Applicability of proteogenomics in the progression of early stage endometrial endometrial carcinoma (Q3142050)
Jump to navigation
Jump to search
Project Q3142050 in Spain
| Language | Label | Description | Also known as |
|---|---|---|---|
| English | Applicability of proteogenomics in the progression of early stage endometrial endometrial carcinoma |
Project Q3142050 in Spain |
Statements
31,036.5 Euro
0 references
57,000.0 Euro
0 references
54.45 percent
0 references
1 January 2018
0 references
31 March 2021
0 references
FUNDACION INVESTIGACION BIOMEDICA HOSPITAL LA PAZ
0 references
Objetivos: 1.- Análisis diferencial de la expresión de proteínas por espectrometría de masas y análisis del transcriptoma para identificar proteínas y genes implicados en la recaída de carcinoma endometrioide de endometrio (CEE) de bajo grado diagnosticado en estadios iniciales. 2.- Integración de los datos para su análisis proteogenómico para identificar posibles proteínas mutadas específicas de las muestras analizadas. 3.- Validación de los biomarcadores identificados mediante técnicas de inmunohistoquímica, western blot y RT-PCR en una serie de CEE. Metodología: - Análisis mediante proteómica cuantitativa tipo TMT para identificar los perfiles proteicos. - Análisis mediante RNA-Seq para analizar posibles mutaciones y variantes transcripcionales. - Estudio proteogenómico con diferentes herramientas bioinformáticas gracias a la generación de bases de datos a partir de los datos transcriptómicos. - Técnicas de inmunohistoquímica, western blot y RT-PCR en una serie de CEE para validación de los biomarcadores identificados en el estudio proteogenómico. Abstract Objectives: 1.-Differential analysis of protein expression by mass spectrometry and transcriptome analysis to identify proteins and genes involved in recurrence of early stage endometrial endometrioid carcinoma (EEC). 2.-Data integration for proteogenomic analysis to identify mutated proteins specifically altered in the samples analyzed. 3.-Validation of the biomarkers identified with immunohistochemistry, western blot and RT-PCR using a series of EEC. Methodology: - Quantitative proteomic analysis by TMT to identify and quantify peptides. - RNA-seq analysis to identify mutations and transcriptional variants. - Proteogenomic analysis with different bioinformatics tools using databases generated from transcriptomic data. - Validation of the biomarkers identified in proteogenomics analysis by IHC, WB and RT-PCR in a series of EEC (Spanish)
0 references
Objectives: 1.- Differential analysis of protein expression by mass spectrometry and transcriptome analysis to identify proteins and genes involved in the relapse of low-grade endometrioid carcinoma (CEE) diagnosed in initial stages. 2.- Integration of the data for proteogenonomic analysis to identify possible mutated proteins specific to the samples analysed. 3.- Validation of biomarkers identified by techniques of immunohistochemistry, western blot and RT-PCR in a series of EEC. Methodology: — Analysis by quantitative proteomics type TMT to identify protein profiles. — Analysis by RNA-Seq to analyse possible mutations and transcriptional variants. — Proteogenonomic study with different bioinformatics tools thanks to the generation of databases from transcriptomic data. — Techniques of immunohistochemistry, western blot and RT-PCR in a series of EEC for validation of biomarkers identified in the proteogenonomic study. Abstract Objectives: 1.-Differential analysis of protein expression by mass spectrometry and transcriptome analysis to identify proteins and genes involved in recurrence of early stage endometrial endometrioid carcinoma (EEC). 2.-Data integration for proteogenomic analysis to identify mutated proteins specifically altered in the samples analysed. 3.-Validation of the biomarkers identified with immunohistochemistry, western blot and RT-PCR using a series of EEC. Methodology: — Quantitative proteomic analysis by TMT to identify and quantify peptides. — RNA-seq analysis to identify mutations and transcriptional variants. — Proteogenomic analysis with different bioinformatics tools using databases generated from transcriptomic data. — Validation of the biomarkers identified in proteogenomics analysis by IHC, WB and RT-PCR in a series of EEC (English)
12 October 2021
0.3279269540794778
0 references
Objectifs: 1.- Analyse différentielle de l’expression des protéines par spectrométrie de masse et analyse transcriptome pour identifier les protéines et les gènes impliqués dans la rechute du carcinome endométroïde de faible grade (CEE) diagnostiqué au stade initial. 2.- Intégration des données pour l’analyse protéogénonomique afin d’identifier d’éventuelles protéines mutées propres aux échantillons analysés. 3.- Validation des biomarqueurs identifiés par des techniques d’immunohistochimie, de blot occidental et de RT-PCR dans une série de CEE. Méthodologie: — Analyse par la protéomique quantitative de type TMT pour identifier les profils protéiques. — Analyse par RNA-Seq pour analyser les mutations possibles et les variantes transcriptionnelles. — Étude protéogénonomique avec différents outils de bioinformatique grâce à la génération de bases de données à partir de données transcriptomiques. — Techniques d’immunohistochimie, de blot occidental et de RT-PCR dans une série de CEE pour la validation des biomarqueurs identifiés dans l’étude protéogénonomique. Objectifs abstraits: 1.-Analyse différenciée de l’expression des protéines par spectrométrie de masse et analyse transcriptome pour identifier les protéines et les gènes impliqués dans la récurrence du carcinome de l’endométrioïde à stade précoce (CEE). 2.-Intégration des données pour l’analyse protéogénomique afin d’identifier les protéines mutées spécifiquement modifiées dans les échantillons analysés. 3.-Validation des biomarqueurs identifiés avec l’immunohistochimie, le blot occidental et le RT-PCR à l’aide d’une série de CEE. Méthodologie: — Analyse protéomique quantitative par TMT pour identifier et quantifier les peptides. — Analyse de l’ARN-seq pour identifier les mutations et les variantes transcriptionnelles. — Analyse protéogénomique avec différents outils de bioinformatique à l’aide de bases de données générées à partir de données transcriptomiques. Validation des biomarqueurs identifiés dans l’analyse protéogénomique par IHC, WB et RT-PCR dans une série de CEE (French)
2 December 2021
0 references
Ziele: 1.- Differentialanalyse der Proteinexpression durch Massenspektrometrie und Transkriptomanalyse zur Identifizierung von Proteinen und Genen, die am Rückfall von niedriggradigen Endometrioidkarzinomen (CEE) beteiligt sind, die in den Anfangsphasen diagnostiziert wurden. 2.- Integration der Daten für die proteogenonomische Analyse, um mögliche mutierte Proteine zu identifizieren, die für die analysierten Proben spezifisch sind. 3.- Validierung von Biomarkern, die durch Techniken der Immunohistochemistrie, Western Blot und RT-PCR in einer Reihe von EWG-Ländern identifiziert wurden. Methodik: — Analyse durch quantitative Proteomik Typ TMT zur Identifizierung von Proteinprofilen. — Analyse durch RNA-Seq zur Analyse möglicher Mutationen und Transkriptionsvarianten. — Proteogenonomic Studie mit verschiedenen bioinformatischen Tools dank der Erzeugung von Datenbanken aus transcriptomischen Daten. — Techniken der Immunohistochemistrie, Western Blot und RT-PCR in einer Reihe von EWG zur Validierung von Biomarkern, die in der proteogenonomischen Studie identifiziert wurden. Abstrakte Ziele: 1.-Differenzielle Analyse der Proteinexpression durch Massenspektrometrie und Transkriptomanalyse zur Identifizierung von Proteinen und Genen, die am Wiederauftreten des Endometrioidkarzinoms im Frühstadium (EEC) beteiligt sind. 2.-Datenintegration für proteogenomische Analyse, um mutierte Proteine zu identifizieren, die in den analysierten Proben speziell verändert wurden. 3.- Validierung der mit Immunohistochemistry, Western Blot und RT-PCR identifizierten Biomarker mit Hilfe einer Reihe von EWG. Methodik: — Quantitative proteomische Analyse durch TMT zur Identifizierung und Quantifizierung von Peptiden. — RNA-seq-Analyse zur Identifizierung von Mutationen und Transkriptionsvarianten. — Proteogenomische Analyse mit verschiedenen bioinformatischen Tools unter Verwendung von Datenbanken, die aus transkriptomischen Daten generiert werden. — Validierung der in der Proteogenomics-Analyse identifizierten Biomarker durch IHC, WB und RT-PCR in einer Reihe von EWG-Ländern (German)
9 December 2021
0 references
Doelstellingen: 1.- Differentiële analyse van eiwituitdrukking door massaspectrometrie en transcriptoomanalyse om eiwitten en genen te identificeren betrokken bij de terugval van low-grade endometrioid carcinoom (CEE) gediagnosticeerd in eerste stadia. 2.- Integratie van de gegevens voor proteogenonomische analyse om mogelijke gemuteerde eiwitten te identificeren die specifiek zijn voor de geanalyseerde monsters. 3.- Validatie van biomarkers geïdentificeerd door technieken van immunohistochemie, westelijke vlek en RT-PCR in een reeks EEG. Methodologie: — Analyse door kwantitatieve proteomics type TMT om eiwitprofielen te identificeren. — Analyse door RNA-Seq om mogelijke mutaties en transcriptionele varianten te analyseren. — Proteogenonomische studie met verschillende bio-informatica tools dankzij de generatie van databases uit transcriptomische gegevens. — Technieken van immunohistochemie, western blot en RT-PCR in een reeks van EEG voor de validatie van biomarkers geïdentificeerd in de proteogenonomische studie. Abstracte doelstellingen: 1.-Differentiële analyse van eiwituitdrukking door massaspectrometrie en transcriptoomanalyse om eiwitten en genen te identificeren betrokken bij herhaling van beginstadium endometrium endometrioïd carcinoom (EEG). 2.-Gegevensintegratie voor proteogenomic analyse om gemuteerde eiwitten te identificeren die specifiek in de geanalyseerde steekproeven worden veranderd. 3.-Validatie van de biomarkers geïdentificeerd met immunohistochemie, westerse vlek en RT-PCR met behulp van een reeks EEG. Methodologie: — Kwantitatieve proteomische analyse door TMT om peptiden te identificeren en te kwantificeren. — RNA-seq analyse om mutaties en transcriptionele varianten te identificeren. — Proteogenomic analyse met verschillende bio-informatica tools met behulp van databases gegenereerd uit transcriptomische gegevens. Validering van de biomarkers die in de Proteogenomics-analyse door IHC, WB en RT-PCR in een reeks EEG zijn geïdentificeerd (Dutch)
17 December 2021
0 references
Obiettivi: 1.- Analisi differenziale dell'espressione proteica mediante spettrometria di massa e analisi del trascrittoma per identificare le proteine e i geni coinvolti nella ricaduta del carcinoma endometriide a basso grado (CEE) diagnosticato nelle fasi iniziali. 2.- Integrazione dei dati per l'analisi proteogenonomica per identificare possibili proteine mutate specifiche dei campioni analizzati. 3.- Validazione di biomarcatori identificati da tecniche di immunoistochimica, blot occidentale e RT-PCR in una serie di CEE. Metodologia: — Analisi per proteomica quantitativa tipo TMT per identificare i profili proteici. — Analisi da RNA-Seq per analizzare possibili mutazioni e varianti trascrizionali. — Studio proteogenonomico con diversi strumenti di bioinformatica grazie alla generazione di database da dati trascrittomici. — Tecniche di immunoistochimica, blot occidentale e RT-PCR in una serie di CEE per la convalida dei biomarcatori identificati nello studio proteogenonomico. Obiettivi astratti: 1.-Analisi differenziale dell'espressione proteica mediante spettrometria di massa e analisi del trascrittoma per identificare le proteine e i geni coinvolti nella ricorrenza del carcinoma endometrio endometrio precoce (CEE). 2.-integrazione dei dati per l'analisi proteogenomica per identificare le proteine mutate specificamente alterate nei campioni analizzati. 3.-Validazione dei biomarcatori identificati con immunoistochimica, blot occidentale e RT-PCR utilizzando una serie di CEE. Metodologia: — Analisi proteomica quantitativa da TMT per identificare e quantificare peptidi. — Analisi RNA-seq per identificare mutazioni e varianti trascrizionali. — Analisi proteogenomica con diversi strumenti di bioinformatica utilizzando database generati da dati trascrittomici. — Convalida dei biomarcatori identificati nell'analisi della proteogenomica da parte di IHC, WB e RT-PCR in una serie di CEE (Italian)
16 January 2022
0 references
Eesmärgid: 1.- Valgu ekspressiooni diferentsiaalne analüüs massispektromeetria ja transkriptomeanalüüsi abil, et tuvastada algstaadiumis diagnoositud madalakvaliteedilise endometrioidse kartsinoomi (CEE) retsidiivis osalevaid valke ja geene. 2.- Proteogenonoomilise analüüsi andmete integreerimine, et teha kindlaks analüüsitavatele proovidele omased võimalikud muteerunud valgud. 3.- immunohistokeemia, lääneblot’i ja RT-PCRi meetodite abil identifitseeritud biomarkerite valideerimine EMÜ seerias. Metoodika: – Analüüs kvantitatiivse proteoomika tüübi TMT järgi, et teha kindlaks valguprofiilid. – RNA-Seqi analüüs võimalike mutatsioonide ja transkriptsioonivariantide analüüsimiseks. – Proteogenonoomne uuring erinevate bioinformaatikavahenditega tänu andmebaaside loomisele transkriptoomiliste andmete põhjal. – Immunohistokeemia, Western blot’i ja RT-PCR-meetodid EMÜ seerias proteogenonoomilises uuringus tuvastatud biomarkerite valideerimiseks. Abstraktsed eesmärgid: 1.-valgu ekspressiooni diferentsiaalne analüüs massispektromeetria abil ja transkriptomeanalüüs, et teha kindlaks valgud ja geenid, mis osalevad varajases staadiumis endomeetriumi endometrioidse kartsinoomi (EMÜ) kordumises. 2.-Andmete integreerimine proteogenoomiliseks analüüsiks, et teha kindlaks muteerunud valgud, mida on analüüsitud proovides konkreetselt muudetud. 3.- immunohistokeemia, läänebloti ja RT-PCRiga identifitseeritud biomarkerite valideerimine, kasutades EMÜ seeriat. Metoodika: – TMT kvantitatiivne proteoomiline analüüs peptiidide tuvastamiseks ja kvantifitseerimiseks. – RNA-seq analüüs mutatsioonide ja transkriptsioonivariantide tuvastamiseks. – Proteogeenne analüüs erinevate bioinformaatikavahenditega, kasutades transkriptoomilistest andmetest saadud andmebaase. – IHC, WB ja RT-PCRi abil proteogenoomika analüüsis EMÜ seerias kindlaks tehtud biomarkerite valideerimine (Estonian)
4 August 2022
0 references
Tikslai: 1.- diferencinė baltymų ekspresijos analizė masių spektrometrijos ir transkriptomos analizės būdu, siekiant nustatyti baltymus ir genus, dalyvaujančius pradinėse stadijose diagnozuotos žemos kokybės endometrioidinės karcinomos (CEE) atkrytyje. 2.- Proteogenonominės analizės duomenų integravimas siekiant nustatyti galimus tiriamiems mėginiams būdingus mutavusius baltymus. 3.- Biologinių žymenų, identifikuotų imunohistochemijos, vakarų blot ir AT-PGR metodais, patvirtinimas EEB serijoje. Metodika: – Analizė pagal kiekybinį proteomikos tipą TMT, siekiant nustatyti baltymų profilius. – RNR-Seq atliekama analizė, siekiant ištirti galimas mutacijas ir transkripcijos variantus. – Proteogenonominiai tyrimai su skirtingais bioinformatikos įrankiais dėl duomenų bazių generavimo iš transkriptominių duomenų. – Imunohistochemijos, vakarinio blot ir AT-PGR metodai EEB serijoje, skirti proteogenonominiame tyrime nustatytiems biologiniams žymenims patvirtinti. Abstraktūs tikslai: 1.-Diferencinė baltymų ekspresijos analizė masių spektrometrijos ir transkriptomos analizės būdu, siekiant nustatyti baltymus ir genus, susijusius su ankstyvosios stadijos endometrioidinės karcinomos pasikartojimu (EEB). 2.-Duomenų integravimas proteogenominei analizei, siekiant nustatyti mutavusius baltymus, kurie buvo specialiai pakeisti tiriamuose mėginiuose. 3.-Biologinių žymenų, identifikuotų imunohistochemija, vakarietiška blot ir AT-PGR, patvirtinimas naudojant EEB seriją. Metodika: – Kiekybinė proteominė analizė, atliekama TMT, siekiant nustatyti ir kiekybiškai įvertinti peptidus. RNR-seq analizė mutacijoms ir transkripciniams variantams nustatyti. – Proteogenominė analizė su skirtingais bioinformatikos įrankiais, naudojant duomenų bazes, sukurtas iš transkriptominių duomenų. – Proteogenomikos analizėje IHC, WB ir AT-PGR identifikuotų biologinių žymenų patvirtinimas EEB serijoje (Lithuanian)
4 August 2022
0 references
Ciljevi: 1.- Diferencijalna analiza ekspresije proteina pomoću masene spektrometrije i transkriptoma kako bi se identificirali proteini i geni uključeni u relaps karcinoma endometrioida niskog stupnja (CEE) dijagnosticiran u početnim fazama. 2.- Integracija podataka za proteogenonomsku analizu kako bi se identificirali mogući mutirani proteini specifični za analizirane uzorke. 3.- Validacija biomarkera identificiranih tehnikama imunohistokemije, Western blot i RT-PCR u seriji EEZ-a. Metodologija: — Analiza kvantitativne proteomike tipa TMT kako bi se identificirali proteinski profili. — Analiza RNK-Seq za analizu mogućih mutacija i transkripcijskih varijanti. — Proteogenonomska studija s različitim bioinformatičkim alatima zahvaljujući generiranju baza podataka iz transkriptomskih podataka. — Tehnike imunohistokemije, Western blot i RT-PCR u nizu EEZ za validaciju biomarkera identificiranih u proteogenonomskom istraživanju. Sažetak Ciljevi: 1.-Diferencijalna analiza ekspresije proteina prema masovnoj spektrometriji i transkriptomskoj analizi kako bi se identificirali proteini i geni uključeni u recidiv karcinoma endometrija endometrija u ranoj fazi (EEC). 2.-Integracijom podataka za proteogenomsku analizu kako bi se identificirali mutirani proteini koji su posebno promijenjeni u analiziranim uzorcima. 3.-Validacija biomarkera identificiranih s imunohistokemijom, zapadnim blotom i RT-PCR-om koristeći seriju EEZ-a. Metodologija: — Kvantitativna proteomska analiza TMT-a kako bi se identificirali i kvantificirali peptidi. — RNK-seq analiza za identifikaciju mutacija i transkripcijskih varijanti. — Proteogenomska analiza s različitim bioinformatičkim alatima pomoću baza podataka dobivenih iz transkriptomskih podataka. Validacija biomarkera utvrđenih u Proteogenomičkoj analizi IHC-a, WB-a i RT-PCR-a u seriji EEZ-a (Croatian)
4 August 2022
0 references
Στόχοι: 1.- Διαφορική ανάλυση της έκφρασης των πρωτεϊνών με φασματομετρία μάζας και μεταγραφική ανάλυση για τον εντοπισμό πρωτεϊνών και γονιδίων που εμπλέκονται στην υποτροπή ενδομητριοειδούς καρκινώματος χαμηλής ποιότητας (CEE) που διαγιγνώσκεται στα αρχικά στάδια. 2.- Ολοκλήρωση των δεδομένων για την πρωτεογονομική ανάλυση για τον εντοπισμό πιθανών μεταλλαγμένων πρωτεϊνών ειδικά για τα δείγματα που αναλύθηκαν. 3.- Επικύρωση βιοδεικτών που αναγνωρίζονται με τεχνικές ανοσοϊστοχημείας, δυτικών κηλίδων και RT-PCR σε μια σειρά ΕΟΚ. Μεθοδολογία: — Ανάλυση με ποσοτικό τύπο πρωτεϊνικής TMT για τον προσδιορισμό των πρωτεϊνικών προφίλ. — Ανάλυση από το RNA-Seq για την ανάλυση πιθανών μεταλλάξεων και μεταγραφικών παραλλαγών. — Πρωτεογονομική μελέτη με διαφορετικά εργαλεία βιοπληροφορικής χάρη στη δημιουργία βάσεων δεδομένων από μεταγραφικά δεδομένα. — Τεχνικές της ανοσοϊστοχημείας, της δυτικής κηλίδας και της RT-PCR σε μια σειρά ΕΟΚ για την επικύρωση των βιοδεικτών που προσδιορίζονται στην πρωτεογονομική μελέτη. Αφηρημένοι στόχοι: 1.- Διαφορική ανάλυση της έκφρασης των πρωτεϊνών με φασματομετρία μάζας και μεταγραφική ανάλυση για τον προσδιορισμό των πρωτεϊνών και των γονιδίων που εμπλέκονται στην υποτροπή του ενδομητριοειδούς καρκινώματος του πρώιμου σταδίου του ενδομητρίου (EEC). 2.- Ολοκλήρωση δεδομένων για πρωτεογονομική ανάλυση για τον προσδιορισμό των μεταλλαγμένων πρωτεϊνών που έχουν τροποποιηθεί ειδικά στα δείγματα που αναλύθηκαν. 3.- Επικύρωση των βιοδεικτών που ταυτοποιούνται με ανοσοϊστοχημεία, δυτική κηλίδα και RT-PCR χρησιμοποιώντας μια σειρά ΕΟΚ. Μεθοδολογία: — Ποσοτική πρωτεωμική ανάλυση από την TMT για τον προσδιορισμό και τον ποσοτικό προσδιορισμό των πεπτιδίων. — Ανάλυση RNA-seq για τον προσδιορισμό μεταλλάξεων και μεταγραφικών παραλλαγών. — Πρωτεογονομική ανάλυση με διαφορετικά εργαλεία βιοπληροφορικής με τη χρήση βάσεων δεδομένων παραγόμενων από μεταγραφικά δεδομένα. — Επικύρωση των βιοδεικτών που προσδιορίζονται στην ανάλυση της πρωτεογονομικής από τις IHC, WB και RT-PCR σε μια σειρά ΕΟΚ (Greek)
4 August 2022
0 references
Ciele: 1.- Diferenciálna analýza expresie proteínov hmotnostnou spektrometriou a transkriptómovou analýzou na identifikáciu proteínov a génov zapojených do relapsu nízkostupňového endometrioidného karcinómu (CEE) diagnostikovaného v počiatočných štádiách. 2.- Integrácia údajov pre proteogenonomickú analýzu na identifikáciu možných mutovaných proteínov špecifických pre analyzované vzorky. 3.- validácia biomarkerov identifikovaných technikami imunohistochémie, Western blot a RT-PCR v sérii EHS. Metodika: — Analýza pomocou kvantitatívnej proteomiky typu TMT na identifikáciu proteínových profilov. — Analýza RNA-Seq na analýzu možných mutácií a transkripčných variantov. — Proteogenonomická štúdia s rôznymi nástrojmi bioinformatiky vďaka generovaniu databáz z transkriptomických údajov. Techniky imunohistochémie, Western blot a RT-PCR v sérii EHS na validáciu biomarkerov identifikovaných v proteogenonomickej štúdii. Abstraktné ciele: 1.-Diferenciálna analýza expresie proteínov hmotnostnou spektrometriou a transkriptómovou analýzou na identifikáciu proteínov a génov zapojených do opätovného výskytu karcinómu endometria v ranom štádiu (EHS). 2.-Integrácia údajov pre proteogenomickú analýzu na identifikáciu mutovaných proteínov špecificky zmenených v analyzovaných vzorkách. 3.-Validácia biomarkerov identifikovaných imunohistochémie, western blot a RT-PCR pomocou série EHS. Metodika: — Kvantitatívna proteomická analýza TMT na identifikáciu a kvantifikáciu peptidov. Analýza RNA-seq na identifikáciu mutácií a transkripčných variantov. — Proteogenomická analýza s rôznymi nástrojmi bioinformatiky s použitím databáz generovaných z transkriptomických údajov. Validácia biomarkerov identifikovaných v proteogenomickej analýze IHC, WB a RT-PCR v sérii EHS (Slovak)
4 August 2022
0 references
Tavoitteet: 1.- Erilainen analyysi proteiinin ilmentymän massaspektrometrian ja transkriptomi analyysi tunnistaa proteiinit ja geenit mukana relapse matalan asteen endometrioid karsinooman (CEE) diagnosoitu alkuvaiheessa. 2.- Proteogenonomisen analyysin tietojen integrointi analysoiduille näytteille ominaisten mahdollisten mutatoituneiden proteiinien tunnistamiseksi. 3.- immunohistokemian, Western blotin ja RT-PCR:n avulla tunnistettujen biomarkkerien validointi ETY:n sarjassa. Menetelmät: — Analyysi kvantitatiivisella proteomiikalla tyyppi TMT tunnistaa proteiiniprofiilit. — RNA-Seq:n analyysi mahdollisten mutaatioiden ja transkriptionaalisten varianttien analysoimiseksi. — Proteogenonominen tutkimus, jossa käytetään erilaisia bioinformatiikkatyökaluja sen ansiosta, että tietokantoja on luotu transkrimaattisista tiedoista. — Immunohistokemian, Western blotin ja RT-PCR:n tekniikat ETY-sarjassa proteogenonomisessa tutkimuksessa yksilöityjen biomarkkerien validoimiseksi. Abstraktit tavoitteet: 1.- Erilainen analyysi proteiinin ilmentymisestä massaspektrometrian ja transkriptomianalyysin avulla tunnistamaan proteiineja ja geenejä, jotka liittyvät alkuvaiheen endometriumin karsinooman (ETY) uusiutumiseen. 2.-Data-integraatio proteogeenista analyysiä varten analysoiduissa näytteissä erityisesti muutettujen mutatoituneiden proteiinien tunnistamiseksi. 3.- immunohistokemialla, Western blotilla ja RT-PCR:llä tunnistettujen biomarkkerien validointi käyttäen ETY-sarjaa. Menetelmät: — TMT:n suorittama proteominen kvantitatiivinen analyysi peptidien tunnistamiseksi ja kvantifioimiseksi. — RNA-seq-analyysi mutaatioiden ja transkriptiomuunnelmien tunnistamiseksi. — Proteogenominen analyysi, jossa käytetään erilaisia bioinformatiikkatyökaluja, joissa käytetään transkrimaattisista tiedoista tuotettuja tietokantoja. — IHC:n, WB:n ja RT-PCR:n proteogenomiikka-analyysissä yksilöityjen biomarkkerien validointi ETY:n sarjassa (Finnish)
4 August 2022
0 references
Cele: 1.- Analiza różnicowa ekspresji białek za pomocą spektrometrii masowej i analizy transkrypcji w celu identyfikacji białek i genów zaangażowanych w nawrót raka endometrioidowego niskiej jakości (CEE) rozpoznanego w początkowych stadiach. 2.- Integracja danych do analizy proteogenonomicznej w celu zidentyfikowania możliwych zmutowanych białek właściwych dla analizowanych próbek. 3.- Walidacja biomarkerów zidentyfikowanych technikami immunohistochemii, zachodniej plamy i RT-PCR w serii EWG. Metodyka: — Analiza metodą proteomiki ilościowej typu TMT w celu identyfikacji profili białkowych. — Analiza RNA-Seq w celu analizy możliwych mutacji i wariantów transkrypcyjnych. — Badanie proteogenonomiczne z różnymi narzędziami bioinformatycznymi dzięki generowaniu baz danych z danych transkryptomicznych. — Techniki immunohistochemii, zachodniej plamy i RT-PCR w serii EWG w celu walidacji biomarkerów zidentyfikowanych w badaniu proteogenonomicznym. Cele abstrakcyjne: 1.-Analiza różnicowa ekspresji białek za pomocą spektrometrii masowej i analizy transkrypcji w celu identyfikacji białek i genów biorących udział w nawrotach raka endometrioidowego we wczesnym stadium endometrium (EWG). 2.- Integracja danych do analizy proteogenomicznej w celu identyfikacji zmutowanych białek, które zostały zmienione w analizowanych próbkach. 3.-Walidacja biomarkerów zidentyfikowanych immunohistochemią, zachodnią plamą i RT-PCR przy użyciu serii EWG. Metodyka: — Ilościowa analiza proteomiczna przez TMT w celu identyfikacji i ilościowego określenia peptydów. — Analiza RNA-seq w celu identyfikacji mutacji i wariantów transkrypcyjnych. — Analiza proteogenomiczna z wykorzystaniem różnych narzędzi bioinformatycznych z wykorzystaniem baz danych generowanych z danych transkryptomicznych. — Walidacja biomarkerów zidentyfikowanych w analizie proteogenomicznej przez IHC, WB i RT-PCR w serii EWG (Polish)
4 August 2022
0 references
Célkitűzések: 1.- Differenciális analízis fehérje expresszió tömegspektrometriával és transzkriptom analízissel azonosítani fehérjék és gének részt vesz a relapszus az alacsony minőségű endometrioid karcinóma (CEE) diagnosztizált kezdeti szakaszában. 2.- A proteogenonómiai elemzéshez szükséges adatok integrálása az elemzett mintákra jellemző lehetséges mutált fehérjék azonosítására. 3.- Az immunhisztokémia, a nyugati blot és az RT-PCR technikákkal azonosított biomarkerek validálása egy sor EGK-ban. Módszertan: – TMT típusú kvantitatív proteomikával történő elemzés a fehérjeprofilok azonosítására. – Az RNS-Seq által végzett elemzés a lehetséges mutációk és transzkripciós variánsok elemzésére. – Proteogenonomic tanulmány különböző bioinformatikai eszközökkel, köszönhetően a generációs adatbázisok transzkriptomikus adatok. – Az immunhisztokémia, a nyugati blot és az RT-PCR technikák egy sor EGK-ban a proteogenonómiai vizsgálatban azonosított biomarkerek validálására. Absztrakt célok: 1.-Differenciális analízis fehérje expresszió tömegspektrometriával és transzkriptom analízissel azonosítani fehérjék és gének, amelyek részt vesznek a kiújulás a korai stádiumú endometrium endometrioid carcinoma (EGK). 2.-adatintegráció proteogenomikus analízishez az elemzett mintákban kifejezetten megváltozott mutált fehérjék azonosítására. 3.- Az immunhisztokémiával, a nyugati blottal és az RT-PCR-rel azonosított biomarkerek validálása EGK-sorozat alkalmazásával. Módszertan: – A TMT által végzett kvantitatív proteomikus elemzés a peptidek azonosítására és mennyiségi meghatározására. – RNS-seq analízis a mutációk és transzkripciós variánsok azonosítására. – Proteogenomikus elemzés különböző bioinformatikai eszközökkel, transcriptomikus adatokból származó adatbázisok felhasználásával. – Az IHC, a WB és az RT-PCR proteogenomikai elemzésében azonosított biomarkerek validálása egy sor EGK-ban (Hungarian)
4 August 2022
0 references
Cíle: 1.- diferenciální analýza exprese proteinů pomocí hmotnostní spektrometrie a transkriptomové analýzy k identifikaci proteinů a genů zapojených do relapsu nízkostupňového endometrioidního karcinomu (CEE) diagnostikovaného v počátečních stádiích. 2.- Integrace dat pro proteogenonomickou analýzu k identifikaci možných mutovaných proteinů specifických pro analyzované vzorky. 3.- validace biomarkerů identifikovaných technikami imunohistochemie, Western blot a RT-PCR v řadě EHS. Metodika: — Analýza kvantitativní proteomiky typu TMT pro identifikaci proteinových profilů. — Analýza RNA-Seq pro analýzu možných mutací a transkripčních variant. — Proteogenonomická studie s různými bioinformatiky díky generování databází z transkriptomických dat. — Techniky imunohistochemie, Western blot a RT-PCR v řadě EHS pro validaci biomarkerů identifikovaných v proteogenonomické studii. Abstraktní cíle: 1.-Diferenční analýza exprese proteinů pomocí hmotnostní spektrometrie a transkriptomové analýzy k identifikaci proteinů a genů podílejících se na recidivě endometrioidního karcinomu endometria v raném stádiu (EHS). 2. – Integrace dat pro proteogenomickou analýzu k identifikaci mutovaných proteinů, které byly konkrétně změněny v analyzovaných vzorcích. 3.-Validace biomarkerů identifikovaných imunohistochemií, Western blot a RT-PCR pomocí řady EHS. Metodika: — Kvantitativní proteomická analýza TMT k identifikaci a kvantifikaci peptidů. — Analýza RNA-seq k identifikaci mutací a transkripčních variant. — Proteogenomická analýza pomocí různých bioinformatických nástrojů využívajících databáze generované z transkriptomických dat. — Validace biomarkerů identifikovaných v proteogenomické analýze IHC, WB a RT-PCR v řadě EHS (Czech)
4 August 2022
0 references
Mērķi: 1.- diferenciāla analīze olbaltumvielu ekspresijas ar masspektrometrijas un transkriptome analīzi, lai noteiktu olbaltumvielas un gēnus, kas iesaistīti recidīvā zemas kvalitātes endometrioīdu karcinomu (CEE), kas diagnosticēta sākotnējā stadijā. 2.- datu integrācija proteogenonomiskajā analīzē, lai noteiktu iespējamos mutācijas proteīnus, kas raksturīgi analizētajiem paraugiem. 3.- tādu biomarķieru validācija, kas identificēti ar imūnhistoķīmijas, rietumu blot un RT-PCR metodēm EEK sērijā. Metodika: — Analīze pēc kvantitatīvās proteomikas tipa TMT, lai noteiktu proteīnu profilus. — RNS-Seq analīze, lai analizētu iespējamās mutācijas un transkripcijas variantus. Proteogenonomisks pētījums ar dažādiem bioinformātikas rīkiem, pateicoties datubāzu ģenerēšanai no transkriptomikas datiem. Imūnhistoķīmijas, Western blot un RT-PCR metodes EEK sērijā, lai apstiprinātu proteogenonomiskajā pētījumā identificētos biomarķierus. Abstrakti mērķi: 1.-Diferencēta olbaltumvielu ekspresijas analīze ar masspektrometrijas un transkriptometa analīzi, lai noteiktu olbaltumvielas un gēnus, kas iesaistīti endometrija agrīnas stadijas endometrioīda karcinomas (EEK) recidīvā. 2.-Datu integrācija proteogenomikai analīzei, lai noteiktu mutētus proteīnus, kas analizētajos paraugos ir īpaši izmainīti. 3.-Apstiprināt biomarķierus, kas identificēti ar imūnhistoķīmiju, Western blot un RT-PCR, izmantojot virkni EEK. Metodika: — TMT veiktā kvantitatīvā proteomika analīze, lai identificētu un kvantitatīvi noteiktu peptīdus. — RNS-seq analīze, lai identificētu mutācijas un transkripcijas variantus. — Proteogenomiska analīze ar dažādiem bioinformātikas rīkiem, izmantojot datubāzes, kas iegūtas no transkriptomikas datiem. — Proteoģenomikas analīzē identificēto biomarķieru validācija ar IHC, WB un RT-PCR vairākās EEK (Latvian)
4 August 2022
0 references
Cuspóirí: 1.- Anailís dhifreálach ar léiriú próitéine trí anailís mais-speictriméadrachta agus transcriptome chun próitéiní agus géinte a aithint a bhfuil baint acu le hathiompú carcinoma inmeitrióideach íseal-ghrád (CEE) a diagnóisíodh sna céimeanna tosaigh. 2.- Comhtháthú na sonraí maidir le hanailís phrótaigineach chun próitéiní mutáilte a d’fhéadfadh a bheith ann a bhaineann go sonrach leis na samplaí a ndearnadh anailís orthu a shainaithint. 3.- Bailíochtú bithmharcóirí a aithníodh trí theicnící imdhíonachta, blot an iarthair agus RT-PCR i sraith de CEE. Modheolaíocht: — Anailís de réir TMT de chineál próitéamaíochta cainníochtúil chun próifílí próitéine a shainaithint. — Anailís ag RNA-Seq chun anailís a dhéanamh ar shócháin agus ar athraithigh thras-scríofa a d’fhéadfadh a bheith ann. Staidéar Proteogenonomic le huirlisí bioinformatics éagsúla a bhuíochas do ghiniúint bunachar sonraí ó shonraí tras-scríbhinne. — Teicnící imdhíoncheimice, blota an iarthair agus RT-PCR i sraith de CEE chun bithmharcóirí a shainaithnítear sa staidéar prótaigineamaíoch a bhailíochtú. Cuspóirí teibí: 1.-anailís dhifreálach ar léiriú próitéine trí anailís mais-speictriméadrachta agus transcriptome chun próitéiní agus géinte a aithint a bhfuil baint acu le hatarlú carcinoma endometrial endometrial (CEE) go luath. 2.-Comhtháthú sonraí d’anailís phrótaigineach chun próitéiní mutáilte a aithint a athraíodh go sonrach sna samplaí a ndearnadh anailís orthu. 3.-Luachú na mbithmharcóirí a aithníodh le himdhíonacht, blot an iarthair agus RT-PCR ag baint úsáide as sraith CEE. Modheolaíocht: — Anailís phróitéamaíoch chainníochtúil ag TMT chun peptides a shainaithint agus a chainníochtú. —Anailís RNA-seq chun sócháin agus athraithigh thras-scríofa a shainaithint. Anailís phrótaigineach le huirlisí éagsúla bithfhaisnéisíochta ag baint úsáide as bunachair sonraí a ghintear ó shonraí tras-scríbhinne. — Bailíochtú na mbithmharcóirí arna sainaithint in anailís prótaigineamaíochta ag IHC, WB agus RT-PCR i sraith CEE (Irish)
4 August 2022
0 references
Cilji: 1.- Diferencialna analiza ekspresije beljakovin z masno spektrometrijo in analizo transkriptoma za identifikacijo beljakovin in genov, ki sodelujejo pri recidivu endometrioidnega karcinoma nizke stopnje (CEE), diagnosticiranega v začetnih fazah. 2.- Vključitev podatkov za proteogenonomsko analizo za ugotavljanje morebitnih mutiranih beljakovin, specifičnih za analizirane vzorce. 3.- validacija biomarkerjev, opredeljenih s tehnikami imunohistokemije, zahodnega blota in RT-PCR v seriji EGS. Metodologija: — Analiza s kvantitativno proteomiko tipa TMT za določitev profilov beljakovin. — Analiza RNA-Seq za analizo možnih mutacij in transkripcijskih različic. — Proteogenonomska študija z različnimi bioinformatičnimi orodji zahvaljujoč ustvarjanju baz podatkov iz transkriptomskih podatkov. — Tehnike imunohistokemije, Western blot in RT-PCR v seriji EGS za validacijo biomarkerjev, opredeljenih v proteogenonomski študiji. Abstraktni cilji: 1.-Diferencialna analiza ekspresije beljakovin z masno spektrometrijo in analizo transkriptoma za identifikacijo beljakovin in genov, vključenih v ponovitev endometrijskega karcinoma endometrija (EEC). 2.- Integracija podatkov za proteogenomsko analizo za identifikacijo mutiranih beljakovin, posebej spremenjenih v analiziranih vzorcih. 3.-Validacija biomarkerjev, identificiranih z imunohistokemijo, zahodnim blotom in RT-PCR z uporabo serije EGS. Metodologija: — Kvantitativna proteomska analiza s TMT za opredelitev in količinsko opredelitev peptidov. — RNA-seq analiza za identifikacijo mutacij in transkripcijskih različic. — Proteogenomska analiza z različnimi bioinformatičnimi orodji z uporabo baz podatkov, pridobljenih iz transkriptomskih podatkov. — Validacija biomarkerjev, opredeljenih v analizi proteogenomike z IHC, WB in RT-PCR v seriji EGS (Slovenian)
4 August 2022
0 references
Цели: 1.- Диференциален анализ на експресията на протеини чрез масспектрометрия и анализ на трансскриптом за идентифициране на протеини и гени, участващи в рецидив на нискокачествен ендометриоиден карцином (ЦИЕ), диагностициран в началните стадии. 2.- Интегриране на данните за протеогеномичен анализ за идентифициране на възможни мутирали протеини, специфични за анализираните проби. Валидиране на биомаркери, идентифицирани чрез техники на имунохистохимия, западен блок и RT-PCR в поредица от ЕИО. Методология: — Анализ чрез количествена протеомика тип TMT за идентифициране на протеинови профили. — Анализ от РНК-Seq за анализ на възможни мутации и транскрипционни варианти. — Протеогеномично изследване с различни биоинформатични инструменти благодарение на генерирането на бази данни от транскриптомни данни. — Техники на имунохистохимия, западен блок и RT-PCR в поредица от ЕИО за валидиране на биомаркери, идентифицирани в протеогеномното изследване. Абстрактни цели: 1.-Диференциален анализ на експресията на протеини чрез масспектрометрия и анализ на трансскриптом за идентифициране на протеини и гени, участващи в рецидив на ендометриалния карцином в ранния стадий (ЕИО). 2.-Интеграция на данни за протеогеномичен анализ за идентифициране на мутирали протеини, специално променени в анализираните проби. 3.-Потвърждаване на биомаркерите, идентифицирани с имунохистохимия, западен блок и RT-PCR, като се използва серия от ЕИО. Методология: — Количествен протеомичен анализ от ТМТ за идентифициране и количествено определяне на пептидите. — Анализ на РНК-seq за идентифициране на мутации и транскрипционни варианти. — Протеогеномичен анализ с различни биоинформатични инструменти, като се използват бази данни, генерирани от транскриптомни данни. — Валидиране на биомаркерите, идентифицирани при анализа на протеогеномиката чрез IHC, WB и RT-PCR в поредица от ЕИО (Bulgarian)
4 August 2022
0 references
Għanijiet: 1.- Analiżi differenzjali tal- espressjoni tal- proteina skont l- ispettrometrija tal- massa u l- analiżi tat- traskritom biex jiġu identifikati l- proteini u l- ġeni involuti fir- rikaduta ta ‘karċinoma endometrijde ta’ grad baxx (CEE) dijanjostikata fl- istadji inizjali. 2.- L-integrazzjoni tad-data għall-analiżi proteoonomika biex jiġu identifikati proteini mutati possibbli speċifiċi għall-kampjuni analizzati. 3.- Validazzjoni ta’ bijomarkaturi identifikati b’tekniki ta’ immunoistokimika, Punent blot u RT-PCR f’serje ta’ KEE. Metodoloġija: — Analiżi skont it-tip proteomiku kwantitattiv TMT biex jiġu identifikati l-profili tal-proteini. — Analiżi b’RNA-Seq biex jiġu analizzati mutazzjonijiet possibbli u varjanti traskrizzjonali. — Studju proteogenonomiku b’għodod bijoinformatika differenti grazzi għall-ġenerazzjoni ta’ databases minn data traskritmika. — Tekniki ta’ immunoistokimika, Western blot u RT-PCR f’serje ta’ KEE għall-validazzjoni ta’ bijomarkaturi identifikati fl-istudju proteoġenonomiku. Għanijiet Astratti: 1.-Analiżi differenzjali tal-espressjoni tal-proteina skont l-ispettrometrija tal-massa u l-analiżi tat-transcriptome biex jiġu identifikati l-proteini u l-ġeni involuti fir-rikorrenza ta’ karċinoma endometrijali endometrijde (KEE) fi stadju bikri. 2.-Integrazzjoni tad-dejta għal analiżi proteoġenomika biex jiġu identifikati proteini mutati speċifikament mibdula fil-kampjuni analizzati. 3.-Validazzjoni tal-bijomarkaturi identifikati bl-immunoistokimika, il-punent blot u l-RT-PCR bl-użu ta’ serje ta’ KEE. Metodoloġija: — Analiżi proteomika kwantitattiva minn TMT biex tidentifika u tikkwantifika l-peptidi. — Analiżi tal-RNA-seq biex jiġu identifikati mutazzjonijiet u varjanti traskrizzjonali. — Analiżi proteoġenomika b’għodod bijoinformatika differenti bl-użu ta’ bażijiet ta’ data ġġenerati minn data traskritomika. — Validazzjoni tal-bijomarkaturi identifikati fl-analiżi Proteogenomika mill-IHC, WB u RT-PCR f’serje ta’ KEE (Maltese)
4 August 2022
0 references
Objetivos: 1.- Análise diferencial da expressão proteica por espetrometria de massa e análise de transcriptoma para identificar proteínas e genes envolvidos na recidiva de carcinoma endometrioide de baixo grau (CEE) diagnosticado em estágios iniciais. 2.- Integração dos dados para análise proteogenonômica para identificar possíveis proteínas mutadas específicas para as amostras analisadas. 3.- Validação de biomarcadores identificados por técnicas de imuno-histoquímica, western blot e RT-PCR em uma série de CEE. Metodologia: — Análise por proteômica quantitativa tipo TMT para identificar perfis proteicos. — Análise por RNA-Seq para analisar possíveis mutações e variantes transcricionais. — Estudo proteogenonômico com diferentes ferramentas de bioinformática graças à geração de bases de dados a partir de dados transcriptômicos. — Técnicas de imuno-histoquímica, western blot e RT-PCR em uma série de CEE para validação de biomarcadores identificados no estudo proteogenonômico. Objetivos abstratos: 1.-Análise diferencial da expressão proteica por espetrometria de massa e análise de transcriptoma para identificar proteínas e genes envolvidos na recorrência de carcinoma endometroide endometroide em estágio inicial (CEE). 2.-Integração de dados para análise proteogenômica para identificar proteínas mutadas especificamente alteradas nas amostras analisadas. 3.-Validação dos biomarcadores identificados com imuno-histoquímica, western blot e RT-PCR utilizando uma série de CEE. Metodologia: — Análise proteômica quantitativa por TMT para identificar e quantificar peptídeos. — Análise RNA-seq para identificar mutações e variantes transcricionais. — Análise proteogenômica com diferentes ferramentas de bioinformática usando bancos de dados gerados a partir de dados transcriptômicos. — Validação dos biomarcadores identificados na análise Proteogenômica por IHC, WB e RT-PCR em uma série de CEE (Portuguese)
4 August 2022
0 references
Målsætninger: 1.- Differential analyse af proteinekspression ved massespektrometri og transkriptomanalyse for at identificere proteiner og gener, der er involveret i tilbagefald af lavkvalitets endometrioid carcinom (CEE) diagnosticeret i indledende faser. 2.- Integration af data til proteogenomisk analyse for at identificere mulige muterede proteiner, der er specifikke for de analyserede prøver. 3.- Validering af biomarkører identificeret ved teknikker til immunhistokemi, Western blot og RT-PCR i en række EØF. Metode: — Analyse efter kvantitativ proteomics type TMT for at identificere proteinprofiler. — Analyse foretaget af RNA-Seq for at analysere mulige mutationer og transskriptionelle varianter. — Proteogenonomisk undersøgelse med forskellige bioinformatikværktøjer takket være generering af databaser fra transskriptomiske data. — Teknikker til immunhistokemi, Western blot og RT-PCR i en række EØF til validering af biomarkører identificeret i proteogenomiske undersøgelser. Abstrakte mål: 1.-Differential analyse af proteinekspression ved massespektrometri- og transkriptomanalyse for at identificere proteiner og gener, der er involveret i gentagelse af endometriekarcinom i tidlige stadier (EØF). 2.-Dataintegration til proteogenomisk analyse for at identificere muterede proteiner, der er specifikt ændret i de analyserede prøver. 3.- Validering af biomarkører identificeret med immunhistokemi, Western blot og RT-PCR ved hjælp af en række EØF. Metode: — Kvantitativ proteomisk analyse foretaget af TMT for at identificere og kvantificere peptider. — RNA-seq-analyse for at identificere mutationer og transskriptionelle varianter. — Proteogenomisk analyse med forskellige bioinformatikværktøjer ved hjælp af databaser, der er genereret ud fra transskriptomiske data. — Validering af biomarkører identificeret i Proteogenomics-analyse foretaget af IHC, WB og RT-PCR i en række EØF (Danish)
4 August 2022
0 references
Obiective: 1.- Analiza diferențială a expresiei proteinelor prin spectrometrie de masă și analiza transcriptomului pentru a identifica proteinele și genele implicate în recidiva carcinomului endometrioid de grad scăzut (CEE) diagnosticat în stadiile inițiale. 2.- Integrarea datelor pentru analiza proteogenonomica pentru a identifica posibile proteine mutante specifice probelor analizate. 3.- Validarea biomarkerilor identificați prin tehnici de imunohistochimie, Western blot și RT-PCR într-o serie de CEE. Metodologie: Analiza proteomicii cantitative de tip TMT pentru a identifica profilurile proteice. Analiza ARN-Seq pentru analiza posibilelor mutații și variante transcripționale. — Studiu proteogenonomic cu diferite instrumente bioinformatice datorită generării de baze de date din datele transcriptomic. Tehnici de imunohistochimie, Western Blot și RT-PCR într-o serie de CEE pentru validarea biomarkerilor identificați în studiul proteogenonomic. Obiective abstracte: 1.-Analiza diferențială a expresiei proteinelor prin spectrometrie de masă și analiza transcriptomului pentru a identifica proteinele și genele implicate în reapariția carcinomului endometrioid endometrial în stadiu incipient (CEE). 2.-Integrarea datelor pentru analiza proteogenomica pentru a identifica proteinele mutante modificate in mod specific in probele analizate. 3.-Validarea biomarkerilor identificați cu imunohistochimie, Western blot și RT-PCR folosind o serie de CEE. Metodologie: Analiza proteomică cantitativă efectuată de TMT pentru identificarea și cuantificarea peptidelor. Analiza ARN-seq pentru identificarea mutațiilor și a variantelor transcripționale. Analiza proteogenomica cu diferite instrumente bioinformatice folosind baze de date generate din datele transcriptomic. Validarea biomarkerilor identificați în analiza proteogenomică de către IHC, WB și RT-PCR într-o serie de CEE (Romanian)
4 August 2022
0 references
Mål: 1.- Differential analys av proteinuttryck genom masspektrometri och transkriptom analys för att identifiera proteiner och gener inblandade i återfall av låggradig endometrioidkarcinom (CEE) diagnostiseras i initiala stadier. 2.- Integration av data för proteogenonomisk analys för att identifiera möjliga muterade proteiner specifika för de analyserade proverna. 3.- Validering av biomarkörer identifierade med hjälp av immunohistokemi, Western blot och RT-PCR i en serie EEG. Metod: — Analys genom kvantitativ proteomiktyp TMT för att identifiera proteinprofiler. — Analys av RNA-Seq för att analysera möjliga mutationer och transkriptiva varianter. — Proteogenonomisk studie med olika bioinformatikverktyg tack vare framtagningen av databaser från transkriptomiska data. — Tekniker för immunohistokemi, Western blot och RT-PCR i en serie EEG för validering av biomarkörer som identifierats i den proteogenonomiska studien. Abstrakta mål: 1.-Differential analys av proteinuttryck genom masspektrometri och transkriptom analys för att identifiera proteiner och gener inblandade i återfall av endometrie endometrioid karcinom (EEG). 2.-Dataintegration för proteogenomisk analys för att identifiera muterade proteiner specifikt förändrade i de analyserade proverna. 3.-Validering av biomarkörer identifierade med immunohistokemi, Western blot och RT-PCR med hjälp av en serie EEG. Metod: — Kvantitativ proteomisk analys utförd av TMT för att identifiera och kvantifiera peptider. — RNA-seq-analys för att identifiera mutationer och transkriptionsvarianter. — Proteogenomisk analys med olika bioinformatikverktyg med hjälp av databaser som genererats från transkriptomiska data. — Validering av de biomarkörer som identifierats i Proteogenomics analys av IHC, WB och RT-PCR i en serie EEG (Swedish)
4 August 2022
0 references
Madrid
0 references
20 December 2023
0 references
Identifiers
PI17_01723
0 references