ANALYSIS OF THE ROLE OF EPIGENETIC MARKS AND GENOMIC VARIABILITY IN THE REGULATION OF TRANSCRIPTION IN TISSUES OF PRODUCTIVE INTEREST IN DAIRY SHEEP (Q3188047)
Jump to navigation
Jump to search
Project Q3188047 in Spain
| Language | Label | Description | Also known as |
|---|---|---|---|
| English | ANALYSIS OF THE ROLE OF EPIGENETIC MARKS AND GENOMIC VARIABILITY IN THE REGULATION OF TRANSCRIPTION IN TISSUES OF PRODUCTIVE INTEREST IN DAIRY SHEEP |
Project Q3188047 in Spain |
Statements
131,769.0 Euro
0 references
242,000.0 Euro
0 references
54.45 percent
0 references
1 January 2019
0 references
30 September 2022
0 references
UNIVERSIDAD DE LEON
0 references
24007
0 references
LOS MECANISMOS EPIGENETICOS REGULAN LA EXPRESION GENICA INDEPENDIENTEMENTE DE LA SECUENCIA DE ADN SUBYACENTE. EL PRESENTE PROYECTO SE PROPONE DENTRO DE LA LINEA DE INVESTIGACION PRINCIPAL DE NUESTRO GRUPO DE INVESTIGACION, LA GENETICA DEL GANADO OVINO LECHERO. EN EL PROYECTO SE PROPONE AVANZAR EN EL CONOCIMIENTO DE LA BASE GENETICA DE LOS CARACTERES COMPLEJOS DE INTERES PRODUCTIVO EN EL GANADO OVINO LECHERO CONSIDERANDO EL CRECIENTE RECONOCIMIENTO QUE ESTA TENIENDO EN LOS ULTIMOS AÑOS LA EPIGENETICA COMO FUENTE DE VARIACION FENOTIPICA. EL OBJETIVO GLOBAL DEL PROYECTO PROPUESTO ES ANALIZAR EL PAPEL DE LAS MARCAS EPIGENETICAS Y LAS VARIANTES GENOMICAS EN EL CONTROL DEL PERFIL TRANSCRIPCIONAL DE DIFERENTES TEJIDOS CON POTENCIAL PRODUCTIVO EN OVEJAS LECHERAS. PARA ELLO, UTILIZAREMOS OVEJAS SOMETIDAS A UNA RESTRICCION DE ALIMENTACION SEVERA (NC) EN LA ETAPA PREPUBERAL (3-5 MESES DE EDAD) Y ESTUDIAREMOS COMO ESTA RESTRICCION NUTRICIONAL PUEDE INFLUIR SOBRE LA RESPUESTA DE ESTOS ANIMALES FRENTE A UN RETO INFLAMATORIO LOCAL DE LA GLANDULA MAMARIA. TAMBIEN PROPONEMOS ANALIZAR LA EXISTENCIA DE UN POSIBLE EFECTO TRANSGENERACIONAL AL ANALIZAR COMO LA RESTRICCION ALIMENTICIA DE LA MADRE PUEDE INFLUIR EN EL ENGRASAMIENTO DE LOS CORDEROS DE DICHAS OVEJAS. PARA ALCANZAR EL OBJETIVO GLOBAL, PROPONEMOS TRES OBJETIVOS ESPECIFICOS. EN EL PRIMERO, ANALIZAREMOS EL EFECTO DEL CRECIMIENTO DIFERENCIAL DE LA GLANDULA MAMARIA Y DE LA VARIABILIDAD GENOMICA SOBRE EL CONTROL TRANSCRIPCIONAL DE LA GLANDULA MAMARIA Y DE LAS CELULAS SANGUINEAS (INCLUYENDO LA METILACION DE CITOSINAS MEDIANTE LA SECUENCIACION DEL GENOMA COMPLETO USANDO BISULFITO, LA IDENTIFICACION DE LNCRNA Y EL ANALISIS TRANSCRIPTOMICO GLOBAL MEDIANTE EL USO DE RNA-SEQ) EN ANIMALES SUJETOS A UN DESAFIO INFLAMATORIO DE LA GLANDULA MAMARIA FRENTE A UN GRUPO CONTROL. EN EL SEGUNDO OBJETIVO SE ANALIZARA EL IMPACTO POTENCIAL DE UN RETO NUTRICIONAL MATERNO Y DE LA VARIABILIDAD GENOMICA SOBRE EL CONTROL TRANSCRIPCIONAL (METILACION DE CITOSINA, LNCRNA Y ANALISIS TRANSCRIPTOMICO COMPLETO UTILIZANDO RNA-SEQ) EN EL TEJIDO ADIPOSO PERIRRENAL EN CORDEROS LECHALES HIJOS DE LAS OVEJAS SOMETIDAS AL NC FRENTE A LAS CONTROL. EN EL TERCER OBJETIVO, LAS MUTACIONES QUE SE LOCALIZAN EN REGIONES GENOMICAS SUPERPUESTAS CON LAS MARCAS EPIGENETICAS IDENTIFICADAS COMO DIFERENCIALES ENTRE LOS DOS GRUPOS DE OVEJAS ESTUDIADOS (CONTROL Y NC) SE INCLUIRAN EN UNA PLATAFORMA DE GENOTIPADO QUE SE VALIDARA EN UNA POBLACION COMERCIAL DE ASSAF CON VALORACION GENETICA PARA EL FENOTIPO DE RECUENTO DE CELULAS SOMATICAS EN LECHE. LAS MUTACIONES QUE MUESTREN ASOCIACIONES SIGNIFICATIVAS CON ESTE CARACTER INDICADOR DE RESISTENCIA A LA MASTITIS SE CONSIDERARAN COMO CANDIDATAS A SER UTILIZADAS EN LOS SISTEMAS DE GENOTIPADO USADOS EN LOS PROGRAMAS DE SELECCION GENOMICA EN GANADO OVINO. ESTE PROYECTO PROPORCIONARA UN MAPA INICIAL DE LAS MARCAS EPIGENETICAS EN EL GENOMA OVINO QUE AYUDARA A ENTENDER COMO LOS MECANISMOS EPIGENETICOS INFLUYEN EN LOS FENOTIPOS DE INTERES. ADEMAS DE GENERAR CONOCIMIENTO BASICO, EL PROYECTO CONSTITUIRA UN PASO INICIAL HACIA LA GENERACION DE INFORMACION PRACTICA PARA COMPRENDER MEJOR LA INTERACCION DE GXE PARA AUMENTAR LA PRODUCTIVIDAD, LA SOSTENIBILIDAD Y LA RESILENCIA DE LAS OVEJAS LECHERAS. LA INTEGRACION DE TODA ESTA INFORMACION, GENERADA A TRAVES DE LAS TECNICAS GENOMICAS MAS MODERNAS, AYUDARA A AUMENTAR NUESTRA COMPRENSION SOBRE EL CONTROL GENETICO DE CARACTERES COMPLEJOS EN ESPECIES GANADERAS. (Spanish)
0 references
EPIGENETIC MECHANISMS REGULATE GENE EXPRESSION INDEPENDENTLY OF THE UNDERLYING DNA SEQUENCE, RELYING INSTEAD ON THE CHEMICAL MODIFICATION OF DNA AND HISTONE PROTEINS. THE PRESENT PROJECT IS PROPOSED WITHIN THE MAIN RESEARCH LINE OF OUR RESEARCH GROUP, GENETICS OF DAIRY SHEEP, AND AS A STEP FORWARD TO ADVANCE IN THE KNOWLEDGE OF THE GENETIC ARCHITECTURE OF COMPLEX TRAITS OF INTEREST IN DAIRY SHEEP CONSIDERING THAT THE RECOGNITION OF THE CONTRIBUTION OF EPIGENETICS TO PHENOTYPIC VARIATION IS INCREASING IN RECENT YEARS. THE GLOBAL OBJECTIVE OF THE PROPOSED PROJECT IS TO ANALYZE THE ROLE OF EPIGENETIC MARKS AND GENOMIC VARIANTS IN THE CONTROL OF THE TRANSCRIPTIONAL PROFILE OF DIFFERENT TISSUES WITH A PRODUCTIVE POTENTIAL IN DAIRY SHEEP. FOR THAT, WE WILL USE YOUNG FEMALE PREPUBERAL LAMBS, PREVIOUSLY SUBJECTED TO A SEVERE FEED RESTRICTION NUTRITIONAL CHALLENGE (NC) AT 3-5 MONTHS OF AGE, AND WILL STUDY HOW THIS NUTRITIONAL RESTRICTION MAY INFLUENCE IMMUNE RESPONSE AGAINST AN INFLAMMATORY CHALLENGE IN THE MAMMARY GLAND AND, ALSO, IF IT MAY HAVE A PUTATIVE TRANSGENERATIONAL EFFECT, FOR EXAMPLE INFLUENCING FATNESS TRAITS IN THEIR OFFSPRING. TO ACHIEVE THE GLOBAL AIM, WE PROPOSE THREE SPECIFIC OBJECTIVES. IN THE FIRST, WE WILL ANALYSE THE EFFECT OF THE DIFFERENTIAL GROWTH OF THE MAMMARY GLAND AND OF THE GENOMIC VARIABILITY OVER THE TRANSCRIPTIONAL CONTROL OF THE MAMMARY GLAND AND BLOOD CELLS (INCLUDING CYTOSINE METHYLATION USING WHOLE GENOME BISULFITE SEQUENCING, LNCRNA AND GLOBAL TRANSCRIPTOMIC ANALYSIS USING RNA-SEQ) IN ANIMALS SUBJECTED TO AN INFLAMMATORY CHALLENGE VERSUS A CONTROL GROUP. IN THE SECOND OBJECTIVE THE POTENTIAL IMPACT OF A MATERNAL NUTRITIONAL CHALLENGE AND OF THE GENOMIC VARIABILITY ON THE TRANSCRIPTIONAL CONTROL (CYTOSINE METHYLATION, LNCRNA AND WHOLE TRANSCRIPTOMIC ANALYSIS USING RNA-SEQ) OF THE PERIRENAL ADIPOSE TISSUE IN SUCKLING LAMBS WILL BE ANALYZED. IN THE THIRD OBJECTIVE THE MUTATIONS OVERLAPPING WITH THE DIFFERENTIAL EPIGENETIC MARKS IDENTIFIED IN THE INFLAMMATORY CHALLENGE BETWEEN THE TWO STUDIED GROUPS OF EWES (CONTROL AND NC) WILL BE INCLUDED IN A GENOTYPING PLATFORM TO BE VALIDATED IN A COMMERCIAL POPULATION OF ASSAF EWES WITH AVAILABLE BREEDING VALUES FOR THE SOMATIC CELL SCORE PHENOTYPE. THE MUTATIONS SHOWING SIGNIFICANT ASSOCIATIONS WITH THIS INDICATOR TRAIT OF MASTITIS RESISTANCE WILL BE CONSIDERED TO BE EXPLOITED IN BREEDING PROGRAMMES THROUGH A GS APPROACH. GLOBALLY, THIS PROJECT WILL PROVIDE AN INITIAL MAP OF EPIGENETIC MARKS IN THE SHEEP GENOME THAT WOULD EXPLAIN HOW EPIGENETIC MECHANISMS INFLUENCE PHENOTYPES. IN ADDITION TO GENERATE BASIC KNOWLEDGE, THE PROJECT WILL BE AN INITIAL STEP TOWARDS THE GENERATION OF PRACTICAL INFORMATION TO BETTER UNDERSTAND THE GXE INTERACTION TO INCREASE THE PRODUCTIVITY, SUSTAINABILITY AND RESILENCE OF DAIRY SHEEP. THE INTEGRATION OF ALL THIS INFORMATION, GENERATED THROUGH THE MOST MODEN GENOMIC TECHNIQUES, WILL HELP TO INCREASE OUR UNDERSTANDING OF THE GENETIC CONTROL OF COMPLEX TRAITS IN LIVESTOCK SPECIES. (English)
0.3021289554918587
0 references
LES MÉCANISMES ÉPIGÉNÉTIQUES RÉGULENT L’EXPRESSION GÉNIQUE INDÉPENDAMMENT DE LA SÉQUENCE D’ADN SOUS-JACENTE. CE PROJET EST PROPOSÉ DANS LA LIGNE DE RECHERCHE PRINCIPALE DE NOTRE GROUPE DE RECHERCHE, LA GÉNÉTIQUE DES MOUTONS LAITIERS. LE PROJET VISE À FAIRE PROGRESSER LA CONNAISSANCE DE LA BASE GÉNÉTIQUE DES CARACTÉRISTIQUES COMPLEXES DE L’INTÉRÊT PRODUCTIF CHEZ LES MOUTONS LAITIERS, COMPTE TENU DE LA RECONNAISSANCE CROISSANTE DE L’ÉPIGÉNÉTIQUE COMME SOURCE DE VARIATION PHÉNOTYPIQUE DEPUIS QUELQUES ANNÉES. L’OBJECTIF GÉNÉRAL DU PROJET PROPOSÉ EST D’ANALYSER LE RÔLE DES MARQUES ÉPIGÉNÉTIQUES ET DES VARIANTES GÉNOMIQUES DANS LE CONTRÔLE DU PROFIL TRANSCRIPTIONNEL DE DIFFÉRENTS TISSUS À POTENTIEL PRODUCTIF CHEZ LES MOUTONS LAITIERS. POUR CE FAIRE, NOUS UTILISERONS DES MOUTONS SOUMIS À DES RESTRICTIONS ALIMENTAIRES SÉVÈRES (CN) AU STADE PRÉPUBERAL (3-5 MOIS) ET NOUS ÉTUDIERONS COMMENT CETTE RESTRICTION NUTRITIONNELLE PEUT INFLUENCER LA RÉPONSE DE CES ANIMAUX À UN DÉFI INFLAMMATOIRE LOCAL DE LA GLANDE MAMMAIRE. NOUS PROPOSONS ÉGALEMENT D’ANALYSER L’EXISTENCE D’UN ÉVENTUEL EFFET TRANSGÉNÉRATIONNEL LORS DE L’ANALYSE DE LA FAÇON DONT LA RESTRICTION ALIMENTAIRE DE LA MÈRE PEUT INFLUENCER L’ENGRAISSEMENT DES AGNEAUX DE CES MOUTONS. AFIN D’ATTEINDRE L’OBJECTIF GLOBAL, NOUS PROPOSONS TROIS OBJECTIFS SPÉCIFIQUES. DANS LE PREMIER, NOUS ALLONS ANALYSER L’EFFET DE LA CROISSANCE DIFFÉRENTIELLE DE LA GLANDE MAMMAIRE ET DE LA VARIABILITÉ GÉNOMIQUE SUR LE CONTRÔLE TRANSCRIPTIONNEL DE LA GLANDE MAMMAIRE ET DES CELLULES SANGUINES (Y COMPRIS LA METILACION DE CYTOSINS EN SÉQUENÇANT LE GÉNOME COMPLET À L’AIDE DE BISSULFITE, L’IDENTIFICATION DE L’ARNNC ET L’ANALYSE TRANSCRIPTOMIQUE GLOBALE PAR L’UTILISATION D’ARN-SEQ) CHEZ LES ANIMAUX SOUMIS À UN DÉFI INFLAMMATOIRE DE LA GLANDE MAMMAIRE CONTRE UN GROUPE TÉMOIN. LE DEUXIÈME OBJECTIF ANALYSERA L’IMPACT POTENTIEL D’UN DÉFI NUTRITIONNEL MATERNEL ET DE LA VARIABILITÉ GÉNOMIQUE SUR LE CONTRÔLE TRANSCRIPTIONNEL (CYTOSINE METILACION, LNCRNA ET ANALYSE TRANSCRIPTOMIQUE COMPLÈTE À L’AIDE DE L’ARN-SEQ) SUR LE TISSU ADIPEUX PÉRINÉNAL CHEZ LES FILS D’AGNEAUX DU LAIT DES MOUTONS SOUMIS À LA NC PAR RAPPORT AU CONTRÔLE. DANS LE TROISIÈME OBJECTIF, LES MUTATIONS SITUÉES DANS DES RÉGIONS GÉNOMIQUES QUI SE CHEVAUCHENT AVEC DES MARQUES ÉPIGÉNÉTIQUES IDENTIFIÉES COMME DES DIFFÉRENCES ENTRE LES DEUX GROUPES DE MOUTONS ÉTUDIÉS (TÉMOINS ET NC) SERONT INCLUSES DANS UNE PLATEFORME DE GÉNOTYPAGE QUI SERA VALIDÉE DANS UNE POPULATION COMMERCIALE D’ASSAF AVEC UNE VALEUR GÉNÉTIQUE POUR LE PHÉNOTYPE DE LA NUMÉRATION DES CELLULES SOMATIQUES DANS LE LAIT. LES MUTATIONS MONTRANT UNE ASSOCIATION SIGNIFICATIVE AVEC CE CARACTÈRE INDICATEUR DE RÉSISTANCE À LA MAMMITE SERONT CONSIDÉRÉES COMME CANDIDATES À L’UTILISATION DANS LES SYSTÈMES DE GÉNOTYPAGE UTILISÉS DANS LES PROGRAMMES DE SÉLECTION GÉNOMIQUE CHEZ LES MOUTONS. CE PROJET FOURNIRA UNE PREMIÈRE CARTE DES MARQUES ÉPIGÉNÉTIQUES DANS LE GÉNOME DES MOUTONS QUI AIDERA À COMPRENDRE COMMENT LES MÉCANISMES ÉPIGÉNÉTIQUES INFLUENCENT LES PHÉNOTYPES D’INTÉRÊT. EN PLUS DE GÉNÉRER DES CONNAISSANCES DE BASE, LE PROJET CONSTITUERA UNE PREMIÈRE ÉTAPE VERS LA PRODUCTION D’INFORMATIONS PRATIQUES AFIN DE MIEUX COMPRENDRE L’INTERACTION DE GXE AFIN D’ACCROÎTRE LA PRODUCTIVITÉ, LA DURABILITÉ ET LA RÉSILIENCE DES MOUTONS LAITIERS. L’INTÉGRATION DE TOUTES CES INFORMATIONS, GÉNÉRÉES PAR LES TECHNIQUES GÉNOMIQUES LES PLUS MODERNES, AIDERA À MIEUX COMPRENDRE LE CONTRÔLE GÉNÉTIQUE DES CARACTÈRES COMPLEXES CHEZ LES ESPÈCES D’ANIMAUX D’ÉLEVAGE. (French)
4 December 2021
0 references
EPIGENETISCHE MECHANISMEN REGULIEREN DIE GENEXPRESSION UNABHÄNGIG VON DER ZUGRUNDE LIEGENDEN DNA-SEQUENZ. DIESES PROJEKT WIRD IN DER HAUPTFORSCHUNGSLINIE UNSERER FORSCHUNGSGRUPPE, DER GENETIK VON MILCHSCHAFEN, VORGESCHLAGEN. DAS PROJEKT ZIELT DARAUF AB, DAS WISSEN ÜBER DIE GENETISCHE BASIS KOMPLEXER MERKMALE VON PRODUKTIVEM INTERESSE AN MILCHSCHAFEN ZU FÖRDERN, DA DIE EPIGENETIK ALS QUELLE DER PHÄNOTYPISCHEN VARIATION IN DEN LETZTEN JAHREN ZUNEHMEND ANERKANNT WURDE. ÜBERGEORDNETES ZIEL DES VORGESCHLAGENEN PROJEKTS IST ES, DIE ROLLE EPIGENETISCHER MARKEN UND GENOMISCHER VARIANTEN BEI DER KONTROLLE DES TRANSKRIPTIONSPROFILS VERSCHIEDENER GEWEBE MIT PRODUKTIVEM POTENZIAL BEI MILCHSCHAFEN ZU ANALYSIEREN. UM DIES ZU TUN, WERDEN WIR SCHAFE VERWENDEN, DIE EINER STARKEN FÜTTERUNGSBESCHRÄNKUNG (KN) IM VORPUBERALSTADIUM (3-5 MONATE) UNTERLIEGEN, UND WIR WERDEN UNTERSUCHEN, WIE DIESE ERNÄHRUNGSBESCHRÄNKUNG DIE REAKTION DIESER TIERE AUF EINE LOKALE ENTZÜNDLICHE HERAUSFORDERUNG DER BRUSTDRÜSE BEEINFLUSSEN KANN. WIR SCHLAGEN AUCH VOR, DIE EXISTENZ EINES MÖGLICHEN TRANSGENERATIONALEN EFFEKTS ZU ANALYSIEREN, WENN ANALYSIERT WIRD, WIE DIE LEBENSMITTELEINSCHRÄNKUNG DER MUTTER DIE FETTUNG DER LÄMMER DIESER SCHAFE BEEINFLUSSEN KANN. UM DAS GESAMTZIEL ZU ERREICHEN, SCHLAGEN WIR DREI SPEZIFISCHE ZIELE VOR. IM ERSTEN WERDEN WIR DIE WIRKUNG DES DIFFERENTIALWACHSTUMS DER BRUSTDRÜSE UND DER GENOMISCHEN VARIABILITÄT AUF DIE TRANSKRIPTIONSKONTROLLE DER BRUSTDRÜSE UND DER BLUTKÖRPERCHEN (EINSCHLIESSLICH DER METILACION VON CYTOSINS) DURCH SEQUENZIERUNG DES VOLLSTÄNDIGEN GENOMS MIT BISULPHIT, DIE IDENTIFIZIERUNG VON LNCRNA UND DIE GLOBALE TRANSKRIPTOMISCHE ANALYSE DURCH DEN EINSATZ VON RNA-SEQ BEI TIEREN ANALYSIEREN, DIE EINER ENTZÜNDLICHEN HERAUSFORDERUNG DER BRUSTDRÜSE GEGEN EINE KONTROLLGRUPPE UNTERLIEGEN. DAS ZWEITE ZIEL WIRD DIE MÖGLICHEN AUSWIRKUNGEN EINER MÜTTERLICHEN ERNÄHRUNGSPROBLEMATIK UND DER GENOMISCHEN VARIABILITÄT AUF DIE TRANSKRIPTIONSKONTROLLE (CYTOSIN METILACION, LNCRNA UND VOLLSTÄNDIGE TRANSKRIPTOMIKANALYSE MIT RNA-SEQ) AUF PERIRENALES FETTGEWEBE IN MILCHLÄMMERN SÖHNEN VON SCHAFEN, DIE NC GEGEN KONTROLLE AUSGESETZT SIND, ANALYSIEREN. IM DRITTEN ZIEL WERDEN MUTATIONEN, DIE SICH IN GENOMISCHEN REGIONEN BEFINDEN, DIE SICH MIT EPIGENETISCHEN MERKMALEN ÜBERSCHNEIDEN, DIE ALS DIFFERENZEN ZWISCHEN DEN BEIDEN UNTERSUCHTEN GRUPPEN VON SCHAFEN (KONTROLLE UND NC) IDENTIFIZIERT WURDEN, IN EINE GENOTYPISIERUNGSPLATTFORM AUFGENOMMEN, DIE IN EINER KOMMERZIELLEN POPULATION VON ASSAF MIT GENETISCHEM WERT FÜR DEN PHÄNOTYP DER SOMATISCHEN ZELLZAHL IN MILCH VALIDIERT WIRD. MUTATIONEN, DIE SIGNIFIKANTE ASSOZIATIONEN MIT DIESEM MASTITIS-WIDERSTANDSINDIKATORCHARAKTER AUFWEISEN, GELTEN ALS KANDIDATEN FÜR DIE VERWENDUNG IN GENOTYPING-SYSTEMEN, DIE IN GENOMISCHEN SELEKTIONSPROGRAMMEN BEI SCHAFEN VERWENDET WERDEN. DIESES PROJEKT WIRD EINE ERSTE KARTE EPIGENETISCHER MARKIERUNGEN IM SCHAFGENOM LIEFERN, DIE HELFEN WIRD, ZU VERSTEHEN, WIE EPIGENETISCHE MECHANISMEN PHÄNOTYPEN VON INTERESSE BEEINFLUSSEN. NEBEN DER GEWINNUNG VON GRUNDWISSEN WIRD DAS PROJEKT EIN ERSTER SCHRITT ZUR BEREITSTELLUNG PRAKTISCHER INFORMATIONEN SEIN, UM DIE INTERAKTION VON GXE BESSER ZU VERSTEHEN, UM PRODUKTIVITÄT, NACHHALTIGKEIT UND WIDERSTANDSFÄHIGKEIT VON MILCHSCHAFEN ZU ERHÖHEN. DIE INTEGRATION ALL DIESER INFORMATIONEN, DIE DURCH MODERNSTE GENOMISCHE TECHNIKEN GENERIERT WERDEN, WIRD DAZU BEITRAGEN, UNSER VERSTÄNDNIS FÜR DIE GENETISCHE KONTROLLE KOMPLEXER CHARAKTERE IN TIERARTEN ZU VERBESSERN. (German)
9 December 2021
0 references
EPIGENETISCHE MECHANISMEN REGULEREN GENIC EXPRESSIE ONAFHANKELIJK VAN DE ONDERLIGGENDE DNA-SEQUENTIE. DIT PROJECT WORDT VOORGESTELD BINNEN DE BELANGRIJKSTE ONDERZOEKSLIJN VAN ONZE ONDERZOEKSGROEP, DE GENETISCHE VAN MELKSCHAPEN. HET PROJECT IS GERICHT OP HET BEVORDEREN VAN DE KENNIS VAN DE GENETISCHE BASIS VAN COMPLEXE KENMERKEN VAN PRODUCTIEVE INTERESSE IN MELKSCHAPEN, REKENING HOUDEND MET DE GROEIENDE ERKENNING DAT EPIGENETICA ALS BRON VAN FENOTYPISCHE VARIATIE IN DE AFGELOPEN JAREN HEEFT PLAATSGEVONDEN. DE ALGEMENE DOELSTELLING VAN HET VOORGESTELDE PROJECT IS HET ANALYSEREN VAN DE ROL VAN EPIGENETISCHE MERKTEKENS EN GENOMISCHE VARIANTEN BIJ HET CONTROLEREN VAN HET TRANSCRIPTIONELE PROFIEL VAN VERSCHILLENDE WEEFSELS MET PRODUCTIEPOTENTIEEL BIJ MELKSCHAPEN. OM DIT TE DOEN, ZULLEN WE SCHAPEN GEBRUIKEN DIE ONDERWORPEN ZIJN AAN STRENGE VOEDINGSBEPERKINGEN (CN) IN DE PREPUBERALE FASE (3-5 MAANDEN OUD) EN WE ZULLEN ONDERZOEKEN HOE DEZE VOEDINGSBEPERKING DE REACTIE VAN DEZE DIEREN OP EEN LOKALE INFLAMMATOIRE UITDAGING VAN DE BORSTKLIER KAN BEÏNVLOEDEN. WE STELLEN OOK VOOR OM HET BESTAAN VAN EEN MOGELIJK TRANSGENERATIONEEL EFFECT TE ANALYSEREN BIJ HET ANALYSEREN VAN HOE DE VOEDSELBEPERKING VAN DE MOEDER HET VETWEEFSEL VAN DE LAMMEREN VAN DEZE SCHAPEN KAN BEÏNVLOEDEN. OM DE ALGEMENE DOELSTELLING TE BEREIKEN, STELLEN WIJ DRIE SPECIFIEKE DOELSTELLINGEN VOOR. IN DE EERSTE ZULLEN WE HET EFFECT VAN DIFFERENTIËLE GROEI VAN DE BORSTKLIER EN VAN DE GENOMIC VARIABILITEIT OP TRANSCRIPTIONELE CONTROLE VAN DE BORSTKLIER EN BLOEDCELLEN (MET INBEGRIP VAN DE METILACIE VAN CYTOSINS) ANALYSEREN DOOR HET VOLLEDIGE GENOOM TE RANGSCHIKKEN MET BISULFIET, DE IDENTIFICATIE VAN LNCRNA EN DE GLOBALE TRANSCRIPTOMISCHE ANALYSE DOOR HET GEBRUIK VAN RNA-SEQ) BIJ DIEREN DIE ONDERWORPEN ZIJN AAN EEN INFLAMMATOIRE UITDAGING VAN DE BORSTKLIER TEGEN EEN CONTROLEGROEP. DE TWEEDE DOELSTELLING ZAL DE POTENTIËLE IMPACT ANALYSEREN VAN EEN MATERNALE VOEDINGSUITDAGING EN VAN DE GENOMIC VARIABILITEIT OP TRANSCRIPTIONELE CONTROLE (CYTOSINE METILACION, LNCRNA EN VOLLEDIGE TRANSCRIPTOMISCHE ANALYSE MET BEHULP VAN RNA-SEQ) OP PERIRENAL VETWEEFSEL IN MELKLAMMEREN ZONEN VAN DE SCHAPEN ONDERWORPEN AAN NC VERSUS CONTROLE. IN DE DERDE DOELSTELLING ZULLEN MUTATIES DIE ZICH BEVINDEN IN GENOMISCHE REGIO’S DIE OVERLAPPEN MET EPIGENETISCHE MERKTEKENS DIE WORDEN GEÏDENTIFICEERD ALS VERSCHILLEN TUSSEN DE TWEE BESTUDEERDE GROEPEN SCHAPEN (CONTROLE EN NC) WORDEN OPGENOMEN IN EEN GENOTYPERINGSPLATFORM DAT ZAL WORDEN GEVALIDEERD IN EEN COMMERCIËLE POPULATIE VAN ASSAF MET GENETISCHE WAARDE VOOR HET FENOTYPE VAN SOMATISCHE CELTELLING IN MELK. MUTATIES DIE SIGNIFICANTE ASSOCIATIE MET DIT INDICATORKARAKTER VAN DE MASTITISWEERSTAND TONEN ZULLEN WORDEN BESCHOUWD ALS KANDIDATEN VOOR GEBRUIK IN GENOTYPERINGSYSTEMEN DIE IN GENOMISCHE SELECTIEPROGRAMMA’S BIJ SCHAPEN WORDEN GEBRUIKT. DIT PROJECT ZAL EEN EERSTE KAART VAN EPIGENETISCHE TEKENS IN HET SCHAPENGENOOM VERSTREKKEN DIE ZAL HELPEN BEGRIJPEN HOE EPIGENETISCHE MECHANISMEN FENOTYPES VAN BELANG BEÏNVLOEDEN. NAAST HET GENEREREN VAN BASISKENNIS ZAL HET PROJECT EEN EERSTE STAP ZIJN IN DE RICHTING VAN HET GENEREREN VAN PRAKTISCHE INFORMATIE OM DE INTERACTIE VAN GXE BETER TE BEGRIJPEN OM DE PRODUCTIVITEIT, DUURZAAMHEID EN VEERKRACHT VAN MELKSCHAPEN TE VERHOGEN. DE INTEGRATIE VAN AL DEZE INFORMATIE, GEGENEREERD DOOR DE MODERNSTE GENOMISCHE TECHNIEKEN, ZAL HELPEN OM ONS BEGRIP VAN GENETISCHE CONTROLE VAN COMPLEXE KARAKTERS IN VEESOORTEN TE VERGROTEN. (Dutch)
17 December 2021
0 references
I MECCANISMI EPIGENETICI REGOLANO L'ESPRESSIONE GENETICA INDIPENDENTEMENTE DALLA SEQUENZA DI DNA SOTTOSTANTE. QUESTO PROGETTO È PROPOSTO ALL'INTERNO DELLA PRINCIPALE LINEA DI RICERCA DEL NOSTRO GRUPPO DI RICERCA, LA GENETICA DELLE PECORE DA LATTE. IL PROGETTO MIRA A FAR PROGREDIRE LA CONOSCENZA DELLA BASE GENETICA DI CARATTERISTICHE COMPLESSE DI INTERESSE PRODUTTIVO PER LE PECORE DA LATTE CONSIDERANDO IL CRESCENTE RICONOSCIMENTO CHE L'EPIGENETICA COME FONTE DI VARIAZIONE FENOTIPICA HA AVUTO NEGLI ULTIMI ANNI. L'OBIETTIVO GENERALE DEL PROGETTO PROPOSTO È QUELLO DI ANALIZZARE IL RUOLO DEI MARCHI EPIGENETICI E DELLE VARIANTI GENOMICHE NEL CONTROLLO DEL PROFILO TRASCRIZIONALE DEI DIVERSI TESSUTI CON POTENZIALE PRODUTTIVO NELLE PECORE DA LATTE. PER FARE QUESTO, USEREMO PECORE SOGGETTE A SEVERE RESTRIZIONI ALIMENTARI (CN) NELLA FASE PREPUBERALE (3-5 MESI DI ETÀ) E STUDIEREMO COME QUESTA RESTRIZIONE NUTRIZIONALE PUÒ INFLUENZARE LA RISPOSTA DI QUESTI ANIMALI A UNA SFIDA INFIAMMATORIA LOCALE DELLA GHIANDOLA MAMMARIA. PROPONIAMO INOLTRE DI ANALIZZARE L'ESISTENZA DI UN POSSIBILE EFFETTO TRANSGENERAZIONALE NELL'ANALIZZARE COME LA RESTRIZIONE ALIMENTARE DELLA MADRE POSSA INFLUENZARE LO SBIADIMENTO DEGLI AGNELLI DI QUESTE PECORE. AL FINE DI RAGGIUNGERE L'OBIETTIVO GENERALE, PROPONIAMO TRE OBIETTIVI SPECIFICI. NEL PRIMO, ANALIZZEREMO L'EFFETTO DELLA CRESCITA DIFFERENZIALE DELLA GHIANDOLA MAMMARIA E DELLA VARIABILITÀ GENOMICA SUL CONTROLLO TRASCRIZIONALE DELLA GHIANDOLA MAMMARIA E DELLE CELLULE EMATICHE (COMPRESA LA METILACION DI CYTOSINS SEQUENZIANDO IL GENOMA COMPLETO UTILIZZANDO BISOLFITO, L'IDENTIFICAZIONE DEL LNCRNA E L'ANALISI TRASCRITTAMICA GLOBALE MEDIANTE L'USO DI RNA-SEQ) IN ANIMALI SOGGETTI A UNA SFIDA INFIAMMATORIA DELLA GHIANDOLA MAMMARIA CONTRO UN GRUPPO DI CONTROLLO. IL SECONDO OBIETTIVO ANALIZZERÀ IL POTENZIALE IMPATTO DI UNA SFIDA NUTRIZIONALE MATERNA E DELLA VARIABILITÀ GENOMICA SUL CONTROLLO TRASCRIZIONALE (CYTOSINE METILACION, LNCRNA E ANALISI TRASCRITTAMICA COMPLETA UTILIZZANDO RNA-SEQ) SUL TESSUTO ADIPOSO PERIRENALE NEI FIGLI DI AGNELLI DA LATTE DELLE PECORE SOTTOPOSTE A NC VS CONTROLLO. NEL TERZO OBIETTIVO, LE MUTAZIONI CHE SI TROVANO IN REGIONI GENOMICHE SOVRAPPOSTE A SEGNI EPIGENETICI IDENTIFICATI COME DIFFERENZIALI TRA I DUE GRUPPI DI OVINI STUDIATI (CONTROLLO E NC) SARANNO INCLUSE IN UNA PIATTAFORMA DI GENOTIPIZZAZIONE CHE SARÀ CONVALIDATA IN UNA POPOLAZIONE COMMERCIALE DI ASSAF CON VALORE GENETICO PER IL FENOTIPO DELLA CONTA CELLULARE SOMATICA NEL LATTE. MUTAZIONI CHE MOSTRANO ASSOCIAZIONE SIGNIFICATIVA CON QUESTO CARATTERE INDICATORE DI RESISTENZA ALLA MASTITE SARANNO CONSIDERATI CANDIDATI PER L'USO NEI SISTEMI DI GENOTIPIZZAZIONE UTILIZZATI NEI PROGRAMMI DI SELEZIONE GENOMICA NELLE PECORE. QUESTO PROGETTO FORNIRÀ UNA MAPPA INIZIALE DEI SEGNI EPIGENETICI NEL GENOMA OVINO CHE AIUTERÀ A CAPIRE COME I MECCANISMI EPIGENETICI INFLUENZANO I FENOTIPI DI INTERESSE. OLTRE A GENERARE CONOSCENZE DI BASE, IL PROGETTO RAPPRESENTERÀ UN PRIMO PASSO VERSO LA GENERAZIONE DI INFORMAZIONI PRATICHE PER COMPRENDERE MEGLIO L'INTERAZIONE DI GXE PER AUMENTARE LA PRODUTTIVITÀ, LA SOSTENIBILITÀ E LA RESILIENZA DELLE PECORE DA LATTE. L'INTEGRAZIONE DI TUTTE QUESTE INFORMAZIONI, GENERATE ATTRAVERSO LE PIÙ MODERNE TECNICHE GENOMICHE, CONTRIBUIRÀ AD AUMENTARE LA NOSTRA COMPRENSIONE DEL CONTROLLO GENETICO DEI CARATTERI COMPLESSI NELLE SPECIE ANIMALI. (Italian)
16 January 2022
0 references
ΟΙ ΕΠΙΓΕΝΕΤΙΚΟΊ ΜΗΧΑΝΙΣΜΟΊ ΡΥΘΜΊΖΟΥΝ ΤΗΝ ΈΚΦΡΑΣΗ ΤΩΝ ΓΟΝΙΔΊΩΝ ΑΝΕΞΆΡΤΗΤΑ ΑΠΌ ΤΗΝ ΥΠΟΚΕΊΜΕΝΗ ΑΛΛΗΛΟΥΧΊΑ DNA, ΒΑΣΙΖΌΜΕΝΟΙ ΣΤΗ ΧΗΜΙΚΉ ΤΡΟΠΟΠΟΊΗΣΗ ΤΟΥ DNA ΚΑΙ ΤΩΝ ΠΡΩΤΕΪΝΏΝ ΛΙΘΌΛΙΘΟΥ. ΤΟ ΠΑΡΌΝ ΈΡΓΟ ΠΡΟΤΕΊΝΕΤΑΙ ΜΈΣΑ ΣΤΗΝ ΚΎΡΙΑ ΕΡΕΥΝΗΤΙΚΉ ΓΡΑΜΜΉ ΤΗΣ ΕΡΕΥΝΗΤΙΚΉΣ ΟΜΆΔΑΣ ΜΑΣ, ΓΕΝΕΤΙΚΉ ΤΩΝ ΠΡΟΒΆΤΩΝ ΓΑΛΑΚΤΟΠΑΡΑΓΩΓΉΣ, ΚΑΙ ΩΣ ΈΝΑ ΒΉΜΑ ΠΡΟΣ ΤΑ ΕΜΠΡΌΣ ΓΙΑ ΤΗΝ ΠΡΌΟΔΟ ΣΤΗ ΓΝΏΣΗ ΤΗΣ ΓΕΝΕΤΙΚΉΣ ΑΡΧΙΤΕΚΤΟΝΙΚΉΣ ΤΩΝ ΣΎΝΘΕΤΩΝ ΧΑΡΑΚΤΗΡΙΣΤΙΚΏΝ ΠΟΥ ΕΝΔΙΑΦΈΡΟΥΝ ΤΑ ΠΡΌΒΑΤΑ ΓΑΛΑΚΤΟΠΑΡΑΓΩΓΉΣ ΛΑΜΒΆΝΟΝΤΑΣ ΥΠΌΨΗ ΌΤΙ Η ΑΝΑΓΝΏΡΙΣΗ ΤΗΣ ΣΥΜΒΟΛΉΣ ΤΗΣ ΕΠΙΓΕΝΕΤΙΚΉΣ ΣΤΗΝ ΦΑΙΝΟΤΥΠΙΚΉ ΔΙΑΚΎΜΑΝΣΗ ΑΥΞΆΝΕΤΑΙ ΤΑ ΤΕΛΕΥΤΑΊΑ ΧΡΌΝΙΑ. Ο ΓΕΝΙΚΌΣ ΣΤΌΧΟΣ ΤΟΥ ΠΡΟΤΕΙΝΌΜΕΝΟΥ ΈΡΓΟΥ ΕΊΝΑΙ Η ΑΝΆΛΥΣΗ ΤΟΥ ΡΌΛΟΥ ΤΩΝ ΕΠΙΓΕΝΕΤΙΚΏΝ ΣΗΜΕΊΩΝ ΚΑΙ ΤΩΝ ΓΟΝΙΔΙΩΜΑΤΙΚΏΝ ΠΑΡΑΛΛΑΓΏΝ ΣΤΟΝ ΈΛΕΓΧΟ ΤΟΥ ΜΕΤΑΓΡΑΦΙΚΟΎ ΠΡΟΦΊΛ ΤΩΝ ΔΙΑΦΌΡΩΝ ΙΣΤΏΝ ΜΕ ΠΑΡΑΓΩΓΙΚΌ ΔΥΝΑΜΙΚΌ ΣΤΑ ΠΡΌΒΑΤΑ ΓΑΛΑΚΤΟΠΑΡΑΓΩΓΉΣ. ΓΙ’ ΑΥΤΌ, ΘΑ ΧΡΗΣΙΜΟΠΟΙΉΣΟΥΜΕ ΝΕΑΡΆ ΘΗΛΥΚΆ ΠΡΟΕΦΗΒΙΚΆ ΑΡΝΙΆ, ΤΑ ΟΠΟΊΑ ΠΡΟΗΓΟΥΜΈΝΩΣ ΕΊΧΑΝ ΥΠΟΒΛΗΘΕΊ ΣΕ ΣΟΒΑΡΉ ΔΙΑΤΡΟΦΙΚΉ ΠΡΌΚΛΗΣΗ ΠΕΡΙΟΡΙΣΜΟΎ ΤΩΝ ΖΩΟΤΡΟΦΏΝ (NC) ΣΕ ΗΛΙΚΊΑ 3-5 ΜΗΝΏΝ, ΚΑΙ ΘΑ ΜΕΛΕΤΉΣΟΥΜΕ ΤΟΝ ΤΡΌΠΟ ΜΕ ΤΟΝ ΟΠΟΊΟ ΑΥΤΌΣ Ο ΔΙΑΤΡΟΦΙΚΌΣ ΠΕΡΙΟΡΙΣΜΌΣ ΜΠΟΡΕΊ ΝΑ ΕΠΗΡΕΆΣΕΙ ΤΗΝ ΑΝΟΣΟΛΟΓΙΚΉ ΑΠΌΚΡΙΣΗ ΈΝΑΝΤΙ ΦΛΕΓΜΟΝΏΔΟΥΣ ΠΡΌΚΛΗΣΗΣ ΣΤΟΝ ΜΑΣΤΙΚΌ ΑΔΈΝΑ ΚΑΙ, ΕΠΊΣΗΣ, ΕΆΝ ΜΠΟΡΕΊ ΝΑ ΈΧΕΙ ΥΠΟΘΕΤΙΚΉ ΔΙΑΓΕΝΕΑΚΉ ΕΠΊΔΡΑΣΗ, ΓΙΑ ΠΑΡΆΔΕΙΓΜΑ ΕΠΗΡΕΆΖΟΝΤΑΣ ΤΑ ΧΑΡΑΚΤΗΡΙΣΤΙΚΆ ΛΊΠΟΥΣ ΣΤΟΥΣ ΑΠΟΓΌΝΟΥΣ ΤΟΥΣ. ΓΙΑ ΤΗΝ ΕΠΊΤΕΥΞΗ ΤΟΥ ΣΥΝΟΛΙΚΟΎ ΣΤΌΧΟΥ, ΠΡΟΤΕΊΝΟΥΜΕ ΤΡΕΙΣ ΕΙΔΙΚΟΎΣ ΣΤΌΧΟΥΣ. ΣΤΟ ΠΡΏΤΟ, ΘΑ ΑΝΑΛΎΣΟΥΜΕ ΤΗΝ ΕΠΊΔΡΑΣΗ ΤΗΣ ΔΙΑΦΟΡΙΚΉΣ ΑΝΆΠΤΥΞΗΣ ΤΟΥ ΜΑΣΤΙΚΟΎ ΑΔΈΝΑ ΚΑΙ ΤΗΣ ΓΟΝΙΔΙΩΜΑΤΙΚΉΣ ΜΕΤΑΒΛΗΤΌΤΗΤΑΣ ΕΠΊ ΤΟΥ ΜΕΤΑΓΡΑΦΙΚΟΎ ΕΛΈΓΧΟΥ ΤΟΥ ΜΑΣΤΙΚΟΎ ΑΔΈΝΑ ΚΑΙ ΤΩΝ ΚΥΤΤΆΡΩΝ ΤΟΥ ΑΊΜΑΤΟΣ (ΣΥΜΠΕΡΙΛΑΜΒΑΝΟΜΈΝΗΣ ΤΗΣ ΜΕΘΥΛΊΩΣΗΣ ΤΗΣ ΚΥΤΤΑΡΟΣΊΝΗΣ ΜΕ ΤΗ ΧΡΉΣΗ ΤΗΣ ΑΛΛΗΛΟΥΧΊΑΣ ΟΛΌΚΛΗΡΟΥ ΤΟΥ ΓΟΝΙΔΙΏΜΑΤΟΣ, ΤΟΥ LNCRNA ΚΑΙ ΤΗΣ ΠΑΓΚΌΣΜΙΑΣ ΜΕΤΑΓΡΑΦΙΚΉΣ ΑΝΆΛΥΣΗΣ ΜΕ ΤΗ ΧΡΉΣΗ RNA-SEQ) ΣΕ ΖΏΑ ΠΟΥ ΥΠΟΒΆΛΛΟΝΤΑΙ ΣΕ ΦΛΕΓΜΟΝΏΔΗ ΠΡΌΚΛΗΣΗ ΈΝΑΝΤΙ ΜΙΑΣ ΟΜΆΔΑΣ ΕΛΈΓΧΟΥ. ΣΤΟ ΔΕΎΤΕΡΟ ΣΤΌΧΟ ΘΑ ΑΝΑΛΥΘΟΎΝ ΟΙ ΠΙΘΑΝΈΣ ΕΠΙΠΤΏΣΕΙΣ ΜΙΑΣ ΜΗΤΡΙΚΉΣ ΔΙΑΤΡΟΦΙΚΉΣ ΠΡΌΚΛΗΣΗΣ ΚΑΙ ΤΗΣ ΓΟΝΙΔΙΩΜΑΤΙΚΉΣ ΜΕΤΑΒΛΗΤΌΤΗΤΑΣ ΣΤΟΝ ΜΕΤΑΓΡΑΦΙΚΌ ΈΛΕΓΧΟ (ΜΕΘΥΛΊΩΣΗ ΤΗΣ ΚΥΤΤΑΡΊΝΗΣ, LNCRNA ΚΑΙ ΟΛΌΚΛΗΡΗ ΜΕΤΑΓΡΑΦΙΚΉ ΑΝΆΛΥΣΗ ΜΕ ΤΗ ΧΡΉΣΗ RNA-SEQ) ΤΟΥ ΠΕΡΙΝΕΦΡΙΚΟΎ ΛΙΠΏΔΟΥΣ ΙΣΤΟΎ ΣΤΑ ΘΗΛΆΖΟΝΤΑ ΑΡΝΙΆ. ΣΤΟΝ ΤΡΊΤΟ ΣΤΌΧΟ, ΟΙ ΜΕΤΑΛΛΆΞΕΙΣ ΠΟΥ ΕΠΙΚΑΛΎΠΤΟΝΤΑΙ ΜΕ ΤΑ ΔΙΑΦΟΡΙΚΆ ΕΠΙΓΕΝΕΤΙΚΆ ΣΉΜΑΤΑ ΠΟΥ ΠΡΟΣΔΙΟΡΊΖΟΝΤΑΙ ΣΤΗ ΦΛΕΓΜΟΝΏΔΗ ΠΡΌΚΛΗΣΗ ΜΕΤΑΞΎ ΤΩΝ ΔΎΟ ΟΜΆΔΩΝ ΠΡΟΒΑΤΊΝΩΝ ΠΟΥ ΜΕΛΕΤΉΘΗΚΑΝ (ΈΛΕΓΧΟΣ ΚΑΙ NC) ΘΑ ΣΥΜΠΕΡΙΛΗΦΘΟΎΝ ΣΕ ΜΙΑ ΠΛΑΤΦΌΡΜΑ ΓΟΝΟΤΥΠΙΚΉΣ ΑΝΆΛΥΣΗΣ ΠΟΥ ΘΑ ΕΠΙΚΥΡΩΘΕΊ ΣΕ ΕΜΠΟΡΙΚΌ ΠΛΗΘΥΣΜΌ ΠΡΟΒΑΤΊΝΩΝ ASSAF ΜΕ ΔΙΑΘΈΣΙΜΕΣ ΤΙΜΈΣ ΑΝΑΠΑΡΑΓΩΓΉΣ ΓΙΑ ΤΟΝ ΦΑΙΝΌΤΥΠΟ ΤΗΣ ΒΑΘΜΟΛΟΓΊΑΣ ΣΩΜΑΤΙΚΏΝ ΚΥΤΤΆΡΩΝ. ΟΙ ΜΕΤΑΛΛΆΞΕΙΣ ΠΟΥ ΠΑΡΟΥΣΙΆΖΟΥΝ ΣΗΜΑΝΤΙΚΈΣ ΣΥΣΧΕΤΊΣΕΙΣ ΜΕ ΑΥΤΌ ΤΟ ΧΑΡΑΚΤΗΡΙΣΤΙΚΌ ΔΕΊΚΤΗ ΑΝΤΟΧΉΣ ΣΤΗ ΜΑΣΤΊΤΙΔΑ ΘΑ ΘΕΩΡΕΊΤΑΙ ΌΤΙ ΑΠΟΤΕΛΟΎΝ ΑΝΤΙΚΕΊΜΕΝΟ ΕΚΜΕΤΆΛΛΕΥΣΗΣ ΣΤΑ ΠΡΟΓΡΆΜΜΑΤΑ ΑΝΑΠΑΡΑΓΩΓΉΣ ΜΈΣΩ ΜΙΑΣ ΠΡΟΣΈΓΓΙΣΗΣ GS. ΣΕ ΠΑΓΚΌΣΜΙΟ ΕΠΊΠΕΔΟ, ΤΟ ΈΡΓΟ ΑΥΤΌ ΘΑ ΠΑΡΆΣΧΕΙ ΈΝΑΝ ΑΡΧΙΚΌ ΧΆΡΤΗ ΕΠΙΓΕΝΕΤΙΚΏΝ ΣΗΜΕΊΩΝ ΣΤΟ ΓΟΝΙΔΊΩΜΑ ΤΩΝ ΠΡΟΒΆΤΩΝ ΠΟΥ ΘΑ ΕΞΗΓΟΎΣΕ ΤΟΝ ΤΡΌΠΟ ΜΕ ΤΟΝ ΟΠΟΊΟ ΟΙ ΕΠΙΓΕΝΕΤΙΚΟΊ ΜΗΧΑΝΙΣΜΟΊ ΕΠΗΡΕΆΖΟΥΝ ΤΟΥΣ ΦΑΙΝΌΤΥΠΟΥΣ. ΕΚΤΌΣ ΑΠΌ ΤΗΝ ΠΑΡΑΓΩΓΉ ΒΑΣΙΚΏΝ ΓΝΏΣΕΩΝ, ΤΟ ΈΡΓΟ ΘΑ ΑΠΟΤΕΛΈΣΕΙ ΈΝΑ ΠΡΏΤΟ ΒΉΜΑ ΠΡΟΣ ΤΗΝ ΠΑΡΑΓΩΓΉ ΠΡΑΚΤΙΚΏΝ ΠΛΗΡΟΦΟΡΙΏΝ ΓΙΑ ΤΗΝ ΚΑΛΎΤΕΡΗ ΚΑΤΑΝΌΗΣΗ ΤΗΣ ΑΛΛΗΛΕΠΊΔΡΑΣΗΣ GXE ΜΕ ΣΤΌΧΟ ΤΗΝ ΑΎΞΗΣΗ ΤΗΣ ΠΑΡΑΓΩΓΙΚΌΤΗΤΑΣ, ΤΗΣ ΒΙΩΣΙΜΌΤΗΤΑΣ ΚΑΙ ΤΗΣ ΑΝΘΕΚΤΙΚΌΤΗΤΑΣ ΤΩΝ ΠΡΟΒΆΤΩΝ ΓΑΛΑΚΤΟΠΑΡΑΓΩΓΉΣ. Η ΕΝΣΩΜΆΤΩΣΗ ΌΛΩΝ ΑΥΤΏΝ ΤΩΝ ΠΛΗΡΟΦΟΡΙΏΝ, ΠΟΥ ΠΑΡΆΓΟΝΤΑΙ ΜΈΣΩ ΤΩΝ ΠΛΈΟΝ ΓΟΝΙΔΙΩΜΑΤΙΚΏΝ ΤΕΧΝΙΚΏΝ MODEN, ΘΑ ΣΥΜΒΆΛΕΙ ΣΤΗΝ ΚΑΛΎΤΕΡΗ ΚΑΤΑΝΌΗΣΗ ΤΟΥ ΓΕΝΕΤΙΚΟΎ ΕΛΈΓΧΟΥ ΤΩΝ ΣΎΝΘΕΤΩΝ ΧΑΡΑΚΤΗΡΙΣΤΙΚΏΝ ΣΤΑ ΖΩΙΚΆ ΕΊΔΗ. (Greek)
18 August 2022
0 references
EPIGENETISKE MEKANISMER REGULERER GENEKSPRESSION UAFHÆNGIGT AF DEN UNDERLIGGENDE DNA-SEKVENS, I STEDET STOLE PÅ DEN KEMISKE MODIFIKATION AF DNA OG HISTONE PROTEINER. DETTE PROJEKT FORESLÅS INDEN FOR DEN VIGTIGSTE FORSKNINGSLINJE I VORES FORSKNINGSGRUPPE, GENETIK HOS MALKEFÅR, OG SOM ET SKRIDT FREMAD MOD AT FREMME KENDSKABET TIL DEN GENETISKE ARKITEKTUR AF KOMPLEKSE TRÆK AF INTERESSE FOR MALKEFÅR I BETRAGTNING AF, AT ANERKENDELSEN AF EPIGENETIKS BIDRAG TIL FÆNOTYPISK VARIATION ER STIGENDE I DE SENERE ÅR. DET OVERORDNEDE MÅL MED DET FORESLÅEDE PROJEKT ER AT ANALYSERE DEN ROLLE, SOM EPIGENETISKE MÆRKER OG GENOMVARIANTER SPILLER I KONTROLLEN AF DEN TRANSSKRIPTIONELLE PROFIL FOR FORSKELLIGE VÆV MED ET PRODUKTIONSPOTENTIALE HOS MALKEFÅR. TIL DETTE VIL VI BRUGE UNGE KVINDELIGE PRÆPUBERALE LAM, DER TIDLIGERE HAR VÆRET UDSAT FOR EN ALVORLIG FODERBEGRÆNSNING ERNÆRINGSMÆSSIG UDFORDRING (NC) I ALDEREN 3-5 MÅNEDER, OG VIL STUDERE, HVORDAN DENNE ERNÆRINGSMÆSSIGE BEGRÆNSNING KAN PÅVIRKE IMMUNRESPONSEN MOD EN INFLAMMATORISK UDFORDRING I MÆLKEKIRTLEN, OG OGSÅ, HVIS DET KAN HAVE EN FORELØBIG TRANSGENERATIONSEFFEKT, F.EKS. PÅVIRKER FEDTEGENSKABERNE HOS DERES AFKOM. FOR AT NÅ DET GLOBALE MÅL FORESLÅR VI TRE SPECIFIKKE MÅL. I DEN FØRSTE VIL VI ANALYSERE EFFEKTEN AF DIFFERENTIERET VÆKST I MÆLKEKIRTLEN OG AF DEN GENOMISKE VARIABILITET I FORHOLD TIL DEN TRANSKRIPTIVE KONTROL AF MÆLKEKIRTLEN OG BLODCELLERNE (HERUNDER CYTOSINMETHYLERING VED HJÆLP AF HEL GENOM BISULFIT SEKVENTERING, LNCRNA OG GLOBAL TRANSKRIPTOMIC ANALYSE VED HJÆLP AF RNA-SEQ) HOS DYR, DER UDSÆTTES FOR EN INFLAMMATORISK UDFORDRING VERSUS EN KONTROLGRUPPE. I DET ANDET MÅL ANALYSERES DEN POTENTIELLE VIRKNING AF EN MATERNAL ERNÆRINGSMÆSSIG UDFORDRING OG AF DEN GENOMISKE VARIABILITET PÅ DEN TRANSSKRIPTIONELLE KONTROL (CYTOSINMETHYLERING, LNCRNA OG HELE TRANSKRIPTOMANALYSE VED HJÆLP AF RNA-SEQ) AF DET PERIRENALE FEDTVÆV I PATTELAM. I DET TREDJE MÅL VIL MUTATIONER, DER OVERLAPPER MED DIFFERENTIALE EPIGENETISKE MÆRKER IDENTIFICERET I DEN INFLAMMATORISKE UDFORDRING MELLEM DE TO UNDERSØGTE GRUPPER AF MODERFÅR (KONTROL OG NC), INDGÅ I EN GENOTYPEBESTEMMELSESPLATFORM, DER SKAL VALIDERES I EN KOMMERCIEL POPULATION AF ASSAF-FÅR MED TILGÆNGELIGE AVLSVÆRDIER FOR DEN SOMATISKE CELLESCOREFÆNOTYPE. MUTATIONER, DER UDVISER BETYDELIGE FORBINDELSER MED DENNE INDIKATOREGENSKABER VED MASTITISRESISTENS, VIL BLIVE ANSET FOR AT BLIVE UDNYTTET I AVLSPROGRAMMER GENNEM EN GS-TILGANG. GLOBALT VIL DETTE PROJEKT GIVE ET INDLEDENDE KORT OVER EPIGENETISKE MÆRKER I FÅREGENOMET, DER VIL FORKLARE, HVORDAN EPIGENETISKE MEKANISMER PÅVIRKER FÆNOTYPER. UD OVER AT SKABE GRUNDLÆGGENDE VIDEN VIL PROJEKTET VÆRE ET FØRSTE SKRIDT HEN IMOD GENERERING AF PRAKTISK INFORMATION FOR BEDRE AT FORSTÅ GXE-INTERAKTIONEN FOR AT ØGE PRODUKTIVITETEN, BÆREDYGTIGHEDEN OG MODSTANDSDYGTIGHEDEN HOS MALKEFÅR. INTEGRATIONEN AF ALLE DISSE OPLYSNINGER, DER GENERERES GENNEM DE MEST MODEN GENOMISKE TEKNIKKER, VIL BIDRAGE TIL AT ØGE VORES FORSTÅELSE AF DEN GENETISKE KONTROL AF KOMPLEKSE TRÆK HOS HUSDYRARTER. (Danish)
18 August 2022
0 references
EPIGENEETTISET MEKANISMIT SÄÄTELEVÄT GEENIN ILMENTYMISTÄ RIIPPUMATTA TAUSTALLA OLEVASTA DNA-SEKVENSSISTÄ JA PERUSTUVAT SEN SIJAAN DNA:N JA HISTONIPROTEIINIEN KEMIALLISEEN MUUNTAMISEEN. TÄTÄ HANKETTA EHDOTETAAN TUTKIMUSRYHMÄMME PÄÄTUTKIMUSLINJALLA, LYPSYLAMPAIDEN GENETIIKASSA, JA ASKELEENA ETEENPÄIN LYPSYLAMPAIDEN MONIMUTKAISTEN PIIRTEIDEN GENEETTISEN ARKKITEHTUURIN TUNTEMUKSEN EDISTÄMISEKSI, KUN OTETAAN HUOMIOON, ETTÄ EPIGENEETTISEN VAIKUTUKSEN TUNNUSTAMINEN FENOTYYPIN VAIHTELUUN ON LISÄÄNTYNYT VIIME VUOSINA. EHDOTETUN HANKKEEN YLEISENÄ TAVOITTEENA ON ANALYSOIDA EPIGENEETTISTEN MERKKIEN JA GENOMIMUUNNELMIEN ROOLIA SELLAISTEN KUDOSTEN TRANSKRIPTIOPROFIILIN VALVONNASSA, JOILLA ON TUOTANTOPOTENTIAALIA LYPSYLAMPAISSA. SITÄ VARTEN KÄYTÄMME NUORIA NAARASPUOLISIA ESIPUBERAALISIA KARITSOJA, JOTKA OVAT AIEMMIN KÄRSINEET VAKAVASTA REHUN RAJOITUKSESTA JOHTUVASTA RAVITSEMUKSELLISESTA HAASTEESTA (NC) 3–5 KUUKAUDEN IÄSSÄ, JA TUTKIMME, MITEN TÄMÄ RAVITSEMUKSELLINEN RAJOITUS VOI VAIKUTTAA IMMUUNIVASTEESEEN RINTARAUHASEN TULEHDUKSELLISTA HAASTETTA VASTAAN JA MYÖS, JOS SILLÄ VOI OLLA OLETETTU TRANSSUKUPOLVIVAIKUTUS, ESIMERKIKSI VAIKUTTAA RASVAOMINAISUUKSIIN JÄLKELÄISISSÄÄN. MAAILMANLAAJUISEN TAVOITTEEN SAAVUTTAMISEKSI EHDOTAMME KOLMEA ERITYISTAVOITETTA. ENSIMMÄISESSÄ ANALYSOIDAAN MAITORAUHASEN DIFFERENTIAALIKASVUN VAIKUTUSTA JA GENOMISEN VAIHTELUN VAIKUTUSTA RINTARAUHASEN JA VERISOLUJEN TRANSKRIPTIOON (MUKAAN LUKIEN SYTOSIINIMETYLAATIO KÄYTTÄEN KOKO GENOMIN BISULFIITIN SEKVENSOINTIA, LNCRNA:TA JA MAAILMANLAAJUISTA TRANSKRIPTIOANALYYSIÄ RNA-SEQ-MENETELMÄLLÄ) ELÄIMILLÄ, JOILLE ON TEHTY TULEHDUKSELLINEN HAASTE VERRATTUNA KONTROLLIRYHMÄÄN. TOISESSA TAVOITTEESSA ANALYSOIDAAN ÄIDIN RAVITSEMUKSELLISEN HAASTEEN JA GENOMISEN VAIHTELUN MAHDOLLINEN VAIKUTUS IMEVIEN KARITSOJEN PERIREENISEN RASVAKUDOKSEN TRANSKRIPTIONAALISEEN KONTROLLIIN (SYTOSIINIMETYLAATIO, LNCRNA JA KOKO TRANSKRIPTOMINEN ANALYYSI RNA-SEQ:N AVULLA). KOLMANNESSA TAVOITTEESSA MUTAATIOT, JOTKA OVAT PÄÄLLEKKÄISIÄ KAHDEN TUTKITTAVAN UUHIRYHMÄN (KONTROLLI JA NC) TULEHDUSHAASTEESSA YKSILÖITYJEN EPIGENEETTISTEN EROMERKKIEN KANSSA, SISÄLLYTETÄÄN GENOTYYPPIALUSTAAN, JOKA VALIDOIDAAN ASSAF-UUHIEN KAUPALLISESSA POPULAATIOSSA, JOLLA ON SOMAATTISTEN SOLUJEN FENOTYYPIN OSALTA KÄYTETTÄVISSÄ OLEVAT JALOSTUSARVOT. MUTAATIOITA, JOTKA OSOITTAVAT MERKITTÄVÄÄ YHTEYTTÄ TÄHÄN UTARETULEHDUSRESISTENSSIN INDIKAATTORIPIIRTEESEEN, KATSOTAAN HYÖDYNNETTÄVIKSI JALOSTUSOHJELMISSA GS-LÄHESTYMISTAVAN AVULLA. HANKKEESSA ESITETÄÄN LAMPAIDEN GENOMIN EPIGENEETTISTEN MERKKIEN ALUSTAVA KARTTA, JOKA SELITTÄÄ, MITEN EPIGENEETTISET MEKANISMIT VAIKUTTAVAT FENOTYYPPEIHIN. SEN LISÄKSI, ETTÄ HANKE TUOTTAA PERUSTIETOJA, SE ON ENSIMMÄINEN ASKEL KOHTI KÄYTÄNNÖN TIEDON TUOTTAMISTA, JOTTA VOIDAAN PAREMMIN YMMÄRTÄÄ GXE:N VUOROVAIKUTUSTA LYPSYLAMPAIDEN TUOTTAVUUDEN, KESTÄVYYDEN JA RESIILEVYYDEN LISÄÄMISEKSI. KAIKKIEN NÄIDEN KAIKKEIN MODEEMIGENOMISTEN TEKNIIKOIDEN AVULLA TUOTETTUJEN TIETOJEN INTEGROINTI AUTTAA MEITÄ YMMÄRTÄMÄÄN PAREMMIN KOTIELÄINLAJIEN MONIMUTKAISTEN OMINAISUUKSIEN GENEETTISTÄ HALLINTAA. (Finnish)
18 August 2022
0 references
IL-MEKKANIŻMI EPIĠENETIĊI JIRREGOLAW L-ESPRESSJONI TAL-ĠENI INDIPENDENTEMENT MIS-SEKWENZA SOTTOSTANTI TAD-DNA, U MINFLOK JIDDEPENDU FUQ IL-MODIFIKA KIMIKA TAL-PROTEINI TAD-DNA U TAL-HISTONE. IL-PROĠETT PREŻENTI HUWA PROPOST FI ĦDAN IL-LINJA EWLENIJA TA’ RIĊERKA TAL-GRUPP TA’ RIĊERKA TAGĦNA, IL-ĠENETIKA TAN-NAGĦAĠ TAL-ĦALIB, U BĦALA PASS’IL QUDDIEM BIEX ISIR PROGRESS FL-GĦARFIEN TAL-ARKITETTURA ĠENETIKA TA’ KARATTERISTIĊI KUMPLESSI TA’ INTERESS FIN-NAGĦAĠ TAL-ĦALIB META JITQIES LI R-RIKONOXXIMENT TAL-KONTRIBUT TAL-EPIĠENETIKA GĦALL-VARJAZZJONI FENOTIPIKA QED JIŻDIED F’DAWN L-AĦĦAR SNIN. L-GĦAN GLOBALI TAL-PROĠETT PROPOST HUWA LI JANALIZZA R-RWOL TAL-MARKI EPIĠENETIĊI U L-VARJANTI ĠENOMIĊI FIL-KONTROLL TAL-PROFIL TRASKRIZZJONALI TA’ TESSUTI DIFFERENTI B’POTENZJAL PRODUTTIV FIN-NAGĦAĠ TAL-ĦALIB. GĦAL DAN, SE NUŻAW ĦRIEF NISA ŻGĦAR PREPUBERALI, LI QABEL KIENU SOĠĠETTI GĦAL SFIDA NUTRIZZJONALI SEVERA TA’ RESTRIZZJONI TAL-GĦALF (NC) FL-ETÀ TA’ 3–5 XHUR, U SE NISTUDJAW KIF DIN IR-RESTRIZZJONI NUTRITTIVA TISTA’ TINFLUWENZA R-RISPONS IMMUNITARJU KONTRA SFIDA INFJAMMATORJA FIL-GLANDOLA MAMMARJA U, UKOLL, JEKK JISTA’ JKOLLHA EFFETT TRANSĠENERAZZJONALI PUTATTIV, PEREŻEMPJU TINFLUWENZA L-KARATTERISTIĊI TAX-XAĦAM FIL-FRIEĦ TAGĦHOM. BIEX JINTLAĦAQ L-GĦAN GLOBALI, QED NIPPROPONU TLIET OBJETTIVI SPEĊIFIĊI. FL-EWWEL WAĦDA, SE NANALIZZAW L-EFFETT TAT-TKABBIR DIFFERENZJALI TAL-GLANDOLA MAMMARJA U TAL-VARJABBILTÀ ĠENOMIKA FUQ IL-KONTROLL TRASKRIZZJONALI TAL-GLANDOLA MAMMARJA U Ċ-ĊELLOLI TAD-DEMM (INKLUŻ CYTOSINE METHYLATION BL-UŻU TA’ ĠENOMA BISULFITE SEQUENCING SĦIĦ, LNCRNA U ANALIŻI TRASKRISTOMIKA GLOBALI BL-UŻU TA’ RNA-SEQ) F’ANNIMALI SOĠĠETTI GĦAL SFIDA INFJAMMATORJA KONTRA GRUPP TA’ KONTROLL. FIT-TIENI GĦAN, L-IMPATT POTENZJALI TA’ SFIDA NUTRIZZJONALI MATERNA U TAL-VARJABBILTÀ ĠENOMIKA FUQ IL-KONTROLL TRASKRIZZJONALI (CYTOSINE METHYLATION, LNCRNA U ANALIŻI TRASKRISTOMIKA SĦIĦA BL-UŻU TA’ RNA-SEQ) TAT-TESSUT ADIPOSE PERIRENALI FIL-ĦRIEF LI QED TERDA’ JIĠI ANALIZZAT. FIT-TIELET GĦAN, IL-MUTAZZJONIJIET LI JIKKOINĊIDU MAL-MARKI EPIĠENETIĊI DIFFERENZJALI IDENTIFIKATI FL-ISFIDA INFJAMMATORJA BEJN IŻ-ŻEWĠ GRUPPI TA’ NAGĦAĠ STUDJATI (KONTROLL U NC) SE JIĠU INKLUŻI FI PJATTAFORMA TA’ ĠENOTIPAR LI GĦANDHA TIĠI VVALIDATA F’POPOLAZZJONI KUMMERĊJALI TA’ NAGĦAĠ ASSAF B’VALURI TA’ TGĦAMMIR DISPONIBBLI GĦALL-FENOTIP TAL-PUNTEĠĠ TAĊ-ĊELLOLI SOMATIĊI. IL-MUTAZZJONIJIET LI JURU ASSOĊJAZZJONIJIET SINIFIKANTI MA’ DIN IL-KARATTERISTIKA INDIKATUR TAR-REŻISTENZA GĦALL-MASTITE SE JITQIESU LI HUMA SFRUTTATI FI PROGRAMMI TA’ TGĦAMMIR PERMEZZ TA’ APPROĊĊ GS. GLOBALMENT, DAN IL-PROĠETT SE JIPPROVDI MAPPA INIZJALI TAL-MARKI EPIĠENETIĊI FIL-ĠENOMA TAN-NAGĦAĠ LI TISPJEGA KIF IL-MEKKANIŻMI EPIĠENETIĊI JINFLUWENZAW IL-FENOTIPI. MINBARRA LI JIĠĠENERA GĦARFIEN BAŻIKU, IL-PROĠETT SE JKUN PASS INIZJALI LEJN IL-ĠENERAZZJONI TA’ INFORMAZZJONI PRATTIKA BIEX TINFTIEHEM AĦJAR L-INTERAZZJONI TAL-GXE BIEX JIŻDIEDU L-PRODUTTIVITÀ, IS-SOSTENIBBILTÀ U R-REŻILJENZA TAN-NAGĦAĠ TAL-ĦALIB. L-INTEGRAZZJONI TA’ DIN L-INFORMAZZJONI KOLLHA, IĠĠENERATA PERMEZZ TAL-AKTAR TEKNIKI ĠENOMIĊI MODEN, SE TGĦIN BIEX JIŻDIED IL-FEHIM TAGĦNA TAL-KONTROLL ĠENETIKU TAL-KARATTERISTIĊI KUMPLESSI FL-ISPEĊIJIET TAL-BHEJJEM. (Maltese)
18 August 2022
0 references
EPIĢENĒTISKIE MEHĀNISMI REGULĒ GĒNU EKSPRESIJU NEATKARĪGI NO DNS SEKVENCES, TĀ VIETĀ PAĻAUJOTIES UZ DNS UN HISTONE PROTEĪNU ĶĪMISKO MODIFIKĀCIJU. ŠIS PROJEKTS IR IEROSINĀTS MŪSU PĒTNIECĪBAS GRUPAS GALVENAJĀ PĒTNIECĪBAS LĪNIJĀ, PIENA AITU ĢENĒTIKĀ, UN KĀ SOLI UZ PRIEKŠU, LAI UZLABOTU ZINĀŠANAS PAR SAREŽĢĪTO IEZĪMJU ĢENĒTISKO ARHITEKTŪRU PIENA AITĀM, ŅEMOT VĒRĀ, KA PĒDĒJOS GADOS PIEAUG EPIĢENĒTIKAS IEGULDĪJUMA FENOTIPISKO VARIĀCIJU ATZĪŠANA. IEROSINĀTĀ PROJEKTA VISPĀRĒJAIS MĒRĶIS IR ANALIZĒT EPIĢENĒTISKO ZĪMJU UN GENOMISKO VARIANTU LOMU DAŽĀDU AUDU AR RAŽOŠANAS POTENCIĀLU TRANSKRIPCIJAS PROFILA KONTROLĒ PIENA AITĀM. PAR TO, KA MĒS IZMANTOSIM JAUNU SIEVIEŠU PIRMSPUBERĀLO JĒRU, IEPRIEKŠ PAKĻAUTI SMAGU BARĪBAS IEROBEŽOJUMU UZTURA IZAICINĀJUMS (NC) 3–5 MĒNEŠU VECUMĀ, UN PĒTĪSIM, KĀ ŠIS UZTURA IEROBEŽOJUMS VAR IETEKMĒT IMŪNREAKCIJU PRET IEKAISUMA PROBLĒMU PIENA DZIEDZERU UN, ARĪ, JA TAS VAR BŪT IZTEIKSMĪGS PĀRPAAUDŽU EFEKTS, PIEMĒRAM, IETEKMĒJOT TAUKU ĪPAŠĪBAS VIŅU PĒCNĀCĒJIEM. LAI SASNIEGTU GLOBĀLO MĒRĶI, MĒS IEROSINĀM TRĪS KONKRĒTUS MĒRĶUS. PIRMAJĀ GADĪJUMĀ MĒS ANALIZĒSIM PIENA DZIEDZERU DIFERENCIĀLĀS AUGŠANAS UN GENOMISKĀS MAINĪBAS IETEKMI UZ PIENA DZIEDZERU UN ASINS ŠŪNU TRANSKRIPCIJAS KONTROLI (TOSTARP CITOZĪNA METILĒŠANU, IZMANTOJOT VISA GENOMA BISULFĪTA SEKVENCĒŠANU, LNCRNS UN GLOBĀLO TRANSKRIPTOMISKO ANALĪZI, IZMANTOJOT RNS-SEQ) DZĪVNIEKIEM, KAS PAKĻAUTI IEKAISUMA PROBLĒMAI SALĪDZINĀJUMĀ AR KONTROLES GRUPU. OTRAJĀ MĒRĶĪ TIKS ANALIZĒTA MĀTES BAROŠANAS PROBLĒMAS UN GENOMISKĀS MAINĪBAS IESPĒJAMĀ IETEKME UZ ZĪDĪTĀJU TAUKAUDU TRANSKRIPCIJAS KONTROLI (CITOZĪNA METILĒŠANA, LNCRNS UN VESELA TRANSKRIPTOMISKA ANALĪZE, IZMANTOJOT RNS-SEQ) PERIRENĀLAJIEM TAUKAUDIEM. TREŠAJĀ MĒRĶĪ MUTĀCIJAS, KAS PĀRKLĀJAS AR DIFERENCIĀLAJĀM EPIĢENĒTISKAJĀM ZĪMĒM, KAS IDENTIFICĒTAS IEKAISUMA PROBLĒMĀS STARP DIVĀM PĒTĪTAJĀM AITU GRUPĀM (KONTROLES UN NC), TIKS IEKĻAUTAS GENOTIPĒŠANAS PLATFORMĀ, KAS JĀAPSTIPRINA KOMERCIĀLĀ ASSAF AITU POPULĀCIJĀ AR PIEEJAMĀM AUDZĒŠANAS VĒRTĪBĀM SOMATISKO ŠŪNU PUNKTU FENOTIPAM. MUTĀCIJAS, KAS LIECINA PAR NOZĪMĪGU SAISTĪBU AR ŠO REZISTENCES PRET MASTĪTU RĀDĪTĀJA PAZĪMI, TIKS UZSKATĪTAS PAR IZMANTOTĀM SELEKCIJAS PROGRAMMĀS, IZMANTOJOT GS PIEEJU. VISĀ PASAULĒ ŠIS PROJEKTS NODROŠINĀS SĀKOTNĒJO EPIĢENĒTISKO ZĪMJU KARTI AITU GENOMĀ, KAS IZSKAIDROTU, KĀ EPIĢENĒTISKIE MEHĀNISMI IETEKMĒ FENOTIPUS. PAPILDUS PAMATZINĀŠANU RADĪŠANAI PROJEKTS BŪS PIRMAIS SOLIS CEĻĀ UZ PRAKTISKAS INFORMĀCIJAS RADĪŠANU, LAI LABĀK IZPRASTU GXE MIJIEDARBĪBU NOLŪKĀ PALIELINĀT PIENA AITU PRODUKTIVITĀTI, ILGTSPĒJU UN RESILENCI. VISAS ŠĪS INFORMĀCIJAS INTEGRĀCIJA, KAS IEGŪTA, IZMANTOJOT VISVAIRĀK MODENA GENOMIKAS PAŅĒMIENU, PALĪDZĒS UZLABOT MŪSU IZPRATNI PAR DZĪVNIEKU SUGU KOMPLEKSO IEZĪMJU ĢENĒTISKO KONTROLI. (Latvian)
18 August 2022
0 references
EPIGENETICKÉ MECHANIZMY REGULUJÚ EXPRESIU GÉNOV NEZÁVISLE OD ZÁKLADNEJ SEKVENCIE DNA, PRIČOM SA NAMIESTO TOHO SPOLIEHAJÚ NA CHEMICKÚ MODIFIKÁCIU DNA A HISTÓNOVÝCH PROTEÍNOV. SÚČASNÝ PROJEKT JE NAVRHNUTÝ V RÁMCI HLAVNEJ VÝSKUMNEJ LÍNIE NAŠEJ VÝSKUMNEJ SKUPINY, GENETIKY DOJNÝCH OVIEC, A AKO KROK VPRED K POKROKU V POZNANÍ GENETICKEJ ARCHITEKTÚRY KOMPLEXNÝCH ZNAKOV ZÁUJMU O DOJNÉ OVCE VZHĽADOM NA TO, ŽE UZNANIE PRÍNOSU EPIGENETIKY K FENOTYPOVEJ VARIÁCII SA V POSLEDNÝCH ROKOCH ZVYŠUJE. GLOBÁLNYM CIEĽOM NAVRHOVANÉHO PROJEKTU JE ANALYZOVAŤ ÚLOHU EPIGENETICKÝCH ZNAKOV A GENÓMOVÝCH VARIANTOV PRI KONTROLE TRANSKRIPČNÉHO PROFILU RÔZNYCH TKANÍV S PRODUKČNÝM POTENCIÁLOM U OVIEC URČENÝCH NA PRODUKCIU MLIEKA. NA TO BUDEME POUŽÍVAŤ MLADÉ SAMIČIE PREDPUBERÁLNE JAHŇATÁ, KTORÉ BOLI PREDTÝM VYSTAVENÉ VÁŽNEMU OBMEDZENIU VÝŽIVY (NC) VO VEKU 3 – 5 MESIACOV, A BUDEME SKÚMAŤ, AKO TOTO NUTRIČNÉ OBMEDZENIE MÔŽE OVPLYVNIŤ IMUNITNÚ REAKCIU PROTI ZÁPALOVEJ VÝZVE V PRSNEJ ŽĽAZE A TIEŽ, AK MÔŽE MAŤ PREDPOKLADANÝ TRANSGENERAČNÝ ÚČINOK, NAPRÍKLAD OVPLYVNENIE TUKOVÝCH ZNAKOV U ICH POTOMSTVA. NA DOSIAHNUTIE GLOBÁLNEHO CIEĽA NAVRHUJEME TRI KONKRÉTNE CIELE. V PRVOM PRÍPADE BUDEME ANALYZOVAŤ ÚČINOK DIFERENCIÁLNEHO RASTU MLIEČNEJ ŽĽAZY A GENÓMOVEJ VARIABILITY NA TRANSKRIPČNÚ KONTROLU MLIEČNEJ ŽĽAZY A KRVNÝCH BUNIEK (VRÁTANE METYLÁCIE CYTOZÍNU POMOCOU SEKVENOVANIA CELÉHO GENÓMOVÉHO BISULFITU, LNCRNA A GLOBÁLNEJ TRANSKRIPTOMICKEJ ANALÝZY S POUŽITÍM RNA-SEQ) U ZVIERAT VYSTAVENÝCH ZÁPALOVEJ VÝZVE V POROVNANÍ S KONTROLNOU SKUPINOU. V DRUHOM CIELI SA BUDE ANALYZOVAŤ POTENCIÁLNY VPLYV VÝŽIVOVEJ VÝZVY MATKY A GENÓMOVEJ VARIABILITY NA TRANSKRIPČNÚ KONTROLU (CYTOZÍNOVÁ METYLÁCIA, LNCRNA A CELÁ TRANSKRIPTOMICKÁ ANALÝZA S POUŽITÍM RNA-SEQ) PERIRENÁLNEHO TUKOVÉHO TKANIVA U DOJČENÝCH JAHNIAT. V TREŤOM CIELI SA MUTÁCIE, KTORÉ SA PREKRÝVAJÚ S DIFERENCIÁLNYMI EPIGENETICKÝMI ZNAKMI IDENTIFIKOVANÝMI V ZÁPALOVEJ VÝZVE MEDZI DVOMA SKÚMANÝMI SKUPINAMI BAHNÍC (KONTROLA A NC), ZAHRNÚ DO GENOTYPOVEJ PLATFORMY, KTORÁ SA MÁ VALIDOVAŤ V KOMERČNEJ POPULÁCII BAHNÍC ASSAF S DOSTUPNÝMI PLEMENNÝMI HODNOTAMI PRE FENOTYP SKÓRE SOMATICKÝCH BUNIEK. MUTÁCIE, KTORÉ VYKAZUJÚ VÝZNAMNÉ SÚVISLOSTI S TÝMTO UKAZOVATEĽOM REZISTENCIE MASTITÍDY, SA BUDÚ POVAŽOVAŤ ZA VYUŽÍVANÉ V ŠĽACHTITEĽSKÝCH PROGRAMOCH PROSTREDNÍCTVOM PRÍSTUPU GS. V CELOSVETOVOM MERADLE TENTO PROJEKT POSKYTNE POČIATOČNÚ MAPU EPIGENETICKÝCH ZNAKOV OVČIEHO GENÓMU, KTORÁ BY VYSVETLILA, AKO EPIGENETICKÉ MECHANIZMY OVPLYVŇUJÚ FENOTYPY. OKREM VYTVÁRANIA ZÁKLADNÝCH POZNATKOV BUDE PROJEKT POČIATOČNÝM KROKOM K GENEROVANIU PRAKTICKÝCH INFORMÁCIÍ S CIEĽOM LEPŠIE POCHOPIŤ INTERAKCIU GXE S CIEĽOM ZVÝŠIŤ PRODUKTIVITU, UDRŽATEĽNOSŤ A ODOLNOSŤ OVIEC DOJNÍC. INTEGRÁCIA VŠETKÝCH TÝCHTO INFORMÁCIÍ, GENEROVANÝCH POMOCOU NAJMÓDNEJŠÍCH GENÓMOVÝCH TECHNÍK, POMÔŽE ZVÝŠIŤ NAŠE CHÁPANIE GENETICKEJ KONTROLY KOMPLEXNÝCH ZNAKOV U HOSPODÁRSKYCH ZVIERAT. (Slovak)
18 August 2022
0 references
MEICNÍOCHTAÍ EPIGENETIC RIALÁIL LÉIRIÚ GÉINE NEAMHSPLEÁCH AR AN SEICHEAMH DNA BUNÚSACHA, AG BRATH INA IONAD AR AN MODHNÚ CEIMICEACH DNA AGUS HISTONE PRÓITÉINÍ. TÁ AN TIONSCADAL SEO BEARTAITHE LAISTIGH DE PHRÍOMHLÍNE TAIGHDE ÁR NGRÚPA TAIGHDE, GÉINEOLAÍOCHT CAORACH DÉIRÍOCHTA, AGUS MAR CHÉIM CHUN CINN CHUN DUL CHUN CINN A DHÉANAMH AR AN AILTIREACHT GHÉINITEACH DE THRÉITHE CASTA A BHFUIL SUIM ACU I GCAORACH DÉIRÍOCHTA AG GLACADH LEIS GO BHFUIL AN T-AITHEANTAS A THUGANN EPIGENETICS D’ÉAGSÚLACHT FEINITÍOPACH AG MÉADÚ LE BLIANTA BEAGA ANUAS. IS É CUSPÓIR DOMHANDA AN TIONSCADAIL ATÁ BEARTAITHE ANAILÍS A DHÉANAMH AR RÓL NA MARCANNA EIPIGIGÉITEACHA AGUS NA N-ATHRAITHEACH GÉANÓMAÍOCH MAIDIR LE PRÓIFÍL THRAS-SCRÍOFA FÍOCHÁN ÉAGSÚIL A BHFUIL ACMHAINNEACHT THÁIRGIÚIL ACU I GCAORACH DÉIRÍOCHTA A RIALÚ. CHUIGE SIN, BAINFIMID ÚSÁID AS UAIN RÉAMHPHÓSTA BAINEANN ÓGA, A BHÍ FAOI RÉIR DÚSHLÁN COTHAITHE DIAN SRIAN BEATHA (NC) AG 3-5 MHÍ D’AOIS, AGUS DÉANFAIMID STAIDÉAR AR AN GCAOI A BHFÉADFADH AN SRIAN COTHAITHEACH SEO TIONCHAR A IMIRT AR FHREAGAIRT IMDHÍONACHTA I GCOINNE DÚSHLÁN ATHLASTACH SA FHAIREOG MHAMACH AGUS, FREISIN, MÁ D’FHÉADFADH SÉ GO MBEADH ÉIFEACHT THRASGHINIÚNACH AIGE, MAR SHAMPLA TIONCHAR A IMIRT AR THRÉITHE MARFACHA INA SLIOCHT. CHUN AN AIDHM DHOMHANDA A BHAINT AMACH, MOLAIMID TRÍ CHUSPÓIR SHONRACHA. SA CHÉAD DUL SÍOS, DÉANFAIMID ANAILÍS AR ÉIFEACHT FHÁS DIFREÁLACH AN FHAIREOG MHAMACH AGUS NA HÉAGSÚLACHTA GÉANÓMAÍ AR RIALÚ TRASCRÍOBH AN FHAIREOG MHAMACH AGUS NA GCEALL FOLA (LENA N-ÁIRÍTEAR MEITILIÚ CÍTOSÍN AG BAINT ÚSÁIDE AS SEICHEAMHÚ BISULFITE GENOME IOMLÁN, LNCRNA AGUS ANAILÍS TRAS-SCRÍBHINNE DOMHANDA AG BAINT ÚSÁIDE AS RNA-SEQ) IN AINMHITHE ATÁ FAOI RÉIR DÚSHLÁN ATHLASTACH I GCOINNE GRÚPA RIALAITHE. SA DARA CUSPÓIR, DÉANFAR ANAILÍS AR AN TIONCHAR A D’FHÉADFADH A BHEITH AG DÚSHLÁN COTHAITHE MÁTHAR AGUS AG INATHRAITHEACHT GHÉANÓMAÍOCH AR AN RIALÚ TRAS-SCRÍOFA (MEITIL CHITOSÍN, LNCRNA AGUS ANAILÍS THRAS-SCRÍBHINNE IOMLÁINE INA N-ÚSÁIDTEAR RNA-SEQ) AR AN BHFÍOCHÁN SAILLE FORÉIGNEACH IN UAIN DIÚIL. SA TRÍÚ CUSPÓIR BEIDH NA SÓCHÁIN AG FORLUÍ LEIS NA MARCANNA EIPIGIGÉITEACHA DIFREÁLACHA A AITHNÍODH SA DÚSHLÁN ATHLASTACH IDIR AN DÁ GHRÚPA CAOIRIGH A NDEARNADH STAIDÉAR ORTHU (RIALÚ AGUS NC) IN ARDÁN GÉINITÍOPÁLA A BHEIDH LE BAILÍOCHTÚ I NDAONRA TRÁCHTÁLA DE CHUID ASSAF EWES LE LUACHANNA PÓRÚCHÁIN ATÁ AR FÁIL DON FHEINITÍOPA SCÓR CILLE SÓMACH. MEASFAR GO NDÉANTAR NA SÓCHÁIN A LÉIRÍONN BAINT SHUNTASACH LEIS AN TRÉITH THÁSCACH FRIOTAÍOCHTA MAISTÍTEAS SEO A SHAOTHRÚ I GCLÁIR PHÓRAITHE TRÍ CHUR CHUIGE GS. AR FUD AN DOMHAIN, SOLÁTHRÓIDH AN TIONSCADAL SEO LÉARSCÁIL TOSAIGH DE MHARCANNA EPIGENETIC SA GHÉANÓM CAORACH A MHÍNEODH AN CHAOI A MBÍONN TIONCHAR AG MEICNÍOCHTAÍ EPIGENETIC AR FHEINITÍOPAÍ. CHOMH MAITH LE BUNEOLAS A GHINIÚINT, BEIDH AN TIONSCADAL INA CHÉIM THOSAIGH I DTREO FAISNÉIS PHRAITICIÚIL A GHINIÚINT CHUN TUISCINT NÍOS FEARR A FHÁIL AR IDIRGHNÍOMHAÍOCHT GXE CHUN TÁIRGIÚLACHT, INBHUANAITHEACHT AGUS FILLEADH CAORACH DÉIRÍOCHTA A MHÉADÚ. CABHRÓIDH COMHTHÁTHÚ NA FAISNÉISE SEO GO LÉIR, A GHINTEAR TRÍ NA TEICNÍCÍ GÉANÓMAÍOCHA IS MÓ A ÚSÁIDTEAR, LENÁR DTUISCINT AR RIALÚ GÉINITEACH TRÉITHE CASTA I SPEICIS BEOSTOIC A MHÉADÚ. (Irish)
18 August 2022
0 references
EPIGENETICKÉ MECHANISMY REGULUJÍ EXPRESI GENŮ NEZÁVISLE NA ZÁKLADNÍ SEKVENCI DNA, PŘIČEMŽ SE MÍSTO TOHO SPOLÉHAJÍ NA CHEMICKOU MODIFIKACI DNA A HISTONOVÝCH PROTEINŮ. SOUČASNÝ PROJEKT JE NAVRŽEN V RÁMCI HLAVNÍ VÝZKUMNÉ LINIE NAŠÍ VÝZKUMNÉ SKUPINY, GENETIKY OVCÍ DOJNIC, A JAKO KROK VPŘED K POKROKU VE ZNALOSTECH GENETICKÉ ARCHITEKTURY KOMPLEXNÍCH RYSŮ ZÁJMU O OVCE DOJNIC VZHLEDEM K TOMU, ŽE UZNÁNÍ PŘÍNOSU EPIGENETIKY K FENOTYPOVÉ VARIACI SE V POSLEDNÍCH LETECH ZVYŠUJE. GLOBÁLNÍM CÍLEM NAVRHOVANÉHO PROJEKTU JE ANALYZOVAT ÚLOHU EPIGENETICKÝCH ZNÁMEK A GENOMICKÝCH VARIANT PŘI KONTROLE TRANSKRIPČNÍHO PROFILU RŮZNÝCH TKÁNÍ S PRODUKTIVNÍM POTENCIÁLEM U OVCÍ DOJNIC. K TOMU BUDEME POUŽÍVAT MLADÉ ŽENSKÉ PREPUBERÁLNÍ JEHNĚČÍ, KTERÉ BYLY DŘÍVE VYSTAVENY ZÁVAŽNÉMU OMEZENÍ VÝŽIVY (NC) VE VĚKU 3–5 MĚSÍCŮ, A BUDEME ZKOUMAT, JAK TOTO OMEZENÍ VÝŽIVY MŮŽE OVLIVNIT IMUNITNÍ REAKCI PROTI ZÁNĚTLIVÉMU PROBLÉMU U MLÉČNÉ ŽLÁZY A TAKÉ, POKUD MŮŽE MÍT DOMNĚLÝ TRANSGENERAČNÍ ÚČINEK, NAPŘÍKLAD OVLIVNĚNÍ TUKOVÝCH RYSŮ U JEJICH POTOMKŮ. PRO DOSAŽENÍ GLOBÁLNÍHO CÍLE NAVRHUJEME TŘI KONKRÉTNÍ CÍLE. V PRVNÍM PŘÍPADĚ BUDEME ANALYZOVAT VLIV DIFERENCIÁLNÍHO RŮSTU MLÉČNÉ ŽLÁZY A GENOMICKÉ VARIABILITY NA TRANSKRIPČNÍ KONTROLU MLÉČNÉ ŽLÁZY A KREVNÍCH BUNĚK (VČETNĚ METHYLACE CYTOSINU POMOCÍ SEKVENOVÁNÍ CELÉHO GENOMU BISULFITU, LNCRNA A GLOBÁLNÍ TRANSKRIPTOMICKÉ ANALÝZY POMOCÍ RNA-SEQ) U ZVÍŘAT VYSTAVENÝCH ZÁNĚTLIVÉ VÝZVĚ PROTI KONTROLNÍ SKUPINĚ. VE DRUHÉM CÍLI BUDE ANALYZOVÁN POTENCIÁLNÍ DOPAD PROBLÉMU VÝŽIVY MATEK A GENOMOVÉ VARIABILITY NA KONTROLU TRANSKRIPCE (CYTOSIN METHYLACE, LNCRNA A CELÁ TRANSKRIPTOMICKÁ ANALÝZA POMOCÍ RNA-SEQ) TUKOVÉ TKÁNĚ PERIRENÁLNÍ TUKOVÉ TKÁNĚ U SAJÍCÍCH JEHŇAT. VE TŘETÍM CÍLI BUDOU MUTACE PŘEKRÝVAJÍCÍ SE S DIFERENCIÁLNÍMI EPIGENETICKÝMI ZNAKY IDENTIFIKOVANÝMI VE ZÁNĚTLIVÉ VÝZVĚ MEZI DVĚMA STUDOVANÝMI SKUPINAMI BAHNIC (KONTROLA A NC) ZAHRNUTY DO GENOTYPIZAČNÍ PLATFORMY, KTERÁ BUDE VALIDOVÁNA V KOMERČNÍ POPULACI BAHNIC ASSAF S DOSTUPNÝMI REPRODUKČNÍMI HODNOTAMI PRO FENOTYP SOMATICKÉHO SKÓRE BUNĚK. MUTACE VYKAZUJÍCÍ VÝZNAMNÉ SPOJENÍ S TÍMTO UKAZATELEM REZISTENCE PROTI MASTITIDĚ BUDOU POVAŽOVÁNY ZA VYUŽÍVANÉ V ŠLECHTITELSKÝCH PROGRAMECH PROSTŘEDNICTVÍM PŘÍSTUPU GS. GLOBÁLNĚ TENTO PROJEKT POSKYTNE POČÁTEČNÍ MAPU EPIGENETICKÝCH ZNAKŮ V GENOMU OVCÍ, KTERÁ BY VYSVĚTLOVALA, JAK EPIGENETICKÉ MECHANISMY OVLIVŇUJÍ FENOTYPY. KROMĚ ZÍSKÁNÍ ZÁKLADNÍCH ZNALOSTÍ BUDE PROJEKT PRVNÍM KROKEM K VYTVÁŘENÍ PRAKTICKÝCH INFORMACÍ, KTERÉ UMOŽNÍ LÉPE POROZUMĚT INTERAKCI GXE, ABY SE ZVÝŠILA PRODUKTIVITA, UDRŽITELNOST A ODOLNOST OVCÍ DOJNIC. INTEGRACE VŠECH TĚCHTO INFORMACÍ, GENEROVANÝCH POMOCÍ NEJVÍCE MODEN GENOMICKÝCH TECHNIK, POMŮŽE ZVÝŠIT NAŠE CHÁPÁNÍ GENETICKÉ KONTROLY KOMPLEXNÍCH ZNAKŮ U ŽIVOČIŠNÝCH DRUHŮ. (Czech)
18 August 2022
0 references
MECANISMOS EPIGENÉTICOS REGULAM A EXPRESSÃO GENA INDEPENDENTE DA SEQUÊNCIA SUBJACENTE DE ADN, INSTANTES DA MODIFICAÇÃO QUÍMICA DO ADN E DAS PROTEÍNAS HISTÓNICAS. O presente projecto é proposto no âmbito da principal linha de investigação do nosso grupo de investigação, a saber, a genética das ovelhas leiteiras, e como um passo em frente no conhecimento da arquitectura genética dos traços completos de interesse nas ovelhas leiteiras, tendo em conta que o reconhecimento do contributo das EPIGENETICS para a avaliação fenotípica aumenta em anos sucessivos. O objectivo global do projecto proposto consiste em analisar o papel das marcas epigenéticas e das variantes genéticas no controlo do perfil transcricional de diferentes tecidos com um potencial produtivo em vitelos. Para isso, usaremos lâmpadas pré-púberes femininas jovens, anteriormente submetidas a um grave desafio nutricional de restrição alimentar (NC) aos 3-5 meses de idade, e estudaremos como esta restrição nutricional pode interferir com uma resposta imunitária contra um desafio inflamatório na terra mamária e, também, se puder ter um efeito transgeracional benéfico, por exemplo, infligir traços de fertilidade na sua sobrevivência. Para atingir o objectivo global, propomos três objectivos específicos. Em primeiro lugar, analisaremos o efeito do crescimento diferenciado da GLÂNDIA MAMMÁRIA e da VARIABILIDADE GENÓMICA no controlo transcricional da GLÂNDIA MAMMÁRIA e das CÉLULAS SANGUE (INCLUINDO A METILAÇÃO DA CITOSINA QUE UTILIZA A SEQUÊNCIA GENOMA BISULFITA, A LNCRNA E A ANÁLISE TRANSCRIPTOMÍTICA GLOBAL QUE UTILIZA RNA-SEQ) em ANIMAIS SUJEITOS A UM GRUPO DE CONTROLO DE CHALLENGE VERSUS INFLAMMATORY. No segundo objectivo, analisar-se-á o impacto potencial de um desafio nutricional material e da variabilidade genética no controlo transcricional (metilação da citosina, ADNNCA e análise transcriptomímica global com recurso ao QAR-RNA) do tecido adiposo permanente em lâmpadas de enchimento. No terceiro objectivo, as mutações que se sobrepõem às diferentes marcas epigenéticas identificadas no desafio inflamatório entre os dois grupos de soros (Control e NC) serão incluídas numa plataforma genotípica para serem validadas numa população comercial de soros com valores de produção disponíveis para o fenótopo SCORE CELL SCORE. Considerar-se-á que as indicações que indicam as associações significativas com este indicador de resistência a MASTITIS serão exploradas nos programas de criação através de uma abordagem GS. Globalmente, este projecto fornecerá um mapa inicial de marcas epigenéticas no genoma das ovelhas que explicará como os fenótipos de interferência dos mecanismos epigenéticos. Para além de gerar conhecimentos básicos, o projecto constituirá um passo inicial no sentido da geração de informações práticas para compreender melhor a interacção do GXE com vista a aumentar a produtividade, a sustentabilidade e a resiliência das explorações leiteiras. A integração de todas estas informações, geradas através das mais modernas técnicas genómicas, ajudará a aumentar o nosso entendimento sobre o controlo genético de traços completos em espécies piscícolas. (Portuguese)
18 August 2022
0 references
EPIGENEETILISED MEHHANISMID REGULEERIVAD GEENIEKSPRESSIOONI SÕLTUMATA DNA JÄRJESTUSEST, TUGINEDES SELLE ASEMEL DNA JA HISTONE VALKUDE KEEMILISELE MUUNDAMISELE. KÄESOLEV PROJEKT ON KAVANDATUD MEIE UURIMISRÜHMA PEAMISES UURIMISLIINIS, LÜPSILAMMASTE GENEETIKAS JA SAMMUNA EDASI TEADMISI PIIMALAMMASTE KOMPLEKSSETE TUNNUSTE GENEETILISEST ARHITEKTUURIST, ARVESTADES, ET EPIGENEETIKA PANUSE TUNNUSTAMINE FENOTÜÜBI VARIATSIOONIS ON VIIMASTEL AASTATEL SUURENENUD. KAVANDATAVA PROJEKTI ÜLDINE EESMÄRK ON ANALÜÜSIDA EPIGENEETILISTE MÄRKIDE JA GENOOMILISTE VARIANTIDE ROLLI PIIMALAMMASTE TOOTMISPOTENTSIAALIGA ERI KUDEDE TRANSKRIPTSIONAALSE PROFIILI KONTROLLIMISEL. SELLEKS KASUTAME NOORI EMASEID PUBERAALSEID LAMBATALLESID, KES ON VAREM 3–5 KUU VANUSELT LÄBINUD TÕSISE SÖÖDAPIIRANGU TOITUMISPROBLEEMI (NC), JA UURIME, KUIDAS SEE TOITUMISPIIRANG VÕIB MÕJUTADA IMMUUNVASTUST PÕLETIKULISE VÄLJAKUTSE VASTU PIIMANÄÄRMES JA KA SIIS, KUI SELLEL VÕIB OLLA OLETUSLIK TRANSGENERATSIOONILINE TOIME, NÄITEKS MÕJUTADES NENDE JÄRGLASTE RASVASUSE TUNNUSEID. ÜLEMAAILMSE EESMÄRGI SAAVUTAMISEKS PAKUME VÄLJA KOLM KONKREETSET EESMÄRKI. ESIMESES ANALÜÜSIME PIIMANÄÄRMETE KASVU JA GENOOMILISE VARIEERUVUSE MÕJU RINNANÄÄRMETE JA VERERAKKUDE TRANSKRIPTSIONAALSELE KONTROLLILE (SEALHULGAS TSÜTOSIINMETÜLATSIOON, KASUTADES TERVET GENOOMI BISULFIITI SEKVENEERIMIST, LNCRNA-D JA RNA-SEQI ABIL GLOBAALSET TRANSKRIPTOOMILIST ANALÜÜSI) LOOMADEL, KELLEL ESINEB PÕLETIKULINE HÄIRE VÕRRELDES KONTROLLRÜHMAGA. TEISE EESMÄRGI PUHUL ANALÜÜSITAKSE EMADE TOITUMISPROBLEEMIDE JA GENOOMILISE VARIEERUVUSE VÕIMALIKKU MÕJU IMETAVATE TALLEDE PERIRENAALSE RASVKOE TRANSKRIPTSIOONILE (TSÜTOSIINMETÜLATSIOON, LNCRNA JA KOGU TRANSKRIPTOOMILINE ANALÜÜS RNA-SEQI ABIL). KOLMANDA EESMÄRGI PUHUL LISATAKSE UTTEDE KAHE UURITUD RÜHMA (KONTROLL JA NC) VAHEL PÕLETIKULISE VÄLJAKUTSE KÄIGUS TUVASTATUD ERINEVATE EPIGENEETILISTE MÄRKIDEGA KATTUVAD MUTATSIOONID GENOTÜÜBI MÄÄRAMISE PLATVORMILE, MIS VALIDEERITAKSE ASSAF UTTEDE KAUBANDUSLIKUL POPULATSIOONIL, KELLEL ON OLEMAS SOMAATILISTE RAKKUDE SKOORI FENOTÜÜBI ARETUSVÄÄRTUSED. MUTATSIOONE, MIS NÄITAVAD MÄRKIMISVÄÄRSET SEOST MASTIIDIRESISTENTSUSE NÄITAJAGA, PEETAKSE ARETUSPROGRAMMIDES ÄRAKASUTATUKS GS-LÄHENEMISVIISI KAUDU. KOGU MAAILMAS ANNAB SEE PROJEKT ESIALGSE KAARDI LAMMASTE GENOOMI EPIGENEETILISTE MÄRKIDE KOHTA, MIS SELGITAKS, KUIDAS EPIGENEETILISED MEHHANISMID MÕJUTAVAD FENOTÜÜPE. LISAKS PÕHITEADMISTE LOOMISELE ON PROJEKT ESIMENE SAMM PRAKTILISE TEABE LOOMISE SUUNAS, ET PAREMINI MÕISTA GXE KOOSTOIMET, ET SUURENDADA PIIMALAMMASTE TOOTLIKKUST, JÄTKUSUUTLIKKUST JA VASTUPANUVÕIMET. KOGU SELLE TEABE INTEGREERIMINE, MIS ON SAADUD KÕIGE MODENI GENOOMI TEHNIKATE ABIL, AITAB PARANDADA MEIE ARUSAAMIST KEERULISTE TUNNUSTE GENEETILISEST KONTROLLIST LOOMALIIKIDES. (Estonian)
18 August 2022
0 references
AZ EPIGENETIKAI MECHANIZMUSOK A DNS-SZEKVENCIÁTÓL FÜGGETLENÜL SZABÁLYOZZÁK A GÉNEXPRESSZIÓT, EHELYETT A DNS ÉS A HISTONE FEHÉRJÉK KÉMIAI MÓDOSÍTÁSÁRA TÁMASZKODNAK. EZ A PROJEKT A KUTATÓCSOPORT FŐ KUTATÁSI VONALÁN BELÜL, A TEJELŐ JUHOK GENETIKÁJÁN BELÜL, VALAMINT A TEJELŐ JUHOK ÖSSZETETT JELLEMZŐINEK GENETIKAI ARCHITEKTÚRÁJÁNAK MEGISMERÉSÉBEN TETT LÉPÉSKÉNT, TEKINTETTEL ARRA, HOGY AZ EPIGENETIKA FENOTÍPUSOS VARIÁCIÓHOZ VALÓ HOZZÁJÁRULÁSÁNAK ELISMERÉSE AZ ELMÚLT ÉVEKBEN NÖVEKSZIK. A JAVASOLT PROJEKT ÁTFOGÓ CÉLJA AZ EPIGENETIKAI JELEK ÉS A GENOMI VARIÁNSOK SZEREPÉNEK ELEMZÉSE A TEJELŐ JUHOKBAN PRODUKTÍV POTENCIÁLLAL RENDELKEZŐ KÜLÖNBÖZŐ SZÖVETEK TRANSZKRIPCIÓS PROFILJÁNAK ELLENŐRZÉSÉBEN. EHHEZ FIATAL NŐI PREPUBERÁLIS BÁRÁNYOKAT FOGUNK HASZNÁLNI, AMELYEKET KORÁBBAN 3–5 HÓNAPOS KORBAN SÚLYOS TAKARMÁNYOZÁSI KORLÁTOZÁSNAK (NC) VETETTÜNK ALÁ, ÉS TANULMÁNYOZNI FOGJUK, HOGY EZ A TÁPLÁLKOZÁSI KORLÁTOZÁS HOGYAN BEFOLYÁSOLHATJA AZ EMLŐMIRIGY GYULLADÁSOS KIHÍVÁSÁVAL SZEMBENI IMMUNVÁLASZT, ÉS AZT IS, HOGY FELTÉTELEZETT TRANSZGENERÁCIÓS HATÁSA LEHET-E, PÉLDÁUL BEFOLYÁSOLJA AZ UTÓDAIK ZSÍRTARTALMÁT. A GLOBÁLIS CÉL ELÉRÉSE ÉRDEKÉBEN HÁROM KONKRÉT CÉLKITŰZÉST JAVASOLUNK. AZ ELSŐBEN AZ EMLŐMIRIGY ÉS A VÉRSEJTEK TRANSZKRIPCIÓS KONTROLLJÁVAL (BELEÉRTVE A CITOZIN-METILÁCIÓT TELJES GENOM BISULFIT SZEKVENÁLÁSSAL, LNCRNS ÉS GLOBÁLIS TRANSZKRIPTOMIKUS ANALÍZIS RNS-SEQ ALKALMAZÁSÁVAL) KIFEJTETT HATÁSÁT ELEMEZZÜK AZ EMLŐMIRIGY ÉS A VÉRSEJTEK DIFFERENCIÁLT NÖVEKEDÉSÉNEK, VALAMINT A GENOMIKUS VARIABILITÁSNAK AZOKNÁL AZ ÁLLATOKNÁL, AMELYEK GYULLADÁSOS KIHÍVÁST JELENTENEK A KONTROLLCSOPORTTAL SZEMBEN. A MÁSODIK CÉLKITŰZÉSBEN ELEMEZNI KELL AZ ANYAI TÁPLÁLKOZÁSI KIHÍVÁSNAK ÉS A GENOMIKUS VARIABILITÁSNAK A SZOPÓS BÁRÁNYOK PERIRENAL ZSÍRSZÖVETÉNEK TRANSZKRIPCIÓS KONTROLLJÁRA (CITOZIN-METILÁCIÓ, LNCRNS ÉS TELJES TRANSZKRIPTOMIKUS ANALÍZIS RNS-SEQ ALKALMAZÁSÁVAL) GYAKOROLT LEHETSÉGES HATÁSÁT. A HARMADIK CÉLKITŰZÉSBEN AZ ANYAJUHOK KÉT VIZSGÁLT CSOPORTJA (KONTROLL ÉS NC) GYULLADÁSOS KIHÍVÁSÁBAN AZONOSÍTOTT DIFFERENCIÁL EPIGENETIKAI JELEKKEL ÁTFEDÉSBEN LÉVŐ MUTÁCIÓKAT EGY GENOTIPIZÁLÁSI PLATFORMBA FOGJÁK FOGLALNI, AMELYET AZ ASSAF ANYAJUHOK KERESKEDELMI POPULÁCIÓJÁBAN VALIDÁLNAK, ÉS AMELYEK A SZOMATIKUS SEJTSZÁM FENOTÍPUSRA RENDELKEZÉSRE ÁLLÓ TENYÉSZÉRTÉKEKKEL RENDELKEZNEK. A TŐGYGYULLADÁS REZISZTENCIÁJÁNAK E MUTATÓJEGYÉVEL VALÓ JELENTŐS ÖSSZEFÜGGÉSEKET MUTATÓ MUTÁCIÓKAT ÚGY KELL TEKINTENI, HOGY AZOKAT A TENYÉSZTÉSI PROGRAMOKBAN GS-MEGKÖZELÍTÉSSEL HASZNOSÍTJÁK. GLOBÁLISAN EZ A PROJEKT NYÚJT EGY KEZDETI TÉRKÉPET EPIGENETIKAI JELEK A JUH GENOM, AMELY MEGMAGYARÁZZA, HOGY AZ EPIGENETIKAI MECHANIZMUSOK BEFOLYÁSOLJÁK A FENOTÍPUSOKAT. AZ ALAPISMERETEK LÉTREHOZÁSA MELLETT A PROJEKT KEZDETI LÉPÉS LESZ A GYAKORLATI INFORMÁCIÓK ELŐÁLLÍTÁSA FELÉ, HOGY JOBBAN MEGÉRTSÉK A GXE KÖLCSÖNHATÁST A TEJELŐ JUHOK TERMELÉKENYSÉGÉNEK, FENNTARTHATÓSÁGÁNAK ÉS RUGALMASSÁGÁNAK NÖVELÉSE ÉRDEKÉBEN. MINDEZEKNEK AZ INFORMÁCIÓKNAK AZ INTEGRÁLÁSA, AMELYEKET A LEGMODERNEBB GENOMIKAI TECHNIKÁK GENERÁLNAK, SEGÍT ABBAN, HOGY JOBBAN MEGÉRTSÜK AZ ÁLLATFAJOK KOMPLEX TULAJDONSÁGAINAK GENETIKAI ELLENŐRZÉSÉT. (Hungarian)
18 August 2022
0 references
ЕПИГЕНЕТИЧНИТЕ МЕХАНИЗМИ РЕГУЛИРАТ ГЕННАТА ЕКСПРЕСИЯ НЕЗАВИСИМО ОТ ОСНОВНАТА ДНК ПОСЛЕДОВАТЕЛНОСТ, КАТО ВМЕСТО ТОВА РАЗЧИТАТ НА ХИМИЧНАТА МОДИФИКАЦИЯ НА ДНК И ХИСТОНОВИ ПРОТЕИНИ. НАСТОЯЩИЯТ ПРОЕКТ Е ПРЕДЛОЖЕН В РАМКИТЕ НА ОСНОВНАТА ИЗСЛЕДОВАТЕЛСКА ЛИНИЯ НА НАШАТА ИЗСЛЕДОВАТЕЛСКА ГРУПА, ГЕНЕТИКАТА НА МЛЕЧНИТЕ ОВЦЕ, И КАТО СТЪПКА НАПРЕД КЪМ НАПРЕДЪКА В ПОЗНАВАНЕТО НА ГЕНЕТИЧНАТА АРХИТЕКТУРА НА СЛОЖНИТЕ ХАРАКТЕРИСТИКИ НА МЛЕЧНИТЕ ОВЦЕ, КАТО СЕ ИМА ПРЕДВИД, ЧЕ ПРИЗНАВАНЕТО НА ПРИНОСА НА ЕПИГЕНЕТИКАТА ЗА ФЕНОТИПНИТЕ ВАРИАЦИИ СЕ УВЕЛИЧАВА ПРЕЗ ПОСЛЕДНИТЕ ГОДИНИ. ГЛОБАЛНАТА ЦЕЛ НА ПРЕДЛОЖЕНИЯ ПРОЕКТ Е ДА СЕ АНАЛИЗИРА РОЛЯТА НА ЕПИГЕНЕТИЧНИТЕ БЕЛЕЗИ И ГЕНОМНИТЕ ВАРИАНТИ В КОНТРОЛА НА ТРАНСКРИПЦИОННИЯ ПРОФИЛ НА РАЗЛИЧНИТЕ ТЪКАНИ С ПРОИЗВОДСТВЕН ПОТЕНЦИАЛ ПРИ МЛЕЧНИТЕ ОВЦЕ. ЗА ТАЗИ ЦЕЛ ЩЕ ИЗПОЛЗВАМЕ МЛАДИ ЖЕНСКИ ПРЕДПУБЕРАЛНИ АГНЕТА, КОИТО ПРЕДИ ТОВА СА БИЛИ ПОДЛОЖЕНИ НА СЕРИОЗНО ХРАНИТЕЛНО ПРЕДИЗВИКАТЕЛСТВО ЗА ОГРАНИЧАВАНЕ НА ХРАНЕНЕТО (NC) НА ВЪЗРАСТ 3—5 МЕСЕЦА И ЩЕ ПРОУЧИМ КАК ТОВА ХРАНИТЕЛНО ОГРАНИЧЕНИЕ МОЖЕ ДА ПОВЛИЯЕ НА ИМУННИЯ ОТГОВОР СРЕЩУ ВЪЗПАЛИТЕЛНО ПРЕДИЗВИКАТЕЛСТВО В МЛЕЧНАТА ЖЛЕЗА И СЪЩО ТАКА, АКО МОЖЕ ДА ИМА ПРЕДПОЛАГАЕМ ТРАНСГЕНЕРАЦИОНЕН ЕФЕКТ, НАПРИМЕР ДА ПОВЛИЯЕ НА ТЛЪСТИНИТЕ В ТЯХНОТО ПОТОМСТВО. ЗА ПОСТИГАНЕ НА ГЛОБАЛНАТА ЦЕЛ ПРЕДЛАГАМЕ ТРИ КОНКРЕТНИ ЦЕЛИ. В ПЪРВАТА ЩЕ АНАЛИЗИРАМЕ ЕФЕКТА НА ДИФЕРЕНЦИАЛНИЯ РАСТЕЖ НА МЛЕЧНАТА ЖЛЕЗА И НА ГЕНОМНАТА ВАРИАБИЛНОСТ ВЪРХУ ТРАНСКРИПЦИОННИЯ КОНТРОЛ НА МЛЕЧНАТА ЖЛЕЗА И КРЪВНИТЕ КЛЕТКИ (ВКЛЮЧИТЕЛНО ЦИТОЗИН МЕТИЛИРАНЕ ЧРЕЗ ИЗПОЛЗВАНЕ НА ЦЯЛ ГЕНОМ БИСУЛФИТНО СЕКВЕНИРАНЕ, ИНКРИПЦИЯ И ГЛОБАЛЕН ТРАНСКРИПТОМИЧЕН АНАЛИЗ С ИЗПОЛЗВАНЕ НА РНК-SEQ) ПРИ ЖИВОТНИ, ПОДЛОЖЕНИ НА ВЪЗПАЛИТЕЛНО ПРЕДИЗВИКАТЕЛСТВО СПРЯМО КОНТРОЛНА ГРУПА. ВЪВ ВТОРАТА ЦЕЛ ЩЕ БЪДЕ АНАЛИЗИРАНО ПОТЕНЦИАЛНОТО ВЪЗДЕЙСТВИЕ НА ПРЕДИЗВИКАТЕЛСТВОТО, СВЪРЗАНО С ХРАНЕНЕТО НА МАЙКАТА, И НА ГЕНОМНАТА ВАРИАБИЛНОСТ ВЪРХУ ТРАНСКРИПЦИОННИЯ КОНТРОЛ (ЦИТОЗИН МЕТИЛИРАНЕ, LNCRNA И ЦЯЛ ТРАНСКРИПТОМИЧЕН АНАЛИЗ С ИЗПОЛЗВАНЕ НА РНК-SEQ) НА ТЪКАНТА НА ПЕРИРЕНАЛНАТА МАСТНА ТЪКАН ПРИ АГНЕТА СУКАЛЧЕТА. В ТРЕТАТА ЦЕЛ МУТАЦИИТЕ, ПРИПОКРИВАЩИ СЕ С ДИФЕРЕНЦИАЛНИТЕ ЕПИГЕНЕТИЧНИ БЕЛЕЗИ, ИДЕНТИФИЦИРАНИ ПРИ ВЪЗПАЛИТЕЛНОТО ПРЕДИЗВИКАТЕЛСТВО МЕЖДУ ДВЕТЕ ИЗСЛЕДВАНИ ГРУПИ ОВЦЕ МАЙКИ (КОНТРОЛ И NC), ЩЕ БЪДАТ ВКЛЮЧЕНИ В ПЛАТФОРМА ЗА ГЕНОТИП, КОЯТО ДА БЪДЕ ВАЛИДИРАНА В ТЪРГОВСКА ПОПУЛАЦИЯ НА ОВЦЕ МАЙКИ ASSAF С НАЛИЧНИ РАЗМНОЖИТЕЛНИ СТОЙНОСТИ ЗА ФЕНОТИПА НА СОМАТИЧНИТЕ КЛЕТКИ. МУТАЦИИТЕ, ПОКАЗВАЩИ ЗНАЧИТЕЛНИ ВРЪЗКИ С ТОЗИ ПОКАЗАТЕЛ ЗА УСТОЙЧИВОСТ НА МАСТИТ, ЩЕ СЕ СЧИТАТ ЗА ИЗПОЛЗВАНИ В РАЗВЪДНИТЕ ПРОГРАМИ ЧРЕЗ ПОДХОД GS. В СВЕТОВЕН МАЩАБ ТОЗИ ПРОЕКТ ЩЕ ПРЕДОСТАВИ ПЪРВОНАЧАЛНА КАРТА НА ЕПИГЕНЕТИЧНИТЕ БЕЛЕЗИ В ГЕНОМА НА ОВЦЕТЕ, КОЯТО БИ ОБЯСНИЛА КАК ЕПИГЕНЕТИЧНИТЕ МЕХАНИЗМИ ВЛИЯЯТ ВЪРХУ ФЕНОТИПОВЕТЕ. В ДОПЪЛНЕНИЕ КЪМ ГЕНЕРИРАНЕТО НА ОСНОВНИ ЗНАНИЯ, ПРОЕКТЪТ ЩЕ БЪДЕ ПЪРВОНАЧАЛНА СТЪПКА КЪМ ГЕНЕРИРАНЕТО НА ПРАКТИЧЕСКА ИНФОРМАЦИЯ ЗА ПО-ДОБРО РАЗБИРАНЕ НА ВЗАИМОДЕЙСТВИЕТО С GXE ЗА ПОВИШАВАНЕ НА ПРОИЗВОДИТЕЛНОСТТА, УСТОЙЧИВОСТТА И УСТОЙЧИВОСТТА НА МЛЕЧНИТЕ ОВЦЕ. ИНТЕГРИРАНЕТО НА ЦЯЛАТА ТАЗИ ИНФОРМАЦИЯ, ГЕНЕРИРАНА ЧРЕЗ НАЙ-МОДЕН ГЕНОМНИ ТЕХНИКИ, ЩЕ ПОМОГНЕ ДА СЕ ПОДОБРИ РАЗБИРАНЕТО НИ ЗА ГЕНЕТИЧНИЯ КОНТРОЛ НА СЛОЖНИТЕ ХАРАКТЕРИСТИКИ ПРИ ЖИВОТИНСКИТЕ ВИДОВЕ. (Bulgarian)
18 August 2022
0 references
EPIGENETINIAI MECHANIZMAI REGULIUOJA GENŲ EKSPRESIJĄ NEPRIKLAUSOMAI NUO PAGRINDINĖS DNR SEKOS, O VEIKIAU REMIASI CHEMINE DNR IR HISTONO BALTYMŲ MODIFIKACIJA. DABARTINIS PROJEKTAS YRA SIŪLOMAS PER PAGRINDINĘ MOKSLINIŲ TYRIMŲ LINIJĄ MŪSŲ MOKSLINIŲ TYRIMŲ GRUPĖS, GENETIKA PIENINĖS AVIŲ, IR KAIP ŽINGSNIS Į PRIEKĮ Į PRIEKĮ ŽINIŲ APIE GENETINĘ ARCHITEKTŪRĄ SUDĖTINGŲ BRUOŽŲ INTERESŲ PIENINĖMS AVIMS, ATSIŽVELGIANT Į TAI, KAD EPIGENETIKOS INDĖLIO Į FENOTIPINIŲ VARIACIJOS PRIPAŽINIMAS PASTARAISIAIS METAIS DIDĖJA. BENDRAS SIŪLOMO PROJEKTO TIKSLAS – IŠANALIZUOTI EPIGENETINIŲ ŽENKLŲ IR GENOMINIŲ VARIANTŲ VAIDMENĮ KONTROLIUOJANT ĮVAIRIŲ AUDINIŲ, TURINČIŲ PRODUKTYVŲ POTENCIALĄ PIENINĖMS AVIMS, TRANSKRIPCIJOS PROFILĮ. NORĖDAMI TAI PADARYTI, MES NAUDOSIME JAUNAS MOTERŲ PREPUBERAL ĖRIUKŲ, KURIEMS ANKSČIAU BUVO TAIKOMAS SUNKUS PAŠARŲ APRIBOJIMAS MITYBOS IŠŠŪKIS (NC) 3–5 MĖNESIŲ AMŽIAUS, IR IŠNAGRINĖSIME, KAIP ŠIS MITYBOS APRIBOJIMAS GALI PAVEIKTI IMUNINĮ ATSAKĄ NUO UŽDEGIMINIO IŠŠŪKIO PIENO LIAUKOJE, TAIP PAT, JEI JIS GALI TURĖTI SPĖJAMĄ TRANSGENERACINĮ POVEIKĮ, PAVYZDŽIUI, ĮTAKOTI JŲ PALIKUONIŲ RIEBUMO BRUOŽUS. SIEKDAMI VISUOTINIO TIKSLO, SIŪLOME TRIS KONKREČIUS TIKSLUS. PIRMA, ANALIZUOSIME DIFERENCINIO PIENO LIAUKOS AUGIMO IR GENOMINIO KINTAMUMO POVEIKĮ PIENO LIAUKŲ IR KRAUJO LĄSTELIŲ TRANSKRIPCINEI KONTROLEI (ĮSKAITANT CITOZINO METILINIMĄ, NAUDOJANT VISĄ GENOMO BISULFITO SEKĄ, LNCRNR IR PASAULINĘ TRANSKRIPTOGRAFINĘ ANALIZĘ NAUDOJANT RNR-SEQ) GYVŪNAMS, KURIEMS YRA UŽDEGIMINIS IŠŠŪKIS, PALYGINTI SU KONTROLINE GRUPE. ANTRUOJU TIKSLU BUS ANALIZUOJAMAS GALIMAS MOTINŲ MITYBOS IŠŠŪKIO IR GENOMO KINTAMUMO POVEIKIS ŽINDOMŲ ĖRIUKŲ TRANSKRIPCIJOS KONTROLEI (CITOZINO METILINIMAS, LNCRNR IR VISA TRANSKRIPTOMINĖ ANALIZĖ NAUDOJANT RNR-SEQ). PAGAL TREČIĄJĮ TIKSLĄ MUTACIJOS, SUTAMPANČIOS SU DIFERENCINIAIS EPIGENETINIAIS ŽENKLAIS, NUSTATYTAIS DVIEJŲ TIRTŲ AVIŲ GRUPIŲ (KONTROLĖS IR NC) UŽDEGIMINIAME UŽDAVINYJE, BUS ĮTRAUKTOS Į GENOTIPO NUSTATYMO PLATFORMĄ, KURI BUS PATVIRTINTA KOMERCINĖJE ASSAF AVIŲ POPULIACIJOJE, TURINČIOJE SOMATINIŲ LĄSTELIŲ BALŲ FENOTIPO VEISIMO VERTES. MUTACIJOS, TURINČIOS REIKŠMINGŲ SĄSAJŲ SU ŠIUO ATSPARUMO MASTITUI INDIKATORINIU BRUOŽU, BUS LAIKOMOS IŠNAUDOTOMIS VEISIMO PROGRAMOSE TAIKANT GS METODĄ. VISAME PASAULYJE ŠIS PROJEKTAS PATEIKS PRADINĮ EPIGENETINIŲ ŽYMENŲ ŽEMĖLAPĮ AVIŲ GENOME, KURIS PAAIŠKINS, KAIP EPIGENETINIAI MECHANIZMAI VEIKIA FENOTIPUS. BE PAGRINDINIŲ ŽINIŲ, PROJEKTAS BUS PRADINIS ŽINGSNIS KURIANT PRAKTINĘ INFORMACIJĄ, KAD BŪTŲ GALIMA GERIAU SUPRASTI GXE SĄVEIKĄ, SIEKIANT PADIDINTI PIENINIŲ AVIŲ PRODUKTYVUMĄ, TVARUMĄ IR ATSPARUMĄ. VISOS ŠIOS INFORMACIJOS, SUKURTOS NAUDOJANT MODENO GENOMINIUS METODUS, INTEGRAVIMAS PADĖS MUMS GERIAU SUPRASTI SUDĖTINGŲ GYVULIŲ RŪŠIŲ BRUOŽŲ GENETINĘ KONTROLĘ. (Lithuanian)
18 August 2022
0 references
EPIGENETSKI MEHANIZMI REGULIRAJU GENSKU EKSPRESIJU NEOVISNO O TEMELJNOJ SEKVENCI DNK, OSLANJAJUĆI SE UMJESTO TOGA NA KEMIJSKU MODIFIKACIJU DNK I HISTONSKIH PROTEINA. OVAJ PROJEKT PREDLOŽEN JE U OKVIRU GLAVNE ISTRAŽIVAČKE LINIJE NAŠE ISTRAŽIVAČKE GRUPE, GENETIKE MLIJEČNIH OVACA, TE KAO KORAK NAPRIJED U ZNANJU O GENETSKOJ ARHITEKTURI SLOŽENIH OSOBINA OD INTERESA ZA MLIJEČNE OVCE S OBZIROM NA TO DA JE PRIZNAVANJE DOPRINOSA EPIGENETIKE FENOTIPSKIM VARIJACIJAMA POSLJEDNJIH GODINA U PORASTU. GLOBALNI CILJ PREDLOŽENOG PROJEKTA JE ANALIZIRATI ULOGU EPIGENETSKIH OZNAKA I GENOMSKIH VARIJANTI U KONTROLI TRANSKRIPCIJSKOG PROFILA RAZLIČITIH TKIVA S PROIZVODNIM POTENCIJALOM KOD MLIJEČNIH OVACA. ZA TO ĆEMO KORISTITI MLADE ŽENSKE PREPUBERALNE JANJAD, KOJE SU PRETHODNO BILE PODVRGNUTE TEŠKOM PREHRAMBENOM IZAZOVU (NC) U DOBI OD 3 – 5 MJESECI, TE ĆEMO PROUČITI KAKO TO PREHRAMBENO OGRANIČENJE MOŽE UTJECATI NA IMUNOLOŠKI ODGOVOR PROTIV UPALNOG IZAZOVA U MLIJEČNOJ ŽLIJEZDI I, TAKOĐER, AKO MOŽE IMATI PRETPOSTAVLJENI TRANSGENERACIJSKI UČINAK, NA PRIMJER UTJEČUĆI NA OSOBINE MASNOĆE U NJIHOVIM POTOMCIMA. KAKO BI SE POSTIGAO GLOBALNI CILJ, PREDLAŽEMO TRI POSEBNA CILJA. U PRVOM ĆEMO ANALIZIRATI UČINAK DIFERENCIJALNOG RASTA MLIJEČNE ŽLIJEZDE I GENOMSKE VARIJABILNOSTI NAD TRANSKRIPCIJSKOM KONTROLOM MLIJEČNE ŽLIJEZDE I KRVNIH STANICA (UKLJUČUJUĆI METILACIJU CITOZINA PRIMJENOM SEKVENCIRANJA CIJELOG GENOMA BISULFITA, LNCRNA I GLOBALNU TRANSKRIPTOMSKU ANALIZU POMOĆU RNA-SEQ) U ŽIVOTINJA PODVRGNUTIH UPALNOM IZAZOVU U ODNOSU NA KONTROLNU SKUPINU. U DRUGOM CILJU ANALIZIRAT ĆE SE MOGUĆI UTJECAJ PREHRAMBENOG IZAZOVA MAJKE I GENOMSKE VARIJABILNOSTI NA TRANSKRIPIJSKU KONTROLU (METILACIJA CITAZINA, LNCRNK I CJELOVITA TRANSKRIPTOMSKA ANALIZA POMOĆU RNK-SEQ) PERIRENALNOG MASNOG TKIVA U JANJADI KOJA SIŠE. U TREĆEM CILJU, MUTACIJE KOJE SE PREKLAPAJU S DIFERENCIJALNIM EPIGENETSKIM ZNAKOVIMA IDENTIFICIRANIMA U UPALNOM IZAZOVU IZMEĐU DVIJE ISPITANE SKUPINE OVACA (KONTROLE I NC) BIT ĆE UKLJUČENE U PLATFORMU ZA GENOTIPIZACIJU KOJA ĆE SE VALIDIRATI U KOMERCIJALNOJ POPULACIJI OVACA VRSTE ASSAF S DOSTUPNIM UZGOJNIM VRIJEDNOSTIMA ZA FENOTIP SOMATSKIH STANICA. MUTACIJE KOJE POKAZUJU ZNAČAJNU POVEZANOST S OVIM POKAZATELJEM OTPORNOSTI NA MASTITIS SMATRAT ĆE SE ISKORIŠTENIMA U UZGOJNIM PROGRAMIMA PRIMJENOM GS PRISTUPA. GLOBALNO, OVAJ PROJEKT ĆE PRUŽITI POČETNU KARTU EPIGENETSKIH TRAGOVA U GENOMU OVACA KOJA BI OBJASNILA KAKO EPIGENETSKI MEHANIZMI UTJEČU NA FENOTIPOVE. OSIM GENERIRANJA OSNOVNIH ZNANJA, PROJEKT ĆE BITI POČETNI KORAK PREMA GENERIRANJU PRAKTIČNIH INFORMACIJA KAKO BI SE BOLJE RAZUMJELA INTERAKCIJA GXE-A KAKO BI SE POVEĆALA PRODUKTIVNOST, ODRŽIVOST I OTPORNOST MLIJEČNIH OVACA. INTEGRACIJA SVIH TIH INFORMACIJA, GENERIRANIH KROZ NAJVIŠE MODEN GENOMSKE TEHNIKE, POMOĆI ĆE POVEĆATI NAŠE RAZUMIJEVANJE GENETSKE KONTROLE SLOŽENIH OSOBINA U STOČARSKIM VRSTAMA. (Croatian)
18 August 2022
0 references
EPIGENETISKA MEKANISMER REGLERAR GENUTTRYCKET OBEROENDE AV DEN UNDERLIGGANDE DNA-SEKVENSEN OCH FÖRLITAR SIG ISTÄLLET PÅ DEN KEMISKA MODIFIERINGEN AV DNA- OCH HISTONPROTEINER. DET AKTUELLA PROJEKTET FÖRESLÅS INOM DEN HUVUDSAKLIGA FORSKNINGSLINJEN FÖR VÅR FORSKARGRUPP, GENETIK HOS MJÖLKFÅR, OCH SOM ETT STEG FRAMÅT FÖR ATT AVANCERA I KUNSKAPEN OM DEN GENETISKA ARKITEKTUREN HOS KOMPLEXA EGENSKAPER AV INTRESSE FÖR MJÖLKFÅR MED TANKE PÅ ATT ERKÄNNANDET AV EPIGENETIKENS BIDRAG TILL FENOTYPISKA VARIATIONER ÖKAR UNDER DE SENASTE ÅREN. DET ÖVERGRIPANDE MÅLET MED DET FÖRESLAGNA PROJEKTET ÄR ATT ANALYSERA EPIGENETISKA MÄRKENS OCH GENOMISKA VARIANTERS ROLL I KONTROLLEN AV TRANSKRIPTIONSPROFILEN FÖR OLIKA VÄVNADER MED PRODUKTIONSPOTENTIAL HOS MJÖLKFÅR. FÖR DET KOMMER VI ATT ANVÄNDA UNGA KVINNLIGA PREPUBERALA LAMM, SOM TIDIGARE UTSATTS FÖR EN SVÅR FODERRESTRIKTION NÄRINGSUTMANING (NC) VID 3–5 MÅNADERS ÅLDER, OCH KOMMER ATT STUDERA HUR DENNA NÄRINGSRESTRIKTION KAN PÅVERKA IMMUNSVARET MOT EN INFLAMMATORISK UTMANING I BRÖSTKÖRTELN OCH ÄVEN, OM DET KAN HA EN FÖRMODAD TRANSGENERATIONELL EFFEKT, TILL EXEMPEL PÅVERKA FETTEGENSKAPER HOS DERAS AVKOMMA. FÖR ATT UPPNÅ DET ÖVERGRIPANDE MÅLET FÖRESLÅR VI TRE SPECIFIKA MÅL. I DEN FÖRSTA KOMMER VI ATT ANALYSERA EFFEKTEN AV DEN DIFFERENTIALA TILLVÄXTEN AV BRÖSTKÖRTELN OCH AV GENOMETS VARIABILITET ÖVER TRANSKRIPTIONELL KONTROLL AV BRÖSTKÖRTELN OCH BLODKROPPARNA (INKLUSIVE CYTOSINMETYLERING MED HJÄLP AV HELA GENOMBISULFITSEKVENSERINGEN, LNCRNA OCH GLOBAL TRANSKRIPTOMISK ANALYS MED RNA-SEQ) HOS DJUR SOM UTSÄTTS FÖR EN INFLAMMATORISK UTMANING JÄMFÖRT MED EN KONTROLLGRUPP. I DET ANDRA MÅLET ANALYSERAS DEN POTENTIELLA EFFEKTEN AV EN MATERNELL NÄRINGSUTMANING OCH DEN GENOMISKA VARIATIONEN PÅ TRANSKRIPTIONELL KONTROLL (CYTOSINMETYLERING, LNCRNA OCH HEL TRANSKRIPTOMISK ANALYS MED RNA-SEQ) AV PERIRENAL FETTVÄVNAD I DIANDE LAMM. I DET TREDJE MÅLET KOMMER MUTATIONERNA SOM ÖVERLAPPAR DE DIFFERENTIALA EPIGENETISKA MÄRKENA SOM IDENTIFIERATS I DEN INFLAMMATORISKA UTMANINGEN MELLAN DE TVÅ STUDERADE GRUPPERNA AV TACKOR (KONTROLL OCH NC) ATT INKLUDERAS I EN GENOTYPNINGSPLATTFORM SOM SKA VALIDERAS I EN KOMMERSIELL POPULATION AV ASSAF TACKOR MED TILLGÄNGLIGA AVELSVÄRDEN FÖR DEN SOMATISKA CELLPOÄNGEN FENOTYP. MUTATIONER SOM UPPVISAR BETYDANDE SAMBAND MED DETTA INDIKATORDRAG AV MASTITRESISTENS KOMMER ATT ANSES UTNYTTJAS I AVELSPROGRAM GENOM EN GS-METOD. GLOBALT KOMMER DETTA PROJEKT ATT GE EN FÖRSTA KARTA ÖVER EPIGENETISKA MÄRKEN I FÅRGENOMET SOM SKULLE FÖRKLARA HUR EPIGENETISKA MEKANISMER PÅVERKAR FENOTYPER. FÖRUTOM ATT GENERERA GRUNDLÄGGANDE KUNSKAPER KOMMER PROJEKTET ATT VARA ETT FÖRSTA STEG MOT ATT GENERERA PRAKTISK INFORMATION FÖR ATT BÄTTRE FÖRSTÅ GXE-INTERAKTIONEN FÖR ATT ÖKA PRODUKTIVITETEN, HÅLLBARHETEN OCH MOTSTÅNDSKRAFTEN HOS MJÖLKFÅR. INTEGRERINGEN AV ALL DENNA INFORMATION, SOM GENERERAS GENOM DE MEST MODENGENOMISKA TEKNIKERNA, KOMMER ATT BIDRA TILL ATT ÖKA VÅR FÖRSTÅELSE FÖR DEN GENETISKA KONTROLLEN AV KOMPLEXA EGENSKAPER HOS BOSKAPSARTER. (Swedish)
18 August 2022
0 references
MECANISMELE EPIGENETICE REGLEAZĂ EXPRESIA GENELOR INDEPENDENT DE SECVENȚA ADN DE BAZĂ, BAZÂNDU-SE ÎN SCHIMB PE MODIFICAREA CHIMICĂ A ADN-ULUI ȘI A PROTEINELOR HISTONE. PREZENTUL PROIECT ESTE PROPUS ÎN CADRUL LINIEI PRINCIPALE DE CERCETARE A GRUPULUI NOSTRU DE CERCETARE, GENETICA OILOR DE LAPTE, ȘI CA UN PAS ÎNAINTE PENTRU A AVANSA ÎN CUNOAȘTEREA ARHITECTURII GENETICE A TRĂSĂTURILOR COMPLEXE DE INTERES PENTRU OILE DE LAPTE, AVÂND ÎN VEDERE CĂ RECUNOAȘTEREA CONTRIBUȚIEI EPIGENETICE LA VARIAȚIA FENOTIPICĂ ESTE ÎN CREȘTERE ÎN ULTIMII ANI. OBIECTIVUL GLOBAL AL PROIECTULUI PROPUS ESTE DE A ANALIZA ROLUL SEMNELOR EPIGENETICE ȘI AL VARIANTELOR GENOMICE ÎN CONTROLUL PROFILULUI TRANSCRIPȚIONAL AL DIFERITELOR ȚESUTURI CU POTENȚIAL PRODUCTIV LA OVINELE DE LAPTE. PENTRU ACEASTA, VOM FOLOSI MIEI PREPUBERALI TINERI DE SEX FEMININ, SUPUȘI ANTERIOR UNEI PROVOCĂRI NUTRIȚIONALE SEVERE (NC) LA VÂRSTA DE 3-5 LUNI ȘI VOM STUDIA MODUL ÎN CARE ACEASTĂ RESTRICȚIE NUTRIȚIONALĂ POATE INFLUENȚA RĂSPUNSUL IMUN LA O PROVOCARE INFLAMATORIE ÎN GLANDA MAMARĂ ȘI, DE ASEMENEA, DACĂ POATE AVEA UN EFECT TRANSGENERAȚIONAL PREZUMAT, DE EXEMPLU, INFLUENȚÂND TRĂSĂTURILE DE GRĂSIME LA DESCENDENȚII LOR. PENTRU A ATINGE OBIECTIVUL GLOBAL, PROPUNEM TREI OBIECTIVE SPECIFICE. ÎN PRIMUL, VOM ANALIZA EFECTUL CREȘTERII DIFERENȚIALE A GLANDEI MAMARE ȘI AL VARIABILITĂȚII GENOMICE ASUPRA CONTROLULUI TRANSCRIPȚIONAL AL GLANDEI MAMARE ȘI AL CELULELOR SANGUINE (INCLUSIV METILAREA CITOZINEI UTILIZÂND SECVENȚIEREA BISULFITULUI GENOMULUI ÎNTREG, LNCARNA ȘI ANALIZA TRANSCRIZOMICĂ GLOBALĂ UTILIZÂND ARN-SEQ) LA ANIMALELE SUPUSE UNEI PROVOCĂRI INFLAMATORII FAȚĂ DE UN GRUP DE CONTROL. ÎN CADRUL CELUI DE-AL DOILEA OBIECTIV SE VA ANALIZA IMPACTUL POTENȚIAL AL UNEI PROVOCĂRI NUTRIȚIONALE MATERNE ȘI AL VARIABILITĂȚII GENOMICE ASUPRA CONTROLULUI TRANSCRIPȚIONAL (METILAREA CITOZINĂ, LNCARNA ȘI ANALIZA TRANSCRIZOMICĂ INTEGRALĂ UTILIZÂND ARN-SEQ) A ȚESUTULUI ADIPOS PERIRENAL LA MIEII ALĂPTAȚI. ÎN AL TREILEA OBIECTIV, MUTAȚIILE CARE SE SUPRAPUN CU SEMNELE EPIGENETICE DIFERENȚIALE IDENTIFICATE ÎN PROVOCAREA INFLAMATORIE DINTRE CELE DOUĂ GRUPURI STUDIATE DE OI (CONTROL ȘI NC) VOR FI INCLUSE ÎNTR-O PLATFORMĂ DE GENOTIP CARE URMEAZĂ SĂ FIE VALIDATĂ ÎNTR-O POPULAȚIE COMERCIALĂ DE OI ASSAF CU VALORI DE REPRODUCERE DISPONIBILE PENTRU FENOTIPUL SCORULUI CELULELOR SOMATICE. MUTAȚIILE CARE PREZINTĂ ASOCIERI SEMNIFICATIVE CU ACEASTĂ TRĂSĂTURĂ INDICATOR DE REZISTENȚĂ LA MASTITĂ VOR FI CONSIDERATE A FI EXPLOATATE ÎN CADRUL PROGRAMELOR DE AMELIORARE PRINTR-O ABORDARE GS. LA NIVEL GLOBAL, ACEST PROIECT VA OFERI O HARTĂ INIȚIALĂ A SEMNELOR EPIGENETICE ÎN GENOMUL OILOR CARE AR EXPLICA MODUL ÎN CARE MECANISMELE EPIGENETICE INFLUENȚEAZĂ FENOTIPURILE. ÎN PLUS FAȚĂ DE GENERAREA DE CUNOȘTINȚE DE BAZĂ, PROIECTUL VA FI UN PRIM PAS CĂTRE GENERAREA DE INFORMAȚII PRACTICE PENTRU A ÎNȚELEGE MAI BINE INTERACȚIUNEA GXE PENTRU A CREȘTE PRODUCTIVITATEA, DURABILITATEA ȘI LINIȘTEA OILOR DE LAPTE. INTEGRAREA TUTUROR ACESTOR INFORMAȚII, GENERATĂ PRIN CELE MAI MULTE TEHNICI GENOMICE MODEN, VA CONTRIBUI LA O MAI BUNĂ ÎNȚELEGERE A CONTROLULUI GENETIC AL TRĂSĂTURILOR COMPLEXE ALE SPECIILOR DE ANIMALE. (Romanian)
18 August 2022
0 references
EPIGENETSKI MEHANIZMI URAVNAVAJO IZRAŽANJE GENOV NEODVISNO OD OSNOVNEGA ZAPOREDJA DNK, NAMESTO TEGA PA SE ZANAŠAJO NA KEMIJSKO SPREMEMBO DNA IN HISTONSKIH PROTEINOV. TA PROJEKT JE PREDLAGAN V OKVIRU GLAVNE RAZISKOVALNE LINIJE NAŠE RAZISKOVALNE SKUPINE, GENETIKE OVAC MOLZNIC IN KOT KORAK NAPREJ K NAPREDKU PRI POZNAVANJU GENETSKE ARHITEKTURE KOMPLEKSNIH LASTNOSTI, KI ZANIMAJO OVCE MOLZNICE, GLEDE NA TO, DA SE PRIZNAVANJE PRISPEVKA EPIGENETIKE K FENOTIPSKI VARIACIJI V ZADNJIH LETIH POVEČUJE. GLOBALNI CILJ PREDLAGANEGA PROJEKTA JE ANALIZIRATI VLOGO EPIGENETSKIH ZNAKOV IN GENOMSKIH RAZLIČIC PRI NADZORU TRANSKRIPCIJSKEGA PROFILA RAZLIČNIH TKIV S PROIZVODNIM POTENCIALOM PRI OVCAH MOLZNICAH. ZA TO BOMO UPORABILI MLADE ŽENSKE PREDUBERALNE JAGNJETINE, KI SO BILE PREDHODNO PODVRŽENE HUDIM PREHRANSKIM IZZIVOM (NC) PRI STAROSTI 3–5 MESECEV, IN BOMO PREUČILI, KAKO LAHKO TA OMEJITEV PREHRANE VPLIVA NA IMUNSKI ODZIV PROTI VNETNEMU IZZIVU V MLEČNI ŽLEZI IN TUDI, ČE IMA LAHKO DOMNEVNI TRANSGENERACIJSKI UČINEK, NA PRIMER VPLIVANJE NA LASTNOSTI MAŠČOB PRI NJIHOVIH POTOMCIH. ZA DOSEGO GLOBALNEGA CILJA PREDLAGAMO TRI POSEBNE CILJE. V PRVEM BOMO ANALIZIRALI UČINEK DIFERENCIALNE RASTI MLEČNE ŽLEZE IN GENOMSKE VARIABILNOSTI TRANSKRIPCIJSKE KONTROLE MLEČNE ŽLEZE IN KRVNIH CELIC (VKLJUČNO Z METILACIJO CITOZINA Z UPORABO SEKVENCIRANJA CELOTNEGA GENOMA BISULFITA, LNCRNA IN GLOBALNE TRANSKRIPTOMSKE ANALIZE Z UPORABO RNA-SEQ) PRI ŽIVALIH, IZPOSTAVLJENIH VNETNEMU IZZIVU V PRIMERJAVI S KONTROLNO SKUPINO. V DRUGEM CILJU BO ANALIZIRAN MOREBITNI VPLIV PREHRANJEVALNEGA IZZIVA MATER IN GENOMSKE VARIABILNOSTI TRANSKRIPCIJSKE KONTROLE (METILACIJA CITOZINA, LNCRNA IN CELOTNA TRANSKRIPTOMSKA ANALIZA Z UPORABO RNA-SEQ) PERIRENALNEGA MAŠČOBNEGA TKIVA PRI DOJEČIH JAGNJETAH. V TRETJEM CILJU BODO MUTACIJE, KI SE PREKRIVAJO Z DIFERENCIALNIMI EPIGENETSKIMI ZNAKI, UGOTOVLJENIMI V VNETNEM IZZIVU MED OBEMA PREUČEVANIMA SKUPINAMA OVC (KONTROLA IN NC), VKLJUČENE V PLATFORMO ZA GENOTIPIZACIJO, KI JO JE TREBA POTRDITI V KOMERCIALNI POPULACIJI OVC ASSAF Z RAZPOLOŽLJIVIMI PLEMENSKIMI VREDNOSTMI ZA FENOTIP SOMATSKIH CELIC. MUTACIJE, KI KAŽEJO POMEMBNE POVEZAVE S TO INDIKATORSKO LASTNOSTJO ODPORNOSTI PROTI MASTITISU, SE BODO ŠTELE ZA IZKORIŠČENE V REJSKIH PROGRAMIH S PRISTOPOM GS. NA SVETOVNI RAVNI BO TA PROJEKT ZAGOTOVIL ZAČETNI ZEMLJEVID EPIGENETIČNIH ZNAKOV V OVČJEM GENOMU, KI BO POJASNIL, KAKO EPIGENETSKI MEHANIZMI VPLIVAJO NA FENOTIPE. POLEG PRIDOBIVANJA OSNOVNEGA ZNANJA BO PROJEKT PRVI KORAK K USTVARJANJU PRAKTIČNIH INFORMACIJ ZA BOLJŠE RAZUMEVANJE INTERAKCIJE GXE ZA POVEČANJE PRODUKTIVNOSTI, TRAJNOSTI IN ODPORNOSTI OVC MOLZNIC. INTEGRACIJA VSEH TEH INFORMACIJ, USTVARJENIH Z NAJBOLJ MODENSKIMI GENOMSKIMI TEHNIKAMI, BO PRIPOMOGLA K BOLJŠEMU RAZUMEVANJU GENETSKEGA NADZORA KOMPLEKSNIH LASTNOSTI PRI VRSTAH ŽIVINE. (Slovenian)
18 August 2022
0 references
MECHANIZMY EPIGENETYCZNE REGULUJĄ EKSPRESJĘ GENU NIEZALEŻNIE OD PODSTAWOWEJ SEKWENCJI DNA, OPIERAJĄC SIĘ ZAMIAST TEGO NA CHEMICZNEJ MODYFIKACJI DNA I BIAŁEK HISTONE. NINIEJSZY PROJEKT JEST PROPONOWANY W RAMACH GŁÓWNEJ LINII BADAWCZEJ NASZEJ GRUPY BADAWCZEJ, GENETYKI OWIEC MLECZNYCH I JAKO KROK NAPRZÓD W WIEDZY O ARCHITEKTURZE GENETYCZNEJ ZŁOŻONYCH CECH ZAINTERESOWANIA OWIEC MLECZNYCH, BIORĄC POD UWAGĘ, ŻE UZNANIE WKŁADU EPIGENETYKI W ZMIENNOŚĆ FENOTYPOWĄ ROŚNIE W OSTATNICH LATACH. OGÓLNYM CELEM PROPONOWANEGO PROJEKTU JEST ANALIZA ROLI ZNAKÓW EPIGENETYCZNYCH I WARIANTÓW GENOMOWYCH W KONTROLI PROFILU TRANSKRYPCYJNEGO RÓŻNYCH TKANEK O POTENCJALE PRODUKCYJNYM U OWIEC MLECZNYCH. DO TEGO WYKORZYSTAMY MŁODE SAMICE JAGNIĄT PRZEDWCZEŚNIE NARAŻONYCH NA POWAŻNE OGRANICZENIA ŻYWIENIOWE (NC) W WIEKU 3-5 MIESIĘCY I ZBADAMY, W JAKI SPOSÓB TO OGRANICZENIE ŻYWIENIOWE MOŻE WPŁYWAĆ NA ODPOWIEDŹ IMMUNOLOGICZNĄ PRZECIWKO ZAPALNEMU WYZWANIU GRUCZOŁU SUTKOWEGO, A TAKŻE, JEŚLI MOŻE MIEĆ DOMNIEMANY EFEKT TRANSGENERACYJNY, NA PRZYKŁAD WPŁYWAJĄC NA CECHY TŁUSZCZOWE U ICH POTOMSTWA. ABY OSIĄGNĄĆ CEL GLOBALNY, PROPONUJEMY TRZY CELE SZCZEGÓŁOWE. W PIERWSZYM ZBADAMY WPŁYW RÓŻNICOWEGO WZROSTU GRUCZOŁU SUTKOWEGO I ZMIENNOŚCI GENOMOWEJ NAD KONTROLĄ TRANSKRYPCYJNĄ GRUCZOŁU SUTKOWEGO I KOMÓREK KRWI (W TYM METYLACJI CYTOZYNY PRZY UŻYCIU SEKWENCJONOWANIA BISULFITE CAŁEGO GENOMU, LNCRNA I GLOBALNEJ ANALIZY TRANSKRYPTOMICZNEJ PRZY UŻYCIU RNA-SEQ) U ZWIERZĄT PODDANYCH WYZWANIU ZAPALNEMU W PORÓWNANIU Z GRUPĄ KONTROLNĄ. W DRUGIM CELU PRZEANALIZOWANY ZOSTANIE POTENCJALNY WPŁYW WYZWANIA ŻYWIENIOWEGO DLA MATKI I ZMIENNOŚCI GENOMOWEJ NA KONTROLĘ TRANSKRYPCYJNĄ (METYLOWANIE CYTOZYNĄ, LNCRNA I CAŁĄ ANALIZĘ TRANSKRYPTOMICZNĄ PRZY UŻYCIU RNA-SEQ) OKOŁONERKOWEJ TKANKI TŁUSZCZOWEJ U JAGNIĄT SSĄCYCH. W TRZECIM CELU MUTACJE POKRYWAJĄCE SIĘ Z RÓŻNICOWYMI ZNAKAMI EPIGENETYCZNYMI ZIDENTYFIKOWANYMI W WYZWANIU ZAPALNYM MIĘDZY DWIEMA BADANYMI GRUPAMI OWIEC (KONTROLA I NC) ZOSTANĄ WŁĄCZONE DO PLATFORMY GENOTYPOWEJ, KTÓRA MA ZOSTAĆ ZWALIDOWANA W KOMERCYJNEJ POPULACJI OWIEC ASSAF Z DOSTĘPNYMI WARTOŚCIAMI HODOWLANYMI FENOTYPU PUNKTACJI KOMÓREK SOMATYCZNYCH. MUTACJE WYKAZUJĄCE ZNACZĄCE SKOJARZENIA Z TĄ CECHĄ WSKAŹNIKOWĄ ODPORNOŚCI NA ZAPALENIE GRUCZOŁU KROKOWEGO ZOSTANĄ UZNANE ZA WYKORZYSTYWANE W PROGRAMACH HODOWLANYCH W RAMACH PODEJŚCIA OPARTEGO NA GS. NA CAŁYM ŚWIECIE PROJEKT TEN DOSTARCZY WSTĘPNĄ MAPĘ ŚLADÓW EPIGENETYCZNYCH W GENOMIE OWIEC, KTÓRA WYJAŚNI, W JAKI SPOSÓB MECHANIZMY EPIGENETYCZNE WPŁYWAJĄ NA FENOTYPY. OPRÓCZ GENEROWANIA PODSTAWOWEJ WIEDZY PROJEKT BĘDZIE PIERWSZYM KROKIEM W KIERUNKU GENEROWANIA PRAKTYCZNYCH INFORMACJI W CELU LEPSZEGO ZROZUMIENIA INTERAKCJI GXE W CELU ZWIĘKSZENIA PRODUKTYWNOŚCI, TRWAŁOŚCI I ODPORNOŚCI OWIEC MLECZNYCH. INTEGRACJA WSZYSTKICH TYCH INFORMACJI, GENEROWANYCH PRZEZ NAJBARDZIEJ GENOMOWE TECHNIKI MODENU, POMOŻE NAM LEPIEJ ZROZUMIEĆ KONTROLĘ GENETYCZNĄ ZŁOŻONYCH CECH GATUNKÓW ZWIERZĄT GOSPODARSKICH. (Polish)
18 August 2022
0 references
León
0 references
20 December 2023
0 references
Identifiers
RTI2018-093535-B-I00
0 references