LOTUS JAPONICUS AS A MODEL FOR THE IDENTIFICATION OF NEW GENES INVOLVED IN THE RESPONSE TO ABIOTICO STRESS AND LEGUME PRODUCTIVITY. (Q3149897)
Jump to navigation
Jump to search
Project Q3149897 in Spain
| Language | Label | Description | Also known as |
|---|---|---|---|
| English | LOTUS JAPONICUS AS A MODEL FOR THE IDENTIFICATION OF NEW GENES INVOLVED IN THE RESPONSE TO ABIOTICO STRESS AND LEGUME PRODUCTIVITY. |
Project Q3149897 in Spain |
Statements
68,234.32 Euro
0 references
84,700.0 Euro
0 references
80.56 percent
0 references
1 January 2015
0 references
30 September 2018
0 references
UNIVERSIDAD DE SEVILLA
0 references
41018
0 references
EL PRESENTE PROYECTO SE CENTRA EN LA LEGUMINOSA LOTUS JAPONICUS, UNA PLANTA QUE SE UTILIZA COMO MODELO PARA EL ESTUDIO DE ESPECIES CULTIVADAS DE LOTUS DE GRAN INTERES AGRONOMICO Y OTRAS LEGUMINOSAS. EN NUESTRO LABORATORIO LLEVAMOS TRABAJANDO 20 AÑOS CON ESTA PLANTA Y HEMOS PUBLICADO RECIENTEMENTE VARIOS TRABAJOS SOBRE SU RESPUESTA TRANSCRIPTOMICA Y METABOLOMICA A CONDICIONES DE ESTRES ABIOTICO. EN EL PRESENTE PROYECTO QUEREMOS ABORDAR EN PRIMER LUGAR UNO DE LOS PRINCIPALES PROBLEMAS PARA EL USO DE TECNICAS OMICAS EN EL ESTUDIO DE ESTA ESPECIE, QUE ES LA FALTA DE HERRAMIENTAS BIOINFORMATICAS PARA EL ANALISIS CONJUNTO DE GRANDES CANTIDADES DE DATOS CON EL FIN DE PODER IDENTIFICAR NUEVOS GENES QUE PARTICIPEN O CONTROLEN UNA DETERMINADA RUTA METABOLICA. UNA VEZ DESARROLLADAS ESTAS HERRAMIENTAS, SE VAN A UTILIZAR PARA LA BUSQUEDA DE NUEVOS GENES IMPLICADOS EN LA FOTORRESPIRACION Y LA BIOSINTESIS DE FLAVONOIDES E ISOFLAVONOIDES. ESTAS DOS RUTAS SON DE CRUCIAL IMPORTANCIA PARA EL METABOLISMO Y LA PRODUCTIVIDAD DE LAS LEGUMINOSAS: POR UN LADO SON RUTAS CON UN ALTO FLUJO METABOLICO, Y POR OTRO ESTAN IMPLICADAS EN LA RESPUESTA DE LA PLANTA A DISTINTAS CONDICIONES DE ESTRES ABIOTICO, UNO DE LOS FACTORES QUE MAS LIMITA LA PRODUCTIVIDAD DE LAS ESPECIES CULTIVADAS DE LOTUS ASI COMO DE OTRAS LEGUMINOSAS. EN EL CASO DE LA FOTORRESPIRACION, SE PRETENDE IDENTIFICAR NUEVOS GENES INVOLUCRADOS EN LOS PROCESOS DE TRANSPORTE DE METABOLITOS ENTRE DISTINTOS ORGANULOS Y EN LA REGULACION TRANSCRIPCIONAL DE ESTA RUTA, DOS TOPICOS QUE HAN SIDO POCO ESTUDIADOS HASTA AHORA. UNA VEZ IDENTIFICADOS LOS GENES DE INTERES, SE OBTENDRAN LINEAS MUTANTES DE L. JAPONICUS DESDE LAS DISTINTAS COLECCIONES QUE ESTAN AHORA YA DISPONIBLES PARA GENETICA INVERSA (TILLING Y MUTANTES DE INSERCION DE TRANSPOSON LORE1), Y SE LLEVARA A CABO SU CARACTERIZACION FENOTIPICA ASI COMO NUEVOS ESTUDIOS DE TRANSCRIPTOMICA Y METABOLOMICA. SE VA TAMBIEN A PROFUNDIZAR EL ESTUDIO DE LA RESPUESTA TRANSCRIPCIONAL DE LOS GENES FOTORRESPIRATORIOS A SITUACIONES DE ESTRES ABIOTICO PARECIDAS A LAS QUE SE SUELEN DAR ACTUALMENTE EN LOS CAMPOS DONDE SE CULTIVA LOTUS, UTILIZANDO PLANTAS SILVESTRES Y MUTANTES FOTORRESPIRATORIOS PREVIAMENTE AISLADOS EN NUESTRO LABORATORIO. OTRO OBJETIVO DE ESTE PROYECTO ES LA OBTENCION DE LOS PERFILES DE METABOLITOS SECUNDARIOS PRODUCIDOS POR PLANTAS SILVESTRES Y MUTANTES SOMETIDAS A DISTINTOS TIPOS DE ESTRES ABIOTICO, CON UN PARTICULAR INTERES EN LOS FLAVONOIDES E ISOFLAVONOIDES. ADEMAS DE PODER COMPARAR LA RESPUESTA DEL METABOLISMO SECUNDARIO EN DISTINTAS CONDICIONES, SE ESPERA PODER IDENTIFICAR NUEVOS METABOLITOS PRODUCIDOS POR L. JAPONICUS EN RESPUESTA A ESTRES. UTILIZANDO LAS HERRAMIENTAS BIOINFORMATICAS DESARROLLADAS, SE PRETENDE TAMBIEN IDENTIFICAR LOS FACTORES DE TRANSCRIPCION QUE ESTAN INVOLUCRADOS EN LA REGULACION DE LA BIOSINTESIS DE ESTOS COMPUESTOS EN LEGUMINOSAS, YA QUE ESTOS FACTORES SIGUEN SIN IDENTIFICAR. FINALMENTE, LA BIOSINTESIS DE FLAVONOIDES/ISOFLAVONOIDES Y LA FOTORRESPIRACION SON PROCESOS QUE ESTAN MUY RELACIONADOS CON LA FORMACION DE LOS NODULOS EN LEGUMINOSAS. OTRO DE LOS OBJETIVOS DE ESTE PROYECTO ES PROFUNDIZAR EL ESTUDIO DE ESTA RELACION. LOS RESULTADOS QUE SE PREVE OBTENER, ADEMAS DE ACLARAR ALGUNOS DE LOS MECANISMOS REGULATORIOS DE ESTAS RUTAS, PUEDEN RESULTAR DE PARTICULAR INTERES PARA COMPRENDER LA RESPUESTA DE LAS LEGUMINOSAS A CONDICIONES DE ESTRES ABIOTICO, UN TEMA DE CRUCIAL ACTUALIDAD EN LA AGRICULTURA SOSTENIBLE. (Spanish)
0 references
THIS PROJECT FOCUSES ON THE LEGUMINOUS LOTUS JAPONICUS, A PLANT THAT IS USED AS A MODEL FOR THE STUDY OF CULTIVATED SPECIES OF LOTUS OF GREAT INTEREST AGRONOMICO AND OTHER LEGUMES. IN OUR LABORATORY WE HAVE BEEN WORKING WITH THIS PLANT FOR 20 YEARS AND WE HAVE RECENTLY PUBLISHED SEVERAL WORKS ON ITS TRANSCRIPTOMICA AND METABOLOMICA RESPONSE TO ABIOTICO STRESS CONDITIONS. IN THIS PROJECT WE WANT TO FIRST ADDRESS ONE OF THE MAIN PROBLEMS FOR THE USE OF OMIC TECHNIQUES IN THE STUDY OF THIS SPECIES, WHICH IS THE LACK OF BIOINFORMATIC TOOLS FOR THE JOINT ANALYSIS OF LARGE AMOUNTS OF DATA IN ORDER TO IDENTIFY NEW GENES THAT PARTICIPATE OR CONTROL A CERTAIN METABOLIC ROUTE. ONCE THESE TOOLS ARE DEVELOPED, THEY WILL BE USED TO SEARCH FOR NEW GENES INVOLVED IN FOTORRESPIRACION AND BIOSYNTHESIS OF FLAVONOIDS AND ISOFLAVONOIDS. THESE TWO ROUTES ARE OF CRUCIAL IMPORTANCE FOR THE METABOLISM AND PRODUCTIVITY OF LEGUMES: ON THE ONE HAND THEY ARE ROUTES WITH A HIGH METABOLIC FLOW, AND ON THE OTHER ARE INVOLVED IN THE RESPONSE OF THE PLANT TO DIFFERENT CONDITIONS OF STRESS ABIOTICO, ONE OF THE FACTORS THAT MOST LIMITS THE PRODUCTIVITY OF THE CULTIVATED SPECIES OF LOTUS AS WELL AS OF OTHER LEGUMES. IN THE CASE OF FOTORRESPIRACION, IT IS INTENDED TO IDENTIFY NEW GENES INVOLVED IN THE TRANSPORT PROCESSES OF METABOLITES BETWEEN DIFFERENT ORGANULOS AND IN THE TRANSCRIPTIONAL REGULATION OF THIS ROUTE, TWO TOPICS THAT HAVE BEEN LITTLE STUDIED SO FAR. ONCE THE GENES OF INTEREST ARE IDENTIFIED, MUTANT LINES OF L. JAPONICUS ARE OBTAINED FROM THE DIFFERENT COLLECTIONS THAT ARE NOW AVAILABLE FOR REVERSE GENETICS (TILLING AND LORE TRANSPOSON INSERTION MUTANTS1), AND THEIR PHENOTYPIC CHARACTERISATION WILL BE CARRIED OUT AS WELL AS NEW STUDIES OF TRANSCRIPTOMICA AND METABOLOMICA. WE WILL ALSO DEEPEN THE STUDY OF THE TRANSCRIPTIONAL RESPONSE OF THE FOTORRESPIRATORY GENES TO SITUATIONS OF ABIOTICO STRESS SIMILAR TO THOSE THAT ARE USUALLY PRESENT IN THE FIELDS WHERE LOTUS IS GROWN, USING WILD PLANTS AND MUTANTS FOTORRESPIRATORIES PREVIOUSLY ISOLATED IN OUR LABORATORY. ANOTHER OBJECTIVE OF THIS PROJECT IS TO OBTAIN SECONDARY METABOLITE PROFILES PRODUCED BY WILD PLANTS AND MUTANTS SUBJECTED TO DIFFERENT TYPES OF ABIOTICO STRESS, WITH A PARTICULAR INTEREST IN FLAVONOIDS AND ISOFLAVONOIDS. IN ADDITION TO BEING ABLE TO COMPARE THE RESPONSE OF SECONDARY METABOLISM UNDER DIFFERENT CONDITIONS, IT IS EXPECTED TO BE ABLE TO IDENTIFY NEW METABOLITES PRODUCED BY L. JAPONICUS IN RESPONSE TO STRESS. USING THE BIOINFORMATIC TOOLS DEVELOPED, IT IS ALSO INTENDED TO IDENTIFY THE TRANSCRIPTION FACTORS THAT ARE INVOLVED IN THE REGULATION OF THE BIOSYNTHESIS OF THESE COMPOUNDS IN LEGUMES, SINCE THESE FACTORS REMAIN UNIDENTIFIED. FINALLY, THE BIOSYNTHESIS OF FLAVONOIDS/ISOFLAVONOIDS AND FOTORRESPIRACION ARE PROCESSES THAT ARE CLOSELY RELATED TO THE FORMATION OF NODULES IN LEGUMES. ANOTHER OBJECTIVE OF THIS PROJECT IS TO DEEPEN THE STUDY OF THIS RELATIONSHIP. THE EXPECTED RESULTS, IN ADDITION TO CLARIFYING SOME OF THE REGULATORY MECHANISMS OF THESE ROUTES, MAY BE OF PARTICULAR INTEREST IN UNDERSTANDING THE RESPONSE OF LEGUMES TO ABIOTICO STRESS CONDITIONS, A CRUCIAL TOPIC IN SUSTAINABLE AGRICULTURE. (English)
12 October 2021
0.2626232681056666
0 references
CE PROJET SE CONCENTRE SUR LA LÉGUMINEUSE LOTUS JAPONICUS, UNE PLANTE QUI EST UTILISÉE COMME MODÈLE POUR L’ÉTUDE DES ESPÈCES CULTIVÉES DE LOTUS D’UN GRAND INTÉRÊT AGRONOMICO ET D’AUTRES LÉGUMINEUSES. DANS NOTRE LABORATOIRE, NOUS TRAVAILLONS AVEC CETTE USINE DEPUIS 20 ANS ET NOUS AVONS RÉCEMMENT PUBLIÉ PLUSIEURS TRAVAUX SUR SA RÉPONSE TRANSCRIPTOMICA ET METABOLOMICA AUX CONDITIONS DE STRESS ABIOTICO. DANS CE PROJET, NOUS VOULONS D’ABORD ABORDER L’UN DES PRINCIPAUX PROBLÈMES D’UTILISATION DES TECHNIQUES OMIQUES DANS L’ÉTUDE DE CETTE ESPÈCE, QUI EST LE MANQUE D’OUTILS BIOINFORMATIQUES POUR L’ANALYSE CONJOINTE DE GRANDES QUANTITÉS DE DONNÉES AFIN D’IDENTIFIER DE NOUVEAUX GÈNES QUI PARTICIPENT OU CONTRÔLENT UNE CERTAINE VOIE MÉTABOLIQUE. UNE FOIS CES OUTILS DÉVELOPPÉS, ILS SERONT UTILISÉS POUR RECHERCHER DE NOUVEAUX GÈNES IMPLIQUÉS DANS FOTORRESPIRACION ET LA BIOSYNTHÈSE DES FLAVONOÏDES ET ISOFLAVONOÏDES. CES DEUX VOIES SONT D’UNE IMPORTANCE CRUCIALE POUR LE MÉTABOLISME ET LA PRODUCTIVITÉ DES LÉGUMINEUSES: D’UNE PART, ILS SONT DES VOIES À HAUT DÉBIT MÉTABOLIQUE, ET D’AUTRE PART SONT IMPLIQUÉS DANS LA RÉPONSE DE LA PLANTE À DIFFÉRENTES CONDITIONS DE STRESS ABIOTICO, L’UN DES FACTEURS QUI LIMITENT LE PLUS LA PRODUCTIVITÉ DES ESPÈCES CULTIVÉES DE LOTUS AINSI QUE D’AUTRES LÉGUMINEUSES. DANS LE CAS DE FOTORRESPIRACION, IL EST PRÉVU D’IDENTIFIER DE NOUVEAUX GÈNES IMPLIQUÉS DANS LES PROCESSUS DE TRANSPORT DES MÉTABOLITES ENTRE DIFFÉRENTS ORGANULOS ET DANS LA RÉGULATION TRANSCRIPTIONNELLE DE CETTE VOIE, DEUX SUJETS QUI ONT ÉTÉ PEU ÉTUDIÉS JUSQU’À PRÉSENT. UNE FOIS QUE LES GÈNES D’INTÉRÊT ONT ÉTÉ IDENTIFIÉS, DES LIGNÉES MUTANTES DE L. JAPONICUS SONT OBTENUES À PARTIR DES DIFFÉRENTES COLLECTIONS QUI SONT MAINTENANT DISPONIBLES POUR LA GÉNÉTIQUE INVERSE (ENROULEMENT ET TRANSPOSON TRANSPOSON MUTANTS1), ET LEUR CARACTÉRISATION PHÉNOTYPIQUE SERA RÉALISÉE AINSI QUE DE NOUVELLES ÉTUDES DE TRANSCRIPTOMICA ET METABOLOMICA. NOUS APPROFONDIRONS ÉGALEMENT L’ÉTUDE DE LA RÉPONSE TRANSCRIPTIONNELLE DES GÈNES FOTORRESPIRATORY À DES SITUATIONS DE STRESS ABIOTICO SIMILAIRES À CELLES QUI SONT HABITUELLEMENT PRÉSENTES DANS LES CHAMPS OÙ LE LOTUS EST CULTIVÉ, EN UTILISANT DES PLANTES SAUVAGES ET DES MUTANTS FOTORRESPIRATORIES AUPARAVANT ISOLÉES DANS NOTRE LABORATOIRE. UN AUTRE OBJECTIF DE CE PROJET EST D’OBTENIR DES PROFILS DE MÉTABOLITES SECONDAIRES PRODUITS PAR DES PLANTES SAUVAGES ET DES MUTANTS SOUMIS À DIFFÉRENTS TYPES DE STRESS ABIOTICO, AVEC UN INTÉRÊT PARTICULIER POUR LES FLAVONOÏDES ET LES ISOFLAVONOÏDES. EN PLUS D’ÊTRE EN MESURE DE COMPARER LA RÉPONSE DU MÉTABOLISME SECONDAIRE DANS DIFFÉRENTES CONDITIONS, IL DEVRAIT ÊTRE EN MESURE D’IDENTIFIER DE NOUVEAUX MÉTABOLITES PRODUITS PAR L. JAPONICUS EN RÉPONSE AU STRESS. À L’AIDE DES OUTILS BIOINFORMATIQUES DÉVELOPPÉS, IL EST ÉGALEMENT DESTINÉ À IDENTIFIER LES FACTEURS DE TRANSCRIPTION QUI SONT IMPLIQUÉS DANS LA RÉGULATION DE LA BIOSYNTHÈSE DE CES COMPOSÉS DANS LES LÉGUMINEUSES, CAR CES FACTEURS NE SONT PAS IDENTIFIÉS. ENFIN, LA BIOSYNTHÈSE DES FLAVONOÏDES/ISOFLAVONOÏDES ET FOTORRESPIRACION SONT DES PROCESSUS ÉTROITEMENT LIÉS À LA FORMATION DE NODULES DANS LES LÉGUMINEUSES. UN AUTRE OBJECTIF DE CE PROJET EST D’APPROFONDIR L’ÉTUDE DE CETTE RELATION. LES RÉSULTATS ESCOMPTÉS, EN PLUS DE CLARIFIER CERTAINS DES MÉCANISMES DE RÉGLEMENTATION DE CES ITINÉRAIRES, POURRAIENT PRÉSENTER UN INTÉRÊT PARTICULIER POUR LA COMPRÉHENSION DE LA RÉACTION DES LÉGUMINEUSES AUX CONDITIONS DE STRESS D’ABIOTICO, UN SUJET CRUCIAL DANS L’AGRICULTURE DURABLE. (French)
2 December 2021
0 references
DIESES PROJEKT KONZENTRIERT SICH AUF DIE HÜLSENFRÜCHTE LOTUS JAPONICUS, EINE PFLANZE, DIE ALS MODELL FÜR DIE UNTERSUCHUNG VON KULTIVIERTEN ARTEN VON LOTUS VON GROSSEM INTERESSE AGRONOMICO UND ANDERE HÜLSENFRÜCHTE VERWENDET WIRD. IN UNSEREM LABOR ARBEITEN WIR SEIT 20 JAHREN MIT DIESER ANLAGE ZUSAMMEN UND HABEN KÜRZLICH MEHRERE ARBEITEN ZU SEINER TRANSCRIPTOMICA UND METABOLOMICA REAKTION AUF ABIOTICO STRESSBEDINGUNGEN VERÖFFENTLICHT. IN DIESEM PROJEKT WOLLEN WIR ZUNÄCHST EINES DER HAUPTPROBLEME FÜR DEN EINSATZ VON OMISCHEN TECHNIKEN IN DER UNTERSUCHUNG DIESER ART ANGEHEN, NÄMLICH DAS FEHLEN BIOINFORMATISCHER WERKZEUGE FÜR DIE GEMEINSAME ANALYSE GROSSER DATENMENGEN, UM NEUE GENE ZU IDENTIFIZIEREN, DIE AN EINEM BESTIMMTEN STOFFWECHSELWEG TEILNEHMEN ODER KONTROLLIEREN. SOBALD DIESE WERKZEUGE ENTWICKELT SIND, WERDEN SIE VERWENDET, UM NACH NEUEN GENEN ZU SUCHEN, DIE AN FOTORRESPIRACION UND BIOSYNTHESE VON FLAVONOIDEN UND ISOFLAVONOIDEN BETEILIGT SIND. DIESE BEIDEN WEGE SIND VON ENTSCHEIDENDER BEDEUTUNG FÜR DEN STOFFWECHSEL UND DIE PRODUKTIVITÄT VON HÜLSENFRÜCHTEN: EINERSEITS SIND SIE ROUTEN MIT EINEM HOHEN STOFFWECHSELFLUSS, ANDERERSEITS SIND SIE AN DER REAKTION DER PFLANZE AUF VERSCHIEDENE STRESSBEDINGUNGEN BETEILIGT ABIOTICO, EINER DER FAKTOREN, DIE DIE PRODUKTIVITÄT DER KULTIVIERTEN ARTEN VON LOTUS UND ANDEREN HÜLSENFRÜCHTEN AM MEISTEN EINSCHRÄNKT. IM FALLE VON FOTORRESPIRACION SOLLEN NEUE GENE IDENTIFIZIERT WERDEN, DIE AN DEN TRANSPORTPROZESSEN VON METABOLITEN ZWISCHEN VERSCHIEDENEN ORGANULOS UND IN DER TRANSKRIPTIONSVERORDNUNG DIESER ROUTE BETEILIGT SIND, ZWEI BISHER WENIG UNTERSUCHTE THEMEN. SOBALD DIE GENE VON INTERESSE IDENTIFIZIERT WERDEN, WERDEN MUTANTENLINIEN VON L. JAPONICUS AUS DEN VERSCHIEDENEN SAMMLUNGEN GEWONNEN, DIE NUN FÜR DIE REVERSE GENETIK VERFÜGBAR SIND (KEIL- UND LORE-TRANSPOSON-INSERTION MUTANTS1), UND DEREN PHÄNOTYPISCHE CHARAKTERISIERUNG SOWIE NEUE STUDIEN AN TRANSCRIPTOMICA UND METABOLOMICA DURCHGEFÜHRT WERDEN. WIR WERDEN AUCH DIE UNTERSUCHUNG DER TRANSKRIPTIONSREAKTION DER FOTORRESPIRATORY-GENE AUF SITUATIONEN VON ABIOTICO STRESS, ÄHNLICH DENEN, DIE IN DER REGEL IN DEN BEREICHEN, WO LOTUS ANGEBAUT WIRD, MIT WILDEN PFLANZEN UND MUTANTEN FOTORRESPIRATORIES, DIE ZUVOR IN UNSEREM LABOR ISOLIERT SIND, VERTIEFEN. EIN WEITERES ZIEL DIESES PROJEKTS IST ES, SEKUNDÄRE METABOLITENPROFILE ZU ERHALTEN, DIE VON WILDPFLANZEN UND MUTANTEN, DIE VERSCHIEDENEN ARTEN VON ABIOTICO-STRESS AUSGESETZT SIND, MIT BESONDEREM INTERESSE AN FLAVONOIDEN UND ISOFLAVONOIDEN HERGESTELLT WERDEN. NEBEN DER MÖGLICHKEIT, DIE REAKTION DES SEKUNDÄRSTOFFWECHSELS UNTER VERSCHIEDENEN BEDINGUNGEN ZU VERGLEICHEN, WIRD ERWARTET, DASS ES IN DER LAGE SEIN WIRD, NEUE METABOLITEN ZU IDENTIFIZIEREN, DIE VON L. JAPONICUS ALS REAKTION AUF STRESS PRODUZIERT WERDEN. MIT HILFE DER ENTWICKELTEN BIOINFORMATISCHEN WERKZEUGE SOLLEN AUCH DIE TRANSKRIPTIONSFAKTOREN IDENTIFIZIERT WERDEN, DIE AN DER REGULATION DER BIOSYNTHESE DIESER VERBINDUNGEN IN HÜLSENFRÜCHTEN BETEILIGT SIND, DA DIESE FAKTOREN NICHT IDENTIFIZIERT WERDEN. SCHLIESSLICH SIND DIE BIOSYNTHESE VON FLAVONOIDEN/ISOFLAVONOIDEN UND FOTORRESPIRACION PROZESSE, DIE ENG MIT DER BILDUNG VON KNOTEN IN HÜLSENFRÜCHTEN ZUSAMMENHÄNGEN. EIN WEITERES ZIEL DIESES PROJEKTS IST ES, DIE UNTERSUCHUNG DIESER BEZIEHUNG ZU VERTIEFEN. DIE ERWARTETEN ERGEBNISSE KÖNNEN NEBEN DER KLÄRUNG EINIGER REGULIERUNGSMECHANISMEN DIESER ROUTEN VON BESONDEREM INTERESSE SEIN, UM DIE REAKTION VON HÜLSENFRÜCHTEN AUF DIE STRESSBEDINGUNGEN VON ABIOTICO ZU VERSTEHEN, EIN WICHTIGES THEMA IN DER NACHHALTIGEN LANDWIRTSCHAFT. (German)
9 December 2021
0 references
DIT PROJECT RICHT ZICH OP DE LEGUMINEUZE LOTUS JAPONICUS, EEN PLANT DIE WORDT GEBRUIKT ALS MODEL VOOR DE STUDIE VAN GEKWEEKTE SOORTEN VAN LOTUS VAN GROOT BELANG AGRONOMICO EN ANDERE PEULVRUCHTEN. IN ONS LABORATORIUM WERKEN WE AL 20 JAAR SAMEN MET DEZE FABRIEK EN HEBBEN WE ONLANGS VERSCHILLENDE WERKEN GEPUBLICEERD OVER DE TRANSCRIPTOMICA EN METABOLOMICA RESPONS OP ABIOTICO STRESS CONDITIES. IN DIT PROJECT WILLEN WE EERST EEN VAN DE BELANGRIJKSTE PROBLEMEN AANPAKKEN VOOR HET GEBRUIK VAN OMISCHE TECHNIEKEN IN DE STUDIE VAN DEZE SOORT, NAMELIJK HET GEBREK AAN BIO-INFORMATISCHE INSTRUMENTEN VOOR DE GEZAMENLIJKE ANALYSE VAN GROTE HOEVEELHEDEN GEGEVENS OM NIEUWE GENEN TE IDENTIFICEREN DIE DEELNEMEN AAN OF CONTROLE UITOEFENEN OP EEN BEPAALDE METABOLISCHE ROUTE. ZODRA DEZE INSTRUMENTEN ZIJN ONTWIKKELD, ZULLEN ZE WORDEN GEBRUIKT OM TE ZOEKEN NAAR NIEUWE GENEN DIE BETROKKEN ZIJN BIJ FOTORRESPIRACION EN BIOSYNTHESE VAN FLAVONOÏDEN EN ISOFLAVONOÏDEN. DEZE TWEE ROUTES ZIJN VAN CRUCIAAL BELANG VOOR HET METABOLISME EN DE PRODUCTIVITEIT VAN PEULVRUCHTEN: ENERZIJDS ZIJN HET ROUTES MET EEN HOGE METABOLE STROMING, EN ANDERZIJDS ZIJN ZE BETROKKEN BIJ DE REACTIE VAN DE PLANT OP VERSCHILLENDE STRESSOMSTANDIGHEDEN ABIOTICO, EEN VAN DE FACTOREN DIE DE PRODUCTIVITEIT VAN DE GEKWEEKTE SOORTEN VAN LOTUS EN VAN ANDERE PEULVRUCHTEN HET MEEST BEPERKT. IN HET GEVAL VAN FOTORRESPIRACION IS HET DE BEDOELING NIEUWE GENEN TE IDENTIFICEREN DIE BETROKKEN ZIJN BIJ DE TRANSPORTPROCESSEN VAN METABOLIETEN TUSSEN VERSCHILLENDE ORGANULOS EN IN DE TRANSCRIPTIONELE VERORDENING VAN DEZE ROUTE, TWEE ONDERWERPEN DIE TOT DUSVER WEINIG ZIJN BESTUDEERD. ZODRA DE GENEN VAN BELANG ZIJN GEÏDENTIFICEERD, WORDEN MUTANTLIJNEN VAN L. JAPONICUS VERKREGEN UIT DE VERSCHILLENDE COLLECTIES DIE NU BESCHIKBAAR ZIJN VOOR REVERSE GENETICA (BETEGELING EN LORE TRANSPOSON INSERTION MUTANTS1), EN HUN FENOTYPISCHE KARAKTERISERING ZAL WORDEN UITGEVOERD EVENALS NIEUWE STUDIES VAN TRANSCRIPTOMICA EN METABOLOMICA. WE ZULLEN OOK DE STUDIE VAN DE TRANSCRIPTIONELE RESPONS VAN DE FOTORRESPIRATORY GENEN VERDIEPEN OP SITUATIES VAN ABIOTICO STRESS VERGELIJKBAAR MET DIE WELKE GEWOONLIJK AANWEZIG ZIJN IN DE VELDEN WAAR LOTUS WORDT GETEELD, MET BEHULP VAN WILDE PLANTEN EN MUTANTEN FOTORRESPIRATORIES EERDER GEÏSOLEERD IN ONS LABORATORIUM. EEN ANDER DOEL VAN DIT PROJECT IS HET VERKRIJGEN VAN SECUNDAIRE METABOLIETPROFIELEN DIE WORDEN GEPRODUCEERD DOOR WILDE PLANTEN EN MUTANTEN DIE ONDERWORPEN ZIJN AAN VERSCHILLENDE SOORTEN ABIOTICO-STRESS, MET BIJZONDERE BELANGSTELLING VOOR FLAVONOÏDEN EN ISOFLAVONOÏDEN. NAAST HET KUNNEN VERGELIJKEN VAN DE RESPONS VAN SECUNDAIR METABOLISME ONDER VERSCHILLENDE OMSTANDIGHEDEN, WORDT VERWACHT DAT HET NIEUWE METABOLIETEN KAN IDENTIFICEREN DIE DOOR L. JAPONICUS WORDEN GEPRODUCEERD IN REACTIE OP STRESS. MET BEHULP VAN DE BIO-INFORMATISCHE INSTRUMENTEN DIE ZIJN ONTWIKKELD, IS HET OOK BEDOELD OM DE TRANSCRIPTIEFACTOREN TE IDENTIFICEREN DIE BETROKKEN ZIJN BIJ DE VERORDENING VAN DE BIOSYNTHESE VAN DEZE VERBINDINGEN IN PEULVRUCHTEN, AANGEZIEN DEZE FACTOREN NIET ZIJN GEÏDENTIFICEERD. TEN SLOTTE ZIJN DE BIOSYNTHESE VAN FLAVONOÏDEN/ISOFLAVONOÏDEN EN FOTORRESPIRACION PROCESSEN DIE NAUW GERELATEERD ZIJN AAN DE VORMING VAN KNOBBELTJES IN PEULVRUCHTEN. EEN ANDER DOEL VAN DIT PROJECT IS HET VERDIEPEN VAN DE STUDIE VAN DEZE RELATIE. DE VERWACHTE RESULTATEN, NAAST HET VERDUIDELIJKEN VAN EEN AANTAL VAN DE REGELGEVINGSMECHANISMEN VAN DEZE ROUTES, KUNNEN VAN BIJZONDER BELANG ZIJN OM INZICHT TE KRIJGEN IN DE REACTIE VAN PEULVRUCHTEN OP DE ABIOTICO-STRESSOMSTANDIGHEDEN, EEN CRUCIAAL ONDERWERP IN DUURZAME LANDBOUW. (Dutch)
17 December 2021
0 references
QUESTO PROGETTO SI CONCENTRA SUL LEGUMINOSO LOTUS JAPONICUS, UNA PIANTA CHE VIENE UTILIZZATA COME MODELLO PER LO STUDIO DI SPECIE COLTIVATE DI LOTO DI GRANDE INTERESSE AGRONOMICO E ALTRI LEGUMI. NEL NOSTRO LABORATORIO LAVORIAMO CON QUESTO STABILIMENTO DA 20 ANNI E ABBIAMO RECENTEMENTE PUBBLICATO DIVERSI LAVORI SULLA SUA RISPOSTA TRANSCRIPTOMICA E METABOLOMICA ALLE CONDIZIONI DI STRESS ABIOTICO. IN QUESTO PROGETTO VOGLIAMO AFFRONTARE IN PRIMO LUOGO UNO DEI PRINCIPALI PROBLEMI PER L'USO DELLE TECNICHE OMICHE NELLO STUDIO DI QUESTA SPECIE, OVVERO LA MANCANZA DI STRUMENTI BIOINFORMATICI PER L'ANALISI CONGIUNTA DI GRANDI QUANTITÀ DI DATI AL FINE DI IDENTIFICARE NUOVI GENI CHE PARTECIPANO O CONTROLLANO UNA DETERMINATA VIA METABOLICA. UNA VOLTA SVILUPPATI QUESTI STRUMENTI, SARANNO UTILIZZATI PER LA RICERCA DI NUOVI GENI COINVOLTI IN FOTORRESPIRACION E NELLA BIOSINTESI DEI FLAVONOIDI E DEGLI ISOFLAVONOIDI. QUESTE DUE VIE SONO DI FONDAMENTALE IMPORTANZA PER IL METABOLISMO E LA PRODUTTIVITÀ DEI LEGUMI: DA UN LATO SONO VIE AD ALTO FLUSSO METABOLICO, E DALL'ALTRO SONO COINVOLTE NELLA RISPOSTA DELLA PIANTA A DIVERSE CONDIZIONI DI STRESS ABIOTICO, UNO DEI FATTORI CHE PIÙ LIMITA LA PRODUTTIVITÀ DELLE SPECIE COLTIVATE DI LOTUS E DI ALTRI LEGUMI. NEL CASO DI FOTORRESPIRACION, SI INTENDE IDENTIFICARE NUOVI GENI COINVOLTI NEI PROCESSI DI TRASPORTO DEI METABOLITI TRA DIVERSI ORGANULOS E NEL REGOLAMENTO TRASCRIZIONALE DI QUESTA VIA, DUE ARGOMENTI CHE SONO STATI FINORA POCO STUDIATI. UNA VOLTA IDENTIFICATI I GENI DI INTERESSE, LE LINEE MUTANTI DI L. JAPONICUS SONO RICAVATE DALLE DIVERSE COLLEZIONI CHE SONO ORA DISPONIBILI PER LA GENETICA INVERSA (INSERZIONE DEL TRANSPOSON FINO AL LORE E LORE MUTANTS1), E LA LORO CARATTERIZZAZIONE FENOTIPICA SARÀ EFFETTUATA COSÌ COME NUOVI STUDI SU TRANSCRIPTOMICA E METABOLOMICA. APPROFONDIREMO INOLTRE LO STUDIO DELLA RISPOSTA TRASCRIZIONALE DEI GENI FOTORRESPIRATORY A SITUAZIONI DI STRESS ABIOTICO SIMILI A QUELLE CHE SONO SOLITAMENTE PRESENTI NEI CAMPI IN CUI VIENE COLTIVATO IL LOTO, UTILIZZANDO PIANTE SELVATICHE E MUTANTI FOTORRESPIRATORIE PRECEDENTEMENTE ISOLATE NEL NOSTRO LABORATORIO. UN ALTRO OBIETTIVO DI QUESTO PROGETTO È QUELLO DI OTTENERE PROFILI DI METABOLITI SECONDARI PRODOTTI DA PIANTE SELVATICHE E MUTANTI SOTTOPOSTI A DIVERSI TIPI DI STRESS ABIOTICO, CON PARTICOLARE INTERESSE PER I FLAVONOIDI E GLI ISOFLAVONOIDI. OLTRE AD ESSERE IN GRADO DI CONFRONTARE LA RISPOSTA DEL METABOLISMO SECONDARIO IN CONDIZIONI DIVERSE, SI PREVEDE CHE SIA IN GRADO DI IDENTIFICARE NUOVI METABOLITI PRODOTTI DA L. JAPONICUS IN RISPOSTA ALLO STRESS. UTILIZZANDO GLI STRUMENTI BIOINFORMATICI SVILUPPATI, SI INTENDE ANCHE IDENTIFICARE I FATTORI DI TRASCRIZIONE CHE SONO COINVOLTI NELLA REGOLAZIONE DELLA BIOSINTESI DI QUESTI COMPOSTI NEI LEGUMI, POICHÉ QUESTI FATTORI RIMANGONO NON IDENTIFICATI. INFINE, LA BIOSINTESI DEI FLAVONOIDI/ISOFLAVONOIDI E FOTORRESPIRACION SONO PROCESSI STRETTAMENTE CORRELATI ALLA FORMAZIONE DI NODULI NEI LEGUMI. UN ALTRO OBIETTIVO DI QUESTO PROGETTO È QUELLO DI APPROFONDIRE LO STUDIO DI QUESTO RAPPORTO. I RISULTATI ATTESI, OLTRE A CHIARIRE ALCUNI DEI MECCANISMI DI REGOLAMENTAZIONE DI QUESTE ROTTE, POSSONO ESSERE DI PARTICOLARE INTERESSE A COMPRENDERE LA RISPOSTA DEI LEGUMI ALLE CONDIZIONI DI STRESS ABIOTICO, UN TEMA CRUCIALE NELL'AGRICOLTURA SOSTENIBILE. (Italian)
16 January 2022
0 references
ΤΟ ΈΡΓΟ ΑΥΤΌ ΕΠΙΚΕΝΤΡΏΝΕΤΑΙ ΣΤΟ ΌΣΠΡΙΟ LOTUS JAPONICUS, ΈΝΑ ΦΥΤΌ ΠΟΥ ΧΡΗΣΙΜΟΠΟΙΕΊΤΑΙ ΩΣ ΠΡΌΤΥΠΟ ΓΙΑ ΤΗ ΜΕΛΈΤΗ ΚΑΛΛΙΕΡΓΟΎΜΕΝΩΝ ΕΙΔΏΝ ΤΟΥ ΛΏΤΟΥ ΜΕΓΆΛΟΥ ΕΝΔΙΑΦΈΡΟΝΤΟΣ AGRONOMICO ΚΑΙ ΆΛΛΩΝ ΨΥΧΑΝΘΏΝ. ΣΤΟ ΕΡΓΑΣΤΉΡΙΌ ΜΑΣ ΣΥΝΕΡΓΑΖΌΜΑΣΤΕ ΜΕ ΑΥΤΌ ΤΟ ΕΡΓΟΣΤΆΣΙΟ ΕΔΏ ΚΑΙ 20 ΧΡΌΝΙΑ ΚΑΙ ΠΡΌΣΦΑΤΑ ΔΗΜΟΣΙΕΎΣΑΜΕ ΑΡΚΕΤΈΣ ΕΡΓΑΣΊΕΣ ΣΧΕΤΙΚΆ ΜΕ ΤΗΝ ΑΠΌΚΡΙΣΗ TRANSCRIPTOMICA ΚΑΙ METABOLOMICA ΣΤΙΣ ΣΥΝΘΉΚΕΣ ΆΓΧΟΥΣ ΤΟΥ ABIOTICO. ΣΕ ΑΥΤΌ ΤΟ ΈΡΓΟ ΘΈΛΟΥΜΕ ΠΡΏΤΑ ΝΑ ΑΝΤΙΜΕΤΩΠΊΣΟΥΜΕ ΈΝΑ ΑΠΌ ΤΑ ΚΎΡΙΑ ΠΡΟΒΛΉΜΑΤΑ ΓΙΑ ΤΗ ΧΡΉΣΗ ΩΜΙΚΏΝ ΤΕΧΝΙΚΏΝ ΣΤΗ ΜΕΛΈΤΗ ΑΥΤΟΎ ΤΟΥ ΕΊΔΟΥΣ, ΠΟΥ ΕΊΝΑΙ Η ΈΛΛΕΙΨΗ ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΏΝ ΕΡΓΑΛΕΊΩΝ ΓΙΑ ΤΗΝ ΑΠΌ ΚΟΙΝΟΎ ΑΝΆΛΥΣΗ ΜΕΓΆΛΩΝ ΠΟΣΟΤΉΤΩΝ ΔΕΔΟΜΈΝΩΝ ΜΕ ΣΚΟΠΌ ΤΟΝ ΕΝΤΟΠΙΣΜΌ ΝΈΩΝ ΓΟΝΙΔΊΩΝ ΠΟΥ ΣΥΜΜΕΤΈΧΟΥΝ Ή ΕΛΈΓΧΟΥΝ ΜΙΑ ΣΥΓΚΕΚΡΙΜΈΝΗ ΜΕΤΑΒΟΛΙΚΉ ΟΔΌ. ΜΌΛΙΣ ΑΝΑΠΤΥΧΘΟΎΝ ΑΥΤΆ ΤΑ ΕΡΓΑΛΕΊΑ, ΘΑ ΧΡΗΣΙΜΟΠΟΙΗΘΟΎΝ ΓΙΑ ΤΗΝ ΑΝΑΖΉΤΗΣΗ ΝΈΩΝ ΓΟΝΙΔΊΩΝ ΠΟΥ ΕΜΠΛΈΚΟΝΤΑΙ ΣΤΗ FOTORRESPIRACION ΚΑΙ ΤΗ ΒΙΟΣΎΝΘΕΣΗ ΦΛΑΒΟΝΟΕΙΔΏΝ ΚΑΙ ΙΣΟΦΛΑΒΟΝΟΕΙΔΏΝ. ΑΥΤΈΣ ΟΙ ΔΎΟ ΔΙΑΔΡΟΜΈΣ ΕΊΝΑΙ ΖΩΤΙΚΉΣ ΣΗΜΑΣΊΑΣ ΓΙΑ ΤΟΝ ΜΕΤΑΒΟΛΙΣΜΌ ΚΑΙ ΤΗΝ ΠΑΡΑΓΩΓΙΚΌΤΗΤΑ ΤΩΝ ΨΥΧΑΝΘΏΝ: ΑΦΕΝΌΣ, ΕΊΝΑΙ ΟΔΟΊ ΜΕ ΥΨΗΛΉ ΜΕΤΑΒΟΛΙΚΉ ΡΟΉ ΚΑΙ, ΑΦΕΤΈΡΟΥ, ΕΜΠΛΈΚΟΝΤΑΙ ΣΤΗΝ ΑΠΌΚΡΙΣΗ ΤΟΥ ΦΥΤΟΎ ΣΕ ΔΙΑΦΟΡΕΤΙΚΈΣ ΣΥΝΘΉΚΕΣ ΆΓΧΟΥΣ ABIOTICO, ΈΝΑΣ ΑΠΌ ΤΟΥΣ ΠΑΡΆΓΟΝΤΕΣ ΠΟΥ ΠΕΡΙΟΡΊΖΟΥΝ ΠΕΡΙΣΣΌΤΕΡΟ ΤΗΝ ΠΑΡΑΓΩΓΙΚΌΤΗΤΑ ΤΟΥ ΚΑΛΛΙΕΡΓΟΎΜΕΝΟΥ ΕΊΔΟΥΣ LOTUS ΚΑΘΏΣ ΚΑΙ ΆΛΛΩΝ ΨΥΧΑΝΘΏΝ. ΣΤΗΝ ΠΕΡΊΠΤΩΣΗ ΤΟΥ FOTORRESPIRACION, ΠΡΟΟΡΊΖΕΤΑΙ ΝΑ ΕΝΤΟΠΊΣΕΙ ΝΈΑ ΓΟΝΊΔΙΑ ΠΟΥ ΕΜΠΛΈΚΟΝΤΑΙ ΣΤΙΣ ΔΙΑΔΙΚΑΣΊΕΣ ΜΕΤΑΦΟΡΆΣ ΜΕΤΑΒΟΛΙΤΏΝ ΜΕΤΑΞΎ ΔΙΑΦΟΡΕΤΙΚΏΝ ΟΡΓΑΝΟΥΛΩΝ ΚΑΙ ΣΤΗ ΜΕΤΑΓΡΑΦΙΚΉ ΡΎΘΜΙΣΗ ΑΥΤΉΣ ΤΗΣ ΔΙΑΔΡΟΜΉΣ, ΔΎΟ ΘΈΜΑΤΑ ΠΟΥ ΈΧΟΥΝ ΜΕΛΕΤΗΘΕΊ ΕΛΆΧΙΣΤΑ ΜΈΧΡΙ ΣΤΙΓΜΉΣ. ΜΌΛΙΣ ΑΝΑΓΝΩΡΙΣΤΟΎΝ ΤΑ ΓΟΝΊΔΙΑ ΠΟΥ ΠΑΡΟΥΣΙΆΖΟΥΝ ΕΝΔΙΑΦΈΡΟΝ, ΟΙ ΜΕΤΑΛΛΑΓΜΈΝΕΣ ΓΡΑΜΜΈΣ ΤΟΥ L. JAPONICUS ΛΑΜΒΆΝΟΝΤΑΙ ΑΠΌ ΤΙΣ ΔΙΆΦΟΡΕΣ ΣΥΛΛΟΓΈΣ ΠΟΥ ΕΊΝΑΙ ΤΏΡΑ ΔΙΑΘΈΣΙΜΕΣ ΓΙΑ ΑΝΤΊΣΤΡΟΦΗ ΓΕΝΕΤΙΚΉ (MUTANTS) ΚΑΙ ΤΟΝ ΦΑΙΝΟΤΥΠΙΚΌ ΧΑΡΑΚΤΗΡΙΣΜΌ ΤΟΥΣ, ΚΑΘΏΣ ΚΑΙ ΝΈΕΣ ΜΕΛΈΤΕΣ ΤΩΝ TRANSCRIPTOMICA ΚΑΙ METABOLOMICA. ΘΑ ΕΜΒΑΘΎΝΟΥΜΕ ΕΠΊΣΗΣ ΤΗ ΜΕΛΈΤΗ ΤΗΣ ΜΕΤΑΓΡΑΦΙΚΉΣ ΑΠΌΚΡΙΣΗΣ ΤΩΝ ΓΟΝΙΔΊΩΝ FOTORRESPIRATORY ΣΕ ΚΑΤΑΣΤΆΣΕΙΣ ΆΓΧΟΥΣ ABIOTICO ΠΑΡΌΜΟΙΕΣ ΜΕ ΕΚΕΊΝΕΣ ΠΟΥ ΥΠΆΡΧΟΥΝ ΣΥΝΉΘΩΣ ΣΤΑ ΧΩΡΆΦΙΑ ΌΠΟΥ ΚΑΛΛΙΕΡΓΕΊΤΑΙ ΤΟ LOTUS, ΧΡΗΣΙΜΟΠΟΙΏΝΤΑΣ ΆΓΡΙΑ ΦΥΤΆ ΚΑΙ ΜΕΤΑΛΛΆΞΕΙΣ FOTORRESPIRATORIES ΠΡΟΗΓΟΥΜΈΝΩΣ ΑΠΟΜΟΝΩΜΈΝΑ ΣΤΟ ΕΡΓΑΣΤΉΡΙΌ ΜΑΣ. ΈΝΑΣ ΆΛΛΟΣ ΣΤΌΧΟΣ ΑΥΤΟΎ ΤΟΥ ΈΡΓΟΥ ΕΊΝΑΙ Η ΛΉΨΗ ΔΕΥΤΕΡΟΓΕΝΏΝ ΠΡΟΦΊΛ ΜΕΤΑΒΟΛΙΤΏΝ ΠΟΥ ΠΑΡΆΓΟΝΤΑΙ ΑΠΌ ΆΓΡΙΑ ΦΥΤΆ ΚΑΙ ΜΕΤΑΛΛΆΞΕΙΣ ΠΟΥ ΥΠΟΒΆΛΛΟΝΤΑΙ ΣΕ ΔΙΆΦΟΡΟΥΣ ΤΎΠΟΥΣ ΚΑΤΑΠΌΝΗΣΗΣ ABIOTICO, ΜΕ ΙΔΙΑΊΤΕΡΟ ΕΝΔΙΑΦΈΡΟΝ ΓΙΑ ΤΑ ΦΛΑΒΟΝΟΕΙΔΉ ΚΑΙ ΤΑ ΙΣΟΦΛΑΒΟΝΟΕΙΔΉ. ΕΚΤΌΣ ΑΠΌ ΤΗ ΔΥΝΑΤΌΤΗΤΑ ΣΎΓΚΡΙΣΗΣ ΤΗΣ ΑΠΌΚΡΙΣΗΣ ΤΟΥ ΔΕΥΤΕΡΟΓΕΝΟΎΣ ΜΕΤΑΒΟΛΙΣΜΟΎ ΥΠΌ ΔΙΑΦΟΡΕΤΙΚΈΣ ΣΥΝΘΉΚΕΣ, ΑΝΑΜΈΝΕΤΑΙ ΝΑ ΕΊΝΑΙ ΣΕ ΘΈΣΗ ΝΑ ΕΝΤΟΠΊΣΕΙ ΝΈΟΥΣ ΜΕΤΑΒΟΛΊΤΕΣ ΠΟΥ ΠΑΡΆΓΟΝΤΑΙ ΑΠΌ ΤΟΝ L. JAPONICUS ΩΣ ΑΠΌΚΡΙΣΗ ΣΤΗΝ ΚΑΤΑΠΌΝΗΣΗ. ΜΕ ΤΗ ΧΡΉΣΗ ΤΩΝ ΕΡΓΑΛΕΊΩΝ ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΉΣ ΠΟΥ ΑΝΑΠΤΎΧΘΗΚΑΝ, ΕΠΙΔΙΏΚΕΤΑΙ ΕΠΊΣΗΣ Ο ΕΝΤΟΠΙΣΜΌΣ ΤΩΝ ΠΑΡΑΓΌΝΤΩΝ ΜΕΤΑΓΡΑΦΉΣ ΠΟΥ ΕΜΠΛΈΚΟΝΤΑΙ ΣΤΗ ΡΎΘΜΙΣΗ ΤΗΣ ΒΙΟΣΎΝΘΕΣΗΣ ΑΥΤΏΝ ΤΩΝ ΕΝΏΣΕΩΝ ΣΕ ΌΣΠΡΙΑ, ΔΕΔΟΜΈΝΟΥ ΌΤΙ ΟΙ ΠΑΡΆΓΟΝΤΕΣ ΑΥΤΟΊ ΠΑΡΑΜΈΝΟΥΝ ΆΓΝΩΣΤΟΙ. ΤΈΛΟΣ, Η ΒΙΟΣΎΝΘΕΣΗ ΦΛΑΒΟΝΟΕΙΔΏΝ/ΙΣΟΦΛΑΒΟΝΟΕΙΔΏΝ ΚΑΙ FOTORRESPIRACION ΕΊΝΑΙ ΔΙΕΡΓΑΣΊΕΣ ΠΟΥ ΣΥΝΔΈΟΝΤΑΙ ΣΤΕΝΆ ΜΕ ΤΟ ΣΧΗΜΑΤΙΣΜΌ ΟΖΙΔΊΩΝ ΣΕ ΌΣΠΡΙΑ. ΈΝΑΣ ΆΛΛΟΣ ΣΤΌΧΟΣ ΑΥΤΟΎ ΤΟΥ ΈΡΓΟΥ ΕΊΝΑΙ Η ΕΜΒΆΘΥΝΣΗ ΤΗΣ ΜΕΛΈΤΗΣ ΑΥΤΉΣ ΤΗΣ ΣΧΈΣΗΣ. ΤΑ ΑΝΑΜΕΝΌΜΕΝΑ ΑΠΟΤΕΛΈΣΜΑΤΑ, ΕΚΤΌΣ ΑΠΌ ΤΗΝ ΑΠΟΣΑΦΉΝΙΣΗ ΟΡΙΣΜΈΝΩΝ ΑΠΌ ΤΟΥΣ ΡΥΘΜΙΣΤΙΚΟΎΣ ΜΗΧΑΝΙΣΜΟΎΣ ΑΥΤΏΝ ΤΩΝ ΔΙΑΔΡΟΜΏΝ, ΕΝΔΈΧΕΤΑΙ ΝΑ ΠΑΡΟΥΣΙΆΖΟΥΝ ΙΔΙΑΊΤΕΡΟ ΕΝΔΙΑΦΈΡΟΝ ΓΙΑ ΤΗΝ ΚΑΤΑΝΌΗΣΗ ΤΗΣ ΑΠΆΝΤΗΣΗΣ ΤΩΝ ΨΥΧΑΝΘΏΝ ΣΤΙΣ ΣΥΝΘΉΚΕΣ ΆΓΧΟΥΣ ΤΗΣ ABIOTICO, ΈΝΑ ΚΡΊΣΙΜΟ ΘΈΜΑ ΓΙΑ ΤΗ ΒΙΏΣΙΜΗ ΓΕΩΡΓΊΑ. (Greek)
17 August 2022
0 references
DETTE PROJEKT FOKUSERER PÅ BÆLGFRUGTER LOTUS JAPONICUS, EN PLANTE, DER BRUGES SOM MODEL FOR UNDERSØGELSEN AF DYRKEDE ARTER AF LOTUS AF STOR INTERESSE AGRONOMICO OG ANDRE BÆLGPLANTER. I VORES LABORATORIUM HAR VI ARBEJDET MED DETTE ANLÆG I 20 ÅR, OG VI HAR FOR NYLIG OFFENTLIGGJORT FLERE VÆRKER OM SIN TRANSCRIPTOMICA OG METABOLOMICA RESPONS PÅ ABIOTICO STRESS BETINGELSER. I DETTE PROJEKT ØNSKER VI FØRST AT TAGE FAT PÅ ET AF DE STØRSTE PROBLEMER MED BRUGEN AF OMISKE TEKNIKKER I UNDERSØGELSEN AF DENNE ART, SOM ER MANGLEN PÅ BIOINFORMATISKE VÆRKTØJER TIL FÆLLES ANALYSE AF STORE MÆNGDER DATA MED HENBLIK PÅ AT IDENTIFICERE NYE GENER, DER DELTAGER ELLER KONTROLLERER EN BESTEMT METABOLISK RUTE. NÅR DISSE VÆRKTØJER ER UDVIKLET, VIL DE BLIVE BRUGT TIL AT SØGE EFTER NYE GENER, DER ER INVOLVERET I FOTORRESPIRACION OG BIOSYNTESE AF FLAVONOIDER OG ISOFLAVONOIDER. DISSE TO VEJE ER AF AFGØRENDE BETYDNING FOR BÆLGFRUGTERS METABOLISME OG PRODUKTIVITET: PÅ DEN ENE SIDE ER DE RUTER MED EN HØJ METABOLISK STRØM, OG PÅ DEN ANDEN ER INVOLVERET I PLANTENS REAKTION PÅ FORSKELLIGE STRESSFORHOLD ABIOTICO, EN AF DE FAKTORER, DER MEST BEGRÆNSER PRODUKTIVITETEN AF DE DYRKEDE ARTER AF LOTUS SAMT ANDRE BÆLGPLANTER. FOR SÅ VIDT ANGÅR FOTORRESPIRACION ER DET HENSIGTEN AT IDENTIFICERE NYE GENER, DER INDGÅR I TRANSPORTPROCESSERNE FOR METABOLITTER MELLEM FORSKELLIGE ORGANULOS OG I TRANSKRIPTIONSREGULERINGEN AF DENNE RUTE, TO EMNER, DER HIDTIL IKKE ER BLEVET UNDERSØGT. NÅR DE RELEVANTE GENER ER IDENTIFICERET, OPNÅS MUTANT LINJER AF L. JAPONICUS FRA DE FORSKELLIGE SAMLINGER, DER NU ER TILGÆNGELIGE FOR OMVENDT GENETIK (TILLING OG LORE TRANSPOSON INSERTION MUTANTS1), OG DERES FÆNOTYPISKE KARAKTERISERING VIL BLIVE UDFØRT SAMT NYE UNDERSØGELSER AF TRANSCRIPTOMICA OG METABOLOMICA. VI VIL OGSÅ UDDYBE UNDERSØGELSEN AF DEN TRANSKRIPTIONELLE RESPONS AF FOTORRESPIRATORY GENER PÅ SITUATIONER MED ABIOTICO STRESS SVARENDE TIL DEM, DER NORMALT ER TIL STEDE I DE OMRÅDER, HVOR LOTUS DYRKES, VED HJÆLP AF VILDE PLANTER OG MUTANTER FOTORRESPIRATORIES TIDLIGERE ISOLERET I VORES LABORATORIUM. ET ANDET FORMÅL MED DETTE PROJEKT ER AT OPNÅ SEKUNDÆRE METABOLITPROFILER PRODUCERET AF VILDE PLANTER OG MUTANTER, DER UDSÆTTES FOR FORSKELLIGE TYPER ABIOTICO-STRESS, MED SÆRLIG INTERESSE FOR FLAVONOIDER OG ISOFLAVONOIDER. UD OVER AT KUNNE SAMMENLIGNE RESPONS AF SEKUNDÆR METABOLISME UNDER FORSKELLIGE FORHOLD, FORVENTES DET AT VÆRE I STAND TIL AT IDENTIFICERE NYE METABOLITTER PRODUCERET AF L. JAPONICUS SOM REAKTION PÅ STRESS. VED HJÆLP AF DE BIOINFORMATISKE VÆRKTØJER, DER ER UDVIKLET, ER DET OGSÅ HENSIGTEN AT IDENTIFICERE DE TRANSSKRIPTIONSFAKTORER, DER INDGÅR I REGULERINGEN AF BIOSYNTESEN AF DISSE FORBINDELSER I BÆLGFRUGTER, DA DISSE FAKTORER FORBLIVER UIDENTIFICEREDE. ENDELIG ER BIOSYNTESEN AF FLAVONOIDER/ISOFLAVONOIDER OG FOTORRESPIRACION PROCESSER, DER ER TÆT FORBUNDET MED DANNELSEN AF KNUDER I BÆLGPLANTER. ET ANDET FORMÅL MED DETTE PROJEKT ER AT UDDYBE UNDERSØGELSEN AF DETTE FORHOLD. DE FORVENTEDE RESULTATER KAN UD OVER AT PRÆCISERE NOGLE AF REGULERINGSMEKANISMERNE FOR DISSE RUTER VÆRE AF SÆRLIG INTERESSE FOR AT FORSTÅ BÆLGPLANTERS REAKTION PÅ ABIOTICO'S STRESSFORHOLD, SOM ER ET AFGØRENDE EMNE FOR BÆREDYGTIGT LANDBRUG. (Danish)
17 August 2022
0 references
TÄSSÄ HANKKEESSA KESKITYTÄÄN LOTUS JAPONICUS -PALKOKASVIIN, JOTA KÄYTETÄÄN MALLINA ERITTÄIN KIINNOSTAVIEN LOTUS-LAJIEN JA MUIDEN PALKOKASVIEN TUTKIMUKSESSA. LABORATORIOSSAMME OLEMME TYÖSKENNELLEET TÄMÄN TEHTAAN KANSSA 20 VUOTTA JA OLEMME ÄSKETTÄIN JULKAISSEET USEITA TEOKSIA SEN TRANSCRIPTOMICA- JA METABOLOMICA-VASTEESTA ABIOTICO-STRESSI-OLOSUHTEISSA. TÄSSÄ HANKKEESSA HALUAMME ENSIN KÄSITELLÄ YHTÄ TÄRKEIMMISTÄ ONGELMISTA, JOTKA LIITTYVÄT OMIEN TEKNIIKOIDEN KÄYTTÖÖN TÄMÄN LAJIN TUTKIMUKSESSA, ELI BIOINFORMAATTISTEN VÄLINEIDEN PUUTE SUURTEN TIETOMÄÄRIEN YHTEISEEN ANALYSOINTIIN, JOTTA VOITAISIIN TUNNISTAA UUSIA GEENEJÄ, JOTKA OSALLISTUVAT TIETTYYN METABOLISEEN REITTIIN TAI HALLITSEVAT SITÄ. KUN NÄMÄ TYÖKALUT ON KEHITETTY, NIITÄ KÄYTETÄÄN ETSIMÄÄN UUSIA GEENEJÄ MUKANA FOTORRESPIRACION JA BIOSYNTEESI FLAVONOIDEJA JA ISOFLAVONOIDEJA. NÄMÄ KAKSI REITTIÄ OVAT RATKAISEVAN TÄRKEITÄ PALKOKASVIEN AINEENVAIHDUNNAN JA TUOTTAVUUDEN KANNALTA: YHTÄÄLTÄ NE OVAT REITTEJÄ, JOIDEN METABOLINEN VIRTAUS ON SUURI, JA TOISAALTA OVAT MUKANA LAITOKSEN REAGOINNISSA ERILAISIIN STRESSIOLOSUHTEISIIN ABIOTICO, JOKA ON YKSI NIISTÄ TEKIJÖISTÄ, JOTKA ENITEN RAJOITTAVAT VILJELTYJEN LOTUS-LAJIEN JA MUIDEN PALKOKASVIEN TUOTTAVUUTTA. FOTORRESPIRACIONIN OSALTA TARKOITUKSENA ON TUNNISTAA UUSIA GEENEJÄ, JOTKA LIITTYVÄT METABOLIITTIEN KULJETUSPROSESSEIHIN ERI ORGANULOS-YHDISTEIDEN VÄLILLÄ JA TÄMÄN REITIN TRANSKRIPTIOASETUKSEEN, KAHTA AIHETTA, JOITA ON TÄHÄN MENNESSÄ TUTKITTU VÄHÄN. KUN KIINNOSTAVAT GEENIT ON TUNNISTETTU, L. JAPONICUS -BAKTEERIN MUTANTTILINJAT SAADAAN ERI KOKOELMISTA, JOTKA OVAT NYT SAATAVILLA KÄÄNTEISEN GENETIIKAN (TILLING JA LORE TRANSPOSON INSERTION MUTANTS1) OSALTA, JA NIIDEN FENOTYYPPINEN LUONNEHDINTA SUORITETAAN SEKÄ TRANSCRIPTOMICAN JA METABOLOMICAN UUDET TUTKIMUKSET. SYVENTÄMME MYÖS FOTORRESPIRATORY-GEENIEN TRANSKRIPTIOVASTEEN TUTKIMUSTA ABIOTICO-STRESSIN TILANTEISIIN, JOTKA OVAT SAMANLAISIA KUIN NE, JOITA ESIINTYY YLEENSÄ LOTUKSEN VILJELYKENTILLÄ, KÄYTTÄEN LUONNONVARAISIA KASVEJA JA MUTANTTEJA FOTORRESPIRATORIES AIEMMIN ERISTETTY LABORATORIOSSAMME. HANKKEEN TOINEN TAVOITE ON HANKKIA SEKUNDAARISIA METABOLIITTIPROFIILEJA, JOITA TUOTTAVAT LUONNONVARAISET KASVIT JA MUTANTIT, JOIHIN KOHDISTUU ERITYYPPISIÄ ABIOTICO-STRESSIÄ JA JOTKA OVAT ERITYISEN KIINNOSTUNEITA FLAVONOIDEISTA JA ISOFLAVONOIDEISTA. SEN LISÄKSI, ETTÄ SEN AVULLA VOIDAAN VERRATA SEKUNDAARISEN METABOLIAN VASTETTA ERI OLOSUHTEISSA, SEN ODOTETAAN PYSTYVÄN TUNNISTAMAAN L. JAPONICUSIN TUOTTAMAT UUDET METABOLIITIT VASTAUKSENA STRESSIIN. KEHITETTYJEN BIOINFORMAATTISTEN VÄLINEIDEN AVULLA PYRITÄÄN MYÖS TUNNISTAMAAN TRANSKRIPTIOTEKIJÄT, JOTKA LIITTYVÄT NÄIDEN YHDISTEIDEN BIOSYNTEESIN SÄÄNTELYYN PALKOKASVEISSA, KOSKA NÄITÄ TEKIJÖITÄ EI OLE TUNNISTETTU. FLAVONOIDIEN/ISOFLAVONOIDIEN JA FOTORRESPIRACIONIN BIOSYNTEESI OVAT PROSESSEJA, JOTKA LIITTYVÄT LÄHEISESTI PALKOKASVIEN KYHMYJEN MUODOSTUMISEEN. HANKKEEN TOINEN TAVOITE ON SYVENTÄÄ TÄTÄ SUHDETTA KOSKEVAA TUTKIMUSTA. ODOTETTUJEN TULOSTEN LISÄKSI JOIDENKIN NÄIDEN REITTIEN SÄÄNTELYMEKANISMIEN SELKIYTTÄMINEN VOI OLLA ERITYISEN KIINNOSTAVAA YMMÄRTÄÄ, MITEN PALKOKASVIT REAGOIVAT ABIOTICO-STRESSIOLOIHIN, JOTKA OVAT RATKAISEVAN TÄRKEITÄ KESTÄVÄN MAATALOUDEN KANNALTA. (Finnish)
17 August 2022
0 references
DAN IL-PROĠETT JIFFOKA FUQ IL-LEGUMI LOTUS JAPONICUS, PJANTA LI TINTUŻA BĦALA MUDELL GĦALL-ISTUDJU TA’ SPEĊIJIET IKKULTIVATI TA’ LOTUS TA’ INTERESS KBIR AGRONOMICO U LEGUMI OĦRA. FIL-LABORATORJU TAGĦNA ILNA NAĦDMU MA ‘DAN L-IMPJANT GĦAL 20 SENA U AĦNA REĊENTEMENT IPPUBBLIKAJNA DIVERSI XOGĦLIJIET FUQ IR-RISPONS TRANSCRIPTOMICA U METABOLOMICA TAGĦHA GĦAL KUNDIZZJONIJIET TA’ STRESS ABIOTICO. F’DAN IL-PROĠETT IRRIDU L-EWWEL NINDIRIZZAW WAĦDA MILL-PROBLEMI EWLENIN GĦALL-UŻU TA’ TEKNIKI OMIĊI FL-ISTUDJU TA’ DIN L-ISPEĊI, LI HUWA N-NUQQAS TA’ GĦODOD BIJOINFORMATIĊI GĦALL-ANALIŻI KONĠUNTA TA’ AMMONTI KBAR TA’ DATA SABIEX JIĠU IDENTIFIKATI ĠENI ĠODDA LI JIPPARTEĊIPAW JEW JIKKONTROLLAW ĊERTA ROTTA METABOLIKA. LADARBA DAWN L-GĦODOD JIĠU ŻVILUPPATI, DAWN SE JINTUŻAW BIEX IFITTXU ĠENI ĠODDA INVOLUTI F’FOTORRESPIRACION U BIJOSINTESI TA’ FLAVONOIDS U ISOFLAVONOIDS. DAWN IŻ-ŻEWĠ ROTOT HUMA TA’ IMPORTANZA KRUĊJALI GĦALL-METABOLIŻMU U L-PRODUTTIVITÀ TAL-LEGUMI: MINN NAĦA WAĦDA HUMA ROTOT BI FLUSS METABOLIKU GĦOLI, U MIN-NAĦA L-OĦRA HUMA INVOLUTI FIR-RISPONS TAL-IMPJANT GĦAL KUNDIZZJONIJIET DIFFERENTI TA’ STRESS ABIOTICO, WIEĦED MILL-FATTURI LI L-BIĊĊA L-KBIRA JILLIMITA L-PRODUTTIVITÀ TAL-ISPEĊIJIET IKKULTIVATI TA’ LOTUS KIF UKOLL TA’ LEGUMI OĦRA. FIL-KAŻ TA’ FOTORRESPIRACION, HUWA MAĦSUB LI JIĠU IDENTIFIKATI ĠENI ĠODDA INVOLUTI FIL-PROĊESSI TA’ TRASPORT TA’ METABOLITI BEJN ORGANULOS DIFFERENTI U FIR-REGOLAMENT TRASKRIZZJONALI TA’ DIN IR-ROTTA, ŻEWĠ SUĠĠETTI LI FTIT LI XEJN ĠEW STUDJATI S’ISSA. LADARBA JIĠU IDENTIFIKATI L-ĠENI TA’ INTERESS, IL-LINJI MUTANTI TA’ L. JAPONICUS JINKISBU MILL-KOLLEZZJONIJIET DIFFERENTI LI ISSA HUMA DISPONIBBLI GĦALL-ĠENETIKA INVERSA (INSERZJONI MUTANTS1 LI TMEJJEL U LORE TRANSPOSON), U L-KARATTERIZZAZZJONI FENOTIPIKA TAGĦHOM SE TITWETTAQ KIF UKOLL STUDJI ĠODDA TA’ TRANSCRIPTOMICA U METABOLOMICA. AĦNA SE TAPPROFONDIXXI WKOLL L-ISTUDJU TAR-RISPONS TRASKRIZZJONALI TAL-ĠENI FOTORRESPIRATORY GĦAL SITWAZZJONIJIET TA ‘ISTRESS ABIOTICO SIMILI GĦAL DAWK LI HUMA NORMALMENT PREŻENTI FL-OQSMA FEJN LOTUS HIJA MKABBRA, BL-UŻU PJANTI SELVAĠĠI U MUTANTI FOTORRESPIRATORJI QABEL IŻOLATI FIL-LABORATORJU TAGĦNA. OBJETTIV IEĦOR TA’ DAN IL-PROĠETT HUWA LI JINKISBU PROFILI TA’ METABOLITI SEKONDARJI PRODOTTI MINN PJANTI U MUTANTI SELVAĠĠI SOĠĠETTI GĦAL TIPI DIFFERENTI TA’ STRESS ABIOTICO, B’INTERESS PARTIKOLARI FIL-FLAVONOIDS U L-ISOFLAVONOJDI. MINBARRA LI JKUN KAPAĊI JQABBEL IR-RISPONS TAL-METABOLIŻMU SEKONDARJU TAĦT KUNDIZZJONIJIET DIFFERENTI, HUWA MISTENNI LI JKUN KAPAĊI JIDENTIFIKA METABOLITI ĠODDA PRODOTTI MINN L. JAPONICUS B’REAZZJONI GĦALL-ISTRESS. BL-UŻU TAL-GĦODOD BIJOINFORMATIĊI ŻVILUPPATI, HUWA MAĦSUB UKOLL LI JIĠU IDENTIFIKATI L-FATTURI TA’ TRASKRIZZJONI LI HUMA INVOLUTI FIR-REGOLAMENT TAL-BIJOSINTESI TA’ DAWN IL-KOMPOSTI FIL-LEGUMI, PERESS LI DAWN IL-FATTURI JIBQGĦU MHUX IDENTIFIKATI. FL-AĦĦAR NETT, IL-BIJOSINTESI TA’ FLAVONOIDS/ISOFLAVONOIDS U FOTORRESPIRACION HUMA PROĊESSI LI HUMA RELATATI MILL-QRIB MAL-FORMAZZJONI TA’ NODULI FIL-LEGUMI. GĦAN IEĦOR TA’ DAN IL-PROĠETT HUWA LI JAPPROFONDIXXI L-ISTUDJU TA’ DIN IR-RELAZZJONI. IR-RIŻULTATI MISTENNIJA, MINBARRA LI JIĊĊARAW XI WĦUD MILL-MEKKANIŻMI REGOLATORJI TA’ DAWN IR-ROTOT, JISTGĦU JKUNU TA’ INTERESS PARTIKOLARI FIL-FEHIM TAR-RISPONS TAL-LEGUMI GĦALL-KUNDIZZJONIJIET TA’ STRESS ABIOTICO, SUĠĠETT KRUĊJALI FL-AGRIKOLTURA SOSTENIBBLI. (Maltese)
17 August 2022
0 references
ŠIS PROJEKTS IR VĒRSTS UZ PĀKŠAUGU LOTUS JAPONICUS — AUGU, KO IZMANTO KĀ PARAUGU, LAI PĒTĪTU KULTIVĒTAS LOTUS SUGAS AGRONOMICO UN CITUS PĀKŠAUGUS. MŪSU LABORATORIJĀ MĒS STRĀDĀJAM AR ŠO RŪPNĪCU JAU 20 GADUS, UN MĒS NESEN ESAM PUBLICĒJUŠI VAIRĀKUS DARBUS PAR TĀS TRANSCRIPTOMICA UN METABOLOMICA REAKCIJU UZ ABIOTICO STRESA APSTĀKĻIEM. ŠAJĀ PROJEKTĀ MĒS VISPIRMS VĒLAMIES RISINĀT VIENU NO GALVENAJĀM PROBLĒMĀM, KAS SAISTĪTAS AR OMISKO METOŽU IZMANTOŠANU ŠĪS SUGAS IZPĒTĒ, PROTI, BIOINFORMĀTISKU LĪDZEKĻU TRŪKUMS LIELA DATU APJOMA KOPĪGAI ANALĪZEI, LAI IDENTIFICĒTU JAUNUS GĒNUS, KAS PIEDALĀS VAI KONTROLĒ NOTEIKTU METABOLISMA CEĻU. KAD ŠIE RĪKI BŪS IZSTRĀDĀTI, TIE TIKS IZMANTOTI, LAI MEKLĒTU JAUNUS GĒNUS, KAS IESAISTĪTI FOTORRESPIRACION UN FLAVONOĪDU UN IZOFLAVONOĪDU BIOSINTĒZI. ŠIE DIVI CEĻI IR ĻOTI SVARĪGI PĀKŠAUGU METABOLISMAM UN PRODUKTIVITĀTEI: NO VIENAS PUSES, TIE IR CEĻI AR AUGSTU VIELMAIŅAS PLŪSMU, UN, NO OTRAS PUSES, TIE IR IESAISTĪTI AUGA REAKCIJĀ UZ DAŽĀDIEM STRESA APSTĀKĻIEM ABIOTICO, KAS IR VIENS NO FAKTORIEM, KAS VISVAIRĀK IEROBEŽO KULTIVĒTO LOTUS SUGU, KĀ ARĪ CITU PĀKŠAUGU PRODUKTIVITĀTI. FOTORRESPIRACION GADĪJUMĀ TAS IR PAREDZĒTS, LAI IDENTIFICĒTU JAUNUS GĒNUS, KAS IESAISTĪTI METABOLĪTU TRANSPORTĒŠANAS PROCESOS STARP DAŽĀDIEM ORGANULOS UN ŠĀ MARŠRUTA TRANSKRIPCIJAS REGULĀ — DIVAS TĒMAS, KAS LĪDZ ŠIM NAV PĒTĪTAS. TIKLĪDZ IR IDENTIFICĒTI INTERESĒJOŠIE GĒNI, L. JAPONICUS MUTANTU LĪNIJAS IEGŪST NO DAŽĀDĀM KOLEKCIJĀM, KAS TAGAD IR PIEEJAMAS REVERSAJAI ĢENĒTIKAI (TILLING UN LORETRANSPOSON INSERTION MUTANTS1), UN TIKS VEIKTA TO FENOTIPISKĀ RAKSTUROŠANA, KĀ ARĪ JAUNI TRANSCRIPTOMICA UN METABOLOMICA PĒTĪJUMI. MĒS ARĪ PADZIĻINĀSIM PĒTĪJUMU PAR FOTORRESPIRATORY GĒNU TRANSKRIPCIJAS REAKCIJU UZ ABIOTICO STRESA SITUĀCIJĀM, KAS LĪDZĪGAS TĀM, KURAS PARASTI SASTOPAMAS LAUKOS, KUR AUDZĒ LOTUS, IZMANTOJOT SAVVAĻAS AUGUS UN MUTANTUS FOTORRESPIRATORIES, KAS IEPRIEKŠ IZOLĒTI MŪSU LABORATORIJĀ. VĒL VIENS ŠĀ PROJEKTA MĒRĶIS IR IEGŪT SEKUNDĀRO METABOLĪTU PROFILUS, KO RADA SAVVAĻAS AUGI UN MUTANTI, KAS PAKĻAUTI DAŽĀDA VEIDA ABIOTICO STRESAM, ĪPAŠI INTERESĒJOTIES PAR FLAVONOĪDIEM UN IZOFLAVONOĪDIEM. PAPILDUS TAM, KA TĀ SPĒJ SALĪDZINĀT SEKUNDĀRĀ METABOLISMA REAKCIJU DAŽĀDOS APSTĀKĻOS, PAREDZAMS, KA TĀ SPĒS IDENTIFICĒT JAUNUS METABOLĪTUS, KO L. JAPONICUS RAŽO, REAĢĒJOT UZ STRESU. IZMANTOJOT IZSTRĀDĀTOS BIOINFORMĀTISKOS INSTRUMENTUS, IR PAREDZĒTS ARĪ NOTEIKT TRANSKRIPCIJAS FAKTORUS, KAS IR SAISTĪTI AR ŠO SAVIENOJUMU BIOSINTĒZES REGULĒJUMU PĀKŠAUGOS, JO ŠIE FAKTORI PALIEK NEIDENTIFICĒTI. VISBEIDZOT, FLAVONOĪDU/IZOFLAVONOĪDU UN FOTORRESPIRACION BIOSINTĒZE IR PROCESI, KAS IR CIEŠI SAISTĪTI AR MEZGLIŅU VEIDOŠANOS PĀKŠAUGOS. VĒL VIENS ŠĀ PROJEKTA MĒRĶIS IR PADZIĻINĀT ŠO ATTIECĪBU IZPĒTI. GAIDĀMIE REZULTĀTI PAPILDUS DAŽU ŠO MARŠRUTU REGULATĪVO MEHĀNISMU PRECIZĒŠANAI VAR BŪT ĪPAŠI NODERĪGI, LAI IZPRASTU PĀKŠAUGU REAKCIJU UZ ABIOTICO STRESA APSTĀKĻIEM, KAS IR BŪTISKS ILGTSPĒJĪGAS LAUKSAIMNIECĪBAS JAUTĀJUMS. (Latvian)
17 August 2022
0 references
TENTO PROJEKT SA ZAMERIAVA NA STRUKOVINY LOTUS JAPONICUS, RASTLINY, KTORÁ SA POUŽÍVA AKO MODEL PRE ŠTÚDIUM PESTOVANÝCH DRUHOV LOTUS VEĽKÉHO ZÁUJMU AGRONOMICO A INÝCH STRUKOVÍN. V NAŠOM LABORATÓRIU SPOLUPRACUJEME S TÝMTO ZÁVODOM UŽ 20 ROKOV A NEDÁVNO SME UVEREJNILI NIEKOĽKO PRÁC NA JEHO TRANSCRIPTOMICA A METABOLOMICA REAKCII NA STRESOVÉ PODMIENKY ABIOTICO. V TOMTO PROJEKTE CHCEME NAJPRV RIEŠIŤ JEDEN Z HLAVNÝCH PROBLÉMOV PRI POUŽÍVANÍ OMICKÝCH TECHNÍK V ŠTÚDIU TOHTO DRUHU, KTORÝM JE NEDOSTATOK BIOINFORMATICKÝCH NÁSTROJOV NA SPOLOČNÚ ANALÝZU VEĽKÉHO MNOŽSTVA ÚDAJOV S CIEĽOM IDENTIFIKOVAŤ NOVÉ GÉNY, KTORÉ SA PODIEĽAJÚ NA URČITEJ METABOLICKEJ CESTE ALEBO JU REGULUJÚ. KEĎ SA TIETO NÁSTROJE VYVINÚ, POUŽIJÚ SA NA VYHĽADÁVANIE NOVÝCH GÉNOV ZAPOJENÝCH DO FOTORRESPIRACIONU A BIOSYNTÉZY FLAVONOIDOV A IZOFLAVONOIDOV. TIETO DVA SPÔSOBY MAJÚ ZÁSADNÝ VÝZNAM PRE METABOLIZMUS A PRODUKTIVITU STRUKOVÍN: NA JEDNEJ STRANE SÚ TO TRASY S VYSOKÝM METABOLICKÝM TOKOM A NA DRUHEJ STRANE SÚ ZAPOJENÉ DO REAKCIE RASTLINY NA RÔZNE PODMIENKY STRESU ABIOTICO, JEDEN Z FAKTOROV, KTORÉ NAJVIAC OBMEDZUJÚ PRODUKTIVITU PESTOVANÝCH DRUHOV LOTUS, AKO AJ INÝCH STRUKOVÍN. V PRÍPADE FOTORRESPIRACIONU JE URČENÝ NA IDENTIFIKÁCIU NOVÝCH GÉNOV, KTORÉ SA PODIEĽAJÚ NA PROCESOCH TRANSPORTU METABOLITOV MEDZI RÔZNYMI ORGANULOSOM A V TRANSKRIPČNOM NARIADENÍ PRE TÚTO TRASU, ČO SÚ DVE TÉMY, KTORÉ BOLI DOTERAZ LEN MÁLO PRESKÚMANÉ. PO IDENTIFIKÁCII GÉNOV, KTORÉ SÚ PREDMETOM ZÁUJMU, SA ZÍSKAJÚ MUTANTNÉ LÍNIE L. JAPONICUS Z RÔZNYCH ZBIEROK, KTORÉ SÚ TERAZ K DISPOZÍCII PRE REVERZNÚ GENETIKU (VLOŽENIE MUTANTS1 DO NOSNÍC A LORE TRANSPOSON), A VYKONÁ SA ICH FENOTYPOVÁ CHARAKTERIZÁCIA, AKO AJ NOVÉ ŠTÚDIE TRANSCRIPTOMICA A METABOLOMICA. PREHĹBIME TIEŽ ŠTÚDIU TRANSKRIPČNEJ ODPOVEDE GÉNOV FOTORRESPIRATORY NA SITUÁCIE ABIOTICO STRESU PODOBNÉ TÝM, KTORÉ SA ZVYČAJNE VYSKYTUJÚ NA POLIACH, KDE SA LOTUS PESTUJE, S POUŽITÍM VOĽNE ŽIJÚCICH RASTLÍN A MUTANTOV FOTORRESPIRATORIES PREDTÝM IZOLOVANÝCH V NAŠOM LABORATÓRIU. ĎALŠÍM CIEĽOM TOHTO PROJEKTU JE ZÍSKAŤ SEKUNDÁRNE PROFILY METABOLITOV PRODUKOVANÉ VOĽNE ŽIJÚCIMI RASTLINAMI A MUTANTMI VYSTAVENÝMI RÔZNYM TYPOM STRESU ABIOTICO S OSOBITNÝM ZÁUJMOM O FLAVONOIDY A IZOFLAVONOIDY. OKREM SCHOPNOSTI POROVNÁVAŤ ODPOVEĎ SEKUNDÁRNEHO METABOLIZMU ZA RÔZNYCH PODMIENOK SA OČAKÁVA, ŽE BUDE SCHOPNÝ IDENTIFIKOVAŤ NOVÉ METABOLITY PRODUKOVANÉ L. JAPONICUSOM V REAKCII NA STRES. POMOCOU VYVINUTÝCH BIOINFORMATICKÝCH NÁSTROJOV JE TIEŽ URČENÁ NA IDENTIFIKÁCIU TRANSKRIPČNÝCH FAKTOROV, KTORÉ SÚ ZAHRNUTÉ DO REGULÁCIE BIOSYNTÉZY TÝCHTO ZLÚČENÍN V STRUKOVINÁCH, KEĎŽE TIETO FAKTORY ZOSTÁVAJÚ NEIDENTIFIKOVANÉ. NAPOKON, BIOSYNTÉZA FLAVONOIDOV/IZOFLAVONOIDOV A FOTORRESPIRACION SÚ PROCESY, KTORÉ ÚZKO SÚVISIA S TVORBOU UZLOV V STRUKOVINÁCH. ĎALŠÍM CIEĽOM TOHTO PROJEKTU JE PREHĹBIŤ ŠTÚDIUM TOHTO VZŤAHU. OČAKÁVANÉ VÝSLEDKY, OKREM OBJASNENIA NIEKTORÝCH REGULAČNÝCH MECHANIZMOV TÝCHTO TRÁS, MÔŽU MAŤ OSOBITNÝ VÝZNAM PRE POCHOPENIE REAKCIE STRUKOVÍN NA STRESOVÉ PODMIENKY ABIOTICO, ČO JE KĽÚČOVÁ TÉMA V UDRŽATEĽNOM POĽNOHOSPODÁRSTVE. (Slovak)
17 August 2022
0 references
DÍRÍONN AN TIONSCADAL SEO AR AN LOTUS JAPONICUS LGUMINOUS, PLANDA A ÚSÁIDTEAR MAR MHÚNLA CHUN STAIDÉAR A DHÉANAMH AR SPEICIS SAOTHRAITHE DE LOTUS AR SPÉIS MHÓR AGRONOMICO AGUS PISCHINEÁLAIGH EILE. INÁR SAOTHARLANN TÁIMID AG OBAIR LEIS AN NGLÉASRA SEO AR FEADH 20 BLIAIN AGUS TÁ ROINNT SAOTHAR FOILSITHE AGAINN LE DÉANAÍ AR A FHREAGRA TRANSCRIPTOMICA AGUS METABOLOMICA AR CHOINNÍOLLACHA STRUIS ABIOTICO. SA TIONSCADAL SEO BA MHAITH LINN CHUN AGHAIDH A THABHAIRT AR DTÚS AR CHEANN DE NA FADHBANNA IS MÓ MAIDIR LE HÚSÁID TEICNÍCÍ OMIC I STAIDÉAR A DHÉANAMH AR AN SPEICEAS SEO, A BHFUIL AN EASPA UIRLISÍ BIOINFORMATIC CHUN ANAILÍS CHOMHPHÁIRTEACH MÉIDEANNA MÓRA SONRAÍ D’FHONN A AITHINT GÉINTE NUA A GHLACANN PÁIRT NÓ A RIALÚ AR BHEALACH MEITIBILEACH ÁIRITHE. NUAIR A FHORBRAÍTEAR NA HUIRLISÍ SEO, ÚSÁIDFEAR IAD CHUN GÉINTE NUA A BHFUIL BAINT ACU LE FOTORRESPIRACION AGUS BIOSYNTHESIS FLAVONOIDS AGUS ISOFLAVONOIDS A CHUARDACH. TÁ AN DÁ BHEALACH SEO RÍTHÁBHACHTACH DO MHEITIBILEACHT AGUS DO THÁIRGIÚLACHT LÉAGÚIM: AR THAOBH AMHÁIN IS BEALAÍ IAD LE SREABHADH MEITIBILEACH ARD, AGUS AR AN TAOBH EILE TÁ BAINT ACU LE FREAGAIRT AN GHLÉASRA AR CHOINNÍOLLACHA ÉAGSÚLA STRUIS ABIOTICO, CEANN DE NA FACHTÓIRÍ A CHUIREANN TEORAINN LE TÁIRGIÚLACHT SPEICEAS SAOTHRAITHE LOTUS CHOMH MAITH LE PISCHINEÁLAIGH EILE. I GCÁS FOTORRESPIRACION, TÁ SÉ BEARTAITHE GÉINTE NUA A SHAINAITHINT A BHFUIL BAINT ACU LE PRÓISIS IOMPAIR MEITIBILÍTÍ IDIR ORGANULOS ÉAGSÚLA AGUS I RIALACHÁN TRAS-SCRÍOFA AN BHEALAIGH SEO, DHÁ THOPAIC NACH NDEARNADH MÓRÁN STAIDÉAR ORTHU GO DTÍ SEO. CHOMH LUATH AGUS A AITHNÍTEAR NA GÉINTE SPÉISE, FAIGHTEAR LÍNTE MUTANTA DE L. JAPONICUS Ó NA BAILIÚCHÁIN ÉAGSÚLA ATÁ AR FÁIL ANOIS LE HAGHAIDH GÉINEOLAÍOCHT DROIM AR AIS (CUIR ISTEACH MUTANTS1), AGUS DÉANFAR A TRÉITHRIÚ FEINITÍOPACH CHOMH MAITH LE STAIDÉIR NUA AR TRANSCRIPTOMICA AGUS METABOLOMICA. DÉANFAIMID STAIDÉAR AR FHREAGAIRT TRAS-SCRÍOFA NA GÉINTE FOTORRESPIRATORY A DHOIMHNIÚ FREISIN LE CÁSANNA STRUS ABIOTICO COSÚIL LEO SIÚD ATÁ I LÁTHAIR DE GHNÁTH SNA RÉIMSÍ INA BHFUIL LOTUS AG FÁS, AG BAINT ÚSÁIDE AS PLANDAÍ FIÁINE AGUS MUTANTS FOTORRESPIRATORIES ROIMHE SIN INÁR SAOTHARLANN. CUSPÓIR EILE DE CHUID AN TIONSCADAIL SEO IS EA PRÓIFÍLÍ MEITIBILÍTE TÁNAISTEACHA A FHÁIL A THÁIRGEANN PLANDAÍ FIÁINE AGUS MUTANTS A CUIREADH FAOI CHINEÁLACHA ÉAGSÚLA STRUS ABIOTICO, AGUS SUIM AR LEITH ACU I FLAVONOIDS AGUS I ISFLAVONOIDS. CHOMH MAITH LE BHEITH IN ANN FREAGAIRT MEITIBILEACHT THÁNAISTEACH A CHUR I GCOMPARÁID FAOI CHOINNÍOLLACHA ÉAGSÚLA, TÁTHAR AG SÚIL GO MBEIDH SÉ IN ANN MEITIBILÍTÍ NUA ARNA DTÁIRGEADH AG L. JAPONICUS A SHAINAITHINT MAR FHREAGAIRT AR STRUS. TRÍ ÚSÁID A BHAINT AS NA HUIRLISÍ BITHFHAISNÉISÍOCHTA A FORBRAÍODH, TÁ SÉ BEARTAITHE FREISIN NA TOSCA TRAS-SCRÍOFA A SHAINAITHINT A BHAINEANN LE BITHSHINTÉIS NA GCOMHDHÚL SIN A RIALÁIL I BPISCHINEÁLAIGH, ÓS RUD É GO BHFUIL NA TOSCA SIN FÓS GAN AITHINT. AR DEIREADH, IS PRÓISIS IAD BIOSYNTHESIS FLAVONOIDS/ISOFLAVONOIDS AGUS FOTORRESPIRACION A BHAINEANN GO DLÚTH LE FOIRMIÚ NODULES I LÉAGÚIM. CUSPÓIR EILE ATÁ AG AN TIONSCADAL SEO NÁ STAIDÉAR A DHÉANAMH AR AN GCAIDREAMH SEO. D’FHÉADFADH NA TORTHAÍ A BHFUILTEAR AG SÚIL LEO, CHOMH MAITH LE SOILÉIRIÚ A DHÉANAMH AR CHUID DE SHÁSRAÍ RIALÁLA NA MBEALAÍ SIN, A BHEITH INA N-ÁBHAR SPÉISE AR LEITH Ó THAOBH TUISCINT A FHÁIL AR FHREAGAIRT LÉAGÚIM AR CHOINNÍOLLACHA STRUIS ABIOTICO, ÁBHAR RÍTHÁBHACHTACH SA TALMHAÍOCHT INBHUANAITHE. (Irish)
17 August 2022
0 references
TENTO PROJEKT SE ZAMĚŘUJE NA LUŠTĚNINOVÝ LOTUS JAPONICUS, ROSTLINU, KTERÁ SE POUŽÍVÁ JAKO MODEL PRO STUDIUM PĚSTOVANÝCH DRUHŮ LOTUS VELKÉHO ZÁJMU AGRONOMICO A DALŠÍCH LUŠTĚNIN. V NAŠÍ LABORATOŘI PRACUJEME JIŽ 20 LET A NEDÁVNO JSME PUBLIKOVALI NĚKOLIK PRACÍ NA REAKCI TRANSCRIPTOMICA A METABOLOMICA NA STRESOVÉ PODMÍNKY ABIOTICO. V TOMTO PROJEKTU CHCEME NEJPRVE ŘEŠIT JEDEN Z HLAVNÍCH PROBLÉMŮ PŘI POUŽÍVÁNÍ OMICKÝCH TECHNIK VE STUDIU TOHOTO DRUHU, COŽ JE NEDOSTATEK BIOINFORMATICKÝCH NÁSTROJŮ PRO SPOLEČNOU ANALÝZU VELKÉHO MNOŽSTVÍ DAT S CÍLEM IDENTIFIKOVAT NOVÉ GENY, KTERÉ SE ÚČASTNÍ NEBO KONTROLUJÍ URČITOU METABOLICKOU CESTU. JAKMILE BUDOU TYTO NÁSTROJE VYVINUTY, BUDOU POUŽITY K HLEDÁNÍ NOVÝCH GENŮ ZAPOJENÝCH DO FOTORRESPIRACION A BIOSYNTÉZY FLAVONOIDŮ A ISOFLAVONOIDŮ. TYTO DVĚ CESTY MAJÍ ZÁSADNÍ VÝZNAM PRO METABOLISMUS A PRODUKTIVITU LUŠTĚNIN: NA JEDNÉ STRANĚ JSOU TO CESTY S VYSOKÝM METABOLICKÝM TOKEM, A NA DRUHÉ STRANĚ JSOU ZAPOJENY DO REAKCE ROSTLINY NA RŮZNÉ PODMÍNKY STRESU ABIOTICO, JEDEN Z FAKTORŮ, KTERÉ NEJVÍCE OMEZUJE PRODUKTIVITU PĚSTOVANÝCH DRUHŮ LOTUS, STEJNĚ JAKO JINÝCH LUŠTĚNIN. V PŘÍPADĚ FOTORRESPIRACION JE URČEN K IDENTIFIKACI NOVÝCH GENŮ ZAPOJENÝCH DO TRANSPORTNÍCH PROCESŮ METABOLITŮ MEZI RŮZNÝMI ORGANULOS A DO TRANSKRIPČNÍ REGULACE TÉTO CESTY, COŽ JSOU DVĚ TÉMATA, KTERÁ BYLA DOSUD MÁLO STUDOVÁNA. JAKMILE SE IDENTIFIKUJÍ ZAJÍMAVÉ GENY, JSOU MUTANTNÍ LINIE L. JAPONICUS ZÍSKÁNY Z RŮZNÝCH SBÍREK, KTERÉ JSOU NYNÍ K DISPOZICI PRO REVERZNÍ GENETIKU (NAMÁHÁNÍ A LORE TRANSPOSON INSERTION MUTANTS1), A JEJICH FENOTYPOVÁ CHARAKTERIZACE BUDE PROVEDENA, JAKOŽ I NOVÉ STUDIE TRANSCRIPTOMICA A METABOLOMICA. PROHLOUBÍME TAKÉ STUDIUM TRANSKRIPČNÍ REAKCE GENŮ FOTORRESPIRATORY NA SITUACE STRESU ABIOTICO PODOBNÉ TĚM, KTERÉ JSOU OBVYKLE PŘÍTOMNY NA POLÍCH, KDE SE LOTUS PĚSTUJE, ZA POUŽITÍ VOLNĚ ŽIJÍCÍCH ROSTLIN A MUTANTŮ FOTORRESPIRATORIES DŘÍVE IZOLOVANÝCH V NAŠÍ LABORATOŘI. DALŠÍM CÍLEM TOHOTO PROJEKTU JE ZÍSKAT SEKUNDÁRNÍ METABOLITOVÉ PROFILY PRODUKOVANÉ VOLNĚ ŽIJÍCÍMI ROSTLINAMI A MUTANTY VYSTAVENÝMI RŮZNÝM TYPŮM STRESU ABIOTICO SE ZVLÁŠTNÍM ZÁJMEM O FLAVONOIDY A ISOFLAVONOIDY. KROMĚ TOHO, ŽE JE MOŽNÉ POROVNAT ODEZVU SEKUNDÁRNÍHO METABOLISMU ZA RŮZNÝCH PODMÍNEK, PŘEDPOKLÁDÁ SE, ŽE BUDE SCHOPEN IDENTIFIKOVAT NOVÉ METABOLITY PRODUKOVANÉ L. JAPONICUS V REAKCI NA STRES. S VYUŽITÍM VYVINUTÝCH BIOINFORMATICKÝCH NÁSTROJŮ JE ROVNĚŽ URČEN K IDENTIFIKACI TRANSKRIPČNÍCH FAKTORŮ, KTERÉ JSOU SOUČÁSTÍ REGULACE BIOSYNTÉZY TĚCHTO SLOUČENIN V LUŠTĚNINÁCH, NEBOŤ TYTO FAKTORY ZŮSTÁVAJÍ NEIDENTIFIKOVÁNY. BIOSYNTÉZA FLAVONOIDŮ/ISOFLAVONOIDŮ A FOTORRESPIRACION JSOU PROCESY, KTERÉ ÚZCE SOUVISEJÍ S TVORBOU UZLIN V LUŠTĚNINÁCH. DALŠÍM CÍLEM TOHOTO PROJEKTU JE PROHLOUBIT STUDIUM TOHOTO VZTAHU. OČEKÁVANÉ VÝSLEDKY MOHOU BÝT KROMĚ VYJASNĚNÍ NĚKTERÝCH REGULAČNÍCH MECHANISMŮ TĚCHTO TRAS OBZVLÁŠTĚ ZAJÍMAVÉ PRO POCHOPENÍ REAKCE LUŠTĚNIN NA ZÁTĚŽOVÉ PODMÍNKY PŘÍPRAVKU ABIOTICO, COŽ JE KLÍČOVÉ TÉMA UDRŽITELNÉHO ZEMĚDĚLSTVÍ. (Czech)
17 August 2022
0 references
ESTE PROJETO CENTRA-SE NA LEGUMINOSA LOTUS JAPONICUS, UMA PLANTA QUE É USADA COMO MODELO PARA O ESTUDO DE ESPÉCIES CULTIVADAS DE LÓTUS DE GRANDE INTERESSE AGRONOMICO E OUTRAS LEGUMINOSAS. EM NOSSO LABORATÓRIO TRABALHAMOS COM ESTA FÁBRICA HÁ 20 ANOS E PUBLICAMOS RECENTEMENTE VÁRIOS TRABALHOS SOBRE SUA RESPOSTA TRANSCRIPTOMICA E METABOLOMICA ÀS CONDIÇÕES DE ESTRESSE ABIOTICO. NESTE PROJETO QUEREMOS PRIMEIRO ABORDAR UM DOS PRINCIPAIS PROBLEMAS PARA O USO DE TÉCNICAS OMICOLÓGICAS NO ESTUDO DESTA ESPÉCIE, QUE É A FALTA DE FERRAMENTAS BIOINFORMÁTICAS PARA A ANÁLISE CONJUNTA DE GRANDES QUANTIDADES DE DADOS, A FIM DE IDENTIFICAR NOVOS GENES QUE PARTICIPAM OU CONTROLAM UMA DETERMINADA ROTA METABÓLICA. UMA VEZ QUE ESSAS FERRAMENTAS SÃO DESENVOLVIDAS, ELAS SERÃO USADAS PARA PROCURAR NOVOS GENES ENVOLVIDOS EM FOTORRESPIRACION E BIOSSÍNTESE DE FLAVONOIDES E ISOFLAVONOIDES. ESTAS DUAS VIAS SÃO DE IMPORTÂNCIA CRUCIAL PARA O METABOLISMO E A PRODUTIVIDADE DAS LEGUMINOSAS: POR UM LADO, SÃO ROTAS COM ALTO FLUXO METABÓLICO E, POR OUTRO, ESTÃO ENVOLVIDAS NA RESPOSTA DA PLANTA A DIFERENTES CONDIÇÕES DE ESTRESSE ABIOTICO, UM DOS FATORES QUE MAIS LIMITA A PRODUTIVIDADE DAS ESPÉCIES CULTIVADAS DE LÓTUS, BEM COMO DE OUTRAS LEGUMINOSAS. NO CASO DA FOTORRESPIRACION, DESTINA-SE A IDENTIFICAR NOVOS GENES ENVOLVIDOS NOS PROCESSOS DE TRANSPORTE DE METABOLITOS ENTRE DIFERENTES ORGANULOS E NO REGULAMENTO TRANSCRICIONAL DESTA VIA, DOIS TÓPICOS POUCO ESTUDADOS ATÉ À DATA. UMA VEZ IDENTIFICADOS OS GENES DE INTERESSE, AS LINHAS MUTANTES DE L. JAPONICUS SÃO OBTIDAS DAS DIFERENTES COLEÇÕES QUE ESTÃO AGORA DISPONÍVEIS PARA GENÉTICA REVERSA (INCLINAÇÃO E INSERÇÃO TRANSPOSONAL MUTANTS1), E SUA CARACTERIZAÇÃO FENOTÍPICA SERÁ REALIZADA, BEM COMO NOVOS ESTUDOS DE TRANSCRIPIPTOMICA E METABOLOMICA. TAMBÉM APROFUNDAREMOS O ESTUDO DA RESPOSTA TRANSCRICIONAL DOS GENES FOTORRESPIRATORIA A SITUAÇÕES DE ESTRESSE ABIOTICO SEMELHANTES ÀQUELAS QUE GERALMENTE ESTÃO PRESENTES NOS CAMPOS ONDE O LÓTUS É CULTIVADO, UTILIZANDO PLANTAS SILVESTRES E MUTANTES FOTORRESPIRATORIES PREVIAMENTE ISOLADAS EM NOSSO LABORATÓRIO. OUTRO OBJETIVO DESTE PROJETO É OBTER PERFIS DE METABOLITOS SECUNDÁRIOS PRODUZIDOS POR PLANTAS SILVESTRES E MUTANTES SUBMETIDOS A DIFERENTES TIPOS DE ESTRESSE ABIOTICO, COM ESPECIAL INTERESSE EM FLAVONOIDES E ISOFLAVONOIDES. ALÉM DE SER CAPAZ DE COMPARAR A RESPOSTA DO METABOLISMO SECUNDÁRIO EM DIFERENTES CONDIÇÕES, ESPERA-SE QUE SEJA CAPAZ DE IDENTIFICAR NOVOS METABOLITOS PRODUZIDOS POR L. JAPONICUS EM RESPOSTA AO ESTRESSE. UTILIZANDO AS FERRAMENTAS BIOINFORMÁTICAS DESENVOLVIDAS, PRETENDE-SE TAMBÉM IDENTIFICAR OS FATORES DE TRANSCRIÇÃO ENVOLVIDOS NA REGULAÇÃO DA BIOSSÍNTESE DESSES COMPOSTOS EM LEGUMINOSAS, UMA VEZ QUE ESSES FATORES PERMANECEM NÃO IDENTIFICADOS. FINALMENTE, A BIOSSÍNTESE DE FLAVONOIDES/ISOFLAVONOIDES E FOTORRESPIRACION SÃO PROCESSOS INTIMAMENTE RELACIONADOS À FORMAÇÃO DE NÓDULOS EM LEGUMINOSAS. OUTRO OBJETIVO DESTE PROJETO É APROFUNDAR O ESTUDO DESSA RELAÇÃO. OS RESULTADOS ESPERADOS, ALÉM DE ESCLARECER ALGUNS DOS MECANISMOS REGULADORES DESSAS ROTAS, PODEM SER DE PARTICULAR INTERESSE EM ENTENDER A RESPOSTA DAS LEGUMINOSAS ÀS CONDIÇÕES DE ESTRESSE ABIOTICO, TEMA CRUCIAL NA AGRICULTURA SUSTENTÁVEL. (Portuguese)
17 August 2022
0 references
PROJEKTI KESKMES ON LIBLIKÕIELISED LOTUS JAPONICUS, TAIM, MIDA KASUTATAKSE MUDELINA KASVATATAVATE LIIKIDE LOTUS SUURE HUVIGA AGRONOMICO JA TEISTE LIBLIKÕIELISTE LIIKIDE UURIMISEKS. MEIE LABORIS OLEME TÖÖTANUD SELLE TEHASEGA 20 AASTAT JA OLEME HILJUTI AVALDANUD MITMEID TRANSCRIPTOMICA JA METABOLOMICA VASTUSEID ABIOTICO STRESSITINGIMUSTELE. SELLES PROJEKTIS TAHAME KÕIGEPEALT TEGELEDA ÜHE PEAMISE PROBLEEMIGA OOMITEHNIKATE KASUTAMISEL SELLE LIIGI UURIMISEL, MILLEKS ON BIOINFORMAATILISTE VAHENDITE PUUDUMINE SUURTE ANDMEHULKADE ÜHISEKS ANALÜÜSIMISEKS, ET TEHA KINDLAKS UUED GEENID, MIS OSALEVAD VÕI KONTROLLIVAD TEATUD METABOOLSET TEED. KUI NEED VAHENDID ON VÄLJA TÖÖTATUD, KASUTATAKSE NEID UUTE GEENIDE OTSIMISEKS FOTORRESPIRACION’IS NING FLAVONOIDIDE JA ISOFLAVONOIDIDE BIOSÜNTEESIS. NEED KAKS TEED ON KAUNVILJADE AINEVAHETUSE JA TOOTLIKKUSE SEISUKOHAST OTSUSTAVA TÄHTSUSEGA: ÜHEST KÜLJEST ON TEGEMIST SUURE METABOOLSE VOOLUGA MARSRUUTIDEGA JA TEISEST KÜLJEST ON NAD SEOTUD TAIME REAGEERIMISEGA ERINEVATELE STRESSITINGIMUSTELE ABIOTICO, MIS ON ÜKS TEGURITEST, MIS KÕIGE ENAM PIIRAVAD KASVATATAVATE LOTUSE LIIKIDE JA KAUNVILJADE TOOTLIKKUST. FOTORRESPIRACION’I PUHUL ON SELLE EESMÄRK TEHA KINDLAKS UUED GEENID, MIS ON SEOTUD METABOLIITIDE TRANSPORDIPROTSESSIDEGA ERINEVATE ORGANULOSE VAHEL JA SELLE MARSRUUDI TRANSKRIPTSIOONIGA, KAKS TEEMAT, MIDA ON SENI VÄHE UURITUD. KUI HUVIPAKKUVAD GEENID ON KINDLAKS TEHTUD, SAADAKSE L. JAPONICUS MUTANTLIINID ERINEVATEST KOGUDEST, MIS ON NÜÜD SAADAVAL PÖÖRDGENEETIKA JAOKS (TILLING AND LORE TRANSPOSON INSERTION MUTANTS1), NING NENDE FENOTÜÜBILINE ISELOOMUSTUS NING UUED UURINGUD TRANSCRIPTOMICA JA METABOLOMICA KOHTA. SAMUTI SÜVENDAME UURINGUT FOTORRESPIRATORY GEENIDE TRANSKRIPTSIOONI KOHTA ABIOTICO STRESSI OLUKORDADES, MIS ON SARNASED NENDEGA, MIS ESINEVAD TAVALISELT PÕLDUDEL, KUS LOTUS KASVATATAKSE, KASUTADES LOODUSLIKKE TAIMI JA MUTANDID FOTORRESPIRATORIES VAREM ISOLEERITUD MEIE LABORIS. PROJEKTI TEINE EESMÄRK ON SAADA SEKUNDAARSEID METABOLIITIDE PROFIILE, MIDA TOODAVAD LOODUSLIKUD TAIMED JA MUTANDID, MIS ALLUVAD ERINEVAT TÜÜPI ABIOTICO STRESSILE, PÖÖRATES ERILIST TÄHELEPANU FLAVONOIDIDELE JA ISOFLAVONOIDIDELE. LISAKS SELLELE, ET ON VÕIMALIK VÕRRELDA SEKUNDAARSE METABOLISMI VASTUST ERINEVATES TINGIMUSTES, PEAKS SEE SUUTMA TUVASTADA UUSI METABOLIITE, MIDA L. JAPONICUS TOODAB STRESSILE REAGEERIMISEKS. ARENDATUD BIOINFORMAATILISTE VAHENDITE ABIL ON SELLE EESMÄRK TEHA KINDLAKS KA TRANSKRIPTSIOONITEGURID, MIS ON SEOTUD NENDE ÜHENDITE BIOSÜNTEESI REGULEERIMISEGA KAUNVILJADES, KUNA NEED TEGURID JÄÄVAD MÄÄRATLEMATA. FLAVONOIDIDE/ISOFLAVONOIDIDE JA FOTORRESPIRACIONI BIOSÜNTEES ON PROTSESSID, MIS ON TIHEDALT SEOTUD KAUNVILJADE SÕLMEDE MOODUSTUMISEGA. PROJEKTI TEINE EESMÄRK ON SÜVENDADA SELLE SUHTE UURIMIST. OODATAVAD TULEMUSED VÕIVAD LISAKS NENDE MARSRUUTIDE TEATAVATE REGULEERIMISMEHHANISMIDE SELGITAMISELE OLLA ERITI HUVITATUD SELLEST, KUIDAS MÕISTA KAUNVILJADE REAGEERIMIST ABIOTICO STRESSITINGIMUSTELE, MIS ON SÄÄSTVA PÕLLUMAJANDUSE JAOKS OTSUSTAVA TÄHTSUSEGA TEEMA. (Estonian)
17 August 2022
0 references
EZ A PROJEKT KÖZÉPPONTJÁBAN A HÜVELYES LOTUS JAPONICUS, EGY NÖVÉNY, AMELY MODELLKÉNT HASZNÁLJÁK A TANULMÁNY A TERMESZTETT FAJOK LOTUS NAGY ÉRDEKLŐDÉSRE SZÁMOT TARTÓ AGRONOMICO ÉS MÁS HÜVELYESEK. LABORATÓRIUMUNKBAN MÁR 20 ÉVE DOLGOZUNK EZZEL AZ ÜZEMMEL, ÉS A KÖZELMÚLTBAN SZÁMOS MŰVET TETTÜNK KÖZZÉ A TRANSCRIPTOMICA ÉS A METABOLOMICA VÁLASZÁRÓL AZ ABIOTICO STRESSZÁLLAPOTOKRA. EBBEN A PROJEKTBEN ELŐSZÖR A SZEMÉSZETI TECHNIKÁK ALKALMAZÁSÁNAK EGYIK FŐ PROBLÉMÁJÁVAL KÍVÁNUNK FOGLALKOZNI E FAJ TANULMÁNYOZÁSA SORÁN, AMI A NAGY MENNYISÉGŰ ADAT KÖZÖS ELEMZÉSÉHEZ SZÜKSÉGES BIOINFORMATIKUS ESZKÖZÖK HIÁNYA ANNAK ÉRDEKÉBEN, HOGY AZONOSÍTANI LEHESSEN AZOKAT AZ ÚJ GÉNEKET, AMELYEK RÉSZT VESZNEK VAGY SZABÁLYOZZÁK EGY BIZONYOS METABOLIKUS ÚTVONALAT. EZEK AZ ESZKÖZÖK A FOTORRESPIRACION-BAN ÉS A FLAVONOIDOK ÉS IZOLAVONOIDOK BIOSZINTÉZISÉBEN RÉSZT VEVŐ ÚJ GÉNEK KERESÉSÉRE SZOLGÁLNAK. EZ A KÉT ÚT ALAPVETŐ FONTOSSÁGÚ A HÜVELYESEK METABOLIZMUSA ÉS TERMELÉKENYSÉGE SZEMPONTJÁBÓL: EGYRÉSZT MAGAS METABOLIKUS ÁRAMLÁSÚ ÚTVONALAKRÓL VAN SZÓ, MÁSRÉSZT RÉSZT VESZNEK A NÖVÉNYNEK A KÜLÖNBÖZŐ STRESSZHELYZETEKRE ADOTT VÁLASZÁBAN, AZ ABIOTICO-BAN, AMELY AZ EGYIK OLYAN TÉNYEZŐ, AMELY LEGINKÁBB KORLÁTOZZA A LOTUS TERMESZTETT FAJAINAK ÉS MÁS HÜVELYESEK TERMELÉKENYSÉGÉT. A FOTORRESPIRACION ESETÉBEN A METABOLITOK KÜLÖNBÖZŐ ORGANULOS-OK KÖZÖTTI TRANSZPORTFOLYAMATAIBAN ÉS EZEN ÚTVONAL TRANSZKRIPCIÓS SZABÁLYOZÁSÁBAN RÉSZT VEVŐ ÚJ GÉNEK AZONOSÍTÁSA, KÉT, EDDIG KEVÉSSÉ TANULMÁNYOZOTT TÉMA. MIUTÁN AZONOSÍTOTTÁK AZ ÉRDEKLŐDÉSRE SZÁMOT TARTÓ GÉNEKET, AZ L. JAPONICUS MUTÁNS VONALAIT A REVERZ GENETIKÁHOZ JELENLEG RENDELKEZÉSRE ÁLLÓ KÜLÖNBÖZŐ GYŰJTEMÉNYEKBŐL NYERIK (TILLING ÉS LORE TRANSPOSON INSERTION MUTANTS1), ÉS FENOTÍPUSOS JELLEMZÉSÉT VÉGZIK, VALAMINT A TRANSCRIPTOMICA ÉS A METABOLOMICA ÚJ TANULMÁNYAIT. A FOTORRESPIRATORY GÉNEKNEK AZ ABIOTICO STRESSZHELYZETEKRE ADOTT TRANSZKRIPCIÓS VÁLASZÁNAK TANULMÁNYOZÁSÁT IS ELMÉLYÍTJÜK, HASONLÓAN AZOKHOZ, AMELYEK ÁLTALÁBAN JELEN VANNAK A LOTUS TERMESZTÉSÉNEK TERÜLETÉN, FELHASZNÁLVA A LABORATÓRIUMUNKBAN KORÁBBAN IZOLÁLT VADON ÉLŐ NÖVÉNYEKET ÉS MUTÁNSOKAT. A PROJEKT MÁSIK CÉLJA A KÜLÖNBÖZŐ TÍPUSÚ ABIOTICO STRESSZNEK KITETT VADON ÉLŐ NÖVÉNYEK ÉS MUTÁNSOK ÁLTAL ELŐÁLLÍTOTT MÁSODLAGOS METABOLITPROFILOK ELŐÁLLÍTÁSA, KÜLÖNÖS TEKINTETTEL A FLAVONOIDOKRA ÉS AZ IZOFLAVONOIDOKRA. AMELLETT, HOGY KÉPES ÖSSZEHASONLÍTANI A MÁSODLAGOS METABOLIZMUS VÁLASZÁT KÜLÖNBÖZŐ KÖRÜLMÉNYEK KÖZÖTT, VÁRHATÓAN KÉPES LESZ AZONOSÍTANI AZ L. JAPONICUS ÁLTAL A STRESSZRE ADOTT VÁLASZKÉNT TERMELT ÚJ METABOLITOKAT IS. A KIFEJLESZTETT BIOINFORMATIKAI ESZKÖZÖK FELHASZNÁLÁSÁVAL AZ IS CÉLJA, HOGY AZONOSÍTSA AZOKAT A TRANSZKRIPCIÓS TÉNYEZŐKET, AMELYEK A HÜVELYESEK BIOSZINTÉZISÉNEK SZABÁLYOZÁSÁBAN SZEREPET JÁTSZANAK, MIVEL EZEK A TÉNYEZŐK TOVÁBBRA SEM AZONOSÍTHATÓK. VÉGÜL A FLAVONOIDOK/ISOFLAVONOIDOK ÉS A FOTORRESPIRACION BIOSZINTÉZISE OLYAN FOLYAMATOK, AMELYEK SZOROSAN KAPCSOLÓDNAK A HÜVELYES CSOMÓK KÉPZŐDÉSÉHEZ. A PROJEKT MÁSIK CÉLJA, HOGY ELMÉLYÍTSE ENNEK A KAPCSOLATNAK A TANULMÁNYOZÁSÁT. A VÁRT EREDMÉNYEK – AMELLETT, HOGY TISZTÁZZÁK EZEN ÚTVONALAK EGYES SZABÁLYOZÁSI MECHANIZMUSAIT – KÜLÖNÖS ÉRDEKLŐDÉST MUTATNAK A HÜVELYESEK ABIOTICO STRESSZHELYZETEKRE ADOTT VÁLASZÁNAK MEGÉRTÉSÉBEN, AMELY KULCSFONTOSSÁGÚ TÉMA A FENNTARTHATÓ MEZŐGAZDASÁGBAN. (Hungarian)
17 August 2022
0 references
ТОЗИ ПРОЕКТ СЕ ФОКУСИРА ВЪРХУ БОБОВИЯ LOTUS JAPONICUS, РАСТЕНИЕ, КОЕТО СЕ ИЗПОЛЗВА КАТО МОДЕЛ ЗА ИЗСЛЕДВАНЕ НА КУЛТИВИРАНИ ВИДОВЕ ОТ LOTUS ОТ ГОЛЯМ ИНТЕРЕС AGRONOMICO И ДРУГИ БОБОВИ РАСТЕНИЯ. В НАШАТА ЛАБОРАТОРИЯ РАБОТИМ С ТОЗИ ЗАВОД В ПРОДЪЛЖЕНИЕ НА 20 ГОДИНИ И НАСКОРО ПУБЛИКУВАХМЕ НЯКОЛКО ТВОРБИ ПО НЕГОВАТА TRANSCRIPTOMICA И METABOLOMICA РЕАКЦИЯ НА ABIOTICO СТРЕСОВИ СЪСТОЯНИЯ. В ТОЗИ ПРОЕКТ ИСКАМЕ ПЪРВО ДА РАЗГЛЕДАМЕ ЕДИН ОТ ОСНОВНИТЕ ПРОБЛЕМИ ПРИ ИЗПОЛЗВАНЕТО НА ОМИЧНИ ТЕХНИКИ В ИЗСЛЕДВАНЕТО НА ТОЗИ ВИД, А ИМЕННО ЛИПСАТА НА БИОИНФОРМАТИЧНИ ИНСТРУМЕНТИ ЗА СЪВМЕСТЕН АНАЛИЗ НА ГОЛЕМИ КОЛИЧЕСТВА ДАННИ, ЗА ДА СЕ ИДЕНТИФИЦИРАТ НОВИ ГЕНИ, КОИТО УЧАСТВАТ ИЛИ КОНТРОЛИРАТ ОПРЕДЕЛЕН МЕТАБОЛИТЕН ПЪТ. СЛЕД КАТО ТЕЗИ ИНСТРУМЕНТИ БЪДАТ РАЗРАБОТЕНИ, ТЕ ЩЕ БЪДАТ ИЗПОЛЗВАНИ ЗА ТЪРСЕНЕ НА НОВИ ГЕНИ, УЧАСТВАЩИ ВЪВ FOTORRESPIRACION И БИОСИНТЕЗА НА ФЛАВОНОИДИ И ИЗОФЛАВОНОИДИ. ТЕЗИ ДВА ПЪТЯ СА ОТ РЕШАВАЩО ЗНАЧЕНИЕ ЗА МЕТАБОЛИЗМА И ПРОИЗВОДИТЕЛНОСТТА НА БОБОВИТЕ РАСТЕНИЯ: ОТ ЕДНА СТРАНА, ТЕ СА ПЪТИЩА С ВИСОК МЕТАБОЛИЧЕН ПОТОК, А ОТ ДРУГА, УЧАСТВАТ В РЕАКЦИЯТА НА РАСТЕНИЕТО КЪМ РАЗЛИЧНИ УСЛОВИЯ НА СТРЕС ABIOTICO, ЕДИН ОТ ФАКТОРИТЕ, КОИТО НАЙ-МНОГО ОГРАНИЧАВАТ ПРОИЗВОДИТЕЛНОСТТА НА КУЛТИВИРАНИТЕ ВИДОВЕ LOTUS, КАКТО И НА ДРУГИ БОБОВИ РАСТЕНИЯ. ЩО СЕ ОТНАСЯ ДО FOTORRESPIRACION, ТОЙ Е ПРЕДНАЗНАЧЕН ДА ИДЕНТИФИЦИРА НОВИ ГЕНИ, УЧАСТВАЩИ В ПРОЦЕСИТЕ НА ТРАНСПОРТИРАНЕ НА МЕТАБОЛИТИ МЕЖДУ РАЗЛИЧНИ ORGANULOS, И В ТРАНСКРИПЦИОННОТО РЕГУЛИРАНЕ НА ТОЗИ ПЪТ — ДВЕ ТЕМИ, КОИТО СА СЛАБО ПРОУЧЕНИ ДОСЕГА. СЛЕД КАТО БЪДАТ ИДЕНТИФИЦИРАНИ СЪОТВЕТНИТЕ ГЕНИ, МУТАНТНИТЕ ЛИНИИ НА L. JAPONICUS СЕ ПОЛУЧАВАТ ОТ РАЗЛИЧНИТЕ КОЛЕКЦИИ, КОИТО ВЕЧЕ СА НА РАЗПОЛОЖЕНИЕ ЗА ОБРАТНА ГЕНЕТИКА (ИМПУЛИРАНЕ MUTANTS1), И ТЯХНОТО ФЕНОТИПНО ХАРАКТЕРИЗИРАНЕ, КАКТО И НОВИ ПРОУЧВАНИЯ НА TRANSCRIPTOMICA И METABOLOMICA. СЪЩО ТАКА ЩЕ ЗАДЪЛБОЧИМ ИЗСЛЕДВАНЕТО НА ТРАНСКРИПЦИОННИЯ ОТГОВОР НА ГЕНИТЕ FOTORRESPIRATORY КЪМ СИТУАЦИИ НА ABIOTICO СТРЕС, ПОДОБНИ НА ТЕЗИ, КОИТО ОБИКНОВЕНО ПРИСЪСТВАТ В ПОЛЕТАТА, КЪДЕТО СЕ ОТГЛЕЖДА LOTUS, КАТО СЕ ИЗПОЛЗВАТ ДИВИ РАСТЕНИЯ И МУТАНТИ FOTORRESPIRATORIES, ПРЕДВАРИТЕЛНО ИЗОЛИРАНИ В НАШАТА ЛАБОРАТОРИЯ. ДРУГА ЦЕЛ НА ТОЗИ ПРОЕКТ Е ДА СЕ ПОЛУЧАТ ВТОРИЧНИ МЕТАБОЛИТНИ ПРОФИЛИ, ПРОИЗВЕДЕНИ ОТ ДИВИ РАСТЕНИЯ И МУТАНТИ, ПОДЛОЖЕНИ НА РАЗЛИЧНИ ВИДОВЕ СТРЕС ОТ ABIOTICO, С ОСОБЕН ИНТЕРЕС КЪМ ФЛАВОНОИДИТЕ И ИЗОФЛАВОНОИДИТЕ. ОСВЕН ЧЕ Е В СЪСТОЯНИЕ ДА СРАВНИ РЕАКЦИЯТА НА ВТОРИЧНИЯ МЕТАБОЛИЗЪМ ПРИ РАЗЛИЧНИ УСЛОВИЯ, СЕ ОЧАКВА ДА МОЖЕ ДА ИДЕНТИФИЦИРА НОВИ МЕТАБОЛИТИ, ПРОИЗВЕДЕНИ ОТ L. JAPONICUS В ОТГОВОР НА СТРЕСА. С ПОМОЩТА НА РАЗРАБОТЕНИТЕ БИОИНФОРМАТИЧНИ ИНСТРУМЕНТИ СЕ ЦЕЛИ СЪЩО ТАКА ДА СЕ ИДЕНТИФИЦИРАТ ФАКТОРИТЕ ЗА ТРАНСКРИПЦИЯ, КОИТО СА ВКЛЮЧЕНИ В РЕГУЛИРАНЕТО НА БИОСИНТЕЗАТА НА ТЕЗИ СЪЕДИНЕНИЯ В БОБОВИ КУЛТУРИ, ТЪЙ КАТО ТЕЗИ ФАКТОРИ ОСТАВАТ НЕИДЕНТИФИЦИРАНИ. И НАКРАЯ, БИОСИНТЕЗАТА НА ФЛАВОНОИДИ/ИЗОФЛАВОНОИДИ И FOTORRESPIRACION СА ПРОЦЕСИ, КОИТО СА ТЯСНО СВЪРЗАНИ С ОБРАЗУВАНЕТО НА ВЪЗЛИ В БОБОВИ КУЛТУРИ. ДРУГА ЦЕЛ НА ТОЗИ ПРОЕКТ Е ДА СЕ ЗАДЪЛБОЧИ ИЗУЧАВАНЕТО НА ТЕЗИ ОТНОШЕНИЯ. ОЧАКВАНИТЕ РЕЗУЛТАТИ, В ДОПЪЛНЕНИЕ КЪМ ИЗЯСНЯВАНЕТО НА НЯКОИ ОТ РЕГУЛАТОРНИТЕ МЕХАНИЗМИ НА ТЕЗИ МАРШРУТИ, МОГАТ ДА БЪДАТ ОТ ОСОБЕН ИНТЕРЕС ЗА РАЗБИРАНЕТО НА РЕАКЦИЯТА НА БОБОВИТЕ РАСТЕНИЯ НА СТРЕСОВИТЕ УСЛОВИЯ ABIOTICO, КОЯТО Е ИЗКЛЮЧИТЕЛНО ВАЖНА ТЕМА В УСТОЙЧИВОТО СЕЛСКО СТОПАНСТВО. (Bulgarian)
17 August 2022
0 references
ŠIAME PROJEKTE DAUGIAUSIA DĖMESIO SKIRIAMA ANKŠTINIAM LOTUS JAPONICUS, AUGALUI, KURIS NAUDOJAMAS KAIP LABAI ĮDOMIŲ LOTUS IR KITŲ ANKŠTINIŲ AUGALŲ AUGINAMŲ RŪŠIŲ TYRIMO MODELIS. MŪSŲ LABORATORIJOJE MES DIRBAME SU ŠIA GAMYKLA 20 METŲ IR NESENIAI PASKELBĖME KELETĄ DARBŲ SAVO TRANSCRIPTOMICA IR METABOLOMICA ATSAKUI Į ABIOTICO STRESO SĄLYGAS. ŠIAME PROJEKTE PIRMIAUSIA NORIME ATKREIPTI DĖMESĮ Į VIENĄ IŠ PAGRINDINIŲ PROBLEMŲ, SUSIJUSIŲ SU OMINIŲ METODŲ NAUDOJIMU TIRIANT ŠIĄ RŪŠĮ, T. Y. BIOINFORMATIKOS PRIEMONIŲ, SKIRTŲ BENDRAI DIDELIO DUOMENŲ KIEKIO ANALIZEI, SIEKIANT NUSTATYTI NAUJUS GENUS, KURIE DALYVAUJA ARBA KONTROLIUOJA TAM TIKRĄ MEDŽIAGŲ APYKAITOS BŪDĄ, STOKA. KAI ŠIOS PRIEMONĖS BUS SUKURTOS, JIE BUS NAUDOJAMI IEŠKOTI NAUJŲ GENŲ, DALYVAUJANČIŲ FOTORRESPIRACION IR FLAVONOIDŲ IR IZOFLAVONOIDŲ BIOSINTEZĖS. ŠIE DU BŪDAI YRA LABAI SVARBŪS ANKŠTINIŲ AUGALŲ METABOLIZMUI IR PRODUKTYVUMUI: VIENA VERTUS, JIE YRA KELIAI SU DIDELIU METABOLINIU SRAUTU IR, KITA VERTUS, YRA SUSIJĘ SU AUGALO REAKCIJA Į SKIRTINGAS STRESO ABIOTICO SĄLYGAS – VIENĄ IŠ VEIKSNIŲ, LABIAUSIAI RIBOJANČIŲ AUGINAMŲ LOTUS RŪŠIŲ IR KITŲ ANKŠTINIŲ AUGALŲ PRODUKTYVUMĄ. FOTORRESPIRACION ATVEJU SIEKIAMA NUSTATYTI NAUJUS GENUS, DALYVAUJANČIUS METABOLITŲ TRANSPORTAVIMO TARP SKIRTINGŲ ORGANULOS PROCESUOSE IR ŠIO BŪDO TRANSKRIPCIJOS REGLAMENTE – DVI IKI ŠIOL MAŽAI IŠTIRTOS TEMOS. IDENTIFIKAVUS DOMINANČIUS GENUS, L. JAPONICUS MUTANTINĖS LINIJOS GAUNAMOS IŠ ĮVAIRIŲ KOLEKCIJŲ, KURIOS DABAR YRA PRIEINAMOS ATVIRKŠTINEI GENETIKAI (MUTANTS1 ĮTERPIMO IR LORE TRANSPOZONO ĮTERPIMO) IR JŲ FENOTIPINIAM CHARAKTERIZAVIMUI, TAIP PAT NAUJIEMS TRANSCRIPTOMICA IR METABOLOMICA TYRIMAMS. TAIP PAT GILINSIME FOTORRESPIRATORY GENŲ TRANSKRIPCINIO ATSAKO Į ABIOTICO STRESO SITUACIJAS TYRIMĄ, PANAŠŲ Į TUOS, KURIE PAPRASTAI BŪNA LAUKUOSE, KURIUOSE AUGINAMI LOTUS, NAUDOJANT LAUKINIUS AUGALUS IR MUTANTUS FOTORRESPIRATORIES, ANKSČIAU IZOLIUOTUS MŪSŲ LABORATORIJOJE. KITAS ŠIO PROJEKTO TIKSLAS – GAUTI ANTRINIUS METABOLITŲ PROFILIUS, GAUTUS LAUKINIŲ AUGALŲ IR MUTANTŲ, PATIRIANČIŲ ĮVAIRIŲ TIPŲ ABIOTICO STRESĄ, YPATINGĄ DĖMESĮ SKIRIANT FLAVONOIDAMS IR IZOFLAVONOMOIDAMS. BE TO, KAD BŪTŲ GALIMA PALYGINTI ANTRINIO METABOLIZMO ATSAKĄ SKIRTINGOMIS SĄLYGOMIS, TIKIMASI, KAD JIS GALĖS NUSTATYTI NAUJUS L. JAPONICUS GAMINAMUS METABOLITUS REAGUOJANT Į STRESĄ. NAUDOJANT SUKURTAS BIOINFORMATIKOS PRIEMONES TAIP PAT SIEKIAMA NUSTATYTI TRANSKRIPCIJOS VEIKSNIUS, SUSIJUSIUS SU ŠIŲ JUNGINIŲ BIOSINTEZĖS ANKŠTINIUOSE AUGALUOSE REGLAMENTAVIMU, NES ŠIE VEIKSNIAI LIEKA NENUSTATYTI. GALIAUSIAI FLAVONOIDŲ/IZOFLAVONOIDŲ IR FOTORRESPIRACION BIOSINTEZĖ YRA PROCESAI, GLAUDŽIAI SUSIJĘ SU ANKŠTINIŲ AUGALŲ MAZGELIŲ SUSIDARYMU. KITAS ŠIO PROJEKTO TIKSLAS – GILINTI ŠIŲ SANTYKIŲ TYRIMĄ. LAUKIAMI REZULTATAI NE TIK PAAIŠKINA KAI KURIUOS ŠIŲ MARŠRUTŲ REGULIAVIMO MECHANIZMUS, BET IR GALI BŪTI YPAČ SVARBŪS SIEKIANT SUPRASTI, KAIP ANKŠTINIAI AUGALAI REAGUOJA Į ABIOTICO NEPALANKIAS SĄLYGAS, KURIOS YRA LABAI SVARBIOS TVARAUS ŽEMĖS ŪKIO SRITYJE. (Lithuanian)
17 August 2022
0 references
OVAJ PROJEKT FOKUSIRA SE NA MAHUNARKE LOTUS JAPONICUS, BILJKE KOJA SE KORISTI KAO MODEL ZA PROUČAVANJE KULTIVIRANIH VRSTA LOTUS OD VELIKOG INTERESA AGRONOMICO I DRUGIH MAHUNARKI. U NAŠEM LABORATORIJU SURAĐUJEMO S OVOM BILJKOM VEĆ 20 GODINA, A NEDAVNO SMO OBJAVILI NEKOLIKO RADOVA NA NJIHOVOM ODGOVORU TRANSCRIPTOMICA I METABOLOMICA NA STRESNE UVJETE ABIOTICO. U OVOM PROJEKTU PRVO ŽELIMO RIJEŠITI JEDAN OD GLAVNIH PROBLEMA ZA PRIMJENU OMIČKIH TEHNIKA U PROUČAVANJU OVE VRSTE, A TO JE NEDOSTATAK BIOINFORMATIČKIH ALATA ZA ZAJEDNIČKU ANALIZU VELIKIH KOLIČINA PODATAKA KAKO BI SE IDENTIFICIRALI NOVI GENI KOJI SUDJELUJU ILI KONTROLIRAJU ODREĐENI METABOLIČKI PUT. NAKON ŠTO SE TI ALATI RAZVIJU, ONI ĆE SE KORISTITI ZA TRAŽENJE NOVIH GENA UKLJUČENIH U FOTORRESPIRACION I BIOSINTEZU FLAVONOIDA I IZOFLAVONOIDA. TA SU DVA NAČINA OD KLJUČNE VAŽNOSTI ZA METABOLIZAM I PRODUKTIVNOST MAHUNARKI: S JEDNE STRANE, TO SU PUTOVI S VISOKIM METABOLIČKIM PROTOKOM, A S DRUGE STRANE UKLJUČENI SU U ODGOVOR BILJKE NA RAZLIČITE UVJETE STRESA ABIOTICO, JEDAN OD ČIMBENIKA KOJI NAJVIŠE OGRANIČAVA PRODUKTIVNOST KULTIVIRANIH VRSTA LOTUS KAO I DRUGIH MAHUNARKI. U SLUČAJU LIJEKA FOTORRESPIRACION, NAMIJENJEN JE ZA IDENTIFIKACIJU NOVIH GENA UKLJUČENIH U TRANSPORTNE PROCESE METABOLITA IZMEĐU RAZLIČITIH ORGANULOS-A I U TRANSKRIPCIJSKOJ REGULACIJI OVOG PUTA, DVIJE TEME KOJE SU DO SADA MALO ISTRAŽENE. NAKON ŠTO SE IDENTIFICIRAJU GENI OD INTERESA, MUTANTNE LINIJE L. JAPONICUS DOBIVAJU SE IZ RAZLIČITIH ZBIRKI KOJE SU SADA DOSTUPNE ZA REVERZNU GENETIKU (TILIRANJE I UMETANJE LORE TRANSPOSONA MUTANTS1), A NJIHOVA FENOTIPSKA KARAKTERIZACIJA PROVEST ĆE SE KAO I NOVA ISPITIVANJA TRANSCRIPTOMICA I METABOLOMICA. TAKOĐER ĆEMO PRODUBITI PROUČAVANJE TRANSKRIPCIJSKOG ODGOVORA GENA FOTORRESPIRATORY NA SITUACIJE ABIOTICO STRESA SLIČNE ONIMA KOJE SU OBIČNO PRISUTNE NA POLJIMA GDJE SE UZGAJA LOTUS, KORISTEĆI DIVLJE BILJKE I MUTANTE FOTORRESPIRATORIES KOJI SU PRETHODNO IZOLIRANI U NAŠEM LABORATORIJU. DRUGI JE CILJ OVOG PROJEKTA DOBIVANJE SEKUNDARNIH PROFILA METABOLITA KOJE PROIZVODE DIVLJE BILJKE I MUTANTI IZLOŽENI RAZLIČITIM VRSTAMA STRESA ABIOTICO, S POSEBNIM INTERESOM ZA FLAVONOIDE I IZOFLAVONOIDE. OSIM ŠTO MOŽE USPOREDITI ODGOVOR SEKUNDARNOG METABOLIZMA U RAZLIČITIM UVJETIMA, OČEKUJE SE DA ĆE MOĆI IDENTIFICIRATI NOVE METABOLITE KOJE PROIZVODI L. JAPONICUS KAO ODGOVOR NA STRES. KORIŠTENJEM RAZVIJENIH BIOINFORMATIČKIH ALATA TAKOĐER SE ŽELI UTVRDITI TRANSKRIPCIJSKI FAKTORI KOJI SU UKLJUČENI U REGULACIJU BIOSINTEZE TIH SPOJEVA U MAHUNARKAMA, BUDUĆI DA TI ČIMBENICI OSTAJU NEIDENTIFICIRANI. KONAČNO, BIOSINTEZA FLAVONOIDA/IZOFLAVONOIDA I FOTORRESPIRACION SU PROCESI KOJI SU USKO POVEZANI SA STVARANJEM ČVOROVA U MAHUNARKAMA. DRUGI JE CILJ OVOG PROJEKTA PRODUBITI PROUČAVANJE TOG ODNOSA. OČEKIVANI REZULTATI, UZ POJAŠNJENJE NEKIH REGULATORNIH MEHANIZAMA TIH PUTOVA, MOGU BITI OD POSEBNOG INTERESA ZA RAZUMIJEVANJE ODGOVORA MAHUNARKI NA STRESNE UVJETE DRUŠTVA ABIOTICO, ŠTO JE KLJUČNA TEMA U ODRŽIVOJ POLJOPRIVREDI. (Croatian)
17 August 2022
0 references
DETTA PROJEKT FOKUSERAR PÅ BALJVÄXTEN LOTUS JAPONICUS, EN VÄXT SOM ANVÄNDS SOM MODELL FÖR STUDIEN AV ODLADE ARTER AV LOTUS AV STORT INTRESSE AGRONOMICO OCH ANDRA BALJVÄXTER. I VÅRT LABORATORIUM HAR VI ARBETAT MED DENNA ANLÄGGNING I 20 ÅR OCH VI HAR NYLIGEN PUBLICERAT FLERA VERK OM DESS TRANSCRIPTOMICA OCH METABOLOMICA SVAR PÅ ABIOTICO STRESSFÖRHÅLLANDEN. I DETTA PROJEKT VILL VI FÖRST TA ITU MED ETT AV DE STÖRSTA PROBLEMEN FÖR ANVÄNDNINGEN AV OMISKA TEKNIKER I STUDIEN AV DENNA ART, VILKET ÄR BRISTEN PÅ BIOINFORMATISKA VERKTYG FÖR GEMENSAM ANALYS AV STORA MÄNGDER DATA FÖR ATT IDENTIFIERA NYA GENER SOM DELTAR ELLER STYR EN VISS METABOLISK VÄG. NÄR DESSA VERKTYG HAR UTVECKLATS KOMMER DE ATT ANVÄNDAS FÖR ATT SÖKA EFTER NYA GENER SOM ÄR INVOLVERADE I FOTORRESPIRACION OCH BIOSYNTES AV FLAVONOIDER OCH ISOFLAVONOIDER. DESSA TVÅ VÄGAR ÄR AV AVGÖRANDE BETYDELSE FÖR BALJVÄXTERNAS ÄMNESOMSÄTTNING OCH PRODUKTIVITET: Å ENA SIDAN ÄR DE RUTTER MED ETT HÖGT METABOLISKT FLÖDE OCH Å ANDRA SIDAN ÄR INVOLVERADE I ANLÄGGNINGENS REAKTION PÅ OLIKA STRESSFÖRHÅLLANDEN ABIOTICO, EN AV DE FAKTORER SOM MEST BEGRÄNSAR PRODUKTIVITETEN HOS ODLADE ARTER AV LOTUS SAMT ANDRA BALJVÄXTER. NÄR DET GÄLLER FOTORRESPIRACION ÄR AVSIKTEN ATT IDENTIFIERA NYA GENER SOM ÄR INVOLVERADE I TRANSPORTPROCESSERNA FÖR METABOLITER MELLAN OLIKA ORGANULOS OCH I TRANSKRIPTIONSREGLERINGEN AV DENNA VÄG, TVÅ ÄMNEN SOM HITTILLS INTE STUDERATS SÄRSKILT MYCKET. NÄR GENERNA AV INTRESSE HAR IDENTIFIERATS, MUTANTA LINJER AV L. JAPONICUS ERHÅLLS FRÅN DE OLIKA SAMLINGAR SOM NU ÄR TILLGÄNGLIGA FÖR OMVÄND GENETIK (TILLING OCH LORE TRANSPOSON INSERTION MUTANTS1), OCH DERAS FENOTYPISKA KARAKTERISERING KOMMER ATT UTFÖRAS SAMT NYA STUDIER AV TRANSCRIPTOMICA OCH METABOLOMICA. VI KOMMER OCKSÅ ATT FÖRDJUPA STUDIEN AV TRANSKRIPTIONELLA SVAR FRÅN FOTORRESPIRATORY GENER PÅ SITUATIONER AV ABIOTICO STRESS LIKNANDE DEM SOM VANLIGTVIS FÖREKOMMER I FÄLTEN DÄR LOTUS ODLAS, MED HJÄLP AV VILDA VÄXTER OCH MUTANTER FOTORRESPIRATORIES TIDIGARE ISOLERADE I VÅRT LABORATORIUM. ETT ANNAT SYFTE MED DETTA PROJEKT ÄR ATT ERHÅLLA SEKUNDÄRA METABOLITPROFILER SOM PRODUCERAS AV VILDA VÄXTER OCH MUTANTER SOM UTSÄTTS FÖR OLIKA TYPER AV ABIOTICO-STRESS, MED SÄRSKILT INTRESSE FÖR FLAVONOIDER OCH ISOFLAVONOIDER. FÖRUTOM ATT KUNNA JÄMFÖRA SVARET PÅ SEKUNDÄR METABOLISM UNDER OLIKA FÖRHÅLLANDEN, FÖRVÄNTAS DET KUNNA IDENTIFIERA NYA METABOLITER SOM PRODUCERAS AV L. JAPONICUS SOM SVAR PÅ STRESS. MED HJÄLP AV DE BIOINFORMATISKA VERKTYG SOM TAGITS FRAM ÄR AVSIKTEN OCKSÅ ATT IDENTIFIERA DE TRANSKRIPTIONSFAKTORER SOM INGÅR I FÖRORDNINGEN OM BIOSYNTESEN AV DESSA FÖRENINGAR I BALJVÄXTER, EFTERSOM DESSA FAKTORER FORTFARANDE ÄR OIDENTIFIERADE. SLUTLIGEN ÄR BIOSYNTESEN AV FLAVONOIDER/ISOFLAVONOIDER OCH FOTORRESPIRACION PROCESSER SOM ÄR NÄRA RELATERADE TILL BILDANDET AV KNÖLAR I BALJVÄXTER. ETT ANNAT SYFTE MED DETTA PROJEKT ÄR ATT FÖRDJUPA STUDIEN AV DETTA FÖRHÅLLANDE. DE FÖRVÄNTADE RESULTATEN KAN, FÖRUTOM ATT KLARGÖRA VISSA REGLERINGSMEKANISMER FÖR DESSA RUTTER, VARA AV SÄRSKILT INTRESSE FÖR ATT FÖRSTÅ HUR BALJVÄXTER REAGERAR PÅ ABIOTICO:S STRESSFÖRHÅLLANDEN, VILKET ÄR EN VIKTIG FRÅGA FÖR HÅLLBART JORDBRUK. (Swedish)
17 August 2022
0 references
ACEST PROIECT SE CONCENTREAZĂ PE LEGUMINOASELE LOTUS JAPONICUS, O PLANTĂ CARE ESTE UTILIZATĂ CA MODEL PENTRU STUDIUL SPECIILOR CULTIVATE DE LOTUS DE MARE INTERES AGRONOMICO ȘI ALTE LEGUMINOASE. ÎN LABORATORUL NOSTRU LUCRĂM CU ACEASTĂ FABRICĂ DE 20 DE ANI ȘI AM PUBLICAT RECENT MAI MULTE LUCRĂRI PRIVIND RĂSPUNSUL TRANSCRIPTOMICA ȘI METABOLOMICA LA CONDIȚIILE DE STRES ABIOTICO. ÎN ACEST PROIECT DORIM SĂ ABORDĂM MAI ÎNTÂI UNA DINTRE PRINCIPALELE PROBLEME PENTRU UTILIZAREA TEHNICILOR OMICE ÎN STUDIUL ACESTEI SPECII, ȘI ANUME LIPSA INSTRUMENTELOR BIOINFORMATICE PENTRU ANALIZA COMUNĂ A UNOR CANTITĂȚI MARI DE DATE ÎN VEDEREA IDENTIFICĂRII GENELOR NOI CARE PARTICIPĂ SAU CONTROLEAZĂ O ANUMITĂ CALE METABOLICĂ. ODATĂ CE ACESTE INSTRUMENTE SUNT DEZVOLTATE, ELE VOR FI UTILIZATE PENTRU A CĂUTA NOI GENE IMPLICATE ÎN FOTORRESPIRACION ȘI BIOSINTEZA FLAVONOIDELOR ȘI IZOFLAVONOIDELOR. ACESTE DOUĂ CĂI SUNT DE O IMPORTANȚĂ CRUCIALĂ PENTRU METABOLISMUL ȘI PRODUCTIVITATEA LEGUMINOASELOR: PE DE O PARTE, ACESTEA SUNT RUTE CU UN FLUX METABOLIC RIDICAT, IAR PE DE ALTĂ PARTE SUNT IMPLICATE ÎN RĂSPUNSUL PLANTEI LA DIFERITE CONDIȚII DE STRES ABIOTICO, UNUL DINTRE FACTORII CARE LIMITEAZĂ CEL MAI MULT PRODUCTIVITATEA SPECIILOR CULTIVATE DE LOTUS, PRECUM ȘI A ALTOR LEGUMINOASE. ÎN CAZUL FOTORRESPIRACION, SE URMĂREȘTE IDENTIFICAREA DE NOI GENE IMPLICATE ÎN PROCESELE DE TRANSPORT AL METABOLIȚILOR ÎNTRE DIFERITE ORGANULOS ȘI ÎN REGULAMENTUL TRANSCRIPȚIONAL AL ACESTEI CĂI, DOUĂ SUBIECTE CARE AU FOST PUȚIN STUDIATE PÂNĂ ÎN PREZENT. DUPĂ IDENTIFICAREA GENELOR DE INTERES, SE OBȚIN LINII MUTANTE DE L. JAPONICUS DIN DIFERITELE COLECȚII CARE SUNT DISPONIBILE ÎN PREZENT PENTRU GENETICA INVERSĂ (PLASAREA ȘI INTRODUCEREA TRANSPOSONULUI LOR MUTANTS1) ȘI CARACTERIZAREA FENOTIPICĂ A ACESTORA, PRECUM ȘI NOI STUDII PRIVIND TRANSCRIPTOMICA ȘI METABOLOMICA. VOM APROFUNDA, DE ASEMENEA, STUDIUL RĂSPUNSULUI TRANSCRIPȚIONAL AL GENELOR FOTORRESPIRATORY LA SITUAȚII DE STRES ABIOTICO SIMILARE CU CELE CARE SUNT DE OBICEI PREZENTE ÎN CÂMPURILE ÎN CARE SE CULTIVĂ LOTUS, FOLOSIND PLANTE SĂLBATICE ȘI MUTANȚI FOTORRESPIRATORIES IZOLATE ANTERIOR ÎN LABORATORUL NOSTRU. UN ALT OBIECTIV AL ACESTUI PROIECT ESTE OBȚINEREA PROFILURILOR METABOLIȚILOR SECUNDARI PRODUȘI DE PLANTE SĂLBATICE ȘI MUTANȚI SUPUȘI DIFERITELOR TIPURI DE STRES ABIOTICO, CU UN INTERES DEOSEBIT PENTRU FLAVONOIDE ȘI IZOFLAVONOIDE. PE LÂNGĂ POSIBILITATEA DE A COMPARA RĂSPUNSUL METABOLIZĂRII SECUNDARE ÎN DIFERITE CONDIȚII, ESTE DE AȘTEPTAT SĂ POATĂ IDENTIFICA NOI METABOLIȚI PRODUȘI DE L. JAPONICUS CA RĂSPUNS LA STRES. FOLOSIND INSTRUMENTELE BIOINFORMATICE DEZVOLTATE, SE URMĂREȘTE, DE ASEMENEA, IDENTIFICAREA FACTORILOR DE TRANSCRIERE CARE SUNT IMPLICAȚI ÎN REGLEMENTAREA BIOSINTEZEI ACESTOR COMPUȘI ÎN LEGUMINOASE, DEOARECE ACEȘTI FACTORI RĂMÂN NEIDENTIFICAȚI. ÎN CELE DIN URMĂ, BIOSINTEZA FLAVONOIDELOR/IZOFLAVONOIDELOR ȘI FOTORRESPIRACION SUNT PROCESE STRÂNS LEGATE DE FORMAREA NODULILOR ÎN LEGUMINOASE. UN ALT OBIECTIV AL ACESTUI PROIECT ESTE APROFUNDAREA STUDIULUI ACESTEI RELAȚII. REZULTATELE PRECONIZATE, PE LÂNGĂ CLARIFICAREA UNORA DINTRE MECANISMELE DE REGLEMENTARE ALE ACESTOR RUTE, POT PREZENTA UN INTERES DEOSEBIT PENTRU ÎNȚELEGEREA RĂSPUNSULUI LEGUMINOASELOR LA CONDIȚIILE DE STRES ABIOTICO, UN SUBIECT ESENȚIAL ÎN AGRICULTURA DURABILĂ. (Romanian)
17 August 2022
0 references
TA PROJEKT SE OSREDOTOČA NA STROČNICO LOTUS JAPONICUS, RASTLINO, KI SE UPORABLJA KOT MODEL ZA PREUČEVANJE GOJENIH VRST LOTUS VELIKEGA POMENA AGRONOMICO IN DRUGE STROČNICE. V NAŠEM LABORATORIJU S TO TOVARNO SODELUJEMO ŽE 20 LET IN PRED KRATKIM SMO OBJAVILI VEČ DEL O NJENEM ODZIVU TRANSCRIPTOMICA IN METABOLOMICA NA STRESNE RAZMERE ABIOTICO. V TEM PROJEKTU ŽELIMO NAJPREJ OBRAVNAVATI ENEGA OD GLAVNIH PROBLEMOV PRI UPORABI OMIČNIH TEHNIK PRI PREUČEVANJU TE VRSTE, TO JE POMANJKANJE BIOINFORMATIČNIH ORODIJ ZA SKUPNO ANALIZO VELIKIH KOLIČIN PODATKOV, DA BI PREPOZNALI NOVE GENE, KI SODELUJEJO ALI NADZORUJEJO DOLOČENO PRESNOVNO POT. KO BODO TA ORODJA RAZVITA, SE BODO UPORABLJALA ZA ISKANJE NOVIH GENOV, VKLJUČENIH V FOTORRESPIRACION IN BIOSINTEZO FLAVONOIDOV IN IZOFLAVONOIDOV. TI DVE POTI STA KLJUČNEGA POMENA ZA PRESNOVO IN PRODUKTIVNOST STROČNIC: PO ENI STRANI GRE ZA POTI Z VISOKIM PRESNOVNIM TOKOM, PO DRUGI STRANI PA SO VKLJUČENE V ODZIV RASTLINE NA RAZLIČNE POGOJE STRESA ABIOTICO, KI JE EDEN OD DEJAVNIKOV, KI NAJBOLJ OMEJUJEJO PRODUKTIVNOST GOJENIH VRST LOTUS IN DRUGIH STROČNIC. V PRIMERU FOTORRESPIRACION NAJ BI SE OPREDELILI NOVI GENI, KI SO VKLJUČENI V PROCESE TRANSPORTA METABOLITOV MED RAZLIČNIMI ORGANULOS-I IN V TRANSKRIPCIJSKO UREDBO TE POTI, DVE TEMI, KI STA BILI DOSLEJ LE MALO RAZISKANI. KO SE ODKRIJEJO GENI, KI VZBUJAJO ZANIMANJE, SE MUTANTNE LINIJE L. JAPONICUS PRIDOBIJO IZ RAZLIČNIH ZBIRK, KI SO ZDAJ NA VOLJO ZA REVERZNO GENETIKO (VSTAVLJANJE TRANSPOSONOV MUTANTS1) IN NJIHOVO FENOTIPSKO KARAKTERIZACIJO TER NOVE ŠTUDIJE TRANSCRIPTOMICA IN METABOLOMICA. PRAV TAKO BOMO POGLOBILI ŠTUDIJO TRANSKRIPCIJSKEGA ODZIVA GENOV FOTORRESPIRATORY NA SITUACIJE STRESA ABIOTICO, PODOBNEGA TISTIM, KI SO OBIČAJNO PRISOTNI NA POLJIH, KJER SE GOJI LOTUS, Z UPORABO DIVJIH RASTLIN IN MUTANTOV FOTORRESPIRATORIES, KI SO BILI PREDHODNO IZOLIRANI V NAŠEM LABORATORIJU. DRUG CILJ TEGA PROJEKTA JE PRIDOBITI SEKUNDARNE PROFILE METABOLITOV, KI JIH PROIZVAJAJO DIVJE RASTLINE IN MUTANTI, IZPOSTAVLJENI RAZLIČNIM VRSTAM STRESA ABIOTICO, S POSEBNIM ZANIMANJEM ZA FLAVONOIDE IN IZOFLAVONOIDE. POLEG TEGA, DA LAHKO PRIMERJA ODZIV SEKUNDARNE PRESNOVE POD RAZLIČNIMI POGOJI, SE PRIČAKUJE, DA BO LAHKO IDENTIFICIRAL NOVE PRESNOVKE, KI JIH PROIZVAJA L. JAPONICUS KOT ODZIV NA STRES. Z UPORABO RAZVITIH BIOINFORMATIČNIH ORODIJ JE NAMENJENA TUDI OPREDELITVI TRANSKRIPCIJSKIH FAKTORJEV, KI SO VKLJUČENI V REGULACIJO BIOSINTEZE TEH SPOJIN V STROČNICAH, SAJ TI DEJAVNIKI OSTAJAJO NEZNANI. NAZADNJE, BIOSINTEZA FLAVONOIDOV/IZOFLAVONOIDOV IN FOTORRESPIRACION STA PROCESA, KI STA TESNO POVEZANA Z NASTAJANJEM VOZLIČEV V STROČNICAH. DRUG CILJ TEGA PROJEKTA JE POGLOBITI PREUČEVANJE TEGA ODNOSA. PRIČAKOVANI REZULTATI, POLEG POJASNITVE NEKATERIH REGULATIVNIH MEHANIZMOV TEH POTI, SO LAHKO ŠE POSEBEJ ZANIMIVI ZA RAZUMEVANJE ODZIVA STROČNIC NA STRESNE RAZMERE ABIOTICO, KI JE KLJUČNA TEMA V TRAJNOSTNEM KMETIJSTVU. (Slovenian)
17 August 2022
0 references
PROJEKT TEN KONCENTRUJE SIĘ NA ROŚLINIE STRĄCZKOWEJ LOTUS JAPONICUS, WYKORZYSTYWANEJ JAKO WZÓR DO BADANIA GATUNKÓW UPRAWNYCH LOTUS O DUŻYM ZAINTERESOWANIU AGRONOMICO I INNYCH ROŚLIN STRĄCZKOWYCH. W NASZYM LABORATORIUM WSPÓŁPRACUJEMY Z TYM ZAKŁADEM OD 20 LAT I NIEDAWNO OPUBLIKOWALIŚMY KILKA PRAC NAD ODPOWIEDZIĄ TRANSCRIPTOMICA I METABOLOMICA NA WARUNKI STRESOWE ABIOTICO. W RAMACH TEGO PROJEKTU CHCEMY NAJPIERW ZAJĄĆ SIĘ JEDNYM Z GŁÓWNYCH PROBLEMÓW ZWIĄZANYCH ZE STOSOWANIEM TECHNIK OMICZNYCH W BADANIU TEGO GATUNKU, JAKIM JEST BRAK NARZĘDZI BIOINFORMATYCZNYCH DO WSPÓLNEJ ANALIZY DUŻYCH ILOŚCI DANYCH W CELU ZIDENTYFIKOWANIA NOWYCH GENÓW, KTÓRE UCZESTNICZĄ LUB KONTROLUJĄ OKREŚLONĄ DROGĘ METABOLICZNĄ. PO OPRACOWANIU TYCH NARZĘDZI BĘDĄ ONE WYKORZYSTYWANE DO POSZUKIWANIA NOWYCH GENÓW ZAANGAŻOWANYCH W FOTORRESPIRACION I BIOSYNTEZĘ FLAWONOIDÓW I IZOFLAWONOIDÓW. TE DWIE DROGI MAJĄ KLUCZOWE ZNACZENIE DLA METABOLIZMU I WYDAJNOŚCI ROŚLIN STRĄCZKOWYCH: Z JEDNEJ STRONY SĄ TO DROGI O WYSOKIM PRZEPŁYWIE METABOLICZNYM, A Z DRUGIEJ SĄ ZAANGAŻOWANE W REAKCJĘ ROŚLINY NA RÓŻNE WARUNKI STRESU ABIOTICO, JEDEN Z CZYNNIKÓW, KTÓRY NAJBARDZIEJ OGRANICZA WYDAJNOŚĆ UPRAWIANYCH GATUNKÓW LOTUS I INNYCH ROŚLIN STRĄCZKOWYCH. W PRZYPADKU FOTORRESPIRACION MA ON NA CELU ZIDENTYFIKOWANIE NOWYCH GENÓW UCZESTNICZĄCYCH W PROCESACH TRANSPORTU METABOLITÓW MIĘDZY RÓŻNYMI ORGANULOSAMI ORAZ W ROZPORZĄDZENIU TRANSKRYPCYJNYM TEJ TRASY, KTÓRE TO DWA TEMATY BYŁY DOTYCHCZAS MAŁO BADANE. PO ZIDENTYFIKOWANIU GENÓW BĘDĄCYCH PRZEDMIOTEM ZAINTERESOWANIA, ZMUTOWANE LINIE L. JAPONICUS SĄ UZYSKIWANE Z RÓŻNYCH ZBIORÓW, KTÓRE SĄ OBECNIE DOSTĘPNE DLA GENETYKI ODWROTNEJ (PRZECHYLANIE I WSTAWIANIE TRANSPOSONÓW MUTANTS1), A ICH CHARAKTERYSTYKA FENOTYPOWA ZOSTANIE PRZEPROWADZONA, A TAKŻE NOWE BADANIA TRANSCRIPTOMICA I METABOLOMICA. POGŁĘBIMY RÓWNIEŻ BADANIE REAKCJI TRANSKRYPCYJNEJ GENÓW FOTORRESPIRATORY NA SYTUACJE STRESU ABIOTICO PODOBNE DO TYCH, KTÓRE SĄ ZWYKLE OBECNE NA POLACH, W KTÓRYCH UPRAWIA SIĘ LOTUS, PRZY UŻYCIU DZIKICH ROŚLIN I MUTANTÓW FOTORRESPIRATORIES WCZEŚNIEJ WYIZOLOWANYCH W NASZYM LABORATORIUM. KOLEJNYM CELEM TEGO PROJEKTU JEST UZYSKANIE PROFILI METABOLITÓW WTÓRNYCH WYTWARZANYCH PRZEZ DZIKIE ROŚLINY I MUTACJE PODDANE RÓŻNYM RODZAJOM STRESU ABIOTICO, ZE SZCZEGÓLNYM ZAINTERESOWANIEM FLAWONOIDAMI I IZOFLAWONOIDAMI. OPRÓCZ MOŻLIWOŚCI PORÓWNANIA REAKCJI WTÓRNEGO METABOLIZMU W RÓŻNYCH WARUNKACH, OCZEKUJE SIĘ, ŻE BĘDZIE W STANIE ZIDENTYFIKOWAĆ NOWE METABOLITY WYTWARZANE PRZEZ L. JAPONICUS W ODPOWIEDZI NA STRES. PRZY UŻYCIU OPRACOWANYCH NARZĘDZI BIOINFORMATYCZNYCH MA ON RÓWNIEŻ NA CELU IDENTYFIKACJĘ CZYNNIKÓW TRANSKRYPCYJNYCH, KTÓRE SĄ ZWIĄZANE Z ROZPORZĄDZENIEM W SPRAWIE BIOSYNTEZY TYCH ZWIĄZKÓW W ROŚLINACH STRĄCZKOWYCH, PONIEWAŻ CZYNNIKI TE POZOSTAJĄ NIEZIDENTYFIKOWANE. PONADTO BIOSYNTEZA FLAWONOIDÓW/ISOFLAWONOIDÓW I FOTORRESPIRACION TO PROCESY ŚCIŚLE ZWIĄZANE Z TWORZENIEM GUZKÓW W ROŚLINACH STRĄCZKOWYCH. KOLEJNYM CELEM TEGO PROJEKTU JEST POGŁĘBIENIE ANALIZY TEGO ZWIĄZKU. OCZEKIWANE WYNIKI, OPRÓCZ WYJAŚNIENIA NIEKTÓRYCH MECHANIZMÓW REGULACYJNYCH NA TYCH TRASACH, MOGĄ BYĆ SZCZEGÓLNIE INTERESUJĄCE W ZROZUMIENIU REAKCJI ROŚLIN STRĄCZKOWYCH NA WARUNKI STRESOWE ABIOTICO, CO JEST KLUCZOWYM ZAGADNIENIEM W ZRÓWNOWAŻONYM ROLNICTWIE. (Polish)
17 August 2022
0 references
Sevilla
0 references
20 December 2023
0 references
Identifiers
AGL2014-54413-R
0 references