NEW GENERATION TOOLS TO EXPLOIT THE DIVERSITY OF DOMESTIC SPECIES (Q3136445)
Jump to navigation
Jump to search
Project Q3136445 in Spain
| Language | Label | Description | Also known as |
|---|---|---|---|
| English | NEW GENERATION TOOLS TO EXPLOIT THE DIVERSITY OF DOMESTIC SPECIES |
Project Q3136445 in Spain |
Statements
125,180.55 Euro
0 references
229,900.0 Euro
0 references
54.45 percent
0 references
1 January 2014
0 references
31 December 2017
0 references
CENTRO DE INVESTIGACION EN AGRIGENOMICA
0 references
8193
0 references
LA DISPONIBILIDAD DE GENOMAS COMPLETOS EN MULTIPLES INDIVIDUOS HA SUPUESTO UN SALTO CUALITATIVO EN LA CARACTERIZACION DE LA BIODIVERSIDAD Y EN LA DETECCION DE PATRONES SELECTIVOS EN ESPECIES DE INTERES ECONOMICO, TANTO EN AGRICULTURA COMO EN GANADERIA, CON MULTIPLES APLICACIONES POTENCIALES PARA LA MEJORA. LAS TECNICAS DE SECUENCIACION DE ULTIMA GENERACION (NGS EN SUS SIGLAS EN INGLES) HAN CONSEGUIDO DEMOCRATIZAR LA GENOMICA, PERO LA MAGNITUD DE LOS DATOS HACE QUE HOY EN DIA SU ANALISIS SEA UN CUELLO DE BOTELLA IMPORTANTE. ESTE PROYECTO TIENE COMO OBJETIVO PALIAR ESTAS LIMITACIONES MEDIANTE EL DESARROLLO DE METODOS (WP1) Y HERRAMIENTAS INFORMATICAS DE FACIL USO (NGASP, WP2), ASI COMO PROVEER RECOMENDACIONES SOBRE LA UTILIZACION DE DATOS DE NGS EN SELECCION GENOMICA. FINALMENTE, SE ANALIZARAN DATOS DE INTERES, TANTO PARA LA INDUSTRIA COMO PARA EL ESTUDIO DE LA DOMESTICACION Y SELECCION ARTIFICIAL EN PORCINO._x000D_ _x000D_ EL PAQUETE INFORMATICO NGASP (WP2) UTILIZARA FICHEROS ESTANDAR BAM, VCF, GFF Y CONSIDERARA CARACTERISTICAS TIPICAS DE DATOS NGS COMO LOS ERRORES DE SECUENCIACION Y VALORES FALTANTES. EL PAQUETE INCLUIRA ESTADISTICOS Y TESTS CLASICOS EN GENETICA DE POBLACIONES, ASI COMO NUEVAS METODOLOGIAS PARA DETECTAR PATRONES DE INTERES (POR EJEMPLO PROCESOS SELECTIVOS). SERA PROGRAMADO DE MANERA ESCALABLE PARA PODER INCORPORAR NUEVAS FUNCIONALIDADES EN EL FUTURO, TALES COMO INFORMACION SOBRE ESTUDIOS DE ASOCIACION O SELECCION GENOMICA. NGASP SERA DE USO LIBRE Y ESTARA DISPONIBLE EN LA WEB._x000D_ _x000D_ EN EL PAQUETE WP3, SE REALIZARA UN ESTUDIO POR SIMULACION PARA EVALUAR SI LOS DATOS DE NGS MEJORAN LA RESPUESTA A LA SELECCION GENOMICA VS.LA OBTENIDA MEDIANTE CHIPS DE SNPS DE ALTA DENSIDAD Y, SI LO HACEN, EN QUE CONDICIONES. SE EVALUARAN DIVERSOS FACTORES, TALES COMO EFECTOS DEMOGRAFICOS, DENSIDAD DEL GENOTIPADO VERSUS COBERTURA DE NGS Y LA ARQUITECTURA GENETICA DE LOS QTL._x000D_ _x000D_ EN EL PAQUETE WP4, SE ANALIZARA UNA MUESTRA DE UNOS 130 GENOMAS DISPONIBLES DE CERDO PARA CARACTERIZAR EL POLIMORFISMO A LO LARGO DEL GENOMA Y DE LA ESPECIE. EN GENERAL, SE PROPONE ESTUDIAR LAS BASES GENETICAS DE LA DOMESTICACION Y DE LA SELECCION MODERNA. ESTOS ANALISIS DARAN PIE A UTILIZAR NUEVOS CONCEPTOS, EN PARTICULAR, COMO INCORPORAR INFORMACION FUNCIONAL SOBRE EL GENOMA TALES COMO RUTAS METABOLICAS. COMO 'PRUEBA DE CONCEPTO', SE ANALIZARAN DATOS SOBRE INGESTA ALIMENTARIA DE UNA EMPRESA MULTINACIONAL DE PORCINO. (Spanish)
0 references
THE AVAILABILITY OF COMPLETE GENOMES IN MULTIPLE INDIVIDUALS HAS TAKEN A QUALITATIVE LEAP IN THE CHARACTERISATION OF BIODIVERSITY AND IN THE DETECTION OF SELECTIVE PATTERNS IN SPECIES OF ECONOMIC INTEREST, BOTH IN AGRICULTURE AND LIVESTOCK, WITH MULTIPLE POTENTIAL APPLICATIONS FOR IMPROVEMENT. THE LATEST GENERATION SEQUENCING TECHNIQUES (NGS) HAVE MANAGED TO DEMOCRATISE THE GENOMIC, BUT THE MAGNITUDE OF THE DATA MAKES ITS ANALYSIS TODAY AN IMPORTANT BOTTLENECK. THIS PROJECT AIMS TO ALLEVIATE THESE LIMITATIONS BY DEVELOPING METHODS (WP1) AND EASY-TO-USE COMPUTER TOOLS (NGASP, WP2), AS WELL AS PROVIDING RECOMMENDATIONS ON THE USE OF NGS DATA IN GENOMIC SELECTION. Finally, DATAS OF INTERESTS, TANT FOR INDUSTRY AS FOR THE STUDY OF THE domestication AND ARTIFICIAL Selection IN PORCINO._x000D__x000D_ The NGASP Information Package (WP2) will use FICHEROS STANDAR BAM, VCF, GFF and consider typical CHARACTERISTICS OF NGS DATA as sequential eRORRES AND FALTANT VALORS. THE PACKAGE WILL INCLUDE STATISTICS AND CLASSIC TESTS IN GENETIC POPULATIONS, AS WELL AS NEW METHODS FOR DETECTING INTEREST PATTERNS (E.G. SELECTIVE PROCESSES). IT WILL BE PROGRAMMED IN A SCALABLE WAY TO BE ABLE TO INCORPORATE NEW FUNCTIONALITIES IN THE FUTURE, SUCH AS INFORMATION ON ASSOCIATION STUDIES OR GENOMIC SELECTION. NGASP will be free to use and will be available on the website._x000D_ _x000D_ On WP3 PACKET, a SIMULA STUDY will be carried out to evaluate if NGS’s data improve the answer to the GENOMIC Selection VS. Different FACTORS, AS DEMOGRAPHIC EFFECTS, DENSITY OF GENOTIPATED VERSUS COBERTURE OF NGS AND GENETIC ARCHITECTURE OF QTL._x000D_ _x000D_ in WP4 PACKET, A sample of 130 available GENOMS OF CERDO will be analysed to characterise polymorphism in the long term of the GENOMA and SPECIE. IN GENERAL, IT IS PROPOSED TO STUDY THE GENETIC BASES OF DOMESTICATION AND MODERN SELECTION. THESE ANALYSES WILL GIVE RISE TO THE USE OF NEW CONCEPTS, IN PARTICULAR, SUCH AS INCORPORATING FUNCTIONAL INFORMATION ABOUT THE GENOME SUCH AS METABOLIC PATHWAYS. AS A ‘PROOF OF CONCEPT’, FOOD INTAKE DATA FROM A MULTINATIONAL PIG COMPANY WILL BE ANALYSED. (English)
12 October 2021
0.6950590012514537
0 references
LA DISPONIBILITÉ DE GÉNOMES COMPLETS CHEZ PLUSIEURS INDIVIDUS A FAIT UN BOND QUALITATIF DANS LA CARACTÉRISATION DE LA BIODIVERSITÉ ET DANS LA DÉTECTION DE SCHÉMAS SÉLECTIFS CHEZ DES ESPÈCES D’INTÉRÊT ÉCONOMIQUE, TANT DANS L’AGRICULTURE QUE DANS LE BÉTAIL, AVEC DE MULTIPLES APPLICATIONS POTENTIELLES D’AMÉLIORATION. LES TECHNIQUES DE SÉQUENÇAGE DE DERNIÈRE GÉNÉRATION (NGS) ONT RÉUSSI À DÉMOCRATISER LA GÉNOMIQUE, MAIS L’AMPLEUR DES DONNÉES FAIT DE SON ANALYSE AUJOURD’HUI UN IMPORTANT GOULOT D’ÉTRANGLEMENT. CE PROJET VISE À ATTÉNUER CES LIMITATIONS EN DÉVELOPPANT DES MÉTHODES (WP1) ET DES OUTILS INFORMATIQUES FACILES À UTILISER (NGASP, WP2), AINSI QU’EN FORMULANT DES RECOMMANDATIONS SUR L’UTILISATION DES DONNÉES NGS DANS LA SÉLECTION GÉNOMIQUE. Enfin, les DATAS D’INTÉRÊTS, TANT POUR L’INDUSTRIE DE L’ÉTUDE DE LA domestication ET DE LA Sélection ARTIFIQUE EN PORCINO._x000D___x000D_ Le dossier d’information NGASP (WP2) utilisera Ficheros STANDAR BAM, VCF, GFF et considérera les CARACTÉRISTIQUES typiques des NGS DATA comme des éRORRES séquentielles et des valeurs FALTANTs. LE PAQUET COMPRENDRA DES STATISTIQUES ET DES TESTS CLASSIQUES SUR LES POPULATIONS GÉNÉTIQUES, AINSI QUE DE NOUVELLES MÉTHODES DE DÉTECTION DES PROFILS D’INTÉRÊT (PROCESSUS SÉLECTIFS E.G.). IL SERA PROGRAMMÉ DE MANIÈRE ÉVOLUTIVE POUR POUVOIR INTÉGRER DE NOUVELLES FONCTIONNALITÉS À L’AVENIR, TELLES QUE DES INFORMATIONS SUR LES ÉTUDES DE L’ASSOCIATION OU LA SÉLECTION GÉNOMIQUE. NGASP sera libre d’utilisation et sera disponible sur le site._x000D_ _x000D_ Sur WP3 PACKET, une ÉTUDE SIMULA sera réalisée pour évaluer si les données de NGS améliorent la réponse à la Sélection GENOMIC VS. Différents FACTORS, AS DEMOGRAPHIC EFFECTS, DENSITY OF GENOTIPATED VERSUS COBERTURE OF NGS AND GENETIC ARCHITECTURE OF QTL._x000D_ _x000D_ dans WP4 PACKET, Un échantillon de 130 génoms de CERDO disponibles sera analysé pour caractériser le polymorphisme à long terme du Génome et du SPECIE. EN GÉNÉRAL, IL EST PROPOSÉ D’ÉTUDIER LES BASES GÉNÉTIQUES DE LA DOMESTICATION ET DE LA SÉLECTION MODERNE. CES ANALYSES DONNERONT LIEU À L’UTILISATION DE NOUVEAUX CONCEPTS, NOTAMMENT L’INTÉGRATION D’INFORMATIONS FONCTIONNELLES SUR LE GÉNOME, TELLES QUE LES VOIES MÉTABOLIQUES. EN TANT QUE «PREUVE DU CONCEPT», LES DONNÉES RELATIVES À L’APPORT ALIMENTAIRE D’UNE ENTREPRISE PORCINE MULTINATIONALE SERONT ANALYSÉES. (French)
2 December 2021
0 references
DIE VERFÜGBARKEIT VOLLSTÄNDIGER GENOME BEI MEHREREN INDIVIDUEN HAT EINEN QUALITATIVEN SPRUNG IN DIE CHARAKTERISIERUNG DER BIOLOGISCHEN VIELFALT UND BEI DER ERKENNUNG SELEKTIVER MUSTER IN ARTEN VON WIRTSCHAFTLICHEM INTERESSE SOWOHL IN DER LANDWIRTSCHAFT ALS AUCH IN DER VIEHZUCHT MIT MEHREREN MÖGLICHEN VERBESSERUNGSPOTENZIALEN GENOMMEN. DIE SEQUENZIERUNGSTECHNIKEN DER NEUESTEN GENERATION (NGS) HABEN ES GESCHAFFT, DIE GENOMIK ZU DEMOKRATISIEREN, ABER DAS AUSMASS DER DATEN MACHT SEINE ANALYSE HEUTE ZU EINEM WICHTIGEN ENGPASS. DIESES PROJEKT ZIELT DARAUF AB, DIESE EINSCHRÄNKUNGEN ZU MILDERN, INDEM METHODEN (WP1) UND EINFACH ZU BEDIENENDE COMPUTERWERKZEUGE (NGASP, WP2) ENTWICKELT UND EMPFEHLUNGEN FÜR DIE VERWENDUNG VON NGS-DATEN BEI DER GENOMISCHEN SELEKTION ABGEGEBEN WERDEN. Schließlich werden DATEN DER INTERESTEN, TANT FOR INDUSTRY AS THE STUDY OF THE Internalation and ARTIFICIAL Selection IN PORCINO._x000D__x000D__x000D_ Das NGASP-Informationspaket (WP2) wird Ficheros STANDAR BAM, VCF, GFF verwenden und typische CHARACTERISTICS OF NGS DATA als sequenzielle eRORRES und FALTANT-Varianten betrachten. DAS PAKET UMFASST STATISTIKEN UND KLASSISCHE TESTS IN GENETISCHEN POPULATIONEN SOWIE NEUE METHODEN ZUR ERKENNUNG VON INTERESSENSMUSTERN (E.G. SELEKTIVE PROZESSE). ES WIRD AUF SKALIERBARE WEISE PROGRAMMIERT, UM IN ZUKUNFT NEUE FUNKTIONALITÄTEN WIE INFORMATIONEN ÜBER ASSOZIATIONSSTUDIEN ODER GENOMISCHE SELEKTION INTEGRIEREN ZU KÖNNEN. NGASP ist kostenlos zu nutzen und wird auf der Website verfügbar sein._x000D_ _x000D_ Auf WP3 PACKET wird eine SIMULA STUDY durchgeführt, um auszuwerten, ob die NGS-Daten die Antwort auf die GENOMIC Selection VS verbessern. Verschiedene FACTOREN, AS DEMOGRAPHIC EFFECTS, DENSITY OF GENOTIPATED VERSUS COBERTURE OF NGS UND GENETIC ARCHITECTURE OF QTL._x000D_ _x000D_ in WP4 PACKET, Eine Probe von 130 verfügbaren Gennomen von CERDO wird analysiert, um Polymorphismus langfristig zu charakterisieren. GENERELL WIRD VORGESCHLAGEN, DIE GENETISCHEN GRUNDLAGEN DER DOMESTIZATION UND DER MODERNEN SELEKTION ZU UNTERSUCHEN. DIESE ANALYSEN WERDEN DAZU FÜHREN, DASS INSBESONDERE NEUE KONZEPTE VERWENDET WERDEN, WIE Z. B. DIE EINBEZIEHUNG FUNKTIONELLER INFORMATIONEN ÜBER DAS GENOM WIE METABOLISCHE WEGE. ALS „BEWEIS DES KONZEPTS“ WERDEN DATEN ZUR AUFNAHME VON LEBENSMITTELN EINES MULTINATIONALEN SCHWEINEUNTERNEHMENS ANALYSIERT. (German)
9 December 2021
0 references
DE BESCHIKBAARHEID VAN VOLLEDIGE GENOOM IN MEERDERE INDIVIDUEN HEEFT EEN KWALITATIEVE SPRONG GEMAAKT IN DE KARAKTERISERING VAN BIODIVERSITEIT EN IN DE DETECTIE VAN SELECTIEVE PATRONEN IN SOORTEN VAN ECONOMISCH BELANG, ZOWEL IN DE LANDBOUW ALS IN DE VEEHOUDERIJ, MET MEERDERE POTENTIËLE TOEPASSINGEN VOOR VERBETERING. DE NIEUWSTE GENERATIE SEQUENCING TECHNIEKEN (NGS) ZIJN ERIN GESLAAGD OM DE GENOMIC TE DEMOCRATISEREN, MAAR DE OMVANG VAN DE DATA MAAKT ZIJN ANALYSE VANDAAG EEN BELANGRIJK KNELPUNT. DIT PROJECT HEEFT TOT DOEL DEZE BEPERKINGEN TE VERLICHTEN DOOR METHODEN (WP1) EN GEBRUIKSVRIENDELIJKE COMPUTERTOOLS (NGASP, WP2) TE ONTWIKKELEN EN AANBEVELINGEN TE DOEN OVER HET GEBRUIK VAN NGS-GEGEVENS IN DE GENOMISCHE SELECTIE. Ten slotte, DATAS VAN INTERESTS, TANT VOOR INDUSTRIE AS VOOR DE STUDIE VAN DE domesticatie EN ARTIFICIËLE Selectie IN PORCINO._x000D_x000D_ Het NGASP Informatiepakket (WP2) zal Ficheros STANDAR BAM, VCF, GFF gebruiken en typische CHARACTERISTICS VAN NGS DATA beschouwen als sequentiële eRORRES EN FALTANT-valors. HET PAKKET OMVAT STATISTIEKEN EN KLASSIEKE TESTS IN GENETISCHE POPULATIES, EVENALS NIEUWE METHODEN VOOR HET OPSPOREN VAN INTERESSEPATRONEN (E.G. SELECTIEVE PROCESSEN). HET ZAL OP SCHAALBARE WIJZE WORDEN GEPROGRAMMEERD OM IN DE TOEKOMST NIEUWE FUNCTIES TE KUNNEN INTEGREREN, ZOALS INFORMATIE OVER ASSOCIATIESTUDIES OF GENOMISCHE SELECTIE. NGASP is vrij te gebruiken en zal beschikbaar zijn op de website._x000D_ _x000D_ Op WP3 PACKET zal een SIMULA STUDY worden uitgevoerd om te beoordelen of de gegevens van NGS het antwoord op de GENOMIC Selection VS verbeteren. Verschillende FACTORS, AS DEMOGRAPHIC EFFECTS, DENSITY VAN GENOTIPATED VERSUS COBERTURE OF NGS EN GENETIC ARCHITECTURE VAN QTL._x000D_ _x000D_ in WP4 PACKET, Een monster van 130 beschikbare genomen van CERDO zal worden geanalyseerd om polymorfisme op de lange termijn van het Genoma en SPECIE te karakteriseren. IN HET ALGEMEEN WORDT VOORGESTELD OM DE GENETISCHE BASES VAN DOMESTICATIE EN MODERNE SELECTIE TE BESTUDEREN. DEZE ANALYSES ZULLEN AANLEIDING GEVEN TOT HET GEBRUIK VAN NIEUWE CONCEPTEN, IN HET BIJZONDER, ZOALS HET OPNEMEN VAN FUNCTIONELE INFORMATIE OVER HET GENOOM ZOALS METABOLE ROUTES. ALS „PROOF OF CONCEPT” ZULLEN DE VOEDSELINNAMEGEGEVENS VAN EEN MULTINATIONAAL VARKENSBEDRIJF WORDEN GEANALYSEERD. (Dutch)
17 December 2021
0 references
LA DISPONIBILITÀ DI GENOMI COMPLETI IN PIÙ INDIVIDUI HA FATTO UN SALTO QUALITATIVO NELLA CARATTERIZZAZIONE DELLA BIODIVERSITÀ E NELL'INDIVIDUAZIONE DI MODELLI SELETTIVI NELLE SPECIE DI INTERESSE ECONOMICO, SIA NELL'AGRICOLTURA CHE NELL'ALLEVAMENTO, CON MOLTEPLICI POTENZIALI APPLICAZIONI DI MIGLIORAMENTO. LE TECNICHE DI SEQUENZIAMENTO DI ULTIMA GENERAZIONE (NGS) SONO RIUSCITE A DEMOCRATIZZARE LA GENOMICA, MA LA GRANDEZZA DEI DATI RENDE LA SUA ANALISI OGGI UN IMPORTANTE COLLO DI BOTTIGLIA. IL PROGETTO MIRA AD ALLEVIARE QUESTE LIMITAZIONI SVILUPPANDO METODI (WP1) E STRUMENTI INFORMATICI DI FACILE UTILIZZO (NGASP, WP2) E FORNENDO RACCOMANDAZIONI SULL'USO DEI DATI NGS NELLA SELEZIONE GENOMICA. Infine, DATI DEGLI INTERESTI, TANT PER L'INDUSTRIA PER LA STUDY DELL'addomesticamento E Selezione ARTIFICIALE IN PORCINO._x000D__x000D_ Il pacchetto informativo NGASP (WP2) utilizzerà Ficheros STANDAR BAM, VCF, GFF e considererà le caratteristiche tipiche dei dati NGS come eRORRES sequenziale e valori FALTANT. IL PACCHETTO COMPRENDERÀ STATISTICHE E TEST CLASSICI NELLE POPOLAZIONI GENETICHE, NONCHÉ NUOVI METODI PER INDIVIDUARE I MODELLI DI INTERESSE (PROCESSI SELETTIVI AD ESEMPIO). SARÀ PROGRAMMATO IN MODO SCALABILE PER ESSERE IN GRADO DI INCORPORARE NUOVE FUNZIONALITÀ IN FUTURO, COME LE INFORMAZIONI SUGLI STUDI DI ASSOCIAZIONE O LA SELEZIONE GENOMICA. NGASP sarà libero di utilizzare e sarà disponibile sul sito web._x000D_ _x000D_ Su WP3 PACKET, verrà effettuata una SIMULA STUDY per valutare se i dati di NGS migliorano la risposta alla Selezione GENOMICA VS. Diversi FACTORS, come EFFETTI DEMOGRAFICI, DENSITÀ DI GENOTIPATED VERSUS COBERTURE OF NGS AND GENETIC ARCHITECTURE OF QTL._x000D_ _x000D_ in WP4 PACKET, verrà analizzato un campione di 130 genomi di CERDO disponibili per caratterizzare il polimorfismo a lungo termine del Genoma e dello SPECIE. IN GENERALE, SI PROPONE DI STUDIARE LE BASI GENETICHE DELL'ADDOMESTICAMENTO E DELLA SELEZIONE MODERNA. QUESTE ANALISI DARANNO LUOGO ALL'USO DI NUOVI CONCETTI, IN PARTICOLARE, COME L'INTEGRAZIONE DI INFORMAZIONI FUNZIONALI SUL GENOMA COME LE VIE METABOLICHE. COME "PROVA DEL CONCETTO", SARANNO ANALIZZATI I DATI RELATIVI ALL'ASSUNZIONE DI ALIMENTI PROVENIENTI DA UNA MULTINAZIONALE SUINA. (Italian)
16 January 2022
0 references
TÄIELIKE GENOOMIDE KÄTTESAADAVUS MITMEL ISENDIL ON TEINUD KVALITATIIVSE HÜPPE BIOLOOGILISE MITMEKESISUSE KIRJELDAMISEL JA SELEKTIIVSETE MUSTRITE TUVASTAMISEL MAJANDUSLIKKU HUVI PAKKUVATE LIIKIDE PUHUL NII PÕLLUMAJANDUSES KUI KA LOOMAKASVATUSES, MIDA ON VÕIMALIK MITMEL VIISIL PARANDADA. VIIMASED PÕLVKONNA JÄRJESTAMISE TEHNIKAD (NGS) ON SUUTNUD DEMOKRATISEERIDA GENOOMI, KUID ANDMETE SUURUS TEEB SELLE ANALÜÜSI TÄNA OLULISEKS KITSASKOHAKS. PROJEKTI EESMÄRK ON LEEVENDADA NEID PIIRANGUID, TÖÖTADES VÄLJA MEETODID (WP1) JA HÕLPSASTI KASUTATAVAD ARVUTIVAHENDID (NGASP, WP2) NING ANDES SOOVITUSI NGS-ANDMETE KASUTAMISEKS GENOOMILISES VALIKUS. Lõpuks DATAS OF INTERESTS, TANT FOR INDUSTRY AS FOR STUDY of the domestication JA ARTIFICIAL Valik PORCINO._x000D__x000D_ NGASP infopakett (WP2) kasutab Ficheros STANDAR BAM, VCF, GFF ja peetakse tüüpilisi CHARACTERISTICS NGS DATA kui järjestikused eRORRES ja FALTANT valorid. PAKETT SISALDAB STATISTIKAT JA KLASSIKALISI TESTE GENEETILISTES POPULATSIOONIDES, SAMUTI UUSI MEETODEID HUVIDE MUSTRITE TUVASTAMISEKS (E.G. SELEKTIIVSED PROTSESSID). PROGRAMMEERITAKSE SKALEERITAVAL VIISIL, ET TULEVIKUS OLEKS VÕIMALIK LISADA UUSI FUNKTSIOONE, NÄITEKS TEAVET ASSOTSIATSIOONIUURINGUTE VÕI GENOOMILISE VALIKU KOHTA. NGASP on tasuta kasutada ja on saadaval veebilehel._x000D_ _x000D_ WP3 PACKET, viiakse läbi SIMULA STUDY hinnatakse, kas NGS andmed parandavad vastust GENOMIC valik VS. Erinevad FACTORS, AS DEMOGRAPHIC EFFECTS, DENSITY of GENOTIPATED VERSUS COBERTURE of NGS JA GENETIC ARCHITECTURE OF QTL._x000D_ _x000D_ WP4 PACKET, analüüsitakse proovi, mis koosneb 130 CERDO genoomist, et iseloomustada polümorfismi pikas perspektiivis Genoma ja SPECIE puhul. ÜLDISELT TEHAKSE ETTEPANEK UURIDA KODUSTAMISE JA KAASAEGSE VALIKU GENEETILISI ALUSEID. NEED ANALÜÜSID VÕIMALDAVAD KASUTADA UUSI KONTSEPTSIOONE, EELKÕIGE SELLISEID, NAGU FUNKTSIONAALSE TEABE LISAMINE GENOOMI KOHTA, NÄITEKS AINEVAHETUSRADADE KOHTA. KONTSEPTSIOONI TÕESTUSENA ANALÜÜSITAKSE RAHVUSVAHELISE SEAETTEVÕTTE TOIDUTARBIMIST KÄSITLEVAID ANDMEID. (Estonian)
4 August 2022
0 references
VISIŠKŲ GENOMŲ PRIEINAMUMAS KELIUOSE INDIVIDUOSE PADARĖ KOKYBINĮ ŠUOLĮ, SUSIJUSĮ SU BIOLOGINĖS ĮVAIROVĖS APIBŪDINIMU IR ATRANKINIŲ MODELIŲ NUSTATYMU EKONOMINIO INTERESO RŪŠIŲ ATŽVILGIU TIEK ŽEMĖS ŪKYJE, TIEK GYVULININKYSTĖJE, O TAI GALI BŪTI NAUDINGA ĮVAIRIAI. NAUJAUSIOS KARTOS SEKOS NUSTATYMO METODAI (NGS) SUGEBĖJO DEMOKRATIZUOTI GENOMINĘ, TAČIAU DĖL DUOMENŲ APIMTIES ŠIANDIEN JOS ANALIZĖ YRA SVARBI KLIŪTIS. ŠIUO PROJEKTU SIEKIAMA SUMAŽINTI ŠIUOS APRIBOJIMUS KURIANT METODUS (WP1) IR LENGVAI NAUDOJAMAS KOMPIUTERINES PRIEMONES (NGASP, WP2), TAIP PAT TEIKIANT REKOMENDACIJAS DĖL NGS DUOMENŲ NAUDOJIMO GENOMINĖJE ATRANKOJE. Galiausiai, INTERESTS DATAS, NGASP informacijos paketas (WP2) bus naudojamas Ficheros STANDAR BAM, VCF, GFF ir laikys tipinius NGS DATA CHARERISTICS NGS DATA kaip nuoseklius eRORRES ir FALTANT valors. Į PAKETĄ BUS ĮTRAUKTI STATISTINIAI DUOMENYS IR KLASIKINIAI GENETINIŲ POPULIACIJŲ TESTAI, TAIP PAT NAUJI PALŪKANŲ MODELIŲ NUSTATYMO METODAI (PVZ., ATRANKINIAI PROCESAI). JIS BUS PROGRAMUOJAMAS TAIP, KAD ATEITYJE BŪTŲ GALIMA ĮTRAUKTI NAUJAS FUNKCIJAS, PVZ., INFORMACIJĄ APIE ASOCIACINIUS TYRIMUS ARBA GENOMINĘ ATRANKĄ. NGASP bus laisvai naudojama ir bus prieinama interneto svetainėje._x000D_ _x000D_ on WP3 PAKETAS bus atliekamas SIMULA STUDY, siekiant įvertinti, ar NGS duomenys pagerins atsakymą į GENOMIC atrankos VS. Įvairūs FACTORS, AS DEMOGRAPHIC EFFECTS, GENOTIPATED VERSUS COBERTURE OF QTL._x000D_ _x000D_ WP4 PACKETIJA, bus analizuojamas 130 turimų CERDO genomų mėginys, kad būtų galima apibūdinti ilgalaikį genomo ir SPECIE polimorfizmą. APSKRITAI SIŪLOMA TIRTI PRIJAUKINIMO IR ŠIUOLAIKINĖS ATRANKOS GENETINIUS PAGRINDUS. ŠIOS ANALIZĖS PASKATINS NAUDOTI NAUJAS SĄVOKAS, VISŲ PIRMA ĮTRAUKIANT FUNKCINĘ INFORMACIJĄ APIE GENOMĄ, PVZ., MEDŽIAGŲ APYKAITOS KELIUS. KAIP KONCEPCIJOS ĮRODYMAS BUS ANALIZUOJAMI TARPTAUTINĖS KIAULIŲ BENDROVĖS DUOMENYS APIE MAISTO SUVARTOJIMĄ. (Lithuanian)
4 August 2022
0 references
DOSTUPNOST POTPUNIH GENOMA KOD VIŠE JEDINKI PODUZELA JE KVALITATIVNI SKOK U KARAKTERIZACIJI BIOLOŠKE RAZNOLIKOSTI I OTKRIVANJU SELEKTIVNIH OBRAZACA U VRSTAMA OD GOSPODARSKOG INTERESA, KAKO U POLJOPRIVREDI TAKO I U STOČARSTVU, UZ VIŠESTRUKE POTENCIJALNE PRIMJENE ZA POBOLJŠANJE. TEHNIKE SEKVENCIRANJA NAJNOVIJE GENERACIJE (NGS) USPJELE SU DEMOKRATIZIRATI GENOMSKI, ALI VELIČINA PODATAKA ČINI SVOJU ANALIZU DANAS VAŽNIM USKIM GRLOM. CILJ JE OVOG PROJEKTA UBLAŽITI TA OGRANIČENJA RAZVOJEM METODA (WP1) I RAČUNALNIH ALATA JEDNOSTAVNIH ZA UPOTREBU (NGASP, WP2), KAO I DAVANJEM PREPORUKA O UPORABI PODATAKA NGS-A U GENOMSKOM ODABIRU. Konačno, DATAS INTERESTS, TANT ZA INDUSTRIJA ZA STUDY OF the domestication and ARTIFICIAL Selection IN PORCINO._x000D__x000D_ NGASP Informacijski paket (WP2) koristit će Ficheros STANDAR BAM, VCF, GFF i razmotriti tipične CHARACTERISTICS NGS DATA kao sekvencijalne eRORRES i FALTANT valore. PAKET ĆE UKLJUČIVATI STATISTIČKE PODATKE I KLASIČNE TESTOVE U GENETSKIM POPULACIJAMA, KAO I NOVE METODE ZA OTKRIVANJE OBRAZACA INTERESA (E.G. SELEKTIVNI PROCESI). PROGRAM ĆE BITI PROGRAMIRAN NA SKALABILAN NAČIN KAKO BI SE U BUDUĆNOSTI MOGLE UKLJUČITI NOVE FUNKCIONALNOSTI, KAO ŠTO SU INFORMACIJE O STUDIJAMA UDRUGE ILI GENOMSKOM ODABIRU. NGASP će biti slobodan za korištenje i bit će dostupan na web stranici._x000D_ _x000D_ Na WP3 PACKET, provest će se SIMULA STUDY kako bi se procijenilo poboljšavaju li podaci NGS-a odgovor na GENOMIC Selection VS. Različite FACTORS, AS DEMOGRAPHIC EFFECTS, DENSITY OF GENOTIPATED VERSUS COBERTURE NGS I GENETIC ARCHITECTURE od QTL._x000D_ _x000D_ u WP4 PACKET, analizirat će se uzorak od 130 dostupnih genoma CERDO-a kako bi se dugoročno okarakterizirao polimorfizam genoma i SPECIE-a. OPĆENITO, PREDLAŽE SE PROUČAVANJE GENETSKIH BAZA PRIPITOMLJAVANJA I MODERNE SELEKCIJE. TE ĆE ANALIZE DOVESTI DO PRIMJENE NOVIH KONCEPATA, POSEBNO, KAO ŠTO JE UKLJUČIVANJE FUNKCIONALNIH INFORMACIJA O GENOMU KAO ŠTO SU METABOLIČKI PUTOVI. KAO „DOKAZ KONCEPTA” ANALIZIRAT ĆE SE PODACI O UNOSU HRANE IZ MULTINACIONALNOG PODUZEĆA ZA SVINJE. (Croatian)
4 August 2022
0 references
Η ΔΙΑΘΕΣΙΜΌΤΗΤΑ ΠΛΉΡΩΝ ΓΟΝΙΔΙΩΜΆΤΩΝ ΣΕ ΠΟΛΛΆ ΆΤΟΜΑ ΈΧΕΙ ΚΆΝΕΙ ΈΝΑ ΠΟΙΟΤΙΚΌ ΆΛΜΑ ΣΤΟΝ ΧΑΡΑΚΤΗΡΙΣΜΌ ΤΗΣ ΒΙΟΠΟΙΚΙΛΌΤΗΤΑΣ ΚΑΙ ΣΤΟΝ ΕΝΤΟΠΙΣΜΌ ΕΠΙΛΕΚΤΙΚΏΝ ΠΡΟΤΎΠΩΝ ΣΕ ΕΊΔΗ ΟΙΚΟΝΟΜΙΚΟΎ ΕΝΔΙΑΦΈΡΟΝΤΟΣ, ΤΌΣΟ ΣΤΗ ΓΕΩΡΓΊΑ ΌΣΟ ΚΑΙ ΣΤΗΝ ΚΤΗΝΟΤΡΟΦΊΑ, ΜΕ ΠΟΛΛΑΠΛΈΣ ΠΙΘΑΝΈΣ ΕΦΑΡΜΟΓΈΣ ΒΕΛΤΊΩΣΗΣ. ΟΙ ΤΕΧΝΙΚΈΣ ΑΛΛΗΛΟΥΧΊΑΣ ΤΕΛΕΥΤΑΊΑΣ ΓΕΝΙΆΣ (NGS) ΚΑΤΆΦΕΡΑΝ ΝΑ ΕΚΔΗΜΟΚΡΑΤΊΣΟΥΝ ΤΟ ΓΟΝΙΔΙΩΜΑΤΙΚΌ, ΑΛΛΆ ΤΟ ΜΈΓΕΘΟΣ ΤΩΝ ΔΕΔΟΜΈΝΩΝ ΚΑΘΙΣΤΆ ΤΗΝ ΑΝΆΛΥΣΉ ΤΟΥΣ ΣΉΜΕΡΑ ΣΗΜΑΝΤΙΚΌ ΕΜΠΌΔΙΟ. ΤΟ ΈΡΓΟ ΑΥΤΌ ΑΠΟΣΚΟΠΕΊ ΣΤΗΝ ΆΜΒΛΥΝΣΗ ΑΥΤΏΝ ΤΩΝ ΠΕΡΙΟΡΙΣΜΏΝ ΜΕ ΤΗΝ ΑΝΆΠΤΥΞΗ ΜΕΘΌΔΩΝ (WP1) ΚΑΙ ΕΎΧΡΗΣΤΩΝ ΕΡΓΑΛΕΊΩΝ ΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΉΣ (NGASP, WP2), ΚΑΘΏΣ ΚΑΙ ΜΕ ΤΗΝ ΠΑΡΟΧΉ ΣΥΣΤΆΣΕΩΝ ΣΧΕΤΙΚΆ ΜΕ ΤΗ ΧΡΉΣΗ ΔΕΔΟΜΈΝΩΝ NGS ΚΑΤΆ ΤΗΝ ΕΠΙΛΟΓΉ ΓΟΝΙΔΙΩΜΑΤΙΚΏΝ. Τέλος, η DATAS OF INTERESTS, TANT FOR INDUSTRY AS FOR THE STUDY OF THE domestication and ARTIFICIAL Selection IN PORCINO._x000D__x000D_The NGASP Information Package (WP2) θα χρησιμοποιήσει το Ficheros STANDAR BAM, VCF, GFF και θα εξετάσει τα τυπικά ΧΑΡΑΚΤΗΡΙΣΤΙΚΑ των NGS DATA ως διαδοχικές τιμές eRORRES και FALTANT. Η ΔΈΣΜΗ ΜΈΤΡΩΝ ΘΑ ΠΕΡΙΛΑΜΒΆΝΕΙ ΣΤΑΤΙΣΤΙΚΈΣ ΚΑΙ ΚΛΑΣΙΚΈΣ ΔΟΚΙΜΈΣ ΣΕ ΓΕΝΕΤΙΚΟΎΣ ΠΛΗΘΥΣΜΟΎΣ, ΚΑΘΏΣ ΚΑΙ ΝΈΕΣ ΜΕΘΌΔΟΥΣ ΓΙΑ ΤΗΝ ΑΝΊΧΝΕΥΣΗ ΠΡΟΤΎΠΩΝ ΕΝΔΙΑΦΈΡΟΝΤΟΣ (ΕΠΙΛΕΚΤΙΚΈΣ ΔΙΕΡΓΑΣΊΕΣ Π.Γ.). ΘΑ ΠΡΟΓΡΑΜΜΑΤΙΣΤΕΊ ΜΕ ΚΛΙΜΑΚΩΤΌ ΤΡΌΠΟ ΏΣΤΕ ΝΑ ΕΊΝΑΙ ΣΕ ΘΈΣΗ ΝΑ ΕΝΣΩΜΑΤΏΣΕΙ ΝΈΕΣ ΛΕΙΤΟΥΡΓΊΕΣ ΣΤΟ ΜΈΛΛΟΝ, ΌΠΩΣ ΠΛΗΡΟΦΟΡΊΕΣ ΣΧΕΤΙΚΆ ΜΕ ΜΕΛΈΤΕΣ ΣΎΝΔΕΣΗΣ Ή ΓΟΝΙΔΙΩΜΑΤΙΚΉ ΕΠΙΛΟΓΉ. Το NGASP θα είναι ελεύθερο να χρησιμοποιήσει και θα είναι διαθέσιμο στην ιστοσελίδα._x000D_ _x000D_ On WP3 PACKET, θα πραγματοποιηθεί μια ΜΕΛΕΤΗ SIMULA για να αξιολογηθεί αν τα δεδομένα της NGS βελτιώνουν την απάντηση στο GENOMIC Selection VS. ένα δείγμα 130 διαθέσιμων γονιδιωμάτων του CERDO θα αναλυθεί για να χαρακτηρίσει τον πολυμορφισμό μακροπρόθεσμα του Γένοματος και του SPECIE. ΣΕ ΓΕΝΙΚΈΣ ΓΡΑΜΜΈΣ, ΠΡΟΤΕΊΝΕΤΑΙ ΝΑ ΜΕΛΕΤΗΘΟΎΝ ΟΙ ΓΕΝΕΤΙΚΈΣ ΒΆΣΕΙΣ ΤΗΣ ΕΞΗΜΕΡΏΣΕΩΣ ΚΑΙ ΤΗΣ ΣΎΓΧΡΟΝΗΣ ΕΠΙΛΟΓΉΣ. ΟΙ ΑΝΑΛΎΣΕΙΣ ΑΥΤΈΣ ΘΑ ΟΔΗΓΉΣΟΥΝ ΣΤΗ ΧΡΉΣΗ ΝΈΩΝ ΕΝΝΟΙΏΝ, ΙΔΊΩΣ, ΌΠΩΣ Η ΕΝΣΩΜΆΤΩΣΗ ΛΕΙΤΟΥΡΓΙΚΏΝ ΠΛΗΡΟΦΟΡΙΏΝ ΣΧΕΤΙΚΆ ΜΕ ΤΟ ΓΟΝΙΔΊΩΜΑ, ΌΠΩΣ ΟΙ ΜΕΤΑΒΟΛΙΚΈΣ ΟΔΟΊ. ΩΣ «ΑΠΌΔΕΙΞΗ ΤΗΣ ΈΝΝΟΙΑΣ», ΘΑ ΑΝΑΛΥΘΟΎΝ ΤΑ ΔΕΔΟΜΈΝΑ ΠΡΌΣΛΗΨΗΣ ΤΡΟΦΊΜΩΝ ΑΠΌ ΜΙΑ ΠΟΛΥΕΘΝΙΚΉ ΧΟΙΡΟΤΡΟΦΙΚΉ ΕΤΑΙΡΕΊΑ. (Greek)
4 August 2022
0 references
DOSTUPNOSŤ ÚPLNÝCH GENÓMOV U VIACERÝCH JEDINCOV ZAZNAMENALA KVALITATÍVNY SKOK V CHARAKTERIZÁCII BIODIVERZITY A PRI ODHAĽOVANÍ SELEKTÍVNYCH VZORCOV V PRÍPADE DRUHOV HOSPODÁRSKEHO ZÁUJMU, A TO TAK V POĽNOHOSPODÁRSTVE, AKO AJ V CHOVE HOSPODÁRSKYCH ZVIERAT, S VIACERÝMI MOŽNÝMI APLIKÁCIAMI NA ZLEPŠENIE. TECHNIKY SEKVENOVANIA NAJNOVŠEJ GENERÁCIE (NGS) SA PODARILO DEMOKRATIZOVAŤ GENOMICKÉ, ALE ROZSAH ÚDAJOV ROBÍ JEHO ANALÝZU DNES DÔLEŽITOU PREKÁŽKOU. CIEĽOM TOHTO PROJEKTU JE ZMIERNIŤ TIETO OBMEDZENIA VYPRACOVANÍM METÓD (WP1) A ĽAHKO POUŽITEĽNÝCH POČÍTAČOVÝCH NÁSTROJOV (NGASP, WP2), AKO AJ POSKYTOVANÍM ODPORÚČANÍ O POUŽÍVANÍ ÚDAJOV NGS PRI VÝBERE GENÓMOV. Nakoniec, DATAS INTERESTS, TANT FOR INDUSTRY AS FOR THE STUDY OF the domestication and ARTIFICIAL Selection IN PORCINO._x000D__x000D_ Informačný balík NGASP (WP2) bude používať Ficheros STANDAR BAM, VCF, GFF a bude považovať typické CHARACTERISTICS OF NGS DATA za sekvenčné eRORRES a FALTANT. BALÍK BUDE ZAHŔŇAŤ ŠTATISTIKY A KLASICKÉ TESTY V GENETICKÝCH POPULÁCIÁCH, AKO AJ NOVÉ METÓDY ZISŤOVANIA VZORCOV ZÁUJMU (NAPR. SELEKTÍVNE PROCESY). BUDE NAPROGRAMOVANÝ ŠKÁLOVATEĽNÝM SPÔSOBOM, ABY BOLO MOŽNÉ V BUDÚCNOSTI ZAČLENIŤ NOVÉ FUNKCIE, AKO SÚ INFORMÁCIE O ASOCIAČNÝCH ŠTÚDIÁCH ALEBO GENOMICKOM VÝBERE. NGASP bude voľne používať a bude k dispozícii na webových stránkach._x000D_ _x000D_ Na WP3 PACKET, SIMULA STUDY bude vykonaná na vyhodnotenie, či údaje NGS zlepšiť odpoveď na GENOMIC Selection VS. Rôzne FACTORS, ako DEMOGRAPHICKÉ EFFECTS, DENSITY GENOTIPATED VERSUS COBERTURE of NGS a GENETICKÉ ARCHITECTURE QTL._x000D_ _x000D_ v WP4 PACKET, vzorka 130 dostupných genómov CERDO sa bude analyzovať s cieľom charakterizovať polymorfizmus v dlhodobom horizonte Genoma a SPECIE. VO VŠEOBECNOSTI SA NAVRHUJE ŠTUDOVAŤ GENETICKÉ ZÁKLADY DOMESTIKÁCIE A MODERNÝ VÝBER. TIETO ANALÝZY BUDÚ VIESŤ K POUŽÍVANIU NOVÝCH KONCEPCIÍ, NAJMÄ AKO ZAČLENENIE FUNKČNÝCH INFORMÁCIÍ O GENÓME, AKO SÚ METABOLICKÉ CESTY. AKO DÔKAZ KONCEPCIE SA ANALYZUJÚ ÚDAJE O PRÍJME POTRAVÍN OD NADNÁRODNEJ SPOLOČNOSTI ZAOBERAJÚCEJ SA CHOVOM OŠÍPANÝCH. (Slovak)
4 August 2022
0 references
TÄYDELLISTEN GENOMIEN SAATAVUUS USEASSA YKSILÖSSÄ ON OTTANUT LAADULLISEN HARPPAUKSEN BIOLOGISEN MONIMUOTOISUUDEN KARAKTERISOINNISSA JA VALIKOIVIEN MALLIEN HAVAITSEMISESSA TALOUDELLISESTI KIINNOSTAVISSA LAJEISSA SEKÄ MAATALOUDESSA ETTÄ KARJASSA. UUSIMMAN SUKUPOLVEN SEKVENSOINTITEKNIIKAT (NGS) OVAT ONNISTUNEET DEMOKRATISOIMAAN GENOMIA, MUTTA TIETOJEN LAAJUUS TEKEE SEN ANALYYSISTÄ TÄRKEÄN PULLONKAULAN. HANKKEELLA PYRITÄÄN LIEVENTÄMÄÄN NÄITÄ RAJOITUKSIA KEHITTÄMÄLLÄ MENETELMIÄ (WP1) JA HELPPOKÄYTTÖISIÄ TIETOTEKNISIÄ VÄLINEITÄ (NGASP, WP2) SEKÄ ANTAMALLA SUOSITUKSIA NGS-TIETOJEN KÄYTÖSTÄ GENOMIVALINNASSA. Lopuksi PORCINO._x000D__x000D_NGASP: n tietopaketissa (WP2) käytetään Ficheros STANDAR BAM, VCF, GFF ja NGS DATA: n tyypillisiä CHARACTERISTICSeja peräkkäisinä eRORRESina ja FALTANT-arvoina. PAKETTIIN SISÄLTYVÄT GENEETTISTEN POPULAATIOIDEN TILASTOT JA KLASSISET TESTIT SEKÄ UUDET MENETELMÄT KIINNOSTUSMALLIEN HAVAITSEMISEKSI (ESIM. VALIKOIVAT PROSESSIT). SE OHJELMOIDAAN SKAALAUTUVALLA TAVALLA, JOTTA SIIHEN VOIDAAN TULEVAISUUDESSA SISÄLLYTTÄÄ UUSIA TOIMINTOJA, KUTEN TIETOA YHDISTYSTUTKIMUKSISTA TAI GENOMIVALINNOISTA. NGASP on vapaasti käytettävissä verkkosivuilla._x000D_ _x000D_ WP3 PACKETissa tehdään SIMULA STUDY sen arvioimiseksi, parantavatko NGS: n tiedot vastausta GENOMIC Valinta VS. Eri FACTORS, AS DEMOGRAPHIC EFFECTS, DENSITY OF GENOTIPATED VERSUS COBERTURE OF NGS JA GENETIC ARCHITECTURE OF QTL._x000D_ _x000D_ in WP4 PACKET, analysoidaan näyte, jossa on 130 CERDO-genomia, jotta voidaan luonnehtia polymorfismia genoman ja SPECIE:n pitkällä aikavälillä. YLEISESTI EHDOTETAAN, ETTÄ TUTKITAAN KESYTYKSEN JA MODERNIN VALINNAN GENEETTISIÄ PERUSTEITA. NÄMÄ ANALYYSIT JOHTAVAT UUSIEN KÄSITTEIDEN KÄYTTÖÖN, KUTEN GENOMIA KOSKEVIEN TOIMINNALLISTEN TIETOJEN, KUTEN AINEENVAIHDUNTAREITTIEN, KÄYTTÖÖN. KONSEPTIN TODISTEENA ANALYSOIDAAN ELINTARVIKKEIDEN SAANTITIETOJA MONIKANSALLISELTA SIKAYRITYKSELTÄ. (Finnish)
4 August 2022
0 references
DOSTĘPNOŚĆ KOMPLETNYCH GENOMÓW U WIELU OSOBNIKÓW DOKONAŁA SKOKU JAKOŚCIOWEGO W ZAKRESIE CHARAKTERYSTYKI RÓŻNORODNOŚCI BIOLOGICZNEJ I WYKRYWANIA SELEKTYWNYCH WZORCÓW W ODNIESIENIU DO GATUNKÓW O ZNACZENIU GOSPODARCZYM, ZARÓWNO W ROLNICTWIE, JAK I W ZWIERZĘTACH GOSPODARSKICH, Z WIELOMA POTENCJALNYMI ZASTOSOWANIAMI DO POPRAWY. TECHNIKI SEKWENCJONOWANIA NAJNOWSZEJ GENERACJI (NGS) ZDOŁAŁY DEMOKRATYZOWAĆ GENOM, ALE SKALA DANYCH SPRAWIA, ŻE ICH ANALIZA JEST DZIŚ WAŻNYM WĄSKIM GARDŁEM. PROJEKT TEN MA NA CELU ZŁAGODZENIE TYCH OGRANICZEŃ POPRZEZ OPRACOWANIE METOD (WP1) I ŁATWYCH W UŻYCIU NARZĘDZI KOMPUTEROWYCH (NGASP, WP2), A TAKŻE PRZEDSTAWIENIE ZALECEŃ DOTYCZĄCYCH WYKORZYSTANIA DANYCH NGS W DOBORZE GENOMOWYM. Wreszcie, dane INTERESTS, TANT FOR INDUSTRY AS for the STUDY OF THE homeation AND ARTIFICIAL Selection IN PORCINO._x000D__x000D_Pakiet informacyjny NGASP (WP2) będzie korzystać z Ficheros STANDAR BAM, VCF, GFF i traktować typowe CHARACTERISTICs danych NGS jako sekwencyjne eRORRES I FALTANT valors. PAKIET BĘDZIE OBEJMOWAŁ STATYSTYKI I KLASYCZNE TESTY W POPULACJACH GENETYCZNYCH, A TAKŻE NOWE METODY WYKRYWANIA WZORCÓW ZAINTERESOWANIA (PROCESY SELEKTYWNE E.G.). ZOSTANIE ONA ZAPROGRAMOWANA W SKALOWALNY SPOSÓB, ABY MÓC W PRZYSZŁOŚCI WŁĄCZYĆ NOWE FUNKCJE, TAKIE JAK INFORMACJE NA TEMAT BADAŃ STOWARZYSZENIA LUB SELEKCJI GENOMOWEJ. NGASP będzie mógł swobodnie korzystać i będzie dostępny na stronie internetowej._x000D_ _x000D_ On WP3 PACKET, zostanie przeprowadzona STUDY SIMULA, aby ocenić, czy dane NGS poprawiają odpowiedź na GENOMIC Selection VS. Różne FACTORS, AS DEMOGRAPHIC EFFECTS, DENSITY OF GENOTIPATED WERSUS COBERTURE OF NGS AND GENETIC ARCHITECTURE OF QTL._x000D_ _x000D_ in WP4 PACKET, próbka 130 dostępnych genomów CERDO zostanie przeanalizowana w celu scharakteryzowania polimorfizmu w perspektywie długoterminowej Genoma i SPECIE. OGÓLNIE RZECZ BIORĄC, PROPONUJE SIĘ ZBADANIE GENETYCZNYCH PODSTAW UDOMOWIENIA I NOWOCZESNEGO DOBORU. ANALIZY TE SPOWODUJĄ ZASTOSOWANIE NOWYCH KONCEPCJI, W SZCZEGÓLNOŚCI TAKICH JAK WŁĄCZENIE FUNKCJONALNYCH INFORMACJI O GENOMIE, TAKICH JAK SZLAKI METABOLICZNE. JAKO „DOWÓD KONCEPCJI” PRZEANALIZOWANE ZOSTANĄ DANE DOTYCZĄCE SPOŻYCIA ŻYWNOŚCI OD MIĘDZYNARODOWEGO PRZEDSIĘBIORSTWA ZAJMUJĄCEGO SIĘ ŚWINIAMI. (Polish)
4 August 2022
0 references
A TELJES GENOMOK TÖBB EGYEDBEN VALÓ RENDELKEZÉSRE ÁLLÁSA MINŐSÉGI UGRÁST TETT A BIOLÓGIAI SOKFÉLESÉG JELLEMZÉSE ÉS A GAZDASÁGI ÉRDEKLŐDÉSRE SZÁMOT TARTÓ FAJOK SZELEKTÍV MINTÁINAK FELISMERÉSE TERÉN, MIND A MEZŐGAZDASÁGBAN, MIND AZ ÁLLATTENYÉSZTÉSBEN, ÉS SZÁMOS LEHETSÉGES FEJLESZTÉSI KÉRELMET NYÚJTOTTAK BE. A LEGÚJABB GENERÁCIÓS SZEKVENÁLÁSI TECHNIKÁKNAK (NGS) SIKERÜLT DEMOKRATIZÁLNIUK A GENOMIKÁT, DE AZ ADATOK NAGYSÁGRENDJE MIATT AZ ELEMZÉS MA JELENTŐS SZŰK KERESZTMETSZETET JELENT. A PROJEKT CÉLJA E KORLÁTOK ENYHÍTÉSE MÓDSZEREK (WP1) ÉS KÖNNYEN HASZNÁLHATÓ SZÁMÍTÓGÉPES ESZKÖZÖK (NGASP, WP2) KIFEJLESZTÉSÉVEL, VALAMINT AZ NGS-ADATOK GENOMIKUS SZELEKCIÓBAN VALÓ FELHASZNÁLÁSÁRA VONATKOZÓ AJÁNLÁSOKKAL. Végül, az NGASP információs csomag (WP2) a Ficheros STANDAR BAM, a VCF, a GFF és az NGS DATA tipikus CHARACTERISTICS-eit egymást követő eRORRES és FALTANT valoroknak tekinti. A CSOMAG MAGÁBAN FOGLALJA A GENETIKAI POPULÁCIÓK STATISZTIKÁIT ÉS KLASSZIKUS TESZTJEIT, VALAMINT AZ ÉRDEKLŐDÉSI MINTÁK KIMUTATÁSÁRA SZOLGÁLÓ ÚJ MÓDSZEREKET (E.G. SZELEKTÍV FOLYAMATOK). A PROGRAMOT SKÁLÁZHATÓ MÓDON FOGJÁK PROGRAMOZNI, HOGY A JÖVŐBEN ÚJ FUNKCIÓKAT – PÉLDÁUL TÁRSULÁSI TANULMÁNYOKKAL VAGY GENOMIKUS SZELEKCIÓVAL KAPCSOLATOS INFORMÁCIÓKAT – LEHESSEN BEÉPÍTENI. Az NGASP szabadon használható, és elérhető lesz a weboldalon._x000D_ _x000D_ A WP3 PACKET-en egy SIMULA STUDY-t végeznek annak értékelésére, hogy az NGS adatai javítják-e a választ a GENOMIC Selection VS-re. Különböző FACTORS, AS DEMOGRAPHIC EFFECTS, DENSITY OF GENOTIPATE DERSUS COBERTURE of NGS and GENETIC ARCHITECTURE OF QTL._x000D_ _x000D_ in WP4 PACKET, 130 rendelkezésre álló CERDO genomból álló mintát kell elemezni a Genoma és a SPECIE hosszú távú polimorfizmusának jellemzésére. ÁLTALÁNOSSÁGBAN JAVASOLT A HÁZIASÍTÁS ÉS A MODERN KIVÁLASZTÁS GENETIKAI ALAPJAINAK TANULMÁNYOZÁSA. EZEK AZ ELEMZÉSEK ÚJ KONCEPCIÓK ALKALMAZÁSÁT EREDMÉNYEZIK, MINT PÉLDÁUL A GENOMRA VONATKOZÓ FUNKCIONÁLIS INFORMÁCIÓK, PÉLDÁUL A METABOLIKUS ÚTVONALAK BEÉPÍTÉSE. „KONCEPCIÓS BIZONYÍTÉKKÉNT” EGY MULTINACIONÁLIS SERTÉSGYÁRTÓ VÁLLALAT ÉLELMISZER-BEVITELI ADATAIT ELEMZIK. (Hungarian)
4 August 2022
0 references
DOSTUPNOST ÚPLNÝCH GENOMŮ U VÍCE JEDINCŮ PŘINESLA KVALITATIVNÍ SKOK V CHARAKTERIZACI BIOLOGICKÉ ROZMANITOSTI A PŘI ODHALOVÁNÍ SELEKTIVNÍCH VZORCŮ U DRUHŮ EKONOMICKÉHO ZÁJMU, A TO JAK V ZEMĚDĚLSTVÍ, TAK V CHOVU HOSPODÁŘSKÝCH ZVÍŘAT, S ČETNÝMI MOŽNÝMI APLIKACEMI KE ZLEPŠENÍ. NEJNOVĚJŠÍ GENERACE TECHNIK SEKVENOVÁNÍ (NGS) SE PODAŘILO DEMOKRATIZOVAT GENOMICKÉ, ALE ROZSAH DAT ČINÍ Z JEJÍ ANALÝZY DNES VÝZNAMNOU PŘEKÁŽKU. CÍLEM TOHOTO PROJEKTU JE ZMÍRNIT TATO OMEZENÍ VÝVOJEM METOD (WP1) A SNADNO POUŽITELNÝCH POČÍTAČOVÝCH NÁSTROJŮ (NGASP, WP2), JAKOŽ I DOPORUČENÍ OHLEDNĚ POUŽÍVÁNÍ ÚDAJŮ NGS V GENOMICKÉM VÝBĚRU. Konečně, DATAS OF INTERESTS, TANT FOR INDUSTRY AS for the STUDY of the domestication and ARTIFICIAL Selection IN PORCINO._x000D___x000D_Informační balíček NGASP (WP2) použije Ficheros STANDAR BAM, VCF, GFF a zváží typické CHARACTERISTICSKY NGS DATA jako sekvenční eRORRES A FALTANT valory. BALÍČEK BUDE ZAHRNOVAT STATISTIKY A KLASICKÉ TESTY V GENETICKÝCH POPULACÍCH, JAKOŽ I NOVÉ METODY PRO DETEKCI ZÁJMOVÝCH VZORCŮ (E.G. SELEKTIVNÍ PROCESY). BUDE NAPROGRAMOVÁN ŠKÁLOVATELNÝM ZPŮSOBEM, ABY BYLO MOŽNÉ V BUDOUCNU ZAČLENIT NOVÉ FUNKCE, JAKO JSOU INFORMACE O ASOCIAČNÍCH STUDIÍCH NEBO GENOMOVÉM VÝBĚRU. NGASP bude volně používat a bude k dispozici na webových stránkách._x000D_ _x000D_ Na WP3 PACKET bude proveden SIMULA STUDY, aby bylo možné vyhodnotit, zda údaje společnosti NGS zlepší odpověď na GENOMIC Selection VS. Různé FACTORS, AS DEMOGRAPHIC EFFECTS, DENSITY GENOTIPATED OSUS COBERTURE OF NGS A GENETIC ARCHITECTURE OF QTL._x000D_ _x000D_ _x000D_ in WP4 PACKET, vzorek 130 dostupných genomů CERDO bude analyzován za účelem charakterizace polymorfismu v dlouhodobém horizontu genomu a SPECIE. OBECNĚ SE NAVRHUJE STUDOVAT GENETICKÉ ZÁKLADY DOMESTIKACE A MODERNÍ SELEKCE. TYTO ANALÝZY POVEDOU ZEJMÉNA K POUŽITÍ NOVÝCH KONCEPCÍ, JAKO JE ZAČLENĚNÍ FUNKČNÍCH INFORMACÍ O GENOMU, JAKO JSOU METABOLICKÉ DRÁHY. JAKO „DŮKAZ KONCEPCE“ BUDOU ANALYZOVÁNY ÚDAJE O PŘÍJMU POTRAVIN OD NADNÁRODNÍ SPOLEČNOSTI ZABÝVAJÍCÍ SE PRASATY. (Czech)
4 August 2022
0 references
PILNĪGU GENOMU PIEEJAMĪBA DAUDZIEM INDIVĪDIEM IR ĻĀVUSI KVALITATĪVI LĒCIENS BIOLOĢISKĀS DAUDZVEIDĪBAS RAKSTUROŠANĀ UN SELEKTĪVU MODEĻU NOTEIKŠANĀ ATTIECĪBĀ UZ EKONOMISKI NOZĪMĪGĀM SUGĀM GAN LAUKSAIMNIECĪBĀ, GAN MĀJLOPOS AR VAIRĀKIEM IESPĒJAMIEM UZLABOJUMIEM. JAUNĀKĀS PAAUDZES SEKVENCĒŠANAS METODES (NGS) IR SPĒJUŠAS DEMOKRATIZĒT GENOMIKU, BET DATU APJOMS PADARA TĀS ANALĪZI ŠODIEN PAR SVARĪGU ŠĶĒRSLI. ŠĀ PROJEKTA MĒRĶIS IR MAZINĀT ŠOS IEROBEŽOJUMUS, IZSTRĀDĀJOT METODES (WP1) UN VIEGLI LIETOJAMUS DATORRĪKUS (NGASP, WP2), KĀ ARĪ SNIEDZOT IETEIKUMUS PAR NGS DATU IZMANTOŠANU GENOMA ATLASĒ. Visbeidzot, INTERESTS DATAS, TANT INDUSTRY AS FOR THE STUDY of the domestication and ARTIFICIAL Selection in PORCINO._x000D__x000D_ The NGASP Informācijas pakete (WP2) izmantos Ficheros STANDAR BAM, VCF, SŠA un uzskata tipiskās NGS DATA CHARACTERISTICS par secīgiem eRORRES UN FALTANT valoriem. PAKETE IETVERS STATISTIKU UN KLASISKOS TESTUS ĢENĒTISKAJĀS POPULĀCIJĀS, KĀ ARĪ JAUNAS METODES INTEREŠU MODEĻU NOTEIKŠANAI (E.G. SELEKTĪVUS PROCESUS). TAS TIKS PROGRAMMĒTS MĒROGOJAMĀ VEIDĀ, LAI NĀKOTNĒ VARĒTU IEKĻAUT JAUNAS FUNKCIJAS, PIEMĒRAM, INFORMĀCIJU PAR ASOCIĀCIJAS PĒTĪJUMIEM VAI GENOMA SELEKCIJU. NGASP būs brīvi lietojams un būs pieejams mājas lapā._x000D_ _x000D_ WP3 PACKET, tiks veikta SIMULA STUDY, lai novērtētu, vai NGS dati uzlabo atbildi uz GENOMIC atlases VS. Dažādi FACTORS, AS DEMOGRAPHIC EFFECTS, DENSITY OF ĢENOTIPATED VERSUS COBERTURE NGS UN GENETIC ARCHITECTURE OF QTL._x000D_ _x000D_ in WP4 PACKET, tiks analizēts 130 pieejamo CERDO genomu paraugs, lai raksturotu polimorfismu ilgtermiņā Genoma un SPECIE. KOPUMĀ TIEK IEROSINĀTS PĒTĪT PIERADINĀŠANAS ĢENĒTISKĀS BĀZES UN MŪSDIENU SELEKCIJU. ŠĪS ANALĪZES REZULTĀTĀ TIKS IZMANTOTI JAUNI JĒDZIENI, JO ĪPAŠI, PIEMĒRAM, IEKĻAUJOT FUNKCIONĀLU INFORMĀCIJU PAR GENOMU, PIEMĒRAM, METABOLISMA CEĻUS. KĀ KONCEPCIJAS PIERĀDĪJUMU ANALIZĒS DATUS PAR PĀRTIKAS UZŅEMŠANU NO DAUDZNACIONĀLA CŪKU UZŅĒMUMA. (Latvian)
4 August 2022
0 references
TÁ LÉIM CHÁILÍOCHTÚIL GLACTHA AG INFHAIGHTEACHT GENOMES IOMLÁNA I ROINNT DAOINE AONAIR MAIDIR LE TRÉITHRIÚ NA BITHÉAGSÚLACHTA AGUS MAIDIR LE PATRÚIN ROGHNAITHEACHA A BHRATH I SPEICIS LEASA EACNAMAÍOCH, I DTALMHAÍOCHT AGUS I MBEOSTOC ARAON, AGUS IS IOMAÍ IARRATAS A D’FHÉADFAÍ A DHÉANAMH AR FHEABHSÚ. D’ÉIRIGH LEIS NA TEICNÍCÍ SEICHEAMHAITHE GINIÚNA IS DÉANAÍ (NGS) AN GÉANÓMAÍOCHT A DHAONLATHÚ, ACH DÉANANN MÉID NA SONRAÍ A ANAILÍS INNIU INA SCROGALL TÁBHACHTACH. TÁ SÉ MAR AIDHM AG AN TIONSCADAL SEO NA TEORAINNEACHA SIN A MHAOLÚ TRÍ MHODHANNA (WP1) AGUS UIRLISÍ RÍOMHAIREACHTA ATÁ ÉASCA LE HÚSÁID (NGASP, WP2) A FHORBAIRT, CHOMH MAITH LE MOLTAÍ A SHOLÁTHAR MAIDIR LE HÚSÁID SONRAÍ NGS I ROGHNÚ GÉANÓMAÍOCH. Mar fhocal scoir, DATAS OF INTERESTS, TANT DO INDUSTRY MAIDIR LE STUDY AN ROINNÍ AGUS RIALTAIS I PORCINO._x000D__x000D_ Beidh Pacáiste Faisnéise NGASP (WP2) a úsáid Ficheros STANDAR BAM, VCF, GFF agus a mheas CHARACISTICS tipiciúla na NGS DATA mar eRORRES seicheamhacha agus valors FALTANT. ÁIREOFAR SA PHACÁISTE STAITISTICÍ AGUS TÁSTÁLACHA CLASAICEACHA I NDAONRAÍ GÉINITEACHA, CHOMH MAITH LE MODHANNA NUA CHUN PATRÚIN ÚIS A BHRATH (PRÓISIS ROGHNAITHEACHA E.G.). DÉANFAR É A CHLÁRSCEIDEALÚ AR BHEALACH INSCÁLAITHE IONAS GO MBEIDH SÉ IN ANN FEIDHMIÚLACHTAÍ NUA A IONCHORPRÚ AMACH ANSEO, AMHAIL FAISNÉIS FAOI STAIDÉIR CHOMHLACHAIS NÓ FAOI ROGHNÚ GÉANÓMAÍOCH. Beidh NGASP saor in aisce a úsáid agus beidh sé ar fáil ar an website._x000D_ _x000D_ On WP3 PACKET, déanfar STUDY SIMULA chun measúnú a dhéanamh an gcuireann sonraí NGS feabhas ar an bhfreagra ar na VSanna Roghnú GENOMIC. déanfar anailís ar shampla de 130 Genoms OF cerdo atá ar fáil chun polamorfachas a thréithriú san fhadtéarma GENOMA agus SPECIE. GO GINEARÁLTA, TÁ SÉ BEARTAITHE STAIDÉAR A DHÉANAMH AR BHOINN GHÉINITEACHA AN BHAILE AGUS AN ROGHNÚCHÁIN NUA-AIMSEARTHA. MAR THORADH AR NA HANAILÍSÍ SIN, BAINFEAR ÚSÁID AS COINCHEAPA NUA, GO HÁIRITHE, AMHAIL FAISNÉIS FHEIDHMIÚIL FAOIN NGÉANÓM AMHAIL CONAIRÍ MEITIBILEACHA A IONCHORPRÚ. MAR ‘CRUTHÚNAS COINCHEAPA’, DÉANFAR ANAILÍS AR SHONRAÍ IONTÓGÁLA BIA Ó CHUIDEACHTA ILNÁISIÚNTA MUC. (Irish)
4 August 2022
0 references
RAZPOLOŽLJIVOST POPOLNIH GENOMOV PRI VEČ POSAMEZNIKIH JE NAREDILA KVALITATIVNI PRESKOK PRI OPREDELITVI BIOTSKE RAZNOVRSTNOSTI IN ODKRIVANJU SELEKTIVNIH VZORCEV PRI VRSTAH GOSPODARSKEGA POMENA, TAKO V KMETIJSTVU KOT V ŽIVINOREJI, Z VEČ MOŽNIMI UPORABAMI ZA IZBOLJŠANJE. NAJNOVEJŠA GENERACIJA TEHNIK SEKVENCIRANJA (NGS) JE USPELA DEMOKRATIZIRATI GENOMSKO, VENDAR JE ZARADI OBSEGA PODATKOV NJEGOVA ANALIZA DANES POMEMBNO OZKO GRLO. CILJ TEGA PROJEKTA JE ZMANJŠATI TE OMEJITVE Z RAZVOJEM METOD (WP1) IN ENOSTAVNIH RAČUNALNIŠKIH ORODIJ (NGASP, WP2) TER ZAGOTAVLJANJEM PRIPOROČIL O UPORABI PODATKOV O NGS PRI GENOMSKI SELEKCIJI. Končno, DATAS INTERESTS, TANT FOR INDUSTRY AS FOR THE STUDY of the domestication and ARTIFICIAL Selection IN PORCINO._x000D__x000D_Informativni paket NGASP (WP2) bo uporabljal Ficheros STANDAR BAM, VCF, GFF in veljal za tipične CHARACTERISTIC OF NGS DATA kot zaporedne eRORRES IN FALTANT valorje. SVEŽENJ BO VKLJUČEVAL STATISTIČNE PODATKE IN KLASIČNE TESTE V GENSKIH POPULACIJAH TER NOVE METODE ZA ODKRIVANJE VZORCEV ZANIMANJA (SELEKTIVNI PROCESI E.G.). PROGRAMIRAN BO NA NADGRADLJIV NAČIN, DA BO LAHKO V PRIHODNOSTI VKLJUČIL NOVE FUNKCIJE, KOT SO INFORMACIJE O ŠTUDIJAH ZDRUŽENJA ALI GENOMSKI SELEKCIJI. NGASP bo brezplačen za uporabo in bo na voljo na spletni strani._x000D_ _x000D_ Na WP3 PACKET bo izvedena SIMULA STUDY, da se oceni, ali podatki NGS izboljšajo odgovor na GENOMIC izbor VS. Različne FACTORS, AS DEMOGRAPHIC EFFECTS, DENSITY GENOTITATED VERSUS COBERTURE NGS IN GENETIC ARHITECTURE QTL._x000D_ _x000D_ v WP4 PACKET, analiziran bo vzorec 130 razpoložljivih genomov CERDO, da se dolgoročno opredeli polimorfizem genoma in SPECIE. NA SPLOŠNO SE PREDLAGA PREUČEVANJE GENETSKIH BAZ UDOMAČENOSTI IN SODOBNE SELEKCIJE. TE ANALIZE BODO SPODBUDILE UPORABO NOVIH KONCEPTOV, ZLASTI Z VKLJUČITVIJO FUNKCIONALNIH INFORMACIJ O GENOMU, KOT SO PRESNOVNE POTI. KOT „DOKAZ KONCEPTA“ SE BODO ANALIZIRALI PODATKI O VNOSU HRANE MULTINACIONALNEGA PRAŠIČJEGA PODJETJA. (Slovenian)
4 August 2022
0 references
НАЛИЧИЕТО НА ПЪЛНИ ГЕНОМИ ПРИ МНОЖЕСТВО ИНДИВИДИ Е ПРЕДПРИЕЛО КАЧЕСТВЕН СКОК В ХАРАКТЕРИЗИРАНЕТО НА БИОЛОГИЧНОТО РАЗНООБРАЗИЕ И В ОТКРИВАНЕТО НА СЕЛЕКТИВНИ МОДЕЛИ ПРИ ВИДОВЕ ОТ ИКОНОМИЧЕСКИ ИНТЕРЕС, КАКТО В СЕЛСКОТО СТОПАНСТВО, ТАКА И В ЖИВОТНОВЪДСТВОТО, С МНОЖЕСТВО ПОТЕНЦИАЛНИ ПРИЛОЖЕНИЯ ЗА ПОДОБРЕНИЕ. НАЙ-НОВОТО ПОКОЛЕНИЕ ТЕХНИКИ ЗА СЕКВЕНИРАНЕ (NGS) СА УСПЕЛИ ДА ДЕМОКРАТИЗИРАТ ГЕНОМНИЯ, НО МАЩАБЪТ НА ДАННИТЕ ПРАВИ АНАЛИЗА МУ ДНЕС ВАЖЕН ПРОБЛЕМ. ТОЗИ ПРОЕКТ ИМА ЗА ЦЕЛ ДА ОБЛЕКЧИ ТЕЗИ ОГРАНИЧЕНИЯ ЧРЕЗ РАЗРАБОТВАНЕ НА МЕТОДИ (WP1) И ЛЕСНИ ЗА ИЗПОЛЗВАНЕ КОМПЮТЪРНИ ИНСТРУМЕНТИ (NGASP, WP2), КАКТО И ЧРЕЗ ПРЕДОСТАВЯНЕ НА ПРЕПОРЪКИ ОТНОСНО ИЗПОЛЗВАНЕТО НА ДАННИ ОТ NGS ПРИ ГЕНОМНИЯ ПОДБОР. И накрая, DATAS OF INTERESTS, TANT FOR INDUSTRY AS FOR THE STUDY OF the domestication AND ARTIFICIAL Selection in PORCINO._x000D___x000D_ The NGASP Information Package (WP2) ще използва Ficheros STANDAR BAM, VCF, GFF и ще разглежда типичните CHARACTERISTICS OF NGS DATA като последователни eRORRES и FALTANT valors. ПАКЕТЪТ ЩЕ ВКЛЮЧВА СТАТИСТИЧЕСКИ ДАННИ И КЛАСИЧЕСКИ ТЕСТОВЕ НА ГЕНЕТИЧНИ ПОПУЛАЦИИ, КАКТО И НОВИ МЕТОДИ ЗА ОТКРИВАНЕ НА МОДЕЛИ НА ИНТЕРЕСИ (СЕЛЕКТИВНИ ПРОЦЕСИ НА EG). ТЯ ЩЕ БЪДЕ ПРОГРАМИРАНА ПО МАЩАБЕН НАЧИН, ЗА ДА МОЖЕ В БЪДЕЩЕ ДА СЕ ВКЛЮЧАТ НОВИ ФУНКЦИОНАЛНОСТИ, КАТО НАПРИМЕР ИНФОРМАЦИЯ ЗА ПРОУЧВАНИЯ НА АСОЦИАЦИИ ИЛИ ГЕНОМНА СЕЛЕКЦИЯ. NGASP ще бъде свободен за използване и ще бъде на разположение на уебсайта._x000D_ _x000D_ На WP3 PACKET, ще се проведе SIMULA STUDY, за да се оцени дали данните на NGS подобряват отговора на ГЕНОМИЧЕН избор VS. Различни ФАКТОРИ, ДЕМОГРАФСКИ ЕФЕКТИ, ОБЕКТИ НА ГЕНИТАТА ВЕРСКИ КЕРТУРА НА НГС И ГЕНЕТНА Архитектура на QTL._x000D_ _x000D_ в WP4 PACKET, ще бъде анализирана проба от 130 налични геноми на CERDO, за да се характеризира полиморфизмът в дългосрочен план на генома и SPECIE. КАТО ЦЯЛО СЕ ПРЕДЛАГА ДА СЕ ПРОУЧАТ ГЕНЕТИЧНИТЕ ОСНОВИ НА ОПИТОМЯВАНЕТО И СЪВРЕМЕННАТА СЕЛЕКЦИЯ. ТЕЗИ АНАЛИЗИ ЩЕ ДОВЕДАТ ДО ИЗПОЛЗВАНЕТО НА НОВИ ПОНЯТИЯ, ПО-СПЕЦИАЛНО КАТО ВКЛЮЧВАНЕ НА ФУНКЦИОНАЛНА ИНФОРМАЦИЯ ЗА ГЕНОМА, КАТО НАПРИМЕР МЕТАБОЛИТНИ ПЪТИЩА. КАТО „ДОКАЗАТЕЛСТВО ЗА КОНЦЕПЦИЯТА“ ЩЕ БЪДАТ АНАЛИЗИРАНИ ДАННИТЕ ЗА ПРИЕМА НА ХРАНИ ОТ МНОГОНАЦИОНАЛНО ПРЕДПРИЯТИЕ ЗА СВИНЕ. (Bulgarian)
4 August 2022
0 references
ID-DISPONIBBILTÀ TA’ ĠENOMI SĦAĦ F’INDIVIDWI MULTIPLI ĦADET QABŻA KWALITATTIVA FIL-KARATTERIZZAZZJONI TAL-BIJODIVERSITÀ U FID-DETEZZJONI TA’ XEJRIET SELETTIVI FL-ISPEĊIJIET TA’ INTERESS EKONOMIKU, KEMM FL-AGRIKOLTURA KIF UKOLL FIL-BHEJJEM, B’APPLIKAZZJONIJIET POTENZJALI MULTIPLI GĦAL TITJIB. IT-TEKNIKI TAS-SEKWENZAR TAL-AĦĦAR ĠENERAZZJONI (NGS) IRNEXXIELHOM JIDDEMOKRATIZZAW IL-ĠENOMIKA, IŻDA L-KOBOR TAD-DATA JAGĦMEL L-ANALIŻI TAGĦHA LLUM OSTAKLU IMPORTANTI. DAN IL-PROĠETT GĦANDU L-GĦAN LI JTAFFI DAWN IL-LIMITAZZJONIJIET BILLI JIŻVILUPPA METODI (WP1) U GĦODOD TAL-KOMPJUTER FAĊLI BIEX JINTUŻAW (NGASP, WP2), KIF UKOLL JIPPROVDI RAKKOMANDAZZJONIJIET DWAR L-UŻU TAD-DATA TAL-NGS FL-GĦAŻLA ĠENOMIKA. Fl-aħħar nett, DATAJIET TA’ INTERESTIJIET, TANT GĦALL-INDUSTRIJA GĦALL-ISTUDJA TAL-INDIZZJONI U L-Għażla ArtIFIĊJALI F’PORCINO._x000D__x000D_ Il-Pakkett ta’ Informazzjoni NGASP (WP2) se juża Ficheros STANDAR BAM, VCF, GFF u jikkunsidra KARRACTERISTICS tipiċi TA’ NGS DATA bħala eRORRES sekwenzjali U valors FALTANT. IL-PAKKETT SE JINKLUDI STATISTIKA U TESTIJIET KLASSIĊI FIL-POPOLAZZJONIJIET ĠENETIĊI, KIF UKOLL METODI ĠODDA GĦAD-DETEZZJONI TA’ XEJRIET TA’ INTERESS (PROĊESSI SELETTIVI TAL-E.G.). DAN SE JKUN IPPROGRAMMAT B’MOD SKALABBLI BIEX IKUN JISTA’ JINKORPORA FUNZJONALITAJIET ĠODDA FIL-FUTUR, BĦAL INFORMAZZJONI DWAR STUDJI TA’ ASSOĊJAZZJONI JEW GĦAŻLA ĠENOMIKA. NGASP se jkun liberu li juża u se jkun disponibbli fuq is-sit web._x000D_ _x000D_ Fuq WP3 PAKKET, se titwettaq STUDY TA’ SIMULA biex jiġi evalwat jekk id-data tal-NGS ittejjebx it-tweġiba għall-VS ta’ Għażla ĠENOMIka. FATTURI Differenti, AS EFFETTI TA’ QTL._x000D_ GENETIC VERSUS GENOTIPATED TA’ NGS U ARCHITETTI GENETIC TA’ QTL._x000D_ kampjun ta’ 130 ġenom disponibbli TA’ CERDO se jiġi analizzat biex jikkaratterizza l-polimorfiżmu fit-tul tal-Ġenoma u l-SPECIE. B’MOD ĠENERALI, HUWA PROPOST LI JIĠU STUDJATI L-BAŻIJIET ĠENETIĊI TAD-DOMESTIKAZZJONI U L-GĦAŻLA MODERNA. DAWN L-ANALIŻIJIET SE JAGĦTU LOK GĦALL-UŻU TA’ KUNĊETTI ĠODDA, B’MOD PARTIKOLARI, BĦALL-INKORPORAZZJONI TA’ INFORMAZZJONI FUNZJONALI DWAR IL-ĠENOMA BĦALL-MOGĦDIJIET METABOLIĊI. BĦALA ‘PROVA TAL-KUNĊETT’, SE TIĠI ANALIZZATA D-DEJTA DWAR IL-KONSUM TAL-IKEL MINN KUMPANIJA MULTINAZZJONALI TAL-ĦNIEŻER. (Maltese)
4 August 2022
0 references
A disponibilidade de efectivos completos em vários indivíduos teve um impacto qualitativo na caracterização da biodiversidade e na detecção de factores selectivos em espécies de interesse económico, tanto na agricultura como na agricultura, com múltiplas aplicações potenciais para a melhoria. A ÚLTIMA GERAÇÃO QUE SEQUENCIA AS TÉCNICAS (NGS) GEROU PARA DEMOCRATIZAR A GENÓMICA, MAS A MAGNITUDE DOS DADOS FAZ A SUA ANÁLISE HOJE UM IMPORTANTE ENTRADA. Este projeto tem por objetivo atenuar estas limitações através do desenvolvimento de métodos (WP1) e de ferramentas informáticas de fácil utilização (NGASP, WP2), bem como da formulação de recomendações sobre a utilização de dados NGS na seleção genética. Por último, DADOS DE INTERESSES, TANT PARA A INDÚSTRIA COMO PARA O ESTUDO DA domesticação E SELEÇÃO ARTIFICIAL EM PORCINO._x000D__x000D_ O Pacote Informativo NGASP (WP2) utilizará FICHEROS STANDAR BAM, VCF, GFF e considerará CARACTERÍSTICAS típicas DOS DADOS NGS como eRORRES sequenciais E VALORES FALTANTES. A embalagem incluirá estatísticas e ensaios clássicos nas populações genéticas, bem como novos métodos de detecção de padrões de interesse (por exemplo, processos selectivos). Será programado de uma forma calculável, de modo a poder incorporar novas funcionalidades no futuro, tais como informações sobre estudos de associação ou seleção genómica. No PACOTE WP3, será realizado um ESTUDO SIMULA para avaliar se os dados do NGS melhoram a resposta à Seleção GENÓMICA VS. Diferentes FATORES, COMO EFEITOS DEMOGRÁFICOS, DENSIDADE DA COBERTURA GENOTIPADA DO VERSO DOS NGS E ARQUITETURA GENÉTICA DE QTL._x000D_ _x000D_ no PACOTE WP4, Uma amostra de 130 GENOMES DE CERDO disponíveis será analisada para caracterizar o polimorfismo a longo prazo do GENOMA e do SPECIE. Em geral, propõe-se estudar as bases genéticas da domesticação e da seleção moderna. Estas análises darão origem à utilização de novos conceitos, em particular, tais como a incorporação de informações funcionais sobre o genoma, tais como caminhos metabólicos. Como «prova de conceito», serão analisados os dados relativos aos géneros alimentícios introduzidos por uma empresa multinacional de suínos. (Portuguese)
4 August 2022
0 references
TILGÆNGELIGHEDEN AF KOMPLETTE GENOMER HOS FLERE INDIVIDER HAR TAGET ET KVALITATIVT SPRING I KARAKTERISERINGEN AF BIODIVERSITETEN OG I PÅVISNINGEN AF SELEKTIVE MØNSTRE HOS ARTER AF ØKONOMISK INTERESSE, BÅDE INDEN FOR LANDBRUG OG HUSDYRBRUG, MED MANGE MULIGHEDER FOR FORBEDRING. DE NYESTE GENERATION SEKVENTERINGSTEKNIKKER (NGS) HAR FORMÅET AT DEMOKRATISERE GENOMIKKEN, MEN OMFANGET AF DATAENE GØR DENS ANALYSE I DAG TIL EN VIGTIG FLASKEHALS. DETTE PROJEKT HAR TIL FORMÅL AT AFHJÆLPE DISSE BEGRÆNSNINGER VED AT UDVIKLE METODER (WP1) OG BRUGERVENLIGE EDB-VÆRKTØJER (NGASP, WP2) SAMT FREMSÆTTE ANBEFALINGER OM BRUGEN AF NGS-DATA I GENOMISK UDVÆLGELSE. Endelig, DATAS OF INTERESTS, TANT TIL INDUSTRY AS TIL STUDY af husholdningen og ARTIFICIAL Selection IN PORCINO._x000D__x000D_ NGASP Information Package (WP2) vil bruge Ficheros STANDAR BAM, VCF, GFF og betragte typiske KARACTERISTIK af NGS DATA som sekventielle eRORRES og FALTANT valors. PAKKEN VIL OMFATTE STATISTIKKER OG KLASSISKE TEST INDEN FOR GENETISKE POPULATIONER SAMT NYE METODER TIL PÅVISNING AF INTERESSEMØNSTRE (E.G. SELEKTIVE PROCESSER). DEN VIL BLIVE PROGRAMMERET PÅ EN SKALERBAR MÅDE, SÅ DEN KAN INDARBEJDE NYE FUNKTIONALITETER I FREMTIDEN, F.EKS. OPLYSNINGER OM ASSOCIERINGSUNDERSØGELSER ELLER GENOMVALG. NGASP vil være gratis at bruge og vil være tilgængelig på hjemmesiden._x000D_ _x000D_ På WP3 PACKET vil der blive udført en SIMULA STUDY for at vurdere, om NGS' data forbedrer svaret på den GENOMISKE udvælgelse VS. Forskellige FACTORS, AS DEMOGRAPHIC EFFECTS, DENSITY OF GENOTIPATED VERSUS COBERTURE OF NGS OG GENETIC ARCHITECTURE OF QTL._x000D_ _x000D_ i WP4 PACKET, en prøve på 130 tilgængelige genomer af CERDO vil blive analyseret for at karakterisere polymorfi på lang sigt af Genoma og SPECIE. GENERELT FORESLÅS DET AT STUDERE DE GENETISKE BASER FOR DOMESTICATION OG MODERNE UDVÆLGELSE. DISSE ANALYSER VIL GIVE ANLEDNING TIL ANVENDELSE AF NYE BEGREBER, NAVNLIG SOM INDARBEJDELSE AF FUNKTIONELLE OPLYSNINGER OM GENOMET, F.EKS. METABOLISERINGSVEJE. SOM "PROOF OF CONCEPT" VIL DATA OM FØDEINDTAGELSE FRA EN MULTINATIONAL SVINEVIRKSOMHED BLIVE ANALYSERET. (Danish)
4 August 2022
0 references
DISPONIBILITATEA GENOMURILOR COMPLETE LA MAI MULTE PERSOANE A FĂCUT UN SALT CALITATIV ÎN CARACTERIZAREA BIODIVERSITĂȚII ȘI ÎN DETECTAREA MODELELOR SELECTIVE LA SPECIILE DE INTERES ECONOMIC, ATÂT ÎN AGRICULTURĂ, CÂT ȘI ÎN ȘEPTEL, CU MULTIPLE POTENȚIALE CERERI DE ÎMBUNĂTĂȚIRE. TEHNICILE DE SECVENȚIERE DE ULTIMĂ GENERAȚIE (NGS) AU REUȘIT SĂ DEMOCRATIZEZE GENOMICA, DAR AMPLOAREA DATELOR FACE CA ANALIZA SA DE ASTĂZI SĂ FIE UN BLOCAJ IMPORTANT. ACEST PROIECT URMĂREȘTE SĂ REDUCĂ ACESTE LIMITĂRI PRIN DEZVOLTAREA DE METODE (WP1) ȘI INSTRUMENTE INFORMATICE UȘOR DE UTILIZAT (NGASP, WP2), PRECUM ȘI PRIN FURNIZAREA DE RECOMANDĂRI PRIVIND UTILIZAREA DATELOR NGS ÎN SELECȚIA GENOMICĂ. În cele din urmă, DATAS OF INTERESTS, TANT FOR INDUSTRY AS FOR THE STUDY of the domestication and ARTIFICIAL Selection IN PORCINO._x000D__x000D_ The NGASP Information Package (WP2) va utiliza Ficheros STANDAR BAM, VCF, GFF și va considera CHARACTERISTICII tipice ale datelor NGS ca eRORURI secvențiale și valore FALTANTĂ. PACHETUL VA INCLUDE STATISTICI ȘI TESTE CLASICE LA POPULAȚIILE GENETICE, PRECUM ȘI NOI METODE DE DETECTARE A MODELELOR DE INTERES (PROCESE SELECTIVE E.G.). ACESTA VA FI PROGRAMAT ÎNTR-UN MOD SCALABIL PENTRU A PUTEA ÎNCORPORA NOI FUNCȚIONALITĂȚI ÎN VIITOR, CUM AR FI INFORMAȚII PRIVIND STUDIILE DE ASOCIERE SAU SELECȚIA GENOMICĂ. NGASP va fi liber de utilizat și va fi disponibil pe site-ul._x000D_ _x000D_ Pe PACKET WP3, se va efectua o STUDIE SIMULA pentru a evalua dacă datele NGS îmbunătățesc răspunsul la VS de selecție GENOMIC. Diferite FACTORI, AS DEMOGRAPHIC EFFECTS, DENSITY OF GENOTIPATED VERSUS COBERTURE of NGS and GENETIC ARCHITECTURE OF QTL._x000D_ _x000D_ _x000D_ în WP4 PACKET, un eșantion de 130 de genomuri disponibile de CERDO va fi analizat pentru a caracteriza polimorfismul pe termen lung al genomului și SPECIE. ÎN GENERAL, SE PROPUNE STUDIEREA BAZELOR GENETICE ALE DOMESTICIRII ȘI SELECȚIEI MODERNE. ACESTE ANALIZE VOR DA NAȘTERE LA UTILIZAREA DE NOI CONCEPTE, ÎN SPECIAL, CUM AR FI ÎNCORPORAREA UNOR INFORMAȚII FUNCȚIONALE DESPRE GENOM, CUM AR FI CĂILE METABOLICE. CA „DOVADA CONCEPTULUI”, VOR FI ANALIZATE DATELE PRIVIND CONSUMUL DE ALIMENTE DE LA O COMPANIE MULTINAȚIONALĂ DE PORCINE. (Romanian)
4 August 2022
0 references
TILLGÅNGEN TILL FULLSTÄNDIGA GENOM HOS FLERA INDIVIDER HAR TAGIT ETT KVALITATIVT SPRÅNG I KARAKTERISERINGEN AV DEN BIOLOGISKA MÅNGFALDEN OCH I UPPTÄCKTEN AV SELEKTIVA MÖNSTER HOS ARTER AV EKONOMISKT INTRESSE, BÅDE INOM JORDBRUK OCH BOSKAP, MED MÅNGA POTENTIELLA FÖRBÄTTRINGAR. DEN SENASTE GENERATIONENS SEKVENSERINGSTEKNIKER (NGS) HAR LYCKATS DEMOKRATISERA GENOMIKEN, MEN STORLEKEN PÅ DATAN GÖR DESS ANALYS IDAG TILL EN VIKTIG FLASKHALS. DETTA PROJEKT SYFTAR TILL ATT LINDRA DESSA BEGRÄNSNINGAR GENOM ATT UTVECKLA METODER (WP1) OCH LÄTTANVÄNDA DATORVERKTYG (NGASP, WP2), SAMT GE REKOMMENDATIONER OM ANVÄNDNINGEN AV NGS-DATA I GENOMISKT URVAL. Slutligen kommer DATAS OF INTERESTS, TANT FOR INDUSTRY AS FOR THE STUDY of the domestication and ARTIFICIAL Selection IN PORCINO._x000D__x000D_The NGASP Information Package (WP2) att använda Ficheros STANDAR BAM, VCF, GFF och betrakta typiska CHARACTERISTICS av NGS DATA som sekventiella eRORRES och FALTANT valorer. PAKETET KOMMER ATT OMFATTA STATISTIK OCH KLASSISKA TESTER I GENETISKA POPULATIONER SAMT NYA METODER FÖR ATT UPPTÄCKA INTRESSEMÖNSTER (T.EX. SELEKTIVA PROCESSER). DEN KOMMER ATT PROGRAMMERAS PÅ ETT SKALBART SÄTT FÖR ATT KUNNA INFÖRLIVA NYA FUNKTIONER I FRAMTIDEN, T.EX. INFORMATION OM FÖRENINGSSTUDIER ELLER GENOMISKT URVAL. NGASP kommer att vara gratis att använda och kommer att finnas tillgängligt på webbplatsen._x000D_ _x000D_ På WP3 PACKET kommer en SIMULA STUDY att genomföras för att utvärdera om NGS data förbättrar svaret på den GENOMIC Selection VS. Olika FACTORER, AS DEMOGRAPHIC EFFECTS, DENSITY OF GENOTIPATED VERSUS COBERTURE OF NGS OCH GENETIC ARCHITECTURE OF QTL._x000D_ _x000D_ i WP4 PACKET, ett prov på 130 tillgängliga genom av CERDO kommer att analyseras för att karakterisera polymorfi på lång sikt av Genoma och SPECIE. I ALLMÄNHET FÖRESLÅS ATT STUDERA DE GENETISKA GRUNDERNA FÖR DOMESTICERING OCH MODERNT URVAL. DESSA ANALYSER KOMMER ATT GE UPPHOV TILL ANVÄNDNING AV NYA BEGREPP, I SYNNERHET, SÅSOM ATT INFÖRLIVA FUNKTIONELL INFORMATION OM GENOMET, T.EX. METABOLISKA VÄGAR. SOM ETT ”KONCEPTTEST” KOMMER UPPGIFTER OM LIVSMEDELSINTAG FRÅN ETT MULTINATIONELLT GRISFÖRETAG ATT ANALYSERAS. (Swedish)
4 August 2022
0 references
Cerdanyola del Vallès
0 references
20 December 2023
0 references
Identifiers
AGL2013-41834-R
0 references