HOMEOSTASIA AND MOLECULAR REPLACEMENT IN THE CENTRAL DOGMA: PROTHEOMIC APPROACHES, RESPONSE TO STRESS AND CONTRIBUTION OF THE PREFOLDIN-LIKE BUD27/URI COMPLEX (Q3201538)
Jump to navigation
Jump to search
Project Q3201538 in Spain
| Language | Label | Description | Also known as |
|---|---|---|---|
| English | HOMEOSTASIA AND MOLECULAR REPLACEMENT IN THE CENTRAL DOGMA: PROTHEOMIC APPROACHES, RESPONSE TO STRESS AND CONTRIBUTION OF THE PREFOLDIN-LIKE BUD27/URI COMPLEX |
Project Q3201538 in Spain |
Statements
136,468.64 Euro
0 references
169,400.0 Euro
0 references
80.56 percent
0 references
30 December 2016
0 references
29 June 2021
0 references
UNIVERSIDAD DE JAEN
0 references
23071
0 references
EL ENFOQUE REDUCCIONISTA DE LA BIOLOGIA MOLECULAR HA APORTADO UNA GRAN CANTIDAD DE INFORMACION SOBRE LOS MECANISMOS CELULARES, PERO SU RESULTADO ES DEMASIADO LIMITADO PARA ENTENDER COMO FUNCIONA UNA CELULA EN SU CONJUNTO. SE REQUIERE UNA VISION INTEGRADORA QUE DESCUBRA LOS NIVELES SUPERIORES DE RELACION ENTRE MOLECULAS, RUTAS Y ESTRUCTURAS CELULARES. LAS CIENCIAS OMICAS Y LA BIOLOGIA DE SISTEMAS PROPORCIONAN LAS HERRAMIENTAS Y LA VISION GLOBAL NECESARIA PARA CAPTAR LAS PROPIEDADES EMERGENTES DE LA CELULA. DESDE ESA PERSPECTIVA, QUEREMOS CONTRIBUIR A RE-EXAMINAR LA EXPRESION GENICA, ENTENDIENDO POR TAL EL PROCESO QUE CONVIERTE LA INFORMACION GENETICA EN ELEMENTOS FENOTIPICOS ACTIVOS (PROTEINAS). _x000D_ EN EL PARADIGMA CLASICO, EL EQUILIBRIO DINAMICO DE LOS ELEMENTOS DE LA CELULA (HOMEOSTASIA) SE CONSIGUE GRACIAS AL BALANCE ENTRE SINTESIS Y DEGRADACION, CON MECANISMOS DE CONTROL QUE REGULAN UNO DE ESOS DOS PROCESOS. SEGUN ESA VISION, EL LLAMADO ¿DOGMA CENTRAL¿ ES UN CAMINO LINEAL EN EL QUE EL MRNA JUEGA UN PAPEL DE MERO INTERMEDIARIO. EN LOS ULTIMOS AÑOS NUESTRO EQUIPO HA CONTRIBUIDO A DEMOSTRAR QUE EXISTE UN CONTROL GENERAL DE LA CONCENTRACION CELULAR DE MRNA (HOMEOSTASIA DEL MRNA) EN SACCHAROMYCES CEREVISIAE QUE ES FRUTO DE LA COMUNICACION CRUZADA ENTRE LAS MAQUINARIAS DE TRANSCRIPCION Y DEGRADACION (MRNA-CROSSTALK). ESTA IMPLICA TANTO LA IMPRONTA QUE LOS MRNAS RECIBEN EN SU SINTESIS, COMO LA RETROALIMENTACION QUE SOBRE LA MAQUINARIA DE TRANSCRIPCION EJERCEN LOS PROPIOS FACTORES DE DEGRADACION DEL MRNA. DURANTE EL PROYECTO EN CURSO HEMOS IDENTIFICADO LA ETAPA DE ELONGACION DE LA TRANSCRIPCION, Y MAS CONCRETAMENTE EL FENOMENO DE MARCHA ATRAS DE LA RNA POLIMERASA II (RNAPII BACKTRACKING), COMO UN ELEMENTO CLAVE DEL MRNA-CROSSTALK. HEMOS DEMOSTRADO ASIMISMO QUE LAS TASAS DE TRANSCRIPCION Y DEGRADACION DE MRNA CAMBIAN DE FORMA PARALELA CON LA VELOCIDAD DE PROLIFERACION CELULAR, MANTENIENDO CONSTANTE LA CONCENTRACION DE MRNA PARA UNA MAYORIA DE GENES. COMO CONSECUENCIA DE ELLO, ES EL RECAMBIO DE MRNA (MRNA-TURNOVER) LO QUE VARIA CON LA PROLIFERACION PARA GARANTIZAR SU HOMEOSTASIA. _x000D_ EN EL PRESENTE PROYECTO QUEREMOS PROFUNDIZAR EN EL CONOCIMIENTO DEL MRNA-CROSSTALK, IDENTIFICAR LOS MECANISMOS QUE ACOPLAN EL MRNA-TURNOVER A LA TASA DE PROLIFERACION CELULAR, MODELAR MATEMATICAMENTE ESTE ACOPLAMIENTO Y COMPROBAR SI TAMBIEN TIENE LUGAR EN LAS CELULAS HUMANAS. QUEREMOS ASIMISMO EXPLORAR LA POSIBLE EXISTENCIA DE COMUNICACION CRUZADA ENTRE LA TRADUCCION DE LOS MRNAS A PROTEINAS Y LA DEGRADACION DE ESTAS (PROTEIN-CROSSTALK). NUESTROS DATOS PRELIMINARES ASI LO SUGIEREN Y, CASO DE DEMOSTRARLO, QUEREMOS ENTENDER LOS MECANISMOS QUE LO SUSTENTAN Y EXPLORAR SI TAMBIEN EXISTE UN ACOPLAMIENTO DEL RECAMBIO DE PROTEINAS (PROTEIN-TURNOVER) A LA PROLIFERACION CELULAR. POR ULTIMO QUEREMOS EXPLICAR LA PARTICIPACION EN EL PROCESO DE ELONGACION TRANSCRIPCIONAL DE LAS PREFOLDINAS, UNAS CO-CHAPERONAS QUE TRABAJAN EN EL PLEGAMIENTO DE ACTINAS Y TUBULINAS DURANTE EL ENSAMBLAJE DEL CITOESQUELETO. LOS RESULTADOS DEL PROYECTO EN CURSO INDICAN QUE CONTRIBUYEN A LA DINAMICA TRANSCRIPCIONAL DE LAS HISTONAS A TRAVES DE REMODELADORES DE CROMATINA QUE CONTIENEN ACTINA. QUEREMOS ENTENDER ESE MECANISMO Y COMPROBAR SI LAS PREFOLDINAS ESTAN MEDIANDO LA COMUNICACION ENTRE LA DINAMICA CITOPLASMICA Y LA EXPRESION DE LOS GENES. EN DEFINITIVA, ESTE PROYECTO PRETENDE INVESTIGAR TRES FENOMENOS DE HOMEOSTASIA MOLECULAR QUE LA VISION REDUCCIONISTA DEL DOGMA CENTRAL NO HA PERMITIDO ENTENDER. (Spanish)
0 references
THE REDUCTIONIST APPROACH TO MOLECULAR BIOLOGY HAS PROVIDED A LOT OF INFORMATION ABOUT CELLULAR MECHANISMS, BUT ITS RESULT IS TOO LIMITED TO UNDERSTAND HOW A CELL AS A WHOLE WORKS. AN INTEGRATIVE VISION IS REQUIRED THAT DISCOVERS THE HIGHER LEVELS OF RELATIONSHIP BETWEEN MOLECULES, PATHWAYS AND CELLULAR STRUCTURES. THE OMIC SCIENCES AND SYSTEMS BIOLOGY PROVIDE THE TOOLS AND THE GLOBAL VISION NEEDED TO CAPTURE THE EMERGING PROPERTIES OF THE CELL. FROM THAT PERSPECTIVE, WE WANT TO CONTRIBUTE TO RE-EXAMINING THE GENIC EXPRESSION, UNDERSTANDING BY SUCH THE PROCESS THAT TURNS GENETIC INFORMATION INTO ACTIVE PHENOTYPIC ELEMENTS (PROTEINS). _x000D_ in CLASSIC PARADIGMA, THE DINAMIC EQUILIBRIUM OF CELULA ELEMENTS (homeostasia) THANKS TO THE BALANCE ENTRE SINTESIS AND DEGRADATION, WITH CONTROL MECHANISMS OF THIS PROCEDURES. ACCORDING TO THAT VISION, THE SO-CALLED CENTRAL DOGMA IS A LINEAR PATH IN WHICH MRNA PLAYS A ROLE AS A MERE INTERMEDIARY. IN THE LAST FEW YEARS OUR TEAM HAS HELPED TO DEMONSTRATE THAT THERE IS A GENERAL CONTROL OF MRNA CELL CONCENTRATION (MRNA HOMEOSTASIA) IN SACCHAROMYCES CEREVISIAE WHICH IS THE RESULT OF CROSS COMMUNICATION BETWEEN THE TRANSCRIBING AND DEGRADATION MACHINERY (MRNA-CROSSTALK). THIS IMPLIES BOTH THE IMPRINT THAT MRNAS RECEIVE IN THEIR SYNTHESIS, AND THE FEEDBACK ON THE TRANSCRIPTION MACHINERY EXERTED BY THE MRNA’S OWN DEGRADATION FACTORS. DURING THE ONGOING PROJECT WE HAVE IDENTIFIED THE STAGE OF TRANSCRIPTION ELONGATION, AND MORE SPECIFICALLY THE MARCH PHENOMENA BEHIND RNA POLYMERASE II (RNAPII BACKTRACKING), AS A KEY ELEMENT OF MRNA-CROSSTALK. WE HAVE ALSO SHOWN THAT MRNA TRANSCRIPTION AND DEGRADATION RATES CHANGE PARALLEL WITH CELL PROLIFERATION VELOCITY, MAINTAINING CONSTANT MRNA CONCENTRATION FOR A MAJORITY OF GENES. AS A RESULT, IT IS THE REPLACEMENT OF MRNA (MRNA-TURNOVER) THAT VARIES WITH THE PROLIFERATION TO GUARANTEE ITS HOMEOSTASY. _x000D_ in the present project we want to develop in the knowledge of MRNA-crosstalk, identify the mechanisms that link the MRNA-TURNOVER to the CELL PROLIFERATION tax, mathematically MODELING THIS ACOPLAMITING AND COMPROBATING WHICH YOU HAVE TO PLACE IN HUMAN CELLS. WE ALSO WANT TO EXPLORE THE POSSIBLE EXISTENCE OF CROSS-COMMUNICATION BETWEEN THE TRANSLATION OF MRNAS TO PROTEINS AND THE DEGRADATION OF PROTEINS (PROTEIN-CROSSTALK). OUR PRELIMINARY DATA SUGGEST THIS AND, IF PROVEN, WE WANT TO UNDERSTAND THE MECHANISMS THAT SUPPORT IT AND EXPLORE WHETHER THERE IS ALSO A LINK BETWEEN PROTEIN REPLACEMENT (PROTEIN-TURNOVER) AND CELL PROLIFERATION. FINALLY, WE WANT TO EXPLAIN THE PARTICIPATION IN THE PROCESS OF TRANSCRIPTIONAL ELONGATION OF THE PREFOLDINS, SOME CO-CHAPERONAS THAT WORK IN THE FOLDING OF ACTINS AND TUBULINS DURING THE ASSEMBLY OF THE CYTOSKELETON. THE RESULTS OF THE ONGOING PROJECT INDICATE THAT THEY CONTRIBUTE TO TRANSCRIPTIONAL DYNAMICS OF HISTONES THROUGH CHROMATIN REMODELERS CONTAINING ACTIN. WE WANT TO UNDERSTAND THIS MECHANISM AND CHECK IF PREFOLDINS ARE MEDIATING THE COMMUNICATION BETWEEN CYTOPLASMIC DYNAMICS AND GENE EXPRESSION. IN SHORT, THIS PROJECT AIMS TO INVESTIGATE THREE PHENOMENA OF MOLECULAR HOMEOSTASIA THAT THE REDUCTIONIST VISION OF THE CENTRAL DOGMA HAS NOT ALLOWED TO UNDERSTAND. (English)
13 October 2021
0.2995084384704766
0 references
L’APPROCHE RÉDUCTIONNISTE DE LA BIOLOGIE MOLÉCULAIRE A FOURNI BEAUCOUP D’INFORMATIONS SUR LES MÉCANISMES CELLULAIRES, MAIS SON RÉSULTAT EST TROP LIMITÉ POUR COMPRENDRE LE FONCTIONNEMENT D’UNE CELLULE DANS SON ENSEMBLE. UNE VISION INTÉGRATIVE EST NÉCESSAIRE POUR DÉCOUVRIR LES NIVEAUX SUPÉRIEURS DE RELATION ENTRE LES MOLÉCULES, LES VOIES ET LES STRUCTURES CELLULAIRES. LES SCIENCES ATOMIQUES ET LA BIOLOGIE DES SYSTÈMES FOURNISSENT LES OUTILS ET LA VISION GLOBALE NÉCESSAIRES POUR CAPTURER LES PROPRIÉTÉS ÉMERGENTES DE LA CELLULE. DE CE POINT DE VUE, NOUS VOULONS CONTRIBUER À RÉÉVALUER L’EXPRESSION GÉNIQUE, EN COMPRENANT PAR TEL LE PROCESSUS QUI TRANSFORME L’INFORMATION GÉNÉTIQUE EN ÉLÉMENTS PHÉNOTYPIQUES ACTIFS (PROTÉINES). _x000D_ in CLASSIC Paradigma, THE DINAMIC EQUILIBRIUM OF CELULA ELEMENTS (homeostasia) MERCI à la BALANCE ENTRE SINTESIS ET DEGRADATION, AVEC MÉCÉNIS DE CONTRÔLE DE TES PROCÉDURES. SELON CETTE VISION, LE SOI-DISANT DOGME CENTRAL EST UN CHEMIN LINÉAIRE DANS LEQUEL L’ARNM JOUE UN RÔLE DE SIMPLE INTERMÉDIAIRE. AU COURS DES DERNIÈRES ANNÉES, NOTRE ÉQUIPE A CONTRIBUÉ À DÉMONTRER QU’IL EXISTE UN CONTRÔLE GÉNÉRAL DE LA CONCENTRATION CELLULAIRE DE L’ARNM (MRNA HOMEOSTASIA) CHEZ SACCHAROMYCES CEREVISIAE QUI EST LE RÉSULTAT D’UNE COMMUNICATION CROISÉE ENTRE LES MACHINES DE TRANSCRIRE ET DE DÉGRADATION (MRNA-CROSSTALK). CELA IMPLIQUE À LA FOIS L’EMPREINTE QUE LES ARNM REÇOIVENT DANS LEUR SYNTHÈSE ET LA RÉTROACTION SUR LES MÉCANISMES DE TRANSCRIPTION EXERCÉS PAR LES PROPRES FACTEURS DE DÉGRADATION DE L’ARNM. AU COURS DU PROJET EN COURS, NOUS AVONS IDENTIFIÉ L’ÉTAPE DE L’ALLONGEMENT DE LA TRANSCRIPTION, ET PLUS PARTICULIÈREMENT LES PHÉNOMÈNES DE MARS DERRIÈRE LA POLYMÉRASE II (RNAPII BACKTRACKING), COMME UN ÉLÉMENT CLÉ DU MRNA-CROSSTALK. NOUS AVONS ÉGALEMENT MONTRÉ QUE LES TAUX DE TRANSCRIPTION ET DE DÉGRADATION DE L’ARNM ÉVOLUENT PARALLÈLEMENT À LA VITESSE DE PROLIFÉRATION CELLULAIRE, MAINTENANT UNE CONCENTRATION CONSTANTE D’ARNM POUR UNE MAJORITÉ DE GÈNES. EN CONSÉQUENCE, C’EST LE REMPLACEMENT DE L’ARNM (MRNA-CHIFFRE D’AFFAIRES) QUI VARIE AVEC LA PROLIFÉRATION POUR GARANTIR SON HOMEOSTASY. _x000D_ dans le présent projet, nous voulons développer dans la connaissance de MRNA-crosstalk, identifier les mécanismes qui lient le MRNA-TURNOVER à la taxe CELL PROLIFERATION, mathématiquement MODELING CET ACOPLAMITING ET COMPROBATING QU’IL VOUS VOUS ÊTRE PLACE DANS LES VENTES HUMAINES. NOUS VOULONS ÉGALEMENT EXPLORER L’EXISTENCE POSSIBLE D’UNE COMMUNICATION CROISÉE ENTRE LA TRADUCTION DES ARNM EN PROTÉINES ET LA DÉGRADATION DES PROTÉINES (PROTÉINE-CROSSTALK). NOS DONNÉES PRÉLIMINAIRES LE SUGGÈRENT ET, SI ELLES SONT PROUVÉES, NOUS VOULONS COMPRENDRE LES MÉCANISMES QUI L’APPUIENT ET EXAMINER S’IL EXISTE ÉGALEMENT UN LIEN ENTRE LE REMPLACEMENT DES PROTÉINES (CHIFFRE D’AFFAIRES DES PROTÉINES) ET LA PROLIFÉRATION CELLULAIRE. ENFIN, NOUS VOULONS EXPLIQUER LA PARTICIPATION AU PROCESSUS D’ALLONGEMENT TRANSCRIPTIONNEL DES PREFOLDINS, QUELQUES CO-CHAPERONAS QUI TRAVAILLENT DANS LE PLIAGE DES ACTINES ET DES TUBULINES LORS DE L’ASSEMBLAGE DU CYTOSQUELETTE. LES RÉSULTATS DU PROJET EN COURS INDIQUENT QU’ILS CONTRIBUENT À LA DYNAMIQUE TRANSCRIPTIONNELLE DES HISTONES PAR L’INTERMÉDIAIRE DE REMODELEURS DE CHROMATINE CONTENANT DE L’ACTINE. NOUS VOULONS COMPRENDRE CE MÉCANISME ET VÉRIFIER SI PREFOLDINS MÉDIE LA COMMUNICATION ENTRE LA DYNAMIQUE CYTOPLASMIQUE ET L’EXPRESSION DES GÈNES. EN BREF, CE PROJET VISE À ÉTUDIER TROIS PHÉNOMÈNES D’HOMEOSTASIE MOLÉCULAIRE QUE LA VISION RÉDUCTIONNISTE DU DOGME CENTRAL N’A PAS PERMIS DE COMPRENDRE. (French)
5 December 2021
0 references
DER REDUKTIONSANSATZ ZUR MOLEKULARBIOLOGIE LIEFERTE VIELE INFORMATIONEN ÜBER ZELLULÄRE MECHANISMEN, ABER IHR ERGEBNIS IST ZU BEGRENZT, UM ZU VERSTEHEN, WIE EINE ZELLE ALS GANZES FUNKTIONIERT. ES BEDARF EINER INTEGRATIVEN VISION, DIE DIE HÖHEREN EBENEN DER BEZIEHUNG ZWISCHEN MOLEKÜLEN, PFADEN UND ZELLULÄREN STRUKTUREN ENTDECKT. DIE OMIC SCIENCES UND SYSTEMBIOLOGIE BIETEN DIE WERKZEUGE UND DIE GLOBALE VISION, DIE ERFORDERLICH SIND, UM DIE AUFKOMMENDEN EIGENSCHAFTEN DER ZELLE ZU ERFASSEN. AUS DIESER PERSPEKTIVE WOLLEN WIR DAZU BEITRAGEN, DIE GENEXPRESSION ERNEUT ZU UNTERSUCHEN, INDEM WIR DEN PROZESS VERSTEHEN, DER GENETISCHE INFORMATION IN AKTIVE PHÄNOTYPISCHE ELEMENTE (PROTEINE) VERWANDELT. _x000D_ in CLASSIC Paradigma, DAS DINAMIC EQUILIBRIUM OF celula ELEMENTS (Homeostasia) DANKE AN DEN BALANCE ENTRE SINTESIS UND DEGRADATION, MIT CONTROL MECHANISMS of thisIS PROCEDURES. NACH DIESER VISION IST DAS SOGENANNTE ZENTRALE DOGMA EIN LINEARER WEG, BEI DEM MRNA ALS BLOSSER VERMITTLER EINE ROLLE SPIELT. IN DEN LETZTEN JAHREN HAT UNSER TEAM GEHOLFEN, ZU DEMONSTRIEREN, DASS ES EINE ALLGEMEINE KONTROLLE DER MRNA-ZELLKONZENTRATION (MRNA HOMEOSTASIA) IN SACCHAROMYCES CEREVISIAE GIBT, DIE DAS ERGEBNIS DER KREUZKOMMUNIKATION ZWISCHEN TRANSKRIBIEREN UND ABBAUMASCHINEN (MRNA-CROSSTALK) IST. DIES IMPLIZIERT SOWOHL DEN AUFDRUCK, DEN MRNAS IN IHRER SYNTHESE ERHALTEN, ALS AUCH DAS FEEDBACK ZU DEN TRANSKRIPTIONSMASCHINEN, DIE VON DEN EIGENEN ABBAUFAKTOREN VON MRNA AUSGEÜBT WERDEN. WÄHREND DES LAUFENDEN PROJEKTS HABEN WIR DIE PHASE DER TRANSKRIPTIONSDEHNUNG UND INSBESONDERE DIE MÄRZPHÄNOMENE HINTER RNA POLYMERASE II (RNAPII BACKTRACKING) ALS SCHLÜSSELELEMENT VON MRNA-CROSSTALK IDENTIFIZIERT. WIR HABEN AUCH GEZEIGT, DASS SICH MRNA TRANSKRIPTIONS- UND ABBAURATEN PARALLEL ZUR ZELLPROLIFERATIONSGESCHWINDIGKEIT ÄNDERN UND EINE KONSTANTE MRNA-KONZENTRATION FÜR DIE MEISTEN GENE BEIBEHALTEN. INFOLGEDESSEN IST ES DER ERSATZ VON MRNA (MRNA-UMSATZ), DER MIT DER PROLIFERATION VARIIERT, UM SEINE HOMEOSTASY ZU GARANTIEREN. _x000D_ im vorliegenden Projekt wollen wir im Wissen von MRNA-Crosstalk entwickeln, die Mechanismen identifizieren, die den MRNA-TURNOVER mit der CELL PROLIFERATION Tax verbinden, mathematisch diese ACOPLAMITING und COMPROBATING, dass Sie sich in HUMAN CELLS befinden. WIR WOLLEN AUCH DIE MÖGLICHE EXISTENZ EINER KREUZKOMMUNIKATION ZWISCHEN DER ÜBERSETZUNG VON MRNAS AUF PROTEINE UND DEM ABBAU VON PROTEINEN (PROTEIN-CROSSTALK) ERFORSCHEN. UNSERE VORLÄUFIGEN DATEN DEUTEN DARAUF HIN UND WOLLEN, WENN NACHGEWIESEN, DIE MECHANISMEN VERSTEHEN, DIE SIE UNTERSTÜTZEN, UND UNTERSUCHEN, OB ES AUCH EINEN ZUSAMMENHANG ZWISCHEN PROTEINERSATZ (PROTEINUMSATZ) UND ZELLPROLIFERATION GIBT. SCHLIESSLICH WOLLEN WIR DIE TEILNAHME AM PROZESS DER TRANSKRIPTION DER PREFOLDINS ERKLÄREN, EINIGE CO-CHAPERONAS, DIE BEI DER MONTAGE DES ZYTOSKELETTS BEIM FALTEN VON ACTINS UND TUBULINEN ARBEITEN. DIE ERGEBNISSE DES LAUFENDEN PROJEKTS DEUTEN DARAUF HIN, DASS SIE DURCH CHROMATIN-REMODELER, DIE ACTIN ENTHALTEN, ZUR TRANSKRIPTIONSDYNAMIK VON HISTONEN BEITRAGEN. WIR WOLLEN DIESEN MECHANISMUS VERSTEHEN UND PRÜFEN, OB PREFOLDINS DIE KOMMUNIKATION ZWISCHEN ZYTOPLASMISCHER DYNAMIK UND GENEXPRESSION VERMITTELT. KURZ GESAGT, DIESES PROJEKT ZIELT DARAUF AB, DREI PHÄNOMENE MOLEKULARER HOMEOSTASIA ZU UNTERSUCHEN, DIE DIE REDUKTIONSVISION DES ZENTRALEN DOGMAS NICHT VERSTEHEN DURFTE. (German)
9 December 2021
0 references
DE REDUCTIONISTISCHE BENADERING VAN MOLECULAIRE BIOLOGIE HEEFT VEEL INFORMATIE OVER CELLULAIRE MECHANISMEN OPGELEVERD, MAAR HET RESULTAAT ERVAN IS TE BEPERKT OM TE BEGRIJPEN HOE EEN CEL ALS GEHEEL WERKT. ER IS EEN GEÏNTEGREERDE VISIE NODIG DIE DE HOGERE NIVEAUS VAN RELATIE TUSSEN MOLECULEN, PADEN EN CELLULAIRE STRUCTUREN ONTDEKT. DE OMIC SCIENCES EN SYSTEEMBIOLOGIE BIEDEN DE HULPMIDDELEN EN DE GLOBALE VISIE DIE NODIG ZIJN OM DE OPKOMENDE EIGENSCHAPPEN VAN DE CEL VAST TE LEGGEN. VANUIT DAT PERSPECTIEF WILLEN WE BIJDRAGEN AAN HET OPNIEUW ONDERZOEKEN VAN DE GENIC EXPRESSIE, BEGRIJPEND DOOR HET PROCES DAT GENETISCHE INFORMATIE VERANDERT IN ACTIEVE FENOTYPISCHE ELEMENTEN (EIWITTEN). _x000D_ in CLASSIC Paradigma, HET DINAMISCHE EQUILIBRIUM van celula ELEMENTS (homeostasia) DANKT AAN DE BALANCE ENTRE SINTESIS EN DEGRADATIE, MET CONTROLE MECHANISMS VAN DEZE PROCEDURES. VOLGENS DIE VISIE IS HET ZOGENAAMDE CENTRALE DOGMA EEN LINEAIR PAD WAARIN MRNA EEN ROL SPEELT ALS LOUTER INTERMEDIAIR. IN DE AFGELOPEN JAREN HEEFT ONS TEAM GEHOLPEN OM AAN TE TONEN DAT ER EEN ALGEMENE CONTROLE IS VAN MRNA-CELCONCENTRATIE (MRNA HOMEOSTASIA) IN SACCHAROMYCES CEREVISIAE, WAT HET RESULTAAT IS VAN KRUISCOMMUNICATIE TUSSEN DE TRANSCRIBING- EN AFBRAAKMACHINES (MRNA-CROSSTALK). DIT IMPLICEERT ZOWEL DE AFDRUK DIE MRNAS ONTVANGEN IN HUN SYNTHESE, ALS DE FEEDBACK OP DE TRANSCRIPTIE MACHINES UITGEOEFEND DOOR DE MRNA’S EIGEN AFBRAAKFACTOREN. TIJDENS HET LOPENDE PROJECT HEBBEN WE DE FASE VAN TRANSCRIPTIE VERLENGING GEÏDENTIFICEERD, EN MEER SPECIFIEK DE MAART FENOMENEN ACHTER RNA POLYMERASE II (RNAPII BACKTRACKING), ALS EEN BELANGRIJK ELEMENT VAN MRNA-CROSSTALK. WIJ HEBBEN OOK AANGETOOND DAT DE TRANSCRIPTIE EN DE AFBRAAKSNELHEDEN VAN MRNA PARALLEL MET DE SNELHEID VAN DE CELPROLIFERATIE VERANDEREN, DIE CONSTANTE MRNA-CONCENTRATIE VOOR EEN MEERDERHEID VAN GENEN HANDHAVEN. ALS GEVOLG DAARVAN IS HET DE VERVANGING VAN MRNA (MRNA-OMZET) DIE VARIEERT MET DE PROLIFERATIE OM ZIJN HOMEOSTASY TE GARANDEREN. _x000D_ in het huidige project dat we willen ontwikkelen in de kennis van MRNA-crosstalk, identificeren van de mechanismen die de MRNA-TURNOVER koppelen aan de CELL PROLIFERATION taks, wiskundig MODELING DIT ACOPLAMITING EN COMPROBATING WIJZIG U hebt om te spelen in MENSEN CELLS. WE WILLEN OOK HET MOGELIJKE BESTAAN VAN CROSS-COMMUNICATIE TUSSEN DE VERTALING VAN MRNA’S NAAR EIWITTEN EN DE AFBRAAK VAN EIWITTEN (EIWIT-CROSSTALK) ONDERZOEKEN. ONZE VOORLOPIGE GEGEVENS SUGGEREREN DIT EN WILLEN, INDIEN BEWEZEN, DE MECHANISMEN BEGRIJPEN DIE HET ONDERSTEUNEN EN ONDERZOEKEN OF ER OOK EEN VERBAND IS TUSSEN EIWITVERVANGING (EIWITOMZET) EN CELPROLIFERATIE. TOT SLOT WILLEN WE DE DEELNAME AAN HET PROCES VAN TRANSCRIPTIONELE VERLENGING VAN DE PREFOLDINS UITLEGGEN, SOMMIGE CO-CHAPERONAS DIE WERKEN BIJ HET VOUWEN VAN ACTINS EN TUBULINEN TIJDENS DE ASSEMBLAGE VAN HET CYTOSKELET. DE RESULTATEN VAN HET LOPENDE PROJECT GEVEN AAN DAT ZE BIJDRAGEN AAN TRANSCRIPTIONELE DYNAMIEK VAN HISTONEN DOOR CHROMATINE REMODELERS DIE ACTIN BEVATTEN. WE WILLEN DIT MECHANISME BEGRIJPEN EN CONTROLEREN OF PREFOLDINS DE COMMUNICATIE TUSSEN CYTOPLASMISCHE DYNAMIEK EN GENEXPRESSIE BEMIDDELT. KORTOM, DIT PROJECT HEEFT TOT DOEL DRIE FENOMENEN VAN MOLECULAIRE HOMEOSTASIA TE ONDERZOEKEN DIE DE REDUCTIONISTISCHE VISIE VAN HET CENTRALE DOGMA NIET HEEFT LATEN BEGRIJPEN. (Dutch)
17 December 2021
0 references
L'APPROCCIO RIDUZIONISTA ALLA BIOLOGIA MOLECOLARE HA FORNITO MOLTE INFORMAZIONI SUI MECCANISMI CELLULARI, MA IL SUO RISULTATO È TROPPO LIMITATO PER CAPIRE COME FUNZIONA UNA CELLULA NEL SUO COMPLESSO. È NECESSARIA UNA VISIONE INTEGRATIVA CHE SCOPRA I LIVELLI PIÙ ELEVATI DI RELAZIONE TRA MOLECOLE, VIE E STRUTTURE CELLULARI. LE SCIENZE OMICHE E LA BIOLOGIA DEI SISTEMI FORNISCONO GLI STRUMENTI E LA VISIONE GLOBALE NECESSARI PER CATTURARE LE PROPRIETÀ EMERGENTI DELLA CELLULA. DA QUESTO PUNTO DI VISTA, VOGLIAMO CONTRIBUIRE A RICONSIDERARE L'ESPRESSIONE GENICA, COMPRENDENDO COSÌ IL PROCESSO CHE TRASFORMA L'INFORMAZIONE GENETICA IN ELEMENTI FENOTIPICI ATTIVI (PROTEINE). _x000D_ nel Paradigma CLASSICO, L'Equilibrio DINAMICO degli ELEmenti di celula (omeostasia) GRAZIE ALLA BALANCE ENTRE SINTESIS E DEGRADATION, CON MECHANISMI CONTROLLO DI QUESTO PROCEDURA. SECONDO TALE VISIONE, IL COSIDDETTO DOGMA CENTRALE È UN PERCORSO LINEARE IN CUI MRNA SVOLGE UN RUOLO DI MERO INTERMEDIARIO. NEGLI ULTIMI ANNI IL NOSTRO TEAM HA CONTRIBUITO A DIMOSTRARE CHE C'È UN CONTROLLO GENERALE DELLA CONCENTRAZIONE CELLULARE MRNA (MRNA HOMEOSTASIA) IN SACCHAROMYCES CEREVISIAE CHE È IL RISULTATO DELLA COMUNICAZIONE INCROCIATA TRA I MACCHINARI DI TRASCRIZIONE E DEGRADAZIONE (MRNA-CROSSTALK). CIÒ IMPLICA SIA L'IMPRONTA CHE GLI MRNA RICEVONO NELLA LORO SINTESI, SIA IL FEEDBACK SUL MACCHINARIO DI TRASCRIZIONE ESERCITATO DAI FATTORI DI DEGRADAZIONE PROPRI DELL'MRNA. DURANTE IL PROGETTO IN CORSO ABBIAMO IDENTIFICATO LA FASE DI ALLUNGAMENTO DELLA TRASCRIZIONE, E PIÙ SPECIFICAMENTE I FENOMENI DI MARZO DIETRO LA RNA POLIMERASI II (RNAPII BACKTRACKING), COME UN ELEMENTO CHIAVE DI MRNA-CROSSTALK. ABBIAMO ANCHE DIMOSTRATO CHE LA TRASCRIZIONE DI MRNA E I TASSI DI DEGRADAZIONE CAMBIANO PARALLELAMENTE ALLA VELOCITÀ DI PROLIFERAZIONE CELLULARE, MANTENENDO COSTANTE LA CONCENTRAZIONE DI MRNA PER LA MAGGIOR PARTE DEI GENI. DI CONSEGUENZA, È LA SOSTITUZIONE DEL MRNA (MRNA-FATTURATO) CHE VARIA CON LA PROLIFERAZIONE PER GARANTIRE LA SUA HOMEOSTASY. _x000D_ nell'attuale progetto vogliamo sviluppare nella conoscenza di MRNA-crosstalk, identificare i meccanismi che collegano il MRNA-TURNOVER alla tassa CELL PROLIFERATION, matematicamente MODELLO QUESTO ACOPLAMITING E COMPROBATING CHE CHE HAVE DI POSARE IN CELLI UMANI. VOGLIAMO ANCHE ESPLORARE LA POSSIBILE ESISTENZA DI COMUNICAZIONE INCROCIATA TRA LA TRADUZIONE DI MRNA ALLE PROTEINE E LA DEGRADAZIONE DELLE PROTEINE (PROTEINE-CROSSTALK). I NOSTRI DATI PRELIMINARI SUGGERISCONO QUESTO E, SE DIMOSTRATO, VOGLIAMO CAPIRE I MECCANISMI CHE LO SUPPORTANO ED ESPLORARE SE ESISTE ANCHE UN LEGAME TRA LA SOSTITUZIONE PROTEICA (PROTEINE-FATTURATO) E LA PROLIFERAZIONE CELLULARE. INFINE, VOGLIAMO SPIEGARE LA PARTECIPAZIONE AL PROCESSO DI ALLUNGAMENTO TRASCRIZIONALE DEI PREFOLDINS, ALCUNI CO-CHAPERONAS CHE LAVORANO NELLA PIEGATURA DI ATTINE E TUBULINI DURANTE L'ASSEMBLEA DEL CITOSCHELETRO. I RISULTATI DEL PROGETTO IN CORSO INDICANO CHE CONTRIBUISCONO ALLA DINAMICA TRASCRIZIONALE DEGLI ISTONI ATTRAVERSO RIMODELLATORI CROMATINICI CONTENENTI ATTINA. VOGLIAMO CAPIRE QUESTO MECCANISMO E VERIFICARE SE PREFOLDINS STIA MEDIANDO LA COMUNICAZIONE TRA DINAMICA CITOPLASMICA ED ESPRESSIONE GENICA. IN BREVE, QUESTO PROGETTO MIRA A INDAGARE TRE FENOMENI MOLECOLARI DI HOMEOSTASIA CHE LA VISIONE RIDUZIONISTA DEL DOGMA CENTRALE NON HA PERMESSO DI COMPRENDERE. (Italian)
16 January 2022
0 references
REDUKTORISTLIK LÄHENEMINE MOLEKULAARBIOLOOGIALE ON ANDNUD PALJU TEAVET RAKUMEHHANISMIDE KOHTA, KUID SELLE TULEMUS ON LIIGA PIIRATUD, ET MÕISTA, KUIDAS RAKK TERVIKUNA TÖÖTAB. VAJALIK ON INTEGREERITUD NÄGEMINE, MIS AVASTAB MOLEKULIDE, RADADE JA RAKUSTRUKTUURIDE VAHELISE SEOSE KÕRGEMA TASEME. OMIC SCIENCES JA SÜSTEEMIBIOLOOGIA PAKUVAD VAHENDEID JA GLOBAALSET VISIOONI, MIDA ON VAJA RAKU TEKKIVATE OMADUSTE JÄÄDVUSTAMISEKS. SELLEST VAATEPUNKTIST TAHAME KAASA AIDATA GEENSE EKSPRESSIOONI UUESTI LÄBIVAATAMISELE, MÕISTES SELLISE PROTSESSI ABIL, MIS MUUDAB GENEETILISE TEABE AKTIIVSETEKS FENOTÜÜBILISTEKS ELEMENTIDEKS (VALKUDEKS). _x000D_ in KLASSIC Paradigma, DINAMIC EQUILIBRIUM of celula ELEMENTS (homeostasia) mis on seotud BALANCE ENTRE SINTESISE JA DEGRADATION, WITHOLIDE MECHANISMS of THIS PROCEDURES. SELLE VISIOONI KOHASELT ON NN KESKNE DOGMA LINEAARNE TEE, KUS MRNA-L ON LIHTSALT VAHENDAJA ROLL. VIIMASTEL AASTATEL ON MEIE MEESKOND AIDANUD NÄIDATA, ET SACCHAROMYCES CEREVISIAE’S ON MRNA RAKKUDE KONTSENTRATSIOONI (MRNA HOMEOSTASIA) ÜLDINE KONTROLL, MIS ON TRANSKRIBEERIMIS- JA LAGUNEMISSEADMETE (MRNA-CROSSTALK) VAHELISE RISTSUHTLUSE TULEMUS. SEE TÄHENDAB NII MRNA-DE SÜNTEESIMISEL SAADUD JÄLJENDIT KUI KA MRNA ENDA LAGUNEMISTEGURITEST TULENEVAT TAGASISIDET TRANSKRIPTSIOONISEADME KOHTA. KÄIMASOLEVA PROJEKTI KÄIGUS TUVASTASIME MRNA-RISTRÄÄKIMISE VÕTMEELEMENDINA TRANSKRIPTSIOONI PIKENEMISE ETAPI JA TÄPSEMALT MÄRTSI NÄHTUSED RNA POLÜMERAASI II (RNAPII TAGURDAMINE) TAGA. SAMUTI OLEME NÄIDANUD, ET MRNA TRANSKRIPTSIOON JA LAGUNEMISKIIRUSED MUUTUVAD PARALLEELSELT RAKKUDE PROLIFERATSIOONIKIIRUSEGA, SÄILITADES ENAMIKU GEENIDE PUHUL PÜSIVA MRNA KONTSENTRATSIOONI. SELLE TULEMUSENA MUUTUB MRNA (MRNA KÄIVE) ASENDAMINE VASTAVALT LEVIKULE, ET TAGADA SELLE HOMEOSTASY. _x000D_ käesolevas projektis tahame arendada teadmisi MRNA-crosstalk, teha kindlaks mehhanismid, mis seovad MRNA-TURNOVER siduda CELL PROLIFERATION maksu, matemaatiliselt MODELING THIS ACOPLAMITING JA COMPROBATING KASUTADA, mida te olete KASUTATAVAD INMAN CELLS. SAMUTI SOOVIME UURIDA VÕIMALIKKU RISTSUHTLUST MRNADE VALGUKS TÕLKIMISE JA VALKUDE LAGUNDAMISE (VALGU-RISTTALK) VAHEL. MEIE ESIALGSED ANDMED NÄITAVAD SEDA JA KUI SEE ON TÕESTATUD, SIIS TAHAME MÕISTA MEHHANISME, MIS SEDA TOETAVAD, JA UURIDA, KAS ON OLEMAS KA SEOS VALKUDE ASENDAMISE (VALGU-AKTIIVSUS) JA RAKKUDE PALJUNEMISE VAHEL. LÕPUKS TAHAME SELGITADA OSALEMIST PREFOLDINSIDE TRANSKRIPTSIOONIS, MÕNED KAAS-CHAPERONAS, KES TÖÖTAVAD AKTIIINIDE JA TUBULIINIDE KOKKUKLAPIMISEL TSÜTOSKELETONI KOGUNEMISE AJAL. KÄIMASOLEVA PROJEKTI TULEMUSED NÄITAVAD, ET NEED AITAVAD KAASA HISTOONIDE TRANSKRIPTSIONAALSELE DÜNAAMIKALE AKTIINI SISALDAVATE KROMATIINIREMODELLERITE KAUDU. ME TAHAME SELLEST MEHHANISMIST ARU SAADA JA KONTROLLIDA, KAS PREFOLDINS VAHENDAB TSÜTOPLASMA DÜNAAMIKA JA GEENIEKSPRESSIOONI VAHELIST SUHTLUST. LÜHIDALT, SELLE PROJEKTI EESMÄRK ON UURIDA KOLME NÄHTUST MOLEKULAARNE HOMEOSTASIA, ET REDUTSEERIV NÄGEMINE KESKNE DOGMA EI OLE VÕIMALDANUD MÕISTA. (Estonian)
4 August 2022
0 references
REDUKCINIS POŽIŪRIS Į MOLEKULINĘ BIOLOGIJĄ SUTEIKĖ DAUG INFORMACIJOS APIE LĄSTELIŲ MECHANIZMUS, TAČIAU JO REZULTATAS YRA PERNELYG RIBOTAS, KAD BŪTŲ GALIMA SUPRASTI, KAIP VEIKIA VISA LĄSTELĖ. REIKALINGA INTEGRUOTA VIZIJA, KURI ATRANDA AUKŠTESNIUS SANTYKIŲ TARP MOLEKULIŲ, TAKŲ IR LĄSTELIŲ STRUKTŪRŲ LYGIUS. OMIKOS MOKSLAI IR SISTEMŲ BIOLOGIJA SUTEIKIA ĮRANKIUS IR PASAULINĘ VIZIJĄ, REIKALINGĄ NAUJOMS LĄSTELĖS SAVYBĖMS UŽFIKSUOTI. ŽVELGIANT IŠ ŠIOS PERSPEKTYVOS, MES NORIME PRISIDĖTI PRIE GENINĖS IŠRAIŠKOS PAKARTOTINIO NAGRINĖJIMO, SUPRATIMO TOKIU PROCESU, KURIS PAVERČIA GENETINĘ INFORMACIJĄ AKTYVIAIS FENOTIPINIAIS ELEMENTAIS (BALTYMAIS). _x000D_ į CLASSIC Paradigma, DINAMIC EQUILIBRIUM Celula ELEMENTS (homeostasia) KONTROLĖ ENTRE SINTEZIJA IR DEGRADACIJA, SU KONTROLĖ MECHANISMS Šių PROCEDŪRŲ. REMIANTIS ŠIA VIZIJA, VADINAMOJI CENTRINĖ DOGMA YRA LINIJINIS KELIAS, KURIAME MRNR ATLIEKA TIK TARPININKO VAIDMENĮ. PER PASTARUOSIUS KELERIUS METUS MŪSŲ KOMANDA PADĖJO ĮRODYTI, KAD YRA BENDRA MRNR LĄSTELIŲ KONCENTRACIJOS (MRNA HOMEOSTASIA) KONTROLĖ SACCHAROMYCES CEREVISIAE, KURI YRA KRYŽMINIO RYŠIO TARP TRANSKRIPCIJOS IR SKILIMO MAŠINŲ (MRNA CROSSTALK) REZULTATAS. TAI REIŠKIA TIEK ĮSPAUDĄ, KURĮ MRNR GAUNA SINTEZĖJE, TIEK GRĮŽTAMĄJĮ RYŠĮ APIE TRANSKRIPCIJOS MECHANIZMUS, KURIUOS DARO MRNA’S SKILIMO FAKTORIAI. VYKDOMO PROJEKTO METU MES NUSTATĖME TRANSKRIPCIJOS PAILGĖJIMO ETAPĄ, O KONKREČIAU KOVO REIŠKINIUS UŽ RNR POLIMERAZĖS II (RNAPII BACKTRACKING), KAIP PAGRINDINĮ MRNR KRYŽMINIO KELIO ELEMENTĄ. MES TAIP PAT PARODĖME, KAD MRNR TRANSKRIPCIJA IR SKILIMO GREITIS KEIČIASI LYGIAGREČIAI SU LĄSTELIŲ PROLIFERACIJOS GREIČIU, IŠLAIKANT PASTOVIĄ MRNR KONCENTRACIJĄ DAUGUMAI GENŲ. TODĖL BŪTENT MRNA PAKEITIMAS (MRNA APYVARTA) PRIKLAUSO NUO PLATINIMO, SIEKIANT UŽTIKRINTI JO HOMEOSTASY. _x000D_ šiame projekte mes norime plėtoti žinias apie MRNA-crosstalk, nustatyti mechanizmus, kurie susieja MRNA-TURNOVERį su CELL PROLIFERATION mokesčiu, matematiškai MODELING THIS ACOPLAMITING IR KOMPROBATING SU JŪSŲ JŪSŲ VALSTYBĖJE. MES TAIP PAT NORIME IŠTIRTI GALIMĄ KRYŽMINĮ RYŠĮ TARP MRNR VERTIMO Į BALTYMUS IR BALTYMŲ SKILIMO (BALTYMŲ KRYŽMINIO RYŠIO). MŪSŲ PRELIMINARŪS DUOMENYS RODO, KAD TAI IR, JEI ĮRODYTA, MES NORIME SUPRASTI MECHANIZMUS, KURIE JĮ PALAIKO, IR IŠTIRTI, AR YRA RYŠYS TARP BALTYMŲ PAKAITALŲ (BALTYMŲ APYKAITOS) IR LĄSTELIŲ PROLIFERACIJOS. GALIAUSIAI, MES NORIME PAAIŠKINTI DALYVAVIMĄ TRANSKRIPCIJOS PAILGĖJIMAS PREFOLDINS, KAI KURIŲ KO-CHAPERONAS, KURIE DIRBA AKTINO IR TUBULINO LANKSTYMO METU CITOSKELETONO SURINKIMO METU. VYKDOMO PROJEKTO REZULTATAI RODO, KAD JIE PRISIDEDA PRIE HISTONŲ TRANSKRIPCIJOS DINAMIKOS PER CHROMATINO REMODELIATORIUS, KURIUOSE YRA AKTINO. NORIME SUPRASTI ŠĮ MECHANIZMĄ IR PATIKRINTI, AR PREFOLDINS PALAIKO RYŠĮ TARP CITOPLAZMINĖS DINAMIKOS IR GENŲ EKSPRESIJOS. TRUMPAI TARIANT, ŠIUO PROJEKTU SIEKIAMA IŠTIRTI TRIS MOLEKULINĖS HOMEOSTASIA REIŠKINIUS, KURIŲ REDUKCINIS CENTRINĖS DOGMOS REGĖJIMAS NELEIDŽIA SUPRASTI. (Lithuanian)
4 August 2022
0 references
REDUKCIONISTIČKI PRISTUP MOLEKULARNOJ BIOLOGIJI PRUŽIO JE MNOGO INFORMACIJA O STANIČNIM MEHANIZMIMA, ALI NJEGOV JE REZULTAT PREVIŠE OGRANIČEN DA BI RAZUMIO KAKO STANICA U CJELINI DJELUJE. POTREBAN JE INTEGRATIVAN VID KOJI OTKRIVA VIŠE RAZINE ODNOSA IZMEĐU MOLEKULA, PUTOVA I STANIČNIH STRUKTURA. OMIČKE ZNANOSTI I BIOLOGIJA SUSTAVA PRUŽAJU ALATE I GLOBALNU VIZIJU POTREBNU ZA HVATANJE NOVONASTALIH SVOJSTAVA STANICE. IZ TE PERSPEKTIVE ŽELIMO DOPRINIJETI PONOVNOM ISPITIVANJU GENSKOG IZRAZA, RAZUMIJEVANJA TAKVIM PROCESOM KOJI GENETSKE INFORMACIJE PRETVARA U AKTIVNE FENOTIPSKE ELEMENTE (PROTEINE). _x000D_ u CLASSIC Paradigma, DINAMIC EQUILIBRIUM Celula ELEMENTS (homeostasia) HVALA SA BALANCE ENTRE SINTESISI I DEGRADATION, S KONTROLNIM MEHANISIMA OVOG PROCEDURES. PREMA TOJ VIZIJI, TZV. SREDIŠNJA DOGMA LINEARNA JE STAZA U KOJOJ MRNA IGRA ULOGU PUKOG POSREDNIKA. U POSLJEDNJIH NEKOLIKO GODINA NAŠ TIM JE POMOGAO POKAZATI DA POSTOJI OPĆA KONTROLA KONCENTRACIJE MRNA STANICA (MRNA HOMEOSTASIA) U SACCHAROMYCES CEREVISIAE ŠTO JE REZULTAT UNAKRSNE KOMUNIKACIJE IZMEĐU STROJEVA ZA TRANSKRIBIRANJE I RAZGRADNJU (MRNA-CROSSTALK). TO PODRAZUMIJEVA I OTISAK KOJI MRNA DOBIVA U SVOJOJ SINTEZI, KAO I POVRATNE INFORMACIJE O STROJEVIMA ZA TRANSKRIPCIJU KOJE VRŠE MRNA-OVI VLASTITI FAKTORI RAZGRADNJE. TIJEKOM PROJEKTA KOJI JE U TIJEKU UTVRDILI SMO STUPANJ IZDUŽENJA TRANSKRIPCIJE, TOČNIJE OŽUJAKSKE POJAVE IZA RNA POLIMERAZE II (RNAPII NAZADOVANJE), KAO KLJUČNI ELEMENT MRNA-CROSSTALK. TAKOĐER SMO POKAZALI DA SE MRNA TRANSKRIPCIJA I BRZINE RAZGRADNJE MIJENJAJU PARALELNO S BRZINOM PROLIFERACIJE STANICA, ODRŽAVAJUĆI KONSTANTNU KONCENTRACIJU MRNA ZA VEĆINU GENA. KAO REZULTAT TOGA, ZAMJENA MRNA (MRNA-PROMET) VARIRA SA ŠIRENJEM KAKO BI SE ZAJAMČILA NJEZINA HOMEOSTASY. _x000D_ u sadašnjem projektu želimo razviti u znanju MRNA-crosstalk, identificirati mehanizme koji povezuju MRNA-TURNOVER s CELL PROLIFERATION poreza, matematički UPOZORENJE OVAJ AKOPLAMITING I KOJE KOJE SMJEŠTAJ SMJEŠTAJ U HUMAN CELLS. TAKOĐER ŽELIMO ISTRAŽITI MOGUĆE POSTOJANJE UNAKRSNE KOMUNIKACIJE IZMEĐU PREVOĐENJA MRNA NA PROTEINE I RAZGRADNJE PROTEINA (PROTEIN-CROSSTALK). NAŠI PRELIMINARNI PODACI UPUĆUJU NA TO I, AKO SE DOKAŽE, ŽELIMO RAZUMJETI MEHANIZME KOJI GA PODRŽAVAJU I ISTRAŽITI POSTOJI LI VEZA IZMEĐU ZAMJENE PROTEINA (PROMET PROTEINA) I PROLIFERACIJE STANICA. KONAČNO, ŽELIMO OBJASNITI SUDJELOVANJE U PROCESU TRANSKRIPCIJSKOG PRODULJENJA PREFOLDINS-A, NEKIH KO-CHAPERONA KOJI RADE NA PREKLOPU AKTINA I TUBULINA TIJEKOM SKUPŠTINE CITOSKELETA. REZULTATI PROJEKTA KOJI JE U TIJEKU POKAZUJU DA ONI DOPRINOSE TRANSKRIPCIJSKOJ DINAMICI HISTONA PUTEM KROMATINSKIH REMODELERA KOJI SADRŽE AKTIN. ŽELIMO RAZUMJETI OVAJ MEHANIZAM I PROVJERITI DA LI PREFOLDINS POSREDUJE U KOMUNIKACIJI IZMEĐU CITOPLAZMIČKE DINAMIKE I EKSPRESIJE GENA. UKRATKO, OVAJ PROJEKT IMA ZA CILJ ISTRAŽITI TRI FENOMENA MOLEKULARNE HOMEOSTASIA KOJE REDUCIRAJUĆA VIZIJA SREDIŠNJE DOGME NIJE SMJELA RAZUMJETI. (Croatian)
4 August 2022
0 references
Η ΑΝΑΓΩΓΙΚΉ ΠΡΟΣΈΓΓΙΣΗ ΤΗΣ ΜΟΡΙΑΚΉΣ ΒΙΟΛΟΓΊΑΣ ΈΧΕΙ ΠΑΡΆΣΧΕΙ ΠΟΛΛΈΣ ΠΛΗΡΟΦΟΡΊΕΣ ΣΧΕΤΙΚΆ ΜΕ ΤΟΥΣ ΚΥΤΤΑΡΙΚΟΎΣ ΜΗΧΑΝΙΣΜΟΎΣ, ΑΛΛΆ ΤΟ ΑΠΟΤΈΛΕΣΜΆ ΤΗΣ ΕΊΝΑΙ ΠΟΛΎ ΠΕΡΙΟΡΙΣΜΈΝΟ ΓΙΑ ΝΑ ΚΑΤΑΛΆΒΕΙ ΠΏΣ ΛΕΙΤΟΥΡΓΕΊ ΈΝΑ ΚΎΤΤΑΡΟ ΣΤΟ ΣΎΝΟΛΌ ΤΟΥ. ΑΠΑΙΤΕΊΤΑΙ ΜΙΑ ΟΛΟΚΛΗΡΩΜΈΝΗ ΌΡΑΣΗ ΠΟΥ ΑΝΑΚΑΛΎΠΤΕΙ ΤΑ ΥΨΗΛΌΤΕΡΑ ΕΠΊΠΕΔΑ ΣΧΈΣΗΣ ΜΕΤΑΞΎ ΜΟΡΊΩΝ, ΟΔΏΝ ΚΑΙ ΚΥΤΤΑΡΙΚΏΝ ΔΟΜΏΝ. ΟΙ ΩΜΙΚΈΣ ΕΠΙΣΤΉΜΕΣ ΚΑΙ Η ΒΙΟΛΟΓΊΑ ΣΥΣΤΗΜΆΤΩΝ ΠΑΡΈΧΟΥΝ ΤΑ ΕΡΓΑΛΕΊΑ ΚΑΙ ΤΟ ΠΑΓΚΌΣΜΙΟ ΌΡΑΜΑ ΠΟΥ ΑΠΑΙΤΟΎΝΤΑΙ ΓΙΑ ΤΗΝ ΑΠΟΤΎΠΩΣΗ ΤΩΝ ΑΝΑΔΥΌΜΕΝΩΝ ΙΔΙΟΤΉΤΩΝ ΤΟΥ ΚΥΤΤΆΡΟΥ. ΑΠΌ ΑΥΤΉ ΤΗΝ ΆΠΟΨΗ, ΘΈΛΟΥΜΕ ΝΑ ΣΥΜΒΆΛΟΥΜΕ ΣΤΗΝ ΕΠΑΝΕΞΈΤΑΣΗ ΤΗΣ ΓΟΝΙΚΉΣ ΈΚΦΡΑΣΗΣ, ΚΑΤΑΝΟΏΝΤΑΣ ΜΕ ΜΙΑ ΤΈΤΟΙΑ ΔΙΑΔΙΚΑΣΊΑ ΠΟΥ ΜΕΤΑΤΡΈΠΕΙ ΤΙΣ ΓΕΝΕΤΙΚΈΣ ΠΛΗΡΟΦΟΡΊΕΣ ΣΕ ΕΝΕΡΓΆ ΦΑΙΝΟΤΥΠΙΚΆ ΣΤΟΙΧΕΊΑ (ΠΡΩΤΕΪ́ΝΕΣ). _x000D_ στο CLASSIC Paradigma, The DINAMIC EQUILIBRIUM OF celula ELEMENTS (Ομοστάσια) ΕΥΧΑΡΙΣΤΟΥΜΕ ΣΙΝΤΕΣΗ ΚΑΙ ΑΝΑΠΤΥΞΗ, ΜΕ ΜΗΧΑΝΙΣΜΟΙ ΕΛΕΓΧΟΥ των εν λόγω ΔΙΑΔΙΚΑΣΙΩΝ. ΣΎΜΦΩΝΑ ΜΕ ΤΟ ΌΡΑΜΑ ΑΥΤΌ, ΤΟ ΛΕΓΌΜΕΝΟ ΚΕΝΤΡΙΚΌ ΔΌΓΜΑ ΕΊΝΑΙ ΜΙΑ ΓΡΑΜΜΙΚΉ ΔΙΑΔΡΟΜΉ ΣΤΗΝ ΟΠΟΊΑ Η MRNA ΔΙΑΔΡΑΜΑΤΊΖΕΙ ΡΌΛΟ ΩΣ ΑΠΛΌΣ ΜΕΣΆΖΩΝ. ΤΑ ΤΕΛΕΥΤΑΊΑ ΧΡΌΝΙΑ Η ΟΜΆΔΑ ΜΑΣ ΈΧΕΙ ΒΟΗΘΉΣΕΙ ΝΑ ΚΑΤΑΔΕΊΞΟΥΜΕ ΌΤΙ ΥΠΆΡΧΕΙ ΓΕΝΙΚΌΣ ΈΛΕΓΧΟΣ ΤΗΣ ΣΥΓΚΈΝΤΡΩΣΗΣ ΤΩΝ ΚΥΤΤΆΡΩΝ MRNA (MRNA HOMEOSTASIA) ΣΤΟ SACCHAROMYCES CEREVISIAE ΠΟΥ ΕΊΝΑΙ ΑΠΟΤΈΛΕΣΜΑ ΔΙΑΣΤΑΥΡΟΎΜΕΝΗΣ ΕΠΙΚΟΙΝΩΝΊΑΣ ΜΕΤΑΞΎ ΤΩΝ ΜΗΧΑΝΗΜΆΤΩΝ ΜΕΤΑΓΡΑΦΉΣ ΚΑΙ ΑΠΟΙΚΟΔΌΜΗΣΗΣ (MRNA-CROSSTALK). ΑΥΤΌ ΣΥΝΕΠΆΓΕΤΑΙ ΤΌΣΟ ΤΟ ΑΠΟΤΎΠΩΜΑ ΠΟΥ ΛΑΜΒΆΝΟΥΝ ΟΙ MRNA ΣΤΗ ΣΎΝΘΕΣΗ ΤΟΥΣ, ΌΣΟ ΚΑΙ ΤΗΝ ΑΝΑΤΡΟΦΟΔΌΤΗΣΗ ΣΧΕΤΙΚΆ ΜΕ ΤΑ ΜΗΧΑΝΉΜΑΤΑ ΜΕΤΑΓΡΑΦΉΣ ΠΟΥ ΑΣΚΟΎΝΤΑΙ ΑΠΌ ΤΟΥΣ ΊΔΙΟΥΣ ΤΟΥΣ ΠΑΡΆΓΟΝΤΕΣ ΑΠΟΔΌΜΗΣΗΣ ΤΟΥ MRNA. ΚΑΤΆ ΤΗ ΔΙΆΡΚΕΙΑ ΤΟΥ ΕΝ ΕΞΕΛΊΞΕΙ ΈΡΓΟΥ ΕΝΤΟΠΊΣΑΜΕ ΤΟ ΣΤΆΔΙΟ ΤΗΣ ΜΕΤΑΓΡΑΦΉΣ ΕΠΙΜΉΚΥΝΣΗΣ, ΚΑΙ ΠΙΟ ΣΥΓΚΕΚΡΙΜΈΝΑ ΤΑ ΦΑΙΝΌΜΕΝΑ ΤΟΥ ΜΑΡΤΊΟΥ ΠΊΣΩ ΑΠΌ ΤΗΝ RNA ΠΟΛΥΜΕΡΆΣΗ ΙΙ (RNAPII BACKTRACKING), ΩΣ ΒΑΣΙΚΌ ΣΤΟΙΧΕΊΟ ΤΗΣ MRNA-CROSSTALK. ΈΧΟΥΜΕ ΕΠΊΣΗΣ ΔΕΊΞΕΙ ΌΤΙ Η ΜΕΤΑΓΡΑΦΉ ΚΑΙ ΤΑ ΠΟΣΟΣΤΆ ΑΠΟΔΌΜΗΣΗΣ ΤΟΥ MRNA ΑΛΛΆΖΟΥΝ ΠΑΡΆΛΛΗΛΑ ΜΕ ΤΗΝ ΤΑΧΎΤΗΤΑ ΠΟΛΛΑΠΛΑΣΙΑΣΜΟΎ ΤΩΝ ΚΥΤΤΆΡΩΝ, ΔΙΑΤΗΡΏΝΤΑΣ ΣΤΑΘΕΡΉ ΣΥΓΚΈΝΤΡΩΣΗ MRNA ΓΙΑ ΤΗΝ ΠΛΕΙΟΝΌΤΗΤΑ ΤΩΝ ΓΟΝΙΔΊΩΝ. ΩΣ ΑΠΟΤΈΛΕΣΜΑ, Η ΑΝΤΙΚΑΤΆΣΤΑΣΗ ΤΟΥ MRNA (MRNA-ΚΎΚΛΟΣ ΕΡΓΑΣΙΏΝ) ΠΟΙΚΊΛΛΕΙ ΑΝΆΛΟΓΑ ΜΕ ΤΟΝ ΠΟΛΛΑΠΛΑΣΙΑΣΜΌ ΓΙΑ ΝΑ ΕΓΓΥΗΘΕΊ ΤΗΝ HOMEOSTASY. _x000D_ στο παρόν έργο θέλουμε να αναπτύξουμε με βάση τη γνώση της MRNA-crosstalk, να εντοπίσουμε τους μηχανισμούς που συνδέουν το MRNA-TURNOVER με το φόρο CELL PROLIFERATION, μαθηματικά MODELING THIS ACOPLAMITING & COMPROBATING WHICH TO PLACE IN HUMAN CELLS. ΘΈΛΟΥΜΕ ΕΠΊΣΗΣ ΝΑ ΔΙΕΡΕΥΝΉΣΟΥΜΕ ΤΗΝ ΠΙΘΑΝΉ ΎΠΑΡΞΗ ΔΙΑΣΤΑΥΡΟΎΜΕΝΗΣ ΕΠΙΚΟΙΝΩΝΊΑΣ ΜΕΤΑΞΎ ΤΗΣ ΜΕΤΆΦΡΑΣΗΣ ΤΩΝ MRNA ΣΕ ΠΡΩΤΕΪ́ΝΕΣ ΚΑΙ ΤΗΣ ΑΠΟΔΌΜΗΣΗΣ ΤΩΝ ΠΡΩΤΕΪΝΏΝ (ΣΤΑΥΡΌΣ ΠΡΩΤΕΪΝΏΝ). ΤΑ ΠΡΟΚΑΤΑΡΚΤΙΚΆ ΣΤΟΙΧΕΊΑ ΜΑΣ ΥΠΟΔΗΛΏΝΟΥΝ ΑΥΤΌ ΚΑΙ, ΕΆΝ ΑΠΟΔΕΙΧΘΟΎΝ, ΘΈΛΟΥΜΕ ΝΑ ΚΑΤΑΝΟΉΣΟΥΜΕ ΤΟΥΣ ΜΗΧΑΝΙΣΜΟΎΣ ΠΟΥ ΤΟ ΥΠΟΣΤΗΡΊΖΟΥΝ ΚΑΙ ΝΑ ΔΙΕΡΕΥΝΉΣΟΥΜΕ ΑΝ ΥΠΆΡΧΕΙ ΕΠΊΣΗΣ ΣΎΝΔΕΣΗ ΜΕΤΑΞΎ ΤΗΣ ΥΠΟΚΑΤΆΣΤΑΣΗΣ ΠΡΩΤΕΪΝΏΝ (ΚΎΚΛΟΣ ΕΡΓΑΣΙΏΝ ΠΡΩΤΕΪΝΏΝ) ΚΑΙ ΤΟΥ ΚΥΤΤΑΡΙΚΟΎ ΠΟΛΛΑΠΛΑΣΙΑΣΜΟΎ. ΤΈΛΟΣ, ΘΈΛΟΥΜΕ ΝΑ ΕΞΗΓΉΣΟΥΜΕ ΤΗ ΣΥΜΜΕΤΟΧΉ ΣΤΗ ΔΙΑΔΙΚΑΣΊΑ ΤΗΣ ΜΕΤΑΓΡΑΦΙΚΉΣ ΕΠΙΜΉΚΥΝΣΗΣ ΤΩΝ PREFOLDINS, ΟΡΙΣΜΈΝΩΝ CO-CHAPERONAS ΠΟΥ ΕΡΓΆΖΟΝΤΑΙ ΣΤΗΝ ΑΝΑΔΊΠΛΩΣΗ ΤΩΝ ΑΚΤΙΝΙΝΏΝ ΚΑΙ ΤΩΝ ΣΩΛΗΝΙΝΏΝ ΚΑΤΆ ΤΗ ΔΙΆΡΚΕΙΑ ΤΗΣ ΣΥΝΈΛΕΥΣΗΣ ΤΟΥ ΚΥΤΤΑΡΟΣΚΕΛΈΤΗ. ΤΑ ΑΠΟΤΕΛΈΣΜΑΤΑ ΤΟΥ ΈΡΓΟΥ ΠΟΥ ΒΡΊΣΚΕΤΑΙ ΣΕ ΕΞΈΛΙΞΗ ΔΕΊΧΝΟΥΝ ΌΤΙ ΣΥΜΒΆΛΛΟΥΝ ΣΤΗ ΜΕΤΑΓΡΑΦΙΚΉ ΔΥΝΑΜΙΚΉ ΤΩΝ ΙΣΤΌΝΩΝ ΜΈΣΩ ΑΝΑΚΑΤΑΣΚΕΥΑΣΤΏΝ ΧΡΩΜΑΤΊΝΗΣ ΠΟΥ ΠΕΡΙΈΧΟΥΝ ΑΚΤΙΝΊΝΗ. ΘΈΛΟΥΜΕ ΝΑ ΚΑΤΑΝΟΉΣΟΥΜΕ ΑΥΤΌΝ ΤΟΝ ΜΗΧΑΝΙΣΜΌ ΚΑΙ ΝΑ ΕΛΈΓΞΟΥΜΕ ΑΝ Η PREFOLDINS ΜΕΣΟΛΑΒΕΊ ΣΤΗΝ ΕΠΙΚΟΙΝΩΝΊΑ ΜΕΤΑΞΎ ΤΗΣ ΚΥΤΤΑΡΟΠΛΑΣΜΑΤΙΚΉΣ ΔΥΝΑΜΙΚΉΣ ΚΑΙ ΤΗΣ ΓΟΝΙΔΙΑΚΉΣ ΈΚΦΡΑΣΗΣ. ΕΝ ΟΛΊΓΟΙΣ, ΤΟ ΈΡΓΟ ΑΥΤΌ ΣΤΟΧΕΎΕΙ ΣΤΗ ΔΙΕΡΕΎΝΗΣΗ ΤΡΙΏΝ ΦΑΙΝΟΜΈΝΩΝ ΤΗΣ ΜΟΡΙΑΚΉΣ ΟΜΟΣΤΑΣΙΑΣ ΠΟΥ Η ΑΝΑΓΩΓΙΚΉ ΌΡΑΣΗ ΤΟΥ ΚΕΝΤΡΙΚΟΎ ΔΌΓΜΑΤΟΣ ΔΕΝ ΈΧΕΙ ΕΠΙΤΡΈΨΕΙ ΝΑ ΚΑΤΑΝΟΉΣΕΙ. (Greek)
4 August 2022
0 references
REDUKČNÝ PRÍSTUP K MOLEKULÁRNEJ BIOLÓGII POSKYTOL VEĽA INFORMÁCIÍ O BUNKOVÝCH MECHANIZMOCH, ALE JEHO VÝSLEDOK JE PRÍLIŠ OBMEDZENÝ NA TO, ABY POCHOPIL, AKO BUNKA AKO CELOK FUNGUJE. VYŽADUJE SA INTEGRAČNÁ VÍZIA, KTORÁ OBJAVUJE VYŠŠIE ÚROVNE VZŤAHU MEDZI MOLEKULAMI, DRÁHAMI A BUNKOVÝMI ŠTRUKTÚRAMI. OMICKÉ VEDY A SYSTÉMOVÁ BIOLÓGIA POSKYTUJÚ NÁSTROJE A GLOBÁLNU VÍZIU POTREBNÚ NA ZACHYTENIE VZNIKAJÚCICH VLASTNOSTÍ BUNKY. Z TOHTO HĽADISKA CHCEME PRISPIEŤ K OPÄTOVNÉMU PRESKÚMANIU GENETICKEJ EXPRESIE, POCHOPENIE TAKÝM PROCESOM, KTORÝ MENÍ GENETICKÉ INFORMÁCIE NA AKTÍVNE FENOTYPOVÉ PRVKY (PROTEÍNY). _x000D_ v klasickom paradigme, DINAMICKÉ VYBAVENIE celula (homeostasia) Vďaka BALANCE ENTRE SINTESIS A DEGRADATION, S KONTROLY MECHANZÍM týchto postupov. PODĽA TEJTO VÍZIE JE TZV. CENTRÁLNA DOGMA LINEÁRNOU CESTOU, V KTOREJ MRNA ZOHRÁVA ÚLOHU OBYČAJNÉHO SPROSTREDKOVATEĽA. V POSLEDNÝCH ROKOCH NÁŠ TÍM POMOHOL PREUKÁZAŤ, ŽE EXISTUJE VŠEOBECNÁ KONTROLA KONCENTRÁCIE BUNIEK MRNA (MRNA HOMEOSTASIA) V SACCHAROMYCES CEREVISIAE, KTORÁ JE VÝSLEDKOM KRÍŽOVEJ KOMUNIKÁCIE MEDZI TRANSKRIBAČNÝMI A DEGRADAČNÝMI STROJMI (MRNA-CROSSTALK). TO ZNAMENÁ ODTLAČOK, KTORÝ MRNA DOSTÁVAJÚ VO SVOJEJ SYNTÉZE, AKO AJ SPÄTNÚ VÄZBU NA TRANSKRIPČNÉ STROJE VYVOLANÉ VLASTNÝMI FAKTORMI DEGRADÁCIE MRNA. POČAS PREBIEHAJÚCEHO PROJEKTU SME IDENTIFIKOVALI ETAPU PREDĹŽENIA TRANSKRIPCIE A KONKRÉTNEJŠIE MARCOVÉ JAVY ZA RNA POLYMERÁZOU II (BACKTRACKING RNAPII) AKO KĽÚČOVÝ PRVOK MRNA-CROSSTALK. UKÁZALI SME TIEŽ, ŽE MRNA TRANSKRIPCIA A RÝCHLOSŤ DEGRADÁCIE SA MENIA PARALELNE S RÝCHLOSŤOU PROLIFERÁCIE BUNIEK, ČÍM SA UDRŽIAVA KONŠTANTNÁ KONCENTRÁCIA MRNA PRE VÄČŠINU GÉNOV. V DÔSLEDKU TOHO SA V DÔSLEDKU ŠÍRENIA MENÍ VÝMENA MRNA (MRNA-OBRAT), ABY SA ZARUČILA JEHO HOMEOSTASY. _x000D_ v súčasnom projekte chceme rozvíjať vedomosť MRNA-crosstalk, identifikovať mechanizmy, ktoré spájajú MRNA-TURNOVER s CELL PROLIFERATION tax, matematicky MODELING TAJE ACOPLAMITING A COMPROBATING KTORÉ SA VYŤAHUJÚ V ĽUDSKÝCH CELLSKOCH. CHCEME TIEŽ PRESKÚMAŤ MOŽNÚ EXISTENCIU KRÍŽOVEJ KOMUNIKÁCIE MEDZI PRENOSOM MRNA NA BIELKOVINY A DEGRADÁCIOU BIELKOVÍN (PROTEÍN-CROSSTALK). NAŠE PREDBEŽNÉ ÚDAJE TO NAZNAČUJÚ, A AK SA TO PREUKÁŽE, CHCEME POCHOPIŤ MECHANIZMY, KTORÉ ICH PODPORUJÚ, A PRESKÚMAŤ, ČI EXISTUJE AJ SÚVISLOSŤ MEDZI NÁHRADOU PROTEÍNOV (OBRAT PROTEÍNOV) A PROLIFERÁCIOU BUNIEK. NAKONIEC CHCEME VYSVETLIŤ ÚČASŤ NA PROCESE PREPISNÉHO PREDĹŽENIA PREFOLDINS, NIEKTORÝCH SPOLUCHAPERONAS, KTORÉ PRACUJÚ PRI SKLADANÍ AKTÍNOV A TUBULÍNOV POČAS MONTÁŽE CYTOSKELETÓNU. VÝSLEDKY PREBIEHAJÚCEHO PROJEKTU NAZNAČUJÚ, ŽE PRISPIEVAJÚ K TRANSKRIPČNEJ DYNAMIKE HISTÓNOV PROSTREDNÍCTVOM CHROMATÍNOVÝCH REMODELÁTOROV OBSAHUJÚCICH AKTIN. CHCEME POCHOPIŤ TENTO MECHANIZMUS A SKONTROLOVAŤ, ČI PREFOLDINS SPROSTREDKÚVA KOMUNIKÁCIU MEDZI CYTOPLAZMICKOU DYNAMIKOU A GÉNOVOU EXPRESIOU. STRUČNE POVEDANÉ, CIEĽOM TOHTO PROJEKTU JE PRESKÚMAŤ TRI JAVY MOLEKULÁRNEJ HOMEOSTASIE, KTORÉ REDUKČNÁ VÍZIA CENTRÁLNEJ DOGMY NEDOVOLILA POCHOPIŤ. (Slovak)
4 August 2022
0 references
PIENENTÄVÄ LÄHESTYMISTAPA MOLEKYYLIBIOLOGIAAN ON ANTANUT PALJON TIETOA SOLUMEKANISMEISTA, MUTTA SEN TULOS ON LIIAN RAJALLINEN YMMÄRTÄÄKSEEN, MITEN SOLU KOKONAISUUDESSAAN TOIMII. TARVITAAN INTEGRATIIVISTA VISIOTA, JOKA HAVAITSEE MOLEKYYLIEN, POLKUJEN JA SOLURAKENTEIDEN VÄLISEN SUHTEEN KORKEAMMAN TASON. OMIC SCIENCES JA SYSTEEMIBIOLOGIA TARJOAVAT VÄLINEET JA GLOBAALIN VISION, JOITA TARVITAAN SOLUN UUSIEN OMINAISUUKSIEN KAAPPAAMISEEN. TÄSTÄ NÄKÖKULMASTA HALUAMME OSALLISTUA GEENIEN ILMENTYMÄN UUDELLEENTARKASTELUUN, YMMÄRTÄÄ SITEN PROSESSI, JOKA MUUTTAA GENEETTISEN TIEDON AKTIIVISIKSI FENOTYYPPISIKSI ELEMENTEIKSI (PROTEIINEIKSI). _x000D_ vuonna CLASSIC Paradigma, DINAMIC EQUILIBRIUM celula ELEMENTS (homeostasia) THANKSIT BALANCE ENTRE SINTESISS JA RAJOITUS, jotka valvovat MECHANISMS näistä menetelmistä. TÄMÄN NÄKEMYKSEN MUKAAN NS. KESKEINEN DOGMA ON LINEAARINEN POLKU, JOSSA MRNA TOIMII PELKKÄNÄ VÄLITTÄJÄNÄ. VIIME VUOSINA TIIMIMME ON AUTTANUT OSOITTAMAAN, ETTÄ SACCHAROMYCES CEREVISIAE -BAKTEERIN MRNA-SOLUKONSENTRAATIOTA (MRNA HOMEOSTASIA) VALVOTAAN YLEISESTI, MIKÄ ON TULOSTA TRANSKRIPTIO- JA HAJOAMISKONEIDEN (MRNA-CROSSTALK) VÄLISESTÄ RISTIKKÄISESTÄ VIESTINNÄSTÄ. TÄMÄ TARKOITTAA SEKÄ MRNA:IDEN SYNTEESISSÄ SAAMAA JÄLKIÄ ETTÄ MRNA:N OMIEN HAJOAMISTEKIJÖIDEN AIKAANSAAMAA PALAUTETTA TRANSKRIPTIOKONEISTOSTA. MENEILLÄÄN OLEVAN HANKKEEN AIKANA OLEMME YKSILÖINEET TRANSKRIPTIOVENVENSSIN VAIHEEN JA ERITYISESTI RNA POLYMERAASI II:N (RNAPII) TAUSTALLA OLEVAT MAALISKUUN ILMIÖT KESKEISEKSI OSAKSI MRNA-CROSSTALKIA. OLEMME MYÖS OSOITTANEET, ETTÄ MRNA TRANSKRIPTIO JA HAJOAMISNOPEUDET MUUTTUVAT RINNAKKAIN SOLUJEN PROLIFERAATIONOPEUDEN KANSSA, SÄILYTTÄEN VAKAAN MRNA-PITOISUUDEN USEIMMISSA GEENEISSÄ. TÄMÄN SEURAUKSENA MRNA:N (MRNA-LIIKEVAIHTO) KORVAAMINEN VAIHTELEE KASVUN MUKAAN, JOTTA SEN HOMEOSTASY VOIDAAN TAATA. _x000D_ tässä hankkeessa haluamme kehittää tietäen MRNA-crosstalk, tunnistaa mekanismit, jotka yhdistävät MRNA-TURNOVER CELL PROLIFERATION-veroon, matemaattisesti MODELING TÄMÄN HYVÄKSYMÄÄN JA KOMPROBATING TÄMÄN TÄMÄN ON PLACE IN HUMAN CELLS. HALUAMME MYÖS TUTKIA MAHDOLLISUUTTA RISTIINVIESTINTÄÄN MRNA:IDEN MUUNTAMISEN PROTEIINEIKSI JA PROTEIINIEN HAJOAMISEN (PROTEIINIEN RISTIKUULUSTELU) VÄLILLÄ. ALUSTAVAT TIETOMME VIITTAAVAT TÄHÄN, JA JOS SE ON TODISTETTU, HALUAMME YMMÄRTÄÄ SITÄ TUKEVAT MEKANISMIT JA SELVITTÄÄ, ONKO PROTEIININ KORVAAMISEN (PROTEIININ VAIHTUMINEN) JA SOLUJEN LISÄÄNTYMISEN VÄLILLÄ YHTEYS. LOPUKSI HALUAMME SELITTÄÄ OSALLISTUMISEN PROSESSIIN TRANSKRIPTIOLLISEN VENYMÄ PREFOLDINS, JOTKUT CO-CHAPERONAS, JOTKA TOIMIVAT TAITTO AKTIINEJA JA TUBULIINIEN AIKANA KOKOUKSEN AIKANA SYTOSKELETON. MENEILLÄÄN OLEVAN HANKKEEN TULOKSET OSOITTAVAT, ETTÄ NE EDISTÄVÄT HISTONIEN TRANSKRIPTIODYNAMIIKKAA AKTIINIA SISÄLTÄVIEN KROMATIINIREMODELERIEN AVULLA. HALUAMME YMMÄRTÄÄ TÄMÄN MEKANISMIN JA TARKISTAA, VÄLITTÄVÄTKÖ PREFOLDINS VIESTINNÄN SYTOPLASMISEN DYNAMIIKAN JA GEENIEN ILMENTYMÄN VÄLILLÄ. LYHYESTI SANOTTUNA TÄMÄN HANKKEEN TAVOITTEENA ON TUTKIA KOLMEA MOLEKYYLI-HOMEOSTASIA-ILMIÖTÄ, JOITA KESKEINEN DOGMAN PELKISTYSVISIO EI OLE ANTANUT YMMÄRTÄÄ. (Finnish)
4 August 2022
0 references
REDUKCJONISTYCZNE PODEJŚCIE DO BIOLOGII MOLEKULARNEJ DOSTARCZYŁO WIELU INFORMACJI NA TEMAT MECHANIZMÓW KOMÓRKOWYCH, ALE JEJ WYNIK JEST ZBYT OGRANICZONY, ABY ZROZUMIEĆ, JAK DZIAŁA KOMÓRKA JAKO CAŁOŚĆ. WYMAGANA JEST WIZJA INTEGRACYJNA, KTÓRA ODKRYWA WYŻSZE POZIOMY ZALEŻNOŚCI MIĘDZY CZĄSTECZKAMI, ŚCIEŻKAMI I STRUKTURAMI KOMÓRKOWYMI. BIOLOGIA OMIKÓW I SYSTEMÓW DOSTARCZA NARZĘDZI I GLOBALNEJ WIZJI POTRZEBNEJ DO UCHWYCENIA NOWYCH WŁAŚCIWOŚCI KOMÓRKI. Z TEGO PUNKTU WIDZENIA CHCEMY PRZYCZYNIĆ SIĘ DO PONOWNEGO ZBADANIA EKSPRESJI GENETYCZNEJ, ROZUMIEJĄC PRZEZ TAKI PROCES, KTÓRY ZAMIENIA INFORMACJE GENETYCZNE W AKTYWNE ELEMENTY FENOTYPOWE (BIAŁKA). _x000D_ w CLASSIC Paradigma, DINAMIC EQUILIBRIUM Cella ELEMENTS (homeostasia) WYKAZ NA BALANCE ENTRE SINTESIS I DEGRADATION, Z KONTROLNYM MECHANISM TEGO PROCEDURY. ZGODNIE Z TĄ WIZJĄ TAK ZWANY DOGMAT CENTRALNY JEST ŚCIEŻKĄ LINIOWĄ, W KTÓREJ MRNA ODGRYWA ROLĘ ZWYKŁEGO POŚREDNIKA. W CIĄGU OSTATNICH KILKU LAT NASZ ZESPÓŁ POMÓGŁ WYKAZAĆ, ŻE ISTNIEJE OGÓLNA KONTROLA STĘŻENIA KOMÓREK MRNA (MRNA HOMEOSTASIA) W SACCHAROMYCES CEREVISIAE, KTÓRA JEST WYNIKIEM KRZYŻOWEJ KOMUNIKACJI MIĘDZY MASZYNAMI TRANSKRYBACYJNYMI I DEGRADACYJNYMI (MRNA-CROSSTALK). OZNACZA TO ZARÓWNO ODCISK, JAKI MRNA OTRZYMUJĄ W SWOJEJ SYNTEZIE, JAK I INFORMACJE ZWROTNE NA TEMAT MASZYN TRANSKRYPCYJNYCH WYWIERANE PRZEZ WŁASNE CZYNNIKI DEGRADACJI MRNA. W TRAKCIE TRWAJĄCEGO PROJEKTU ZIDENTYFIKOWALIŚMY ETAP WYDŁUŻENIA TRANSKRYPCJI, A DOKŁADNIEJ MARCOWE ZJAWISKA LEŻĄCE U PODSTAW POLIMERAZY RNA II (RNAPII BACKTRACKING), JAKO KLUCZOWY ELEMENT MRNA-CROSSTALK. POKAZALIŚMY RÓWNIEŻ, ŻE TRANSKRYPCJA I SZYBKOŚĆ DEGRADACJI MRNA ZMIENIAJĄ SIĘ RÓWNOLEGLE Z PRĘDKOŚCIĄ PROLIFERACJI KOMÓREK, UTRZYMUJĄC STAŁE STĘŻENIE MRNA DLA WIĘKSZOŚCI GENÓW. W REZULTACIE JEST TO ZASTĄPIENIE MRNA (OBRÓT MRNA), KTÓRY RÓŻNI SIĘ WRAZ Z PROLIFERACJĄ, ABY ZAGWARANTOWAĆ JEJ HOMEOSTASY. _x000D_ w obecnym projekcie chcemy rozwijać się w wiedzy o MRNA-crosstalk, zidentyfikować mechanizmy łączące MRNA-TURNOVER z podatkiem PROLIFERATION CELL, matematycznie MODELING TEGO ACOPLAMITING I KOMPROBATING HICH HAVE TO PLACE IN CZŁOWIEK CELLS. CHCEMY RÓWNIEŻ ZBADAĆ EWENTUALNĄ TRANSPOZYCJĘ MIĘDZY PRZEŁOŻENIEM MRNA NA BIAŁKA A DEGRADACJĄ BIAŁEK (BIAŁKO-ZAGADKA). NASZE WSTĘPNE DANE SUGERUJĄ TO I, JEŚLI ZOSTANIE UDOWODNIONE, CHCEMY ZROZUMIEĆ MECHANIZMY, KTÓRE GO WSPIERAJĄ I ZBADAĆ, CZY ISTNIEJE RÓWNIEŻ ZWIĄZEK MIĘDZY ZASTĄPIENIEM BIAŁKA (OBRÓT BIAŁKA) A PROLIFERACJĄ KOMÓREK. NA KONIEC, CHCEMY WYJAŚNIĆ UDZIAŁ W PROCESIE WYDŁUŻENIA TRANSKRYPCYJNEGO PREFOLDINS, NIEKTÓRYCH WSPÓŁCHAPERONA, KTÓRE PRACUJĄ W SKŁADANIU AKTYN I TUBULIN PODCZAS ZGROMADZENIA CYTOSSZKIELETU. WYNIKI TRWAJĄCEGO PROJEKTU WSKAZUJĄ, ŻE PRZYCZYNIAJĄ SIĘ ONE DO DYNAMIKI TRANSKRYPCYJNEJ HISTONÓW POPRZEZ REMODELERY CHROMATYNY ZAWIERAJĄCE AKTYNĘ. CHCEMY ZROZUMIEĆ TEN MECHANIZM I SPRAWDZIĆ, CZY PREFOLDINS POŚREDNICZĄ W KOMUNIKACJI MIĘDZY DYNAMIKĄ CYTOPLAZMATYCZNĄ A EKSPRESJĄ GENU. KRÓTKO MÓWIĄC, PROJEKT TEN MA NA CELU ZBADANIE TRZECH ZJAWISK MOLEKULARNEJ HOMEOSTASIA, KTÓRYCH REDUKCJONISTYCZNA WIZJA DOGMATU CENTRALNEGO NIE POZWOLIŁA ZROZUMIEĆ. (Polish)
4 August 2022
0 references
A MOLEKULÁRIS BIOLÓGIA REDUKCIÓS MEGKÖZELÍTÉSE SOK INFORMÁCIÓT SZOLGÁLTATOTT A SEJTMECHANIZMUSOKRÓL, DE AZ EREDMÉNY TÚL KORLÁTOZOTT AHHOZ, HOGY MEGÉRTSÜK, HOGYAN MŰKÖDIK A SEJT EGÉSZE. INTEGRATÍV LÁTÁSRA VAN SZÜKSÉG, AMELY FELFEDEZI A MOLEKULÁK, ÚTVONALAK ÉS SEJTSZERKEZETEK KÖZÖTTI MAGASABB SZINTŰ KAPCSOLATOT. AZ OMIC SCIENCES ÉS A RENDSZERBIOLÓGIA BIZTOSÍTJA AZ ESZKÖZÖKET ÉS A GLOBÁLIS JÖVŐKÉPET AHHOZ, HOGY MEGRAGADJA A SEJT FELTÖREKVŐ TULAJDONSÁGAIT. EBBŐL A SZEMPONTBÓL HOZZÁ KÍVÁNUNK JÁRULNI A GENETIKAI KIFEJEZÉS ÚJBÓLI VIZSGÁLATÁHOZ, MEGÉRTÉSÉHEZ OLYAN FOLYAMAT RÉVÉN, AMELY A GENETIKAI INFORMÁCIÓKAT AKTÍV FENOTÍPUSOS ELEMEKKÉ (FEHÉRJÉKKÉ) VÁLTOZTATJA. _x000D_ a CLASSIC paradigma, A DINAMIC EQUILIBRIUM A celula ELEMENTS (homeostasia) A MÉRETEK MEGHATÁROZÁSA SZOLGÁLTATÁSOK ÉS DEGRADÁCIÓ, A ELLENŐRZÉSI MEGHATÁROZÁSOK. E JÖVŐKÉP SZERINT AZ ÚGYNEVEZETT KÖZPONTI DOGMA LINEÁRIS ÚT, AMELYBEN AZ MRNS CSUPÁN KÖZVETÍTŐ SZEREPET JÁTSZIK. AZ ELMÚLT NÉHÁNY ÉVBEN CSAPATUNK SEGÍTETT BIZONYÍTANI, HOGY A SACCHAROMYCES CEREVISIAE-BAN AZ MRNS SEJTKONCENTRÁCIÓ (MRNS HOMEOSTASIA) ÁLTALÁNOS SZABÁLYOZÁSA VAN, AMI A TRANSZKRIPTÁLÓ ÉS LEBONTÓ GÉPEK (MRNS-CROSSTALK) KÖZÖTTI KERESZTKOMMUNIKÁCIÓ EREDMÉNYE. EZ MAGÁBAN FOGLALJA MIND AZT A LENYOMATOT, AMELYET AZ MRNS-EK A SZINTÉZISÜKBEN KAPNAK, MIND AZ ÁTÍRÓ GÉPEKRE VONATKOZÓ VISSZAJELZÉSEKET, AMELYEKET AZ MRNS SAJÁT BOMLÁSI TÉNYEZŐI FEJTENEK KI. A FOLYAMATBAN LÉVŐ PROJEKT SORÁN AZ MRNS-CROSSTALK KULCSELEMEKÉNT AZONOSÍTOTTUK A TRANSZKRIPCIÓS NYÚLÁS SZAKASZÁT, PONTOSABBAN AZ RNS POLIMERÁZ II MÖGÖTTI MÁRCIUSI JELENSÉGEKET (RNAPII VISSZAKÖVETÉS). AZT IS KIMUTATTÁK, HOGY AZ MRNS TRANSZKRIPCIÓS ÉS LEBOMLÁSI SEBESSÉGEK PÁRHUZAMOSAN VÁLTOZNAK A SEJTPROLIFERÁCIÓ SEBESSÉGÉVEL, FENNTARTVA AZ ÁLLANDÓ MRNS KONCENTRÁCIÓT A GÉNEK TÖBBSÉGE SZÁMÁRA. ENNEK EREDMÉNYEKÉNT AZ MRNS (MRNS-FORGALOM) FELVÁLTÁSA VÁLTOZIK A PROLIFERÁCIÓVAL, HOGY GARANTÁLJA ANNAK HOMEOSTASY-JÁT. _x000D_ a jelen projektben szeretnénk fejleszteni a tudás MRNA-crosstalk, azonosítani azokat a mechanizmusokat, amelyek összekapcsolják a MRNA-TURNOVER és a CELL PROLIFERATION adó, matematikailag MODELING EZ A COPLAMITING ÉS COMPROBATING WHICH KÖVETKEZŐ A HUMAN CELLOK. FEL KÍVÁNJUK TÁRNI AZ MRNS-EK FEHÉRJÉKKÉ TÖRTÉNŐ TRANSZFORMÁCIÓJA ÉS A FEHÉRJÉK LEBOMLÁSA (PROTEIN-CROSSTALK) KÖZÖTTI KERESZTKOMMUNIKÁCIÓ LEHETŐSÉGÉT IS. ELŐZETES ADATAINK EZT SUGALLJÁK, ÉS HA BIZONYÍTOTT, MEG AKARJUK ÉRTENI AZ AZT TÁMOGATÓ MECHANIZMUSOKAT, ÉS MEG AKARJUK VIZSGÁLNI, HOGY VAN-E KAPCSOLAT A FEHÉRJEPÓTLÁS (FEHÉRJE-FORGALOM) ÉS A SEJTPROLIFERÁCIÓ KÖZÖTT IS. VÉGEZETÜL SZERETNÉNK ELMAGYARÁZNI A PREFOLDINS TRANSZKRIPCIÓS MEGNYÚLÁSÁNAK FOLYAMATÁBAN VALÓ RÉSZVÉTELT, NÉHÁNY TÁRS-CHAPERONAS-T, AMELYEK A CITOSZKELETON ÖSSZESZERELÉSE SORÁN AZ AKTINOK ÉS TUBULINOK ÖSSZECSUKÁSÁBAN DOLGOZNAK. A FOLYAMATBAN LÉVŐ PROJEKT EREDMÉNYEI AZT MUTATJÁK, HOGY AZ AKTINT TARTALMAZÓ KROMATIN-REMODEREK RÉVÉN HOZZÁJÁRULNAK A HISZTONOK TRANSZKRIPCIÓS DINAMIKÁJÁHOZ. SZERETNÉNK MEGÉRTENI EZT A MECHANIZMUST, ÉS ELLENŐRIZNI, HOGY A PREFOLDINS KÖZVETÍTI-E A CITOPLAZMIKUS DINAMIKA ÉS A GÉNEXPRESSZIÓ KÖZÖTTI KOMMUNIKÁCIÓT. RÖVIDEN, A PROJEKT CÉLJA A MOLEKULÁRIS HOMEOSTASIA HÁROM OLYAN JELENSÉGÉNEK VIZSGÁLATA, AMELYEKET A KÖZPONTI DOGMA REDUKCIÓS LÁTÁSA NEM ENGEDETT MEGÉRTENI. (Hungarian)
4 August 2022
0 references
REDUKCIONISTICKÝ PŘÍSTUP K MOLEKULÁRNÍ BIOLOGII POSKYTL MNOHO INFORMACÍ O BUNĚČNÝCH MECHANISMECH, ALE JEHO VÝSLEDEK JE PŘÍLIŠ OMEZENÝ NA TO, ABY POCHOPIL, JAK BUŇKA JAKO CELEK FUNGUJE. JE ZAPOTŘEBÍ INTEGRATIVNÍ VIZE, KTERÁ ZJISTÍ VYŠŠÍ ÚROVEŇ VZTAHU MEZI MOLEKULAMI, CESTAMI A BUNĚČNÝMI STRUKTURAMI. OMICKÉ VĚDY A SYSTÉMOVÁ BIOLOGIE POSKYTUJÍ NÁSTROJE A GLOBÁLNÍ VIZI POTŘEBNÉ K ZACHYCENÍ VZNIKAJÍCÍCH VLASTNOSTÍ BUŇKY. Z TOHOTO POHLEDU CHCEME PŘISPĚT K PŘEHODNOCENÍ GENOVÉ EXPRESE, POCHOPENÍ TAKOVÝM PROCESEM, KTERÝ MĚNÍ GENETICKOU INFORMACI V AKTIVNÍ FENOTYPOVÉ PRVKY (PROTEINY). _x000D_ v CLASSIC Paradigma, DINAMIC EQUILIBRIUM celula ELEMENTS (homeostasia) DĚKUJE BALANCE ENTRE SINTESIS A DEGRADATION, S KONTROLNÍM MECHANISM těchto PROCEDURES. PODLE TÉTO VIZE JE TZV. CENTRÁLNÍ DOGMA LINEÁRNÍ CESTOU, V NÍŽ MRNA HRAJE ROLI POUHÉHO PROSTŘEDNÍKA. V POSLEDNÍCH NĚKOLIKA LETECH NÁŠ TÝM POMOHL PROKÁZAT, ŽE EXISTUJE OBECNÁ KONTROLA KONCENTRACE BUNĚK MRNA (MRNA HOMEOSTASIA) V SACCHAROMYCES CEREVISIAE, KTERÁ JE VÝSLEDKEM KŘÍŽOVÉ KOMUNIKACE MEZI PŘEPISOVACÍM A DEGRADAČNÍM ZAŘÍZENÍM (MRNA-CROSSTALK). TO ZNAMENÁ JAK OTISK, KTERÝ MRNA OBDRŽÍ VE SVÉ SYNTÉZE, TAK ZPĚTNOU VAZBU NA ZAŘÍZENÍ PRO TRANSKRIPCI VYVOLANOU VLASTNÍMI DEGRADAČNÍMI FAKTORY MRNA. V PRŮBĚHU PROBÍHAJÍCÍHO PROJEKTU JSME IDENTIFIKOVALI FÁZI PRODLOUŽENÍ TRANSKRIPCE, KONKRÉTNĚ BŘEZNOVÉ JEVY ZA RNA POLYMERÁZOU II (RNAPII BACKTRACKING) JAKO KLÍČOVÝ PRVEK MRNA-CROSSTALK. TAKÉ JSME UKÁZALI, ŽE TRANSKRIPCE MRNA A RYCHLOST ROZKLADU SE MĚNÍ PARALELNĚ S RYCHLOSTÍ PROLIFERACE BUNĚK, ČÍMŽ SE UDRŽUJE KONSTANTNÍ KONCENTRACE MRNA PRO VĚTŠINU GENŮ. V DŮSLEDKU TOHO SE S ŠÍŘENÍM MĚNÍ VÝMĚNA MRNA (MRNA-OBRAT), ABY BYLA ZARUČENA JEJÍ HOMEOSTASY. _x000D_ v současném projektu chceme rozvíjet ve znalostech MRNA-crosstalk, identifikovat mechanismy, které spojují MRNA-TURNOVER s daní CELL PROLIFERATION, matematicky MODELÍ TOTO A KONTROLNÍ A SPOLEČNOSTI, KTERÉ MÍSTO VÝROBY V HUMANÝCH CELLY. CHCEME TAKÉ PROZKOUMAT PŘÍPADNOU EXISTENCI KŘÍŽOVÉ KOMUNIKACE MEZI TRANSPOZICÍ MRNA NA BÍLKOVINY A DEGRADACÍ PROTEINŮ (PROTEIN-CROSSTALK). NAŠE PŘEDBĚŽNÉ ÚDAJE TO NAZNAČUJÍ, A POKUD JSOU PROKÁZÁNY, CHCEME POCHOPIT MECHANISMY, KTERÉ JI PODPORUJÍ, A PROZKOUMAT, ZDA EXISTUJE SOUVISLOST MEZI NÁHRADOU BÍLKOVIN (OBRAT BÍLKOVIN) A BUNĚČNOU PROLIFERACI. ZÁVĚREM CHCEME VYSVĚTLIT ÚČAST NA PROCESU TRANSKRIPČNÍHO PRODLOUŽENÍ PREFOLDINS, NĚKTERÝCH SPOLU-CHAPERONAS, KTERÉ PRACUJÍ NA SKLÁDÁNÍ AKTINŮ A TUBULINŮ BĚHEM SHROMÁŽDĚNÍ CYTOSKELETU. VÝSLEDKY PROBÍHAJÍCÍHO PROJEKTU UKAZUJÍ, ŽE PŘISPÍVAJÍ K TRANSKRIPČNÍ DYNAMICE HISTONŮ POMOCÍ CHROMATINOVÝCH REMODELÁTORŮ OBSAHUJÍCÍCH AKTIN. CHCEME POCHOPIT TENTO MECHANISMUS A ZKONTROLOVAT, ZDA PREFOLDINS ZPROSTŘEDKOVÁVAJÍ KOMUNIKACI MEZI CYTOPLAZMATICKOU DYNAMIKOU A GENOVOU EXPRESÍ. STRUČNĚ ŘEČENO, CÍLEM TOHOTO PROJEKTU JE PROZKOUMAT TŘI JEVY MOLEKULÁRNÍ HOMEOSTASIA, KTERÉ REDUKCIONISTICKÁ VIZE CENTRÁLNÍHO DOGMATU NEDOVOLILA POCHOPIT. (Czech)
4 August 2022
0 references
REDUCĒTĀJA PIEEJA MOLEKULĀRAJAI BIOLOĢIJAI IR SNIEGUSI DAUDZ INFORMĀCIJAS PAR ŠŪNU MEHĀNISMIEM, BET TĀS REZULTĀTS IR PĀRĀK IEROBEŽOTS, LAI SAPRASTU, KĀ DARBOJAS ŠŪNA KOPUMĀ. NEPIECIEŠAMA INTEGRĒTA REDZE, KAS ATKLĀJ AUGSTĀKU ATTIECĪBU LĪMENI STARP MOLEKULĀM, CEĻIEM UN ŠŪNU STRUKTŪRĀM. OMIC SCIENCES UN SISTĒMU BIOLOĢIJA NODROŠINA INSTRUMENTUS UN GLOBĀLO REDZĒJUMU, KAS NEPIECIEŠAMS, LAI ATTĒLOTU JAUNĀS ŠŪNAS ĪPAŠĪBAS. RAUGOTIES NO ŠĪ VIEDOKĻA, MĒS VĒLAMIES DOT IEGULDĪJUMU GENOGĒNA IZTEIKSMES PĀRVĒRTĒŠANĀ, IZPROTOT TĀDU PROCESU, KAS ĢENĒTISKO INFORMĀCIJU PĀRVĒRŠ AKTĪVOS FENOTIPISKOS ELEMENTOS (OLBALTUMVIELĀS). _x000D_ in CLASSIC Paradigma, DINAMIC EQUILIBRIUM of celula ELEMENTS (Homeostasija) THANKS uz BALANCE ENTRE SINTESIS UN DEGRADATION, ar šo produktu CONTROL MECHANISMS. SASKAŅĀ AR ŠO REDZĒJUMU TĀ SAUKTĀ CENTRĀLĀ DOGMA IR LINEĀRS CEĻŠ, KURĀ MRNA IR TIKAI STARPNIEKA LOMA. PĒDĒJO GADU LAIKĀ MŪSU KOMANDA IR PALĪDZĒJUSI PIERĀDĪT, KA PASTĀV VISPĀRĒJA MRNS ŠŪNU KONCENTRĀCIJAS KONTROLE (MRNA HOMEOSTASIA) SACCHAROMYCES CEREVISIAE, KAS IR TRANSKRIBĒŠANAS UN NOĀRDĪŠANĀS TEHNIKAS (MRNA-CROSSTALK) SAVSTARPĒJĀS KOMUNIKĀCIJAS REZULTĀTS. TAS NOZĪMĒ GAN NOSPIEDUMU, KO MRNS SAŅEM SAVĀ SINTĒZĒ, GAN ATGRIEZENISKO SAITI PAR TRANSKRIPCIJAS MAŠĪNĀM, KO RADA MRNS PAŠI DEGRADĀCIJAS FAKTORI. PAŠREIZĒJĀ PROJEKTA LAIKĀ MĒS ESAM NOTEIKUŠI TRANSKRIPCIJAS PAGARINĀJUMA STADIJU UN, KONKRĒTĀK, MARTA FENOMENU AIZ RNS POLIMERĀZES II (RNAPII BACKTRACKING), KAS IR MRNA ŠĶĒRSGRIEZUMA GALVENAIS ELEMENTS. MĒS ARĪ ESAM PARĀDĪJUŠI, KA MRNS TRANSKRIPCIJAS UN NOĀRDĪŠANĀS ĀTRUMS MAINĀS PARALĒLI ŠŪNU PROLIFERĀCIJAS ĀTRUMAM, SAGLABĀJOT NEMAINĪGU MRNS KONCENTRĀCIJU LIELĀKAJAI DAĻAI GĒNU. TĀ REZULTĀTĀ MRNS (MRNA APGROZĪJUMS) AIZSTĀŠANA MAINĀS ATKARĪBĀ NO IZPLATĪŠANĀS, LAI GARANTĒTU TĀS HOMEOSTASY. _x000D_ šajā projektā mēs vēlamies attīstīt zināšanas par MRNA-crosstalk, identificēt mehānismus, kas saista MRNA-TURNOVER ar CELL PROLIFERATION nodokli, matemātiski MODELING ŠIS ACOPLAMITING and COMPROBATING WHICH YAVE TO PLACE IN HUMAN CELLS. MĒS ARĪ VĒLAMIES IZPĒTĪT IESPĒJAMO SAVSTARPĒJO SAZIŅU STARP MRNS TRANSLĀCIJU UZ OLBALTUMVIELĀM UN OLBALTUMVIELU NOĀRDĪŠANOS (PROTEĪNU-CROSSTALK). MŪSU SĀKOTNĒJIE DATI LIECINA PAR TO, UN, JA TIE IR PIERĀDĪTI, MĒS VĒLAMIES SAPRAST MEHĀNISMUS, KAS TO ATBALSTA, UN IZPĒTĪT, VAI PASTĀV SAIKNE STARP OLBALTUMVIELU AIZVIETOŠANU (OLBALTUMVIELU APGROZĪJUMS) UN ŠŪNU PROLIFERĀCIJU. VISBEIDZOT, MĒS VĒLAMIES IZSKAIDROT DALĪBU TRANSKRIPCIJAS PROCESĀ PREFOLDINS, DAŽAS CO-CHAPERONAS, KAS DARBOJAS AKTINU UN TUBULĪNU LOCĪŠANAS LAIKĀ CYTOSKELETON MONTĀŽAS LAIKĀ. PAŠREIZĒJĀ PROJEKTA REZULTĀTI LIECINA, KA TIE VEICINA HISTONU TRANSKRIPCIJAS DINAMIKU, IZMANTOJOT AKTĪNU SATUROŠUS HROMATĪNA REMODELERUS. MĒS VĒLAMIES SAPRAST ŠO MEHĀNISMU UN PĀRBAUDĪT, VAI PREFOLDINS VEIC KOMUNIKĀCIJU STARP CITOPLAZMAS DINAMIKU UN GĒNU EKSPRESIJU. ĪSĀK SAKOT, ŠĪ PROJEKTA MĒRĶIS IR IZPĒTĪT TRĪS MOLEKULĀRĀS HOMEOSTASIA PARĀDĪBAS, KO CENTRĀLĀS DOGMAS REDUCĒTĀJA REDZE NAV ĻĀVUSI SAPRAST. (Latvian)
4 August 2022
0 references
TÁ GO LEOR FAISNÉISE CURTHA AR FÁIL AG AN GCUR CHUIGE LAGHDAITHEACH MAIDIR LE BITHEOLAÍOCHT MHÓILÍNEACH FAOI MHEICNÍOCHTAÍ CEALLACHA, ACH TÁ AN TORADH RÓTHEORANTA CHUN TUISCINT A FHÁIL AR AN GCAOI A N-OIBRÍONN CILL INA IOMLÁINE. TÁ FÍS CHOMHTHÁITE AG TEASTÁIL A AIMSÍONN NA LEIBHÉIL NÍOS AIRDE GAOIL IDIR MÓILÍNÍ, BEALAÍ AGUS STRUCHTÚIR CHEALLACHA. SOLÁTHRAÍONN NA HEOLAÍOCHTAÍ DAMHACHA AGUS BITHEOLAÍOCHT NA GCÓRAS NA HUIRLISÍ AGUS AN FHÍS DHOMHANDA IS GÁ CHUN AIRÍONNA NA CILLE ATÁ AG TEACHT CHUN CINN A GHABHÁIL. Ó THAOBH SIN DE, BA MHAITH LINN CUR LE HATH-SCRÚDÚ AN LÉIRIÚ GENIC, TUISCINT AG AN BPRÓISEAS SIN A CHASANN FAISNÉIS GHÉINITEACH INA N-EILIMINTÍ FEINITÍOPACHA GNÍOMHACHA (PRÓITÉINÍ). _x000D_ i PARADIGMA CLASSIC, AN EQUILIBRIUM DINAMIC of Celula ELEMENTS (homeostasia) atá ag gabháil leis an SINTES ENRÉIS AGUS leis an meath, le meabhrúcháin rialaithe de na nósanna imeachta seo. DE RÉIR NA FÍSE SIN, IS CONAIR LÍNEACH É AN MADRAMA LÁRNACH, MAR A THUGTAR AIR, INA BHFUIL RÓL AG MRNA MAR IDIRGHABHÁLAÍ AMHÁIN. LE BLIANTA BEAGA ANUAS CHUIDIGH ÁR BHFOIREANN A LÉIRIÚ GO BHFUIL RIALÚ GINEARÁLTA AR THIÚCHAN CILLE MRNA (MRNA HOMEOSTASIA) I SACCHAROMYCES CEREVISIAE MAR THORADH AR THRAS-CHUMARSÁID IDIR AN T-INNEALRA TRAS-SCRÍOFA AGUS DÍGHRÁDAITHE (MRNA-CROSSTALK). TUGTAR LE TUISCINT LEIS SIN AN T-IMCHLÓ A FHAIGHEANN MRNA INA SINTÉIS, AGUS AN T-AISEOLAS AR AN INNEALRA TRAS-SCRÍOFA A CHUIREANN TOSCA DÍGHRÁDAITHE MRNA FÉIN I BHFEIDHM. LE LINN AN TIONSCADAIL LEANÚNACH TÁ AN CHÉIM FADÚ TRAS-SCRÍOFA AITHEANTA AGAINN, AGUS GO SONRACH FEINIMÉIN MHÍ AN MHÁRTA TAOBH THIAR DE RNA POLYMERASE II (BACKTRACKINGRNAPII), MAR PHRÍOMHGHNÉ DE MRNA-CROSSTALK. TÁ SÉ LÉIRITHE AGAINN FREISIN GO N-ATHRAÍONN RÁTAÍ TRAS-SCRÍOFA AGUS DÍGHRÁDAITHE MRNA COMHTHREOMHAR LE TREOLUAS IOMADAITHE CILLE, AGUS TIÚCHAN LEANÚNACH MRNA Á CHOINNEÁIL I GCÁS FHORMHÓR NA NGÉINTE. MAR THORADH AIR SIN, CUIRTEAR MRNA (MRNA-LÁIMHDEACHAS) IN IONAD MRNA ATÁ ÉAGSÚIL LEIS AN IOMADÚ CHUN A HOMEOSTASY A RÁTHÚ. _x000D_ sa tionscadal reatha ba mhaith linn a fhorbairt ar an eolas ar MRNA-crosstalk, na meicníochtaí a nascann an MRNA-TURNOVER a aithint leis an gcáin PROLIFERATION CELL, mathematically MODELING THIS ACOPLAMITING AGUS COMPROBATING DO TAR ÉIS LE PLACE I HUMAN CELLS. IS MIAN LINN FREISIN FÉACHAINT AN BHFÉADFAÍ TRASCHUMARSÁID A DHÉANAMH IDIR MRNANNA A AISTRIÚ GO PRÓITÉINÍ AGUS DÍGHRÁDÚ PRÓITÉINÍ (PRÓITÉIN-CROSSTALK). TUGANN ÁR RÉAMHSHONRAÍ LE FIOS É SIN AGUS, MÁ CHRUTHAÍTEAR IAD, BA MHAITH LINN NA MEICNÍOCHTAÍ A THACAÍONN LEIS A THUISCINT AGUS FÉACHAINT AN BHFUIL NASC ANN FREISIN IDIR IONADÚ PRÓITÉINE (LÁIMHDEACHAS PRÓITÉINE) AGUS IOMADÚ CEALL. AR DEIREADH, BA MHAITH LINN A MHÍNIÚ DON RANNPHÁIRTÍOCHT I BPRÓISEAS FADÚ TRAS-SCRÍOBH NA PREFOLDINS, ROINNT COMH-CHAPERONAS A OIBRÍONN I BHFILLEADH ACTINS AGUS TUBULINS LE LINN THIONÓL AN CYTOSKELETON. LÉIRÍONN TORTHAÍ AN TIONSCADAIL LEANÚNAIGH GO GCUIREANN SIAD LE DINIMIC THRAS-SCRÍOFA HISTONES TRÍ REMODELERS CHROMATIN INA BHFUIL ACTIN. BA MHAITH LINN AN MHEICNÍOCHT SEO A THUISCINT AGUS SEICEÁIL AN BHFUIL PREFOLDINS AG IDIRGHABHÁIL NA CUMARSÁIDE IDIR DINIMIC CYTOPLASMIC AGUS LÉIRIÚ GÉINE. I MBEAGÁN FOCAL, TÁ SÉ MAR AIDHM AG AN TIONSCADAL SEO TRÍ FHEINIMÉIN DE HOMEOSTASIA MHÓILÍNEACH A IMSCRÚDÚ NACH RAIBH CEAD AG FÍS LAGHDAITHEACH AN DOGMA LÁRNACH A THUISCINT. (Irish)
4 August 2022
0 references
REDUKCIONISTIČNI PRISTOP K MOLEKULARNI BIOLOGIJI JE ZAGOTOVIL VELIKO INFORMACIJ O CELIČNIH MEHANIZMIH, VENDAR JE NJEGOV REZULTAT PREVEČ OMEJEN, DA BI RAZUMELI, KAKO CELICA KOT CELOTA DELUJE. POTREBNA JE INTEGRATIVNA VIZIJA, KI ODKRIVA VIŠJE STOPNJE RAZMERJA MED MOLEKULAMI, POTMI IN CELIČNIMI STRUKTURAMI. OMIČNE ZNANOSTI IN SISTEMSKA BIOLOGIJA ZAGOTAVLJAJO ORODJA IN GLOBALNO VIZIJO, KI JE POTREBNA ZA ZAJEMANJE NASTAJAJOČIH LASTNOSTI CELICE. S TEGA VIDIKA ŽELIMO PRISPEVATI K PONOVNEMU PREGLEDU GENSKEGA IZRAZA, RAZUMEVANJU S TAKŠNIM PROCESOM, KI SPREMINJA GENETSKE INFORMACIJE V AKTIVNE FENOTIPSKE ELEMENTE (BELJAKOVINE). _x000D_ v KLASSIC Paradigma, DINAMIČNI EQUILIBRIUM celula ELEMENTS (homeostasia) v BALANCE ENTRE SINTESIS IN REGRADACIJO, Z NAMENČNIH MEHANIJIH TEGA PROCEDES. V SKLADU S TO VIZIJO JE TAKO IMENOVANA OSREDNJA DOGMA LINEARNA POT, V KATERI IMA MRNA VLOGO ZGOLJ POSREDNIKA. V ZADNJIH NEKAJ LETIH JE NAŠA EKIPA POMAGALA DOKAZATI, DA OBSTAJA SPLOŠEN NADZOR KONCENTRACIJE MRNA CELIC (MRNA HOMEOSTASIA) V SACCHAROMYCES CEREVISIAE, KI JE REZULTAT NAVZKRIŽNE KOMUNIKACIJE MED STROJI ZA PREPISOVANJE IN RAZGRADNJO (MRNA-CROSSTALK). TO POMENI TAKO VTIS, KI GA MRNA PREJMEJO V SVOJI SINTEZI, KOT TUDI POVRATNE INFORMACIJE O STROJIH ZA TRANSKRIPCIJO, KI JIH UPORABLJAJO LASTNI DEGRADACIJSKI FAKTORJI MRNA. MED TEKOČIM PROJEKTOM SMO KOT KLJUČNI ELEMENT MRNA-CROSSTALKA OPREDELILI FAZO RAZTEZKA PREPISOV, NATANČNEJE MARČEVSKE POJAVE ZA RNA POLIMERAZO II (RNAPII BACKTRACKING). POKAZALI SMO TUDI, DA SE HITROST TRANSKRIPCIJE IN HITROSTI RAZGRADNJE MRNA SPREMINJA VZPOREDNO S HITROSTJO PROLIFERACIJE CELIC IN OHRANJA KONSTANTNO KONCENTRACIJO MRNA ZA VEČINO GENOV. ZATO SE ZAMENJAVA MRNA (MRNA-PROMET) RAZLIKUJE OD ŠIRJENJA, DA SE ZAGOTOVI NJENA HOMEOSTASY. _x000D_ v tem projektu želimo razviti v poznavanju MRNA-crosstalk, opredeliti mehanizme, ki povezujejo MRNA-TURNOVER z davkom CELL PROLIFERATION, matematično MODELING in COMPROBATING, KI JIH IZKLJUČENO V PLAČNIH KELIH. RAZISKATI ŽELIMO TUDI MOREBITNI OBSTOJ NAVZKRIŽNE KOMUNIKACIJE MED PRETVORBO MRNA V BELJAKOVINE IN RAZGRADNJO BELJAKOVIN (PROTEIN-CROSSTALK). NAŠI PREDHODNI PODATKI KAŽEJO NA TO IN, ČE JE DOKAZANO, ŽELIMO RAZUMETI MEHANIZME, KI JO PODPIRAJO, IN RAZISKATI, ALI OBSTAJA TUDI POVEZAVA MED NADOMEŠČANJEM BELJAKOVIN (BELJAKOVINSKI PROMET) IN PROLIFERACIJO CELIC. NA KONCU ŽELIMO POJASNITI SODELOVANJE V PROCESU TRANSKRIPCIJSKEGA RAZTEZKA PREFOLDINS, NEKATERIH CO-CHAPERONAS, KI DELUJEJO PRI ZLAGANJU AKTINOV IN TUBULINOV MED MONTAŽO CITOSKELETONA. REZULTATI TEKOČEGA PROJEKTA KAŽEJO, DA PRISPEVAJO K TRANSKRIPCIJSKI DINAMIKI HISTONOV S KROMATINSKIMI REMODELERJI, KI VSEBUJEJO AKTIN. ŽELIMO RAZUMETI TA MEHANIZEM IN PREVERITI, ALI PREFOLDINS POSREDUJE KOMUNIKACIJO MED CITOPLAZMIČNO DINAMIKO IN IZRAŽANJEM GENOV. SKRATKA, NAMEN TEGA PROJEKTA JE RAZISKATI TRI POJAVE MOLEKULARNE HOMEOSTASIA, KI JIH REDUKCIONISTIČNA VIZIJA CENTRALNE DOGME NI MOGLA RAZUMETI. (Slovenian)
4 August 2022
0 references
РЕДУКЦИОНИСТИЧНИЯТ ПОДХОД КЪМ МОЛЕКУЛЯРНАТА БИОЛОГИЯ Е ПРЕДОСТАВИЛ МНОГО ИНФОРМАЦИЯ ЗА КЛЕТЪЧНИТЕ МЕХАНИЗМИ, НО РЕЗУЛТАТЪТ МУ Е ТВЪРДЕ ОГРАНИЧЕН, ЗА ДА СЕ РАЗБЕРЕ КАК РАБОТИ ЕДНА КЛЕТКА КАТО ЦЯЛО. НЕОБХОДИМА Е ИНТЕГРАТИВНА ВИЗИЯ, КОЯТО ОТКРИВА ПО-ВИСОКИТЕ НИВА НА ВРЪЗКА МЕЖДУ МОЛЕКУЛИ, ПЪТЕКИ И КЛЕТЪЧНИ СТРУКТУРИ. БИОЛОГИЯТА НА ОМИЧНИТЕ НАУКИ И СИСТЕМИ ОСИГУРЯВА ИНСТРУМЕНТИТЕ И ГЛОБАЛНАТА ВИЗИЯ, НЕОБХОДИМИ ЗА УЛАВЯНЕ НА НОВОВЪЗНИКВАЩИТЕ СВОЙСТВА НА КЛЕТКАТА. ОТ ТАЗИ ГЛЕДНА ТОЧКА ИСКАМЕ ДА ДОПРИНЕСЕМ ЗА ПОВТОРНАТА ПРОВЕРКА НА ГЕННАТА ЕКСПРЕСИЯ, РАЗБИРАНЕТО ЧРЕЗ ТАКЪВ ПРОЦЕС, КОЙТО ПРЕВРЪЩА ГЕНЕТИЧНАТА ИНФОРМАЦИЯ В АКТИВНИ ФЕНОТИПНИ ЕЛЕМЕНТИ (ПРОТЕИНИ). _x000D_ в КЛАСИЧНА Парадигма, Динамичният ЕКУЛИБРИУМ НА ЕЛЕМЕНТИ (homeostasia) ВЗЕМАТ НА БАЛАНИТЕ ВЪНШНИ СИНТЕЗИ И ДЕГРАДА, С КОНТРОЛНИ МЕХАНИСМИ НА ТОЗИ ПРОЦЕДУРИ. СПОРЕД ТАЗИ ВИЗИЯ ТАКА НАРЕЧЕНАТА ЦЕНТРАЛНА ДОГМА Е ЛИНЕЕН ПЪТ, В КОЙТО MRNA ИГРАЕ РОЛЯ НА ОБИКНОВЕН ПОСРЕДНИК. ПРЕЗ ПОСЛЕДНИТЕ НЯКОЛКО ГОДИНИ ЕКИПЪТ НИ ПОМОГНА ДА ПОКАЖЕМ, ЧЕ В SACCHAROMYCES CEREVISIAE ИМА ОБЩ КОНТРОЛ ВЪРХУ КОНЦЕНТРАЦИЯТА НА ИРНК КЛЕТКИ (MRNA HOMEOSTASIA), КОЕТО Е РЕЗУЛТАТ ОТ КРЪСТОСАНА КОМУНИКАЦИЯ МЕЖДУ ТРАНСКРИБИРАЩИТЕ И РАЗГРАДИТЕЛНИТЕ МАШИНИ (MRNA-CROSSTALK). ТОВА ПРЕДПОЛАГА КАКТО ОТПЕЧАТЪКА, КОЙТО MRNAS ПОЛУЧАВА В СИНТЕЗА СИ, ТАКА И ОБРАТНАТА ВРЪЗКА ОТНОСНО МАШИНАТА ЗА ТРАНСКРИПЦИЯ, УПРАЖНЯВАНА ОТ СОБСТВЕНИТЕ ФАКТОРИ НА РАЗГРАЖДАНЕ НА MRNA. ПО ВРЕМЕ НА ТЕКУЩИЯ ПРОЕКТ ОПРЕДЕЛИХМЕ ЕТАПА НА УДЪЛЖАВАНЕ НА ТРАНСКРИПЦИЯТА, И ПО-СПЕЦИАЛНО МАРТЕНСКИТЕ ЯВЛЕНИЯ, КОИТО СТОЯТ ЗАД РНК ПОЛИМЕРАЗА II (RNAPII ОТСТЪПЛЕНИЕ), КАТО КЛЮЧОВ ЕЛЕМЕНТ ОТ MRNA-CROSSTALK. СЪЩО ТАКА ПОКАЗАХМЕ, ЧЕ ТРАНСКРИПЦИЯТА И СКОРОСТТА НА РАЗГРАЖДАНЕ НА ИРНК СЕ ПРОМЕНЯТ УСПОРЕДНО СЪС СКОРОСТТА НА КЛЕТЪЧНА ПРОЛИФЕРАЦИЯ, КАТО ПОДДЪРЖАТ ПОСТОЯННА КОНЦЕНТРАЦИЯ НА ИРНК ЗА ПО-ГОЛЯМАТА ЧАСТ ОТ ГЕНИТЕ. В РЕЗУЛТАТ НА ТОВА ЗАМЯНАТА НА ИРНК (MRNA-ОБОРОТ) ВАРИРА В ЗАВИСИМОСТ ОТ РАЗПРОСТРАНЕНИЕТО, ЗА ДА СЕ ГАРАНТИРА НЕГОВАТА HOMEOSTASY. _x000D_ в настоящия проект, който искаме да развием в знанията на MRNA-crosstalk, да идентифицираме механизмите, които свързват MRNA-TURNOVER с данъка CELL PROLIFERATION, математически МОДИРАНЕ НА ТОЗИ АКОПЛАМИЧЕСКИ И КОМПОДАТИРАНЕ, КОИТО ТРЯБВА ДА ПОДКРЕПЯТ В ЧОВЕКИ ЦЕЛИ. ИСКАМЕ СЪЩО ТАКА ДА ПРОУЧИМ ЕВЕНТУАЛНОТО НАЛИЧИЕ НА КРЪСТОСАНА КОМУНИКАЦИЯ МЕЖДУ ПРЕОБРАЗУВАНЕТО НА MRNAS В ПРОТЕИНИТЕ И РАЗГРАЖДАНЕТО НА ПРОТЕИНИТЕ (ПРОТЕИН-КРЪСТОСАЛК). ПРЕДВАРИТЕЛНИТЕ НИ ДАННИ ПРЕДПОЛАГАТ ТОВА И АКО БЪДАТ ДОКАЗАНИ, ИСКАМЕ ДА РАЗБЕРЕМ МЕХАНИЗМИТЕ, КОИТО ГО ПОДКРЕПЯТ, И ДА ПРОУЧИМ ДАЛИ ИМА ВРЪЗКА МЕЖДУ ПРОТЕИНОВИЯ ЗАМЕСТИТЕЛ (ПРОТЕИН-ОБОРОТ) И КЛЕТЪЧНАТА ПРОЛИФЕРАЦИЯ. НАКРАЯ, ИСКАМЕ ДА ОБЯСНИМ УЧАСТИЕТО В ПРОЦЕСА НА ТРАНСКРИПЦИОННО УДЪЛЖАВАНЕ НА PREFOLDINS, НЯКОИ СЪ-CHAPERONAS, КОИТО РАБОТЯТ В СГЪВАНЕТО НА АКТИНИ И ТУБУЛИН ПО ВРЕМЕ НА СЪБРАНИЕТО НА ЦИТОСКЕЛЕТА. РЕЗУЛТАТИТЕ ОТ ТЕКУЩИЯ ПРОЕКТ ПОКАЗВАТ, ЧЕ ТЕ ДОПРИНАСЯТ ЗА ТРАНСКРИПЦИОННАТА ДИНАМИКА НА ХИСТОНИТЕ ЧРЕЗ ХРОМАТИНОВИ РЕМОДЕЛЕРИ, СЪДЪРЖАЩИ АКТИН. ИСКАМЕ ДА РАЗБЕРЕМ ТОЗИ МЕХАНИЗЪМ И ДА ПРОВЕРИМ ДАЛИ PREFOLDINS МЕДИИРАТ КОМУНИКАЦИЯТА МЕЖДУ ЦИТОПЛАЗМЕНАТА ДИНАМИКА И ГЕННАТА ЕКСПРЕСИЯ. НАКРАТКО, ТОЗИ ПРОЕКТ ИМА ЗА ЦЕЛ ДА ПРОУЧИ ТРИ ФЕНОМЕНА НА МОЛЕКУЛЯРНА HOMEOSTASIA, КОИТО РЕДУКЦИОНИСТИЧНАТА ВИЗИЯ НА ЦЕНТРАЛНАТА ДОГМА НЕ Е ПОЗВОЛИЛА ДА СЕ РАЗБЕРЕ. (Bulgarian)
4 August 2022
0 references
L-APPROĊĊ TA’ TNAQQIS GĦALL-BIJOLOĠIJA MOLEKULARI PPROVDA ĦAFNA INFORMAZZJONI DWAR IL-MEKKANIŻMI ĊELLULARI, IŻDA R-RIŻULTAT TIEGĦU HUWA LIMITAT WISQ BIEX WIEĦED JIFHEM KIF TAĦDEM ĊELLOLA SĦIĦA. HIJA MEĦTIEĠA VIŻJONI INTEGRATTIVA LI TISKOPRI L-LIVELLI OGĦLA TA’ RELAZZJONI BEJN IL-MOLEKULI, IL-MOGĦDIJIET U L-ISTRUTTURI ĊELLULARI. IX-XJENZI OMIĊI U L-BIJOLOĠIJA TAS-SISTEMI JIPPROVDU L-GĦODOD U L-VIŻJONI GLOBALI MEĦTIEĠA BIEX JINQABDU L-PROPRJETAJIET EMERĠENTI TAĊ-ĊELLOLA. MINN DIK IL-PERSPETTIVA, IRRIDU NIKKONTRIBWIXXU GĦALL-EŻAMI MILL-ĠDID TAL-ESPRESSJONI ĠENIKA, IL-FEHIM MINN TALI PROĊESS LI JBIDDEL L-INFORMAZZJONI ĠENETIKA F’ELEMENTI FENOTIPIĊI ATTIVI (PROTEINI). _x000D_ fil-Paradigma KLASSIĊI, L-EQUILIBRIUM DINAMIKA TA’ ELEMENTI Ċelula (omeostasija) DANTI L-INTESISI TAL-BALANCE U DEGRADAZZJONI, MECHANINI KONTROLI TAL-PROĊEDURI. SKONT DIK IL-VIŻJONI, L-HEKK IMSEJĦA DOGMA ĊENTRALI HIJA MOGĦDIJA LINEARI LI FIHA L-MRNA GĦANDHA RWOL TA’ SEMPLIĊI INTERMEDJARJU. FL-AĦĦAR FTIT SNIN TIM TAGĦNA GĦEN BIEX JURI LI HEMM KONTROLL ĠENERALI TA ‘KONĊENTRAZZJONI TAĊ-ĊELLULI MRNA (MRNA HOMEOSTASIA) FIL SACCHAROMYCES CEREVISIAE LI HUWA R-RIŻULTAT TA’ KOMUNIKAZZJONI BEJN IL-MAKKINARJU TRASKRIZZJONI U DEGRADAZZJONI (MRNA-CROSSTALK). DAN JIMPLIKA KEMM L-IMPRONTA LI L-MRNAS JIRĊIEVU FIS-SINTEŻI TAGĦHOM, KIF UKOLL IR-RISPONS DWAR IL-MAKKINARJU TAT-TRASKRIZZJONI EŻERĊITAT MILL-FATTURI TA’ DEGRADAZZJONI TAL-MRNA STESS. MATUL IL-PROĠETT LI GĦADDEJ BĦALISSA IDENTIFIKAJNA L-ISTADJU TA’ TITWIL TAT-TRASKRIZZJONI, U B’MOD AKTAR SPEĊIFIKU L-FENOMENI TA’ MARZU WARA RNA POLYMERASE II (RNAPII BACKTRACKING), BĦALA ELEMENT EWLIENI TAL-MRNA-CROSSTALK. AĦNA WREJNA WKOLL LI T-TRASKRIZZJONI U R-RATI TA’ DEGRADAZZJONI TAL-MRNA JINBIDLU B’MOD PARALLEL MAL-VELOĊITÀ TAL-PROLIFERAZZJONI TAĊ-ĊELLOLI, FILWAQT LI TINŻAMM IL-KONĊENTRAZZJONI KOSTANTI TA’ MRNA GĦALL-MAĠĠORANZA TAL-ĠENI. B’RIŻULTAT TA’ DAN, HIJA S-SOSTITUZZJONI TA’ MRNA (MRNA-TURNOVER) LI TVARJA SKONT IL-PROLIFERAZZJONI BIEX TIGGARANTIXXI L-OMEOSTASY TAGĦHA. _x000D_ fil-proġett preżenti aħna rridu li jiżviluppaw fl-għarfien ta ‘MRNA-crosstalk, jidentifikaw il-mekkaniżmi li jorbtu l-MRNA-TURNOVER għat-taxxa PROLIFERAZZJONI CELL, matematikament GĦANDU ACOPLAMITING U KOPROBAZZJONI LI MAGĦHOM LI PLACE FIL-KELLI HUMAN. IRRIDU WKOLL NESPLORAW L-EŻISTENZA POSSIBBLI TA’ KOMUNIKAZZJONI INKROĊJATA BEJN IT-TRADUZZJONI TAL-MRNAS GĦALL-PROTEINI U D-DEGRADAZZJONI TAL-PROTEINI (PROTEINI INKROĊJATI). ID-DATA PRELIMINARI TAGĦNA TISSUĠĠERIXXI DAN U, JEKK IKUN IPPRUVAT, IRRIDU NIFHMU L-MEKKANIŻMI LI JAPPOĠĠJAWHA U NESPLORAW JEKK HEMMX UKOLL RABTA BEJN IS-SOSTITUZZJONI TAL-PROTEINI (IL-FATTURAT TAL-PROTEINI) U L-PROLIFERAZZJONI TAĊ-ĊELLOLI. FL-AĦĦAR NETT, IRRIDU NISPJEGAW IL-PARTEĊIPAZZJONI FIL-PROĊESS TA ‘TITWIL TRASKRIZZJONALI TAL-PREFOLDINS, XI KO-CHAPERONAS LI JAĦDMU FIT-TINJA TA’ ACTINS U TUBULINI MATUL L-ASSEMBLEA TAĊ-ĊITOSKELETRU. IR-RIŻULTATI TAL-PROĠETT LI GĦADDEJ JINDIKAW LI DAWN JIKKONTRIBWIXXU GĦAD-DINAMIKA TRASKRIZZJONALI TAL-ĠEBLA PERMEZZ TA’ REMODELERS TAL-KROMATIN LI FIHOM L-ATTIN. IRRIDU NIFHMU DAN IL-MEKKANIŻMU U NIĊĊEKKJAW JEKK PREFOLDINS HUMIEX JIMMEDJAW IL-KOMUNIKAZZJONI BEJN ID-DINAMIKA ĊITOPLASMIKA U L-ESPRESSJONI TAL-ĠENI. FIL-QOSOR, DAN IL-PROĠETT GĦANDU L-GĦAN LI JINVESTIGA TLIET FENOMENI TA ‘HOMEOSTASIA MOLEKULARI LI L-VIŻJONI TNAQQIS TAD-DOMMMA ĊENTRALI MA PPERMETTIETX LI JIFHMU. (Maltese)
4 August 2022
0 references
A ABORDAGEM REDUCIONISTA DA BIOLOGIA MOLECULAR FORNECEU MUITAS INFORMAÇÕES SOBRE MECANISMOS TELEMÓVEIS, MAS SEU RESULTADO É MUITO LIMITADO PARA ENTENDER COMO UMA CÉLULA COMO UM TODO FUNCIONA. É NECESSÁRIA UMA VISÃO INTEGRATIVA QUE DESCUBRA OS NÍVEIS MAIS ELEVADOS DE RELAÇÃO ENTRE MOLÉCULAS, VIAS E ESTRUTURAS TELEMÓVEIS. AS CIÊNCIAS ÓMICAS E A BIOLOGIA DE SISTEMAS FORNECEM AS FERRAMENTAS E A VISÃO GLOBAL NECESSÁRIAS PARA CAPTURAR AS PROPRIEDADES EMERGENTES DA CÉLULA. NESSA PERSPETIVA, QUEREMOS CONTRIBUIR PARA REANALISAR A EXPRESSÃO GÊNICA, ENTENDENDO POR TAL PROCESSO QUE TRANSFORMA A INFORMAÇÃO GENÉTICA EM ELEMENTOS FENOTÍPICOS ATIVOS (PROTEÍNAS). _x000D_ em Paradigma Clássico, O EQUILIBRIUM DINÁMICO de Elimentos de Células (homeostasia) QUE AO BALANÇO ENTRE SINTESIS E DEGRADAÇÃO, COM MECHANIZOS CONTROLO DE ESTES PROCEDIMENTOS. DE ACORDO COM ESSA VISÃO, O CHAMADO DOGMA CENTRAL É UM CAMINHO LINEAR NO QUAL O MRNA DESEMPENHA UM PAPEL DE MERO INTERMEDIÁRIO. NOS ÚLTIMOS ANOS, NOSSA EQUIPA TEM AJUDADO A DEMONSTRAR QUE HÁ UM CONTROLE GERAL DA CONCENTRAÇÃO TELEMÓVEL DE MRNA (MRNA HOMEOSTASIA) EM SACCHAROMYCES CEREVISIAE, QUE É O RESULTADO DA COMUNICAÇÃO CRUZADA ENTRE A MÁQUINA DE TRANSCRIÇÃO E DEGRADAÇÃO (MRNA-CROSSTALK). ISSO IMPLICA TANTO A MARCA QUE OS MRNAS RECEBEM EM SUA SÍNTESE, QUANTO O FEEDBACK SOBRE O MECANISMO DE TRANSCRIÇÃO EXERCIDO PELOS PRÓPRIOS FATORES DE DEGRADAÇÃO DO RNAM. DURANTE O PROJETO EM CURSO, IDENTIFICAMOS A FASE DE ALONGAMENTO DA TRANSCRIÇÃO E, MAIS ESPECIFICAMENTE, OS FENÔMENOS DE MARÇO POR TRÁS DA RNA POLIMERASE II (RNAPII BACKTRACKING), COMO UM ELEMENTO-CHAVE DO MRNA-CROSSTALK. TAMBÉM MOSTRAMOS QUE AS TAXAS DE TRANSCRIÇÃO E DEGRADAÇÃO DO MRNA MUDAM PARALELAMENTE À VELOCIDADE DE PROLIFERAÇÃO TELEMÓVEL, MANTENDO A CONCENTRAÇÃO CONSTANTE DE MRNA PARA A MAIORIA DOS GENES. COMO RESULTADO, É A SUBSTITUIÇÃO DO MRNA (MRNA-VOLUME DE NEGÓCIOS) QUE VARIA COM A PROLIFERAÇÃO PARA GARANTIR SUA HOMEOSTASY. _x000D_ no presente projeto que queremos desenvolver no conhecimento do MRNA-crosstalk, identificar os mecanismos que ligam o MRNA-TURNOVER ao imposto DE PROLIFERAÇÃO TELEMóVEL, MODELANDO matematicamente ESTE ACOPLAMITING E COMPROBATING QUE VOCÊS DEVIDAMENTE EM CÉLULAS HUMANAS. TAMBÉM QUEREMOS EXPLORAR A POSSÍVEL EXISTÊNCIA DE COMUNICAÇÃO CRUZADA ENTRE A TRADUÇÃO DE MRNAS PARA PROTEÍNAS E A DEGRADAÇÃO DAS PROTEÍNAS (PROTEÍNA-CROSSTALK). NOSSOS DADOS PRELIMINARES SUGEREM ISSO E, SE COMPROVADO, QUEREMOS ENTENDER OS MECANISMOS QUE O SUSTENTAM E EXPLORAR SE HÁ TAMBÉM UMA LIGAÇÃO ENTRE SUBSTITUIÇÃO PROTEICA (PROTEÍNA-VOLUME DE NEGÓCIOS) E PROLIFERAÇÃO TELEMÓVEL. POR FIM, QUEREMOS EXPLICAR A PARTICIPAÇÃO NO PROCESSO DE ALONGAMENTO TRANSCRICIONAL DOS PREFOLDINS, ALGUNS COCHAPERONAS QUE TRABALHAM NA DOBRAGEM DE ACTINAS E TUBULINAS DURANTE A ASSEMBLEIA DO CITOESQUELETO. OS RESULTADOS DO PROJETO EM CURSO INDICAM QUE CONTRIBUEM PARA A DINÂMICA TRANSCRICIONAL DE HISTONAS ATRAVÉS DE REMODELADORES DE CROMATINA CONTENDO ACTINA. QUEREMOS ENTENDER ESSE MECANISMO E VERIFICAR SE PREFOLDINS ESTÃO MEDIANDO A COMUNICAÇÃO ENTRE A DINÂMICA CITOPLASMÁTICA E A EXPRESSÃO GÊNICA. EM SUMA, ESTE PROJETO VISA INVESTIGAR TRÊS FENÔMENOS DE HOMEOSTASIA MOLECULARES QUE A VISÃO REDUCIONISTA DO DOGMA CENTRAL NÃO PERMITIU ENTENDER. (Portuguese)
4 August 2022
0 references
DEN REDUKTIONISTISKE TILGANG TIL MOLEKYLÆRBIOLOGI HAR GIVET EN MASSE INFORMATION OM CELLULÆRE MEKANISMER, MEN DENS RESULTAT ER FOR BEGRÆNSET TIL AT FORSTÅ, HVORDAN EN CELLE SOM HELHED FUNGERER. EN INTEGRATIV VISION ER NØDVENDIG, DER OPDAGER DE HØJERE NIVEAUER AF FORHOLDET MELLEM MOLEKYLER, VEJE OG CELLESTRUKTURER. DEN OMISKE VIDENSKAB OG SYSTEMBIOLOGI GIVER DE VÆRKTØJER OG DEN GLOBALE VISION, DER ER NØDVENDIGE FOR AT FANGE CELLENS NYE EGENSKABER. UD FRA DETTE PERSPEKTIV ØNSKER VI AT BIDRAGE TIL EN FORNYET UNDERSØGELSE AF DET GENISKE UDTRYK, FORSTÅELSE VED EN SÅDAN PROCES, DER GØR GENETISK INFORMATION TIL AKTIVE FÆNOTYPISKE ELEMENTER (PROTEINER). _x000D_ i CLASSIC Paradigma, DINAMIC EQUILIBRIUM af celula ELEMENTS (hjemostasi) TANKSER TIL BALANCE ENTRE SINTESIS OG DEGRADATION, med CONTROL MECHANISMER AF DENNE PROCEDURES. IFØLGE DENNE VISION ER DET SÅKALDTE CENTRALE DOGME EN LINEÆR VEJ, HVOR MRNA BLOT SPILLER EN ROLLE SOM MELLEMLED. I DE SIDSTE PAR ÅR HAR VORES TEAM BIDRAGET TIL AT PÅVISE, AT DER ER EN GENEREL KONTROL AF MRNA CELLEKONCENTRATION (MRNA HOMEOSTASIA) I SACCHAROMYCES CEREVISIAE, SOM ER RESULTATET AF KRYDSKOMMUNIKATION MELLEM TRANSKRIBERING OG NEDBRYDNING MASKINERI (MRNA-CROSSTALK). DETTE INDEBÆRER BÅDE DET AFTRYK, SOM MRNA'ER FÅR I DERES SYNTESE, OG FEEDBACKEN PÅ TRANSSKRIPTIONSMASKINERIET FRA MRNA'S EGNE NEDBRYDNINGSFAKTORER. UNDER DET IGANGVÆRENDE PROJEKT HAR VI IDENTIFICERET STADIET FOR FORLÆNGELSE AF TRANSSKRIPTIONSFORLÆNGELSEN OG MERE SPECIFIKT MARTSFÆNOMENERNE BAG RNA-POLYMERASE II (RNAPII-TILBAGESPORNING) SOM ET CENTRALT ELEMENT I MRNA-CROSSTALK. VI HAR OGSÅ VIST, AT MRNA TRANSKRIPTION OG NEDBRYDNINGSHASTIGHEDER ÆNDRER SIG PARALLELT MED CELLEPROLIFERATIONSHASTIGHEDEN OG OPRETHOLDER KONSTANT MRNA-KONCENTRATION FOR STØRSTEDELEN AF GENER. SOM FØLGE HERAF ER DET ERSTATNINGEN AF MRNA (MRNA-OMSÆTNING), DER VARIERER MED SPREDNINGEN FOR AT SIKRE DETS HOMEOSTASY. _x000D_ i det nuværende projekt, vi ønsker at udvikle i viden om MRNA-crosstalk, identificere de mekanismer, der forbinder MRNA-TURNOVER til CELL PROLIFERATION skat, matematisk MODELING DENNE ACOPLAMITING OG KOMPROBATING WHICH du har til at understrege i HUMAN CELLS. VI ØNSKER OGSÅ AT UNDERSØGE MULIGHEDEN FOR KRYDSKOMMUNIKATION MELLEM OVERSÆTTELSEN AF MRNA'ER TIL PROTEINER OG NEDBRYDNINGEN AF PROTEINER (PROTEIN-CROSSTALK). VORES FORELØBIGE DATA TYDER PÅ DETTE, OG HVIS DET BEVISES, ØNSKER VI AT FORSTÅ DE MEKANISMER, DER UNDERSTØTTER DET, OG UNDERSØGE, OM DER OGSÅ ER EN FORBINDELSE MELLEM PROTEINERSTATNING (PROTEINOMSÆTNING) OG CELLEPROLIFERATION. ENDELIG ØNSKER VI AT FORKLARE DELTAGELSEN I PROCESSEN MED TRANSSKRIPTIONSMÆSSIG FORLÆNGELSE AF PREFOLDINS, NOGLE CO-CHAPERONAS, DER ARBEJDER MED FOLDNING AF AKTINER OG TUBULINER UNDER SAMLINGEN AF CYTOSKELET. RESULTATERNE AF DET IGANGVÆRENDE PROJEKT VISER, AT DE BIDRAGER TIL TRANSSKRIPTIONELLE DYNAMIKKER I HISTONER GENNEM CHROMATIN REMODELERS INDEHOLDENDE ACTIN. VI ØNSKER AT FORSTÅ DENNE MEKANISME OG KONTROLLERE, OM PREFOLDINS FORMIDLER KOMMUNIKATIONEN MELLEM CYTOPLASMISK DYNAMIK OG GENEKSPRESSION. KORT SAGT, DETTE PROJEKT HAR TIL FORMÅL AT UNDERSØGE TRE FÆNOMENER AF MOLEKYLÆR HOMEOSTASIA AT DEN REDUKTIONISTISKE VISION AF DET CENTRALE DOGME IKKE HAR LOV TIL AT FORSTÅ. (Danish)
4 August 2022
0 references
ABORDAREA REDUCȚIONISTĂ A BIOLOGIEI MOLECULARE A OFERIT O MULȚIME DE INFORMAȚII DESPRE MECANISMELE CELULARE, DAR REZULTATUL SĂU ESTE PREA LIMITAT PENTRU A ÎNȚELEGE CUM FUNCȚIONEAZĂ O CELULĂ ÎN ANSAMBLU. ESTE NECESARĂ O VIZIUNE INTEGRATIVĂ CARE SĂ DESCOPERE NIVELURILE SUPERIOARE ALE RELAȚIEI DINTRE MOLECULE, CĂI ȘI STRUCTURI CELULARE. ȘTIINȚA OMICĂ ȘI BIOLOGIA SISTEMELOR OFERĂ INSTRUMENTELE ȘI VIZIUNEA GLOBALĂ NECESARE PENTRU A CAPTA PROPRIETĂȚILE EMERGENTE ALE CELULEI. DIN ACEASTĂ PERSPECTIVĂ, DORIM SĂ CONTRIBUIM LA REEXAMINAREA EXPRESIEI GENICE, ÎNȚELEGÂND PRINTR-UN ASTFEL DE PROCES CARE TRANSFORMĂ INFORMAȚIA GENETICĂ ÎN ELEMENTE FENOTIPICE ACTIVE (PROTEINE). _x000D_ în Paradigma CLASICă, EQUILIBRIUL DINAMIC al Celulei ELEMENTE (homeostasia) THANKS TO THE BALANCE ENTRE SINTESIS ȘI DEGRADATION, cu MECHANISME CONTROL ale acestor produse. POTRIVIT ACESTEI VIZIUNI, AȘA-NUMITA DOGMĂ CENTRALĂ ESTE O CALE LINIARĂ ÎN CARE ARNM JOACĂ UN ROL DE SIMPLU INTERMEDIAR. ÎN ULTIMII ANI, ECHIPA NOASTRĂ A CONTRIBUIT LA DEMONSTRAREA FAPTULUI CĂ EXISTĂ UN CONTROL GENERAL AL CONCENTRAȚIEI CELULARE DE ARNM (MARNA HOMEOSTASIA) ÎN SACCHAROMYCES CEREVISIAE, CARE ESTE REZULTATUL COMUNICĂRII ÎNCRUCIȘATE ÎNTRE MAȘINILE DE TRANSCRIERE ȘI DEGRADARE (MARNA-CROSSTALK). ACEST LUCRU IMPLICĂ ATÂT AMPRENTA PE CARE MRNA-URILE O PRIMESC ÎN SINTEZA LOR, CÂT ȘI FEEDBACK-UL CU PRIVIRE LA MAȘINA DE TRANSCRIERE EXERCITATĂ DE PROPRII FACTORI DE DEGRADARE AI ARNM. ÎN CADRUL PROIECTULUI ÎN CURS DE DESFĂȘURARE AM IDENTIFICAT ETAPA DE ALUNGIRE A TRANSCRIPȚIEI ȘI, MAI PRECIS, FENOMENUL DIN MARTIE DIN SPATELE ARN POLIMERAZEI II (RNAPII BACKTRACKING), CA ELEMENT CHEIE AL MRNA-CROSSTALK. AM ARĂTAT, DE ASEMENEA, CĂ TRANSCRIPȚIA ȘI RATELE DE DEGRADARE ALE ARNM SE MODIFICĂ ÎN PARALEL CU VITEZA DE PROLIFERARE CELULARĂ, MENȚINÂND CONCENTRAȚIA CONSTANTĂ A ARNM PENTRU MAJORITATEA GENELOR. PRIN URMARE, ÎNLOCUIREA ARNM (CIFRA DE AFACERI A ARNM) VARIAZĂ ÎN FUNCȚIE DE PROLIFERARE, PENTRU A GARANTA HOMEOSTASY. _x000D_ în prezentul proiect ne dorim să dezvoltăm în cunoașterea MRNA-crosstalk, să identificăm mecanismele care leagă MRNA-TURNOVER de taxa de PROLIFERARE CELL, MODELING THIS ACOPLAMITING ȘI COMPROBATARE CARE TREBUIE SĂ PLAȚI ÎN CELURI UMANe. DE ASEMENEA, DORIM SĂ EXPLORĂM POSIBILA EXISTENȚĂ A UNEI COMUNICĂRI ÎNCRUCIȘATE ÎNTRE TRADUCEREA MRNA ÎN PROTEINE ȘI DEGRADAREA PROTEINELOR (PROTEIN-CROSSTALK). DATELE NOASTRE PRELIMINARE SUGEREAZĂ ACEST LUCRU ȘI, DACĂ ESTE DOVEDIT, DORIM SĂ ÎNȚELEGEM MECANISMELE CARE O SUSȚIN ȘI SĂ ANALIZĂM DACĂ EXISTĂ, DE ASEMENEA, O LEGĂTURĂ ÎNTRE ÎNLOCUIREA PROTEINELOR (CIFRA DE AFACERI PROTEICĂ) ȘI PROLIFERAREA CELULARĂ. ÎN CELE DIN URMĂ, DORIM SĂ EXPLICĂM PARTICIPAREA LA PROCESUL DE ALUNGIRE TRANSCRIPȚIONALĂ A PREFOLDINS, UNELE CO-CHAPERONAS CARE LUCREAZĂ ÎN PLIEREA ACTINELOR ȘI TUBULINELOR ÎN TIMPUL ADUNĂRII CITOSCHELETONULUI. REZULTATELE PROIECTULUI ÎN CURS DE DESFĂȘURARE INDICĂ FAPTUL CĂ ACESTEA CONTRIBUIE LA DINAMICA TRANSCRIPȚIONALĂ A HISTONELOR PRIN REMODELATOARE DE CROMATINĂ CARE CONȚIN ACTINĂ. DORIM SĂ ÎNȚELEGEM ACEST MECANISM ȘI SĂ VERIFICĂM DACĂ PREFOLDINS MEDIAZĂ COMUNICAREA DINTRE DINAMICA CITOPLASMICĂ ȘI EXPRIMAREA GENELOR. PE SCURT, ACEST PROIECT ÎȘI PROPUNE SĂ INVESTIGHEZE TREI FENOMENE DE HOMEOSTASIA MOLECULARĂ PE CARE VIZIUNEA REDUCȚIONISTĂ A DOGMEI CENTRALE NU A PERMIS SĂ O ÎNȚELEAGĂ. (Romanian)
4 August 2022
0 references
DEN REDUKTIONISTISKA INSTÄLLNINGEN TILL MOLEKYLÄRBIOLOGI HAR GETT MYCKET INFORMATION OM CELLULÄRA MEKANISMER, MEN DESS RESULTAT ÄR FÖR BEGRÄNSAT FÖR ATT FÖRSTÅ HUR EN CELL SOM HELHET FUNGERAR. EN INTEGRATIV VISION KRÄVS SOM UPPTÄCKER DE HÖGRE NIVÅERNA AV SAMBAND MELLAN MOLEKYLER, VÄGAR OCH CELLSTRUKTURER. OMIC SCIENCES OCH SYSTEMBIOLOGI GER DE VERKTYG OCH DEN GLOBALA VISION SOM BEHÖVS FÖR ATT FÅNGA UPP DE FRAMVÄXANDE EGENSKAPERNA HOS CELLEN. UR DET PERSPEKTIVET VILL VI BIDRA TILL EN NY UNDERSÖKNING AV DET GENISKA UTTRYCKET, FÖRSTÅELSE GENOM EN SÅDAN PROCESS SOM OMVANDLAR GENETISK INFORMATION TILL AKTIVA FENOTYPISKA ELEMENT (PROTEINER). _x000D_ i KLASSIC Paradigma, DINAMIC EQUILIBRIUM of celula ELEMENTS (homeostasien) TACK TILL BALANCE ENTRE SINTESIS OCH DEGRADATION, MED KONTROLL MECHANISMS OF DENNA PROCEDURES. ENLIGT DENNA VISION ÄR DEN SÅ KALLADE CENTRALA DOGMEN EN LINJÄR VÄG DÄR MRNA ENDAST SPELAR EN ROLL SOM MELLANHAND. UNDER DE SENASTE ÅREN HAR VÅRT TEAM VISAT ATT DET FINNS EN GENERELL KONTROLL AV MRNA-CELLKONCENTRATIONEN (MRNA HOMEOSTASIA) I SACCHAROMYCES CEREVISIAE SOM ÄR RESULTATET AV KORSKOMMUNIKATION MELLAN TRANSKRIBERINGS- OCH NEDBRYTNINGSMASKINER (MRNA-CROSSTALK). DETTA INNEBÄR BÅDE DET AVTRYCK SOM MRNA FÅR I SIN SYNTES OCH ÅTERKOPPLINGEN PÅ TRANSKRIPTIONSMASKINERIET SOM UTÖVAS AV MRNA:S EGNA NEDBRYTNINGSFAKTORER. UNDER DET PÅGÅENDE PROJEKTET HAR VI IDENTIFIERAT TRANSKRIPTIONSFÖRLÄNGNINGENS STADIUM, NÄRMARE BESTÄMT MARSFENOMENET BAKOM RNA-POLYMERAS II (RNAPII BACKTRACKING), SOM ETT NYCKELELEMENT I MRNA-CROSSTALK. VI HAR OCKSÅ VISAT ATT MRNA-TRANSKRIPTION OCH NEDBRYTNINGSHASTIGHETER FÖRÄNDRAS PARALLELLT MED CELLPROLIFERATIONSHASTIGHETEN OCH BIBEHÅLLER KONSTANT MRNA-KONCENTRATION FÖR EN MAJORITET AV GENERNA. SOM ETT RESULTAT ÄR DET ERSÄTTNINGEN AV MRNA (MRNA-OMSÄTTNING) SOM VARIERAR MED SPRIDNINGEN FÖR ATT GARANTERA DESS HOMEOSTASY. _x000D_ i det aktuella projektet vill vi utveckla i kunskap om MRNA-crosstalk, identifiera de mekanismer som kopplar MRNA-TURNOVER till CELL PROLIFERATIONsskatten, matematiskt MODELING DENNA ACOPLAMITING OCH COMPROBATING WHICH DU HAVE TO PLACE I HUMAN CELLS. VI VILL OCKSÅ UTFORSKA DEN MÖJLIGA FÖREKOMSTEN AV KORSKOMMUNIKATION MELLAN ÖVERSÄTTNINGEN AV MRNA TILL PROTEINER OCH NEDBRYTNINGEN AV PROTEINER (PROTEIN-CROSSTALK). VÅRA PRELIMINÄRA UPPGIFTER TYDER PÅ DETTA OCH, OM DET BEVISAS, VILL VI FÖRSTÅ DE MEKANISMER SOM STÖDER DET OCH UNDERSÖKA OM DET OCKSÅ FINNS EN KOPPLING MELLAN PROTEINERSÄTTNING (PROTEINOMSÄTTNING) OCH CELLSPRIDNING. SLUTLIGEN VILL VI FÖRKLARA DELTAGANDET I PROCESSEN FÖR TRANSKRIPTIONSFÖRLÄNGNING AV PREFOLDINS, NÅGRA MEDCHAPERONAS SOM ARBETAR MED VIKNING AV AKTINER OCH TUBULINER UNDER MONTERINGEN AV CYTOSKELETON. RESULTATEN AV DET PÅGÅENDE PROJEKTET TYDER PÅ ATT DE BIDRAR TILL TRANSKRIPTIONSDYNAMIKEN HOS HISTONER GENOM KROMATINREMODELERS INNEHÅLLANDE ACTIN. VI VILL FÖRSTÅ DENNA MEKANISM OCH KONTROLLERA OM PREFOLDINS FÖRMEDLAR KOMMUNIKATIONEN MELLAN CYTOPLASMISK DYNAMIK OCH GENUTTRYCK. KORT SAGT, DETTA PROJEKT SYFTAR TILL ATT UNDERSÖKA TRE FENOMEN AV MOLEKYLÄR HOMEOSTASIA SOM DEN REDUKTIONISTISKA VISIONEN AV DEN CENTRALA DOGMEN INTE HAR TILLÅTIT ATT FÖRSTÅ. (Swedish)
4 August 2022
0 references
Jaén
0 references
20 December 2023
0 references
Identifiers
BFU2016-77728-C3-2-P
0 references