THERATLAS PROJECT: INTEGRATION OF EARLY AND ADAPTIVE GENETIC EVENTS FOR THE DETERMINATION OF CASTRATION-RESISTANT PROSTATE CANCER THERAPEUTIC SUBGROUPS (Q3140515)
Jump to navigation
Jump to search
Project Q3140515 in Spain
| Language | Label | Description | Also known as |
|---|---|---|---|
| English | THERATLAS PROJECT: INTEGRATION OF EARLY AND ADAPTIVE GENETIC EVENTS FOR THE DETERMINATION OF CASTRATION-RESISTANT PROSTATE CANCER THERAPEUTIC SUBGROUPS |
Project Q3140515 in Spain |
Statements
55,266.75 Euro
0 references
101,500.0 Euro
0 references
54.45 percent
0 references
1 January 2017
0 references
31 March 2020
0 references
FUNDACION CENTRO NACIONAL DE INVESTIGACIONES ONCOLOGICAS CARLOS III BIOLOGIA COMPUTACIONAL ESTRUCTURAL
0 references
Finalidad y objetivos: En THERATLAS pretendemos establecer una clasificación o taxonomía terapeútica del CPRCm en función de las características genómicas y/o transcriptómicas del tumor primario y de la enfermedad resistente a la castración. Su objetivo principal es derivar y validar al menos una firma genómica que tenga utilidad predictiva sobre la respuesta/resistencia al tratamiento. Metodología: THERATLAS se enmarca dentro de la plataforma PROCURE que engloba 5 estudios prospectivos multicéntricos para la determinación de factores predictivos en 910 pacientes con CPRCm que van a recibir tratamiento con docetaxel, abiraterona, cabazitaxel, radium-223 o enzalutamida. Para THERATLAS aproximadamente 630 casos únicos de CPRCm con biopsia diagnóstica disponible y muestras seriadas de ctDNA del CPRCm antes y después de tratamiento serán elegibles. Estos casos serán divididos aleatoriamente en una cohorte de derivación y otra de validación. Las biopsias serán procesadas para la obtención de DNA donde se realizará secuenciación de exoma completo y se analizará un panel diseñado ad-hoc para la detección de las alteraciones genéticas más frecuentes y/o biológicamente relevantes en el CPRCm antes y después de cada modalidad de tratamiento. Simultáneamente se explorará el análisis de los datos transcriptómicos a partir de RNA del tumor primario y de exosomas aislados de plasma en CPRCm. Los datos moleculares y clínicos generados serán analizados con diferentes aproximaciones: a) clasificación de los tumores en diferentes categorías taxonómicas; b) identificación de nuevos “clusters” usando datos multiplataforma de otros cánceres; c) Análisis multiplataforma usando entre otros: “cluster-to-cluster assignments (COCA), el “SuperCluster algorithm” y/o PARADIGM. (Spanish)
0 references
Purpose and objectives: In THERATLAS we intend to establish a classification or therapeutic taxonomy of CPRCM based on the genomic or transcriptomic characteristics of the primary tumor and castration-resistant disease. Its main objective is to derive and validate at least one genomic signature that has predictive utility on the response/resistance to treatment. Methodology: THERATLAS is part of the PROCURE platform, which includes 5 prospective multicenter studies for the determination of predictive factors in 910 patients with mRCC who will receive docetaxel, abiraterone, cabazitaxel, radium-223 or enzalutamide treatment. For THERATLAS approximately 630 unique cases of CPRCm with available diagnostic biopsy and serial samples of CPRCM ctDNA before and after treatment will be eligible. These cases will be randomly divided into a bypass cohort and a validation cohort. Biopsies will be processed to obtain DNA where complete exome sequencing will be performed and a panel designed ad-hoc will be analysed to detect the most frequent or biologically relevant genetic alterations in the CPRCm before and after each treatment modality. At the same time, the analysis of transcriptomic data from primary tumor RNA and plasma isolated exosomes in CPRCM will be explored. The molecular and clinical data generated will be analysed with different approaches: classification of tumors into different taxonomic categories; identification of new clusters using cross-platform data on other cancers; cross-platform analysis using among others: “cluster-to-cluster assignments (COCA), the "SuperCluster algorithm" or PARADIGM. (English)
12 October 2021
0.3099861792393392
0 references
But et objectifs: Dans THERATLAS, nous avons l’intention d’établir une classification ou une taxonomie thérapeutique du CPRCM basée sur les caractéristiques génomiques ou transcriptomiques de la tumeur primaire et de la maladie résistante à la castration. Son objectif principal est d’obtenir et de valider au moins une signature génomique ayant une utilité prédictive sur la réponse/résistance au traitement. Méthodologie: THERATLAS fait partie de la plateforme PROCURE, qui comprend 5 études prospectives multicentriques pour la détermination des facteurs prédictifs chez 910 patients atteints de MRCC qui recevront un traitement par docétaxel, abiraterone, cabazitaxel, radium-223 ou enzalutamide. Pour THERATLAS, environ 630 cas uniques de PCRCm avec biopsie diagnostique disponible et échantillons en série d’ADN ct du MCPC avant et après le traitement seront admissibles. Ces cas seront répartis au hasard en une cohorte de contournement et une cohorte de validation. Les biopsies seront traitées afin d’obtenir de l’ADN où un séquençage exome complet sera effectué et un panel conçu ad-hoc sera analysé afin de détecter les altérations génétiques les plus fréquentes ou biologiquement pertinentes dans le CPRCm avant et après chaque modalité de traitement. Dans le même temps, l’analyse des données transcriptomiques provenant de l’ARN tumoral primaire et des exosomes plasmatiques isolés dans le CPRCM sera étudiée. Les données moléculaires et cliniques générées seront analysées selon différentes approches: classification des tumeurs en différentes catégories taxonomiques; identification de nouvelles grappes à l’aide de données multiplateformes sur d’autres cancers; analyse multiplateforme utilisant entre autres: «assignations cluster-to-cluster (COCA), l’algorithme "SuperCluster" ou PARADIGM. (French)
2 December 2021
0 references
Zweck und Ziele: In THERATLAS beabsichtigen wir, eine Klassifikation oder therapeutische Taxonomie von CPRCM basierend auf den genomischen oder transkriptomischen Eigenschaften der primären Tumor- und Kastrationsresistenten Krankheit zu etablieren. Sein Hauptziel ist es, mindestens eine genomische Signatur abzuleiten und zu validieren, die vorausschauende Nutzen für das Ansprechen/Widerstand auf die Behandlung hat. Methodik: THERATLAS ist Teil der PROCURE-Plattform, die 5 prospektive multizentrische Studien zur Bestimmung von Vorhersagefaktoren bei 910 Patienten mit mRCC umfasst, die Docetaxel, Abirateron, Cabazitaxel, Radium-223 oderenzalutamid Behandlung erhalten. Für THERATLAS sind ca. 630 einzigartige Fälle von CPRCm mit verfügbarer diagnostischer Biopsie und Serienproben von CPRCM ctDNA vor und nach der Behandlung förderfähig. Diese Fälle werden nach dem Zufallsprinzip in eine Bypass-Kohorte und eine Validierungskohorte unterteilt. Biopsien werden verarbeitet, um DNA zu erhalten, wo eine vollständige Exome-Sequenzierung durchgeführt wird, und ein Ad-hoc-Panel wird analysiert, um die häufigsten oder biologisch relevantesten genetischen Veränderungen im CPRCm vor und nach jeder Behandlungsmodalität zu erkennen. Gleichzeitig wird die Analyse von transkriptomischen Daten aus primären Tumor RNA und Plasma isolierten Exosomen in CPRCM untersucht. Die erzeugten molekularen und klinischen Daten werden mit unterschiedlichen Ansätzen analysiert: Klassifizierung von Tumoren in verschiedene taxonomische Kategorien; Identifizierung neuer Cluster anhand plattformübergreifender Daten über andere Krebsarten; plattformübergreifende Analyse unter anderem unter Verwendung: „Cluster-to-cluster-Zuordnungen (COCA), der "SuperCluster-Algorithmus" oder PARADIGM. (German)
9 December 2021
0 references
Doel en doelstellingen: In THERATLAS zijn we van plan een classificatie of therapeutische taxonomie van CPRCM vast te stellen op basis van de genomische of transcriptomische kenmerken van de primaire tumor en castratieresistente ziekte. Het belangrijkste doel is om ten minste één genomische handtekening af te leiden en te valideren die voorspellend nut heeft op de respons/resistentie tegen behandeling. Methodologie: THERATLAS maakt deel uit van het PROCURE-platform, dat 5 prospectieve multicenterstudies omvat voor de bepaling van voorspellende factoren bij 910 patiënten met mRCC die een behandeling met docetaxel, abirateron, cabazitaxel, radium-223 of enzalutamide zullen krijgen. Voor THERATLAS komen ongeveer 630 unieke gevallen van CPRCm met beschikbare diagnostische biopsie en seriële monsters van CPRCM ctDNA voor en na behandeling in aanmerking. Deze gevallen zullen willekeurig worden verdeeld in een bypass-cohort en een validatiecohort. Biopsies zullen worden verwerkt om DNA te verkrijgen waar volledige exoomsequencing zal worden uitgevoerd en een panel dat ad-hoc wordt ontworpen om de meest voorkomende of biologisch relevante genetische veranderingen in het CPRCm voor en na elke behandelingsmodaliteit te detecteren. Tegelijkertijd zal de analyse van transcriptomische gegevens van primaire tumor RNA en plasma geïsoleerde exosomen in CPRCM worden onderzocht. De gegenereerde moleculaire en klinische gegevens zullen met verschillende benaderingen worden geanalyseerd: indeling van tumoren in verschillende taxonomische categorieën; identificatie van nieuwe clusters aan de hand van platformoverschrijdende gegevens over andere vormen van kanker; platformoverschrijdende analyse waarbij o.a. gebruik wordt gemaakt van: „cluster-to-cluster opdrachten (COCA), het "SuperCluster algoritme" of PARADIGM. (Dutch)
17 December 2021
0 references
Finalità e obiettivi: In THERATLAS intendiamo stabilire una classificazione o tassonomia terapeutica della CPRCM sulla base delle caratteristiche genomiche o trascrittomiche del tumore primario e della malattia resistente alla castrazione. Il suo obiettivo principale è quello di ricavare e convalidare almeno una firma genomica che abbia un'utilità predittiva sulla risposta/resistenza al trattamento. Metodologia: THERATLAS fa parte della piattaforma PROCURE, che comprende 5 studi prospettici multicentrici per la determinazione dei fattori predittivi in 910 pazienti con mRCC che riceveranno il trattamento con docetaxel, abiraterone, cabazitaxel, radio-223 o enzalutamide. Per THERATLAS saranno ammissibili circa 630 casi unici di CPRCm con biopsia diagnostica disponibile e campioni seriali di CPRCM ctDNA prima e dopo il trattamento. Questi casi saranno suddivisi casualmente in una coorte di bypass e una coorte di convalida. Le biopsie saranno trattate per ottenere il DNA in cui verrà eseguito il sequenziamento completo dell'esome e si analizzerà un pannello ad hoc per individuare le alterazioni genetiche più frequenti o biologicamente rilevanti nel CPRCm prima e dopo ogni modalità di trattamento. Allo stesso tempo, verrà esplorata l'analisi dei dati trascrittimici del tumore primario RNA e plasma isolati esosomi in CPRCM. I dati molecolari e clinici generati saranno analizzati con diversi approcci: classificazione dei tumori in diverse categorie tassonomiche; identificazione di nuovi cluster utilizzando dati interpiattaforma su altri tumori; analisi multipiattaforma utilizzando tra l'altro: "assegnazioni cluster-to-cluster (COCA), l'"algoritmo SuperCluster" o PARADIGM. (Italian)
16 January 2022
0 references
Eesmärk ja eesmärgid: THERATLAS kavatseme kehtestada CPRCMi klassifikatsiooni või terapeutilise taksonoomia, mis põhineb primaarse kasvaja ja kastratsiooni suhtes resistentse haiguse genoomilistel või transkriptoomilistel omadustel. Selle peamine eesmärk on tuletada ja valideerida vähemalt üks genoomiline allkiri, millel on ennustav kasulikkus ravivastusele/resistentsusele ravile. Metoodika: THERATLAS on osa PROCURE platvormist, mis hõlmab 5 prospektiivset mitmekeskuselist uuringut ennustavate faktorite määramiseks 910-l mRCC-ga patsiendil, kes saavad dotsetakseeli, abiraterooni, kabasitakseeli, raadium-223 või ensalutamiidi. THERATLAS’e puhul on abikõlblikud ligikaudu 630 ainulaadset CPRCmi juhtumit koos olemasoleva diagnostilise biopsia ja CPRCM ctDNA seeriaproovidega enne ja pärast ravi. Need juhud jagatakse juhuslikult möödasõidukohortiks ja valideerimiskohordiks. Biopsiad töödeldakse DNA saamiseks, kus tehakse täielik eksome sekveneerimine, ning analüüsitakse ad hoc paneeli, et teha kindlaks kõige sagedasemad või bioloogiliselt olulisemad geneetilised muundumised CPRCm-is enne ja pärast igat ravimeetodit. Samal ajal uuritakse primaarse kasvaja RNA ja plasma isoleeritud eksosoomide transkriptoomsete andmete analüüsi CPRCMis. Saadud molekulaarseid ja kliinilisi andmeid analüüsitakse erinevate lähenemisviiside abil: kasvajate klassifitseerimine erinevatesse taksonoomilistesse kategooriatesse; uute klastrite kindlakstegemine, kasutades muude vähivormide kohta platvormiüleseid andmeid; platvormiülene analüüs, mille käigus kasutatakse muu hulgas järgmist: „klastritevahelised ülesanded (COCA), "SuperCluster algoritm" või PARADIGM. (Estonian)
4 August 2022
0 references
Tikslas ir tikslai: THERATLAS ketiname nustatyti CPRCM klasifikaciją ar terapinę taksonomiją, pagrįstą genominėmis ar transkriptominėmis pirminio naviko ir kastracijai atsparios ligos charakteristikomis. Jos pagrindinis tikslas – nustatyti ir patvirtinti bent vieną genominį parašą, kuris turi prognozuojamą naudą atsakui/atsparumui gydymui. Metodika: THERATLAS yra PROCURE platformos, apimančios 5 perspektyvinius daugiacentrius tyrimus, kuriuose dalyvavo 910 pacientų, sergančių MRCC, kuriems bus skiriamas docetakselio, abiraterono, kabazitakselio, radžio-223 arba enzalutamido vartojimas, dalis. Pagal THERATLAS reikalavimus atitiks maždaug 630 unikalių CPRCm atvejų su prieinama diagnostine biopsija ir serijiniais CPRCM ctDNR mėginiais prieš gydymą ir po jo. Šie atvejai bus atsitiktinai suskirstyti į apeiti kohortą ir patvirtinimo kohortą. Biopsijos bus apdorojamos DNR gauti, kai bus atliekamas visiškas egzomų sekos nustatymas, ir bus analizuojama ad hoc grupė, siekiant nustatyti dažniausius arba biologiškai svarbius genetinius pokyčius CPRCm prieš kiekvieną gydymo būdą ir po jo. Tuo pačiu metu bus ištirta transkriptominių duomenų analizė iš pirminio naviko RNR ir plazmos izoliuotų egzosomų CPRCM. Gauti molekuliniai ir klinikiniai duomenys bus analizuojami taikant skirtingus metodus: navikų klasifikavimas į skirtingas taksonomines kategorijas; naujų klasterių nustatymas naudojant kryžminių platformų duomenis apie kitas vėžines ligas; kryžminės platformos analizė, be kita ko, naudojant: „klasterio į grupes užduotys (COCA), "SuperCluster algoritmas" arba PARADIGM. (Lithuanian)
4 August 2022
0 references
Svrha i ciljevi: U THERATLAS-u namjeravamo uspostaviti klasifikaciju ili terapijsku taksonomiju CPRCM-a na temelju genomskih ili transkriptomskih karakteristika primarne bolesti tumora i kastracije. Njegov je glavni cilj izvući i potvrditi barem jedan genomski potpis koji ima prediktivno korisnost odgovora/otpornosti na liječenje. Metodologija: THERATLAS je dio platforme PROCURE koja uključuje 5 prospektivnih multicentričnih ispitivanja za određivanje prediktivnih čimbenika u 910 bolesnika s mRCC-om koji će primiti docetaksel, abirateron, kabazitaksel, radij-223 ili enzalutamid. Za THERATLAS će biti prihvatljivo oko 630 jedinstvenih slučajeva CPRCm-a s dostupnim dijagnostičkim biopsijom i serijskim uzorcima CPRCM ctDNK prije i nakon liječenja. Ti će slučajevi biti nasumično podijeljeni u obilaznicu i skupinu za provjeru valjanosti. Biopsije će se obraditi kako bi se dobila DNK, pri čemu će se provesti potpuno sekvenciranje egzoma, a analizirat će se ad hoc panel dizajniran za otkrivanje najčešćih ili biološki relevantnih genetskih promjena u CPRCm-u prije i nakon svakog načina obrade. Istodobno će se istražiti analiza transkriptomskih podataka iz primarnog tumora RNK i egzosoma izoliranih plazmom u CPRCM-u. Dobiveni molekularni i klinički podaci analizirat će se različitim pristupima: klasifikacija tumora u različite taksonomske kategorije; utvrđivanje novih klastera s pomoću podataka o drugim vrstama raka na različitim platformama; analiza među platformama s pomoću, među ostalim: „klaster-to-klaster dodjele (COCA), "SuperCluster algoritam" ili PARADIGM. (Croatian)
4 August 2022
0 references
Σκοπός και στόχοι: Στο THERATLAS σκοπεύουμε να καθιερώσουμε μια ταξινόμηση ή θεραπευτική ταξινόμηση του CPRCM με βάση τα γονιδιωματικά ή μεταγραφικά χαρακτηριστικά του πρωτογενούς όγκου και ευνουχισμού. Κύριος στόχος του είναι να αντλήσει και να επικυρώσει τουλάχιστον μία γονιδιωματική υπογραφή που να έχει προβλεψιμότητα για την απόκριση/αντίσταση στη θεραπεία. Μεθοδολογία: Το THERATLAS αποτελεί μέρος της πλατφόρμας PROCURE, η οποία περιλαμβάνει 5 μελλοντικές πολυκεντρικές μελέτες για τον προσδιορισμό των προγνωστικών παραγόντων σε 910 ασθενείς με mRCC οι οποίοι θα λάβουν θεραπεία με δοκεταξέλη, αμπιρατερόνη, καμπαζιταξέλη, ράδιο-223 ή ενζαλουταμίδη. Για το THERATLAS περίπου 630 μοναδικά κρούσματα CPRCm με διαθέσιμα δείγματα διαγνωστικής βιοψίας και σειριακά δείγματα CPRCM ctDNA πριν και μετά τη θεραπεία θα είναι επιλέξιμα. Οι περιπτώσεις αυτές θα διαιρούνται τυχαία σε μια κοόρτη παράκαμψης και σε μια κοόρτη επικύρωσης. Οι βιοψίες θα υποβάλλονται σε επεξεργασία για την απόκτηση DNA, όπου θα πραγματοποιηθεί πλήρης εξωγενής αλληλουχία και θα αναλυθεί ένα πάνελ σχεδιασμένο ad-hoc για την ανίχνευση των συχνότερων ή βιολογικά σημαντικών γενετικών αλλοιώσεων στο CPRCm πριν και μετά από κάθε τρόπο επεξεργασίας. Ταυτόχρονα, θα διερευνηθεί η ανάλυση των μεταγραφικών δεδομένων από τον πρωτοπαθή όγκο RNA και τα απομονωμένα στο πλάσμα εξωσώματα στο CPRCM. Τα μοριακά και κλινικά δεδομένα που θα προκύψουν θα αναλυθούν με διαφορετικές προσεγγίσεις: ταξινόμηση των όγκων σε διαφορετικές ταξινομικές κατηγορίες· εντοπισμός νέων συνεργατικών σχηματισμών με τη χρήση δεδομένων διαπλατφόρμων για άλλους καρκίνους· ανάλυση διασταυρούμενης πλατφόρμας με τη χρήση, μεταξύ άλλων: «εκχωρήσεις συστοιχιών (COCA), "SuperCluster αλγορίθμου" ή PARADIGM. (Greek)
4 August 2022
0 references
Účel a ciele: V TheRATLAS máme v úmysle stanoviť klasifikáciu alebo terapeutickú taxonómiu CPRCM na základe genomických alebo transkriptomických charakteristík primárneho nádoru a ochorenia rezistentného voči kastrácii. Jeho hlavným cieľom je odvodiť a potvrdiť aspoň jeden genomický podpis, ktorý má prediktívnu užitočnosť pri reakcii/odolnosti voči liečbe. Metodika: THERATLAS je súčasťou platformy PROCURE, ktorá zahŕňa 5 prospektívnych multicentrických štúdií na stanovenie prediktívnych faktorov u 910 pacientov s mRCC, ktorí budú dostávať liečbu docetaxelom, abiraterónom, kabazitaxelom, rádiom-223 alebo enzalutamidom. Pre THERATLAS približne 630 jedinečných prípadov CPRCm s dostupnými diagnostickou biopsiou a sériovými vzorkami CPRCM ctDNA pred a po liečbe bude oprávnených. Tieto prípady sa náhodne rozdelia na obchvatovú kohortu a na validačnú kohortu. Biopsia sa spracujú na získanie DNA, kde sa vykoná úplné sekvenovanie exome a panel navrhnutý ad-hoc sa bude analyzovať s cieľom zistiť najčastejšie alebo biologicky významné genetické zmeny v CPRCm pred a po každom spôsobe liečby. Zároveň sa preskúma analýza transkriptomických údajov z primárneho nádoru RNA a plazmou izolovaných exozómov v CPRCM. Získané molekulárne a klinické údaje sa budú analyzovať rôznymi prístupmi: klasifikácia nádorov do rôznych taxonomických kategórií; identifikácia nových zoskupení s využitím údajov o iných druhoch rakoviny medzi platformami; analýza medzi platformami, ktorá okrem iného využíva: „poverenia k zoskupeniu (COCA), algoritmus "SuperCluster" alebo PARADIGM. (Slovak)
4 August 2022
0 references
Tarkoitus ja tavoitteet: THERATLAS: ssa aiomme vahvistaa CPRCM: n luokituksen tai terapeuttisen taksonomian, joka perustuu primaarikasvaimen ja kastraatioresistentin taudin genomi- tai transkrimaattiominaisuuksiin. Sen päätavoitteena on saada ja validoida vähintään yksi genomimerkki, jolla on ennakoiva hyöty hoidon vasteen/resistenssin suhteen. Menetelmät: THERATLAS on osa PROCURE-alustaa, johon kuuluu 5 prospektiivista monikeskustutkimusta ennustavien tekijöiden määrittämiseksi 910 mRCC-potilaalla, jotka saavat dosetakselia, abirateronia, kabatsitakselia, radium-223:ta tai entsalutamidihoitoa. THERATLASin osalta tukikelpoisia ovat noin 630 yksittäistä CPRCm-tapausta, joissa on saatavilla diagnostinen biopsia ja sarjanäytteet CPRCM ctDNA:sta ennen hoitoa ja sen jälkeen. Nämä tapaukset jaetaan satunnaisesti ohituskohorttiin ja validointikohorttiin. Biopsiat käsitellään DNA:n saamiseksi, jolloin suoritetaan täydellinen eksome-sekvensointi ja analysoidaan paneeli, joka on suunniteltu tapauskohtaisesti CPRCm:n yleisimpien tai biologisesti merkityksellisten geneettisten muutosten havaitsemiseksi ennen kutakin hoitotapaa ja sen jälkeen. Samalla tutkitaan primäärikasvaimen RNA: n ja plasman eristettyjen eksosomien analyysiä CPRCM: ssä. Tuotettuja molekyyli- ja kliinisiä tietoja analysoidaan eri tavoin: kasvainten luokittelu eri taksonomiseen luokkaan; uusien klustereiden tunnistaminen muita syöpiä koskevien alustojen välisten tietojen avulla; alustojen välinen analyysi, jossa käytetään muun muassa seuraavia: ”kluster-to-cluster tehtävät (COCA), ”SuperCluster algoritmi” tai PARADIGM. (Finnish)
4 August 2022
0 references
Cel i cele: W THERATLAS zamierzamy ustanowić klasyfikację lub taksonomię terapeutyczną CPRCM w oparciu o cechy genomowe lub transkryptomiczne pierwotnego guza i choroby odpornej na kastrację. Jego głównym celem jest uzyskanie i walidacja co najmniej jednego podpisu genomowego, który ma przydatność predykcyjną odpowiedzi/oporności na leczenie. Metodyka: THERATLAS jest częścią platformy PROCURE, która obejmuje 5 prospektywnych wieloośrodkowych badań w celu określenia czynników prognostycznych u 910 pacjentów z mRCC, którzy otrzymają docetaksel, abirateron, kabazytaksel, rad-223 lub enzalutamid. W przypadku THERATLAS kwalifikuje się około 630 unikalnych przypadków CPRCm z dostępną biopsją diagnostyczną i seryjnymi próbkami CPRCM ctDNA przed i po leczeniu. Przypadki te zostaną losowo podzielone na kohortę obejściową i kohortę walidacyjną. Biopsje będą przetwarzane w celu uzyskania DNA, gdzie zostanie przeprowadzone całkowite sekwencjonowanie exomu, a panel zaprojektowany ad-hoc zostanie poddany analizie w celu wykrycia najczęstszych lub biologicznie istotnych zmian genetycznych w CPRCm przed i po każdym trybie leczenia. Jednocześnie zbadana zostanie analiza danych transkryptomicznych z RNA guza pierwotnego i wyizolowanych w osoczu egzosomów w CPRCM. Uzyskane dane molekularne i kliniczne będą analizowane przy zastosowaniu różnych podejść: klasyfikacja guzów do różnych kategorii taksonomicznych; identyfikacja nowych klastrów z wykorzystaniem wieloplatformowych danych na temat innych nowotworów; analiza wieloplatformowa z wykorzystaniem m.in.: „przydziały klastra do klastra (COCA), algorytm SuperCluster” lub PARADIGM. (Polish)
4 August 2022
0 references
Cél és célkitűzések: A THERATLAS-ban az elsődleges tumor és kasztráció-rezisztens betegség genomikus vagy transzkriptómiai jellemzői alapján a CPRCM osztályozását vagy terápiás taxonómiáját kívánjuk létrehozni. Fő célja legalább egy olyan genomikus jel levezetése és validálása, amely prediktív hasznossággal bír a kezelésre adott válasz/ellenállás tekintetében. Módszertan: A THERATLAS a PROCURE platform része, amely 5 prospektív multicentrikus vizsgálatot foglal magában a prediktív tényezők meghatározására 910, mRCC-ben szenvedő betegnél, akik docetaxel, abirateron, kabazitaxel, rádium-223 vagy enzalutamid kezelésben részesülnek. A THERATLAS esetében körülbelül 630 egyedi CPRCm eset támogatható a rendelkezésre álló diagnosztikai biopsziával és CPRCM ctDNS sorozatmintákkal a kezelés előtt és után. Ezek az esetek véletlenszerűen kerülnek felosztásra egy bypass kohorszra és egy validációs kohorszra. A biopsziákat úgy dolgozzák fel, hogy DNS-t kapjanak, ahol teljes exom szekvenálást végeznek, és az egyes kezelési módok előtt és után egy, a CPRCm leggyakoribb vagy biológiailag releváns genetikai változásainak kimutatására szolgáló ad hoc panel elemzésre kerül sor. Ugyanakkor az elsődleges tumor RNS-ből és a plazma izolált exoszómákból származó transzkriptomikus adatok elemzését a CPRCM-ben vizsgálják. Az előállított molekuláris és klinikai adatokat különböző megközelítésekkel fogják elemezni: a daganatok osztályozása különböző taxonómiai kategóriákba; új klaszterek azonosítása más rákos megbetegedésekre vonatkozó platformközi adatok felhasználásával; platformközi elemzés többek között az alábbiak felhasználásával: „Cluster-to-cluster assignments (COCA), "SuperCluster algoritmus" vagy PARADIGM. (Hungarian)
4 August 2022
0 references
Účel a cíle: V THERATLASu máme v úmyslu zavést klasifikaci nebo terapeutickou taxonomii CPRCM na základě genomických nebo transkriptomických charakteristik primárního nádoru a kastrace rezistentního onemocnění. Jeho hlavním cílem je odvodit a potvrdit alespoň jeden genomový podpis, který má prediktivní užitečnost pro reakci/odolnost vůči léčbě. Metodika: THERATLAS je součástí platformy PROCURE, která zahrnuje 5 prospektivních multicentrických studií pro stanovení prediktivních faktorů u 910 pacientů s mRCC, kteří podstoupí léčbu docetaxelem, abirateronem, kabazitaxelem, radiem-223 nebo enzalutamidem. Pro THERATLAS bude způsobilé přibližně 630 unikátních případů CPRCm s dostupnou diagnostickou biopsií a sériovými vzorky CPRCM ctDNA před a po léčbě. Tyto případy budou náhodně rozděleny do kohorty obchvatu a validační kohorty. Biopsie budou zpracovány za účelem získání DNA, kde bude provedeno kompletní sekvenování exomu a panel navržený ad-hoc bude analyzován za účelem zjištění nejčastějších nebo biologicky relevantních genetických změn v CPRCm před a po každém způsobu léčby. Zároveň bude prozkoumána analýza transkriptomických dat z primárního nádoru RNA a plazmatických exozomů v CPRCM. Získané molekulární a klinické údaje budou analyzovány různými přístupy: klasifikace nádorů do různých taxonomických kategorií; identifikace nových klastrů s využitím údajů o jiných nádorových onemocněních napříč platformami; analýza napříč platformami mimo jiné s využitím: „klastr-to-cluster přiřazení (COCA), "SuperCluster algoritmus" nebo PARADIGM. (Czech)
4 August 2022
0 references
Mērķis un mērķi: THERATLAS mēs plānojam izveidot CPRCM klasifikāciju vai terapeitisko taksonomiju, pamatojoties uz primārā audzēja genomiskajām vai transkriptomijām un pret kastrāciju rezistentās slimības īpašībām. Tā galvenais mērķis ir iegūt un validēt vismaz vienu genomisku parakstu, kam ir prognozējoša lietderība attiecībā uz atbildes reakciju/rezistenci pret ārstēšanu. Metodika: THERATLAS ir daļa no PROCURE platformas, kas ietver 5 prospektīvus daudzcentru pētījumus prognozējošo faktoru noteikšanai 910 pacientiem ar mRCC, kuri saņems docetakselu, abirateronu, kabazitakselu, rādiju-223 vai enzalutamīdu. Attiecībā uz THERATLAS būs piemēroti aptuveni 630 unikāli CPRCm gadījumi ar pieejamo diagnostisko biopsiju un CPRCM ctDNS sērijas paraugiem pirms un pēc ārstēšanas. Šos gadījumus pēc nejaušības principa sadala apvedkohortā un validācijas kohortā. Biopsijas tiks apstrādātas, lai iegūtu DNS, kur tiks veikta pilnīga eksomea sekvencēšana, un tiks analizēts ad hoc panelis, lai noteiktu visbiežāk sastopamās vai bioloģiski nozīmīgākās ģenētiskās izmaiņas CPRCm pirms un pēc katras ārstēšanas modalitātes. Tajā pašā laikā tiks pētīta primārā audzēja RNS un CPRCM plazmas izolēto eksosomu transkriptomisko datu analīze. Iegūtie molekulārie un klīniskie dati tiks analizēti, izmantojot dažādas pieejas: audzēju klasifikācija dažādās taksonomiskajās kategorijās; jaunu klasteru noteikšana, izmantojot starpplatformu datus par citiem vēža veidiem; starpplatformu analīze, cita starpā izmantojot: “klastera līdz klastera uzdevumi (COCA), "SuperCluster algoritms" vai PARADIGM. (Latvian)
4 August 2022
0 references
Cuspóir agus cuspóirí: I THERATLAS tá sé i gceist againn aicmiú nó tacsanomaíocht theiripeach CPRCM a bhunú bunaithe ar shaintréithe géanómaíocha nó tras-scríbhinne an ghalair phríomhúil meall agus frith-scaoilte. Is é an príomhchuspóir ná síniú géanómaíoch amháin ar a laghad a dhíorthú agus a bhailíochtú a bhfuil fóntais thuarthach aige ar an bhfreagairt/friotaíocht ar chóireáil. Modheolaíocht: Tá THERATLAS mar chuid den ardán PROCURE, lena n-áirítear 5 staidéir multicenter ionchasacha chun fachtóirí tuarthacha a chinneadh i 910 othar le mRCC a gheobhaidh cóireáil docetaxel, abiraterone, cabazitaxel, raidiam-223 nó cóireáil enzalutamide. I gcás THERATLAS, beidh thart ar 630 cás uathúil de CPRCm a bhfuil bitheas diagnóiseach agus samplaí srathacha de CPRCM ctDNA ann roimh an gcóireáil agus ina dhiaidh sin incháilithe. Roinnfear na cásanna seo go randamach i gcohórt seachbhóthar agus i gcohórt bailíochtaithe. Déanfar biopsies a phróiseáil chun DNA a fháil áit a ndéanfar seicheamhú exome iomlán agus déanfar anailís ar phainéal deartha ad hoc chun na hathruithe géiniteacha is minice nó is ábhartha ó thaobh na bitheolaíochta de a bhrath sa CPRCm roimh gach módúlacht chóireála agus ina dhiaidh. Ag an am céanna, breathnófar ar an anailís ar shonraí tras-scríbhinne ó RNA meall príomhúil agus ar eiséasóim atá scoite ó phlasma in CPRCM. Déanfar anailís ar na sonraí móilíneacha agus cliniciúla a ghintear le cineálacha éagsúla cur chuige: siadaí a aicmiú i gcatagóirí tacsanomaíocha éagsúla; braislí nua a shainaithint trí úsáid a bhaint as sonraí trasardáin maidir le hailse eile; anailís tras-ardán ag baint úsáide as i measc nithe eile: “sannacháin ó chnuasaigh go cnuasaigh (COCA), an “algartam SuperCluster” nó PARADIGM. (Irish)
4 August 2022
0 references
Namen in cilji: V THERATLAS nameravamo vzpostaviti klasifikacijo ali terapevtsko taksonomijo CPRCM na podlagi genomskih ali transkriptomskih značilnosti primarnega tumorja in bolezni, odporne proti kastraciji. Njegov glavni cilj je izpeljati in potrditi vsaj en genomski podpis, ki ima napovedno uporabnost za odziv/odpornost na zdravljenje. Metodologija: TheraTLAS je del platforme PROCURE, ki vključuje 5 prospektivnih multicentričnih študij za določanje napovednih dejavnikov pri 910 bolnikih z mRCC, ki bodo prejemali docetaksel, abirateron, kabazitaksel, radij-223 ali enzalutamid. Za THERATLAS je upravičenih približno 630 edinstvenih primerov CPRCm z razpoložljivo diagnostično biopsijo in zaporednimi vzorci CPRCM ctDNA pred zdravljenjem in po njem. Ti primeri bodo naključno razdeljeni v obvodno kohorto in potrditveno kohorto. Biopsije se obdelajo za pridobitev DNK, pri čemer se opravi popolno sekvenciranje eksomov, analizira pa se ad-hoc plošča za odkrivanje najpogostejših ali biološko pomembnih genetskih sprememb v CPRCm pred vsakim načinom tretiranja in po njem. Hkrati bo raziskana analiza transkriptomskih podatkov iz primarne tumorske RNK in plazemskih izoliranih eksosomov v CPRCM. Pridobljeni molekularni in klinični podatki bodo analizirani z različnimi pristopi: razvrstitev tumorjev v različne taksonomske kategorije; opredelitev novih grozdov z uporabo podatkov iz različnih platform o drugih vrstah raka; analiza med platformami, pri kateri se med drugim uporabljajo: „naloge med grozdi (COCA), "SuperCluster algoritem" ali PARADIGM. (Slovenian)
4 August 2022
0 references
Цел и цели: В THERATLAS възнамеряваме да създадем класификация или терапевтична таксономия на CPRCM въз основа на геномните или транскриптомните характеристики на първичния тумор и болестта, резистентна на кастрация. Основната му цел е да извлече и валидира поне един геномен подпис, който има прогнозна полза за отговора/устойчивостта на лечението. Методология: THERATLAS е част от платформата PROCURE, която включва 5 проспективни многоцентрови проучвания за определяне на прогнозни фактори при 910 пациенти с mRCC, които ще получат лечение с доцетаксел, абиратерон, кабазитаксел, радий-223 или ензалутамид. За THERATLAS ще бъдат допустими приблизително 630 уникални случая на CPRCm с налична диагностична биопсия и серийни проби от CPRCM ctDNA преди и след лечението. Тези случаи ще бъдат разделени на случаен принцип на обходна кохорта и на валидационна кохорта. Биопсиите ще бъдат обработени, за да се получи ДНК, където ще се извърши пълно exome секвениране и ще бъде анализиран панел, проектиран ad-hoc, за да се открият най-честите или биологично значими генетични промени в CPRCm преди и след всеки начин на третиране. В същото време ще бъде проучен анализът на транскриптомните данни от първичната туморна РНК и плазмените изолирани екзозоми в CPRCM. Получените молекулярни и клинични данни ще бъдат анализирани с различни подходи: класификация на туморите в различни таксономични категории; идентифициране на нови клъстери чрез използване на междуплатформени данни за други видове рак; междуплатформен анализ, при който се използват, наред с другото: „задачи от клъстери към клъстери (COCA), „SuperCluster algorithm“ или PARADIGM. (Bulgarian)
4 August 2022
0 references
Għan u għanijiet: F’ THERATLAS għandna l-intenzjoni li nistabbilixxu klassifikazzjoni jew tassonomija terapewtika tas-CPRCM ibbażata fuq il-karatteristiċi ġenomiċi jew traskritomiċi tat-tumur primarju u tal-marda reżistenti għall-kastrazzjoni. L-għan ewlieni tagħha huwa li tikseb u tivvalida mill-inqas firma ġenomika waħda li għandha utilità ta’ tbassir fuq ir-rispons/reżistenza għat-trattament. Metodoloġija: THERATLAS huwa parti mill-pjattaforma PROCURE, li tinkludi 5 studji prospettivi multiċentriċi għad-determinazzjoni ta’ fatturi ta’ tbassir f’910 pazjenti b’mRCC li se jirċievu docetaxel, abiraterone, cabazitaxel, radium-223 jew trattament b’enzalutamide. Għal THERATLAS madwar 630 każ uniku ta’ CPRCm b’bijopsija dijanjostika u kampjuni serjali disponibbli ta’ CPRCM ctDNA qabel u wara t-trattament se jkunu eliġibbli. Dawn il-każijiet se jinqasmu b’mod aleatorju f’koorti tal-bypass u koorti ta’ validazzjoni. Il-bijopsiji se jiġu pproċessati biex jinkiseb id-DNA fejn se jsir sekwenzar exome komplet u se jiġi analizzat panel ad hoc imfassal biex jidentifika l-aktar bidliet ġenetiċi frekwenti jew bijoloġikament rilevanti fis-CPRCm qabel u wara kull modalità ta’ trattament. Fl-istess ħin, se tiġi esplorata l-analiżi ta’ dejta traskritmika minn RNA tat-tumur primarju u eżożomi iżolati mill-plażma fis-CPRCM. Id-dejta molekulari u klinika ġġenerata se tiġi analizzata b’approċċi differenti: il-klassifikazzjoni tat-tumuri f’kategoriji tassonomiċi differenti; l-identifikazzjoni ta’ raggruppamenti ġodda bl-użu ta’ data ta’ pjattaforma trasversali dwar kanċers oħra; analiżi ta’ pjattaforma trasversali li tuża fost l-oħrajn: “assenjazzjonijiet bejn ir-raggruppamenti (COCA), l-"Algoritmu ta’ SuperCluster" jew PARADIGM. (Maltese)
4 August 2022
0 references
Finalidade e objetivos: Em THERATLAS pretende-se estabelecer uma classificação ou taxonomia terapêutica da CPRCM com base nas características genômicas ou transcriptômicas do tumor primário e doença resistente à castração. Seu principal objetivo é derivar e validar pelo menos uma assinatura genômica que tenha utilidade preditiva na resposta/resistência ao tratamento. Metodologia: O THERATLAS faz parte da plataforma PROCURE, que inclui 5 estudos prospetivos multicêntricos para a determinação de fatores preditivos em 910 doentes com CRMm que receberão docetaxel, abiraterona, cabazitaxel, rádio-223 ou tratamento com enzalutamida. Para THERATLAS aproximadamente 630 casos únicos de CPRCm com biópsia diagnóstica disponível e amostras seriadas de CPRCM ctDNA antes e depois do tratamento serão elegíveis. Esses casos serão divididos ao calhas em uma coorte de bypass e uma coorte de validação. As biópsias serão processadas para obter DNA onde será realizada a sequenciação completa do exoma e um painel projetado ad hoc será analisado para detetar as alterações genéticas mais frequentes ou biologicamente relevantes no CPRCm antes e depois de cada modalidade de tratamento. Ao mesmo tempo, será explorada a análise dos dados transcriptômicos do tumor primário ARN e dos exossomas isolados do plasma na CPRCM. Os dados moleculares e clínicos gerados serão analisados com diferentes abordagens: classificação de tumores em diferentes categorias taxonômicas; identificação de novos agrupamentos utilizando dados multiplataformas sobre outros cancros; análise multiplataformas utilizando, entre outros: «cluster-to-cluster assignments (COCA), o «Algoritmo SuperCluster» ou PARADIGM. (Portuguese)
4 August 2022
0 references
Formål og målsætninger: I THERATLAS har vi til hensigt at etablere en klassificering eller terapeutisk taksonomi af CPRCM baseret på de genomiske eller transkriptomiske egenskaber ved den primære tumor og kastration-resistente sygdom. Hovedformålet er at udlede og validere mindst én genomisk signatur, der har prædiktiv nytteværdi på respons/resistens over for behandling. Metode: THERATLAS er en del af PROCURE-platformen, som omfatter 5 prospektive multicenterstudier til bestemmelse af prædiktive faktorer hos 910 patienter med mRCC, som vil få docetaxel, abirateron, cabazitaxel, radium-223 eller enzalutamidbehandling. For THERATLAS vil ca. 630 unikke tilfælde af CPRCm med tilgængelige diagnostiske biopsi og serieprøver af CPRCM ctDNA før og efter behandling være støtteberettiget. Disse tilfælde vil blive tilfældigt opdelt i en bypass kohorte og en validering kohorte. Biopsier vil blive behandlet for at opnå DNA, hvor der vil blive udført fuldstændig exome sekventering, og et panel, der er udformet ad hoc, vil blive analyseret for at detektere de hyppigste eller biologisk relevante genetiske ændringer i CPRCm før og efter hver behandlingsform. Samtidig vil analysen af transkriptomiske data fra primær tumor RNA og plasma isolerede exosomer i CPRCM blive undersøgt. De molekylære og kliniske data, der genereres, vil blive analyseret med forskellige tilgange: klassificering af tumorer i forskellige taksonomiske kategorier; identifikation af nye klynger ved hjælp af data på tværs af platforme om andre kræftformer analyse på tværs af platforme ved hjælp af bl.a.: "klynge-til-klyngeopgaver (COCA), "SuperCluster algoritme" eller PARADIGM. (Danish)
4 August 2022
0 references
Scop și obiective: În THERATLAS intenționăm să stabilim o clasificare sau o taxonomie terapeutică a CPRCM pe baza caracteristicilor genomice sau transcriminale ale tumorii primare și a bolii rezistente la castrare. Obiectivul său principal este de a deriva și valida cel puțin o semnătură genomică care are utilitate predictivă asupra răspunsului/rezistenței la tratament. Metodologie: THERATLAS face parte din platforma PROCURE, care include 5 studii prospective multicentrice pentru determinarea factorilor predictivi la 910 pacienți cu mRCC cărora li se va administra tratament cu docetaxel, abirateronă, cabazitaxel, radiu-223 sau enzalutamidă. Pentru THERATLAS, aproximativ 630 de cazuri unice de CPRCm cu biopsie diagnostică disponibilă și eșantioane seriale de ADNct CPRCM înainte și după tratament vor fi eligibile. Aceste cazuri vor fi împărțite aleatoriu într-o cohortă de by-pass și o cohortă de validare. Biopsiile vor fi prelucrate pentru a obține ADN în cazul în care se va efectua secvențierea exome completă și un grup conceput ad-hoc va fi analizat pentru a detecta modificările genetice cele mai frecvente sau mai relevante din punct de vedere biologic în CPRCm înainte și după fiecare modalitate de tratament. În același timp, analiza datelor transcriptomice din ARN tumoral primar și exozomi izolați cu plasmă în CPRCM vor fi explorate. Datele moleculare și clinice generate vor fi analizate cu diferite abordări: clasificarea tumorilor în diferite categorii taxonomice; identificarea de noi clustere care utilizează date între platforme privind alte tipuri de cancer; analiza între platforme utilizând, printre altele: „atribuiri de la un grup la altul (COCA), "algoritmul SuperCluster" sau PARADIGM. (Romanian)
4 August 2022
0 references
Syfte och mål: I THERATLAS har vi för avsikt att fastställa en klassificering eller terapeutisk taxonomi av CPRCM baserat på genomiska eller transkriptomiska egenskaper hos primär tumör och kastrationsresistent sjukdom. Dess huvudsakliga syfte är att härleda och validera minst en genomisk signatur som har prediktiv nytta på svar/resistens mot behandling. Metod: THERATLAS är en del av PROCURE-plattformen, som omfattar 5 prospektiva multicenterstudier för bestämning av prediktiva faktorer hos 910 patienter med mRCC som kommer att få docetaxel, abirateron, cabazitaxel, radium-223 eller enzalutamidbehandling. För THERATLAS kommer cirka 630 unika fall av CPRCm med tillgänglig diagnostisk biopsi och serieprov av CPRCM ctDNA att vara godtagbara före och efter behandlingen. Dessa fall kommer att delas upp slumpmässigt i en bypass-kohort och en valideringskohort. Biopsier kommer att behandlas för att erhålla DNA där fullständig exome sekvensering kommer att utföras och en panel utformad ad hoc kommer att analyseras för att upptäcka de vanligaste eller biologiskt relevanta genetiska förändringarna i CPRCm före och efter varje behandlingsmetod. Samtidigt kommer analysen av transkriptomiska data från primär tumör RNA och plasma isolerade exosomer i CPRCM att undersökas. De molekylära och kliniska data som genereras kommer att analyseras med olika metoder: klassificering av tumörer i olika taxonomiska kategorier; identifiering av nya kluster med hjälp av plattformsöverskridande data om andra cancerformer. plattformsoberoende analys med hjälp av bland annat: ”kluster-till-klusteruppdrag (COCA), ”SuperCluster-algoritmen” eller PARADIGM. (Swedish)
4 August 2022
0 references
Madrid
0 references
20 December 2023
0 references
Identifiers
PI16_01565
0 references