UNVEILING THE DYNAMICS OF ACETILOMA FOR SYNTHETIC BIOLOGY IN E COLI (Q3154743)
Jump to navigation
Jump to search
Project Q3154743 in Spain
| Language | Label | Description | Also known as |
|---|---|---|---|
| English | UNVEILING THE DYNAMICS OF ACETILOMA FOR SYNTHETIC BIOLOGY IN E COLI |
Project Q3154743 in Spain |
Statements
97,477.6 Euro
0 references
121,000.0 Euro
0 references
80.56 percent
0 references
1 January 2019
0 references
31 December 2021
0 references
UNIVERSIDAD DE MURCIA
0 references
30100
0 references
LAS MODIFICACIONES POST-TRADUCCIONALES DE PROTEINAS (PTMS) CONTROLAN EFICAZMENTE LAS ACTIVIDADES BIOLOGICAS, PERMITIENDO RAPIDAS RESPUESTAS ADAPTATIVAS A CAMBIOS AMBIENTALES. ESTAS MODIFICACIONES AUMENTAN LA DIVERSIDAD FUNCIONAL DEL PROTEOMA MEDIANTE LA ADICION COVALENTE DE GRUPOS FUNCIONALES A PROTEINAS, LA ESCISION PROTEOLITICA DE LAS SUBUNIDADES REGULADORAS O LA DEGRADACION DE PROTEINAS ENTERAS. EL OBJETIVO DE ESTE SUBPROYECTO I, SE CENTRA EN EL ESTUDIO DE LA PTM POR ACETILACION QUE AGREGA UN GRUPO ACETILO AL GRUPO EPSILON AMINO DE UN RESIDUO DE LISINA DE UNA PROTEINA, QUE NEUTRALIZA LA CARGA POSITIVA Y AUMENTA EL TAMAÑO DE LA CADENA LATERAL._x000D_ EN EUCARIOTAS, LOS EFECTOS DE LA ACETILACION DE PROTEINAS HAN SIDO BIEN DESCRITOS, SOBRE TODO EN EL CONTEXTO DE LA ACETILACION DE HISTONAS, PERO EN LA ULTIMA DECADA, SE HA HECHO EVIDENTE QUE MUCHAS PROTEINAS, QUE NO SON HISTONAS, TAMBIEN SON N-LISINACETILADAS Y QUE ESTA MODIFICACION POSTRADUCCIONAL ES SIMILAR EN ABUNDANCIA EN ARQUEAS Y BACTERIAS. _x000D_ CON ESTE PROYECTO SE PRETENDE COMPRENDER COMO ESTE MECANISMO REGULADOR SE RIGE POR LAS CONDICIONES AMBIENTALES Y COMO SE COORDINAN CON OTROS MECANISMOS REGULADORES, ESPECIALMENTE POR FACTORES DE TRANSCRIPCION QUE TAMBIEN PUEDEN SER ACETILADOS. _x000D_ TRES PUNTOS SON CLAVE EN EL EMPLEO DE E. COLI COMO BIOFACTORIA CELULAR: I) LA PTM POR ACETILACION ESTA INTIMAMENTE RELACIONADA CON EL METABOLISMO REBOSADERO DE ACETATO, QUE ES UN INCONVENIENTE IMPORTANTE PARA LOS BIOPROCESOS INDUSTRIALES QUE EMPLEAN E. COLI, YA QUE EL ACETATO INHIBE EL CRECIMIENTO CELULAR EN CULTIVOS DE ALTA DENSIDAD Y SUPONE UNA PERDIDA DE FUENTE DE CARBONO Y DE ENERGIA METABOLICA, LO QUE LIMITA EL RENDIMIENTO DEL BIOPROCESO. II) MUCHAS DE LAS PROTEINAS METABOLICAS DE E. COLI SE ENCUENTRAN ACETILADAS, LO CUAL PUEDE INFLUIR EN LOS FLUJOS METABOLICOS Y EN LA PRODUCCION DE BIOMASA. III) LA REGULACION POR ACETILACION DE DETERMINADAS PROTEINAS INFLUYE EN LA MOTILIDAD BASADA EN FLAGELOS Y FIMBRIAS, UN FENOTIPO CRITICO PARA LA PATOGENESIS DE MUCHOS ORGANISMOS._x000D_ LA ABUNDANCIA DE DATOS OBTENIDOS CON TECNICAS DE ALTO RENDIMIENTO Y LOS HITOS ALCANZADOS EN CADA UNO DE LOS PAQUETES DE TRABAJO (WPI1-5) SERAN EMPLEADOS PARA DESARROLLAR UN MODELO LOGICO MULTI-VALUADO (MVLM) (WPI6 Y WPII 1-4). EXISTIRA UN FLUJO DE INFORMACION CONSTANTE CON EL EQUIPO DEL SUBPROYECTO II. ESTO NOS PERMITIRA VALIDAR EL MODELO Y PREDECIR LA CONFIGURACION MAS ADECUADA DE LOS ESTADOS DE ACETILACION DEL PROTEOMA QUE IMPLIQUE UN MAXIMO RENDIMIENTO EN LA PRODUCCION DE PROTEINAS RECOMBINANTES. ESTA CONFIGURACION SERA TAMBIEN LA OPTIMA PARA LA PRODUCCION DE OTROS BIOFARMACOS DE INTERES O PLASTICOS BIODEGRADABLES. _x000D_ EN RESUMEN, EL DESARROLLO DE ESTE MODELO MVLM ES UN MARCO FUNDAMENTAL EN LA INGENIERIA METABOLICA DE SISTEMAS PARA AUMENTAR LAS CAPACIDADES METABOLICAS DE E COLI BASADAS EN LA BIOLOGIA SINTETICA. (Spanish)
0 references
POST-TRANSLATIONAL MODIFICATION (PTMS) OF PROTEINS IS AN EVOLUTIONARILY CONSERVED STRATEGY USED BY ORGANISMS TO ATTAIN EFFICIENT AND RAPID ADAPTIVE RESPONSES TO ENVIRONMENTAL CHANGES. THESE MODIFICATIONS INCREASE THE FUNCTIONAL DIVERSITY OF THE PROTEOME BY THE COVALENT ADDITION OF FUNCTIONAL GROUPS OR PROTEINS, PROTEOLYTIC CLEAVAGE OF REGULATORY SUBUNITS, OR DEGRADATION OF ENTIRE PROTEINS. THE OBJECTIVE OF THIS SUBPROJECT I FOCUSES ON THE STUDY OF PTM BY ACETYLATION IN WHICH AN ACETYL GROUP IS ADDED TO THE AMINO EPSILON GROUP OF A LYSINE RESIDUE OF A PROTEIN, WHICH NEUTRALIZES THE POSITIVE CHARGE AND INCREASES THE SIZE OF THE SIDECHAIN. _x000D_ IN EUKARYOTES, THE EFFECTS OF PROTEIN ACETYLATION HAVE BEEN WELL DESCRIBED MOSTLY IN THE CONTEXT OF HISTONE ACETYLATION, BUT IN THE LAST DECADE, IT HAS BECOME EVIDENT THAT MANY PROTEINS, WHICH ARE NOT HISTONES, ARE ALSO N-LYSINE-ACETYLATED AND THAT THIS POST-TRANSLATIONAL MODIFICATION IS SIMILARLY ABUNDANT IN ARCHAEA AND BACTERIA._x000D_ THIS SUBPROJECT AIMS TO UNDERSTAND HOW THIS REGULATORY MECHANISM IS GOVERNED BY ENVIRONMENTAL CONDITIONS AND HOW THEY COORDINATE WITH OTHER REGULATORY MECHANISMS, ESPECIALLY TRANSCRIPTION FACTORS THAT CAN ALSO BE ACETYLATED. _x000D_ THREE POINTS ARE KEY IN THE USE OF E. COLI AS A CELLULAR BIOFACTORY: I) PTM BY ACETYLATION IS INTIMATELY RELATED TO THE OVERFLOW OF ACETATE METABOLISM WHICH IS AN IMPORTANT DRAWBACK FOR INDUSTRIAL BIOPROCESSES USING E. COLI BECAUSE THE ACETATE INHIBITS CELL GROWTH IN HIGH DENSITY CULTURES AND INVOLVES A LOSS OF CARBON SOURCE AND METABOLIC ENERGY, WHICH LIMITS THE PERFORMANCE OF BIOPROCESSES. II) MANY OF THE METABOLIC PROTEINS OF E. COLI ARE ACETYLATED AND CAN INFLUENCE METABOLIC FLUXES AND THOSE FOR BIOMASS PRODUCTION. III) THE REGULATION BY ACETYLATION OF CERTAIN PROTEINS INFLUENCES ON FLAGELLAR-BASED MOTILITY OR FIMBRIAS PRODUCTION, A PHENOTYPE CRITICAL FOR PATHOGENESIS OF MANY ORGANISMS._x000D_ THE WEALTH OF EXPERIMENTAL DATA PRODUCED BY HIGH-THROUGHPUT TECHNIQUES AND THE MILESTONES REACHED IN EACH OF THE WORK PACKAGES (WP1-5) WILL BE USED TO DEVELOP A MULTI-VALUED LOGICAL MODEL (MVLM) (WPI6 Y WPII 1-4). THERE WILL BE A CONSTANT INFORMATION FLOW WITH THE SUBPROJECT II TEAM, TO VALIDATE THE MODEL AND ALLOW US TO PREDICT THE MOST APPROPRIATE CONFIGURATION OF ACETYLATION STATES OF THE PROTEOME THAT IMPLIES MAXIMUM PERFORMANCE IN THE PRODUCTION OF RECOMBINANT PROTEINS. THIS CONFIGURATION WILL ALSO BE OPTIMAL FOR THE PRODUCTION OF OTHER BIOPHARMACEUTICALS OF INTEREST OR BIODEGRADABLE PLASTICS._x000D_ IN SUMMARY, THE DEVELOPMENT OF THIS MVLM MODEL IS A FUNDAMENTAL FRAMEWORK IN SYSTEMS METABOLIC ENGINEERING TO INCREASE THE METABOLIC CAPACITIES OF E COLI BASED ON SYNTHETIC BIOLOGY. (English)
0.1636728165153161
0 references
LES MODIFICATIONS DES PROTÉINES POST-TRANSLATIONNELLES (TMP) CONTRÔLENT EFFICACEMENT LES ACTIVITÉS BIOLOGIQUES, CE QUI PERMET DE RÉAGIR RAPIDEMENT AUX CHANGEMENTS ENVIRONNEMENTAUX. CES MODIFICATIONS AUGMENTENT LA DIVERSITÉ FONCTIONNELLE DU PROTÉOME PAR L’ADDITION COVALENTE DE GROUPES FONCTIONNELS AUX PROTÉINES, L’ESCISION PROTÉOLITIQUE DES SOUS-UNITÉS RÉGULATRICES OU LA DÉGRADATION DE PROTÉINES ENTIÈRES. L’OBJECTIF DE CE sous-projet I, CENTRE DANS L’ÉTUDE DE LA PTM POUR L’ACÉGILITÉ DE GROUPE À L’AMINO DU GROUPE DE LISINE D’UN PROTEIN, qui NUETRALIS LA CARE POSITIVE ET augmente la taille de la CADENA LATERALE._x000D_ DANS EUCARIOTAS, les effets de l’ACTILATION PROTÉINE ont été DESCRITIES, SUR TOUS DANS LE CONTEXTE DE L’ACTILLATION des histons, MAIS DANS L’ULTIMATE, SONT ÉVIDENTS QUE PROTEIN MACHINES, PAS histons, SONT N-LISINACETILÉS ET CE MODIFICATION POSTRADUCTIONNELLE EST SIMILAIRE EN ABUNDANCE en tonnages et bactéries. _x000D_ avec ce projet est prétendu acheter car ce mécanisme de réglementation est dû aux conditions environnementales et comme ils sont coordonnés avec d’autres mécanismes de réglementation, SPÉCIALEMENT POUR LES FACTORS DE TRANSCRIPCTION qui peuvent également être acétylés. _x000D_ trois POINTS sont clés dans l’emploi de E. COLI AS CELL biofactory: I) LE PTM D’ACTILACION EST ÉTROITEMENT LIÉ AU MÉTABOLISME DÉBORDANT DE L’ACÉTATE, CE QUI CONSTITUE UN INCONVÉNIENT MAJEUR POUR LES BIOPROCÉDÉS INDUSTRIELS UTILISANT E. COLI, CAR L’ACÉTATE INHIBE LA CROISSANCE CELLULAIRE DANS LES CULTURES À HAUTE DENSITÉ ET ENTRAÎNE UNE PERTE DE SOURCE DE CARBONE ET D’ÉNERGIE MÉTABOLIQUE, CE QUI LIMITE LES PERFORMANCES DU BIOPROCÉDÉ. II) DE NOMBREUSES PROTÉINES MÉTABOLIQUES D’E. COLI SONT ACÉTYLÉES, CE QUI PEUT INFLUENCER LES FLUX MÉTABOLIQUES ET LA PRODUCTION DE BIOMASSE. III) Le RÈGLEMENT DE LA DÉTERMINATION DE PROTÉINE DANS LA MOBILITÉ DANS LES FLAGELS ET les fimbrias, UNE FONCTIONNEMENT CRITIC POUR LA pathogenèse DE MUCHOS ORGANISMOS._x000D_ ABUNDANCE DES DONNÉES OBTENTÉES AVEC HAUTE RENDENCE TECHNIQUE ET HAUTE HAUTE-REACHED HIGHITIES Un des PACKAGES WORK (WPI1-5) sera utilisé pour élaborer un modèle LOGICAL évalué MULTI (MVLM) (WPI6 et WP 14). IL Y AURA UN FLUX CONSTANT D’INFORMATIONS AVEC L’ÉQUIPE DU SOUS-PROJET II. CELA NOUS PERMETTRA DE VALIDER LE MODÈLE ET DE PRÉDIRE LA CONFIGURATION LA PLUS APPROPRIÉE DES ETATS D’ACTILATION PROTÉOMIQUE QUI IMPLIQUE UNE PERFORMANCE MAXIMALE DANS LA PRODUCTION DE PROTÉINES RECOMBINANTES. CETTE CONFIGURATION SERA ÉGALEMENT L’OPTIMA POUR LA PRODUCTION D’AUTRES BIOFARMACOS D’INTÉRÊT OU DES PLASTIQUES BIODÉGRADABLES. _x000D_ en RÉSUMÉ, LE DÉVELOPPEMENT DE CE MODEL MVLM est un cadre FUNDAMENTAL DANS L’INGÉNIERIE métabolique des SYSTÈMES pour augmenter les CAPACITÉS métaboliques du COLI BASED DANS LA BIOLOGIE Synthétique. (French)
4 December 2021
0 references
POSTTRANSLATIONALE PROTEINMODIFIKATIONEN (PTMS) KONTROLLIEREN DIE BIOLOGISCHEN AKTIVITÄTEN EFFEKTIV UND ERMÖGLICHEN EINE SCHNELLE ADAPTIVE REAKTION AUF UMWELTVERÄNDERUNGEN. DIESE MODIFIKATIONEN ERHÖHEN DIE FUNKTIONELLE VIELFALT DES PROTEOMS DURCH DIE KOVALENTE ZUGABE VON FUNKTIONSGRUPPEN ZU PROTEINEN, DEN PROTEOLITISCHEN ESCISION DER REGULATORISCHEN UNTEREINHEITEN ODER DEN ABBAU GANZER PROTEINE. Das Ziel dieses Teilprojekts I, ZENTREN IN DER STUDIE DES PTM FÜR DIE GRUPPE FÜR DIE GRUPPE DER EPSILON GROUP AMINO einer Lisine RESIDUTION eines PROTEINs, das die POSITIVE CARE NUETRALISIERT und die Größe des LATERALEN CADENA erhöht._x000D_ IN EUCARIOTAS, die Auswirkungen von PROTEIN ACTILATION HAVE WELCOME DESCRITIES, AUF ALL IN DER KONTEXT DER AKTILLUNG der Histons, in der ULTIMATE decate, HAVE BEEN EVIDENT DAS PROTEIN MACHINES, NICHT Histons, ARE N-LISINACETILATED und diese POSTRADUCTIONAL MODIFICATION ist SIMILAR IN ABUNDANCE in Tonnage und Bakterien. _x000D_ mit diesem Projekt wird behauptet, Kauf zu sein, da dieser Regulierungsmechanismus auf die Umweltbedingungen zurückzuführen ist und da sie mit anderen Regulierungsmechanismen koordiniert werden, SPEZIALLY FOR TRANSCRIPCTION FACTOREN, die auch Acetyliert werden können. _x000D_ drei POINTS ARE KEY IN DER BESCHÄFTIGUNG E. COLI AS CELL Biofactory: I) PTM VON ACTILACION STEHT IN ENGEM ZUSAMMENHANG MIT DEM ÜBERFLIESSENDEN STOFFWECHSEL VON ACETAT, DER EINEN GROSSEN NACHTEIL FÜR INDUSTRIELLE BIOPROZESSE MIT E. COLI DARSTELLT, DA ACETAT DAS ZELLWACHSTUM IN KULTUREN MIT HOHER DICHTE HEMMT UND ZU EINEM VERLUST AN KOHLENSTOFFQUELLE UND METABOLISCHER ENERGIE FÜHRT, WAS DIE LEISTUNGSFÄHIGKEIT DES BIOPROZESSES BEGRENZT. II) VIELE STOFFWECHSELPROTEINE VON E. COLI SIND ACETYLIERT, WAS DIE STOFFWECHSELSTRÖME UND DIE BIOMASSEPRODUKTION BEEINFLUSSEN KANN. III) Die VERORDNUNG DER PROTEINEN DETERMINATION IN DER Motility BASED IN FLAGELS und Fimbrias, eine CRITISCHE FENOTIE FÜR DIE Pathogenese von MUCHOS ORGANISMOS._x000D_ ABUNDSCHAFT DER DATEN mit TECHNISCHEN TECHNISCHEN UND HIGH-REACHED HIGHISCHEN HIGHRECHED HIGHEITEN eines der WORKPACKAGES (WPI1-5) wird verwendet, um ein MULTI-bewertetes LOGICAL-Modell (MVLM) (WPI6 und WPII 1-4) zu entwickeln. ES WIRD EINEN STÄNDIGEN INFORMATIONSFLUSS MIT DEM TEILPROJEKT II-TEAM GEBEN. DIES ERMÖGLICHT ES UNS, DAS MODELL ZU VALIDIEREN UND DIE AM BESTEN GEEIGNETE KONFIGURATION DER STAATEN VON PROTEOME ACTILATION VORHERZUSAGEN, DIE EINE MAXIMALE LEISTUNG BEI DER HERSTELLUNG REKOMBINANTER PROTEINE IMPLIZIERT. DIESE KONFIGURATION WIRD AUCH DER OPTIMA FÜR DIE HERSTELLUNG ANDERER INTERESSANTER BIOFARMACOS ODER BIOLOGISCH ABBAUBARER KUNSTSTOFFE SEIN. _x000D_ in SUMMARY, Die Entwicklung dieses MODEL MVLM ist ein FUNDAMENTAL FRAMEWORK in den metabolischen INGENIERIA DER SYSTEME, um die metabolischen CAPACITIES von E COLI BASED in der synthetischen BIOLOGIE zu erhöhen. (German)
9 December 2021
0 references
POST-TRANSLATIONELE EIWITMODIFICATIES (PTM’S) BEHEERSEN DE BIOLOGISCHE ACTIVITEITEN EFFECTIEF, WAARDOOR SNEL ADAPTIEVE REACTIES OP VERANDERINGEN IN HET MILIEU MOGELIJK ZIJN. DEZE WIJZIGINGEN VERGROTEN DE FUNCTIONELE DIVERSITEIT VAN HET PROTEOOM DOOR DE COVALENTE TOEVOEGING VAN FUNCTIONELE GROEPEN AAN EIWITTEN, DE PROTEOLITISCHE ESCISION VAN DE REGELGEVENDE SUBEENHEDEN OF DE AFBRAAK VAN HELE EIWITTEN. De DOELSTELLING VAN DIT subproject I, CENTRE IN DE STUDIE VAN HET PTM VOOR HET GEBRUIK VAN DE EPSILON GROUP AMINO VAN A Lisine RESIDUTION OF A PROTEIN, die de POSITIVE CARE VERZOEKT EN de MAAT VAN DE LATERAL CADENA._x000D_ IN EUCARIOTAS verhoogt, de effecten van PROTEIN ACTILATION HAVE WELKOM DESCRITIES, OP ALLE IN DE CONTEXT VAN DE ACTILLATIE VAN histons, MAAR IN DE ULTIMATE decate, HAVE BEEN EVIDENT DAT PROTEIN MACHINES, GEEN histons, ZIJN N-LISINACETILATE EN DIT POSTRADUCTIONELE MODIFICATIE IS SIMILAR IN ONDERNEMING in tonnages en bacteriën. _x000D_ bij dit project wordt beweerd te kopen aangezien dit reguleringsmechanisme is toe te schrijven aan de milieuomstandigheden en aangezien ze worden gecoördineerd met andere regelgevende mechanismen, SPECIALLY VOOR TRANSCRIPCTION FACTORS die ook kunnen worden geacetyleerd. _x000D_ drie POINTS ZIJN KEY IN DE EMPLOYMENT VAN E. COLI AS CELL biofactory: I) PTM BY ACTILACION IS NAUW VERBONDEN MET HET OVERSTROMENDE METABOLISME VAN ACETAAT, WAT EEN GROOT NADEEL IS VOOR INDUSTRIËLE BIOPROCESSEN DIE E. COLI GEBRUIKEN, AANGEZIEN ACETAAT DE CELGROEI IN CULTUREN MET EEN HOGE DICHTHEID REMT EN RESULTEERT IN EEN VERLIES VAN KOOLSTOFBRON EN METABOLE ENERGIE, WAT DE PRESTATIES VAN HET BIOPROCES BEPERKT. II) VEEL VAN E. COLI’S METABOLE EIWITTEN WORDEN GEACETYLEERD, WAT VAN INVLOED KAN ZIJN OP METABOLE STROMEN EN BIOMASSAPRODUCTIE. III) DE VERORDENING VAN PROTEINDE DETERMINATION IN DE motiliteit die is vastgelegd in FLAGELS EN fimbria’s, een CRITISCHE FENOTIE voor de pathogenese van MUCHOS ORGANISMOS._x000D_ ABUNDANCE OF DATA OBTENTED MET HIGH RENDENCE TECHNICAL EN HIGH HIGH-REACHED HIGH-REACHED HIGHITIES Een OF WORK PACKAGES (WPI1-5) zal worden gebruikt voor de ontwikkeling van een MULTI-gewaardeerd LOGICAL model (MVLM) (WPI6 en WPII-1-4). ER ZAL EEN CONSTANTE STROOM VAN INFORMATIE ZIJN MET HET SUBPROJECT II-TEAM. DIT ZAL ONS IN STAAT STELLEN HET MODEL TE VALIDEREN EN DE MEEST GESCHIKTE CONFIGURATIE VAN DE STATEN VAN PROTEOOM ACTILATIE TE VOORSPELLEN DIE EEN MAXIMALE PRESTATIE BIJ DE PRODUCTIE VAN RECOMBINANTE EIWITTEN IMPLICEERT. DEZE CONFIGURATIE ZAL OOK DE OPTIMA ZIJN VOOR DE PRODUCTIE VAN ANDERE INTERESSANTE BIOFARMACOS OF BIOLOGISCH AFBREEKBARE KUNSTSTOFFEN. _x000D_ in SUMMARY, DE ONTWIKKELING VAN DIT MODEL MVLM is een FUNDAMENTAL FRAMEWORK IN DE metabolische INGENIERIA VAN SYSTEMS om de metabolische CAPACITIES van E KOLI BASED IN DE synthetische BIOLOGIE te verhogen. (Dutch)
17 December 2021
0 references
LE MODIFICHE POST-TRADUZIONALI PROTEICHE (PTM) CONTROLLANO EFFICACEMENTE LE ATTIVITÀ BIOLOGICHE, CONSENTENDO RISPOSTE RAPIDE ADATTATIVE AI CAMBIAMENTI AMBIENTALI. QUESTE MODIFICHE AUMENTANO LA DIVERSITÀ FUNZIONALE DEL PROTEOMA ATTRAVERSO L'AGGIUNTA COVALENTE DI GRUPPI FUNZIONALI ALLE PROTEINE, L'ESISIONE PROTEOLITICA DELLE SOTTOUNITÀ REGOLATORIE O LA DEGRADAZIONE DI PROTEINE INTERE. L'obiettivo del presente sottoprogetto I, CENTRO NELLA STUDIA DEL PTM per l'adeguamento di un gruppo al GRUPPO EPSILON AMINO DI UN RESIDUZIONE DI UN PROTEIN, che NUETRALISISCE IL CARE POSITIVO e aumenta la SIZE DELLA CADENA LATERALE._x000D_ NELL'EUCARIOTAS, gli effetti della PROTEIN ACTILATION HAVE WELCOME DESCRITIES, SUL TUTTO NEL CONTESTO DELL'ATTILLAZIONE degli istoni, MA NEL decato ULTIMATO, sono stati EVIDENTI che PROTEIN MACHINES, NON istons, N-LISINACETILATED E QUESTO MODIFICA POSTRADUCZIONALE È SIMILAR IN ABUNDANCE in tonnellaggi e batteri. _x000D_ con questo progetto si sostiene di acquistare in quanto questo meccanismo di regolamentazione è dovuto alle condizioni ambientali e in quanto sono coordinati con altri meccanismi di regolamentazione, SPECIALLY FOR TRANSCRIPCTION FACTORS che possono anche essere acetilati. _x000D_ tre punti sono al centro dell'occupazione di E. COLI come biofabbrica di CELL: I) PTM DI ACTILACION È STRETTAMENTE CORRELATO AL METABOLISMO TRABOCCANTE DELL'ACETATO, CHE RAPPRESENTA UN GRAVE INCONVENIENTE PER I BIOPROCESSI INDUSTRIALI CHE UTILIZZANO E. COLI, POICHÉ L'ACETATO INIBISCE LA CRESCITA CELLULARE NELLE COLTURE AD ALTA DENSITÀ E SI TRADUCE IN UNA PERDITA DI FONTE DI CARBONIO E DI ENERGIA METABOLICA, CHE LIMITA LE PRESTAZIONI DEL BIOPROCESSO. II) MOLTE DELLE PROTEINE METABOLICHE DI E. COLI SONO ACETILATE, CHE POSSONO INFLUENZARE I FLUSSI METABOLICI E LA PRODUZIONE DI BIOMASSA. III) Il REGOLAMENTO DELLA DETERMINAZIONE PROTEINALE NELLA motilità BASED IN FLAGEL E FIMBIA, Una FENOTA CRITICA PER LA patogenesi dei MUCHOS ORGANISMOS._x000D_ ABUNDANCE DI DATI OBTENATI CON ALTA RENDENZA TECNICHE E ALTE ALTE ALTE HIGHITIE DEI PACCHE DI LAVORO (WPI1-5) sarà utilizzato per sviluppare un modello LOGICAL (MVLM) valutato MULTI (WPI6 e WPII 1-4). CI SARÀ UN FLUSSO COSTANTE DI INFORMAZIONI CON IL SOTTOPROGETTO II TEAM. QUESTO CI PERMETTERÀ DI CONVALIDARE IL MODELLO E PREVEDERE LA CONFIGURAZIONE PIÙ APPROPRIATA DEGLI STATI DI ACTILAZIONE PROTEOMA CHE IMPLICA UNA PRESTAZIONE MASSIMA NELLA PRODUZIONE DI PROTEINE RICOMBINANTI. QUESTA CONFIGURAZIONE SARÀ ANCHE LA OPTIMA PER LA PRODUZIONE DI ALTRI BIOFARMACOS DI INTERESSE O PLASTICHE BIODEGRADABILI. _x000D_ in SUMMARIA, LA SVILUPPO DI QUESTO MODELLO MVLM è un FRAMEWORK FONDAMENTALE NELL'INGENIERIA metabolica dei SISTEMI per aumentare le CAPACITIE metaboliche di E COLI BASED NELLA BIOLOGIA Sintetica. (Italian)
16 January 2022
0 references
Η ΜΕΤΑΜΕΤΑΦΡΑΣΤΙΚΉ ΤΡΟΠΟΠΟΊΗΣΗ ΤΩΝ ΠΡΩΤΕΪΝΏΝ ΕΊΝΑΙ ΜΙΑ ΕΞΕΛΙΚΤΙΚΆ ΔΙΑΤΗΡΗΜΈΝΗ ΣΤΡΑΤΗΓΙΚΉ ΠΟΥ ΧΡΗΣΙΜΟΠΟΙΕΊΤΑΙ ΑΠΌ ΤΟΥΣ ΟΡΓΑΝΙΣΜΟΎΣ ΓΙΑ ΤΗΝ ΕΠΊΤΕΥΞΗ ΑΠΟΤΕΛΕΣΜΑΤΙΚΏΝ ΚΑΙ ΤΑΧΈΩΝ ΠΡΟΣΑΡΜΟΣΤΙΚΏΝ ΑΠΟΚΡΊΣΕΩΝ ΣΤΙΣ ΠΕΡΙΒΑΛΛΟΝΤΙΚΈΣ ΑΛΛΑΓΈΣ. ΟΙ ΤΡΟΠΟΠΟΙΉΣΕΙΣ ΑΥΤΈΣ ΑΥΞΆΝΟΥΝ ΤΗ ΛΕΙΤΟΥΡΓΙΚΉ ΠΟΙΚΙΛΟΜΟΡΦΊΑ ΤΟΥ ΠΡΩΤΕΏΜΑΤΟΣ ΜΕ ΤΗΝ ΟΜΟΙΟΠΟΛΙΚΉ ΠΡΟΣΘΉΚΗ ΛΕΙΤΟΥΡΓΙΚΏΝ ΟΜΆΔΩΝ Ή ΠΡΩΤΕΪΝΏΝ, ΤΗΝ ΠΡΩΤΕΟΛΥΤΙΚΉ ΔΙΆΣΠΑΣΗ ΤΩΝ ΡΥΘΜΙΣΤΙΚΏΝ ΥΠΟΜΟΝΆΔΩΝ Ή ΤΗΝ ΑΠΟΙΚΟΔΌΜΗΣΗ ΟΛΌΚΛΗΡΩΝ ΠΡΩΤΕΪΝΏΝ. Ο ΣΤΌΧΟΣ ΑΥΤΟΎ ΤΟΥ ΥΠΟΈΡΓΟΥ I ΕΠΙΚΕΝΤΡΏΝΕΤΑΙ ΣΤΗ ΜΕΛΈΤΗ ΤΗΣ PTM ΜΕ ΑΚΕΤΥΛΊΩΣΗ, ΣΤΗΝ ΟΠΟΊΑ ΠΡΟΣΤΊΘΕΤΑΙ ΜΙΑ ΑΚΕΤΥΛΙΚΉ ΟΜΆΔΑ ΣΤΗΝ ΟΜΆΔΑ ΑΜΙΝΟΕΨΙΌΝ ΕΝΌΣ ΥΠΟΛΕΊΜΜΑΤΟΣ ΛΥΣΊΝΗΣ ΜΙΑΣ ΠΡΩΤΕΪ́ΝΗΣ, Η ΟΠΟΊΑ ΕΞΟΥΔΕΤΕΡΏΝΕΙ ΤΗ ΘΕΤΙΚΉ ΦΌΡΤΙΣΗ ΚΑΙ ΑΥΞΆΝΕΙ ΤΟ ΜΈΓΕΘΟΣ ΤΗΣ ΠΛΕΥΡΙΚΉΣ ΑΛΥΣΊΔΑΣ. _x000D_ σε ευκαρυώτες, τα αποτελέσματα της πρωτεϊνικής ακετυλίωσης έχουν περιέλθει σε μεγάλο βαθμό στο πλαίσιο της ακετυλίωσης λιθόλιθου, αλλά στην τελευταία δεκάτη, έχει γίνει εμφανής σε πολλά πρωτεϊνούχα, που δεν είναι ιστόνια, είναι επίσης N-λυσίνη-ενισχυμένο και ότι αυτό το υποέργο AIMS είναι ομοίως ABUNDANT στην ARCHAEA και BACTERIA._x000D_ Αυτό το υποέργο AIMS to UNDERSTAND HOTELALATORY MECHANISMUS είναι ΚΥΒΕΡΝΗΜΕΝΟ απο ΠΕΡΙΒΑΛΛΟΝΤΙΚΟΙ ΟΡΓΑΝΙΣΜΟΙ και ΠΩΣ ΣΥΝΕΡΓΑΖΕΤΑΙ ΜΕ ΑΛΛΑ ΡΥΘΜΙΣΤΙΚΑ ΜΕΧΑΝΙΣΜΑΤΑ, ΕΙΔΙΚΟΙ ΕΡΓΑΣΤΗΡΙΑ ΜΕΤΑΦΟΡΑΣ που μπορουν να εχουν ΑΚΟΛΟΥΘΗΘΕΙ. _x000D_ τρία σημεία είναι τα βασικά για τη χρήση του Ε. COLI ως ΚΑΛΙΑ ΒΙΟΦΑΞΗ: I) ΤΟ PTM ΜΈΣΩ ΤΗΣ ΑΚΕΤΥΛΊΩΣΗΣ ΣΥΝΔΈΕΤΑΙ ΣΤΕΝΆ ΜΕ ΤΗΝ ΥΠΕΡΧΕΊΛΙΣΗ ΤΟΥ ΜΕΤΑΒΟΛΙΣΜΟΎ ΤΟΥ ΟΞΙΚΟΎ ΆΛΑΤΟΣ ΠΟΥ ΑΠΟΤΕΛΕΊ ΣΗΜΑΝΤΙΚΌ ΜΕΙΟΝΈΚΤΗΜΑ ΓΙΑ ΤΙΣ ΒΙΟΜΗΧΑΝΙΚΈΣ ΒΙΟΔΙΕΡΓΑΣΊΕΣ ΠΟΥ ΧΡΗΣΙΜΟΠΟΙΟΎΝ E. COLI ΕΠΕΙΔΉ ΤΟ ΟΞΙΚΌ ΆΛΑΣ ΑΝΑΣΤΈΛΛΕΙ ΤΗΝ ΑΝΆΠΤΥΞΗ ΚΥΤΤΆΡΩΝ ΣΕ ΚΑΛΛΙΈΡΓΕΙΕΣ ΥΨΗΛΉΣ ΠΥΚΝΌΤΗΤΑΣ ΚΑΙ ΣΥΝΕΠΆΓΕΤΑΙ ΑΠΏΛΕΙΑ ΠΗΓΉΣ ΆΝΘΡΑΚΑ ΚΑΙ ΜΕΤΑΒΟΛΙΚΉΣ ΕΝΈΡΓΕΙΑΣ, Η ΟΠΟΊΑ ΠΕΡΙΟΡΊΖΕΙ ΤΗΝ ΑΠΌΔΟΣΗ ΤΩΝ ΒΙΟΔΙΕΡΓΑΣΙΏΝ. II) ΠΟΛΛΈΣ ΑΠΌ ΤΙΣ ΜΕΤΑΒΟΛΙΚΈΣ ΠΡΩΤΕΪ́ΝΕΣ ΤΟΥ E. COLI ΕΊΝΑΙ ΑΚΕΤΥΛΙΩΜΈΝΕΣ ΚΑΙ ΜΠΟΡΟΎΝ ΝΑ ΕΠΗΡΕΆΣΟΥΝ ΤΙΣ ΜΕΤΑΒΟΛΙΚΈΣ ΡΟΈΣ ΚΑΙ ΕΚΕΊΝΕΣ ΓΙΑ ΤΗΝ ΠΑΡΑΓΩΓΉ ΒΙΟΜΆΖΑΣ. III) ΤΟ ΚΑΝΟΝΙΣΜΟ ΑΠΟ ΤΗΝ ΠΑΡΑΓΩΓΗ ΟΡΙΣΜΕΝΩΝ ΠΡΩΤΕΙΝΩΝ ΓΙΑ ΤΗΝ ΑΝΤΙΚΕΙΜΕΝΟ ΑΝΤΙΚΕΙΜΕΝΟΥ ΟΡΓΑΝΙΣΜΟΤΗΤΑΣ Ή ΦΙΜΠΡΙΑΣ, ΦΕΝΟΤΥΠΟΥ ΠΙΣΤΩΤΙΚΟΥ ΓΙΑ την παθογένεση ΠΟΛΩΝ ΟΡΓΑΝΙΣΜΩΝ._x000D_ Η ΜΕΛΛΕΣΤΙΚΟΤΗΤΑ των ΕΚΤΕΛΕΣΤΙΚΩΝ ΔΕΔΟΜΕΝΩΝ που παρήχθησαν απο ΥΨΗΛΕΣ ΟΡΓΑΝΙΣΜΙΚΕΣ ΤΕΧΝΙΚΕΣ ΟΡΓΑΝΙΣΜΕΣ και ΜΗΛΕΣΤΟΝΕΣ τα ΣΥΣΚΕΥΑΣΙΑ ΕΡΓΑΣΙΑΣ (WP1-5) θα ΧΡΗΣΙΜΟΠΟΙΟΥΝΤΑΙ για την ΑΝΑΠΤΥΞΗ ενός ΠΟΛΥ-ΒΑΘΜΟΥ ΛΟΓΙΚΟΥ ΠΡΟΤΥΠΟΥ (MVLM) (WPI6 Y WPII 1-4). ΘΑ ΥΠΆΡΧΕΙ ΣΥΝΕΧΉΣ ΡΟΉ ΠΛΗΡΟΦΟΡΙΏΝ ΜΕ ΤΗΝ ΟΜΆΔΑ ΤΟΥ ΥΠΟΈΡΓΟΥ ΙΙ, ΓΙΑ ΤΗΝ ΕΠΙΚΎΡΩΣΗ ΤΟΥ ΜΟΝΤΈΛΟΥ ΚΑΙ ΓΙΑ ΤΗΝ ΠΡΌΒΛΕΨΗ ΤΗΣ ΚΑΤΑΛΛΗΛΌΤΕΡΗΣ ΔΙΑΜΌΡΦΩΣΗΣ ΤΩΝ ΚΡΑΤΏΝ ΑΚΕΤΟΠΟΊΗΣΗΣ ΤΟΥ ΠΡΩΤΕΏΜΑΤΟΣ ΠΟΥ ΣΥΝΕΠΆΓΕΤΑΙ ΤΗ ΜΈΓΙΣΤΗ ΑΠΌΔΟΣΗ ΣΤΗΝ ΠΑΡΑΓΩΓΉ ΑΝΑΣΥΝΔΥΑΣΜΈΝΩΝ ΠΡΩΤΕΪΝΏΝ. Το παρόν ΣΥΜΒΟΥΛΙΟ ΕΠΙΧΕΙΡΗΣΙΑΖΕΙ ΕΠΙΣΗΣ ΓΙΑ ΤΗΝ ΠΑΡΑΓΩΓΗ ΑΛΛΩΝ ΒΙΟΠΑΡΜΑΚΩΝ ΤΩΝ ΕΝΔΙΑΦΕΡΟΝΤΩΝ Ή ΒΙΟΔΕΙΚΤΙΚΩΝ ΠΛΑΣΤΙΚΩΝ._x000D_ ΣΤΗ ΣΥΝΟΨΗ, η ανάπτυξη του εν λόγω ΜΟΝΤΕΛΟΥ ΜΥΛΟΥ ΕΙΝΑΙ ΧΡΗΜΑΤΟΟΙΚΟΝΟΜΙΚΟ ΠΛΑΙΣΙΟ ΣΥΣΤΗΜΑΤΩΝ ΜΕΤΑΒΙΒΟΛΙΚΗΣ ΔΙΕΥΘΥΝΣΗΣ για την ΕΙΣΑΓΩΓΗ των ΜΕΤΑΒΟΛΙΚΩΝ ΚΑΤΟΙΚΙΩΝ του ΚΟΛΙ που ΠΡΟΒΛΕΠΟΝΤΑΙ στη ΣΥΝΘΕΤΙΚΗ ΒΙΟΛΟΓΙΑ. (Greek)
17 August 2022
0 references
POSTTRANSLATIONAL MODIFIKATION (PTM) AF PROTEINER ER EN EVOLUTIONÆRT BEVARET STRATEGI, DER ANVENDES AF ORGANISMER TIL AT OPNÅ EFFEKTIVE OG HURTIGE ADAPTIVE REAKTIONER PÅ MILJØÆNDRINGER. DISSE ÆNDRINGER ØGER PROTEOMETS FUNKTIONELLE MANGFOLDIGHED VED KOVALENT TILSÆTNING AF FUNKTIONELLE GRUPPER ELLER PROTEINER, PROTEOLYTISK SPALTNING AF FORSKRIFTSMÆSSIGE UNDERENHEDER ELLER NEDBRYDNING AF HELE PROTEINER. FORMÅLET MED DETTE UNDERPROJEKT I FOKUSERER PÅ STUDIET AF PTM VED ACETYLATION, HVOR EN ACETYLGRUPPE TILSÆTTES TIL AMINO EPSILON-GRUPPEN AF EN LYSINREST AF ET PROTEIN, SOM NEUTRALISERER DEN POSITIVE LADNING OG ØGER SIDEKÆDENS STØRRELSE. _x000D_ i eukaryotes, EFFEKTS AF PROTEIN acetylation er blevet set udvisket i CONTEXT af hans tone acetylation, men i den sidste DECADE, Det er blevet sikkert, at mange PROTEINS, der ikke er histoner, er alle ikke-LYSINE-ACETYLADET OG DET DENNE POST-TRANSLATIONAL MODIFIKATION er ligeledes en del af ARCHAEA og BACTERIA._x000D_ Det pågældende underprojekt, der skal underordne sig, hvor mange REGULATORY MECHANISM er blevet udviklet af miljøhensyn, og i hvilket omfang de er i stand til at gøre brug af andre REGULATORY MEKHANISTER, ESPECIALLY TRANSCRIPTION FACTORER DER KAN ALSO være ACETYLATED. _x000D_ tre punkter, der er i brug af E. COLI som en CELLULAR BIOFACTORY: I) PTM VED ACETYLATION ER TÆT FORBUNDET MED OVERLØBET AF ACETATMETABOLISME, HVILKET ER EN VIGTIG ULEMPE FOR INDUSTRIELLE BIOPROCESSER VED HJÆLP AF E. COLI, FORDI ACETATEN HÆMMER CELLEVÆKSTEN I HØJDENSITETSKULTURER OG INDEBÆRER ET TAB AF KULSTOFKILDE OG METABOLISK ENERGI, HVILKET BEGRÆNSER BIOPROCESSERS YDEEVNE. II) MANGE AF DE METABOLISKE PROTEINER AF E. COLI ER ACETYLEREDE OG KAN PÅVIRKE METABOLISK FLUX OG TIL BIOMASSEPRODUKTION. III) FORORDNING BY acetylation af CERTAIN PROTEINS INFLUENCES PÅ flagellar-BASED motilitet ELLER fimbrias PRODUCTION, En fænotype KRITIK TIL patogenesen af mange ORGANISMS._x000D_ VEDTAGET AF EXPERIMENTAL DATA PRODUCERET AF HØJH-THROUGHPUT TEKHNIKER OG MILESTONER Repareret i overensstemmelse med WORK PACKAGES (WP1-5) vil blive brugt til at afdække en MULTI-VALUED LOGICAL MODEL (MVLM) (WPI6 Y WPII 1-4). DER VIL VÆRE EN KONSTANT INFORMATIONSSTRØM MED DELPROJEKT II-TEAMET FOR AT VALIDERE MODELLEN OG GIVE OS MULIGHED FOR AT FORUDSIGE DEN MEST HENSIGTSMÆSSIGE KONFIGURATION AF ACETYLATIONSSTATERNE I PROTEOMEN, DER INDEBÆRER MAKSIMAL YDEEVNE I PRODUKTIONEN AF REKOMBINANTE PROTEINER. Denne CONFIGURATION vil derfor være et middel til at sikre, at andre BIOPHARMACEUTICALS af INTERESTE ELLER BIODEGRADABLE PLASTICS._x000D_ I SUMMARY er en FUNDAMENTAL FRAMEWORK i SYSTEMS METABOLICEN, der skal forhindre, at den metaboliske landbrugspolitik indtræffes i SYNTHETISKE BIOLOGY. (Danish)
17 August 2022
0 references
PROTEIINIEN TRANSLAATIOMUUTOKSEN JÄLKEINEN MUUTOS (PTM) ON EVOLUUTIOLLISESTI SÄILYNYT STRATEGIA, JOTA ORGANISMIT KÄYTTÄVÄT SAAVUTTAAKSEEN TEHOKKAITA JA NOPEITA MUKAUTUVIA REAKTIOITA YMPÄRISTÖN MUUTOKSIIN. NÄMÄ MUUTOKSET LISÄÄVÄT PROTEOMIN TOIMINNALLISTA MONIMUOTOISUUTTA LISÄÄMÄLLÄ FUNKTIONAALISIA RYHMIÄ TAI PROTEIINEJA, SÄÄTELEVIEN ALAYKSIKÖIDEN PROTEOLYYTTISTÄ PILKKOUTUMISTA TAI KOKONAISTEN PROTEIINIEN HAJOAMISTA. TÄMÄN ALAHANKKEEN I TAVOITE KESKITTYY PTM:N TUTKIMUKSEEN ASETYLAATIOLLA, JOSSA PROTEIININ LYSIININ AMINO EPSILON-RYHMÄÄN LISÄTÄÄN ASETYYLIRYHMÄ, JOKA NEUTRALOI POSITIIVISEN VARAUKSEN JA LISÄÄ SIVUKETJUN KOKOA. _x000D_ eukaryotes, EFFECTS of PROTEIN asetyylilaatio on ollut päästetty pois hänen tonni asetyylilaatio, mutta LAST DECADE, se on EVIDENT TÄMÄN TÄMÄN, kun ei ole hänen äänensä, ovat ALSO N-LYSINE-ACETYLATED JA TÄMÄT TÄMÄN POST-TRANSLATIONAL MODIFICATION on samalla tavoin ABUNDANTALIA ARCHAEA ja BACTERIA._x000D_ Tämä osahanke AIMS että UNDERSTAND ON REGULATORIA MECHANISM on GOVERNED BY ENVIRONMENTAL CONDITIONS JA HALLITTAJA HYVÄKSYTTÄVÄT MUIDEN REGULATORY MECHANISMS, ESPECIALLY TRANSCRIPTION FACTORS TÄMÄN KÄYTTÄMINEN KÄYTTÄMINEN. _x000D_ kolme POINTS ON KÄYTTÄMINEN E. COLI AS A CELLULAR BIOFACTORY: I) PTM ASETYLAATIOLLA LIITTYY LÄHEISESTI ASETAATTIAINEENVAIHDUNNAN YLIVUOTOON, JOKA ON TÄRKEÄ HAITTA E. COLI -BAKTEERIA KÄYTTÄVILLE TEOLLISILLE BIOPROSESSEILLE, KOSKA ASETAATTI ESTÄÄ SOLUJEN KASVUA KORKEAN TIHEYDEN VILJELMISSÄ JA SIIHEN LIITTYY HIILILÄHTEEN JA METABOLISEN ENERGIAN MENETYS, MIKÄ RAJOITTAA BIOPROSESSIEN SUORITUSKYKYÄ. II) MONET E. COLIN METABOLISET PROTEIINIT OVAT ASETYLOITUJA, JA NE VOIVAT VAIKUTTAA AINEENVAIHDUNTAVIRTOIHIN JA BIOMASSAN TUOTANTOON. III) ASETUS SERTAIN PROTEINS INFLUENCES ON flaellar-BASED motiliteetti TAI fimbrias PRODUCTION, fenotyypin CRITICAL patogeneesin monien ORGANISMS. WORK PACKAGES (WP1–5) JÄLKEEN KÄYTETTÄVÄ MULTI-VALUED LOGICAL MODEL (MVLM) (WPI6 Y WPII 1–4). ALAHANKE II -TIIMIN KANSSA TAPAHTUU JATKUVAA TIEDONKULKUA, JOTTA VOIMME VALIDOIDA MALLIN JA ENNUSTAA PROTEOMIN ASETYLAATIOVALTIOIDEN SOPIVIMMAN KOKOONPANON, JOKA MERKITSEE MAKSIMAALISTA SUORITUSKYKYÄ REKOMBINANTTIPROTEIINIEN TUOTANNOSSA. Tämä KOSKEVA KOSKEVA TUOMIOISTUIMEN TUOMIO MUIDEN BIOPHARMACEUTICALS MUIDEN TAI BIODEGRADABLE PLASTICS._x000D_ SUMMARY: ssä, tämän MVLM MODELin KEHITTÄMINEN KÄYTTÖJÄRJESTELMÄSTÄ SYNTHETIC BIOLOGIA SYNTHETIC BIOLOGIA SYNTHETIC BIOLOGISSA. (Finnish)
17 August 2022
0 references
IL-MODIFIKA POSTTRASLAZZJONALI (PTMS) TAL-PROTEINI HIJA STRATEĠIJA KKONSERVATA B’MOD EVOLUZZJONI UŻATA MILL-ORGANIŻMI BIEX JINKISBU RISPONSI ADATTIVI EFFIĊJENTI U RAPIDI GĦALL-BIDLIET AMBJENTALI. DAWN IL-MODIFIKI JŻIDU D-DIVERSITÀ FUNZJONALI TAL-PROTEOMA BIŻ-ŻIEDA KOVALENTI TA’ GRUPPI FUNZJONALI JEW PROTEINI, QSIM PROTEOLITIKU TA’ SUBUNITAJIET REGOLATORJI, JEW DEGRADAZZJONI TA’ PROTEINI SĦAĦ. L-GĦAN TA’ DAN IS-SOTTOPROĠETT I JIFFOKA FUQ L-ISTUDJU TAL-PTM PERMEZZ TAL-AĊETILAZZJONI LI FIH GRUPP AĊETILIKU JIŻDIED MAL-GRUPP AMINO EPSILON TA’ RESIDWU TAL-LIŻINA TA’ PROTEINA, LI JINNEWTRALIZZA L-IMPOSTA POŻITTIVA U JŻID ID-DAQS TAL-KATINA TAL-ĠENB. _x000D_ f’ewkarjoti, L-EFFETTI TA’ PROTEIN acetylation BEEN MOSTLY DESCRIBED FIL-KONT TA’ aċetilazzjoni tal-histone, MHUX fid-DECADE LAST, KIF TAGĦHOM EVIDENT LI BISS PROTEŻIJIET Bosta, LI MHUX histones, ARE ALSO N-LYSINE-ACETYLATED U LI TAGĦHOM POST-TRANSLATIONAL MODIFIKAZZJONI B’mod simili ABUNDANT F’ARKAEA U BATTERIA._x000D_ Dan is-sottoproġett ta’ l-AIMS GĦANDHOM GĦANDHOM FUQ MECHANIZZJONALI REGULATORJU MILL-KONDIZZJONIJIET VENRONMENTALI U KIF MILL-KORDINAT TAS-SAĦĦA MECHANI TAR-REĠULATORJU OĦRA, fatturi ESPECIALLY TRANŻVIZZJONI DWAR IL-KAN ALSO BE ACETYLATED. _x000D_ tliet POINTI JAGĦRAF FIL-USE TA’ E. COLI AS A CELLULAR BIOFACTORY: I) IL-PTM PERMEZZ TA’ AĊETILAZZJONI HUWA RELATAT MILL-QRIB MAT-TIFWIR TAL-METABOLIŻMU TAL-AĊETAT LI HUWA ŻVANTAĠĠ IMPORTANTI GĦALL-BIJOPROĊESSI INDUSTRIJALI BL-UŻU TAL-E. COLI MINĦABBA LI L-AĊETAT JINIBIXXI T-TKABBIR TAĊ-ĊELLOLI F’KULTURI TA’ DENSITÀ GĦOLJA U JINVOLVI TELF TAS-SORS TAL-KARBONJU U L-ENERĠIJA METABOLIKA, LI TILLIMITA L-PRESTAZZJONI TAL-BIJOPROĊESSI. II) ĦAFNA MILL-PROTEINI METABOLIĊI TA’ E. COLI HUMA AĊETILATI U JISTGĦU JINFLUWENZAW IL-FLUSSI METABOLIĊI U DAWK GĦALL-PRODUZZJONI TAL-BIJOMASSA. III) Ir-REGOLAMENT BY acetylation OF CERTAIN PROTEINS INFLUENCES FUQ il-motilità flagellar-BASED jew il-PRODUZZJONI tal-fimbria, KRITIKAL fenotip għall-patoġenesi ta’ ħafna ORGANIŻI._x000D_ Il-PIŻ TA’ DATA ESPERIMENTALI PRODUZZJONI TA’ DATA HIGH-THROUGHPUT TECHNIQUES U L-MILESTONES REACHed f’EACH TA’ L-Oqsma PAKKETT TA’ WORK (WP1–5) JIEĦU LI GĦANDHOM JIŻVILUPP MODEL LOGICALI VULTI-VALUED (MVLM) (WPI6 Y WPII 1–4). SE JKUN HEMM FLUSS TA’ INFORMAZZJONI KOSTANTI MAT-TIM TAS-SOTTOPROĠETT II, BIEX JIVVALIDA L-MUDELL U JIPPERMETTILNA NBASSRU L-KONFIGURAZZJONI L-AKTAR XIERQA TAL-ISTATI TAL-AĊETILAZZJONI TAL-PROTEOMA LI TIMPLIKA PRESTAZZJONI MASSIMA FIL-PRODUZZJONI TA’ PROTEINI RIKOMBINANTI. Din il-KONFFIGURAZZJONI GĦANDHA tkun OPTIMAL GĦALL-PRODUZZJONI TA’ BIOPHARMACEUTICALS OĦRA TA’ INTERESTJONIJIET JEW PLASTKA BIODEGRADABLE._x000D_ Fis-SUMMARJU, L-IŻVILUPP TA’ DIN IL-KAPAĊITÀ MVOLIKATI TA’ FIL-QASAM FIL-QASAM TA’ KLIEM FIL-QASAM TA’ KONTJONIZZJONALI LI TAGĦHOM TAGĦHOM TAGĦHOM TAGĦHOM. (Maltese)
17 August 2022
0 references
OLBALTUMVIELU PĒCTRANSLĀCIJAS MODIFIKĀCIJA (PTM) IR EVOLUCIONĀLI SAGLABĀTA STRATĒĢIJA, KO IZMANTO ORGANISMI, LAI PANĀKTU EFEKTĪVU UN ĀTRU ADAPTĪVU REAKCIJU UZ VIDES PĀRMAIŅĀM. ŠĪS MODIFIKĀCIJAS PALIELINA PROTEOMEA FUNKCIONĀLO DAUDZVEIDĪBU, PIEVIENOJOT FUNKCIONĀLĀS GRUPAS VAI OLBALTUMVIELAS KOVALENTĀ VEIDĀ, PROTEOLĪTISKO ŠĶELŠANOS REGULĒJOŠĀS APAKŠVIENĪBĀS VAI VESELU OLBALTUMVIELU NOĀRDĪŠANOS. ŠĀ APAKŠPROJEKTA MĒRĶIS IR PĒTĪT PTM AR ACETILĒŠANU, KURĀ ACETILGRUPA TIEK PIEVIENOTA PROTEĪNA LIZĪNA ATLIEKU AMINOEPSILON GRUPAI, KAS NEITRALIZĒ POZITĪVO LĀDIŅU UN PALIELINA SĀNU ĶĒDES IZMĒRU. _x000D_ in eukaryotes, PROTEIN acetilēšana HAVE BEEN WELL DESCRIBED MOSTLY in the CONTEXT of histone acetylation, BUT THE LAST DECADE, IT HAS BECOME EVIDENT THAT MANY PROTEINS, KAS NAV histoņi, ARE ALSO N-LYSINE-ACETYLATED UN THIS POST-TRANSLATIONAL MODIFIKĀCIJA ir līdzīgi ABUNDANT ARCHAEA UN BAKTERIA._x000D_ THIS apakšprojekts AIMS, lai UNDERSTAND, KĀ regulējošā MECHANISM ir GOVERNED BY ENVIRONMENTAL CONDITIONS UN KĀ KOORDINĀTS AR CITA Regulatory MECHANISMS, ESPECIALLY TRANSCRIPTION FACTORS, kas CAN ALSO BE ACETYLATED. _x000D_ trīs POINTS ir galvenais lietošanas E. COLI kā CELLULAR BIOFACTORY: I) PTM ACETILĒJOT IR CIEŠI SAISTĪTS AR ACETĀTA METABOLISMA PĀRPLŪDI, KAS IR SVARĪGS TRŪKUMS RŪPNIECISKAJIEM BIOPROCESIEM, KUROS IZMANTO E. COLI, JO ACETĀTS KAVĒ ŠŪNU AUGŠANU AUGSTA BLĪVUMA KULTŪRĀS UN IETVER OGLEKĻA AVOTA UN VIELMAIŅAS ENERĢIJAS ZUDUMU, KAS IEROBEŽO BIOPROCESU VEIKTSPĒJU. II) DAUDZI E. COLI VIELMAIŅAS PROTEĪNI IR ACETILĒTI UN VAR IETEKMĒT VIELMAIŅAS PLŪSMAS UN BIOMASAS RAŽOŠANU. III) Regula CERTAIN PROTEINS INFLUENCES PAR karoga-BASED kustīgumu vai fimbrias PRODUCTION, fenotips CRITICAL MANY ORGANISMS patoģenēzei._x000D_ EXPERIMENTAL DATA PRODUCED BY HIGH-THROUGHPUT TECHNIQUES UN MILESTONES REACH DARBA PAKALPOJUMI (WP1–5) tiks izmantoti, lai izstrādātu MULTI-VALUED LOGICAL MODEL (MVLM) (WPI6 Y WPII 1–4). BŪS PASTĀVĪGA INFORMĀCIJAS PLŪSMA AR APAKŠPROJEKTA II KOMANDU, LAI APSTIPRINĀTU MODELI UN ĻAUTU MUMS PROGNOZĒT PIEMĒROTĀKO PROTEOMEA ACETILĒŠANAS VALSTU KONFIGURĀCIJU, KAS NOZĪMĒ MAKSIMĀLU REKOMBINANTO PROTEĪNU RAŽOŠANAS VEIKTSPĒJU. Šī CONFIGURĀCIJA BŪS ATBALSTA PLASTICS._x000D_ KOPSAVILKUMS, KAS MVLM MODELS ir FUNDAMENTAL FRAMEWORK SYSTEMS METABOLIC ENGINEERING, KAS MVLM MODELS ATTIECĪBĀ UZ SYSTEMS METABOLIC ENGINEERERING TO INCREASE METABOLIC CAPACITIES SYNTHETIC BIOLOGY. (Latvian)
17 August 2022
0 references
POSTTRANSLAČNÁ MODIFIKÁCIA PROTEÍNOV JE EVOLUČNE ZACHOVANÁ STRATÉGIA, KTORÚ POUŽÍVAJÚ ORGANIZMY NA DOSIAHNUTIE ÚČINNÝCH A RÝCHLYCH ADAPTÍVNYCH REAKCIÍ NA ZMENY ŽIVOTNÉHO PROSTREDIA. TIETO MODIFIKÁCIE ZVYŠUJÚ FUNKČNÚ ROZMANITOSŤ PROTEOMU KOVALENTNÝM PRIDANÍM FUNKČNÝCH SKUPÍN ALEBO PROTEÍNOV, PROTEOLYTICKÝM ŠTIEPENÍM REGULAČNÝCH PODJEDNOTIEK ALEBO DEGRADÁCIOU CELÝCH PROTEÍNOV. CIEĽ TOHTO PODPROJEKTU I SA ZAMERIAVA NA ŠTÚDIUM PTM ACETYLÁCIOU, PRI KTOREJ SA DO AMINO EPSILONOVEJ SKUPINY LYZÍNU REZÍDUA PROTEÍNU PRIDÁVA ACETYLOVÁ SKUPINA, KTORÁ NEUTRALIZUJE POZITÍVNY NÁBOJ A ZVÄČŠUJE VEĽKOSŤ BOČNÉHO REŤAZCA. _x000D_ v eukaryotes, EFFECTS PROTEIN acetylation, ktoré boli preukázané, že najviac v kontúre histón acetylácie, ale v LAST DECADE, to sa stalo EVIDENT, že mnoho proteín, Ktoré nie sú históny, sú tiež N-LYSINE-ACETYLATED A TOTO POST-TRANSLATIONAL MODIFIKÁCIA je podobne ABUNDANT v ARCHAEA a BACTERIA._x000D_ Tento čiastkový projekt AIMS NA UNDERSTAND AKO REGULATORY MECHANISM JE GOVERNED BY ENVIRONMENTAL CONDITIONS AKOY COORDINATE s inými REGULATORY MECHANISMS, ESPECIALLY TRANSCRIPTION FACTORS, ktoré môžu byť tiež ACETYLATED. _x000D_ tri miesta sú kľúč v používaní E. COLI ako CELLULAR BIOFACTORY: I) PTM ACETYLÁCIOU ÚZKO SÚVISÍ S PRETEKOM METABOLIZMU ACETÁTU, ČO JE DÔLEŽITOU NEVÝHODOU PRE PRIEMYSELNÉ BIOPROCESY S POUŽITÍM E. COLI, PRETOŽE ACETÁT INHIBUJE RAST BUNIEK V KULTÚRACH S VYSOKOU HUSTOTOU A ZAHŔŇA STRATU ZDROJA UHLÍKA A METABOLICKEJ ENERGIE, KTORÁ OBMEDZUJE VÝKON BIOPROCESOV. II) MNOHÉ METABOLICKÉ PROTEÍNY E. COLI SÚ ACETYLOVANÉ A MÔŽU OVPLYVNIŤ METABOLICKÉ TOKY A TIE NA PRODUKCIU BIOMASY. III) NARIADENIE BY acetylation of CERTAIN PROTEINS INFLUENCES ON flagellar-BASED motility ALEBO Fimbrias Výrobok, fenotyp CRITICAL pre patogenézu mnohých ORGANISMS._x000D_ WEAL OF EXPERIMENTAL DATA PRODUCED BY HIGH-THROUGHPUT TECHNIQUES A MILESTONES REACHed in EACH pracovísk (WP1 – 5) budú použité na DEVELOP MULTI-VALUED LOGICAL MODEL (MVLM) (WPI6 Y WPII 1 – 4). BUDE EXISTOVAŤ NEUSTÁLY TOK INFORMÁCIÍ S TÍMOM PODPROJEKTU II, ABY SME VALIDOVALI MODEL A UMOŽNILI NÁM PREDPOVEDAŤ NAJVHODNEJŠIU KONFIGURÁCIU STAVOV ACETYLÁCIE PROTEÓMU, ČO ZNAMENÁ MAXIMÁLNY VÝKON PRI VÝROBE REKOMBINANTNÝCH PROTEÍNOV. Táto konfiškácia bude tiež OPTIMÁLNA NA VÝROBKU ĎALŠIEHO BIOPHARMACEUTICALSOVÝCH ALEBO BIODEGRADABLE PLASTICKÝCH PLASTICKÝCH._x000D_ v súhrne, VÝVOJ týchto MVLMOVÝCH MODEL je FUNDAMENTAL FRAMEWORKOVÁ V SYSTÉMOCH METABOLICKÝCH ENGINEEROV NA METABOLICKÉ CAPACITIY E COLI BASED NA SYNTHETICKÝ BIOLOGY. (Slovak)
17 August 2022
0 references
IS ÉARD ATÁ I MODHNÚ IAR-AISTRITHEACH PRÓITÉINÍ (PTMS) NÁ STRAITÉIS A CHAOMHNAÍTEAR GO HÉABHLÓIDEACH AGUS A ÚSÁIDEANN ORGÁNAIGH CHUN FREAGAIRTÍ OIRIÚNAITHEACHA ÉIFEACHTÚLA AGUS TAPA AR ATHRUITHE COMHSHAOIL A BHAINT AMACH. LEIS NA MODHNUITHE SIN, MÉADAÍTEAR ÉAGSÚLACHT FHEIDHMIÚIL AN PHRÓITÉINE TRÍ FHEIDHMGHRÚPAÍ NÓ PRÓITÉINÍ A CHUR LEIS GO COMHFHIÚSACH, TRÍ SCOILTEACHT PHRÓITÉINEACH FO-AONAD RIALÁLA, NÓ TRÍ DHÍGHRÁDÚ NA BPRÓITÉINÍ INA N-IOMLÁINE. DÍRÍONN CUSPÓIR AN FHOTHIONSCADAIL SEO MÉ AR STAIDÉAR A DHÉANAMH AR PTM TRÍ ACETYLATION INA GCUIRTEAR GRÚPA AICÉITILE LEIS AN NGRÚPA AIMÍN EPSILON D’IARMHAR LYSINE DE PHRÓITÉIN, A NEODRAÍONN AN MUIREAR DEARFACH AGUS A MHÉADAÍONN MÉID AN SIDECHAIN. cé gurbh iad Avondale rogha na coitianta tháinig buachaillí GCM le plean agus chuireadar I bhfeidhm é. [EN] agus go bhfuil an modhnú sin ar an mbealach céanna i bhfeidhm sa Stát agus sa Bhacáid._x000D. & amp; quot; A BHFUIL ÁBHAR AN MAIDIR LE hAGHAIDH CINNEADH A DHÉANAMH AR AN MAIDIR LE DHÉANAMH RÉIGIÚNACH RÉIGIÚNACH RÉIGIÚNACH RÉIGIÚNACH RÉIGIÚNACH AGUS CHUN COMHPHOBAL EILE LE BHAINEANN EILE, gníomhaíochtaí Iompraíochta ESPECIALLY DÁ DHÉANAMH A DHÉANAMH A DHÉANAMH. _x000D_ trí POINTS A BHAINEANN LE hAGHAIDH ÚSÁID E. COLI Mar bhithmhonarcha CELLULAR: I) TÁ PTM AG AICÉITIÚ BAINTEACH GO DLÚTH LE RÓ-SHREABHADH MEITIBILEACHT AICÉATÁIT ATÁ INA MHÍBHUNTÁISTE TÁBHACHTACH DO BHITHPHRÓISIS THIONSCLAÍOCHA AG BAINT ÚSÁIDE AS E. COLI TOISC GO GCUIREANN AN AICÉATÁIT BAC AR FHÁS CILLE I GCULTÚR ARD-DLÚIS AGUS GO MBAINEANN CAILLTEANAS FOINSE CARBÓIN AGUS FUINNEAMH MEITIBILEACH LEIS, RUD A CHUIREANN TEORAINN LE FEIDHMÍOCHT BIOPROCESSES. II) GO LEOR DE NA PRÓITÉINÍ MEITIBILEACH DE E. COLI AICÉATYLATED AGUS IS FÉIDIR TIONCHAR A IMIRT FLOSCANNA MEITIBILEACH AGUS IAD SIÚD LE HAGHAIDH TÁIRGEADH BITHMHAISE. III) RIALACHÁN NA gCOMHPHOBAL ÁIRITHE ar motility nó fimbrias fimbrias-BASED, RIALACHÁN PHENOTY DO PATHOGENESIS NA NÓRAÍOCHTAÍ. i ngach ceann de na Pacáistí OIBRE (WP1-5) féadfar iad a úsáid chun MODEL LOGICAL MULTI-VALUED (MVLM) a fhorbairt (WPI6 Y WPII 1-4). BEIDH SREABHADH FAISNÉISE LEANÚNACH ANN LEIS AN BHFOIREANN FOTHIONSCADAL II, CHUN AN TSAMHAIL A BHAILÍOCHTÚ AGUS CEAD A THABHAIRT DÚINN AN CHUMRAÍOCHT IS OIRIÚNAÍ DE STÁIT AICÉITITHE AN PROTEOME A THUAR A THUGANN LE TUISCINT FEIDHMÍOCHT UASTA I DTÁIRGEADH PRÓITÉINÍ ATHCHUINGREACHA. Beidh an CONFIGURATION seo ag teastáil chun bithchógaisíocht EILE a tháirgeadh._x000D_x000D_ le haghaidh táirgeadh bithchógaisíochta eile de chuid PLASTICS nó BIODEGRADABLE. (Irish)
17 August 2022
0 references
POSTTRANSLAČNÍ MODIFIKACE (PTM) PROTEINŮ JE EVOLUČNĚ KONZERVOVANÁ STRATEGIE POUŽÍVANÁ ORGANISMY K DOSAŽENÍ EFEKTIVNÍ A RYCHLÉ ADAPTIVNÍ REAKCE NA ZMĚNY ŽIVOTNÍHO PROSTŘEDÍ. TYTO ÚPRAVY ZVYŠUJÍ FUNKČNÍ ROZMANITOST PROTEOMU KOVALENTNÍM PŘIDÁNÍM FUNKČNÍCH SKUPIN NEBO PROTEINŮ, PROTEOLYTICKÉ ŠTĚPENÍ REGULAČNÍCH PODJEDNOTEK NEBO DEGRADACÍ CELÝCH PROTEINŮ. CÍL TOHOTO PODPROJEKTU I SE ZAMĚŘUJE NA STUDIUM PTM ACETYLACE, VE KTERÉ SE ACETYLOVÁ SKUPINA PŘIDÁVÁ DO SKUPINY AMINO EPSILONU ZBYTKU LYZINU BÍLKOVINY, KTERÁ NEUTRALIZUJE POZITIVNÍ NÁBOJ A ZVYŠUJE VELIKOST POSTRANNÍHO ŘETĚZCE. _x000D_ v eukaryotech, EFFECTS PROTEIN acetylace byly nalezeny nejmíň v souvislosti s histonovou acetylace, ale v poslední dekádě, je jasné, že se něco děje, proč nejsou histony, jsou ALSO N-LYSINE-ACETYLATED a že toto POST-TRANSLATIONAL MODIFICATION je podobně ABUNDANT v ARCHAEA a BACTERIA._x000D_ Tento podprojekt AIMS vynaložit na to, že tento REGULATORY MECHANISM je GUVERNED PŘÍSLUŠNÝCH ŽIVOTNÍCH PODMÍNKY A KTERÉ se ZEMĚ ZEMĚ ZEMĚDĚLSTVÍ, ESPIALLY TRANSCRIPTION FACTORS, které mohou být použity. _x000D_ tři písmena jsou klíčem k použití E. COLI jako CELLULAR BIOFACTORY: I) PTM ACETYLACE ÚZCE SOUVISÍ S PŘETEČENÍM METABOLISMU ACETÁTU, COŽ JE DŮLEŽITOU NEVÝHODOU PRO PRŮMYSLOVÉ BIOPROCESY VYUŽÍVAJÍCÍ E. COLI, PROTOŽE ACETÁT INHIBUJE RŮST BUNĚK V KULTURÁCH S VYSOKOU HUSTOTOU A ZAHRNUJE ZTRÁTU ZDROJE UHLÍKU A METABOLICKÉ ENERGIE, COŽ OMEZUJE VÝKON BIOPROCESŮ. II) MNOHÉ METABOLICKÉ PROTEINY E. COLI JSOU ACETYLOVÁNY A MOHOU OVLIVNIT METABOLICKÉ TOKY A TY PRO VÝROBU BIOMASY. III) NAŘÍZENÍ Acetylace CERTAIN PROTEINS INFLUENCES na vlaštovky-BASED motility NEBO fimbrias PRODUCTION, fenotyp CRITICAL pro patogenezi mnoha ORGANISMS._x000D_ Důsledek EXPERIMENTAL DATA PRODUCED BY HIGH-THROUGHPUT TECHNIQUES A MILESTONES PODLE VÝROBY WORK BALENÍ (WP1–5) budou použity k DEVELOPU MULTI-VALUED LOGICAL MODEL (MVLM) (WPI6 Y WPII 1–4). S TÝMEM PODPROJEKTU II BUDE EXISTOVAT NEUSTÁLÝ TOK INFORMACÍ, KTERÝ NÁM UMOŽNÍ OVĚŘIT MODEL A PŘEDPOVĚDĚT NEJVHODNĚJŠÍ KONFIGURACI ACETYLAČNÍCH STÁTŮ PROTEOMU, KTERÁ ZNAMENÁ MAXIMÁLNÍ VÝKON PŘI VÝROBĚ REKOMBINANTNÍCH PROTEINŮ. Tato dohoda bude i nadále OPTIMÁLNÍ PRODUKCE dalších BIOPHARMACEUTICALS INTEREST NEBO BIODEGRADABLE PLASTICS._x000D_ V Souhrnu, Rozvoj tohoto MVLM MODEL je FUNDAMENTAL FRAMEWORK SYSTEMS METABOLICKÉ ENGINEER, aby se vytvořily METABOLICKÉ KAPITIY E COLI BASED NA SYNTHETICKÉ BIOLOGIE. (Czech)
17 August 2022
0 references
A MODIFICAÇÃO PÓS-TRANSLACIONAL (PTMS) DE PROTEÍNAS É UMA ESTRATÉGIA EVOLUCIONAL CONSERVADA UTILIZADA PELOS ORGANISMOS PARA ALCANÇAR RESPOSTAS EFICIENTES E RÁPIDAS ADAPTÁVEIS ÀS ALTERAÇÕES AMBIENTAIS. Estas modificações aumentam a diversidade funcional da proteína através da adição concomitante de grupos ou proteínas funcionais, da separação proteolítica de unidades reguladoras ou da degradação de toda a proteína. O objectivo do presente objecto I é o estudo da PTM por acetilação, na qual se adiciona um grupo acetil ao grupo AMINO EPSILON de um resíduo de lisina de uma proteína, que neutraliza a carga positiva e aumenta a dimensão da SIDECHAIN. _x000D_ EM EUKARYOTES, OS EFEITOS DA ACETILAÇÃO DAS PROTEÍNAS FORAM BEM DESCRITADOS maioritariamente NO CONTEXTO DA ACETILAÇÃO HISTÓRIA, MAS NA ÚLTIMA DECADE, Tornou-se evidente que MUITAS PROTEÍNAS, QUE NÃO SÃO HISTÓRIAS, SÃO TAMBÉM ADAPTADAS À NLISINA E QUE ESTA MODIFICAÇÃO PÓS-TRANSLACIONAL É SIMILMENTE ABUNDANTE EM ARCHAEA E BACTERIA. _x000D_ TRÊS PONTOS SÃO PRINCIPAIS NA UTILIZAÇÃO DE E. COLI COMO BIOFACTORIA CELULAR: I) A PTM POR ACETILAÇÃO ESTÁ INTIMAMENTADAMENTE RELACIONADA COM A SUPERFÍCIE DO METABOLISMO DE ACETATO, QUE É UM DESENVOLVIMENTO IMPORTANTE PARA OS BIOPROCESSOS INDUSTRIAIS QUE UTILIZAM E. COLI, POR O ACETATO INIBIR O CRESCIMENTO CELULAR EM CULTURAS DE ALTA DENSIDADE E INCLUIR UMA PERDA DE FONTE DE CARBONO E DE ENERGIA METÁLICA, O QUE LIMITA O DESEMPENHO DAS BIOPROCESSAS. II) MUITAS PROTEÍNAS METABÓLICAS DE E. COLI SÃO ACETILADAS E PODEM INFLUIR FLUXOS METABÓLICOS E AS DESTINADAS À PRODUÇÃO DE BIOMASSAS. III) THE REGULATION BY ACETYLATION OF CERTAIN PROTEINS INFLUENCES ON FLAGELLAR-BASED MOTILITY OR FIMBRIAS PRODUCTION, A PHENOTYPE CRITICAL FOR PATHOGENESIS OF MANY ORGANISMS._x000D_ THE WEALTH OF EXPERIMENTAL DATA PRODUCED BY HIGH-THROUGHPUT TECHNIQUES AND THE MILESTONES REACHED IN EACH OF THE WORK PACKAGES (WP1-5) WILL BE USED TO DEVELOP A MULTI-VALUED LOGICAL MODEL (MVLM) (WPI6 Y WPII 1-4). Haverá um fluxo constante de informações com a equipa do subprojecto II, para validar o modelo e permitir-nos antecipar a mais adequada confiança dos estados de adaptação do proteoma que implicou um desempenho máximo na produção de proteínas recombinantes. RESUMO O DESENVOLVIMENTO DESTE MODELO DE MVLM É UM QUADRO FUNDAMENTAL EM SISTEMAS DE ENGENHARIA METABÓLICA PARA AUMENTAR AS CAPACIDADES METÁLICAS DO E COLI BASEADAS NA BIOLOGIA SINTÉTICA. (Portuguese)
17 August 2022
0 references
VALKUDE TRANSLATSIOONIJÄRGNE MODIFITSEERIMINE (PTMS) ON EVOLUTSIOONILISELT KONSERVEERITUD STRATEEGIA, MIDA ORGANISMID KASUTAVAD TÕHUSAKS JA KIIREKS KOHANEMISEKS KESKKONNAMUUTUSTEGA. NEED MUUDATUSED SUURENDAVAD PROTEOOMI FUNKTSIONAALSET MITMEKESISUST FUNKTSIONAALSETE RÜHMADE VÕI VALKUDE KOVALENTSE LISAMISE, REGULATIIVSETE ALLÜKSUSTE PROTEOLÜÜTILISE LÕHUSTUMISE VÕI TERVETE VALKUDE LAGUNEMISE KAUDU. SELLE ALLPROJEKTI EESMÄRK I KESKENDUB PTM ATSETÜÜLIMISE UURIMISELE, MILLES LISATAKSE ATSETÜÜLRÜHM VALGU LÜSIINIJÄÄGI AMINO-EPSILONI RÜHMALE, MIS NEUTRALISEERIB POSITIIVSE LAENGU JA SUURENDAB KÜLGAHELA SUURUST. _x000D_ eukarüootides, PROTEIN atsetüülimise EFFEKTSIOONID, KÕRGE VÕTNUD KASUTATAVAD KASUTATAVAD atsetüülimise, LAST DECADE’is, EI OLE histoonid, ARE N-LYSINE-ACETYLATED JA KASUTADA POST-TRANSLATIONAL MODIFIKATSIOONID on samamoodi ABUNDANTID ARCHAEA JA BACTERIA._x000D_ THIS allprojekt AIMS ON REGULATORY MECHANISM on GOVERNED BY ENVIRONMENTAL CONDITSIOONID JA KUUD KOORDINATE MIDADE REGULATORY MECHANISMS, ESPECIALLY TRANSCRIPTION FACTORS, mida ei saa muuta. _x000D_ kolm POINTS TÄHELEPANU E. COLI AS CELLULAR BIOFAKTORY: I) TTM ATSETÜÜLIMISE TEEL ON TIHEDALT SEOTUD ATSETAADI METABOLISMI ÜLEVOOLUGA, MIS ON OLULINE PUUDUS TÖÖSTUSLIKELE BIOPROTSESSIDELE, MILLES KASUTATAKSE E. COLI’T, SEST ATSETAAT PÄRSIB RAKKUDE KASVU KÕRGE TIHEDUSEGA KULTUURIDES NING HÕLMAB SÜSINIKUALLIKA JA METABOOLSE ENERGIA KADU, MIS PIIRAB BIOPROTSESSIDE JÕUDLUST. II) PALJUD E. COLI METABOOLSED VALGUD ON ATSETÜÜLITUD JA VÕIVAD MÕJUTADA AINEVAHETUSVOOGUSID JA BIOMASSI TOOTMISEKS KASUTATAVAID VALKE. III) MÄRKUS KERTAINIDE TEGEVUSED INFLUENITUD motoorika VÕI fimbriatoorne, MANY ORGANISMS’i patogeneesi fenotüüp._x000D_WEALTHE EXPERIMENTALINE DATA PRODUTSIOONID HIGHNIKATSIOONID JA KASUTAVAD KÕIGUSED TÖÖKOHUSTE KOHTUASI (WP1–5), KASUTAVA LOGICAAL MODEL (MVLM) (WPI6 Y WPII 1–4). ALLPROJEKTI II MEESKONNAGA TOIMUB PIDEV INFOVOOG, ET VALIDEERIDA MUDEL JA VÕIMALDADA MEIL ENNUSTADA PROTEOOMI ATSETÜÜLIMISRIIKIDE KÕIGE SOBIVAMAT KONFIGURATSIOONI, MIS TÄHENDAB MAKSIMAALSET JÕUDLUST REKOMBINANTSETE VALKUDE TOOTMISEL. Käesolev CONFIGURATION, OLE VÕI BIODEGRADABLE PLASTIKIDE MUUDE BIOPHARMACEUCALSID._x000D_ SUMMARIS, THIS MVLM MODELLI DEVELOPMENT, FUNDAMENTAL FRAMEWORI SÜSTEEMISED METABOLIC ENGINEERING SÜSTEEMISED SYNTHETIC BIOLOGY SYNTHETIC BIOLOGY SYNTHETIC BIOLOGY SYNTHETIC BIOLOGY (Estonian)
17 August 2022
0 references
A FEHÉRJÉK TRANSZLÁCIÓ UTÁNI MÓDOSÍTÁSA (PTM-EK) EGY EVOLÚCIÓSAN KONZERVÁLT STRATÉGIA, AMELYET AZ ORGANIZMUSOK HASZNÁLNAK A KÖRNYEZETI VÁLTOZÁSOKRA ADOTT HATÉKONY ÉS GYORS ALKALMAZKODÁS ÉRDEKÉBEN. EZEK A MÓDOSÍTÁSOK NÖVELIK A PROTEOM FUNKCIONÁLIS SOKFÉLESÉGÉT A FUNKCIONÁLIS CSOPORTOK VAGY FEHÉRJÉK KOVALENS HOZZÁADÁSÁVAL, A SZABÁLYOZÓ ALEGYSÉGEK PROTEOLITIKUS HASADÁSÁVAL VAGY A TELJES FEHÉRJÉK LEBOMLÁSÁVAL. AZ I. ALPROJEKT CÉLJA A PTM ACETILEZÉSSEL TÖRTÉNŐ TANULMÁNYOZÁSA, AMELYBEN EGY FEHÉRJE LIZINMARADVÁNYÁNAK AMINO EPSZILON CSOPORTJÁHOZ ACETILCSOPORTOT ADNAK, AMELY SEMLEGESÍTI A POZITÍV TÖLTÉST ÉS NÖVELI AZ OLDALLÁNC MÉRETÉT. _x000D_ az eukariótákban, A PROTEIN acetiláció EFFECTS-ét, amit a histone acetilezés GYÁRTÁSA során, A LAST DECADE-ben, az EGYESÜLT ÖSSZEFOGLALÓ KÖVETKEZTETÉSEK ELJÁRÁSA NEM szivárgott, ARE ALSO N-LYSINE-ACETYLATED, és hogy ez a POST-TRANSLATIONAL MODIFIKÁCIÓ hasonlóképpen ABUNDANT ARCHAEA és BACTERIA._x000D_ Ez az alprojekt az AIMS-hez kapcsolódik, és hogy ezek az alprojektek a REGULATORY MECHANISMÁCIÓK KÖVETELMÉNYEZÉSI FOGYASZTÁSÁT ÉS A KORDINÁCIÓS KORDINÁCIÓS KORDINÁCIÓK, az ESPECIALLY TRANSCRIPTION FACTORS EGYESÜLT ÁLLAMOKRA VONATKOZÓ. _x000D_ három pólus van a használatban E. COLI mint egy CELLULAR BIOFACTORY: I) AZ ACETILEZÉSES PTM SZOROSAN KAPCSOLÓDIK AZ ACETÁT METABOLIZMUSÁNAK TÚLFOLYÁSÁHOZ, AMI FONTOS HÁTRÁNYA AZ E. COLI-T HASZNÁLÓ IPARI BIOFOLYAMATOKNAK, MIVEL AZ ACETÁT GÁTOLJA A SEJTNÖVEKEDÉST A NAGY SŰRŰSÉGŰ KULTÚRÁKBAN, ÉS MAGÁBAN FOGLALJA A SZÉNFORRÁS ÉS A METABOLIKUS ENERGIA ELVESZTÉSÉT, AMI KORLÁTOZZA A BIOFOLYAMATOK TELJESÍTMÉNYÉT. II) AZ E. COLI SZÁMOS METABOLIKUS FEHÉRJÉJE ACETILEZETT, ÉS BEFOLYÁSOLHATJA A METABOLIKUS FLUXUSOKAT ÉS A BIOMASSZA TERMELÉSÉT. III) A CERTAIN PROTEINS RENDELET acetilizálása a flagellar-BASED motilitás VAGY fimbrias TERMÉKEK, A fenotípusú CRITIKÁLIS A MANY ORGANISMS patogenezisének fenotípusa._x000D_ A HIGH-THROUGHPUT TECHNIKUGHPUTATÓ EXPERIMENTÁLIS ADATOK ÉS A MILESTONEK FELHASZNÁLÁSA a MUNKAGOK (WP1–5) egy MULTI-VALUED LOGICAL MODEL (MVLM) (WPI6 Y WPII-1–4. sz. munkacsoport) kifejlesztésére használják fel. FOLYAMATOS INFORMÁCIÓÁRAMLÁS LESZ A II. ALPROJEKT CSAPATÁVAL A MODELL VALIDÁLÁSA ÉS A PROTEOM ACETILÁCIÓS ÁLLAMAINAK LEGMEGFELELŐBB KONFIGURÁCIÓJÁNAK ELŐREJELZÉSE ÉRDEKÉBEN, AMI A REKOMBINÁNS FEHÉRJÉK ELŐÁLLÍTÁSÁBAN MAXIMÁLIS TELJESÍTMÉNYT JELENT. Ez a KÖTELEZETTSÉGVÁLLALÁSI MEGÁLLAPODÁS MEGÁLLAPODÁSA VAGY BIODEGRADABLE PLASTICS._x000D_ A MVLM MODEL FEJEZETÉNEK MUNDAMENTÁLIS FUNDAMENTÁLIS FUNDAMENTAL FUNDAMENTÁLIS FUNDAMENTIÁLIS FUNDAMENTIÁLIS FUNDAMENTÁLIS FRAMEJEZÉSE a SYNTHETIC BIOLOGIA METABOLOLIC ENGINEERÉGÁBAN. (Hungarian)
17 August 2022
0 references
ПОСТТРАНСЛАЦИОННАТА МОДИФИКАЦИЯ (PTMS) НА ПРОТЕИНИТЕ Е ЕВОЛЮЦИОННО ЗАПАЗЕНА СТРАТЕГИЯ, ИЗПОЛЗВАНА ОТ ОРГАНИЗМИТЕ ЗА ПОСТИГАНЕ НА ЕФЕКТИВНИ И БЪРЗИ АДАПТИВНИ РЕАКЦИИ КЪМ ПРОМЕНИТЕ В ОКОЛНАТА СРЕДА. ТЕЗИ МОДИФИКАЦИИ УВЕЛИЧАВАТ ФУНКЦИОНАЛНОТО РАЗНООБРАЗИЕ НА ПРОТЕОМА ЧРЕЗ КОВАЛЕНТНО ДОБАВЯНЕ НА ФУНКЦИОНАЛНИ ГРУПИ ИЛИ ПРОТЕИНИ, ПРОТЕОЛИТИЧНО РАЗЦЕПВАНЕ НА РЕГУЛАТОРНИТЕ СУБЕДИНИЦИ ИЛИ РАЗГРАЖДАНЕ НА ЦЕЛИ ПРОТЕИНИ. ЦЕЛТА НА ТОЗИ ПОДПРОЕКТ I СЕ ФОКУСИРА ВЪРХУ ИЗСЛЕДВАНЕТО НА PTM ЧРЕЗ АЦЕТИЛАЦИЯ, В КОЯТО АЦЕТИЛОВА ГРУПА СЕ ДОБАВЯ КЪМ АМИНО ЕПСИЛОННАТА ГРУПА НА ЛИЗИНОВ ОСТАТЪК ОТ ПРОТЕИН, КОЙТО НЕУТРАЛИЗИРА ПОЛОЖИТЕЛНИЯ ЗАРЯД И УВЕЛИЧАВА РАЗМЕРА НА СТРАНИЧНАТА ВЕРИГА. _x000D_ в еукариоти, ЕФЕКТИ на протеин ацетилация са били раздразнени по време на конференцията за ацетилация на химна, но в най-малката DECADE, той е бил в съответствие с това, че много неща, които не са хистони, са все така N-LYSINE-ACETYLATED и това, че този пост-превозвателен режим е по подобен начин ABUNDANT в ARCHAEA и BACTERIA._x000D_Този подпроект AIMS към UNDERSTAND КАТО РЕГУЛАТОРЕН МЕХАНИМ е легализиран от Околна среда и как те се сливат с други РЕГУЛАТОРНИ МЕХАНИТЕ, външни ТРАНСПОРИЦИОННИ ФАКТОРИ, които могат да бъдат упорити. _x000D_ три точки са ключови в използването на E. COLI като CELLULAR BIOFACTORY: I) PTM ЧРЕЗ АЦЕТИЛАЦИЯ Е ТЯСНО СВЪРЗАН С ПРЕЛИВАНЕТО НА АЦЕТАТНИЯ МЕТАБОЛИЗЪМ, КОЕТО Е ВАЖЕН НЕДОСТАТЪК ЗА ПРОМИШЛЕНИТЕ БИОПРОЦЕСИ, ИЗПОЛЗВАЩИ E. COLI, ТЪЙ КАТО АЦЕТАТЪТ ИНХИБИРА КЛЕТЪЧНИЯ РАСТЕЖ В КУЛТУРИ С ВИСОКА ПЛЪТНОСТ И ВКЛЮЧВА ЗАГУБА НА ВЪГЛЕРОДЕН ИЗТОЧНИК И МЕТАБОЛИТНА ЕНЕРГИЯ, КОЕТО ОГРАНИЧАВА ЕФЕКТИВНОСТТА НА БИОПРОЦЕСИТЕ. II) МНОГО ОТ МЕТАБОЛИТНИТЕ ПРОТЕИНИ НА E. COLI СА АЦЕТИЛИРАНИ И МОГАТ ДА ПОВЛИЯЯТ НА МЕТАБОЛИТНИТЕ ПОТОЦИ И ТЕЗИ ЗА ПРОИЗВОДСТВО НА БИОМАСА. III) РЕГЛАМЕНТ НА ацетилация на CERTAIN PROTEINS INFLUENCES on flagellar-BASED motility OR fimbrias PRODUCTION, Фенотип CRITICAL за патогенезата на много организми._x000D_ WEALTH НА РАЗХОДИТЕ НА РАЗХОДИТЕ НА РАЗХОДИТЕ НА ТЕХНИКИТЕ И МИЛЕСТОНИТЕ REACHed in EACH OF THE WORKAGES (WP1—5) Ще се използва, за да се разработи многостранен LOGICAL MODEL (MVLM) (WPI6 Y WPII 1—4). ЩЕ ИМА ПОСТОЯНЕН ИНФОРМАЦИОНЕН ПОТОК С ЕКИПА НА ПОДПРОЕКТ II, ЗА ДА ВАЛИДИРАМЕ МОДЕЛА И ДА НИ ПОЗВОЛИМ ДА ПРЕДВИДИМ НАЙ-ПОДХОДЯЩАТА КОНФИГУРАЦИЯ НА АЦЕТИЛАЦИОННИТЕ СЪСТОЯНИЯ НА ПРОТЕОМА, КОЕТО ПРЕДПОЛАГА МАКСИМАЛНА ПРОИЗВОДИТЕЛНОСТ ПРИ ПРОИЗВОДСТВОТО НА РЕКОМБИНАНТНИ ПРОТЕИНИ. Тази КОФИГУРАЦИЯ ще бъде винаги отворена за производството на други биологични продукти, или биодеграбилни пласти._x000D_ В ОБЕЖДАНЕ, развитието на този MVLM MODEL е функционална рамка в SYSTEMS METABOLIC ENGINEERING, за да се втвърдят метаболичните капаци на ELI BASED на SYNTHIC BIOLOGY. (Bulgarian)
17 August 2022
0 references
BALTYMŲ MODIFIKACIJA PO TRANSLIACIJŲ (PTM) YRA EVOLIUCIŠKAI IŠSAUGOTA STRATEGIJA, KURIĄ NAUDOJA ORGANIZMAI, KAD BŪTŲ GALIMA VEIKSMINGAI IR GREITAI PRISITAIKYTI PRIE APLINKOS POKYČIŲ. ŠIE PAKEITIMAI PADIDINA PROTEOMOS FUNKCINĘ ĮVAIROVĘ KOVALENTINIU FUNKCINIŲ GRUPIŲ AR BALTYMŲ PRIDĖJIMU, REGULIUOJAMŲJŲ SUBVIENETŲ PROTEOLIZINIU SKILIMU ARBA IŠTISŲ BALTYMŲ SKAIDYMU. ŠIO I PAPROJEKČIO TIKSLAS ORIENTUOTAS Į PTM TYRIMĄ ACETILINIMO BŪDU, KAI ACETILO GRUPĖ PRIDEDAMA PRIE BALTYMO LIZINO LIEKANŲ AMINO EPSILONO GRUPĖS, KURI NEUTRALIZUOJA TEIGIAMĄ KRŪVĮ IR PADIDINA ŠONINĖS GRANDINĖS DYDĮ. _x000D_ į eukaryotes, EFFECTS of PROTEIN acetilinimo NUSTATYTI DAUGIAU DESCRIBUOTI DAUGIAU į histono acetilinimo, Bet ne plonas DECADE, IT turi būti ĮSIPAREIGOJAMOS, kad daugelis produktų, KURI NĖRA histonų, N-LYZINE-AKTYLATED IR KAD POSĖDŽIO-transliavimo MODIFICACIJA yra panašiai abstinentiška ARCHAEA ir BACTERIA._x000D_ Šio subprojekto DĖL NUSTATYMO MEKHANISMŲ, KURIUOS TIKSLAS DĖL ENVIRONTINIŲ SĄLYGŲ IR KŪRŲ KONTROLĖJŲ, ESPECIALLY TRANSCRIPTION FACTORS, KAD gali būti ATSIŽVELGTI. _x000D_ trys POINTAI yra naudojami E. COLI kaip CELLULAR BIOFACTORY: I) PTM ACETILINIMO BŪDU YRA GLAUDŽIAI SUSIJĘS SU ACETATO METABOLIZMO PERPILDYMU, KURIS YRA SVARBUS TRŪKUMAS PRAMONINIAMS BIOLOGINIAMS PROCESAMS, NAUDOJANT E. COLI, NES ACETATAS SLOPINA LĄSTELIŲ AUGIMĄ DIDELIO TANKIO KULTŪROSE IR DĖL TO PRARANDAMAS ANGLIES ŠALTINIS IR METABOLINĖ ENERGIJA, O TAI RIBOJA BIOLOGINIŲ PROCESŲ EFEKTYVUMĄ. II) DAUGELIS E. COLI MEDŽIAGŲ APYKAITOS BALTYMŲ YRA ACETILINTI IR GALI TURĖTI ĮTAKOS METABOLINIAMS SRAUTAMS IR BIOMASĖS GAMYBAI. III) REGLAMENTO BY CERTAIN PROTEINES INFLUENCES Acetilinimas ant vėliavėlėmis paremtų judrumo arba fimbrių gamybos, fenotipas CRITICAL MANY ORGANISMS patogenezei._x000D_ EXPERIMENTAL DATA PRODUCED BY HIGH-THROUGHPUT TECHNIQUES IR MILESTONES, REACHES, SVEIKATOS darbo PAKUOTĖS (WP1–5) bus naudojamos siekiant sukurti daugialypę MAŽINTĄ MODELĮ (MVLM) (WPI6 Y WPII 1–4). II PAPROJEKČIO KOMANDA BUS NUOLAT PERDUODAMA INFORMACIJA, KAD BŪTŲ PATVIRTINTAS MODELIS IR GALĖTUME NUMATYTI TINKAMIAUSIĄ PROTEOMOS ACETILINIMO VALSTYBIŲ KONFIGŪRACIJĄ, KURI REIŠKIA MAKSIMALŲ REKOMBINANTINIŲ BALTYMŲ GAMYBOS NAŠUMĄ. Ši KONFIGŪRA PRIEŽIŪROS PRIEŽIŪROS PRIEŽIŪROS NUOMONĖS PRODUKTŲ TIKSLAS ARBA BIODEGRADABLIOS PLASTICS._x000D_ Į SANTRAUKA, Šio MVLM MODELIO DEVELĖ yra FUNDAMENTAL FRAMEWORK TYRIMŲ METABOLINĖS ENGINORIJOS, skirtos E COLI BASTIJŲ METABOLINIŲ BIOLOGIJOS METABOLIŲ KAIPUI. (Lithuanian)
17 August 2022
0 references
POSTTRANSLACIJSKA MODIFIKACIJA PROTEINA JE EVOLUCIJSKI OČUVANA STRATEGIJA KOJU KORISTE ORGANIZMI KAKO BI POSTIGLI UČINKOVITE I BRZE ADAPTIVNE REAKCIJE NA PROMJENE U OKOLIŠU. TE PROMJENE POVEĆAVAJU FUNKCIONALNU RAZNOLIKOST PROTEOMA KOVALENTNIM DODAVANJEM FUNKCIONALNIH SKUPINA ILI BJELANČEVINA, PROTEOLITIČKIM CIJEPANJEM REGULATORNIH PODJEDINICA ILI RAZGRADNJOM CIJELIH BJELANČEVINA. CILJ OVOG POTPROJEKTA I. USREDOTOČUJE SE NA PROUČAVANJE PTM-A ACETILACIJOM U KOJOJ SE ACETILNOJ SKUPINI DODAJE AMINO EPSILON REZIDUA LIZINA PROTEINA, ŠTO NEUTRALIZIRA POZITIVAN NABOJ I POVEĆAVA VELIČINU BOČNOG LANCA. _x000D_ u eukaryotes, EFFECTS of PROTEIN acetylation su se osjećali najzanimljivije u KONTEXT histone acetilacije, ali u najstarijem DECADE-u, to je bilo dobro da je došlo do mnogih proizvoda, koji nisu histones, također su N-LYSINE-ACETYLATED I da je to POST-TRANSLATIONALNO MODIFIKACIJA je slično nedopustivo u ARCHAEA i BACTERIA._x000D_Ovaj potprojekt AIMS za UNDERSTAND Kako je to REGULATORY MECHANISM je osvojio BY ENVIRONMENTAL CONDITIONS I KAKO KOJE KORDINATE S OTHER REGULATORY MECHANISMS, ESPECIALLY TRANSCRIPTION FACTORS da mogu također biti ACETYLATED. _x000D_ tri mjesta su ključ u korpusu E. COLI kao CELLULAR BIOFACTORY: I) PTM ACETILACIJOM JE INTIMNO POVEZAN S PRELJEVOM METABOLIZMA ACETATA, ŠTO JE VAŽAN NEDOSTATAK ZA INDUSTRIJSKE BIOPROCESE POMOĆU E. COLI JER ACETAT INHIBIRA RAST STANICA U KULTURAMA VISOKE GUSTOĆE I UKLJUČUJE GUBITAK IZVORA UGLJIKA I METABOLIČKE ENERGIJE, ŠTO OGRANIČAVA PERFORMANSE BIOPROCESA. II) MNOGI METABOLIČKI PROTEINI BAKTERIJE E. COLI SU ACETILIRANI I MOGU UTJECATI NA METABOLIČKE TOKOVE I ONE ZA PROIZVODNJU BIOMASE. III) UREDBA BY Acetylation of CERTAIN PROTEINS INFLUENCES O Motilitetu za zastavac-BASED ili fimbrias PROIZVOD, fenotip CRITICAL za patogenezu mnogih ORGANISMS-a._x000D_ WEALTH EXPERIMENTAL DATA PRODUCED BY HIGH-THROUGHPUT TECHNIQUES and THE MILESTONES REACHED in EACH iz WORK PACKAGES (WP1 – 5) će se koristiti za razvoj MULTI-VALUED LOGICAL MODEL (MVLM) (WPI6 Y WPII 1 – 4). BIT ĆE STALAN PROTOK INFORMACIJA S TIMOM PODPROJEKTA II, KAKO BI SE POTVRDIO MODEL I OMOGUĆILO NAM DA PREDVIDIMO NAJPRIKLADNIJU KONFIGURACIJU DRŽAVA ACETILACIJE PROTEOMA KOJA PODRAZUMIJEVA MAKSIMALNU UČINKOVITOST U PROIZVODNJI REKOMBINANTNIH PROTEINA. Ova CONFIGURATION će također biti OPTIMAL za proizvodnju drugih BIOPHARMEUTICALS INTEREST ILI BIODEGRADABLE PLASTICS._x000D_ U SUMMARY, DEVELOPMENT THE MVLM MODEL je FUNDAMENTAL FRAMEWORK U SYSTEMS METABOLIC ENGINEERING TO INCREASE METABOLIC CAPACITIES E COLI BASED NA SYNTHETIC BIOLOGY. (Croatian)
17 August 2022
0 references
POST-TRANSLATIONAL MODIFIERING (PTM) AV PROTEINER ÄR EN EVOLUTIONÄRT BEVARAD STRATEGI SOM ANVÄNDS AV ORGANISMER FÖR ATT UPPNÅ EFFEKTIVA OCH SNABBA ADAPTIVA SVAR PÅ MILJÖFÖRÄNDRINGAR. DESSA MODIFIERINGAR ÖKAR PROTEOMENS FUNKTIONELLA MÅNGFALD GENOM KOVALENT TILLÄGG AV FUNKTIONELLA GRUPPER ELLER PROTEINER, PROTEOLYTISK KLYVNING AV REGULATORISKA UNDERENHETER ELLER NEDBRYTNING AV HELA PROTEINER. MÅLET FÖR DETTA DELPROJEKT JAG FOKUSERAR PÅ STUDIEN AV PTM GENOM ACETYLERING DÄR EN ACETYLGRUPP TILLSÄTTS AMINO EPSILON-GRUPPEN AV EN LYSINREST AV ETT PROTEIN, VILKET NEUTRALISERAR DEN POSITIVA LADDNINGEN OCH ÖKAR STORLEKEN PÅ SIDOKEDJAN. _x000D_ i eukaryotes, EFFEKTER AV PROTEIN acetylering HAVE BEELL DESCRIBED MOSTLY IN THE CONTEXT OF histone acetylation, MEN IN THE LAST DECADE, IT HAS BECOME EVIDENT SOM MÅNGA PROTEINS, VARA INTE histoner, är alltid N-LYSINE-ACETYLATED OCH DENNA POST-TRANSLATIONELLA MODIFIKATIONen är på samma sätt ABUNDANT I ARCHAEA och BACTERIA._x000D_ Detta delprojekt ATT FÖRSTÅ DETTA REGULATORISKT MECHANISM är GOVERNED av ENVIRONMENTAL CONDITIONS och HUR DIN COORDINATE MED ANDRA REGULATORY MECHANISMS, ESPECIALLY TRANSCRIPTION FACTORER ATT KAN ÄR AKETYLERADE. _x000D_ tre POINTS ÄR KEY I ANVÄNDNING AV E. COLI AS A CELLULAR BIOFACTORY: I) PTM GENOM ACETYLERING ÄR INTIMT RELATERAT TILL ÖVERFLÖDET AV ACETATMETABOLISM, VILKET ÄR EN VIKTIG NACKDEL FÖR INDUSTRIELLA BIOPROCESSER SOM ANVÄNDER E. COLI EFTERSOM ACETATET HÄMMAR CELLTILLVÄXT I KULTURER MED HÖG DENSITET OCH INNEBÄR EN FÖRLUST AV KOLKÄLLA OCH METABOLISK ENERGI, VILKET BEGRÄNSAR BIOPROCESSERNAS PRESTANDA. II) MÅNGA AV DE METABOLISKA PROTEINERNA I E. COLI ÄR ACETYLERADE OCH KAN PÅVERKA METABOLISKA FLÖDEN OCH DE FÖR PRODUKTION AV BIOMASSA. III) Förordningen genom acetylering av CERTAINPROTEINS INFLUENCES ON flagellar-BASED motilitet ELLER fimbrias PRODUKTION, En fenotyp CRITICAL FÖR MÅNGA ORGANISMS patogenes._x000D_ VEALTHEN AV EXPERIMENTELLA DATA PRODUKTER AV HIGH-THROUGHPUT TECHNIQUES OCH MILESTONER som är föremål för WORK PACKAGES (WP1–5) kommer att användas till utveckling av ett multiplat LOGICAL MODEL (MVLM) (WPI6 Y WPII 1–4). DET KOMMER ATT FINNAS ETT KONSTANT INFORMATIONSFLÖDE MED SUBPROJEKT II-TEAMET, FÖR ATT VALIDERA MODELLEN OCH LÅTA OSS FÖRUTSÄGA DEN LÄMPLIGASTE KONFIGURATIONEN AV ACETYLERINGSSTATER AV PROTEOMEN SOM INNEBÄR MAXIMAL PRESTANDA VID PRODUKTION AV REKOMBINANTA PROTEINER. Denna CONFIGURATION kommer att vara öppen för PRODUKTIONen av ANNAN BIOPHARMACEUTICALS OF INTEREST ELLER BIODEGRADABLE PLASTICS._x000D_ I SUMMARI, UTVECKLINGEN av dessa MVLM MODEL ÄR en UNDAMENTAL FRAMEWORK I SYSTEMS METABOLIC ENGINEERING FÖR SYNTHETIC BIOLOGY. (Swedish)
17 August 2022
0 references
MODIFICAREA POST-TRALAȚIONALĂ (PTM) A PROTEINELOR ESTE O STRATEGIE CONSERVATĂ EVOLUTIV UTILIZATĂ DE ORGANISME PENTRU A OBȚINE RĂSPUNSURI ADAPTIVE EFICIENTE ȘI RAPIDE LA SCHIMBĂRILE DE MEDIU. ACESTE MODIFICĂRI SPORESC DIVERSITATEA FUNCȚIONALĂ A PROTEOMULUI PRIN ADĂUGAREA COVALENTĂ DE GRUPE FUNCȚIONALE SAU PROTEINE, SCINDAREA PROTEOLITICĂ A SUBUNITĂȚILOR DE REGLEMENTARE SAU DEGRADAREA PROTEINELOR ÎNTREGI. OBIECTIVUL ACESTUI SUBPROIECT I SE CONCENTREAZĂ PE STUDIUL PTM PRIN ACETILARE ÎN CARE SE ADAUGĂ UN GRUP DE ACETIL LA GRUPUL AMINO EPSILON AL UNUI REZIDUU DE LIZINĂ A UNEI PROTEINE, CARE NEUTRALIZEAZĂ ÎNCĂRCAREA POZITIVĂ ȘI MĂREȘTE DIMENSIUNEA LANȚULUI LATERAL. _x000D_ în eucariote, EFFECTELE de acetilare proteică au fost desprinse foarte mult în contextul acetilării histone, dar în ultimul caz, s-a dovedit a fi evidențierea faptului că acestea nu sunt histone, sunt, de asemenea, N-LYSINE-ACETYLATE și că această MODIFICARE POST-TRANSLATIONALă este în mod similar în ARCHAEA ȘI BACTERIA._x000D_ Acești subproiect AIMS pentru a ajuta la modul în care MECHANISM S-a dovedit că a fost obținut prin intermediul CONDIȚIILOR ENVI și CUM COORDINATE CU ALTE MICULATORII REGULATORI, FACTORI DE TRANSCRIPȚIE ESPECIALĂ, care pot, de asemenea, să fie acționați. _x000D_ trei puncte sunt în uzul lui E. COLI ca o BIOFACTORIE CELLULARă: I) PTM PRIN ACETILARE ESTE STRÂNS LEGATĂ DE REVĂRSAREA METABOLISMULUI ACETATULUI, CARE ESTE UN DEZAVANTAJ IMPORTANT PENTRU BIOPROCESELE INDUSTRIALE CARE UTILIZEAZĂ E. COLI, DEOARECE ACETATUL INHIBĂ CREȘTEREA CELULARĂ ÎN CULTURILE CU DENSITATE RIDICATĂ ȘI IMPLICĂ O PIERDERE A SURSEI DE CARBON ȘI A ENERGIEI METABOLICE, CARE LIMITEAZĂ PERFORMANȚA BIOPROCESELOR. II) MULTE DINTRE PROTEINELE METABOLICE ALE E. COLI SUNT ACETILATE ȘI POT INFLUENȚA FLUXURILE METABOLICE ȘI CELE PENTRU PRODUCȚIA DE BIOMASĂ. III) REGULAMENTUL DE ACEtilare a PROTEINȚELOR CERTAINĂ privind motilitatea flagelară-BASED SAU PRODUCȚIA fimbrielor, un fenotip CRITICAL PENTRU patogeneza ORGANISMELOR MANY._x000D_ WEALTHUL DE DATE EXPERIMENTALE PRODUCȚIE cu ajutorul tehnicilor HIGH-THROUGHPUT ȘI MILESTONELE REACH în EACH OF THE WORK pachetele (WP1-5) vor fi folosite pentru a dezvolta un MODEL LOGICAL MULTIVALUAT (MVLM) (WPI6 Y WPII 1-4). VA EXISTA UN FLUX CONSTANT DE INFORMAȚII CU ECHIPA SUBPROIECTULUI II, PENTRU A VALIDA MODELUL ȘI PENTRU A NE PERMITE SĂ PREZICEM CONFIGURAȚIA CEA MAI ADECVATĂ A STATELOR DE ACETILARE ALE PROTEOMULUI CARE IMPLICĂ PERFORMANȚE MAXIME ÎN PRODUCȚIA DE PROTEINE RECOMBINANTE. Această CONFIGURARE va fi, de asemenea, obiectivă pentru producerea altor produse de tip BIOPHARMACEUTICALS OF INTEREST SAU BIODEGRADABLE PLASTICS._x000D_ ÎN REZUMAT, DEZVOLTAREA acestui MODEL MVLM este un cadru FUNDAMENTAL ÎN SYSTEMS METABOLIC ENGINEERING PENTRU INCREAREA CAPACITILOR METABOLice ale E COI BASED PE SYNTHETIC BIOLOGIE. (Romanian)
17 August 2022
0 references
POSTTRANSLACIJSKA MODIFIKACIJA PROTEINOV JE EVOLUCIJSKO OHRANJENA STRATEGIJA, KI JO UPORABLJAJO ORGANIZMI ZA DOSEGANJE UČINKOVITIH IN HITRIH PRILAGODLJIVIH ODZIVOV NA OKOLJSKE SPREMEMBE. TE SPREMEMBE POVEČUJEJO FUNKCIONALNO RAZNOLIKOST PROTEOMA S KOVALENTNIM DODAJANJEM FUNKCIONALNIH SKUPIN ALI BELJAKOVIN, PROTEOLITIČNO CEPITEV REGULATORNIH PODENOT ALI RAZGRADNJO CELIH BELJAKOVIN. CILJ TEGA PODPROJEKTA I SE OSREDOTOČA NA ŠTUDIJO PTM Z ACETILACIJO, V KATERI SE ACETILNA SKUPINA DODA SKUPINI AMINO EPSILON IZ LIZINSKEGA OSTANKA BELJAKOVINE, KI NEVTRALIZIRA POZITIVNI NABOJ IN POVEČUJE VELIKOST STRANSKE VERIGE. _x000D_ v evkariontih, EFFECTS of PROTEIN Acetilation HAVE BEEN WELL WELL DESCRIBLY IN THE CONTEXT of histone acetilation, AUT V LAST DECADE, JE NI DOLOČENI VELIKOSTI, KI JIH NE Zgodovine, še vedno N-LYSINE-ACETYLATED IN TTA TEGA POST-TRANSLACIJSKA MODIFIKACIJA je podobno V ARCHAEA IN BACTERIA._x000D_ da je podprojekt AIMS ZA ZDRAVJE TEGA REGULATORY MECHANISM, ki je bil ustvarjen z ENVIRONMENTALNI POGOJI IN KI JE Z DRUGI REGULATORSKIMI MEHANIJAMI, PESEKLIČNO TRANSCRIPCIJSKE FACTORI, ki jih je treba še vedno izvajati. _x000D_ tri točke, ki so ZAKLENITI V UPORABO E. COLI, kot KELLULARNA BIOFAKTORIJA: I) PTM Z ACETILACIJO JE TESNO POVEZAN S PRELIVANJEM METABOLIZMA ACETATA, KAR JE POMEMBNA POMANJKLJIVOST ZA INDUSTRIJSKE BIOPROCESE Z UPORABO E. COLI, KER ACETAT ZAVIRA RAST CELIC V KULTURAH VISOKE GOSTOTE IN VKLJUČUJE IZGUBO VIRA OGLJIKA IN PRESNOVNE ENERGIJE, KAR OMEJUJE DELOVANJE BIOPROCESOV. II) ŠTEVILNE PRESNOVNE BELJAKOVINE BAKTERIJE E. COLI SO ACETILIRANE IN LAHKO VPLIVAJO NA PRESNOVNE TOKOVE IN TOKOVE ZA PROIZVODNJO BIOMASE. III) UREDBA Z acetilacijo CERTAIN PROTEINSKIH INFLUENCES OBVEZNOSTI RAZLIČNE gibljivosti ali fimbrijskih PROIZVODNJ, fenotip CRITICAL ZA patogenezo MANY ORGANISMS._x000D_ PROIZVOD ZA PROIZVODNJE IZKLJUČENEGA PODATKOV Z ZDRAVLJENJIM IZDRAVILOM TEHNIKOV IN MILESTONOV, ki so bile vstavljene v VEČ WORK PACKAGES (WP1–5) UPORABE UPORABLJAJO ZA DEVELOP A MULTI-VALUED LOGICAL MODEL (MVLM) (WPI6 Y WPII 1–4). S PODPROJEKTOM II BO POTEKAL STALEN PRETOK INFORMACIJ, KI BO POTRJEVAL MODEL IN NAM OMOGOČIL NAPOVEDATI NAJPRIMERNEJŠO KONFIGURACIJO ACETILACIJSKIH DRŽAV PROTEOMA, KI POMENI NAJVEČJO UČINKOVITOST PRI PROIZVODNJI REKOMBINANTNIH BELJAKOVIN. Ta KONFIGURACIJA bo ostala OPTIMALNA ZA PROIZVODNJE drugih BIOPHARMACEUTICALSKIH INTEREST ali BIODEGRADABABLE PLASTICS._x000D_ V SUMMARJI, ODLOČITEV TEGA MVLM MODELA je FUNDAMENTALNA FRAMEWORKA v SYSTEMS METABOLIČI, KI JIH POTRJUJEJO METABOLIC CAPACITI E COLI, ki so bile postavljene v SYNTHETIC BIOLOGIJA. (Slovenian)
17 August 2022
0 references
POTRANSLACYJNA MODYFIKACJA BIAŁEK (PTM) JEST EWOLUCYJNIE ZACHOWANĄ STRATEGIĄ STOSOWANĄ PRZEZ ORGANIZMY W CELU UZYSKANIA SKUTECZNYCH I SZYBKICH ADAPTACYJNYCH REAKCJI NA ZMIANY ŚRODOWISKOWE. MODYFIKACJE TE ZWIĘKSZAJĄ RÓŻNORODNOŚĆ FUNKCJONALNĄ PROTEOMU POPRZEZ DODANIE KOWALENCYJNYCH GRUP FUNKCJONALNYCH LUB BIAŁEK, ROZSZCZEPIENIE PROTEOLITYCZNE PODJEDNOSTEK REGULACYJNYCH LUB DEGRADACJĘ CAŁYCH BIAŁEK. CEL TEGO PODPROJEKTU I SKUPIA SIĘ NA BADANIU PTM PRZEZ ACETYLACJĘ, W KTÓRYM DO GRUPY AMINO EPSILON DODAJE SIĘ GRUPĘ ACETYLOWĄ Z POZOSTAŁOŚCIĄ LIZYNY BIAŁKA, KTÓRA NEUTRALIZUJE ŁADUNEK DODATNI I ZWIĘKSZA ROZMIAR ŁAŃCUCHA BOCZNEGO. _x000D_ w eukariotach, EFFECTS acetylacji PROTEIN ZAWIERAJĄC SIĘ W KONTEXT Acetylacji Histone, ALE W LAST DECADE, JEST PRZEDSTAWIAJĄCYCH WIĘCEJ MIEJSCE PROTEINÓW, NIE JEST histonami, są ALSO N-LYSINE-ACETYLATED I TEGO MODYFIKACJA POST-TRANSLATIONAL jest podobnie ABUNDANT W ARCHAEA I BACTERIA._x000D_ TEGO podprojektu AIMS DO NIEDOSTĘPNYCH MECHANIZM REGULATORYJNYCH JEST PRZEZ WYDARZENIA ŚRODOWISKÓW ŚRODOWISKOWYCH I HOW THE COORDINATE Z INNYM MECZANIEM REGULATORYM, ESPECIALLY TRANSCRIPTION FACTORS, które mogą być ACETYLATED. _x000D_ trzy punkty są kluczowe w użyciu E. COLI AS A CELLULAR BIOFACTORY: I) PTM PRZEZ ACETYLACJĘ JEST ŚCIŚLE ZWIĄZANY Z PRZELEWEM METABOLIZMU OCTANU, KTÓRY JEST WAŻNĄ WADĄ DLA BIOPROCESÓW PRZEMYSŁOWYCH STOSUJĄCYCH E. COLI, PONIEWAŻ OCTAN HAMUJE WZROST KOMÓREK W KULTURACH O WYSOKIEJ GĘSTOŚCI I WIĄŻE SIĘ Z UTRATĄ ŹRÓDŁA WĘGLA I ENERGII METABOLICZNEJ, CO OGRANICZA WYDAJNOŚĆ BIOPROCESÓW. II) WIELE BIAŁEK METABOLICZNYCH E. COLI JEST ACETYLOWANYCH I MOŻE WPŁYWAĆ NA PRZEPŁYWY METABOLICZNE I TE DO PRODUKCJI BIOMASY. III) ROZPORZĄDZENIE PRZEZ Acetylację ŚRODKÓW CERTAINOWYCH INFLUENCYJNYCH INFLUENCYJNOŚCI WYŁĄCZONYCH MOTYCZNYCH LUB fimbriach PRODUKCJI, fenotypu CRITICAL do patogenezy wielu ORGANIZMÓW._x000D_ ŚWIATŁOWE DANYCH DANYCH PRODUKCYJNYCH PRZEZ WYŻYCH TECHNIKÓW I MILESTONES PACKAGES WORK (WP1-5) Będą stosowane w celu rozwinięcia MULTI-VALUED LOGICAL MODEL (MVLM) (WPI6 Y WPII 1-4). BĘDZIE CIĄGŁY PRZEPŁYW INFORMACJI Z ZESPOŁEM PODPROJEKTU II, ABY ZWERYFIKOWAĆ MODEL I POZWOLIĆ NAM PRZEWIDZIEĆ NAJBARDZIEJ ODPOWIEDNIĄ KONFIGURACJĘ STANÓW ACETYLACJI PROTEOMU, KTÓRA ZAKŁADA MAKSYMALNĄ WYDAJNOŚĆ W PRODUKCJI REKOMBINOWANYCH BIAŁEK. To KONFIGURACJA będzie OPTYMALNA DO PRODUKCJI INNYCH BIOPHARMACEUTICALS INTEREST LUB BIODEGRADABLE PLASTICS._x000D_ W SUMMARY, Rozbudowując to MVLM MODEL jest FUNDAMENTALNY FRAMEWORK W SYSTEMACH METABOLIC ENGINEERING to METABOLIC CAPACITIES E COLI BASED ON SYNTHETIC BIOLOGY. (Polish)
17 August 2022
0 references
Murcia
0 references
20 December 2023
0 references
Identifiers
RTI2018-094393-B-C21
0 references