Genomic and epigenetic approach for the identification of genes associated with Hirschsprung’s disease and thyroid cancer. (Q3141193)
Jump to navigation
Jump to search
Project Q3141193 in Spain
| Language | Label | Description | Also known as |
|---|---|---|---|
| English | Genomic and epigenetic approach for the identification of genes associated with Hirschsprung’s disease and thyroid cancer. |
Project Q3141193 in Spain |
Statements
175,822.2 Euro
0 references
218,250.0 Euro
0 references
80.56 percent
0 references
1 January 2017
0 references
31 March 2020
0 references
FUNDACION PUBLICA ANDALUZA PARA LA GESTION DE LA INVESTIGACION EN SALUD DE SEVILLA
0 references
El presente proyecto realizará una aproximación genómica y epigenética para el estudio de la enfermedad de Hirschsprung (HSCR) y el cáncer de tiroides. La aproximación genómica estará basada en la secuenciación de exomas orientada a la detección de nuevos genes asociados a ambas patologías. Además, en HSCR, se utilizarán paneles diseñados para la secuenciación dirigida de genes asociados o candidatos para la enfermedad. Este tipo de aproximación, permitirá analizar los cambios en la secuencia de distintos genes simultáneamente, para identificar combinaciones de mutaciones asociadas a la aparición del fenotipo. La segunda aproximación comprenderá estudios epigenéticos y de regulación de la expresión génica. Por un lado, se profundizará en el papel de los genes candidatos obtenidos mediante secuenciación exómica, así como de DNMT3B y PAX6, descritos por nuestro grupo como genes ya asociados a HSCR. Para ello, se realizará el silenciamiento de los genes de interés en los cultivos celulares y se analizará su función y las posibles vías de señalización comprometidas. Así mismo, mediante qPCR se estudiará la expresión diferencial de los genes resultantes en pacientes y controles. Para determinar los mecanismos epigenéticos en ambas patologías, se realizarán estudios del metiloma en pacientes vs controles. Además, tanto en las regiones de interés como en los genes candidatos, se analizarán los patrones de metilación y la estructura de la cromatina (ChIP-PCR) en los pacientes HSCR y en los pacientes con cáncer de tiroides con respecto a los controles. Por último, se establecerá la implicación de los lncRNA como elementos reguladores de la expresión génica, utilizando cultivos celulares y piezas de tejido humano (intestino y tumores de tiroides), y analizando la posible expresión diferencial entre pacientes y controles mediante el uso de arrays. (Spanish)
0 references
This project will carry out a genomic and epigenetic approach to the study of Hirschsprung’s disease (HSCR) and thyroid cancer. The genomic approach will be based on the sequencing of exomes aimed at the detection of new genes associated with both pathologies. In addition, in HSCR, panels designed for targeted sequencing of associated genes or candidates for the disease will be used. This type of approximation will allow to analyse the changes in the sequence of different genes simultaneously, to identify combinations of mutations associated with the appearance of the phenotype. The second approach will include epigenetic studies and the regulation of gene expression. On the one hand, the role of candidate genes obtained by exomic sequencing, as well as DNMT3B and PAX6, described by our group as genes already associated with HSCR, will be deepened. To this end, the silencing of the genes of interest in cell cultures will be carried out and their function and possible signaling pathways will be analysed. Likewise, the differential expression of the resulting genes in patients and controls will be studied using qPCR. To determine the epigenetic mechanisms in both pathologies, methyloma studies will be performed in patients vs controls. In addition, in both regions of interest and candidate genes, methylation patterns and chromatin structure (ChIP-PCR) will be analysed in HSCR patients and thyroid cancer patients with respect to controls. Finally, the involvement of lncRNAs as regulatory elements of gene expression will be established, using cell cultures and parts of human tissue (intetine and thyroid tumors), and analysing the possible differential expression between patients and controls through the use of arrays. (English)
12 October 2021
0.6351584495128122
0 references
Ce projet mènera une approche génomique et épigénétique de l’étude de la maladie de Hirschsprung (HSCR) et du cancer de la thyroïde. L’approche génomique sera basée sur le séquençage des exomes visant à détecter de nouveaux gènes associés aux deux pathologies. De plus, dans le cadre de la HSCR, on utilisera des panneaux conçus pour le séquençage ciblé des gènes associés ou des candidats à la maladie. Ce type d’approximation permettra d’analyser simultanément les changements dans la séquence de différents gènes, afin d’identifier les combinaisons de mutations associées à l’apparition du phénotype. La deuxième approche comprendra des études épigénétiques et la régulation de l’expression des gènes. D’une part, le rôle des gènes candidats obtenus par séquençage exomique, ainsi que DNMT3B et PAX6, décrits par notre groupe comme des gènes déjà associés au HSCR, sera approfondi. À cette fin, le silence des gènes d’intérêt pour les cultures cellulaires sera effectué et leur fonction et les voies de signalisation possibles seront analysées. De même, l’expression différentielle des gènes résultants chez les patients et les témoins sera étudiée à l’aide de qPCR. Pour déterminer les mécanismes épigénétiques dans les deux pathologies, des études de méthylome seront réalisées chez les patients versus témoins. De plus, dans les deux régions d’intérêt et les gènes candidats, les profils de méthylation et la structure de la chromatine (ChIP-PCR) seront analysés chez les patients atteints de HSCR et chez les patients atteints de cancer de la thyroïde en ce qui concerne les témoins. Enfin, l’implication des ARNc en tant qu’éléments régulateurs de l’expression génique sera établie en utilisant des cultures cellulaires et des parties du tissu humain (tumores de l’intetine et de la thyroïde) et en analysant l’expression différentielle possible entre les patients et les témoins à l’aide de tableaux. (French)
2 December 2021
0 references
In diesem Projekt wird ein genomischer und epigenetischer Ansatz zur Erforschung der Hirschsprung-Krankheit (HSCR) und des Schilddrüsenkrebses durchgeführt. Der genomische Ansatz basiert auf der Sequenzierung von Exome, die auf den Nachweis neuer Gene im Zusammenhang mit beiden Pathologien abzielen. Darüber hinaus werden in HSCR Panels für die gezielte Sequenzierung assoziierter Gene oder Kandidaten für die Krankheit verwendet. Diese Art der Annäherung ermöglicht es, die Veränderungen in der Sequenz verschiedener Gene gleichzeitig zu analysieren und Kombinationen von Mutationen zu identifizieren, die mit dem Auftreten des Phänotyps verbunden sind. Der zweite Ansatz umfasst epigenetische Studien und die Regulierung der Genexpression. Einerseits wird die Rolle der Kandidatengene, die durch Exomic Sequencing gewonnen werden, sowie DNMT3B und PAX6, die von unserer Gruppe als bereits mit HSCR assoziierte Gene beschrieben werden, vertieft. Zu diesem Zweck wird die Schwächung der Gene von Interesse an Zellkulturen durchgeführt und deren Funktion und mögliche Signalwege analysiert. Ebenso wird die Differentialexpression der daraus resultierenden Gene bei Patienten und Kontrollen mit qPCR untersucht. Um die epigenetischen Mechanismen in beiden Pathologien zu bestimmen, werden Methyloma-Studien bei Patienten vs. Kontrollen durchgeführt. Darüber hinaus werden Methylierungsmuster und Chromatinstruktur (ChIP-PCR) bei HSCR-Patienten und Patienten mit Schilddrüsenkrebs in Bezug auf Kontrollen in beiden Interessenregionen und Kandidatengenen analysiert. Schließlich wird die Einbeziehung von LncRNAs als regulatorische Elemente der Genexpression unter Verwendung von Zellkulturen und Teilen des menschlichen Gewebes (Intetin- und Schilddrüsentumoren) und Analyse der möglichen Differentialexpression zwischen Patienten und Kontrollen durch den Einsatz von Arrays etabliert. (German)
9 December 2021
0 references
Dit project zal een genomic en epigenetische benadering van de studie van de ziekte van Hirschsprung (HSCR) en schildklierkanker uitvoeren. De genomische benadering zal worden gebaseerd op de sequencing van exomes gericht op de detectie van nieuwe genen geassocieerd met beide pathologieën. Bovendien zullen in HSCR panelen worden gebruikt die zijn ontworpen voor gerichte sequencing van bijbehorende genen of kandidaten voor de ziekte. Dit type van benadering zal toelaten om de veranderingen in de opeenvolging van verschillende genen gelijktijdig te analyseren, om combinaties van mutaties te identificeren die verband houden met het uiterlijk van het fenotype. De tweede benadering omvat epigenetische studies en de regulering van genexpressie. Enerzijds zal de rol van kandidaat-genen verkregen door exomic sequencing, evenals DNMT3B en PAX6, die door onze groep worden beschreven als genen die al geassocieerd zijn met HSCR, worden verdiept. Daartoe zal het zwijgen van de genen van belang in celculturen worden uitgevoerd en zullen hun functie en mogelijke signalerende wegen worden geanalyseerd. Evenzo zal de differentiële expressie van de resulterende genen in patiënten en controles worden bestudeerd met behulp van qPCR. Om de epigenetische mechanismen in beide pathologieën te bepalen, zullen methyloomonderzoeken worden uitgevoerd bij patiënten vs. controles. Bovendien zullen in beide interessante en kandidaat-genen methylatiepatronen en chromatinestructuur (ChIP-PCR) worden geanalyseerd bij HSCR-patiënten en schildklierkankerpatiënten met betrekking tot controles. Ten slotte zal de betrokkenheid van lncRNAs als regelgevende elementen van genexpressie worden vastgesteld, met behulp van celculturen en delen van menselijk weefsel (intetine en schildkliertumoren), en het analyseren van de mogelijke differentiële expressie tussen patiënten en controles door het gebruik van arrays. (Dutch)
17 December 2021
0 references
Questo progetto eseguirà un approccio genomico ed epigenetico allo studio della malattia di Hirschsprung (HSCR) e del cancro della tiroide. L'approccio genomico si baserà sul sequenziamento degli esomi finalizzato all'individuazione di nuovi geni associati ad entrambe le patologie. Inoltre, in HSCR, saranno utilizzati pannelli progettati per il sequenziamento mirato di geni associati o candidati alla malattia. Questo tipo di approssimazione permetterà di analizzare simultaneamente i cambiamenti nella sequenza di geni diversi, per identificare combinazioni di mutazioni associate all'aspetto del fenotipo. Il secondo approccio comprenderà studi epigenetici e la regolazione dell'espressione genica. Da un lato, sarà approfondito il ruolo dei geni candidati ottenuti mediante sequenziamento esomico, nonché DNMT3B e PAX6, descritti dal nostro gruppo come geni già associati all'HSCR. A tal fine, il silenziamento dei geni di interesse per le colture cellulari sarà effettuato e la loro funzione e possibili percorsi di segnalazione saranno analizzati. Analogamente, l'espressione differenziale dei geni risultanti nei pazienti e nei controlli sarà studiata utilizzando qPCR. Per determinare i meccanismi epigenetici in entrambe le patologie, saranno condotti studi di metiloma nei pazienti rispetto ai controlli. Inoltre, in entrambe le regioni di interesse e nei geni candidati, i modelli di metilazione e la struttura della cromatina (ChIP-PCR) saranno analizzati nei pazienti con HSCR e nei pazienti con carcinoma tiroideo per quanto riguarda i controlli. Infine, sarà stabilito il coinvolgimento di lncRNAs come elementi regolatori dell'espressione genica, utilizzando colture cellulari e parti del tessuto umano (tumore dell'intestino e della tiroide), e analizzare la possibile espressione differenziale tra i pazienti e i controlli attraverso l'uso di array. (Italian)
16 January 2022
0 references
Projektiga viiakse läbi genoomiline ja epigeneetiline lähenemine Hirschsprung’i tõve ja kilpnäärmevähi uuringule. Genoomiline lähenemine põhineb eksomete järjestamisel, mille eesmärk on avastada mõlema patoloogiaga seotud uusi geene. Lisaks kasutatakse HSCRis paneele, mis on ette nähtud haigusega seotud geenide või kandidaatide sihipäraseks järjestamiseks. Selline lähendamine võimaldab samaaegselt analüüsida muutusi erinevate geenide järjestuses, et tuvastada fenotüübi ilmumisega seotud mutatsioonide kombinatsioone. Teine lähenemisviis hõlmab epigeneetika uuringuid ja geeniekspressiooni reguleerimist. Ühelt poolt süvendatakse eksoomse sekveneerimise teel saadud kandidaatgeenide, samuti DNMT3B ja PAX6 rolli, mida meie grupp kirjeldab juba HSCR-iga seotud geenidena. Selleks viiakse läbi rakukultuurides huvipakkuvate geenide vaigistamine ning analüüsitakse nende funktsiooni ja võimalikke signaalradasid. Samuti uuritakse saadud geenide erinevat ekspressiooni patsientidel ja kontrollrühmades qPCRi abil. Epigeneetiliste mehhanismide määramiseks mõlemas patoloogias viiakse patsientidel läbi metüüloomiuuringud võrreldes kontrollrühmaga. Lisaks analüüsitakse nii huvipakkuvates piirkondades kui ka kandidaatgeenides HSCR-patsientidel ja kilpnäärmevähiga patsientidel metüülimismustreid ja kromatiini struktuuri (ChIP-PCR) kontrollrühma suhtes. Lõpuks tehakse kindlaks lncRNAde kaasamine geeniekspressiooni regulatiivsete elementidena, kasutades rakukultuure ja inimkoe osi (intetiin ja kilpnäärme kasvajad) ning analüüsides võimalikku erinevat ekspressiooni patsientide ja kontrollrühmade vahel massiivide kasutamise kaudu. (Estonian)
4 August 2022
0 references
Šis projektas atliks genominį ir epigenetinį požiūrį į Hirschsprung ligos (HSCR) ir skydliaukės vėžio tyrimą. Genominis požiūris bus pagrįstas egzomų sekos nustatymu, siekiant nustatyti naujus genus, susijusius su abiem patologijomis. Be to, HSCR bus naudojamos plokštės, skirtos tikslinei susijusių genų ar kandidatų į ligą sekos nustatymui. Šis aproksimacijos tipas leis vienu metu analizuoti skirtingų genų sekos pokyčius, nustatyti mutacijų derinius, susijusius su fenotipo atsiradimu. Antrasis metodas apims epigenetinius tyrimus ir genų ekspresijos reguliavimą. Viena vertus, kandidatų genų, gautų egzomic sekos nustatymo būdu, taip pat DNMT3B ir PAX6, vaidmuo, kurį mūsų grupė apibūdino kaip genus, jau susietus su HSCR, bus pagilintas. Šiuo tikslu bus atliekamas ląstelinėms kultūroms svarbių genų triukšmo slopinimo procesas ir analizuojama jų funkcija bei galimi signalizavimo keliai. Taip pat taikant qPGR bus tiriama gautų genų ir kontrolinių grupių diferencinė ekspresija. Siekiant nustatyti epigenetinius mechanizmus abiejose patologijose, bus atliekami metilomos tyrimai su pacientais ir kontroliniais pacientais. Be to, abiejuose dominančiuose regionuose ir potencialiuose genuose metilinimo modeliai ir chromatino struktūra (ChIP-PGR) bus analizuojami HSCR ir skydliaukės vėžiu sergantiems pacientams, atsižvelgiant į kontrolę. Galiausiai bus nustatytas lncRNR, kaip genų ekspresijos reguliavimo elementų, dalyvavimas, naudojant ląstelių kultūras ir žmogaus audinių dalis (intetiną ir skydliaukės navikus) ir analizuojant galimą diferencinę ekspresiją tarp pacientų ir kontrolės per masyvų naudojimą. (Lithuanian)
4 August 2022
0 references
Ovaj će projekt provesti genomski i epigenetski pristup proučavanju Hirschsprungove bolesti (HSCR) i raka štitnjače. Genomski pristup temeljit će se na sekvenciranju egzoma usmjerenih na otkrivanje novih gena povezanih s obje patologije. Osim toga, u HSCR-u će se koristiti paneli dizajnirani za ciljano sekvenciranje povezanih gena ili kandidata za bolest. Ova vrsta aproksimacije omogućit će istovremeno analizirati promjene u slijedu različitih gena, identificirati kombinacije mutacija povezanih s pojavom fenotipa. Drugi pristup obuhvaćat će epigenetske studije i regulaciju ekspresije gena. S jedne strane, produbit će se uloga gena kandidata dobivenih egzomskim sekvenciranjem, kao i DNMT3B i PAX6, koje je naša grupa opisala kao gene koji su već povezani s HSCR-om. U tu će se svrhu provesti ušutavanje gena od interesa za stanične kulture te će se analizirati njihova funkcija i mogući putevi signalizacije. Isto tako, diferencijalna ekspresija dobivenih gena u bolesnika i kontrola ispitat će se pomoću qPCR-a. Kako bi se odredili epigenetski mehanizmi u obje patologije, ispitivanja metiloma provest će se u bolesnika naspram kontrola. Osim toga, u regijama od interesa i u potencijalnim genima analizirat će se obrasci metilacije i kromatinska struktura (ChIP-PCR) u bolesnika s HSCR-om i oboljelih od raka štitnjače s obzirom na kontrole. Konačno, uspostavit će se uključenost lncRNA-a kao regulatornih elemenata ekspresije gena, koristeći stanične kulture i dijelove ljudskog tkiva (intetinski tumori i tumori štitnjače) te analizirajući moguću diferencijalnu ekspresiju između pacijenata i kontrola korištenjem nizova. (Croatian)
4 August 2022
0 references
Το έργο αυτό θα πραγματοποιήσει μια γονιδιωματική και επιγενετική προσέγγιση στη μελέτη της νόσου Hirschsprung (HSCR) και του καρκίνου του θυρεοειδούς. Η γονιδιωματική προσέγγιση θα βασίζεται στην αλληλουχία των εξομοιώσεων με στόχο την ανίχνευση νέων γονιδίων που σχετίζονται και με τις δύο παθολογίες. Επιπλέον, στην HSCR, θα χρησιμοποιούνται πάνελ που έχουν σχεδιαστεί για στοχοθετημένη αλληλουχία των σχετικών γονιδίων ή υποψηφίων για τη νόσο. Αυτός ο τύπος προσέγγισης θα επιτρέψει την ταυτόχρονη ανάλυση των αλλαγών στην αλληλουχία διαφορετικών γονιδίων, για τον προσδιορισμό των συνδυασμών μεταλλάξεων που σχετίζονται με την εμφάνιση του φαινοτύπου. Η δεύτερη προσέγγιση θα περιλαμβάνει επιγενετικές μελέτες και τη ρύθμιση της έκφρασης των γονιδίων. Από τη μία πλευρά, ο ρόλος των υποψήφιων γονιδίων που λαμβάνονται από την εξωμική αλληλουχία, καθώς και των DNMT3B και PAX6, που περιγράφονται από την ομάδα μας ως γονίδια που έχουν ήδη συσχετιστεί με το HSCR, θα εμβαθυνθούν. Για το σκοπό αυτό, θα πραγματοποιηθεί η σιγαστήρας των γονιδίων που ενδιαφέρουν τις κυτταροκαλλιέργειες και θα αναλυθούν η λειτουργία τους και οι πιθανές οδοί σηματοδότησης. Ομοίως, η διαφορική έκφραση των γονιδίων που προκύπτουν στους ασθενείς και στους μάρτυρες θα μελετηθεί με τη χρήση qPCR. Για τον προσδιορισμό των επιγενετικών μηχανισμών και στις δύο παθολογίες, θα διεξαχθούν μελέτες μεθυλώματος σε ασθενείς έναντι μαρτύρων. Επιπλέον, και στις δύο περιοχές ενδιαφέροντος και στα υποψήφια γονίδια, τα πρότυπα μεθυλίωσης και η δομή της χρωματίνης (ChIP-PCR) θα αναλυθούν σε ασθενείς με HSCR και σε ασθενείς με καρκίνο του θυρεοειδούς όσον αφορά τους ελέγχους. Τέλος, θα καθιερωθεί η συμμετοχή των lncRNAs ως ρυθμιστικών στοιχείων της γονιδιακής έκφρασης, με τη χρήση κυτταροκαλλιεργειών και τμημάτων του ανθρώπινου ιστού (ενδετινικοί και θυρεοειδείς όγκοι) και την ανάλυση της πιθανής διαφορικής έκφρασης μεταξύ των ασθενών και των μαρτύρων μέσω της χρήσης συστοιχιών. (Greek)
4 August 2022
0 references
Tento projekt bude vykonávať genomický a epigenetický prístup k štúdiu Hirschsprungovej choroby (HSCR) a rakoviny štítnej žľazy. Genomický prístup bude založený na postupnosti exómov zameraných na detekciu nových génov spojených s obidvoma patológiami. Okrem toho sa v HSCR použijú panely určené na cielené sekvencovanie súvisiacich génov alebo kandidátov na túto chorobu. Tento typ aproximácie umožní analyzovať zmeny v sekvencii rôznych génov súčasne, identifikovať kombinácie mutácií spojených s výskytom fenotypu. Druhý prístup bude zahŕňať epigenetické štúdie a reguláciu génovej expresie. Na jednej strane sa prehĺbi úloha kandidátskych génov získaných exomickým sekvenovaním, ako aj DNMT3B a PAX6, ktoré naša skupina opisuje ako gény už spojené s HSCR. Na tento účel sa vykoná tlmenie génov záujmu o bunkové kultúry a analyzujú sa ich funkcie a možné signalizačné dráhy. Podobne diferenciálna expresia výsledných génov u pacientov a kontrolných skupín sa bude skúmať pomocou qPCR. Na stanovenie epigenetických mechanizmov v oboch patológiách sa vykonajú štúdie metylómu u pacientov verzus kontroly. Okrem toho sa v oblastiach záujmu a kandidátskych génoch analyzujú modely metylácie a chromatínová štruktúra (ChIP-PCR) u pacientov s HSCR a pacientov s rakovinou štítnej žľazy, pokiaľ ide o kontroly. Nakoniec sa stanoví zapojenie lncRNA ako regulačných prvkov génovej expresie pomocou bunkových kultúr a častí ľudského tkaniva (intetínové a štítne nádory) a analýza možnej diferenciálnej expresie medzi pacientmi a kontrolami pomocou polí. (Slovak)
4 August 2022
0 references
Hankkeessa toteutetaan genomi- ja epigeneettinen lähestymistapa Hirschsprungin taudin (HSCR) ja kilpirauhassyövän tutkimukseen. Genomilähestymistapa perustuu eksomejen sekvensointiin, jolla pyritään havaitsemaan molempiin patologioihin liittyviä uusia geenejä. Lisäksi HSCR:ssä käytetään paneeleja, jotka on suunniteltu taudille liittyvien geenien tai ehdokkaiden kohdennettuun sekvensointiin. Tämän tyyppinen lähentäminen mahdollistaa analysoida muutoksia sekvenssin eri geenit samanaikaisesti, tunnistaa yhdistelmiä mutaatioita liittyy ulkonäkö fenotyyppi. Toinen lähestymistapa käsittää epigeneettiset tutkimukset ja geenien ilmentymisen säätelyn. Yhtäältä eksomisen sekvenssin avulla saatujen ehdokasgeenien sekä DNMT3B:n ja PAX6:n rooli, jota ryhmämme on kuvannut HSCR:ään liittyvinä geeneinä, syvenee. Tätä varten suoritetaan soluviljelmiä kiinnostavien geenien vaientaminen ja analysoidaan niiden toimintaa ja mahdollisia signaalireittejä. Myös tuloksena olevien geenien differentiaalista ilmentymistä potilailla ja verrokeilla tutkitaan qPCR:n avulla. Epigeneettisten mekanismien määrittämiseksi molemmissa patologioissa suoritetaan metyylioomatutkimuksia potilailla vs. kontrolli. Lisäksi sekä kiinnostavilla alueilla että ehdokasgeeneissä metylaatiomallit ja kromatiinirakenne (ChIP-PCR) analysoidaan HSCR-potilailla ja kilpirauhassyöpäpotilailla kontrollien osalta. Lopuksi IncRNA: n osallistuminen geenin ilmentymisen sääntelyelementeiksi vahvistetaan käyttäen soluviljelmiä ja ihmiskudoksen osia (intetiini- ja kilpirauhaskasvaimia) ja analysoimalla potilaiden ja kontrollien välistä mahdollista eroa ilmentymää käyttämällä ryhmiä. (Finnish)
4 August 2022
0 references
Projekt ten przeprowadzi genomowe i epigenetyczne podejście do badania choroby Hirschsprunga (HSCR) i raka tarczycy. Podejście genomowe będzie oparte na sekwencjonowaniu egzomerów mających na celu wykrywanie nowych genów związanych z obydwoma patologiami. Ponadto w HSCR zostaną wykorzystane panele przeznaczone do ukierunkowanego sekwencjonowania powiązanych genów lub kandydatów na chorobę. Ten typ przybliżenia pozwoli analizować zmiany w sekwencji różnych genów jednocześnie, aby zidentyfikować kombinacje mutacji związanych z pojawieniem się fenotypu. Drugie podejście będzie obejmowało badania epigenetyczne i regulację ekspresji genów. Z jednej strony rola genów kandydackich uzyskiwanych przez sekwencjonowanie egzomiczne, a także DNMT3B i PAX6, opisywana przez naszą grupę jako geny już związane z HSCR, zostanie pogłębiona. W tym celu przeprowadzone zostanie wyciszenie genów interesujących kulturami komórkowymi oraz analiza ich funkcji i możliwych ścieżek sygnalizacyjnych. Podobnie, różnicowa ekspresja genów powstałych u pacjentów i grupy kontrolne będą badane przy użyciu qPCR. W celu określenia mechanizmów epigenetycznych w obu patologiach, badania metylomatyczne zostaną przeprowadzone u pacjentów vs grupy kontrolnej. Ponadto, zarówno w regionach zainteresowania, jak i w wybranych genach, u pacjentów z HSCR i pacjentów z rakiem tarczycy w odniesieniu do kontroli przeanalizowane zostaną wzorce metylacji i struktura chromatyny (ChIP-PCR). Wreszcie, zostanie ustalone zaangażowanie lncRNAs jako elementów regulacyjnych ekspresji genów, przy użyciu kultur komórkowych i części tkanek ludzkich (guzy jelita i tarczycy) oraz analizując ewentualną ekspresję różnicową między pacjentami a kontrolami za pomocą tablic. (Polish)
4 August 2022
0 references
Ez a projekt genomikus és epigenetikai megközelítést alkalmaz a Hirschsprung-betegség (HSCR) és a pajzsmirigyrák vizsgálatához. A genomikus megközelítés az exomok szekvenálásán alapul, amelynek célja a két patológiához kapcsolódó új gének kimutatása. Ezen túlmenően a HSCR-ben a kapcsolódó gének vagy a betegség jelöltjeinek célzott szekvenálására tervezett paneleket kell használni. Ez a fajta közelítés lehetővé teszi a különböző gének szekvenciájában bekövetkező változások egyidejű elemzését, hogy azonosítsák a fenotípus megjelenésével összefüggő mutációk kombinációit. A második megközelítés magában foglalja az epigenetikai vizsgálatokat és a génexpresszió szabályozását. Egyrészt az exomikus szekvenálással nyert jelölt gének, valamint a csoportunk által a HSCR-hez már társított DNMT3B és PAX6 gének szerepe elmélyül. E célból a sejttenyészetek érdeklődésre számot tartó génjeinek elcsendesítését végzik, és a működésüket és a lehetséges jelátviteli útvonalakat elemzik. Hasonlóképpen, a kapott gének differenciál expresszióját a betegekben és kontrollokban qPCR-rel fogják tanulmányozni. Az epigenetikai mechanizmusok mindkét patológiában történő meghatározásához metilóma vizsgálatokat végeznek betegek vs kontrollokkal. Ezen túlmenően mind az érdeklődésre számot tartó régiókban, mind a jelölt génekben elemezni fogják a metilációs mintákat és a kromatinszerkezetet (ChIP-PCR) a HSCR-ben és a pajzsmirigyrákban szenvedő betegeknél a kontrollok tekintetében. Végül, a részvétel az lncRNS, mint szabályozási elemek gén expresszió kerül megállapításra, a sejtkultúrák és részei az emberi szövet (intetin és pajzsmirigy daganatok), és elemzi a lehetséges differenciál expresszió a betegek és a kontrollok segítségével tömbök. (Hungarian)
4 August 2022
0 references
Tento projekt provede genomický a epigenetický přístup ke studiu Hirschsprungovy choroby (HSCR) a rakoviny štítné žlázy. Genomický přístup bude založen na sekvenování exomů zaměřených na detekci nových genů spojených s oběma patologiemi. Kromě toho budou v HSCR použity panely určené pro cílené sekvenování souvisejících genů nebo kandidáty na onemocnění. Tento typ aproximace umožní analyzovat změny v sekvenci různých genů současně, identifikovat kombinace mutací spojených s výskytem fenotypu. Druhý přístup bude zahrnovat epigenetické studie a regulaci genové exprese. Na jedné straně se prohloubí role kandidátských genů získaných exomickým sekvenováním, stejně jako DNMT3B a PAX6, které naše skupina popisuje jako geny již spojené s HSCR. Za tímto účelem bude provedeno umlčování genů, které jsou předmětem zájmu o buněčné kultury, a jejich funkce a možné signalizační cesty budou analyzovány. Podobně bude zkoumána diferenciální exprese výsledných genů u pacientů a kontrol pomocí qPCR. Pro stanovení epigenetických mechanismů v obou patologiích budou prováděny studie methylomu u pacientů vs kontrol. Kromě toho budou u pacientů s HSCR a pacientů s karcinomem štítné žlázy analyzovány jak v oblastech zájmu, tak v kandidátských genech methylační vzorce a chromatinová struktura (ChIP-PCR) s ohledem na kontroly. A konečně, zapojení lncRNA jako regulačních prvků genové exprese bude zavedeno za použití buněčných kultur a částí lidské tkáně (intetinu a nádorů štítné žlázy) a analýzy možné diferenciální exprese mezi pacienty a kontrolami pomocí pole. (Czech)
4 August 2022
0 references
Šis projekts veiks genomisku un epiģenētisku pieeju Hirschsprung slimības (HSCR) un vairogdziedzera vēža izpētei. Genomiskā pieeja balstīsies uz eksomes sekvencēšanu, kuras mērķis ir noteikt jaunus gēnus, kas saistīti ar abām patoloģijām. Turklāt HSCR izmantos paneļus, kas paredzēti ar šo slimību saistīto gēnu vai kandidātu mērķtiecīgai sekvencēšanai. Šis tuvināšanas veids ļaus analizēt izmaiņas dažādu gēnu sekvencē vienlaicīgi, lai identificētu mutāciju kombinācijas, kas saistītas ar fenotipa parādīšanos. Otrā pieeja ietver epiģenētiskus pētījumus un gēnu ekspresijas regulēšanu. No vienas puses, tiks padziļināta loma kandidātgēniem, kas iegūti eksomikā sekvencējot, kā arī DNMT3B un PAX6, ko mūsu grupa apraksta kā gēnus, kas jau ir saistīti ar HSCR. Šajā nolūkā tiks veikta interesējošo gēnu klusināšana šūnu kultūrās un tiks analizēta to funkcija un iespējamie signalizācijas ceļi. Tāpat iegūto gēnu diferenciālā ekspresija pacientiem un kontrolēm tiks pētīta, izmantojot qPCR. Lai noteiktu epiģenētiskos mehānismus abās patoloģijās, metilomas pētījumi tiks veikti pacientiem pret kontroli. Turklāt abos interesējošajos reģionos un kandidātgēni tiks analizēti metilēšanas modeļi un hromatīna struktūra (ChIP-PCR) HSCR pacientiem un vairogdziedzera vēža pacientiem attiecībā uz kontroli. Visbeidzot, tiks noteikta lncRNS kā gēnu ekspresijas regulatīvo elementu iesaistīšana, izmantojot šūnu kultūras un cilvēka audu daļas (intetīnu un vairogdziedzera audzējus), kā arī analizējot iespējamo diferenciālo ekspresiju starp pacientiem un kontrolēm, izmantojot masīvus. (Latvian)
4 August 2022
0 references
Déanfaidh an tionscadal seo cur chuige géanómaíoch agus epigenetic chun staidéar a dhéanamh ar ghalar Hirschsprung (HSCR) agus ailse thyroid. Beidh an cur chuige géanómaíoch bunaithe ar sheicheamhú exomes atá dírithe ar ghéinte nua a bhaineann leis an dá phaiteolaíochtaí a bhrath. Ina theannta sin, in HSCR, úsáidfear painéil atá deartha chun seicheamhú spriocdhírithe a dhéanamh ar ghéinte gaolmhara nó ar iarrthóirí don ghalar. Ligfidh an cineál seo comhfhogasú anailís a dhéanamh ar na hathruithe i seicheamh na ngéinte éagsúla ag an am céanna, chun comhcheangail sóchán a bhaineann le cuma an fheinitíopa a aithint. Áireofar leis an dara cur chuige staidéir epigenetic agus rialáil léiriú géine. Ar thaobh amháin, déanfar ról na ngéinte iarrthóra a fhaightear trí sheicheamhú exomic, chomh maith le DNMT3B agus PAX6, cur síos ar ár ngrúpa mar ghéinte a bhaineann cheana féin le HSCR, a dhoimhniú. Chun na críche sin, déanfar tosta ar na géinte spéise i gcultúir chill agus déanfar anailís ar a bhfeidhm agus ar bhealaí comharthaíochta a d’fhéadfadh a bheith ann. Mar an gcéanna, déanfar staidéar ar an léiriú difreálach de na géinte mar thoradh ar othair agus rialuithe ag baint úsáide as qPCR. Chun na meicníochtaí epigenetic sa dá phaiteolaíochtaí a chinneadh, déanfar staidéir meitiolóma in othair vs rialuithe. Ina theannta sin, déanfar anailís ar phatrúin mheitile agus ar struchtúr crómatin (ChIP-PCR) in othair HSCR agus in othair ailse thyroid maidir le rialuithe sa dá réigiún spéise agus géinte iarrthacha araon. Ar deireadh, bunófar rannpháirtíocht lncRNAs mar ghnéithe rialála de léiriú géine, ag baint úsáide as cultúir chill agus as codanna d’fhíochán daonna (siadaí lánghinte agus thyroid), agus déanfar anailís ar an léiriú difreálach a d’fhéadfadh a bheith ann idir othair agus rialuithe trí úsáid a bhaint as eagair. (Irish)
4 August 2022
0 references
Ta projekt bo izvajal genomski in epigenetični pristop k preučevanju Hirschsprungove bolezni (HSCR) in raka ščitnice. Genomski pristop bo temeljil na zaporedju eksomov, namenjenih odkrivanju novih genov, povezanih z obema patologijama. Poleg tega se bodo v HSCR uporabljale plošče, namenjene ciljnemu zaporedju povezanih genov ali kandidatov za bolezen. Ta vrsta približka bo omogočila hkratno analizo sprememb v zaporedju različnih genov za identifikacijo kombinacij mutacij, povezanih s pojavom fenotipa. Drugi pristop bo vključeval epigenetične študije in regulacijo izražanja genov. Po eni strani se bo vloga kandidatnih genov, pridobljenih z eksomskim sekvenciranjem, ter DNMT3B in PAX6, ki jih je naša skupina opisala kot gene, ki so že povezani s HSCR, poglobila. V ta namen se bo izvajalo utišanje genov, ki jih zanimajo celične kulture, ter analizirali njihovo delovanje in možne signalne poti. Podobno se bo z uporabo qPCR proučevalo tudi diferencialno izražanje genov, ki nastanejo pri bolnikih in kontrolah. Za določitev epigenetskih mehanizmov pri obeh patologijah bodo opravljene študije metiloma pri bolnikih v primerjavi s kontrolnimi skupinami. Poleg tega bodo pri bolnikih s HSCR in bolnikih z rakom ščitnice analizirani vzorci metilacije in kromatska struktura (ChIP-PCR) pri bolnikih s HSCR in bolnikih z rakom ščitnice glede na kontrole. Nazadnje bo vzpostavljena vključitev lncRNA kot regulatornih elementov genske ekspresije z uporabo celičnih kultur in delov človeškega tkiva (intetinskih in ščitničnih tumorjev) ter z analizo možnega diferencialnega izražanja med bolniki in kontrolami z uporabo nizov. (Slovenian)
4 August 2022
0 references
Този проект ще приложи геномен и епигенетичен подход към изследването на болестта на Hirschsprung (HSCR) и рака на щитовидната жлеза. Геномният подход ще се основава на последователността на екзомите с цел откриване на нови гени, свързани с двете патологии. Освен това в HSCR ще се използват панели, предназначени за целенасочено секвениране на свързаните гени или кандидати за болестта. Този тип приближение ще позволи да се анализират промените в последователността на различните гени едновременно, за да се идентифицират комбинациите от мутации, свързани с появата на фенотипа. Вторият подход ще включва епигенетични изследвания и регулиране на генната експресия. От една страна, ролята на кандидат гените, получени чрез екзомично секвениране, както и DNMT3B и PAX6, описани от нашата група като гени, които вече са свързани с HSCR, ще бъдат задълбочени. За тази цел ще се извърши шумозаглушаването на гените, представляващи интерес в клетъчните култури, и ще бъдат анализирани тяхната функция и възможните пътища за сигнализиране. По същия начин диференциалната експресия на получените гени при пациентите и контролите ще бъде проучена с помощта на qPCR. За да се определят епигенетичните механизми и при двете патологии, ще бъдат проведени проучвания за метилома при пациенти срещу контроли. Освен това и в двата региона от интерес и кандидат-гени, моделите на метилиране и хроматиновата структура (ChIP-PCR) ще бъдат анализирани при пациенти с HSCR и пациенти с рак на щитовидната жлеза по отношение на контролата. И накрая, участието на lncRNAs като регулаторни елементи на генната експресия ще бъде установено, като се използват клетъчни култури и части от човешката тъкан (интетинни тумори и тумори на щитовидната жлеза) и ще се анализира възможната диференциална експресия между пациентите и контролите чрез използването на масиви. (Bulgarian)
4 August 2022
0 references
Dan il-proġett se jwettaq approċċ ġenomiku u epiġenetiku għall-istudju tal-marda ta’ Hirschsprung (HSCR) u l-kanċer tat-tirojde. L-approċċ ġenomiku se jkun ibbażat fuq is-sekwenzjar tal-eżomes immirati lejn id-detezzjoni ta’ ġeni ġodda assoċjati maż-żewġ patoloġiji. Barra minn hekk, fl-HSCR, se jintużaw pannelli ddisinjati għal sekwenzar immirat ta’ ġeni assoċjati jew kandidati għall-marda. Dan it-tip ta’ approssimazzjoni jippermetti li jiġu analizzati l-bidliet fis-sekwenza ta’ ġeni differenti fl-istess ħin, biex jiġu identifikati kombinazzjonijiet ta’ mutazzjonijiet assoċjati mad-dehra tal-fenotip. It-tieni approċċ se jinkludi studji epiġenetiċi u r-regolamentazzjoni tal-espressjoni tal-ġeni. Minn naħa waħda, ir-rwol ta ‘ġeni kandidati miksuba minn sekwenzjar exomic, kif ukoll DNMT3B u PAX6, deskritti mill-grupp tagħna bħala ġeni diġà assoċjati ma HSCR, se jiġu approfonditi. Għal dan il-għan, se jitwettaq is-sajlenser tal-ġeni ta’ interess fil-kulturi taċ-ċelloli u l-funzjoni tagħhom u l-mogħdijiet possibbli ta’ sinjalar se jiġu analizzati. Bl-istess mod, l-espressjoni differenzjali tal-ġeni li jirriżultaw fil-pazjenti u l-kontrolli se tiġi studjata bl-użu ta’ qPCR. Biex jiġu stabbiliti l-mekkaniżmi epiġenetiċi fiż-żewġ patoloġiji, ser isiru studji dwar il-metiloma fil-pazjenti vs il-kontrolli. Barra minn hekk, kemm fir-reġjuni ta’ interess kif ukoll fil-ġeni kandidati, ix-xejriet tal-metilazzjoni u l-istruttura tal-kromatina (ChIP-PCR) se jiġu analizzati f’pazjenti HSCR u pazjenti bil-kanċer tat-tirojde fir-rigward tal-kontrolli. Fl-aħħar nett, ser jiġi stabbilit l-involviment ta’ lncRNAs bħala elementi regolatorji tal-espressjoni tal-ġeni, bl-użu ta’ kulturi taċ-ċelloli u partijiet mit-tessut uman (tumuri tal-intetina u tat-tirojde), u tiġi analizzata l-espressjoni differenzjali possibbli bejn il-pazjenti u l-kontrolli permezz tal-użu ta’ arranġamenti. (Maltese)
4 August 2022
0 references
Este projeto realizará uma abordagem genómica e epigenética do estudo da doença de Hirschsprung (HSCR) e do cancro da tiróide. A abordagem genómica basear-se-á no sequenciamento de exomas com vista à deteção de novos genes associados a ambas as patologias. Além disso, no HSCR, serão utilizados painéis concebidos para sequenciação direcionada de genes associados ou candidatos à doença. Este tipo de aproximação permitirá analisar as alterações na sequência de diferentes genes simultaneamente, para identificar combinações de mutações associadas ao aparecimento do fenótipo. A segunda abordagem incluirá estudos epigenéticos e a regulação da expressão genética. Por um lado, será aprofundado o papel dos genes candidatos obtidos por sequenciamento exómico, bem como DNMT3B e PAX6, descritos pelo nosso grupo como genes já associados ao HSCR. Para o efeito, proceder-se-á ao silenciamento dos genes de interesse para as culturas celulares e analisar-se-á a sua função e possíveis vias de sinalização. Do mesmo modo, a expressão diferencial dos genes resultantes em doentes e controlos será estudada utilizando qPCR. Para determinar os mecanismos epigenéticos em ambas as patologias, serão realizados estudos de metiloma em doentes versus controlos. Além disso, em ambas as regiões de interesse e genes candidatos, os padrões de metilação e a estrutura da cromatina (ChIP-PCR) serão analisados em doentes com HSCR e doentes com cancro da tiróide no que diz respeito aos controlos. Finalmente, o envolvimento de lncRNAs como elementos reguladores da expressão genética será estabelecido, usando culturas de células e partes de tecido humano (tumores de intetina e tireóide), e analisando a possível expressão diferencial entre pacientes e controles através do uso de matrizes. (Portuguese)
4 August 2022
0 references
Dette projekt vil gennemføre en genomisk og epigenetisk tilgang til undersøgelsen af Hirschsprungs sygdom (HSCR) og kræft i skjoldbruskkirtlen. Den genomiske tilgang vil være baseret på sekventering af exomer rettet mod påvisning af nye gener forbundet med begge patologier. Desuden vil der i HSCR blive anvendt paneler, der er designet til målrettet sekventering af tilknyttede gener eller kandidater til sygdommen. Denne type tilnærmelse vil gøre det muligt at analysere ændringerne i sekvensen af forskellige gener samtidigt for at identificere kombinationer af mutationer forbundet med udseendet af fænotypen. Den anden tilgang vil omfatte epigenetiske undersøgelser og regulering af genekspression. På den ene side vil rollen som kandidatgener opnået ved eksomisk sekventering, samt DNMT3B og PAX6, beskrevet af vores gruppe som gener, der allerede er forbundet med HSCR, blive uddybet. Med henblik herpå vil silencing af gener af interesse for cellekulturer blive udført, og deres funktion og mulige signalveje vil blive analyseret. Ligeledes vil differentialekspressionen af de resulterende gener hos patienter og kontroller blive undersøgt ved hjælp af qPCR. For at bestemme de epigenetiske mekanismer i begge patologier vil der blive udført methylomstudier hos patienter kontra kontrol. Desuden vil methyleringsmønstre og chromatinstruktur (ChIP-PCR) i begge interesseområder og kandidatgener blive analyseret hos HSCR-patienter og skjoldbruskkirtelkræftpatienter med hensyn til kontrol. Endelig vil inddragelsen af lncRNA'er som regulatoriske elementer af genekspression blive etableret ved hjælp af cellekulturer og dele af humant væv (intetin- og skjoldbruskkirteltumorer) og analysere den mulige differentiale ekspression mellem patienter og kontroller gennem brug af arrays. (Danish)
4 August 2022
0 references
Acest proiect va efectua o abordare genomică și epigenetică a studiului bolii Hirschsprung (HSCR) și a cancerului tiroidian. Abordarea genomică se va baza pe secvențierea exomilor care vizează detectarea genelor noi asociate cu ambele patologii. În plus, în HSCR, se vor utiliza panouri concepute pentru secvențierea direcționată a genelor asociate sau a candidaților la boală. Acest tip de aproximare va permite analizarea modificărilor în secvența diferitelor gene simultan, pentru a identifica combinațiile de mutații asociate cu apariția fenotipului. A doua abordare va include studii epigenetice și reglementarea expresiei genelor. Pe de o parte, rolul genelor candidate obținute prin secvențierea exomică, precum și DNMT3B și PAX6, descrise de grupul nostru ca gene deja asociate cu HSCR, vor fi adâncite. În acest scop, se va efectua reducerea la tăcere a genelor de interes pentru culturile celulare și se vor analiza funcția acestora și posibilele căi de semnalizare. De asemenea, expresia diferențială a genelor rezultate la pacienți și la martori va fi studiată utilizând qPCR. Pentru a determina mecanismele epigenetice în ambele patologii, se vor efectua studii cu metilom la pacienți vs control. În plus, atât în regiunile de interes, cât și în genele candidate, modelele de metilare și structura cromatinei (ChIP-PCR) vor fi analizate la pacienții cu HSCR și la pacienții cu cancer tiroidian în ceea ce privește controalele. În cele din urmă, se va stabili implicarea lncRNA ca elemente de reglementare ale expresiei genetice, utilizând culturi celulare și părți ale țesutului uman (tumori intestinale și tiroidiene) și analizând posibila expresie diferențială între pacienți și controale prin utilizarea matricelor. (Romanian)
4 August 2022
0 references
Detta projekt kommer att genomföra en genomisk och epigenetisk ansats till studien av Hirschsprungs sjukdom (HSCR) och sköldkörtelcancer. Det genomiska tillvägagångssättet kommer att baseras på sekvenseringen av exomes som syftar till att upptäcka nya gener förknippade med båda patologierna. I HSCR kommer dessutom paneler som är utformade för riktad sekvensering av associerade gener eller kandidater för sjukdomen att användas. Denna typ av approximation gör det möjligt att analysera förändringar i sekvensen av olika gener samtidigt, för att identifiera kombinationer av mutationer associerade med utseendet av fenotypen. Det andra tillvägagångssättet kommer att omfatta epigenetiska studier och reglering av genuttryck. Å ena sidan kommer rollen av kandidatgener som erhålls genom exomisk sekvensering, liksom DNMT3B och PAX6, som beskrivs av vår grupp som gener som redan är associerade med HSCR, att fördjupas. För detta ändamål kommer ljuddämpningen av gener av intresse för cellkulturer att utföras och deras funktion och möjliga signalvägar kommer att analyseras. Likaså kommer differentialuttrycket av de resulterande generna hos patienter och kontroller att studeras med hjälp av qPCR. För att bestämma de epigenetiska mekanismerna i båda patologierna kommer metylomstudier att utföras på patienter kontra kontroller. Dessutom kommer metyleringsmönster och kromatinstruktur (ChIP-PCR) i både intresseområden och kandidatgener att analyseras hos HSCR-patienter och sköldkörtelcancerpatienter med avseende på kontroller. Slutligen kommer deltagande av lncRNAs som regulatoriska element av genuttryck att fastställas, med hjälp av cellkulturer och delar av mänsklig vävnad (intetin och sköldkörteltumörer), och analysera eventuella differentialuttryck mellan patienter och kontroller genom användning av arrayer. (Swedish)
4 August 2022
0 references
Sevilla
0 references
20 December 2023
0 references
Identifiers
PI16_01422
0 references