Aberrant splicing in hereditary breast cancer: Functional analysis of susceptibility genes using hybrid minigens (Q3158931)
Jump to navigation
Jump to search
Project Q3158931 in Spain
| Language | Label | Description | Also known as |
|---|---|---|---|
| English | Aberrant splicing in hereditary breast cancer: Functional analysis of susceptibility genes using hybrid minigens |
Project Q3158931 in Spain |
Statements
44,649.0 Euro
0 references
82,000.0 Euro
0 references
54.45 percent
0 references
1 January 2018
0 references
31 March 2021
0 references
CONSEJO SUPERIOR DE INVESTIGACIONES CIENTIFICAS (RUP)
0 references
Objetivos: Una elevada proporción de las variantes de ADN detectadas en genes de susceptibilidad de cáncer de mama hereditario (CMH) son de significado clínico desconocido. Por otro lado, la desregulación del splicing es un mecanismo etiopatogénico prevalente en genes CMH. Nuestro objetivo final es la clasificación funcional mediante ensayos de splicing en minigenes híbridos de las variantes genéticas candidatas de un panel de más de 30 genes CMH detectadas en 30.000 pacientes. Este estudio aportará datos esenciales para su clasificación clínica y el establecimiento del riesgo asociado a dichas variantes. Asimismo contribuirá a la elucidación del espectro de predisposición genética a cáncer de mama hereditario, y el papel del splicing aberrante como mecanismo etiopatogénico en esta enfermedad. Objetivos concretos: 1) selección bioinformática de variantes; 2) construcción y validación de minigenes ad hoc de exones de genes CMH; 3) Identificación de mutaciones con impacto en el splicing;4) Regulación e implicación en la enfermedad de exones con donador atípico GC de genes CMH (BRCA2, PALB2, RAD50) y otros de la ruta de reparación de ADN;5) Evaluación global: papel del splicing anómalo en CMH, optimización de los test genéticos de diagnóstico y estimación personalizada de riesgo. Métodos: Las variantes candidatas serán seleccionadas con NNSplice y HSF. Se diseñarán los minigenes con los exones de interés y los insertos se generarán mediante síntesis génica/PCR alta fidelidad y las variantes se introducirán mediante mutagénesis dirigida. Los constructos wild type y mutantes se ensayarán funcionalmente en líneas celulares humanas, y los transcritos anómalos inducidos serán caracterizados mediante secuenciación y análisis de fragmentos. El mapeo funcional de splicing enhancers de los exones GC se realizará mediante microdeleciones exónicas, inhibición de factores de splicing con siRNAs e identificación de los factores de splicing implicados mediante ensayos de pull-down. (Spanish)
0 references
Objectives: A high proportion of DNA variants detected in hereditary breast cancer susceptibility genes (HCM) are of unknown clinical significance. On the other hand, deregulation of splicing is a prevalent etiopathogenic mechanism in HCM genes. Our ultimate goal is the functional classification by splicing trials in hybrid minigens of the candidate genetic variants of a panel of more than 30 CMH genes detected in 30,000 patients. This study will provide essential data for their clinical classification and the establishment of the risk associated with these variants. It will also contribute to the elucidation of the genetic predisposition spectrum to hereditary breast cancer, and the role of aberrant splicing as an etiopathogenic mechanism in this disease. Specific objectives: 1) bioinformatics selection of variants; 2) construction and validation of CMH gene exons ad hoc minigenes; 3) Identification of mutations with impact on splicing;4) Regulation and involvement in exon disease with atypical donor GC of CMH genes (BRCA2, PALB2, RAD50) and other DNA repair route;5) Global evaluation: role of anomalous splicing in CMH, optimisation of genetic diagnostic tests and personalised risk estimation. Methods: Candidate variants will be selected with NNSplice and HSF. Minigenes shall be designed with the exons of interest and the inserts shall be generated by gene synthesis/PCR high fidelity and variants shall be introduced by directed mutagenesis. Wild type and mutant constructs will be functionally tested on human cell lines, and induced anomalous transcripts will be characterised by sequencing and fragment analysis. The functional mapping of splicing enhancers of GC exons shall be performed by means of exonic microdeletions, inhibition of splicing factors with siRNAs and identification of splicing factors involved by pull-down tests. (English)
12 October 2021
0.4376949835754397
0 references
Objectifs: Une forte proportion de variantes d’ADN détectées dans les gènes héréditaires de susceptibilité au cancer du sein (HCM) sont d’une importance clinique inconnue. D’autre part, la déréglementation de l’épissage est un mécanisme étiopathogène prédominant dans les gènes HCM. Notre objectif ultime est la classification fonctionnelle par des essais d’épissage dans des minigènes hybrides des variantes génétiques candidates d’un panel de plus de 30 gènes CMH détectés chez 30 000 patients. Cette étude fournira des données essentielles pour leur classification clinique et l’établissement du risque associé à ces variantes. Il contribuera également à l’élucidation du spectre génétique de prédisposition au cancer du sein héréditaire et au rôle de l’épissage aberrant comme mécanisme étiopathogène dans cette maladie. Objectifs spécifiques: 1) sélection bioinformatique des variantes; 2) la construction et la validation du gène CMH exons des minigènes ad hoc; 3) Identification des mutations ayant un impact sur l’épissage; 4) Réglementation et implication dans la maladie de l’exon avec GC atypique des gènes CMH donneurs (BRCA2, PALB2, RAD50) et autre voie de réparation de l’ADN; 5) Évaluation globale: rôle de l’époux anormal dans la CMH, optimisation des tests de diagnostic génétique et estimation personnalisée des risques. Méthodes: Les variantes candidates seront sélectionnées avec NNSplice et HSF. Les Minigenes doivent être conçus avec les exons d’intérêt et les inserts doivent être générés par synthèse génétique/PCR haute fidélité et les variantes doivent être introduites par mutagenèse dirigée. Les constructions de type sauvage et de mutant seront testées fonctionnellement sur des lignées cellulaires humaines, et les transcriptions anormales induites seront caractérisées par séquençage et analyse de fragments. La cartographie fonctionnelle des amplificateurs d’épissage des exons GC doit être effectuée au moyen de microdéletions exoniques, d’inhibition des facteurs d’épissage avec des siRNAs et d’identification des facteurs d’épissage impliqués par des essais de traction. (French)
4 December 2021
0 references
Ziele: Ein hoher Anteil an DNA-Varianten, die in erblichen Brustkrebsanfälligkeitsgenen (HCM) nachgewiesen wurden, sind von unbekannter klinischer Bedeutung. Auf der anderen Seite ist Deregulierung des Spleißens ein vorherrschender etiopathogener Mechanismus in HCM-Genen. Unser oberstes Ziel ist die funktionelle Klassifizierung durch Spleißversuche in hybriden Minigens der kandidierenden genetischen Varianten eines Panels mit mehr als 30 CMH-Genen, die bei 30.000 Patienten nachgewiesen wurden. Diese Studie wird wesentliche Daten für ihre klinische Einstufung und die Ermittlung des mit diesen Varianten verbundenen Risikos liefern. Sie wird auch zur Aufklärung des genetischen Prädispositionsspektrums für erbliche Brustkrebs und zur Rolle des Aberranten-Splicings als etiopathogener Mechanismus bei dieser Krankheit beitragen. Spezifische Ziele: 1) Bioinformatik Auswahl von Varianten; 2) Bau und Validierung von CMH-Genexonen ad hoc Minigenes; 3) Identifizierung von Mutationen mit Auswirkungen auf das Spleißen;4) Regulierung und Beteiligung an der Exon-Krankheit mit atypischen Spender-GC von CMH-Genen (BRCA2, PALB2, RAD50) und anderen DNA-Reparaturrouten;5) Globale Bewertung: Rolle des anomalen Spleißens in CMH, Optimierung genetischer Diagnosetests und personalisierter Risikoabschätzung. Methoden: Kandidatenvarianten werden mit NNSplice und HSF ausgewählt. Minigene sind mit den interessanten Exons zu konstruieren, und die Inserts werden durch Gensynthese/PCR-hohe Treue erzeugt, und Varianten werden durch gezielte Mutagenese eingeführt. Wildtyp- und Mutantenkonstrukte werden an menschlichen Zelllinien funktionell getestet, und induzierte anomale Transkripte werden durch Sequenzierung und Fragmentanalyse charakterisiert. Die funktionelle Kartierung von Spleißverstärkern von GC Exons ist mittels exonic microdeletions, Hemmung von Spleißfaktoren mit siRNAs und Identifizierung von Spleißfaktoren durchzuführen, die durch Pull-Down-Tests beteiligt sind. (German)
9 December 2021
0 references
Doelstellingen: Een hoog percentage DNA-varianten gedetecteerd in erfelijke borstkankergevoeligheidsgenen (HCM) zijn van onbekende klinische betekenis. Aan de andere kant, deregulering van het verbinden is een veelvoorkomend etiopathogene mechanisme in HCM genen. Ons uiteindelijke doel is de functionele classificatie door het verbinden van proeven in hybride minigenen van de kandidaat genetische varianten van een panel van meer dan 30 CMH genen gedetecteerd bij 30.000 patiënten. Deze studie zal essentiële gegevens opleveren voor hun klinische indeling en de vaststelling van het risico dat aan deze varianten verbonden is. Het zal ook bijdragen tot de opheldering van het genetische aanlegspectrum voor erfelijke borstkanker, en de rol van aberrant splicing als een etiopathogene mechanisme in deze ziekte. Specifieke doelstellingen: 1) bio-informatica selectie van varianten; 2) bouw en validatie van CMH gen exons ad hoc minigenes; 3) Identificatie van mutaties met impact op het verbinden;4) Regeling en betrokkenheid bij exon ziekte met atypische donor GC van CMH genen (BRCA2, PALB2, RAD50) en andere DNA-herstelroute;5) Globale evaluatie: rol van anomalous splicing in CMH, optimalisatie van genetische diagnostische tests en gepersonaliseerde risico-inschatting. Methoden: Kandidaat-varianten worden geselecteerd met NNSplice en HSF. Minigenen moeten worden ontworpen met de relevante exons en de inserts moeten worden gegenereerd door gensynthese/PCR-hoge trouw en varianten moeten worden geïntroduceerd door gerichte mutagenese. Wild type en mutant constructies zullen functioneel worden getest op menselijke cellijnen, en geïnduceerde afwijkende transcripties zullen worden gekenmerkt door sequencing en fragmentanalyse. De functionele mapping van verbindingsversterkers van GC exons moet worden uitgevoerd door middel van exone microdeleties, remming van verbindingsfactoren met siRNAs en identificatie van lasfactoren die bij pull-downtests betrokken zijn. (Dutch)
17 December 2021
0 references
Obiettivi: Un'alta percentuale di varianti del DNA rilevate nei geni ereditari della sensibilità al carcinoma mammario (HCM) sono di rilevanza clinica sconosciuta. D'altra parte, la deregolamentazione della splicing è un meccanismo etiopatogeno prevalente nei geni HCM. Il nostro obiettivo finale è la classificazione funzionale mediante splicing trial in minigeni ibridi delle varianti genetiche candidate di un pannello di oltre 30 geni CMH rilevati in 30.000 pazienti. Questo studio fornirà dati essenziali per la loro classificazione clinica e la determinazione del rischio associato a queste varianti. Contribuirà inoltre a chiarire lo spettro di predisposizione genetica al cancro ereditario della mammella e al ruolo della splicing aberrante come meccanismo etiopatogeno in questa malattia. Obiettivi specifici: 1) selezione bioinformatica delle varianti; 2) costruzione e convalida del gene CMH esoni minigeni ad hoc; 3) Identificazione delle mutazioni con impatto sulla splicing; 4) Regolazione e coinvolgimento nella malattia dell'esone con GC atipico donatore di geni CMH (BRCA2, PALB2, RAD50) e altra via di riparazione del DNA;5) Valutazione globale: ruolo della splicing anomala nella CMH, ottimizzazione dei test diagnostici genetici e stima del rischio personalizzata. Metodi: Le varianti candidate saranno selezionate con NNSplice e HSF. I Minigene devono essere progettati con gli esoni di interesse e gli inserti devono essere generati dalla sintesi genica/PCR ad alta fedeltà e le varianti devono essere introdotte mediante mutagenesi diretta. I costrutti di tipo wild e mutanti saranno testati funzionalmente su linee cellulari umane e le trascrizioni anomali indotte saranno caratterizzate da sequenziamento e analisi dei frammenti. La mappatura funzionale dei potenziatori di giunzione degli esoni GC deve essere effettuata mediante microdelezioni esoniche, inibizione dei fattori di giunzione con siRNA e identificazione dei fattori di giunzione coinvolti nelle prove di pull-down. (Italian)
16 January 2022
0 references
Στόχοι: Ένα υψηλό ποσοστό παραλλαγών DNA που ανιχνεύονται σε κληρονομικά γονίδια ευαισθησίας στον καρκίνο του μαστού (HCM) είναι άγνωστης κλινικής σημασίας. Από την άλλη πλευρά, η απορρύθμιση της σύνδεσης είναι ένας διαδεδομένος εθιοπαθογόνος μηχανισμός στα γονίδια HCM. Απώτερος στόχος μας είναι η λειτουργική ταξινόμηση με τη σύνδεση δοκιμών σε υβριδικά minigens των υποψήφιων γενετικών παραλλαγών ενός πάνελ με περισσότερα από 30 γονίδια CMH που ανιχνεύονται σε 30.000 ασθενείς. Η μελέτη αυτή θα παράσχει βασικά δεδομένα για την κλινική τους ταξινόμηση και τον προσδιορισμό του κινδύνου που συνδέεται με αυτές τις παραλλαγές. Θα συμβάλει επίσης στη διασαφήνιση του φάσματος γενετικής προδιάθεσης στον κληρονομικό καρκίνο του μαστού, καθώς και στον ρόλο της ανεκμετάλλευτης σύζευξης ως ετιοπαθογόνου μηχανισμού σε αυτή την ασθένεια. Ειδικοί στόχοι: 1) βιοπληροφορική επιλογή των παραλλαγών? 2) κατασκευή και επικύρωση του γονιδίου CMH exons ad hoc minigenes 3) Ταυτοποίηση των μεταλλάξεων με επιπτώσεις στη σύνδεση, 4) Κανονισμός και συμμετοχή σε νόσο exon με άτυπο δότη GC γονιδίων CMH (BRCA2, PALB2, RAD50) και άλλη οδός επισκευής DNA;5) Συνολική αξιολόγηση: ρόλος της ανώμαλης σύζευξης στο CMH, βελτιστοποίηση των γενετικών διαγνωστικών δοκιμών και εξατομικευμένη εκτίμηση κινδύνου. Μέθοδοι: Οι υποψήφιες παραλλαγές θα επιλεγούν με NNSplice και HSF. Τα Minigenes σχεδιάζονται σύμφωνα με τις απαιτήσεις που ενδιαφέρουν και τα ένθετα παράγονται από την υψηλή πιστότητα σύνθεσης γονιδίων/PCR και εισάγονται παραλλαγές με κατευθυνόμενη μεταλλαξιογένεση. Οι κατασκευές άγριου τύπου και μεταλλαγμένων θα δοκιμαστούν λειτουργικά σε ανθρώπινες κυτταρικές σειρές, και οι επαγόμενες ανώμαλες μεταγραφές θα χαρακτηρίζονται από αλληλουχία και ανάλυση θραυσμάτων. Η λειτουργική αντιστοίχιση των ενισχυτών σύνδεσης των εξονίων GC πραγματοποιείται μέσω εξικών μικροδιαγραφών, αναστολής των παραγόντων σύνδεσης με siRNA και ταυτοποίησης των παραγόντων σύνδεσης που εμπλέκονται σε δοκιμές έλξης προς τα κάτω. (Greek)
18 August 2022
0 references
Målsætninger: En høj andel af DNA-varianter, der er påvist i arvelige brystkræftfølsomhedsgener (HCM), er af ukendt klinisk betydning. På den anden side er deregulering af splejsning en udbredt etiopatogen mekanisme i HCM-gener. Vores ultimative mål er funktionel klassificering ved splejsning forsøg i hybrid minigener af kandidat genetiske varianter af et panel på mere end 30 CMH gener opdaget hos 30.000 patienter. Denne undersøgelse vil tilvejebringe væsentlige data for deres kliniske klassificering og fastlæggelsen af den risiko, der er forbundet med disse varianter. Det vil også bidrage til at belyse det genetiske prædispositionsspektrum for arvelig brystkræft og den rolle, som aberrant splejsning spiller som en etiopatogen mekanisme i denne sygdom. Specifikke målsætninger: 1) bioinformatik udvælgelse af varianter; 2) konstruktion og validering af CMH-gen exons ad hoc minigener; 3) Identifikation af mutationer med indvirkning på splejsning 4) Regulering og involvering i exonsygdom med atypisk donor GC af CMH-gener (BRCA2, PALB2, RAD50) og anden DNA-reparationsvej;5) Global evaluering: rolle af unormal splejsning i CMH, optimering af genetiske diagnostiske test og personaliseret risiko estimering. Metoder: Kandidatvarianter vil blive udvalgt med NNSplice og HSF. Minigenes skal være konstrueret med eksoner af interesse, og indsatserne skal genereres ved gensyntese/PCR-høj troskab, og varianter skal indføres ved direkte mutagenese. Wild type og mutant konstruktioner vil blive funktionelt testet på menneskelige cellelinjer, og inducerede anomale udskrifter vil blive karakteriseret ved sekventering og fragment analyse. Den funktionelle kortlægning af splejsningsforstærkere af GC-eksoner skal udføres ved hjælp af eksoniske mikrodeletioner, hæmning af splejsningsfaktorer med siRNA'er og identifikation af splejsningsfaktorer, der er involveret i pull-down-test. (Danish)
18 August 2022
0 references
Tavoitteet: Suuri osa perinnöllisissä rintasyövän alttiusgeeneissä (HCM) havaituista DNA-muunnelmista on tuntematonta kliinistä merkitystä. Toisaalta liitoksen sääntelyn purkaminen on yleinen etiopatogeeninen mekanismi HCM-geeneissä. Perimmäisenä tavoitteenamme on toiminnallinen luokitus liittämällä kokeisiin hybridiminigeenit, jotka koskevat yli 30 CMH-geenin ehdolla olevia geneettisiä muunnelmia, jotka on havaittu 30 000 potilaalla. Tästä tutkimuksesta saadaan olennaiset tiedot niiden kliinistä luokittelua ja näihin muunnelmiin liittyvän riskin määrittämistä varten. Se edistää myös perinnöllisen rintasyövän geneettisen alttiusspektrin selvittämistä ja poikkeavan liitoksen roolia etiopatogeenisenä mekanismina tässä sairaudessa. Erityistavoitteet: 1) bioinformatiikan valinta varianttien; 2) rakenne ja validointi CMH geeni exons ad hoc minigenes; 3) Tunnistaminen mutaatiot, jotka vaikuttavat liitos;4) Sääntely ja osallistuminen eksonisairaus epätyypillinen luovuttaja GC CMH geenit (BRCA2, PALB2, RAD50) ja muu DNA korjausreitti;5) Kokonaisarviointi: poikkeavan liitoksen rooli CMH:ssa, geneettisten diagnostisten testien optimointi ja henkilökohtainen riskien arviointi. Menetelmät: Ehdokasmuunnokset valitaan NNSplicen ja HSF:n avulla. Minigenes on suunniteltava kiinnostavat eksonit, ja insertit on tuotettava geenisynteesin/PCR: n korkean uskollisuuden avulla, ja muunnelmat on tuotettava suunnatulla mutageneesilla. Villi tyyppi ja mutantti konstruktiot testataan toiminnallisesti ihmisen solulinjoilla, ja indusoituja poikkeavia transkripteja luonnehtii sekvensointi ja fragmenttianalyysi. GC-eksonien lisäaineiden toiminnallinen kartoitus on tehtävä eksonisten mikrodelmien avulla, lisätekijöiden estämällä siRNA-aineita ja tunnistamalla ulosvedettäviin testeihin liittyvät lisätekijät. (Finnish)
18 August 2022
0 references
Għanijiet: Proporzjon għoli ta’ varjanti tad-DNA osservati fil-ġeni ereditarji suxxettibli għall-kanċer tas-sider (HCM) huma ta’ sinifikat kliniku mhux magħruf. Min-naħa l-oħra, id-deregolazzjoni tal-isplicing hija mekkaniżmu etjopatoġeniku prevalenti fil-ġeni HCM. L-għan aħħari tagħna huwa l-klassifikazzjoni funzjonali permezz ta ‘splicing provi fil-miniġeni ibridi tal-varjanti ġenetiċi kandidati ta’ panel ta ‘aktar minn 30 ġeni CMH misjuba fi 30,000 pazjenti. Dan l-istudju se jipprovdi dejta essenzjali għall-klassifikazzjoni klinika tagħhom u l-istabbiliment tar-riskju assoċjat ma’ dawn il-varjanti. Dan jikkontribwixxi wkoll għall-eluċidazzjoni tal-ispettru ta’ predispożizzjoni ġenetika għall-kanċer ereditarju tas-sider, u r-rwol ta’ splicing aberranti bħala mekkaniżmu etjopatoġeniku f’din il-marda. Għanijiet speċifiċi: 1) l-għażla bijoinformatika tal-varjanti; 2) il-kostruzzjoni u l-validazzjoni tal-exons tal-ġene CMH ad hoc minigenes; 3) Identifikazzjoni ta’ mutazzjonijiet b’impatt fuq it-tqattigħ;4) Regolament u involviment fil-marda exon b’donatur atipiku GC ta’ ġeni CMH (BRCA2, PALB2, RAD50) u rotta oħra ta’ tiswija tad-DNA;5) Evalwazzjoni globali: ir-rwol tat-tferrix anomali fis-CMH, l-ottimizzazzjoni tat-testijiet dijanjostiċi ġenetiċi u l-istima personalizzata tar-riskju. Metodi: Il-varjanti kandidati se jintgħażlu bl-NNSplice u l-HSF. Il-miniġeni għandhom ikunu ddisinjati bl-exons ta’ interess u l-inserzjonijiet għandhom jiġu ġġenerati minn sinteżi tal-ġeni/PCR b’fedeltà għolja u l-varjanti għandhom jiġu introdotti permezz ta’ mutaġenesi diretta. Il-kostruzzjonijiet tat-tip selvaġġ u l-mutanti se jiġu ttestjati funzjonalment fuq il-linji ta’ ċelloli tal-bniedem, u t-traskrizzjonijiet anomali indotti se jkunu kkaratterizzati minn sekwenzar u analiżi tal-frammenti. L-immappjar funzjonali ta’ sustanzi li jsaħħu t-tferrix tal-exons GC għandu jitwettaq permezz ta’ mikrodelezzjonijiet eżonika, inibizzjoni ta’ fatturi ta’ splicing b’siRNAs u identifikazzjoni ta’ fatturi ta’ splicing involuti f’testijiet ta’ ġbid ‘l isfel. (Maltese)
18 August 2022
0 references
Mērķi: Liela daļa DNS variantu, kas konstatēti iedzimtos krūts vēža uzņēmības gēnos (HCM), nav klīniski nozīmīgi. No otras puses, splicing deregulācija ir izplatīts etiopatogēns mehānisms HCM gēnos. Mūsu galvenais mērķis ir funkcionālā klasifikācija, sagriežot izmēģinājumus ar hibrīdu minigēniem kandidātģenētiskajiem variantiem panelī ar vairāk nekā 30 HMH gēniem, kas konstatēti 30 000 pacientiem. Šis pētījums sniegs būtiskus datus to klīniskajai klasifikācijai un ar šiem variantiem saistītā riska noteikšanai. Tas arī veicinās ģenētiskās noslieces spektra izskaidrošanu iedzimtam krūts vēzim un aberrant splicing kā etiopathogenic mehānisma lomu šajā slimībā. Konkrētie mērķi: 1) bioinformātikas variantu izvēli; 2) CMH gēnu exons ad hoc minigēnu izveide un validācija; 3) To mutāciju identificēšana, kurām ir ietekme uz šķelšanos; 4) regulēšana un iesaistīšanās eksona slimībā ar netipisku donoru CMH gēnu (BRCA2, PALB2, RAD50) donoru un citu DNS remontēšanas ceļu;5) Vispārējs novērtējums: anomālas splicing loma CMH, optimizācija ģenētisko diagnostikas testu un personalizētu riska aplēsi. Metodes: Kandidātu variantus izvēlēsies ar NNSplice un HSF. Minigēnus izstrādā, izmantojot interesējošos eksonus, un insertus ģenerē ar gēnu sintēzes/PCR augstas precizitātes palīdzību, un variantus ievada ar virzītu mutaģenēzi. Savvaļas tipa un mutantu konstrukcijas tiks funkcionāli pārbaudītas uz cilvēka šūnu līnijām, un inducētus anomālus stenogrammas raksturos sekvencēšana un fragmentu analīze. GC eksonu splicēšanas pastiprinātāju funkcionālo kartēšanu veic, izmantojot eksoniskas mikrodelecijas, kavējot splicēšanas faktorus ar siRNS un identificējot splicēšanas faktorus, kas iesaistīti nolaižamajos testos. (Latvian)
18 August 2022
0 references
Ciele: Vysoký podiel variantov DNA zistených v dedičných génoch citlivosti na rakovinu prsníka (HCM) má neznámy klinický význam. Na druhej strane, deregulácia spájania je prevládajúcim etiopatogénnym mechanizmom v génoch HCM. Naším konečným cieľom je funkčná klasifikácia spájaním pokusov v hybridných minigénoch kandidátskych genetických variantov panelu viac ako 30 génov CMH detekovaných u 30 000 pacientov. Táto štúdia poskytne základné údaje pre ich klinickú klasifikáciu a stanovenie rizika spojeného s týmito variantmi. Prispeje tiež k objasneniu spektra genetickej predispozície k dedičnému karcinómu prsníka a k úlohe aberantného spájania ako etiopatogénneho mechanizmu pri tejto chorobe. Osobitné ciele: 1) výber bioinformatiky variantov; 2) výstavba a validácia génu CMH exons ad hoc minigény; 3) identifikácia mutácií s vplyvom na splikovanie;4) Regulácia a zapojenie sa do exónového ochorenia s atypickým darcom GC génov CMH (BRCA2, PALB2, RAD50) a inej cesty opravy DNA;5) Globálne hodnotenie: úloha anomálneho spájania v CMH, optimalizácia genetických diagnostických testov a personalizovaný odhad rizika. Metódy: Kandidátske varianty budú vybrané s NNSplice a HSF. Minigény musia byť navrhnuté s exónmi, ktoré sú predmetom záujmu, a vložky musia byť generované syntézou génov/PCR s vysokou vernosťou a varianty sa zavádzajú prostredníctvom cielenej mutagenézy. Divoký typ a mutantné konštrukty budú funkčne testované na ľudských bunkových líniách a indukované anomálne prepisy budú charakterizované sekvenovaním a analýzou fragmentov. Funkčné mapovanie zosilňovačov GC exónov sa vykonáva pomocou exonických mikrodelécií, inhibície faktorov spájania siRNA a identifikácie faktorov spájania, ktoré sú súčasťou rozťahovacích testov. (Slovak)
18 August 2022
0 references
Cuspóirí: Tá tábhacht chliniciúil anaithnid ag baint le cion ard athraithigh DNA a bhraitear i ngéinte so-ghabhálachta ailse chíche oidhreachtúil (HCM). Ar an láimh eile, tá dírialáil splicing meicníocht etiopathogenic forleithne i géinte HCM. Is é ár gcuspóir deiridh an t-aicmiú feidhmiúil trí thrialacha splicing i minigens hibrideach de na leaganacha géiniteacha iarrthóra de phainéal de níos mó ná 30 géinte CMH braitheadh i 30,000 othar. Cuirfidh an staidéar seo sonraí riachtanacha ar fáil maidir lena n-aicmiú cliniciúil agus maidir le bunú an riosca a bhaineann leis na hathraithigh sin. Cuirfidh sé freisin le elucidation an speictrim predisposition géiniteach le hailse chíche oidhreachtúil, agus ról an splicing aberrant mar mheicníocht etiopathogenic sa ghalar seo. Cuspóirí sonracha: 1) roghnú bithfhaisnéisíochta na n-athraitheach; 2) tógáil agus bailíochtú na n-easón géine CMH minigenes ad hoc; 3) Sócháin a bhfuil tionchar acu ar splicing a shainaithint;4) Rialachán agus baint le galar exon le GC deontóirí aitíopúla géinte CMH (BRCA2, PALB2, RAD50) agus bealach deisithe DNA eile;5) Meastóireacht dhomhanda: ról na splicing aimhrialta in CMH, optamú tástálacha diagnóiseacha géiniteacha agus meastachán riosca pearsantaithe. Modhanna: Roghnófar malairtí iarrthóirí le NNSplice agus HSF. Déanfar mionghéiní a dhearadh de réir na n-ábhar spéise agus ginfear na hiatáin trí shintéis ghéin/PCR arddhílseacht agus tabharfaidh só-ghineacha dírithe isteach malairtí. Déanfar tástáil fheidhmiúil ar línte ceall daonna, agus beidh tras-scríbhinní aimhrialta spreagtha tréithrithe ag seicheamhú agus anailís ilroinnte. Déanfar mapáil fheidhmiúil ar fheabhsaitheoirí splicing exons GC trí bhíthin micreadheighiltí exónacha, cosc ar fhachtóirí splicing le siRNAnna agus sainaithint na bhfachtóirí splicinge a bhaineann le tástálacha tarraingthe anuas. (Irish)
18 August 2022
0 references
Cíle: Vysoký podíl DNA variant zjištěných v dědičných genech náchylnosti k rakovině prsu (HCM) má neznámý klinický význam. Na druhé straně je deregulace sesazování rozšířeným etiopatogenním mechanismem v genech HCM. Naším konečným cílem je funkční klasifikace sloučením zkoušek v hybridních minigenech potenciálních genetických variant panelu více než 30 genů CMH zjištěných u 30 000 pacientů. Tato studie poskytne základní údaje pro jejich klinickou klasifikaci a stanovení rizika spojeného s těmito variantami. Přispěje také k objasnění genetického predispozičního spektra dědičného karcinomu prsu a k roli aberantního sesazování jako etiopatogenního mechanismu v této nemoci. Specifické cíle: 1) bioinformatika výběr variant; 2) konstrukce a validace genových exonů CMH ad hoc minigenů; 3) Identifikace mutací s dopadem na sesazování;4) Regulace a zapojení do exonového onemocnění s atypickým dárcovským GC genů CMH (BRCA2, PALB2, RAD50) a jiné cesty opravy DNA;5) Globální hodnocení: úloha anomálního sesazování v CMH, optimalizace genetických diagnostických testů a personalizovaného odhadu rizik. Metody: Kandidátské varianty budou vybrány s NNSplice a HSF. Minigeny musí být navrženy s exony, které jsou předmětem zájmu, a vložky musí být generovány genovou syntézou/vysokou věrností PCR a varianty se zavedou cílenou mutagenezí. Volně žijící typy a mutantní konstrukce budou funkčně testovány na lidských buněčných liniích a indukované anomální přepisy budou charakterizovány sekvenováním a analýzou fragmentů. Funkční mapování sesazovacích posilovačů GC exonů se provádí pomocí exonických mikrodelecí, inhibice sesazovacích faktorů se siRNA a identifikace sesazovacích faktorů spojených s tažnými zkouškami. (Czech)
18 August 2022
0 references
Objetivos: Uma elevada proporção de variantes de ADN detetadas em genes de suscetibilidade hereditária do cancro da mama (CMH) são de significado clínico desconhecido. Por outro lado, a desregulação do splicing é um mecanismo etiopatogênico prevalente nos genes da CMH. Nosso objetivo final é a classificação funcional por splicing ensaios em minigênios híbridos das variantes genéticas candidatas de um painel de mais de 30 genes CMH detetados em 30 mil pacientes. Este estudo fornecerá dados essenciais para sua classificação clínica e para o estabelecimento do risco associado a essas variantes. Contribuirá também para a elucidação do espetro de predisposição genética para o cancro de mama hereditário e para o papel da emenda aberrante como mecanismo etiopatogênico nesta doença. Objetivos específicos: 1) seleção bioinformática de variantes; 2) construção e validação de exões do gene CMH minigenes ad hoc; 3) Identificação de mutações com impacto na emenda;4) Regulação e envolvimento na doença de exon com GC de doador atípico de genes CMH (BRCA2, PALB2, RAD50) e outra via de reparo de DNA;5) Avaliação global: papel do splicing anômalo na CMH, otimização de testes de diagnóstico genético e estimativa de risco personalizada. Métodos: As variantes candidatas serão selecionadas com NNSplice e HSF. Os Minigenes devem ser concebidos com os exões de interesse e as pastilhas devem ser geradas pela síntese genética/PCR de alta fidelidade e as variantes devem ser introduzidas por mutagénese dirigida. Construções do tipo selvagem e mutantes serão testadas funcionalmente em linhas telemóveis humanas, e transcrições anômalas induzidas serão caracterizadas por sequenciamento e análise de fragmentos. O mapeamento funcional dos intensificadores de emenda dos éons GC deve ser realizado por meio de microdeleções exónicas, inibição de fatores de emenda com siRNAs e identificação dos fatores de emenda envolvidos nos ensaios de tração. (Portuguese)
18 August 2022
0 references
Eesmärgid: Pärilikes rinnanäärmevähi tundlikkusgeenides (HCM) avastatud DNA variantide suur osakaal on teadmata kliinilise tähtsusega. Teiselt poolt on splikatsiooni dereguleerimine HCM-geenides levinud etiopatogeenne mehhanism. Meie lõppeesmärk on funktsionaalne klassifikatsioon, kasutades katseid enam kui 30 CMH geenist koosneva paneeli hübriidsete minigeenide hübriidide minigeenidega, mis tuvastati 30-l patsiendil. See uuring annab olulisi andmeid nende kliiniliseks klassifitseerimiseks ja nende variantidega seotud riski kindlakstegemiseks. Samuti aitab see selgitada päriliku rinnavähi geneetilise eelsoodumuse spektrit ja selle haiguse etiopatogeense mehhanismina aberrantse spliceerimise rolli. Konkreetsed eesmärgid: 1) bioinformaatika variantide valik; 2) CMH geeni eksons ad hoc minigeenide ehitus ja valideerimine; 3) Splicing’ile mõju avaldavate mutatsioonide kindlakstegemine; 4) reguleerimine ja seotus eksonhaigusega CMH geenide (BRCA2, PALB2, RAD50) ja muude DNA parandamise viiside atüüpilise doonor GC-ga;5) Üldine hindamine: anomaalse spliceerimise roll CMH-s, geneetiliste diagnostiliste testide optimeerimine ja personaliseeritud riskihindamine. Meetodid: Kandidaatvariandid valitakse NNSplice’i ja HSF-i abil. Minigeenid projekteeritakse huvipakkuvatel eksonitel ja vahetükid genereeritakse geenisünteesi/PCRi suure truuduse abil ning variandid sisestatakse suunatud mutageneesi teel. Looduslikud tüübid ja mutantkonstruktsioonid katsetatakse funktsionaalselt inimese rakuliinidel ning indutseeritud anomaalseid transkripte iseloomustab sekveneerimine ja fragmentide analüüs. Gaasikromatograafia eksonite splicing-tugevdajate funktsionaalne kaardistamine toimub eksooniliste mikrodeletsioonide abil, pidurdades splicingfaktoreid siRNA-dega ja tuvastades tõmbekatsetega seotud splicingfaktorid. (Estonian)
18 August 2022
0 references
Célkitűzések: Az örökletes emlőrák-érzékenységi génekben (HCM) kimutatott DNS variánsok nagy aránya ismeretlen klinikai jelentőséggel bír. Másrészt a splicing deregulációja a HCM génekben elterjedt etiopathogén mechanizmus. Végső célunk a funkcionális osztályozás egy 30 CMH génből álló panel genetikai variánsainak hibrid minigénjeiben végzett vizsgálatok összeillesztésével, melyet 30 000 betegnél észleltek. Ez a vizsgálat alapvető adatokat szolgáltat klinikai besorolásukhoz és az ezekkel a variánsokhoz kapcsolódó kockázatok megállapításához. Hozzájárul továbbá a genetikai hajlam spektrumának tisztázásához az örökletes emlőrák tekintetében, valamint az aberrant splicing mint etiopathogén mechanizmus szerepét ebben a betegségben. Konkrét célkitűzések: 1) a variánsok bioinformatikai kiválasztása; 2) a CMH gén exons ad hoc minigénjeinek építése és validálása; 3) A mutációk azonosítása, amelyek hatással vannak a splicingre;4) Rendelés és részvétel exonbetegségben a CMH gének atipikus donor GC-jével (BRCA2, PALB2, RAD50) és más DNS-javítási útvonallal;5) Globális értékelés: az anomáliás splicing szerepe a CMH-ban, a genetikai diagnosztikai vizsgálatok optimalizálása és a személyre szabott kockázatbecslés. Módszerek: A jelölt változatokat az NNSplice és a HSF segítségével választjuk ki. A minigéneket az érdeklődésre számot tartó exonokkal kell megtervezni, és a betéteket génszintézissel/PCR nagy hűséggel kell előállítani, és a változatokat irányított mutagenezissel kell bevezetni. A vad típusú és mutáns konstrukciókat funkcionálisan tesztelik az emberi sejtvonalakon, és az indukált anomáliás átiratokat szekvenálás és töredékelemzés jellemzi. A GC exonok splicing fokozóinak funkcionális feltérképezését exonikus mikrodeletionok, a siRNS-szel való splicing faktorok gátlása, valamint a legördülési vizsgálatok által érintett splicing faktorok azonosítása révén kell elvégezni. (Hungarian)
18 August 2022
0 references
Цели: Голяма част от вариантите на ДНК, открити в наследствени гени за възприемчивост към рак на гърдата (HCM), са с неизвестна клинична значимост. От друга страна, дерегулацията на снаждането е преобладаващ етиопатогенен механизъм в гените на HCM. Нашата крайна цел е функционалната класификация чрез сплитане на опити в хибридни минигени на кандидат генетични варианти на панел от над 30 CMH гени, открити при 30 000 пациенти. Това проучване ще предостави основни данни за тяхната клинична класификация и за установяването на риска, свързан с тези варианти. Той също така ще допринесе за изясняването на спектъра на генетично предразположение към наследствения рак на гърдата и ролята на анорантното свързване като етиопагенен механизъм при това заболяване. Специфични цели: 1) биоинформатика избор на варианти; 2) изграждане и валидиране на CMH ген екзони ad hoc minigenes; 3) Идентифициране на мутации с въздействие върху срастването; 4) регулиране и участие в екзонна болест с атипичен донор GC на CMH гени (BRCA2, PALB2, RAD50) и друг път за възстановяване на ДНК;5) Глобална оценка: роля на аномално свързване в CMH, оптимизиране на генетичните диагностични тестове и персонализирана оценка на риска. Методи: Кандидатите за варианти ще бъдат избрани с NNSplice и HSF. Minigenes се проектира с екзоните от значение, а вложките се генерират чрез генен синтез/PCR висока вярност, а вариантите се въвеждат чрез насочена мутагенеза. Див тип и мутантни конструкции ще бъдат функционално тествани върху човешки клетъчни линии, а индуцираните аномални преписи ще се характеризират с секвениране и анализ на фрагментите. Функционалното картографиране на подобрителите на GC екзони се извършва посредством екзонични микроделеции, инхибиране на снаждането на факторите със siRNAs и идентифициране на факторите на снаждане, включени в изпитванията за изтегляне. (Bulgarian)
18 August 2022
0 references
Tikslai: Didelė dalis DNR variantų, aptinkamų paveldimuose krūties vėžio jautrumo genuose (HCM), yra nežinomos klinikinės reikšmės. Kita vertus, jungties reguliavimo panaikinimas yra vyraujantis HCM genų etiopatogeninis mechanizmas. Mūsų galutinis tikslas yra funkcinė klasifikacija sujungus hibridinius minigenus iš potencialių genetinių variantų grupės, sudarytos iš daugiau nei 30 CMH genų, aptiktų 30 000 pacientų. Šis tyrimas suteiks esminių duomenų jų klinikinei klasifikacijai ir su šiais variantais susijusios rizikos nustatymui. Tai taip pat padės išsiaiškinti genetinio polinkio spektrą paveldimam krūties vėžiui ir aberranto, kaip etiopatogeninio mechanizmo, vaidmenį šioje ligai. Konkretūs tikslai: 1) bioinformatikos variantų parinkimas; 2) CMH genų exons ad hoc minigenų konstravimas ir patvirtinimas; 3) mutacijų, turinčių įtakos sandūroms, nustatymas;4) reguliavimas ir dalyvavimas egzoninėje ligai su atipiniu CMH genų donorų GC (BRCA2, PALB2, RAD50) ir kitu DNR atkūrimo būdu;5) Bendras įvertinimas: anomalaus sujungimo vaidmuo CMH, genetinių diagnostinių tyrimų optimizavimas ir individualizuotas rizikos įvertinimas. Metodai: Kandidatų variantai bus atrinkti su NNSplice ir HSF. Minigenai projektuojami atsižvelgiant į dominančius egzonus, o įdėklai generuojami genų sinteze/PGR dideliu ištikimumu, o variantai įvedami taikant kryptingą mutagenezę. Laukiniai tipo ir mutantiniai konstruktai bus funkciškai išbandyti žmogaus ląstelių linijose, o sukelti anomaliai transkriptai bus apibūdinami sekos ir fragmentų analize. GC egzonų sujungimo stipriklių funkcinis kartografavimas atliekamas naudojant egzoninius mikrodelelius, sandūrų veiksnių slopinimą siRNR ir sujungimo veiksnių, susijusių su traukimo bandymais, identifikavimą. (Lithuanian)
18 August 2022
0 references
Ciljevi: Visok udio varijanti DNK otkrivenih u nasljednim genima osjetljivosti na rak dojke (HCM) od nepoznatog je kliničkog značaja. S druge strane, deregulacija spojke je prevladavajući etiopatogeni mehanizam u HCM genima. Naš krajnji cilj je funkcionalna klasifikacija spajanjem ispitivanja hibridnih minigena kandidata genetskih varijanti panela od više od 30 CMH gena otkrivenih u 30.000 pacijenata. Ta će studija pružiti bitne podatke za njihovu kliničku klasifikaciju i utvrđivanje rizika povezanog s tim varijantama. Također će doprinijeti razjašnjavanju spektra genetske predispozicije nasljednom raku dojke i ulozi aberrantnog spajanja kao etiopatogene mehanizma u ovoj bolesti. Posebni ciljevi: 1) bioinformatika izbor varijanti; 2) izgradnja i validacija CMH gena exons ad hoc minigene; 3) Identifikacija mutacija s učinkom na spajanje;4) regulacija i sudjelovanje u egzonskoj bolesti s atipičnim GC donora CMH gena (BRCA2, PALB2, RAD50) i drugim načinima popravka DNK;5) Globalna procjena: uloga anomalija u CMH-u, optimizacija testova genetske dijagnostike i personalizirana procjena rizika. Metode: Varijante kandidata bit će odabrane s NNSplice i HSF. Minigenes moraju biti projektirani u skladu s interesnim eksonima, a umeci se generiraju genskom sintezom/visokom vjernošću PCR-a, a varijante se uvode usmjerenom mutagenezom. Konstrukcije divljeg tipa i mutanata funkcionalno će se testirati na ljudskim staničnim linijama, a inducirane anomalije bit će obilježene sekvenciranjem i analizom fragmenata. Funkcionalno mapiranje spojnih pojačivača GC egzona provodi se pomoću egzonskih mikrodelecija, inhibicije faktora spajanja sa siRNA-ima i utvrđivanja faktora spajanja uključenih u ispitivanja povlačenja. (Croatian)
18 August 2022
0 references
Mål: En hög andel DNA-varianter som upptäcks i ärftliga bröstcancergener (HCM) är av okänd klinisk betydelse. Å andra sidan är avreglering av skarvning en utbredd etiopatogen mekanism i HCM-gener. Vårt ultimata mål är den funktionella klassificeringen genom att dela upp försök i hybridminigens av de potentiella genetiska varianterna av en panel med mer än 30 CMH-gener som upptäckts hos 30 000 patienter. Denna studie kommer att ge viktiga data för deras kliniska klassificering och fastställandet av den risk som är förknippad med dessa varianter. Det kommer också att bidra till att belysa det genetiska predispositionsspektrumet för ärftlig bröstcancer, och rollen av avvikande skarvning som en etiopatogen mekanism i denna sjukdom. Särskilda mål: 1) Bioinformatik urval av varianter; 2) konstruktion och validering av CMH-genexoner ad hoc-minigener; 3) Identifiering av mutationer med påverkan på skarvning.4) Reglering och inblandning i exonsjukdom med atypisk donator GC av CMH-gener (BRCA2, PALB2, RAD50) och annan DNA-reparationsväg.5) Global utvärdering: rollen av anomalisk skarvning i CMH, optimering av genetiska diagnostiska tester och personlig riskuppskattning. Metoder: Kandidatvarianter kommer att väljas med NNSplice och HSF. Minigener ska utformas med exoner av intresse och skären ska genereras genom gensyntes/PCR-hög trohet och varianter ska införas genom riktad mutagenes. Wild-typ och mutantkonstruktioner kommer att testas funktionellt på mänskliga cellinjer, och inducerade anomala transkript kommer att karakteriseras av sekvenserings- och fragmentanalys. Den funktionella kartläggningen av skarvförstärkare för GC-exons ska utföras med hjälp av exoniska mikrodeletioner, hämning av skarvningsfaktorer med siRNA och identifiering av skarvfaktorer som ingår i pull-down-tester. (Swedish)
18 August 2022
0 references
Obiective: O proporție mare de variante de ADN detectate în genele de sensibilitate ereditară la cancerul mamar (HCM) au o semnificație clinică necunoscută. Pe de altă parte, dereglementarea îmbinării este un mecanism etiopatogen predominant în genele HCM. Scopul nostru final este clasificarea funcțională prin îmbinarea studiilor în minigenii hibride ale variantelor genetice candidate ale unui panou cu mai mult de 30 de gene CMH detectate la 30.000 de pacienți. Acest studiu va furniza date esențiale pentru clasificarea lor clinică și stabilirea riscului asociat acestor variante. Aceasta va contribui, de asemenea, la elucidarea spectrului de predispoziție genetică la cancerul de sân ereditar și la rolul îmbinării aberante ca mecanism etiopatogen în această boală. Obiective specifice: 1) selecția bioinformatică a variantelor; 2) construirea și validarea genei CMH exons ad hoc minigenes; 3) Identificarea mutațiilor cu impact asupra îmbinării;4) Regulamentul și implicarea în boala exon cu GC atipică a genelor CMH (BRCA2, PALB2, RAD50) și alte căi de reparare a ADN-ului;5) Evaluare globală: rolul îmbinării anormale în CMH, optimizarea testelor de diagnostic genetic și estimarea personalizată a riscurilor. Metode: Variantele candidatului vor fi selectate cu NNSplice și HSF. Minigenele sunt proiectate cu exoni de interes, iar inserțiile sunt generate de sinteza genelor/PCR de înaltă fidelitate, iar variantele se introduc prin mutageneză dirijată. Construcțiile de tip sălbatic și mutant vor fi testate funcțional pe liniile celulare umane, iar transcrierile anormale induse vor fi caracterizate prin secvențiere și analiza fragmentelor. Cartografierea funcțională a amelioratorilor de îmbinare ai exonilor GC se efectuează cu ajutorul microdeletelor exonice, al inhibării factorilor de îmbinare cu siRNA și al identificării factorilor de îmbinare implicați în încercările de tragere în jos. (Romanian)
18 August 2022
0 references
Cilji: Velik delež različic DNK, odkritih v dednih genih za dovzetnost za raka dojke (HCM), je neznanega kliničnega pomena. Po drugi strani pa je deregulacija spajanja prevladujoč etiopatogen mehanizem v genih HCM. Naš končni cilj je funkcionalna klasifikacija s spajanjem poskusov v hibridnih minigenih kandidatov za genetske variante plošče več kot 30 CMH genov, odkritih pri 30.000 bolnikih. Ta študija bo zagotovila bistvene podatke za njihovo klinično razvrstitev in ugotovitev tveganja, povezanega s temi različicami. Prispeval bo tudi k pojasnitvi spektra genetske predispozicije dednemu raku dojk in vlogi spajanja aberranta kot etiopatogenega mehanizma pri tej bolezni. Posebni cilji: 1) bioinformatična izbira variant; 2) gradnja in validacija genskih eksonov CMH ad hoc minigenov; 3) identifikacija mutacij, ki vplivajo na spajanje;4) regulacija in vpletenost v eksonsko bolezen z atipičnim GC darovalca genov CMH (BRCA2, PALB2, RAD50) in druge poti za popravilo DNK;5) Globalna ocena: vloga nepravilnega spajanja pri CMH, optimizacija genetskih diagnostičnih testov in personalizirana ocena tveganja. Metode: Kandidatne variante bodo izbrane z NNSplice in HSF. Minigeni so zasnovani z zanimivimi eksoni, vložki pa se ustvarijo s sintezo genov/visoko zvestobo PCR, različice pa se vnesejo z usmerjeno mutagenezo. Konstrukti divjega tipa in mutantov bodo funkcionalno preskušeni na človeških celičnih linijah, za inducirane anomalne transkripte pa bo značilno zaporedje in analiza fragmentov. Funkcionalno kartiranje pospeševalcev združevanja eksonov GC se izvaja z eksoničnimi mikroodstranitvami, zaviranjem faktorjev spajanja s siRNK in identifikacijo faktorjev spajanja, ki jih vključujejo preskusi s potegom. (Slovenian)
18 August 2022
0 references
Cele: Wysoki odsetek wariantów DNA wykrytych w genach wrażliwości na raka piersi (HCM) ma nieznane znaczenie kliniczne. Z drugiej strony, deregulacja łączenia jest powszechnym mechanizmem etiopatogennym w genach HCM. Naszym ostatecznym celem jest klasyfikacja funkcjonalna poprzez łączenie badań hybrydowych minigenów kandydujących wariantów genetycznych panelu ponad 30 genów CMH wykrytych u 30 pacjentów. Badanie to dostarczy danych niezbędnych do ich klasyfikacji klinicznej i ustalenia ryzyka związanego z tymi wariantami. Przyczyni się również do wyjaśnienia spektrum predyspozycji genetycznych do dziedzicznego raka piersi oraz do roli aberrant splicing jako mechanizmu etiopatogennego w tej chorobie. Cele szczegółowe: 1) bioinformatyczny wybór wariantów; 2) budowa i walidacja eksonów genów CMH ad hoc minigenów; 3) Identyfikacja mutacji mających wpływ na łączenie;4) regulacja i udział w chorobie exon z nietypowym dawcą genów CMH (BRCA2, PALB2, RAD50) i innych dróg naprawy DNA;5) Ocena globalna: rola anomalnego łączenia w CMH, optymalizacja genetycznych testów diagnostycznych i spersonalizowane szacowanie ryzyka. Metody: Warianty kandydujące zostaną wybrane z NNSplice i HSF. Minigeny są projektowane z wykorzystaniem eksonów będących przedmiotem zainteresowania, a wkładki są generowane przez syntezę genów/PCR o wysokiej wierności, a warianty wprowadza się w drodze mutagenezy ukierunkowanej. Dziki typ i zmutowane konstrukcje będą funkcjonalnie testowane na ludzkich liniach komórkowych, a indukowane anomalne transkrypty będą charakteryzować się sekwencjonowaniem i analizą fragmentów. Funkcjonalne odwzorowanie wzmacniaczy splatania eksonów GC przeprowadza się za pomocą mikrodelecji egzotycznych, zahamowania współczynników łączenia z siRNA oraz identyfikacji czynników łączenia związanych z testami rozciągnięcia. (Polish)
18 August 2022
0 references
Valladolid
0 references
20 December 2023
0 references
Identifiers
PI17_00227
0 references