Implication of dynamic changes in chromatin in tumor progression and prediction of response to neoadjuvant chemotherapy in locally advanced gastric adenocarcinoma (Q3139836)
Jump to navigation
Jump to search
Project Q3139836 in Spain
| Language | Label | Description | Also known as |
|---|---|---|---|
| English | Implication of dynamic changes in chromatin in tumor progression and prediction of response to neoadjuvant chemotherapy in locally advanced gastric adenocarcinoma |
Project Q3139836 in Spain |
Statements
44,376.75 Euro
0 references
81,500.0 Euro
0 references
54.45 percent
0 references
1 January 2017
0 references
31 March 2020
0 references
FUNDACION INVESTIGACION BIOMEDICA HOSPITAL LA PAZ
0 references
A pesar de la implementación de estrategias de tratamiento multimodal en el adenocarcinoma gástrico (AG) localmente avanzado, su pronóstico continúa siendo desfavorable, lo que posiblemente pueda explicarse por la ausencia de factores clínico-patológicos con valor pronóstico y predictivo de respuesta. Los mecanismos epigenéticos intervienen en la iniciación y progresión de esta neoplasia, pero su implicación en la adquisición de resistencias no se ha establecido hasta la fecha. Las marcas epigenéticas que ocurren en las histonas de la cromatina tienen un papel regulador de la transcripción, pero apenas se han evaluado en este contexto por los problemas técnicos que ha planteado su análisis. En este proyecto se propone el estudio a genoma completo de las marcas de dimetilación en la lisina 4 de la histona 3 (H3K4me2) que ocurre en elementos reguladores (promotores y enhancers) mediante inmunoprecipitación de la cromatina acoplada a secuenciación masiva (ChIPseq) en muestras conservadas en parafina de pacientes con AG tratados con quimioterapia neoadyuvante. Los objetivos son identificar las modificaciones epigenéticas diferenciales entre mucosa gástrica normal y tejido tumoral con el fin de conocer su implicación en la génesis y progresión tumoral, así como caracterizar los elementos reguladores con marcas diferenciales en pacientes con y sin recaída tras el tratamiento. Los resultados de esta estrategia permitirán identificar nuevos biomarcadores implicados en las resistencias terapéuticas y facilitarán la individualización del tratamiento neoadyuvante. (Spanish)
0 references
Despite the implementation of multimodal treatment strategies in locally advanced gastric adenocarcinoma (AG), their prognosis remains unfavorable, which may be explained by the absence of clinical-pathological factors with prognostic and predictive response value. Epigenetic mechanisms intervene in the initiation and progression of this neoplasia, but their involvement in the acquisition of resistance has not been established to date. Epigenetic marks that occur in chromatin histones have a regulatory role in transcription, but they have hardly been evaluated in this context because of the technical problems raised by their analysis. This project proposes to study the complete genome of the dimethylation marks on lysine 4 of histone 3 (H3K4me2) that occurs in regulatory elements (promotors and enhancers) by immunoprecipitation of the chromatin coupled to mass sequencing (ChIPseq) in samples conserved in paraffin of AG patients treated with neoadjuvant chemotherapy. The objectives are to identify differential epigenetic modifications between normal gastric mucosa and tumor tissue in order to understand their involvement in tumor genesis and progression, as well as to characterise the regulatory elements with differential marks in patients with and without relapse after treatment. The results of this strategy will make it possible to identify new biomarkers involved in therapeutic resistance and facilitate the individualisation of neoadjuvant treatment. (English)
12 October 2021
0.4837628858991026
0 references
Malgré la mise en œuvre de stratégies de traitement multimodal dans l’adénocarcinome gastrique (AG) localement avancé, leur pronostic reste défavorable, ce qui peut s’expliquer par l’absence de facteurs cliniques-pathologiques ayant une valeur de réponse pronostique et prédictive. Les mécanismes épigénétiques interviennent dans l’initiation et la progression de cette néoplasie, mais leur implication dans l’acquisition de la résistance n’a pas été établie à ce jour. Les marques épigénétiques qui se produisent dans les histones de la chromatine ont un rôle de régulation dans la transcription, mais elles n’ont guère été évaluées dans ce contexte en raison des problèmes techniques soulevés par leur analyse. Ce projet propose d’étudier le génome complet des marques de diméthylation sur la lysine 4 de l’histone 3 (H3K4me2) qui se produit dans des éléments régulateurs (promoteurs et activateurs) par immunoprécipitation de la chromatine couplée au séquençage de masse (ChIPseq) dans des échantillons conservés dans la paraffine de patients atteints d’AG traités par chimiothérapie néoadjuvante. Les objectifs sont d’identifier les modifications épigénétiques différentielles entre la muqueuse gastrique normale et le tissu tumoral afin de comprendre leur implication dans la genèse et la progression de la tumeur, ainsi que de caractériser les éléments régulateurs avec des marques différentielles chez les patients avec et sans rechute après le traitement. Les résultats de cette stratégie permettront d’identifier de nouveaux biomarqueurs impliqués dans la résistance thérapeutique et de faciliter l’individualisation du traitement néoadjuvant. (French)
2 December 2021
0 references
Trotz der Umsetzung multimodaler Behandlungsstrategien bei lokal fortgeschrittenem Magen-Adenokarzinom (AG) ist ihre Prognose nach wie vor ungünstig, was durch das Fehlen klinisch-pathologischer Faktoren mit prognostischem und prädiktivem Ansprechenswert erklärt werden kann. Epigenetische Mechanismen intervenieren in die Initiierung und Weiterentwicklung dieser Neoplasie, aber ihre Beteiligung am Erwerb von Widerstand wurde bisher nicht festgestellt. Epigenetische Zeichen, die in Chromatin Histonen vorkommen, spielen eine regulatorische Rolle bei der Transkription, aber sie wurden in diesem Zusammenhang aufgrund der technischen Probleme, die durch ihre Analyse aufgeworfen wurden, kaum bewertet. Dieses Projekt schlägt vor, das vollständige Genom der Dimethylierungsmarkierungen auf Lysin 4 von Histon 3 (H3K4me2) zu untersuchen, das in regulatorischen Elementen (Promotor und Verstärker) durch Immunoprezipitation des Chromatins mit Massensequenzierung (ChIPseq) in Proben, die in Paraffin von AG-Patienten konserviert werden, mit Neoadjuvant-Chmotherapie konserviert wird. Ziel ist es, Differentiale epigenetische Modifikationen zwischen normaler Magenschleimhaut und Tumorgewebe zu identifizieren, um ihre Beteiligung an Tumorgenese und Progression zu verstehen sowie die regulatorischen Elemente mit Differentialmarkierungen bei Patienten mit und ohne Rückfall nach der Behandlung zu charakterisieren. Die Ergebnisse dieser Strategie werden es ermöglichen, neue Biomarker, die an therapeutischer Resistenz beteiligt sind, zu identifizieren und die Individualisierung der neoadjuvanten Behandlung zu erleichtern. (German)
9 December 2021
0 references
Ondanks de implementatie van multimodale behandelingsstrategieën in lokaal gevorderd adenocarcinoom van de maag (AG), blijft hun prognose ongunstig, wat kan worden verklaard door de afwezigheid van klinisch-pathologische factoren met een prognostische en voorspellende responswaarde. Epigenetische mechanismen ingrijpen in de initiatie en progressie van deze neoplasie, maar hun betrokkenheid bij de verwerving van resistentie is tot op heden nog niet vastgesteld. Epigenetische tekens die voorkomen in chromatine histonen hebben een regulerende rol in transcriptie, maar ze zijn nauwelijks geëvalueerd in deze context vanwege de technische problemen die door hun analyse. Dit project stelt voor om het volledige genoom van de dimethylatietekens op lysine 4 van histone 3 (H3K4me2) te bestuderen dat voorkomt in regelgevende elementen (promotoren en versterkers) door immunoprecipitatie van het chromatine gekoppeld aan massasequencing (ChIPseq) in monsters die worden bewaard in paraffine van AG-patiënten behandeld met neoadjuvante chemotherapie. De doelstellingen zijn om differentiële epigenetische modificaties tussen normaal maagslijmvlies en tumorweefsel te identificeren om hun betrokkenheid bij tumorgenese en progressie te begrijpen, evenals om de regelgevende elementen te karakteriseren met differentiële merktekens bij patiënten met en zonder terugval na behandeling. De resultaten van deze strategie zullen het mogelijk maken om nieuwe biomarkers te identificeren die betrokken zijn bij therapeutische resistentie en de individualisering van neoadjuvante behandeling te vergemakkelijken. (Dutch)
17 December 2021
0 references
Nonostante l'attuazione di strategie di trattamento multimodale nell'adenocarcinoma gastrico localmente avanzato (AG), la loro prognosi rimane sfavorevole, il che può essere spiegato dall'assenza di fattori clinico-patologici con un valore di risposta prognostica e predittiva. I meccanismi epigenetici intervengono nell'iniziazione e nella progressione di questa neoplasia, ma il loro coinvolgimento nell'acquisizione della resistenza non è stato ancora stabilito. I segni epigenetici che si verificano negli istoni della cromatina hanno un ruolo normativo nella trascrizione, ma sono stati difficilmente valutati in questo contesto a causa dei problemi tecnici sollevati dalla loro analisi. Questo progetto propone di studiare il genoma completo dei segni di dimetilazione sulla lisina 4 dell'istono 3 (H3K4me2) che si verifica negli elementi regolatori (promotori e potenziatori) mediante immunoprecipitazione della cromatina accoppiata al sequenziamento di massa (ChIPseq) in campioni conservati in paraffina di pazienti AG trattati con chemioterapia neoadiuvante. Gli obiettivi sono di identificare le modifiche epigenetiche differenziali tra la mucosa gastrica normale e il tessuto tumorale al fine di comprendere il loro coinvolgimento nella genesi tumorale e progressione, nonché di caratterizzare gli elementi regolatori con segni differenziali nei pazienti con e senza ricaduta dopo il trattamento. I risultati di questa strategia consentiranno di individuare nuovi biomarcatori coinvolti nella resistenza terapeutica e di facilitare l'individualizzazione del trattamento neoadiuvante. (Italian)
16 January 2022
0 references
Vaatamata multimodaalsete ravistrateegiate rakendamisele lokaalselt arenenud mao adenokartsinoomi (AG) puhul, on nende prognoos endiselt ebasoodne, mida võib seletada prognostilise ja ennustava ravivastuse väärtusega kliiniliste-patoloogiliste tegurite puudumisega. Epigeneetilised mehhanismid sekkuvad selle neoplaasia algatamisesse ja arendamisse, kuid nende seotust resistentsuse tekkega ei ole seni kindlaks tehtud. Kromatiini histoonides esinevad epigeneetilised märgid on transkriptsioonis regulatiivse tähtsusega, kuid neid ei ole selles kontekstis nende analüüsist tulenevate tehniliste probleemide tõttu peaaegu hinnatud. Käesolevas projektis tehakse ettepanek uurida histone 3 (H3K4me2) lüsiini 4 dimetüülmärkide täielikku genoomi, mis esineb regulatiivsetes elementides (promootorid ja tugevdajad) kromatiini immunosadestamise ja massi sekveneerimise (ChIPseq) abil neoadjuvant-kemoteraapiaga ravitud AG patsientide parafiiniproovides. Eesmärk on teha kindlaks normaalse mao limaskesta ja kasvaja koe erinevad epigeneetilised modifikatsioonid, et mõista nende osalemist kasvajate tekkes ja progresseerumises, samuti iseloomustada regulatiivseid elemente diferentsiaalmärkidega patsientidel, kellel on ja ilma ravijärgse retsidiivita. Selle strateegia tulemused võimaldavad kindlaks teha uued terapeutilise resistentsusega seotud biomarkerid ja hõlbustada neoadjuvantravi individualiseerimist. (Estonian)
4 August 2022
0 references
Nepaisant daugiarūšio gydymo strategijų įgyvendinimo lokaliai pažengusiai skrandžio adenokarcinomai (AG), jų prognozė išlieka nepalanki, o tai galima paaiškinti tuo, kad nėra klinikinių-patologinių veiksnių, turinčių prognozuojamą ir prognozuojamą atsaką. Epigenetiniai mechanizmai įtakoja šios neoplazijos inicijavimą ir progresavimą, tačiau iki šiol nenustatyta, ar jie dalyvauja atsparumo įgijimo procese. Chromatino histonams būdingi epigenetiniai žymenys atlieka transkripcijos reguliavimo vaidmenį, tačiau šiuo atveju jie vargu ar buvo įvertinti dėl techninių problemų, susijusių su jų analize. Pagal šį projektą siūloma ištirti visą histono 3 (H3K4me2) lizino 4 dimetilinimo žymenų genomą, kuris atsiranda reguliuojamuose elementuose (skatinamuosiuose ir stiprikliuose) taikant imunoprecipitaciją chromatino kartu su masinės sekos nustatymu (ChIPseq) mėginiuose, konservuotuose AG pacientų, gydytų neoadjuvantine chemoterapija, parafine. Tikslai yra nustatyti diferencines epigenetines modifikacijas tarp normalios skrandžio gleivinės ir naviko audinio, siekiant suprasti jų dalyvavimą naviko genezė ir progresavimas, taip pat apibūdinti reguliavimo elementus su diferenciniais ženklais pacientams, sergantiems ir be atkryčio po gydymo. Šios strategijos rezultatai leis nustatyti naujus biologinius žymenis, susijusius su terapiniu atsparumu, ir palengvinti neoadjuvanto gydymo individualizavimą. (Lithuanian)
4 August 2022
0 references
Unatoč provedbi strategija multimodalnog liječenja u lokalno uznapredovalom adenokarcinomu želuca (AG), njihova prognoza i dalje je nepovoljna, što se može objasniti nepostojanjem klinički-patoloških čimbenika s prognostičkom i prognostičkom vrijednošću odgovora. Epigenetski mehanizmi interveniraju u započinjanju i napredovanju ove neoplazije, ali njihova uključenost u stjecanje otpora do danas nije utvrđena. Epigenetski znakovi koji se pojavljuju u kromatinskim histonima imaju regulatornu ulogu u transkripciji, ali teško su ocijenjeni u tom kontekstu zbog tehničkih problema nastalih njihovom analizom. Ovim se projektom predlaže ispitivanje potpunog genoma dimetilacijskih oznaka na lizinu 4 histona 3 (H3K4me2) koji se javlja u regulatornim elementima (promotori i pojačivači) imunoprecipitacijom kromatina u kombinaciji s sekvenciranjem mase (ChIPseq) u uzorcima konzerviranim u parafinu bolesnika AG liječenih neoadjuvantnom kemoterapijom. Ciljevi su identificirati diferencijalne epigenetske modifikacije između normalne želučane sluznice i tumorskog tkiva kako bi se razumjelo njihovo uključivanje u tumorsku genezu i progresiju, kao i karakteriziranje regulatornih elemenata s diferencijalnim oznakama kod pacijenata s relapsom i bez njega nakon liječenja. Rezultati ove strategije omogućit će identifikaciju novih biomarkera uključenih u terapijsku otpornost i olakšati individualizaciju neoadjuvantnog liječenja. (Croatian)
4 August 2022
0 references
Παρά την εφαρμογή πολυτροπικών στρατηγικών θεραπείας σε τοπικά προηγμένο γαστρικό αδενοκαρκίνωμα (AG), η πρόγνωση τους παραμένει δυσμενής, γεγονός που μπορεί να εξηγηθεί από την απουσία κλινικών-παθολογικών παραγόντων με προγνωστική και προγνωστική τιμή απόκρισης. Οι επιγενετικοί μηχανισμοί παρεμβαίνουν στην έναρξη και την εξέλιξη αυτής της νεοπλασίας, αλλά η συμμετοχή τους στην απόκτηση αντίστασης δεν έχει αποδειχθεί μέχρι σήμερα. Τα επιγενετικά σημάδια που εμφανίζονται στις ιστόνες χρωματίνης έχουν ρυθμιστικό ρόλο στη μεταγραφή, αλλά δεν έχουν αξιολογηθεί στο πλαίσιο αυτό λόγω των τεχνικών προβλημάτων που ανέκυψαν από την ανάλυσή τους. Το έργο αυτό προτείνει να μελετηθεί το πλήρες γονιδίωμα των σημείων διμεθυλίωσης στη λυσίνη 4 του histone 3 (H3K4me2) που εμφανίζεται σε ρυθμιστικά στοιχεία (προωθητές και ενισχυτικά) με ανοσοκατακρήμνιση της χρωματίνης σε συνδυασμό με τη μαζική αλληλουχία (ChIPseq) σε δείγματα που διατηρούνται σε παραφίνη ασθενών με AG που υποβάλλονται σε θεραπεία με χημειοθεραπεία νεοανουβανικής χημειοθεραπείας. Οι στόχοι είναι ο εντοπισμός διαφορικών επιγενετικών μεταβολών μεταξύ του φυσιολογικού γαστρικού βλεννογόνου και του ιστού του όγκου, προκειμένου να κατανοηθεί η συμμετοχή τους σε γένεση και εξέλιξη όγκων, καθώς και να χαρακτηριστούν τα ρυθμιστικά στοιχεία με διαφορικά σημεία σε ασθενείς με και χωρίς υποτροπή μετά τη θεραπεία. Τα αποτελέσματα αυτής της στρατηγικής θα επιτρέψουν τον εντοπισμό νέων βιοδεικτών που εμπλέκονται στη θεραπευτική αντοχή και θα διευκολύνουν την εξατομίκευση της θεραπείας με νεοανοσοενισχυτική ουσία. (Greek)
4 August 2022
0 references
Napriek implementácii multimodálnych liečebných stratégií pri lokálne pokročilom adenokarcinóme žalúdka (AG) ich prognóza zostáva nepriaznivá, čo možno vysvetliť neprítomnosťou klinicky patologických faktorov s prognostickou a prediktívnou hodnotou odpovede. Epigenetické mechanizmy zasahujú do iniciácie a progresie tejto neoplázie, ale ich účasť na získavaní rezistencie doteraz nebola stanovená. Epigenetické znaky, ktoré sa vyskytujú v chromatínových histónoch, majú regulačnú úlohu pri prepise, ale v tejto súvislosti neboli hodnotené z dôvodu technických problémov, ktoré vznikli v ich analýze. V rámci tohto projektu sa navrhuje preskúmať úplný genóm dimetylačných značiek na lyzíne 4 histónu 3 (H3K4me2), ktorý sa vyskytuje v regulačných prvkoch (promotory a zosilňovače) imunoprecipitáciou chromatínu spojeného s hmotnostným sekvenovaním (ChIPseq) vo vzorkách konzervovaných v parafíne pacientov s AG liečených neoadjuvantnou chemoterapiou. Cieľom je identifikovať diferenciálne epigenetické modifikácie medzi normálnou žalúdočnej sliznice a nádorového tkaniva s cieľom pochopiť ich zapojenie do nádoru genézy a progresie, ako aj charakterizovať regulačné prvky s diferenciálnymi znakmi u pacientov s a bez relapsu po liečbe. Výsledky tejto stratégie umožnia identifikovať nové biomarkery zapojené do terapeutickej rezistencie a uľahčiť individualizáciu neoadjuvantnej liečby. (Slovak)
4 August 2022
0 references
Huolimatta multimodaalisten hoitostrategioiden täytäntöönpanosta paikallisesti kehittyneessä mahalaukun adenokarsinoomassa (AG), niiden ennuste on edelleen epäedullinen, mikä voi selittyä sillä, että ei ole kliinistä ja patologista tekijöitä, joilla olisi ennuste- ja ennustava vastearvo. Epigeneettiset mekanismit vaikuttavat tämän neoplasian aloittamiseen ja etenemiseen, mutta niiden osallistumista resistenssin hankkimiseen ei ole vielä vahvistettu. Kromatiinin histoneissa esiintyvillä epigeneettisillä merkeillä on sääntelytehtävä transkriptiossa, mutta niitä on tuskin arvioitu tässä yhteydessä analyysiin liittyvien teknisten ongelmien vuoksi. Tässä hankkeessa ehdotetaan, että tutkitaan histonin 3 (H3K4me2) lysiinin 4 dimetyyliaation merkkien täydellistä genomia, joka esiintyy säätelyaineissa (promotoreissa ja tehostajina) kromatiinin immunosaostuksella yhdistettynä massasekvensointiin (ChIPseq) näytteistä, jotka on säilytetty neoadjuvanttikemoterapialla hoidettujen AG-potilaiden parafiiniin. Tavoitteena on tunnistaa ero epigeneettiset muutokset normaalin mahalaukun limakalvon ja kasvainkudoksen välillä, jotta voidaan ymmärtää niiden osallistuminen kasvaimen syntymiseen ja etenemiseen, sekä luonnehtia sääntelyelementtejä, joilla on eromerkkejä potilailla, joilla on uusiutuminen hoidon jälkeen ja joilla ei ole niitä. Tämän strategian tulosten avulla voidaan tunnistaa uusia terapeuttiseen resistenssiin liittyviä biomarkkereita ja helpottaa neoadjuvanttihoidon yksilöllistämistä. (Finnish)
4 August 2022
0 references
Pomimo wdrożenia strategii leczenia multimodalnego w miejscowo zaawansowanym gruczolaku żołądka (AG), ich rokowanie pozostaje niekorzystne, co można wytłumaczyć brakiem czynników klinicznych-patologicznych o prognostycznej i prognostycznej wartości odpowiedzi. Mechanizmy epigenetyczne ingerują w inicjację i progresję nowotworu, ale do tej pory nie ustalono ich udziału w nabywaniu oporności. Znaki epigenetyczne występujące w histonach chromatyny odgrywają rolę regulacyjną w transkrypcji, ale w tym kontekście prawie nie zostały ocenione ze względu na problemy techniczne wynikające z ich analizy. W ramach tego projektu proponuje się zbadanie pełnego genomu śladów dimetylowania na lizynie 4 histone 3 (H3K4me2) występującego w elementach regulacyjnych (promotorach i wzmacniaczach) poprzez immunowytrącanie chromatyny w połączeniu z sekwencjonowaniem masowym (ChIPseq) w próbkach zachowanych w parafinach pacjentów AG leczonych chemioterapią neoadjuwantową. Celem jest zidentyfikowanie różnicowych zmian epigenetycznych między normalną błoną śluzową żołądka a tkanką nowotworową, aby zrozumieć ich zaangażowanie w genezę nowotworu i progresję, a także scharakteryzować elementy regulacyjne z różnicami u pacjentów z nawrotem i bez nawrotu po leczeniu. Wyniki tej strategii umożliwią identyfikację nowych biomarkerów zaangażowanych w oporność terapeutyczną i ułatwią indywidualizację leczenia neoadjuwantowego. (Polish)
4 August 2022
0 references
Annak ellenére, hogy helyileg előrehaladott gyomor adenocarcinoma (AG) multimodális kezelési stratégiákat hajtott végre, prognózisuk továbbra is kedvezőtlen, ami azzal magyarázható, hogy nincsenek olyan klinikai-patológiai tényezők, amelyek prognosztikai és prediktív válaszértékkel rendelkeznek. Az epigenetikai mechanizmusok beavatkoznak a neoplasia megkezdésébe és progressziójába, de a rezisztencia megszerzésében való részvételüket mindeddig nem állapították meg. A kromatin hisztonokban előforduló epigenetikai jelek szabályozói szerepet játszanak a transzkripcióban, de az elemzésük által felvetett technikai problémák miatt aligha értékelték őket ebben az összefüggésben. Ez a projekt a histone 3 (H3K4me2) lizin 4-én található dimetilációs jelek teljes genomjának tanulmányozását javasolja, amely szabályozó elemekben (promotorokban és fokozókban) fordul elő a kromatin tömegszekvenálással (ChIPseq) társított immunprrecipációjával a neoadjuváns kemoterápiával kezelt AG-betegek paraffinjában konzervált mintákban. A cél az, hogy azonosítsa a differenciál epigenetikai módosításokat a normál gyomornyálkahártya és a tumor szövet annak érdekében, hogy megértsék részvételüket a tumor genesis és progresszió, valamint jellemezni a szabályozó elemek differenciált jelek a betegek relapszus kezelés után, vagy anélkül. A stratégia eredményei lehetővé teszik a terápiás rezisztenciában részt vevő új biomarkerek azonosítását, és megkönnyítik a neoadjuváns kezelés egyéniesítését. (Hungarian)
4 August 2022
0 references
Navzdory implementaci multimodálních léčebných strategií v lokálně pokročilém žaludečním adenokarcinomu (AG) zůstává jejich prognóza nepříznivá, což lze vysvětlit absencí klinicky patologických faktorů s prognostickou a prediktivní hodnotou odpovědi. Epigenetické mechanismy zasahují do zahajování a progrese této neoplazie, ale jejich zapojení do získávání rezistence nebylo dosud stanoveno. Epigenetické značky, které se vyskytují v chromatin histony mají regulační roli v transkripci, ale sotva byly hodnoceny v této souvislosti vzhledem k technickým problémům vyvolaným jejich analýzou. Tento projekt navrhuje studovat kompletní genom dimethylačních známek na lysinu 4 histonu 3 (H3K4me2), který se vyskytuje v regulačních prvcích (motory a zesilovače) imunoprecipací chromatinu spojeného s hmotnostní sekvencí (ChIPseq) ve vzorcích konzervovaných v parafínu AG pacientů léčených neoadjuvantní chemoterapií. Cílem je identifikovat diferenciální epigenetické modifikace mezi normální žaludeční sliznicí a nádorovou tkání, aby bylo možné pochopit jejich zapojení do geneze nádoru a progrese, jakož i charakterizovat regulační prvky s diferenciálními znaky u pacientů s relapsem a bez relapsu po léčbě. Výsledky této strategie umožní identifikovat nové biomarkery zapojené do terapeutické rezistence a usnadnit individualizaci neoadjuvantní léčby. (Czech)
4 August 2022
0 references
Neraugoties uz multimodālās ārstēšanas stratēģiju īstenošanu lokāli progresējošā kuņģa adenokarcinomā (AG), to prognoze joprojām ir nelabvēlīga, ko var izskaidrot ar klīniski patoloģisku faktoru trūkumu ar prognostisku un prognozējošu atbildes reakciju. Epiģenētiskie mehānismi iejaucas šīs jaunveidojumu ierosināšanā un progresēšanā, bet to iesaistīšanās rezistences iegādē līdz šim nav noteikta. Epiģenētiskajām atzīmēm, kas rodas hromatīna histonos, ir regulējoša loma transkripcijā, bet to analīzē radušos tehnisko problēmu dēļ tās šajā kontekstā nav novērtētas. Šajā projektā ierosināts pētīt pilnu dimetilācijas zīmju genomu uz lizīna 4 no histone 3 (H3K4me2), kas rodas regulējošajos elementos (promotoros un pastiprinātājos), izmantojot hromatīna imūnprecipitāciju kopā ar masu sekvencēšanu (ChIPseq) paraugos, kas saglabāti ar neoadjuvantu ķīmijterapiju ārstēto AG pacientu parafīnā. Mērķi ir identificēt atšķirības epiģenētiskās izmaiņas starp normālu kuņģa gļotādu un audzēja audiem, lai izprastu to iesaistīšanos audzēja ģenēzi un progresēšanu, kā arī lai raksturotu reglamentējošos elementus ar diferenciālām atzīmēm pacientiem ar un bez recidīva pēc ārstēšanas. Šīs stratēģijas rezultāti ļaus identificēt jaunus biomarķierus, kas saistīti ar terapeitisko rezistenci, un atvieglos neoadjuvantas terapijas individualizāciju. (Latvian)
4 August 2022
0 references
In ainneoin cur chun feidhme straitéisí cóireála ilmhódúla in adenocarcinoma gastric (AG) atá chun cinn go háitiúil, tá a prognóis fós neamhfhabhrach, rud a d’fhéadfadh a bheith ann mar gheall ar fhachtóirí paiteolaíocha cliniciúla a bhfuil luach freagartha prognóiseach agus tuarthach acu. Déanann sásraí epigenetic idirghabháil i dtionscnamh agus i gcur chun cinn an neoplasia seo, ach níor bunaíodh go dtí seo a rannpháirtíocht i bhfáil friotaíochta. Tá ról rialála ag marcanna epigenetic a tharlaíonn i histones chromatin, ach is ar éigean a rinneadh meastóireacht orthu sa chomhthéacs seo mar gheall ar na fadhbanna teicniúla a ardaíodh lena n-anailís. Tá sé beartaithe ag an tionscadal seo staidéar a dhéanamh ar ghéanóm iomlán na marcanna démheitile ar lísín 4 de histón 3 (H3K4me2) a tharlaíonn i ngnéithe rialála (tionscnóirí agus feabhsaitheoirí) trí chosc imdhíonachta an chromatin in éineacht le seicheamhú maise (ChIPseq) i samplaí a chaomhnaítear i bpairifín d’othair AG a cóireáladh le ceimiteiripe neoadjuvant. Is iad na cuspóirí modhnuithe difreálacha epigenetic a aithint idir gnáth-mhúcóis gastric agus fíochán meall chun tuiscint a fháil ar a rannpháirtíocht i ngéinis agus dul chun cinn meall, chomh maith leis na heilimintí rialála a thréithriú le marcanna difreálacha in othair le cóireáil agus gan athiompú ina dhiaidh sin. Fágfaidh torthaí na straitéise seo gur féidir bithmharcóirí nua a bhfuil baint acu le frithsheasmhacht theiripeach a shainaithint agus indibhidiúlú cóireála neoadjuvant a éascú. (Irish)
4 August 2022
0 references
Kljub izvajanju strategij multimodalnega zdravljenja pri lokalno napredovalem adenokarcinomu želodca (AG) je njihova prognoza še vedno neugodna, kar je mogoče pojasniti z odsotnostjo klinično-patoloških dejavnikov s prognostično in napovedno vrednostjo odziva. Epigenetski mehanizmi posegajo v začetek in napredovanje te neoplazije, vendar njihovo sodelovanje pri pridobivanju odpornosti do danes še ni bilo ugotovljeno. Epigenetski znaki, ki se pojavljajo v kromatinskih histonih, imajo regulativno vlogo pri prepisu, vendar jih zaradi tehničnih težav, ki jih je povzročila njihova analiza, v tem kontekstu niso ocenili. Ta projekt predlaga preučitev celotnega genoma dimetilacijskih oznak na lizinu 4 histona 3 (H3K4me2), ki se pojavi v regulativnih elementih (promotorjih in ojačevalcih) z imunoprecipitacijo kromatina v povezavi z masnim sekvenciranjem (ChIPseq) v vzorcih, ohranjenih v parafinu bolnikov z AG, zdravljenih z neoadjuvantno kemoterapijo. Cilji so identificirati diferencialne epigenetične spremembe med normalno sluznico želodca in tumorskim tkivom, da bi razumeli njihovo vpletenost v tumorsko genezo in napredovanje ter opredelili regulativne elemente z diferencialnimi oznakami pri bolnikih z recidivom ali brez njega po zdravljenju. Rezultati te strategije bodo omogočili opredelitev novih bioloških označevalcev, ki sodelujejo pri terapevtski odpornosti, in olajšali individualizacijo neoadjuvantnega zdravljenja. (Slovenian)
4 August 2022
0 references
Въпреки прилагането на стратегии за мултимодално лечение при локално напреднал стомашен аденокарцином (АГ), тяхната прогноза остава неблагоприятна, което може да се обясни с липсата на клинично-патологични фактори с прогностична и прогнозна стойност на отговора. Епигенетичните механизми се намесват в започването и развитието на тази неоплазия, но до момента не е установено тяхното участие в придобиването на резистентност. Епигенетичните белези, които се появяват в хроматиновите хистони, имат регулаторна роля в транскрипцията, но те едва ли са били оценени в този контекст поради техническите проблеми, породени от техния анализ. Този проект предлага да се проучи пълният геном на диметилационните белези върху лизин 4 от хистоун 3 (H3K4me2), който се среща в регулаторните елементи (промотори и подобрители) чрез имунопреципитация на хроматина, съчетан с масова секвенция (ChIPseq) в проби, съхранявани в парафин от пациенти с АГ, лекувани с неоадювантна химиотерапия. Целите са да се идентифицират диференциални епигенетични модификации между нормалната стомашна лигавица и туморната тъкан, за да се разбере тяхното участие в туморния генезис и прогресия, както и да се характеризират регулаторните елементи с диференциални белези при пациенти със и без рецидив след лечението. Резултатите от тази стратегия ще дадат възможност за идентифициране на нови биомаркери, участващи в терапевтичната резистентност, и ще улеснят индивидуализирането на лечението с неоадювант. (Bulgarian)
4 August 2022
0 references
Minkejja l-implimentazzjoni ta’ strateġiji ta’ kura multimodali f’adenokarċinoma gastrika (AG) lokalment avvanzata, il-pronjosi tagħhom tibqa’ mhux favorevoli, li jista’ jiġi spjegat min-nuqqas ta’ fatturi patoloġiċi kliniċi b’valur ta’ rispons pronjostiku u ta’ tbassir. Mekkaniżmi epiġenetiċi jintervjenu fil-bidu u l-progressjoni ta’ din in-neoplasja, iżda l-involviment tagħhom fil-kisba ta’ reżistenza għadu ma ġiex stabbilit sal-lum. Il-marki epiġenetiċi li jseħħu fil-ġebel tal-kromatin għandhom rwol regolatorju fit-traskrizzjoni, iżda ftit li xejn ġew evalwati f’dan il-kuntest minħabba l-problemi tekniċi mqajma mill-analiżi tagħhom. Dan il-proġett jipproponi li jiġi studjat il-ġenoma sħiħa tal-marki tad-dimetilazzjoni fuq il-lysine 4 tal-histone 3 (H3K4me2) li sseħħ f’elementi regolatorji (promoturi u sustanzi li jsaħħu) permezz ta’ immunopreċipitazzjoni tal-kromatina akkoppjata ma’ sekwenzar tal-massa (ChIPseq) f’kampjuni kkonservati fil-paraffin ta’ pazjenti AG ikkurati bil-kimoterapija neoawżiljarja. L-għanijiet huma li jiġu identifikati modifikazzjonijiet epiġenetiċi differenzjali bejn il-mukoża gastrika normali u t-tessut tat-tumur sabiex jiġi mifhum l-involviment tagħhom fil-ġenesi tat-tumur u l-progressjoni, kif ukoll biex jiġu kkaratterizzati l-elementi regolatorji b’marki differenzjali f’pazjenti b’rikaduta u mingħajr rikaduta wara l-kura. Ir-riżultati ta’ din l-istrateġija se jagħmluha possibbli li jiġu identifikati bijomarkaturi ġodda involuti fir-reżistenza terapewtika u jiffaċilitaw l-individwalizzazzjoni tal-kura neoawżiljarja. (Maltese)
4 August 2022
0 references
Apesar da implementação de estratégias de tratamento multimodal no adenocarcinoma gástrico localmente avançado (AG), seu prognóstico permanece desfavorável, o que pode ser explicado pela ausência de fatores clínico-patológicos com valor prognóstico e preditivo de resposta. Mecanismos epigenéticos intervêm na iniciação e progressão dessa neoplasia, mas seu envolvimento na aquisição de resistência ainda não foi estabelecido. As marcas epigenéticas que ocorrem em histonas cromatinas têm papel regulatório na transcrição, mas dificilmente foram avaliadas nesse contexto devido aos problemas técnicos levantados por sua análise. Este projeto propõe estudar o genoma completo das marcas de dimetilação na lisina 4 da histona 3 (H3K4me2) que ocorre em elementos regulatórios (promotores e potenciadores) por imunoprecipitação da cromatina acoplada à sequenciação em massa (ChIPseq) em amostras conservadas em parafina de pacientes com AG tratados com quimioterapia neoadjuvante. Os objetivos são identificar modificações epigenéticas diferenciais entre mucosa gástrica normal e tecido tumoral, a fim de compreender seu envolvimento na gênese e progressão tumoral, bem como caracterizar os elementos reguladores com marcas diferenciais em pacientes com e sem recidiva após o tratamento. Os resultados dessa estratégia permitirão identificar novos biomarcadores envolvidos na resistência terapêutica e facilitar a individualização do tratamento neoadjuvante. (Portuguese)
4 August 2022
0 references
På trods af gennemførelsen af multimodale behandlingsstrategier i lokalt fremskreden gastrisk adenocarcinom (AG), er deres prognose stadig ugunstig, hvilket kan forklares ved fraværet af klinisk-patologiske faktorer med prognostisk og prædiktiv responsværdi. Epigenetiske mekanismer griber ind i initieringen og progressionen af denne neoplasi, men deres engagement i erhvervelsen af modstand er endnu ikke blevet fastslået. Epigenetiske mærker, der forekommer i chromatin histoner, spiller en regulerende rolle i transskriptionen, men de er næppe blevet evalueret i denne sammenhæng på grund af de tekniske problemer, som deres analyse giver anledning til. I dette projekt foreslås det at undersøge det fuldstændige genom af dimethyleringsmærkerne på lysin 4 af histone 3 (H3K4me2), der forekommer i regulatoriske elementer (promotorer og forstærkere) ved immunudfældning af chromatin kombineret med massesekventering (ChIPseq) i prøver, der opbevares i paraffin hos AG-patienter, der er behandlet med neoadjuvant kemoterapi. Målene er at identificere differentiale epigenetiske modifikationer mellem normal maveslimhinde og tumorvæv for at forstå deres involvering i tumorgensis og progression samt at karakterisere de lovgivningsmæssige elementer med differentialmærker hos patienter med og uden tilbagefald efter behandling. Resultaterne af denne strategi vil gøre det muligt at identificere nye biomarkører, der er involveret i terapeutisk resistens, og gøre det lettere at individualisere neoadjuvansbehandling. (Danish)
4 August 2022
0 references
În ciuda implementării strategiilor de tratament multimodal în adenocarcinomul gastric avansat local (AG), prognosticul lor rămâne nefavorabil, ceea ce poate fi explicat prin absența factorilor clinico-patologici cu valoare de răspuns prognostic și predictiv. Mecanismele epigenetice intervin în inițierea și progresia acestei neoplazii, dar implicarea lor în dobândirea rezistenței nu a fost stabilită până în prezent. Semnele epigenetice care apar în histonele cromatinei au un rol de reglementare în transcriere, dar cu greu au fost evaluate în acest context din cauza problemelor tehnice ridicate de analiza lor. Acest proiect propune studierea genomului complet al semnelor de dimetilare pe lizina 4 din histone 3 (H3K4me2) care apare în elementele de reglementare (promotoare și amelioratori) prin imunoprecipitarea cromatinei cuplate cu secvențierea în masă (ChIPseq) în probe conservate în parafina pacienților AG tratați cu chimioterapie neoadjuvantă. Obiectivele sunt identificarea modificărilor epigenetice diferențiale între mucoasa gastrică normală și țesutul tumoral pentru a înțelege implicarea lor în geneza tumorală și progresia tumorii, precum și pentru a caracteriza elementele de reglementare cu semne diferențiale la pacienții cu și fără recidivă după tratament. Rezultatele acestei strategii vor permite identificarea de noi biomarkeri implicați în rezistența terapeutică și vor facilita individualizarea tratamentului neoadjuvant. (Romanian)
4 August 2022
0 references
Trots genomförandet av multimodala behandlingsstrategier för lokalt avancerat gastriskt adenokarcinom (AG), är prognosen fortfarande ogynnsam, vilket kan förklaras av frånvaron av kliniska-patologiska faktorer med prognostiskt och prediktivt svarsvärde. Epigenetiska mekanismer ingriper i initiering och progression av denna neoplasi, men deras inblandning i förvärvet av resistens har ännu inte fastställts. Epigenetiska märken som förekommer i kromatin histoner har en reglerande roll i transkription, men de har knappast utvärderats i detta sammanhang på grund av de tekniska problem som deras analys ger upphov till. Detta projekt avser att studera hela genomet av dimetyleringsmärkena på lysin 4 av histon 3 (H3K4me2) som förekommer i regulatoriska element (promotorer och förstärkare) genom immunutfällning av kromatinet kopplat till masssekvensering (ChIPseq) i prover som konserverats i paraffin av AG-patienter behandlade med neoadjuvant kemoterapi. Målen är att identifiera olika epigenetiska modifieringar mellan normal magslemhinnan och tumörvävnad för att förstå deras engagemang i tumörgeners och progression, samt att karakterisera regulatoriska element med differentialmärken hos patienter med och utan återfall efter behandling. Resultaten av denna strategi kommer att göra det möjligt att identifiera nya biomarkörer som är involverade i terapeutisk resistens och underlätta individualisering av neoadjuvant behandling. (Swedish)
4 August 2022
0 references
Madrid
0 references
20 December 2023
0 references
Identifiers
PI16_01646
0 references