Design and development of biocompatible nano- and mesosystems based on amyloid fibre formation (Q3958249)

Az amiloid-aggregáció kiemelkedő orvosbiológiai, bio- és szerkezeti-kémiai jelentőséggel bír, az elmúlt évtizedek során folyamatos érdeklődés övezte (B.S. Blumberg és D.C. Gajdusek a Kuru-betegség (1976), S.B. Prusiner a prion-öröklődés megértésért (1997) kaptak orvosi Nobel-díjat). Tudományos áttörés ezen a területen csak nagyfokú kutatói szinergia, a kritikus létszám és erőforrás elérése esetén érhető el. Az ELTE TTK-n a szükséges szintetikus, biokémiai, spektroszkópiai, modellezési, bioanalitikai és nanotechnológiai kapacitás ma már rendelkezésre áll. Fókuszpontunkban a fehérje-tesztrendszerek fejlesztése, biokompatibilis nanorendszerek racionális tervezése, in vitro/vivo előállítása és fejlesztése áll. Kutatási céljaink elérése érdekében kiválósági központot kívánunk létrehozni, mely a molekuláris biokémia teljes területét átfogó együttműködés kialakítása miatt hozhat a témában jelentős áttörést, hat különböző megközelítés, hat különböző nézőpont egyesítésével. Fehérjék térszerkezetének és dinamikájának megértése, majd cél-racionális módosítása olyan kutatási feladat, mely a kémiai érdekességen és fontosságon túlmutatóan orvosbiológiai, társadalmi és gazdasági jelentőségű. Fehérjék az élő szervezetek szinte minden részében azonosíthatóak, hatékonyan, környezetükkel összhangban, komplex rendszerként működnek, a háttérben jól szabályozott fehérje-fehérje kölcsönhatásokkal, valamint oligo- és polimerizációs folyamatokkal (Tory, Perczel, Nature Genetics 2014). E folyamatok azonban néha aggregációs és amiloid zsákutcába torkollanak. Az Alois Alzheimer által több mint 100 éve diagnosztizált, ám molekuláris szinten máig pontosan meg nem értett konformációváltozás csak egy a „fehérje-öregedési” folyamatok során tapasztalt amiloid-aggregációk közül. Az aggregáció termodinamikailag kedvezményezett (Perczel 2007), részletes megértése és felhasználása pályázatunk központi eleme. A kóros fehérje-aggregáció mellett számos nem-patogén aggregáció is ismert. A funkcionális amiloidok fontos szerephez jutottak az evolúció során baktériumokban (Pseudomonas), köpenyfehérjeként (Plasmodium), pókselyem, biofilmek, adhéziós fehérjék, stb. képződésekor; kitüntetett stabilitásuk, rugalmasságuk, szakítószilárdságuk okán. Pályázatunk az ELTE TTK hat eltérő tudományos hátterű, kiemelkedő eredményességgel működő kutatócsoportjának újszerű, célorientált összekapcsolására épít. Az integrált elméleti, kísérletes és műszeres kutatói együttes olyan peptid és fehérje alapú nanorendszerek tervezését, szintézisét, széleskörű vizsgálatát tudja megvalósítani, melyben közös elem az aggregációra hajlamosító ß-redő térszerkezet. Az ilyen térszerkezetű biomolekulák közé tartoznak az amiloid, a szférikus zipzár, valamint az adhéziv ß-szálak és filamentumok. Ezek egyszerre hordoznak kiaknázható anyagtudományi lehetőségeket (önszerveződő, kompakt nanorendszerek, biokompatibilis ragasztók) és hozhatnak megoldást az élettudományok súlyos kihívásaira, mint az Alzheimer- (APP › ß1-42 aggregációja) és a Parkinson-kór (az ?-szinuklein aggregációja), a diabetes mellitus (az IAPP aggregációja), vagy az aggregáció miatt alulműködő tumorszuppresszor p53 fehérje okozta ráktípus (Knowles 2014). A hat csoportban folyó preparatív, spektroszkópiai és krisztallográfiai kutatások (Perczel), a kvantumkémiai (Császár) és a matematikai (Grolmusz) modellezés, a kolloidkémiai kísérletek (Kiss), az irányított peptid- és fehérjeevolúciós vizsgálódások (Pál), valamint az in vivo genetikai munkák (Vellai) összehangolása lehetővé teszi egy fókuszált, mégis nagy ívű kutatás kialakítását az ELTE-n. Az említett pályázók mindegyike évtizedek óta aktív és eredményes kutató (kumulatív adatok: >1000 közlemény, >20000 hivatkozás, >30 év külföldi kutatói tapasztalat, >40 PhD hallgató képzése), akik 5-20 fős in silico, in vitro és in vivo kutatásokat támogató csoportokat irányítanak, MTA-ELTE kutatócsoportot vezetnek, NMR, X-ray, ECD, VCD, AFM, SPR, SEM készülékeket üzemeltetnek. Noha már több száz fehérjéről leírták, hogy spontán módon amiloidot képeznek fiziológiás, vagy attól csak kissé eltérő körülmények között, a folyamatok molekuláris részletei, kinetikai paraméterei zömmel ismeretlenek - csupán eseti fényszórás, fluoreszcencia és EM adatokra támaszkodhatunk. (A pályázati terv megírását megelőző kontroll vizsgálataink során a 2-es típusú cukorbetegség gyógyításában használt peptid-gyógyszer (Exenatid) egy variánsa esetében környezeti változások által kiváltható amiloid képzést fedeztünk fel – egy unikális tesztrendszert mely az amiloid átalakulás „benchmark” rendszere lehet). Spektroszkópiai (ECD, VCD), valamint NMR módszerek alkalmazásával aminosav-specifikus információkat kívánunk gyűjteni az amiloid-képzés részleteiről, mely egy „amiloid-felismerő” spektroszkópiai protokoll fejlesztéséhez vezethet el. Fehérjekrisztallográfiai módszerekkel a konkrét szekvenciák elleni védekezést a „természettől ellesve” kívánjuk vizsgálni, az amiloid ß-peptid lebontásában részt vevő acilpeptid (Hungarian)

0 references

Amyloid aggregation is of outstanding biomedical, bio- and structural-chemical importance and has attracted continued interest over the past decades (B.S. Blumberg and D.C. Gajdusek for Kuru’s disease (1976) and S.B. Prusiner for prion heritage understanding (1997) received the Nobel Medical Prize). Scientific breakthroughs in this area can only be achieved if there is a high degree of synergy between researchers, critical numbers and resources. The necessary synthetic, biochemical, spectroscopic, modelling, bioanalytical and nanotechnology capacity is now available at ELTE TTK. Our focus is the development of protein test systems, the rational design, in vitro/vivo production and development of biocompatible nanosystems. In order to achieve our research goals, we intend to establish a centre of excellence, which can bring significant breakthroughs in the field due to the development of cooperation across the whole field of molecular biochemistry, combining six different approaches and six different perspectives. Understanding the spatial structure and dynamics of proteins is a research task that is of biomedical, social and economic importance beyond chemical curiosity and importance. Proteins can be identified in almost all parts of living organisms and function effectively, in accordance with their environment, as complex systems, with well-regulated protein-protein interactions in the background, and with oligo and polymerisation processes (Tory, Perczel, Nature Genetics 2014). However, these processes sometimes lead to aggregation and amyloid dead ends. The change in conformation, which has been diagnosed by Alois Alzheimer for more than 100 years but has not yet been accurately understood on a molecular level, is only one of the amyloid aggregations experienced in the process of ‘protein ageing’. Aggregation is a thermodynamically beneficiary (Perczel 2007), and its detailed understanding and use are central elements of our application. In addition to abnormal protein aggregation, a number of non-pathogenic aggregations are also known. Functional amyloids have played an important role in evolution in bacteria (Pseudomonas), cloak proteins (Plasmodium), spider silk, biofilms, adhesion proteins, etc.; they are distinguished by their stability, flexibility, tensile strength. Our application builds on the novel and goal-oriented linking of six research groups of the ELTE TTK with different scientific backgrounds and operating with outstanding results. The integrated theoretical, experimental and instrumental research team can realise the design, synthesis and extensive examination of peptide and protein-based nanosystems, in which the ß-reflecting spatial structure prone to aggregation is a common element. Biomolecules of this spatial structure include amyloid, spherical zipper, and adhesiv ß-fibres and filaments. They have both potential for material science (self-organised, compact nanosystems, biocompatible adhesives) and can address the serious challenges of life sciences such as Alzheimer’s (APP › ß1-42 aggregation) and Parkinson’s disease (aggregation of?-synuclein), diabetes mellitus (IAPP aggregation) or cancer type caused by underactive tumour suppressor p53 due to aggregation (Knowles 2014). The coordination of preparative, spectroscopic and crystallographic research in the six groups (Perczel), quantum chemistry (the Emperor) and mathematical (Grolmus) modelling, colloidal chemistry (Kiss), directed peptide and protein evolution tests (Pál) and in vivo genetic works (Vellai) allow the development of a focused yet ambitious research at ELTE. All of these applicants have been active and effective researchers for decades (cumulative data: >1000 announcements, >20000 references, >30 years of research experience abroad, >40 PhD students) who manage 5-20 in silico, in vitro and in vivo research support teams, lead MTA-ELTE research team, operate NMR, X-ray, ECD, VCD, AFM, SPR, SEM devices. Although hundreds of proteins have been described as spontaneously forming amyloids in physiological or slightly different circumstances, the molecular details and kinetic parameters of the processes are largely unknown — only occasional light scattering, fluorescence and EM data can be used. (In the course of our control studies prior to the preparation of the application plan, in the case of a variant of a peptide medicine (exenatide) used to cure type 2 diabetes, we discovered amyloid training that could be triggered by environmental changes — a unique test system that could be the ‘benchmark’ system of amyloid transformation). Using spectroscopic (ECD, VCD) and NMR methods, we intend to collect amino acid-specific information on details of amyloidal training, which can lead to the development of a “amyloid recognition” spectroscopy protocol. We intend to examine the protection against specific sequences by means of white octarography using “naturally” acilpeptide involved in the breakdown of the amyloid β-p... (English)

point in time

9 February 2022

readability score

0.6935620474793831

0 references

L’agrégation amyloïde revêt une importance biomédicale, biomédicale et structurelle exceptionnelle et a suscité un intérêt constant au cours des dernières décennies (B.S. Blumberg et D.C. Gajdusek pour la maladie de Kuru (1976) et S.B. Prusiner pour la compréhension du patrimoine prion (1997) ont reçu le prix Nobel de médecine). Les percées scientifiques dans ce domaine ne peuvent être réalisées que s’il existe un degré élevé de synergie entre les chercheurs, les nombres critiques et les ressources. La capacité de synthèse, biochimique, spectroscopique, modélisation, bioanalytique et nanotechnologie nécessaire est maintenant disponible chez ELTE TTK. Notre objectif est de mettre en place un centre d’excellence qui puisse apporter des percées significatives dans ce domaine grâce au développement de la coopération dans tout le domaine de la biochimie moléculaire, en combinant six approches différentes et six perspectives différentes. Comprendre la structure spatiale et la dynamique des protéines est une tâche de recherche qui est d’une importance biomédicale, sociale et économique au-delà de la curiosité et de l’importance chimiques. Les protéines peuvent être identifiées dans presque toutes les parties des organismes vivants et fonctionner efficacement, conformément à leur environnement, comme des systèmes complexes, avec des interactions protéines-protéines bien régulées en arrière-plan, et avec des processus d’oligo et de polymérisation (Tory, Perczel, Nature Genetics 2014). Cependant, ces processus conduisent parfois à l’agrégation et à des impasses amyloïdes. Le changement de conformation, qui a été diagnostiqué par Alois Alzheimer depuis plus de 100 ans mais n’a pas encore été correctement compris au niveau moléculaire, n’est qu’une des agrégations amyloïdes vécues dans le processus de «vieillissement des protéines». L’agrégation est un bénéficiaire thermodynamique (Perczel 2007), et sa compréhension et son utilisation détaillées sont des éléments centraux de notre application. En plus de l’agrégation anormale des protéines, un certain nombre d’agrégations non pathogènes sont également connues. Les amyloïdes fonctionnels ont joué un rôle important dans l’évolution des bactéries (Pseudomonas), des protéines du manteau (Plasmodium), de la soie d’araignée, des biofilms, des protéines d’adhérence, etc.; ils se distinguent par leur stabilité, leur flexibilité, leur résistance à la traction. Notre application s’appuie sur le lien novateur et axé sur les objectifs de six groupes de recherche des savoirs traditionnels ELTE ayant des antécédents scientifiques différents et opérant avec des résultats exceptionnels. L’équipe de recherche intégrée théorique, expérimentale et instrumentale peut réaliser la conception, la synthèse et l’examen approfondi des nanosystèmes à base de peptides et de protéines, dans lesquels la structure spatiale réfléchissante ß est un élément commun. Les biomolécules de cette structure spatiale comprennent l’amyloïde, la fermeture à glissière sphérique, les fibres ß et les filaments adhésifs. Ils ont à la fois un potentiel en science des matériaux (auto-organisé, des nanosystèmes compacts, des adhésifs biocompatibles) et peuvent relever les défis sérieux des sciences de la vie comme la maladie d’Alzheimer (APP › ß1-42) et la maladie de Parkinson (agrégation de?-synucléine), le diabète sucré (IAPP) ou le type de cancer causé par un suppresseur tumoral sous-actif p53 en raison de l’agrégation (Knowles 2014). La coordination de la recherche préparative, spectroscopique et cristallographique dans les six groupes (Perczel), la chimie quantique (l’Empereur) et la modélisation mathématique (Grolmus), la chimie colloïdale (Kiss), les tests dirigés d’évolution des peptides et des protéines (Pál) et les travaux génétiques in vivo (Vellai) permettent le développement d’une recherche ciblée mais ambitieuse à l’ELTE. Tous ces candidats sont des chercheurs actifs et efficaces depuis des décennies (données cumulatives: >1000 annonces, >20000 références, >30 ans d’expérience de recherche à l’étranger, >40 doctorants) qui gèrent 5-20 équipes de soutien à la recherche in vitro et in vivo, dirigent l’équipe de recherche MTA-ELTE, exploitent des dispositifs de RMN, rayons X, ECD, VCD, AFM, SPR, SEM. Bien que des centaines de protéines aient été décrites comme formant spontanément des amyloïdes dans des circonstances physiologiques ou légèrement différentes, les détails moléculaires et les paramètres cinétiques des processus sont largement inconnus — seules des données occasionnelles de diffusion de la lumière, de fluorescence et d’EM peuvent être utilisées. (Au cours de nos études de contrôle avant la préparation du plan d’application, dans le cas d’une variante d’un médicament peptidique (exenatide) utilisé pour guérir le diabète de type 2, nous avons découvert une formation amyloïde qui pourrait être déclenchée par des changements environnementaux — un système de test unique qui pourrait être le systè... (French)

point in time

10 February 2022

0 references

Amüloidide agregatsioon on silmapaistev biomeditsiiniline, bio- ja struktuuri-keemiline tähtsus ning on viimastel aastakümnetel pälvinud jätkuvat huvi (B.S. Blumberg ja D.C. Gajdusek Kuru tõbi (1976) ja S.B. Prusiner prioonpärandi mõistmiseks (1997) said Nobeli meditsiiniauhinna). Teaduslikke läbimurdeid selles valdkonnas on võimalik saavutada ainult siis, kui teadlaste, kriitiliste arvude ja ressursside vahel on suur sünergia. Vajalik sünteetiline, biokeemiline, spektroskoopiline, modelleerimine, bioanalüütiline ja nanotehnoloogia on nüüd kättesaadav ELTE TTK-s. Meie tähelepanu keskmes on valgu testimise süsteemide arendamine, ratsionaalne disain, in vitro/elujõuline tootmine ja bioühilduvate nanosüsteemide arendamine. Teadusuuringute eesmärkide saavutamiseks kavatseme luua tippkeskuse, mis võib tuua valdkonnas märkimisväärseid läbimurdeid tänu koostöö arengule kogu molekulaarbiokeemia valdkonnas, ühendades kuus erinevat lähenemisviisi ja kuut erinevat perspektiivi. Mõistmine ruumiline struktuur ja dünaamika valgud on teadusülesanne, mis on biomeditsiiniline, sotsiaalne ja majanduslik tähtsus kaugemale keemilise uudishimu ja tähtsus. Valke saab identifitseerida peaaegu kõigis elusorganismide osades ja need toimivad tõhusalt, vastavalt nende keskkonnale, komplekssete süsteemidena, millel on taustal hästi reguleeritud valgu-valgu koostoimed ning oligo- ja polümerisatsiooniprotsessid (Tory, Perczel, Nature Genetics 2014). Kuid mõnikord viivad need protsessid agregeerimise ja amüloidide tupikute tekkeni. Kehaehituse muutus, mida on diagnoosinud Alois Alzheimer enam kui 100 aastat, kuid mida ei ole veel molekulaartasandil täpselt aru saadud, on ainult üks valkude vananemise protsessis kogenud amüloidühenditest. Koondamine on termodünaamiliselt kasusaaja (Perczel 2007) ja selle üksikasjalik mõistmine ja kasutamine on meie rakenduse kesksed elemendid. Lisaks ebanormaalsele valgu agregatsioonile on teada ka mitmeid mittepatogeenseid agregaate. Funktsionaalsetel amüloididel on olnud oluline roll bakterite (Pseudomonas), varjatud valkude (Plasmodium), ämblikusiidi, biokilede, nakkuvate valkude jne arengus; neid eristab nende stabiilsus, paindlikkus, tõmbetugevus. Meie rakendus põhineb uudsel ja eesmärgipärasel ühendamisel kuue ELTE TTK uurimisrühmaga, millel on erinevad teaduslikud taustad ja mis toimivad silmapaistvate tulemustega. Integreeritud teoreetiline, eksperimentaalne ja instrumentaalne uurimisrühm saab realiseerida peptiid- ja valgupõhiste nanosüsteemide disaini, sünteesi ja ulatuslikku uurimist, milles ß-peegeldav ruumiline struktuur, mis kaldub liitma, on ühine element. Selle ruumilise struktuuri biomolekulid hõlmavad amüloidi, sfäärilist tõmblukku ja adhesiv-ß-kiudusid ja kiude. Neil on nii potentsiaal materjaliteaduseks (iseorganiseerunud, kompaktsed nanosüsteemid, bioühilduvad liimid) ja need võivad lahendada bioteaduste (APP › ß1–42 agregeerimine) ja Parkinsoni tõve (?-sünukleiini liitmine), suhkurtõve (IAPP agregeerimine) või vähitüübiga seotud probleeme, mida põhjustab alaaktiivse kasvaja supressor p53 agregeerimise tõttu (Knowles 2014). Ettevalmistavate, spektroskoopiliste ja kristallograafiliste uuringute koordineerimine kuues rühmas (Perczel), kvantkeemia (keiser) ja matemaatiline (Grolmus) modelleerimine, kolloidkeemia (Kiss), suunatud peptiid- ja valguevolutsiooni testid (Pál) ja in vivo geneetilised teosed (Vellai) võimaldavad arendada suunatud, kuid ambitsioonikaid uuringuid ELTE-s. Kõik need taotlejad on olnud aktiivsed ja tõhusad teadlased aastakümneid (kumulatiivsed andmed: >1000 teadaannet, >20000 viidet, >30 aastat teadustöö kogemust välismaal, >40 doktorant), kes juhivad 5–20 in silico, in vitro ja in vivo teadusuuringute tugimeeskonda, juhivad MTA-ELTE uurimisrühma, käitavad NMR-i, röntgenikiirgust, ECD-d, VCD-d, AFM-i, SPR-i, SEM-seadmeid. Kuigi sadu valke on kirjeldatud kui spontaanselt moodustuvaid amüloide füsioloogilistes või veidi erinevates tingimustes, on protsesside molekulaarsed üksikasjad ja kineetilised parameetrid suures osas teadmata – kasutada saab ainult aeg-ajalt valguse hajumist, fluorestsentsi ja EM-i andmeid. (Rakenduskava koostamisele eelnenud kontrolluuringute käigus avastasime 2. tüüpi diabeedi raviks kasutatava peptiidravimi (eksenatiidi) variandi puhul amüloidkoolituse, mida võivad käivitada keskkonnamuutused – ainulaadne testisüsteem, mis võib olla amüloidmuundumise võrdlussüsteem). Kasutades spektroskoopilisi (ECD, VCD) ja NMR meetodeid, kavatseme koguda aminohapete spetsiifilist teavet amüloidse väljaõppe üksikasjade kohta, mis võib viia „amüloidtuvastuse“ spektroskoopia protokolli väljatöötamiseni. Me kavatseme uurida kaitset teatud järjestuste abil valge oktarograafia abil „loomulikult“ acilpeptide kaasatud jaotus amüloid β-p... (Estonian)

point in time

13 August 2022

0 references

Amiloidų agregacija yra išskirtinė biomedicinos, bio- ir struktūrinė-cheminė svarba ir pastaraisiais dešimtmečiais pritraukė nuolatinį susidomėjimą (B.S. Blumberg ir D.C. Gajdusek už Kuru ligą (1976) ir S.B. Prusiner už priono paveldo supratimą (1997) gavo Nobelio medicinos premiją). Mokslo laimėjimai šioje srityje gali būti pasiekti tik tuo atveju, jei bus užtikrinta didelė tyrėjų, kritinių skaičių ir išteklių sąveika. Būtinus sintetinius, biocheminius, spektroskopinius, modeliavimo, bioanalitinius ir nanotechnologijų pajėgumus dabar galima rasti ELTE TTK. Mūsų dėmesys skiriamas baltymų testavimo sistemų kūrimui, racionaliam projektavimui, in vitro/vivo gamybai ir biologiškai suderinamų nanosistemų kūrimui. Norėdami pasiekti savo mokslinių tyrimų tikslus, ketiname įsteigti kompetencijos centrą, kuris gali atnešti reikšmingų laimėjimų šioje srityje dėl bendradarbiavimo plėtros visoje molekulinės biochemijos srityje, derinant šešis skirtingus požiūrius ir šešias skirtingas perspektyvas. Baltymų erdvinės struktūros ir dinamikos supratimas yra mokslinių tyrimų užduotis, kuri yra biomedicininė, socialinė ir ekonominė svarba, neapsiribojanti cheminiu smalsumu ir svarba. Baltymai gali būti identifikuojami beveik visose gyvų organizmų dalyse ir efektyviai funkcionuoja pagal jų aplinką, kaip sudėtingos sistemos, gerai reguliuojamos baltymų ir baltymų sąveikos fone ir oligo bei polimerizacijos procesai (Tory, Perczel, Nature Genetics 2014). Tačiau šie procesai kartais veda prie agregacijos ir amiloidų aklavietės. Raumeningumo pokytis, kurį Alois Alzheimer diagnozavo daugiau nei 100 metų, bet dar nėra tiksliai suprantamas molekuliniu lygmeniu, yra tik viena iš amiloidinių agregacijų, patyrusių „baltymų senėjimo“ procesą. Agregavimas yra termodinaminis naudos gavėjas (Perczel 2007), o jo išsamus supratimas ir naudojimas yra pagrindiniai mūsų programos elementai. Be nenormalios baltymų agregacijos, taip pat žinoma keletas nepatogeninių agregacijų. Funkciniai amiloidai atliko svarbų vaidmenį bakterijų (Pseudomonas), kloako baltymų (Plasmodium), voro šilko, biofilmų, sukibimo baltymų ir kt. evoliucijoje; jie išsiskiria savo stabilumu, lankstumu, tempimo stiprumu. Mūsų paraiška remiasi nauju ir į tikslą orientuotu šešiomis ELTE TTK mokslinių tyrimų grupėmis, turinčiomis skirtingą mokslinę patirtį ir veikiančiomis su puikiais rezultatais. Integruota teorinių, eksperimentinių ir instrumentinių tyrimų komanda gali realizuoti peptidų ir baltymų nanosistemų, kuriose ß atspindinti erdvinė struktūra yra įprastas elementas, dizainą, sintezę ir išsamų tyrimą. Šios erdvinės struktūros biomolekules sudaro amiloidas, sferinis užtrauktukas ir adhesiv ß-pluoštas ir kaitinamieji siūlai. Jie turi tiek medžiagų mokslo potencialą (savarankiškai organizuotos, kompaktiškos nanosistemos, biologiškai suderinami klijai) ir gali padėti spręsti rimtas problemas, susijusias su gyvosios gamtos mokslais, pavyzdžiui, Alzheimerio liga (APP › ß1–42 agregacija) ir Parkinsono liga (?-synukleino agregacija), cukriniu diabetu (IAPP agregacija) arba vėžiu, kurį sukelia nepakankamai aktyvus naviko slopintuvas p53 dėl agregacijos (Knowles 2014). Parengiamųjų, spektroskopinių ir kristalografinių tyrimų koordinavimas šešiose grupėse (Perczel), kvantinė chemija (Emperor) ir matematinė (Grolmus) modeliavimas, koloidinė chemija (Kiss), nukreipti peptidų ir baltymų evoliucijos bandymai (Pįl) ir in vivo genetiniai kūriniai (Vellai) leidžia plėtoti tikslinius, tačiau ambicingus ELTE mokslinius tyrimus. Visi šie pareiškėjai dešimtmečius buvo aktyvūs ir veiksmingi tyrėjai (kaupiamieji duomenys: > 1000 pranešimų, > 20000 nuorodų, > 30 metų mokslinių tyrimų patirties užsienyje, > 40 doktorantų), kurie valdo 5–20 in silico, in vitro ir in vivo mokslinių tyrimų paramos komandas, vadovauja MTA-ELTE mokslinių tyrimų komandai, veikia NMR, rentgeno, ECD, VCD, AFM, SPR, SEM prietaisai. Nors fiziologinėmis ar šiek tiek kitokiomis aplinkybėmis šimtai baltymų buvo apibūdinti kaip spontaniškai formuojantys amiloidai, molekulinės detalės ir procesų kinetiniai parametrai iš esmės nežinomi – galima naudoti tik retkarčiais šviesos sklaidos, fluorescencijos ir EM duomenis. (Mūsų kontrolinių tyrimų metu prieš rengiant paraiškos planą, peptidų vaisto (eksenatido) varianto, naudojamo gydyti 2 tipo diabetą, metu atradome amiloido mokymą, kurį galėjo sukelti aplinkos pokyčiai – unikali bandymų sistema, kuri galėtų būti amiloido transformacijos „lyginamoji“ sistema). Naudojant spektroskopinius (ECD, VCD) ir NMR metodus, mes ketiname rinkti aminorūgščių specifinę informaciją apie amiloido mokymo detales, kurios gali sukelti „amiloidų atpažinimo“ spektroskopijos protokolo kūrimą. Mes ketiname ištirti apsaugą nuo konkrečių sekų naudojant baltą oktarografiją naudojant „natūraliai“ acilpeptidą, dalyvaujantį amiloidinio β-p skilimo metu... (Lithuanian)

point in time

13 August 2022

0 references

L'aggregazione di amiloidi è di eccezionale importanza biomedica, biochimica e strutturale-chimica e negli ultimi decenni ha suscitato un costante interesse (B.S. Blumberg e D.C. Gajdusek per la malattia di Kuru (1976) e S.B. Prusiner per la comprensione del patrimonio prionico (1997) hanno ricevuto il premio Nobel per la medicina). Le scoperte scientifiche in questo settore possono essere raggiunte solo se vi è un elevato grado di sinergia tra ricercatori, numeri critici e risorse. La necessaria capacità sintetica, biochimica, spettroscopica, modellante, bioanalitica e nanotecnologica è ora disponibile presso ELTE TTK. Il nostro obiettivo è lo sviluppo di sistemi di test proteici, la progettazione razionale, la produzione in vitro/vivo e lo sviluppo di nanosistemi biocompatibili. Al fine di raggiungere i nostri obiettivi di ricerca, intendiamo creare un centro di eccellenza, che può portare significativi progressi sul campo grazie allo sviluppo della cooperazione in tutto il campo della biochimica molecolare, combinando sei diversi approcci e sei prospettive diverse. Comprendere la struttura spaziale e la dinamica delle proteine è un compito di ricerca che è di importanza biomedica, sociale ed economica al di là della curiosità chimica e dell'importanza. Le proteine possono essere identificate in quasi tutte le parti degli organismi viventi e funzionano efficacemente, in conformità con il loro ambiente, come sistemi complessi, con interazioni proteiche-proteine ben regolamentate in background, e con i processi di oligo e polimerizzazione (Tory, Perczel, Nature Genetics 2014). Tuttavia, questi processi a volte portano ad aggregazione e amiloide vicoli morti. Il cambiamento di conformazione, diagnosticato da più di 100 anni da Alois Alzheimer ma non ancora accuratamente compreso a livello molecolare, è solo una delle aggregazioni amiloidi sperimentate nel processo di "invecchiamento proteico". L'aggregazione è un beneficiario termodinamicamente (Perczel 2007), e la sua comprensione e l'uso dettagliati sono elementi centrali della nostra applicazione. Oltre all'aggregazione proteica anomala, sono noti anche un certo numero di aggregazioni non patogeniche. Gli amiloidi funzionali hanno svolto un ruolo importante nell'evoluzione dei batteri (Pseudomonas), delle proteine del mantello (Plasmodium), della seta del ragno, dei biofilm, delle proteine di adesione, ecc.; si distinguono per la loro stabilità, flessibilità, resistenza alla trazione. La nostra applicazione si basa sul nuovo e orientato agli obiettivi di collegamento di sei gruppi di ricerca del TTK ELTE con diversi background scientifici e che operano con risultati eccezionali. Il team di ricerca teorico, sperimentale e strumentale integrato può realizzare la progettazione, la sintesi e l'esame approfondito dei nanosistemi peptidi e basati sulle proteine, in cui la struttura spaziale riflettente ß soggetta all'aggregazione è un elemento comune. Le biomolecole di questa struttura spaziale comprendono l'amiloide, la cerniera sferica e le fibre e filamenti adhesiv ß. Hanno entrambi un potenziale per la scienza dei materiali (nanosistemi autoorganizzati e compatti, adesivi biocompatibili) e possono affrontare le gravi sfide delle scienze della vita come l'Alzheimer (APP › ß1-42 aggregazione) e il morbo di Parkinson (aggregazione di?-synuclein), il diabete mellito (aggregazione IAPP) o il tipo di cancro causato dal soppressore del tumore sottoattivo p53 a causa dell'aggregazione (conoscenze 2014). La coordinazione di ricerche preparative, spettroscopiche e cristallilografiche nei sei gruppi (Perczel), chimica quantistica (l'Imperatore) e matematica (Grolmus), chimica colloidale (Kiss), test di evoluzione del peptide e delle proteine (Pál) e opere genetiche in vivo (Vellai) permettono lo sviluppo di una ricerca mirata ma ambiziosa all'ELTE. Tutti questi candidati sono stati ricercatori attivi ed efficaci da decenni (dati cumulativi: >1000 annunci, >20000 referenze, >30 anni di esperienza di ricerca all'estero, >40 dottorandi) che gestiscono 5-20 team di supporto alla ricerca in silico, in vitro e in vivo, guidano il team di ricerca MTA-ELTE, gestiscono dispositivi NMR, X-ray, ECD, VCD, AFM, SPR, SEM. Anche se centinaia di proteine sono state descritte come amiloidi che formano spontaneamente in circostanze fisiologiche o leggermente diverse, i dettagli molecolari e i parametri cinetici dei processi sono in gran parte sconosciuti — solo occasionalmente la diffusione della luce, la fluorescenza e i dati EM possono essere utilizzati. (Nel corso dei nostri studi di controllo prima della preparazione del piano di applicazione, nel caso di una variante di un farmaco peptidico (exenatide) usato per curare il diabete di tipo 2, abbiamo scoperto l'allenamento amiloide che potrebbe essere innescato da cambiamenti ambientali — un sistema di test unico che potrebbe essere il "sistema di riferimento" di trasformazione dell'amiloide). Utilizzando metodi spettroscopici (E... (Italian)

point in time

13 August 2022

0 references

Agregacija amiloida je izvanredna biomedicinska, bio- i strukturno-kemijska važnost te je privukla kontinuirani interes tijekom proteklih desetljeća (B.S. Blumberg i D.C. Gajdusek za Kuruovu bolest (1976) i S.B. Prusiner za razumijevanje prionske baštine (1997.) dobio je Nobelovu nagradu za liječničku nagradu). Znanstvena otkrića u tom području mogu se postići samo ako postoji visok stupanj sinergije između istraživača, kritičnih brojeva i resursa. Potreban sintetički, biokemijski, spektroskopski, modelski, bioanalitički i nanotehnologijski kapacitet sada je dostupan u ELTE TTK-u. Naš fokus je razvoj sustava testiranja proteina, racionalni dizajn, in vitro/vivo proizvodnja i razvoj biokompatibilnih nanosustava. Kako bismo ostvarili svoje istraživačke ciljeve, namjeravamo uspostaviti centar izvrsnosti koji može donijeti značajne pomake u tom području zbog razvoja suradnje u cijelom području molekularne biokemije, kombinirajući šest različitih pristupa i šest različitih perspektiva. Razumijevanje prostorne strukture i dinamike proteina je istraživački zadatak koji je od biomedicinske, društvene i gospodarske važnosti izvan kemijske znatiželje i važnosti. Proteini se mogu identificirati u gotovo svim dijelovima živih organizama i učinkovito funkcionirati, u skladu s njihovom okolinom, kao složeni sustavi, s dobro reguliranim interakcijama proteina i bjelančevina u pozadini, te s oligo i polimerizacijskim procesima (Tory, Perczel, Nature Genetics 2014). Međutim, ti procesi ponekad dovode do agregacije i amiloidnih slijepih ulica. Promjena konformacije, koju je Alois Alzheimer dijagnosticirao više od 100 godina, ali još nije točno shvaćena na molekularnoj razini, samo je jedna od agregacija amiloida s iskustvom u procesu „starenja bjelančevina”. Agregacija je termodinamički korisnik (Perczel 2007), a detaljno razumijevanje i uporaba središnji su elementi naše aplikacije. Osim abnormalne agregacije proteina, poznat je i niz nepatogenih agregacija. Funkcionalni amiloidi imali su važnu ulogu u evoluciji bakterija (Pseudomonas), plaštenih proteina (Plasmodium), paukove svile, biofilma, adhezijskih proteina itd.; odlikuju ih njihova stabilnost, fleksibilnost, vlačna čvrstoća. Naša aplikacija nadovezuje se na novo i ciljno orijentirano povezivanje šest istraživačkih grupa ELTE TTK-a s različitim znanstvenim pozadinama i rad s izvanrednim rezultatima. Integrirani teorijski, eksperimentalni i instrumentalni istraživački tim može realizirati dizajn, sintezu i opsežno ispitivanje peptida i nanosustava temeljenih na proteinima, u kojima je prostorna struktura koja reflektira ß sklona agregaciji zajednički element. Biomolekule ove prostorne strukture uključuju amiloid, kuglasti zatvarač i adhesiv ß-vlakana i filamenata. Imaju potencijal za znanost o materijalima (samoorganizirani, kompaktni nanosustavi, biokompatibilna ljepila) i mogu se baviti ozbiljnim izazovima bioloških znanosti kao što su Alzheimerova (APP › agregacija ß1 – 42) i Parkinsonova bolest (agregacija?-sinukleina), dijabetes melitus (agregacija IPP-a) ili vrsta raka uzrokovana neaktivnim supresorom tumora p53 zbog agregacije (Knowles 2014). Koordinacija pripremnih, spektroskopskih i kristalografskih istraživanja u šest skupina (Perczel), kvantna kemija (car) i matematička (Grolmus) modeliranje, koloidna kemija (Kiss), testovi usmjerene peptida i proteinske evolucije (Pál) i in vivo genetička djela (Vellai) omogućuju razvoj usredotočenog, ali ambicioznog istraživanja na ELTE-u. Svi ti podnositelji zahtjeva desetljećima su aktivni i učinkoviti istraživači (kumulativni podaci: > 1000 najava, >20000 referenci, > 30 godina istraživačkog iskustva u inozemstvu, > 40 doktorskih studenata) koji upravljaju 5 – 20 in silico, in vitro i in vivo istraživačkim timovima, vode MTA-ELTE istraživački tim, rade NMR, X-zrake, ECD, VCD, AFM, SPR, SEM uređaje. Iako su stotine proteina opisane kao spontano formiranje amiloida u fiziološkim ili malo različitim okolnostima, molekularni detalji i kinetički parametri procesa u velikoj su mjeri nepoznati – mogu se koristiti samo povremeni podaci o raspršenju svjetlosti, fluorescenciji i EM-u. (Tijekom naših kontrolnih studija prije pripreme plana primjene, u slučaju varijante peptidnog lijeka (eksenatida) koji se koristi za liječenje dijabetesa tipa 2, otkrili smo amiloidnu obuku koja bi mogla biti potaknuta promjenama u okolišu – jedinstveni testni sustav koji bi mogao biti „referentni” sustav amiloidne transformacije). Korištenjem spektroskopskih (ECD, VCD) i NMR metoda namjeravamo prikupiti specifične informacije o aminokiselinama o pojedinostima amiloidnog treninga, što može dovesti do razvoja protokola spektroskopije „amiloidnog prepoznavanja”. Namjeravamo ispitati zaštitu od određenih sekvenci pomoću bijele oktarografije pomoću „prirodno” acilpeptida koji je uključen u razgradnju amiloidnog β-p... (Croatian)

point in time

13 August 2022

0 references

Η συγκέντρωση αμυλοειδών είναι εξαιρετικής βιοϊατρικής, βιοχημικής και δομικής χημικής σημασίας και έχει προσελκύσει συνεχές ενδιαφέρον τις τελευταίες δεκαετίες (B.S. Blumberg και D.C. Gajdusek για τη νόσο του Kuru (1976) και S.B. Prusiner για την κατανόηση της κληρονομιάς πριόν (1997) έλαβαν το Νόμπελ Ιατρικής Βραβείου). Επιστημονικές ανακαλύψεις στον τομέα αυτό μπορούν να επιτευχθούν μόνο εάν υπάρχει υψηλός βαθμός συνέργειας μεταξύ ερευνητών, κρίσιμων αριθμών και πόρων. Η απαραίτητη ικανότητα συνθετικής, βιοχημικής, φασματοσκοπικής, μοντελοποίησης, βιοαναλυτικής και νανοτεχνολογίας είναι πλέον διαθέσιμη στην ELTE TTK. Στόχος μας είναι η ανάπτυξη συστημάτων δοκιμής πρωτεϊνών, ο ορθολογικός σχεδιασμός, η παραγωγή in vitro/vivo και η ανάπτυξη βιοσυμβατών νανοσυστημάτων. Για να επιτύχουμε τους ερευνητικούς μας στόχους, σκοπεύουμε να δημιουργήσουμε ένα κέντρο αριστείας, το οποίο μπορεί να φέρει σημαντικές ανακαλύψεις στον τομέα αυτό λόγω της ανάπτυξης συνεργασίας σε ολόκληρο τον τομέα της μοριακής βιοχημείας, συνδυάζοντας έξι διαφορετικές προσεγγίσεις και έξι διαφορετικές προοπτικές. Η κατανόηση της χωρικής δομής και της δυναμικής των πρωτεϊνών είναι ένα ερευνητικό έργο βιοϊατρικής, κοινωνικής και οικονομικής σημασίας πέραν της χημικής περιέργειας και σημασίας. Οι πρωτεΐνες μπορούν να αναγνωριστούν σε όλα σχεδόν τα μέρη των ζωντανών οργανισμών και να λειτουργούν αποτελεσματικά, σύμφωνα με το περιβάλλον τους, ως σύνθετα συστήματα, με καλά ρυθμιζόμενες αλληλεπιδράσεις πρωτεΐνης-πρωτεΐνης στο παρασκήνιο, καθώς και με διαδικασίες ολιγομερισμού και πολυμερισμού (Tory, Perczel, Nature Genetics 2014). Ωστόσο, αυτές οι διαδικασίες μερικές φορές οδηγούν σε συσσώρευση και αμυλοειδή αδιέξοδο. Η αλλαγή στη διάπλαση, η οποία έχει διαγνωστεί από το Alois Alzheimer για περισσότερα από 100 χρόνια, αλλά δεν έχει ακόμη γίνει κατανοητή με ακρίβεια σε μοριακό επίπεδο, είναι μόνο μία από τις αμυλοειδείς συγκεντρώσεις που βίωσαν κατά τη διαδικασία της «πρωτεΐνης γήρανσης». Η συγκέντρωση είναι θερμοδυναμικά δικαιούχος (Perczel 2007), και η λεπτομερής κατανόηση και χρήση της αποτελούν κεντρικά στοιχεία της εφαρμογής μας. Εκτός από τη μη φυσιολογική συσσώρευση πρωτεϊνών, είναι επίσης γνωστές ορισμένες μη παθογόνες συγκεντρώσεις. Τα λειτουργικά αμυλοειδή έχουν διαδραματίσει σημαντικό ρόλο στην εξέλιξη των βακτηρίων (Pseudomonas), των πρωτεϊνών μανδύα (Plasmodium), του μεταξιού αράχνης, των βιομεμβρανών, των πρωτεϊνών πρόσφυσης κ.λπ.· διακρίνονται από τη σταθερότητα, την ευελιξία, την αντοχή σε εφελκυσμό. Η εφαρμογή μας βασίζεται στη νεωτεριστική και στοχευμένη σύνδεση έξι ερευνητικών ομάδων της ΕΛΤΕ ΤΤΚ με διαφορετικό επιστημονικό υπόβαθρο και λειτουργούν με εξαιρετικά αποτελέσματα. Η ολοκληρωμένη θεωρητική, πειραματική και οργανική ερευνητική ομάδα μπορεί να πραγματοποιήσει το σχεδιασμό, τη σύνθεση και την εκτεταμένη εξέταση των νανοσυστημάτων πεπτιδίων και πρωτεϊνών, στα οποία η β-ανακλαστική χωρική δομή επιρρεπής στη συνάθροιση είναι ένα κοινό στοιχείο. Βιομόρια αυτής της χωρικής δομής περιλαμβάνουν αμυλοειδή, σφαιρικό φερμουάρ, και adhesiv β-ίνες και νήματα. Έχουν και τις δύο δυνατότητες για την επιστήμη των υλικών (αυτοοργανωμένα, συμπαγή νανοσυστήματα, βιοσυμβατές κόλλες) και μπορούν να αντιμετωπίσουν τις σοβαρές προκλήσεις των βιοεπιστημών, όπως η συγκέντρωση Alzheimer (APP › ß1-42) και η νόσος του Parkinson (συνουκλεΐνη;), ο σακχαρώδης διαβήτης (συσσώρευση IAPP) ή ο τύπος καρκίνου που προκαλείται από υποενεργό κατασταλτικό όγκου p53 λόγω συσσώρευσης (Knowles 2014). Ο συντονισμός της προπαρασκευαστικής, φασματοσκοπικής και κρυσταλλικής έρευνας στις έξι ομάδες (Perczel), κβαντικής χημείας (ο αυτοκράτορας) και μαθηματικών (Grolmus) μοντελοποίησης, κολλοειδούς χημείας (Kiss), κατευθυνόμενων δοκιμών πεπτιδικής και πρωτεϊνικής εξέλιξης (Pál) και in vivo γενετικών έργων (Vellai) επιτρέπουν την ανάπτυξη μιας εστιασμένης αλλά φιλόδοξης έρευνας στο ELTE. Όλοι αυτοί οι αιτούντες ήταν ενεργοί και αποτελεσματικοί ερευνητές εδώ και δεκαετίες (σωρευτικά δεδομένα: >1000 ανακοινώσεις, >20000 αναφορές, >30 χρόνια ερευνητικής εμπειρίας στο εξωτερικό, >40 φοιτητές διδακτορικού) που διαχειρίζονται 5-20 στο silico, in vitro και in vivo ερευνητικές ομάδες υποστήριξης, επικεφαλής της ερευνητικής ομάδας MTA-ELTE, λειτουργούν NMR, X-ray, ECD, VCD, AFM, SPR, SEM συσκευές. Αν και εκατοντάδες πρωτεΐνες έχουν περιγραφεί ως αυθόρμητα σχηματίζοντας αμυλοειδή σε φυσιολογικές ή ελαφρώς διαφορετικές συνθήκες, οι μοριακές λεπτομέρειες και οι κινητικές παράμετροι των διεργασιών είναι σε μεγάλο βαθμό άγνωστες — μόνο περιστασιακά μπορούν να χρησιμοποιηθούν στοιχεία διάχυσης του φωτός, φθορισμού και EM. (Κατά τη διάρκεια των μελετών ελέγχου μας πριν από την προετοιμασία του σχεδίου εφαρμογής, στην περίπτωση παραλλαγής ενός πεπτιδικού φαρμάκου (εξενατίδη) που χρησιμοποιείται για τη θεραπεία του διαβήτη τύπου 2, ανακαλύψαμε αμυλοειδή εκπαίδευση που θα μπορούσε να προκληθεί από περιβαλλοντικές αλλαγές — ένα μοναδικό σύστημα δοκιμής που θα μπορούσε να είναι το σύστημα... (Greek)

point in time

13 August 2022

0 references

Amyloidná agregácia má vynikajúcu biomedicínsku, bio- a štrukturálnu-chemickú dôležitosť a v posledných desaťročiach priťahuje neustály záujem (B.S. Blumberg a D.C. Gajdusek za Kuruovu chorobu (1976) a S.B. Prusiner za pochopenie dedičstva prióna (1997) získali Nobelovu cenu za medicínu). Vedecké objavy v tejto oblasti možno dosiahnuť len vtedy, ak existuje vysoký stupeň synergie medzi výskumníkmi, kritickým počtom a zdrojmi. Potrebná syntetická, biochemická, spektroskopická, modelovacia, bioanalytická a nanotechnologická kapacita je teraz k dispozícii v ELTE TTK. Zameriavame sa na vývoj proteínových testovacích systémov, racionálny dizajn, produkciu in vitro/vivo a vývoj biokompatibilných nanosystémov. Na dosiahnutie našich výskumných cieľov máme v úmysle vytvoriť centrum excelentnosti, ktoré môže priniesť významné prielomy v tejto oblasti vďaka rozvoju spolupráce v celej oblasti molekulárnej biochémie, ktorá kombinuje šesť rôznych prístupov a šesť rôznych perspektív. Pochopenie priestorovej štruktúry a dynamiky bielkovín je výskumnou úlohou, ktorá má biomedicínsky, sociálny a hospodársky význam nad rámec chemickej zvedavosti a významu. Bielkoviny možno identifikovať takmer vo všetkých častiach živých organizmov a účinne fungovať v súlade s ich prostredím, ako komplexné systémy, s dobre regulovanými interakciami proteínov a bielkovín v pozadí a s oligo a polymerizačnými procesmi (Tory, Perczel, Nature Genetics 2014). Tieto procesy však niekedy vedú k agregácii a amyloidom slepej uličky. Zmena konformácie, ktorú Alois Alzheimer diagnostikovala už viac ako 100 rokov, ale ešte nebola presne pochopená na molekulárnej úrovni, je len jednou z agregácií amyloidov, ktoré sa vyskytli v procese starnutia bielkovín. Agregácia je termodynamicky príjemcom (Perczel 2007) a jej podrobné chápanie a používanie sú ústrednými prvkami našej aplikácie. Okrem abnormálnej agregácie proteínov je známe aj niekoľko nepatogénnych agregácií. Funkčné amyloidy zohrali dôležitú úlohu pri evolúcii baktérií (Pseudomonas), plášťových proteínov (Plasmodium), pavúčieho hodvábu, biofilmov, adhéznych proteínov atď.; vyznačujú sa svojou stabilitou, flexibilitou, pevnosťou v ťahu. Naša aplikácia vychádza z nového a cieľovo orientovaného prepojenia šiestich výskumných skupín ELTE TTK s rôznymi vedeckými poznatkami a fungujúcich s vynikajúcimi výsledkami. Integrovaný teoretický, experimentálny a inštrumentálny výskumný tím môže realizovať návrh, syntézu a rozsiahle skúmanie peptidových a bielkovinových nanosystémov, v ktorých je spoločným prvkom ß-reflexná priestorová štruktúra náchylná na agregáciu. Biomolekuly tejto priestorovej štruktúry zahŕňajú amyloid, sférický zips a adhesiv ß-vlákna a vlákna. Majú potenciál pre materiálovú vedu (samoorganizované, kompaktné nanosystémy, biokompatibilné lepidlá) a môžu riešiť vážne problémy vedy o živote, ako je Alzheimerova choroba (APP › ß1 – 42 agregácia) a Parkinsonova choroba (agregácia?-synukleínu), diabetes mellitus (IAPP agregácia) alebo typ rakoviny spôsobený nedostatočnou aktivitou supresoru nádoru p53 v dôsledku agregácie (Knowles 2014). Koordinácia preparatívneho, spektroskopického a kryštalografického výskumu v šiestich skupinách (Perczel), kvantovej chémie (Emperor) a matematického (Grolmus) modelovania, koloidnej chémie (Kiss), riadených testov evolúcie peptidov a proteínov (Pál) a genetických diel in vivo (Vellai) umožňuje rozvoj cieleného, ale ambiciózneho výskumu v ELTE. Všetci títo žiadatelia sú aktívni a efektívni výskumní pracovníci už desaťročia (kumulatívne údaje: > 1000 oznámení, > 20000 referencií, > 30 rokov skúseností s výskumom v zahraničí, > 40 doktorandov), ktorí riadia 5 – 20 in silico, in vitro a in vivo podporné výskumné tímy, vedúci výskumný tím MTA-ELTE, prevádzkovať NMR, röntgenové lúče, ECD, VCD, AFM, SPR, SEM zariadenia. Hoci stovky proteínov boli opísané ako spontánne tvoriace amyloidy za fyziologických alebo mierne odlišných okolností, molekulárne detaily a kinetické parametre procesov sú do značnej miery neznáme – môžu sa použiť len príležitostné rozptyly svetla, fluorescencia a EM údaje. (V priebehu našich kontrolných štúdií pred prípravou aplikačného plánu, v prípade variantu peptidového lieku (exenatidu) používaného na liečbu cukrovky typu 2, sme objavili tréning amyloidov, ktorý by mohol byť vyvolaný zmenami životného prostredia – jedinečný testovací systém, ktorý by mohol byť „referenčným“ systémom transformácie amyloidov. Pomocou spektroskopických (ECD, VCD) a NMR metód máme v úmysle zhromažďovať informácie špecifické pre aminokyseliny o podrobnostiach amyloidového tréningu, čo môže viesť k vypracovaniu protokolu spektroskopie „rozpoznávania amyloidov“. Máme v úmysle preskúmať ochranu proti špecifickým sekvenciám pomocou bielej oktarografie pomocou „prirodzene“ acilpeptidu podieľajúceho sa na rozklade amyloidových β-p... (Slovak)

point in time

13 August 2022

0 references

Amyloidiaggregaatio on erinomaista biolääketieteellistä, bio- ja rakennekemiallista merkitystä, ja se on herättänyt jatkuvaa kiinnostusta viime vuosikymmeninä (B.S. Blumberg ja D.C. Gajdusek Kurun taudista (1976) ja S.B. Prusiner prioniperinnön ymmärtämisestä (1997) saivat Nobelin lääketieteellisen palkinnon). Tieteelliset läpimurrot tällä alalla voidaan saavuttaa vain, jos tutkijoiden, kriittisten lukujen ja resurssien välillä on suurta synergiaa. Tarvittava synteettinen, biokemiallinen, spektroskooppinen, mallintaminen, bioanalyyttinen ja nanoteknologiakapasiteetti on nyt saatavilla ELTE TTK:ssa. Painopisteemme on proteiinitestijärjestelmien kehittäminen, järkevä suunnittelu, in vitro/vivo -tuotanto ja bioyhteensopivien nanojärjestelmien kehittäminen. Tutkimustavoitteidemme saavuttamiseksi aiomme perustaa osaamiskeskuksen, joka voi tuoda merkittäviä läpimurtoja alalla kehittämällä yhteistyötä koko molekyylibiokemian alalla yhdistämällä kuusi erilaista lähestymistapaa ja kuutta eri näkökulmaa. Proteiinien alueellisen rakenteen ja dynamiikan ymmärtäminen on tutkimustehtävä, jolla on biolääketieteellistä, sosiaalista ja taloudellista merkitystä kemiallisen uteliaisuuden ja merkityksen lisäksi. Proteiinit voidaan tunnistaa lähes kaikissa elävien organismien osissa ja toimia tehokkaasti ympäristönsä mukaisesti monimutkaisina järjestelminä, joiden taustalla on hyvin säännellyt proteiini-proteiini-vuorovaikutukset sekä oligo- ja polymerisaatioprosessit (Tory, Perczel, Nature Genetics 2014). Nämä prosessit johtavat kuitenkin joskus aggregaation ja amyloidin umpikujaan. Alois Alzheimerin taudin yli 100 vuoden ajan diagnosoima konformaatiomuutos, jota ei ole vielä ymmärretty tarkasti molekyylitasolla, on vain yksi niistä amyloidiyhdistelmistä, joita on koettu proteiinin vanhenemisprosessissa. Aggregointi on termodynaamisesti edunsaaja (Perczel 2007), ja sen yksityiskohtainen ymmärtäminen ja käyttö ovat sovelluksemme keskeisiä elementtejä. Epänormaalin proteiiniaggregaation lisäksi tiedetään myös useita ei-patogeenisiä aggregaatioita. Toiminnallisilla amyloideilla on ollut tärkeä rooli bakteerien (Pseudomonas), viittaproteiinien (Plasmodium), hämähäkkisilkin, biofilmien, tarttumisproteiinien jne. kehityksessä; niille on ominaista niiden vakaus, joustavuus, vetolujuus. Sovelluksemme perustuu ELTE TTK:n kuuden tutkimusryhmän uuteen ja tavoitteelliseen yhdistämiseen eri tieteellisillä taustoilla ja erinomaisilla tuloksilla. Integroitu teoreettinen, kokeellinen ja instrumentaalinen tutkimusryhmä voi toteuttaa peptidi- ja proteiinipohjaisten nanojärjestelmien suunnittelun, synteesin ja laajan tutkimisen, jossa ß-heijastava tilarakenne, joka on altis aggregaatiolle, on yleinen elementti. Biomolekyylit tämän tilarakenteen ovat amyloid, pallomainen vetoketju, ja liima ß-kuituja ja filamentteja. Niillä on sekä materiaalitieteitä (itseorganisoituja kompakteja nanojärjestelmiä, bioyhteensopivia liimoja) että biotieteiden vakavia haasteita, kuten Alzheimerin tauti (APP › ß1–42 aggregaatio) ja Parkinsonin tauti (synukleiinin aggregaatio), diabetes mellitus (IAPP-aggregaatio) tai syöpätyyppi, joka johtuu aggregaatiosta (Knowles 2014). Preparatiivin, spektroskooppisen ja kristalligrafisen tutkimuksen koordinointi kuudessa ryhmässä (Perczel), kvanttikemia (keisari) ja matemaattinen (Grolmus) mallintaminen, kolloidinen kemia (Kiss), suunnatut peptidi- ja proteiinikehitystestit (Pál) ja in vivo geneettiset teokset (Vellai) mahdollistavat kohdennetun mutta kunnianhimoisen tutkimuksen kehittämisen ELTE:ssä. Kaikki nämä hakijat ovat olleet aktiivisia ja tehokkaita tutkijoita vuosikymmeniä (kumulatiiviset tiedot: > 1000 ilmoitusta, > 20000 referenssejä, > 30 vuoden tutkimuskokemus ulkomailla, > 40 tohtoriopiskelijaa), jotka hallinnoivat 5–20-tutkimusryhmiä, in vitro ja in vivo -tutkimusryhmiä, johtavat MTA-ELTE-tutkimusryhmää, käyttävät NMR-, röntgen-, ECD-, VCD-, AFM-, SPR- ja SEM-laitteita. Vaikka satoja proteiineja on kuvattu itsestään muodostaviksi amyloideiksi fysiologisissa tai hieman erilaisissa olosuhteissa, prosessien molekyyliyksityiskohdat ja kineettiset parametrit ovat suurelta osin tuntemattomia – vain satunnaista valon hajaantumista, fluoresenssia ja EM-tietoja voidaan käyttää. (Vertailututkimuksissamme ennen hakemussuunnitelman laatimista, kun kyseessä on tyypin 2 diabeteksen hoitoon käytettävän peptidilääkkeen (exenatidin) variantti, löysimme amyloidikoulutusta, joka voisi laukaista ympäristömuutosten – ainutlaatuisen testijärjestelmän, joka voisi olla amyloidien muuttumisen vertailujärjestelmä). Spektroskooppisten (ECD, VCD) ja NMR-menetelmien avulla aiomme kerätä aminohappokohtaisia tietoja amyloidisen koulutuksen yksityiskohdista, mikä voi johtaa ”amyloidien tunnistus” spektroskopian kehittämiseen. Aiomme tutkia suojaa tiettyjä sekvenssejä valkoisen oktarografian avulla käyttäen ”luonnollisesti” acilpeptidiä, joka osallistuu amyloidin β-p: n hajoamiseen... (Finnish)

point in time

13 August 2022

0 references

Agregacja amyloidów ma wyjątkowe znaczenie biomedyczne, bio- i strukturalne i cieszy się ciągłym zainteresowaniem w ostatnich dziesięcioleciach (B.S. Blumberg i D.C. Gajdusek za chorobę Kuru (1976) i S.B. Prusiner za zrozumienie dziedzictwa prionowego (1997) otrzymał Nagrodę Nobla Medycznego). Przełomy naukowe w tej dziedzinie można osiągnąć tylko wtedy, gdy istnieje wysoki stopień synergii między naukowcami, liczbami krytycznymi i zasobami. Niezbędne zdolności syntetyczne, biochemiczne, spektroskopowe, modelowanie, bioanalityczne i nanotechnologiczne są już dostępne w ELTE TTK. Skupiamy się na rozwoju systemów badań białek, racjonalnej konstrukcji, produkcji in vitro/vivo i rozwoju nanosystemów biokompatybilnych. Aby osiągnąć nasze cele badawcze, zamierzamy utworzyć centrum doskonałości, które może przynieść znaczące przełomy w tej dziedzinie dzięki rozwojowi współpracy w całej dziedzinie biochemii molekularnej, łączącej sześć różnych podejść i sześć różnych perspektyw. Zrozumienie struktury przestrzennej i dynamiki białek jest zadaniem badawczym o znaczeniu biomedycznym, społecznym i gospodarczym, wykraczającym poza ciekawość chemiczną i znaczenie. Białka można zidentyfikować w prawie wszystkich częściach organizmów żywych i skutecznie funkcjonować, zgodnie z ich otoczeniem, jako złożone systemy, z dobrze uregulowanymi interakcjami białkowo-białkowymi w tle oraz z procesami oligo i polimeryzacji (Tory, Perczel, Nature Genetics 2014). Jednak procesy te czasami prowadzą do agregacji i ślepych zaułków amyloidów. Zmiana uformowania, zdiagnozowana przez Alois Alzheimera od ponad 100 lat, ale nie była jeszcze dokładnie rozumiana na poziomie molekularnym, jest tylko jedną z agregatów amyloidowych doświadczanych w procesie „starzania się białek”. Agregacja jest beneficjentem termodynamicznym (Perczel 2007), a jej szczegółowe zrozumienie i zastosowanie są centralnymi elementami naszej aplikacji. Oprócz nieprawidłowej agregacji białek znany jest również szereg niepatogennych agregacji. Funkcjonalne amylooidy odegrały ważną rolę w ewolucji bakterii (Pseudomonas), białek płaszcza (Plasmodium), pająka jedwabiu, biofilmów, białek adhezyjnych itp.; wyróżniają się stabilnością, elastycznością, wytrzymałością na rozciąganie. Nasza aplikacja opiera się na nowatorskim i zorientowanym na cel połączeniu sześciu grup badawczych ELTE TTK o różnych środowiskach naukowych i działa z wybitnymi wynikami. Zintegrowany zespół teoretyczny, eksperymentalny i instrumentalny może realizować projekt, syntezę i szeroko zakrojone badanie nanosystemów peptydowych i białkowych, w których wspólną cechą jest struktura przestrzenna, odzwierciedlająca ß, skłonna do agregacji. Biomolekuły tej struktury przestrzennej obejmują amyloid, kulisty zamek błyskawiczny oraz włókna i włókna adhezyjne ß. Mają zarówno potencjał nauk materialnych (samoorganizowane, kompaktowe nanosystemy, biokompatybilne kleje), jak i mogą sprostać poważnym wyzwaniom związanym z naukami o życiu, takimi jak agregacja Alzheimera (APP › ß1-42) i choroba Parkinsona (agregacja?-synukleiny), cukrzyca (agregacja IPP) lub typ nowotworu wywołany przez nieaktywne tłumienie nowotworów p53 z powodu agregacji (Knowles 2014). Koordynacja badań preparatywnych, spektroskopowych i krystalograficznych w sześciu grupach (Perczel), chemia kwantowa (Imperator) i modelowanie matematyczne (Grolmus), chemia koloidalna (Kiss), ukierunkowane testy peptydów i ewolucji białek (Pál) oraz prace genetyczne in vivo (Vellai) pozwalają na rozwój ukierunkowanych, ale ambitnych badań w ELTE. Wszyscy wnioskodawcy są aktywnymi i skutecznymi badaczami od dziesięcioleci (łączne dane: > 1000 ogłoszeń, > 20000 referencji, > 30 lat doświadczenia badawczego za granicą, >40 doktorantów), którzy zarządzają zespołami wsparcia badawczego 5-20 in silico, in vitro i in vivo, prowadzą zespół badawczy MTA-ELTE, obsługują urządzenia NMR, rentgenowskie, ECD, VCD, AFM, SPR, SEM. Chociaż setki białek zostały opisane jako samoistnie tworzące amyloidy w fizjologicznych lub nieco innych okolicznościach, szczegóły molekularne i parametry kinetyczne procesów są w dużej mierze nieznane – można stosować jedynie sporadyczne rozpraszanie światła, fluorescencję i dane EM. (W trakcie naszych badań kontrolnych przed przygotowaniem planu stosowania, w przypadku wariantu leku peptydowego (exenatydu) stosowanego do leczenia cukrzycy typu 2, odkryliśmy trening amyloidowy, który może być wywołany zmianami środowiskowymi – unikalny system testowy, który może być „poziomem odniesienia” transformacji amyloidów). Wykorzystując metody spektroskopowe (ECD, VCD) i NMR, zamierzamy zebrać informacje specyficzne dla aminokwasów na temat szczegółów treningu amyloidalnego, co może prowadzić do opracowania protokołu spektroskopii „amyloidów”. Zamierzamy zbadać ochronę przed określonymi sekwencjami za pomocą białej oktarografii przy użyciu „naturalnie” acylopeptydu zaangażowanego w rozpad amyloidu β-p... (Polish)

point in time

13 August 2022

0 references

Aggregatie van amyloïden is van uitzonderlijk biomedisch, bio- en structureel-chemisch belang en heeft de afgelopen decennia voortdurend belangstelling getrokken (B.S. Blumberg en D.C. Gajdusek voor de ziekte van Kuru (1976) en S.B. Prusiner voor prion heritage begrip (1997) ontvingen de Nobel Medische Prijs). Wetenschappelijke doorbraken op dit gebied kunnen alleen worden bereikt als er een hoge mate van synergie is tussen onderzoekers, kritische aantallen en middelen. De benodigde synthetische, biochemische, spectroscopische, modellering, bioanalytische en nanotechnologiecapaciteit is nu beschikbaar bij ELTE TTK. Onze focus ligt op de ontwikkeling van eiwittestsystemen, het rationele ontwerp, in vitro/vivo productie en ontwikkeling van biocompatibele nanosystemen. Om onze onderzoeksdoelen te bereiken, zijn we van plan een expertisecentrum op te richten, dat aanzienlijke doorbraken in het veld kan opleveren als gevolg van de ontwikkeling van samenwerking op het hele gebied van de moleculaire biochemie, waarbij zes verschillende benaderingen en zes verschillende perspectieven worden gecombineerd. Inzicht in de ruimtelijke structuur en dynamiek van eiwitten is een onderzoekstaak die van biomedisch, sociaal en economisch belang is, voorbij chemische nieuwsgierigheid en belang. Eiwitten kunnen worden geïdentificeerd in bijna alle delen van levende organismen en functioneren effectief, in overeenstemming met hun omgeving, als complexe systemen, met goed gereguleerde eiwit-eiwitinteracties op de achtergrond, en met oligo- en polymerisatieprocessen (Tory, Perczel, Nature Genetics 2014). Echter, deze processen leiden soms tot aggregatie en amyloïde dode einden. De verandering in de conformiteit, die al meer dan 100 jaar door Alois Alzheimer wordt gediagnosticeerd, maar die nog niet nauwkeurig is begrepen op moleculair niveau, is slechts een van de amyloïdenaggregaten die ervaren zijn bij het proces van „eiwitveroudering”. Aggregatie is een thermodynamisch begunstigde (Perczel 2007), en het gedetailleerde begrip en gebruik ervan zijn centrale elementen van onze applicatie. Naast abnormale eiwitaggregatie zijn ook een aantal niet-pathogene aggregaties bekend. Functionele amyloïden hebben een belangrijke rol gespeeld in de evolutie van bacteriën (Pseudomonas), mantelproteïnen (Plasmodium), spinnenzijde, biofilms, adhesie-eiwitten, enz.; ze onderscheiden zich door hun stabiliteit, flexibiliteit, treksterkte. Onze applicatie bouwt voort op de nieuwe en doelgerichte koppeling van zes onderzoeksgroepen van de ELTE TTK met verschillende wetenschappelijke achtergronden en werkend met uitstekende resultaten. Het geïntegreerde theoretische, experimentele en instrumentale onderzoeksteam kan het ontwerp, de synthese en het uitgebreide onderzoek van nanosystemen op basis van peptiden en eiwitten realiseren, waarin de ß-reflecterende ruimtelijke structuur gevoelig voor aggregatie een gemeenschappelijk element is. Biomoleculen van deze ruimtelijke structuur omvatten amyloid, sferische ritssluiting, en adhesiv ß-vezels en filamenten. Ze hebben zowel potentieel voor materiaalwetenschap (zelfgeorganiseerde, compacte nanosystemen, biocompatibele lijmen) en kunnen de ernstige uitdagingen van de biowetenschappen zoals Alzheimer (APP” ß1-42 aggregatie) en de ziekte van Parkinson (aggregatie van?-synucleine), diabetes mellitus (IAPP-aggregatie) of kankertype veroorzaakt door onderactieve tumoronderdrukker p53 als gevolg van aggregatie (Knowles 2014) aanpakken. De coördinatie van preparatief, spectroscopisch en kristallografisch onderzoek in de zes groepen (Perczel), kwantumchemie (de Keizer) en wiskundige (Grolmus) modellering, colloïdale chemie (Kiss), gerichte peptide- en eiwitontwikkelingstests (Pál) en in vivo genetische werken (Vellai) maken de ontwikkeling mogelijk van een gericht maar ambitieus onderzoek bij ELTE. Al deze aanvragers zijn al tientallen jaren actieve en effectieve onderzoekers (cumulatieve gegevens: >1000 aankondigingen, >20000 referenties, >30 jaar onderzoekservaring in het buitenland, >40 promovendi) die 5-20 in silico, in vitro en in vivo onderzoeksondersteuningsteam beheren, leiden MTA-ELTE onderzoeksteam, opereren NMR, X-ray, ECD, VCD, AFM, SPR, SEM-apparaten. Hoewel honderden eiwitten zijn beschreven als spontaan vormende amyloïden in fysiologische of enigszins verschillende omstandigheden, zijn de moleculaire details en kinetische parameters van de processen grotendeels onbekend — alleen incidentele lichtverstrooiing, fluorescentie en EM-gegevens kunnen worden gebruikt. (In de loop van onze controlestudies voorafgaand aan de voorbereiding van het aanvraagplan, in het geval van een variant van een peptidegeneesmiddel (exenatide) dat wordt gebruikt om diabetes type 2 te genezen, ontdekten we amyloïdentraining die zou kunnen worden geactiveerd door veranderingen in het milieu — een uniek testsysteem dat het „benchmark”-systeem van amyloïdetransformatie zou kunnen zijn). Met behulp van spectroscopische (ECD, V... (Dutch)

point in time

13 August 2022

0 references

Amyloidní agregace má vynikající biomedicínský, bio- a strukturálně-chemický význam a v posledních desetiletích přitahuje trvalý zájem (B.S. Blumberg a D.C. Gajdusek za Kuruovu chorobu (1976) a S.B. Prusiner za pochopení prionového dědictví (1997) obdržel Nobelovu lékařskou cenu). Vědeckých průlomů v této oblasti lze dosáhnout pouze tehdy, pokud existuje vysoký stupeň součinnosti mezi výzkumnými pracovníky, kritickými počty a zdroji. Potřebná syntetická, biochemická, spektroskopická, modelovací, bioanalytická a nanotechnologická kapacita je nyní k dispozici na ELTE TTK. Zaměřujeme se na vývoj testovacích systémů proteinů, racionální návrh, in vitro/vivo výrobu a vývoj biokompatibilních nanosystémů. Abychom dosáhli našich výzkumných cílů, máme v úmyslu vytvořit centrum excelence, které může přinést významné průlomy v této oblasti díky rozvoji spolupráce v celé oblasti molekulární biochemie, která kombinuje šest různých přístupů a šest různých perspektiv. Pochopení prostorové struktury a dynamiky proteinů je výzkumný úkol, který má biomedicínský, sociální a ekonomický význam nad rámec chemické zvědavosti a významu. Proteiny lze identifikovat téměř ve všech částech živých organismů a účinně fungovat, v souladu s jejich prostředím, jako komplexní systémy, s dobře regulovanými interakcemi bílkovin a bílkovin v pozadí a s oligo a polymerizačními procesy (Tory, Perczel, Nature Genetics 2014). Tyto procesy však někdy vedou k agregaci a amyloidní slepé uličky. Změna konformace, kterou Alois Alzheimer diagnostikoval již více než 100 let, ale dosud nebyla přesně pochopena na molekulární úrovni, je pouze jednou z amyloidních agregací, které se vyskytly v procesu „zrání bílkovin“. Agregace je termodynamicky příjemce (Perczel 2007), a její podrobné pochopení a použití jsou ústředními prvky naší aplikace. Kromě abnormální agregace proteinů je také známa řada nepatogenních agregací. Funkční amyloidy hrály důležitou roli v evoluci bakterií (Pseudomonas), plošných proteinů (Plasmodium), pavoučího hedvábí, biofilmů, adhezních proteinů atd.; vyznačují se svou stabilitou, flexibilitou, pevností v tahu. Naše aplikace staví na novém a cílově orientovaném propojení šesti výzkumných skupin ELTE TTK s odlišným vědeckým zázemím a fungujících s vynikajícími výsledky. Integrovaný teoretický, experimentální a instrumentální výzkumný tým může realizovat návrh, syntézu a rozsáhlé zkoumání nanosystémů na bázi peptidů a proteinů, v nichž je běžným prvkem prostorová struktura odrážející ß agregaci. Biomolekuly této prostorové struktury zahrnují amyloidní, sférický zip a adhesiv ß-vlákna a vlákna. Mají oba potenciál pro vědu o materiálech (samoorganizované, kompaktní nanosystémy, biokompatibilní lepidla) a mohou řešit závažné problémy vědy o živé přírodě, jako je Alzheimerova choroba (APP › ß1–42 agregace) a Parkinsonova choroba (agregace?-synukleinu), diabetes mellitus (IAPP agregace) nebo typ rakoviny způsobený nedostatečně aktivním supresorem nádoru p53 v důsledku agregace (Knowles 2014). Koordinace preparativního, spektroskopického a krystalografického výzkumu v šesti skupinách (Perczel), kvantové chemie (Císař) a matematické (Grolmus) modelování, koloidní chemie (Kiss), řízené peptidové a proteinové evoluční testy (Pál) a in vivo genetická díla (Vellai) umožňují rozvoj cíleného, ale ambiciózního výzkumu na ELTE. Všichni tito žadatelé jsou aktivní a efektivní výzkumní pracovníci po desetiletí (kumulativní údaje: >1000 oznámení, >20000 referencí, >30 let výzkumné zkušenosti v zahraničí, >40 PhD studenti), kteří spravují 5–20 in silico, in vitro a in vivo výzkumné podpůrné týmy, vést MTA-ELTE výzkumný tým, provozovat NMR, X-ray, ECD, VCD, AFM, SPR, SEM zařízení. Ačkoli stovky proteinů byly popsány jako spontánně tvořící amyloidy za fyziologických nebo mírně odlišných okolností, molekulární detaily a kinetické parametry procesů jsou do značné míry neznámé – lze použít pouze občasné rozptyl světla, fluorescence a EM data. (V průběhu našich kontrolních studií před přípravou aplikačního plánu, v případě variant peptidového léčivého přípravku (exenatidu) používaného k léčbě diabetu 2. typu jsme objevili amyloidní trénink, který by mohl být vyvolán změnami životního prostředí – unikátní testovací systém, který by mohl být „referenčním“ systémem transformace amyloidů). Pomocí spektroskopických (ECD, VCD) a NMR metod, máme v úmyslu shromáždit aminokyselin specifické informace o detailech amyloidní trénink, což může vést k rozvoji spektroskopického protokolu „amyloidní rozpoznávání“. Máme v úmyslu zkoumat ochranu proti specifickým sekvencím pomocí bílé oktarografie pomocí „přirozeně“ acilpeptidu zapojeného do rozpadu amyloidu β-p... (Czech)

point in time

13 August 2022

0 references

Amiloīdu agregācija ir izcila biomedicīnas, bio- un strukturālās-ķīmiskās nozīmes un pēdējo desmitgažu laikā ir piesaistījusi nepārtrauktu interesi (B.S. Blumberg un D.C. Gajdusek par Kuru slimību (1976) un S.B. Prusiner par prionu mantojuma izpratni (1997) saņēma Nobela medicīnas prēmiju). Zinātniskos sasniegumus šajā jomā var panākt tikai tad, ja pastāv augsta sinerģija starp pētniekiem, kritiskajiem skaitļiem un resursiem. Nepieciešamās sintētiskās, bioķīmiskās, spektroskopiskās, modelēšanas, bioanalīzes un nanotehnoloģijas iespējas tagad ir pieejamas ELTE TTK. Mūsu uzmanības centrā ir olbaltumvielu testēšanas sistēmu izstrāde, racionāls dizains, in vitro/vivo ražošana un bioloģiski saderīgu nanosistēmu izstrāde. Lai sasniegtu mūsu pētniecības mērķus, mēs plānojam izveidot izcilības centru, kas var dot nozīmīgus sasniegumus šajā jomā, pateicoties sadarbības attīstībai visā molekulārās bioķīmijas jomā, apvienojot sešas dažādas pieejas un sešas dažādas perspektīvas. Izpratne par olbaltumvielu telpisko struktūru un dinamiku ir pētniecības uzdevums, kas ir biomedicīnas, sociālās un ekonomiskās nozīmes ārpus ķīmiskās zinātkāres un svarīguma. Olbaltumvielas var identificēt gandrīz visās dzīvo organismu daļās un efektīvi darboties atbilstoši to videi, kā sarežģītas sistēmas, ar labi regulētu olbaltumvielu un olbaltumvielu mijiedarbību fonā un oligo un polimerizācijas procesos (Tory, Perczel, Nature Genetics 2014). Tomēr šie procesi dažkārt noved pie agregācijas un amiloīda strupceļiem. Izmaiņas konformācijā, ko Alois Alcheimera slimība ir diagnosticēta jau vairāk nekā 100 gadus, bet vēl nav precīzi izprastas molekulārā līmenī, ir tikai viena no amiloīdu agregācijām, kas novērotas “olbaltumvielu novecošanas” procesā. Agregācija ir termodinamiski saņēmējs (Perczel 2007), un tā detalizēta izpratne un izmantošana ir mūsu pieteikuma galvenie elementi. Papildus patoloģiskai olbaltumvielu agregācijai ir zināma arī virkne nepatogēnu agregāciju. Funkcionālajiem amiloīdiem ir bijusi nozīmīga loma baktēriju (Pseudomonas), kloķu proteīnu (Plasmodium), zirnekļa zīda, bioplēvju, adhēzijas proteīnu u. c. attīstībā; tie atšķiras ar to stabilitāti, elastību, stiepes izturību. Mūsu lietojumprogramma balstās uz jaunu un uz mērķi orientētu saikni starp sešām ELTE TTK pētniecības grupām ar dažādu zinātnisko pieredzi un darbību ar izciliem rezultātiem. Integrētā teorētiskā, eksperimentālā un instrumentālā pētniecības komanda var realizēt peptīdu un olbaltumvielu nanosistēmu dizainu, sintēzi un plašu izpēti, kurā ß atstarojošā telpiskā struktūra, kas ir pakļauta agregācijai, ir kopīgs elements. Šīs telpiskās struktūras biomolekulas ietver amiloīdu, sfērisku rāvējslēdzēju un adhesiv ß šķiedras un pavedienus. Tām ir gan materiālzinātnes potenciāls (pašorganizētas, kompaktas nanosistēmas, bioloģiski saderīgas adhezīvas), un tās var risināt nopietnās problēmas, kas saistītas ar zinātnēm par dzīvību, piemēram, Alcheimera slimību (APP › ß1–42 agregācija) un Parkinsona slimību (sinukleīna agregācija?), cukura diabētu (IAPP agregācija) vai vēža veidu, ko izraisa nepietiekama audzēja nomācējs p53 agregācijas dēļ (Knowles 2014). Preparatīvās, spektroskopiskās un kristalogrāfiskās izpētes koordinēšana sešās grupās (Perczel), kvantu ķīmijas (imperatora) un matemātiskās (Grolmus) modelēšanas, koloidālās ķīmijas (Kiss), virzīto peptīdu un olbaltumvielu evolūcijas testu (Pál) un in vivo ģenētisko darbu (Vellai) ietvaros ļauj izstrādāt mērķtiecīgu, bet vērienīgu pētījumu ELTE. Visi šie pretendenti desmitiem gadu ir bijuši aktīvi un efektīvi pētnieki (kumulatīvie dati: > 1000 paziņojumi, >20000 atsauces, > 30 gadu pētniecības pieredze ārzemēs, > 40 PhD studenti), kas pārvalda 5–20 in silico, in vitro un in vivo pētniecības atbalsta komandas, vadīt MTA-ELTE pētniecības komandu, darbojas NMR, rentgena, ECD, VCD, AFM, SPR, SEM ierīces. Lai gan simtiem olbaltumvielu ir raksturotas kā spontāni veidojoši amiloīdi fizioloģiskos vai nedaudz atšķirīgos apstākļos, procesu molekulārās detaļas un kinētiskie parametri lielā mērā nav zināmi — var izmantot tikai gadījuma gaismas izkliedi, fluorescences un EM datus. (Mūsu kontroles pētījumos pirms pieteikuma plāna sagatavošanas, ja peptīdu (eksenatīdu) izmanto 2. tipa diabēta ārstēšanai, mēs atklājām amiloīdu apmācību, ko varētu izraisīt vides pārmaiņas — unikālu testēšanas sistēmu, kas varētu būt “standarta” amiloīdu transformācijas sistēma). Izmantojot spektroskopijas (ECD, VCD) un NMR metodes, mēs plānojam apkopot aminoskābēm specifisku informāciju par informāciju par amiloidālo apmācību, kas var novest pie “amiloīdu atpazīšanas” spektroskopijas protokola izstrādes. Mēs plānojam pārbaudīt aizsardzību pret īpašām sekvencēm, izmantojot balto oktarogrāfiju, izmantojot “dabiski” acilpeptīdu, kas iesaistīts amiloīda β-p... (Latvian)

point in time

13 August 2022

0 references

Tá tábhacht den scoth bithleighis, bithleighis agus struchtúrach ag baint leis an gcomhbhailiúchán amyloid agus tá suim leanúnach ann le blianta beaga anuas (B.S. Blumberg agus D.C. Gajdusek do ghalar Kuru (1976) agus S.B. Prusiner do thuiscint oidhreachta prion (1997) bronnadh Duais Leighis Nobel air). Ní féidir dul chun cinn eolaíoch sa réimse seo a bhaint amach ach amháin má tá ardleibhéal sineirgíochta ann idir taighdeoirí, líon criticiúil agus acmhainní. Tá an acmhainneacht shintéiseach, bhithcheimiceach, speictreascópach, samhaltaithe, bithanailíseach agus nanaitheicneolaíochta is gá ar fáil anois ag ELTE TTK. Is é ár bhfócas ná córais tástála próitéine a fhorbairt, dearadh réasúnach, táirgeadh in vitro/vivo agus forbairt nanachóras bith-chomhoiriúnach. Chun ár spriocanna taighde a bhaint amach, tá sé i gceist againn ionad barr feabhais a bhunú, a d’fhéadfadh dul chun cinn suntasach a dhéanamh sa réimse mar gheall ar fhorbairt an chomhair ar fud réimse iomlán na bithcheimice móilíneach, ina gcomhcheanglaítear sé chur chuige éagsúla agus sé pheirspictíochtaí éagsúla. Is tasc taighde é tuiscint a fháil ar struchtúr spásúil agus dinimic próitéiní a bhfuil tábhacht bhithleighis, shóisialta agus eacnamaíoch ag baint leis thar fiosracht agus tábhacht cheimiceach. Is féidir próitéiní a aithint i mbeagnach gach cuid d’orgánaigh bheo agus feidhmíonn siad go héifeachtach, de réir a dtimpeallachta, mar chórais chasta, le hidirghníomhaíochtaí próitéine-próitéine dea-rialaithe sa chúlra, agus le próisis olaga agus polaiméirithe (Tory, Perczel, Nature Genetics 2014). Mar sin féin, uaireanta bíonn comhbhailiú agus foircinn mharbh amyloid mar thoradh ar na próisis sin. Níl san athrú comhréireachta, atá diagnóisithe ag Alois Alzheimer le níos mó ná 100 bliain ach nach bhfuil tuiscint chruinn air go fóill ar leibhéal móilíneach, ach ceann amháin de na comhbhailiúcháin aimileóideacha a bhíonn ann sa phróiseas ‘aosú próitéine’. Is tairbhí teirmidinimiciúil é an comhiomlánú (Perczel 2007), agus is gnéithe lárnacha dár n-iarratas iad an tuiscint mhionsonraithe agus an úsáid a bhaintear as. Chomh maith le comhiomlánú próitéine neamhghnácha, tá roinnt comhbhailiúchán neamh-pathogenic ar eolas freisin. Bhí ról tábhachtach ag amyloids feidhmiúla in éabhlóid na mbaictéar (Pseudomonas), próitéiní clóca (Plasmodium), síoda spider, bithscannáin, próitéiní greamaitheachta, etc.; déantar idirdhealú a dhéanamh orthu ag a gcobhsaíocht, a solúbthacht, a neart teanntachta. Tógann ár n-iarratas ar an nasc úrscéal agus sprioc-dhírithe sé ghrúpa taighde ar an TTK ELTE le cúlraí eolaíocha éagsúla agus ag feidhmiú le torthaí den scoth. Is féidir leis an bhfoireann taighde comhtháite teoiriciúil, turgnamhach agus ionstraimeach a bhaint amach ar an dearadh, sintéis agus scrúdú fairsing nanachórais peptide agus próitéin-bhunaithe, ina bhfuil an struchtúr spásúil ß-flecting seans maith go comhiomlánú Is gné coitianta. I measc na mbithmhóilíní den struchtúr spásúil seo tá amyloid, zipper sféarúil, agus ß-snáithíní greamaitheacha agus filiméid. Tá an dá acmhainneacht don eolaíocht ábhartha (féin-eagraithe, nanachórais dhlúth, greamacháin bith-chomhoiriúnach) agus is féidir aghaidh a thabhairt ar na dúshláin thromchúiseacha na n-eolaíochtaí beatha ar nós Alzheimer ar (APP › ß1-42 comhiomlánú) agus galar Parkinson (comhiomlánú de?-synuclein), diaibéiteas mellitus (IAPP comhiomlánú) nó cineál ailse de bharr íosghníomhach suppressor tumour p53 mar gheall ar chomhiomlánú (Knowles 2014). Trí thaighde ullmhúcháin, speictrimeoscópach agus criostalaíoch a chomhordú sna sé ghrúpa (Perczel), ceimic chandamach (an Impire) agus samhaltú matamaiticiúil (Grolmus), samhaltú ceimice collóideach (Kiss), tástálacha dírithe ar pheiptíd agus ar éabhlóid próitéine (Pál) agus saothair ghéiniteacha in vivo (Vellai) is féidir taighde dírithe ach uaillmhianach a fhorbairt ag ELTE. Tá na hiarratasóirí seo go léir ina dtaighdeoirí gníomhacha agus éifeachtacha le blianta fada (sonraí carnacha: > 1000 fógraí, > 20000 tagairtí, > 30 bliain de thaithí taighde thar lear, > 40 mac léinn PhD) a bhainistiú 5-20 in silico, in vitro agus in vivo foirne tacaíochta taighde, i gceannas ar fhoireann taighde MTA-ELTE, oibriú NMR, X-gha, ECD, VCD, AFM, SPR, SEM feistí. Cé go ndearnadh cur síos ar na céadta próitéiní mar amyloids a chruthaíonn go spontáineach in imthosca fiseolaíocha nó beagán difriúil, níl na sonraí móilíneacha agus paraiméadair chinéiteacha na bpróiseas anaithnid den chuid is mó — ní féidir sonraí scaipthe solais, fluaraiseachta agus EM a úsáid ach ó am go chéile. (Le linn ár staidéir rialaithe roimh ullmhú an phlean iarratais, i gcás athraitheach de leigheas peptide (exenatide) a úsáidtear chun diaibéiteas de chineál 2 a leigheas, fuair muid oiliúint amyloid a d’fhéadfadh athruithe comhshaoil a spreagadh — córas tástála uathúil a d’fhéadfadh a bheith ina chóras ‘tagarmharc’ de chlaochlú amyloid). Ag baint úsáide as modhanna speictriméadacha (ECD, VCD) agus NMR, tá sé a... (Irish)

point in time

13 August 2022

0 references

Amiloidna agregacija je izjemnega biomedicinskega, bio- in strukturno-kemijskega pomena in je v zadnjih desetletjih pritegnila stalno zanimanje (B.S. Blumberg in D.C. Gajdusek za Kurujevo bolezen (1976) in S.B. Prusiner za razumevanje prionske dediščine (1997) sta prejela Nobelovo medicinsko nagrado). Znanstveni preboji na tem področju se lahko dosežejo le, če obstaja visoka stopnja sinergije med raziskovalci, kritičnim številom in viri. Potrebna sintetična, biokemična, spektroskopska, modeliranje, bioanalitična in nanotehnološka zmogljivost je zdaj na voljo na ELTE TTK. Osredotočamo se na razvoj sistemov testiranja beljakovin, racionalno zasnovo, in vitro/vivo proizvodnjo in razvoj biokompatibilnih nanosistemov. Da bi dosegli naše raziskovalne cilje, nameravamo vzpostaviti center odličnosti, ki lahko prinese pomembne preboje na tem področju zaradi razvoja sodelovanja na celotnem področju molekularne biokemije, ki združuje šest različnih pristopov in šest različnih perspektiv. Razumevanje prostorske strukture in dinamike beljakovin je raziskovalna naloga, ki ima biomedicinski, družbeni in gospodarski pomen, ki presega kemijsko radovednost in pomen. Beljakovine je mogoče identificirati v skoraj vseh delih živih organizmov in učinkovito delovati, v skladu z njihovim okoljem, kot kompleksne sisteme, z dobro reguliranimi interakcijami beljakovin in beljakovin v ozadju ter z oligo in polimerizacijskimi procesi (Tory, Perczel, Nature Genetics 2014). Vendar pa ti procesi včasih vodijo do agregacije in amiloidnih slepih koncev. Sprememba mesnatosti, ki jo je Alois Alzheimerjeva bolezen diagnosticirala že več kot 100 let, vendar še ni bila natančno razumljena na molekularni ravni, je le ena od amiloidnih agregacij, ki se pojavljajo v procesu „staranja beljakovin“. Agregacija je termodinamično upravičenka (Perczel 2007), njeno podrobno razumevanje in uporaba pa sta osrednja elementa naše aplikacije. Poleg nenormalne agregacije beljakovin so znane tudi številne nepatogene agregacije. Funkcionalni amiloidi so imeli pomembno vlogo pri razvoju bakterij (Pseudomonas), beljakovin plašča (Plasmodium), pajkove svile, biofilmov, adhezijskih beljakovin itd.; odlikuje jih njihova stabilnost, fleksibilnost, natezna trdnost. Naša aplikacija nadgrajuje novo in ciljno usmerjeno povezovanje šestih raziskovalnih skupin ELTE TTK z različnimi znanstvenimi ozadji in deluje z izjemnimi rezultati. Integrirana teoretična, eksperimentalna in instrumentalna raziskovalna ekipa lahko uresniči zasnovo, sintezo in obsežno preučevanje peptidnih in beljakovinskih nanosistemov, v katerih je ß-refllektivna prostorska struktura nagnjena k agregaciji. Biomolekulacije te prostorske strukture vključujejo amiloidno, sferično zadrgo in adhesiv ß-vlakna in filamente. Imajo potencial za znanost o materialih (samoorganizirani, kompaktni nanosistemi, biokompatibilna lepila) in lahko obravnavajo resne izzive znanosti o življenju, kot so Alzheimerjeva bolezen (APP › ß1–42 agregacija) in Parkinsonova bolezen (združevanje?-sinukleina), sladkorna bolezen (agregacija IAPP) ali vrsta raka, ki jo povzroča premalo aktiven zaviralec tumorjev p53 zaradi agregacije (Knowles 2014). Usklajevanje preparativnih, spektroskopskih in kristalografskih raziskav v šestih skupinah (Perczel), kvantni kemiji (Cesar) in matematični (Grolmus) modeliranju, koloidni kemiji (Kiss), usmerjenih peptidnih in beljakovinskih evolucijskih testih (Pál) in in vivo genetskih delih (Vellai) omogoča razvoj osredotočenih, a ambicioznih raziskav na ELTE. Vsi ti kandidati so že desetletja aktivni in učinkoviti raziskovalci (kumulativni podatki: >1000 napovedi, >20000 referenc, >30 let raziskovalnih izkušenj v tujini, >40 doktorskih študentov), ki upravljajo 5–20 in silico, in vitro in in vivo raziskovalne podporne ekipe, vodijo MTA-ELTE raziskovalno ekipo, delujejo NMR, X-ray, ECD, VCD, AFM, SPR, SEM naprave. Čeprav so na stotine beljakovin opisali kot spontano tvorijo amiloide v fizioloških ali nekoliko drugačnih okoliščinah, molekularne podrobnosti in kinetični parametri procesov v veliki meri niso znani – uporabijo se lahko le občasno sipanje svetlobe, fluorescenčni in EM podatki. (Med našimi kontrolnimi študijami pred pripravo aplikativnega načrta smo v primeru variante peptidnega zdravila (eksenatida), ki se uporablja za zdravljenje sladkorne bolezni tipa 2, odkrili amiloidno usposabljanje, ki bi ga lahko sprožile okoljske spremembe – edinstven preskusni sistem, ki bi lahko bil „referenčni“ sistem amiloidne transformacije). Z uporabo spektroskopskih (ECD, VCD) in NMR metod nameravamo zbirati informacije, specifične za aminokisline, o podrobnostih amiloidnega usposabljanja, ki lahko privedejo do razvoja spektroskopskega protokola „amiiloidnega prepoznavanja“. Nameravamo preučiti zaščito pred določenimi zaporedji z belo oktarografijo z „naravno“ acilpeptidom, ki sodeluje pri razgradnji amiloida β-p... (Slovenian)

point in time

13 August 2022

0 references

La agregación amiloide es de gran importancia biomédica, bioquímica y estructural y ha atraído un interés continuo en las últimas décadas (B.S. Blumberg y D.C. Gajdusek por la enfermedad de Kuru (1976) y S.B. Prusiner para la comprensión del patrimonio prión (1997) recibieron el Premio Nobel de Medicina). Los avances científicos en este ámbito solo pueden lograrse si existe un alto grado de sinergia entre los investigadores, los números críticos y los recursos. La necesaria capacidad sintética, bioquímica, espectroscópica, de modelización, bioanalítica y nanotecnología ya está disponible en ELTE TTK. Nuestro enfoque es el desarrollo de sistemas de prueba de proteínas, el diseño racional, la producción in vitro/vivo y el desarrollo de nanosistemas biocompatibles. Con el fin de alcanzar nuestros objetivos de investigación, tenemos la intención de establecer un centro de excelencia, que pueda aportar avances significativos en el campo debido al desarrollo de la cooperación en todo el campo de la bioquímica molecular, combinando seis enfoques diferentes y seis perspectivas diferentes. Comprender la estructura espacial y la dinámica de las proteínas es una tarea de investigación que es de importancia biomédica, social y económica más allá de la curiosidad química y la importancia. Las proteínas se pueden identificar en casi todas las partes de los organismos vivos y funcionan eficazmente, de acuerdo con su entorno, como sistemas complejos, con interacciones proteína-proteínas bien reguladas en el fondo, y con oligo y procesos de polimerización (Tory, Perczel, Nature Genetics 2014). Sin embargo, estos procesos a veces conducen a la agregación y los callejones sin salida amiloide. El cambio en la conformación, diagnosticado por Alois Alzheimer desde hace más de 100 años, pero que aún no se ha entendido con precisión a nivel molecular, es solo una de las agregaciones amiloideas experimentadas en el proceso de ‘envejecimiento de proteínas’. La agregación es un beneficiario termodinámico (Perczel 2007), y su comprensión y uso detallados son elementos centrales de nuestra aplicación. Además de la agregación anormal de proteínas, también se conocen varias agregaciones no patógenas. Los amiloides funcionales han desempeñado un papel importante en la evolución de bacterias (Pseudomonas), proteínas de capa (Plasmodium), seda de araña, biofilms, proteínas de adhesión, etc.; se distinguen por su estabilidad, flexibilidad, resistencia a la tracción. Nuestra aplicación se basa en el enlace novedoso y orientado a objetivos de seis grupos de investigación del ELTE TTK con diferentes antecedentes científicos y operando con resultados excepcionales. El equipo integrado de investigación teórica, experimental e instrumental puede realizar el diseño, la síntesis y el examen exhaustivo de los nanosistemas basados en péptidos y proteínas, en los que la estructura espacial reflectante ß propensa a la agregación es un elemento común. Las biomoléculas de esta estructura espacial incluyen amiloide, cremallera esférica y ß-fibras adhesivas y filamentos. Ambos tienen potencial para la ciencia material (nanosistemas compactos autoorganizados, adhesivos biocompatibles) y pueden abordar los graves desafíos de las ciencias de la vida como el Alzheimer (APP › ß1-42 agregación) y la enfermedad de Parkinson (agregación de?-sinucleina), diabetes mellitus (Agregación de la IAPP) o tipo de cáncer causado por el supresor de tumores subactivo p53 debido a la agregación (Knowles 2014). La coordinación de la investigación preparatoria, espectroscópica y cristalográfica en los seis grupos (Perczel), química cuántica (el Emperador) y matemática (Grolmus) modelado, química coloidal (Kiss), péptido dirigido y pruebas de evolución de proteínas (Pál) y trabajos genéticos in vivo (Vellai) permiten el desarrollo de una investigación enfocada pero ambiciosa en ELTE. Todos estos solicitantes han sido investigadores activos y eficaces durante décadas (datos acumulativos: >1000 anuncios, >20000 referencias, >30 años de experiencia de investigación en el extranjero, >40 estudiantes de doctorado) que administran 5-20 equipos de apoyo a la investigación in vitro e in vivo, lideran el equipo de investigación MTA-ELTE, operan dispositivos NMR, rayos X, ECD, VCD, AFM, SPR, SEM. Aunque cientos de proteínas se han descrito como forma espontánea de amiloides en circunstancias fisiológicas o ligeramente diferentes, los detalles moleculares y los parámetros cinéticos de los procesos son en gran parte desconocidos — solo se pueden usar datos ocasionales de dispersión de luz, fluorescencia y EM. (En el curso de nuestros estudios de control previos a la preparación del plan de aplicación, en el caso de una variante de un medicamento péptido (exenatida) utilizado para curar la diabetes tipo 2, descubrimos entrenamiento amiloide que podría ser desencadenado por cambios ambientales — un sistema de prueba único que podría ser el sistema de «marca de referencia» de la transformació... (Spanish)

point in time

13 August 2022

0 references

Амилоидната агрегация е от изключително биомедицинско, био- и структурно-химическо значение и е привлякла постоянен интерес през последните десетилетия (B.S. Blumberg и D.C. Gajdusek за болестта на Куру (1976) и S.B. Prusiner за разбиране на прион наследството (1997 г.) получават Нобелова медицинска награда). Научни открития в тази област могат да бъдат постигнати само ако е налице висока степен на синергия между изследователите, критичния брой и ресурсите. Необходимият синтетичен, биохимичен, спектроскопски, моделиране, биоаналитичен и нанотехнологичен капацитет вече е на разположение в ELTE TTK. Фокусът ни е разработването на протеинови тестови системи, рационалното проектиране, ин витро/вивото производство и разработването на биосъвместими наносистеми. За да постигнем научноизследователските си цели, възнамеряваме да създадем център за високи постижения, който може да доведе до значителни пробиви в тази област поради развитието на сътрудничеството в цялата област на молекулярната биохимия, съчетавайки шест различни подхода и шест различни гледни точки. Разбирането на пространствената структура и динамиката на протеините е изследователска задача, която е от биомедицинско, социално и икономическо значение отвъд химическата любопитство и значение. Протеините могат да бъдат идентифицирани в почти всички части на живите организми и да функционират ефективно, в съответствие с околната среда, като сложни системи, с добре регулирани взаимодействия протеин-протеин във фонов режим, както и с олиго и полимеризационни процеси (Tory, Perczel, Nature Genetics 2014). Тези процеси обаче понякога водят до агрегация и амилоиден задънена улица. Промяната в конформацията, която е диагностицирана от Alois Alzheimer в продължение на повече от 100 години, но все още не е разбрана точно на молекулярно ниво, е само една от амилоидните струпвания, наблюдавани в процеса на „отлежаване на протеини“. Агрегацията е термодинамично бенефициент (Perczel 2007), а подробното му разбиране и използване са основни елементи на нашето приложение. В допълнение към абнормната белтъчна агрегация са известни и редица непатогенни струпвания. Функционалните амилоиди са изиграли важна роля в развитието на бактериите (Pseudomonas), наметалите (Plasmodium), коприната от паяк, биофилмите, адхезивните протеини и др.; те се отличават със своята стабилност, гъвкавост, якост на опън. Нашето приложение се основава на новото и целево ориентирано свързване на шест изследователски групи на ELTE TTK с различен научен опит и работа с изключителни резултати. Интегрираният теоретичен, експериментален и инструментален изследователски екип може да реализира проектирането, синтеза и обширното изследване на пептидни и протеинови наносистеми, в които отразяващата ß пространствена структура, податлива на агрегация, е общ елемент. Биомолекулите на тази пространствена структура включват амилоиди, сферични ципове и адхесив ß-влакна и нишки. Те имат потенциал за материална наука (самоорганизирани, компактни наносистеми, биосъвместими лепила) и могат да отговорят на сериозните предизвикателства на науките за живота като Алцхаймер (APP › ß1—42 агрегация) и болестта на Паркинсон (агрегация на?-синуклеин), захарен диабет (IAPP агрегация) или тип рак, причинен от недостатъчно активен туморен супресор p53 поради агрегация (Knowles 2014). Координацията на подготвителните, спектроскопските и кристалографските изследвания в шестте групи (Perczel), квантовата химия (Императора) и математическото (Grolmus) моделиране, колоидната химия (Kiss), тестовете за еволюция на насочения пептид и протеин (Pál) и in vivo генетичните произведения (Vellai) позволяват разработването на целенасочени, но амбициозни изследвания в ELTE. Всички тези кандидати са активни и ефективни изследователи от десетилетия (кумулативни данни: >1000 съобщения, > 20000 препратки, > 30 години изследователски опит в чужбина, >40 докторанти), които управляват 5—20 in silico, in vitro и in vivo изследователски екипи, водят изследователски екип MTA-ELTE, работят с NMR, рентгенови лъчи, ECD, VCD, AFM, SPR, SEM устройства. Въпреки че стотици протеини са описани като спонтанно образуващи амилоиди при физиологични или леко различни обстоятелства, молекулярните детайли и кинетичните параметри на процесите са до голяма степен неизвестни — могат да се използват само данни за разсейване на светлината, флуоресценция и ЕМ. (В хода на нашите контролни проучвания преди изготвянето на плана за прилагане, в случай на вариант на пептидно лекарство (ексенатид), използван за лечение на диабет тип 2, открихме амилоидно обучение, което може да бъде предизвикано от промени в околната среда — уникална тестова система, която може да бъде „референтната“ система за амилоидна трансформация). С помощта на спектроскопски (ECD, VCD) и ЯМР методи възнамеряваме да съберем специфична за аминокиселината информация за детайлите на амилоидното обучение, което може да доведе до разработването на протокол за спектроскопия на „амилоидното разпознаване“. Възн... (Bulgarian)

point in time

13 August 2022

0 references

L-aggregazzjoni tal-amilojde hija ta’ importanza bijomedika, bijokimika u strutturali u attirat interess kontinwu matul dawn l-aħħar għexieren ta’ snin (B.S. Blumberg u D.C. Gajdusek għall-marda ta’ Kuru (1976) u S.B. Prusiner għall-fehim tal-wirt tal-prijoni (1997) irċieva l-Premju Mediku Nobel). L-iskoperti xjentifiċi f’dan il-qasam jistgħu jinkisbu biss jekk ikun hemm grad għoli ta’ sinerġija bejn ir-riċerkaturi, in-numri kritiċi u r-riżorsi. Il-kapaċità sintetika, bijokimika, spettroskopika, tal-immudellar, bijoanalitika u nanoteknoloġija meħtieġa issa hija disponibbli fl-ELTE TTK. Il-fokus tagħna huwa l-iżvilupp ta’ sistemi ta’ ttestjar tal-proteini, id-disinn razzjonali, il-produzzjoni in vitro/vivo u l-iżvilupp ta’ nanosistemi bijokompatibbli. Sabiex nilħqu l-għanijiet tagħna ta’ riċerka, biħsiebna nistabbilixxu ċentru ta’ eċċellenza, li jista’ jġib skoperti sinifikanti fil-qasam minħabba l-iżvilupp tal-kooperazzjoni fil-qasam kollu tal-bijokimika molekulari, li jgħaqqad sitt approċċi differenti u sitt perspettivi differenti. Fehim tal-istruttura spazjali u d-dinamika tal-proteini huwa kompitu ta ‘riċerka li huwa ta’ importanza bijomedika, soċjali u ekonomika lil hinn mill-kurżità kimika u l-importanza. Il-proteini jistgħu jiġu identifikati fi kważi l-partijiet kollha tal-organiżmi ħajjin u jaħdmu b’mod effettiv, skont l-ambjent tagħhom, bħala sistemi kumplessi, b’interazzjonijiet regolati sew bejn il-proteini u l-proteini fl-isfond, u bi proċessi ta’ oligo u polimerizzazzjoni (Tory, Perczel, Natura Ġenetika 2014). Madankollu, dawn il-proċessi xi kultant iwasslu għal aggregazzjoni u truf mejta tal-amilojde. Il-bidla fil-konformazzjoni, li ġiet iddijanjostikata minn Alois Alzheimer għal aktar minn 100 sena iżda li għadha ma ġietx mifhuma b’mod preċiż fuq livell molekulari, hija biss waħda mill-aggregazzjonijiet amilojdi esperjenzati fil-proċess tat-“tixjiħ tal-proteina”. Aggregazzjoni hija thermodynamically benefiċjarju (Perczel 2007), u l-fehim dettaljat tagħha u l-użu huma elementi ċentrali ta ‘applikazzjoni tagħna. Minbarra l-aggregazzjoni anormali ta’ proteini, numru ta’ aggregazzjonijiet mhux patoġeniċi huma magħrufa wkoll. L-amilojdi funzjonali kellhom rwol importanti fl-evoluzzjoni tal-batterji (Pseudomonas), il-proteini tal-kloak (Plasmodium), il-ħarir tal-brimba, il-bijofilms, il-proteini ta’ adeżjoni, eċċ.; huma distinti mill-istabbiltà, il-flessibbiltà, is-saħħa tensili tagħhom. L-applikazzjoni tagħna tibni fuq ir-rabta ġdida u orjentata lejn l-għan ta’ sitt gruppi ta’ riċerka tat-TTK ELTE bi sfondi xjentifiċi differenti u li joperaw b’riżultati eċċellenti. It-tim integrat tar-riċerka teoretika, sperimentali u strumentali jista’ jirrealizza d-disinn, is-sinteżi u l-eżami estensiv tan-nanosistemi bbażati fuq il-peptidi u l-proteini, li fihom l-istruttura spazjali li tirrifletti s-ß suxxettibbli għall-aggregazzjoni hija element komuni. Il-bijomollikuli ta’ din l-istruttura ġeografika jinkludu l-amilojde, iż-żippijiet sferiċi, u l-fibri ß u l-filamenti tal-adhesiv. It-tnejn li huma għandhom potenzjal għax-xjenza tal-materjali (nanosistemi awtoorganizzati, kumpatti, adeżivi bijokompatibbli) u jistgħu jindirizzaw l-isfidi serji tax-xjenzi tal-ħajja bħall-Alzheimer’s (aggregazzjoni APP › ß1–42) u l-marda ta’ Parkinson (aggregazzjoni ta’?-sinnuklein), id-dijabete mellitus (aggregazzjoni tal-IAPP) jew it-tip ta’ kanċer ikkawżati minn suppressur tat-tumur mhux attiv p53 minħabba l-aggregazzjoni (Knowles 2014). Il-koordinazzjoni tar-riċerka preparattiva, spettroskopika u kristallografika fis-sitt gruppi (Perczel), il-kimika kwantistika (l-Imperatur) u l-immudellar matematiku (Grolmus), il-kimika kollojdali (Kiss), it-testijiet diretti tal-peptidi u l-evoluzzjoni tal-proteini (Pál) u x-xogħlijiet ġenetiċi in vivo (Vellai) jippermettu l-iżvilupp ta’ riċerka ffukata iżda ambizzjuża fl-ELTE. Dawn l-applikanti kollha ilhom riċerkaturi attivi u effettivi għal għexieren ta’ snin (data kumulattiva: > 1000 tħabbira, >20000 referenza, > 30 sena ta’ esperjenza fir-riċerka barra mill-pajjiż, >40 student tal-PhD) li jimmaniġġjaw 5–20 f’timijiet ta’ appoġġ għar-riċerka silico, in vitro u in vivo, imexxu t-tim ta’ riċerka MTA-ELTE, joperaw NMR, X-ray, ECD, VCD, AFM, SPR, SEM. Għalkemm mijiet ta’ proteini ġew deskritti bħala li jiffurmaw amyloids b’mod spontanju f’ċirkostanzi fiżjoloġiċi jew kemxejn differenti, id-dettalji molekulari u l-parametri kinetiċi tal-proċessi huma fil-biċċa l-kbira mhux magħrufa — jistgħu jintużaw biss dejta okkażjonali dwar it-tixrid tad-dawl, il-fluworexxenza u l-EM. (Fil-kors tal-istudji ta’ kontroll tagħna qabel it-tħejjija tal-pjan ta’ applikazzjoni, fil-każ ta’ varjant ta’ mediċina peptide (exenatide) użata biex tikkura dijabete tat-tip 2, skoprejna taħriġ amyloid li jista’ jiġi attivat minn bidliet ambjentali — sistema ta’ ttestjar unika li tista’ tkun is-sistema ta’ “parametru referenzjarju” ta’ trasformazzjoni amyloid). Bl-użu ta’ metodi spettroskopiċi (ECD, VCD) u NMR, għandna... (Maltese)

point in time

13 August 2022

0 references

A agregação amiloide é de grande importância biomédica, bio e estrutural-química e tem atraído interesse contínuo nas últimas décadas (B.S. Blumberg e D.C. Gajdusek para a doença de Kuru (1976) e S.B. Prusiner para a compreensão do patrimônio prion (1997) receberam o Prêmio Nobel de Medicina). Os avanços científicos neste domínio só podem ser alcançados se existir um elevado grau de sinergia entre investigadores, números críticos e recursos. A necessária capacidade sintética, bioquímica, espetroscópica, modelagem, bioanalítica e nanotecnologia está agora disponível no ELTE TTK. Nosso foco é o desenvolvimento de sistemas de teste de proteínas, o design racional, produção in vitro/vivo e desenvolvimento de nanosistemas biocompatíveis. A fim de alcançar nossos objetivos de pesquisa, pretendemos estabelecer um centro de excelência, que possa trazer avanços significativos no campo devido ao desenvolvimento da cooperação em todo o campo da bioquímica molecular, combinando seis abordagens diferentes e seis perspetivas diferentes. Compreender a estrutura espacial e a dinâmica das proteínas é uma tarefa de pesquisa de importância biomédica, social e econômica além da curiosidade e importância química. As proteínas podem ser identificadas em quase todas as partes de organismos vivos e funcionar de forma eficaz, de acordo com o seu ambiente, como sistemas complexos, com interações proteína-proteína bem reguladas em segundo plano, e com processos de oligo e polimerização (Tory, Perczel, Nature Genetics 2014). No entanto, esses processos às vezes levam a agregação e becos sem saída amiloides. A mudança de conformação, diagnosticada por Alois Alzheimer há mais de 100 anos, mas que ainda não foi compreendida com precisão a nível molecular, é apenas uma das agregações amiloides experimentadas no processo de «envelhecimento das proteínas». A agregação é um beneficiário termodinâmico (Perczel 2007), e sua compreensão e uso detalhados são elementos centrais da nossa aplicação. Além da agregação proteica anormal, uma série de agregações não patogênicas também são conhecidas. Amiloides funcionais têm desempenhado um papel importante na evolução em bactérias (Pseudomonas), proteínas de camuflagem (Plasmodium), seda de aranha, biofilmes, proteínas de adesão, etc.; distinguem-se pela sua estabilidade, flexibilidade, resistência à tração. Nossa aplicação baseia-se na ligação inovadora e orientada para objetivos de seis grupos de pesquisa do ELTE TTK com diferentes origens científicas e operando com excelentes resultados. A equipa de pesquisa teórica, experimental e instrumental integrada pode realizar o projeto, síntese e exame extensivo de peptídeos e nanosistemas à base de proteínas, em que a estrutura espacial reflexiva ß propensa à agregação é um elemento comum. Biomoléculas desta estrutura espacial incluem amiloide, fecho de correr esférico, e adesivo ß-fibras e filamentos. Ambos têm potencial para a ciência dos materiais (auto-organizados, nanosistemas compactos, adesivos biocompatíveis) e podem abordar os sérios desafios das ciências da vida, como a doença de Alzheimer (APP › ß1-42 agregação) e a doença de Parkinson (agregação de?-sinucleina), diabetes mellitus (agregação IAPP) ou tipo de cancro causado pelo supressor subativo de tumores p53 devido à agregação (Knowles 2014). A coordenação de pesquisas preparatórias, espectroscópicas e cristalográficas nos seis grupos (Perczel), química quântica (o Imperador) e modelagem matemática (Grolmus), química coloidal (Kiss), peptídeos direcionados e testes de evolução proteica (Pál) e trabalhos genéticos in vivo (Vellai) permitem o desenvolvimento de uma pesquisa focada mas ambiciosa no ELTE. Todos estes candidatos têm sido investigadores ativos e eficazes há décadas (dados cumulativos: >1000 anúncios, >20000 referências, >30 anos de experiência em pesquisa no exterior, >40 estudantes de doutorado) que gerenciam 5-20 equipas de apoio à pesquisa in silico, in vitro e in vivo, lideram a equipa de pesquisa MTA-ELTE, operam dispositivos NMR, raios X, ECD, VCD, AFM, SPR, SEM. Embora centenas de proteínas tenham sido descritas como formando espontaneamente amiloides em circunstâncias fisiológicas ou ligeiramente diferentes, os pormenores moleculares e os parâmetros cinéticos dos processos são em grande parte desconhecidos — apenas dados ocasionais de dispersão de luz, fluorescência e EM podem ser usados. (No curso de nossos estudos de controle antes da preparação do plano de aplicação, no caso de uma variante de um peptídeo (exenatido) usado para curar a diabetes tipo 2, descobrimos treinamento amiloide que poderia ser desencadeado por mudanças ambientais — um sistema de teste único que poderia ser o sistema de ‘benchmark’ da transformação amiloide). Usando métodos espetroscópicos (ECD, VCD) e NMR, pretendemos coletar informações específicas de aminoácidos sobre pormenores do treinamento amiloidal, o que pode levar ao desenvolvimento de um protocolo de espetroscopia de «reconhecimento ... (Portuguese)

point in time

13 August 2022

0 references

Amyloidaggregering er af enestående biomedicinsk, bio- og strukturel-kemisk betydning og har tiltrukket sig fortsat interesse i de seneste årtier (B.S. Blumberg og D.C. Gajdusek for Kurus sygdom (1976) og S.B. Prusiner for prionarvsforståelse (1997) modtog Nobels lægepris). Videnskabelige gennembrud på dette område kan kun opnås, hvis der er en høj grad af synergi mellem forskere, kritiske tal og ressourcer. Den nødvendige kapacitet inden for syntetisk, biokemisk, spektroskopisk, modellering, bioanalytisk og nanoteknologi er nu tilgængelig hos ELTE TTK. Vores fokus er udvikling af proteintestsystemer, rationelt design, in vitro/vivo-produktion og udvikling af biokompatible nanosystemer. For at nå vores forskningsmål agter vi at etablere et ekspertisecenter, som kan skabe betydelige gennembrud på området som følge af udviklingen af samarbejde på tværs af hele området molekylær biokemi, der kombinerer seks forskellige tilgange og seks forskellige perspektiver. Forståelse af proteiners rumlige struktur og dynamik er en forskningsopgave, der er af biomedicinsk, social og økonomisk betydning ud over kemisk nysgerrighed og betydning. Proteiner kan identificeres i næsten alle dele af levende organismer og fungerer effektivt i overensstemmelse med deres miljø, som komplekse systemer, med velregulerede protein-protein interaktioner i baggrunden og med oligo og polymerisationsprocesser (Tory, Perczel, Nature Genetics 2014). Men disse processer fører undertiden til aggregering og amyloid blindgyde. Ændringen i kropsbygning, som er blevet diagnosticeret af Alois Alzheimer i mere end 100 år, men som endnu ikke er blevet nøjagtigt forstået på et molekylært niveau, er kun en af de amyloidaggregater, der opleves i processen med "proteinældning". Aggregering er en termodynamisk modtager (Perczel 2007), og dens detaljerede forståelse og brug er centrale elementer i vores ansøgning. Ud over unormal proteinaggregation er en række ikke-patogene aggregeringer også kendt. Funktionelle amyloider har spillet en vigtig rolle i udviklingen af bakterier (Pseudomonas), kappeproteiner (Plasmodium), edderkopsilke, biofilm, vedhæftningsproteiner osv. de er kendetegnet ved deres stabilitet, fleksibilitet, trækstyrke. Vores applikation bygger på den nye og målrettede sammenkædning af seks forskergrupper i ELTE TTK med forskellige videnskabelige baggrunde og opererer med fremragende resultater. Det integrerede teoretiske, eksperimentelle og instrumentale forskerhold kan realisere design, syntese og omfattende undersøgelse af peptid- og proteinbaserede nanosystemer, hvor den ß-reflekterende rumlige struktur, der er tilbøjelig til aggregering, er et fælles element. Biomolekyler af denne rumlige struktur omfatter amyloid, sfærisk lynlås, og adhesiv ß-fibre og filamenter. De har både potentiale for materialevidenskab (selvorganiserede, kompakte nanosystemer, biokompatible klæbemidler) og kan håndtere de alvorlige udfordringer i biovidenskaberne såsom Alzheimers (APP › ß1-42 aggregation) og Parkinsons sygdom (sammenlægning af?-synuclein), diabetes mellitus (IAPP-aggregation) eller kræfttype forårsaget af underaktiv tumor suppressor p53 på grund af aggregering (Knowles 2014). Koordineringen af præparativ, spektroskopisk og krystallografisk forskning i de seks grupper (Perczel), kvantekemi (kejseren) og matematisk (Grolmus) modellering, kolloid kemi (Kiss), målrettet peptid- og proteinudviklingstest (Pál) og in vivo-genetiske værker (Vellai) gør det muligt at udvikle en fokuseret, men ambitiøs forskning hos ELTE. Alle disse ansøgere har været aktive og effektive forskere i årtier (kumulative data: > 1000 annonceringer, >20000 referencer, > 30 års forskningserfaring i udlandet, >40 ph.d.-studerende), der administrerer 5-20 in silico, in vitro og in vivo-forskerhold, leder MTA-ELTE-forskerhold, driver NMR, X-ray, ECD, VCD, AFM, SPR, SEM-enheder. Selv om hundredvis af proteiner er blevet beskrevet som spontant dannende amyloider under fysiologiske eller lidt anderledes omstændigheder, er processernes molekylære detaljer og kinetiske parametre stort set ukendte — kun lejlighedsvise lyssprednings-, fluorescens- og EM-data kan anvendes. (I løbet af vores kontrolundersøgelser forud for udarbejdelsen af ansøgningsplanen, i tilfælde af en variant af et peptidlægemiddel (exenatid), der anvendes til at helbrede type 2-diabetes, opdagede vi amyloidtræning, der kunne udløses af miljøændringer — et unikt testsystem, der kunne være "benchmark"-systemet for amyloidtransformation). Ved hjælp af spektroskopiske (ECD, VCD) og NMR metoder, agter vi at indsamle aminosyre-specifikke oplysninger om detaljer af amyloidal træning, hvilket kan føre til udviklingen af en "amyloid genkendelse" spektroskopi protokol. Vi har til hensigt at undersøge beskyttelsen mod specifikke sekvenser ved hjælp af hvid oktarografi ved hjælp af "naturligt" acilpeptid involveret i nedbrydningen af amyloid β-p... (Danish)

point in time

13 August 2022

0 references

Agregarea amiloidelor este de o importanță biomedicală, bio- și structural-chimică remarcabilă și a atras un interes continuu în ultimele decenii (B.S. Blumberg și D.C. Gajdusek pentru boala Kuru (1976) și S.B. Prusiner pentru înțelegerea patrimoniului prionic (1997) au primit Premiul Nobel pentru Medicină). Progresele științifice în acest domeniu pot fi realizate numai dacă există un grad ridicat de sinergie între cercetători, numere critice și resurse. Capacitatea necesară sintetică, biochimică, spectroscopică, de modelare, bioanalitică și nanotehnologică este acum disponibilă la ELTE TTK. Obiectivul nostru este dezvoltarea sistemelor de testare a proteinelor, proiectarea rațională, producția in vitro/vivo și dezvoltarea nanosistemelor biocompatibile. Pentru a ne atinge obiectivele de cercetare, intenționăm să stabilim un centru de excelență, care poate aduce progrese semnificative în domeniu datorită dezvoltării cooperării în întregul domeniu al biochimiei moleculare, combinând șase abordări diferite și șase perspective diferite. Înțelegerea structurii spațiale și a dinamicii proteinelor este o sarcină de cercetare care are o importanță biomedicală, socială și economică dincolo de curiozitatea și importanța chimică. Proteinele pot fi identificate în aproape toate părțile organismelor vii și funcționează eficient, în conformitate cu mediul lor, ca sisteme complexe, cu interacțiuni proteine-proteine bine reglementate în fundal, precum și cu procesele de oligo și polimerizare (Tory, Perczel, Nature Genetics 2014). Cu toate acestea, aceste procese duc uneori la agregare și la fundături amiloide. Modificarea conformației, diagnosticată de Alois Alzheimer de mai mult de 100 de ani, dar care nu a fost încă înțeleasă cu precizie la nivel molecular, este doar una dintre agregările amiloide experimentate în procesul de „îmbătrânire a proteinelor”. Agregarea este un beneficiar termodinamic (Perczel 2007), iar înțelegerea și utilizarea sa detaliată sunt elemente centrale ale aplicației noastre. În plus față de agregarea anormală a proteinelor, sunt cunoscute și o serie de agregări nepatogene. Amiloidele funcționale au jucat un rol important în evoluția bacteriilor (Pseudomonas), a proteinelor din mantie (Plasmodium), a matasei păianjen, a biofilmelor, a proteinelor de aderență etc.; ele se disting prin stabilitate, flexibilitate, rezistență la tracțiune. Aplicația noastră se bazează pe legătura nouă și orientată spre obiectiv a șase grupuri de cercetare ale ELTE TTK cu diferite medii științifice și care funcționează cu rezultate remarcabile. Echipa de cercetare integrată teoretică, experimentală și instrumentală poate realiza proiectarea, sinteza și examinarea extensivă a nanosistemelor peptide și a nanosistemelor pe bază de proteine, în care structura spațială care reflectă ß predispusă la agregare este un element comun. Biomolecule din această structură spațială includ amiloid, fermoar sferic, și adhesiv ß-fibre și filamente. Ambele au potențial pentru știința materialelor (nanosisteme compacte, autoorganizate, adezivi biocompatibili) și pot aborda provocările grave ale științelor vieții, cum ar fi Alzheimer (APP › ß1-42 agregare) și boala Parkinson (agregarea sinucleinei?), diabetul zaharat (agregarea IAPP) sau tipul de cancer cauzat de supresorul tumoral subactiv p53 din cauza agregării (Knowles 2014). Coordonarea cercetării preparative, spectroscopice și cristalografice în cele șase grupuri (Perczel), chimia cuantică (Împăratul) și modelarea matematică (Grolmus), chimia coloidală (Kiss), testele direcționate peptide și evoluția proteinelor (Pál) și lucrările genetice in vivo (Vellai) permit dezvoltarea unei cercetări concentrate, dar ambițioase la ELTE. Toți acești solicitanți au fost cercetători activi și eficienți de zeci de ani (date cumulative: >1000 anunțuri, >20000 referințe, >30 de ani de experiență în cercetare în străinătate, >40 doctoranzi) care gestionează 5-20 in silico, in vitro și in vivo echipe de sprijin pentru cercetare, conduce echipa de cercetare MTA-ELTE, operează NMR, raze X, ECD, VCD, AFM, SPR, dispozitive SEM. Deși sute de proteine au fost descrise ca formând spontan amiloidele în circumstanțe fiziologice sau ușor diferite, detaliile moleculare și parametrii cinetici ai proceselor sunt în mare măsură necunoscuți – se pot utiliza doar date ocazionale de dispersie a luminii, fluorescență și EM. (În cursul studiilor noastre de control înainte de pregătirea planului de aplicare, în cazul unei variante a unui medicament peptidic (exenatidă) utilizat pentru vindecarea diabetului zaharat de tip 2, am descoperit formarea amiloidă care ar putea fi declanșată de schimbările de mediu – un sistem unic de testare care ar putea fi sistemul „de referință” al transformării amiloidelor). Folosind metode spectroscopice (ECD, VCD) și RMN, intenționăm să colectăm informații specifice aminoacizilor cu privire la detaliile antrenamentului amiloidal, ceea ce poate duce la elaborarea unui protocol de spectros... (Romanian)

point in time

13 August 2022

0 references

Amyloidaggregation ist von herausragender biomedizinischer, bio- und strukturchemischer Bedeutung und hat in den vergangenen Jahrzehnten weiterhin Interesse geweckt (B.S. Blumberg und D.C. Gajdusek für Kuru-Krankheit (1976) und S.B. Prusiner für das Verständnis des Prionenerbes (1997) erhielten den Nobelpreis für Medizin). Wissenschaftliche Durchbrüche in diesem Bereich können nur erreicht werden, wenn ein hohes Maß an Synergie zwischen Forschern, kritischen Zahlen und Ressourcen besteht. Die notwendige synthetische, biochemische, spektroskopische, Modellierung, bioanalytische und nanotechnologische Kapazität ist jetzt bei ELTE TTK erhältlich. Unser Fokus liegt auf der Entwicklung von Proteintestsystemen, der rationalen Gestaltung, der In-vivo-Produktion und der Entwicklung biokompatibler Nanosysteme. Um unsere Forschungsziele zu erreichen, beabsichtigen wir, ein Exzellenzzentrum zu schaffen, das durch die Entwicklung der Zusammenarbeit auf dem gesamten Gebiet der molekularen Biochemie erhebliche Durchbrüche auf diesem Gebiet mit sechs unterschiedlichen Ansätzen und sechs unterschiedlichen Perspektiven bringen kann. Das Verständnis der räumlichen Struktur und Dynamik von Proteinen ist eine Forschungsaufgabe, die biomedizinische, soziale und wirtschaftliche Bedeutung jenseits chemischer Neugier und Bedeutung hat. Proteine können in fast allen Teilen lebender Organismen identifiziert werden und funktionieren entsprechend ihrer Umwelt, als komplexe Systeme, mit gut regulierten Protein-Protein-Interaktionen im Hintergrund sowie mit Oligo- und Polymerisationsprozessen (Tory, Perczel, Nature Genetics 2014). Diese Prozesse führen jedoch manchmal zu Aggregation und amyloiden Sackgassen. Die Veränderung des Exterieurs, die seit mehr als 100 Jahren von Alois Alzheimer diagnostiziert wurde, aber noch nicht genau auf molekularer Ebene verstanden wurde, ist nur eine der amyloiden Aggregationen, die im Prozess der Proteinalterung zu beobachten sind. Aggregation ist ein thermodynamischer Begünstigter (Perczel 2007), und sein detailliertes Verständnis und seine Verwendung sind zentrale Elemente unserer Anwendung. Neben der anormalen Proteinaggregation sind auch eine Reihe nichtpathogener Aggregate bekannt. Funktionelle Amyloide haben bei der Entwicklung von Bakterien (Pseudomonas), Mantelproteinen (Plasmodium), Spinnseide, Biofilmen, Adhäsionsproteinen usw. eine wichtige Rolle gespielt; Sie zeichnen sich durch Stabilität, Flexibilität, Zugfestigkeit aus. Unsere Anwendung baut auf der neuartigen und zielorientierten Verknüpfung von sechs Forschungsgruppen des ELTE TTK mit unterschiedlichen wissenschaftlichen Hintergründen auf und arbeitet mit herausragenden Ergebnissen. Das integrierte theoretische, experimentelle und instrumentelle Forschungsteam kann das Design, die Synthese und die umfassende Untersuchung von Peptid- und proteinbasierten Nanosystemen realisieren, in denen die ß-reflektierende räumliche Struktur anfällig für Aggregation ist. Biomoleküle dieser räumlichen Struktur umfassen Amyloid, kugelförmigen Reißverschluss und Adhäsiv-ß-Fasern und Filamente. Sie haben sowohl Potenzial für die Materialwissenschaft (selbstorganisierte, kompakte Nanosysteme, biokompatible Klebstoffe) als auch können die ernsten Herausforderungen der Biowissenschaften wie Alzheimer (APP › ß1-42 Aggregation) und Parkinson-Krankheit (Aggregation von?-Synuclein), Diabetes mellitus (IAPP-Aggregation) oder Krebsart, die durch einen unteraktiven Tumorsuppressor p53 verursacht werden, durch Aggregation (Knowles 2014) bewältigen. Die Koordination von präparativen, spektroskopischen und kristallographischen Forschungen in den sechs Gruppen (Perczel), Quantenchemie (der Kaiser) und mathematischer (Grolmus) Modellierung, kolloidaler Chemie (Kiss), gerichteten Peptid- und Proteinentwicklungstests (Pál) und in vivo genetischen Werken (Vellai) ermöglichen die Entwicklung einer fokussierten und dennoch ambitionierten Forschung an ELTE. All diese Bewerber sind seit Jahrzehnten aktive und effektive Forscher (kumulative Daten: >1000 Ankündigungen, >20000 Referenzen, >30 Jahre Forschungserfahrung im Ausland, >40 Doktoranden), die 5-20 in Silico-, In-vitro- und In-vivo-Forschungsteams verwalten, MTA-ELTE-Forschungsteam leiten, NMR, Röntgen, ECD, VCD, AFM, SPR, SEM-Geräte betreiben. Obwohl Hunderte von Proteinen als spontane Amyloide in physiologischen oder leicht unterschiedlichen Umständen beschrieben wurden, sind die molekularen Details und kinetischen Parameter der Prozesse weitgehend unbekannt – nur gelegentliche Lichtstreuung, Fluoreszenz- und EM-Daten können verwendet werden. (Im Zuge unserer Kontrollstudien vor der Erstellung des Anwendungsplans, im Falle einer Variante eines Peptid-Arzneimittels (Exenatid), die zur Heilung von Diabetes Typ 2 verwendet wurde, entdeckten wir ein Amyloidtraining, das durch Umweltveränderungen ausgelöst werden könnte – ein einzigartiges Testsystem, das das „Benchmark“-System der Amyloidtransformation sein könnte). Mit ... (German)

point in time

13 August 2022

0 references

Amyloid aggregering är av enastående biomedicinsk, bio- och strukturell-kemisk betydelse och har väckt fortsatt intresse under de senaste årtiondena (B.S. Blumberg och D.C. Gajdusek för Kurus sjukdom (1976) och S.B. Prusiner för prion arv förståelse (1997) fick Nobel Medical Prize). Vetenskapliga genombrott på detta område kan endast uppnås om det finns en hög grad av synergi mellan forskare, kritiska antal och resurser. Den nödvändiga syntetiska, biokemiska, spektroskopiska, modellerande, bioanalytiska och nanotekniska kapaciteten finns nu tillgänglig på ELTE TTK. Vårt fokus ligger på utveckling av proteintestsystem, rationell design, in vitro/vivo-produktion och utveckling av biokompatibla nanosystem. För att uppnå våra forskningsmål har vi för avsikt att inrätta ett kompetenscentrum som kan medföra betydande genombrott på området tack vare utvecklingen av samarbete inom hela området molekylär biokemi, som kombinerar sex olika tillvägagångssätt och sex olika perspektiv. Att förstå proteinernas rumsliga struktur och dynamik är en forskningsuppgift som är av biomedicinsk, social och ekonomisk betydelse utöver kemisk nyfikenhet och betydelse. Proteiner kan identifieras i nästan alla delar av levande organismer och fungera effektivt, i enlighet med sin omgivning, som komplexa system, med välreglerade protein-proteininteraktioner i bakgrunden, och med oligo- och polymeriseringsprocesser (Tory, Perczel, Nature Genetics 2014). Dessa processer leder dock ibland till aggregering och amyloida återvändsgränder. Förändringen i konformation, som har diagnostiserats av Alois Alzheimer i mer än 100 år men som ännu inte har förståtts korrekt på molekylär nivå, är bara en av de amyloida aggregeringar som upplevs i processen med proteinåldring. Aggregering är en termodynamiskt mottagare (Perczel 2007), och dess detaljerade förståelse och användning är centrala inslag i vår applikation. Förutom onormal proteinaggregation är ett antal icke-patogena aggregeringar också kända. Funktionella amyloider har spelat en viktig roll i evolutionen hos bakterier (Pseudomonas), mantelproteiner (Plasmodium), spindelsilke, biofilm, adhesionsproteiner etc. de utmärks av sin stabilitet, flexibilitet, draghållfasthet. Vår ansökan bygger på den nya och målinriktade kopplingen mellan sex forskargrupper inom ELTE TTK med olika vetenskaplig bakgrund och med enastående resultat. Den integrerade teoretiska, experimentella och instrumentella forskargruppen kan förverkliga design, syntes och omfattande undersökning av peptid och proteinbaserade nanosystem, där den ß-reflekterande rumsliga strukturen som är benägen att aggregering är ett vanligt element. Biomolekyler av denna rumsliga struktur inkluderar amyloid, sfärisk dragkedja och adhesiv ß-fibrer och filament. De har både potential för materialvetenskap (självorganiserade, kompakta nanosystem, biokompatibla lim) och kan ta itu med de allvarliga utmaningarna inom biovetenskap som Alzheimers (APP › ß1–42 aggregation) och Parkinsons sjukdom (ackumulering av?-synuclein), diabetes mellitus (IAPP-aggregation) eller cancertyp orsakad av underaktiv tumörsuppressor p53 på grund av aggregering (Knowles 2014). Samordningen av förberedande, spektroskopisk och kristallografisk forskning i de sex grupperna (Perczel), kvantkemi (Kejsaren) och matematiska (Grolmus) modellering, kolloidal kemi (Kiss), riktade peptid- och proteinutvecklingstester (Pál) och in vivo genetiska verk (Vellai) gör det möjligt att utveckla en fokuserad men ändå ambitiös forskning vid ELTE. Alla dessa sökande har varit aktiva och effektiva forskare i årtionden (kumulativa uppgifter: >1000 meddelanden, >20000 referenser, >30 års forskningserfarenhet utomlands, >40 doktorander) som hanterar 5–20 i silico, in vitro och in vivo forskningsstödgrupper, leda MTA-ELTE forskningsteam, driva NMR, röntgen, ECD, VCD, AFM, SPR, SEM enheter. Även om hundratals proteiner har beskrivits som spontant bildar amyloider i fysiologiska eller något annorlunda omständigheter, molekylära detaljer och kinetiska parametrar av processerna är till stor del okända – endast enstaka ljusspridning, fluorescens och EM-data kan användas. (I samband med våra kontrollstudier innan ansökningsplanen utarbetades upptäckte vi, när det gäller en variant av ett peptidläkemedel (exenatid) som används för att bota typ 2-diabetes, amyloidträning som kan utlösas av miljöförändringar – ett unikt testsystem som kan vara ”riktmärket” för amyloidomvandling). Med hjälp av spektroskopiska (ECD, VCD) och NMR-metoder har vi för avsikt att samla in aminosyraspecifik information om detaljer om amyloidal träning, vilket kan leda till utvecklingen av ett ”amyloidigenkänningsprotokoll” spektroskopi. Vi har för avsikt att undersöka skyddet mot specifika sekvenser med hjälp av vit oktarografi med hjälp av ”naturligt” acilpeptider som är involverade i nedbrytningen av amyloiden β-p... (Swedish)

point in time

13 August 2022

0 references

contained in Local Administrative Unit

Budapest

0 references

location (string)

Budapest, Budapest

0 references

Identifiers

Hungarian Kohesio ID

VEKOP-2.3.2-16-2017-00014

0 references

Design and development of biocompatible nano- and mesosystems based on amyloid fibre formation (Q3958249)

Statements

Identifiers

Navigation menu

Search