GENOMIC OF INDIVIDUAL VIRUSES. A NEW VISION TO EXPLORE UNCULTIVATED VIRIOSFERA: FROM ECOSYSTEM TO MAN. (Q3191958)
Jump to navigation
Jump to search
Project Q3191958 in Spain
| Language | Label | Description | Also known as |
|---|---|---|---|
| English | GENOMIC OF INDIVIDUAL VIRUSES. A NEW VISION TO EXPLORE UNCULTIVATED VIRIOSFERA: FROM ECOSYSTEM TO MAN. |
Project Q3191958 in Spain |
Statements
83,014.47 Euro
0 references
152,460.0 Euro
0 references
54.45 percent
0 references
1 January 2014
0 references
31 December 2016
0 references
UNIVERSIDAD DE ALICANTE
0 references
3080
0 references
LOS VIRUS SON LAS ENTIDADES BIOLOGICAS MAS ABUNDANTES Y DIVERSAS QUE MOLDEAN CADA UNO DE LOS ORGANISMOS, INCLUIDO EL HOMBRE. A PESAR DE SU IMPORTANCIA, DATOS METAGENOMICOS INDICAN QUE SOLO CONOCEMOS EL 1% DE LA DIVERSIDAD GENOMICA VIRICA EXISTENTE, SESGANDO NUESTRO CONOCIMIENTO SOBRE EL PAPEL BIOLOGICO DE LOS VIRUS PREDOMINANTES EN LA NATURALEZA. HASTA AHORA, LOS DOS PRINCIPALES ENFOQUES EXPERIMENTALES PARA RECUPERAR LA INFORMACION GENOMICA VIRICA SE BASABAN EN EL AISLAMIENTO DEL SISTEMA HUESPED-HOSPEDADOR, O BIEN EN LA SECUENCIACION MASIVA DE TODOS LOS GENES VIRICOS EXTRAIDOS DIRECTAMENTE DE UNA MUESTRA, ESTO ES, LA METAGENOMICA. SIN EMBARGO, LOS VIRUS RECUPERADOS POR CULTIVO, EN BUENA MEDIDA, NO REPRESENTAN NECESARIAMENTE A LOS VIRUS REALMENTE ABUNDANTES EN LAS COMUNIDADES VIRICAS, Y POR OTRO LADO, LA INFORMACION RECUPERADA POR METAGENOMICA ESTA AMPLIAMENTE FRAGMENTADA, CON LA DIFICULTAD QUE ELLO CONLLEVA A LA HORA DE ENSAMBLAR GENOMAS COMPLETOS, DIFICULTANDO ASI LA ASIGNACION E IDENTIFICACION DE VIRUS RELEVANTES EN LOS SISTEMAS BIOLOGICOS. ASI PUES, EN ESTE PROYECTO APLICAREMOS UN ENFOQUE EXPERIMENTAL RADICALMENTE NOVEDOSO, INDEPENDIENTE DEL CULTIVO Y QUE SALVARA LAS LIMITACIONES DE LA METAGENOMICA, EN EL QUE MEDIANTE TECNICAS MULTIDISCIPLINARES RECUPERAREMOS LA INFORMACION GENETICA CONTENIDA DENTRO DE UNA UNICA PARTICULA VIRICA INDIVIDUAL SIN NECESIDAD DE CULTIVAR. PARA ELLO, MEDIANTE TECNICAS DE CITOMETRIA DE FLUJO AVANZADA, LOS VIRUS TEÑIDOS FLUORESCENTEMENTE SERAN FISICAMENTE SEPARADOS UNO A UNO DE LA MUESTRA BIOLOGICA GRACIAS A UN NUEVO MODULO OPTICO ESPECIFICAMENTE DISEÑADO PARA DETECTAR Y SEPARAR MICROPARTICULAS DEL RANGO DE TAMAÑO DE SUB-MICROMETROS (20-1000 NM), TALES COMO LOS VIRUS. CADA PARTICULA VIRICA INDIVIDUAL SERA DEPOSITADA EN MICROPOCILLOS INDEPENDIENTES. TRAS ELLO, SE EMPLEARA LA MICROSCOPIA DE FLUORESCENCIA DE SUPER-RESOLUCION PARA EVALUAR LA PRESENCIA DE UN UNICO VIRUS Y ESTUDIAR ADEMAS LA ESTRUCTURA Y MORFOMETRIA DE LOS MISMOS. SEGUIDAMENTE, EL MATERIAL GENETICO OBTENIDO DE UN UNICO VIRUS (2 FG. DE DNA) SE AMPLIFICARA MEDIANTE LA TECNICA ¿MULTIPLE-DISPLACEMENT AMPLIFICATION¿, EN LA QUE SE GENERARA SUFICIENTE MATERIAL PARA SER POSTERIORMENTE ANALIZADO POR TECNICAS COMPLEMENTARIAS Y FINALMENTE SECUENCIADO. ESTA APROXIMACION SE DENOMINA ¿GENOMICA DE VIRUS INDIVIDUALES¿ (GVI). INICIALMENTE (OBJ. 1), LLEVAREMOS A CABO LA PUESTA A PUNTO Y OPTIMIZACION DE ALGUNOS PASOS DE LA METODOLOGIA DE GVI CON UN VIRUS CULTIVADO Y PREVIAMENTE SECUENCIADO. EN EL OBJETIVO 2, APLICAREMOS LA APROXIMACION DE GVI EN COMBINACION CON METAGENOMICA Y LA TECNOLOGIA DE ¿MICROARRAYS¿ A COMUNIDADES VIRICAS COMPLEJAS DONDE SECUENCIAREMOS GENOMAS COMPLETOS DE VIRUS DE REFERENCIA NO CULTIVADOS QUE SON PREDOMINANTES EN LOS ECOSISTEMAS SELECCIONADOS (AGUA POTABLE DE LA CIUDAD DE ALICANTE, SUPERFICIE DEL MAR MEDITERRANEO Y MUESTRAS DEL OCEANO PROFUNDO; EXPEDICION MALASPINA) Y EN EL MICROAMBIENTE BUCAL (MUCOSAS/SALIVA) DE PERSONAS SANAS VS PACIENTES INMUNODEPRIMIDOS POR EL VIRUS DEL VIH). FINALMENTE, (OBJ. 3), MEDIANTE GVI TRATAREMOS DE IDENTIFICAR Y SECUENCIAR VIRUS NO CULTIVADOS POTENCIALMENTE IMPLICADOS EN LA DIABETES TIPO I. _x000D_ POR TANTO, EN ESTE PROYECTO, CON UN ENFOQUE NOVEDOSO, PROFUNDIZAREMOS EN CUESTIONES FUNDAMENTALES DE LA BIOLOGIA, ECOLOGIA, DIVERSIDAD Y GENOMICA DE VIRUS POTENCIALMENTE DESCONOCIDOS, Y CUYO PAPEL E IMPACTO EN LOS CICLOS BIOGEOQUIMICOS GLOBALES Y EN LA HOMEOSTASIS DEL CUERPO HUMANO ESTA AUN POR DETERMINAR (Spanish)
0 references
VIRUSES ARE THE MOST ABUNDANT AND DIVERSE BIOLOGICAL ENTITIES THAT SHAPE EACH OF THE ORGANISMS, INCLUDING MAN. DESPITE ITS IMPORTANCE, METAGENOMICOS DATA INDICATE THAT WE KNOW ONLY 1 % OF THE EXISTING VIRIC GENOMIC DIVERSITY, BIASING OUR KNOWLEDGE ABOUT THE BIOLOGICAL ROLE OF THE PREDOMINANT VIRUSES IN NATURE. UP TO NOW, THE TWO MAIN EXPERIMENTAL APPROACHES TO RECOVERING VIRIC GENOMIC INFORMATION WERE BASED ON THE ISOLATION OF THE HOST-HOST SYSTEM, OR ON THE MASSIVE SEQUENCING OF ALL VIRIC GENES EXTRACTED DIRECTLY FROM A SAMPLE, I.E., METAGENOMICA. HOWEVER, THE VIRUSES RECOVERED BY CULTIVATION, TO A LARGE EXTENT, DO NOT NECESSARILY REPRESENT THE VIRUSES REALLY ABUNDANT IN THE VIRIC COMMUNITIES, AND ON THE OTHER HAND, THE INFORMATION RECOVERED BY METAGENOMICA IS LARGELY FRAGMENTED, WITH THE DIFFICULTY THAT THIS ENTAILS WHEN IT COMES TO ASSEMBLING COMPLETE GENOMES, THUS MAKING IT DIFFICULT TO ASSIGN AND IDENTIFY RELEVANT VIRUSES IN BIOLOGICAL SYSTEMS. THUS, IN THIS PROJECT WE WILL APPLY A RADICALLY NOVEL EXPERIMENTAL APPROACH, INDEPENDENT OF THE CULTIVATION AND THAT WILL SAVE THE LIMITATIONS OF METAGENOMICA, IN WHICH THROUGH MULTIDISCIPLINARY TECHNIQUES WE WILL RECOVER THE GENETIC INFORMATION CONTAINED WITHIN A SINGLE INDIVIDUAL VIRIC PARTICLE WITHOUT NEEDING TO CULTIVATE. FOR THIS PURPOSE, USING ADVANCED FLOW CITOMETRIA TECHNIQUES, FLUORESCENTLY DYED VIRUSES WILL BE PHYSICALLY SEPARATED ONE BY ONE FROM THE BIOLOGICAL SAMPLE THANKS TO A NEW OPTIC MODULE SPECIFICALLY DESIGNED TO DETECT AND SEPARATE MICROPARTICULAES FROM THE SIZE RANGE OF SUB-MICROMETERS (20-1000 NM), SUCH AS VIRUSES. EACH INDIVIDUAL VIRIC PARTICLE SHALL BE DEPOSITED IN INDEPENDENT MICROWELLS. AFTER THIS, SUPER-RESOLUTION FLUORESCENCE MICROSCOPY WILL BE USED TO EVALUATE THE PRESENCE OF A SINGLE VIRUS AND TO STUDY THE STRUCTURE AND MORPHOMETRY OF THE SAME. NEXT, THE GENETIC MATERIAL OBTAINED FROM A SINGLE VIRUS (2 FG. DNA) WILL BE AMPLIFIED BY THE MULTIPLE-DISPLACEMENT AMPLIFICATION TECHNIQUE, IN WHICH ENOUGH MATERIAL WAS GENERATED TO BE LATER ANALYSED BY COMPLEMENTARY TECHNIQUES AND FINALLY SEQUENCED. THIS APPROACH IS CALLED INDIVIDUAL VIRUS GENEMIC? (GVI). INITIALLY (OBJ. 1), WE WILL CARRY OUT THE DEVELOPMENT AND OPTIMISATION OF SOME STEPS OF THE GVI METHOD WITH A CULTURED AND PREVIOUSLY SEQUENCED VIRUS. IN OBJECTIVE 2, WE WILL APPLY THE APPROXIMATION OF GVI IN COMBINATION WITH METAGENOMICA AND THE TECHNOLOGY OF MICROARRAYS TO COMPLEX VIRIC COMMUNITIES WHERE WE WILL SEQUENCE COMPLETE GENOMES OF UNCULTIVATED REFERENCE VIRUSES THAT ARE PREDOMINANT IN THE SELECTED ECOSYSTEMS (DRINKING WATER OF THE CITY OF ALICANTE, AREA OF THE MEDITERRANEAN SEA AND SAMPLES FROM THE DEEP OCEAN; MALASPINA EXPEDITION) AND IN THE ORAL MICROENVIRONMENT (MUCOSA/SALIVA) OF HEALTHY PEOPLE VS PATIENTS IMMUNOSUPPRESSED BY HIV VIRUS. FINALLY, (OBJ. 3), MEDIANT GVI TREATMENTS OF IDENTIFICATE AND Sequencing VIRUS POTENTENTLY IMPLICED IN DIABETES TYPE I. _x000D_ BY QUESTIONS, IN THIS PROJECT, WITH a new focus, we will deepen in FUNDAMENTAL QUESTIONS OF BIOLOGY, ecology, DIVERSITY AND GENOMIC OF POTENTIAL VIRUS DISCOUNCTED, AND WHY PAPER AND IMPACT IN GLOBAL biogeochemical cycles and in the HOMEOSTASIS of the HUMAN BODY is yet to be determinated (English)
12 October 2021
0.7939475283727327
0 references
LES VIRUS SONT LES ENTITÉS BIOLOGIQUES LES PLUS ABONDANTES ET LES PLUS DIVERSES QUI FAÇONNENT CHACUN DES ORGANISMES, Y COMPRIS L’HOMME. MALGRÉ LEUR IMPORTANCE, LES DONNÉES METAGENOMICOS INDIQUENT QUE NOUS NE CONNAISSONS QUE 1 % DE LA DIVERSITÉ GÉNOMIQUE VIRALE EXISTANTE, CE QUI BIAISE NOS CONNAISSANCES SUR LE RÔLE BIOLOGIQUE DES VIRUS PRÉDOMINANTS DANS LA NATURE. JUSQU’À PRÉSENT, LES DEUX PRINCIPALES APPROCHES EXPÉRIMENTALES DE RÉCUPÉRATION DE L’INFORMATION GÉNOMIQUE VIRIQUE ÉTAIENT BASÉES SUR L’ISOLEMENT DU SYSTÈME HÔTE-HÔTE, OU SUR LE SÉQUENÇAGE MASSIF DE TOUS LES GÈNES VIRIQUES EXTRAITS DIRECTEMENT D’UN ÉCHANTILLON, I.E., METAGENOMICA. CEPENDANT, LES VIRUS RÉCUPÉRÉS PAR CULTURE, DANS UNE LARGE MESURE, NE REPRÉSENTENT PAS NÉCESSAIREMENT LES VIRUS RÉELLEMENT ABONDANTS DANS LES COMMUNAUTÉS VIRIQUES, ET D’AUTRE PART, LES INFORMATIONS RÉCUPÉRÉES PAR METAGENOMICA SONT LARGEMENT FRAGMENTÉES, AVEC LA DIFFICULTÉ QUE CELA IMPLIQUE DANS L’ASSEMBLAGE DE GÉNOMES COMPLETS, CE QUI REND DIFFICILE L’ASSIGNATION ET L’IDENTIFICATION DES VIRUS PERTINENTS DANS LES SYSTÈMES BIOLOGIQUES. AINSI, DANS CE PROJET, NOUS APPLIQUERONS UNE APPROCHE EXPÉRIMENTALE RADICALEMENT NOUVELLE, INDÉPENDANTE DE LA CULTURE ET QUI SAUVERA LES LIMITES DE METAGENOMICA, DANS LAQUELLE, GRÂCE À DES TECHNIQUES MULTIDISCIPLINAIRES, NOUS RÉCUPÉRERONS L’INFORMATION GÉNÉTIQUE CONTENUE DANS UNE SEULE PARTICULE VIRIQUE SANS AVOIR BESOIN DE CULTIVER. À CETTE FIN, À L’AIDE DE TECHNIQUES AVANCÉES DE CITOMETRIA, LES VIRUS TEINTS PAR FLUORESCENCE SERONT PHYSIQUEMENT SÉPARÉS UN PAR UN DE L’ÉCHANTILLON BIOLOGIQUE GRÂCE À UN NOUVEAU MODULE OPTIQUE SPÉCIALEMENT CONÇU POUR DÉTECTER ET SÉPARER MICROPARTICULAES DE LA GAMME DE DIMENSIONS DES SOUS-MICROMÈTRES (20-1000 NM), TELS QUE LES VIRUS. CHAQUE PARTICULE VIRIQUE INDIVIDUELLE DOIT ÊTRE DÉPOSÉE DANS DES MICROPUITS INDÉPENDANTS. APRÈS CELA, LA MICROSCOPIE DE FLUORESCENCE À SUPER-RÉSOLUTION SERA UTILISÉE POUR ÉVALUER LA PRÉSENCE D’UN SEUL VIRUS ET POUR ÉTUDIER LA STRUCTURE ET LA MORPHOMÉTRIE DE CELUI-CI. ENSUITE, LE MATÉRIEL GÉNÉTIQUE OBTENU À PARTIR D’UN SEUL VIRUS (2 FG. L’ADN) SERA AMPLIFIÉ PAR LA TECHNIQUE D’AMPLIFICATION À DÉPLACEMENT MULTIPLE, DANS LAQUELLE UN NOMBRE SUFFISANT DE MATÉRIAUX A ÉTÉ GÉNÉRÉ POUR ÊTRE ENSUITE ANALYSÉ PAR DES TECHNIQUES COMPLÉMENTAIRES ET FINALEMENT SÉQUENCÉ. CETTE APPROCHE EST APPELÉE VIRUS INDIVIDUEL GENEMIC? (GVI). AU DÉPART (OBJ. 1), NOUS RÉALISERONS LE DÉVELOPPEMENT ET L’OPTIMISATION DE CERTAINES ÉTAPES DE LA MÉTHODE GVI AVEC UN VIRUS CULTIVÉ ET PRÉCÉDEMMENT SÉQUENCÉ. DANS L’OBJECTIF 2, NOUS APPLIQUERONS L’APPROXIMATION DE L’IVG EN COMBINAISON AVEC METAGENOMICA ET LA TECHNOLOGIE DES MICRORÉSEAUX AUX COMMUNAUTÉS VIRIQUES COMPLEXES OÙ NOUS ALLONS SÉQUENCER DES GÉNOMES COMPLETS DE VIRUS DE RÉFÉRENCE NON CULTIVÉS QUI SONT PRÉDOMINANTS DANS LES ÉCOSYSTÈMES SÉLECTIONNÉS (EAU POTABLE DE LA VILLE D’ALICANTE, ZONE DE LA MER MÉDITERRANÉE ET ÉCHANTILLONS DE L’OCÉAN PROFOND; MALASPINA EXPÉDITION) ET DANS LE MICROENVIRONNEMENT ORAL (MUCOSA/SALIVA) DE PERSONNES EN BONNE SANTÉ VS PATIENTS IMMUNOSUPPRIMÉS PAR LE VIRUS DU VIH. ENFIN, (OBJ. 3), médiateur GVI TRAATMENTS D’identifiez et de séquençage VIRUS POTENTENTEMENT impliqué dans les DIABETES TYPE I. _x000D_ PAR QUESTIONS, DANS CE PROJET, AVEC un nouveau point de mire, nous approfondirons dans les QUESTIONS FONDAMENTALES DE BIOLOGIE, d’écologie, DIVERSITÉ ET GENOMIQUE DU VIRUS POTENTIAL DISCOUNCTÉ, et WHY PAPER ET IMPACT DANS LES cycles biogéochimiques GLOBAL et dans l’homéostasie de la BODY HUMANE est encore à déterminer (French)
4 December 2021
0 references
VIREN SIND DIE AM HÄUFIGSTEN VORKOMMENDEN UND VIELFÄLTIGSTEN BIOLOGISCHEN EINHEITEN, DIE JEDEN DER ORGANISMEN, EINSCHLIESSLICH DES MENSCHEN, FORMEN. TROTZ SEINER BEDEUTUNG WEISEN METAGENOMICOS-DATEN DARAUF HIN, DASS WIR NUR 1 % DER BESTEHENDEN VIRISCHEN GENOMISCHEN VIELFALT KENNEN UND UNSER WISSEN ÜBER DIE BIOLOGISCHE ROLLE DER VORHERRSCHENDEN VIREN IN DER NATUR VOREINGENOMMEN HABEN. BISHER BASIERTEN DIE BEIDEN WICHTIGSTEN EXPERIMENTELLEN ANSÄTZE ZUR WIEDERHERSTELLUNG VIRISCHER GENOMISCHER INFORMATIONEN AUF DER ISOLIERUNG DES HOST-HOST-SYSTEMS ODER AUF DER MASSIVEN SEQUENZIERUNG ALLER VIRISCHEN GENE, DIE DIREKT AUS EINER PROBE EXTRAHIERT WURDEN, I.E., METAGENOMICA. DIE DURCH DIE KULTIVIERUNG ZURÜCKGEWONNENEN VIREN STELLEN JEDOCH NICHT NOTWENDIGERWEISE DIE VIREN DAR, DIE IN DEN VIRISCHEN GEMEINSCHAFTEN WIRKLICH VORHANDEN SIND, UND ANDERERSEITS SIND DIE VON METAGENOMICA ZURÜCKGEWONNENEN INFORMATIONEN WEITGEHEND FRAGMENTIERT, MIT DER SCHWIERIGKEIT, VOLLSTÄNDIGE GENOME ZUSAMMENZUBAUEN, WAS DIE ZUORDNUNG UND IDENTIFIZIERUNG RELEVANTER VIREN IN BIOLOGISCHEN SYSTEMEN ERSCHWERT. SO WERDEN WIR IN DIESEM PROJEKT EINEN RADIKAL NEUARTIGEN EXPERIMENTELLEN ANSATZ ANWENDEN, UNABHÄNGIG VON DER KULTIVIERUNG, UND DER DIE GRENZEN VON METAGENOMICA ERSPAREN WIRD, IN DEM WIR DURCH MULTIDISZIPLINÄRE TECHNIKEN DIE GENETISCHE INFORMATION, DIE IN EINEM EINZELNEN VIRISCHEN TEILCHEN ENTHALTEN IST, OHNE KULTIVIEREN ZU MÜSSEN, WIEDERERLANGEN WERDEN. ZU DIESEM ZWECK WERDEN FLUORESZENZ GEFÄRBTE VIREN MITTELS FORTSCHRITTLICHER VERFAHREN DES FLUSSES CITOMETRIA PHYSIKALISCH DURCH EIN NEUES OPTISCHES MODUL GETRENNT, DAS SPEZIELL ENTWICKELT WURDE, UM MICROPARTICULAES VOM GRÖSSENBEREICH VON SUBMIKROMETERN (20-1000 NM) WIE VIREN ZU ERKENNEN UND ZU TRENNEN. JEDES EINZELNE VIRISCHE TEILCHEN MUSS IN UNABHÄNGIGEN MIKROWELLEN ABGELAGERT WERDEN. DANACH WIRD SUPER-RESOLUTION FLUORESZENZMIKROSKOPIE VERWENDET, UM DAS VORHANDENSEIN EINES EINZELNEN VIRUS ZU BEWERTEN UND DIE STRUKTUR UND MORPHOMETRIE DESSELBEN ZU UNTERSUCHEN. ALS NÄCHSTES WIRD DAS GENETISCHE MATERIAL, DAS AUS EINEM EINZIGEN VIRUS GEWONNEN WIRD (2 FG. DNA) WIRD DURCH DIE MULTIPLE-DISPLACEMENT-AMPLIFIKATIONSTECHNIK VERSTÄRKT, IN DER GENÜGEND MATERIAL ERZEUGT WURDE, UM SPÄTER DURCH ERGÄNZENDE TECHNIKEN ANALYSIERT UND SCHLIESSLICH SEQUENZIERT ZU WERDEN. DIESER ANSATZ WIRD ALS INDIVIDUELLES VIRUS GENEMIC? (GVI) BEZEICHNET. ZUNÄCHST (OBJ. 1) WERDEN WIR DIE ENTWICKLUNG UND OPTIMIERUNG EINIGER SCHRITTE DER GVI-METHODE MIT EINEM KULTIVIERTEN UND ZUVOR SEQUENZIERTEN VIRUS DURCHFÜHREN. IN ZIEL 2 WERDEN WIR DIE ANNÄHERUNG VON GVI IN KOMBINATION MIT METAGENOMICA UND DER TECHNOLOGIE VON MIKROARRAYS AUF KOMPLEXE VIRIC COMMUNITIES ANWENDEN, WO WIR VOLLSTÄNDIGE GENOME VON NICHT KULTIVIERTEN REFERENZVIREN SEQUENZIEREN, DIE IN DEN AUSGEWÄHLTEN ÖKOSYSTEMEN VORHERRSCHEN (TRINKWASSER DER STADT ALICANTE, GEBIET DES MITTELMEERS UND PROBEN AUS DEM TIEFEN OZEAN; MALASPINA-EXPEDITION) UND IN DER ORALEN MIKROUMGEBUNG (MUCOSA/SALIVA) VON GESUNDEN MENSCHEN GEGENÜBER PATIENTEN IMMUNSUPPRIMIERT DURCH HIV-VIRUS. SCHLIESSLICH (OBJ. 3), mediant GVI TREATMENTS DER Identität und Sequenzierung VIRUS POTENTLY impliziert in DIABETES TYPE I. _x000D_ BY QUESTIONEN, IN DAS PROJEKT, MIT einem neuen Fokus, werden wir in FUNDAMENTAL QUESTIONEN DER BIOLOGIE vertiefen, Ökologie, DIVERSITÄT UND GENOMIK POTENTIAL VIRUS DISCOUNCTED, UND WHY PAPER UND IMPACT IN GLOBAL biogeochemischen Zyklen und in der Homöostase des HUMAN BODY ist noch nicht zu bestimmen (German)
9 December 2021
0 references
VIRUSSEN ZIJN DE MEEST VOORKOMENDE EN DIVERSE BIOLOGISCHE ENTITEITEN DIE ELK VAN DE ORGANISMEN VORMEN, INCLUSIEF DE MENS. ONDANKS HET BELANG ERVAN GEVEN METAGENOMICOS-GEGEVENS AAN DAT WE SLECHTS 1 % VAN DE BESTAANDE VIRIC GENOMISCHE DIVERSITEIT KENNEN, WAARDOOR ONZE KENNIS OVER DE BIOLOGISCHE ROL VAN DE OVERHEERSENDE VIRUSSEN IN DE NATUUR VERTEKEND WORDT. TOT NU TOE WAREN DE TWEE BELANGRIJKSTE EXPERIMENTELE BENADERINGEN OM VIRISCHE GENOMISCHE INFORMATIE TE HERSTELLEN GEBASEERD OP DE ISOLATIE VAN HET HOST-HOST-SYSTEEM, OF OP DE MASSALE SEQUENCING VAN ALLE VIRISCHE GENEN DIE RECHTSTREEKS UIT EEN MONSTER WERDEN GEËXTRAHEERD, I.E., METAGENOMICA. DE VIRUSSEN DIE DOOR DE TEELT WORDEN TERUGGEVONDEN, VERTEGENWOORDIGEN ECHTER NIET NOODZAKELIJKERWIJS DE VIRUSSEN DIE WERKELIJK IN DE VIRIC COMMUNITIES AANWEZIG ZIJN, EN AAN DE ANDERE KANT IS DE DOOR METAGENOMICA TERUGGEVONDEN INFORMATIE GROTENDEELS GEFRAGMENTEERD, MET DE MOEILIJKHEID DIE DIT MET ZICH MEEBRENGT ALS HET GAAT OM HET ASSEMBLEREN VAN VOLLEDIGE GENOOM, WAARDOOR HET MOEILIJK WORDT OM RELEVANTE VIRUSSEN IN BIOLOGISCHE SYSTEMEN TOE TE WIJZEN EN TE IDENTIFICEREN. ZO ZULLEN WE IN DIT PROJECT EEN RADICAAL NIEUWE EXPERIMENTELE AANPAK TOEPASSEN, ONAFHANKELIJK VAN DE CULTIVATIE EN DIE DE BEPERKINGEN VAN METAGENOMICA ZAL REDDEN, WAARIN WE DOOR MULTIDISCIPLINAIRE TECHNIEKEN DE GENETISCHE INFORMATIE IN EEN ENKEL INDIVIDUEEL VIRISCH DEELTJE ZULLEN HERSTELLEN ZONDER DAT WE HOEVEN TE CULTIVEREN. MET BEHULP VAN GEAVANCEERDE STROMING CITOMETRIA-TECHNIEKEN WORDEN FLUORESCERENDE VIRUSSEN ÉÉN VOOR ÉÉN FYSIEK GESCHEIDEN VAN HET BIOLOGISCHE MONSTER DANKZIJ EEN NIEUWE OPTISCHE MODULE DIE SPECIFIEK IS ONTWORPEN OM MICROPARTICULAES TE DETECTEREN EN TE SCHEIDEN VAN HET GROOTTEBEREIK VAN SUBMICROMETERS (20-1000 NM), ZOALS VIRUSSEN. ELK AFZONDERLIJK VIRISCH DEELTJE MOET IN ONAFHANKELIJKE MICROWELLS WORDEN GEDEPONEERD. DAARNA ZAL DE SUPER-RESOLUTIE FLUORESCENTIEMICROSCOPIE WORDEN GEBRUIKT OM DE AANWEZIGHEID VAN ÉÉN ENKEL VIRUS TE EVALUEREN EN DE STRUCTUUR EN MORFOMETRIE VAN HETZELFDE TE BESTUDEREN. VERVOLGENS IS HET GENETISCH MATERIAAL VERKREGEN UIT EEN ENKEL VIRUS (2 FG. DNA) ZAL WORDEN VERSTERKT DOOR DE MEERVOUDIGE VERDRINGINGSVERSTERKINGSTECHNIEK, WAARIN VOLDOENDE MATERIAAL WERD GEGENEREERD OM LATER TE WORDEN GEANALYSEERD DOOR COMPLEMENTAIRE TECHNIEKEN EN UITEINDELIJK GESEQUENCEERD. DEZE AANPAK HEET INDIVIDUEEL VIRUS GENEMIC? (GVI). AANVANKELIJK (OBJ. 1), ZULLEN WE DE ONTWIKKELING EN OPTIMALISATIE VAN ENKELE STAPPEN VAN DE GVI-METHODE UITVOEREN MET EEN GEKWEEKT EN EERDER GESEQUENCEERD VIRUS. IN DOELSTELLING 2 ZULLEN WE DE BENADERING VAN GVI IN COMBINATIE MET METAGENOMICA EN DE TECHNOLOGIE VAN MICROARRAYS TOEPASSEN OP COMPLEXE VIRIC COMMUNITIES WAAR WE COMPLETE GENOOMS VAN NIET-GEKWEEKTE REFERENTIEVIRUSSEN ZULLEN OPEENVOLGEN DIE OVERHEERSEN IN DE GESELECTEERDE ECOSYSTEMEN (DRINKWATER VAN DE STAD ALICANTE, GEBIED VAN DE MIDDELLANDSE ZEE EN MONSTERS UIT DE DIEPE OCEAAN; MALASPINA EXPEDITIE) EN IN DE ORALE MICRO-OMGEVING (MUCOSA/SALIVA) VAN GEZONDE MENSEN VERSUS PATIËNTEN IMMUNOSUPPRESSIE DOOR HIV-VIRUS. TOT SLOT, (OBJ. 3), mediant GVI-TREATMENTEN VAN identificate en rangschikkend VIRUS POTENTENTLY impliced in DIABETES TYPE I. _x000D_ BY QUESTIONS, IN DEZE PROJECT, MET een nieuwe focus, zullen we verdiepen in FUNDAMENTAL QUESTIONS VAN BIOLOGIE, ecologie, DIVERSITEIT EN GENOMISCHE VAN POTENTIELE VIRUS DISCOUNCTED, EN WHY PAPER EN IMPACT IN GLOBAL biogeochemische cycli en in de homeostase van de MENSELIJKE BODY moet nog worden bepaald (Dutch)
17 December 2021
0 references
I VIRUS SONO LE ENTITÀ BIOLOGICHE PIÙ ABBONDANTI E DIVERSE CHE FORMANO CIASCUNO DEGLI ORGANISMI, COMPRESO L'UOMO. NONOSTANTE LA SUA IMPORTANZA, I DATI METAGENOMICOS INDICANO CHE CONOSCIAMO SOLO L'1 % DELLA DIVERSITÀ GENOMICA VIRICA ESISTENTE, INFLUENZANDO LE NOSTRE CONOSCENZE SUL RUOLO BIOLOGICO DEI VIRUS PREDOMINANTI IN NATURA. FINORA, I DUE PRINCIPALI APPROCCI SPERIMENTALI PER RECUPERARE LE INFORMAZIONI GENOMICHE VIRICHE SI BASAVANO SULL'ISOLAMENTO DEL SISTEMA HOST-HOST, O SUL SEQUENZIAMENTO MASSICCIO DI TUTTI I GENI VIRIC ESTRATTI DIRETTAMENTE DA UN CAMPIONE, I.E., METAGENOMICA. TUTTAVIA, I VIRUS RECUPERATI DALLA COLTIVAZIONE, IN LARGA MISURA, NON RAPPRESENTANO NECESSARIAMENTE I VIRUS REALMENTE ABBONDANTI NELLE COMUNITÀ VIRICHE E, D'ALTRO CANTO, LE INFORMAZIONI RECUPERATE DA METAGENOMICA SONO IN GRAN PARTE FRAMMENTATE, CON LA DIFFICOLTÀ CHE CIÒ COMPORTA QUANDO SI TRATTA DI ASSEMBLARE GENOMI COMPLETI, RENDENDO COSÌ DIFFICILE L'ASSEGNAZIONE E L'IDENTIFICAZIONE DEI VIRUS RILEVANTI NEI SISTEMI BIOLOGICI. COSÌ, IN QUESTO PROGETTO APPLICHEREMO UN APPROCCIO SPERIMENTALE RADICALMENTE NUOVO, INDIPENDENTE DALLA COLTIVAZIONE E CHE SALVERÀ I LIMITI DI METAGENOMICA, IN CUI ATTRAVERSO TECNICHE MULTIDISCIPLINARI SI RECUPERANO LE INFORMAZIONI GENETICHE CONTENUTE IN UN'UNICA SINGOLA PARTICELLA VIRICA SENZA BISOGNO DI COLTIVARE. A TAL FINE, UTILIZZANDO TECNICHE CITOMETRIA A FLUSSO AVANZATO, I VIRUS TINTI FLUORESCENTI SARANNO FISICAMENTE SEPARATI UNO AD UNO DAL CAMPIONE BIOLOGICO GRAZIE AD UN NUOVO MODULO OTTICO APPOSITAMENTE PROGETTATO PER RILEVARE E SEPARARE MICROPARTICULAES DALLA GAMMA DIMENSIONALE DEI SOTTOMICROMETRI (20-1000 NM), COME I VIRUS. OGNI SINGOLA PARTICELLA VIRICA DEVE ESSERE DEPOSITATA IN MICROPOZZETTI INDIPENDENTI. SUCCESSIVAMENTE, LA MICROSCOPIA A FLUORESCENZA SUPER-RISOLUZIONE VERRÀ UTILIZZATA PER VALUTARE LA PRESENZA DI UN SINGOLO VIRUS E PER STUDIARE LA STRUTTURA E LA MORFOMETRIA DELLO STESSO. SUCCESSIVAMENTE, IL MATERIALE GENETICO OTTENUTO DA UN SINGOLO VIRUS (2 FG. DNA) SARÀ AMPLIFICATO DALLA TECNICA DI AMPLIFICAZIONE MULTI-SPOSTAMENTO, IN CUI È STATO GENERATO ABBASTANZA MATERIALE PER ESSERE SUCCESSIVAMENTE ANALIZZATO CON TECNICHE COMPLEMENTARI E INFINE SEQUENZIATO. QUESTO APPROCCIO È CHIAMATO SINGOLO VIRUS GENEMIC? (GVI). INIZIALMENTE (OBJ. 1), EFFETTUEREMO LO SVILUPPO E L'OTTIMIZZAZIONE DI ALCUNE FASI DEL METODO GVI CON UN VIRUS COLTIVATO E PRECEDENTEMENTE SEQUENZIATO. NELL'OBIETTIVO 2, APPLICHEREMO L'APPROSSIMAZIONE DI GVI IN COMBINAZIONE CON METAGENOMICA E LA TECNOLOGIA DEI MICROARRAYS ALLE COMUNITÀ VIRICHE COMPLESSE IN CUI SEQUENZEREMO GENOMI COMPLETI DI VIRUS DI RIFERIMENTO INCOLTI CHE SONO PREDOMINANTI NEGLI ECOSISTEMI SELEZIONATI (ACQUA POTABILE DELLA CITTÀ DI ALICANTE, AREA DEL MAR MEDITERRANEO E CAMPIONI PROVENIENTI DALL'OCEANO PROFONDO; SPEDIZIONE MALASPINA) E NEL MICROAMBIENTE ORALE (MUCOSA/SALIVA) DI PERSONE SANE VS PAZIENTI IMMUNOSOPPRESSO DAL VIRUS HIV. INFINE, (OBJ. 3), medianti TRATTAMENTI GVI DI Identificare e Sequenziare VIRUS POTENTENTENTLY Implicted IN DIABETES TIPE I. _x000D_ DA QUESTIONI, IN QUESTO PROGETTO, Con un nuovo focus, approfondiremo nelle QUESTIONI FONDAMENTALI DI BIOLOGIA, ecologia, la DIVERSITÀ E GENOMICA DI VIRUS POTENTIALE DISCOUNTO, E PER IL PAPER E IMPATTO nei cicli biogeochimici GLOBALI e nell'omeostasi del BODY UMANO deve ancora essere determinata (Italian)
16 January 2022
0 references
VIIRUSED ON KÕIGE RIKKALIKUMAD JA MITMEKESISEMAD BIOLOOGILISED OLENDID, MIS KUJUNDAVAD IGA ORGANISMI, SEALHULGAS INIMEST. VAATAMATA OMA TÄHTSUSELE NÄITAVAD METAGENOMICOSE ANDMED, ET ME TEAME AINULT 1 % OLEMASOLEVAST VIRICU GENOOMILISEST MITMEKESISUSEST, KALLUTADES MEIE TEADMISI VALITSEVATE VIIRUSTE BIOLOOGILISEST ROLLIST LOODUSES. SENI PÕHINESID KAKS PEAMIST EKSPERIMENTAALSET LÄHENEMIST VIRIC’I GENOOMITEABE TAASTAMISEL PEREMEES-VASTUVÕTJA SÜSTEEMI ISOLATSIOONIL VÕI KÕIGI OTSE PROOVIST, METAGENOMICAST ERALDATUD VIRIC GEENIDE MASSILISEL SEKVENEERIMISEL. VILJELEMISE KÄIGUS TAASTUNUD VIIRUSED EI PRUUGI SIISKI ILMTINGIMATA ESINDADA VIIRUSI, MIS ON RIKKALIKUD VIRIC’I KOGUKONDADES, NING TEISELT POOLT ON METAGENOMICA KOGUTUD TEAVE SUURES OSAS KILLUSTUNUD, KUNA SELLEGA KAASNEVAD RASKUSED TÄIELIKE GENOOMIDE KOGUMISEL, MIS MUUDAB ASJAOMASTE VIIRUSTE MÄÄRAMISE JA TUVASTAMISE BIOLOOGILISTES SÜSTEEMIDES KEERULISEKS. SEEGA RAKENDAME SELLES PROJEKTIS RADIKAALSELT UUDSET EKSPERIMENTAALSET LÄHENEMIST, MIS EI SÕLTU KASVATAMISEST JA HOIAB KOKKU METAGENOMICA PIIRANGUD, KUS ME TAASTAME MULTIDISTSIPLINAARSETE MEETODITE ABIL ÜHE ÜKSIKU VIRIC’I OSAKESE GENEETILISE INFORMATSIOONI, ILMA ET OLEKS VAJA KASVATADA. SELLEKS ERALDATAKSE TÄIUSTATUD VOO CITOMETRIA TEHNIKATE ABIL FLUORESTSENTSVÄRVITUD VIIRUSED BIOLOOGILISEST PROOVIST ÜKSHAAVAL TÄNU UUELE OPTIKAMOODULILE, MIS ON SPETSIAALSELT ETTE NÄHTUD MICROPARTICULAESI AVASTAMISEKS JA ERALDAMISEKS ALAMMIKROMEETRITE (20–1000 NM) SUURUSEST, NÄITEKS VIIRUSTEST. IGA ÜKSIK VIRIC’I OSAKESE SADESTATAKSE SÕLTUMATUTESSE MIKROKANNUDESSE. PÄRAST SEDA KASUTATAKSE ÜLIRESOLUTSIOONIGA FLUORESTSENTSMIKROSKOOPIAT ÜHE VIIRUSE OLEMASOLU HINDAMISEKS NING SAMA STRUKTUURI JA MORFOMEETRIA UURIMISEKS. SEEJÄREL GENEETILINE MATERJAL, MIS ON SAADUD ÜHEST VIIRUSEST (2 FG). DNA) VÕIMENDATAKSE MITME NIHUTAMISE VÕIMENDAMISE TEHNIKAGA, MILLE KÄIGUS GENEREERITI PIISAVALT MATERJALI, MIDA HILJEM TÄIENDAVATE MEETODITEGA ANALÜÜSITAKSE JA LÕPUKS JÄRJESTATAKSE. SEDA LÄHENEMISVIISI NIMETATAKSE INDIVIDUAALSEKS VIIRUSEKS GENEMIC? (GVI). ESIALGU (OBJ. 1) ARENDAME JA OPTIMEERIME GVI MEETODI MÕNINGAID ETAPPE KULTIVEERITUD JA VAREM JÄRJESTATUD VIIRUSEGA. EESMÄRGI 2 PUHUL RAKENDAME GVI LÄHENDAMIST KOOS METAGENOMICAGA JA MIKROAARIDE TEHNOLOOGIAT KEERUKATELE VIRIC’I KOGUKONDADELE, KUS ME JÄRJESTAME KULTIVEERIMATA VÕRDLUSVIIRUSTE TÄIELIKUD GENOOMID, MIS DOMINEERIVAD VALITUD ÖKOSÜSTEEMIDES (ALICANTE LINNA JOOGIVESI, VAHEMERE PIIRKOND JA SÜVAMERE PROOVID; MALASPINA EKSPEDITSIOON) JA SUUKAUDSES MIKROKESKKONNAS (LIMASKESTAS/SALIVAS) TERVETEL INIMESTEL VS HIV-VIIRUSE IMMUUNSUPRESSIOONIGA PATSIENDID. Lõpuks, (OBJ. 3), mediaan GVI TREATMENTID identifitseerida ja järjestamine VIRUS POTENTENTENTLY kaasatud DIABETES I. _x000D_ BY KUESTSIOONID, KÕIGE PROJEKT, KUHAS uut fookust, me süvendame FUNDAMENTAL KUESTIONS BIOLOGIA, ökoloogia, DIVERSITY JA GENOMIC POTENTIAL VIRUS DISCOUNCTED JA MIHY PAPER JA IMPACT GLOBAL biogeokeemilisi tsükleid ja koduostaasi INMAN BODY ei ole veel kindlaks määrata (Estonian)
4 August 2022
0 references
VIRUSAI YRA LABIAUSIAI GAUSŪS IR ĮVAIRŪS BIOLOGINIAI SUBJEKTAI, KURIE FORMUOJA KIEKVIENĄ ORGANIZMĄ, ĮSKAITANT ŽMOGŲ. NEPAISANT JŲ SVARBOS, METAGENOMICOS DUOMENYS RODO, KAD ŽINOME TIK 1 % ESAMOS VIRUSINĖS GENOMINĖS ĮVAIROVĖS, ŠALIŠKĄ MŪSŲ ŽINIAS APIE VYRAUJANČIŲ VIRUSŲ BIOLOGINĮ VAIDMENĮ GAMTOJE. IKI ŠIOL DU PAGRINDINIAI EKSPERIMENTINIAI METODAI, SKIRTI VIRUSINĖS GENOMINĖS INFORMACIJOS ATKŪRIMUI, BUVO GRINDŽIAMI ŠEIMININKO IR PRIIMANČIOSIOS SISTEMOS IZOLIACIJA ARBA MASINE VISŲ VIRUSINIŲ GENŲ, GAUTŲ TIESIOGIAI IŠ MĖGINIO, T. E. METAGENOMICA, SEKOS NUSTATYMU. TAČIAU VIRUSAI, ATSIGAUNANTYS AUGINANT DIDŽIĄJĄ DALĮ VIRUSŲ, NEBŪTINAI YRA VIRUSŲ GAUSA VIRUSŲ BENDRUOMENĖSE, IR, KITA VERTUS, METAGENOMICA SUSIGRĄŽINTA INFORMACIJA IŠ ESMĖS YRA FRAGMENTIŠKA, O DĖL TO KYLA SUNKUMŲ, SUSIJUSIŲ SU VISIŠKU GENOMŲ SURINKIMU, TODĖL SUNKU PRISKIRTI IR NUSTATYTI ATITINKAMUS VIRUSUS BIOLOGINĖSE SISTEMOSE. TAIGI, ŠIAME PROJEKTE MES TAIKYSIME RADIKALIAI NAUJOVIŠKĄ EKSPERIMENTINĮ METODĄ, NEPRIKLAUSOMĄ NUO AUGINIMO IR KURIS IŠGELBĖS METAGENOMICA APRIBOJIMUS, PAGAL KURIUOS PER DAUGIADALYKIUS METODUS ATKURSIME GENETINĘ INFORMACIJĄ, ESANČIĄ VIENOJE INDIVIDUALIOJE VIRUSINĖJE DALELĖJE, NEREIKALAUDAMI KULTIVUOTI. ŠIUO TIKSLU, NAUDOJANT PAŽANGIUS CITOMETRIA METODUS, FLUORESCENCINIU BŪDU DAŽYTI VIRUSAI BUS FIZIŠKAI ATSKIRTI PO VIENĄ NUO BIOLOGINIO MĖGINIO NAUDOJANT NAUJĄ OPTINĮ MODULĮ, SPECIALIAI SUKURTĄ MICROPARTICULAES APTIKTI IR ATSKIRTI NUO MIKROMETRŲ (20–1000 NM) DYDŽIO DIAPAZONO, PVZ., VIRUSŲ. KIEKVIENA VIRUSINĖ DALELĖ TURI BŪTI NUSODINAMA ATSKIRUOSE MIKROBANGUOSE. PO TO BUS NAUDOJAMA SUPER SKIRIAMOSIOS GEBOS FLUORESCENCINĖ MIKROSKOPIJA, SIEKIANT ĮVERTINTI VIENO VIRUSO BUVIMĄ IR IŠTIRTI TO PATIES VIRUSO STRUKTŪRĄ IR MORFOMETRIJĄ. BE TO, GENETINĖ MEDŽIAGA, GAUTA IŠ VIENO VIRUSO (2 FG. DNR) BUS SUSTIPRINTAS TAIKANT DAUGIAPAKOPIO POSLINKIO STIPRINIMO TECHNIKĄ, KURIOJE BUVO GAUTA PAKANKAMAI MEDŽIAGOS, KAD VĖLIAU JĄ BŪTŲ GALIMA ANALIZUOTI TAIKANT PAPILDOMUS METODUS IR GALIAUSIAI NUSTATYTI SEKĄ. ŠIS METODAS VADINAMAS INDIVIDUALIU VIRUSU GENEMIC? (GVI). IŠ PRADŽIŲ (OBJ. 1), MES ATLIKSIME KAI KURIŲ GVI METODO ETAPŲ KŪRIMĄ IR OPTIMIZAVIMĄ SU KULTIVUOTU IR ANKSČIAU SEKUSIU VIRUSU. PAGAL 2 TIKSLĄ GVI APROKSIMACIJA KARTU SU METAGENOMICA IR MIKROMATRICŲ TECHNOLOGIJA BUS TAIKOMA SUDĖTINGOMS VIRUSINĖMS BENDRIJOMS, KURIOSE SEKSIME NEUŽDIRBTŲ ETALONINIŲ VIRUSŲ, VYRAUJANČIŲ PASIRINKTOSE EKOSISTEMOSE (GERIAMOJO VANDENS ALIKANTĖS MIESTE, VIDURŽEMIO JŪROS REGIONE IR MĖGINIŲ IŠ GILIOJO VANDENYNO, GENOMUS; MALASPINA EKSPEDICIJA) IR GERIAMOJO MIKROAPLINKOS (MUCOSA/SALIVA) SVEIKŲ ŽMONIŲ, PALYGINTI SU PACIENTAIS, KURIŲ IMUNINĖ SISTEMA SLOPINAMA ŽIV VIRUSU. Galiausiai, (OBJ. 3), mediant GVI TREATMENTS identifikacijos ir sekos VIRUS POTENTENTENTLY susijusi su DIABETOS TYPE I. _x000D_ BY QUESTIONS, Šioje PROJEKTAS, su nauja dėmesio, mes pagilinti FUNDAMENTAL KLAUSIMAI BIOLOGIJOS, ekologija, DIVERSITY IR GENOMIC POTENTIAL VIRUS DISCOUNCTED, IR KAS PAPERIS IR IMPAKTAS GLOBAL biogeocheminių ciklų ir į HUMAN BODY homeostazę dar reikia nustatyti (Lithuanian)
4 August 2022
0 references
VIRUSI SU NAJOBILNIJI I NAJRAZLIČITIJI BIOLOŠKI ENTITETI KOJI OBLIKUJU SVAKI OD ORGANIZAMA, UKLJUČUJUĆI I ČOVJEKA. UNATOČ NJIHOVOJ VAŽNOSTI, PODACI METAGENOMICOS-A UKAZUJU NA TO DA ZNAMO SAMO 1 % POSTOJEĆE VIRIČKE GENOMSKE RAZNOLIKOSTI, ČIME SE IZBJEGAVA NAŠE ZNANJE O BIOLOŠKOJ ULOZI DOMINANTNIH VIRUSA U PRIRODI. DO SADA SU SE DVA GLAVNA EKSPERIMENTALNA PRISTUPA OPORAVLJANJU VIRIC GENOMSKIH INFORMACIJA TEMELJILA NA IZOLACIJI SUSTAVA DOMAĆINA DOMAĆINA ILI NA MASOVNOM SEKVENCIRANJU SVIH GENA VIRIC IZVAĐENIH IZRAVNO IZ UZORKA, I.E., METAGENOMICA. MEĐUTIM, VIRUSI KOJI SU SE OPORAVILI UZGOJEM U VELIKOJ MJERI NE PREDSTAVLJAJU NUŽNO VIRUSE U VIRSKIM ZAJEDNICAMA, A S DRUGE STRANE, INFORMACIJE KOJE JE PRIKUPILA METAGENOMICA U VELIKOJ SU MJERI FRAGMENTIRANE, UZ POTEŠKOĆE KOJE TO PODRAZUMIJEVA KADA JE RIJEČ O SASTAVLJANJU POTPUNIH GENOMA, ZBOG ČEGA JE TEŠKO DODIJELITI I IDENTIFICIRATI RELEVANTNE VIRUSE U BIOLOŠKIM SUSTAVIMA. TAKO ĆEMO U OVOM PROJEKTU PRIMIJENITI RADIKALNO NOV EKSPERIMENTALNI PRISTUP, NEOVISAN O UZGOJU I KOJI ĆE SPASITI OGRANIČENJA METAGENOMICA, U KOJOJ ĆEMO MULTIDISCIPLINARNIM TEHNIKAMA OPORAVITI GENETSKE INFORMACIJE SADRŽANE U SAMO JEDNOJ POJEDINAČNOJ VIRIČKOJ ČESTICI BEZ POTREBE ZA UZGOJEM. U TU SVRHU, PRIMJENOM NAPREDNIH TEHNIKA PROTOKA CITOMETRIA, FLUORESCENTNO OBOJENI VIRUSI BIT ĆE FIZIČKI ODVOJENI JEDAN PO JEDAN OD BIOLOŠKOG UZORKA ZAHVALJUJUĆI NOVOM OPTIČKOM MODULU POSEBNO OSMIŠLJENOM ZA OTKRIVANJE I ODVAJANJE MICROPARTICULAES OD RASPONA VELIČINE PODMIKROMETARA (20 – 1000 NM), KAO ŠTO SU VIRUSI. SVAKA POJEDINAČNA VIRIC ČESTICA MORA SE TALOŽITI U NEOVISNIM MIKROVALOVIMA. NAKON TOGA, SUPER-REZOLUCIJSKA FLUORESCENCIJA MIKROSKOPIJA ĆE SE KORISTITI ZA PROCJENU PRISUTNOSTI JEDNOG VIRUSA I ZA PROUČAVANJE STRUKTURE I MORFOMETRIJE ISTE. ZATIM GENETSKI MATERIJAL DOBIVEN IZ JEDNOG VIRUSA (2 FG. DNK) POJAČAT ĆE SE TEHNIKOM POJAČAVANJA VIŠESTRUKOG PREMJEŠTANJA, U KOJOJ JE GENERIRANO DOVOLJNO MATERIJALA DA SE KASNIJE ANALIZIRA KOMPLEMENTARNIM TEHNIKAMA I KONAČNO SEKVENCIRA. TAJ SE PRISTUP NAZIVA INDIVIDUALNI VIRUS GENEMIC? (GVI). U POČETKU (OBJ. 1), PROVEST ĆEMO RAZVOJ I OPTIMIZACIJU NEKIH KORAKA GVI METODE S KULTIVIRANIM I PRETHODNO SEKVENCIRANIM VIRUSOM. U CILJU 2, PRIMIJENIT ĆEMO APROKSIMACIJU GVI-JA U KOMBINACIJI S METAGENOMICA-OM I TEHNOLOGIJOM MIKROARRAYA NA KOMPLEKSNE VIRSKE ZAJEDNICE GDJE ĆEMO SEKVENCIRATI POTPUNE GENOME NEOBRAĐENIH REFERENTNIH VIRUSA KOJI PREVLADAVAJU U ODABRANIM EKOSUSTAVIMA (VODA ZA PIĆE GRADA ALICANTEA, PODRUČJE SREDOZEMNOG MORA I UZORCI IZ DUBOKOG OCEANA; MALASPINA EKSPEDICIJA) I U ORALNOM MIKROOKOLIŠU (MUKOZA/SALIVA) ZDRAVIH LJUDI NASPRAM BOLESNIKA IMUNOSUPRESIRANIH VIRUSOM HIV-A. Konačno, (OBJ. 3), medijantne GVI TREATMENTS Identifikacije i sekvenciranje VIRUS POTENTENTNO upletene u DIABETES TYPE I. _x000D_ BY QUESTIONS, U ovom PROJEKTU, S novim fokusom, produbit ćemo se u FUNDAMENTAL QUESTIONS BIOLOGIJE, ekologija, DIVERSITY I GENOMIC POTENTIAL VIRUS DISCOUNCTED, I KAKO PAPER I UMJETNOSTI U GLOBALnim biogeokemijskim ciklusima i u homeostazi HUMAN BODY tek treba odrediti (Croatian)
4 August 2022
0 references
ΟΙ ΙΟΊ ΕΊΝΑΙ ΟΙ ΠΙΟ ΆΦΘΟΝΕΣ ΚΑΙ ΠΟΙΚΊΛΕΣ ΒΙΟΛΟΓΙΚΈΣ ΟΝΤΌΤΗΤΕΣ ΠΟΥ ΔΙΑΜΟΡΦΏΝΟΥΝ ΚΆΘΕ ΈΝΑΝ ΑΠΌ ΤΟΥΣ ΟΡΓΑΝΙΣΜΟΎΣ, ΣΥΜΠΕΡΙΛΑΜΒΑΝΟΜΈΝΟΥ ΤΟΥ ΑΝΘΡΏΠΟΥ. ΠΑΡΆ ΤΗ ΣΗΜΑΣΊΑ ΤΟΥΣ, ΤΑ ΔΕΔΟΜΈΝΑ ΤΗΣ ΜΕΤΑΓΕΝΟΜΗΚΟΣ ΔΕΊΧΝΟΥΝ ΌΤΙ ΓΝΩΡΊΖΟΥΜΕ ΜΌΝΟ ΤΟ 1 % ΤΗΣ ΥΠΆΡΧΟΥΣΑΣ ΓΟΝΙΔΙΩΜΑΤΙΚΉΣ ΠΟΙΚΙΛΟΜΟΡΦΊΑΣ ΤΟΥ VIRIC, ΜΕΡΟΛΗΠΤΙΚΆ ΤΙΣ ΓΝΏΣΕΙΣ ΜΑΣ ΣΧΕΤΙΚΆ ΜΕ ΤΟΝ ΒΙΟΛΟΓΙΚΌ ΡΌΛΟ ΤΩΝ ΚΥΡΙΑΡΧΙΚΏΝ ΙΏΝ ΣΤΗ ΦΎΣΗ. ΜΈΧΡΙ ΣΉΜΕΡΑ, ΟΙ ΔΎΟ ΚΎΡΙΕΣ ΠΕΙΡΑΜΑΤΙΚΈΣ ΠΡΟΣΕΓΓΊΣΕΙΣ ΓΙΑ ΤΗΝ ΑΝΆΚΤΗΣΗ ΠΛΗΡΟΦΟΡΙΏΝ ΓΟΝΙΔΙΩΜΑΤΙΚΉΣ ΤΟΥ VIRIC ΒΑΣΊΖΟΝΤΑΝ ΣΤΗΝ ΑΠΟΜΌΝΩΣΗ ΤΟΥ ΣΥΣΤΉΜΑΤΟΣ ΞΕΝΙΣΤΉ-ΞΕΝΙΣΤΉ, Ή ΣΤΗ ΜΑΖΙΚΉ ΑΛΛΗΛΟΥΧΊΑ ΌΛΩΝ ΤΩΝ ΒΙΙΚΏΝ ΓΟΝΙΔΊΩΝ ΠΟΥ ΕΞΆΓΟΝΤΑΙ ΑΠΕΥΘΕΊΑΣ ΑΠΌ ΈΝΑ ΔΕΊΓΜΑ, ΤΟ I.E., METAGENOMICA. ΩΣΤΌΣΟ, ΟΙ ΙΟΊ ΠΟΥ ΑΝΑΚΤΏΝΤΑΙ ΑΠΌ ΤΗΝ ΚΑΛΛΙΈΡΓΕΙΑ, ΣΕ ΜΕΓΆΛΟ ΒΑΘΜΌ, ΔΕΝ ΑΝΤΙΠΡΟΣΩΠΕΎΟΥΝ ΚΑΤ’ ΑΝΆΓΚΗ ΤΟΥΣ ΙΟΎΣ ΠΟΥ ΕΊΝΑΙ ΠΡΑΓΜΑΤΙΚΆ ΆΦΘΟΝΟΙ ΣΤΙΣ ΒΙΟΛΟΓΙΚΈΣ ΚΟΙΝΌΤΗΤΕΣ, ΚΑΙ ΑΠΌ ΤΗΝ ΆΛΛΗ ΠΛΕΥΡΆ, ΟΙ ΠΛΗΡΟΦΟΡΊΕΣ ΠΟΥ ΑΝΑΚΤΏΝΤΑΙ ΑΠΌ ΤΗ METAGENOMICA ΕΊΝΑΙ ΣΕ ΜΕΓΆΛΟ ΒΑΘΜΌ ΚΑΤΑΚΕΡΜΑΤΙΣΜΈΝΕΣ, ΜΕ ΤΗ ΔΥΣΚΟΛΊΑ ΠΟΥ ΑΥΤΌ ΣΥΝΕΠΆΓΕΤΑΙ ΌΣΟΝ ΑΦΟΡΆ ΤΗ ΣΥΝΑΡΜΟΛΌΓΗΣΗ ΠΛΉΡΩΝ ΓΟΝΙΔΙΩΜΆΤΩΝ, ΚΑΘΙΣΤΏΝΤΑΣ ΈΤΣΙ ΔΎΣΚΟΛΗ ΤΗΝ ΑΠΌΔΟΣΗ ΚΑΙ ΤΟΝ ΕΝΤΟΠΙΣΜΌ ΣΧΕΤΙΚΏΝ ΙΏΝ ΣΤΑ ΒΙΟΛΟΓΙΚΆ ΣΥΣΤΉΜΑΤΑ. ΈΤΣΙ, ΣΕ ΑΥΤΌ ΤΟ ΈΡΓΟ ΘΑ ΕΦΑΡΜΌΣΟΥΜΕ ΜΙΑ ΡΙΖΙΚΆ ΝΈΑ ΠΕΙΡΑΜΑΤΙΚΉ ΠΡΟΣΈΓΓΙΣΗ, ΑΝΕΞΆΡΤΗΤΗ ΑΠΌ ΤΗΝ ΚΑΛΛΙΈΡΓΕΙΑ ΚΑΙ ΠΟΥ ΘΑ ΣΏΣΕΙ ΤΟΥΣ ΠΕΡΙΟΡΙΣΜΟΎΣ ΤΗΣ ΜΕΤΑΓΕΝΟΝΙΚΗΣ, ΣΤΗΝ ΟΠΟΊΑ ΜΈΣΩ ΠΟΛΥΕΠΙΣΤΗΜΟΝΙΚΏΝ ΤΕΧΝΙΚΏΝ ΘΑ ΑΝΑΚΤΉΣΟΥΜΕ ΤΙΣ ΓΕΝΕΤΙΚΈΣ ΠΛΗΡΟΦΟΡΊΕΣ ΠΟΥ ΠΕΡΙΈΧΟΝΤΑΙ ΣΕ ΈΝΑ ΜΕΜΟΝΩΜΈΝΟ ΒΙΙΚΌ ΣΩΜΑΤΊΔΙΟ ΧΩΡΊΣ ΝΑ ΧΡΕΙΆΖΕΤΑΙ ΝΑ ΚΑΛΛΙΕΡΓΉΣΟΥΜΕ. ΓΙΑ ΤΟ ΣΚΟΠΌ ΑΥΤΌ, ΜΕ ΤΗ ΧΡΉΣΗ ΠΡΟΗΓΜΈΝΩΝ ΤΕΧΝΙΚΏΝ CITOMETRIA ΡΟΉΣ, ΟΙ ΙΟΊ ΜΕ ΦΘΟΡΙΣΜΟΎΣ ΘΑ ΔΙΑΧΩΡΊΖΟΝΤΑΙ ΦΥΣΙΚΆ ΈΝΑΣ ΠΡΟΣ ΈΝΑΝ ΑΠΌ ΤΟ ΒΙΟΛΟΓΙΚΌ ΔΕΊΓΜΑ ΧΆΡΗ ΣΕ ΜΙΑ ΝΈΑ ΟΠΤΙΚΉ ΕΝΌΤΗΤΑ ΕΙΔΙΚΆ ΣΧΕΔΙΑΣΜΈΝΗ ΓΙΑ ΤΗΝ ΑΝΊΧΝΕΥΣΗ ΚΑΙ ΤΟΝ ΔΙΑΧΩΡΙΣΜΌ ΤΩΝ MICROPARTICULAES ΑΠΌ ΤΟ ΕΎΡΟΣ ΜΕΓΈΘΟΥΣ ΤΩΝ ΥΠΟΜΙΚΡΟΜΕΤΡΗΤΏΝ (20-1000 NM), ΌΠΩΣ ΟΙ ΙΟΊ. ΚΆΘΕ ΜΕΜΟΝΩΜΈΝΟ ΖΩΙΚΌ ΣΩΜΑΤΊΔΙΟ ΕΝΑΠΟΤΊΘΕΤΑΙ ΣΕ ΑΝΕΞΆΡΤΗΤΑ ΜΙΚΡΟΤΡΌΧΙΑ. ΜΕΤΆ ΑΠΌ ΑΥΤΌ, Η ΜΙΚΡΟΣΚΟΠΊΑ ΦΘΟΡΙΣΜΟΎ ΥΠΕΡΑΝΆΛΥΣΗΣ ΘΑ ΧΡΗΣΙΜΟΠΟΙΗΘΕΊ ΓΙΑ ΤΗΝ ΑΞΙΟΛΌΓΗΣΗ ΤΗΣ ΠΑΡΟΥΣΊΑΣ ΕΝΌΣ ΜΌΝΟ ΙΟΎ ΚΑΙ ΓΙΑ ΤΗ ΜΕΛΈΤΗ ΤΗΣ ΔΟΜΉΣ ΚΑΙ ΤΗΣ ΜΟΡΦΟΜΕΤΡΊΑΣ ΤΟΥ ΊΔΙΟΥ. ΣΤΗ ΣΥΝΈΧΕΙΑ, ΤΟ ΓΕΝΕΤΙΚΌ ΥΛΙΚΌ ΠΟΥ ΛΑΜΒΆΝΕΤΑΙ ΑΠΌ ΈΝΑΝ ΜΌΝΟ ΙΌ (2 FG. DNA) ΘΑ ΕΝΙΣΧΥΘΕΊ ΜΕ ΤΗΝ ΤΕΧΝΙΚΉ ΕΝΊΣΧΥΣΗΣ ΠΟΛΛΑΠΛΏΝ ΕΚΤΟΠΊΣΕΩΝ, ΣΤΗΝ ΟΠΟΊΑ ΔΗΜΙΟΥΡΓΉΘΗΚΕ ΑΡΚΕΤΌ ΥΛΙΚΌ ΓΙΑ ΝΑ ΑΝΑΛΥΘΕΊ ΑΡΓΌΤΕΡΑ ΜΕ ΣΥΜΠΛΗΡΩΜΑΤΙΚΈΣ ΤΕΧΝΙΚΈΣ ΚΑΙ ΤΕΛΙΚΆ ΝΑ ΑΚΟΛΟΥΘΗΘΕΊ. ΑΥΤΉ Η ΠΡΟΣΈΓΓΙΣΗ ΟΝΟΜΆΖΕΤΑΙ ΑΤΟΜΙΚΌΣ ΙΌΣ GENEMIC; (GVI). ΑΡΧΙΚΆ (OBJ. 1), ΘΑ ΠΡΑΓΜΑΤΟΠΟΙΉΣΟΥΜΕ ΤΗΝ ΑΝΆΠΤΥΞΗ ΚΑΙ ΒΕΛΤΙΣΤΟΠΟΊΗΣΗ ΟΡΙΣΜΈΝΩΝ ΒΗΜΆΤΩΝ ΤΗΣ ΜΕΘΌΔΟΥ GVI ΜΕ ΈΝΑΝ ΚΑΛΛΙΕΡΓΗΜΈΝΟ ΚΑΙ ΠΡΟΗΓΟΥΜΈΝΩΣ ΑΛΛΗΛΟΥΧΟΎΜΕΝΟ ΙΌ. ΣΤΟ ΣΤΌΧΟ 2, ΘΑ ΕΦΑΡΜΌΣΟΥΜΕ ΤΗΝ ΠΡΟΣΈΓΓΙΣΗ ΤΗΣ GVI ΣΕ ΣΥΝΔΥΑΣΜΌ ΜΕ ΤΗ METAGENOMICA ΚΑΙ ΤΗΝ ΤΕΧΝΟΛΟΓΊΑ ΤΩΝ ΜΙΚΡΟΣΥΣΤΟΙΧΙΏΝ ΣΕ ΠΟΛΎΠΛΟΚΕΣ ΒΙΟΛΟΓΙΚΈΣ ΚΟΙΝΌΤΗΤΕΣ ΌΠΟΥ ΘΑ ΑΚΟΛΟΥΘΉΣΟΥΜΕ ΠΛΉΡΗ ΓΟΝΙΔΙΏΜΑΤΑ ΑΚΑΛΛΙΈΡΓΗΤΩΝ ΙΏΝ ΑΝΑΦΟΡΆΣ ΠΟΥ ΚΥΡΙΑΡΧΟΎΝ ΣΤΑ ΕΠΙΛΕΓΜΈΝΑ ΟΙΚΟΣΥΣΤΉΜΑΤΑ (ΠΌΣΙΜΟ ΝΕΡΌ ΤΗΣ ΠΌΛΗΣ ΤΟΥ ΑΛΙΚΆΝΤΕ, ΠΕΡΙΟΧΉ ΤΗΣ ΜΕΣΟΓΕΊΟΥ ΚΑΙ ΔΕΊΓΜΑΤΑ ΑΠΌ ΤΟΝ ΒΑΘΎ ΩΚΕΑΝΌ· ΑΠΟΣΤΟΛΉ MALASPINA) ΚΑΙ ΣΤΟ ΑΠΌ ΤΟΥ ΣΤΌΜΑΤΟΣ ΜΙΚΡΟΠΕΡΙΒΆΛΛΟΝ (ΜΟΥΚΌΖΑ/ΣΑΛΊΒΑ) ΥΓΙΏΝ ΑΝΘΡΏΠΩΝ ΈΝΑΝΤΙ ΑΣΘΕΝΏΝ ΠΟΥ ΈΧΟΥΝ ΑΝΟΣΟΚΑΤΑΣΤΑΛΤΙΚΉ ΔΡΆΣΗ ΑΠΌ ΤΟΝ ΙΌ HIV. Τέλος, (OBJ. 3), μεσολάβηση GVI TREATMENTS of identificate and Sequencing VIRUS POTENTENTly involveded in DIABETES TYPE I. _x000D_ by QUESTIONS, Σ’ αυτό το έργο, με νέα εστίαση, θα εμβαθύνουμε σε ΧΡΗΜΑΤΟΔΟΤΙΚΕΣ ΕΡΩΤΗΣΕΙΣ ΒΙΟΛΟΓΙΑΣ, η Οικολογία, η ΔΙΕΥΘΥΝΣΗ και η ΓΕΝΙΚΗ ΑΝΤΙΚΕΙΜΕΝΟ ΒΙRΟΥΣ ΑΝΘΡΩΠΙΝΟΥ ΣΩΜΑΤΟΣ και ΕΝΕΡΓΟΠΟΙΗΜΕΝΟΙ ΣΤΟΥΣ ΓΛΩΒΙΚΟΥΣ βιογεωχημικούς κύκλους και στην ομοιόσταση του ΑΝΘΡΩΠΙΝΟΥ ΣΩΜΑΤΟΣ δεν έχει ακόμη προσδιοριστεί (Greek)
4 August 2022
0 references
VÍRUSY SÚ NAJBOHATŠIE A NAJROZMANITEJŠIE BIOLOGICKÉ ENTITY, KTORÉ FORMUJÚ KAŽDÝ Z ORGANIZMOV, VRÁTANE ČLOVEKA. NAPRIEK SVOJMU VÝZNAMU ÚDAJE METAGENOMICOSU NAZNAČUJÚ, ŽE POZNÁME LEN 1 % EXISTUJÚCEJ GENÓMOVEJ ROZMANITOSTI VÍRUSU, ČO SKRESLENIE NAŠICH POZNATKOV O BIOLOGICKEJ ÚLOHE PREVLÁDAJÚCICH VÍRUSOV V PRÍRODE. DOTERAZ BOLI DVA HLAVNÉ EXPERIMENTÁLNE PRÍSTUPY K ZÍSKANIU VIRIC GENOMICKÝCH INFORMÁCIÍ ZALOŽENÉ NA IZOLÁCII HOSTITEĽSKÉHO SYSTÉMU ALEBO NA MASÍVNOM SEKVENOVANÍ VŠETKÝCH VÍRUSOVÝCH GÉNOV EXTRAHOVANÝCH PRIAMO ZO VZORKY, I.E., METAGENOMICA. VÍRUSY ZÍSKANÉ KULTIVÁCIOU VŠAK VO VEĽKEJ MIERE NEMUSIA NEVYHNUTNE PREDSTAVOVAŤ VÍRUSY, KTORÉ SÚ SKUTOČNE HOJNÉ VO VÍRUSOVÝCH SPOLOČENSTVÁCH, A NA DRUHEJ STRANE INFORMÁCIE ZÍSKANÉ SPOLOČNOSŤOU METAGENOMICA SÚ DO VEĽKEJ MIERY ROZTRIEŠTENÉ, S ŤAŽKOSŤAMI, KTORÉ TO SO SEBOU PRINÁŠA PRI MONTÁŽI ÚPLNÝCH GENÓMOV, ČO SŤAŽUJE PRIRAĎOVANIE A IDENTIFIKÁCIU RELEVANTNÝCH VÍRUSOV V BIOLOGICKÝCH SYSTÉMOCH. PRETO V TOMTO PROJEKTE POUŽIJEME RADIKÁLNE NOVÝ EXPERIMENTÁLNY PRÍSTUP, NEZÁVISLÝ OD KULTIVÁCIE A KTORÝ UŠETRÍ OBMEDZENIA METAGENOMICA, V KTOROM PROSTREDNÍCTVOM MULTIDISCIPLINÁRNYCH TECHNÍK OBNOVÍME GENETICKÉ INFORMÁCIE OBSIAHNUTÉ V JEDNEJ JEDNOTLIVEJ VÍRUSOVEJ ČASTICI BEZ POTREBY KULTIVÁCIE. NA TENTO ÚČEL SA POMOCOU POKROČILÝCH TECHNÍK CITOMETRIA FLUORESCENČNE FARBENÉ VÍRUSY FYZICKY ODDELIA JEDEN PO DRUHOM OD BIOLOGICKEJ VZORKY VĎAKA NOVÉMU OPTICKÉMU MODULU ŠPECIÁLNE NAVRHNUTÉMU NA DETEKCIU A ODDELENIE MICROPARTICULAES Z VEĽKOSTNÉHO ROZSAHU ČIASTKOVÝCH MIKROMETROV (20 – 1000 NM), AKO SÚ VÍRUSY. KAŽDÁ JEDNOTLIVÁ VÍRUSOVÁ ČASTICA SA ULOŽÍ DO NEZÁVISLÝCH MIKROJAMIEK. POTOM SA POUŽIJE FLUORESCENČNÁ MIKROSKOPIA SO SUPERROZLÍŠENÍM NA VYHODNOTENIE PRÍTOMNOSTI JEDINÉHO VÍRUSU A NA ŠTÚDIUM ŠTRUKTÚRY A MORFOMETRIE ROVNAKÉHO VÍRUSU. ĎALEJ GENETICKÝ MATERIÁL ZÍSKANÝ Z JEDINÉHO VÍRUSU (2 FG. DNA) BUDE ZOSILNENÁ TECHNIKOU VIACNÁSOBNÉHO ZOSILNENIA, PRI KTOREJ SA VYTVORILO DOSTATOČNÉ MNOŽSTVO MATERIÁLU NA TO, ABY SA NESKÔR ANALYZOVAL KOMPLEMENTÁRNYMI TECHNIKAMI A NAKONIEC SA SEKVENCOVAL. TENTO PRÍSTUP SA NAZÝVA INDIVIDUÁLNY VÍRUS GENEMIC? (GVI). SPOČIATKU (OBJ. 1), VYKONÁME VÝVOJ A OPTIMALIZÁCIU NIEKTORÝCH KROKOV METÓDY GVI S KULTIVOVANÝM A PREDTÝM SEKVENCOVANÝM VÍRUSOM. V 2. CIELI POUŽIJEME APROXIMÁCIU GVI V KOMBINÁCII S METAGENOMICA A TECHNOLÓGIU MIKROÚPRAV NA KOMPLEXNÉ VIRIC COMMUNITIES, KDE BUDEME SEKVENCOVAŤ KOMPLETNÉ GENÓMY NEKULTIVOVANÝCH REFERENČNÝCH VÍRUSOV, KTORÉ PREVLÁDAJÚ VO VYBRANÝCH EKOSYSTÉMOCH (PITNÁ VODA MESTA ALICANTE, OBLASŤ STREDOZEMNÉHO MORA A VZORKY Z HLBOKÉHO OCEÁNU; MALASPINA EXPEDÍCIA) A V PERORÁLNOM MIKROPROSTREDÍ (MUCOSA/SALIVA) ZDRAVÝCH ĽUDÍ OPROTI PACIENTOM IMUNOSUPRESÍVNYM VÍRUSOM HIV. Nakoniec, (OBJ. 3), medián GVI liečby identifiate a sekvencovanie VIRUS POTENTENTLY impliced in DIABETES TYPE I. _x000D_ BY QUESTIONS, V tomto PROJEKT, s novým zameraním, budeme prehlbovať vo FUNDAMENTAL QUESTIONS BIOLOGIA, ekológia, DIVERSITY A GENOMIKÁCIA POTENTIÁLNEHO VIRUSU Zníženého, A KTORÝ PAPER A IMPACT v GLOBAL biogeochemických cykloch a v homeostáze ĽUDSKÉHO BODY je ešte potrebné určiť (Slovak)
4 August 2022
0 references
VIRUKSET OVAT RUNSAIMPIA JA MONIPUOLISIMPIA BIOLOGISIA ENTITEETTEJÄ, JOTKA MUOKKAAVAT JOKAISTA ORGANISMIA, MUKAAN LUKIEN IHMINEN. METAGENOMICOS-TIEDOT OSOITTAVAT SEN MERKITYKSESTÄ HUOLIMATTA, ETTÄ TUNNEMME VAIN YHDEN PROSENTIN VIRUSTEN GENOMISESTA MONIMUOTOISUUDESTA, MIKÄ VÄÄRISTÄÄ TIETÄMYSTÄMME VALLITSEVIEN VIRUSTEN BIOLOGISESTA ROOLISTA LUONNOSSA. TÄHÄN MENNESSÄ KAKSI TÄRKEINTÄ KOKEELLISTA LÄHESTYMISTAPAA VIRUKSEN GENOMITIEDON PALAUTTAMISEEN PERUSTUIVAT ISÄNTÄ-ISÄNTÄJÄRJESTELMÄN ERISTÄMISEEN TAI KAIKKIEN SUORAAN NÄYTTEESTÄ, I.E., METAGENOMICA, UUTETTUJEN VIRUSGEENIEN MASSIIVISEEN SEKVENSOINTIIN. VILJELYLLÄ TALTEENOTETUT VIRUKSET EIVÄT KUITENKAAN SUURELTA OSIN EDUSTA VIRUSYHTEISÖISSÄ TODELLA RUNSAASTI ESIINTYVIÄ VIRUKSIA, JA TOISAALTA METAGENOMICA:N KERÄÄMÄT TIEDOT OVAT SUURELTA OSIN HAJANAISIA, JA TÄMÄ VAIKEUTTAA KOKONAISTEN GENOMIEN KOKOAMISTA, MIKÄ VAIKEUTTAA MERKITYKSELLISTEN VIRUSTEN OSOITTAMISTA JA TUNNISTAMISTA BIOLOGISISSA JÄRJESTELMISSÄ. NÄIN OLLEN TÄSSÄ HANKKEESSA SOVELLETAAN RADIKAALISTI UUTTA KOKEELLISTA LÄHESTYMISTAPAA, JOKA ON RIIPPUMATON VILJELYSTÄ JA JOKA SÄÄSTÄÄ METAGENOMICAN RAJOITUKSET, JOSSA MONIALAISTEN TEKNIIKOIDEN AVULLA SAAMME GENEETTISEN TIEDON, JOKA SISÄLTYY YHTEEN YKSITTÄISEEN VIRUSHIUKKASEEN ILMAN, ETTÄ MEIDÄN TARVITSEE VILJELLÄ. TÄTÄ VARTEN FLUORESOIVASTI VÄRJÄTYT VIRUKSET EROTETAAN FYYSISESTI YKSITELLEN BIOLOGISESTA NÄYTTEESTÄ KÄYTTÄMÄLLÄ KEHITTYNEITÄ CITOMETRIA-TEKNIIKOITA UUDEN OPTISEN MODUULIN AVULLA, JOKA ON SUUNNITELTU ERITYISESTI HAVAITSEMAAN JA EROTTAMAAN MICROPARTICULAES-ALAMIKROMETRIEN KOKOVALIKOIMASTA (20–1000 NM), KUTEN VIRUKSISTA. KUKIN YKSITTÄINEN VIRUSHIUKKAS ON TALLETETTAVA ITSENÄISIIN MIKROKUOPPIIN. TÄMÄN JÄLKEEN SUPERRESOLUUTION FLUORESENSSIMIKROSKOPIAA KÄYTETÄÄN YKSITTÄISEN VIRUKSEN ESIINTYMISEN ARVIOINTIIN JA SAMAN RAKENTEEN JA MORFOMETRIAN TUTKIMISEEN. SEURAAVAKSI GENEETTISTÄ MATERIAALIA, JOKA ON SAATU YHDESTÄ VIRUKSESTA (2 FG. DNA) VAHVISTETAAN MONISIIRTO-VAHVISTUSTEKNIIKALLA, JOSSA TUOTETTIIN RIITTÄVÄSTI MATERIAALIA MYÖHEMMIN ANALYSOITAVAKSI TOISIAAN TÄYDENTÄVILLÄ TEKNIIKOILLA JA LOPULTA SEKVENSOIDAAN. TÄTÄ LÄHESTYMISTAPAA KUTSUTAAN YKSITTÄISTEN VIRUS GENEMIC? (GVI). ALUKSI (OBJ. 1) SUORITAMME JOIDENKIN GVI-MENETELMÄN VAIHEIDEN KEHITTÄMISEN JA OPTIMOINNIN VILJELLYLLÄ JA AIEMMIN SEKVENSOIDULLA VIRUKSELLA. TAVOITTEESSA 2 SOVELLETAAN GVI:N LÄHENTÄMISTÄ YHDESSÄ METAGENOMICAN JA MIKRORYÖMIEN TEKNOLOGIAN KANSSA MONIMUTKAISIIN VIRUSYHTEISÖIHIN, JOISSA SEKVENSOIDAAN VALIKOIDUISSA EKOSYSTEEMEISSÄ VALLITSEVIEN VILJELEMÄTTÖMIEN VERTAILUVIRUSTEN TÄYDELLISET GENOMIT (ALICANTEN KAUPUNGIN JUOMAVESI, VÄLIMEREN ALUE JA SYVÄN VALTAMEREN NÄYTTEET; MALASPINA RETKIKUNTA) JA SUUN MIKROYMPÄRISTÖSSÄ (LIMAKALVO/SYLJEN) TERVEIDEN HENKILÖIDEN VS. POTILAAT IMMUNOSUPPRESSOIVAT HIV-VIRUS. Lopuksi, (OBJ. 3), mediaani GVI TREATMENTS identificate ja sekvensointi VIRUS POTENTENTLY impliced in DIABETES TYPE I. _x000D_ BY QUESTIONS, TÄMÄN PROJECT, että uusi painopiste, me syvennetään FUNDAMENTAL QUESTIONS OF BIOLOGY, ekologia, DIVERSITY JA YLEISTÄ POTENTIAL VIRUS DISCOUNCTED, JA TÄYTÄNTÖÖNPAN KOSKEVAT TIEDOT GLOBAL biogeokemialliset syklit ja homeostaasissa HUMAN BODY on vielä määritettävissä (Finnish)
4 August 2022
0 references
WIRUSY SĄ NAJBARDZIEJ OBFITYMI I ZRÓŻNICOWANYMI ISTOTAMI BIOLOGICZNYMI, KTÓRE KSZTAŁTUJĄ KAŻDY Z ORGANIZMÓW, W TYM CZŁOWIEKA. POMIMO ICH ZNACZENIA, DANE METAGENOMICOS WSKAZUJĄ, ŻE ZNAMY TYLKO 1 % ISTNIEJĄCEJ RÓŻNORODNOŚCI GENOMOWEJ VIRIC, CO ZNIEKSZTAŁCA NASZĄ WIEDZĘ NA TEMAT BIOLOGICZNEJ ROLI DOMINUJĄCYCH WIRUSÓW W PRZYRODZIE. DO TEJ PORY DWA GŁÓWNE EKSPERYMENTALNE PODEJŚCIA DO ODZYSKIWANIA INFORMACJI GENOMOWYCH VIRIC OPIERAŁY SIĘ NA IZOLACJI SYSTEMU HOST-HOST, LUB NA MASOWYM SEKWENCJONOWANIU WSZYSTKICH GENÓW VIRIC EKSTRAHOWANYCH BEZPOŚREDNIO Z PRÓBKI, I.E., METAGENOMICA. JEDNAKŻE WIRUSY ODZYSKANE W WYNIKU UPRAWY W ZNACZNYM STOPNIU NIE MUSZĄ ODZWIERCIEDLAĆ WIRUSÓW NAPRAWDĘ OBFITYCH WE WSPÓLNOTACH VIRIC, A Z DRUGIEJ STRONY INFORMACJE UZYSKANE PRZEZ METAGENOMICA SĄ W DUŻEJ MIERZE ROZDROBNIONE, A TRUDNOŚCI Z TYM ZWIĄZANE PRZY GROMADZENIU KOMPLETNYCH GENOMÓW SPRAWIAJĄ, ŻE TRUDNO JEST PRZYPISAĆ I ZIDENTYFIKOWAĆ ISTOTNE WIRUSY W SYSTEMACH BIOLOGICZNYCH. W ZWIĄZKU Z TYM, W TYM PROJEKCIE ZASTOSUJEMY RADYKALNIE NOWATORSKIE PODEJŚCIE EKSPERYMENTALNE, NIEZALEŻNE OD UPRAWY I KTÓRE OCALI OGRANICZENIA METAGENOMICA, W KTÓRYM ZA POMOCĄ MULTIDYSCYPLINARNYCH TECHNIK ODZYSKAMY INFORMACJE GENETYCZNE ZAWARTE W POJEDYNCZEJ CZĄSTKI VIRIC BEZ KONIECZNOŚCI UPRAWY. W TYM CELU, PRZY UŻYCIU ZAAWANSOWANYCH TECHNIK CITOMETRIA PRZEPŁYWU, WIRUSY BARWIONE FLUORESCENTYCZNIE ZOSTANĄ FIZYCZNIE ODDZIELONE JEDEN PO DRUGIM OD PRÓBKI BIOLOGICZNEJ DZIĘKI NOWEMU MODUŁOWI OPTYCZNEMU SPECJALNIE ZAPROJEKTOWANEMU DO WYKRYWANIA I ODDZIELANIA MICROPARTICULAES OD ZAKRESU WIELKOŚCI PODMIKROMETRÓW (20-1000 NM), TAKICH JAK WIRUSY. KAŻDA CZĄSTKA VIRIC MUSI BYĆ OSADZONA W NIEZALEŻNYCH MIKRODOŁKACH. PO TYM, SUPER-ROZDZIELCZOŚCI MIKROSKOPIA FLUORESCENCYJNA ZOSTANIE WYKORZYSTANA DO OCENY OBECNOŚCI POJEDYNCZEGO WIRUSA I DO BADANIA STRUKTURY I MORFOMETRII TEGO SAMEGO. NASTĘPNIE MATERIAŁ GENETYCZNY UZYSKANY Z POJEDYNCZEGO WIRUSA (2 FG. DNA) ZOSTANIE WZMOCNIONA TECHNIKĄ WZMACNIANIA WIELOKROTNYCH PRZEMIESZCZEŃ, W KTÓREJ WYTWORZONO WYSTARCZAJĄCĄ ILOŚĆ MATERIAŁU, ABY NASTĘPNIE PRZEANALIZOWAĆ JĄ ZA POMOCĄ TECHNIK UZUPEŁNIAJĄCYCH I OSTATECZNIE ZSEKWENCJONOWAĆ. TAKIE PODEJŚCIE NAZYWANE JEST INDYWIDUALNYM WIRUSEM GENEMIC? (GVI). POCZĄTKOWO (ZADANIE 1) PRZEPROWADZIMY OPRACOWANIE I OPTYMALIZACJĘ NIEKTÓRYCH ETAPÓW METODY GVI Z HODOWANYM I UPRZEDNIO SEKWENCJONOWANYM WIRUSEM. W RAMACH CELU 2 ZASTOSUJEMY PRZYBLIŻENIE GIW W POŁĄCZENIU Z METAGENOMICA I TECHNOLOGIĄ MIKROARRAYI DO ZŁOŻONYCH WSPÓLNOT VIRIC, GDZIE BĘDZIEMY SEKWENCJONOWAĆ KOMPLETNE GENOMY NIEUPRAWIANYCH WIRUSÓW REFERENCYJNYCH, KTÓRE SĄ DOMINUJĄCE W WYBRANYCH EKOSYSTEMACH (WODA PITNA MIASTA ALICANTE, OBSZAR MORZA ŚRÓDZIEMNEGO I PRÓBKI Z GŁĘBIN OCEANU; EKSPEDYCJA MALASPINA) ORAZ W DOUSTNYM MIKROŚRODOWISKU (BŁONA ŚLUZOWA/SALIVA) OSÓB ZDROWYCH VS PACJENTÓW IMMUNOSUPRESOWANYCH PRZEZ WIRUS HIV. Wreszcie, (OBJ. 3), mediant GVI TREATMENTS identyfikowania i sekwencjonowania VIRUS POTENTENTENTLY zaangażowany w DIABETES TYP I. _x000D_ BY QUESTIONS, W TEGO PROJEKTU, Z nowym naciskiem, będziemy pogłębiać w FUNDAMENTALNYCH KUESCJI BIOLOGII, ekologia, DIVERSITY I GENOMIC OF POTENTIAL VIRUS DISCOUNCTED, I WYJAŚĆ IMPACT W cyklach biogeochemicznych GLOBAL i w homeostazie CZŁOWIEKA jest jeszcze do ustalenia (Polish)
4 August 2022
0 references
A VÍRUSOK A LEGBŐSÉGESEBB ÉS LEGKÜLÖNBÖZŐBB BIOLÓGIAI ENTITÁSOK, AMELYEK MINDEN ÉLŐLÉNYT FORMÁLNAK, BELEÉRTVE AZ EMBERT IS. FONTOSSÁGA ELLENÉRE A METAGENOMICOS ADATAI AZT MUTATJÁK, HOGY A MEGLÉVŐ VIRIC GENOMIKUS SOKFÉLESÉGNEK CSAK 1%-ÁT ISMERJÜK, TORZÍTVA A TERMÉSZETBEN URALKODÓ VÍRUSOK BIOLÓGIAI SZEREPÉVEL KAPCSOLATOS TUDÁSUNKAT. MINDEDDIG A VIRIC GENOMIKUS INFORMÁCIÓ VISSZANYERÉSÉNEK KÉT FŐ KÍSÉRLETI MEGKÖZELÍTÉSE A GAZDA-HOST RENDSZER IZOLÁLÁSÁN VAGY A KÖZVETLENÜL A MINTÁBÓL KIVONT ÖSSZES VIRIC GÉN, AZAZ A METAGENOMICA MASSZÍV SZEKVENÁLÁSÁN ALAPULT. A TERMESZTÉSSEL VISSZANYERT VÍRUSOK AZONBAN NAGYRÉSZT NEM FELTÉTLENÜL KÉPVISELIK A VIRIC KÖZÖSSÉGEKBEN VALÓBAN BŐSÉGES VÍRUSOKAT, MÁSRÉSZT A METAGENOMICA ÁLTAL VISSZANYERT INFORMÁCIÓK NAGYRÉSZT SZÉTAPRÓZOTTAK, AMI AZZAL A NEHÉZSÉGGEL JÁR, HOGY A TELJES GENOMOKAT ÖSSZE KELL GYŰJTENI, AMI MEGNEHEZÍTI A RELEVÁNS VÍRUSOK KIJELÖLÉSÉT ÉS AZONOSÍTÁSÁT A BIOLÓGIAI RENDSZEREKBEN. ÍGY EBBEN A PROJEKTBEN EGY RADIKÁLISAN ÚJ KÍSÉRLETI MEGKÖZELÍTÉST ALKALMAZUNK, AMELY FÜGGETLEN A TERMESZTÉSTŐL, ÉS AMELY MEGMENTI A METAGENOMICA KORLÁTAIT, AMELYBEN MULTIDISZCIPLINÁRIS TECHNIKÁKKAL EGYETLEN VIRIC RÉSZECSKE GENETIKAI INFORMÁCIÓIT GYŰJTJÜK VISSZA ANÉLKÜL, HOGY TERMESZTÉSRE LENNE SZÜKSÉG. E CÉLBÓL A FEJLETT ÁRAMLÁSI CITOMETRIA TECHNIKÁKAT ALKALMAZVA A FLUORESZCENS SZÍNEZÉSŰ VÍRUSOKAT FIZIKAILAG KÜLÖNVÁLASZTJÁK A BIOLÓGIAI MINTÁTÓL EGY ÚJ OPTIKAI MODULNAK KÖSZÖNHETŐEN, AMELYET KIFEJEZETTEN A MICROPARTICULAES KIMUTATÁSÁRA ÉS ELKÜLÖNÍTÉSÉRE TERVEZTEK A SZUBMIKROMÉTEREK (20–1000 NM) MÉRETTARTOMÁNYÁTÓL, MINT PÉLDÁUL A VÍRUSOK. MINDEN EGYES VIRIC-RÉSZECSKÉT FÜGGETLEN MIKROKUTAKBAN KELL ELHELYEZNI. EZT KÖVETŐEN SZUPERFELBONTÓ FLUORESZCENCIA MIKROSZKÓPIÁT HASZNÁLNAK EGYETLEN VÍRUS JELENLÉTÉNEK ÉRTÉKELÉSÉRE, VALAMINT UGYANEZEN VÍRUS SZERKEZETÉNEK ÉS MORFOMETRIÁJÁNAK TANULMÁNYOZÁSÁRA. EZT KÖVETŐEN AZ EGYETLEN VÍRUSBÓL NYERT GENETIKAI ANYAG (2 FG. DNS) FELERŐSÍTI A TÖBBSZÖRÖS KISZORÍTÁSOS AMPLIFIKÁCIÓS TECHNIKÁT, AMELYBEN ELEGENDŐ ANYAGOT ÁLLÍTOTTAK ELŐ AHHOZ, HOGY KÉSŐBB KIEGÉSZÍTŐ TECHNIKÁKKAL ELEMEZZÉK ÉS VÉGÜL SZEKVENÁLJÁK. EZT A MEGKÖZELÍTÉST NEVEZIK EGYÉNI VÍRUS GENEMIC? (GVI) KEZDETBEN (OBJ. 1) A GVI-MÓDSZER EGYES LÉPÉSEINEK FEJLESZTÉSÉT ÉS OPTIMALIZÁLÁSÁT EGY TENYÉSZTETT ÉS KORÁBBAN SZEKVENCIÁLT VÍRUSSAL VÉGEZZÜK. A 2. CÉLKITŰZÉS KERETÉBEN A GVI KÖZELÍTÉSÉT A METAGENOMICA-VAL ÉS A MIKROSOROK TECHNOLÓGIÁJÁVAL KOMBINÁLVA ALKALMAZZUK A KOMPLEX VIRIC KÖZÖSSÉGEKRE, AHOL A KIVÁLASZTOTT ÖKOSZISZTÉMÁKBAN URALKODÓ, NEM TENYÉSZTETT REFERENCIAVÍRUSOK TELJES GENOMJAIT SZEKVENÁLJUK (ALICANTE VÁROS IVÓVÍZE, A FÖLDKÖZI-TENGER TERÜLETE ÉS A MÉLY ÓCEÁNBÓL SZÁRMAZÓ MINTÁK; MALASPINA EXPEDÍCIÓ) ÉS AZ EGÉSZSÉGES EMBEREK ORÁLIS MIKROKÖRNYEZETÉBEN (MUCOSA/SALIVA) SZEMBEN A HIV-VÍRUS ÁLTAL IMMUNSZUPPRESSZÁLT BETEGEKKEL SZEMBEN. Végül (OBJ. 3), az I. típusú DIABETES TÍPUS I. _x000D_ QUESTIONS, EZ a PROJEKT, új fókuszban lévő MEGJEGYZÉSEK ÉS Szekvenálás VIRUS EGYÜTTMŰKÖDÉSEK MEGJEGYZÉSE, a BILOGIA FUNDAMENTAL QUESTIONS, a POTENTIÁLIS VIRUS DISCOUNCTED ökológia, DIVERSITY ÉS GENOMICÁJA, ÉS A GLOBAL biogeokémiai ciklusokban és a HUMAN BODY homeosztázisában még meg kell határozni (Hungarian)
4 August 2022
0 references
VIRY JSOU NEJROZMANITĚJŠÍ A NEJROZMANITĚJŠÍ BIOLOGICKÉ ENTITY, KTERÉ UTVÁŘEJÍ KAŽDÝ Z ORGANISMŮ, VČETNĚ ČLOVĚKA. PŘES SVŮJ VÝZNAM ÚDAJE METAGENOMICOS NAZNAČUJÍ, ŽE ZNÁME POUZE 1 % STÁVAJÍCÍ VIROVÉ GENOMOVÉ ROZMANITOSTI, COŽ ZNEUŽÍVÁ NAŠE ZNALOSTI O BIOLOGICKÉ ÚLOZE PŘEVAŽUJÍCÍCH VIRŮ V PŘÍRODĚ. AŽ DOSUD BYLY DVA HLAVNÍ EXPERIMENTÁLNÍ PŘÍSTUPY K OBNOVENÍ VIROVÝCH GENOMICKÝCH INFORMACÍ ZALOŽENY NA IZOLACI HOSTITELSKÉHO HOSTITELSKÉHO SYSTÉMU NEBO NA MASIVNÍM SEKVENOVÁNÍ VŠECH VIROVÝCH GENŮ EXTRAHOVANÝCH PŘÍMO ZE VZORKU, I.E., METAGENOMICA. VIRY ZÍSKANÉ KULTIVACÍ VŠAK DO ZNAČNÉ MÍRY NEMUSÍ NUTNĚ PŘEDSTAVOVAT VIRY, KTERÉ JSOU V VIRICKÝCH KOMUNITÁCH SKUTEČNĚ HOJNÉ, A NA DRUHÉ STRANĚ JSOU INFORMACE ZÍSKANÉ SPOLEČNOSTÍ METAGENOMICA DO ZNAČNÉ MÍRY ROZTŘÍŠTĚNÉ, COŽ S SEBOU NESE OBTÍŽE PŘI SESTAVOVÁNÍ KOMPLETNÍCH GENOMŮ, COŽ ZTĚŽUJE PŘIŘAZENÍ A IDENTIFIKACI RELEVANTNÍCH VIRŮ V BIOLOGICKÝCH SYSTÉMECH. V TOMTO PROJEKTU TEDY BUDEME UPLATŇOVAT RADIKÁLNĚ NOVÝ EXPERIMENTÁLNÍ PŘÍSTUP, NEZÁVISLÝ NA PĚSTOVÁNÍ A KTERÝ UŠETŘÍ OMEZENÍ METAGENOMICA, VE KTERÉM PROSTŘEDNICTVÍM MULTIDISCIPLINÁRNÍCH TECHNIK ZÍSKÁME GENETICKOU INFORMACI OBSAŽENOU V JEDNÉ JEDNOTLIVÉ VIROVÉ ČÁSTICI, ANIŽ BYCHOM MUSELI KULTIVOVAT. ZA TÍMTO ÚČELEM BUDOU POMOCÍ POKROČILÝCH TECHNIK CITOMETRIA FLUORESCENČNÍ BARVENÉ VIRY FYZICKY ODDĚLENY OD BIOLOGICKÉHO VZORKU JEDEN PO DRUHÉM DÍKY NOVÉMU OPTICKÉMU MODULU SPECIÁLNĚ NAVRŽENÉMU PRO DETEKCI A ODDĚLENÍ MICROPARTICULAES OD VELIKOSTI SUBMIKROMETRŮ (20–1000 NM), JAKO JSOU VIRY. KAŽDÁ JEDNOTLIVÁ VIROVÁ ČÁSTICE SE ULOŽÍ V NEZÁVISLÝCH MIKROJÁDRECH. PO TOMTO, SUPER-ROZLIŠENÍ FLUORESCENČNÍ MIKROSKOPIE BUDE POUŽITA K VYHODNOCENÍ PŘÍTOMNOSTI JEDINÉHO VIRU A KE STUDIU STRUKTURY A MORFOMETRIE STEJNÉHO. DÁLE GENETICKÝ MATERIÁL ZÍSKANÝ Z JEDINÉHO VIRU (2 FG. DNA) BUDE ZESÍLENA VÍCENÁSOBNOU AMPLIFIKAČNÍ TECHNIKOU, VE KTERÉ BYLO VYTVOŘENO DOSTATEČNÉ MNOŽSTVÍ MATERIÁLU, KTERÉ BYLO POZDĚJI ANALYZOVÁNO DOPLŇKOVÝMI TECHNIKAMI A NAKONEC SEKVENOVÁNO. TENTO PŘÍSTUP SE NAZÝVÁ INDIVIDUÁLNÍ VIRUS GENEMIC? (GVI). ZPOČÁTKU (OBJ. 1), PROVEDEME VÝVOJ A OPTIMALIZACI NĚKTERÝCH KROKŮ METODY GVI S KULTIVOVANÝM A DŘÍVE SEKVENČNÍM VIREM. V CÍLI 2 APLIKUJEME APROXIMACI GVI V KOMBINACI S METAGENOMICA A TECHNOLOGIÍ MIKROARRAYŮ NA KOMPLEXNÍ VIROVÉ KOMUNITY, KDE BUDEME SEKVENCE KOMPLETNÍCH GENOMŮ NEPĚSTOVANÝCH REFERENČNÍCH VIRŮ, KTERÉ PŘEVLÁDAJÍ VE VYBRANÝCH EKOSYSTÉMECH (PITNÁ VODA MĚSTA ALICANTE, OBLAST STŘEDOZEMNÍHO MOŘE A VZORKY Z HLUBIN OCEÁNU; MALASPINA EXPEDICE) A V PERORÁLNÍM MIKROPROSTŘEDÍ (MUCOSA/SALIVA) ZDRAVÝCH LIDÍ OPROTI PACIENTŮM IMUNOSUPRESE VIREM HIV. Konečně, (OBJ. 3), medián GVI TREATMENTS of identificate and Sequencing VIRUS POTENTENTLY zapletený do DIABETES TYPE I. _x000D_ BY QUESTIONS, V tomto PROJEKTU, S novým zaměřením, Prohloubíme ve FUNDAMENTAL QUESTIONs of BIOLOGY, ekologie, ŽIVOTNÍ A GENOMICKÉ POTENTIÁLNÍ VIRUS DISCOUNCTED, A KDY PODLE A IMPACT V GLOBAL biogeochemických cyklech a v homeostázi HUMAN BODY je ještě třeba stanovit (Czech)
4 August 2022
0 references
VĪRUSI IR VISBAGĀTĪGĀKĀS UN DAUDZVEIDĪGĀKĀS BIOLOĢISKĀS VIENĪBAS, KAS VEIDO KATRU ORGANISMU, IESKAITOT CILVĒKU. NESKATOTIES UZ TO NOZĪMI, METAGENOMICOS DATI LIECINA, KA MĒS ZINĀM TIKAI 1 % NO PASTĀVOŠĀS VIRUSISKĀS GENOMIKAS DAUDZVEIDĪBAS, AIZSPRIEDZINOT MŪSU ZINĀŠANAS PAR DOMINĒJOŠO VĪRUSU BIOLOĢISKO LOMU DABĀ. LĪDZ ŠIM DIVAS GALVENĀS EKSPERIMENTĀLĀS PIEEJAS VIRIC GENOMIC INFORMĀCIJAS ATGŪŠANAI BIJA BALSTĪTAS UZ SAIMNIEKORGANISMA SISTĒMAS IZOLĀCIJU VAI VISU TO VIRISKO GĒNU MASVEIDA SEKVENCĒŠANU, KAS IEGŪTI TIEŠI NO PARAUGA, PROTI, I.E., METAGENOMICA. TOMĒR AUDZĒJOT ATGŪTIE VĪRUSI LIELĀ MĒRĀ NE VIENMĒR ATSPOGUĻO VĪRUSUS, KAS PATIEŠĀM IR BAGĀTĪGI VĪRUSU KOPIENĀS, UN, NO OTRAS PUSES, METAGENOMICA IEGŪTĀ INFORMĀCIJA IR LIELĀ MĒRĀ SADRUMSTALOTA, UN AR TO SAISTĪTĀS GRŪTĪBAS IR SAISTĪTAS AR PILNĪGU GENOMU MONTĀŽU, TĀDĒJĀDI APGRŪTINOT ATTIECĪGO VĪRUSU PIEŠĶIRŠANU UN IDENTIFICĒŠANU BIOLOĢISKAJĀS SISTĒMĀS. TĀDĒJĀDI ŠAJĀ PROJEKTĀ MĒS PIEMĒROSIM RADIKĀLI JAUNU EKSPERIMENTĀLU PIEEJU, KAS IR NEATKARĪGA NO AUDZĒŠANAS UN KAS IETAUPĪS METAGENOMICA IEROBEŽOJUMUS, KURĀ, IZMANTOJOT DAUDZDISCIPLĪNU METODES, MĒS ATJAUNOSIM ĢENĒTISKO INFORMĀCIJU, KAS IETVERTA VIENĀ ATSEVIŠĶĀ VIRISKAJĀ DAĻIŅĀ, BEZ NEPIECIEŠAMĪBAS AUDZĒT. ŠIM NOLŪKAM, IZMANTOJOT UZLABOTAS PLŪSMAS CITOMETRIA PAŅĒMIENUS, FLUORESCĒJOŠI KRĀSOTUS VĪRUSUS FIZISKI ATDALA NO BIOLOĢISKĀ PARAUGA AR VIENU AR VIENU, PATEICOTIES JAUNAM OPTIKAS MODULIM, KAS ĪPAŠI IZSTRĀDĀTS MICROPARTICULAES ATKLĀŠANAI UN ATDALĪŠANAI NO MIKROMETRU (20–1000 NM) IZMĒRA DIAPAZONA, PIEMĒRAM, VĪRUSIEM. KATRU ATSEVIŠĶO VIRIC DAĻIŅU NOGULSNĒJAS NEATKARĪGĀS MIKROIEDOBĒS. PĒC TAM SUPER-IZŠĶĪDUMA FLUORESCENCES MIKROSKOPIJU IZMANTOS, LAI NOVĒRTĒTU VIENA VĪRUSA KLĀTBŪTNI UN PĒTĪTU TĀ PAŠA STRUKTŪRU UN MORFOMETRIJU. PĒC TAM ĢENĒTISKO MATERIĀLU, KAS IEGŪTS NO VIENA VĪRUSA (2 FG. DNS) TIKS PAPILDINĀTA AR VAIRĀKKĀRTĒJAS PĀRVIETOŠANAS PASTIPRINĀŠANAS METODI, KURĀ TIKA ĢENERĒTS PIETIEKAMI DAUDZ MATERIĀLA, LAI TO VĒLĀK ANALIZĒTU AR PAPILDINOŠĀM METODĒM UN VISBEIDZOT SEKVENCĒTU. ŠO PIEEJU SAUC PAR ATSEVIŠĶU VĪRUSU GENEMIC? (GVI) SĀKOTNĒJI (OBJ. 1) MĒS VEIKSIM DAŽU GVI METODES SOĻU IZSTRĀDI UN OPTIMIZĀCIJU AR KULTIVĒTU UN IEPRIEKŠ SEKVENCĒTU VĪRUSU. ATTIECĪBĀ UZ 2. MĒRĶI MĒS PIEMĒROSIM GVI TUVINĀŠANOS KOPĀ AR METAGENOMICA UN MIKROBLOKU TEHNOLOĢIJU KOMPLEKSĀM VIRIC KOPIENĀM, KUR MĒS SECINĀSIM PILNUS NEKULTIVĒTU STANDARTVĪRUSU GENOMUS, KAS DOMINĒ IZVĒLĒTAJĀS EKOSISTĒMĀS (ALIKANTES PILSĒTAS DZERAMAIS ŪDENS, VIDUSJŪRAS APGABALS UN PARAUGI NO DZIĻĀ OKEĀNA; MALASPINA EKSPEDĪCIJA) UN PERORĀLĀ MIKROVIDĒ (MUCOSA/SALIVA) VESELIEM CILVĒKIEM, SALĪDZINOT AR PACIENTIEM, KURUS NOMĀC HIV VĪRUSS. Visbeidzot, (OBJ. 3), mediant GVI TREATMENTS OF identificate and Sequencing VIRUS POTENTENTLY iesaistīta DIABETES TYPE I. _x000D_ BY QUESTIONS, IN ŠIS PROJECT, ar jaunu fokusu, mēs padziļināsim FUNDAMENTAL QUESTIONS BIOLOĢIJAS, ekoloģija, DIVERSITY UN ĢENOMIKA POTENTISKĀS VIRUS DISCOUNCTED, UN KĀ PAPER UN IMPACT GLOBAL bioģeoķīmiskajos ciklos un homeostāzē HUMAN BODY vēl jānosaka (Latvian)
4 August 2022
0 references
IS IAD VÍRIS NA HEINTITIS BHITHEOLAÍOCHA IS FLÚIRSEACH AGUS ÉAGSÚIL A MHÚNLAÍONN GACH CEANN DE NA HORGÁNAIGH, LENA N-ÁIRÍTEAR FEAR. IN AINNEOIN A THÁBHACHTAÍ ATÁ SÉ, LÉIRÍONN SONRAÍ METAGENOMICOS NACH BHFUIL A FHIOS AGAINN ACH 1 % DEN ÉAGSÚLACHT GÉANÓMAÍOCH VIRIC ATÁ ANN CHEANA, AG CLAONTACHT ÁR GCUID EOLAIS FAOI RÓL BITHEOLAÍOCH NA VÍRIS IS MÓ SA NÁDÚR. GO DTÍ SEO, BHÍ AN DÁ PHRÍOMHCHUR CHUIGE TURGNAMHACH MAIDIR LE FAISNÉIS GHÉANÓMAÍOCH VIRIC A AISGHABHÁIL BUNAITHE AR LEITHLISIÚ AN CHÓRAIS ÓSTAIGH-ÓSTACH, NÓ AR SHEICHEAMHÚ OLLMHÓR GACH GÉINTE VIRIC A BHAINTEAR GO DÍREACH AS SAMPLA, I.E., METAGENOMICA. MAR SIN FÉIN, NÍ GÁ GO LÉIRÍONN NA VÍRIS A AISGHABHTAR TRÍ SHAOTHRÚ, DEN CHUID IS MÓ, NA VÍRIS ATÁ FLÚIRSEACH I BPOBAIL VIRIC, AGUS AR AN TAOBH EILE, TÁ AN FHAISNÉIS A AISGHABHANN METAGENOMICA ILROINNTE DEN CHUID IS MÓ, AGUS AN DEACRACHT ATÁ I GCEIST LEIS SEO MAIDIR LE GENOMES IOMLÁNA A CHUR LE CHÉILE, RUD A FHÁGANN GO BHFUIL SÉ DEACAIR VÍRIS ÁBHARTHA A SHANNADH AGUS A SHAINAITHINT I GCÓRAIS BHITHEOLAÍOCHA. DÁ BHRÍ SIN, SA TIONSCADAL SEO, CUIRFIMID CUR CHUIGE TURGNAMHACH ÚRNUA I BHFEIDHM, NEAMHSPLEÁCH AR AN SAOTHRÚ AGUS A SHÁBHÁLFAIDH TEORAINNEACHA METAGENOMICA, INA NDÉANFAIMID AN FHAISNÉIS GHÉINITEACH ATÁ LAISTIGH DE CHÁITHNÍN VIRIC AONAIR AONAIR A AISGHABHÁIL TRÍ THEICNÍCÍ ILDISCIPLÍNEACHA GAN GÁ LE SAOTHRÚ. CHUN NA CRÍCHE SIN, AG BAINT ÚSÁIDE AS TEICNÍCÍ CITOMETRIA SREABHADH CHUN CINN, BEIDH VÍRIS DATHAITHE FLUARAISEACHA SCARTHA GO FISICEACH AR CHEANN AR CHEANN ÓN SAMPLA BITHEOLAÍOCH A BHUÍOCHAS SIN DO MHODÚL OPTÚIL NUA ATÁ DEARTHA GO SONRACH CHUN MICROPARTICULAES A BHRATH AGUS A SCARADH Ó RAON MÉIDE FO-MHICREAIMÉADAIR (20-1000 NM), MAR SHAMPLA VÍRIS. TAISCFEAR GACH CÁITHNÍN VIRIC AR LEITH I MICREAITHREACHA NEAMHSPLEÁCHA. INA DHIAIDH SIN, ÚSÁIDFEAR MICREASCÓPACHT FHLUARAISEACHTA SUPER-TAIFIGH CHUN MEASTÓIREACHT A DHÉANAMH AR VÍREAS AMHÁIN A BHEITH ANN AGUS CHUN STAIDÉAR A DHÉANAMH AR STRUCHTÚR AGUS AR MHORTAIMÉADRACHT AN CHÉANNA. ANSIN, AN T-ÁBHAR GÉINITEACH A FHAIGHTEAR Ó VÍREAS AMHÁIN (2 FG. DNA) A AMPLIFIED AG AN TEICNÍC AIMPLIÚCHÁIN IL-EASÁITIÚ, INAR GINEADH GO LEOR ÁBHAR A BHEIDH LE HANAILÍSIÚ INA DHIAIDH SIN TRÍ THEICNÍCÍ COMHLÁNTACHA AGUS AR DEIREADH SEICHEAMHÚ. TUGTAR GENEMIC AR AN GCUR CHUIGE SEO? (GVI). AR DTÚS (OBJ. 1), DÉANFAIMID FORBAIRT AGUS LEAS IOMLÁN A BHAINT AS ROINNT CÉIMEANNA DEN MHODH GVI LE VÍREAS SAOTHRAITHE AGUS SEICHEAMHAITHE ROIMHE SIN. I GCUSPÓIR 2, CUIRFIMID COMHFHOGASÚ GVI I BHFEIDHM IN ÉINEACHT LE METAGENOMICA AGUS TEICNEOLAÍOCHT MICROARRAYS AR PHOBAIL CHASTA VIRIC ÁIT A NDÉANFAIMID SEICHEAMHÚ AR GHÉANÓIM IOMLÁNA VÍRIS TAGARTHA NEAMHSHAOTHRAITHE ATÁ CEANNASACH SNA HÉICEACHÓRAIS ROGHNAITHE (UISCE ÓIL CHATHAIR ALICANTE, LIMISTÉAR NA MEÁNMHARA AGUS SAMPLAÍ ÓN AIGÉAN DOMHAIN; MALASPINA EXPEDITION) AGUS SA MHICREACHOMHSHAOL BÉIL (MUCOSA/SALIVA) DAOINE SLÁINTIÚLA VS OTHAIR IMDHÍONACHTA AG VÍREAS VEID. Mar fhocal scoir, (OBJ. 3), CÓIREANNA meánach GVI Aithint agus Seicheamhú VIRUS POTLICED I DIABETES CINE I. _x000D_ BY QUESTIONS, I SIN PRIOECT, LE fócas nua, beidh muid a dhoimhniú i CÁILÍOCHTAÍ FUNDAMENTAL NA BIOLOGY, éiceolaíocht, DIVERSITY agus GENOMIC DISCOUNCTED VIRUS POTENTIAL, AGUS WHY PAPER AGUS IMPACT I dtimthriallta bithgheochemical GLOBAL agus i HOMEOSTASIS an BODY HUMAN fós le díspreagadh (Irish)
4 August 2022
0 references
VIRUSI SO NAJBOLJ BOGATA IN RAZNOLIKA BIOLOŠKA ENTITETA, KI OBLIKUJE VSAK OD ORGANIZMOV, VKLJUČNO S ČLOVEKOM. KLJUB NJEGOVI POMEMBNOSTI PODATKI METAGENOMICOS KAŽEJO, DA POZNAMO LE 1 % OBSTOJEČE GENOMSKE RAZNOLIKOSTI VIRIC, KAR POPAČI NAŠE ZNANJE O BIOLOŠKI VLOGI PREVLADUJOČIH VIRUSOV V NARAVI. DO ZDAJ STA DVA GLAVNA POSKUSNA PRISTOPA K PRIDOBIVANJU GENOMSKIH INFORMACIJ VIRIC TEMELJILA NA IZOLACIJI GOSTITELJSKEGA SISTEMA ALI NA MASIVNEM ZAPOREDJU VSEH GENOV VIRIC, PRIDOBLJENIH NEPOSREDNO IZ VZORCA, I.E., METAGENOMICA. VENDAR VIRUSI, PRIDOBLJENI Z GOJENJEM, V VELIKI MERI NE PREDSTAVLJAJO NUJNO VIRUSOV, KI SO RESNIČNO BOGATI V SKUPNOSTIH VIRIC, PO DRUGI STRANI PA SO PODATKI, KI JIH JE PRIDOBILA DRUŽBA METAGENOMICA, V VELIKI MERI RAZDROBLJENI, KAR POVZROČA TEŽAVE PRI SESTAVLJANJU POPOLNIH GENOMOV, ZARADI ČESAR JE TEŽKO DOLOČITI IN IDENTIFICIRATI USTREZNE VIRUSE V BIOLOŠKIH SISTEMIH. TAKO BOMO V TEM PROJEKTU UPORABILI RADIKALNO NOV EKSPERIMENTALNI PRISTOP, NEODVISEN OD GOJENJA IN KI BO PRIHRANIL OMEJITVE METAGENOMICA, V KATEREM BOMO Z MULTIDISCIPLINARNIMI TEHNIKAMI OBNOVILI GENETSKE INFORMACIJE, KI JIH VSEBUJE EN SAM POSAMEZNI DELEC VIRIC, NE DA BI JIH BILO TREBA GOJITI. V TA NAMEN BODO Z UPORABO NAPREDNIH TEHNIK CITOMETRIA FLUORESCENČNO OBARVANI VIRUSI FIZIČNO LOČENI ENEGA ZA DRUGIM OD BIOLOŠKEGA VZORCA, ZAHVALJUJOČ NOVEMU OPTIČNEMU MODULU, KI JE POSEBEJ ZASNOVAN ZA ODKRIVANJE IN LOČEVANJE MICROPARTICULAES IZ RAZPONA VELIKOSTI SUBMIKROMETROV (20–1000 NM), KOT SO VIRUSI. VSAK POSAMEZNI DELEC VIDA SE ODLAGA V NEODVISNIH MIKROVREČAH. PO TEM SE BO ZA OCENO PRISOTNOSTI ENEGA SAMEGA VIRUSA TER ZA PREUČEVANJE STRUKTURE IN MORFOMETRIJE ISTEGA VIRUSA UPORABILA MIKROSKOPIJA S FLUORESCENČNO FLUORESCENČNO MIKROSKOPIJO SUPERRESOLUCIJE. NATO GENSKI MATERIAL, PRIDOBLJEN IZ ENEGA SAMEGA VIRUSA (2 FG. DNA) BO OJAČANA S TEHNIKO OJAČANJA Z VEČKRATNIM PREMIKOM, V KATERI JE BILO USTVARJENIH DOVOLJ SNOVI, DA BI JIH KASNEJE ANALIZIRALI Z DOPOLNILNIMI TEHNIKAMI IN KONČNO SEKVENCIRALI. TA PRISTOP SE IMENUJE INDIVIDUALNI VIRUS GENEMIC? (GVI). SPRVA (OBJ. 1) BOMO IZVEDLI RAZVOJ IN OPTIMIZACIJO NEKATERIH KORAKOV METODE GVI S KULTIVIRANIM IN PREJ ZAPOREDNIM VIRUSOM. V CILJU 2 BOMO UPORABILI PRIBLIŽEVANJE GVI V KOMBINACIJI Z METAGENOMICA IN TEHNOLOGIJO MIKROSPOJEV ZA KOMPLEKSNE SKUPNOSTI VIRIC, KJER BOMO ZAPOREDJE POPOLNIH GENOMOV NEOBDELANIH REFERENČNIH VIRUSOV, KI PREVLADUJEJO V IZBRANIH EKOSISTEMIH (PITNA VODA MESTA ALICANTE, OBMOČJE SREDOZEMSKEGA MORJA IN VZORCI IZ GLOBOKEGA OCEANA; MALASPINA EKSPEDICIJA) IN V USTNEM MIKROOKOLJU (MUKOZA/SLINA) ZDRAVIH LJUDI V PRIMERJAVI Z BOLNIKI, IMUNOSUPRESIVNIMI Z VIRUSOM HIV. Končno, (OBJ. 3), mediana GVI zdravljenja identitete in sekvenciranja VIRUS POTENTENTNO Vključeno V DRUGIH I. _x000D_ BY VPRAŠANJA, V TEM PROJEKTU, Z novim poudarkom, bomo poglobili v FUNDAMENTALNE VPRAŠANJA BIOLOGIJE, ekologija, DIVERSITIJA IN GENOMIJA POTENTIALNI VIRUS, KI JE PAPER IN IMPAKTI V GLOBALnih biogeokemijskih ciklih in v homeostazi HUMAN BODY je treba še določiti (Slovenian)
4 August 2022
0 references
ВИРУСИТЕ СА НАЙ-БОГАТИТЕ И РАЗНООБРАЗНИ БИОЛОГИЧНИ СЪЩЕСТВА, КОИТО ОФОРМЯТ ВСЕКИ ЕДИН ОТ ОРГАНИЗМИТЕ, ВКЛЮЧИТЕЛНО ЧОВЕКА. ВЪПРЕКИ ЗНАЧЕНИЕТО СИ, ДАННИТЕ ОТ METAGENOMICOS ПОКАЗВАТ, ЧЕ ЗНАЕМ САМО 1 % ОТ СЪЩЕСТВУВАЩОТО ВИРИЙСКО ГЕНОМНО РАЗНООБРАЗИЕ, КОЕТО ВОДИ ДО ИЗКРИВЯВАНЕ НА ПОЗНАНИЯТА НИ ЗА БИОЛОГИЧНАТА РОЛЯ НА ПРЕОБЛАДАВАЩИТЕ ВИРУСИ В ПРИРОДАТА. ДОСЕГА ДВАТА ОСНОВНИ ЕКСПЕРИМЕНТАЛНИ ПОДХОДА ЗА ВЪЗСТАНОВЯВАНЕ НА ГЕНОМНАТА ИНФОРМАЦИЯ НА VIRIC СЕ ОСНОВАВАТ НА ИЗОЛИРАНЕТО НА СИСТЕМАТА ГОСТОПРИЕМНИК ИЛИ НА МАСИВНОТО СЕКВЕНИРАНЕ НА ВСИЧКИ VIRIC ГЕНИ, ИЗВЛЕЧЕНИ ДИРЕКТНО ОТ ПРОБА, I.E., METAGENOMICA. ВЪПРЕКИ ТОВА, ВИРУСИТЕ, ВЪЗСТАНОВЕНИ ЧРЕЗ КУЛТИВИРАНЕ, ДО ГОЛЯМА СТЕПЕН НЕ ПРЕДСТАВЛЯВАТ НЕПРЕМЕННО ВИРУСИТЕ, КОИТО НАИСТИНА ИЗОБИЛСТВАТ ВЪВ ВИРИКСКИТЕ ОБЩНОСТИ, И ОТ ДРУГА СТРАНА, ИНФОРМАЦИЯТА, СЪБРАНА ОТ METAGENOMICA, Е ДО ГОЛЯМА СТЕПЕН ФРАГМЕНТИРАНА, С ТРУДНОСТИТЕ, КОИТО ТОВА ПОРАЖДА, КОГАТО СТАВА ВЪПРОС ЗА СГЛОБЯВАНЕ НА ЦЕЛИ ГЕНОМИ, КОЕТО ЗАТРУДНЯВА ОПРЕДЕЛЯНЕТО И ИДЕНТИФИЦИРАНЕТО НА СЪОТВЕТНИТЕ ВИРУСИ В БИОЛОГИЧНИТЕ СИСТЕМИ. ПО ТОЗИ НАЧИН, В ТОЗИ ПРОЕКТ ЩЕ ПРИЛАГАМЕ РАДИКАЛНО НОВ ЕКСПЕРИМЕНТАЛЕН ПОДХОД, НЕЗАВИСИМ ОТ КУЛТИВИРАНЕТО И КОЙТО ЩЕ СПАСИ ОГРАНИЧЕНИЯТА НА METAGENOMICA, В КОЙТО ЧРЕЗ МУЛТИДИСЦИПЛИНАРНИ ТЕХНИКИ ЩЕ ВЪЗСТАНОВИМ ГЕНЕТИЧНАТА ИНФОРМАЦИЯ, СЪДЪРЖАЩА СЕ В ЕДНА ОТДЕЛНА ВИРИКСКА ЧАСТИЦА, БЕЗ ДА СЕ НАЛАГА ДА СЕ САМОУСЪВЪРШЕНСТВАМЕ. ЗА ТАЗИ ЦЕЛ, КАТО СЕ ИЗПОЛЗВАТ УСЪВЪРШЕНСТВАНИ ТЕХНИКИ НА CITOMETRIA, ФЛУОРЕСЦЕНТНО БОЯДИСАНИТЕ ВИРУСИ ЩЕ БЪДАТ ФИЗИЧЕСКИ ОТДЕЛЕНИ ЕДИН ПО ЕДИН ОТ БИОЛОГИЧНАТА ПРОБА БЛАГОДАРЕНИЕ НА НОВ ОПТИЧЕН МОДУЛ, СПЕЦИАЛНО ПРОЕКТИРАН ДА ОТКРИВА И РАЗДЕЛЯ MICROPARTICULAES ОТ ОБХВАТА НА РАЗМЕРА НА СУБМИКРОМЕТРИТЕ (20—1000 NM), КАТО НАПРИМЕР ВИРУСИ. ВСЯКА ОТДЕЛНА VIRIC ЧАСТИЦА СЕ ОТЛАГА В НЕЗАВИСИМИ МИКРОЯМКИ. СЛЕД ТОВА ЩЕ СЕ ИЗПОЛЗВА ФЛУОРЕСЦЕНТНА МИКРОСКОПИЯ СЪС СВРЪХРЕЗОЛЮЦИЯ, ЗА ДА СЕ ОЦЕНИ НАЛИЧИЕТО НА ЕДИН ВИРУС И ДА СЕ ИЗСЛЕДВА СТРУКТУРАТА И МОРФОМЕТРИЯТА НА СЪЩИЯ. НА СЛЕДВАЩО МЯСТО, ГЕНЕТИЧНИЯТ МАТЕРИАЛ, ПОЛУЧЕН ОТ ЕДИН ВИРУС (2 FG. ДНК) ЩЕ СЕ УСИЛВА ЧРЕЗ ТЕХНИКАТА ЗА УСИЛВАНЕ НА МНОЖЕСТВЕНАТА РАЗМЕСТВАНЕ, В КОЯТО Е ГЕНЕРИРАН ДОСТАТЪЧНО МАТЕРИАЛ, ЗА ДА БЪДЕ АНАЛИЗИРАН ПО-КЪСНО ЧРЕЗ ДОПЪЛНИТЕЛНИ ТЕХНИКИ И НАКРАЯ СЕКВЕНИРАН. ТОЗИ ПОДХОД СЕ НАРИЧА ИНДИВИДУАЛЕН ВИРУС GENEMIC? (GVI). ПЪРВОНАЧАЛНО (ОБ. 1) ЩЕ ИЗВЪРШИМ РАЗРАБОТВАНЕТО И ОПТИМИЗИРАНЕТО НА НЯКОИ СТЪПКИ ОТ МЕТОДА GVI С КУЛТИВИРАН И ПРЕДВАРИТЕЛНО СЕКВЕНИРАН ВИРУС. В ЦЕЛ 2 ЩЕ ПРИЛАГАМЕ СБЛИЖАВАНЕТО НА GVI В КОМБИНАЦИЯ С METAGENOMICA И ТЕХНОЛОГИЯТА НА МИКРОМАТРИЦИТЕ КЪМ КОМПЛЕКСНИ ВИРИК ОБЩНОСТИ, КЪДЕТО ЩЕ СЕ РЕДУВАТ ПЪЛНИ ГЕНОМИ НА НЕКУЛТИВИРАНИ РЕФЕРЕНТНИ ВИРУСИ, КОИТО ПРЕОБЛАДАВАТ В ИЗБРАНИТЕ ЕКОСИСТЕМИ (ПИТЕЙНА ВОДА НА ГРАД АЛИКАНТЕ, ЗОНА НА СРЕДИЗЕМНО МОРЕ И ПРОБИ ОТ ДЪЛБОКИЯ ОКЕАН; MALASPINA ЕКСПЕДИЦИЯ) И В УСТНАТА МИКРОСРЕДА (MUCOSA/SALIVA) НА ЗДРАВИ ХОРА СРЕЩУ ПАЦИЕНТИ, ИМУНОСУПРЕСИРАНИ ОТ ХИВ ВИРУС. И накрая, (OBJ. 3), медиирани GVI TREATMENTS OF identificate and Sequencing VIRUS POTENTENTLY, въвлечени в DIABETES TYPE I. _x000D_ чрез QUESTIONS, В този проект, с нов фокус, ние ще се задълбочим в БИОЛОГИЯ, екология, ДИВЕРСТИВНОСТ И ГEHOMIC НА ПОТНИТЕЛЕН ВИРУНКЦИЯ И КАКВО И ИМПАКТИ В ГЛОБАЛНИ биогеохимични цикли и в хомеостазата на ЧОВЕКА БОДИЯ (Bulgarian)
4 August 2022
0 references
IL-VIRUSES HUMA L-ENTITAJIET BIJOLOĠIĊI L-AKTAR ABBUNDANTI U DIVERSI LI JIFFURMAW KULL WIEĦED MILL-ORGANIŻMI, INKLUŻ IL-BNIEDEM. MINKEJJA L-IMPORTANZA TAGĦHA, ID-DATA TAL-METAGENOMICOS TINDIKA LI NAFU BISS 1 % TAD-DIVERSITÀ ĠENOMIKA VIRIKA EŻISTENTI, U B’HEKK NIPPREĠUDIKAW L-GĦARFIEN TAGĦNA DWAR IR-RWOL BIJOLOĠIKU TAL-VIRUSIJIET PREDOMINANTI FIN-NATURA. S’ISSA, IŻ-ŻEWĠ APPROĊĊI SPERIMENTALI EWLENIN GĦALL-IRKUPRU TAL-INFORMAZZJONI ĠENOMIKA VIRIC KIENU BBAŻATI FUQ L-IŻOLAMENT TAS-SISTEMA OSPITANTI, JEW FUQ IS-SEKWENZAR MASSIV TAL-ĠENI VIRIC KOLLHA ESTRATTI DIRETTAMENT MINN KAMPJUN, I.E., METAGENOMICA. MADANKOLLU, IL-VAJRUSIS IRKUPRATI MILL-KULTIVAZZJONI, FIL-BIĊĊA L-KBIRA, MHUX NEĊESSARJAMENT JIRRAPPREŻENTAW IL-VIRUSES VERAMENT ABBUNDANTI FIL-KOMUNITAJIET VIRIC, U MIN-NAĦA L-OĦRA, L-INFORMAZZJONI RKUPRATA MILL-METAGENOMICA HIJA FIL-BIĊĊA L-KBIRA FRAMMENTATA, BID-DIFFIKULTÀ LI DAN JINVOLVI FIR-RIGWARD TAL-ASSEMBLAĠĠ TA’ ĠENOMI SĦAĦ, U B’HEKK IKUN DIFFIĊLI LI JIĠU ASSENJATI U IDENTIFIKATI L-VIRUSES RILEVANTI F’SISTEMI BIJOLOĠIĊI. GĦALHEKK, F’DAN IL-PROĠETT SE NAPPLIKAW APPROĊĊ SPERIMENTALI RADIKALMENT ĠDID, INDIPENDENTI MILL-KULTIVAZZJONI U LI SE JSALVA L-LIMITAZZJONIJIET TAL-METAGENOMICA, FEJN PERMEZZ TA’ TEKNIKI MULTIDIXXIPLINARI SE NIRKUPRAW L-INFORMAZZJONI ĠENETIKA LI TINSAB FI ĦDAN PARTIĊELLA VIRIC INDIVIDWALI WAĦDA MINGĦAJR MA JKOLLNA BŻONN NIKKULTIVAW. GĦAL DAN IL-GĦAN, BL-UŻU TA’ TEKNIKI AVVANZATI CITOMETRIA BI FLUSS, VIRUSIJIET MIŻBUGĦIN FLOREXXENTI JIĠU FIŻIKAMENT SEPARATI WIEĦED WIEĦED MILL-KAMPJUN BIJOLOĠIKU BIS-SAĦĦA TA’ MODULU OTTIKU ĠDID IDDISINJAT SPEĊIFIKAMENT BIEX JINDIVIDWA U JISSEPARA L-MICROPARTICULAES MILL-FIRXA TAD-DAQS TAS-SOTTOMIKROMETRI (20–1000 NM), BĦAL VIRUSES. KULL PARTIĊELLA VIRIC INDIVIDWALI GĦANDHA TIĠI DDEPOŻITATA F’MIKROBJAR INDIPENDENTI. WARA DAN, IL-MIKROSKOPIJA TAL-FLUWOREXXENZA TAS-SUPERRIŻOLUZZJONI TINTUŻA BIEX TEVALWA L-PREŻENZA TA’ VIRUS WIEĦED U BIEX TISTUDJA L-ISTRUTTURA U L-MORFOMETRIJA TAL-ISTESS. IMBAGĦAD, IL-MATERJAL ĠENETIKU MIKSUB MINN VIRUS WIEĦED (2 FG. DNA) SE TIĠI AMPLIFIKATA BIT-TEKNIKA TA’ AMPLIFIKAZZJONI TA’ SPOSTAMENT MULTIPLU, LI FIHA ĠIE ĠĠENERAT BIŻŻEJJED MATERJAL BIEX JIĠI ANALIZZAT AKTAR TARD PERMEZZ TA’ TEKNIKI KOMPLEMENTARI U FINALMENT SEKWENZJAT. DAN L-APPROĊĊ JISSEJJAĦ VIRUS GENEMIC INDIVIDWALI? (GVI). INIZJALMENT (OBJ. 1), AĦNA SE NWETTQU L-IŻVILUPP U L-OTTIMIZZAZZJONI TA’ XI PASSI TAL-METODU GVI B’VIRUS IKKULTURAT U LI QABEL KELLU SEKWENZA. FL-OBJETTIV 2, SE NAPPLIKAW L-APPROSSIMAZZJONI TAL-GVI FLIMKIEN MA’ METAGENOMICA U T-TEKNOLOĠIJA TA’ MIKROARRAYS GĦAL KOMUNITAJIET VIRIĊI KUMPLESSI FEJN SE NSEGWU ĠENOMI SĦAĦ TA’ VIRUSES TA’ REFERENZA MHUX IKKULTIVATI LI HUMA PREDOMINANTI FL-EKOSISTEMI MAGĦŻULA (ILMA TAX-XORB TAL-BELT TA’ ALICANTE, ŻONA TAL-BAĦAR MEDITERRAN U KAMPJUNI MILL-OĊEAN FOND; EXPEDITION MALASPINA) U FIL-MIKROAMBJENT ORALI (MUKOSA/SALIVA) TA’ PERSUNI B’SAĦĦITHOM VS PAZJENTI IMMUNOSOPPRESSI BIL-VIRUS TAL-HIV. Fl-aħħar nett, (OBJ. 3), it-TRATTAMENTI GVI medjani tal-identifikazzjoni u s-sekwenzar VIRUS POTENTENTLY implikati fid-DIABETI TAT-TIP I. _x000D_ BY QUESJIET, FIL-PREZZJONIJIET, WITH fokus ġdid, aħna se japprofondixxu fil-QAWS FONDAMENTALI TAL-BIOLOĠJU, ekoloġija, DIVERSITÀ U ĠENOMIKA TA’ VIRUS POTENTITI DISCOUNCTED, U BIL-PAPI U L-IMPATT F’ċikli bijoġeokimiċi GLOBALI u fl-omeostasi tal-BODJA HUMAN għad trid tiġi determinata (Maltese)
4 August 2022
0 references
VÍRUS SÃO AS ENTIDADES BIOLÓGICAS MAIS ABUNDANTES E DIVERSAS QUE FORMAM CADA UM DOS ORGANISMOS, INCLUINDO O HOMEM. ATENÇÃO À SUA IMPORTÂNCIA, OS DADOS METAGENOMICOS INDICAM QUE CONHECEMOS APENAS 1% DA DIVERSIDADE GENÓMICA VIRICA EXISTENTE, CONHECENDO OS NOSSOS CONHECIMENTOS SOBRE O PAPEL BIOLÓGICO DOS VÍRUS PREDOMINANTES NA NATUREZA. Até agora, as duas principais abordagens experimentais para recuperar informações genéticas víricas baseavam-se na isolação do sistema de acolhimento ou na sequenciação maciça de todos os genes víricos extraídos diretamente de uma amostra, ou seja, a METAGENOMICA. No entanto, os vírus recuperados pela cultura, em grande escala, não representam necessariamente os vírus verdadeiramente abundantes nas comunidades víricas, e, por outro lado, as informações recolhidas pela METAGENOMICA são amplamente fragmentadas, com a dificuldade que isso implica quando se trata de combinar genes completos, o que torna difícil a identificação e a identificação de vírus relevantes nos sistemas biológicos. Assim, neste projeto, aplicaremos uma abordagem experimental radicalmente nova, independente da cultura e que salvará as limitações da metagenómica, na qual, através de técnicas multidisciplinares, recuperaremos as informações genéticas contidas em uma única parte vírica individual, sem estar relacionada com a cultura. Para este efeito, utilizando técnicas avançadas de citometria de fluxo, os vírus fluorescentemente tintos serão separados fisicamente um por um da amostra biológica graças a um novo módulo ótico especificamente concebido para detetar e separar as micropartículas da gama de tamanho dos submicrómetros (20-1000 NM), tais como os vírus. Cada parte vírica individual deve ser depositada em separadores independentes. Depois disso, a microscopia de fluorescência de super-resolução será usada para avaliar a presença de um único vírus e estudar a estrutura e a morfometria do mesmo. Em seguida, o material genético obtido a partir de um único vírus (2 FG. ADN) será amplificado pela técnica de amplificação por deslocamento múltiplo, na qual foi gerado material suficiente para ser posteriormente analisado por técnicas complementares e finalmente sequenciado. Esta abordagem chama-se GENÉMIA DE VÍRUS INDIVIDUAL? (GVI) (em inglês). INICIALMENTE (OBJ. 1), realizaremos o desenvolvimento e a optimização de algumas etapas do método GVI com um vírus cultivado e previamente sequenciado. No OBJETIVO 2, APLICARÁ A APROXIMAÇÃO DO GVI EM COMBINAÇÃO COM A METAGENOMICA E A TECNOLOGIA DOS MICROARRAIAS ÀS COMUNIDADES VIRICAS COMPLETAS QUANDO SEGUIREM GENÓMEOS COMPLETOS DE VÍRUS DE REFERÊNCIA NÃO CULTIVADOS QUE SÃO PREDOMINANTES NOS ECOSSISTEMAS SELECIONADOS (ÁGUA BAIXA DA CIDADE DE ALICANTE, ZONA DO MAR MEDITERRÂNICO E AMOSTRAS DO OCEANO MÉDICO; EXPEDIÇÃO MALASPINA) E NO MICROAMBIENTE ORAL (MUCOSA/SALIVA) DE PESSOAS SAUDÁVEIS VS PACIENTES IMUNOSSUPERADOS PELO VÍRUS VIH. Finalmente, (OBJ. 3), TRATAMENTOS MEDIANT GVI DE IDENTIFICAÇÃO E SEQUÊNCIA DO VÍRUS POTENCENTEMENTE IMPLICADOS NO TIPO I DE DIABETES. _x000D_ POR PERGUNTAS, NESTE PROJECTO, COM UM novo enfoque, aprofundar-nos-emos em PERGUNTAS FUNDAMENTAIS DE BIOLOGIA, ecologia, DIVERSIDADE E GENÓMICA DO VÍRUS POTENCIAL DESCONTADO, E POR QUE PAPEL E IMPACTO NOS ciclos biogeoquímicos GLOBAIS E NA HOMEOSTASE DO CORPO HUMANO está ainda por determinar (Portuguese)
4 August 2022
0 references
VIRA ER DE MEST RIGELIGE OG FORSKELLIGARTEDE BIOLOGISKE ENHEDER, DER FORME HVER AF ORGANISMERNE, HERUNDER MENNESKET. PÅ TRODS AF DENS BETYDNING VISER DATA FRA METAGENOMICOS, AT VI KUN KENDER 1 % AF DEN EKSISTERENDE VIRIC GENOMISKE MANGFOLDIGHED, HVILKET FORDREJER VORES VIDEN OM DEN BIOLOGISKE ROLLE, SOM DE FREMHERSKENDE VIRA SPILLER I NATUREN. INDTIL NU VAR DE TO VIGTIGSTE EKSPERIMENTELLE TILGANGE TIL AT GENVINDE VIRIC GENOMINFORMATION BASERET PÅ ISOLATION AF VÆRTSSYSTEMET ELLER PÅ DEN MASSIVE SEKVENTERING AF ALLE VIRIC-GENER EKSTRAHERET DIREKTE FRA EN PRØVE, I.E., METAGENOMICA. DE VIRA, DER ER GENVUNDET VED DYRKNING, REPRÆSENTERER IMIDLERTID I VID UDSTRÆKNING IKKE NØDVENDIGVIS DE VIRA, DER VIRKELIG ER RIGELIGE I DE VIRISKE FÆLLESSKABER, OG PÅ DEN ANDEN SIDE ER DE OPLYSNINGER, SOM METAGENOMICA HAR GENVUNDET, I VID UDSTRÆKNING FRAGMENTERET MED DE VANSKELIGHEDER, SOM DETTE MEDFØRER, NÅR DET DREJER SIG OM SAMLING AF KOMPLETTE GENOMER, HVILKET GØR DET VANSKELIGT AT TILDELE OG IDENTIFICERE RELEVANTE VIRA I BIOLOGISKE SYSTEMER. SÅLEDES VIL VI I DETTE PROJEKT ANVENDE EN RADIKALT NY EKSPERIMENTEL TILGANG, DER ER UAFHÆNGIG AF DYRKNINGEN, OG SOM VIL REDDE BEGRÆNSNINGERNE I METAGENOMICA, HVOR VI GENNEM TVÆRFAGLIGE TEKNIKKER VIL GENVINDE DEN GENETISKE INFORMATION INDEHOLDT I EN ENKELT VIRIC PARTIKEL UDEN AT SKULLE DYRKE. TIL DETTE FORMÅL VIL FLUORESCERENDE FARVEDE VIRA VED HJÆLP AF AVANCEREDE FLOW CITOMETRIA-TEKNIKKER BLIVE FYSISK ADSKILT ÉN EFTER ÉN FRA DEN BIOLOGISKE PRØVE TAKKET VÆRE ET NYT OPTISK MODUL, DER ER SPECIELT DESIGNET TIL AT DETEKTERE OG ADSKILLE MICROPARTICULAES FRA STØRRELSESINTERVALLET FOR SUBMIKROOMETRE (20-1000 NM), F.EKS. VIRUS. HVER ENKELT VIRIC PARTIKEL SKAL AFLEJRES I UAFHÆNGIGE MIKROHULLER. EFTER DETTE VIL SUPEROPLØSNING FLUORESCENSMIKROSKOPI BLIVE BRUGT TIL AT VURDERE TILSTEDEVÆRELSEN AF EN ENKELT VIRUS OG TIL AT STUDERE STRUKTUREN OG MORFOMETRI AF SAMME. DERNÆST DET GENETISKE MATERIALE FRA ET ENKELT VIRUS (2 FG. DNA) VIL BLIVE FORSTÆRKET AF MULTIPEL FORSKYDNINGSTEKNIKKEN, HVOR NOK MATERIALE BLEV GENERERET TIL SENERE AT BLIVE ANALYSERET VED HJÆLP AF KOMPLEMENTÆRE TEKNIKKER OG ENDELIG SEKVENSERET. DENNE TILGANG KALDES INDIVIDUEL VIRUS GENEMIC? (GVI). I FØRSTE OMGANG (OBJ. 1) VIL VI UDFØRE UDVIKLINGEN OG OPTIMERINGEN AF NOGLE TRIN I GVI-METODEN MED EN DYRKET OG TIDLIGERE SEKVENSERET VIRUS. I MÅL 2 VIL VI ANVENDE TILNÆRMELSEN AF GVI I KOMBINATION MED METAGENOMICA OG MIKROARRAY-TEKNOLOGIEN TIL KOMPLEKSE VIRIC COMMUNITIES, HVOR VI VIL SEKVENSERE KOMPLETTE GENOMER AF UOPDYRKEDE REFERENCEVIRA, DER ER FREMHERSKENDE I DE UDVALGTE ØKOSYSTEMER (DRIKKEVAND I BYEN ALICANTE, MIDDELHAVETS HAVOMRÅDE OG PRØVER FRA DET DYBE HAV; MALASPINA EKSPEDITION) OG I DET ORALE MIKROMILJØ (MUCOSA/SALT) AF RASKE MENNESKER VS PATIENTER IMMUNSUPPRIMERET AF HIV-VIRUS. Endelig, (OBJ. 3), mediante GVI TREATMENTER af identificate og sekventering VIRUS POTENTENTENT Impliceret i DIABETES TYPE I. _x000D_ AF QUESTIONS, I DENNE PROJEKT, Med et nyt fokus, vil vi uddybe i FUNDAMENTAL QUESTIONS OF BIOLOGY, økologi, DIVERSITY OG GENOMISKE POTENTIAL VIRUS DISCOUNCTED, OG HVORFOR OG IMPACT I GLOBAL biogeokemiske kredsløb og i homøostase af HUMAN BODY er endnu ikke defineret (Danish)
4 August 2022
0 references
VIRUSURILE SUNT CELE MAI ABUNDENTE ȘI DIVERSE ENTITĂȚI BIOLOGICE CARE MODELEAZĂ FIECARE ORGANISM, INCLUSIV OMUL. ÎN CIUDA IMPORTANȚEI SALE, DATELE METAGENOMICOS INDICĂ FAPTUL CĂ CUNOAȘTEM DOAR 1 % DIN DIVERSITATEA GENOMICĂ VIRICĂ EXISTENTĂ, PĂRTININD CUNOȘTINȚELE NOASTRE DESPRE ROLUL BIOLOGIC AL VIRUSURILOR PREDOMINANTE ÎN NATURĂ. PÂNĂ ÎN PREZENT, CELE DOUĂ ABORDĂRI EXPERIMENTALE PRINCIPALE PENTRU RECUPERAREA INFORMAȚIILOR GENOMICE VIRICE S-AU BAZAT PE IZOLAREA SISTEMULUI GAZDĂ-GAZDĂ SAU PE SECVENȚIEREA MASIVĂ A TUTUROR GENELOR VIRICE EXTRASE DIRECT DINTR-O PROBĂ, I.E., METAGENOMICA. CU TOATE ACESTEA, VIRUSURILE RECUPERATE PRIN CULTIVARE, ÎNTR-O MARE MĂSURĂ, NU REPREZINTĂ NEAPĂRAT VIRUSURILE CU ADEVĂRAT ABUNDENTE ÎN COMUNITĂȚILE VIRICE ȘI, PE DE ALTĂ PARTE, INFORMAȚIILE RECUPERATE DE METAGENOMICA SUNT ÎN MARE MĂSURĂ FRAGMENTATE, CU DIFICULTATEA PE CARE O IMPLICĂ ACEST LUCRU ATUNCI CÂND VINE VORBA DE ASAMBLAREA GENOMURILOR COMPLETE, CEEA CE FACE DIFICILĂ ATRIBUIREA ȘI IDENTIFICAREA VIRUSURILOR RELEVANTE ÎN SISTEMELE BIOLOGICE. ASTFEL, ÎN ACEST PROIECT VOM APLICA O ABORDARE EXPERIMENTALĂ RADICAL INEDITĂ, INDEPENDENTĂ DE CULTIVARE ȘI CARE VA SALVA LIMITĂRILE METAGENOMICA, ÎN CARE PRIN TEHNICI MULTIDISCIPLINARE VOM RECUPERA INFORMAȚIILE GENETICE CONȚINUTE ÎNTR-O SINGURĂ PARTICULĂ VIRICĂ INDIVIDUALĂ FĂRĂ A FI NEVOIE SĂ CULTIVĂM. ÎN ACEST SCOP, FOLOSIND TEHNICI AVANSATE CITOMETRIA, VIRUSURILE VOPSITE FLUORESCENT VOR FI SEPARATE FIZIC UNUL CÂTE UNUL DE PROBA BIOLOGICĂ DATORITĂ UNUI NOU MODUL OPTIC SPECIAL CONCEPUT PENTRU A DETECTA ȘI A SEPARA MICROPARTICULAES DIN GAMA DE DIMENSIUNI A SUBMICROMETRELOR (20-1000 NM), CUM AR FI VIRUȘII. FIECARE PARTICULĂ VIRICĂ INDIVIDUALĂ SE DEPUNE ÎN MICROWELLURI INDEPENDENTE. DUPĂ ACEASTA, MICROSCOPIA FLUORESCENȚEI SUPER-REZOLUȚIE VA FI UTILIZATĂ PENTRU A EVALUA PREZENȚA UNUI SINGUR VIRUS ȘI PENTRU A STUDIA STRUCTURA ȘI MORFOMETRIA ACELUIAȘI VIRUS. APOI, MATERIALUL GENETIC OBȚINUT DINTR-UN SINGUR VIRUS (2 FG. ADN) VA FI AMPLIFICAT DE TEHNICA DE AMPLIFICARE A DEPLASĂRILOR MULTIPLE, ÎN CARE A FOST GENERAT SUFICIENT MATERIAL PENTRU A FI ULTERIOR ANALIZAT PRIN TEHNICI COMPLEMENTARE ȘI SECVENȚIAT ÎN CELE DIN URMĂ. ACEASTĂ ABORDARE SE NUMEȘTE VIRUS INDIVIDUAL GENEMIC? (GVI). INIȚIAL (OBJ. 1), VOM REALIZA DEZVOLTAREA ȘI OPTIMIZAREA UNOR ETAPE ALE METODEI GVI CU UN VIRUS CULTIVAT ȘI SECVENȚIAT ANTERIOR. ÎN OBIECTIVUL 2, VOM APLICA APROXIMAREA GVI ÎN COMBINAȚIE CU METAGENOMICA ȘI TEHNOLOGIA MICROARRAYELOR LA COMUNITĂȚILE VIRIC COMPLEXE, UNDE VOM SECVENȚIA GENOMURILE COMPLETE ALE VIRUSURILOR DE REFERINȚĂ NECULTIVATE CARE SUNT PREDOMINANTE ÎN ECOSISTEMELE SELECTATE (APĂ POTABILĂ DIN ORAȘUL ALICANTE, ZONA MĂRII MEDITERANE ȘI EȘANTIOANE DIN ADÂNCUL OCEANULUI; EXPEDIȚIA MALASPINA) ȘI ÎN MICROMEDIUL ORAL (MUCOSA/SALIVA) AL PERSOANELOR SĂNĂTOASE COMPARATIV CU PACIENȚII IMUNOSUPRIMAȚI DE VIRUSUL HIV. În cele din urmă, (OBJ. 3), mediane GVI TREATMENTE de identificare ȘI secvențiere VIRUS POTENTENTly incluse în DIABETES Tipul I. _x000D_ BY QUESTIONS, ÎN PRIECTUL, CU un nou accent, vom aprofunda în CĂRII FUNDAMENTALE ale BIOLOGIE, ecologia, DIVERSITATEA ȘI GENOMICA VIRULUI POTENȚIAL DISCOUNCTATE ȘI DE CE PAPER ȘI IMPACT ÎN ciclurile biogeochimice GLOBALE și în homeostazia BODII UMANe nu au fost încă determinate (Romanian)
4 August 2022
0 references
VIRUS ÄR DE MEST RIKLIGA OCH OLIKA BIOLOGISKA ENTITETERNA SOM FORMAR VAR OCH EN AV ORGANISMERNA, INKLUSIVE MÄNNISKAN. TROTS DESS BETYDELSE TYDER METAGENOMICOS-DATA PÅ ATT VI BARA KÄNNER TILL 1 % AV DEN BEFINTLIGA VIRIC-GENOMISKA MÅNGFALDEN, VILKET FÖRRINGAR VÅR KUNSKAP OM DEN BIOLOGISKA ROLLEN HOS DE DOMINERANDE VIRUSEN I NATUREN. HITTILLS HAR DE TVÅ HUVUDSAKLIGA FÖRSÖKSMETODERNA FÖR ATT ÅTERVINNA VIRIC GENOMIC-INFORMATION BASERATS PÅ ISOLERINGEN AV VÄRD-VÄRDSYSTEMET, ELLER PÅ DEN MASSIVA SEKVENSERINGEN AV ALLA VIRIC-GENER SOM EXTRAHERATS DIREKT FRÅN ETT PROV, I.E., METAGENOMICA. DE VIRUS SOM ÅTERVUNNITS GENOM ODLING ÄR DOCK I STOR UTSTRÄCKNING INTE NÖDVÄNDIGTVIS DE VIRUS SOM VERKLIGEN FINNS I VIRIC-SAMHÄLLENA, OCH Å ANDRA SIDAN ÄR DEN INFORMATION SOM METAGENOMICA ÅTERVUNNIT I STOR UTSTRÄCKNING FRAGMENTERAD, MED DE SVÅRIGHETER SOM DETTA INNEBÄR NÄR DET GÄLLER ATT MONTERA KOMPLETTA GENOM, VILKET GÖR DET SVÅRT ATT TILLDELA OCH IDENTIFIERA RELEVANTA VIRUS I BIOLOGISKA SYSTEM. I DETTA PROJEKT KOMMER VI ATT TILLÄMPA EN RADIKALT NY EXPERIMENTELL METOD, OBEROENDE AV ODLINGEN OCH SOM KOMMER ATT RÄDDA METAGENOMICAS BEGRÄNSNINGAR, DÄR VI GENOM TVÄRVETENSKAPLIGA TEKNIKER KOMMER ATT ÅTERVINNA DEN GENETISKA INFORMATION SOM FINNS I EN ENSKILD VIRIC-PARTIKEL UTAN ATT BEHÖVA ODLA. FÖR DETTA ÄNDAMÅL, MED HJÄLP AV CITOMETRIA-TEKNIKER, KOMMER FLUORESCERANDE FÄRGADE VIRUS ATT FYSISKT SEPARERAS EN EFTER EN FRÅN DET BIOLOGISKA PROVET TACK VARE EN NY OPTIKMODUL SOM ÄR SÄRSKILT UTFORMAD FÖR ATT DETEKTERA OCH SEPARERA MICROPARTICULAES FRÅN STORLEKSINTERVALLET FÖR SUBMIKROMETRAR (20–1000 NM), T.EX. VIRUS. VARJE ENSKILD VIRIC-PARTIKEL SKA DEPONERAS I OBEROENDE MIKROBRUNNAR. EFTER DETTA, SUPERUPPLÖSNING FLUORESCENSMIKROSKOPI KOMMER ATT ANVÄNDAS FÖR ATT UTVÄRDERA FÖREKOMSTEN AV ETT ENDA VIRUS OCH FÖR ATT STUDERA STRUKTUREN OCH MORFOMETRI AV SAMMA. DÄREFTER, DET GENETISKA MATERIAL SOM ERHÅLLITS FRÅN ETT ENDA VIRUS (2 FG. DNA) KOMMER ATT FÖRSTÄRKAS GENOM MULTIPELFÖRSKJUTNINGSTEKNIKEN, DÄR TILLRÄCKLIGT MED MATERIAL GENERERADES FÖR ATT SENARE ANALYSERAS MED KOMPLETTERANDE TEKNIKER OCH SLUTLIGEN SEKVENSERAS. DETTA TILLVÄGAGÅNGSSÄTT KALLAS INDIVIDUELLT VIRUS GENEMIC? (GVI). INLEDNINGSVIS (OBJ. 1) KOMMER VI ATT UTVECKLA OCH OPTIMERA VISSA STEG I GVI-METODEN MED ETT ODLAT OCH TIDIGARE SEKVENSERAT VIRUS. I MÅL 2 KOMMER VI ATT TILLÄMPA APPROXIMATIONEN AV GVI I KOMBINATION MED METAGENOMICA OCH TEKNIKEN FÖR MIKROARRAYER PÅ KOMPLEXA VIRIC COMMUNITIES DÄR VI KOMMER ATT SEKVENSERA KOMPLETTA GENOMER AV OKULTIVERADE REFERENSVIRUS SOM DOMINERAR I DE UTVALDA EKOSYSTEMEN (DRICKSVATTEN I STADEN ALICANTE, MEDELHAVSOMRÅDET OCH PROVER FRÅN DET DJUPA HAVET; MALASPINA EXPEDITION) OCH I ORAL MIKROMILJÖ (MUCOSA/SALIVA) HOS FRISKA MÄNNISKOR JÄMFÖRT MED PATIENTER SOM IMMUNSUPPRIMERAS AV HIV-VIRUS. Slutligen, (OBJ. 3), mediant GVI TREATMENTS OF identificate and Sequencing VIRUS POTENTENTly implicliced IN DIABETES TYPE I.x000D_ Genom QUESTIONS, I DENNA PROJEKT, Med ett nytt fokus, kommer vi att fördjupa i FUNDAMENTAL QUESTIONS OF BIOLOGY, ekologi, DIVERSITY OCH GENOMIC OF POTENTIAL VIRUS DISCOUNCTED, OCH MED PAPER OCH IMPACT I GLOBAL biogeokemiska cykler och i homeostasen av den HUMAN BODY är ännu inte fastställd (Swedish)
4 August 2022
0 references
Alicante/Alacant
0 references
20 December 2023
0 references
Identifiers
CGL2013-40564-R
0 references