Identification of mutations in the APOB gene in non-family hypercholesterolemia Genetic hypercholesterolemia (non-HF HG) (Q3149412)
Jump to navigation
Jump to search
Project Q3149412 in Spain
| Language | Label | Description | Also known as |
|---|---|---|---|
| English | Identification of mutations in the APOB gene in non-family hypercholesterolemia Genetic hypercholesterolemia (non-HF HG) |
Project Q3149412 in Spain |
Statements
31,036.5 Euro
0 references
57,000.0 Euro
0 references
54.45 percent
0 references
1 January 2019
0 references
31 March 2022
0 references
INSTITUTO ARAGONES DE CIENCIAS DE LA SALUD
0 references
El objetivo general del presente proyecto es identificar variantes genéticas en el gen de APOB causantes de hipercolesterolemia y establecer su mecanismo patogénico. Para ello, como objetivos secundarios, se pretende secuenciar el gen completo de APOB en sujetos con diagnóstico de HF en los que se haya descartado la presencia de mutación funcional en el gen del LDLR, en los fragmentos del exón 26 y exón 29 del gen de APOB, en el gen de PCSK9, y la mutación p.Leu167del del gen de APOE, así como validar funcionalmente el efecto de las variantes identificadas. La metodología propuesta es la secuenciación masiva NGS, para secuenciar el gen completo de APOB, ya que dado su gran tamaño, no es posible realizarlo por Sanger. Posteriormente, se comprobarán las variantes identificadas, tanto en probandos como en familiares, por secuenciación de Sanger, y se realizarán estudios de cosegregación. También se determinará la frecuencia de las variantes en población normolipémica. Asimismo, se realizarán ensayos de validación funcional “in vitro” de las variantes identificadas mediante experimentos de unión de apolipoproteína B al receptor de LDL. (Spanish)
0 references
The general objective of this project is to identify genetic variants in the APOB gene causing hypercholesterolemia and to establish its pathogenic mechanism. For this purpose, as secondary objectives, it is intended to sequence the complete APOB gene in subjects diagnosed with HF in which the presence of functional mutation in the LDLR gene has been ruled out, in exon 26 and exon 29 fragments of the APOB gene, in the PCSK9 gene, and the p.Leu167 mutation of the APOE gene, as well as functionally validating the effect of the identified variants. The proposed methodology is the massive NGS sequencing, to sequence the complete APOB gene, because given its large size, it is not possible to perform it by Sanger. Later, the identified variants will be checked, both in testing and in family, by Sanger sequencing, and cosegregation studies will be performed. The frequency of variants in normolipémic population will also be determined. In addition, “in vitro” functional validation tests shall be carried out for variants identified by apolipoprotein B binding experiments to the LDL receptor. (English)
12 October 2021
0.2578786257183094
0 references
L’objectif général de ce projet est d’identifier les variantes génétiques du gène APOB causant une hypercholestérolémie et d’établir son mécanisme pathogène. À cette fin, à titre d’objectifs secondaires, il est prévu de séquencer le gène APOB complet chez des sujets diagnostiqués avec HF dans lesquels la présence de mutation fonctionnelle dans le gène LDLR a été exclue, chez l’exon 26 et l’exon 29 fragments du gène APOB, dans le gène PCSK9 et la mutation p. Leu167 du gène APOE, ainsi que la validation fonctionnelle de l’effet des variantes identifiées. La méthodologie proposée est le séquençage massif de NGS, pour séquencer le gène APOB complet, parce qu’en raison de sa grande taille, il n’est pas possible de le réaliser par Sanger. Plus tard, les variantes identifiées seront vérifiées, tant dans les essais que dans la famille, par séquençage de Sanger, et des études de cosegregation seront effectuées. La fréquence des variantes dans la population normolipémique sera également déterminée. En outre, des essais de validation fonctionnelle «in vitro» doivent être effectués pour les variantes identifiées par des expériences de liaison de l’apolipoprotéine B au récepteur LDL. (French)
2 December 2021
0 references
Das allgemeine Ziel dieses Projekts ist es, genetische Varianten im APOB-Gen zu identifizieren, die Hypercholesterinämie verursachen, und seinen pathogenen Mechanismus zu etablieren. Zu diesem Zweck soll als sekundäre Ziele das komplette APOB-Gen bei Patienten, die mit HF diagnostiziert wurden, bei denen das Vorhandensein einer funktionellen Mutation im LDLR-Gen ausgeschlossen wurde, in Exon 26 und exon 29 Fragmenten des APOB-Gens, im PCSK9-Gen und die p.Leu167-Mutation des APOE-Gens sowie die funktionelle Validierung der Wirkung der identifizierten Varianten funktionell validieren. Die vorgeschlagene Methodik ist die massive NGS-Sequenzierung, um das komplette APOB-Gen zu sequenzieren, da es wegen seiner großen Größe nicht möglich ist, es von Sanger durchzuführen. Später werden die identifizierten Varianten sowohl im Test als auch in der Familie durch Sanger-Sequenzierung überprüft und Kosegregationsstudien durchgeführt. Die Häufigkeit der Varianten in der normolipemischen Population wird ebenfalls bestimmt. Darüber hinaus sind „in vitro“-Funktionsvalidierungstests für Varianten durchzuführen, die durch Apolipoprotein-B-Bindungsversuche an den LDL-Rezeptor identifiziert wurden. (German)
9 December 2021
0 references
Het algemene doel van dit project is het identificeren van genetische varianten in het APOB-gen die hypercholesterolemie veroorzaken en het pathogene mechanisme ervan vaststellen. Voor dit doel, als secundaire doelstellingen, is het bedoeld om het volledige APOB-gen te opeenvolgen in proefpersonen die gediagnosticeerd zijn met HF waarin de aanwezigheid van functionele mutatie in het LDLR-gen is uitgesloten, in exon 26 en exon 29 fragmenten van het APOB-gen, in het PCSK9-gen, en de p.Leu167-mutatie van het APOE-gen, evenals het functioneel valideren van het effect van de geïdentificeerde varianten. De voorgestelde methodologie is de massieve NGS sequencing, om het volledige APOB-gen te sequentien, omdat het gezien zijn grote grootte niet mogelijk is om het door Sanger uit te voeren. Later zullen de geïdentificeerde varianten worden gecontroleerd, zowel in testen als in familie, door Sanger sequencing, en zullen cosegregatiestudies worden uitgevoerd. De frequentie van varianten in de normolipémische populatie zal ook worden bepaald. Daarnaast moeten „in vitro” functionele validatietests worden uitgevoerd voor varianten die zijn geïdentificeerd door apolipoproteïne B-bindende experimenten met de LDL-receptor. (Dutch)
17 December 2021
0 references
L'obiettivo generale di questo progetto è identificare le varianti genetiche nel gene APOB causando ipercolesterolemia e stabilire il suo meccanismo patogeno. A tal fine, come obiettivi secondari, si intende sequenziare il gene APOB completo in soggetti diagnosticati con HF in cui è stata esclusa la presenza di mutazione funzionale nel gene LDLR, in esone 26 ed exon 29 frammenti del gene APOB, nel gene PCSK9 e nella mutazione p.Leu167 del gene APOE, nonché convalidare funzionalmente l'effetto delle varianti identificate. La metodologia proposta è il massiccio sequenziamento NGS, per sequenziare il gene APOB completo, perché date le sue grandi dimensioni, non è possibile eseguirlo da Sanger. Successivamente, le varianti identificate saranno controllate, sia in test che in famiglia, dal sequenziamento Sanger e saranno effettuati studi di cosegregazione. Sarà inoltre determinata la frequenza delle varianti nella popolazione normolipémic. Inoltre, le prove di convalida funzionale "in vitro" devono essere effettuate per le varianti identificate da esperimenti di legame con apolipoproteina B con il recettore LDL. (Italian)
16 January 2022
0 references
Ο γενικός στόχος αυτού του έργου είναι ο εντοπισμός γενετικών παραλλαγών στο γονίδιο APOB που προκαλούν υπερχοληστερολαιμία και η δημιουργία του παθογόνου μηχανισμού του. Για τον σκοπό αυτό, ως δευτερεύοντες στόχοι, προορίζεται να ακολουθηθεί το πλήρες γονίδιο APOB σε άτομα που έχουν διαγνωστεί με HF, στα οποία έχει αποκλειστεί η παρουσία λειτουργικής μετάλλαξης στο γονίδιο LDLR, στο εξών 26 και εξών 29 θραύσματα του γονιδίου APOB, στο γονίδιο PCSK9 και στη μετάλλαξη p.Leu167 του γονιδίου APOE, καθώς και στην λειτουργική επικύρωση της επίδρασης των προσδιοριζόμενων παραλλαγών. Η προτεινόμενη μεθοδολογία είναι η μαζική αλληλουχία NGS, για να ακολουθηθεί το πλήρες γονίδιο APOB, επειδή δεδομένου του μεγάλου μεγέθους του, δεν είναι δυνατόν να εκτελεστεί από τον Sanger. Αργότερα, οι προσδιοριζόμενες παραλλαγές θα ελεγχθούν, τόσο κατά τη δοκιμή όσο και στην οικογένεια, με τον προσδιορισμό της αλληλουχίας Sanger, και θα διεξαχθούν μελέτες συνδιαχωρισμού. Θα καθοριστεί επίσης η συχνότητα των παραλλαγών στον κανονικό πληθυσμό. Επιπλέον, διενεργούνται δοκιμές λειτουργικής επικύρωσης «in vitro» για παραλλαγές που προσδιορίζονται με πειράματα δέσμευσης της αποπολιτοπρωτεΐνης Β στον υποδοχέα LDL. (Greek)
17 August 2022
0 references
Det overordnede formål med dette projekt er at identificere genetiske varianter i APOB-genet, der forårsager hyperkolesterolæmi, og at etablere dets patogene mekanisme. Med henblik herpå er det som sekundære formål hensigten at sekvensere hele APOB-genet hos forsøgspersoner, der er diagnosticeret med HF, hvor tilstedeværelsen af funktionel mutation i LDLR-genet er blevet udelukket, i exon 26 og exon 29 fragmenter af APOB-genet, i PCSK9-genet og p.Leu167-mutationen af APOE-genet samt funktionelt validere virkningen af de identificerede varianter. Den foreslåede metode er den massive NGS-sekvensering, til at sekvensere det komplette APOB-gen, fordi det i betragtning af dets store størrelse ikke er muligt at udføre det af Sanger. Senere vil de identificerede varianter blive kontrolleret, både i test og i familie, ved Sanger sekventering, og kosegregation undersøgelser vil blive udført. Hyppigheden af varianter i normolipémisk population vil også blive bestemt. Desuden skal der udføres "in vitro"-funktionelle valideringstest for varianter, der er identificeret ved forsøg med apolipoprotein B-binding til LDL-receptoren. (Danish)
17 August 2022
0 references
Hankkeen yleisenä tavoitteena on tunnistaa hyperkolesterolemiaa aiheuttavan APOB-geenin geneettiset muunnokset ja luoda sen patogeeninen mekanismi. Tätä varten toissijaisina tavoitteina on sekvensoida täydellinen APOB-geeni tutkittaville, joilla on diagnosoitu HF ja joilla ei ole toiminnallista mutaatiota LDLR-geenissä, eksonissa 26 ja 29 APOB-geenin fragmentissa, PCSK9-geenissä ja APOE-geenin s.Leu167-mutaatiossa, sekä validoimalla tunnistettujen varianttien vaikutus toiminnallisesti. Ehdotettu menetelmä on massiivinen NGS-sekvensointi, jolla koko APOB-geeni sekvensoidaan, koska sen suuren koon vuoksi Sanger ei voi suorittaa sitä. Myöhemmin tunnistetut muunnokset tarkastetaan sekä testauksessa että perheessä Sangerin sekvensoinnilla ja tehdään yhteissegregointitutkimuksia. Myös normolipéemisen väestön varianttien esiintymistiheys määritetään. Lisäksi on suoritettava in vitro -funktionaaliset validointitestit, jotka koskevat apolipoproteiini B:n LDL-reseptoriin sitoutumiskokeilla tunnistettuja variantteja. (Finnish)
17 August 2022
0 references
L-objettiv ġenerali ta’ dan il-proġett huwa li jidentifika varjanti ġenetiċi fil-ġene APOB li jikkawżaw l-iperkolesterolemija u li jistabbilixxi l-mekkaniżmu patoġeniku tiegħu. Għal dan il-għan, bħala għanijiet sekondarji, huwa maħsub li jkun hemm sekwenza tal-ġene APOB komplet f’individwi dijanjostikati b’HF fejn il-preżenza ta’ mutazzjoni funzjonali fil-ġene LDLR ġiet eskluża, f’exon 26 u exon 29 framment tal-ġene APOB, fil-ġene PCSK9, u l-mutazzjoni p.Leu167 tal-ġene APOE, kif ukoll il-validazzjoni funzjonali tal-effett tal-varjanti identifikati. Il-metodoloġija proposta hija s-sekwenzar massiv ta’ NGS, biex issir sekwenza tal-ġene APOB komplut, minħabba li minħabba d-daqs kbir tiegħu, mhuwiex possibbli li jitwettaq minn Sanger. Aktar tard, il-varjanti identifikati se jiġu ċċekkjati, kemm fl-ittestjar kif ukoll fil-familja, permezz ta’ sekwenzar Sanger, u se jitwettqu studji ta’ kosegregazzjoni. Il-frekwenza tal-varjanti fil-popolazzjoni normolipémika se tiġi ddeterminata wkoll. Barra minn hekk, għandhom jitwettqu testijiet ta’ validazzjoni funzjonali “in vitro” għal varjanti identifikati permezz ta’ esperimenti ta’ twaħħil tal-apolipoproteina B mar-riċettur LDL. (Maltese)
17 August 2022
0 references
Šā projekta vispārējais mērķis ir identificēt ģenētiskus variantus APOB gēnā, kas izraisa hiperholesterinēmiju, un izveidot tās patogēnu mehānismu. Šajā nolūkā kā sekundārie mērķi ir paredzēts pilno APOB gēnu sekvencēt pētāmās personas, kurām diagnosticēta HF un kurā ir izslēgta funkcionāla mutācija LDLR gēnā, APOB gēna eksonā un 29 fragmentos, PCSK9 gēnā un APOE gēna p.Leu167 mutācijā, kā arī funkcionāli validējot identificēto variantu ietekmi. Ierosinātā metodika ir masveida NGS sekvencēšana, lai sekvencētu pilnu APOB gēnu, jo, ņemot vērā tā lielo izmēru, Sanger to nav iespējams veikt. Vēlāk identificētie varianti tiks pārbaudīti gan testēšanā, gan ģimenē, izmantojot Sanger sekvencēšanu, un tiks veikti kosegregācijas pētījumi. Tiks noteikts arī tipolipēmiskās populācijas variantu biežums. Turklāt “in vitro” funkcionālās validācijas testus veic variantiem, kas identificēti apolipoproteīna B saistīšanās eksperimentos ar ZBL receptoru. (Latvian)
17 August 2022
0 references
Všeobecným cieľom tohto projektu je identifikovať genetické varianty v géne APOB spôsobujúce hypercholesterolémiu a vytvoriť jeho patogénny mechanizmus. Na tento účel, ako sekundárne ciele, je určená sekvencia kompletného génu APOB u jedincov s diagnózou HF, u ktorých bola vylúčená prítomnosť funkčnej mutácie v géne LDLR, v exóne 26 a 29 fragmentoch génu APOB, v géne PCSK9 a mutácii p.Leu167 génu APOE, ako aj funkčne validácia účinku identifikovaných variantov. Navrhovaná metodika je masívne sekvencovanie NGS, sekvencovanie kompletného génu APOB, pretože vzhľadom na jeho veľkú veľkosť nie je možné ho vykonať Sangerom. Neskôr budú identifikované varianty kontrolované tak pri testovaní, ako aj v rodine, sekvenovaním Sangerov a uskutočnia sa štúdie cosegregácie. Určí sa aj frekvencia variantov v normolipémickej populácii. Okrem toho sa musia vykonať validačné testy funkčnosti „in vitro“ pre varianty identifikované pokusmi viažucimi sa na apolipoproteín B na receptor LDL. (Slovak)
17 August 2022
0 references
Is é cuspóir ginearálta an tionscadail seo leaganacha géiniteacha a aithint sa ghéin APOB is cúis le hypercholesterolemia agus a mheicníocht phataigineach a bhunú. Chun na críche sin, mar chuspóirí tánaisteacha, tá sé beartaithe géine APOB iomlán a sheicheamh in ábhair a diagnóisíodh le HF ina bhfuil sóchán feidhmiúil i ngéin LDLR curtha as an áireamh, i exon 26 agus exon 29 blúirí den ghéine APOB, i ngéin PCSK9, agus sóchán p.Leu167 de ghéin APOE, chomh maith le héifeacht na n-athraitheach sainaitheanta a bhailíochtú go feidhmiúil. Is é an mhodheolaíocht atá beartaithe ná seicheamhú ollmhór NGS, chun an géine APOB iomlán a ordú, mar gheall ar a mhéid mór, ní féidir é a dhéanamh trí Sanger. Níos déanaí, déanfar na leaganacha sainaitheanta a sheiceáil, sa tástáil agus sa teaghlach araon, trí Sheicheamhú Contúirt, agus déanfar staidéir ar chosegregation. Cinnfear minicíocht na n-athraitheach i ndaonra normolipémic freisin. Ina theannta sin, déanfar tástálacha bailíochtaithe feidhmiúla “in vitro” maidir le hathraithigh arna sainaithint le turgnaimh cheangailteacha apolipoprotein B don ghabhdóir LDL. (Irish)
17 August 2022
0 references
Obecným cílem tohoto projektu je identifikovat genetické varianty genu APOB způsobující hypercholesterolemii a stanovit její patogenní mechanismus. Za tímto účelem, jako sekundární cíle, je určen k sekvenci kompletního genu APOB u subjektů diagnostikovaných s HF, ve kterých byla vyloučena přítomnost funkční mutace v genu LDLR, v exonu 26 a exonu 29 fragmentů genu APOB, v genu PCSK9 a mutaci p.Leu167 genu APOE, jakož i funkčně validovat účinek identifikovaných variant. Navrhovaná metodika je masivní sekvenování NGS, sekvence kompletního genu APOB, protože vzhledem k jeho velké velikosti není možné ji provést Sangerem. Později budou identifikované varianty kontrolovány, a to jak při testování, tak v rodině, Sanger sekvenování, a budou provedeny studie ksegregace. Bude také stanovena četnost variant v normolipémiické populaci. Kromě toho se provedou funkční validační zkoušky „in vitro“ pro varianty identifikované experimenty vázajícími apolipoprotein B na LDL receptor. (Czech)
17 August 2022
0 references
O objetivo geral deste projeto é identificar variantes genéticas no gene APOB que causam hipercolesterolemia e estabelecer o seu mecanismo patogénico. Para este fim, como objetivos secundários, pretende-se sequenciar o gene APOB completo em indivíduos diagnosticados com IC em que a presença de mutação funcional no gene LDLR tenha sido descartada, nos fragmentos do éxon 26 e do éxon 29 do gene APOB, no gene PCSK9, e a mutação p.Leu167 do gene APOE, bem como validar funcionalmente o efeito das variantes identificadas. A metodologia proposta é a sequenciação maciça de NGS, para sequenciar o gene APOB completo, porque dado o seu grande tamanho, não é possível realizá-lo por Sanger. Posteriormente, as variantes identificadas serão verificadas, tanto no teste quanto na família, pela sequenciação de Sanger, e estudos de cosegregação serão realizados. A frequência de variantes na população normolipémica também será determinada. Além disso, devem ser realizados ensaios de validação funcional «in vitro» para as variantes identificadas por experiências de ligação da apolipoproteína B ao recetor LDL. (Portuguese)
17 August 2022
0 references
Projekti üldeesmärk on teha kindlaks hüperkolesteroleemiat põhjustava APOB geeni geneetilised variandid ja luua selle patogeense mehhanism. Selleks on teiseste eesmärkidena ette nähtud täieliku APOB-geeni järjestamine HF-diagnoosiga patsientidel, kellel on välistatud funktsionaalse mutatsiooni esinemine LDLR geenis, APOB-geeni ekson 26 ja 29 fragmendis, PCSK9 geenis ja APOE geeni p.Leu167 mutatsioonis, samuti tuvastatud variantide toime valideerimine. Kavandatud metoodika on massiivne NGS järjestamine, et järjestada täielik APOB geeni, sest arvestades selle suurt suurust, ei ole võimalik seda teha Sanger. Hiljem kontrollitakse kindlaks tehtud variante nii testimisel kui ka perekonnas Sangeri järjestuse abil ning viiakse läbi kosegregeerimisuuringud. Samuti määratakse kindlaks variantide sagedus normolipéemilises populatsioonis. Lisaks tehakse in vitro funktsionaalsed valideerimiskatsed apolipoproteiin B seondumiskatsetega LDL retseptoriga kindlaks tehtud variantide puhul. (Estonian)
17 August 2022
0 references
A projekt általános célja az APOB gén hiperkoleszterinémiát okozó genetikai variánsainak azonosítása és patogenitási mechanizmusának létrehozása. E célból másodlagos célként a teljes APOB gén szekvenciálására szolgál olyan HF-vel diagnosztizált alanyoknál, amelyekben kizárták a funkcionális mutáció jelenlétét az LDLR génben, az APOB gén 26 és exon 29 szilánkjaiban, a PCSK9 génben és az APOE gén p.Leu167 mutációjában, valamint funkcionálisan érvényesíti az azonosított variánsok hatását. A javasolt módszer a masszív NGS szekvenálás a teljes APOB gén szekvenálására, mivel nagy mérete miatt a Sanger nem tudja végrehajtani. Később az azonosított variánsokat mind a vizsgálatok során, mind a családban Sanger szekvenálással ellenőrzik, és koszegregációs vizsgálatokat végeznek. Meg kell határozni a variánsok gyakoriságát a normolipémikus populációban is. Ezenkívül „in vitro” funkcionális validálási vizsgálatokat kell végezni az LDL-receptorhoz való apolipoprotein B kötődési kísérletek során azonosított változatok esetében. (Hungarian)
17 August 2022
0 references
Общата цел на този проект е да се идентифицират генетичните варианти в гена APOB, причиняващи хиперхолестеролемия, и да се установи неговият патогенен механизъм. За тази цел, като второстепенни цели, той е предназначен за последователност на пълния APOB ген при лица, диагностицирани с HF, при които е изключено наличието на функционална мутация в гена LDLR, в екзон 26 и екзон 29 фрагмента от гена APOB, в гена PCSK9 и в мутацията p.Leu167 на гена APOE, както и функционално валидиране на ефекта на идентифицираните варианти. Предложената методология е масивното секвениране на NGS, за да се подреди пълният APOB ген, защото предвид големия му размер не е възможно да се извърши от Sanger. По-късно идентифицираните варианти ще бъдат проверени, както при изпитването, така и в семейството, чрез секвениране на Sanger и ще бъдат извършени изследвания за косегрегация. Ще бъде определена и честотата на вариантите при нормолипимната популация. Освен това се провеждат изпитвания за функционална валидиране in vitro за варианти, идентифицирани чрез опити за свързване на аполипопротеин Б с LDL рецептора. (Bulgarian)
17 August 2022
0 references
Bendras šio projekto tikslas – nustatyti APOB geno, sukeliančio hipercholesterolemiją, genetinius variantus ir nustatyti jo patogeninį mechanizmą. Šiuo tikslu, kaip antrinius tikslus, siekiama susekti visą APOB geną tiriamiesiems, kuriems diagnozuota HF, kuriuose buvo atmesta funkcinė mutacija LDLR gene, APOB geno exon 26 ir exon 29 fragmentuose PCSK9 geno ir APOE geno p.Leu167 mutacijos, taip pat funkciškai patvirtinančių nustatytų variantų poveikį. Siūloma metodika yra masinis NGS sekos nustatymas, sekant visą APOB geną, nes atsižvelgiant į jo didelį dydį, Sanger jo atlikti neįmanoma. Vėliau nustatyti variantai bus tikrinami tiek bandymuose, tiek šeimoje, taikant Sanger sekos nustatymą, ir bus atliekami kosegregacijos tyrimai. Taip pat bus nustatytas atmainų dažnis normolipeminėje populiacijoje. Be to, atliekami „in vitro“ funkcinio tinkamumo bandymai su variantais, nustatytais apolipoproteino B jungimosi su MTL receptoriumi bandymais. (Lithuanian)
17 August 2022
0 references
Opći je cilj ovog projekta utvrditi genetske varijante gena APOB koje uzrokuju hiperkolesterolemiju i uspostaviti njegov patogeni mehanizam. U tu svrhu, kao sekundarne ciljeve, namijenjena je sekvenciji cjelokupnog APOB gena u ispitanika kojima je dijagnosticiran HF u kojem je isključena prisutnost funkcionalne mutacije u genu LDLR, u exon 26 i exon 29 fragmenata APOB gena, u PCSK9 genu i mutaciji p.Leu167 gena APOE, kao i funkcionalno potvrđivanje učinka identificiranih varijanti. Predložena metodologija je masivni NGS sekvenciranje, za sekvenciranje kompletnog APOB gena, jer s obzirom na njegovu veliku veličinu, Sanger ga ne može izvesti. Kasnije, identificirane varijante će se provjeriti, kako u testiranju tako iu obitelji, Sanger sekvenciranjem, te će se provesti studije kosegregacije. Također će se odrediti učestalost varijanti u normolipemičkoj populaciji. Osim toga, „in vitro” testovi funkcionalne validacije provode se za varijante koje su identificirane pokusima vezivanja apolipoproteina B na LDL receptor. (Croatian)
17 August 2022
0 references
Det allmänna målet med detta projekt är att identifiera genetiska varianter i APOB-genen som orsakar hyperkolesterolemi och att etablera dess patogena mekanism. För detta ändamål, som sekundära mål, är det avsett att sekvensera den fullständiga APOB-genen hos personer som diagnostiserats med HF där närvaron av funktionell mutation i LDLR-genen har uteslutits, i exon 26 och exon 29 fragment av APOB-genen, i PCSK9-genen, och p.Leu167-mutationen av APOE-genen, samt funktionellt validera effekten av de identifierade varianterna. Den föreslagna metoden är den massiva NGS-sekvenseringen, för att sekvensera den kompletta APOB-genen, eftersom det med tanke på dess stora storlek inte är möjligt att utföra den av Sanger. Senare kommer de identifierade varianterna att kontrolleras, både i testning och i familjen, genom Sanger sekvensering, och kosegregation studier kommer att utföras. Frekvensen av varianter i normolipémisk population kommer också att fastställas. Dessutom ska funktionella valideringstester ”in vitro” utföras för varianter som identifieras genom apolipoprotein B-bindningsförsök till LDL-receptorn. (Swedish)
17 August 2022
0 references
Obiectivul general al acestui proiect este de a identifica variantele genetice ale genei APOB care cauzează hipercolesterolemie și de a stabili mecanismul său patogen. În acest scop, ca obiective secundare, se urmărește secvența genei APOB complete la subiecți diagnosticați cu HF în care prezența mutației funcționale în gena LDLR a fost exclusă, în exonul 26 și fragmentele exon 29 ale genei APOB, în gena PCSK9 și mutația p.Leu167 a genei APOE, precum și validarea funcțională a efectului variantelor identificate. Metodologia propusă este secvențierea masivă a NGS, pentru secvența completă a genei APOB, deoarece având în vedere dimensiunea sa mare, nu este posibilă efectuarea acesteia de către Sanger. Ulterior, variantele identificate vor fi verificate, atât în testare, cât și în familie, prin secvențierea Sanger și se vor efectua studii de cosegregare. Se va determina, de asemenea, frecvența variantelor în populația normolipemică. În plus, se efectuează teste de validare funcțională „in vitro” pentru variantele identificate prin experimentele de legare a apolipoproteinei B la receptorul LDL. (Romanian)
17 August 2022
0 references
Splošni cilj tega projekta je identificirati genetske variante gena APOB, ki povzročajo hiperholesterolemijo, in vzpostaviti njegov patogeni mehanizem. V ta namen je kot sekundarni cilj namenjen zaporedju celotnega gena APOB pri osebah z diagnozo HF, pri katerih je bila izključena prisotnost funkcionalne mutacije v genu LDLR, v ekson 26 in ekson 29 fragmentov gena APOB v genu PCSK9 in mutaciji p.Leu167 gena APOE ter funkcionalno validira učinek opredeljenih variant. Predlagana metodologija je masivno zaporedje NGS za zaporedje celotnega gena APOB, ker ga zaradi njegove velikosti ni mogoče izvesti s Sangerjem. Kasneje bodo ugotovljene variante preverjene, tako pri testiranju kot v družini, s sekvenciranjem Sanger, izvedene pa bodo tudi študije o kosegregaciji. Določena bo tudi pogostost različic pri normolipémični populaciji. Poleg tega se izvedejo „in vitro“ funkcionalni validacijski preskusi za variante, opredeljene s poskusi vezave apolipoproteina B na receptor LDL. (Slovenian)
17 August 2022
0 references
Ogólnym celem tego projektu jest zidentyfikowanie wariantów genetycznych genu APOB powodujących hipercholesterolemię oraz ustanowienie jej mechanizmu chorobotwórczego. W tym celu, jako cele drugorzędne, ma na celu sekwencjonowanie pełnego genu APOB u osób zdiagnozowanych HF, w których obecność mutacji funkcjonalnej w genie LDLR została wykluczona, w ekson 26 i exon 29 fragmentów genu APOB, w genie PCSK9 i mutacji p.Leu167 genu APOE, a także funkcjonalnie waliduje działanie zidentyfikowanych wariantów. Proponowana metodologia jest ogromnym sekwencjonowaniem NGS, aby sekwencjonować kompletny gen APOB, ponieważ ze względu na jego duży rozmiar nie jest możliwe wykonanie go przez Sangera. Później zidentyfikowane warianty będą sprawdzane, zarówno w testach, jak i w rodzinie, przez Sanger sequencing, a badania kosegregacji zostaną przeprowadzone. Zostanie również określona częstotliwość wariantów w populacji normolipémic. Ponadto przeprowadza się „in vitro” testy walidacyjne funkcjonalne dla wariantów zidentyfikowanych za pomocą eksperymentów wiązania apolipoproteiny B z receptorem LDL. (Polish)
17 August 2022
0 references
Zaragoza
0 references
20 December 2023
0 references
Identifiers
PI18_01777
0 references