Validation of plasma corticosteroid response biomarkers and identification of epigenetic mechanisms associated with corticorefractariety in ulcerative colitis. (Q3142770)
Jump to navigation
Jump to search
Project Q3142770 in Spain
Language | Label | Description | Also known as |
---|---|---|---|
English | Validation of plasma corticosteroid response biomarkers and identification of epigenetic mechanisms associated with corticorefractariety in ulcerative colitis. |
Project Q3142770 in Spain |
Statements
44,376.75 Euro
0 references
81,500.0 Euro
0 references
54.45 percent
0 references
1 January 2017
0 references
31 March 2020
0 references
FUNDACION INSTITUTO DE INVESTIGACION EN CIENCIAS DE LA SALUD GERMANS TRIAS I PUJOL
0 references
El objetivo global de este proyecto coordinado es introducir nuevas herramientas pronósticas y terapéuticas en el manejo de la corticorefractariedad en la CU. Se han diseñado dos estudios complementarios para contrastar los resultados del estudio inicial desde las vertientes clínica y básica, con una perspectiva translacional. En este subproyecto, los objetivos son clínico-translacionales: a) Identificar la mejor combinación de miRNAs plasmáticos para predecir la corticorefractariedad en la CU; b) determinar mediante Biología de Sistemas y posterior evaluación en plasma, las proteínas (solas, o combinadas con miRNAs) que reflejen la actividad biológica intestinal; c) Caracterizar biomarcadores fecales de respuesta a los GC basados en el estudio inicial; d) Explorar cambios en el metiloma de pacientes con respuesta no adecuada a los GC respecto a los pacientes respondedores, y selección bioinformática de las secuencias reguladas por el GR o por HIF1a/b; e) incorporar los datos del metiloma a los modelos matemáticos desarrollados en fases anteriores para redefinir el mecanismo de acción y ajustar la capacidad predictiva de los biomarcadores estudiados, además de desarrollar un software de análisis para interpretación clínica; f) Comprobación de los mecanismos de acción de la corticorefractariedad definidos en estudios experimentales y en el análisis del metiloma, en las biopsias intestinales del presente proyecto (a realizar por el subproyecto coordinado). Para ello, reclutaremos una amplia cohorte de pacientes con CU que recibirán GC de los que obtendremos muestras biológicas para distintos ensayos moleculares: RT-PCR, array de proteínas y Infinium Methylation EPIC Bead; y métodos bioinformáticos y de Biología de Sistemas. (Spanish)
0 references
The overall objective of this coordinated project is to introduce new prognostic and therapeutic tools in the management of corticorefractariety in the UC. Two complementary studies have been designed to compare the results of the initial study from the clinical and basic aspects, with a translational perspective. In this subproject, the objectives are clinical-translational: identify the best combination of plasma miRNAs to predict corticorefractariety in UC; to determine by means of System Biology and subsequent plasma evaluation, proteins (soles, or combined with miRNAs) that reflect intestinal biological activity; C) Characterise fecal biomarkers for response to GCs based on the initial study; exploring changes in the methyloma of patients with inadequate response to GC with respect to responding patients, and bioinformatics selection of GR- or HIF1a/b-regulated sequences; e) incorporate methyloma data into the mathematical models developed in previous phases to redefine the mechanism of action and adjust the predictive capacity of the biomarkers studied, in addition to developing an analytical software for clinical interpretation; verification of the mechanisms of action of corticorefractarity defined in experimental studies and in the analysis of methyloma, in the intestinal biopsies of this project (to be carried out by the coordinated sub-project). To do this, we will recruit a large cohort of patients with CU who will receive GC from which we will obtain biological samples for different molecular trials: RT-PCR, protein array and Infinium Methylation EPIC Bead; and bioinformatics and systems biology methods. (English)
12 October 2021
0.4114036371117453
0 references
L’objectif général de ce projet coordonné est d’introduire de nouveaux outils pronostiques et thérapeutiques dans la gestion de la corticoréfractarité dans l’UC. Deux études complémentaires ont été conçues pour comparer les résultats de l’étude initiale du point de vue clinique et fondamental, avec une perspective translationnelle. Dans ce sous-projet, les objectifs sont cliniques-traductionnels: identifier la meilleure combinaison d’ARNm plasmatique pour prédire la corticoréfractarité dans l’UC; déterminer, au moyen de la biologie systémique et de l’évaluation ultérieure du plasma, les protéines (soles ou associées à des miRNA) qui reflètent l’activité biologique intestinale; C) Caractériser les biomarqueurs fécaux pour la réponse aux GC en fonction de l’étude initiale; explorer les changements dans le méthylome des patients présentant une réponse inadéquate au GC en ce qui concerne les patients répondant, et la sélection bioinformatique des séquences régulées par GR- ou HIF1a/b; e) intégrer les données sur les méthylomes dans les modèles mathématiques développés au cours des phases précédentes afin de redéfinir le mécanisme d’action et d’ajuster la capacité prédictive des biomarqueurs étudiés, en plus de développer un logiciel d’analyse pour l’interprétation clinique; vérification des mécanismes d’action de la corticoréfractarité définis dans les études expérimentales et dans l’analyse du méthylome, dans les biopsies intestinales de ce projet (à réaliser par le sous-projet coordonné). Pour ce faire, nous recruterons une importante cohorte de patients atteints d’UC qui recevront une GC à partir de laquelle nous obtiendrons des échantillons biologiques pour différents essais moléculaires: RT-PCR, réseau de protéines et perle EPIC de méthylation infinie; et la bioinformatique et les méthodes de biologie des systèmes. (French)
2 December 2021
0 references
Das übergeordnete Ziel dieses koordinierten Projekts ist die Einführung neuer prognostischer und therapeutischer Werkzeuge für das Management von Korticorefractariety in der UC. Zwei komplementäre Studien wurden entwickelt, um die Ergebnisse der ersten Studie aus den klinischen und grundlegenden Aspekten mit einer translationalen Perspektive zu vergleichen. In diesem Teilprojekt sind die Ziele klinisch-translational: Ermittlung der besten Kombination von PlasmamiRNAs zur Vorhersage der Korticorefractariety in UC; mittels Systembiologie und anschließender Plasmabewertung Proteine (Sohlen oder in Kombination mit miRNAs) zu bestimmen, die die biologische Aktivität des Darms widerspiegeln; C) charakterisieren fäkale Biomarker für die Reaktion auf GCs auf der Grundlage der ersten Studie; Untersuchung von Veränderungen des Methyloms von Patienten mit unzureichendem Ansprechen auf GC in Bezug auf ansprechende Patienten und Bioinformatik-Auswahl von GR- oder HIF1a/b-regulierten Sequenzen; E) Methylomadaten in die in früheren Phasen entwickelten mathematischen Modelle zu integrieren, um den Wirkmechanismus neu zu definieren und die Vorhersagekapazität der untersuchten Biomarker anzupassen, zusätzlich zur Entwicklung einer analytischen Software für die klinische Interpretation; Überprüfung der Wirkmechanismen der Korticorefractarität, die in Versuchsstudien und bei der Analyse von Methyloma in den Darmbiopsien dieses Projekts (durch das koordinierte Teilprojekt durchzuführen) definiert sind. Um dies zu tun, werden wir eine große Kohorte von Patienten mit CU rekrutieren, die GC erhalten, von denen wir biologische Proben für verschiedene molekulare Studien erhalten werden: RT-PCR, Protein-Array und Infinium-Methylierung EPIC-Perle; und Bioinformatik und Systembiologie Methoden. (German)
9 December 2021
0 references
Het algemene doel van dit gecoördineerde project is het introduceren van nieuwe prognostische en therapeutische instrumenten bij het beheer van corticorefractarietie in de UC. Er zijn twee aanvullende studies opgezet om de resultaten van de eerste studie vanuit de klinische en basisaspecten te vergelijken met een translationeel perspectief. In dit subproject zijn de doelstellingen klinisch-vertaald: identificeer de beste combinatie van plasma miRNA’s om corticorefractarietie in UC te voorspellen; om door middel van systeembiologie en daaropvolgende plasmabeoordeling eiwitten (zolen of gecombineerd met miRNA’s) te bepalen die de biologische activiteit van de darm weerspiegelen; C) karakteriseren fecale biomarkers voor respons op GC’s op basis van de eerste studie; onderzoeken van veranderingen in het methyloom van patiënten met een ontoereikende respons op GC met betrekking tot reagerende patiënten, en bio-informaticaselectie van GR- of HIF1a/b-gereguleerde sequenties; e) methyloomgegevens opnemen in de wiskundige modellen die in eerdere fasen zijn ontwikkeld om het werkingsmechanisme te herdefiniëren en de voorspellende capaciteit van de onderzochte biomarkers aan te passen, naast de ontwikkeling van een analytische software voor klinische interpretatie; verificatie van de werkingsmechanismen van corticorefractariteit zoals gedefinieerd in experimenteel onderzoek en in de analyse van methyloom, in de darmbiopsies van dit project (uit te voeren door het gecoördineerde subproject). Om dit te doen, zullen we een grote cohort van patiënten met CU werven die GC zullen krijgen van waaruit we biologische monsters zullen verkrijgen voor verschillende moleculaire studies: RT-PCR, eiwit array en Infinium Methylation EPIC Bead; en bio-informatica en systemen biologie methoden. (Dutch)
17 December 2021
0 references
L'obiettivo generale di questo progetto coordinato è quello di introdurre nuovi strumenti prognostici e terapeutici nella gestione della corticorefractarietà nell'UC. Due studi complementari sono stati progettati per confrontare i risultati dello studio iniziale dagli aspetti clinici e di base, con una prospettiva traslazionale. In questo sottoprogetto, gli obiettivi sono clinici-traduzionali: identificare la migliore combinazione di miRNA plasmatici per prevedere la corticorefractarietà in UC; determinare mediante Biologia di sistema e successiva valutazione plasmatica, proteine (sole, o combinate con miRNA) che riflettano l'attività biologica intestinale; C) caratterizzare i biomarcatori fecali per la risposta ai GC sulla base dello studio iniziale; esame dei cambiamenti nel metiloma dei pazienti con risposta inadeguata al GC rispetto ai pazienti rispondenti e selezione bioinformatica di sequenze regolate da GR o HIF1a/b; e) incorporare i dati di metiloma nei modelli matematici sviluppati nelle fasi precedenti per ridefinire il meccanismo d'azione e regolare la capacità predittiva dei biomarcatori studiati, oltre a sviluppare un software analitico per l'interpretazione clinica; verifica dei meccanismi d'azione della corticorefractarity definiti in studi sperimentali e nell'analisi del metiloma, nelle biopsie intestinali di questo progetto (da effettuare dal sottoprogetto coordinato). Per fare questo, recluteremo una grande coorte di pazienti con UC che riceveranno GC da cui otterremo campioni biologici per diversi studi molecolari: RT-PCR, matrice proteica e Perlina EPIC di metilazione dell'infinio; e metodi di bioinformatica e biologia dei sistemi. (Italian)
16 January 2022
0 references
Is é cuspóir foriomlán an tionscadail chomhordaithe seo uirlisí prognóiseacha agus teiripeacha nua a thabhairt isteach chun corticorefractariety a bhainistiú sa UC. Dearadh dhá staidéar chomhlántacha chun comparáid a dhéanamh idir torthaí an chéad staidéir ó na gnéithe cliniciúla agus bunúsacha, ó thaobh an aistriúcháin de. San fhothionscadal seo, is iad na cuspóirí an t-aistriúchán cliniciúil: an meascán is fearr de miRNAnna plasma a shainaithint chun corticorefractariety in UC a thuar; cinneadh a dhéanamh trí bhíthin Bitheolaíocht Chórais agus trí mheastóireacht phlasma ina dhiaidh sin, próitéiní (boinn, nó comhcheangailte le miRNAnna) a léiríonn gníomhaíocht bhitheolaíoch stéigeach; C) Bithmharcóirí fecal a shaintréithriú chun freagairt do GCanna bunaithe ar an staidéar tosaigh; iniúchadh a dhéanamh ar athruithe i meitioloma na n-othar nach bhfuil freagairt neamhleor acu ar GC maidir le hothair a fhreagairt, agus roghnú bithfhaisnéisíochta seichimh GR- nó HIF1d/b-rialáilte; e) sonraí meitiolóma a ionchorprú sna samhlacha matamaiticiúla a forbraíodh i gcéimeanna roimhe seo chun meicníocht na gníomhaíochta a ath-shainmhíniú agus acmhainneacht thuarthach na mbithmharcóirí a ndearnadh staidéar orthu a choigeartú, chomh maith le bogearraí anailíseacha a fhorbairt le haghaidh léirmhíniú cliniciúil; fíorú ar mheicníochtaí gníomhaíochta corticorefractarity arna sainiú i staidéir thurgnamhacha agus san anailís ar mheitiolóma, i mbithphriontaí stéigeacha an tionscadail seo (le cur i gcrích ag an bhfothionscadal comhordaithe). Chun seo a dhéanamh, earcóimid cohórt mór othar le CU a gheobhaidh GC óna bhfaighidh muid samplaí bitheolaíocha le haghaidh trialacha móilíneacha éagsúla: RT-PCR, eagar próitéine agus Infinium Methylation EPIC Bead; agus modhanna bithfhaisnéisíochta agus córais bitheolaíochta. (Irish)
3 November 2022
0 references
Ogólnym celem tego skoordynowanego projektu jest wprowadzenie nowych narzędzi prognostycznych i terapeutycznych w zarządzaniu kortykorefractariety w UC. Dwa uzupełniające się badania zostały zaprojektowane w celu porównania wyników wstępnego badania z aspektami klinicznymi i podstawowymi, z perspektywą translacyjną. W ramach tego podprojektu cele mają charakter kliniczno-translacyjny: zidentyfikować najlepszą kombinację miRNA osocza do przewidywania kortykorefractariety w UC; do oznaczania za pomocą biologii systemowej i późniejszej oceny osocza, białek (podeszwy lub w połączeniu z miRNA), które odzwierciedlają aktywność biologiczną jelit; C) Charakterystyka biomarkerów kału w odpowiedzi na GC w oparciu o wstępne badanie; badanie zmian w metylomaku u pacjentów z niewystarczającą odpowiedzią na GC w odniesieniu do pacjentów reagujących oraz bioinformatyczny wybór sekwencji regulowanych GR lub HIF1a/b; e) włączenie danych metylooma do modeli matematycznych opracowanych w poprzednich fazach w celu ponownego zdefiniowania mechanizmu działania i dostosowania zdolności predykcyjnej badanych biomarkerów, oprócz opracowania oprogramowania analitycznego do interpretacji klinicznej; weryfikacja mechanizmów działania kortykoryfraktaryzmu określonych w badaniach eksperymentalnych oraz w analizie metyloma, w biopsji jelitowej tego projektu (do przeprowadzenia w ramach skoordynowanego podprojektu). W tym celu zwerbujemy dużą grupę pacjentów z CU, którzy otrzymają GC, z którego otrzymamy próbki biologiczne do różnych badań molekularnych: RT-PCR, tablica białek i perełka EPIC Methylation Infinium; bioinformatyka i metody biologii systemów. (Polish)
3 November 2022
0 references
Obiectivul general al acestui proiect coordonat este de a introduce noi instrumente de prognostic și terapeutice în managementul corticorefractariety în UC. Două studii complementare au fost concepute pentru a compara rezultatele studiului inițial din aspectele clinice și de bază, cu o perspectivă translațională. În acest subproiect, obiectivele sunt clinic-translaționale: identificați cea mai bună combinație de miRNA plasmatică pentru a prezice corticorefractarietatea în UC; determinarea, prin intermediul biologiei sistemului și a evaluării ulterioare a plasmei, a proteinelor (soluri sau combinate cu miRNA) care reflectă activitatea biologică intestinală; C) să caracterizeze biomarkerii fecale pentru răspunsul la GC-uri pe baza studiului inițial; explorarea modificărilor în metilomul pacienților cu răspuns inadecvat la GC în ceea ce privește pacienții care răspund și selectarea bioinformatică a secvențelor reglate GR sau HIF1a/b; e) să includă datele metilomului în modelele matematice dezvoltate în fazele anterioare pentru a redefini mecanismul de acțiune și pentru a ajusta capacitatea predictivă a biomarkerilor studiați, pe lângă dezvoltarea unui software analitic de interpretare clinică; verificarea mecanismelor de acțiune ale corticorefractarității definite în studiile experimentale și în analiza metilomului, în biopsiile intestinale ale acestui proiect (care urmează să fie efectuate de subproiectul coordonat). Pentru a face acest lucru, vom recruta o cohortă mare de pacienți cu CU care vor primi GC de la care vom obține probe biologice pentru diferite studii moleculare: RT-PCR, matricea de proteine și metilarea infinibilă EPIC; și bioinformatică și metode de biologie a sistemelor. (Romanian)
3 November 2022
0 references
Det övergripande målet med detta samordnade projekt är att införa nya prognostiska och terapeutiska verktyg för hantering av kortikorefractaritet i UC. Två kompletterande studier har utformats för att jämföra resultaten av den inledande studien från kliniska och grundläggande aspekter, med ett translationellt perspektiv. I detta delprojekt är målen klinisk-translationella: identifiera den bästa kombinationen av miRNA i plasma för att förutsäga kortikorefractariety i UC; att med hjälp av systembiologi och efterföljande plasmautvärdering fastställa proteiner (soler eller i kombination med miRNA) som återspeglar tarmens biologiska aktivitet. C) Karakterisera fekala biomarkörer för respons på GC baserat på den ursprungliga studien. undersöka förändringar i metylom hos patienter med otillräckligt svar på GC med avseende på svarande patienter, och bioinformatik urval av GR- eller HIF1a/b-reglerade sekvenser. e) införliva metylomdata i de matematiska modeller som utvecklats i tidigare faser för att omdefiniera verkningsmekanismen och justera prediktiv kapacitet hos de biomarkörer som studerats, förutom att utveckla en analytisk programvara för klinisk tolkning, kontroll av verkningsmekanismerna för kortikorefractaritet som definieras i experimentella studier och i analysen av metylom, i tarmbiopsierna i detta projekt (som ska utföras av det samordnade delprojektet). För att göra detta kommer vi att rekrytera en stor kohort av patienter med CU som kommer att få GC från vilken vi kommer att få biologiska prover för olika molekylära prövningar: RT-PCR, proteinmatris och Infinium Methylation EPIC-pärlor. och bioinformatik och systembiologi metoder. (Swedish)
3 November 2022
0 references
Splošni cilj tega usklajenega projekta je uvedba novih prognostičnih in terapevtskih orodij pri upravljanju korticorefractariety v UC. Dve dopolnilni študiji sta bili zasnovani za primerjavo rezultatov začetne študije s kliničnega in osnovnega vidika s translacijskega vidika. V tem podprojektu so cilji klinično-translacijski: opredeliti najboljšo kombinacijo plazemskih miRNA za napovedovanje korticorefraktariety v UC; s pomočjo sistemske biologije in naknadnega vrednotenja plazme določiti beljakovine (sole ali v kombinaciji z miRNA), ki odražajo črevesno biološko aktivnost; C) karakterizirati fekalne biomarkerje za odziv na GC na podlagi začetne študije; preučevanje sprememb metiloma bolnikov z neustreznim odzivom na GC v zvezi z odzivnimi bolniki in bioinformatična selekcija GR- ali HIF1a/b-reguliranih zaporedij; e) vključiti podatke o metilomu v matematične modele, razvite v prejšnjih fazah, da bi ponovno opredelili mehanizem delovanja in prilagodili napovedno zmogljivost preučevanih biomarkerjev, poleg razvoja analitične programske opreme za klinično razlago; preverjanje mehanizmov delovanja korticorefraktarnosti, opredeljenih v eksperimentalnih študijah in analizi metiloma, v črevesnih biopsijah tega projekta (izvaja se v okviru usklajenega podprojekta). V ta namen bomo zaposlili veliko kohorto bolnikov s CU, ki bodo prejeli GC, iz katerega bomo pridobili biološke vzorce za različna molekularna preskušanja: RT-PCR, beljakovinski niz in infinska metilacijska kroglica EPIC; bioinformatika in sistemske biološke metode. (Slovenian)
3 November 2022
0 references
Bendras šio koordinuoto projekto tikslas – įdiegti naujas prognostines ir terapines priemones korticorefraktarietijos valdymui UC. Du papildomi tyrimai buvo sukurti siekiant palyginti pradinio tyrimo rezultatus iš klinikinių ir pagrindinių aspektų, atsižvelgiant į vertimo perspektyvą. Šio paprojekčio tikslai yra klinikiniai ir vertimai: nustatyti geriausią plazmos miRNR derinį, kad būtų galima prognozuoti korticorefraktarietiją UC; sistemos biologijos ir vėlesnio plazmos įvertinimo būdu nustatyti baltymus (sodelius arba kartu su miRNR), kurie atspindi žarnyno biologinį aktyvumą; C) charakterizuoti išmatų biologinius žymenis atsakui į GC remiantis pradiniu tyrimu; tiria pacientų, kuriems atsakas į GC yra nepakankamas, metilomos pokyčius pacientų, kuriems atsakas į gydymą, atžvilgiu ir bioinformatikos GR- arba HIF1a/b reguliuojamų sekų parinkimą; e) metilomos duomenis įtraukti į ankstesniuose etapuose sukurtus matematinius modelius, siekiant iš naujo apibrėžti veikimo mechanizmą ir pakoreguoti tiriamų biologinių žymenų prognozavimo pajėgumą, taip pat sukurti analitinę programinę įrangą klinikiniam aiškinimui; korticorefraktariškumo veikimo mechanizmų, nustatytų eksperimentiniuose tyrimuose ir metilomos analizėje, patikrinimas šio projekto žarnyno biopsijose (tai turi atlikti koordinuotas paprojektis). Norėdami tai padaryti, mes įdarbinsime didelę grupę pacientų, sergančių CU, kurie gaus GC, iš kurių gausime biologinius mėginius įvairiems molekuliniams tyrimams: RT-PGR, baltymų matrica ir begalinio metilinimo EPIC karoliukas; bioinformatikos ir sistemų biologijos metodai. (Lithuanian)
3 November 2022
0 references
Ο γενικός στόχος αυτού του συντονισμένου έργου είναι η εισαγωγή νέων προγνωστικών και θεραπευτικών εργαλείων στη διαχείριση του corticorefractariety στο UC. Δύο συμπληρωματικές μελέτες έχουν σχεδιαστεί για να συγκρίνουν τα αποτελέσματα της αρχικής μελέτης από τις κλινικές και τις βασικές πτυχές, με μια μεταφραστική προοπτική. Σε αυτό το υποέργο, οι στόχοι είναι κλινικοί-μεταφραστικοί: προσδιορισμός του καλύτερου συνδυασμού miRNA πλάσματος για την πρόβλεψη της corticorefractariety σε UC· για τον προσδιορισμό μέσω της Βιολογίας του Συστήματος και της επακόλουθης αξιολόγησης πλάσματος, πρωτεϊνών (πέλματα, ή σε συνδυασμό με miRNAs) που αντανακλούν την εντερική βιολογική δραστηριότητα. Γ) Χαρακτηρίστε τους βιοδείκτες κοπράνων για την ανταπόκριση σε GC με βάση την αρχική μελέτη. διερεύνηση μεταβολών του μεθυλώματος ασθενών με ανεπαρκή ανταπόκριση σε GC σε σχέση με την ανταπόκριση των ασθενών και επιλογή βιοπληροφορικής των αλληλουχιών GR- ή HIF1a/b-ρυθμιζόμενες· Ε) να ενσωματώσει δεδομένα μεθυλώματος στα μαθηματικά μοντέλα που αναπτύχθηκαν σε προηγούμενες φάσεις για τον επαναπροσδιορισμό του μηχανισμού δράσης και την προσαρμογή της προγνωστικής ικανότητας των βιοδεικτών που μελετήθηκαν, εκτός από την ανάπτυξη αναλυτικού λογισμικού για την κλινική ερμηνεία· επαλήθευση των μηχανισμών δράσης του corticorefractarity που ορίζονται σε πειραματικές μελέτες και στην ανάλυση του μεθυλώματος, στις εντερικές βιοψίες του παρόντος έργου (θα πραγματοποιηθεί από το συντονισμένο υποέργο). Για να γίνει αυτό, θα προσλάβουμε μια μεγάλη ομάδα ασθενών με CU οι οποίοι θα λάβουν GC από την οποία θα λάβουμε βιολογικά δείγματα για διαφορετικές μοριακές δοκιμές: RT-PCR, πρωτεϊνική συστοιχία και μεθυλίωση Infinium EPIC χάντρες· και μεθόδους βιοπληροφορικής και συστημικής βιολογίας. (Greek)
3 November 2022
0 references
Det overordnede mål med dette koordinerede projekt er at indføre nye prognostiske og terapeutiske værktøjer til håndtering af corticorefractarieti i UC. To supplerende undersøgelser er designet til at sammenligne resultaterne af den indledende undersøgelse fra de kliniske og grundlæggende aspekter med et translationelt perspektiv. I dette delprojekt er målene klinisk-translationelle: identificere den bedste kombination af plasma miRNA'er til at forudsige corticorefractariety i UC ved hjælp af systembiologi og efterfølgende plasmaevaluering at bestemme proteiner (såler eller kombineret med miRNas), der afspejler tarmens biologiske aktivitet C) Karakterisere fækale biomarkører for respons på GC'er baseret på den oprindelige undersøgelse; undersøgelse af ændringer i methylom hos patienter med utilstrækkelig respons på GC med hensyn til responderende patienter og bioinformatikvalg af GR- eller HIF1a/b-regulerede sekvenser e) indarbejde methylomdata i de matematiske modeller, der er udviklet i tidligere faser, for at omdefinere virkningsmekanismen og justere de undersøgte biomarkørers prædiktive kapacitet ud over at udvikle en analytisk software til klinisk fortolkning kontrol af de virkningsmekanismer for corticorefraktaritet, der er defineret i forsøgsundersøgelser og i analysen af methylom, i dette projekts tarmbiopsier (udføres af det koordinerede delprojekt). For at gøre dette, vil vi rekruttere en stor kohorte af patienter med CU, der vil modtage GC, hvorfra vi vil få biologiske prøver til forskellige molekylære forsøg: RT-PCR, protein array og Infinium Methylation EPIC Bead; og bioinformatik og systembiologimetoder. (Danish)
3 November 2022
0 references
Ennek az összehangolt projektnek az a célja, hogy új prognosztikai és terápiás eszközöket vezessen be a korticorefraktarietia kezelésében az UC-ben. Két kiegészítő vizsgálatot terveztek, hogy összehasonlítsák a kezdeti vizsgálat eredményeit a klinikai és alapvető szempontokból, a transzlációs perspektívával. Ebben az alprojektben a célkitűzések klinikai-transzlációsak: azonosítsa a plazma miRNS-ek legjobb kombinációját a korticorefraktarietia előrejelzésére UC-ban; rendszerbiológiával és az azt követő plazmaértékeléssel meghatározza a bél biológiai aktivitását tükröző fehérjéket (talajokat, vagy miRNS-ekkel kombinálva); C) a kezdeti vizsgálat alapján a ürüléki biomarkerek jellemzése a GC-kre adott válasz szempontjából; a GC-re nem reagáló betegek metilomájának változásainak feltárása a reagáló betegek tekintetében, valamint a GR- vagy HIF1a/b-szabályozott szekvenciák bioinformatikai szelekciója; e) a metilóma-adatok beépítése az előző fázisokban kidolgozott matematikai modellekbe a hatásmechanizmus újradefiniálása és a vizsgált biomarkerek prediktív kapacitásának kiigazítása érdekében, a klinikai értelmezésre szolgáló analitikai szoftver fejlesztése mellett; a kísérleti vizsgálatokban és a metiloma elemzésében meghatározott corticorefraktaritás hatásmechanizmusainak ellenőrzése a projekt bélbiopsziáiban (az összehangolt alprojekt által elvégzendő). Ehhez a CU-val rendelkező betegek nagy csoportját toborozzuk, akik GC-t kapnak, amelyből biológiai mintákat kapunk különböző molekuláris vizsgálatokhoz: RT-PCR, fehérjetömb és Infinium Methylation EPIC gyöngy; bioinformatika és rendszerbiológiai módszerek. (Hungarian)
3 November 2022
0 references
Celkovým cieľom tohto koordinovaného projektu je zaviesť nové prognostické a terapeutické nástroje do riadenia kortikofraktárie v UC. Dve doplňujúce štúdie boli navrhnuté tak, aby porovnávali výsledky počiatočnej štúdie z klinických a základných aspektov s translačným pohľadom. V tomto podprojekte sú ciele klinicko-translačné: identifikovať najlepšiu kombináciu plazmatických miRNA na predpovedanie kortikofraktárie v UC; určiť prostredníctvom systémovej biológie a následného hodnotenia plazmy proteíny (sóly alebo kombinované s miRNA), ktoré odrážajú črevnú biologickú aktivitu; C) charakterizovať fekálne biomarkery pre odpoveď na GC na základe počiatočnej štúdie; skúmanie zmien metylómu pacientov s nedostatočnou odpoveďou na GC, pokiaľ ide o reagujúcich pacientov, a bioinformatický výber sekvencií regulovaných GR alebo HIF1a/b; e) začleniť údaje o metylóme do matematických modelov vyvinutých v predchádzajúcich fázach s cieľom nanovo definovať mechanizmus účinku a upraviť prediktívne kapacity skúmaných biomarkerov okrem vývoja analytického softvéru pre klinickú interpretáciu; overenie mechanizmov účinku kortikoferractarity vymedzených v experimentálnych štúdiách a pri analýze metylómu v črevných biopsiách tohto projektu (vykoná sa koordinovaným podprojektom). Na tento účel prijmeme veľkú kohortu pacientov s CU, ktorí dostanú GC, z ktorej získame biologické vzorky pre rôzne molekulárne štúdie: RT-PCR, proteínové pole a Infinium Methylation EPIC Bead; a bioinformatické a systémové biologické metódy. (Slovak)
3 November 2022
0 references
Tämän koordinoidun hankkeen yleisenä tavoitteena on ottaa käyttöön uusia ennakoivia ja terapeuttisia välineitä korticorefractariety -taudin hoidossa. Kaksi täydentävää tutkimusta on suunniteltu vertaamaan alkuperäisen tutkimuksen tuloksia kliinisistä ja perusnäkökohdista translaationäkökulmaan. Tässä alahankkeessa tavoitteet ovat kliinisiä ja translaatiollisia: tunnistaa paras yhdistelmä plasma miRNAs ennustaa korticorefractariety UC; määritetään systeemibiologian ja sitä seuraavan plasman arvioinnin avulla proteiineja (pohjia tai miRNA-yhdisteitä), jotka heijastavat suoliston biologista aktiivisuutta; C) luonnehtia ulosteen biomarkkereita GC-vastetta varten alkuperäisen tutkimuksen perusteella; tutkitaan muutoksia sellaisten potilaiden metyyliomassa, joiden GC-vaste on riittämätön hoitovasteen suhteen, ja bioinformatiikan valintaa GR- tai HIF1a/b-sekvensseistä; E) sisällyttää metyyliomatiedot aiemmissa vaiheissa kehitettyihin matemaattisiin malleihin toimintamekanismin uudelleen määrittelemiseksi ja tutkittujen biomarkkerien ennustamiskyvyn mukauttamiseksi sekä kehittää analyyttinen ohjelmisto kliinistä tulkintaa varten; korticorefraktariteetin vaikutusmekanismien todentaminen, jotka on määritelty kokeellisissa tutkimuksissa ja metyylioma-analyysissä, tämän hankkeen suoliston biopsioissa (toteutetaan koordinoidulla osahankkeella). Tätä varten rekrytoimme suuren kohortin CU: n potilaista, jotka saavat GC: n, josta saamme biologisia näytteitä eri molekyylikokeisiin: RT-PCR, proteiiniryhmä ja Infinium Methylation EPIC Helmet; ja bioinformatiikan ja systeemibiologian menetelmät. (Finnish)
3 November 2022
0 references
L-objettiv ġenerali ta’ dan il-proġett ikkoordinat huwa li jintroduċi għodod pronjostiċi u terapewtiċi ġodda fil-ġestjoni tal-korticorefractariety fl-UC. Żewġ studji komplementari ġew imfassla biex iqabblu r-riżultati tal-istudju inizjali mill-aspetti kliniċi u bażiċi, ma’ perspettiva traslazzjonali. F’dan is-sottoproġett, l-objettivi huma kliniċi-translazzjonali: tidentifika l-aħjar kombinazzjoni ta’ miRNAs tal-plażma biex tbassar il-korticorefractariety f’UC; biex tiddetermina permezz ta’ Bijoloġija tas-Sistema u evalwazzjoni sussegwenti tal-plażma, proteini (suletti, jew ikkombinati ma’ miRNAs) li jirriflettu l-attività bijoloġika intestinali; C) Il-karatteristiċi tal-bijomarkaturi fekali għar-rispons għal GCs abbażi tal-istudju inizjali; l-esplorazzjoni ta’ bidliet fil-metiloma ta’ pazjenti b’rispons inadegwat għall-GC fir-rigward ta’ pazjenti li rrispondew, u l-għażla bijoinformatika ta’ sekwenzi regolati minn GR- jew HIF1a/b; e) tinkorpora d-data tal-metiloma fil-mudelli matematiċi żviluppati fil-fażijiet preċedenti biex tiddefinixxi mill-ġdid il-mekkaniżmu ta’ azzjoni u taġġusta l-kapaċità ta’ previżjoni tal-bijomarkaturi studjati, flimkien mal-iżvilupp ta’ softwer analitiku għall-interpretazzjoni klinika; verifika tal-mekkaniżmi ta’ azzjoni tal-korticorefraktarità definiti fi studji sperimentali u fl-analiżi tal-metiloma, fil-bijopsiji intestinali ta’ dan il-proġett (li għandha titwettaq mis-sottoproġett ikkoordinat). Biex nagħmlu dan, se nirreklutaw koorti kbir ta ‘pazjenti b’CU li se jirċievu GC minn fejn se niksbu kampjuni bijoloġiċi għal provi molekulari differenti: RT-PCR, firxa ta’ proteini u Żibġa tal-EPIC Methylation Infinium; u bijoinformatika u metodi ta’ bijoloġija tas-sistemi. (Maltese)
3 November 2022
0 references
Selle kooskõlastatud projekti üldeesmärk on võtta UC korticorefractariety juhtimisel kasutusele uued prognoositud ja terapeutilised vahendid. Kaks täiendavat uuringut on välja töötatud selleks, et võrrelda esialgse uuringu tulemusi kliinilistest ja põhiaspektidest translatiivse perspektiiviga. Käesolevas allprojektis on eesmärgid kliiniliselt tõlgitud: teha kindlaks parim plasma miRNAde kombinatsioon korticorefractariety ennustamiseks UC-s; määrata süsteemibioloogia ja sellele järgneva plasma hindamise abil kindlaks soolestiku bioloogilist aktiivsust peegeldavad valgud (tallad või kombineeritud miRNA-dega); C) kirjeldama esialgse uuringu põhjal väljaheite biomarkereid, et reageerida GC-dele; selliste patsientide metüüloomi muutuste uurimine, kellel ravivastus ei ole piisav, ning GR- või HIF1a/b-reguleeritud järjestuste bioinformaatika valik; e) lisama metüüloomi andmed eelmistes faasides välja töötatud matemaatilistesse mudelitesse, et määratleda uuesti toimemehhanism ja kohandada uuritud biomarkerite prognoosimisvõimet, lisaks analüütilise tarkvara väljatöötamisele kliiniliseks tõlgendamiseks; katseuuringutes ja metüüloomi analüüsis määratletud korticorefraktaarsuse toimemehhanismide kontrollimine käesoleva projekti soolestiku biopsias (mida teostab koordineeritud alaprojekt). Selleks värbame suure CU-ga patsientide kohordi, kes saavad GC-d, kust saame bioloogilisi proove erinevate molekulaarsete uuringute jaoks: RT-PCR, valgumaatriks ja Infinium Methylation EPIC Bead; bioinformaatika ja süsteemibioloogia meetodid. (Estonian)
3 November 2022
0 references
Šā koordinētā projekta vispārējais mērķis ir ieviest jaunus prognostiskus un terapeitiskus instrumentus korticorefractariety pārvaldībā UC. Ir izstrādāti divi savstarpēji papildinoši pētījumi, lai salīdzinātu sākotnējā pētījuma rezultātus no klīniskajiem un pamata aspektiem, raugoties no praktiskā viedokļa. Šajā apakšprojektā mērķi ir klīniski translatīvi: noteikt labāko plazmas miRNS kombināciju, lai prognozētu kortikorefraktāriju UC; ar sistēmas bioloģijas un tai sekojošas plazmas analīzes palīdzību noteikt proteīnus (soles vai kombinācijā ar miRNS), kas atspoguļo zarnu bioloģisko aktivitāti; C) raksturo fekāliju biomarķierus reaģēšanai uz GC, pamatojoties uz sākotnējo pētījumu; izpētīt izmaiņas metilomā pacientiem ar nepietiekamu atbildes reakciju uz GC attiecībā uz atbildes reakciju un bioinformātikas izvēli GR vai HIF1a/b reglamentētās sekvencēs; e) iekļaut metilomas datus iepriekšējos posmos izstrādātajos matemātiskajos modeļos, lai no jauna definētu darbības mehānismu un pielāgotu pētīto biomarķieru prognozēšanas spēju, kā arī izstrādātu analītisku programmatūru klīniskajai interpretācijai; eksperimentālos pētījumos un metilomas analīzē, šā projekta zarnu biopsijās definēto korticorefraktaritātes darbības mehānismu pārbaude (ko veic koordinētais apakšprojekts). Lai to izdarītu, mēs pieņemsim darbā lielu pacientu kohortu ar CU, kuri saņems GC, no kuras mēs iegūsim bioloģiskos paraugus dažādiem molekulārajiem izmēģinājumiem: RT-PCR, proteīnu masīvs un Infinium Methylation EPIC pērle; bioinformātikas un sistēmu bioloģijas metodes. (Latvian)
3 November 2022
0 references
Общата цел на този координиран проект е да се въведат нови прогностични и терапевтични инструменти в управлението на кортикореферността в UC. Две допълнителни проучвания са предназначени да сравнят резултатите от първоначалното проучване от клиничните и основните аспекти, с транслационна перспектива. В този подпроект целите са клинично-транслационни: определяне на най-добрата комбинация от плазмени miRNAs за прогнозиране на кортикореферност в UC; за определяне чрез системна биология и последваща плазмена оценка на протеините (стали или в комбинация с miRNAs), които отразяват чревната биологична активност; В) характеризиране на фекалните биомаркери за реакция към GC въз основа на първоначалното проучване; проучване на промените в метилома при пациенти с недостатъчен отговор към GC по отношение на повлияващите пациенти, както и биоинформатичен подбор на GR- или HIF1a/b-регулирани последователности; д) да включи данните за метилома в математическите модели, разработени в предишни фази, за да предефинира механизма на действие и да коригира прогнозния капацитет на изследваните биомаркери, в допълнение към разработването на аналитичен софтуер за клинична интерпретация; проверка на механизмите на действие на кортикорефрактарността, определени в експериментални изследвания и в анализа на метилома, в чревните биопсии на този проект (да се извърши от координирания подпроект). За да направим това, ще наберем голяма група пациенти с CU, които ще получат GC, от които ще получим биологични проби за различни молекулярни изпитвания: RT-PCR, протеинова решетка и инфиниева метилация EPIC мъниста; биоинформатика и методи за биология на системите. (Bulgarian)
3 November 2022
0 references
Celkovým cílem tohoto koordinovaného projektu je zavést nové prognostické a terapeutické nástroje pro řízení korticorefraktariety v UC. Dvě doplňkové studie byly navrženy tak, aby porovnávaly výsledky počáteční studie z klinických a základních aspektů s translační perspektivou. V tomto dílčím projektu jsou cíle klinicky-translační: určit nejlepší kombinaci plazmatických miRNA pro predikci korticorefraktariety v UC; určit pomocí systémové biologie a následného hodnocení plazmatu proteiny (srážky nebo v kombinaci s miRNA), které odrážejí střevní biologickou aktivitu; C) charakterizovat fekální biomarkery pro reakci na GC na základě počáteční studie; zkoumání změn methylomu u pacientů s nedostatečnou odpovědí na GC s ohledem na reagující pacienty a výběr bioinformatiky GR- nebo HIF1a/b-regulovaných sekvencí; e) začlenit data methylomu do matematických modelů vyvinutých v předchozích fázích s cílem redefinovat mechanismus účinku a upravit prediktivní kapacitu zkoumaných biomarkerů kromě vývoje analytického softwaru pro klinickou interpretaci; ověření mechanismů účinku korticorefraktarity definovaných v experimentálních studiích a v analýze methylomu, ve střevních biopsiích tohoto projektu (které mají být provedeny koordinovaným dílčím projektem). Za tímto účelem najmeme velkou skupinu pacientů s CU, kteří obdrží GC, ze kterého získáme biologické vzorky pro různé molekulární studie: RT-PCR, proteinové pole a metylační korálky EPIC; a metody bioinformatiky a systémové biologie. (Czech)
3 November 2022
0 references
O objetivo geral deste projeto coordenado é introduzir novas ferramentas prognósticas e terapêuticas na gestão da corticorrefração na UC. Foram concebidos dois estudos complementares para comparar os resultados do estudo inicial a partir dos aspetos clínicos e básicos, com uma perspetiva translacional. Neste subprojeto, os objetivos são clínico-traducionais: identificar a melhor combinação de miRNAs plasmáticos para prever a corticorrefração na CU; Determinar, por meio da biologia sistémica e subsequente avaliação plasmática, as proteínas (solas ou combinadas com miRNAs) que refletem a atividade biológica intestinal; C) Caracterizar biomarcadores fecais para resposta aos GCs com base no estudo inicial; exploração de alterações no metiloma de doentes com resposta inadequada ao GC no que diz respeito aos doentes respondentes e seleção bioinformática de sequências reguladas por GR ou HIF1a/b; e) incorporar os dados do metiloma nos modelos matemáticos desenvolvidos nas fases anteriores para redefinir o mecanismo de ação e ajustar a capacidade preditiva dos biomarcadores estudados, além de desenvolver um software analítico para a interpretação clínica; verificação dos mecanismos de acção da corticorrefractaridade definidos em estudos experimentais e na análise do metiloma, nas biópsias intestinais deste projecto (a realizar pelo subprojecto coordenado). Para fazer isto, nós recrutaremos uma grande coorte dos pacientes com CU que receberão o GC de que nós obteremos amostras biológicas para ensaios moleculars diferentes: RT-PCR, matriz proteica e grânulo EPIC de metilação infinita; e bioinformática e métodos de biologia de sistemas. (Portuguese)
3 November 2022
0 references
Opći cilj ovog koordiniranog projekta je uvođenje novih prognostičkih i terapijskih alata u upravljanje kortikorefractarnošću u UC-u. Dvije komplementarne studije osmišljene su kako bi se rezultati početne studije usporedili s kliničkim i osnovnim aspektima, s translacijskom perspektivom. U ovom potprojektu, ciljevi su klinički-translacijski: utvrditi najbolju kombinaciju miRNA u plazmi kako bi se predvidjela kortikorefractarnost u UC-u; odrediti pomoću sustavne biologije i naknadne procjene plazme, proteine (oplate ili u kombinaciji s miRNK-ima) koji odražavaju crijevnu biološku aktivnost; C) karakterizirati fekalne biomarkere za odgovor na GC-ove na temelju početne studije; istraživanje promjena u metilomu bolesnika s neodgovarajućim odgovorom na GC s obzirom na bolesnike koji su odgovorili na liječenje i bioinformatički odabir sekvenci GR- ili HIF1a/b; e) ugrađivati podatke iz metiloma u matematičke modele razvijene u prethodnim fazama kako bi se redefinirao mehanizam djelovanja i prilagodila sposobnost predviđanja ispitivanih biomarkera, uz razvoj analitičkog softvera za kliničku interpretaciju; provjera mehanizama djelovanja kortikorefractarnosti definiranih u eksperimentalnim studijama i u analizi metiloma, u crijevnoj biopsiji ovog projekta (koji će se provoditi koordiniranim potprojektom). Da bismo to učinili, zaposlit ćemo veliku skupinu pacijenata s CU koji će dobiti GC od kojeg ćemo dobiti biološke uzorke za različita molekularna ispitivanja: RT-PCR, proteinski niz i infinijska metilacija EPIC perla; bioinformatika i metode biologije sustava. (Croatian)
3 November 2022
0 references
Badalona
0 references
20 December 2023
0 references
Identifiers
PI16_01937
0 references