Validation study of a predictive model of metastasis development in patients with colorectal cancer by sequencing exomas in plasma free DNA (liquid biopsy) (Q3137986)
Jump to navigation
Jump to search
Project Q3137986 in Spain
| Language | Label | Description | Also known as |
|---|---|---|---|
| English | Validation study of a predictive model of metastasis development in patients with colorectal cancer by sequencing exomas in plasma free DNA (liquid biopsy) |
Project Q3137986 in Spain |
Statements
44,649.0 Euro
0 references
82,000.0 Euro
0 references
54.45 percent
0 references
1 January 2018
0 references
31 March 2021
0 references
FUNDACION INSTITUTO DE INVESTIGACION SANITARIA FUNDACION JIMENEZ DIAZ
0 references
Según nuestros resultados previos, que están en fase de publicación y patente, ciertos exones se encuentran presentes a distintos niveles en el ADN libre en plasma ( biopsia líquida ) de pacientes de cáncer colorrectal con metástasis respecto a los pacientes no metastásicos, dando lugar a un nuevo concepto que hemos definido como presencia diferencial de exones . Basándonos en dichos datos se ha generado un algoritmo capaz de clasificar correctamente a estos pacientes. Continuando con nuestra línea de investigación de los últimos 3 años, el objetivo de este estudio es validar el modelo predictivo de metástasis en pacientes con cáncer colorrectal, a través del análisis de la presencia diferencial de exones en ADN libre en plasma mediante secuenciación de exomas completos. Para ello, se recogerán muestras de plasma (N=132) de 2 hospitales de referencia de la Comunidad de Madrid y se realizará la secuenciación de exomas. Tras dos años de seguimiento, aproximadamente el 15% de los pacientes habrán desarrollado metástasis, por lo que se procederá a reclasificarlos en dos grupos: pacientes inicialmente no metastásicos que siguen libres de enfermedad diseminada tras 2 años de seguimiento (NML) y pacientes inicialmente no metastásicos que han desarrollado metástasis durante esos dos años (NMM). Una vez establecidas estas dos cohortes, se realizará el procedimiento de análisis bioinformático desarrollado por nuestro grupo (artículo en revisión), diseñado específicamente para detectar la presencia diferencial de exones en ADN libre en plasma. De este modo, se validará el algoritmo predictivo de la aparición de metástasis, determinando su valor pronóstico en esta enfermedad. (Spanish)
0 references
According to our previous results, which are in the publication and patent phase, certain exons are present at different levels in the plasma free DNA (liquid biopsy) of patients with colorectal cancer with metastases compared to non-metastatic patients, resulting in a new concept that we have defined as differential presence of exons. Based on these data, an algorithm capable of correctly classifying these patients has been generated. Continuing with our line of research over the last 3 years, the objective of this study is to validate the predictive model of metastasis in patients with colorectal cancer, through the analysis of the differential presence of exons in plasma free DNA by sequencing complete exomas. For this purpose, plasma samples (N=132) will be collected from 2 reference hospitals in the Community of Madrid and exome sequencing will be performed. After two years of follow-up, approximately 15 % of patients will have developed metastases, so they will be reclassified into two groups: initially non-metastatic patients who remain free of disseminated disease after 2 years of follow-up (MLN) and initially non-metastatic patients who have developed metastases during those two years (MMN). Once these two cohorts have been established, the bioinformatics analysis procedure developed by our group (article under review), specifically designed to detect the differential presence of exons in plasma free DNA, will be performed. In this way, the predictive algorithm of the appearance of metastasis will be validated, determining its prognostic value in this disease. (English)
12 October 2021
0.3119263799994843
0 references
Selon nos résultats précédents, qui sont en phase de publication et de brevet, certains exons sont présents à différents niveaux dans l’ADN sans plasma (biopsie liquide) des patients atteints de cancer colorectal avec métastases par rapport aux patients non métastatiques, ce qui donne lieu à un nouveau concept que nous avons défini comme la présence différentielle d’exons. Sur la base de ces données, un algorithme capable de classer correctement ces patients a été généré. Poursuivant notre ligne de recherche au cours des 3 dernières années, l’objectif de cette étude est de valider le modèle prédictif de la métastase chez les patients atteints d’un cancer colorectal, par l’analyse de la présence différentielle d’exons dans l’ADN sans plasma en séquençant des exomes complets. À cette fin, des échantillons de plasma (N=132) seront prélevés dans deux hôpitaux de référence de la Communauté de Madrid et un séquençage exome sera effectué. Après deux ans de suivi, environ 15 % des patients auront développé des métastases, de sorte qu’ils seront reclassés en deux groupes: au départ, les patients non métastatiques qui restent indemnes de maladie disséminée après 2 ans de suivi (MLN) et les patients initialement non métastatiques qui ont développé des métastases au cours de ces deux années (MMN). Une fois ces deux cohortes établies, la procédure d’analyse bioinformatique développée par notre groupe (article à l’étude), spécialement conçue pour détecter la présence différentielle d’exons dans l’ADN sans plasma, sera effectuée. De cette façon, l’algorithme prédictif de l’apparition de la métastase sera validé, ce qui déterminera sa valeur pronostique dans cette maladie. (French)
2 December 2021
0 references
Nach unseren bisherigen Ergebnissen, die sich in der Publikations- und Patentphase befinden, sind bestimmte Exonen auf unterschiedlichen Ebenen in der plasmafreien DNA (flüssige Biopsie) von Patienten mit kolorektalem Krebs mit Metastasen im Vergleich zu nicht-metastatischen Patienten vorhanden, was zu einem neuen Konzept führt, das wir als Differentialpräsenz von Exons definiert haben. Auf der Grundlage dieser Daten wurde ein Algorithmus erstellt, der diese Patienten korrekt klassifizieren kann. In Fortsetzung unserer Forschungslinie in den letzten 3 Jahren besteht das Ziel dieser Studie darin, das prädiktive Metastasenmodell bei Patienten mit kolorektalem Krebs durch die Analyse der Differentialpräsenz von Exonen in Plasma-freier DNA durch Sequenzierung kompletter Exome zu validieren. Zu diesem Zweck werden Plasmaproben (N=132) von zwei Referenzkliniken in der Gemeinschaft Madrid entnommen und die Exome-Sequenzierung durchgeführt. Nach zweijähriger Nachbeobachtung werden etwa 15 % der Patienten Metastasen entwickelt haben, so dass sie in zwei Gruppen umgegliedert werden: zunächst nicht-metastatische Patienten, die nach 2 Jahren Nachbeobachtung (MLN) und zunächst nicht-metastatischen Patienten, die in diesen zwei Jahren Metastasen entwickelt haben, frei von verbreiteter Krankheit bleiben (MMN). Sobald diese beiden Kohorten etabliert sind, wird das von unserer Gruppe entwickelte Bioinformatik-Analyseverfahren (Artikel in der Überprüfung), das speziell entwickelt wurde, um die Differentialpräsenz von Exons in plasmafreier DNA zu erkennen, durchgeführt werden. Auf diese Weise wird der prädiktive Algorithmus des Auftretens von Metastasen validiert, um seinen prognostischen Wert bei dieser Krankheit zu bestimmen. (German)
9 December 2021
0 references
Volgens onze eerdere resultaten, die zich in de publicatie- en octrooifase bevinden, zijn bepaalde exons aanwezig op verschillende niveaus in het plasmavrije DNA (vloeibare biopsie) van patiënten met colorectale kanker met metastasen in vergelijking met niet-gemetastaseerde patiënten, wat resulteert in een nieuw concept dat we hebben gedefinieerd als differentiële aanwezigheid van exons. Op basis van deze gegevens is een algoritme gegenereerd dat deze patiënten correct kan classificeren. Voortzetting van onze onderzoekslijn in de afgelopen 3 jaar, het doel van deze studie is om het voorspellende model van metastase bij patiënten met colorectale kanker te valideren, door de analyse van de differentiële aanwezigheid van exons in plasmavrij DNA door het rangschikken van complete exoma’s. Hiertoe zullen plasmamonsters (N=132) worden verzameld bij 2 referentieziekenhuizen in de Gemeenschap van Madrid en zullen exomese sequencing worden uitgevoerd. Na twee jaar follow-up zal ongeveer 15 % van de patiënten metastasen hebben ontwikkeld, zodat ze in twee groepen zullen worden ingedeeld: aanvankelijk niet-gemetastaseerde patiënten die vrij blijven van verspreide ziekte na 2 jaar follow-up (MLN) en aanvankelijk niet-gemetastaseerde patiënten die gedurende die twee jaar (MMN) metastasen hebben ontwikkeld. Zodra deze twee cohorten zijn vastgesteld, zal de bio-informatica-analyseprocedure die is ontwikkeld door onze groep (artikel onder controle), specifiek ontworpen om de differentiële aanwezigheid van exons in plasmavrij DNA te detecteren, worden uitgevoerd. Op deze manier, het voorspellende algoritme van het uiterlijk van metastase zal worden gevalideerd, het bepalen van de prognostische waarde in deze ziekte. (Dutch)
17 December 2021
0 references
Secondo i nostri risultati precedenti, che sono in fase di pubblicazione e di brevetto, alcuni esoni sono presenti a diversi livelli nel DNA libero plasmatico (biopsia liquida) di pazienti con cancro colorettale con metastasi rispetto ai pazienti non metastatici, con conseguente nuovo concetto che abbiamo definito come presenza differenziale di esoni. Sulla base di questi dati, è stato generato un algoritmo in grado di classificare correttamente questi pazienti. Continuando con la nostra linea di ricerca negli ultimi 3 anni, l'obiettivo di questo studio è quello di convalidare il modello predittivo di metastasi in pazienti con cancro colorettale, attraverso l'analisi della presenza differenziale di esoni nel DNA libero plasmatico sequenziando esomi completi. A tal fine, i campioni plasmatici (N=132) saranno prelevati presso 2 ospedali di riferimento della Comunità di Madrid e saranno eseguiti dei sequenziamenti exome. Dopo due anni di follow-up, circa il 15 % dei pazienti avrà sviluppato metastasi, quindi saranno riclassificate in due gruppi: inizialmente pazienti non metastatici che rimangono esenti da malattia disseminata dopo 2 anni di follow-up (MLN) e inizialmente pazienti non metastatici che hanno sviluppato metastasi durante questi due anni (MMN). Una volta stabilite queste due coorti, verrà eseguita la procedura di analisi bioinformatica sviluppata dal nostro gruppo (articolo in esame), specificamente progettata per rilevare la presenza differenziale di esoni nel DNA libero da plasma. In questo modo, l'algoritmo predittivo dell'aspetto della metastasi sarà convalidato, determinando il suo valore prognostico in questa malattia. (Italian)
16 January 2022
0 references
Vastavalt meie varasematele tulemustele, mis on avaldamise ja patendi faasis, esinevad teatud eksonid erineval tasemel plasmavabas DNA-s (vedel biopsia) metastaasidega patsientide kolorektaalvähiga patsientidel võrreldes mittemetastaatiliste patsientidega, mille tulemuseks on uus kontseptsioon, mida oleme määratlenud eksonite erineva esinemisena. Nende andmete põhjal on loodud algoritm, mis on võimeline neid patsiente õigesti klassifitseerima. Jätkates meie uurimisliini viimase 3 aasta jooksul, on selle uuringu eesmärk kinnitada metastaaside ennustav mudel kolorektaalvähiga patsientidel, analüüsides eksonite erinevust plasmavabas DNAs, järjestades täieliku eksoomi. Sel eesmärgil kogutakse plasmaproove (N=132) kahest Madridi piirkonna referenthaiglast ja tehakse eksome-järjestus. Pärast kaheaastast järelkontrolli on ligikaudu 15 %-l patsientidest tekkinud metastaasid, nii et nad liigitatakse ümber kahte rühma: esialgu mittemetastaatilised patsiendid, kellel ei esine dissemineerunud haigust pärast 2 aastat kestnud järelkontrolli, ja esialgu mittemetastaatilised patsiendid, kellel on tekkinud metastaasid nende kahe aasta jooksul (MMN). Kui need kaks kohorti on loodud, viiakse läbi meie rühma (vaatlusalune artikkel) poolt välja töötatud bioinformaatika analüüs, mille eesmärk on tuvastada eksonite erinevus plasmavabas DNAs. Sel viisil valideeritakse metastaaside esinemise ennustav algoritm, määrates selle prognostilise väärtuse selles haiguses. (Estonian)
4 August 2022
0 references
Pagal mūsų ankstesnius rezultatus, kurie yra paskelbimo ir patento fazėje, tam tikri egzonai yra skirtinguose lygiuose pacientų, sergančių kolorektalinio vėžio, turinčių metastazių, DNR (skystosios biopsijos) plazmoje, palyginti su nemetastazavusiais pacientais, todėl atsirado nauja koncepcija, kurią mes apibrėžėme kaip diferencinį egzonų buvimą. Remiantis šiais duomenimis, buvo sukurtas algoritmas, galintis tinkamai klasifikuoti šiuos pacientus. Tęsiant mūsų mokslinių tyrimų liniją per pastaruosius 3 metus, šio tyrimo tikslas yra patvirtinti prognozuojamą metastazių modelį pacientams, sergantiems kolorektalinis vėžys, analizuojant diferencinį egzonų buvimą plazmos laisvoje DNR, sekuojant visas egzomas. Šiuo tikslu plazmos mėginiai (N=132) bus imami iš dviejų Madrido Bendrijos etaloninių ligoninių ir bus atliekamas exome sekos nustatymas. Po dvejų stebėjimo metų maždaug 15 % pacientų bus išsivystę metastazių, todėl jie bus pergrupuoti į dvi grupes: iš pradžių nemetastazavusiems pacientams, kuriems po 2 metų stebėjimo (MLN) ir iš pradžių nemetastazavusiems pacientams, kuriems per tuos dvejus metus (MMN) atsirado metastazių, nepasireiškia išplitusi liga. Kai šios dvi kohortos bus nustatytos, bus atlikta bioinformatikos analizės procedūra, kurią parengė mūsų grupė (peržiūrimas straipsnis), specialiai sukurta egzonų diferenciniam buvimui laisvoje DNR plazmoje nustatyti. Tokiu būdu bus patvirtintas prognozinis metastazių atsiradimo algoritmas, nustatant jo prognozę šios ligos metu. (Lithuanian)
4 August 2022
0 references
Prema dosadašnjim rezultatima, koji su u fazi objavljivanja i patenta, određeni egzoni prisutni su na različitim razinama u plazma bez DNK (tekuća biopsija) bolesnika s kolorektalnim karcinomom s metastazama u usporedbi s nemetastatskim bolesnicima, što rezultira novim konceptom koji smo definirali kao diferencijalna prisutnost egzona. Na temelju tih podataka generiran je algoritam koji može ispravno klasificirati te bolesnike. Nastavljajući se s našim istraživanjem tijekom posljednje 3 godine, cilj je ove studije potvrditi prediktivni model metastaza u bolesnika s kolorektalnim karcinomom kroz analizu diferencijalne prisutnosti egzona u DNK bez plazme sekvenciranjem potpunih eksoma. U tu svrhu uzorci plazme (N=132) prikupljat će se iz dvije referentne bolnice u zajednici Madrid i provodit će se sekvenciranje egzoma. Nakon dvije godine praćenja, oko 15 % bolesnika razvit će metastaze pa će ih se ponovno klasificirati u dvije skupine: u početku nemetastatski bolesnici koji ostaju slobodni od diseminirane bolesti nakon 2 godine praćenja (MLN) i početno nemetastatski bolesnici koji su razvili metastaze tijekom te dvije godine (MMN). Nakon što se utvrde ove dvije kohorte, provest će se postupak analize bioinformatike koji je razvila naša grupa (preispitivanje članka), posebno osmišljen za otkrivanje diferencijalne prisutnosti egzona u DNK bez plazme. Na taj će se način potvrditi prediktivni algoritam pojave metastaze, određujući njegovu prognostičku vrijednost u ovoj bolesti. (Croatian)
4 August 2022
0 references
Σύμφωνα με τα προηγούμενα αποτελέσματα, τα οποία βρίσκονται στο στάδιο της δημοσίευσης και της ευρεσιτεχνίας, ορισμένες εξοχές είναι παρούσες σε διαφορετικά επίπεδα στο απαλλαγμένο από πλάσμα DNA (υγρή βιοψία) ασθενών με καρκίνο του παχέος εντέρου με μεταστάσεις σε σύγκριση με τους μη μεταστατικούς ασθενείς, με αποτέλεσμα μια νέα έννοια που έχουμε ορίσει ως διαφορική παρουσία εξονίων. Με βάση αυτά τα δεδομένα, δημιουργήθηκε ένας αλγόριθμος ικανός να ταξινομήσει σωστά αυτούς τους ασθενείς. Συνεχίζοντας με τη γραμμή της έρευνάς μας τα τελευταία 3 χρόνια, στόχος αυτής της μελέτης είναι να επικυρώσει το προγνωστικό μοντέλο της μετάστασης σε ασθενείς με καρκίνο του παχέος εντέρου, μέσω της ανάλυσης της διαφορικής παρουσίας εξονίων σε DNA χωρίς πλάσμα με αλληλουχία πλήρων εξωμάτων. Για το σκοπό αυτό, θα συλλεχθούν δείγματα πλάσματος (N=132) από 2 νοσοκομεία αναφοράς στην Κοινότητα της Μαδρίτης και θα πραγματοποιηθεί εξωγενής προσδιορισμός της αλληλουχίας. Μετά από δύο χρόνια παρακολούθησης, περίπου το 15 % των ασθενών θα έχουν αναπτύξει μεταστάσεις, οπότε θα επαναταξινομηθούν σε δύο ομάδες: αρχικά μη μεταστατικοί ασθενείς που παραμένουν απαλλαγμένοι από διαδεδομένη νόσο μετά από 2 έτη παρακολούθησης (MLN) και αρχικά μη μεταστατικοί ασθενείς που ανέπτυξαν μεταστάσεις κατά τη διάρκεια αυτών των δύο ετών (MMN). Μόλις δημιουργηθούν αυτές οι δύο κοόρτες, θα πραγματοποιηθεί η διαδικασία βιοπληροφορικής ανάλυσης που αναπτύχθηκε από την ομάδα μας (υπό εξέταση άρθρο), ειδικά σχεδιασμένη για την ανίχνευση της διαφορικής παρουσίας εξονίων στο DNA χωρίς πλάσμα. Με αυτόν τον τρόπο, ο προγνωστικός αλγόριθμος της εμφάνισης της μετάστασης θα επικυρωθεί, καθορίζοντας την προγνωστική του αξία σε αυτή την ασθένεια. (Greek)
4 August 2022
0 references
Podľa našich predchádzajúcich výsledkov, ktoré sú v publikácii a patentovej fáze, niektoré exóny sú prítomné na rôznych úrovniach v plazme voľnej DNA (kvapalná biopsia) pacientov s kolorektálnym karcinómom s metastázami v porovnaní s nemetastickými pacientmi, čo vedie k novému konceptu, ktorý sme definovali ako diferenciálna prítomnosť exónov. Na základe týchto údajov bol vytvorený algoritmus schopný správne klasifikovať týchto pacientov. Pokračovanie v našej línii výskumu v posledných 3 rokoch, cieľom tejto štúdie je validovať prediktívne model metastáz u pacientov s kolorektálnym karcinómom, prostredníctvom analýzy diferenciálnej prítomnosti exónov v plazme voľnej DNA sekvenovaním kompletných exomas. Na tento účel sa vzorky plazmy (N=132) odoberajú z 2 referenčných nemocníc v Madridskom spoločenstve a vykoná sa sekvencovanie exome. Po dvoch rokoch sledovania sa u približne 15 % pacientov vyvinuli metastázy, takže budú preklasifikovaní do dvoch skupín: spočiatku nemetostatickí pacienti, ktorí zostávajú bez diseminovaného ochorenia po 2 rokoch sledovania (MLN) a spočiatku nemetastatickí pacienti, u ktorých sa počas týchto dvoch rokov vyvinuli metastázy (MMN). Po vytvorení týchto dvoch skupín sa vykoná postup analýzy bioinformatiky, ktorý vyvinula naša skupina (preskúmaný článok), špeciálne navrhnutý na detekciu diferenciálnej prítomnosti exónov v DNA bez plazmy. Týmto spôsobom bude validovaný predikčný algoritmus výskytu metastáz, ktorý určuje jeho prognostickú hodnotu pri tejto chorobe. (Slovak)
4 August 2022
0 references
Julkaisu- ja patenttivaiheessa olevien aiempien tulosten mukaan tiettyjä eksoneja esiintyy eri tasoilla paksu- ja peräsuolen syöpäpotilaiden plasmavapaassa DNA:ssa (nestemäinen biopsia) metastasoimattomiin potilaisiin verrattuna, mikä johtaa uuteen käsitteeseen, jonka olemme määritelleet eksonien eroksi. Näiden tietojen perusteella on luotu algoritmi, jolla nämä potilaat voidaan luokitella oikein. Tämän tutkimuksen tavoitteena on vahvistaa metastaasien ennustava malli kolorektaalisyöpäpotilailla kolmen viime vuoden aikana tutkimalla eksonien erotusta plasmasta vapaassa DNA:ssa sekvensoimalla täydelliset eksoomat. Tätä varten plasmanäytteet (N = 132) kerätään kahdesta Madridin yhteisön vertailusairaalasta, ja exome-sekvensointi suoritetaan. Kahden vuoden seurannan jälkeen noin 15 prosentille potilaista on kehittynyt etäpesäkkeitä, joten heidät luokitellaan uudelleen kahteen ryhmään: aluksi ei-metastaaivat potilaat, joilla ei ole esiintynyt levinnyttä tautia kahden vuoden seurannan jälkeen, ja aluksi ei-metastaaivat potilaat, joille on kehittynyt etäpesäkkeitä näiden kahden vuoden aikana (MMN). Kun nämä kaksi kohorttia on vahvistettu, suoritetaan ryhmämme kehittämä bioinformatiikan analyysimenetelmä (tarkasteltavana oleva esine), joka on suunniteltu erityisesti havaitsemaan eksonien ero plasmasta vapaassa DNA:ssa. Tällä tavoin etäpesäkkeen esiintymisen ennustava algoritmi validoidaan, mikä määrittää sen ennustearvon tässä sairaudessa. (Finnish)
4 August 2022
0 references
Zgodnie z naszymi poprzednimi wynikami, które znajdują się w fazie publikacji i patentu, niektóre eksony są obecne na różnych poziomach w DNA bez osocza (biopsja płynna) pacjentów z rakiem jelita grubego z przerzutami w porównaniu z pacjentami niemetastatycznymi, co skutkuje nową koncepcją, którą zdefiniowaliśmy jako różnicową obecność eksonów. Na podstawie tych danych powstał algorytm zdolny do prawidłowej klasyfikacji tych pacjentów. Kontynuując naszą linię badań w ciągu ostatnich 3 lat, celem tego badania jest walidacja modelu predykcyjnego przerzutów u pacjentów z rakiem jelita grubego, poprzez analizę różnicowej obecności eksonów w DNA wolnym od osocza poprzez sekwencjonowanie kompletnych egzomatów. W tym celu próbki osocza (N=132) zostaną pobrane z 2 szpitali referencyjnych we Wspólnocie Madrytu i przeprowadzone zostaną sekwencjonowanie exome. Po dwóch latach obserwacji około 15 % pacjentów rozwinęło przerzuty, w związku z czym zostaną przegrupowane do dwóch grup: początkowo pacjenci bez przerzutów, u których po 2 latach obserwacji (MLN) nie występują choroby rozproszone, a początkowo pacjenci bez przerzutów, u których wystąpiły przerzuty w ciągu tych dwóch lat (MMN). Po ustanowieniu tych dwóch kohort zostanie przeprowadzona procedura analizy bioinformatycznej opracowana przez naszą grupę (artykuł będący przedmiotem przeglądu), specjalnie zaprojektowana w celu wykrycia różnicowej obecności eksonów w DNA wolnym od osocza. W ten sposób zostanie zwalidowany algorytm predykcyjny pojawienia się przerzutów, określając jego wartość prognostyczną w tej chorobie. (Polish)
4 August 2022
0 references
Korábbi eredményeink szerint, amelyek a publikációs és szabadalmi fázisban vannak, egyes exonok különböző szinteken jelen vannak a vastagbélrákban szenvedő betegek plazmamentes DNS-ében (folyékony biopszia) metasztázisban, mint a nem metasztatikus betegekben, ami egy új koncepciót eredményez, amelyet az exonok differenciált jelenlétének határoztunk meg. Ezen adatok alapján létrehozott egy algoritmust, amely képes megfelelően osztályozni ezeket a betegeket. Az elmúlt 3 évben végzett kutatásainkkal folytatva, ennek a vizsgálatnak a célja a vastagbélrákban szenvedő betegek metasztázisának prediktív modelljének validálása az exonok plazmamentes DNS-ben való differenciált jelenlétének elemzésével a teljes exómák szekvenálásával. Ebből a célból plazmamintákat (N=132) vesznek a Madridi Közösség két referenciakórházából, és exome szekvenálást végeznek. Két év követés után a betegek körülbelül 15%-ánál alakulnak ki metasztázisok, így két csoportba sorolják őket: kezdetben nem metasztatikus betegek, akik 2 éves követés után is mentesek a disszeminált betegségtől (MLN), és kezdetben nem metasztatikus betegek, akiknél e két év alatt metasztázisok alakultak ki (MMN). E két kohorsz létrehozását követően a csoportunk által kifejlesztett bioinformatikai elemzési eljárást (a felülvizsgálat tárgyát képező cikk) kifejezetten az exonok plazmamentes DNS-ben való eltérő jelenlétének kimutatására tervezték. Ily módon a metasztázis megjelenésének prediktív algoritmusát validálják, meghatározva annak prognosztikai értékét ebben a betegségben. (Hungarian)
4 August 2022
0 references
Podle našich předchozích výsledků, které jsou v publikační a patentové fázi, jsou určité exony přítomny na různých úrovních DNA bez plazmy (kapalné biopsie) pacientů s kolorektálním karcinomem s metastázami ve srovnání s nemetastatickými pacienty, což vede k novému konceptu, který jsme definovali jako diferenciální přítomnost exonů. Na základě těchto údajů byl vytvořen algoritmus schopný správně klasifikovat tyto pacienty. V návaznosti na naši linii výzkumu v posledních 3 letech je cílem této studie ověřit prediktivní model metastáz u pacientů s kolorektálním karcinomem prostřednictvím analýzy diferenciální přítomnosti exonů v DNA bez plazmy sekvenováním kompletních exomů. Za tímto účelem se vzorky plazmy (N=132) odeberou ze 2 referenčních nemocnic ve Společenství v Madridu a bude provedeno sekvenování exomu. Po dvou letech sledování se u přibližně 15 % pacientů vyvinuly metastázy, takže budou reklasifikovány do dvou skupin: zpočátku nemetastatičtí pacienti, kteří zůstávají bez diseminovaného onemocnění po 2 letech sledování (MLN), a zpočátku nemetastatičtí pacienti, u nichž se během těchto dvou let vyvinuly metastázy (MMN). Jakmile budou tyto dvě kohorty vytvořeny, bude proveden bioinformatický analytický postup vyvinutý naší skupinou (přezkoumaný článek), který je speciálně navržen tak, aby detekoval diferenciální přítomnost exonů v DNA bez plazmy. Tímto způsobem bude validován prediktivní algoritmus výskytu metastáz, který určuje jeho prognostickou hodnotu v této nemoci. (Czech)
4 August 2022
0 references
Saskaņā ar mūsu iepriekšējiem rezultātiem, kas ir publicēšanas un patenta fāzē, daži eksoni ir sastopami dažādos līmeņos plazma nesaturošu DNS (šķidrā biopsija) pacientiem ar kolorektālo vēzi ar metastāzēm salīdzinājumā ar pacientiem bez metastāzēm, kā rezultātā radās jauna koncepcija, ko mēs esam definējuši kā atšķirīgu eksonu klātbūtni. Pamatojoties uz šiem datiem, ir izveidots algoritms, kas spēj pareizi klasificēt šos pacientus. Turpinot mūsu pētījumu līniju pēdējo 3 gadu laikā, šī pētījuma mērķis ir apstiprināt metastāžu prognozējošo modeli pacientiem ar kolorektālo vēzi, analizējot eksonu diferenciālo klātbūtni DNS bez plazmas, sekvencējot pilnīgas eksomas. Šim nolūkam plazmas paraugus (N=132) ņems no divām references slimnīcām Madrides kopienā, un tiks veikta eksome sekvencēšana. Pēc divu gadu novērošanas aptuveni 15 % pacientu būs izveidojušās metastāzes, tāpēc tās tiks pārklasificētas divās grupās: sākotnēji nemetastātiskus pacientus, kuriem pēc 2 gadu novērošanas (MLN) nav diseminētas slimības, un sākotnēji nemetastātiskus pacientus, kuriem šo divu gadu laikā ir izveidojušās metastāzes (MMN). Tiklīdz šīs divas kohortas būs izveidotas, tiks veikta mūsu grupas izstrādātā bioinformātikas analīzes procedūra (izstrādājums tiek pārskatīts), kas īpaši izstrādāta, lai noteiktu eksonu diferenciālo klātbūtni DNS bez plazmas. Šādā veidā tiks apstiprināts metastāžu parādīšanās prognozējošais algoritms, nosakot tās prognostisko vērtību šajā slimībā. (Latvian)
4 August 2022
0 references
De réir ár dtorthaí roimhe seo, atá sa chéim foilsithe agus paitinne, tá exons áirithe i láthair ag leibhéil éagsúla sa DNA saor ó phlasma (biopsy leachtach) d’othair a bhfuil ailse cholaireicteach acu le meiteastéisí i gcomparáid le hothair neamh-meiteastatacha, rud a fhágann go bhfuil coincheap nua ann a shainmhínímid mar láithreacht dhifreálach exons. Bunaithe ar na sonraí sin, gineadh algartam atá in ann na hothair sin a aicmiú i gceart. Ag leanúint lenár líne taighde le 3 bliana anuas, is é cuspóir an staidéir seo samhail thuarthach metastasis a bhailíochtú in othair a bhfuil ailse cholaireicteach orthu, tríd an anailís ar láithreacht dhifreálach exons i DNA saor ó phlasma trí sheicheamh iomlán exomas. Chuige sin, baileofar samplaí plasma (N=132) ó dhá ospidéal tagartha i gComhphobal Mhaidrid agus déanfar seicheamhú orthu. Tar éis dhá bhliain d’obair leantach, beidh thart ar 15 % d’othair tar éis metastases a fhorbairt, mar sin déanfar iad a athaicmiú ina dhá ghrúpa: ar dtús, othair neamh-meiteastatacha a fhanann saor ó ghalar scaipthe tar éis 2 bhliain d’obair leantach (MLN) agus ar dtús neamh-meiteastatach othair a d’fhorbair metastases le linn an dá bhliain sin (MMN). Nuair a bheidh an dá chohórt sin bunaithe, déanfar an nós imeachta anailíse bithfhaisnéisíochta a d’fhorbair ár ngrúpa (airteagal faoi athbhreithniú), atá deartha go sonrach chun láithreacht dhifreálach na n-easón i DNA saor ó phlasma a bhrath. Ar an mbealach seo, déanfar an t-algartam tuarthach ar chuma metastasis a bhailíochtú, ag cinneadh a luach prognostic sa ghalar seo. (Irish)
4 August 2022
0 references
Glede na naše prejšnje rezultate, ki so v fazi objave in patentne faze, so nekatere eksone prisotne na različnih ravneh v plazmi proste DNA (tekoče biopsije) bolnikov s kolorektalnim rakom z metastazami v primerjavi z nemetastatskimi bolniki, kar ima za posledico nov koncept, ki smo ga opredelili kot diferencialno prisotnost eksonov. Na podlagi teh podatkov je bil ustvarjen algoritem, ki lahko pravilno razvrsti te bolnike. V nadaljevanju naše raziskave v zadnjih treh letih je cilj te študije potrditi napovedni model metastaz pri bolnikih s kolorektalnim rakom z analizo diferencialne prisotnosti eksonov v DNK brez plazme s sekvenciranjem popolnih eksomov. V ta namen se bodo vzorci plazme (N=132) zbirali v dveh referenčnih bolnišnicah v Skupnosti Madrid in izvedli sekvenciranje eksomov. Po dveh letih spremljanja bo približno 15 % bolnikov razvilo metastaze, zato bodo prerazvrščeni v dve skupini: sprva nemetastatski bolniki, ki so ostali brez diseminirane bolezni po 2 letih spremljanja (MLN), in na začetku nemetastatski bolniki, pri katerih so se metastaze razvile v teh dveh letih (MMN). Ko bosta ti kohorti vzpostavljeni, bo opravljen bioinformatični postopek analize, ki ga je razvila naša skupina (izdelek, ki se pregleduje) in je posebej zasnovan za odkrivanje diferencialne prisotnosti eksonov v DNK brez plazme. Na ta način bo potrjen napovedni algoritem pojava metastaz, ki določa njegovo prognostično vrednost pri tej bolezni. (Slovenian)
4 August 2022
0 references
Според нашите предишни резултати, които са във фаза на публикуване и патент, някои екзони присъстват на различни нива в свободната плазма ДНК (течна биопсия) на пациенти с колоректален рак с метастази в сравнение с неметастатични пациенти, което води до нова концепция, която сме определили като диференциално присъствие на екзони. Въз основа на тези данни е генериран алгоритъм, способен да класифицира правилно тези пациенти. Продължавайки с нашата линия на изследване през последните 3 години, целта на това проучване е да валидира прогнозния модел на метастаза при пациенти с колоректален рак, чрез анализ на диференциалното наличие на екзони в ДНК без плазма чрез секвениране на пълни екзоми. За тази цел ще бъдат взети проби от плазма (N=132) от 2 референтни болници в община Мадрид и ще се извърши екзоматична последователност. След две години проследяване приблизително 15 % от пациентите ще са развили метастази, така че те ще бъдат прекласифицирани в две групи: първоначално неметастатични пациенти, които остават свободни от дисеминирана болест след 2 години проследяване (MLN) и първоначално неметастатични пациенти, които са развили метастази през тези две години (MMN). След като тези две кохорти бъдат установени, ще се извърши процедурата за анализ на биоинформатиката, разработена от нашата група (статия в процес на преглед), специално предназначена за откриване на диференциалното присъствие на екзони в свободната от плазма ДНК. По този начин прогнозният алгоритъм за появата на метастаза ще бъде валидиран, определяйки прогностичната му стойност при това заболяване. (Bulgarian)
4 August 2022
0 references
Skont ir-riżultati preċedenti tagħna, li huma fil-fażi tal-pubblikazzjoni u tal-privattiva, ċerti exons huma preżenti f’livelli differenti fid-DNA ħieles mill-plażma (bijopsija likwida) ta’ pazjenti b’kanċer kolorettali b’metastasi meta mqabbla ma’ pazjenti mhux metastatiċi, li jirriżulta f’kunċett ġdid li ddefinixxa bħala preżenza differenzjali ta’ eżoni. Abbażi ta’ din id-dejta, ġie ġġenerat algoritmu li kapaċi jikklassifika dawn il-pazjenti b’mod korrett. Filwaqt li nkomplu bil-linja tagħna ta ‘riċerka matul l-aħħar 3 snin, l-għan ta’ dan l-istudju huwa li jivvalida l-mudell ta ‘tbassir ta’ metastasi f’pazjenti b’kanċer kolorettali, permezz tal-analiżi tal-preżenza differenzjali ta’ eżoni fid-DNA ħieles tal-plażma billi jiġu sekwenzjati eżomai sħaħ. Għal dan il-għan, il-kampjuni tal-plażma (N=132) se jinġabru minn żewġ sptarijiet ta’ referenza fil-Komunità ta’ Madrid u se jitwettaq sekwenzar exome. Wara sentejn ta’ follow-up, madwar 15 % tal-pazjenti jkunu żviluppaw metastasi, u għalhekk se jiġu kklassifikati mill-ġdid f’żewġ gruppi: pazjenti li fil-bidu ma kienux metastatiċi li baqgħu ħielsa mill-marda mxerrda wara sentejn ta’ follow-up (MLN) u fil-bidu pazjenti mhux metastatiċi li żviluppaw metastasi matul dawk is-sentejn (MMN). Ladarba dawn iż-żewġ koorti jkunu ġew stabbiliti, il-proċedura tal-analiżi bijoinformatika żviluppata mill-grupp tagħna (l-artikolu li qed jiġi rivedut), speċifikament imfassla biex tindividwa l-preżenza differenzjali tal-eżoni fid-DNA ħieles mill-plażma, se titwettaq. B’dan il-mod, l-algoritmu ta’ tbassir tad-dehra tal-metastasi jiġi vvalidat, billi jiġi stabbilit il-valur pronjostiku tagħha f’din il-marda. (Maltese)
4 August 2022
0 references
De acordo com nossos resultados anteriores, que estão em fase de publicação e patente, certos exons estão presentes em diferentes níveis no DNA livre de plasma (biópsia líquida) de pacientes com cancro colorretal com metástases em comparação com pacientes não metastáticos, resultando em um novo conceito que temos definido como presença diferencial de exões. Com base nesses dados, foi gerado um algoritmo capaz de classificar corretamente esses pacientes. Continuando com nossa linha de pesquisa nos últimos 3 anos, o objetivo deste estudo é validar o modelo preditivo de metástases em pacientes com cancro colorretal, por meio da análise da presença diferencial de exons no DNA livre de plasma por sequenciamento de exomas completos. Para o efeito, serão colhidas amostras de plasma (N=132) em 2 hospitais de referência da Comunidade de Madrid e será efetuada a sequenciação do exoma. Após dois anos de seguimento, aproximadamente 15 % dos pacientes desenvolveram metástases, sendo reclassificadas em dois grupos: inicialmente, os doentes não metastáticos que permanecem livres de doença disseminada após 2 anos de seguimento (MLN) e, inicialmente, os doentes não metastáticos que desenvolveram metástases durante esses dois anos (NMM). Uma vez estabelecidas estas duas coortes, será realizado o procedimento de análise de bioinformática desenvolvido pelo nosso grupo (artigo em revisão), especificamente concebido para detetar a presença diferencial de exões no DNA livre de plasma. Dessa forma, o algoritmo preditivo do aparecimento de metástases será validado, determinando seu valor prognóstico nessa doença. (Portuguese)
4 August 2022
0 references
Ifølge vores tidligere resultater, som er i publikations- og patentfasen, er visse exoner til stede på forskellige niveauer i plasmafri DNA (flydende biopsi) hos patienter med kolorektal kræft med metastaser sammenlignet med ikke-metastatiske patienter, hvilket resulterer i et nyt koncept, som vi har defineret som differentieret tilstedeværelse af exoner. På grundlag af disse data er der genereret en algoritme, der er i stand til at klassificere disse patienter korrekt. Formålet med denne undersøgelse er at validere den prædiktive metastasemodel hos patienter med kolorektal kræft gennem analyse af differentiale tilstedeværelsen af exoner i plasmafrit DNA ved at sekventere komplette exomer. Til dette formål vil der blive indsamlet plasmaprøver (N=132) fra to referencehospitaler i Madrid-fællesskabet, og der vil blive foretaget exome-sekvensering. Efter to års opfølgning vil ca. 15 % af patienterne have udviklet metastaser, så de vil blive omklassificeret til to grupper: i første omgang ikke- metastatiske patienter, som forbliver fri for dissemineret sygdom efter 2 års opfølgning (MLN) og i første omgang ikke- metastatiske patienter, som har udviklet metastaser i løbet af disse to år (MMN). Når disse to kohorter er blevet etableret, vil den bioinformatikanalyseprocedure, der er udviklet af vores gruppe (artikel under gennemgang), specielt designet til at påvise differentieret tilstedeværelse af exons i plasmafrit DNA, blive udført. På denne måde vil den prædiktive algoritme for udseendet af metastase blive valideret, hvilket bestemmer dens prognostiske værdi i denne sygdom. (Danish)
4 August 2022
0 references
Conform rezultatelor noastre anterioare, care se află în faza de publicare și brevetare, anumiți exoni sunt prezenți la diferite niveluri în ADN-ul liber plasmatic (biopsia lichidă) al pacienților cu cancer colorectal cu metastaze comparativ cu pacienții nemetastatici, rezultând un nou concept pe care l-am definit ca prezență diferențială a exonilor. Pe baza acestor date, a fost generat un algoritm capabil să clasifice corect acești pacienți. Continuând cu linia noastră de cercetare în ultimii 3 ani, obiectivul acestui studiu este de a valida modelul predictiv al metastazelor la pacienții cu cancer colorectal, prin analiza prezenței diferențiale a exonilor în ADN-ul fără plasmă prin secvențierea exoamelor complete. În acest scop, probele de plasmă (N=132) vor fi colectate de la două spitale de referință din Comunitatea Madrid și se va efectua secvențierea exome. După doi ani de urmărire, aproximativ 15 % dintre pacienți vor fi dezvoltat metastaze, astfel încât acestea vor fi reclasificate în două grupuri: inițial, pacienții nemetastatici care rămân liberi de boala diseminată după 2 ani de urmărire (NMM) și inițial pacienții nemetastatici care au dezvoltat metastaze în cei doi ani (MMN). Odată ce aceste două cohorte au fost stabilite, se va efectua procedura de analiză bioinformatică dezvoltată de grupul nostru (articol în curs de examinare), special concepută pentru a detecta prezența diferențială a exonilor în ADN-ul fără plasmă. În acest fel, algoritmul predictiv al apariției metastazelor va fi validat, determinând valoarea sa prognostică în această boală. (Romanian)
4 August 2022
0 references
Enligt våra tidigare resultat, som är i publicerings- och patentfasen, finns vissa exoner på olika nivåer i plasmafritt DNA (flytande biopsi) hos patienter med kolorektalcancer med metastaser jämfört med icke-metastatiska patienter, vilket resulterar i ett nytt koncept som vi har definierat som differential närvaro av exoner. Baserat på dessa data har en algoritm som kan klassificera dessa patienter korrekt genererats. Fortsatt med vår forskningslinje under de senaste 3 åren, målet med denna studie är att validera den prediktiva modellen av metastas hos patienter med kolorektal cancer, genom analys av differential närvaron av exoner i plasmafritt DNA genom att sekvensera kompletta exom. För detta ändamål kommer plasmaprover (N=132) att samlas in från två referenssjukhus i Madrid och exome sekvensering kommer att utföras. Efter två års uppföljning kommer cirka 15 % av patienterna att ha utvecklat metastaser, så de kommer att omklassificeras till två grupper: initialt icke-metastatiska patienter som förblir fria från spridd sjukdom efter 2 års uppföljning (MLN) och initialt icke-metastatiska patienter som har utvecklat metastaser under dessa två år (MMN). När dessa två kohorter har etablerats kommer den bioinformatikanalysprocedur som utvecklats av vår grupp (artikel under granskning), särskilt utformad för att upptäcka differentialförekomsten av exoner i plasmafritt DNA, att utföras. På detta sätt kommer den prediktiva algoritmen för uppkomsten av metastaser att valideras, vilket bestämmer dess prognostiska värde i denna sjukdom. (Swedish)
4 August 2022
0 references
Madrid
0 references
20 December 2023
0 references
Identifiers
PI17_01233
0 references