GENETIC DETERMINANTS INVOLVED IN THE INVASIVE ADHERENT PATHOTYPE ESCHERICHIA COLI (AIEC) FOR IDENTIFICATION IN CROHN’S DISEASE. (Q3157086)
Jump to navigation
Jump to search
Project Q3157086 in Spain
| Language | Label | Description | Also known as |
|---|---|---|---|
| English | GENETIC DETERMINANTS INVOLVED IN THE INVASIVE ADHERENT PATHOTYPE ESCHERICHIA COLI (AIEC) FOR IDENTIFICATION IN CROHN’S DISEASE. |
Project Q3157086 in Spain |
Statements
39,530.7 Euro
0 references
72,600.0 Euro
0 references
54.45 percent
0 references
1 January 2014
0 references
31 December 2016
0 references
UNIVERSIDAD DE GERONA
0 references
17071
0 references
EL PATOTIPO ADHERENTE-INVASIVO DE ESCHERICHIA COLI (AIEC) HA SIDO IMPLICADO RECIENTEMENTE EN LA ETIOLOGIA DE LA ENFERMEDAD DE CROHN, ESPECIALMENTE EN PACIENTES CON AFECTACION ILEAL, AUNQUE CADA VEZ SON MAS LOS ESTUDIOS QUE TAMBIEN LO RELACIONAN CON OTRAS AFECTACIONES INTESTINALES COMO LA COLITIS ULCEROSA Y EL CANCER DE COLON. AMBAS ENFERMEDADES TIENEN UNA INCIDENCIA CRECIENTE EN PAISES DESARROLLADOS._x000D_ _x000D_ EL PATOTIPO AIEC SE DEFINE POR SU CAPACIDAD DE ADHERENCIA E INVASION DE CELULAS EPITELIALES INTESTINALES Y POR SER CAPAZ DE SOBREVIVIR Y REPLICARSE EN MACROFAGOS. LAS CEPAS AIEC AISLADAS HASTA EL MOMENTO SON GENETICAMENTE MUY DIVERSAS, PERTENECEN A DISTINTOS FILOGRUPOS Y PUEDEN PRESENTAR DIVERSOS GRUPOS DE GENES DE VIRULENCIA CARACTERISTICOS DE E. COLI PATOGENAS EXTRAINTESTINALES. NO OBSTANTE, EL HECHO DE TENER ESTOS GENES NO JUSTIFICA EL FENOTIPO AIEC. POR OTRO LADO, SE HA DEMOSTRADO QUE GENES DIRECTAMENTE IMPLICADOS EN LA PATOGENICIDAD DEL PATOTIPO SE HALLAN TAMBIEN EN CEPAS DE E. COLI NO PATOGENAS. EN RESUMEN, NO SE CONOCEN QUE DETERMINANTES GENETICOS ESTAN ESPECIFICAMENTE RELACIONADOS CON EL FENOTIPO AIEC. _x000D_ _x000D_ EN UN ESTUDIO PREVIO, NUESTRO GRUPO MOSTRO QUE AISLADOS DE E. COLI CON PULSOTIPOS IDENTICOS DIFIEREN EN EL FENOTIPO AIEC. EN EL ANTERIOR PROYECTO (GENAIEC, SAF2010-15896) SE SELECCIONARON TRES PAREJAS DE CEPAS (CADA PAREJA CONSISTE EN UN AISLADO AIEC Y UNO NO-AIEC CON EL MISMO PULSOTIPO) Y SE SECUENCIARON SUS GENOMAS. SE LLEVO A CABO UNA SECUENCIACION DE NOVO CON EL OBJETIVO DE TENER GENOMAS DE REFERENCIA DE ALTA CALIDAD EN QUE SE PUEDAN IDENTIFICAR NO SOLO DIFERENCIAS DE PRESENCIA/AUSENCIA DE GENES SINO TAMBIEN DIFERENCIAS ESTRUCTURALES. SE ANOTARON FUNCIONALMENTE LOS SEIS GENOMAS Y SE REALIZO UN ANALISIS COMPARATIVO DOS A DOS. LA COMPARACION DE CEPAS TAN CERCANAS GENETICAMENTE PERO QUE DIFIEREN EN EL FENOTIPO AIEC NOS HA PERMITIDO OBTENER UNA LISTA RELATIVAMENTE REDUCIDA DE ELEMENTOS GENETICOS CANDIDATOS. ADEMAS, AL SECUENCIAR TRES PAREJAS DE CEPAS QUE PERTENECEN A FILOGRUPOS DISTINTOS PODEMOS CONOCER QUE DIFERENCIAS SON ESPECIFICAS DE LA PAREJA ESTUDIADA Y CUALES SON ¿TRANSVERSALES¿ EN LAS AIEC DE DISTINTOS FILOGRUPOS._x000D_ EN EL PRESENTE PROYECTO PRETENDEMOS IDENTIFICAR ELEMENTOS GENETICOS DISTINTIVOS DEL PATOTIPO AIEC. EN PRIMER LUGAR SE PROPONE DISEÑAR HERRAMIENTAS MOLECULARES QUE PERMITAN LA DETECCION Y CUANTIFICACION DEL PATOTIPO AIEC, ACTUALMENTE INEXISTENTES, Y QUE PODRAN APLICARSE EN MUESTRAS DE PACIENTES. POR OTRO LADO, PRETENDEMOS CONOCER EL MECANISMO MEDIANTE EL CUAL ESTOS ELEMENTOS GENETICOS ESTAN IMPLICADOS EN LA PATOGENICIDAD DE LAS AIEC._x000D_ EL DISEÑO DE HERRAMIENTAS MOLECULARES PARA LA DETECCION DEL PATOTIPO AIEC PODRIA SER DE UTILIDAD EN EL DIAGNOSTICO DIFERENCIAL DE DISTINTOS SUBTIPOS DE ENFERMEDADES INFLAMATORIAS INTESTINALES. ADEMAS, ESTAS HERRAMIENTAS FACILITARIAN LOS ESTUDIOS A GRAN ESCALA, PUDIENDO CONOCER MEJOR LA PREVALENCIA DEL PATOTIPO E IDENTIFICAR LOS RESERVORIOS Y VIAS DE TRANSMISION. ESTOS ESTUDIOS SON DIFICILMENTE EJECUTABLES MEDIANTE LAS TECNICAS ACTUALES DE IDENTIFICACION DEL PATOTIPO. ADEMAS, ESCLARECER CUALES SON LOS DETERMINANTES GENETICOS RELACIONADOS CON SU PATOGENICIDAD NO SOLO AYUDARIA A COMPRENDER MEJOR EL MECANISMO DE PATO¬GENICIDAD DEL PATOTIPO SI NO QUE SIGNIFICARIA UN GRAN AVANCE EN LA DETECCION DE NUEVAS DIANAS TERAPEUTICAS PARA LA ENFERMEDAD DE CROHN. (Spanish)
0 references
THE ADHERENT-INVASIVE PATHOTYPE OF ESCHERICHIA COLI (AIEC) HAS RECENTLY BEEN INVOLVED IN THE ETIOLOGY OF CROHN’S DISEASE, ESPECIALLY IN PATIENTS WITH ILEAL INVOLVEMENT, ALTHOUGH MORE AND MORE STUDIES ALSO RELATE IT TO OTHER INTESTINAL EFFECTS SUCH AS ULCERATIVE COLITIS AND COLON CANCER. Both DISEASES HAVE A GREAT INCIDENCE IN DEVELOPED COUNTRIES._x000D_ _x000D_ The AIEC pathotype is defamed by its capacity of ADHERENCE AND INVASION OF INTESTINAL EPITELIAL CELLS AND FOR BEING THERE ON and replicated in macrophages. THE AIEC STRAINS ISOLATED SO FAR ARE GENETICLY DIVERSE, BELONG TO DIFFERENT PHYLOGRUPOS AND MAY PRESENT DIFFERENT GROUPS OF VIRULENCE GENES CHARACTERISTIC OF E. COLI EXTRAINTESTINAL PATHOGENS. HOWEVER, HAVING THESE GENES DOES NOT JUSTIFY THE AIEC PHENOTYPE. ON THE OTHER HAND, IT HAS BEEN SHOWN THAT GENES DIRECTLY INVOLVED IN PATHOGENICITY OF THE PATHOTYPE ARE ALSO FOUND IN NON-PATHOGENOUS E. COLI STRAINS. IN SHORT, IT IS NOT KNOWN THAT GENETIC DETERMINANTS ARE SPECIFICALLY RELATED TO THE AIEC PHENOTYPE. _x000D_ _x000D_ in A PREVIOUS STUDY, OUR GROUP MOSSITED OF E. COLI WITH IDENTIC PULSOTIPES DIFY IN THE AIEC FENOTIPO. IN THE PREVIOUS PROJECT (GENAIEC, SAF2010-15896) THREE PAIRS OF STRAINS WERE SELECTED (EACH PAIR CONSISTS OF AN AIEC ISOLATE AND ONE NON-AIEC WITH THE SAME PULSOTIPO) AND THEIR GENOMES WERE SEQUENCED. A NOVO SEQUENCING WAS CARRIED OUT WITH THE AIM OF HAVING HIGH QUALITY REFERENCE GENOMES IN WHICH NOT ONLY DIFFERENCES IN PRESENCE/ABSENCE OF GENES BUT ALSO STRUCTURAL DIFFERENCES CAN BE IDENTIFIED. THE SIX GENOMES WERE RECORDED FUNCTIONALLY AND A COMPARATIVE ANALYSIS WAS PERFORMED TWO TO TWO. THE COMPARISON OF STRAINS SO CLOSE GENETICLY BUT DIFFERING IN THE AIEC PHENOTYPE HAS ALLOWED US TO OBTAIN A RELATIVELY SMALL LIST OF CANDIDATE GENETIC ELEMENTS. In addition, by sequencing THREE WORKS OF CEPAS THREE WE CAN KNOW THREE DIFFERENCES OF THE STUDY WORK AND WHAT WHAT ARE ANSVERSAL IN THE AIEC OF FILOGRUP DYSTINTS._x000D_ IN THE PRESENT PROJECT we intend to identify geographically disciplining GENETIC ELEMENTS of the AIEC pathotype. FIRSTLY, IT IS PROPOSED TO DESIGN MOLECULAR TOOLS THAT ALLOW THE DETECTION AND QUANTIFICATION OF THE CURRENTLY NON-EXISTENT AIEC PATHOTYPE AND THAT CAN BE APPLIED IN PATIENT SAMPLES. By another side, we intend to know the mechanism by means of which these GENETIC elements are involved in the pathotype AIEC._x000D_ the design of molecular tools for the detection of the pathotype AIEC could be of use in the DIAGGNOSTICO DIFFERENTIAL of different subtypes of INTESTINAL INFLAMATORY DISEASES. IN ADDITION, THESE TOOLS WOULD FACILITATE LARGE-SCALE STUDIES, BEING ABLE TO BETTER UNDERSTAND THE PREVALENCE OF THE PATHOTYPE AND IDENTIFY RESERVOIRS AND TRANSMISSION PATHWAYS. THESE STUDIES ARE DIFFICULT TO EXECUTE USING CURRENT PATHOTYPE IDENTIFICATION TECHNIQUES. IN ADDITION, CLARIFYING WHAT ARE THE GENETIC DETERMINANTS RELATED TO ITS PATHOGENICITY WOULD NOT ONLY HELP TO BETTER UNDERSTAND THE PATHOGENICITY MECHANISM OF THE PATHOTYPE BUT WOULD MEAN A GREAT ADVANCE IN THE DETECTION OF NEW THERAPEUTIC TARGETS FOR CROHN’S DISEASE. (English)
12 October 2021
0.1661527705848929
0 references
LE PATHOTYPE ENVAHISSANT D’ESCHERICHIA COLI (AIEC) A RÉCEMMENT ÉTÉ IMPLIQUÉ DANS L’ÉTIOLOGIE DE LA MALADIE DE CROHN, EN PARTICULIER CHEZ LES PATIENTS ATTEINTS D’UNE ATTEINTE ILÉALE, BIEN QUE DE PLUS EN PLUS D’ÉTUDES LE RELIENT À D’AUTRES EFFETS INTESTINAUX TELS QUE LA COLITE ULCÉREUSE ET LE CANCER DU CÔLON. Les deux DISEASES ont une grande INCIDENCE DANS LES PAYS DÉVELOPPÉS._x000D_ _x000D_ Le pathotype de l’AIEC est diffamé par sa capacité d’ADHERENCE ET D’INVASION DE CELLS EPITELIAL INTESTINAUX ET POUR L’ÊTRE SUR et répliqué dans les macrophages. LES SOUCHES AIEC ISOLÉES JUSQU’À PRÉSENT SONT GÉNÉTIQUEMENT DIVERSES, APPARTIENNENT À DIFFÉRENTS PHYLOGRUPOS ET PEUVENT PRÉSENTER DIFFÉRENTS GROUPES DE GÈNES DE VIRULENCE CARACTÉRISTIQUES DES PATHOGÈNES EXTRA-INTESTINAUX D’E. COLI. CEPENDANT, LA PRÉSENCE DE CES GÈNES NE JUSTIFIE PAS LE PHÉNOTYPE AIEC. D’AUTRE PART, IL A ÉTÉ DÉMONTRÉ QUE DES GÈNES DIRECTEMENT IMPLIQUÉS DANS LA PATHOGÉNICITÉ DU PATHOTYPE SE TROUVENT ÉGALEMENT DANS DES SOUCHES NON PATHOGÈNES D’E. COLI. EN BREF, ON IGNORE QUE LES DÉTERMINANTS GÉNÉTIQUES SONT SPÉCIFIQUEMENT LIÉS AU PHÉNOTYPE AIEC. _x000D_ _x000D_ dans UNE ÉTUDE PRÉVUE, NOTRE GROUPE MOSSITE D’E. COLI AVEC identiques PULSOTIPES DIVERS DANS LA FÉNOTOPO DE L’AIEC. DANS LE PROJET PRÉCÉDENT (GENAIEC, SAF2010-15896) TROIS PAIRES DE SOUCHES ONT ÉTÉ SÉLECTIONNÉES (CHAQUE PAIRE EST CONSTITUÉE D’UN ISOLAT AIEC ET D’UNE NON-AIEC AVEC LE MÊME PULSOTIPO) ET LEURS GÉNOMES ONT ÉTÉ SÉQUENCÉS. UN SÉQUENÇAGE NOVO A ÉTÉ RÉALISÉ DANS LE BUT D’AVOIR DES GÉNOMES DE RÉFÉRENCE DE HAUTE QUALITÉ DANS LESQUELS NON SEULEMENT DES DIFFÉRENCES DE PRÉSENCE/ABSENCE DE GÈNES, MAIS AUSSI DES DIFFÉRENCES STRUCTURELLES PEUVENT ÊTRE IDENTIFIÉES. LES SIX GÉNOMES ONT ÉTÉ ENREGISTRÉS SUR LE PLAN FONCTIONNEL ET UNE ANALYSE COMPARATIVE A ÉTÉ EFFECTUÉE DE DEUX À DEUX. LA COMPARAISON DES SOUCHES SI ÉTROITES SUR LE PLAN GÉNÉTIQUE, MAIS DIFFÉRENCIÉES PAR LE PHÉNOTYPE AIEC, NOUS A PERMIS D’OBTENIR UNE LISTE RELATIVEMENT RESTREINTE D’ÉLÉMENTS GÉNÉTIQUES CANDIDATS. En outre, en séquençant TROIS TRAVAILS DES CESPES TROIS NOUS NE SAVOIR TROIS DIFFERENCES DE L’ÉTUDE DE TRAVAIL ET QU’IL EST AVEC L’AIEC DES DYSTINTS DE FILOGRUP._x000D_ DANS LE PROJET PRÉSENT, nous avons l’intention d’identifier les ÉLÉMENTS GENETIQUEs de discipline géographique du pathotype AIEC. PREMIÈREMENT, IL EST PROPOSÉ DE CONCEVOIR DES OUTILS MOLÉCULAIRES QUI PERMETTENT LA DÉTECTION ET LA QUANTIFICATION DU PATHOTYPE AIEC ACTUELLEMENT INEXISTANT ET QUI PEUVENT ÊTRE APPLIQUÉS DANS DES ÉCHANTILLONS DE PATIENTS. D’un autre côté, nous avons l’intention de connaître le mécanisme par lequel ces éléments GENETIC sont impliqués dans le pathotype AIEC._x000D_ la conception d’outils moléculaires pour la détection du pathotype AIEC pourrait être utilisée dans le DIAGGNOSTICO DIFFERENTIAL de différents sous-types de DISEASES inflammatoires INTESTINAUX. DE PLUS, CES OUTILS FACILITERAIENT LES ÉTUDES À GRANDE ÉCHELLE, EN MESURE DE MIEUX COMPRENDRE LA PRÉVALENCE DU PATHOTYPE ET D’IDENTIFIER LES RÉSERVOIRS ET LES VOIES DE TRANSMISSION. CES ÉTUDES SONT DIFFICILES À RÉALISER À L’AIDE DES TECHNIQUES ACTUELLES D’IDENTIFICATION DES PATHOTYPES. EN OUTRE, PRÉCISER QUELS SONT LES DÉTERMINANTS GÉNÉTIQUES LIÉS À SA PATHOGÉNICITÉ AIDERAIT NON SEULEMENT À MIEUX COMPRENDRE LE MÉCANISME DE PATHOGÉNICITÉ DU PATHOTYPE, MAIS CONSTITUERAIT UNE AVANCÉE IMPORTANTE DANS LA DÉTECTION DE NOUVELLES CIBLES THÉRAPEUTIQUES POUR LA MALADIE DE CROHN. (French)
4 December 2021
0 references
DER ANHAFTENDE INVASIVE PATHOTYP VON ESCHERICHIA COLI (AIEC) WAR VOR KURZEM AN DER ÄTIOLOGIE DER MORBUS CROHN BETEILIGT, INSBESONDERE BEI PATIENTEN MIT ILEALER BETEILIGUNG, OBWOHL ES IMMER MEHR STUDIEN AUCH AUF ANDERE DARMEFFEKTE WIE COLITIS ULCEROSA UND DICKDARMKREBS BEZIEHEN. Beide DISEASES haben eine große INCIDENCE IN DEVELOPED COUNTRIES._x000D_ _x000D_ Der AIEC Pathotyp wird durch seine Fähigkeit von ADHERENCE und INVASION OF INTESTINAL EPITELIAL CELLS und für das Benehmen von Makrophagen diffamiert. DIE BISHER ISOLIERTEN AIEC-STÄMME SIND GENETISCH VIELFÄLTIG, GEHÖREN ZU VERSCHIEDENEN PHYLOGRUPOS UND KÖNNEN VERSCHIEDENE GRUPPEN VON VIRULENZGENEN AUFWEISEN, DIE FÜR E. COLI-EXTRAINTESTINALPATHOGENE CHARAKTERISTISCH SIND. DIE VERWENDUNG DIESER GENE RECHTFERTIGT JEDOCH NICHT DEN AIEC-PHÄNOTYP. ANDERERSEITS WURDE GEZEIGT, DASS GENE, DIE DIREKT AN DER PATHOGENITÄT DES PATHOTYPS BETEILIGT SIND, AUCH IN NICHTPATHOGENEN E. COLI-STÄMMEN VORKOMMEN. KURZ GESAGT, ES IST NICHT BEKANNT, DASS GENETISCHE DETERMINANTEN SPEZIELL MIT DEM AIEC-PHÄNOTYP ZUSAMMENHÄNGEN. _x000D_ _x000D_ in einer PREVIOUS STUDY, UNSER GRUPPE MOSSITED OF E. COLI MIT identischen PULSOTIPES dify in der AIEC FENOTIPO. IM VORANGEGANGENEN PROJEKT (GENAIEC, SAF2010-15896) WURDEN DREI STÄMMEPAARE AUSGEWÄHLT (JEDES PAAR BESTEHT AUS EINEM AIEC-ISOLAT UND EINEM NICHT-AIEC MIT DEM GLEICHEN PULSOTIPO) UND IHRE GENOME WURDEN SEQUENZIERT. EINE NOVO-SEQUENZIERUNG WURDE MIT DEM ZIEL DURCHGEFÜHRT, QUALITATIV HOCHWERTIGE REFERENZGENOME ZU HABEN, BEI DENEN NICHT NUR UNTERSCHIEDE IN DER PRÄSENZ/ABWESENHEIT VON GENEN, SONDERN AUCH STRUKTURELLE UNTERSCHIEDE IDENTIFIZIERT WERDEN KÖNNEN. DIE SECHS GENOME WURDEN FUNKTIONELL ERFASST UND EINE VERGLEICHENDE ANALYSE ZWEI BIS ZWEI DURCHGEFÜHRT. DER VERGLEICH VON STÄMMEN SO ENG GENETISCH, ABER UNTERSCHIEDLICH IM AIEC-PHÄNOTYP HAT UNS ERLAUBT, EINE RELATIV KLEINE LISTE VON KANDIDATEN GENETISCHE ELEMENTE ZU ERHALTEN. Darüber hinaus wollen wir durch Sequencing THREE WORKS OF CEPAS THREE DIFFERENCES OF THE STUDY WORK UND WHAT WAS ansversal in der AIEC von FILOGRUP DYSTINTS._x000D_ IN THE PRESENT PROJECT erkennen, geografisch disziplinierende GENETIC ELEMENTE des AIEC Pathotyps zu identifizieren. ERSTENS WIRD VORGESCHLAGEN, MOLEKULARE INSTRUMENTE ZU ENTWICKELN, DIE DEN NACHWEIS UND DIE QUANTIFIZIERUNG DES DERZEIT NICHT EXISTIERENDEN AIEC-PFASOTYPS ERMÖGLICHEN UND DIE IN PATIENTENPROBEN ANGEWENDET WERDEN KÖNNEN. An einer anderen Seite wollen wir wissen, mit welchem Mechanismus diese GENETIC-Elemente am Pathotyp AIEC beteiligt sind._x000D_ das Design molekularer Werkzeuge zum Nachweis des Pathotyps AIEC könnte im DIAGGNOSTICO DIFFERENTIAL verschiedener Subtypen von INTESTINAL-Inflamatory DISEASES verwendet werden. DARÜBER HINAUS WÜRDEN DIESE INSTRUMENTE GROSS ANGELEGTE STUDIEN ERLEICHTERN, UM DIE PRÄVALENZ DES PATHOTYPS BESSER ZU VERSTEHEN UND STAUSEEN UND ÜBERTRAGUNGSWEGE ZU IDENTIFIZIEREN. DIESE STUDIEN SIND MIT AKTUELLEN PATHOTYP-IDENTIFIZIERUNGSTECHNIKEN SCHWER DURCHZUFÜHREN. DARÜBER HINAUS WÜRDE DIE KLÄRUNG DER GENETISCHEN DETERMINANTEN IM ZUSAMMENHANG MIT SEINER PATHOGENITÄT NICHT NUR DAZU BEITRAGEN, DEN PATHOGENITÄTSMECHANISMUS DES PATHOTYPS BESSER ZU VERSTEHEN, SONDERN WÜRDE EINEN GROSSEN FORTSCHRITT BEIM NACHWEIS NEUER THERAPEUTISCHER ZIELE FÜR DIE MORBUS CROHN BEDEUTEN. (German)
9 December 2021
0 references
HET AANHANGEND-INVASIEVE PATHOTYPE VAN ESCHERICHIA COLI (AIEC) IS ONLANGS BETROKKEN GEWEEST BIJ DE ETIOLOGIE VAN DE ZIEKTE VAN CROHN, VOORAL BIJ PATIËNTEN MET ILEALE BETROKKENHEID, HOEWEL STEEDS MEER STUDIES HET OOK RELATEREN AAN ANDERE DARMEFFECTEN ZOALS COLITIS ULCEROSA EN DARMKANKER. Beide DISEASES HAVE A GROTE INCIDENCE IN DEVELOPED COUNTRIES._x000D_ _x000D_ Het AIEC pathotype wordt afgekeurd door zijn capaciteit van ADHERENCE EN INNVASIE VAN INTESTINAL EPITELIAL CELLS EN VOOR HET ZIJN AAN en gerepliceerd in macrofagen. DE TOT NU TOE GEÏSOLEERDE AIEC-STAMMEN ZIJN GENETISCH DIVERS, BEHOREN TOT VERSCHILLENDE PHYLOGRUPOS EN KUNNEN VERSCHILLENDE GROEPEN VIRULENTIEGENEN VERTONEN DIE KENMERKEND ZIJN VOOR E. COLI EXTRA-INTESTINALE PATHOGENEN. HET HEBBEN VAN DEZE GENEN RECHTVAARDIGT ECHTER NIET HET AIEC-FENOTYPE. ANDERZIJDS IS AANGETOOND DAT GENEN DIE DIRECT BETROKKEN ZIJN BIJ PATHOGENITEIT VAN HET PATHOTYPE OOK VOORKOMEN IN NIET-PATHOGENE E. COLI STAMMEN. KORTOM, HET IS NIET BEKEND DAT GENETISCHE DETERMINANTEN SPECIFIEK GERELATEERD ZIJN AAN HET AIEC FENOTYPE. _x000D_ _x000D_ in A PREVIOUS STUDY, ONZE GROUP MOSSITED VAN E. KOLI MET identieke PULSOTIPES dificeren in de AIEC FENOTIPO. IN HET VORIGE PROJECT (GENAIEC, SAF2010-15896) WERDEN DRIE PAAR STAMMEN GESELECTEERD (ELK PAAR BESTAAT UIT EEN AIEC-ISOLAAT EN ÉÉN NIET-AIEC MET DEZELFDE PULSOTIPO) EN HUN GENOOM WERD OPEENVOLGD. EEN NOVO SEQUENCING WERD UITGEVOERD MET ALS DOEL HET HEBBEN VAN EEN HOGE KWALITEIT REFERENTIEGENOMEN WAARIN NIET ALLEEN VERSCHILLEN IN AANWEZIGHEID/AFWEZIGHEID VAN GENEN, MAAR OOK STRUCTURELE VERSCHILLEN KUNNEN WORDEN VASTGESTELD. DE ZES GENOMENEN WERDEN FUNCTIONEEL GEREGISTREERD EN EEN VERGELIJKENDE ANALYSE WERD UITGEVOERD TWEE TOT TWEE. DE VERGELIJKING VAN STAMMEN ZO DICHT GENETISCH MAAR VERSCHILLEND IN HET AIEC FENOTYPE HEEFT ONS IN STAAT GESTELD OM EEN RELATIEF KLEINE LIJST VAN KANDIDAAT-GENETISCHE ELEMENTEN TE VERKRIJGEN. Bovendien, door het rangschikken van DEZE WERKS VAN CEPAS DHREE WE KUNNEN DIE DIFFERENCES VAN HET STUDY WORK EN WAT WAT ZIJN ansversaal zijn in de AIEC of FILOGRUP DYSTINTS._x000D_ IN THE PRESENT PROJECT we zijn van plan om geografisch disciplining GENETIC ELEMENTS van het AIEC pathotype te identificeren. TEN EERSTE WORDT VOORGESTELD MOLECULAIRE INSTRUMENTEN TE ONTWERPEN DIE DE DETECTIE EN KWANTIFICERING VAN HET HUIDIGE NIET-BESTAANDE AIEC-PATHOTYPE MOGELIJK MAKEN EN DAT IN PATIËNTENMONSTERS KAN WORDEN TOEGEPAST. Aan een andere kant willen we het mechanisme kennen waarmee deze GENETIC elementen betrokken zijn bij het pathotype AIEC._x000D_ het ontwerp van moleculaire hulpmiddelen voor de detectie van het pathotype AIEC zou van nut kunnen zijn in de DIAGGNOSTICO DIFFERENTIAL van verschillende subtypes van INTESTINAL inflamatoire DISEASES. BOVENDIEN ZOUDEN DEZE INSTRUMENTEN GROOTSCHALIGE STUDIES VERGEMAKKELIJKEN, DE PREVALENTIE VAN HET PATHOTYPE BETER KUNNEN BEGRIJPEN EN RESERVOIRS EN TRANSMISSIEROUTES KUNNEN IDENTIFICEREN. DEZE STUDIES ZIJN MOEILIJK UIT TE VOEREN MET BEHULP VAN DE HUIDIGE PATHOTYPE IDENTIFICATIE TECHNIEKEN. BOVENDIEN ZOU HET VERDUIDELIJKEN VAN DE GENETISCHE DETERMINANTEN MET BETREKKING TOT DE PATHOGENITEIT ERVAN NIET ALLEEN HELPEN OM HET PATHOGENITEITSMECHANISME VAN HET PATHOTYPE BETER TE BEGRIJPEN, MAAR ZOU OOK EEN GROTE VOORUITGANG BETEKENEN IN DE DETECTIE VAN NIEUWE THERAPEUTISCHE DOELEN VOOR DE ZIEKTE VAN CROHN. (Dutch)
17 December 2021
0 references
IL PATOTIPO ADERENTE-INVASIVO DI ESCHERICHIA COLI (AIEC) È STATO RECENTEMENTE COINVOLTO NELL'EZIOLOGIA DELLA MALATTIA DI CROHN, SOPRATTUTTO NEI PAZIENTI CON COINVOLGIMENTO ILEALE, ANCHE SE SEMPRE PIÙ STUDI LO RIGUARDANO ANCHE CON ALTRI EFFETTI INTESTINALI COME LA COLITE ULCEROSA E IL CANCRO DEL COLON. Entrambi i DISEASES hanno una grande INCIDENCE NEI PAESI SVILUPpati._x000D_ _x000D_ Il pathotype AIEC è diffamato per la sua capacità di ADHERENCE E INVASIONE DI CELLI EPITELIALI INTESTINALI E PER ESSERE SU e replicati in macrofagi. I CEPPI AIEC FINORA ISOLATI SONO GENETICAMENTE DIVERSI, APPARTENGONO A DIVERSI PHYLOGRUPOS E POSSONO PRESENTARE DIVERSI GRUPPI DI GENI DI VIRULENZA CARATTERISTICI DEGLI AGENTI PATOGENI EXTRAINTESTINALI DI E. COLI. TUTTAVIA, AVERE QUESTI GENI NON GIUSTIFICA IL FENOTIPO AIEC. D'ALTRA PARTE, È STATO DIMOSTRATO CHE I GENI DIRETTAMENTE COINVOLTI NELLA PATOGENICITÀ DEL PATOTIPO SI TROVANO ANCHE NEI CEPPI DI E. COLI NON PATOGENO. IN BREVE, NON È NOTO CHE I DETERMINANTI GENETICI SIANO SPECIFICAMENTE CORRELATI AL FENOTIPO AIEC. _x000D_ _x000D_ in uno STUDY PREVIOUS, NOSTRO GRUPPO MOSSITATO DI E. COLI con PULSOTIPES identici dify NELL'AIEC FENOTIPO. NEL PROGETTO PRECEDENTE (GENAIEC, SAF2010-15896) SONO STATE SELEZIONATE TRE COPPIE DI CEPPI (OGNI COPPIA È COSTITUITA DA UN ISOLATO AIEC E UNA NON-AIEC CON LO STESSO PULSOTIPO) E I LORO GENOMI SONO STATI SEQUENZIATI. UN SEQUENZIAMENTO NOVO È STATO EFFETTUATO CON L'OBIETTIVO DI AVERE GENOMI DI RIFERIMENTO DI ALTA QUALITÀ IN CUI NON SOLO SI POSSONO INDIVIDUARE DIFFERENZE NELLA PRESENZA/ASSENZA DI GENI, MA ANCHE DIFFERENZE STRUTTURALI. I SEI GENOMI SONO STATI REGISTRATI FUNZIONALMENTE E UN'ANALISI COMPARATIVA È STATA ESEGUITA DA DUE A DUE. IL CONFRONTO TRA CEPPI COSÌ STRETTI DAL PUNTO DI VISTA GENETICO MA DIVERSIFICATI NEL FENOTIPO AIEC CI HA PERMESSO DI OTTENERE UNA LISTA RELATIVAMENTE PICCOLA DI ELEMENTI GENETICI CANDIDATI. Inoltre, sequenziando TRE LAVORI DI CEPA TRE NOI possiamo conoscere TRE DIFFERENZE DEL LAVORO STUDY E COSA CHE SONO ansversali NELL'AIEC DI FILOGRUP DYSTINTS._x000D_Nel PROGETTO PRESENTE intendiamo identificare geograficamente gli ELEmenti GENETICI del pathotipo AIEC. IN PRIMO LUOGO, SI PROPONE DI PROGETTARE STRUMENTI MOLECOLARI CHE CONSENTANO DI INDIVIDUARE E QUANTIFICARE IL PATOTIPO AIEC ATTUALMENTE INESISTENTE E CHE POSSONO ESSERE APPLICATI SU CAMPIONI DI PAZIENTI. Da un'altra parte, intendiamo conoscere il meccanismo attraverso il quale questi elementi GENETIC sono coinvolti nel pathotipo AIEC._x000D_ la progettazione di strumenti molecolari per la rilevazione del patotipo AIEC potrebbe essere di uso nel DIAGGNOSTICO DIFFERENTIAL di diversi sottotipi di DISEASES infiammazione INTESTINALI. INOLTRE, QUESTI STRUMENTI FACILITEREBBERO STUDI SU LARGA SCALA, ESSENDO IN GRADO DI COMPRENDERE MEGLIO LA PREVALENZA DEL PATOTIPO E IDENTIFICARE I SERBATOI E LE VIE DI TRASMISSIONE. QUESTI STUDI SONO DIFFICILI DA ESEGUIRE UTILIZZANDO LE ATTUALI TECNICHE DI IDENTIFICAZIONE DEL PATOTIPO. INOLTRE, CHIARIRE QUALI SONO I DETERMINANTI GENETICI LEGATI ALLA SUA PATOGENICITÀ NON SOLO AIUTEREBBE A COMPRENDERE MEGLIO IL MECCANISMO DI PATOGENICITÀ DEL PATOTIPO, MA SIGNIFICHEREBBE UN GRANDE PROGRESSO NELL'INDIVIDUAZIONE DI NUOVI OBIETTIVI TERAPEUTICI PER LA MALATTIA DI CROHN. (Italian)
16 January 2022
0 references
Ο ΠΑΘΌΤΥΠΟΣ ΤΟΥ ESCHERICHIA COLI (AIEC) ΈΧΕΙ ΠΡΌΣΦΑΤΑ ΕΜΠΛΑΚΕΊ ΣΤΗΝ ΑΙΤΙΟΛΟΓΊΑ ΤΗΣ ΝΌΣΟΥ ΤΟΥ CROHN, ΕΙΔΙΚΆ ΣΕ ΑΣΘΕΝΕΊΣ ΜΕ ΕΙΛΕΙΚΉ ΣΥΜΜΕΤΟΧΉ, ΑΝ ΚΑΙ ΌΛΟ ΚΑΙ ΠΕΡΙΣΣΌΤΕΡΕΣ ΜΕΛΈΤΕΣ ΤΟΝ ΣΥΣΧΕΤΊΖΟΥΝ ΕΠΊΣΗΣ ΜΕ ΆΛΛΕΣ ΕΝΤΕΡΙΚΈΣ ΕΠΙΔΡΆΣΕΙΣ ΌΠΩΣ Η ΕΛΚΏΔΗΣ ΚΟΛΊΤΙΔΑ ΚΑΙ Ο ΚΑΡΚΊΝΟΣ ΤΟΥ ΠΑΧΈΟΣ ΕΝΤΈΡΟΥ. Και οι δύο ΔΗΜΟΣΙΕΥΣΕΙΣ έχουν μια μεγάλη αδιαφορία σε αναπτυσσόμενες χώρες._x000D_ _x000D_ Ο παθότυπος AIEC δυσφήμησε από την ικανότητά του να προσελκύσει και να εισβάλει σε μακροφάγα. ΤΑ ΣΤΕΛΈΧΗ AIEC ΠΟΥ ΈΧΟΥΝ ΑΠΟΜΟΝΩΘΕΊ ΜΈΧΡΙ ΣΤΙΓΜΉΣ ΕΊΝΑΙ ΓΕΝΕΤΙΚΆ ΠΟΙΚΊΛΑ, ΑΝΉΚΟΥΝ ΣΕ ΔΙΑΦΟΡΕΤΙΚΆ PHYLOGRUPOS ΚΑΙ ΕΝΔΈΧΕΤΑΙ ΝΑ ΠΑΡΟΥΣΙΆΖΟΥΝ ΔΙΑΦΟΡΕΤΙΚΈΣ ΟΜΆΔΕΣ ΓΟΝΙΔΊΩΝ ΛΟΙΜΟΓΌΝΟΥ ΠΑΡΆΓΟΝΤΑ ΠΟΥ ΧΑΡΑΚΤΗΡΊΖΟΥΝ ΤΑ ΕΞΩΕΝΤΕΡΙΚΆ ΠΑΘΟΓΌΝΑ E. COLI. ΩΣΤΌΣΟ, Η ΎΠΑΡΞΗ ΑΥΤΏΝ ΤΩΝ ΓΟΝΙΔΊΩΝ ΔΕΝ ΔΙΚΑΙΟΛΟΓΕΊ ΤΟΝ ΦΑΙΝΌΤΥΠΟ AIEC. ΑΠΌ ΤΗΝ ΆΛΛΗ ΠΛΕΥΡΆ, ΈΧΕΙ ΑΠΟΔΕΙΧΘΕΊ ΌΤΙ ΓΟΝΊΔΙΑ ΠΟΥ ΕΜΠΛΈΚΟΝΤΑΙ ΆΜΕΣΑ ΣΤΗΝ ΠΑΘΟΓΈΝΕΙΑ ΤΟΥ ΠΑΘΟΤΎΠΟΥ ΒΡΊΣΚΟΝΤΑΙ ΕΠΊΣΗΣ ΣΕ ΜΗ ΠΑΘΟΓΌΝΑ ΣΤΕΛΈΧΗ E. COLI. ΕΝ ΟΛΊΓΟΙΣ, ΔΕΝ ΕΊΝΑΙ ΓΝΩΣΤΌ ΌΤΙ ΟΙ ΓΕΝΕΤΙΚΟΊ ΚΑΘΟΡΙΣΤΙΚΟΊ ΠΑΡΆΓΟΝΤΕΣ ΣΧΕΤΊΖΟΝΤΑΙ ΕΙΔΙΚΆ ΜΕ ΤΟΝ ΦΑΙΝΌΤΥΠΟ AIEC. _x000D_ _x000D_ σε ΠΡΩΤΟΒΟΥΛΙΑ, ΟΜΙΛΟΣ ΜΑΣ MOSSITED OF E. COLI ΜΕ ΤΑΥΤΟΠΟΙΗΜΕΝΕΣ ΠΛΗΡΟΦΟΡΙΕΣ ΣΤΟ AIEC FENOTIPO. ΣΤΟ ΠΡΟΗΓΟΎΜΕΝΟ ΈΡΓΟ (GENAIEC, SAF2010-15896) ΕΠΙΛΈΧΘΗΚΑΝ ΤΡΊΑ ΖΕΎΓΗ ΣΤΕΛΕΧΏΝ (ΚΆΘΕ ΖΕΎΓΟΣ ΑΠΟΤΕΛΕΊΤΑΙ ΑΠΌ ΈΝΑ ΑΠΟΜΟΝΩΜΈΝΟ ΣΤΈΛΕΧΟΣ AIEC ΚΑΙ ΈΝΑ ΜΗ-AIEC ΜΕ ΤΗΝ ΊΔΙΑ PULSOTIPO) ΚΑΙ ΤΑ ΓΟΝΙΔΙΏΜΑΤΑ ΤΟΥΣ ΑΚΟΛΟΥΘΉΘΗΚΑΝ. Η ΑΛΛΗΛΟΥΧΊΑ ΤΟΥ NOVO ΠΡΑΓΜΑΤΟΠΟΙΉΘΗΚΕ ΜΕ ΣΤΌΧΟ ΤΗΝ ΎΠΑΡΞΗ ΓΟΝΙΔΙΩΜΆΤΩΝ ΑΝΑΦΟΡΆΣ ΥΨΗΛΉΣ ΠΟΙΌΤΗΤΑΣ ΣΤΑ ΟΠΟΊΑ ΜΠΟΡΟΎΝ ΝΑ ΕΝΤΟΠΙΣΤΟΎΝ ΌΧΙ ΜΌΝΟ ΔΙΑΦΟΡΈΣ ΣΤΗΝ ΠΑΡΟΥΣΊΑ/ΑΠΟΥΣΊΑ ΓΟΝΙΔΊΩΝ, ΑΛΛΆ ΚΑΙ ΔΟΜΙΚΈΣ ΔΙΑΦΟΡΈΣ. ΤΑ ΈΞΙ ΓΟΝΙΔΙΏΜΑΤΑ ΚΑΤΑΓΡΆΦΗΚΑΝ ΛΕΙΤΟΥΡΓΙΚΆ ΚΑΙ ΠΡΑΓΜΑΤΟΠΟΙΉΘΗΚΕ ΣΥΓΚΡΙΤΙΚΉ ΑΝΆΛΥΣΗ ΔΎΟ ΠΡΟΣ ΔΎΟ. Η ΣΎΓΚΡΙΣΗ ΤΩΝ ΣΤΕΛΕΧΏΝ ΤΌΣΟ ΣΤΕΝΆ ΓΕΝΕΤΙΚΆ ΑΛΛΆ ΔΙΑΦΟΡΕΤΙΚΆ ΣΤΟΝ ΦΑΙΝΌΤΥΠΟ AIEC ΜΑΣ ΕΠΈΤΡΕΨΕ ΝΑ ΑΠΟΚΤΉΣΟΥΜΕ ΜΙΑ ΣΧΕΤΙΚΆ ΜΙΚΡΉ ΛΊΣΤΑ ΥΠΟΨΉΦΙΩΝ ΓΕΝΕΤΙΚΏΝ ΣΤΟΙΧΕΊΩΝ. Επιπλέον, με αλληλουχία THREE WORKS CEPAS THREE WE ΜΠΟΡΕΙ να ΔΙΕΘΝΟΥΝ ΔΙΑΦΟΡΕΣ ΤΗΣ ΜΕΛΕΤΗΣ ΕΡΓΑΣΙΑΣ ΚΑΙ οποιων ΑΝΤΙΠΡΟΣΩΠΕΙΕΣ ΣΤΗΝ ΑΙΘΟΥΣΑ ΔΡΑΣΤΗΡΙΟΤΗΤΕΣ._x000D_ ΣΤΟ ΠΡΟΕΔΡΕΙΟ σκοπεύουμε να προσδιορίσουμε γεωγραφικά πειθαρχικά ΓΕΝΙΚΑ ΣΥΣΤΗΜΑΤΑ του παθοτύπου AIEC. ΠΡΏΤΟΝ, ΠΡΟΤΕΊΝΕΤΑΙ Ο ΣΧΕΔΙΑΣΜΌΣ ΜΟΡΙΑΚΏΝ ΕΡΓΑΛΕΊΩΝ ΠΟΥ ΕΠΙΤΡΈΠΟΥΝ ΤΗΝ ΑΝΊΧΝΕΥΣΗ ΚΑΙ ΤΗΝ ΠΟΣΟΤΙΚΟΠΟΊΗΣΗ ΤΟΥ ΣΉΜΕΡΑ ΑΝΎΠΑΡΚΤΟΥ ΠΑΘΟΤΎΠΟΥ AIEC ΚΑΙ ΜΠΟΡΟΎΝ ΝΑ ΕΦΑΡΜΟΣΤΟΎΝ ΣΕ ΔΕΊΓΜΑΤΑ ΑΣΘΕΝΏΝ. Από μια άλλη πλευρά, σκοπεύουμε να γνωρίζουμε τον μηχανισμό μέσω του οποίου αυτά τα GENETIC στοιχεία εμπλέκονται στον παθότυπο AIEC._x000D_ ο σχεδιασμός των μοριακών εργαλείων για την ανίχνευση του παθοτύπου AIEC θα μπορούσε να είναι χρήσιμος στο DIAGGNOSTICO DIFFERENTIAL διαφορετικών υποτύπων των INTESTINAL φλεγμονωδών DISEASES. ΕΠΙΠΛΈΟΝ, ΤΑ ΕΡΓΑΛΕΊΑ ΑΥΤΆ ΘΑ ΔΙΕΥΚΟΛΎΝΟΥΝ ΤΙΣ ΜΕΓΆΛΗΣ ΚΛΊΜΑΚΑΣ ΜΕΛΈΤΕΣ, ΏΣΤΕ ΝΑ ΕΊΝΑΙ ΣΕ ΘΈΣΗ ΝΑ ΚΑΤΑΝΟΉΣΟΥΝ ΚΑΛΎΤΕΡΑ ΤΟΝ ΕΠΙΠΟΛΑΣΜΌ ΤΟΥ ΠΑΘΟΤΎΠΟΥ ΚΑΙ ΝΑ ΕΝΤΟΠΊΣΟΥΝ ΤΑΜΙΕΥΤΉΡΕΣ ΚΑΙ ΟΔΟΎΣ ΜΕΤΆΔΟΣΗΣ. ΟΙ ΜΕΛΈΤΕΣ ΑΥΤΈΣ ΕΊΝΑΙ ΔΎΣΚΟΛΟ ΝΑ ΕΚΤΕΛΕΣΤΟΎΝ ΧΡΗΣΙΜΟΠΟΙΏΝΤΑΣ ΤΡΈΧΟΥΣΕΣ ΤΕΧΝΙΚΈΣ ΑΝΑΓΝΏΡΙΣΗΣ ΠΑΘΟΤΎΠΟΥ. ΕΠΙΠΛΈΟΝ, Η ΑΠΟΣΑΦΉΝΙΣΗ ΤΩΝ ΓΕΝΕΤΙΚΏΝ ΚΑΘΟΡΙΣΤΙΚΏΝ ΠΑΡΑΓΌΝΤΩΝ ΠΟΥ ΣΧΕΤΊΖΟΝΤΑΙ ΜΕ ΤΗΝ ΠΑΘΟΓΈΝΕΙΆ ΤΟΥ ΌΧΙ ΜΌΝΟ ΘΑ ΒΟΗΘΟΎΣΕ ΣΤΗΝ ΚΑΛΎΤΕΡΗ ΚΑΤΑΝΌΗΣΗ ΤΟΥ ΜΗΧΑΝΙΣΜΟΎ ΠΑΘΟΓΈΝΕΙΑΣ ΤΟΥ ΠΑΘΟΤΎΠΟΥ, ΑΛΛΆ ΘΑ ΣΉΜΑΙΝΕ ΜΕΓΆΛΗ ΠΡΌΟΔΟ ΣΤΗΝ ΑΝΊΧΝΕΥΣΗ ΝΈΩΝ ΘΕΡΑΠΕΥΤΙΚΏΝ ΣΤΌΧΩΝ ΓΙΑ ΤΗ ΝΌΣΟ ΤΟΥ CROHN. (Greek)
17 August 2022
0 references
DEN VEDHÆNGENDE-INVASIVE PATOTYPE AF ESCHERICHIA COLI (AIEC) HAR FOR NYLIG VÆRET INVOLVERET I CROHNS SYGDOMS ÆTIOLOGI, ISÆR HOS PATIENTER MED ILEAL INVOLVERING, SELV OM FLERE OG FLERE UNDERSØGELSER OGSÅ VEDRØRER ANDRE TARMEFFEKTER SÅSOM COLITIS ULCEROSA OG TYKTARMSKRÆFT. Begge DISEASES har en stor INCIDENCE I DEVELOPED COUNTRIES._x000D_ _x000D_ AIEC-patotypen er svækket af sin egenskab af ADHERENCE OG INVASION AF INTESTINAL EPITELIAL CELLS OG FOR at blive dem på og replikeret i makrofager. DE HIDTIL ISOLEREDE AIEC-STAMMER ER GENETISK FORSKELLIGE, TILHØRER FORSKELLIGE PHYLOGRUPOS OG KAN FREMBYDE FORSKELLIGE GRUPPER AF VIRULENSGENER, DER ER KARAKTERISTISKE FOR E. COLI EKSTRAINTESTINALE PATOGENER. AT HAVE DISSE GENER BERETTIGER IMIDLERTID IKKE AIEC-FÆNOTYPEN. PÅ DEN ANDEN SIDE ER DET BLEVET PÅVIST, AT GENER, DER ER DIREKTE INVOLVERET I PATOTYPENS PATOGENITET, OGSÅ FINDES I IKKE-PATOGENE E. COLI-STAMMER. KORT SAGT VIDES DET IKKE, AT GENETISKE DETERMINANTER SPECIFIKT ER RELATERET TIL AIEC-FÆNOTYPEN. _x000D_ _x000D_ i en PREVIOUS STUDY, VORES GROUP MOSSITED AF E. COLI med identiske PULSOTIPES udbredes i AIEC FENOTIPO. I DET TIDLIGERE PROJEKT (GENAIEC, SAF2010-15896) BLEV DER UDVALGT TRE PAR STAMMER (HVERT PAR BESTÅR AF ET AIEC-ISOLAT OG ET IKKE-AIEC MED SAMME PULSOTIPO), OG DERES GENOMER BLEV SEKVENSERET. EN NOVO-SEKVENS BLEV UDFØRT MED DET FORMÅL AT HAVE REFERENCEGENOMER AF HØJ KVALITET, HVOR DER IKKE BLOT KAN IDENTIFICERES FORSKELLE I TILSTEDEVÆRELSE/FRAVÆR AF GENER, MEN OGSÅ STRUKTURELLE FORSKELLE. DE SEKS GENOMER BLEV REGISTRERET FUNKTIONELT OG EN KOMPARATIV ANALYSE BLEV UDFØRT TO TIL TO. SAMMENLIGNINGEN AF STAMMER, DER ER SÅ TÆT GENETISK, MEN FORSKELLIGE I AIEC-FÆNOTYPEN, HAR GJORT DET MULIGT FOR OS AT FÅ EN RELATIVT LILLE LISTE OVER KANDIDATGENETISKE ELEMENTER. Desuden har vi til hensigt at identificere geografisk disciplinerende genetiske ELEMENTER af AIEC-patotypen ved sekventering af TJENESTE ARBEJDE VEDTAGET AF KAN KONGERENDE DIFFERENCES._x000D_ I PRESENT PROJEKT, at vi har til hensigt at identificere geografisk disciplinering af AIEC-patotypen. FOR DET FØRSTE FORESLÅS DET AT UDFORME MOLEKYLÆRE VÆRKTØJER, DER GØR DET MULIGT AT PÅVISE OG KVANTIFICERE DEN NUVÆRENDE IKKE-EKSISTERENDE AIEC-PATOTYPE, OG SOM KAN ANVENDES I PATIENTPRØVER. Ved en anden side har vi til hensigt at kende den mekanisme, ved hjælp af hvilken disse GENETIC elementer er involveret i patotypen AIEC._x000D_ design af molekylære værktøjer til påvisning af patotype AIEC kan være til brug i DIAGGNOSTICO DIFFERENTIAL af forskellige undertyper af INTESTINAL inflamatory DISEASES. DESUDEN VIL DISSE VÆRKTØJER LETTE OMFATTENDE UNDERSØGELSER, VÆRE I STAND TIL BEDRE AT FORSTÅ FOREKOMSTEN AF PATOTYPEN OG IDENTIFICERE RESERVOIRER OG TRANSMISSIONSVEJE. DISSE UNDERSØGELSER ER VANSKELIGE AT UDFØRE VED HJÆLP AF NUVÆRENDE PATOTYPEIDENTIFIKATIONSTEKNIKKER. DESUDEN VILLE EN PRÆCISERING AF, HVAD DER ER DE GENETISKE DETERMINANTER RELATERET TIL PATOGENICITETEN, IKKE KUN BIDRAGE TIL BEDRE AT FORSTÅ PATOFOGENES PATOGENICITETSMEKANISME, MEN VILLE OGSÅ BETYDE ET STORT FREMSKRIDT I PÅVISNINGEN AF NYE TERAPEUTISKE MÅL FOR CROHNS SYGDOM. (Danish)
17 August 2022
0 references
ESCHERICHIA COLIN (AIEC) KIINNITTYNYT INVASIIVINEN PATOTYYPPI ON ÄSKETTÄIN OSALLISTUNUT CROHNIN TAUDIN ETIOLOGIAAN, ERITYISESTI POTILAILLA, JOILLA ON ILEAALISTA VAIKUTUSTA, VAIKKA YHÄ USEAMMAT TUTKIMUKSET LIITTYVÄT MYÖS MUIHIN SUOLISTOVAIKUTUKSIIN, KUTEN HAAVAISEEN KOLIITTIIN JA PAKSUSUOLEN SYÖPÄÄN. Molemmat TUOTTEET, joilla on suuri INCIDENCE DEVELOPED COUNTRIES._x000D_ _x000D_ AIEC-patotyyppi on halveksinut sen kyky ADHERENCE- JA INVASION OF INTESTINAL EPITELIAL CELLS AND FOR BEING THERE ON ja replikoitu makrofageissa. TÄHÄN MENNESSÄ ERISTETYT AIEC-KANNAT OVAT GENEETTISESTI MONIMUOTOISIA, KUULUVAT ERI PHYLOGRUPOSIIN JA VOIVAT SISÄLTÄÄ ERILAISIA VIRULENSSIGEENIEN RYHMIÄ, JOTKA OVAT OMINAISIA E. COLI-SUOLEN TAUDINAIHEUTTAJILLE. NÄIDEN GEENIEN KÄYTTÖ EI KUITENKAAN OIKEUTA AIEC-FENOTYYPPIÄ. TOISAALTA ON OSOITETTU, ETTÄ PATOGEENISEEN PATOGEENISYYTEEN SUORAAN LIITTYVIÄ GEENEJÄ ESIINTYY MYÖS EI-PATOGEENISISSÄ E. COLI -KANNOISSA. LYHYESTI SANOTTUNA EI TIEDETÄ, ETTÄ GENEETTISET TEKIJÄT LIITTYVÄT ERITYISESTI AIEC-FENOTYYPPIIN. _x000D_ _x000D_ in PREVIOUS STUDY, OUR GROUP MOSSITED OF E. COLI WITH identtinen PULSOTIPES roikkuu AIEC FENOTIPO. AIEMMASSA HANKKEESSA (GENAIEC, SAF2010–15896) VALITTIIN KOLME PARIA KANTAPARIA (KUKIN PARI KOOSTUU AIEC-ISOLAATTISTA JA YHDESTÄ EI-AIECISTA, JOLLA ON SAMA PULSOTIPO) JA NIIDEN GENOMIT SEKVENSOIDAAN. NOVO-SEKVENSSIN TARKOITUKSENA OLI SAADA KORKEALAATUISIA VERTAILUGENOMEJA, JOISSA GEENIEN ESIINTYMISEN JA PUUTTUMISEN LISÄKSI VOIDAAN HAVAITA MYÖS RAKENTEELLISIA EROJA. NÄMÄ KUUSI GENOMIA KIRJATTIIN TOIMINNALLISESTI JA VERTAILEVA ANALYYSI TEHTIIN KAHDESTA KAHTEEN. NIIN LÄHEISTEN GENEETTISTEN MUTTA ERILAISTEN KANTOJEN VERTAILU AIEC-FENOTYYPISSÄ ON ANTANUT MEILLE MAHDOLLISUUDEN SAADA SUHTEELLISEN PIENI LUETTELO HAKEUTUVISTA GENEETTISISTÄ ELEMENTEISTÄ. Lisäksi, sekvensoimalla TÄYTÄNTÖÖNPANJÄRJESTELMÄ KÄYTTÖJÄRJESTELMÄN KÄYTTÖJÄRJESTELMÄN KÄYTTÖJÄRJESTELMÄN JÄRJESTELMÄN JÄRJESTELMÄN JÄRJESTELMÄT JA MÄÄRÄT MÄÄRÄN TIETOJEN TUOTTEET, jotka ovat vastakkain FILOGRUP DYSTINTS: n AIEC: n AIEC: ssä._x000D_ PRESENTENT PROJECT: ssa aiomme tunnistaa maantieteellisesti kallistivat GENETIC-tuotteet, jotka ovat AIEC-patogeenisia. ENSINNÄKIN EHDOTETAAN, ETTÄ SUUNNITELLAAN MOLEKYYLITYÖKALUT, JOIDEN AVULLA VOIDAAN HAVAITA JA KVANTIFIOIDA TÄLLÄ HETKELLÄ OLEMATON AIEC-PATOTYYPPI JA JOITA VOIDAAN KÄYTTÄÄ POTILASNÄYTTEISSÄ. Toisella puolella aiomme tietää mekanismin, jolla nämä GENETIC-elementit osallistuvat patotyyppiin AIEC._x000D_molekyylityökalujen suunnittelu patotyypin AIEC havaitsemiseksi voisi olla käyttökelpoinen DIAGGNOSTICO DIFFERENTIAL eri alatyyppien INTESTINAL infllamatory DISEASES. LISÄKSI NÄMÄ VÄLINEET HELPOTTAISIVAT LAAJAMITTAISIA TUTKIMUKSIA, JOIDEN AVULLA VOITAISIIN PAREMMIN YMMÄRTÄÄ PATOTYYPIN ESIINTYVYYTTÄ JA TUNNISTAA ALTAAT JA SIIRTOREITIT. NÄITÄ TUTKIMUKSIA ON VAIKEA TOTEUTTAA KÄYTTÄMÄLLÄ NYKYISIÄ PATOTYYPIN TUNNISTUSTEKNIIKOITA. LISÄKSI SEN PATOGEENISYYTEEN LIITTYVIEN GENEETTISTEN TAUSTATEKIJÖIDEN SELVENTÄMINEN AUTTAISI YMMÄRTÄMÄÄN PAREMMIN PATOGEENISEN PATOGEENISUUDEN MEKANISMIA JA TARKOITTAISI SUURTA EDISTYSTÄ CROHNIN TAUDIN UUSIEN HOITOKOHTEIDEN HAVAITSEMISESSA. (Finnish)
17 August 2022
0 references
IL-PATOTIP ADERENTI-INVAŻIV TA’ ESCHERICHIA COLI (AIEC) REĊENTEMENT KIEN INVOLUT FL-ETJOLOĠIJA TAL-MARDA TA’ CROHN, SPEĊJALMENT F’PAZJENTI B’INVOLVIMENT ILEALI, GĦALKEMM AKTAR U AKTAR STUDJI JIRRELATAW UKOLL MA’ EFFETTI INTESTINALI OĦRA BĦAL KOLITE ULĊERATTIVA U KANĊER TAL-KOLON. Iż-żewġ DISFARIJIET TAGĦHOM INCIDENCE GREAT F’PAJJIŻI ŻVILUPPATI._x000D_ _x000D_ Il-patotip AIEC huwa malafama bil-kapaċità tiegħu ta’ ADHERENCE U INVASION TA’ KELLI INTESTINALI EWROPEA U GĦALL-QASAM MILL-ĠDID u replikat fil-makrofaġi. IR-RAZEZ TAL-AIEC IŻOLATI S’ISSA HUMA ĠENETIKAMENT DIVERSI, JAPPARTJENU GĦAL PHYLOGRUPOS DIFFERENTI U JISTGĦU JIPPREŻENTAW GRUPPI DIFFERENTI TA’ ĠENI TA’ VIRULENZA KARATTERISTIĊI TA’ PATOĠENI EKSTRAINTESTINALI TAL-E. COLI. MADANKOLLU, LI JKOLLOK DAWN IL-ĠENI MA JIĠĠUSTIFIKAX IL-FENOTIP AIEC. MIN-NAĦA L-OĦRA, INTWERA LI L-ĠENI INVOLUTI DIRETTAMENT FIL-PATOĠENIĊITÀ TAL-PATOTIP JINSTABU WKOLL F’RAZEZ MHUX PATOĠENIĊI TAL-E. COLI. FIL-QOSOR, MHUWIEX MAGĦRUF LI D-DETERMINANTI ĠENETIĊI HUMA SPEĊIFIKAMENT RELATATI MAL-FENOTIP AIEC. _x000D_ _x000D_ f’A STUDY PREVIOUS, OUR GROUP MOSSITED TA’ E. COLI WITH IDentic PULSOTIPES dify IN THE AIEC FENOTIPO. FIL-PROĠETT PREĊEDENTI (GENAIEC, SAF2010–15896) INTGĦAŻLU TLIET PARI TA’ RAZEZ (KULL PAR JIKKONSISTI F’IŻOLAT AIEC U WIEĦED MHUX AIEC BL-ISTESS PULSOTIPO) U L-ĠENOMI TAGĦHOM ĠEW SEKWENZJATI. SAR SEKWENZAR NOVO BIL-GĦAN LI JKUN HEMM ĠENOMI TA’ REFERENZA TA’ KWALITÀ GĦOLJA LI FIHOM JISTGĦU JIĠU IDENTIFIKATI MHUX BISS DIFFERENZI FIL-PREŻENZA/NUQQAS TA’ ĠENI IŻDA WKOLL DIFFERENZI STRUTTURALI. IS-SITT ĠENOMI ĠEW IRREĠISTRATI FUNZJONALMENT U SARET ANALIŻI KOMPARATTIVA MINN TNEJN SA TNEJN. IT-TQABBIL TA’ RAZEZ TANT QRIB ĠENETIKAMENT IŻDA DIFFERENTI FIL-FENOTIP AIEC IPPERMETTIELNA NIKSBU LISTA RELATTIVAMENT ŻGĦIRA TA’ ELEMENTI ĠENETIĊI KANDIDATI. Barra minn hekk, permezz tas-sekwenzjar ta’ WORKS THREE TA’ CEPAS THREE WE CAN KNOW THREE DIFFERENCES TAL-WORK TAL-ISTUDJU U X’GĦANDU Ansversali fl-AIEC tad-DYSTINTS._x000D_ fil-PROJECT PRESENTI għandna l-intenzjoni li nidentifikaw ELEMENTI ĠENETTI ġeografikament li jiddixxiplinaw il-patotip AIEC. L-EWWEL NETT, HUWA PROPOST LI JITFASSLU GĦODOD MOLEKULARI LI JIPPERMETTU D-DETEZZJONI U L-KWANTIFIKAZZJONI TAL-PATOTIP AIEC ATTWALMENT INEŻISTENTI U LI JISTGĦU JIĠU APPLIKATI FIL-KAMPJUNI TAL-PAZJENTI. Min-naħa l-oħra, biħsiebna nkunu nafu l-mekkaniżmu li permezz tiegħu dawn l-elementi GENETIC huma involuti fil-pateotip AIEC._x000D_ id-disinn ta’ għodod molekulari għad-detezzjoni tal-pateotip AIEC jista’ jkun ta’ użu fid-DIAGGNOSTICO DIFFERENTIAL ta’ sottotipi differenti ta’ DISEASES infjammatorji INTESTINAL. BARRA MINN HEKK, DAWN L-GĦODOD JIFFAĊILITAW STUDJI FUQ SKALA KBIRA, IKUNU KAPAĊI JIFHMU AĦJAR IL-PREVALENZA TAL-PATOTIP U JIDENTIFIKAW IL-ĠIBJUNI U L-MOGĦDIJIET TA’ TRAŻMISSJONI. DAWN L-ISTUDJI HUMA DIFFIĊLI BIEX JITWETTQU BL-UŻU TA ‘TEKNIKI ATTWALI TA’ IDENTIFIKAZZJONI PATOTIP. BARRA MINN HEKK, IL-KJARIFIKA TA’ X’INHUMA D-DETERMINANTI ĠENETIĊI RELATATI MAL-PATOĠENIĊITÀ TAGĦHA MHUX BISS TGĦIN BIEX JINFTIEHEM AĦJAR IL-MEKKANIŻMU TA’ PATOĠENIĊITÀ TAL-PATOTIP IŻDA TKUN TFISSER AVVANZ KBIR FIS-SEJBA TA’ MIRI TERAPEWTIĊI ĠODDA GĦALL-MARDA TA’ CROHN. (Maltese)
17 August 2022
0 references
ESCHERICHIA COLI (AIEC) PIELIPUŠAIS INVAZĪVAIS PATOTIPS NESEN IR BIJIS IESAISTĪTS KRONA SLIMĪBAS ETIOLOĢIJĀ, JO ĪPAŠI PACIENTIEM AR ILEĀLU IESAISTĪŠANOS, LAI GAN ARVIEN VAIRĀK PĒTĪJUMU TO SAISTA ARĪ AR CITIEM ZARNU EFEKTIEM, PIEMĒRAM, ČŪLAINO KOLĪTU UN RESNĀS ZARNAS VĒZI. Abas DISEASES ir GREAT INCIDENCE IN DEVELOPED COUNTRIES._x000D_ _x000D_ AIEC patotips ir apmelots ar tā spēju ADHERENCE UN INTESTINAL EPITELIAL CELLS UN INVASION OF INTESTINAL EPITELIAL CELLS UN BEING THERE ON un replicēts makrofāgās. LĪDZ ŠIM IZOLĒTIE AIEC CELMI IR ĢENĒTISKI DAŽĀDI, PIEDER PIE DAŽĀDIEM PHYLOGRUPOS UN VAR RADĪT DAŽĀDAS VIRULENCES GĒNU GRUPAS, KAS RAKSTURĪGAS E. COLI EKSTRAINTESTINĀLAJIEM PATOGĒNIEM. TOMĒR ŠO GĒNU ESAMĪBA NEATTAISNO AIEC FENOTIPU. NO OTRAS PUSES, IR PIERĀDĪTS, KA GĒNI, KAS TIEŠI IESAISTĪTI PATOTIPA PATOGENITĀTĒ, IR ATRODAMI ARĪ NEPATOGĒNOS E. COLI CELMOS. ĪSUMĀ, NAV ZINĀMS, KA ĢENĒTISKIE FAKTORI IR ĪPAŠI SAISTĪTI AR AIEC FENOTIPU. _x000D_ _x000D_ in PREVIOUS STUDY, mūsu grupa MOSSITED E. COLI ar identiskām PULSOTIPES Dify in AIEC FENOTIPO. IEPRIEKŠĒJĀ PROJEKTĀ (GENAIEC, SAF2010–15896) TIKA ATLASĪTI TRĪS CELMU PĀRI (KATRS PĀRIS SASTĀV NO AIEC IZOLĀTA UN VIENA NE-AIEC AR TO PAŠU PULSOTIPO), UN TO GENOMI TIKA SEKVENCĒTI. NOVO SEKVENCĒŠANA TIKA VEIKTA AR MĒRĶI IZVEIDOT AUGSTAS KVALITĀTES REFERENCES GENOMUS, KUROS VAR KONSTATĒT NE TIKAI ATŠĶIRĪBAS GĒNU KLĀTBŪTNĒ/TRŪKUMĀ, BET ARĪ STRUKTURĀLĀS ATŠĶIRĪBAS. SEŠUS GENOMUS REĢISTRĒJA FUNKCIONĀLI UN SALĪDZINOŠU ANALĪZI VEICA DIVAS LĪDZ DIVAS. SALĪDZINOT CELMUS, KAS IR TIK TUVI ĢENĒTISKI, BET ATŠĶIRAS PĒC AIEC FENOTIPA, MĒS VARĒJĀM IEGŪT SALĪDZINOŠI NELIELU SARAKSTU AR KANDIDĀTĢENĒTISKAJIEM ELEMENTIEM. Turklāt, secinot CEPAS THREE WE CAN KNOW THREE DIFFERENCES of the STUDY WORK UN KĀ ir ansversal in the AIEC of FILOGRUP DYSTINTS._x000D_ PRESENTĀ mēs plānojam ģeogrāfiski identificēt AIEC patotipa ĢENETIC ELEMENTS. PIRMKĀRT, TIEK IEROSINĀTS IZSTRĀDĀT MOLEKULĀROS INSTRUMENTUS, KAS ĻAUTU NOTEIKT UN KVANTITATĪVI NOTEIKT PAŠLAIK NEESOŠO AIEC PATOTIPU UN KO VAR IZMANTOT PACIENTU PARAUGOS. No otras puses, mēs plānojam zināt mehānismu, ar kura palīdzību šie GENETIC elementi ir iesaistīti patotipa AIEC._x000D_ molekulāro instrumentu dizains patotipa AIEC noteikšanai varētu tikt izmantots dažādu INTESTINAL iekaisušo DISEASES apakštipu DIAGGNOSTICO DIFFERENTIAL. TURKLĀT ŠIE INSTRUMENTI ATVIEGLOTU PLAŠA MĒROGA PĒTĪJUMUS, KAS SPĒTU LABĀK IZPRAST PATOTIPA IZPLATĪBU UN NOTEIKT REZERVUĀRUS UN TRANSMISIJAS CEĻUS. ŠOS PĒTĪJUMUS IR GRŪTI VEIKT, IZMANTOJOT PAŠREIZĒJĀS PATOTIPA IDENTIFIKĀCIJAS METODES. TURKLĀT AR PATOGENITĀTI SAISTĪTO ĢENĒTISKO FAKTORU PRECIZĒŠANA NE TIKAI PALĪDZĒTU LABĀK IZPRAST PATOTIPA PATOGENITĀTES MEHĀNISMU, BET ARĪ NOZĪMĒTU IEVĒROJAMU PROGRESU JAUNU KRONA SLIMĪBAS TERAPEITISKO MĒRĶU NOTEIKŠANĀ. (Latvian)
17 August 2022
0 references
PRIĽNAVÝ PATOTYP ESCHERICHIA COLI (AIEC) SA NEDÁVNO PODIEĽAL NA ETIOLÓGII CROHNOVEJ CHOROBY, NAJMÄ U PACIENTOV S ILEÁLNYM POSTIHNUTÍM, HOCI ČORAZ VIAC ŠTÚDIÍ SA TÝKA AJ INÝCH ČREVNÝCH ÚČINKOV, AKO JE ULCERÓZNA KOLITÍDA A RAKOVINA HRUBÉHO ČREVA. Oba ROZHODNUTIE MAJÚ VEĽKÝ INCIDENCIE v DEVELOPED COUNTRIES._x000D_ _x000D_ Patotyp AIEC je ohováraný svojou schopnosťou ADHERENCE a INVASION OF INTESTINAL EPITELIAL CELLS AND FOR THE BE ON a replikátmi v makrofágoch. DOTERAZ IZOLOVANÉ KMENE AIEC SÚ GENETICKY ROZMANITÉ, PATRIA K RÔZNYM PHYLOGRUPOSOM A MÔŽU PREDSTAVOVAŤ RÔZNE SKUPINY VIRULENTNÝCH GÉNOV CHARAKTERISTICKÝCH PRE EXTRAINTESTINÁLNE PATOGÉNY E. COLI. PRÍTOMNOSŤ TÝCHTO GÉNOV VŠAK NEODÔVODŇUJE FENOTYP AIEC. NA DRUHEJ STRANE SA PREUKÁZALO, ŽE GÉNY, KTORÉ SA PRIAMO PODIEĽAJÚ NA PATOGENITE PATOTYPU, SA NACHÁDZAJÚ AJ V NEPATOGÉNNYCH KMEŇOCH E. COLI. STRUČNE POVEDANÉ, NIE JE ZNÁME, ŽE GENETICKÉ DETERMINANTY ŠPECIFICKY SÚVISIA S FENOTYPOM AIEC. _x000D_ _x000D_ v PREVIOUSSKÉ ŠTUDY, naša skupina MOSSITED OF E. COLI s identickou PULSOTIPES dify v AIEC FENOTIPO. V PREDCHÁDZAJÚCOM PROJEKTE (GENAIEC, SAF2010 – 15896) BOLI VYBRANÉ TRI PÁRY KMEŇOV (KAŽDÝ PÁR POZOSTÁVA Z IZOLÁTU AIEC A JEDNÉHO NON-AIEC S ROVNAKÝM PULSOTIPO) A ICH GENÓMY BOLI SEKVENOVANÉ. SEKVENOVANIE NOVO BOLO VYKONANÉ S CIEĽOM MAŤ VYSOKO KVALITNÉ REFERENČNÉ GENÓMY, V KTORÝCH MOŽNO IDENTIFIKOVAŤ NIELEN ROZDIELY V PRÍTOMNOSTI/NEPRÍTOMNOSTI GÉNOV, ALE AJ ŠTRUKTURÁLNE ROZDIELY. ŠESŤ GENÓMOV BOLO ZAZNAMENANÝCH FUNKČNE A POROVNÁVACIA ANALÝZA BOLA VYKONANÁ DVA AŽ DVA. POROVNANIE KMEŇOV TAK BLÍZKO GENETICKY, ALE ODLIŠNÉ VO FENOTYPE AIEC NÁM UMOŽNILO ZÍSKAŤ RELATÍVNE MALÝ ZOZNAM KANDIDÁTSKYCH GENETICKÝCH PRVKOV. Okrem toho, sekvenovaním THREE WORKS CEPAS THREE WE sa môžu vyznať, že DIFFERENCES STUDY WORK A KTORÉ sú ansversal v AIEC FILOGRUP DYSTINTS._x000D_ V PRESENTNÝ PROJEKTU máme v úmysle identifikovať geograficky disciplinujúce GENETICKÉ ELEMENTY patotypu AIEC. PO PRVÉ, NAVRHUJE SA NAVRHNÚŤ MOLEKULÁRNE NÁSTROJE, KTORÉ UMOŽNIA DETEKCIU A KVANTIFIKÁCIU AKTUÁLNE NEEXISTUJÚCEHO PATOTYPU AIEC A KTORÉ SA MÔŽU POUŽIŤ VO VZORKÁCH PACIENTOV. Na druhej strane chceme poznať mechanizmus, pomocou ktorého sú tieto prvky GENETIC zapojené do patotypu AIEC._x000D_ návrh molekulárnych nástrojov na detekciu patotypu AIEC by mohol byť užitočný v DIAGGNOSTICO DIFFERENTIAL rôznych podtypov INTESTINAL zápalových DISEASES. OKREM TOHO BY TIETO NÁSTROJE UĽAHČILI ROZSIAHLE ŠTÚDIE, ABY LEPŠIE POCHOPILI PREVALENCIU PATOTYPU A IDENTIFIKOVALI NÁDRŽE A CESTY PRENOSU. TIETO ŠTÚDIE SA ŤAŽKO VYKONÁVAJÚ POMOCOU SÚČASNÝCH TECHNÍK IDENTIFIKÁCIE PATOTYPOV. OKREM TOHO BY OBJASNENIE GENETICKÝCH DETERMINANTOV SÚVISIACICH S JEHO PATOGENITOU POMOHLO NIELEN LEPŠIE POCHOPIŤ MECHANIZMUS PATOGENITY PATOTYPU, ALE ZNAMENALO BY VEĽKÝ POKROK V DETEKCII NOVÝCH TERAPEUTICKÝCH CIEĽOV CROHNOVEJ CHOROBY. (Slovak)
17 August 2022
0 references
BHÍ BAINT AG AN BPATAITÍOPA IONRACH GREAMAITHEACH DE ESCHERICHIA COLI (AIEC) LE DÉANAÍ LE HÉTIEOLAÍOCHT GHALAR CROHN, GO HÁIRITHE IN OTHAIR A BHFUIL BAINT NEAMHÉILEACH ACU, CÉ GO MBAINEANN NÍOS MÓ AGUS NÍOS MÓ STAIDÉAR LE HÉIFEACHTAÍ INTESTINAL EILE AMHAIL COLITIS ULCERATIVE AGUS AILSE CHOILÍNEACHTA. 2 Jur: Réamhaithrisím (fíorais). _x000D_ _x000D_ _x000D_ _x000D_ Tá an phataitíopa AIEC dí-dhéanta ag a chumas EILE AGUS INVASION TÁIRGEADAIS INTESTINAL AGUS DO BHEITH AN RÉIGIÚNACH AR agus a mhacasamhlú i macrophages. TÁ TRÉITHCHINEÁLACHA AIEC SCOITE AMACH GO DTÍ SEO ÉAGSÚIL Ó THAOBH GÉINITEACH DE, BAINEANN SIAD LE PHYLOGRUPOS ÉAGSÚLA AGUS D’FHÉADFADH SIAD GRÚPAÍ ÉAGSÚLA DE GHÉINTE NIMHNEACHTA DE CHUID E. COLI PATAIGINÍ EXTRAINTESTINAL A CHUR I LÁTHAIR. MAR SIN FÉIN, NÍ THUGANN NA GÉINTE SEO ÚDAR LE FEINITÍOPA AIEC. AR AN LÁIMH EILE, TÁ SÉ LÉIRITHE GO BHFUIL GÉINTE A BHFUIL BAINT DHÍREACH ACU LE PATAIGINEACHT AN PHATAITÍOPA LE FÁIL FREISIN I DTRÉITHCHINEÁLACHA E. COLI NEAMHPHATAIGINEACHA. I MBEAGÁN FOCAL, NÍ FIOS GO MBAINEANN DEITÉARMANAINT GHÉINITEACHA GO SONRACH LE FEINITÍOPA AIEC. _x000D_ _x000D_ i STIÚRTHÓIREACHT PREVIOUS, AG AN GROUP MOSSITED OF E. COLI le PULSOTIS IDENTIC a Dhaingniú sa FÓGRA AIEC. SA TIONSCADAL ROIMHE SEO (GENAIEC, SAF2010-15896) ROGHNAÍODH TRÍ PHÉIRE TRÉITHCHINEÁLACHA (IS ÉARD ATÁ I NGACH PÉIRE DÍOBH AONRAÍ AIEC AGUS NEAMH-AIEC AMHÁIN LEIS AN PULSOTIPO CÉANNA) AGUS A NGÉANÓIM. CUIREADH SEICHEAMHÚ NOVO I GCRÍCH D’FHONN GÉANÓIM TAGARTHA D’ARDCHAIGHDEÁN A BHEITH ANN INAR FÉIDIR NÍ HAMHÁIN DIFRÍOCHTAÍ I LÁTHAIR/EASPA GÉINTE ACH DIFRÍOCHTAÍ STRUCHTÚRACHA A SHAINAITHINT FREISIN. TAIFEADADH NA SÉ GHÉANÓIM GO FEIDHMIÚIL AGUS RINNEADH ANAILÍS CHOMPARÁIDEACH DHÁ NÓ DHÓ. MAR GHEALL AR AN GCOMPARÁID IDIR TRÉITHCHINEÁLACHA ATÁ CHOMH GAR SIN GO GÉINITEACH ACH ATÁ ÉAGSÚIL I BHFEINITÍOPA AIEC, BHÍOMAR IN ANN LIOSTA SÁCH BEAG A FHÁIL D’EILIMINTÍ GÉINITEACHA IARRTHACHA. Ina theannta sin, trí sheicheamhú OIBRE TRÍ NA gCOMHPHOBAL A DHÉANAMH A DHÉANAMH A DHÉANAMH AR AN OIBRE STIÚRTHÓIREACHT AGUS WHAT WHAT ATHBHREITHNIÚ IN AIEC DYSTINTS._x000D_ IN PRIOECT PRESENT Tá sé i gceist againn ELEMENTS GENETIC disciplining geografach den phatóitíopa AIEC a aithint. AR AN GCÉAD DUL SÍOS, TÁ SÉ BEARTAITHE UIRLISÍ MÓILÍNEACHA A DHEARADH LENA BHFÉADFAR PAITITÍOPA AIEC NACH ANN DÓ FAOI LÁTHAIR A BHRATH AGUS A CHAINNÍOCHTÚ AGUS AR FÉIDIR É A CHUR I BHFEIDHM I SAMPLAÍ OTHAR. Ar thaobh eile, tá sé i gceist againn fios a bheith againn ar an meicníocht trína bhfuil baint ag na heilimintí GENETIC seo leis an bpataitíopa AIEC._x000D_ d’fhéadfadh dearadh na n-uirlisí móilíneacha chun an phataitíopa AIEC a bhrath a bheith in úsáid i DIFFERENTIAL DIAGGNOSTICO d’fhochineálacha éagsúla de DISEASanna inflamatory INTESTINAL. INA THEANNTA SIN, D’ÉASCÓDH NA HUIRLISÍ SIN STAIDÉIR MHÓRSCÁLA, AGUS IAD IN ANN TUISCINT NÍOS FEARR A FHÁIL AR LEITHEADÚLACHT AN PHAITÉITÍOPA AGUS TAISCUMAIR AGUS CONAIRÍ TARCHURTHA A SHAINAITHINT. TÁ NA STAIDÉIR SEO DEACAIR A FHORGHNÍOMHÚ AG BAINT ÚSÁIDE AS TEICNÍCÍ AITHEANTAIS PATHOTYPE ATÁ ANN FAOI LÁTHAIR. INA THEANNTA SIN, NÍ HAMHÁIN GO GCABHRÓDH SOILÉIRIÚ CAD IAD NA DEITÉARMANAINT GHÉINITEACH A BHAINEANN LENA PATAIGINEACHT CHUN TUISCINT NÍOS FEARR A FHÁIL AR MHEICNÍOCHT PATAIGINEACHTA AN PHATAIGINEACHTA ACH GO GCIALLÓDH SÉ DUL CHUN CINN MÓR MAIDIR LE SPRIOCANNA TEIRIPEACHA NUA A BHRATH DO GHALAR CROHN’S. (Irish)
17 August 2022
0 references
PŘILNAVÝ INVAZIVNÍ PATOTYP ESCHERICHIA COLI (AIEC) BYL NEDÁVNO ZAPOJEN DO ETIOLOGIE CROHNOVY CHOROBY, ZEJMÉNA U PACIENTŮ S ILEÁLNÍM ZAPOJENÍM, I KDYŽ STÁLE VÍCE STUDIÍ SE TÝKÁ I DALŠÍCH STŘEVNÍCH ÚČINKŮ, JAKO JE ULCERÓZNÍ KOLITIDA A RAKOVINA TLUSTÉHO STŘEVA. Oba DISEASES mají velké INCIDENCE V DEVELOPED ZEMĚ._x000D_ _x000D_ _x000D_ AIEC patotyp je pošpiněn svou kapacitou ADHERENCE a INVASION INTESTINAL EPITELIÁLNÍ CELLY A PRO BEING ON a replikován v makrofágech. DOSUD IZOLOVANÉ KMENY AIEC JSOU GENETICKY ROZMANITÉ, PATŘÍ DO RŮZNÝCH PHYLOGRUPOS A MOHOU PŘEDSTAVOVAT RŮZNÉ SKUPINY VIRULENČNÍCH GENŮ CHARAKTERISTICKÝCH PRO EXTRAINTESTINÁLNÍ PATOGENY E. COLI. MÍT TYTO GENY VŠAK NEODŮVODŇUJE FENOTYP AIEC. NA DRUHÉ STRANĚ BYLO PROKÁZÁNO, ŽE GENY PŘÍMO ZAPOJENÉ DO PATOGENITY PATOTYPU SE VYSKYTUJÍ TAKÉ V NEPATOGENNÍCH KMENECH E. COLI. STRUČNĚ ŘEČENO, NENÍ ZNÁMO, ŽE GENETICKÉ DETERMINANTY SE SPECIFICKY VZTAHUJÍ K FENOTYPU AIEC. _x000D_ _x000D_ v PREVIOUS STUDY, naše GROUP MOSSITED OF E. COLI s identic PULSOTIPES dify in the AIEC FENOTIPO. V PŘEDCHOZÍM PROJEKTU (GENAIEC, SAF2010–15896) BYLY VYBRÁNY TŘI PÁRY KMENŮ (KAŽDÝ PÁR SE SKLÁDÁ Z IZOLÁTU AIEC A JEDNOHO NON-AIEC SE STEJNÝM PULSOTIPO) A JEJICH GENOMY BYLY SEKVENOVÁNY. SEKVENOVÁNÍ NOVO BYLO PROVEDENO S CÍLEM MÍT VYSOCE KVALITNÍ REFERENČNÍ GENOMY, V NICHŽ LZE IDENTIFIKOVAT NEJEN ROZDÍLY V PŘÍTOMNOSTI/NEEXISTENCI GENŮ, ALE TAKÉ STRUKTURÁLNÍ ROZDÍLY. ŠEST GENOMŮ BYLO ZAZNAMENÁNO FUNKČNĚ A SROVNÁVACÍ ANALÝZA BYLA PROVEDENA DVĚ AŽ DVĚ. SROVNÁNÍ KMENŮ TAK BLÍZKÝCH GENETICKY, ALE LIŠÍCÍCH SE V AIEC FENOTYPU NÁM UMOŽNILO ZÍSKAT RELATIVNĚ MALÝ SEZNAM MOŽNÝCH GENETICKÝCH PRVKŮ. Kromě toho, sekvenováním THREE WORKS THREE WE může vědět, že sekvencí STUDY WORK a co jsou protivní v AIEC of FILOGRUP DYSTINTS._x000D_ V PRESENTNÍ PROJEKTU máme v úmyslu identifikovat geograficky disciplinující GENETIC ELEMENTS AIEC patotyp. ZA PRVÉ SE NAVRHUJE NAVRHNOUT MOLEKULÁRNÍ NÁSTROJE, KTERÉ UMOŽNÍ DETEKCI A KVANTIFIKACI V SOUČASNOSTI NEEXISTUJÍCÍHO PATOTYPU AIEC A KTERÉ LZE POUŽÍT VE VZORCÍCH PACIENTŮ. Na druhou stranu chceme znát mechanismus, pomocí kterého jsou tyto GENETIC prvky zapojeny do patotypu AIEC._x000D_ návrh molekulárních nástrojů pro detekci patotypu AIEC by mohl být použit v DIAGGNOSTICO DIFFERENTIAL různých podtypů INTESTINAL hořlavých DISEASES. KROMĚ TOHO BY TYTO NÁSTROJE USNADNILY ROZSÁHLÉ STUDIE, BYLY BY SCHOPNY LÉPE POROZUMĚT PREVALENCI PATOTYPU A IDENTIFIKOVAT ZÁSOBNÍKY A CESTY PŘENOSU. TYTO STUDIE JE OBTÍŽNÉ PROVÉST POMOCÍ SOUČASNÝCH METOD IDENTIFIKACE PATOTYPU. KROMĚ TOHO BY VYJASNĚNÍ GENETICKÝCH DETERMINANT SOUVISEJÍCÍCH S PATOGENITOU NEJEN POMOHLO LÉPE POROZUMĚT MECHANISMU PATOGENITY PATOTYPU, ALE ZNAMENALO BY TO VELKÝ POKROK PŘI ZJIŠŤOVÁNÍ NOVÝCH LÉČEBNÝCH CÍLŮ PRO CROHNOVU CHOROBU. (Czech)
17 August 2022
0 references
O PATOTIPO ADHERENT-INVASIVO DE ESCHERICHIA COLI (AIEC) ENVOLVEU-SE NOVAMENTE NA ETIOLOGIA DA DOENÇA DE CROHN, ESPECIALMENTE EM DOENÇAS COM PARTICIPAÇÃO ILEAL, MUITO MAIS E MAIS ESTUDOS RELACIONAM-SE TAMBÉM COM OUTROS EFEITOS INTESTINAIS, COMO A COLÍTIA ULCERATIVA E O CANCER DE COLÃO. Ambas as DOENÇAS TEM UMA GRANDE INCIDÊNCIA EM PAÍSES DESENVOLVIDOS._x000D_ _x000D_ O patótipo AIEC é difamado pela sua capacidade de ADESÃO E INVASÃO DE CÉLULAS EPITELIAIS INTESTINAIS E POR ESTAR LIGADO e replicado em macrófagos. As estirpes de AIEC isolaram-se de tal modo que são geograficamente diferentes, pertencem a diferentes filólogos e podem apresentar diferentes grupos de características genéticas virulentas dos patogéneos EXTRAINTESTINAIS E. COLI. No entanto, ter estes genes não justifica o fenótopo AIEC. Por outro lado, verificou-se que os genes directamente envolvidos na patogenicidade do patótipo também se encontram em estirpes não patogénicas de E. COLI. Em suma, não se sabe que os determinantes genéticos estejam especificamente relacionados com o fenótipo AIEC. _x000D_ _x000D_ num estudo anterior, O NOSSO GRUPO MOSSIADO DE E. COLI COM PULSÓPIOS IDENTICOS DIFERENTES NO FENOTIPO AIEC. No projecto anterior (GENAIEC, SAF2010-15896) foram seleccionados três pares de estirpes (cada par é constituído por um isolato de AIEC e um não-AIEC com a mesma PULSOTIPO) e os seus genomas foram sequenciados. Procedeu-se a uma sequenciação NOVO com o objectivo de dispor de GÉNEROS DE REFERÊNCIA DE ALTA QUALIDADE, nos quais não só é possível identificar diferenças na presença/ausência de GÉNEROS, mas também diferenças estruturais. Os seis genomas foram gravados de forma funcional e uma análise comparativa foi realizada de dois a dois. A comparação das estirpes é tão próxima do ponto de vista genético, mas a diferença no fenótipo AIEC permitiu-nos obter uma lista relativamente pequena de elementos genéticos candidatos. Além disso, ao sequenciar TRÊS OBRAS DE CEPAS TRÊS, podemos conhecer TRÊS DIFERENÇAS DO TRABALHO DE ESTUDO E O QUE SÃO ANSVERSAIS NA AIEC DE DISTINTOS DE FILOGRUP._x000D_ NO PRESENTE PROJECTO pretendemos identificar ELEMENTOS GENÉTICOS geograficamente disciplinadores do patótipo AIEC. Em primeiro lugar, propõe-se a concepção de ferramentas moleculares que permitam a detecção e a quantificação do padrão AIEC actualmente não existente e que possam ser aplicadas em amostras doentes. Por outro lado, pretende-se conhecer o mecanismo pelo qual estes elementos GENETIC estão envolvidos no patótipo AIEC._x000D_ o desenho de ferramentas moleculares para a detecção do patótipo AIEC pode ser útil no DIFFERENTIAL DIAGGNÓSTICO de diferentes subtipos de DOENÇAS INFLAMATÓRIAS INTESTINAIS. Além disso, estas ferramentas facilitariam estudos de grande envergadura, podendo compreender melhor a prevalência do modelo e identificar reservas e percursos de transporte. Estes estudos são difíceis de executar utilizando técnicas de identificação de padrões actuais. Além disso, esclarecer quais são os determinantes genéticos relacionados com a sua patogenicidade não ajudaria apenas a compreender melhor o mecanismo de patogenicidade do patótipo, mas significaria um grande avanço na deteção de novos objetivos terapêuticos para a doença de Crohn. (Portuguese)
17 August 2022
0 references
ESCHERICHIA COLI (AIEC) KINNINE INVASIIVNE PATOTÜÜP ON HILJUTI OSALENUD CROHNI TÕVE ETIOLOOGIAS, ERITI PATSIENTIDEL, KELLEL ESINEB HAIGUST SOOLES, KUIGI ÜHA ENAM UURINGUID SEOSTATAKSE SEDA KA TEISTE SOOLESTIKU KÕRVALTOIMETEGA, NAGU HAAVANDILINE KOLIIT JA KÄÄRSOOLEVÄHK. Mõlemad DISEASES HÄÄLETAMISE KASUTATAVAD INCIDENCE IN DEVELOPED COUNTRIES._x000D_ _x000D_ AIEC pathotüüp on defameteeritud selle võime tõttu, et see on TEADUS- JA INVASION of INTESTINAL EPITELIAL CELLS JA ON BEING THERE ON ja jäljendatakse makrofaagides. SENI ISOLEERITUD AIEC TÜVED ON GENEETILISELT MITMEKESISED, KUULUVAD ERINEVATESSE PHYLOGRUPOSESSE JA VÕIVAD ESINEDA ERINEVAID E. COLI SOOLESTIKU PATOGEENIDELE ISELOOMULIKKE VIRULENTSUSE GEENIDE RÜHMI. SIISKI EI ÕIGUSTA NENDE GEENIDE OLEMASOLU AIEC FENOTÜÜPI. TEISEST KÜLJEST ON TÕESTATUD, ET PATOTÜÜBI PATOGEENSUSEGA OTSESELT SEOTUD GEENID ESINEVAD KA MITTEPATOGEENSETES E. COLI TÜVEDES. LÜHIDALT ÖELDES EI OLE TEADA, ET GENEETILISED DETERMINANDID ON KONKREETSELT SEOTUD AIEC FENOTÜÜBIGA. _x000D_ _x000D_ in PREVIOUS STUDY, meie GROUP MOSSITED E. COLI WITH Identical PULSOTIPES dify in the AIEC FENOTIPO. EELMISES PROJEKTIS (GENAIEC, SAF2010–15896) VALITI KOLM PAARI TÜVESID (IGAS PAARIS ON AIECI ISOLAAT JA ÜKS SAMA PULSOTIPOGA MITTE-AIEC) JA NENDE GENOOMID OLID JÄRJESTATUD. NOVO SEKVENEERIMISE EESMÄRK OLI KÕRGE KVALITEEDIGA VÕRDLUSGENOOMIDE OLEMASOLU, MILLE PUHUL ON VÕIMALIK TUVASTADA MITTE AINULT ERINEVUSI GEENIDE OLEMASOLUS/PUUDUMISES, VAID KA STRUKTUURILISI ERINEVUSI. KUUS GENOOMI REGISTREERITAKSE FUNKTSIONAALSELT JA VÕRDLEV ANALÜÜS VIIDI LÄBI KAKS KUNI KAKS. NII LÄHEDASTE, KUID AIECI FENOTÜÜBI POOLEST ERINEVATE TÜVEDE VÕRDLEMINE ON VÕIMALDANUD MEIL SAADA SUHTELISELT VÄIKESE NIMEKIRJA KANDIDAATGENEETILISTEST ELEMENTIDEST. Lisaks, järjestades THREE töö CEPAS THREE WE CAN KNOW THREE DIFFERENCations of the STUDY WORK JA MIDA VÕTNUD VÄLJA VÄLJA VÄLJA KÄESOLEVA DYSTINTS._x000D_ THE PRESENT PROJECT me kavatseme määratleda geograafiliselt distsiplineerivad GENETIC ELEMENTS AIEC patotüüp. ESITEKS TEHAKSE ETTEPANEK TÖÖTADA VÄLJA MOLEKULAARSED VAHENDID, MIS VÕIMALDAVAD TUVASTADA JA KVANTIFITSEERIDA PRAEGU OLEMATU AIEC-PATOTÜÜBI NING MIDA SAAB KASUTADA PATSIENDI PROOVIDES. Teisel küljel on meil kavas teada mehhanismi, mille abil need GENETIC-elemendid on seotud patotüübi AIEC._x000D_ga, molekulaarsete tööriistade kavandamine patotüübi AIEC avastamiseks võiks olla kasulik INTESTINAL põletikku eri alatüüpide DIAGGNOSTICO DIFFERENTIAL. LISAKS HÕLBUSTAKSID NEED VAHENDID LAIAULATUSLIKKE UURINGUID, ET PAREMINI MÕISTA PATOTÜÜBI LEVIMUST NING TEHA KINDLAKS RESERVUAARID JA ÜLEKANDETEED. NEID UURINGUID ON RASKE LÄBI VIIA, KASUTADES PRAEGUSEID PATOTÜÜBI IDENTIFITSEERIMISE TEHNIKAID. LISAKS AITAKS SELLE PATOGEENSUSEGA SEOTUD GENEETILISED DETERMINANDID PAREMINI MÕISTA PATOTÜÜBI PATOGEENSUSE MEHHANISMI, VAID TÄHENDAKS KA SUURT EDASIMINEKUT CROHNI TÕVE UUTE TERAPEUTILISTE SIHTMÄRKIDE AVASTAMISEL. (Estonian)
17 August 2022
0 references
AZ ESCHERICHIA COLI (AIEC) TAPADÓ INVAZÍV PATOTÍPUSA A KÖZELMÚLTBAN RÉSZT VETT A CROHN’S-KÓR ETIOLÓGIÁJÁBAN, KÜLÖNÖSEN AZ ILEALIS ÉRINTETT BETEGEKNÉL, BÁR EGYRE TÖBB VIZSGÁLAT KAPCSOLÓDIK MÁS BÉLHATÁSOKHOZ, PÉLDÁUL A COLITIS ULCEROSÁHOZ ÉS A VASTAGBÉLRÁKHOZ. Mindkét MEGJEGYZÉSEK A DEVELOPED COUNTRIES._x000D_ _x000D_ Az AIEC patotípust a INTESTINÁLIS EPITELIAL CELL-ek ADHERENCE és INVASION-jának képessége, valamint makrofágokban replikálta. AZ EDDIG IZOLÁLT AIEC TÖRZSEK GENETIKAILAG VÁLTOZATOSAK, KÜLÖNBÖZŐ PHYLOGRUPOS-HOZ TARTOZNAK, ÉS AZ E. COLI EXTRAINTESTINTESZTINÁLIS KÓROKOZÓKRA JELLEMZŐ VIRULENCIA GÉNEK KÜLÖNBÖZŐ CSOPORTJAI LEHETNEK. EZEK A GÉNEK AZONBAN NEM INDOKOLJÁK AZ AIEC FENOTÍPUST. MÁSRÉSZT KIMUTATTÁK, HOGY A PATOTÍPUS PATOGENITÁSÁBAN KÖZVETLENÜL RÉSZT VEVŐ GÉNEK A NEM PATOGÉN E. COLI TÖRZSEKBEN IS MEGTALÁLHATÓK. RÖVIDEN, NEM ISMERT, HOGY A GENETIKAI DETERMINÁNSOK KIFEJEZETTEN KAPCSOLÓDNAK AZ AIEC FENOTÍPUSHOZ. _x000D_ _x000D_ egy PREVIOUS STUDY-ban, a mi GROUP MOSSITITED E. COLI az identic PULSOTIPES döngöl az AIEC FENOTIPO. AZ ELŐZŐ PROJEKTBEN (GENAIEC, SAF2010–15896) HÁROM PÁR TÖRZSET VÁLASZTOTTAK KI (MINDEGYIK PÁR EGY AIEC IZOLÁTUMBÓL ÉS EGY NEM AIEC-BŐL ÁLL, UGYANAZZAL A PULSOTIPO-VAL), ÉS GENOMJAIK SZEKVENCIÁLTAK. A NOVO SZEKVENÁLÁST AZZAL A CÉLLAL HAJTOTTÁK VÉGRE, HOGY KIVÁLÓ MINŐSÉGŰ REFERENCIAGENOMOK LEGYENEK, AMELYEKBEN NEMCSAK A GÉNEK JELENLÉTÉBEN/HIÁNYÁBAN MUTATKOZÓ KÜLÖNBSÉGEK, HANEM A SZERKEZETI KÜLÖNBSÉGEK IS AZONOSÍTHATÓK. A HAT GENOMOT FUNKCIONÁLISAN RÖGZÍTETTÉK, ÉS KÉT-KETTŐ ÖSSZEHASONLÍTÓ ELEMZÉST VÉGEZTEK. A GENETIKAILAG SZOROS, DE AZ AIEC FENOTÍPUSBAN ELTÉRŐ TÖRZSEK ÖSSZEHASONLÍTÁSA LEHETŐVÉ TETTE SZÁMUNKRA, HOGY VISZONYLAG KIS SZÁMÚ GENETIKAI ELEMET SZEREZZÜNK BE. Ezen túlmenően a THREE WE TUDOMÁNYOK TUDOMÁSUL VAN TUDOMÁSUL VONATKOZÓ MUNKÁK ÉS A FILOGRUP DYSTINTS A FILOGRUP DYSTINTS._x000D_ A FILOGRUP DYSTINTS AIEC-ben ansverzális szekvenálásával az AIEC patotípus földrajzilag fegyelmezhető GENETIC ELEMENTSeit kívánjuk azonosítani. ELŐSZÖR IS OLYAN MOLEKULÁRIS ESZKÖZÖK KIALAKÍTÁSÁT JAVASOLJUK, AMELYEK LEHETŐVÉ TESZIK A JELENLEG NEM LÉTEZŐ AIEC PATOTÍPUS KIMUTATÁSÁT ÉS MENNYISÉGI MEGHATÁROZÁSÁT, ÉS AMELYEK ALKALMAZHATÓK A BETEGMINTÁKBAN. Egy másik oldalon szeretnénk megismerni azt a mechanizmust, amellyel ezek a GENETIC elemek az AIEC._x000D_ patotípusban részt vesznek, az AIEC patotípus kimutatására szolgáló molekuláris eszközök tervezése használható lehet az INTESTINAL gyulladásos DISEASES különböző altípusainak DIAGGNOSTICO DIFFERENTIAL-jában. EZEN TÚLMENŐEN EZEK AZ ESZKÖZÖK ELŐSEGÍTENÉK A NAGYSZABÁSÚ VIZSGÁLATOKAT, JOBBAN MEGÉRTHETNÉK A PATOTÍPUS ELŐFORDULÁSÁT, ÉS AZONOSÍTANÁK A TÁROZÓKAT ÉS AZ ÁTVITELI ÚTVONALAKAT. EZEKET A VIZSGÁLATOKAT NEHÉZ ELVÉGEZNI A JELENLEGI PATOTÍPUS-AZONOSÍTÁSI TECHNIKÁK ALKALMAZÁSÁVAL. EZENKÍVÜL A PATOGENITÁSHOZ KAPCSOLÓDÓ GENETIKAI MEGHATÁROZÓ TÉNYEZŐK TISZTÁZÁSA NEMCSAK A PATOTÍPUS PATOGENITÁSI MECHANIZMUSÁNAK JOBB MEGÉRTÉSÉT SEGÍTENÉ ELŐ, HANEM NAGY ELŐRELÉPÉST JELENTENE A CROHN-S-BETEGSÉG ÚJ TERÁPIÁS CÉLJAINAK KIMUTATÁSÁBAN. (Hungarian)
17 August 2022
0 references
ПРИЛЕПНАЛИЯТ ИНВАЗИВЕН ПАТОТИП НА ESCHERICHIA COLI (AIEC) НАСКОРО УЧАСТВА В ЕТИОЛОГИЯТА НА БОЛЕСТТА НА CROHN’S, ОСОБЕНО ПРИ ПАЦИЕНТИ С ИЛЕАЛНО ЗАСЯГАНЕ, ВЪПРЕКИ ЧЕ ВСЕ ПОВЕЧЕ ПРОУЧВАНИЯ ГО СВЪРЗВАТ С ДРУГИ ЧРЕВНИ ЕФЕКТИ КАТО УЛЦЕРОЗЕН КОЛИТ И РАК НА ДЕБЕЛОТО ЧЕРВО. И двете DISEASES имат една голяма INCIDENCE В DEVELOPED COUNTRIES._x000D_ _x000D_ Патотипът AIEC е оклеветяван от капацитета си на ADHERENCE И INVASION OF INTESTINAL EPITELIAL CELLS AND FOR BEING THERE ON и повторени в макрофаги. ИЗОЛИРАНИТЕ ДОСЕГА ЩАМОВЕ НА AIEC СА ГЕНЕТИЧНО РАЗНООБРАЗНИ, ПРИНАДЛЕЖАТ КЪМ РАЗЛИЧНИ PHYLOGRUPOS И МОГАТ ДА ПРЕДСТАВЯТ РАЗЛИЧНИ ГРУПИ ВИРУЛЕНТНИ ГЕНИ, ХАРАКТЕРНИ ЗА ИЗВЪНЧРЕВНИТЕ ПАТОГЕНИ НА E. COLI. НАЛИЧИЕТО НА ТЕЗИ ГЕНИ ОБАЧЕ НЕ ОПРАВДАВА ФЕНОТИПА AIEC. ОТ ДРУГА СТРАНА, ДОКАЗАНО Е, ЧЕ ГЕНИТЕ, КОИТО ПРЯКО УЧАСТВАТ В ПАТОГЕННОСТТА НА ПАТОГЕННОСТТА НА ПАТОГЕНА, СЕ СРЕЩАТ И ПРИ НЕПАТОГЕННИТЕ ЩАМОВЕ НА E. COLI. НАКРАТКО, НЕ Е ИЗВЕСТНО, ЧЕ ГЕНЕТИЧНИТЕ ДЕТЕРМИНАНТИ СА КОНКРЕТНО СВЪРЗАНИ С ФЕНОТИПА AIEC. _x000D_ _x000D_ в PREVIOUS STUDY, нашата GROUP MOSSITED OF E. COLI с идентични PULSOTIPES dify in the AIEC FENOTIPO. В ПРЕДИШНИЯ ПРОЕКТ (GENAIEC, SAF2010—15896) СА ИЗБРАНИ ТРИ ДВОЙКИ ЩАМОВЕ (ВСЯКА ДВОЙКА СЕ СЪСТОИ ОТ ИЗОЛАТ AIEC И ЕДНА НЕ-AIEC С ЕДНА И СЪЩА PULSOTIPO) И ТЕХНИТЕ ГЕНОМИ СА СЕКВЕНИРАНИ. ИЗВЪРШЕНО Е НОВО СЕКВЕНИРАНЕ С ЦЕЛ ДА ИМА ВИСОКОКАЧЕСТВЕНИ РЕФЕРЕНТНИ ГЕНОМИ, ПРИ КОИТО МОГАТ ДА БЪДАТ УСТАНОВЕНИ НЕ САМО РАЗЛИКИ В НАЛИЧИЕТО/ЛИПСАТА НА ГЕНИ, НО И СТРУКТУРНИ РАЗЛИКИ. ШЕСТТЕ ГЕНОМА СА ЗАПИСАНИ ФУНКЦИОНАЛНО И Е ИЗВЪРШЕН СРАВНИТЕЛЕН АНАЛИЗ ОТ ДВЕ ДО ДВЕ. СРАВНЕНИЕТО НА ЩАМОВЕ ТОЛКОВА БЛИЗКИ ГЕНЕТИЧНИ, НО РАЗЛИЧНИ В AIEC ФЕНОТИП НИ ПОЗВОЛИ ДА ПОЛУЧИМ СРАВНИТЕЛНО МАЛЪК СПИСЪК НА КАНДИДАТ ГЕНЕТИЧНИ ЕЛЕМЕНТИ. В допълнение, чрез секвениране на ТРИ РАБОТИ НА СТРАНИЧЕСКИ ДЕЙСТВИЕ НА ТЪРГОВСКИ РАБОТИ И КАКВО КАКВО ЗА КОИТО В ИИЕО НА ФИЛОГРУПИТЕ ДИСТИНТИ._x000D_ В ПРЕДСЕДАТЕЛЯТ възнамеряваме да идентифицираме географски дисциплините на GENETIC ELEMENTS на AIEC патологията. НА ПЪРВО МЯСТО, ПРЕДЛАГА СЕ ДА СЕ ПРОЕКТИРАТ МОЛЕКУЛЯРНИ ИНСТРУМЕНТИ, КОИТО ПОЗВОЛЯВАТ ОТКРИВАНЕТО И КОЛИЧЕСТВЕНОТО ОПРЕДЕЛЯНЕ НА НЕСЪЩЕСТВУВАЩИЯ ПОНАСТОЯЩЕМ ПАТОГЕН AIEC И КОИТО МОГАТ ДА СЕ ПРИЛАГАТ В ПРОБИ ОТ ПАЦИЕНТИ. От друга страна, ние възнамеряваме да знаем механизма, чрез който тези GENETIC елементи участват в патотипа AIEC._x000D_ проектирането на молекулярни инструменти за откриване на патотип AIEC може да бъде от полза в DIAGNOSTICO DIFFERENTIAL на различни подтипове на INTESTINAL възпалителни DISEASES. ОСВЕН ТОВА ТЕЗИ ИНСТРУМЕНТИ БИХА УЛЕСНИЛИ ШИРОКОМАЩАБНИТЕ ПРОУЧВАНИЯ, ЗА ДА МОГАТ ДА СЕ РАЗБЕРЕ ПО-ДОБРЕ РАЗПРОСТРАНЕНИЕТО НА ПАТОТИПА И ДА СЕ ИДЕНТИФИЦИРАТ РЕЗЕРВОАРИТЕ И ПЪТИЩАТА ЗА ПРЕДАВАНЕ. ТЕЗИ ИЗСЛЕДВАНИЯ СА ТРУДНИ ЗА ИЗПЪЛНЕНИЕ, КАТО СЕ ИЗПОЛЗВАТ НАСТОЯЩИТЕ ТЕХНИКИ ЗА ИДЕНТИФИКАЦИЯ НА ПАТОТИПА. ОСВЕН ТОВА ИЗЯСНЯВАНЕТО НА ГЕНЕТИЧНИТЕ ДЕТЕРМИНАНТИ, СВЪРЗАНИ С НЕГОВАТА ПАТОГЕННОСТ, НЕ САМО БИ СПОМОГНАЛО ЗА ПО-ДОБРОТО РАЗБИРАНЕ НА МЕХАНИЗМА НА ПАТОГЕННОСТ НА ПАТОГЕНА, НО БИ ОЗНАЧАВАЛО ГОЛЯМ НАПРЕДЪК В ОТКРИВАНЕТО НА НОВИ ТЕРАПЕВТИЧНИ ЦЕЛИ ЗА БОЛЕСТТА НА КРОН. (Bulgarian)
17 August 2022
0 references
ESCHERICHIA COLI (AIEC) INVAZINIS PATOTIPAS NESENIAI DALYVAVO KRONO LIGOS ETIOLOGIJOJE, YPAČ PACIENTAMS, SERGANTIEMS ILEALINIU DALYVAVIMU, NORS VIS DAUGIAU TYRIMŲ TAIP PAT YRA SUSIJĘ SU KITAIS ŽARNYNO REIŠKINIAIS, PVZ., OPINIU KOLITU IR GAUBTINĖS ŽARNOS VĖŽIU. Abi PATVIRTINIMO GALIOS INCIDENCIJA DEVELOPED COUNTRIES._x000D_ _x000D_ AIEC patotipas yra šmeižtas dėl savo pajėgumo ADHERENCE IR INVASION OF INTESINAL EPITELIAL CELLS IR BERE ON ir pakartoti makrofaguose. IKI ŠIOL IZOLIUOTOS AIEC PADERMĖS YRA GENETINĖS ĮVAIROVĖS, PRIKLAUSO SKIRTINGOMS PHYLOGRUPOS IR GALI SUDARYTI SKIRTINGAS VIRULENTIŠKUMO GENŲ GRUPES, BŪDINGAS E. COLI EKSTRAINTENCINIAMS PATOGENAMS. TAČIAU ŠIŲ GENŲ TURĖJIMAS NEPATEISINA AIEC FENOTIPO. KITA VERTUS, ĮRODYTA, KAD GENAI, TIESIOGIAI SUSIJĘ SU PATOTIPO PATOGENIŠKUMU, TAIP PAT APTINKAMI NE PATOGENINĖSE E. COLI PADERMĖSE. TRUMPAI TARIANT, NĖRA ŽINOMA, KAD GENETINIAI VEIKSNIAI YRA KONKREČIAI SUSIJĘ SU AIEC FENOTIPU. _x000D_ _x000D_ į PREVIOUS STUDYJE, mūsų grupė MOSSITED E. COLI su identiškomis PULSOTIPES dify į AIEC FENOTIPO. ANKSTESNIAME PROJEKTE (GENAIEC, SAF2010–15896) BUVO ATRINKTOS TRYS PADERMIŲ POROS (KIEKVIENA PORA SUSIDEDA IŠ AIEC IZOLIATO IR PO VIENĄ NE AIEC SU TUO PAČIU PULSOTIPO) IR JŲ GENOMAI BUVO SEKAMI. NOVO SEKOS NUSTATYMAS BUVO ATLIKTAS SIEKIANT TURĖTI AUKŠTOS KOKYBĖS ETALONINIUS GENOMUS, KURIUOSE GALIMA NUSTATYTI NE TIK GENŲ BUVIMO IR (ARBA) NEBUVIMO SKIRTUMUS, BET IR STRUKTŪRINIUS SKIRTUMUS. ŠEŠI GENOMAI BUVO UŽREGISTRUOTI FUNKCINIU POŽIŪRIU IR LYGINAMOJI ANALIZĖ BUVO ATLIKTA NUO DVIEJŲ IKI DVIEJŲ. TOKS ARTIMAS GENETINIS, BET AIEC FENOTIPAS SKIRIASI ŠTAMŲ PALYGINIMAS LEIDO MUMS GAUTI PALYGINTI NEDIDELĮ POTENCIALIŲ GENETINIŲ ELEMENTŲ SĄRAŠĄ. Be to, sekos tvarka THREE WORKS OF CEPAS THREE Mes ketiname nustatyti geografiškai drausminančius AIEC patotipo GENETINIUS ELEMENTAI. PIRMA, SIŪLOMA SUKURTI MOLEKULINES PRIEMONES, KURIOS LEISTŲ APTIKTI IR KIEKYBIŠKAI ĮVERTINTI ŠIUO METU NEEGZISTUOJANTĮ AIEC PATOTIPĄ IR KURIAS BŪTŲ GALIMA NAUDOTI PACIENTŲ MĖGINIUOSE. Kita vertus, mes ketiname žinoti mechanizmą, kuriuo šie GENETIC elementai yra įtraukti į patotipą AIEC._x000D_ molekulinių įrankių, skirtų nustatyti patotipą AIEC, dizainas galėtų būti naudojamas įvairių INTESTINAL uždegimo DISEASES potipių DIAGGNOSTICO DIFFERENTIAL. BE TO, ŠIOS PRIEMONĖS PADĖTŲ ATLIKTI DIDELIO MASTO TYRIMUS, GERIAU SUPRASTI PATOTIPO PAPLITIMĄ IR NUSTATYTI REZERVUARUS BEI PERDAVIMO BŪDUS. ŠIUOS TYRIMUS SUNKU ATLIKTI NAUDOJANT DABARTINIUS PATOTIPŲ IDENTIFIKAVIMO METODUS. BE TO, IŠAIŠKINUS, KOKIE YRA GENETINIAI VEIKSNIAI, SUSIJĘ SU JO PATOGENIŠKUMU, NE TIK BŪTŲ LENGVIAU SUPRASTI PATOTIPO PATOGENIŠKUMO MECHANIZMĄ, BET IR BŪTŲ PADARYTA DIDELĖ PAŽANGA NUSTATANT NAUJUS KRONO LIGOS GYDYMO TIKSLUS. (Lithuanian)
17 August 2022
0 references
PRIANJAJUĆI INVAZIVNI PATOTIP BAKTERIJE ESCHERICHIA COLI (AIEC) NEDAVNO JE BIO UKLJUČEN U ETIOLOGIJU CROHNOVE BOLESTI, OSOBITO U BOLESNIKA S ILEALNIM SUDJELOVANJEM, IAKO SVE VIŠE I VIŠE STUDIJA TAKOĐER POVEZUJE S DRUGIM CRIJEVNIM UČINCIMA KAO ŠTO SU ULCEROZNI KOLITIS I RAK DEBELOG CRIJEVA. Oba DISEASES Imaju veliku incidenciju u DEVELOPED COUNTRIES._x000D_ _x000D_ AIEC patotip je defamed zbog svoje sposobnosti ADHERENCE I INVAZIJE INTESTINAL EPITELIAL CELLS i za veslanje na njima i replicirati u makrofagama. DO SADA IZOLIRANI AIEC SOJEVI GENETSKI SU RAZNOLIKI, PRIPADAJU RAZLIČITIM PHYLOGRUPOS-U I MOGU PREDSTAVLJATI RAZLIČITE SKUPINE GENA VIRULENCIJE KARAKTERISTIČNE ZA E. COLI EKSTRAINTESTINALNE PATOGENE. MEĐUTIM, POSTOJANJE TIH GENA NE OPRAVDAVA FENOTIP AIEC-A. S DRUGE STRANE, DOKAZANO JE DA SE GENI KOJI SU IZRAVNO UKLJUČENI U PATOGENOST PATOTIPA TAKOĐER NALAZE U NEPATOGENIM SOJEVIMA BAKTERIJE E. COLI. UKRATKO, NIJE POZNATO DA SU GENETSKE ODREDNICE POSEBNO POVEZANE S FENOTIPOM AIEC-A. _x000D_ _x000D_ u PREVIOUS STUDY, naša grupa MOSSITED E. COLI S identičnim PULSOTIPES uvedite u AIEC FENOTIPO. U PRETHODNOM PROJEKTU (GENAIEC, SAF2010 – 15996) ODABRANA SU TRI PARA SOJEVA (SVAKI PAR SASTOJI SE OD IZOLATA AIEC-A I JEDNOG KOJI NIJE AIEC S ISTIM PULSOTIPO-OM), A NJIHOVI GENOMI SU SEKVENCIRANI. NOVO SEKVENCIRANJE PROVEDENO JE S CILJEM POSTIZANJA VISOKOKVALITETNIH REFERENTNIH GENOMA U KOJIMA SE MOGU IDENTIFICIRATI NE SAMO RAZLIKE U PRISUTNOSTI/ODSUTNOSTI GENA, VEĆ I STRUKTURNE RAZLIKE. ŠEST GENOMA ZABILJEŽENO JE FUNKCIONALNO, A KOMPARATIVNA ANALIZA PROVEDENA JE DVA DO DVA. USPOREDBA SOJEVA TAKO BLIZU GENETIČKI, ALI SE RAZLIKUJE U AIEC FENOTIPU OMOGUĆILA NAM JE DA DOBIJEMO RELATIVNO MALI POPIS GENETSKIH ELEMENATA KANDIDATA. Osim toga, sekvenciranjem THREE WORKS CEPAS THREE možemo znati da postoje razlike u radu STUDY-a i što je to bilo nastup u AIEC-u FILOGRUP DYSTINTS._x000D_ U PRESENT PROJEKTU namjeravamo identificirati geografski disciplinirane GENETIC ELEMENTS AIEC patotipa. PRVO, PREDLAŽE SE IZRADA MOLEKULARNIH ALATA KOJI OMOGUĆUJU OTKRIVANJE I KVANTIFIKACIJU TRENUTNO NEPOSTOJEĆEG PATOTIPA AIEC-A I KOJI SE MOGU PRIMIJENITI U UZORCIMA PACIJENATA. S druge strane, namjeravamo znati mehanizam pomoću kojeg su ti GENETIC elementi uključeni u patotip AIEC._x000D_ dizajn molekularnih alata za otkrivanje patotipa AIEC može biti od koristi u DIAGGNOSTICO DIFFERENTIAL različitih podtipova INTESTINAL upalnih DISEASES. OSIM TOGA, TI BI ALATI OLAKŠALI OPSEŽNE STUDIJE JER BI MOGLI BOLJE RAZUMJETI PREVALENCIJU PATOTIPA I UTVRDITI REZERVOARE I PUTOVE PRIJENOSA. TE JE STUDIJE TEŠKO IZVRŠITI PRIMJENOM TRENUTAČNIH TEHNIKA IDENTIFIKACIJE PATOTIPA. OSIM TOGA, RAZJAŠNJAVANJE KOJE SU GENETSKE ODREDNICE POVEZANE S NJEGOVOM PATOGENOŠĆU NE BI SAMO POMOGLO BOLJEM RAZUMIJEVANJU MEHANIZMA PATOGENOSTI PATOTIPA, VEĆ BI ZNAČILO VELIKI NAPREDAK U OTKRIVANJU NOVIH TERAPIJSKIH CILJEVA ZA CROHNOVU BOLEST. (Croatian)
17 August 2022
0 references
DEN VIDHÄFTANDE INVASIVA PATOTYPEN AV ESCHERICHIA COLI (AIEC) HAR NYLIGEN VARIT INVOLVERAD I ETIOLOGIN AV CROHNS SJUKDOM, SÄRSKILT HOS PATIENTER MED ILEAL INBLANDNING, ÄVEN OM FLER OCH FLER STUDIER OCKSÅ RELATERAR DET TILL ANDRA TARMEFFEKTER SÅSOM ULCERÖS KOLIT OCH TJOCKTARMSCANCER. Båda DISEASES HAR en stor INCIDENCE I DEVELOPED COUNTRIES._x000D_ _x000D_ AIEC-patotypen är förtalad av sin förmåga av ADHERENCE OCH INVASION AV INTESTINAL EPITELIAL CELLS OCH FÖR ATT PÅ och replikeras i makrofager. DE AIEC-STAMMAR SOM HITTILLS ISOLERATS ÄR GENETISKT OLIKA, TILLHÖR OLIKA PHYLOGRUPOS OCH KAN PRESENTERA OLIKA GRUPPER AV VIRULENSGENER SOM ÄR KARAKTERISTISKA FÖR E. COLI EXTRAINTESTINAL PATOGENER. ATT HA DESSA GENER MOTIVERAR DOCK INTE AIEC-FENOTYPEN. Å ANDRA SIDAN HAR DET VISAT SIG ATT GENER SOM ÄR DIREKT INVOLVERADE I PATOGENICITET AV PATOTYPEN OCKSÅ FINNS I ICKE-PATOGENA E. COLI-STAMMAR. KORT SAGT ÄR DET INTE KÄNT ATT GENETISKA BESTÄMNINGSFAKTORER ÄR SPECIFIKT RELATERADE TILL AIEC-FENOTYPEN. _x000D_ _x000D_ in A PREVIOUS STUDY, OUR GROUP MOSSITED OF E. COLI MED Identic PULSOTIPES Dify in the AIEC FENOTIPO. I DET TIDIGARE PROJEKTET (GENAIEC, SAF2010–15896) VALDES TRE PAR STAMMAR UT (VARJE PAR BESTÅR AV ETT AIEC-ISOLAT OCH ETT ICKE-AIEC MED SAMMA PULSOTIPO) OCH DERAS GENOMSEKVENSERADES. EN NOVO-SEKVENSERING GENOMFÖRDES I SYFTE ATT HA REFERENSGENOM AV HÖG KVALITET DÄR INTE BARA SKILLNADER I FÖREKOMST/FRÅNVARO AV GENER UTAN ÄVEN STRUKTURELLA SKILLNADER KAN IDENTIFIERAS. DE SEX GENOMEN REGISTRERADES FUNKTIONELLT OCH EN JÄMFÖRANDE ANALYS UTFÖRDES TVÅ TILL TVÅ. JÄMFÖRELSEN AV STAMMAR SÅ NÄRA GENETISK MEN OLIKA I AIEC FENOTYP HAR GJORT DET MÖJLIGT FÖR OSS ATT FÅ EN RELATIVT LITEN LISTA ÖVER KANDIDAT GENETISKA ELEMENT. Dessutom har vi för avsikt att identifiera geografiskt disciplinerande GENETIC ELEMENTS av AIEC-pattotypen genom att sekvensera TRE VORKER AV CEPAS TRE VÄRDEN VI KAN KAN VETA TRE VÄRDENS DIFFERENCER AV STUDENS WORK OCH VAD ATT ÄR ansversal I AILOGRUP DYSTINTS._x000D_ I PRESENT PROJEKT har vi för avsikt att identifiera geografiskt disciplinerande GENETIC ELEMENTS av AIEC-patotypen. FÖR DET FÖRSTA FÖRESLÅS DET ATT MAN UTFORMAR MOLEKYLÄRA VERKTYG SOM GÖR DET MÖJLIGT ATT UPPTÄCKA OCH KVANTIFIERA DEN FÖR NÄRVARANDE OBEFINTLIGA AIEC-PATOTYPEN OCH SOM KAN ANVÄNDAS I PATIENTPROVER. Vid en annan sida har vi för avsikt att känna till den mekanism genom vilken dessa GENETIC-element är involverade i patotypen AIEC._x000D_ utformningen av molekylära verktyg för detektering av patotypen AIEC kan vara till nytta i DIAGGNOSTICO DIFFERENTIAL av olika subtyper av INTESTINAL inflammatoriska DISEASES. DESSUTOM SKULLE DESSA VERKTYG UNDERLÄTTA STORSKALIGA STUDIER, BÄTTRE FÖRSTÅ FÖREKOMSTEN AV PATOTYP OCH IDENTIFIERA RESERVOARER OCH ÖVERFÖRINGSVÄGAR. DESSA STUDIER ÄR SVÅRA ATT UTFÖRA MED HJÄLP AV NUVARANDE PATOTYPIDENTIFIERINGSTEKNIKER. ATT KLARGÖRA VILKA GENETISKA BESTÄMNINGSFAKTORER SOM ÄR KOPPLADE TILL DESS PATOGENICITET SKULLE DESSUTOM INTE BARA BIDRA TILL ATT BÄTTRE FÖRSTÅ PATOTYPENS PATOGENITETSMEKANISM, UTAN OCKSÅ INNEBÄRA ETT STORT FRAMSTEG I UPPTÄCKTEN AV NYA TERAPEUTISKA MÅL FÖR CROHNS SJUKDOM. (Swedish)
17 August 2022
0 references
PATOTIPUL ADERENT-INVAZIV AL ESCHERICHIA COLI (AIEC) A FOST RECENT IMPLICAT ÎN ETIOLOGIA BOLII CROHN, ÎN SPECIAL LA PACIENȚII CU IMPLICARE ILEALĂ, DEȘI DIN CE ÎN CE MAI MULTE STUDII SE REFERĂ ȘI LA ALTE EFECTE INTESTINALE, CUM AR FI COLITA ULCERATIVĂ ȘI CANCERUL DE COLON. Ambele DISEASES au o mare INCIDENȚĂ în țările DEVELOPATE._x000D_ _x000D_ _x000D_ Patotipul AIEC este defăimat de capacitatea sa de ADERENȚĂ ȘI INVASIE DE CELELE EPITELIALE INTESTINALE ȘI PENTRU UTILIZAREA și replicarea în macrofage. TULPINILE AIEC IZOLATE PÂNĂ ÎN PREZENT SUNT DIVERSE DIN PUNCT DE VEDERE GENETIC, APARȚIN UNOR PHYLOGRUPOS DIFERITE ȘI POT PREZENTA GRUPURI DIFERITE DE GENE DE VIRULENȚĂ CARACTERISTICE AGENȚILOR PATOGENI EXTRAINTESTINALI E. COLI. CU TOATE ACESTEA, AVÂND ACESTE GENE NU JUSTIFICĂ FENOTIPUL AIEC. PE DE ALTĂ PARTE, S-A DEMONSTRAT CĂ GENELE DIRECT IMPLICATE ÎN PATOGENITATEA PATOTIPULUI SE GĂSESC ȘI ÎN TULPINILE DE E. COLI NEPATOGENE. PE SCURT, NU SE CUNOAȘTE FAPTUL CĂ FACTORII DETERMINANȚI GENETICI SUNT ÎN MOD SPECIFIC LEGAȚI DE FENOTIPUL AIEC. _x000D_ _x000D_ într-o STUDIE PREVIOUSĂ, MOSSITETUL nostru GROUP AL E. COLI CU PULSOTIPES identice difică în FENOTIPO AIEC. ÎN PROIECTUL ANTERIOR (GENAIEC, SAF2010-15896) AU FOST SELECTATE TREI PERECHI DE TULPINI (FIECARE PERECHE ESTE FORMATĂ DINTR-UN IZOLAT AIEC ȘI UNA NON-AIEC CU ACEEAȘI PULSOTIPO) ȘI GENOMURILE LOR AU FOST SECVENȚIATE. A FOST EFECTUATĂ O SECVENȚIERE NOVO CU SCOPUL DE A AVEA GENOMURI DE REFERINȚĂ DE ÎNALTĂ CALITATE ÎN CARE POT FI IDENTIFICATE NU NUMAI DIFERENȚE DE PREZENȚĂ/ABSENȚĂ A GENELOR, CI ȘI DIFERENȚE STRUCTURALE. CELE ȘASE GENOMURI AU FOST ÎNREGISTRATE FUNCȚIONAL ȘI S-A EFECTUAT O ANALIZĂ COMPARATIVĂ ÎNTRE DOUĂ ȘI DOUĂ. COMPARAREA TULPINILOR ATÂT DE APROPIATE GENETIC, DAR DIFERITE ÎN FENOTIPUL AIEC NE-A PERMIS SĂ OBȚINEM O LISTĂ RELATIV MICĂ DE ELEMENTE GENETICE CANDIDATE. În plus, prin secvențierea a trei WORK-uri de CEPAS de trei ori, putem să știm trei DIFENȚII DE LUCRU STUDIU ȘI CARE sunt anversale în AIEC DE FILOGRUP DYSTINTS._x000D_ ÎN PROIECTUL PRESENT, intenționăm să identificăm din punct de vedere geografic ELEMENTE GENETice ale patotipului AIEC. ÎN PRIMUL RÂND, SE PROPUNE PROIECTAREA DE INSTRUMENTE MOLECULARE CARE SĂ PERMITĂ DETECTAREA ȘI CUANTIFICAREA PATOTIPULUI AIEC INEXISTENT ÎN PREZENT ȘI CARE POT FI APLICATE PE EȘANTIOANELE PACIENȚILOR. Pe de altă parte, ne propunem să cunoaștem mecanismul prin care aceste elemente GENETIC sunt implicate în patotipul AIEC._x000D_ proiectarea instrumentelor moleculare pentru detectarea patotipului AIEC ar putea fi utilă în DIAGGNOSTICO DIFFERENTIAL de diferite subtipuri de DISEASES INTESTINALE inflamatorii. ÎN PLUS, ACESTE INSTRUMENTE AR FACILITA STUDIILE LA SCARĂ LARGĂ, FIIND CAPABILE SĂ ÎNȚELEAGĂ MAI BINE PREVALENȚA PATOTIPULUI ȘI SĂ IDENTIFICE REZERVOARELE ȘI CĂILE DE TRANSMITERE. ACESTE STUDII SUNT DIFICIL DE EXECUTAT FOLOSIND TEHNICI ACTUALE DE IDENTIFICARE A PATOTIPULUI. ÎN PLUS, CLARIFICAREA FACTORILOR DETERMINANȚI GENETICI LEGAȚI DE PATOGENITATEA SA NU NUMAI CĂ AR AJUTA LA O MAI BUNĂ ÎNȚELEGERE A MECANISMULUI PATOGENITĂȚII PATOTIPULUI, DAR AR ÎNSEMNA UN PROGRES SEMNIFICATIV ÎN DETECTAREA NOILOR OBIECTIVE TERAPEUTICE PENTRU BOALA CROHN. (Romanian)
17 August 2022
0 references
PRIVZETI INVAZIVNI PATOTIP ESCHERICHIA COLI (AIEC) JE BIL NEDAVNO VKLJUČEN V ETIOLOGIJO CROHNOVE BOLEZNI, ZLASTI PRI BOLNIKIH Z ILEALNO VPLETENOSTJO, ČEPRAV JO VSE VEČ ŠTUDIJ POVEZUJE TUDI Z DRUGIMI ČREVESNIMI UČINKI, KOT STA ULCEROZNI KOLITIS IN RAK DEBELEGA ČREVESA. Obe DISEASES INCIDENCE GREAT INCIDENCE IN DEVELOPED COUNTRIES._x000D_ _x000D_ Patotip AIEC je raztapljen s svojo zmogljivostjo ADHERENCE IN INVASION INTESTINALNE EPITELIALNE KELLI IN ZA BEING THERE ON in repliciran v makrofagih. DOSLEJ IZOLIRANI SEVI AIEC SO GENETSKO RAZNOLIKI, SPADAJO V RAZLIČNE PHYLOGRUPOS IN LAHKO PREDSTAVLJAJO RAZLIČNE SKUPINE GENOV VIRULENCE, ZNAČILNIH ZA EKSTRAINTESTINALNE PATOGENE E. COLI. VENDAR PA UPORABA TEH GENOV NE UPRAVIČUJE FENOTIPA AIEC. PO DRUGI STRANI JE BILO DOKAZANO, DA SE GENI, KI SO NEPOSREDNO VKLJUČENI V PATOGENOST PATOTIPA, NAHAJAJO TUDI V NEPATOGENIH SEVIH E. COLI. SKRATKA, NI ZNANO, DA SO GENSKI DETERMINANTI POSEBEJ POVEZANI S FENOTIPOM AIEC. _x000D_ _x000D_ v PREVIOUS STUDY, naša GROUP MOSSITED E. COLI Z identifikacijskimi PULSOTIPES dify v AIEC FENOTIPO. V PREJŠNJEM PROJEKTU (GENAIEC, SAF2010–15896) SO BILI IZBRANI TRIJE PARI SEVOV (VSAK PAR JE SESTAVLJEN IZ IZOLATA AIEC IN ENEGA NE-AIEC Z ISTIM PULSOTIPO) IN NJIHOVI GENOMI SO BILI ZAPOREDNI. NOVO SEKVENCIRANJE JE BILO IZVEDENO Z NAMENOM VZPOSTAVITVE VISOKO KAKOVOSTNIH REFERENČNIH GENOMOV, V KATERIH JE MOGOČE UGOTOVITI NE LE RAZLIKE V PRISOTNOSTI/ODSOTNOSTI GENOV, TEMVEČ TUDI STRUKTURNE RAZLIKE. ŠEST GENOMOV JE BILO ZABELEŽENIH FUNKCIONALNO, PRIMERJALNA ANALIZA PA JE BILA IZVEDENA OD DVA DO DVA. PRIMERJAVA SEVOV, KI SO GENETSKO TAKO BLIZU, VENDAR SE RAZLIKUJEJO PO FENOTIPU AIEC, NAM JE OMOGOČILA, DA SMO DOBILI RELATIVNO MAJHEN SEZNAM KANDIDIRANIH GENSKIH ELEMENTOV. Poleg tega nameravamo s sekvenciranjem THREE WORKS PODROČJA PODJETJA ČRNIH DRUGIH DRUGIH DELOV IN KI JIH V PREDSTAVNIKU PREDSTAVNIKOV FILOGRUPNIH DYSTINTS._x000D_ V PREDSEDNIK opredeliti geografsko disciplinske ELEMENTe GENETIC ELEMENTov AIEC patotipa. PRVIČ, PREDLAGA SE OBLIKOVANJE MOLEKULARNIH ORODIJ, KI OMOGOČAJO ODKRIVANJE IN KOLIČINSKO OPREDELITEV TRENUTNO NEOBSTOJEČEGA PATOTIPA AIEC IN SE LAHKO UPORABIJO V VZORCIH BOLNIKOV. Na drugi strani nameravamo poznati mehanizem, s katerim so ti elementi GENETIC vključeni v patotip AIEC._x000D_, zasnova molekularnih orodij za odkrivanje patotipa AIEC bi lahko bila koristna v DIAGGNOSTICO DIFFERENTIALU različnih podtipov INTESTINALnih vnetnih DISEASES. POLEG TEGA BI TA ORODJA OLAJŠALA OBSEŽNE ŠTUDIJE, SAJ BI LAHKO BOLJE RAZUMELA RAZŠIRJENOST PATOTIPA TER OPREDELILA ZBIRALNIKE IN POTI PRENOSA. TE ŠTUDIJE JE TEŽKO IZVESTI Z UPORABO SEDANJIH TEHNIK ZA IDENTIFIKACIJO PATOTIPOV. POLEG TEGA BI POJASNITEV GENETSKIH DETERMINANT, POVEZANIH Z NJEGOVO PATOGENOSTJO, PRIPOMOGLA K BOLJŠEMU RAZUMEVANJU MEHANIZMA PATOGENOSTI PATOTIPA, AMPAK BI POMENILA VELIK NAPREDEK PRI ODKRIVANJU NOVIH TERAPEVTSKIH CILJEV ZA CROHNOVO BOLEZEN. (Slovenian)
17 August 2022
0 references
INWAZYJNY PATOTYP ESCHERICHIA COLI (AIEC) BYŁ OSTATNIO ZAANGAŻOWANY W ETIOLOGIĘ CHOROBY LEŚNIOWSKIEGO-CROHNA, ZWŁASZCZA U PACJENTÓW Z UDZIAŁEM JELITA KRĘTEGO, CHOCIAŻ CORAZ WIĘCEJ BADAŃ DOTYCZY RÓWNIEŻ INNYCH DZIAŁAŃ JELITOWYCH, TAKICH JAK WRZODZIEJĄCE ZAPALENIE JELITA GRUBEGO I RAK JELITA GRUBEGO. Zarówno PODKREŚLA SIĘ W OGÓLNYCH INCIDENCJI W DOWOLNYCH COUNTRIES._x000D_ _x000D_ Patotyp AIEC jest zniesławiony przez jego zdolność ADHERENCE I INVASION INTESTINAL EPITELIAL CELLS AND FOR BEING ON i replikowany w makrofagach. WYIZOLOWANE DOTYCHCZAS SZCZEPY AIEC SĄ GENETYCZNIE ZRÓŻNICOWANE, NALEŻĄ DO RÓŻNYCH PHYLOGRUPOS I MOGĄ PREZENTOWAĆ RÓŻNE GRUPY GENÓW ZJADLIWOŚCI CHARAKTERYSTYCZNE DLA PATOGENÓW POZAJELITOWYCH E. COLI. JEDNAK POSIADANIE TYCH GENÓW NIE UZASADNIA FENOTYPU AIEC. Z DRUGIEJ STRONY WYKAZANO, ŻE GENY BEZPOŚREDNIO ZAANGAŻOWANE W CHOROBOTWÓRCZOŚĆ PATOTYPU WYSTĘPUJĄ RÓWNIEŻ W NIEPATOGENNYCH SZCZEPACH E. COLI. KRÓTKO MÓWIĄC, NIE WIADOMO, CZY DETERMINANTY GENETYCZNE SĄ ŚCIŚLE ZWIĄZANE Z FENOTYPEM AIEC. _x000D_ _x000D_ in A PREVIOUS STUDY, NASZE GRUPY MOSSITED E. COLI Z PULSOTIPami identycznymi wzbogacają się w FENOTIPO AIEC. W POPRZEDNIM PROJEKCIE (GENAIEC, SAF2010-15896) WYBRANO TRZY PARY SZCZEPÓW (KAŻDA PARA SKŁADA SIĘ Z IZOLATU AIEC I JEDNEJ NIE-AIEC Z TYM SAMYM PULSOTIPO), A ICH GENOMY BYŁY SEKWENCJONOWANE. SEKWENCJONOWANIE NOVO ZOSTAŁO PRZEPROWADZONE W CELU POSIADANIA WYSOKIEJ JAKOŚCI GENOMÓW REFERENCYJNYCH, W KTÓRYCH MOŻNA ZIDENTYFIKOWAĆ NIE TYLKO RÓŻNICE W OBECNOŚCI/BRAK GENÓW, ALE TAKŻE RÓŻNICE STRUKTURALNE. SZEŚĆ GENOMÓW ZOSTAŁO ZAREJESTROWANYCH FUNKCJONALNIE I PRZEPROWADZONO ANALIZĘ PORÓWNAWCZĄ OD DWÓCH DO DWÓCH. PORÓWNANIE SZCZEPÓW TAK BLISKO GENETYCZNIE, ALE RÓŻNIĄCYCH SIĘ FENOTYPEM AIEC POZWOLIŁO NAM UZYSKAĆ STOSUNKOWO MAŁĄ LISTĘ POTENCJALNYCH ELEMENTÓW GENETYCZNYCH. Ponadto, poprzez sekwencjonowanie THREE SORKS OF CEPAS PODKREŚLAJĄCY WIĘCEJ DIFFERENCES OF THE STUDY WORK I Który jest odwrotny w AIEC FILOGRUP DYSTINTS._x000D_ W PRESENT PROJEKT zamierzamy zidentyfikować geograficznie dyscyplinujące ELEMENTY GENETICZNE patotypu AIEC. PO PIERWSZE, PROPONUJE SIĘ ZAPROJEKTOWANIE NARZĘDZI MOLEKULARNYCH, KTÓRE UMOŻLIWIAJĄ WYKRYWANIE I OZNACZANIE ILOŚCIOWE OBECNIE NIEISTNIEJĄCEGO PATOTYPU AIEC I KTÓRE MOGĄ BYĆ STOSOWANE W PRÓBKACH PACJENTÓW. Z drugiej strony zamierzamy poznać mechanizm, za pomocą którego te elementy GENETIC są zaangażowane w patotyp AIEC._x000D_ projektowanie narzędzi molekularnych do wykrywania patotypu AIEC może być przydatne w DIAGGNOSTICO DIFFERENTIAL różnych podtypów INTESTINAL DISEASES zapalnych. PONADTO NARZĘDZIA TE UŁATWIŁYBY PROWADZENIE BADAŃ NA DUŻĄ SKALĘ, UMOŻLIWIAJĄC LEPSZE ZROZUMIENIE CZĘSTOŚCI WYSTĘPOWANIA PATOTYPU ORAZ IDENTYFIKACJĘ ZBIORNIKÓW I DRÓG PRZENOSZENIA. BADANIA TE SĄ TRUDNE DO WYKONANIA PRZY UŻYCIU OBECNYCH TECHNIK IDENTYFIKACJI PATOTYPÓW. PONADTO WYJAŚNIENIE, JAKIE SĄ UWARUNKOWANIA GENETYCZNE ZWIĄZANE Z CHOROBOTWÓRCZOŚCIĄ, NIE TYLKO POMOGŁOBY LEPIEJ ZROZUMIEĆ MECHANIZM PATOGENICZNOŚCI PATOTYPU, ALE OZNACZAŁOBY DUŻY POSTĘP W WYKRYWANIU NOWYCH CELÓW TERAPEUTYCZNYCH W ODNIESIENIU DO CHOROBY CROHNA. (Polish)
17 August 2022
0 references
Girona
0 references
20 December 2023
0 references
Identifiers
SAF2013-43284-P
0 references