DIFFERENTIAL GENIC EXPRESSION AND CATALOG OF CHANGES IN DNA ELEMENTS IN MODELS OF NEURONAL PLASTICITY AND NEUROPATHOLOGY (Q3192262)

From EU Knowledge Graph
Jump to navigation Jump to search
Project Q3192262 in Spain
Language Label Description Also known as
English
DIFFERENTIAL GENIC EXPRESSION AND CATALOG OF CHANGES IN DNA ELEMENTS IN MODELS OF NEURONAL PLASTICITY AND NEUROPATHOLOGY
Project Q3192262 in Spain

    Statements

    0 references
    184,476.6 Euro
    0 references
    338,800.0 Euro
    0 references
    54.45 percent
    0 references
    1 January 2015
    0 references
    30 June 2018
    0 references
    AGENCIA CONSEJO SUPERIOR DE INVESTIGACIONES CIENTIFICAS
    0 references
    0 references

    38°24'16.60"N, 0°25'43.39"W
    0 references
    3550
    0 references
    LOS MECANISMOS TRANSCRIPCIONALES Y EPIGENETICOS JUEGAN UN PAPEL ESENCIAL EN LOS PROCESOS DE PLASTICIDAD NEURONAL QUE TIENE LUGAR EN EL CEREBRO ADULTO. ADEMAS, LA DESREGULACION DE ESTOS MECANISMOS FORMA PARTE PROMINENTE DE LA ETIOLOGIA DE NUMEROSOS TRASTORNOS NEUROLOGICOS Y PSIQUIATRICOS. LA INVESTIGACION DESARROLLADA DURANTE LAS ULTIMAS DOS DECADAS EN ESTE CAMPO HA PROPORCIONADO ABUNDANTE INFORMACION ACERCA DE LA RESPUESTA TRANSCRIPCIONAL A ACTIVIDAD E IDENTIFICADO MOLECULAS EFECTORAS IMPLICADAS EN PLASTICIDAD NEURONAL Y EN ENFERMEDADES DEL SISTEMA NERVIOSO. SIN EMBARGO, AUN CARECEMOS DE UN MODELO HOLISTICO QUE NOS PERMITA PREDECIR EL COMPORTAMIENTO DE LAS COMPLEJAS REDES GENICAS QUE SUBYACEN A PROCESOS PLASTICOS Y PATOLOGIAS EN EL CEREBRO ADULTO. LA MEJORA Y ABARATAMIENTO DE LAS TECNICAS DE SECUENCIACION MASIVA DE ULTIMA GENERACION (NEXT GENERATION SEQUENCING O NGS) PROPORCIONAN LAS CONDICIONES IDEALES PARA EL ESTABLECIMIENTO DE UN PRIMER BORRADOR DEL PERFIL DE OCUPACION GENOMICA EN LA CROMATINA NEURONAL DE MARCAS EPIGENETICAS Y FACTORES DE TRANSCRIPCION (FT) REGULADOS POR ACTIVIDAD, ASI COMO PARA LA DESCRIPCION DE LOS CAMBIOS DE ESTOS PERFILES ASOCIADOS A EXPERIENCIA O ENFERMEDAD. EL PLAN DE TRABAJO PRESENTADO EN ESTA MEMORIA SE DIVIDE EN TRES TAREAS ENCAMINADAS A DESCRIBIR, MANIPULAR Y DISECCIONAR PERFILES GENOMICOS EN EL SISTEMA NERVIOSO. PRIMERO, PROPONEMOS APROVECHAR LA EXTENSA LITERATURA EN EL CAMPO DE LA REGULACION TRANSCRIPCIONAL Y EPIGENETICA DE LA PLASTICIDAD NEURONAL, LA INFORMACION Y PROCEDIMIENTOS GENERADOS POR EL PROYECTO ENCODE (ENCYCLOPEDIA OF DNA ELEMENTS), Y NUESTRA PROPIA EXPERIENCIA Y RESULTADOS EN ESTE CAMPO, PARA SELECCIONAR UN NUMERO LIMITADO DE FT Y MARCAS EPIGENETICAS Y LLEVAR A CABO EXPERIMENTOS DE PERFILADO DIFERENCIAL EN EL CONTEXTO DE MODELOS DE NEUROPLASTICIDAD BIEN ESTABLECIDOS. A CONTINUACION INTEGRAREMOS ESTA INFORMACION CON PERFILES TRANSCRIPCIONALES OBTENIDOS EN LOS MISMOS MODELOS. ESPERAMOS QUE EL META-ANALISIS Y EL USO DE HERRAMIENTAS DE GENOMICA FUNCIONAL PROPORCIONE UNA VISION INEDITA DE LOS EVENTOS EPIGENETICOS Y TRANSCRIPCIONALES QUE OCURREN EN EL NUCLEO NEURONAL EN RESPUESTA A ACTIVIDAD Y DE SU INTERACCION. ESTE AMBICIOSO RASTREO GENOMICO, ENCAMINADO A LA GENERACION DE NUEVOS DESCUBRIMIENTOS E HIPOTESIS, TIENE UN GRAN POTENCIAL PARA LA IDENTIFICACION DE NUEVAS DIANAS TERAPEUTICAS. SEGUNDO, PROPONEMOS REALIZAR EXPERIMENTOS DE EDICION EPIGENETICA CON EL OBJETIVO DE CLARIFICAR EL PAPEL DE LA ACETILACION DE HISTONAS EN TRANSCRIPCION Y EXPLORAR EL POTENCIAL TERAPEUTICO DE LA EDICION EPIGENETICA EN DOS CONDICIONES NEUROLOGICAS ASOCIADAS CON LA DESACETILACION DE HISTONAS: EL SINDROME DE RUBINSTEIN-TAYBI Y LA ENFERMEDAD DE HUNTINGTON. TERCERO, EN PARALELO CON ESTOS DESARROLLOS, PROPONEMOS ABORDAR EL RETO TECNICO ASOCIADO CON EL ANALISIS GENOMICO EN UN TEJIDO DE GRAN COMPLEJIDAD Y HETEROGENEIDAD CELULAR, COMO EL CEREBRO, MEDIANTE EL DISEÑO Y REFINAMIENTO DE PROTOCOLOS PARA LA PREPARACION DE CROMATINA DE SUBPOBLACIONES NEURONALES, INCLUYENDO LA GENERACION DE NUEVAS HERRAMIENTAS GENETICAS PARA LA SEPARACION SELECTIVA DE NUCLEOS (NUCLEAR SORTING). EN CONJUNTO, LOS EXPERIMENTOS PROPUESTOS EN ESTA MEMORIA TIENEN EL POTENCIAL DE PROPORCIONAR UNA PRIMERA VISION GLOBAL DE LOS MECANISMOS GENOMICOS QUE SUBYACEN A LA RESPUESTA TRANSCRIPCIONAL ASOCIADA A NEUROPLASTICIDAD Y A VARIOS DESORDENES DEL SISTEMA NERVIOSO QUE IMPACTAN EN COGNICION. (Spanish)
    0 references
    TRANSCRIPTIONAL AND EPIGENETIC MECHANISMS PLAY AN ESSENTIAL ROLE IN THE PROCESSES OF NEURONAL PLASTICITY THAT TAKES PLACE IN THE ADULT BRAIN. IN ADDITION, THE DEREGULATION OF THESE MECHANISMS IS A PROMINENT PART OF THE ETIOLOGY OF NUMEROUS NEUROLOGICAL AND PSYCHIATRIC DISORDERS. THE RESEARCH CARRIED OUT DURING THE LAST TWO DECADES IN THIS FIELD HAS PROVIDED ABUNDANT INFORMATION ABOUT THE TRANSCRIPTIONAL RESPONSE TO ACTIVITY AND IDENTIFIED EFFECTOR MOLECULES INVOLVED IN NEURONAL PLASTICITY AND NERVOUS SYSTEM DISEASES. HOWEVER, WE STILL LACK A HOLISTIC MODEL THAT ALLOWS US TO PREDICT THE BEHAVIOR OF THE COMPLEX GENICAS NETWORKS THAT UNDERLIE PLASTIC PROCESSES AND PATHOLOGIES IN THE ADULT BRAIN. THE IMPROVEMENT AND REDUCTION OF THE LATEST GENERATION (NEXT GENERATION SEQUENCING) TECHNIQUES PROVIDE THE IDEAL CONDITIONS FOR THE ESTABLISHMENT OF A FIRST DRAFT OF THE GENOMIC OCCUPATION PROFILE IN NEURONAL CHROMATIN OF EPIGENETIC MARKS AND TRANSCRIPTION FACTORS (FT) REGULATED BY ACTIVITY, AS WELL AS FOR THE DESCRIPTION OF THE CHANGES OF THESE PROFILES ASSOCIATED WITH EXPERIENCE OR DISEASE. THE WORK PLAN PRESENTED IN THIS REPORT IS DIVIDED INTO THREE TASKS AIMED AT DESCRIBING, MANIPULATING AND DISSECTING GENOMIC PROFILES IN THE NERVOUS SYSTEM. FIRST, WE PROPOSE TO TAKE ADVANTAGE OF THE EXTENSIVE LITERATURE IN THE FIELD OF TRANSCRIPTIONAL AND EPIGENETIC REGULATION OF NEURONAL PLASTICITY, THE INFORMATION AND PROCEDURES GENERATED BY THE ENCODE PROJECT (ENCYCLOPEDIA OF DNA ELEMENTS), AND OUR OWN EXPERIENCE AND RESULTS IN THIS FIELD, TO SELECT A LIMITED NUMBER OF FTS AND EPIGENETIC MARKS AND CARRY OUT DIFFERENTIAL PROFILING EXPERIMENTS IN THE CONTEXT OF WELL-ESTABLISHED NEUROPLASTICITY MODELS. NEXT WE WILL INTEGRATE THIS INFORMATION WITH TRANSCRIPTIONAL PROFILES OBTAINED IN THE SAME MODELS. WE HOPE THAT META-ANALYSIS AND THE USE OF FUNCTIONAL GENOMIC TOOLS WILL PROVIDE AN UNPUBLISHED VISION OF THE EPIGENETIC AND TRANSCRIPTIONAL EVENTS THAT OCCUR IN THE NEURAL NUCLEUS IN RESPONSE TO ACTIVITY AND THEIR INTERACTION. THIS AMBITIOUS GENOMIC TRACING, AIMED AT THE GENERATION OF NEW DISCOVERIES AND HYPOTHESES, HAS GREAT POTENTIAL FOR THE IDENTIFICATION OF NEW THERAPEUTIC TARGETS. SECOND, WE PROPOSE TO CARRY OUT EPIGENETIC EDITING EXPERIMENTS WITH THE AIM OF CLARIFYING THE ROLE OF THE ACTILACION OF HISTONES IN TRANSCRIPTION AND EXPLORING THE THERAPEUTIC POTENTIAL OF EPIGENETIC EDITING IN TWO NEUROLOGICAL CONDITIONS ASSOCIATED WITH THE DISACCETIATION OF HISTONES: RUBINSTEIN-TAYBI SYNDROME AND HUNTINGTON’S DISEASE. THIRD, IN PARALLEL WITH THESE DEVELOPMENTS, WE PROPOSE TO ADDRESS THE TECHNICAL CHALLENGE ASSOCIATED WITH GENOMIC ANALYSIS IN A TISSUE OF GREAT COMPLEXITY AND CELL HETEROGENEITY, SUCH AS THE BRAIN, THROUGH THE DESIGN AND REFINEMENT OF PROTOCOLS FOR THE PREPARATION OF CHROMATIN FROM NEURONAL SUBPOPULATIONS, INCLUDING THE GENERATION OF NEW GENETIC TOOLS FOR THE SELECTIVE SEPARATION OF NUCLEI (NUCLEAR SORTING). OVERALL, THE EXPERIMENTS PROPOSED IN THIS MEMORY HAVE THE POTENTIAL TO PROVIDE A FIRST GLOBAL VISION OF THE GENOMIC MECHANISMS THAT UNDERLIE THE TRANSCRIPTIONAL RESPONSE ASSOCIATED WITH NEUROPLASTICITY AND VARIOUS NERVOUS SYSTEM DISORDERS THAT IMPACT ON COGNITION. (English)
    13 October 2021
    0.2217348747507378
    0 references
    LES MÉCANISMES TRANSCRIPTIONNELS ET ÉPIGÉNÉTIQUES JOUENT UN RÔLE ESSENTIEL DANS LES PROCESSUS DE PLASTICITÉ NEURONALE QUI ONT LIEU DANS LE CERVEAU ADULTE. EN OUTRE, LA DÉRÉGLEMENTATION DE CES MÉCANISMES EST UNE PARTIE IMPORTANTE DE L’ÉTIOLOGIE DE NOMBREUX TROUBLES NEUROLOGIQUES ET PSYCHIATRIQUES. LES RECHERCHES MENÉES AU COURS DES DEUX DERNIÈRES DÉCENNIES DANS CE DOMAINE ONT FOURNI DE NOMBREUSES INFORMATIONS SUR LA RÉPONSE TRANSCRIPTIONNELLE À L’ACTIVITÉ ET IDENTIFIÉ DES MOLÉCULES EFFECTRICES IMPLIQUÉES DANS LA PLASTICITÉ NEURONALE ET LES MALADIES DU SYSTÈME NERVEUX. CEPENDANT, NOUS NE DISPOSONS TOUJOURS PAS D’UN MODÈLE HOLISTIQUE QUI NOUS PERMET DE PRÉDIRE LE COMPORTEMENT DES RÉSEAUX GENICAS COMPLEXES QUI SOUS-TENDENT LES PROCESSUS PLASTIQUES ET LES PATHOLOGIES DANS LE CERVEAU ADULTE. L’AMÉLIORATION ET LA RÉDUCTION DES TECHNIQUES DE DERNIÈRE GÉNÉRATION (SÉQUENÇAGE DE NOUVELLE GÉNÉRATION) FOURNISSENT LES CONDITIONS IDÉALES POUR L’ÉTABLISSEMENT D’UNE PREMIÈRE ÉBAUCHE DU PROFIL D’OCCUPATION GÉNOMIQUE EN CHROMATINE NEURONALE DES MARQUES ÉPIGÉNÉTIQUES ET DES FACTEURS DE TRANSCRIPTION (FT) RÉGULÉS PAR L’ACTIVITÉ, AINSI QUE POUR LA DESCRIPTION DES CHANGEMENTS DE CES PROFILS ASSOCIÉS À L’EXPÉRIENCE OU À LA MALADIE. LE PLAN DE TRAVAIL PRÉSENTÉ DANS LE PRÉSENT RAPPORT EST DIVISÉ EN TROIS TÂCHES VISANT À DÉCRIRE, À MANIPULER ET À DISSÉQUER LES PROFILS GÉNOMIQUES DU SYSTÈME NERVEUX. TOUT D’ABORD, NOUS PROPOSONS DE TIRER PARTI DE LA VASTE LITTÉRATURE DANS LE DOMAINE DE LA RÉGULATION TRANSCRIPTIONNELLE ET ÉPIGÉNÉTIQUE DE LA PLASTICITÉ NEURONALE, DE L’INFORMATION ET DES PROCÉDURES GÉNÉRÉES PAR LE PROJET D’ENCODE (ENCYCLOPÉDIE DES ÉLÉMENTS D’ADN), ET DE NOTRE PROPRE EXPÉRIENCE ET RÉSULTATS DANS CE DOMAINE, POUR SÉLECTIONNER UN NOMBRE LIMITÉ DE MARQUES FTS ET ÉPIGÉNÉTIQUES ET RÉALISER DES EXPÉRIENCES DE PROFILAGE DIFFÉRENTIEL DANS LE CONTEXTE DE MODÈLES DE NEUROPLASTICITÉ BIEN ÉTABLIS. ENSUITE, NOUS INTÉGRERONS CES INFORMATIONS AUX PROFILS TRANSCRIPTIONNELS OBTENUS DANS LES MÊMES MODÈLES. NOUS ESPÉRONS QUE LA MÉTA-ANALYSE ET L’UTILISATION D’OUTILS GÉNOMIQUES FONCTIONNELS FOURNIRONT UNE VISION INÉDITE DES ÉVÉNEMENTS ÉPIGÉNÉTIQUES ET TRANSCRIPTIONNELS QUI SE PRODUISENT DANS LE NOYAU NEURONAL EN RÉPONSE À L’ACTIVITÉ ET À LEUR INTERACTION. CE TRAÇAGE GÉNOMIQUE AMBITIEUX, DESTINÉ À LA GÉNÉRATION DE NOUVELLES DÉCOUVERTES ET HYPOTHÈSES, OFFRE UN GRAND POTENTIEL POUR L’IDENTIFICATION DE NOUVELLES CIBLES THÉRAPEUTIQUES. DEUXIÈMEMENT, NOUS PROPOSONS DE RÉALISER DES EXPÉRIENCES D’ÉDITION ÉPIGÉNÉTIQUE DANS LE BUT DE CLARIFIER LE RÔLE DE L’ACTILACION DES HISTONES DANS LA TRANSCRIPTION ET D’EXPLORER LE POTENTIEL THÉRAPEUTIQUE DE L’ÉDITION ÉPIGÉNÉTIQUE DANS DEUX CONDITIONS NEUROLOGIQUES ASSOCIÉES À LA DISACCETIATION DES HISTONES: SYNDROME DE RUBINSTEIN-TAYBI ET MALADIE DE HUNTINGTON. TROISIÈMEMENT, PARALLÈLEMENT À CES DÉVELOPPEMENTS, NOUS PROPOSONS DE RELEVER LE DÉFI TECHNIQUE ASSOCIÉ À L’ANALYSE GÉNOMIQUE DANS UN TISSU DE GRANDE COMPLEXITÉ ET D’HÉTÉROGÉNÉITÉ CELLULAIRE, COMME LE CERVEAU, PAR LA CONCEPTION ET LE RAFFINEMENT DES PROTOCOLES POUR LA PRÉPARATION DE LA CHROMATINE À PARTIR DE SOUS-POPULATIONS NEURONALES, Y COMPRIS LA GÉNÉRATION DE NOUVEAUX OUTILS GÉNÉTIQUES POUR LA SÉPARATION SÉLECTIVE DES NOYAUX (TRI NUCLÉAIRE). DANS L’ENSEMBLE, LES EXPÉRIENCES PROPOSÉES DANS CETTE MÉMOIRE ONT LE POTENTIEL DE FOURNIR UNE PREMIÈRE VISION GLOBALE DES MÉCANISMES GÉNOMIQUES QUI SOUS-TENDENT LA RÉPONSE TRANSCRIPTIONNELLE ASSOCIÉE À LA NEUROPLASTICITÉ ET AUX DIVERS TROUBLES DU SYSTÈME NERVEUX QUI INFLUENT SUR LA COGNITION. (French)
    4 December 2021
    0 references
    TRANSKRIPTIONS- UND EPIGENETISCHE MECHANISMEN SPIELEN EINE WESENTLICHE ROLLE IN DEN PROZESSEN DER NEURONALEN PLASTIZITÄT, DIE IM ERWACHSENEN GEHIRN STATTFINDET. DARÜBER HINAUS IST DIE DEREGULIERUNG DIESER MECHANISMEN EIN WICHTIGER BESTANDTEIL DER ÄTIOLOGIE ZAHLREICHER NEUROLOGISCHER UND PSYCHIATRISCHER STÖRUNGEN. DIE IN DEN LETZTEN ZWEI JAHRZEHNTEN AUF DIESEM GEBIET DURCHGEFÜHRTEN FORSCHUNGEN LIEFERTEN REICHLICH INFORMATIONEN ÜBER DIE TRANSKRIPTIONSREAKTION AUF AKTIVITÄT UND IDENTIFIZIERTE EFFEKTORMOLEKÜLE, DIE AN NEURONALEN PLASTIZITÄTS- UND NERVENSYSTEMERKRANKUNGEN BETEILIGT SIND. DENNOCH FEHLT ES UNS NOCH AN EINEM GANZHEITLICHEN MODELL, DAS ES UNS ERMÖGLICHT, DAS VERHALTEN DER KOMPLEXEN GENICAS-NETZWERKE VORHERZUSAGEN, DIE KUNSTSTOFFPROZESSE UND PATHOLOGIEN IM ERWACHSENEN GEHIRN ZUGRUNDE LIEGEN. DIE VERBESSERUNG UND REDUKTION DER NEUESTEN GENERATION (SEQUENZIERUNG DER NÄCHSTEN GENERATION) BIETEN DIE IDEALEN VORAUSSETZUNGEN FÜR DIE ERSTELLUNG EINES ERSTEN ENTWURFS DES GENOMISCHEN BERUFSPROFILS IM NEURONALEN CHROMATIN VON EPIGENETISCHEN MARKIERUNGEN UND TRANSKRIPTIONSFAKTOREN (FT) REGULIERT DURCH AKTIVITÄT, SOWIE FÜR DIE BESCHREIBUNG DER VERÄNDERUNGEN DIESER PROFILE IM ZUSAMMENHANG MIT ERFAHRUNG ODER KRANKHEIT. DER IN DIESEM BERICHT VORGESTELLTE ARBEITSPLAN GLIEDERT SICH IN DREI AUFGABEN, MIT DENEN GENOMISCHE PROFILE IM NERVENSYSTEM BESCHRIEBEN, MANIPULIERT UND ZERLEGT WERDEN SOLLEN. ZUNÄCHST SCHLAGEN WIR VOR, DIE UMFANGREICHE LITERATUR AUF DEM GEBIET DER TRANSKRIPTIVEN UND EPIGENETISCHEN REGULIERUNG DER NEURONALEN PLASTIZITÄT, DIE DURCH DAS ENCODE-PROJEKT GENERIERTEN INFORMATIONEN UND VERFAHREN (ENCYCLOPEDIA OF DNA-ELEMENTE) SOWIE UNSERE EIGENEN ERFAHRUNGEN UND ERGEBNISSE IN DIESEM BEREICH ZU NUTZEN, UM EINE BEGRENZTE ANZAHL VON FTS UND EPIGENETISCHEN MARKIERUNGEN AUSZUWÄHLEN UND DIFFERENTIALPROFILIERUNGSEXPERIMENTE IM KONTEXT ETABLIERTER NEUROPLASTIZITÄTSMODELLE DURCHZUFÜHREN. ALS NÄCHSTES WERDEN WIR DIESE INFORMATIONEN MIT TRANSKRIPTIONSPROFILEN IN DEN GLEICHEN MODELLEN INTEGRIEREN. WIR HOFFEN, DASS DIE METAANALYSE UND DER EINSATZ FUNKTIONELLER GENOMISCHER WERKZEUGE EINE UNVERÖFFENTLICHTE VISION DER EPIGENETISCHEN UND TRANSKRIPTIONELLEN EREIGNISSE VERMITTELN WIRD, DIE IM NEURONALEN KERN ALS REAKTION AUF AKTIVITÄT UND DEREN INTERAKTION AUFTRETEN. DIESE AMBITIONIERTE GENOMISCHE NACHVERFOLGUNG, DIE AUF DIE GENERIERUNG NEUER ENTDECKUNGEN UND HYPOTHESEN ABZIELT, HAT EIN GROSSES POTENZIAL FÜR DIE IDENTIFIZIERUNG NEUER THERAPEUTISCHER ZIELE. ZWEITENS SCHLAGEN WIR VOR, EPIGENETISCHE SCHNITTEXPERIMENTE DURCHZUFÜHREN, UM DIE ROLLE DER ACTILACION VON HISTONEN IN DER TRANSKRIPTION ZU KLÄREN UND DAS THERAPEUTISCHE POTENZIAL DER EPIGENETISCHEN BEARBEITUNG UNTER ZWEI NEUROLOGISCHEN BEDINGUNGEN ZU UNTERSUCHEN, DIE MIT DER DISACCETIATION VON HISTONEN VERBUNDEN SIND: RUBINSTEIN-TAYBI-SYNDROM UND HUNTINGTON’S-KRANKHEIT. DRITTENS SCHLAGEN WIR PARALLEL ZU DIESEN ENTWICKLUNGEN VOR, DIE TECHNISCHE HERAUSFORDERUNG ANZUGEHEN, DIE MIT DER GENOMISCHEN ANALYSE IN EINEM GEWEBE VON GROSSER KOMPLEXITÄT UND ZELLHETEROGENITÄT WIE DEM GEHIRN VERBUNDEN IST, INDEM PROTOKOLLE FÜR DIE HERSTELLUNG VON CHROMATIN AUS NEURONALEN SUBPOPULATIONEN ENTWICKELT UND VERFEINERT WERDEN, EINSCHLIESSLICH DER ERZEUGUNG NEUER GENETISCHER WERKZEUGE FÜR DIE SELEKTIVE TRENNUNG VON KERNEN (KERNSORTIERUNG). INSGESAMT HABEN DIE IN DIESEM GEDÄCHTNIS VORGESCHLAGENEN EXPERIMENTE DAS POTENZIAL, EINE ERSTE GLOBALE VISION DER GENOMISCHEN MECHANISMEN ZU LIEFERN, DIE DER TRANSKRIPTIONSREAKTION IM ZUSAMMENHANG MIT NEUROPLASTIZITÄT UND VERSCHIEDENEN STÖRUNGEN DES NERVENSYSTEMS ZUGRUNDE LIEGEN, DIE SICH AUF DIE WAHRNEHMUNG AUSWIRKEN. (German)
    9 December 2021
    0 references
    TRANSCRIPTIONAL EN EPIGENETISCHE MECHANISMEN SPELEN EEN ESSENTIËLE ROL IN DE PROCESSEN VAN NEURONALE PLASTICITEIT DIE PLAATSVINDT IN DE VOLWASSEN HERSENEN. BOVENDIEN IS DE DEREGULERING VAN DEZE MECHANISMEN EEN BELANGRIJK ONDERDEEL VAN DE ETIOLOGIE VAN TALRIJKE NEUROLOGISCHE EN PSYCHIATRISCHE STOORNISSEN. HET ONDERZOEK DAT IN DE AFGELOPEN TWEE DECENNIA OP DIT GEBIED IS UITGEVOERD, HEEFT OVERVLOEDIGE INFORMATIE VERSTREKT OVER DE TRANSCRIPTIONELE RESPONS OP ACTIVITEIT EN GEÏDENTIFICEERDE EFFECTORMOLECULEN DIE BETROKKEN ZIJN BIJ NEURONALE PLASTICITEIT EN AANDOENINGEN VAN HET ZENUWSTELSEL. WE MISSEN ECHTER NOG STEEDS EEN HOLISTISCH MODEL DAT ONS IN STAAT STELT OM HET GEDRAG VAN DE COMPLEXE GENICAS-NETWERKEN TE VOORSPELLEN DIE TEN GRONDSLAG LIGGEN AAN PLASTIC PROCESSEN EN PATHOLOGIEËN IN DE VOLWASSEN HERSENEN. DE VERBETERING EN VERMINDERING VAN DE NIEUWSTE GENERATIE (VOLGENDE GENERATIE SEQUENCING) TECHNIEKEN BIEDEN DE IDEALE VOORWAARDEN VOOR DE VASTSTELLING VAN EEN EERSTE ONTWERP VAN HET GENOMIC BEROEP PROFIEL IN NEURONALE CHROMATINE VAN EPIGENETISCHE TEKENS EN TRANSCRIPTIE FACTOREN (FT) GEREGULEERD DOOR ACTIVITEIT, EVENALS VOOR DE BESCHRIJVING VAN DE VERANDERINGEN VAN DEZE PROFIELEN GEASSOCIEERD MET ERVARING OF ZIEKTE. HET IN DIT VERSLAG GEPRESENTEERDE WERKPLAN IS ONDERVERDEELD IN DRIE TAKEN DIE GERICHT ZIJN OP HET BESCHRIJVEN, MANIPULEREN EN ONTLEDEN VAN GENOMISCHE PROFIELEN IN HET ZENUWSTELSEL. TEN EERSTE STELLEN WE VOOR OM GEBRUIK TE MAKEN VAN DE UITGEBREIDE LITERATUUR OP HET GEBIED VAN TRANSCRIPTIONELE EN EPIGENETISCHE REGULERING VAN NEURONALE PLASTICITEIT, DE INFORMATIE EN PROCEDURES DIE WORDEN GEGENEREERD DOOR HET ENCODE-PROJECT (ENCYCLOPEDIE VAN DNA-ELEMENTEN), EN ONZE EIGEN ERVARING EN RESULTATEN OP DIT GEBIED, OM EEN BEPERKT AANTAL FTS EN EPIGENETISCHE MERKEN TE SELECTEREN EN DIFFERENTIËLE PROFILERINGSEXPERIMENTEN UIT TE VOEREN IN HET KADER VAN GEVESTIGDE NEUROPLASTICITEITSMODELLEN. VERVOLGENS ZULLEN WE DEZE INFORMATIE INTEGREREN MET TRANSCRIPTIONELE PROFIELEN VERKREGEN IN DEZELFDE MODELLEN. WE HOPEN DAT META-ANALYSE EN HET GEBRUIK VAN FUNCTIONELE GENOMIC TOOLS EEN ONGEPUBLICEERDE VISIE ZULLEN GEVEN OP DE EPIGENETISCHE EN TRANSCRIPTIONELE GEBEURTENISSEN DIE ZICH VOORDOEN IN DE NEURALE KERN ALS REACTIE OP ACTIVITEIT EN HUN INTERACTIE. DEZE AMBITIEUZE GENOMIC TRACING, GERICHT OP HET GENEREREN VAN NIEUWE ONTDEKKINGEN EN HYPOTHESEN, HEEFT EEN GROOT POTENTIEEL VOOR HET IDENTIFICEREN VAN NIEUWE THERAPEUTISCHE DOELEN. TEN TWEEDE STELLEN WE VOOR OM EPIGENETISCHE BEWERKINGSEXPERIMENTEN UIT TE VOEREN MET ALS DOEL DE ROL VAN DE ACTILACIE VAN HISTONEN IN TRANSCRIPTIE TE VERDUIDELIJKEN EN HET THERAPEUTISCHE POTENTIEEL VAN EPIGENETISCHE BEWERKING TE ONDERZOEKEN IN TWEE NEUROLOGISCHE AANDOENINGEN DIE VERBAND HOUDEN MET DE DISACCETIATION VAN HISTONEN: RUBINSTEIN-TAYBI SYNDROOM EN DE ZIEKTE VAN HUNTINGTON. TEN DERDE STELLEN WE VOOR OM, PARALLEL MET DEZE ONTWIKKELINGEN, DE TECHNISCHE UITDAGING AAN TE PAKKEN DIE GEPAARD GAAT MET GENOMISCHE ANALYSE IN EEN WEEFSEL VAN GROTE COMPLEXITEIT EN CEL HETEROGENITEIT, ZOALS DE HERSENEN, DOOR HET ONTWERPEN EN VERFIJNEN VAN PROTOCOLLEN VOOR DE VOORBEREIDING VAN CHROMATINE VAN NEURONALE SUBPOPULATIES, MET INBEGRIP VAN HET GENEREREN VAN NIEUWE GENETISCHE INSTRUMENTEN VOOR DE SELECTIEVE SCHEIDING VAN KERNEN (NUCLEAIRE SORTERING). OVER HET ALGEMEEN HEBBEN DE EXPERIMENTEN DIE IN DIT GEHEUGEN WORDEN VOORGESTELD, HET POTENTIEEL OM EEN EERSTE GLOBALE VISIE OP DE GENOMISCHE MECHANISMEN TE BIEDEN DIE TEN GRONDSLAG LIGGEN AAN DE TRANSCRIPTIONELE RESPONS GEASSOCIEERD MET NEUROPLASTICITEIT EN VERSCHILLENDE ZENUWSTELSELAANDOENINGEN DIE VAN INVLOED ZIJN OP DE COGNITIE. (Dutch)
    17 December 2021
    0 references
    I MECCANISMI TRASCRIZIONALI ED EPIGENETICI SVOLGONO UN RUOLO ESSENZIALE NEI PROCESSI DI PLASTICITÀ NEURONALE CHE SI SVOLGONO NEL CERVELLO ADULTO. INOLTRE, LA DEREGOLAMENTAZIONE DI QUESTI MECCANISMI È UNA PARTE IMPORTANTE DELL'EZIOLOGIA DI NUMEROSI DISTURBI NEUROLOGICI E PSICHIATRICI. LA RICERCA CONDOTTA NEGLI ULTIMI DUE DECENNI IN QUESTO CAMPO HA FORNITO ABBONDANTI INFORMAZIONI SULLA RISPOSTA TRASCRIZIONALE ALL'ATTIVITÀ E IDENTIFICATO MOLECOLE DI EFFETTO COINVOLTE NELLA PLASTICITÀ NEURONALE E MALATTIE DEL SISTEMA NERVOSO. TUTTAVIA, MANCA ANCORA UN MODELLO OLISTICO CHE CI PERMETTE DI PREVEDERE IL COMPORTAMENTO DELLE COMPLESSE RETI GENICAS CHE SONO ALLA BASE DI PROCESSI PLASTICI E PATOLOGIE NEL CERVELLO ADULTO. IL MIGLIORAMENTO E LA RIDUZIONE DELLE TECNICHE DI SEQUENZIAMENTO DI ULTIMA GENERAZIONE (SEQUENZIAMENTO SUCCESSIVO) FORNISCONO LE CONDIZIONI IDEALI PER LA CREAZIONE DI UNA PRIMA BOZZA DEL PROFILO DI OCCUPAZIONE GENOMICA NELLA CROMATINA NEURONALE DEI SEGNI EPIGENETICI E DEI FATTORI DI TRASCRIZIONE (FT) REGOLATI DALL'ATTIVITÀ, NONCHÉ PER LA DESCRIZIONE DEI CAMBIAMENTI DI QUESTI PROFILI ASSOCIATI ALL'ESPERIENZA O ALLA MALATTIA. IL PIANO DI LAVORO PRESENTATO NELLA PRESENTE RELAZIONE SI ARTICOLA IN TRE COMPITI VOLTI A DESCRIVERE, MANIPOLARE E SEZIONARE PROFILI GENOMICI NEL SISTEMA NERVOSO. IN PRIMO LUOGO, PROPONIAMO DI SFRUTTARE L'AMPIA LETTERATURA NEL CAMPO DELLA REGOLAZIONE TRASCRIZIONALE ED EPIGENETICA DELLA PLASTICITÀ NEURONALE, LE INFORMAZIONI E LE PROCEDURE GENERATE DAL PROGETTO DI CODIFICA (ENCICLOPEDIA DEGLI ELEMENTI DEL DNA), E LA NOSTRA ESPERIENZA E RISULTATI IN QUESTO CAMPO, PER SELEZIONARE UN NUMERO LIMITATO DI FTS E SEGNI EPIGENETICI ED EFFETTUARE ESPERIMENTI DI PROFILAZIONE DIFFERENZIALE NEL CONTESTO DI MODELLI DI NEUROPLASTICITÀ CONSOLIDATI. SUCCESSIVAMENTE INTEGREREMO QUESTE INFORMAZIONI CON I PROFILI TRASCRIZIONALI OTTENUTI NEGLI STESSI MODELLI. CI AUGURIAMO CHE LA META-ANALISI E L'USO DI STRUMENTI GENOMICI FUNZIONALI FORNISCANO UNA VISIONE INEDITA DEGLI EVENTI EPIGENETICI E TRASCRIZIONALI CHE SI VERIFICANO NEL NUCLEO NEURALE IN RISPOSTA ALL'ATTIVITÀ E ALLA LORO INTERAZIONE. QUESTO AMBIZIOSO TRACCIAMENTO GENOMICO, FINALIZZATO ALLA GENERAZIONE DI NUOVE SCOPERTE E IPOTESI, HA UN GRANDE POTENZIALE PER L'IDENTIFICAZIONE DI NUOVI OBIETTIVI TERAPEUTICI. IN SECONDO LUOGO, PROPONIAMO DI EFFETTUARE ESPERIMENTI DI EDITING EPIGENETICO CON L'OBIETTIVO DI CHIARIRE IL RUOLO DELL'ACTILACION DEGLI ISTONI NELLA TRASCRIZIONE E DI ESPLORARE IL POTENZIALE TERAPEUTICO DELL'EDITING EPIGENETICO IN DUE CONDIZIONI NEUROLOGICHE ASSOCIATE ALLA DISACCETIAZIONE DEGLI ISTONI: SINDROME DI RUBINSTEIN-TAYBI E MALATTIA DI HUNTINGTON. IN TERZO LUOGO, PARALLELAMENTE A QUESTI SVILUPPI, PROPONIAMO DI AFFRONTARE LA SFIDA TECNICA ASSOCIATA ALL'ANALISI GENOMICA IN UN TESSUTO DI GRANDE COMPLESSITÀ ED ETEROGENEITÀ CELLULARE, COME IL CERVELLO, ATTRAVERSO LA PROGETTAZIONE E IL PERFEZIONAMENTO DI PROTOCOLLI PER LA PREPARAZIONE DELLA CROMATINA DA SOTTOPOPOLAZIONI NEURONALI, COMPRESA LA GENERAZIONE DI NUOVI STRUMENTI GENETICI PER LA SEPARAZIONE SELETTIVA DEI NUCLEI (SMISTAMENTO NUCLEARE). NEL COMPLESSO, GLI ESPERIMENTI PROPOSTI IN QUESTA MEMORIA HANNO IL POTENZIALE DI FORNIRE UNA PRIMA VISIONE GLOBALE DEI MECCANISMI GENOMICI CHE SONO ALLA BASE DELLA RISPOSTA TRASCRIZIONALE ASSOCIATA ALLA NEUROPLASTICITÀ E A VARI DISTURBI DEL SISTEMA NERVOSO CHE HANNO UN IMPATTO SULLA COGNIZIONE. (Italian)
    16 January 2022
    0 references
    ΟΙ ΜΕΤΑΓΡΑΦΙΚΟΊ ΚΑΙ ΕΠΙΓΕΝΕΤΙΚΟΊ ΜΗΧΑΝΙΣΜΟΊ ΔΙΑΔΡΑΜΑΤΊΖΟΥΝ ΟΥΣΙΑΣΤΙΚΌ ΡΌΛΟ ΣΤΙΣ ΔΙΕΡΓΑΣΊΕΣ ΤΗΣ ΝΕΥΡΩΝΙΚΉΣ ΠΛΑΣΤΙΚΌΤΗΤΑΣ ΠΟΥ ΛΑΜΒΆΝΕΙ ΧΏΡΑ ΣΤΟΝ ΕΓΚΈΦΑΛΟ ΤΩΝ ΕΝΗΛΊΚΩΝ. ΕΠΙΠΛΈΟΝ, Η ΑΠΟΡΡΎΘΜΙΣΗ ΑΥΤΏΝ ΤΩΝ ΜΗΧΑΝΙΣΜΏΝ ΑΠΟΤΕΛΕΊ ΕΞΈΧΟΝΤΑ ΜΈΡΟΣ ΤΗΣ ΑΙΤΙΟΛΟΓΊΑΣ ΠΟΛΛΏΝ ΝΕΥΡΟΛΟΓΙΚΏΝ ΚΑΙ ΨΥΧΙΑΤΡΙΚΏΝ ΔΙΑΤΑΡΑΧΏΝ. Η ΈΡΕΥΝΑ ΠΟΥ ΔΙΕΞΉΧΘΗ ΚΑΤΆ ΤΗ ΔΙΆΡΚΕΙΑ ΤΩΝ ΤΕΛΕΥΤΑΊΩΝ ΔΎΟ ΔΕΚΑΕΤΙΏΝ ΣΕ ΑΥΤΌΝ ΤΟΝ ΤΟΜΈΑ ΈΧΕΙ ΠΑΡΆΣΧΕΙ ΆΦΘΟΝΕΣ ΠΛΗΡΟΦΟΡΊΕΣ ΣΧΕΤΙΚΆ ΜΕ ΤΗ ΜΕΤΑΓΡΑΦΙΚΉ ΑΝΤΑΠΌΚΡΙΣΗ ΣΤΗ ΔΡΑΣΤΗΡΙΌΤΗΤΑ ΚΑΙ ΤΑ ΑΝΑΓΝΩΡΙΣΜΈΝΑ ΜΌΡΙΑ ΔΡΆΣΗΣ ΠΟΥ ΕΜΠΛΈΚΟΝΤΑΙ ΣΕ ΝΕΥΡΩΝΙΚΉ ΠΛΑΣΤΙΚΌΤΗΤΑ ΚΑΙ ΑΣΘΈΝΕΙΕΣ ΤΟΥ ΝΕΥΡΙΚΟΎ ΣΥΣΤΉΜΑΤΟΣ. ΩΣΤΌΣΟ, ΕΞΑΚΟΛΟΥΘΟΎΜΕ ΝΑ ΜΑΣ ΛΕΊΠΕΙ ΈΝΑ ΟΛΙΣΤΙΚΌ ΜΟΝΤΈΛΟ ΠΟΥ ΜΑΣ ΕΠΙΤΡΈΠΕΙ ΝΑ ΠΡΟΒΛΈΨΟΥΜΕ ΤΗ ΣΥΜΠΕΡΙΦΟΡΆ ΤΩΝ ΣΎΝΘΕΤΩΝ ΔΙΚΤΎΩΝ GENICAS ΠΟΥ ΣΤΗΡΊΖΟΥΝ ΤΙΣ ΠΛΑΣΤΙΚΈΣ ΔΙΕΡΓΑΣΊΕΣ ΚΑΙ ΠΑΘΟΛΟΓΊΕΣ ΣΤΟΝ ΕΝΉΛΙΚΟ ΕΓΚΈΦΑΛΟ. Η ΒΕΛΤΊΩΣΗ ΚΑΙ Η ΜΕΊΩΣΗ ΤΩΝ ΤΕΧΝΙΚΏΝ ΤΕΛΕΥΤΑΊΑΣ ΓΕΝΙΆΣ (ΚΑΘΟΡΙΣΜΌΣ ΑΛΛΗΛΟΥΧΊΑΣ ΕΠΌΜΕΝΗΣ ΓΕΝΙΆΣ) ΠΑΡΈΧΟΥΝ ΤΙΣ ΙΔΑΝΙΚΈΣ ΣΥΝΘΉΚΕΣ ΓΙΑ ΤΗΝ ΚΑΘΙΈΡΩΣΗ ΕΝΌΣ ΠΡΏΤΟΥ ΣΧΕΔΊΟΥ ΓΟΝΙΔΙΩΜΑΤΙΚΟΎ ΠΡΟΦΊΛ ΚΑΤΟΧΉΣ ΣΤΗ ΝΕΥΡΩΝΙΚΉ ΧΡΩΜΑΤΊΝΗ ΕΠΙΓΕΝΕΤΙΚΏΝ ΣΗΜΕΊΩΝ ΚΑΙ ΠΑΡΑΓΌΝΤΩΝ ΜΕΤΑΓΡΑΦΉΣ (FT) ΠΟΥ ΡΥΘΜΊΖΟΝΤΑΙ ΑΠΌ ΤΗ ΔΡΑΣΤΗΡΙΌΤΗΤΑ, ΚΑΘΏΣ ΚΑΙ ΓΙΑ ΤΗΝ ΠΕΡΙΓΡΑΦΉ ΤΩΝ ΜΕΤΑΒΟΛΏΝ ΑΥΤΏΝ ΤΩΝ ΠΡΟΦΊΛ ΠΟΥ ΣΧΕΤΊΖΟΝΤΑΙ ΜΕ ΤΗΝ ΕΜΠΕΙΡΊΑ Ή ΤΗΝ ΑΣΘΈΝΕΙΑ. ΤΟ ΠΡΌΓΡΑΜΜΑ ΕΡΓΑΣΊΑΣ ΠΟΥ ΠΑΡΟΥΣΙΆΖΕΤΑΙ ΣΤΗΝ ΠΑΡΟΎΣΑ ΈΚΘΕΣΗ ΧΩΡΊΖΕΤΑΙ ΣΕ ΤΡΊΑ ΚΑΘΉΚΟΝΤΑ ΠΟΥ ΑΠΟΣΚΟΠΟΎΝ ΣΤΗΝ ΠΕΡΙΓΡΑΦΉ, ΧΕΙΡΑΓΏΓΗΣΗ ΚΑΙ ΤΕΜΑΧΙΣΜΌ ΓΟΝΙΔΙΩΜΑΤΙΚΏΝ ΠΡΟΦΊΛ ΣΤΟ ΝΕΥΡΙΚΌ ΣΎΣΤΗΜΑ. ΠΡΏΤΟΝ, ΠΡΟΤΕΊΝΟΥΜΕ ΝΑ ΑΞΙΟΠΟΙΗΘΕΊ Η ΕΚΤΕΝΉΣ ΒΙΒΛΙΟΓΡΑΦΊΑ ΣΤΟΝ ΤΟΜΈΑ ΤΗΣ ΜΕΤΑΓΡΑΦΙΚΉΣ ΚΑΙ ΕΠΙΓΕΝΕΤΙΚΉΣ ΡΎΘΜΙΣΗΣ ΤΗΣ ΝΕΥΡΩΝΙΚΉΣ ΠΛΑΣΤΙΚΌΤΗΤΑΣ, ΟΙ ΠΛΗΡΟΦΟΡΊΕΣ ΚΑΙ ΟΙ ΔΙΑΔΙΚΑΣΊΕΣ ΠΟΥ ΠΑΡΆΓΟΝΤΑΙ ΑΠΌ ΤΟ ΈΡΓΟ ΚΩΔΙΚΟΠΟΊΗΣΗΣ (ΕΓΚΥΚΛΟΠΑΊΔΕΙΑ ΣΤΟΙΧΕΊΩΝ DNA), ΚΑΘΏΣ ΚΑΙ Η ΔΙΚΉ ΜΑΣ ΕΜΠΕΙΡΊΑ ΚΑΙ ΑΠΟΤΕΛΈΣΜΑΤΑ ΣΕ ΑΥΤΌΝ ΤΟΝ ΤΟΜΈΑ, ΝΑ ΕΠΙΛΈΞΟΥΜΕ ΈΝΑΝ ΠΕΡΙΟΡΙΣΜΈΝΟ ΑΡΙΘΜΌ FTS ΚΑΙ ΕΠΙΓΕΝΕΤΙΚΏΝ ΣΗΜΕΊΩΝ ΚΑΙ ΝΑ ΠΡΑΓΜΑΤΟΠΟΙΉΣΟΥΜΕ ΠΕΙΡΆΜΑΤΑ ΔΙΑΦΟΡΙΚΉΣ ΚΑΤΆΡΤΙΣΗΣ ΠΡΟΦΊΛ ΣΤΟ ΠΛΑΊΣΙΟ ΚΑΘΙΕΡΩΜΈΝΩΝ ΜΟΝΤΈΛΩΝ ΝΕΥΡΟΠΛΑΣΤΙΚΌΤΗΤΑΣ. ΣΤΗ ΣΥΝΈΧΕΙΑ ΘΑ ΕΝΣΩΜΑΤΏΣΟΥΜΕ ΑΥΤΈΣ ΤΙΣ ΠΛΗΡΟΦΟΡΊΕΣ ΜΕ ΜΕΤΑΓΡΑΦΙΚΆ ΠΡΟΦΊΛ ΠΟΥ ΛΑΜΒΆΝΟΝΤΑΙ ΣΤΑ ΊΔΙΑ ΜΟΝΤΈΛΑ. ΕΛΠΊΖΟΥΜΕ ΌΤΙ Η ΜΕΤΑ-ΑΝΆΛΥΣΗ ΚΑΙ Η ΧΡΉΣΗ ΛΕΙΤΟΥΡΓΙΚΏΝ ΓΟΝΙΔΙΩΜΑΤΙΚΏΝ ΕΡΓΑΛΕΊΩΝ ΘΑ ΠΑΡΆΣΧΟΥΝ ΜΙΑ ΑΔΗΜΟΣΊΕΥΤΗ ΌΡΑΣΗ ΤΩΝ ΕΠΙΓΕΝΕΤΙΚΏΝ ΚΑΙ ΜΕΤΑΓΡΑΦΙΚΏΝ ΓΕΓΟΝΌΤΩΝ ΠΟΥ ΣΥΜΒΑΊΝΟΥΝ ΣΤΟΝ ΝΕΥΡΙΚΌ ΠΥΡΉΝΑ ΩΣ ΑΠΆΝΤΗΣΗ ΣΤΗ ΔΡΑΣΤΗΡΙΌΤΗΤΑ ΚΑΙ ΤΗΝ ΑΛΛΗΛΕΠΊΔΡΑΣΉ ΤΟΥΣ. ΑΥΤΌΣ Ο ΦΙΛΌΔΟΞΟΣ ΓΟΝΙΔΙΩΜΑΤΙΚΌΣ ΕΝΤΟΠΙΣΜΌΣ, ΠΟΥ ΣΤΟΧΕΎΕΙ ΣΤΗ ΔΗΜΙΟΥΡΓΊΑ ΝΈΩΝ ΑΝΑΚΑΛΎΨΕΩΝ ΚΑΙ ΥΠΟΘΈΣΕΩΝ, ΈΧΕΙ ΜΕΓΆΛΕΣ ΔΥΝΑΤΌΤΗΤΕΣ ΓΙΑ ΤΟΝ ΠΡΟΣΔΙΟΡΙΣΜΌ ΝΈΩΝ ΘΕΡΑΠΕΥΤΙΚΏΝ ΣΤΌΧΩΝ. ΔΕΎΤΕΡΟΝ, ΠΡΟΤΕΊΝΟΥΜΕ ΤΗ ΔΙΕΞΑΓΩΓΉ ΕΠΙΓΕΝΕΤΙΚΏΝ ΠΕΙΡΑΜΆΤΩΝ ΕΠΕΞΕΡΓΑΣΊΑΣ ΜΕ ΣΤΌΧΟ ΤΗΝ ΑΠΟΣΑΦΉΝΙΣΗ ΤΟΥ ΡΌΛΟΥ ΤΟΥ ΑΝΤΙΛΛΑΚΤΙΚΟΥ ΙΣΤΏΝ ΣΤΗ ΜΕΤΑΓΡΑΦΉ ΚΑΙ ΤΗ ΔΙΕΡΕΎΝΗΣΗ ΤΟΥ ΘΕΡΑΠΕΥΤΙΚΟΎ ΔΥΝΑΜΙΚΟΎ ΤΗΣ ΕΠΙΓΕΝΕΤΙΚΉΣ ΕΠΕΞΕΡΓΑΣΊΑΣ ΣΕ ΔΎΟ ΝΕΥΡΟΛΟΓΙΚΈΣ ΠΑΘΉΣΕΙΣ ΠΟΥ ΣΥΝΔΈΟΝΤΑΙ ΜΕ ΤΗ ΔΙΟΡΘΩΣΗ ΤΩΝ ΙΣΤΌΝΩΝ: ΣΎΝΔΡΟΜΟ RUBINSTEIN-TAYBI ΚΑΙ ΝΌΣΟΣ ΤΟΥ HUNTINGTON. ΤΡΊΤΟΝ, ΠΑΡΆΛΛΗΛΑ ΜΕ ΤΙΣ ΕΞΕΛΊΞΕΙΣ ΑΥΤΈΣ, ΠΡΟΤΕΊΝΟΥΜΕ ΝΑ ΑΝΤΙΜΕΤΩΠΙΣΤΕΊ Η ΤΕΧΝΙΚΉ ΠΡΌΚΛΗΣΗ ΠΟΥ ΣΥΝΔΈΕΤΑΙ ΜΕ ΤΗ ΓΟΝΙΔΙΩΜΑΤΙΚΉ ΑΝΆΛΥΣΗ ΣΕ ΈΝΑΝ ΙΣΤΌ ΜΕΓΆΛΗΣ ΠΟΛΥΠΛΟΚΌΤΗΤΑΣ ΚΑΙ ΚΥΤΤΑΡΙΚΉΣ ΕΤΕΡΟΓΈΝΕΙΑΣ, ΌΠΩΣ Ο ΕΓΚΈΦΑΛΟΣ, ΜΈΣΩ ΤΟΥ ΣΧΕΔΙΑΣΜΟΎ ΚΑΙ ΤΗΣ ΒΕΛΤΊΩΣΗΣ ΤΩΝ ΠΡΩΤΟΚΌΛΛΩΝ ΓΙΑ ΤΗΝ ΠΑΡΑΣΚΕΥΉ ΧΡΩΜΑΤΊΝΗΣ ΑΠΌ ΝΕΥΡΩΝΙΚΟΎΣ ΥΠΟΠΛΗΘΥΣΜΟΎΣ, ΣΥΜΠΕΡΙΛΑΜΒΑΝΟΜΈΝΗΣ ΤΗΣ ΔΗΜΙΟΥΡΓΊΑΣ ΝΈΩΝ ΓΕΝΕΤΙΚΏΝ ΕΡΓΑΛΕΊΩΝ ΓΙΑ ΤΟΝ ΕΠΙΛΕΚΤΙΚΌ ΔΙΑΧΩΡΙΣΜΌ ΠΥΡΉΝΩΝ (ΠΥΡΗΝΙΚΉ ΔΙΑΛΟΓΉ). ΣΥΝΟΛΙΚΆ, ΤΑ ΠΕΙΡΆΜΑΤΑ ΠΟΥ ΠΡΟΤΕΊΝΟΝΤΑΙ ΣΕ ΑΥΤΉ ΤΗ ΜΝΉΜΗ ΈΧΟΥΝ ΤΗ ΔΥΝΑΤΌΤΗΤΑ ΝΑ ΠΑΡΈΧΟΥΝ ΈΝΑ ΠΡΏΤΟ ΠΑΓΚΌΣΜΙΟ ΌΡΑΜΑ ΤΩΝ ΓΟΝΙΔΙΩΜΑΤΙΚΏΝ ΜΗΧΑΝΙΣΜΏΝ ΠΟΥ ΑΠΟΤΕΛΟΎΝ ΤΗ ΒΆΣΗ ΤΗΣ ΜΕΤΑΓΡΑΦΙΚΉΣ ΑΠΌΚΡΙΣΗΣ ΠΟΥ ΣΧΕΤΊΖΕΤΑΙ ΜΕ ΤΗ ΝΕΥΡΟΠΛΑΣΤΙΚΌΤΗΤΑ ΚΑΙ ΤΙΣ ΔΙΆΦΟΡΕΣ ΔΙΑΤΑΡΑΧΈΣ ΤΟΥ ΝΕΥΡΙΚΟΎ ΣΥΣΤΉΜΑΤΟΣ ΠΟΥ ΕΠΗΡΕΆΖΟΥΝ ΤΗ ΓΝΩΣΤΙΚΉ ΛΕΙΤΟΥΡΓΊΑ. (Greek)
    18 August 2022
    0 references
    TRANSKRIPTIONELLE OG EPIGENETISKE MEKANISMER SPILLER EN AFGØRENDE ROLLE I DE PROCESSER AF NEURONAL PLASTICITET, DER FINDER STED I DEN VOKSNE HJERNE. DESUDEN ER DEREGULERINGEN AF DISSE MEKANISMER EN FREMTRÆDENDE DEL AF ÆTIOLOGIEN AF TALRIGE NEUROLOGISKE OG PSYKIATRISKE LIDELSER. DEN FORSKNING, DER ER UDFØRT I LØBET AF DE SIDSTE TO ÅRTIER PÅ DETTE OMRÅDE HAR GIVET RIGELIGE OPLYSNINGER OM DEN TRANSKRIPTIVE RESPONS PÅ AKTIVITET OG IDENTIFICEREDE EFFEKTOR MOLEKYLER INVOLVERET I NEURONAL PLASTICITET OG NERVESYSTEM SYGDOMME. MEN VI MANGLER STADIG EN HOLISTISK MODEL, DER GØR DET MULIGT FOR OS AT FORUDSIGE ADFÆRDEN AF DE KOMPLEKSE GENICAS-NETVÆRK, DER LIGGER TIL GRUND FOR PLASTPROCESSER OG PATOLOGIER I DEN VOKSNE HJERNE. FORBEDRING OG REDUKTION AF DEN SENESTE GENERATION (NÆSTE GENERATION SEKVENTERING) TEKNIKKER GIVER DE IDEELLE BETINGELSER FOR ETABLERING AF ET FØRSTE UDKAST TIL DEN GENOMISKE BESÆTTELSE PROFIL I NEURONALT KROMATIN AF EPIGENETISKE MÆRKER OG TRANSKRIPTIONSFAKTORER (FT) REGULERET AF AKTIVITET, SAMT FOR BESKRIVELSEN AF ÆNDRINGERNE AF DISSE PROFILER FORBUNDET MED ERFARING ELLER SYGDOM. ARBEJDSPLANEN I DENNE RAPPORT ER OPDELT I TRE OPGAVER, DER HAR TIL FORMÅL AT BESKRIVE, MANIPULERE OG DEFORMERE GENOMPROFILER I NERVESYSTEMET. FOR DET FØRSTE FORESLÅR VI AT UDNYTTE DEN OMFATTENDE LITTERATUR INDEN FOR TRANSSKRIPTIONEL OG EPIGENETISK REGULERING AF NEURONEL PLASTICITET, DE OPLYSNINGER OG PROCEDURER, DER GENERERES AF KODEPROJEKTET (ENCYKLOPÆDI AF DNA-ELEMENTER) OG VORES EGEN ERFARING OG RESULTATER PÅ DETTE OMRÅDE, TIL AT UDVÆLGE ET BEGRÆNSET ANTAL FTS OG EPIGENETISKE MÆRKER OG UDFØRE DIFFERENTIALPROFILERINGSFORSØG I FORBINDELSE MED VELETABLEREDE NEUROPLASTICITETSMODELLER. DEREFTER VIL VI INTEGRERE DISSE OPLYSNINGER MED TRANSSKRIPTIONSPROFILER OPNÅET I DE SAMME MODELLER. VI HÅBER, AT META-ANALYSE OG BRUGEN AF FUNKTIONELLE GENOMVÆRKTØJER VIL GIVE ET UPUBLICERET SYN PÅ DE EPIGENETISKE OG TRANSKRIPTIONELLE HÆNDELSER, DER FOREKOMMER I DEN NEURALE KERNE SOM REAKTION PÅ AKTIVITET OG DERES INTERAKTION. DENNE AMBITIØSE GENOMOPSPORING, DER TAGER SIGTE PÅ AT SKABE NYE OPDAGELSER OG HYPOTESER, HAR ET STORT POTENTIALE FOR AT IDENTIFICERE NYE TERAPEUTISKE MÅL. FOR DET ANDET FORESLÅR VI AT UDFØRE EPIGENETISKE REDIGERINGSFORSØG MED DET FORMÅL AT PRÆCISERE DEN ROLLE, SOM HISTONERNES ACTILACION SPILLER I TRANSSKRIPTIONEN, OG UDFORSKE DET TERAPEUTISKE POTENTIALE VED EPIGENETISK REDIGERING UNDER TO NEUROLOGISKE TILSTANDE I FORBINDELSE MED DISACCETIATION AF HISTONER: RUBINSTEIN-TAYBI SYNDROM OG HUNTINGTONS SYGDOM. FOR DET TREDJE FORESLÅR VI PARALLELT MED DENNE UDVIKLING AT TAGE FAT PÅ DEN TEKNISKE UDFORDRING, DER ER FORBUNDET MED GENOMANALYSE I ET VÆV AF STOR KOMPLEKSITET OG CELLEHETEROGENITET, SÅSOM HJERNEN, VED AT UDFORME OG FORFINE PROTOKOLLER TIL FREMSTILLING AF CHROMATIN FRA NEURONALE DELPOPULATIONER, HERUNDER GENERERING AF NYE GENETISKE VÆRKTØJER TIL SELEKTIV ADSKILLELSE AF KERNER (NUKLEAR SORTERING). SAMLET SET HAR DE FORESLÅEDE EKSPERIMENTER I DENNE HUKOMMELSE POTENTIALE TIL AT GIVE EN FØRSTE GLOBAL VISION AF DE GENOMISKE MEKANISMER, DER LIGGER TIL GRUND FOR DEN TRANSKRIPTIVE RESPONS FORBUNDET MED NEUROPLASTICITET OG FORSKELLIGE NERVESYSTEMFORSTYRRELSER, DER PÅVIRKER KOGNITION. (Danish)
    18 August 2022
    0 references
    TRANSKRIPTIO- JA EPIGENEETTISILLA MEKANISMEILLA ON KESKEINEN ROOLI AIKUISTEN AIVOJEN NEURONAALISEN PLASTISUUDEN PROSESSEISSA. LISÄKSI NÄIDEN MEKANISMIEN SÄÄNTELYN PURKAMINEN ON MERKITTÄVÄ OSA MONIEN NEUROLOGISTEN JA PSYKIATRISTEN HÄIRIÖIDEN ETIOLOGIAA. KAHDEN VIIME VUOSIKYMMENEN AIKANA TÄLLÄ ALALLA TEHTY TUTKIMUS ON TARJONNUT RUNSAASTI TIETOA TRANSKRIPTIOREAKTIOSTA AKTIIVISUUTEEN JA TUNNISTETUISTA NEURONAALISEEN PLASTISUUTEEN JA HERMOSTON SAIRAUKSIIN LIITTYVISTÄ VAIKUTTAJISTA TAI MOLEKYYLEISTÄ. MEILTÄ PUUTTUU KUITENKIN VIELÄ KOKONAISVALTAINEN MALLI, JONKA AVULLA VOIMME ENNUSTAA MONIMUTKAISTEN GENICAS-VERKOSTOJEN KÄYTTÄYTYMISTÄ, JOTKA OVAT AIKUISTEN AIVOJEN MUOVIPROSESSIEN JA PATOLOGIOIDEN TAUSTALLA. UUSIMMAN SUKUPOLVEN (SEURAAVAN SUKUPOLVEN SEKVENSOINTI) TEKNIIKOIDEN PARANTAMINEN JA VÄHENTÄMINEN TARJOAVAT IHANTEELLISET EDELLYTYKSET LAATIA ENSIMMÄINEN LUONNOS GENOMISESTA AMMATTIPROFIILISTA EPIGENEETTISTEN MERKKIEN JA TRANSKRIPTIOTEKIJÖIDEN NEURONAALISESSA KROMATIINISSA, JOTA SÄÄDELLÄÄN AKTIIVISUUDELLA, SEKÄ NÄIDEN PROFIILIEN MUUTOSTEN KUVAUS KOKEMUKSEEN TAI SAIRAUTEEN LIITTYEN. TÄSSÄ RAPORTISSA ESITETTY TYÖSUUNNITELMA ON JAETTU KOLMEEN TEHTÄVÄÄN, JOIDEN TARKOITUKSENA ON KUVAILLA, MANIPULOIDA JA HAJOTTAA HERMOSTON GENOMIPROFIILEJA. ENSINNÄKIN EHDOTAMME, ETTÄ HYÖDYNNÄMME LAAJAA KIRJALLISUUTTA NEURONAALISEN PLASTISUUDEN TRANSKRIPTIO- JA EPIGENEETTISEN SÄÄNTELYN ALALLA, TIETOJA JA MENETTELYJÄ, JOTKA SYNTYVÄT KOODAUSPROJEKTISSA (DNA-ELEMENTTIEN ENCYCLOPEDIA), SEKÄ OMAA KOKEMUSTAMME JA TULOKSIAMME TÄLLÄ ALALLA, JOTTA VOIDAAN VALITA RAJOITETTU MÄÄRÄ FTS- JA EPIGENEETTISIÄ MERKKEJÄ JA SUORITTAA ERILAISIA PROFILOINTIKOKEITA VAKIINTUNEIDEN NEUROPLASTISUUSMALLIEN YHTEYDESSÄ. SEURAAVAKSI INTEGROIMME NÄMÄ TIEDOT SAMOISSA MALLEISSA SAATUIHIN TRANSKRIPTIOPROFIILEIHIN. TOIVOMME, ETTÄ META-ANALYYSI JA TOIMINNALLISTEN GENOMITYÖKALUJEN KÄYTTÖ TARJOAVAT JULKAISEMATTOMAN KUVAN NEUROYDINSSÄ ESIINTYVISTÄ EPIGENEETTISISTÄ JA TRANSKRIPTIOTAPAHTUMISTA VASTAUKSENA AKTIIVISUUTEEN JA NIIDEN VUOROVAIKUTUKSEEN. TÄMÄ KUNNIANHIMOINEN GENOMIJÄLJITYS, JONKA TARKOITUKSENA ON LUODA UUSIA LÖYTÖJÄ JA HYPOTEESEJA, TARJOAA HYVÄT MAHDOLLISUUDET UUSIEN HOITOKOHTEIDEN TUNNISTAMISEEN. TOISEKSI EHDOTAMME EPIGENEETTISIÄ MUOKKAUSKOKEITA, JOIDEN TARKOITUKSENA ON SELVENTÄÄ HISTONIEN ACTILACION-ROOLIA TRANSKRIPTIOSSA JA TUTKIA EPIGENEETTISEN EDITOINNIN TERAPEUTTISTA POTENTIAALIA KAHDESSA NEUROLOGISESSA TILASSA, JOTKA LIITTYVÄT HISTONIEN DISACCETIATION: RUBINSTEIN-TAYBIN OIREYHTYMÄ JA HUNTINGTONIN TAUTI. KOLMANNEKSI EHDOTAMME, ETTÄ SAMANAIKAISESTI TÄMÄN KEHITYKSEN KANSSA VASTATAAN TEKNISEEN HAASTEESEEN, JOKA LIITTYY GEENIANALYYSIIN ERITTÄIN MONIMUTKAISESSA KUDOKSESSA JA SOLUJEN HETEROGEENISESSÄ KUDOKSESSA, KUTEN AIVOISSA, SUUNNITTELEMALLA JA TARKENTAMALLA PROTOKOLLAT KROMATIININ VALMISTAMISEKSI NEURONAALISISTA ALAPOPULAATIOISTA, MUKAAN LUKIEN UUSIEN GENEETTISTEN VÄLINEIDEN LUOMINEN NUKLEIEN SELEKTIIVISTÄ EROTTAMISTA VARTEN (YDINLAJITTELU). KAIKEN KAIKKIAAN TÄSSÄ MUISTISSA EHDOTETUT KOKEET VOIVAT TARJOTA ENSIMMÄISEN MAAILMANLAAJUISEN NÄKEMYKSEN NIISTÄ GENOMISISTA MEKANISMEISTA, JOTKA OVAT NEUROPLASTISUUTEEN JA ERILAISIIN KOGNITIOON VAIKUTTAVIIN HERMOSTON HÄIRIÖIHIN LIITTYVÄN TRANSKRIPTIOVASTEEN TAUSTALLA. (Finnish)
    18 August 2022
    0 references
    MEKKANIŻMI TRASKRIZZJONALI U EPIĠENETIĊI GĦANDHOM RWOL ESSENZJALI FIL-PROĊESSI TA ‘PLASTIĊITÀ NEWRONALI LI SSEĦĦ FIL-MOĦĦ ADULTI. BARRA MINN HEKK, ID-DEREGOLAMENTAZZJONI TA’ DAWN IL-MEKKANIŻMI HIJA PARTI PROMINENTI MILL-ETJOLOĠIJA TA’ BOSTA DISTURBI NEWROLOĠIĊI U PSIKJATRIĊI. IR-RIĊERKA MWETTQA MATUL DAWN L-AĦĦAR GĦOXRIN SENA F’DAN IL-QASAM IPPROVDIET INFORMAZZJONI ABBUNDANTI DWAR IR-RISPONS TRASKRIZZJONALI GĦALL-ATTIVITÀ U IDENTIFIKAT MOLEKULI EFFECTOR INVOLUTI FIL-PLASTIĊITÀ NEWRONALI U L-MARD TAS-SISTEMA NERVUŻA. MADANKOLLU, GĦAD M’GĦANDNIEX MUDELL OLISTIKU LI JIPPERMETTILNA NBASSRU L-IMĠIBA TAN-NETWERKS KUMPLESSI TAL-GENICAS LI HUMA L-BAŻI TAL-PROĊESSI U L-PATOLOĠIJI TAL-PLASTIK FIL-MOĦĦ TAL-ADULTI. IT-TITJIB U T-TNAQQIS TAL-AĦĦAR TEKNIKI TAL-ĠENERAZZJONI (SEKWENZJAR TAL-ĠENERAZZJONI LI JMISS) JIPPROVDU L-KUNDIZZJONIJIET IDEALI GĦALL-ISTABBILIMENT TAL-EWWEL ABBOZZ TAL-PROFIL TAL-OKKUPAZZJONI ĠENOMIKA FIL-KROMATIN NEWRONALI TAL-MARKI EPIĠENETIĊI U L-FATTURI TAT-TRASKRIZZJONI (FT) REGOLATI MILL-ATTIVITÀ, KIF UKOLL GĦAD-DESKRIZZJONI TAL-BIDLIET TA’ DAWN IL-PROFILI ASSOĊJATI MAL-ESPERJENZA JEW IL-MARD. IL-PJAN TA’ ĦIDMA PPREŻENTAT F’DAN IR-RAPPORT HUWA MAQSUM FI TLIET KOMPITI MMIRATI LEJN ID-DESKRIZZJONI, IL-MANIPULAZZJONI U D-DISSETTJAR TAL-PROFILI ĠENOMIĊI FIS-SISTEMA NERVUŻA. L-EWWEL NETT, NIPPROPONU LI NIEĦDU VANTAĠĠ MIL-LETTERATURA ESTENSIVA FIL-QASAM TAR-REGOLAMENTAZZJONI TRASKRIZZJONALI U EPIĠENETIKA TAL-PLASTIĊITÀ NEWRONALI, L-INFORMAZZJONI U L-PROĊEDURI ĠĠENERATI MILL-PROĠETT TAL-KODIĊI (ENĊIKLOPEDIJA TAL-ELEMENTI TAD-DNA), U L-ESPERJENZA U R-RIŻULTATI TAGĦNA STESS F’DAN IL-QASAM, BIEX NAGĦŻLU NUMRU LIMITAT TA’ FTS U MARKI EPIĠENETIĊI U NWETTQU ESPERIMENTI TA’ PROFILAR DIFFERENZJALI FIL-KUNTEST TA’ MUDELLI TA’ NEWROPLASTIĊITÀ STABBILITI SEW. LI JMISS AĦNA SE JINTEGRAW DIN L-INFORMAZZJONI MA ‘PROFILI TRASKRIZZJONI MIKSUBA FL-ISTESS MUDELLI. NITTAMAW LI L-META-ANALIŻI U L-UŻU TA’ GĦODOD ĠENOMIĊI FUNZJONALI JIPPROVDU VIŻJONI MHUX IPPUBBLIKATA TAL-AVVENIMENTI EPIĠENETIĊI U TRASKRIZZJONALI LI JSEĦĦU FIN-NUKLEU NEWRALI B’REAZZJONI GĦALL-ATTIVITÀ U L-INTERAZZJONI TAGĦHOM. DAN IT-TRAĊĊAR ĠENOMIKU AMBIZZJUŻ, IMMIRAT LEJN IL-ĠENERAZZJONI TA’ SKOPERTI U IPOTEŻIJIET ĠODDA, GĦANDU POTENZJAL KBIR GĦALL-IDENTIFIKAZZJONI TA’ MIRI TERAPEWTIĊI ĠODDA. IT-TIENI, AĦNA NIPPROPONU LI JITWETTQU ESPERIMENTI TA’ EDITJAR EPIĠENETIKU BIL-GĦAN LI JIĠI ĊĊARAT IR-RWOL TAL-ACTILACION TA’ HISTONES FIT-TRASKRIZZJONI U L-ESPLORAZZJONI TAL-POTENZJAL TERAPEWTIKU TAL-EDITJAR EPIĠENETIKU F’ŻEWĠ KUNDIZZJONIJIET NEWROLOĠIĊI ASSOĊJATI MAD-DISAĊĊETTAZZJONI TAL-ĠEBEL: IS-SINDROME TA’ RUBINSTEIN-TAYBI U L-MARDA TA’ HUNTINGTON S. IT-TIELET, B’MOD PARALLEL MA’ DAWN L-IŻVILUPPI, AĦNA NIPPROPONU LI NINDIRIZZAW L-ISFIDA TEKNIKA ASSOĊJATA MAL-ANALIŻI ĠENOMIKA F’TESSUT TA’ KUMPLESSITÀ KBIRA U ETEROĠENEITÀ TAĊ-ĊELLOLI, BĦALL-MOĦĦ, PERMEZZ TAD-DISINN U L-IRFINAR TA’ PROTOKOLLI GĦAT-TĦEJJIJA TAL-KROMATIN MINN SUBPOPOLAZZJONIJIET NEWRONALI, INKLUŻA L-ĠENERAZZJONI TA’ GĦODOD ĠENETIĊI ĠODDA GĦAS-SEPARAZZJONI SELETTIVA TAN-NUKLEI (ISSORTJAR NUKLEARI). B’MOD ĠENERALI, L-ESPERIMENTI PROPOSTI F’DIN IL-MEMORJA GĦANDHOM IL-POTENZJAL LI JIPPROVDU L-EWWEL VIŻJONI GLOBALI TAL-MEKKANIŻMI ĠENOMIĊI LI HUMA L-BAŻI TAR-RISPONS TRASKRIZZJONALI ASSOĊJAT MAN-NEWROPLASTIĊITÀ U DISTURBI VARJI TAS-SISTEMA NERVUŻA LI GĦANDHOM IMPATT FUQ IL-KONJIZZJONI. (Maltese)
    18 August 2022
    0 references
    TRANSKRIPCIJAS UN EPIĢENĒTISKAJIEM MEHĀNISMIEM IR BŪTISKA NOZĪME NEIRONU PLASTISKUMA PROCESOS, KAS NOTIEK PIEAUGUŠO SMADZENĒS. TURKLĀT ŠO MEHĀNISMU DEREGULĀCIJA IR DAUDZU NEIROLOĢISKU UN PSIHISKU TRAUCĒJUMU ETIOLOĢIJAS IEVĒROJAMA DAĻA. PĒTĪJUMI, KAS VEIKTI PĒDĒJO DIVU DESMITGAŽU LAIKĀ ŠAJĀ JOMĀ, IR SNIEGUŠI BAGĀTĪGU INFORMĀCIJU PAR TRANSKRIPCIJAS REAKCIJU UZ AKTIVITĀTI UN IDENTIFICĒJA EFEKTORU MOLEKULAS, KAS IESAISTĪTAS NEIRONU PLASTISKUMĀ UN NERVU SISTĒMAS SLIMĪBĀS. TOMĒR MUMS JOPROJĀM TRŪKST HOLISTISKA MODEĻA, KAS ĻAUJ PROGNOZĒT SAREŽĢĪTO GENICAS TĪKLU UZVEDĪBU, KAS IR PLASTMASAS PROCESU UN PATOLOĢIJU PAMATĀ PIEAUGUŠO SMADZENĒS. JAUNĀKĀS PAAUDZES (NĀKAMĀS PAAUDZES SEKVENCĒŠANAS) METOŽU UZLABOŠANA UN SAMAZINĀŠANA NODROŠINA IDEĀLUS APSTĀKĻUS, LAI IZVEIDOTU PIRMO GENOMA PROFESIJAS PROFILA PROJEKTU EPIĢENĒTISKO ZĪMJU UN TRANSKRIPCIJAS FAKTORU (FT) NEIRONU HROMATĪNĀ, KO REGULĒ AKTIVITĀTE, KĀ ARĪ LAI APRAKSTĪTU ŠO PROFILU IZMAIŅAS, KAS SAISTĪTAS AR PIEREDZI VAI SLIMĪBU. ŠAJĀ ZIŅOJUMĀ IZKLĀSTĪTAIS DARBA PLĀNS IR SADALĪTS TRĪS UZDEVUMOS, KURU MĒRĶIS IR APRAKSTĪT, MANIPULĒT UN SADALĪT GENOMISKOS PROFILUS NERVU SISTĒMĀ. PIRMKĀRT, MĒS IEROSINĀM IZMANTOT PLAŠO LITERATŪRU NEIRONU PLASTISKUMA TRANSKRIPCIJAS UN EPIĢENĒTISKĀS REGULĒŠANAS JOMĀ, INFORMĀCIJU UN PROCEDŪRAS, KO RADA KODĒŠANAS PROJEKTS (DNS ELEMENTU ENCIKLOPĒDIJA), KĀ ARĪ MŪSU PAŠU PIEREDZI UN REZULTĀTUS ŠAJĀ JOMĀ, LAI IZVĒLĒTOS IEROBEŽOTU SKAITU FTS UN EPIĢENĒTISKO ZĪMJU UN VEIKTU DIFERENCĒTAS PROFILĒŠANAS EKSPERIMENTUS VISPĀRATZĪTU NEIROPLASTITĀTES MODEĻU KONTEKSTĀ. TĀLĀK MĒS INTEGRĒSIM ŠO INFORMĀCIJU AR TRANSKRIPCIJAS PROFILIEM, KAS IEGŪTI TAJOS PAŠOS MODEĻOS. MĒS CERAM, KA METAANALĪZE UN FUNKCIONĀLO GENOMISKO INSTRUMENTU IZMANTOŠANA NODROŠINĀS NEPUBLICĒTU REDZĒJUMU PAR EPIĢENĒTISKAJIEM UN TRANSKRIPCIJAS NOTIKUMIEM, KAS RODAS NERVU KODOLĀ, REAĢĒJOT UZ AKTIVITĀTI UN TO MIJIEDARBĪBU. ŠAI VĒRIENĪGAJAI GENOMISKAJAI IZSEKOŠANAI, KURAS MĒRĶIS IR RADĪT JAUNUS ATKLĀJUMUS UN HIPOTĒZES, IR LIELS POTENCIĀLS NOTEIKT JAUNUS TERAPEITISKOS MĒRĶUS. OTRKĀRT, MĒS IEROSINĀM VEIKT EPIĢENĒTISKUS REDIĢĒŠANAS EKSPERIMENTUS AR MĒRĶI NOSKAIDROT HISTOŅU AKTILACIJAS LOMU TRANSKRIPCIJĀ UN IZPĒTĪT EPIĢENĒTISKĀS REDIĢĒŠANAS TERAPEITISKO POTENCIĀLU DIVOS NEIROLOĢISKOS APSTĀKĻOS, KAS SAISTĪTI AR HISTONU DISACCETIATION: RUBINŠTEINA-TAIBI SINDROMS UN HUNTINGTONA SLIMĪBA. TREŠKĀRT, PARALĒLI ŠĪM NORISĒM MĒS IEROSINĀM RISINĀT TEHNISKĀS PROBLĒMAS, KAS SAISTĪTAS AR GENOMIKAS ANALĪZI ĻOTI SAREŽĢĪTIEM AUDIEM UN ŠŪNU NEVIENDABĪGUMAM, PIEMĒRAM, SMADZENĒM, IZSTRĀDĀJOT UN PILNVEIDOJOT PROTOKOLUS HROMATĪNA SAGATAVOŠANAI NO NEIRONU APAKŠPOPULĀCIJĀM, TOSTARP RADOT JAUNUS ĢENĒTISKOS INSTRUMENTUS KODOLU SELEKTĪVAI ATDALĪŠANAI (KODOLŠĶIROŠANA). KOPUMĀ ŠAJĀ ATMIŅĀ IEROSINĀTIE EKSPERIMENTI VAR NODROŠINĀT PIRMO GLOBĀLO REDZĒJUMU PAR GENOMA MEHĀNISMIEM, KAS IR PAMATĀ TRANSKRIPCIJAS REAKCIJAI, KAS SAISTĪTA AR NEIROPLASTISMU UN DAŽĀDIEM NERVU SISTĒMAS TRAUCĒJUMIEM, KAS IETEKMĒ IZZIŅAS. (Latvian)
    18 August 2022
    0 references
    TRANSKRIPČNÉ A EPIGENETICKÉ MECHANIZMY ZOHRÁVAJÚ ZÁSADNÚ ÚLOHU V PROCESOCH NEURONÁLNEJ PLASTICITY, KTORÁ SA ODOHRÁVA V MOZGU DOSPELÝCH. OKREM TOHO JE DEREGULÁCIA TÝCHTO MECHANIZMOV VÝZNAMNOU SÚČASŤOU ETIOLÓGIE MNOHÝCH NEUROLOGICKÝCH A PSYCHIATRICKÝCH PORÚCH. VÝSKUM USKUTOČNENÝ V POSLEDNÝCH DVOCH DESAŤROČIACH V TEJTO OBLASTI POSKYTOL MNOŽSTVO INFORMÁCIÍ O TRANSKRIPČNEJ REAKCII NA AKTIVITU A IDENTIFIKOVANÝCH MOLEKULY EFEKTOROV PODIEĽAJÚCICH SA NA NEURONÁLNEJ PLASTICITE A OCHORENIACH NERVOVÉHO SYSTÉMU. STÁLE NÁM VŠAK CHÝBA HOLISTICKÝ MODEL, KTORÝ NÁM UMOŽŇUJE PREDPOVEDAŤ SPRÁVANIE KOMPLEXNÝCH SIETÍ GENICAS, KTORÉ SÚ ZÁKLADOM PLASTOVÝCH PROCESOV A PATOLÓGIÍ V MOZGU DOSPELÝCH. ZLEPŠENIE A REDUKCIA TECHNÍK NAJNOVŠEJ GENERÁCIE (SEKVENOVANIE ĎALŠEJ GENERÁCIE) POSKYTUJE IDEÁLNE PODMIENKY NA VYTVORENIE PRVÉHO NÁVRHU PROFILU GENÓMOVÉHO POVOLANIA V NEURONÁLNOM CHROMATÍNE EPIGENETICKÝCH ZNAČIEK A TRANSKRIPČNÝCH FAKTOROV (FT) REGULOVANÝCH ČINNOSŤOU, AKO AJ OPIS ZMIEN TÝCHTO PROFILOV SPOJENÝCH SO SKÚSENOSŤAMI ALEBO CHOROBOU. PRACOVNÝ PLÁN PREDLOŽENÝ V TEJTO SPRÁVE JE ROZDELENÝ NA TRI ÚLOHY ZAMERANÉ NA OPIS, MANIPULÁCIU A ROZRÁBANIE GENÓMOVÝCH PROFILOV V NERVOVOM SYSTÉME. PO PRVÉ, NAVRHUJEME VYUŽIŤ ROZSIAHLU LITERATÚRU V OBLASTI TRANSKRIPČNEJ A EPIGENETICKEJ REGULÁCIE NEURONÁLNEJ PLASTICITY, INFORMÁCIE A POSTUPY GENEROVANÉ PROJEKTOM KÓDOVANIA (ENCYKLOPÉDIA PRVKOV DNA) A NAŠE VLASTNÉ SKÚSENOSTI A VÝSLEDKY V TEJTO OBLASTI, VYBRAŤ OBMEDZENÝ POČET FTS A EPIGENETICKÝCH ZNAČIEK A VYKONÁVAŤ EXPERIMENTY DIFERENCIÁLNEHO PROFILOVANIA V KONTEXTE OSVEDČENÝCH MODELOV NEUROPLASTICITY. ĎALEJ BUDEME INTEGROVAŤ TIETO INFORMÁCIE S PREPISNÝMI PROFILMI ZÍSKANÝMI V ROVNAKÝCH MODELOCH. DÚFAME, ŽE META-ANALÝZA A POUŽITIE FUNKČNÝCH GENOMICKÝCH NÁSTROJOV POSKYTNE NEPUBLIKOVANÚ VÍZIU EPIGENETICKÝCH A TRANSKRIPČNÝCH UDALOSTÍ, KTORÉ SA VYSKYTUJÚ V NERVOVOM JADRE V REAKCII NA AKTIVITU A ICH INTERAKCIU. TOTO AMBICIÓZNE GENÓMOVÉ SLEDOVANIE ZAMERANÉ NA VYTVÁRANIE NOVÝCH OBJAVOV A HYPOTÉZ MÁ VEĽKÝ POTENCIÁL NA IDENTIFIKÁCIU NOVÝCH TERAPEUTICKÝCH CIEĽOV. PO DRUHÉ, NAVRHUJEME VYKONAŤ EPIGENETICKÉ EDITAČNÉ EXPERIMENTY S CIEĽOM OBJASNIŤ ÚLOHU ACTILACION HISTÓNOV V TRANSKRIPCII A PRESKÚMAŤ TERAPEUTICKÝ POTENCIÁL EPIGENETICKEJ ÚPRAVY V DVOCH NEUROLOGICKÝCH STAVOCH SPOJENÝCH S DISACCETIÁCIA HISTÓNOV: RUBINSTEINOV-TAYBIHO SYNDRÓM A HUNTINGTONOVA CHOROBA. PO TRETIE, SÚBEŽNE S TÝMTO VÝVOJOM NAVRHUJEME RIEŠIŤ TECHNICKÚ VÝZVU SPOJENÚ S GENOMICKOU ANALÝZOU V TKANIVE S VEĽKOU KOMPLEXNOSŤOU A HETEROGENITOU BUNIEK, AKO JE MOZOG, PROSTREDNÍCTVOM NÁVRHU A ZDOKONALENIA PROTOKOLOV NA PRÍPRAVU CHROMATÍNU Z NEURONÁLNYCH SUBPOPULÁCIÍ VRÁTANE VYTVÁRANIA NOVÝCH GENETICKÝCH NÁSTROJOV NA SELEKTÍVNU SEPARÁCIU JADIER (JADROVÉ TRIEDENIE). CELKOVO MAJÚ EXPERIMENTY NAVRHOVANÉ V TEJTO PAMÄTI POTENCIÁL POSKYTNÚŤ PRVÚ GLOBÁLNU VÍZIU GENÓMOVÝCH MECHANIZMOV, KTORÉ SÚ ZÁKLADOM TRANSKRIPČNEJ ODPOVEDE SPOJENEJ S NEUROPLASTICITOU A RÔZNYMI PORUCHAMI NERVOVÉHO SYSTÉMU, KTORÉ OVPLYVŇUJÚ POZNANIE. (Slovak)
    18 August 2022
    0 references
    TÁ RÓL RÍTHÁBHACHTACH AG MEICNÍOCHTAÍ TRASCRÍOBHACHA AGUS EPIGENETIC I BPRÓISIS PHLAISTEACHA NÉARÓINEACHA A THARLAÍONN SAN INCHINN FÁSTA. INA THEANNTA SIN, TÁ DÍRIALÁIL NA MEICNÍOCHTAÍ SEO INA CHUID SHUNTASACH DEN ETIOLOGY DE NEAMHOIRD NÉAREOLAÍOCHA AGUS SHÍCIATRACHA IOMADÚLA. TÁ AN TAIGHDE A RINNEADH LE FICHE BLIAIN ANUAS SA RÉIMSE SEO TAR ÉIS FAISNÉIS FLÚIRSEACH A SHOLÁTHAR FAOIN BHFREAGAIRT TRAS-SCRÍOFA AR GHNÍOMHAÍOCHT AGUS AITHNÍODH MÓILÍNÍ ÉIFEACHTA A BHFUIL BAINT ACU LE PLAISTEACHACHT NÉARÓNACH AGUS GALAIR AN NÉARCHÓRAIS. MAR SIN FÉIN, NÍL SAMHAIL IOMLÁNAÍOCH FÓS AGAINN A LIGEANN DÚINN IOMPAR LÍONRAÍ CASTA GENICAS A THUAR A BHUNAÍONN PRÓISIS PHLAISTEACHA AGUS PAITEOLAÍOCHTAÍ SAN INCHINN AOSACH. TRÍ FHEABHAS A CHUR AR THEICNÍCÍ NA CHÉAD GHLÚINE (SEICHEAMHÚ GLÚINE EILE) AGUS TRÍ NA TEICNÍCÍ SIN A LAGHDÚ, DÉANTAR NA COINNÍOLLACHA IS FEARR CHUN AN CHÉAD DRÉACHT DE PHRÓIFÍL NA SLÍ BEATHA GÉANÓMAÍ A BHUNÚ I GCRÓMATIN NÉARÓINEACH DE MHARCANNA EIPIGÉINITEACHA AGUS DE THOSCA TRAS-SCRÍOFA (FT) ARNA RIALÚ DE RÉIR GNÍOMHAÍOCHTA, CHOMH MAITH LE CUR SÍOS AR NA HATHRUITHE AR NA PRÓIFÍLÍ SIN A BHAINEANN LE TAITHÍ NÓ GALAR. TÁ AN PLEAN OIBRE A CHUIRTEAR I LÁTHAIR SA TUARASCÁIL SEO ROINNTE I DTRÍ THASC ATÁ DÍRITHE AR PHRÓIFÍLÍ GÉANÓMAÍOCHA SA NÉARCHÓRAS A THUAIRISCIÚ, A IONRAMHÁIL AGUS A SCAIPEADH. AR AN GCÉAD DUL SÍOS, MOLAIMID LEAS A BHAINT AS AN LITRÍOCHT FHAIRSING I RÉIMSE AN RIALACHÁIN THRAS-SCRÍOFA AGUS EPIGENETIC MAIDIR LE PLASTICITY NÉARÓNACH, AN FHAISNÉIS AGUS NA NÓSANNA IMEACHTA A GHINEANN AN TIONSCADAL IONCHÓDAITHE (ENCYCLOPEDIA D’EILIMINTÍ DNA), AGUS ÁR DTAITHÍ FÉIN AGUS TORTHAÍ SA RÉIMSE SEO, LÍON TEORANTA FTS AGUS MARCANNA EPIGENETIC A ROGHNÚ AGUS TURGNAIMH PHRÓIFÍLITHE DIFREÁLACHA A DHÉANAMH I GCOMHTHÉACS SAMHLACHA NEUROPLASTICITY SEANBHUNAITHE. AR AGHAIDH DÉANFAIMID AN FHAISNÉIS SEO A CHOMHTHÁTHÚ LE PRÓIFÍLÍ TRAS-SCRÍOFA A FHAIGHTEAR SNA SAMHLACHA CÉANNA. TÁ SÚIL AGAINN GO GCUIRFIDH MEITEA-ANAILÍS AGUS ÚSÁID UIRLISÍ GÉANÓMAÍOCHA FEIDHMIÚLA FÍS NEAMHFHOILSITHE AR FÁIL DE NA HIMEACHTAÍ EPIGENETIC AGUS TRAS-SCRÍOFA A THARLAÍONN SA NÚICLÉAS NÉARACH MAR FHREAGAIRT AR GHNÍOMHAÍOCHT AGUS AR A N-IDIRGHNÍOMHAÍOCHT. TÁ AN-ACMHAINNEACHT AG AN RIANÚ GÉANÓMAÍOCH UAILLMHIANACH SIN, ATÁ DÍRITHE AR FHIONNACHTANA AGUS HIPITÉISÍ NUA A GHINIÚINT, CHUN SPRIOCANNA TEIRIPEACHA NUA A SHAINAITHINT. AR AN DARA DUL SÍOS, MOLAIMID TURGNAIMH EAGARTHÓIREACHTA EPIGENETIC A DHÉANAMH CHUN RÓL ACTILACION HISTONES A SHOILÉIRIÚ I DTRAS-SCRÍOBH AGUS INIÚCHADH A DHÉANAMH AR CHUMAS TEIRIPEACH EAGARTHÓIREACHT EPIGENETIC IN DHÁ CHOINNÍOLL NÉAREOLAÍOCHA A BHAINEANN LE DISACCETIATION HISTONES: SIONDRÓM RUBINSTEIN-TAYBI AGUS GALAR HUNTINGTON’S. AR AN TRÍÚ DUL SÍOS, I GCOMHTHRÁTH LEIS NA FORBAIRTÍ SIN, MOLAIMID AGHAIDH A THABHAIRT AR AN DÚSHLÁN TEICNIÚIL A BHAINEANN LE HANAILÍS GHÉANÓMAÍOCH I BHFÍOCHÁN ATÁ AN-CHASTA AGUS ILCHINEÁLACHT NA GCEALL, AMHAIL AN INCHINN, TRÍ PHRÓTACAIL A DHEARADH AGUS A MHIONCHOIGEARTÚ CHUN CROMATIN Ó FHODHAONRAÍ NÉARÓNACHA A ULLMHÚ, LENA N-ÁIRÍTEAR UIRLISÍ GÉINITEACHA NUA A GHINIÚINT CHUN NÚICLÉASANNA A SCARADH GO ROGHNACH (SÓRÁIL NÚICLÉACH). TRÍD IS TRÍD, TÁ SÉ DE CHUMAS AG NA TURGNAIMH ATÁ BEARTAITHE SA CHUIMHNE SEO AN CHÉAD FHÍS DHOMHANDA A SHOLÁTHAR DE NA MEICNÍOCHTAÍ GÉANÓMAÍOCHA ATÁ MAR BHONN LEIS AN BHFREAGAIRT TRAS-SCRÍOFA A BHAINEANN LE NEUROPLASTICITY AGUS NEAMHOIRD CÓRAIS NÉARÓGACHA ÉAGSÚLA A MBÍONN TIONCHAR ACU AR CHOGNITION. (Irish)
    18 August 2022
    0 references
    TRANSKRIPČNÍ A EPIGENETICKÉ MECHANISMY HRAJÍ ZÁSADNÍ ROLI V PROCESECH NEURONÁLNÍ PLASTICITY, KTERÁ SE ODEHRÁVÁ V DOSPĚLÉM MOZKU. DEREGULACE TĚCHTO MECHANISMŮ JE NAVÍC VÝZNAMNOU SOUČÁSTÍ ETIOLOGIE ČETNÝCH NEUROLOGICKÝCH A PSYCHIATRICKÝCH PORUCH. VÝZKUM PROVEDENÝ V POSLEDNÍCH DVOU DESETILETÍCH V TÉTO OBLASTI POSKYTL BOHATÉ INFORMACE O TRANSKRIPČNÍ REAKCI NA AKTIVITU A IDENTIFIKOVAL ÚČINNÉ MOLEKULY ZAPOJENÉ DO NEURONÁLNÍ PLASTICITY A ONEMOCNĚNÍ NERVOVÉHO SYSTÉMU. STÁLE NÁM VŠAK CHYBÍ HOLISTICKÝ MODEL, KTERÝ NÁM UMOŽŇUJE PŘEDVÍDAT CHOVÁNÍ KOMPLEXNÍCH SÍTÍ GENICAS, KTERÉ JSOU ZÁKLADEM PLASTOVÝCH PROCESŮ A PATOLOGIÍ V DOSPĚLÉM MOZKU. ZLEPŠENÍ A OMEZENÍ TECHNIK NEJNOVĚJŠÍ GENERACE (SEKVENOVÁNÍ PŘÍŠTÍ GENERACE) POSKYTUJE IDEÁLNÍ PODMÍNKY PRO VYTVOŘENÍ PRVNÍHO NÁVRHU GENOMICKÉHO OKUPAČNÍHO PROFILU V NEURONÁLNÍM CHROMATINU EPIGENETICKÝCH ZNAMÉNEK A TRANSKRIPČNÍCH FAKTORŮ (FT) REGULOVANÝCH AKTIVITOU, JAKOŽ I PRO POPIS ZMĚN TĚCHTO PROFILŮ SPOJENÝCH SE ZKUŠENOSTMI NEBO NEMOCÍ. PRACOVNÍ PLÁN PŘEDLOŽENÝ V TÉTO ZPRÁVĚ JE ROZDĚLEN DO TŘÍ ÚKOLŮ, JEJICHŽ CÍLEM JE POPISOVAT, MANIPULOVAT A PITVAT GENOMICKÉ PROFILY V NERVOVÉM SYSTÉMU. ZAPRVÉ NAVRHUJEME VYUŽÍT ROZSÁHLÉ LITERATURY V OBLASTI TRANSKRIPČNÍ A EPIGENETICKÉ REGULACE NEURONÁLNÍ PLASTICITY, INFORMACÍ A POSTUPŮ VYTVOŘENÝCH PROJEKTEM ENKÓDOVÁNÍ (ENCYKLOPEDIE DNA PRVKŮ) A NAŠICH VLASTNÍCH ZKUŠENOSTÍ A VÝSLEDKŮ V TÉTO OBLASTI, VYBRAT OMEZENÝ POČET FTS A EPIGENETICKÝCH ZNAČEK A PROVÁDĚT DIFERENCIÁLNÍ PROFILOVACÍ EXPERIMENTY V KONTEXTU ZAVEDENÝCH MODELŮ NEUROPLASTICITY. DÁLE TYTO INFORMACE INTEGRUJEME S TRANSKRIPČNÍMI PROFILY ZÍSKANÝMI VE STEJNÝCH MODELECH. DOUFÁME, ŽE METAANALÝZA A POUŽITÍ FUNKČNÍCH GENOMICKÝCH NÁSTROJŮ POSKYTNE NEPUBLIKOVANOU VIZI EPIGENETICKÝCH A TRANSKRIPČNÍCH UDÁLOSTÍ, KTERÉ SE VYSKYTUJÍ V NERVOVÉM JÁDRU V REAKCI NA AKTIVITU A JEJICH INTERAKCI. TOTO AMBICIÓZNÍ GENOMOVÉ SLEDOVÁNÍ, ZAMĚŘENÉ NA VYTVÁŘENÍ NOVÝCH OBJEVŮ A HYPOTÉZ, MÁ VELKÝ POTENCIÁL PRO IDENTIFIKACI NOVÝCH TERAPEUTICKÝCH CÍLŮ. ZADRUHÉ NAVRHUJEME PROVÉST EPIGENETICKÉ EDITAČNÍ EXPERIMENTY S CÍLEM OBJASNIT ÚLOHU ACTILACIONU HISTONŮ V TRANSKRIPCI A PROZKOUMAT TERAPEUTICKÝ POTENCIÁL EPIGENETICKÉ EDITACE VE DVOU NEUROLOGICKÝCH STAVECH SPOJENÝCH S DISACCETIATION HISTONŮ: RUBINSTEIN-TAYBIHO SYNDROM A HUNTINGTONOVA CHOROBA. ZA TŘETÍ, SOUBĚŽNĚ S TÍMTO VÝVOJEM NAVRHUJEME ŘEŠIT TECHNICKOU VÝZVU SPOJENOU S GENOMICKOU ANALÝZOU V TKÁNI VELKÉ SLOŽITOSTI A BUNĚČNÉ HETEROGENITY, JAKO JE MOZEK, PROSTŘEDNICTVÍM NÁVRHU A ZDOKONALOVÁNÍ PROTOKOLŮ PRO PŘÍPRAVU CHROMATINU Z NEURONOVÝCH SUBPOPULACÍ, VČETNĚ VYTVOŘENÍ NOVÝCH GENETICKÝCH NÁSTROJŮ PRO SELEKTIVNÍ SEPARACI JADER (JADERNÉ TŘÍDĚNÍ). CELKOVĚ MOHOU EXPERIMENTY NAVRŽENÉ V TÉTO PAMĚTI POSKYTNOUT PRVNÍ GLOBÁLNÍ VIZI GENOMICKÝCH MECHANISMŮ, KTERÉ JSOU ZÁKLADEM TRANSKRIPČNÍ ODPOVĚDI SPOJENÉ S NEUROPLASTICITOU A RŮZNÝMI PORUCHAMI NERVOVÉHO SYSTÉMU, KTERÉ OVLIVŇUJÍ KOGNICI. (Czech)
    18 August 2022
    0 references
    Os mecanismos transcricionais e epigenéticos desempenham um papel essencial nos processos de PLÁSTICIDADE NEURONAL que se instalam no cérebro adulto. Além disso, o desregelamento destes mecanismos é uma parte importante da ETIOLOGIA das doenças neurológicas e psiquiátricas numéricas. A INVESTIGAÇÃO REALIZADA NAS ÚLTIMAS DUAS DECADES NESTE DOMÍNIO forneceu INFORMAÇÕES ABUNDANTES SOBRE A RESPOSTA TRANSCRITÓRIA À ATIVIDADE E ÀS MOLÉCULAS DE EFEITOS IDENTIFICADAS ENVOLVIDAS NA PLÁSTICIDADE NEURONAL E NO SISTEMA NERVOSO. No entanto, ainda não temos um modelo holístico que nos permita prever o comportamento das redes genéticas completas que regem os processos e as patologias plásticas no cérebro adulto. THE IMPROVEMENT AND REDUCTION OF THE LATEST GENERATION (NEXT GENERATION SEQUENCING) TECHNIQUES PROVIDE THE IDEAL CONDITIONS FOR THE ESTABLISHMENT OF A FIRST DRAFT OF THE GENOMIC OCCUPATION PROFILE IN NEURONAL CHROMATIN OF EPIGENETIC MARKS AND TRANSCRIPTION FACTORS (FT) REGULATED BY ACTIVITY, AS WELL AS FOR THE DESCRIPTION OF THE CHANGES OF THESE PROFILES ASSOCIATED WITH EXPERIENCE OR DISEASE. O PLANO DE TRABALHO APRESENTADO NO PRESENTE RELATÓRIO DIVIDE-SE EM TRÊS TAREFAS DESTINADAS A DESCRIÇÃO, MANIPULAÇÃO E DESSECÇÃO DOS PERFILES GENÓMICOS NO SISTEMA NERVOSO. Em primeiro lugar, propomo-nos tirar partido da extensa literatura no domínio da regulamentação transcricional e epigenética da plasticidade neuronal, das informações e procedimentos gerados pelo projecto ENCODE (ENCICLOPEDIA DE ELEMENTOS DE ADN), bem como da nossa própria experiência e resultados neste domínio, para seleccionar um número limitado de FTS e de marcas epigenéticas e realizar diferentes experiências de protecção no contexto de modelos de nEUROPLASTICIDADE bem desenvolvidos. A seguir, vamos integrar esta informação com os perfis transcricionais obtidos nos mesmos modelos. Esperamos que a meta-análise e a utilização de ferramentas genómicas funcionais proporcionem uma visão não divulgada dos eventos epigenéticos e transcricionais que ocorrem no núcleo central em resposta à atividade e à sua interação. Este AMBITIOUS TRACING GENÓMICO, DESTINADO À GERAÇÃO DE NOVOS DESCOBERTOS E HIPÓTESES, TEM UM GRANDE POTENCIAL PARA A IDENTIFICAÇÃO DE NOVOS OBJETIVOS TERAPÊUTICOS. Em segundo lugar, propomos a realização de experiências de edição epigenética com o objectivo de clarificar o papel da actuação dos historiadores na transposição e de explorar o potencial terapêutico da edição epigenética em duas condições neurológicas associadas à descontinuidade dos historiadores: SÍNDROME DE RUBINSTEIN-TAYBI E DOENÇA DE HUNTINGTON. Em terceiro lugar, em paralelo com estes desenvolvimentos, propomos que seja abordado o desafio técnico associado à análise genética em termos de grande complexidade e heterogeneidade celular, como o cérebro, através da concepção e aperfeiçoamento de protótipos para a preparação de cromatina a partir de subpopulações neuronais, incluindo a geração de novas ferramentas genéticas para a separação selectiva de núcleos. De um modo geral, as experiências propostas nesta memória têm o potencial de proporcionar uma primeira visão global dos mecanismos genéticos subjacentes à resposta transcricional associada à neuroplástica e às diversas perturbações do sistema nervoso que afetam a cognição. (Portuguese)
    18 August 2022
    0 references
    TRANSKRIPTSIOONI- JA EPIGENEETILISED MEHHANISMID MÄNGIVAD OLULIST ROLLI NEURONAALSE PLASTILISUSE PROTSESSIDES, MIS TOIMUVAD TÄISKASVANU AJUS. LISAKS ON NENDE MEHHANISMIDE DEREGULEERIMISE OLULINE OSA PALJUDE NEUROLOOGILISTE JA PSÜHHIAATRILISTE HÄIRETE ETIOLOOGIAS. VIIMASE KAHE AASTAKÜMNE JOOKSUL SELLES VALDKONNAS LÄBI VIIDUD UURINGUD ON ANDNUD ROHKET TEAVET TRANSKRIPTSIONAALSE REAKTSIOONI KOHTA AKTIIVSUSELE NING NEURONAALSETE PLASTILISUSE JA NÄRVISÜSTEEMI HAIGUSTEGA SEOTUD EFEKTORIMOLEKULIDE KOHTA. KUID MEIL PUUDUB ENDISELT TERVIKLIK MUDEL, MIS VÕIMALDAB MEIL ENNUSTADA KEERUKATE GENICAS-VÕRKUDE KÄITUMIST, MIS ON TÄISKASVANUTE AJUS PLASTPROTSESSIDE JA PATOLOOGIATE ALUSEKS. VIIMASE PÕLVKONNA (JÄRGMISE PÕLVKONNA JÄRJESTAMISE) MEETODITE TÄIUSTAMINE JA VÄHENDAMINE ANNAVAD IDEAALSED TINGIMUSED, ET LUUA ESIMENE GENOOMILISE OKUPATSIOONIPROFIILI PROJEKT EPIGENEETILISTE MÄRKIDE JA TRANSKRIPTSIOONIFAKTORITE (FT) NEURONAALSES KROMATIINIS, MIDA REGULEERITAKSE TEGEVUSEGA, NING KIRJELDADA NENDE PROFIILIDE MUUTUSI, MIS ON SEOTUD KOGEMUSE VÕI HAIGUSEGA. KÄESOLEVAS ARUANDES ESITATUD TÖÖPLAAN ON JAGATUD KOLMEKS ÜLESANDEKS, MILLE EESMÄRK ON NÄRVISÜSTEEMI GENOOMIPROFIILIDE KIRJELDAMINE, NENDEGA MANIPULEERIMINE JA HAJUTAMINE. ESITEKS TEEME ETTEPANEKU KASUTADA ÄRA ULATUSLIKKU KIRJANDUST NEURONAALSE PLASTILISUSE TRANSKRIPTSIOONI JA EPIGENEETILISE REGULEERIMISE VALDKONNAS, KODEERIMISPROJEKTIGA LOODUD TEAVET JA PROTSEDUURE (DNA-ELEMENTIDE ENTSÜKLOPEEDIA) NING MEIE ENDA KOGEMUSI JA TULEMUSI SELLES VALDKONNAS, ET VALIDA PIIRATUD ARV FTS- JA EPIGENEETILISEID MÄRKE NING VIIA LÄBI ERINEVATE PROFIILIANALÜÜSIDE KATSEID VÄLJAKUJUNENUD NEUROPLASTILISUSE MUDELITE KONTEKSTIS. SEEJÄREL INTEGREERIME SELLE TEABE SAMADEST MUDELITEST SAADUD TRANSKRIPTSIOONIPROFIILIDEGA. LOODAME, ET METAANALÜÜS JA FUNKTSIONAALSETE GENOOMILISTE TÖÖRIISTADE KASUTAMINE ANNAB AVALDAMATA NÄGEMUSE EPIGENEETILISTEST JA TRANSKRIPTSIOONILISTEST SÜNDMUSTEST, MIS ILMNEVAD NEUROTUUMAS REAKTSIOONINA TEGEVUSELE JA NENDE KOOSTOIMELE. SELLEL AMBITSIOONIKAL GENOOMSEL JÄLGIMISEL, MILLE EESMÄRK ON UUTE AVASTUSTE JA HÜPOTEESIDE LOOMINE, ON SUUR POTENTSIAAL UUTE RAVIEESMÄRKIDE KINDLAKSTEGEMISEKS. TEISEKS TEEME ETTEPANEKU VIIA LÄBI EPIGENEETILISE REDIGEERIMISE KATSED, ET SELGITADA HISTOONIDE ACTILACION’I ROLLI TRANSKRIPTSIOONIS JA UURIDA EPIGENEETILISE REDIGEERIMISE TERAPEUTILIST POTENTSIAALI KAHES HISTOONIDE DISACCETIATION’IGA SEOTUD NEUROLOOGILISES SEISUNDIS: RUBINSTEIN-TAYBI SÜNDROOM JA HUNTINGTONI TÕBI. KOLMANDAKS, PARALLEELSELT NENDE ARENGUTEGA TEEME ETTEPANEKU TEGELEDA TEHNILISE PROBLEEMIGA, MIS ON SEOTUD GENOOMIANALÜÜSIGA VÄGA KEERULISES JA RAKKUDE HETEROGEENSUSES, NÄITEKS AJUS, NEURONAALSETE ALAMPOPULATSIOONIDE KROMATIINI ETTEVALMISTAMISE PROTOKOLLIDE VÄLJATÖÖTAMISE JA TÄIUSTAMISEGA, SEALHULGAS UUTE GENEETILISTE VAHENDITE LOOMISEGA TUUMADE SELEKTIIVSEKS ERALDAMISEKS (TUUMASORTIMINE). ÜLDISELT ON SELLES MÄLUS KAVANDATUD KATSETEL POTENTSIAAL ANDA ESIMENE GLOBAALNE NÄGEMUS GENOOMILISTEST MEHHANISMIDEST, MIS ON NEUROPLASTILISUSE JA ERINEVATE TUNNETUST MÕJUTAVATE NÄRVISÜSTEEMI HÄIRETEGA SEOTUD TRANSKRIPTSIOONI ALUSEKS. (Estonian)
    18 August 2022
    0 references
    A TRANSZKRIPCIÓS ÉS EPIGENETIKAI MECHANIZMUSOK ALAPVETŐ SZEREPET JÁTSZANAK A FELNŐTT AGYBAN VÉGBEMENŐ NEURONÁLIS PLASZTICITÁS FOLYAMATAIBAN. EZENKÍVÜL EZEKNEK A MECHANIZMUSOKNAK A DEREGULÁCIÓJA SZÁMOS NEUROLÓGIAI ÉS PSZICHIÁTRIAI RENDELLENESSÉG ETIOLÓGIÁJÁNAK KIEMELKEDŐ RÉSZÉT KÉPEZI. AZ ELMÚLT KÉT ÉVTIZEDBEN EZEN A TERÜLETEN VÉGZETT KUTATÁSOK BŐSÉGES INFORMÁCIÓT SZOLGÁLTATTAK AZ AKTIVITÁSRA ADOTT TRANSZKRIPCIÓS VÁLASZRÓL ÉS A NEURONÁLIS PLASZTICITÁSBAN ÉS IDEGRENDSZERI BETEGSÉGEKBEN SZEREPET JÁTSZÓ EFFEKTORMOLEKULÁKRÓL. AZONBAN MÉG MINDIG HIÁNYZIK EGY HOLISZTIKUS MODELL, AMELY LEHETŐVÉ TESZI SZÁMUNKRA, HOGY MEGJÓSOLJUK A KOMPLEX GENICAS HÁLÓZATOK VISELKEDÉSÉT, AMELYEK A FELNŐTT AGY MŰANYAG FOLYAMATAINAK ÉS PATOLÓGIÁINAK ALAPJÁT KÉPEZIK. A LEGÚJABB GENERÁCIÓS (KÖVETKEZŐ GENERÁCIÓS SZEKVENÁLÁSI) TECHNIKÁK FEJLESZTÉSE ÉS CSÖKKENTÉSE IDEÁLIS FELTÉTELEKET NYÚJT A TEVÉKENYSÉG ÁLTAL SZABÁLYOZOTT EPIGENETIKAI JELEK ÉS TRANSZKRIPCIÓS FAKTOROK (FT) NEURONÁLIS KROMATINJÁBAN A GENOMIKUS FOGLALKOZÁSI PROFIL ELSŐ TERVEZETÉNEK LÉTREHOZÁSÁHOZ, VALAMINT E PROFILOK TAPASZTALATHOZ VAGY BETEGSÉGHEZ KAPCSOLÓDÓ VÁLTOZÁSAINAK LEÍRÁSÁHOZ. AZ EBBEN A JELENTÉSBEN BEMUTATOTT MUNKATERV HÁROM FELADATRA OSZLIK, AMELYEK CÉLJA AZ IDEGRENDSZER GENOMIKUS PROFILJAINAK LEÍRÁSA, MANIPULÁLÁSA ÉS SZÉTVÁLASZTÁSA. ELŐSZÖR IS, JAVASOLJUK, HOGY KIHASZNÁLJUK A NEURONÁLIS PLASZTICITÁS TRANSZKRIPCIÓS ÉS EPIGENETIKAI SZABÁLYOZÁSÁNAK KITERJEDT SZAKIRODALMÁT, A KÓDOLÁSI PROJEKT (A DNS-ELEMEK ENCIKLOPÉDIÁJA) ÁLTAL GENERÁLT INFORMÁCIÓKAT ÉS ELJÁRÁSOKAT, VALAMINT SAJÁT TAPASZTALATAINKAT ÉS EREDMÉNYEINKET EZEN A TERÜLETEN, HOGY KORLÁTOZOTT SZÁMÚ FTS-T ÉS EPIGENETIKAI JELET VÁLASSZUNK KI, ÉS DIFFERENCIÁL PROFILALKOTÁSI KÍSÉRLETEKET VÉGEZZÜNK A JÓL BEVÁLT NEUROPLLASZTIKAI MODELLEK ÖSSZEFÜGGÉSÉBEN. EZUTÁN EZT AZ INFORMÁCIÓT INTEGRÁLJUK AZ AZONOS MODELLEKBEN KAPOTT TRANSZKRIPCIÓS PROFILOKKAL. REMÉLJÜK, HOGY A METAANALÍZIS ÉS A FUNKCIONÁLIS GENOMIKUS ESZKÖZÖK HASZNÁLATA AZ IDEGMAGBAN ELŐFORDULÓ EPIGENETIKAI ÉS TRANSZKRIPCIÓS ESEMÉNYEK PUBLIKÁLATLAN LÁTÁSÁT BIZTOSÍTJA A TEVÉKENYSÉGRE ÉS KÖLCSÖNHATÁSUKRA REAGÁLVA. EZ AZ AMBICIÓZUS GENOMIKUS NYOMON KÖVETÉS, AMELYNEK CÉLJA AZ ÚJ FELFEDEZÉSEK ÉS HIPOTÉZISEK LÉTREHOZÁSA, NAGY POTENCIÁLLAL RENDELKEZIK AZ ÚJ TERÁPIÁS CÉLOK MEGHATÁROZÁSÁRA. MÁSODSZOR, AZT JAVASOLJUK, HOGY VÉGEZZENEK EPIGENETIKAI SZERKESZTÉSI KÍSÉRLETEKET AZZAL A CÉLLAL, HOGY TISZTÁZZÁK A HISZTONOK ACTILACIONJÁNAK SZEREPÉT A TRANSZKRIPCIÓBAN, ÉS FELTÁRJÁK AZ EPIGENETIKAI SZERKESZTÉS TERÁPIÁS POTENCIÁLJÁT KÉT NEUROLÓGIAI ÁLLAPOTBAN, AMELYEK A HISZTONOK DISACCETIATIONJÁHOZ KAPCSOLÓDNAK: RUBINSTEIN-TAYBI SZINDRÓMA ÉS HUNTINGTON-KÓR. HARMADSZOR, EZEKKEL A FEJLESZTÉSEKKEL PÁRHUZAMOSAN AZT JAVASOLJUK, HOGY A NAGY KOMPLEXITÁSÚ ÉS SEJT HETEROGENITÁSÚ SZÖVETEKBEN – PÉLDÁUL AZ AGYBAN – VÉGZETT GENOMIKAI ELEMZÉSSEL KAPCSOLATOS TECHNIKAI KIHÍVÁSSAL FOGLALKOZZUNK A NEURONÁLIS SZUBPOPULÁCIÓKBÓL SZÁRMAZÓ KROMATIN ELŐÁLLÍTÁSÁRA VONATKOZÓ PROTOKOLLOK KIALAKÍTÁSA ÉS FINOMÍTÁSA RÉVÉN, BELEÉRTVE A NUKLEUSZOK SZELEKTÍV SZÉTVÁLASZTÁSÁRA SZOLGÁLÓ ÚJ GENETIKAI ESZKÖZÖK LÉTREHOZÁSÁT (NUKLEÁRIS VÁLOGATÁS). ÖSSZEFOGLALVA, AZ EBBEN A MEMÓRIÁBAN JAVASOLT KÍSÉRLETEK ALKALMASAK ARRA, HOGY ELSŐ GLOBÁLIS LÁTÁSMÓDOT BIZTOSÍTSANAK A GENOMIKUS MECHANIZMUSOKRÓL, AMELYEK ALÁTÁMASZTJÁK A NEUROPLASZTIKÁVAL ÉS A KÜLÖNBÖZŐ IDEGRENDSZERI RENDELLENESSÉGEKKEL KAPCSOLATOS TRANSZKRIPCIÓS REAKCIÓT, AMELYEK HATÁSSAL VANNAK A FELISMERÉSRE. (Hungarian)
    18 August 2022
    0 references
    ТРАНСКРИПЦИОННИТЕ И ЕПИГЕНЕТИЧНИТЕ МЕХАНИЗМИ ИГРАЯТ СЪЩЕСТВЕНА РОЛЯ В ПРОЦЕСИТЕ НА НЕВРОНАЛНА ПЛАСТИЧНОСТ, ПРОТИЧАЩИ В МОЗЪКА НА ВЪЗРАСТНИТЕ. В ДОПЪЛНЕНИЕ, ДЕРЕГУЛАЦИЯТА НА ТЕЗИ МЕХАНИЗМИ Е ВАЖНА ЧАСТ ОТ ЕТИОЛОГИЯТА НА МНОГОБРОЙНИ НЕВРОЛОГИЧНИ И ПСИХИАТРИЧНИ РАЗСТРОЙСТВА. ИЗСЛЕДВАНИЯТА, ПРОВЕДЕНИ ПРЕЗ ПОСЛЕДНИТЕ ДВЕ ДЕСЕТИЛЕТИЯ В ТАЗИ ОБЛАСТ, ПРЕДОСТАВИХА БОГАТА ИНФОРМАЦИЯ ЗА ТРАНСКРИПЦИОННИЯ ОТГОВОР НА АКТИВНОСТТА И ИДЕНТИФИЦИРАНИТЕ ЕФЕКТОРНИ МОЛЕКУЛИ, УЧАСТВАЩИ В НЕВРОНАЛНАТА ПЛАСТИЧНОСТ И ЗАБОЛЯВАНИЯТА НА НЕРВНАТА СИСТЕМА. ВЪПРЕКИ ТОВА ВСЕ ОЩЕ НИ ЛИПСВА ЦЯЛОСТЕН МОДЕЛ, КОЙТО НИ ПОЗВОЛЯВА ДА ПРЕДВИДИМ ПОВЕДЕНИЕТО НА СЛОЖНИТЕ GENICAS МРЕЖИ, КОИТО СА В ОСНОВАТА НА ПЛАСТМАСОВИ ПРОЦЕСИ И ПАТОЛОГИИ В МОЗЪКА НА ВЪЗРАСТНИТЕ. ПОДОБРЯВАНЕТО И НАМАЛЯВАНЕТО НА ТЕХНИКИТЕ ОТ ПОСЛЕДНО ПОКОЛЕНИЕ (СЛЕДВАЩО ПОКОЛЕНИЕ) ОСИГУРЯВАТ ИДЕАЛНИТЕ УСЛОВИЯ ЗА СЪЗДАВАНЕ НА ПЪРВИ ПРОЕКТ НА ПРОФИЛА НА ГЕНОМНАТА ПРОФЕСИЯ В НЕВРОНАЛНИЯ ХРОМАТИН НА ЕПИГЕНЕТИЧНИТЕ БЕЛЕЗИ И ТРАНСКРИПЦИОННИТЕ ФАКТОРИ (FT), РЕГУЛИРАНИ ОТ АКТИВНОСТТА, КАКТО И ЗА ОПИСАНИЕ НА ПРОМЕНИТЕ В ТЕЗИ ПРОФИЛИ, СВЪРЗАНИ С ОПИТА ИЛИ ЗАБОЛЯВАНЕТО. ПРЕДСТАВЕНИЯТ В НАСТОЯЩИЯ ДОКЛАД РАБОТЕН ПЛАН Е РАЗДЕЛЕН НА ТРИ ЗАДАЧИ, НАСОЧЕНИ КЪМ ОПИСВАНЕ, МАНИПУЛИРАНЕ И ДИСЕКЦИЯ НА ГЕНОМНИТЕ ПРОФИЛИ В НЕРВНАТА СИСТЕМА. ПЪРВО, ПРЕДЛАГАМЕ ДА СЕ ВЪЗПОЛЗВАМЕ ОТ ОБШИРНАТА ЛИТЕРАТУРА В ОБЛАСТТА НА ТРАНСКРИПЦИОННОТО И ЕПИГЕНЕТИЧНО РЕГУЛИРАНЕ НА НЕВРОНАЛНАТА ПЛАСТИЧНОСТ, ИНФОРМАЦИЯТА И ПРОЦЕДУРИТЕ, ГЕНЕРИРАНИ ОТ ПРОЕКТА ЗА ЕНКОД (ЕНЦИКЛОПЕДИЯ НА ДНК ЕЛЕМЕНТИ), КАКТО И СОБСТВЕНИЯ НИ ОПИТ И РЕЗУЛТАТИ В ТАЗИ ОБЛАСТ, ДА ИЗБЕРЕМ ОГРАНИЧЕН БРОЙ FTS И ЕПИГЕНЕТИЧНИ БЕЛЕЗИ И ДА ПРОВЕДЕМ ЕКСПЕРИМЕНТИ ЗА ДИФЕРЕНЦИАЛНО ПРОФИЛИРАНЕ В КОНТЕКСТА НА УТВЪРДЕНИТЕ МОДЕЛИ НА НЕВРОПЛАСТИЧНОСТ. СЛЕД ТОВА ЩЕ ИНТЕГРИРАМЕ ТАЗИ ИНФОРМАЦИЯ С ТРАНСКРИПЦИОННИ ПРОФИЛИ, ПОЛУЧЕНИ В СЪЩИТЕ МОДЕЛИ. НАДЯВАМЕ СЕ, ЧЕ МЕТА-АНАЛИЗЪТ И ИЗПОЛЗВАНЕТО НА ФУНКЦИОНАЛНИ ГЕНОМНИ ИНСТРУМЕНТИ ЩЕ ОСИГУРЯТ НЕПУБЛИКУВАНА ВИЗИЯ ЗА ЕПИГЕНЕТИЧНИТЕ И ТРАНСКРИПЦИОННИ СЪБИТИЯ, КОИТО СЕ СЛУЧВАТ В НЕВРАЛНОТО ЯДРО В ОТГОВОР НА АКТИВНОСТТА И ТЯХНОТО ВЗАИМОДЕЙСТВИЕ. ТОВА АМБИЦИОЗНО ГЕНОМНО ПРОСЛЕДЯВАНЕ, НАСОЧЕНО КЪМ ГЕНЕРИРАНЕТО НА НОВИ ОТКРИТИЯ И ХИПОТЕЗИ, ИМА ГОЛЯМ ПОТЕНЦИАЛ ЗА ИДЕНТИФИЦИРАНЕ НА НОВИ ТЕРАПЕВТИЧНИ ЦЕЛИ. ВТОРО, ПРЕДЛАГАМЕ ДА СЕ ПРОВЕДАТ ЕКСПЕРИМЕНТИ ЗА ЕПИГЕНЕТИЧНА РЕДАКЦИЯ С ЦЕЛ ИЗЯСНЯВАНЕ НА РОЛЯТА НА ACTILACION НА ХИСТОНИТЕ В ТРАНСКРИПЦИЯТА И ПРОУЧВАНЕ НА ТЕРАПЕВТИЧНИЯ ПОТЕНЦИАЛ НА ЕПИГЕНЕТИЧНАТА РЕДАКЦИЯ В ДВЕ НЕВРОЛОГИЧНИ СЪСТОЯНИЯ, СВЪРЗАНИ С ДИЗАЦИИЦИЯТА НА ХИСТОНИТЕ: СИНДРОМ НА РУБИНЩАЙН-ТЕЙБИ И БОЛЕСТ НА ХЪНТИНГТЪН. ТРЕТО, УСПОРЕДНО С ТЕЗИ РАЗРАБОТКИ ПРЕДЛАГАМЕ ДА СЕ ОТГОВОРИ НА ТЕХНИЧЕСКОТО ПРЕДИЗВИКАТЕЛСТВО, СВЪРЗАНО С ГЕНОМНИЯ АНАЛИЗ В ТЪКАН С ГОЛЯМА СЛОЖНОСТ И КЛЕТЪЧНА ХЕТЕРОГЕННОСТ, КАТО НАПРИМЕР МОЗЪКА, ЧРЕЗ РАЗРАБОТВАНЕТО И УСЪВЪРШЕНСТВАНЕТО НА ПРОТОКОЛИ ЗА ПРИГОТВЯНЕ НА ХРОМАТИНА ОТ НЕВРОННИ СУБПОПУЛАЦИИ, ВКЛЮЧИТЕЛНО ГЕНЕРИРАНЕТО НА НОВИ ГЕНЕТИЧНИ ИНСТРУМЕНТИ ЗА СЕЛЕКТИВНО РАЗДЕЛЯНЕ НА ЯДРАТА (ЯДРЕНО СОРТИРАНЕ). КАТО ЦЯЛО, ПРЕДЛОЖЕНИТЕ В ТАЗИ ПАМЕТ ЕКСПЕРИМЕНТИ ИМАТ ПОТЕНЦИАЛА ДА ОСИГУРЯТ ПЪРВАТА ГЛОБАЛНА ВИЗИЯ НА ГЕНОМНИТЕ МЕХАНИЗМИ, КОИТО СА В ОСНОВАТА НА ТРАНСКРИПЦИОННИЯ ОТГОВОР, СВЪРЗАН С НЕВРОПЛАСТИЧНОСТТА И РАЗЛИЧНИ НАРУШЕНИЯ НА НЕРВНАТА СИСТЕМА, КОИТО ОКАЗВАТ ВЛИЯНИЕ ВЪРХУ ПОЗНАНИЕТО. (Bulgarian)
    18 August 2022
    0 references
    TRANSKRIPCIJOS IR EPIGENETINIAI MECHANIZMAI ATLIEKA ESMINĮ VAIDMENĮ SUAUGUSIŲJŲ SMEGENYSE VYKSTANČIUOSE NEURONŲ PLASTIŠKUMO PROCESUOSE. BE TO, ŠIŲ MECHANIZMŲ REGULIAVIMO PANAIKINIMAS YRA SVARBI DAUGELIO NEUROLOGINIŲ IR PSICHIKOS SUTRIKIMŲ ETIOLOGIJOS DALIS. PER PASTARUOSIUS DU DEŠIMTMEČIUS ATLIKTI TYRIMAI ŠIOJE SRITYJE SUTEIKĖ DAUG INFORMACIJOS APIE TRANSKRIPCINĮ ATSAKĄ Į AKTYVUMĄ IR NUSTATĖ EFEKTORINES MOLEKULES, SUSIJUSIAS SU NEURONŲ PLASTIŠKUMU IR NERVŲ SISTEMOS LIGOMIS. TAČIAU MUMS VIS DAR TRŪKSTA HOLISTINIO MODELIO, KURIS LEISTŲ PROGNOZUOTI SUDĖTINGŲ GENICAS TINKLŲ, KURIAIS GRINDŽIAMI PLASTIKO PROCESAI IR PATOLOGIJA SUAUGUSIŲJŲ SMEGENYSE, ELGESĮ. NAUJAUSIOS KARTOS (NAUJOS KARTOS SEKOS NUSTATYMO) METODŲ TOBULINIMAS IR MAŽINIMAS SUDARO IDEALIAS SĄLYGAS SUKURTI PIRMĄJĮ GENOMINIO OKUPACIJOS PROFILIO PROJEKTĄ EPIGENETINIŲ ŽENKLŲ IR TRANSKRIPCIJOS FAKTORIŲ (PĖDŲ) NEURONŲ CHROMATE, TAIP PAT APRAŠYTI ŠIŲ PROFILIŲ POKYČIUS, SUSIJUSIUS SU PATIRTIMI AR LIGA. ŠIOJE ATASKAITOJE PATEIKTAS DARBO PLANAS SUSKIRSTYTAS Į TRIS UŽDUOTIS, KURIOMIS SIEKIAMA APRAŠYTI, MANIPULIUOTI IR IŠSKLAIDYTI GENOMINIUS NERVŲ SISTEMOS PROFILIUS. PIRMA, SIŪLOME PASINAUDOTI PLAČIA LITERATŪRA NEURONŲ PLASTIŠKUMO TRANSKRIPCIJOS IR EPIGENETINIO REGULIAVIMO SRITYJE, INFORMACIJA IR PROCEDŪROMIS, SUKURTOMIS KODUOJANT PROJEKTĄ (DNR ELEMENTŲ ENCIKLOPEDIJA), IR MŪSŲ PAČIŲ PATIRTIMI BEI REZULTATAIS ŠIOJE SRITYJE, ATRINKTI RIBOTĄ SKAIČIŲ FTS IR EPIGENETINIŲ ŽYMENŲ IR ATLIKTI DIFERENCINIO PROFILIAVIMO EKSPERIMENTUS NUSISTOVĖJUSIŲ NEUROPLASTIŠKUMO MODELIŲ KONTEKSTE. TOLIAU MES INTEGRUOSIME ŠIĄ INFORMACIJĄ SU TRANSKRIPCINIAIS PROFILIAIS, GAUTAIS TUOSE PAČIUOSE MODELIUOSE. TIKIMĖS, KAD METAANALIZĖ IR FUNKCINIŲ GENOMINIŲ PRIEMONIŲ NAUDOJIMAS SUTEIKS NESKELBTĄ EPIGENETINIŲ IR TRANSKRIPCINIŲ ĮVYKIŲ, KURIE ATSIRANDA NERVINIAME BRANDUOLYJE REAGUOJANT Į VEIKLĄ IR JŲ SĄVEIKĄ, VIZIJĄ. ŠIS AMBICINGAS GENOMINIS ATSEKIMAS, SKIRTAS NAUJŲ ATRADIMŲ IR HIPOTEZIŲ GENERAVIMUI, TURI DIDELĮ POTENCIALĄ NUSTATYTI NAUJUS GYDYMO TIKSLUS. ANTRA, SIŪLOME ATLIKTI EPIGENETINIO REDAGAVIMO EKSPERIMENTUS, SIEKIANT PAAIŠKINTI HISTONŲ ACTILACION VAIDMENĮ TRANSKRIPCIJOJE IR IŠTIRTI EPIGENETINIO REDAGAVIMO TERAPINĮ POTENCIALĄ DVIEM NEUROLOGINĖMIS SĄLYGOMIS, SUSIJUSIOMIS SU HISTONŲ DISACCETIATION: RUBINSTEIN-TAYBI SINDROMAS IR HUNTINGTONO LIGA. TREČIA, KARTU SU ŠIAIS POKYČIAIS SIŪLOME SPRĘSTI TECHNINIUS IŠŠŪKIUS, SUSIJUSIUS SU GENOMINE ANALIZE LABAI SUDĖTINGAME IR LĄSTELIŲ HETEROGENIŠKUMO AUDINYJE, PVZ., SMEGENYSE, PROJEKTUOJANT IR TOBULINANT CHROMATINO PARUOŠIMO IŠ NEURONŲ SUBPOPULIACIJOS PROTOKOLUS, ĮSKAITANT NAUJŲ GENETINIŲ PRIEMONIŲ KŪRIMĄ SELEKTYVIAM BRANDUOLIŲ ATSKYRIMUI (BRANDUOLINIS RŪŠIAVIMAS). APSKRITAI ŠIOJE ATMINTYJE SIŪLOMI EKSPERIMENTAI GALI SUTEIKTI PIRMĄJĄ PASAULINĘ GENOMINIŲ MECHANIZMŲ VIZIJĄ, KURIA GRINDŽIAMAS TRANSKRIPCINIS ATSAKAS, SUSIJĘS SU NEUROPLASTIŠKUMU IR ĮVAIRIAIS NERVŲ SISTEMOS SUTRIKIMAIS, KURIE TURI ĮTAKOS PAŽINIMUI. (Lithuanian)
    18 August 2022
    0 references
    TRANSKRIPCIJSKI I EPIGENETSKI MEHANIZMI IGRAJU KLJUČNU ULOGU U PROCESIMA NEURONSKE PLASTIČNOSTI KOJA SE ODVIJA U ODRASLOM MOZGU. OSIM TOGA, DEREGULACIJA TIH MEHANIZAMA VAŽAN JE DIO ETIOLOGIJE BROJNIH NEUROLOŠKIH I PSIHIJATRIJSKIH POREMEĆAJA. ISTRAŽIVANJE PROVEDENO TIJEKOM POSLJEDNJA DVA DESETLJEĆA U OVOM PODRUČJU PRUŽILO JE BROJNE INFORMACIJE O TRANSKRIPCIJSKOM ODGOVORU NA AKTIVNOST I IDENTIFICIRALE EFEKTORSKE MOLEKULE UKLJUČENE U NEURONSKU PLASTIČNOST I BOLESTI ŽIVČANOG SUSTAVA. MEĐUTIM, JOŠ UVIJEK NAM NEDOSTAJE HOLISTIČKI MODEL KOJI NAM OMOGUĆUJE PREDVIĐANJE PONAŠANJA SLOŽENIH GENICAS MREŽA NA KOJIMA SE TEMELJE PLASTIČNI PROCESI I PATOLOGIJE U MOZGU ODRASLIH. POBOLJŠANJE I SMANJENJE TEHNIKA SEKVENCIRANJA NAJNOVIJE GENERACIJE (SLJEDEĆE GENERACIJE) PRUŽAJU IDEALNE UVJETE ZA UTVRĐIVANJE PRVOG NACRTA GENOMSKOG PROFILA ZANIMANJA U NEURONSKOM KROMATINU EPIGENETSKIH ZNAKOVA I TRANSKRIPCIJSKIH FAKTORA (FT) REGULIRANIH AKTIVNOŠĆU, KAO I ZA OPIS PROMJENA TIH PROFILA POVEZANIH S ISKUSTVOM ILI BOLESTIMA. PLAN RADA PREDSTAVLJEN U OVOM IZVJEŠĆU PODIJELJEN JE NA TRI ZADAĆE USMJERENE NA OPISIVANJE, MANIPULIRANJE I SECIRANJE GENOMSKIH PROFILA U ŽIVČANOM SUSTAVU. PRVO, PREDLAŽEMO DA SE ISKORISTI OPSEŽNA LITERATURA U PODRUČJU TRANSKRIPCIJSKOG I EPIGENETSKOG REGULIRANJA NEURONSKE PLASTIČNOSTI, INFORMACIJA I POSTUPAKA GENERIRANIH PROJEKTOM KODIRANJA (ENCYCLOPEDIA OF DNA ELEMENTS), TE VLASTITOG ISKUSTVA I REZULTATA U OVOM PODRUČJU, KAKO BISMO ODABRALI OGRANIČEN BROJ FTS I EPIGENETSKIH OZNAKA TE PROVELI EKSPERIMENTE DIFERENCIJALNOG PROFILIRANJA U KONTEKSTU DOBRO UHODANIH MODELA NEUROPLASTIČNOSTI. ZATIM ĆEMO OVE INFORMACIJE INTEGRIRATI S TRANSKRIPCIJSKIM PROFILIMA DOBIVENIMA U ISTIM MODELIMA. NADAMO SE DA ĆE META-ANALIZA I KORIŠTENJE FUNKCIONALNIH GENOMSKIH ALATA PRUŽITI NEOBJAVLJENU VIZIJU EPIGENETSKIH I TRANSKRIPCIJSKIH DOGAĐAJA KOJI SE JAVLJAJU U NEURONSKOJ JEZGRI KAO ODGOVOR NA AKTIVNOST I NJIHOVU INTERAKCIJU. TO AMBICIOZNO GENOMSKO PRAĆENJE, USMJERENO NA STVARANJE NOVIH OTKRIĆA I HIPOTEZA, IMA VELIKI POTENCIJAL ZA UTVRĐIVANJE NOVIH TERAPIJSKIH CILJEVA. DRUGO, PREDLAŽEMO PROVOĐENJE EKSPERIMENATA EPIGENETSKOG UREĐIVANJA S CILJEM RAZJAŠNJAVANJA ULOGE ACTILACION HISTONA U TRANSKRIPCIJI I ISTRAŽIVANJA TERAPEUTSKOG POTENCIJALA EPIGENETSKOG UREĐIVANJA U DVA NEUROLOŠKA STANJA POVEZANA S DISAKCETIRACIJA HISTONA: RUBINSTEIN-TAYBI SINDROM I HUNTINGTONOVA BOLEST. TREĆE, USPOREDNO S TIM RAZVOJEM, PREDLAŽEMO RJEŠAVANJE TEHNIČKOG IZAZOVA POVEZANOG S GENOMSKOM ANALIZOM U TKIVU VELIKE SLOŽENOSTI I STANIČNE HETEROGENOSTI, KAO ŠTO JE MOZAK, OSMIŠLJAVANJEM I USAVRŠAVANJEM PROTOKOLA ZA PRIPREMU KROMATA IZ NEURONSKIH SUBPOPULACIJA, UKLJUČUJUĆI GENERIRANJE NOVIH GENETSKIH ALATA ZA SELEKTIVNO ODVAJANJE JEZGRE (NUKLEARNO RAZVRSTAVANJE). SVEUKUPNO, POKUSI PREDLOŽENI U OVOJ MEMORIJI IMAJU POTENCIJAL PRUŽITI PRVU GLOBALNU VIZIJU GENOMSKIH MEHANIZAMA KOJI SU TEMELJ TRANSKRIPCIJSKOG ODGOVORA POVEZANOG S NEUROPLASTIČNOSTI I RAZNIM POREMEĆAJIMA ŽIVČANOG SUSTAVA KOJI UTJEČU NA SPOZNAJU. (Croatian)
    18 August 2022
    0 references
    TRANSKRIPTIONELLA OCH EPIGENETISKA MEKANISMER SPELAR EN VIKTIG ROLL I DE PROCESSER AV NEURONAL PLASTICITET SOM SKER I DEN VUXNA HJÄRNAN. DESSUTOM ÄR AVREGLERINGEN AV DESSA MEKANISMER EN FRAMTRÄDANDE DEL AV ETIOLOGIN AV MÅNGA NEUROLOGISKA OCH PSYKIATRISKA STÖRNINGAR. DEN FORSKNING SOM BEDRIVITS UNDER DE SENASTE TVÅ DECENNIERNA PÅ DETTA OMRÅDE HAR GETT RIKLIG INFORMATION OM TRANSKRIPTIONELLA REAKTIONER PÅ AKTIVITET OCH IDENTIFIERADE EFFEKTORMOLEKYLER SOM ÄR INVOLVERADE I NEURONAL PLASTICITET OCH NERVSYSTEMETS SJUKDOMAR. MEN VI SAKNAR FORTFARANDE EN HOLISTISK MODELL SOM GÖR ATT VI KAN FÖRUTSÄGA BETEENDET HOS DE KOMPLEXA GENICAS-NÄTVERKEN SOM LIGGER TILL GRUND FÖR PLASTPROCESSER OCH PATOLOGIER I VUXENHJÄRNAN. FÖRBÄTTRING OCH MINSKNING AV DEN SENASTE GENERATIONENS (NÄSTA GENERATIONS SEKVENSERING) TEKNIKER GER IDEALISKA FÖRUTSÄTTNINGAR FÖR ATT UPPRÄTTA ETT FÖRSTA UTKAST AV GENOMISK OCKUPATIONSPROFIL I NEURONAL KROMATIN AV EPIGENETISKA MÄRKEN OCH TRANSKRIPTIONSFAKTORER (FT) SOM REGLERAS AV AKTIVITET, SAMT FÖR EN BESKRIVNING AV DE FÖRÄNDRINGAR AV DESSA PROFILER SOM ÄR FÖRKNIPPADE MED ERFARENHET ELLER SJUKDOM. DEN ARBETSPLAN SOM PRESENTERAS I DENNA RAPPORT ÄR UPPDELAD I TRE UPPGIFTER SOM SYFTAR TILL ATT BESKRIVA, MANIPULERA OCH DISSEKERA GENOMISKA PROFILER I NERVSYSTEMET. FÖR DET FÖRSTA FÖRESLÅR VI ATT DRA NYTTA AV DEN OMFATTANDE LITTERATUREN INOM TRANSKRIPTIONELL OCH EPIGENETISK REGLERING AV NEURONAL PLASTICITET, DEN INFORMATION OCH DE FÖRFARANDEN SOM GENERERAS AV KODPROJEKTET (ENCYKLOPEDI AV DNA-ELEMENT), OCH VÅR EGEN ERFARENHET OCH RESULTAT PÅ DETTA OMRÅDE, FÖR ATT VÄLJA UT ETT BEGRÄNSAT ANTAL FTS OCH EPIGENETISKA MÄRKEN OCH UTFÖRA DIFFERENTIALPROFILERINGSEXPERIMENT INOM RAMEN FÖR VÄLETABLERADE NEUROPLASTICITETSMODELLER. DÄREFTER KOMMER VI ATT INTEGRERA DENNA INFORMATION MED TRANSKRIPTIONSPROFILER SOM ERHÅLLITS I SAMMA MODELLER. VI HOPPAS ATT METAANALYS OCH ANVÄNDNING AV FUNKTIONELLA GENOMISKA VERKTYG KOMMER ATT GE EN OPUBLICERAD VISION AV DE EPIGENETISKA OCH TRANSKRIPTIONELLA HÄNDELSER SOM INTRÄFFAR I NEURALKÄRNAN SOM SVAR PÅ AKTIVITET OCH DERAS INTERAKTION. DENNA AMBITIÖSA GENOMSPÅRNING, SOM SYFTAR TILL ATT SKAPA NYA UPPTÄCKTER OCH HYPOTESER, HAR STOR POTENTIAL ATT IDENTIFIERA NYA TERAPEUTISKA MÅL. FÖR DET ANDRA FÖRESLÅR VI ATT UTFÖRA EPIGENETISKA REDIGERINGSEXPERIMENT I SYFTE ATT KLARGÖRA ROLLEN FÖR HISTONERNAS ACTILACION I TRANSKRIPTIONEN OCH UTFORSKA DEN TERAPEUTISKA POTENTIALEN HOS EPIGENETISK REDIGERING I TVÅ NEUROLOGISKA TILLSTÅND I SAMBAND MED HISTONERNAS DISACCETIATION: RUBINSTEIN-TAYBI SYNDROM OCH HUNTINGTONS SJUKDOM. FÖR DET TREDJE, PARALLELLT MED DENNA UTVECKLING, FÖRESLÅR VI ATT MAN TAR ITU MED DEN TEKNISKA UTMANING SOM ÄR FÖRKNIPPAD MED GENOMANALYS I EN VÄVNAD AV STOR KOMPLEXITET OCH CELL HETEROGENITET, SÅSOM HJÄRNAN, GENOM ATT UTFORMA OCH FÖRFINA PROTOKOLL FÖR BEREDNING AV KROMATIN FRÅN NEURONALA SUBPOPULATIONER, INKLUSIVE GENERERING AV NYA GENETISKA VERKTYG FÖR SELEKTIV SEPARATION AV KÄRNOR (KÄRNSORTERING). SAMMANTAGET HAR DE EXPERIMENT SOM FÖRESLÅS I DETTA MINNE POTENTIAL ATT GE EN FÖRSTA GLOBAL VISION AV DE GENOMISKA MEKANISMER SOM LIGGER TILL GRUND FÖR DET TRANSKRIPTIVA SVARET I SAMBAND MED NEUROPLASTICITET OCH OLIKA STÖRNINGAR I NERVSYSTEMET SOM PÅVERKAR KOGNITION. (Swedish)
    18 August 2022
    0 references
    MECANISMELE TRANSCRIPȚIONALE ȘI EPIGENETICE JOACĂ UN ROL ESENȚIAL ÎN PROCESELE DE PLASTICITATE NEURONALĂ CARE AU LOC ÎN CREIERUL ADULT. ÎN PLUS, DEREGLEMENTAREA ACESTOR MECANISME ESTE O PARTE IMPORTANTĂ A ETIOLOGIEI A NUMEROASE TULBURĂRI NEUROLOGICE ȘI PSIHIATRICE. CERCETĂRILE EFECTUATE ÎN ULTIMELE DOUĂ DECENII ÎN ACEST DOMENIU AU FURNIZAT INFORMAȚII ABUNDENTE DESPRE RĂSPUNSUL TRANSCRIPȚIONAL LA ACTIVITATE ȘI MOLECULELE EFECTOARE IDENTIFICATE IMPLICATE ÎN PLASTICITATEA NEURONALĂ ȘI BOLILE SISTEMULUI NERVOS. CU TOATE ACESTEA, ÎNCĂ NU AVEM UN MODEL HOLISTIC CARE SĂ NE PERMITĂ SĂ PREZICEM COMPORTAMENTUL REȚELELOR COMPLEXE GENICAS CARE STAU LA BAZA PROCESELOR ȘI PATOLOGIILOR PLASTICE DIN CREIERUL ADULT. ÎMBUNĂTĂȚIREA ȘI REDUCEREA TEHNICILOR DE ULTIMĂ GENERAȚIE (SECVENȚIEREA GENERAȚIEI URMĂTOARE) OFERĂ CONDIȚIILE IDEALE PENTRU STABILIREA UNUI PRIM PROIECT AL PROFILULUI DE OCUPAȚIE GENOMICĂ ÎN CROMATINA NEURONALĂ A SEMNELOR EPIGENETICE ȘI A FACTORILOR DE TRANSCRIERE (FT) REGLEMENTAȚI DE ACTIVITATE, PRECUM ȘI PENTRU DESCRIEREA MODIFICĂRILOR ACESTOR PROFILURI ASOCIATE CU EXPERIENȚA SAU BOALA. PLANUL DE LUCRU PREZENTAT ÎN ACEST RAPORT ESTE ÎMPĂRȚIT ÎN TREI SARCINI MENITE SĂ DESCRIE, SĂ MANIPULEZE ȘI SĂ DISECE PROFILURILE GENOMICE DIN SISTEMUL NERVOS. ÎN PRIMUL RÂND, NE PROPUNEM SĂ PROFITĂM DE LITERATURA EXTENSIVĂ ÎN DOMENIUL REGLEMENTĂRII TRANSCRIPȚIONALE ȘI EPIGENETICE A PLASTICITĂȚII NEURONALE, DE INFORMAȚIILE ȘI PROCEDURILE GENERATE DE PROIECTUL DE CODARE (ENCICLOPEDIA ELEMENTELOR ADN), PRECUM ȘI DE PROPRIA NOASTRĂ EXPERIENȚĂ ȘI REZULTATE ÎN ACEST DOMENIU, PENTRU A SELECTA UN NUMĂR LIMITAT DE SEMNE FTS ȘI EPIGENETICE ȘI PENTRU A EFECTUA EXPERIMENTE DE PROFILARE DIFERENȚIALĂ ÎN CONTEXTUL UNOR MODELE DE NEUROPLASTICITATE BINE STABILITE. ÎN CONTINUARE VOM INTEGRA ACESTE INFORMAȚII CU PROFILURI TRANSCRIPȚIONALE OBȚINUTE ÎN ACELEAȘI MODELE. SPERĂM CĂ META-ANALIZA ȘI UTILIZAREA INSTRUMENTELOR GENOMICE FUNCȚIONALE VOR OFERI O VIZIUNE NEPUBLICATĂ A EVENIMENTELOR EPIGENETICE ȘI TRANSCRIPȚIONALE CARE APAR ÎN NUCLEUL NEURAL CA RĂSPUNS LA ACTIVITATEA ȘI INTERACȚIUNEA LOR. ACEASTĂ URMĂRIRE GENOMICĂ AMBIȚIOASĂ, CARE VIZEAZĂ GENERAREA DE NOI DESCOPERIRI ȘI IPOTEZE, ARE UN MARE POTENȚIAL DE IDENTIFICARE A UNOR NOI OBIECTIVE TERAPEUTICE. ÎN AL DOILEA RÂND, NE PROPUNEM SĂ EFECTUĂM EXPERIMENTE DE EDITARE EPIGENETICĂ CU SCOPUL DE A CLARIFICA ROLUL ACTILACION-ULUI HISTONELOR ÎN TRANSCRIERE ȘI DE A EXPLORA POTENȚIALUL TERAPEUTIC AL EDITĂRII EPIGENETICE ÎN DOUĂ AFECȚIUNI NEUROLOGICE ASOCIATE CU DISACCETIAREA HISTONELOR: SINDROMUL RUBINSTEIN-TAYBI ȘI BOALA HUNTINGTON. ÎN AL TREILEA RÂND, ÎN PARALEL CU ACESTE EVOLUȚII, PROPUNEM ABORDAREA PROVOCĂRII TEHNICE ASOCIATE ANALIZEI GENOMICE ÎNTR-UN ȚESUT DE MARE COMPLEXITATE ȘI ETEROGENITATE CELULARĂ, CUM AR FI CREIERUL, PRIN PROIECTAREA ȘI PERFECȚIONAREA PROTOCOALELOR PENTRU PREPARAREA CROMATINEI DIN SUBPOPULAȚIILE NEURONALE, INCLUSIV GENERAREA DE NOI INSTRUMENTE GENETICE PENTRU SEPARAREA SELECTIVĂ A NUCLEELOR (SORTARE NUCLEARĂ). ÎN GENERAL, EXPERIMENTELE PROPUSE ÎN ACEASTĂ MEMORIE AU POTENȚIALUL DE A OFERI O PRIMĂ VIZIUNE GLOBALĂ ASUPRA MECANISMELOR GENOMICE CARE STAU LA BAZA RĂSPUNSULUI TRANSCRIPȚIONAL ASOCIAT CU NEUROPLASTICITATEA ȘI DIVERSE TULBURĂRI ALE SISTEMULUI NERVOS CARE AU IMPACT ASUPRA CUNOAȘTERII. (Romanian)
    18 August 2022
    0 references
    TRANSKRIPCIJSKI IN EPIGENETSKI MEHANIZMI IGRAJO KLJUČNO VLOGO V PROCESIH NEVRONSKE PLASTIČNOSTI, KI POTEKA V ODRASLIH MOŽGANIH. POLEG TEGA JE DEREGULACIJA TEH MEHANIZMOV POMEMBEN DEL ETIOLOGIJE ŠTEVILNIH NEVROLOŠKIH IN PSIHIATRIČNIH MOTENJ. RAZISKAVE, KI SO BILE OPRAVLJENE V ZADNJIH DVEH DESETLETJIH NA TEM PODROČJU, SO ZAGOTOVILE OBILO INFORMACIJ O TRANSKRIPCIJSKEM ODZIVU NA AKTIVNOST IN IDENTIFICIRANE EFEKTORSKE MOLEKULE, KI SO VKLJUČENE V NEVRONSKO PLASTIČNOST IN BOLEZNI ŽIVČNEGA SISTEMA. VENDAR PA ŠE VEDNO NIMAMO CELOSTNEGA MODELA, KI NAM OMOGOČA NAPOVEDOVANJE OBNAŠANJA KOMPLEKSNIH OMREŽIJ GENICAS, KI SO OSNOVA ZA PLASTIČNE PROCESE IN PATOLOGIJE V ODRASLIH MOŽGANIH. IZBOLJŠANJE IN ZMANJŠANJE ZADNJE GENERACIJE (SEKVENCIRANJE NASLEDNJE GENERACIJE) ZAGOTAVLJA IDEALNE POGOJE ZA VZPOSTAVITEV PRVEGA OSNUTKA GENOMSKEGA PROFILA OKUPACIJE V NEVRONSKI KROMATINU EPIGENETIČNIH ZNAKOV IN TRANSKRIPCIJSKIH FAKTORJEV (FT), KI JIH UREJA AKTIVNOST, TER ZA OPIS SPREMEMB TEH PROFILOV, POVEZANIH Z IZKUŠNJAMI ALI BOLEZNIJO. DELOVNI NAČRT, PREDSTAVLJEN V TEM POROČILU, JE RAZDELJEN NA TRI NALOGE, NAMENJENE OPISOVANJU, MANIPULIRANJU IN SECIRANJU GENOMSKIH PROFILOV V ŽIVČNEM SISTEMU. PRVIČ, PREDLAGAMO, DA IZKORISTIMO OBSEŽNO LITERATURO NA PODROČJU TRANSKRIPCIJSKE IN EPIGENETIČNE REGULACIJE NEVRONSKE PLASTIČNOSTI, INFORMACIJE IN POSTOPKE, KI JIH USTVARI PROJEKT KODIRANJA (ENCYCLOPEDIA OF DNA ELEMENTS), TER LASTNE IZKUŠNJE IN REZULTATE NA TEM PODROČJU, DA IZBEREMO OMEJENO ŠTEVILO FTS IN EPIGENETIČNIH OZNAK TER IZVEDEMO DIFERENCIALNE POSKUSE PROFILIRANJA V OKVIRU UVELJAVLJENIH NEVROPLASTIČNIH MODELOV. NATO BOMO POVEZALI TE INFORMACIJE S TRANSKRIPCIJSKIMI PROFILI, PRIDOBLJENIMI V ISTIH MODELIH. UPAMO, DA BO METAANALIZA IN UPORABA FUNKCIONALNIH GENOMSKIH ORODIJ ZAGOTOVILA NEOBJAVLJENO VIZIJO EPIGENETIČNIH IN TRANSKRIPCIJSKIH DOGODKOV, KI SE POJAVLJAJO V NEVRONSKEM JEDRU KOT ODZIV NA AKTIVNOST IN NJIHOVO INTERAKCIJO. TO AMBICIOZNO GENOMSKO SLEDENJE, NAMENJENO USTVARJANJU NOVIH ODKRITIJ IN HIPOTEZ, IMA VELIK POTENCIAL ZA OPREDELITEV NOVIH TERAPEVTSKIH CILJEV. DRUGIČ, PREDLAGAMO IZVEDBO EPIGENETSKIH MONTAŽNIH POSKUSOV Z NAMENOM RAZJASNITVE VLOGE ACTILACION HISTONOV PRI PREPISU IN RAZISKOVANJU TERAPEVTSKEGA POTENCIALA EPIGENETIČNEGA UREJANJA V DVEH NEVROLOŠKIH STANJIH, POVEZANIH Z DISACCETIATION HISTONOV: RUBINSTEIN-TAYBIJEV SINDROM IN HUNTINGTONOVA BOLEZEN. TRETJIČ, VZPOREDNO S TEM RAZVOJEM PREDLAGAMO OBRAVNAVO TEHNIČNEGA IZZIVA, POVEZANEGA Z GENOMSKO ANALIZO V ZELO KOMPLEKSNEM TKIVU IN CELIČNI HETEROGENOSTI, KOT SO MOŽGANI, Z OBLIKOVANJEM IN IZPOPOLNITVIJO PROTOKOLOV ZA PRIPRAVO KROMATINA IZ NEVRONSKIH SUBPOPULACIJ, VKLJUČNO Z USTVARJANJEM NOVIH GENSKIH ORODIJ ZA SELEKTIVNO LOČEVANJE JEDER (JEDRSKO SORTIRANJE). NA SPLOŠNO IMAJO POSKUSI, PREDLAGANI V TEM SPOMINU, POTENCIAL, DA ZAGOTOVIJO PRVO GLOBALNO VIZIJO GENOMSKIH MEHANIZMOV, NA KATERIH TEMELJI TRANSKRIPCIJSKI ODZIV, POVEZAN Z NEVROPLASTIKO IN RAZLIČNIMI MOTNJAMI ŽIVČNEGA SISTEMA, KI VPLIVAJO NA KOGNICIJO. (Slovenian)
    18 August 2022
    0 references
    MECHANIZMY TRANSKRYPCYJNE I EPIGENETYCZNE ODGRYWAJĄ ZASADNICZĄ ROLĘ W PROCESACH PLASTYCZNOŚCI NEURONALNEJ ZACHODZĄCYCH W MÓZGU DOROSŁYCH. PONADTO DEREGULACJA TYCH MECHANIZMÓW JEST ISTOTNĄ CZĘŚCIĄ ETIOLOGII LICZNYCH ZABURZEŃ NEUROLOGICZNYCH I PSYCHIATRYCZNYCH. BADANIA PRZEPROWADZONE W CIĄGU OSTATNICH DWUDZIESTU LAT W TEJ DZIEDZINIE DOSTARCZYŁY OBSZERNYCH INFORMACJI NA TEMAT REAKCJI TRANSKRYPCYJNEJ NA AKTYWNOŚĆ I ZIDENTYFIKOWAŁY CZĄSTECZKI EFEKTOROWE ZAANGAŻOWANE W PLASTYCZNOŚĆ NEURONALNĄ I CHOROBY UKŁADU NERWOWEGO. NADAL JEDNAK BRAKUJE NAM HOLISTYCZNEGO MODELU, KTÓRY POZWALA NAM PRZEWIDZIEĆ ZACHOWANIE ZŁOŻONYCH SIECI GENICAS, KTÓRE LEŻĄ U PODSTAW PROCESÓW PLASTYCZNYCH I PATOLOGII W MÓZGU DOROSŁYCH. DOSKONALENIE I REDUKCJA TECHNIK NAJNOWSZEJ GENERACJI (KOLEJNEGO SEKWENCJONOWANIA NASTĘPNEJ GENERACJI) STANOWIĄ IDEALNE WARUNKI DO USTANOWIENIA PIERWSZEGO PROJEKTU PROFILU OKUPACYJNEGO GENOMU W CHROMATYNIE NEURONOWEJ ZNAKÓW EPIGENETYCZNYCH I CZYNNIKÓW TRANSKRYPCYJNYCH (FT) REGULOWANYCH PRZEZ DZIAŁALNOŚĆ, A TAKŻE DO OPISU ZMIAN TYCH PROFILI ZWIĄZANYCH Z DOŚWIADCZENIEM LUB CHOROBĄ. PLAN PRAC PRZEDSTAWIONY W NINIEJSZYM RAPORCIE PODZIELONY JEST NA TRZY ZADANIA MAJĄCE NA CELU OPISANIE, MANIPULOWANIE I ROZSZCZEPIENIE PROFILI GENOMOWYCH W UKŁADZIE NERWOWYM. PO PIERWSZE, PROPONUJEMY SKORZYSTAĆ Z OBSZERNEJ LITERATURY Z ZAKRESU TRANSKRYPCYJNEJ I EPIGENETYCZNEJ REGULACJI PLASTYCZNOŚCI NEURONALNEJ, INFORMACJI I PROCEDUR GENEROWANYCH PRZEZ PROJEKT KODOWANIA (ENCYKLOPEDIA PIERWIASTKÓW DNA), A TAKŻE WŁASNEGO DOŚWIADCZENIA I WYNIKÓW W TEJ DZIEDZINIE, ABY WYBRAĆ OGRANICZONĄ LICZBĘ ZNAKÓW FTS I EPIGENETYCZNYCH ORAZ PRZEPROWADZIĆ RÓŻNE EKSPERYMENTY PROFILOWANIA W KONTEKŚCIE UGRUNTOWANYCH MODELI NEUROPLASTYCZNOŚCI. NASTĘPNIE ZINTEGRUJEMY TE INFORMACJE Z PROFILAMI TRANSKRYPCYJNYMI UZYSKANYMI W TYCH SAMYCH MODELACH. MAMY NADZIEJĘ, ŻE METAANALIZA I WYKORZYSTANIE FUNKCJONALNYCH NARZĘDZI GENOMOWYCH ZAPEWNI NIEPUBLIKOWANĄ WIZJĘ EPIGENETYCZNYCH I TRANSKRYPCYJNYCH ZDARZEŃ, KTÓRE WYSTĘPUJĄ W JĄDRZE NEURONOWYM W ODPOWIEDZI NA AKTYWNOŚĆ I ICH INTERAKCJĘ. TO AMBITNE ŚLEDZENIE GENOMU, MAJĄCE NA CELU GENEROWANIE NOWYCH ODKRYĆ I HIPOTEZ, MA OGROMNY POTENCJAŁ W IDENTYFIKACJI NOWYCH CELÓW TERAPEUTYCZNYCH. PO DRUGIE, PROPONUJEMY PRZEPROWADZENIE EKSPERYMENTÓW EDYCYJNYCH EPIGENETYCZNYCH W CELU WYJAŚNIENIA ROLI AKTYLACJI HISTONÓW W TRANSKRYPCJI I BADANIU POTENCJAŁU TERAPEUTYCZNEGO EDYCJI EPIGENETYCZNEJ W DWÓCH STANACH NEUROLOGICZNYCH ZWIĄZANYCH Z DISACCETIATIONEM HISTONÓW: ZESPÓŁ RUBINSTEINA-TAYBI I CHOROBA HUNTINGTONA. PO TRZECIE, RÓWNOLEGLE Z TYMI ZMIANAMI PROPONUJEMY ROZWIĄZANIE PROBLEMU TECHNICZNEGO ZWIĄZANEGO Z ANALIZĄ GENOMOWĄ W TKANCE O DUŻEJ ZŁOŻONOŚCI I HETEROGENICZNOŚCI KOMÓREK, TAKICH JAK MÓZG, POPRZEZ OPRACOWANIE I UDOSKONALENIE PROTOKOŁÓW PRZYGOTOWANIA CHROMATYNY Z SUBPOPULACJI NEURONALNYCH, W TYM GENEROWANIE NOWYCH NARZĘDZI GENETYCZNYCH DO SELEKTYWNEGO ROZDZIELANIA JĄDER (SORTOWANIE JĄDROWE). OGÓLNIE RZECZ BIORĄC, EKSPERYMENTY PROPONOWANE W TEJ PAMIĘCI MOGĄ ZAPEWNIĆ PIERWSZĄ GLOBALNĄ WIZJĘ MECHANIZMÓW GENOMOWYCH, KTÓRE LEŻĄ U PODSTAW REAKCJI TRANSKRYPCYJNEJ ZWIĄZANEJ Z NEUROPLASTYCZNOŚCIĄ I RÓŻNYMI ZABURZENIAMI UKŁADU NERWOWEGO, KTÓRE WPŁYWAJĄ NA POZNANIE. (Polish)
    18 August 2022
    0 references
    Sant Joan d'Alacant
    0 references
    20 December 2023
    0 references

    Identifiers

    SAF2014-56197-R
    0 references