GENERATION OF A SET OF YEAST STRAINS THAT EXPRESS ALL THE SECRETOMA OF THE FUNGUS BOTRYTIS CINEREA AND ITS TRACKING IN SEARCH OF VIRULENCE FACTORS (Q3182253)
Jump to navigation
Jump to search
Project Q3182253 in Spain
| Language | Label | Description | Also known as |
|---|---|---|---|
| English | GENERATION OF A SET OF YEAST STRAINS THAT EXPRESS ALL THE SECRETOMA OF THE FUNGUS BOTRYTIS CINEREA AND ITS TRACKING IN SEARCH OF VIRULENCE FACTORS |
Project Q3182253 in Spain |
Statements
97,477.6 Euro
0 references
121,000.0 Euro
0 references
80.56 percent
0 references
1 January 2016
0 references
31 December 2020
0 references
UNIVERSIDAD DE LA LAGUNA
0 references
BOTRYTIS CINEREA ES UN HONGO FITOPATOGENO CAPAZ DE INFECTAR MAS DE DOSCIENTAS ESPECIES VEGETALES, INCLUYENDO UNA AMPLIA VARIEDAD DE PLANTAS IMPORTANTES EN AGRICULTURA. SU CONTROL NO RESULTA SENCILLO POR DIVERSAS RAZONES, ENTRE LAS QUE DESTACA LA CRECIENTE APARICION DE CEPAS RESISTENTES A LOS FUNGICIDAS ACTUALMENTE EN USO. EL DESARROLLO RACIONAL DE ESTRATEGIAS DE CONTROL NOVEDOSAS REQUIERE UN MEJOR CONOCIMIENTO DE LAS INTERACCIONES MOLECULARES CON SUS HOSPEDADORES Y, ESPECIFICAMENTE, DE LA CONTRIBUCION A LA INFECCION DE LOS CIENTOS DE PROTEINAS QUE SE SABE QUE EL HONGO SECRETA, MUCHAS DE ELLAS CON FUNCION DESCONOCIDA. LA GENERACION DE MUTANTES CARENTES DE ESTAS PROTEINAS HA SIDO Y SIGUE SIENDO UN METODO HABITUAL PARA ESTUDIAR EL PAPEL DE LAS MISMAS EN LA VIRULENCIA, PERO SU COMPLEJIDAD TECNICA IMPIDE SU APLICACION A UN NUMERO ELEVADO DE PROTEINAS. ADEMAS, LA ALTA REDUNDANCIA ENTRE LAS PROTEINAS SECRETADAS, A MENUDO CON MULTIPLES ISOFORMAS, CONLLEVA QUE LA MUTACION DE GENES INDIVIDUALES NO RESULTE CON FRECUENCIA EN FENOTIPO ALGUNO. EN ESTE PROYECTO PROPONEMOS UNA APROXIMACION ALTERNATIVA, CONSISTENTE EN LA GENERACION DE UN CONJUNTO DE CEPAS DE LEVADURAS EN EL QUE CADA UNA DE ELLAS EXPRESE UNA DE LAS PROTEINAS QUE SE HAN ENCONTRADO EXPERIMENTALMENTE EN EL SECRETOMA DE B. CINEREA, UN TOTAL DE 327 PROTEINAS. PARA ELLO, PROPONEMOS UN SISTEMA EXPERIMENTAL NOVEDOSO QUE COMBINA LA ALTA TASA DE RECOMBINACION DE SACCHAROMYCES CEREVISIAE, QUE HACE INNECESARIO NINGUN PASO DE CLONAJE, CON SU POTENCIAL COMO ORGANISMO PRODUCTOR DE PROTEINAS HETEROLOGAS. LA COLECCION DE CEPAS GENERADA PODRA SER RASTREADA EN ESTE PROYECTO, Y EN OTROS POSTERIORES, PARA LA IDENTIFICACION DE CUALQUIER FUNCION PROTEICA CONOCIDA, O HIPOTETICA, SIEMPRE QUE SE DISPONGA O SEA POSIBLE DISEÑAR UN ENSAYO DE LA MISMA. UTILIZANDO ESTA ESTRATEGIA, EN EL PRESENTE PROYECTO PRETENDEMOS IDENTIFICAR PROTEINAS QUE, APLICADAS DE FORMA EXOGENA, MODULEN LA VIRULENCIA DE B. CINEREA Y DE OTROS FITOPATOGENOS SOBRE DOS PLANTAS, ARABIDOPSIS THALIANA Y TABACO. ASIMISMO, PRETENDEMOS IDENTIFICAR PROTEINAS EXTRACELULARES DE B. CINEREA QUE SEAN RECONOCIDAS COMO PAMPS POR EL SISTEMA INMUNE VEGETAL Y PROTEINAS QUE TENGAN ACTIVIDAD MODULADORA SOBRE LA RESPUESTA HIPERSENSIBLE. (Spanish)
0 references
BOTRYTIS CINEREA IS A PHYTOPATOGEN FUNGUS CAPABLE OF INFECTING MORE THAN 200 PLANT SPECIES, INCLUDING A WIDE VARIETY OF IMPORTANT PLANTS IN AGRICULTURE. ITS CONTROL IS NOT EASY FOR A NUMBER OF REASONS, INCLUDING THE GROWING APPEARANCE OF STRAINS RESISTANT TO FUNGICIDES CURRENTLY IN USE. THE RATIONAL DEVELOPMENT OF NOVEL CONTROL STRATEGIES REQUIRES A BETTER UNDERSTANDING OF MOLECULAR INTERACTIONS WITH THEIR HOSTS AND, SPECIFICALLY, OF THE CONTRIBUTION TO THE INFECTION OF THE HUNDREDS OF PROTEINS KNOWN TO BE THE SECRET FUNGUS, MANY OF THEM WITH UNKNOWN FUNCTION. THE GENERATION OF MUTANTS DEVOID OF THESE PROTEINS HAS BEEN AND REMAINS A COMMON METHOD FOR STUDYING THEIR ROLE IN VIRULENCE, BUT THEIR TECHNICAL COMPLEXITY PREVENTS THEIR APPLICATION TO A HIGH NUMBER OF PROTEINS. MOREOVER, THE HIGH REDUNDANCY BETWEEN SECRETED PROTEINS, OFTEN WITH MULTIPLE ISOFORMS, MEANS THAT MUTATIONS OF INDIVIDUAL GENES DO NOT OFTEN RESULT IN PHENOTYPES. IN THIS PROJECT WE PROPOSE AN ALTERNATIVE APPROACH, CONSISTING OF THE GENERATION OF A SET OF YEAST STRAINS IN WHICH EACH ONE OF THEM EXPRESSES ONE OF THE PROTEINS THAT HAVE BEEN EXPERIMENTALLY FOUND IN THE SECRETOMA OF B. CINEREA, A TOTAL OF 327 PROTEINS. TO THIS END, WE PROPOSE A NOVEL EXPERIMENTAL SYSTEM THAT COMBINES THE HIGH RATE OF RECOMBINATION OF SACCHAROMYCES CEREVISIAE, WHICH MAKES NO CLONING STEP UNNECESSARY, WITH ITS POTENTIAL AS A PROTEIN PRODUCING ORGANISM HETEROLOGAS. THE COLLECTION OF STRAINS GENERATED CAN BE TRACED IN THIS PROJECT, AND IN SUBSEQUENT ONES, FOR THE IDENTIFICATION OF ANY KNOWN PROTEIN FUNCTION, OR HYPOTHETICAL, PROVIDED THAT IT IS AVAILABLE OR POSSIBLE TO DESIGN A TRIAL OF THE SAME. USING THIS STRATEGY, IN THIS PROJECT WE AIM TO IDENTIFY PROTEINS THAT, APPLIED EXOGENA, MODULATE THE VIRULENCE OF B. CINEREA AND OTHER PHYTOPATOGENS ON TWO PLANTS, ARABIDOPSIS THALIANA AND TOBACCO. WE ALSO AIM TO IDENTIFY EXTRACELLULAR PROTEINS OF B. CINEREA THAT ARE RECOGNISED AS PAMPS BY THE PLANT IMMUNE SYSTEM AND PROTEINS THAT HAVE MODULATING ACTIVITY ON THE HYPERSENSITIVE RESPONSE. (English)
12 October 2021
0.3930803440853535
0 references
BOTRYTIS CINEREA EST UN CHAMPIGNON PHYTOPATOGEN CAPABLE D’INFECTER PLUS DE 200 ESPÈCES VÉGÉTALES, DONT UNE GRANDE VARIÉTÉ DE PLANTES IMPORTANTES EN AGRICULTURE. SON CONTRÔLE N’EST PAS FACILE POUR UN CERTAIN NOMBRE DE RAISONS, Y COMPRIS L’APPARENCE CROISSANTE DES SOUCHES RÉSISTANTES AUX FONGICIDES ACTUELLEMENT UTILISÉS. LE DÉVELOPPEMENT RATIONNEL DE NOUVELLES STRATÉGIES DE CONTRÔLE EXIGE UNE MEILLEURE COMPRÉHENSION DES INTERACTIONS MOLÉCULAIRES AVEC LEURS HÔTES ET, PLUS PARTICULIÈREMENT, DE LA CONTRIBUTION À L’INFECTION DES CENTAINES DE PROTÉINES CONNUES POUR ÊTRE LE CHAMPIGNON SECRET, DONT BEAUCOUP ONT UNE FONCTION INCONNUE. LA GÉNÉRATION DE MUTANTS DÉPOURVUS DE CES PROTÉINES A ÉTÉ ET DEMEURE UNE MÉTHODE COURANTE POUR ÉTUDIER LEUR RÔLE DANS LA VIRULENCE, MAIS LEUR COMPLEXITÉ TECHNIQUE EMPÊCHE LEUR APPLICATION À UN GRAND NOMBRE DE PROTÉINES. DE PLUS, LA REDONDANCE ÉLEVÉE ENTRE LES PROTÉINES SÉCRÉTÉES, SOUVENT AVEC DE MULTIPLES ISOFORMES, SIGNIFIE QUE LES MUTATIONS DE GÈNES INDIVIDUELS N’ENTRAÎNENT PAS SOUVENT DES PHÉNOTYPES. DANS CE PROJET, NOUS PROPOSONS UNE APPROCHE ALTERNATIVE, CONSISTANT EN LA GÉNÉRATION D’UN ENSEMBLE DE SOUCHES DE LEVURES DANS LESQUELLES CHACUNE D’ELLES EXPRIME UNE DES PROTÉINES QUI ONT ÉTÉ TROUVÉES EXPÉRIMENTALEMENT DANS LE SECRETOMA DE B. CINEREA, UN TOTAL DE 327 PROTÉINES. À CETTE FIN, NOUS PROPOSONS UN NOUVEAU SYSTÈME EXPÉRIMENTAL QUI COMBINE LE TAUX ÉLEVÉ DE RECOMBINAISON DE SACCHAROMYCES CEREVISIAE, CE QUI REND AUCUNE ÉTAPE DE CLONAGE INUTILE, AVEC SON POTENTIEL EN TANT QU’ORGANISME PRODUCTEUR DE PROTÉINES HETEROLOGAS. LA COLLECTE DES SOUCHES GÉNÉRÉES PEUT ÊTRE TRACÉE DANS CE PROJET, ET DANS D’AUTRES, POUR L’IDENTIFICATION DE TOUTE FONCTION PROTÉIQUE CONNUE, OU HYPOTHÉTIQUE, À CONDITION QU’IL SOIT DISPONIBLE OU POSSIBLE DE CONCEVOIR UN ESSAI DE LA MÊME. GRÂCE À CETTE STRATÉGIE, NOUS VISONS À IDENTIFIER LES PROTÉINES QUI, APPLIQUÉES PAR EXOGENA, MODULENT LA VIRULENCE DE B. CINEREA ET D’AUTRES PHYTOPATOGENS SUR DEUX PLANTES, ARABIDOPSIS THALIANA ET LE TABAC. NOUS CHERCHONS ÉGALEMENT À IDENTIFIER LES PROTÉINES EXTRACELLULAIRES DE B. CINEREA QUI SONT RECONNUES COMME DES PAMP PAR LE SYSTÈME IMMUNITAIRE DES PLANTES ET DES PROTÉINES QUI ONT UNE ACTIVITÉ MODULATRICE SUR LA RÉPONSE HYPERSENSIBLE. (French)
4 December 2021
0 references
BOTRYTIS CINEREA IST EIN PHYTOPATOGEN PILZ IN DER LAGE, MEHR ALS 200 PFLANZENARTEN ZU INFIZIEREN, EINSCHLIESSLICH EINER VIELZAHL VON WICHTIGEN PFLANZEN IN DER LANDWIRTSCHAFT. SEINE KONTROLLE IST AUS EINER REIHE VON GRÜNDEN NICHT EINFACH, EINSCHLIESSLICH DES WACHSENDEN AUFTRETENS VON STÄMMEN, DIE DERZEIT GEGEN FUNGIZIDE RESISTENT SIND. DIE RATIONALE ENTWICKLUNG NEUARTIGER KONTROLLSTRATEGIEN ERFORDERT EIN BESSERES VERSTÄNDNIS DER MOLEKULAREN WECHSELWIRKUNGEN MIT IHREN WIRTEN UND INSBESONDERE DES BEITRAGS ZUR INFEKTION DER HUNDERTE VON PROTEINEN, DIE BEKANNTERMASSEN DER GEHEIME PILZ SIND, VIELE VON IHNEN MIT UNBEKANNTER FUNKTION. DIE GENERIERUNG VON MUTANTEN OHNE DIESE PROTEINE WAR UND BLEIBT EINE GEMEINSAME METHODE, UM IHRE ROLLE IN DER VIRULENZ ZU UNTERSUCHEN, ABER IHRE TECHNISCHE KOMPLEXITÄT VERHINDERT IHRE ANWENDUNG AUF EINE HOHE ANZAHL VON PROTEINEN. DARÜBER HINAUS BEDEUTET DIE HOHE REDUNDANZ ZWISCHEN ABGESONDERTEN PROTEINEN, OFT MIT MEHREREN ISOFORMEN, DASS MUTATIONEN EINZELNER GENE NICHT OFT ZU PHÄNOTYPEN FÜHREN. IN DIESEM PROJEKT SCHLAGEN WIR EINEN ALTERNATIVEN ANSATZ VOR, DER AUS DER ERZEUGUNG EINER REIHE VON HEFESTÄMMEN BESTEHT, BEI DENEN JEDER VON IHNEN EINES DER PROTEINE AUSDRÜCKT, DIE EXPERIMENTELL IN DER SECRETOMA VON B. CINEREA GEFUNDEN WURDEN, INSGESAMT 327 PROTEINE. ZU DIESEM ZWECK SCHLAGEN WIR EIN NEUARTIGES EXPERIMENTELLES SYSTEM VOR, DAS DIE HOHE REKOMBINATIONSRATE VON SACCHAROMYCES CEREVISIAE, DIE KEINEN KLONENSCHRITT UNNÖTIG MACHT, MIT SEINEM POTENZIAL ALS PROTEIN PRODUZIERENDER ORGANISMUS HETEROLOGAS KOMBINIERT. DIE SAMMLUNG DER ERZEUGTEN STÄMME KANN IN DIESEM PROJEKT UND IN SPÄTEREN PROJEKTEN ZUR IDENTIFIZIERUNG EINER BEKANNTEN PROTEINFUNKTION ODER HYPOTHETISCHEN, SOFERN ES VERFÜGBAR IST ODER MÖGLICH IST, EINE PRÜFUNG DERSELBEN ZU ENTWERFEN, VERFOLGT WERDEN. MIT DIESER STRATEGIE WOLLEN WIR IN DIESEM PROJEKT PROTEINE IDENTIFIZIEREN, DIE EXOGENA ANGEWENDET, DIE VIRULENZ VON B. CINEREA UND ANDEREN PHYTOPATOGENS AUF ZWEI PFLANZEN, ARABIDOPSIS THALIANA UND TABAK MODULIEREN. DARÜBER HINAUS WOLLEN WIR EXTRAZELLULÄRE PROTEINE VON B. CINEREA IDENTIFIZIEREN, DIE VOM PFLANZEN IMMUNSYSTEM ALS PAMPS ANERKANNT WERDEN, UND PROTEINE, DIE MODULIERENDE AKTIVITÄT AUF DER ÜBEREMPFINDLICHEN REAKTION HABEN. (German)
9 December 2021
0 references
BOTRYTIS CINEREA IS EEN PHYTOPATOGEN SCHIMMEL DIE MEER DAN 200 PLANTENSOORTEN KAN INFECTEREN, WAARONDER EEN GROTE VERSCHEIDENHEID AAN BELANGRIJKE PLANTEN IN DE LANDBOUW. DE CONTROLE ERVAN IS NIET GEMAKKELIJK OM EEN AANTAL REDENEN, WAARONDER HET GROEIENDE UITERLIJK VAN STAMMEN DIE RESISTENT ZIJN TEGEN FUNGICIDEN DIE MOMENTEEL IN GEBRUIK ZIJN. DE RATIONELE ONTWIKKELING VAN NIEUWE CONTROLESTRATEGIEËN VEREIST EEN BETER BEGRIP VAN MOLECULAIRE INTERACTIES MET HUN GASTHEREN EN, IN HET BIJZONDER, VAN DE BIJDRAGE AAN DE INFECTIE VAN DE HONDERDEN EIWITTEN WAARVAN BEKEND IS DAT ZE DE GEHEIME SCHIMMEL ZIJN, VEEL VAN HEN MET ONBEKENDE FUNCTIE. DE GENERATIE VAN MUTANTEN ZONDER DEZE EIWITTEN IS EN BLIJFT EEN GEMEENSCHAPPELIJKE METHODE VOOR HET BESTUDEREN VAN HUN ROL IN VIRULENTIE, MAAR HUN TECHNISCHE COMPLEXITEIT VERHINDERT HUN TOEPASSING OP EEN GROOT AANTAL EIWITTEN. BOVENDIEN BETEKENT DE HOGE REDUNDANTIE TUSSEN AFGESCHEIDEN EIWITTEN, VAAK MET MEERDERE ISOVORMEN, DAT MUTATIES VAN INDIVIDUELE GENEN NIET VAAK RESULTEREN IN FENOTYPEN. IN DIT PROJECT STELLEN WE EEN ALTERNATIEVE AANPAK VOOR, BESTAANDE UIT HET GENEREREN VAN EEN REEKS GISTSTAMMEN WAARIN ELK VAN HEN EEN VAN DE EIWITTEN UITDRUKT DIE EXPERIMENTEEL GEVONDEN ZIJN IN DE SECRETOMA VAN B. CINEREA, EEN TOTAAL VAN 327 EIWITTEN. DAARTOE STELLEN WE EEN NIEUW EXPERIMENTEEL SYSTEEM VOOR DAT DE HOGE MATE VAN RECOMBINATIE VAN SACCHAROMYCES CEREVISIAE COMBINEERT, WAT GEEN KLONENSTAP OVERBODIG MAAKT, MET ZIJN POTENTIEEL ALS EIWITPRODUCEREND ORGANISME HETEROLOGAS. HET VERZAMELEN VAN STAMMEN KAN WORDEN GETRACEERD IN DIT PROJECT, EN IN LATERE, VOOR DE IDENTIFICATIE VAN EEN BEKENDE EIWITFUNCTIE, OF HYPOTHETISCH, OP VOORWAARDE DAT HET BESCHIKBAAR OF MOGELIJK IS OM EEN PROEF VAN HETZELFDE TE ONTWERPEN. MET BEHULP VAN DEZE STRATEGIE WILLEN WE IN DIT PROJECT EIWITTEN IDENTIFICEREN DIE, TOEGEPAST EXOGENA, DE VIRULENTIE VAN B. CINEREA EN ANDERE PHYTOPATOGENS MODULEREN OP TWEE PLANTEN, ARABIDOPSIS THALIANA EN TABAK. WE STREVEN ER OOK NAAR EXTRACELLULAIRE EIWITTEN VAN B. CINEREA TE IDENTIFICEREN DIE DOOR HET PLANTENIMMUUNSYSTEEM ALS PAMP’S WORDEN HERKEND EN EIWITTEN DIE MODULERENDE WERKING HEBBEN OP DE OVERGEVOELIGE RESPONS. (Dutch)
17 December 2021
0 references
BOTRYTIS CINEREA È UN FUNGO PHYTOPATOGEN IN GRADO DI INFETTARE PIÙ DI 200 SPECIE VEGETALI, TRA CUI UN'AMPIA VARIETÀ DI PIANTE IMPORTANTI IN AGRICOLTURA. IL SUO CONTROLLO NON È FACILE PER UNA SERIE DI MOTIVI, TRA CUI LA CRESCENTE COMPARSA DI CEPPI RESISTENTI AI FUNGICIDI ATTUALMENTE IN USO. LO SVILUPPO RAZIONALE DI NUOVE STRATEGIE DI CONTROLLO RICHIEDE UNA MIGLIORE COMPRENSIONE DELLE INTERAZIONI MOLECOLARI CON I LORO OSPITI E, IN PARTICOLARE, DEL CONTRIBUTO ALL'INFEZIONE DELLE CENTINAIA DI PROTEINE NOTE PER ESSERE IL FUNGO SEGRETO, MOLTE DELLE QUALI CON FUNZIONE SCONOSCIUTA. LA GENERAZIONE DI MUTANTI PRIVI DI QUESTE PROTEINE È STATA E RIMANE UN METODO COMUNE PER STUDIARE IL LORO RUOLO NELLA VIRULENZA, MA LA LORO COMPLESSITÀ TECNICA IMPEDISCE LA LORO APPLICAZIONE AD UN ELEVATO NUMERO DI PROTEINE. INOLTRE, L'ELEVATA RIDONDANZA TRA LE PROTEINE SECRETE, SPESSO CON ISOFORME MULTIPLE, SIGNIFICA CHE LE MUTAZIONI DEI SINGOLI GENI NON PROVOCANO SPESSO FENOTIPI. IN QUESTO PROGETTO PROPONIAMO UN APPROCCIO ALTERNATIVO, CONSISTENTE NELLA GENERAZIONE DI UN INSIEME DI CEPPI DI LIEVITO IN CUI CIASCUNO DI ESSI ESPRIME UNA DELLE PROTEINE CHE SONO STATE TROVATE SPERIMENTALMENTE NELLA SECRETOMA DI B. CINEREA, PER UN TOTALE DI 327 PROTEINE. A TAL FINE, PROPONIAMO UN NUOVO SISTEMA SPERIMENTALE CHE COMBINA L'ELEVATO TASSO DI RICOMBINAZIONE DI SACCHAROMYCES CEREVISIAE, CHE RENDE INUTILE NESSUN PASSO DI CLONAZIONE, CON IL SUO POTENZIALE COME ORGANISMO PRODUTTORE DI PROTEINE HETEROLOGAS. LA RACCOLTA DEI CEPPI GENERATI PUÒ ESSERE TRACCIATA IN QUESTO PROGETTO, E IN QUELLI SUCCESSIVI, PER L'IDENTIFICAZIONE DI QUALSIASI FUNZIONE PROTEICA NOTA, O IPOTETICA, A CONDIZIONE CHE SIA DISPONIBILE O POSSIBILE PROGETTARE UNA PROVA DELLO STESSO. UTILIZZANDO QUESTA STRATEGIA, IN QUESTO PROGETTO CI PROPONIAMO DI IDENTIFICARE LE PROTEINE CHE, APPLICATE EXOGENA, MODULANO LA VIRULENZA DI B. CINEREA E ALTRE PHYTOPATOGENS SU DUE PIANTE, ARABIDOPSIS THALIANA E TABACCO. IL NOSTRO OBIETTIVO È ANCHE QUELLO DI IDENTIFICARE LE PROTEINE EXTRACELLULARI DI B. CINEREA CHE SONO RICONOSCIUTE COME PAMP DAL SISTEMA IMMUNITARIO VEGETALE E PROTEINE CHE HANNO ATTIVITÀ MODULANTE SULLA RISPOSTA IPERSENSIBILE. (Italian)
16 January 2022
0 references
ΤΟ BOTRYTIS CINEREA ΕΊΝΑΙ ΈΝΑΣ ΜΎΚΗΤΑΣ PHYTOPATOGEN ΙΚΑΝΌΣ ΝΑ ΜΟΛΎΝΕΙ ΠΕΡΙΣΣΌΤΕΡΑ ΑΠΌ 200 ΦΥΤΙΚΆ ΕΊΔΗ, ΣΥΜΠΕΡΙΛΑΜΒΑΝΟΜΈΝΗΣ ΜΙΑΣ ΕΥΡΕΊΑΣ ΠΟΙΚΙΛΊΑΣ ΣΗΜΑΝΤΙΚΏΝ ΦΥΤΏΝ ΣΤΗ ΓΕΩΡΓΊΑ. Ο ΈΛΕΓΧΌΣ ΤΟΥ ΔΕΝ ΕΊΝΑΙ ΕΎΚΟΛΟΣ ΓΙΑ ΔΙΆΦΟΡΟΥΣ ΛΌΓΟΥΣ, ΣΥΜΠΕΡΙΛΑΜΒΑΝΟΜΈΝΗΣ ΤΗΣ ΑΥΞΑΝΌΜΕΝΗΣ ΕΜΦΆΝΙΣΗΣ ΣΤΕΛΕΧΏΝ ΑΝΘΕΚΤΙΚΏΝ ΣΤΑ ΜΥΚΗΤΟΚΤΌΝΑ ΠΟΥ ΧΡΗΣΙΜΟΠΟΙΟΎΝΤΑΙ ΕΠΊ ΤΟΥ ΠΑΡΌΝΤΟΣ. Η ΟΡΘΟΛΟΓΙΚΉ ΑΝΆΠΤΥΞΗ ΝΈΩΝ ΣΤΡΑΤΗΓΙΚΏΝ ΕΛΈΓΧΟΥ ΑΠΑΙΤΕΊ ΚΑΛΎΤΕΡΗ ΚΑΤΑΝΌΗΣΗ ΤΩΝ ΜΟΡΙΑΚΏΝ ΑΛΛΗΛΕΠΙΔΡΆΣΕΩΝ ΜΕ ΤΟΥΣ ΞΕΝΙΣΤΈΣ ΤΟΥΣ ΚΑΙ, ΕΙΔΙΚΌΤΕΡΑ, ΤΗΣ ΣΥΜΒΟΛΉΣ ΣΤΗ ΜΌΛΥΝΣΗ ΤΩΝ ΕΚΑΤΟΝΤΆΔΩΝ ΠΡΩΤΕΪΝΏΝ ΠΟΥ ΕΊΝΑΙ ΓΝΩΣΤΌ ΌΤΙ ΕΊΝΑΙ Ο ΜΥΣΤΙΚΌΣ ΜΎΚΗΤΑΣ, ΠΟΛΛΈΣ ΑΠΌ ΑΥΤΈΣ ΜΕ ΆΓΝΩΣΤΗ ΛΕΙΤΟΥΡΓΊΑ. Η ΠΑΡΑΓΩΓΉ ΜΕΤΑΛΛΑΓΜΈΝΩΝ ΧΩΡΊΣ ΑΥΤΈΣ ΤΙΣ ΠΡΩΤΕΪ́ΝΕΣ ΥΠΉΡΞΕ ΚΑΙ ΠΑΡΑΜΈΝΕΙ ΜΙΑ ΚΟΙΝΉ ΜΈΘΟΔΟΣ ΓΙΑ ΤΗ ΜΕΛΈΤΗ ΤΟΥ ΡΌΛΟΥ ΤΟΥΣ ΣΤΗ ΛΟΙΜΟΓΌΝΟ ΔΡΆΣΗ, ΑΛΛΆ Η ΤΕΧΝΙΚΉ ΤΟΥΣ ΠΟΛΥΠΛΟΚΌΤΗΤΑ ΕΜΠΟΔΊΖΕΙ ΤΗΝ ΕΦΑΡΜΟΓΉ ΤΟΥΣ ΣΕ ΜΕΓΆΛΟ ΑΡΙΘΜΌ ΠΡΩΤΕΪΝΏΝ. ΕΠΙΠΛΈΟΝ, Η ΥΨΗΛΉ ΠΛΕΟΝΑΣΤΙΚΌΤΗΤΑ ΜΕΤΑΞΎ ΕΚΚΡΊΣΕΩΝ ΠΡΩΤΕΪΝΏΝ, ΣΥΧΝΆ ΜΕ ΠΟΛΛΑΠΛΈΣ ΙΣΟΜΟΡΦΊΕΣ, ΣΗΜΑΊΝΕΙ ΌΤΙ ΟΙ ΜΕΤΑΛΛΆΞΕΙΣ ΜΕΜΟΝΩΜΈΝΩΝ ΓΟΝΙΔΊΩΝ ΔΕΝ ΟΔΗΓΟΎΝ ΣΥΧΝΆ ΣΕ ΦΑΙΝΌΤΥΠΟΥΣ. ΣΕ ΑΥΤΌ ΤΟ ΈΡΓΟ ΠΡΟΤΕΊΝΟΥΜΕ ΜΙΑ ΕΝΑΛΛΑΚΤΙΚΉ ΠΡΟΣΈΓΓΙΣΗ, Η ΟΠΟΊΑ ΣΥΝΊΣΤΑΤΑΙ ΣΤΗΝ ΠΑΡΑΓΩΓΉ ΕΝΌΣ ΣΥΝΌΛΟΥ ΣΤΕΛΕΧΏΝ ΖΥΜΟΜΥΚΉΤΩΝ, ΣΤΟ ΟΠΟΊΟ ΚΆΘΕ ΈΝΑ ΑΠΌ ΑΥΤΆ ΕΚΦΡΆΖΕΙ ΜΊΑ ΑΠΌ ΤΙΣ ΠΡΩΤΕΪ́ΝΕΣ ΠΟΥ ΈΧΟΥΝ ΒΡΕΘΕΊ ΠΕΙΡΑΜΑΤΙΚΆ ΣΤΟ SECRETOMA ΤΟΥ B. CINEREA, ΣΥΝΟΛΙΚΆ 327 ΠΡΩΤΕΪ́ΝΕΣ. ΓΙΑ ΤΟ ΣΚΟΠΌ ΑΥΤΌ, ΠΡΟΤΕΊΝΟΥΜΕ ΈΝΑ ΝΈΟ ΠΕΙΡΑΜΑΤΙΚΌ ΣΎΣΤΗΜΑ ΠΟΥ ΣΥΝΔΥΆΖΕΙ ΤΟ ΥΨΗΛΌ ΠΟΣΟΣΤΌ ΑΝΑΣΥΝΔΥΑΣΜΟΎ ΤΟΥ SACCHAROMYCES CEREVISIAE, ΤΟ ΟΠΟΊΟ ΚΑΘΙΣΤΆ ΚΑΝΈΝΑ ΒΉΜΑ ΚΛΩΝΟΠΟΊΗΣΗΣ ΠΕΡΙΤΤΌ, ΜΕ ΤΙΣ ΔΥΝΑΤΌΤΗΤΈΣ ΤΟΥ ΩΣ ΠΡΩΤΕΪΝΙΚΌΣ ΟΡΓΑΝΙΣΜΌΣ HETEROLOGAS. Η ΣΥΛΛΟΓΉ ΤΩΝ ΠΑΡΑΓΌΜΕΝΩΝ ΣΤΕΛΕΧΏΝ ΜΠΟΡΕΊ ΝΑ ΙΧΝΗΛΑΤΗΘΕΊ ΣΕ ΑΥΤΌ ΤΟ ΈΡΓΟ, ΚΑΙ ΣΕ ΜΕΤΑΓΕΝΈΣΤΕΡΑ, ΓΙΑ ΤΟΝ ΠΡΟΣΔΙΟΡΙΣΜΌ ΚΆΘΕ ΓΝΩΣΤΉΣ ΠΡΩΤΕΪΝΙΚΉΣ ΛΕΙΤΟΥΡΓΊΑΣ, Ή ΥΠΟΘΕΤΙΚΉΣ, ΥΠΌ ΤΗΝ ΠΡΟΫΠΌΘΕΣΗ ΌΤΙ ΕΊΝΑΙ ΔΙΑΘΈΣΙΜΟΣ Ή ΕΊΝΑΙ ΔΥΝΑΤΌΣ Ο ΣΧΕΔΙΑΣΜΌΣ ΔΟΚΙΜΉΣ ΤΗΣ ΊΔΙΑΣ. ΧΡΗΣΙΜΟΠΟΙΏΝΤΑΣ ΑΥΤΉ ΤΗ ΣΤΡΑΤΗΓΙΚΉ, ΣΤΟ ΠΛΑΊΣΙΟ ΑΥΤΟΎ ΤΟΥ ΈΡΓΟΥ ΣΤΟΧΕΎΟΥΜΕ ΣΤΟΝ ΕΝΤΟΠΙΣΜΌ ΠΡΩΤΕΪΝΏΝ ΠΟΥ, ΕΦΑΡΜΟΖΌΜΕΝΕΣ ΕΞΟΓΕΝΑ, ΔΙΑΜΟΡΦΏΝΟΥΝ ΤΗ ΛΟΙΜΟΓΌΝΟ ΔΡΆΣΗ ΤΟΥ Β. CINEREA ΚΑΙ ΆΛΛΩΝ ΦΥΤΟΠΑΤΟΓΕΝΩΝ ΣΕ ΔΎΟ ΦΥΤΆ, ΤΗΝ ARABIDOPSIS THALIANA ΚΑΙ ΤΟΝ ΚΑΠΝΌ. ΣΤΌΧΟΣ ΜΑΣ ΕΊΝΑΙ ΕΠΊΣΗΣ ΝΑ ΕΝΤΟΠΊΣΟΥΜΕ ΕΞΩΚΥΤΤΑΡΙΚΈΣ ΠΡΩΤΕΪ́ΝΕΣ ΤΟΥ B. CINEREA ΠΟΥ ΑΝΑΓΝΩΡΊΖΟΝΤΑΙ ΩΣ PAMP ΑΠΌ ΤΟ ΦΥΤΙΚΌ ΑΝΟΣΟΠΟΙΗΤΙΚΌ ΣΎΣΤΗΜΑ ΚΑΙ ΠΡΩΤΕΪ́ΝΕΣ ΠΟΥ ΈΧΟΥΝ ΡΥΘΜΙΣΤΙΚΉ ΔΡΆΣΗ ΣΤΗΝ ΥΠΕΡΕΥΑΊΣΘΗΤΗ ΑΠΌΚΡΙΣΗ. (Greek)
18 August 2022
0 references
BOTRYTIS CINEREA ER EN PHYTOPATOGEN SVAMP I STAND TIL AT INFICERE MERE END 200 PLANTEARTER, HERUNDER EN BRED VIFTE AF VIGTIGE PLANTER I LANDBRUGET. DETS KONTROL ER IKKE LET AF EN RÆKKE ÅRSAGER, HERUNDER DET VOKSENDE UDSEENDE AF STAMMER, DER ER RESISTENTE OVER FOR FUNGICIDER, DER I ØJEBLIKKET ER I BRUG. DEN RATIONELLE UDVIKLING AF NYE KONTROLSTRATEGIER KRÆVER EN BEDRE FORSTÅELSE AF MOLEKYLÆRE INTERAKTIONER MED DERES VÆRTER OG SPECIFIKT AF BIDRAGET TIL INFEKTIONEN AF DE HUNDREDVIS AF PROTEINER, DER VIDES AT VÆRE DEN HEMMELIGE SVAMP, MANGE AF DEM MED UKENDT FUNKTION. GENERERINGEN AF MUTANTER UDEN DISSE PROTEINER HAR VÆRET OG FORBLIVER EN ALMINDELIG METODE TIL AT STUDERE DERES ROLLE I VIRULENS, MEN DERES TEKNISKE KOMPLEKSITET FORHINDRER DERES ANVENDELSE PÅ ET STORT ANTAL PROTEINER. DESUDEN BETYDER DEN HØJE REDUNDANS MELLEM UDSKILLEDE PROTEINER, OFTE MED FLERE ISOFORMER, AT MUTATIONER AF INDIVIDUELLE GENER IKKE OFTE RESULTERER I FÆNOTYPER. I DETTE PROJEKT FORESLÅR VI EN ALTERNATIV TILGANG, DER BESTÅR AF GENERERING AF ET SÆT GÆRSTAMMER, HVOR HVER AF DEM UDTRYKKER ET AF DE PROTEINER, DER ER BLEVET EKSPERIMENTELT FUNDET I SECRETOMA AF B. CINEREA, I ALT 327 PROTEINER. TIL DETTE FORMÅL FORESLÅR VI ET NYT EKSPERIMENTELT SYSTEM, DER KOMBINERER DEN HØJE REKOMBINATION AF SACCHAROMYCES CEREVISIAE, HVILKET GØR INTET KLONINGSTRIN UNØDVENDIGT, MED DETS POTENTIALE SOM PROTEINPRODUCERENDE ORGANISME HETEROLOGAS. INDSAMLINGEN AF STAMMER, DER GENERERES, KAN SPORES I DETTE PROJEKT OG I DE EFTERFØLGENDE MED HENBLIK PÅ IDENTIFIKATION AF ENHVER KENDT PROTEINFUNKTION ELLER HYPOTETISK, FORUDSAT AT DET ER TILGÆNGELIGT ELLER MULIGT AT UDFORME ET FORSØG MED DET SAMME. VED HJÆLP AF DENNE STRATEGI SIGTER VI I DETTE PROJEKT MOD AT IDENTIFICERE PROTEINER, DER, ANVENDT EXOGENA, MODULERER VIRULENS AF B. CINEREA OG ANDRE PHYTOPATOGENS PÅ TO PLANTER, ARABIDOPSIS THALIANA OG TOBAK. VI SIGTER OGSÅ MOD AT IDENTIFICERE EKSTRACELLULÆRE PROTEINER AF B. CINEREA, DER ER ANERKENDT SOM PAMP'ER AF PLANTEIMMUNSYSTEMET, OG PROTEINER, DER HAR MODULERENDE AKTIVITET PÅ DET OVERFØLSOMME RESPONS. (Danish)
18 August 2022
0 references
BOTRYTIS CINEREA ON PHYTOPATOGEN SIENI, JOKA PYSTYY TARTUTTAMAAN YLI 200 KASVILAJIA, MUKAAN LUKIEN LAAJA VALIKOIMA TÄRKEITÄ KASVEJA MAATALOUDESSA. SEN VALVONTA EI OLE HELPPOA USEISTA SYISTÄ, MUKAAN LUKIEN TÄLLÄ HETKELLÄ KÄYTÖSSÄ OLEVILLE SIENITAUTIEN TORJUNTA-AINEILLE VASTUSTUSKYKYISTEN KANTOJEN KASVAVA ULKONÄKÖ. UUSIEN VALVONTASTRATEGIOIDEN JÄRKIPERÄINEN KEHITTÄMINEN EDELLYTTÄÄ PAREMPAA YMMÄRRYSTÄ MOLEKYYLIEN VUOROVAIKUTUKSESTA ISÄNTIEN KANSSA JA ERITYISESTI VAIKUTUKSESTA SATOJEN PROTEIINIEN INFEKTIOON, JOIDEN TIEDETÄÄN OLEVAN SALAINEN SIENI, MONET NIISTÄ, JOILLA ON TUNTEMATON TOIMINTA. NÄISTÄ PROTEIINEISTA VAILLA OLEVIEN MUTANTTIEN SYNTYMINEN ON OLLUT JA ON EDELLEEN YLEINEN TAPA TUTKIA NIIDEN ROOLIA VIRULENSSISSA, MUTTA NIIDEN TEKNINEN MONIMUTKAISUUS ESTÄÄ NIIDEN SOVELTAMISEN SUUREEN MÄÄRÄÄN PROTEIINEJA. LISÄKSI ERITTYNEIDEN PROTEIINIEN, JOILLA ON USEIN USEITA ISOFORMEJA, VÄLINEN SUURI REDUNDANSSI TARKOITTAA, ETTÄ YKSITTÄISTEN GEENIEN MUTAATIOT EIVÄT USEINKAAN JOHDA FENOTYYPPEIHIN. TÄSSÄ HANKKEESSA EHDOTAMME VAIHTOEHTOISTA LÄHESTYMISTAPAA, JOHON KUULUU JOUKKO HIIVAKANTOJA, JOISSA JOKAINEN NIISTÄ ILMAISEE YHTÄ NIISTÄ PROTEIINEISTA, JOITA ON KOKEELLISESTI LÖYDETTY B. CINEREAN SECRETOMA:STA, YHTEENSÄ 327 PROTEIINIA. TÄTÄ VARTEN EHDOTAMME UUTTA KOKEELLISTA JÄRJESTELMÄÄ, JOSSA YHDISTYVÄT SACCHAROMYCES CEREVISIAE -BAKTEERIN REKOMBINAATIOASTE, JOKA TEKEE EI-KLOONAUSTA TARPEETTOMAKSI, JA SEN POTENTIAALI PROTEIINIA TUOTTAVANA ORGANISMINA HETEROLOGAS. SYNTYNEIDEN KANTOJEN KERÄÄMINEN VOIDAAN JÄLJITTÄÄ TÄSSÄ HANKKEESSA JA MYÖHEMMISSÄ HANKKEISSA TUNNETTUJEN PROTEIINIFUNKTIOIDEN TAI HYPOTEETTISTEN OMINAISUUKSIEN TUNNISTAMISEKSI EDELLYTTÄEN, ETTÄ SAMAA KOETTA ON SAATAVILLA TAI SE ON MAHDOLLISTA SUUNNITELLA. TÄMÄN STRATEGIAN AVULLA PYRIMME TÄSSÄ HANKKEESSA TUNNISTAMAAN PROTEIINEJA, JOTKA SOVELTAVAT EXOGENAA, MUOKKAAVAT B. CINEREAN JA MUIDEN PHYTOPATOGENS-KASVIEN VIRULENSSIA KAHDELLA KASVILLA, ARABIDOPSIS THALIANA JA TUPAKKA. PYRIMME MYÖS TUNNISTAMAAN B. CINEREAN SOLUNULKOISIA PROTEIINEJA, JOTKA KASVIN IMMUUNIJÄRJESTELMÄ ON TUNNUSTANUT PAMP-LÄÄKKEIKSI, JA PROTEIINEJA, JOILLA ON MODULOIVA VAIKUTUS YLIHERKKÄÄN VASTEEN SUHTEEN. (Finnish)
18 August 2022
0 references
IL-BOTRYTIS CINEREA HIJA FUNGU PHYTOPATOGEN LI KAPAĊI JINFETTA AKTAR MINN 200 SPEĊI TA’ PJANTI, INKLUŻA VARJETÀ WIESGĦA TA’ PJANTI IMPORTANTI FL-AGRIKOLTURA. IL-KONTROLL TIEGĦU MHUWIEX FAĊLI GĦAL GĦADD TA’ RAĠUNIJIET, INKLUŻA D-DEHRA DEJJEM TIKBER TA’ RAZEZ REŻISTENTI GĦALL-FUNGIĊIDI LI QED JINTUŻAW BĦALISSA. L-IŻVILUPP RAZZJONALI TA’ STRATEĠIJI ĠODDA TA’ KONTROLL JEĦTIEĠ FEHIM AĦJAR TAL-INTERAZZJONIJIET MOLEKULARI MAL-OSPITI TAGĦHOM U, SPEĊIFIKAMENT, TAL-KONTRIBUT GĦALL-INFEZZJONI TAL-MIJIET TA’ PROTEINI MAGĦRUFA LI HUMA L-FUNGU SIGRIET, ĦAFNA MINNHOM B’FUNZJONI MHUX MAGĦRUFA. IL-ĠENERAZZJONI TA’ MUTANTI MINGĦAJR DAWN IL-PROTEINI KIENET U GĦADHA METODU KOMUNI GĦALL-ISTUDJU TAR-RWOL TAGĦHOM FIL-VIRULENZA, IŻDA L-KUMPLESSITÀ TEKNIKA TAGĦHOM TIPPREVJENI L-APPLIKAZZJONI TAGĦHOM GĦAL NUMRU KBIR TA’ PROTEINI. BARRA MINN HEKK, IR-RATA GĦOLJA TA’ REDUNDANCY BEJN PROTEINI MNIXXIJA, ĦAFNA DRABI B’ISOFORMI MULTIPLI, TFISSER LI L-MUTAZZJONIJIET TA’ ĠENI INDIVIDWALI TA’ SPISS MA JIRRIŻULTAWX F’FENOTIPI. F’DAN IL-PROĠETT QED NIPPROPONU APPROĊĊ ALTERNATTIV, LI JIKKONSISTI FIL-ĠENERAZZJONI TA’ SETT TA’ RAZEZ TAL-ĦMIRA LI FIHOM KULL WIEĦED MINNHOM JESPRIMI WIEĦED MILL-PROTEINI LI NSTABU B’MOD SPERIMENTALI FIS-SECRETOMA TA’ B. CINEREA, TOTAL TA’ 327 PROTEINA. GĦAL DAN IL-GĦAN, QED NIPPROPONU SISTEMA SPERIMENTALI ĠDIDA LI TGĦAQQAD IR-RATA GĦOLJA TA’ RIKOMBINAZZJONI TA’ SACCHAROMYCES CEREVISIAE, LI MA TAGĦMEL L-EBDA PASS TA’ KKLONJAR MHUX MEĦTIEĠ, BIL-POTENZJAL TAGĦHA BĦALA ORGANIŻMU LI JIPPRODUĊI L-PROTEINI HETEROLOGAS. IL-ĠBIR TA’ RAZEZ IĠĠENERATI JISTA’ JIĠI TRAĊĊAT F’DAN IL-PROĠETT, U F’DAWK SUSSEGWENTI, GĦALL-IDENTIFIKAZZJONI TA’ KWALUNKWE FUNZJONI TA’ PROTEINA MAGĦRUFA, JEW IPOTETIKA, SAKEMM IKUN DISPONIBBLI JEW POSSIBBLI LI TIĠI DDISINJATA PROVA TAL-ISTESS. BL-UŻU DIN L-ISTRATEĠIJA, F’DAN IL-PROĠETT GĦANDNA L-GĦAN LI NIDENTIFIKAW PROTEINI LI, APPLIKATI EXOGENA, JIMMODULAW IL-VIRULENZA TA ‘B. CINEREA U PHYTOPATOGENS OĦRA FUQ ŻEWĠ PJANTI, GĦARABIDOPSIS THALIANA U T-TABAKK. GĦANDNA WKOLL L-GĦAN LI NIDENTIFIKAW PROTEINI EXTRAĊELLULARI TA ‘B. CINEREA LI HUMA RIKONOXXUTI BĦALA PAMPS MIS-SISTEMA IMMUNITARJA TAL-PJANTI U PROTEINI LI GĦANDHOM ATTIVITÀ TA’ MODULAZZJONI FUQ IR-RISPONS TA ‘SENSITTIVITÀ EĊĊESSIVA. (Maltese)
18 August 2022
0 references
BOTRYTIS CINEREA IR PHYTOPATOGEN SĒNĪTE, KAS SPĒJ INFICĒT VAIRĀK NEKĀ 200 AUGU SUGAS, TOSTARP DAŽĀDUS SVARĪGUS AUGUS LAUKSAIMNIECĪBĀ. TĀ KONTROLE NAV VIEGLI VAIRĀKU IEMESLU DĒĻ, IESKAITOT PIEAUGOŠO IZSKATU CELMIEM, KAS IR REZISTENTI PRET FUNGICĪDIEM, KAS PAŠLAIK TIEK IZMANTOTI. JAUNU KONTROLES STRATĒĢIJU RACIONĀLA ATTĪSTĪBA PRASA LABĀKU IZPRATNI PAR MOLEKULĀRO MIJIEDARBĪBU AR SAIMNIEKIEM UN, JO ĪPAŠI, PAR IEGULDĪJUMU SIMTIEM OLBALTUMVIELU, KAS ZINĀMAS KĀ SLEPENĀ SĒNĪTE, INFEKCIJAS, NO KURĀM DAUDZAS AR NEZINĀMU FUNKCIJU. MUTANTU BEZ ŠIEM PROTEĪNIEM VEIDOŠANĀS IR BIJUSI UN JOPROJĀM IR IZPLATĪTA METODE, LAI IZPĒTĪTU TO LOMU VIRULENCE, BET TO TEHNISKĀ SAREŽĢĪTĪBA NEĻAUJ TOS PIEMĒROT LIELAM SKAITAM OLBALTUMVIELU. TURKLĀT LIELĀ REDUNDANCE STARP IZDALĪTAJIEM PROTEĪNIEM, BIEŽI VIEN AR VAIRĀKĀM IZOFORMĀM, NOZĪMĒ, KA ATSEVIŠĶU GĒNU MUTĀCIJAS BIEŽI NEIZRAISA FENOTIPUS. ŠAJĀ PROJEKTĀ MĒS IEROSINĀM ALTERNATĪVU PIEEJU, KAS SASTĀV NO RAUGA CELMU KOPUMA ĢENERĒŠANAS, KURĀ KATRS NO TIEM IZDALA VIENU NO OLBALTUMVIELĀM, KAS IR EKSPERIMENTĀLI ATRASTAS B. CINEREA SECRETOMA, KOPĀ 327 PROTEĪNI. ŠAJĀ NOLŪKĀ MĒS PIEDĀVĀJAM JAUNU EKSPERIMENTĀLU SISTĒMU, KAS APVIENO AUGSTO SACCHAROMYCES CEREVISIAE REKOMBINĀCIJU, KAS PADARA KLONĒŠANU NEVAJADZĪGU, AR TĀS POTENCIĀLU KĀ PROTEĪNU RAŽOJOŠU ORGANISMU HETEROLOGAS. RADĪTO CELMU KOLEKCIJU VAR IZSEKOT ŠAJĀ PROJEKTĀ UN TURPMĀKAJOS CELMOS, LAI IDENTIFICĒTU JEBKĀDAS ZINĀMAS OLBALTUMVIELU FUNKCIJAS VAI HIPOTĒTISKUS, AR NOSACĪJUMU, KA IR PIEEJAMS VAI IR IESPĒJAMS IZSTRĀDĀT TĀDU PAŠU IZMĒĢINĀJUMU. IZMANTOJOT ŠO STRATĒĢIJU, ŠAJĀ PROJEKTĀ MĒS CENŠAMIES IDENTIFICĒT OLBALTUMVIELAS, KAS, PIELIETOJOT EXOGENA, MODULĒ B. CINEREA UN CITU PHYTOPATOGENS VIRULENCI UZ DIVIEM AUGIEM, ARABIDOPSIS THALIANA UN TABAKAS. MŪSU MĒRĶIS IR ARĪ IDENTIFICĒT B. CINEREA EKSTRACELULĀROS PROTEĪNUS, KURUS AUGU IMŪNSISTĒMA ATZĪST PAR PAMP, UN PROTEĪNUS, KURIEM IR MODULĒJOŠA AKTIVITĀTE UZ PAAUGSTINĀTAS JUTĪBAS REAKCIJU. (Latvian)
18 August 2022
0 references
BOTRYTIS CINEREA JE PHYTOPATOGEN HUBA SCHOPNÁ INFIKOVAŤ VIAC AKO 200 RASTLINNÝCH DRUHOV VRÁTANE ŠIROKEJ ŠKÁLY DÔLEŽITÝCH RASTLÍN V POĽNOHOSPODÁRSTVE. JEHO KONTROLA NIE JE JEDNODUCHÁ Z MNOHÝCH DÔVODOV, VRÁTANE RASTÚCEHO VZHĽADU KMEŇOV ODOLNÝCH VOČI FUNGICÍDOM, KTORÉ SA V SÚČASNOSTI POUŽÍVAJÚ. RACIONÁLNY VÝVOJ NOVÝCH STRATÉGIÍ KONTROLY SI VYŽADUJE LEPŠIE POCHOPENIE MOLEKULÁRNYCH INTERAKCIÍ S ICH HOSTITEĽMI A KONKRÉTNE PRÍNOS K INFEKCII STOVIEK PROTEÍNOV ZNÁMYCH AKO TAJNÁ HUBA, MNOHÉ Z NICH S NEZNÁMOU FUNKCIOU. GENEROVANIE MUTANTOV BEZ TÝCHTO PROTEÍNOV BOLO A ZOSTÁVA BEŽNOU METÓDOU NA ŠTÚDIUM ICH ÚLOHY VO VIRULENCII, ALE ICH TECHNICKÁ ZLOŽITOSŤ BRÁNI ICH APLIKÁCII NA VYSOKÝ POČET BIELKOVÍN. OKREM TOHO VYSOKÁ REDUNDANCIA MEDZI VYLUČOVANÝMI PROTEÍNMI, ČASTO S VIACERÝMI IZOFORMAMI, ZNAMENÁ, ŽE MUTÁCIE JEDNOTLIVÝCH GÉNOV ČASTO NEVEDÚ K FENOTYPOM. V TOMTO PROJEKTE NAVRHUJEME ALTERNATÍVNY PRÍSTUP POZOSTÁVAJÚCI Z GENEROVANIA SÚBORU KVASINKOVÝCH KMEŇOV, V KTOROM KAŽDÝ Z NICH EXPRIMUJE JEDEN Z PROTEÍNOV, KTORÉ BOLI EXPERIMENTÁLNE NÁJDENÉ V SECRETOMA B. CINEREA, CELKOVO 327 PROTEÍNOV. NA TENTO ÚČEL NAVRHUJEME NOVÝ EXPERIMENTÁLNY SYSTÉM, KTORÝ KOMBINUJE VYSOKÚ MIERU REKOMBINÁCIE SACCHAROMYCES CEREVISIAE, VĎAKA ČOMU NIE JE POTREBNÝ ŽIADNY KROK KLONOVANIA, S POTENCIÁLOM ORGANIZMU HETEROLOGAS PRODUKUJÚCEHO BIELKOVINY. ZBER VYTVORENÝCH KMEŇOV MOŽNO VYSLEDOVAŤ V TOMTO PROJEKTE A V ĎALŠÍCH NA IDENTIFIKÁCIU AKEJKOĽVEK ZNÁMEJ PROTEÍNOVEJ FUNKCIE ALEBO HYPOTETICKEJ, ZA PREDPOKLADU, ŽE JE K DISPOZÍCII ALEBO JE MOŽNÉ NAVRHNÚŤ ROVNAKÚ SKÚŠKU. POMOCOU TEJTO STRATÉGIE SA V TOMTO PROJEKTE SNAŽÍME IDENTIFIKOVAŤ PROTEÍNY, KTORÉ, APLIKOVANÉ EXOGENA, MODULUJÚ VIRULENCIU B. CINEREA A ĎALŠÍCH PHYTOPATOGENS NA DVOCH RASTLINÁCH, ARABIDOPSIS THALIANA A TABAKU. NAŠÍM CIEĽOM JE TIEŽ IDENTIFIKOVAŤ EXTRACELULÁRNE PROTEÍNY B. CINEREA, KTORÉ SÚ ROZPOZNANÉ AKO PAMP RASTLINNÝM IMUNITNÝM SYSTÉMOM, A PROTEÍNY, KTORÉ MAJÚ MODULAČNÚ AKTIVITU NA HYPERSENZITÍVNU ODPOVEĎ. (Slovak)
18 August 2022
0 references
IS FUNGAS PHYTOPATOGEN É BOTRYTIS CINEREA ATÁ IN ANN NÍOS MÓ NÁ SPEICEAS PLANDAÍ 200 A IONFHABHTÚ, LENA N-ÁIRÍTEAR RÉIMSE LEATHAN PLANDAÍ TÁBHACHTACHA SA TALMHAÍOCHT. NÍL A RIALÚ ÉASCA AR ROINNT CÚISEANNA, LENA N-ÁIRÍTEAR AN CHUMA ATÁ AG FÁS AR THRÉITHCHINEÁLACHA ATÁ FRITHSHEASMHACH IN AGHAIDH FUNGAICÍDÍ ATÁ IN ÚSÁID FAOI LÁTHAIR. ÉILÍONN FORBAIRT RÉASÚNACH STRAITÉISÍ RIALAITHE NÚÍOSACHA TUISCINT NÍOS FEARR AR IDIRGHNÍOMHAÍOCHTAÍ MÓILÍNEACHA LENA N-ÓSTACH AGUS, GO SONRACH, AR RANNCHUIDIÚ LE HIONFHABHTÚ NA CÉADTA PRÓITÉINÍ AR A DTUGTAR AN FUNGAS RÚNDA, GO LEOR ACU LE FEIDHM ANAITHNID. TÁ GINIÚINT NA MUTANTS DEVOID NA PRÓITÉINÍ A BHÍ AGUS TÁ SÉ FÓS INA MODH COITEANN CHUN STAIDÉAR A DHÉANAMH AR A RÓL I NIMHNEACHT, ACH CUIREANN A GCASTACHT THEICNIÚIL COSC A GCUR I BHFEIDHM AR LÍON ARD PRÓITÉINÍ. THAIRIS SIN, CIALLAÍONN AN IOMARCAÍOCHT ARD IDIR PRÓITÉINÍ RÚNDA, GO MINIC LE ISOFORMS IOLRACHA, NACH MINIC GO MBÍONN FEINITÍOPAÍ MAR THORADH AR SHÓCHÁIN GÉINTE AONAIR. SA TIONSCADAL SEO MOLAIMID CUR CHUIGE MALARTACH, LENA N-ÁIRÍTEAR SRAITH DE THRÉITHCHINEÁLACHA GIOSTA A GHINIÚINT INA LÉIRÍONN GACH CEANN ACU CEANN DE NA PRÓITÉINÍ A FUARTHAS GO TURGNAMHACH I SECRETOMA B. CINEREA, 327 PRÓITÉIN SAN IOMLÁN. CHUN NA CRÍCHE SIN, MOLAIMID CÓRAS TURGNAMHACH NÚÍOSACH A CHOMHCHEANGLAÍONN AN RÁTA ARD ATHCHEANGAIL DE SACCHAROMYCES CEREVISIAE, A DHÉANANN AON CHÉIM CHLÓNÁIL GAN GHÁ, LENA ACMHAINNEACHT MAR ORGÁNACH PRÓITÉIN THÁIRGEADH HETEROLOGAS. IS FÉIDIR AN BAILIÚCHÁN DE THRÉITHCHINEÁLACHA A GHINTEAR A RIANÚ SA TIONSCADAL SEO, AGUS SNA CINN INA DHIAIDH SIN, CHUN AON FHEIDHM PRÓITÉINE AITHEANTA, NÓ HIPITÉISEACH, A SHAINAITHINT, AR CHOINNÍOLL GO BHFUIL SÉ AR FÁIL NÓ GUR FÉIDIR TRIAIL DEN CHINEÁL CÉANNA A DHEARADH. AG BAINT ÚSÁIDE AS AN STRAITÉIS SEO, SA TIONSCADAL SEO MAR AIDHM AGAINN A AITHINT PRÓITÉINÍ SIN, I BHFEIDHM EXOGENA, MODULATE AN NIMHNEACHT B. CINEREA AGUS PHYTOPATOGENS EILE AR DHÁ PHLANDAÍ, THALIANA ARABIDOPSIS AGUS TOBAC. TÁ SÉ MAR AIDHM AGAINN FREISIN PRÓITÉINÍ EXTRACELLULAR DE B. CINEREA A AITHINT A AITHNÍTEAR MAR PAMPANNA AG AN GCÓRAS IMDHÍONACHTA PLANDAÍ AGUS PRÓITÉINÍ A BHFUIL GNÍOMHAÍOCHT MODHNAITHE ACU AR AN BHFREAGAIRT HIPIRÍOGAIREACH. (Irish)
18 August 2022
0 references
BOTRYTIS CINEREA JE HOUBA PHYTOPATOGEN SCHOPNÁ INFIKOVAT VÍCE NEŽ 200 DRUHŮ ROSTLIN, VČETNĚ ŠIROKÉ ŠKÁLY DŮLEŽITÝCH ROSTLIN V ZEMĚDĚLSTVÍ. JEHO KONTROLA NENÍ SNADNÁ Z MNOHA DŮVODŮ, VČETNĚ ROSTOUCÍHO VZHLEDU KMENŮ REZISTENTNÍCH NA FUNGICIDY, KTERÉ SE V SOUČASNÉ DOBĚ POUŽÍVAJÍ. RACIONÁLNÍ VÝVOJ NOVÝCH KONTROLNÍCH STRATEGIÍ VYŽADUJE LEPŠÍ POCHOPENÍ MOLEKULÁRNÍCH INTERAKCÍ S JEJICH HOSTITELI A KONKRÉTNĚ PŘÍNOSU K INFEKCI STOVEK PROTEINŮ, O NICHŽ JE ZNÁMO, ŽE JSOU TAJNOU HOUBOU, MNOHO Z NICH S NEZNÁMOU FUNKCÍ. GENEROVÁNÍ MUTANTŮ POSTRÁDAJÍCÍCH TYTO BÍLKOVINY JE A ZŮSTÁVÁ BĚŽNOU METODOU PRO STUDIUM JEJICH ROLE V VIRULENCI, ALE JEJICH TECHNICKÁ SLOŽITOST ZABRAŇUJE JEJICH APLIKACI NA VYSOKÝ POČET BÍLKOVIN. NAVÍC VYSOKÁ REDUNDANCE MEZI VYLUČOVANÝMI PROTEINY, ČASTO S VÍCE IZOFORMAMI, ZNAMENÁ, ŽE MUTACE JEDNOTLIVÝCH GENŮ ČASTO NEVEDOU K FENOTYPŮM. V TOMTO PROJEKTU NAVRHUJEME ALTERNATIVNÍ PŘÍSTUP, KTERÝ SPOČÍVÁ V VYTVOŘENÍ SOUBORU KVASINKOVÝCH KMENŮ, VE KTERÝCH KAŽDÝ Z NICH EXPRIMUJE JEDEN Z PROTEINŮ, KTERÉ BYLY EXPERIMENTÁLNĚ NALEZENY V SECRETOMA B. CINEREA, CELKEM 327 PROTEINŮ. ZA TÍMTO ÚČELEM NAVRHUJEME NOVÝ EXPERIMENTÁLNÍ SYSTÉM, KTERÝ KOMBINUJE VYSOKOU MÍRU REKOMBINACE SACCHAROMYCES CEREVISIAE, COŽ ČINÍ ŽÁDNÝ KROK KLONOVÁNÍ ZBYTEČNÝM, S POTENCIÁLEM ORGANISMU PRODUKUJÍCÍHO BÍLKOVINY HETEROLOGAS. SBĚR GENEROVANÝCH KMENŮ LZE VYSLEDOVAT V TOMTO PROJEKTU A V NÁSLEDNÝCH PŘÍPADECH PRO IDENTIFIKACI JAKÉKOLI ZNÁMÉ NEBO HYPOTETICKÉ FUNKCE BÍLKOVIN ZA PŘEDPOKLADU, ŽE JE K DISPOZICI NEBO JE MOŽNÉ NAVRHNOUT ZKOUŠKU STEJNÉHO DRUHU. POMOCÍ TÉTO STRATEGIE SE V TOMTO PROJEKTU SNAŽÍME IDENTIFIKOVAT PROTEINY, KTERÉ APLIKUJÍ EXOGENA, MODULUJÍ VIRULENCI B. CINEREA A DALŠÍCH PHYTOPATOGENS NA DVOU ROSTLINÁCH, ARABIDOPSIS THALIANA A TABÁKU. NAŠÍM CÍLEM JE TAKÉ IDENTIFIKOVAT EXTRACELULÁRNÍ PROTEINY B. CINEREA, KTERÉ JSOU ROZPOZNÁNY JAKO PAMP ROSTLINNÝM IMUNITNÍM SYSTÉMEM A PROTEINY, KTERÉ MAJÍ MODULAČNÍ AKTIVITU NA PŘECITLIVĚLOSTI. (Czech)
18 August 2022
0 references
BOTRYTIS CINEREA É UM FUNGO PHYTOPATOGEN CAPAZ DE INFETAR MAIS DE 200 ESPÉCIES DE PLANTAS, INCLUINDO UMA GRANDE VARIEDADE DE PLANTAS IMPORTANTES NA AGRICULTURA. SEU CONTROLE NÃO É FÁCIL POR UMA SÉRIE DE RAZÕES, INCLUINDO O APARECIMENTO CRESCENTE DE CEPAS RESISTENTES A FUNGICIDAS ATUALMENTE EM USO. O DESENVOLVIMENTO RACIONAL DE NOVAS ESTRATÉGIAS DE CONTROLE REQUER UMA MELHOR COMPREENSÃO DAS INTERAÇÕES MOLECULARES COM SEUS HOSPEDEIROS E, ESPECIFICAMENTE, DA CONTRIBUIÇÃO PARA A INFEÇÃO DAS CENTENAS DE PROTEÍNAS CONHECIDAS COMO O FUNGO SECRETO, MUITAS DELAS COM FUNÇÃO DESCONHECIDA. A GERAÇÃO DE MUTANTES DESPROVIDOS DESSAS PROTEÍNAS TEM SIDO E CONTINUA SENDO UM MÉTODO COMUM PARA ESTUDAR SEU PAPEL NA VIRULÊNCIA, MAS SUA COMPLEXIDADE TÉCNICA IMPEDE A SUA APLICAÇÃO A UM ELEVADO NÚMERO DE PROTEÍNAS. ALÉM DISSO, A ALTA REDUNDÂNCIA ENTRE PROTEÍNAS SECRETADAS, MUITAS VEZES COM MÚLTIPLAS ISOFORMAS, SIGNIFICA QUE MUTAÇÕES DE GENES INDIVIDUAIS NÃO RESULTAM FREQUENTEMENTE EM FENÓTIPOS. NESTE PROJETO PROPOMOS UMA ABORDAGEM ALTERNATIVA, CONSISTINDO NA GERAÇÃO DE UM CONJUNTO DE CEPAS DE LEVEDURAS EM QUE CADA UMA DELAS EXPRESSA UMA DAS PROTEÍNAS QUE FORAM ENCONTRADAS EXPERIMENTALMENTE NO SECRETOMA DE B. CINEREA, UM TOTAL DE 327 PROTEÍNAS. PARA ISSO, PROPOMOS UM NOVO SISTEMA EXPERIMENTAL QUE COMBINA A ALTA TAXA DE RECOMBINAÇÃO DE SACCHAROMYCES CEREVISIAE, O QUE NÃO TORNA DESNECESSÁRIA A ETAPA DE CLONAGEM, COM SEU POTENCIAL COMO ORGANISMO PRODUTOR DE PROTEÍNAS HETEROLOGAS. A COLETA DE CEPAS GERADAS PODE SER RASTREADA NESTE PROJETO, E EM OUTRAS SUBSEQUENTES, PARA A IDENTIFICAÇÃO DE QUALQUER FUNÇÃO PROTEICA CONHECIDA, OU HIPOTÉTICA, DESDE QUE ESTEJA DISPONÍVEL OU POSSÍVEL PROJETAR UM ENSAIO DA MESMA. UTILIZANDO ESSA ESTRATÉGIA, NESTE PROJETO PRETENDEMOS IDENTIFICAR PROTEÍNAS QUE, APLICADAS EXOGENA, MODULAM A VIRULÊNCIA DE B. CINEREA E OUTROS PHYTOPATOGENS EM DUAS PLANTAS, ARABIDOPSIS THALIANA E TABACO. BUSCAMOS TAMBÉM IDENTIFICAR PROTEÍNAS EXTRACELULARES DE B. CINEREA QUE SÃO RECONHECIDAS COMO PAMPS PELO SISTEMA IMUNOLÓGICO VEGETAL E PROTEÍNAS QUE TÊM ATIVIDADE MODULADORA NA RESPOSTA HIPERSENSÍVEL. (Portuguese)
18 August 2022
0 references
BOTRYTIS CINEREA ON PHYTOPATOGEN SEENE, MIS ON VÕIMELINE NAKATAMA ROHKEM KUI 200 TAIMELIIKI, SEALHULGAS MITMESUGUSEID OLULISI TAIMI PÕLLUMAJANDUSES. SELLE KONTROLLIMINE EI OLE LIHTNE MITMEL PÕHJUSEL, SEALHULGAS PRAEGU KASUTATAVATE FUNGITSIIDIDE SUHTES RESISTENTSETE TÜVEDE KASVAVA ILMUMISE TÕTTU. UUDSETE KONTROLLISTRATEEGIATE RATSIONAALNE ARENDAMINE NÕUAB PAREMAT ARUSAAMIST MOLEKULAARSEST VASTASTIKMÕJUST NENDE PEREMEESORGANISMIDEGA JA ERITI SELLE MÕJUST SADADE VALKUDE NAKATUMISELE, MIS ON TEADA, ET NEED ON SALAJASED SEENED, MILLEST PALJUD ON TUNDMATU FUNKTSIOONIGA. NENDE VALKUDETA MUTANTIDE GENEREERIMINE ON OLNUD JA JÄÄB ÜHISEKS MEETODIKS, ET UURIDA NENDE ROLLI VIRULENTSUSES, KUID NENDE TEHNILINE KEERUKUS TAKISTAB NENDE KASUTAMIST SUURE HULGA VALKUDE PUHUL. LISAKS SELLELE TÄHENDAB SUUR LIIASUS SEKRETEERITUD VALKUDE VAHEL, SAGELI MITME ISOVORMIGA, ET ÜKSIKUTE GEENIDE MUTATSIOONID EI PÕHJUSTA SAGELI FENOTÜÜPE. SELLES PROJEKTIS PAKUME VÄLJA ALTERNATIIVSE LÄHENEMISVIISI, MIS KOOSNEB PÄRMITÜVEDE KOGUMI LOOMISEST, MILLES IGAÜKS NEIST EKSPRESSEERIB ÜHTE VALKU, MIS ON EKSPERIMENTAALSELT LEITUD B. CINEREA SECRETOMAS, KOKKU 327 VALKU. SELLEKS PAKUME VÄLJA UUDSE EKSPERIMENTAALSE SÜSTEEMI, MIS ÜHENDAB SACCHAROMYCES CEREVISIAE SUURE REKOMBINATSIOONI, MIS MUUDAB KLOONIMISE ETAPI TARBETUKS, OMA POTENTSIAALIGA VALKU TOOTVA ORGANISMINA HETEROLOGAS. LOODUD TÜVEDE KOGUMIST ON VÕIMALIK JÄLGIDA NII KÄESOLEVAS KUI KA JÄRGNEVATES PROJEKTIDES, ET TEHA KINDLAKS TEADAOLEVAD VALGUFUNKTSIOONID VÕI HÜPOTEETILISED TÜVED, TINGIMUSEL ET ON OLEMAS VÕI VÕIMALIK KAVANDADA SAMA KATSET. SELLE STRATEEGIA ABIL PÜÜAME SELLES PROJEKTIS KINDLAKS TEHA VALKE, MIS VASTAVALT EXOGENA-LE MODULEERIVAD B. CINEREA JA TEISTE PHYTOPATOGENSIDE VIRULENTSUST KAHEL TAIMEL, ARABIDOPSIS THALIANAL JA TUBAKAL. SAMUTI PÜÜAME TUVASTADA BAKTERI B. CINEREA EKSTRATSELLULAARSEID VALKE, MIDA TAIME IMMUUNSÜSTEEM TUNNUSTAB PAMP-DENA, JA VALKE, MIS MODULEERIVAD AKTIIVSUST ÜLITUNDLIKULE VASTUSELE. (Estonian)
18 August 2022
0 references
BOTRYTIS CINEREA EGY PHYTOPATOGEN GOMBA KÉPES MEGFERTŐZNI TÖBB MINT 200 NÖVÉNYFAJ, BELEÉRTVE A LEGKÜLÖNBÖZŐBB FONTOS NÖVÉNYEK A MEZŐGAZDASÁGBAN. ELLENŐRZÉSE SZÁMOS OKBÓL NEM KÖNNYŰ, BELEÉRTVE A JELENLEG HASZNÁLT GOMBAÖLŐ SZEREKKEL SZEMBEN ELLENÁLLÓ TÖRZSEK NÖVEKVŐ MEGJELENÉSÉT. AZ ÚJ KONTROLLSTRATÉGIÁK RACIONÁLIS FEJLŐDÉSE MEGKÖVETELI A GAZDATESTEKKEL VALÓ MOLEKULÁRIS KÖLCSÖNHATÁSOK JOBB MEGÉRTÉSÉT, ÉS KÜLÖNÖSEN A TITKOS GOMBAKÉNT ISMERT TÖBB SZÁZ FEHÉRJE FERTŐZÉSÉHEZ VALÓ HOZZÁJÁRULÁST, AMELYEK KÖZÜL SOKAN ISMERETLEN FUNKCIÓVAL RENDELKEZNEK. AZ ILYEN FEHÉRJÉKTŐL MENTES MUTÁNSOK GENERÁCIÓJA KÖZÖS MÓDSZER VOLT ÉS TOVÁBBRA IS A VIRULENCIÁBAN BETÖLTÖTT SZEREPÜK TANULMÁNYOZÁSÁRA SZOLGÁL, DE TECHNIKAI ÖSSZETETTSÉGÜK MEGAKADÁLYOZZA, HOGY NAGYSZÁMÚ FEHÉRJÉRE ALKALMAZZÁK ŐKET. SŐT, A SZEKRÉCIÓS FEHÉRJÉK KÖZÖTTI MAGAS REDUNDANCIA, GYAKRAN TÖBBSZÖRÖS IZOFORMÁKKAL, AZT JELENTI, HOGY AZ EGYES GÉNEK MUTÁCIÓI GYAKRAN NEM EREDMÉNYEZNEK FENOTÍPUSOKAT. EBBEN A PROJEKTBEN ALTERNATÍV MEGKÖZELÍTÉST JAVASOLUNK, AMELY EGY SOR ÉLESZTŐTÖRZSBŐL ÁLL, AMELYEKBEN MINDEGYIK A B. CINEREA SECRETOMA-JÁBAN KÍSÉRLETILEG TALÁLT FEHÉRJÉK EGYIKÉT EXPRESSZÁLJA, ÖSSZESEN 327 FEHÉRJÉT. E CÉLBÓL EGY ÚJ KÍSÉRLETI RENDSZERT JAVASOLUNK, AMELY ÖTVÖZI A SACCHAROMYCES CEREVISIAE REKOMBINÁCIÓJÁNAK MAGAS ARÁNYÁT, AMI SZÜKSÉGTELENNÉ TESZI A KLÓNOZÁST, A HETEROLOGAS FEHÉRJETERMELŐ SZERVEZETKÉNT VALÓ POTENCIÁLJÁVAL. A LÉTREHOZOTT TÖRZSEK GYŰJTÉSE NYOMON KÖVETHETŐ EBBEN A PROJEKTBEN, MAJD A KÉSŐBBIEKBEN BÁRMELY ISMERT FEHÉRJEFUNKCIÓ VAGY HIPOTETIKUS FUNKCIÓ AZONOSÍTÁSA CÉLJÁBÓL, FELTÉVE, HOGY RENDELKEZÉSRE ÁLL VAGY LEHETSÉGES AZ AZONOS VIZSGÁLAT MEGTERVEZÉSE. E STRATÉGIA SEGÍTSÉGÉVEL EBBEN A PROJEKTBEN OLYAN FEHÉRJÉK AZONOSÍTÁSÁRA TÖREKSZÜNK, AMELYEK AZ EXOGENA-T ALKALMAZVA MODULÁLJÁK A B. CINEREA ÉS MÁS PHYTOPATOGENS VIRULENCIÁJÁT KÉT NÖVÉNYEN, AZ ARABIDOPSIS THALIANA-ON ÉS A DOHÁNYON. CÉLUNK TOVÁBBÁ A B. CINEREA EXTRACELLULÁRIS FEHÉRJÉINEK AZONOSÍTÁSA, AMELYEKET A NÖVÉNYI IMMUNRENDSZER PAMP-KÉNT ISMER EL, VALAMINT OLYAN FEHÉRJÉKET, AMELYEK A TÚLÉRZÉKENYSÉGI REAKCIÓT MODULÁLÓ HATÁSÚAK. (Hungarian)
18 August 2022
0 references
BOTRYTIS CINEREA Е PHYTOPATOGEN ГЪБИЧКИ, СПОСОБНИ ДА ЗАРАЗЯТ ПОВЕЧЕ ОТ 200 РАСТИТЕЛНИ ВИДА, ВКЛЮЧИТЕЛНО ГОЛЯМО РАЗНООБРАЗИЕ ОТ ВАЖНИ РАСТЕНИЯ В СЕЛСКОТО СТОПАНСТВО. КОНТРОЛЪТ МУ НЕ Е ЛЕСЕН ПОРАДИ РЕДИЦА ПРИЧИНИ, ВКЛЮЧИТЕЛНО НАРАСТВАЩИЯ ВЪНШЕН ВИД НА ЩАМОВЕ, УСТОЙЧИВИ НА ФУНГИЦИДИ, КОИТО ПОНАСТОЯЩЕМ СЕ ИЗПОЛЗВАТ. РАЦИОНАЛНОТО РАЗРАБОТВАНЕ НА НОВИ СТРАТЕГИИ ЗА КОНТРОЛ ИЗИСКВА ПО-ДОБРО РАЗБИРАНЕ НА МОЛЕКУЛЯРНИТЕ ВЗАИМОДЕЙСТВИЯ С ТЕХНИТЕ ГОСТОПРИЕМНИЦИ И ПО-СПЕЦИАЛНО НА ПРИНОСА КЪМ ЗАРАЗЯВАНЕТО НА СТОТИЦИТЕ ПРОТЕИНИ, ИЗВЕСТНИ КАТО ТАЙНА ГЪБИЧКА, МНОГО ОТ ТЯХ С НЕИЗВЕСТНА ФУНКЦИЯ. ГЕНЕРИРАНЕТО НА МУТАНТИ, ЛИШЕНИ ОТ ТЕЗИ ПРОТЕИНИ, Е И ПРОДЪЛЖАВА ДА БЪДЕ ЧЕСТО СРЕЩАН МЕТОД ЗА ИЗУЧАВАНЕ НА ТЯХНАТА РОЛЯ ВЪВ ВИРУЛЕНТНОСТТА, НО ТЯХНАТА ТЕХНИЧЕСКА СЛОЖНОСТ ПРЕДОТВРАТЯВА ПРИЛАГАНЕТО ИМ КЪМ ГОЛЯМ БРОЙ ПРОТЕИНИ. ОСВЕН ТОВА ВИСОКАТА РЕЗЕРВИРАНОСТ МЕЖДУ СЕКРЕТИРАНИТЕ ПРОТЕИНИ, ЧЕСТО С МНОЖЕСТВО ИЗОФОРМИ, ОЗНАЧАВА, ЧЕ МУТАЦИИТЕ НА ОТДЕЛНИТЕ ГЕНИ ЧЕСТО НЕ ВОДЯТ ДО ФЕНОТИПОВЕ. В ТОЗИ ПРОЕКТ ПРЕДЛАГАМЕ АЛТЕРНАТИВЕН ПОДХОД, СЪСТОЯЩ СЕ ОТ ГЕНЕРИРАНЕ НА НАБОР ОТ ЩАМОВЕ НА ДРОЖДИ, В КОИТО ВСЕКИ ЕДИН ОТ ТЯХ ЕКСПРЕСИРА ЕДИН ОТ ПРОТЕИНИТЕ, КОИТО СА БИЛИ ЕКСПЕРИМЕНТАЛНО ОТКРИТИ В SECRETOMA НА B. CINEREA, ОБЩО 327 ПРОТЕИНИ. ЗА ТАЗИ ЦЕЛ ПРЕДЛАГАМЕ НОВА ЕКСПЕРИМЕНТАЛНА СИСТЕМА, КОЯТО СЪЧЕТАВА ВИСОКАТА СКОРОСТ НА РЕКОМБИНАЦИЯ НА SACCHAROMYCES CEREVISIAE, КОЕТО ПРАВИ БЕЗ КЛОНИРАНЕ НЕНУЖНА СТЪПКА, С НЕГОВИЯ ПОТЕНЦИАЛ КАТО ОРГАНИЗЪМ ЗА ПРОИЗВОДСТВО НА ПРОТЕИНИ HETEROLOGAS. СЪБИРАНЕТО НА ГЕНЕРИРАНИТЕ ЩАМОВЕ МОЖЕ ДА БЪДЕ ПРОСЛЕДЕНО В ТОЗИ ПРОЕКТ, А В СЛЕДВАЩИТЕ — ЗА ИДЕНТИФИЦИРАНЕ НА ВСЯКА ИЗВЕСТНА ПРОТЕИНОВА ФУНКЦИЯ ИЛИ ХИПОТЕТИЧНА, ПРИ УСЛОВИЕ ЧЕ Е НА РАЗПОЛОЖЕНИЕ ИЛИ Е ВЪЗМОЖНО ДА СЕ ПРОЕКТИРА ИЗПИТВАНЕ НА СЪЩОТО. ИЗПОЛЗВАЙКИ ТАЗИ СТРАТЕГИЯ, В ТОЗИ ПРОЕКТ СЕ СТРЕМИМ ДА ИДЕНТИФИЦИРАМЕ ПРОТЕИНИТЕ, КОИТО, ПРИЛАГАЙКИ EXOGENA, МОДУЛИРАТ ВИРУЛЕНТНОСТТА НА B. CINEREA И ДРУГИ PHYTOPATOGENS НА ДВЕ РАСТЕНИЯ, ARABIDOPSIS THALIANA И ТЮТЮН. НИЕ СЪЩО ТАКА СЕ СТРЕМИМ ДА ИДЕНТИФИЦИРАМЕ ИЗВЪНКЛЕТЪЧНИ ПРОТЕИНИ НА B. CINEREA, КОИТО СА ПРИЗНАТИ КАТО PAMPS ОТ РАСТИТЕЛНАТА ИМУННА СИСТЕМА И ПРОТЕИНИ, КОИТО ИМАТ МОДУЛИРАЩА АКТИВНОСТ ВЪРХУ СВРЪХЧУВСТВИТЕЛНИЯ ОТГОВОР. (Bulgarian)
18 August 2022
0 references
BOTRYTIS CINEREA YRA PHYTOPATOGEN GRYBELIS, GALINTIS UŽKRĖSTI DAUGIAU NEI 200 AUGALŲ RŪŠIŲ, ĮSKAITANT ĮVAIRIUS SVARBIUS ŽEMĖS ŪKIO AUGALUS. JO KONTROLĖ NĖRA LENGVA DĖL DAUGELIO PRIEŽASČIŲ, ĮSKAITANT AUGANČIĄ ŠIUO METU NAUDOJAMŲ FUNGICIDAMS ATSPARIŲ PADERMIŲ IŠVAIZDĄ. RACIONALUS NAUJŲ KONTROLĖS STRATEGIJŲ KŪRIMAS REIKALAUJA GERESNIO MOLEKULINĖS SĄVEIKOS SU JŲ ŠEIMININKAIS SUPRATIMO IR, KONKREČIAI, APIE ŠIMTŲ BALTYMŲ, KURIE, KAIP ŽINOMA, YRA SLAPTI GRYBAI, INFEKCIJOS, DAUGELIS IŠ JŲ NEŽINOMOS FUNKCIJOS. ŠIŲ BALTYMŲ NETURINČIŲ MUTANTŲ GENERAVIMAS BUVO IR TEBĖRA ĮPRASTAS JŲ VAIDMENS VIRULENTIŠKUMO SRITYJE TYRIMO METODAS, TAČIAU JŲ TECHNINIS SUDĖTINGUMAS NELEIDŽIA JŲ NAUDOTI DIDELIAM BALTYMŲ SKAIČIUI. BE TO, DIDELIS IŠNYKIMAS TARP IŠSKIRIAMŲ BALTYMŲ, DAŽNAI SU KELIOMIS IZOFORMOMIS, REIŠKIA, KAD ATSKIRŲ GENŲ MUTACIJOS DAŽNAI NESUKELIA FENOTIPŲ. ŠIAME PROJEKTE SIŪLOME ALTERNATYVŲ METODĄ, T. Y. SUDARYTI MIELIŲ PADERMIŲ RINKINĮ, KURIAME KIEKVIENAS IŠ JŲ IŠREIŠKIA VIENĄ IŠ BALTYMŲ, EKSPERIMENTIŠKAI RASTŲ B. CINEREA SECRETOMA, IŠ VISO 327 BALTYMUS. ŠIUO TIKSLU SIŪLOME NAUJĄ EKSPERIMENTINĘ SISTEMĄ, KURI APJUNGIA DIDELĮ SACCHAROMYCES CEREVISIAE REKOMBINACIJOS GREITĮ, TODĖL KLONAVIMAS NEREIKALINGAS, SU JO POTENCIALU KAIP BALTYMUS GAMINANČIU ORGANIZMU HETEROLOGAS. ŠIAME PROJEKTE IR VĖLESNIUOSE PROJEKTUOSE GALIMA ATSEKTI SUSIDARIUSIŲ PADERMIŲ SURINKIMĄ, KAD BŪTŲ GALIMA NUSTATYTI BET KOKIĄ ŽINOMĄ BALTYMŲ FUNKCIJĄ ARBA HIPOTETINĘ, JEI ĮMANOMA ARBA ĮMANOMA ATLIKTI TO PATIES TYRIMO PROJEKTĄ. NAUDODAMIESI ŠIA STRATEGIJA, ŠIAME PROJEKTE SIEKIAME NUSTATYTI BALTYMUS, KURIE, TAIKYDAMI EXOGENA, MODULIUOJA B. CINEREA IR KITŲ PHYTOPATOGENS VIRULENTIŠKUMĄ DVIEM AUGALAMS – ARABIDOPSIS THALIANA IR TABAKUI. MES TAIP PAT SIEKIAME NUSTATYTI EKSTRALĄSTELINIUS B. CINEREA BALTYMUS, KURIUOS AUGALŲ IMUNINĖ SISTEMA PRIPAŽĮSTA PAMP, IR BALTYMUS, KURIE MODULIUOJA PADIDĖJUSĮ JAUTRUMĄ. (Lithuanian)
18 August 2022
0 references
BOTRYTIS CINEREA JE PHYTOPATOGEN GLJIVA KOJA MOŽE ZARAZITI VIŠE OD 200 BILJNIH VRSTA, UKLJUČUJUĆI ŠIROK RASPON VAŽNIH BILJAKA U POLJOPRIVREDI. NJEGOVA KONTROLA NIJE JEDNOSTAVNA ZBOG NIZA RAZLOGA, UKLJUČUJUĆI RASTUĆI IZGLED SOJEVA OTPORNIH NA FUNGICIDE KOJI SE TRENUTAČNO UPOTREBLJAVAJU. RACIONALNI RAZVOJ NOVIH STRATEGIJA KONTROLE ZAHTIJEVA BOLJE RAZUMIJEVANJE MOLEKULARNE INTERAKCIJE S DOMAĆINIMA I, KONKRETNO, DOPRINOS INFEKCIJE STOTINA PROTEINA ZA KOJE SE ZNA DA SU TAJNA GLJIVA, OD KOJIH MNOGI IMAJU NEPOZNATU FUNKCIJU. STVARANJE MUTANATA LIŠENIH TIH PROTEINA BILO JE I OSTAJE UOBIČAJENA METODA ZA PROUČAVANJE NJIHOVE ULOGE U VIRULENCIJI, ALI NJIHOVA TEHNIČKA SLOŽENOST SPRJEČAVA NJIHOVU PRIMJENU NA VELIK BROJ PROTEINA. ŠTOVIŠE, VISOKA REDUNDANCIJA IZMEĐU IZLUČENIH PROTEINA, ČESTO S VIŠESTRUKIM IZOFORMIMA, ZNAČI DA MUTACIJE POJEDINIH GENA ČESTO NE REZULTIRAJU FENOTIPOVIMA. U OVOM PROJEKTU PREDLAŽEMO ALTERNATIVNI PRISTUP, KOJI SE SASTOJI OD STVARANJA SKUPA SOJEVA KVASCA U KOJIMA SVAKI OD NJIH IZRAŽAVA JEDAN OD PROTEINA KOJI SU EKSPERIMENTALNO PRONAĐENI U SECRETOMA B. CINEREA, UKUPNO 327 PROTEINA. U TU SVRHU PREDLAŽEMO NOVI EKSPERIMENTALNI SUSTAV KOJI KOMBINIRA VISOKU STOPU REKOMBINACIJE SACCHAROMYCES CEREVISIAE, ŠTO NE ČINI KLONIRANJE KORAK NEPOTREBNIM, SA SVOJIM POTENCIJALOM KAO PROTEINA PROIZVODNJU ORGANIZMA HETEROLOGAS. PRIKUPLJANJE STVORENIH SOJEVA MOŽE SE PRATITI U OVOM PROJEKTU I U SLJEDEĆIM PROJEKTIMA RADI UTVRĐIVANJA BILO KOJE POZNATE PROTEINSKE FUNKCIJE, ILI HIPOTETSKE, POD UVJETOM DA JE DOSTUPNO ILI JE MOGUĆE OSMISLITI ISTO ISPITIVANJE. KORISTEĆI OVU STRATEGIJU, U OVOM PROJEKTU NASTOJIMO IDENTIFICIRATI PROTEINE KOJI, PRIMJENJUJUĆI EXOGENA, MODULIRAJU VIRULENCIJU B. CINEREA I DRUGIH PHYTOPATOGENS NA DVIJE BILJKE, ARABIDOPSIS THALIANA I DUHANA. CILJ NAM JE TAKOĐER IDENTIFICIRATI IZVANSTANIČNE PROTEINE BAKTERIJE B. CINEREA KOJE BILJNI IMUNOLOŠKI SUSTAV PREPOZNAJE KAO PAMP I PROTEINE KOJI IMAJU MODULIRAJUĆU AKTIVNOST NA PREOSJETLJIVI ODGOVOR. (Croatian)
18 August 2022
0 references
BOTRYTIS CINEREA ÄR EN PHYTOPATOGEN SVAMP SOM KAN INFEKTERA MER ÄN 200 VÄXTARTER, INKLUSIVE EN MÄNGD VIKTIGA VÄXTER I JORDBRUKET. DESS KONTROLL ÄR INTE LÄTT AV ETT ANTAL SKÄL, BLAND ANNAT DET VÄXANDE UTSEENDET AV STAMMAR SOM ÄR RESISTENTA MOT FUNGICIDER SOM FÖR NÄRVARANDE ANVÄNDS. DEN RATIONELLA UTVECKLINGEN AV NYA KONTROLLSTRATEGIER KRÄVER EN BÄTTRE FÖRSTÅELSE AV MOLEKYLÄRA INTERAKTIONER MED SINA VÄRDAR OCH, SÄRSKILT, AV BIDRAGET TILL INFEKTIONEN AV DE HUNDRATALS PROTEINER SOM ÄR KÄNDA FÖR ATT VARA DEN HEMLIGA SVAMPEN, MÅNGA AV DEM MED OKÄND FUNKTION. UPPKOMSTEN AV MUTANTER SOM SAKNAR DESSA PROTEINER HAR VARIT OCH FÖRBLIR EN VANLIG METOD FÖR ATT STUDERA DERAS ROLL I VIRULENS, MEN DERAS TEKNISKA KOMPLEXITET FÖRHINDRAR DERAS TILLÄMPNING PÅ ETT STORT ANTAL PROTEINER. DESSUTOM INNEBÄR DEN HÖGA REDUNDANSEN MELLAN UTSÖNDRADE PROTEINER, OFTA MED MULTIPLA ISOFORMER, ATT MUTATIONER AV ENSKILDA GENER INTE OFTA RESULTERAR I FENOTYPER. I DETTA PROJEKT FÖRESLÅR VI ETT ALTERNATIVT TILLVÄGAGÅNGSSÄTT, BESTÅENDE AV EN UPPSÄTTNING JÄSTSTAMMAR DÄR VAR OCH EN AV DEM UTTRYCKER ETT AV DE PROTEINER SOM EXPERIMENTELLT HAR HITTATS I SECRETOMA AV B. CINEREA, TOTALT 327 PROTEINER. FÖR DETTA ÄNDAMÅL FÖRESLÅR VI ETT NYTT EXPERIMENTELLT SYSTEM SOM KOMBINERAR DEN HÖGA GRADEN AV REKOMBINATION AV SACCHAROMYCES CEREVISIAE, VILKET GÖR INGET KLONING STEG ONÖDIGT, MED DESS POTENTIAL SOM EN PROTEINPRODUCERANDE ORGANISM HETEROLOGAS. INSAMLINGEN AV STAMMAR SOM GENERERAS KAN SPÅRAS I DETTA PROJEKT, OCH I EFTERFÖLJANDE SÅDANA, FÖR IDENTIFIERING AV KÄNDA PROTEINFUNKTIONER, ELLER HYPOTETISKA, FÖRUTSATT ATT DET ÄR TILLGÄNGLIGT ELLER MÖJLIGT ATT UTFORMA EN PRÖVNING AV SAMMA. MED HJÄLP AV DENNA STRATEGI SYFTAR VI I DETTA PROJEKT TILL ATT IDENTIFIERA PROTEINER SOM, TILLÄMPAT EXOGENA, MODULERAR VIRULENSEN AV B. CINEREA OCH ANDRA PHYTOPATOGENS PÅ TVÅ VÄXTER, ARABIDOPSIS THALIANA OCH TOBAK. VI STRÄVAR OCKSÅ EFTER ATT IDENTIFIERA EXTRACELLULÄRA PROTEINER AV B. CINEREA SOM ÄR ERKÄNDA SOM PAMPS AV VÄXTENS IMMUNSYSTEM OCH PROTEINER SOM HAR MODULERANDE AKTIVITET PÅ DET ÖVERKÄNSLIGA SVARET. (Swedish)
18 August 2022
0 references
BOTRYTIS CINEREA ESTE O CIUPERCĂ PHYTOPATOGEN CAPABILĂ SĂ INFECTEZE MAI MULT DE 200 DE SPECII DE PLANTE, INCLUSIV O MARE VARIETATE DE PLANTE IMPORTANTE ÎN AGRICULTURĂ. CONTROLUL SĂU NU ESTE UȘOR DIN MAI MULTE MOTIVE, INCLUSIV APARIȚIA ÎN CREȘTERE A TULPINILOR REZISTENTE LA FUNGICIDELE UTILIZATE ÎN PREZENT. DEZVOLTAREA RAȚIONALĂ A NOILOR STRATEGII DE CONTROL NECESITĂ O MAI BUNĂ ÎNȚELEGERE A INTERACȚIUNILOR MOLECULARE CU GAZDELE LOR ȘI, ÎN SPECIAL, A CONTRIBUȚIEI LA INFECTAREA SUTELOR DE PROTEINE CUNOSCUTE A FI CIUPERCA SECRETĂ, MULTE DINTRE ELE CU FUNCȚII NECUNOSCUTE. GENERAREA DE MUTANȚI LIPSIȚI DE ACESTE PROTEINE A FOST ȘI RĂMÂNE O METODĂ COMUNĂ PENTRU STUDIEREA ROLULUI LOR ÎN VIRULENȚĂ, DAR COMPLEXITATEA LOR TEHNICĂ ÎMPIEDICĂ APLICAREA LOR LA UN NUMĂR MARE DE PROTEINE. ÎN PLUS, REDUNDANȚA RIDICATĂ ÎNTRE PROTEINELE SECRETATE, ADESEA CU IZOFORME MULTIPLE, ÎNSEAMNĂ CĂ MUTAȚIILE GENELOR INDIVIDUALE NU DUC ADESEA LA FENOTIPURI. ÎN ACEST PROIECT PROPUNEM O ABORDARE ALTERNATIVĂ, CONSTÂND ÎN GENERAREA UNUI SET DE TULPINI DE DROJDIE ÎN CARE FIECARE DINTRE ELE EXPRIMĂ UNA DINTRE PROTEINELE CARE AU FOST GĂSITE EXPERIMENTAL ÎN SECRETOMA B. CINEREA, UN TOTAL DE 327 DE PROTEINE. ÎN ACEST SCOP, PROPUNEM UN NOU SISTEM EXPERIMENTAL CARE COMBINĂ RATA RIDICATĂ DE RECOMBINARE A SACCHAROMYCES CEREVISIAE, CEEA CE FACE CA NICIO ETAPĂ DE CLONARE SĂ NU FIE INUTILĂ, CU POTENȚIALUL SĂU DE ORGANISM PRODUCĂTOARE DE PROTEINE HETEROLOGAS. COLECTAREA TULPINILOR GENERATE POATE FI URMĂRITĂ ÎN ACEST PROIECT ȘI ÎN CELE ULTERIOARE, PENTRU IDENTIFICAREA ORICĂREI FUNCȚII PROTEICE CUNOSCUTE, SAU IPOTETICĂ, CU CONDIȚIA SĂ FIE DISPONIBIL SAU POSIBIL SĂ SE PROIECTEZE UN TEST DE ACEEAȘI NATURĂ. FOLOSIND ACEASTĂ STRATEGIE, ÎN ACEST PROIECT NE PROPUNEM SĂ IDENTIFICĂM PROTEINELE CARE, APLICATE EXOGENA, MODULEAZĂ VIRULENȚA B. CINEREA ȘI A ALTOR PHYTOPATOGENS PE DOUĂ PLANTE, ARABIDOPSIS THALIANA ȘI TUTUN. DE ASEMENEA, NE PROPUNEM SĂ IDENTIFICĂM PROTEINELE EXTRACELULARE DIN B. CINEREA CARE SUNT RECUNOSCUTE CA PAMP DE CĂTRE SISTEMUL IMUNITAR AL PLANTELOR ȘI PROTEINELE CARE AU ACTIVITATE MODULATOARE ASUPRA RĂSPUNSULUI HIPERSENSIBIL. (Romanian)
18 August 2022
0 references
BOTRYTIS CINEREA JE GLIVA PHYTOPATOGEN, KI LAHKO OKUŽI VEČ KOT 200 RASTLINSKIH VRST, VKLJUČNO S ŠTEVILNIMI POMEMBNIMI RASTLINAMI V KMETIJSTVU. NJEGOV NADZOR NI ENOSTAVEN ZARADI ŠTEVILNIH RAZLOGOV, VKLJUČNO Z VSE VEČJIM POJAVOM SEVOV, ODPORNIH NA FUNGICIDE, KI SE TRENUTNO UPORABLJAJO. RACIONALNI RAZVOJ NOVIH STRATEGIJ NADZORA ZAHTEVA BOLJŠE RAZUMEVANJE MOLEKULARNIH INTERAKCIJ S SVOJIMI GOSTITELJI IN ZLASTI PRISPEVKA K OKUŽBI NA STOTINE BELJAKOVIN, ZA KATERE JE ZNANO, DA SO SKRIVNE GLIVE, MNOGE OD NJIH Z NEZNANO FUNKCIJO. GENERACIJA MUTANTOV BREZ TEH BELJAKOVIN JE BILA IN OSTAJA SKUPNA METODA ZA PREUČEVANJE NJIHOVE VLOGE PRI VIRULENCI, VENDAR NJIHOVA TEHNIČNA ZAPLETENOST PREPREČUJE NJIHOVO UPORABO NA VELIKO ŠTEVILO BELJAKOVIN. POLEG TEGA VISOKA REDUNDANCA MED IZLOČENIMI BELJAKOVINAMI, POGOSTO Z VEČ IZOOBLIKAMI, POMENI, DA MUTACIJE POSAMEZNIH GENOV POGOSTO NE POVZROČIJO FENOTIPOV. V TEM PROJEKTU PREDLAGAMO ALTERNATIVNI PRISTOP, SESTAVLJEN IZ GENERACIJE SEVOV KVASOVK, V KATERIH VSAK OD NJIH IZRAŽA ENO OD BELJAKOVIN, KI SO BILE EKSPERIMENTALNO NAJDENE V SECRETOMA B. CINEREA, SKUPNO 327 PROTEINOV. V TA NAMEN PREDLAGAMO NOV EKSPERIMENTALNI SISTEM, KI ZDRUŽUJE VISOKO STOPNJO REKOMBINACIJE SACCHAROMYCES CEREVISIAE, ZARADI ČESAR NOBEN KORAK KLONIRANJA NI NEPOTREBEN, S POTENCIALOM, KI GA IMA KOT ORGANIZEM, KI PROIZVAJA BELJAKOVINE HETEROLOGAS. ZBIRANJE USTVARJENIH SEVOV JE MOGOČE IZSLEDITI V TEM PROJEKTU IN V NASLEDNJIH PROJEKTIH ZA IDENTIFIKACIJO VSEH ZNANIH BELJAKOVINSKIH FUNKCIJ ALI HIPOTETIČNIH, POD POGOJEM, DA JE NA VOLJO ALI JE MOGOČE ZASNOVATI ENAKO PRESKUŠANJE. S TO STRATEGIJO ŽELIMO V TEM PROJEKTU IDENTIFICIRATI BELJAKOVINE, KI NANESEJO EXOGENA, MODULIRAJO VIRULENCO B. CINEREA IN DRUGIH PHYTOPATOGENS NA DVEH RASTLINAH, ARABIDOPSIS THALIANA IN TOBAK. PRIZADEVAMO SI TUDI IDENTIFICIRATI ZUNAJCELIČNE BELJAKOVINE B. CINEREA, KI JIH RASTLINSKI IMUNSKI SISTEM IN BELJAKOVINE, KI IMAJO MODULACIJSKO AKTIVNOST NA HIPEROBČUTLJIV ODZIV, PREPOZNAVAJO KOT PAMP. (Slovenian)
18 August 2022
0 references
BOTRYTIS CINEREA JEST GRZYBEM PHYTOPATOGEN ZDOLNYM DO ZAKAŻENIA PONAD 200 GATUNKÓW ROŚLIN, W TYM SZEROKIEJ GAMY WAŻNYCH ROŚLIN W ROLNICTWIE. JEGO KONTROLA NIE JEST ŁATWA Z WIELU POWODÓW, W TYM Z ROSNĄCYM POJAWIENIEM SIĘ SZCZEPÓW ODPORNYCH NA ŚRODKI GRZYBOBÓJCZE OBECNIE STOSOWANE. RACJONALNY ROZWÓJ NOWATORSKICH STRATEGII KONTROLI WYMAGA LEPSZEGO ZROZUMIENIA INTERAKCJI MOLEKULARNYCH Z ŻYWICIELAMI, A W SZCZEGÓLNOŚCI WKŁADU W INFEKCJĘ SETEK BIAŁEK ZNANYCH JAKO TAJNY GRZYB, WIELU Z NICH O NIEZNANEJ FUNKCJI. GENEROWANIE MUTANTÓW POZBAWIONYCH TYCH BIAŁEK BYŁO I POZOSTAJE POWSZECHNĄ METODĄ BADANIA ICH ROLI W ZJADLIWOŚCI, ALE ICH ZŁOŻONOŚĆ TECHNICZNA UNIEMOŻLIWIA ICH STOSOWANIE DO DUŻEJ LICZBY BIAŁEK. PONADTO WYSOKA REDUNDANCJA MIĘDZY WYDZIELANYMI BIAŁKAMI, CZĘSTO Z WIELOMA IZOFORMAMI, OZNACZA, ŻE MUTACJE POSZCZEGÓLNYCH GENÓW NIE CZĘSTO SKUTKUJĄ FENOTYPAMI. W TYM PROJEKCIE PROPONUJEMY ALTERNATYWNE PODEJŚCIE, POLEGAJĄCE NA GENEROWANIU ZESTAWU SZCZEPÓW DROŻDŻY, W KTÓRYCH KAŻDY Z NICH WYKAZUJE EKSPRESJĘ JEDNEGO Z BIAŁEK, KTÓRE ZOSTAŁY DOŚWIADCZALNIE ZNALEZIONE W SECRETOMA B. CINEREA, W SUMIE 327 BIAŁEK. W TYM CELU PROPONUJEMY NOWY SYSTEM EKSPERYMENTALNY, KTÓRY ŁĄCZY WYSOKI WSKAŹNIK REKOMBINACJI SACCHAROMYCES CEREVISIAE, CO SPRAWIA, ŻE ŻADEN KROK KLONOWANIA NIE JEST ZBĘDNY, Z JEGO POTENCJAŁEM JAKO ORGANIZM WYTWARZAJĄCY BIAŁKO HETEROLOGAS. ZBIÓR GENEROWANYCH SZCZEPÓW MOŻNA PRZEŚLEDZIĆ W RAMACH TEGO PROJEKTU, A W KOLEJNYCH, W CELU IDENTYFIKACJI WSZELKICH ZNANYCH FUNKCJI BIAŁKOWYCH LUB HIPOTETYCZNYCH, POD WARUNKIEM ŻE JEST ON DOSTĘPNY LUB MOŻLIWY DO ZAPROJEKTOWANIA PRÓB TEGO SAMEGO. KORZYSTAJĄC Z TEJ STRATEGII, W TYM PROJEKCIE DĄŻYMY DO ZIDENTYFIKOWANIA BIAŁEK, KTÓRE, ZASTOSOWANE EXOGENA, MODULUJĄ ZJADLIWOŚĆ B. CINEREA I INNYCH PHYTOPATOGENS NA DWÓCH ROŚLINACH, ARABIDOPSIS THALIANA I TYTOŃ. DĄŻYMY RÓWNIEŻ DO IDENTYFIKACJI POZAKOMÓRKOWYCH BIAŁEK B. CINEREA, KTÓRE SĄ UZNAWANE ZA PAMPS PRZEZ UKŁAD ODPORNOŚCIOWY ROŚLIN I BIAŁKA, KTÓRE MAJĄ MODULUJĄCĄ AKTYWNOŚĆ NA NADWRAŻLIWĄ ODPOWIEDŹ. (Polish)
18 August 2022
0 references
San Cristóbal de La Laguna
0 references
20 December 2023
0 references
Identifiers
AGL2015-67913-R
0 references