Application of Influenza A virus mass sequencing for virological characterisation in hospital and sentinel influenza surveillance cases (Q3192435)
Jump to navigation
Jump to search
Project Q3192435 in Spain
| Language | Label | Description | Also known as |
|---|---|---|---|
| English | Application of Influenza A virus mass sequencing for virological characterisation in hospital and sentinel influenza surveillance cases |
Project Q3192435 in Spain |
Statements
44,104.5 Euro
0 references
81,000.0 Euro
0 references
54.45 percent
0 references
1 January 2014
0 references
31 March 2017
0 references
HOSPITAL CLINICO UNIVERSITARIO DE VALLADOLID
0 references
El objetivo de este proyecto es la búsqueda de características genéticas del virus de la Gripe A que puedan encontrarse en las cepas gripales asociadas a casos graves de forma constante o con alta frecuencia. Para ello se utilizará la tecnología NGS (New Generation Sequencing) de secuenciación profunda. Por tanto se buscarán mutaciones asociadas a la gravedad, a la evolución clínica, a la excreción persistente del virus (en ausencia de mutaciones relacionadas con las resistencias a drogas), mutaciones asociadas o no con la inmunodepresión, y otras mutaciones que puedan generar distintas variantes del virus durante las dos temporadas epidémicas de estudio. Se utilizará un diseño prospectivo de “casos y controles”, con un subestudio de “casos únicamente” anidado en el primero. Para la secuenciación de las cepas de gripe se utilizará tecnología NGS (New Generation Sequencing). En concreto, se utilizará la plataforma Ion Torrent PGM (Life Technologies) mediante la cual se obtendrán las secuencias del material genético del virus de la gripe, que posteriormente serán analizadas en búsqueda de mutaciones relacionadas con el “outcome” final de pacientes graves, periodos prolongados de excreción del virus y variabilidad durante dos periodos de circulación epidémica distintos. (Spanish)
0 references
The objective of this project is the search for genetic characteristics of the influenza A virus that can be found in influenza strains associated with serious cases constantly or with high frequency. This will be done using the NGS (New Generation Sequencing) deep sequencing technology. Therefore, mutations associated with severity, clinical evolution, persistent excretion of the virus (in the absence of mutations related to drug resistance), mutations associated or not with immunosuppression, and other mutations that may generate different variants of the virus during the two epidemic seasons of study will be sought. A prospective “cases and controls” design shall be used, with a sub-study of “cases only” nested in the first one. NGS (New Generation Sequencing) technology shall be used for sequencing of influenza strains. In particular, the Ion Torrent PGM (Life Technologies) platform will be used to obtain the sequences of the influenza virus genetic material, which will then be analysed in search of mutations related to the final outcome of severe patients, prolonged periods of virus excretion and variability during two different epidemic circulation periods. (English)
13 October 2021
0.3432019387021646
0 references
L’objectif de ce projet est de rechercher les caractéristiques génétiques du virus de l’influenza A qui peuvent être trouvées dans des souches grippales associées à des cas graves en permanence ou à fréquence élevée. Cela se fera à l’aide de la technologie de séquençage en profondeur NGS (New Generation Sequencing). Par conséquent, on cherchera des mutations associées à la sévérité, à l’évolution clinique, à l’excrétion persistante du virus (en l’absence de mutations liées à la résistance aux médicaments), aux mutations associées ou non à l’immunosuppression et à d’autres mutations susceptibles de générer différentes variantes du virus au cours des deux saisons épidémiques de l’étude. Une conception prospective des «cas et contrôles» doit être utilisée, avec une sous-étude des «cas seulement» imbriquées dans la première. La technologie NGS (New Generation Sequencing) doit être utilisée pour le séquençage des souches grippales. En particulier, la plateforme Ion Torrent PGM (Life Technologies) sera utilisée pour obtenir les séquences du matériel génétique du virus de la grippe, qui sera ensuite analysée à la recherche de mutations liées au résultat final des patients sévères, de périodes prolongées d’excrétion virale et de variabilité au cours de deux périodes différentes de circulation épidémique. (French)
4 December 2021
0 references
Ziel dieses Projekts ist die Suche nach genetischen Merkmalen des Influenza-A-Virus, die in Influenzastämmen gefunden werden können, die mit schweren Fällen ständig oder mit hoher Häufigkeit verbunden sind. Dies geschieht mit der NGS (New Generation Sequencing) Deep Sequencing-Technologie. Daher werden Mutationen im Zusammenhang mit Schweregrad, klinischer Entwicklung, anhaltender Ausscheidung des Virus (in Ermangelung von Mutationen im Zusammenhang mit der Arzneimittelresistenz), Mutationen, die mit Immunsuppression assoziiert sind oder nicht, und andere Mutationen, die während der beiden Epidemiezeiten unterschiedliche Varianten des Virus erzeugen können, angestrebt. Es ist ein prospektives „Cases and Control“-Design zu verwenden, wobei eine Unterstudie „nur Fälle“ in der ersten verschachtelt ist. Die NGS-Technologie (New Generation Sequencing) ist für die Sequenzierung von Influenzastämmen zu verwenden. Insbesondere wird die Plattform Ion Torrent PGM (Life Technologies) genutzt, um die Sequenzen des genetischen Materials des Grippevirus zu erhalten, das dann auf der Suche nach Mutationen im Zusammenhang mit dem Endergebnis schwerer Patienten, verlängerten Phasen der Virusausscheidung und Variabilität während zweier unterschiedlicher Epidemiezirkulationsphasen analysiert wird. (German)
9 December 2021
0 references
Het doel van dit project is het zoeken naar genetische kenmerken van het influenza A-virus dat kan worden gevonden in influenzastammen die worden geassocieerd met ernstige gevallen voortdurend of met hoge frequentie. Dit zal gebeuren met behulp van de NGS (New Generation Sequencing) deep sequencing technologie. Daarom zullen mutaties in verband met ernst, klinische evolutie, aanhoudende uitscheiding van het virus (bij afwezigheid van mutaties in verband met resistentie tegen geneesmiddelen), mutaties die al dan niet geassocieerd zijn met immunosuppressie en andere mutaties die verschillende varianten van het virus kunnen genereren tijdens de twee epidemische onderzoeksseizoenen worden gezocht. Er moet een prospectief ontwerp voor „cases and controls” worden gebruikt, met een substudie van „alleen gevallen” die in de eerste is genesteld. NGS-technologie (New Generation Sequencing) wordt gebruikt voor het rangschikken van influenzastammen. Met name zal het Ion Torrent PGM-platform (Life Technologies) worden gebruikt om de sequenties van het genetische materiaal van het influenzavirus te verkrijgen, dat vervolgens zal worden geanalyseerd op basis van mutaties die verband houden met het eindresultaat van ernstige patiënten, langdurige periodes van virusexcretie en variabiliteit tijdens twee verschillende epidemische circulatieperiodes. (Dutch)
17 December 2021
0 references
L'obiettivo di questo progetto è la ricerca delle caratteristiche genetiche del virus dell'influenza A che si possono trovare in ceppi influenzali associati a casi gravi costantemente o ad alta frequenza. Questo sarà fatto utilizzando la tecnologia di sequenziamento profondo NGS (New Generation Sequencing). Pertanto, saranno ricercate mutazioni associate a gravità, evoluzione clinica, escrezione persistente del virus (in assenza di mutazioni correlate alla resistenza ai farmaci), mutazioni associate o meno all'immunosoppressione e altre mutazioni che possono generare diverse varianti del virus durante le due stagioni di studio epidemiche. Deve essere utilizzato un progetto prospettico di "casi e comandi", con un sottostudio di "solo casi" nidificato nel primo. La tecnologia NGS (New Generation Sequencing) deve essere utilizzata per il sequenziamento dei ceppi influenzali. In particolare, la piattaforma Ion Torrent PGM (Life Technologies) sarà utilizzata per ottenere le sequenze del materiale genetico del virus influenzale, che sarà poi analizzata alla ricerca di mutazioni relative all'esito finale di pazienti gravi, periodi prolungati di escrezione virale e variabilità durante due diversi periodi di circolazione epidemica. (Italian)
16 January 2022
0 references
Στόχος αυτού του σχεδίου είναι η αναζήτηση γενετικών χαρακτηριστικών του ιού της γρίπης Α που μπορούν να βρεθούν σε στελέχη της γρίπης που συνδέονται με σοβαρά κρούσματα συνεχώς ή με υψηλή συχνότητα. Αυτό θα γίνει με τη χρήση της τεχνολογίας βαθιάς αλληλουχίας NGS (New Generation Sequencing). Ως εκ τούτου, θα επιδιωχθούν μεταλλάξεις που σχετίζονται με τη σοβαρότητα, την κλινική εξέλιξη, την επίμονη απέκκριση του ιού (ελλείψει μεταλλάξεων που σχετίζονται με την αντοχή στα φάρμακα), μεταλλάξεις που σχετίζονται ή όχι με ανοσοκαταστολή και άλλες μεταλλάξεις που μπορεί να προκαλέσουν διαφορετικές παραλλαγές του ιού κατά τις δύο επιδημικές περιόδους της μελέτης. Πρέπει να χρησιμοποιείται ένας μελλοντικός σχεδιασμός «περιπτώσεων και χειριστηρίων», με την προσθήκη στο πρώτο ένθετο μιας υπομελέτης «μόνο για περιπτώσεις». Για τον προσδιορισμό της αλληλουχίας των στελεχών της γρίπης χρησιμοποιείται τεχνολογία NGS (Sequencing νέας γενιάς). Ειδικότερα, η πλατφόρμα Ion Torrent PGM (Life Technologies) θα χρησιμοποιηθεί για την απόκτηση των αλληλουχιών του γενετικού υλικού του ιού της γρίπης, οι οποίες στη συνέχεια θα αναλυθούν σε αναζήτηση μεταλλάξεων που σχετίζονται με την τελική έκβαση σοβαρών ασθενών, παρατεταμένων περιόδων απέκκρισης του ιού και μεταβλητότητας κατά τη διάρκεια δύο διαφορετικών περιόδων κυκλοφορίας επιδημιών. (Greek)
18 August 2022
0 references
Formålet med dette projekt er at søge efter genetiske karakteristika ved influenza A-virus, der kan findes i influenzastammer, der er forbundet med alvorlige tilfælde konstant eller med høj hyppighed. Dette vil ske ved hjælp af NGS (New Generation Sequencing) dyb sekventering teknologi. Derfor vil der blive søgt mutationer forbundet med sværhedsgrad, klinisk evolution, vedvarende udskillelse af virus (i mangel af mutationer relateret til lægemiddelresistens), mutationer, der er forbundet med eller ej med immunsuppression, og andre mutationer, der kan generere forskellige varianter af viruset i løbet af de to epidemiske forsøgssæsoner. Der anvendes en prospektiv udformning af "cases and controls", hvor en delundersøgelse af "kun tilfælde" er indlejret i den første. NGS-teknologi (New Generation Sequencing) skal anvendes til sekventering af influenzastammer. Navnlig vil platformen Ion Torrent PGM (Life Technologies) blive anvendt til at opnå sekvenserne af det genetiske influenzavirusmateriale, som derefter vil blive analyseret i søgen efter mutationer relateret til det endelige resultat af alvorlige patienter, langvarige perioder med virusudskillelse og variabilitet i to forskellige epidemiske cirkulationsperioder. (Danish)
18 August 2022
0 references
Hankkeen tavoitteena on etsiä A-influenssaviruksen geneettisiä ominaisuuksia, joita esiintyy influenssakannoissa, jotka liittyvät vakaviin tapauksiin jatkuvasti tai usein. Tämä tehdään käyttämällä NGS (New Generation Sequencing) syvä sekvensointi tekniikka. Siksi etsitään mutaatioita, jotka liittyvät vakavuuteen, kliiniseen evoluutioon, viruksen jatkuvaan erittymiseen (ilman lääkeresistenssiin liittyviä mutaatioita), mutaatioihin, jotka liittyvät tai eivät liity immunosuppressioon, ja muihin mutaatioihin, jotka voivat aiheuttaa viruksen eri muunnelmia tutkimuksen kahden epidemiakauden aikana. On käytettävä mahdollista ”tapausten ja hallintalaitteiden” mallia, ja ensimmäisessä on oltava ”vain tapauksia” koskeva osatutkimus. NGS-tekniikkaa (New Generation Sequencing) on käytettävä influenssakantojen sekvensointiin. Erityisesti Ion Torrent PGM (Life Technologies) -alustaa käytetään influenssaviruksen geneettisen materiaalin sekvenssien hankkimiseen. Sen jälkeen analysoidaan vaikeiden potilaiden lopputulokseen liittyviä mutaatioita, pitkittyneitä viruksen erittymisjaksoja ja vaihtelevuutta kahden eri epidemian aikana. (Finnish)
18 August 2022
0 references
L-objettiv ta’ dan il-proġett huwa t-tfittxija għal karatteristiċi ġenetiċi tal-virus tal-influwenza A li jistgħu jinstabu f’razez ta’ influwenza assoċjati ma’ każijiet serji b’mod kostanti jew bi frekwenza għolja. Dan se jsir bl-użu tat-teknoloġija ta’ sekwenzar profond tal-NGS (New Generation Sequencing). Għalhekk, jiġu mfittxija mutazzjonijiet assoċjati mas-severità, l-evoluzzjoni klinika, it-tneħħija persistenti tal-virus (fin-nuqqas ta’ mutazzjonijiet relatati mar-reżistenza għall-mediċina), mutazzjonijiet assoċjati jew le ma’ immunosoppressjoni, u mutazzjonijiet oħra li jistgħu jiġġeneraw varjanti differenti tal-virus matul iż-żewġ staġuni epidemiċi tal-istudju. Għandu jintuża disinn prospettiv ta’ “każijiet u kontrolli”, b’sottostudju ta’ “każijiet biss” fl-ewwel wieħed. It-teknoloġija NGS (New Generation Sequencing) għandha tintuża għas-sekwenzjar tar-razez tal-influwenza. B’mod partikolari, il-pjattaforma Ion Torrent PGM (Life Technologies) se tintuża biex jinkisbu s-sekwenzi tal-materjal ġenetiku tal-virus tal-influwenza, li mbagħad jiġu analizzati fit-tfittxija ta’ mutazzjonijiet relatati mar-riżultat finali ta’ pazjenti severi, perjodi twal ta’ eskrezzjoni tal-virus u varjabilità matul żewġ perjodi differenti ta’ ċirkolazzjoni epidemika. (Maltese)
18 August 2022
0 references
Šā projekta mērķis ir meklēt A gripas vīrusa ģenētiskās īpašības, kas pastāvīgi vai bieži sastopamas gripas celmos, kas saistīti ar nopietniem saslimšanas gadījumiem. Tas tiks darīts, izmantojot NGS (jaunās paaudzes sekvencēšana) dziļas sekvencēšanas tehnoloģiju. Tādēļ tiks meklētas mutācijas, kas saistītas ar smaguma pakāpi, klīnisko attīstību, vīrusa ilgstošu izdalīšanos (ja nav mutāciju, kas saistītas ar rezistenci pret zālēm), mutācijas, kas saistītas vai nav saistītas ar imūnsupresiju, un citas mutācijas, kas var radīt dažādus vīrusa variantus divu epidēmisko pētījumu sezonu laikā. Izmanto perspektīvo “gadījumu un vadības ierīču” projektu, pirmajā vietā ligzdot apakšpētījumu “tikai gadījumi”. Gripas celmu sekvencēšanai izmanto NGS (jaunās paaudzes sekvencēšanas) tehnoloģiju. Jo īpaši Ion Torrent PGM (Life Technologies) platforma tiks izmantota, lai iegūtu gripas vīrusa ģenētiskā materiāla sekvences, ko pēc tam analizēs, meklējot mutācijas, kas saistītas ar smagu pacientu galīgo iznākumu, ilgstošu vīrusa ekskrēcijas periodu un mainīgumu divos dažādos epidēmiskās cirkulācijas periodos. (Latvian)
18 August 2022
0 references
Cieľom tohto projektu je hľadanie genetických charakteristík vírusu chrípky A, ktoré možno nájsť v kmeňoch chrípky, ktoré sú spojené s vážnymi prípadmi neustále alebo s vysokou frekvenciou. To sa uskutoční pomocou technológie hlbokého sekvenovania NGS (New Generation Sequencing). Preto sa budú hľadať mutácie spojené so závažnosťou, klinickým vývojom, pretrvávajúcou exkréciou vírusu (pri absencii mutácií súvisiacich s rezistenciou voči liekom), mutáciami spojenými alebo nesúvisiacimi s imunosupresiou a inými mutáciami, ktoré môžu vytvárať rôzne varianty vírusu počas dvoch období štúdie epidémie. Použije sa výhľadová koncepcia „prípadov a ovládacích prvkov“, pričom čiastková štúdia „len prípadov“ sa vnorí do prvej štúdie. Na sekvenovanie chrípkových kmeňov sa používa technológia NGS (Sekvenovanie novej generácie). Platforma Ion Torrent PGM (Life Technologies) sa použije najmä na získanie sekvencií genetického materiálu vírusu chrípky, ktorý sa potom bude analyzovať pri hľadaní mutácií súvisiacich s konečným výsledkom závažných pacientov, predĺženými obdobiami vylučovania vírusu a variabilitou počas dvoch rôznych období obehu epidémie. (Slovak)
18 August 2022
0 references
Is é cuspóir an tionscadail seo ná cuardach a dhéanamh ar shaintréithe géiniteacha víreas an fhliú A is féidir a fháil i dtréithchineálacha fliú a bhaineann le cásanna tromchúiseacha i gcónaí nó le minicíocht ard. Déanfar é sin trí úsáid a bhaint as teicneolaíocht seicheamhaithe dhomhain an NGS (Seicheamhú Nua Glúin). Dá bhrí sin, lorgófar sócháin a bhaineann le déine, éabhlóid chliniciúil, eisfhearadh leanúnach an víris (in éagmais sóchán a bhaineann le frithsheasmhacht in aghaidh drugaí), sócháin a bhaineann le cosc imdhíonachta nó nach mbaineann leis, agus sócháin eile a d’fhéadfadh malairtí éagsúla den víreas a ghiniúint le linn an dá shéasúr staidéir eipidéime. Úsáidfear dearadh ionchasach “cásanna agus rialuithe”, le fo-staidéar de “cásanna amháin” neadaithe sa chéad cheann. Úsáidfear teicneolaíocht NGS (Seicheamhú Nua Giniúna) chun tréithchineálacha fliú a sheicheamhú. Go háirithe, bainfear úsáid as ardán PGM ian Torrent (Teicneolaíochtaí Saoil) chun seichimh ábhar géiniteach víreas an fhliú a fháil, a ndéanfar anailís air ansin sa tóir ar shócháin a bhaineann le toradh deiridh othar tromchúiseach, tréimhsí fada eisfhearadh víreas agus athraitheacht le linn dhá thréimhse imshruthaithe eipidéime éagsúla. (Irish)
18 August 2022
0 references
Cílem tohoto projektu je hledání genetických vlastností viru chřipky A, které lze nalézt v kmenech chřipky spojených s vážnými případy neustále nebo s vysokou četností. To bude provedeno pomocí technologie hlubokého sekvenování NGS (New Generation Sequencing). Proto budou požadovány mutace spojené se závažností, klinickou evolucí, perzistentním vylučováním viru (v nepřítomnosti mutací souvisejících s rezistencí vůči léčivu), mutacemi spojenými s imunosupresí či nikoli a dalšími mutacemi, které mohou během dvou období studie vytvářet různé varianty viru. Použije se výhledový návrh „případů a kontrol“ s podstudií „pouze pouzdra“ vnořenou v první studii. Pro sekvenování chřipkových kmenů se použije technologie NGS (New Generation Sequencing). Zejména platforma Ion Torrent PGM (Life Technologies) bude použita k získání sekvencí genetického materiálu viru chřipkového viru, který bude následně analyzován při hledání mutací souvisejících s konečným výsledkem těžkých pacientů, prodlouženými obdobími vylučování viru a variabilitou během dvou různých období šíření epidemie. (Czech)
18 August 2022
0 references
O objetivo deste projeto é a busca de características genéticas do vírus influenza A que podem ser encontradas em cepas de influenza associadas a casos graves constantemente ou com alta frequência. Isto será feito utilizando a tecnologia de sequenciação profunda NGS (New Generation Sequencing). Portanto, serão procuradas mutações associadas à gravidade, evolução clínica, excreção persistente do vírus (na ausência de mutações relacionadas à resistência a medicamentos), mutações associadas ou não à imunossupressão e outras mutações que possam gerar diferentes variantes do vírus durante as duas estações epidémicas de estudo. Deve ser utilizada uma conceção prospetiva de «casos e controlos», com um subestudo de «apenas casos» aninhado no primeiro. A tecnologia NGS (New Generation Sequencing) deve ser utilizada para a sequenciação de estirpes de gripe. Em particular, a plataforma Ion Torrent PGM (Life Technologies) será utilizada para obter as sequências do material genético do vírus da gripe, que serão depois analisadas em busca de mutações relacionadas com o resultado final de doentes graves, períodos prolongados de excreção do vírus e variabilidade durante dois períodos diferentes de circulação epidémica. (Portuguese)
18 August 2022
0 references
Projekti eesmärk on otsida A-tüüpi gripiviiruse geneetilisi omadusi, mida võib leida gripitüvedest, mida seostatakse pidevalt või sageli tõsiste haigusjuhtudega. Selleks kasutatakse uue põlvkonna järjestuse (NGS) süvajärjestuse tehnoloogiat. Seetõttu otsitakse mutatsioone, mis on seotud raskusastme, kliinilise evolutsiooni, viiruse püsiva eritumisega (ravimiresistentsusega seotud mutatsioonide puudumisel), immunosupressiooniga seotud või mitteseotud mutatsioonidega ning muude mutatsioonidega, mis võivad kahel uuringu epideemiahooajal tekitada viiruse erinevaid variante. Kasutatakse tulevikku suunatud „juhtumite ja juhtseadiste“ konstruktsiooni, kusjuures esimeses pesas on alamuuring „üksnes juhtumitest“. Gripitüvede järjestamiseks kasutatakse uue põlvkonna järjestuse tehnoloogiat. Eelkõige kasutatakse Ion Torrent PGM (Life Technologies) platvormi gripiviiruse geneetilise materjali järjestuste saamiseks, mida seejärel analüüsitakse, et otsida mutatsioone, mis on seotud raskete patsientide lõpptulemusega, viiruse pikaajalise eritumise ja varieeruvusega kahel epideemia ajal. (Estonian)
18 August 2022
0 references
A projekt célja az influenza A vírus olyan genetikai jellemzőinek keresése, amelyek folyamatosan vagy nagy gyakorisággal a súlyos esetekhez társuló influenzatörzsekben találhatók. Ez az NGS (új generációs szekvenálás) mélyszekvenálási technológiával történik. Ezért törekedni kell a vírus súlyosságával, klinikai fejlődésével, tartós kiválasztódásával (gyógyszerrezisztenciával összefüggő mutációk hiányában), immunszuppresszióval vagy anélkül összefüggő mutációkkal és egyéb olyan mutációkkal kapcsolatos mutációkra, amelyek a két járványos vizsgálati időszakban a vírus különböző variánsait idézhetik elő. Előretekintő „esetek és kezelőszervek” kialakítást kell alkalmazni, az elsőben a „csak esetek” alvizsgálatával. Az influenzatörzsek szekvenálására NGS (új generációs szekvenálási) technológiát kell alkalmazni. Különösen az Ion Torrent PGM (Life Technologies) platformot fogják használni az influenzavírus genetikai anyag szekvenciáinak megszerzésére, amelyet ezután elemezni fognak a súlyos betegek végső kimenetelével, a vírusok hosszú ideig tartó kiválasztásával és a variabilitással kapcsolatos mutációk keresésében a járvány két különböző keringési időszakában. (Hungarian)
18 August 2022
0 references
Целта на този проект е търсенето на генетични характеристики на грипен вирус А, които могат да бъдат намерени в грипни щамове, свързани със сериозни случаи постоянно или с висока честота. Това ще бъде направено, като се използва технологията за дълбочинно секвениране на NGS (ново поколение). Следователно ще се търсят мутации, свързани с тежестта, клиничното развитие, персистиращата екскреция на вируса (при липса на мутации, свързани с лекарствената резистентност), мутациите, свързани или не с имуносупресия, и други мутации, които могат да генерират различни варианти на вируса по време на двата епидемични сезона на проучването. Следва да се използва бъдещ проект за „случаи и контроли„, с подпроучване на „само случаи“, вложени в първия. За секвениране на грипните щамове се използва технология за секвениране на NGS (ново поколение). По-специално, платформата Ion Torrent PGM (Life Technologies) ще се използва за получаване на последователностите от генетичен материал на грипния вирус, който след това ще бъде анализиран в търсене на мутации, свързани с крайния резултат от тежки пациенти, продължителни периоди на екскреция на вируса и вариабилност по време на два различни периода на циркулация на вируса. (Bulgarian)
18 August 2022
0 references
Šio projekto tikslas – ieškoti A gripo viruso genetinių savybių, kurias galima rasti gripo štamų, susijusių su sunkiais atvejais, nuolat arba dažnai. Tai bus daroma naudojant NGS (naujos kartos sekos) gilaus sekos nustatymo technologiją. Todėl bus ieškoma mutacijų, susijusių su sunkumu, klinikine raida, nuolatiniu viruso išsiskyrimu (jei nėra su atsparumu vaistams susijusių mutacijų), su imunosupresija susijusių mutacijų ir kitų mutacijų, kurios gali sukelti skirtingus viruso variantus per du tyrimo epidemijos sezonus. Turi būti naudojama perspektyvinė „atvejų ir kontrolės priemonių“ koncepcija, o pirmajame – „tik atvejų“ potyrimas. Gripo padermių sekos nustatymui naudojama NGS (naujos kartos sekos) technologija. Visų pirma, siekiant gauti gripo viruso genetinės medžiagos sekas, bus naudojama Ion Torrent PGM (Life Technologies) platforma, kuri bus analizuojama ieškant mutacijų, susijusių su galutiniais sunkių pacientų rezultatais, užsitęsusiu viruso išsiskyrimo laikotarpiu ir kintamumu per du skirtingus epidemijos apyvartos laikotarpius. (Lithuanian)
18 August 2022
0 references
Cilj ovog projekta je potraga za genetskim karakteristikama virusa influence A koje se mogu naći kod sojeva gripe povezanih s ozbiljnim slučajevima stalno ili s visokom učestalošću. To će se učiniti s pomoću tehnologije za sekvenciranje dubokog sekvenciranja nove generacije. Stoga će se tražiti mutacije povezane s težinom, kliničkom evolucijom, perzistentnim izlučivanjem virusa (u nedostatku mutacija povezanih s otpornošću na lijekove), mutacijama povezanima s imunosupresijom ili bez njega te drugim mutacijama koje mogu uzrokovati različite varijante virusa tijekom dvije sezone ispitivanja epidemije. Upotrebljava se mogući projekt „slučajeva i upravljačkih naprava”, s podispitivanjem „samo slučajeva” u prvom. Za sekvenciranje sojeva gripe upotrebljava se tehnologija NGS (Nove generacije sekvenciranja). Konkretno, platforma Ion Torrent PGM (Life Technologies) koristit će se za dobivanje sekvence genetskog materijala virusa gripe, koji će se zatim analizirati u potrazi za mutacijama povezanima s konačnim ishodom teških bolesnika, produljenim razdobljima izlučivanja virusa i varijabilnošću tijekom dva različita razdoblja cirkulacije epidemije. (Croatian)
18 August 2022
0 references
Syftet med detta projekt är att söka efter genetiska egenskaper hos influensavirus A som kan hittas i influensastammar som är förknippade med allvarliga fall ständigt eller med hög frekvens. Detta kommer att göras med hjälp av NGS (New Generation Sequencing) djup sekvensering teknik. Därför kommer mutationer förknippade med svårighetsgrad, klinisk utveckling, ihållande utsöndring av viruset (i avsaknad av mutationer relaterade till läkemedelsresistens), mutationer associerade med immunsuppression eller inte, och andra mutationer som kan generera olika varianter av viruset under de två epidemiska studiesäsongerna att sökas. En prospektiv utformning av ”fall och kontroller” ska användas, med en delstudie av ”endast fall” inbäddad i den första. NGS (New Generation Sequencing) teknik ska användas för sekvensering av influensastammar. I synnerhet kommer plattformen Ion Torrent PGM (Life Technologies) att användas för att erhålla sekvenserna av det genetiska influensavirusmaterialet, som sedan analyseras i jakt på mutationer relaterade till slutresultatet hos svåra patienter, långa perioder av virusutsöndring och variabilitet under två olika epidemiska cirkulationsperioder. (Swedish)
18 August 2022
0 references
Obiectivul acestui proiect este căutarea caracteristicilor genetice ale virusului gripal A care pot fi găsite în tulpinile gripale asociate cu cazuri grave în mod constant sau cu frecvență ridicată. Acest lucru se va face folosind tehnologia de secvențiere profundă NGS (New Generation Sequencing). Prin urmare, vor fi căutate mutații asociate cu severitatea, evoluția clinică, excreția persistentă a virusului (în absența mutațiilor legate de rezistența la medicamente), mutațiile asociate sau nu cu imunosupresia și alte mutații care pot genera diferite variante ale virusului în timpul celor două sezoane epidemice de studiu. Se utilizează un proiect prospectiv de „cazuri și controale”, cu un substudiu de „numai cazuri” imbricat în primul. Pentru secvențierea secvențială a tulpinilor de gripă se utilizează tehnologia NGS (New Generation Sequencing). În special, platforma Ion Torrent PGM (Life Technologies) va fi utilizată pentru a obține secvențele materialului genetic al virusului gripal, care vor fi apoi analizate în căutarea mutațiilor legate de rezultatul final al pacienților severi, perioadele prelungite de excreție a virusului și variabilitatea pe parcursul a două perioade de circulație epidemiologică diferite. (Romanian)
18 August 2022
0 references
Cilj tega projekta je iskanje genetskih značilnosti virusa influence A, ki jih je mogoče najti pri sevih gripe, povezanih z resnimi primeri, ki so stalno ali zelo pogosti. To se bo izvajalo z uporabo tehnologije globokega zaporedja NGS (NGS (NGS – New Generation Sequencing)). Zato se bodo iskale mutacije, povezane z resnostjo, kliničnim razvojem, obstojnim izločanjem virusa (v odsotnosti mutacij, povezanih z odpornostjo na zdravila), mutacijami, povezanimi z imunosupresijo ali brez nje, in drugimi mutacijami, ki lahko povzročijo različne različice virusa v dveh epidemičnih sezonah študije. Uporabi se predvidena zasnova „primerov in kontrol“, pri čemer je v prvi ugnezdena podštudija „samo primerov“. Za sekvenciranje sevov gripe se uporablja tehnologija NGS (NGS – New Generation Sequencing). Zlasti platforma Ion Torrent PGM (Life Technologies) se bo uporabljala za pridobivanje sekvenc genskega materiala virusa gripe, ki se bo nato analiziral v iskanju mutacij, povezanih s končnim izidom hudih bolnikov, daljših obdobij izločanja virusa in spremenljivosti med dvema različnima obdobjema kroženja epidemije. (Slovenian)
18 August 2022
0 references
Celem tego projektu jest poszukiwanie cech genetycznych wirusa grypy A, które można znaleźć w szczepach grypy związanych z poważnymi przypadkami stale lub z dużą częstotliwością. Odbywa się to przy użyciu technologii głębokiego sekwencjonowania NGS (New Generation Sequencing). Dlatego też poszukiwane będą mutacje związane z nasileniem, ewolucją kliniczną, uporczywym wydalaniem wirusa (w przypadku braku mutacji związanych z opornością na leki), mutacjami związanymi lub niezwiązanymi z immunosupresją oraz innymi mutacjami, które mogą generować różne warianty wirusa podczas dwóch sezonów epidemii. Stosuje się prospektywny projekt „przypadków i kontroli”, z podbadaniem „tylko przypadków” zagnieżdżonym w pierwszym. Do sekwencjonowania szczepów grypy stosuje się technologię NGS (New Generation Sequencing). W szczególności platforma Ion Torrent PGM (Life Technologies) zostanie wykorzystana do uzyskania sekwencji materiału genetycznego wirusa grypy, który będzie następnie analizowany w poszukiwaniu mutacji związanych z końcowym wynikiem ciężkich pacjentów, przedłużonymi okresami wydalania wirusa i zmiennością w dwóch różnych okresach krążenia epidemii. (Polish)
18 August 2022
0 references
Valladolid
0 references
20 December 2023
0 references
Identifiers
PI13_01723
0 references