DISSECTION OF THE REGULATORY LOGIC OF THE TRAINED ENHANCERS PRESENT IN PLURIPOTENT CELLS (Q3175901)

From EU Knowledge Graph
Jump to navigation Jump to search
Project Q3175901 in Spain
Language Label Description Also known as
English
DISSECTION OF THE REGULATORY LOGIC OF THE TRAINED ENHANCERS PRESENT IN PLURIPOTENT CELLS
Project Q3175901 in Spain

    Statements

    country
    Spain
    0 references
    EU contribution
    100,869.17 Euro
    0 references
    budget
    185,251.0 Euro
    0 references
    co-financing rate
    54.45 percent
    0 references
    start time
    1 January 2019
    0 references
    end time
    31 December 2021
    0 references
    beneficiary name (string)
    UNIVERSIDAD DE CANTABRIA
    0 references
    coordinate location

    43°26'59.10"N, 3°51'15.48"W
    inferred from
    postal code
    0 references
    postal code
    39011
    0 references
    summary
    PREVIAMENTE DESCRIBIMOS LOS POTENCIADORES CAPACITADOS (¿POISED ENHANCERS¿ (PES) EN INGLES) COMO UN CONJUNTO DE SECUENCIAS REGULADORAS PRESENTES EN CELULAS MADRE EMBRIONARIAS HUMANAS (ESC) Y CON CARACTERISTICAS UNICAS EN SU CROMATINA, QUE INCLUYEN LA UNION DEL COACTIVADOR P300 Y DE PROTEINAS POLYCOMB (PCG). ORIGINALMENTE PROPUSIMOS QUE ESTAS PROPIEDADES CROMATINICAS PODRIAN FACILITAR LA FUTURA ACTIVACION DE LOS PES DURANTE LA DIFERENCIACION DE LAS ESC. MAS RECIENTEMENTE, Y UTILIZANDO ESC DE RATON (MESC), DEMOSTRAMOS QUE LOS PES SON NECESARIOS PARA LA INDUCCION DE IMPORTANTES GENES ANTERO-NEURALES. CURIOSAMENTE, OBSERVAMOS QUE LOS PES ESTABLECEN INTERACCIONES FISICAS CON SUS GENES DIANA EN ESC EN UNA FORMA DEPENDIENTE DEL COMPLEJO POLYCOMB PRC2. ADEMAS, TAMBIEN DEMOSTRAMOS QUE LA PERDIDA DE PRC2 NO CONDUCE A LA ACTIVACION DE LOS PES NI A LA INDUCCION DE SUS GENES DIANA EN ESC. POR EL CONTRARIO, LA PERDIDA DE PRC2 AFECTA GRAVE Y ESPECIFICAMENTE LA INDUCCION DE GENES NEURONALES ANTERIORES REGULADOS POR LOS PES. POR LO TANTO, NUESTRO RECIENTE TRABAJO RESULTO EN LA DESCRIPCION DE UNA NOVEDOSA FUNCION PARA LAS PROTEINAS PCG, QUE PROPUSIMOS PODRIAN FACILITAR LA INDUCCION NEURAL AL PROPORCIONAR A CIERTOS GENES ANTERO-NEURALES CON UNA TOPOLOGIA REGULADORA PERMISIVA._x000D_ _x000D_ AUNQUE NUESTRO RECIENTE TRABAJO HA PROPORCIONADO IMPORTANTES DETALLES ACERCA DE LA RELEVANCIA FUNCIONAL Y EL MECANISMO DE ACCION DE LOS PE, ACTUALMENTE NO SE SABE POR QUE Y COMO LA ACTIVIDAD REGULADORA DE LOS PE SE DIRIGE ESPECIFICAMENTE HACIA CIERTOS GENES NEURALES ANTERIORES. PARA ABORDAR ESTO, PRIMERO EVALUAREMOS DE FORMA GLOBAL COMO PCG Y CIERTAS PROTEINAS CON FUNCIONES ESTRUCTURALES CONTROLAN LA ORGANIZACION TRIDIMENSIONAL DE LOS PES EN MESC. NUESTRA HIPOTESIS ES QUE MIENTRAS QUE LAS PROTEINAS PCG PODRIAN MEDIAR DIRECTAMENTE LA COMUNICACION FISICA ENTRE PE Y SUS GENES DIANA, LAS PROTEINAS ESTRUCTURALES COMO CTCF Y COHESIN PODRIAN RESTRINGIR TALES INTERACCIONES Y LIMITAR A LOS PE A CONTACTAR Y REGULAR GENES LOCALIZADOS EN EL MISMO DOMINIO DE ASOCIACION TOPOLOGICA (TAD). POR OTRO LADO, MUCHOS DE LOS ENFOQUES EXPERIMENTALES USADOS PARA ELUCIDAR EL MECANISMO DE ACCION DE LOS POTENCIADORES SE BASAN EN LA PERDIDA COMPLETA DE PROTEINAS QUE UNEN DICHAS SECUENCIAS POTENCIADORAS. SIN EMBARGO, ESTOS ENFOQUES PUEDEN PROVOCAR CAMBIOS TRANSCRIPCIONALES Y EN LA ARQUITECTURA 3D DEL GENOMA QUE PODRIAN ALTERAR LA FUNCION DE LOS POTENCIADORES DE UNA MANERA INDIRECTA. AQUI PROPONEMOS SOLVENTAR ESTAS LIMITACIONES MEDIANTE LA INGENIERIA SINTETICA DE PES EN MESC PARA EVALUAR DE FORMA RIGUROSA Y MECANISTICA LAS PROPIEDADES REGULATORIAS, EPIGENETICAS Y TOPOLOGICAS DE LOS PES. ESTA ESTRATEGIA EXPERIMENTAL NOS PERMITIRA DISECCIONAR GENETICAMENTE LOS PES, QUE CREEMOS PUEDEN TENER UNA COMPOSICION MODULAR CONSISTENTE EN UN GRUPO DE SITIOS DE UNION PARA FACTORES DE TRANSCRIPCION (TFBS) Y UNA ISLA CPG (CGI). EL TFBS PODRIA CONFERIR A LOS PES SU CAPACIDAD DE ACTIVACION GENICA EN CIS, MIENTRAS QUE LA CGI PODRIA DOTAR A LOS PES DE UNA CROMATINA Y UN ENTORNO TOPOLOGICO APROPIADO QUE FACILITE LA ACTIVACION FUTURA DE LOS GENES DIANA DE LOS PES._x000D_ _x000D_ EN GENERAL, EL TRABAJO PROPUESTO PROPORCIONARA IMPORTANTES CONOCIMIENTOS SOBRE LA LOGICA REGULADORA DE LOS PES Y EL PAPEL DE LAS PROTEINAS PCG COMO FACILITADORES TOPOLOGICOS DE LA INDUCCION GENICA. ADEMAS, NUESTRO TRABAJO DEBERIA ESCLARECER ALGUNAS DE LAS REGLAS REGULADORAS AUN POCO CONOCIDAS QUE RIGEN DE FORMA GENERAL LA COMUNICACION ENTRE POTENCIADORES Y GENES. (Spanish)
    0 references
    WE PREVIOUSLY IDENTIFIED POISED ENHANCERS (PES) IN HUMAN EMBRYONIC STEM CELLS (ESC) AS A LIMITED SET OF CIS-REGULATORY SEQUENCES DISPLAYING A UNIQUE CHROMATIN SIGNATURE, WHICH INCLUDES BINDING BY THE CO-ACTIVATOR P300 AND POLYCOMB-GROUP (PCG) PROTEINS. WE ORIGINALLY PROPOSED THAT THIS CHROMATIN SIGNATURE COULD BOOKMARK PES IN PLURIPOTENT CELLS TO FACILITATE THEIR TIMELY ACTIVATION UPON ESC DIFFERENTIATION. MOST RECENTLY AND USING MOUSE ESC (MESC) AS A GENETICALLY TRACTABLE MODEL, WE DEMONSTRATED THAT PES ARE NECESSARY FOR THE INDUCTION OF MAJOR ANTERIOR NEURAL REGULATORS. INTERESTINGLY, PES ALREADY ESTABLISHED PHYSICAL INTERACTIONS WITH THEIR TARGET GENES IN ESC IN A POLYCOMB REPRESSIVE COMPLEX 2 (PRC2) DEPENDENT MANNER. LOSS OF PRC2 LED TO NEITHER THE ACTIVATION OF PES NOR THE INDUCTION OF THEIR TARGET GENES IN UNDIFFERENTIATED ESC. IN CONTRAST, LOSS OF PRC2 SEVERELY AND SPECIFICALLY COMPROMISED THE INDUCTION OF MAJOR ANTERIOR NEURAL GENES REPRESENTING PE TARGETS. HENCE, OUR RECENT WORK ILLUMINATED A NOVEL AND UNEXPECTED FUNCTION FOR PCG PROTEINS, WHICH WE PROPOSED COULD FACILITATE NEURAL INDUCTION BY PROVIDING MAJOR ANTERIOR NEURAL LOCI WITH A PERMISSIVE REGULATORY TOPOLOGY._x000D_ _x000D_ ALTHOUGH OUR RECENT WORK HAS PROVIDED MAJOR INSIGHTS INTO THE FUNCTIONAL RELEVANCE AND MECHANISM OF ACTION OF PLURIPOTENCY-ASSOCIATED PES, IT IS CURRENTLY UNKNOWN WHY AND HOW PE REGULATORY ACTIVITY IS SPECIFICALLY DIRECTED TOWARDS MAJOR ANTERIOR NEURAL GENES. TO ADDRESS THIS, WE WILL FIRST USE FUNCTIONAL GENOMIC AND CONDITIONAL KNOCK-DOWN APPROACHES TO GLOBALLY ASSESS HOW PCG AND ARCHITECTURAL PROTEINS CONTROL THE 3D ORGANIZATION OF PE LOCI IN MESC. WE HYPOTHESIZE THAT WHILE PCG PROTEINS MIGHT DIRECTLY MEDIATE THE PHYSICAL COMMUNICATION BETWEEN PES AND THEIR TARGET GENES, ARCHITECTURAL PROTEINS, SUCH AS CTCF AND COHESIN, MIGHT CONSTRAIN SUCH INTERACTIONS AND LIMIT PES TO SPECIFICALLY CONTACT AND REGULATE PCG-BOUND GENES LOCATED WITHIN THE SAME TOPOLOGICALLY ASSOCIATING DOMAIN (TAD). ON THE OTHER HAND, MANY OF THE EXPERIMENTAL APPROACHES TYPICALLY USED TO ELUCIDATE THE MECHANISM OF ACTION OF ENHANCERS ARE BASED ON THE COMPLETE LOSS OF ENHANCER-BOUND PROTEINS. HOWEVER, SUCH LOSS-OF-FUNCTION APPROACHES CAN ELICIT TRANSCRIPTIONAL AND/OR 3D GENOME ARCHITECTURAL CHANGES THAT CAN POTENTIALLY ALTER ENHANCER FUNCTION IN AN INDIRECT MANNER. HERE WE PROPOSE TO OVERCOME THESE LIMITATIONS BY SYNTHETICALLY ENGINEERING PES IN MESC IN ORDER TO RIGOROUSLY AND MECHANISTICALLY ASSESS THE REGULATORY, EPIGENETIC AND TOPOLOGICAL FEATURES OF PE LOCI. THIS EXPERIMENTAL STRATEGY WILL ALLOW US TO GENETICALLY DISSECT PES, WHICH WE HYPOTHESIZE DISPLAY A MODULAR COMPOSITION CONSISTING OF A CLUSTER OF HIGHLY CONSERVED TRANSCRIPTION FACTOR BINDING SITES (TFBS) AND A NEARBY CPG ISLAND (CGI). THE TFBS MIGHT CONFER PES THEIR FUNDAMENTAL CIS-ACTIVATION CAPACITY UPON ESC DIFFERENTIATION, WHILE THE CGI MIGHT ENDOW PES WITH A PERMISSIVE CHROMATIN AND TOPOLOGICAL ENVIRONMENT THAT FACILITATES THE FUTURE ACTIVATION OF THE PE TARGET GENES. _x000D_ _x000D_ OVERALL, THE PROPOSED WORK WILL PROVIDE MAJOR INSIGHTS INTO THE REGULATORY LOGIC OF PES AND THE ROLE OF PCG PROTEINS AS TOPOLOGICAL FACILITATORS OF FUTURE GENE INDUCTION. FURTHERMORE, OUR WORK SHOULD ILLUMINATE SOME OF THE GENERAL, YET POORLY CHARACTERIZED, REGULATORY RULES GOVERNING THE SPECIFICITY AND COMPATIBILITY OF ENHANCER-GENE COMMUNICATION. (English)
    readability score
    0.2555450478291667
    0 references
    NOUS AVONS DÉJÀ DÉCRIT LES ACTIVATEURS EN ÉQUILIBRE (PES) COMME UN ENSEMBLE DE SÉQUENCES RÉGULATRICES PRÉSENTES DANS LES CELLULES SOUCHES EMBRYONNAIRES HUMAINES (ESC) ET PRÉSENTANT DES CARACTÉRISTIQUES UNIQUES DANS LEUR CHROMATINE, Y COMPRIS L’UNION DES PROTÉINES P300 ET POLYCOMB (PCG). À L’ORIGINE, NOUS AVONS PROPOSÉ QUE CES PROPRIÉTÉS CROMATINICAS FACILITENT L’ACTIVATION FUTURE DES SPE LORS DE LA DIFFÉRENCIATION DES CES. PLUS RÉCEMMENT, ET EN UTILISANT RATON’S ESC (MESC), NOUS AVONS DÉMONTRÉ QUE LES PSE SONT NÉCESSAIRES À L’INDUCTION D’IMPORTANTS GÈNES ANTERO-NEURAUX. FAIT INTÉRESSANT, NOUS AVONS OBSERVÉ QUE LES SPE ÉTABLISSENT DES INTERACTIONS PHYSIQUES AVEC LEURS GÈNES DIANA DANS L’ESC SOUS UNE FORME DÉPENDANTE DU COMPLEXE POLYCOMB PRC2. EN OUTRE, NOUS DÉMONTRONS ÉGALEMENT QUE LA PERTE DE PRC2 NE CONDUIT PAS À L’ACTIVATION DU PSE OU À L’INDUCTION DE LEURS GÈNES DIANA DANS L’ESC. AU CONTRAIRE, LA PERTE DE PRC2 AFFECTE GRAVEMENT ET SPÉCIFIQUEMENT L’INDUCTION DE GÈNES NEURONAUX ANTÉRIEURS RÉGULÉS PAR LE PSE. Par conséquent, notre travail ancien était dans la DESCRIPCTION D’UN NOUVEAU funcion POUR LES PROTÉINS du PCG, que nous avons proposé de rendre le NEURAL INDUCTION FACILITATE en proposant des GÉNÉRATEURS ANENTRO-NEURAUX AVEC une topologie PERMISIVE REGULATIVE._x000D_ _x000D_ AUNQUE NOS RECHERCHES DE TRAVAIL DÉTAILS IMPORTANTS PROPOSÉS A PROPOSER LES DÉTAILS IMPORTANTS CONCERNANTS ET LE MÉCANIQUE DE L’Accès DU PE, à l’heure actuelle, on ne sait pas pourquoi et comme l’ACTIVITÉ DE L’ACTIVITÉ DE LA PE est spécifiquement DIRECTIVE DE CERties NEURAL aériennes. POUR Y REMÉDIER, NOUS ÉVALUERONS D’ABORD À L’ÉCHELLE MONDIALE QUE LES PRP ET CERTAINES PROTÉINES AYANT DES FONCTIONS STRUCTURELLES CONTRÔLENT L’ORGANISATION TRIDIMENSIONNELLE DES SPE EN MESC. NOTRE HYPOTHÈSE EST QUE, BIEN QUE LES PROTÉINES PCG PUISSENT DIRECTEMENT MÉDIER LA COMMUNICATION PHYSIQUE ENTRE LE PE ET LEURS GÈNES DIANA, DES PROTÉINES STRUCTURALES COMME LA CTCF ET LA COHÉSINE POURRAIENT RESTREINDRE CES INTERACTIONS ET LIMITER LES SPE À ENTRER EN CONTACT ET À RÉGULER LES GÈNES SITUÉS DANS LE MÊME DOMAINE DE L’ASSOCIATION TOPOLOGIQUE (TAD). D’AUTRE PART, BON NOMBRE DES APPROCHES EXPÉRIMENTALES UTILISÉES POUR ÉLUCIDER LE MÉCANISME D’ACTION DES ACTIVATEURS SONT BASÉES SUR LA PERTE TOTALE DE PROTÉINES QUI LIENT CES SÉQUENCES STIMULANTES. CEPENDANT, CES APPROCHES PEUVENT PROVOQUER DES CHANGEMENTS TRANSCRIPTIONNELS ET DE L’ARCHITECTURE DU GÉNOME 3D QUI POURRAIENT MODIFIER LA FONCTION DES AMPLIFICATEURS DE MANIÈRE INDIRECTE. NOUS PROPOSONS ICI DE RÉSOUDRE CES LIMITATIONS À TRAVERS L’INGÉNIERIE SYNTHÉTIQUE DES SPE EN MESC AFIN D’ÉVALUER RIGOUREUSEMENT ET MECANISTICAL LES PROPRIÉTÉS RÉGULATRICES, ÉPIGÉNÉTIQUES ET TOPOLOGIQUES DU SPE. CETTE STRATÉGIE EXPÉRIMENTALE NOUS PERMETTRA DE DISSÉQUER GÉNÉTIQUEMENT LES SPE, CE QUI, SELON NOUS, PEUT AVOIR UNE COMPOSITION MODULAIRE COMPOSÉE D’UN GROUPE DE SITES DE L’UNION POUR LES FACTEURS DE TRANSCRIPTION (TFBS) ET D’UNE ÎLE CPG (CGI). Le TFBS pourrait CONFÉRENCE au PSE sa capacité d’activité génique dans le SIC, mientras QUE le CGI pourrait donner au pied d’une chromatine et d’un environnement topologique approuvé qui rend l’activation FUTURE DES DIANA GENES DE PES._x000D_ _x000D_ EN GÉNÉRAL, le TRAVAIL PROPOSITIONNEL doit fournir des connaissances IMPORTANTES SUR LE LOGICAL RÉGLEMENTANT DES PES ET le PAPEL DE L’INDUCTION GÉNÉRALE DE L’INDUCTION GÉNIQUE DE L’INDUCTION GÉNIQUE. EN OUTRE, NOS TRAVAUX DEVRAIENT FAIRE LA LUMIÈRE SUR CERTAINES DES RÈGLES RÉGLEMENTAIRES ENCORE PEU CONNUES QUI RÉGISSENT DE MANIÈRE GÉNÉRALE LA COMMUNICATION ENTRE LES ACTIVATEURS ET LES GÈNES. (French)
    point in time
    4 December 2021
    0 references
    WIR HABEN DIE POISED ENHANCER (PES) ZUVOR ALS EINE REIHE VON REGULATORISCHEN SEQUENZEN IN MENSCHLICHEN EMBRYONALEN STAMMZELLEN (ESC) UND MIT EINZIGARTIGEN EIGENSCHAFTEN IN IHREM CHROMATIN BESCHRIEBEN, EINSCHLIESSLICH DER UNION DER P300- UND POLYCOMB-PROTEINE (PCG). URSPRÜNGLICH SCHLUGEN WIR VOR, DASS DIESE CROMATINICAS-EIGENSCHAFTEN DIE KÜNFTIGE AKTIVIERUNG VON ÖAV WÄHREND DER DIFFERENZIERUNG VON ESCS ERLEICHTERN KÖNNTEN. IN JÜNGERER ZEIT UND UNTER VERWENDUNG VON RATON’S ESC (MESC) HABEN WIR GEZEIGT, DASS PES FÜR DIE INDUKTION WICHTIGER ANTERO-NEURALER GENE NOTWENDIG SIND. INTERESSANTERWEISE STELLTEN WIR FEST, DASS PES PHYSIKALISCHE WECHSELWIRKUNGEN MIT IHREN DIANA-GENEN IN ESC IN EINER FORM HERSTELLEN, DIE VOM POLYCOMB PRC2-KOMPLEX ABHÄNGIG IST. DARÜBER HINAUS ZEIGEN WIR AUCH, DASS DER VERLUST DER VR CHINA2 NICHT ZUR AKTIVIERUNG VON PES ODER ZUR INDUKTION IHRER DIANA-GENE IM ESC FÜHRT. IM GEGENTEIL, DER VERLUST DER VR CHINA2 WIRKT SICH STARK UND KONKRET AUF DIE INDUKTION FRÜHERER NEURONALER GENE AUS, DIE DURCH PES REGULIERT WURDEN. Daher war unsere recient WORKING in der DESCRIPCTION OF A NEW funcion FOR THE PCG PROTEINS, die wir vorgeschlagen haben, die NEURAL INDUCTION FACILITATE zu machen, indem wir ANENTRO-NEURAL GENERTS mit einer PERMISIVE REGULATORY Topologie vorschlagen._x000D_ _x000D_ aunque OUR recient WORKING HAVE PROPOSED IMPORTANTE DETAILS AGAINST funcional relevancy UND DER MECHANISM DES Zugangs zum Zugang derzeit ist nicht bekannt, warum und da die Regulierung ACTIVITY OF PE ist spezifisch von anteriellen NEURAL-Gewissheiten. UM DIES ANZUGEHEN, WERDEN WIR ZUNÄCHST WELTWEIT ALS GWPS UND BESTIMMTE PROTEINE MIT STRUKTURELLEN FUNKTIONEN DIE DREIDIMENSIONALE ORGANISATION VON PES IN MESC KONTROLLIEREN. UNSERE HYPOTHESE IST, DASS WÄHREND PCG-PROTEINE DIREKT DIE PHYSISCHE KOMMUNIKATION ZWISCHEN PE UND IHREN DIANA-GENEN VERMITTELN KÖNNTEN, STRUKTURELLE PROTEINE WIE CTCF UND COHESIN KÖNNTEN SOLCHE WECHSELWIRKUNGEN EINSCHRÄNKEN UND DIE PES AUF KONTAKT UND REGULIERUNG VON GENEN BESCHRÄNKEN, DIE SICH IM GLEICHEN BEREICH DER TOPOLOGISCHEN ASSOZIATION (TAD) BEFINDEN. AUF DER ANDEREN SEITE BASIEREN VIELE DER EXPERIMENTELLEN ANSÄTZE ZUR AUFKLÄRUNG DES WIRKMECHANISMUS DER ENHANCER AUF DEM VOLLSTÄNDIGEN VERLUST VON PROTEINEN, DIE DIESE VERSTÄRKENDEN SEQUENZEN BINDEN. DIESE ANSÄTZE KÖNNEN JEDOCH TRANSKRIPTIONS- UND 3D-GENOM-ARCHITEKTURVERÄNDERUNGEN VERURSACHEN, DIE DIE FUNKTION VON ENHANCERN INDIREKT VERÄNDERN KÖNNTEN. HIER SCHLAGEN WIR VOR, DIESE EINSCHRÄNKUNGEN DURCH DIE SYNTHETISCHE TECHNIK VON PES IN MESC ZU LÖSEN, UM DIE REGULATORISCHEN, EPIGENETISCHEN UND TOPOLOGISCHEN EIGENSCHAFTEN DER PES RIGOROS UND MECANISTICAL ZU BEWERTEN. DIESE EXPERIMENTELLE STRATEGIE WIRD ES UNS ERMÖGLICHEN, PES GENETISCH ZU TRENNEN, WAS UNSERER MEINUNG NACH EINE MODULARE ZUSAMMENSETZUNG HABEN KÖNNTE, DIE AUS EINER GRUPPE VON UNIONSSTANDORTEN FÜR TRANSKRIPTIONSFAKTOREN (TFBS) UND EINER CPG-INSEL (CGI) BESTEHT. Das TFBS könnte den PES seine Fähigkeit zur Gengenaktivität in CIS, mientras, dass das CGI dem Fuß eines Chromatins und einer topologischen Umgebung geben könnte, die die FUTURE-Aktivierung der DIANA-GENES der PES._x000D_ _x000D_ IN GENERAL macht, die PROPOSAL WORKING stellt WICHTIGE WISSEN FÜR DIE VERORDNUNG DER PES UND DEN PAPEL DER PIKEL als topologische FACILITATOREN DER GENISCHEN INDUKTION zur Verfügung. DARÜBER HINAUS SOLLTE UNSERE ARBEIT EINIGE DER NOCH WENIG BEKANNTEN REGULIERUNGSVORSCHRIFTEN AUFZEIGEN, DIE ALLGEMEIN DIE KOMMUNIKATION ZWISCHEN ENHANCER UND GENEN REGELN. (German)
    point in time
    9 December 2021
    0 references
    WE HEBBEN EERDER DE GESTABILISEERDE VERSTERKERS (PES) BESCHREVEN ALS EEN REEKS REGELGEVENDE SEQUENTIES DIE AANWEZIG ZIJN IN MENSELIJKE EMBRYONALE STAMCELLEN (ESC) EN MET UNIEKE KENMERKEN IN HUN CHROMATINE, WAARONDER DE UNIE VAN DE P300- EN POLYCOMB-EIWITTEN (PCG). WE STELDEN OORSPRONKELIJK VOOR DAT DEZE CROMATINICAS-EIGENSCHAPPEN DE TOEKOMSTIGE ACTIVERING VAN ODA’S TIJDENS DE DIFFERENTIATIE VAN SER’S ZOUDEN KUNNEN VERGEMAKKELIJKEN. MEER RECENT, EN MET BEHULP VAN RATON’S ESC (MESC), HEBBEN WE AANGETOOND DAT PES NODIG ZIJN VOOR DE INDUCTIE VAN BELANGRIJKE ANTERO-NEURALE GENEN. INTERESSANT IS DAT PES FYSIEKE INTERACTIES MET HUN DIANA-GENEN IN ESC TOT STAND BRENGEN IN EEN VORM DIE AFHANKELIJK IS VAN HET POLYCOMB PRC2-COMPLEX. DAARNAAST TONEN WIJ OOK AAN DAT HET VERLIES VAN PRC2 NIET LEIDT TOT ACTIVERING VAN ODA’S OF DE INDUCTIE VAN HUN DIANA-GENEN IN ESC. INTEGENDEEL, HET VERLIES VAN DE VRC2 HEEFT ERNSTIGE EN SPECIFIEKE GEVOLGEN VOOR DE INDUCTIE VAN EERDERE NEURONALE GENEN DIE DOOR ODA’S WORDEN GEREGULEERD. Daarom, ONZE recient WORKING was in de DESCRIPCTIE VAN EEN NIEUWE funcion voor de PCG PROTEINS, die we voorgesteld om de NEURAL INDUCTIE FACILITATE te maken door het voorstellen van ANENTRO-NEURAL GENERTS MET een PERMISIVE REGULATORY Topologie._x000D_ _x000D_ aunque OUR recient WORKING HAVE PROPOSED IMPORTANT DETAILS AGAINST funcional relevancy EN DE MECHANISM van de toegang van de PE, op dit moment is het niet bekend waarom en als de regulerende ACTIVITEIT VAN PE is specifiek RICHTLIJN VAN anteriale NEURAL certies. OM DIT AAN TE PAKKEN, ZULLEN WE EERST WERELDWIJD EVALUEREN ALS GWP’S EN BEPAALDE EIWITTEN MET STRUCTURELE FUNCTIES DE DRIEDIMENSIONALE ORGANISATIE VAN ODA’S IN MESC CONTROLEREN. ONZE HYPOTHESE IS DAT TERWIJL PCG-EIWITTEN DE FYSIEKE COMMUNICATIE TUSSEN PE EN HUN DIANA-GENEN RECHTSTREEKS ZOUDEN KUNNEN BEMIDDELEN, STRUCTURELE EIWITTEN ZOALS CTCF EN COHESINE DERGELIJKE INTERACTIES ZOUDEN KUNNEN BEPERKEN EN PES ZOUDEN KUNNEN BEPERKEN TOT CONTACT MET EN REGULEREN VAN GENEN IN HETZELFDE DOMEIN VAN TOPOLOGISCHE ASSOCIATIE (TAD). ANDERZIJDS ZIJN VEEL VAN DE EXPERIMENTELE BENADERINGEN DIE WORDEN GEBRUIKT OM HET WERKINGSMECHANISME VAN DE VERSTERKERS TE VERDUIDELIJKEN, GEBASEERD OP HET VOLLEDIGE VERLIES VAN EIWITTEN DIE DEZE STIMULERENDE SEQUENTIES BINDEN. NOCHTANS, KUNNEN DEZE BENADERINGEN TRANSCRIPTIONAL EN 3D GENOOMARCHITECTUURVERANDERINGEN VEROORZAKEN DIE DE FUNCTIE VAN ENHANCERS OP EEN INDIRECTE MANIER KUNNEN VERANDEREN. HIER STELLEN WE VOOR OM DEZE BEPERKINGEN OP TE LOSSEN DOOR MIDDEL VAN DE SYNTHETISCHE ENGINEERING VAN ODA’S IN MESC OM DE REGELGEVENDE, EPIGENETISCHE EN TOPOLOGISCHE EIGENSCHAPPEN VAN DE ODA’S GRONDIG TE EVALUEREN. DEZE EXPERIMENTELE STRATEGIE ZAL ONS IN STAAT STELLEN OM DE PES GENETISCH TE ONTLEDEN, WAARVAN WIJ DENKEN DAT ZE EEN MODULAIRE SAMENSTELLING HEBBEN DIE BESTAAT UIT EEN GROEP SITES VAN DE UNIE VOOR TRANSCRIPTIEFACTOREN (TFBS) EN EEN CPG-EILAND (CGI). De TFBS zouden de ODA’s in staat kunnen stellen hun genische activiteit in CIS, mientras DAT DE CGI aan de voet van een chromatine en een topologische omgeving zou kunnen geven die de FUTURE activatie van de DIANA GENES VAN PES._x000D_ _x000D_ IN GENERAL maakt, de PROPOSAL WORKING zal BELANGRIJKE WETEN op de REGULATING LOGICAL VAN DE PES EN het PAPEL van de PCG PROTEINS als topologic FACILITATOREN VAN DE GENIC INDUCTIE. BOVENDIEN MOET ONS WERK LICHT WERPEN OP EEN AANTAL VAN DE NOG WEINIG BEKENDE REGELGEVINGSREGELS DIE OP EEN ALGEMENE MANIER DE COMMUNICATIE TUSSEN VERSTERKERS EN GENEN REGELEN. (Dutch)
    point in time
    17 December 2021
    0 references
    IN PRECEDENZA ABBIAMO DESCRITTO I POTENZIATORI PRONTI (PSE) COME UN INSIEME DI SEQUENZE NORMATIVE PRESENTI NELLE CELLULE STAMINALI EMBRIONALI UMANE (ESC) E CON CARATTERISTICHE UNICHE NELLA LORO CROMATINA, TRA CUI L'UNIONE DELLE PROTEINE P300 E POLYCOMB (PCG). INIZIALMENTE ABBIAMO PROPOSTO CHE QUESTE PROPRIETÀ CROMATINICAS POSSANO FACILITARE LA FUTURA ATTIVAZIONE DEGLI SPI DURANTE LA DIFFERENZIAZIONE DEI CES. PIÙ RECENTEMENTE, E USANDO L'ESC DI RATON (MESC), ABBIAMO DIMOSTRATO CHE I PES SONO NECESSARI PER L'INDUZIONE DI IMPORTANTI GENI ANTERONEURALI. È INTERESSANTE NOTARE CHE I PES STABILISCONO INTERAZIONI FISICHE CON I LORO GENI DIANA IN UNA FORMA DIPENDENTE DAL COMPLESSO POLYCOMB PRC2. INOLTRE, DIMOSTREREMO ANCHE CHE LA PERDITA DELLA RPC2 NON PORTA ALL'ATTIVAZIONE DEGLI SPI O ALL'INDUZIONE DEI LORO GENI DIANA IN ESC. AL CONTRARIO, LA PERDITA DELLA RPC2 INCIDE IN MODO GRAVE E SPECIFICO SULL'INDUZIONE DI PRECEDENTI GENI NEURONALI REGOLAMENTATI DAGLI SPI. Pertanto, il nostro lavoro di recitazione è stato nella DESCRIPCTION OF A NEW funcion FOR THE PCG PROTEINS, che abbiamo proposto di fare il FACILITATE NEURAL INDUCTION Proponendo ANENTRO-NEURAL GENERTS CON una topologia reGULATORY PERMISIVE._x000D_ _x000D_ aunque OUR REGENT LAVORO HA PROPOSITO DETAGLI IMPORTANTI IMPORTANTI AGAINST rilevanza funcionale e il meccanismo di accesso alla PESD, al momento non è noto perché e come l'ATTIVITÀ di regolamentazione del PE è specificatamente DIRETTIVA DAL NEURAL anteriale. PER AFFRONTARE QUESTO PROBLEMA, VALUTEREMO IN PRIMO LUOGO GLOBALMENTE COME GWP E ALCUNE PROTEINE CON FUNZIONI STRUTTURALI CONTROLLARE L'ORGANIZZAZIONE TRIDIMENSIONALE DEGLI SPI IN MESC. LA NOSTRA IPOTESI È CHE, MENTRE LE PROTEINE PCG POTREBBERO MEDIARE DIRETTAMENTE LA COMUNICAZIONE FISICA TRA PE E I LORO GENI DIANA, PROTEINE STRUTTURALI COME IL CTCF E LA COESINA POTREBBERO LIMITARE TALI INTERAZIONI E LIMITARE I PES A CONTATTARE E REGOLARE I GENI SITUATI NELLO STESSO DOMINIO DELL'ASSOCIAZIONE TOPOLOGICA (TAD). D'ALTRA PARTE, MOLTI DEGLI APPROCCI SPERIMENTALI UTILIZZATI PER CHIARIRE IL MECCANISMO DI AZIONE DEGLI ESALTATORI SI BASANO SULLA PERDITA COMPLETA DI PROTEINE CHE LEGANO QUESTE SEQUENZE STIMOLANTI. TUTTAVIA, QUESTI APPROCCI POSSONO CAUSARE CAMBIAMENTI DI ARCHITETTURA DEL GENOMA TRASCRIZIONALE E 3D CHE POTREBBERO ALTERARE LA FUNZIONE DEI POTENZIATORI IN MODO INDIRETTO. QUI PROPONIAMO DI RISOLVERE QUESTE LIMITAZIONI ATTRAVERSO L'INGEGNERIA SINTETICA DI PES IN MESC PER VALUTARE RIGOROSAMENTE E MECANISTICAL LE PROPRIETÀ NORMATIVE, EPIGENETICHE E TOPOLOGICHE DEI PES. QUESTA STRATEGIA SPERIMENTALE CI PERMETTERÀ DI DISSEZIONARE GENETICAMENTE GLI SPI, CHE RITENIAMO POSSANO AVERE UNA COMPOSIZIONE MODULARE COSTITUITA DA UN GRUPPO DI SITI DELL'UNIONE PER I FATTORI DI TRASCRIZIONE (TFBS) E DA UN'ISOLA CPG (CGI). I TFBS potrebbero CONFERENZA al PES la sua capacità di attività genetica in CIS, mientras che il CGI potrebbe dare al piede di una cromatina e di un ambiente topologico approvato che rende l'attivazione FUTURE DEI GENES DIANA DI PES._x000D_ _x000D_ IN GENERALE, il LAVORO PROPOSALE fornisce informazioni IMPORTANTI NEL REGOLAMENTO LOGICO DELLE PES E IL PAPELLO DEI PROTEINI DI PCG come FACILITATORI topologici DELL'INDUCZIONE GENICA. INOLTRE, IL NOSTRO LAVORO DOVREBBE FAR LUCE SU ALCUNE DELLE NORME NORMATIVE ANCORA POCO CONOSCIUTE CHE DISCIPLINANO IN MODO GENERALE LA COMUNICAZIONE TRA POTENZIATORI E GENI. (Italian)
    point in time
    16 January 2022
    0 references
    ΣΤΟ ΠΑΡΕΛΘΌΝ ΠΡΟΣΔΙΟΡΊΣΑΜΕ ΤΑ ΙΣΟΡΡΟΠΗΜΈΝΑ ΕΝΙΣΧΥΤΙΚΆ (PES) ΣΤΑ ΑΝΘΡΏΠΙΝΑ ΕΜΒΡΥΪΚΆ ΒΛΑΣΤΟΚΎΤΤΑΡΑ (ESC) ΩΣ ΈΝΑ ΠΕΡΙΟΡΙΣΜΈΝΟ ΣΎΝΟΛΟ ΑΚΟΛΟΥΘΙΏΝ ΡΎΘΜΙΣΗΣ CIS ΠΟΥ ΕΜΦΑΝΊΖΟΥΝ ΜΙΑ ΜΟΝΑΔΙΚΉ ΥΠΟΓΡΑΦΉ ΧΡΩΜΑΤΊΝΗΣ, Η ΟΠΟΊΑ ΠΕΡΙΛΑΜΒΆΝΕΙ ΔΈΣΜΕΥΣΗ ΑΠΌ ΤΟΝ ΣΥΝΕΝΕΡΓΟΠΟΙΗΤΉ P300 ΚΑΙ ΤΙΣ ΠΡΩΤΕΪ́ΝΕΣ POLYCOMB-GROUP (PCG). ΑΡΧΙΚΆ ΠΡΟΤΕΊΝΑΜΕ ΌΤΙ ΑΥΤΉ Η ΥΠΟΓΡΑΦΉ ΧΡΩΜΑΤΊΝΗΣ ΘΑ ΜΠΟΡΟΎΣΕ ΝΑ ΣΕΛΙΔΟΔΕΊΚΤΗ PES ΣΕ ΠΟΛΥΔΎΝΑΜΑ ΚΎΤΤΑΡΑ ΓΙΑ ΝΑ ΔΙΕΥΚΟΛΎΝΕΙ ΤΗΝ ΈΓΚΑΙΡΗ ΕΝΕΡΓΟΠΟΊΗΣΉ ΤΟΥΣ ΣΤΗ ΔΙΑΦΟΡΟΠΟΊΗΣΗ ESC. ΠΙΟ ΠΡΌΣΦΑΤΑ ΚΑΙ ΧΡΗΣΙΜΟΠΟΙΏΝΤΑΣ ΤΟ ESC ΤΟΥ ΠΟΝΤΙΚΙΟΎ (MESC) ΩΣ ΈΝΑ ΓΕΝΕΤΙΚΆ ΠΡΟΣΕΛΚΌΜΕΝΟ ΜΟΝΤΈΛΟ, ΑΠΟΔΕΊΞΑΜΕ ΌΤΙ ΟΙ ΔΥΑ ΕΊΝΑΙ ΑΠΑΡΑΊΤΗΤΟΙ ΓΙΑ ΤΗΝ ΕΠΑΓΩΓΉ ΜΕΓΆΛΩΝ ΠΛΕΥΡΙΚΏΝ ΝΕΥΡΙΚΏΝ ΡΥΘΜΙΣΤΏΝ. ΕΊΝΑΙ ΕΝΔΙΑΦΈΡΟΝ ΌΤΙ ΟΙ ΔΥΑ ΈΧΟΥΝ ΉΔΗ ΚΑΘΙΕΡΏΣΕΙ ΦΥΣΙΚΈΣ ΑΛΛΗΛΕΠΙΔΡΆΣΕΙΣ ΜΕ ΤΑ ΓΟΝΊΔΙΑ-ΣΤΌΧΟΥΣ ΤΟΥΣ ΣΕ ESC ΣΕ ΈΝΑ ΠΟΛΥΚΟΜΒΙΚΌ ΚΑΤΑΣΤΑΛΤΙΚΌ ΣΎΜΠΛΕΓΜΑ 2 (PRC2) ΕΞΑΡΤΏΜΕΝΟ ΑΠΌ ΤΟΝ ΤΡΌΠΟ. Η ΑΠΏΛΕΙΑ ΤΗΣ ΛΔΚ2 ΔΕΝ ΟΔΉΓΗΣΕ ΟΎΤΕ ΣΤΗΝ ΕΝΕΡΓΟΠΟΊΗΣΗ ΤΩΝ ΔΥΑ ΟΎΤΕ ΣΤΗΝ ΕΠΑΓΩΓΉ ΤΩΝ ΓΟΝΙΔΊΩΝ-ΣΤΌΧΩΝ ΤΟΥΣ ΣΕ ΜΗ ΔΙΑΦΟΡΟΠΟΙΗΜΈΝΟ ESC. ΑΝΤΊΘΕΤΑ, Η ΑΠΏΛΕΙΑ ΤΗΣ ΛΔΚ2 ΈΘΕΣΕ ΣΕ ΣΟΒΑΡΌ ΚΑΙ ΣΥΓΚΕΚΡΙΜΈΝΟ ΚΊΝΔΥΝΟ ΤΗΝ ΕΠΑΓΩΓΉ ΣΗΜΑΝΤΙΚΏΝ ΠΡΌΣΘΙΩΝ ΝΕΥΡΙΚΏΝ ΓΟΝΙΔΊΩΝ ΠΟΥ ΑΝΤΙΠΡΟΣΩΠΕΎΟΥΝ ΣΤΌΧΟΥΣ PE. Ως εκ τούτου, η RECENT ΕΡΓΑΣΙΑΣ ΜΑΣ ILLUMINATED A NOVEL ΚΑΙ UNEXPECTED FUNCTION FOR PCG PROTEINS, WHICH WEPOSED COULD FACILITATE NEURAL INDUCTION by PROVIDING MAJOR anterior NEURAL LOCI with a PERMISSIVE REGULATORY TOPOLOGY._x000D_ _x000D_ ΑΛΘΟΥΓΙΚΗ ΑΝΤΙΚΕΙΜΕΝΟ ΜΑΣ το ΕΡΓΑΣΤΗΡΙΟ ΠΡΟΒΛΕΠΟΝΤΑΙ στη ΧΡΗΜΑΤΟΟΙΚΟΝΟΜΙΚΗ ΑΝΑΛΗΨΗ και ΜΗΧΑΝΙΣΜΟΙ ΔΡΑΣΤΗΡΙΟΤΗΤΩΝ ΤΗΣ ΠΛΗΡΟΦΟΡΙΑΣ ΔΥΝΑΜΙΚΟΥ ΔΥΝΑΜΙΚΟΥ ΔΥΝΑΜΙΚΟΥ ΔΥΝΑΜΙΚΟΥ ΔΥΝΑΜΙΚΟΥ ΔΥΝΑΜΙΚΟΥ ΔΥΝΑΜΙΚΟΥ ΔΥΝΑΜΙΚΟΥ ΕΙΔΙΚΟΥ ΔΡΑΣΤΗΡΙΟΤΗΤΟΣ ΓΙΑ ΝΑ ΑΝΤΙΜΕΤΩΠΙΣΤΕΊ ΑΥΤΌ, ΘΑ ΧΡΗΣΙΜΟΠΟΙΉΣΟΥΜΕ ΠΡΏΤΑ ΛΕΙΤΟΥΡΓΙΚΈΣ ΓΟΝΙΔΙΩΜΑΤΙΚΈΣ ΚΑΙ ΥΠΌ ΌΡΟΥΣ ΠΡΟΣΕΓΓΊΣΕΙΣ ΓΙΑ ΝΑ ΑΞΙΟΛΟΓΉΣΟΥΜΕ ΣΕ ΠΑΓΚΌΣΜΙΟ ΕΠΊΠΕΔΟ ΤΟΝ ΤΡΌΠΟ ΜΕ ΤΟΝ ΟΠΟΊΟ ΟΙ PCG ΚΑΙ ΟΙ ΑΡΧΙΤΕΚΤΟΝΙΚΈΣ ΠΡΩΤΕΪ́ΝΕΣ ΕΛΈΓΧΟΥΝ ΤΗΝ ΤΡΙΣΔΙΆΣΤΑΤΗ ΟΡΓΆΝΩΣΗ ΤΩΝ PE LOCI ΣΤΟ MESC. ΥΠΟΘΈΤΟΥΜΕ ΌΤΙ ΕΝΏ ΟΙ ΠΡΩΤΕΪ́ΝΕΣ PCG ΕΝΔΈΧΕΤΑΙ ΝΑ ΜΕΣΟΛΑΒΟΎΝ ΆΜΕΣΑ ΣΤΗ ΦΥΣΙΚΉ ΕΠΙΚΟΙΝΩΝΊΑ ΜΕΤΑΞΎ ΤΩΝ PES ΚΑΙ ΤΩΝ ΓΟΝΙΔΊΩΝ-ΣΤΌΧΩΝ ΤΟΥΣ, ΟΙ ΑΡΧΙΤΕΚΤΟΝΙΚΈΣ ΠΡΩΤΕΪ́ΝΕΣ, ΌΠΩΣ Η CTCF ΚΑΙ Η COHESIN, ΕΝΔΈΧΕΤΑΙ ΝΑ ΠΕΡΙΟΡΊΣΟΥΝ ΑΥΤΈΣ ΤΙΣ ΑΛΛΗΛΕΠΙΔΡΆΣΕΙΣ ΚΑΙ ΝΑ ΠΕΡΙΟΡΊΣΟΥΝ ΤΙΣ ΔΥΑ ΕΙΔΙΚΆ ΣΕ ΕΠΑΦΉ ΚΑΙ ΡΎΘΜΙΣΗ ΓΟΝΙΔΊΩΝ ΔΕΣΜΕΥΜΈΝΩΝ ΑΠΌ PCG ΠΟΥ ΒΡΊΣΚΟΝΤΑΙ ΕΝΤΌΣ ΤΟΥ ΊΔΙΟΥ ΤΟΠΟΛΟΓΙΚΆ ΣΥΝΔΕΔΕΜΈΝΟΥ ΤΟΜΈΑ (TAD). ΑΠΌ ΤΗΝ ΆΛΛΗ ΠΛΕΥΡΆ, ΠΟΛΛΈΣ ΑΠΌ ΤΙΣ ΠΕΙΡΑΜΑΤΙΚΈΣ ΠΡΟΣΕΓΓΊΣΕΙΣ ΠΟΥ ΧΡΗΣΙΜΟΠΟΙΟΎΝΤΑΙ ΣΥΝΉΘΩΣ ΓΙΑ ΝΑ ΔΙΕΥΚΡΙΝΊΣΟΥΝ ΤΟΝ ΜΗΧΑΝΙΣΜΌ ΔΡΆΣΗΣ ΤΩΝ ΕΝΙΣΧΥΤΏΝ ΒΑΣΊΖΟΝΤΑΙ ΣΤΗΝ ΠΛΉΡΗ ΑΠΏΛΕΙΑ ΠΡΩΤΕΪΝΏΝ ΔΕΣΜΕΥΜΈΝΩΝ ΜΕ ΕΝΙΣΧΥΤΉ. ΩΣΤΌΣΟ, ΤΈΤΟΙΕΣ ΠΡΟΣΕΓΓΊΣΕΙΣ ΑΠΏΛΕΙΑΣ ΛΕΙΤΟΥΡΓΊΑΣ ΜΠΟΡΟΎΝ ΝΑ ΠΡΟΚΑΛΈΣΟΥΝ ΜΕΤΑΓΡΑΦΙΚΈΣ Ή/ΚΑΙ ΤΡΙΣΔΙΆΣΤΑΤΕΣ ΑΡΧΙΤΕΚΤΟΝΙΚΈΣ ΑΛΛΑΓΈΣ ΓΟΝΙΔΙΏΜΑΤΟΣ ΠΟΥ ΜΠΟΡΟΎΝ ΔΥΝΗΤΙΚΆ ΝΑ ΜΕΤΑΒΆΛΟΥΝ ΤΗ ΛΕΙΤΟΥΡΓΊΑ ΤΟΥ ΕΝΙΣΧΥΤΉ ΜΕ ΈΜΜΕΣΟ ΤΡΌΠΟ. ΕΔΏ ΠΡΟΤΕΊΝΟΥΜΕ ΝΑ ΞΕΠΕΡΑΣΤΟΎΝ ΑΥΤΟΊ ΟΙ ΠΕΡΙΟΡΙΣΜΟΊ ΜΕ ΣΥΝΘΕΤΙΚΆ ΜΗΧΑΝΟΛΟΓΙΚΆ ΔΥΑ ΣΤΟ MESC, ΠΡΟΚΕΙΜΈΝΟΥ ΝΑ ΑΞΙΟΛΟΓΗΘΟΎΝ ΑΥΣΤΗΡΆ ΚΑΙ ΜΗΧΑΝΙΣΤΙΚΆ ΤΑ ΡΥΘΜΙΣΤΙΚΆ, ΕΠΙΓΕΝΕΤΙΚΆ ΚΑΙ ΤΟΠΟΛΟΓΙΚΆ ΧΑΡΑΚΤΗΡΙΣΤΙΚΆ ΤΩΝ ΤΌΠΩΝ PE. ΑΥΤΉ Η ΠΕΙΡΑΜΑΤΙΚΉ ΣΤΡΑΤΗΓΙΚΉ ΘΑ ΜΑΣ ΕΠΙΤΡΈΨΕΙ ΝΑ ΔΙΑΧΩΡΊΣΟΥΜΕ ΓΕΝΕΤΙΚΆ ΤΟ PES, ΤΟ ΟΠΟΊΟ ΥΠΟΘΈΤΟΥΜΕ ΌΤΙ ΕΜΦΑΝΊΖΕΙ ΜΙΑ ΣΠΟΝΔΥΛΩΤΉ ΣΎΝΘΕΣΗ ΠΟΥ ΑΠΟΤΕΛΕΊΤΑΙ ΑΠΌ ΈΝΑ ΣΎΜΠΛΕΓΜΑ ΆΚΡΩΣ ΔΙΑΤΗΡΗΜΈΝΩΝ ΤΌΠΩΝ ΔΈΣΜΕΥΣΗΣ ΠΑΡΆΓΟΝΤΑ ΜΕΤΑΓΡΑΦΉΣ (TFBS) ΚΑΙ ΈΝΑ ΓΕΙΤΟΝΙΚΌ ΝΗΣΊ CPG (CGI). ΟΙ TFBS ΕΝΔΈΧΕΤΑΙ ΝΑ ΑΝΑΘΈΣΟΥΝ ΣΤΙΣ ΔΥΑ ΤΗ ΒΑΣΙΚΉ ΤΟΥΣ ΙΚΑΝΌΤΗΤΑ ΕΝΕΡΓΟΠΟΊΗΣΗΣ ΤΗΣ CIS ΣΤΗ ΔΙΑΦΟΡΟΠΟΊΗΣΗ ΤΟΥ ESC, ΕΝΏ Η CGI ΘΑ ΜΠΟΡΟΎΣΕ ΝΑ ΠΡΟΣΦΈΡΕΙ ΣΤΙΣ ΔΥΑ ΈΝΑ ΑΝΕΚΤΙΚΌ ΠΕΡΙΒΆΛΛΟΝ ΧΡΩΜΑΤΊΝΗΣ ΚΑΙ ΤΟΠΟΛΟΓΙΚΟΎ ΠΕΡΙΒΆΛΛΟΝΤΟΣ ΠΟΥ ΘΑ ΔΙΕΥΚΟΛΎΝΕΙ ΤΗ ΜΕΛΛΟΝΤΙΚΉ ΕΝΕΡΓΟΠΟΊΗΣΗ ΤΩΝ ΓΟΝΙΔΊΩΝ-ΣΤΌΧΩΝ PE. _x000D_ _x000D_ Συνολικά, η προτεινόμενη εργαζόμενη θα ΠΡΟΒΛΕΠΕΙ ΤΑ ΜΗΧΑΝΙΚΑ ΑΝΤΙΣΤΟΙΧΕΙΑ ΤΟΥ ΟΡΓΑΝΙΣΜΟΥ ΚΑΙ ΤΟ ΡΟΛΟ ΤΩΝ ΠΡΩΤΕΙΝΩΝ ΜΕΡΩΝ ΩΣ τοπολογικου ΟΙΚΟΔΟΜΟΥΣ ΤΗΣ ΜΕΛΕΤΗΣ ΓΕΝΙΚΗΣ ΑΝΑΠΤΥΞΗΣ. ΕΠΙΠΛΈΟΝ, ΤΟ ΈΡΓΟ ΜΑΣ ΘΑ ΠΡΈΠΕΙ ΝΑ ΦΩΤΊΣΕΙ ΟΡΙΣΜΈΝΟΥΣ ΑΠΌ ΤΟΥΣ ΓΕΝΙΚΟΎΣ, ΑΛΛΆ ΑΝΕΠΑΡΚΏΣ ΧΑΡΑΚΤΗΡΙΣΜΈΝΟΥΣ, ΡΥΘΜΙΣΤΙΚΟΎΣ ΚΑΝΌΝΕΣ ΠΟΥ ΔΙΈΠΟΥΝ ΤΗΝ ΙΔΙΑΙΤΕΡΌΤΗΤΑ ΚΑΙ ΤΗ ΣΥΜΒΑΤΌΤΗΤΑ ΤΗΣ ΕΠΙΚΟΙΝΩΝΊΑΣ ΕΝΙΣΧΥΤΏΝ-ΓΟΝΙΔΊΩΝ. (Greek)
    point in time
    18 August 2022
    0 references
    VI HAR TIDLIGERE IDENTIFICERET POISED ENHANCERS (PES) I MENNESKELIGE EMBRYONALE STAMCELLER (ESC) SOM ET BEGRÆNSET SÆT CIS-REGULERENDE SEKVENSER MED EN UNIK CHROMATINSIGNATUR, SOM OMFATTER BINDING AF PROTEINERNE P300 OG POLYCOMB-GRUPPEN (PCG). VI FORESLOG OPRINDELIGT, AT DENNE CHROMATINSIGNATUR KUNNE BOGMÆRKE PES I PLURIPOTENTE CELLER FOR AT LETTE DERES RETTIDIGE AKTIVERING EFTER ESC-DIFFERENTIERING. SENEST OG VED HJÆLP AF MUS ESC (MESC) SOM EN GENETISK TRÆKBAR MODEL, VI HAR VIST, AT DE OFFENTLIGE ARBEJDSFORMIDLINGER ER NØDVENDIGE FOR INDUKTION AF STORE FORRESTE NEURALE REGULATORER. INTERESSANT NOK ETABLEREDE DE OFFENTLIGE ARBEJDSFORMIDLINGER ALLEREDE FYSISKE INTERAKTIONER MED DERES MÅLGENER I ESC PÅ EN POLYKOMB-REPRESSIV KOMPLEKS 2 (PRC2) AFHÆNGIG AF MÅDEN. TAB AF PRC2 FØRTE HVERKEN TIL AKTIVERING AF OFFENTLIGE ARBEJDSFORMIDLINGER ELLER TIL INDUKTION AF DERES MÅLGENER I UDIFFERENTIERET ESC. I MODSÆTNING HERTIL KOMPROMITTEREDE TABET AF CHINA2 ALVORLIGT OG SPECIFIKT INDUKTIONEN AF STORE FORRESTE NEURALE GENER, DER REPRÆSENTERER PE-MÅL. Derfor er vores RECENT WORK ILLUMINATED A NOVEL OG UNEXPECTED FUNKTION FOR PCG PROTEINS, HVOR WE PROPOSERET COULD FACILITATE NEURAL INDUCTION ved hjælp af produkter foran NEURAL LOCI med en PERMISSIVE REGULATORY TOPOLOGY._x000D_ _x000D_ _x000D_ ALTHOUGH OUR RECENT WORK har givet tilladelse til, at der er behov for at gøre opmærksom på den FUNKTIONELLIGE RELEVANCE og MECHANISM for håndteringen af pluripotens-ASSOCIATED PES, det er CURRENTLIGE UNKNOWN WHY OG HVOR PE REGULATORY ACTIVITY er SPECIFIKALLY DIREKTED TOWARDS MAJOR forreste NEURAL GENES. FOR AT LØSE DETTE VIL VI FØRST BRUGE FUNKTIONELLE GENOMISKE OG BETINGEDE KNOCK-DOWN-TILGANGE TIL GLOBALT AT VURDERE, HVORDAN PCG OG ARKITEKTONISKE PROTEINER STYRER 3D-ORGANISATIONEN AF PE LOCI I MESC. VI ANTAGER, AT MENS PCG-PROTEINER DIREKTE KAN FORMIDLE DEN FYSISKE KOMMUNIKATION MELLEM DE OFFENTLIGE ARBEJDSFORMIDLINGER OG DERES MÅLGENER, KAN ARKITEKTONISKE PROTEINER, SÅSOM CTCF OG COHESIN, BEGRÆNSE SÅDANNE INTERAKTIONER OG BEGRÆNSE PES TIL SPECIFIKT AT KONTAKTE OG REGULERE PCG-BUNDNE GENER, DER BEFINDER SIG INDEN FOR SAMME TOPOLOGISK ASSOCIERENDE DOMÆNE (TAD). PÅ DEN ANDEN SIDE ER MANGE AF DE EKSPERIMENTELLE TILGANGE, DER TYPISK ANVENDES TIL AT BELYSE VIRKNINGSMEKANISMEN AF FORSTÆRKERE, BASERET PÅ DET FULDSTÆNDIGE TAB AF FORSTÆRKERBUNDNE PROTEINER. IMIDLERTID, SÅDANNE TAB-OF-FUNKTION TILGANGE KAN FREMKALDE TRANSSKRIPTIONELLE OG/ELLER 3D GENOM ARKITEKTONISKE ÆNDRINGER, DER POTENTIELT KAN ÆNDRE FORSTÆRKER FUNKTION PÅ EN INDIREKTE MÅDE. HER FORESLÅR VI AT OVERVINDE DISSE BEGRÆNSNINGER VED SYNTETISK AT KONSTRUERE OFFENTLIGE ARBEJDSFORMIDLINGER I MESC FOR NØJE OG MEKANISK AT VURDERE DE LOVGIVNINGSMÆSSIGE, EPIGENETISKE OG TOPOLOGISKE TRÆK VED PE LOCI. DENNE EKSPERIMENTELLE STRATEGI VIL GIVE OS MULIGHED FOR GENETISK DISSEKERE PES, SOM VI ANTAGER VISER EN MODULÆR SAMMENSÆTNING BESTÅENDE AF EN KLYNGE AF STÆRKT BEVAREDE TRANSSKRIPTIONSFAKTOR BINDINGSSTEDER (TFBS) OG EN NÆRLIGGENDE CPG Ø (CGI). TFBS KAN GIVE PES DERES GRUNDLÆGGENDE CIS-AKTIVERINGSKAPACITET VED ESC-DIFFERENTIERING, MENS CGI KAN GIVE PES ET EFTERGIVENDE KROMATIN OG TOPOLOGISK MILJØ, DER LETTER DEN FREMTIDIGE AKTIVERING AF PE-MÅLGENER. _x000D_ _x000D_ alt i alt, vil den proPOSED WORK PROVIDE MAJOR INSIGHTS INDEN FOR REGULATORY LOGIC af PES og ROLE af PCG PROTEINS som topologiske FACILITATORER AF FUTURE GENE INDUCTION. DESUDEN BØR VORES ARBEJDE BELYSE NOGLE AF DE GENERELLE, MEN DÅRLIGT KARAKTERISEREDE REGLER FOR SPECIFICITETEN OG FORENELIGHEDEN AF FORSTÆRKERGENKOMMUNIKATION. (Danish)
    point in time
    18 August 2022
    0 references
    AIEMMIN YKSILÖIMME POISTETUT TEHOSTAJAT IHMISALKION KANTASOLUISSA (ESC) RAJOITETUKSI JOUKKOKSI CIS-SÄÄNTELYSEKVENSSEJÄ, JOISSA ON AINUTLAATUINEN KROMATIINIMERKKI, JOKA SISÄLTÄÄ RINNAKKAISAKTIVAATTORI P300- JA POLYKOMB-RYHMÄN (PCG) PROTEIINEJA. ALUN PERIN EHDOTIMME, ETTÄ TÄMÄ KROMATIINIEN ALLEKIRJOITUS VOISI KIRJATA JULKISET TYÖVOIMAPALVELUT PLURIPOTENT-SOLUIHIN HELPOTTAMAAN NIIDEN OIKEA-AIKAISTA AKTIVOINTIA ESC-ERIYTTÄMISEN YHTEYDESSÄ. VIIMEKSI JA KÄYTTÄMÄLLÄ HIIREN ESC-JÄRJESTELMÄÄ (MESC) GEENIMUUNNELTAVANA MALLINA OSOITIMME, ETTÄ JULKISET TYÖVOIMAPALVELUT OVAT VÄLTTÄMÄTTÖMIÄ SUURTEN ETUNEURAN SÄÄTELIJÖIDEN INDUKTIOTA VARTEN. MIELENKIINTOISTA ON, ETTÄ JULKISET TYÖVOIMAPALVELUT OVAT JO VAKIINNUTTANEET FYYSISEN VUOROVAIKUTUKSEN KOHDEGEENIENSÄ KANSSA ESC-JÄRJESTELMÄSSÄ POLYKOMBEJA TORJUVASSA KOMPLEKSISSA 2 (PRC2) RIIPPUVAISELLA TAVALLA. KIINAN2 MENETTÄMINEN EI JOHTANUT JULKISTEN TYÖVOIMAPALVELUJEN AKTIVOITUMISEEN EIKÄ NIIDEN KOHDEGEENIEN INDUKTIOON ERIYTTÄMÄTTÖMISSÄ ESC-ELIMISSÄ. SITÄ VASTOIN KIINAN2 MENETTÄMINEN VAARANSI VAKAVASTI JA ERITYISESTI PE-KOHTEITA EDUSTAVIEN MERKITTÄVIEN ETUNEURISTEN GEENIEN INDUKTION. Näin ollen meidän RECENT WORK ILLUMINATED A NOVEL JA UNEXPECTED FUNCTION FOR PCG PROTEINS, JÄRJESTELMÄ SÄÄNNÖKSEN KÄYTETTÄVÄ TUOTTEIDEN KOSKEVAT TUOTTEIDEN HYVÄKSYTTÄVÄ KÄYTTÄMINEN MAJOR etuosa NEURAL LOCI, joka on PERMISSIVE REGULATORIA TOPOLOGY._x000D_ _x000D_ ALTHOUGH meidän RECENT WORK on mukana MAJOR INSIGHTS INTO FUNCTIONAL RELEVANCE ja MECHANISM TOIMINTA PES-ASSOCIATED PES, se on CURRENTLY UNKNOWNOWY ja hänen PE REGULATORIA TOIMINTA on TEKIFICALLY DIRECTED TOWARDS MAJOR anterior NEURAL GENES. TÄMÄN RATKAISEMISEKSI KÄYTÄMME ENSIN FUNKTIONAALISIA GENOMI- JA EHDOLLISIA KNOCK-DOWN-LÄHESTYMISTAPOJA ARVIOIDAKSEMME MAAILMANLAAJUISESTI, MITEN PCG JA ARKKITEHTONISET PROTEIINIT HALLITSEVAT PE LOCIN 3D-ORGANISAATIOTA MESCISSÄ. OLETAMME, ETTÄ VAIKKA PCG-PROTEIINIT VOIVAT SUORAAN VÄLITTÄÄ FYYSISTÄ VIESTINTÄÄ JULKISTEN TYÖVOIMAPALVELUJEN JA NIIDEN KOHDEGEENIEN VÄLILLÄ, ARKKITEHTONISET PROTEIINIT, KUTEN CTCF JA KOHESIINI, SAATTAVAT RAJOITTAA TÄLLAISIA YHTEISVAIKUTUKSIA JA RAJOITTAA PES:N ERITYISESTI KOSKETUKSIIN JA SÄÄNTELEMÄÄN PCG-SIDONNAISIA GEENEJÄ, JOTKA SIJAITSEVAT SAMALLA TOPOLOGISESTI YHDISTETYLLÄ VERKKOTUNNUKSELLA (TAD). TOISAALTA MONET KOKEELLISET LÄHESTYMISTAVAT, JOITA TYYPILLISESTI KÄYTETÄÄN TEHOSTAJIEN VAIKUTUSMEKANISMIN SELVITTÄMISEEN, PERUSTUVAT TEHOSTAJIIN SITOUTUNEIDEN PROTEIINIEN TÄYDELLISEEN HÄVIÄMISEEN. TÄLLAISET TOIMINNON MENETYKSEEN PERUSTUVAT LÄHESTYMISTAVAT VOIVAT KUITENKIN AIHEUTTAA TRANSKRIPTION JA/TAI 3D-GENOMIARKKITEHTUURIN MUUTOKSIA, JOTKA VOIVAT MUUTTAA TEHOSTAJAN TOIMINTAA EPÄSUORASTI. TÄSSÄ EHDOTAMME NÄIDEN RAJOITUSTEN VOITTAMISEKSI SYNTEETTISESTI INSINÖÖRI PES MESC, JOTTA VOIDAAN TARKASTI JA MEKAANISESTI ARVIOIDA SÄÄNTELYN, EPIGENEETTISET JA TOPOLOGISET OMINAISUUDET PE LOCI. TÄMÄ KOKEELLINEN STRATEGIA ANTAA MEILLE MAHDOLLISUUDEN LEIKATA GENEETTISESTI JULKISIA TYÖVOIMAPALVELUJA, JOIDEN OLETETAAN ESITTÄVÄN MODULAARISEN KOOSTUMUKSEN, JOKA KOOSTUU ERITTÄIN SÄILYNEISTÄ TRANSKRIPTIOTEKIJÄN SIDOSPAIKOISTA (TFBS) JA LÄHEISESTÄ CPG-SAARESTA (CGI). TFBS VOISI ANTAA JULKISILLE TYÖVOIMAPALVELUILLE NIIDEN KESKEISEN CIS-AKTIVOINTIKAPASITEETIN ESC-ERIYTTÄMISEN JÄLKEEN, KUN TAAS CGI VOISI ANTAA PES:LLE SALLIVAN KROMATIININ JA TOPOLOGISEN YMPÄRISTÖN, JOKA HELPOTTAA PE:N KOHDEGEENIEN TULEVAA AKTIVOINTIA. _x000D_ kaiken kaikkiaan, PROPOSED WILL PROVIDE MAJOR INSIGHTS INTO the REGULATORY LOGIC of PES JA ROLE of PCG PROTEINS AS topological FACILITATORS OF FUTUREGENE INDUCTION. LISÄKSI TYÖMME PITÄISI VALAISTA JOITAKIN YLEISIÄ, MUTTA HUONOSTI TUNNUSOMAISIA SÄÄNTELYSÄÄNTÖJÄ, JOTKA KOSKEVAT TEHOSTAJA-GEENIVIESTINNÄN ERITYISYYTTÄ JA YHTEENSOPIVUUTTA. (Finnish)
    point in time
    18 August 2022
    0 references
    PREĊEDENTEMENT IDENTIFIKAJNA SUSTANZI LI JSAĦĦU L-POŻIZZJONI (PES) FIĊ-ĊELLOLI STAMINALI TAL-EMBRIJUNI UMANI (ESC) BĦALA SETT LIMITAT TA’ SEKWENZI REGOLATORJI TAS-CIS LI JURU FIRMA UNIKA TAL-KROMATINA, LI TINKLUDI RBIT MILL-KOATTIVATUR P300 U L-PROTEINI TAL-GRUPP TAL-POLIKOMB (PCG). ORIĠINARJAMENT IPPROPONEJNA LI DIN IL-FIRMA TAL-KROMATINA TISTA’ TIMMARKA L-PES F’ĊELLOLI PLURIPOTENTI BIEX TIFFAĊILITA L-ATTIVAZZJONI F’WAQTHA TAGĦHOM WARA D-DIFFERENZJAZZJONI TAL-ESC. DAN L-AĦĦAR U BL-UŻU TAL-ESC TAL-ĠURDIEN (MESC) BĦALA MUDELL LI JISTA’ JIĠI TRAĊĊAT ĠENETIKAMENT, AĦNA WREJNA LI L-PES HUMA MEĦTIEĠA GĦALL-INDUZZJONI TA’ REGOLATURI NEWRALI MAĠĠURI ANTERJURI. INTERESSANTI LI L-PES DIĠÀ STABBILIXXEW INTERAZZJONIJIET FIŻIĊI MAL-ĠENI FIL-MIRA TAGĦHOM FL-ESC B’MOD DIPENDENTI FUQ IL-POLYCOMB REPRESSIVE COMPLEX 2 (PRC2). IT-TELF TA’ PRC2 MA WASSAL LA GĦALL-ATTIVAZZJONI TAL-PES U LANQAS GĦALL-INDUZZJONI TAL-ĠENI FIL-MIRA TAGĦHOM F’ESC MHUX DIFFERENZJAT. B’KUNTRAST MA’ DAN, IT-TELF TA’ PRC2 KKOMPROMETTI B’MOD SEVER U SPEĊIFIKU L-INDUZZJONI TA’ ĠENI NEWRALI ANTERJURI MAĠĠURI LI JIRRAPPREŻENTAW MIRI TA’ PE. Għalhekk, OUR REĊENTI WORK ILLUMINAT A NOVEL U FUNCTION UNEXPECTED GĦAL PROTEINI PCG, LI PROPOŻI PROPOSTA FACILITAT KULTAT NEURAL INDUCTION BY PROVIDAZZJONI anterjuri NEURAL LOCI WITH A PERMISSIVE REGULATORY TOPOLOGY._x000D_ _x000D_ ALTHOUGH OUR REĊENTI WORK HAS PROVIDETI MAJOR INSIGHTS INTO-RELEVANCE FUNCTIONALI U MECHANISM TA ‘l-AZZJONI TA’ PES pluripotenza-ASSOCIATED, IT IS CURRENTLY UNKNOWNN LI U KIF ATTIVITÀ REULATORJU TAGĦHOM SPEĊIFIKA DIRECTALLY DIRECTED TOWARDS MAJOR anterjuri GENES NEURAL. BIEX NINDIRIZZAW DAN, L-EWWEL SE NUŻAW APPROĊĊI FUNZJONALI ĠENOMIĊI U KONDIZZJONALI KNOCK-DOWN BIEX NIVVALUTAW GLOBALMENT KIF PCG U PROTEINI ARKITETTONIĊI JIKKONTROLLAW L-ORGANIZZAZZJONI 3D TA ‘PE LOCI F’MESC. AĦNA IPOTESI LI FILWAQT LI PROTEINI PCG JISTGĦU DIRETTAMENT JIMMEDJAW IL-KOMUNIKAZZJONI FIŻIKA BEJN PES U L-ĠENI FIL-MIRA TAGĦHOM, PROTEINI ARKITETTONIĊI, BĦAL CTCF U COHESIN, JISTGĦU JIRRESTRINĠU TALI INTERAZZJONIJIET U JILLIMITAW PES BIEX SPEĊIFIKAMENT KUNTATT U JIRREGOLAW ĠENI MARBUTA PCG LI JINSABU FL-ISTESS DOMINJU TOPOLOĠIKAMENT JASSOĊJA (TAD). MIN-NAĦA L-OĦRA, ĦAFNA MILL-APPROĊĊI SPERIMENTALI TIPIKAMENT UŻATI BIEX JIĊĊARAW IL-MEKKANIŻMU TA’ AZZJONI TA’ SUSTANZI LI JSAĦĦU HUMA BBAŻATI FUQ IT-TELF TOTALI TA’ PROTEINI MARBUTA MA’ ENHANCER. MADANKOLLU, TALI APPROĊĊI TA’ TELF TA’ FUNZJONI JISTGĦU JISILTU BIDLIET ARKITETTONIĊI TRASKRIZZJONALI U/JEW 3D LI JISTGĦU POTENZJALMENT IBIDDLU L-FUNZJONI TA’ ENHANCER B’MOD INDIRETT. HAWNHEKK NIPPROPONU LI JINGĦELBU DAWN IL-LIMITAZZJONIJIET PERMEZZ TAL-INĠINERIJA SINTETIKA TAL-PES F’MESC SABIEX JIĠU VVALUTATI B’MOD RIGORUŻ U MEKKANISTIKU L-KARATTERISTIĊI REGOLATORJI, EPIĠENETIĊI U TOPOLOĠIĊI TAL-PE LOCI. DIN L-ISTRATEĠIJA SPERIMENTALI SE TIPPERMETTILNA NIDDISTINGWU ĠENETIKAMENT IL-PES, LI AĦNA IPOTETIĊI JURU KOMPOŻIZZJONI MODULARI LI TIKKONSISTI F’RAGGRUPPAMENT TA’ SITI LI JORBTU L-FATTURI TA’ TRASKRIZZJONI (TFBS) U GŻIRA CPG FIL-QRIB (CGI). IT-TFBS JISTA’ JAGĦTI LILL-PES IL-KAPAĊITÀ FUNDAMENTALI TAGĦHOM TA’ ATTIVAZZJONI TAS-SKI FUQ ID-DIFFERENZJAZZJONI TAL-ESC, FILWAQT LI S-CGI JISTA’ JAGĦTI LILL-PES KROMATIN PERMISSIV U AMBJENT TOPOLOĠIKU LI JIFFAĊILITA L-ATTIVAZZJONI FUTURA TAL-ĠENI FIL-MIRA TAL-PE. _x000D_ _x000D_ b’mod ġenerali, IL-WORK PROPOSTA GĦALL-PROVIDE MAJOR INSIGHTS INTO L-LOGIC REGULATORJU tal-PES U r-ROLE TA’ PROTEINI tal-PCG kif topoloġiċi FACILITATURI TA’ FUTURA INDUCTION ĠENERALI. BARRA MINN HEKK, IX-XOGĦOL TAGĦNA GĦANDU JDAWWAL UĦUD MIR-REGOLI REGOLATORJI ĠENERALI, IŻDA KKARATTERIZZATI ĦAŻIN, LI JIRREGOLAW L-ISPEĊIFIĊITÀ U L-KOMPATIBBILTÀ TAL-KOMUNIKAZZJONI TAL-ĠENERI LI JTEJBU. (Maltese)
    point in time
    18 August 2022
    0 references
    MĒS IEPRIEKŠ IDENTIFICĒJĀM POZU PASTIPRINĀTĀJUS (PES) CILVĒKA EMBRIONĀLAJĀS CILMES ŠŪNĀS (ESC) KĀ IEROBEŽOTU NVS REGULĒJOŠO SEKVENČU KOPUMU, KAM IR UNIKĀLS HROMATĪNA PARAKSTS, KAS IETVER SAISTĪŠANOS AR KOAKTIVATORA P300 UN POLIKOMBA GRUPAS (PCG) PROTEĪNIEM. MĒS SĀKOTNĒJI IEROSINĀJĀM, KA ŠIS HROMATĪNA PARAKSTS VARĒTU GRĀMATZĪMĒT PES PLURIPOTENTĀS ŠŪNĀS, LAI ATVIEGLOTU TO SAVLAICĪGU AKTIVIZĒŠANU PĒC ESC DIFERENCIĀCIJAS. PAVISAM NESEN UN IZMANTOJOT PELES ESC (MESC) KĀ ĢENĒTISKI VELKAMU MODELI, MĒS PARĀDĪJĀM, KA PES IR NEPIECIEŠAMI, LAI INDUCĒTU GALVENOS PRIEKŠĒJOS NERVU REGULATORUS. INTERESANTI, KA PES JAU IR IZVEIDOJIS FIZISKU MIJIEDARBĪBU AR SAVIEM MĒRĶA GĒNIEM ESC POLIKOMBA REPRESĪVĀ KOMPLEKSA 2 (PRC2) ATKARĪGĀ VEIDĀ. ZAUDĒJUMS PRC2 NEIZRAISĪJA NE PES AKTIVIZĒŠANOS, NE MĒRĶA GĒNU INDUKCIJU NEDIFERENCĒTĀ ESC. SAVUKĀRT ĶTR2 ZAUDĒJUMS NOPIETNI UN KONKRĒTI APDRAUDĒJA GALVENO PRIEKŠĒJO NERVU GĒNU INDUKCIJU, KAS PĀRSTĀVĒJA PE MĒRĶUS. Līdz ar to, mūsu RECENT WORK ILLUMINATED NOVEL UN UNEXPECTED FUNCTION PCG PROTEINS, WHICH WE PROPOSED COULD FACILITATE NEURAL INDUCTION BY PROVIDING MAJOR priekšējais NEURAL LOCI ar PERMISSIVE regulēšanu TOPOLOGY._x000D_ _x000D_ _x000D_ ALTHOUGH OUR RECENT WORK ir aizsargāti galvenie elementi, kas saistīti ar pluripotency-ASSOCIATED PES FUNCTIONAL RELEVANCE UN MECHANISM, tas ir ļoti svarīgi, lai nepamanītu, un kā ir regulēta darbība ir īpaši izturīga, ka ir galvenais priekšējais NEURAL GENES. LAI TO RISINĀTU, MĒS VISPIRMS IZMANTOSIM FUNKCIONĀLĀS GENOMISKĀS UN NOSACĪTĀS PIEEJAS, LAI GLOBĀLI NOVĒRTĒTU, KĀ PCG UN ARHITEKTŪRAS PROTEĪNI KONTROLĒ PE LOCI 3D ORGANIZĀCIJU MESC. MĒS PIEŅEMAM, KA, LAI GAN PCG PROTEĪNI VAR TIEŠI BŪT STARPNIEKI FIZISKAJAI SAZIŅAI STARP PES UN TO MĒRĶA GĒNIEM, ARHITEKTŪRAS PROTEĪNI, PIEMĒRAM, CTCF UN COHESIN, VARĒTU IEROBEŽOT ŠĀDU MIJIEDARBĪBU UN IEROBEŽOT PES, LAI KONKRĒTI SAZINĀTOS UN REGULĒTU PCG PIESAISTĪTOS GĒNUS, KAS ATRODAS TAJĀ PAŠĀ TOPOLOĢISKI ASOCIĒTAJĀ DOMĒNĀ (TAD). NO OTRAS PUSES, DAUDZAS NO EKSPERIMENTĀLAJĀM PIEEJĀM, KO PARASTI IZMANTO, LAI IZSKAIDROTU PASTIPRINĀTĀJU DARBĪBAS MEHĀNISMU, IR BALSTĪTAS UZ PILNĪGU AR PASTIPRINĀTĀJU SAISTĪTO PROTEĪNU ZUDUMU. TOMĒR ŠĀDAS FUNKCIJAS ZUDUMA PIEEJAS VAR IZRAISĪT TRANSKRIPCIJAS UN/VAI 3D GENOMA ARHITEKTŪRAS IZMAIŅAS, KAS VAR NETIEŠI MAINĪT PASTIPRINĀTĀJA FUNKCIJU. ŠEIT MĒS IEROSINĀM PĀRVARĒT ŠOS IEROBEŽOJUMUS, IZMANTOJOT SINTĒTISKO INŽENIERZINĀTŅU PES MESC, LAI STINGRI UN MEHĀNISKI NOVĒRTĒTU PE LOCI REGULATĪVĀS, EPIĢENĒTISKĀS UN TOPOLOĢISKĀS ĪPAŠĪBAS. ŠĪ EKSPERIMENTĀLĀ STRATĒĢIJA ĻAUS MUMS ĢENĒTISKI DISPECĒT PES, KURU MĒS HIPOTĒZĒJAM PAR MODULĀRU SASTĀVU, KAS SASTĀV NO ĻOTI SAGLABĀTĀM TRANSKRIPCIJAS FAKTORA SAISTOŠĀM VIETĀM (TFBS) UN TUVĒJĀS CPG SALAS (CGI). TFBS VARĒTU PIEŠĶIRT PES TO PAMATA CIS AKTIVĀCIJAS JAUDU ESC DIFERENCIĀCIJAI, SAVUKĀRT CGI VARĒTU NODROŠINĀT PES AR PIEĻAUJOŠU HROMATĪNU UN TOPOLOĢISKO VIDI, KAS ATVIEGLO PE MĒRĶA GĒNU TURPMĀKU AKTIVIZĒŠANU. _x000D_ _x000D_ kopumā, PROPOSED WORK WILL PROVIDE MAJOR INSIGHTS INTO REGULATORY LOGIC OF PES UN ROLE PCG PROTEINS kā topoloģisko FACILITATORS FUTURE GENE INDUCTION. TURKLĀT MŪSU DARBAM VAJADZĒTU IZGAISMOT DAŽUS NO VISPĀRĒJIEM, TOMĒR SLIKTI RAKSTUROTIEM REGLAMENTĒJOŠIEM NOTEIKUMIEM, KAS REGLAMENTĒ PASTIPRINĀTĀJU UN GĒNU KOMUNIKĀCIJAS SPECIFIKU UN SADERĪBU. (Latvian)
    point in time
    18 August 2022
    0 references
    PREDTÝM SME IDENTIFIKOVALI POEDOVANÉ ZVÝRAZŇOVAČE (PES) V ĽUDSKÝCH EMBRYONÁLNYCH KMEŇOVÝCH BUNKÁCH (ESC) AKO OBMEDZENÝ SÚBOR REGULAČNÝCH SEKVENCIÍ SNŠ S JEDINEČNÝM CHROMATÍNOVÝM PODPISOM, KTORÝ ZAHŔŇA VÄZBU PROSTREDNÍCTVOM KOAKTIVÁTORA P300 A POLYKOMBOVÝCH (PCG) PROTEÍNOV. PÔVODNE SME NAVRHLI, ABY TENTO CHROMATÍNOVÝ PODPIS MOHOL ZÁLOŽKU PES V PLURIPOTENTNÝCH BUNKÁCH, ABY SA UĽAHČILA ICH VČASNÁ AKTIVÁCIA PRI DIFERENCIÁCII ESC. NAJNOVŠIE SME POMOCOU MYŠÍ ESC (MESC) AKO GENETICKY ZACHYTITEĽNÉHO MODELU UKÁZALI, ŽE VSZ SÚ POTREBNÉ NA INDUKCIU HLAVNÝCH PREDNÝCH NERVOVÝCH REGULÁTOROV. ZAUJÍMAVÉ JE, ŽE VSZ UŽ ZAVIEDLI FYZIKÁLNE INTERAKCIE SO SVOJIMI CIEĽOVÝMI GÉNMI V ESC V ZÁVISLOSTI OD POLYKOMBOVÉHO REPRESÍVNEHO KOMPLEXU 2 (PRC2). STRATA ČĽR2 NEVIEDLA K AKTIVÁCII VSZ ANI K INDUKCII ICH CIEĽOVÝCH GÉNOV V NEDIFERENCOVANEJ ESC. NAOPAK, STRATA ČĽR2 VÁŽNE A KONKRÉTNE OHROZILA INDUKCIU HLAVNÝCH PREDNÝCH NERVOVÝCH GÉNOV PREDSTAVUJÚCICH CIELE PE. Preto, náš RECENT WORK ILLUMINATED NOVEL A UNEXPECTED FUNKCTION pre PCG PROTEINS, Ktorý bol vyrobený bez použitia NEURAL INDUCTION BY PROVIDING MAJOR anterior NEURAL LOCI s PERMISSIVE REGULATORY TOPOLOGY._x000D_ _x000D_ ALTHOUGH NAŠA NAŠEJ RECENT WORK boli vytvorené MAJOR INSIGHTS INTO FUNKCTIONAL RELEVANCE and MECHANISM OF ACTION of pluripotency-ASSOCIATED PES, to je CURRENTLY UNKNOWN WHY AKO PE REGULATORY ACTIVITY je ŠPEKIFIKÁLNE PRIEDENÝ TOWARDS MAJOR predné NEURAL GENES. ABY SME TO VYRIEŠILI, NAJPRV POUŽIJEME FUNKČNÉ GENÓMOVÉ A PODMIENENÉ ZÁNIKOVÉ PRÍSTUPY NA GLOBÁLNE POSÚDENIE TOHO, AKO PCG A ARCHITEKTONICKÉ PROTEÍNY KONTROLUJÚ 3D ORGANIZÁCIU PE LOCI V MESC. PREDPOKLADÁME, ŽE ZATIAĽ ČO PROTEÍNY PCG MÔŽU PRIAMO SPROSTREDKOVAŤ FYZICKÚ KOMUNIKÁCIU MEDZI PES A ICH CIEĽOVÝMI GÉNMI, ARCHITEKTONICKÉ PROTEÍNY, AKO SÚ CTCF A COHEZÍN, BY MOHLI OBMEDZIŤ TAKÉTO INTERAKCIE A OBMEDZIŤ PES TAK, ABY KONKRÉTNE KONTAKTOVALI A REGULOVALI GÉNY VIAZANÉ NA PCG NACHÁDZAJÚCE SA V ROVNAKEJ TOPOLOGICKY SPOJUJÚCEJ SA DOMÉNE (TAD). NA DRUHEJ STRANE MNOHÉ EXPERIMENTÁLNE PRÍSTUPY, KTORÉ SA ZVYČAJNE POUŽÍVAJÚ NA OBJASNENIE MECHANIZMU ÚČINKU ZOSILŇOVAČOV, SÚ ZALOŽENÉ NA ÚPLNEJ STRATE PROTEÍNOV VIAZANÝCH NA ZOSILNENIE. TAKÉTO PRÍSTUPY SO STRATOU FUNKCIE VŠAK MÔŽU VYVOLAŤ PREPISNÉ A/ALEBO 3D GENÓMOVÉ ARCHITEKTONICKÉ ZMENY, KTORÉ MÔŽU NEPRIAMO ZMENIŤ FUNKCIU ZOSILŇOVAČA. TU NAVRHUJEME PREKONAŤ TIETO OBMEDZENIA SYNTETICKY INŽINIERSKYMI VSZ V MESCI, ABY SME DÔSLEDNE A MECHANICKY POSÚDILI REGULAČNÉ, EPIGENETICKÉ A TOPOLOGICKÉ VLASTNOSTI PE LOCI. TÁTO EXPERIMENTÁLNA STRATÉGIA NÁM UMOŽNÍ GENETICKY ROZLOŽIŤ VSZ, KTORÉ PREDPOKLADÁME, ŽE VYKAZUJÚ MODULÁRNE ZLOŽENIE POZOSTÁVAJÚCE ZO ZOSKUPENIA VYSOKO ZACHOVANÝCH LOKALÍT VIAŽUCICH TRANSKRIPČNÝ FAKTOR (TFBS) A BLÍZKEHO OSTROVA CPG (CGI). TFBS BY MOHOL POSKYTNÚŤ VSZ ICH ZÁKLADNÚ SCHOPNOSŤ AKTIVÁCIE CIS DIFERENCIÁCII ESC, ZATIAĽ ČO CGI BY MOHLO POSKYTNÚŤ VSZ PRÍPUSTNÝM CHROMATÍNOM A TOPOLOGICKÝM PROSTREDÍM, KTORÉ UĽAHČUJÚ BUDÚCU AKTIVÁCIU CIEĽOVÝCH GÉNOV PE. _x000D_ _x000D_ celkovo, PROPOSED WORK bude PROVIDE MAJOR INSIGHTS INTO REGULATORY LOGIC OF PES A ROLE OF PCG PROTEINS ako topologické FACILITATORS FUTURE GENE INDUCTION. OKREM TOHO BY NAŠA PRÁCA MALA OSVETLIŤ NIEKTORÉ VŠEOBECNÉ, ALE NEDOSTATOČNE CHARAKTERIZOVANÉ REGULAČNÉ PRAVIDLÁ UPRAVUJÚCE ŠPECIFICKOSŤ A KOMPATIBILITU KOMUNIKÁCIE S GÉNOM ZOSILŇOVAČOV. (Slovak)
    point in time
    18 August 2022
    0 references
    D’AITHNÍOMAR ROIMHE SEO MÉADAITHEOIRÍ POISED (PES) I NGASCHEALLA SUTHACHA DAONNA (ESC) MAR SHRAITH THEORANTA DE SHEICHIMH RIALÁLA CIS A LÉIRÍONN SÍNIÚ UATHÚIL CRÓMATIN, LENA N-ÁIRÍTEAR CEANGAL AG P300 AGUS POLYCOMB-GROUP (PCG) PRÓITÉINÍ. MHOLAMAR AR DTÚS GO BHFÉADFADH AN SÍNIÚ CRÓMATIN SEO SPFANNA A CHUR IN ÁIRITHE I GCEALLA ILCHUMHACHTA CHUN A NGNÍOMHACHTÚ TRÁTHÚIL A ÉASCÚ TAR ÉIS DIFREÁIL ESC. LE DÉANAÍ AGUS AG BAINT ÚSÁIDE AS ESC LUCH (MESC) MAR MHÚNLA GÉINITEACH TRACTABLE, LÉIRIGH MUID GO BHFUIL SPF RIACHTANACH CHUN IONDUCHTÚ RIALTÓIRÍ NÉARACHA TOSAIGH MÓR. SUIMIÚIL GO LEOR, BHUNAIGH PES CHEANA FÉIN IDIRGHNÍOMHAÍOCHTAÍ FISICEACHA LENA N-GÉINTE SPRIOC I ESC I CASTA POLYCOMB REPRESSIVE 2 (PRC2) BHEALACH AG BRATH. MAR THORADH AR CHAILLIÚINT PRC2 NÍ DHEARNADH SPFANNA A GHNÍOMHACHTÚ NÁ A SPRIOCGHÉINTE A IONDUCHTÚ IN ESC NEAMHDHIFREÁILTE. I GCODARSNACHT LEIS SIN, CHUIR CAILLTEANAS DHAON-PHOBLACHT NA SÍNE2 ISTEACH GO MÓR AGUS GO SONRACH AR IONDUCHTÚ NA MÓRGHÉINTE NÉARACHA TOSAIGH A LÉIRÍONN SPRIOCANNA PE. Dá réir sin, NÍOS FÉIDIR LE hAGHAIDH IOMLÁN AGUS unEXPECTED DO GHLACADH NA gCOMHPHOBAL, WHICH WEOCH STIÚRTHÓIREACHT COLÓISIÚNACH LOCHTÓIREACHT NÍOS MÓR NÁISIÚNTA AGUS LE hAGHAIDH STIÚRTHÓIREACHT DOPOLOGY._x000D_ _x000D_ _x000D_ ALTHOUGH ÁBHAR RÉIGIÚNACH is éard atá i gceist leis an gClár Ginearálta agus leis an gClár Oifigiúil agus leis an gCoiste um Ghnóthaí Fostaíochta agus Coimirce Shóisialach, go mbeadh sé go hiomlán neamh-infheidhme agus go mbeadh an t-acht a bhaineann leis an bPobal Díochurtha sonrach. CHUN AGHAIDH A THABHAIRT AIR SIN, BAINFIMID ÚSÁID AR DTÚS AS CUR CHUIGE FEIDHMIÚIL GÉANÓMAÍOCH AGUS COINNÍOLLACH IARMHARTACH CHUN MEASÚNÚ DOMHANDA A DHÉANAMH AR AN GCAOI A RIALAÍONN PCG AGUS PRÓITÉINÍ AILTIREACHTA EAGRÚ 3D PE LOCI IN MESC. HYPOTHESIZE AGAINN GO CÉ GO BHFÉADFADH PRÓITÉINÍ PCG IDIRGHABHÁIL GO DÍREACH AR AN GCUMARSÁID FHISICIÚIL IDIR PES AGUS A N-GÉINTE SPRIOC, PRÓITÉINÍ AILTIREACHTA, AR NÓS CTCF AGUS COHESIN, D’FHÉADFADH SRIAN A CHUR IDIRGHNÍOMHAÍOCHTAÍ DEN SÓRT SIN AGUS PES TEORAINN A CHUR LE TEAGMHÁIL GO SONRACH AGUS A RIALÁIL PCG-CHEANGAL GÉINTE ATÁ SUITE LAISTIGH DEN RÉIMSE CÉANNA TOPOLOGICALLY CHOMHLACHÚ (TAD). AR AN LÁIMH EILE, TÁ GO LEOR DE NA CINEÁLACHA CUR CHUIGE TURGNAMHACHA A ÚSÁIDTEAR DE GHNÁTH CHUN MEICNÍOCHT GNÍOMHAÍOCHTA FEABHSAITHEOIRÍ A LÉIRIÚ BUNAITHE AR CHAILLTEANAS IOMLÁN PRÓITÉINÍ FEABHSAITHE. MAR SIN FÉIN, IS FÉIDIR LE CUR CHUIGE DEN SÓRT SIN MAIDIR LE CAILLIÚINT FEIDHME ATHRUITHE AILTIREACHTA TRAS-SCRÍOFA AGUS/NÓ GÉANÓIM 3D A D’FHÉADFADH ATHRÚ A DHÉANAMH AR FHEIDHM FEABHSAITHEORA AR BHEALACH INDÍREACH. ANSEO MOLAIMID NA TEORAINNEACHA SEO A SHÁRÚ TRÍ PES INNEALTÓIREACHTA SINTÉISEACH I MESC D’FHONN GNÉITHE RIALÁLA, EPIGENETIC AGUS TOPOLOGICAL PE LOCI A MHEAS GO DIAN AGUS GO MEICNÍOCH. CUIRFIDH AN STRAITÉIS THURGNAMHACH SEO AR ÁR GCUMAS PES A DHIOSCADH GO GÉINITEACH, A CHUIRIMID AR TAISPEÁINT COMHDHÉANAMH MODÚLACH INA BHFUIL BRAISLE DE SHUÍOMHANNA CEANGAIL FACHTÓIR TRAS-SCRÍOFA ARDCHAOMHNAITHE (TFBS) AGUS OILEÁN CPG (CGI) IN AICE LÁIMHE. D’FHÉADFADH AN TFBS A N-ACMHAINN GHNÍOMHACHTAITHE CIS BUNÚSACH A BHRONNADH AR DHIFREÁIL ESC, AGUS D’FHÉADFADH AN CGI MAOINIÚ A THABHAIRT DO SPFANNA LE CRÓMATTIN CEADAITHEACH AGUS LE TIMPEALLACHT THOIPEOLAÍOCH A ÉASCAÍONN GNÍOMHACHTÚ NA SPRIOCGHÉINTE PE AMACH ANSEO. _x000D_ _x000D_ tríd is tríd, cuireann an obair a cuireadh chun cinn eolas ar fáil ar LOGICTORY PES agus ar ról na n-oibrithe pearsanta mar éascaitheoirí toPOLOGICAL INDUCTION GINEARÁLTA. INA THEANNTA SIN, BA CHEART GO LÉIREODH ÁR GCUID OIBRE CUID DE NA RIALACHA GINEARÁLTA, ACH NACH BHFUIL TRÉITHE MAITHE IONTU, LENA RIALAÍTEAR SAINIÚLACHT AGUS COMHOIRIÚNACHT NA CUMARSÁIDE FEABHSAITHE. (Irish)
    point in time
    18 August 2022
    0 references
    DŘÍVE JSME IDENTIFIKOVALI POIZED ENHANCERS (PES) V LIDSKÝCH EMBRYONÁLNÍCH KMENOVÝCH BUŇKÁCH (ESC) JAKO OMEZENOU SADU SEKVENCÍ REGULOVANÝCH CIS, KTERÉ VYKAZUJÍ JEDINEČNÝ CHROMATINOVÝ PODPIS, KTERÝ ZAHRNUJE VAZBU PROTEINŮ P300 A POLYCOMB-SKUPINY (PCG). PŮVODNĚ JSME NAVRHLI, ABY TATO CHROMATINOVÁ SIGNATURA MOHLA ZÁLOŽKU PES V PLURIPOTENTNÍCH BUŇKÁCH, ABY SE USNADNILA JEJICH VČASNÁ AKTIVACE PŘI DIFERENCIACI ESC. V POSLEDNÍ DOBĚ A POMOCÍ MYŠÍ ESC (MESC) JAKO GENETICKY TRVANLIVÉHO MODELU JSME PROKÁZALI, ŽE PES JSOU NEZBYTNÉ PRO INDUKCI HLAVNÍCH PŘEDNÍCH NEURÁLNÍCH REGULÁTORŮ. ZAJÍMAVÉ JE, ŽE PES JIŽ NAVÁZALA FYZICKÉ INTERAKCE S JEJICH CÍLOVÝMI GENY V ESC V REPRESIVNÍM KOMPLEXU 2 (PRC2) ZÁVISLÉM NA POLYKOMBU. ZTRÁTA ČLR2 NEVEDLA K AKTIVACI VEŘEJNÝCH SLUŽEB ZAMĚSTNANOSTI ANI K INDUKCI JEJICH CÍLOVÝCH GENŮ V NEDIFERENCOVANÉM ESC. NAPROTI TOMU ZTRÁTA ČLR2 VÁŽNĚ A KONKRÉTNĚ OHROZILA INDUKCI HLAVNÍCH PŘEDNÍCH NEURÁLNÍCH GENŮ PŘEDSTAVUJÍCÍCH PE CÍLE. Z tohoto důvodu, Náš RECENT WORK ILLUMINATE A UNEXPECTED FUNCTION for PCG PROTEINS, KTERÉ jsme projednali COULD FACILITATE NEURAL INDUCTION BY PROVIDING MAJOR přední NEURAL LOCI s PERMISSIVE REGULATORY TOPOLOGY._x000D_ _x000D_ _x000D_ ALTHOUGH ALLECENT WORK HAS PROVIDED MAJOR INSIGHTS in the FUNCTIONAL RELEVANCE and MECHANISM of ACTION of pluripotency-ASSOCIATED PES, it is CURRENTLY UNKNOWWNNwwNwwNwwwnwwwnwwwwwwwwn the a jak PE REGULATORY ACTIVITY is SPECIFICALLY DIRECTED TOWARDS MAJOR přední NEURAL GENES. ABYCHOM TO VYŘEŠILI, NEJPRVE VYUŽIJEME FUNKČNÍ GENOMICKÉ A PODMÍNĚNÉ KŘOVINY, ABYCHOM GLOBÁLNĚ POSOUDILI, JAK PCG A ARCHITEKTONICKÉ PROTEINY ŘÍDÍ 3D ORGANIZACI PE LOCI V MESCU. PŘEDPOKLÁDÁME, ŽE ZATÍMCO PCG PROTEINY MOHOU PŘÍMO ZPROSTŘEDKOVÁVAT FYZICKOU KOMUNIKACI MEZI PES A JEJICH CÍLOVÝMI GENY, ARCHITEKTONICKÉ PROTEINY, JAKO JE CTCF A KOHESIN, MOHOU TYTO INTERAKCE OMEZOVAT A OMEZIT PES NA KONKRÉTNÍ KONTAKT A REGULACI GENŮ VÁZANÝCH NA PCG UMÍSTĚNÉ VE STEJNÉ TOPOLOGICKY ASOCIUJÍCÍ DOMÉNĚ (TAD). NA DRUHÉ STRANĚ, MNOHO Z EXPERIMENTÁLNÍCH PŘÍSTUPŮ OBVYKLE POUŽÍVANÝCH K OBJASNĚNÍ MECHANISMU ÚČINKU ZESILOVAČŮ JSOU ZALOŽENY NA ÚPLNÉ ZTRÁTĚ ENHANCER-VÁZANÝCH PROTEINŮ. TAKOVÉ PŘÍSTUPY KE ZTRÁTĚ FUNKCE VŠAK MOHOU VYVOLAT TRANSKRIPČNÍ A/NEBO 3D ARCHITEKTONICKÉ ZMĚNY GENOMU, KTERÉ MOHOU NEPŘÍMO ZMĚNIT FUNKCI ZESILOVAČE. ZDE NAVRHUJEME PŘEKONAT TATO OMEZENÍ SYNTETICKY INŽENÝRSKÉ PES V MESCI, ABY BYLO PŘÍSNĚ A MECHANISTICKY POSOUDIT REGULAČNÍ, EPIGENETICKÉ A TOPOLOGICKÉ VLASTNOSTI PE LOCI. TATO EXPERIMENTÁLNÍ STRATEGIE NÁM UMOŽNÍ GENETICKY PITVAT PES, O NÍŽ PŘEDPOKLÁDÁME, ŽE ZOBRAZUJE MODULÁRNÍ KOMPOZICI TVOŘENOU SOUBOREM VYSOCE KONZERVOVANÝCH VAZEBNÝCH MÍST PRO TRANSKRIPČNÍ FAKTOR (TFBS) A NEDALEKÝM OSTROVEM CPG (CGI). TFBS BY MOHLA PES PROPŮJČIT JEJICH ZÁKLADNÍ KAPACITĚ PRO AKTIVACI CIS NA ZÁKLADĚ DIFERENCIACE ESC, ZATÍMCO CGI BY MOHLO ZAJISTIT SVS PERMISIVNÍM CHROMATINEM A TOPOLOGICKÝM PROSTŘEDÍM, KTERÉ USNADNÍ BUDOUCÍ AKTIVACI CÍLOVÝCH GENŮ PE. _x000D_ _x000D_ celkově, PROPOSED WORK PROVIDE MAJOR INSIGHTS INTO REGULATORY LOGIC of PES and the ROLE of PCG PROTEINS as topological FACILITATORS OF FUTURE GENE INDUCTION. KROMĚ TOHO BY NAŠE PRÁCE MĚLA OSVĚTLIT NĚKTERÁ OBECNÁ, ALE ŠPATNĚ CHARAKTERIZOVANÁ REGULAČNÍ PRAVIDLA UPRAVUJÍCÍ SPECIFIČNOST A KOMPATIBILITU KOMUNIKACE S LEPŠÍMI GENY. (Czech)
    point in time
    18 August 2022
    0 references
    Identificámos anteriormente os reforços potenciais (PES) em células estaminais embrionárias humanas (CES) como um conjunto limitado de sequências iso-regulatórias que apresentam uma assinatura única de cromatina, que inclui a ligação entre o co-activador P300 e as proteínas do grupo Polycomb (PCG). Inicialmente, propusemos que esta assinatura de cromatina pudesse marcar o PES em células PLURIPOTENTES para facilitar a sua actividade no momento da diferenciação. Mais recentemente e utilizando o MOUSE ESC (MESC) como um MODELO GENETICAMENTE TRATÁVEL, demonstrámos que os PES são Necessários para a INDUCÇÃO DE PRINCIPAIS REGULAMENTADORES NEUROS ANTERIORES. Interessantemente, os SPE já estabeleceram INTERAÇÕES FÍSICAS COM OS SEUS GÉNEROS-ALVO EM ESC numa MANEIRA DEPENDENTE DO COMPLEXO 2 (PRC2) DE POLICOMB. A PERDA DE PRC2 NÃO LEVOU A ATIVAÇÃO DE PES NEM A INDUCÇÃO DOS SEUS GENES-ALVO EM ESC NÃO DIFERENCIADO. EM CONTRATO, A PERDA DE PRC2 COMPROMISSOU SEVERAMENTE E ESPECIFICAMENTE A INDUCÇÃO DOS GÉNEROS NEURAIS ANTERIORES PRINCIPAIS QUE REPRESENTAM OS OBJETIVOS PE. Por conseguinte, o nosso trabalho recente iluminou um novo trabalho e uma função inexplicada para as proteínas PCG, que propusemos poder facilitar a indutância neural, fornecendo importantes LOCAIS NEURAIS ANTERIORES com uma TOPOLOGIA REGULAMENTAR PERMISSIVA.x000D_ _x000D_ Apesar de o nosso trabalho recente ter proporcionado importantes perspetivas sobre a relevância funcional e o mecanismo de ação dos pêssegos associados à PLURIPOTENCIA, atualmente não se sabe qual e como a atividade reGULAMENTAR é especificamente orientada para os pêssegos principais e prioritários da UE. Para responder a esta questão, utilizaremos pela primeira vez abordagens genómicas e condicionais funcionais para avaliar globalmente a forma como o PCG e as proteínas arquitetónicas controlam a organização 3D do PE LOCI em MESC. Hipotetizamos que, embora as proteínas do PCG possam mediar directamente a comunicação física entre os PES e os seus genes-alvo, as proteínas arquitectónicas, como o CTCF e a COESIN, podem conter essas interacções e limitar os PES a entrarem em contacto e a regularem especificamente os genes ligados ao PCG localizados no mesmo domínio topologicamente associado (TAD). Por outro lado, muitas das abordagens experimentais tipicamente utilizadas para eleger o mecanismo de acção dos reforços baseiam-se na perda completa de proteínas ligadas ao reforço. No entanto, tais abordagens de perda de função podem permitir alterações arquitectónicas de carácter transcricional e/ou 3D que podem potencialmente alterar a função de modo indirecto. Propomos que estas limitações sejam ultrapassadas pelos SPE SINTETICAMENTE ENGENHEIROS EM MESC, a fim de avaliar de forma sistemática e mecânica as características regulamentares, epigenéticas e topologéticas da PE LOCI. Esta ESTRATÉGIA EXPERIMENTAL permitir-nos-á DESEMPENHAR GENETICAMENTE PES, QUE HIPOTIZAMOS APRESENTAR UMA COMPOSIÇÃO MODULAR CONSTITUÍDA POR UM CLUSTER DE SITES VINCULATIVOS DO FATOR DE TRANSCRIÇÃO (TFBS) ELEVADAMENTE CONSERVADOS E POR UMA ILHA PRÓXIMA DE CPG (CGI). A TFBS pode conferir aos SPE a sua capacidade de acção fundamental em matéria de SCI, embora o CGI possa oferecer aos SPE uma cromatina permissiva e um ambiente topologético que facilite a futura actividade dos GENES PE TARGET. _x000D_ _x000D_ O TRABALHO PROPOSTO IRÁ FORNECER PRINCIPAIS INSPECÇÕES NA LOGÍTICA REGULAMENTAR DOS PES E NO PAPEL DAS PROTEÍNAS DE PCG COMO FACILITARES TOPOLOGICOS DA FUTURA INDUCÇÃO GENA. Além disso, o nosso trabalho deve iluminar algumas das regras gerais, ainda pouco caracterizadas, regulamentares que regem a especificidade e a compatibilidade da comunicação entre o reforço e o gene. (Portuguese)
    point in time
    18 August 2022
    0 references
    VAREM MÄÄRATLESIME INIMEMBRÜO TÜVIRAKKUDES POSEERITUD TUGEVDAJAD (ESC) PIIRATUD KOGUMINA SRÜ REGULATIIVSETEST JÄRJESTUSTEST, MILLEL ON AINULAADNE KROMATIINALLKIRI, MIS HÕLMAB KOAKTIVAATORI P300 JA POLYCOMB-GROUP (PCG) VALKUDE SEONDUMIST. ALGSELT TEGIME ETTEPANEKU, ET KROMATIINALLKIRI VÕIKS JÄRJEHOIDJAKS OLLA PLURIPOTENTSETES RAKKUDES, ET HÕLBUSTADA NENDE ÕIGEAEGSET AKTIVEERIMIST PÄRAST ESC DIFERENTSEERIMIST. VIIMATI JA KASUTADES HIIRE ESC (MESC) GENEETILISELT ÜLEKANTAVA MUDELINA, TÕENDASIME, ET PES ON VAJALIK SUURTE EESMISTE NÄRVIREGULAATORITE INDUKTSIOONIKS. HUVITAVAL KOMBEL ON PES JUBA LOONUD FÜÜSILISE KOOSTOIME OMA SIHTGEENIDEGA ESC-S POLÜKOMBI REPRESSIIVSES KOMPLEKSIS 2 (PRC2) SÕLTUVAL VIISIL. HRV2 KADUMINE EI TOONUD KAASA AVALIKE TÖÖTURUASUTUSTE AKTIVEERIMIST EGA NENDE SIHTGEENIDE INDUTSEERIMIST DIFERENTSEERIMATA ESC-S. SEEVASTU HRV2 KADUMINE KAHJUSTAS TUGEVALT JA KONKREETSELT PE SIHTMÄRKE ESINDAVATE PEAMISTE EESMISTE NÄRVIGEENIDE INDUTSEERIMIST. Seega, meie REKENT WORK ILLUMINATED NOVEL JA ÜHENDATUD FUNKTSIOONID PCG PROTEINS, WHICHWE PROPOSED COULD FACILITATE NEURAL INDUCTION BY PROVORE eesmine NEURAL LOCI WITH PERMISSIVE REGULATORY TOPOLOGY._x000D_ _x000D_ _x000D_ ALTHOUGH meie RECENT TÖÖTATUD PALJANDUS-ASSOCIATED PES, IT on TÄHELEPANU NÕUDE JA KASUTAVAD OLEKIFIKATSIOONID ÜHENDUSTE PÕHJADES ÜHENDUSED NEURALGID GENES. SELLE PROBLEEMI LAHENDAMISEKS KASUTAME KÕIGEPEALT FUNKTSIONAALSEID GENOOMILISI JA TINGIMUSLIKKE ÜMBERLÖÖGIMEETODEID, ET ÜLEMAAILMSELT HINNATA, KUIDAS PCG JA ARHITEKTUURIVALGUD KONTROLLIVAD MESCIS PE LOCI 3D ORGANISATSIOONI. ME OLETAME, ET KUIGI PCG VALGUD VÕIVAD OTSESELT VAHENDADA FÜÜSILIST SIDET PESI JA NENDE SIHTGEENIDE VAHEL, VÕIVAD ARHITEKTUURIVALGUD, NAGU CTCF JA KOESIN, PIIRATA SELLISEID KOOSTOIMEID JA PIIRATA PESI-D KONKREETSELT KONTAKTEERUMA JA REGULEERIMA PCG-GA SEOTUD GEENE, MIS ASUVAD SAMAS TOPOLOOGILISELT SEOSTATAVAS DOMEENIS (TAD). TEISEST KÜLJEST PÕHINEVAD PALJUD VÕIMENDAJATE TOIMEMEHHANISMI VÄLJASELGITAMISEL TAVALISELT KASUTATAVAD EKSPERIMENTAALSED LÄHENEMISVIISID VÕIMENDAJATEGA SEOTUD VALKUDE TÄIELIKUL KADUMISEL. SELLISED TOIMIMISKAO LÄHENEMISVIISID VÕIVAD SIISKI TEKITADA TRANSKRIPTSIOONE JA/VÕI 3D GENOOMI ARHITEKTUURILISI MUUTUSI, MIS VÕIVAD VÕIMENDAJA FUNKTSIOONI KAUDSELT MUUTA. SIIN TEEME ETTEPANEKU ÜLETADA NEED PIIRANGUD SÜNTEETILISELT INSENERI PES MESC, ET RANGELT JA MEHAANILISELT HINNATA REGULATIIVSED, EPIGENEETILISED JA TOPOLOOGILISED OMADUSED PE LOCI. SEE EKSPERIMENTAALNE STRATEEGIA VÕIMALDAB MEIL GENEETILISELT DISSEKTEERIDA PESI, MILLE HÜPOTEESIKS ON MODULAARNE KOMPOSITSIOON, MIS KOOSNEB VÄGA KONSERVEERITUD TRANSKRIPTSIOONIFAKTORI SIDUMISKOHTADEST (TFBS) JA LÄHEDALASUVAST CPG SAAREST (CGI). TFBS VÕIB ANDA PESILE NENDE PÕHILISE SRÜ AKTIVEERIMISVÕIME ESC DIFERENTSEERIMISELE, SAMAL AJAL KUI CGI VÕIB ANDA PESILE LUBAVA KROMATIINI JA TOPOLOOGILISE KESKKONNA, MIS HÕLBUSTAB PE SIHTGEENIDE TULEVAST AKTIVEERIMIST. _x000D_ _x000D_ Üldiselt, TULEMISED TÖÖTLEMISED TÖÖVÕTMISE NÕUMISE NIMEKIRI REGULATORY LOGIC PES JA ROLE OF PCG PROTEINS AS topoloogiline FACILITATORS FUTURE INDUCTION. LISAKS PEAKS MEIE TÖÖ VALGUSTAMA MÕNINGAID ÜLDISI, KUID SIISKI HALVASTI ISELOOMUSTATUD REGULEERIVAID EESKIRJU, MIS REGULEERIVAD TÕHUSTAJATE JA GEENIDE SIDE SPETSIIFILISUST JA ÜHILDUVUST. (Estonian)
    point in time
    18 August 2022
    0 references
    KORÁBBAN AZ EMBERI EMBRIONÁLIS ŐSSEJTEKBEN (ESC) TALÁLHATÓ POIZED BOOSTEREKET (PES) AZONOSÍTOTTUK, MINT A CIS-SZABÁLYOZÁSI SZEKVENCIÁK KORLÁTOZOTT CSOPORTJÁT, AMELYEK EGYEDI KROMATIN ALÁÍRÁST MUTATNAK, AMELY MAGÁBAN FOGLALJA A P300 TÁRSAKTIVÁTOR ÉS A POLYCOMB-CSOPORT (PCG) FEHÉRJÉK ÁLTALI KÖTŐDÉSÉT. EREDETILEG AZT JAVASOLTUK, HOGY EZ A KROMATIN ALÁÍRÁS KÖNYVJELZŐVEL JELÖLJE MEG A PES-T A PLURIPOTENS SEJTEKBEN, HOGY MEGKÖNNYÍTSE AZOK IDŐBEN TÖRTÉNŐ AKTIVÁLÁSÁT AZ ESC DIFFERENCIÁLÁSKOR. LEGUTÓBB AZ EGÉR ESC (MESC) MINT GENETIKAILAG HASZNÁLHATÓ MODELL HASZNÁLATÁVAL BEBIZONYÍTOTTUK, HOGY AZ ÁLLAMI FOGLALKOZTATÁSI SZOLGÁLATOKRA SZÜKSÉG VAN A FŐBB ELÜLSŐ NEURÁLIS SZABÁLYOZÓK BEVEZETÉSÉHEZ. ÉRDEKES, HOGY AZ ÁLLAMI FOGLALKOZTATÁSI SZOLGÁLATOK MÁR LÉTREHOZTAK FIZIKAI KÖLCSÖNHATÁSOKAT A CÉLGÉNEKKEL AZ ESC-BEN EGY POLYCOMB REPRESSZÍV KOMPLEX 2 (PRC2) FÜGGŐ MÓDON. A KNK2 ELVESZTÉSE NEM VEZETETT SEM AZ ÁLLAMI FOGLALKOZTATÁSI SZOLGÁLATOK AKTIVÁLÁSÁHOZ, SEM A CÉLGÉNEK NEM DIFFERENCIÁLT GSC-BEN TÖRTÉNŐ INDUKCIÓJÁHOZ. EZZEL SZEMBEN A KNK2 ELVESZTÉSE SÚLYOSAN ÉS KIFEJEZETTEN VESZÉLYEZTETTE A PE-CÉLOKAT KÉPVISELŐ FŐBB ELÜLSŐ NEURÁLIS GÉNEK INDUKCIÓJÁT. Ezért a mi RECENT MUNKUMINÁCIÓK ÉS EGYÜTTES FUNKCIÓK A PCG PROTEINS, WHICH ELFOGADTA KÖVETKEZŐ FACILITATE NEURAL INDUCTION BY PROVIDING MAJOR anterior NEURAL LOCI egy PERMISSIVE REGULATORY TOPOLOGY._x000D_ _x000D_ ALTHOUGH A RECENT WORK a pluripotencia-eltávolított PES-ek FUNKCIÓS RELEVANCE és MECHANISZTÁLYÁT TARTALMAZÓ MAJOR INSIGIKÁCIÓK KÖVETKEZTETÉSI EGYÜTTES KÖVETKEZTETÉSI KÖVETELMÉNYEK ÉS MECHANISZTÁLYA KÖVETKEZTETŐ KÖVETELMÉNYEK ELŐTT NEURAL GENES. ENNEK KEZELÉSÉRE ELŐSZÖR FUNKCIONÁLIS GENOMIKUS ÉS FELTÉTELES LEÜTŐ MEGKÖZELÍTÉSEKET ALKALMAZUNK ANNAK GLOBÁLIS ÉRTÉKELÉSÉRE, HOGY A PCG ÉS AZ ÉPÍTÉSZETI FEHÉRJÉK HOGYAN IRÁNYÍTJÁK A PE LOCI 3D-S SZERVEZÉSÉT MESC-BEN. FELTÉTELEZZÜK, HOGY MÍG A PCG FEHÉRJÉK KÖZVETLENÜL KÖZVETÍTHETIK AZ ÁLLAMI FOGLALKOZTATÁSI SZOLGÁLATOK ÉS A CÉLGÉNEK KÖZÖTTI FIZIKAI KOMMUNIKÁCIÓT, AZ ÉPÍTÉSZETI FEHÉRJÉK, MINT PÉLDÁUL A CTCF ÉS A COHESIN, KORLÁTOZHATJÁK AZ ILYEN KÖLCSÖNHATÁSOKAT, ÉS KORLÁTOZHATJÁK AZ PES-T, HOGY KIFEJEZETTEN KAPCSOLATBA LÉPJENEK ÉS SZABÁLYOZZÁK AZ UGYANAZON TOPOLÓGIAILAG TÁRSÍTÓ TARTOMÁNYON (TAD) BELÜL TALÁLHATÓ PCG-HEZ KÖTÖTT GÉNEKET. MÁSRÉSZT SZÁMOS KÍSÉRLETI MEGKÖZELÍTÉS, AMELYET JELLEMZŐEN AZ ERŐSÍTŐK HATÁSMECHANIZMUSÁNAK TISZTÁZÁSÁRA HASZNÁLNAK, A FOKOZÓ FEHÉRJÉK TELJES ELVESZTÉSÉN ALAPUL. AZ ILYEN FUNKCIÓVESZTÉSI MEGKÖZELÍTÉSEK AZONBAN OLYAN TRANSZKRIPCIÓS ÉS/VAGY 3D GENOM ÉPÍTÉSZETI VÁLTOZÁSOKAT IDÉZHETNEK ELŐ, AMELYEK KÖZVETETT MÓDON MEGVÁLTOZTATHATJÁK A FOKOZÓ FUNKCIÓT. ITT AZT JAVASOLJUK, HOGY LEKÜZDJE EZEKET A KORLÁTOKAT SZINTETIKUSAN MÉRNÖKI ÁFSZ MESC ANNAK ÉRDEKÉBEN, HOGY SZIGORÚAN ÉS MECHANIKUSAN ÉRTÉKELNI A SZABÁLYOZÁSI, EPIGENETIKAI ÉS TOPOLÓGIAI JELLEMZŐI PE LOCI. EZ A KÍSÉRLETI STRATÉGIA LEHETŐVÉ TESZI SZÁMUNKRA, HOGY GENETIKAILAG BONCOLJUK FEL AZ ÁLLAMI FOGLALKOZTATÁSI SZOLGÁLATOKAT, AMELYEK FELTÉTELEZÉSEINK SZERINT MODULÁRIS KOMPOZÍCIÓT MUTATNAK, AMELY EGY ERŐSEN KONZERVÁLT TRANSZKRIPCIÓS FAKTOR KÖTŐHELYEKBŐL (TFBS) ÉS EGY KÖZELI CPG-SZIGETBŐL (CGI) ÁLLÓ KLASZTERBŐL ÁLL. A TFBS AZ ÁFSZ-EK ALAPVETŐ CIS-AKTIVÁCIÓS KAPACITÁSÁT AZ ESC DIFFERENCIÁLÁSÁRA RUHÁZHATJA, MÍG A CGI MEGENGEDŐ KROMATINNAL ÉS TOPOLÓGIAI KÖRNYEZETTEL RUHÁZHATJA FEL AZ ÁFSZ-EKET, AMI MEGKÖNNYÍTI A PE CÉLGÉNEK JÖVŐBELI AKTIVÁLÁSÁT. _x000D_ _x000D_ Összességében a JEGYZŐKÖNYVES MUNKÁZATOKRA VONATKOZÓ MŰKÖDÉSI KÖVETKEZTETÉSEK ÉS A TERMÉKEK KÖVETKEZTETÉSE A FUTURE GENE INDUCTION topológiás FACILITATORSZÁGÁBAN. EZEN TÚLMENŐEN MUNKÁNKNAK KI KELL VILÁGÍTANIA NÉHÁNY ÁLTALÁNOS, MÉGIS KEVÉSSÉ JELLEMZETT SZABÁLYOZÁSI SZABÁLYT, AMELY AZ ERŐSÍTŐ-GÉN KOMMUNIKÁCIÓ SAJÁTOSSÁGAIT ÉS KOMPATIBILITÁSÁT SZABÁLYOZZA. (Hungarian)
    point in time
    18 August 2022
    0 references
    ПРЕДИ ТОВА ИДЕНТИФИЦИРАХМЕ ПООЗИРАЩИ ПОДОБРИТЕЛИ (ПЕС) В ЧОВЕШКИ ЕМБРИОНАЛНИ СТВОЛОВИ КЛЕТКИ (ESC) КАТО ОГРАНИЧЕН НАБОР ОТ РЕГУЛАТОРНИ ПОСЛЕДОВАТЕЛНОСТИ В ОНД, ПОКАЗВАЩИ УНИКАЛЕН ХРОМАТИНОВ ПОДПИС, КОЙТО ВКЛЮЧВА СВЪРЗВАНЕ ОТ КОАКТИВАТОРА P300 И ПОЛИКОМБ-ГРУПАТА (PCG) ПРОТЕИНИ. ПЪРВОНАЧАЛНО ПРЕДЛОЖИХМЕ ТОЗИ ХРОМАТИНОВ ПОДПИС ДА ОТБЕЛЕЖИ PES В ПЛУРИПОТЕНТНИ КЛЕТКИ, ЗА ДА УЛЕСНИ ТЯХНОТО СВОЕВРЕМЕННО АКТИВИРАНЕ ПРИ ДИФЕРЕНЦИАЦИЯ НА ESC. СЪВСЕМ НАСКОРО И ИЗПОЛЗВАНЕТО НА ESC (MESC) НА МИШКА КАТО МОДЕЛ, КОЙТО МОЖЕ ДА СЕ ДВИЖИ ГЕНЕТИЧНО, ПОКАЗАХМЕ, ЧЕ ПСЗ СА НЕОБХОДИМИ ЗА ИНДУКЦИЯТА НА ОСНОВНИТЕ ПРЕДНИ НЕВРАЛНИ РЕГУЛАТОРИ. ИНТЕРЕСНОТО Е, ЧЕ ПСЗ ВЕЧЕ СА УСТАНОВИЛИ ФИЗИЧЕСКИ ВЗАИМОДЕЙСТВИЯ СЪС СВОИТЕ ПРИЦЕЛНИ ГЕНИ В ESC ПО НАЧИН, ЗАВИСИМ ОТ ПОЛИКОМБ РЕПРЕСИВЕН КОМПЛЕКС 2 (PRC2). ЗАГУБАТА НА КНР2 НЕ Е ДОВЕЛА НИТО ДО АКТИВИРАНЕ НА ПСЗ, НИТО ДО ИНДУКЦИЯ НА ТЕХНИТЕ ЦЕЛЕВИ ГЕНИ В НЕДИФЕРЕНЦИРАН ИСС. ЗА РАЗЛИКА ОТ ТОВА, ЗАГУБАТА НА КНР2 СЕРИОЗНО И КОНКРЕТНО КОМПРОМЕТИРА ИНДУКЦИЯТА НА ОСНОВНИТЕ ПРЕДНИ НЕВРАЛНИ ГЕНИ, ПРЕДСТАВЛЯВАЩИ ПЕ ЦЕЛИ. Следователно, НАШИТЕ ПРЕДСТАВИТЕЛИ НОВО И ОБЕДИНЕНО ФУНКЦИЯ за PCG PROTEINS, КОИТО ЗАДЪЛЖИТЕЛНО СЪОБЩЕНИЕ НА РЕГИОНАЛНОТО РЕГЛАМЕНТ НА НЕВРАТОТО ИЗПОЛЗВАНЕ НА РЕГЛАМЕНТНОТО ИЗПЪЛНЕНИЕ НА РЕГЛАМЕНТ._x000D_ _x000D_ _x000D_ ALTHOUGH НА НАСТОЯЩОТО ПРЕДСТАВЯНЕ WORK е предоставил MAJOR INSIGHTS В рамките на FUNCTIONAL RELEVANCE И MECHANISM на действие на плурипотентност-асоциативни PES, той е любопитен не знам защо и как PE REGULATORY ACTIVITY е СПЕЦИФИКАЦИИ ДИРЕКТИВНО МОЖАРСТВО МАЖОРИРАНИ предни NEURAL GENES. ЗА ДА СЕ СПРАВИМ С ТОВА, ПЪРВО ЩЕ ИЗПОЛЗВАМЕ ФУНКЦИОНАЛНИ ГЕНОМНИ И УСЛОВНИ ПОДХОДИ ЗА НАМАЛЯВАНЕ, ЗА ДА ОЦЕНИМ ГЛОБАЛНО КАК PCG И АРХИТЕКТУРНИТЕ ПРОТЕИНИ КОНТРОЛИРАТ 3D ОРГАНИЗАЦИЯТА НА PE ЛОКУСИ В MESC. ПРЕДПОЛАГАМЕ, ЧЕ ДОКАТО PCG ПРОТЕИНИТЕ МОГАТ ДИРЕКТНО ДА ПОСРЕДНИЧАТ ЗА ФИЗИЧЕСКАТА КОМУНИКАЦИЯ МЕЖДУ ПСЗ И ТЕХНИТЕ ЦЕЛЕВИ ГЕНИ, АРХИТЕКТУРНИТЕ ПРОТЕИНИ, КАТО CTCF И КОХЕЗИН, МОГАТ ДА ОГРАНИЧАТ ТЕЗИ ВЗАИМОДЕЙСТВИЯ И ДА ОГРАНИЧАТ PES ДО КОНКРЕТНО КОНТАКТ И РЕГУЛИРАНЕ НА СВЪРЗАНИТЕ С PCG ГЕНИ, РАЗПОЛОЖЕНИ В СЪЩАТА ТОПОЛОГИЧНО АСОЦИИРАЩА ОБЛАСТ (TAD). ОТ ДРУГА СТРАНА, МНОГО ОТ ЕКСПЕРИМЕНТАЛНИТЕ ПОДХОДИ, КОИТО ОБИКНОВЕНО СЕ ИЗПОЛЗВАТ ЗА ИЗЯСНЯВАНЕ НА МЕХАНИЗМА НА ДЕЙСТВИЕ НА ПОДОБРИТЕЛИТЕ, СЕ ОСНОВАВАТ НА ПЪЛНАТА ЗАГУБА НА ПРОТЕИНИ, СВЪРЗАНИ С ПОДОБРИТЕЛЯ. ВЪПРЕКИ ТОВА ПОДОБНИ ПОДХОДИ ЗА ЗАГУБА НА ФУНКЦИЯ МОГАТ ДА ПРЕДИЗВИКАТ ТРАНСКРИПЦИОННИ И/ИЛИ 3D ГЕНОМНИ АРХИТЕКТУРНИ ПРОМЕНИ, КОИТО ПОТЕНЦИАЛНО МОГАТ ДА ПРОМЕНЯТ ФУНКЦИЯТА НА УСИЛВАТЕЛЯ ПО НЕПРЯК НАЧИН. ТУК ПРЕДЛАГАМЕ ТЕЗИ ОГРАНИЧЕНИЯ ДА БЪДАТ ПРЕОДОЛЕНИ ЧРЕЗ СИНТЕТИЧНО ИНЖЕНЕРСТВО PES В MESC, ЗА ДА СЕ НАПРАВИ СТРОГА И МЕХАНИСТИЧНА ОЦЕНКА НА РЕГУЛАТОРНИТЕ, ЕПИГЕНЕТИЧНИТЕ И ТОПОЛОГИЧНИТЕ ХАРАКТЕРИСТИКИ НА PE ЛОКУСИ. ТАЗИ ЕКСПЕРИМЕНТАЛНА СТРАТЕГИЯ ЩЕ НИ ПОЗВОЛИ ДА НАПРАВИМ ГЕНЕТИЧНА ДИСЕКЦИЯ НА PES, КОЯТО ПРЕДПОЛАГАМЕ, ЧЕ ПОКАЗВА МОДУЛНА КОМПОЗИЦИЯ, СЪСТОЯЩА СЕ ОТ КЛЪСТЕР ОТ СИЛНО ЗАПАЗЕНИ МЕСТА ЗА СВЪРЗВАНЕ НА ТРАНСКРИПЦИОННИЯ ФАКТОР (TFBS) И СЪСЕДЕН ОСТРОВ CPG (CGI). TFBS МОЖЕ ДА ПРЕДОСТАВИ НА ПСЗ ОСНОВНИЯ ИМ КАПАЦИТЕТ ЗА АКТИВИРАНЕ НА КИС ПРИ ДИФЕРЕНЦИАЦИЯ НА ESC, ДОКАТО CGI МОЖЕ ДА ОСИГУРИ НА ПСЗ ДОПУСТИМА ХРОМАТИНОВА И ТОПОЛОГИЧНА СРЕДА, КОЯТО УЛЕСНЯВА БЪДЕЩОТО АКТИВИРАНЕ НА ПРИЦЕЛНИТЕ PE ГЕНИ. _x000D_ _x000D_ като цяло, ПРОИЗВОДИТЕЛната работна програма ще осигури МАЖОРНИ ИНЗАЦИИ В РЕГУЛАТОРНОТО ЛОГИКЕ НА ПЕС И РОЛЕТО НА КОМПЮТЪРНИТЕ ПРОТЕМИ като топологични FACILITATORS OF FUTURE GENE INDUCTION. ОСВЕН ТОВА НАШАТА РАБОТА СЛЕДВА ДА ОСВЕТЯВА НЯКОИ ОТ ОБЩИТЕ, НО СЛАБО ХАРАКТЕРИЗИРАЩИ СЕ РЕГУЛАТОРНИ ПРАВИЛА, УРЕЖДАЩИ СПЕЦИФИКАТА И СЪВМЕСТИМОСТТА НА КОМУНИКАЦИЯТА, ГЕНЕРИРАНА ОТ ПОДОБРИТЕЛИ. (Bulgarian)
    point in time
    18 August 2022
    0 references
    ANKSČIAU ŽMOGAUS EMBRIONINĖSE KAMIENINĖSE LĄSTELĖSE (ESC) NUSTATĖME, KAD IŠLENKTI STIPRIKLIAI (PES) YRA RIBOTAS NVS REGULIAVIMO SEKŲ RINKINYS, PASIŽYMINTIS UNIKALIU CHROMATINO PARAŠU, KURIS APIMA KOAKTYVATORIAUS P300 IR POLYCOMB GRUPĖS (PCG) BALTYMŲ JUNGIMĄSI. MES IŠ PRADŽIŲ PASIŪLĖME, KAD ŠIS CHROMATINO PARAŠAS GALĖTŲ PAŽYMĖTI PES PLURIPOTENTINĖSE LĄSTELĖSE, KAD BŪTŲ LENGVIAU LAIKU AKTYVUOTI ESC DIFERENCIACIJĄ. VISAI NESENIAI, NAUDOJANT PELĖS ESC (MESC) KAIP GENETIŠKAI APDOROJAMĄ MODELĮ, MES ĮRODĖME, KAD PES YRA BŪTINA PAGRINDINIŲ PRIEKINĖS NERVŲ SISTEMOS REGULIATORIŲ INDUKCIJAI. ĮDOMU TAI, KAD PES JAU NUSTATĖ FIZINĘ SĄVEIKĄ SU JŲ TIKSLINIAIS GENAIS ESC, PRIKLAUSOMAI NUO POLICOMB REPRESINIO KOMPLEKSO 2 (PRC2). KLR2 PRARADIMAS NESUKĖLĖ NEI PES AKTYVACIJOS, NEI JŲ TIKSLINIŲ GENŲ INDUKCIJOS NEDIFERENCIJUOTOJE ESC. PRIEŠINGAI, KLR2 PRARADIMAS SMARKIAI IR KONKREČIAI PAKENKĖ PAGRINDINIŲ PRIEKINĖS NERVŲ SISTEMOS GENŲ, ATITINKANČIŲ PE TAIKINIUS, INDUKCIJAI. Taigi, MŪSŲ PRIEŽIŪROS ILLUMINATED NOVEL IR UNEXPECTED FUNCTION for PCG PROTEINS, KURIO TIKSLAS COULDUMO FACILITATE NEURAL INDUCTION BY PROVIDORER NEURAL LOCI su PERMISSIVE REGULATORIJOS TOPOLOGY._x000D_ _000D_ ALTHOUGH mūsų RECENT WORK HAS PROVIDED MAJOR INSIGHTS į FUNCTIONAL RELEVANCE IR MECHANISM VEIKLOS VALSTYBĖS ASOCIATED PES, Tai yra CURRENTLY UNKNOWN KAS IR KAIP REGULATORIJOS AKTIVITIJA yra SPECIFICALLY DIRECTED TOWARDS MAJOR priekinės NEURAL GENES. NORĖDAMI IŠSPRĘSTI ŠIĄ PROBLEMĄ, PIRMIAUSIA NAUDOSIME FUNKCINIUS GENOMINIUS IR SĄLYGINIUS NUMUŠIMO METODUS, KAD GALĖTUME ĮVERTINTI, KAIP PCG IR ARCHITEKTŪRINIAI BALTYMAI KONTROLIUOJA 3D PE LOCI ORGANIZAVIMĄ MESC. MANOME, KAD NORS PCG BALTYMAI GALI TIESIOGIAI TARPININKAUTI TARP PES IR JŲ TIKSLINIŲ GENŲ, ARCHITEKTŪRINIAI BALTYMAI, TOKIE KAIP CTCF IR KOHEZINAS, GALI APRIBOTI TOKIĄ SĄVEIKĄ IR APRIBOTI PES SPECIFINĮ SĄLYTĮ SU PCG GENAIS, ESANČIAIS TAME PAČIAME TOPOLOGIŠKAI SUSIJUSIAME DOMENE (TAD). KITA VERTUS, DAUGELIS EKSPERIMENTINIŲ METODŲ, PAPRASTAI NAUDOJAMŲ STIPRINTŲJŲ MEDŽIAGŲ VEIKIMO MECHANIZMUI IŠSIAIŠKINTI, YRA PAGRĮSTI VISIŠKU SUSTIPRINTU BALTYMŲ PRARADIMU. TAČIAU TOKIE FUNKCIJŲ PRARADIMO METODAI GALI SUKELTI TRANSKRIPCIJOS IR (ARBA) 3D GENOMO ARCHITEKTŪRINIUS POKYČIUS, KURIE GALI NETIESIOGIAI PAKEISTI STIPRIKLIO FUNKCIJĄ. ČIA SIŪLOME ĮVEIKTI ŠIUOS APRIBOJIMUS SINTETINĖS INŽINERIJOS PES MESC, SIEKIANT GRIEŽTAI IR MECHANISTIŠKAI ĮVERTINTI REGULIAVIMO, EPIGENETINIŲ IR TOPOLOGINIŲ SAVYBIŲ PE LOCI. ŠI EKSPERIMENTINĖ STRATEGIJA LEIS MUMS GENETIŠKAI IŠSKAIDYTI PES, KURIOS HIPOTEZĖ RODO MODULINĘ KOMPOZICIJĄ, SUSIDEDANČIĄ IŠ LABAI IŠSAUGOTŲ TRANSKRIPCIJOS FAKTORIŲ SURIŠIMO VIETŲ (TFBS) IR NETOLIESE ESANČIOS CPG SALOS (CGI). TFBS GALI SUTEIKTI VUT SAVO PAGRINDINIUS RIS AKTYVINIMO PAJĖGUMUS ESC DIFERENCIJAVIMUI, O CGI GALI SUTEIKTI VUT LEIDŽIAMĄ CHROMATINO IR TOPOLOGINĘ APLINKĄ, KURI PALENGVINTŲ BŪSIMĄ PE TIKSLINIŲ GENŲ AKTYVAVIMĄ. _x000D_ _x000D_ apskritai, PROVIDEO DARBO ĮSIPAREIGOJIMAI ĮSIPAREIGOJIMŲ PRIEŽIŪROS KONTROLĖ ir PCG PROTEINS ROLE OF FUTURE GENE INDUCTION. BE TO, MŪSŲ DARBAS TURĖTŲ IŠRYŠKINTI KAI KURIAS BENDRAS, TAČIAU PRASTAI APIBŪDINTAS REGULIAVIMO TAISYKLES, REGLAMENTUOJANČIAS GERESNIŲ GENŲ KOMUNIKACIJOS SPECIFIŠKUMĄ IR SUDERINAMUMĄ. (Lithuanian)
    point in time
    18 August 2022
    0 references
    PRETHODNO SMO IDENTIFICIRALI POJAČIVAČE (PES) U LJUDSKIM EMBRIONALNIM MATIČNIM STANICAMA (ESC) KAO OGRANIČENI SKUP SEKVENCI ZA REGULACIJU CIS-A S JEDINSTVENIM KROMATINSKIM POTPISOM, ŠTO UKLJUČUJE VEZIVANJE KOAKTIVATORA P300 I PROTEINA POLIKOMB GRUPE (PCG). IZVORNO SMO PREDLOŽILI DA OVAJ KROMATSKI POTPIS MOŽE OZNAČITI PES U PLURIPOTENTNIM STANICAMA KAKO BI SE OLAKŠALA NJIHOVA PRAVOVREMENA AKTIVACIJA NAKON DIFERENCIJACIJE ESC-A. NEDAVNO I KORISTEĆI MIŠA ESC (MESC) KAO GENETSKI VODLJIV MODEL, POKAZALI SMO DA SU PES POTREBNI ZA UVOĐENJE GLAVNIH PREDNJIH NEURONSKIH REGULATORA. ZANIMLJIVO JE DA SU PES-OVI VEĆ USPOSTAVILI FIZIČKE INTERAKCIJE SA SVOJIM CILJNIM GENIMA U ESC-U NA NAČIN KOJI OVISI O POLYCOMB REPRESIVNOM KOMPLEKSU 2 (PRC2). GUBITAK NRK2 NIJE DOVEO NI DO AKTIVACIJE PES-A NI DO INDUKCIJE NJIHOVIH CILJNIH GENA U NEDIFERENCIRANOM ESC-U. S DRUGE STRANE, GUBITAK NRK2 OZBILJNO JE I POSEBNO UGROZIO UVOĐENJE GLAVNIH PREDNJIH NEURALNIH GENA KOJI PREDSTAVLJAJU CILJEVE PE-A. Dakle, naš RECENT RORK ILLUMINATED NOVELNA I NEOPEKTirana FUNCTION ZA PCG PROTEINS, WHICH We PROPOSED COULD FACILITATE NEURAL INDUCTION BY PROVIDING MAJOR prednja NEURAL LOCI S PERMISSIVE REGULATORY TOPOLOGY._x000D_ _x000D_ ALTHOUGH naš RECENT WORK HAS PROVIDED MAJOR INSIGHTS u FUNCTIONAL RELEVANCE I MECHANISM ACTION of pluripotency-ASSOCIATED PES, to je vjerojatno ne zna gdje je PE REGULATORIJA AKTIVNOST je SPECIFIKACIJA DIREKTRIČKE TOWARDS MAJOR ispred NEURAL GENES. KAKO BISMO TO RIJEŠILI, PRVO ĆEMO KORISTITI FUNKCIONALNE GENOMSKE I UVJETNE PRISTUPE RUŠENJU KAKO BISMO GLOBALNO PROCIJENILI KAKO PCG I ARHITEKTONSKI PROTEINI KONTROLIRAJU 3D ORGANIZACIJU PE LOKUSA U MESCU. PRETPOSTAVLJAMO DA, IAKO PCG PROTEINI MOGU IZRAVNO POSREDOVATI U FIZIČKOJ KOMUNIKACIJI IZMEĐU PES-A I NJIHOVIH CILJNIH GENA, ARHITEKTONSKI PROTEINI, KAO ŠTO SU CTCF I COHESIN, MOGU OGRANIČITI TAKVE INTERAKCIJE I OGRANIČITI PES NA POSEBAN KONTAKT I REGULIRANJE GENA VEZANIH UZ PCG KOJI SE NALAZE UNUTAR ISTE TOPOLOŠKI UDRUŽENE DOMENE (TAD). S DRUGE STRANE, MNOGI EKSPERIMENTALNI PRISTUPI KOJI SE OBIČNO KORISTE ZA RAZJAŠNJAVANJE MEHANIZMA DJELOVANJA POJAČIVAČA TEMELJE SE NA POTPUNOM GUBITKU PROTEINA VEZANIH UZ POJAČIVAČE. MEĐUTIM, TAKVI PRISTUPI GUBITKA FUNKCIJE MOGU IZAZVATI TRANSKRIPCIJSKE I/ILI 3D GENOMSKE ARHITEKTONSKE PROMJENE KOJE MOGU NEIZRAVNO IZMIJENITI FUNKCIJU POJAČIVAČA. OVDJE PREDLAŽEMO PREVLADAVANJE TIH OGRANIČENJA SINTETIČKIM INŽENJERINGOM JAVNIH SLUŽBI ZA ZAPOŠLJAVANJE U MESCU KAKO BI SE STROGO I MEHANIČKI PROCIJENILA REGULATORNA, EPIGENETSKA I TOPOLOŠKA OBILJEŽJA PE LOKUSA. OVA EKSPERIMENTALNA STRATEGIJA OMOGUĆIT ĆE NAM DA GENETSKI SECIRAJU PES, ZA KOJE PRETPOSTAVLJAMO DA PRIKAZUJU MODULARNI SASTAV KOJI SE SASTOJI OD SKUPINE VISOKO KONZERVIRANIH MJESTA VEZANJA FAKTORA TRANSKRIPCIJE (TFBS) I OBLIŽNJEG OTOKA CPG (CGI). TFBS MOŽE DATI PES-U NJIHOVU TEMELJNU SPOSOBNOST AKTIVACIJE CIS-A NA DIFERENCIJACIJU ESC-A, DOK BI CGI MOGAO PES-OVIMA PRUŽITI POPUSTLJIVI KROMATINSKI I TOPOLOŠKI OKOLIŠ KOJI OLAKŠAVA BUDUĆU AKTIVACIJU CILJNIH GENA PE-A. _x000D_ _x000D_ ukupno, PROPOSED RAD ĆE PROVIDE MAJOR INSIGHTS U REGULATORSKI LOGIC PES I ROLE PCG PROTEINS Kao topološki FACILITATORS FUTURE GENE INDUCTION. NADALJE, NAŠ BI RAD TREBAO RAZJASNITI NEKE OD OPĆIH, ALI SLABO OBILJEŽENIH REGULATORNIH PRAVILA KOJIMA SE UREĐUJE SPECIFIČNOST I KOMPATIBILNOST KOMUNIKACIJE IZMEĐU POJAČIVAČA. (Croatian)
    point in time
    18 August 2022
    0 references
    VI IDENTIFIERADE TIDIGARE POISED FÖRSTÄRKARE (PES) I MÄNSKLIGA EMBRYONALA STAMCELLER (ESC) SOM EN BEGRÄNSAD UPPSÄTTNING CIS-REGLERANDE SEKVENSER SOM VISAR EN UNIK KROMATINSIGNATUR, SOM INKLUDERAR BINDNING AV CO-AKTIVATORN P300 OCH POLYCOMB-GRUPPENS (PCG) PROTEINER. VI FÖRESLOG URSPRUNGLIGEN ATT DENNA KROMATINSIGNATUR KUNDE BOKMÄRKA PES I PLURIPOTENTA CELLER FÖR ATT UNDERLÄTTA DERAS SNABB AKTIVERING VID ESC-DIFFERENTIERING. SENAST MED HJÄLP AV MUS ESC (MESC) SOM EN GENETISKT DRAGBAR MODELL, VISADE VI ATT OFFENTLIGA ARBETSFÖRMEDLINGAR ÄR NÖDVÄNDIGA FÖR INDUKTION AV STORA FRÄMRE NEURALA REGULATORER. INTRESSANT NOG, PES REDAN ETABLERADE FYSISKA INTERAKTIONER MED SINA MÅLGENER I ESC PÅ ETT POLYCOMB REPRESSIVT KOMPLEX 2 (PRC2) BEROENDE SÄTT. FÖRLUST AV PRC2 LEDDE VARKEN TILL AKTIVERING AV PES ELLER INDUKTION AV DERAS MÅLGENER I ODIFFERENTIERADE ESC. DÄREMOT HAR FÖRLUSTEN AV PRC2 ALLVARLIGT OCH SPECIFIKT ÄVENTYRAT INDUKTIONEN AV STORA FRÄMRE NEURALA GENER SOM REPRESENTERAR PE-MÅL. Därför, VÅR RÄTTSAKTER ILLUMINATED A NOVEL OCH UNEXPECTED FUNCTION FÖR PCG PROTEINS, VIKTIGT COULD FACILITATE NEURAL INDUCTION BY PROVIDING MAJOR främre NEURAL LOCI med en PERMISSIVE REGULATORY TOPOLOGY._x000D_ _x000D_ ALTHOUGH VÅRA ÄNDRINGAR HAS PROVIDED MAJOR INSIGHTS in THE FUNCTIONAL RELEVANCE and MECHANISM OF ACTION of pluripotency-ASSOCIATED PES, det är säkert UNKNOWN WHY OCH HUR PE REGULATORY ACTIVITY ÄR SÄRSKILDA DIREKTIVA TOWARDS MAJOR främre NEURAL GENES. FÖR ATT TA ITU MED DETTA KOMMER VI FÖRST ATT ANVÄNDA FUNKTIONELLA GENOMISKA OCH VILLKORADE KNOCK-DOWN-STRATEGIER FÖR ATT GLOBALT BEDÖMA HUR PCG OCH ARKITEKTONISKA PROTEINER STYR 3D-ORGANISATIONEN AV PE LOCI I MESC. VI ANTAR ATT MEDAN PCG-PROTEINER DIREKT KAN FÖRMEDLA DEN FYSISKA KOMMUNIKATIONEN MELLAN PES OCH DERAS MÅLGENER, KAN ARKITEKTONISKA PROTEINER, SÅSOM CTCF OCH COHESIN, BEGRÄNSA SÅDANA INTERAKTIONER OCH BEGRÄNSA PES TILL ATT SPECIFIKT KONTAKTA OCH REGLERA PCG-BUNDNA GENER INOM SAMMA TOPOLOGISKT ASSOCIERADE DOMÄN (TAD). Å ANDRA SIDAN, MÅNGA AV DE EXPERIMENTELLA METODER SOM VANLIGTVIS ANVÄNDS FÖR ATT BELYSA VERKNINGSMEKANISMEN AV FÖRSTÄRKARE ÄR BASERADE PÅ DEN TOTALA FÖRLUSTEN AV FÖRSTÄRKARE BUNDNA PROTEINER. SÅDANA FUNKTIONSFÖRLUSTMETODER KAN DOCK FRAMKALLA TRANSKRIPTIONELLA OCH/ELLER 3D-GENOMARKITEKTISKA FÖRÄNDRINGAR SOM POTENTIELLT KAN FÖRÄNDRA FÖRSTÄRKARFUNKTIONEN PÅ ETT INDIREKT SÄTT. HÄR FÖRESLÅR VI ATT ÖVERVINNA DESSA BEGRÄNSNINGAR GENOM SYNTETISKT INGENJÖR PES I MESC FÖR ATT NOGGRANT OCH MEKANISKT BEDÖMA DE REGULATORISKA, EPIGENETISKA OCH TOPOLOGISKA EGENSKAPERNA HOS PE LOCI. DENNA EXPERIMENTELLA STRATEGI KOMMER ATT GÖRA DET MÖJLIGT FÖR OSS ATT GENETISKT DISSEKERA PES, SOM VI ANTAR VISAR EN MODULÄR SAMMANSÄTTNING SOM BESTÅR AV ETT KLUSTER AV STARKT BEVARADE TRANSKRIPTIONSFAKTORBINDNINGSSTÄLLEN (TFBS) OCH EN NÄRLIGGANDE CPG-Ö (CGI). TFBS SKULLE KUNNA GE PES SIN GRUNDLÄGGANDE FÖRMÅGA ATT AKTIVERA OSS TILL ESC-DIFFERENTIERING, MEDAN CGI SKULLE KUNNA FÖRSE OFFENTLIGA ARBETSFÖRMEDLINGAR MED EN TILLÅTANDE KROMATIN OCH TOPOLOGISK MILJÖ SOM UNDERLÄTTAR FRAMTIDA AKTIVERING AV PE-MÅLGENER. _x000D_ _x000D_ totalt sett kommer den godkända arbetsinsatsen att föröka sig i PSE-gruppens REGULATORISK och PCG-PROTEINS ROLE som topologiska FACILITATORER AV FUTURE GENE INDUCTION. DESSUTOM BÖR VÅRT ARBETE BELYSA NÅGRA AV DE ALLMÄNNA, MEN ÄNDÅ DÅLIGT KARAKTÄRISERADE, REGLERINGSREGLER SOM STYR SPECIFICITETEN OCH KOMPATIBILITETEN I KOMMUNIKATIONEN MELLAN FÖRSTÄRKARE OCH GEN. (Swedish)
    point in time
    18 August 2022
    0 references
    AM IDENTIFICAT ANTERIOR POTENȚATORI (PSE) ÎN CELULELE STEM EMBRIONARE UMANE (ESC) CA UN SET LIMITAT DE SECVENȚE DE REGLEMENTARE CIS CARE AFIȘEAZĂ O SEMNĂTURĂ UNICĂ DE CROMATINĂ, CARE INCLUDE LEGAREA DE PROTEINELE CO-ACTIVATOR P300 ȘI POLYCOMB-GROUP (PCG). INIȚIAL, AM PROPUS CA ACEASTĂ SEMNĂTURĂ CROMATINĂ SĂ MARCHEZE PES ÎN CELULE PLURIPOTENTE PENTRU A FACILITA ACTIVAREA LOR ÎN TIMP UTIL LA DIFERENȚIEREA ESC. CEL MAI RECENT ȘI FOLOSIND ESC (MESC) ȘOARECE CA MODEL TRACTABIL GENETIC, AM DEMONSTRAT CĂ SPOFM SUNT NECESARE PENTRU INDUCEREA REGULATORILOR NEURONALI ANTERIORI MAJORI. INTERESANT, SPOFM DEJA STABILIT INTERACȚIUNI FIZICE CU GENELE LOR ȚINTĂ ÎN ESC ÎNTR-UN COMPLEX POLICOMB REPRESIV 2 (PRC2) MANIERA DEPENDENTA. PIERDEREA RPC2 NU A CONDUS NICI LA ACTIVAREA SPOFM, NICI LA INDUCEREA GENELOR ȚINTĂ ALE ACESTORA ÎN ESC NEDIFERENȚIAT. ÎN SCHIMB, PIERDEREA RPC2 A COMPROMIS GRAV ȘI ÎN MOD SPECIFIC INDUCEREA GENELOR NEURONALE ANTERIOARE MAJORE CARE REPREZINTĂ ȚINTELE PE. Prin urmare, activitatea noastră RECENT ILLUMINATE A NOVEL ȘI UNEXPECTED FUNCTION PENTRU PROTEINS PCG, CARE FACILITATE FACILITATE COULSĂ COULTE INDUCȚIE NEURALĂ DE PROVIDARE MAJOR LOCI NEURAL anterior cu o REGULATORIE PERMISIVĂ._x000D_ _x000D_ _x000D_ ALTHOUGH O LUCRU RECENT s-a făcut cunoscut mai multe informații în cadrul RELEVANȚEI FUNCȚIONALE ȘI MECHANISMUL ACȚIUNII DE PES pluripotențial-ASSOCIATE, este în mod normal necunoscuți în ceea ce privește activitatea de regrupare a populației este prevăzută în mod normal în vederea creării unor grupuri naționale anterioare. PENTRU A ABORDA ACEST ASPECT, VOM UTILIZA MAI ÎNTÂI ABORDĂRI GENOMICE FUNCȚIONALE ȘI CONDIȚIONATE PENTRU A EVALUA LA NIVEL GLOBAL MODUL ÎN CARE PCG ȘI PROTEINELE ARHITECTURALE CONTROLEAZĂ ORGANIZAREA 3D A LOCILOR PE ÎN MESC. NOI PRESUPUNEM CĂ, ÎN TIMP CE PROTEINELE PCG AR PUTEA MEDIA DIRECT COMUNICAREA FIZICĂ DINTRE SPOFM ȘI GENELE LOR ȚINTĂ, PROTEINELE ARHITECTURALE, CUM AR FI CTCF ȘI COHSIN, AR PUTEA CONSTRÂNGE ASTFEL DE INTERACȚIUNI ȘI AR PUTEA LIMITA SPOFM SĂ CONTACTEZE ÎN MOD SPECIFIC ȘI SĂ REGLEMENTEZE GENELE LEGATE DE PCG SITUATE ÎN ACELAȘI DOMENIU ASOCIAT TOPOLOGIC (TAD). PE DE ALTĂ PARTE, MULTE DINTRE ABORDĂRILE EXPERIMENTALE UTILIZATE ÎN MOD OBIȘNUIT PENTRU A ELUCIDA MECANISMUL DE ACȚIUNE AL AMELIORATORILOR SE BAZEAZĂ PE PIERDEREA COMPLETĂ A PROTEINELOR LEGATE DE POTENȚIATOR. CU TOATE ACESTEA, ASTFEL DE ABORDĂRI DE PIERDERE A FUNCȚIILOR POT DETERMINA MODIFICĂRI ARHITECTURALE TRANSCRIPȚIONALE ȘI/SAU 3D ALE GENOMULUI CARE POT MODIFICA FUNCȚIA DE POTENȚATOR ÎN MOD INDIRECT. AICI NE PROPUNEM SĂ DEPĂȘIM ACESTE LIMITĂRI PRIN INGINERIE SINTETICĂ PES ÎN MESC, PENTRU A EVALUA RIGUROS ȘI MECANIC CARACTERISTICILE DE REGLEMENTARE, EPIGENETICE ȘI TOPOLOGICE ALE LOCILOR PE. ACEASTĂ STRATEGIE EXPERIMENTALĂ NE VA PERMITE SĂ DISECĂM GENETIC SPOFM, DESPRE CARE PRESUPUNEM CĂ PREZINTĂ O COMPOZIȚIE MODULARĂ CONSTÂND DINTR-UN GRUP DE SITURI CU FACTOR DE TRANSCRIERE FOARTE CONSERVAT (TFBS) ȘI O INSULĂ CPG DIN APROPIERE (CGI). TFBS AR PUTEA CONFERI SPOFM CAPACITATEA LOR FUNDAMENTALĂ DE ACTIVARE A SCI ÎN FUNCȚIE DE DIFERENȚIEREA ESC, ÎN TIMP CE CGI AR PUTEA DOTA SPOFM CU O CROMATINĂ ȘI UN MEDIU TOPOLOGIC PERMISIV CARE FACILITEAZĂ ACTIVAREA VIITOARE A GENELOR-ȚINTĂ PE. _x000D_ _x000D_ per ansamblu, LUCRU PROPOZITATE VA PROVIDE MAJOR INSIGHERE INTO LOGICUL DE REGULATORIE PES ȘI Rolul PROTEINSLOR PCG ca FACILITATORI topologice ale INDUCȚIEI GENE FUTURE. ÎN PLUS, ACTIVITATEA NOASTRĂ AR TREBUI SĂ ILUSTREZE UNELE DINTRE NORMELE DE REGLEMENTARE GENERALE, DAR SLAB CARACTERIZATE, CARE REGLEMENTEAZĂ SPECIFICITATEA ȘI COMPATIBILITATEA COMUNICĂRII DINTRE GENURI ȘI AMELIORATORI. (Romanian)
    point in time
    18 August 2022
    0 references
    ŽE PREJ SMO OPREDELILI OJAČEVALCE (PES) V ČLOVEŠKIH EMBRIONALNIH MATIČNIH CELICAH (ESC) KOT OMEJEN NIZ REGULACIJSKIH ZAPOREDIJ CIS Z EDINSTVENIM KROMATINSKIM PODPISOM, KI VKLJUČUJE VEZAVO S SOAKTIVATORJEM P300 IN PROTEINI SKUPINE POLYCOMB (PCG). PRVOTNO SMO PREDLAGALI, DA BI TA KROMATINSKI PODPIS ZAZNAMEK PES V PLURIPOTENTNIH CELICAH, DA BI SE OLAJŠALA NJIHOVA PRAVOČASNA AKTIVACIJA PO ESC DIFERENCIACIJI. NEDAVNO IN Z UPORABO MIŠJEGA ESC (MESC) KOT GENETSKO UPORABNEGA MODELA SMO DOKAZALI, DA SO PES POTREBNI ZA INDUKCIJO GLAVNIH PREDNJIH NEVRONSKIH REGULATORJEV. ZANIMIVO JE, DA JE PES ŽE VZPOSTAVIL FIZIČNE INTERAKCIJE S SVOJIMI CILJNIMI GENI V ESC NA NAČIN, ODVISEN OD POLYCOMB REPRESIVNEGA KOMPLEKSA 2 (PRC2). IZGUBA LRK2 NI PRIVEDLA NITI DO AKTIVIRANJA PES NITI DO INDUKCIJE NJIHOVIH CILJNIH GENOV V NEDIFERENCIRANEM ESC. NASPROTNO PA JE IZGUBA LRK2 RESNO IN POSEBEJ OGROZILA INDUKCIJO VEČJIH PREDNJIH NEVRONSKIH GENOV, KI PREDSTAVLJAJO CILJE PE. Zato je naš RECENT WORK ILLUMINATED NOVEL IN UNEXPECTED FUNCTION ZA PCG PROTEINS, KI JE PREDLOŽEN COULD FACILITATE NEURAL INDUCTION BY PROVIDING MAJOR prednjim NEURAL LOCI s PERMISSIVE REGULATORY TOPOLOGY._x000D_ _x000D_ ALTHOUGH SUR RECENT WORK INSIGHTS PROVIDED MAJOR V ZAKLJUČENE RELEVANCE IN MECHANISM OF ACTION of pluripotency-ASSOCIATED PES, JE CURRENTLY NEKNOWNJI, KI JE REGULATORSKA Aktivnost SPECIFICALLY DIRECTED TOWARDS MAJOR prednji NEURAL GENES. DA BI TO REŠILI, BOMO NAJPREJ UPORABILI FUNKCIONALNE GENOMSKE IN POGOJNE KNOCK-DOWN PRISTOPE ZA GLOBALNO OCENO, KAKO PCG IN ARHITEKTURNE BELJAKOVINE NADZORUJEJO 3D ORGANIZACIJO PE LOCI V MESCU. DOMNEVAMO, DA BI LAHKO BELJAKOVINE PCG NEPOSREDNO POSREDOVALE FIZIČNO KOMUNIKACIJO MED PES IN NJIHOVIMI CILJNIMI GENI, ARHITEKTURNE BELJAKOVINE, KOT STA CTCF IN KOHEZIN, PA BI LAHKO OMEJILE TAKŠNE INTERAKCIJE IN OMEJILE PES NA IZRECNO STIK IN REGULACIJO GENOV, VEZANIH NA PCG, KI SE NAHAJAJO ZNOTRAJ ISTE TOPOLOŠKO POVEZANE DOMENE (TAD). PO DRUGI STRANI PA ŠTEVILNI EKSPERIMENTALNI PRISTOPI, KI SE OBIČAJNO UPORABLJAJO ZA POJASNITEV MEHANIZMA DELOVANJA OJAČEVALCEV, TEMELJIJO NA POPOLNI IZGUBI BELJAKOVIN, VEZANIH NA OJAČEVALCE. VENDAR LAHKO TAKŠNI PRISTOPI K IZGUBI FUNKCIJE POVZROČIJO TRANSKRIPCIJSKE IN/ALI 3-DIMENZIONALNE ARHITEKTURNE SPREMEMBE, KI LAHKO POSREDNO SPREMENIJO FUNKCIJO OJAČEVALCA. TUKAJ PREDLAGAMO, DA PREMAGAMO TE OMEJITVE S SINTETIČNIM INŽENIRINGOM PES V MESCU, DA BI STROGO IN MEHANIČNO OCENILI REGULATIVNE, EPIGENETIČNE IN TOPOLOŠKE ZNAČILNOSTI PE LOCI. TA EKSPERIMENTALNA STRATEGIJA NAM BO OMOGOČILA GENSKO SECIRANJE PES, ZA KATEREGA DOMNEVAMO, DA PRIKAZUJE MODULARNO SESTAVO, SESTAVLJENO IZ SKUPINE VISOKO OHRANJENIH OBMOČIJ, KI VEŽEJO FAKTOR PREPISA (TFBS), IN BLIŽNJEGA OTOKA CPG (CGI). SISTEM TFBS BI LAHKO PES DODELIL NJIHOVO TEMELJNO ZMOGLJIVOST ZA AKTIVIRANJE KOMUNIKACIJSKIH IN INFORMACIJSKIH SISTEMOV NA PODLAGI DIFERENCIACIJE ESC, MEDTEM KO BI LAHKO CGI PES ZAGOTOVIL DOPUSTNO KROMATINO IN TOPOLOŠKO OKOLJE, KI BI OLAJŠALO PRIHODNJO AKTIVACIJO CILJNIH GENOV PE. _x000D_ _x000D_ na splošno, PROPOSED WOR PROVIDE MAJOR INSIGHTS v REGULATORY LOGIC of PES IN ROLE OF PCG PROTEINS kot topološki FACILITATORji FUTURE GENE INDUCTION. POLEG TEGA BI MORALO NAŠE DELO OSVETLITI NEKATERE SPLOŠNE, VENDAR SLABO OPREDELJENE REGULATIVNE PREDPISE, KI UREJAJO SPECIFIČNOST IN ZDRUŽLJIVOST KOMUNIKACIJE MED POSPEŠEVALCEMA. (Slovenian)
    point in time
    18 August 2022
    0 references
    WCZEŚNIEJ ZIDENTYFIKOWALIŚMY POZYZOWANE WZMACNIACZE (PES) W LUDZKICH EMBRIONALNYCH KOMÓRKACH MACIERZYSTYCH (ESC) JAKO OGRANICZONY ZESTAW SEKWENCJI REGULACYJNYCH CIS, WYKAZUJĄCYCH UNIKALNĄ SYGNATURĘ CHROMATYNĄ, KTÓRA OBEJMUJE WIĄZANIE ZA POMOCĄ WSPÓŁAKTYWATORA P300 I BIAŁEK Z GRUPY POLYCOMB (PCG). PIERWOTNIE ZAPROPONOWALIŚMY, ABY TEN PODPIS CHROMATYNY MÓGŁ ZAKLASYFIKOWAĆ PES W PLURIPOTENTNYCH KOMÓRKACH, ABY UŁATWIĆ ICH TERMINOWĄ AKTYWACJĘ PO RÓŻNICOWANIU ESC. OSTATNIO, UŻYWAJĄC MYSZKI ESC (MESC) JAKO MODELU CIĄGNIONEGO GENETYCZNIE, WYKAZALIŚMY, ŻE PES SĄ NIEZBĘDNE DO INDUKOWANIA GŁÓWNYCH PRZEDNICH REGULATORÓW NERWOWYCH. CO CIEKAWE, PES USTANOWIŁO JUŻ FIZYCZNE INTERAKCJE Z ICH GENAMI DOCELOWYMI W ESC W SPOSÓB ZALEŻNY OD POLIKOMBINOWEGO KOMPLEKSU REPRESYJNEGO 2 (PRC2). UTRATA CHRL2 NIE DOPROWADZIŁA ANI DO AKTYWACJI PUBLICZNYCH SŁUŻB ZATRUDNIENIA, ANI DO INDUKCJI GENÓW DOCELOWYCH W NIEZRÓŻNICOWANEJ ESC. NATOMIAST UTRATA CHRL2 POWAŻNIE I KONKRETNIE ZAGROZIŁA INDUKCJI GŁÓWNYCH PRZEDNICH GENÓW NEURONOWYCH STANOWIĄCYCH CELE PE. W związku z tym, NASZYCH PRACY ILLUMINATED A NOVEL I UNEXPECTED FUNCTION for PCG PROTEINS, ZAWIADOMOŚCI PROPOZYCJI FACILITATE NEURAL INDUCTION BY PROVIDING MAJOR przedni NEURAL LOCI z PERMISSIVE REGULATORY._x000D_ _x000D_ ALTHOUGH OUR RECENT WORK HAS PROVIDED MAJOR INSIGHTS INTO FUNKCTIONAL RELEVANCE I MECHANISM DZIAŁANIA WYŁĄCZONYCH PES, JEST NIEWNĘTRZNIE NIEWNĘTRZNYCH I WYNAJMUJĄCYCH DZIAŁANIA REGULATORYCZNEGO JEST SPECYFIKACYJNEJ DYREKTYWNOŚCI MAJOR przedniej NEURAL GENES. ABY ROZWIĄZAĆ TEN PROBLEM, NAJPIERW UŻYJEMY FUNKCJONALNEGO GENOMU I WARUNKOWEGO PODEJŚCIA KNOCK-DOWN DO GLOBALNEJ OCENY, W JAKI SPOSÓB PCG I BIAŁKA ARCHITEKTONICZNE KONTROLUJĄ ORGANIZACJĘ 3D PE LOCI W MESC. ZAKŁADAMY, ŻE CHOCIAŻ BIAŁKA PCG MOGĄ BEZPOŚREDNIO POŚREDNICZYĆ W FIZYCZNEJ KOMUNIKACJI MIĘDZY PES A ICH GENAMI DOCELOWYMI, BIAŁKA ARCHITEKTONICZNE, TAKIE JAK CTCF I COHESIN, MOGĄ OGRANICZYĆ TAKIE INTERAKCJE I OGRANICZYĆ PES DO KONTAKTU I REGULACJI GENÓW ZWIĄZANYCH Z PCG ZLOKALIZOWANYCH W TEJ SAMEJ TOPOLOGICZNIE POWIĄZANEJ DOMENY (TAD). Z DRUGIEJ STRONY, WIELE EKSPERYMENTALNYCH PODEJŚĆ ZWYKLE STOSOWANYCH W CELU WYJAŚNIENIA MECHANIZMU DZIAŁANIA WZMACNIACZY OPIERA SIĘ NA CAŁKOWITEJ UTRACIE BIAŁEK ZWIĄZANYCH ZE WZMACNIACZEM. TAKIE PODEJŚCIE DO UTRATY FUNKCJI MOŻE JEDNAK WYWOŁAĆ ZMIANY ARCHITEKTONICZNE GENOMU TRANSKRYPCYJNEGO LUB 3D, KTÓRE MOGĄ POTENCJALNIE ZMIENIĆ FUNKCJĘ WZMACNIACZA W SPOSÓB POŚREDNI. PROPONUJEMY TUTAJ PRZEZWYCIĘŻENIE TYCH OGRANICZEŃ POPRZEZ SYNTETYCZNĄ INŻYNIERIĘ PES W MESC, ABY RYGORYSTYCZNIE I MECHANICZNIE OCENIĆ REGULACYJNE, EPIGENETYCZNE I TOPOLOGICZNE CECHY PE LOCI. TA EKSPERYMENTALNA STRATEGIA POZWOLI NAM NA GENETYCZNIE SELEKCJONOWANIE PES, KTÓRE ZAKŁADAMY, ŻE WYŚWIETLAJĄ MODUŁOWĄ KOMPOZYCJĘ SKŁADAJĄCĄ SIĘ Z KLASTRA WYSOCE ZACHOWANYCH MIEJSC WIĄZANIA CZYNNIKÓW TRANSKRYPCYJNYCH (TFBS) I POBLISKIEJ WYSPY CPG (CGI). TFBS MOŻE NADAWAĆ PES ICH PODSTAWOWĄ ZDOLNOŚĆ DO AKTYWACJI CIS NA ZRÓŻNICOWANIE ESC, PODCZAS GDY CGI MOŻE WYPOSAŻYĆ PES W DOPUSZCZALNE ŚRODOWISKO CHROMATYNY I TOPOLOGICZNE, KTÓRE UŁATWI W PRZYSZŁOŚCI AKTYWACJĘ GENÓW DOCELOWYCH PE. _x000D_ _x000D_ ogólnie, PROPOSED WORK będzie PROVIDE MAJOR INSIGHTS INTO LOGIC OF REGULATORYCZNE PES I ROLE OCHRONY PCG jako topologiczne FACILITATORS FUTURE GENE INDUCTION. PONADTO NASZA PRACA POWINNA OŚWIECIĆ NIEKTÓRE OGÓLNE, CHOĆ SŁABO SCHARAKTERYZOWANE, PRZEPISY REGULUJĄCE SPECYFIKĘ I ZGODNOŚĆ KOMUNIKACJI MIĘDZY WZMACNIACZAMI. (Polish)
    point in time
    18 August 2022
    0 references
    location (string)
    Santander
    0 references
    date of last update
    20 December 2023
    0 references

    Identifiers

    Spanish Kohesio ID
    PGC2018-095301-B-I00
    0 references
     
    Retrieved from "https://linkedopendata.eu/w/index.php?title=Item:Q3175901&oldid=42875682"