SUPRAMOLECULAR SYSTEMS FOR BIOMOLECULAR RECOGNITION: PEPTID HELICATS AND OLIGOMERIC RECEPTORS SELF-ASSEMBLED (Q3142451)
Jump to navigation
Jump to search
Project Q3142451 in Spain
| Language | Label | Description | Also known as |
|---|---|---|---|
| English | SUPRAMOLECULAR SYSTEMS FOR BIOMOLECULAR RECOGNITION: PEPTID HELICATS AND OLIGOMERIC RECEPTORS SELF-ASSEMBLED |
Project Q3142451 in Spain |
Statements
65,884.5 Euro
0 references
121,000.0 Euro
0 references
54.45 percent
0 references
1 January 2016
0 references
30 September 2019
0 references
UNIVERSIDAD DE SANTIAGO DE COMPOSTELA
0 references
15872
0 references
LA IDEA UNIFICADORA DE ESTA PROPUESTA ES EL DESARROLLO DE HERRAMIENTAS PEPTIDICAS PARA EL RECONOCIMIENTO ESPECIFICO BIOMOLECULAR. ESTE CONCEPTO GENERAL SE CONCRETA EN DOS TAREAS COMPLEMENTARIAS (WP) ENFOCADAS HACIA DIFERENTES OBJETIVOS Y DIANAS MOLECULARES. WP1 ES, ESENCIALMENTE, LA CONTINUACION DE NUESTRO PROYECTO PREVIO CTQ2012-31341, CENTRADO EN EL DESARROLLO DE NUEVOS AGENTES DE UNION AL ADN, INCLUYENDO METALOPEPTIDOS AUTOENSAMBLADOS (HELICATOS PEPTIDICOS) Y MOLECULAS PEQUEÑAS; WP2 DESCRIBE UNA NUEVA LINEA DE TRABAJO QUE COMBINA NUESTRA EXPERIENCIA EN QUIMICA SUPRAMOLECULAR, DISEÑO DE PEPTIDOS Y RECONOCIMIENTO BIOMOLECULAR CON METODOS DE QUIMICA COMBINATORIA DINAMICA (DCC). NUESTRO OBJETIVO EN ESTE WP ES EXPLORAR LA DCC DE MINIPROTEINAS OLIGOMERICAS PARA LA SELECCION DE RECEPTORES DE ALTA AFINIDAD SIMILAR A LOS ANTICUERPOS, Y LA IDENTIFICACION DE PROTEINAS AUTOENSAMBLADAS CON FUNCIONALIDAD DESEADA._x000D_ WP1 - RECONOCIMIENTO DE ADN CON COMPUESTOS DE COORDINACION Y MOLECULAS PEQUEÑAS. ESTE WP SE ORGANIZA EN DOS TAREAS; LA PRIMERA (WP1.1) SE CENTRA EN EL ESTUDIO DE COMPLEJOS DE COORDINACION DERIVADOS DE BISBENZAMIDINAS, COMO LOS PRIMEROS EJEMPLOS DE COMPLEJOS METALICOS QUE SE UNAN POR INSERCION EN EL SURCO MENOR DEL ADN. ESTOS COMPLEJOS COMBINAN LA SELECTIVIDAD DE SECUENCIA DE LAS BISBENZAMIDINAS CON LAS OPORTUNIDADES PARA EL DISEÑO Y MODULACION DE PROPIEDADES QUE OFRECEN LOS COMPLEJOS METALICOS. EN ESTE MISMO WP ESTUDIAREMOS TAMBIEN OLIGOMEROS DE BISBENZAMIDINAS, QUE MUESTRAN EFECTOS COOPERATIVOS EN SU RECONOCIMIENTO DEL ADN Y PODRIAN UNIRSE A SECUENCIAS REPETIDAS DE ADN GENOMICO RELEVANTES EN ALGUNAS ENFERMEDADES DEGENERATIVAS, E INCLUSO ENCONTRAR APLICACIONES COMO AGENTES PARA CAPTURA DE ADN CIRCULANTE. POR OTRA PARTE, LAS TAREAS ENGLOBADAS EN WP1.2 PROPONEN EL ESTUDIO DE LAS PROPIEDADES DE COMPLEJOS BIMETALICOS SUPRAMOLECULARES (HELICATOS) QUE, A PESAR DE SUS PROMETEDORAS PROPIEDADES, TODAVIA NO SE HAN DESARROLLADO COMO ALTERNATIVAS A LOS AGENTES USADOS ACTUALMENTE EN QUIMIOTERAPIA DEBIDO EN PARTE A LOS PROBLEMAS ASOCIADOS A SU SINTESIS. APLICAREMOS LA ESTRATEGIA SINTETICA DESARROLLADA EN NUESTRO GRUPO PARA LA EXPLORACION DEL ESPACIO FUNCIONAL/ESTRUCTURAL/QUIMICA DE ESTAS ESPECIES Y LA OPTIMIZACION DE SUS PROPIEDADES BIOLOGICAS. _x000D_ WP2 - DISEÑO BOTTOM-UP DE MINIPROTEINAS OLIGOMERICAS. EN ESTE WP APROVECHAMOS LA SIMPLICIDAD ESTRUCTURAL DE OLIGOPROTEINAS SIMETRICAS PARA COMBINAR LOS SISTEMAS PROTEICOS DE ALTA COMPLEJIDAD FUNCIONAL CON LA SIMPLICIDAD DE LA SINTESIS EN FASE SOLIDA DE PEPTIDOS. HEMOS ORGANIZADO ESTE WP EN DOS TAREAS DIFERENTES, DE ACUERDO AL SISTEMA OLIGOMERICO SELECCIONADO Y A LAS POTENCIALES APLICACIONES. EN WP2.1 DELIMITAREMOS EL POTENCIAL DE UNA PEQUEÑA PROTEINA VIRAL HOMOTRIMERICA, EL FOLDON DE T4 FIBRITINA (T4FF), COMO SOPORTE ESTRUCTURAL PARA EL DISEÑO DE PROTEINAS. MAS CONCRETAMENTE, MODIFICAREMOS LAS INTERACCIONES ENTRE LOS DOMINIOS PARA OBTENER HETEROTRIMEROS; MODIFICAREMOS EL NUCLEO HIDROFOBICO PARA OBTENER TAGS FLUORESCENTES Y AGENTES DE CONTRASTE PARA MRI, Y EXPLORAREMOS LA APLICACION DE LIBRERIAS COMBINATORIAS PARA DESCUBRIR RECEPTORES DE ALTA AFINIDAD CON APLICACIONES BIOTECNOLOGICAS. EN WP2.2 ESTUDIAREMOS PROTEINAS HEXAMERICAS, DE MANERA QUE A TRAVES DE LA MODIFICACION RACIONAL DE LAS UNIDADES MONOMERICAS SE PUEDAN OBTENER PROTEINAS PARA APLICACIONES CONCRETAS, COMO UNION DE NANOTUBOS, CATALISIS METALICAS, UNION A MEMBRANAS, ETC. (Spanish)
0 references
THE UNIFYING IDEA OF THIS PROPOSAL IS THE DEVELOPMENT OF PEPTIDIC TOOLS FOR SPECIFIC BIOMOLECULAR RECOGNITION. THIS GENERAL CONCEPT IS EMBODIED IN TWO COMPLEMENTARY TASKS (WP) FOCUSED ON DIFFERENT MOLECULAR TARGETS AND TARGETS. WP1 IS ESSENTIALLY THE CONTINUATION OF OUR PREVIOUS PROJECT CTQ2012-31341, FOCUSED ON THE DEVELOPMENT OF NEW UNION AGENTS TO DNA, INCLUDING SELF-ASSEMBLED METALOPEPTIDOS (HELICATOS PEPTIDICOS) AND SMALL MOLECULES; WP2 DESCRIBES A NEW LINE OF WORK THAT COMBINES OUR EXPERIENCE IN SUPRAMOLECULAR CHEMISTRY, PEPTIDE DESIGN AND BIOMOLECULAR RECOGNITION WITH DYNAMIC COMBINATORIAL CHEMISTRY (DCC) METHODS. Our OBJECTIVE IN THIS WP is to expel the Olygomerical MINIPROTEIN DCC for the selection of high-AFINITY receptors similar to anti-domesters, and the identification of self-assembled PROTEINS WITH FUNCIONALITY WP._x000D_ WP1 — Recognition of DNA with coORDINATION COMPOSES and small moleculas. THIS WP IS ORGANISED INTO TWO TASKS; THE FIRST (WP1.1) FOCUSES ON THE STUDY OF COORDINATION COMPLEXES DERIVED FROM BISBENZAMIDINAS, AS THE FIRST EXAMPLES OF METAL COMPLEXES THAT ARE JOINED BY INSERTION INTO THE LOWER GROOVE OF DNA. THESE COMPLEXES COMBINE THE SEQUENCE SELECTIVITY OF BISBENZAMIDINAS WITH THE OPPORTUNITIES FOR THE DESIGN AND MODULATION OF PROPERTIES OFFERED BY METAL COMPLEXES. IN THIS SAME WP WE WILL ALSO STUDY OLIGOMEROS OF BISBENZAMIDINAS, WHICH SHOW COOPERATIVE EFFECTS ON THEIR DNA RECOGNITION AND COULD BIND TO REPEATED SEQUENCES OF GENOMIC DNA RELEVANT IN SOME DEGENERATIVE DISEASES, AND EVEN FIND APPLICATIONS SUCH AS AGENTS TO CAPTURE CIRCULATING DNA. ON THE OTHER HAND, THE TASKS COVERED BY WP1.2 PROPOSE THE STUDY OF THE PROPERTIES OF SUPRAMOLECULAR BIMETALIC COMPLEXES (HELICATOS) WHICH, DESPITE THEIR PROMISING PROPERTIES, HAVE NOT YET BEEN DEVELOPED AS ALTERNATIVES TO AGENTS CURRENTLY USED IN CHEMOTHERAPY DUE IN PART TO THE PROBLEMS ASSOCIATED WITH THEIR SYNTHESIS. WE WILL APPLY THE SYNTHETIC STRATEGY DEVELOPED IN OUR GROUP FOR THE EXPLORATION OF THE FUNCTIONAL/STRUCTURAL/CHEMICAL SPACE OF THESE SPECIES AND THE OPTIMISATION OF THEIR BIOLOGICAL PROPERTIES. _x000D_ WP2 — BOTTOM-UP DESIGN OF OLIGOMERICAL MINIPROTEINS. IN THIS WP WE TAKE ADVANTAGE OF THE STRUCTURAL SIMPLICITY OF SYMMETRIC OLIGOPROTEINS TO COMBINE PROTEIN SYSTEMS OF HIGH FUNCTIONAL COMPLEXITY WITH THE SIMPLICITY OF THE SOLID PHASE SYNTHESIS OF PEPTIDES. WE HAVE ORGANISED THIS WP INTO TWO DIFFERENT TASKS, ACCORDING TO THE SELECTED OLIGOMERICO SYSTEM AND POTENTIAL APPLICATIONS. IN WP2.1 WE WILL DELIMIT THE POTENTIAL OF A SMALL HOMOTRIMERICA VIRAL PROTEIN, THE T4 FIBRITIN FOLDON (T4FF), AS A STRUCTURAL SUPPORT FOR PROTEIN DESIGN. MORE SPECIFICALLY, WE WILL MODIFY THE INTERACTIONS BETWEEN THE DOMAINS TO OBTAIN HETEROTRIMERS; WE WILL MODIFY THE HIDROFOBICO NUCLEUS TO OBTAIN FLUORESCENT TAGS AND CONTRAST AGENTS FOR MRI, AND EXPLORE THE APPLICATION OF COMBINATORIAL LIBRARIES TO DISCOVER HIGH AFFINITY RECEPTORS WITH BIOTECHNOLOGICAL APPLICATIONS. IN WP2.2 WE WILL STUDY HEXAMERICAS PROTEINS, SO THAT THROUGH THE RATIONAL MODIFICATION OF THE MONOMERICAS UNITS, PROTEINS CAN BE OBTAINED FOR SPECIFIC APPLICATIONS, SUCH AS THE UNION OF NANOTUBES, METAL CATALYSIS, UNION TO MEMBRANES, ETC. (English)
12 October 2021
0.1915624334039449
0 references
L’IDÉE UNIFICATRICE DE CETTE PROPOSITION EST LE DÉVELOPPEMENT D’OUTILS PEPTIDIQUES POUR LA RECONNAISSANCE BIOMOLÉCULAIRE SPÉCIFIQUE. CE CONCEPT GÉNÉRAL S’INCARNE DANS DEUX TÂCHES COMPLÉMENTAIRES (WP) AXÉES SUR DES CIBLES ET DES CIBLES MOLÉCULAIRES DIFFÉRENTES. WP1 EST ESSENTIELLEMENT LA POURSUITE DE NOTRE PRÉCÉDENT PROJET CTQ2012-31341, AXÉ SUR LE DÉVELOPPEMENT DE NOUVEAUX AGENTS DE L’UNION À L’ADN, Y COMPRIS METALOPEPTIDOS AUTO-ASSEMBLÉS (HELICATOS PEPTIDICOS) ET DE PETITES MOLÉCULES; WP2 DÉCRIT UNE NOUVELLE LIGNE DE TRAVAIL QUI COMBINE NOTRE EXPÉRIENCE DANS LA CHIMIE SUPRAMOLÉCULAIRE, LA CONCEPTION DES PEPTIDES ET LA RECONNAISSANCE BIOMOLÉCULAIRE AVEC LES MÉTHODES DE CHIMIE COMBINATOIRE DYNAMIQUE (DCC). Notre OBJECTIF DANS CE WP est d’expulser la miniprotéine DCC Olygomericale pour la sélection de récepteurs à haute afinité similaires aux anti-domesters, et l’identification de PROTEINS auto-assemblés avec funcionalité WP._x000D_ WP1 — Reconnaissance de l’ADN avec compositions et petites moleculas. CE GROUPE DE TRAVAIL EST ORGANISÉ EN DEUX TÂCHES: LE PREMIER (WP1.1) SE CONCENTRE SUR L’ÉTUDE DES COMPLEXES DE COORDINATION DÉRIVÉS DE BISBENZAMIDINAS, EN TANT QUE PREMIERS EXEMPLES DE COMPLEXES MÉTALLIQUES JOINTS PAR INSERTION DANS LA RAINURE INFÉRIEURE DE L’ADN. CES COMPLEXES COMBINENT LA SÉLECTIVITÉ DES SÉQUENCES DE BISBENZAMIDINAS AVEC LES POSSIBILITÉS DE CONCEPTION ET DE MODULATION DES PROPRIÉTÉS OFFERTES PAR LES COMPLEXES MÉTALLIQUES. DANS CE MÊME WP, NOUS ÉTUDIERONS ÉGALEMENT OLIGOMEROS DE BISBENZAMIDINAS, QUI MONTRENT DES EFFETS COOPÉRATIFS SUR LEUR RECONNAISSANCE DE L’ADN ET POURRAIENT SE LIER À DES SÉQUENCES RÉPÉTÉES D’ADN GÉNOMIQUE PERTINENTES DANS CERTAINES MALADIES DÉGÉNÉRATIVES, ET MÊME TROUVER DES APPLICATIONS TELLES QUE DES AGENTS POUR CAPTURER L’ADN CIRCULANT. D’AUTRE PART, LES TÂCHES COUVERTES PAR LE WP1.2 PROPOSENT L’ÉTUDE DES PROPRIÉTÉS DES COMPLEXES BIMÉTALLIQUES SUPRAMOLÉCULAIRES (HELICATOS) QUI, MALGRÉ LEURS PROPRIÉTÉS PROMETTEUSES, N’ONT PAS ENCORE ÉTÉ DÉVELOPPÉS COMME ALTERNATIVES AUX AGENTS ACTUELLEMENT UTILISÉS EN CHIMIOTHÉRAPIE EN RAISON EN PARTIE DES PROBLÈMES LIÉS À LEUR SYNTHÈSE. NOUS APPLIQUERONS LA STRATÉGIE SYNTHÉTIQUE DÉVELOPPÉE DANS NOTRE GROUPE POUR L’EXPLORATION DE L’ESPACE FONCTIONNEL/STRUCTUREL/CHIMIQUE DE CES ESPÈCES ET L’OPTIMISATION DE LEURS PROPRIÉTÉS BIOLOGIQUES. _x000D_ WP2 — BOTTOM-UP DESIGN OF OLIGOMERICAL Miniprotéines. DANS CE WP, NOUS PROFITONS DE LA SIMPLICITÉ STRUCTURELLE DES OLIGOPROTEINS SYMÉTRIQUES POUR COMBINER DES SYSTÈMES PROTÉIQUES DE HAUTE COMPLEXITÉ FONCTIONNELLE AVEC LA SIMPLICITÉ DE LA SYNTHÈSE EN PHASE SOLIDE DES PEPTIDES. NOUS AVONS ORGANISÉ CE WP EN DEUX TÂCHES DIFFÉRENTES, SELON LE SYSTÈME OLIGOMERICO SÉLECTIONNÉ ET LES APPLICATIONS POTENTIELLES. DANS WP2.1, NOUS DÉLIMITONS LE POTENTIEL D’UNE PETITE PROTÉINE VIRALE HOMOTRIMERICA, LE PLION T4 FIBRITIN (T4FF), COMME SUPPORT STRUCTUREL POUR LA CONCEPTION DES PROTÉINES. PLUS PRÉCISÉMENT, NOUS ALLONS MODIFIER LES INTERACTIONS ENTRE LES DOMAINES POUR OBTENIR HETEROTRIMERS; NOUS ALLONS MODIFIER LE NOYAU HIDROFOBICO POUR OBTENIR DES ÉTIQUETTES FLUORESCENTES ET DES AGENTS DE CONTRASTE POUR L’IRM, ET EXPLORER L’APPLICATION DES BIBLIOTHÈQUES COMBINATOIRES POUR DÉCOUVRIR DES RÉCEPTEURS À HAUTE AFFINITÉ AVEC DES APPLICATIONS BIOTECHNOLOGIQUES. DANS LE WP2.2, NOUS ÉTUDIERONS LES PROTÉINES HEXAMERICAS, AFIN QUE GRÂCE À LA MODIFICATION RATIONNELLE DES UNITÉS MONOMERICAS, DES PROTÉINES PUISSENT ÊTRE OBTENUES POUR DES APPLICATIONS SPÉCIFIQUES, TELLES QUE L’UNION DES NANOTUBES, LA CATALYSE MÉTALLIQUE, L’UNION AUX MEMBRANES, ETC. (French)
2 December 2021
0 references
DIE VEREINHEITLICHUNG DIESES VORSCHLAGS IST DIE ENTWICKLUNG PEPTIDISCHER INSTRUMENTE FÜR DIE SPEZIFISCHE BIOMOLEKULARE ANERKENNUNG. DIESES ALLGEMEINE KONZEPT IST IN ZWEI KOMPLEMENTÄREN AUFGABEN (WP) VERANKERT, DIE SICH AUF VERSCHIEDENE MOLEKULARE ZIELE UND ZIELE KONZENTRIEREN. WP1 IST IM WESENTLICHEN DIE FORTSETZUNG UNSERES FRÜHEREN PROJEKTS CTQ2012-31341, DAS SICH AUF DIE ENTWICKLUNG NEUER SUBSTANZEN DER UNION ZUR DNA KONZENTRIERT, EINSCHLIESSLICH SELBST ZUSAMMENGESETZTER METALOPEPTIDOS (HELICATOS PEPTIDICOS) UND KLEINER MOLEKÜLE; WP2 BESCHREIBT EINE NEUE ARBEITSLINIE, DIE UNSERE ERFAHRUNGEN IN SUPRAMOLEKULARER CHEMIE, PEPTIDDESIGN UND BIOMOLEKULARER ERKENNUNG MIT DYNAMISCHEN KOMBINATORISCHEN CHEMIE (DCC)-METHODEN KOMBINIERT. Unser OBJECTIVE IN DIESES WP ist es, das Olygomerische Miniprotein DCC für die Auswahl von hochafinen Rezeptoren, ähnlich wie Antidomester, und die Identifikation von selbst zusammengesetzten PROTEINS WITH funcionality WP._x000D_ WP1 – Erkennung von DNA mit Koordinationszusammensetzungen und kleinen Molekulen zu vertreiben. DIESE ARBEITSGRUPPE IST IN ZWEI AUFGABEN UNTERTEILT; DIE ERSTE (WP1.1) KONZENTRIERT SICH AUF DIE UNTERSUCHUNG VON KOORDINATIONSKOMPLEXEN AUS BISBENZAMIDINAS, ALS ERSTE BEISPIELE VON METALLKOMPLEXEN, DIE DURCH EINFÜGEN IN DIE UNTERE NUT DER DNA VERBUNDEN SIND. DIESE KOMPLEXE VERBINDEN DIE SEQUENZ SELEKTIVITÄT VON BISBENZAMIDINAS MIT DEN MÖGLICHKEITEN DER KONSTRUKTION UND MODULATION VON EIGENSCHAFTEN, DIE VON METALLKOMPLEXEN ANGEBOTEN WERDEN. IN DIESEM WP WERDEN WIR AUCH OLIGOMEROS VON BISBENZAMIDINAS UNTERSUCHEN, DIE KOOPERATIVE EFFEKTE AUF IHRE DNA-ERKENNUNG ZEIGEN UND AN WIEDERHOLTE SEQUENZEN VON GENOMISCHER DNA BINDEN KÖNNTEN, DIE BEI EINIGEN DEGENERATIVEN ERKRANKUNGEN RELEVANT SIND, UND SOGAR ANWENDUNGEN WIE Z. B. WIRKSTOFFE ZUR ERFASSUNG ZIRKULIERENDER DNA FINDEN. ANDERERSEITS SCHLAGEN DIE AUFGABEN DES WP1.2 VOR, DIE EIGENSCHAFTEN SUPRAMOLEKULARER BIMETALER KOMPLEXE (HELICATOS) ZU UNTERSUCHEN, DIE TROTZ IHRER VIELVERSPRECHENDEN EIGENSCHAFTEN NOCH NICHT ALS ALTERNATIVEN ZU WIRKSTOFFEN ENTWICKELT WURDEN, DIE DERZEIT IN DER CHEMOTHERAPIE EINGESETZT WERDEN, ZUM TEIL AUFGRUND DER MIT IHRER SYNTHESE VERBUNDENEN PROBLEME. WIR WERDEN DIE IN UNSERER GRUPPE ENTWICKELTE SYNTHETISCHE STRATEGIE ZUR ERFORSCHUNG DES FUNKTIONALEN/STRUKTURELLEN/CHEMISCHEN RAUMES DIESER ARTEN UND ZUR OPTIMIERUNG IHRER BIOLOGISCHEN EIGENSCHAFTEN ANWENDEN. _x000D_ WP2 – BOTTOM-UP DESIGN von OLIGOMERICAL Miniproteinen. IN DIESEM WP NUTZEN WIR DIE STRUKTURELLE EINFACHHEIT SYMMETRISCHER OLIGOPROTEINS, UM PROTEINSYSTEME MIT HOHER FUNKTIONALER KOMPLEXITÄT MIT DER EINFACHHEIT DER FESTPHASENSYNTHESE VON PEPTIDEN ZU KOMBINIEREN. WIR HABEN DIESEN WP ENTSPRECHEND DEM AUSGEWÄHLTEN OLIGOMERICO-SYSTEM UND POTENZIELLEN ANWENDUNGEN IN ZWEI UNTERSCHIEDLICHE AUFGABEN GEGLIEDERT. IN WP2.1 WERDEN WIR DAS POTENZIAL EINES KLEINEN VIRUSPROTEINS HOMOTRIMERICA, DAS T4 FIBRITIN FOLDON (T4FF), ALS STRUKTURELLE UNTERSTÜTZUNG FÜR DAS PROTEINDESIGN DEFINIEREN. GENAUER GESAGT WERDEN WIR DIE INTERAKTIONEN ZWISCHEN DEN DOMÄNEN ÄNDERN, UM HETEROTRIMERS ZU ERHALTEN; WIR WERDEN DEN HIDROFOBICO KERN MODIFIZIEREN, UM FLUORESZIERENDE TAGS UND KONTRASTMITTEL FÜR MRT ZU ERHALTEN UND DIE ANWENDUNG VON KOMBINATORISCHEN BIBLIOTHEKEN ZU ERFORSCHEN, UM HOCHAFFINIERTE REZEPTOREN MIT BIOTECHNOLOGISCHEN ANWENDUNGEN ZU ENTDECKEN. IN WP2.2 WERDEN WIR HEXAMERICAS-PROTEINE UNTERSUCHEN, SO DASS DURCH DIE RATIONALE MODIFIKATION DER MONOMERICAS-EINHEITEN PROTEINE FÜR BESTIMMTE ANWENDUNGEN WIE DIE UNION VON NANORÖHREN, METALLKATALYSE, UNION ZU MEMBRANEN USW. GEWONNEN WERDEN KÖNNEN. (German)
9 December 2021
0 references
HET VERENIGENDE IDEE VAN DIT VOORSTEL IS DE ONTWIKKELING VAN PEPTIDISCHE INSTRUMENTEN VOOR SPECIFIEKE BIOMOLECULAIRE ERKENNING. DIT ALGEMENE CONCEPT IS BELICHAAMD IN TWEE COMPLEMENTAIRE TAKEN (WP) GERICHT OP VERSCHILLENDE MOLECULAIRE DOELEN EN DOELEN. WP1 IS IN WEZEN DE VOORTZETTING VAN ONS VORIGE PROJECT CTQ2012-31341, GERICHT OP DE ONTWIKKELING VAN NIEUWE EU-AGENTIA VOOR DNA, MET INBEGRIP VAN ZELFGEASSEMBLEERDE METALOPEPTIDOS (HELICATOS PEPTIDICOS) EN KLEINE MOLECULEN; WP2 BESCHRIJFT EEN NIEUWE WERKLIJN DIE ONZE ERVARING IN SUPRAMOLECULAIRE CHEMIE, PEPTIDE ONTWERP EN BIOMOLECULAIRE HERKENNING COMBINEERT MET DYNAMISCHE COMBINATORIALE CHEMIE (DCC) METHODEN. Onze OBJECTIVE IN DEZE WP is om de Olygomerical miniproteïne DCC voor de selectie van high-afinity receptoren vergelijkbaar met anti-domesters, en de identificatie van zelf-geassembleerde PROTEINS MET funcionaliteit WP._x000D_ WP1 — Erkenning van DNA met coördinatie composes en kleine molecula’s. DIT WP IS ONDERVERDEELD IN TWEE TAKEN; DE EERSTE (WP1.1) RICHT ZICH OP DE STUDIE VAN COÖRDINATIECOMPLEXEN AFGELEID VAN BISBENZAMIDINAS, ALS DE EERSTE VOORBEELDEN VAN METAALCOMPLEXEN DIE DOOR TOEVOEGING IN DE ONDERSTE GROEF VAN DNA WORDEN SAMENGEVOEGD. DEZE COMPLEXEN COMBINEREN DE SEQUENTIE SELECTIVITEIT VAN BISBENZAMIDINAS MET DE MOGELIJKHEDEN VOOR HET ONTWERP EN DE MODULATIE VAN EIGENSCHAPPEN AANGEBODEN DOOR METALEN COMPLEXEN. IN DEZELFDE WP ZULLEN WE OOK OLIGOMEROS VAN BISBENZAMIDINAS BESTUDEREN, DIE COÖPERATIEVE EFFECTEN OP HUN DNA-HERKENNING TONEN EN ZICH KUNNEN BINDEN AAN HERHAALDE SEQUENTIES VAN GENOMISCH DNA DIE RELEVANT ZIJN VOOR SOMMIGE DEGENERATIEVE ZIEKTEN, EN ZELFS TOEPASSINGEN VINDEN ZOALS AGENTEN OM CIRCULEREND DNA VAST TE LEGGEN. ANDERZIJDS WORDT IN DE IN WP1.2 BEDOELDE TAKEN VOORGESTELD DE EIGENSCHAPPEN VAN SUPRAMOLECULAIRE BIMETAALCOMPLEXEN (HELICATOS) TE BESTUDEREN, DIE ONDANKS HUN VEELBELOVENDE EIGENSCHAPPEN NOG NIET ZIJN ONTWIKKELD ALS ALTERNATIEVEN VOOR MIDDELEN DIE MOMENTEEL IN CHEMOTHERAPIE WORDEN GEBRUIKT, TEN DELE ALS GEVOLG VAN DE PROBLEMEN IN VERBAND MET HUN SYNTHESE. WE ZULLEN DE IN ONZE GROEP ONTWIKKELDE SYNTHETISCHE STRATEGIE TOEPASSEN VOOR DE EXPLORATIE VAN DE FUNCTIONELE/STRUCTURELE/CHEMISCHE RUIMTE VAN DEZE SOORTEN EN DE OPTIMALISERING VAN HUN BIOLOGISCHE EIGENSCHAPPEN. _x000D_ WP2 — BOTTOM-UP DESIGN VAN OLIGOMERICAL Miniproteïnen. IN DEZE WP MAKEN WE GEBRUIK VAN DE STRUCTURELE EENVOUD VAN SYMMETRISCHE OLIGOPROTEINS OM EIWITSYSTEMEN MET EEN HOGE FUNCTIONELE COMPLEXITEIT TE COMBINEREN MET DE EENVOUD VAN DE SOLID PHASE SYNTHESE VAN PEPTIDEN. WE HEBBEN DEZE WP INGEDEELD IN TWEE VERSCHILLENDE TAKEN, VOLGENS HET GESELECTEERDE OLIGOMERICO-SYSTEEM EN POTENTIËLE TOEPASSINGEN. IN WP2.1 ZULLEN WE HET POTENTIEEL VAN EEN KLEIN HOMOTRIMERICA VIRALE EIWIT, DE T4 FIBRITIN FOLDON (T4FF), ALS STRUCTURELE ONDERSTEUNING VOOR EIWITONTWERP AFBAKENEN. MEER SPECIFIEK ZULLEN WE DE INTERACTIES TUSSEN DE DOMEINEN AANPASSEN OM HETEROTRIMERS TE VERKRIJGEN; WE ZULLEN DE HIDROFOBICO-KERN WIJZIGEN OM FLUORESCERENDE TAGS EN CONTRASTMIDDELEN VOOR MRI TE VERKRIJGEN EN DE TOEPASSING VAN COMBINATORIËLE BIBLIOTHEKEN TE ONDERZOEKEN OM HOGE AFFINITEITRECEPTOREN MET BIOTECHNOLOGISCHE TOEPASSINGEN TE ONTDEKKEN. IN WP2.2 ZULLEN WE HEXAMERICAS-EIWITTEN BESTUDEREN, ZODAT DOOR DE RATIONELE WIJZIGING VAN DE MONOMERICAS-EENHEDEN EIWITTEN KUNNEN WORDEN VERKREGEN VOOR SPECIFIEKE TOEPASSINGEN, ZOALS DE UNIE VAN NANOBUIZEN, METAALKATALYSE, UNIE VOOR MEMBRANEN, ENZ. (Dutch)
17 December 2021
0 references
L'IDEA UNIFICANTE DI QUESTA PROPOSTA È LO SVILUPPO DI STRUMENTI PEPTIDICI PER IL RICONOSCIMENTO BIOMOLECOLARE SPECIFICO. QUESTO CONCETTO GENERALE SI CONCRETIZZA IN DUE COMPITI COMPLEMENTARI (WP) INCENTRATI SU OBIETTIVI E OBIETTIVI MOLECOLARI DIVERSI. WP1 È ESSENZIALMENTE LA CONTINUAZIONE DEL PRECEDENTE PROGETTO CTQ2012-31341, INCENTRATO SULLO SVILUPPO DI NUOVI AGENTI DELL'UNIONE PER IL DNA, COMPRESI I METALOPEPTIDOS (HELICATOS PEPTIDICOS) AUTOASSEMBLATI E LE PICCOLE MOLECOLE; WP2 DESCRIVE UNA NUOVA LINEA DI LAVORO CHE UNISCE LA NOSTRA ESPERIENZA IN CHIMICA SOPRAMOLECOLARE, PROGETTAZIONE PEPTIDE E RICONOSCIMENTO BIOMOLECOLARE CON METODI DI CHIMICA COMBINATORIA DINAMICA (DCC). Il nostro OBJECTIVE IN QUESTO WP è quello di espellere la miniproteina Olygomerical DCC per la selezione di recettori ad alta definizione simili agli antidoministi, e l'identificazione di PROTEINS self-assembled CON Funcionality WP._x000D_ WP1 — Riconoscimento del DNA con composizioni di coordinazione e piccole molecole. IL PRESENTE GRUPPO DI LAVORO SI ARTICOLA IN DUE COMPITI: IL PRIMO (WP1.1) SI CONCENTRA SULLO STUDIO DEI COMPLESSI DI COORDINAMENTO DERIVATI DA BISBENZAMIDINAS, COME I PRIMI ESEMPI DI COMPLESSI METALLICI CHE VENGONO UNITI DALL'INSERIMENTO NELLA SCANALATURA INFERIORE DEL DNA. QUESTI COMPLESSI COMBINANO LA SELETTIVITÀ SEQUENZIALE DI BISBENZAMIDINAS CON LE OPPORTUNITÀ DI PROGETTAZIONE E MODULAZIONE DELLE PROPRIETÀ OFFERTE DAI COMPLESSI METALLICI. IN QUESTO STESSO WP STUDIEREMO ANCHE OLIGOMEROS DI BISBENZAMIDINAS, CHE MOSTRANO EFFETTI COOPERATIVI SUL LORO RICONOSCIMENTO DEL DNA E POTREBBERO LEGARE A SEQUENZE RIPETUTE DI DNA GENOMICO RILEVANTI IN ALCUNE MALATTIE DEGENERATIVE, E PERSINO TROVARE APPLICAZIONI COME AGENTI PER CATTURARE IL DNA CIRCOLANTE. D'ALTRO CANTO, I COMPITI DI CUI AL WP1.2 PROPONGONO LO STUDIO DELLE PROPRIETÀ DEI COMPLESSI BIMETALICI SOPRAMOLECOLARI (HELICATOS) CHE, NONOSTANTE LE LORO PROPRIETÀ PROMETTENTI, NON SONO ANCORA STATI SVILUPPATI COME ALTERNATIVE AGLI AGENTI ATTUALMENTE UTILIZZATI NELLA CHEMIOTERAPIA A CAUSA IN PARTE DEI PROBLEMI ASSOCIATI ALLA LORO SINTESI. APPLICHEREMO LA STRATEGIA SINTETICA SVILUPPATA NEL NOSTRO GRUPPO PER L'ESPLORAZIONE DELLO SPAZIO FUNZIONALE/STRUTTURALE/CHIMICO DI QUESTE SPECIE E L'OTTIMIZZAZIONE DELLE LORO PROPRIETÀ BIOLOGICHE. _x000D_ WP2 — DESIGN BOTTOM-UP di Miniproteine OLIGOMERICAL. IN QUESTO WP APPROFITTIAMO DELLA SEMPLICITÀ STRUTTURALE DI OLIGOPROTEINS SIMMETRICI PER UNIRE SISTEMI PROTEICI DI ELEVATA COMPLESSITÀ FUNZIONALE ALLA SEMPLICITÀ DELLA SINTESI DI FASE SOLIDA DEI PEPTIDI. ABBIAMO ORGANIZZATO QUESTO WP IN DUE DIVERSI COMPITI, IN BASE AL SISTEMA OLIGOMERICO SELEZIONATO E ALLE POTENZIALI APPLICAZIONI. NEL WP2.1 LIMITEREMO IL POTENZIALE DI UNA PICCOLA PROTEINA VIRALE HOMOTRIMERICA, IL T4 FIBRITIN FOLDON (T4FF), COME SUPPORTO STRUTTURALE PER LA PROGETTAZIONE DELLE PROTEINE. PIÙ SPECIFICAMENTE, MODIFICHEREMO LE INTERAZIONI TRA I DOMINI PER OTTENERE HETEROTRIMERS; MODIFICHEREMO IL NUCLEO HIDROFOBICO PER OTTENERE TAG FLUORESCENTI E AGENTI DI CONTRASTO PER LA RISONANZA MAGNETICA, ED ESPLOREREMO L'APPLICAZIONE DI LIBRERIE COMBINATORIE PER SCOPRIRE RECETTORI AD ALTA AFFINITÀ CON APPLICAZIONI BIOTECNOLOGICHE. NEL WP2.2 STUDIEREMO LE PROTEINE DI HEXAMERICAS, IN MODO CHE ATTRAVERSO LA MODIFICA RAZIONALE DELLE UNITÀ MONOMERICAS SI POSSANO OTTENERE PROTEINE PER APPLICAZIONI SPECIFICHE, COME L'UNIONE DEI NANOTUBI, LA CATALISI DEI METALLI, L'UNIONE ALLE MEMBRANE, ECC. (Italian)
16 January 2022
0 references
Η ΕΝΙΑΊΑ ΙΔΈΑ ΑΥΤΉΣ ΤΗΣ ΠΡΌΤΑΣΗΣ ΕΊΝΑΙ Η ΑΝΆΠΤΥΞΗ ΠΕΠΤΙΔΙΚΏΝ ΕΡΓΑΛΕΊΩΝ ΓΙΑ ΕΙΔΙΚΉ ΒΙΟΜΟΡΙΑΚΉ ΑΝΑΓΝΏΡΙΣΗ. ΑΥΤΉ Η ΓΕΝΙΚΉ ΈΝΝΟΙΑ ΕΝΣΩΜΑΤΏΝΕΤΑΙ ΣΕ ΔΎΟ ΣΥΜΠΛΗΡΩΜΑΤΙΚΆ ΚΑΘΉΚΟΝΤΑ (WP) ΠΟΥ ΕΠΙΚΕΝΤΡΏΝΟΝΤΑΙ ΣΕ ΔΙΑΦΟΡΕΤΙΚΟΎΣ ΜΟΡΙΑΚΟΎΣ ΣΤΌΧΟΥΣ ΚΑΙ ΣΤΌΧΟΥΣ. ΤΟ WP1 ΕΊΝΑΙ ΟΥΣΙΑΣΤΙΚΆ Η ΣΥΝΈΧΙΣΗ ΤΟΥ ΠΡΟΗΓΟΎΜΕΝΟΥ ΈΡΓΟΥ ΜΑΣ CTQ2012-31341, ΤΟ ΟΠΟΊΟ ΕΠΙΚΕΝΤΡΏΘΗΚΕ ΣΤΗΝ ΑΝΆΠΤΥΞΗ ΝΈΩΝ ΠΑΡΑΓΌΝΤΩΝ ΤΗΣ ΈΝΩΣΗΣ ΣΤΟ DNA, ΣΥΜΠΕΡΙΛΑΜΒΑΝΟΜΈΝΩΝ ΤΩΝ ΑΥΤΟΣΥΝΑΡΜΟΛΟΓΗΜΈΝΩΝ ΜΕΤΑΛΛΟΕΠΤΊΔΩΝ (HELICATOS PEPTIDICOS) ΚΑΙ ΜΙΚΡΏΝ ΜΟΡΊΩΝ· ΤΟ WP2 ΠΕΡΙΓΡΆΦΕΙ ΜΙΑ ΝΈΑ ΓΡΑΜΜΉ ΕΡΓΑΣΊΑΣ ΠΟΥ ΣΥΝΔΥΆΖΕΙ ΤΗΝ ΕΜΠΕΙΡΊΑ ΜΑΣ ΣΤΗΝ ΥΠΕΡΜΟΡΙΑΚΉ ΧΗΜΕΊΑ, ΤΟΝ ΣΧΕΔΙΑΣΜΌ ΠΕΠΤΙΔΊΩΝ ΚΑΙ ΤΗ ΒΙΟΜΟΡΙΑΚΉ ΑΝΑΓΝΏΡΙΣΗ ΜΕ ΔΥΝΑΜΙΚΈΣ ΜΕΘΌΔΟΥΣ ΣΥΝΔΥΑΣΜΈΝΗΣ ΧΗΜΕΊΑΣ (DCC). ΣΤΟΧΟΣ ΜΑΣ Σ’ αυτή την ομάδα εργασίας είναι να αποβάλουμε το Olygomerical miniprotein DCC για την επιλογή των υποδοχέων υψηλής ακαθαρσίας παρόμοιου με τους αντι-domesters, και την ταυτοποίηση αυτοσυναρμολογημένων ΠΡΩΤΕΙΝΩΝ ΜΕ funcionality WP._x000D_ WP1 — Αναγνώριση του DNA με συνθέσεις συντονισμού και μικρά moleculas. Η ΟΜΆΔΑ ΕΡΓΑΣΊΑΣ ΟΡΓΑΝΏΝΕΤΑΙ ΣΕ ΔΎΟ ΚΑΘΉΚΟΝΤΑ: ΤΟ ΠΡΏΤΟ (WP1.1) ΕΠΙΚΕΝΤΡΏΝΕΤΑΙ ΣΤΗ ΜΕΛΈΤΗ ΤΩΝ ΣΥΓΚΡΟΤΗΜΆΤΩΝ ΣΥΝΤΟΝΙΣΜΟΎ ΠΟΥ ΠΡΟΈΡΧΟΝΤΑΙ ΑΠΌ ΤΟ BISBENZAMIDINAS, ΩΣ ΤΑ ΠΡΏΤΑ ΠΑΡΑΔΕΊΓΜΑΤΑ ΜΕΤΑΛΛΙΚΏΝ ΣΥΜΠΛΕΚΤΏΝ ΠΟΥ ΕΝΏΝΟΝΤΑΙ ΜΕ ΤΗΝ ΕΙΣΑΓΩΓΉ ΣΤΟ ΚΆΤΩ ΑΥΛΆΚΙ ΤΟΥ DNA. ΤΑ ΣΎΜΠΛΟΚΑ ΑΥΤΆ ΣΥΝΔΥΆΖΟΥΝ ΤΗΝ ΕΠΙΛΕΚΤΙΚΌΤΗΤΑ ΑΛΛΗΛΟΥΧΊΑΣ ΤΟΥ BISBENZAMIDINAS ΜΕ ΤΙΣ ΔΥΝΑΤΌΤΗΤΕΣ ΣΧΕΔΙΑΣΜΟΎ ΚΑΙ ΔΙΑΜΌΡΦΩΣΗΣ ΤΩΝ ΙΔΙΟΤΉΤΩΝ ΠΟΥ ΠΡΟΣΦΈΡΟΥΝ ΤΑ ΜΕΤΑΛΛΙΚΆ ΣΎΜΠΛΟΚΑ. ΣΤΟ ΊΔΙΟ WP ΘΑ ΜΕΛΕΤΉΣΟΥΜΕ ΕΠΊΣΗΣ OLIGOMEROS ΤΟΥ BISBENZAMIDINAS, ΤΑ ΟΠΟΊΑ ΔΕΊΧΝΟΥΝ ΣΥΝΕΡΓΑΤΙΚΈΣ ΕΠΙΔΡΆΣΕΙΣ ΣΤΗΝ ΑΝΑΓΝΏΡΙΣΗ ΤΟΥ DNA ΤΟΥΣ ΚΑΙ ΘΑ ΜΠΟΡΟΎΣΑΝ ΝΑ ΔΕΣΜΕΥΤΟΎΝ ΣΕ ΕΠΑΝΑΛΑΜΒΑΝΌΜΕΝΕΣ ΑΛΛΗΛΟΥΧΊΕΣ ΓΟΝΙΔΙΩΜΑΤΙΚΟΎ DNA ΠΟΥ ΣΧΕΤΊΖΟΝΤΑΙ ΜΕ ΟΡΙΣΜΈΝΕΣ ΕΚΦΥΛΙΣΤΙΚΈΣ ΑΣΘΈΝΕΙΕΣ, ΑΚΌΜΗ ΚΑΙ ΝΑ ΒΡΟΥΝ ΕΦΑΡΜΟΓΈΣ ΌΠΩΣ ΠΑΡΆΓΟΝΤΕΣ ΓΙΑ ΤΗ ΣΎΛΛΗΨΗ ΤΟΥ ΚΥΚΛΟΦΟΡΟΎΝΤΟΣ DNA. ΑΠΌ ΤΗΝ ΆΛΛΗ ΠΛΕΥΡΆ, ΟΙ ΕΡΓΑΣΊΕΣ ΠΟΥ ΚΑΛΎΠΤΟΝΤΑΙ ΑΠΌ ΤΟ WP1.2 ΠΡΟΤΕΊΝΟΥΝ ΤΗ ΜΕΛΈΤΗ ΤΩΝ ΙΔΙΟΤΉΤΩΝ ΤΩΝ ΥΠΕΡΜΟΡΙΑΚΏΝ ΔΙΜΕΤΑΛΛΙΚΏΝ ΣΥΜΠΛΟΚΏΝ (HELICATOS) ΤΑ ΟΠΟΊΑ, ΠΑΡΆ ΤΙΣ ΕΛΠΙΔΟΦΌΡΟΥΣ ΙΔΙΌΤΗΤΈΣ ΤΟΥΣ, ΔΕΝ ΈΧΟΥΝ ΑΚΌΜΗ ΑΝΑΠΤΥΧΘΕΊ ΩΣ ΕΝΑΛΛΑΚΤΙΚΈΣ ΛΎΣΕΙΣ ΑΝΤΊ ΤΩΝ ΠΑΡΑΓΌΝΤΩΝ ΠΟΥ ΧΡΗΣΙΜΟΠΟΙΟΎΝΤΑΙ ΣΉΜΕΡΑ ΣΤΗ ΧΗΜΕΙΟΘΕΡΑΠΕΊΑ ΛΌΓΩ ΕΝ ΜΈΡΕΙ ΤΩΝ ΠΡΟΒΛΗΜΆΤΩΝ ΠΟΥ ΣΥΝΔΈΟΝΤΑΙ ΜΕ ΤΗ ΣΎΝΘΕΣΉ ΤΟΥΣ. ΘΑ ΕΦΑΡΜΌΣΟΥΜΕ ΤΗ ΣΥΝΘΕΤΙΚΉ ΣΤΡΑΤΗΓΙΚΉ ΠΟΥ ΑΝΑΠΤΎΧΘΗΚΕ ΣΤΗΝ ΟΜΆΔΑ ΜΑΣ ΓΙΑ ΤΗΝ ΕΞΕΡΕΎΝΗΣΗ ΤΟΥ ΛΕΙΤΟΥΡΓΙΚΟΎ/ΔΟΜΙΚΟΎ/ΧΗΜΙΚΟΎ ΧΏΡΟΥ ΤΩΝ ΕΙΔΏΝ ΑΥΤΏΝ ΚΑΙ ΤΗ ΒΕΛΤΙΣΤΟΠΟΊΗΣΗ ΤΩΝ ΒΙΟΛΟΓΙΚΏΝ ΤΟΥΣ ΙΔΙΟΤΉΤΩΝ. _x000D_ WP2 — BOTTOM-UP DESIGN OF OLIGOMERICAL Miniproteins. ΣΕ ΑΥΤΌ ΤΟ WP ΕΠΩΦΕΛΟΎΜΑΣΤΕ ΑΠΌ ΤΗ ΔΟΜΙΚΉ ΑΠΛΌΤΗΤΑ ΤΩΝ ΣΥΜΜΕΤΡΙΚΏΝ OLIGOPROTEINS ΓΙΑ ΝΑ ΣΥΝΔΥΆΣΟΥΜΕ ΠΡΩΤΕΪΝΙΚΆ ΣΥΣΤΉΜΑΤΑ ΥΨΗΛΉΣ ΛΕΙΤΟΥΡΓΙΚΉΣ ΠΟΛΥΠΛΟΚΌΤΗΤΑΣ ΜΕ ΤΗΝ ΑΠΛΌΤΗΤΑ ΤΗΣ ΣΎΝΘΕΣΗΣ ΣΤΕΡΕΏΝ ΦΆΣΕΩΝ ΤΩΝ ΠΕΠΤΙΔΊΩΝ. ΈΧΟΥΜΕ ΟΡΓΑΝΏΣΕΙ ΑΥΤΌ ΤΟ WP ΣΕ ΔΎΟ ΔΙΑΦΟΡΕΤΙΚΈΣ ΕΡΓΑΣΊΕΣ, ΣΎΜΦΩΝΑ ΜΕ ΤΟ ΕΠΙΛΕΓΜΈΝΟ ΣΎΣΤΗΜΑ OLIGOMERICO ΚΑΙ ΠΙΘΑΝΈΣ ΕΦΑΡΜΟΓΈΣ. ΣΤΟ WP2.1 ΘΑ ΟΡΙΟΘΕΤΉΣΟΥΜΕ ΤΙΣ ΔΥΝΑΤΌΤΗΤΕΣ ΜΙΑΣ ΜΙΚΡΉΣ ΙΟΓΕΝΟΎΣ ΠΡΩΤΕΪ́ΝΗΣ HOMOTRIMERICA, ΤΗΣ T4 FIBRITIN FOLDON (T4FF), ΩΣ ΔΟΜΙΚΉΣ ΥΠΟΣΤΉΡΙΞΗΣ ΓΙΑ ΤΟ ΣΧΕΔΙΑΣΜΌ ΠΡΩΤΕΪΝΏΝ. ΠΙΟ ΣΥΓΚΕΚΡΙΜΈΝΑ, ΘΑ ΤΡΟΠΟΠΟΙΉΣΟΥΜΕ ΤΙΣ ΑΛΛΗΛΕΠΙΔΡΆΣΕΙΣ ΜΕΤΑΞΎ ΤΩΝ ΤΟΜΈΩΝ ΓΙΑ ΝΑ ΑΠΟΚΤΉΣΟΥΜΕ HETEROTRIMERS. ΘΑ ΤΡΟΠΟΠΟΙΉΣΟΥΜΕ ΤΟΝ ΠΥΡΉΝΑ HIDROFOBICO ΓΙΑ ΝΑ ΑΠΟΚΤΉΣΟΥΜΕ ΦΘΟΡΊΖΟΥΣΕΣ ΕΤΙΚΈΤΕΣ ΚΑΙ ΣΚΙΑΓΡΑΦΙΚΆ ΜΈΣΑ ΓΙΑ ΜΑΓΝΗΤΙΚΉ ΤΟΜΟΓΡΑΦΊΑ, ΚΑΙ ΘΑ ΔΙΕΡΕΥΝΉΣΟΥΜΕ ΤΗΝ ΕΦΑΡΜΟΓΉ ΣΥΝΔΥΑΣΤΙΚΏΝ ΒΙΒΛΙΟΘΗΚΏΝ ΓΙΑ ΝΑ ΑΝΑΚΑΛΎΨΟΥΜΕ ΔΈΚΤΕΣ ΥΨΗΛΉΣ ΣΥΓΓΈΝΕΙΑΣ ΜΕ ΒΙΟΤΕΧΝΟΛΟΓΙΚΈΣ ΕΦΑΡΜΟΓΈΣ. ΣΤΟ WP2.2 ΘΑ ΜΕΛΕΤΉΣΟΥΜΕ ΤΙΣ ΠΡΩΤΕΪ́ΝΕΣ HEXAMERICAS, ΈΤΣΙ ΏΣΤΕ ΜΈΣΩ ΤΗΣ ΟΡΘΟΛΟΓΙΚΉΣ ΤΡΟΠΟΠΟΊΗΣΗΣ ΤΩΝ ΜΟΝΆΔΩΝ MONOMERICAS ΝΑ ΜΠΟΡΟΎΝ ΝΑ ΛΑΜΒΆΝΟΝΤΑΙ ΠΡΩΤΕΪ́ΝΕΣ ΓΙΑ ΣΥΓΚΕΚΡΙΜΈΝΕΣ ΕΦΑΡΜΟΓΈΣ, ΌΠΩΣ Η ΈΝΩΣΗ ΝΑΝΟΣΩΛΉΝΩΝ, Η ΜΕΤΑΛΛΙΚΉ ΚΑΤΆΛΥΣΗ, Η ΈΝΩΣΗ ΣΕ ΜΕΜΒΡΆΝΕΣ Κ.ΛΠ. (Greek)
17 August 2022
0 references
DEN FÆLLES IDÉ MED DETTE FORSLAG ER UDVIKLING AF PEPTIDVÆRKTØJER TIL SPECIFIK BIOMOLEKYLÆR GENKENDELSE. DETTE GENERELLE KONCEPT INDGÅR I TO KOMPLEMENTÆRE OPGAVER MED FOKUS PÅ FORSKELLIGE MOLEKYLÆRE MÅL OG MÅL. WP1 ER I DET VÆSENTLIGE EN FORTSÆTTELSE AF VORES TIDLIGERE PROJEKT CTQ2012-31341, DER FOKUSERER PÅ UDVIKLING AF NYE EU-AGENSER TIL DNA, HERUNDER SELVSAMLEDE METALOPEPTIDOS (HELICATOS PEPTIDICOS) OG SMÅ MOLEKYLER; WP2 BESKRIVER EN NY SERIE AF ARBEJDE, DER KOMBINERER VORES ERFARING INDEN FOR SUPRAMOLEKULÆR KEMI, PEPTID DESIGN OG BIOMOLEKYLÆR GENKENDELSE MED DYNAMISKE KOMBINATORISK KEMI (DCC) METODER. Vores OBJECTIVE I DENNE WP er at udvise det olygomeriske miniprotein DCC til udvælgelse af højafinitetsreceptorer, der ligner antidomestere, og identifikation af selvsamlede PROTEINS med funcionality WP._x000D_ WP1 — Anerkendelse af DNA med koordineringskomponeringer og små moleculas. DENNE ARBEJDSGRUPPE ER ORGANISERET I TO OPGAVER: DEN FØRSTE (WP1.1) FOKUSERER PÅ UNDERSØGELSEN AF KOORDINATIONSKOMPLEKSER AFLEDT AF BISBENZAMIDINAS, SOM DE FØRSTE EKSEMPLER PÅ METALKOMPLEKSER, DER FORBINDES VED INDSÆTTELSE I DEN NEDRE RILLE AF DNA. DISSE KOMPLEKSER KOMBINERER SEKVENSSELEKTIVITETEN AF BISBENZAMIDINAS MED MULIGHEDERNE FOR DESIGN OG GRADUERING AF EGENSKABER, DER TILBYDES AF METALKOMPLEKSER. I SAMME WP VIL VI OGSÅ STUDERE OLIGOMEROS AF BISBENZAMIDINAS, SOM VISER SAMARBEJDSEFFEKTER PÅ DERES DNA-GENKENDELSE OG KAN BINDE SIG TIL GENTAGNE SEKVENSER AF GENOMISK DNA, DER ER RELEVANTE I NOGLE DEGENERATIVE SYGDOMME, OG ENDDA FINDE ANVENDELSER SÅSOM AGENSER TIL AT FANGE CIRKULERENDE DNA. PÅ DEN ANDEN SIDE FORESLÅR DE OPGAVER, DER ER OMFATTET AF WP1.2, EN UNDERSØGELSE AF EGENSKABERNE VED SUPRAMOLEKULÆRE BIMETALKOMPLEKSER (HELICATOS), SOM PÅ TRODS AF DERES LOVENDE EGENSKABER ENDNU IKKE ER UDVIKLET SOM ALTERNATIVER TIL STOFFER, DER I ØJEBLIKKET ANVENDES I KEMOTERAPI, DELVIS PÅ GRUND AF DE PROBLEMER, DER ER FORBUNDET MED DERES SYNTESE. VI VIL ANVENDE DEN SYNTETISKE STRATEGI, DER ER UDVIKLET I VORES GRUPPE, TIL UDFORSKNING AF DISSE ARTERS FUNKTIONELLE/STRUKTURELLE/KEMISKE RUM OG OPTIMERING AF DERES BIOLOGISKE EGENSKABER. _x000D_ WP2 — BOTTOM-UP DESIGN af OLIGOMERICAL Miniproteiner. I DENNE WP UDNYTTER VI DEN STRUKTURELLE ENKELHED AF SYMMETRISKE OLIGOPROTEINS TIL AT KOMBINERE PROTEINSYSTEMER AF HØJ FUNKTIONEL KOMPLEKSITET MED ENKELHEDEN AF DEN FASTE FASE SYNTESE AF PEPTIDER. VI HAR ORGANISERET DENNE WP I TO FORSKELLIGE OPGAVER, I HENHOLD TIL DET VALGTE OLIGOMERICO SYSTEM OG POTENTIELLE APPLIKATIONER. I WP2.1 AFGRÆNSER VI POTENTIALET I ET LILLE HOMOTRIMERICA VIRAL PROTEIN, T4 FIBRITIN FOLDON (T4FF), SOM EN STRUKTUREL STØTTE TIL PROTEINDESIGN. MERE SPECIFIKT VIL VI ÆNDRE SAMSPILLET MELLEM DOMÆNERNE FOR AT OPNÅ HETEROTRIMERS; VI VIL ÆNDRE HIDROFOBICO KERNE FOR AT OPNÅ FLUORESCERENDE TAGS OG KONTRASTMIDLER TIL MRI, OG UDFORSKE ANVENDELSEN AF KOMBINATORISKE BIBLIOTEKER TIL AT OPDAGE HØJ AFFINITET RECEPTORER MED BIOTEKNOLOGISKE APPLIKATIONER. I WP2.2 VIL VI UNDERSØGE HEXAMERICAS-PROTEINER, SÅLEDES AT DER GENNEM EN RATIONEL ÆNDRING AF MONOMERICAS-ENHEDERNE KAN OPNÅS PROTEINER TIL SPECIFIKKE ANVENDELSER, SÅSOM UNIONEN AF NANORØR, METALKATALYSE, UNION TO MEMBRANER OSV. (Danish)
17 August 2022
0 references
EHDOTUKSEN YHDISTÄVÄNÄ AJATUKSENA ON KEHITTÄÄ PEPTIDIVÄLINEITÄ BIOMOLEKYYLIEN ERITYISTÄ TUNNUSTAMISTA VARTEN. TÄMÄ YLEISKÄSITE KOOSTUU KAHDESTA TOISIAAN TÄYDENTÄVÄSTÄ TEHTÄVÄSTÄ (WP), JOISSA KESKITYTÄÄN ERILAISIIN MOLEKYYLITAVOITTEISIIN JA -TAVOITTEISIIN. WP1 ON PÄÄASIASSA JATKOA AIEMMALLE HANKKEELLEMME CTQ2012–31341, JOSSA KESKITYTTIIN KEHITTÄMÄÄN DNA:LLE UUSIA UNIONIN AINEITA, MUKAAN LUKIEN ITSE KOOTTU METALOPEPTIDOS (HELICATOS PEPTIDICOS) JA PIENET MOLEKYYLIT; WP2 KUVAA UUTTA TYÖLINJAA, JOSSA YHDISTYVÄT KOKEMUKSEMME SUPRAMOLEKULAARISESTA KEMIASTA, PEPTIDISUUNNITTELUSTA JA BIOMOLEKYYLITUNNISTUKSESTA DYNAAMISIIN KOMBINATORISEN KEMIAN (DCC) MENETELMIIN. Meidän tehtävämme tässä WP on karkottaa Olygomerical miniproteiini DCC valinta korkean afinity reseptoreihin samanlainen anti-domesters, ja tunnistaminen itse koottu PROTEINS WITH funcionality WP._x000D_ WP1 – Tunnus DNA koordinointi säveltää ja pieniä molekyylejä. TYÖRYHMÄ KOOSTUU KAHDESTA TEHTÄVÄSTÄ: ENSIMMÄISESSÄ (WP1.1) KESKITYTÄÄN BISBENZAMIDINAS-VALMISTEESTA JOHDETTUJEN KOORDINOINTIKOMPLEKSIEN TUTKIMUKSEEN ENSIMMÄISINÄ ESIMERKKEINÄ METALLIKOMPLEKSEISTA, JOTKA LIITTYVÄT DNA:N ALEMMAEN URAAN. NÄISSÄ KOMPLEKSEISSA YHDISTYVÄT BISBENZAMIDINASIN SEKVENSSIN VALIKOIVUUS METALLIKOMPLEKSIEN TARJOAMIEN OMINAISUUKSIEN SUUNNITTELUUN JA MUKAUTTAMISEEN. TÄSSÄ SAMASSA TYÖRYHMÄSSÄ TUTKIMME MYÖS BISBENZAMIDINASIN OLIGOMEROSIA, JOKA OSOITTAA YHTEISVAIKUTUSTA NIIDEN DNA-TUNNISTUKSEEN JA SAATTAA SITOUTUA TOISTUVIIN GENOMISEN DNA:N SEKVENSSEIHIN JOILLAKIN RAPPEUTUMISSAIRAUKSILLA, JA JOPA LÖYTÄÄ SOVELLUKSIA, KUTEN AINEITA KIERTÄVÄN DNA:N KERÄÄMISEKSI. TOISAALTA WP1.2:N KATTAMISSA TEHTÄVISSÄ EHDOTETAAN, ETTÄ TUTKITAAN SUPRAMOLEKULAARISTEN BIMETAALIKOMPLEKSIEN (HELICATOS) OMINAISUUKSIA, JOITA EI OLE VIELÄ KEHITETTY VAIHTOEHTOINA SOLUNSALPAAJAHOIDOSSA NYKYISIN KÄYTETTÄVILLE AINEILLE NIIDEN LUPAAVISTA OMINAISUUKSISTA HUOLIMATTA OSITTAIN NIIDEN SYNTEESIIN LIITTYVIEN ONGELMIEN VUOKSI. KÄYTÄMME RYHMÄSSÄMME KEHITETTYÄ SYNTEETTISTÄ STRATEGIAA NÄIDEN LAJIEN TOIMINNALLISEN/RAKENTEELLISEN/KEMIALLISEN TILAN TUTKIMISEEN JA NIIDEN BIOLOGISTEN OMINAISUUKSIEN OPTIMOINTIIN. _x000D_ WP2 – BOTTOM-UP DESIGN OF OLIGOMERICAL Miniproteiinit. TÄSSÄ WP HYÖDYNNÄMME RAKENTEELLISTA YKSINKERTAISUUTTA SYMMETRINEN OLIGOPROTEINS YHDISTÄÄ PROTEIINIJÄRJESTELMÄT SUURI TOIMINNALLINEN MONIMUTKAISUUS JA YKSINKERTAISUUS KIINTEÄN VAIHEEN SYNTEESI PEPTIDIEN. OLEMME JÄRJESTÄNEET TÄMÄN TYÖOHJELMAN KAHTEEN ERI TEHTÄVÄÄN VALITUN OLIGOMERICO-JÄRJESTELMÄN JA MAHDOLLISTEN SOVELLUSTEN MUKAISESTI. VUONNA WP2.1 RAJAAMME MAHDOLLISUUDET PIENI HOMOTRIMERICA VIRUSPROTEIINI, T4 FIBRITIN FOLDON (T4FF), RAKENTEELLISENA TUKENA PROTEIININ SUUNNITTELU. TARKEMMIN SANOTTUNA MUOKKAAMME VERKKOTUNNUSTEN VÄLISTÄ VUOROVAIKUTUSTA HETEROTRIMERS-JÄRJESTELMÄN SAAMISEKSI; MUUTAMME HIDROFOBICO YDIN SAADA FLUORESOIVA TUNNISTEET JA KONTRASTI AINEITA MRI, JA TUTKIA SOVELTAMISTA KOMBINATORIAL KIRJASTOT LÖYTÄÄ KORKEA AFFINITEETTI RESEPTOREJA BIOTEKNOLOGISIA SOVELLUKSIA. WP2.2:SSA TUTKITAAN HEXAMERICAS-PROTEIINEJA, JOTTA MONOMERICAS-YKSIKÖIDEN JÄRKEVÄLLÄ MUUTOKSELLA VOIDAAN HANKKIA PROTEIINEJA TIETYISSÄ SOVELLUKSISSA, KUTEN NANOPUTKIEN UNIONISSA, METALLIKATALYYSISSÄ, UNIONIN KALVOISSA JNE. (Finnish)
17 August 2022
0 references
L-IDEA LI TGĦAQQAD DIN IL-PROPOSTA HIJA L-IŻVILUPP TA’ GĦODOD PEPTIDIĊI GĦAL RIKONOXXIMENT BIJOMOLEKULARI SPEĊIFIKU. DAN IL-KUNĊETT ĠENERALI HUWA INKORPORAT F’ŻEWĠ KOMPITI KOMPLEMENTARI (WP) IFFUKATI FUQ MIRI U MIRI MOLEKOLARI DIFFERENTI. IL-WP1 HUWA ESSENZJALMENT IL-KONTINWAZZJONI TAL-PROĠETT PREĊEDENTI TAGĦNA CTQ2012–31341, IFFUKAT FUQ L-IŻVILUPP TA’ AĠENTI ĠODDA TAL-UNJONI GĦAD-DNA, INKLUŻ METALOPEPTIDOS IMMUNTAT MILL-PERSUNA NNIFISHA (HELICATOS PEPTIDICOS) U MOLEKULI ŻGĦAR; WP2 JIDDESKRIVI LINJA ĠDIDA TA ‘XOGĦOL LI TGĦAQQAD L-ESPERJENZA TAGĦNA FIL-KIMIKA SUPRAMOLEKULARI, ID-DISINN TAL-PEPTIDE U R-RIKONOXXIMENT BIJOMOLEKULARI B’METODI TA’ KIMIKA RIKOMBINANTI DINAMIKA (DCC). L-OBJETTIVA TIEGĦEK F’dan il-WP huwa li tkeċċi d-DCC tal-miniproteina Olygomerical għall-għażla ta’ riċetturi ta’ finità għolja simili għall-anti-domesteri, u l-identifikazzjoni ta’ PROTEINS WITH funcionality immuntati minnhom infushom WP._x000D_ WP1 — Rikonoxximent ta’ DNA b’kompożizzjonijiet ta’ koordinazzjoni u molekuli żgħar. DAN IL-GRUPP TA’ ĦIDMA HUWA ORGANIZZAT F’ŻEWĠ KOMPITI; L-EWWEL (WP1.1) JIFFOKA FUQ L-ISTUDJU TAL-KUMPLESSI TA’ KOORDINAZZJONI DERIVATI MINN BISBENZAMIDINAS, BĦALA L-EWWEL EŻEMPJI TA’ KUMPLESSI TAL-METALL LI JINGĦAQDU BILLI JIDDAĦĦLU FIL-KANAL TA’ ISFEL TAD-DNA. DAWN IL-KUMPLESSI JIKKOMBINAW IS-SELETTIVITÀ TAS-SEKWENZA TA’ BISBENZAMIDINAS MAL-OPPORTUNITAJIET GĦAD-DISINN U L-MODULAZZJONI TAL-PROPRJETAJIET OFFRUTI MILL-KUMPLESSI TAL-METALL. F’DAN L-ISTESS WP SE NISTUDJAW UKOLL OLIGOMEROS TA’ BISBENZAMIDINAS, LI JURU EFFETTI KOOPERATTIVI FUQ IR-RIKONOXXIMENT TAD-DNA TAGĦHOM U LI JISTGĦU JORBTU MA’ SEKWENZI RIPETUTI TA’ DNA ĠENOMIKA RILEVANTI F’XI MARD DEĠENERATTIV, U ANKE JSIBU APPLIKAZZJONIJIET BĦAL AĠENTI BIEX JAQBDU DNA LI JIĊĊIRKOLA. MIN-NAĦA L-OĦRA, IL-KOMPITI KOPERTI MILL-WP1.2 JIPPROPONU L-ISTUDJU TAL-PROPRJETAJIET TAL-KUMPLESSI SUPRAMOLEKULARI BIMETALIĊI (HELICATOS) LI, MINKEJJA L-PROPRJETAJIET PROMETTENTI TAGĦHOM, GĦADHOM MA ĠEWX ŻVILUPPATI BĦALA ALTERNATTIVI GĦAL SUSTANZI LI BĦALISSA JINTUŻAW FIL-KIMOTERAPIJA MINĦABBA PARZJALMENT IL-PROBLEMI ASSOĊJATI MAS-SINTESI TAGĦHOM. SE NAPPLIKAW L-ISTRATEĠIJA SINTETIKA ŻVILUPPATA FIL-GRUPP TAGĦNA GĦALL-ESPLORAZZJONI TAL-ISPAZJU FUNZJONALI/STRUTTURALI/KIMIKU TA’ DAWN L-ISPEĊIJIET U L-OTTIMIZZAZZJONI TAL-PROPRJETAJIET BIJOLOĠIĊI TAGĦHOM. _x000D_ WP2 — BOTTOM-UP DESIGN TAL-Miniproteini OLIGOMERICALI. F’DAN IL-WP NIEĦDU VANTAĠĠ MIS-SEMPLIĊITÀ STRUTTURALI TA’ OLIGOPROTEINS SIMETRIĊI BIEX NGĦAQQDU SISTEMI TA’ PROTEINI TA’ KUMPLESSITÀ FUNZJONALI GĦOLJA MAS-SEMPLIĊITÀ TAS-SINTESI TAL-FAŻI SOLIDA TAL-PEPTIDI. ORGANIZZAJNA DAN IL-GRUPP TA’ ĦIDMA F’ŻEWĠ KOMPITI DIFFERENTI, SKONT IS-SISTEMA OLIGOMERICO MAGĦŻULA U L-APPLIKAZZJONIJIET POTENZJALI. FIL-WP2.1 SE NIDDELIMITAW IL-POTENZJAL TA’ PROTEINA VIRALI ŻGĦIRA HOMOTRIMERICA, IT-TINJA T4 FIBRITIN (T4FF), BĦALA APPOĠĠ STRUTTURALI GĦAD-DISINN TAL-PROTEINA. B’MOD AKTAR SPEĊIFIKU, AĦNA SE TIMMODIFIKA L-INTERAZZJONIJIET BEJN L-OQSMA BIEX JIKSBU HETEROTRIMERS; AĦNA SE TIMMODIFIKA L-NUKLEU HIDROFOBICO BIEX JIKSBU TAGS FLUWOREXXENTI U AĠENTI TA ‘KUNTRAST GĦALL-MRI, U TESPLORA L-APPLIKAZZJONI TA’ LIBRERIJI KOMBINATORIAL BIEX JISKOPRU RIĊETTURI TA ‘AFFINITÀ GĦOLJA MA’ APPLIKAZZJONIJIET BIJOTEKNOLOĠIĊI. FIL-WP2.2 SE NISTUDJAW IL-PROTEINI HEXAMERICAS, SABIEX PERMEZZ TAL-MODIFIKA RAZZJONALI TAL-UNITAJIET TAL-MONOMERICAS, IL-PROTEINI JKUNU JISTGĦU JINKISBU GĦAL APPLIKAZZJONIJIET SPEĊIFIĊI, BĦALL-UNJONI TAN-NANOTUBI, KATALIŻI TAL-METALL, UNJONI GĦALL-MEMBRANI, EĊĊ. (Maltese)
17 August 2022
0 references
ŠĀ PRIEKŠLIKUMA VIENOJOŠĀ IDEJA IR PEPTĪDU INSTRUMENTU IZSTRĀDE SPECIFISKAI BIOMOLEKULĀRAI ATPAZĪŠANAI. ŠĪ VISPĀRĒJĀ KONCEPCIJA IR IETVERTA DIVOS SAVSTARPĒJI PAPILDINOŠOS UZDEVUMOS, KAS VĒRSTI UZ DAŽĀDIEM MOLEKULĀRIEM MĒRĶIEM UN MĒRĶIEM. WP1 BŪTĪBĀ IR TURPINĀJUMS MŪSU IEPRIEKŠĒJAM PROJEKTAM CTQ2012–31341, KAS VĒRSTS UZ JAUNU SAVIENĪBAS AĢENTU IZSTRĀDI DNS, TOSTARP PAŠKOMPLEKTĒTU METALOPEPTIDOS (HELICATOS PEPTIDICOS) UN MAZU MOLEKULU IZSTRĀDI; WP2 APRAKSTA JAUNU DARBA LĪNIJU, KAS APVIENO MŪSU PIEREDZI SUPRAMOLEKULĀRĀS ĶĪMIJAS, PEPTĪDU DIZAINA UN BIOMOLEKULĀRĀS ATPAZĪŠANAS JOMĀ AR DINAMISKĀM KOMBINATORISKĀS ĶĪMIJAS (DCC) METODĒM. Mūsu MĒRĶIS ŠIS WP ir izraidīt Olygomerical miniproteīnu DCC, lai atlasītu augstas precizitātes receptorus, kas līdzīgi antidomesteriem, un identificētu pašsamontētus PROTEINS ar funcionalitāti WP._x000D_ WP1 — DNS atpazīšana ar koordinācijas kompozēm un mazām molekulām. ŠĪ DARBA GRUPA IR ORGANIZĒTA DIVOS UZDEVUMOS: PIRMAIS (WP1.1) KONCENTRĒJAS UZ PĒTĪJUMU PAR KOORDINĀCIJAS KOMPLEKSIEM, KAS IEGŪTI NO BISBENZAMIDINAS, KĀ PIRMAJIEM METĀLA KOMPLEKSU PIEMĒRIEM, KAS SAVIENOTI, IEVIETOJOT DNS APAKŠĒJĀ RIEVĀ. ŠIE KOMPLEKSI APVIENO SECĪBAS SELEKTIVITĀTI BISBENZAMIDINAS AR IESPĒJĀM PROJEKTĒT UN MODULĒT ĪPAŠĪBAS, KO PIEDĀVĀ METĀLA KOMPLEKSI. ŠAJĀ PAŠĀ DARBA GRUPĀ MĒS ARĪ PĒTĪSIM BISBENZAMIDINAS OLIGOMEROS, KAS UZRĀDA KOOPERATĪVU IETEKMI UZ DNS ATPAZĪŠANU UN VAR SAISTĪT AR ATKĀRTOTĀM GENOMISKĀS DNS SEKVENCĒM, KAS SAISTĪTAS AR DAŽĀM DEĢENERATĪVĀM SLIMĪBĀM, UN PAT ATRAST TĀDUS LIETOJUMUS KĀ AĢENTI CIRKULĒJOŠĀS DNS UZTVERŠANAI. NO OTRAS PUSES, WP1.2 APTVERTIE UZDEVUMI PIEDĀVĀ PĒTĪJUMU PAR SUPRAMOLEKULĀRO BIMETALISKO KOMPLEKSU (HELICATOS) ĪPAŠĪBĀM, KURI, NERAUGOTIES UZ TO DAUDZSOLOŠAJĀM ĪPAŠĪBĀM, VĒL NAV IZSTRĀDĀTI KĀ ALTERNATĪVAS VIELĀM, KO PAŠLAIK IZMANTO ĶĪMIJTERAPIJĀ, DAĻĒJI TĀPĒC, KA IR PROBLĒMAS, KAS SAISTĪTAS AR TO SINTĒZI. MĒS PIEMĒROSIM MŪSU GRUPĀ IZSTRĀDĀTO SINTĒTISKO STRATĒĢIJU ŠO SUGU FUNKCIONĀLĀS/STRUKTURĀLĀS/ĶĪMISKĀS TELPAS IZPĒTEI UN TO BIOLOĢISKO ĪPAŠĪBU OPTIMIZĀCIJAI. _x000D_ WP2 — OLIGOMERICAL Miniproteīnu BOTTOM-UP DESIGN. ŠAJĀ DARBA GRUPĀ MĒS IZMANTOJAM SIMETRISKO OLIGOPROTEINS STRUKTURĀLO VIENKĀRŠĪBU, LAI APVIENOTU AUGSTAS FUNKCIONĀLĀS SAREŽĢĪTĪBAS OLBALTUMVIELU SISTĒMAS AR PEPTĪDU CIETĀS FĀZES SINTĒZES VIENKĀRŠĪBU. MĒS ESAM ORGANIZĒJUŠI ŠO DARBA GRUPU DIVOS DAŽĀDOS UZDEVUMOS SASKAŅĀ AR IZVĒLĒTO OLIGOMERICO SISTĒMU UN POTENCIĀLAJIEM LIETOJUMIEM. WP2.1 MĒS NOROBEŽOSIM MAZA HOMOTRIMERICA VĪRUSA PROTEĪNA T4 FIBRITIN FOLDON (T4FF) POTENCIĀLU KĀ STRUKTURĀLU ATBALSTU OLBALTUMVIELU DIZAINAM. KONKRĒTĀK, MĒS MAINĪSIM MIJIEDARBĪBU STARP JOMĀM, LAI IEGŪTU HETEROTRIMERS; MĒS PĀRVEIDOSIM HIDROFOBICO KODOLU, LAI IEGŪTU FLUORESCĒJOŠOS TAGUS UN KONTRASTVIELAS MRI, UN IZPĒTĪSIM KOMBINĒTO BIBLIOTĒKU PIELIETOJUMU, LAI ATKLĀTU AUGSTAS AFINITĀTES RECEPTORUS AR BIOTEHNOLOĢISKIEM LIETOJUMIEM. WP2.2 MĒS PĒTĪSIM HEXAMERICAS PROTEĪNUS, LAI, RACIONĀLI PĀRVEIDOJOT MONOMERICAS VIENĪBAS, OLBALTUMVIELAS VARĒTU IEGŪT KONKRĒTIEM LIETOJUMIEM, PIEMĒRAM, NANOCAURULĪŠU SAVIENĪBAI, METĀLA KATALĪZEI, SAVIENĪBAS MEMBRĀNĀM UTT. (Latvian)
17 August 2022
0 references
ZJEDNOCUJÚCIM MYŠLIENKOU TOHTO NÁVRHU JE VÝVOJ PEPTIDOVÝCH NÁSTROJOV NA ŠPECIFICKÉ BIOMOLEKULÁRNE ROZPOZNÁVANIE. TÁTO VŠEOBECNÁ KONCEPCIA JE ZAKOTVENÁ V DVOCH KOMPLEMENTÁRNYCH ÚLOHÁCH (WP) ZAMERANÝCH NA RÔZNE MOLEKULÁRNE CIELE A CIELE. WP1 JE V PODSTATE POKRAČOVANÍM NÁŠHO PREDCHÁDZAJÚCEHO PROJEKTU CTQ2012 – 31341, ZAMERANÉHO NA VÝVOJ NOVÝCH ČINITEĽOV ÚNIE PRE DNA VRÁTANE SAMOZHROMAŽDENÝCH METALOPEPTIDOS (HELICATOS PEPTIDICOS) A MALÝCH MOLEKÚL; WP2 OPISUJE NOVÝ RAD PRÁC, KTORÝ KOMBINUJE NAŠE SKÚSENOSTI V OBLASTI SUPRAMOLEKULÁRNEJ CHÉMIE, PEPTIDOVÉHO DIZAJNU A BIOMOLEKULÁRNEHO ROZPOZNÁVANIA S DYNAMICKOU KOMBINOVANOU CHÉMIOU (DCC). Náš OBJECTÍV V tomto WP je vyhostiť Olygomerický miniproteín DCC pre výber receptorov s vysokým rozlíšením podobných anti-domesterom a identifikáciu samozhromaždených PROTEINS S funcionalitou WP._x000D_ WP1 – Uznávanie DNA s koordinačnými komposes a malými molekulami. TÁTO PRACOVNÁ SKUPINA JE ROZDELENÁ DO DVOCH ÚLOH: PRVÝ (WP1.1) SA ZAMERIAVA NA ŠTÚDIUM KOORDINAČNÝCH KOMPLEXOV ODVODENÝCH Z BISBENZAMIDINAS, AKO PRVÉ PRÍKLADY KOVOVÝCH KOMPLEXOV, KTORÉ SÚ SPOJENÉ VLOŽENÍM DO SPODNEJ DRÁŽKY DNA. TIETO KOMPLEXY KOMBINUJÚ SEKVENČNÚ SELEKTIVITU BISBENZAMIDINAS S MOŽNOSŤAMI DIZAJNU A MODULÁCIE VLASTNOSTÍ, KTORÉ PONÚKAJÚ KOVOVÉ KOMPLEXY. V TOM ISTOM WP BUDEME ŠTUDOVAŤ AJ OLIGOMEROS BISBENZAMIDINAS, KTORÝ VYKAZUJE KOOPERATÍVNE ÚČINKY NA ICH ROZPOZNÁVANIE DNA A MÔŽE SA VIAZAŤ NA OPAKOVANÉ SEKVENCIE GENÓMOVEJ DNA RELEVANTNÉ PRI NIEKTORÝCH DEGENERATÍVNYCH OCHORENIACH A DOKONCA NÁJSŤ APLIKÁCIE, AKO SÚ LÁTKY NA ZACHYTÁVANIE CIRKULUJÚCEJ DNA. NA DRUHEJ STRANE, ÚLOHY, NA KTORÉ SA VZŤAHUJE WP1.2, NAVRHUJÚ ŠTÚDIUM VLASTNOSTÍ SUPRAMOLEKULÁRNYCH BIMETALICKÝCH KOMPLEXOV (HELICATOS), KTORÉ NAPRIEK SVOJIM SĽUBNÝM VLASTNOSTIAM EŠTE NEBOLI VYVINUTÉ AKO ALTERNATÍVY K LÁTKAM, KTORÉ SA V SÚČASNOSTI POUŽÍVAJÚ PRI CHEMOTERAPII, ČIASTOČNE KVÔLI PROBLÉMOM SPOJENÝM S ICH SYNTÉZOU. POUŽIJEME SYNTETICKÚ STRATÉGIU VYVINUTÚ V NAŠEJ SKUPINE PRE SKÚMANIE FUNKČNÉHO/ŠTRUKTURÁLNEHO/CHEMICKÉHO PRIESTORU TÝCHTO DRUHOV A OPTIMALIZÁCIU ICH BIOLOGICKÝCH VLASTNOSTÍ. _x000D_ WP2 – BOTTOM-UP DESIGN OLIGOMERICAL miniproteínov. V TOMTO WP VYUŽÍVAME ŠTRUKTURÁLNU JEDNODUCHOSŤ SYMETRICKÝCH OLIGOPROTEINS NA KOMBINOVANIE PROTEÍNOVÝCH SYSTÉMOV S VYSOKOU FUNKČNOU KOMPLEXNOSŤOU S JEDNODUCHOSŤOU TUHEJ FÁZY SYNTÉZY PEPTIDOV. ZORGANIZOVALI SME TÚTO WP DO DVOCH RÔZNYCH ÚLOH, PODĽA VYBRANÉHO SYSTÉMU OLIGOMERICO A POTENCIÁLNYCH APLIKÁCIÍ. V WP2.1 VYMEDZÍME POTENCIÁL MALÉHO VÍRUSOVÉHO PROTEÍNU HOMOTRIMERICA, T4 FIBRITIN FOLDON (T4FF), AKO ŠTRUKTURÁLNEJ PODPORY PRE TVORBU PROTEÍNOV. PRESNEJŠIE POVEDANÉ, UPRAVÍME INTERAKCIE MEDZI DOMÉNAMI, ABY SME ZÍSKALI HETEROTRIMERS; UPRAVÍME JADRO HIDROFOBICO, ABY SME ZÍSKALI FLUORESCENČNÉ ŠTÍTKY A KONTRASTNÉ LÁTKY PRE MRI A PRESKÚMAME APLIKÁCIU KOMBINOVANÝCH KNIŽNÍC NA OBJAVOVANIE VYSOKO AFINITNÝCH RECEPTOROV S BIOTECHNOLOGICKÝMI APLIKÁCIAMI. V WP2.2 BUDEME ŠTUDOVAŤ PROTEÍNY HEXAMERICAS, ABY SA POMOCOU RACIONÁLNEJ MODIFIKÁCIE JEDNOTIEK MONOMERICAS MOHLI ZÍSKAŤ BIELKOVINY PRE ŠPECIFICKÉ APLIKÁCIE, AKO JE NAPRÍKLAD ÚNIA NANOTRUBÍC, KATALÝZA KOVOV, ÚNIA MEMBRÁN A POD. (Slovak)
17 August 2022
0 references
IS É SMAOINEAMH AONTAITHE AN TOGRA SEO UIRLISÍ PEPTIDIC A FHORBAIRT LE HAGHAIDH AITHEANTAS BITHMHÓILÍNEACH SONRACH. TÁ AN COINCHEAP GINEARÁLTA SEO CUIMSITHE IN DHÁ THASC CHOMHLÁNTACHA (WP) ATÁ DÍRITHE AR SPRIOCANNA AGUS SPRIOCANNA MÓILÍNEACHA ÉAGSÚLA. GO BUNÚSACH, TÁ WP1 AG LEANÚINT LEIS AN TIONSCADAL A BHÍ AGAINN ROIMHE SEO CTQ2012-31341, ATÁ DÍRITHE AR GHNÍOMHAIRÍ NUA DE CHUID AN AONTAIS A FHORBAIRT GO DNA, LENA N-ÁIRÍTEAR METALOPEPTIDOS FÉIN-CHÓIMEÁILTE (HELICATOS PEPTIDICOS) AGUS MÓILÍNÍ BEAGA; CUIREANN WP2 SÍOS AR LÍNE NUA OIBRE A CHOMHCHEANGLAÍONN ÁR DTAITHÍ I GCEIMIC SUPRAMOLECULAR, DEARADH PEPTIDE AGUS AITHEANTAS BITHMHÓILÍNEACH LE MODHANNA DINIMICIÚLA CEIMICE COMBINATORIAL (DCC). Is é ár OBJECTIVE I SEO WP a dhíbirt an DCC Miniprotein Olygomerical do roghnú gabhdóirí ard-finity cosúil le frith-domesters, agus aithint PROTEINS féin-chóimeáilte LE funcionality WP._x000D_ WP1 — Aitheantas DNA le composes comhordaithe agus moleculas beag. TÁ AN MHEITHEAL SEO EAGRAITHE IN DHÁ THASC; DÍRÍONN AN CHÉAD CHEANN (WP1.1) AR STAIDÉAR A DHÉANAMH AR CHOIMPLÉISC CHOMHORDÚCHÁIN A DHÍORTHAÍTEAR Ó BISBENZAMIDINAS, MAR NA CHÉAD SAMPLAÍ DE CHOIMPLÉISC MHIOTAIL A CHUIRTEAR LE CHÉILE TRÍ IAD A CHUR ISTEACH I GCROIS ÍOCHTARACH DNA. COMHCHEANGLAÍONN NA COIMPLÉISC SEO ROGHNAÍOCHT SEICHEAMH BISBENZAMIDINAS LEIS NA DEISEANNA CHUN AIRÍONNA A DHEARADH AGUS A MHODHNÚ A THAIRGEANN COIMPLÉISC MIOTAIL. SA WP CÉANNA DÉANFAIMID STAIDÉAR FREISIN OLIGOMEROS DE BISBENZAMIDINAS, A LÉIRÍONN ÉIFEACHTAÍ COMHARCHUMANN AR A N-AITHEANTAS DNA AGUS A D’FHÉADFADH CEANGAL LE SEICHIMH ARÍS AGUS ARÍS EILE DNA GÉANÓMAÍOCH ÁBHARTHA I ROINNT GALAIR DÍGHINIÚNACH, AGUS FIÚ TEACHT AR IARRATAIS AR NÓS GNÍOMHAIRÍ A GHABHÁIL DNA A SCAIPTEAR. AR AN LÁIMH EILE, MOLANN NA TASCANNA ATÁ CLÚDAITHE AG WP1.2 STAIDÉAR A DHÉANAMH AR AIRÍONNA COIMPLÉISC BIMETALACHA SUPRAMOLECULAR (HELICATOS) NACH BHFUIL FORBARTHA FÓS, IN AINNEOIN A N-AIRÍONNA GEALLTA, MAR MHALAIRT AR GHNÍOMHAIRÍ A ÚSÁIDTEAR FAOI LÁTHAIR I GCEIMITEIRIPE MAR GHEALL AR CHUID DE NA FADHBANNA A BHAINEANN LENA SINTÉIS. CUIRFIMID AN STRAITÉIS SHINTÉISEACH A FORBRAÍODH INÁR NGRÚPA I BHFEIDHM CHUN INIÚCHADH A DHÉANAMH AR SPÁS FEIDHMIÚIL/STRUCHTÚRACH/CEIMICEACH NA SPEICEAS SEO AGUS LEAS IOMLÁN A BHAINT AS A N-AIRÍONNA BITHEOLAÍOCHA. _x000D_ WP2 — Déileáil BOTTOM-UP DEARADH OLIGOMERICAL. SA WP SEO, BAINIMID LEAS AS SIMPLÍOCHT STRUCHTÚRACH OLIGOPROTEINS SIMÉADRACH CHUN CÓRAIS PRÓITÉINE DE CHASTACHT ARDFHEIDHMIÚIL A CHUR LE CHÉILE LE SIMPLÍOCHT SINTÉISE CÉIM SOLADACH PEPTIDES. D’EAGRAIGH MUID AN WP SEO IN DHÁ THASC ÉAGSÚLA, DE RÉIR AN CHÓRAIS OLIGOMERICO ROGHNAITHE AGUS IARRATAIS FÉIDEARTHA. I WP2.1 DÉANFAIMID TEORANNÚ AR AN ACMHAINNEACHT A BHAINEANN LE PRÓITÉIN VÍREASACH BEAG HOMOTRIMERICA, AN T4 FIBRITIN FOLDON (T4FF), MAR THACAÍOCHT STRUCHTÚRACH DO DHEARADH PRÓITÉINE. GO SONRACH, DÉANFAIMID NA HIDIRGHNÍOMHAÍOCHTAÍ IDIR NA FEARAINN A MHODHNÚ CHUN HETEROTRIMERS A FHÁIL; DÉANFAIMID MODHNÚ AR AN NÚICLÉAS HIDROFOBICO A FHÁIL CLIBEANNA FLUARAISEACHA AGUS GNÍOMHAIRÍ CODARSNACHTA DO MRI, AGUS INIÚCHADH A DHÉANAMH AR CHUR I BHFEIDHM LEABHARLANNA COMBINATORIAL CHUN A FHÁIL AMACH GABHDÓIRÍ CLEAMHNAS ARD LE HIARRATAIS BITEICNEOLAÍOCHTA. IN WP2.2 DÉANFAIMID STAIDÉAR AR PHRÓITÉINÍ HEXAMERICAS, IONAS GUR FÉIDIR PRÓITÉINÍ A FHÁIL LE HAGHAIDH FEIDHMEANNA SONRACHA, AMHAIL AONTAS NANAFHEADÁIN, CATALÚ MIOTAIL, AONTAS GO SEICNÍ, ETC. (Irish)
17 August 2022
0 references
SJEDNOCUJÍCÍ MYŠLENKOU TOHOTO NÁVRHU JE VÝVOJ PEPTIDOVÝCH NÁSTROJŮ PRO SPECIFICKÉ BIOMOLEKULÁRNÍ ROZPOZNÁVÁNÍ. TATO OBECNÁ KONCEPCE JE ZAČLENĚNA DO DVOU VZÁJEMNĚ SE DOPLŇUJÍCÍCH ÚKOLŮ (WP) ZAMĚŘENÝCH NA RŮZNÉ MOLEKULÁRNÍ CÍLE A CÍLE. WP1 JE V PODSTATĚ POKRAČOVÁNÍM NAŠEHO PŘEDCHOZÍHO PROJEKTU CTQ2012–31341, ZAMĚŘENÉHO NA VÝVOJ NOVÝCH UNIJNÍCH LÁTEK PRO DNA, VČETNĚ SAMOSMONTOVANÝCH METALOPEPTIDOS (HELICATOS PEPTIDICOS) A MALÝCH MOLEKUL; WP2 POPISUJE NOVOU ŘADU PRACÍ, KTERÁ KOMBINUJE NAŠE ZKUŠENOSTI V OBLASTI SUPRAMOLEKULÁRNÍ CHEMIE, PEPTIDOVÉHO DESIGNU A BIOMOLEKULÁRNÍHO ROZPOZNÁVÁNÍ S DYNAMICKÝMI KOMBINATORICKÝMI METODAMI CHEMIE (DCC). Náš OBJECTIVE V TÉTO WP je vyloučit Olygomerical miniprotein DCC pro výběr receptorů s vysokým afinitem podobných anti-domesterům a identifikaci samosmontovaných PROTEINS s funcionalitou WP._x000D_ WP1 – Rozpoznání DNA s koordinačními kompozicemi a malými molekulami. TATO PRACOVNÍ SKUPINA JE ROZDĚLENA DO DVOU ÚKOLŮ; PRVNÍ (WP1.1) SE ZAMĚŘUJE NA STUDIUM KOORDINAČNÍCH KOMPLEXŮ ODVOZENÝCH Z BISBENZAMIDINAS, JAKO PRVNÍCH PŘÍKLADŮ KOVOVÝCH KOMPLEXŮ, KTERÉ JSOU SPOJENY VLOŽENÍM DO DOLNÍ DRÁŽKY DNA. TYTO KOMPLEXY KOMBINUJÍ SELEKTIVITU SEKVENCE BISBENZAMIDINAS S MOŽNOSTMI NÁVRHU A MODULACE VLASTNOSTÍ NABÍZENÝCH KOVOVÝMI KOMPLEXY. V TÉŽE PRACOVNÍ SKUPINĚ BUDEME TAKÉ STUDOVAT OLIGOMEROS BISBENZAMIDINAS, KTERÉ VYKAZUJÍ KOOPERATIVNÍ ÚČINKY NA JEJICH ROZPOZNÁVÁNÍ DNA A MOHLY BY SE NAVÁZAT NA OPAKOVANÉ SEKVENCE GENOMOVÉ DNA RELEVANTNÍ U NĚKTERÝCH DEGENERATIVNÍCH ONEMOCNĚNÍ, A DOKONCE NAJÍT APLIKACE, JAKO JSOU ČINIDLA PRO ZACHYCENÍ CIRKULUJÍCÍ DNA. NA DRUHÉ STRANĚ ÚKOLY ZAHRNUTÉ DO WP1.2 NAVRHUJÍ STUDII VLASTNOSTÍ SUPRAMOLEKULÁRNÍCH BIMETALOVÝCH KOMPLEXŮ (HELICATOS), KTERÉ NAVZDORY SVÝM SLIBNÝM VLASTNOSTEM DOSUD NEBYLY VYVINUTY JAKO ALTERNATIVY K LÉKŮM, KTERÉ SE V SOUČASNÉ DOBĚ POUŽÍVAJÍ V CHEMOTERAPII, ČÁSTEČNĚ KVŮLI PROBLÉMŮM SPOJENÝM S JEJICH SYNTÉZOU. BUDEME UPLATŇOVAT SYNTETICKOU STRATEGII VYVINUTOU V NAŠÍ SKUPINĚ PRO PRŮZKUM FUNKČNÍHO/STRUKTURÁLNÍHO/CHEMICKÉHO PROSTORU TĚCHTO DRUHŮ A OPTIMALIZACI JEJICH BIOLOGICKÝCH VLASTNOSTÍ. _x000D_ WP2 – BOTTOM-UP DESIGN OLIGOMERICKÝCH miniproteinů. V TOMTO WP VYUŽÍVÁME STRUKTURÁLNÍ JEDNODUCHOSTI SYMETRICKÝCH OLIGOPROTEINS KE SPOJENÍ PROTEINOVÝCH SYSTÉMŮ VYSOKÉ FUNKČNÍ SLOŽITOSTI S JEDNODUCHOSTÍ PEVNÉ FÁZOVÉ SYNTÉZY PEPTIDŮ. TENTO WP JSME ZORGANIZOVALI DO DVOU RŮZNÝCH ÚKOLŮ PODLE VYBRANÉHO SYSTÉMU OLIGOMERICO A POTENCIÁLNÍCH APLIKACÍ. V WP2.1 VYMEZÍME POTENCIÁL MALÉHO HOMOTRIMERICA VIROVÉHO PROTEINU, T4 FIBRITIN FOLDON (T4FF), JAKO STRUKTURÁLNÍ PODPORU DESIGNU PROTEINŮ. KONKRÉTNĚJI UPRAVÍME INTERAKCE MEZI DOMÉNAMI, ABYCHOM ZÍSKALI HETEROTRIMERS; UPRAVÍME JÁDRO HIDROFOBICO, ABYCHOM ZÍSKALI FLUORESCENČNÍ TAGY A KONTRASTNÍ LÁTKY PRO MRI, A PROZKOUMÁME APLIKACI KOMBINATORICKÝCH KNIHOVEN K OBJEVOVÁNÍ RECEPTORŮ S VYSOKOU AFINITOU S BIOTECHNOLOGICKÝMI APLIKACEMI. V WP2.2 BUDEME STUDOVAT PROTEINY HEXAMERICAS TAK, ABY RACIONÁLNÍ MODIFIKACÍ JEDNOTEK MONOMERICAS BYLO MOŽNÉ ZÍSKAT PROTEINY PRO SPECIFICKÉ APLIKACE, JAKO JE UNIE NANOTRUBIC, KATALÝZA KOVŮ, UNIE NA MEMBRÁNY ATD. (Czech)
17 August 2022
0 references
A IDEIA UNIFICADORA DESTA PROPOSTA É O DESENVOLVIMENTO DE FERRAMENTAS PEPTÍDICAS PARA O RECONHECIMENTO BIOMOLECULAR ESPECÍFICO. ESTE CONCEITO GERAL ESTÁ INCORPORADO EM DUAS TAREFAS COMPLEMENTARES (WP) CENTRADAS EM DIFERENTES ALVOS E ALVOS MOLECULARES. O PT1 É ESSENCIALMENTE A CONTINUAÇÃO DO NOSSO ANTERIOR PROJETO CTQ2012-31341, CENTRADO NO DESENVOLVIMENTO DE NOVOS AGENTES DA UNIÃO PARA O ADN, INCLUINDO METALOPEPTIDOS (HELICATOS PEPTIDICOS) E PEQUENAS MOLÉCULAS AUTOMONTADAS; O WP2 DESCREVE UMA NOVA LINHA DE TRABALHO QUE COMBINA NOSSA EXPERIÊNCIA EM QUÍMICA SUPRAMOLECULAR, DESIGN DE PEPTÍDEOS E RECONHECIMENTO BIOMOLECULAR COM MÉTODOS DINÂMICOS DE QUÍMICA COMBINATÓRIA (DCC). Nosso OBJETIVO NESTE WP é expulsar a miniproteína Olygomerical DCC para a seleção de recetores de alta afinidade semelhantes aos antidomesters, e a identificação de PROTEÍNAS automontadas COM funcionalidade WP._x000D_ WP1 — Reconhecimento de DNA com composições de coordenação e pequenas moléculas. ESTE GRUPO DE TRABALHO ESTÁ ORGANIZADO EM DUAS TAREFAS: O PRIMEIRO (WP1.1) CENTRA-SE NO ESTUDO DE COMPLEXOS DE COORDENAÇÃO DERIVADOS DE BISBENZAMIDINAS, COMO OS PRIMEIROS EXEMPLOS DE COMPLEXOS METÁLICOS QUE SÃO UNIDOS PELA INSERÇÃO NO SULCO INFERIOR DO DNA. ESTES COMPLEXOS COMBINAM A SELETIVIDADE SEQUENCIAL DE BISBENZAMIDINAS COM AS OPORTUNIDADES PARA O DESIGN E MODULAÇÃO DE PROPRIEDADES OFERECIDAS POR COMPLEXOS METÁLICOS. NESTE MESMO WP TAMBÉM ESTUDAREMOS OLIGOMEROS DE BISBENZAMIDINAS, QUE MOSTRAM EFEITOS COOPERATIVOS EM SEU RECONHECIMENTO DE DNA E PODEM SE LIGAR A SEQUÊNCIAS REPETIDAS DE DNA GENÔMICO RELEVANTES EM ALGUMAS DOENÇAS DEGENERATIVAS, E ATÉ MESMO ENCONTRAR APLICAÇÕES COMO AGENTES PARA CAPTURAR DNA CIRCULANTE. POR OUTRO LADO, AS TAREFAS ABRANGIDAS PELO WP1.2 PROPÕEM O ESTUDO DAS PROPRIEDADES DOS COMPLEXOS BIMETÁLICOS SUPRAMOLECULARES (HELICATOS) QUE, APESAR DE SUAS PROPRIEDADES PROMISSORAS, AINDA NÃO FORAM DESENVOLVIDAS COMO ALTERNATIVAS AOS AGENTES ATUALMENTE UTILIZADOS NA QUIMIOTERAPIA DEVIDO, EM PARTE, AOS PROBLEMAS ASSOCIADOS À SUA SÍNTESE. APLICAREMOS A ESTRATÉGIA SINTÉTICA DESENVOLVIDA EM NOSSO GRUPO PARA A EXPLORAÇÃO DO ESPAÇO FUNCIONAL/ESTRUTURAL/QUÍMICO DESSAS ESPÉCIES E A OTIMIZAÇÃO DE SUAS PROPRIEDADES BIOLÓGICAS. _x000D_ WP2 — BOTTOM-UP DESIGN DE Miniproteínas OLIGOMERICAIS. NESTE WP APROVEITAMOS A SIMPLICIDADE ESTRUTURAL DAS OLIGOPROTEÍNAS SIMÉTRICAS PARA COMBINAR SISTEMAS PROTEICOS DE ALTA COMPLEXIDADE FUNCIONAL COM A SIMPLICIDADE DA SÍNTESE DE FASE SÓLIDA DE PEPTÍDEOS. ORGANIZAMOS ESTE WP EM DUAS TAREFAS DIFERENTES, DE ACORDO COM O SISTEMA OLIGOMERICO SELECIONADO E POTENCIAIS APLICAÇÕES. EM WP2.1 VAMOS DELIMITAR O POTENCIAL DE UMA PEQUENA PROTEÍNA VIRAL HOMOTRIMERICA, O FOLDON T4 FIBRITIN (T4FF), COMO SUPORTE ESTRUTURAL PARA O DESIGN PROTEICO. MAIS ESPECIFICAMENTE, MODIFICAREMOS AS INTERAÇÕES ENTRE OS DOMÍNIOS PARA OBTER HETEROTRIMERS; MODIFICAREMOS O NÚCLEO HIDROFOBICO PARA OBTER ETIQUETAS FLUORESCENTES E AGENTES DE CONTRASTE PARA A RM, E EXPLORAREMOS A APLICAÇÃO DE BIBLIOTECAS COMBINATÓRIAS PARA DESCOBRIR RECETORES DE ALTA AFINIDADE COM APLICAÇÕES BIOTECNOLÓGICAS. NO WP2.2, ESTUDAREMOS AS PROTEÍNAS HEXAMERICAS, PARA QUE, ATRAVÉS DA MODIFICAÇÃO RACIONAL DAS UNIDADES MONOMERICAS, POSSAM SER OBTIDAS PROTEÍNAS PARA APLICAÇÕES ESPECÍFICAS, COMO A UNIÃO DE NANOTUBOS, CATÁLISE DE METAIS, UNIÃO PARA MEMBRANAS, ETC. (Portuguese)
17 August 2022
0 references
KÄESOLEVA ETTEPANEKU ÜHENDAV IDEE ON TÖÖTADA VÄLJA PEPTIIDSED VAHENDID BIOMOLEKULIDE SPETSIIFILISEKS TUNNUSTAMISEKS. SEE ÜLDKONTSEPTSIOON SISALDUB KAHES ÜKSTEIST TÄIENDAVAS ÜLESANDES, MIS KESKENDUVAD ERINEVATELE MOLEKULAARSETELE SIHTMÄRKIDELE JA SIHTMÄRKIDELE. WP1 ON SISULISELT MEIE EELMISE PROJEKTI CTQ2012–31341 JÄTKAMINE, MIS KESKENDUS UUTE LIIDU TOIMEAINETE VÄLJATÖÖTAMISELE DNA SUHTES, SEALHULGAS ISE KOKKUPANDUD METALOPEPTIDOS (HELICATOS PEPTIDICOS) JA VÄIKESED MOLEKULID; WP2 KIRJELDAB UUT TÖÖLIINI, MIS ÜHENDAB MEIE KOGEMUSED SUPRAMOLEKULAARSE KEEMIA, PEPTIIDIDE DISAINI JA BIOMOLEKULAARTUVASTUSE DÜNAAMILISE KOMBINATORISAALSE KEEMIA (DCC) MEETODITEGA. Meie OBJECTIVE IN THIS WP on väljutada Olygomerical miniproteiin DCC valikuks kõrge afinity retseptorite sarnane anti-domesters, ja identifitseerimiseks ise kokku pandud PROTEINS WITH funcionality WP._x000D_ WP1 – tunnustamine DNA koordineerimise komploosid ja väikesed molekulid. TÖÖRÜHMAL ON KAKS ÜLESANNET: ESIMENE (WP1.1) KESKENDUB BISBENZAMIDINASEST TULETATUD KOORDINEERIMISKOMPLEKSIDE UURIMISELE, MIS ON ESIMESED NÄITED METALLIKOMPLEKSIDEST, MIS ON ÜHENDATUD DNA ALUMISE SOONE SISESTAMISEGA. NEED KOMPLEKSID ÜHENDAVAD BISBENZAMIDINAS’I JÄRJESTUSE SELEKTIIVSUSE VÕIMALUSTEGA METALLKOMPLEKSIDE PAKUTAVATE OMADUSTE KUJUNDAMISEKS JA ÜMBERSUUNAMISEKS. SELLES SAMAS TÖÖRÜHMAS UURIME KA BISBENZAMIDINAS’E OLIGOMEROSE, MIS NÄITAVAD KOOSTÖÖ MÕJU NENDE DNA TUVASTAMISELE JA VÕIVAD SEONDUDA MÕNEDE DEGENERATIIVSETE HAIGUSTE PUHUL OLULISTE GENOOMSETE DNA KORDUVATE JÄRJESTUSTEGA JA ISEGI LEIDA RAKENDUSI, NÄITEKS AINEID RINGLEVA DNA PÜÜDMISEKS. TEISELT POOLT ON WP1.2 ÜLESANNETES TEHTUD ETTEPANEK UURIDA SUPRAMOLEKULAARSETE BIMETALSETE KOMPLEKSIDE (HELICATOS) OMADUSI, MIS VAATAMATA NENDE PALJUTÕOTAVATELE OMADUSTELE EI OLE VEEL VÄLJA TÖÖTATUD ALTERNATIIVINA PRAEGU KEEMIARAVIS KASUTATAVATELE AINETELE OSALISELT NENDE SÜNTEESIGA SEOTUD PROBLEEMIDE TÕTTU. RAKENDAME MEIE GRUPIS VÄLJA TÖÖTATUD SÜNTEETILIST STRATEEGIAT, ET UURIDA NENDE LIIKIDE FUNKTSIONAALSET/STRUKTUURILIST/KEEMILIST RUUMI JA OPTIMEERIDA NENDE BIOLOOGILISI OMADUSI. _x000D_ WP2 – OLIGOMERICAL Miniproteiinide BOTTOM-UP DESIGN. SELLES WP ME ÄRA STRUKTUURSE LIHTSUS SÜMMEETRILISE OLIGOPROTEINS ÜHENDADA VALGU SÜSTEEMID KÕRGE FUNKTSIONAALSE KEERUKUSE JA LIHTSUS TAHKE FAASI SÜNTEESI PEPTIIDIDE. OLEME KORRALDANUD SELLE WP KAHEKS ERINEVAKS ÜLESANDEKS VASTAVALT VALITUD OLIGOMERICO SÜSTEEMILE JA VÕIMALIKELE RAKENDUSTELE. WP2.1 ME PIIRITLEME POTENTSIAALI VÄIKE HOMOTRIMERICA VIIRUSVALGU, T4 FIBRITIN FOLDON (T4FF), STRUKTUURILISE TOETUSE VALGU DISAIN. TÄPSEMALT MUUDAME VALDKONDADEVAHELIST SUHTLUST, ET SAADA HETEROTRIMERS; ME MUUDAME HIDROFOBICO TUUMA, ET SAADA MRI FLUORESTSEERUVAID SILDID JA KONTRASTAINEID, NING UURIME KOMBINATORISAALSETE RAAMATUKOGUDE KASUTAMIST, ET AVASTADA BIOTEHNOLOOGILISTE RAKENDUSTEGA KÕRGE AFIINSUSE RETSEPTORID. WP2.2 RAAMES UURIME HEXAMERICASI VALKE, ET MONOMERICASE ÜHIKUTE RATSIONAALSE MUUTMISE KAUDU OLEKS VÕIMALIK SAADA VALKE KONKREETSETEKS RAKENDUSTEKS, NAGU NANOTORUDE LIIT, METALLIKATALÜÜS, LIIT MEMBRAANIDELE JNE. (Estonian)
17 August 2022
0 references
E JAVASLAT EGYSÉGESÍTŐ ELKÉPZELÉSE A SPECIFIKUS BIOMOLEKULÁRIS FELISMERÉST SZOLGÁLÓ PEPTIDESZKÖZÖK KIFEJLESZTÉSE. EZ AZ ÁLTALÁNOS KONCEPCIÓ KÉT EGYMÁST KIEGÉSZÍTŐ FELADATBA (WP) ÉPÜL FEL, AMELYEK KÜLÖNBÖZŐ MOLEKULÁRIS CÉLOKRA ÉS CÉLOKRA ÖSSZPONTOSÍTANAK. A WP1 LÉNYEGÉBEN A KORÁBBI CTQ2012–31341 PROJEKTÜNK FOLYTATÁSA, AMELY A DNS ÚJ UNIÓS HATÓANYAGAINAK KIFEJLESZTÉSÉRE IRÁNYUL, BELEÉRTVE AZ ÖNÖSSZESZERELT METALOPEPTIDOS-T (HELICATOS PEPTIDICOS) ÉS A KIS MOLEKULÁKAT; A WP2 A SZUPRAMOLECULARIS KÉMIA, A PEPTIDTERVEZÉS ÉS A BIOMOLEKULÁRIS FELISMERÉS TERÜLETÉN SZERZETT TAPASZTALATAINKAT DINAMIKUS KOMBINATORIKUS KÉMIA (DCC) MÓDSZEREKKEL ÖTVÖZI. Célunk, hogy az Olygomerical miniprotein DCC-t kiutasítsuk az antidomeszterekhez hasonló nagy végtelen receptorok kiválasztásához, valamint az önálló PROTEINS WITH funcionality WP._x000D_ WP1 azonosításához – A DNS felismerése koordinációs komponákkal és kis molekulákkal. A MUNKACSOPORT KÉT FELADATRA TAGOLÓDIK: AZ ELSŐ (WP1.1) A BISBENZAMIDINAS-BÓL SZÁRMAZÓ KOORDINÁCIÓS KOMPLEXEK TANULMÁNYOZÁSÁRA ÖSSZPONTOSÍT, MINT AZ ELSŐ OLYAN FÉMKOMPLEXEKRE, AMELYEK A DNS ALSÓ HORONYÁBA TÖRTÉNŐ BEHELYEZÉSSEL CSATLAKOZNAK. EZEK A KOMPLEXEK EGYESÍTIK A BISBENZAMIDINAS SZEKVENCIA SZELEKTIVITÁSÁT A FÉMKOMPLEXEK ÁLTAL KÍNÁLT TULAJDONSÁGOK TERVEZÉSÉNEK ÉS MODULÁCIÓJÁNAK LEHETŐSÉGEIVEL. UGYANEBBEN A MUNKACSOPORTBAN TANULMÁNYOZZUK A BISBENZAMIDINAS OLIGOMEROS-JÁT IS, AMELYEK EGYÜTTMŰKÖDŐ HATÁST MUTATNAK A DNS-FELISMERÉSRE, ÉS MEGKÖTHETIK A DEGENERATÍV BETEGSÉGEKBEN RELEVÁNS GENOMIKUS DNS ISMÉTELT SZEKVENCIÁIT, ÉS MÉG OLYAN ALKALMAZÁSOKAT IS TALÁLNAK, MINT PÉLDÁUL A KERINGŐ DNS BEFOGÁSÁRA SZOLGÁLÓ SZEREK. MÁSRÉSZT A WP1.2 ÁLTAL LEFEDETT FELADATOK A SZUPRAMOLECULARIS BIMETALIKUS KOMPLEXEK (HELICATOS) TULAJDONSÁGAINAK TANULMÁNYOZÁSÁT JAVASOLJÁK, AMELYEK ÍGÉRETES TULAJDONSÁGAIK ELLENÉRE MÉG NEM FEJLESZTETTÉK KI A KEMOTERÁPIÁBAN JELENLEG HASZNÁLT SZEREK ALTERNATÍVÁJAKÉNT, RÉSZBEN A SZINTÉZISÜKKEL KAPCSOLATOS PROBLÉMÁK MIATT. A CSOPORTUNKBAN KIDOLGOZOTT SZINTETIKUS STRATÉGIÁT ALKALMAZZUK E FAJOK FUNKCIONÁLIS/STRUKTURÁLIS/KÉMIAI TÉRÉNEK FELTÁRÁSÁRA ÉS BIOLÓGIAI TULAJDONSÁGAIK OPTIMALIZÁLÁSÁRA. _x000D_ WP2 – OLIGOMERICAL Miniproteinek BOTTOM-UP DESIGNE. EBBEN A WP-BEN KIHASZNÁLJUK A SZIMMETRIKUS OLIGOPROTEINS SZERKEZETI EGYSZERŰSÉGÉT, HOGY KOMBINÁLJUK A MAGAS FUNKCIONÁLIS KOMPLEXITÁSÚ FEHÉRJERENDSZEREKET A PEPTIDEK SZILÁRD FÁZISSZINTŰ SZINTÉZISÉNEK EGYSZERŰSÉGÉVEL. EZT A MUNKACSOPORTOT KÉT KÜLÖNBÖZŐ FELADATRA SZERVEZTÜK, A KIVÁLASZTOTT OLIGOMERICO RENDSZER ÉS A POTENCIÁLIS ALKALMAZÁSOK SZERINT. A WP2.1-BEN ELHATÁROLJUK EGY KIS HOMOTRIMERICA VÍRUSFEHÉRJE, A T4 FIBRITIN FOLDON (T4FF) POTENCIÁLJÁT, MINT A FEHÉRJETERVEZÉS STRUKTURÁLIS TÁMOGATÁSÁT. KONKRÉTABBAN, MÓDOSÍTANI FOGJUK A DOMAINEK KÖZÖTTI KÖLCSÖNHATÁSOKAT, HOGY MEGSZEREZZÜK A HETEROTRIMERS-T; MÓDOSÍTJUK A HIDROFOBICO ATOMMAGOT, HOGY FLUORESZKÁLÓ CÍMKÉKET ÉS KONTRASZTANYAGOKAT SZEREZZÜNK AZ MRI-HEZ, ÉS MEGVIZSGÁLJUK A KOMBINATORIKUS KÖNYVTÁRAK ALKALMAZÁSÁT, HOGY FELFEDEZZÜK A NAGY AFFINITÁSÚ RECEPTOROKAT BIOTECHNOLÓGIAI ALKALMAZÁSOKKAL. A WP2.2-BEN MEGVIZSGÁLJUK A HEXAMERICAS FEHÉRJÉKET, HOGY A MONOMERICAS EGYSÉGEK ÉSSZERŰ MÓDOSÍTÁSÁVAL FEHÉRJÉKET LEHESSEN ELŐÁLLÍTANI BIZONYOS ALKALMAZÁSOKHOZ, PÉLDÁUL A NANOCSÖVEK UNIÓJÁHOZ, A FÉMKATALÍZISHEZ, AZ UNIÓ MEMBRÁNOKHOZ STB. (Hungarian)
17 August 2022
0 references
ОБЕДИНЯВАЩАТА ИДЕЯ НА НАСТОЯЩОТО ПРЕДЛОЖЕНИЕ Е РАЗРАБОТВАНЕТО НА ПЕПТИДНИ ИНСТРУМЕНТИ ЗА СПЕЦИФИЧНО БИОМОЛЕКУЛНО РАЗПОЗНАВАНЕ. ТАЗИ ОБЩА КОНЦЕПЦИЯ Е ВЪПЛЪТЕНА В ДВЕ ДОПЪЛВАЩИ СЕ ЗАДАЧИ, НАСОЧЕНИ КЪМ РАЗЛИЧНИ МОЛЕКУЛЯРНИ ЦЕЛИ И ЦЕЛИ. РГ1 Е ПО СЪЩЕСТВО ПРОДЪЛЖЕНИЕ НА ПРЕДИШНИЯ НИ ПРОЕКТ CTQ2012—31341, НАСОЧЕН КЪМ РАЗРАБОТВАНЕТО НА НОВИ АГЕНТИ НА СЪЮЗА ЗА ДНК, ВКЛЮЧИТЕЛНО САМОСГЛОБЕНИ METALOPEPTIDOS (HELICATOS PEPTIDICOS) И МАЛКИ МОЛЕКУЛИ; WP2 ОПИСВА НОВА ЛИНИЯ РАБОТА, КОЯТО СЪЧЕТАВА НАШИЯ ОПИТ В СУПРАМОЛЕКУЛЯРНАТА ХИМИЯ, ПЕПТИДНИЯ ДИЗАЙН И БИОМОЛЕКУЛЯРНОТО РАЗПОЗНАВАНЕ С ДИНАМИЧНИТЕ МЕТОДИ НА КОМБИНАТОРНАТА ХИМИЯ (DCC). Нашата OBJECTIVE В ТОЗИ WP е да експулсира Olygomerical минипротеин DCC за избор на високо-финити рецептори, подобни на анти-доместери, и идентификация на самосглобени PROTEINS С функционалност WP._x000D_ WP1 — Признаване на ДНК с координационни композиции и малки молецули. ТАЗИ РАБОТНА ГРУПА Е ОРГАНИЗИРАНА В ДВЕ ЗАДАЧИ: ПЪРВИЯТ (WP1.1) СЕ ФОКУСИРА ВЪРХУ ИЗСЛЕДВАНЕТО НА КООРДИНАЦИОННИ КОМПЛЕКСИ, ПОЛУЧЕНИ ОТ BISBENZAMIDINAS, КАТО ПЪРВИТЕ ПРИМЕРИ ЗА МЕТАЛНИ КОМПЛЕКСИ, КОИТО СЕ СВЪРЗВАТ ЧРЕЗ ВЪВЕЖДАНЕ В ДОЛНИЯ КАНАЛ НА ДНК. ТЕЗИ КОМПЛЕКСИ СЪЧЕТАВАТ ПОСЛЕДОВАТЕЛНОСТТА СЕЛЕКТИВНОСТ НА BISBENZAMIDINAS С ВЪЗМОЖНОСТИТЕ ЗА ПРОЕКТИРАНЕ И МОДУЛАЦИЯ НА ИМОТИ, ПРЕДЛАГАНИ ОТ МЕТАЛНИ КОМПЛЕКСИ. В СЪЩАТА ТАЗИ РАБОТНА ГРУПА ЩЕ ПРОУЧИМ И OLIGOMEROS НА BISBENZAMIDINAS, КОИТО ПОКАЗВАТ КООПЕРАТИВНИ ЕФЕКТИ ВЪРХУ ТЯХНОТО ДНК РАЗПОЗНАВАНЕ И МОГАТ ДА СЕ СВЪРЖАТ С ПОВТАРЯЩИ СЕ ПОСЛЕДОВАТЕЛНОСТИ НА ГЕНОМНА ДНК, ИМАЩИ ОТНОШЕНИЕ КЪМ НЯКОИ ДЕГЕНЕРАТИВНИ ЗАБОЛЯВАНИЯ, И ДОРИ ДА НАМЕРЯТ ПРИЛОЖЕНИЯ КАТО АГЕНТИ ЗА УЛАВЯНЕ НА ЦИРКУЛИРАЩАТА ДНК. ОТ ДРУГА СТРАНА, ЗАДАЧИТЕ, ОБХВАНАТИ ОТ WP1.2, ПРЕДЛАГАТ ПРОУЧВАНЕ НА СВОЙСТВАТА НА СУПРАМОЛЕКУЛЯРНИТЕ БИМЕТАЛНИ КОМПЛЕКСИ (HELICATOS), КОИТО, ВЪПРЕКИ ОБЕЩАВАЩИТЕ СИ СВОЙСТВА, ВСЕ ОЩЕ НЕ СА РАЗРАБОТЕНИ КАТО АЛТЕРНАТИВИ НА АГЕНТИТЕ, ИЗПОЛЗВАНИ ПОНАСТОЯЩЕМ В ХИМИОТЕРАПИЯТА, ОТЧАСТИ ПОРАДИ ПРОБЛЕМИТЕ, СВЪРЗАНИ СЪС СИНТЕЗА ИМ. ЩЕ ПРИЛАГАМЕ СИНТЕТИЧНАТА СТРАТЕГИЯ, РАЗРАБОТЕНА В НАШАТА ГРУПА ЗА ИЗСЛЕДВАНЕ НА ФУНКЦИОНАЛНОТО/СТРУКТУРНОТО/ХИМИЧНОТО ПРОСТРАНСТВО НА ТЕЗИ ВИДОВЕ И ОПТИМИЗИРАНЕ НА ТЕХНИТЕ БИОЛОГИЧНИ СВОЙСТВА. _x000D_ WP2 — BOTTOM-UP DESIGN OF OLIGOMERICAL Miniproteins. В ТОВА WP СЕ ВЪЗПОЛЗВАМЕ ОТ СТРУКТУРНАТА ПРОСТОТА НА СИМЕТРИЧНИТЕ OLIGOPROTEINS, ЗА ДА КОМБИНИРАМЕ ПРОТЕИНОВИ СИСТЕМИ С ВИСОКА ФУНКЦИОНАЛНА СЛОЖНОСТ С ПРОСТОТАТА НА ТВЪРДИЯ ФАЗОВ СИНТЕЗ НА ПЕПТИДИ. ОРГАНИЗИРАХМЕ ТАЗИ РАБОТНА ГРУПА В ДВЕ РАЗЛИЧНИ ЗАДАЧИ, СПОРЕД ИЗБРАНАТА СИСТЕМА OLIGOMERICO И ПОТЕНЦИАЛНИТЕ ПРИЛОЖЕНИЯ. В WP2.1 ЩЕ ОПРЕДЕЛИМ ПОТЕНЦИАЛА НА МАЛЪК ВИРУСЕН ПРОТЕИН HOMOTRIMERICA, T4 FIBRITIN FOLDON (T4FF), КАТО СТРУКТУРНА ПОДКРЕПА ЗА ПРОТЕИНОВИЯ ДИЗАЙН. ПО-КОНКРЕТНО, НИЕ ЩЕ ПРОМЕНИМ ВЗАИМОДЕЙСТВИЯТА МЕЖДУ ДОМЕЙНИТЕ, ЗА ДА ПОЛУЧИМ HETEROTRIMERS; ЩЕ МОДИФИЦИРАМЕ ЯДРОТО НА HIDROFOBICO, ЗА ДА ПОЛУЧИМ ФЛУОРЕСЦЕНТНИ ТАГОВЕ И КОНТРАСТНИ АГЕНТИ ЗА ЯМР И ЩЕ ПРОУЧИМ ПРИЛАГАНЕТО НА КОМБИНАТОРНИ БИБЛИОТЕКИ, ЗА ДА ОТКРИЕМ РЕЦЕПТОРИ С ВИСОКА АФИНИТЕТ С БИОТЕХНОЛОГИЧНИ ПРИЛОЖЕНИЯ. В WP2.2 ЩЕ ПРОУЧИМ ПРОТЕИНИТЕ HEXAMERICAS, ТАКА ЧЕ ЧРЕЗ РАЦИОНАЛНОТО ИЗМЕНЕНИЕ НА ЕДИНИЦИТЕ MONOMERICAS ПРОТЕИНИТЕ ДА МОГАТ ДА БЪДАТ ПОЛУЧЕНИ ЗА СПЕЦИФИЧНИ ПРИЛОЖЕНИЯ, КАТО НАПРИМЕР СЪЮЗА НА НАНОТРЪБИТЕ, МЕТАЛНАТА КАТАЛИЗА, СЪЮЗА НА МЕМБРАНИТЕ И ДР. (Bulgarian)
17 August 2022
0 references
ŠIO PASIŪLYMO VIENIJANTI IDĖJA YRA PEPTIDINIŲ PRIEMONIŲ, SKIRTŲ SPECIFINIAM BIOMOLEKULINIAM ATPAŽINIMUI, KŪRIMAS. ŠIĄ BENDRĄ KONCEPCIJĄ SUDARO DVI VIENA KITĄ PAPILDANČIOS UŽDUOTYS (WP), SKIRTOS SKIRTINGIEMS MOLEKULINIAMS TIKSLAMS IR TIKSLAMS. WP1 IŠ ESMĖS YRA MŪSŲ ANKSTESNIO PROJEKTO CTQ2012–31341, KURIAME DAUGIAUSIA DĖMESIO SKIRIAMA NAUJŲ SĄJUNGOS AGENTŲ DNR KŪRIMUI, ĮSKAITANT SAVARANKIŠKAI SURENKAMAS METALOPEPTIDOS (HELICATOS PEPTIDICOS) IR MAŽAS MOLEKULES, TĘSINYS; WP2 APIBŪDINA NAUJĄ DARBO LINIJĄ, KURI SUJUNGIA MŪSŲ PATIRTĮ SUPRAMOLEKULINĖS CHEMIJOS, PEPTIDŲ DIZAINAS IR BIOMOLEKULINIS ATPAŽINIMAS SU DINAMINIŲ KOMBINATORINĖS CHEMIJOS (DCC) METODUS. Mūsų KONKRETIJA Šioje WP yra pašalinti olygomerinį miniproteiną DCC, kad būtų galima atrinkti didelio galingumo receptorius, panašius į antidomesterius, ir nustatyti savarankiškai surinktus PROTEINS su funcionališkumu WP._x000D_ WP1 – DNR atpažinimas su koordinacinėmis komponentėmis ir mažomis molekulėmis. ŠIĄ DARBO PROGRAMĄ SUDARO DVI UŽDUOTYS: PIRMAJAME (WP1.1) DĖMESYS SUTELKIAMAS Į KOORDINACINIŲ KOMPLEKSŲ, GAUTŲ IŠ BISBENZAMIDINAS, TYRIMĄ, KAIP PIRMUOSIUS METALO KOMPLEKSŲ, KURIE SUJUNGIAMI ĮTERPIANT Į APATINĮ DNR GRIOVELĮ, PAVYZDŽIUS. ŠIE KOMPLEKSAI SUJUNGIA BISBENZAMIDINAS SEKOS SELEKTYVUMĄ SU METALO KOMPLEKSŲ SIŪLOMŲ SAVYBIŲ PROJEKTAVIMO IR MODULIAVIMO GALIMYBĖMIS. TOJE PAČIOJE DARBO GRUPĖJE MES TAIP PAT TIRSIME OLIGOMEROS BISBENZAMIDINAS, KURIE RODO BENDRADARBIAVIMO POVEIKĮ JŲ DNR ATPAŽINIMUI IR GALI PRISIJUNGTI PRIE PAKARTOTINIŲ GENOMINĖS DNR SEKŲ, SVARBIŲ KAI KURIOMS DEGENERACINĖMS LIGOMS, IR NETGI RASTI TOKIŲ PROGRAMŲ KAIP MEDŽIAGOS, SKIRTOS CIRKULIUOJANČIAI DNR SUGAUTI. KITA VERTUS, WP1.2 NUMATYTOS UŽDUOTYS SIŪLO IŠTIRTI SUPRAMOLEKULINIŲ BIMETALINIŲ KOMPLEKSŲ (HELICATOS), KURIE, NEPAISANT JŲ PERSPEKTYVIŲ SAVYBIŲ, DAR NĖRA SUKURTI KAIP PAKAITALAI ŠIUO METU CHEMOTERAPIJAI DĖL IŠ DALIES DĖL SU JŲ SINTEZE SUSIJUSIŲ PROBLEMŲ, SAVYBES. MES PRITAIKYSIME MŪSŲ GRUPĖJE SUKURTĄ SINTETINĘ STRATEGIJĄ ŠIŲ RŪŠIŲ FUNKCINĖS/STRUKTŪRINĖS/CHEMINĖS ERDVĖS TYRINĖJIMUI IR JŲ BIOLOGINIŲ SAVYBIŲ OPTIMIZAVIMUI. _x000D_ WP2 – OLIGOMERINIŲ Miniproteinų BOTTOM-UP DESIGN. ŠIAME WP MES PASINAUDOTI STRUKTŪRINIO PAPRASTUMO SIMETRIŠKAS OLIGOPROTEINS SUJUNGTI BALTYMŲ SISTEMAS AUKŠTO FUNKCINIO SUDĖTINGUMO SU KIETOSIOS FAZĖS SINTEZĖS PEPTIDŲ PAPRASTUMAS. MES SUORGANIZAVOME ŠĮ WP Į DVI SKIRTINGAS UŽDUOTIS PAGAL PASIRINKTĄ OLIGOMERICO SISTEMĄ IR POTENCIALIAS PROGRAMAS. WP2.1 APRIBOSIME NEDIDELIO HOMOTRIMERICA VIRUSO BALTYMO T4 FIBRITIN FOLDON (T4FF) POTENCIALĄ KAIP STRUKTŪRINĘ PARAMĄ BALTYMŲ DIZAINUI. KONKREČIAU, MES PAKEISIME SĄVEIKĄ TARP SRIČIŲ, KAD GAUTUME HETEROTRIMERS; MES PAKEISIME HIDROFOBICO BRANDUOLĮ, KAD GAUTUME FLUORESCENCINES ŽYMĖS IR KONTRASTINES MEDŽIAGAS MRT, IR IŠNAGRINĖSIME KOMBINUOTŲ BIBLIOTEKŲ TAIKYMĄ, KAD ATRASTUME DIDELIO AFINITETO RECEPTORIUS SU BIOTECHNOLOGINĖMIS PROGRAMOMIS. WP2.2 MES TIRSIME HEXAMERICAS BALTYMUS, KAD RACIONALIAI MODIFIKUODAMI MONOMERICAS VIENETUS, BALTYMUS BŪTŲ GALIMA GAUTI KONKREČIOMS REIKMĖMS, PVZ., NANOVAMZDELIŲ SĄJUNGAI, METALO KATALIZEI, SĄJUNGOS MEMBRANOMS IR KT. (Lithuanian)
17 August 2022
0 references
JEDINSTVENA IDEJA OVOG PRIJEDLOGA JE RAZVOJ PEPTIDSKIH ALATA ZA SPECIFIČNO BIOMOLEKULARNO PREPOZNAVANJE. OVAJ OPĆI KONCEPT UTJELOVLJUJE SE U DVIJE KOMPLEMENTARNE ZADAĆE USMJERENE NA RAZLIČITE MOLEKULARNE CILJEVE I CILJNE VRIJEDNOSTI. WP1 JE U OSNOVI NASTAVAK NAŠEG PRETHODNOG PROJEKTA CTQ2012 – 31341, USMJERENOG NA RAZVOJ NOVIH SREDSTAVA UNIJE ZA DNK, UKLJUČUJUĆI SAMOSASTAVLJENE METALOPEPTIDOS (HELICATOS PEPTIDICOS) I MALE MOLEKULE; WP2 OPISUJE NOVU LINIJU RADA KOJA KOMBINIRA NAŠE ISKUSTVO U SUPRAMOLEKULARNOJ KEMIJI, PEPTIDNOM DIZAJNU I BIOMOLEKULARNOM PREPOZNAVANJU S METODAMA DINAMIČKE KOMBINATORNE KEMIJE (DCC). Naš OBJEKT U ovom WP-u je izbaciti Olygomerical miniprotein DCC za odabir visoko-afinitetnih receptora sličnih antidomesterima, te identifikaciju samosastavljenih PROTEINA S funkcionalnošću WP._x000D_ WP1 – Priznavanje DNK s koordinacijskim kompozama i malim molekulama. RADNA SKUPINA ORGANIZIRANA JE U DVIJE ZADAĆE, PRVI (WP1.1) USMJEREN JE NA PROUČAVANJE KOORDINACIJSKIH KOMPLEKSA DOBIVENIH IZ BISBENZAMIDINAS, KAO PRVIH PRIMJERA METALNIH KOMPLEKSA KOJI SE SPAJAJU UMETANJEM U DONJI UTOR DNK. OVI KOMPLEKSI KOMBINIRAJU SEKVENCIJSKU SELEKTIVNOST BISBENZAMIDINAS S MOGUĆNOSTIMA DIZAJNIRANJA I MODULACIJE SVOJSTAVA KOJE NUDE METALNI KOMPLEKSI. U TOM ISTOM WP-U TAKOĐER ĆEMO PROUČITI OLIGOMEROS BISBENZAMIDINAS, KOJI POKAZUJU KOOPERATIVNE UČINKE NA NJIHOVO PREPOZNAVANJE DNK-A I MOGU SE VEZATI ZA PONOVLJENE SEKVENCE GENOMSKE DNK RELEVANTNE ZA NEKE DEGENERATIVNE BOLESTI, PA ČAK I PRONAĆI APLIKACIJE KAO ŠTO SU AGENSI ZA HVATANJE DNK-A KOJI CIRKULIRA. S DRUGE STRANE, ZADACI OBUHVAĆENI WP1.2 PREDLAŽU PROUČAVANJE SVOJSTAVA NADMOLEKULARNIH BIMETALNIH KOMPLEKSA (HELICATOS) KOJI, UNATOČ SVOJIM OBEĆAVAJUĆIM SVOJSTVIMA, JOŠ NISU RAZVIJENI KAO ALTERNATIVE LIJEKOVIMA KOJI SE TRENUTAČNO KORISTE U KEMOTERAPIJI ZBOG DJELOMIČNO PROBLEMA POVEZANIH S NJIHOVOM SINTEZOM. PRIMIJENIT ĆEMO SINTETSKU STRATEGIJU RAZVIJENU U NAŠOJ GRUPI ZA ISTRAŽIVANJE FUNKCIONALNOG/STRUKTURNOG/KEMIJSKOG PROSTORA TIH VRSTA I OPTIMIZACIJU NJIHOVIH BIOLOŠKIH SVOJSTAVA. _x000D_ WP2 – BOTTOM-UP DESIGN of OLIGOMERICAL Miniproteini. U OVOM WP-U KORISTIMO STRUKTURNU JEDNOSTAVNOST SIMETRIČNIH OLIGOPROTEINA ZA KOMBINIRANJE PROTEINSKIH SUSTAVA VISOKE FUNKCIONALNE SLOŽENOSTI S JEDNOSTAVNOŠĆU SINTEZE ČVRSTE FAZE PEPTIDA. ORGANIZIRALI SMO OVAJ WP U DVA RAZLIČITA ZADATKA, PREMA ODABRANOM SUSTAVU OLIGOMERICO I POTENCIJALNIM APLIKACIJAMA. U WP2.1 ĆEMO RAZGRANIČITI POTENCIJAL MALOG VIRUSNOG PROTEINA HOMOTRIMERICA, T4 FIBRITIN FOLDONA (T4FF), KAO STRUKTURNE POTPORE ZA PROTEINSKI DIZAJN. TOČNIJE, IZMIJENIT ĆEMO INTERAKCIJE MEĐU DOMENAMA KAKO BISMO DOBILI HETEROTRIMERS; IZMIJENIT ĆEMO JEZGRU HIDROFOBICO KAKO BISMO DOBILI FLUORESCENTNE OZNAKE I KONTRASTNA SREDSTVA ZA MRI TE ISTRAŽILI PRIMJENU KOMBINIRANIH KNJIŽNICA KAKO BISMO OTKRILI RECEPTORE VISOKE AFINITETA S BIOTEHNOLOŠKIM APLIKACIJAMA. U WP2.2 PROUČAVAT ĆEMO PROTEINE HEXAMERICAS, TAKO DA SE RACIONALNOM MODIFIKACIJOM JEDINICA MONOMERICAS MOGU DOBITI PROTEINI ZA POSEBNE PRIMJENE, KAO ŠTO SU UNIJA NANOCIJEVI, METALNA KATALIZA, UNIJA ZA MEMBRANE ITD. (Croatian)
17 August 2022
0 references
DEN ENANDE IDÉN MED DETTA FÖRSLAG ÄR UTVECKLINGEN AV PEPTIDVERKTYG FÖR SPECIFIK BIOMOLEKYLÄR IGENKÄNNING. DETTA ALLMÄNNA KONCEPT BESTÅR AV TVÅ KOMPLETTERANDE UPPGIFTER SOM ÄR INRIKTADE PÅ OLIKA MOLEKYLÄRA MÅL OCH MÅL. WP1 ÄR I HUVUDSAK EN FORTSÄTTNING PÅ VÅRT TIDIGARE PROJEKT CTQ2012–31341, INRIKTAT PÅ UTVECKLING AV NYA UNIONSAGENTER FÖR DNA, INKLUSIVE SJÄLVMONTERADE METALOPEPTIDOS (HELICATOS PEPTIDICOS) OCH SMÅ MOLEKYLER. WP2 BESKRIVER EN NY ARBETSLINJE SOM KOMBINERAR VÅR ERFARENHET AV SUPRAMOLEKULÄR KEMI, PEPTIDDESIGN OCH BIOMOLEKYLÄR IGENKÄNNING MED DYNAMISKA KOMBINATORISKA KEMIMETODER (DCC). Vårt OBJEKTIV I DENNA WP är att utvisa den Olygomeriska miniprotein DCC för val av hög-afinity receptorer som liknar anti-domesters, och identifiering av självmonterade PROTEINS MED funcionalitet WP._x000D_ WP1 – Erkännande av DNA med koordinationskompositer och små moleculas. DENNA ARBETSGRUPP ÄR UPPDELAD I TVÅ UPPGIFTER: DEN FÖRSTA (WP1.1) FOKUSERAR PÅ STUDIEN AV SAMORDNINGSKOMPLEX SOM HÄRRÖR FRÅN BISBENZAMIDINAS, SOM DE FÖRSTA EXEMPLEN PÅ METALLKOMPLEX SOM FÖRENAS GENOM INFÖRANDE I DET NEDRE SPÅRET AV DNA. DESSA KOMPLEX KOMBINERAR SEKVENSSELEKTIVITETEN HOS BISBENZAMIDINAS MED DE MÖJLIGHETER TILL DESIGN OCH MODULERING AV EGENSKAPER SOM ERBJUDS AV METALLKOMPLEX. I SAMMA WP KOMMER VI OCKSÅ ATT STUDERA OLIGOMEROS AV BISBENZAMIDINAS, SOM VISAR SAMARBETSEFFEKTER PÅ DERAS DNA-IGENKÄNNING OCH KAN BINDA TILL UPPREPADE SEKVENSER AV GENOMISKT DNA SOM ÄR RELEVANT FÖR VISSA DEGENERATIVA SJUKDOMAR, OCH TILL OCH MED HITTA APPLIKATIONER SOM MEDEL FÖR ATT FÅNGA CIRKULERANDE DNA. Å ANDRA SIDAN FÖRESLÅR DE UPPGIFTER SOM OMFATTAS AV WP1.2 EN STUDIE AV EGENSKAPERNA HOS SUPRAMOLEKULÄRA BIMETALKOMPLEX (HELICATOS) SOM, TROTS SINA LOVANDE EGENSKAPER, ÄNNU INTE HAR UTVECKLATS SOM ALTERNATIV TILL MEDEL SOM FÖR NÄRVARANDE ANVÄNDS I KEMOTERAPI, DELVIS PÅ GRUND AV DE PROBLEM SOM ÄR FÖRKNIPPADE MED DERAS SYNTES. VI KOMMER ATT TILLÄMPA DEN SYNTETISKA STRATEGI SOM UTVECKLATS I VÅR GRUPP FÖR UTFORSKNING AV DESSA ARTERS FUNKTIONELLA/STRUKTURELLA/KEMISKA UTRYMME OCH OPTIMERING AV DERAS BIOLOGISKA EGENSKAPER. _x000D_ WP2 – BOTTOM-UP DESIGN OF OLIGOMERICAL Miniproteiner. I DETTA WP DRAR VI NYTTA AV DEN STRUKTURELLA ENKELHETEN I SYMMETRISKA OLIGOPROTEINS FÖR ATT KOMBINERA PROTEINSYSTEM MED HÖG FUNKTIONELL KOMPLEXITET MED ENKELHETEN I DEN FASTA FASSYNTESEN AV PEPTIDER. VI HAR ORGANISERAT DENNA ARBETSGRUPP I TVÅ OLIKA UPPGIFTER, ENLIGT DET VALDA OLIGOMERICO-SYSTEMET OCH POTENTIELLA APPLIKATIONER. I WP2.1 KOMMER VI ATT AVGRÄNSA POTENTIALEN HOS ETT LITET HOMOTRIMERICA VIRUSPROTEIN, T4 FIBRITIN FOLDON (T4FF), SOM ETT STRUKTURELLT STÖD FÖR PROTEINDESIGN. MER SPECIFIKT KOMMER VI ATT ÄNDRA INTERAKTIONEN MELLAN DOMÄNERNA FÖR ATT ERHÅLLA HETEROTRIMERS; VI KOMMER ATT MODIFIERA HIDROFOBICO-KÄRNAN FÖR ATT ERHÅLLA FLUORESCERANDE ETIKETTER OCH KONTRASTMEDEL FÖR MRT, OCH UTFORSKA TILLÄMPNINGEN AV KOMBINATORISKA BIBLIOTEK FÖR ATT UPPTÄCKA RECEPTORER MED HÖG AFFINITET MED BIOTEKNISKA TILLÄMPNINGAR. I WP2.2 KOMMER VI ATT STUDERA HEXAMERICAS-PROTEINER, SÅ ATT GENOM RATIONELL MODIFIERING AV MONOMERICAS-ENHETERNA KAN PROTEINER ERHÅLLAS FÖR SPECIFIKA TILLÄMPNINGAR, SÅSOM UNIONEN AV NANORÖR, METALLKATALYS, UNIONEN TILL MEMBRAN ETC. (Swedish)
17 August 2022
0 references
IDEEA UNIFICATOARE A ACESTEI PROPUNERI ESTE DEZVOLTAREA DE INSTRUMENTE PEPTIDICE PENTRU RECUNOAȘTEREA BIOMOLECULARĂ SPECIFICĂ. ACEST CONCEPT GENERAL ESTE ÎNCORPORAT ÎN DOUĂ SARCINI COMPLEMENTARE (WP) AXATE PE OBIECTIVE MOLECULARE DIFERITE. WP1 ESTE, ÎN ESENȚĂ, CONTINUAREA PROIECTULUI NOSTRU ANTERIOR CTQ2012-31341, AXAT PE DEZVOLTAREA DE NOI AGENȚI AI UNIUNII ÎN ADN, INCLUSIV METALOPEPTIDOS AUTOASAMBLAT (HELICATOS PEPTIDICOS) ȘI MOLECULE MICI; WP2 DESCRIE O NOUĂ LINIE DE LUCRU CARE COMBINĂ EXPERIENȚA NOASTRĂ ÎN CHIMIA SUPRAMOLECULARĂ, PROIECTAREA PEPTIDELOR ȘI RECUNOAȘTEREA BIOMOLECULARĂ CU METODE DE CHIMIE COMBINATORIALĂ DINAMICĂ (DCC). Obiectivul nostru ÎN ACEST WP este de a expulza DCC miniproteine olygomericale pentru selectarea receptorilor de înaltă afinitate similari cu antidomesteri, precum și identificarea de PROTEINS auto-asamblate cu funcionalitate WP._x000D_ WP1 – Recunoașterea ADN-ului cu componențe de coordonare și molecule mici. ACEST PROGRAM DE LUCRU ESTE ORGANIZAT ÎN DOUĂ SARCINI; PRIMUL (WP1.1) SE CONCENTREAZĂ PE STUDIUL COMPLEXELOR DE COORDONARE DERIVATE DIN BISBENZAMIDINAS, CA PRIMELE EXEMPLE DE COMPLEXE METALICE CARE SUNT UNITE PRIN INTRODUCEREA ÎN CANELURA INFERIOARĂ A ADN-ULUI. ACESTE COMPLEXE COMBINĂ SELECTIVITATEA SECVENȚIALĂ A BISBENZAMIDINAS CU OPORTUNITĂȚILE DE PROIECTARE ȘI MODULARE A PROPRIETĂȚILOR OFERITE DE COMPLEXELE METALICE. ÎN ACELAȘI WP VOM STUDIA, DE ASEMENEA, OLIGOMEROS DE BISBENZAMIDINAS, CARE PREZINTĂ EFECTE DE COOPERARE ASUPRA RECUNOAȘTERII ADN-ULUI LOR ȘI S-AR PUTEA LEGA DE SECVENȚE REPETATE DE ADN GENOMIC RELEVANTE ÎN UNELE BOLI DEGENERATIVE, ȘI CHIAR SĂ GĂSEASCĂ APLICAȚII, CUM AR FI AGENȚI PENTRU CAPTAREA ADN CIRCULANT. PE DE ALTĂ PARTE, SARCINILE ACOPERITE DE WP1.2 PROPUN STUDIUL PROPRIETĂȚILOR COMPLEXELOR BIMETALICE SUPRAMOLECULARE (HELICATOS) CARE, ÎN CIUDA PROPRIETĂȚILOR LOR PROMIȚĂTOARE, NU AU FOST ÎNCĂ DEZVOLTATE CA ALTERNATIVE LA AGENȚII UTILIZAȚI ÎN PREZENT ÎN CHIMIOTERAPIE DATORITĂ PARȚIAL PROBLEMELOR ASOCIATE CU SINTEZA ACESTORA. VOM APLICA STRATEGIA SINTETICA DEZVOLTATA IN GRUPUL NOSTRU PENTRU EXPLORAREA SPATIULUI FUNCTIONAL/STRUCTURAL/CHIMIC AL ACESTOR SPECII SI OPTIMIZAREA PROPRIETATILOR BIOLOGICE ALE ACESTORA. _x000D_ WP2 – BOTTOM-UP DESIGN de Miniproteine OLIGOMERICALE. ÎN ACEST WP PROFITĂM DE SIMPLITATEA STRUCTURALĂ A OLIGOPROTEINS SIMETRICE PENTRU A COMBINA SISTEMELE PROTEICE DE ÎNALTĂ COMPLEXITATE FUNCȚIONALĂ CU SIMPLITATEA SINTEZEI ÎN FAZĂ SOLIDĂ A PEPTIDELOR. AM ORGANIZAT ACEST WP ÎN DOUĂ SARCINI DIFERITE, ÎN FUNCȚIE DE SISTEMUL OLIGOMERICO SELECTAT ȘI DE APLICAȚIILE POTENȚIALE. ÎN WP2.1 VOM DELIMITA POTENȚIALUL UNEI MICI PROTEINE VIRALE HOMOTRIMERICA, PLIONUL T4 FIBRITIN (T4FF), CA SUPORT STRUCTURAL PENTRU PROIECTAREA PROTEINELOR. MAI EXACT, VOM MODIFICA INTERACȚIUNILE DINTRE DOMENII PENTRU A OBȚINE HETEROTRIMERS; VOM MODIFICA NUCLEUL HIDROFOBICO PENTRU A OBȚINE ETICHETE FLUORESCENTE ȘI AGENȚI DE CONTRAST PENTRU RMN ȘI VOM EXPLORA APLICAREA BIBLIOTECILOR COMBINATORII PENTRU A DESCOPERI RECEPTORII DE ÎNALTĂ AFINITATE CU APLICAȚII BIOTEHNOLOGICE. ÎN WP2.2 VOM STUDIA PROTEINELE HEXAMERICAS, ASTFEL ÎNCÂT, PRIN MODIFICAREA RAȚIONALĂ A UNITĂȚILOR MONOMERICAS, PROTEINELE SĂ POATĂ FI OBȚINUTE PENTRU APLICAȚII SPECIFICE, CUM AR FI UNIUNEA NANOTUBURILOR, CATALIZA METALICĂ, UNIUNEA CU MEMBRANE ETC. (Romanian)
17 August 2022
0 references
POENOTENA IDEJA TEGA PREDLOGA JE RAZVOJ PEPTIDNIH ORODIJ ZA POSEBNO BIOMOLEKULARNO PREPOZNAVANJE. TA SPLOŠNI KONCEPT JE UTELEŠEN V DVE DOPOLNJUJOČI SE NALOGI, OSREDOTOČENI NA RAZLIČNE MOLEKULARNE CILJE IN CILJE. WP1 JE V BISTVU NADALJEVANJE NAŠEGA PREJŠNJEGA PROJEKTA CTQ2012–31341, OSREDOTOČENEGA NA RAZVOJ NOVIH AGENTOV UNIJE ZA DNK, VKLJUČNO S SAMOSESTAVLJENIMI METALOPEPTIDOS (HELICATOS PEPTIDICOS) IN MAJHNIMI MOLEKULAMI; WP2 OPISUJE NOVO LINIJO DELA, KI ZDRUŽUJE NAŠE IZKUŠNJE NA PODROČJU SUPRAMOLEKULARNE KEMIJE, OBLIKOVANJA PEPTIDOV IN BIOMOLEKULARNEGA PREPOZNAVANJA Z DINAMIČNIMI KOMBINIRANIMI KEMIJSKIMI METODAMI (DCC). Naš OBJEKTIV V THIS WP je izločiti Olygomerical miniprotein DCC za izbiro visokoafinitetnih receptorjev, podobnih anti-domesters, in identifikacijo samosestavljenih PROTEINS S funcionalnostjo WP._x000D_ WP1 – Priznavanje DNA s koordinacijskimi kompoziti in majhnimi moleculami. TA DELOVNA SKUPINA JE RAZDELJENA NA DVE NALOGI; PRVI (WP1.1) SE OSREDOTOČA NA PREUČEVANJE KOORDINACIJSKIH KOMPLEKSOV, PRIDOBLJENIH IZ BISBENZAMIDINAS, KOT PRVIH PRIMEROV KOVINSKIH KOMPLEKSOV, KI SE ZDRUŽIJO Z VSTAVITVIJO V SPODNJI UTOR DNK. TI KOMPLEKSI ZDRUŽUJEJO SEKVENČNO SELEKTIVNOST BISBENZAMIDINAS Z MOŽNOSTMI ZA OBLIKOVANJE IN MODULACIJO LASTNOSTI, KI JIH PONUJAJO KOVINSKI KOMPLEKSI. V ISTI DELOVNI SKUPINI BOMO PREUČILI TUDI OLIGOMEROS BISBENZAMIDINAS, KI KAŽEJO KOOPERATIVNE UČINKE NA NJIHOVO PREPOZNAVANJE DNK IN SE LAHKO VEŽEJO NA PONAVLJAJOČE SEKVENCE GENOMSKE DNK, POMEMBNE PRI NEKATERIH DEGENERATIVNIH BOLEZNIH, IN CELO POIŠČEJO APLIKACIJE, KOT SO AGENSI ZA ZAJEMANJE DNK V OBTOKU. PO DRUGI STRANI PA NALOGE, KI JIH ZAJEMA WP1.2, PREDLAGAJO ŠTUDIJO LASTNOSTI SUPRAMOLEKULARNIH BIMETALNIH KOMPLEKSOV (HELICATOS), KI KLJUB OBETAVNIM LASTNOSTIM ŠE NISO BILI RAZVITI KOT ALTERNATIVA ZDRAVILOM, KI SE TRENUTNO UPORABLJAJO V KEMOTERAPIJI, DELOMA ZARADI TEŽAV, POVEZANIH Z NJIHOVO SINTEZO. UPORABILI BOMO SINTETIČNO STRATEGIJO, RAZVITO V NAŠI SKUPINI ZA RAZISKOVANJE FUNKCIONALNEGA/STRUKTURNEGA/KEMIJSKEGA PROSTORA TEH VRST IN OPTIMIZACIJO NJIHOVIH BIOLOŠKIH LASTNOSTI. _x000D_ WP2 – BOTTOM-UP DESIGN OLIGOMERICALnih Miniproteinov. V TEJ DELOVNI SKUPINI IZKORIŠČAMO STRUKTURNO PREPROSTOST SIMETRIČNIH OLIGOPROTEINS ZA ZDRUŽEVANJE BELJAKOVINSKIH SISTEMOV VISOKE FUNKCIONALNE KOMPLEKSNOSTI S PREPROSTOSTJO SINTEZE TRDNE FAZE PEPTIDOV. TO DELOVNO SKUPINO SMO ORGANIZIRALI NA DVE RAZLIČNI NALOGI, GLEDE NA IZBRANI SISTEM OLIGOMERICO IN MOREBITNE APLIKACIJE. V WP2.1 BOMO RAZMEJILI POTENCIAL MAJHNEGA VIRUSNEGA PROTEINA HOMOTRIMERICA, T4 FIBRITIN RODONA (T4FF), KOT STRUKTURNE PODPORE ZA OBLIKOVANJE BELJAKOVIN. NATANČNEJE, SPREMENILI BOMO INTERAKCIJE MED PODROČJI, DA BI PRIDOBILI HETEROTRIMERS; SPREMENILI BOMO JEDRO HIDROFOBICO, DA BI DOBILI FLUORESCENTNE OZNAKE IN KONTRASTNA SREDSTVA ZA MRI TER RAZISKALI UPORABO KOMBINATORSKIH KNJIŽNIC ZA ODKRIVANJE RECEPTORJEV VISOKE AFINITETE Z BIOTEHNOLOŠKIMI APLIKACIJAMI. V WP2.2 BOMO PREUČEVALI BELJAKOVINE HEXAMERICAS, TAKO DA SE LAHKO Z RACIONALNO SPREMEMBO ENOT MONOMERICAS PRIDOBIJO BELJAKOVINE ZA POSEBNE NAMENE, KOT SO ZVEZA NANOCEVK, KATALIZA KOVIN, UNIJA DO MEMBRAN ITD. (Slovenian)
17 August 2022
0 references
UJEDNOLICONĄ IDEĄ NINIEJSZEGO WNIOSKU JEST OPRACOWANIE PEPTYDOWYCH NARZĘDZI DO SZCZEGÓLNEGO ROZPOZNAWANIA BIOMOLEKULARNEGO. TA OGÓLNA KONCEPCJA JEST ZAWARTA W DWÓCH UZUPEŁNIAJĄCYCH SIĘ ZADANIACH, KONCENTRUJĄCYCH SIĘ NA RÓŻNYCH CELACH MOLEKULARNYCH I CELACH. WP1 JEST ZASADNICZO KONTYNUACJĄ NASZEGO POPRZEDNIEGO PROJEKTU CTQ2012-31341, SKONCENTROWANEGO NA ROZWOJU NOWYCH UNIJNYCH CZYNNIKÓW DNA, W TYM SAMODZIELNIE ZMONTOWANYCH METALOPEPTIDOS (HELICATOS PEPTIDICOS) I MAŁYCH CZĄSTECZEK; WP2 OPISUJE NOWĄ LINIĘ PRACY, KTÓRA ŁĄCZY NASZE DOŚWIADCZENIE W CHEMII NADPRAMOLEKULARNEJ, PROJEKTOWANIU PEPTYDÓW I ROZPOZNAWANIU BIOMOLEKULARNYM Z DYNAMICZNYMI METODAMI CHEMII KOMBINATORYJNEJ (DCC). Naszym celem jest wydalanie Olygomerical miniprotein DCC w celu doboru receptorów o wysokiej afinity podobnych do anty-domesterów, oraz identyfikacja samodzielnie zmontowanych PROTEINS WITH funcionality WP._x000D_ WP1 – Rozpoznawanie DNA z koordynacją kompozycji i małych moleculas. GRUPA ROBOCZA SKŁADA SIĘ Z DWÓCH ZADAŃ: PIERWSZY (WP1.1) KONCENTRUJE SIĘ NA BADANIU KOMPLEKSÓW KOORDYNACYJNYCH POCHODZĄCYCH Z BISBENZAMIDINAS, JAKO PIERWSZYCH PRZYKŁADÓW KOMPLEKSÓW METALI, KTÓRE SĄ POŁĄCZONE PRZEZ WPROWADZENIE DO DOLNEGO ROWKA DNA. KOMPLEKSY TE ŁĄCZĄ SELEKTYWNOŚĆ SEKWENCJI BISBENZAMIDINAS Z MOŻLIWOŚCIAMI PROJEKTOWANIA I MODULACJI WŁAŚCIWOŚCI OFEROWANYCH PRZEZ KOMPLEKSY METALI. W TYM SAMYM WP BĘDZIEMY RÓWNIEŻ BADAĆ OLIGOMEROS BISBENZAMIDINAS, KTÓRE WYKAZUJĄ WSPÓŁDZIAŁAJĄCY WPŁYW NA ICH ROZPOZNANIE DNA I MOGĄ WIĄZAĆ SIĘ Z POWTARZAJĄCYMI SIĘ SEKWENCJAMI GENOMOWEGO DNA ISTOTNEGO W NIEKTÓRYCH CHOROBACH ZWYRODNIENIOWYCH, A NAWET ZNALEŹĆ ZASTOSOWANIA, TAKIE JAK ŚRODKI DO WYCHWYTYWANIA KRĄŻĄCEGO DNA. Z DRUGIEJ STRONY, ZADANIA OBJĘTE WP1.2 PROPONUJĄ BADANIE WŁAŚCIWOŚCI NADPRAMOLEKULARNYCH KOMPLEKSÓW BIMETALICZNYCH (HELICATOS), KTÓRE POMIMO SWOICH OBIECUJĄCYCH WŁAŚCIWOŚCI NIE ZOSTAŁY JESZCZE OPRACOWANE JAKO ALTERNATYWY DLA ŚRODKÓW OBECNIE STOSOWANYCH W CHEMIOTERAPII, CZĘŚCIOWO ZE WZGLĘDU NA PROBLEMY ZWIĄZANE Z ICH SYNTEZĄ. BĘDZIEMY STOSOWAĆ STRATEGIĘ SYNTETYCZNĄ OPRACOWANĄ W NASZEJ GRUPIE DO BADANIA PRZESTRZENI FUNKCJONALNEJ/STRUKTURALNEJ/CHEMICZNEJ TYCH GATUNKÓW I OPTYMALIZACJI ICH WŁAŚCIWOŚCI BIOLOGICZNYCH. _x000D_ WP2 – BOTTOM-UP DESIGN Miniprotein OLIGOMERICALNYCH. W TYM WP KORZYSTAMY Z PROSTOTY STRUKTURALNEJ SYMETRYCZNYCH OLIGOPROTEINS DO ŁĄCZENIA SYSTEMÓW BIAŁKOWYCH O WYSOKIEJ ZŁOŻONOŚCI FUNKCJONALNEJ Z PROSTOTĄ SYNTEZY FAZY STAŁEJ PEPTYDÓW. ZORGANIZOWALIŚMY TĘ WP W DWA RÓŻNE ZADANIA, ZGODNIE Z WYBRANYM SYSTEMEM OLIGOMERICO I POTENCJALNYMI APLIKACJAMI. W WP2.1 WYTYCZYMY POTENCJAŁ MAŁEGO BIAŁKA WIRUSOWEGO HOMOTRIMERICA, FAŁD T4 FIBRITIN (T4FF), JAKO WSPARCIE STRUKTURALNE DLA PROJEKTOWANIA BIAŁEK. DOKŁADNIEJ RZECZ UJMUJĄC, ZMODYFIKUJEMY INTERAKCJE MIĘDZY DOMENAMI, ABY UZYSKAĆ HETEROTRIMERS; ZMODYFIKUJEMY JĄDRO HIDROFOBICO W CELU UZYSKANIA ZNACZNIKÓW FLUORESCENCYJNYCH I ŚRODKÓW KONTRASTOWYCH DO MRI ORAZ ZBADAMY ZASTOSOWANIE BIBLIOTEK KOMBINATORYCZNYCH W CELU WYKRYCIA RECEPTORÓW O WYSOKIM POWINOWACTWIE Z APLIKACJAMI BIOTECHNOLOGICZNYMI. W WP2.2 BĘDZIEMY BADAĆ BIAŁKA HEXAMERICAS, TAK ABY POPRZEZ RACJONALNĄ MODYFIKACJĘ JEDNOSTEK MONOMERICAS MOŻNA BYŁO UZYSKAĆ BIAŁKA DO KONKRETNYCH ZASTOSOWAŃ, TAKICH JAK UNIA NANORURKÓW, KATALIZA METALI, UNIA DO MEMBRAN ITP. (Polish)
17 August 2022
0 references
Santiago de Compostela
0 references
20 December 2023
0 references
Identifiers
CTQ2015-70698-R
0 references