Determination of specific allelic expression to establish the pathogenicity of genomic variants determined by NGS in patients with congenital cardiopathies. (Q3141109)
Jump to navigation
Jump to search
Project Q3141109 in Spain
| Language | Label | Description | Also known as |
|---|---|---|---|
| English | Determination of specific allelic expression to establish the pathogenicity of genomic variants determined by NGS in patients with congenital cardiopathies. |
Project Q3141109 in Spain |
Statements
23,141.25 Euro
0 references
42,500.0 Euro
0 references
54.45 percent
0 references
1 January 2017
0 references
31 March 2020
0 references
FUNDACION INVESTIGACION BIOMEDICA HOSPITAL LA PAZ
0 references
En el período 2013-2015 se ha desarrollado el proyecto PI13/1450 financiado con fondos del programa FIS. El proyecto ha consistido en el diseño y aplicación de un panel de genes (CardioMassSeq) con técnicas de secuenciación masiva que ha permitido la puesta en marcha en la rutina diagnóstica del Hospital La Paz de un protocolo específico para el diagnóstico de pacientes con Cardiopatías Congénitas. En estas patologías existe un porcentaje elevado (40-50%) de mutaciones cuya clasificación es difícil de determinar y que necesitan evidencias adicionales para establecer con certeza su efecto patogénico y su asociación clínica en la rutina diagnóstica. La cuantificación de la expresión alélica específica (ASE) de las variantes VUS podría ser un estudio complementario de gran utilidad clínica ya que ayudaría a establecer el impacto de dichas variantes en la expresión completa del gen. Esto permitiría la reclasificación de variantes VUS mejorando el resultado diagnóstico del panel CardioMassSeq. Se plantea como objetivo general poner en marcha la tecnología y el análisis bioinformático que permita llevar a cabo estudios ASE en un conjunto de variantes VUS seleccionadas y en un conjunto control donde se agruparán variantes patogénicas conocidas y variantes polimórficas con el fin de evaluar la validez de los estudios de expresión de variantes constitutivas en el entorno clínico. Así mismo, se pretende realizar estudios ASE en paralelo en tejido cardíaco de pacientes transplantados/biopsiados y en sangre periférica, para determinar en qué contextos el transcriptoma sanguíneo es un modelo adecuado para mejorar el diagnóstico de la enfermedad cardiovascular. (Spanish)
0 references
In the period 2013-2015, project PI13/1450, funded by the FIS programme, has been developed. The project has consisted of the design and application of a gene panel (CardioMassSeq) with mass sequencing techniques that has allowed the implementation of a specific protocol for the diagnosis of patients with congenital cardiopathies in the diagnostic routine of La Paz Hospital. In these pathologies there is a high percentage (40-50 %) of mutations whose classification is difficult to determine and that need additional evidence to establish with certainty their pathogenic effect and their clinical association in the diagnostic routine. Quantifying the specific allelic expression (ASE) of the VUS variants could be a clinically useful complementary study as it would help to establish the impact of these variants on the complete expression of the gene. This would allow the reclassification of VUS variants improving the diagnostic result of the CardioMassSeq panel. The general objective is to implement the technology and bioinformatics analysis that allows carrying out ASE studies in a set of selected VUS variants and in a control set where known pathogenic variants and polymorphic variants will be grouped in order to evaluate the validity of constitutive variant expression studies in the clinical environment. Likewise, the aim is to carry out parallel ASE studies in cardiac tissue of transplanted/biopsied patients and peripheral blood, to determine in which contexts blood transcriptoma is an appropriate model to improve the diagnosis of cardiovascular disease. (English)
12 October 2021
0.4887889553424141
0 references
Au cours de la période 2013-2015, le projet PI13/1450, financé par le programme SIF, a été élaboré. Le projet a consisté en la conception et l’application d’un panneau génétique (CardioMassSeq) avec des techniques de séquençage de masse qui ont permis la mise en œuvre d’un protocole spécifique pour le diagnostic des patients atteints de cardiopathies congénitales dans la routine de diagnostic de l’hôpital La Paz. Dans ces pathologies, il y a un pourcentage élevé (40-50 %) de mutations dont la classification est difficile à déterminer et qui nécessitent des preuves supplémentaires pour établir avec certitude leur effet pathogène et leur association clinique dans la routine diagnostique. Quantifier l’expression allélique spécifique (ASE) des variantes VUS pourrait être une étude complémentaire cliniquement utile, car cela aiderait à établir l’impact de ces variantes sur l’expression complète du gène. Cela permettrait de reclasser les variantes VUS améliorant le résultat diagnostique du panneau CardioMassSeq. L’objectif général est de mettre en œuvre l’analyse de la technologie et de la bioinformatique qui permet de réaliser des études d’ESA dans un ensemble de variantes VUS sélectionnées et dans un ensemble témoin où les variantes pathogènes connues et les variantes polymorphes seront regroupées afin d’évaluer la validité des études d’expression des variantes constitutives dans l’environnement clinique. De même, l’objectif est de réaliser des études parallèles d’ESA dans les tissus cardiaques de patients transplantés/biopsiés et de sang périphérique, afin de déterminer dans quels contextes le transcriptome sanguin est un modèle approprié pour améliorer le diagnostic des maladies cardiovasculaires. (French)
2 December 2021
0 references
Im Zeitraum 2013-2015 wurde das aus dem FIS-Programm finanzierte Projekt PI13/1450 entwickelt. Das Projekt bestand in der Konzeption und Anwendung eines Genpanels (CardioMassSeq) mit Massensequenzierungstechniken, die die Umsetzung eines spezifischen Protokolls zur Diagnose von Patienten mit angeborenen Kardiopathien in der diagnostischen Routine des Krankenhauses La Paz ermöglicht haben. In diesen Pathologien gibt es einen hohen Prozentsatz (40-50 %) von Mutationen, deren Klassifizierung schwierig zu bestimmen ist und die zusätzliche Nachweise benötigen, um ihre pathogene Wirkung und ihre klinische Assoziation im diagnostischen Ablauf sicher festzustellen. Die Quantifizierung der spezifischen Allelexpression (ASE) der VUS-Varianten könnte eine klinisch nützliche komplementäre Studie sein, da sie dazu beitragen würde, die Auswirkungen dieser Varianten auf die vollständige Expression des Gens zu ermitteln. Dies würde die Neuklassifizierung von VUS-Varianten ermöglichen, um das Diagnoseergebnis des CardioMassSeq Panels zu verbessern. Allgemeines Ziel ist die Umsetzung der Technologie- und Bioinformatik-Analyse, die die Durchführung von ASE-Studien in ausgewählten VUS-Varianten und in einem Kontrollsatz ermöglicht, in dem bekannte pathogene Varianten und polymorphe Varianten gruppiert werden, um die Gültigkeit konstitutiver Variantenexpressionsstudien im klinischen Umfeld zu bewerten. Ebenso sollen parallele ASE-Studien an Herzgewebe transplantierter/biopsiierter Patienten und peripherem Blut durchgeführt werden, um festzustellen, in welchen Kontexten Bluttranskriptom ein geeignetes Modell zur Verbesserung der Diagnose von Herz-Kreislauf-Erkrankungen ist. (German)
9 December 2021
0 references
In de periode 2013-2015 is project PI13/1450, gefinancierd door het FIS-programma, ontwikkeld. Het project bestond uit het ontwerp en de toepassing van een genpaneel (CardioMassSeq) met massa sequencing technieken die de implementatie van een specifiek protocol voor de diagnose van patiënten met aangeboren cardiopathieën in de diagnostische routine van La Paz Hospital heeft toegestaan. In deze pathologieën is er een hoog percentage (40-50 %) van mutaties waarvan de indeling moeilijk te bepalen is en die aanvullend bewijs nodig hebben om met zekerheid hun pathogene effect en hun klinische associatie in de diagnostische routine vast te stellen. Het kwantificeren van de specifieke allelic expression (ASE) van de VUS-varianten zou een klinisch nuttig aanvullend onderzoek kunnen zijn omdat het zou helpen om het effect van deze varianten op de volledige expressie van het gen vast te stellen. Dit zou de herindeling van VUS-varianten mogelijk maken die het diagnostische resultaat van het CardioMassSeq-paneel verbeteren. De algemene doelstelling is het implementeren van de technologie- en bio-informaticaanalyse die het mogelijk maakt ASE-onderzoeken uit te voeren in een reeks geselecteerde VUS-varianten en in een controleset waar bekende pathogene varianten en polymorfe varianten zullen worden gegroepeerd om de geldigheid van constitutieve variantexpressiestudies in de klinische omgeving te beoordelen. Evenzo is het doel om parallelle ASE studies uit te voeren in hartweefsel van getransplanteerde/biopsied patiënten en perifeer bloed, om te bepalen in welke context bloed transcriptoom een geschikt model is om de diagnose van hart- en vaatziekten te verbeteren. (Dutch)
17 December 2021
0 references
Nel periodo 2013-2015 è stato sviluppato il progetto PI13/1450, finanziato dal programma SIF. Il progetto è consistito nella progettazione e applicazione di un pannello genico (CardioMassSeq) con tecniche di sequenziamento di massa che ha permesso l'attuazione di un protocollo specifico per la diagnosi di pazienti con cardiopatie congenite nella routine diagnostica dell'Ospedale La Paz. In queste patologie c'è un'alta percentuale (40-50 %) di mutazioni la cui classificazione è difficile da determinare e che richiedono ulteriori evidenze per stabilire con certezza il loro effetto patogeno e la loro associazione clinica nella routine diagnostica. Quantificare l'espressione allelica specifica (ASE) delle varianti VUS potrebbe essere uno studio complementare clinicamente utile in quanto contribuirebbe a stabilire l'impatto di queste varianti sull'espressione completa del gene. Ciò consentirebbe la riclassificazione delle varianti VUS migliorando il risultato diagnostico del pannello CardioMassSeq. L'obiettivo generale è quello di implementare l'analisi tecnologica e bioinformatica che consente di effettuare studi ASE in una serie di varianti VUS selezionate e in un set di controllo in cui saranno raggruppate varianti patogeniche note e varianti polimorfe al fine di valutare la validità degli studi di espressione costitutiva delle varianti nell'ambiente clinico. Allo stesso modo, l'obiettivo è quello di effettuare studi paralleli di ASE nel tessuto cardiaco di pazienti trapiantati/biopsied e sangue periferico, per determinare in quali contesti il trascrittoma del sangue è un modello appropriato per migliorare la diagnosi di malattie cardiovascolari. (Italian)
16 January 2022
0 references
Κατά την περίοδο 2013-2015, αναπτύχθηκε το έργο PI13/1450, το οποίο χρηματοδοτήθηκε από το πρόγραμμα FIS. Το έργο αποτελείται από τον σχεδιασμό και την εφαρμογή ενός γονιδιακού πάνελ (CardioMassSeq) με τεχνικές μαζικής αλληλουχίας που επέτρεψαν την εφαρμογή ειδικού πρωτοκόλλου για τη διάγνωση ασθενών με συγγενείς καρδιοπάθειες στη διαγνωστική ρουτίνα του νοσοκομείου La Paz. Σε αυτές τις παθολογίες υπάρχει ένα υψηλό ποσοστό (40-50 %) των μεταλλάξεων των οποίων η ταξινόμηση είναι δύσκολο να προσδιοριστεί και που χρειάζονται πρόσθετα στοιχεία για να τεκμηριώσουν με βεβαιότητα την παθογόνο δράση τους και την κλινική τους συσχέτιση στη διαγνωστική ρουτίνα. Η ποσοτικοποίηση της ειδικής αλλελικής έκφρασης (ASE) των παραλλαγών VUS θα μπορούσε να είναι μια κλινικά χρήσιμη συμπληρωματική μελέτη, καθώς θα βοηθούσε στον προσδιορισμό της επίδρασης αυτών των παραλλαγών στην πλήρη έκφραση του γονιδίου. Αυτό θα επιτρέψει την αναταξινόμηση των παραλλαγών VUS βελτιώνοντας το διαγνωστικό αποτέλεσμα του πίνακα CardioMassSeq. Γενικός στόχος είναι η εφαρμογή της τεχνολογικής και βιοπληροφορικής ανάλυσης που επιτρέπει τη διεξαγωγή μελετών ASE σε μια σειρά επιλεγμένων παραλλαγών VUS και σε ένα σύνολο μαρτύρων όπου θα ομαδοποιούνται γνωστές παθογόνες παραλλαγές και πολυμορφικές παραλλαγές, προκειμένου να αξιολογηθεί η εγκυρότητα των μελετών έκφρασης συστατικών παραλλαγών στο κλινικό περιβάλλον. Ομοίως, στόχος είναι η διεξαγωγή παράλληλων μελετών ΜΣΕ σε καρδιακούς ιστούς μεταμοσχευμένων/βιοψημένων ασθενών και περιφερικού αίματος, προκειμένου να προσδιοριστεί σε ποια πλαίσια το μεταγραφές αίματος αποτελεί κατάλληλο μοντέλο για τη βελτίωση της διάγνωσης των καρδιαγγειακών παθήσεων. (Greek)
17 August 2022
0 references
I perioden 2013-2015 er projekt PI13/1450, der finansieres af FIS-programmet, blevet udviklet. Projektet har bestået i design og anvendelse af et genpanel (CardioMassSeq) med massesekvensteknikker, der har gjort det muligt at implementere en specifik protokol til diagnosticering af patienter med medfødt kardiopatier i den diagnostiske rutine på La Paz Hospital. I disse patologier er der en høj procentdel (40-50 %) af mutationer, hvis klassificering er vanskelig at bestemme, og som kræver yderligere dokumentation for med sikkerhed at fastslå deres patogene virkning og deres kliniske sammenhæng i den diagnostiske rutine. Kvantificering af det specifikke alleliske udtryk (ASE) af VUS-varianterne kan være en klinisk nyttig supplerende undersøgelse, da det vil bidrage til at fastslå disse varianters indvirkning på den fuldstændige ekspression af genet. Dette vil gøre det muligt at omklassificere VUS-varianter, der forbedrer det diagnostiske resultat af CardioMassSeq-panelet. Det overordnede mål er at gennemføre den teknologi- og bioinformatikanalyse, der gør det muligt at udføre ASE-undersøgelser i et sæt udvalgte VUS-varianter og i et kontrolsæt, hvor kendte patogene varianter og polymorfe varianter vil blive grupperet med henblik på at vurdere validiteten af konstitutive variantekspressionsundersøgelser i det kliniske miljø. Målet er ligeledes at gennemføre parallelle ASE-undersøgelser i hjertevæv fra transplanterede/biopsiede patienter og perifert blod for at fastslå, i hvilke sammenhænge blodtransskriptom er en passende model til at forbedre diagnosticeringen af hjerte-kar-sygdomme. (Danish)
17 August 2022
0 references
Vuosina 2013–2015 on kehitetty FIS-ohjelmasta rahoitettu hanke PI13/1450. Hanke on koostunut geenipaneelin (CardioMassSeq) suunnittelusta ja soveltamisesta massasekvensointitekniikoilla, joiden avulla on voitu toteuttaa erityinen protokolla synnynnäisiä kardiopatioita sairastavien potilaiden diagnosoimiseksi La Pazin sairaalan diagnostisessa rutiinissa. Näissä patologioissa on suuri osuus (40–50 %) mutaatioista, joiden luokitusta on vaikea määrittää ja jotka tarvitsevat lisänäyttöä, jotta voidaan varmuudella osoittaa niiden patogeeninen vaikutus ja niiden kliininen yhteys diagnostiseen rutiiniin. VUS-muunnelmien spesifisen allelisen ilmentymän (ASE) kvantifiointi voisi olla kliinisesti hyödyllinen täydentävä tutkimus, koska se auttaisi määrittämään näiden varianttien vaikutuksen geenin täydelliseen ilmentymiseen. Tämä mahdollistaisi VUS-muunnelmien uudelleenluokittelun, joka parantaisi CardioMassSeq-paneelin diagnostista tulosta. Yleisenä tavoitteena on toteuttaa teknologian ja bioinformatiikan analyysi, jonka avulla voidaan suorittaa ASE-tutkimuksia valikoiduissa VUS-muunnelmissa ja kontrolliryhmässä, jossa tunnetut patogeeniset variantit ja polymorfiset variantit ryhmitellään, jotta voidaan arvioida konstitutiivisten varianttien ilmentymistutkimusten validiteetti kliinisessä ympäristössä. Tavoitteena on myös suorittaa rinnakkaisia ASE-tutkimuksia, jotka koskevat sydänkudosta tai biopsiapotilaiden sydänkudosta ja perifeeristä verta, jotta voidaan määrittää, missä olosuhteissa verikopioijaentsyymi on sopiva malli sydän- ja verisuonitautien diagnosoinnin parantamiseksi. (Finnish)
17 August 2022
0 references
Fil-perjodu 2013–2015, ġie żviluppat il-proġett PI13/1450, iffinanzjat mill-programm FIS. Il-proġett kien jikkonsisti fid-disinn u l-applikazzjoni ta’ pannell tal-ġeni (CardioMassSeq) b’tekniki ta’ sekwenzar tal-massa li ppermetta l-implimentazzjoni ta’ protokoll speċifiku għad-dijanjożi ta’ pazjenti b’kardjopatiji konġenitali fir-rutina dijanjostika tal-Isptar La Paz. F’dawn il-patoloġiji hemm perċentwal għoli (40–50 %) ta’ mutazzjonijiet li l-klassifikazzjoni tagħhom hija diffiċli li tiġi ddeterminata u li jeħtieġu evidenza addizzjonali biex jistabbilixxu b’ċertezza l-effett patoġeniku tagħhom u l-assoċjazzjoni klinika tagħhom fir-rutina dijanjostika. Il-kwantifikazzjoni tal-espressjoni allelika speċifika (ASE) tal-varjanti tal-VUS tista’ tkun studju komplementari klinikament utli peress li tgħin biex jiġi stabbilit l-impatt ta’ dawn il-varjanti fuq l-espressjoni sħiħa tal-ġene. Dan jippermetti r-riklassifikazzjoni tal-varjanti tal-VUS li ttejjeb ir-riżultat dijanjostiku tal-panel CardioMassSeq. L-għan ġenerali huwa li tiġi implimentata l-analiżi teknoloġika u bijoinformatika li tippermetti t-twettiq ta’ studji tal-ASE f’sett ta’ varjanti magħżula tal-VUS u f’sett ta’ kontroll fejn varjanti patoġeniċi magħrufa u varjanti polimorfiċi se jiġu raggruppati sabiex tiġi evalwata l-validità tal-istudji kostituttivi tal-espressjoni tal-varjanti fl-ambjent kliniku. Bl-istess mod, l-għan huwa li jitwettqu studji paralleli ta’ ASE fit-tessut kardijaku ta’ pazjenti trapjantati/bijopsija u demm periferali, biex jiġi ddeterminat f’liema kuntesti t-traskrizzjoni tad-demm hija mudell xieraq biex tittejjeb id-dijanjosi ta’ mard kardjovaskulari. (Maltese)
17 August 2022
0 references
2013.–2015. gadā tika izstrādāts FIS programmas finansētais PI13/1450 projekts. Projekts sastāvēja no gēnu paneļa (CardioMassSeq) ar masveida sekvencēšanas metodēm, kas ļāva īstenot īpašu protokolu pacientu ar iedzimtām kardiopātijām diagnostikā La Paz slimnīcas diagnostikas rutīnā, izstrādi un pielietošanu. Šajās patoloģijās ir augsts to mutāciju procentuālais daudzums (40–50 %), kuru klasifikāciju ir grūti noteikt un kurām ir vajadzīgi papildu pierādījumi, lai droši noteiktu to patogēno iedarbību un to klīnisko saistību diagnostikas rutīnā. VUS variantu specifiskās alēliskās ekspresijas (ASE) kvantificēšana varētu būt klīniski noderīgs papildpētījums, jo tas palīdzētu noteikt šo variantu ietekmi uz gēna pilnīgo ekspresiju. Tas ļautu pārklasificēt VUS variantus, uzlabojot CardioMassSeq paneļa diagnostikas rezultātus. Vispārīgais mērķis ir īstenot tehnoloģijas un bioinformātikas analīzi, kas ļauj veikt ASE pētījumus izvēlēto VUS variantu kopumā un kontroles kopā, kur tiks sagrupēti zināmi patogēnie varianti un polimorfiskie varianti, lai novērtētu konstitutīvā varianta ekspresijas pētījumu derīgumu klīniskajā vidē. Tāpat mērķis ir veikt paralēlus ASE pētījumus ar transplantētu/biopsiju saņēmušo pacientu sirds audiem un perifērajām asinīm, lai noteiktu, kādos kontekstos asins transkriptoma ir piemērots modelis, lai uzlabotu sirds un asinsvadu slimību diagnozi. (Latvian)
17 August 2022
0 references
V období rokov 2013 – 2015 bol vypracovaný projekt PI13/1450 financovaný z programu FIS. Projekt pozostával z návrhu a aplikácie génového panelu (CardioMassSeq) s masovou sekvenčnou technikou, ktorá umožnila implementáciu špecifického protokolu pre diagnostiku pacientov s vrodenými kardiopatiami v diagnostickej rutine nemocnice La Paz. V týchto patológiách je vysoký percentuálny podiel (40 – 50 %) mutácií, ktorých klasifikáciu je ťažké určiť a ktoré potrebujú dodatočné dôkazy, aby sa s istotou zistil ich patogénny účinok a ich klinická súvislosť v diagnostickej rutine. Kvantifikovanie špecifickej alelovej expresie (ASE) variantov VUS by mohlo byť klinicky užitočnou doplnkovou štúdiou, pretože by pomohlo stanoviť vplyv týchto variantov na úplnú expresiu génu. To by umožnilo reklasifikáciu variantov VUS, čím by sa zlepšil diagnostický výsledok panelu CardioMassSeq. Všeobecným cieľom je implementovať analýzu technológie a bioinformatiky, ktorá umožňuje vykonávať štúdie ASE v súbore vybraných variantov VUS a v kontrolnom súbore, kde sa zoskupia známe patogénne varianty a polymorfné varianty s cieľom vyhodnotiť platnosť štúdií konštitutívnej expresie variantov v klinickom prostredí. Cieľom je tiež uskutočniť paralelné štúdie ASE na srdcovom tkanive transplantovaných/biopsiovaných pacientov a periférnej krvi s cieľom určiť, v akom kontexte je krvný transkriptóm vhodným modelom na zlepšenie diagnostiky kardiovaskulárnych ochorení. (Slovak)
17 August 2022
0 references
Sa tréimhse 2013-2015, forbraíodh tionscadal PI13/1450, arna mhaoiniú ag clár FIS. Is éard a bhí sa tionscadal dearadh agus cur i bhfeidhm painéal géine (CardioMassSeq) le teicnící seicheamhaithe maise a cheadaigh cur chun feidhme prótacail shonraigh chun othair a bhfuil cardaipéidí ó bhroinn acu a dhiagnóisiú i ngnáthamh diagnóiseach Ospidéal La Paz. Sna paiteolaíochtaí seo tá céatadán ard (40-50 %) de shócháin a bhfuil sé deacair a n-aicmiú a chinneadh agus a dteastaíonn fianaise bhreise uathu chun a n-éifeacht phataigineach agus a gcomhcheangal cliniciúil sa ghnáthamh diagnóiseach a shuíomh go cinnte. D’fhéadfadh sé gur staidéar comhlántach atá úsáideach go cliniciúil é cainníochtú an slonn allelic sonrach (ASE) a bhaineann le malairtí VUS mar go gcabhródh sé le tionchar na n-athraitheach sin ar léiriú iomlán na géine a shuí. D’fhágfadh sé sin go bhféadfaí athraithigh VUS a athaicmiú chun toradh diagnóiseach phainéal CardioMassSeq a fheabhsú. Is é an cuspóir ginearálta an anailís teicneolaíochta agus bithfhaisnéisíochta a chur chun feidhme lenar féidir staidéir ASE a dhéanamh i sraith d’athraitheacha VUS roghnaithe agus i dtacar rialaithe ina ndéanfar malairtí pataigineacha aitheanta agus athraithigh pholamorfacha aitheanta a ghrúpáil chun meastóireacht a dhéanamh ar bhailíocht na staidéar bunaithe ar léiriú athraitheach sa timpeallacht chliniciúil. Ar an gcaoi chéanna, is é an aidhm atá ann staidéir chomhthreomhara ASE a dhéanamh i bhfíochán cairdiach d’othair trasphlandaithe/biopsied agus d’fhuil imeallach, chun a chinneadh cé na comhthéacsanna inar samhail iomchuí é tras-scríbhinn fola chun feabhas a chur ar dhiagnóisiú galar cardashoithíoch. (Irish)
17 August 2022
0 references
V období 2013–2015 byl vypracován projekt PI13/1450 financovaný z programu FIS. Projekt sestával z návrhu a aplikace genového panelu (CardioMassSeq) s technikami hmotnostního sekvenování, které umožnily zavedení specifického protokolu pro diagnostiku pacientů s vrozenými kardiopatiemi v diagnostické rutině nemocnice La Paz. U těchto patologických stavů existuje vysoké procento (40–50 %) mutací, jejichž klasifikaci je obtížné určit a které vyžadují další důkazy, aby s jistotou prokázaly jejich patogenní účinek a jejich klinickou souvislost v diagnostickém režimu. Kvantifikace specifické alelové exprese (ASE) variant VUS by mohla být klinicky užitečná doplňková studie, neboť by pomohla určit dopad těchto variant na úplnou expresi genu. To by umožnilo překlasifikovat varianty VUS zlepšením diagnostického výsledku panelu CardioMassSeq. Obecným cílem je implementovat analýzu technologií a bioinformatiky, která umožňuje provádět studie ASE v souboru vybraných variant VUS a v kontrolní sadě, kde budou seskupeny známé patogenní varianty a polymorfní varianty za účelem vyhodnocení platnosti konstitutivních studií exprese variant v klinickém prostředí. Stejně tak je cílem provést paralelní studie ASE na srdeční tkáni transplantovaných/biopsídních pacientů a periferní krve, aby bylo možné určit, v jakých souvislostech je transkriptom krve vhodným modelem ke zlepšení diagnózy kardiovaskulárních onemocnění. (Czech)
17 August 2022
0 references
No período 2013-2015, foi desenvolvido o projeto PI13/1450, financiado pelo programa FIS. O projeto consistiu na conceção e aplicação de um painel genético (CardioMassSeq) com técnicas de sequenciamento de massa que permitiu a implementação de um protocolo específico para o diagnóstico de pacientes com cardiopatias congênitas na rotina diagnóstica do Hospital La Paz. Nessas patologias há um alto percentual (40-50 %) de mutações cuja classificação é difícil de determinar e que precisam de evidências adicionais para estabelecer com certeza seu efeito patogênico e sua associação clínica na rotina diagnóstica. Quantificar a expressão alélica específica (ASE) das variantes do VUS poderia ser um estudo complementar clinicamente útil, pois ajudaria a estabelecer o impacto dessas variantes na expressão completa do gene. Isso permitiria a reclassificação das variantes do USV melhorando o resultado diagnóstico do painel CardioMassSeq. O objetivo geral é implementar a análise de tecnologia e bioinformática que permita a realização de estudos ASE em um conjunto de variantes selecionadas do VUS e em um conjunto de controle onde variantes patogênicas conhecidas e variantes polimórficas serão agrupadas, a fim de avaliar a validade de estudos de expressão de variantes constitutivas no ambiente clínico. Da mesma forma, o objetivo é realizar estudos paralelos de EAS em tecido cardíaco de pacientes transplantados/biopsiados e sangue periférico, para determinar em que contextos o transcriptoma sanguíneo é um modelo adequado para melhorar o diagnóstico de doença cardiovascular. (Portuguese)
17 August 2022
0 references
Aastatel 2013–2015 töötati välja projekt PI13/1450, mida rahastati FISi programmist. Projekt koosnes geenipaneeli (CardioMassSeq) kavandamisest ja rakendamisest koos massijärjestustehnikaga, mis on võimaldanud rakendada eriprotokolli kaasasündinud kardiopaatiaga patsientide diagnoosimiseks La Pazi haigla diagnostilises rutiinis. Nendes patoloogiates on suur protsent (40–50 %) mutatsioone, mille liigitamist on raske kindlaks määrata ja mis vajavad täiendavaid tõendeid, et kindlalt tuvastada nende patogeenset toimet ja nende kliinilist seost diagnostilise rutiiniga. VUS-variantide konkreetse alleeli ekspressiooni (ASE) kvantifitseerimine võib olla kliiniliselt kasulik täiendav uuring, kuna see aitaks kindlaks teha nende variantide mõju geeni täielikule ekspressioonile. See võimaldaks VUS-variantide ümberklassifitseerimist, parandades CardioMassSeqi paneeli diagnostilist tulemust. Üldeesmärk on rakendada tehnoloogia ja bioinformaatika analüüsi, mis võimaldab teha ASE-uuringuid valitud VUS-variantide komplektis ja kontrollrühmas, kuhu rühmitatakse teadaolevad patogeensed variandid ja polümorfsed variandid, et hinnata konstitutiivsete variantide ekspressiooniuuringute kehtivust kliinilises keskkonnas. Samuti on eesmärk viia läbi paralleelsed ASE uuringud siirdatud/biopsiapatsientide südamekoes ja perifeerses veres, et teha kindlaks, millistes kontekstides on veretranskriptoom sobiv mudel südame-veresoonkonna haiguste diagnoosimiseks. (Estonian)
17 August 2022
0 references
A 2013–2015-ös időszakban kidolgozták a pénzügyi információs rendszer keretében finanszírozott PI13/1450 projektet. A projekt egy olyan génpanel (CardioMassSeq) tervezéséből és alkalmazásából állt, amely tömeges szekvenálási technikákat alkalmaz, amelyek lehetővé tették a veleszületett kardiopátiás betegek diagnosztizálására vonatkozó külön protokoll végrehajtását a La Paz Kórház diagnosztikai rutinjában. Ezekben a patológiákban magas a mutációk aránya (40–50%), amelyek besorolása nehezen határozható meg, és amelyek további bizonyítékokra szorulnak ahhoz, hogy bizonyossággal megállapítsák patogén hatásukat és klinikai összefüggésüket a diagnosztikai rutinban. A VUS variánsok specifikus allelikus expressziójának (ASE) mennyiségi meghatározása klinikailag hasznos kiegészítő vizsgálat lehet, mivel segít meghatározni ezeknek a variánsoknak a gén teljes kifejeződésére gyakorolt hatását. Ez lehetővé tenné a CardioMassSeq panel diagnosztikai eredményét javító VUS változatok átsorolását. Az általános cél a technológiai és bioinformatikai elemzés végrehajtása, amely lehetővé teszi az ASE-vizsgálatok végrehajtását kiválasztott VUS variánsok sorozatában és egy olyan kontrollcsoportban, ahol ismert patogenitási variánsokat és polimorf variánsokat csoportosítanak annak érdekében, hogy értékeljék a klinikai környezetben végzett konstitutív variáns expressziós vizsgálatok érvényességét. Hasonlóképpen, a cél a transzplantált/biopsziás betegek szívszövetében és a perifériás vérben párhuzamos ASE-vizsgálatok elvégzése annak meghatározása érdekében, hogy a vér transzkriptoma mely összefüggésekben megfelelő modell a szív- és érrendszeri betegségek diagnosztizálásának javítására. (Hungarian)
17 August 2022
0 references
В периода 2013—2015 г. е разработен проект PI13/1450, финансиран по програма FIS. Проектът се състоеше в проектирането и прилагането на генен панел (CardioMassSeq) с техники за масова секвенция, който позволи прилагането на специален протокол за диагностициране на пациенти с вродени кардиопатии в диагностичната рутина на болница „Ла Паз“. При тези патологии има висок процент (40—50 %) мутации, чиято класификация е трудно да се определи и които се нуждаят от допълнителни доказателства, за да се установи със сигурност техният патогенен ефект и клиничната им връзка в диагностичната рутина. Количественото определяне на специфичната алелична експресия (ASE) на вариантите на VUS може да бъде клинично полезно допълнително проучване, тъй като би помогнало да се установи въздействието на тези варианти върху пълната експресия на гена. Това би позволило прекласифицирането на вариантите на VUS за подобряване на диагностичния резултат от панела CardioMassSeq. Общата цел е да се приложи технологичният и биоинформатичният анализ, който позволява провеждането на изследвания на ASE в набор от избрани варианти на VUS и в контролен набор, при който ще бъдат групирани известни патогенни варианти и полиморфни варианти, за да се оцени валидността на изследванията за експресия на конститутивни варианти в клиничната среда. По същия начин целта е да се извършат паралелни изследвания на АСЕ върху сърдечната тъкан на трансплантирани/биопсии пациенти и периферна кръв, за да се определи в кой контекст кръвната транскриптома е подходящ модел за подобряване на диагностиката на сърдечно-съдовите заболявания. (Bulgarian)
17 August 2022
0 references
2013–2015 m. laikotarpiu buvo parengtas projektas PI13/1450, finansuojamas pagal FIS programą. Projektą sudarė genų skydelio (CardioMassSeq) projektavimas ir taikymas su masinės sekos nustatymo metodais, kurie leido įgyvendinti specialų pacientų, sergančių įgimtomis kardiopatijomis, diagnozavimo protokolą La Paz ligoninės diagnostinėje rutinoje. Šiose patologijose yra didelis procentas (40–50 %) mutacijų, kurių klasifikaciją sunku nustatyti ir kurioms reikia papildomų įrodymų, kad būtų galima tiksliai nustatyti jų patogeninį poveikį ir klinikinį ryšį su diagnostikos rutina. VUS variantų specifinės alelinės ekspresijos (ASE) kiekybinis nustatymas galėtų būti kliniškai naudingas papildomas tyrimas, nes tai padėtų nustatyti šių variantų poveikį visai geno ekspresijai. Tai leistų perklasifikuoti VUS variantus ir pagerinti CardioMassSeq skydelio diagnostinį rezultatą. Bendrasis tikslas – įgyvendinti technologijų ir bioinformatikos analizę, kuri leidžia atlikti ASE tyrimus pasirinktų VUS variantų rinkinyje ir kontroliniame rinkinyje, kuriame bus grupuojami žinomi patogeniniai variantai ir polimorfiniai variantai, siekiant įvertinti sudedamųjų variantų raiškos tyrimų klinikinėje aplinkoje pagrįstumą. Taip pat siekiama atlikti paralelinius ASE tyrimus su persodintų ir (arba) biopsijos pacientų širdies audiniais ir periferiniu krauju, siekiant nustatyti, kokiomis aplinkybėmis kraujo transkriptoma yra tinkamas modelis širdies ir kraujagyslių ligų diagnozei pagerinti. (Lithuanian)
17 August 2022
0 references
U razdoblju 2013. – 2015. razvijen je projekt PI13/1450, financiran iz programa FIS. Projekt se sastojao od dizajna i primjene genske ploče (CardioMassSeq) s tehnikama sekvenciranja mase koja je omogućila provedbu specifičnog protokola za dijagnozu bolesnika s prirođenim kardiopatijama u dijagnostičkoj rutini bolnice La Paz. U tim patologijama postoji visok postotak (40 – 50 %) mutacija čije je razvrstavanje teško odrediti i za koje su potrebni dodatni dokazi kako bi se sa sigurnošću utvrdio njihov patogeni učinak i njihova klinička povezanost u dijagnostičkoj rutini. Kvantifikacija specifične alelne ekspresije (ASE) varijanti VUS-a mogla bi biti klinički korisna komplementarna studija jer bi pomogla u utvrđivanju utjecaja tih varijanti na potpunu ekspresiju gena. To bi omogućilo reklasifikaciju varijanti VUS-a čime bi se poboljšao dijagnostički rezultat ploče CardioMassSeq. Opći je cilj provesti analizu tehnologije i bioinformatike koja omogućuje provođenje ASE studija u nizu odabranih varijanti VUS-a i u kontrolnom skupu gdje će se grupirati poznate patogene varijante i polimorfne varijante kako bi se procijenila valjanost ispitivanja ekspresije konstitutivnih varijanti u kliničkom okruženju. Isto tako, cilj je provesti paralelna ispitivanja ASE u srčanom tkivu transplantiranih/biopsied bolesnika i periferne krvi, kako bi se utvrdilo u kojem kontekstu je transkriptom krvi prikladan model za poboljšanje dijagnoze kardiovaskularnih bolesti. (Croatian)
17 August 2022
0 references
Under perioden 2013–2015 har projektet PI13/1450, finansierat genom FIS-programmet, utvecklats. Projektet har bestått av design och tillämpning av en genpanel (CardioMassSeq) med masssekvenseringstekniker som har gjort det möjligt att implementera ett specifikt protokoll för diagnos av patienter med medfödda hjärtsjukdomar i den diagnostiska rutinen på La Paz Hospital. I dessa patologier finns det en hög andel (40–50 %) mutationer vars klassificering är svår att fastställa och som kräver ytterligare bevis för att med säkerhet fastställa deras patogena effekt och deras kliniska samband i den diagnostiska rutinen. Att kvantifiera det specifika alleliska uttrycket (ASE) av VUS-varianterna kan vara en kliniskt användbar kompletterande studie eftersom det skulle bidra till att fastställa effekterna av dessa varianter på genens fullständiga uttryck. Detta skulle möjliggöra en omklassificering av VUS-varianter som förbättrar det diagnostiska resultatet av CardioMassSeq-panelen. Det allmänna målet är att genomföra den teknik- och bioinformatikanalys som gör det möjligt att utföra ASE-studier i en uppsättning utvalda VUS-varianter och i en kontrolluppsättning där kända patogena varianter och polymorfa varianter kommer att grupperas för att utvärdera giltigheten av konstituerande variantuttrycksstudier i den kliniska miljön. På samma sätt är syftet att genomföra parallella ASE-studier på hjärtvävnad hos transplanterade/biopsierade patienter och perifert blod, för att fastställa i vilka sammanhang blodtranskriptom är en lämplig modell för att förbättra diagnosen kardiovaskulär sjukdom. (Swedish)
17 August 2022
0 references
În perioada 2013-2015, a fost elaborat proiectul PI13/1450, finanțat prin programul FIS. Proiectul a constat în proiectarea și aplicarea unui panou genetic (CardioMassSeq) cu tehnici de secvențiere în masă care a permis implementarea unui protocol specific pentru diagnosticarea pacienților cu cardiopatii congenitale în rutina de diagnostic a Spitalului La Paz. În aceste patologii există un procent ridicat (40-50 %) de mutații a căror clasificare este dificil de determinat și care necesită dovezi suplimentare pentru a stabili cu certitudine efectul lor patogen și asocierea lor clinică în rutina de diagnostic. Cuantificarea expresiei alelice specifice (ESA) a variantelor VUS ar putea fi un studiu complementar util din punct de vedere clinic, deoarece ar contribui la stabilirea impactului acestor variante asupra exprimării complete a genei. Acest lucru ar permite reclasificarea variantelor VUS îmbunătățind rezultatul diagnostic al panoului CardioMassSeq. Obiectivul general este de a implementa analiza tehnologică și bioinformatică care permite efectuarea studiilor ASE într-un set de variante VUS selectate și într-un set de control în care variantele patogene cunoscute și variantele polimorfe vor fi grupate pentru a evalua valabilitatea studiilor de expresie a variantelor constitutive în mediul clinic. De asemenea, scopul este de a efectua studii paralele de ASE la țesuturile cardiace la pacienții transplantați/biopsiați și la sângele periferic, pentru a determina în ce context transcriptomul sanguin este un model adecvat pentru îmbunătățirea diagnosticului bolilor cardiovasculare. (Romanian)
17 August 2022
0 references
V obdobju 2013–2015 je bil razvit projekt PI13/1450, financiran iz programa FIS. Projekt je vključeval oblikovanje in uporabo genske plošče (CardioMassSeq) s tehnikami množičnega sekvenciranja, ki so omogočile izvajanje posebnega protokola za diagnozo bolnikov s prirojenimi kardiopatijami v diagnostični rutini bolnišnice La Paz. Pri teh boleznih obstaja visok odstotek (40–50 %) mutacij, katerih razvrstitev je težko določiti in ki potrebujejo dodatne dokaze, da se z gotovostjo ugotovi njihov patogeni učinek in njihova klinična povezava v diagnostično rutino. Kvantifikacija specifičnega aleličnega izražanja (ASE) različic VUS bi lahko bila klinično koristna dopolnilna študija, saj bi pomagala ugotoviti vpliv teh različic na popolno izražanje gena. To bi omogočilo prerazvrstitev različic VUS, ki izboljšujejo diagnostične rezultate plošče CardioMassSeq. Splošni cilj je izvedba analize tehnologije in bioinformatike, ki omogoča izvajanje študij ASE v nizu izbranih variant VUS in v kontrolnem nizu, v katerem bodo združene znane patogene variante in polimorfne variante, da se oceni veljavnost študij konstitutivne variantne ekspresije v kliničnem okolju. Prav tako je cilj izvesti vzporedne študije ASE v srčnem tkivu bolnikov s presajenimi/biopsijami in periferni krvi, da se ugotovi, v katerih kontekstih je transkriptom krvi ustrezen model za izboljšanje diagnoze bolezni srca in ožilja. (Slovenian)
17 August 2022
0 references
W latach 2013-2015 opracowano projekt PI13/1450 finansowany z programu FIS. Projekt polegał na zaprojektowaniu i zastosowaniu panelu genów (CardioMassSeq) z technikami sekwencjonowania masowego, które umożliwiły wdrożenie specjalnego protokołu do diagnozowania pacjentów z wrodzonymi kardiopatiami w rutynowej diagnostyce szpitala La Paz. W tych patologiach występuje wysoki odsetek (40-50 %) mutacji, których klasyfikacja jest trudna do ustalenia i które wymagają dodatkowych dowodów w celu ustalenia z całą pewnością ich patogennego działania i związku klinicznego z rutyną diagnostyczną. Kwantyfikacja specyficznej ekspresji allelickiej (ASE) wariantów VUS może być klinicznie użytecznym badaniem uzupełniającym, ponieważ pomogłoby ustalić wpływ tych wariantów na pełną ekspresję genu. Pozwoliłoby to na przeklasyfikowanie wariantów VUS poprawiających wyniki diagnostyczne panelu CardioMassSeq. Ogólnym celem jest wdrożenie analizy technologicznej i bioinformatycznej umożliwiającej przeprowadzenie badań ASE w zestawie wybranych wariantów VUS oraz w zestawie kontrolnym, w którym znane warianty patogenne i warianty polimorficzne zostaną pogrupowane w celu oceny ważności konstytutywnych badań ekspresji wariantowej w środowisku klinicznym. Podobnie, celem jest przeprowadzenie równoległych badań ASE na tkance serca pacjentów przeszczepionych/biopsiowanych i krwi obwodowej, aby określić, w jakich kontekstach transkrypcja krwi jest odpowiednim modelem poprawy diagnozowania chorób układu krążenia. (Polish)
17 August 2022
0 references
Madrid
0 references
20 December 2023
0 references
Identifiers
PI16_01444
0 references