GENETIC ANALYSIS OF THE GENETIC DETERMINATION OF MILK PRODUCTION AND COMPOSITION, BODY FORMATION AND VIABILITY IN GOATS OF THE MURCIANO-GRANADINE BREED (Q3137408)
Jump to navigation
Jump to search
Project Q3137408 in Spain
| Language | Label | Description | Also known as |
|---|---|---|---|
| English | GENETIC ANALYSIS OF THE GENETIC DETERMINATION OF MILK PRODUCTION AND COMPOSITION, BODY FORMATION AND VIABILITY IN GOATS OF THE MURCIANO-GRANADINE BREED |
Project Q3137408 in Spain |
Statements
115,297.88 Euro
0 references
211,750.0 Euro
0 references
54.45 percent
0 references
30 December 2016
0 references
31 December 2020
0 references
CENTRO DE INVESTIGACION EN AGRIGENOMICA
0 references
8193
0 references
ESPAÑA ES EL SEGUNDO PAIS EUROPEO (DESPUES DE GRECIA) CON UN MAYOR CENSO CAPRINO, ESTANDO ESPECIALIZADO FUNDAMENTALMENTE EN LA PRODUCCION DE LECHE Y QUESO. LA RAZA MURCIANO-GRANADINA ES, SIN LUGAR A DUDAS, LA PRINCIPAL RAZA CAPRINA LECHERA ESPAÑOLA, PRESENTANDO PRODUCCIONES MEDIAS DE 530 KG DE LECHE POR LACTACION Y SIENDO EXPORTADA A DIVERSOS PAISES COMO POR EJEMPLO MEXICO, RUMANIA Y MARRUECOS. EN EL PRESENTE PROYECTO SE PLANTEA ABORDAR EL ESTUDIO DE LA ARQUITECTURA GENOMICA DE LOS CARACTERES LECHEROS EN LA RAZA MURCIANO-GRANADINA CON LA FINALIDAD DE EVALUAR SU EVENTUAL INCORPORACION, COMO FUENTE DE INFORMACION, EN EL PROGRAMA DE MEJORA GENETICA DE DICHA RAZA. EN PRIMER LUGAR, SE LLEVARA A CABO UN EXPERIMENTO BASADO EN LA TECNOLOGIA RNA-SEQ EN EL QUE SE COMPARARA LA EXPRESION MAMARIA DE GENES QUE CODIFICAN RNA MENSAJEROS Y RNA REGULADORES EN CUATRO ETAPAS PRODUCTIVAS (ANTES DE LA LACTACION, E INICIO, MITAD Y FINAL DE LA MISMA). ESTE EXPERIMENTO PERMITIRA IDENTIFICAR LOS GENES CUYA EXPRESION, EN LA GLANDULA MAMARIA, SE ACTIVA COMO CONSECUENCIA DEL ESTABLECIMIENTO Y MANTENIMIENTO DE LA LACTACION. EN PARALELO, SE LLEVARA A CABO EL GENOTIPADO DE 1200 CABRAS CON REGISTROS PRODUCTIVOS PARA LA PRODUCCION Y LA COMPOSICION DE LA LECHE Y LOS CARACTERES DE CONFORMACION CORPORAL Y DE LA UBRE. EL GENOTIPADO SE LLEVARA A CABO CON UN CHIP DE SNPS 50K, DE MODO QUE PUEDA CARACTERIZARSE LA VARIACION A UNA ESCALA GENOMICA. MEDIANTE LA COMBINACION DE LAS APROXIMACIONES GWAS Y RNASEQ, SE IDENTIFICARAN LAS REGIONES GENOMICAS ASOCIADAS SIGNIFICATIVAMENTE A LOS CARACTERES LECHEROS Y DE CONFORMACION CORPORAL. POR OTRA PARTE, SE ANALIZARAN CARACTERES RELACIONADOS CON LA VIABILIDAD DEL INDIVIDUO MEDIANTE UNA DOBLE ESTRATEGIA. EN PRIMER LUGAR SE USARA UN METODO BAYESIANO PARA DETECTAR REGIONES DEL GENOMA CAPRINO EN LAS QUE EXISTA UNA DISTORSION EN LA TRANSMISION DE ALELOS A LA DESCENDENCIA (ES DECIR, QUE SEGREGUEN EN PROPORCIONES NO-MENDELIANAS). ASIMISMO, SE ESTIMARAN COEFICIENTES DE CONSANGUINIDAD GENOMICOS Y SE IDENTIFICARAN REGIONES GENOMICAS EN LAS QUE EXISTA DEPRESION CONSANGUINEA PARA ALGUNOS DE LOS CARACTERES BAJO ESTUDIO. LA INFORMACION GENERADA EN EL PROYECTO PODRA UTILIZARSE PARA IDENTIFICAR MUTACIONES CON EFECTOS CAUSALES SOBRE LOS CARACTERES ESTUDIADOS QUE PUEDAN SER EMPLEADAS COMO CRITERIOS DE SELECCION ASISTIDA POR GENES. ASIMISMO, SE VALORARA LA UTILIDAD DE LA INFORMACION GENOMICA PARA PREDECIR EL POTENCIAL GENETICO DE LOS CANDIDATOS A REPRODUCTORES. (Spanish)
0 references
SPAIN IS THE SECOND EUROPEAN COUNTRY (AFTER GREECE) WITH THE HIGHEST CAPRINE CENSUS, BEING MAINLY SPECIALISED IN THE PRODUCTION OF MILK AND CHEESE. THE MURCIANO-GRENADINE BREED IS UNDOUBTEDLY THE MAIN SPANISH DAIRY GOAT BREED, PRESENTING AVERAGE PRODUCTIONS OF 530 KG OF MILK PER LACTATION AND BEING EXPORTED TO VARIOUS COUNTRIES SUCH AS MEXICO, ROMANIA AND MOROCCO. IN THIS PROJECT IT IS PROPOSED TO ADDRESS THE STUDY OF THE GENOMIC ARCHITECTURE OF THE MILK CHARACTERS IN THE MURCIA-GRENADINE BREED WITH THE AIM OF EVALUATING THEIR POSSIBLE INCORPORATION, AS A SOURCE OF INFORMATION, IN THE PROGRAM OF GENETIC IMPROVEMENT OF THIS BREED. FIRST, AN EXPERIMENT BASED ON RNA-SEQ TECHNOLOGY WILL BE CARRIED OUT IN WHICH THE BREAST EXPRESSION OF GENES ENCODING MESSENGER RNA AND RNA REGULATORS WERE COMPARED IN FOUR PRODUCTIVE STAGES (BEFORE LACTATION, AND ONSET, HALF AND END OF IT). THIS EXPERIMENT WILL IDENTIFY GENES WHOSE EXPRESSION, IN THE MAMMARY GLAND, IS ACTIVATED AS A RESULT OF THE ESTABLISHMENT AND MAINTENANCE OF LACTATION. IN PARALLEL, THE GENOTYPING OF 1200 GOATS WILL BE CARRIED OUT WITH PRODUCTIVE RECORDS FOR THE PRODUCTION AND COMPOSITION OF MILK AND THE CHARACTERISTICS OF BODY AND UDDER FORMATION. GENOTYPING WILL BE CARRIED OUT WITH A 50K SNPS CHIP, SO THAT VARIATION CAN BE CHARACTERISED ON A GENOMIC SCALE. BY COMBINING THE GWAS AND RNASEQ APPROACHES, THE GENOMIC REGIONS ASSOCIATED SIGNIFICANTLY WITH THE DAIRY AND BODY-FORMING CHARACTERS WILL BE IDENTIFIED. ON THE OTHER HAND, CHARACTERS RELATED TO THE VIABILITY OF THE INDIVIDUAL WILL BE ANALYSED THROUGH A DUAL STRATEGY. FIRST, A BAYESIAN METHOD WILL BE USED TO DETECT REGIONS OF THE CAPRINE GENOME IN WHICH THERE IS A DISTORTION IN THE TRANSMISSION OF ALLELES TO THE OFFSPRING (I.E., THAT THEY DIVIDE INTO NON-MENDELIAN PROPORTIONS). IN ADDITION, GENOMIC CONSANGUINITY COEFFICIENTS WILL BE ESTIMATED AND GENOMIC REGIONS IDENTIFIED WHERE THERE IS CONSANGUINOUS DEPRESSION FOR SOME OF THE CHARACTERS UNDER STUDY. THE INFORMATION GENERATED IN THE PROJECT MAY BE USED TO IDENTIFY MUTATIONS WITH CAUSAL EFFECTS ON THE STUDIED CHARACTERS THAT CAN BE USED AS GENE-ASSISTED SELECTION CRITERIA. LIKEWISE, THE USEFULNESS OF THE GENOMIC INFORMATION IN PREDICTING THE GENETIC POTENTIAL OF THE CANDIDATES FOR BREEDING WILL BE EVALUATED. (English)
12 October 2021
0.5139033689186768
0 references
L’ESPAGNE EST LE DEUXIÈME PAYS EUROPÉEN (APRÈS LA GRÈCE) AVEC LE RECENSEMENT CAPRIN LE PLUS ÉLEVÉ, PRINCIPALEMENT SPÉCIALISÉ DANS LA PRODUCTION DE LAIT ET DE FROMAGE. LA RACE MURCIANO-GRENADINE EST SANS AUCUN DOUTE LA PRINCIPALE RACE DE CHÈVRES LAITIÈRES ESPAGNOLES, PRÉSENTANT UNE PRODUCTION MOYENNE DE 530 KG DE LAIT PAR LACTATION ET EXPORTÉE VERS DIVERS PAYS TELS QUE LE MEXIQUE, LA ROUMANIE ET LE MAROC. DANS CE PROJET, IL EST PROPOSÉ D’ABORDER L’ÉTUDE DE L’ARCHITECTURE GÉNOMIQUE DES CARACTÈRES LAITIERS DE LA RACE MURCIA-GRENADINE DANS LE BUT D’ÉVALUER LEUR ÉVENTUELLE INCORPORATION, COMME SOURCE D’INFORMATION, DANS LE PROGRAMME D’AMÉLIORATION GÉNÉTIQUE DE CETTE RACE. PREMIÈREMENT, UNE EXPÉRIENCE BASÉE SUR LA TECHNOLOGIE DE L’ARN-SEQ SERA RÉALISÉE AU COURS DE LAQUELLE L’EXPRESSION MAMMAIRE DES GÈNES CODANT L’ARN MESSENGER ET LES RÉGULATEURS D’ARN A ÉTÉ COMPARÉE EN QUATRE ÉTAPES PRODUCTIVES (AVANT LA LACTATION, ET L’APPARITION, LA MOITIÉ ET LA FIN DE CELLE-CI). CETTE EXPÉRIENCE PERMETTRA D’IDENTIFIER LES GÈNES DONT L’EXPRESSION, DANS LA GLANDE MAMMAIRE, EST ACTIVÉE PAR L’ÉTABLISSEMENT ET LE MAINTIEN DE LA LACTATION. EN PARALLÈLE, LE GÉNOTYPAGE DE 1200 CHÈVRES SERA RÉALISÉ AVEC DES REGISTRES DE PRODUCTION POUR LA PRODUCTION ET LA COMPOSITION DU LAIT ET LES CARACTÉRISTIQUES DE LA FORMATION DU CORPS ET DE LA MAMELLE. LE GÉNOTYPAGE SERA EFFECTUÉ AVEC UNE PUCE SNPS 50K, DE SORTE QUE LA VARIATION PEUT ÊTRE CARACTÉRISÉE SUR UNE ÉCHELLE GÉNOMIQUE. EN COMBINANT LES APPROCHES GWAS ET RNASEQ, LES RÉGIONS GÉNOMIQUES ASSOCIÉES DE FAÇON SIGNIFICATIVE AUX CARACTÈRES LAITIERS ET FORMANT LE CORPS SERONT IDENTIFIÉES. D’AUTRE PART, LES PERSONNAGES LIÉS À LA VIABILITÉ DE L’INDIVIDU SERONT ANALYSÉS AU MOYEN D’UNE DOUBLE STRATÉGIE. TOUT D’ABORD, UNE MÉTHODE BAYÉSIENNE SERA UTILISÉE POUR DÉTECTER DES RÉGIONS DU GÉNOME CAPRIN DANS LESQUELLES IL Y A UNE DISTORSION DANS LA TRANSMISSION DES ALLÈLES À LA PROGÉNITURE (I.E., QU’ILS SE DIVISENT EN PROPORTIONS NON-MENDÉLIENNES). DE PLUS, LES COEFFICIENTS DE CONSANGUINITÉ GÉNOMIQUE SERONT ESTIMÉS ET LES RÉGIONS GÉNOMIQUES IDENTIFIÉES OÙ IL Y A DÉPRESSION CONSANGUINOUSE POUR CERTAINS DES CARACTÈRES ÉTUDIÉS. L’INFORMATION GÉNÉRÉE DANS LE CADRE DU PROJET PEUT ÊTRE UTILISÉE POUR IDENTIFIER LES MUTATIONS AYANT DES EFFETS CAUSALS SUR LES CARACTÈRES ÉTUDIÉS QUI PEUVENT ÊTRE UTILISÉES COMME CRITÈRES DE SÉLECTION ASSISTÉS PAR UN GÈNE. DE MÊME, L’UTILITÉ DE L’INFORMATION GÉNOMIQUE POUR PRÉDIRE LE POTENTIEL GÉNÉTIQUE DES CANDIDATS À LA REPRODUCTION SERA ÉVALUÉE. (French)
2 December 2021
0 references
SPANIEN IST DAS ZWEITE EUROPÄISCHE LAND (NACH GRIECHENLAND) MIT DER HÖCHSTEN ZIEGENZÄHLUNG, DIE HAUPTSÄCHLICH AUF DIE ERZEUGUNG VON MILCH UND KÄSE SPEZIALISIERT IST. DIE MURCIANO-GRENADIN RASSE IST ZWEIFELLOS DIE WICHTIGSTE SPANISCHE MILCHZIEGE, DIE DURCHSCHNITTLICHE PRODUKTIONEN VON 530 KG MILCH PRO LAKTATION ZEIGT UND IN VERSCHIEDENE LÄNDER WIE MEXIKO, RUMÄNIEN UND MAROKKO EXPORTIERT WIRD. IN DIESEM PROJEKT WIRD VORGESCHLAGEN, DIE STUDIE DER GENOMISCHEN ARCHITEKTUR DER MILCHFIGUREN IN DER MURCIA-GRENADIN RASSE MIT DEM ZIEL, IHRE MÖGLICHE EINBEZIEHUNG ALS INFORMATIONSQUELLE IN DAS PROGRAMM DER GENETISCHEN VERBESSERUNG DIESER RASSE ZU BEWERTEN. ERSTENS WIRD EIN AUF RNA-SEQ-TECHNOLOGIE BASIERENDES EXPERIMENT DURCHGEFÜHRT, IN DEM DIE BRUSTEXPRESSION VON GENEN, DIE MESSENGER RNA UND RNA-REGULATOREN KODIEREN, IN VIER PRODUKTIVEN STADIEN (VOR LAKTATION UND BEGINN, HÄLFTE UND ENDE) VERGLICHEN WURDE. IN DIESEM EXPERIMENT WERDEN GENE IDENTIFIZIERT, DEREN EXPRESSION IN DER BRUSTDRÜSE DURCH DIE EINRICHTUNG UND AUFRECHTERHALTUNG DER LAKTATION AKTIVIERT WIRD. PARALLEL DAZU WIRD DIE GENOTYPISIERUNG VON 1200 ZIEGEN MIT PRODUKTIVEN AUFZEICHNUNGEN ÜBER DIE ERZEUGUNG UND ZUSAMMENSETZUNG DER MILCH UND DIE MERKMALE DER KÖRPER- UND EUTERBILDUNG DURCHGEFÜHRT. GENOTYPISIERUNG WIRD MIT EINEM 50K SNPS CHIP DURCHGEFÜHRT, SO DASS VARIATIONEN IM GENOMISCHEN MASSSTAB CHARAKTERISIERT WERDEN KÖNNEN. DURCH DIE KOMBINATION DER GWAS- UND RNASEQ-ANSÄTZE WERDEN DIE GENOMISCHEN REGIONEN IDENTIFIZIERT, DIE SIGNIFIKANT MIT DEN MILCH- UND KÖRPERBILDENDEN CHARAKTEREN VERBUNDEN SIND. AUF DER ANDEREN SEITE WERDEN CHARAKTERE IM ZUSAMMENHANG MIT DER LEBENSFÄHIGKEIT DES INDIVIDUUMS DURCH EINE DUALE STRATEGIE ANALYSIERT. ERSTENS WIRD EINE BAYESISCHE METHODE VERWENDET, UM REGIONEN DES ZIEGENGENOMS ZU ERKENNEN, IN DENEN ES EINE VERZERRUNG IN DER ÜBERTRAGUNG VON ALLELEN AUF DIE NACHKOMMEN GIBT (I.E., DASS SIE IN NICHT-MENDELISCHE PROPORTIONEN TEILEN). DARÜBER HINAUS WERDEN GENOMISCHE KONSANGUINITÄTSKOEFFIZIENTEN GESCHÄTZT UND GENOMISCHE REGIONEN ERMITTELT, IN DENEN ES KONANGUINÖSE DEPRESSIONEN FÜR EINIGE DER UNTERSUCHTEN CHARAKTERE GIBT. DIE IM PROJEKT GENERIERTEN INFORMATIONEN KÖNNEN VERWENDET WERDEN, UM MUTATIONEN MIT URSÄCHLICHEN AUSWIRKUNGEN AUF DIE UNTERSUCHTEN ZEICHEN ZU IDENTIFIZIEREN, DIE ALS GENUNTERSTÜTZTE AUSWAHLKRITERIEN VERWENDET WERDEN KÖNNEN. EBENSO WIRD DIE NÜTZLICHKEIT DER GENOMISCHEN INFORMATIONEN BEI DER VORHERSAGE DES GENETISCHEN POTENZIALS DER ZUCHTKANDIDATEN BEWERTET. (German)
9 December 2021
0 references
SPANJE IS HET TWEEDE EUROPESE LAND (NA GRIEKENLAND) MET DE HOOGSTE GEITENTELLING, VOORNAMELIJK GESPECIALISEERD IN DE PRODUCTIE VAN MELK EN KAAS. HET RAS MURCIANO-GRENADINE IS ONGETWIJFELD HET BELANGRIJKSTE SPAANSE MELKGEITENRAS, MET EEN GEMIDDELDE PRODUCTIE VAN 530 KG MELK PER LACTATIE EN WORDT GEËXPORTEERD NAAR VERSCHILLENDE LANDEN ZOALS MEXICO, ROEMENIË EN MAROKKO. IN DIT PROJECT WORDT VOORGESTELD OM DE STUDIE VAN DE GENOMISCHE ARCHITECTUUR VAN DE MELKKARAKTERS IN HET RAS MURCIA-GRENADINE AAN TE PAKKEN MET HET OOG OP DE EVALUATIE VAN HUN MOGELIJKE INTEGRATIE, ALS BRON VAN INFORMATIE, IN HET PROGRAMMA VOOR GENETISCHE VERBETERING VAN DIT RAS. TEN EERSTE ZAL EEN EXPERIMENT OP BASIS VAN RNA-SEQ-TECHNOLOGIE WORDEN UITGEVOERD WAARIN DE BORSTEXPRESSIE VAN GENEN DIE BOODSCHAPPER RNA EN RNA-REGULATOREN CODEREN, IN VIER PRODUCTIEVE STADIA WERD VERGELEKEN (VÓÓR LACTATIE, EN BEGIN, HALF EN EINDE ERVAN). DIT EXPERIMENT ZAL GENEN IDENTIFICEREN WAARVAN DE EXPRESSIE, IN DE BORSTKLIER, WORDT GEACTIVEERD ALS GEVOLG VAN DE INSTELLING EN HET BEHOUD VAN LACTATIE. TEGELIJKERTIJD ZAL DE GENOTYPERING VAN 1200 GEITEN WORDEN UITGEVOERD MET PRODUCTIEVE GEGEVENS OVER DE PRODUCTIE EN SAMENSTELLING VAN MELK EN DE KENMERKEN VAN DE LICHAAMS- EN UIERVORMING. GENOTYPING ZAL WORDEN UITGEVOERD MET EEN 50K SNPS CHIP, ZODAT VARIATIE KAN WORDEN GEKENMERKT OP EEN GENOMIC SCHAAL. DOOR DE GWAS- EN RNASEQ-BENADERINGEN TE COMBINEREN, ZULLEN DE GENOMISCHE REGIO’S DIE AANZIENLIJK GEASSOCIEERD ZIJN MET DE ZUIVEL- EN LICHAAMSVORMENDE KARAKTERS WORDEN GEÏDENTIFICEERD. AAN DE ANDERE KANT ZULLEN TEKENS DIE VERBAND HOUDEN MET DE LEVENSVATBAARHEID VAN HET INDIVIDU WORDEN GEANALYSEERD DOOR MIDDEL VAN EEN TWEELEDIGE STRATEGIE. TEN EERSTE ZAL EEN BAYESIAANSE METHODE WORDEN GEBRUIKT OM DELEN VAN HET GEITENGENOOM WAAR ZICH EEN VERVORMING IN DE OVERDRACHT VAN ALLELEN OP DE NAKOMELINGEN VOORDOET (BIJV. DAT ZE VERDELEN IN NIET-MENDELIANE VERHOUDINGEN) OP TE SPOREN. DAARNAAST ZULLEN GENOMISCHE CONSANGUINITEITSCOËFFICIËNTEN WORDEN GESCHAT EN GENOMISCHE REGIO’S WORDEN GEÏDENTIFICEERD WAAR ER CONSANGUINEUZE DEPRESSIE IS VOOR SOMMIGE VAN DE ONDERZOCHTE PERSONAGES. DE IN HET PROJECT GEGENEREERDE INFORMATIE KAN WORDEN GEBRUIKT OM MUTATIES TE IDENTIFICEREN MET CAUSALE EFFECTEN OP DE BESTUDEERDE KARAKTERS DIE KUNNEN WORDEN GEBRUIKT ALS GEN-ONDERSTEUNDE SELECTIECRITERIA. EVENZO ZAL HET NUT VAN DE GENOMISCHE INFORMATIE BIJ HET VOORSPELLEN VAN HET GENETISCHE POTENTIEEL VAN DE FOKKANDIDATEN WORDEN GEËVALUEERD. (Dutch)
17 December 2021
0 references
LA SPAGNA È IL SECONDO PAESE EUROPEO (DOPO LA GRECIA) CON IL CENSIMENTO DEI CAPRINI PIÙ ELEVATO, ESSENDO PRINCIPALMENTE SPECIALIZZATO NELLA PRODUZIONE DI LATTE E FORMAGGIO. LA RAZZA MURCIANO-GRENADINA È SENZA DUBBIO LA PRINCIPALE RAZZA DA LATTE SPAGNOLA, CHE PRESENTA PRODUZIONI MEDIE DI 530 KG DI LATTE PER LATTAZIONE ED È ESPORTATA IN VARI PAESI COME IL MESSICO, LA ROMANIA E IL MAROCCO. IN QUESTO PROGETTO SI PROPONE DI AFFRONTARE LO STUDIO DELL'ARCHITETTURA GENOMICA DEI CARATTERI LATTIERI DELLA RAZZA MURCIA-GRENADINA CON L'OBIETTIVO DI VALUTARNE LA POSSIBILE INCORPORAZIONE, COME FONTE DI INFORMAZIONE, NEL PROGRAMMA DI MIGLIORAMENTO GENETICO DI QUESTA RAZZA. IN PRIMO LUOGO, VERRÀ EFFETTUATO UN ESPERIMENTO BASATO SULLA TECNOLOGIA RNA-SEQ IN CUI L'ESPRESSIONE MAMMELLA DEI GENI CHE CODIFICANO I REGOLATORI MESSENGER RNA E RNA SONO STATI CONFRONTATI IN QUATTRO FASI PRODUTTIVE (PRIMA DELL'ALLATTAMENTO E DELL'INSORGENZA, METÀ E FINE DI ESSO). QUESTO ESPERIMENTO IDENTIFICHERÀ I GENI LA CUI ESPRESSIONE, NELLA GHIANDOLA MAMMARIA, È ATTIVATA A SEGUITO DELL'ISTITUZIONE E DEL MANTENIMENTO DELL'ALLATTAMENTO. PARALLELAMENTE, LA GENOTIPIZZAZIONE DI 1200 CAPRE SARÀ EFFETTUATA CON REGISTRI PRODUTTIVI PER LA PRODUZIONE E LA COMPOSIZIONE DEL LATTE E LE CARATTERISTICHE DELLA FORMAZIONE CORPOREA E MAMMELLA. LA GENOTIPIZZAZIONE SARÀ EFFETTUATA CON UN CHIP SNP DA 50K, IN MODO CHE LA VARIAZIONE POSSA ESSERE CARATTERIZZATA SU SCALA GENOMICA. COMBINANDO GLI APPROCCI GWAS E RNASEQ, SARANNO IDENTIFICATE LE REGIONI GENOMICHE ASSOCIATE IN MODO SIGNIFICATIVO AI CARATTERI CASEARI E DI FORMAZIONE DEL CORPO. D'ALTRA PARTE, I CARATTERI RELATIVI ALLA VITALITÀ DELL'INDIVIDUO SARANNO ANALIZZATI ATTRAVERSO UNA DUPLICE STRATEGIA. IN PRIMO LUOGO, UN METODO BAYESIANO SARÀ UTILIZZATO PER INDIVIDUARE LE REGIONI DEL GENOMA CAPRINO IN CUI VI È UNA DISTORSIONE NELLA TRASMISSIONE DEGLI ALLELI ALLA PROLE (I.E., CHE SI DIVIDONO IN PROPORZIONI NON MENDELIANE). INOLTRE, I COEFFICIENTI DI CONSANGUINEITÀ GENOMICA SARANNO STIMATI E LE REGIONI GENOMICHE IDENTIFICATE DOVE VI È DEPRESSIONE CONSANGUINEA PER ALCUNI DEI CARATTERI IN STUDIO. LE INFORMAZIONI GENERATE NEL PROGETTO POSSONO ESSERE UTILIZZATE PER IDENTIFICARE MUTAZIONI CON EFFETTI CAUSALI SUI CARATTERI STUDIATI CHE POSSONO ESSERE UTILIZZATI COME CRITERI DI SELEZIONE ASSISTITA DAL GENE. ALLO STESSO MODO, SARÀ VALUTATA L'UTILITÀ DELLE INFORMAZIONI GENOMICHE NELLA PREVISIONE DEL POTENZIALE GENETICO DEI CANDIDATI ALLA RIPRODUZIONE. (Italian)
16 January 2022
0 references
HISPAANIA ON TEINE EUROOPA RIIK (KREEKA JÄREL), KUS ON KÕIGE KÕRGEM KITSEDE LOENDUS, MIS ON PEAMISELT SPETSIALISEERUNUD PIIMA JA JUUSTU TOOTMISELE. MURCIANO-GRENADINE TÕUG ON KAHTLEMATA HISPAANIA PEAMINE PIIMAKITSE TÕUG, MILLE KESKMINE TOODANG ON 530 KG PIIMA LAKTATSIOONI KOHTA JA MIDA EKSPORDITAKSE ERINEVATESSE RIIKIDESSE, NAGU MEHHIKO, RUMEENIA JA MAROKO. SELLES PROJEKTIS TEHAKSE ETTEPANEK KÄSITLEDA MURCIA-GRENADINE TÕU PIIMA TÄHEMÄRKIDE GENOOMILISE ARHITEKTUURI UURINGUT, ET HINNATA NENDE VÕIMALIKKU LISAMIST TEABEALLIKANA SELLE TÕU GENEETILISE PARANDAMISE PROGRAMMI. ESITEKS VIIAKSE LÄBI RNA-SEQ TEHNOLOOGIAL PÕHINEV KATSE, MILLE KÄIGUS VÕRRELDI MESSENGER RNA JA RNA REGULAATOREID KODEERIVATE GEENIDE RINDADE EKSPRESSIOONI NELJAS PRODUKTIIVSES ETAPIS (ENNE LAKTATSIOONI JA SELLE ALGUST, POOL JA LÕPUS). SEE KATSE TUVASTAB GEENE, MILLE EKSPRESSIOON PIIMANÄÄRMES AKTIVEERITAKSE IMETAMISE LOOMISE JA SÄILITAMISE TULEMUSENA. SAMAL AJAL KOOSTATAKSE 1200 KITSE GENOTÜÜBID PIIMA TOOTMISE JA KOOSTISE NING KEHA JA UDARA MOODUSTUMISE OMADUSTE KOHTA. GENOTÜÜBI MÄÄRAMINE VIIAKSE LÄBI 50K SNP KIIBIGA, NII ET VARIATSIOONI SAAB ISELOOMUSTADA GENOOMILISELT. KOMBINEERIDES GWASI JA RNASEQI LÄHENEMISVIISE, TEHAKSE KINDLAKS GENOOMIPIIRKONNAD, MIS ON OLULISEL MÄÄRAL SEOTUD PIIMA- JA KEHAKUJUNDAMISEGA. TEISEST KÜLJEST ANALÜÜSITAKSE ÜKSIKISIKU ELUJÕULISUSEGA SEOTUD MÄRKE KAHE STRATEEGIA ABIL. ESITEKS KASUTATAKSE BAYEESIA MEETODIT KITSEDE GENOOMI PIIRKONDADE KINDLAKSTEGEMISEKS, KUS ALLEELIDE EDASIKANDUMINE JÄRGLASTELE ON MOONUTATUD (ST NEED JAGUNEVAD MITTE-MENDELIA PROPORTSIOONIDEKS). LISAKS HINNATAKSE GENOOMILISI KONSANGUINSUSKOEFITSIENTE JA TEHAKSE KINDLAKS GENOOMILISED PIIRKONNAD, KUS MÕNEDE UURITAVATE TEGELASTE PUHUL ESINEB KONSANGUINOOSNE DEPRESSIOON. PROJEKTI KÄIGUS SAADUD TEAVET VÕIB KASUTADA SELLEKS, ET TEHA KINDLAKS MUTATSIOONID, MILLEL ON PÕHJUSLIK MÕJU UURITUD TEGELASKUJUDELE, MIDA SAAB KASUTADA GEENIPÕHISE VALIKUKRITEERIUMINA. SAMUTI HINNATAKSE GENOOMITEABE KASULIKKUST ARETUSKANDIDAATIDE GENEETILISE POTENTSIAALI PROGNOOSIMISEL. (Estonian)
4 August 2022
0 references
ISPANIJA YRA ANTROJI EUROPOS ŠALIS (PO GRAIKIJOS), KURIOJE OŽKŲ SURAŠYMAS YRA DIDŽIAUSIAS IR DAUGIAUSIA SPECIALIZUOJASI PIENO IR SŪRIO GAMYBOS SRITYJE. MURCIANO-GRENADINE VEISLĖ NEABEJOTINAI YRA PAGRINDINĖ ISPANIJOS PIENINĖS OŽKOS VEISLĖ, KURIOJE VIDUTINIŠKAI PAGAMINAMA 530 KG PIENO VIENAI LAKTACIJAI IR EKSPORTUOJAMA Į ĮVAIRIAS ŠALIS, PVZ., MEKSIKĄ, RUMUNIJĄ IR MAROKĄ. ŠIAME PROJEKTE SIŪLOMA NAGRINĖTI MURCIA-GRENADINE VEISLĖS PIENO SIMBOLIŲ GENOMINĖS STRUKTŪROS TYRIMĄ, SIEKIANT ĮVERTINTI JŲ GALIMĄ ĮTRAUKIMĄ Į ŠIOS VEISLĖS GENETINIO TOBULINIMO PROGRAMĄ KAIP INFORMACIJOS ŠALTINĮ. PIRMA, BUS ATLIKTAS EKSPERIMENTAS, PAGRĮSTAS RNR-SEQ TECHNOLOGIJA, KURIAME GENŲ, KODUOJANČIŲ MESSENGER RNR IR RNR REGULIATORIŲ, KRŪTIES EKSPRESIJA BUVO LYGINAMA KETURIAIS GAMYBOS ETAPAIS (PRIEŠ LAKTACIJĄ IR PRADŽIĄ, PUSĘ IR PABAIGĄ). ŠIS EKSPERIMENTAS IDENTIFIKUOS GENUS, KURIŲ RAIŠKA PIENO LIAUKOJE AKTYVUOJAMA DĖL LAKTACIJOS NUSTATYMO IR PALAIKYMO. TUO PAT METU 1200 OŽKŲ GENOTIPO NUSTATYMAS BUS ATLIEKAMAS SU PRODUKTYVIAIS PIENO GAMYBOS IR SUDĖTIES ĮRAŠAIS BEI KŪNO IR TEŠMENS FORMAVIMOSI SAVYBĖMIS. GENOTIPAVIMAS BUS ATLIEKAMAS NAUDOJANT 50K SNPS LUSTĄ, KAD VARIACIJĄ BŪTŲ GALIMA APIBŪDINTI GENOMINIU MASTU. DERINANT GWAS IR RNASEQ METODUS, BUS NUSTATYTI GENOMINIAI REGIONAI, REIKŠMINGAI SUSIJĘ SU PIENO IR KŪNO FORMAVIMO SIMBOLIAIS. KITA VERTUS, SIMBOLIAI, SUSIJĘ SU ASMENS GYVYBINGUMU, BUS ANALIZUOJAMI TAIKANT DVEJOPĄ STRATEGIJĄ. PIRMA, SIEKIANT NUSTATYTI OŽKŲ GENOMO REGIONUS, KURIUOSE YRA IŠKREIPTAS ALELIŲ PERDAVIMAS PALIKUONIMS (I.E., KAD JIE BŪTŲ SUSKIRSTYTI Į NE MENDELIO PROPORCIJAS), BUS NAUDOJAMAS BAYESIAN METODAS. BE TO, BUS ĮVERTINTI GENOMINIAI KONANGUINITY KOEFICIENTAI IR NUSTATYTI GENOMINIAI REGIONAI, KURIUOSE KAI KURIEMS TIRIAMIEMS PERSONAŽAMS YRA KONANGUINOINĖ DEPRESIJA. PROJEKTO METU GAUTA INFORMACIJA GALI BŪTI NAUDOJAMA NUSTATANT MUTACIJAS, TURINČIAS PRIEŽASTINĮ POVEIKĮ TIRIAMIEMS PERSONAŽAMS, KURIE GALI BŪTI NAUDOJAMI KAIP ATRANKOS KRITERIJAI SU GENAIS. TAIP PAT BUS ĮVERTINTAS GENOMINĖS INFORMACIJOS NAUDINGUMAS PROGNOZUOJANT KANDIDATŲ VEISIMUI GENETINĮ POTENCIALĄ. (Lithuanian)
4 August 2022
0 references
ŠPANJOLSKA JE DRUGA EUROPSKA ZEMLJA (NAKON GRČKE) S NAJVIŠIM POPISOM KOZA, KOJA JE UGLAVNOM SPECIJALIZIRANA ZA PROIZVODNJU MLIJEKA I SIRA. PASMINA MURCIANO-GRENADINE NESUMNJIVO JE GLAVNA ŠPANJOLSKA PASMINA MLIJEČNIH KOZA, KOJA PREDSTAVLJA PROSJEČNU PROIZVODNJU OD 530 KG MLIJEKA PO DOJENJU TE SE IZVOZI U RAZLIČITE ZEMLJE KAO ŠTO SU MEKSIKO, RUMUNJSKA I MAROKO. U OVOM PROJEKTU PREDLAŽE SE PROUČAVANJE GENOMSKE ARHITEKTURE MLIJEČNIH LIKOVA U PASMINI MURCIA-GRENADINE S CILJEM PROCJENE NJIHOVOG MOGUĆEG UKLJUČIVANJA, KAO IZVORA INFORMACIJA, U PROGRAM GENETSKOG POBOLJŠANJA OVE PASMINE. PRVO, PROVEST ĆE SE EKSPERIMENT TEMELJEN NA RNK-SEQ TEHNOLOGIJI U KOJEM SU EKSPRESIJA GENA KODIRANJA MESSENGER RNK I RNK REGULATORA USPOREĐENA U ČETIRI PROIZVODNE FAZE (PRIJE LAKTACIJE I POČETKA, POLOVICE I KRAJA). OVAJ EKSPERIMENT ĆE IDENTIFICIRATI GENE ČIJI SE IZRAZ, U MLIJEČNOJ ŽLIJEZDI, AKTIVIRA KAO REZULTAT USPOSTAVE I ODRŽAVANJA DOJENJA. PARALELNO, GENOTIPIZACIJA 1200 KOZA ĆE SE PROVODITI S PRODUKTIVNIM ZAPISIMA ZA PROIZVODNJU I SASTAV MLIJEKA I KARAKTERISTIKE FORMIRANJA TIJELA I VIMENA. GENOTIPIZACIJA ĆE SE PROVODITI S 50K SNPS ČIPOM, TAKO DA SE VARIJACIJA MOŽE KARAKTERIZIRATI NA GENOMSKOJ SKALI. KOMBINIRANJEM PRISTUPA GWAS I RNASEQ IDENTIFICIRAT ĆE SE GENOMSKE REGIJE KOJE SU ZNAČAJNO POVEZANE S MLIJEČNIM I TJELESNIM SVOJSTVIMA. S DRUGE STRANE, ZNAKOVI KOJI SE ODNOSE NA ODRŽIVOST POJEDINCA ANALIZIRAT ĆE SE KROZ DVOJNU STRATEGIJU. PRVO, BAYESIANOVA METODA KORISTIT ĆE SE ZA OTKRIVANJE PODRUČJA GENOMA KOZA U KOJIMA POSTOJI POREMEĆAJ U PRIJENOSU ALELA NA POTOMSTVO (I.E., KOJE SE DIJELE NA NE-MENDELIJSKE RAZMJERE). OSIM TOGA, GENOMSKI KOEFICIJENTI CONSANGUINITY ĆE SE PROCIJENITI I GENOMSKE REGIJE IDENTIFICIRANE GDJE POSTOJI CONSANGUINOUS DEPRESIJA ZA NEKE OD ZNAKOVA KOJI SE PROUČAVAJU. INFORMACIJE DOBIVENE U PROJEKTU MOGU SE KORISTITI ZA UTVRĐIVANJE MUTACIJA S UZROČNIM UČINCIMA NA ISPITIVANE ZNAKOVE KOJI SE MOGU KORISTITI KAO KRITERIJI ODABIRA POTPOMOGNUTI GENOM. ISTO TAKO, PROCIJENIT ĆE SE KORISNOST GENOMSKIH INFORMACIJA U PREDVIĐANJU GENETSKOG POTENCIJALA KANDIDATA ZA UZGOJ. (Croatian)
4 August 2022
0 references
Η ΙΣΠΑΝΊΑ ΕΊΝΑΙ Η ΔΕΎΤΕΡΗ ΕΥΡΩΠΑΪΚΉ ΧΏΡΑ (ΜΕΤΆ ΤΗΝ ΕΛΛΆΔΑ) ΜΕ ΤΗΝ ΥΨΗΛΌΤΕΡΗ ΑΠΟΓΡΑΦΉ ΑΙΓΏΝ, Η ΟΠΟΊΑ ΕΙΔΙΚΕΎΕΤΑΙ ΚΥΡΊΩΣ ΣΤΗΝ ΠΑΡΑΓΩΓΉ ΓΆΛΑΚΤΟΣ ΚΑΙ ΤΥΡΙΟΎ. Η ΦΥΛΉ MURCIANO-GRENADINE ΕΊΝΑΙ ΑΝΑΜΦΊΒΟΛΑ Η ΚΎΡΙΑ ΙΣΠΑΝΙΚΉ ΦΥΛΉ ΑΙΓΏΝ ΓΑΛΑΚΤΟΠΑΡΑΓΩΓΉΣ, Η ΟΠΟΊΑ ΠΑΡΟΥΣΙΆΖΕΙ ΜΈΣΗ ΠΑΡΑΓΩΓΉ 530 KG ΓΆΛΑΚΤΟΣ ΑΝΆ ΓΑΛΟΥΧΊΑ ΚΑΙ ΕΞΆΓΕΤΑΙ ΣΕ ΔΙΆΦΟΡΕΣ ΧΏΡΕΣ ΌΠΩΣ ΤΟ ΜΕΞΙΚΌ, Η ΡΟΥΜΑΝΊΑ ΚΑΙ ΤΟ ΜΑΡΌΚΟ. ΣΤΟ ΈΡΓΟ ΑΥΤΌ ΠΡΟΤΕΊΝΕΤΑΙ ΝΑ ΕΞΕΤΑΣΤΕΊ Η ΜΕΛΈΤΗ ΤΗΣ ΓΟΝΙΔΙΩΜΑΤΙΚΉΣ ΑΡΧΙΤΕΚΤΟΝΙΚΉΣ ΤΩΝ ΧΑΡΑΚΤΉΡΩΝ ΓΆΛΑΚΤΟΣ ΤΗΣ ΦΥΛΉΣ MURCIA-GRENADINE ΜΕ ΣΤΌΧΟ ΤΗΝ ΑΞΙΟΛΌΓΗΣΗ ΤΗΣ ΠΙΘΑΝΉΣ ΈΝΤΑΞΉΣ ΤΟΥΣ, ΩΣ ΠΗΓΉΣ ΠΛΗΡΟΦΟΡΙΏΝ, ΣΤΟ ΠΡΌΓΡΑΜΜΑ ΓΕΝΕΤΙΚΉΣ ΒΕΛΤΊΩΣΗΣ ΤΗΣ ΦΥΛΉΣ ΑΥΤΉΣ. ΠΡΏΤΟΝ, ΘΑ ΠΡΑΓΜΑΤΟΠΟΙΗΘΕΊ ΈΝΑ ΠΕΊΡΑΜΑ ΒΑΣΙΣΜΈΝΟ ΣΤΗΝ ΤΕΧΝΟΛΟΓΊΑ RNA-SEQ, ΣΤΟ ΟΠΟΊΟ Η ΈΚΦΡΑΣΗ ΤΟΥ ΜΑΣΤΟΎ ΤΩΝ ΓΟΝΙΔΊΩΝ ΠΟΥ ΚΩΔΙΚΟΠΟΙΟΎΝ ΤΟΥΣ ΡΥΘΜΙΣΤΈΣ MESSENGER RNA ΚΑΙ RNA ΣΥΓΚΡΊΘΗΚΕ ΣΕ ΤΈΣΣΕΡΑ ΠΑΡΑΓΩΓΙΚΆ ΣΤΆΔΙΑ (ΠΡΙΝ ΑΠΌ ΤΗ ΓΑΛΟΥΧΊΑ ΚΑΙ ΤΗΝ ΈΝΑΡΞΗ, ΤΟ ΉΜΙΣΥ ΚΑΙ ΤΟ ΤΈΛΟΣ ΤΗΣ). ΑΥΤΌ ΤΟ ΠΕΊΡΑΜΑ ΘΑ ΕΝΤΟΠΊΣΕΙ ΓΟΝΊΔΙΑ ΤΩΝ ΟΠΟΊΩΝ Η ΈΚΦΡΑΣΗ, ΣΤΟΝ ΜΑΣΤΙΚΌ ΑΔΈΝΑ, ΕΝΕΡΓΟΠΟΙΕΊΤΑΙ ΩΣ ΑΠΟΤΈΛΕΣΜΑ ΤΗΣ ΕΓΚΑΤΆΣΤΑΣΗΣ ΚΑΙ ΤΗΣ ΔΙΑΤΉΡΗΣΗΣ ΤΗΣ ΓΑΛΟΥΧΊΑΣ. ΠΑΡΆΛΛΗΛΑ, Η ΓΟΝΟΤΥΠΙΚΉ ΑΝΆΛΥΣΗ 1200 ΑΙΓΏΝ ΘΑ ΠΡΑΓΜΑΤΟΠΟΙΗΘΕΊ ΜΕ ΠΑΡΑΓΩΓΙΚΆ ΑΡΧΕΊΑ ΓΙΑ ΤΗΝ ΠΑΡΑΓΩΓΉ ΚΑΙ ΤΗ ΣΎΝΘΕΣΗ ΤΟΥ ΓΆΛΑΚΤΟΣ ΚΑΙ ΤΑ ΧΑΡΑΚΤΗΡΙΣΤΙΚΆ ΤΟΥ ΣΧΗΜΑΤΙΣΜΟΎ ΤΟΥ ΣΏΜΑΤΟΣ ΚΑΙ ΤΟΥ ΜΑΣΤΟΎ. Η ΓΟΝΟΤΥΠΙΚΉ ΑΝΆΛΥΣΗ ΘΑ ΠΡΑΓΜΑΤΟΠΟΙΗΘΕΊ ΜΕ ΈΝΑ ΤΣΙΠ SNPS 50K, ΈΤΣΙ ΏΣΤΕ Η ΠΑΡΑΛΛΑΓΉ ΝΑ ΜΠΟΡΕΊ ΝΑ ΧΑΡΑΚΤΗΡΙΣΤΕΊ ΣΕ ΚΛΊΜΑΚΑ ΓΟΝΙΔΙΏΜΑΤΟΣ. ΣΥΝΔΥΆΖΟΝΤΑΣ ΤΙΣ ΠΡΟΣΕΓΓΊΣΕΙΣ GWAS ΚΑΙ RNASEQ, ΘΑ ΠΡΟΣΔΙΟΡΙΣΤΟΎΝ ΟΙ ΓΟΝΙΔΙΩΜΑΤΙΚΈΣ ΠΕΡΙΟΧΈΣ ΠΟΥ ΣΥΝΔΈΟΝΤΑΙ ΣΗΜΑΝΤΙΚΆ ΜΕ ΤΟΥΣ ΧΑΡΑΚΤΉΡΕΣ ΓΑΛΑΚΤΟΠΑΡΑΓΩΓΉΣ ΚΑΙ ΣΩΜΑΤΙΚΟΎ ΣΧΉΜΑΤΟΣ. ΑΠΌ ΤΗΝ ΆΛΛΗ ΠΛΕΥΡΆ, ΟΙ ΧΑΡΑΚΤΉΡΕΣ ΠΟΥ ΣΧΕΤΊΖΟΝΤΑΙ ΜΕ ΤΗ ΒΙΩΣΙΜΌΤΗΤΑ ΤΟΥ ΑΤΌΜΟΥ ΘΑ ΑΝΑΛΥΘΟΎΝ ΜΈΣΩ ΜΙΑΣ ΔΙΠΛΉΣ ΣΤΡΑΤΗΓΙΚΉΣ. ΠΡΏΤΟΝ, ΘΑ ΧΡΗΣΙΜΟΠΟΙΗΘΕΊ ΜΙΑ BAYESIAN ΜΈΘΟΔΟΣ ΓΙΑ ΤΗΝ ΑΝΊΧΝΕΥΣΗ ΠΕΡΙΟΧΏΝ ΤΟΥ ΓΟΝΙΔΙΏΜΑΤΟΣ ΤΩΝ ΑΙΓΟΕΙΔΏΝ ΣΤΙΣ ΟΠΟΊΕΣ ΥΠΆΡΧΕΙ ΠΑΡΑΜΌΡΦΩΣΗ ΣΤΗ ΜΕΤΆΔΟΣΗ ΤΩΝ ΑΛΛΗΛΌΜΟΡΦΩΝ ΣΤΟΥΣ ΑΠΟΓΌΝΟΥΣ (Π.Χ. ΌΤΙ ΧΩΡΊΖΟΝΤΑΙ ΣΕ ΜΗ ΜΕΝΤΕΛΙΑΝΈΣ ΑΝΑΛΟΓΊΕΣ). ΕΠΙΠΛΈΟΝ, ΘΑ ΕΚΤΙΜΗΘΟΎΝ ΟΙ ΣΥΝΤΕΛΕΣΤΈΣ ΓΟΝΙΔΙΩΜΑΤΙΚΉΣ ΟΜΟΙΟΓΈΝΕΙΑΣ ΚΑΙ ΘΑ ΠΡΟΣΔΙΟΡΙΣΤΟΎΝ ΓΟΝΙΔΙΩΜΑΤΙΚΈΣ ΠΕΡΙΟΧΈΣ ΌΠΟΥ ΥΠΆΡΧΕΙ ΣΥΝΑΓΩΝΙΣΤΙΚΉ ΚΑΤΆΘΛΙΨΗ ΓΙΑ ΟΡΙΣΜΈΝΟΥΣ ΑΠΌ ΤΟΥΣ ΥΠΌ ΜΕΛΈΤΗ ΧΑΡΑΚΤΉΡΕΣ. ΟΙ ΠΛΗΡΟΦΟΡΊΕΣ ΠΟΥ ΠΑΡΆΓΟΝΤΑΙ ΣΤΟ ΠΛΑΊΣΙΟ ΤΟΥ ΈΡΓΟΥ ΜΠΟΡΟΎΝ ΝΑ ΧΡΗΣΙΜΟΠΟΙΗΘΟΎΝ ΓΙΑ ΤΟΝ ΕΝΤΟΠΙΣΜΌ ΜΕΤΑΛΛΆΞΕΩΝ ΜΕ ΑΙΤΙΏΔΗ ΕΠΊΔΡΑΣΗ ΣΤΟΥΣ ΜΕΛΕΤΏΜΕΝΟΥΣ ΧΑΡΑΚΤΉΡΕΣ ΠΟΥ ΜΠΟΡΟΎΝ ΝΑ ΧΡΗΣΙΜΟΠΟΙΗΘΟΎΝ ΩΣ ΚΡΙΤΉΡΙΑ ΕΠΙΛΟΓΉΣ ΥΠΟΒΟΗΘΟΎΜΕΝΗΣ ΑΠΌ ΓΟΝΊΔΙΑ. ΟΜΟΊΩΣ, ΘΑ ΑΞΙΟΛΟΓΗΘΕΊ Η ΧΡΗΣΙΜΌΤΗΤΑ ΤΩΝ ΓΟΝΙΔΙΩΜΑΤΙΚΏΝ ΠΛΗΡΟΦΟΡΙΏΝ ΓΙΑ ΤΗΝ ΠΡΌΒΛΕΨΗ ΤΟΥ ΓΕΝΕΤΙΚΟΎ ΔΥΝΑΜΙΚΟΎ ΤΩΝ ΥΠΟΨΗΦΊΩΝ ΓΙΑ ΑΝΑΠΑΡΑΓΩΓΉ. (Greek)
4 August 2022
0 references
ŠPANIELSKO JE DRUHOU EURÓPSKOU KRAJINOU (PO GRÉCKU) S NAJVYŠŠÍM SČÍTANÍM KÔZ, KTORÉ SA ŠPECIALIZUJE NAJMÄ NA VÝROBU MLIEKA A SYRA. PLEMENO MURCIANO-GRENADINE JE NEPOCHYBNE HLAVNÝM ŠPANIELSKYM PLEMENOM DOJNÍC, KTORÉ PREDSTAVUJE PRIEMERNÚ PRODUKCIU 530 KG MLIEKA NA LAKTÁCIU A VYVÁŽA DO RÔZNYCH KRAJÍN, AKO JE MEXIKO, RUMUNSKO A MAROKO. V TOMTO PROJEKTE SA NAVRHUJE ZAOBERAŤ SA ŠTÚDIOU GENÓMOVEJ ARCHITEKTÚRY MLIEČNYCH POSTÁV V PLEME MURCIA-GRENADINE S CIEĽOM VYHODNOTIŤ ICH MOŽNÉ ZAČLENENIE, AKO ZDROJ INFORMÁCIÍ, DO PROGRAMU GENETICKÉHO ZLEPŠENIA TOHTO PLEMENA. PO PRVÉ, VYKONÁ SA EXPERIMENT ZALOŽENÝ NA TECHNOLÓGII RNA-SEQ, V KTOROM SA POROVNALA EXPRESIA PRSNÍKOV GÉNOV KÓDUJÚCICH MESSENGER RNA A RNA REGULÁTORY V ŠTYROCH PRODUKTÍVNYCH ŠTÁDIÁCH (PRED LAKTÁCIOU A NÁSTUPOM, POLOVICA A KONIEC). TENTO EXPERIMENT IDENTIFIKUJE GÉNY, KTORÝCH EXPRESIA V MLIEČNEJ ŽĽAZE SA AKTIVUJE V DÔSLEDKU VYTVORENIA A UDRŽIAVANIA LAKTÁCIE. SÚČASNE SA VYKONÁ GENOTYPIZÁCIA 1 200 KÔZ S VÝROBNÝMI ZÁZNAMAMI O PRODUKCII A ZLOŽENÍ MLIEKA A O CHARAKTERISTIKÁCH TVORBY TELA A VEMENA. GENOTYPIZÁCIA SA BUDE VYKONÁVAŤ S ČIPOM 50K SNPS, TAKŽE VARIÁCIE MOŽNO CHARAKTERIZOVAŤ NA GENÓMOVEJ STUPNICI. KOMBINÁCIOU PRÍSTUPOV GWAS A RNASEQ SA IDENTIFIKUJÚ GENÓMOVÉ REGIÓNY, KTORÉ SÚ VÝZNAMNE SPOJENÉ S MLIEČNYMI A TELESNÝMI FORMOVACÍMI ZNAKMI. NA DRUHEJ STRANE SA ZNAKY TÝKAJÚCE SA ŽIVOTASCHOPNOSTI JEDNOTLIVCA BUDÚ ANALYZOVAŤ PROSTREDNÍCTVOM DVOJITEJ STRATÉGIE. PO PRVÉ, BAYESOVSKÁ METÓDA SA POUŽIJE NA ZISTENIE OBLASTÍ KOZIEHO GENÓMU, V KTORÝCH DOCHÁDZA K SKRESLENIU PRENOSU ALEL NA POTOMSTVO (I.E., KTORÉ SA ROZDEĽUJÚ NA NEMENDELSKÉ PROPORCIE). OKREM TOHO SA ODHADNÚ GENÓMOVÉ KOEFICIENTY KONSANGUINITY A GENÓMOVÉ OBLASTI, V KTORÝCH JE KONSANGUINÁLNA DEPRESIA PRE NIEKTORÉ SKÚMANÉ POSTAVY. INFORMÁCIE ZÍSKANÉ V RÁMCI PROJEKTU SA MÔŽU POUŽIŤ NA IDENTIFIKÁCIU MUTÁCIÍ S KAUZÁLNYMI ÚČINKAMI NA SKÚMANÉ ZNAKY, KTORÉ MOŽNO POUŽIŤ AKO KRITÉRIÁ VÝBERU S POMOCOU GÉNOV. PODOBNE SA VYHODNOTÍ UŽITOČNOSŤ GENÓMOVÝCH INFORMÁCIÍ PRI PREDPOVEDANÍ GENETICKÉHO POTENCIÁLU KANDIDÁTOV NA CHOV. (Slovak)
4 August 2022
0 references
ESPANJA ON TOINEN EUROOPAN MAA (KREIKAN JÄLKEEN), JOSSA VUOHENLASKENTA ON KORKEIN, JA SE ON ERIKOISTUNUT PÄÄASIASSA MAIDON JA JUUSTON TUOTANTOON. MURCIANO-GRENADINE-ROTU ON EPÄILEMÄTTÄ TÄRKEIN LYPSYVUOHIROTU, JONKA KESKIMÄÄRÄINEN TUOTANTO ON 530 KG MAITOA IMETYSTÄ KOHTI JA JOTA VIEDÄÄN ERI MAIHIN, KUTEN MEKSIKOON, ROMANIAAN JA MAROKKOON. TÄSSÄ HANKKEESSA EHDOTETAAN, ETTÄ TUTKITAAN MURCIA-GRENADINE-RODUN MAITOHAHMOJEN GENOMIARKKITEHTUURIA, JOTTA VOIDAAN ARVIOIDA NIIDEN MAHDOLLISTA SISÄLLYTTÄMISTÄ TIETOLÄHTEENÄ TÄMÄN RODUN GENEETTISEN PARANTAMISEN OHJELMAAN. ENSINNÄKIN SUORITETAAN RNA-SEQ-TEKNIIKKAAN PERUSTUVA KOKEILU, JOSSA MESSENGER RNA:TA JA RNA-SÄÄTELIJÖITÄ KOODAAVIEN GEENIEN RINTOJEN ILMENTYMISTÄ VERRATTIIN NELJÄSSÄ TUOTTAVASSA VAIHEESSA (ENNEN IMETYSTÄ JA SEN ALKAMISTA, PUOLTA JA LOPPUA). TÄSSÄ KOKEESSA TUNNISTETAAN GEENEJÄ, JOIDEN ILMENTYMINEN MAITORAUHASESSA AKTIVOITUU IMETYKSEN PERUSTAMISEN JA YLLÄPIDON SEURAUKSENA. SAMANAIKAISESTI 1200 VUOHEN GENOTYYPIN MÄÄRITYS SUORITETAAN MAIDON TUOTANTOA JA KOOSTUMUSTA SEKÄ KEHON JA UTAREMUODOSTUKSEN OMINAISUUKSIA KOSKEVIEN TUOTANTOTIETOJEN AVULLA. GENOTYYPIN MÄÄRITYS SUORITETAAN 50K SNPS -SIRULLA, JOTTA VAIHTELUA VOIDAAN LUONNEHTIA GENOMIASTEIKOLLA. YHDISTÄMÄLLÄ GWAS- JA RNASEQ-LÄHESTYMISTAVAT TUNNISTETAAN GENOMIALUEET, JOTKA LIITTYVÄT MERKITTÄVÄSTI MEIJERI- JA KEHONMUODOSTUSHAHMOIHIN. TOISAALTA YKSILÖN ELINKELPOISUUTEEN LIITTYVIÄ MERKKEJÄ ANALYSOIDAAN KAKSITAHOISELLA STRATEGIALLA. ENSINNÄKIN KÄYTETÄÄN BAYESIAN MENETELMÄÄ SELLAISTEN VUOHIEN GENOMIN ALUEIDEN HAVAITSEMISEKSI, JOISSA ALLEELIEN LEVIÄMINEN JÄLKELÄISILLE ON VÄÄRISTYNYT (I.E., ETTÄ NE JAKAUTUVAT MUIHIN KUIN MENDELIAN SUHTEISIIN). LISÄKSI ARVIOIDAAN GENOMIKONDENSITEETIN KERTOIMIA JA TUNNISTETAAN GENOMIALUEET, JOILLA JOILLEKIN TUTKITTAVILLE MERKEILLE ON HAITALLISTA MASENNUSTA. HANKKEESSA TUOTETTUJA TIETOJA VOIDAAN KÄYTTÄÄ SELLAISTEN MUTAATIOIDEN TUNNISTAMISEEN, JOILLA ON SYY-SEURAUSVAIKUTUKSIA TUTKITTUIHIN MERKKEIHIN, JOITA VOIDAAN KÄYTTÄÄ GEENIAVUSTEISINA VALINTAKRITEEREINÄ. SAMOIN ARVIOIDAAN GENOMITIEDON HYÖDYLLISYYTTÄ JALOSTUSEHDOKKAIDEN GENEETTISEN POTENTIAALIN ENNUSTAMISESSA. (Finnish)
4 August 2022
0 references
HISZPANIA JEST DRUGIM KRAJEM EUROPEJSKIM (PO GRECJI) O NAJWYŻSZYM SPISIE KÓZ, SPECJALIZUJĄCYM SIĘ GŁÓWNIE W PRODUKCJI MLEKA I SERA. RASA MURCIANO-GRENADINE JEST NIEWĄTPLIWIE GŁÓWNĄ HISZPAŃSKĄ RASĄ KÓZ MLECZNYCH, PRZEDSTAWIAJĄCĄ ŚREDNIĄ PRODUKCJĘ 530 KG MLEKA NA LAKTACJĘ I EKSPORTOWANĄ DO RÓŻNYCH KRAJÓW, TAKICH JAK MEKSYK, RUMUNIA I MAROKO. W TYM PROJEKCIE PROPONUJE SIĘ ZAJĘCIE SIĘ BADANIEM ARCHITEKTURY GENOMOWEJ POSTACI MLECZNYCH RASY MURCIA-GRENADINE W CELU OCENY ICH EWENTUALNEGO WŁĄCZENIA, JAKO ŹRÓDŁA INFORMACJI, DO PROGRAMU POPRAWY GENETYCZNEJ TEJ RASY. PO PIERWSZE, ZOSTANIE PRZEPROWADZONY EKSPERYMENT OPARTY NA TECHNOLOGII RNA-SEQ, W KTÓRYM PORÓWNUJE SIĘ EKSPRESJĘ PIERSI GENÓW KODUJĄCYCH REGULATOR RNA I RNA W CZTERECH ETAPACH PRODUKCYJNYCH (PRZED LAKTACJĄ I POCZĄTKIEM, W POŁOWIE I NA KOŃCU). EKSPERYMENT TEN OKREŚLI GENY, KTÓRYCH EKSPRESJA W GRUCZOŁU SUTKOWYM JEST AKTYWOWANA W WYNIKU USTANOWIENIA I UTRZYMANIA LAKTACJI. RÓWNOLEGLE GENOTYPOWANIE 1200 KÓZ BĘDZIE PROWADZONE Z ZAPISAMI PRODUKCYJNYMI DOTYCZĄCYMI PRODUKCJI I SKŁADU MLEKA ORAZ CECH FORMACJI CIAŁA I WYMION. GENOTYPOWANIE ZOSTANIE PRZEPROWADZONE ZA POMOCĄ CHIPA SNPS 50K, TAK ABY MOŻNA BYŁO SCHARAKTERYZOWAĆ W SKALI GENOMOWEJ. DZIĘKI POŁĄCZENIU PODEJŚĆ GWAS I RNASEQ ZOSTANĄ ZIDENTYFIKOWANE REGIONY GENOMOWE ZWIĄZANE W ZNACZNYM STOPNIU Z POSTACIAMI MLECZNYMI I FORMUJĄCYMI CIAŁO. Z DRUGIEJ STRONY POSTACIE ZWIĄZANE Z ŻYWOTNOŚCIĄ DANEJ OSOBY BĘDĄ ANALIZOWANE ZA POMOCĄ PODWÓJNEJ STRATEGII. PO PIERWSZE, DO WYKRYWANIA REJONÓW GENOMU KOZIEGO, W KTÓRYCH WYSTĘPUJE ZNIEKSZTAŁCENIE W PRZEKAZYWANIU ALLELI DO POTOMSTWA, ZOSTANIE ZASTOSOWANA METODA BAYESIAN (I.E., KTÓRE DZIELĄ SIĘ NA PROPORCJE NIEMENDELAŃSKIE). PONADTO OSZACOWANE ZOSTANĄ WSPÓŁCZYNNIKI POKREWIEŃSTWA GENOMOWEGO I ZIDENTYFIKOWANE ZOSTANĄ REGIONY GENOMOWE, W KTÓRYCH WYSTĘPUJE POKREWNA DEPRESJA DLA NIEKTÓRYCH BADANYCH POSTACI. INFORMACJE UZYSKANE W RAMACH PROJEKTU MOGĄ BYĆ WYKORZYSTYWANE DO IDENTYFIKACJI MUTACJI WYWOŁUJĄCYCH SKUTKI PRZYCZYNOWE DLA BADANYCH ZNAKÓW, KTÓRE MOŻNA WYKORZYSTAĆ JAKO KRYTERIA SELEKCJI WSPOMAGANE GENAMI. PODOBNIE OCENIONA ZOSTANIE UŻYTECZNOŚĆ INFORMACJI GENOMOWYCH W PRZEWIDYWANIU POTENCJAŁU GENETYCZNEGO KANDYDATÓW DO HODOWLI. (Polish)
4 August 2022
0 references
SPANYOLORSZÁG A MÁSODIK EURÓPAI ORSZÁG (GÖRÖGORSZÁG UTÁN), AHOL A LEGMAGASABB A KECSKESZÁMLÁLÁS, ELSŐSORBAN A TEJ- ÉS SAJTTERMELÉSRE SPECIALIZÁLÓDOTT. A MURCIANO-GRENADINE FAJTA KÉTSÉGTELENÜL A FŐ SPANYOL TEJELŐ KECSKE FAJTA, AMELY ÁTLAGOSAN 530 KG TEJET TERMEL LAKTÁCIÓNKÉNT ÉS EXPORTÁLNAK KÜLÖNBÖZŐ ORSZÁGOKBA, PÉLDÁUL MEXIKÓBA, ROMÁNIÁBA ÉS MAROKKÓBA. EBBEN A PROJEKTBEN AZT JAVASOLJUK, HOGY FOGLALKOZZANAK A MURCIA-GRENADINE FAJTA TEJJELEINEK GENOMIKUS ARCHITEKTÚRÁJÁNAK TANULMÁNYOZÁSÁVAL, AZZAL A CÉLLAL, HOGY ÉRTÉKELJÉK A FAJTA GENETIKAI JAVULÁSÁNAK PROGRAMJÁBA MINT INFORMÁCIÓFORRÁSKÉNT VALÓ LEHETSÉGES BEILLESZTÉSÜKET. ELŐSZÖR IS, EGY RNS-SEQ TECHNOLÓGIÁN ALAPULÓ KÍSÉRLETET VÉGEZNEK, AMELYNEK SORÁN A MESSENGER RNS-T ÉS RNS SZABÁLYOZÓKAT KÓDOLÓ GÉNEK EMLŐ EXPRESSZIÓJÁT NÉGY PRODUKTÍV FÁZISBAN HASONLÍTOTTÁK ÖSSZE (A LAKTÁCIÓ ÉS A MEGJELENÉS ELŐTT, A FELÉT ÉS VÉGÉT). EZ A KÍSÉRLET AZONOSÍTJA AZOKAT A GÉNEKET, AMELYEK KIFEJEZŐDÉSE AZ EMLŐMIRIGYBEN A LAKTÁCIÓ LÉTREHOZÁSÁNAK ÉS FENNTARTÁSÁNAK EREDMÉNYEKÉNT AKTIVÁLÓDIK. EZZEL PÁRHUZAMOSAN 1200 KECSKE GENOTIPIZÁLÁSÁRA KERÜL SOR A TEJ TERMELÉSÉRE ÉS ÖSSZETÉTELÉRE, VALAMINT A TEST- ÉS TŐGYKÉPZŐDÉS JELLEMZŐIRE VONATKOZÓ PRODUKTÍV NYILVÁNTARTÁSOKKAL. A GENOTIPIZÁLÁST EGY 50K SNPS CHIPPEL VÉGZIK, ÍGY A VARIÁCIÓT GENOMIKUS SKÁLÁN LEHET JELLEMEZNI. A GWAS ÉS AZ RNASEQ MEGKÖZELÍTÉS KOMBINÁLÁSÁVAL MEG KELL HATÁROZNI AZOKAT A GENOMIKUS RÉGIÓKAT, AMELYEK JELENTŐS MÉRTÉKBEN KAPCSOLÓDNAK A TEJ- ÉS TESTKÉPZŐ KARAKTEREKHEZ. MÁSRÉSZT AZ EGYÉN ÉLETKÉPESSÉGÉVEL KAPCSOLATOS KARAKTEREKET KETTŐS STRATÉGIA KERETÉBEN ELEMZIK. ELŐSZÖR IS BAYES-MÓDSZERT ALKALMAZNAK A KECSKEGENOM AZON RÉGIÓINAK KIMUTATÁSÁRA, AMELYEKBEN AZ ALLÉLEKNEK AZ UTÓDOKRA TÖRTÉNŐ ÁTVITELE TORZULÁST MUTAT (AZAZ, HOGY EZEK NEM MEENDÉLI ARÁNYOKRA OSZLANAK). EZENKÍVÜL MEG KELL BECSÜLNI A GENOMIKUS KONANGUINITÁSI EGYÜTTHATÓKAT, ÉS MEG KELL HATÁROZNI AZOKAT A GENOMIKUS RÉGIÓKAT, AHOL A VIZSGÁLT KARAKTEREK NÉMELYIKE ESETÉBEN KONANGUINOUS DEPRESSZIÓ ÁLL FENN. A PROJEKTBEN GENERÁLT INFORMÁCIÓK FELHASZNÁLHATÓK A GÉNASSZISZTENS KIVÁLASZTÁSI KRITÉRIUMKÉNT HASZNÁLHATÓ VIZSGÁLT KARAKTEREKRE GYAKOROLT OK-OKOZATI HATÁSSAL JÁRÓ MUTÁCIÓK AZONOSÍTÁSÁRA. HASONLÓKÉPPEN ÉRTÉKELNI KELL A GENOMIKUS INFORMÁCIÓK HASZNOSSÁGÁT A NEMESÍTÉSRE JELÖLT SZEMÉLYEK GENETIKAI POTENCIÁLJÁNAK ELŐREJELZÉSÉBEN. (Hungarian)
4 August 2022
0 references
ŠPANĚLSKO JE DRUHOU EVROPSKOU ZEMÍ (PO ŘECKU) S NEJVYŠŠÍM SČÍTÁNÍM KOZ, KTERÉ SE SPECIALIZUJE PŘEDEVŠÍM NA PRODUKCI MLÉKA A SÝRŮ. PLEMENO MURCIANO-GRENADINE JE NEPOCHYBNĚ HLAVNÍM ŠPANĚLSKÝM PLEMENEM KOZ DOJNIC, KTERÉ PŘEDSTAVUJE PRŮMĚRNOU PRODUKCI 530 KG MLÉKA NA LAKTACI A JE VYVÁŽENO DO RŮZNÝCH ZEMÍ, JAKO JE MEXIKO, RUMUNSKO A MAROKO. V TOMTO PROJEKTU SE NAVRHUJE ZABÝVAT SE STUDIEM GENOMICKÉ ARCHITEKTURY ZNAKŮ MLÉKA V PLEMENI MURCIA-GRENADIN S CÍLEM VYHODNOTIT JEJICH MOŽNÉ ZAČLENĚNÍ, JAKO ZDROJ INFORMACÍ, DO PROGRAMU GENETICKÉHO ZLEPŠENÍ TOHOTO PLEMENE. NEJPRVE BUDE PROVEDEN EXPERIMENT ZALOŽENÝ NA TECHNOLOGII RNA-SEQ, VE KTERÉM BYLA SROVNÁVÁNA EXPRESE PRSU GENŮ KÓDUJÍCÍCH REGULÁTORY MESSENGER RNA A RNA VE ČTYŘECH PRODUKTIVNÍCH STÁDIÍCH (PŘED LAKTACÍ A NÁSTUPEM, POLOVINOU A KONCEM). TENTO EXPERIMENT IDENTIFIKUJE GENY, JEJICHŽ EXPRESE V MLÉČNÉ ŽLÁZE JE AKTIVOVÁNA V DŮSLEDKU ZAVEDENÍ A UDRŽOVÁNÍ LAKTACE. SOUBĚŽNĚ SE BUDE PROVÁDĚT GENOTYPIZACE 1200 KOZ S VÝROBNÍMI ZÁZNAMY O PRODUKCI A SLOŽENÍ MLÉKA A CHARAKTERISTIKÁCH TVORBY TĚLA A VEMENE. GENOTYPOVÁNÍ BUDE PROVEDENO S ČIPEM 50K SNP, TAKŽE VARIACE MŮŽE BÝT CHARAKTERIZOVÁNA V GENOMOVÉM MĚŘÍTKU. KOMBINACÍ PŘÍSTUPŮ GWAS A RNASEQ BUDOU IDENTIFIKOVÁNY GENOMICKÉ OBLASTI, KTERÉ JSOU VÝZNAMNĚ SPOJENY S MLÉKÁRNAMI A POSTAVAMI TVOŘÍCÍMI TĚLO. NA DRUHÉ STRANĚ BUDOU ZNAKY TÝKAJÍCÍ SE ŽIVOTASCHOPNOSTI JEDNOTLIVCE ANALYZOVÁNY PROSTŘEDNICTVÍM DVOJÍ STRATEGIE. ZA PRVÉ, BAYESIANOVA METODA BUDE POUŽITA KE ZJIŠTĚNÍ OBLASTÍ GENOMU KOZ, VE KTERÝCH DOCHÁZÍ K NARUŠENÍ PŘENOSU ALEL NA POTOMSTVO (I.E., KTERÉ SE DĚLÍ NA NEMENDELSKÉ PROPORCE). KROMĚ TOHO BUDOU ODHADNUTY KOEFICIENTY GENOMICKÉ KONANGUINITY A GENOMICKÉ OBLASTI, KDE DOCHÁZÍ KE KONZUMNÍ DEPRESI PRO NĚKTERÉ ZE STUDOVANÝCH POSTAV. INFORMACE ZÍSKANÉ V PROJEKTU MOHOU BÝT POUŽITY K IDENTIFIKACI MUTACÍ S KAUZÁLNÍMI ÚČINKY NA ZKOUMANÉ ZNAKY, KTERÉ LZE POUŽÍT JAKO KRITÉRIA VÝBĚRU S POMOCÍ GENŮ. STEJNĚ TAK BUDE VYHODNOCENA UŽITEČNOST GENOMICKÝCH INFORMACÍ PRO PŘEDPOVÍDÁNÍ GENETICKÉHO POTENCIÁLU KANDIDÁTŮ NA CHOV. (Czech)
4 August 2022
0 references
SPĀNIJA IR OTRĀ EIROPAS VALSTS (PĒC GRIEĶIJAS) AR AUGSTĀKO KAZU SKAITĪŠANU, KAS GALVENOKĀRT SPECIALIZĒJAS PIENA UN SIERA RAŽOŠANĀ. MURCIANO-GRENADINE ŠĶIRNE NEAPŠAUBĀMI IR GALVENĀ SPĀNIJAS PIENA KAZU ŠĶIRNE, KAS UZRĀDA VIDĒJO PRODUKCIJU 530 KG PIENA VIENĀ LAKTĀCIJAS PERIODĀ UN TIEK EKSPORTĒTA UZ DAŽĀDĀM VALSTĪM, PIEMĒRAM, MEKSIKU, RUMĀNIJU UN MAROKU. ŠAJĀ PROJEKTĀ IR IEROSINĀTS PIEVĒRSTIES MURSIJAS-GRENADĪNAS ŠĶIRNES PIENA RAKSTZĪMJU GENOMISKĀS ARHITEKTŪRAS IZPĒTEI, LAI NOVĒRTĒTU TO IESPĒJAMO IEKĻAUŠANU ŠĪS ŠĶIRNES ĢENĒTISKĀS UZLABOŠANAS PROGRAMMĀ KĀ INFORMĀCIJAS AVOTU. PIRMKĀRT, TIKS VEIKTS EKSPERIMENTS, KURA PAMATĀ IR RNS-SEQ TEHNOLOĢIJA UN KURĀ ČETRU PRODUKTĪVO POSMU LAIKĀ (PIRMS LAKTĀCIJAS UN SĀKUMA, PUSI UN BEIGĀM) TIKA SALĪDZINĀTA GĒNU EKSPRESIJA, KAS KODĒ MESSENGER RNS UN RNS REGULATORUS. ŠAJĀ EKSPERIMENTĀ TIKS IDENTIFICĒTI GĒNI, KURU EKSPRESIJA PIENA DZIEDZERĪ TIEK AKTIVIZĒTA LAKTĀCIJAS IZVEIDOŠANAS UN UZTURĒŠANAS REZULTĀTĀ. PARALĒLI TIKS VEIKTA 1200 KAZU GENOTIPA NOTEIKŠANA AR RAŽOŠANAS UZSKAITI PAR PIENA RAŽOŠANU UN SASTĀVU, KĀ ARĪ PAR ĶERMEŅA UN TESMEŅA VEIDOŠANĀS ĪPAŠĪBĀM. GENOTIPĒŠANA TIKS VEIKTA AR 50K SNPS MIKROSHĒMU, LAI IZMAIŅAS VARĒTU RAKSTUROT GENOMISKĀ MĒROGĀ. APVIENOJOT GWAS UN RNASEQ PIEEJAS, TIKS IDENTIFICĒTI GENOMA REĢIONI, KAS BŪTISKI SAISTĪTI AR PIENA UN ĶERMEŅA VEIDOJOŠAJĀM ĪPAŠĪBĀM. NO OTRAS PUSES, RAKSTZĪMES, KAS SAISTĪTAS AR INDIVĪDA DZĪVOTSPĒJU, TIKS ANALIZĒTAS, IZMANTOJOT DIVĒJĀDU STRATĒĢIJU. PIRMKĀRT, TIKS IZMANTOTA LEJASIJAS METODE, LAI NOTEIKTU KAZU GENOMA REĢIONUS, KUROS IR IZKROPĻOTA ALĒĻU PĀRNEŠANA UZ PĒCNĀCĒJIEM (I.E., KA TĀS SADALA NE-MENDĒLIJAS PROPORCIJĀS). TURKLĀT TIKS APRĒĶINĀTI GENOMA KONSANGUINITĀTES KOEFICIENTI UN IDENTIFICĒTI GENOMU REĢIONI, KUROS IR KONSANGĪNA DEPRESIJA DAŽIEM NO PĒTĀMAJIEM RAKSTZĪMĒM. PROJEKTĀ IEGŪTO INFORMĀCIJU VAR IZMANTOT, LAI IDENTIFICĒTU MUTĀCIJAS AR CĒLONISKU IETEKMI UZ PĒTĪTAJĀM RAKSTZĪMĒM, KURAS VAR IZMANTOT KĀ ATLASES KRITĒRIJUS AR GĒNU PALĪDZĪBU. TĀPAT TIKS IZVĒRTĒTA GENOMISKĀS INFORMĀCIJAS LIETDERĪBA, LAI PROGNOZĒTU KANDIDĀTU ĢENĒTISKO POTENCIĀLU AUDZĒŠANAI. (Latvian)
4 August 2022
0 references
IS Í AN SPÁINN AN DARA TÍR EORPACH (I NDIAIDH NA GRÉIGE) A BHFUIL AN DAONÁIREAMH IS AIRDE DE CHINEÁL GABHAIR AICI, ATÁ SPEISIALAITHE DEN CHUID IS MÓ I DTÁIRGEADH BAINNE AGUS CÁISE. GAN AMHRAS IS É PÓR MURCIANO-GRENADINE AN PRÍOMHPHÓR GABHAR DÉIRÍOCHTA SPÁINNEACH, AG CUR MEÁN-LÉIRITHE 530 KG BAINNE IN AGHAIDH AN LACHTAITHE I LÁTHAIR AGUS Á N-ONNMHAIRIÚ CHUIG TÍORTHA ÉAGSÚLA AMHAIL MEICSICEO, AN RÓMÁIN AGUS MARACÓ. SA TIONSCADAL SEO TÁ SÉ BEARTAITHE AGHAIDH A THABHAIRT AR AN STAIDÉAR AR AILTIREACHT GHÉANÓMAÍOCH NA GCARACHTAR BAINNE SA PHÓR MURCIA-GRENADINE D’FHONN MEASTÓIREACHT A DHÉANAMH AR A N-IONCHORPRÚ FÉIDEARTHA, MAR FHOINSE FAISNÉISE, SA CHLÁR CHUN FEABHAS GÉINITEACH A DHÉANAMH AR AN BPÓR SEO. GCÉAD DUL SÍOS, BEIDH TURGNAMH BUNAITHE AR THEICNEOLAÍOCHT RNA-SEQ A DHÉANAMH INA BHFUIL AN ABAIRT CHÍCHE NA GÉINTE IONCHÓDÚ MESSENGER RNA AGUS RIALTÓIRÍ RNA CUIREADH I GCOMPARÁID I GCEITHRE CHÉIM THÁIRGIÚIL (ROIMH LACHTADH, AGUS TOSÚ, LEATH AGUS DEIREADH É). AITHNEOIDH AN TURGNAMH SEO GÉINTE A BHFUIL A LÉIRIÚ, SA FHAIREOG MHAMACH, GNÍOMHACHTAITHE MAR THORADH AR LACHTADH A BHUNÚ AGUS A CHOTHABHÁIL. AG AN AM CÉANNA, DÉANFAR GNOTYPING 1200 GABHAIR LE TAIFID THÁIRGIÚLA MAIDIR LE TÁIRGEADH AGUS COMHDHÉANAMH BAINNE AGUS TRÉITHE COIRP AGUS FOIRMIÚ ÚTHA. DÉANFAR GENOTYPING LE SLISEANNA 50K SNPS, IONAS GUR FÉIDIR ÉAGSÚLACHT A SHAINTRÉITHRIÚ AR SCÁLA GÉANÓMAÍOCH. TRÍ CHUR CHUIGE GWAS AGUS RNASEQ A CHOMHCHEANGAL, SAINAITHNEOFAR NA RÉIGIÚIN GHÉANÓMAÍOCHA A BHAINEANN GO MÓR LEIS NA CARACHTAIR DÉIRÍOCHTA AGUS COIRP. AR AN LÁIMH EILE, DÉANFAR ANAILÍS AR CHARACHTAIR A BHAINEANN LE HINMHARTHANACHT AN DUINE AONAIR TRÍ DHÉ-STRAITÉIS. AR DTÚS, ÚSÁIDFEAR MODH BAYESIAN CHUN RÉIGIÚIN DEN GHÉANÓM GABHAIR A BHRATH INA BHFUIL SAOBHADH I DTARCHUR AILLÉILÍ CHUIG AN SLIOCHT (I.E., GO ROINNEANN SIAD I GCION NEAMH-MENDELIAN). INA THEANNTA SIN, DÉANFAR COMHÉIFEACHTAÍ CONSANGUINITY GÉANÓMACHA A MHEAS AGUS RÉIGIÚIN GHÉANÓMAÍOCHA A SHAINAITHINT I GCÁS INA BHFUIL DÚLAGAR CONSANGUINOUS DO ROINNT DE NA CARACHTAIR ATÁ FAOI STAIDÉAR. FÉADFAR AN FHAISNÉIS A GHINTEAR SA TIONSCADAL A ÚSÁID CHUN SÓCHÁIN A SHAINAITHINT A MBÍONN ÉIFEACHTAÍ CÚISEACHA ACU AR NA CARACHTAIR A NDEARNADH STAIDÉAR ORTHU AGUS IS FÉIDIR A ÚSÁID MAR CHRITÉIR ROGHNÚCHÁIN GÉINTE. AR AN GCAOI CHÉANNA, DÉANFAR MEASÚNÚ AR A ÚSÁIDÍ ATÁ AN FHAISNÉIS GHÉANÓMAÍOCH MAIDIR LE HACMHAINNEACHT GHÉINITEACH NA N-IARRTHÓIRÍ AR PHÓRÚ A THUAR. (Irish)
4 August 2022
0 references
ŠPANIJA JE DRUGA EVROPSKA DRŽAVA (ZA GRČIJO) Z NAJVIŠJIM POPISOM KOZ, SPECIALIZIRANA PREDVSEM ZA PROIZVODNJO MLEKA IN SIRA. PASMA MURCIANO-GRENADINE JE NEDVOMNO GLAVNA ŠPANSKA PASMA KOZ MOLZNIC, KI PREDSTAVLJA POVPREČNO PROIZVODNJO 530 KG MLEKA NA LAKTACIJO IN SE IZVAŽA V RAZLIČNE DRŽAVE, KOT SO MEHIKA, ROMUNIJA IN MAROKO. V TEM PROJEKTU SE PREDLAGA OBRAVNAVA ŠTUDIJE GENOMSKE ARHITEKTURE MLEČNIH LIKOV V PASMI MURCIA-GRENADINE, DA BI OCENILI NJIHOVO MOŽNO VKLJUČITEV KOT VIR INFORMACIJ V PROGRAM GENETSKEGA IZBOLJŠANJA TE PASME. NAJPREJ SE BO IZVAJAL POSKUS, KI TEMELJI NA RNA-SEQ TEHNOLOGIJI, V KATEREM SO PRIMERJALI PRSNO EKSPRESIJO GENOV, KI KODIRAJO MESSENGER RNK IN RNA REGULATORJE V ŠTIRIH PRODUKTIVNIH FAZAH (PRED DOJENJEM IN ZAČETKOM, POLOVICO IN KONCEM). TA POSKUS BO IDENTIFICIRAL GENE, KATERIH EKSPRESIJA V MLEČNI ŽLEZI SE AKTIVIRA KOT POSLEDICA VZPOSTAVITVE IN VZDRŽEVANJA LAKTACIJE. VZPOREDNO SE BO GENOTIPIZACIJA 1200 KOZ IZVAJALA S PRODUKTIVNIMI EVIDENCAMI ZA PROIZVODNJO IN SESTAVO MLEKA TER ZNAČILNOSTI NASTAJANJA TELESA IN VIMENA. GENOTIPIZACIJA SE BO IZVAJALA S ČIPOM 50K SNPS, TAKO DA JE MOGOČE VARIACIJE OPREDELITI NA GENOMSKI LESTVICI. Z ZDRUŽEVANJEM PRISTOPOV GWAS IN RNASEQ BODO OPREDELJENE GENOMSKE REGIJE, KI SO V VELIKI MERI POVEZANE Z MLEČNIMI IN TELESNIMI ZNAKI. PO DRUGI STRANI PA SE BODO ZNAKI, POVEZANI S SPOSOBNOSTJO PREŽIVETJA POSAMEZNIKA, ANALIZIRALI Z DVOJNO STRATEGIJO. PRVIČ, ZA ODKRIVANJE REGIJ KOZJEGA GENOMA, V KATERIH PRIDE DO IZKRIVLJANJA PRENOSA ALELOV NA POTOMCE (I.E., KI SE DELIJO NA NEMENDELSKE DELEŽE), SE BO UPORABILA BAJAZIJSKA METODA. POLEG TEGA SE BODO OCENILI GENOMSKI KOEFICIENTI KONZUMNOSTI IN UGOTOVILI GENOMSKE REGIJE, KJER JE PRI NEKATERIH PREISKOVANIH ZNAKIH PRISOTNA KONSISTENTNA DEPRESIJA. INFORMACIJE, PRIDOBLJENE V PROJEKTU, SE LAHKO UPORABIJO ZA OPREDELITEV MUTACIJ Z VZROČNIM UČINKOM NA PREUČEVANE ZNAKE, KI SE LAHKO UPORABIJO KOT MERILA ZA IZBIRO GENOV. PRAV TAKO BO OCENJENA UPORABNOST GENOMSKIH INFORMACIJ PRI NAPOVEDOVANJU GENSKEGA POTENCIALA KANDIDATOV ZA VZREJO. (Slovenian)
4 August 2022
0 references
ИСПАНИЯ Е ВТОРАТА ЕВРОПЕЙСКА ДЪРЖАВА (СЛЕД ГЪРЦИЯ) С НАЙ-ВИСОКО ПРЕБРОЯВАНЕ НА КОЗИТЕ, КАТО Е СПЕЦИАЛИЗИРАНА ГЛАВНО В ПРОИЗВОДСТВОТО НА МЛЯКО И СИРЕНЕ. ПОРОДАТА MURCIANO-GRENADINE НЕСЪМНЕНО Е ОСНОВНАТА ИСПАНСКА ПОРОДА МЛЕЧНИ КОЗИ, КОЯТО ПРЕДСТАВЯ СРЕДНО 530 KG МЛЯКО НА ЛАКТАЦИЯ И СЕ ИЗНАСЯ В РАЗЛИЧНИ СТРАНИ КАТО МЕКСИКО, РУМЪНИЯ И МАРОКО. В ТОЗИ ПРОЕКТ СЕ ПРЕДЛАГА ДА СЕ РАЗГЛЕДА ИЗСЛЕДВАНЕТО НА ГЕНОМНАТА АРХИТЕКТУРА НА МЛЕЧНИТЕ ГЕРОИ ОТ ПОРОДАТА МУРСИЯ-ГРЕНАДИН С ЦЕЛ ДА СЕ ОЦЕНИ ЕВЕНТУАЛНОТО ИМ ВКЛЮЧВАНЕ КАТО ИЗТОЧНИК НА ИНФОРМАЦИЯ В ПРОГРАМАТА ЗА ГЕНЕТИЧНО ПОДОБРЕНИЕ НА ТАЗИ ПОРОДА. ПЪРВО, ЩЕ СЕ ПРОВЕДЕ ЕКСПЕРИМЕНТ, ОСНОВАН НА РНК-SEQ ТЕХНОЛОГИЯ, ПРИ КОЙТО ГРЪДНАТА ЕКСПРЕСИЯ НА ГЕНИТЕ, КОДИРАЩИ РЕГУЛАТОРИТЕ НА MESSENGER РНК И РНК, СЕ СРАВНЯВА В ЧЕТИРИ ПРОИЗВОДСТВЕНИ ЕТАПА (ПРЕДИ КЪРМЕНЕТО И НАЧАЛОТО, ПОЛОВИНАТА И КРАЯ МУ). ТОЗИ ЕКСПЕРИМЕНТ ЩЕ ИДЕНТИФИЦИРА ГЕНИ, ЧИЯТО ЕКСПРЕСИЯ В МЛЕЧНАТА ЖЛЕЗА СЕ АКТИВИРА В РЕЗУЛТАТ НА УСТАНОВЯВАНЕТО И ПОДДЪРЖАНЕТО НА ЛАКТАЦИЯ. УСПОРЕДНО С ТОВА ЩЕ СЕ ИЗВЪРШВА ГЕНОТИПИРАНЕ НА 1200 КОЗИ С ПРОИЗВОДСТВЕНИ ДАННИ ЗА ПРОИЗВОДСТВОТО И СЪСТАВА НА МЛЯКОТО И ХАРАКТЕРИСТИКИТЕ НА ТЯЛОТО И ВИМЕТО. ГЕНОТИПЪТ ЩЕ СЕ ИЗВЪРШВА С 50K SNPS ЧИП, ТАКА ЧЕ ВАРИАЦИЯТА МОЖЕ ДА СЕ ХАРАКТЕРИЗИРА С ГЕНОМНА СКАЛА. ЧРЕЗ КОМБИНИРАНЕ НА ПОДХОДИТЕ GWAS И RNASEQ ЩЕ БЪДАТ ИДЕНТИФИЦИРАНИ ГЕНОМНИТЕ РЕГИОНИ, СВЪРЗАНИ В ЗНАЧИТЕЛНА СТЕПЕН С МЛЕЧНИТЕ И ФОРМИРАЩИТЕ ТЯЛОТО СИМВОЛИ. ОТ ДРУГА СТРАНА, ЗНАЦИТЕ, СВЪРЗАНИ С ЖИЗНЕСПОСОБНОСТТА НА ИНДИВИДА, ЩЕ БЪДАТ АНАЛИЗИРАНИ ЧРЕЗ ДВОЙНА СТРАТЕГИЯ. ПЪРВО, ЗА ОТКРИВАНЕ НА РАЙОНИ НА ГЕНОМА НА КОЗИТЕ, В КОИТО ИМА ИЗКРИВЯВАНЕ В ПРЕДАВАНЕТО НА АЛЕЛИТЕ НА ПОТОМСТВОТО, ЩЕ СЕ ИЗПОЛЗВА БАЙЕЗИЙСКИ МЕТОД (I.E., ЧЕ ТЕ СЕ РАЗДЕЛЯТ НА НЕМЕНДЕЛИАНСКИ ПРОПОРЦИИ). ОСВЕН ТОВА ЩЕ БЪДАТ ОЦЕНЕНИ ГЕНОМНИТЕ КОЕФИЦИЕНТИ НА КОНСАНГИИ И ЩЕ БЪДАТ ИДЕНТИФИЦИРАНИ ГЕНОМНИТЕ РЕГИОНИ, В КОИТО ИМА КОНСУМАТИВНА ДЕПРЕСИЯ ЗА НЯКОИ ОТ ИЗСЛЕДВАНИТЕ ЗНАЦИ. ИНФОРМАЦИЯТА, ГЕНЕРИРАНА В ПРОЕКТА, МОЖЕ ДА СЕ ИЗПОЛЗВА ЗА ИДЕНТИФИЦИРАНЕ НА МУТАЦИИ С ПРИЧИННО ВЪЗДЕЙСТВИЕ ВЪРХУ ИЗСЛЕДВАНИТЕ ЗНАЦИ, КОИТО МОГАТ ДА СЕ ИЗПОЛЗВАТ КАТО КРИТЕРИИ ЗА ПОДБОР С ПОМОЩТА НА ГЕН. ПО СЪЩИЯ НАЧИН ЩЕ БЪДЕ ОЦЕНЕНА ПОЛЗАТА ОТ ГЕНОМНАТА ИНФОРМАЦИЯ ЗА ПРОГНОЗИРАНЕ НА ГЕНЕТИЧНИЯ ПОТЕНЦИАЛ НА КАНДИДАТИТЕ ЗА РАЗПЛОД. (Bulgarian)
4 August 2022
0 references
SPANJA HIJA T-TIENI PAJJIŻ EWROPEW (WARA L-GREĊJA) BL-OGĦLA ĊENSIMENT KAPRINIKU, LI HUWA PRINĊIPALMENT SPEĊJALIZZAT FIL-PRODUZZJONI TAL-ĦALIB U L-ĠOBON. IR-RAZZA MURCIANO-GRENADINE HIJA BLA DUBJU R-RAZZA SPANJOLA EWLENIJA TAL-MOGĦOŻ TAL-ĦALIB, LI TIPPREŻENTA PRODUZZJONIJIET MEDJI TA’ 530 KG ĦALIB GĦAL KULL TREDDIGĦ U TIĠI ESPORTATA LEJN DIVERSI PAJJIŻI BĦALL-MESSIKU, IR-RUMANIJA U L-MAROKK. F’DAN IL-PROĠETT QED JIĠI PROPOST LI JIĠI INDIRIZZAT L-ISTUDJU TAL-ARKITETTURA ĠENOMIKA TAL-KARATTRI TAL-ĦALIB FIR-RAZZA MURCIA-GRENADINE BIL-GĦAN LI TIĠI EVALWATA L-INKORPORAZZJONI POSSIBBLI TAGĦHOM, BĦALA SORS TA’ INFORMAZZJONI, FIL-PROGRAMM TA’ TITJIB ĠENETIKU TA’ DIN IR-RAZZA. L-EWWEL, ESPERIMENT IBBAŻAT FUQ IT-TEKNOLOĠIJA RNA-SEQ SE JITWETTAQ FEJN L-ESPRESSJONI TAS-SIDER TA’ ĠENI LI JIKKODIFIKAW IR-REGOLATURI TA’ MESSENGER RNA U RNA TQABBLU F’ERBA’ STADJI PRODUTTIVI (QABEL IT-TREDDIGĦ, U L-BIDU, IN-NOFS U T-TMIEM TIEGĦU). DAN L-ESPERIMENT SE JIDENTIFIKA ĠENI LI L-ESPRESSJONI TAGĦHOM, FIL-GLANDOLA MAMMARJA, TIĠI ATTIVATA BĦALA RIŻULTAT TAL-ISTABBILIMENT U Ż-ŻAMMA TAT-TREDDIGĦ. B’MOD PARALLEL, IL-ĠENOTIPAR TA’ 1200 MOGĦŻA SE JSIR B’REKORDS PRODUTTIVI GĦALL-PRODUZZJONI U L-KOMPOŻIZZJONI TAL-ĦALIB U L-KARATTERISTIĊI TAL-FORMAZZJONI TAL-ĠISEM U TAL-BEŻŻULA. IL-ĠENOTIPAR SE JSIR B’ĊIPPA SNP 50K, SABIEX IL-VARJAZZJONI TKUN TISTA’ TIĠI KKARATTERIZZATA FUQ SKALA ĠENOMIKA. BIL-KOMBINAZZJONI TAL-APPROĊĊI GWAS U RNASEQ, SE JIĠU IDENTIFIKATI R-REĠJUNI ĠENOMIĊI ASSOĊJATI B’MOD SINIFIKANTI MAL-KARATTRI TAL-ĦALIB U TAL-FORMAZZJONI TAL-ĠISEM. MIN-NAĦA L-OĦRA, IL-KARATTRI RELATATI MAL-VIJABBILTÀ TAL-INDIVIDWU SE JIĠU ANALIZZATI PERMEZZ TA’ STRATEĠIJA DOPPJA. L-EWWEL NETT, SE JINTUŻA METODU BAYESIAN BIEX JINDIVIDWA REĠJUNI TAL-ĠENOMA KAPRINA LI FIHOM HEMM DISTORSJONI FIT-TRAŻMISSJONI TAL-ALLELI LILL-FRIEĦ (I.E., LI JINQASMU FI PROPORZJONIJIET MHUX MILL-MENDELJANI). BARRA MINN HEKK, IL-KOEFFIĊJENTI TA’ KONSANĠINITÀ ĠENOMIKA SE JIĠU STMATI U R-REĠJUNI ĠENOMIĊI SE JIĠU IDENTIFIKATI FEJN HEMM DEPRESSJONI CONSANGUINOUS GĦAL XI WĦUD MILL-KARATTRI LI QED JIĠU STUDJATI. L-INFORMAZZJONI ĠĠENERATA FIL-PROĠETT TISTA’ TINTUŻA BIEX JIĠU IDENTIFIKATI MUTAZZJONIJIET B’EFFETTI KAWŻALI FUQ IL-KARATTRI STUDJATI LI JISTGĦU JINTUŻAW BĦALA KRITERJI TAL-GĦAŻLA ASSISTITI MILL-ĠENI. BL-ISTESS MOD, L-UTILITÀ TAL-INFORMAZZJONI ĠENOMIKA FIT-TBASSIR TAL-POTENZJAL ĠENETIKU TAL-KANDIDATI GĦAT-TNISSIL SE TIĠI EVALWATA. (Maltese)
4 August 2022
0 references
A ESPANHA É O SEGUNDO PAÍS EUROPEU (APÓS A GRÉCIA) COM O MAIOR CENSO DE CAPRINOS, SENDO PRINCIPALMENTE ESPECIALIZADA NA PRODUÇÃO DE LEITE E QUEIJO. A RAÇA MURCIANO-GRENADINE É, SEM DÚVIDA, A PRINCIPAL RAÇA DE CABRA LEITEIRA ESPANHOLA, APRESENTANDO PRODUÇÕES MÉDIAS DE 530 KG DE LEITE POR LACTAÇÃO E SENDO EXPORTADA PARA VÁRIOS PAÍSES, COMO MÉXICO, ROMÊNIA E MARROCOS. NESTE PROJETO PROPÕE-SE ABORDAR O ESTUDO DA ARQUITETURA GENÔMICA DOS CARATERES DO LEITE NA RAÇA MURCIA-GRENADINE COM O OBJETIVO DE AVALIAR SUA POSSÍVEL INCORPORAÇÃO, COMO FONTE DE INFORMAÇÃO, NO PROGRAMA DE MELHORIA GENÉTICA DESTA RAÇA. EM PRIMEIRO LUGAR, UM EXPERIMENTO GANZA NA TECNOLOGIA RNA-SEQ SERÁ REALIZADO EM QUE A EXPRESSÃO MAMÁRIA DE GENES QUE CODIFICAM OS REGULADORES DO RNA MESSENGER E DO RNA FORAM COMPARADAS EM QUATRO ESTÁGIOS PRODUTIVOS (ANTES DA LACTAÇÃO, E INÍCIO, METADE E FIM DELE). ESTE EXPERIMENTO IDENTIFICARÁ GENES CUJA EXPRESSÃO, NA GLÂNDULA MAMÁRIA, É ATIVADA COMO RESULTADO DO ESTABELECIMENTO E MANUTENÇÃO DA LACTAÇÃO. PARALELAMENTE, A GENOTIPAGEM DE 1200 CAPRINOS SERÁ REALIZADA COM REGISTOS PRODUTIVOS PARA A PRODUÇÃO E COMPOSIÇÃO DO LEITE E AS CARACTERÍSTICAS DA FORMAÇÃO DO CORPO E DO ÚBERE. A GENOTIPAGEM SERÁ REALIZADA COM UM CHIP SNPS 50K, DE MODO QUE A VARIAÇÃO POSSA SER CARACTERIZADA EM UMA ESCALA GENÔMICA. AO COMBINAR AS ABORDAGENS GWAS E RNASEQ, AS REGIÕES GENÔMICAS ASSOCIADAS SIGNIFICATIVAMENTE AOS CARATERES DE LATICÍNIOS E FORMADORES DE CORPO SERÃO IDENTIFICADAS. POR OUTRO LADO, OS CARATERES RELACIONADOS À VIABILIDADE DO INDIVÍDUO SERÃO ANALISADOS POR MEIO DE UMA ESTRATÉGIA DUPLA. EM PRIMEIRO LUGAR, SERÁ UTILIZADO UM MÉTODO BAYESIANO PARA DETETAR REGIÕES DO GENOMA CAPRINO EM QUE HÁ UMA DISTORÇÃO NA TRANSMISSÃO DE ALELOS PARA A PROLE (I.E., QUE SE DIVIDEM EM PROPORÇÕES NÃO MEENDELIANAS). ALÉM DISSO, OS COEFICIENTES DE CONSANGUINIDADE GENÔMICA SERÃO ESTIMADOS E REGIÕES GENÔMICAS IDENTIFICADAS ONDE HÁ DEPRESSÃO CONSANGUINOSA PARA ALGUNS DOS PERSONAGENS EM ESTUDO. AS INFORMAÇÕES GERADAS NO PROJETO PODEM SER USADAS PARA IDENTIFICAR MUTAÇÕES COM EFEITOS CAUSAIS SOBRE OS CARATERES ESTUDADOS QUE PODEM SER USADOS COMO CRITÉRIOS DE SELEÇÃO ASSISTIDA POR GENES. DA MESMA FORMA, SERÁ AVALIADA A UTILIDADE DA INFORMAÇÃO GENÓMICA NA PREVISÃO DO POTENCIAL GENÉTICO DOS CANDIDATOS À REPRODUÇÃO. (Portuguese)
4 August 2022
0 references
SPANIEN ER DET ANDET EUROPÆISKE LAND (EFTER GRÆKENLAND) MED DEN HØJESTE FOLKETÆLLING AF GEDER OG ER PRIMÆRT SPECIALISERET I PRODUKTION AF MÆLK OG OST. DEN MURCIANO-GRENADINE RACEN ER UDEN TVIVL DEN VIGTIGSTE SPANSKE MALKEGED RACE, DER PRÆSENTERER GENNEMSNITLIGE PRODUKTIONER PÅ 530 KG MÆLK PR. LAKTATION OG EKSPORTERES TIL FORSKELLIGE LANDE SOM MEXICO, RUMÆNIEN OG MAROKKO. I DETTE PROJEKT FORESLÅS DET AT BEHANDLE UNDERSØGELSEN AF DEN GENOMISKE ARKITEKTUR AF MÆLKETEGNENE I MURCIA-GRENADINE RACEN MED DET FORMÅL AT EVALUERE DERES MULIGE INKORPORERING, SOM EN INFORMATIONSKILDE, I PROGRAMMET FOR GENETISK FORBEDRING AF DENNE RACE. FOR DET FØRSTE VIL DER BLIVE UDFØRT ET EKSPERIMENT BASERET PÅ RNA-SEQ-TEKNOLOGI, HVOR BRYSTEKSPRESSIONEN AF GENER, DER KODER MESSENGER RNA OG RNA REGULATORER, BLEV SAMMENLIGNET I FIRE PRODUKTIVE FASER (FØR AMNING, OG DEBUT, HALVDELEN OG SLUTNINGEN AF DET). DETTE EKSPERIMENT VIL IDENTIFICERE GENER, HVIS EKSPRESSION I MÆLKEKIRTLEN AKTIVERES SOM FØLGE AF ETABLERING OG VEDLIGEHOLDELSE AF AMNING. PARALLELT HERMED VIL GENOTYPEBESTEMMELSEN AF 1200 GEDER BLIVE UDFØRT MED PRODUKTIVE OPTEGNELSER FOR PRODUKTION OG SAMMENSÆTNING AF MÆLK OG EGENSKABERNE VED DANNELSE AF KROP OG YVER. GENOTYPEBESTEMMELSE VIL BLIVE UDFØRT MED EN 50K SNPS CHIP, SÅ VARIATION KAN KARAKTERISERES PÅ EN GENOMISK SKALA. VED AT KOMBINERE GWAS- OG RNASEQ-TILGANGENE IDENTIFICERES DE GENOMREGIONER, DER I VÆSENTLIG GRAD ER FORBUNDET MED MÆLKE- OG KROPSDANNENDE TEGN. PÅ DEN ANDEN SIDE VIL TEGN VEDRØRENDE INDIVIDETS LEVEDYGTIGHED BLIVE ANALYSERET VED HJÆLP AF EN DOBBELT STRATEGI. FOR DET FØRSTE VIL DER BLIVE ANVENDT EN BAYESISK METODE TIL AT PÅVISE OMRÅDER AF GEDEGENOMET, HVOR DER ER EN FORVRÆNGNING I OVERFØRSLEN AF ALLELER TIL AFKOMMET (DVS. AT DE DELER SIG I IKKE-MENDELISKE PROPORTIONER). DESUDEN VIL GENOMISKE CONSANGUINITY KOEFFICIENTER BLIVE ESTIMERET OG GENOMISKE REGIONER IDENTIFICERET, HVOR DER ER CONSANGUINOUS DEPRESSION FOR NOGLE AF DE TEGN, DER UNDERSØGES. DE OPLYSNINGER, DER GENERERES I PROJEKTET, KAN ANVENDES TIL AT IDENTIFICERE MUTATIONER MED KAUSALE VIRKNINGER PÅ DE UNDERSØGTE TEGN, DER KAN ANVENDES SOM GENASSISTEREDE UDVÆLGELSESKRITERIER. PÅ SAMME MÅDE VIL NYTTEN AF DE GENOMISKE OPLYSNINGER TIL AT FORUDSIGE DET GENETISKE POTENTIALE HOS KANDIDATERNE TIL AVL BLIVE EVALUERET. (Danish)
4 August 2022
0 references
SPANIA ESTE A DOUA ȚARĂ EUROPEANĂ (DUPĂ GRECIA) CU CEL MAI MARE RECENSĂMÂNT CAPRIN, FIIND SPECIALIZATĂ ÎN PRINCIPAL ÎN PRODUCȚIA DE LAPTE ȘI BRÂNZĂ. RASA MURCIANO-GRENADINE ESTE, FĂRĂ ÎNDOIALĂ, PRINCIPALA RASĂ SPANIOLĂ DE CAPRE DE LAPTE, PREZENTÂND O PRODUCȚIE MEDIE DE 530 KG DE LAPTE PE LACTAȚIE ȘI EXPORTATĂ ÎN DIFERITE ȚĂRI, CUM AR FI MEXIC, ROMÂNIA ȘI MAROC. ÎN ACEST PROIECT SE PROPUNE ABORDAREA STUDIULUI ARHITECTURII GENOMICE A CARACTERELOR DE LAPTE DIN RASA MURCIA-GRENADINE CU SCOPUL DE A EVALUA POSIBILA LOR ÎNCORPORARE, CA SURSĂ DE INFORMAȚII, ÎN PROGRAMUL DE ÎMBUNĂTĂȚIRE GENETICĂ A ACESTEI RASE. ÎN PRIMUL RÂND, SE VA EFECTUA UN EXPERIMENT BAZAT PE TEHNOLOGIA ARN-SEQ ÎN CARE EXPRESIA SÂNILOR GENELOR CARE CODIFICĂ REGULATORII ARN ȘI ARN MESSENGER AU FOST COMPARATE ÎN PATRU ETAPE PRODUCTIVE (ÎNAINTE DE ALĂPTARE ȘI DEBUT, JUMĂTATE ȘI SFÂRȘITUL ACESTUIA). ACEST EXPERIMENT VA IDENTIFICA GENELE A CĂROR EXPRESIE, ÎN GLANDA MAMARĂ, ESTE ACTIVATĂ CA URMARE A STABILIRII ȘI MENȚINERII ALĂPTĂRII. ÎN PARALEL, GENOTIPAREA A 1200 DE CAPRE SE VA REALIZA CU ÎNREGISTRĂRI PRODUCTIVE PENTRU PRODUCȚIA ȘI COMPOZIȚIA LAPTELUI ȘI CARACTERISTICILE FORMĂRII CORPULUI ȘI UGERULUI. GENOTIPAREA VA FI EFECTUATĂ CU UN CIP SNPS DE 50K, ASTFEL ÎNCÂT VARIAȚIA SĂ POATĂ FI CARACTERIZATĂ LA SCARĂ GENOMICĂ. PRIN COMBINAREA ABORDĂRILOR GWAS ȘI RNASEQ, VOR FI IDENTIFICATE REGIUNILE GENOMICE ASOCIATE ÎN MOD SEMNIFICATIV CU CARACTERELE DE LAPTE ȘI DE FORMARE A CORPULUI. PE DE ALTĂ PARTE, CARACTERELE LEGATE DE VIABILITATEA INDIVIDULUI VOR FI ANALIZATE PRINTR-O STRATEGIE DUALĂ. ÎN PRIMUL RÂND, SE VA UTILIZA O METODĂ BAYESIANĂ PENTRU A DETECTA REGIUNILE GENOMULUI CAPRIN ÎN CARE EXISTĂ O DISTORSIUNE ÎN TRANSMITEREA ALELELOR LA DESCENDENȚI (I.E., PE CARE ACESTEA SE ÎMPART ÎN PROPORȚII NON-MENDELIANE). ÎN PLUS, COEFICIENȚII DE CONSANGUINITATE GENOMICĂ VOR FI ESTIMAȚI ȘI REGIUNILE GENOMICE IDENTIFICATE ÎN CAZUL ÎN CARE EXISTĂ DEPRESIE CONSANGUINOUS PENTRU UNELE DINTRE PERSONAJELE STUDIATE. INFORMAȚIILE GENERATE ÎN CADRUL PROIECTULUI POT FI UTILIZATE PENTRU A IDENTIFICA MUTAȚIILE CU EFECTE CAUZALE ASUPRA CARACTERELOR STUDIATE CARE POT FI UTILIZATE CA CRITERII DE SELECȚIE ASISTATE DE GENE. DE ASEMENEA, VA FI EVALUATĂ UTILITATEA INFORMAȚIILOR GENOMICE ÎN ESTIMAREA POTENȚIALULUI GENETIC AL CANDIDAȚILOR LA REPRODUCERE. (Romanian)
4 August 2022
0 references
SPANIEN ÄR DET ANDRA EUROPEISKA LAND (EFTER GREKLAND) SOM HAR DEN HÖGSTA GETRÄKNINGEN OCH ÄR FRÄMST SPECIALISERAT PÅ PRODUKTION AV MJÖLK OCH OST. RASEN MURCIANO-GRENADINE ÄR UTAN TVEKAN DEN STÖRSTA SPANSKA MJÖLKGETRASEN, SOM UPPVISAR EN GENOMSNITTLIG PRODUKTION PÅ 530 KG MJÖLK PER LAKTATION OCH EXPORTERAS TILL OLIKA LÄNDER SOM MEXIKO, RUMÄNIEN OCH MAROCKO. I DETTA PROJEKT FÖRESLÅS ATT STUDERA DEN GENOMISKA ARKITEKTUREN HOS MJÖLKKARAKTÄRERNA I MURCIA-GRENADINE RASEN I SYFTE ATT UTVÄRDERA DERAS EVENTUELLA INFÖRLIVANDE, SOM EN KÄLLA TILL INFORMATION, I PROGRAMMET FÖR GENETISK FÖRBÄTTRING AV DENNA RAS. FÖR DET FÖRSTA KOMMER ETT EXPERIMENT BASERAT PÅ RNA-SEQ-TEKNIK ATT GENOMFÖRAS DÄR BRÖSTUTTRYCKET AV GENER SOM KODAR MESSENGER RNA OCH RNA REGULATORER JÄMFÖRDES I FYRA PRODUKTIVA STADIER (FÖRE AMNING, OCH BÖRJAN, HÄLFTEN OCH SLUTET AV DET). DETTA EXPERIMENT KOMMER ATT IDENTIFIERA GENER VARS UTTRYCK, I BRÖSTKÖRTELN, AKTIVERAS SOM ETT RESULTAT AV ETABLERING OCH UNDERHÅLL AV AMNING. SAMTIDIGT KOMMER GENOTYPNINGEN AV 1200 GETTER ATT UTFÖRAS MED PRODUKTIVA REGISTER ÖVER MJÖLKENS PRODUKTION OCH SAMMANSÄTTNING OCH EGENSKAPERNA HOS KROPPEN OCH JUVERBILDNINGEN. GENOTYPNING KOMMER ATT UTFÖRAS MED ETT 50K SNPS-CHIP, SÅ ATT VARIATIONEN KAN KARAKTERISERAS PÅ EN GENOMISK SKALA. GENOM ATT KOMBINERA GWAS- OCH RNASEQ-STRATEGIERNA KOMMER DE GENOMREGIONER SOM I HÖG GRAD FÖRKNIPPAS MED MEJERI- OCH KROPPSBILDANDE TECKEN ATT IDENTIFIERAS. Å ANDRA SIDAN KOMMER TECKEN RELATERADE TILL DEN ENSKILDES LIVSKRAFT ATT ANALYSERAS GENOM EN DUBBEL STRATEGI. FÖR DET FÖRSTA KOMMER EN BAYESIAN-METOD ATT ANVÄNDAS FÖR ATT UPPTÄCKA OMRÅDEN AV GETGENOMET DÄR DET FINNS EN SNEDVRIDNING I ÖVERFÖRINGEN AV ALLELER TILL AVKOMMAN (DVS. ATT DE DELAR UPP SIG I ICKE-MENDELIAN PROPORTIONER). DESSUTOM KOMMER GENOMIC CONSANGUINITY KOEFFICIENTER ATT UPPSKATTAS OCH GENOMISKA REGIONER IDENTIFIERAS DÄR DET FINNS CONSANGUINOUS DEPRESSION FÖR NÅGRA AV DE TECKEN SOM STUDERAS. DEN INFORMATION SOM GENERERAS I PROJEKTET KAN ANVÄNDAS FÖR ATT IDENTIFIERA MUTATIONER MED KAUSALA EFFEKTER PÅ DE STUDERADE TECKNEN SOM KAN ANVÄNDAS SOM GENASSISTERADE URVALSKRITERIER. PÅ SAMMA SÄTT KOMMER DEN GENOMISKA INFORMATIONENS ANVÄNDBARHET FÖR ATT FÖRUTSÄGA DEN GENETISKA POTENTIALEN HOS KANDIDATERNA FÖR AVEL ATT UTVÄRDERAS. (Swedish)
4 August 2022
0 references
Cerdanyola del Vallès
0 references
20 December 2023
0 references
Identifiers
AGL2016-76108-R
0 references