта на проекта е да насърчи вътрешната структурна химия и структурните биологични изследвания, да подкрепи стартирането на нови авангардни фундаментални научноизследователски и иновационни дейности чрез разширяване на съществуващата инфраструктура за дифракция на рентгенови лъчи. Настоящата инфраструктура се състои от оборудвани кристализиращи лаборатории, кристализиращ робот и остарял дифрактометър, подходящ за тестване на протеиновата структура. Планираното разработване, придобиването на дифрактометър с въртяща се анода и най-съвременния хибриден пиксел детектор, би позволило да се разшири обхватът на приложенията с помощта на ново устройство с уникална чувствителност в Унгария. Значението на рентгеновите дифракционни изследвания — добре регулираната мрежа за взаимодействие от молекули играе неизбежна роля във функционирането на живия организъм, включително взаимодействията и постоянните или преходни комплекси от протеини един с друг и с други молекули. Триизмерното представяне играе важна роля за разбирането на тези процеси. Рентгенова дифракция — където успехът на измерването, информационното съдържание на измерените данни зависи както от качеството на тествания кристал, така и от състоянието на апарата за дифракция, е един от основните инструменти за пространствено изследване на молекули, молекулярни комплекси и взаимодействия в атомен детайл. Фокусните точки на RESEARCH — Проектът обединява интердисциплинарни изследвания, фокусирани върху интермолекулярни взаимодействия, атомно характеризиране и проектиране на модели на пространствено взаимодействие в протеинови комплекси и малки молекули кристали. Една от основните цели на нашето изследване е да разберем по-добре протеиновата функция и протеиновите мрежи, които могат да бъдат използвани, да картографираме променените свойства на структурно-взаимодействието на протеиновите варианти и протеиновите промени, свързани със заболяванията, да помогнем за проектирането на лиганди и протеини (отговорни пептидни мотиви). 1) Химична модификация на протеин, свързан със заболявания (напр. окисляването е DJ-1 протеин, който изпълнява защитната функция срещу болестта на Паркинсон; точкови мутации в случай на ензим, отговорен за производството на псевдууридин, участващ в финото регулиране на структурата на РНК) и разбиране на структурните и взаимодействията, произтичащи от тях, за да се изяснят структурните елементи на функцията. Освен това нашата цел е да предоставим ефективна помощ при проектирането на специфични лиганди (в комбинация с високопропускливи методи) и при използването на усъвършенствани лиганди като кандидати за активно вещество или молекулярни сензори (напр. DJ-1 и D-аминокиселиен оксидаза). Дифрактометърът, който трябва да се получи, също редовно събира висококачествени измервателни данни от по-малко диспергиращи кристали, което ускорява процеса на проектиране. 2) Чрез специфично инхибиране на абнормното активиране на имунната система могат да бъдат разработени инхибиторни молекули, които могат да се използват в медицината или при по-подробно изследване на пътищата за активиране (напр. комплементарна система). С рентгеновата дифракционна инфраструктура искаме да разберем спецификата и селективността на тези нови протеинови инхибиторни молекули, разработени с насочена еволюция. 3) Между моделите на взаимодействие протеин-протеин, взаимодействията на възли протеини също са значителни от медицинска гледна точка, които се характеризират с разпознаване на различни мотиви, които могат да бъдат използвани, като по този начин значително засягат физиологичните процеси чрез влияние върху работата на няколко протеинови партньори (напр. S100 протеини, участващи в метастаза, или MAP кинази, тирозин кинази, които контролират процесите на делене на клетките и движение, участващи в процесите на предаване на сигнала). Химическата промяна на повърхностите, които могат да се използват на протеин (напр. фосфорилиране), е универсална в регулирането на процесите на предаване на сигнали, често на фона на патологични процеси. 4) В случай на самоорганизирани, мултимерни генериращи протеини, които отделят химическата реакция, която катализират от външния свят чрез кухина система, като по този начин потенциални цели за биотехнологични приложения, нашата цел е да идентифицираме и характеризираме структурните детайли, важни за самоорганизацията на протеините (олигопептидази). 5) Чрез определянето на структурата на малките молекули, една от нашите цели е определянето на молекулите с висока точност, от което можем да изведем промяната на реактивността в редица съединения в случай на биологично активни съединения (напр. фероценови производни, съединения с цитостатично действие). 6) Селективен, Kiral признаване на заемодатели е от съществено значение за функционирането на биологичните системи. Следователно при производството на биоактивни молекули ефективното разделяне на двойките огледални изображения (хирално разделяне) е от голямо значение, най-ефективният ... (Bulgarian)
13 August 2022
0 references
A) L-GĦAN Nru 2 — L-għan tal-proġett huwa li jippromwovi l-kimika strutturali domestika u r-riċerka bijoloġika strutturali, li jappoġġja t-tnedija ta’ attivitajiet ġodda ta’ riċerka bażika u innovazzjoni billi jespandi l-infrastruttura eżistenti tad-diffrazzjoni bir-raġġi X. L-infrastruttura attwali tikkonsisti f’laboratorji mgħammra ta’ kristallizzazzjoni, robot kristallizzanti u diffrattometru antikwattiku adattat għall-ittestjar tal-istruttura tal-proteini. L-iżvilupp ippjanat, l-akkwist ta’ diffractometer b’annodu rotatorju u ditekter tal-pixel ibridu l-aktar avvanzat, jagħmilha possibbli li tiġi estiża l-firxa ta’ applikazzjonijiet bl-għajnuna ta’ apparat ġdid b’sensittività unika fl-Ungerija. L-importanza tar-riċerki dwar id-diffrazzjoni tar-raġġi X — In-netwerk ta’ interazzjoni regolat tajjeb tal-molekuli għandu rwol inevitabbli fil-funzjonament tal-organiżmu ħaj, inklużi l-interazzjonijiet u l-kumplessi permanenti jew tranżitorji ta’ proteini ma’ xulxin u ma’ molekuli oħra. Ir-rappreżentazzjoni tridimensjonali għandha rwol ewlieni fil-fehim ta’ dawn il-proċessi. Diffrazzjoni tar-raġġi X — fejn is-suċċess tal-kejl, il-kontenut ta ‘informazzjoni tad-data mkejla jiddependi kemm fuq il-kwalità tal-kristall ittestjat kif ukoll fuq l-istat tal-arti tal-apparat tad-diffrazzjoni, hija waħda mill-għodod ewlenin għall-eżami spazjali ta’ molekuli, kumplessi molekulari u interazzjonijiet fid-dettall atomiku. Il-Punti Fokali ta’ RESEARCH — Il-proġett jiġbor flimkien riċerka interdixxiplinari, li tiffoka fuq interazzjonijiet intermolekulari, karatterizzazzjoni atomika u disinn ta’ xejriet ta’ interazzjoni spazjali fil-kumplessi ta’ proteini u kristalli żgħar ta’ molekula. Wieħed mill-għanijiet ewlenin tar-riċerka tagħna huwa li nifhmu aħjar il-funzjoni tal-proteini u n-netwerks tal-proteini li jistgħu jiġu mislufa, li nimmappjaw il-proprjetajiet mibdula tal-interazzjoni strutturali tal-varjanti tal-proteini u l-bidliet fil-proteini assoċjati mal-mard, biex jgħinu fit-tfassil tal-ligandi u l-proteini (motifi tal-peptide li jistgħu jintużaw). 1) Modifika kimika tal-proteina relatata mal-mard (eż. l-ossidazzjoni hija l-proteina DJ-1 li twettaq il-funzjoni protettiva kontra l-marda ta’ Parkinson; mutazzjonijiet ta’ punt fil-każ ta’ enzima responsabbli għall-produzzjoni ta’ pseudouridine involuta fl-irfinar tal-istruttura RNA) u l-fehim taċ-ċaqliq strutturali u ta’ interazzjoni li jirriżulta minn dawn, sabiex jiġu ċċarati l-elementi strutturali tal-funzjoni. Barra minn hekk, l-għan tagħna huwa li nipprovdu assistenza effettiva fit-tfassil ta’ ligandi speċifiċi (flimkien ma’ metodi permeabbli ħafna) u fl-użu ta’ ligandi avvanzati bħala sustanzi kandidati jew sensuri molekulari (eż. DJ-1 u D-aminoacid oxidase). Id-difraktometru li għandu jinkiseb regolarment jiġbor ukoll data ta’ kejl ta’ kwalità għolja minn kristalli li jferrxu inqas, li jħaffef il-proċess tad-disinn. 2) Permezz ta’ inibizzjoni speċifika tal-attivazzjoni anormali tas-sistema immunitarja, jistgħu jiġu żviluppati molekuli tal-inibituri li jistgħu jintużaw fil-mediċina jew f’eżami aktar dettaljat tar-rotot ta’ attivazzjoni (eż. sistema komplementari). Bl-infrastruttura tad-diffrazzjoni tar-raġġi X, irridu nifhmu l-ispeċifiċità u s-selettività ta ‘dawn il-molekuli ġodda tal-inibitur tal-proteina żviluppati b’evoluzzjoni direzzjonali. 3) Bejn il-mudelli ta’ interazzjoni bejn il-proteini u l-proteini, l-interazzjonijiet tal-proteini tal-glandoli huma wkoll sinifikanti mil-lat mediku, li huma kkaratterizzati mir-rikonoxximent ta’ diversi motivi li jistgħu jiġu mislufa, u b’hekk jaffettwaw b’mod sinifikanti l-proċessi fiżjoloġiċi billi jinfluwenzaw l-operazzjoni ta’ diversi msieħba tal-proteini (eż. proteini S100 involuti fil-metastasi, jew kinasi MAP, tyrosine kinases li jikkontrollaw id-diviżjoni taċ-ċelloli u l-proċessi tal-moviment involuti fil-proċessi tat-trażmissjoni tas-sinjali). Il-bidla kimika tas-superfiċji li jistgħu jiġu mislufa bil-proteini (eż. il-fosforilazzjoni) hija universali fir-regolamentazzjoni tal-proċessi tat-trażmissjoni tas-sinjali, ħafna drabi fl-isfond ta’ proċessi patoloġiċi. 4) Fil-każ ta ‘awto-organizzati, multimers-ġenerazzjoni proteini li jisseparaw ir-reazzjoni kimika li jikkatalizza mid-dinja ta’ barra minn sistema kavità, b’hekk miri potenzjali għall-applikazzjonijiet bijoteknoloġiċi, l-għan tagħna huwa li jidentifikaw u jikkaratterizzaw dettalji strutturali importanti għall-awto-organizzazzjoni tal-proteina (oligopeptidases). 5) Billi niddefinixxu l-istruttura ta’ molekuli żgħar, wieħed mill-għanijiet tagħna huwa d-determinazzjoni ta’ preċiżjoni għolja tal-molekuli, li minnhom nistgħu nidduċu l-bidla tar-reattività fi ħdan serje ta’ komposti fil-każ ta’ komposti bijoloġikament attivi (eż. derivattivi tal-ferroċen, komposti b’azzjoni ċitostatika). 6) Selettiv, ir-rikonoxximent Kiral tal-imsieħba li jistgħu jiġu mislufa huwa essenzjali fil-funzjonament tas-sistemi bijoloġiċi. Fil-produzzjoni ta ‘molekuli bijoattivi, għalhe... (Maltese)
13 August 2022
0 references
A) OBJETIVO n.º 2 — O objetivo do projeto é promover a química estrutural interna e a investigação biológica estrutural, apoiar o lançamento de novas atividades básicas de investigação e inovação de ponta através da expansão da infraestrutura de difração de raios X existente. A infraestrutura atual consiste em laboratórios de cristalização equipados, robô de cristalização e um difratômetro desatualizado adequado para testes de estrutura proteica. O desenvolvimento planeado, a aquisição de um difratômetro com um annodo rotativo e um detetor de pixels híbridos de última geração, permitiria alargar a gama de aplicações com a ajuda de um novo dispositivo com sensibilidade única na Hungria. A importância das pesquisas de difração de raios X — A rede de interação bem regulada de moléculas desempenha um papel inevitável no funcionamento do organismo vivo, incluindo as interações e complexos permanentes ou transitórios de proteínas entre si e com outras moléculas. A representação tridimensional desempenha um papel importante na compreensão desses processos. Difração de raios X — onde o sucesso da medição, o conteúdo de informação dos dados medidos depende tanto da qualidade do cristal testado quanto do estado da arte do aparelho de difração, é uma das principais ferramentas para o exame espacial de moléculas, complexos moleculares e interações em pormenores atômicos. The Focal Points of RESEARCH — O projeto reúne pesquisas interdisciplinares, com foco em interações intermoleculares, caracterização atômica e design de padrões de interação espacial em complexos proteicos e cristais de moléculas pequenas. Um dos principais objetivos de nossa pesquisa é compreender melhor a função proteica e redes proteicas emprestadas, mapear as propriedades de interação estrutural alteradas de variantes proteicas e alterações proteicas associadas a doenças, para ajudar a projetar ligantes e proteínas (motivos peptídeos fiáveis). 1) Modificação química de proteínas relacionadas a doenças (por exemplo, oxidação é a proteína DJ-1 que executa a função protetora contra a doença de Parkinson; mutações pontuais no caso de uma enzima responsável pela produção de pseudouridina envolvida no ajuste fino da estrutura do RNA) e compreensão das mudanças estruturais e de interação resultantes destas, a fim de esclarecer os elementos estruturais da função. Além disso, o nosso objetivo é prestar assistência eficaz na conceção de ligantes específicos (em combinação com métodos altamente permeáveis) e na utilização de ligantes avançados como substâncias ativas candidatas ou sensores moleculares (por exemplo, DJ-1 e D-aminoácido oxidase). O difratômetro a ser obtido também coleta rotineiramente dados de medição de alta qualidade de cristais menos dispersos, o que acelera o processo de design. 2) Por inibição específica da ativação anormal do sistema imunológico, moléculas inibidoras que podem ser usadas em medicina ou em um exame mais detalhado de vias de ativação (por exemplo, sistema de complemento) podem ser desenvolvidas. Com a infraestrutura de difração de raios X, queremos entender a especificidade e seletividade dessas novas moléculas inibidoras de proteínas desenvolvidas com evolução direcional. 3) Entre padrões de interação proteína-proteína, as interações das proteínas nódicas também são significativas do ponto de vista médico, que são caracterizadas pelo reconhecimento de vários motivos emprestados, afetando significativamente os processos fisiológicos, influenciando a operação de vários parceiros proteicos (por exemplo, proteínas S100 envolvidas em metástases, ou MAP quinases, tirosina quinases que controlam a divisão telemóvel e processos de movimento envolvidos nos processos de transmissão de sinais). A mudança química de superfícies proteicas mutáveis (por exemplo, fosforilação) é universal na regulação dos processos de transmissão de sinais, muitas vezes no contexto de processos patológicos. 4) No caso de proteínas auto-organizadas e geradoras de multímeros que separam a reação química que catalisam do mundo exterior por um sistema de cavidades, alvos potenciais para aplicações biotecnológicas, nosso objetivo é identificar e caracterizar pormenores estruturais importantes para a auto-organização de proteínas (oligopeptidases). 5) Ao definir a estrutura de pequenas moléculas, um dos nossos objetivos é a determinação de alta precisão das moléculas, a partir das quais podemos inferir a mudança de reatividade dentro de uma série de compostos no caso de compostos biologicamente ativos (por exemplo, derivados de ferroceno, compostos com ação citostática). 6) Seletivo, o reconhecimento Kiral de parceiros emprestados é essencial no funcionamento dos sistemas biológicos. Na produção de moléculas bioativas, portanto, a separação efetiva de pares de imagens espelhadas (separação quiral) é de grande importância, cujo método mais eficaz é geralmente o reconhecimento quiral gerado pela cristalização na fase sólida. Por outro lado, as característica... (Portuguese)
13 August 2022
0 references
A) MÅL nr. 2 — Formålet med projektet er at fremme indenlandsk strukturel kemi og strukturel biologisk forskning for at støtte lanceringen af nye banebrydende grundforsknings- og innovationsaktiviteter ved at udvide den eksisterende røntgendiffraktionsinfrastruktur. Den nuværende infrastruktur består af udstyrede krystalliseringslaboratorier, krystalliserende robot og et forældet diffraktometer, der egner sig til test af proteinstruktur. Den planlagte udvikling, erhvervelsen af et diffraktometer med en roterende annode og state-of-the-art hybrid pixeldetektor, vil gøre det muligt at udvide anvendelsesområdet ved hjælp af en ny anordning med unik følsomhed i Ungarn. Betydningen af røntgendiffraktionsundersøgelser — Det velregulerede interaktionsnetværk af molekyler spiller en uundgåelig rolle i den levende organismes funktion, herunder interaktioner og permanente eller forbigående komplekser af proteiner med hinanden og med andre molekyler. Tredimensionel repræsentation spiller en vigtig rolle i forståelsen af disse processer. Røntgendiffraktion — hvor succesen med målingen, informationsindholdet af de målte data afhænger både af kvaliteten af den testede krystal og af den nyeste diffraktionsapparat, er et af de vigtigste værktøjer til rumlig undersøgelse af molekyler, molekylære komplekser og interaktioner i atomdetaljer. Focal Points of RESEARCH — Projektet samler tværfaglig forskning med fokus på intermolekulære interaktioner, atomkarakterisering og design af rumlige interaktionsmønstre i proteinkomplekser og små molekylekrystaller. Et af hovedformålene med vores forskning er bedre at forstå proteinfunktion og lånbare proteinnetværk, at kortlægge de ændrede strukturelle interaktionsegenskaber af proteinvarianter og proteinændringer forbundet med sygdomme, for at hjælpe med at designe ligander og proteiner (pålidelige peptidmotiver). 1) Kemisk modifikation af protein relateret til sygdomme (f.eks. oxidation er DJ-1 proteinet, der udfører den beskyttende funktion mod Parkinsons sygdom; punktmutationer i tilfælde af et enzym, der er ansvarligt for produktionen af pseudouridin involveret i finjustering af RNA-strukturen) og forståelsen af de strukturelle og interaktionsforskydninger, der følger af disse, for at afklare de strukturelle elementer i funktionen. Derudover er vores mål at yde effektiv bistand i udformningen af specifikke ligander (i kombination med meget gennemtrængelige metoder) og i brugen af avancerede ligander som aktive stofkandidater eller molekylære sensorer (f.eks. DJ-1 og D-aminosyreoxidase). Det diffraktometer, der skal opnås, indsamler også rutinemæssigt måledata af høj kvalitet fra mindre spredte krystaller, hvilket fremskynder designprocessen. 2) Ved specifik hæmning af den unormale aktivering af immunsystemet kan der udvikles inhibitormolekyler, der kan anvendes i medicin eller i en mere detaljeret undersøgelse af aktiveringsveje (f.eks. komplementsystem). Med røntgendiffraktionsinfrastrukturen ønsker vi at forstå specificiteten og selektiviteten af disse nye proteinhæmmermolekyler, der er udviklet med retningsbestemt udvikling. 3) Mellem protein-protein interaktionsmønstre er interaktionerne mellem knudeproteiner også signifikante ud fra et medicinsk synspunkt, som er kendetegnet ved anerkendelse af forskellige belånbare motiver, hvilket i væsentlig grad påvirker fysiologiske processer ved at påvirke driften af flere proteinpartnere (f.eks. S100-proteiner, der er involveret i metastase, eller MAP-kinaser, tyrosinkinaser, der styrer celledeling og bevægelsesprocesser, der er involveret i signaltransmissionsprocesser). Den kemiske ændring af proteinlånbare overflader (f.eks. phosphorylation) er universel i reguleringen af signaltransmissionsprocesser, ofte på baggrund af patologiske processer. 4) I tilfælde af selvorganiserede, multimers-genererende proteiner, der adskiller den kemiske reaktion de katalysere fra omverdenen ved et hulrum system, dermed potentielle mål for bioteknologiske anvendelser, vores mål er at identificere og karakterisere strukturelle detaljer vigtige for protein selvorganisation (oligopeptidaser). 5) Ved at definere strukturen af små molekyler er et af vores mål bestemmelse af molekyler med høj præcision, hvorfra vi kan udlede ændringen af reaktivitet i en række forbindelser i tilfælde af biologisk aktive forbindelser (f.eks. ferrocenderivater, forbindelser med cytostatisk virkning). 6) Selektiv, Kiral anerkendelse af lånbare partnere er afgørende for driften af biologiske systemer. I produktionen af bioaktive molekyler er en effektiv adskillelse af spejlbilledepar (chiral separation) af stor betydning, hvoraf den mest effektive metode er den chiral genkendelse, der genereres ved krystallisering i den faste fase. På den anden side, de geometriske egenskaber af retningsbestemte interaktioner og form fit, som spiller en vigtig rolle i chiral anerkendelse... (Danish)
13 August 2022
0 references
A) OBJECTIVE Nr. 2 – Scopul proiectului este de a promova chimia structurală internă și cercetarea biologică structurală, de a sprijini lansarea unor noi activități de cercetare și inovare de bază de vârf prin extinderea infrastructurii existente de difracție cu raze X. Infrastructura actuală constă în laboratoare de cristalizare echipate, robot de cristalizare și un difractometru învechit, adecvat pentru testarea structurii proteice. Dezvoltarea planificată, achiziționarea unui diffractometru cu annod rotativ și detector hibrid de pixeli de ultimă generație, ar face posibilă extinderea gamei de aplicații cu ajutorul unui nou dispozitiv cu sensibilitate unică în Ungaria. Importanța cercetărilor de difracție cu raze X – Rețeaua de interacțiune bine reglementată a moleculelor joacă un rol inevitabil în funcționarea organismului viu, inclusiv interacțiunile și complexele permanente sau tranzitorii de proteine între ele și cu alte molecule. Reprezentarea tridimensională joacă un rol major în înțelegerea acestor procese. Difracția razelor X – în cazul în care succesul măsurătorii, conținutul informațional al datelor măsurate depinde atât de calitatea cristalului testat, cât și de stadiul actual al aparatului de difracție, este unul dintre principalele instrumente pentru examinarea spațială a moleculelor, a complexelor moleculare și a interacțiunilor în detaliu atomic. Punctele focale ale RESEARCH – Proiectul reunește cercetarea interdisciplinară, axată pe interacțiunile intermoleculare, caracterizarea atomică și proiectarea modelelor de interacțiune spațială în complexele proteice și cristalele moleculelor mici. Unul dintre obiectivele principale ale cercetării noastre este de a înțelege mai bine funcția proteică și rețelele de proteine împrumutabile, pentru a cartografia proprietățile modificate structural-interacțiuni ale variantelor proteice și modificările proteinelor asociate cu bolile, pentru a ajuta la proiectarea liganzilor și proteinelor (motive peptide fiabile). 1) Modificarea chimică a proteinelor legate de boli (de exemplu, oxidarea este proteina DJ-1 care îndeplinește funcția de protecție împotriva bolii Parkinson; mutații punctuale în cazul unei enzime responsabile de producerea pseudouridinei implicate în ajustarea structurii ARN) și înțelegerea schimbărilor structurale și de interacțiune care rezultă din acestea, pentru a clarifica elementele structurale ale funcției. În plus, scopul nostru este de a oferi asistență eficientă în proiectarea liganzilor specifici (în combinație cu metode foarte permeabile) și în utilizarea liganzilor avansați ca substanțe active candidate sau senzori moleculari (de exemplu DJ-1 și D-aminoacid oxidază). Diffractometrul care urmează să fie obținut colectează, de asemenea, în mod obișnuit date de măsurare de înaltă calitate de la cristale mai puțin dispersante, ceea ce accelerează procesul de proiectare. 2) Prin inhibarea specifică a activării anormale a sistemului imunitar, pot fi dezvoltate molecule de inhibitor care pot fi utilizate în medicină sau într-o examinare mai detaliată a căilor de activare (de exemplu, sistemul complement). Cu infrastructura de difracție cu raze X, dorim să înțelegem specificitatea și selectivitatea acestor noi molecule de inhibitori de proteine dezvoltate cu evoluție direcțională. 3) Între modelele de interacțiune proteine-proteine, interacțiunile proteinelor nodului sunt, de asemenea, semnificative din punct de vedere medical, care se caracterizează prin recunoașterea diferitelor motive împrumutabile, afectând astfel în mod semnificativ procesele fiziologice prin influențarea funcționării mai multor parteneri proteici (de exemplu, proteinele S100 implicate în metastaze sau kinazele MAP, tirozin kinazele care controlează diviziunea celulară și procesele de mișcare implicate în procesele de transmisie a semnalului). Schimbarea chimică a suprafețelor care pot fi împrumutate de proteine (de exemplu, fosforilarea) este universală în reglarea proceselor de transmisie a semnalului, adesea în fundalul proceselor patologice. 4) În cazul proteinelor auto-organizate, generatoare de mai mulțimeri, care separă reacția chimică pe care o catalizează de lumea exterioară printr-un sistem cavității, astfel ținte potențiale pentru aplicații biotehnologice, scopul nostru este de a identifica și caracteriza detaliile structurale importante pentru autoorganizarea proteică (oligopeptidaze). 5) Prin definirea structurii moleculelor mici, unul dintre obiectivele noastre este determinarea de înaltă precizie a moleculelor, din care putem deduce schimbarea reactivității într-o serie de compuși în cazul compușilor biologic activi (de exemplu, derivați de ferocen, compuși cu acțiune citostatică). 6) Recunoașterea selectivă, Kiral a partenerilor împrumutabili este esențială în funcționarea sistemelor biologice. În producția de molecule bioactive, prin urmare, separarea efectivă a perechilor de imagini în oglindă (separarea chirală) este de mare importanță, metoda ... (Romanian)
13 August 2022
0 references
A) OBJECTIVE Nr. 2 – Ziel des Projekts ist es, die heimische Strukturchemie und die strukturelle biologische Forschung zu fördern, die Einführung neuer Spitzenforschungs- und Innovationstätigkeiten durch den Ausbau der bestehenden Röntgenbeugungsinfrastruktur zu unterstützen. Die aktuelle Infrastruktur besteht aus ausgestatteten Kristallisationslaboren, kristallisierendem Roboter und einem veralteten Diffraktometer, das für die Proteinstrukturprüfung geeignet ist. Die geplante Entwicklung, der Erwerb eines Diffraktometers mit Drehannode und modernster Hybridpixel-Detektor würde es ermöglichen, das Anwendungsspektrum mit Hilfe eines neuen Geräts mit einzigartiger Empfindlichkeit in Ungarn zu erweitern. Die Bedeutung von Röntgenbeugungsforschungen – Das gut regulierte Interaktionsnetzwerk von Molekülen spielt eine unvermeidliche Rolle bei der Funktionsweise des lebenden Organismus, einschließlich der Wechselwirkungen und permanenten oder vorübergehenden Komplexe von Proteinen untereinander und mit anderen Molekülen. Dreidimensionale Repräsentation spielt eine wichtige Rolle beim Verständnis dieser Prozesse. Röntgenbeugung – wo der Erfolg der Messung, der Informationsgehalt der gemessenen Daten sowohl von der Qualität des getesteten Kristalls als auch vom Stand der Technik des Beugungsapparates abhängt, ist eines der Hauptwerkzeuge für die räumliche Untersuchung von Molekülen, molekularen Komplexen und Wechselwirkungen im atomaren Detail. Die Focal Points of RESEARCH – Das Projekt vereint interdisziplinäre Forschung mit Schwerpunkt intermolekularer Wechselwirkungen, atomarer Charakterisierung und Gestaltung räumlicher Interaktionsmuster in Proteinkomplexen und kleinen Molekülkristallen. Eines der Hauptziele unserer Forschung ist es, die Proteinfunktion und die ausleihbaren Proteinnetzwerke besser zu verstehen, die veränderten Struktur-Interaktionseigenschaften von Proteinvarianten und Proteinveränderungen im Zusammenhang mit Krankheiten zu kartieren, um die Gestaltung von Liganden und Proteinen (lebensfähige Peptidmotive) zu unterstützen. 1) Chemische Modifikation von Proteinen im Zusammenhang mit Krankheiten (z. B. Oxidation ist das DJ-1-Protein, das die Schutzfunktion gegen Parkinson-Krankheit ausübt; Punktmutationen bei einem Enzym, das für die Herstellung von Pseudouridin verantwortlich ist, das an der Feinabstimmung der RNA-Struktur beteiligt ist) und Verständnis der daraus resultierenden Struktur- und Wechselwirkungsverschiebungen, um die strukturellen Elemente der Funktion zu klären. Darüber hinaus ist es unser Ziel, bei der Gestaltung bestimmter Liganden (in Kombination mit hochdurchlässigen Methoden) sowie bei der Verwendung von fortgeschrittenen Liganden als Wirkstoffkandidaten oder molekularen Sensoren (z. B. DJ-1 und D-Aminosäureoxidase) wirksame Unterstützung zu leisten. Das zu erhaltende Diffraktometer erfasst auch routinemäßig hochwertige Messdaten aus weniger dispergierenden Kristallen, was den Konstruktionsprozess beschleunigt. 2) Durch spezifische Hemmung der abnormen Aktivierung des Immunsystems können Inhibitormoleküle entwickelt werden, die in der Medizin oder in einer detaillierteren Untersuchung von Aktivierungswegen (z. B. Ergänzungssystem) eingesetzt werden können. Mit der Röntgenbeugungsinfrastruktur wollen wir die Spezifität und Selektivität dieser neuen Proteininhibitormoleküle verstehen, die mit der Richtungsentwicklung entwickelt wurden. 3) Zwischen Protein-Protein-Interaktionsmustern sind auch die Wechselwirkungen von Knotenproteinen aus medizinischer Sicht von Bedeutung, die sich durch die Anerkennung verschiedener leihbarer Motive auszeichnen und dadurch die physiologischen Prozesse erheblich beeinflussen, indem sie den Betrieb mehrerer Proteinpartner beeinflussen (z. B. S100 Proteine, die an Metastasen beteiligt sind, oder MAP-Kinasen, Tyrosinkinasen, die die Zellteilung und Bewegungsprozesse an Signalübertragungsprozessen steuern). Die chemische Veränderung von eiweißfähigen Oberflächen (z. B. Phosphorylierung) ist universell bei der Regulierung von Signalübertragungsprozessen, oft im Hintergrund pathologischer Prozesse. 4) Bei selbstorganisierten, multimerengenerierenden Proteinen, die die chemische Reaktion trennen, die sie durch ein Hohlraumsystem von der Außenwelt katalysieren, also potentielle Ziele für biotechnologische Anwendungen, ist es unser Ziel, strukturelle Details zu identifizieren und zu charakterisieren, die für die Proteinselbstorganisation (Oligopeptidasen) wichtig sind. 5) Durch die Definition der Struktur kleiner Moleküle ist eines unserer Ziele die hochpräzise Bestimmung von Molekülen, aus der wir die Veränderung der Reaktivität innerhalb einer Reihe von Verbindungen bei biologisch aktiven Verbindungen (z. B. Ferrozänderivate, Verbindungen mit zytostatischer Wirkung) ableiten können. 6) Selektive, kirale Anerkennung von Darlehenspartnern ist für das Funktionieren biologischer Systeme von wesentlicher Bedeutung. Bei der Herstellung bioaktiver Moleküle i... (German)
13 August 2022
0 references
A) MÅL nr 2 – Syftet med projektet är att främja inhemsk strukturell kemi och strukturell biologisk forskning, att stödja lanseringen av ny spetsforskning och innovationsverksamhet genom att utvidga den befintliga infrastrukturen för röntgendiffraktion. Den nuvarande infrastrukturen består av utrustade kristalliseringslaboratorier, kristalliseringsrobot och en föråldrad diffraktometer som lämpar sig för testning av proteinstruktur. Den planerade utvecklingen, förvärvet av en diffraktometer med en roterande annod och toppmodern hybridpixeldetektor, skulle göra det möjligt att utöka användningsområden med hjälp av en ny enhet med unik känslighet i Ungern. Betydelsen av röntgendiffraktionsforskningar – Det välreglerade interaktionsnätverket av molekyler spelar en oundviklig roll i den levande organismens funktion, inklusive interaktioner och permanenta eller övergående komplex av proteiner med varandra och med andra molekyler. Tredimensionell representation spelar en viktig roll för att förstå dessa processer. Röntgendiffraktion – där resultatet av mätningen, informationsinnehållet i de uppmätta data beror både på kvaliteten på den testade kristallen och på den senaste tekniken hos diffraktionsapparaten, är ett av de viktigaste verktygen för rumslig undersökning av molekyler, molekylkomplex och interaktioner i atomdetaljer. Focal Points of RESEARCH – Projektet sammanför tvärvetenskaplig forskning med fokus på intermolecular interaktioner, atomär karakterisering och design av rumsliga interaktionsmönster i proteinkomplex och små molekylkristaller. Ett av huvudmålen med vår forskning är att bättre förstå proteinfunktion och lånbara proteinnätverk, att kartlägga de förändrade strukturella samverkansegenskaperna hos proteinvarianter och proteinförändringar i samband med sjukdomar, för att hjälpa till att utforma ligander och proteiner (pålitliga peptidmotiv). 1) Kemisk modifiering av protein relaterade till sjukdomar (t.ex. oxidation är det DJ-1-protein som utför den skyddande funktionen mot Parkinsons sjukdom; punktmutationer när det gäller ett enzym som ansvarar för produktionen av pseudouridin som är involverat i finjustering av RNA-strukturen) och förståelse av de strukturella och interaktionsmässiga förändringar som följer av dessa, för att klargöra funktionens strukturella element. Dessutom är vårt mål att ge effektiv hjälp vid utformningen av specifika ligander (i kombination med mycket genomsläppliga metoder) och vid användningen av avancerade ligander som aktiva substanskandidater eller molekylära sensorer (t.ex. DJ-1 och D-aminosyraoxidas). Den diffraktometer som ska erhållas samlar också rutinmässigt in mätdata av hög kvalitet från mindre dispergerande kristaller, vilket påskyndar konstruktionsprocessen. 2) Genom specifik hämning av den onormala aktiveringen av immunsystemet kan inhibitormolekyler som kan användas i medicin eller vid en mer detaljerad undersökning av aktiveringsvägar (t.ex. komplementsystem) utvecklas. Med röntgendiffraktionsinfrastrukturen vill vi förstå specificiteten och selektiviteten hos dessa nya proteinhämmare som utvecklats med riktningsutveckling. 3) Mellan protein-proteininteraktionsmönster är interaktionerna mellan nodproteiner också signifikanta ur medicinsk synvinkel, som kännetecknas av erkännande av olika lånbara motiv, vilket signifikant påverkar fysiologiska processer genom att påverka driften av flera proteinpartners (t.ex. S100-proteiner som är involverade i metastas eller MAP-kinaser, tyrosinkinaser som styr celldelning och rörelseprocesser som är involverade i signalöverföringsprocesser). Den kemiska förändringen av protein lånebara ytor (t.ex. fosforylering) är universell i regleringen av signalöverföringsprocesser, ofta i bakgrunden av patologiska processer. 4) När det gäller självorganiserade, multimersgenererande proteiner som separerar den kemiska reaktionen de katalyserar från omvärlden genom ett hålighetssystem, därmed potentiella mål för biotekniska tillämpningar, är vårt mål att identifiera och karakterisera strukturella detaljer som är viktiga för proteinsjälvorganisation (oligopeptidaser). 5) Genom att definiera strukturen hos små molekyler är ett av våra mål den höga precisionsbestämningen av molekyler, från vilken vi kan dra slutsatsen att reaktiviteten förändras inom en serie föreningar i fallet med biologiskt aktiva föreningar (t.ex. ferrocenderivat, föreningar med cytostatisk verkan). 6) Selektiv, Kiral erkännande av lånbara partner är avgörande för funktionen av biologiska system. I produktionen av bioaktiva molekyler är därför effektiv separation av spegelbildpar (chiral separation) av stor betydelse, varav den mest effektiva metoden vanligtvis är den kirrala igenkänning som genereras av kristallisation i den fasta fasen. Å andra sidan, de geometriska egenskaperna hos riktningsinteraktioner och form passform, som spelar en viktig roll i chiral recog... (Swedish)
13 August 2022
0 references
Budapest, Budapest
0 references
Identifiers
VEKOP-2.3.3-15-2017-00018
0 references