FROM GENOTYPE TO PHENOTYPE: INTEGRATED POPULATION GENOMIC AND MOLECULAR GENETICA OF ANTHRACNOSIS-CAUSING FUNGI (Q3140154)
Jump to navigation
Jump to search
Project Q3140154 in Spain
| Language | Label | Description | Also known as |
|---|---|---|---|
| English | FROM GENOTYPE TO PHENOTYPE: INTEGRATED POPULATION GENOMIC AND MOLECULAR GENETICA OF ANTHRACNOSIS-CAUSING FUNGI |
Project Q3140154 in Spain |
Statements
105,415.2 Euro
0 references
193,600.0 Euro
0 references
54.45 percent
0 references
1 January 2016
0 references
31 May 2019
0 references
UNIVERSIDAD DE SALAMANCA.
0 references
37007
0 references
EL MAYOR DESAFIO QUE ENFRENTA LA AGRICULTURA MODERNA ES EL CONTROL DE LAS ENFERMEDADES DE LAS PLANTAS DE UNA MANERA QUE SEA SEGURA PARA LOS SERES HUMANOS Y EL MEDIO AMBIENTE. LAS PRACTICAS DE CONTROL QUE TENEMOS HOY EN DIA DEPENDEN DE FUNGICIDAS DE AMPLIO ESPECTRO QUE SE APLICAN EN GRANDES CANTIDADES, PROPORCIONANDO UNA FUERTE PRESION SELECTIVA QUE FAVORECE LA EVOLUCION DE LA RESISTENCIA EN LAS POBLACIONES DE PATOGENOS. LOS FUTUROS SISTEMAS AGRICOLAS DEBERAN TENER EN CUENTA LA EVOLUCION DE LOS PATOGENOS EN EL DISEÑO DE ESTRATEGIAS DE CONTROL DE ENFERMEDADES. EN ESTA PROPUESTA A TRAVES DE UN ENFOQUE MULTIDISCIPLINARIO MEJORAREMOS NUESTRO CONOCIMIENTO SOBRE LA EVOLUCION DE LA PATOGENICIDAD DE LOS HONGOS CAUSANTES DE LA ANTRACNOSIS Y DE LA FUNCION DE LOS GENES QUE CONTRIBUYEN A LA VIRULENCIA. LA ANTRACNOSIS ES CAUSADA POR MIEMBROS DEL GENERO DE HONGOS COLLETOTRICHUM, UNO DE LOS GRUPOS MAS COMUNES Y DESTRUCTIVOS DE HONGOS PATOGENOS DE PLANTAS, CAUSANDO DAÑOS EN CASI TODOS LOS CULTIVOS Y LOS ECOSISTEMAS NATURALES. NOS CENTRAREMOS EN EL ESTUDIO DE LOS GENES ESPECIFICOS A ESTIRPES Y CARACTERES QUE CONTRIBUYEN A LA VIRULENCIA. AL HACERLO, ESPERAMOS IDENTIFICAR LAS CARACTERISTICAS DEL GENERO Y/O ESPECIE CONCRETA QUE SE PUEDEN APROVECHAR PARA DESARROLLAR PRACTICAS DE MANEJO MAS SELECTIVAS. EN EL PRIMER OBJETIVO SE ESTUDIARA LA DIVERSIDAD GENETICA Y LA ESTRUCTURA DE LA POBLACION DEL HONGO CAUSANTE DE LA ANTRACNOSIS DE MAIZ, COLLETOTRICHUM GRAMINICOLA. SE UTILIZARA UNA TECNICA LLAMADA RAD-SEQ, QUE UTILIZA LA SECUENCIACION MASIVA PARA MUESTREAR MILES DE LOCI. SE UTILIZARA ESTA TECNICA PARA ESTUDIAR LA DIVERSIDAD GENETICA, LA RECOMBINACION, LA ESTRUCTURA DE LA POBLACION Y EL FLUJO DE GENES ENTRE POBLACIONES. TAMBIEN SE ASOCIARA LA VARIACION GENETICA CON CARACTERES FENOTIPICOS QUE SON IMPORTANTES PARA LA VIRULENCIA. EL CONOCIMIENTO DE LA ESTRUCTURA DE LA POBLACION, SI EXISTE LA MIGRACION ENTRE POBLACIONES Y SI HAY RECOMBINACION ES INDISPENSABLE PARA EL DESARROLLO DE ESTRATEGIAS DE CONTROL DURADERAS. EN EL SEGUNDO OBJETIVO SE UTILIZARA LA GENOMICA COMPARATIVA PARA ESTUDIAR LA EVOLUCION DE LA ESPECIFICIDAD DEL HOSPEDADOR Y LA REPRODUCCION SEXUAL EN UNA COLECCION BIEN CARACTERIZADA DE AISLADOS DEL COMPLEJO DE ESPECIES C. ACUTATUM. ESTOS HONGOS INFECTAN A UNA AMPLIA GAMA DE CULTIVOS DE IMPORTANCIA AGRICOLA, INCLUYENDO FRESA, OLIVOS, ALMENDROS Y OTROS. LOS DOS ULTIMOS OBJETIVOS USARAN TECNICAS DE GENETICA MOLECULARES Y CELULARES PARA CARACTERIZAR DOS EFECTORES PUTATIVOS DE C. GRAMINICOLA. LOS EFECTORES SON PROTEINAS PRODUCIDAS POR EL PATOGENO QUE MODULAN EL SISTEMA INMUNE DEL HUESPED. AMBAS PROTEINAS SON UNICAS A COLLETOTRICHUM Y EL ESTUDIO DE ELLOS PUEDEN DESCUBRIR ASPECTOS DE LA FISIOLOGIA DE HONGOS QUE SON UNICAS A ESTE GRUPO TAXONOMICO DE PATOGENOS. ESTOS COMPONENTES UNICOS DEL GENOMA DE COLLETOTRICHUM PUEDEN SER DIANAS PARA EL DESARROLLO DE NUEVAS ESTRATEGIAS DE CONTROL DE LA ANTRACNOSIS. A LO LARGO DE ESTE PROYECTO SE GENERARAN MATRICES DE DATOS DE GRAN TAMAÑO QUE RELACIONAN GENOTIPOS, POLIMORFISMOS Y LA EXPRESION DE GENES CON LOS GENES Y SUS FENOTIPOS. SE APLICARAN TECNICAS ESTADISTICAS TRADICIONALES Y SE DESARROLLARAN NUEVOS METODOS ANALITICOS PARA EXTRAER LA MAXIMA CANTIDAD DE INFORMACION DE ESTOS DATOS. ESTE ENFOQUE MULTIFACETICO ENLAZARA LA GENOMICA COMPARATIVA, GENETICA MOLECULAR Y ESTADISTICAS PARA MEJORAR NUESTRA CONOCIMIENTO DE LAS ENFERMEDADES DE PLANTAS Y ABRIR NUEVAS VIAS PARA EL DESARROLLO DE ESTRATEGIAS DE CONTROL DE ESTAS ENFERMEDADES. (Spanish)
0 references
THE BIGGEST CHALLENGE FACING MODERN AGRICULTURE IS THE CONTROL OF PLANT DISEASES IN A WAY THAT IS SAFE FOR HUMANS AND THE ENVIRONMENT. THE CONTROL PRACTICES WE HAVE TODAY DEPEND ON BROAD SPECTRUM FUNGICIDES THAT ARE APPLIED IN LARGE QUANTITIES, PROVIDING A STRONG SELECTIVE PRESSURE THAT FAVORS THE EVOLUTION OF RESISTANCE IN THE POPULATIONS OF PATHOGENS. FUTURE AGRICULTURAL SYSTEMS SHOULD TAKE INTO ACCOUNT THE EVOLUTION OF PATHOGENS IN THE DESIGN OF DISEASE CONTROL STRATEGIES. IN THIS PROPOSAL THROUGH A MULTIDISCIPLINARY APPROACH WE WILL IMPROVE OUR KNOWLEDGE ABOUT THE EVOLUTION OF PATHOGENICITY OF FUNGI CAUSING ANTHRACNOSIS AND THE FUNCTION OF GENES THAT CONTRIBUTE TO VIRULENCE. ANTHRACNOSIS IS CAUSED BY MEMBERS OF THE COLLETOTRICHUM MUSHROOM GENUS, ONE OF THE MOST COMMON AND DESTRUCTIVE GROUPS OF PLANT PATHOGEN FUNGI, CAUSING DAMAGE TO ALMOST ALL CROPS AND NATURAL ECOSYSTEMS. WE WILL FOCUS ON THE STUDY OF GENES SPECIFIC TO STRAINS AND CHARACTERS THAT CONTRIBUTE TO VIRULENCE. IN DOING SO, WE HOPE TO IDENTIFY THE CHARACTERISTICS OF THE GENUS AND/OR SPECIFIC SPECIES THAT CAN BE USED TO DEVELOP MORE SELECTIVE MANAGEMENT PRACTICES. THE FIRST OBJECTIVE WILL STUDY THE GENETIC DIVERSITY AND STRUCTURE OF THE POPULATION OF THE FUNGUS CAUSING CORN ANTHRACNOSIS, COLLETOTRICHUM GRAMINICOLA. A TECHNIQUE CALLED RAD-SEQ WILL BE USED, WHICH USES MASS SEQUENCING TO SAMPLE THOUSANDS OF LOCI. THIS TECHNIQUE WILL BE USED TO STUDY GENETIC DIVERSITY, RECOMBINATION, POPULATION STRUCTURE AND GENE FLOW BETWEEN POPULATIONS. GENETIC VARIATION WILL ALSO BE ASSOCIATED WITH PHENOTYPIC CHARACTERS THAT ARE IMPORTANT FOR VIRULENCE. KNOWLEDGE OF THE STRUCTURE OF THE POPULATION, WHETHER THERE IS MIGRATION BETWEEN POPULATIONS AND WHETHER THERE IS RECOMMENDATION IS INDISPENSABLE FOR THE DEVELOPMENT OF SUSTAINABLE CONTROL STRATEGIES. IN THE SECOND OBJECTIVE, COMPARATIVE GENOMICS WILL BE USED TO STUDY THE EVOLUTION OF HOST SPECIFICITY AND SEXUAL REPRODUCTION IN A WELL-CHARACTERISED COLLECTION OF ISOLATED C. ACUTATUM SPECIES COMPLEX. THESE FUNGI INFECT A WIDE RANGE OF CROPS OF AGRICULTURAL IMPORTANCE, INCLUDING STRAWBERRY, OLIVE TREES, ALMOND TREES AND OTHERS. THE TWO LAST TARGETS WILL USE MOLECULAR AND CELLULAR GENETIC TECHNIQUES TO CHARACTERISE TWO SLUTTY EFFECTORS OF C. GRAMINICOLA. THE EFFECTORS ARE PROTEINS PRODUCED BY THE PATHOGEN THAT MODULATE THE HOST’S IMMUNE SYSTEM. BOTH PROTEINS ARE UNIQUE TO COLLETOTRICHUM AND THE STUDY OF THEM CAN DISCOVER ASPECTS OF FUNGAL PHYSIOLOGY THAT ARE UNIQUE TO THIS TAXONOMIC GROUP OF PATHOGENS. THESE UNIQUE COMPONENTS OF THE COLLETOTRICHUM GENOME CAN BE TARGETED FOR THE DEVELOPMENT OF NEW ANTHRACNOSIS CONTROL STRATEGIES. THROUGHOUT THIS PROJECT LARGE DATA MATRICES WILL BE GENERATED THAT RELATE GENOTYPES, POLYMORPHISMS AND GENE EXPRESSION TO GENES AND THEIR PHENOTYPES. TRADITIONAL STATISTICAL TECHNIQUES WILL BE APPLIED AND NEW ANALYTICAL METHODS WILL BE DEVELOPED TO EXTRACT THE MAXIMUM AMOUNT OF INFORMATION FROM THESE DATA. THIS MULTIFACETED APPROACH WILL LINK COMPARATIVE GENOMICS, MOLECULAR GENETICS AND STATISTICS TO IMPROVE OUR KNOWLEDGE OF PLANT DISEASES AND OPEN NEW AVENUES FOR THE DEVELOPMENT OF CONTROL STRATEGIES FOR THESE DISEASES. (English)
12 October 2021
0.8275406422909023
0 references
LE PLUS GRAND DÉFI AUQUEL DOIT FAIRE FACE L’AGRICULTURE MODERNE EST LA LUTTE CONTRE LES MALADIES VÉGÉTALES D’UNE MANIÈRE QUI SOIT SANS DANGER POUR L’HOMME ET L’ENVIRONNEMENT. LES PRATIQUES DE CONTRÔLE QUE NOUS AVONS AUJOURD’HUI DÉPENDENT DE FONGICIDES À LARGE SPECTRE QUI SONT APPLIQUÉS EN GRANDES QUANTITÉS, FOURNISSANT UNE FORTE PRESSION SÉLECTIVE QUI FAVORISE L’ÉVOLUTION DE LA RÉSISTANCE DANS LES POPULATIONS D’AGENTS PATHOGÈNES. LES FUTURS SYSTÈMES AGRICOLES DEVRAIENT TENIR COMPTE DE L’ÉVOLUTION DES AGENTS PATHOGÈNES DANS LA CONCEPTION DES STRATÉGIES DE LUTTE CONTRE LES MALADIES. DANS CETTE PROPOSITION PAR UNE APPROCHE MULTIDISCIPLINAIRE, NOUS AMÉLIORERONS NOS CONNAISSANCES SUR L’ÉVOLUTION DE LA PATHOGÉNICITÉ DES CHAMPIGNONS CAUSANT L’ANTHRACNOSIS ET LA FONCTION DES GÈNES QUI CONTRIBUENT À LA VIRULENCE. ANTHRACNOSIS EST CAUSÉE PAR DES MEMBRES DU GENRE DES CHAMPIGNONS COLLETOTRICHUM, L’UN DES GROUPES DE CHAMPIGNONS PHYTOPATHOGÈNES LES PLUS COMMUNS ET LES PLUS DESTRUCTEURS, CAUSANT DES DOMMAGES À PRESQUE TOUTES LES CULTURES ET LES ÉCOSYSTÈMES NATURELS. NOUS NOUS CONCENTRERONS SUR L’ÉTUDE DES GÈNES PROPRES AUX SOUCHES ET AUX CARACTÈRES QUI CONTRIBUENT À LA VIRULENCE. CE FAISANT, NOUS ESPÉRONS IDENTIFIER LES CARACTÉRISTIQUES DU GENRE ET/OU DES ESPÈCES SPÉCIFIQUES QUI PEUVENT ÊTRE UTILISÉES POUR DÉVELOPPER DES PRATIQUES DE GESTION PLUS SÉLECTIVES. LE PREMIER OBJECTIF PORTERA SUR LA DIVERSITÉ GÉNÉTIQUE ET LA STRUCTURE DE LA POPULATION DU CHAMPIGNON À L’ORIGINE DE L’ANTHRACNOSIS, COLLETOTRICHUM GRAMINICOLA. UNE TECHNIQUE APPELÉE RAD-SEQ SERA UTILISÉE, QUI UTILISE LE SÉQUENÇAGE DE MASSE POUR ÉCHANTILLONNER DES MILLIERS DE LOCI. CETTE TECHNIQUE SERA UTILISÉE POUR ÉTUDIER LA DIVERSITÉ GÉNÉTIQUE, LA RECOMBINAISON, LA STRUCTURE DES POPULATIONS ET LE FLUX GÉNÉTIQUE ENTRE LES POPULATIONS. LA VARIATION GÉNÉTIQUE SERA ÉGALEMENT ASSOCIÉE À DES CARACTÈRES PHÉNOTYPIQUES QUI SONT IMPORTANTS POUR LA VIRULENCE. LA CONNAISSANCE DE LA STRUCTURE DE LA POPULATION, DE L’EXISTENCE D’UNE MIGRATION ENTRE LES POPULATIONS ET DE L’EXISTENCE D’UNE RECOMMANDATION EST INDISPENSABLE À L’ÉLABORATION DE STRATÉGIES DE LUTTE DURABLE. DANS LE DEUXIÈME OBJECTIF, LA GÉNOMIQUE COMPARATIVE SERA UTILISÉE POUR ÉTUDIER L’ÉVOLUTION DE LA SPÉCIFICITÉ DE L’HÔTE ET DE LA REPRODUCTION SEXUELLE DANS UNE COLLECTION BIEN CARACTÉRISÉE D’ESPÈCES ISOLÉES DE C. ACUTATUM. CES CHAMPIGNONS INFECTENT UN LARGE ÉVENTAIL DE CULTURES D’IMPORTANCE AGRICOLE, Y COMPRIS LES FRAISIERS, LES OLIVIERS, LES AMANDES ET AUTRES. LES DEUX DERNIÈRES CIBLES UTILISERONT DES TECHNIQUES GÉNÉTIQUES MOLÉCULAIRES ET CELLULAIRES POUR CARACTÉRISER DEUX EFFECTEURS SALOPES DE C. GRAMINICOLA. LES EFFECTEURS SONT DES PROTÉINES PRODUITES PAR L’AGENT PATHOGÈNE QUI MODULE LE SYSTÈME IMMUNITAIRE DE L’HÔTE. LES DEUX PROTÉINES SONT UNIQUES À COLLETOTRICHUM ET LEUR ÉTUDE PEUT DÉCOUVRIR DES ASPECTS DE LA PHYSIOLOGIE FONGIQUE QUI SONT UNIQUES À CE GROUPE TAXONOMIQUE D’AGENTS PATHOGÈNES. CES COMPOSANTS UNIQUES DU GÉNOME COLLETOTRICHUM PEUVENT ÊTRE CIBLÉS POUR L’ÉLABORATION DE NOUVELLES STRATÉGIES DE CONTRÔLE DE L’ANTHRACNOSIS. TOUT AU LONG DE CE PROJET, ON GÉNÉRERA DE GRANDES MATRICES DE DONNÉES QUI RELIENT LES GÉNOTYPES, LES POLYMORPHISMES ET L’EXPRESSION DES GÈNES AUX GÈNES ET À LEURS PHÉNOTYPES. DES TECHNIQUES STATISTIQUES TRADITIONNELLES SERONT APPLIQUÉES ET DE NOUVELLES MÉTHODES D’ANALYSE SERONT MISES AU POINT POUR EXTRAIRE LE MAXIMUM D’INFORMATIONS DE CES DONNÉES. CETTE APPROCHE À MULTIPLES FACETTES RELIERA LA GÉNOMIQUE COMPARATIVE, LA GÉNÉTIQUE MOLÉCULAIRE ET LES STATISTIQUES AFIN D’AMÉLIORER NOS CONNAISSANCES SUR LES MALADIES DES PLANTES ET D’OUVRIR DE NOUVELLES PISTES POUR L’ÉLABORATION DE STRATÉGIES DE LUTTE CONTRE CES MALADIES. (French)
2 December 2021
0 references
DIE GRÖSSTE HERAUSFORDERUNG FÜR DIE MODERNE LANDWIRTSCHAFT IST DIE BEKÄMPFUNG VON PFLANZENKRANKHEITEN, DIE FÜR MENSCH UND UMWELT SICHER IST. DIE KONTROLLPRAKTIKEN, DIE WIR HEUTE HABEN, HÄNGEN VON BREIT GEFÄCHERTEN FUNGIZIDEN AB, DIE IN GROSSEN MENGEN EINGESETZT WERDEN UND EINEN STARKEN SELEKTIVEN DRUCK BIETEN, DER DIE ENTWICKLUNG DER RESISTENZ IN DEN POPULATIONEN VON KRANKHEITSERREGERN BEGÜNSTIGT. KÜNFTIGE LANDWIRTSCHAFTLICHE SYSTEME SOLLTEN DIE ENTWICKLUNG VON KRANKHEITSERREGERN BEI DER KONZIPIERUNG VON SEUCHENBEKÄMPFUNGSSTRATEGIEN BERÜCKSICHTIGEN. IN DIESEM VORSCHLAG WERDEN WIR DURCH EINEN MULTIDISZIPLINÄREN ANSATZ UNSER WISSEN ÜBER DIE ENTWICKLUNG DER PATHOGENITÄT VON PILZEN, DIE ANTHRACNOSIS VERURSACHEN, UND ÜBER DIE FUNKTION VON GENEN, DIE ZUR VIRULENZ BEITRAGEN, VERBESSERN. ANTHRACNOSIS WIRD VON MITGLIEDERN DER PILZGATTUNG COLLETOTRICHUM VERURSACHT, EINE DER HÄUFIGSTEN UND ZERSTÖRERISCHSTEN GRUPPEN VON PFLANZENERREGERN, DIE FAST ALLE KULTUREN UND NATÜRLICHEN ÖKOSYSTEME SCHÄDIGEN. WIR WERDEN UNS AUF DIE UNTERSUCHUNG VON GENEN KONZENTRIEREN, DIE SPEZIFISCH FÜR STÄMME UND CHARAKTERE SIND, DIE ZUR VIRULENZ BEITRAGEN. DABEI HOFFEN WIR, DIE MERKMALE DER GATTUNG UND/ODER SPEZIFISCHEN ARTEN ZU IDENTIFIZIEREN, DIE ZUR ENTWICKLUNG SELEKTIVERER BEWIRTSCHAFTUNGSMETHODEN VERWENDET WERDEN KÖNNEN. DAS ERSTE ZIEL WIRD DIE GENETISCHE VIELFALT UND STRUKTUR DER POPULATION DES PILZES UNTERSUCHEN, DER MAIS ANTHRACNOSIS, COLLETOTRICHUM GRAMINICOLA VERURSACHT. EINE TECHNIK NAMENS RAD-SEQ WIRD VERWENDET, DIE MASSENSEQUENZIERUNG VERWENDET, UM TAUSENDE VON LOCI ZU PROBIEREN. DIESE TECHNIK WIRD VERWENDET, UM GENETISCHE VIELFALT, REKOMBINATION, POPULATIONSSTRUKTUR UND GENFLUSS ZWISCHEN POPULATIONEN ZU UNTERSUCHEN. GENETISCHE VARIATION WIRD AUCH MIT PHÄNOTYPISCHEN CHARAKTEREN VERBUNDEN, DIE FÜR VIRULENZ WICHTIG SIND. DIE KENNTNIS DER BEVÖLKERUNGSSTRUKTUR, DER MIGRATION ZWISCHEN DEN BEVÖLKERUNGEN UND DER FRAGE, OB ES EMPFEHLUNGEN GIBT, IST FÜR DIE ENTWICKLUNG NACHHALTIGER KONTROLLSTRATEGIEN UNERLÄSSLICH. IM ZWEITEN ZIEL WIRD DIE VERGLEICHENDE GENOMIK VERWENDET, UM DIE ENTWICKLUNG DER WIRTSSPEZIALITÄT UND DER SEXUELLEN FORTPFLANZUNG IN EINER GUT CHARAKTERISTISCHEN SAMMLUNG ISOLIERTER C. ACUTATUM-ARTEN ZU UNTERSUCHEN. DIESE PILZE INFIZIEREN EINE BREITE PALETTE VON KULTUREN VON LANDWIRTSCHAFTLICHER BEDEUTUNG, DARUNTER ERDBEERE, OLIVENBÄUME, MANDELBÄUME UND ANDERE. DIE BEIDEN LETZTEN ZIELE WERDEN MOLEKULARE UND ZELLULÄRE GENTECHNIKEN VERWENDEN, UM ZWEI SCHLAMPIGE EFFEKTOREN VON C. GRAMINICOLA ZU CHARAKTERISIEREN. DIE EFFEKTOREN SIND PROTEINE, DIE VOM ERREGER ERZEUGT WERDEN, DIE DAS IMMUNSYSTEM DES WIRTS MODULIEREN. BEIDE PROTEINE SIND EINZIGARTIG AUF COLLETOTRICHUM UND DIE UNTERSUCHUNG VON IHNEN KANN ASPEKTE DER PILZPHYSIOLOGIE ENTDECKEN, DIE EINZIGARTIG FÜR DIESE TAXONOMISCHE GRUPPE VON KRANKHEITSERREGERN SIND. DIESE EINZIGARTIGEN KOMPONENTEN DES COLLETOTRICHUM GENOMS KÖNNEN GEZIELT FÜR DIE ENTWICKLUNG NEUER ANTHRACNOSIS-KONTROLLSTRATEGIEN EINGESETZT WERDEN. WÄHREND DIESES PROJEKTS WERDEN GROSSE DATENMATRIZEN ERZEUGT, DIE GENOTYPEN, POLYMORPHISMEN UND GENEXPRESSIONEN MIT GENEN UND IHREN PHÄNOTYPEN VERKNÜPFEN. ES WERDEN TRADITIONELLE STATISTISCHE TECHNIKEN ANGEWANDT UND NEUE ANALYSEMETHODEN ENTWICKELT, UM DIE MAXIMALE MENGE AN INFORMATIONEN AUS DIESEN DATEN ZU EXTRAHIEREN. DIESER FACETTENREICHE ANSATZ WIRD VERGLEICHENDE GENOMIK, MOLEKULARGENETIK UND STATISTIK MITEINANDER VERKNÜPFEN, UM UNSER WISSEN ÜBER PFLANZENKRANKHEITEN ZU VERBESSERN UND NEUE WEGE FÜR DIE ENTWICKLUNG VON KONTROLLSTRATEGIEN FÜR DIESE KRANKHEITEN ZU ERÖFFNEN. (German)
9 December 2021
0 references
DE GROOTSTE UITDAGING VOOR DE MODERNE LANDBOUW IS DE BESTRIJDING VAN PLANTENZIEKTEN OP EEN MANIER DIE VEILIG IS VOOR MENS EN MILIEU. DE CONTROLEPRAKTIJKEN DIE WE VANDAAG HEBBEN HANGEN AF VAN BREED SPECTRUM FUNGICIDEN DIE WORDEN TOEGEPAST IN GROTE HOEVEELHEDEN, WAARDOOR EEN STERKE SELECTIEVE DRUK DIE DE EVOLUTIE VAN RESISTENTIE IN DE POPULATIES VAN ZIEKTEVERWEKKERS BEVORDERT. TOEKOMSTIGE LANDBOUWSYSTEMEN MOETEN BIJ HET ONTWERPEN VAN ZIEKTEBESTRIJDINGSSTRATEGIEËN REKENING HOUDEN MET DE ONTWIKKELING VAN ZIEKTEVERWEKKERS. IN DIT VOORSTEL ZULLEN WE VIA EEN MULTIDISCIPLINAIRE AANPAK ONZE KENNIS VERBETEREN OVER DE EVOLUTIE VAN PATHOGENITEIT VAN SCHIMMELS DIE ANTHRACNOSIS VEROORZAKEN EN DE FUNCTIE VAN GENEN DIE BIJDRAGEN AAN VIRULENTIE. ANTHRACNOSIS WORDT VEROORZAAKT DOOR LEDEN VAN HET COLLETOTRICHUM PADDENSTOELEN GESLACHT, EEN VAN DE MEEST VOORKOMENDE EN DESTRUCTIEVE GROEPEN VAN PLANTENPATHOGENE SCHIMMELS, WAARDOOR SCHADE AAN BIJNA ALLE GEWASSEN EN NATUURLIJKE ECOSYSTEMEN. WE ZULLEN ONS RICHTEN OP DE STUDIE VAN GENEN DIE SPECIFIEK ZIJN VOOR STAMMEN EN PERSONAGES DIE BIJDRAGEN AAN VIRULENTIE. DAARBIJ HOPEN WE DE KENMERKEN VAN HET GESLACHT EN/OF SPECIFIEKE SOORTEN TE IDENTIFICEREN DIE KUNNEN WORDEN GEBRUIKT OM SELECTIEVER BEHEER TE ONTWIKKELEN. DE EERSTE DOELSTELLING ZAL DE GENETISCHE DIVERSITEIT EN STRUCTUUR VAN DE POPULATIE VAN DE SCHIMMEL VEROORZAKEN MAÏS ANTHRACNOSIS, COLLETOTRICHUM GRAMINICOLA BESTUDEREN. EEN TECHNIEK GENAAMD RAD-SEQ ZAL WORDEN GEBRUIKT, DIE MASSA SEQUENCING GEBRUIKT OM DUIZENDEN LOCI TE MONSTEREN. DEZE TECHNIEK ZAL WORDEN GEBRUIKT OM GENETISCHE DIVERSITEIT, RECOMBINATIE, POPULATIESTRUCTUUR EN GENSTROOM TUSSEN POPULATIES TE BESTUDEREN. GENETISCHE VARIATIE ZAL OOK WORDEN GEASSOCIEERD MET FENOTYPISCHE TEKENS DIE BELANGRIJK ZIJN VOOR VIRULENTIE. KENNIS VAN DE STRUCTUUR VAN DE BEVOLKING, VAN MIGRATIE TUSSEN POPULATIES EN VAN AANBEVELING IS ONONTBEERLIJK VOOR DE ONTWIKKELING VAN DUURZAME CONTROLESTRATEGIEËN. IN DE TWEEDE DOELSTELLING ZAL VERGELIJKENDE GENOMICA WORDEN GEBRUIKT OM DE EVOLUTIE VAN GASTHEERSPECIFICITEIT EN SEKSUELE VOORTPLANTING TE BESTUDEREN IN EEN GOED GEKARAKTERISEERDE VERZAMELING VAN GEÏSOLEERDE C. ACUTATUM SOORTENCOMPLEX. DEZE SCHIMMELS INFECTEREN EEN BREED SCALA AAN LANDBOUWGEWASSEN, WAARONDER AARDBEI, OLIJFBOMEN, AMANDELBOMEN EN ANDERE. DE TWEE LAATSTE DOELEN ZULLEN MOLECULAIRE EN CELLULAIRE GENETISCHE TECHNIEKEN GEBRUIKEN OM TWEE SLETTERIGE EFFECTOREN VAN C. GRAMINICOLA TE KARAKTERISEREN. DE EFFECTOREN ZIJN EIWITTEN GEPRODUCEERD DOOR DE ZIEKTEVERWEKKER DIE HET IMMUUNSYSTEEM VAN DE GASTHEER MODULEREN. BEIDE EIWITTEN ZIJN UNIEK VOOR COLLETOTRICHUM EN DE STUDIE ERVAN KAN ASPECTEN VAN SCHIMMELFYSIOLOGIE ONTDEKKEN DIE UNIEK ZIJN VOOR DEZE TAXONOMISCHE GROEP ZIEKTEVERWEKKERS. DEZE UNIEKE COMPONENTEN VAN HET COLLETOTRICHUMGENOOM KUNNEN WORDEN GERICHT OP DE ONTWIKKELING VAN NIEUWE ANTHRACNOSIS-CONTROLESTRATEGIEËN. GEDURENDE DIT PROJECT ZULLEN GROTE DATAMATRICES WORDEN GEGENEREERD DIE GENOTYPES, POLYMORFISMEN EN GENEXPRESSIE MET GENEN EN HUN FENOTYPEN RELATEREN. ER ZULLEN TRADITIONELE STATISTISCHE TECHNIEKEN WORDEN TOEGEPAST EN ER ZULLEN NIEUWE ANALYSEMETHODEN WORDEN ONTWIKKELD OM DE MAXIMALE HOEVEELHEID INFORMATIE UIT DEZE GEGEVENS TE HALEN. DEZE VEELZIJDIGE AANPAK ZAL VERGELIJKENDE GENOMICA, MOLECULAIRE GENETICA EN STATISTIEKEN KOPPELEN OM ONZE KENNIS VAN PLANTENZIEKTEN TE VERBETEREN EN NIEUWE WEGEN TE OPENEN VOOR DE ONTWIKKELING VAN BESTRIJDINGSSTRATEGIEËN VOOR DEZE ZIEKTEN. (Dutch)
17 December 2021
0 references
LA SFIDA PIÙ GRANDE CHE L'AGRICOLTURA MODERNA DEVE AFFRONTARE È IL CONTROLLO DELLE FITOPATIE IN MODO SICURO PER L'UOMO E PER L'AMBIENTE. LE PRATICHE DI CONTROLLO CHE ABBIAMO OGGI DIPENDONO DA FUNGICIDI AD AMPIO SPETTRO CHE VENGONO APPLICATI IN GRANDI QUANTITÀ, FORNENDO UNA FORTE PRESSIONE SELETTIVA CHE FAVORISCE L'EVOLUZIONE DELLA RESISTENZA NELLE POPOLAZIONI DI AGENTI PATOGENI. I FUTURI SISTEMI AGRICOLI DOVREBBERO TENERE CONTO DELL'EVOLUZIONE DEGLI AGENTI PATOGENI NELL'ELABORAZIONE DELLE STRATEGIE DI CONTROLLO DELLE MALATTIE. IN QUESTA PROPOSTA ATTRAVERSO UN APPROCCIO MULTIDISCIPLINARE MIGLIOREREMO LE NOSTRE CONOSCENZE SULL'EVOLUZIONE DELLA PATOGENICITÀ DEI FUNGHI CHE CAUSANO L'ANTHRACNOSIS E SULLA FUNZIONE DEI GENI CHE CONTRIBUISCONO ALLA VIRULENZA. ANTHRACNOSIS È CAUSATO DA MEMBRI DEL GENERE DI FUNGHI COLLETOTRICHUM, UNO DEI GRUPPI PIÙ COMUNI E DISTRUTTIVI DI FUNGHI PATOGENI VEGETALI, CAUSANDO DANNI A QUASI TUTTE LE COLTURE E GLI ECOSISTEMI NATURALI. CI CONCENTREREMO SULLO STUDIO DI GENI SPECIFICI PER CEPPI E PERSONAGGI CHE CONTRIBUISCONO ALLA VIRULENZA. IN TAL MODO, CI AUGURIAMO DI INDIVIDUARE LE CARATTERISTICHE DEL GENERE E/O SPECIE SPECIFICHE CHE POSSONO ESSERE UTILIZZATE PER SVILUPPARE PRATICHE DI GESTIONE PIÙ SELETTIVE. IL PRIMO OBIETTIVO STUDIERÀ LA DIVERSITÀ GENETICA E LA STRUTTURA DELLA POPOLAZIONE DEL FUNGO CHE CAUSA IL MAIS ANTHRACNOSIS, COLLETOTRICHUM GRAMINICOLA. VERRÀ UTILIZZATA UNA TECNICA CHIAMATA RAD-SEQ, CHE UTILIZZA IL SEQUENZIAMENTO DI MASSA PER CAMPIONARE MIGLIAIA DI LOCI. QUESTA TECNICA SARÀ UTILIZZATA PER STUDIARE LA DIVERSITÀ GENETICA, LA RICOMBINAZIONE, LA STRUTTURA DELLA POPOLAZIONE E IL FLUSSO GENICO TRA LE POPOLAZIONI. LA VARIAZIONE GENETICA SARÀ ANCHE ASSOCIATA A CARATTERI FENOTIPICI CHE SONO IMPORTANTI PER LA VIRULENZA. LA CONOSCENZA DELLA STRUTTURA DELLA POPOLAZIONE, L'ESISTENZA DI UNA MIGRAZIONE TRA LE POPOLAZIONI E L'ESISTENZA DI RACCOMANDAZIONI SONO INDISPENSABILI PER LO SVILUPPO DI STRATEGIE DI CONTROLLO SOSTENIBILI. NEL SECONDO OBIETTIVO, LA GENOMICA COMPARATIVA SARÀ UTILIZZATA PER STUDIARE L'EVOLUZIONE DELLA SPECIFICITÀ DELL'OSPITE E DELLA RIPRODUZIONE SESSUALE IN UNA RACCOLTA BEN CARATTERIZZATA DI COMPLESSO ISOLATO DI SPECIE C. ACUTATUM. QUESTI FUNGHI INFETTANO UNA VASTA GAMMA DI COLTURE DI IMPORTANZA AGRICOLA, TRA CUI FRAGOLE, ULIVI, MANDORLI E ALTRI. GLI ULTIMI DUE BERSAGLI UTILIZZERANNO TECNICHE GENETICHE MOLECOLARI E CELLULARI PER CARATTERIZZARE DUE TROIE DI C. GRAMINICOLA. GLI EFFETTI SONO PROTEINE PRODOTTE DALL'AGENTE PATOGENO CHE MODULA IL SISTEMA IMMUNITARIO DELL'OSPITE. ENTRAMBE LE PROTEINE SONO UNICHE PER COLLETOTRICHUM E LO STUDIO DI LORO PUÒ SCOPRIRE ASPETTI DELLA FISIOLOGIA FUNGINA CHE SONO UNICI A QUESTO GRUPPO TASSONOMICO DI PATOGENI. QUESTE COMPONENTI UNICHE DEL GENOMA COLLETOTRICHUM POSSONO ESSERE MIRATE ALLO SVILUPPO DI NUOVE STRATEGIE DI CONTROLLO ANTHRACNOSIS. DURANTE QUESTO PROGETTO VERRANNO GENERATE GRANDI MATRICI DI DATI CHE COLLEGANO GENOTIPI, POLIMORFISMI ED ESPRESSIONE GENICA AI GENI E AI LORO FENOTIPI. SARANNO APPLICATE TECNICHE STATISTICHE TRADIZIONALI E SARANNO SVILUPPATI NUOVI METODI ANALITICI PER ESTRARRE LA QUANTITÀ MASSIMA DI INFORMAZIONI DA QUESTI DATI. QUESTO APPROCCIO MULTIFORME COLLEGHERÀ GENOMICA COMPARATIVA, GENETICA MOLECOLARE E STATISTICHE PER MIGLIORARE LA NOSTRA CONOSCENZA DELLE MALATTIE DELLE PIANTE E APRIRE NUOVE STRADE PER LO SVILUPPO DI STRATEGIE DI CONTROLLO PER QUESTE MALATTIE. (Italian)
16 January 2022
0 references
TÄNAPÄEVA PÕLLUMAJANDUSE SUURIM VÄLJAKUTSE ON TAIMEHAIGUSTE TÕRJE VIISIL, MIS ON INIMESTELE JA KESKKONNALE OHUTU. TÄNA MEIE KONTROLLITAVAD SÕLTUVAD LAIA SPEKTRIGA FUNGITSIIDIDEST, MIDA KASUTATAKSE SUURTES KOGUSTES, PAKKUDES TUGEVAT SELEKTIIVSET SURVET, MIS SOODUSTAB RESISTENTSUSE ARENGUT PATOGEENIDE POPULATSIOONIDES. TULEVASED PÕLLUMAJANDUSSÜSTEEMID PEAKSID TAUDITÕRJESTRATEEGIATE KAVANDAMISEL VÕTMA ARVESSE PATOGEENIDE ARENGUT. KÄESOLEVAS ETTEPANEKUS MULTIDISTSIPLINAARSE LÄHENEMISVIISI ABIL PARANDAME OMA TEADMISI SEENTE PATOGEENSUSE ARENGUST, PÕHJUSTADES ANTHRACNOSIST JA GEENIDE FUNKTSIOONIST, MIS AITAVAD KAASA VIRULENTSUSELE. ANTHRACNOSISE PÕHJUSTAVAD COLLETOTRICHUM’I SEENTE PEREKONNA LIIKMED, MIS ON ÜKS LEVINUMAID JA HÄVITAVAMAID TAIMEPATOGEENI SEENTE RÜHMI, MIS KAHJUSTAB PEAAEGU KÕIKI PÕLLUKULTUURE JA LOODUSLIKKE ÖKOSÜSTEEME. ME KESKENDUME UURING GEENID SPETSIIFILISED TÜVED JA TEGELASED, MIS AITAVAD KAASA VIRULENTSUST. SEDA TEHES LOODAME TEHA KINDLAKS PEREKONNA JA/VÕI KONKREETSETE LIIKIDE OMADUSED, MIDA SAAB KASUTADA SELEKTIIVSEMATE MAJANDAMISTAVADE VÄLJATÖÖTAMISEKS. ESIMENE EESMÄRK ON UURIDA GENEETILISE MITMEKESISUSE JA STRUKTUURI POPULATSIOONI SEENE PÕHJUSTAB MAISI ANTHRACNOSIS, COLLETOTRICHUM GRAMINICOLA. KASUTATAKSE MEETODIT NIMEGA RAD-SEQ, MIS KASUTAB MASSI JÄRJESTAMIST TUHANDETE LOOKUSTE PROOVI VÕTMISEKS. SEDA MEETODIT KASUTATAKSE GENEETILISE MITMEKESISUSE, REKOMBINATSIOONI, POPULATSIOONI STRUKTUURI JA GEENIVOOLU UURIMISEKS POPULATSIOONIDE VAHEL. GENEETILIST VARIATSIOONI SEOSTATAKSE KA FENOTÜÜBILISTE TUNNUSTEGA, MIS ON VIRULENTSUSE JAOKS OLULISED. SÄÄSTVATE KONTROLLISTRATEEGIATE VÄLJATÖÖTAMISEKS ON HÄDAVAJALIK TEADA, KAS POPULATSIOONIDE VAHEL TOIMUB RÄNNE JA KAS ON SOOVITUSI. TEISEL EESMÄRGIL KASUTATAKSE VÕRDLEVAT GENOOMIKAT PEREMEESORGANISMI SPETSIIFILISUSE JA SEKSUAALSE PALJUNEMISE ARENGU UURIMISEKS ISOLEERITUD C. ACUTATUM’I LIIKIDE KOMPLEKSI HÄSTI ISELOOMUSTATUD KOLLEKTSIOONIS. NEED SEENED NAKATAVAD MITMESUGUSEID PÕLLUKULTUURE, SEALHULGAS MAASIKAID, OLIIVIPUID, MANDLIPUID JA TEISI. KAKS VIIMAST SIHTMÄRKI KASUTAVAD MOLEKULAARSEID JA RAKULISI GENEETILISI MEETODEID, ET ISELOOMUSTADA C. GRAMINICOLA KAHTE LITSAKAT EFEKTORIT. TOIMEAINED ON ORGANISMI IMMUUNSÜSTEEMI MODULEERIVA PATOGEENI POOLT TOODETUD VALGUD. MÕLEMAD VALGUD ON COLLETOTRICHUMILE AINULAADSED JA NENDE UURIMINE VÕIB AVASTADA SEENTE FÜSIOLOOGIA ASPEKTE, MIS ON AINULAADSED SELLELE TAKSONOOMILISELE PATOGEENIDE RÜHMALE. NEED COLLETOTRICHUM GENOOMI AINULAADSED KOMPONENDID VÕIVAD OLLA SUUNATUD UUTE ANTHRACNOSISE KONTROLLISTRATEEGIATE VÄLJATÖÖTAMISELE. KOGU SELLE PROJEKTI JOOKSUL LUUAKSE SUURED ANDMEMAATRIKSID, MIS SEOSTAVAD GENOTÜÜPE, POLÜMORFISME JA GEENIEKSPRESSIOONI GEENIDEGA JA NENDE FENOTÜÜPIDEGA. KASUTATAKSE TRADITSIOONILISI STATISTILISI MEETODEID JA TÖÖTATAKSE VÄLJA UUED ANALÜÜSIMEETODID, ET SAADA KÕNEALUSTEST ANDMETEST VÕIMALIKULT PALJU TEAVET. SEE MITMETAHULINE LÄHENEMISVIIS ÜHENDAB VÕRDLEVA GENOOMIKA, MOLEKULAARGENEETIKA JA STATISTIKA, ET PARANDADA MEIE TEADMISI TAIMEHAIGUSTEST JA AVADA UUSI VÕIMALUSI NENDE HAIGUSTE TÕRJESTRATEEGIATE VÄLJATÖÖTAMISEKS. (Estonian)
4 August 2022
0 references
DIDŽIAUSIAS IŠŠŪKIS, SU KURIUO SUSIDURIA ŠIUOLAIKINIS ŽEMĖS ŪKIS, YRA AUGALŲ LIGŲ KONTROLĖ TAIP, KAD JI BŪTŲ SAUGI ŽMONĖMS IR APLINKAI. KONTROLĖS PRAKTIKA, KURIĄ ŠIANDIEN TURIME, PRIKLAUSO NUO PLATAUS SPEKTRO FUNGICIDŲ, KURIE NAUDOJAMI DIDELIAIS KIEKIAIS, UŽTIKRINANT STIPRŲ SELEKTYVŲ SPAUDIMĄ, KURIS SKATINA ATSPARUMO RAIDĄ PATOGENŲ POPULIACIJOJE. RENGIANT LIGŲ KONTROLĖS STRATEGIJAS BŪSIMOSE ŽEMĖS ŪKIO SISTEMOSE TURĖTŲ BŪTI ATSIŽVELGIAMA Į PATOGENŲ RAIDĄ. ŠIAME PASIŪLYME, TAIKANT DAUGIADALYKĮ POŽIŪRĮ, PAGERINSIME SAVO ŽINIAS APIE GRYBŲ PATOGENIŠKUMO, SUKELIANČIO ANTHRACNOSIS, RAIDĄ IR GENŲ, KURIE PRISIDEDA PRIE VIRULENTIŠKUMO, FUNKCIJĄ. ANTHRACNOSIS SUKELIA COLLETOTRICHUM GRYBŲ GENTIES NARIAI, VIENA IŠ LABIAUSIAI PAPLITUSIŲ IR DESTRUKTYVIAUSIŲ AUGALŲ PATOGENŲ GRYBŲ GRUPIŲ, DARANTI ŽALĄ BEVEIK VISIEMS KULTŪRINIAMS AUGALAMS IR NATŪRALIOMS EKOSISTEMOMS. MES SUTELKSIME DĖMESĮ Į GENŲ, BŪDINGŲ PADERMĖMS IR PERSONAŽAMS, KURIE PRISIDEDA PRIE VIRULENTIŠKUMO, TYRIMĄ. TAI DARYDAMI TIKIMĖS NUSTATYTI GENTIES IR (ARBA) KONKREČIŲ RŪŠIŲ SAVYBES, KURIOS GALI BŪTI NAUDOJAMOS SELEKTYVESNEI VALDYMO PRAKTIKAI PLĖTOTI. PIRMASIS TIKSLAS BUS IŠTIRTI GENETINĘ ĮVAIROVĘ IR STRUKTŪRĄ GRYBŲ SUKELIA KUKURŪZŲ ANTHRACNOSIS, COLLETOTRICHUM GRAMINICOLA. BUS NAUDOJAMAS METODAS, VADINAMAS RAD-SEQ, KURIS NAUDOJA MASĖS SEKĄ, KAD BŪTŲ GALIMA PAIMTI TŪKSTANČIUS LOCI. ŠIS METODAS BUS NAUDOJAMAS GENETINEI ĮVAIROVEI, REKOMBINACIJAI, POPULIACIJOS STRUKTŪRAI IR GENŲ SRAUTUI TARP POPULIACIJŲ TIRTI. GENETINĖ VARIACIJA TAIP PAT BUS SUSIJUSI SU FENOTIPINIAIS SIMBOLIAIS, KURIE YRA SVARBŪS VIRULENTIŠKUMUI. ŽINIOS APIE GYVENTOJŲ STRUKTŪRĄ, TAI, AR YRA MIGRACIJA TARP POPULIACIJŲ IR AR YRA REKOMENDACIJŲ, YRA BŪTINOS KURIANT TVARIAS KONTROLĖS STRATEGIJAS. PAGAL ANTRĄJĮ TIKSLĄ LYGINAMOJI GENOMIKA BUS NAUDOJAMA ŠEIMININKO SPECIFIŠKUMO IR LYTINĖS REPRODUKCIJOS EVOLIUCIJAI TIRTI GERAI APIBŪDINTOJE IZOLIUOTŲ C. ACUTATUM RŪŠIŲ KOMPLEKSO KOLEKCIJOJE. ŠIE GRYBAI UŽKREČIA ĮVAIRIUS ŽEMĖS ŪKIUI SVARBIUS AUGALUS, ĮSKAITANT BRAŠKES, ALYVMEDŽIUS, MIGDOLUS IR KT. DU PASKUTINIAI TIKSLAI BUS NAUDOTI MOLEKULINIUS IR LĄSTELIŲ GENETINIUS METODUS, KAD BŪTŲ GALIMA APIBŪDINTI DU PLONUS C. GRAMINICOLA EFEKTUS. EFEKTORIAI YRA BALTYMAI, KURIUOS GAMINA PATOGENAS, MODULIUOJANTIS ŠEIMININKO IMUNINĘ SISTEMĄ. ABU BALTYMAI YRA UNIKALŪS COLLETOTRICHUM IR JŲ TYRIMAS GALI ATRASTI GRYBELINĖS FIZIOLOGIJOS ASPEKTUS, KURIE YRA UNIKALŪS ŠIAI TAKSONOMINEI PATOGENŲ GRUPEI. ŠIE UNIKALŪS COLLETOTRICHUM GENOMO KOMPONENTAI GALI BŪTI SKIRTI NAUJOMS ANTHRACNOSIS KONTROLĖS STRATEGIJOMS KURTI. PER ŠĮ PROJEKTĄ BUS GENERUOJAMOS DIDELĖS DUOMENŲ MATRICOS, SUSIJUSIOS SU GENOTIPAIS, POLIMORFIZMU IR GENŲ EKSPRESIJA SU GENAIS IR JŲ FENOTIPAIS. BUS TAIKOMI TRADICINIAI STATISTINIAI METODAI IR KURIAMI NAUJI ANALIZĖS METODAI, KAD BŪTŲ GALIMA IŠ ŠIŲ DUOMENŲ GAUTI KUO DAUGIAU INFORMACIJOS. ŠIS DAUGIALYPIS POŽIŪRIS SUJUNGS LYGINAMĄJĄ GENOMIKĄ, MOLEKULINĘ GENETIKĄ IR STATISTIKĄ, KAD PAGERINTUME ŽINIAS APIE AUGALŲ LIGAS, IR ATVERSIME NAUJUS BŪDUS ŠIŲ LIGŲ KONTROLĖS STRATEGIJOMS KURTI. (Lithuanian)
4 August 2022
0 references
NAJVEĆI IZAZOV S KOJIM SE SUOČAVA MODERNA POLJOPRIVREDA JEST KONTROLA BILJNIH BOLESTI NA NAČIN KOJI JE SIGURAN ZA LJUDE I OKOLIŠ. METODE KONTROLE KOJE DANAS IMAMO OVISE O FUNGICIDIMA ŠIROKOG SPEKTRA KOJI SE PRIMJENJUJU U VELIKIM KOLIČINAMA, PRUŽAJUĆI SNAŽAN SELEKTIVNI PRITISAK KOJI POGODUJE EVOLUCIJI OTPORNOSTI U POPULACIJAMA PATOGENA. BUDUĆI POLJOPRIVREDNI SUSTAVI TREBALI BI UZETI U OBZIR RAZVOJ PATOGENA U IZRADI STRATEGIJA ZA SUZBIJANJE BOLESTI. U OVOM PRIJEDLOGU KROZ MULTIDISCIPLINARNI PRISTUP POBOLJŠAT ĆEMO NAŠE ZNANJE O EVOLUCIJI PATOGENOSTI GLJIVICA KOJE UZROKUJU ANTHRACNOSIS I FUNKCIJI GENA KOJI DOPRINOSE VIRULENCIJI. ANTHRACNOSIS UZROKUJU PRIPADNICI RODA COLLETOTRICHUM GLJIVA, JEDNE OD NAJČEŠĆIH I DESTRUKTIVNIH SKUPINA BILJNIH PATOGENIH GLJIVICA, UZROKUJUĆI ŠTETU GOTOVO SVIM USJEVIMA I PRIRODNIM EKOSUSTAVIMA. USREDOTOČIT ĆEMO SE NA PROUČAVANJE GENA SPECIFIČNIH ZA SOJEVE I LIKOVE KOJI DOPRINOSE VIRULENCIJI. PRITOM SE NADAMO DA ĆEMO UTVRDITI KARAKTERISTIKE RODA I/ILI ODREĐENIH VRSTA KOJE SE MOGU KORISTITI ZA RAZVOJ SELEKTIVNIJIH PRAKSI UPRAVLJANJA. PRVI CILJ ĆE PROUČITI GENETSKU RAZNOLIKOST I STRUKTURU POPULACIJE GLJIVICE KOJA UZROKUJE KUKURUZ ANTHRACNOSIS, COLLETOTRICHUM GRAMINICOLA. KORISTIT ĆE SE TEHNIKA NAZVANA RAD-SEQ, KOJA KORISTI SEKVENCIRANJE MASE ZA UZORKOVANJE TISUĆA LOKUSA. OVA TEHNIKA ĆE SE KORISTITI ZA PROUČAVANJE GENETSKE RAZNOLIKOSTI, REKOMBINACIJE, STRUKTURE POPULACIJE I TOKA GENA MEĐU POPULACIJAMA. GENETSKA VARIJACIJA TAKOĐER ĆE BITI POVEZANA S FENOTIPSKIM LIKOVIMA KOJI SU VAŽNI ZA VIRULENCIJU. POZNAVANJE STRUKTURE STANOVNIŠTVA, POSTOJI LI MIGRACIJA MEĐU STANOVNIŠTVOM I POSTOJI LI PREPORUKA NEOPHODNO JE ZA RAZVOJ ODRŽIVIH STRATEGIJA KONTROLE. U DRUGOM CILJU, KOMPARATIVNA GENOMIKA ĆE SE KORISTITI ZA PROUČAVANJE EVOLUCIJE SPECIFIČNOSTI DOMAĆINA I SEKSUALNE REPRODUKCIJE U DOBRO KARAKTERIZIRANOJ ZBIRCI IZOLIRANOG KOMPLEKSA VRSTA C. ACUTATUM. TE GLJIVE ZARAĐUJU ŠIROK RASPON POLJOPRIVREDNIH KULTURA, UKLJUČUJUĆI JAGODE, MASLINE, STABLA BADEMA I DRUGE. DVIJE POSLJEDNJE METE ĆE KORISTITI MOLEKULARNE I STANIČNE GENETSKE TEHNIKE ZA KARAKTERIZACIJU DVAJU DROLJASTIH EFEKTORA C. GRAMINICOLE. EFEKTORI SU PROTEINI KOJE PROIZVODI PATOGEN KOJI MODULIRA IMUNOLOŠKI SUSTAV DOMAĆINA. OBA PROTEINA SU JEDINSTVENA ZA COLLETOTRICHUM I PROUČAVANJE NJIH MOŽE OTKRITI ASPEKTE GLJIVIČNE FIZIOLOGIJE KOJI SU JEDINSTVENI ZA OVU TAKSONOMSKU SKUPINU PATOGENA. OVE JEDINSTVENE KOMPONENTE COLLETOTRICHUM GENOMA MOGU BITI USMJERENE NA RAZVOJ NOVIH STRATEGIJA KONTROLE ANTHRACNOSIS. TIJEKOM OVOG PROJEKTA GENERIRAT ĆE SE VELIKE PODATKOVNE MATRICE KOJE POVEZUJU GENOTIPOVE, POLIMORFIZME I EKSPRESIJU GENA S GENIMA I NJIHOVIM FENOTIPOVIMA. PRIMJENJIVAT ĆE SE TRADICIONALNE STATISTIČKE TEHNIKE I RAZVIT ĆE SE NOVE ANALITIČKE METODE KAKO BI SE IZ TIH PODATAKA IZVUKLA MAKSIMALNA KOLIČINA INFORMACIJA. OVAJ VIŠEDIMENZIONALNI PRISTUP POVEZAT ĆE KOMPARATIVNU GENOMIKU, MOLEKULARNU GENETIKU I STATISTIKU KAKO BI UNAPRIJEDIO NAŠE ZNANJE O BILJNIM BOLESTIMA I OTVORIO NOVE PUTOVE ZA RAZVOJ STRATEGIJA KONTROLE TIH BOLESTI. (Croatian)
4 August 2022
0 references
Η ΜΕΓΑΛΎΤΕΡΗ ΠΡΌΚΛΗΣΗ ΠΟΥ ΑΝΤΙΜΕΤΩΠΊΖΕΙ Η ΣΎΓΧΡΟΝΗ ΓΕΩΡΓΊΑ ΕΊΝΑΙ Ο ΈΛΕΓΧΟΣ ΤΩΝ ΑΣΘΕΝΕΙΏΝ ΤΩΝ ΦΥΤΏΝ ΜΕ ΤΡΌΠΟ ΑΣΦΑΛΉ ΓΙΑ ΤΟΝ ΆΝΘΡΩΠΟ ΚΑΙ ΤΟ ΠΕΡΙΒΆΛΛΟΝ. ΟΙ ΠΡΑΚΤΙΚΈΣ ΕΛΈΓΧΟΥ ΠΟΥ ΈΧΟΥΜΕ ΣΉΜΕΡΑ ΕΞΑΡΤΏΝΤΑΙ ΑΠΌ ΜΥΚΗΤΟΚΤΌΝΑ ΕΥΡΈΟΣ ΦΆΣΜΑΤΟΣ ΠΟΥ ΕΦΑΡΜΌΖΟΝΤΑΙ ΣΕ ΜΕΓΆΛΕΣ ΠΟΣΌΤΗΤΕΣ, ΠΑΡΈΧΟΝΤΑΣ ΜΙΑ ΙΣΧΥΡΉ ΕΠΙΛΕΚΤΙΚΉ ΠΊΕΣΗ ΠΟΥ ΕΥΝΟΕΊ ΤΗΝ ΕΞΈΛΙΞΗ ΤΗΣ ΑΝΤΊΣΤΑΣΗΣ ΣΤΟΥΣ ΠΛΗΘΥΣΜΟΎΣ ΤΩΝ ΠΑΘΟΓΌΝΩΝ. ΤΑ ΜΕΛΛΟΝΤΙΚΆ ΓΕΩΡΓΙΚΆ ΣΥΣΤΉΜΑΤΑ ΘΑ ΠΡΈΠΕΙ ΝΑ ΛΑΜΒΆΝΟΥΝ ΥΠΌΨΗ ΤΗΝ ΕΞΈΛΙΞΗ ΤΩΝ ΠΑΘΟΓΌΝΩΝ ΠΑΡΑΓΌΝΤΩΝ ΚΑΤΆ ΤΟΝ ΣΧΕΔΙΑΣΜΌ ΣΤΡΑΤΗΓΙΚΏΝ ΕΛΈΓΧΟΥ ΝΌΣΩΝ. ΣΕ ΑΥΤΉ ΤΗΝ ΠΡΌΤΑΣΗ ΜΈΣΩ ΜΙΑΣ ΔΙΕΠΙΣΤΗΜΟΝΙΚΉΣ ΠΡΟΣΈΓΓΙΣΗΣ ΘΑ ΒΕΛΤΙΏΣΟΥΜΕ ΤΙΣ ΓΝΏΣΕΙΣ ΜΑΣ ΣΧΕΤΙΚΆ ΜΕ ΤΗΝ ΕΞΈΛΙΞΗ ΤΗΣ ΠΑΘΟΓΈΝΕΙΑΣ ΤΩΝ ΜΥΚΉΤΩΝ ΠΟΥ ΠΡΟΚΑΛΟΎΝ ΤΗΝ ΑΝΤΡΑΚΙΝΩΣΗ ΚΑΙ ΤΗ ΛΕΙΤΟΥΡΓΊΑ ΤΩΝ ΓΟΝΙΔΊΩΝ ΠΟΥ ΣΥΜΒΆΛΛΟΥΝ ΣΤΗ ΛΟΙΜΟΓΌΝΟ ΔΡΆΣΗ. ΤΟ ANTHRACNOSIS ΠΡΟΚΑΛΕΊΤΑΙ ΑΠΌ ΜΈΛΗ ΤΟΥ ΓΈΝΟΥΣ ΜΑΝΙΤΑΡΙΏΝ COLLETOTRICHUM, ΜΊΑ ΑΠΌ ΤΙΣ ΠΙΟ ΚΟΙΝΈΣ ΚΑΙ ΚΑΤΑΣΤΡΟΦΙΚΈΣ ΟΜΆΔΕΣ ΤΩΝ ΦΥΤΙΚΏΝ ΠΑΘΟΓΌΝΩΝ ΜΥΚΉΤΩΝ, ΠΡΟΚΑΛΏΝΤΑΣ ΖΗΜΙΆ ΣΕ ΌΛΕΣ ΣΧΕΔΌΝ ΤΙΣ ΚΑΛΛΙΈΡΓΕΙΕΣ ΚΑΙ ΤΑ ΦΥΣΙΚΆ ΟΙΚΟΣΥΣΤΉΜΑΤΑ. ΘΑ ΕΠΙΚΕΝΤΡΩΘΟΎΜΕ ΣΤΗ ΜΕΛΈΤΗ ΤΩΝ ΓΟΝΙΔΊΩΝ ΕΙΔΙΚΆ ΓΙΑ ΤΑ ΣΤΕΛΈΧΗ ΚΑΙ ΤΟΥΣ ΧΑΡΑΚΤΉΡΕΣ ΠΟΥ ΣΥΜΒΆΛΛΟΥΝ ΣΤΗ ΛΟΙΜΟΓΌΝΟ ΔΡΆΣΗ. ΜΕ ΤΟΝ ΤΡΌΠΟ ΑΥΤΌ, ΕΛΠΊΖΟΥΜΕ ΝΑ ΕΝΤΟΠΊΣΟΥΜΕ ΤΑ ΧΑΡΑΚΤΗΡΙΣΤΙΚΆ ΤΟΥ ΓΈΝΟΥΣ ΚΑΙ/Ή ΤΩΝ ΣΥΓΚΕΚΡΙΜΈΝΩΝ ΕΙΔΏΝ ΠΟΥ ΜΠΟΡΟΎΝ ΝΑ ΧΡΗΣΙΜΟΠΟΙΗΘΟΎΝ ΓΙΑ ΤΗΝ ΑΝΆΠΤΥΞΗ ΠΙΟ ΕΠΙΛΕΚΤΙΚΏΝ ΠΡΑΚΤΙΚΏΝ ΔΙΑΧΕΊΡΙΣΗΣ. Ο ΠΡΏΤΟΣ ΣΤΌΧΟΣ ΘΑ ΜΕΛΕΤΉΣΕΙ ΤΗ ΓΕΝΕΤΙΚΉ ΠΟΙΚΙΛΟΜΟΡΦΊΑ ΚΑΙ ΤΗ ΔΟΜΉ ΤΟΥ ΠΛΗΘΥΣΜΟΎ ΤΟΥ ΜΎΚΗΤΑ ΠΟΥ ΠΡΟΚΑΛΕΊ ΤΟ ΚΑΛΑΜΠΌΚΙ ANTHRACNOSIS, COLLETOTRICHUM GRAMINICOLA. ΘΑ ΧΡΗΣΙΜΟΠΟΙΗΘΕΊ ΜΙΑ ΤΕΧΝΙΚΉ ΠΟΥ ΟΝΟΜΆΖΕΤΑΙ RAD-SEQ, Η ΟΠΟΊΑ ΧΡΗΣΙΜΟΠΟΙΕΊ ΤΗΝ ΑΛΛΗΛΟΥΧΊΑ ΜΆΖΑΣ ΓΙΑ ΤΗ ΔΕΙΓΜΑΤΟΛΗΨΊΑ ΧΙΛΙΆΔΩΝ ΤΌΠΩΝ. Η ΤΕΧΝΙΚΉ ΑΥΤΉ ΘΑ ΧΡΗΣΙΜΟΠΟΙΗΘΕΊ ΓΙΑ ΤΗ ΜΕΛΈΤΗ ΤΗΣ ΓΕΝΕΤΙΚΉΣ ΠΟΙΚΙΛΌΤΗΤΑΣ, ΤΟΥ ΑΝΑΣΥΝΔΥΑΣΜΟΎ, ΤΗΣ ΠΛΗΘΥΣΜΙΑΚΉΣ ΔΟΜΉΣ ΚΑΙ ΤΗΣ ΡΟΉΣ ΓΟΝΙΔΊΩΝ ΜΕΤΑΞΎ ΤΩΝ ΠΛΗΘΥΣΜΏΝ. Η ΓΕΝΕΤΙΚΉ ΠΑΡΑΛΛΑΓΉ ΘΑ ΣΧΕΤΊΖΕΤΑΙ ΕΠΊΣΗΣ ΜΕ ΦΑΙΝΟΤΥΠΙΚΟΎΣ ΧΑΡΑΚΤΉΡΕΣ ΠΟΥ ΕΊΝΑΙ ΣΗΜΑΝΤΙΚΟΊ ΓΙΑ ΤΗ ΛΟΙΜΟΓΌΝΟ ΔΡΆΣΗ. Η ΓΝΏΣΗ ΤΗΣ ΔΟΜΉΣ ΤΟΥ ΠΛΗΘΥΣΜΟΎ, ΤΟΥ ΚΑΤΆ ΠΌΣΟΝ ΥΠΆΡΧΕΙ ΜΕΤΑΝΆΣΤΕΥΣΗ ΜΕΤΑΞΎ ΤΩΝ ΠΛΗΘΥΣΜΏΝ ΚΑΙ ΤΟΥ ΚΑΤΆ ΠΌΣΟΝ ΥΠΆΡΧΕΙ ΣΎΣΤΑΣΗ ΕΊΝΑΙ ΑΠΑΡΑΊΤΗΤΗ ΓΙΑ ΤΗΝ ΑΝΆΠΤΥΞΗ ΒΙΏΣΙΜΩΝ ΣΤΡΑΤΗΓΙΚΏΝ ΕΛΈΓΧΟΥ. ΣΤΟ ΔΕΎΤΕΡΟ ΣΤΌΧΟ, Η ΣΥΓΚΡΙΤΙΚΉ ΓΟΝΙΔΙΩΜΑΤΙΚΉ ΘΑ ΧΡΗΣΙΜΟΠΟΙΗΘΕΊ ΓΙΑ ΤΗ ΜΕΛΈΤΗ ΤΗΣ ΕΞΈΛΙΞΗΣ ΤΗΣ ΙΔΙΟΜΟΡΦΊΑΣ ΤΟΥ ΞΕΝΙΣΤΉ ΚΑΙ ΤΗΣ ΣΕΞΟΥΑΛΙΚΉΣ ΑΝΑΠΑΡΑΓΩΓΉΣ ΣΕ ΜΙΑ ΚΑΛΆ ΧΑΡΑΚΤΗΡΙΣΜΈΝΗ ΣΥΛΛΟΓΉ ΑΠΟΜΟΝΩΜΈΝΩΝ C. ACUTATUM ΕΙΔΏΝ. ΑΥΤΟΊ ΟΙ ΜΎΚΗΤΕΣ ΜΟΛΎΝΟΥΝ ΈΝΑ ΕΥΡΎ ΦΆΣΜΑ ΚΑΛΛΙΕΡΓΕΙΏΝ ΓΕΩΡΓΙΚΉΣ ΣΗΜΑΣΊΑΣ, ΌΠΩΣ ΦΡΆΟΥΛΑ, ΕΛΑΙΌΔΕΝΤΡΑ, ΑΜΥΓΔΑΛΙΈΣ ΚΑΙ ΆΛΛΑ. ΟΙ ΔΎΟ ΤΕΛΕΥΤΑΊΟΙ ΣΤΌΧΟΙ ΘΑ ΧΡΗΣΙΜΟΠΟΙΉΣΟΥΝ ΜΟΡΙΑΚΈΣ ΚΑΙ ΚΥΤΤΑΡΙΚΈΣ ΓΕΝΕΤΙΚΈΣ ΤΕΧΝΙΚΈΣ ΓΙΑ ΝΑ ΧΑΡΑΚΤΗΡΊΣΟΥΝ ΔΎΟ ΤΣΟΎΛΑ ΔΡΆΣΤΕΣ ΤΟΥ C. GRAMINICOLA. ΟΙ ΠΑΡΆΓΟΝΤΕΣ ΕΠΊΔΡΑΣΗΣ ΕΊΝΑΙ ΠΡΩΤΕΪ́ΝΕΣ ΠΟΥ ΠΑΡΆΓΟΝΤΑΙ ΑΠΌ ΤΟ ΠΑΘΟΓΌΝΟ ΠΟΥ ΔΙΑΜΟΡΦΏΝΕΙ ΤΟ ΑΝΟΣΟΠΟΙΗΤΙΚΌ ΣΎΣΤΗΜΑ ΤΟΥ ΞΕΝΙΣΤΉ. ΚΑΙ ΟΙ ΔΎΟ ΠΡΩΤΕΪ́ΝΕΣ ΕΊΝΑΙ ΜΟΝΑΔΙΚΈΣ ΣΤΟ COLLETOTRICHUM ΚΑΙ Η ΜΕΛΈΤΗ ΤΟΥΣ ΜΠΟΡΕΊ ΝΑ ΑΝΑΚΑΛΎΨΕΙ ΠΤΥΧΈΣ ΤΗΣ ΦΥΣΙΟΛΟΓΊΑΣ ΤΩΝ ΜΥΚΉΤΩΝ ΠΟΥ ΕΊΝΑΙ ΜΟΝΑΔΙΚΈΣ ΣΕ ΑΥΤΉ ΤΗΝ ΤΑΞΙΝΟΜΙΚΉ ΟΜΆΔΑ ΠΑΘΟΓΌΝΩΝ. ΑΥΤΆ ΤΑ ΜΟΝΑΔΙΚΆ ΣΥΣΤΑΤΙΚΆ ΤΟΥ ΓΟΝΙΔΙΏΜΑΤΟΣ COLLETOTRICHUM ΜΠΟΡΟΎΝ ΝΑ ΣΤΟΧΕΥΤΟΎΝ ΓΙΑ ΤΗΝ ΑΝΆΠΤΥΞΗ ΝΈΩΝ ΣΤΡΑΤΗΓΙΚΏΝ ΕΛΈΓΧΟΥ ANTHRACNOSIS. ΚΑΘ’ ΌΛΗ ΤΗ ΔΙΆΡΚΕΙΑ ΑΥΤΟΎ ΤΟΥ ΈΡΓΟΥ ΘΑ ΔΗΜΙΟΥΡΓΗΘΟΎΝ ΜΕΓΆΛΕΣ ΜΉΤΡΕΣ ΔΕΔΟΜΈΝΩΝ ΠΟΥ ΣΥΣΧΕΤΊΖΟΥΝ ΤΟΥΣ ΓΟΝΌΤΥΠΟΥΣ, ΤΟΥΣ ΠΟΛΥΜΟΡΦΙΣΜΟΎΣ ΚΑΙ ΤΗΝ ΈΚΦΡΑΣΗ ΤΩΝ ΓΟΝΙΔΊΩΝ ΜΕ ΤΑ ΓΟΝΊΔΙΑ ΚΑΙ ΤΟΥΣ ΦΑΙΝΌΤΥΠΟΥΣ ΤΟΥΣ. ΘΑ ΕΦΑΡΜΟΣΤΟΎΝ ΠΑΡΑΔΟΣΙΑΚΈΣ ΣΤΑΤΙΣΤΙΚΈΣ ΤΕΧΝΙΚΈΣ ΚΑΙ ΘΑ ΑΝΑΠΤΥΧΘΟΎΝ ΝΈΕΣ ΑΝΑΛΥΤΙΚΈΣ ΜΈΘΟΔΟΙ ΓΙΑ ΤΗΝ ΕΞΑΓΩΓΉ ΤΗΣ ΜΈΓΙΣΤΗΣ ΠΟΣΌΤΗΤΑΣ ΠΛΗΡΟΦΟΡΙΏΝ ΑΠΌ ΤΑ ΔΕΔΟΜΈΝΑ ΑΥΤΆ. ΑΥΤΉ Η ΠΟΛΎΠΛΕΥΡΗ ΠΡΟΣΈΓΓΙΣΗ ΘΑ ΣΥΝΔΈΣΕΙ ΤΗ ΣΥΓΚΡΙΤΙΚΉ ΓΟΝΙΔΙΩΜΑΤΙΚΉ, ΤΗ ΜΟΡΙΑΚΉ ΓΕΝΕΤΙΚΉ ΚΑΙ ΤΙΣ ΣΤΑΤΙΣΤΙΚΈΣ ΓΙΑ ΤΗ ΒΕΛΤΊΩΣΗ ΤΩΝ ΓΝΏΣΕΩΝ ΜΑΣ ΣΧΕΤΙΚΆ ΜΕ ΤΙΣ ΑΣΘΈΝΕΙΕΣ ΤΩΝ ΦΥΤΏΝ ΚΑΙ ΘΑ ΑΝΟΊΞΕΙ ΝΈΕΣ ΟΔΟΎΣ ΓΙΑ ΤΗΝ ΑΝΆΠΤΥΞΗ ΣΤΡΑΤΗΓΙΚΏΝ ΕΛΈΓΧΟΥ ΓΙΑ ΤΙΣ ΑΣΘΈΝΕΙΕΣ ΑΥΤΈΣ. (Greek)
4 August 2022
0 references
NAJVÄČŠOU VÝZVOU, KTOREJ ČELÍ MODERNÉ POĽNOHOSPODÁRSTVO, JE KONTROLA CHORÔB RASTLÍN SPÔSOBOM, KTORÝ JE BEZPEČNÝ PRE ĽUDÍ A ŽIVOTNÉ PROSTREDIE. KONTROLNÉ POSTUPY, KTORÉ DNES MÁME, ZÁVISIA OD ŠIROKÉHO SPEKTRA FUNGICÍDOV, KTORÉ SA POUŽÍVAJÚ VO VEĽKÝCH MNOŽSTVÁCH A POSKYTUJÚ SILNÝ SELEKTÍVNY TLAK, KTORÝ PODPORUJE VÝVOJ REZISTENCIE V POPULÁCIÁCH PATOGÉNOV. BUDÚCE POĽNOHOSPODÁRSKE SYSTÉMY BY MALI ZOHĽADŇOVAŤ VÝVOJ PATOGÉNOV PRI NAVRHOVANÍ STRATÉGIÍ KONTROLY CHORÔB. V TOMTO NÁVRHU PROSTREDNÍCTVOM MULTIDISCIPLINÁRNEHO PRÍSTUPU ZLEPŠÍME NAŠE POZNATKY O VÝVOJI PATOGENITY HÚB SPÔSOBUJÚCICH ANTHRACNOSIS A O FUNKCII GÉNOV, KTORÉ PRISPIEVAJÚ K VIRULENCII. ANTHRACNOSIS JE SPÔSOBENÝ ČLENMI RODU COLLETOTRICHUM, JEDNEJ Z NAJBEŽNEJŠÍCH A NAJDEŠTRUKTÍVNEJŠÍCH SKUPÍN RASTLINNÝCH PATOGÉNNYCH HÚB, ČO SPÔSOBUJE POŠKODENIE TAKMER VŠETKÝCH PLODÍN A PRÍRODNÝCH EKOSYSTÉMOV. ZAMERIAME SA NA ŠTÚDIUM GÉNOV ŠPECIFICKÝCH PRE KMENE A POSTAVY, KTORÉ PRISPIEVAJÚ K VIRULENCII. DÚFAME, ŽE TÝMTO SPÔSOBOM URČÍME VLASTNOSTI RODU A/ALEBO KONKRÉTNYCH DRUHOV, KTORÉ MOŽNO POUŽIŤ NA ROZVOJ SELEKTÍVNEJŠÍCH POSTUPOV RIADENIA. PRVÝM CIEĽOM BUDE ŠTUDOVAŤ GENETICKÚ ROZMANITOSŤ A ŠTRUKTÚRU POPULÁCIE HUBY SPÔSOBUJÚCEJ KUKURICU ANTHRACNOSIS, COLLETOTRICHUM GRAMINICOLA. POUŽIJE SA TECHNIKA S NÁZVOM RAD-SEQ, KTORÁ VYUŽÍVA HROMADNÉ SEKVENOVANIE NA ODBER VZORIEK TISÍCOK LOCI. TÁTO TECHNIKA SA POUŽIJE NA ŠTÚDIUM GENETICKEJ ROZMANITOSTI, REKOMBINÁCIE, ŠTRUKTÚRY POPULÁCIE A TOKU GÉNOV MEDZI POPULÁCIAMI. GENETICKÁ VARIÁCIA BUDE TIEŽ SPOJENÁ S FENOTYPOVÝMI POSTAVAMI, KTORÉ SÚ DÔLEŽITÉ PRE VIRULENCIU. VEDOMOSTI O ŠTRUKTÚRE OBYVATEĽSTVA, O TOM, ČI DOCHÁDZA K MIGRÁCII MEDZI OBYVATEĽSTVOM A O TOM, ČI EXISTUJE ODPORÚČANIE, SÚ NEVYHNUTNÉ PRE ROZVOJ UDRŽATEĽNÝCH STRATÉGIÍ KONTROLY. V DRUHOM CIELI SA POROVNÁVACIA GENOMIKA POUŽIJE NA ŠTÚDIUM VÝVOJA ŠPECIFICKOSTI HOSTITEĽA A SEXUÁLNEJ REPRODUKCIE V DOBRE CHARAKTERIZOVANEJ ZBIERKE IZOLOVANÝCH KOMPLEXOV C. ACUTATUM DRUHOV. TIETO HUBY INFIKUJÚ ŠIROKÚ ŠKÁLU PLODÍN S VÝZNAMOM PRE POĽNOHOSPODÁRSTVO VRÁTANE JAHÔD, OLIVOVNÍKOV, MANDLÍ A ĎALŠÍCH. POSLEDNÉ DVA CIELE BUDÚ POUŽÍVAŤ MOLEKULÁRNE A BUNKOVÉ GENETICKÉ TECHNIKY NA CHARAKTERIZÁCIU DVOCH SLUTTY EFEKTOROV C. GRAMINICOLA. EFEKTORY SÚ PROTEÍNY PRODUKOVANÉ PATOGÉNOM, KTORÉ MODULUJÚ IMUNITNÝ SYSTÉM HOSTITEĽA. OBA PROTEÍNY SÚ JEDINEČNÉ PRE COLLETOTRICHUM A ICH ŠTÚDIUM MÔŽE OBJAVIŤ ASPEKTY HUBOVEJ FYZIOLÓGIE, KTORÉ SÚ JEDINEČNÉ PRE TÚTO TAXONOMICKÚ SKUPINU PATOGÉNOV. TIETO JEDINEČNÉ ZLOŽKY GENÓMU COLLETOTRICHUM MÔŽU BYŤ ZAMERANÉ NA VÝVOJ NOVÝCH STRATÉGIÍ KONTROLY ANTHRACNOSIS. POČAS TOHTO PROJEKTU SA VYGENERUJÚ VEĽKÉ MATICE ÚDAJOV, KTORÉ SA TÝKAJÚ GENOTYPOV, POLYMORFIZMOV A EXPRESIE GÉNOV S GÉNMI A ICH FENOTYPMI. BUDÚ SA UPLATŇOVAŤ TRADIČNÉ ŠTATISTICKÉ TECHNIKY A VYPRACUJÚ SA NOVÉ ANALYTICKÉ METÓDY NA EXTRAKCIU MAXIMÁLNEHO MNOŽSTVA INFORMÁCIÍ Z TÝCHTO ÚDAJOV. TENTO MNOHOSTRANNÝ PRÍSTUP PREPOJÍ KOMPARATÍVNU GENOMIKU, MOLEKULÁRNU GENETIKU A ŠTATISTIKU S CIEĽOM ZLEPŠIŤ NAŠE POZNATKY O CHOROBÁCH RASTLÍN A OTVORÍ NOVÉ CESTY PRE ROZVOJ STRATÉGIÍ KONTROLY TÝCHTO CHORÔB. (Slovak)
4 August 2022
0 references
NYKYAIKAISEN MAATALOUDEN SUURIN HAASTE ON KASVITAUTIEN TORJUNTA IHMISILLE JA YMPÄRISTÖLLE TURVALLISELLA TAVALLA. NYKYISET VALVONTAKÄYTÄNNÖT RIIPPUVAT LAAJOISTA SIENITAUTIEN TORJUNTA-AINEISTA, JOITA KÄYTETÄÄN SUURIA MÄÄRIÄ, MIKÄ TARJOAA VOIMAKKAAN VALIKOIVAN PAINEEN, JOKA SUOSII VASTUSTUSKYVYN KEHITTYMISTÄ PATOGEENIPOPULAATIOISSA. TULEVISSA MAATALOUSJÄRJESTELMISSÄ OLISI OTETTAVA HUOMIOON TAUDINAIHEUTTAJIEN KEHITYS SUUNNITELTAESSA TAUDINTORJUNTASTRATEGIOITA. TÄSSÄ EHDOTUKSESSA MONITIETEISEN LÄHESTYMISTAVAN AVULLA PARANNAMME TIETÄMYSTÄMME ANTHRACNOSISIA AIHEUTTAVIEN SIENIEN PATOGEENISYYDEN KEHITTYMISESTÄ JA VIRULENSSIA EDISTÄVIEN GEENIEN TOIMINNASTA. ANTHRACNOSIS AIHEUTTAA JÄSENIÄ COLLETOTRICHUM SIENI-SUKU, JOKA ON YKSI YLEISIMMISTÄ JA TUHOISIMMISTA KASVIPATOGEENISIENTEN RYHMISTÄ, JOTKA AIHEUTTAVAT VAHINKOA LÄHES KAIKILLE VILJELYKASVEILLE JA LUONNOLLISILLE EKOSYSTEEMEILLE. KESKITYMME TUTKIMISEEN GEENEJÄ SPESIFISIÄ KANTOJA JA MERKKEJÄ, JOTKA EDISTÄVÄT VIRULENSSIA. TÄSSÄ YHTEYDESSÄ TOIVOMME VOIVAMME TUNNISTAA SUVUN JA/TAI TIETTYJEN LAJIEN OMINAISUUDET, JOITA VOIDAAN KÄYTTÄÄ VALIKOIVAMPIEN HOITOKÄYTÄNTÖJEN KEHITTÄMISEEN. ENSIMMÄINEN TAVOITE ON TUTKIA GENEETTINEN MONIMUOTOISUUS JA RAKENNE POPULAATION SIENI AIHEUTTAA MAISSI ANTHRACNOSIS, COLLETOTRICHUM GRAMINICOLA. KÄYTETÄÄN TEKNIIKKAA NIMELTÄ RAD-SEQ, JOKA KÄYTTÄÄ MASSASEKVENSOINTIA TUHANSIEN LOCI-NÄYTTEIDEN OTTAMISEEN. TÄTÄ TEKNIIKKAA KÄYTETÄÄN GENEETTISEN MONIMUOTOISUUDEN, REKOMBINOINNIN, POPULAATION RAKENTEEN JA GEENIVIRTOJEN TUTKIMISEEN POPULAATIOIDEN VÄLILLÄ. GENEETTINEN VAIHTELU LIITTYY MYÖS FENOTYYPPISIIN MERKKEIHIN, JOTKA OVAT TÄRKEITÄ VIRULENSSILLE. TIEDOT VÄESTÖN RAKENTEESTA, SIITÄ, ONKO VÄESTÖN VÄLILLÄ MUUTTOLIIKETTÄ JA ONKO SUOSITUKSIA ANNETTU, OVAT VÄLTTÄMÄTTÖMIÄ KESTÄVIEN VALVONTASTRATEGIOIDEN KEHITTÄMISEKSI. TOISESSA TAVOITTEESSA VERTAILEVAA GENOMIIKKAA KÄYTETÄÄN TUTKITTAESSA ISÄNTÄSPESIFISYYDEN JA SEKSUAALISEN LISÄÄNTYMISEN KEHITTYMISTÄ HYVIN LUONTEENOMAISESSA ERISTETYN C. ACUTATUM -LAJIKOMPLEKSIN KOKOELMASSA. NÄMÄ SIENET SAASTUTTAVAT MONENLAISIA MAATALOUDEN KANNALTA TÄRKEITÄ VILJELYKASVEJA, KUTEN MANSIKKAA, OLIIVIPUITA, MANTELIPUITA JA MUITA. KAKSI VIIMEISTÄ KOHDETTA KÄYTTÄVÄT MOLEKYYLI- JA SOLUJEN GENEETTISTÄ TEKNIIKKAA KUVAAMAAN KAHTA C. GRAMINICOLAN LIETSOVAA VAIKUTTAJAA. VAIKUTUSAINEET OVAT PATOGEENIN TUOTTAMIA PROTEIINEJA, JOTKA MODULOIVAT ISÄNTÄN IMMUUNIJÄRJESTELMÄÄ. MOLEMMAT PROTEIINIT OVAT AINUTLAATUISIA COLLETOTRICHUMILLE JA NIIDEN TUTKIMUS VOI LÖYTÄÄ SIENIFYSIOLOGIAN NÄKÖKOHTIA, JOTKA OVAT AINUTLAATUISIA TÄLLE PATOGEENIEN TAKSONOMISELLE RYHMÄLLE. NÄMÄ COLLETOTRICHUM-GENOMIN AINUTLAATUISET KOMPONENTIT VOIDAAN KOHDENTAA UUSIEN ANTHRACNOSIS-VALVONTASTRATEGIOIDEN KEHITTÄMISEEN. KOKO TÄMÄN HANKKEEN AIKANA TUOTETAAN SUURIA DATAMATRIISEJA, JOTKA LIITTYVÄT GENOTYYPPEIHIN, POLYMORFISMIIN JA GEENIEN ILMENTYMISEEN GEENEIHIN JA NIIDEN FENOTYYPPEIHIN. KÄYTETÄÄN PERINTEISIÄ TILASTOTEKNIIKOITA JA KEHITETÄÄN UUSIA ANALYYSIMENETELMIÄ, JOIDEN AVULLA NÄISTÄ TIEDOISTA SAADAAN MAHDOLLISIMMAN PALJON TIETOA. TÄSSÄ MONITAHOISESSA LÄHESTYMISTAVASSA YHDISTETÄÄN VERTAILEVA GENOMIIKKA, MOLEKYYLIGENETIIKKA JA TILASTOT, JOTTA VOIMME PARANTAA TIETÄMYSTÄMME KASVITAUDEISTA JA AVATA UUSIA KEINOJA NÄIDEN TAUTIEN TORJUNTASTRATEGIOIDEN KEHITTÄMISEKSI. (Finnish)
4 August 2022
0 references
NAJWIĘKSZYM WYZWANIEM STOJĄCYM PRZED NOWOCZESNYM ROLNICTWEM JEST KONTROLA CHORÓB ROŚLIN W SPOSÓB BEZPIECZNY DLA LUDZI I ŚRODOWISKA. PRAKTYKI KONTROLNE, KTÓRE MAMY DZISIAJ ZALEŻĄ OD SZEROKIEGO SPEKTRUM FUNGICYDÓW, KTÓRE SĄ STOSOWANE W DUŻYCH ILOŚCIACH, ZAPEWNIAJĄC SILNĄ SELEKTYWNĄ PRESJĘ, KTÓRA SPRZYJA EWOLUCJI OPORNOŚCI W POPULACJACH PATOGENÓW. PRZYSZŁE SYSTEMY ROLNE POWINNY UWZGLĘDNIAĆ EWOLUCJĘ CZYNNIKÓW CHOROBOTWÓRCZYCH PRZY OPRACOWYWANIU STRATEGII ZWALCZANIA CHORÓB. W TEJ PROPOZYCJI POPRZEZ MULTIDYSCYPLINARNE PODEJŚCIE BĘDZIEMY POSZERZYĆ NASZĄ WIEDZĘ NA TEMAT EWOLUCJI PATOGENICZNOŚCI GRZYBÓW POWODUJĄCYCH ANTHRACNOSIS I FUNKCJI GENÓW, KTÓRE PRZYCZYNIAJĄ SIĘ DO ZJADLIWOŚCI. ANTHRACNOSIS JEST WYWOŁYWANY PRZEZ CZŁONKÓW RODZAJU GRZYBÓW COLLETOTRICHUM, JEDNEJ Z NAJCZĘSTSZYCH I NAJBARDZIEJ NISZCZĄCYCH GRUP GRZYBÓW PATOGENOWYCH ROŚLIN, POWODUJĄC SZKODY W PRAWIE WSZYSTKICH UPRAWACH I NATURALNYCH EKOSYSTEMACH. SKUPIMY SIĘ NA BADANIU GENÓW SPECYFICZNYCH DLA SZCZEPÓW I POSTACI, KTÓRE PRZYCZYNIAJĄ SIĘ DO ZJADLIWOŚCI. W TEN SPOSÓB MAMY NADZIEJĘ OKREŚLIĆ CECHY CHARAKTERYSTYCZNE RODZAJU I/LUB KONKRETNYCH GATUNKÓW, KTÓRE MOŻNA WYKORZYSTAĆ DO OPRACOWANIA BARDZIEJ SELEKTYWNYCH PRAKTYK ZARZĄDZANIA. PIERWSZYM CELEM BĘDZIE ZBADANIE RÓŻNORODNOŚCI GENETYCZNEJ I STRUKTURY POPULACJI GRZYBA WYWOŁUJĄCEGO KUKURYDZĘ ANTHRACNOSIS, COLLETOTRICHUM GRAMINICOLA. ZASTOSOWANA ZOSTANIE TECHNIKA O NAZWIE RAD-SEQ, KTÓRA WYKORZYSTUJE SEKWENCJONOWANIE MASOWE DO POBIERANIA PRÓBEK TYSIĘCY LOCI. TECHNIKA TA BĘDZIE WYKORZYSTYWANA DO BADANIA RÓŻNORODNOŚCI GENETYCZNEJ, REKOMBINACJI, STRUKTURY POPULACJI I PRZEPŁYWU GENÓW MIĘDZY POPULACJAMI. ZMIENNOŚĆ GENETYCZNA BĘDZIE RÓWNIEŻ ZWIĄZANA Z FENOTYPOWYMI POSTACIAMI, KTÓRE SĄ WAŻNE DLA ZJADLIWOŚCI. WIEDZA NA TEMAT STRUKTURY LUDNOŚCI, TEGO, CZY ISTNIEJE MIGRACJA MIĘDZY POPULACJAMI I CZY ISTNIEJE ZALECENIE, JEST NIEZBĘDNA DO OPRACOWANIA ZRÓWNOWAŻONYCH STRATEGII KONTROLI. W DRUGIM CELU GENOMIKA PORÓWNAWCZA ZOSTANIE WYKORZYSTANA DO BADANIA EWOLUCJI SPECYFIKI ŻYWICIELA I ROZRODCZOŚCI SEKSUALNEJ W DOBRZE SCHARAKTERYZOWANYM ZBIORZE WYIZOLOWANEGO KOMPLEKSU GATUNKÓW C. ACUTATUM. GRZYBY TE ZARAŻAJĄ SZEROKĄ GAMĘ UPRAW O ZNACZENIU ROLNICZYM, W TYM TRUSKAWKI, DRZEWA OLIWNE, MIGDAŁY I INNE. DWA OSTATNIE CELE UŻYJĄ MOLEKULARNYCH I KOMÓRKOWYCH TECHNIK GENETYCZNYCH DO SCHARAKTERYZOWANIA DWÓCH ZDZIROWATYCH CZYNNIKÓW C. GRAMINICOLA. EFEKTORAMI SĄ BIAŁKA WYTWARZANE PRZEZ PATOGEN, KTÓRY MODULUJE UKŁAD ODPORNOŚCIOWY GOSPODARZA. OBA BIAŁKA SĄ UNIKALNE DLA COLLETOTRICHUM I ICH BADANIA MOGĄ ODKRYĆ ASPEKTY FIZJOLOGII GRZYBICZEJ, KTÓRE SĄ UNIKALNE DLA TEJ TAKSONOMICZNEJ GRUPY PATOGENÓW. TE UNIKALNE KOMPONENTY GENOMU COLLETOTRICHUM MOGĄ BYĆ UKIERUNKOWANE NA OPRACOWANIE NOWYCH STRATEGII KONTROLI ANTHRACNOSIS. W CAŁYM TYM PROJEKCIE POWSTANĄ DUŻE MATRYCE DANYCH, KTÓRE ODNOSZĄ SIĘ DO GENOTYPÓW, POLIMORFIZMÓW I EKSPRESJI GENÓW DO GENÓW I ICH FENOTYPÓW. STOSOWANE BĘDĄ TRADYCYJNE TECHNIKI STATYSTYCZNE I OPRACOWANE ZOSTANĄ NOWE METODY ANALITYCZNE W CELU UZYSKANIA MAKSYMALNEJ ILOŚCI INFORMACJI Z TYCH DANYCH. TO WIELOASPEKTOWE PODEJŚCIE POŁĄCZY GENOMIKĘ PORÓWNAWCZĄ, GENETYKĘ MOLEKULARNĄ I STATYSTYKI, ABY POPRAWIĆ NASZĄ WIEDZĘ NA TEMAT CHORÓB ROŚLIN I OTWORZYĆ NOWE MOŻLIWOŚCI ROZWOJU STRATEGII ZWALCZANIA TYCH CHORÓB. (Polish)
4 August 2022
0 references
A MODERN MEZŐGAZDASÁG ELŐTT ÁLLÓ LEGNAGYOBB KIHÍVÁS A NÖVÉNYBETEGSÉGEK OLYAN MÓDON TÖRTÉNŐ ELLENŐRZÉSE, AMELY BIZTONSÁGOS AZ EMBEREK ÉS A KÖRNYEZET SZÁMÁRA. A JELENLEGI ELLENŐRZÉSI GYAKORLATOK A SZÉLES SPEKTRUMÚ GOMBAÖLŐ SZEREKTŐL FÜGGENEK, AMELYEKET NAGY MENNYISÉGBEN ALKALMAZNAK, ERŐS SZELEKTÍV NYOMÁST BIZTOSÍTVA, AMELY KEDVEZ A REZISZTENCIA KIALAKULÁSÁNAK A KÓROKOZÓK POPULÁCIÓIBAN. A JÖVŐBELI MEZŐGAZDASÁGI RENDSZEREKNEK FIGYELEMBE KELL VENNIÜK A KÓROKOZÓK ALAKULÁSÁT A JÁRVÁNYVÉDELMI STRATÉGIÁK KIALAKÍTÁSA SORÁN. EBBEN A JAVASLATBAN MULTIDISZCIPLINÁRIS MEGKÖZELÍTÉSSEL BŐVÍTJÜK TUDÁSUNKAT AZ ANTHRACNOSIS-T OKOZÓ GOMBÁK PATOGENITÁSÁNAK ALAKULÁSÁRÓL ÉS A VIRULENCIÁHOZ HOZZÁJÁRULÓ GÉNEK MŰKÖDÉSÉRŐL. AZ ANTHRACNOSIS-T A COLLETOTRICHUM GOMBANEMZETSÉG TAGJAI OKOZZÁK, AMELY A NÖVÉNYI KÓROKOZÓ GOMBÁK EGYIK LEGGYAKORIBB ÉS LEGPUSZTÍTÓBB CSOPORTJA, AMELY SZINTE MINDEN NÖVÉNYKULTÚRÁT ÉS TERMÉSZETES ÖKOSZISZTÉMÁT KÁROSÍT. A TÖRZSEKRE ÉS KARAKTEREKRE JELLEMZŐ GÉNEK TANULMÁNYOZÁSÁRA ÖSSZPONTOSÍTUNK, AMELYEK HOZZÁJÁRULNAK A VIRULENCIÁHOZ. ENNEK SORÁN REMÉLJÜK, HOGY AZONOSÍTJUK A NEMZETSÉG ÉS/VAGY AZ EGYES FAJOK JELLEMZŐIT, AMELYEK FELHASZNÁLHATÓK A SZELEKTÍVEBB GAZDÁLKODÁSI GYAKORLATOK KIALAKÍTÁSÁRA. AZ ELSŐ CÉLKITŰZÉS A KUKORICA ANTHRACNOSIS, COLLETOTRICHUM GRAMINICOLÁT OKOZÓ GOMBA POPULÁCIÓJÁNAK GENETIKAI SOKFÉLESÉGÉT ÉS SZERKEZETÉT TANULMÁNYOZZA. EGY RAD-SEQ NEVŰ TECHNIKÁT HASZNÁLNAK, AMELY TÖMEGSZEKVENÁLÁST HASZNÁL TÖBB EZER LÓKUSZ MINTAVÉTELÉRE. EZT A TECHNIKÁT A GENETIKAI SOKFÉLESÉG, A REKOMBINÁCIÓ, A POPULÁCIÓSZERKEZET ÉS A POPULÁCIÓK KÖZÖTTI GÉNÁRAMLÁS TANULMÁNYOZÁSÁRA HASZNÁLJÁK. GENETIKAI VARIÁCIÓ IS TÁRSUL FENOTÍPUSOS KARAKTEREK, AMELYEK FONTOSAK A VIRULENCIA. A FENNTARTHATÓ ELLENŐRZÉSI STRATÉGIÁK KIDOLGOZÁSÁHOZ ELENGEDHETETLEN A NÉPESSÉG SZERKEZETÉNEK, A NÉPESSÉGCSOPORTOK KÖZÖTTI MIGRÁCIÓNAK ÉS AZ AJÁNLÁSOKNAK A ISMERETE. A MÁSODIK CÉLKITŰZÉSBEN ÖSSZEHASONLÍTÓ GENOMIKÁT HASZNÁLNAK A GAZDASZERVEZET-SPECIFIKUSSÁG ÉS A NEMI SZAPORODÁS ALAKULÁSÁNAK TANULMÁNYOZÁSÁRA AZ IZOLÁLT C. ACUTATUM FAJOK JÓL JELLEMZETT GYŰJTEMÉNYÉBEN. EZEK A GOMBÁK SZÁMOS MEZŐGAZDASÁGI JELENTŐSÉGŰ NÖVÉNYKULTÚRÁT FERTŐZNEK MEG, KÖZTÜK EPERT, OLAJFÁKAT, MANDULAFÁKAT ÉS EGYEBEKET. A KÉT UTOLSÓ CÉLPONT MOLEKULÁRIS ÉS SEJTES GENETIKAI TECHNIKÁKAT HASZNÁL A C. GRAMINICOLA KÉT KURVÁS EFFEKTORÁNAK JELLEMZÉSÉRE. AZ EFFEKTOROK A KÓROKOZÓ ÁLTAL TERMELT FEHÉRJÉK, AMELYEK MODULÁLJÁK A GAZDA IMMUNRENDSZERÉT. MINDKÉT FEHÉRJE EGYEDÜLÁLLÓ A COLLETOTRICHUMRA, ÉS A TANULMÁNYUK FELFEDEZHETI A GOMBÁS FIZIOLÓGIA AZON ASPEKTUSAIT, AMELYEK EGYEDÜLÁLLÓAK A KÓROKOZÓK TAXONÓMIAI CSOPORTJÁRA. A COLLETOTRICHUM GENOM EZEN EGYEDI ÖSSZETEVŐI ÚJ ANTHRACNOSIS ELLENŐRZÉSI STRATÉGIÁK KIDOLGOZÁSÁRA IRÁNYULHATNAK. A PROJEKT SORÁN NAGY ADATMÁTRIXOK JÖNNEK LÉTRE, AMELYEK A GENOTÍPUSOKAT, A POLIMORFIZMUSOKAT ÉS A GÉNEXPRESSZIÓT A GÉNEKHEZ ÉS FENOTÍPUSAIKHOZ KÖTIK. HAGYOMÁNYOS STATISZTIKAI TECHNIKÁKAT ALKALMAZNAK, ÉS ÚJ ANALITIKAI MÓDSZEREKET DOLGOZNAK KI AZ EZEN ADATOKBÓL SZÁRMAZÓ INFORMÁCIÓK MAXIMÁLIS MENNYISÉGÉNEK KINYERÉSÉRE. EZ A SOKRÉTŰ MEGKÖZELÍTÉS ÖSSZEKAPCSOLJA AZ ÖSSZEHASONLÍTÓ GENOMIKÁT, A MOLEKULÁRIS GENETIKÁT ÉS A STATISZTIKÁKAT A NÖVÉNYBETEGSÉGEKKEL KAPCSOLATOS TUDÁSUNK JAVÍTÁSA ÉRDEKÉBEN, ÉS ÚJ UTAKAT NYIT MEG AZ E BETEGSÉGEK ELLENI VÉDEKEZÉSI STRATÉGIÁK KIDOLGOZÁSÁRA. (Hungarian)
4 August 2022
0 references
NEJVĚTŠÍ VÝZVOU, PŘED NÍŽ STOJÍ MODERNÍ ZEMĚDĚLSTVÍ, JE KONTROLA CHOROB ROSTLIN ZPŮSOBEM, KTERÝ JE BEZPEČNÝ PRO ČLOVĚKA A ŽIVOTNÍ PROSTŘEDÍ. KONTROLNÍ POSTUPY, KTERÉ DNES MÁME, ZÁVISÍ NA ŠIROKÉM SPEKTRU FUNGICIDŮ, KTERÉ SE POUŽÍVAJÍ VE VELKÉM MNOŽSTVÍ A POSKYTUJÍ SILNÝ SELEKTIVNÍ TLAK, KTERÝ UPŘEDNOSTŇUJE VÝVOJ REZISTENCE V POPULACÍCH PATOGENŮ. BUDOUCÍ ZEMĚDĚLSKÉ SYSTÉMY BY MĚLY PŘI NAVRHOVÁNÍ STRATEGIÍ TLUMENÍ NÁKAZ ZOHLEDŇOVAT VÝVOJ PATOGENŮ. V TOMTO NÁVRHU PROSTŘEDNICTVÍM MULTIDISCIPLINÁRNÍHO PŘÍSTUPU ZLEPŠÍME NAŠE ZNALOSTI O VÝVOJI PATOGENITY HUB ZPŮSOBUJÍCÍCH ANTHRACNOSIS A FUNKCI GENŮ, KTERÉ PŘISPÍVAJÍ K VIRULENCI. ANTHRACNOSIS JE ZPŮSOBEN ČLENY RODU COLLETOTRICHUM, JEDNÉ Z NEJBĚŽNĚJŠÍCH A NEJNIČIVĚJŠÍCH SKUPIN HUB ROSTLINNÝCH PATOGENŮ, COŽ ZPŮSOBUJE POŠKOZENÍ TÉMĚŘ VŠECH PLODIN A PŘÍRODNÍCH EKOSYSTÉMŮ. ZAMĚŘÍME SE NA STUDIUM GENŮ SPECIFICKÝCH PRO KMENY A ZNAKY, KTERÉ PŘISPÍVAJÍ K VIRULENCI. TÍMTO ZPŮSOBEM DOUFÁME, ŽE URČÍME VLASTNOSTI RODU A/NEBO KONKRÉTNÍCH DRUHŮ, KTERÉ LZE POUŽÍT K ROZVOJI SELEKTIVNĚJŠÍCH POSTUPŮ ŘÍZENÍ. PRVNÍM CÍLEM BUDE STUDOVAT GENETICKOU ROZMANITOST A STRUKTURU POPULACE HOUBY ZPŮSOBUJÍCÍ KUKUŘICE ANTHRACNOSIS, COLLETOTRICHUM GRAMINICOLA. POUŽIJE SE TECHNIKA NAZÝVANÁ RAD-SEQ, KTERÁ VYUŽÍVÁ HMOTNOSTNÍ SEKVENCOVÁNÍ K ODBĚRU TISÍCŮ LOKUSŮ. TATO TECHNIKA BUDE POUŽITA KE STUDIU GENETICKÉ ROZMANITOSTI, REKOMBINACE, STRUKTURY POPULACE A TOKU GENŮ MEZI POPULACEMI. GENETICKÁ VARIACE BUDE TAKÉ SPOJENA S FENOTYPOVÝMI ZNAKY, KTERÉ JSOU DŮLEŽITÉ PRO VIRULENCE. ZNALOST STRUKTURY OBYVATELSTVA, TOHO, ZDA EXISTUJE MIGRACE MEZI POPULACEMI A ZDA EXISTUJE DOPORUČENÍ, JE NEZBYTNÁ PRO ROZVOJ UDRŽITELNÝCH KONTROLNÍCH STRATEGIÍ. VE DRUHÉM CÍLI BUDE SROVNÁVACÍ GENOMIKA POUŽITA KE STUDIU VÝVOJE HOSTITELSKÉ SPECIFIČNOSTI A POHLAVNÍ REPRODUKCE V DOBŘE CHARAKTERIZOVANÉM SOUBORU IZOLOVANÝCH KOMPLEXŮ DRUHŮ C. ACUTATUM. TYTO HOUBY INFIKUJÍ ŠIROKOU ŠKÁLU PLODIN ZEMĚDĚLSKÉHO VÝZNAMU, VČETNĚ JAHOD, OLIVOVNÍKŮ, MANDLOVÝCH STROMŮ A DALŠÍCH. DVA POSLEDNÍ CÍLE BUDOU POUŽÍVAT MOLEKULÁRNÍ A BUNĚČNÉ GENETICKÉ TECHNIKY, ABY CHARAKTERIZOVALY DVA COURA EFEKTY C. GRAMINICOLA. EFEKTORY JSOU PROTEINY PRODUKOVANÉ PATOGENEM, KTERÝ MODULUJE IMUNITNÍ SYSTÉM HOSTITELE. OBA PROTEINY JSOU JEDINEČNÉ PRO COLLETOTRICHUM A JEJICH STUDIUM MŮŽE OBJEVIT ASPEKTY HOUBOVÉ FYZIOLOGIE, KTERÉ JSOU JEDINEČNÉ PRO TUTO TAXONOMICKOU SKUPINU PATOGENŮ. TYTO JEDINEČNÉ KOMPONENTY GENOMU COLLETOTRICHUM MOHOU BÝT ZAMĚŘENY NA VÝVOJ NOVÝCH STRATEGIÍ KONTROLY ANTHRACNOSIS. V RÁMCI TOHOTO PROJEKTU BUDOU GENEROVÁNY VELKÉ DATOVÉ MATICE, KTERÉ SE TÝKAJÍ GENOTYPŮ, POLYMORFISMŮ A GENOVÉ EXPRESE S GENY A JEJICH FENOTYPY. BUDOU POUŽITY TRADIČNÍ STATISTICKÉ TECHNIKY A BUDOU VYVINUTY NOVÉ ANALYTICKÉ METODY, KTERÉ Z TĚCHTO ÚDAJŮ ZÍSKAJÍ MAXIMÁLNÍ MNOŽSTVÍ INFORMACÍ. TENTO MNOHOSTRANNÝ PŘÍSTUP PROPOJÍ SROVNÁVACÍ GENOMIKU, MOLEKULÁRNÍ GENETIKU A STATISTIKY S CÍLEM ZLEPŠIT NAŠE ZNALOSTI O CHOROBÁCH ROSTLIN A OTEVŘE NOVÉ CESTY PRO ROZVOJ STRATEGIÍ TLUMENÍ TĚCHTO NÁKAZ. (Czech)
4 August 2022
0 references
LIELĀKĀ PROBLĒMA, AR KO SASKARAS MŪSDIENU LAUKSAIMNIECĪBA, IR AUGU SLIMĪBU KONTROLE CILVĒKIEM UN VIDEI DROŠĀ VEIDĀ. KONTROLES PRAKSE, KAS MUMS IR ŠODIEN, IR ATKARĪGA NO PLAŠA SPEKTRA FUNGICĪDIEM, KAS TIEK LIETOTI LIELOS DAUDZUMOS, NODROŠINOT SPĒCĪGU SELEKTĪVU SPIEDIENU, KAS VEICINA REZISTENCES ATTĪSTĪBU PATOGĒNU POPULĀCIJĀS. IZSTRĀDĀJOT SLIMĪBU KONTROLES STRATĒĢIJAS, TURPMĀKAJĀS LAUKSAIMNIECĪBAS SISTĒMĀS JĀŅEM VĒRĀ PATOGĒNU ATTĪSTĪBA. ŠAJĀ PRIEKŠLIKUMĀ, IZMANTOJOT DAUDZDISCIPLĪNU PIEEJU, MĒS UZLABOSIM MŪSU ZINĀŠANAS PAR SĒNĪŠU PATOGENITĀTES ATTĪSTĪBU, KAS IZRAISA ANTHRACNOSIS, UN PAR GĒNU FUNKCIJU, KAS VEICINA VIRULENCI. ANTHRACNOSIS IZRAISA COLLETOTRICHUM SĒŅU ĢINTS LOCEKĻI, KAS IR VIENA NO VISBIEŽĀK SASTOPAMAJĀM UN DESTRUKTĪVĀKAJĀM AUGU PATOGĒNU SĒNĪŠU GRUPĀM, RADOT KAITĒJUMU GANDRĪZ VISIEM KULTŪRAUGIEM UN DABISKAJĀM EKOSISTĒMĀM. MĒS KONCENTRĒSIMIES UZ PĒTĪJUMU PAR GĒNIEM, KAS RAKSTURĪGI CELMIEM UN RAKSTZĪMĒM, KAS VEICINA VIRULENCI. TO DAROT, MĒS CERAM NOTEIKT ĢINŠU UN/VAI KONKRĒTU SUGU ĪPAŠĪBAS, KO VAR IZMANTOT, LAI IZSTRĀDĀTU SELEKTĪVĀKU PĀRVALDĪBAS PRAKSI. PIRMAIS MĒRĶIS PĒTĪS ĢENĒTISKO DAUDZVEIDĪBU UN STRUKTŪRU POPULĀCIJAS SĒNĪTES IZRAISA KUKURŪZAS ANTHRACNOSIS, COLLETOTRICHUM GRAMINICOLA. TIKS IZMANTOTA METODE, KO SAUC PAR RAD-SEQ, KAS IZMANTO MASVEIDA SEKVENCĒŠANU, LAI ATLASĪTU TŪKSTOŠIEM LOCI. ŠO METODI IZMANTOS, LAI PĒTĪTU ĢENĒTISKO DAUDZVEIDĪBU, REKOMBINĀCIJU, POPULĀCIJAS STRUKTŪRU UN GĒNU PLŪSMU STARP POPULĀCIJĀM. ĢENĒTISKĀ VARIĀCIJA BŪS SAISTĪTA ARĪ AR FENOTIPISKIEM BURTIEM, KAS IR SVARĪGI VIRULENCEI. ZINĀŠANAS PAR IEDZĪVOTĀJU STRUKTŪRU, PAR TO, VAI NOTIEK MIGRĀCIJA STARP POPULĀCIJĀM UN VAI IR IETEIKUMI, IR NEPIECIEŠAMAS, LAI IZSTRĀDĀTU ILGTSPĒJĪGAS KONTROLES STRATĒĢIJAS. OTRAJĀ MĒRĶĪ SALĪDZINOŠĀ GENOMIKA TIKS IZMANTOTA, LAI PĒTĪTU SAIMNIEKORGANISMA SPECIFISKUMA UN SEKSUĀLĀS REPRODUKCIJAS ATTĪSTĪBU LABI RAKSTUROTĀ IZOLĒTĀ C. ACUTATUM SUGU KOMPLEKSA KOLEKCIJĀ. ŠĪS SĒNES INFICĒ PLAŠU LAUKSAIMNIECISKAS NOZĪMES KULTŪRAUGU KLĀSTU, TOSTARP ZEMEŅU, OLĪVKOKU, MANDEĻU KOKU UN CITU KULTŪRU KLĀSTU. DIVOS PĒDĒJOS MĒRĶOS TIKS IZMANTOTAS MOLEKULĀRĀS UN ŠŪNU ĢENĒTISKĀS METODES, LAI RAKSTUROTU DIVUS C. GRAMINICOLA SLUTTY EFEKTORUS. EFEKTORI IR PROTEĪNI, KO RAŽO PATOGĒNS, KAS MODULĒ SAIMNIEKA IMŪNSISTĒMU. ABI PROTEĪNI IR UNIKĀLI COLLETOTRICHUM, UN TO IZPĒTE VAR ATKLĀT SĒNĪŠU FIZIOLOĢIJAS ASPEKTUS, KAS IR UNIKĀLI ŠAI PATOGĒNU TAKSONOMISKAJAI GRUPAI. ŠĪS UNIKĀLĀS COLLETOTRICHUM GENOMA SASTĀVDAĻAS VAR BŪT VĒRSTAS UZ JAUNU ANTHRACNOSIS KONTROLES STRATĒĢIJU IZSTRĀDI. VISĀ ŠAJĀ PROJEKTĀ TIKS ĢENERĒTAS LIELAS DATU MATRICAS, KAS SAISTA GENOTIPUS, POLIMORFISMUS UN GĒNU EKSPRESIJU AR GĒNIEM UN TO FENOTIPIEM. IZMANTOS TRADICIONĀLĀS STATISTIKAS METODES UN IZSTRĀDĀS JAUNAS ANALĪTISKĀS METODES, LAI NO ŠIEM DATIEM IEGŪTU MAKSIMĀLO INFORMĀCIJAS APJOMU. ŠĪ DAUDZŠĶAUTŅAINĀ PIEEJA SASAISTĪS SALĪDZINOŠO GENOMIKU, MOLEKULĀRO ĢENĒTIKU UN STATISTIKU, LAI UZLABOTU MŪSU ZINĀŠANAS PAR AUGU SLIMĪBĀM UN PAVĒRTU JAUNAS IESPĒJAS ŠO SLIMĪBU KONTROLES STRATĒĢIJU IZSTRĀDEI. (Latvian)
4 August 2022
0 references
IS É AN DÚSHLÁN IS MÓ ATÁ ROIMH THALMHAÍOCHT NUA-AIMSEARTHA NÁ GALAIR PLANDAÍ A RIALÚ AR BHEALACH ATÁ SÁBHÁILTE DON DUINE AGUS DON CHOMHSHAOL. NA CLEACHTAIS RIALAITHE ATÁ AGAINN SA LÁ ATÁ INNIU AG BRATH AR FUNGAICÍDÍ SPEICTREAM LEATHAN A CHUIRTEAR I BHFEIDHM I GCAINNÍOCHTAÍ MÓRA, AG SOLÁTHAR BRÚ LÁIDIR ROGHNACH GO BHFABHAR AN ÉABHLÓID NA FRIOTAÍOCHTA I NDAONRAÍ NA PATAIGINÍ. BA CHEART FORÁS NA BPATAIGINÍ I NDEARADH NA STRAITÉISÍ RIALAITHE GALAR A CHUR SAN ÁIREAMH SNA CÓRAIS TALMHAÍOCHTA A BHEIDH ANN AMACH ANSEO. SA TOGRA SEO, TRÍ CHUR CHUIGE ILDISCIPLÍNEACH, CUIRFIMID FEABHAS AR AN EOLAS ATÁ AGAINN FAOI FHORBAIRT PHATAIGINEACHT NA BHFUNGAS IS CÚIS LEIS ANTHRACNOSIS AGUS FAOI FHEIDHM NA NGÉINTE A CHUIREANN LEIS AN NIMHNEACHT. IS IAD BAILL DEN GHÉINEAS MUISIRIÚN COLLETOTRICHUM IS CÚIS LEIS ANTHRACNOSIS, CEANN DE NA GRÚPAÍ IS COITIANTA AGUS MILLTEACH DE FHUNGAIS PATAIGIN PLANDAÍ, RUD A FHÁGANN DAMÁISTE DO BHEAGNACH GACH BARRA AGUS ÉICEACHÓRAIS NÁDÚRTHA. DÍREOIDH MUID AR STAIDÉAR A DHÉANAMH AR GHÉINTE A BHAINEANN GO SONRACH LE TRÉITHCHINEÁLACHA AGUS CARACHTAIR A CHUIREANN LE NIMHNEACHT. AGUS SIN Á DHÉANAMH AGAINN, TÁ SÚIL AGAINN SAINTRÉITHE AN GHÉINEAS AGUS/NÓ NA SPEICEAS SONRACH IS FÉIDIR A ÚSÁID CHUN CLEACHTAIS BHAINISTÍOCHTA NÍOS ROGHNAÍ A FHORBAIRT. BEIDH AN CHÉAD CHUSPÓIR STAIDÉAR A DHÉANAMH AR ÉAGSÚLACHT GHÉINITEACH AGUS STRUCHTÚR AN DAONRA AN FUNGAS IS CÚIS LE ANTHRACNOSIS ARBHAR, COLLETOTRICHUM GRAMINICOLA. ÚSÁIDFEAR TEICNÍC AR A DTUGTAR RAD-SEQ, A ÚSÁIDEANN SEICHEAMHÚ MAISE CHUN NA MÍLTE LOCI A SHAMPLÁIL. BAINFEAR ÚSÁID AS AN TEICNÍC SEO CHUN STAIDÉAR A DHÉANAMH AR ÉAGSÚLACHT GHÉINITEACH, ATHCHUINGRIÚ, STRUCHTÚR DAONRA AGUS SREABHADH GÉINE IDIR DAONRAÍ. BEIDH ÉAGSÚLACHT GHÉINITEACH A BHEITH BAINTEACH FREISIN LE CARACHTAIR FEINITÍOPACHA ATÁ TÁBHACHTACH DO NIMHNEACHT. TÁ EOLAS AR STRUCHTÚR AN DAONRA, AN BHFUIL IMIRCE IDIR DAONRAÍ AGUS AN BHFUIL MOLADH FÍOR-RIACHTANACH CHUN STRAITÉISÍ RIALAITHE INBHUANAITHE A FHORBAIRT. SA DARA CUSPÓIR, BAINFEAR ÚSÁID AS GÉANÓMAÍOCHT CHOMPARÁIDEACH CHUN STAIDÉAR A DHÉANAMH AR ÉABHLÓID SAINIÚLACHT ÓSTACH AGUS ATÁIRGEADH GNÉASACH I MBAILIÚCHÁN DEA-SHAINTRÉITHE DE SPEICEAS C. GÉARTATUM IARGÚLTA. DÉANANN NA FUNGAIS SEO RÉIMSE LEATHAN BARRA A BHFUIL TÁBHACHT TALMHAÍOCHTA ACU, LENA N-ÁIRÍTEAR SÚTHA TALÚN, CRAINN OLÓIGE, CRAINN ALMOND AGUS DAOINE EILE. BAINFIDH AN DÁ SPRIOC DHEIREANACH ÚSÁID AS TEICNÍCÍ GÉINITEACHA MÓILÍNEACHA AGUS CEALLACHA CHUN DHÁ ÉIFEACHT SLUTTY C. GRAMINICOLA A THRÉITHRIÚ. IS PRÓITÉINÍ IAD NA HÉIFEACHTÓIRÍ A THÁIRGEANN AN PATAIGIN A MHODHNAÍONN CÓRAS IMDHÍONACHTA AN ÓSTAIGH. TÁ AN DÁ PHRÓITÉIN UATHÚIL DO COLLETOTRICHUM AGUS IS FÉIDIR LEIS AN STAIDÉAR ORTHU GNÉITHE DE FHISEOLAÍOCHT FHUNGASACH ATÁ UATHÚIL DON GHRÚPA TACSANOMAÍOCH PATAIGINÍ SEO A FHÁIL AMACH. IS FÉIDIR NA COMHPHÁIRTEANNA UATHÚLA SEO DEN GHÉANÓM COLLETOTRICHUM A DHÍRIÚ AR STRAITÉISÍ RIALAITHE ANTHRACNOSIS NUA A FHORBAIRT. LE LINN AN TIONSCADAIL SEO BEIDH MAITRÍSÍ SONRAÍ MÓR A GHINIÚINT A BHAINEANN GÉINITÍOPAÍ, POLYMORPHISMS AGUS LÉIRIÚ GÉINE LE GÉINTE AGUS A GCUID FEINITÍOPAÍ. CUIRFEAR TEICNÍCÍ TRAIDISIÚNTA STAIDRIMH I BHFEIDHM AGUS FORBRÓFAR MODHANNA NUA ANAILÍSE CHUN AN T-UASMHÉID FAISNÉISE A BHAINT AS NA SONRAÍ SIN. NASCFAIDH AN CUR CHUIGE ILGHNÉITHEACH SEO GÉANÓMAÍOCHT CHOMPARÁIDEACH, GÉINEOLAÍOCHT MHÓILÍNEACH AGUS STAITISTICÍ CHUN ÁR N-EOLAS AR GHALAIR PHLANDAÍ A FHEABHSÚ AGUS BEALAÍ NUA A OSCAILT CHUN STRAITÉISÍ RIALAITHE A FHORBAIRT DO NA GALAIR SEO. (Irish)
4 August 2022
0 references
NAJVEČJI IZZIV SODOBNEGA KMETIJSTVA JE OBVLADOVANJE RASTLINSKIH BOLEZNI NA NAČIN, KI JE VAREN ZA LJUDI IN OKOLJE. NADZORNE PRAKSE, KI JIH IMAMO DANES, SO ODVISNE OD ŠIROKEGA SPEKTRA FUNGICIDOV, KI SE UPORABLJAJO V VELIKIH KOLIČINAH, KAR ZAGOTAVLJA MOČAN SELEKTIVNI PRITISK, KI SPODBUJA RAZVOJ ODPORNOSTI V POPULACIJAH PATOGENOV. PRIHODNJI KMETIJSKI SISTEMI BI MORALI PRI OBLIKOVANJU STRATEGIJ ZA OBVLADOVANJE BOLEZNI UPOŠTEVATI RAZVOJ PATOGENOV. V TEM PREDLOGU BOMO Z MULTIDISCIPLINARNIM PRISTOPOM IZBOLJŠALI NAŠE ZNANJE O RAZVOJU PATOGENOSTI GLIV, KI POVZROČAJO ANTHRACNOSIS, IN O FUNKCIJI GENOV, KI PRISPEVAJO K VIRULENCI. ANTHRACNOSIS POVZROČAJO PRIPADNIKI RODU COLLETOTRICHUM, ENE NAJPOGOSTEJŠIH IN UNIČUJOČIH SKUPIN RASTLINSKIH PATOGENIH GLIV, KI POVZROČAJO ŠKODO SKORAJ VSEM PRIDELKOM IN NARAVNIM EKOSISTEMOM. OSREDOTOČILI SE BOMO NA PREUČEVANJE GENOV, SPECIFIČNIH ZA SEVE IN ZNAKE, KI PRISPEVAJO K VIRULENCI. PRI TEM UPAMO, DA BOMO OPREDELILI ZNAČILNOSTI RODU IN/ALI DOLOČENIH VRST, KI JIH JE MOGOČE UPORABITI ZA RAZVOJ BOLJ SELEKTIVNIH PRAKS UPRAVLJANJA. PRVI CILJ BO ŠTUDIJA GENSKE RAZNOVRSTNOSTI IN STRUKTURE POPULACIJE GLIV, KI POVZROČAJO KORUZO ANTHRACNOSIS, COLLETOTRICHUM GRAMINICOLA. UPORABLJENA BO TEHNIKA, IMENOVANA RAD-SEQ, KI UPORABLJA SEKVENCIRANJE MASE ZA VZORČENJE NA TISOČE LOKUSOV. TA TEHNIKA SE BO UPORABLJALA ZA PREUČEVANJE GENSKE RAZNOVRSTNOSTI, REKOMBINACIJE, STRUKTURE POPULACIJE IN PRETOKA GENOV MED POPULACIJAMI. GENETSKA VARIACIJA BO POVEZANA TUDI S FENOTIPSKIMI ZNAKI, KI SO POMEMBNI ZA VIRULENCO. POZNAVANJE STRUKTURE PREBIVALSTVA, MIGRACIJ MED POPULACIJAMI IN PRIPOROČIL JE NUJNO ZA RAZVOJ STRATEGIJ TRAJNOSTNEGA NADZORA. V DRUGEM CILJU SE BO PRIMERJALNA GENOMIKA UPORABLJALA ZA PREUČEVANJE RAZVOJA POSEBNOSTI GOSTITELJA IN SPOLNEGA RAZMNOŽEVANJA V DOBRO ZNAČILNI ZBIRKI IZOLIRANEGA KOMPLEKSA VRST C. ACUTATUM. TE GLIVE OKUŽIJO ŠIROKO PALETO PRIDELKOV KMETIJSKEGA POMENA, VKLJUČNO Z JAGODAMI, OLJKAMI, MANDLJI IN DRUGIMI. ZADNJI DVE TARČI BOSTA UPORABILI MOLEKULARNO IN CELIČNO GENETSKO TEHNIKO ZA KARAKTERIZACIJO DVEH KURBASTIH EFEKTORJEV C. GRAMINICOLA. EFEKTORJI SO BELJAKOVINE, KI JIH PROIZVAJA PATOGEN, KI MODULIRAJO IMUNSKI SISTEM GOSTITELJA. OBE BELJAKOVINI STA EDINSTVENI ZA COLLETOTRICHUM IN NJIHOVA ŠTUDIJA LAHKO ODKRIJE VIDIKE GLIVIČNE FIZIOLOGIJE, KI SO EDINSTVENI ZA TO TAKSONOMSKO SKUPINO PATOGENOV. TE EDINSTVENE KOMPONENTE GENOMA COLLETOTRICHUM SO LAHKO USMERJENE V RAZVOJ NOVIH STRATEGIJ ZA NADZOR ANTHRACNOSIS. V TEM PROJEKTU BODO USTVARJENE VELIKE PODATKOVNE MATRIKE, KI POVEZUJEJO GENOTIPE, POLIMORFIZME IN EKSPRESIJO GENOV NA GENE IN NJIHOVE FENOTIPE. UPORABLJALE SE BODO TRADICIONALNE STATISTIČNE TEHNIKE IN RAZVILE SE BODO NOVE ANALITSKE METODE ZA PRIDOBIVANJE NAJVEČJE KOLIČINE INFORMACIJ IZ TEH PODATKOV. TA VEČPLASTEN PRISTOP BO POVEZAL PRIMERJALNO GENOMIKO, MOLEKULARNO GENETIKO IN STATISTIKO, DA BI IZBOLJŠALI NAŠE POZNAVANJE BOLEZNI RASTLIN IN ODPRLI NOVE POTI ZA RAZVOJ STRATEGIJ ZA OBVLADOVANJE TEH BOLEZNI. (Slovenian)
4 August 2022
0 references
НАЙ-ГОЛЯМОТО ПРЕДИЗВИКАТЕЛСТВО ПРЕД СЪВРЕМЕННОТО СЕЛСКО СТОПАНСТВО Е КОНТРОЛЪТ НА БОЛЕСТИТЕ ПО РАСТЕНИЯТА ПО НАЧИН, КОЙТО Е БЕЗОПАСЕН ЗА ХОРАТА И ОКОЛНАТА СРЕДА. ПРАКТИКИТЕ ЗА КОНТРОЛ, КОИТО ИМАМЕ ДНЕС, ЗАВИСЯТ ОТ ШИРОКОСПЕКТЪРНИТЕ ФУНГИЦИДИ, КОИТО СЕ ПРИЛАГАТ В ГОЛЕМИ КОЛИЧЕСТВА, ОСИГУРЯВАЙКИ СИЛЕН СЕЛЕКТИВЕН НАТИСК, КОЙТО БЛАГОПРИЯТСТВА РАЗВИТИЕТО НА РЕЗИСТЕНТНОСТТА В ПОПУЛАЦИИТЕ НА ПАТОГЕНИТЕ. БЪДЕЩИТЕ СЕЛСКОСТОПАНСКИ СИСТЕМИ СЛЕДВА ДА ВЗЕМАТ ПРЕДВИД РАЗВИТИЕТО НА ПАТОГЕНИТЕ ПРИ РАЗРАБОТВАНЕТО НА СТРАТЕГИИ ЗА КОНТРОЛ НА БОЛЕСТИТЕ. В ТОВА ПРЕДЛОЖЕНИЕ ЧРЕЗ МУЛТИДИСЦИПЛИНАРЕН ПОДХОД ЩЕ ПОДОБРИМ ЗНАНИЯТА СИ ЗА ЕВОЛЮЦИЯТА НА ПАТОГЕННОСТТА НА ГЪБИЧКИТЕ, ПРИЧИНЯВАЩИ ANTHRACNOSIS, И ФУНКЦИЯТА НА ГЕНИТЕ, КОИТО ДОПРИНАСЯТ ЗА ВИРУЛЕНТНОСТТА. ANTHRACNOSIS СЕ ПРИЧИНЯВА ОТ ЧЛЕНОВЕ НА РОДА ГЪБА COLLETOTRICHUM, ЕДНА ОТ НАЙ-ЧЕСТО СРЕЩАНИТЕ И РАЗРУШИТЕЛНИ ГРУПИ ОТ РАСТИТЕЛНИ ПАТОГЕННИ ГЪБИ, ПРИЧИНЯВАЙКИ ЩЕТИ НА ПОЧТИ ВСИЧКИ КУЛТУРИ И ЕСТЕСТВЕНИ ЕКОСИСТЕМИ. ЩЕ СЕ СЪСРЕДОТОЧИМ ВЪРХУ ИЗУЧАВАНЕТО НА ГЕНИ, СПЕЦИФИЧНИ ЗА ЩАМОВЕ И ГЕРОИ, КОИТО ДОПРИНАСЯТ ЗА ВИРУЛЕНТНОСТТА. ПО ТОЗИ НАЧИН СЕ НАДЯВАМЕ ДА ИДЕНТИФИЦИРАМЕ ХАРАКТЕРИСТИКИТЕ НА РОДОВЕТЕ И/ИЛИ СПЕЦИФИЧНИТЕ ВИДОВЕ, КОИТО МОГАТ ДА БЪДАТ ИЗПОЛЗВАНИ ЗА РАЗРАБОТВАНЕ НА ПО-СЕЛЕКТИВНИ УПРАВЛЕНСКИ ПРАКТИКИ. ПЪРВАТА ЦЕЛ ЩЕ ПРОУЧИ ГЕНЕТИЧНОТО РАЗНООБРАЗИЕ И СТРУКТУРАТА НА ПОПУЛАЦИЯТА НА ГЪБИЧКИТЕ, ПРИЧИНЯВАЩИ ЦАРЕВИЦА ANTHRACNOSIS, COLLETOTRICHUM GRAMINICOLA. ЩЕ СЕ ИЗПОЛЗВА ТЕХНИКА, НАРЕЧЕНА RAD-SEQ, КОЯТО ИЗПОЛЗВА СЕКВЕНИРАНЕ НА МАСАТА ЗА ВЗЕМАНЕ НА ПРОБИ ОТ ХИЛЯДИ ЛОКУСИ. ТАЗИ ТЕХНИКА ЩЕ СЕ ИЗПОЛЗВА ЗА ИЗСЛЕДВАНЕ НА ГЕНЕТИЧНОТО РАЗНООБРАЗИЕ, РЕКОМБИНАЦИЯТА, СТРУКТУРАТА НА ПОПУЛАЦИЯТА И ГЕННИЯ ПОТОК МЕЖДУ ПОПУЛАЦИИТЕ. ГЕНЕТИЧНИТЕ ВАРИАЦИИ ЩЕ БЪДАТ СВЪРЗАНИ И С ФЕНОТИПНИ ЗНАЦИ, КОИТО СА ВАЖНИ ЗА ВИРУЛЕНТНОСТТА. ПОЗНАВАНЕ НА СТРУКТУРАТА НА НАСЕЛЕНИЕТО, ДАЛИ ИМА МИГРАЦИЯ МЕЖДУ ПОПУЛАЦИИТЕ И ДАЛИ ИМА ПРЕПОРЪКА Е АБСОЛЮТНО НЕОБХОДИМА ЗА РАЗРАБОТВАНЕТО НА СТРАТЕГИИ ЗА УСТОЙЧИВ КОНТРОЛ. ВЪВ ВТОРАТА ЦЕЛ ЩЕ СЕ ИЗПОЛЗВА СРАВНИТЕЛНА ГЕНОМИКА ЗА ИЗУЧАВАНЕ НА ЕВОЛЮЦИЯТА НА СПЕЦИФИКАТА НА ГОСТОПРИЕМНИКА И ПОЛОВОТО ВЪЗПРОИЗВЕЖДАНЕ В ДОБРЕ ХАРАКТЕРИЗИРАНА КОЛЕКЦИЯ ОТ ИЗОЛИРАН КОМПЛЕКС ОТ ВИДОВЕ C. ACUTATUM. ТЕЗИ ГЪБИ ЗАРАЗЯВАТ ШИРОК СПЕКТЪР ОТ КУЛТУРИ ОТ ЗНАЧЕНИЕ ЗА СЕЛСКОТО СТОПАНСТВО, ВКЛЮЧИТЕЛНО ЯГОДИ, МАСЛИНОВИ ДЪРВЕТА, БАДЕМОВИ ДЪРВЕТА И ДР. ДВЕТЕ ПОСЛЕДНИ МИШЕНИ ЩЕ ИЗПОЛЗВАТ МОЛЕКУЛЯРНА И КЛЕТЪЧНА ГЕНЕТИЧНА ТЕХНИКА, ЗА ДА ХАРАКТЕРИЗИРАТ ДВА КУРВЕНСКИ ЕФЕКТОРА НА C. GRAMINICOLA. ЕФЕКТОРИТЕ СА ПРОТЕИНИ, ПРОИЗВЕДЕНИ ОТ ПАТОГЕНА, КОИТО МОДУЛИРАТ ИМУННАТА СИСТЕМА НА ГОСТОПРИЕМНИКА. И ДВАТА ПРОТЕИНА СА УНИКАЛНИ ЗА COLLETOTRICHUM И ИЗСЛЕДВАНЕТО ИМ МОЖЕ ДА ОТКРИЕ АСПЕКТИ НА ГЪБИЧНАТА ФИЗИОЛОГИЯ, КОИТО СА УНИКАЛНИ ЗА ТАЗИ ТАКСОНОМИЧНА ГРУПА ПАТОГЕНИ. ТЕЗИ УНИКАЛНИ КОМПОНЕНТИ НА ГЕНОМА НА COLLETOTRICHUM МОГАТ ДА БЪДАТ НАСОЧЕНИ КЪМ РАЗРАБОТВАНЕТО НА НОВИ СТРАТЕГИИ ЗА КОНТРОЛ НА ANTHRACNOSIS. ПО ВРЕМЕ НА ТОЗИ ПРОЕКТ ЩЕ БЪДАТ ГЕНЕРИРАНИ ГОЛЕМИ МАТРИЦИ ОТ ДАННИ, КОИТО СВЪРЗВАТ ГЕНОТИПОВЕТЕ, ПОЛИМОРФИЗМИТЕ И ГЕННАТА ЕКСПРЕСИЯ С ГЕНИТЕ И ТЕХНИТЕ ФЕНОТИПОВЕ. ЩЕ БЪДАТ ПРИЛАГАНИ ТРАДИЦИОННИ СТАТИСТИЧЕСКИ ТЕХНИКИ И ЩЕ БЪДАТ РАЗРАБОТЕНИ НОВИ АНАЛИТИЧНИ МЕТОДИ ЗА ИЗВЛИЧАНЕ НА МАКСИМАЛНОТО КОЛИЧЕСТВО ИНФОРМАЦИЯ ОТ ТЕЗИ ДАННИ. ТОЗИ МНОГОСТРАНЕН ПОДХОД ЩЕ СВЪРЖЕ СРАВНИТЕЛНАТА ГЕНОМИКА, МОЛЕКУЛЯРНАТА ГЕНЕТИКА И СТАТИСТИКАТА, ЗА ДА ПОДОБРИ ПОЗНАНИЯТА НИ ЗА БОЛЕСТИТЕ ПО РАСТЕНИЯТА И ЩЕ ОТКРИЕ НОВИ ВЪЗМОЖНОСТИ ЗА РАЗРАБОТВАНЕ НА СТРАТЕГИИ ЗА КОНТРОЛ НА ТЕЗИ ЗАБОЛЯВАНИЯ. (Bulgarian)
4 August 2022
0 references
L-AKBAR SFIDA LI QED TIFFAĊĊJA L-AGRIKOLTURA MODERNA HIJA L-KONTROLL TAL-MARD TAL-PJANTI B’MOD LI HUWA SIKUR GĦALL-BNEDMIN U GĦALL-AMBJENT. IL-PRATTIKI TA ‘KONTROLL GĦANDNA LLUM JIDDEPENDU FUQ FUNGIĊIDI SPETTRU WIESA’ LI HUMA APPLIKATI FI KWANTITAJIET KBAR, LI JIPPROVDU PRESSJONI SELETTIVA QAWWIJA LI TIFFAVORIXXI L-EVOLUZZJONI TAR-REŻISTENZA FIL-POPOLAZZJONIJIET TA ‘PATOĠENI. IS-SISTEMI AGRIKOLI FUTURI GĦANDHOM IQISU L-EVOLUZZJONI TAL-PATOĠENI FIT-TFASSIL TA’ STRATEĠIJI TA’ KONTROLL TAL-MARD. F’DIN IL-PROPOSTA PERMEZZ TA’ APPROĊĊ MULTIDIXXIPLINARI SE NTEJBU L-GĦARFIEN TAGĦNA DWAR L-EVOLUZZJONI TAL-PATOĠENIĊITÀ TAL-FUNGI LI JIKKAWŻAW L-ANTHRACNOSIS U L-FUNZJONI TA’ ĠENI LI JIKKONTRIBWIXXU GĦALL-VIRULENZA. ANTHRACNOSIS HUWA KKAWŻAT MINN MEMBRI TAL-ĠENERU TAL-FAQQIEGĦ COLLETOTRICHUM, WIEĦED MILL-GRUPPI L-AKTAR KOMUNI U DISTRUTTIVI TA’ FUNGI PATOĠENI TAL-PJANTI, LI JIKKAWŻA ĦSARA LIL KWAŻI L-GĦELEJJEL U L-EKOSISTEMI NATURALI KOLLHA. AĦNA SE TIFFOKA FUQ L-ISTUDJU TA ‘ĠENI SPEĊIFIĊI GĦAL RAZEZ U L-KARATTRI LI JIKKONTRIBWIXXU GĦALL-VIRULENZA. META NAGĦMLU DAN, NITTAMAW LI NIDENTIFIKAW IL-KARATTERISTIĊI TAL-ĠENERU U/JEW TAL-ISPEĊIJIET SPEĊIFIĊI LI JISTGĦU JINTUŻAW BIEX JIĠU ŻVILUPPATI PRATTIKI TA’ ĠESTJONI AKTAR SELETTIVI. L-EWWEL GĦAN SE JISTUDJA D-DIVERSITÀ ĠENETIKA U L-ISTRUTTURA TAL-POPOLAZZJONI TAL-FUNGU LI JIKKAWŻAW QAMĦ ANTHRACNOSIS, COLLETOTRICHUM GRAMINICOLA. SE TINTUŻA TEKNIKA MSEJĦA RAD-SEQ, LI TUŻA SEKWENZAR TAL-MASSA BIEX TIEĦU KAMPJUN TA’ ELUF TA’ LOCI. DIN IT-TEKNIKA SE TINTUŻA BIEX JIĠU STUDJATI D-DIVERSITÀ ĠENETIKA, IR-RIKOMBINAZZJONI, L-ISTRUTTURA TAL-POPOLAZZJONI U L-FLUSS TAL-ĠENI BEJN IL-POPOLAZZJONIJIET. IL-VARJAZZJONI ĠENETIKA SE TKUN ASSOĊJATA WKOLL MA’ KARATTRI FENOTIPIĊI LI HUMA IMPORTANTI GĦALL-VIRULENZA. L-GĦARFIEN DWAR L-ISTRUTTURA TAL-POPOLAZZJONI, JEKK HEMMX MIGRAZZJONI BEJN IL-POPOLAZZJONIJIET U JEKK HEMMX RAKKOMANDAZZJONI HUWA INDISPENSABBLI GĦALL-IŻVILUPP TA’ STRATEĠIJI TA’ KONTROLL SOSTENIBBLI. FIT-TIENI GĦAN, IL-ĠENOMIKA KOMPARATTIVA SE TINTUŻA BIEX TIĠI STUDJATA L-EVOLUZZJONI TAL-ISPEĊIFIĊITÀ OSPITANTI U R-RIPRODUZZJONI SESSWALI F’KOLLEZZJONI KKARATTERIZZATA TAJJEB TA’ KUMPLESS IŻOLAT TAL-ISPEĊI C. ACUTATUM. DAWN IL-FUNGI JINFETTAW FIRXA WIESGĦA TA’ UĊUĦ TAR-RABA’ TA’ IMPORTANZA AGRIKOLA, INKLUŻI L-FRAWLI, IS-SIĠAR TAŻ-ŻEBBUĠ, IS-SIĠAR TAL-LEWŻ U OĦRAJN. L-AĦĦAR ŻEWĠ MIRI SE JUŻAW TEKNIKI ĠENETIĊI MOLEKULARI U ĊELLULARI BIEX JIKKARATTERIZZAW ŻEWĠ EFFETTURI TA’ SLUTTY TA’ C. GRAMINICOLA. L-EFFETTURI HUMA PROTEINI PRODOTTI MILL-PATOĠENU LI JIMMODULA S-SISTEMA IMMUNITARJA TAL-OSPITU. IŻ-ŻEWĠ PROTEINI HUMA UNIĊI GĦALL COLLETOTRICHUM U L-ISTUDJU MINNHOM JISTGĦU JISKOPRU ASPETTI TA ‘FIŻJOLOĠIJA FUNGALI LI HUMA UNIĊI GĦAL DAN IL-GRUPP TASSONOMIKU TA’ PATOĠENI. DAWN IL-KOMPONENTI UNIĊI TAL-ĠENOMA COLLETOTRICHUM JISTGĦU JIĠU MMIRATI GĦALL-IŻVILUPP TA’ STRATEĠIJI ĠODDA TA’ KONTROLL ANTHRACNOSIS. MATUL DAN IL-PROĠETT SE JIĠU ĠĠENERATI MATRIĊIJIET KBAR TAD-DEJTA LI JIRRELATAW IL-ĠENOTIPI, IL-POLIMORFIŻMI U L-ESPRESSJONI TAL-ĠENI MAL-ĠENI U L-FENOTIPI TAGĦHOM. SE JIĠU APPLIKATI TEKNIKI STATISTIĊI TRADIZZJONALI U SE JIĠU ŻVILUPPATI METODI ANALITIĊI ĠODDA BIEX JIĠI ESTRATT L-AMMONT MASSIMU TA’ INFORMAZZJONI MINN DIN ID-DATA. DAN L-APPROĊĊ MULTIDIMENSJONALI SE JORBOT IL-ĠENOMIKA KOMPARATTIVA, IL-ĠENETIKA MOLEKULARI U L-ISTATISTIKA BIEX JITTEJJEB L-GĦARFIEN TAGĦNA DWAR IL-MARD TAL-PJANTI U JINFETĦU TOROQ ĠODDA GĦALL-IŻVILUPP TA’ STRATEĠIJI TA’ KONTROLL GĦAL DAN IL-MARD. (Maltese)
4 August 2022
0 references
O maior desafio da agricultura moderna é o controlo das doenças vegetais de uma forma que seja segura para os seres humanos e para o ambiente. As práticas de controlo que temos hoje baseiam-se em fungicidas de espectrômetro largo que são aplicados em grandes quantidades, proporcionando uma forte pressão seletiva que dificulta a evolução da resistência nas populações de patogénios. Os futuros sistemas agrícolas devem ter em conta a evolução dos organismos patogénicos na concepção das estratégias de controlo das doenças. Nesta proposta, através de uma abordagem multidisciplinar, vamos melhorar o nosso conhecimento sobre a evolução da patogenicidade dos fungos causadores de anticanose e a função dos genes que contribuem para a violência. A ANTI-HRACNOSE É CAUSADA POR MEMBROS DO GÉNERO COLLETOTRICHUM MUSHROOM, UM DOS GRUPOS MAIS COMUNS E DESTRUTIVOS DE FUNGI PATHOGEN PLANT, CAUSANDO DANOS A QUASE TODAS AS CULTURAS E AOS ECOSSISTEMAS NATURAIS. Vamos concentrar-nos no estudo de genes específicos para as estirpes e carateres que contribuem para a violência. Ao fazê-lo, esperamos identificar as características do genus e/ou espécies específicas que podem ser usadas para desenvolver práticas de gestão mais seletivas. O PRIMEIRO OBJETIVO IRÁ ESTUDAR A DIVERSIDADE GENÉTICA E A ESTRUTURA DA POPULAÇÃO DO FUNGO QUE CAUSA ANTACNOSE DO CORNO, COLLETOTRICHUM GRAMINICOLA. Será utilizada uma técnica chamada RAD-SEQ, que utiliza massa sequenciada para amostrar milhares de LOCI. Esta técnica será utilizada para estudar a diversidade genética, a recombinação, a estrutura da população e o fluxo genético entre as populações. A VARIAÇÃO GENÉTICA SERÁ TAMBÉM ASSOCIADA A CARACTERÍSTICAS FENÓTIPICAS IMPORTANTES PARA A VIRULÊNCIA. CONHECIMENTO DA ESTRUTURA DA POPULAÇÃO, SE HÁ MIGRAÇÃO ENTRE AS POPULAÇÕES E SE HÁ RECOMENDAÇÃO É INDISPENSÁVEL PARA O DESENVOLVIMENTO DE ESTRATÉGIAS DE CONTROLO SUSTENTÁVEIS. No segundo objetivo, utilizar-se-á a genómica comparativa para estudar a evolução da especificidade do hospedeiro e da reprodução sexual numa coleção bem catalogada de espécies C. ACUTATUM COMPLEX ISOLADAS. Estes fungos infestam uma vasta gama de culturas de importância agrícola, incluindo as passadeiras, as árvores oleaginosas, as árvores aromáticas e outras. As duas últimas metas utilizarão técnicas genéticas moleculares e celulares para caracterizar dois agentes lentos da C. GRAMINICOLA. Os EFEITOS SÃO PROTEÍNAS PRODUZIDAS PELO PATOGÉNIO QUE MODULAM O SISTEMA DE IMUNÇÃO DO HOSPITAL. Ambas as proteínas são únicas para o COLLETOTRICHUM e o estudo delas pode descobrir aspectos da fisiologia funcional que são únicos para este grupo taxonómico de patogénios. É POSSÍVEL OBJECTAR ESTES COMPONENTES ÚNICOS DO GENOME DO COLLETOTRICO PARA O DESENVOLVIMENTO DE NOVAS ESTRATÉGIAS DE CONTROLO DA ANTACNOSE. Ao longo deste projecto, serão produzidas grandes quantidades de dados relacionados com os genótipos, os polimorfismos e a expressão genética nos genomas e respectivos fenótipos. APLICAÇÃO DE TÉCNICAS ESTATÍSTICAS TRADICIONAIS E DESENVOLVIMENTO DE NOVOS MÉTODOS ANALÍTICOS PARA EXTRAIR O MONTANTE MÁXIMO DE INFORMAÇÕES A PARTIR DESSES DADOS. Esta abordagem multifacetada ligará a genómica competitiva, a genética molecular e as estatísticas para melhorar o nosso conhecimento das doenças das plantas e abrir novas vias para o desenvolvimento de estratégias de controlo para estas doenças. (Portuguese)
4 August 2022
0 references
DEN STØRSTE UDFORDRING, SOM MODERNE LANDBRUG STÅR OVER FOR, ER BEKÆMPELSE AF PLANTESYGDOMME PÅ EN MÅDE, DER ER SIKKER FOR MENNESKER OG MILJØ. DEN KONTROLPRAKSIS, VI HAR I DAG, AFHÆNGER AF BREDSPEKTREDE FUNGICIDER, DER ANVENDES I STORE MÆNGDER, HVILKET GIVER ET STÆRKT SELEKTIVT PRES, DER FAVORISERER UDVIKLINGEN AF RESISTENS I POPULATIONERNE AF PATOGENER. FREMTIDIGE LANDBRUGSSYSTEMER BØR TAGE HENSYN TIL UDVIKLINGEN AF PATOGENER I UDFORMNINGEN AF SYGDOMSBEKÆMPELSESSTRATEGIER. I DETTE FORSLAG VIL VI GENNEM EN TVÆRFAGLIG TILGANG FORBEDRE VORES VIDEN OM UDVIKLINGEN AF PATOGENICITET HOS SVAMPE, DER FORÅRSAGER ANTHRACNOSIS, OG FUNKTIONEN AF GENER, DER BIDRAGER TIL VIRULENS. ANTHRACNOSIS ER FORÅRSAGET AF MEDLEMMER AF COLLETOTRICHUM SVAMPESLÆGTEN, EN AF DE MEST ALMINDELIGE OG DESTRUKTIVE GRUPPER AF PLANTEPATOGENSVAMPE, DER FORÅRSAGER SKADER PÅ NÆSTEN ALLE AFGRØDER OG NATURLIGE ØKOSYSTEMER. VI VIL FOKUSERE PÅ STUDIET AF GENER, DER ER SPECIFIKKE FOR STAMMER OG KARAKTERER, DER BIDRAGER TIL VIRULENS. I DEN FORBINDELSE HÅBER VI AT KUNNE IDENTIFICERE DE KARAKTERISTIKA VED SLÆGTEN OG/ELLER DE SPECIFIKKE ARTER, DER KAN ANVENDES TIL AT UDVIKLE MERE SELEKTIVE FORVALTNINGSPRAKSISSER. DET FØRSTE MÅL VIL STUDERE DEN GENETISKE MANGFOLDIGHED OG STRUKTUR AF POPULATIONEN AF SVAMPEN FORÅRSAGER MAJS ANTHRACNOSIS, COLLETOTRICHUM GRAMINICOLA. EN TEKNIK KALDET RAD-SEQ VIL BLIVE BRUGT, SOM BRUGER MASSE SEKVENTERING TIL AT PRØVE TUSINDVIS AF LOCI. DENNE TEKNIK VIL BLIVE ANVENDT TIL AT STUDERE GENETISK MANGFOLDIGHED, REKOMBINATION, POPULATIONSSTRUKTUR OG GENSTRØM MELLEM POPULATIONER. GENETISK VARIATION VIL OGSÅ VÆRE FORBUNDET MED FÆNOTYPISKE TEGN, DER ER VIGTIGE FOR VIRULENS. VIDEN OM BEFOLKNINGENS STRUKTUR, OM DER ER MIGRATION MELLEM BEFOLKNINGERNE, OG OM DER ER ANBEFALINGER, ER NØDVENDIG FOR UDVIKLINGEN AF BÆREDYGTIGE KONTROLSTRATEGIER. I DET ANDET MÅL VIL KOMPARATIV GENOMIK BLIVE BRUGT TIL AT STUDERE UDVIKLINGEN AF VÆRT SPECIFICITET OG SEKSUEL REPRODUKTION I EN VELKARAKTERISERET SAMLING AF ISOLEREDE C. ACUTATUM ARTER KOMPLEKS. DISSE SVAMPE INFICERER EN LANG RÆKKE AFGRØDER AF BETYDNING FOR LANDBRUGET, HERUNDER JORDBÆR, OLIVENTRÆER, MANDELTRÆER OG ANDRE. DE TO SIDSTE MÅL VIL BRUGE MOLEKYLÆRE OG CELLULÆRE GENETISKE TEKNIKKER TIL AT KARAKTERISERE TO SLUTTY EFFEKTORER AF C. GRAMINICOLA. EFFEKTORERNE ER PROTEINER PRODUCERET AF PATOGENET, DER MODULERER VÆRTENS IMMUNSYSTEM. BEGGE PROTEINER ER UNIKKE FOR COLLETOTRICHUM, OG STUDIET AF DEM KAN OPDAGE ASPEKTER AF SVAMPEFYSIOLOGI, DER ER UNIKKE FOR DENNE TAKSONOMISKE GRUPPE AF PATOGENER. DISSE UNIKKE KOMPONENTER I COLLETOTRICHUM GENOMET KAN MÅLRETTES TIL UDVIKLING AF NYE ANTHRACNOSIS KONTROLSTRATEGIER. I LØBET AF DETTE PROJEKT VIL DER BLIVE GENERERET STORE DATAMATRICER, DER RELATERER GENOTYPER, POLYMORFIER OG GENEKSPRESSION TIL GENER OG DERES FÆNOTYPER. DER VIL BLIVE ANVENDT TRADITIONELLE STATISTISKE TEKNIKKER, OG DER VIL BLIVE UDVIKLET NYE ANALYSEMETODER TIL AT UDTRÆKKE DEN MAKSIMALE MÆNGDE OPLYSNINGER FRA DISSE DATA. DENNE MANGESIDEDE TILGANG VIL FORBINDE KOMPARATIV GENOMIK, MOLEKYLÆRGENETIK OG STATISTIKKER FOR AT FORBEDRE VORES VIDEN OM PLANTESYGDOMME OG ÅBNE NYE MULIGHEDER FOR UDVIKLING AF BEKÆMPELSESSTRATEGIER FOR DISSE SYGDOMME. (Danish)
4 August 2022
0 references
CEA MAI MARE PROVOCARE CU CARE SE CONFRUNTĂ AGRICULTURA MODERNĂ ESTE CONTROLUL BOLILOR PLANTELOR ÎNTR-UN MOD SIGUR PENTRU OAMENI ȘI MEDIU. PRACTICILE DE CONTROL PE CARE LE AVEM ASTĂZI DEPIND DE FUNGICIDELE CU SPECTRU LARG CARE SE APLICĂ ÎN CANTITĂȚI MARI, OFERIND O PRESIUNE SELECTIVĂ PUTERNICĂ CARE FAVORIZEAZĂ EVOLUȚIA REZISTENȚEI LA POPULAȚIILE DE AGENȚI PATOGENI. VIITOARELE SISTEME AGRICOLE AR TREBUI SĂ ȚINĂ SEAMA DE EVOLUȚIA AGENȚILOR PATOGENI ÎN ELABORAREA STRATEGIILOR DE CONTROL AL BOLILOR. ÎN ACEASTĂ PROPUNERE, PRINTR-O ABORDARE MULTIDISCIPLINARĂ, NE VOM ÎMBUNĂTĂȚI CUNOȘTINȚELE DESPRE EVOLUȚIA PATOGENITĂȚII CIUPERCILOR CARE CAUZEAZĂ ANTHRACNOSIS ȘI DESPRE FUNCȚIA GENELOR CARE CONTRIBUIE LA VIRULENȚĂ. ANTHRACNOSIS ESTE CAUZAT DE MEMBRII GENULUI DE CIUPERCI COLLETOTRICHUM, UNUL DINTRE CELE MAI COMUNE ȘI DISTRUCTIVE GRUPURI DE CIUPERCI PATOGENE ALE PLANTELOR, PROVOCÂND DAUNE APROAPE TUTUROR CULTURILOR ȘI ECOSISTEMELOR NATURALE. NE VOM CONCENTRA PE STUDIUL GENELOR SPECIFICE TULPINILOR ȘI CARACTERELOR CARE CONTRIBUIE LA VIRULENȚĂ. ÎN ACEST SENS, SPERĂM SĂ IDENTIFICĂM CARACTERISTICILE GENULUI ȘI/SAU ALE SPECIILOR SPECIFICE CARE POT FI UTILIZATE PENTRU A DEZVOLTA PRACTICI DE GESTIONARE MAI SELECTIVE. PRIMUL OBIECTIV VA STUDIA DIVERSITATEA GENETICĂ ȘI STRUCTURA POPULAȚIEI DE CIUPERCĂ CARE CAUZEAZĂ PORUMB ANTHRACNOSIS, COLLETOTRICHUM GRAMINICOLA. SE VA UTILIZA O TEHNICĂ NUMITĂ RAD-SEQ, CARE UTILIZEAZĂ SECVENȚIEREA ÎN MASĂ PENTRU A EȘANTIONA MII DE LOCI. ACEASTĂ TEHNICĂ VA FI UTILIZATĂ PENTRU A STUDIA DIVERSITATEA GENETICĂ, RECOMBINAREA, STRUCTURA POPULAȚIEI ȘI FLUXUL DE GENE ÎNTRE POPULAȚII. VARIAȚIA GENETICĂ VA FI, DE ASEMENEA, ASOCIATĂ CU CARACTERE FENOTIPICE CARE SUNT IMPORTANTE PENTRU VIRULENȚĂ. CUNOAȘTEREA STRUCTURII POPULAȚIEI, A EXISTENȚEI UNEI MIGRAȚII ÎNTRE POPULAȚII ȘI A EXISTENȚEI UNEI RECOMANDĂRI ESTE INDISPENSABILĂ PENTRU DEZVOLTAREA UNOR STRATEGII DE CONTROL DURABILE. ÎN AL DOILEA OBIECTIV, GENOMICA COMPARATIVĂ VA FI UTILIZATĂ PENTRU A STUDIA EVOLUȚIA SPECIFICITĂȚII GAZDEI ȘI REPRODUCEREA SEXUALĂ ÎNTR-O COLECȚIE BINE CARACTERIZATĂ DE COMPLEX IZOLAT DE SPECII C. ACUTATUM. ACESTE CIUPERCI INFECTEAZĂ O GAMĂ LARGĂ DE CULTURI DE IMPORTANȚĂ AGRICOLĂ, INCLUSIV CĂPȘUNI, MĂSLINI, MIGDALE ȘI ALTELE. ULTIMELE DOUĂ ȚINTE VOR FOLOSI TEHNICI GENETICE MOLECULARE ȘI CELULARE PENTRU A CARACTERIZA DOI EFECTORI SLUTTY AI LUI C. GRAMINICOLA. EFECTORII SUNT PROTEINE PRODUSE DE AGENTUL PATOGEN CARE MODULEAZĂ SISTEMUL IMUNITAR AL GAZDEI. AMBELE PROTEINE SUNT UNICE PENTRU COLLETOTRICHUM ȘI STUDIUL LOR POATE DESCOPERI ASPECTE ALE FIZIOLOGIEI FUNGICE CARE SUNT UNICE PENTRU ACEST GRUP TAXONOMIC DE AGENȚI PATOGENI. ACESTE COMPONENTE UNICE ALE GENOMULUI COLLETOTRICHUM POT FI VIZATE PENTRU DEZVOLTAREA DE NOI STRATEGII DE CONTROL ANTHRACNOSIS. PE PARCURSUL ACESTUI PROIECT VOR FI GENERATE MATRICE MARI DE DATE CARE SE REFERĂ LA GENOTIPURI, POLIMORFISME ȘI EXPRESIE GENICĂ LA GENE ȘI FENOTIPURI ALE ACESTORA. SE VOR APLICA TEHNICI STATISTICE TRADIȚIONALE ȘI SE VOR ELABORA NOI METODE ANALITICE PENTRU A EXTRAGE CANTITATEA MAXIMĂ DE INFORMAȚII DIN ACESTE DATE. ACEASTĂ ABORDARE MULTIDIMENSIONALĂ VA LEGA GENOMICA COMPARATIVĂ, GENETICA MOLECULARĂ ȘI STATISTICILE PENTRU A ÎMBUNĂTĂȚI CUNOȘTINȚELE NOASTRE DESPRE BOLILE PLANTELOR ȘI VA DESCHIDE NOI CĂI DE DEZVOLTARE A STRATEGIILOR DE CONTROL PENTRU ACESTE BOLI. (Romanian)
4 August 2022
0 references
DEN STÖRSTA UTMANINGEN FÖR DET MODERNA JORDBRUKET ÄR ATT BEKÄMPA VÄXTSJUKDOMAR PÅ ETT SÄTT SOM ÄR SÄKERT FÖR MÄNNISKOR OCH MILJÖ. DE KONTROLLMETODER VI HAR IDAG ÄR BEROENDE AV BREDSPEKTRUM FUNGICIDER SOM ANVÄNDS I STORA MÄNGDER, VILKET GER ETT STARKT SELEKTIVT TRYCK SOM GYNNAR UTVECKLINGEN AV RESISTENS HOS POPULATIONERNA AV PATOGENER. FRAMTIDA JORDBRUKSSYSTEM BÖR TA HÄNSYN TILL UTVECKLINGEN AV PATOGENER VID UTFORMNINGEN AV STRATEGIER FÖR SJUKDOMSBEKÄMPNING. I DETTA FÖRSLAG GENOM EN TVÄRVETENSKAPLIG STRATEGI KOMMER VI ATT FÖRBÄTTRA VÅR KUNSKAP OM UTVECKLINGEN AV PATOGENICITET HOS SVAMPAR SOM ORSAKAR ANTHRACNOSIS OCH FUNKTIONEN HOS GENER SOM BIDRAR TILL VIRULENS. ANTHRACNOSIS ORSAKAS AV MEDLEMMAR AV SVAMPSLÄKTET COLLETOTRICHUM, EN AV DE VANLIGASTE OCH DESTRUKTIVA GRUPPERNA AV VÄXTPATOGENA SVAMPAR, VILKET ORSAKAR SKADOR PÅ NÄSTAN ALLA GRÖDOR OCH NATURLIGA EKOSYSTEM. VI KOMMER ATT FOKUSERA PÅ ATT STUDERA GENER SOM ÄR SPECIFIKA FÖR STAMMAR OCH KARAKTÄRER SOM BIDRAR TILL VIRULENS. PÅ SÅ SÄTT HOPPAS VI KUNNA IDENTIFIERA DE EGENSKAPER HOS SLÄKTET OCH/ELLER SPECIFIKA ARTER SOM KAN ANVÄNDAS FÖR ATT UTVECKLA MER SELEKTIVA FÖRVALTNINGSMETODER. DET FÖRSTA MÅLET KOMMER ATT STUDERA DEN GENETISKA MÅNGFALDEN OCH STRUKTUREN HOS POPULATIONEN AV SVAMPEN SOM ORSAKAR MAJS ANTHRACNOSIS, COLLETOTRICHUM GRAMINICOLA. EN TEKNIK SOM KALLAS RAD-SEQ KOMMER ATT ANVÄNDAS, SOM ANVÄNDER MASSSEKVENSERING FÖR ATT PROVA TUSENTALS LOCI. DENNA TEKNIK KOMMER ATT ANVÄNDAS FÖR ATT STUDERA GENETISK MÅNGFALD, REKOMBINATION, POPULATIONSSTRUKTUR OCH GENFLÖDE MELLAN POPULATIONER. GENETISK VARIATION KOMMER OCKSÅ ATT FÖRKNIPPAS MED FENOTYPISKA TECKEN SOM ÄR VIKTIGA FÖR VIRULENS. KUNSKAP OM BEFOLKNINGENS STRUKTUR, OM DET FÖREKOMMER MIGRATION MELLAN BEFOLKNINGARNA OCH OM DET FINNS REKOMMENDATIONER ÄR ABSOLUT NÖDVÄNDIG FÖR ATT UTVECKLA HÅLLBARA KONTROLLSTRATEGIER. I DET ANDRA MÅLET KOMMER JÄMFÖRANDE GENOMIK ATT ANVÄNDAS FÖR ATT STUDERA UTVECKLINGEN AV VÄRDSPECIFICITET OCH SEXUELL REPRODUKTION I EN VÄL KARAKTÄRISERAD SAMLING AV ISOLERADE C. ACUTATUM ARTKOMPLEX. DESSA SVAMPAR INFEKTERAR ETT BRETT SPEKTRUM AV GRÖDOR AV BETYDELSE FÖR JORDBRUKET, INKLUSIVE JORDGUBBAR, OLIVTRÄD, MANDELTRÄD OCH ANDRA. DE TVÅ SISTA MÅLEN KOMMER ATT ANVÄNDA MOLEKYLÄR OCH CELLULÄR GENETISK TEKNIK FÖR ATT KARAKTERISERA TVÅ SLAMPIGA EFFEKTORER AV C. GRAMINICOLA. EFFEKTFAKTORERNA ÄR PROTEINER SOM PRODUCERAS AV PATOGENEN SOM MODULERAR VÄRDENS IMMUNSYSTEM. BÅDA PROTEINERNA ÄR UNIKA FÖR COLLETOTRICHUM OCH STUDIEN AV DEM KAN UPPTÄCKA ASPEKTER AV SVAMPFYSIOLOGI SOM ÄR UNIKA FÖR DENNA TAXONOMISKA GRUPP AV PATOGENER. DESSA UNIKA KOMPONENTER I COLLETOTRICHUM-GENOMET KAN INRIKTAS PÅ UTVECKLINGEN AV NYA KONTROLLSTRATEGIER FÖR ANTHRACNOSIS. UNDER HELA PROJEKTET KOMMER STORA DATAMATRISER ATT GENERERAS SOM RELATERAR GENOTYPER, POLYMORFISMER OCH GENUTTRYCK TILL GENER OCH DERAS FENOTYPER. TRADITIONELLA STATISTISKA METODER KOMMER ATT TILLÄMPAS OCH NYA ANALYSMETODER KOMMER ATT UTVECKLAS FÖR ATT FÅ UT STÖRSTA MÖJLIGA MÄNGD INFORMATION FRÅN DESSA UPPGIFTER. DETTA MÅNGFACETTERADE TILLVÄGAGÅNGSSÄTT KOMMER ATT KOPPLA SAMMAN JÄMFÖRANDE GENOMIK, MOLEKYLÄR GENETIK OCH STATISTIK FÖR ATT FÖRBÄTTRA VÅR KUNSKAP OM VÄXTSJUKDOMAR OCH ÖPPNA NYA VÄGAR FÖR UTVECKLING AV KONTROLLSTRATEGIER FÖR DESSA SJUKDOMAR. (Swedish)
4 August 2022
0 references
Salamanca
0 references
20 December 2023
0 references
Identifiers
AGL2015-66362-R
0 references