Functional study of genetic variants and CNVs identified by mass exome sequencing in FCC_X families (with competent MMR tumors) (Q3141542)
Jump to navigation
Jump to search
Project Q3141542 in Spain
| Language | Label | Description | Also known as |
|---|---|---|---|
| English | Functional study of genetic variants and CNVs identified by mass exome sequencing in FCC_X families (with competent MMR tumors) |
Project Q3141542 in Spain |
Statements
28,041.75 Euro
0 references
51,500.0 Euro
0 references
54.45 percent
0 references
1 January 2017
0 references
31 March 2020
0 references
FUNDACION INVESTIGACION BIOMEDICA HOSPITAL CLINICO SAN CARLOS
0 references
Identificación de nuevos genes deletereos implicados en familias con Sindrome de Lynch I y II sin alteración en los genes MLH1, MSH2, MSH6 y PMS2 (FCC-X MMR competentes). Partiendo de un estudio previo de secuenciación de exoma de dos/tres miembros de familias FCC-X, se priorizaron unos genes candidatos para cada familia. En este proyecto se completará el análisis de la secuenciación masiva del exoma identificando CNVs en genes relacionados con CRC. El estudio de expresión a nivel de mRNA y de proteína tanto de las variantes como de las CNVs nos indicara que genes son los adecuados para llevar a cabo un estudio funcional. La metodología del proyecto: para el análisis bioinformatico se utilizará el programa CoNIFER (Krumm et al 2012). El estudio de expresión a nivel de mRNA se hará por Q-PCR utilizando sondas TaqMan diseñadas por nosotros. El estudio de expresión de las proteínas se hará por Inmunohistoquímica usando anticuerpos comerciales. En los genes alterados se harán ensayos funcionales in vitro usando construcciones wild- type y mutadas que serán clonadas en vectores y transfectadas a células competentes con el fin de estudiar los pathways implicados en cada gen. Por último los genes seleccionados podrán ser estudiados en un número mayor de familias FCC-X procedentes de otros grupos españoles e internacionales que trabajan en este campo con el fin de establecer su frecuencia. La relevancia clinica: correlación del gen con las variables clínicas, de AP del tumor y el pronóstico del paciente. (Spanish)
0 references
Identification of new deletereous genes involved in families with Lynch I and II Syndrome without alteration in the MLH1, MSH2, MSH6 and PMS2 genes (competent FFCC-X MMR). Based on a previous exome sequencing study of two/three members of FCC-X families, a number of candidate genes were prioritised for each family. This project will complete the analysis of the mass sequencing of the exome by identifying CNVs in CRC-related genes. The study of expression at the level of mRNA and protein of both variants and CNVs will indicate that genes are suitable for conducting a functional study. The methodology of the project: the Conifer programme (Krumm et al 2012) shall be used for the bioinformatic analysis. MRNA level expression study will be done by Q-PCR using TaqMan probes designed by us. The protein expression study will be done by immunoohistochemistry using commercial antibodies. In vitro functional tests using wild-type and mutated constructions that will be cloned in vectors and transfected to competent cells shall be performed in altered genes in order to study the pathways involved in each gene. Finally, the selected genes can be studied in a larger number of FCC-X families from other Spanish and international groups working in this field in order to establish their frequency. Clinical relevance: correlation of gene with clinical variables, tumor AP and patient prognosis. (English)
12 October 2021
0.0944838093385007
0 references
Identification de nouveaux gènes délétères impliqués dans les familles atteintes du syndrome de Lynch I et II sans altération des gènes MLH1, MSH2, MSH6 et PMS2 (MRFC-X compétent). Sur la base d’une étude de séquençage des exomes antérieure portant sur deux ou trois membres des familles FCC-X, un certain nombre de gènes candidats ont été classés par ordre de priorité pour chaque famille. Ce projet complétera l’analyse du séquençage de masse de l’exome en identifiant les VNC dans les gènes liés au CRC. L’étude de l’expression au niveau de l’ARNm et de la protéine des deux variantes et VCN indiquera que les gènes conviennent à la réalisation d’une étude fonctionnelle. La méthodologie du projet: le programme Conifer (Krumm et al. 2012) sera utilisé pour l’analyse bioinformatique. L’étude d’expression au niveau de l’ARNm sera réalisée par Q-PCR à l’aide de sondes TaqMan conçues par nous. L’étude de l’expression protéique sera réalisée par immunoohistochimie à l’aide d’anticorps commerciaux. Des essais fonctionnels in vitro utilisant des constructions de type sauvage et mutés qui seront clonés dans des vecteurs et transfectés vers des cellules compétentes doivent être effectués dans des gènes altérés afin d’étudier les voies d’intervention de chaque gène. Enfin, les gènes sélectionnés peuvent être étudiés dans un plus grand nombre de familles FCC-X d’autres groupes espagnols et internationaux travaillant dans ce domaine afin d’établir leur fréquence. Pertinence clinique: corrélation du gène avec les variables cliniques, l’AP tumorale et le pronostic du patient. (French)
2 December 2021
0 references
Identifizierung neuer gelöschter Gene, die an Familien mit Lynch-I- und II-Syndrom beteiligt sind, ohne Veränderung der MLH1, MSH2, MSH6 und PMS2-Gene (kompetente FFCC-X MMR). Basierend auf einer früheren Exome-Sequenzierungsstudie von zwei/drei Mitgliedern von FCC-X-Familien wurden für jede Familie eine Reihe von Kandidatengenen priorisiert. Dieses Projekt wird die Analyse der Massensequenzierung des Exoms durch Identifizierung von CNVs in CRC-bezogenen Genen vervollständigen. Die Untersuchung der Expression auf der Ebene von mRNA und Protein beider Varianten und CNV zeigt, dass Gene für die Durchführung einer funktionellen Studie geeignet sind. Die Methodik des Projekts: für die bioinformatische Analyse ist das Conifer-Programm (Krumm et al 2012) zu verwenden. MRNA Level Expression Studie wird von Q-PCR mit TaqMan Sonden von uns entworfen durchgeführt werden. Die Proteinexpressionsstudie wird durch Immunoohistochemie mit kommerziellen Antikörpern durchgeführt. In-vitro-Funktionstests mit Wildtyp und mutierten Konstruktionen, die in Vektoren geklont und auf kompetente Zellen transfiziert werden, sind in veränderten Genen durchzuführen, um die an jedem Gen beteiligten Pfade zu untersuchen. Schließlich können die ausgewählten Gene in einer größeren Anzahl von FCC-X-Familien aus anderen spanischen und internationalen Gruppen untersucht werden, die in diesem Bereich tätig sind, um ihre Häufigkeit festzustellen. Klinische Relevanz: Korrelation des Gens mit klinischen Variablen, Tumor AP und Patientenprognose. (German)
9 December 2021
0 references
Identificatie van nieuwe deletereous genen die betrokken zijn bij families met Lynch I- en II-syndroom zonder wijziging in de MLH1, MSH2, MSH6 en PMS2-genen (bevoegde FFCC-X MMR). Op basis van een eerdere exome sequencing studie van twee/drie leden van FCC-X families, werd een aantal kandidaat genen geprioriteerd voor elke familie. Dit project zal de analyse van de massasequencing van het exome voltooien door CNVs in CRC-gerelateerde genen te identificeren. De studie van expressie op het niveau van mRNA en eiwit van zowel varianten als CNVs zal erop wijzen dat genen geschikt zijn voor het uitvoeren van een functionele studie. De methodologie van het project: het Conifer-programma (Krumm et al 2012) wordt gebruikt voor de bio-informatische analyse. MRNA niveau expressie studie zal worden gedaan door Q-PCR met behulp van TaqMan sondes ontworpen door ons. De eiwitexpressiestudie zal worden uitgevoerd door immunoohistochemie met behulp van commerciële antilichamen. In vitro functionele tests waarbij gebruik wordt gemaakt van wild-type en gemuteerde constructies die in vectoren zullen worden gekloond en naar competente cellen zullen worden getransfecteerd, moeten in gewijzigde genen worden uitgevoerd om de bij elk gen betrokken trajecten te bestuderen. Ten slotte kunnen de geselecteerde genen worden bestudeerd in een groter aantal FCC-X-families van andere Spaanse en internationale groepen die op dit gebied werkzaam zijn om hun frequentie vast te stellen. Klinische relevantie: correlatie van gen met klinische variabelen, tumor AP en patiëntprognose. (Dutch)
17 December 2021
0 references
Identificazione di nuovi geni deleteri coinvolti in famiglie con sindrome di Lynch I e II senza alterazione dei geni MLH1, MSH2, MSH6 e PMS2 (competente FFCC-X MMR). Sulla base di un precedente studio di sequenziamento exome di due/tre membri delle famiglie FCC-X, un certo numero di geni candidati sono stati prioritari per ogni famiglia. Questo progetto completerà l'analisi del sequenziamento di massa dell'esoma identificando i CNV nei geni CRC. Lo studio dell'espressione a livello di mRNA e proteina di entrambe le varianti e dei CNV indicherà che i geni sono adatti per condurre uno studio funzionale. La metodologia del progetto: il programma Conifer (Krumm et al 2012) è utilizzato per l'analisi bioinformatica. Lo studio dell'espressione di livello mRNA sarà effettuato da Q-PCR utilizzando sonde TaqMan progettate da noi. Lo studio dell'espressione proteica sarà effettuato mediante immunooistochimica utilizzando anticorpi commerciali. Le prove funzionali in vitro che utilizzano costruzioni wild-type e mutate che saranno clonate in vettori e trasfette in cellule competenti devono essere eseguite in geni alterati al fine di studiare le vie coinvolte in ciascun gene. Infine, i geni selezionati possono essere studiati in un maggior numero di famiglie FCC-X di altri gruppi spagnoli e internazionali che lavorano in questo campo al fine di stabilire la loro frequenza. Rilevanza clinica: correlazione del gene con variabili cliniche, AP tumorale e prognosi paziente. (Italian)
16 January 2022
0 references
Ταυτοποίηση νέων διαγραφικών γονιδίων που εμπλέκονται σε οικογένειες με σύνδρομο Lynch I και II χωρίς μεταβολή των γονιδίων MLH1, MSH2, MSH6 και PMS2 (αρμόδια FFCC-X MMR). Με βάση μια προηγούμενη μελέτη αλληλουχίας δύο/τριών μελών των οικογενειών FCC-X, δόθηκε προτεραιότητα σε ορισμένα υποψήφια γονίδια για κάθε οικογένεια. Το έργο αυτό θα ολοκληρώσει την ανάλυση της μαζικής αλληλουχίας της εξόδου με τον προσδιορισμό των CNV σε γονίδια που σχετίζονται με τη CRC. Η μελέτη της έκφρασης σε επίπεδο mRNA και πρωτεΐνης και των δύο παραλλαγών και των CNV θα δείξει ότι τα γονίδια είναι κατάλληλα για τη διεξαγωγή μιας λειτουργικής μελέτης. Η μεθοδολογία του έργου: το πρόγραμμα κωνοφόρων (Krumm et al 2012) χρησιμοποιείται για τη βιοπληροφορική ανάλυση. Η μελέτη έκφρασης επιπέδου mRNA θα γίνει από Q-PCR χρησιμοποιώντας ανιχνευτές TaqMan που σχεδιάστηκαν από εμάς. Η μελέτη έκφρασης πρωτεϊνών θα γίνει με ανοσοϊστοχημεία χρησιμοποιώντας εμπορικά αντισώματα. Οι λειτουργικές δοκιμές in vitro με τη χρήση άγριου τύπου και μεταλλαγμένων κατασκευών που θα κλωνοποιηθούν σε φορείς και θα μεταμολυνθούν σε ικανά κύτταρα πρέπει να διεξάγονται σε τροποποιημένα γονίδια προκειμένου να μελετηθούν οι οδοί που εμπλέκονται σε κάθε γονίδιο. Τέλος, τα επιλεγμένα γονίδια μπορούν να μελετηθούν σε μεγαλύτερο αριθμό οικογενειών FCC-X από άλλες ισπανικές και διεθνείς ομάδες που εργάζονται σε αυτόν τον τομέα, προκειμένου να καθοριστεί η συχνότητά τους. Κλινική συνάφεια: συσχέτιση γονιδίου με κλινικές μεταβλητές, AP όγκου και πρόγνωση ασθενών. (Greek)
17 August 2022
0 references
Identifikation af nye deletereous gener, der er involveret i familier med Lynch I- og II-syndrom uden ændring i MLH1, MSH2, MSH6 og PMS2-gener (kompetent FFCC-X MMR). Baseret på en tidligere exome sekventering undersøgelse af to/tre medlemmer af FCC-X familier, en række kandidatgener blev prioriteret for hver familie. Dette projekt vil afslutte analysen af massesekvensen af exomet ved at identificere CNV'er i CRC-relaterede gener. Undersøgelsen af ekspression på niveauet for mRNA og protein af både varianter og CNV'er viser, at gener er egnede til at udføre en funktionel undersøgelse. Projektets metode: Conifer-programmet (Krumm et al. 2012) anvendes til den bioinformatiske analyse. MRNA-niveauekspressionsundersøgelse vil blive udført af Q-PCR ved hjælp af TaqMan-sonder designet af os. Proteinekspressionsundersøgelsen udføres ved hjælp af immunohistokemi ved hjælp af kommercielle antistoffer. Funktionelle in vitro-test med anvendelse af vilde og muterede konstruktioner, der vil blive klonet i vektorer og transficeret til kompetente celler, skal udføres i ændrede gener med henblik på at undersøge de veje, der er involveret i hvert enkelt gen. Endelig kan de udvalgte gener studeres i et større antal FCC-X-familier fra andre spanske og internationale grupper, der arbejder på dette område, for at fastslå deres hyppighed. Klinisk relevans: korrelation af gen med kliniske variabler, tumor AP og patient prognose. (Danish)
17 August 2022
0 references
Lynch I ja II -oireyhtymän perheissä esiintyvien uusien vahingollisten geenien tunnistaminen muuttamatta MLH1-, MSH2-, MSH6- ja PMS2-geenejä (toimivaltainen FFCC-X MMR). FCC-X-perheiden kahdesta/kolmesta jäsenestä tehdyn aiemman exome-sekvensointitutkimuksen perusteella kullekin perheelle asetettiin etusijalle useita ehdokasgeenejä. Tämä hanke täydentää eksomin massasekvensoinnin analysointia tunnistamalla CNV:t CRC:hen liittyvissä geeneissä. MRNA:n ja kroonisten virusten proteiineja ja proteiineja koskeva ekspressiotutkimus osoittaa, että geenit soveltuvat toiminnallisen tutkimuksen suorittamiseen. Hankkeen metodologia: bioinformaattiseen analyysiin on käytettävä havupuiden ohjelmaa (Krumm et al 2012). MRNA-tason ekspressiotutkimuksen tekee Q-PCR käyttäen meidän suunnittelemiamme TaqMan-antureita. Proteiinin ekspressiotutkimus tehdään immunoohistokemiassa kaupallisten vasta-aineiden avulla. Funktionaaliset in vitro -testit, joissa käytetään luonnonvaraisia ja mutatoituneita rakenteita, jotka kloonataan vektoreissa ja siirtyvät päteviin soluihin, on tehtävä muunnelluilla geeneillä, jotta voidaan tutkia kuhunkin geeniin liittyviä reittejä. Lopuksi valittuja geenejä voidaan tutkia suuremmassa määrässä FCC-X-perheitä muista espanjalaisista ja kansainvälisistä ryhmistä, jotka työskentelevät tällä alalla niiden esiintymistiheyden määrittämiseksi. Kliininen merkitys: geenin korrelaatio kliinisten muuttujien, kasvaimen AP: n ja potilaan ennusteen kanssa. (Finnish)
17 August 2022
0 references
Identifikazzjoni ta’ ġeni ta’ ħassar ġodda involuti f’familji bis-Sindrome ta’ Lynch I u II mingħajr tibdil fil-ġeni MLH1, MSH2, MSH6 u PMS2 (MMR kompetenti FFCC-X). Abbażi ta ‘studju ta’ sekwenzar exome preċedenti ta ‘żewġ/tliet membri ta’ FCC-X familji, numru ta ‘ġeni kandidati kienu prijoritizzati għal kull familja. Dan il-proġett se jlesti l-analiżi tas-sekwenzjar tal-massa tal-eżoma billi jidentifika CNVs fil-ġeni relatati mas-CRC. L-istudju tal-espressjoni fil-livell tal-mRNA u l-proteina taż-żewġ varjanti u CNVs se jindika li l-ġeni huma adattati għat-twettiq ta’ studju funzjonali. Il-metodoloġija tal-proġett: il-programm Conifer (Krumm et al 2012) għandu jintuża għall-analiżi bijoinformatika. L-istudju tal-espressjoni tal-livell tal-mRNA se jsir permezz ta’ Q-PCR bl-użu ta’ sondi TaqMan iddisinjati minna. L-istudju tal-espressjoni tal-proteina se jsir permezz ta’ immunoohistokimika bl-użu ta’ antikorpi kummerċjali. Testijiet funzjonali in vitro bl-użu ta’ kostruzzjonijiet tat-tip selvaġġ u mutati li se jiġu kklonati f’vetturi u transfettati għal ċelloli kompetenti għandhom jitwettqu f’ġeni mibdula sabiex jiġu studjati l-mogħdijiet involuti f’kull ġene. Fl-aħħar nett, il-ġeni magħżula jistgħu jiġu studjati f’numru akbar ta ‘familji FCC-X minn gruppi Spanjoli u internazzjonali oħra li jaħdmu f’dan il-qasam sabiex tiġi stabbilita l-frekwenza tagħhom. Rilevanza klinika: korrelazzjoni tal-ġene ma’ varjabbli kliniċi, AP tat-tumur u pronjosi tal-pazjent. (Maltese)
17 August 2022
0 references
Tādu jaunu dzēsto gēnu identifikācija, kas iesaistīti ģimenēs ar Lynch I un II sindromu, nemainot MLH1, MSH2, MSH6 un PMS2 gēnus (kompetentie FFCC-X MMR). Pamatojoties uz iepriekšējo exome sekvencēšanas pētījumu par diviem/trīs FCC-X ģimeņu locekļiem, vairāki kandidātgēni tika prioritāri katrai ģimenei. Šis projekts pabeigs eksomea masveida sekvencēšanas analīzi, identificējot CNV ar CRC saistītos gēnos. Ekspresijas pētījums mRNS un olbaltumvielu līmenī gan variantos, gan CNV norāda, ka gēni ir piemēroti funkcionāla pētījuma veikšanai. Projekta metodoloģija: bioinformātiskajai analīzei izmanto skujkoku programmu (Krumm et al 2012). MRNS līmeņa ekspresijas pētījumu veiks Q-PCR, izmantojot mūsu izstrādātās TaqMan zondes. Proteīnu ekspresijas pētījumu veiks ar imūnhistoķīmiju, izmantojot komerciālās antivielas. In vitro funkcionālos testus, izmantojot savvaļas tipa un mutācijas konstrukcijas, kas tiks klonēti vektoros un pārinficēti uz kompetentām šūnām, veic pārveidotos gēnos, lai pētītu katrā gēnā iesaistītos ceļus. Visbeidzot, izvēlētos gēnus var pētīt lielākā skaitā FCC-X ģimeņu no citām Spānijas un starptautiskām grupām, kas strādā šajā jomā, lai noteiktu to biežumu. Klīniskā nozīme: gēna korelācija ar klīniskiem mainīgajiem lielumiem, audzēja AP un pacienta prognozi. (Latvian)
17 August 2022
0 references
Identifikácia nových škodlivých génov zapojených do rodín so syndrómom Lynch I a II bez zmeny v génoch MLH1, MSH2, MSH6 a PMS2 (kompetentné FFCC-X MMR). Na základe predchádzajúcej exome sekvencovacej štúdie dvoch/troch členov rodiny FCC-X bolo pre každú rodinu uprednostnených niekoľko kandidátskych génov. Tento projekt dokončí analýzu hromadného sekvenovania exome identifikáciou CNV v génoch súvisiacich s CRC. Štúdia expresie na úrovni mRNA a proteínov oboch variantov aj CNV ukáže, že gény sú vhodné na vykonanie funkčnej štúdie. Metodika projektu: na bioinformatické analýzy sa použije program ihličnanov (Krumm a kol. 2012). Štúdia expresie úrovne mRNA sa vykoná pomocou Q-PCR pomocou sond TaqMan navrhnutých nami. Štúdia expresie proteínov sa vykoná imunoohistochémiou pomocou komerčných protilátok. Funkčné testy in vitro s použitím divokého typu a mutovaných konštrukcií, ktoré sa klonujú vo vektoroch a transfekujú na príslušné bunky, sa vykonávajú v zmenených génoch s cieľom preskúmať cesty zapojené do každého génu. Nakoniec, vybrané gény môžu byť študované vo väčšom počte FCC-X rodín z iných španielskych a medzinárodných skupín pracujúcich v tejto oblasti s cieľom stanoviť ich frekvenciu. Klinický význam: korelácia génu s klinickými premennými, nádor AP a prognóza pacienta. (Slovak)
17 August 2022
0 references
Géinte nua scriosta a bhfuil baint acu le teaghlaigh le Siondróm Lynch I agus II a shainaithint gan athrú ar ghéinte MLH1, MSH2, MSH6 agus PMS2 (FFCC-X MMR inniúil). Bunaithe ar staidéar seicheamhaithe exome roimhe seo de bheirt/triúr de theaghlaigh FCC-X, tugadh tús áite do roinnt géinte iarrthóra do gach teaghlach. Críochnóidh an tionscadal seo an anailís ar sheicheamhú maise an exome trí CNVanna i ngéinte a bhaineann le CRC a shainaithint. Léireofar sa staidéar ar léiriú ar leibhéal mRNA agus próitéine athraithigh agus CNVanna araon go bhfuil géinte oiriúnach chun staidéar feidhmiúil a dhéanamh. Modheolaíocht an tionscadail: úsáidfear an clár Conifer (Krumm et al 2012) don anailís bhithfhaisnéiseach. Déanfaidh Q-PCR staidéar léirithe ar leibhéal mRNA trí úsáid a bhaint as tóireadóirí TaqMan atá deartha againn. Déanfar staidéar ar léiriú próitéine trí immunoohistochemistry ag baint úsáide as antasubstaintí tráchtála. Déanfar tástálacha feidhmiúla in vitro trí úsáid a bhaint as struchtúir de chineál fiáin agus mutated a chlónálfar i veicteoirí agus a thrasfhabhtófar go cealla inniúla i ngéinte athraithe chun staidéar a dhéanamh ar na conairí a bhaineann le gach géine. Ar deireadh, is féidir na géinte roghnaithe a staidéar i líon níos mó de theaghlaigh FCC-X ó ghrúpaí Spáinnis agus idirnáisiúnta eile atá ag obair sa réimse seo chun a minicíocht a bhunú. Ábharthacht chliniciúil: comhghaolú géine le hathróga cliniciúla, AP meall agus prognóis othar. (Irish)
17 August 2022
0 references
Identifikace nových mazacích genů zapojených do rodin se syndromem Lynch I a II beze změny genů MLH1, MSH2, MSH6 a PMS2 (příslušný MMR FFCC-X). Na základě předchozí exome sekvenační studie dvou/tři rodin FCC-X byla pro každou rodinu upřednostňována řada potenciálních genů. Tento projekt dokončí analýzu hmotnostního sekvenování exomu identifikací CNV v genech souvisejících s CRC. Studie exprese na úrovni mRNA a proteinu obou variant a CNV ukáže, že geny jsou vhodné pro provedení funkční studie. Metodika projektu: pro bioinformatickou analýzu se použije program Conifer (Krumm et al 2012). Studie exprese úrovně mRNA provede Q-PCR pomocí sond TaqMan navržených námi. Studie proteinové exprese bude provedena imunoohistochemií za použití komerčních protilátek. Funkční zkoušky in vitro za použití volně žijících a mutovaných konstrukcí, které budou klonovány ve vektorech a přeneseny na kompetentní buňky, se provádějí v pozměněných genech za účelem studia cest, které jsou součástí každého genu. A konečně, vybrané geny lze studovat ve větším počtu FCC-X rodin z jiných španělských a mezinárodních skupin pracujících v této oblasti za účelem stanovení jejich četnosti. Klinický význam: korelace genu s klinickými proměnnými, nádorovou AP a prognózou pacienta. (Czech)
17 August 2022
0 references
Identificação de novos genes deletérios envolvidos em famílias com Síndrome de Lynch I e II sem alteração nos genes MLH1, MSH2, MSH6 e PMS2 (FFCC-X MMR competente). Com base num estudo anterior de sequenciação de exomas de dois/três membros de famílias FCC-X, foi dada prioridade a uma série de genes candidatos para cada família. Este projecto irá completar a análise do sequenciamento em massa do exoma através da identificação de CNVs em genes relacionados com CRC. O estudo da expressão ao nível do mRNA e da proteína de ambas as variantes e CNVs indicará que os genes são apropriados para conduzir um estudo funcional. Metodologia do projecto: o programa Conifer (Krumm et al 2012) deve ser utilizado para a análise bioinformática. O estudo da expressão do nível do MRNA será feito por Q-PCR usando as pontas de prova de TaqMan projectadas por nós. O estudo da expressão proteica será realizado por imuno-histoquímica utilizando anticorpos comerciais. Os ensaios funcionais in vitro que utilizam construções de tipo selvagem e mutadas que serão clonadas em vetores e transfeccionadas para células competentes devem ser realizados em genes alterados, a fim de estudar as vias envolvidas em cada gene. Finalmente, os genes selecionados podem ser estudados em um maior número de famílias FCC-X de outros grupos espanhóis e internacionais que trabalham neste campo, a fim de estabelecer a sua frequência. Relevância clínica: correlação do gene com as variáveis clínicas, a PA do tumor e o prognóstico do paciente. (Portuguese)
17 August 2022
0 references
Lynch I ja II sündroomiga perekondades esinevate uute delikaatsete geenide kindlakstegemine, ilma et need muutuksid geenides MLH1, MSH2, MSH6 ja PMS2 (pädev FFCC-X MMR). Tuginedes varasemale eksome järjestuse uuringule, mis hõlmas kahte/kolm FCC-X-perekonda kuuluvat liiget, peeti iga perekonna jaoks esmatähtsaks mitmeid kandidaatgeene. Selle projektiga viiakse lõpule eksome’i massijärjestuse analüüs, tuvastades CNVd CRC-ga seotud geenides. Ekspressiooni uuring mRNA ja nii variantide kui ka CNV-valkude tasandil näitab, et geenid sobivad funktsionaalse uuringu tegemiseks. Projekti metoodika: bioinformaatiliseks analüüsiks kasutatakse okaspuude programmi (Krumm et al 2012). MRNA taseme ekspressiooni uuringu teeb Q-PCR kasutades meie poolt kujundatud TaqMani sondi. Valgu ekspressiooni uuring viiakse läbi immunoohistochemistry abil, kasutades kaubanduslikke antikehi. In vitro funktsionaalsed katsed, milles kasutatakse metsikut tüüpi ja muteerunud konstruktsioone, mis kloonitakse vektorites ja viiakse üle pädevatele rakkudele, tehakse muudetud geenides, et uurida iga geeniga seotud radasid. Lõpuks, valitud geenid saab uurida suuremal arvul FCC-X perede teiste Hispaania ja rahvusvaheliste rühmade töötavad selles valdkonnas, et määrata kindlaks nende sagedus. Kliiniline tähtsus: geeni korrelatsioon kliiniliste muutujatega, kasvaja AP ja patsiendi prognoos. (Estonian)
17 August 2022
0 references
Lynch I. és II. szindrómában szenvedő családokban az MLH1, MSH2, MSH6 és PMS2 gének (kompatibilis FFCC-X MMR) megváltoztatása nélkül érintett új szertelen gének azonosítása. Az FCC-X családok két/három tagjának korábbi exome szekvenálási tanulmánya alapján családonként számos jelölt gént rangsoroltak. Ez a projekt az exome tömeges szekvenálásának elemzését a CRC-vel összefüggő gének CNV-k azonosításával fogja befejezni. Az MRNS- és fehérjeszinten végzett expressziós vizsgálat mind a variánsok, mind a CNV-k esetében azt mutatja, hogy a gének alkalmasak egy funkcionális vizsgálat elvégzésére. A projekt módszertana: a bioinformatikai elemzéshez a Conifer programot (Krumm et al 2012) kell használni. Az MRNS szintű expressziós vizsgálatot Q-PCR végzi az általunk tervezett TaqMan szondákkal. A fehérje expressziós vizsgálatot az immunohistochemistry végzi kereskedelmi antitestek felhasználásával. A vektorokban klónozott és kompetens sejtekre átjuttatott vad típusú és mutáns szerkezeteket alkalmazó in vitro funkcionális vizsgálatokat módosított géneken kell elvégezni az egyes génekben rejlő útvonalak tanulmányozása érdekében. Végül, a kiválasztott gének tanulmányozhatók nagyobb számú FCC-X családban más spanyol és nemzetközi csoportokból, amelyek ezen a területen dolgoznak annak érdekében, hogy megállapítsák gyakoriságukat. Klinikai jelentőség: a gén korrelációja klinikai változókkal, tumor AP és beteg prognózis. (Hungarian)
17 August 2022
0 references
Идентифициране на нови изтриващи гени, участващи в семейства със синдром на Lynch I и II, без промяна в гените MLH1, MSH2, MSH6 и PMS2 (компетентни MMR FFCC-X). Въз основа на предишно проучване exome sequencing на двама/трима членове на FCC-X семейства, редица кандидат-гени са приоритизирани за всяко семейство. Този проект ще завърши анализа на масовата последователност на екзома чрез идентифициране на CNV в свързаните с КРС гени. Изследването на експресията на нивото на иРНК и протеина на двата варианта и ЦНВ ще покаже, че гените са подходящи за провеждане на функционално изследване. Методологията на проекта: програмата за иглолистни растения (Krumm et al 2012) се използва за биоинформатичен анализ. MRNA ниво експресия проучване ще бъде направено чрез Q-PCR с помощта на TaqMan сонди, проектирани от нас. Изследването на експресията на протеините ще се извършва чрез имунохистохимия, като се използват търговски антитела. Функционалните изпитвания in vitro, използващи див тип и мутирали конструкции, които ще бъдат клонирани във вектори и трансфектирани в компетентни клетки, се извършват в променени гени, за да се изследват пътищата, участващи във всеки ген. И накрая, избраните гени могат да бъдат проучени в по-голям брой семейства FCC-X от други испански и международни групи, работещи в тази област, за да се установи тяхната честота. Клинична значимост: корелация на ген с клинични променливи, тумор AP и прогноза на пациента. (Bulgarian)
17 August 2022
0 references
Naujų trinamųjų genų, susijusių su Lynch I ir II sindromu sergančiomis šeimomis, nustatymas nekeičiant MLH1, MSH2, MSH6 ir PMS2 genų (kompetentingų FFCC-X MMR). Remiantis ankstesniu exome sekos tyrimu, kuriame dalyvavo du/tris FCC-X šeimų nariai, kiekvienai šeimai buvo teikiama pirmenybė daugeliui kandidatų genų. Šiuo projektu bus užbaigta egzomos masinės sekos nustatymo analizė nustatant CNV su CRC susijusiais genais. Abiejų variantų ir CNV mRNR ir baltymų raiškos tyrimas parodys, kad genai yra tinkami funkciniam tyrimui atlikti. Projekto metodika: bioinformatikos analizei naudojama spygliuočių programa (Krumm et al. 2012). MRNR lygio išraiškos tyrimas bus atliekamas Q-PCR naudojant mūsų sukurtus TaqMan zondus. Baltymų ekspresijos tyrimas bus atliekamas imunohistochemijos naudojant komercinius antikūnus. In vitro funkciniai bandymai naudojant laukinio tipo ir mutuotas konstrukcijas, kurios bus klonuojamos vektoriuose ir pernešamos į kompetentingas ląsteles, atliekami su pakeistais genais, kad būtų ištirti kiekvieno geno keliai. Galiausiai atrinkti genai gali būti tiriami didesniam skaičiui FCC-X šeimų iš kitų Ispanijos ir tarptautinių grupių, dirbančių šioje srityje, siekiant nustatyti jų dažnį. Klinikinė svarba: geno koreliacija su klinikiniais kintamaisiais, naviko AP ir paciento prognozė. (Lithuanian)
17 August 2022
0 references
Identifikacija novih gena za brisanje uključenih u obitelji s Lynchom I i II sindromom bez promjene gena MLH1, MSH2, MSH6 i PMS2 (kompetentni FFCC-X MMR). Na temelju prethodnog exome sekvenciranja ispitivanja dva/tri člana FCC-X obitelji, određeni broj kandidata gena bio je prioritet za svaku obitelj. Ovim projektom dovršit će se analiza masovnog sekvenciranja egzoma identificiranjem CNV-ova u genima povezanima s CRC-om. Proučavanje ekspresije na razini mRNK i proteina obje varijante i CNV-a ukazat će na to da su geni prikladni za provođenje funkcionalne studije. Metodologija projekta: program Conifer (Krumm et al. 2012.) koristi se za bioinformativnu analizu. MRNA razina ekspresije studija će biti učinjeno Q-PCR pomoću TaqMan sonde dizajnirane od strane nas. Studija ekspresije proteina provest će se imunohistokemijom koristeći komercijalna protutijela. Funkcionalna ispitivanja in vitro koja se koriste divljim tipom i mutiranim konstrukcijama koje će se klonirati u vektorima i transfectirati na kompetentne stanice provode se u promijenjenim genima kako bi se proučili putovi uključeni u svaki gen. Konačno, odabrani geni mogu se proučavati u većem broju FCC-X obitelji iz drugih španjolskih i međunarodnih skupina koje rade u ovom području kako bi se utvrdila njihova učestalost. Klinička važnost: korelacija gena s kliničkim varijablama, tumorom AP i prognozom pacijenata. (Croatian)
17 August 2022
0 references
Identifiering av nya raderade gener som ingår i familjer med Lynch I och II-syndrom utan förändring av MLH1, MSH2, MSH6 och PMS2-generna (behörig FFCC-X MMR). Baserat på en tidigare exome sekvenseringsstudie av två/tre medlemmar av FCC-X-familjer prioriterades ett antal kandidatgener för varje familj. Detta projekt kommer att slutföra analysen av exomes masssekvensering genom att identifiera CNV i CRC-relaterade gener. Studien av uttryck på mRNA-nivå och protein från både varianter och CNV kommer att indikera att gener är lämpliga för att genomföra en funktionell studie. Projektets metodik: programmet för barrträd (Krumm et al 2012) ska användas för bioinformatisk analys. MRNA-nivåuttrycksstudie kommer att utföras av Q-PCR med hjälp av TaqMan-sonder designade av oss. Proteinuttrycksstudien kommer att göras genom immunoohistochemistry med användning av kommersiella antikroppar. Funktionstester in vitro med användning av vildtyp och muterade konstruktioner som kommer att klonas i vektorer och transfekteras till kompetenta celler ska utföras i förändrade gener för att studera de vägar som ingår i varje gen. Slutligen kan de utvalda generna studeras i ett större antal FCC-X-familjer från andra spanska och internationella grupper som arbetar inom detta område för att fastställa deras frekvens. Klinisk relevans: korrelation av gen med kliniska variabler, tumör AP och patientprognos. (Swedish)
17 August 2022
0 references
Identificarea noilor gene dăunătoare implicate în familiile cu sindrom Lynch I și II fără modificări ale genelor MLH1, MSH2, MSH6 și PMS2 (RMM competent FFCC-X). Pe baza unui studiu anterior de secvențiere exome a doi/trei membri ai familiilor FCC-X, o serie de gene candidate au fost prioritizate pentru fiecare familie. Acest proiect va finaliza analiza secvențierii în masă a exomului prin identificarea CNV în genele legate de CRC. Studiul expresiei la nivelul ARNm și proteinelor ambelor variante și CNV va indica faptul că genele sunt potrivite pentru efectuarea unui studiu funcțional. Metodologia proiectului: programul Conifer (Krumm et al. 2012) se utilizează pentru analiza bioinformatică. Studiul de expresie a nivelului mRNA va fi realizat de Q-PCR folosind sonde TaqMan proiectate de noi. Studiul expresiei proteinelor se va face prin imunohistochimie folosind anticorpi comerciali. Testele funcționale in vitro care utilizează construcții de tip sălbatic și mutații care vor fi clonate în vectori și transfectate către celulele competente se efectuează în gene modificate pentru a studia căile implicate în fiecare genă. În cele din urmă, genele selectate pot fi studiate într-un număr mai mare de familii FCC-X din alte grupuri spaniole și internaționale care lucrează în acest domeniu pentru a stabili frecvența acestora. Relevanța clinică: corelarea genei cu variabile clinice, tumora AP si prognosticul pacientului. (Romanian)
17 August 2022
0 references
Identifikacija novih brisočih genov, vključenih v družine z Lynchovim sindromom I in II, brez sprememb genov MLH1, MSH2, MSH6 in PMS2 (pristojni FFCC-X MMR). Na podlagi predhodne študije sekvenciranja eksome pri dveh/trih članih družin FCC-X je bilo za vsako družino dano prednost številnim kandidatnim genom. Ta projekt bo zaključil analizo sekvenciranja mase eksome z opredelitvijo CNV-jev v genih, povezanih s CRC. Študija izražanja na ravni mRNA in beljakovin obeh različic in CNV bo pokazala, da so geni primerni za izvedbo funkcionalne študije. Metodologija projekta: za bioinformatično analizo se uporablja program iglavcev (Krumm et al. 2012). Študija o izražanju ravni mRNA bo opravila Q-PCR z uporabo sond TaqMan, ki smo jih zasnovali. Študija ekspresije beljakovin bo opravljena z imunohistokemijo z uporabo komercialnih protiteles. Funkcionalni preskusi in vitro z uporabo divjega tipa in mutiranih konstrukcij, ki bodo klonirane v vektorjih in pretvorjene v kompetentne celice, se izvedejo v spremenjenih genih, da se preučijo poti, vključene v vsak gen. Nazadnje, izbrane gene je mogoče preučiti v večjem številu družin FCC-X iz drugih španskih in mednarodnih skupin, ki delujejo na tem področju, da bi ugotovili njihovo pogostost. Klinični pomen: korelacija gena s kliničnimi spremenljivkami, tumorjem AP in bolnikovo prognozo. (Slovenian)
17 August 2022
0 references
Identyfikacja nowych genów usuwanych w rodzinach z zespołem Lyncha I i II bez zmian w genach MLH1, MSH2, MSH6 i PMS2 (właściwe FFCC-X MMR). Na podstawie poprzedniego badania sekwencjonowania exome dwóch/trzech członków rodzin FCC-X, dla każdej rodziny priorytetowo traktowano szereg genów kandydujących. Projekt ten zakończy analizę masowego sekwencjonowania exomu poprzez identyfikację CNV w genach związanych z CRC. Badanie ekspresji na poziomie mRNA i białka obu wariantów i CNV wykaże, że geny nadają się do przeprowadzenia badania funkcjonalnego. Metodologia projektu: do analizy bioinformatycznej wykorzystuje się program iglasty (Krumm i in. 2012). Badanie ekspresji poziomu mRNA zostanie przeprowadzone przez Q-PCR przy użyciu sond TaqMan zaprojektowanych przez nas. Badanie ekspresji białek zostanie przeprowadzone przez immunohistochemię przy użyciu komercyjnych przeciwciał. Testy funkcjonalne in vitro z wykorzystaniem dzikich i zmutowanych konstrukcji, które zostaną sklonowane u wektorów i przenoszone na kompetentne komórki, przeprowadza się w zmienionych genach w celu zbadania dróg, których dotyczy każdy gen. Wreszcie, wybrane geny mogą być badane w większej liczbie rodzin FCC-X z innych hiszpańskich i międzynarodowych grup pracujących w tej dziedzinie w celu ustalenia ich częstotliwości. Znaczenie kliniczne: korelacja genu ze zmiennymi klinicznymi, guz AP i rokowania pacjenta. (Polish)
17 August 2022
0 references
Madrid
0 references
20 December 2023
0 references
Identifiers
PI16_01292
0 references