GENETIC AND FUNCTIONAL VALIDATION OF QTLS, GENES AND GENICAS NETWORKS AND STUDY OF THE EFFECT OF THE MICROBIOME ON GROWTH, FAT DEPOSITION AND MEAT QUALITY IN PIGS. S2 (Q3145226)
Jump to navigation
Jump to search
Project Q3145226 in Spain
| Language | Label | Description | Also known as |
|---|---|---|---|
| English | GENETIC AND FUNCTIONAL VALIDATION OF QTLS, GENES AND GENICAS NETWORKS AND STUDY OF THE EFFECT OF THE MICROBIOME ON GROWTH, FAT DEPOSITION AND MEAT QUALITY IN PIGS. S2 |
Project Q3145226 in Spain |
Statements
115,297.88 Euro
0 references
211,750.0 Euro
0 references
54.45 percent
0 references
1 January 2015
0 references
31 December 2018
0 references
CENTRO DE INVESTIGACION EN AGRIGENOMICA
0 references
8193
0 references
EL CONOCIMIENTO DE LOS GENES QUE AFECTAN CALIDAD DE LA CARNE, INCLUYENDO ASPECTOS SENSORIALES, NUTRICIONALES Y RELACIONADOS CON LA SALUD HUMANA, ES FUNDAMENTAL PARA MEJORAR LA CALIDAD DE LOS PRODUCTOS DERIVADOS DEL CERDO SIN AFECTAR AL RENDIMIENTO PRODUCTIVO. LA SELECCION GENOMICA ES CONSIDERADA POR LA INDUSTRIA PORCINA UNA HERRAMIENTA UTIL PARA MEJORAR ESTE TIPO DE CARACTERES. SIN EMBARGO, SU IMPLEMENTACION EN ESTA ESPECIE PRESENTA INCONVENIENTES, SIENDO RECOMENDABLE CENTRARSE EN LA IDENTIFICACION DE LAS VARIANTES CAUSALES (QTN) SUBYACENTES A QTL CON EFECTOS MODERADOS Y CONSISTENTES A LO LARGO DE GENERACIONES, RAZAS O LINEAS. EL CAMINO DEL QTL AL QTN REQUIERE DE ENSAYOS RIGUROSOS Y VALIDACION DE LOS EFECTOS DE QTL Y SNPS EN DIFERENTES FONDOS GENETICOS. ESTUDIOS PREVIOS BASADOS EN EL CRUCE EXPERIMENTAL IBERICO X LANDRACE NOS PERMITIERON IDENTIFICAR REGIONES GENOMICAS ASOCIADAS CON CRECIMIENTO, DEPOSICION DE GRASA, COMPOSICION DE ACIDOS GRASOS Y CONTENIDO DE COLAGENO EN MUSCULO. INCLUSO, VARIAS REGIONES QTL SE ESTUDIARON EN PROFUNDIDAD MEDIANTE ANALISIS DE GENES CANDIDATOS. EL OBJETIVO PRINCIPAL DE LA PROPUESTA ACTUAL ES LA VALIDACION DE ESOS QTL Y MUTACIONES EN GENES CANDIDATOS EN DIFERENTES FONDOS GENETICOS, UTILIZANDO HERRAMIENTAS DE GENOMICA Y TRANSCRIPTOMICA, CON EL FIN DE IDENTIFICAR CON EXITO QTN. ESTOS ENFOQUES SE COMPLEMENTARAN CON UNA APROXIMACION METAGENOMICA, QUE HA ABIERTO NUEVAS VIAS DE INVESTIGACION MEDIANTE EL ANALISIS DE LA HETEROGENEIDAD DEL GENOMA Y DE LOS CAMBIOS EN LA DIVERSIDAD DEL MICROBIOMA QUE PODRIAN AFECTAR A CARACTERES DE INTERES. NUESTRO PLAN DE TRABAJO SE ORGANIZA EN TRES BLOQUES: WP1) ANALISIS DE QTL Y EXPRESION DE GENES EN DOS RETROCRUZAMIENTOS EXPERIMENTALES. LA DETECCION DE QTL SE LLEVARA A CABO MEDIANTE EL GENOTIPADO CON EL PORCINE SNP60 BEADCHIP, Y SE COMPARARA MEDIANTE RNA-SEQ Y QPCR EL TRANSCRIPTOMA DE ANIMALES DIVERGENTES PARA LOS CARACTERES ANALIZADOS; WP2) VALIDACION GENETICA Y FUNCIONAL DE POLIMORFISMOS EN GENES CANDIDATOS POSICIONALES. LOS POLIMORFISMOS CANDIDATOS DE ANALISIS PREVIOS Y LOS IDENTIFICADOS EN WP1 SERAN VALIDADOS EN POBLACIONES EXPERIMENTALES Y COMERCIALES. LA VALIDACION GENETICA SE LLEVARA A CABO A TRAVES DEL GENOTIPADO DE 256 SNPS EN UN CHIP OPENARRAY, SEGUIDO DE ANALISIS DE ASOCIACION. AQUELLOS QTN PUTATIVOS VALIDADOS EN DIVERSOS FONDOS GENETICOS SE EVALUARAN FUNCIONALMENTE A TRAVES DE ESTUDIOS IN SILICO Y ENFOQUES MOLECULARES, TALES COMO ANALISIS DE EXPRESION GENICA Y METILACION; WP3) METAGENOMICA INTESTINAL. EL MICROBIOMA INTESTINAL DEL CERDO SE ANALIZARA CONDICIONADO A LA EDAD Y A LA LOCALIZACION A LO LARGO DEL INTESTINO EN UN EXPERIMENTO CON CERDOS DE RAZA IBERICA. ADEMAS, SE ANALIZARA EL MICROBIOMA INTESTINAL DE CERDOS COMERCIALES DUROC X IBERICO CON EL FIN DE ESTUDIAR LA RELACION ENTRE MICROBIOMA Y EL CRECIMIENTO, LA DEPOSICION GRASA Y LA COMPOSICION DE ACIDOS GRASOS. LA SECUENCIACION DE AMPLICONES DEL GEN RRNA 16S SE REALIZARA PARA ESTIMAR LA DIVERSIDAD Y ABUNDANCIA DEL MICROBIOMA. FINALMENTE, SE LLEVARA A CABO LA SECUENCIACION MASIVA DEL METAGENOMA DE AQUELLAS MUESTRAS QUE PRESENTEN DIFERENCIAS INTERESANTES. ESTOS ESTUDIOS PROPORCIONARAN INFORMACION BIOLOGICA SOBRE LA BASE GENETICA DEL CRECIMIENTO, DEPOSICION GRASA Y CALIDAD DE CARNE EN PORCINO, ADEMAS DE PARA ENFERMEDADES RELACIONADAS CON OBESIDAD EN HUMANO. MAS AUN, SE ESPERA OBTENER MARCADORES ESPECIFICOS, EN ALTO DESEQUILIBRIO DE LIGAMIENTO CON MUTACIONES CAUSALES O INCLUSO QTN, UTILES EN LA MEJORA GENETICA PORCINA. (Spanish)
0 references
KNOWLEDGE OF GENES THAT AFFECT MEAT QUALITY, INCLUDING SENSORY, NUTRITIONAL AND HUMAN HEALTH ASPECTS, IS ESSENTIAL TO IMPROVE THE QUALITY OF PIG PRODUCTS WITHOUT AFFECTING PRODUCTIVE PERFORMANCE. THE GENOMIC SELECTION IS CONSIDERED BY THE PIG INDUSTRY TO BE A USEFUL TOOL TO IMPROVE THIS TYPE OF CHARACTER. HOWEVER, ITS IMPLEMENTATION IN THIS SPECIES PRESENTS DRAWBACKS, IT IS ADVISABLE TO FOCUS ON IDENTIFYING THE CAUSAL VARIANTS (QTN) UNDERLYING QTL WITH MODERATE AND CONSISTENT EFFECTS THROUGHOUT GENERATIONS, RACES OR LINES. THE PATH FROM QTL TO QTN REQUIRES RIGOROUS TESTING AND VALIDATION OF THE EFFECTS OF QTL AND SNPS ON DIFFERENT GENETIC BACKGROUNDS. PREVIOUS STUDIES BASED ON EXPERIMENTAL CROSSOVER IBERICO X LANDRACE ALLOWED US TO IDENTIFY GENOMIC REGIONS ASSOCIATED WITH GROWTH, FAT DEPOSITS, FATTY ACID COMPOSITION AND COLAGENE CONTENT IN MUSCLES. EVEN SEVERAL QTL REGIONS WERE STUDIED IN DEPTH BY ANALYSIS OF CANDIDATE GENES. THE MAIN OBJECTIVE OF THE CURRENT PROPOSAL IS THE VALIDATION OF THESE QTLS AND MUTATIONS IN CANDIDATE GENES IN DIFFERENT GENETIC BACKGROUNDS, USING GENOMIC AND TRANSCRIPTOMICA TOOLS, IN ORDER TO IDENTIFY WITH SUCCESS QTN. THESE APPROACHES WILL BE COMPLEMENTED BY A METAGENOMIC APPROACH, WHICH HAS OPENED UP NEW AVENUES OF RESEARCH THROUGH THE ANALYSIS OF GENOME HETEROGENEITY AND CHANGES IN MICROBIOME DIVERSITY THAT COULD AFFECT CHARACTERS OF INTEREST. OUR WORK PLAN IS ORGANISED INTO THREE BLOCKS: WP1) QTL ANALYSIS AND GENE EXPRESSION IN TWO EXPERIMENTAL BACK-CROSSINGS. QTL DETECTION SHALL BE CARRIED OUT BY GENOTYPING WITH THE SNP60 BEADCHIP PORCINE, AND THE DIVERGENT ANIMAL TRANSCRIPTOME FOR THE CHARACTERS ANALYSED SHALL BE COMPARED BY RNA-SEQ AND QPCR; WP2) GENETIC AND FUNCTIONAL VALIDATION OF POLYMORPHISMS IN POSITIONAL CANDIDATE GENES. PRIOR CANDIDATE POLYMORPHISMS FOR ANALYSIS AND THOSE IDENTIFIED IN WP1 WILL BE VALIDATED IN EXPERIMENTAL AND COMMERCIAL POPULATIONS. GENETIC VALIDATION WILL BE CARRIED OUT THROUGH THE GENOTYPING OF 256 SNPS ON AN OPENARRAY CHIP, FOLLOWED BY ASSOCIATION ANALYSIS. THOSE WHO HAVE BEEN VALIDATED IN VARIOUS GENETIC BACKGROUNDS WILL BE EVALUATED FUNCTIONALLY THROUGH IN SILICO STUDIES AND MOLECULAR APPROACHES, SUCH AS GENIC EXPRESSION ANALYSIS AND METILATION; WP3) INTESTINAL METAGENOMIC. THE INTESTINAL MICROBIOME OF THE PIG WILL BE ANALYSED CONDITIONED TO AGE AND LOCATION ALONG THE INTESTINE IN AN EXPERIMENT WITH PIGS OF THE IBERICA BREED. IN ADDITION, THE INTESTINAL MICROBIOME OF COMMERCIAL PIGS DUROC X IBERICO WILL BE ANALYSED IN ORDER TO STUDY THE RELATIONSHIP BETWEEN MICROBIOME AND GROWTH, THE DEPOSITION OF FAT AND THE COMPOSITION OF FATTY ACIDS. SEQUENCING OF AMPS OF THE 16S RRNA GENE WILL BE PERFORMED TO ESTIMATE THE DIVERSITY AND ABUNDANCE OF THE MICROBIOME. FINALLY, MASSIVE SEQUENCING OF THE METAGENOMA OF THOSE SAMPLES THAT PRESENT INTERESTING DIFFERENCES WILL BE CARRIED OUT. THESE STUDIES WILL PROVIDE BIOLOGICAL INFORMATION ON THE GENETIC BASIS OF GROWTH, FAT DEPOSIT AND MEAT QUALITY IN PIGS, AS WELL AS FOR DISEASES RELATED TO OBESITY IN HUMANS. MOREOVER, IT IS EXPECTED TO OBTAIN SPECIFIC MARKERS, IN HIGH IMBALANCE OF BINDING WITH CAUSAL MUTATIONS OR EVEN QTN, USEFUL IN PORCINE GENETIC IMPROVEMENT. (English)
12 October 2021
0.5128502988945752
0 references
LA CONNAISSANCE DES GÈNES QUI AFFECTENT LA QUALITÉ DE LA VIANDE, Y COMPRIS LES ASPECTS SENSORIELS, NUTRITIONNELS ET DE SANTÉ HUMAINE, EST ESSENTIELLE POUR AMÉLIORER LA QUALITÉ DES PRODUITS PORCINS SANS AFFECTER LES PERFORMANCES PRODUCTIVES. LA SÉLECTION GÉNOMIQUE EST CONSIDÉRÉE PAR L’INDUSTRIE PORCINE COMME UN OUTIL UTILE POUR AMÉLIORER CE TYPE DE CARACTÈRE. CEPENDANT, SA MISE EN ŒUVRE CHEZ CETTE ESPÈCE PRÉSENTE DES INCONVÉNIENTS, IL EST CONSEILLÉ DE SE CONCENTRER SUR L’IDENTIFICATION DES VARIANTES CAUSALES (QTN) SOUS-JACENTES QTL AVEC DES EFFETS MODÉRÉS ET CONSTANTS AU COURS DES GÉNÉRATIONS, RACES OU LIGNÉES. LE CHEMIN ENTRE QTL ET QTN NÉCESSITE DES TESTS RIGOUREUX ET UNE VALIDATION DES EFFETS DU QTL ET DES SNP SUR DIFFÉRENTS MILIEUX GÉNÉTIQUES. DES ÉTUDES ANTÉRIEURES BASÉES SUR LE CROISEMENT EXPÉRIMENTAL IBERICO X LANDRACE NOUS ONT PERMIS D’IDENTIFIER LES RÉGIONS GÉNOMIQUES ASSOCIÉES À LA CROISSANCE, AUX DÉPÔTS DE GRAISSE, À LA COMPOSITION EN ACIDES GRAS ET À LA TENEUR EN COLAGENE DANS LES MUSCLES. MÊME PLUSIEURS RÉGIONS QTL ONT ÉTÉ ÉTUDIÉES EN PROFONDEUR PAR ANALYSE DES GÈNES CANDIDATS. L’OBJECTIF PRINCIPAL DE LA PROPOSITION ACTUELLE EST LA VALIDATION DE CES QTL ET MUTATIONS DANS DES GÈNES CANDIDATS DANS DIFFÉRENTS MILIEUX GÉNÉTIQUES, À L’AIDE D’OUTILS GÉNOMIQUES ET TRANSCRIPTOMIQUES, AFIN DE S’IDENTIFIER AVEC SUCCÈS QTN. CES APPROCHES SERONT COMPLÉTÉES PAR UNE APPROCHE MÉTAGÉNOMIQUE QUI A OUVERT DE NOUVELLES PISTES DE RECHERCHE PAR L’ANALYSE DE L’HÉTÉROGÉNÉITÉ DU GÉNOME ET DES CHANGEMENTS DE LA DIVERSITÉ DES MICROBIOMES QUI POURRAIENT AFFECTER LES CARACTÈRES D’INTÉRÊT. NOTRE PLAN DE TRAVAIL EST ORGANISÉ EN TROIS BLOCS: WP1) ANALYSE QTL ET EXPRESSION GÉNÉTIQUE DANS DEUX RÉTRO-CROISÉS EXPÉRIMENTAUX. LA DÉTECTION QTL EST EFFECTUÉE PAR GÉNOTYPAGE AVEC LE PORC PORCIN SNP60 BEADCHIP, ET LE TRANSCRIPTOME ANIMAL DIVERGENT POUR LES CARACTÈRES ANALYSÉS DOIT ÊTRE COMPARÉ PAR RNA-SEQ ET QPCR; WP2) VALIDATION GÉNÉTIQUE ET FONCTIONNELLE DES POLYMORPHISMES DANS LES GÈNES CANDIDATS POSITIONNELS. LES POLYMORPHISMES CANDIDATS ANTÉRIEURS AUX FINS D’ANALYSE ET CEUX IDENTIFIÉS DANS LE WP1 SERONT VALIDÉS DANS DES POPULATIONS EXPÉRIMENTALES ET COMMERCIALES. LA VALIDATION GÉNÉTIQUE SERA EFFECTUÉE PAR LE GÉNOTYPAGE DE 256 SNP SUR UNE PUCE OPENARRAY, SUIVIE D’UNE ANALYSE DE L’ASSOCIATION. CEUX QUI ONT ÉTÉ VALIDÉS DANS DIVERS MILIEUX GÉNÉTIQUES SERONT ÉVALUÉS SUR LE PLAN FONCTIONNEL AU MOYEN D’ÉTUDES SILICO ET D’APPROCHES MOLÉCULAIRES, TELLES QUE L’ANALYSE DE L’EXPRESSION GÉNIQUE ET LA METILATION; WP3) MÉTAGÉNOMIQUE INTESTINALE. LE MICROBIOME INTESTINAL DU PORC SERA ANALYSÉ EN FONCTION DE L’ÂGE ET DE L’EMPLACEMENT LE LONG DE L’INTESTIN DANS LE CADRE D’UNE EXPÉRIENCE AVEC DES PORCS DE LA RACE IBERICA. EN OUTRE, LE MICROBIOME INTESTINAL DES PORCS COMMERCIAUX DUROC X IBERICO SERA ANALYSÉ AFIN D’ÉTUDIER LA RELATION ENTRE LE MICROBIOME ET LA CROISSANCE, LE DÉPÔT DE GRAISSE ET LA COMPOSITION DES ACIDES GRAS. LE SÉQUENÇAGE DES AMPLIS DU GÈNE DE L’ARNR 16S SERA EFFECTUÉ AFIN D’ESTIMER LA DIVERSITÉ ET L’ABONDANCE DU MICROBIOME. ENFIN, LE SÉQUENÇAGE MASSIF DE LA METAGENOMA DES ÉCHANTILLONS QUI PRÉSENTENT DES DIFFÉRENCES INTÉRESSANTES SERA EFFECTUÉ. CES ÉTUDES FOURNIRONT DE L’INFORMATION BIOLOGIQUE SUR LA BASE GÉNÉTIQUE DE LA CROISSANCE, DU DÉPÔT DE GRAISSE ET DE LA QUALITÉ DE LA VIANDE CHEZ LES PORCS, AINSI QUE SUR LES MALADIES LIÉES À L’OBÉSITÉ CHEZ L’HOMME. DE PLUS, ON S’ATTEND À CE QU’ELLE OBTIENNE DES MARQUEURS SPÉCIFIQUES, EN DÉSÉQUILIBRE ÉLEVÉ DE LA LIAISON AVEC DES MUTATIONS CAUSALES OU MÊME QTN, UTILES POUR L’AMÉLIORATION GÉNÉTIQUE PORCINE. (French)
2 December 2021
0 references
DIE KENNTNIS VON GENEN, DIE DIE FLEISCHQUALITÄT BEEINFLUSSEN, EINSCHLIESSLICH SENSORISCHER, ERNÄHRUNGSPHYSIOLOGISCHER UND GESUNDHEITLICHER ASPEKTE, IST VON WESENTLICHER BEDEUTUNG, UM DIE QUALITÄT VON SCHWEINEPRODUKTEN ZU VERBESSERN, OHNE DIE PRODUKTIONSLEISTUNG ZU BEEINTRÄCHTIGEN. DIE GENOMISCHE AUSWAHL WIRD VON DER SCHWEINEINDUSTRIE ALS NÜTZLICHES INSTRUMENT ZUR VERBESSERUNG DIESER ART VON CHARAKTER BETRACHTET. IHRE UMSETZUNG IN DIESER ART STELLT JEDOCH NACHTEILE DAR, ES IST RATSAM, SICH AUF DIE IDENTIFIZIERUNG DER KAUSALEN VARIANTEN (QTN) ZU KONZENTRIEREN, DIE QTL MIT MODERATEN UND KONSISTENTEN WIRKUNGEN ÜBER GENERATIONEN, RASSEN ODER LINIEN HINWEG ZUGRUNDE LIEGEN. DER WEG VON QTL ZU QTN ERFORDERT EINE STRENGE PRÜFUNG UND VALIDIERUNG DER AUSWIRKUNGEN VON QTL UND SNPS AUF UNTERSCHIEDLICHE GENETISCHE HINTERGRÜNDE. FRÜHERE STUDIEN AUF DER GRUNDLAGE EXPERIMENTELLER CROSSOVER IBERICO X LANDRACE ERMÖGLICHTEN ES UNS, GENOMISCHE REGIONEN ZU IDENTIFIZIEREN, DIE MIT WACHSTUM, FETTABLAGERUNGEN, FETTSÄUREZUSAMMENSETZUNG UND COLAGENGEHALT IN MUSKELN VERBUNDEN SIND. SELBST MEHRERE QTL-REGIONEN WURDEN DURCH DIE ANALYSE VON KANDIDATENGENEN GRÜNDLICH UNTERSUCHT. HAUPTZIEL DES VORLIEGENDEN VORSCHLAGS IST DIE VALIDIERUNG DIESER QTLS UND MUTATIONEN IN KANDIDATENGEN IN VERSCHIEDENEN GENETISCHEN HINTERGRÜNDEN UNTER VERWENDUNG VON GENOMISCHEN UND TRANSCRIPTOMICA-TOOLS, UM QTN ERFOLGREICH ZU IDENTIFIZIEREN. DIESE ANSÄTZE WERDEN DURCH EINEN METAGENOMIC ANSATZ ERGÄNZT, DER NEUE WEGE DER FORSCHUNG DURCH DIE ANALYSE VON GENOMHETEROGENITÄT UND VERÄNDERUNGEN DER MIKROBIOMVIELFALT ERÖFFNET HAT, DIE DIE CHARAKTERE VON INTERESSE BEEINFLUSSEN KÖNNTEN. UNSER ARBEITSPLAN IST IN DREI BLÖCKE UNTERTEILT: WP1) QTL-ANALYSE UND GENEXPRESSION IN ZWEI EXPERIMENTELLEN BACKCROSSINGS. DER QTL-DETEKTION ERFOLGT DURCH GENOTYPISIERUNG MIT DEM SCHWEINEFLEISCH SNP60 BEADCHIP, UND DAS ABWEICHENDE TIER TRANSKRIPTOM FÜR DIE ANALYSIERTEN ZEICHEN IST MIT RNA-SEQ UND QPCR ZU VERGLEICHEN. WP2) GENETISCHE UND FUNKTIONELLE VALIDIERUNG VON POLYMORPHISMEN IN POSITIONSKANDIDATENGENEN. IN VERSUCHS- UND GEWERBEPOPULATIONEN WERDEN FRÜHERE KANDIDATENPOLYMORPHISMEN FÜR DIE ANALYSE UND DIE IN WP1 IDENTIFIZIERTEN POLYMORPHISMEN VALIDIERT. DIE GENETISCHE VALIDIERUNG ERFOLGT DURCH GENOTYPISIERUNG VON 256 SNPS AUF EINEM OPENARRAY-CHIP, GEFOLGT VON EINER ASSOZIATIONSANALYSE. DIEJENIGEN, DIE IN VERSCHIEDENEN GENETISCHEN HINTERGRÜNDEN VALIDIERT WURDEN, WERDEN FUNKTIONELL DURCH SILICO-STUDIEN UND MOLEKULARE ANSÄTZE, WIE Z. B. ANALYSE DER GENEXPRESSION UND METILATION, BEWERTET. WP3) INTESTINAL METAGENOMIC. DAS INTESTINALE MIKROBIOM DES SCHWEINS WIRD IN EINEM EXPERIMENT MIT SCHWEINEN DER IBERICA-ART UNTERSUCHT, BIS DAS ALTER UND DIE LAGE ENTLANG DES DARMS KONDITIONIERT SIND. DARÜBER HINAUS WIRD DAS INTESTINALE MIKROBIOM VON KOMMERZIELLEN SCHWEINEN DUROC X IBERICO ANALYSIERT, UM DEN ZUSAMMENHANG ZWISCHEN MIKROBIOM UND WACHSTUM, DER ABLAGERUNG VON FETT UND DER ZUSAMMENSETZUNG VON FETTSÄUREN ZU UNTERSUCHEN. DIE SEQUENZIERUNG DER AMPERE DES 16S RRNA-GENS WIRD DURCHGEFÜHRT, UM DIE VIELFALT UND FÜLLE DES MIKROBIOMS ABZUSCHÄTZEN. SCHLIESSLICH WIRD EINE MASSIVE SEQUENZIERUNG DER METAGENOMA DER PROBEN DURCHGEFÜHRT, DIE INTERESSANTE UNTERSCHIEDE AUFWEISEN. DIESE STUDIEN WERDEN BIOLOGISCHE INFORMATIONEN ÜBER DIE GENETISCHE GRUNDLAGE VON WACHSTUM, FETTABLAGERUNG UND FLEISCHQUALITÄT BEI SCHWEINEN SOWIE ÜBER KRANKHEITEN IM ZUSAMMENHANG MIT ADIPOSITAS BEIM MENSCHEN LIEFERN. DARÜBER HINAUS WIRD ERWARTET, DASS ES SPEZIFISCHE MARKER, IN EINEM HOHEN UNGLEICHGEWICHT DER BINDUNG MIT URSÄCHLICHEN MUTATIONEN ODER SOGAR QTN, NÜTZLICH FÜR DIE VERBESSERUNG DER SCHWEINE GENETISCHE VERBESSERUNG ZU ERHALTEN. (German)
9 December 2021
0 references
KENNIS VAN GENEN DIE VAN INVLOED ZIJN OP DE VLEESKWALITEIT, MET INBEGRIP VAN ZINTUIGLIJKE, VOEDINGS- EN MENSELIJKE GEZONDHEIDSASPECTEN, IS ESSENTIEEL OM DE KWALITEIT VAN VARKENSPRODUCTEN TE VERBETEREN ZONDER AFBREUK TE DOEN AAN DE PRODUCTIEPRESTATIES. DE GENOMISCHE SELECTIE WORDT DOOR DE VARKENSINDUSTRIE BESCHOUWD ALS EEN NUTTIG INSTRUMENT OM DIT TYPE KARAKTER TE VERBETEREN. DE TOEPASSING ERVAN IN DEZE SOORT LEVERT ECHTER NADELEN OP, HET IS RAADZAAM OM ZICH TE CONCENTREREN OP HET IDENTIFICEREN VAN DE CAUSALE VARIANTEN (QTN) DIE AAN QTL TEN GRONDSLAG LIGGEN, MET MATIGE EN CONSISTENTE EFFECTEN GEDURENDE GENERATIES, RASSEN OF LIJNEN. HET PAD VAN QTL NAAR QTN VEREIST STRENGE TESTS EN VALIDATIE VAN DE EFFECTEN VAN QTL EN SNP’S OP VERSCHILLENDE GENETISCHE ACHTERGRONDEN. EERDERE STUDIES OP BASIS VAN EXPERIMENTELE CROSSOVER IBERICO X LANDRACE STELDEN ONS IN STAAT OM GENOMISCHE REGIO’S TE IDENTIFICEREN DIE VERBAND HOUDEN MET GROEI, VETAFZETTINGEN, VETZUURSAMENSTELLING EN COLAGEENGEHALTE IN SPIEREN. ZELFS VERSCHILLENDE QTL-REGIO’S WERDEN GRONDIG BESTUDEERD DOOR ANALYSE VAN KANDIDAATGENEN. DE BELANGRIJKSTE DOELSTELLING VAN HET HUIDIGE VOORSTEL IS DE VALIDATIE VAN DEZE QTL’S EN MUTATIES IN KANDIDAAT-GENEN MET VERSCHILLENDE GENETISCHE ACHTERGRONDEN, MET BEHULP VAN GENOMIC EN TRANSCRIPTOMICA TOOLS, OM QTN MET SUCCES TE IDENTIFICEREN. DEZE BENADERINGEN ZULLEN WORDEN AANGEVULD MET EEN METAGENOMIC BENADERING, DIE NIEUWE ONDERZOEKSMOGELIJKHEDEN HEEFT GEOPEND DOOR DE ANALYSE VAN GENOOM HETEROGENITEIT EN VERANDERINGEN IN MICROBIOMEDIVERSITEIT DIE KARAKTERS VAN BELANG KUNNEN BEÏNVLOEDEN. ONS WERKPLAN BESTAAT UIT DRIE BLOKKEN: WP1) QTL-ANALYSE EN GENEXPRESSIE IN TWEE EXPERIMENTELE BACK-CROSSINGS. DE QTL-DETECTIE WORDT UITGEVOERD DOOR GENOTYPERING MET DE SNP60 BEADCHIP-VARKENS, EN HET AFWIJKENDE DIERLIJKE TRANSCRIPTOOM VOOR DE GEANALYSEERDE TEKENS WORDT VERGELEKEN MET RNA-SEQ EN QPCR; WP2) GENETISCHE EN FUNCTIONELE VALIDATIE VAN POLYMORFISMEN IN POSITIONELE KANDIDAAT GENEN. EERDERE KANDIDAAT-POLYMORFISMEN VOOR ANALYSE EN DIE WELKE IN WP1 ZIJN GEÏDENTIFICEERD, ZULLEN WORDEN GEVALIDEERD IN EXPERIMENTELE EN COMMERCIËLE POPULATIES. GENETISCHE VALIDATIE ZAL WORDEN UITGEVOERD DOOR DE GENOTYPERING VAN 256 SNP’S OP EEN OPENARRAY CHIP, GEVOLGD DOOR ASSOCIATION ANALYSE. DEGENEN DIE IN VERSCHILLENDE GENETISCHE ACHTERGRONDEN ZIJN GEVALIDEERD, ZULLEN FUNCTIONEEL WORDEN GEËVALUEERD DOOR MIDDEL VAN SILICOSTUDIES EN MOLECULAIRE BENADERINGEN, ZOALS ANALYSE VAN GENIC EXPRESSIE EN METILATIE; WP3) INTESTINALE METAGENOMIC. HET DARMMICROBIOOM VAN HET VARKEN ZAL WORDEN GEANALYSEERD OP BASIS VAN LEEFTIJD EN LOCATIE LANGS DE DARM IN EEN EXPERIMENT MET VARKENS VAN HET IBERICA-RAS. DAARNAAST ZAL HET DARMMICROBIOOM VAN COMMERCIËLE VARKENS DUROC X IBERICO WORDEN GEANALYSEERD OM DE RELATIE TUSSEN MICROBIOOM EN GROEI, DE AFZETTING VAN VET EN DE SAMENSTELLING VAN VETZUREN TE BESTUDEREN. HET RANGSCHIKKEN VAN VERSTERKERS VAN HET 16S RRNA-GEN ZAL WORDEN UITGEVOERD OM DE DIVERSITEIT EN OVERVLOED VAN MICROBIOME TE SCHATTEN. TEN SLOTTE ZAL EEN MASSALE SEQUENCING VAN DE METAGENOMA VAN DE MONSTERS DIE INTERESSANTE VERSCHILLEN VERTONEN WORDEN UITGEVOERD. DEZE STUDIES ZULLEN BIOLOGISCHE INFORMATIE OPLEVEREN OVER DE GENETISCHE BASIS VAN GROEI, VETAFZETTING EN VLEESKWALITEIT BIJ VARKENS, ALSMEDE OVER ZIEKTEN DIE VERBAND HOUDEN MET OBESITAS BIJ MENSEN. BOVENDIEN WORDT VERWACHT DAT HET SPECIFIEKE MARKERS, IN HOGE ONBALANS VAN DE BINDING MET CAUSALE MUTATIES OF ZELFS QTN, NUTTIG BIJ VARKENS GENETISCHE VERBETERING. (Dutch)
17 December 2021
0 references
LA CONOSCENZA DEI GENI CHE INCIDONO SULLA QUALITÀ DELLA CARNE, COMPRESI GLI ASPETTI SENSORIALI, NUTRIZIONALI E DELLA SALUTE UMANA, È ESSENZIALE PER MIGLIORARE LA QUALITÀ DEI PRODOTTI SUINI SENZA COMPROMETTERE LE PRESTAZIONI PRODUTTIVE. LA SELEZIONE GENOMICA È CONSIDERATA DALL'INDUSTRIA SUINA UN UTILE STRUMENTO PER MIGLIORARE QUESTO TIPO DI CARATTERE. TUTTAVIA, LA SUA APPLICAZIONE IN QUESTA SPECIE PRESENTA SVANTAGGI, È CONSIGLIABILE CONCENTRARSI SULL'INDIVIDUAZIONE DELLE VARIANTI CAUSALI (QTN) SOTTOSTANTI QTL CON EFFETTI MODERATI E COERENTI PER GENERAZIONI, RAZZE O LINEE. IL PERCORSO DA QTL A QTN RICHIEDE TEST RIGOROSI E CONVALIDA DEGLI EFFETTI DI QTL E SNP SU DIVERSI BACKGROUND GENETICI. STUDI PRECEDENTI BASATI SUL CROSSOVER SPERIMENTALE IBERICO X LANDRACE CI HANNO PERMESSO DI IDENTIFICARE LE REGIONI GENOMICHE ASSOCIATE ALLA CRESCITA, AI DEPOSITI DI GRASSO, ALLA COMPOSIZIONE DEGLI ACIDI GRASSI E AL CONTENUTO DI COLAGENE NEI MUSCOLI. ANCHE DIVERSE REGIONI QTL SONO STATE STUDIATE IN PROFONDITÀ ATTRAVERSO L'ANALISI DEI GENI CANDIDATI. L'OBIETTIVO PRINCIPALE DELLA PRESENTE PROPOSTA È LA CONVALIDA DI QUESTI QTL E MUTAZIONI IN GENI CANDIDATI IN DIVERSI CONTESTI GENETICI, UTILIZZANDO STRUMENTI GENOMICI E TRANSCRIPTOMICA, AL FINE DI IDENTIFICARE CON SUCCESSO QTN. QUESTI APPROCCI SARANNO INTEGRATI DA UN APPROCCIO METAGENOMICO, CHE HA APERTO NUOVE VIE DI RICERCA ATTRAVERSO L'ANALISI DELL'ETEROGENEITÀ DEL GENOMA E DEI CAMBIAMENTI NELLA DIVERSITÀ DEI MICROBIOMI CHE POTREBBERO INFLUENZARE I CARATTERI DI INTERESSE. IL NOSTRO PIANO DI LAVORO È ORGANIZZATO IN TRE BLOCCHI: WP1) ANALISI QTL ED ESPRESSIONE GENICA IN DUE BACK-CROSSING SPERIMENTALI. IL RILEVAMENTO QTL DEVE ESSERE EFFETTUATO MEDIANTE GENOTIPIZZAZIONE CON I SUINI DI BEADCHIP SNP60 E IL TRASCRITTOMA ANIMALE DIVERGENTE PER I CARATTERI ANALIZZATI DEVE ESSERE CONFRONTATO CON RNA-SEQ E QPCR; WP2) CONVALIDA GENETICA E FUNZIONALE DEI POLIMORFISMI NEI GENI CANDIDATI POSIZIONALI. I PRECEDENTI POLIMORFISMI CANDIDATI PER L'ANALISI E QUELLI IDENTIFICATI NEL WP1 SARANNO CONVALIDATI IN POPOLAZIONI SPERIMENTALI E COMMERCIALI. LA CONVALIDA GENETICA SARÀ EFFETTUATA ATTRAVERSO LA GENOTIPIZZAZIONE DI 256 SNP SU UN CHIP OPENARRAY, SEGUITA DALL'ANALISI DELL'ASSOCIAZIONE. COLORO CHE SONO STATI CONVALIDATI IN VARI BACKGROUND GENETICI SARANNO VALUTATI FUNZIONALMENTE ATTRAVERSO STUDI SUL SILICO E APPROCCI MOLECOLARI, COME L'ANALISI DELL'ESPRESSIONE GENETICA E LA METILAZIONE; WP3) METAGENOMICA INTESTINALE. IL MICROBIOMA INTESTINALE DEL MAIALE SARÀ ANALIZZATO CONDIZIONATO ALL'INVECCHIAMENTO E ALL'UBICAZIONE LUNGO L'INTESTINO IN UN ESPERIMENTO CON MAIALI DELLA RAZZA IBERICA. INOLTRE, IL MICROBIOMA INTESTINALE DEI MAIALI COMMERCIALI DUROC X IBERICO SARÀ ANALIZZATO PER STUDIARE IL RAPPORTO TRA MICROBIOMA E CRESCITA, LA DEPOSIZIONE DI GRASSO E LA COMPOSIZIONE DEGLI ACIDI GRASSI. IL SEQUENZIAMENTO DEGLI AMPLIFICATORI DEL GENE RRNA 16S SARÀ EFFETTUATO PER STIMARE LA DIVERSITÀ E L'ABBONDANZA DEL MICROBIOMA. INFINE, VERRÀ EFFETTUATO UN SEQUENZIAMENTO MASSICCIO DELLA METAGENOMA DEI CAMPIONI CHE PRESENTANO INTERESSANTI DIFFERENZE. QUESTI STUDI FORNIRANNO INFORMAZIONI BIOLOGICHE SULLA BASE GENETICA DELLA CRESCITA, DEL DEPOSITO DI GRASSI E DELLA QUALITÀ DELLA CARNE NEI SUINI, NONCHÉ SULLE MALATTIE LEGATE ALL'OBESITÀ NELL'UOMO. INOLTRE, SI PREVEDE DI OTTENERE MARCATORI SPECIFICI, IN UN ELEVATO SQUILIBRIO DI LEGAME CON MUTAZIONI CAUSALI O ANCHE QTN, UTILI PER IL MIGLIORAMENTO GENETICO SUINO. (Italian)
16 January 2022
0 references
Η ΓΝΏΣΗ ΤΩΝ ΓΟΝΙΔΊΩΝ ΠΟΥ ΕΠΗΡΕΆΖΟΥΝ ΤΗΝ ΠΟΙΌΤΗΤΑ ΤΟΥ ΚΡΈΑΤΟΣ, ΣΥΜΠΕΡΙΛΑΜΒΑΝΟΜΈΝΩΝ ΤΩΝ ΑΙΣΘΗΤΗΡΙΑΚΏΝ ΚΑΙ ΔΙΑΤΡΟΦΙΚΏΝ ΠΤΥΧΏΝ ΚΑΙ ΤΩΝ ΠΤΥΧΏΝ ΤΗΣ ΑΝΘΡΏΠΙΝΗΣ ΥΓΕΊΑΣ, ΕΊΝΑΙ ΟΥΣΙΑΣΤΙΚΉΣ ΣΗΜΑΣΊΑΣ ΓΙΑ ΤΗ ΒΕΛΤΊΩΣΗ ΤΗΣ ΠΟΙΌΤΗΤΑΣ ΤΩΝ ΠΡΟΪΌΝΤΩΝ ΧΟΊΡΩΝ ΧΩΡΊΣ ΝΑ ΕΠΗΡΕΆΖΕΤΑΙ Η ΠΑΡΑΓΩΓΙΚΉ ΑΠΌΔΟΣΗ. Η ΓΟΝΙΔΙΩΜΑΤΙΚΉ ΕΠΙΛΟΓΉ ΘΕΩΡΕΊΤΑΙ ΑΠΌ ΤΗ ΧΟΙΡΟΤΡΟΦΊΑ ΧΡΉΣΙΜΟ ΕΡΓΑΛΕΊΟ ΓΙΑ ΤΗ ΒΕΛΤΊΩΣΗ ΑΥΤΟΎ ΤΟΥ ΕΊΔΟΥΣ ΤΟΥ ΧΑΡΑΚΤΉΡΑ. ΩΣΤΌΣΟ, Η ΕΦΑΡΜΟΓΉ ΤΟΥ ΣΕ ΑΥΤΌ ΤΟ ΕΊΔΟΣ ΠΑΡΟΥΣΙΆΖΕΙ ΜΕΙΟΝΕΚΤΉΜΑΤΑ, ΕΊΝΑΙ ΣΚΌΠΙΜΟ ΝΑ ΕΠΙΚΕΝΤΡΩΘΟΎΜΕ ΣΤΟΝ ΕΝΤΟΠΙΣΜΌ ΤΩΝ ΑΙΤΊΩΝ ΠΑΡΑΛΛΑΓΏΝ (QTN) ΣΤΙΣ ΟΠΟΊΕΣ ΒΑΣΊΖΕΤΑΙ ΤΟ QTL ΜΕ ΜΈΤΡΙΑ ΚΑΙ ΣΥΝΕΠΉ ΑΠΟΤΕΛΈΣΜΑΤΑ ΚΑΘ’ ΌΛΗ ΤΗ ΔΙΆΡΚΕΙΑ ΤΩΝ ΓΕΝΕΏΝ, ΤΩΝ ΦΥΛΏΝ Ή ΤΩΝ ΓΡΑΜΜΏΝ. Η ΔΙΑΔΡΟΜΉ ΑΠΌ ΤΟ QTL ΣΤΟ QTN ΑΠΑΙΤΕΊ ΑΥΣΤΗΡΌ ΈΛΕΓΧΟ ΚΑΙ ΕΠΙΚΎΡΩΣΗ ΤΩΝ ΕΠΙΔΡΆΣΕΩΝ ΤΟΥ QTL ΚΑΙ ΤΩΝ SNP ΣΕ ΔΙΑΦΟΡΕΤΙΚΆ ΓΕΝΕΤΙΚΆ ΠΕΡΙΒΆΛΛΟΝΤΑ. ΠΡΟΗΓΟΎΜΕΝΕΣ ΜΕΛΈΤΕΣ ΠΟΥ ΒΑΣΊΖΟΝΤΑΙ ΣΕ ΠΕΙΡΑΜΑΤΙΚΌ CROSSOVER IBERICO X LANDRACE ΜΑΣ ΕΠΈΤΡΕΨΑΝ ΝΑ ΕΝΤΟΠΊΣΟΥΜΕ ΓΟΝΙΔΙΩΜΑΤΙΚΈΣ ΠΕΡΙΟΧΈΣ ΠΟΥ ΣΧΕΤΊΖΟΝΤΑΙ ΜΕ ΤΗΝ ΑΝΆΠΤΥΞΗ, ΤΑ ΑΠΟΘΈΜΑΤΑ ΛΊΠΟΥΣ, ΤΗ ΣΎΝΘΕΣΗ ΛΙΠΑΡΏΝ ΟΞΈΩΝ ΚΑΙ ΤΗΝ ΠΕΡΙΕΚΤΙΚΌΤΗΤΑ ΣΕ ΚΟΛΛΑΓΈΝΙΟ ΣΤΟΥΣ ΜΥΣ. ΑΚΌΜΗ ΚΑΙ ΑΡΚΕΤΈΣ ΠΕΡΙΟΧΈΣ QTL ΜΕΛΕΤΉΘΗΚΑΝ ΣΕ ΒΆΘΟΣ ΜΕ ΑΝΆΛΥΣΗ ΤΩΝ ΥΠΟΨΉΦΙΩΝ ΓΟΝΙΔΊΩΝ. ΚΎΡΙΟΣ ΣΤΌΧΟΣ ΤΗΣ ΠΑΡΟΎΣΑΣ ΠΡΌΤΑΣΗΣ ΕΊΝΑΙ Η ΕΠΙΚΎΡΩΣΗ ΑΥΤΏΝ ΤΩΝ QTL ΚΑΙ ΜΕΤΑΛΛΆΞΕΩΝ ΣΕ ΥΠΟΨΉΦΙΑ ΓΟΝΊΔΙΑ ΣΕ ΔΙΑΦΟΡΕΤΙΚΆ ΓΕΝΕΤΙΚΆ ΥΠΌΒΑΘΡΑ, ΜΕ ΤΗ ΧΡΉΣΗ ΓΟΝΙΔΙΩΜΑΤΙΚΏΝ ΕΡΓΑΛΕΊΩΝ ΚΑΙ ΕΡΓΑΛΕΊΩΝ TRANSCRIPTOMICA, ΠΡΟΚΕΙΜΈΝΟΥ ΝΑ ΠΡΟΣΔΙΟΡΙΣΤΕΊ ΜΕ ΕΠΙΤΥΧΊΑ ΤΟ QTN. ΟΙ ΠΡΟΣΕΓΓΊΣΕΙΣ ΑΥΤΈΣ ΘΑ ΣΥΜΠΛΗΡΩΘΟΎΝ ΜΕ ΜΙΑ ΜΕΤΑΓΕΝΟΜΙΚΉ ΠΡΟΣΈΓΓΙΣΗ, Η ΟΠΟΊΑ ΆΝΟΙΞΕ ΝΈΕΣ ΟΔΟΎΣ ΈΡΕΥΝΑΣ ΜΈΣΩ ΤΗΣ ΑΝΆΛΥΣΗΣ ΤΗΣ ΕΤΕΡΟΓΈΝΕΙΑΣ ΤΟΥ ΓΟΝΙΔΙΏΜΑΤΟΣ ΚΑΙ ΤΩΝ ΑΛΛΑΓΏΝ ΣΤΗΝ ΠΟΙΚΙΛΟΜΟΡΦΊΑ ΤΩΝ ΜΙΚΡΟΒΙΩΜΆΤΩΝ ΠΟΥ ΘΑ ΜΠΟΡΟΎΣΑΝ ΝΑ ΕΠΗΡΕΆΣΟΥΝ ΤΟΥΣ ΧΑΡΑΚΤΉΡΕΣ ΕΝΔΙΑΦΈΡΟΝΤΟΣ. ΤΟ ΠΡΌΓΡΑΜΜΑ ΕΡΓΑΣΊΑΣ ΜΑΣ ΕΊΝΑΙ ΟΡΓΑΝΩΜΈΝΟ ΣΕ ΤΡΕΙΣ ΕΝΌΤΗΤΕΣ: WP1) ΑΝΆΛΥΣΗ QTL ΚΑΙ ΓΟΝΙΔΙΑΚΉ ΈΚΦΡΑΣΗ ΣΕ ΔΎΟ ΠΕΙΡΑΜΑΤΙΚΈΣ ΑΝΑΔΡΟΜΙΚΈΣ ΔΙΑΣΤΑΥΡΏΣΕΙΣ. Η ΑΝΊΧΝΕΥΣΗ QTL ΠΡΑΓΜΑΤΟΠΟΙΕΊΤΑΙ ΜΕ ΓΟΝΟΤΥΠΙΚΉ ΑΝΆΛΥΣΗ ΜΕ ΤΟΝ ΧΟΊΡΟ SNP60 BEADCHIP ΚΑΙ Η ΑΠΟΚΛΊΝΟΥΣΑ ΜΕΤΑΓΡΑΦΉ ΤΩΝ ΖΏΩΝ ΓΙΑ ΤΟΥΣ ΧΑΡΑΚΤΉΡΕΣ ΠΟΥ ΑΝΑΛΎΟΝΤΑΙ ΣΥΓΚΡΊΝΕΤΑΙ ΜΕ RNA-SEQ ΚΑΙ QPCR· WP2) ΓΕΝΕΤΙΚΉ ΚΑΙ ΛΕΙΤΟΥΡΓΙΚΉ ΕΠΙΚΎΡΩΣΗ ΠΟΛΥΜΟΡΦΙΣΜΏΝ ΣΕ ΥΠΟΨΉΦΙΑ ΓΙΑ ΘΈΣΗ ΓΟΝΊΔΙΑ. ΟΙ ΠΡΟΗΓΟΎΜΕΝΟΙ ΥΠΟΨΉΦΙΟΙ ΠΟΛΥΜΟΡΦΙΣΜΟΊ ΓΙΑ ΑΝΆΛΥΣΗ ΚΑΙ ΕΚΕΊΝΟΙ ΠΟΥ ΠΡΟΣΔΙΟΡΊΖΟΝΤΑΙ ΣΤΟ WP1 ΘΑ ΕΠΙΚΥΡΩΘΟΎΝ ΣΕ ΠΕΙΡΑΜΑΤΙΚΟΎΣ ΚΑΙ ΕΜΠΟΡΙΚΟΎΣ ΠΛΗΘΥΣΜΟΎΣ. Η ΓΕΝΕΤΙΚΉ ΕΠΙΚΎΡΩΣΗ ΘΑ ΠΡΑΓΜΑΤΟΠΟΙΗΘΕΊ ΜΈΣΩ ΤΗΣ ΓΟΝΟΤΥΠΙΚΉΣ ΑΝΆΛΥΣΗΣ 256 SNPS ΣΕ ΤΣΙΠ OPENARRAY, ΑΚΟΛΟΥΘΟΎΜΕΝΗ ΑΠΌ ΑΝΆΛΥΣΗ ΤΟΥ ΣΥΝΔΈΣΜΟΥ. ΌΣΟΙ ΈΧΟΥΝ ΕΠΙΚΥΡΩΘΕΊ ΣΕ ΔΙΆΦΟΡΑ ΓΕΝΕΤΙΚΆ ΥΠΌΒΑΘΡΑ ΘΑ ΑΞΙΟΛΟΓΟΎΝΤΑΙ ΛΕΙΤΟΥΡΓΙΚΆ ΜΈΣΩ ΠΥΡΙΤΙΚΏΝ ΜΕΛΕΤΏΝ ΚΑΙ ΜΟΡΙΑΚΏΝ ΠΡΟΣΕΓΓΊΣΕΩΝ, ΌΠΩΣ Η ΑΝΆΛΥΣΗ ΤΗΣ ΓΟΝΙΚΉΣ ΈΚΦΡΑΣΗΣ ΚΑΙ Η METILATION· WP3) ΕΝΤΕΡΙΚΉ ΜΕΤΑΓΕΝΟΜΙΚΉ. ΤΟ ΕΝΤΕΡΙΚΌ ΜΙΚΡΟΒΊΟ ΤΟΥ ΧΟΊΡΟΥ ΘΑ ΑΝΑΛΥΘΕΊ ΑΝΆΛΟΓΑ ΜΕ ΤΗΝ ΗΛΙΚΊΑ ΚΑΙ ΤΗΝ ΤΟΠΟΘΕΣΊΑ ΚΑΤΆ ΜΉΚΟΣ ΤΟΥ ΕΝΤΈΡΟΥ ΣΕ ΈΝΑ ΠΕΊΡΑΜΑ ΜΕ ΧΟΊΡΟΥΣ ΤΗΣ ΦΥΛΉΣ IBERICA. ΕΠΙΠΛΈΟΝ, ΘΑ ΑΝΑΛΥΘΟΎΝ ΤΑ ΕΝΤΕΡΙΚΆ ΜΙΚΡΟΒΙΏΜΑΤΑ ΤΩΝ ΕΜΠΟΡΙΚΏΝ ΧΟΊΡΩΝ DUROC X IBERICO ΠΡΟΚΕΙΜΈΝΟΥ ΝΑ ΜΕΛΕΤΗΘΕΊ Η ΣΧΈΣΗ ΜΕΤΑΞΎ ΜΙΚΡΟΒΙΏΜΑΤΟΣ ΚΑΙ ΑΝΆΠΤΥΞΗΣ, Η ΕΝΑΠΌΘΕΣΗ ΛΊΠΟΥΣ ΚΑΙ Η ΣΎΝΘΕΣΗ ΤΩΝ ΛΙΠΑΡΏΝ ΟΞΈΩΝ. Η ΑΛΛΗΛΟΥΧΊΑ ΤΩΝ ΕΝΙΣΧΥΤΏΝ ΤΟΥ ΓΟΝΙΔΊΟΥ RRNA 16S ΘΑ ΠΡΑΓΜΑΤΟΠΟΙΗΘΕΊ ΓΙΑ ΤΗΝ ΕΚΤΊΜΗΣΗ ΤΗΣ ΠΟΙΚΙΛΟΜΟΡΦΊΑΣ ΚΑΙ ΤΗΣ ΑΦΘΟΝΊΑΣ ΤΟΥ ΜΙΚΡΟΒΙΏΜΑΤΟΣ. ΤΈΛΟΣ, ΘΑ ΠΡΑΓΜΑΤΟΠΟΙΗΘΕΊ ΜΑΖΙΚΉ ΑΛΛΗΛΟΥΧΊΑ ΤΟΥ ΜΕΤΑΓΕΝΟΜΑ ΤΩΝ ΔΕΙΓΜΆΤΩΝ ΠΟΥ ΠΑΡΟΥΣΙΆΖΟΥΝ ΕΝΔΙΑΦΈΡΟΥΣΕΣ ΔΙΑΦΟΡΈΣ. ΟΙ ΜΕΛΈΤΕΣ ΑΥΤΈΣ ΘΑ ΠΑΡΈΧΟΥΝ ΒΙΟΛΟΓΙΚΈΣ ΠΛΗΡΟΦΟΡΊΕΣ ΣΧΕΤΙΚΆ ΜΕ ΤΗ ΓΕΝΕΤΙΚΉ ΒΆΣΗ ΤΗΣ ΑΝΆΠΤΥΞΗΣ, ΤΗΣ ΕΝΑΠΌΘΕΣΗΣ ΛΊΠΟΥΣ ΚΑΙ ΤΗΣ ΠΟΙΌΤΗΤΑΣ ΤΟΥ ΚΡΈΑΤΟΣ ΣΤΟΥΣ ΧΟΊΡΟΥΣ, ΚΑΘΏΣ ΚΑΙ ΓΙΑ ΑΣΘΈΝΕΙΕΣ ΠΟΥ ΣΧΕΤΊΖΟΝΤΑΙ ΜΕ ΤΗΝ ΠΑΧΥΣΑΡΚΊΑ ΣΤΟΝ ΆΝΘΡΩΠΟ. ΕΠΙΠΛΈΟΝ, ΑΝΑΜΈΝΕΤΑΙ ΝΑ ΛΗΦΘΟΎΝ ΕΙΔΙΚΟΊ ΔΕΊΚΤΕΣ, ΣΕ ΥΨΗΛΉ ΑΝΙΣΟΡΡΟΠΊΑ ΔΈΣΜΕΥΣΗΣ ΜΕ ΤΙΣ ΑΙΤΙΑΊΕΣ ΜΕΤΑΛΛΆΞΕΙΣ Ή ΑΚΌΜΗ ΚΑΙ ΤΟ QTN, ΧΡΉΣΙΜΟΙ ΣΤΗ ΓΕΝΕΤΙΚΉ ΒΕΛΤΊΩΣΗ ΤΩΝ ΧΟΊΡΩΝ. (Greek)
17 August 2022
0 references
VIDEN OM GENER, DER PÅVIRKER KØDKVALITETEN, HERUNDER SENSORISKE, ERNÆRINGSMÆSSIGE OG SUNDHEDSMÆSSIGE ASPEKTER, ER AFGØRENDE FOR AT FORBEDRE SVINEPRODUKTERNES KVALITET UDEN AT PÅVIRKE DEN PRODUKTIVE YDEEVNE. DEN GENOMISKE UDVÆLGELSE ANSES AF SVINEINDUSTRIEN FOR AT VÆRE ET NYTTIGT REDSKAB TIL AT FORBEDRE DENNE TYPE KARAKTER. MEN, DENS IMPLEMENTERING I DENNE ART GIVER ULEMPER, ER DET TILRÅDELIGT AT FOKUSERE PÅ AT IDENTIFICERE DE KAUSALE VARIANTER (QTN) UNDERLIGGENDE QTL MED MODERATE OG KONSEKVENT EFFEKTER GENNEM GENERATIONER, LØB ELLER LINJER. STIEN FRA QTL TIL QTN KRÆVER GRUNDIG TESTNING OG VALIDERING AF VIRKNINGERNE AF QTL OG SNP'ER PÅ FORSKELLIGE GENETISKE BAGGRUNDE. TIDLIGERE UNDERSØGELSER BASERET PÅ EKSPERIMENTEL CROSSOVER IBERICO X LANDRACE TILLOD OS AT IDENTIFICERE GENOMISKE REGIONER FORBUNDET MED VÆKST, FEDTDEPOTER, FEDTSYRESAMMENSÆTNING OG COLAGENEINDHOLD I MUSKLER. SELV FLERE QTL-REGIONER BLEV UNDERSØGT GRUNDIGT VED ANALYSE AF KANDIDATGENER. HOVEDFORMÅLET MED DET NUVÆRENDE FORSLAG ER AT VALIDERE DISSE QTL'ER OG MUTATIONER I KANDIDATGENER MED FORSKELLIGE GENETISKE BAGGRUNDE VED HJÆLP AF GENOMISKE VÆRKTØJER OG TRANSCRIPTOMICA-VÆRKTØJER MED HENBLIK PÅ AT IDENTIFICERE QTN MED SUCCES. DISSE TILGANGE VIL BLIVE SUPPLERET MED EN METAGENOMISK TILGANG, SOM HAR ÅBNET OP FOR NYE FORSKNINGSVEJE GENNEM ANALYSE AF GENOM HETEROGENITET OG ÆNDRINGER I MIKROBIOM MANGFOLDIGHED, DER KAN PÅVIRKE TEGN AF INTERESSE. VORES ARBEJDSPLAN ER INDDELT I TRE BLOKKE: WP1) QTL-ANALYSE OG GENEKSPRESSION I TO EKSPERIMENTELLE TILBAGEKRYDSNINGER. QTL-DETEKTION UDFØRES VED GENOTYPEBESTEMMELSE MED SNP60 BEADCHIP SVIN, OG DEN AFVIGENDE DYRETRANSKRIPTOM FOR DE ANALYSEREDE TEGN SAMMENLIGNES MED RNA-SEQ OG QPCR. WP2) GENETISK OG FUNKTIONEL VALIDERING AF POLYMORFIER I POSITIONELLE KANDIDATGENER. TIDLIGERE KANDIDATPOLYMORFIER TIL ANALYSE OG DEM, DER ER IDENTIFICERET I WP1, VIL BLIVE VALIDERET I EKSPERIMENTELLE OG KOMMERCIELLE POPULATIONER. GENETISK VALIDERING VIL BLIVE GENNEMFØRT VED GENOTYPEBESTEMMELSE AF 256 SNP'ER PÅ EN OPENARRAY CHIP, EFTERFULGT AF ASSOCIATION ANALYSE. PERSONER, DER ER BLEVET VALIDERET MED FORSKELLIGE GENETISKE BAGGRUNDE, VIL BLIVE EVALUERET FUNKTIONELT GENNEM SILICOUNDERSØGELSER OG MOLEKYLÆRE TILGANGE, SÅSOM GENISK EKSPRESSIONSANALYSE OG METILATION. WP3) TARMMETAGENOMIK. GRISENS TARMMIKROBIOM VIL BLIVE ANALYSERET KONDITIONERET TIL ALDER OG PLACERING LANGS TARMEN I ET FORSØG MED SVIN AF IBERICA-RACEN. DESUDEN VIL TARMMIKROBIOMET HOS KOMMERCIELLE SVIN DUROC X IBERICO BLIVE ANALYSERET FOR AT UNDERSØGE FORHOLDET MELLEM MIKROBIOM OG VÆKST, AFLEJRING AF FEDT OG SAMMENSÆTNING AF FEDTSYRER. SEKVENTERING AF FORSTÆRKERE AF 16S RRNA-GENET VIL BLIVE UDFØRT FOR AT ESTIMERE MIKROBIOMETS MANGFOLDIGHED OG OVERFLOD. ENDELIG VIL DER BLIVE FORETAGET MASSIV SEKVENTERING AF METAGENOMA AF DE PRØVER, DER FREMBYDER INTERESSANTE FORSKELLE. DISSE UNDERSØGELSER VIL GIVE BIOLOGISKE OPLYSNINGER OM DET GENETISKE GRUNDLAG FOR VÆKST, FEDTDEPOT OG KØDKVALITET HOS SVIN SAMT OM SYGDOMME RELATERET TIL FEDME HOS MENNESKER. DESUDEN FORVENTES DET AT OPNÅ SPECIFIKKE MARKØRER I HØJ UBALANCE I BINDING MED KAUSALE MUTATIONER ELLER ENDDA QTN, SOM ER NYTTIGE I SVINEGENETISK FORBEDRING. (Danish)
17 August 2022
0 references
LIHAN LAATUUN VAIKUTTAVIEN GEENIEN TUNTEMUS, MUKAAN LUKIEN AISTINVARAISET, RAVITSEMUKSELLISET JA IHMISTEN TERVEYTEEN LIITTYVÄT NÄKÖKOHDAT, ON OLENNAISEN TÄRKEÄÄ, JOTTA VOIDAAN PARANTAA SIANLIHATUOTTEIDEN LAATUA HEIKENTÄMÄTTÄ KUITENKAAN TUOTTAVAA SUORITUSKYKYÄ. SIKATEOLLISUUS PITÄÄ GENOMIVALINTAA HYÖDYLLISENÄ VÄLINEENÄ TÄMÄNTYYPPISEN LUONTEEN PARANTAMISEKSI. SEN TÄYTÄNTÖÖNPANO TÄSSÄ LAJISSA AIHEUTTAA KUITENKIN HAITTOJA, JA ON SUOSITELTAVAA KESKITTYÄ MÄÄRITTÄMÄÄN QTL:N TAUSTALLA OLEVAT SYY-MUUNNOKSET (QTN), JOILLA ON KOHTALAISIA JA JOHDONMUKAISIA VAIKUTUKSIA SUKUPOLVIEN, ROTUJEN TAI LINJOJEN AIKANA. QTL:N JA QTN:N VÄLINEN REITTI EDELLYTTÄÄ QTL:N JA SNP:N VAIKUTUSTEN TIUKKAA TESTAUSTA JA VALIDOINTIA ERI GENEETTISIIN TAUSTOIHIN. AIKAISEMMAT TUTKIMUKSET, JOTKA PERUSTUIVAT KOKEELLISEEN CROSSOVER IBERICO X LANDRACE AVULLA PYSTYIMME TUNNISTAMAAN GENOMIALUEET, JOTKA LIITTYVÄT KASVUUN, RASVAKERTYMIIN, RASVAHAPPOKOOSTUMUKSEEN JA KOLOGENEENIPITOISUUTEEN LIHAKSISSA. JOPA USEITA QTL-ALUEITA TUTKITTIIN PERUSTEELLISESTI ANALYSOIMALLA EHDOKASGEENEJÄ. TÄMÄN EHDOTUKSEN PÄÄTAVOITTEENA ON VALIDOIDA NÄMÄ QTL:T JA MUTAATIOT EHDOKASGEENEISSÄ ERI GENEETTISISSÄ TAUSTOISSA KÄYTTÄEN GENOMI- JA TRANSCRIPTOMICA-TYÖKALUJA, JOTTA QTN VOIDAAN TUNNISTAA MENESTYKSELLISESTI. NÄITÄ LÄHESTYMISTAPOJA TÄYDENNETÄÄN METAGENOMISELLA LÄHESTYMISTAVALLA, JOKA ON AVANNUT UUSIA TUTKIMUSMAHDOLLISUUKSIA ANALYSOIMALLA GENOMIN HETEROGEENISUUTTA JA MIKROBIOMIN MONIMUOTOISUUDEN MUUTOKSIA, JOTKA VOIVAT VAIKUTTAA KIINNOSTAVIIN MERKKEIHIN. TYÖSUUNNITELMA ON JAETTU KOLMEEN OSAAN: WP1) QTL-ANALYYSI JA GEENIN ILMENTYMINEN KAHDESSA KOKEELLISESSA BACKCROSSING-TESTISSÄ. QTL-DETEKTIO ON SUORITETTAVA GENOTYYPILLÄ SNP60 BEADCHIP -SIKALLA, JA ANALYSOITUJEN MERKKIEN OSALTA TOISISTAAN POIKKEAVIA ELÄINKOPIOITA VERRATAAN RNA-SEQ- JA QPCR-ARVOIHIN; WP2) POLYMORFISMIN GENEETTINEN JA TOIMINNALLINEN VALIDOINTI ASEMOITUNEISSA EHDOKASGEENEISSÄ. ANALYSOITAVAKSI TARKOITETUT JA WP1:SSÄ YKSILÖIDYT AIEMMAT POLYMORFISMIT VALIDOIDAAN KOKEELLISISSA JA KAUPALLISISSA POPULAATIOISSA. GENEETTINEN VALIDOINTI SUORITETAAN SITEN, ETTÄ OPENARRAY-SIRULLE TEHDÄÄN 256 SNP:N GENOTYYPPI, MINKÄ JÄLKEEN TEHDÄÄN YHDISTYSANALYYSI. NE, JOTKA ON VALIDOITU ERI GENEETTISILLÄ TAUSTOILLA, ARVIOIDAAN TOIMINNALLISESTI SILIKOTUTKIMUSTEN JA MOLEKYYLIMENETELMIEN, KUTEN GEENIEN EKSPRESSIOANALYYSIN JA METILATIONIN, AVULLA. WP3) SUOLISTON METAGENOMINEN. SIAN SUOLISTON MIKROBIOMI ANALYSOIDAAN IÄN JA SIJAINNIN MUKAAN IÄN JA SIJAINNIN MUKAAN IBERICA-RODUN SIOILLA TEHDYSSÄ KOKEESSA. LISÄKSI ANALYSOIDAAN KAUPALLISTEN SIKOJEN DUROC X IBERICO -BAKTEERIN SUOLISTON MIKROBIOMIA, JOTTA VOIDAAN TUTKIA MIKROBIOMIN JA KASVUN, RASVALASKEUMAN JA RASVAHAPPOJEN KOOSTUMUKSEN VÄLISTÄ SUHDETTA. 16S RRNA -GEENIN VAHVISTIMIEN SEKVENSOINTI SUORITETAAN MIKROBIOMIN MONIMUOTOISUUDEN JA RUNSAUDEN ARVIOIMISEKSI. LOPUKSI SUORITETAAN METAGENOMAN MASSIIVINEN SEKVENSOINTI NIIDEN NÄYTTEIDEN OSALTA, JOISSA ON MIELENKIINTOISIA EROJA. NÄISTÄ TUTKIMUKSISTA SAADAAN BIOLOGISTA TIETOA SIKOJEN KASVUN, RASVAKERTYMÄN JA LIHAN LAADUN GENEETTISESTÄ PERUSTASTA SEKÄ IHMISTEN LIHAVUUTEEN LIITTYVISTÄ SAIRAUKSISTA. LISÄKSI SEN ODOTETAAN SAAVAN ERITYISIÄ MERKKIAINEITA, JOTKA OVAT SUURESSA EPÄTASAPAINOSSA SYY-MUTAATIOIDEN TAI JOPA QTN:N KANSSA JA JOTKA OVAT HYÖDYLLISIÄ SIKOJEN GENEETTISEN PARANEMISEN KANNALTA. (Finnish)
17 August 2022
0 references
L-GĦARFIEN DWAR IL-ĠENI LI JAFFETTWAW IL-KWALITÀ TAL-LAĦAM, INKLUŻI L-ASPETTI SENSORJI, NUTRIZZJONALI U TAS-SAĦĦA TAL-BNIEDEM, HUWA ESSENZJALI BIEX TITTEJJEB IL-KWALITÀ TAL-PRODOTTI TAL-MAJJAL MINGĦAJR MA TIĠI AFFETTWATA L-PRESTAZZJONI PRODUTTIVA. L-INDUSTRIJA TAL-ĦNIEŻER TQIS L-GĦAŻLA ĠENOMIKA BĦALA GĦODDA UTLI BIEX ITTEJJEB DAN IT-TIP TA’ KARATTRU. MADANKOLLU, L-IMPLIMENTAZZJONI TAGĦHA F’DIN L-ISPEĊI TIPPREŻENTA ŻVANTAĠĠI, HUWA RAKKOMANDABBLI LI WIEĦED JIFFOKA FUQ L-IDENTIFIKAZZJONI TAL-VARJANTI KAWŻALI (QTN) SOTTOSTANTI QTL B’EFFETTI MODERATI U KONSISTENTI MATUL IL-ĠENERAZZJONIJIET, RAZEZ JEW LINJI. IL-PASSAĠĠ MINN QTL GĦAL QTN JEĦTIEĠ ITTESTJAR RIGORUŻ U VALIDAZZJONI TAL-EFFETTI TA’ QTL U SNPS FUQ SFONDI ĠENETIĊI DIFFERENTI. STUDJI PREĊEDENTI BBAŻATI FUQ CROSSOVER SPERIMENTALI IBERICO X LANDRACE PPERMETTIELNA NIDENTIFIKAW REĠJUNI ĠENOMIĊI ASSOĊJATI MAT-TKABBIR, DEPOŻITI TA’ XAĦAM, KOMPOŻIZZJONI TA’ AĊIDU XAĦMI U KONTENUT TA’ COLAGENE FIL-MUSKOLI. ANKE DIVERSI REĠJUNI QTL ĠEW STUDJATI FIL-FOND PERMEZZ TA ‘ANALIŻI TA’ ĠENI KANDIDATI. L-GĦAN EWLIENI TAL-PROPOSTA ATTWALI HUWA L-VALIDAZZJONI TA’ DAWN IL-QTLS U L-MUTAZZJONIJIET FIL-ĠENI KANDIDATI FI SFONDI ĠENETIĊI DIFFERENTI, BL-UŻU TA’ GĦODOD ĠENOMIĊI U TRANSCRIPTOMICA, SABIEX JIĠI IDENTIFIKAT B’SUĊĊESS QTN. DAWN L-APPROĊĊI SE JKUNU KKUMPLIMENTATI MINN APPROĊĊ METAĠENOMIKU, LI FETAĦ TOROQ ĠODDA TA’ RIĊERKA PERMEZZ TAL-ANALIŻI TAL-ETEROĠENEITÀ TAL-ĠENOMA U BIDLIET FID-DIVERSITÀ TAL-MIKROBI LI JISTGĦU JAFFETTWAW KARATTRI TA’ INTERESS. IL-PJAN TA’ ĦIDMA TAGĦNA HUWA ORGANIZZAT FI TLIET BLOKOK: WP1) L-ANALIŻI QTL U L-ESPRESSJONI TAL-ĠENI F’ŻEWĠ BACK-CROSSINGS SPERIMENTALI. ID-DETEZZJONI TAL-QTL GĦANDHA TITWETTAQ PERMEZZ TA’ ĠENOTIPAR MAL-PORĊINA BEADCHIP SNP60, U T-TRASKRITOMU DIVERĠENTI TAL-ANNIMALI GĦALL-KARATTRI ANALIZZATI GĦANDU JITQABBEL BL-RNA-SEQ U L-QPCR; VALIDAZZJONI ĠENETIKA U FUNZJONALI TAD-WP2) TAL-POLIMORFIŻMI FIL-ĠENI KANDIDATI POŻIZZJONALI. IL-POLIMORFIŻMI KANDIDATI MINN QABEL GĦALL-ANALIŻI U DAWK IDENTIFIKATI FIL-WP1 SE JIĠU VVALIDATI F’POPOLAZZJONIJIET SPERIMENTALI U KUMMERĊJALI. IL-VALIDAZZJONI ĠENETIKA SE TITWETTAQ PERMEZZ TAL-ĠENOTIPAR TA’ 256 SNPS FUQ ĊIPPA OPENARRAY, SEGWITA MINN ANALIŻI TAL-ASSOĊJAZZJONI. DAWK LI ĠEW IVVALIDATI F’DIVERSI SFONDI ĠENETIĊI SE JIĠU EVALWATI FUNZJONALMENT PERMEZZ TA’ STUDJI IN SILICO U APPROĊĊI MOLEKULARI, BĦALL-ANALIŻI TAL-ESPRESSJONI ĠENETIKA U L-METILAZZJONI; WP3) METAĠENOMIKU INTESTINALI. IL-MIKROBIJOMA INTESTINALI TAL-ĦANŻIR SE TIĠI ANALIZZATA KKUNDIZZJONATA GĦALL-ETÀ U L-POST TUL L-IMSAREN F’ESPERIMENT BIL-ĦNIEŻER TAR-RAZZA IBERICA. BARRA MINN HEKK, IL-MIKROBIJOMA INTESTINALI TAL-ĦNIEŻER KUMMERĊJALI DUROC X IBERICO SE TIĠI ANALIZZATA SABIEX TIĠI STUDJATA R-RELAZZJONI BEJN IL-MIKROBIJOMA U T-TKABBIR, ID-DEPOŻITU TAX-XAĦAM U L-KOMPOŻIZZJONI TAL-AĊIDI XAĦMIN. SEKWENZJAR TA’ AMPS TAL-ĠENE 16S RRNA SE JSIR BIEX JISTMA D-DIVERSITÀ U L-ABBUNDANZA TAL-MIKROBIJOMA. FL-AĦĦAR NETT, SE JITWETTAQ SEKWENZAR MASSIV TAL-METAGENOMA TA’ DAWK IL-KAMPJUNI LI JIPPREŻENTAW DIFFERENZI INTERESSANTI. DAWN L-ISTUDJI SE JIPPROVDU INFORMAZZJONI BIJOLOĠIKA FUQ IL-BAŻI ĠENETIKA TAT-TKABBIR, ID-DEPOŻITU TAX-XAĦAM U L-KWALITÀ TAL-LAĦAM FIL-ĦNIEŻER, KIF UKOLL GĦALL-MARD RELATAT MAL-OBEŻITÀ FIL-BNEDMIN. BARRA MINN HEKK, HUWA MISTENNI LI JIKSEB MARKATURI SPEĊIFIĊI, BI ŻBILANĊ GĦOLI TA’ RABTA MA’ MUTAZZJONIJIET KAWŻALI JEW ANKE QTN, UTLI FIT-TITJIB ĠENETIKU TAL-ĦNIEŻER. (Maltese)
17 August 2022
0 references
ZINĀŠANAS PAR GĒNIEM, KAS IETEKMĒ GAĻAS KVALITĀTI, TOSTARP MAŅU, UZTURA UN CILVĒKU VESELĪBAS ASPEKTUS, IR BŪTISKAS, LAI UZLABOTU CŪKU PRODUKTU KVALITĀTI, NEIETEKMĒJOT PRODUKTĪVO SNIEGUMU. CŪKGAĻAS NOZARE UZSKATA GENOMISKO SELEKCIJU PAR NODERĪGU LĪDZEKLI ŠĀDA VEIDA RAKSTURA UZLABOŠANAI. TOMĒR TĀ ĪSTENOŠANA ŠAJĀ SUGĀ RADA TRŪKUMUS, IETEICAMS KONCENTRĒTIES UZ TO, LAI NOTEIKTU QTL PAMATĀ ESOŠOS CĒLOŅUS (QTN) AR MĒRENU UN KONSEKVENTU IETEKMI VISĀS PAAUDZĒS, SACĪKSTĒS VAI LĪNIJĀS. CEĻŠ NO QTL UZ QTN PRASA STINGRI PĀRBAUDĪT UN VALIDĒT QTL UN SNP IETEKMI UZ DAŽĀDIEM ĢENĒTISKAJIEM FONIEM. IEPRIEKŠĒJIE PĒTĪJUMI, PAMATOJOTIES UZ EKSPERIMENTĀLU KRUSTOJUMU IBERICO X LANDRACE, ĻĀVA MUMS IDENTIFICĒT GENOMA REĢIONUS, KAS SAISTĪTI AR AUGŠANU, TAUKU NOGULSNĒM, TAUKSKĀBJU SASTĀVU UN KOLAGĒNA SATURU MUSKUĻOS. PAT VAIRĀKI QTL REĢIONI TIKA PADZIĻINĀTI PĒTĪTI, ANALIZĒJOT KANDIDĀTGĒNUS. ŠĀ PRIEKŠLIKUMA GALVENAIS MĒRĶIS IR ŠO QTL UN MUTĀCIJU VALIDĒŠANA KANDIDĀTGĒNOS AR ATŠĶIRĪGU ĢENĒTISKO FONU, IZMANTOJOT GENOMIKAS UN TRANSCRIPTOMICA RĪKUS, LAI AR PANĀKUMIEM IDENTIFICĒTU QTN. ŠĪS PIEEJAS TIKS PAPILDINĀTAS AR METAGENOMISKU PIEEJU, KAS PAVĒRUSI JAUNAS PĒTNIECĪBAS IESPĒJAS, ANALIZĒJOT GENOMA NEVIENDABĪGUMU UN IZMAIŅAS MIKROBIOMU DAUDZVEIDĪBĀ, KAS VARĒTU IETEKMĒT INTERESĒJOŠĀS ĪPAŠĪBAS. MŪSU DARBA PLĀNS IR SADALĪTS TRĪS BLOKOS: WP1) QTL ANALĪZE UN GĒNU EKSPRESIJA DIVOS EKSPERIMENTĀLOS ATPAKAĻŠĶĒRSOJUMOS. QTL NOTEIKŠANU VEIC, IZMANTOJOT GENOTIPU AR SNP60 BEADCHIP CŪKĀM, UN ANALIZĒJAMO RAKSTZĪMJU ATŠĶIRĪGO DZĪVNIEKU TRANSKRIPTOMU SALĪDZINA AR RNS-SEQ UN QPCR; WP2) ĢENĒTISKA UN FUNKCIONĀLA POLIMORFISMA VALIDĀCIJA POZICIONĀLAJOS KANDIDĀTGĒNOS. EKSPERIMENTĀLĀS UN KOMERCIĀLĀS POPULĀCIJĀS VALIDĒS IEPRIEKŠĒJUS POLIMORFISMUS, KAS PAREDZĒTI ANALĪZEI, UN TOS, KAS IDENTIFICĒTI WP1. ĢENĒTISKĀ VALIDĀCIJA TIKS VEIKTA, OPENARRAY MIKROSHĒMĀ IZMANTOJOT 256 SNP GENOTIPU, KAM SEKOS ASOCIĀCIJAS ANALĪZE. TOS, KURI IR VALIDĒTI DAŽĀDĀS ĢENĒTISKAJĀS FONĀS, FUNKCIONĀLI NOVĒRTĒS, IZMANTOJOT SILIKO PĒTĪJUMUS UN MOLEKULĀRĀS PIEEJAS, PIEMĒRAM, ĢENERISKĀS EKSPRESIJAS ANALĪZI UN METILĀCIJA; WP3) ZARNU METAGENOMISKS. CŪKU ZARNU MIKROBIOMS TIKS ANALIZĒTS PĒC VECUMA UN ATRAŠANĀS VIETAS GAR ZARNĀM EKSPERIMENTĀ AR IBERICA ŠĶIRNES CŪKĀM. TURKLĀT TIKS ANALIZĒTS KOMERCIĀLO CŪKU ZARNU MIKROBIOMS DUROC X IBERICO, LAI IZPĒTĪTU SAIKNI STARP MIKROBIOMU UN AUGŠANU, TAUKU NOGULSNĒŠANOS UN TAUKSKĀBJU SASTĀVU. 16S RRNS GĒNA AMPĒRU SEKVENCĒŠANA TIKS VEIKTA, LAI NOVĒRTĒTU MIKROBIOMA DAUDZVEIDĪBU UN PĀRPILNĪBU. VISBEIDZOT, TIKS VEIKTA ŠO PARAUGU METAGENOMA MASVEIDA SECĪBA, KAS RADA INTERESANTAS ATŠĶIRĪBAS. ŠIE PĒTĪJUMI SNIEGS BIOLOĢISKO INFORMĀCIJU PAR ĢENĒTISKO PAMATU AUGŠANU, TAUKU NOGULSNES UN GAĻAS KVALITĀTI CŪKĀM, KĀ ARĪ PAR SLIMĪBĀM, KAS SAISTĪTAS AR APTAUKOŠANOS CILVĒKIEM. TURKLĀT PAREDZAMS, KA TAS IEGŪS ĪPAŠUS MARĶIERUS, KAS LIELĀ MĒRĀ NESABALANSĒ SAISTĪŠANOS AR CĒLONISKĀM MUTĀCIJĀM VAI PAT QTN, KAS IR NODERĪGI CŪKU ĢENĒTISKAI UZLABOŠANĀ. (Latvian)
17 August 2022
0 references
ZNALOSŤ GÉNOV, KTORÉ OVPLYVŇUJÚ KVALITU MÄSA, VRÁTANE ZMYSLOVÝCH, NUTRIČNÝCH A ZDRAVOTNÝCH ASPEKTOV, JE NEVYHNUTNÁ NA ZLEPŠENIE KVALITY VÝROBKOV Z OŠÍPANÝCH BEZ TOHO, ABY TO MALO VPLYV NA ÚŽITKOVÚ VÝKONNOSŤ. GENÓMOVÝ VÝBER POVAŽUJE ODVETVIE CHOVU OŠÍPANÝCH ZA UŽITOČNÝ NÁSTROJ NA ZLEPŠENIE TOHTO TYPU CHARAKTERU. JEHO IMPLEMENTÁCIA V TOMTO DRUHU VŠAK PREDSTAVUJE NEVÝHODY, ODPORÚČA SA ZAMERAŤ SA NA IDENTIFIKÁCIU KAUZÁLNYCH VARIANTOV QTL (QTL) S MIERNYMI A KONZISTENTNÝMI ÚČINKAMI POČAS GENERÁCIÍ, ZÁVODOV ALEBO LÍNIÍ. CESTA OD QTL K QTN SI VYŽADUJE PRÍSNE TESTOVANIE A VALIDÁCIU ÚČINKOV QTL A SNP NA RÔZNE GENETICKÉ POZADIE. PREDCHÁDZAJÚCE ŠTÚDIE ZALOŽENÉ NA EXPERIMENTÁLNOM CROSSOVER IBERICO X LANDRACE NÁM UMOŽNILI IDENTIFIKOVAŤ GENÓMOVÉ OBLASTI SPOJENÉ S RASTOM, TUKOVÝMI USADENINAMI, ZLOŽENÍM MASTNÝCH KYSELÍN A OBSAHOM KAGENU VO SVALOCH. DOKONCA AJ NIEKOĽKO QTL REGIÓNOV BOLO ŠTUDOVANÝCH DO HĹBKY ANALÝZOU KANDIDÁTSKYCH GÉNOV. HLAVNÝM CIEĽOM SÚČASNÉHO NÁVRHU JE VALIDÁCIA TÝCHTO QTL A MUTÁCIÍ V KANDIDÁTSKYCH GÉNOCH NA RÔZNYCH GENETICKÝCH POZNATKOCH POMOCOU GENOMICKÝCH NÁSTROJOV A NÁSTROJOV TRANSCRIPTOMICA S CIEĽOM ÚSPEŠNE IDENTIFIKOVAŤ QTN. TIETO PRÍSTUPY BUDÚ DOPLNENÉ O METAGENOMICKÝ PRÍSTUP, KTORÝ OTVORIL NOVÉ MOŽNOSTI VÝSKUMU PROSTREDNÍCTVOM ANALÝZY GENÓMOVEJ HETEROGENITY A ZMIEN V ROZMANITOSTI MIKROBIÓMOV, KTORÉ BY MOHLI OVPLYVNIŤ ZAUJÍMAVÉ POSTAVY. NÁŠ PRACOVNÝ PLÁN JE ROZDELENÝ DO TROCH BLOKOV: WP1) QTL ANALÝZA A EXPRESIA GÉNOV V DVOCH EXPERIMENTÁLNYCH SPÄTNÝCH PRECHODOCH. ZISTENIE QTL SA VYKONÁ GENOTYPIZÁCIOU S OŠÍPANOU SNP60 BEADCHIP A ROZDIELNY TRANSKRIPTÓM ZVIERAT PRE ANALYZOVANÉ ZNAKY SA POROVNÁ POMOCOU RNA-SEQ A QPCR; WP2) GENETICKÁ A FUNKČNÁ VALIDÁCIA POLYMORFIZMOV V POLOHOVÝCH KANDIDÁTSKYCH GÉNOCH. POLYMORFIZMY PREDCHÁDZAJÚCEHO KANDIDÁTA NA ANALÝZU A POLYMORFIZMY IDENTIFIKOVANÉ V WP1 BUDÚ VALIDOVANÉ V POKUSNÝCH A KOMERČNÝCH POPULÁCIÁCH. GENETICKÁ VALIDÁCIA SA VYKONÁ PROSTREDNÍCTVOM GENOTYPIZÁCIE 256 SNP NA ČIPE OPENARRAY, PO KTOREJ BUDE NASLEDOVAŤ ASOCIAČNÁ ANALÝZA. TÍ, KTORÍ BOLI VALIDOVANÍ NA RÔZNYCH GENETICKÝCH POZNATKOCH, BUDÚ HODNOTENÉ FUNKČNE PROSTREDNÍCTVOM ŠTÚDIÍ SILICO A MOLEKULÁRNYCH PRÍSTUPOV, AKO JE ANALÝZA GÉNOVEJ EXPRESIE A METILÁCIA; WP3) ČREVNÁ METAGENOMIKA. ČREVNÝ MIKROBIÓM OŠÍPANEJ BUDE ANALYZOVANÝ NA ZÁKLADE VEKU A UMIESTNENIA POZDĹŽ ČREVA V EXPERIMENTE S OŠÍPANÝMI PLEMENA IBERICA. OKREM TOHO SA BUDE ANALYZOVAŤ ČREVNÝ MIKROBIÓM KOMERČNÝCH OŠÍPANÝCH DUROC X IBERICO S CIEĽOM PRESKÚMAŤ VZŤAH MEDZI MIKROBIÓMOM A RASTOM, UKLADANIE TUKU A ZLOŽENIE MASTNÝCH KYSELÍN. SEKVENOVANIE ZOSILŇOVAČOV 16S RRNA GÉNU SA VYKONÁ NA ODHAD DIVERZITY A HOJNOSTI MIKROBIÓMU. NAPOKON SA USKUTOČNÍ MASÍVNE SEKVENOVANIE METAGENOMA TÝCH VZORIEK, KTORÉ PREDSTAVUJÚ ZAUJÍMAVÉ ROZDIELY. TIETO ŠTÚDIE POSKYTNÚ BIOLOGICKÉ INFORMÁCIE O GENETICKOM ZÁKLADE RASTU, UKLADANIA TUKU A KVALITY MÄSA OŠÍPANÝCH, AKO AJ O CHOROBÁCH SÚVISIACICH S OBEZITOU U ĽUDÍ. OKREM TOHO SA OČAKÁVA, ŽE ZÍSKA ŠPECIFICKÉ MARKERY S VYSOKOU NEROVNOVÁHOU VÄZBY S KAUZÁLNYMI MUTÁCIAMI ALEBO DOKONCA QTN, KTORÉ BUDÚ UŽITOČNÉ PRI GENETICKOM ZLEPŠENÍ OŠÍPANÝCH. (Slovak)
17 August 2022
0 references
TÁ EOLAS AR GHÉINTE A THÉANN I BHFEIDHM AR CHÁILÍOCHT FEOLA, LENA N-ÁIRÍTEAR GNÉITHE CÉADFACHA, COTHAITHEACHA AGUS SLÁINTE AN DUINE, RIACHTANACH CHUN CÁILÍOCHT TÁIRGÍ MUC A FHEABHSÚ GAN CUR ISTEACH AR FHEIDHMÍOCHT THÁIRGIÚIL. MEASANN AN TIONSCAL MUC GUR UIRLIS ÚSÁIDEACH É AN ROGHNÚ GÉANÓMAÍOCH CHUN FEABHAS A CHUR AR AN GCINEÁL SEO CARACHTAR. MAR SIN FÉIN, TÁ MÍBHUNTÁISTÍ AG BAINT LENA CHUR CHUN FEIDHME SA SPEICEAS SEO, MOLTAR DÍRIÚ AR NA LEAGANACHA CÚISEACHA (QTN) IS BUNÚS LE QTL A AITHINT LE HÉIFEACHTAÍ MEASARTHA AGUS COMHSHEASMHACHA AR FUD NA NGLÚN, RÁSAÍ NÓ LÍNTE. ÉILÍONN AN COSÁN Ó QTL GO QTN TÁSTÁIL AGUS BAILÍOCHTÚ DIAN AR ÉIFEACHTAÍ QTL AGUS SNPANNA AR CHÚLRAÍ GÉINITEACHA ÉAGSÚLA. THUG STAIDÉIR ROIMHE SEO BUNAITHE AR THRASGHEARRADH TURGNAMHACH IBERICO X LANDRACE DEIS DÚINN RÉIGIÚIN GHÉANÓMAÍOCHA A BHAINEANN LE FÁS, TAISCÍ SAILLEACHA, COMHDHÉANAMH AIGÉID SHAILLIGH AGUS CION COLAGENE I MATÁIN A AITHINT. RINNEADH STAIDÉAR FIÚ ROINNT RÉIGIÚN QTL GO DOMHAIN TRÍ ANAILÍS A DHÉANAMH AR GHÉINTE IARRTHÓRA. IS É PRÍOMHCHUSPÓIR AN TOGRA REATHA BAILÍOCHTÚ A DHÉANAMH AR NA QTLANNA AGUS NA SÓCHÁIN SIN I NGÉINTE IARRTHÓIRÍ I GCÚLRAÍ GÉINITEACHA ÉAGSÚLA, TRÍ ÚSÁID A BHAINT AS UIRLISÍ GÉANÓMAÍOCHA AGUS UIRLISÍ TRANSCRIPTOMICA, D’FHONN QTN RATHÚIL A SHAINAITHINT. COMHLÁNÓFAR NA CINEÁLACHA CUR CHUIGE SIN LE CUR CHUIGE MEITIGÉANÓMAÍOCH, LENAR OSCLAÍODH BEALAÍ NUA TAIGHDE TRÍ ANAILÍS A DHÉANAMH AR ILCHINEÁLACHT GHÉANÓIM AGUS ATHRUITHE AR ÉAGSÚLACHT MICRIBHITHÓM A D’FHÉADFADH DIFEAR A DHÉANAMH DO CHARACHTAIR SPÉISE. TÁ ÁR BPLEAN OIBRE EAGRAITHE INA THRÍ BHLOC: WP1) ANAILÍS QTL AGUS LÉIRIÚ GÉINE IN DHÁ AIS-TRASNÚ TURGNAMHACH. DÉANFAR BRATH QTL TRÍ GHÉINITÍOPÁIL LE MUCACH SNP60 BEADCHIP, AGUS DÉANFAIDH RNA-SEQ AGUS QPCR COMPARÁID IDIR AN TRAS-SCRÍBHINN ÉAGSÚIL AINMHITHE DO NA CARACHTAIR A NDEARNADH ANAILÍS ORTHU; WP2) BAILÍOCHTÚ GÉINITEACH AGUS FEIDHMIÚIL POLYMORPHISMS I GÉINTE IARRTHÓIRÍ POSITIONAL. DÉANFAR POLAMORFAIGH IARRTHA ROIMH RÉ LE HAGHAIDH ANAILÍSE AGUS IAD SIÚD A SHAINAITHNÍTEAR IN WP1 A BHAILÍOCHTÚ I BPOBAIL THURGNAMHACHA AGUS TRÁCHTÁLA. DÉANFAR BAILÍOCHTÚ GÉINITEACH TRÍ GNOTYPING 256 SNPANNA AR SHLIS OPENARRAY, AGUS ANAILÍS COMHLACHAIS INA DHIAIDH SIN. DÉANFAR MEASTÓIREACHT FHEIDHMIÚIL ORTHU SIÚD A BAILÍOCHTAÍODH I GCÚLRAÍ GÉINITEACHA ÉAGSÚLA TRÍ STAIDÉIR SILICO AGUS TRÍ CHUR CHUIGE MÓILÍNEACH, AMHAIL ANAILÍS LÉIRITHE GÉINE AGUS METILATION; CÉ GURBH IAD AVONDALE ROGHA NA COITIANTA THÁINIG BUACHAILLÍ GCM LE PLEAN AGUS CHUIREADAR I BHFEIDHM É. DÉANFAR ANAILÍS AR MHICREABHITHM INTESTINAL NA MUICE AR CHOINNÍOLL GO HAOIS AGUS SUÍOMH AR FEADH NA STÉIGE I DTURGNAMH LE MUCA DE PHÓR IBERICA. INA THEANNTA SIN, DÉANFAR ANAILÍS AR MHIOCRÓB INTESTINAL MUC TRÁCHTÁLA DUROC X IBERICO D’FHONN STAIDÉAR A DHÉANAMH AR AN NGAOL IDIR MICREA-BHITHM AGUS FÁS, SIL-SAILL AGUS COMHDHÉANAMH AIGÉAD SAILLEACH. DÉANFAR SEICHEAMHÚ AR AMPS DE GHÉIN 16S RRNA CHUN ÉAGSÚLACHT AGUS FLÚIRSE AN MHICREABHITHÓM A MHEAS. AR DEIREADH, DÉANFAR SEICHEAMHÚ OLLMHÓR AR METAGENOMA NA SAMPLAÍ SIN A CHUIREANN DIFRÍOCHTAÍ SUIMIÚLA I LÁTHAIR. CUIRFIDH NA STAIDÉIR SEO FAISNÉIS BHITHEOLAÍOCH AR FÁIL AR BHONN GÉINITEACH FÁIS, TAISCE SAILLE AGUS CÁILÍOCHTA FEOLA I MUCA, CHOMH MAITH LE GALAIR A BHAINEANN LE MURTALL I NDAOINE. THAIRIS SIN, TÁTHAR AG SÚIL GO BHFAIGHIDH SÉ MARCÓIRÍ SONRACHA, I ÉAGOTHROIME ARD DE CHEANGAL LE SÓCHÁIN CHÚISEACHA NÓ FIÚ QTN, ÚSÁIDEACH I BHFEABHAS GÉINITEACH MUCÚIL. (Irish)
17 August 2022
0 references
ZNALOST GENŮ, KTERÉ OVLIVŇUJÍ JAKOST MASA, VČETNĚ SMYSLOVÝCH, VÝŽIVOVÝCH A ZDRAVOTNÍCH ASPEKTŮ, JE ZÁSADNÍ PRO ZLEPŠENÍ JAKOSTI PRODUKTŮ Z VEPŘOVÉHO MASA, ANIŽ BY BYLA OVLIVNĚNA UŽITKOVÁ VÝKONNOST. VEPŘOVÝ PRŮMYSL POVAŽUJE GENOMICKÝ VÝBĚR ZA UŽITEČNÝ NÁSTROJ KE ZLEPŠENÍ TOHOTO TYPU CHARAKTERU. JEHO IMPLEMENTACE U TOHOTO DRUHU VŠAK PŘEDSTAVUJE NEVÝHODY, DOPORUČUJE SE ZAMĚŘIT SE NA IDENTIFIKACI KAUZÁLNÍCH VARIANT (QTN) ZÁKLADNÍCH QTL S MÍRNÝMI A KONZISTENTNÍMI ÚČINKY PO CELÉ GENERACE, RASY NEBO LINIE. CESTA Z QTL DO QTN VYŽADUJE PŘÍSNÉ TESTOVÁNÍ A VALIDACI ÚČINKŮ QTL A SNP NA RŮZNÉ GENETICKÉ POZADÍ. PŘEDCHOZÍ STUDIE ZALOŽENÉ NA EXPERIMENTÁLNÍM CROSSOVERU IBERICO X LANDRACE NÁM UMOŽNILY IDENTIFIKOVAT GENOMICKÉ OBLASTI SPOJENÉ S RŮSTEM, TUKOVÝMI USAZENINAMI, SLOŽENÍM MASTNÝCH KYSELIN A OBSAHEM KOLAGENU VE SVALECH. DOKONCE I NĚKOLIK OBLASTÍ QTL BYLO DŮKLADNĚ STUDOVÁNO ANALÝZOU POTENCIÁLNÍCH GENŮ. HLAVNÍM CÍLEM STÁVAJÍCÍHO NÁVRHU JE VALIDACE TĚCHTO QTL A MUTACÍ V KANDIDÁTSKÝCH GENECH V RŮZNÝCH GENETICKÝCH PROSTŘEDÍCH POMOCÍ GENOMICKÝCH A TRANSCRIPTOMICA NÁSTROJŮ, ABY BYLO MOŽNÉ ÚSPĚŠNĚ IDENTIFIKOVAT QTN. TYTO PŘÍSTUPY BUDOU DOPLNĚNY METAGENOMICKÝM PŘÍSTUPEM, KTERÝ OTEVŘEL NOVÉ CESTY VÝZKUMU PROSTŘEDNICTVÍM ANALÝZY GENOMU HETEROGENITY A ZMĚN V MIKROBIOMOVÉ ROZMANITOSTI, KTERÉ BY MOHLY OVLIVNIT POSTAVY ZÁJMU. NÁŠ PRACOVNÍ PLÁN JE ROZDĚLEN DO TŘÍ BLOKŮ: WP1) QTL ANALÝZA A GENOVÁ EXPRESE VE DVOU EXPERIMENTÁLNÍCH ZPĚTNÉM KŘÍŽENÍ. DETEKCE QTL SE PROVÁDÍ GENOTYPOVÁNÍM S PRASATY SNP60 BEADCHIP A ROZDÍLNÝ TRANSKRIPTOM ZVÍŘAT PRO ANALYZOVANÉ ZNAKY SE POROVNÁ POMOCÍ RNA-SEQ A QPCR; WP2) GENETICKÁ A FUNKČNÍ VALIDACE POLYMORFISMU V POLOHOVÝCH KANDIDÁTNÍCH GENECH. PŘEDCHOZÍ KANDIDÁTNÍ POLYMORFISMY PRO ANALÝZU A POLYMORFISMY UVEDENÉ V WP1 BUDOU VALIDOVÁNY V EXPERIMENTÁLNÍCH A KOMERČNÍCH POPULACÍCH. GENETICKÁ VALIDACE BUDE PROVEDENA GENOTYPIZACÍ 256 SNP NA ČIPU OPENARRAY, NÁSLEDOVANÝM ASOCIAČNÍ ANALÝZOU. OSOBY, KTERÉ BYLY VALIDOVÁNY NA RŮZNÝCH GENETICKÝCH PODKLADECH, BUDOU FUNKČNĚ VYHODNOCENY PROSTŘEDNICTVÍM STUDIÍ IN SILICO A MOLEKULÁRNÍCH PŘÍSTUPŮ, JAKO JE GENOVÁ EXPRESE A METILATION; WP3) STŘEVNÍ METAGENOM. STŘEVNÍ MIKROBIOM PRASETE BUDE ANALYZOVÁN V EXPERIMENTU S PRASATY PLEMENE IBERICA PODMÍNĚNÝ STÁRNUTÍM A UMÍSTĚNÍM PODÉL STŘEVA. KROMĚ TOHO BUDE ANALYZOVÁN STŘEVNÍ MIKROBIOM KOMERČNÍCH PRASAT DUROC X IBERICO ZA ÚČELEM STUDIA VZTAHU MEZI MIKROBIOMEM A RŮSTEM, UKLÁDÁNÍ TUKŮ A SLOŽENÍ MASTNÝCH KYSELIN. SEKVENOVÁNÍ ZESILOVAČŮ 16S RRNA GENU BUDE PROVEDENO PRO ODHAD ROZMANITOSTI A HOJNOSTI MIKROBIOMU. V NEPOSLEDNÍ ŘADĚ BUDE PROVEDENO MASIVNÍ SEKVENOVÁNÍ METAGENOMA VZORKŮ, KTERÉ VYKAZUJÍ ZAJÍMAVÉ ROZDÍLY. TYTO STUDIE POSKYTNOU BIOLOGICKÉ INFORMACE O GENETICKÉM ZÁKLADĚ RŮSTU, UKLÁDÁNÍ TUKU A KVALITY MASA U PRASAT, JAKOŽ I O ONEMOCNĚNÍCH SOUVISEJÍCÍCH S OBEZITOU U LIDÍ. KROMĚ TOHO SE OČEKÁVÁ, ŽE ZÍSKÁ SPECIFICKÉ MARKERY, PŘI VYSOKÉ NEROVNOVÁZE VAZBY S KAUZÁLNÍMI MUTACEMI NEBO DOKONCE QTN, UŽITEČNÉ PRO GENETICKÉ ZLEPŠENÍ PRASAT. (Czech)
17 August 2022
0 references
O CONHECIMENTO DE GENES QUE AFETAM A QUALIDADE DA CARNE, INCLUINDO ASPETOS SENSORIAIS, NUTRICIONAIS E DE SAÚDE HUMANA, É ESSENCIAL PARA MELHORAR A QUALIDADE DOS PRODUTOS SUINÍCOLAS SEM AFETAR O DESEMPENHO PRODUTIVO. A SELEÇÃO GENÓMICA É CONSIDERADA PELA INDÚSTRIA SUINÍCOLA COMO UMA FERRAMENTA ÚTIL PARA MELHORAR ESTE TIPO DE CARÁTER. NO ENTANTO, SUA IMPLEMENTAÇÃO NESTA ESPÉCIE APRESENTA DESVANTAGENS, É ACONSELHÁVEL FOCAR NA IDENTIFICAÇÃO DAS VARIANTES CAUSAIS (QTN) SUBJACENTES QTL COM EFEITOS MODERADOS E CONSISTENTES AO LONGO DE GERAÇÕES, RAÇAS OU LINHAS. O CAMINHO DE QTL PARA QTN REQUER TESTES RIGOROSOS E VALIDAÇÃO DOS EFEITOS DE QTL E SNPS EM DIFERENTES ORIGENS GENÉTICAS. ESTUDOS PRÉVIOS GANZAS EM CRUZAMENTO EXPERIMENTAL DE IBERICO X LANDRACE PERMITIRAM IDENTIFICAR REGIÕES GENÔMICAS ASSOCIADAS AO CRESCIMENTO, DEPÓSITOS DE GORDURA, COMPOSIÇÃO DE ÁCIDOS GRAXOS E TEOR DE COLAGÊNIO NOS MÚSCULOS. MESMO VÁRIAS REGIÕES QTL FORAM ESTUDADAS EM PROFUNDIDADE POR ANÁLISE DE GENES CANDIDATOS. O PRINCIPAL OBJETIVO DA PROPOSTA ATUAL É A VALIDAÇÃO DESTES QTLS E MUTAÇÕES EM GENES CANDIDATOS EM DIFERENTES ORIGENS GENÉTICAS, UTILIZANDO FERRAMENTAS GENÔMICAS E TRANSCRIPTOMICA, A FIM DE IDENTIFICAR COM SUCESSO QTN. ESSAS ABORDAGENS SERÃO COMPLEMENTADAS POR UMA ABORDAGEM METAGENÔMICA, QUE ABRIU NOVAS VIAS DE PESQUISA ATRAVÉS DA ANÁLISE DA HETEROGENEIDADE DO GENOMA E MUDANÇAS NA DIVERSIDADE DE MICROBIOMAS QUE PODERIAM AFETAR PERSONAGENS DE INTERESSE. O NOSSO PLANO DE TRABALHO ESTÁ ORGANIZADO EM TRÊS BLOCOS: WP1) ANÁLISE QTL E EXPRESSÃO GÊNICA EM DOIS RETROCROSSINGS EXPERIMENTAIS. A DETEÇÃO QTL DEVE SER EFETUADA POR GENOTIPAGEM COM O SUÍNO SNP60 BEADCHIP E O TRANSCRIPTOMA ANIMAL DIVERGENTE PARA OS CARATERES ANALISADOS DEVE SER COMPARADO POR RNA-SEQ E QPCR; WP2) VALIDAÇÃO GENÉTICA E FUNCIONAL DE POLIMORFISMOS EM GENES POSICIONAIS CANDIDATOS. OS POLIMORFISMOS CANDIDATOS ANTERIORES PARA ANÁLISE E OS IDENTIFICADOS NO PT1 SERÃO VALIDADOS EM POPULAÇÕES EXPERIMENTAIS E COMERCIAIS. A VALIDAÇÃO GENÉTICA SERÁ REALIZADA ATRAVÉS DA GENOTIPAGEM DE 256 SNPS EM UM CHIP OPENARRAY, SEGUIDO DE ANÁLISE DA ASSOCIAÇÃO. AQUELES QUE FORAM VALIDADOS EM VÁRIOS CONTEXTOS GENÉTICOS SERÃO AVALIADOS FUNCIONALMENTE ATRAVÉS DE ESTUDOS IN SILICO E ABORDAGENS MOLECULARES, TAIS COMO ANÁLISE DE EXPRESSÃO GÊNICA E METILAÇÃO; WP3) METAGENÔMICA INTESTINAL. O MICROBIOMA INTESTINAL DO PORCO SERÁ ANALISADO CONDICIONADO À IDADE E À LOCALIZAÇÃO AO LONGO DO INTESTINO, NUMA EXPERIÊNCIA COM SUÍNOS DA RAÇA IBERICA. ALÉM DISSO, O MICROBIOMA INTESTINAL DE PORCOS COMERCIAIS DUROC X IBERICO SERÁ ANALISADO A FIM DE ESTUDAR A RELAÇÃO ENTRE MICROBIOMA E CRESCIMENTO, A DEPOSIÇÃO DE GORDURA E A COMPOSIÇÃO DE ÁCIDOS GRAXOS. SEQUENCIAMENTO DE AMPLIFICADORES DO GENE 16S RRNA SERÁ REALIZADO PARA ESTIMAR A DIVERSIDADE E ABUNDÂNCIA DO MICROBIOMA. FINALMENTE, A SEQUENCIAÇÃO MACIÇA DO METAGENOMA DAS AMOSTRAS QUE APRESENTAM DIFERENÇAS INTERESSANTES SERÁ REALIZADA. ESTES ESTUDOS FORNECERÃO INFORMAÇÕES BIOLÓGICAS SOBRE A BASE GENÉTICA DO CRESCIMENTO, DEPÓSITO DE GORDURA E QUALIDADE DA CARNE EM SUÍNOS, BEM COMO SOBRE DOENÇAS RELACIONADAS COM A OBESIDADE EM SERES HUMANOS. ALÉM DISSO, ESPERA-SE OBTER MARCADORES ESPECÍFICOS, EM ALTO DESEQUILÍBRIO DE LIGAÇÃO COM MUTAÇÕES CAUSAIS OU MESMO QTN, ÚTEIS NA MELHORIA GENÉTICA DOS SUÍNOS. (Portuguese)
17 August 2022
0 references
TEADMISED LIHA KVALITEETI MÕJUTAVATEST GEENIDEST, SEALHULGAS ORGANOLEPTILISTEST, TOITUMISALASTEST JA INIMESTE TERVISEGA SEOTUD ASPEKTIDEST, ON OLULISED SEALIHATOODETE KVALITEEDI PARANDAMISEKS, ILMA ET SEE MÕJUTAKS TOOTMISTULEMUSI. SEATÖÖSTUS PEAB GENOOMILIST VALIKUT KASULIKUKS VAHENDIKS SEDA TÜÜPI ISELOOMU PARANDAMISEL. SELLE RAKENDAMISEL SELLE LIIGI PUHUL ON SIISKI PUUDUSI, ON SOOVITATAV KESKENDUDA QTLI ALUSEKS OLEVATE PÕHJUSLIKE VARIANTIDE (QTN) KINDLAKSTEGEMISELE, MILLEL ON PÕLVKONDADE, RASSIDE VÕI LIINIDE LÕIKES MÕÕDUKAS JA JÄRJEPIDEV MÕJU. TEE QTLIST QTN-INI NÕUAB QTL-I JA SNPDE MÕJU RANGET TESTIMIST JA VALIDEERIMIST ERINEVATELE GENEETILISTELE TAUSTADELE. VARASEMAD UURINGUD, MIS PÕHINEVAD EKSPERIMENTAALSEL RISTUVAL IBERICO X LANDRACE’IL, VÕIMALDASID MEIL TUVASTADA GENOOMILISI PIIRKONDI, MIS ON SEOTUD KASVU, RASVA LADESTUMISE, RASVHAPETE KOOSTISE JA KOLAGEENISISALDUSEGA LIHASTES. ISEGI MITUT QTL-PIIRKONDA UURITI PÕHJALIKULT KANDIDAATGEENIDE ANALÜÜSIGA. KÄESOLEVA ETTEPANEKU PEAMINE EESMÄRK ON VALIDEERIDA NEED QTLID JA MUTATSIOONID ERI GENEETILISE TAUSTAGA KANDIDAATGEENIDES, KASUTADES GENOOMILISI JA TRANSCRIPTOMICA VAHENDEID, ET TUVASTADA EDUKALT QTN-I. NEID LÄHENEMISVIISE TÄIENDAB METAGENOOMNE LÄHENEMISVIIS, MIS ON AVANUD UUSI UURIMISVÕIMALUSI, ANALÜÜSIDES GENOOMI HETEROGEENSUST JA MIKROBIOOMIDE MITMEKESISUSE MUUTUSI, MIS VÕIVAD MÕJUTADA HUVIPAKKUVAID TEGELASI. MEIE TÖÖPLAAN ON JAGATUD KOLME RÜHMA: WP1) QTL ANALÜÜS JA GEENIEKSPRESSIOON KAHES EKSPERIMENTAALSES TAGURPIDI. QTLI TUVASTAMISEKS TEHAKSE GENOTÜPISEERIMINE SNP60 BEADCHIP SEAGA NING ANALÜÜSITAVATE MÄRKIDE ERINEVAT LOOMADE TRANSKRIPTOOMI VÕRRELDAKSE RNA-SEQI JA QPCRIGA; WP2) POLÜMORFISMI GENEETILINE JA FUNKTSIONAALNE VALIDEERIMINE POSITSIOONI KANDIDAATGEENIDES. EKSPERIMENTAALSETES JA KAUBANDUSLIKES POPULATSIOONIDES VALIDEERITAKSE VARASEMAD ANALÜÜSITAVAD POLÜMORFISMID JA WP1S KINDLAKS TEHTUD POLÜMORFISMID. GENEETILINE VALIDEERIMINE TOIMUB 256 SNP GENOTÜÜBI MÄÄRAMISEGA OPENARRAY KIIBILE, MILLELE JÄRGNEB ASSOTSIATSIOONIANALÜÜS. NEID, KES ON VALIDEERITUD ERINEVA GENEETILISE TAUSTAGA, HINNATAKSE FUNKTSIONAALSELT RÄNIUURINGUTES JA MOLEKULAARSETES LÄHENEMISVIISIDES, NAGU GENEETILINE EKSPRESSIOONI ANALÜÜS JA METILATION; WP3) SOOLE METAGENOOMNE. IBERICA TÕUGU SIGADEGA TEHTAVAS KATSES ANALÜÜSITAKSE SIGA SOOLE MIKROBIOOMI VASTAVALT VANUSELE JA SOOLESTIKULE. LISAKS ANALÜÜSITAKSE KAUBANDUSLIKE SIGADE DUROC X IBERICO SOOLE MIKROBIOOMI, ET UURIDA MIKROBIOOMI JA KASVU VAHELIST SEOST, RASVA SADESTUMIST JA RASVHAPETE KOOSTIST. MIKROBIOOMI MITMEKESISUSE JA ARVUKUSE HINDAMISEKS VIIAKSE LÄBI RRNA GEENI 16S AMPRITE SEKVENEERIMINE. LÕPUKS VIIAKSE LÄBI HUVITAVATE ERINEVUSTEGA PROOVIDE METAGENOMA MASSILINE JÄRJESTUS. NEED UURINGUD ANNAVAD BIOLOOGILIST TEAVET SIGADE KASVU, RASVA LADESTUMISE JA LIHA KVALITEEDI GENEETILISE ALUSE KOHTA, SAMUTI INIMESTE RASVUMISEGA SEOTUD HAIGUSTE KOHTA. LISAKS EELDATAKSE, ET SEE SAAVUTAB SPETSIIFILISED MARKERID, MIS ON SEOTUD PÕHJUSLIKE MUTATSIOONIDEGA VÕI ISEGI QTN-GA, MIS ON KASULIKUD SIGADE GENEETILISEKS PARANEMISEKS. (Estonian)
17 August 2022
0 references
A HÚS MINŐSÉGÉT BEFOLYÁSOLÓ GÉNEK ISMERETE, BELEÉRTVE AZ ÉRZÉKSZERVI, TÁPLÁLKOZÁSI ÉS EMBERI EGÉSZSÉGÜGYI SZEMPONTOKAT IS, ELENGEDHETETLEN A SERTÉSTERMÉKEK MINŐSÉGÉNEK JAVÍTÁSÁHOZ, ANÉLKÜL, HOGY EZ BEFOLYÁSOLNÁ A TERMELÉSI TELJESÍTMÉNYT. A GENOMIKUS SZELEKCIÓT A SERTÉSIPAR HASZNOS ESZKÖZNEK TARTJA AZ ILYEN TÍPUSÚ KARAKTEREK JAVÍTÁSÁRA. AZ EBBEN A FAJBAN TÖRTÉNŐ VÉGREHAJTÁSA AZONBAN HÁTRÁNYOKKAL JÁR, TANÁCSOS A QTL ALAPJÁUL SZOLGÁLÓ OK-OKOZATI VARIÁNSOK (QTN) AZONOSÍTÁSÁRA ÖSSZPONTOSÍTANI, AMELYEK NEMZEDÉKEKEN, FUTAMOKON VAGY VONALAKON KERESZTÜL MÉRSÉKELT ÉS KÖVETKEZETES HATÁST FEJTENEK KI. A QTL-TŐL A QTN-IG VEZETŐ ÚT A QTL ÉS AZ SNP-K KÜLÖNBÖZŐ GENETIKAI HÁTTÉRRE GYAKOROLT HATÁSAINAK SZIGORÚ TESZTELÉSÉT ÉS VALIDÁLÁSÁT IGÉNYLI. A KÍSÉRLETI CROSSOVER IBERICO X LANDRACE-EN ALAPULÓ KORÁBBI VIZSGÁLATOK LEHETŐVÉ TETTÉK SZÁMUNKRA A NÖVEKEDÉSSEL, A ZSÍRLERAKÓDÁSOKKAL, A ZSÍRSAVÖSSZETÉTELLEL ÉS AZ IZMOK KOLAGENTARTALMÁVAL ÖSSZEFÜGGŐ GENOMIKUS RÉGIÓK AZONOSÍTÁSÁT. MÉG TÖBB QTL RÉGIÓT IS ALAPOSAN TANULMÁNYOZTAK A JELÖLT GÉNEK ELEMZÉSÉVEL. A JELENLEGI JAVASLAT FŐ CÉLJA E QTL-EK ÉS MUTÁCIÓK VALIDÁLÁSA A KÜLÖNBÖZŐ GENETIKAI HÁTTÉRREL RENDELKEZŐ JELÖLT GÉNEKBEN, GENOMIKUS ÉS TRANSCRIPTOMICA ESZKÖZÖK ALKALMAZÁSÁVAL A QTN SIKERES AZONOSÍTÁSA ÉRDEKÉBEN. EZEKET A MEGKÖZELÍTÉSEKET METAGENOMIKUS MEGKÖZELÍTÉS EGÉSZÍTI KI, AMELY A GENOM HETEROGENITÁSÁNAK ÉS A MIKROBIÓM SOKFÉLESÉGÉBEN BEKÖVETKEZŐ VÁLTOZÁSOKNAK AZ ELEMZÉSE RÉVÉN ÚJ KUTATÁSI LEHETŐSÉGEKET NYITOTT MEG, AMELYEK HATÁSSAL LEHETNEK AZ ÉRDEKLŐDÉSRE SZÁMOT TARTÓ KARAKTEREKRE. MUNKATERVÜNK HÁROM RÉSZBŐL ÁLL: WP1) QTL ANALÍZIS ÉS GÉNEXPRESSZIÓ KÉT KÍSÉRLETI BACK-CROSSING-BAN. A QTL KIMUTATÁSÁT AZ SNP60 BEADCHIP SERTÉS GENOTIPIZÁLÁSÁVAL KELL ELVÉGEZNI, ÉS AZ ELEMZETT KARAKTEREK ELTÉRŐ ÁLLATI TRANSZKRIPTÓMÁJÁT RNS-SEQ-KEL ÉS QPCR-REL KELL ÖSSZEHASONLÍTANI; WP2) A POLIMORFIZMUSOK GENETIKAI ÉS FUNKCIONÁLIS VALIDÁLÁSA A POZICIONÁLIS JELÖLT GÉNEKBEN. AZ ELEMZÉSRE JAVASOLT KORÁBBI POLIMORFIZMUSOKAT ÉS A WP1-BEN AZONOSÍTOTTAKAT KÍSÉRLETI ÉS KERESKEDELMI POPULÁCIÓKBAN VALIDÁLJÁK. A GENETIKAI VALIDÁLÁST 256 SNP-NEK EGY OPENARRAY CHIPEN TÖRTÉNŐ GENOTIPIZÁLÁSÁVAL, MAJD TÁRSULÁSI ELEMZÉSSEL KELL ELVÉGEZNI. AZOKAT, AKIKET KÜLÖNBÖZŐ GENETIKAI HÁTTÉRREL VALIDÁLTAK, FUNKCIONÁLISAN ÉRTÉKELIK IN SILICO VIZSGÁLATOK ÉS MOLEKULÁRIS MEGKÖZELÍTÉSEK RÉVÉN, MINT PÉLDÁUL A GÉN EXPRESSZIÓS ANALÍZIS ÉS A METILATION; WP3) BÉL METAGENOMIÁS. A SERTÉS BÉL MIKROBIÓMÁJÁT AZ IBERICA FAJTÁJÚ SERTÉSEKKEL VÉGZETT KÍSÉRLETBEN AZ ÉLETKOR ÉS A BÉL MENTÉN VALÓ ELHELYEZKEDÉS SZERINT KELL ELEMEZNI. EZENKÍVÜL A KERESKEDELMI SERTÉSEK BÉL MIKROBIÓMJÁT, A DUROC X IBERICO-T ELEMEZNI KELL A MIKROBIÓM ÉS A NÖVEKEDÉS KÖZÖTTI KAPCSOLAT, A ZSÍRLERAKÓDÁS ÉS A ZSÍRSAVAK ÖSSZETÉTELÉNEK TANULMÁNYOZÁSA CÉLJÁBÓL. A 16S RRNS GÉN ERŐSÍTŐINEK SZEKVENÁLÁSÁT A MIKROBIÓM SOKFÉLESÉGÉNEK ÉS BŐSÉGÉNEK BECSLÉSÉRE VÉGZIK. VÉGÜL A METAGENOMA JELENTŐS SZEKVENÁLÁSÁRA KERÜL SOR AZON MINTÁK ESETÉBEN, AMELYEK ÉRDEKES KÜLÖNBSÉGEKET MUTATNAK. EZEK A VIZSGÁLATOK BIOLÓGIAI INFORMÁCIÓKKAL SZOLGÁLNAK A SERTÉSEK NÖVEKEDÉSÉNEK, ZSÍRLERAKÓDÁSÁNAK ÉS HÚSMINŐSÉGÉNEK GENETIKAI ALAPJAIRÓL, VALAMINT AZ EMBEREK ELHÍZÁSÁVAL KAPCSOLATOS BETEGSÉGEKRŐL. EZEN TÚLMENŐEN VÁRHATÓAN SPECIFIKUS MARKEREKET KAP, AMELYEK A SERTÉSEK GENETIKAI JAVULÁSÁBAN HASZNOSAK AZ OK-OKOZATI MUTÁCIÓKKAL VAGY AKÁR A QTN-NEL VALÓ KÖTŐDÉS NAGYMÉRTÉKŰ KIEGYENSÚLYOZATLANSÁGÁBAN. (Hungarian)
17 August 2022
0 references
ПОЗНАВАНЕТО НА ГЕНИТЕ, КОИТО ОКАЗВАТ ВЛИЯНИЕ ВЪРХУ КАЧЕСТВОТО НА МЕСОТО, ВКЛЮЧИТЕЛНО СЕНЗОРНИТЕ, ХРАНИТЕЛНИТЕ И ЗДРАВНИТЕ АСПЕКТИ, Е ОТ СЪЩЕСТВЕНО ЗНАЧЕНИЕ ЗА ПОДОБРЯВАНЕ НА КАЧЕСТВОТО НА ПРОДУКТИТЕ ОТ СВИНЕ, БЕЗ ДА СЕ ЗАСЯГАТ ПРОДУКТИВНИТЕ РЕЗУЛТАТИ. ГЕНОМНАТА СЕЛЕКЦИЯ СЕ СЧИТА ОТ СВИНЕВЪДНАТА ПРОМИШЛЕНОСТ ЗА ПОЛЕЗЕН ИНСТРУМЕНТ ЗА ПОДОБРЯВАНЕ НА ТОЗИ ТИП ХАРАКТЕР. ВЪПРЕКИ ТОВА, ПРИЛАГАНЕТО МУ ПО ОТНОШЕНИЕ НА ТОЗИ ВИД ПРЕДСТАВЛЯВА НЕДОСТАТЪЦИ, ПРЕПОРЪЧИТЕЛНО Е ДА СЕ СЪСРЕДОТОЧИ ВЪРХУ ИДЕНТИФИЦИРАНЕТО НА ПРИЧИННО-СЛЕДСТВЕНИТЕ ВАРИАНТИ (QTN), КОИТО СА В ОСНОВАТА НА QTL, С УМЕРЕНИ И ПОСЛЕДОВАТЕЛНИ ЕФЕКТИ ПРЕЗ ПОКОЛЕНИЯТА, РАСИТЕ ИЛИ ЛИНИИТЕ. ПЪТЯТ ОТ QTL ДО QTN ИЗИСКВА СТРИКТНО ТЕСТВАНЕ И ВАЛИДИРАНЕ НА ЕФЕКТИТЕ НА QTL И SNP ВЪРХУ РАЗЛИЧНИ ГЕНЕТИЧНИ СРЕДИ. ПРЕДИШНИ ПРОУЧВАНИЯ НА БАЗАТА НА ЕКСПЕРИМЕНТАЛЕН КРОСОУВЪР IBERICO X LANDRACE НИ ПОЗВОЛИХА ДА ИДЕНТИФИЦИРАМЕ ГЕНОМНИТЕ РЕГИОНИ, СВЪРЗАНИ С РАСТЕЖА, МАСТНИТЕ НАТРУПВАНИЯ, СЪСТАВА НА МАСТНИТЕ КИСЕЛИНИ И СЪДЪРЖАНИЕТО НА КОЛАГЕН В МУСКУЛИТЕ. ДОРИ НЯКОЛКО QTL РЕГИОНА СА ПРОУЧЕНИ ЗАДЪЛБОЧЕНО ЧРЕЗ АНАЛИЗ НА КАНДИДАТ ГЕНИ. ОСНОВНАТА ЦЕЛ НА НАСТОЯЩОТО ПРЕДЛОЖЕНИЕ Е ВАЛИДИРАНЕТО НА ТЕЗИ QTLS И МУТАЦИИ В КАНДИДАТ ГЕНИ В РАЗЛИЧЕН ГЕНЕТИЧЕН ПРОИЗХОД, КАТО СЕ ИЗПОЛЗВАТ ГЕНОМНИ И TRANSCRIPTOMICA ИНСТРУМЕНТИ, ЗА ДА СЕ ИДЕНТИФИЦИРА УСПЕШНО QTN. ТЕЗИ ПОДХОДИ ЩЕ БЪДАТ ДОПЪЛНЕНИ ОТ МЕТАГЕНЕН ПОДХОД, КОЙТО ОТКРИ НОВИ ВЪЗМОЖНОСТИ ЗА НАУЧНИ ИЗСЛЕДВАНИЯ ЧРЕЗ АНАЛИЗ НА ГЕНОМНАТА ХЕТЕРОГЕННОСТ И ПРОМЕНИТЕ В МИКРОБИОМНОТО РАЗНООБРАЗИЕ, КОИТО БИХА МОГЛИ ДА ЗАСЕГНАТ ХАРАКТЕРИТЕ НА ИНТЕРЕС. РАБОТНИЯТ НИ ПЛАН Е ОРГАНИЗИРАН В ТРИ БЛОКА: WP1) QTL АНАЛИЗ И ГЕННА ЕКСПРЕСИЯ В ДВЕ ЕКСПЕРИМЕНТАЛНИ ОБРАТНИ КРЪСТОВИЩА. ОТКРИВАНЕТО НА QTL СЕ ИЗВЪРШВА ЧРЕЗ ОПРЕДЕЛЯНЕ НА ГЕНОТИПА СЪС СВИНЕТЕ SNP60 BEADCHIP, А РАЗЛИЧАВАЩИЯТ СЕ ТРАНСКРИПТОМ НА ЖИВОТНИТЕ ЗА АНАЛИЗИРАНИТЕ ЗНАЦИ СЕ СРАВНЯВА С РНК-SEQ И QPCR; WP2) ГЕНЕТИЧНА И ФУНКЦИОНАЛНА ВАЛИДИРАНЕ НА ПОЛИМОРФИЗМИ В ПОЗИЦИОННИ КАНДИДАТ ГЕНИ. ПРЕДИШНИ КАНДИДАТ-ПОЛИМОРФИЗМИ ЗА АНАЛИЗ И ИДЕНТИФИЦИРАНИТЕ В РП1 ЩЕ БЪДАТ ВАЛИДИРАНИ В ЕКСПЕРИМЕНТАЛНИ И ТЪРГОВСКИ ПОПУЛАЦИИ. ГЕНЕТИЧНОТО ВАЛИДИРАНЕ ЩЕ СЕ ИЗВЪРШВА ЧРЕЗ ОПРЕДЕЛЯНЕ НА ГЕНОТИПА НА 256 SNP ВЪРХУ ЧИП OPENARRAY, ПОСЛЕДВАНО ОТ АНАЛИЗ НА АСОЦИАЦИЯТА. ТЕЗИ, КОИТО СА БИЛИ ВАЛИДИРАНИ В РАЗЛИЧНИ ГЕНЕТИЧНИ СРЕДИ, ЩЕ БЪДАТ ОЦЕНЕНИ ФУНКЦИОНАЛНО ЧРЕЗ IN SILICO ИЗСЛЕДВАНИЯ И МОЛЕКУЛЯРНИ ПОДХОДИ, КАТО АНАЛИЗ НА ГЕННАТА ЕКСПРЕСИЯ И METILATION; WP3) ЧРЕВНИ МЕТАГЕНОМИКА. ЧРЕВНИЯТ МИКРОБИОМ НА ПРАСЕТО ЩЕ БЪДЕ АНАЛИЗИРАН ДО ВЪЗРАСТТА И МЕСТОПОЛОЖЕНИЕТО ПО ПРОТЕЖЕНИЕ НА ЧЕРВАТА В ЕКСПЕРИМЕНТ С ПРАСЕТА ОТ ПОРОДАТА IBERICA. ОСВЕН ТОВА ЧРЕВНИЯТ МИКРОБИОМ НА ТЪРГОВСКИТЕ СВИНЕ DUROC X IBERICO ЩЕ БЪДЕ АНАЛИЗИРАН, ЗА ДА СЕ ПРОУЧИ ВРЪЗКАТА МЕЖДУ МИКРОБИОМА И РАСТЕЖА, ОТЛАГАНЕТО НА МАЗНИНИ И СЪСТАВА НА МАСТНИТЕ КИСЕЛИНИ. ЩЕ СЕ ИЗВЪРШИ СЕКВЕНИРАНЕ НА АМПЕРИТЕ НА ГЕНА 16S RRNA, ЗА ДА СЕ ОЦЕНИ РАЗНООБРАЗИЕТО И ИЗОБИЛИЕТО НА МИКРОБИОМА. И НАКРАЯ, ЩЕ СЕ ИЗВЪРШИ МАСИВНО СЕКВЕНИРАНЕ НА METAGENOMA НА ПРОБИТЕ, КОИТО ИМАТ ИНТЕРЕСНИ РАЗЛИЧИЯ. ТЕЗИ ИЗСЛЕДВАНИЯ ЩЕ ПРЕДОСТАВЯТ БИОЛОГИЧНА ИНФОРМАЦИЯ ЗА ГЕНЕТИЧНАТА ОСНОВА НА РАСТЕЖА, МАСТНИТЕ НАТРУПВАНИЯ И КАЧЕСТВОТО НА МЕСОТО ПРИ СВИНЕТЕ, КАКТО И ЗА ЗАБОЛЯВАНИЯТА, СВЪРЗАНИ СЪС ЗАТЛЪСТЯВАНЕТО ПРИ ХОРАТА. ОСВЕН ТОВА СЕ ОЧАКВА ТОЙ ДА ПОЛУЧИ СПЕЦИФИЧНИ МАРКЕРИ, ПРИ ГОЛЯМО НЕРАВНОВЕСИЕ НА СВЪРЗВАНЕ С ПРИЧИННИ МУТАЦИИ ИЛИ ДОРИ QTN, КОИТО СА ПОЛЕЗНИ ЗА ГЕНЕТИЧНОТО ПОДОБРЯВАНЕ НА СВИНЕТЕ. (Bulgarian)
17 August 2022
0 references
ŽINIOS APIE GENUS, KURIE TURI ĮTAKOS MĖSOS KOKYBEI, ĮSKAITANT JUTIMINIUS, MITYBOS IR ŽMONIŲ SVEIKATOS ASPEKTUS, YRA LABAI SVARBIOS SIEKIANT PAGERINTI KIAULIŲ PRODUKTŲ KOKYBĘ, NEDARANT POVEIKIO GAMYBOS REZULTATAMS. KIAULIŲ PRAMONĖ MANO, KAD GENOMINĖ ATRANKA YRA NAUDINGA PRIEMONĖ SIEKIANT PAGERINTI TOKIO POBŪDŽIO CHARAKTERĮ. TAČIAU ŠIOS RŪŠIES TAIKYMAS TURI TRŪKUMŲ, TODĖL PATARTINA SUTELKTI DĖMESĮ Į PRIEŽASTINIŲ ATMAINŲ (QTN), KURIOMIS GRINDŽIAMAS QTL, NUSTATYMĄ SU VIDUTINIU IR NUOSEKLIU POVEIKIU VISOMS KARTOMS, RASĖMS AR LINIJOMS. KELIAS NUO QTL IKI QTN REIKALAUJA GRIEŽTAI IŠTIRTI IR PATVIRTINTI QTL IR SNP POVEIKĮ SKIRTINGOMS GENETINĖMS APLINKYBĖMS. ANKSTESNI TYRIMAI, PAGRĮSTI EKSPERIMENTINIU KRYŽMINIU IBERICO X LANDRACE, LEIDO MUMS NUSTATYTI GENOMINIUS REGIONUS, SUSIJUSIUS SU AUGIMU, RIEBALŲ SANKAUPOMIS, RIEBALŲ RŪGŠČIŲ SUDĖTIMI IR KOLAGENO KIEKIU RAUMENYSE. NET KELI QTL REGIONAI BUVO IŠSAMIAI IŠTIRTI ANALIZUOJANT POTENCIALIUS GENUS. PAGRINDINIS ŠIO PASIŪLYMO TIKSLAS – PATVIRTINTI ŠIUOS SKIRTINGŲ GENETINIŲ GENŲ KANDIDATŲ QTL IR MUTACIJAS, NAUDOJANT GENOMINIUS IR TRANSCRIPTOMICA ĮRANKIUS, KAD BŪTŲ GALIMA SĖKMINGAI NUSTATYTI QTN. ŠIE METODAI BUS PAPILDYTI METAGENOMINIU POŽIŪRIU, KURIS ATVĖRĖ NAUJAS MOKSLINIŲ TYRIMŲ GALIMYBES, ANALIZUOJANT GENOMO HETEROGENIŠKUMĄ IR MIKROBIOMŲ ĮVAIROVĖS POKYČIUS, KURIE GALI TURĖTI ĮTAKOS DOMINANTIEMS PERSONAŽAMS. MŪSŲ DARBO PLANAS SUSKIRSTYTAS Į TRIS BLOKUS: WP1) QTL ANALIZĖ IR GENŲ EKSPRESIJA DVIEJUOSE EKSPERIMENTINIUOSE GRĮŽTAMUOSIUOSE KRYŽMINIUOSE METODUOSE. QTL NUSTATOMAS GENOTIPO NUSTATYMO BŪDU NAUDOJANT SNP60 BEADCHIP KIAULES, O SKIRTINGOS GYVŪNŲ TRANSKRIPTOMOS ANALIZUOJAMŲ SIMBOLIŲ ATŽVILGIU LYGINAMOS RNR-SEQ IR QPGR; WP2) GENETINIS IR FUNKCINIS POLIMORFIZMŲ PATVIRTINIMAS POZICINIUOSE POTENCIALIUOSE GENUOSE. ANKSTESNI TIRIAMIEJI POLIMORFIZMAI IR WP1 NUSTATYTI POLIMORFIZMAI BUS PATVIRTINTI EKSPERIMENTINĖSE IR KOMERCINĖSE POPULIACIJOSE. GENETINIS PATVIRTINIMAS BUS ATLIEKAMAS ATLIEKANT 256 SNP GENOTIPĄ ANT OPENARRAY LUSTO, PO TO ATLIEKAMA ASOCIACIJOS ANALIZĖ. TIE, KURIE BUVO ĮTEISINTI ĮVAIRIOSE GENETINĖSE SRITYSE, BUS VERTINAMI FUNKCINIU BŪDU ATLIEKANT SILICIO DIOKSIDO TYRIMUS IR MOLEKULINIUS METODUS, PVZ., GENINĖS RAIŠKOS ANALIZĘ IR METILACIJA; WP3) ŽARNYNO METAGENOMIJA. KIAULIŲ ŽARNYNO MIKROBIOMAS BUS ANALIZUOJAMAS PAGAL AMŽIŲ IR VIETĄ PALEI ŽARNYNĄ EKSPERIMENTE SU IBERICA VEISLĖS KIAULĖMIS. BE TO, BUS ANALIZUOJAMAS KOMERCINIŲ KIAULIŲ ŽARNYNO MIKROBIOMAS DUROC X IBERICO, SIEKIANT IŠTIRTI MIKROBIOMO IR AUGIMO SANTYKĮ, RIEBALŲ NUSĖDIMĄ IR RIEBALŲ RŪGŠČIŲ SUDĖTĮ. 16S RRNR GENO AMPERŲ SEKOS NUSTATYMAS BUS ATLIEKAMAS SIEKIANT ĮVERTINTI MIKROBIOMO ĮVAIROVĘ IR GAUSĄ. GALIAUSIAI BUS ATLIKTAS DIDŽIULIS METAGENOMA SEKOS NUSTATYMAS TŲ IMČIŲ, KURIOS TURI ĮDOMIŲ SKIRTUMŲ, ATŽVILGIU. ŠIE TYRIMAI SUTEIKS BIOLOGINĖS INFORMACIJOS APIE KIAULIŲ AUGIMO, RIEBALŲ NUOSĖDŲ IR MĖSOS KOKYBĖS GENETINĮ PAGRINDĄ, TAIP PAT APIE LIGAS, SUSIJUSIAS SU ŽMONIŲ NUTUKIMU. BE TO, TIKIMASI, KAD KIAULIŲ GENETINIS PAGERĖJIMAS BUS NAUDINGAS SPECIFINIAMS ŽYMENIMS, ESANT DIDELIAM JUNGIMOSI SU PRIEŽASTINĖMIS MUTACIJOMIS AR NET QTN DISBALANSUI. (Lithuanian)
17 August 2022
0 references
POZNAVANJE GENA KOJI UTJEČU NA KVALITETU MESA, UKLJUČUJUĆI OSJETILNE I PREHRAMBENE ASPEKTE TE ASPEKTE ZDRAVLJA LJUDI, KLJUČNO JE ZA POBOLJŠANJE KVALITETE SVINJSKIH PROIZVODA BEZ UTJECAJA NA PROIZVODNU UČINKOVITOST. INDUSTRIJA SVINJA SMATRA DA JE GENOMSKI ODABIR KORISTAN ALAT ZA POBOLJŠANJE OVE VRSTE KARAKTERA. MEĐUTIM, NJEGOVA PRIMJENA U OVOJ VRSTI PREDSTAVLJA NEDOSTATKE, PREPORUČLJIVO JE USREDOTOČITI SE NA UTVRĐIVANJE UZROČNIH VARIJANTI (QTN) NA KOJIMA SE TEMELJI QTL S UMJERENIM I DOSLJEDNIM UČINCIMA TIJEKOM GENERACIJA, RASA ILI LINIJA. PUT OD QTL-A DO QTN-A ZAHTIJEVA RIGOROZNO TESTIRANJE I VALIDACIJU UČINAKA QTL-A I SNP-OVA NA RAZLIČITE GENETSKE POZADINE. PRETHODNA ISTRAŽIVANJA TEMELJENA NA EKSPERIMENTALNOM KRIŽANJU IBERICO X LANDRASA OMOGUĆILA SU NAM DA IDENTIFICIRAMO GENOMSKE REGIJE POVEZANE S RASTOM, MASNIM NASLAGAMA, SASTAVOM MASNIH KISELINA I SADRŽAJEM KOLAGENA U MIŠIĆIMA. ČAK JE NEKOLIKO QTL REGIJA TEMELJITO PROUČAVANO ANALIZOM GENA KANDIDATA. GLAVNI JE CILJ OVOG PRIJEDLOGA VALIDACIJA TIH QTL-OVA I MUTACIJA U GENIMA KANDIDATA U RAZLIČITIM GENETSKIM POZADINAMA, KORISTEĆI SE GENOMSKIM ALATIMA I ALATIMA TRANSCRIPTOMICA, KAKO BI SE USPJEŠNO IDENTIFICIRAO QTN. TI ĆE PRISTUPI BITI DOPUNJENI METAGENOMSKIM PRISTUPOM KOJI JE OTVORIO NOVE PUTOVE ISTRAŽIVANJA ANALIZOM HETEROGENOSTI GENOMA I PROMJENA U RAZNOLIKOSTI MIKROBIOMA KOJE BI MOGLE UTJECATI NA LIKOVE INTERESA. NAŠ PLAN RADA ORGANIZIRAN JE U TRI BLOKA: WP1) QTL ANALIZA I EKSPRESIJA GENA U DVA EKSPERIMENTALNA POVRATNA KRIŽANJA. OTKRIVANJE QTL-A PROVODI SE GENOTIPIZIRANJEM SVINJA SNP60 BEADCHIP, A RAZLIČITI TRANSKRIPTOM ŽIVOTINJA ZA ANALIZIRANE ZNAKOVE USPOREĐUJE SE S RNA-SEQ I QPCR; WP2) GENETSKA I FUNKCIONALNA VALIDACIJA POLIMORFIZAMA U POZICIJSKIM GENIMA KANDIDATA. PRETHODNI POLIMORFIZMI KANDIDATA ZA ANALIZU I ONI UTVRĐENI U WP1 BIT ĆE VALIDIRANI U EKSPERIMENTALNIM I KOMERCIJALNIM POPULACIJAMA. GENETSKA VALIDACIJA PROVODIT ĆE SE GENOTIPIZACIJOM 256 SNP-OVA NA OPENARRAY ČIPU, NAKON ČEGA SLIJEDI ANALIZA UDRUGE. ONI KOJI SU VALIDIRANI U RAZLIČITIM GENETSKIM POZADINAMA BIT ĆE FUNKCIONALNO OCIJENJENI IN SILICO STUDIJAMA I MOLEKULARNIM PRISTUPIMA, KAO ŠTO SU ANALIZA GENSKE EKSPRESIJE I METILATION; WP3) CRIJEVNA METAGENOMSKA. CRIJEVNI MIKROBIOM SVINJE ANALIZIRAT ĆE SE DO DOBI I LOKACIJE DUŽ CRIJEVA U POKUSU SA SVINJAMA PASMINE IBERICA. OSIM TOGA, ANALIZIRAT ĆE SE CRIJEVNI MIKROBIOM KOMERCIJALNIH SVINJA DUROC X IBERICO KAKO BI SE ISPITAO ODNOS IZMEĐU MIKROBIOMA I RASTA, TALOŽENJA MASTI I SASTAVA MASNIH KISELINA. SEKVENCIRANJE POJAČALA 16S RRNA GENA BIT ĆE IZVEDENO KAKO BI SE PROCIJENILA RAZNOLIKOST I OBILJE MIKROBIOMA. KONAČNO, PROVEST ĆE SE MASOVNO SEKVENCIRANJE METAGENOMA UZORAKA KOJI IMAJU ZANIMLJIVE RAZLIKE. TIM ĆE SE STUDIJAMA PRUŽITI BIOLOŠKE INFORMACIJE NA GENETSKOJ OSNOVI RASTA, TALOŽENJA MASTI I KVALITETE MESA KOD SVINJA, KAO I O BOLESTIMA POVEZANIMA S PRETILOŠĆU KOD LJUDI. OSIM TOGA, OČEKUJE SE DA ĆE DOBITI SPECIFIČNE MARKERE, U VELIKOJ NERAVNOTEŽI VEZIVANJA S UZROČNIM MUTACIJAMA ILI ČAK QTN-OM, KORISNE ZA GENETSKO POBOLJŠANJE SVINJA. (Croatian)
17 August 2022
0 references
KUNSKAP OM GENER SOM PÅVERKAR KÖTTKVALITETEN, INKLUSIVE SENSORISKA, NÄRINGSMÄSSIGA OCH MÄNSKLIGA HÄLSOASPEKTER, ÄR AVGÖRANDE FÖR ATT FÖRBÄTTRA SVINPRODUKTERNAS KVALITET UTAN ATT PÅVERKA PRODUKTIVA RESULTAT. GRISINDUSTRIN ANSER ATT DET GENOMISKA URVALET ÄR ETT ANVÄNDBART VERKTYG FÖR ATT FÖRBÄTTRA DENNA TYP AV KARAKTÄR. DESS GENOMFÖRANDE I DENNA ART GER DOCK NACKDELAR, DET ÄR LÄMPLIGT ATT FOKUSERA PÅ ATT IDENTIFIERA DE KAUSALA VARIANTERNA (QTN) SOM LIGGER TILL GRUND FÖR QTL MED MÅTTLIGA OCH KONSEKVENTA EFFEKTER ÖVER GENERATIONER, RASER ELLER LINJER. VÄGEN FRÅN QTL TILL QTN KRÄVER NOGGRANN TESTNING OCH VALIDERING AV EFFEKTERNA AV QTL OCH SNP PÅ OLIKA GENETISKA BAKGRUNDER. TIDIGARE STUDIER BASERADE PÅ EXPERIMENTELL CROSSOVER IBERICO X LANTRAS HAR GJORT DET MÖJLIGT FÖR OSS ATT IDENTIFIERA GENOMISKA REGIONER ASSOCIERADE MED TILLVÄXT, FETTAVLAGRINGAR, FETTSYRASAMMANSÄTTNING OCH KOLLAGENINNEHÅLL I MUSKLER. ÄVEN FLERA QTL-REGIONER STUDERADES PÅ DJUPET GENOM ANALYS AV KANDIDATGENER. HUVUDSYFTET MED DETTA FÖRSLAG ÄR ATT VALIDERA DESSA QTL OCH MUTATIONER I KANDIDATGENER I OLIKA GENETISKA BAKGRUNDER, MED HJÄLP AV GENOMISKA OCH TRANSCRIPTOMICA-VERKTYG, FÖR ATT FRAMGÅNGSRIKT IDENTIFIERA QTN. DESSA METODER KOMMER ATT KOMPLETTERAS MED EN METAGENOMISK STRATEGI, SOM HAR ÖPPNAT NYA FORSKNINGSVÄGAR GENOM ANALYS AV GENOMDIVERSITET OCH FÖRÄNDRINGAR I MIKROBIOMDIVERSITETEN SOM KAN PÅVERKA KARAKTÄRER AV INTRESSE. VÅR ARBETSPLAN ÄR UPPDELAD I TRE BLOCK: WP1) QTL ANALYS OCH GENUTTRYCK I TVÅ EXPERIMENTELLA BACK-CROSSINGS. QTL-DETEKTIONEN SKA UTFÖRAS GENOM GENOTYPNING MED SNP60 BEADCHIP-SVIN, OCH DEN AVVIKANDE DJURTRANSKRIPTOMEN FÖR DE ANALYSERADE TECKNEN SKA JÄMFÖRAS MED RNA-SEQ OCH QPCR. WP2) GENETISK OCH FUNKTIONELL VALIDERING AV POLYMORFIER I POSITIONSKANDIDATGENER. TIDIGARE MÖJLIGA POLYMORFISMER FÖR ANALYS OCH DE SOM IDENTIFIERATS I WP1 KOMMER ATT VALIDERAS I EXPERIMENTELLA OCH KOMMERSIELLA POPULATIONER. GENETISK VALIDERING KOMMER ATT UTFÖRAS GENOM GENOTYPNING AV 256 SNP PÅ ETT OPENARRAY CHIP, FÖLJT AV ASSOCIATION ANALYS. DE SOM HAR VALIDERATS I OLIKA GENETISKA BAKGRUNDER KOMMER ATT UTVÄRDERAS FUNKTIONELLT GENOM SILICOSTUDIER OCH MOLEKYLÄRA METODER, SÅSOM GENISK EXPRESSIONSANALYS OCH METILATION. WP3) INTESTINAL METAGENOMIC. GRISENS TARMMIKROBIOM ANALYSERAS TILL ÅLDER OCH PLATS LÄNGS TARMEN I ETT EXPERIMENT MED GRISAR AV IBERICA-RASEN. DESSUTOM KOMMER TARMMIKROBIOMEN HOS KOMMERSIELLA SVIN DUROC X IBERICO ATT ANALYSERAS FÖR ATT STUDERA SAMBANDET MELLAN MIKROBIOM OCH TILLVÄXT, FETTDEPOSITIONEN OCH FETTSYRORNAS SAMMANSÄTTNING. SEKVENSERING AV AMPERE AV 16S RRNA-GENEN KOMMER ATT UTFÖRAS FÖR ATT UPPSKATTA MIKROBIOMENS MÅNGFALD OCH ÖVERFLÖD. SLUTLIGEN KOMMER EN MASSIV SEKVENSERING AV METAGENOMA AV DE PROVER SOM UPPVISAR INTRESSANTA SKILLNADER ATT GENOMFÖRAS. DESSA STUDIER KOMMER ATT GE BIOLOGISK INFORMATION OM DEN GENETISKA GRUNDEN FÖR TILLVÄXT, FETTDEPÅER OCH KÖTTKVALITET HOS SVIN SAMT OM SJUKDOMAR RELATERADE TILL FETMA HOS MÄNNISKOR. DESSUTOM FÖRVÄNTAS DET ERHÅLLA SPECIFIKA MARKÖRER, I HÖG OBALANS I BINDNING MED KAUSALA MUTATIONER ELLER TILL OCH MED QTN, SOM ÄR ANVÄNDBARA VID GENETISK FÖRBÄTTRING AV SVIN. (Swedish)
17 August 2022
0 references
CUNOAȘTEREA GENELOR CARE AFECTEAZĂ CALITATEA CĂRNII, INCLUSIV ASPECTELE SENZORIALE, NUTRIȚIONALE ȘI DE SĂNĂTATE UMANĂ, ESTE ESENȚIALĂ PENTRU ÎMBUNĂTĂȚIREA CALITĂȚII PRODUSELOR DE PORC FĂRĂ A AFECTA PERFORMANȚA PRODUCTIVĂ. SELECȚIA GENOMICĂ ESTE CONSIDERATĂ DE INDUSTRIA PORCULUI CA FIIND UN INSTRUMENT UTIL PENTRU ÎMBUNĂTĂȚIREA ACESTUI TIP DE CARACTER. CU TOATE ACESTEA, PUNEREA SA ÎN APLICARE ÎN ACEASTĂ SPECIE PREZINTĂ DEZAVANTAJE, ESTE RECOMANDABIL SĂ SE PUNĂ ACCENTUL PE IDENTIFICAREA VARIANTELOR CAUZALE (QTN) CARE STAU LA BAZA QTL, CU EFECTE MODERATE ȘI CONSECVENTE DE-A LUNGUL GENERAȚIILOR, RASELOR SAU LINIILOR. CALEA DE LA QTL LA QTN NECESITĂ TESTAREA ȘI VALIDAREA RIGUROASĂ A EFECTELOR QTL ȘI SNP ASUPRA DIFERITELOR MEDII GENETICE. STUDIILE ANTERIOARE BAZATE PE CROSSOVER EXPERIMENTAL IBERICO X LANDRACE NE-A PERMIS SĂ IDENTIFICĂM REGIUNILE GENOMICE ASOCIATE CU CREȘTEREA, DEPOZITELE DE GRĂSIME, COMPOZIȚIA ACIZILOR GRAȘI ȘI CONȚINUTUL DE COLAGENE ÎN MUȘCHI. CHIAR ȘI MAI MULTE REGIUNI QTL AU FOST STUDIATE ÎN PROFUNZIME PRIN ANALIZA GENELOR CANDIDATE. OBIECTIVUL PRINCIPAL AL PREZENTEI PROPUNERI ESTE VALIDAREA ACESTOR QTL-URI ȘI MUTAȚII ALE GENELOR CANDIDATE ÎN DIFERITE MEDII GENETICE, FOLOSIND INSTRUMENTE GENOMICE ȘI TRANSCRIPTOMICA, PENTRU A IDENTIFICA CU SUCCES QTN. ACESTE ABORDĂRI VOR FI COMPLETATE DE O ABORDARE METAGENOMICĂ, CARE A DESCHIS NOI CĂI DE CERCETARE PRIN ANALIZA ETEROGENITĂȚII GENOMULUI ȘI A SCHIMBĂRILOR ÎN DIVERSITATEA MICROBIOMULUI CARE AR PUTEA AFECTA PERSONAJELE DE INTERES. PLANUL NOSTRU DE LUCRU ESTE ORGANIZAT ÎN TREI BLOCURI: WP1) ANALIZA QTL ȘI EXPRESIA GENELOR ÎN DOUĂ BACK-CROSSING-URI EXPERIMENTALE. DETECTAREA QTL SE EFECTUEAZĂ PRIN GENOTIPARE CU PORCINELE SNP60 BEADCHIP, IAR TRANSCRIPȚIA DIVERGENTĂ A ANIMALELOR PENTRU CARACTERELE ANALIZATE SE COMPARĂ CU ARN-SEQ ȘI QPCR; WP2) VALIDAREA GENETICĂ ȘI FUNCȚIONALĂ A POLIMORFISMELOR ÎN GENELE CANDIDATE POZIȚIONALE. POLIMORFISMELE CANDIDATE ANTERIOARE PENTRU ANALIZĂ ȘI CELE IDENTIFICATE ÎN WP1 VOR FI VALIDATE PE POPULAȚII EXPERIMENTALE ȘI COMERCIALE. VALIDAREA GENETICĂ VA FI EFECTUATĂ PRIN GENOTIPAREA A 256 DE SNP-URI PE UN CIP OPENARRAY, URMATĂ DE ANALIZA ASOCIAȚIEI. CEI CARE AU FOST VALIDAȚI ÎN DIFERITE MEDII GENETICE VOR FI EVALUAȚI FUNCȚIONAL PRIN STUDII SILICO ȘI ABORDĂRI MOLECULARE, CUM AR FI ANALIZA EXPRESIEI GENICE ȘI METILARE; WP3) METAGENOMICĂ INTESTINALĂ. MICROBIOMUL INTESTINAL AL PORCULUI VA FI ANALIZAT CONDIȚIONAT DE VÂRSTĂ ȘI LOCALIZARE DE-A LUNGUL INTESTINULUI ÎNTR-UN EXPERIMENT CU PORCI DIN RASA IBERICA. ÎN PLUS, MICROBIOMUL INTESTINAL AL PORCILOR COMERCIALI DUROC X IBERICO VA FI ANALIZAT PENTRU A STUDIA RELAȚIA DINTRE MICROBIOM ȘI CREȘTERE, DEPUNEREA GRĂSIMILOR ȘI COMPOZIȚIA ACIZILOR GRAȘI. SECVENȚIEREA AMPERILOR GENEI 16S RARNA SE VA EFECTUA PENTRU A ESTIMA DIVERSITATEA ȘI ABUNDENȚA MICROBIOMULUI. ÎN CELE DIN URMĂ, SE VA EFECTUA SECVENȚIEREA MASIVĂ A METAGENOMA A ACELOR EȘANTIOANE CARE PREZINTĂ DIFERENȚE INTERESANTE. ACESTE STUDII VOR FURNIZA INFORMAȚII BIOLOGICE PRIVIND BAZA GENETICĂ A CREȘTERII, A DEPOZITULUI DE GRĂSIMI ȘI A CALITĂȚII CĂRNII LA PORCI, PRECUM ȘI PRIVIND BOLILE LEGATE DE OBEZITATE LA OM. ÎN PLUS, ESTE DE AȘTEPTAT SĂ SE OBȚINĂ MARKERI SPECIFICI, ÎN DEZECHILIBRU RIDICAT DE LEGARE CU MUTAȚII CAUZALE SAU CHIAR QTN, UTILI ÎN AMELIORAREA GENETICĂ A PORCINELOR. (Romanian)
17 August 2022
0 references
POZNAVANJE GENOV, KI VPLIVAJO NA KAKOVOST MESA, VKLJUČNO S SENZORIČNIMI, PREHRANSKIMI IN ZDRAVSTVENIMI VIDIKI, JE BISTVENO ZA IZBOLJŠANJE KAKOVOSTI PROIZVODOV IZ PRAŠIČEV, NE DA BI TO VPLIVALO NA PROIZVODNO UČINKOVITOST. INDUSTRIJA PRAŠIČEV MENI, DA JE GENOMSKA SELEKCIJA KORISTNO ORODJE ZA IZBOLJŠANJE TE VRSTE ZNAČAJA. VENDAR IMA NJEGOVO IZVAJANJE PRI TEJ VRSTI POMANJKLJIVOSTI, ZATO SE JE PRIPOROČLJIVO OSREDOTOČITI NA UGOTAVLJANJE VZROČNIH VARIANT (QTN), NA KATERIH TEMELJI QTL, Z ZMERNIMI IN DOSLEDNIMI UČINKI MED GENERACIJAMI, DIRKAMI ALI LINIJAMI. POT OD QTL DO QTN ZAHTEVA STROGO TESTIRANJE IN POTRJEVANJE UČINKOV QTL IN SNP NA RAZLIČNA GENETSKA OZADJA. PREJŠNJE ŠTUDIJE, KI TEMELJIJO NA EKSPERIMENTALNEM CROSSOVER IBERICO X LANDRACE, SO NAM OMOGOČILE IDENTIFIKACIJO GENOMSKIH REGIJ, POVEZANIH Z RASTJO, MAŠČOBNIMI OBLOGAMI, SESTAVO MAŠČOBNIH KISLIN IN VSEBNOSTJO KOLAGANA V MIŠICAH. CELO VEČ QTL REGIJ SO PODROBNO PREUČILI Z ANALIZO KANDIDATOVIH GENOV. GLAVNI CILJ TEGA PREDLOGA JE VALIDACIJA TEH QTL IN MUTACIJ V KANDIDATNIH GENIH V RAZLIČNIH GENETSKIH OKOLJIH Z UPORABO GENOMSKIH ORODIJ IN ORODIJ TRANSCRIPTOMICA, DA BI SE USPEŠNO IDENTIFICIRALI QTN. TE PRISTOPE BO DOPOLNJEVAL METAGENOMSKI PRISTOP, KI JE ODPRL NOVE RAZISKOVALNE POTI Z ANALIZO HETEROGENOSTI GENOMA IN SPREMEMB V RAZNOLIKOSTI MIKROBIOMOV, KI BI LAHKO VPLIVALE NA ZANIMIVE ZNAKE. NAŠ DELOVNI NAČRT JE SESTAVLJEN IZ TREH SKLOPOV: WP1) QTL ANALIZA IN EKSPRESIJA GENOV V DVEH EKSPERIMENTALNIH POVRATNIH PREHODIH. ODKRIVANJE QTL SE IZVEDE Z GENOTIPIZACIJO S PRAŠIČI SNP60 BEADCHIP, RAZLIČNI PREPISI ŽIVALI ZA ANALIZIRANE ZNAKE PA SE PRIMERJAJO Z RNA-SEQ IN QPCR; WP2) GENETSKA IN FUNKCIONALNA VALIDACIJA POLIMORFIZMOV V POZICIJSKIH KANDIDATNIH GENIH. PREDHODNI KANDIDATNI POLIMORFIZMI ZA ANALIZO IN TISTI, OPREDELJENI V WP1, SE POTRDIJO V POSKUSNIH IN KOMERCIALNIH POPULACIJAH. GENETSKA VALIDACIJA BO IZVEDENA Z GENOTIPIZACIJO 256 SNP NA ČIPU OPENARRAY, KI JI BO SLEDILA ANALIZA ZDRUŽENJA. TISTI, KI SO BILI VALIDIRANI V RAZLIČNIH GENETSKIH OKOLJIH, BODO FUNKCIONALNO OVREDNOTENI S ŠTUDIJAMI IN SILICO IN MOLEKULARNIMI PRISTOPI, KOT STA ANALIZA GENSKE EKSPRESIJE IN METILATION; WP3) ČREVESNI METAGENOMSKI. ČREVESNI MIKROBIOM PRAŠIČA BO ANALIZIRAN GLEDE NA STAROST IN LOKACIJO VZDOLŽ ČREVESJA V POSKUSU S PRAŠIČI PASME IBERICA. POLEG TEGA BO ANALIZIRAN ČREVESNI MIKROBIOM KOMERCIALNIH PRAŠIČEV DUROC X IBERICO, DA SE PREUČI RAZMERJE MED MIKROBIOMOM IN RASTJO, ODLAGANJEM MAŠČOB IN SESTAVO MAŠČOBNIH KISLIN. ZAPOREDJE OJAČEVALCEV GENA 16S RRNA BO IZVEDENO, DA SE OCENITA RAZNOLIKOST IN ŠTEVILČNOST MIKROBIOMA. NAZADNJE BO IZVEDENO OBSEŽNO ZAPOREDJE METAGENOMA TISTIH VZORCEV, KI PREDSTAVLJAJO ZANIMIVE RAZLIKE. TE ŠTUDIJE BODO ZAGOTOVILE BIOLOŠKE INFORMACIJE O GENETSKI PODLAGI RASTI, NAHAJALIŠČA MAŠČOB IN KAKOVOSTI MESA PRI PRAŠIČIH TER O BOLEZNIH, POVEZANIH Z DEBELOSTJO PRI LJUDEH. POLEG TEGA SE PRIČAKUJE, DA BO DOBIL POSEBNE OZNAČEVALCE V VELIKEM NERAVNOVESJU VEZAVE Z VZROČNIMI MUTACIJAMI ALI CELO QTN, KI SO KORISTNI PRI GENETSKEM IZBOLJŠANJU PRI PRAŠIČIH. (Slovenian)
17 August 2022
0 references
WIEDZA NA TEMAT GENÓW WPŁYWAJĄCYCH NA JAKOŚĆ MIĘSA, W TYM ASPEKTÓW SENSORYCZNYCH, ŻYWIENIOWYCH I ZDROWIA LUDZKIEGO, MA ZASADNICZE ZNACZENIE DLA POPRAWY JAKOŚCI PRODUKTÓW WIEPRZOWYCH BEZ WPŁYWU NA WYDAJNOŚĆ PRODUKCYJNĄ. WYBÓR GENOMU JEST UWAŻANY PRZEZ PRZEMYSŁ TRZODY CHLEWNEJ ZA PRZYDATNE NARZĘDZIE DO POPRAWY TEGO RODZAJU CHARAKTERU. JEDNAK JEGO WDROŻENIE W TYM GATUNKU MA WADY, WSKAZANE JEST SKONCENTROWANIE SIĘ NA IDENTYFIKACJI WARIANTÓW PRZYCZYNOWYCH (QTN) LEŻĄCYCH U PODSTAW QTL O UMIARKOWANYCH I SPÓJNYCH SKUTKACH W CAŁYM POKOLENIACH, RASACH LUB LINIACH. ŚCIEŻKA OD QTL DO QTN WYMAGA RYGORYSTYCZNEGO TESTOWANIA I WALIDACJI SKUTKÓW QTL I SNP NA RÓŻNYCH PODŁOŻACH GENETYCZNYCH. POPRZEDNIE BADANIA OPARTE NA EKSPERYMENTALNYM SKRZYŻOWANIU IBERICO X LANDRACE POZWOLIŁY NAM ZIDENTYFIKOWAĆ OBSZARY GENOMOWE ZWIĄZANE ZE WZROSTEM, ZŁOGAMI TŁUSZCZU, SKŁADEM KWASÓW TŁUSZCZOWYCH I ZAWARTOŚCIĄ KOLAGENU W MIĘŚNIACH. NAWET KILKA REGIONÓW QTL ZOSTAŁO DOKŁADNIE ZBADANYCH PRZEZ ANALIZĘ POTENCJALNYCH GENÓW. GŁÓWNYM CELEM NINIEJSZEGO WNIOSKU JEST WALIDACJA TYCH QTL I MUTACJI W GENACH KANDYDACKICH NA RÓŻNYCH TLE GENETYCZNYM, PRZY UŻYCIU NARZĘDZI GENOMOWYCH I TRANSCRIPTOMICA, W CELU IDENTYFIKACJI Z SUKCESEM QTN. PODEJŚCIA TE ZOSTANĄ UZUPEŁNIONE PODEJŚCIEM METAGENOMICZNYM, KTÓRE OTWORZYŁO NOWE MOŻLIWOŚCI BADAŃ POPRZEZ ANALIZĘ HETEROGENICZNOŚCI GENOMU I ZMIAN W RÓŻNORODNOŚCI MIKROBIOMÓW, KTÓRE MOGŁYBY WPŁYNĄĆ NA INTERESUJĄCE POSTACIE. NASZ PLAN PRAC PODZIELONY JEST NA TRZY BLOKI: WP1) ANALIZA QTL I EKSPRESJA GENÓW W DWÓCH EKSPERYMENTALNYCH KRZYŻACH WSTECZNYCH. WYKRYWANIE QTL PRZEPROWADZA SIĘ POPRZEZ GENOTYPOWANIE ŚWIŃ SNP60 BEADCHIP, A ROZBIEŻNY TRANSKRYPTOM ZWIERZĄT W ODNIESIENIU DO ANALIZOWANYCH ZNAKÓW PORÓWNUJE SIĘ ZA POMOCĄ RNA-SEQ I QPCR; WP2) GENETYCZNA I FUNKCJONALNA WALIDACJA POLIMORFIZMÓW W GENACH KANDYDACKICH POZYCJONOWANYCH. WCZEŚNIEJSZE POLIMORFIZMY KANDYDUJĄCE DO ANALIZY ORAZ POLIMORFIZMY OKREŚLONE W WP1 BĘDĄ WALIDOWANE W POPULACJACH DOŚWIADCZALNYCH I KOMERCYJNYCH. WALIDACJA GENETYCZNA ZOSTANIE PRZEPROWADZONA POPRZEZ GENOTYPOWANIE 256 SNP NA CHIPIE OPENARRAY, A NASTĘPNIE ANALIZA STOWARZYSZENIA. OSOBY, KTÓRE ZOSTAŁY ZWALIDOWANE NA RÓŻNYCH PODŁOŻACH GENETYCZNYCH, BĘDĄ OCENIANE POD WZGLĘDEM FUNKCJONALNYM POPRZEZ BADANIA IN SILICO I PODEJŚCIA MOLEKULARNE, TAKIE JAK ANALIZA EKSPRESJI GENETYCZNEJ I METILATION; WP3) METAGENOMIA JELITOWA. MIKROBIOM JELITOWY ŚWINI ZOSTANIE PODDANY ANALIZIE POD WARUNKIEM WIEKU I LOKALIZACJI WZDŁUŻ JELITA W EKSPERYMENCIE ZE ŚWINIAMI RASY IBERICA. PONADTO MIKROBIOM JELITOWY ŚWIŃ HANDLOWYCH DUROC X IBERICO ZOSTANIE PODDANY ANALIZIE W CELU ZBADANIA ZWIĄZKU MIĘDZY MIKROBIOMEM A WZROSTEM, ODKŁADANIEM SIĘ TŁUSZCZU I SKŁADEM KWASÓW TŁUSZCZOWYCH. SEKWENCJONOWANIE AMPERÓW GENU RRNA 16S ZOSTANIE PRZEPROWADZONE W CELU OSZACOWANIA RÓŻNORODNOŚCI I OBFITOŚCI MIKROBIOMU. WRESZCIE PRZEPROWADZONE ZOSTANIE MASOWE SEKWENCJONOWANIE METAGENOMA TYCH PRÓBEK, KTÓRE WYKAZUJĄ INTERESUJĄCE RÓŻNICE. BADANIA TE ZAPEWNIĄ INFORMACJE BIOLOGICZNE NA TEMAT GENETYCZNYCH PODSTAW WZROSTU, ZŁOŻA TŁUSZCZU I JAKOŚCI MIĘSA U ŚWIŃ, A TAKŻE CHORÓB ZWIĄZANYCH Z OTYŁOŚCIĄ U LUDZI. PONADTO OCZEKUJE SIĘ, ŻE OTRZYMA ON SPECYFICZNE MARKERY, W DUŻEJ NIERÓWNOWADZE WIĄZANIA Z MUTACJAMI PRZYCZYNOWYMI LUB NAWET QTN, PRZYDATNE W POPRAWIE GENETYCZNEJ ŚWIŃ. (Polish)
17 August 2022
0 references
Cerdanyola del Vallès
0 references
20 December 2023
0 references
Identifiers
AGL2014-56369-C2-2-R
0 references