Search, Heterological Expression and Characterisation of bacterial encoded collagen-type proteins (Q3786082)
Jump to navigation
Jump to search
Project Q3786082 in Lithuania
| Language | Label | Description | Also known as |
|---|---|---|---|
| English | Search, Heterological Expression and Characterisation of bacterial encoded collagen-type proteins |
Project Q3786082 in Lithuania |
Statements
42,502.4 Euro
0 references
42,502.4 Euro
0 references
100.0 percent
0 references
4 December 2017
0 references
3 December 2019
0 references
Vilniaus universitetas
0 references
54°40'57.76"N, 25°17'12.01"E
0 references
01513
0 references
Bakterijų baltymai, panašūs į gyvūnų kolagenus, susilaukia vis daugiau tyrėjų dėmesio dėl galimybės juos pritaikyti biomedicinoje audinių regeneracijai ir vaistų kūrimui. Be to, dėl galimybės juos lengvai modifikuoti, bakterijų kolageno tipo (KT) baltymai gali būti naudojami kaip modelis gyvūnų kolagenų tyrimams. Iki šio projekto rašymo datos yra aprašyti tik kelių patogeninių bakterijų ir kelių dirvos mezofilinių bakterijų KT baltymai. Panagrinėjus genomų duomenų bazes matyti, kad į kolageną panašūs baltymai yra būdingi daugeliui įvairių bakterijų, tarp jų ir ekstremofilams. Ekstremofilinių bakterijų visi baltymai, įskaitant ir KT baltymus, gali pasižymėti didesniu stabilumu esant aukštesnei temperatūrai, didelei druskų koncentracijai, ekstremalioms pH vertėms, tačiau iki šiol nei vienas iš tokių baltymų dar nėra tirtas ir aprašytas. Tai paskatino mus iškelti tikslą: identifikuoti naujus į kolageną panašius ekstremofilinių bakterijų baltymus bei įvertinti jų pritaikymo biomedicinoje potencialą. Tikslas bus pasiektas įvykdžius vieną pagrindinį uždavinį: atlikus naujų genų, koduojančių ekstremofilinių KT baltymus, paiešką, tų genų heterologinę raišką ir jų savybių tyrimą. Uždavinio įgyvendinimui bus atliekama bioinformatinė duomenų analizė, tiriamų genų klonavimas, bakterijų ir mielių kamienų transformacija, heterologinė tiriamo baltymo gamyba naudojant prokariotų ir eukariotų raiškos sistemas, viduląstelinių ir sekretuojamų baltymų skyrimas, baltymų gryninimas chromatografijos metodais, išgryninto baltymo proteolizinė analizė, cirkuliarinio dichroizmo spektrometrija, terminio poslinkio matavimai. Gavus tyrimų rezultatus, bus aprašytas vienas ar daugiau naujų KT bakterijų baltymų. Tai padės geriau suprasti šiuos daugybei bakterijų būdingus, tačiau labai menkai ištirtus baltymus, be to, praplės biomedicinai naudingų biomedžiagų pasirinkimą. Tikimasi, kad darbe aprašyti baltymai savo stabilumu bus pranašesni už jau žinomus KT baltymus. (Lithuanian)
0 references
Bacterial proteins similar to animal collagens receive increasing attention from researchers on the potential for biomedical tissue regeneration and drug development. In addition, due to their ability to easily modify them, collagen-type (CT) proteins can be used as a model for collagen testing in animals. By the date of writing of this project, only a few pathogenic bacteria and several soil mesophilic CT proteins have been described. Analysis of genome databases shows that collagen-like proteins are common to a wide range of bacteria, including extremophils. In extreme bacteria, all proteins, including CT proteins, may exhibit greater stability at higher temperatures, high salt concentrations, extreme pH values, but none of these proteins has yet been studied and described. This prompted us to set a goal: identify new collagen-like extremophilic bacteria proteins and assess their potential for biomedical applications. The objective will be achieved through one key objective: search for new genes coding for extremophilic CT proteins, heterologous expression of those genes and their properties. The task will include bioinformatic data analysis, cloning of the investigated genes, transformation of bacteria and yeast stems, heterological production of the test protein using prokaryote and eukaryote expression systems, administration of intracellular and secretible proteins, purification of proteins by chromatography, proteolytic analysis of purified protein, spectrometry of circular dichroism, thermal displacement measurements. Once the results of the tests are obtained, one or more new proteins of CT bacteria will be described. This will help to better understand these proteins, which are characteristic of many bacteria, but very poorly studied, and will broaden the choice of bio-based biomaterials that are useful for biomedicine. The proteins described at work are expected to be superior to the already known CT proteins in terms of their stability. (English)
1 February 2022
0.4955332810669438
0 references
Les protéines bactériennes semblables aux collagène animaux reçoivent une attention croissante de la part des chercheurs sur le potentiel de régénération des tissus biomédicaux et de développement de médicaments. En outre, en raison de leur capacité à les modifier facilement, les protéines de type collagène (CT) peuvent être utilisées comme modèle pour les tests de collagène chez les animaux. À la date de rédaction de ce projet, seules quelques bactéries pathogènes et plusieurs protéines de CT mésophiles du sol ont été décrites. L’analyse des bases de données sur le génome montre que les protéines ressemblant au collagène sont communes à un large éventail de bactéries, y compris les extrémités. Dans les bactéries extrêmes, toutes les protéines, y compris les protéines CT, peuvent présenter une plus grande stabilité à des températures plus élevées, des concentrations élevées de sel, des valeurs de pH extrêmes, mais aucune de ces protéines n’a encore été étudiée et décrite. Cela nous a incités à nous fixer un objectif: identifier de nouvelles protéines de bactéries extrémophiles semblables au collagène et évaluer leur potentiel pour des applications biomédicales. L’objectif sera atteint au moyen d’un objectif clé: recherche de nouveaux gènes codant pour les protéines CT extrémophiles, expression hétérologue de ces gènes et de leurs propriétés. La tâche comprendra l’analyse des données bioinformatiques, le clonage des gènes étudiés, la transformation des bactéries et des tiges de levure, la production hétérologique de la protéine d’essai à l’aide de systèmes d’expression prokaryote et eucaryote, l’administration de protéines intracellulaires et sécrétibles, la purification des protéines par chromatographie, l’analyse protéolytique de la protéine purifiée, la spectrométrie du dichroisme circulaire, les mesures de déplacement thermique. Une fois les résultats des tests obtenus, une ou plusieurs nouvelles protéines de la bactérie CT seront décrites. Cela aidera à mieux comprendre ces protéines, caractéristiques de nombreuses bactéries, mais très mal étudiées, et élargira le choix des biomatériaux qui sont utiles pour la biomédecine. On s’attend à ce que les protéines décrites au travail soient supérieures aux protéines CT déjà connues en termes de stabilité. (French)
1 February 2022
0 references
Bakterielle Proteine wie Tierkollagen erhalten von Forschern immer mehr Aufmerksamkeit auf das Potenzial für biomedizinische Geweberegeneration und Arzneimittelentwicklung. Darüber hinaus können aufgrund ihrer Fähigkeit, sie leicht zu modifizieren, Kollagen-Typ-Proteine (CT) als Modell für Kollagentests bei Tieren verwendet werden. Bis zum Datum des Schreibens dieses Projekts wurden nur wenige pathogene Bakterien und mehrere bodenmesophile CT-Proteine beschrieben. Die Analyse von Genomdatenbanken zeigt, dass Kollagen-ähnliche Proteine für eine breite Palette von Bakterien, einschließlich Extremophilen, üblich sind. Bei extremen Bakterien können alle Proteine, einschließlich CT-Proteine, bei höheren Temperaturen, hohen Salzkonzentrationen und extremen pH-Werten eine höhere Stabilität aufweisen, aber noch keines dieser Proteine wurde untersucht und beschrieben. Dies veranlasste uns, ein Ziel zu setzen: identifizieren Sie neue Kollagen-ähnliche extremophile Bakterienproteine und bewerten Sie ihr Potenzial für biomedizinische Anwendungen. Das Ziel wird durch ein zentrales Ziel erreicht: Suche nach neuen Genen, die nach extremophilen CT-Proteinen kodieren, heterologer Expression dieser Gene und ihrer Eigenschaften. Die Aufgabe umfasst die bioinformatische Datenanalyse, das Klonen der untersuchten Gene, die Transformation von Bakterien und Hefestämmen, die heterologische Produktion des Testproteins mit Prokaryote- und Eukaryotenexpressionssystemen, die Verabreichung intrazellulärer und sekretibler Proteine, die Reinigung von Proteinen durch Chromatographie, die proteolytische Analyse des gereinigten Proteins, die Spektrometrie des zirkulären Dichroismus, thermische Verdrängungsmessungen. Sobald die Ergebnisse der Tests erzielt wurden, werden ein oder mehrere neue Proteine von CT-Bakterien beschrieben. Dies wird dazu beitragen, diese Proteine besser zu verstehen, die für viele Bakterien charakteristisch sind, aber sehr schlecht untersucht werden, und wird die Auswahl biobasierter Biomaterialien erweitern, die für die Biomedizin nützlich sind. Die bei der Arbeit beschriebenen Proteine dürften den bereits bekannten CT-Proteinen hinsichtlich ihrer Stabilität überlegen sein. (German)
2 February 2022
0 references
Bacteriële eiwitten vergelijkbaar met dierlijke collageen krijgen steeds meer aandacht van onderzoekers over het potentieel voor biomedische weefselregeneratie en medicijnontwikkeling. Bovendien kunnen door hun vermogen om ze gemakkelijk te wijzigen, collageen-type (CT) eiwitten worden gebruikt als model voor collageentesten bij dieren. Tegen de datum van schrijven van dit project zijn slechts enkele pathogene bacteriën en verschillende bodemmesofiele CT-eiwitten beschreven. Analyse van genoomdatabases toont aan dat collageenachtige eiwitten gemeenschappelijk zijn voor een breed scala aan bacteriën, waaronder extremophils. In extreme bacteriën kunnen alle eiwitten, inclusief CT-eiwitten, een grotere stabiliteit vertonen bij hogere temperaturen, hoge zoutconcentraties, extreme pH-waarden, maar geen van deze eiwitten is onderzocht en beschreven. Dit bracht ons ertoe een doel te stellen: identificeer nieuwe collageenachtige extremophilic bacterieproteïnen en beoordeel hun potentieel voor biomedische toepassingen. De doelstelling zal worden verwezenlijkt door middel van één hoofddoelstelling: zoek naar nieuwe genen die coderen voor extremofiele CT-eiwitten, heterogene expressie van die genen en hun eigenschappen. De taak omvat bio-informatische gegevensanalyse, klonen van de onderzochte genen, transformatie van bacteriën en giststengels, heterologische productie van het testeiwit met behulp van prokaryote- en eukaryote-expressiesystemen, toediening van intracellulaire en secreteerbare eiwitten, zuivering van eiwitten door chromatografie, proteolytische analyse van gezuiverd eiwit, spectrometrie van circulair dichroïsme, thermische verplaatsingsmetingen. Zodra de resultaten van de tests zijn verkregen, zullen een of meer nieuwe eiwitten van CT-bacteriën worden beschreven. Dit zal helpen om deze eiwitten, die kenmerkend zijn voor veel bacteriën, maar zeer slecht bestudeerd, beter te begrijpen en de keuze van biogebaseerde biomaterialen die nuttig zijn voor biogeneeskunde te verbreden. De op het werk beschreven eiwitten zullen naar verwachting superieur zijn aan de reeds bekende CT-eiwitten in termen van hun stabiliteit. (Dutch)
2 February 2022
0 references
Las proteínas bacterianas similares a los colágenos animales reciben cada vez más atención por parte de los investigadores sobre el potencial de regeneración de tejidos biomédicos y desarrollo de fármacos. Además, debido a su capacidad para modificarlas fácilmente, las proteínas de tipo colágeno (CT) pueden utilizarse como modelo para las pruebas de colágeno en animales. Para la fecha de redacción de este proyecto, solo se han descrito algunas bacterias patógenas y varias proteínas de TC mesófilas del suelo. El análisis de las bases de datos del genoma muestra que las proteínas similares al colágeno son comunes a una amplia gama de bacterias, incluyendo los extremófilos. En las bacterias extremas, todas las proteínas, incluidas las proteínas CT, pueden exhibir una mayor estabilidad a temperaturas más altas, altas concentraciones de sal, valores de pH extremos, pero ninguna de estas proteínas todavía ha sido estudiada y descrita. Esto nos llevó a establecer una meta: identificar nuevas proteínas de bacterias extermófilas similares al colágeno y evaluar su potencial para aplicaciones biomédicas. El objetivo se alcanzará a través de un objetivo clave: búsqueda de nuevos genes que codifican las proteínas TC extremofílicas, expresión heteróloga de esos genes y sus propiedades. La tarea incluirá el análisis de datos bioinformáticos, la clonación de los genes investigados, la transformación de bacterias y tallos de levadura, la producción heterológica de la proteína de prueba mediante sistemas de expresión de procariota y eucariota, la administración de proteínas intracelulares y secretables, la purificación de proteínas mediante cromatografía, el análisis proteolítico de proteínas purificadas, la espectrometría del dicroísmo circular, las mediciones de desplazamiento térmico. Una vez obtenidos los resultados de las pruebas, se describirá una o más proteínas nuevas de bacterias CT. Esto ayudará a comprender mejor estas proteínas, que son características de muchas bacterias, pero muy mal estudiadas, y ampliará la elección de biomateriales que son útiles para la biomedicina. Se espera que las proteínas descritas en el trabajo sean superiores a las ya conocidas proteínas CT en términos de estabilidad. (Spanish)
3 February 2022
0 references
Le proteine batteriche simili ai collageni animali ricevono una crescente attenzione da parte dei ricercatori sul potenziale per la rigenerazione dei tessuti biomedici e lo sviluppo di farmaci. Inoltre, a causa della loro capacità di modificarle facilmente, le proteine di tipo collagene (CT) possono essere utilizzate come modello per la sperimentazione del collagene negli animali. Alla data di stesura di questo progetto, sono stati descritti solo alcuni batteri patogeni e diverse proteine TC mesofile del suolo. L'analisi dei database del genoma mostra che le proteine simili al collagene sono comuni a una vasta gamma di batteri, tra cui gli extremofili. Nei batteri estremi, tutte le proteine, comprese le proteine CT, possono presentare una maggiore stabilità a temperature più elevate, alte concentrazioni di sale, valori di pH estremi, ma nessuna di queste proteine è stata ancora studiata e descritta. Questo ci ha spinto a fissare un obiettivo: identificare nuove proteine batteriche di tipo collagene e valutare il loro potenziale per applicazioni biomediche. L'obiettivo sarà raggiunto attraverso un obiettivo chiave: ricerca di nuovi geni che codificano le proteine CT extremophilic, l'espressione eterologo di quei geni e le loro proprietà. Il compito comprenderà l'analisi dei dati bioinformatici, la clonazione dei geni indagati, la trasformazione di batteri e steli di lievito, la produzione eterologica della proteina di prova utilizzando sistemi di espressione procariota ed eucariota, la somministrazione di proteine intracellulari e secrebili, la purificazione delle proteine mediante cromatografia, l'analisi proteolitica delle proteine purificate, la spettrometria del dicroismo circolare, le misurazioni dello spostamento termico. Una volta ottenuti i risultati dei test, verranno descritte una o più nuove proteine di batteri CT. Ciò contribuirà a comprendere meglio queste proteine, che sono caratteristiche di molti batteri, ma molto poco studiate, e amplierà la scelta di biomateriali a base di biomateriali utili per la biomedicina. Le proteine descritte al lavoro dovrebbero essere superiori alle già note proteine CT in termini di stabilità. (Italian)
3 February 2022
0 references
Bakterieproteiner, der ligner dyrekollagen, får øget opmærksomhed fra forskere på potentialet for biomedicinsk vævsregenerering og lægemiddeludvikling. På grund af deres evne til let at ændre dem kan kollagentypeproteiner desuden anvendes som model for kollagentest i dyr. På datoen for skrivning af dette projekt er kun nogle få patogene bakterier og flere jord mesofile CT-proteiner blevet beskrevet. Analyse af genomdatabaser viser, at kollagenlignende proteiner er fælles for en lang række bakterier, herunder ekstremofile. I ekstreme bakterier kan alle proteiner, herunder CT-proteiner, udvise større stabilitet ved højere temperaturer, høje saltkoncentrationer, ekstreme pH-værdier, men ingen af disse proteiner er endnu blevet undersøgt og beskrevet. Dette fik os til at sætte et mål: identificere nye kollagenlignende ekstremofile bakterieproteiner og vurdere deres potentiale for biomedicinske anvendelser. Målet vil blive nået ved hjælp af et centralt mål: Søg efter nye gener, der koder for ekstremofile CT-proteiner, heterolog ekspression af disse gener og deres egenskaber. Opgaven vil omfatte bioinformatisk dataanalyse, kloning af de undersøgte gener, omdannelse af bakterier og gærstængler, heterologisk produktion af testproteinet ved hjælp af prokaryote- og eukaryoteekspressionssystemer, administration af intracellulære og udskillelige proteiner, rensning af proteiner ved kromatografi, proteolytisk analyse af renset protein, spektrometri af cirkulær dichroisme, termisk forskydningsmåling. Når resultaterne af testene er opnået, vil et eller flere nye proteiner af CT-bakterier blive beskrevet. Dette vil bidrage til en bedre forståelse af disse proteiner, som er karakteristiske for mange bakterier, men som er meget dårligt undersøgt, og vil udvide valget af biobaserede biomaterialer, der er nyttige for biomedicin. De proteiner, der er beskrevet på arbejdspladsen, forventes at være bedre end de allerede kendte CT-proteiner med hensyn til deres stabilitet. (Danish)
18 July 2022
0 references
Οι βακτηριακές πρωτεΐνες παρόμοιες με τις ζωικές κολλαγόνες λαμβάνουν αυξανόμενη προσοχή από τους ερευνητές σχετικά με τις δυνατότητες αναγέννησης βιοϊατρικών ιστών και ανάπτυξης φαρμάκων. Επιπλέον, λόγω της ικανότητάς τους να τις τροποποιούν εύκολα, οι πρωτεΐνες τύπου κολλαγόνου (CT) μπορούν να χρησιμοποιηθούν ως μοντέλο για τη δοκιμή κολλαγόνου σε ζώα. Μέχρι την ημερομηνία σύνταξης αυτού του έργου, έχουν περιγραφεί μόνο λίγα παθογόνα βακτήρια και αρκετές μεσοφιλικές αξονικές πρωτεΐνες του εδάφους. Η ανάλυση των βάσεων δεδομένων γονιδιώματος δείχνει ότι οι πρωτεΐνες που μοιάζουν με κολλαγόνο είναι κοινές σε ένα ευρύ φάσμα βακτηρίων, συμπεριλαμβανομένων των εξτρεμοφιλικών. Σε ακραία βακτήρια, όλες οι πρωτεΐνες, συμπεριλαμβανομένων των πρωτεϊνών CT, μπορεί να εμφανίζουν μεγαλύτερη σταθερότητα σε υψηλότερες θερμοκρασίες, υψηλές συγκεντρώσεις αλατιού, ακραίες τιμές pH, αλλά καμία από αυτές τις πρωτεΐνες δεν έχει ακόμη μελετηθεί και περιγραφεί. Αυτό μας ώθησε να θέσουμε έναν στόχο: προσδιορισμός νέων πρωτεϊνών εξτρεμοφιλικών βακτηρίων παρόμοια με το κολλαγόνο και αξιολόγηση των δυνατοτήτων τους για βιοϊατρικές εφαρμογές. Ο στόχος θα επιτευχθεί μέσω ενός βασικού στόχου: αναζήτηση νέων γονιδίων που κωδικοποιούν τις εξτρεμοφιλικές αξονικές πρωτεΐνες, την ετερόλογη έκφραση αυτών των γονιδίων και τις ιδιότητές τους. Το έργο θα περιλαμβάνει βιοπληροφορική ανάλυση δεδομένων, κλωνοποίηση των εξεταζόμενων γονιδίων, μετασχηματισμό βακτηρίων και μίσχων ζύμης, ετερολογική παραγωγή της υπό δοκιμή πρωτεΐνης με τη χρήση συστημάτων έκφρασης προκαρυώτου και ευκαρυώτου, χορήγηση ενδοκυτταρικών και εκκριτέων πρωτεϊνών, καθαρισμό πρωτεϊνών με χρωματογραφία, πρωτεολυτική ανάλυση καθαρισμένης πρωτεΐνης, φασματομετρία κυκλικού διχρωμισμού, μετρήσεις θερμικής μετατόπισης. Μόλις ληφθούν τα αποτελέσματα των δοκιμών, θα περιγραφούν μία ή περισσότερες νέες πρωτεΐνες βακτηρίων CT. Αυτό θα βοηθήσει στην καλύτερη κατανόηση αυτών των πρωτεϊνών, οι οποίες είναι χαρακτηριστικές πολλών βακτηρίων, αλλά πολύ ανεπαρκώς μελετηθεί, και θα διευρύνει την επιλογή των βιοϋλικών που είναι χρήσιμα για τη βιοϊατρική. Οι πρωτεΐνες που περιγράφονται στην εργασία αναμένεται να είναι ανώτερες από τις ήδη γνωστές πρωτεΐνες CT όσον αφορά τη σταθερότητά τους. (Greek)
18 July 2022
0 references
Bakterijske bjelančevine slične životinjskim kolagenima dobivaju sve veću pozornost istraživača o potencijalu za regeneraciju biomedicinskih tkiva i razvoj lijekova. Osim toga, zbog njihove sposobnosti da ih lako modificiraju, proteini tipa kolagena (CT) mogu se koristiti kao model za testiranje kolagena na životinjama. Do datuma pisanja ovog projekta opisano je samo nekoliko patogenih bakterija i nekoliko mezofilnih CT proteina u tlu. Analiza genomskih baza podataka pokazuje da su proteini slični kolagenu uobičajeni za širok raspon bakterija, uključujući ekstremmofile. Kod ekstremnih bakterija, svi proteini, uključujući CT proteine, mogu pokazivati veću stabilnost na višim temperaturama, visoke koncentracije soli, ekstremne pH vrijednosti, ali nijedan od tih proteina još nije ispitan i opisan. To nas je potaknulo da postavimo cilj: identificirajte nove proteine ekstremmofilnih bakterija nalik kolagenu i procijenite njihov potencijal za biomedicinsku primjenu. Cilj će se postići jednim ključnim ciljem: traženje novih gena kodiranja za ekstremmofilne CT proteine, heterološku ekspresiju tih gena i njihovih svojstava. Zadatak će uključivati bioinformativnu analizu podataka, kloniranje istraženih gena, transformaciju bakterija i stabljika kvasca, heterološku proizvodnju testnog proteina pomoću prokaryota i eukaryote ekspresijskih sustava, primjenu unutarstaničnih i tajljivih proteina, pročišćavanje proteina kromatografijom, proteolitička analiza pročišćenih proteina, spektrometrija kružnog dikroizma, mjerenja toplinskog pomaka. Nakon što se dobiju rezultati testova, opisat će se jedan ili više novih proteina CT bakterija. To će pomoći u boljem razumijevanju tih proteina, koji su karakteristični za mnoge bakterije, ali vrlo slabo proučavani, te će proširiti izbor biomaterijala na biološkoj osnovi koji su korisni za biomedicinu. Očekuje se da će proteini opisani na radu biti bolji od već poznatih CT proteina u smislu njihove stabilnosti. (Croatian)
18 July 2022
0 references
Proteinele bacteriene similare collagenilor de origine animală primesc din ce în ce mai multă atenție din partea cercetătorilor cu privire la potențialul de regenerare a țesuturilor biomedicale și de dezvoltare a medicamentelor. În plus, datorită capacității lor de a le modifica cu ușurință, proteinele de tip colagen (CT) pot fi utilizate ca model pentru testarea colagenului la animale. Până la data redactării acestui proiect, au fost descrise doar câteva bacterii patogene și câteva proteine CT mezofile din sol. Analiza bazelor de date ale genomului arată că proteinele asemănătoare colagenului sunt comune unei game largi de bacterii, inclusiv extremofile. În bacteriile extreme, toate proteinele, inclusiv proteinele CT, pot prezenta o stabilitate mai mare la temperaturi mai ridicate, concentrații mari de sare, valori extreme ale pH-ului, dar niciuna dintre aceste proteine nu a fost încă studiată și descrisă. Acest lucru ne-a determinat să stabilim un obiectiv: identificați noi proteine bacteriene extremofile asemănătoare colagenului și evaluați potențialul acestora pentru aplicații biomedicale. Obiectivul va fi atins printr-un singur obiectiv-cheie: căutați noi gene care codifică proteinele CT extremofile, expresia heterologă a acestor gene și proprietățile lor. Sarcina va include analiza datelor bioinformatice, clonarea genelor investigate, transformarea bacteriilor și a tulpinilor de drojdie, producția heterologică a proteinei testate utilizând sistemele de expresie procariot și eucariot, administrarea proteinelor intracelulare și secretabile, purificarea proteinelor prin cromatografie, analiza proteolitică a proteinelor purificate, spectrometria dicroismului circular, măsurarea deplasării termice. După obținerea rezultatelor testelor, vor fi descrise una sau mai multe proteine noi ale bacteriilor CT. Acest lucru va ajuta la o mai bună înțelegere a acestor proteine, care sunt caracteristice multor bacterii, dar foarte slab studiate, și va extinde alegerea biomaterialelor care sunt utile pentru biomedicină. Proteinele descrise la locul de muncă sunt de așteptat să fie superioare proteinelor CT deja cunoscute în ceea ce privește stabilitatea lor. (Romanian)
18 July 2022
0 references
Bakteriálne proteíny podobné zvieracie kolagény dostávajú zvýšenú pozornosť od výskumníkov o potenciáli pre regeneráciu biomedicínskych tkanív a vývoj liekov. Okrem toho, vzhľadom na ich schopnosť ľahko ich modifikovať, môžu byť proteíny kolagénu (CT) použité ako model na testovanie kolagénu na zvieratách. Do dátumu písania tohto projektu bolo opísaných len niekoľko patogénnych baktérií a niekoľko pôdnych mezofilných CT proteínov. Analýza databáz genómov ukazuje, že proteíny podobné kolagénu sú bežné pre širokú škálu baktérií vrátane extremofilov. V extrémnych baktériách môžu všetky bielkoviny vrátane CT proteínov vykazovať väčšiu stabilitu pri vyšších teplotách, vysokých koncentráciách solí, extrémnych hodnotách pH, ale žiadny z týchto proteínov sa ešte neskúmal a nepopísal. To nás prinútilo stanoviť si cieľ: identifikujte nové proteíny extremofilných baktérií podobných kolagénom a zhodnoťte ich potenciál pre biomedicínske aplikácie. Cieľ sa dosiahne prostredníctvom jedného kľúčového cieľa: hľadanie nových génov kódujúcich extremofilné CT proteíny, heterológnej expresie týchto génov a ich vlastností. Úlohou bude analýza bioinformatických údajov, klonovanie skúmaných génov, transformácia baktérií a stoniek kvasiniek, heterologická produkcia testovaného proteínu pomocou prokaryotu a expresných systémov eukaryotu, podávanie intracelulárnych a vylučovateľných proteínov, čistenie proteínov chromatografiou, proteolytická analýza čistených bielkovín, spektrometria kruhového dichroizmu, meranie tepelného výtlaku. Po získaní výsledkov testov sa opíše jeden alebo viac nových proteínov CT baktérií. To pomôže lepšie pochopiť tieto bielkoviny, ktoré sú charakteristické pre mnohé baktérie, ale veľmi zle študované, a rozšíri výber biomateriálov, ktoré sú užitočné pre biomedicínu. Predpokladá sa, že proteíny opísané v práci budú lepšie ako už známe proteíny CT, pokiaľ ide o ich stabilitu. (Slovak)
18 July 2022
0 references
Proteini batteriċi simili għall-collagens tal-annimali jirċievu attenzjoni dejjem akbar minn riċerkaturi dwar il-potenzjal għar-riġenerazzjoni tat-tessuti bijomediċi u l-iżvilupp tal-mediċina. Barra minn hekk, minħabba l-kapaċità tagħhom li jimmodifikawhom faċilment, il-proteini tat-tip tal-kollaġen (CT) jistgħu jintużaw bħala mudell għall-ittestjar tal-kollaġen fl-annimali. Sad-data tal-kitba ta’ dan il-proġett, ġew deskritti biss ftit batterji patoġeniċi u diversi proteini meżofiliċi tal-ħamrija. L-analiżi tad-databases tal-ġenoma turi li proteini li jixbħu l-kollaġen huma komuni għal firxa wiesgħa ta’ batterji, inklużi l-estremofili. F’batterji estremi, il-proteini kollha, inklużi l-proteini CT, jistgħu juru stabbiltà akbar f’temperaturi ogħla, konċentrazzjonijiet għoljin ta’ melħ, valuri estremi ta’ pH, iżda l-ebda wieħed minn dawn il-proteini għadu ma ġie studjat u deskritt. Dan wassalna biex nagħmlu mira: l-identifikazzjoni ta’ proteini ġodda ta’ batterji estremi simili għall-kollaġen u l-valutazzjoni tal-potenzjal tagħhom għal applikazzjonijiet bijomediċi. L-għan se jintlaħaq permezz ta’ għan ewlieni wieħed: tiftix għal ġeni ġodda li jikkodifikaw il-proteini tat-TK estremi, l-espressjoni eterologa ta’ dawk il-ġeni u l-proprjetajiet tagħhom. Il-kompitu se jinkludi analiżi tad-data bijoinformatika, klonazzjoni tal-ġeni investigati, trasformazzjoni ta’ batterji u zkuk tal-ħmira, produzzjoni eteroloġika tal-proteina tat-test bl-użu ta’ sistemi ta’ espressjoni ta’ prokaryote u eukaryote, amministrazzjoni ta’ proteini intraċellulari u sekretibbli, purifikazzjoni ta’ proteini bil-kromatografija, analiżi proteolitika ta’ proteina ppurifikata, spettrometrija ta’ dichroism ċirkolari, kejl ta’ spostament termali. Ladarba jinkisbu r-riżultati tat-testijiet, se jiġu deskritti wieħed jew aktar mill-proteini l-ġodda tal-batterji CT. Dan jgħin biex jinftiehmu aħjar dawn il-proteini, li huma karatteristiċi ta’ ħafna batterji, iżda li ftit li xejn ġew studjati, u se jwessa’ l-għażla ta’ bijomaterjali b’bażi bijoloġika li huma utli għall-bijomediċina. Il-proteini deskritti fuq ix-xogħol huma mistennija li jkunu superjuri għall-proteini CT diġà magħrufa f’termini tal-istabbiltà tagħhom. (Maltese)
18 July 2022
0 references
Proteínas bacterianas semelhantes aos colágenos animais recebem cada vez mais atenção dos pesquisadores sobre o potencial de regeneração de tecidos biomédicos e desenvolvimento de medicamentos. Além disso, devido à sua capacidade de modificá-los facilmente, as proteínas do tipo colágeno (TC) podem ser usadas como modelo para testes de colágeno em animais. Até a data da escrita deste projeto, apenas algumas bactérias patogénicas e várias proteínas mesofílicas do solo CT foram descritas. A análise de bases de dados do genoma mostra que as proteínas colagénio-como são comuns a uma vasta gama de bactérias, incluindo extremófilos. Em bactérias extremas, todas as proteínas, incluindo as proteínas CT, podem exibir maior estabilidade a temperaturas mais altas, altas concentrações de sal, valores extremos de pH, mas nenhuma dessas proteínas ainda foi estudada e descrita. Isto levou-nos a estabelecer uma meta: identificar novas proteínas de bactérias extremofílicas semelhantes ao colagénio e avaliar o seu potencial para aplicações biomédicas. O objetivo será alcançado através de um objetivo fundamental: procura de novos genes que codifiquem proteínas extremofílicas da TC, expressão heteróloga desses genes e das suas propriedades. A tarefa incluirá análise de dados bioinformáticos, clonagem dos genes investigados, transformação de bactérias e caules de leveduras, produção heterológica da proteína de teste utilizando sistemas de expressão de procariotos e eucariotos, administração de proteínas intracelulares e secretas, purificação de proteínas por cromatografia, análise proteolítica de proteínas purificadas, espectrometria de dicroísmo circular, medições de deslocamento térmico. Uma vez que os resultados dos testes são obtidos, uma ou mais novas proteínas de bactérias CT serão descritas. Isso ajudará a compreender melhor estas proteínas, que são características de muitas bactérias, mas muito pouco estudadas, e ampliará a escolha de biomateriais de base biológica que são úteis para a biomedicina. Espera-se que as proteínas descritas no trabalho sejam superiores às proteínas TC já conhecidas em termos de sua estabilidade. (Portuguese)
18 July 2022
0 references
Eläinkollageenien kaltaiset bakteeriproteiinit saavat tutkijoilta yhä enemmän huomiota biolääketieteellisen kudosten uudistumisen ja lääkekehityksen mahdollisuuksiin. Koska kollageenin kaltaiset proteiinit pystyvät helposti muokkaamaan niitä, niitä voidaan käyttää mallina eläinten kollageenitesteissä. Tämän hankkeen kirjoituspäivään mennessä on kuvattu vain muutamia patogeenisiä bakteereja ja useita maaperän mesofiilisiä CT-proteiineja. Genomitietokantojen analyysi osoittaa, että kollageenin kaltaiset proteiinit ovat yleisiä monenlaisille bakteereille, myös raajatyypeille. Äärimmäisissä bakteereissa kaikilla proteiineilla, myös CT-proteiineilla, voi olla suurempi stabiilisuus korkeammissa lämpötiloissa, korkeissa suolapitoisuuksissa ja äärimmäisissä pH-arvoissa, mutta yhtäkään näistä proteiineista ei ole vielä tutkittu eikä kuvattu. Tämä sai meidät asettamaan tavoitteen: tunnistaa uudet kollageenin kaltaiset ekstremofiiliset bakteeriproteiinit ja arvioida niiden potentiaalia biolääketieteellisissä sovelluksissa. Tavoite saavutetaan yhdellä keskeisellä tavoitteella: Etsi uusia geenejä, jotka koodaavat ekstremofiilisia CT-proteiineja, näiden geenien ja niiden ominaisuuksien heterologista ilmentymistä. Tehtävää ovat bioinformaattisten tietojen analysointi, tutkittujen geenien kloonaaminen, bakteerien ja hiivavarsien muuntuminen, testiproteiinin heterologinen tuotanto prokaryoottia ja eukaryoottia ilmentävillä järjestelmillä, solunsisäisten ja erittyvien proteiinien antaminen, proteiinien puhdistaminen kromatografialla, puhdistetun proteiinin proteolyyttinen analyysi, pyöreän dikroismin spektrometria, lämpösiirtymämittaukset. Kun testitulokset on saatu, kuvataan yksi tai useampi uusi CT-bakteerien proteiini. Tämä auttaa ymmärtämään paremmin näitä proteiineja, jotka ovat tyypillisiä monille bakteereille, mutta hyvin huonosti tutkittuja, ja laajentaa biolääketieteen kannalta hyödyllisten biopohjaisten biomateriaalien valintaa. Työssä kuvattujen proteiinien odotetaan olevan stabiilisuuden kannalta parempia kuin jo tunnetut CT-proteiinit. (Finnish)
18 July 2022
0 references
Białka bakteryjne podobne do zwierzęcych kolagenów otrzymują coraz większą uwagę badaczy na temat potencjału biomedycznej regeneracji tkanek i rozwoju leków. Ponadto, ze względu na ich zdolność do łatwej modyfikacji, białka kolagenowe (CT) mogą być wykorzystywane jako wzór do testowania kolagenu na zwierzętach. Do czasu napisania tego projektu opisano tylko kilka patogennych bakterii i kilka białek mezofilnych glebowych tomografii komputerowej. Analiza baz danych genomu pokazuje, że białka kolagenowe są wspólne dla wielu bakterii, w tym ekstremofilów. W skrajnych bakteriach wszystkie białka, w tym białka tomografii komputerowej, mogą wykazywać większą stabilność w wyższych temperaturach, wysokie stężenia soli, ekstremalne wartości pH, ale żadne z tych białek nie zostało jeszcze zbadane i opisane. To skłoniło nas do wyznaczenia celu: zidentyfikować nowe białka bakterii ekstremofilnych przypominających kolagen i ocenić ich potencjał w zakresie zastosowań biomedycznych. Cel ten zostanie osiągnięty poprzez jeden z kluczowych celów: Szukaj nowych genów kodujących ekstremofilne białka tomografii komputerowej, heterologiczną ekspresję tych genów i ich właściwości. Zadanie będzie obejmowało analizę danych bioinformatycznych, klonowanie badanych genów, transformację bakterii i łodyg drożdży, heterologiczną produkcję białek testowych z wykorzystaniem systemów ekspresji prokariotu i eukariotu, podawanie białek wewnątrzkomórkowych i wydzielalnych, oczyszczanie białek metodą chromatografii, analizę proteolityczną oczyszczonego białka, spektrometrię dichroizmu kołowego, pomiary przemieszczenia termicznego. Po uzyskaniu wyników badań opisane zostanie jedno lub więcej nowych białek bakterii toksykologicznych. Pomoże to lepiej zrozumieć te białka, które są charakterystyczne dla wielu bakterii, ale bardzo słabo zbadane, i poszerzy wybór biomateriałów pochodzenia biologicznego, które są przydatne dla biomedycyny. Oczekuje się, że białka opisane w pracy będą lepsze od już znanych białek tomografii komputerowej pod względem ich stabilności. (Polish)
18 July 2022
0 references
Bakterijske beljakovine, podobne živalskim kolagenom, so deležne vse večje pozornosti raziskovalcev o možnostih za biomedicinsko regeneracijo tkiva in razvoj zdravil. Poleg tega se lahko kot model za testiranje kolagena na živalih uporabijo tudi beljakovine kolagena tipa (CT), saj jih lahko zlahka spremenijo. Do datuma pisanja tega projekta je bilo opisanih le nekaj patogenih bakterij in več mezofilnih beljakovin CT tal. Analiza genomskih baz podatkov kaže, da so kolagenu podobne beljakovine skupne številnim bakterijam, vključno z ekstremofili. Pri skrajnih bakterijah imajo lahko vse beljakovine, vključno s CT proteini, večjo stabilnost pri višjih temperaturah, visokih koncentracijah soli in skrajnih vrednosti pH, vendar nobena od teh beljakovin še ni raziskana in opisana. To nas je spodbudilo k določitvi cilja: prepoznati nove kolagenu podobne ekstremofilne bakterije in oceniti njihov potencial za biomedicinsko uporabo. Cilj bo dosežen z enim ključnim ciljem: iskanje novih genov, ki kodirajo ekstremofilne proteine CT, heterologno izražanje teh genov in njihove lastnosti. Naloga bo vključevala bioinformatično analizo podatkov, kloniranje preiskovanih genov, transformacijo bakterij in stebel kvasovk, heterologno proizvodnjo testne beljakovine s pomočjo prokariontov in ekspresivnih sistemov evkariontov, dajanje znotrajceličnih in sekretnih beljakovin, prečiščevanje proteinov s kromatografijo, proteolitično analizo prečiščenih beljakovin, spektrometrijo krožnega dihroizma, meritve toplotnega izpodrivanja. Ko bodo rezultati testov pridobljeni, bo opisana ena ali več novih beljakovin CT bakterij. To bo pripomoglo k boljšemu razumevanju teh beljakovin, ki so značilne za številne bakterije, vendar zelo slabo raziskane, in bo razširilo izbiro biomaterialov na biološki osnovi, ki so koristni za biomedicino. Pričakuje se, da bodo beljakovine, opisane na delovnem mestu, boljše od že znanih CT proteinov v smislu njihove stabilnosti. (Slovenian)
18 July 2022
0 references
Bakteriální proteiny podobné zvířecím kolagenům získávají od výzkumných pracovníků rostoucí pozornost na potenciál biomedicínské regenerace tkání a vývoje léčiv. Kromě toho, vzhledem k jejich schopnosti je snadno upravovat, mohou být jako vzor pro testování kolagenu na zvířatech použity proteiny typu kolagenu (CT). Do data vzniku tohoto projektu bylo popsáno pouze několik patogenních bakterií a několik půdních mezofilních CT proteinů. Analýza genomových databází ukazuje, že proteiny podobné kolagenu jsou společné široké škále bakterií, včetně extromofilů. U extrémních bakterií mohou všechny bílkoviny, včetně CT proteinů, vykazovat větší stabilitu při vyšších teplotách, vysoké koncentrace soli, extrémní hodnoty pH, ale žádný z těchto bílkovin nebyl dosud studován a popsán. To nás přimělo k tomu, abychom si stanovili cíl: identifikovat nové proteiny extremofilních bakterií podobné kolagenu a posoudit jejich potenciál pro biomedicínské aplikace. Cíle bude dosaženo prostřednictvím jednoho klíčového cíle: hledání nových genů kódujících extremofilní CT proteiny, heterologní exprese těchto genů a jejich vlastností. Součástí úkolu bude bioinformatická analýza dat, klonování zkoumaných genů, transformace bakterií a kvasinek, heterologická produkce testovacího proteinu s využitím expresních systémů prokaryot a eukaryot, podávání intracelulárních a sekrečních proteinů, čištění proteinů chromatografií, proteolytická analýza čištěného proteinu, spektrometrie kruhového dichroismu, měření tepelného posunu. Jakmile jsou výsledky testů získány, bude popsán jeden nebo více nových proteinů bakterií CT. To pomůže lépe pochopit tyto bílkoviny, které jsou charakteristické pro mnoho bakterií, ale velmi špatně studované, a rozšíří výběr biomateriálů, které jsou užitečné pro biomedicínu. Očekává se, že bílkoviny popsané při práci budou z hlediska jejich stability nadřazeny již známým CT proteinům. (Czech)
18 July 2022
0 references
Baktēriju proteīni, kas līdzīgi dzīvnieku kolagēniem, saņem arvien lielāku uzmanību no pētniekiem par biomedicīnas audu reģenerācijas un zāļu attīstības potenciālu. Turklāt, ņemot vērā to spēju viegli modificēt, kolagēna tipa (CT) proteīnus var izmantot kā paraugu kolagēna testēšanai dzīvniekiem. Līdz šā projekta rakstīšanas datumam ir aprakstītas tikai dažas patogēnās baktērijas un vairāki augsnes mezofilie CT proteīni. Genoma datubāzu analīze liecina, ka kolagēnam līdzīgi proteīni ir izplatīti plašam baktēriju lokam, tostarp ekstremofiliem. Ārkārtējām baktērijām visi proteīni, tostarp HT proteīni, var būt noturīgāki pie augstākām temperatūrām, augstām sāls koncentrācijām, ekstrēmām pH vērtībām, bet neviens no šiem proteīniem vēl nav pētīts un aprakstīts. Tas lika mums noteikt mērķi: identificēt jaunus kolagēnam līdzīgus ekstremofīlo baktēriju proteīnus un novērtēt to potenciālu biomedicīniskā pielietojumā. Mērķis tiks sasniegts ar vienu galveno mērķi: meklēt jaunus gēnus, kas kodē ekstremofilus CT proteīnus, šo gēnu heterologu ekspresiju un to īpašības. Uzdevums ietvers bioinformātisko datu analīzi, pētāmo gēnu klonēšanu, baktēriju un rauga stublāju transformāciju, testa proteīna heteroloģisko ražošanu, izmantojot prokarota un eikariota ekspresijas sistēmas, intracelulāro un sekrējamo proteīnu ievadīšanu, proteīnu attīrīšanu hromatogrāfijā, attīrītu olbaltumvielu proteolītisko analīzi, riņķveida dihroisma spektrometriju, termiskās pārvietošanas mērījumus. Kad būs iegūti testu rezultāti, tiks aprakstīts viens vai vairāki jauni CT baktēriju proteīni. Tas palīdzēs labāk izprast šīs olbaltumvielas, kas ir raksturīgas daudzām baktērijām, bet ļoti slikti pētītas, un paplašinās biomedicīnai noderīgu biomateriālu izvēli. Paredzams, ka darbā aprakstītie proteīni būs labāki par jau zināmajiem HT proteīniem to stabilitātes ziņā. (Latvian)
18 July 2022
0 references
Бактериалните протеини, подобни на животинските колагени, получават все по-голямо внимание от изследователите относно потенциала за биомедицинска регенерация на тъканите и разработване на лекарства. Освен това, поради способността им лесно да ги променят, като модел за изследване на колаген при животни могат да се използват протеини от колаген (CT). Към датата на изготвяне на този проект са описани само няколко патогенни бактерии и няколко почвени мезофилни CT протеини. Анализът на геномните бази данни показва, че колаген-подобните протеини са често срещани при широк спектър от бактерии, включително екстремофили. При екстремни бактерии всички протеини, включително КТ протеините, могат да имат по-голяма стабилност при по-високи температури, високи концентрации на сол, екстремни стойности на pH, но никой от тези протеини все още не е проучен и описан. Това ни накара да си поставим цел: идентифициране на нови колаген-подобни екстремофилни бактерии протеини и оценка на техния потенциал за биомедицински приложения. Целта ще бъде постигната чрез една ключова цел: търсене на нови гени кодиращи за екстремофилни КТ протеини, хетероложна експресия на тези гени и техните свойства. Задачата ще включва биоинформатичен анализ на данни, клониране на изследваните гени, трансформация на бактерии и дрожди, хетерологично производство на тестовия протеин чрез използване на прокариот и системи за експресия на еукариот, прилагане на вътреклетъчни и секретируеми протеини, пречистване на протеини чрез хроматография, протеолитичен анализ на пречистен протеин, спектрометрия на кръгов дихроизъм, измервания на топлинното изместване. След като бъдат получени резултатите от тестовете, ще бъдат описани един или повече нови протеини на КТ бактерии. Това ще помогне за по-доброто разбиране на тези протеини, които са характерни за много бактерии, но са много слабо проучени, и ще разшири избора на биоматериали на биологична основа, които са полезни за биомедицината. Протеините, описани по време на работа, се очаква да бъдат по-добри от вече известните КТ протеини по отношение на тяхната стабилност. (Bulgarian)
18 July 2022
0 references
Az állati kollagénekhez hasonló bakteriális fehérjék egyre nagyobb figyelmet kapnak a kutatóktól az orvosbiológiai szövetek regenerálódásának és a gyógyszerfejlesztésnek a lehetőségére. Ezen túlmenően, mivel könnyen módosíthatók, kollagén típusú (CT) fehérjék használhatók az állatokon végzett kollagénvizsgálat modelljeként. A projekt megírásának időpontjáig csak néhány patogén baktériumot és több talajban mezofil CT fehérjét írtak le. A genom-adatbázisok elemzése azt mutatja, hogy a kollagénszerű fehérjék számos baktériumban gyakoriak, beleértve az extremophilokat is. Extrém baktériumokban minden fehérje, beleértve a CT fehérjéket is, nagyobb stabilitást mutathat magasabb hőmérsékleten, magas sókoncentrációban, extrém pH-értékekben, de ezek közül a fehérjék közül még egyiket sem vizsgálták és írták le. Ez arra késztetett minket, hogy kitűzzünk egy célt: új kollagénszerű extremofil baktériumfehérjék azonosítása és orvosbiológiai alkalmazásokra való képességük felmérése. A célkitűzés egy kulcsfontosságú célkitűzés révén érhető el: az extremofil CT fehérjéket kódoló új gének keresése, e gének heterológ expressziója és tulajdonságaik keresése. A feladat magában foglalja a bioinformatikus adatelemzést, a vizsgált gének klónozását, a baktériumok és az élesztőszárak transzformációját, a vizsgált fehérje heterológiás termelését prokarióta és eukarióta expressziós rendszerek alkalmazásával, intracelluláris és szekréciós fehérjék beadását, fehérjék kromatográfiával történő tisztítását, tisztított fehérje proteolitikus elemzését, körkörös dichroizmus spektrometria, termikus elmozdulás mérése. A vizsgálatok eredményeinek megszerzését követően a CT baktériumok egy vagy több új fehérjét ismertetjük. Ez segít jobban megérteni ezeket a fehérjéket, amelyek számos baktériumra jellemzőek, de nagyon rosszul tanulmányozták, és bővíteni fogja a bioalapú bioanyagok kiválasztását, amelyek hasznosak a biomedicin szempontjából. A munkahelyen leírt fehérjék stabilitásukat tekintve várhatóan meghaladják a már ismert CT fehérjéket. (Hungarian)
18 July 2022
0 references
Faigheann próitéiní baictéaracha cosúil le collagens ainmhithe aird mhéadaitheach ó thaighdeoirí ar an acmhainneacht maidir le hathghiniúint fíochán bithleighis agus forbairt drugaí. Ina theannta sin, mar gheall ar a gcumas iad a mhodhnú go héasca, is féidir próitéiní de chineál collagen (CT) a úsáid mar mhúnla le haghaidh tástála collagen in ainmhithe. Faoi dháta scríofa an tionscadail seo, níl ach cúpla baictéir phataigineacha agus roinnt próitéiní CT mesophilic ithreach curtha síos. Léiríonn anailís ar bhunachair sonraí géanóm go bhfuil próitéiní cosúil le collagen coitianta do raon leathan baictéir, lena n-áirítear antoisceacha. I baictéir mhór, d’fhéadfadh gach próitéin, lena n-áirítear próitéiní CT, cobhsaíocht níos mó a thaispeáint ag teochtaí níos airde, tiúchan ard salainn, luachanna pH foircneacha, ach níl staidéar déanta ar aon cheann de na próitéiní seo agus cur síos déanta orthu go fóill. Spreag sé sin dúinn sprioc a leagan síos: próitéiní baictéir extremophilic atá cosúil le collaigine a shainaithint agus measúnú a dhéanamh ar a n-acmhainneacht le haghaidh feidhmeanna bithleighis. Bainfear an cuspóir amach trí phríomhchuspóir amháin: Cuardaigh le haghaidh genes nua códú do próitéiní CT extremophilic, léiriú heterologous de na géinte agus a n-airíonna. Áireofar ar an tasc anailís sonraí bioinformatic, clónáil na géinte a ndearnadh imscrúdú orthu, athrú ar bhaictéir agus gais giosta, táirgeadh heterological an phróitéin tástála ag baint úsáide as córais prokaryote agus eukaryote léiriú, riaradh próitéiní intracellular agus secretible, íonú próitéiní ag crómatagrafaíocht, anailís phróitéine íonaithe, speictriméadracht an dichroism ciorclach, tomhais díláithrithe teirmeach. Nuair a fhaightear torthaí na dtástálacha, déanfar cur síos ar phróitéin nua amháin nó níos mó de bhaictéir CT. Cabhróidh sé seo le tuiscint níos fearr a fháil ar na próitéiní seo, ar saintréithe iad de go leor baictéir, ach nach ndearnadh mórán staidéar orthu, agus leathnóidh sé rogha na mbithábhar bithbhunaithe atá úsáideach le haghaidh bithleighis. Táthar ag súil go mbeidh na próitéiní a thuairiscítear ag an obair níos fearr ná na próitéiní CT atá aitheanta cheana féin ó thaobh a gcobhsaíochta de. (Irish)
18 July 2022
0 references
Bakterieproteiner som liknar animaliska kollagener får allt större uppmärksamhet från forskare om potentialen för biomedicinsk vävnadsregenerering och läkemedelsutveckling. Dessutom, på grund av deras förmåga att enkelt modifiera dem, kan kollagentyp (CT) proteiner användas som modell för kollagentestning på djur. När detta projekt skrevs har endast ett fåtal patogena bakterier och flera jordmesofila CT-proteiner beskrivits. Analys av genomdatabaser visar att kollagenliknande proteiner är vanliga för ett brett spektrum av bakterier, inklusive extremofiler. I extrema bakterier kan alla proteiner, inklusive CT-proteiner, uppvisa större stabilitet vid högre temperaturer, höga saltkoncentrationer, extrema pH-värden, men inget av dessa proteiner har ännu studerats och beskrivits. Detta fick oss att sätta upp ett mål: identifiera nya kollagenliknande extremofila bakterieproteiner och bedöma deras potential för biomedicinska tillämpningar. Målet kommer att uppnås genom ett centralt mål: Sök efter nya gener som kodar för extremophilic CT-proteiner, heterolog uttryck av dessa gener och deras egenskaper. Uppgiften kommer att omfatta bioinformatisk dataanalys, kloning av de undersökta generna, omvandling av bakterier och jäststammar, heterologisk produktion av testproteinet med hjälp av prokaryote- och eukaryoteuttryckssystem, administrering av intracellulära och sekrena proteiner, rening av proteiner genom kromatografi, proteolytisk analys av renat protein, spektrometri av cirkulär dikroism, termisk förskjutningsmätning. När resultaten av testerna har erhållits kommer ett eller flera nya proteiner av CT-bakterier att beskrivas. Detta kommer att bidra till att bättre förstå dessa proteiner, som är karakteristiska för många bakterier, men mycket dåligt studerade, och kommer att bredda valet av biobaserade biomaterial som är användbara för biomedicin. De proteiner som beskrivs i arbetet förväntas vara bättre än de redan kända CT-proteinerna när det gäller deras stabilitet. (Swedish)
18 July 2022
0 references
Loomade kollageenidega sarnased bakterivalgud saavad teadlastelt üha suuremat tähelepanu biomeditsiiniliste kudede regenereerimise ja ravimite väljatöötamise potentsiaalile. Lisaks võib kollageeni tüüpi valke kasutada loomadel kollageeni testimisel mudelina tänu nende võimele neid kergesti modifitseerida. Projekti kirjutamise kuupäevaks on kirjeldatud vaid mõnda patogeenset bakterit ja mitut mulla mesofiilset CT-valku. Genoomiandmebaaside analüüs näitab, et kollageenilaadsed valgud on levinud paljude bakterite, sealhulgas ekstremofiilide puhul. Ekstreemsete bakterite puhul võib kõigil valkudel, sealhulgas CT-valkudel, olla suurem stabiilsus kõrgematel temperatuuridel, kõrge soolakontsentratsioon, äärmuslikud pH väärtused, kuid ühtegi neist valkudest ei ole veel uuritud ega kirjeldatud. See ajendas meid püstitama eesmärgi: uute kollageenilaadsete ekstremofiilsete bakterivalkude tuvastamine ja nende biomeditsiiniliste rakenduste potentsiaali hindamine. Eesmärk saavutatakse ühe peamise eesmärgi kaudu: otsige uusi geene, mis kodeerivad ekstremofiilseid CT valke, nende geenide heteroloogset ekspressiooni ja nende omadusi. Ülesanne hõlmab bioinformaatikaandmete analüüsi, uuritud geenide kloonimist, bakterite ja pärmi varte muundumist, katsevalgu heteroloogilist tootmist prokarüote ja eukarüote ekspressiooni süsteemide abil, rakusiseste ja sekreteeritavate valkude manustamist, valkude puhastamist kromatograafia abil, puhastatud valkude proteolüütilist analüüsi, ümmarguse dikroismi spektromeetriat, termilise nihke mõõtmist. Kui testide tulemused on saadud, kirjeldatakse ühte või mitut uut CT-bakteri valku. See aitab paremini mõista neid valke, mis on iseloomulikud paljudele bakteritele, kuid väga halvasti uuritud, ning laiendab biomeditsiini jaoks kasulike bioressursipõhiste biomaterjalide valikut. Tööl kirjeldatud valgud on eeldatavasti stabiilsuse poolest paremad kui juba teadaolevad CT valgud. (Estonian)
18 July 2022
0 references
Universiteto 3, Vilnius
0 references
Identifiers
09.3.3-LMT-K-712-02-0092
0 references