TRACKING AND VALIDATION OF MUTATIONS IN NON-CODING REGIONS AND SPLICEOSOMAL GENES IN ACUTE MYELOBLASTIC LEUKEMIA (AML) (Q3137718)
Jump to navigation
Jump to search
Project Q3137718 in Spain
| Language | Label | Description | Also known as |
|---|---|---|---|
| English | TRACKING AND VALIDATION OF MUTATIONS IN NON-CODING REGIONS AND SPLICEOSOMAL GENES IN ACUTE MYELOBLASTIC LEUKEMIA (AML) |
Project Q3137718 in Spain |
Statements
65,340.0 Euro
0 references
120,000.0 Euro
0 references
54.45 percent
0 references
1 January 2017
0 references
31 March 2020
0 references
FUNDACION PARA LA INVESTIGACION DEL HOSPITAL UNIVERSITARIO Y POLITECNICO LA FE DE LA CV. INSTITUTO DE INVESTIGACION SANITARIA LA FE
0 references
El estudio de las bases moleculares de la Leucemia Mieloblástica Aguda (LMA) se ha centrado fundamentalmente en la identificación de mutaciones que alteran la secuencia codificante (exones) de diversos genes. Sin embargo, el mapeo de mutaciones en regiones no codificantes, incluso de aquellos genes que juegan un papel determinante en la leucemogénesis, permanece virtualmente inexplorado en la LMA. Entre estas regiones destacan las regiones intrónicas profundas, regiones promotoras, de splicing o las no traducidas (5'-UTR o 3'-UTR). Todas estas anomalías podrían conducir a una actividad transcripcional aberrante como consecuencia, entre otros, de la activación de sitios de splicing crípticos. Por otra parte, a pesar de su potencial papel como dianas terapéuticas, la importancia de las mutaciones que afectan a los componentes de la maquinaria del splicing (como SRSF2, U2AF1 y SF3B1) no ha sido explorada en profundidad en la LMA. En el presente proyecto se pretende analizar la secuencia completa y regiones reguladoras adyacentes de los genes considerados más relevantes en la LMA y en genes del spliceosoma mediante una estrategia de secuenciación masiva dirigida. Para ello se secuenciará la región genómica completa de 27 genes en 200 pacientes con LMA y se evaluará el efecto de las alteraciones genéticas detectadas mediante diferentes estrategias, tales como el estudio de modelos funcionales in silico para la priorización de variantes, la secuenciación del transcriptoma y ensayos con modelos celulares in vitro mediante ensayos de minigenes y CRISPR para validar el papel leucemogénico de las mutaciones detectadas. (Spanish)
0 references
The study of the molecular bases of Acute Myeloblastic Leukemia (AML) has focused primarily on the identification of mutations that alter the coding sequence (exons) of various genes. However, the mapping of mutations in non-coding regions, even those genes that play a determining role in leucemogenesis, remains virtually unexplored in AML. These regions include deep intronic regions, promoter, splicing or untranslated regions (5‘-UTR or 3’-UTR). All these anomalies could lead to an aberrant transcriptional activity as a consequence, among others, of activation of cryptic splicing sites. Moreover, despite their potential role as therapeutic targets, the importance of mutations affecting splicing machinery components (such as SRSF2, U2AF1 and SF3B1) has not been thoroughly explored in AML. This project aims to analyse the complete sequence and adjacent regulatory regions of the genes considered most relevant in AML and spliceosome genes through a targeted mass sequencing strategy. To this end, the complete genomic region of 27 genes will be sequenced in 200 patients with AML and the effect of genetic alterations detected through different strategies will be evaluated, such as the study of functional models in silico for the prioritisation of variants, transcriptome sequencing and in vitro cell model trials using minigenes and CRISPR to validate the leukogenic role of the detected mutations. (English)
12 October 2021
0.162188267194325
0 references
L’étude des bases moléculaires de la leucémie aiguë Myeloblastique (AML) a principalement porté sur l’identification des mutations qui modifient la séquence codante (exons) de divers gènes. Cependant, la cartographie des mutations dans les régions non codantes, même les gènes qui jouent un rôle déterminant dans la leucémogenèse, reste pratiquement inexplorée dans la LAM. Ces régions comprennent les régions profondes introniques, les promoteurs, les régions d’épissage ou les régions non traduites (5‘-UTR ou 3’-UTR). Toutes ces anomalies pourraient conduire à une activité transcriptionnelle aberrante résultant, entre autres, de l’activation des sites d’épissage cryptiques. De plus, malgré leur rôle potentiel en tant que cibles thérapeutiques, l’importance des mutations affectant les composants des machines d’épissage (tels que SRSF2, U2AF1 et SF3B1) n’a pas été étudiée en profondeur dans le cadre de la lutte contre le blanchiment de capitaux. Ce projet vise à analyser la séquence complète et les régions de régulation adjacentes des gènes considérés comme les plus pertinents dans les gènes AML et spliceosomes au moyen d’une stratégie de séquençage de masse ciblée. À cette fin, la région génomique complète de 27 gènes sera séquencée chez 200 patients atteints de LMA et l’effet des altérations génétiques détectées au moyen de différentes stratégies sera évalué, comme l’étude de modèles fonctionnels in silico pour la priorisation des variantes, le séquençage du transcriptome et les essais in vitro de modèles cellulaires à l’aide de minigènes et de CRISPR pour valider le rôle leucogène des mutations détectées. (French)
2 December 2021
0 references
Die Studie der molekularen Grundlagen der Acute Myeloblastic Leukemia (AML) konzentrierte sich in erster Linie auf die Identifizierung von Mutationen, die die Kodierungssequenz (Exons) verschiedener Gene verändern. Allerdings bleibt die Kartierung von Mutationen in nichtkodierenden Regionen, selbst jenen Genen, die eine entscheidende Rolle bei der Leucemogenese spielen, in der AML praktisch unerforscht. Diese Regionen umfassen tiefe intronische Regionen, Förderer, Spleißen oder nicht übersetzte Regionen (5‚-UTR oder 3‘-UTR). All diese Anomalien könnten zu einer außerranten Transkriptionsaktivität führen, u. a. als Folge der Aktivierung kryptischer Spleiß-Standorte. Darüber hinaus wurde trotz ihrer potenziellen Rolle als therapeutische Ziele die Bedeutung von Mutationen, die Spleißmaschinenkomponenten (wie SRSF2, U2AF1 und SF3B1) betreffen, in der AML nicht gründlich untersucht. Ziel dieses Projekts ist es, die komplette Sequenz und die angrenzenden regulatorischen Regionen der Gene zu analysieren, die für AML und Spleißomen am relevantesten sind, und zwar durch eine gezielte Massensequenzierungsstrategie. Zu diesem Zweck wird die gesamte genomische Region von 27 Genen bei 200 Patienten mit AML sequenziert und die Wirkung genetischer Veränderungen, die durch unterschiedliche Strategien nachgewiesen werden, bewertet, wie z. B. die Untersuchung von Funktionsmodellen in Silico zur Priorisierung von Varianten, Transkriptome Sequencing und In-vitro-Zellmodellstudien mit Minigenen und CRISPR zur Validierung der leukogenen Rolle der erkannten Mutationen. (German)
9 December 2021
0 references
De studie van de moleculaire basen van Acute Myeloblastic Leukemia (AML) heeft zich voornamelijk gericht op de identificatie van mutaties die de coderingsequentie (exons) van verschillende genen veranderen. Echter, het in kaart brengen van mutaties in niet-coderende regio’s, zelfs die genen die een bepalende rol spelen in leucemogenese, blijft vrijwel onontgonnen in AML. Tot deze regio’s behoren diep intronic-regio’s, promotors, verbindings- of niet-vertaalde regio’s (5„-UTR of 3”-UTR). Al deze anomalieën kunnen leiden tot een afwijkende transcriptionele activiteit als gevolg van onder meer activering van cryptische splicing sites. Bovendien is, ondanks hun potentiële rol als therapeutische doelen, het belang van mutaties die van invloed zijn op componenten van het verbinden van machines (zoals SRSF2, U2AF1 en SF3B1) niet grondig onderzocht in AML. Dit project is gericht op het analyseren van de volledige sequentie en aangrenzende regelgevende gebieden van de genen die het meest relevant worden geacht in AML en spliceosome genen door middel van een gerichte massa sequencing strategie. Daartoe zal de volledige genomic regio van 27 genen worden gesequenceerd bij 200 patiënten met AML en het effect van genetische veranderingen gedetecteerd door verschillende strategieën zal worden geëvalueerd, zoals de studie van functionele modellen in silico voor de prioritering van varianten, transcriptoom sequencing en in vitro cel modelstudies met behulp van minigenen en CRISPR om de leukogene rol van de gedetecteerde mutaties te valideren. (Dutch)
17 December 2021
0 references
Lo studio delle basi molecolari della leucemia mieloblastica acuta (AML) si è concentrato principalmente sull'identificazione delle mutazioni che alterano la sequenza di codifica (esoni) di vari geni. Tuttavia, la mappatura delle mutazioni nelle regioni non codificanti, anche quei geni che svolgono un ruolo determinante nella leucemogenesi, rimane praticamente inesplorata nella LMA. Queste regioni comprendono regioni introniche profonde, promotrici, splicing o regioni non tradotte (5‘-UTR o 3'-UTR). Tutte queste anomalie potrebbero portare ad un'attività trascrizionale aberrante come conseguenza, tra l'altro, dell'attivazione di siti criptici splicing. Inoltre, nonostante il loro potenziale ruolo di obiettivi terapeutici, l'importanza delle mutazioni che incidono sui componenti dei macchinari di giunzione (come SRSF2, U2AF1 e SF3B1) non è stata approfonditamente esplorata nella LMA. Questo progetto mira ad analizzare la sequenza completa e le regioni normative adiacenti dei geni considerati più rilevanti nella LMA e nei geni spliceosomi attraverso una strategia mirata di sequenziamento di massa. A tal fine, la regione genomica completa di 27 geni sarà sequenziata in 200 pazienti con LMA e verrà valutato l'effetto delle alterazioni genetiche rilevate attraverso diverse strategie, come lo studio di modelli funzionali in silico per la definizione delle priorità delle varianti, il sequenziamento del trascrittoma e gli studi su modelli cellulari in vitro utilizzando minigene e CRISPR per convalidare il ruolo leucogenico delle mutazioni rilevate. (Italian)
16 January 2022
0 references
Ägeda müeloblastse leukeemia (AML) molekulaarsete aluste uuring on keskendunud peamiselt selliste mutatsioonide tuvastamisele, mis muudavad erinevate geenide kodeerimisjärjestust (eksoneid). Kuid mutatsioonide kaardistamine mittekodeerivates piirkondades, isegi need geenid, millel on määrav roll leucemogeneesis, on AML-is praktiliselt uurimata. Need piirkonnad on sügavad intronic piirkonnad, edendajad, splicing või tõlkimata piirkonnad (5’-UTR või 3’-UTR). Kõik need anomaaliad võivad kaasa tuua hälbiva transkriptsiooni, mis on muu hulgas tingitud krüptitud pilualade aktiveerimisest. Hoolimata nende võimalikust rollist terapeutiliste sihtmärkidena, ei ole müeloidleukeemia puhul põhjalikult uuritud mutatsioonide tähtsust, mis mõjutavad masina osi (nt SRSF2, U2AF1 ja SF3B1). Selle projekti eesmärk on analüüsida AML-i ja spliceosoomi geenide puhul kõige olulisemaks peetavate geenide täielikku järjestust ja nendega külgnevaid regulatiivseid piirkondi sihipärase massijärjestuse strateegia abil. Sel eesmärgil järjestatakse 27 geenist koosnev täielik genoomiline piirkond 200 AML-iga patsiendil ja hinnatakse erinevate strateegiate abil tuvastatud geneetiliste muundumiste mõju, näiteks funktsionaalsete mudelite uurimine silikos variantide prioriseerimiseks, transkriptome järjestuse määramine ja in vitro rakumudelite uuringud, kasutades minigeene ja CRISPRi tuvastatud mutatsioonide leukogeense rolli valideerimiseks. (Estonian)
4 August 2022
0 references
Ūminės mieloblastinės leukemijos (AML) molekulinių bazių tyrimas daugiausia buvo sutelktas į mutacijų, kurios keičia įvairių genų kodavimo seką (eksonus), identifikavimą. Tačiau mutacijų kartografavimas nekoduojamuose regionuose, net ir tuose genuose, kurie atlieka lemiamą vaidmenį leucemogeneze, beveik neištirtas ŪML. Šie regionai apima gilius introninius regionus, skatintojus, susietuosius arba netransliuotus regionus (5’-UTR arba 3’-UTR). Dėl visų šių anomalijų gali atsirasti nepalanki transkripcinė veikla, dėl kurios, be kita ko, aktyvuojamos kriptografinės sujungimo vietos. Be to, nepaisant galimo jų, kaip gydomųjų taikinių, vaidmens, atliekant ŪML nebuvo nuodugniai ištirta mutacijų, turinčių įtakos sujungimo mašinų komponentams (pvz., SRSF2, U2AF1 ir SF3B1), svarba. Šiuo projektu siekiama, taikant tikslinę masinės sekos nustatymo strategiją, išanalizuoti visą genų, kurie laikomi aktualiausiais ŪML ir splikeosomų genais, seką ir gretimus reguliavimo regionus. Šiuo tikslu visas 27 genų genominis regionas bus sekamas 200 pacientų, sergančių ŪML, ir bus įvertintas genetinių pakitimų, nustatytų taikant skirtingas strategijas, poveikis, pvz., funkcinių modelių tyrimas in silico dėl variantų prioritetų nustatymo, transkriptomos sekos nustatymas ir in vitro ląstelių modelių tyrimai naudojant minigenus ir CRISPR, siekiant patvirtinti nustatytų mutacijų leukogeninį vaidmenį. (Lithuanian)
4 August 2022
0 references
Ispitivanje molekularnih baza akutne mijeloblastične leukemije (AML) usmjereno je prvenstveno na identifikaciju mutacija koje mijenjaju slijed kodiranja (eksone) različitih gena. Međutim, mapiranje mutacija u nekodirajućim područjima, čak i onih gena koji imaju odlučujuću ulogu u leucemogenezi, ostaje gotovo neistraženo u AML-u. Te regije uključuju duboke introničke regije, promicatelje, povezivanje ili neprevedene regije (5‚-UTR ili 3’-UTR). Sve te anomalije mogu dovesti do aberrantne transkripcijske aktivnosti kao posljedica, među ostalim, aktivacije zagonetnih stranica za spajanje. Štoviše, unatoč njihovoj potencijalnoj ulozi kao terapijskih ciljeva, važnost mutacija koje utječu na komponente strojeva za spajanje (kao što su SRSF2, U2AF1 i SF3B1) nije temeljito istražena u AML-u. Cilj je ovog projekta analizirati cjelokupni slijed i susjedne regulatorne regije gena koji se smatraju najvažnijima u genima AML i spliceosome genima ciljanom strategijom sekvenciranja mase. U tu svrhu, kompletna genomska regija od 27 gena bit će sekvencirana u 200 bolesnika s AML-om i procijenit će se učinak genetskih promjena otkrivenih kroz različite strategije, kao što je proučavanje funkcionalnih modela in silico za određivanje prioriteta varijanti, sekvenciranje transkriptoma i in vitro stanični model ispitivanja u kojima se koriste minigene i CRISPR kako bi se potvrdila leukogena uloga detektiranih mutacija. (Croatian)
4 August 2022
0 references
Η μελέτη των μοριακών βάσεων της οξείας μυελοβλαστικής λευχαιμίας (AML) επικεντρώθηκε κυρίως στην ταυτοποίηση των μεταλλάξεων που μεταβάλλουν την ακολουθία κωδικοποίησης (exons) διαφόρων γονιδίων. Ωστόσο, η χαρτογράφηση των μεταλλάξεων σε μη κωδικοποιημένες περιοχές, ακόμη και εκείνων των γονιδίων που διαδραματίζουν καθοριστικό ρόλο στη λεουκμογένεση, παραμένει σχεδόν ανεξερεύνητη στην ΟΜΛ. Οι περιφέρειες αυτές περιλαμβάνουν περιοχές βαθέων intronic, φορείς προώθησης, συνδεόμενες ή μη μεταφρασμένες περιφέρειες (5“-UTR ή 3”-UTR). Όλες αυτές οι ανωμαλίες θα μπορούσαν να οδηγήσουν σε μια παρεκκλίνουσα μεταγραφική δραστηριότητα ως συνέπεια, μεταξύ άλλων, της ενεργοποίησης των κρυπτογραφημένων τόπων σύνδεσης. Επιπλέον, παρά τον δυνητικό ρόλο τους ως θεραπευτικών στόχων, η σημασία των μεταλλάξεων που επηρεάζουν τα εξαρτήματα μηχανών σύνδεσης (όπως οι SRSF2, U2AF1 και SF3B1) δεν έχει διερευνηθεί διεξοδικά στο πλαίσιο της ΟΜΛ. Το έργο αυτό έχει ως στόχο να αναλύσει την πλήρη αλληλουχία και τις παρακείμενες ρυθμιστικές περιοχές των γονιδίων που θεωρούνται πιο σημαντικά για τα γονίδια AML και τα σφαιροσώματα μέσω μιας στοχοθετημένης στρατηγικής μαζικής αλληλουχίας. Για το σκοπό αυτό, η πλήρης γονιδιωματική περιοχή των 27 γονιδίων θα ακολουθηθεί σε 200 ασθενείς με ΟΜΛ και θα αξιολογηθεί η επίδραση των γενετικών αλλοιώσεων που εντοπίζονται μέσω διαφορετικών στρατηγικών, όπως η μελέτη λειτουργικών μοντέλων στο silico για την ιεράρχηση των παραλλαγών, η αλληλουχία μεταγραφών και οι δοκιμές μοντέλων in vitro με χρήση μικρογονιδίων και CRISPR για την επικύρωση του λευκογόνου ρόλου των εντοπιζόμενων μεταλλάξεων. (Greek)
4 August 2022
0 references
Štúdia molekulárnych báz akútnej myeloblastic leukémie (AML) sa zamerala predovšetkým na identifikáciu mutácií, ktoré menia kódovaciu sekvenciu (exóny) rôznych génov. Mapovanie mutácií v nekódujúcich oblastiach, dokonca aj tých génov, ktoré zohrávajú rozhodujúcu úlohu v leucemogenéze, však zostáva prakticky nepreskúmané v AML. Medzi tieto regióny patria hlboké intronické regióny, propagátor, spájanie alebo nepreložené regióny (5‚-UTR alebo 3‘-UTR). Všetky tieto anomálie by mohli viesť k aberantnej transkripčnej činnosti ako dôsledok, okrem iného, aktivácie kryptických stránok spájania. Okrem toho, napriek ich potenciálnej úlohe ako terapeutických cieľov sa v AML dôkladne neskúmal význam mutácií ovplyvňujúcich komponenty strojového zariadenia (ako SRSF2, U2AF1 a SF3B1). Cieľom tohto projektu je analyzovať úplnú sekvenciu a susediace regulačné oblasti génov považovaných za najdôležitejšie v AML a spliceozómových génoch prostredníctvom cielenej stratégie hromadného sekvenovania. Na tento účel sa kompletná genomická oblasť 27 génov bude sekvenovať u 200 pacientov s AML a vyhodnotí sa účinok genetických zmien zistených prostredníctvom rôznych stratégií, ako je napríklad štúdium funkčných modelov in silico na stanovenie priorít variantov, sekvenovanie transkriptómov a štúdie bunkového modelu in vitro s použitím minigénov a CRISPR na overenie leukogénnej úlohy zistených mutácií. (Slovak)
4 August 2022
0 references
Akuutin myeloblastisen leukemian (AML) molekyyliemästen tutkimuksessa on keskitytty pääasiassa sellaisten mutaatioiden tunnistamiseen, jotka muuttavat eri geenien koodaussekvenssiä (eksoneja). Koodaamattomilla alueilla esiintyvien mutaatioiden kartoitusta, jopa niiden geenien kartoitusta, joilla on ratkaiseva merkitys leucemogenesisissä, ei kuitenkaan ole tutkittu AML:ssä. Näihin alueisiin kuuluvat syvät introniset alueet, hankkeiden vetäjät, yhdistävät alueet tai muuttamattomat alueet (5’-UTR tai 3’-UTR). Kaikki nämä poikkeamat voivat johtaa poikkeavaan transkriptiotoimintaan muun muassa kryptisten liitospaikkojen aktivoinnin seurauksena. Huolimatta niiden mahdollisesta roolista terapeuttisina kohteina lisäkoneiden komponentteihin vaikuttavien mutaatioiden (kuten SRSF2, U2AF1 ja SF3B1) merkitystä ei ole tutkittu perusteellisesti AML-tutkimuksessa. Tämän hankkeen tavoitteena on analysoida AML- ja spliceosome-geenien kannalta merkityksellisten geenien koko sekvenssiä ja niihin liittyviä sääntelyalueita kohdennetun massasekvensointistrategian avulla. Tätä varten 27 geenin täydellinen genomialue sekvensoidaan 200 potilaalla, joilla on AML, ja arvioidaan eri strategioiden avulla havaittujen geneettisten muutosten vaikutusta. Tällaisia ovat esimerkiksi funktionaalisten mallien tutkimus muunnelmien priorisointia varten, transkriptomisekvensointi ja in vitro -solumallitutkimukset, joissa käytetään minigeeniä ja CRISPR:ää havaittujen mutaatioiden leukogeenisen roolin validoimiseksi. (Finnish)
4 August 2022
0 references
Badanie zasad molekularnych ostrej białaczki mieloblastycznej (AML) koncentrowało się przede wszystkim na identyfikacji mutacji, które zmieniają sekwencję kodowania (eksony) różnych genów. Jednak mapowanie mutacji w regionach niekodujących, nawet tych genów, które odgrywają decydującą rolę w leucemogenezie, pozostaje praktycznie niezbadane w AML. Regiony te obejmują regiony głębokiej intronii, promotora, regiony łączące lub nieprzetłumaczone (5'-UTR lub 3'-UTR). Wszystkie te anomalie mogą prowadzić do aberracyjnej działalności transkrypcyjnej w wyniku, między innymi, aktywacji zaszyfrowanych miejsc splicingu. Ponadto, pomimo ich potencjalnej roli jako celów terapeutycznych, znaczenie mutacji wpływających na elementy maszyn łączących (takich jak SRSF2, U2AF1 i SF3B1) nie zostało dokładnie zbadane w AML. Projekt ten ma na celu analizę pełnej sekwencji i sąsiednich regionów regulacyjnych genów uznanych za najistotniejsze w genach AML i spliceosomeach poprzez ukierunkowaną strategię sekwencjonowania masowego. W tym celu pełny obszar genomowy 27 genów będzie sekwencjonowany u 200 pacjentów z AML, a efekt zmian genetycznych wykrytych za pomocą różnych strategii zostanie poddany ocenie, takich jak badanie modeli funkcjonalnych w silico w celu ustalenia priorytetów wariantów, sekwencjonowania transkryptomów i badań modeli komórek in vitro z wykorzystaniem minigenów i CRISPR w celu potwierdzenia leukogenowej roli wykrytych mutacji. (Polish)
4 August 2022
0 references
Az Acute Myeloblastic Leukaemia (AML) molekuláris bázisainak vizsgálata elsősorban a különböző gének kódolási szekvenciáját (exonjait) módosító mutációk azonosítására összpontosított. A mutációk feltérképezése azonban a nem kódoló régiókban, még azokban a génekben is, amelyek meghatározó szerepet játszanak a leucemogenezisben, gyakorlatilag nem tárt fel az AML-ben. E régiók közé tartoznak a mély intronikus régiók, a támogatók, a splicing vagy a le nem fordított régiók (5’-UTR vagy 3’-UTR). Mindezek az anomáliák abnormális transzkripciós aktivitáshoz vezethetnek, aminek következménye többek között a rejtélyes splicing helyek aktiválása. Ezen túlmenően, annak ellenére, hogy terápiás célpontként betöltött potenciális szerepük van, az AML-ben nem vizsgálták meg alaposan a splicing gépek alkatrészeit (például SRSF2, U2AF1 és SF3B1) érintő mutációk fontosságát. A projekt célja az AML-ben és a spliceosome génekben leginkább relevánsnak tekintett gének teljes szekvenciáját és szomszédos szabályozási régióit egy célzott tömegszekvenálási stratégia segítségével elemezni. Ebből a célból a 27 gének teljes genomikus régióját 200 AML-ben szenvedő betegnél szekvenálják, és értékelik a különböző stratégiákon keresztül kimutatott genetikai változások hatását, mint például a funkcionális modellek in silico vizsgálatát a variánsok rangsorolása, a transzkriptomok szekvenálása és az in vitro sejtmodell-vizsgálatok során, minigéneket és CRISPR-t alkalmazva az észlelt mutációk leukogén szerepének validálása céljából. (Hungarian)
4 August 2022
0 references
Studium molekulárních bází akutní myeloblastické leukémie (AML) se zaměřilo především na identifikaci mutací, které mění kódovací sekvenci (exony) různých genů. Nicméně mapování mutací v nekódujících oblastech, dokonce i těch genů, které hrají rozhodující roli v leucemogenezi, zůstává v AML prakticky neprozkoumané. Tyto regiony zahrnují hluboké intronické regiony, propagátory, sesazovací nebo nepřeložené regiony (5’-UTR nebo 3’-UTR). Všechny tyto anomálie by mohly vést k aberantní transkripční aktivitě v důsledku mimo jiné aktivace kryptických sesazovacích míst. Význam mutací ovlivňujících sesazování strojních součástí (např. SRSF2, U2AF1 a SF3B1) navíc nebyl v AML důkladně prozkoumán, a to navzdory jejich potenciální úloze jako terapeutických cílů. Cílem tohoto projektu je analyzovat úplnou sekvenci a sousední regulační oblasti genů považovaných za nejrelevantnější v genech AML a spliceozomu prostřednictvím cílené strategie pro sekvenování hmotnosti. Za tímto účelem bude kompletní genomická oblast 27 genů sekvenována u 200 pacientů s AML a bude vyhodnocen účinek genetických změn zjištěných prostřednictvím různých strategií, jako je studie funkčních modelů in silico pro stanovení priorit variant, sekvenování transkriptomu a studie buněčného modelu in vitro s použitím minigenů a CRISPR pro validaci leukogenní role detekovaných mutací. (Czech)
4 August 2022
0 references
Akūtās Myeloblastic leikēmijas (AML) molekulāro bāzu pētījumā galvenā uzmanība pievērsta mutāciju identificēšanai, kas maina dažādu gēnu kodēšanas secību (eksonus). Tomēr mutāciju kartēšana nekodējošos reģionos, pat tiem gēniem, kuriem ir noteicošā loma leikomoģenēzes procesā, praktiski nav izpētīta AML gadījumā. Šajos reģionos ietilpst dziļi introniski reģioni, veicinātāji, splicing vai netulkoti reģioni (5“-UTR vai 3”-UTR). Visas šīs anomālijas varētu novest pie neprātīgas transkripcijas darbības, kas cita starpā varētu izraisīt kriptogrāfijas splicing vietņu aktivizēšanu. Turklāt, lai gan mutācijas, kas ietekmē mašīnas komponentus (piemēram, SRSF2, U2AF1 un SF3B1), var tikt uzskatītas par terapeitiskiem mērķiem, to nozīme nav rūpīgi izpētīta AML gadījumā. Šā projekta mērķis ir, izmantojot mērķtiecīgu masveida sekvencēšanas stratēģiju, analizēt to gēnu pilnīgu sekvenci un blakusesošos regulatīvos reģionus, kuri tiek uzskatīti par visbūtiskākajiem AML un spliceosomu gēniem. Šajā nolūkā 200 pacientiem ar AML tiks sekvencēts pilns 27 gēnu genoma reģions, un tiks izvērtēta ar dažādām stratēģijām noteikto ģenētisko izmaiņu ietekme, piemēram, funkcionālo modeļu izpēte siliko, lai noteiktu prioritātes variantiem, transkriptomes sekvencēšana un in vitro šūnu modeļa pētījumi, kuros izmanto minigēnus un CRISPR, lai apstiprinātu konstatēto mutāciju leikogēnisko lomu. (Latvian)
4 August 2022
0 references
Tá an staidéar ar na boinn mhóilíneach na Leukemia Géar Myeloblastic (AML) dírithe go príomha ar aithint sócháin a athraíonn an seicheamh códaithe (exons) de ghéinte éagsúla. Mar sin féin, tá mapáil sóchán i réigiúin neamhchódaithe, fiú na géinte sin a bhfuil ról cinntitheach acu i leucemogenesis, fós gan iniúchadh in AML. Áirítear ar na réigiúin sin réigiúin dhomhain intronic, tionscnóir, splicing nó réigiúin neamhaistrithe (5‘-UTR nó 3’-UTR). D’fhéadfadh na haimhrialtachtaí seo go léir mar thoradh ar ghníomhaíocht tras-scríofa aberrant mar thoradh, i measc daoine eile, ar ghníomhachtú suíomhanna splicing cryptic. Thairis sin, in ainneoin an róil a d’fhéadfadh a bheith acu mar spriocanna teiripeacha, níor scrúdaíodh go mion in AML an tábhacht a bhaineann le sócháin a dhéanann difear do chomhpháirteanna innealra splicing (amhail SRSF2, U2AF1 agus SF3B1). Tá sé d’aidhm ag an tionscadal seo anailís a dhéanamh ar an seicheamh iomlán agus ar na réigiúin rialála chóngaracha de na géinte is ábhartha i AML agus i ngéinte spliceosome trí straitéis spriocdhírithe seicheamhaithe maise. Chuige sin, déanfar an réigiún géanómaíoch iomlán de 27 géinte a sheicheamhú i 200 othar a bhfuil AML acu agus déanfar meastóireacht ar éifeacht athruithe géiniteacha a bhraitear trí straitéisí éagsúla, amhail staidéar ar shamhlacha feidhmiúla i silico chun tosaíocht a thabhairt d’athraithigh, seicheamhú transcriptome agus trialacha samhla cille in vitro ag baint úsáide as minigenes agus CRISPR chun ról leocóigineach na sóchán braite a bhailíochtú. (Irish)
4 August 2022
0 references
Študija molekulskih baz akutne mieloblastične levkemije (AML) se je osredotočila predvsem na identifikacijo mutacij, ki spreminjajo zaporedje kodiranja (eksonov) različnih genov. Vendar pa kartiranje mutacij v nekodirnih regijah, tudi tistih genih, ki imajo odločilno vlogo pri levcemogenezi, ostaja praktično neraziskano v AML. Te regije vključujejo globoko intronske regije, spodbujevalce, združevanje ali neprevedene regije (5‚-UTR ali 3‘-UTR). Vse te anomalije bi lahko povzročile aberantno transkripcijsko dejavnost, ki bi med drugim povzročila aktivacijo kritičnih mest za spajanje. Poleg tega pomen mutacij, ki vplivajo na komponente strojev za spajanje (kot so SRSF2, U2AF1 in SF3B1), kljub njihovi potencialni vlogi terapevtskih ciljev v AML ni bil temeljito raziskan. Cilj tega projekta je analizirati celotno zaporedje in sosednje regulativne regije genov, ki se štejejo za najpomembnejše v genih AML in spliceosomskih genov, s ciljno usmerjeno strategijo sekvenciranja mase. V ta namen bo celotna genomska regija 27 genov razporejena v 200 bolnikov z AML in ovrednotila bo učinek genskih sprememb, odkritih z različnimi strategijami, kot so študija funkcionalnih modelov in silico za prednostno razvrščanje variant, transkriptomsko sekvenciranje in poskusi s celičnim modelom in vitro z uporabo minigenov in CRISPR za potrditev levkogenske vloge odkritih mutacij. (Slovenian)
4 August 2022
0 references
Изследването на молекулярните бази на острата миелобластна левкемия (AML) се фокусира главно върху идентифицирането на мутации, които променят последователността на кодиране (екзони) на различни гени. Въпреки това картографирането на мутациите в некодиращите региони, дори тези гени, които играят определяща роля в левкемогенезата, остава практически неизследвано в AML. Тези региони включват региони с дълбока интронация, организатори, спливни или непревеждани региони (5'-UTR или 3'-UTR). Всички тези аномалии могат да доведат до анормална транскрипционна дейност като следствие, наред с другото, на активиране на загадъчни сайтове за свързване. Освен това, въпреки потенциалната им роля като терапевтични мишени, значението на мутациите, засягащи компонентите на машините (като SRSF2, U2AF1 и SF3B1), не е проучено задълбочено в AML. Този проект има за цел да анализира пълната последователност и съседните регулаторни региони на гените, считани за най-подходящи в AML и спликеозните гени, чрез целенасочена стратегия за секвениране на масата. За тази цел пълната геномна област от 27 гена ще бъде последователност при 200 пациенти с ОМЛ и ще бъде оценен ефектът от генетичните промени, открити чрез различни стратегии, като например проучване на функционални модели in silico за приоритизиране на варианти, изпитвания на трансскриптомна секвенация и in vitro клетъчни модели с използване на minigenes и CRISPR, за да се потвърди левкогенната роля на откритите мутации. (Bulgarian)
4 August 2022
0 references
L-istudju tal-bażijiet molekulari ta’ Lewċemija Mjeloblastika Akuta (AML) iffoka primarjament fuq l-identifikazzjoni ta’ mutazzjonijiet li jbiddlu s-sekwenza ta’ kowd (exons) ta’ ġeni varji. Madankollu, l-immappjar ta’ mutazzjonijiet f’reġjuni mhux ikkodifikati, anki dawk il-ġeni li għandhom rwol determinanti fil-lewkoġenesi, jibqa’ prattikament mhux esplorat fl-AML. Dawn ir-reġjuni jinkludu reġjuni introniċi profondi, promoturi, reġjuni splicing jew mhux tradotti (5‘-UTR jew 3’-UTR). Dawn l-anomaliji kollha jistgħu jwasslu għal attività traskrizzjonali aberranti bħala konsegwenza, fost l-oħrajn, tal-attivazzjoni ta’ siti kriptiċi ta’ splicing. Barra minn hekk, minkejja r-rwol potenzjali tagħhom bħala miri terapewtiċi, l-importanza ta’ mutazzjonijiet li jaffettwaw il-komponenti tal-makkinarju splicing (bħal SRSF2, U2AF1 u SF3B1) ma ġietx esplorata bir-reqqa fl-AML. Dan il-proġett għandu l-għan li janalizza s-sekwenza sħiħa u r-reġjuni regolatorji biswit xulxin tal-ġeni meqjusa l-aktar rilevanti fl-AML u l-ġeni spliceosome permezz ta’ strateġija mmirata ta’ sekwenzar tal-massa. Għal dan il-għan, ir-reġjun ġenomiku sħiħ ta’ 27 ġeni se jiġi sekwenzjat f’200 pazjent b’AML u l-effett ta’ alterazzjonijiet ġenetiċi osservat permezz ta’ strateġiji differenti se jiġi evalwat, bħall-istudju ta’ mudelli funzjonali f’silico għall-prijoritizzazzjoni ta’ varjanti, sekwenzar tat-transcriptome u provi in vitro ta’ mudelli ta’ ċelloli bl-użu ta’ miniġeni u CRISPR biex jivvalidaw ir-rwol lewkoġeniku tal-mutazzjonijiet identifikati. (Maltese)
4 August 2022
0 references
O estudo das bases moleculares da leucemia mieloblástica aguda (LMA) concentrou-se principalmente na identificação de mutações que alteram a sequência de codificação (exões) de vários genes. No entanto, o mapeamento de mutações em regiões não codificantes, mesmo aqueles genes que desempenham um papel determinante na leucemogénese, permanece praticamente inexplorado na LMA. Estas regiões incluem regiões intrónicas profundas, regiões promotoras, splicing ou não traduzidas (5’-UTR ou 3’-UTR). Todas estas anomalias podem levar a uma atividade transcricional aberrante como consequência, entre outras, da ativação de sítios de splicing críptico. Além disso, apesar do seu potencial papel como alvos terapêuticos, a importância das mutações que afetam os componentes das máquinas de emenda (tais como SRSF2, U2AF1 e SF3B1) não foi exaustivamente explorada na LMA. Este projeto tem como objetivo analisar a sequência completa e as regiões reguladoras adjacentes dos genes considerados mais relevantes na LMA e nos genes spliceossoma através de uma estratégia de sequenciação em massa direcionada. Para o efeito, a região genómica completa de 27 genes será sequenciada em 200 doentes com LMA e o efeito das alterações genéticas detetadas através de diferentes estratégias será avaliado, como o estudo de modelos funcionais in silico para a priorização de variantes, sequenciação de transcriptomas e ensaios de modelos celulares in vitro utilizando minigenes e CRISPR para validar o papel leucogénico das mutações detetadas. (Portuguese)
4 August 2022
0 references
Undersøgelsen af de molekylære baser af akut myeloblastic Leukemia (AML) har primært fokuseret på identifikation af mutationer, der ændrer kodningssekvensen (exoner) af forskellige gener. Kortlægningen af mutationer i ikke-kodende regioner, selv de gener, der spiller en afgørende rolle i leucemogenese, er imidlertid stort set uudforsket i AML. Disse regioner omfatter dybtliggende introniske regioner, initiativtager, splejsning eller uoversatte regioner (5'-UTR eller 3'-UTR). Alle disse anomalier kan føre til en afvigende transskriptionsaktivitet som følge af bl.a. aktivering af kryptiske splejsningssteder. På trods af deres potentielle rolle som terapeutiske mål er betydningen af mutationer, der påvirker splejsning af maskinkomponenter (såsom SRSF2, U2AF1 og SF3B1), ikke blevet grundigt undersøgt i AML. Dette projekt har til formål at analysere den samlede sekvens og tilstødende lovgivningsmæssige regioner af de gener, der anses for mest relevante i forbindelse med bekæmpelse af hvidvaskning af penge og spliceosomgener gennem en målrettet massesekvensstrategi. Med henblik herpå vil hele den genomiske region med 27 gener blive sekvenseret hos 200 patienter med AML, og virkningen af genetiske forandringer, der opdages gennem forskellige strategier, vil blive evalueret, f.eks. studiet af funktionelle modeller i silico til prioritering af varianter, transkriptomsekventering og in vitro cellemodelforsøg ved hjælp af minigener og CRISPR til at validere de detekterede mutationers leukogene rolle. (Danish)
4 August 2022
0 references
Studiul bazelor moleculare ale leucemiei mieloblastice acute (LMA) s-a axat în principal pe identificarea mutațiilor care modifică secvența de codificare (exoni) a diferitelor gene. Cu toate acestea, cartografierea mutațiilor în regiunile necodificate, chiar și a acelor gene care joacă un rol determinant în leucemogeneză, rămâne practic neexplorată în LMA. Aceste regiuni includ regiuni intonice profunde, promotori, regiuni de îmbinare sau regiuni netraduse (5«-UTR sau 3»-UTR). Toate aceste anomalii ar putea duce la o activitate transcripțională aberantă ca o consecință, printre altele, a activării site-urilor de îmbinare criptică. În plus, în ciuda rolului lor potențial de obiective terapeutice, importanța mutațiilor care afectează componentele mașinilor de îmbinare (cum ar fi SRSF2, U2AF1 și SF3B1) nu a fost explorată în detaliu în LMA. Acest proiect își propune să analizeze secvența completă și regiunile de reglementare adiacente ale genelor considerate cele mai relevante pentru genele AML și spliceozomi prin intermediul unei strategii de secvențiere a masei vizate. În acest scop, regiunea genomică completă a 27 de gene va fi secvențiată la 200 de pacienți cu LMA și se va evalua efectul modificărilor genetice detectate prin diferite strategii, cum ar fi studiul modelelor funcționale in silico pentru prioritizarea variantelor, secvențierea transcripțiilor și studiile in vitro pe modele celulare utilizând minigene și CRISPR pentru a valida rolul leucogen al mutațiilor detectate. (Romanian)
4 August 2022
0 references
Studien av de molekylära baserna av akut myeloblastic leukemi (AML) har främst fokuserat på identifiering av mutationer som förändrar kodningssekvensen (exons) av olika gener. Men kartläggningen av mutationer i icke-kodande regioner, även de gener som spelar en avgörande roll i leucemogenes, förblir praktiskt taget outforskad i AML. Dessa regioner omfattar djupt introniska regioner, projektansvariga, skarvande eller oöversatta regioner (5’-UTR eller 3’-UTR). Alla dessa avvikelser kan leda till en avvikande transkriptionell aktivitet som en följd, bland annat, av aktivering av kryptiska skarvplatser. Trots deras potentiella roll som terapeutiska mål har dessutom betydelsen av mutationer som påverkar skarvning av maskinkomponenter (t.ex. SRSF2, U2AF1 och SF3B1) inte undersökts ingående i AML. Detta projekt syftar till att analysera hela sekvensen och angränsande regulatoriska regioner av de gener som anses mest relevanta i AML och spliteosomegener genom en riktad masssekvenseringsstrategi. För detta ändamål kommer hela genomiska regionen av 27 gener att sekvenseras hos 200 patienter med AML och effekten av genetiska förändringar som upptäcks genom olika strategier kommer att utvärderas, såsom studien av funktionella modeller i silico för prioritering av varianter, transkriptom sekvensering och in vitro cellmodellstudier med minigener och CRISPR för att validera den leukogeniska rollen av de upptäckta mutationerna. (Swedish)
4 August 2022
0 references
Valencia
0 references
20 December 2023
0 references
Identifiers
PI16_01113
0 references