Study of genomic and transcriptional architecture in MDS as a tool for determining prognostic factors and new therapeutic targets (Q3163194)
Jump to navigation
Jump to search
Project Q3163194 in Spain
| Language | Label | Description | Also known as |
|---|---|---|---|
| English | Study of genomic and transcriptional architecture in MDS as a tool for determining prognostic factors and new therapeutic targets |
Project Q3163194 in Spain |
Statements
94,198.5 Euro
0 references
173,000.0 Euro
0 references
54.45 percent
0 references
1 January 2018
0 references
31 March 2021
0 references
FUNDACION INSTITUTO DE INVESTIGACION SANITARIA DE NAVARRA
0 references
Los Síndromes Mielodisplásicos son un grupo de neoplasias hematológicas que afectan a la células madre hematopoyética y que se caracterizan por las alteraciones en su diferenciación y proliferación. Mientras que existe un conocimiento de las alteraciones genómicas características de estas enfermedades, se conoce mucho menos sobre el papel que juegan las alteraciones trascripcionales y la relación entre el trascriptoma y el genoma en los SMDs. El objetivo global de nuestro proyecto es determinar el papel que las alteraciones trascripcionales juegan en la patogénesis de los SMDs, identificando sus mecanismos de regulación y la relación entre el trascriptoma y las alteraciones genómicas, asi como el posible papel que juegan las células estromales de la MO en su patogénesis. Para ello en el objetivo 1 y 2 analizaremos el trascriptoma de progenitores hematopoyéticos y células MSC seleccionados por FACS mediante RNAseq (MARseq). Para determinar cómo se regulan los distintos perfiles trascripcionales realizaremos ChIPseq con marcas de enhancers, promotores y activación (H3K4me1-3 y H3K4Ac). En el objetivo 3 determinaremos la relación entre las alteraciones trascripcionales y las alteraciones genómicas determinadas mediante NGS. Finalmente en el objetivo 4, desarrollaremos tratamientos contra dianas identificadas en los objetivos previos, usando moléculas pequeñas desarrolladas por nuestro grupo. En resumen esperamos que la caracterización detallada del trascriptoma y se regulación nos permita identificar y diseñar nuevas estrategias terapéuticas aplicables a pacientes con SMDs. (Spanish)
0 references
Myelodysplastic syndromes are a group of haematological neoplasms that affect the hematopoietic stem cells and are characterised by alterations in their differentiation and proliferation. While there is a knowledge of the genomic alterations characteristic of these diseases, much less is known about the role of transcriptional alterations and the relationship between transcriptome and genome in MDSs. The overall objective of our project is to determine the role that transcriptional alterations play in the pathogenesis of MDSs, identifying their regulatory mechanisms and the relationship between transcriptome and genomic alterations, as well as the possible role that the stromal cells of MO play in their pathogenesis. For this purpose, in Objective 1 and 2 we will analyse the transcriptoma of hematopoietic progenitors and MSC cells selected by FACS using RNAseq (MARseq). To determine how the different transcriptional profiles are regulated we will perform ChIPseq with enhancer brands, promoters and activation (H3K4me1-3 and H3K4Ac). In Objective 3 we will determine the relationship between transcriptional alterations and genomic alterations determined by NGS. Finally in Objective 4, we will develop treatments against targets identified in the previous targets, using small molecules developed by our group. In summary, we hope that detailed characterisation of transcriptoma and regulation will allow us to identify and design new therapeutic strategies applicable to patients with MDS. (English)
12 October 2021
0.191647433760497
0 references
Les syndromes myélodysplasiques sont un groupe de néoplasmes hématologiques qui affectent les cellules souches hématopoïétiques et se caractérisent par des altérations dans leur différenciation et leur prolifération. Bien qu’il y ait une connaissance des altérations génomiques caractéristiques de ces maladies, on en sait beaucoup moins sur le rôle des altérations transcriptionnelles et la relation entre le transcriptome et le génome dans les SDM. L’objectif général de notre projet est de déterminer le rôle que jouent les altérations transcriptionnelles dans la pathogenèse des SDM, en identifiant leurs mécanismes de régulation et la relation entre le transcriptome et les altérations génomiques, ainsi que le rôle possible que jouent les cellules stromales de l’OM dans leur pathogenèse. À cette fin, dans les objectifs 1 et 2, nous analyserons le transcriptome des progéniteurs hématopoïétiques et des cellules MSC sélectionnés par FACS à l’aide de RNAseq (MarSeq). Pour déterminer comment les différents profils transcriptionnels sont réglementés, nous effectuerons ChIPseq avec des marques d’améliorateurs, des promoteurs et des activations (H3K4me1-3 et H3K4Ac). Dans l’objectif 3, nous déterminerons la relation entre les altérations transcriptionnelles et les altérations génomiques déterminées par NGS. Enfin, dans l’Objectif 4, nous développerons des traitements contre des cibles identifiées dans les cibles précédentes, en utilisant de petites molécules développées par notre groupe. En résumé, nous espérons que la caractérisation détaillée du transcriptome et de la réglementation nous permettra d’identifier et de concevoir de nouvelles stratégies thérapeutiques applicables aux patients atteints de SMD. (French)
4 December 2021
0 references
Myelodysplastische Syndrome sind eine Gruppe von hämatologischen Neoplasmen, die die hämatopoetischen Stammzellen beeinflussen und durch Veränderungen ihrer Differenzierung und Proliferation gekennzeichnet sind. Während es ein Wissen über die genomischen Veränderungen gibt, die für diese Krankheiten charakteristisch sind, ist viel weniger über die Rolle der Transkriptionsveränderungen und der Beziehung zwischen Transkriptom und Genom in MDS bekannt. Das übergeordnete Ziel unseres Projektes ist es, die Rolle der Transkriptionsveränderungen bei der Pathogenese von MDS zu bestimmen, ihre Regulierungsmechanismen und das Verhältnis zwischen Transkriptom und genomischer Veränderungen zu identifizieren sowie die mögliche Rolle, die die Stromzellen von MO bei ihrer Pathogenese spielen. Zu diesem Zweck analysieren wir in Ziel 1 und 2 das Transkriptom von hämatopoetischen Nachkommen und MSC-Zellen, die von FACS mit RNAseq (MarSeq) ausgewählt wurden. Um festzustellen, wie die verschiedenen Transkriptionsprofile reguliert sind, führen wir ChIPseq mit Enhancer-Marken, Promotern und Aktivierung (H3K4me1-3 und H3K4Ac) durch. In Ziel 3 werden wir das Verhältnis zwischen Transkriptionsveränderungen und genomischen Veränderungen bestimmen, die von NGS bestimmt werden. Schließlich werden wir in Ziel 4 Behandlungen gegen Ziele entwickeln, die in den vorherigen Zielen identifiziert wurden, unter Verwendung kleiner Moleküle, die von unserer Gruppe entwickelt wurden. Zusammenfassend hoffen wir, dass die detaillierte Charakterisierung von Transkriptomen und Regulierung es uns ermöglicht, neue therapeutische Strategien zu identifizieren und zu entwerfen, die für Patienten mit MDS gelten. (German)
9 December 2021
0 references
Myelodysplastische syndromen zijn een groep hematologische neoplasma’s die de hematopoëtische stamcellen beïnvloeden en worden gekenmerkt door veranderingen in hun differentiatie en proliferatie. Hoewel er kennis is van de genomische veranderingen die kenmerkend zijn voor deze ziekten, is veel minder bekend over de rol van transcriptionele veranderingen en de relatie tussen transcriptoom en genoom in MDS’s. Het algemene doel van ons project is om de rol te bepalen die transcriptionele veranderingen spelen in de pathogenese van MDS’s, het identificeren van hun regelgevende mechanismen en de relatie tussen transcriptoom en genomic veranderingen, evenals de mogelijke rol die de stromale cellen van MO spelen in hun pathogenese. Voor dit doel zullen we in Doelstellingen 1 en 2 het transcriptoom van hematopoietische voorlopers en MSC-cellen analyseren die door FACS zijn geselecteerd met behulp van RNAseq (MarSeq). Om te bepalen hoe de verschillende transcriptionele profielen worden gereguleerd zullen we ChIPseq uitvoeren met enhancer merken, promotors en activatie (H3K4me1-3 en H3K4Ac). In Doelstelling 3 zullen we de relatie bepalen tussen transcriptionele veranderingen en genomische veranderingen bepaald door NGS. Tot slot zullen we in doelstelling 4 behandelingen ontwikkelen tegen doelen die in de vorige doelen zijn vastgesteld, waarbij gebruik wordt gemaakt van kleine moleculen die door onze groep zijn ontwikkeld. Samengevat hopen we dat een gedetailleerde karakterisering van transcriptoom en regelgeving ons in staat zal stellen nieuwe therapeutische strategieën te identificeren en te ontwerpen die van toepassing zijn op patiënten met MDS. (Dutch)
17 December 2021
0 references
Le sindromi mielodisplastiche sono un gruppo di neoplasie ematologiche che influenzano le cellule staminali ematopoietiche e sono caratterizzate da alterazioni nella loro differenziazione e proliferazione. Mentre c'è una conoscenza delle alterazioni genomiche caratteristiche di queste malattie, molto meno è noto circa il ruolo delle alterazioni trascrizionali e il rapporto tra trascrizione e genoma nelle MDS. L'obiettivo generale del nostro progetto è quello di determinare il ruolo che le alterazioni trascrizionali svolgono nella patogenesi delle MDS, individuando i loro meccanismi regolatori e il rapporto tra trascrizione e alterazioni genomiche, nonché il possibile ruolo che le cellule stromali di MO svolgono nella loro patogenesi. A tal fine, negli Obiettivi 1 e 2 analizzeremo il trascrittoma dei progenitori ematopoietici e delle cellule MSC selezionate dal FACS utilizzando RNAseq (MarSeq). Per determinare come sono regolati i diversi profili trascrizionali eseguiamo ChIPseq con marchi enhancer, promotori e attivazione (H3K4me1-3 e H3K4Ac). Nell'Obiettivo 3 determineremo il rapporto tra alterazioni trascrizionali e alterazioni genomiche determinate da NGS. Infine, nell'Obiettivo 4, svilupperemo trattamenti contro gli obiettivi individuati negli obiettivi precedenti, utilizzando piccole molecole sviluppate dal nostro gruppo. In sintesi, ci auguriamo che la caratterizzazione dettagliata del trascrittoma e della regolamentazione ci permetta di identificare e progettare nuove strategie terapeutiche applicabili ai pazienti con MDS. (Italian)
16 January 2022
0 references
Τα μυελοδυσπλαστικά σύνδρομα είναι μια ομάδα αιματολογικών νεοπλασμάτων που επηρεάζουν τα αιμοποιητικά βλαστοκύτταρα και χαρακτηρίζονται από αλλοιώσεις στη διαφοροποίηση και τον πολλαπλασιασμό τους. Ενώ υπάρχει γνώση των γονιδιωματικών αλλοιώσεων που χαρακτηρίζουν αυτές τις ασθένειες, πολύ λιγότερο είναι γνωστό για το ρόλο των μεταγραφικών αλλοιώσεων και τη σχέση μεταξύ μεταγραφικού και γονιδιώματος στα MDSs. Ο γενικός στόχος του έργου μας είναι ο προσδιορισμός του ρόλου που διαδραματίζουν οι μεταγραφικές αλλοιώσεις στην παθογένεση των ΠΣΔ, προσδιορίζοντας τους ρυθμιστικούς μηχανισμούς τους και τη σχέση μεταξύ μεταγραφών και γονιδιωματικών αλλοιώσεων, καθώς και τον πιθανό ρόλο που διαδραματίζουν τα στρωματικά κύτταρα του ΜΟ στην παθογένειά τους. Για τον σκοπό αυτό, στους Στόχους 1 και 2 θα αναλύσουμε το μεταγραφές των αιματοποιητικών προγονιστών και των κυττάρων MSC που επιλέγονται από το FACS με τη χρήση RNAseq (MarSeq). Για να καθορίσετε πώς ρυθμίζονται τα διαφορετικά μεταγραφικά προφίλ θα εκτελέσουμε το ChIPseq με μάρκες ενισχυτή, προωθητές και ενεργοποίηση (H3K4me1-3 και H3K4Ac). Στον Στόχο 3 θα καθορίσουμε τη σχέση μεταξύ μεταγραφικών μεταβολών και γονιδιωματικών αλλοιώσεων που καθορίζονται από το NGS. Τέλος, στον Στόχο 4, θα αναπτύξουμε θεραπείες σε σχέση με τους στόχους που προσδιορίστηκαν στους προηγούμενους στόχους, χρησιμοποιώντας μικρά μόρια που αναπτύχθηκαν από την ομάδα μας. Εν ολίγοις, ελπίζουμε ότι ο λεπτομερής χαρακτηρισμός του μεταγραφήματος και της ρύθμισης θα μας επιτρέψει να εντοπίσουμε και να σχεδιάσουμε νέες θεραπευτικές στρατηγικές που θα εφαρμόζονται σε ασθενείς με MDS. (Greek)
18 August 2022
0 references
Myelodysplastiske syndromer er en gruppe af hæmatologiske neoplasmer, der påvirker de hæmatopoietiske stamceller og er kendetegnet ved ændringer i deres differentiering og proliferation. Mens der er viden om de genomiske ændringer, der er karakteristiske for disse sygdomme, er der langt mindre kendskab til betydningen af transskriptionelle ændringer og forholdet mellem transkriptom og genom i MDS. Det overordnede mål med vores projekt er at bestemme den rolle, som transskriptionelle ændringer spiller i patogenesen af MDS'er, identificere deres reguleringsmekanismer og forholdet mellem transskriptomer og genomiske ændringer samt den mulige rolle, som MO's stromale celler spiller i deres patogenese. Til dette formål vil vi i mål 1 og 2 analysere transkriptomet af hæmatopoietiske stamceller og MSC-celler udvalgt af FACS ved hjælp af RNAseq (MarSeq). For at bestemme, hvordan de forskellige transskriptionsprofiler reguleres, vil vi udføre ChIPseq med forstærkermærker, promotorer og aktivering (H3K4me1-3 og H3K4Ac). I Mål 3 vil vi bestemme forholdet mellem transskriptionelle ændringer og genomiske ændringer bestemt af NGS. Endelig vil vi i mål 4 udvikle behandlinger i forhold til de mål, der er identificeret i de tidligere mål, ved hjælp af små molekyler udviklet af vores gruppe. Sammenfattende håber vi, at en detaljeret beskrivelse af transskriptom og regulering vil gøre det muligt for os at identificere og udforme nye terapeutiske strategier, der kan anvendes på patienter med MDS. (Danish)
18 August 2022
0 references
Myelodysplastiset oireyhtymät ovat hematologisten kasvainten ryhmä, joka vaikuttaa hematopoieettisiin kantasoluihin ja jolle on ominaista niiden erilaistumisen ja lisääntymisen muutokset. Vaikka on olemassa tietoa näiden sairauksien tyypillisistä genomimuutoksista, paljon vähemmän tiedetään transkriptiomuutosten roolista ja transkriptomin ja genomin välisestä suhteesta MDS: ssä. Hankkeen yleisenä tavoitteena on määrittää transkriptiomuutosten rooli MDS-taudin patogeneesissä ja tunnistaa niiden sääntelymekanismit sekä transkriptomin ja genomimuutosten välinen suhde sekä MO:n stroomasolujen mahdollinen rooli patogeneesissä. Tätä varten tavoitteena 1 ja 2 analysoimme FACS:n RNAseq (MarSeq) avulla valitsemien hematopoieettisten kantasolujen ja MSC-solujen transkriptoomaa. Määrittääksemme, miten eri transkriptioprofiileja säädellään, suoritamme ChIPseqin tehostajabrändeillä, promoottorit ja aktivointi (H3K4me1–3 ja H3K4Ac). Tavoitteessa 3 määrittelemme NGS:n määrittämien transkriptiomuutosten ja genomimuutosten välisen suhteen. Lopuksi tavoitteessa 4 kehitämme hoitoja edellisissä tavoitteissa määritettyjä tavoitteita vastaan käyttäen ryhmämme kehittämiä pieniä molekyylejä. Yhteenvetona toivomme, että transcriptoman ja sääntelyn yksityiskohtainen luonnehdinta antaa meille mahdollisuuden tunnistaa ja suunnitella uusia hoitostrategioita, joita sovelletaan MDS-potilaisiin. (Finnish)
18 August 2022
0 references
Sindromi majelodisplastiċi huma grupp ta’ neoplażmi ematoloġiċi li jaffettwaw iċ-ċelluli staminali ematopojetiċi u huma kkaratterizzati minn tibdil fid-differenzjazzjoni u l-proliferazzjoni tagħhom. Filwaqt li hemm għarfien ta ‘l-alterazzjonijiet ġenomika karatteristika ta’ dan il-mard, ħafna inqas huwa magħruf dwar ir-rwol ta ‘alterazzjonijiet traskrizzjoni u r-relazzjoni bejn transcriptome u ġenoma fl-MDSs. L-objettiv ġenerali tal-proġett tagħna huwa li jiġi ddeterminat ir-rwol li l-alterazzjonijiet traskrizzjonali għandhom fil-patoġenesi tal-MDSs, filwaqt li jiġu identifikati l-mekkaniżmi regolatorji tagħhom u r-relazzjoni bejn it-traskrizzjoni u l-alterazzjonijiet ġenomiċi, kif ukoll ir-rwol possibbli li ċ-ċelloli stromali ta’ MO għandhom fil-patoġenesi tagħhom. Għal dan il-għan, fl-Objettiv 1 u 2 se nanalizzaw it-traskrima ta’ proġenituri ematopojetiċi u ċelloli MSC magħżula mill-FACS bl-użu ta’ RNAseq (MarSeq). Biex tiddetermina kif il-profili traskrizzjonali differenti huma regolati aħna se jwettaq ChIPseq ma ‘marki enhancer, promoturi u l-attivazzjoni (H3K4me1–3 u H3K4Ac). Fl-Objettiv 3 aħna se jiddeterminaw ir-relazzjoni bejn alterazzjonijiet traskrizzjoni u alterazzjonijiet ġenomika determinati mill NGS. Fl-aħħar nett fl-Objettiv 4, se niżviluppaw trattamenti kontra l-miri identifikati fil-miri preċedenti, bl-użu ta’ molekuli żgħar żviluppati mill-grupp tagħna. Fil-qosor, nittamaw li l-karatterizzazzjoni dettaljata tat-traskrima u r-regolamentazzjoni tippermettilna nidentifikaw u niddisinjaw strateġiji terapewtiċi ġodda applikabbli għal pazjenti b’MDS. (Maltese)
18 August 2022
0 references
Mielodisplastiskie sindromi ir hematoloģisku audzēju grupa, kas ietekmē asinsrades cilmes šūnas un kam raksturīgas to diferenciācijas un proliferācijas izmaiņas. Lai gan ir zināšanas par šīm slimībām raksturīgajām genomiskajām izmaiņām, daudz mazāk ir zināms par transkripcijas izmaiņu lomu un saistību starp transkriptomi un genomu MDS. Mūsu projekta vispārējais mērķis ir noteikt transkripcijas izmaiņu lomu MDS patoģenēzē, nosakot to regulatīvos mehānismus un saistību starp transkriptome un genomiskām izmaiņām, kā arī iespējamo lomu, kāda MO stromas šūnām ir to patoģenēzē. Šim nolūkam 1. un 2. mērķī mēs analizēsim asinsrades cilmes un MSC šūnu transkriptomas, ko FACS atlasījis, izmantojot RNSseq (MarSeq). Lai noteiktu, kā dažādi transkripcijas profili tiek regulēti, mēs veiksim ChIPseq ar pastiprinātāju zīmoliem, veicinātājiem un aktivizēšanu (H3K4me1–3 un H3K4Ac). 3. mērķī mēs noteiksim saistību starp transkripcijas izmaiņām un genomiskām izmaiņām, ko nosaka NGS. Visbeidzot 4. mērķī mēs izstrādāsim ārstēšanu pret iepriekšējos mērķos noteiktajiem mērķiem, izmantojot mūsu grupas izstrādātās mazās molekulas. Kopumā mēs ceram, ka detalizēta transkriptomas un regulējuma raksturojums ļaus mums identificēt un izstrādāt jaunas terapeitiskās stratēģijas, kas piemērojamas pacientiem ar MDS. (Latvian)
18 August 2022
0 references
Myelodysplastické syndrómy sú skupinou hematologických novotvarov, ktoré ovplyvňujú hematopoetické kmeňové bunky a sú charakterizované zmenami v ich diferenciácii a proliferácii. Zatiaľ čo existujú poznatky o genómových zmenách charakteristických pre tieto ochorenia, oveľa menej je známe o úlohe transkripčných zmien a vzťahu medzi transkriptómom a genómom v MDS. Celkovým cieľom nášho projektu je určiť úlohu, ktorú prepisné zmeny zohrávajú v patogenéze MDS, identifikovať ich regulačné mechanizmy a vzťah medzi transkriptómom a genómovými zmenami, ako aj možnú úlohu stromálnych buniek MO v ich patogenéze. Na tento účel budeme v Ciele 1 a 2 analyzovať transkriptóm hematopoetických progenitorov a buniek MSC vybraných FACS pomocou RNAseq (MarSeq). Aby sme zistili, ako sa regulujú rôzne prepisné profily, vykonáme ChIPseq so značkami zosilňovačov, propagátormi a aktiváciou (H3K4me1 – 3 a H3K4Ac). V cieli 3 určíme vzťah medzi transkripčnými zmenami a genómovými zmenami určenými NGS. Nakoniec v cieli 4 vyvinieme liečbu proti cieľom identifikovaným v predchádzajúcich cieľoch pomocou malých molekúl vyvinutých našou skupinou. Stručne povedané, dúfame, že podrobná charakterizácia transkriptómu a regulácia nám umožní identifikovať a navrhnúť nové terapeutické stratégie uplatniteľné na pacientov s MDS. (Slovak)
18 August 2022
0 references
Is grúpa de neoplasmaí haemateolaíocha iad siondróm myelodysplastic a théann i bhfeidhm ar na gaschealla hematopoietic agus arb iad is sainairíonna iad athruithe ar a n-idirdhealú agus a n-iomadú. Cé go bhfuil eolas ar na hathruithe géanómaíocha tréith de na galair seo, i bhfad níos lú ar eolas faoi ról na n-athruithe tras-scríofa agus an gaol idir tras-scríbhinn agus genome i MDSs. Is é cuspóir foriomlán ár dtionscadal an ról atá ag athruithe tras-scríofa i bpataiginí MDSanna a chinneadh, ag aithint a gcuid meicníochtaí rialála agus an gaol idir tras-scríbhinn agus athruithe géanómacha, chomh maith leis an ról a d’fhéadfadh a bheith ag cealla réaltacha MO ina pataiginí. Chun na críche sin, i gCuspóir 1 agus 2 déanfaimid anailís ar an tras-scríbhinn de progenitors hematopoietic agus cealla MSC roghnaithe ag FACS ag baint úsáide as RNAseq (MARseq). Chun a chinneadh conas a rialaítear na próifílí tras-scríofa éagsúla déanfaimid ChIPseq le brandaí feabhsaithe, tionscnóirí agus gníomhachtú (H3K4me1-3 agus H3K4Ac). I gCuspóir 3 déanfaimid an gaol idir athruithe tras-scríofa agus athruithe géanómaíocha arna gcinneadh ag NGS a chinneadh. Ar deireadh i gCuspóir 4, forbróimid cóireálacha i gcoinne spriocanna a aithníodh sna spriocanna roimhe seo, ag baint úsáide as móilíní beaga a d’fhorbair ár ngrúpa. Go hachomair, tá súil againn go gcuirfidh tréithriú mionsonraithe ar thras-scríbhinn agus ar rialáil ar ár gcumas straitéisí teiripeacha nua is infheidhme maidir le hothair a bhfuil MDS acu a shainaithint agus a dhearadh. (Irish)
18 August 2022
0 references
Myelodysplastické syndromy jsou skupinou hematologických novotvarů, které ovlivňují hematopoetické kmenové buňky a jsou charakterizovány změnami jejich diferenciace a proliferace. I když existuje znalost genomických změn charakteristických pro tyto nemoci, mnohem méně je známo o úloze transkripčních změn a vztahu mezi transkriptomem a genomem v MDS. Celkovým cílem našeho projektu je určit roli, kterou hrají transkripční změny v patogenezi MDS, identifikovat jejich regulační mechanismy a vztah mezi transkriptomem a genomickými změnami, jakož i možnou roli, kterou stromové buňky MO hrají v jejich patogenezi. Za tímto účelem budeme v Cíle 1 a 2 analyzovat transkriptom hematopoetických progenitorů a MSC buněk vybraných FACS pomocí RNAseq (MarSeq). Chcete-li zjistit, jak jsou regulovány různé transkripční profily budeme provádět ChIPseq s enhancer značek, promotérů a aktivace (H3K4me1–3 a H3K4Ac). V Cíli 3 určíme vztah mezi transkripčními změnami a genomovými změnami stanovenými NGS. Konečně v Cíli 4 vyvineme léčbu proti cílům stanoveným v předchozích cílech s použitím malých molekul vyvinutých naší skupinou. V souhrnu doufáme, že podrobná charakterizace transkriptomu a regulace nám umožní identifikovat a navrhnout nové terapeutické strategie použitelné pro pacienty s MDS. (Czech)
18 August 2022
0 references
As síndromes mielodisplásicas são um grupo de neoplasias hematológicas que afetam as células estaminais hematopoiéticas e são caracterizadas por alterações na sua diferenciação e proliferação. Embora haja um conhecimento das alterações genômicas características dessas doenças, muito menos se sabe sobre o papel das alterações transcricionais e a relação entre o transcriptoma e o genoma nas SMDs. O objetivo geral do nosso projeto é determinar o papel que as alterações transcricionais desempenham na patogénese das SMD, identificando os seus mecanismos reguladores e a relação entre o transcriptoma e as alterações genómicas, bem como o possível papel que as células estromais do MO desempenham na sua patogénese. Para tal, nos Objectivos 1 e 2 analisaremos o transcriptoma de progenitores hematopoiéticos e células MSC seleccionadas pela FACS utilizando RNAseq (MARseq). Para determinar como os diferentes perfis transcricionais são regulados, realizaremos o ChIPseq com marcas de realçadores, promotores e ativação (H3K4me1-3 e H3K4Ac). No Objetivo 3 determinaremos a relação entre as alterações transcricionais e as alterações genómicas determinadas pela SGN. Finalmente, no Objectivo 4, desenvolveremos tratamentos contra alvos identificados nos alvos anteriores, utilizando pequenas moléculas desenvolvidas pelo nosso grupo. Em resumo, esperamos que a caracterização detalhada do transcriptoma e a regulação nos permitam identificar e desenhar novas estratégias terapêuticas aplicáveis a pacientes com SMD. (Portuguese)
18 August 2022
0 references
Müelodüsplastilised sündroomid on hematoloogiliste kasvajate rühm, mis mõjutavad vereloome tüvirakke ja mida iseloomustavad muutused nende diferentseerumises ja proliferatsioonis. Kuigi on olemas teadmised nendele haigustele iseloomulike genoomiliste muutuste kohta, on palju vähem teada transkriptsioonide rollist ning transkriptoomi ja genoomi vahelisest seosest MDS-ides. Meie projekti üldine eesmärk on määrata kindlaks transkriptsiooni muutuste roll MDS-ide patogeneesis, teha kindlaks nende reguleerimismehhanismid ning transkriptoomi ja genoomiliste muutuste vaheline seos, samuti võimalik roll, mida MO stromaalsed rakud nende patogeneesis mängivad. Sel eesmärgil analüüsime eesmärkide 1 ja 2 raames FACSi poolt valitud vereloome eellaste ja MSC rakkude transkriptoomi RNAseqi (MarSeq) abil. Et teha kindlaks, kuidas erinevad transkriptsiooniprofiilid on reguleeritud, teostame ChIPseqi võimendaja kaubamärkide, promootorite ja aktiveerimisega (H3K4me1–3 ja H3K4Ac). Eesmärgis 3 määrame kindlaks NGSi poolt määratud transkriptsioonide ja genoomiliste muutuste vahelise seose. Lõpuks arendame 4. eesmärgi raames välja ravi eelmistes sihtmärkides kindlaksmääratud sihtmärkide vastu, kasutades meie grupi poolt välja töötatud väikseid molekule. Kokkuvõttes loodame, et transkriptoomi ja reguleerimise üksikasjalik kirjeldus võimaldab meil tuvastada ja kavandada uusi ravistrateegiaid, mida kohaldatakse MDS-iga patsientide suhtes. (Estonian)
18 August 2022
0 references
A mielodiszpláziás szindrómák olyan hematológiai daganatok csoportja, amelyek befolyásolják a hematopoetikus őssejteket, és differenciálódásuk és proliferációjuk változásai jellemzik őket. Bár ismerete van az e betegségekre jellemző genomikus változásoknak, sokkal kevésbé ismert a transzkripciós változások szerepéről, valamint a transzkriptom és a genom közötti kapcsolatról az MDS-ekben. Projektünk átfogó célja annak meghatározása, hogy a transzkripciós változások milyen szerepet játszanak az MDS-ek patogenezisében, meghatározva szabályozási mechanizmusaikat, valamint a transzkriptom és a genomikus változások közötti kapcsolatot, valamint azt, hogy a MO stromális sejtjei milyen szerepet játszanak a patogenezisükben. Ebből a célból az 1. és 2. célkitűzésben az RNSseq (MarSeq) segítségével elemezzük az FACS által kiválasztott hematopoetikus progenitorok és MSC-sejtek transzkriptómáját. Annak meghatározására, hogy a különböző transzkripciós profilok szabályozottak, a ChIPseq-et fokozó márkákkal, promóterekkel és aktiválással (H3K4me1–3 és H3K4Ac) végezzük. A 3. célkitűzésben meghatározzuk a transzkripciós változások és az NGS által meghatározott genomikus változások közötti kapcsolatot. Végül a 4. célkitűzésben a csoportunk által kifejlesztett kis molekulák felhasználásával az előző célokban meghatározott célokkal szembeni kezeléseket fejlesztünk ki. Összefoglalva, reméljük, hogy a transzkriptoma és a szabályozás részletes jellemzése lehetővé teszi számunkra az MDS-ben szenvedő betegekre alkalmazandó új terápiás stratégiák azonosítását és megtervezését. (Hungarian)
18 August 2022
0 references
Миелодиспластичните синдроми са група хематологични неоплазми, които засягат хематопоетичните стволови клетки и се характеризират с промени в тяхната диференциация и пролиферация. Въпреки че има познания за геномните промени, характерни за тези заболявания, много по-малко се знае за ролята на транскрипционните промени и връзката между транскриптом и геном в MDS. Общата цел на нашия проект е да се определи ролята, която транскрипционните промени играят в патогенезата на МДС, като се идентифицират техните регулаторни механизми и връзката между транскриптомните и геномните промени, както и възможната роля, която стромалните клетки на MO играят в тяхната патогенеза. За тази цел в цели 1 и 2 ще анализираме транскриптома на хематопоетичните прогенитори и клетките MSC, избрани от FACS, използвайки RNAseq (MarSeq). За да определим как се регулират различните транскрипционни профили, ние ще изпълняваме ChIPseq с марки подобрители, промотори и активиране (H3K4me1—3 и H3K4Ac). В цел 3 ще определим връзката между транскрипционните промени и геномните промени, определени от NGS. И накрая, в цел 4 ще разработим лечения срещу цели, определени в предишните цели, като използваме малки молекули, разработени от нашата група. Накратко, надяваме се, че подробната характеристика на транскриптома и регулацията ще ни позволи да идентифицираме и разработим нови терапевтични стратегии, приложими за пациенти с МДС. (Bulgarian)
18 August 2022
0 references
Mielodisplaziniai sindromai yra hematologinių navikų, kurie veikia hematopoetines kamienines ląsteles ir kuriems būdingi jų diferenciacijos ir proliferacijos pokyčiai, grupė. Nors yra žinių apie šioms ligoms būdingus genominius pokyčius, daug mažiau žinoma apie transkripcinių pakitimų vaidmenį ir ryšį tarp transkriptomomo ir genomo MDS. Bendras mūsų projekto tikslas – nustatyti transkripcinių pokyčių vaidmenį MDS patogenezės srityje, nustatyti jų reguliavimo mechanizmus ir ryšį tarp transkriptomos ir genominių pakitimų, taip pat galimą MO stromos ląstelių vaidmenį jų patogenezėje. Šiuo tikslu 1 ir 2 tikslu analizuosime hematopoetinių palikuonių ir MSC ląstelių, kurias FACS atrinko naudojant RNAseq (MarSeq), transkriptomą. Norėdami nustatyti, kaip reguliuojami skirtingi transkripcijos profiliai, mes atliksime ChIPseq su stiprikliais, rėmėjais ir aktyvinimu (H3K4me1–3 ir H3K4Ac). 3 tiksle mes nustatysime transkripcijos pakitimų ir genominių pakitimų, kuriuos nustato NGS, santykį. Galiausiai 4 tiksle mes sukursime gydymą prieš taikinius, nustatytus ankstesniuose tiksluose, naudodami mūsų grupės sukurtas mažas molekules. Apibendrinant, tikimės, kad išsamus transkriptomos apibūdinimas ir reguliavimas leis mums nustatyti ir sukurti naujas gydymo strategijas, taikomas MDS sergantiems pacientams. (Lithuanian)
18 August 2022
0 references
Mijelodisplastični sindromi su skupina hematoloških neoplazmi koji utječu na hematopoetske matične stanice i karakteriziraju promjene u njihovoj diferencijaciji i proliferaciji. Iako postoji znanje o genomskim promjenama karakterističnim za ove bolesti, mnogo se manje zna o ulozi transkripcijskih promjena i povezanosti transkriptoma i genoma u MDS-ovima. Opći cilj našeg projekta je utvrditi ulogu transkripcijskih promjena u patogenezi MDS-ova, identificirati njihove regulatorne mehanizme i odnos između transkriptoma i genomskih promjena, kao i moguću ulogu koju stromalne stanice MO igraju u svojoj patogenezi. U tu svrhu, u Cilju 1 i 2 analizirat ćemo transkriptom hematopoetskih progenitora i MSC stanica odabranih od strane FACS-a pomoću RNAseq (MarSeq). Kako bi se utvrdilo kako su regulirani različiti transkripcijski profili izvodit ćemo ChIPseq s poboljšanim markama, promotorima i aktivacijom (H3K4me1 – 3 i H3K4Ac). U Cilju 3 utvrdit ćemo odnos između transkripcijskih promjena i genomskih promjena koje određuje NGS. Konačno, u Cilju br. 4 razvit ćemo tretmane protiv ciljeva utvrđenih u prethodnim ciljevima, koristeći male molekule koje je razvila naša grupa. Ukratko, nadamo se da će nam detaljna karakterizacija transkriptoma i regulacije omogućiti da identificiramo i osmislimo nove terapijske strategije primjenjive na pacijente s MDS-om. (Croatian)
18 August 2022
0 references
Myelodysplastiska syndrom är en grupp hematologiska neoplasmer som påverkar de hematopoetiska stamcellerna och kännetecknas av förändringar i deras differentiering och proliferation. Även om det finns kunskap om de genomiska förändringar som är karakteristiska för dessa sjukdomar, är mycket mindre känt om betydelsen av transkriptionella förändringar och förhållandet mellan transkriptom och genom i MDS. Det övergripande målet med vårt projekt är att fastställa den roll som transkriptionella förändringar spelar i patogenesen av MDS, identifiera deras regleringsmekanismer och sambandet mellan transkriptom och genomiska förändringar, samt den möjliga roll som de stromala cellerna i MO spelar i deras patogenes. För detta ändamål kommer vi i mål 1 och 2 att analysera transkriptomet hos hematopoetiska progenitorer och MSC-celler utvalda av FACS med hjälp av RNAseq (MarSeq). För att avgöra hur de olika transkriptionsprofilerna regleras kommer vi att utföra ChIPseq med förstärkare varumärken, promotorer och aktivering (H3K4me1–3 och H3K4Ac). I mål 3 kommer vi att fastställa förhållandet mellan transkriptionella förändringar och genomiska förändringar som fastställts av NGS. Slutligen i mål 4 kommer vi att utveckla behandlingar mot mål som identifierats i de tidigare målen, med hjälp av små molekyler som utvecklats av vår grupp. Sammanfattningsvis hoppas vi att en detaljerad karakterisering av transkriptom och reglering kommer att göra det möjligt för oss att identifiera och utforma nya terapeutiska strategier för patienter med MDS. (Swedish)
18 August 2022
0 references
Sindroamele mielodisplazice sunt un grup de neoplasme hematologice care afectează celulele stem hematopoietice și se caracterizează prin modificări ale diferențierii și proliferării lor. Deși există o cunoaștere a modificărilor genomice caracteristice acestor boli, cu atât mai puțin se cunoaște rolul modificărilor transcripționale și relația dintre transcriptom și genom în SMD. Obiectivul general al proiectului nostru este de a determina rolul pe care îl joacă modificările transcripționale în patogeneza MDS, identificând mecanismele lor de reglementare și relația dintre transcriptom și modificările genomice, precum și rolul posibil pe care celulele stromale ale MO îl joacă în patogeneza lor. În acest scop, în Obiectivul 1 și 2 vom analiza transcriptomul progenitoarelor hematopoietice și al celulelor MSC selectate de FACS folosind ARNseq (MarSeq). Pentru a determina modul în care diferitele profiluri transcripționale sunt reglementate, vom efectua ChIPseq cu branduri, promotori și activare (H3K4me1-3 și H3K4Ac). În Obiectivul 3 vom determina relația dintre modificările transcripționale și modificările genomice determinate de NGS. În cele din urmă, în Obiectivul 4, vom dezvolta tratamente împotriva țintelor identificate în țintele anterioare, folosind molecule mici dezvoltate de grupul nostru. Pe scurt, sperăm că caracterizarea detaliată a transcriptomului și a reglementării ne va permite să identificăm și să concepem noi strategii terapeutice aplicabile pacienților cu SMD. (Romanian)
18 August 2022
0 references
Mielodisplastični sindromi so skupina hematoloških novotvorb, ki vplivajo na hematopoetske matične celice in so značilne spremembe v njihovi diferenciaciji in proliferaciji. Čeprav obstaja znanje o genomskih spremembah, značilnih za te bolezni, je veliko manj znano o vlogi transkripcijskih sprememb in razmerju med transkriptomom in genomom v MDS. Splošni cilj našega projekta je določiti vlogo, ki jo imajo transkripcijske spremembe v patogenezi MDS, opredeliti njihove regulativne mehanizme in razmerje med transkriptomom in genomskimi spremembami ter morebitno vlogo, ki jo imajo stromalne celice MO pri njihovi patogenezi. V ta namen bomo v Ciljih 1 in 2 analizirali transkriptom hematopoetskih progenitorjev in celic MSC, ki jih izbere FACS z uporabo RNAseq (MarSeq). Da bi ugotovili, kako so urejeni različni transkripcijski profili, bomo izvedli ChIPseq z ojačevalci blagovnih znamk, promotorjev in aktivacije (H3K4me1–3 in H3K4Ac). V Cilju 3 bomo določili razmerje med transkripcijskimi spremembami in genomskimi spremembami, ki jih določi NGS. Končno bomo v Cilju 4 razvili zdravljenje glede na cilje, opredeljene v prejšnjih ciljih, z uporabo majhnih molekul, ki jih je razvila naša skupina. Če povzamemo, upamo, da nam bosta podrobna karakterizacija transkriptoma in regulacija omogočila opredelitev in oblikovanje novih terapevtskih strategij, ki bodo veljale za bolnike z MDS. (Slovenian)
18 August 2022
0 references
Zespoły mielodysplastyczne to grupa nowotworów hematologicznych, które wpływają na hematopoetyczne komórki macierzyste i charakteryzują się zmianami w ich różnicowaniu i proliferacji. Chociaż istnieje wiedza na temat zmian genomowych charakterystycznych dla tych chorób, znacznie mniej wiadomo o roli zmian transkrypcyjnych i związku między transkrypcją a genomem w MDS. Ogólnym celem naszego projektu jest określenie roli, jaką zmiany transkrypcyjne odgrywają w patogenezie MDS, określenie ich mechanizmów regulacyjnych i zależności między transkrypcją a zmianami genomowymi, a także ewentualną rolę, jaką komórki stromalne MO odgrywają w ich patogenezie. W tym celu w ramach Celu 1 i 2 przeanalizujemy transkrypcję progenitorów krwiotwórczych i komórek MSC wybranych przez FACS przy użyciu RNAseq (MarSeq). Aby określić, w jaki sposób regulowane są różne profile transkrypcyjne, będziemy wykonywać ChIPseq z markami wzmacniaczy, promotorami i aktywacją (H3K4me1-3 i H3K4Ac). W celu 3 określimy związek między zmianami transkrypcyjnymi a zmianami genomowymi określonymi przez NGS. Wreszcie w ramach Celu 4 opracujemy metody leczenia w stosunku do celów określonych w poprzednich celach, z wykorzystaniem małych cząsteczek opracowanych przez naszą grupę. Podsumowując, mamy nadzieję, że szczegółowa charakterystyka transkrypcji i regulacji pozwoli nam zidentyfikować i opracować nowe strategie terapeutyczne mające zastosowanie do pacjentów z MDS. (Polish)
18 August 2022
0 references
Pamplona/Iruña
0 references
20 December 2023
0 references
Identifiers
PI17_00701
0 references