TRANSCRIPTIONAL CONTROL OVER LONG DISTANCES BY ENHANCERS: LOCUS TCRA/TCRD (Q3136269)
Jump to navigation
Jump to search
Project Q3136269 in Spain
| Language | Label | Description | Also known as |
|---|---|---|---|
| English | TRANSCRIPTIONAL CONTROL OVER LONG DISTANCES BY ENHANCERS: LOCUS TCRA/TCRD |
Project Q3136269 in Spain |
Statements
112,099.23 Euro
0 references
139,150.0 Euro
0 references
80.56 percent
0 references
30 December 2016
0 references
29 December 2019
0 references
AGENCIA CONSEJO SUPERIOR DE INVESTIGACIONES CIENTIFICAS
0 references
18100
0 references
EL DESARROLLO DE LOS DISTINTOS LINAJES CELULARES Y LA FORMACION DE ORGANOS REQUIERE DE UN CONTROL TEMPORAL Y ESPACIAL MUY PRECISO DE LA TRANSCRIPCION GENICA, QUE DEPENDE PRINCIPALMENTE DE LA ACTIVIDAD DE UNAS SECUENCIAS REGULADORAS ESPECIFICAS DENOMINADAS POTENCIADORES TRANSCRIPCIONALES O ENHANCERS QUE SE ENCUENTRAN PRESENTES EN EL ADN NO CODIFICANTE. LOS ENHANCERS ACTIVAN LA TRANSCRIPCION DE SUS GENES DIANA SITUADOS A LARGAS DISTANCIAS MEDIANTE INTERACCIONES MOLECULARES ENTRE LOS FACTORES DE TRANSCRIPCION Y CO-ACTIVADORES UNIDOS A ELLOS MISMOS Y A LOS PROMOTORES TRANSCRIPCIONALES. PARA EL ESTABLECIMIENTO DE ESTOS CONTACTOS MOLECULARES ENTRE UN ENHANCER Y UN PROMOTOR, SON IMPORTANTES TANTO LA ORGANIZACION DEL GENOMA EN DOMINIOS ASOCIADOS TOPOLOGICAMENTE COMO EL RECLUTAMIENTO DE FACTORES DE TRANSCRIPCION ESPECIFICOS DE TEJIDO Y DEL MOMENTO DEL DESARROLLO A LOS ENHANCERS. NUESTROS INTERESES SE CENTRAN EN LA REGULACION DE LA TRANSCRIPCION DEL LOCUS QUE CODIFICA POR LAS CADENA ALFA (A) Y DELTA (D) DEL RECEPTOR DE LINFOCITOS T (TCRA/TCRD) POR ENHANCERS. ESTE LOCUS OCUPA 1,8 MB Y CONTIENE DOS GENES QUE CODIFICAN POR LAS CADENAS TCRA Y TCRD DE LOS RECEPTORES PARA ANTIGENO DE LOS LINFOCITOS T, TCRAB Y TCRGD. LA EXPRESION DE ESTOS RECEPTORES ES NECESARIA PARA LA GENERACION DE LOS DOS LINAJES DE LINFOCITOS T, AB Y GD. LOS GENES DE LAS CADENAS DE LOS TCR ESTAN FORMADOS POR SEGMENTOS GENICOS AISLADOS, DENOMINADOS V, D Y J, QUE NECESITAN REORDENARSE A NIVEL DE ADN EN LOS PRECURSORES DE LOS LINFOCITOS T O TIMOCITOS, MEDIANTE UN PROCESO LLAMADO RECOMBINACION V(D)J, PARA DAR LUGAR A UNA CONFIGURACION GENICA REORDENADA CAPAZ DE SER TRADUCIDA EN UNA CADENA DEL RECEPTOR. POR TANTO, ESTOS GENES PASAN DE UNA CONFIGURACION NO REORDENADA A OTRA REORDENADA A LO LARGO DEL DESARROLLO DE LOS TIMOCITOS. PARA LA ACTIVACION DE LA RECOMBINACION V(D)J EN CADA UNO DE ESTOS GENES SE NECESITA LA ACTIVACION DE UN ENHANCER ESPECIFICO, CUYA ACTIVACION ESTA ALTAMENTE CONTROLADA DURANTE EL DESARROLLO CELULAR. EN EL CASO DEL GEN TCRA, LA RECOMBINACION VJ DEPENDE DE LA ACTIVIDAD DE UN ENHANCER, CUYA ACTIVIDAD NO PARECE PARTICIPAR EN LA TRANSCRIPCION DEL GEN REORDENADO EN LINFOCITOS T AB MADUROS. CURIOSAMENTE, EL ENHANCER QUE ES NECESARIO PARA LA RECOMBINACION VDJ DEL GEN TCRD TAMPOCO ES RELEVANTE PARA LA TRANSCRIPCION DEL GEN TCRD REORDENADO EN LINFOCITOS T GD MADUROS, SIENDO EL ENHANCER DEL GEN TCRA EL ELEMENTO RESPONSABLE PARA ESTA FUNCION. ACTUALMENTE SE DESCONOCE COMO SE REGULA LA TRANSCRIPCION DEL GEN TCRA REORDENADO EN LINFOCITOS T AB. POR TANTO, EL PASO DE UNA CONFIGURACION NO REORDENADA A OTRA REORDENADA EN CADA UNO DE ESTOS GENES SE ACOMPAÑA POR UN CAMBIO EN EL MECANISMO PARA LA TRANSCRIPCION GENICA Y EN LA IMPLICACION DE DISTINTOS ENHANCERS PARA TAL FIN. EN ESTE PROYECTO SE PLANTEA LA UTILIZACION DE TECNICAS GENOMICAS PARA LA INVESTIGACION SOBRE LOS MECANISMOS MOLECULARES IMPLICADOS EN LA REGULACION DE LOS ENHANCERS CONOCIDOS DEL LOCUS TCRA/TCRD DURANTE EL DESARROLLO DE LOS LINFOCITOS T, LA IDENTIFICACION DE UN NUEVO ENHANCER QUE PUEDA SER RESPONSABLE DE LA TRANSCRIPCION DEL GEN TCRA REORDENADO Y EXPRESION DE LA CADENA TCRA EN LINFOCITOS T AB MADUROS, ASI COMO LA BUSQUEDA DE UN MODELO CELULAR QUE PERMITA ESTUDIAR EL MECANISMO IMPLICADO EN LA REGULACION DE LOS CAMBIOS DE LA TOPOLOGIA DEL LOCUS DURANTE EL DESARROLLO DE LOS TIMOCITOS. EL CONOCIMIENTO DERIVADO DE ESTE PROYECTO PODRIA DESVELAR NUEVAS CAUSAS DE INMUNODEFICIENCIAS Y LEUCEMIAS DE LINFOCITOS T. (Spanish)
0 references
THE DEVELOPMENT OF THE DIFFERENT CELL LINEAGES AND THE FORMATION OF ORGANS REQUIRES A VERY PRECISE TEMPORAL AND SPATIAL CONTROL OF THE GENIC TRANSCRIPTION, WHICH DEPENDS MAINLY ON THE ACTIVITY OF SPECIFIC REGULATORY SEQUENCES CALLED TRANSCRIPTIONAL ENHANCERS OR ENHANCERS THAT ARE PRESENT IN THE NON-CODING DNA. ENHANCERS ACTIVATE THE TRANSCRIPTION OF THEIR DIANA GENES OVER LONG DISTANCES THROUGH MOLECULAR INTERACTIONS BETWEEN TRANSCRIPTION FACTORS AND CO-ACTIVATORS UNITED TO THEMSELVES AND TRANSCRIPTIONAL PROMOTERS. FOR THE ESTABLISHMENT OF THESE MOLECULAR CONTACTS BETWEEN AN ENHANCER AND A PROMOTER, BOTH THE ORGANISATION OF THE GENOME IN TOPOLOGICALLY ASSOCIATED DOMAINS AND THE RECRUITMENT OF SPECIFIC TISSUE TRANSCRIPTION FACTORS AND THE TIME OF DEVELOPMENT TO THE ENHANCERS ARE IMPORTANT. OUR INTERESTS FOCUS ON THE REGULATION OF LOCUS TRANSCRIPTION THAT ENCODES BY THE ALPHA (A) AND DELTA (D) T-CELL RECEPTOR (TCRA/TCRD) CHAINS BY ENHANCERS. THIS LOCUS OCCUPIES 1.8 MB AND CONTAINS TWO GENES THAT ENCODE BY THE TCRA AND TCRD CHAINS OF THE T-CELL ANTIGEN RECEPTORS, TCRAB AND TCRGD. THE EXPRESSION OF THESE RECEPTORS IS NECESSARY FOR THE GENERATION OF THE TWO LINEAGES OF T LYMPHOCYTES, AB AND GD. THE GENES OF THE TCR CHAINS ARE FORMED BY ISOLATED GENICAL SEGMENTS, CALLED V, D AND J, WHICH NEED TO BE REORDERED AT THE DNA LEVEL IN THE PRECURSORS OF T LYMPHOCYTES OR THYMOCYTES, THROUGH A PROCESS CALLED RECOMBINATION V(D)J, TO GIVE RISE TO A REORDERED GENIC CONFIGURATION CAPABLE OF BEING TRANSLATED INTO A RECEPTOR CHAIN. THEREFORE, THESE GENES PASS FROM ONE UNORDERED CONFIGURATION TO ANOTHER REORDERED THROUGHOUT THE DEVELOPMENT OF THYMOCYTES. ACTIVATION OF THE V(D)J RECOMBINATION IN EACH OF THESE GENES REQUIRES THE ACTIVATION OF A SPECIFIC ENHANCER, WHOSE ACTIVATION IS HIGHLY CONTROLLED DURING CELL DEVELOPMENT. IN THE CASE OF THE TCRA GENE, RECOMBINATION VJ DEPENDS ON THE ACTIVITY OF AN ENHANCER, WHOSE ACTIVITY DOES NOT APPEAR TO BE INVOLVED IN TRANSCRIBING THE REORDERED GENE INTO MATURE AB T LYMPHOCYTES. INTERESTINGLY, THE ENHANCER THAT IS NECESSARY FOR THE VDJ RECOMMENDATION OF THE TCRD GENE IS ALSO NOT RELEVANT FOR TRANSCRIBING THE REORDERED TCRD GENE INTO MATURE GD T LYMPHOCYTES, WITH THE ENHANCER OF THE TCRA GENE BEING THE RESPONSIBLE ELEMENT FOR THIS FUNCTION. IT IS CURRENTLY UNKNOWN HOW TRANSCRIBING THE REORDERED TCRA GENE IN AB T LYMPHOCYTES IS REGULATED. THEREFORE, THE TRANSITION FROM AN UNORDERED CONFIGURATION TO A REORDERED CONFIGURATION IN EACH OF THESE GENES IS ACCOMPANIED BY A CHANGE IN THE MECHANISM FOR GENIC TRANSCRIPTION AND IN THE IMPLICATION OF DIFFERENT ENHANCERS FOR THIS PURPOSE. IN THIS PROJECT WE PROPOSE THE USE OF GENOMIC TECHNIQUES FOR RESEARCH ON THE MOLECULAR MECHANISMS INVOLVED IN THE REGULATION OF THE KNOWN ENHANCERS OF THE LOCUS TCRA/TCRD DURING THE DEVELOPMENT OF T LYMPHOCYTES, THE IDENTIFICATION OF A NEW ENHANCER THAT CAN BE RESPONSIBLE FOR TRANSCRIBING THE REORDERED TCRA GENE AND EXPRESSION OF THE TCRA CHAIN IN MATURE TAB LYMPHOCYTES, AS WELL AS THE SEARCH FOR A CELLULAR MODEL THAT ALLOWS TO STUDY THE MECHANISM INVOLVED IN THE REGULATION OF CHANGES IN THE TOPOLOGY OF THE LOCUS DURING THE DEVELOPMENT OF THYMOCYTES. THE KNOWLEDGE DERIVED FROM THIS PROJECT COULD REVEAL NEW CAUSES OF IMMUNODEFICIENCIES AND T LYMPHOCYTE LEUKEMIAS. (English)
12 October 2021
0.2308672047966297
0 references
LE DÉVELOPPEMENT DES DIFFÉRENTES LIGNÉES CELLULAIRES ET LA FORMATION D’ORGANES NÉCESSITENT UN CONTRÔLE TEMPOREL ET SPATIAL TRÈS PRÉCIS DE LA TRANSCRIPTION GÉNIQUE, QUI DÉPEND PRINCIPALEMENT DE L’ACTIVITÉ DE SÉQUENCES RÉGULATRICES SPÉCIFIQUES APPELÉES AMPLIFICATEURS TRANSCRIPTIONNELS OU AMPLIFICATEURS PRÉSENTS DANS L’ADN NON CODANT. LES ACTIVATEURS ACTIVENT LA TRANSCRIPTION DE LEURS GÈNES DIANA SUR DE LONGUES DISTANCES GRÂCE À DES INTERACTIONS MOLÉCULAIRES ENTRE LES FACTEURS DE TRANSCRIPTION ET LES CO-ACTIVATEURS UNITED À EUX-MÊMES ET LES PROMOTEURS DE TRANSCRIPTION. POUR L’ÉTABLISSEMENT DE CES CONTACTS MOLÉCULAIRES ENTRE UN ACTIVATEUR ET UN PROMOTEUR, L’ORGANISATION DU GÉNOME DANS LES DOMAINES ASSOCIÉS TOPOLOGIQUEMENT, LE RECRUTEMENT DE FACTEURS SPÉCIFIQUES DE TRANSCRIPTION TISSULAIRE ET LE TEMPS DE DÉVELOPPEMENT CHEZ LES ACTIVATEURS SONT IMPORTANTS. NOS INTÉRÊTS SE CONCENTRENT SUR LA RÉGULATION DE LA TRANSCRIPTION DU LOCUS QUI CODE PAR LES CHAÎNES ALPHA (A) ET DELTA (D) DES RÉCEPTEURS DE CELLULES T (TCRA/TCRD) PAR DES AMPLIFICATEURS. CE LOCUS OCCUPE 1,8 MB ET CONTIENT DEUX GÈNES CODÉS PAR LES CHAÎNES TCRA ET TCRD DES RÉCEPTEURS DE L’ANTIGÈNE DES CELLULES T, LE TCRAB ET LE TCRGD. L’EXPRESSION DE CES RÉCEPTEURS EST NÉCESSAIRE POUR LA GÉNÉRATION DES DEUX LIGNÉES DE LYMPHOCYTES T, AB ET GD. LES GÈNES DES CHAÎNES TCR SONT FORMÉS PAR DES SEGMENTS GENICAL ISOLÉS, APPELÉS V, D ET J, QUI DOIVENT ÊTRE RÉORGANISÉS AU NIVEAU DE L’ADN DANS LES PRÉCURSEURS DES LYMPHOCYTES T OU THYMOCYTES, PAR UN PROCESSUS APPELÉ RECOMBINAISON V(D)J, POUR DONNER NAISSANCE À UNE CONFIGURATION GÉNIQUE RÉORGANISÉE CAPABLE D’ÊTRE TRADUITE EN CHAÎNE RÉCEPTEUR. PAR CONSÉQUENT, CES GÈNES PASSENT D’UNE CONFIGURATION NON ORDONNÉE À UNE AUTRE RÉORGANISÉE TOUT AU LONG DU DÉVELOPPEMENT DES THYMOCYTES. L’ACTIVATION DE LA RECOMBINAISON V(D)J DANS CHACUN DE CES GÈNES NÉCESSITE L’ACTIVATION D’UN ACTIVATEUR SPÉCIFIQUE, DONT L’ACTIVATION EST FORTEMENT CONTRÔLÉE PENDANT LE DÉVELOPPEMENT CELLULAIRE. DANS LE CAS DU GÈNE TCRA, LA RECOMBINAISON VJ DÉPEND DE L’ACTIVITÉ D’UN ACTIVATEUR, DONT L’ACTIVITÉ NE SEMBLE PAS IMPLIQUÉE DANS LA TRANSCRIRE LE GÈNE RÉORGANISÉ EN LYMPHOCYTES AB T MATURES. FAIT INTÉRESSANT, L’AMPLIFICATEUR NÉCESSAIRE À LA RECOMMANDATION VDJ DU GÈNE TCRD N’EST PAS NON PLUS PERTINENT POUR TRANSCRIRE LE GÈNE TCRD RÉORGANISÉ EN LYMPHOCYTES GD T MATURES, L’AMPLIFICATEUR DU GÈNE TCRA ÉTANT L’ÉLÉMENT RESPONSABLE DE CETTE FONCTION. ON IGNORE ACTUELLEMENT COMMENT LA TRANSCRIPTION DU GÈNE TCRA RÉORGANISÉ DANS LES LYMPHOCYTES AB T EST RÉGULÉE. PAR CONSÉQUENT, LA TRANSITION D’UNE CONFIGURATION NON ORDONNÉE À UNE CONFIGURATION RÉORGANISÉE DANS CHACUN DE CES GÈNES S’ACCOMPAGNE D’UNE MODIFICATION DU MÉCANISME DE TRANSCRIPTION GÉNIQUE ET DE L’IMPLICATION DE DIFFÉRENTS ACTIVATEURS À CET EFFET. DANS CE PROJET, NOUS PROPOSONS L’UTILISATION DE TECHNIQUES GÉNOMIQUES POUR LA RECHERCHE SUR LES MÉCANISMES MOLÉCULAIRES IMPLIQUÉS DANS LA RÉGULATION DES AMPLIFICATEURS CONNUS DU LOCUS TCRA/TCRD PENDANT LE DÉVELOPPEMENT DES LYMPHOCYTES T, L’IDENTIFICATION D’UN NOUVEL AMPLIFICATEUR QUI PEUT ÊTRE RESPONSABLE DE LA TRANSCRIPTION DU GÈNE TCRA RÉORGANISÉ ET L’EXPRESSION DE LA CHAÎNE TCRA DANS LES LYMPHOCYTES MATURES, AINSI QUE LA RECHERCHE D’UN MODÈLE CELLULAIRE QUI PERMET D’ÉTUDIER LE MÉCANISME IMPLIQUÉ DANS LA RÉGULATION DES CHANGEMENTS DANS LA TOPOLOGIE DU LOCUS PENDANT LE DÉVELOPPEMENT DES THYMOCYTES. LES CONNAISSANCES TIRÉES DE CE PROJET POURRAIENT RÉVÉLER DE NOUVELLES CAUSES D’IMMUNODÉFICIENCES ET DE LEUCÉMIES LYMPHOCYTAIRES. (French)
2 December 2021
0 references
DIE ENTWICKLUNG DER VERSCHIEDENEN ZELLLINIEN UND DIE BILDUNG VON ORGANEN ERFORDERT EINE SEHR GENAUE ZEITLICHE UND RÄUMLICHE KONTROLLE DER GEN-TRANSKRIPTION, DIE VOR ALLEM VON DER AKTIVITÄT SPEZIFISCHER REGULATORISCHER SEQUENZEN ABHÄNGT, DIE TRANSKRIPTIONSVERSTÄRKER ODER ENHANCER GENANNT WERDEN, DIE IN DER NICHTKODIERENDEN DNA VORHANDEN SIND. ENHANCER AKTIVIEREN DIE TRANSKRIPTION IHRER DIANA-GENE ÜBER WEITE ENTFERNUNGEN DURCH MOLEKULARE WECHSELWIRKUNGEN ZWISCHEN TRANSKRIPTIONSFAKTOREN UND CO-AKTIVATOREN, DIE SICH SELBST UND TRANSKRIPTIONSFÖRDERERN VERBINDEN. FÜR DIE HERSTELLUNG DIESER MOLEKULAREN KONTAKTE ZWISCHEN EINEM ENHANCER UND EINEM FÖRDERER SIND SOWOHL DIE ORGANISATION DES GENOMS IN TOPOLOGISCH ASSOZIIERTEN BEREICHEN ALS AUCH DIE REKRUTIERUNG SPEZIFISCHER GEWEBETRANSKRIPTIONSFAKTOREN UND DIE ZEIT DER ENTWICKLUNG FÜR DIE ENHANCER WICHTIG. UNSERE INTERESSEN KONZENTRIEREN SICH AUF DIE VERORDNUNG DER LOKUS TRANSKRIPTION, DIE DURCH DIE KETTE VON ALPHA (A) UND DELTA (D) T-ZELL-REZEPTOR (TCRA/TCRD) DURCH VERSTÄRKER KODIERT. DIESER ORT NIMMT 1,8 MB EIN UND ENTHÄLT ZWEI GENE, DIE DURCH DIE TCRA- UND TCRD-KETTEN DER T-ZELL-ANTIGENREZEPTOREN, TCRAB UND TCRGD KODIEREN. DIE EXPRESSION DIESER REZEPTOREN IST FÜR DIE ERZEUGUNG DER BEIDEN LINIEN VON T LYMPHOZYTEN, AB UND GD NOTWENDIG. DIE GENE DER TCR-KETTEN WERDEN DURCH ISOLIERTE GENICAL-SEGMENTE, GENANNT V, D UND J, GEBILDET, DIE AUF DNA-EBENE IN DEN VORLÄUFERN VON T-LYMPHOZYTEN ODER THYMOZYTEN NEU GEORDNET WERDEN MÜSSEN, DURCH EINEN PROZESS NAMENS REKOMBINATION V(D)J, UM ZU EINER NEU GEORDNETEN GENKONFIGURATION ZU GELANGEN, DIE IN EINE REZEPTORKETTE ÜBERSETZT WERDEN KANN. DAHER GEHEN DIESE GENE VON EINER UNGEORDNETEN KONFIGURATION ZU EINER ANDEREN WÄHREND DER ENTWICKLUNG VON THYMOZYTEN NEU GEORDNET. DIE AKTIVIERUNG DER V(D)J-REKOMBINATION IN JEDEM DIESER GENE ERFORDERT DIE AKTIVIERUNG EINES SPEZIFISCHEN ENHANCERS, DESSEN AKTIVIERUNG WÄHREND DER ZELLENTWICKLUNG STARK KONTROLLIERT WIRD. IM FALLE DES TCRA-GENS HÄNGT DIE REKOMBINATION VJ VON DER AKTIVITÄT EINES ENHANCERS AB, DESSEN AKTIVITÄT NICHT AN DER TRANSKRIBIERUNG DES NEU GEORDNETEN GENS IN REIFE AB-T-LYMPHOZYTEN BETEILIGT ZU SEIN SCHEINT. INTERESSANTERWEISE IST DER FÜR DIE VDJ-EMPFEHLUNG DES TCRD-GENS NOTWENDIGE ENHANCER AUCH FÜR DIE TRANSKRIBIERUNG DES NEU GEORDNETEN TCRD-GENS IN REIFE GD T-LYMPHOZYTEN NICHT RELEVANT, WOBEI DER VERSTÄRKER DES TCRA-GENS DAS VERANTWORTLICHE ELEMENT FÜR DIESE FUNKTION IST. ES IST DERZEIT NICHT BEKANNT, WIE DIE TRANSKRIBIERUNG DES NEU GEORDNETEN TCRA-GENS IN AB-T-LYMPHOZYTEN REGULIERT WIRD. DAHER WIRD DER ÜBERGANG VON EINER UNGEORDNETEN KONFIGURATION ZU EINER NEU GEORDNETEN KONFIGURATION IN JEDEM DIESER GENE BEGLEITET VON EINER ÄNDERUNG DES MECHANISMUS FÜR DIE GENETISCHE TRANSKRIPTION UND IN DER IMPLIKATION VERSCHIEDENER VERSTÄRKER FÜR DIESEN ZWECK. IN DIESEM PROJEKT SCHLAGEN WIR DEN EINSATZ GENOMISCHER TECHNIKEN FÜR DIE ERFORSCHUNG DER MOLEKULAREN MECHANISMEN VOR, DIE AN DER VERORDNUNG DER BEKANNTEN ENHANCER DES LOCUS TCRA/TCRD WÄHREND DER ENTWICKLUNG VON T-LYMPHOZYTEN BETEILIGT SIND, DIE IDENTIFIZIERUNG EINES NEUEN ENHANCERS, DER FÜR DIE TRANSKRIBIERUNG DES NEU GEORDNETEN TCRA-GENS UND DER EXPRESSION DER TCRA-KETTE IN REIFEN TAB-LYMPHOZYTEN VERANTWORTLICH SEIN KANN, SOWIE DIE SUCHE NACH EINEM ZELLULÄREN MODELL, DAS ES ERMÖGLICHT, DEN MECHANISMUS ZU UNTERSUCHEN, DER BEI DER ENTWICKLUNG VON THYMOZYTEN DEN AN DER REGULIERUNG VON VERÄNDERUNGEN IN DER TOPOLOGIE DES LOKUS BETEILIGTEN MECHANISMUS UNTERSUCHT. DAS AUS DIESEM PROJEKT GEWONNENE WISSEN KÖNNTE NEUE URSACHEN FÜR IMMUNSCHWÄCHEN UND T LYMPHOZYTENLEUKÄMIEN AUFZEIGEN. (German)
9 December 2021
0 references
DE ONTWIKKELING VAN DE VERSCHILLENDE CELLIJNEN EN DE VORMING VAN ORGANEN VEREIST EEN ZEER NAUWKEURIGE TEMPORELE EN RUIMTELIJKE CONTROLE VAN DE GENIC TRANSCRIPTIE, DIE VOORNAMELIJK AFHANGT VAN DE ACTIVITEIT VAN SPECIFIEKE REGELGEVENDE SEQUENTIES GENAAMD TRANSCRIPTIONAL ENHANCERS OF ENHANCERS DIE AANWEZIG ZIJN IN HET NIET-CODERENDE DNA. VERSTERKERS ACTIVEREN DE TRANSCRIPTIE VAN HUN DIANA GENEN OVER LANGE AFSTANDEN DOOR MOLECULAIRE INTERACTIES TUSSEN TRANSCRIPTIEFACTOREN EN CO-ACTIVATORS UNITED AAN ZICHZELF EN TRANSCRIPTIONELE PROMOTORS. VOOR DE TOTSTANDBRENGING VAN DEZE MOLECULAIRE CONTACTEN TUSSEN EEN VERSTERKER EN EEN PROMOTOR ZIJN ZOWEL DE ORGANISATIE VAN HET GENOOM IN TOPOLOGISCH GEASSOCIEERDE DOMEINEN ALS DE REKRUTERING VAN SPECIFIEKE WEEFSELTRANSCRIPTIEFACTOREN EN HET TIJDSTIP VAN ONTWIKKELING NAAR DE ENHANCERS BELANGRIJK. ONZE BELANGEN RICHTEN ZICH OP DE REGELING VAN LOCUS TRANSCRIPTIE DIE CODEERT DOOR DE ALFA (A) EN DELTA (D) T-CEL RECEPTOR (TCRA/TCRD) KETENS DOOR ENHANCERS. DEZE LOCUS NEEMT 1,8 MB IN BESLAG EN BEVAT TWEE GENEN DIE CODEREN DOOR DE TCRA- EN TCRD-KETENS VAN DE T-CEL ANTIGEENRECEPTOREN, TCRAB EN TCRGD. DE EXPRESSIE VAN DEZE RECEPTOREN IS NOODZAKELIJK VOOR DE GENERATIE VAN DE TWEE GESLACHTEN VAN T LYMFOCYTEN, AB EN GD. DE GENEN VAN DE TCR-KETENS WORDEN GEVORMD DOOR GEÏSOLEERDE GENICAL-SEGMENTEN, GENAAMD V, D EN J, DIE OP DNA-NIVEAU IN DE VOORLOPERS VAN T LYMFOCYTEN OF THYMOCYTEN MOETEN WORDEN GEORDEND, DOOR MIDDEL VAN EEN PROCES DAT RECOMBINATIE V(D)J WORDT GENOEMD, OM TOT EEN HERORDENDE GENICCONFIGURATIE TE LEIDEN DIE IN EEN RECEPTORKETEN KAN WORDEN VERTAALD. DAAROM GAAN DEZE GENEN VAN DE ENE ONGEORDENDE CONFIGURATIE NAAR DE ANDERE OVER TIJDENS DE ONTWIKKELING VAN THYMOCYTEN. DE ACTIVERING VAN DE V(D)J-RECOMBINATIE IN ELK VAN DEZE GENEN VEREIST DE ACTIVERING VAN EEN SPECIFIEKE VERSTERKER, WAARVAN DE ACTIVERING TIJDENS CELONTWIKKELING HOOGST GECONTROLEERD WORDT. IN HET GEVAL VAN HET TCRA-GEN IS RECOMBINATIE VJ AFHANKELIJK VAN DE ACTIVITEIT VAN EEN VERSTERKER, WAARVAN DE ACTIVITEIT NIET BETROKKEN LIJKT TE ZIJN BIJ HET TRANSCRIBEREN VAN HET HERORDENDE GEN IN VOLWASSEN AB T LYMFOCYTEN. INTERESSANT IS DAT DE VERSTERKER DIE NODIG IS VOOR DE VDJ-AANBEVELING VAN HET TCRD-GEN OOK NIET RELEVANT IS VOOR HET TRANSCRIBEREN VAN HET HERORDENDE TCRD-GEN IN VOLWASSEN GD T LYMFOCYTEN, WAARBIJ DE ENHANCER VAN HET TCRA-GEN HET VERANTWOORDELIJKE ELEMENT VOOR DEZE FUNCTIE IS. HET IS MOMENTEEL NIET BEKEND HOE HET TRANSCRIBEREN VAN HET HERORDENDE TCRA-GEN IN AB T LYMFOCYTEN GEREGULEERD IS. DAAROM GAAT DE OVERGANG VAN EEN ONGEORDENDE CONFIGURATIE NAAR EEN HERORDENDE CONFIGURATIE IN ELK VAN DEZE GENEN GEPAARD MET EEN VERANDERING IN HET MECHANISME VOOR GENIC TRANSCRIPTIE EN IN DE IMPLICATIE VAN VERSCHILLENDE ENHANCERS VOOR DIT DOEL. IN DIT PROJECT STELLEN WE HET GEBRUIK VOOR VAN GENOMISCHE TECHNIEKEN VOOR ONDERZOEK NAAR DE MOLECULAIRE MECHANISMEN DIE BETROKKEN ZIJN BIJ DE VERORDENING VAN DE BEKENDE VERSTERKERS VAN DE LOCUS TCRA/TCRD TIJDENS DE ONTWIKKELING VAN T LYMFOCYTEN, DE IDENTIFICATIE VAN EEN NIEUWE VERSTERKER DIE VERANTWOORDELIJK KAN ZIJN VOOR HET TRANSCRIBEREN VAN HET HERORDENDE TCRA-GEN EN DE EXPRESSIE VAN DE TCRA-KETEN IN RIJPE TABLYMFOCYTEN, EVENALS HET ZOEKEN NAAR EEN CELLULAIR MODEL DAT HET MOGELIJK MAAKT OM HET MECHANISME TE BESTUDEREN DAT BETROKKEN IS BIJ DE REGULERING VAN VERANDERINGEN IN DE TOPOLOGIE VAN DE LOCUS TIJDENS DE ONTWIKKELING VAN THYMOCYTEN. DE KENNIS VAN DIT PROJECT ZOU NIEUWE OORZAKEN VAN IMMUNODEFICIËNTIE EN T LYMFOCYTE LEUKMIAS KUNNEN ONTHULLEN. (Dutch)
17 December 2021
0 references
LO SVILUPPO DEI DIVERSI LIGNAGGI CELLULARI E LA FORMAZIONE DI ORGANI RICHIEDE UN CONTROLLO TEMPORALE E SPAZIALE MOLTO PRECISO DELLA TRASCRIZIONE GENETICA, CHE DIPENDE PRINCIPALMENTE DALL'ATTIVITÀ DI SPECIFICHE SEQUENZE NORMATIVE CHIAMATE POTENZIATORI TRASCRIZIONALI O POTENZIATORI PRESENTI NEL DNA NON CODIFICANTE. I POTENZIATORI ATTIVANO LA TRASCRIZIONE DEI LORO GENI DIANA SU LUNGHE DISTANZE ATTRAVERSO INTERAZIONI MOLECOLARI TRA FATTORI DI TRASCRIZIONE E CO-ATTIVATORI UNITI A SE STESSI E PROMOTORI TRASCRIZIONALI. PER STABILIRE QUESTI CONTATTI MOLECOLARI TRA UN POTENZIATORE E UN PROMOTORE, SONO IMPORTANTI SIA L'ORGANIZZAZIONE DEL GENOMA NEI DOMINI TOPOLOGICAMENTE ASSOCIATI, SIA IL RECLUTAMENTO DI SPECIFICI FATTORI DI TRASCRIZIONE TISSUTALE E IL TEMPO DI SVILUPPO PER GLI ESALTATORI. I NOSTRI INTERESSI SI CONCENTRANO SULLA REGOLAZIONE DELLA TRASCRIZIONE LOCUS CHE CODIFICA DALLE CATENE ALFA (A) E DEL DELTA (D) DEL RECETTORE DELLE CELLULE T (TCRA/TCRD) DAGLI POTENZIATORI. QUESTO LOCUS OCCUPA 1,8 MB E CONTIENE DUE GENI CHE CODIFICANO DALLE CATENE TCRA E TCRD DEI RECETTORI DELL'ANTIGENE DELLE CELLULE T, TCRAB E TCRGD. L'ESPRESSIONE DI QUESTI RECETTORI È NECESSARIA PER LA GENERAZIONE DEI DUE LINFOCITI T, AB E GD. I GENI DELLE CATENE TCR SONO FORMATI DA SEGMENTI GENICAL ISOLATI, CHIAMATI V, D E J, CHE DEVONO ESSERE RIORDINATI A LIVELLO DI DNA NEI PRECURSORI DEI LINFOCITI T O DEI TIMOCITI, ATTRAVERSO UN PROCESSO CHIAMATO RICOMBINAZIONE V(D)J, PER DARE LUOGO AD UNA CONFIGURAZIONE GENETICA RIORDINATA CAPACE DI ESSERE TRADOTTA IN UNA CATENA DI RECETTORI. PERTANTO, QUESTI GENI PASSANO DA UNA CONFIGURAZIONE NON ORDINATA A UN'ALTRA RIORDINATA DURANTE LO SVILUPPO DEI TIMOCITI. L'ATTIVAZIONE DELLA RICOMBINAZIONE V(D)J IN CIASCUNO DI QUESTI GENI RICHIEDE L'ATTIVAZIONE DI UNO SPECIFICO POTENZIATORE, LA CUI ATTIVAZIONE È ALTAMENTE CONTROLLATA DURANTE LO SVILUPPO CELLULARE. NEL CASO DEL GENE TCRA, LA RICOMBINAZIONE VJ DIPENDE DALL'ATTIVITÀ DI UN POTENZIATORE, LA CUI ATTIVITÀ NON SEMBRA ESSERE COINVOLTA NELLA TRASCRIZIONE DEL GENE RIORDINATO IN LINFOCITI ABT MATURI. È INTERESSANTE NOTARE CHE IL POTENZIATORE CHE È NECESSARIO PER LA RACCOMANDAZIONE VDJ DEL GENE TCRD NON È RILEVANTE ANCHE PER TRASCRIVERE IL GENE TCRD RIORDINATO IN LINFOCITI GD T MATURI, CON IL POTENZIATORE DEL GENE TCRA È L'ELEMENTO RESPONSABILE DI QUESTA FUNZIONE. ATTUALMENTE NON È NOTO COME SIA REGOLATA LA TRASCRIZIONE DEL GENE TCRA RIORDINATO NEI LINFOCITI AB T. PERTANTO, LA TRANSIZIONE DA UNA CONFIGURAZIONE NON ORDINATA A UNA CONFIGURAZIONE RIORDINATA IN CIASCUNO DI QUESTI GENI È ACCOMPAGNATA DA UN CAMBIAMENTO NEL MECCANISMO PER LA TRASCRIZIONE GENETICA E NELL'IMPLICAZIONE DI DIVERSI POTENZIATORI A TAL FINE. IN QUESTO PROGETTO PROPONIAMO L'USO DI TECNICHE GENOMICHE PER LA RICERCA SUI MECCANISMI MOLECOLARI COINVOLTI NELLA REGOLAZIONE DEI NOTI POTENZIATORI DEL LOCUS TCRA/TCRD DURANTE LO SVILUPPO DEI LINFOCITI T, L'IDENTIFICAZIONE DI UN NUOVO POTENZIATORE CHE POSSA ESSERE RESPONSABILE DELLA TRASCRIZIONE DEL GENE TCRA RIORDINATO E DELL'ESPRESSIONE DELLA CATENA TCRA NEI LINFOCITI A TABA MATURA, NONCHÉ LA RICERCA DI UN MODELLO CELLULARE CHE CONSENTA DI STUDIARE IL MECCANISMO COINVOLTO NELLA REGOLAZIONE DEI CAMBIAMENTI NELLA TOPOLOGIA DEL LOCUS DURANTE LO SVILUPPO DEI TIMOCITI. LE CONOSCENZE DERIVATE DA QUESTO PROGETTO POTREBBERO RIVELARE NUOVE CAUSE DI IMMUNODEFICIENZE E LEUCEMIA LINFOCITI T. (Italian)
16 January 2022
0 references
Η ΑΝΆΠΤΥΞΗ ΤΩΝ ΔΙΑΦΌΡΩΝ ΚΥΤΤΑΡΙΚΏΝ ΓΕΝΕΏΝ ΚΑΙ Ο ΣΧΗΜΑΤΙΣΜΌΣ ΟΡΓΆΝΩΝ ΑΠΑΙΤΕΊ ΈΝΑΝ ΠΟΛΎ ΑΚΡΙΒΉ ΧΡΟΝΙΚΌ ΚΑΙ ΧΩΡΟΤΑΞΙΚΌ ΈΛΕΓΧΟ ΤΗΣ ΓΟΝΙΚΉΣ ΜΕΤΑΓΡΑΦΉΣ, Η ΟΠΟΊΑ ΕΞΑΡΤΆΤΑΙ ΚΥΡΊΩΣ ΑΠΌ ΤΗ ΔΡΑΣΤΗΡΙΌΤΗΤΑ ΣΥΓΚΕΚΡΙΜΈΝΩΝ ΡΥΘΜΙΣΤΙΚΏΝ ΑΛΛΗΛΟΥΧΙΏΝ ΠΟΥ ΟΝΟΜΆΖΟΝΤΑΙ ΜΕΤΑΓΡΑΦΙΚΟΊ ΕΝΙΣΧΥΤΈΣ Ή ΕΝΙΣΧΥΤΈΣ ΠΟΥ ΥΠΆΡΧΟΥΝ ΣΤΟ ΜΗ ΚΩΔΙΚΟΠΟΙΗΤΙΚΌ DNA. ΟΙ ΕΝΙΣΧΥΤΈΣ ΕΝΕΡΓΟΠΟΙΟΎΝ ΤΗ ΜΕΤΑΓΡΑΦΉ ΤΩΝ ΓΟΝΙΔΊΩΝ DIANA ΤΟΥΣ ΣΕ ΜΕΓΆΛΕΣ ΑΠΟΣΤΆΣΕΙΣ ΜΈΣΩ ΜΟΡΙΑΚΏΝ ΑΛΛΗΛΕΠΙΔΡΆΣΕΩΝ ΜΕΤΑΞΎ ΤΩΝ ΜΕΤΑΓΡΑΦΙΚΏΝ ΠΑΡΑΓΌΝΤΩΝ ΚΑΙ ΤΩΝ ΣΥΝΕΝΕΡΓΟΠΟΙΗΤΏΝ ΕΝΩΜΈΝΟΙ ΣΤΟΥΣ ΕΑΥΤΟΎΣ ΤΟΥΣ ΚΑΙ ΣΤΟΥΣ ΜΕΤΑΓΡΑΦΙΚΟΎΣ ΥΠΟΣΤΗΡΙΚΤΈΣ. ΓΙΑ ΤΗ ΔΗΜΙΟΥΡΓΊΑ ΑΥΤΏΝ ΤΩΝ ΜΟΡΙΑΚΏΝ ΕΠΑΦΏΝ ΜΕΤΑΞΎ ΕΝΌΣ ΕΝΙΣΧΥΤΉ ΚΑΙ ΕΝΌΣ ΥΠΟΚΙΝΗΤΉ, ΤΌΣΟ Η ΟΡΓΆΝΩΣΗ ΤΟΥ ΓΟΝΙΔΙΏΜΑΤΟΣ ΣΕ ΤΟΠΟΛΟΓΙΚΆ ΣΥΝΔΕΔΕΜΈΝΟΥΣ ΤΟΜΕΊΣ ΌΣΟ ΚΑΙ Η ΠΡΌΣΛΗΨΗ ΕΙΔΙΚΏΝ ΠΑΡΑΓΌΝΤΩΝ ΜΕΤΑΓΡΑΦΉΣ ΙΣΤΏΝ ΚΑΙ Ο ΧΡΌΝΟΣ ΑΝΆΠΤΥΞΗΣ ΣΤΟΥΣ ΕΝΙΣΧΥΤΈΣ ΕΊΝΑΙ ΣΗΜΑΝΤΙΚΈΣ. ΤΑ ΕΝΔΙΑΦΈΡΟΝΤΆ ΜΑΣ ΕΠΙΚΕΝΤΡΏΝΟΝΤΑΙ ΣΤΟΝ ΚΑΝΟΝΙΣΜΌ ΜΕΤΑΓΡΑΦΉΣ ΤΌΠΟΥ ΠΟΥ ΚΩΔΙΚΟΠΟΙΕΊΤΑΙ ΜΕ ΤΙΣ ΑΛΥΣΊΔΕΣ ΔΈΛΤΑ (Α) ΚΑΙ ΔΈΛΤΑ (Δ) ΔΈΛΤΑ-ΚΥΤΤΆΡΩΝ (TCRA/TCRD) ΑΠΌ ΕΝΙΣΧΥΤΈΣ. ΑΥΤΌΣ Ο ΤΌΠΟΣ ΚΑΤΑΛΑΜΒΆΝΕΙ 1,8 MB ΚΑΙ ΠΕΡΙΈΧΕΙ ΔΎΟ ΓΟΝΊΔΙΑ ΠΟΥ ΚΩΔΙΚΟΠΟΙΟΎΝΤΑΙ ΑΠΌ ΤΙΣ ΑΛΥΣΊΔΕΣ TCRA ΚΑΙ TCRD ΤΩΝ ΥΠΟΔΟΧΈΩΝ ΑΝΤΙΓΌΝΩΝ T-ΚΥΤΤΆΡΩΝ, TCRAB ΚΑΙ TCRGD. Η ΈΚΦΡΑΣΗ ΑΥΤΏΝ ΤΩΝ ΥΠΟΔΟΧΈΩΝ ΕΊΝΑΙ ΑΠΑΡΑΊΤΗΤΗ ΓΙΑ ΤΗΝ ΠΑΡΑΓΩΓΉ ΤΩΝ ΔΎΟ ΓΕΝΕΏΝ ΤΩΝ T ΛΕΜΦΟΚΥΤΤΆΡΩΝ, AB ΚΑΙ GD. ΤΑ ΓΟΝΊΔΙΑ ΤΩΝ ΑΛΥΣΊΔΩΝ TCR ΣΧΗΜΑΤΊΖΟΝΤΑΙ ΑΠΌ ΑΠΟΜΟΝΩΜΈΝΑ ΤΜΉΜΑΤΑ GENICAL, ΤΑ ΟΠΟΊΑ ΟΝΟΜΆΖΟΝΤΑΙ V, D ΚΑΙ J, ΤΑ ΟΠΟΊΑ ΠΡΈΠΕΙ ΝΑ ΑΝΑΔΙΑΤΑΧΘΟΎΝ ΣΕ ΕΠΊΠΕΔΟ DNA ΣΤΙΣ ΠΡΌΔΡΟΜΕΣ ΟΥΣΊΕΣ ΤΩΝ T ΛΕΜΦΟΚΥΤΤΆΡΩΝ Ή ΤΩΝ ΘΥΜΟΚΥΤΤΆΡΩΝ, ΜΈΣΩ ΜΙΑΣ ΔΙΑΔΙΚΑΣΊΑΣ ΠΟΥ ΟΝΟΜΆΖΕΤΑΙ ΑΝΑΣΥΝΔΥΑΣΜΌΣ V(D)J, ΓΙΑ ΝΑ ΔΗΜΙΟΥΡΓΗΘΕΊ ΜΙΑ ΑΝΑΔΙΟΡΓΑΝΩΜΈΝΗ ΓΕΩΛΟΓΙΚΉ ΔΙΑΜΌΡΦΩΣΗ ΙΚΑΝΉ ΝΑ ΜΕΤΑΦΡΑΣΤΕΊ ΣΕ ΜΙΑ ΑΛΥΣΊΔΑ ΥΠΟΔΟΧΈΑ. ΩΣ ΕΚ ΤΟΎΤΟΥ, ΑΥΤΆ ΤΑ ΓΟΝΊΔΙΑ ΠΕΡΝΟΎΝ ΑΠΌ ΜΙΑ ΑΝΕΠΙΘΎΜΗΤΗ ΔΙΑΜΌΡΦΩΣΗ ΣΕ ΆΛΛΗ ΑΝΑΔΙΑΤΑΓΜΈΝΗ ΚΑΘ’ ΌΛΗ ΤΗ ΔΙΆΡΚΕΙΑ ΤΗΣ ΑΝΆΠΤΥΞΗΣ ΤΩΝ ΘΥΜΟΚΥΤΤΆΡΩΝ. Η ΕΝΕΡΓΟΠΟΊΗΣΗ ΤΟΥ ΑΝΑΣΥΝΔΥΑΣΜΟΎ V(D)J ΣΕ ΚΑΘΈΝΑ ΑΠΌ ΑΥΤΆ ΤΑ ΓΟΝΊΔΙΑ ΑΠΑΙΤΕΊ ΤΗΝ ΕΝΕΡΓΟΠΟΊΗΣΗ ΕΝΌΣ ΣΥΓΚΕΚΡΙΜΈΝΟΥ ΕΝΙΣΧΥΤΉ, ΤΟΥ ΟΠΟΊΟΥ Η ΕΝΕΡΓΟΠΟΊΗΣΗ ΕΛΈΓΧΕΤΑΙ ΣΕ ΜΕΓΆΛΟ ΒΑΘΜΌ ΚΑΤΆ ΤΗΝ ΑΝΆΠΤΥΞΗ ΤΩΝ ΚΥΤΤΆΡΩΝ. ΣΤΗΝ ΠΕΡΊΠΤΩΣΗ ΤΟΥ ΓΟΝΙΔΊΟΥ TCRA, Ο ΑΝΑΣΥΝΔΥΑΣΜΌΣ VJ ΕΞΑΡΤΆΤΑΙ ΑΠΌ ΤΗ ΔΡΑΣΤΗΡΙΌΤΗΤΑ ΕΝΌΣ ΕΝΙΣΧΥΤΉ, ΤΟΥ ΟΠΟΊΟΥ Η ΔΡΑΣΤΗΡΙΌΤΗΤΑ ΔΕΝ ΦΑΊΝΕΤΑΙ ΝΑ ΕΜΠΛΈΚΕΤΑΙ ΣΤΗ ΜΕΤΑΓΡΑΦΉ ΤΟΥ ΑΝΑΔΙΟΡΓΑΝΩΜΈΝΟΥ ΓΟΝΙΔΊΟΥ ΣΕ ΏΡΙΜΑ ΛΕΜΦΟΚΎΤΤΑΡΑ ΑΒ. ΕΊΝΑΙ ΕΝΔΙΑΦΈΡΟΝ ΌΤΙ Ο ΕΝΙΣΧΥΤΉΣ ΠΟΥ ΕΊΝΑΙ ΑΠΑΡΑΊΤΗΤΟΣ ΓΙΑ ΤΗ ΣΎΣΤΑΣΗ VDJ ΤΟΥ ΓΟΝΙΔΊΟΥ TCRD ΕΠΊΣΗΣ ΔΕΝ ΈΧΕΙ ΣΗΜΑΣΊΑ ΓΙΑ ΤΗ ΜΕΤΑΤΡΟΠΉ ΤΟΥ ΑΝΑΔΙΟΡΓΑΝΩΜΈΝΟΥ ΓΟΝΙΔΊΟΥ TCRD ΣΕ ΏΡΙΜΑ ΛΕΜΦΟΚΎΤΤΑΡΑ GD, ΜΕ ΤΟΝ ΕΝΙΣΧΥΤΉ ΤΟΥ ΓΟΝΙΔΊΟΥ TCRA ΝΑ ΑΠΟΤΕΛΕΊ ΤΟ ΥΠΕΎΘΥΝΟ ΣΤΟΙΧΕΊΟ ΓΙΑ ΤΗ ΛΕΙΤΟΥΡΓΊΑ ΑΥΤΉ. ΕΠΊ ΤΟΥ ΠΑΡΌΝΤΟΣ ΕΊΝΑΙ ΆΓΝΩΣΤΟ ΠΏΣ ΡΥΘΜΊΖΕΤΑΙ Η ΜΕΤΑΓΡΑΦΉ ΤΟΥ ΑΝΑΣΥΣΤΑΘΈΝΤΟΣ ΓΟΝΙΔΊΟΥ TCRA ΣΤΑ ΛΕΜΦΟΚΎΤΤΑΡΑ ΑΒ. ΩΣ ΕΚ ΤΟΎΤΟΥ, Η ΜΕΤΆΒΑΣΗ ΑΠΌ ΜΙΑ ΑΣΥΝΑΓΏΝΙΣΤΗ ΔΙΑΜΌΡΦΩΣΗ ΣΕ ΜΙΑ ΑΝΑΔΙΑΤΑΓΜΈΝΗ ΔΙΑΜΌΡΦΩΣΗ ΣΕ ΚΑΘΈΝΑ ΑΠΌ ΑΥΤΆ ΤΑ ΓΟΝΊΔΙΑ ΣΥΝΟΔΕΎΕΤΑΙ ΑΠΌ ΜΙΑ ΑΛΛΑΓΉ ΣΤΟ ΜΗΧΑΝΙΣΜΌ ΓΙΑ ΤΗ ΓΟΝΙΚΉ ΜΕΤΑΓΡΑΦΉ ΚΑΙ ΣΤΗΝ ΕΠΑΓΩΓΉ ΔΙΑΦΟΡΕΤΙΚΏΝ ΕΝΙΣΧΥΤΏΝ ΓΙΑ ΤΟ ΣΚΟΠΌ ΑΥΤΌ. ΣΕ ΑΥΤΌ ΤΟ ΈΡΓΟ ΠΡΟΤΕΊΝΟΥΜΕ ΤΗ ΧΡΉΣΗ ΓΟΝΙΔΙΩΜΑΤΙΚΏΝ ΤΕΧΝΙΚΏΝ ΓΙΑ ΤΗΝ ΈΡΕΥΝΑ ΣΧΕΤΙΚΆ ΜΕ ΤΟΥΣ ΜΟΡΙΑΚΟΎΣ ΜΗΧΑΝΙΣΜΟΎΣ ΠΟΥ ΕΜΠΛΈΚΟΝΤΑΙ ΣΤΟΝ ΚΑΝΟΝΙΣΜΌ ΤΩΝ ΓΝΩΣΤΏΝ ΕΝΙΣΧΥΤΏΝ ΤΟΥ ΤΌΠΟΥ TCRA/TCRD ΚΑΤΆ ΤΗΝ ΑΝΆΠΤΥΞΗ Τ ΛΕΜΦΟΚΥΤΤΆΡΩΝ, ΤΗΝ ΤΑΥΤΟΠΟΊΗΣΗ ΕΝΌΣ ΝΈΟΥ ΕΝΙΣΧΥΤΉ ΠΟΥ ΜΠΟΡΕΊ ΝΑ ΕΊΝΑΙ ΥΠΕΎΘΥΝΟΣ ΓΙΑ ΤΗ ΜΕΤΑΓΡΑΦΉ ΤΟΥ ΑΝΑΔΙΟΡΓΑΝΩΜΈΝΟΥ ΓΟΝΙΔΊΟΥ TCRA ΚΑΙ ΤΗΝ ΈΚΦΡΑΣΗ ΤΗΣ ΑΛΥΣΊΔΑΣ TCRA ΣΕ ΏΡΙΜΑ ΛΕΜΦΟΚΎΤΤΑΡΑ, ΚΑΘΏΣ ΚΑΙ ΤΗΝ ΑΝΑΖΉΤΗΣΗ ΕΝΌΣ ΚΥΤΤΑΡΙΚΟΎ ΜΟΝΤΈΛΟΥ ΠΟΥ ΕΠΙΤΡΈΠΕΙ ΤΗ ΜΕΛΈΤΗ ΤΟΥ ΜΗΧΑΝΙΣΜΟΎ ΠΟΥ ΕΜΠΛΈΚΕΤΑΙ ΣΤΟΝ ΚΑΝΟΝΙΣΜΌ ΑΛΛΑΓΏΝ ΣΤΗΝ ΤΟΠΟΛΟΓΊΑ ΤΟΥ ΤΌΠΟΥ ΚΑΤΆ ΤΗΝ ΑΝΆΠΤΥΞΗ ΤΩΝ ΘΥΜΟΚΥΤΤΆΡΩΝ. ΟΙ ΓΝΏΣΕΙΣ ΠΟΥ ΠΡΟΚΎΠΤΟΥΝ ΑΠΌ ΤΟ ΈΡΓΟ ΑΥΤΌ ΘΑ ΜΠΟΡΟΎΣΑΝ ΝΑ ΑΠΟΚΑΛΎΨΟΥΝ ΝΈΕΣ ΑΙΤΊΕΣ ΑΝΟΣΟΑΝΕΠΆΡΚΕΙΑΣ ΚΑΙ ΛΕΥΧΑΙΜΊΑΣ ΤΩΝ ΛΕΜΦΟΚΥΤΤΆΡΩΝ. (Greek)
17 August 2022
0 references
UDVIKLINGEN AF DE FORSKELLIGE CELLEAFSTAMNINGER OG DANNELSEN AF ORGANER KRÆVER EN MEGET PRÆCIS TIDSMÆSSIG OG RUMLIG KONTROL AF DEN GENISKE TRANSSKRIPTION, SOM HOVEDSAGELIG AFHÆNGER AF AKTIVITETEN AF SPECIFIKKE REGULATORISKE SEKVENSER KALDET TRANSSKRIPTIONELLE FORSTÆRKERE ELLER FORSTÆRKERE, DER ER TIL STEDE I DET IKKE-KODENDE DNA. FORSTÆRKERE AKTIVERER TRANSSKRIPTIONEN AF DERES DIANA-GENER OVER LANGE AFSTANDE GENNEM MOLEKYLÆRE INTERAKTIONER MELLEM TRANSSKRIPTIONSFAKTORER OG CO-AKTIVATORER UNITED FOR SIG SELV OG TRANSSKRIPTIONELLE PROMOTORER. FOR AT ETABLERE DISSE MOLEKYLÆRE KONTAKTER MELLEM EN FORSTÆRKER OG EN PROMOTOR ER DET VIGTIGT BÅDE AT ORGANISERE GENOMET I TOPOLOGISK TILKNYTTEDE OMRÅDER OG AT REKRUTTERE SPECIFIKKE VÆVSTRANSSKRIPTIONSFAKTORER OG TIDSPUNKTET FOR UDVIKLING TIL FORSTÆRKERNE. VORES INTERESSER FOKUSERER PÅ REGULERING AF LOCUS TRANSSKRIPTION, DER KODER AF ALFA (A) OG DELTA (D) T-CELLERECEPTOR (TCRA/TCRD) KÆDER AF FORSTÆRKERE. DETTE LOCUS OPTAGER 1,8 MB OG INDEHOLDER TO GENER, DER KODES AF TCRA- OG TCRD-KÆDERNE AF T-CELLEANTIGENRECEPTORERNE, TCRAB OG TCRGD. EKSPRESSIONEN AF DISSE RECEPTORER ER NØDVENDIG FOR GENERERING AF DE TO SLÆGTER AF T-LYMFOCYTTER, AB OG GD. GENERNE I TCR-KÆDERNE DANNES AF ISOLEREDE GENICAL-SEGMENTER, KALDET V, D OG J, SOM SKAL OMORDNES PÅ DNA-NIVEAU I PRÆKURSORERNE FOR T-LYMFOCYTTER ELLER THYMOCYTTER, GENNEM EN PROCES KALDET REKOMBINATION V(D)J, FOR AT GIVE ANLEDNING TIL EN GENBESTILLING AF EN GENISK KONFIGURATION, DER KAN OMSÆTTES TIL EN RECEPTORKÆDE. DERFOR PASSERER DISSE GENER FRA EN UORDNET KONFIGURATION TIL EN ANDEN I HELE UDVIKLINGEN AF THYMOCYTTER. AKTIVERING AF V(D)J-REKOMBINATIONEN I HVERT AF DISSE GENER KRÆVER AKTIVERING AF EN SPECIFIK FORSTÆRKER, HVIS AKTIVERING ER STÆRKT KONTROLLERET UNDER CELLEUDVIKLING. I TILFÆLDE AF TCRA-GENET AFHÆNGER REKOMBINATIONEN AF VJ AF AKTIVITETEN AF EN FORSTÆRKER, HVIS AKTIVITET IKKE SYNES AT VÆRE INVOLVERET I TRANSSKRIBERINGEN AF GENET TIL MODNE AB T-LYMFOCYTTER. INTERESSANT NOK ER FORSTÆRKEREN, DER ER NØDVENDIG FOR VDJ-ANBEFALINGEN AF TCRD-GENET, HELLER IKKE RELEVANT FOR TRANSSKRIBERING AF DET OMORDNEDE TCRD-GEN TIL MODNE GD T-LYMFOCYTTER, IDET FORSTÆRKEREN AF TCRA-GENET ER DET ANSVARLIGE ELEMENT FOR DENNE FUNKTION. DET VIDES I ØJEBLIKKET IKKE, HVORDAN TRANSSKRIPTIONEN AF DET GENBESTILLING AF TCRA-GENET I AB T-LYMFOCYTTER REGULERES. DERFOR ER OVERGANGEN FRA EN UORDNET KONFIGURATION TIL EN OMORDNET KONFIGURATION I HVERT AF DISSE GENER LEDSAGET AF EN ÆNDRING I MEKANISMEN FOR GENISK TRANSKRIPTION OG IMPLIKATION AF FORSKELLIGE FORSTÆRKERE TIL DETTE FORMÅL. I DETTE PROJEKT FORESLÅR VI, AT DER ANVENDES GENOMTEKNIKKER TIL FORSKNING I DE MOLEKYLÆRE MEKANISMER, DER ER INVOLVERET I REGULERINGEN AF DE KENDTE FORSTÆRKERE AF LOCUS TCRA/TCRD UNDER UDVIKLINGEN AF T-LYMFOCYTTER, IDENTIFIKATION AF EN NY FORSTÆRKER, DER KAN VÆRE ANSVARLIG FOR TRANSSKRIPTION AF DET ÆNDREDE TCRA-GEN OG TCRA-KÆDENS EKSPRESSION I MODNE TAB-LYMFOCYTTER, SAMT SØGNING EFTER EN CELLULÆR MODEL, DER GØR DET MULIGT AT UNDERSØGE DEN MEKANISME, DER INDGÅR I REGULERINGEN AF ÆNDRINGER I LOCUS-TOPOLOGIEN UNDER UDVIKLINGEN AF THYMOCYTTER. DEN VIDEN, DER STAMMER FRA DETTE PROJEKT, KAN AFSLØRE NYE ÅRSAGER TIL IMMUNDEFEKTER OG T LYMFOCYT LEUKÆMIER. (Danish)
17 August 2022
0 references
ERI SOLULINJAUSTEN KEHITTYMINEN JA ELINTEN MUODOSTUMINEN EDELLYTTÄVÄT GEENIEN TRANSKRIPTIOIDEN TARKKAA AJALLISTA JA AVARUUDELLISTA HALLINTAA, JOKA RIIPPUU PÄÄASIASSA KOODAAMATTOMASSA DNA:SSA ESIINTYVIEN ERITYISTEN SÄÄNTELYSEKVENSSIEN, JOITA KUTSUTAAN TRANSKRIPTIOIDEN TEHOSTAJIKSI TAI TEHOSTAJIKSI, AKTIIVISUUDESTA. TEHOSTAJAT AKTIVOIVAT DIANA-GEENIENSÄ TRANSKRIPTIOT PITKILLÄ ETÄISYYKSILLÄ TRANSKRIPTIOTEKIJÖIDEN JA KESKENÄÄN YHDISTETTYJEN JA TRANSKRIPTIOPROMOOTTORIEN VÄLISTEN MOLEKYYLIVUOROVAIKUTUSTEN KAUTTA. NÄIDEN MOLEKYYLIKONTAKTIEN LUOMISESSA TEHOSTAJAN JA PROMOOTTORIN VÄLILLÄ ON TÄRKEÄÄ SEKÄ GENOMIN ORGANISOINTI TOPOLOGISESTI TOISIINSA LIITTYVILLÄ ALOILLA ETTÄ TIETTYJEN KUDOSTEN TRANSKRIPTIOTEKIJÖIDEN REKRYTOINTI JA KEHITYSAIKA TEHOSTAJILLE. ETUMME KESKITTYVÄT LOCUS TRANSKRIPTIO, JOKA KOODAA ALFA (A) JA DELTA (D) T-SOLURESEPTORI (TCRA/TCRD) KETJUT TEHOSTAJAT. TÄMÄ LOCUS ON 1,8 MB JA SISÄLTÄÄ KAKSI GEENIÄ, JOTKA KOODAAVAT TCRA- JA TCRD-KETJUJEN T-SOLUANTIGEENIRESEPTOREIHIN, TCRAB JA TCRGD. NÄIDEN RESEPTORIEN ILMENTYMINEN ON VÄLTTÄMÄTÖNTÄ T-LYMFOSYYTTIEN, AB:N JA GD:N, MUODOSTAMISESSA. TCR-KETJUJEN GEENIT MUODOSTUVAT ERISTETYISTÄ GENICAL-SEGMENTEISTÄ, JOITA KUTSUTAAN V, D JA J, JOTKA ON JÄRJESTETTÄVÄ UUDELLEEN DNA-TASOLLA T-LYMFOSYYTTIEN TAI TYMOSYYTTIEN ESIASTEISSA REKOMBINAATIO V(D)J -MENETELMÄLLÄ, JOTTA SAADAAN AIKAAN UUDELLEENJÄRJESTETTY GEENIKONFIGURAATIO, JOKA VOIDAAN MUUNTAA RESEPTORIKETJUUN. SIKSI NÄMÄ GEENIT SIIRTYVÄT YHDESTÄ EPÄJÄRJESTTÄMÄTTÖMÄSTÄ KOKOONPANOSTA TOISEEN, JOKA ON JÄRJESTETTY UUDELLEEN KOKO TYMOSYYTTIEN KEHITTYMISEN AJAN. V(D)J-REKOMBINOINNIN AKTIVOITUMINEN KUSSAKIN NÄISTÄ GEENEISTÄ EDELLYTTÄÄ TIETYN TEHOSTAJAN AKTIVOINTIA, JONKA AKTIVOINTI ON ERITTÄIN HALLINNASSA SOLUKEHITYKSEN AIKANA. KUN KYSEESSÄ ON TCRA-GEENI, REKOMBINAATIO VJ RIIPPUU TEHOSTAJAN AKTIIVISUUDESTA, JONKA AKTIIVISUUS EI NÄYTÄ OSALLISTUVAN UUDELLEENJÄRJESTETYN GEENIN SIIRTÄMISEEN KYPSIKSI AB T -LYMFOSYYTEIKSI. MIELENKIINTOISTA ON, ETTÄ TCRD-GEENIN VDJ-SUOSITUKSEN EDELLYTTÄMÄLLÄ TEHOSTAJALLA EI MYÖSKÄÄN OLE MERKITYSTÄ UUDELLEENJÄRJESTETYN TCRD-GEENIN SIIRTÄMISESSÄ KYPSIKSI GD T -LYMFOSYYTEIKSI, JA TCRA-GEENIN TEHOSTAJA ON VASTUUSSA TÄSTÄ TEHTÄVÄSTÄ. TÄLLÄ HETKELLÄ EI TIEDETÄ, MITEN UUDELLEENJÄRJESTETYN TCRA-GEENIN SIIRTÄMISTÄ AB T -LYMFOSYYTTEIHIN SÄÄDELLÄÄN. SIKSI SIIRTYMINEN EPÄJÄRJESTTÄMÄTTÖMÄSTÄ KONFIGURAATIOSTA UUDELLEENJÄRJESTETTYYN KONFIGURAATIOON KUSSAKIN GEENISSÄ LIITTYY MUUTOS GEENIEN TRANSKRIPTIOMEKANISMIIN JA ERI TEHOSTAJIEN VAIKUTUKSEEN TÄTÄ TARKOITUSTA VARTEN. TÄSSÄ HANKKEESSA EHDOTETAAN GENOMITEKNIIKOIDEN KÄYTTÖÄ TUTKITTAESSA MOLEKYYLIMEKANISMEJA, JOTKA LIITTYVÄT LOCUS TCRA/TCRD:N TUNNETTUJEN TEHOSTAJIEN SÄÄNTELYYN LYMFOSYYTTIEN KEHITTÄMISEN AIKANA, SELLAISEN UUDEN TEHOSTAJAN TUNNISTAMISTA, JOKA VOI OLLA VASTUUSSA UUDELLEENJÄRJESTETYN TCRA-GEENIN SIIRTÄMISESTÄ JA TCRA-KETJUN ILMENTYMISESTÄ KYPSISSÄ LYMFOSYYTEISSÄ, SEKÄ SOLUMALLIA, JONKA AVULLA VOIDAAN TUTKIA MEKANISMIA, JOKA LIITTYY LOKUKSEN TOPOLOGIAN MUUTOSTEN SÄÄNTELYYN TYMOSYYTTIEN KEHITYKSEN AIKANA. TÄSTÄ PROJEKTISTA SAADUT TIEDOT VOIVAT PALJASTAA UUSIA SYITÄ IMMUUNIPUUTTEISIIN JA T-LYMFOSYYTTIEN LEUKEMIAAN. (Finnish)
17 August 2022
0 references
L-IŻVILUPP TA’ LINJI DIFFERENTI TA’ ĊELLOLI U L-FORMAZZJONI TA’ ORGANI JEĦTIEĠU KONTROLL TEMPORALI U SPAZJALI PREĊIŻ ĦAFNA TAT-TRASKRIZZJONI ĠENIKA, LI TIDDEPENDI PRINĊIPALMENT FUQ L-ATTIVITÀ TA’ SEKWENZI REGOLATORJI SPEĊIFIĊI MSEJĦA “ENHANCERS” JEW “ENHANCERS” TRASKRIZZJONILI LI HUMA PREŻENTI FID-DNA MHUX IKKODIFIKAT. ENHANCERS JATTIVAW IT-TRASKRIZZJONI TAL-ĠENI DIANA TAGĦHOM FUQ DISTANZI TWAL PERMEZZ TA’ INTERAZZJONIJIET MOLEKOLARI BEJN FATTURI TA’ TRASKRIZZJONI U KO-ATTIVITURI UNITI GĦALIHOM INFUSHOM U PROMOTURI TRASKRIZZJONALI. GĦALL-ISTABBILIMENT TA’ DAWN IL-KUNTATTI MOLEKULARI BEJN ENHANCER U PROMOTUR, KEMM L-ORGANIZZAZZJONI TAL-ĠENOMA F’DOMINJI ASSOĊJATI TOPOLOĠIKAMENT KIF UKOLL IR-REKLUTAĠĠ TA’ FATTURI SPEĊIFIĊI TA’ TRASKRIZZJONI TAT-TESSUTI U Ż-ŻMIEN TAL-IŻVILUPP GĦAL DAWK LI JSAĦĦU HUMA IMPORTANTI. L-INTERESSI TAGĦNA JIFFUKAW FUQ IR-REGOLAMENT TAT-TRASKRIZZJONI TAL-LOCUS LI JIKKODIFIKA MILL-KTAJJEN TAR-RIĊETTUR ALFA (A) U DELTA (D) TAĊ-ĊELLOLI-T (TCRA/TCRD) MINN ENHANCERS. DAN IL-LOKUS JOKKUPA 1.8 MB U FIH ŻEWĠ ĠENI LI JIKKODIFIKAW MILL-KTAJJEN TCRA U TCRD TAR-RIĊETTURI TAL-ANTIĠEN TAĊ-ĊELLULA-T, TCRAB U TCRGD. L-ESPRESSJONI TA’ DAWN IR-RIĊETTURI HIJA MEĦTIEĠA GĦALL-ĠENERAZZJONI TAŻ-ŻEWĠ NISEL TA’ LIMFOĊITI T, AB U GD. IL-ĠENI TAL-KTAJJEN TCR HUMA FFURMATI MINN SEGMENTI GENICAL IŻOLATI, IMSEJĦA V, D U J, LI JEĦTIEĠ LI JIĠU ORDNATI MILL-ĠDID FIL-LIVELL TAD-DNA FIL-PREKURSURI TA’ LIMFOĊITI JEW TIROĊITI, PERMEZZ TA’ PROĊESS IMSEJJAĦ RIKOMBINAZZJONI V(D)J, BIEX JAGĦTI LOK GĦAL KONFIGURAZZJONI ĠENETIKA ORDNATA MILL-ĠDID LI TISTA’ TIĠI TRADOTTA F’KATINA TA’ RIĊETTUR. GĦALHEKK, DAWN IL-ĠENI JGĦADDU MINN KONFIGURAZZJONI MHUX ORDNATA GĦAL OĦRA ORDNATA MILL-ĠDID MATUL L-IŻVILUPP TA’ TIMOĊITI. L-ATTIVAZZJONI TAR-RIKOMBINAZZJONI V(D)J F’KULL WIEĦED MINN DAWN IL-ĠENI TEĦTIEĠ L-ATTIVAZZJONI TA’ ENHANCER SPEĊIFIKU, LI L-ATTIVAZZJONI TIEGĦU HIJA KKONTROLLATA ĦAFNA MATUL L-IŻVILUPP TAĊ-ĊELLOLI. FIL-KAŻ TAL-ĠENE TCRA, IR-RIKOMBINAZZJONI VJ TIDDEPENDI FUQ L-ATTIVITÀ TA’ ENHANCER, LI L-ATTIVITÀ TIEGĦU MA TIDHIRX LI HIJA INVOLUTA FIT-TRASKRIZZJONI TAL-ĠENE ORDNAT MILL-ĠDID F’LIMFOĊITI AB T MATURI. INTERESSANTI, IL-PERSUNA LI TTEJJEB LI HIJA MEĦTIEĠA GĦAR-RAKKOMANDAZZJONI TAL-VDJ TAL-ĠENE TCRD UKOLL MHIJIEX RILEVANTI GĦAT-TRASKRIZZJONI TAL-ĠENE TCRD ORDNAT MILL-ĠDID F’LIMFOĊITI GD T MATURI, BIL-VALORIZZATUR TAL-ĠENE TCRA JKUN L-ELEMENT RESPONSABBLI GĦAL DIN IL-FUNZJONI. BĦALISSA MHUX MAGĦRUF KIF IT-TRASKRIZZJONI TAL-ĠENE TCRA ORDNAT MILL-ĠDID F’LIMFOĊITI AB T HIJA REGOLATA. GĦALHEKK, IT-TRANŻIZZJONI MINN KONFIGURAZZJONI MHUX ORDNATA GĦAL KONFIGURAZZJONI ORDNATA MILL-ĠDID F’KULL WIEĦED MINN DAWN IL-ĠENI HIJA AKKUMPANJATA MINN BIDLA FIL-MEKKANIŻMU GĦAT-TRASKRIZZJONI ĠENIKA U FL-IMPLIKAZZJONI TA’ ENHANCERS DIFFERENTI GĦAL DAN IL-GĦAN. F’DAN IL-PROĠETT NIPPROPONU L-UŻU TA’ TEKNIKI ĠENOMIĊI GĦAR-RIĊERKA DWAR IL-MEKKANIŻMI MOLEKULARI INVOLUTI FIR-REGOLAMENT TAL-SUSTANZI LI JSAĦĦU L-LOCUS TCRA/TCRD MATUL L-IŻVILUPP TAL-LIMFOĊITI, L-IDENTIFIKAZZJONI TA’ STIMULANT ĠDID LI JISTA’ JKUN RESPONSABBLI GĦAT-TRASKRIZZJONI TAL-ĠENE TCRA ORDNAT MILL-ĠDID U L-ESPRESSJONI TAL-KATINA TCRA FIL-LIMFOĊITI MATURI TAT-TAB, KIF UKOLL IT-TFITTXIJA GĦAL MUDELL ĊELLULARI LI JIPPERMETTI LI JIĠI STUDJAT IL-MEKKANIŻMU INVOLUT FIR-REGOLAMENT TAL-BIDLIET FIT-TOPOLOĠIJA TAL-LOCUS MATUL L-IŻVILUPP TA’ THYMOCYTES. L-GĦARFIEN MIKSUB MINN DAN IL-PROĠETT JISTA’ JIŻVELA KAWŻI ĠODDA TA’ IMMUNODEFIĊJENZA U LEWKIMJA TAL-LIMFOĊITI. (Maltese)
17 August 2022
0 references
DAŽĀDU ŠŪNU LĪNIJU VEIDOŠANĀS UN ORGĀNU VEIDOŠANĀS PRASA ĻOTI PRECĪZU LAIKA UN TELPISKU KONTROLI PĀR GENOLOĢISKO TRANSKRIPCIJU, KAS GALVENOKĀRT IR ATKARĪGA NO KONKRĒTU REGLAMENTĒJOŠU SEKVENČU AKTIVITĀTES, KO SAUC PAR TRANSKRIPCIJAS PASTIPRINĀTĀJIEM VAI PASTIPRINĀTĀJIEM, KAS ATRODAS NEKODĒJOŠĀ DNS. PASTIPRINĀTĀJI AKTIVIZĒ SAVU DIANA GĒNU TRANSKRIPCIJU LIELOS ATTĀLUMOS, IZMANTOJOT MOLEKULĀRO MIJIEDARBĪBU STARP TRANSKRIPCIJAS FAKTORIEM UN KOAKTIVATORIEM, KAS IR VIENOTI AR SEVI, UN TRANSKRIPCIJAS VEICINĀTĀJIEM. LAI IZVEIDOTU ŠOS MOLEKULĀROS KONTAKTUS STARP PASTIPRINĀTĀJU UN VEICINĀTĀJU, SVARĪGA IR GAN GENOMA ORGANIZĒŠANA TOPOLOĢISKI SAISTĪTĀS JOMĀS, GAN SPECIFISKU AUDU TRANSKRIPCIJAS FAKTORU PIESAISTE UN ATTĪSTĪBAS LAIKS PASTIPRINĀTĀJIEM. MŪSU INTERESES IR VĒRSTAS UZ LOCUS TRANSKRIPCIJAS REGULĒJUMU, KAS KODĒ ALFA (A) UN DELTA (D) T-ŠŪNU RECEPTORU (TCRA/TCRD) ĶĒDES AR PASTIPRINĀTĀJIEM. ŠIS LOKUSS AIZŅEM 1,8 MB UN SATUR DIVUS GĒNUS, KAS KODĒ TCRA UN TCRD ANTIGĒNU RECEPTORU TCRA UN TCRD ĶĒDES TCRAB UN TCRGD. ŠO RECEPTORU EKSPRESIJA IR NEPIECIEŠAMA DIVU T LIMFOCĪTU — AB UN GD — LĪNIJU VEIDOŠANAI. TCR ĶĒŽU GĒNUS VEIDO IZOLĒTI GENICAL SEGMENTI, KO SAUC PAR V, D UN J, KURI DNS LĪMENĪ IR JĀPĀRKĀRTO T LIMFOCĪTU VAI TIMOCĪTU PREKURSOROS, IZMANTOJOT PROCESU, KO SAUC PAR REKOMBINĀCIJU V(D)J, LAI RADĪTU PĀRKĀRTOTU GENĒNO KONFIGURĀCIJU, KO VAR PĀRVĒRST RECEPTORU ĶĒDĒ. TĀPĒC ŠIE GĒNI PĀRIET NO VIENAS NEGRUPĒTAS KONFIGURĀCIJAS UZ CITU, KAS PĀRKĀRTOTI VISĀ TIMOCĪTU ATTĪSTĪBAS LAIKĀ. LAI AKTIVIZĒTU V(D)J REKOMBINĀCIJU KATRĀ NO ŠIEM GĒNIEM, IR JĀAKTIVIZĒ SPECIFISKS PASTIPRINĀTĀJS, KURA AKTIVĀCIJA ŠŪNU ATTĪSTĪBAS LAIKĀ TIEK STINGRI KONTROLĒTA. TCRA GĒNA GADĪJUMĀ REKOMBINĀCIJA VJ IR ATKARĪGA NO PASTIPRINĀTĀJA AKTIVITĀTES, KURA AKTIVITĀTE, ŠĶIET, NAV SAISTĪTA AR PĀRKĀRTOTĀ GĒNA TRANSKRIBĒŠANU NOBRIEDUŠĀ AB T LIMFOCĪTOS. INTERESANTI, KA TCRD GĒNA VDJ IETEIKUMAM NEPIECIEŠAMAIS PASTIPRINĀTĀJS ARĪ NAV BŪTISKS, LAI PĀRGRUPĒTU TCRD GĒNU NOBRIEDUŠOS GD T LIMFOCĪTOS, UN PAR ŠO FUNKCIJU ATBILDĪGAIS ELEMENTS IR TCRA GĒNA PASTIPRINĀTĀJS. PAŠLAIK NAV ZINĀMS, KĀ TIEK REGULĒTA PĀRKĀRTOTĀ TCRA GĒNA TRANSKRIBĀCIJA AB T LIMFOCĪTOS. TĀPĒC PĀREJA NO NEPASŪTĪTAS KONFIGURĀCIJAS UZ PĀRKĀRTOTU KONFIGURĀCIJU KATRĀ NO ŠIEM GĒNIEM IR SAISTĪTA AR IZMAIŅĀM GENOGĒNA TRANSKRIPCIJAS MEHĀNISMĀ UN DAŽĀDU PASTIPRINĀTĀJU IETEKMĒŠANU ŠAJĀ NOLŪKĀ. ŠAJĀ PROJEKTĀ MĒS IEROSINĀM IZMANTOT GENOMIKAS METODES, LAI PĒTĪTU MOLEKULĀROS MEHĀNISMUS, KAS IESAISTĪTI LOCUS TCRA/TCRD ZINĀMO PASTIPRINĀTĀJU REGULĀ T LIMFOCĪTU IZSTRĀDES LAIKĀ, IDENTIFICĒT JAUNU PASTIPRINĀTĀJU, KAS VAR BŪT ATBILDĪGS PAR PĀRKĀRTOTĀ TCRA GĒNA TRANSKRIBĒŠANU UN TCRA ĶĒDES IZPAUSMI NOBRIEDUŠU CILNES LIMFOCĪTU SASTĀVĀ, KĀ ARĪ MEKLĒT ŠŪNU MODELI, KAS ĻAUJ PĒTĪT LOCUS TOPOLOĢIJAS IZMAIŅU REGULĀ IETVERTO MEHĀNISMU TIMOCĪTU ATTĪSTĪBAS LAIKĀ. NO ŠĪ PROJEKTA IEGŪTĀS ZINĀŠANAS VARĒTU ATKLĀT JAUNUS IMŪNDEFICĪTU UN T LIMFOCĪTU LEIKĒMIJU CĒLOŅUS. (Latvian)
17 August 2022
0 references
VÝVOJ RÔZNYCH BUNKOVÝCH LÍNIÍ A TVORBA ORGÁNOV SI VYŽADUJE VEĽMI PRESNÚ ČASOVÚ A PRIESTOROVÚ KONTROLU GÉNOVEJ TRANSKRIPCIE, KTORÁ ZÁVISÍ NAJMÄ OD AKTIVITY ŠPECIFICKÝCH REGULAČNÝCH SEKVENCIÍ NAZÝVANÝCH TRANSKRIPČNÉ ZOSILŇOVAČE ALEBO ZOSILŇOVAČE, KTORÉ SÚ PRÍTOMNÉ V NEKÓDUJÚCEJ DNA. ZOSILŇOVAČE AKTIVUJÚ TRANSKRIPCIU SVOJICH GÉNOV DIANA NA DLHÉ VZDIALENOSTI PROSTREDNÍCTVOM MOLEKULÁRNYCH INTERAKCIÍ MEDZI TRANSKRIPČNÝMI FAKTORMI A KOAKTIVÁTORMI UNITED PRE SEBA A TRANSKRIPČNÝMI PROMÓTORMI. NA VYTVORENIE TÝCHTO MOLEKULÁRNYCH KONTAKTOV MEDZI POSILŇOVAČOM A PROPAGÁTOROM JE DÔLEŽITÁ ORGANIZÁCIA GENÓMU V TOPOLOGICKY PRIDRUŽENÝCH OBLASTIACH, AKO AJ NÁBOR ŠPECIFICKÝCH TKANIVOVÝCH TRANSKRIPČNÝCH FAKTOROV A ČAS VÝVOJA PRE ZOSILŇOVAČE. NAŠE ZÁUJMY SA ZAMERIAVAJÚ NA REGULÁCIU PREPISU LOCUSU, KTORÁ KÓDUJE REŤAZCE ALFA A) A D) T-BUNKOVÝCH RECEPTOROV (TCRA/TCRD) ZOSILŇOVAČMI. TOTO MIESTO ZABERÁ 1,8 MB A OBSAHUJE DVA GÉNY, KTORÉ KÓDUJÚ TCRA A TCRD RECEPTORY T-BUNKOVÉHO ANTIGÉNU, TCRAB A TCRGD. EXPRESIA TÝCHTO RECEPTOROV JE POTREBNÁ PRE TVORBU DVOCH LÍNIÍ T LYMFOCYTOV, AB A GD. GÉNY REŤAZCOV TCR SÚ TVORENÉ IZOLOVANÝMI SEGMENTMI GENICAL, NAZÝVANÝMI V, D A J, KTORÉ JE POTREBNÉ OPÄTOVNE ZORADIŤ NA ÚROVNI DNA V PREKURZOROCH T LYMFOCYTOV ALEBO TYMOCYTOV, PROSTREDNÍCTVOM PROCESU NAZÝVANÉHO REKOMBINÁCIA V(D)J, ABY SA VYTVORILA PRESKUPENÁ GÉNOVÁ KONFIGURÁCIA, KTORÁ SA DÁ PRELOŽIŤ DO RECEPTOROVÉHO REŤAZCA. PRETO TIETO GÉNY PRECHÁDZAJÚ Z JEDNEJ NEOBJEDNANEJ KONFIGURÁCIE DO DRUHEJ, KTORÁ SA MENÍ POČAS VÝVOJA TYMOCYTOV. AKTIVÁCIA REKOMBINÁCIE V(D)J V KAŽDOM Z TÝCHTO GÉNOV SI VYŽADUJE AKTIVÁCIU ŠPECIFICKÉHO ZOSILŇOVAČA, KTORÉHO AKTIVÁCIA JE VYSOKO KONTROLOVANÁ POČAS VÝVOJA BUNIEK. V PRÍPADE GÉNU TCRA REKOMBINÁCIA VJ ZÁVISÍ OD AKTIVITY POSILŇOVAČA, KTORÉHO AKTIVITA SA ZREJME NEPODIEĽA NA PREPISE PREPOČÍTANÉHO GÉNU NA ZRELÉ AB T LYMFOCYTY. JE ZAUJÍMAVÉ, ŽE POSILŇOVAČ, KTORÝ JE POTREBNÝ PRE ODPORÚČANIE VDJ GÉNU TCRD, TIEŽ NIE JE RELEVANTNÝ PRE PREPIS NOVÉHO ZORADENÉHO GÉNU TCRD NA ZRELÉ GD T LYMFOCYTY, PRIČOM STIMULÁTOR GÉNU TCRA JE ZODPOVEDNÝM PRVKOM PRE TÚTO FUNKCIU. V SÚČASNOSTI NIE JE ZNÁME, AKO SA REGULUJE TRANSKRIBÁCIA PREPOČÍTANÉHO GÉNU TCRA V AB T LYMFOCYTOCH. PRECHOD Z NEOBJEDNÁVANEJ KONFIGURÁCIE NA ZMENU USPORIADANIA V KAŽDOM Z TÝCHTO GÉNOV JE PRETO SPREVÁDZANÝ ZMENOU MECHANIZMU GÉNOVÉHO PREPISU A V DÔSLEDKU RÔZNYCH ZOSILŇOVAČOV NA TENTO ÚČEL. V TOMTO PROJEKTE NAVRHUJEME POUŽITIE GENÓMOVÝCH TECHNÍK PRE VÝSKUM MOLEKULÁRNYCH MECHANIZMOV ZAPOJENÝCH DO REGULÁCIE ZNÁMYCH ZOSILŇOVAČOV TCRA/TCRD POČAS VÝVOJA T LYMFOCYTOV, IDENTIFIKÁCIU NOVÉHO ZOSILŇOVAČA, KTORÝ MÔŽE BYŤ ZODPOVEDNÝ ZA TRANSKRIBÁCIU REORGANIZOVANÉHO GÉNU TCRA A EXPRESIU REŤAZCA TCRA V ZRELÝCH KARTOVÝCH LYMFOCYTOCH, AKO AJ HĽADANIE BUNKOVÉHO MODELU, KTORÝ UMOŽŇUJE ŠTUDOVAŤ MECHANIZMUS REGULÁCIE ZMIEN V TOPOLÓGII LOKUSU POČAS VÝVOJA TYMOCYTOV. POZNATKY ZÍSKANÉ Z TOHTO PROJEKTU BY MOHLI ODHALIŤ NOVÉ PRÍČINY IMUNODEFICIENCIÍ A T LYMFOCYTOVÝCH LEUKÉMIE. (Slovak)
17 August 2022
0 references
CHUN NA LÍNEÁLACHA CEALL ÉAGSÚLA A FHORBAIRT AGUS CHUN ORGÁIN A FHOIRMIÚ, TÁ GÁ LE RIALÚ AMA AGUS SPÁSÚIL AN-CHRUINN AR AN TRAS-SCRÍOBH GÉINICEACH, ATÁ AG BRATH GO PRÍOMHA AR GHNÍOMHAÍOCHT SEICHIMH RIALÁLA SONRACHA AR A DTUGTAR FEABHSAITHEOIRÍ TRAS-SCRÍOFA NÓ FEABHSAITHEOIRÍ ATÁ SA DNA NEAMHCHÓDAITHE. FEABHSAITHEOIRÍ GHNÍOMHACHTÚ AN TRASCRÍOBH A GCUID GÉINTE DIANA THAR ACHAIR FHADA TRÍ IDIRGHNÍOMHAÍOCHTAÍ MÓILÍNEACHA IDIR FACHTÓIRÍ TRAS-SCRÍOFA AGUS COMHGHNÍOMHAITHE AONTAITHE CHUN IAD FÉIN AGUS TIONSCNÓIRÍ TRAS-SCRÍBHNEOIRÍ. CHUN NA TEAGMHÁLACHA MÓILÍNEACHA SEO A BHUNÚ IDIR FEABHSAITHEOIR AGUS TIONSCNÓIR, TÁ TÁBHACHT AG BAINT LE HEAGRÚ AN GHÉANÓIM I BHFEARAINN A BHAINEANN LE TOPOLOGICALLY AGUS LE TOSCA SONRACHA TRAS-SCRÍOFA FÍOCHÁIN A EARCÚ AGUS AN T-AM FORBARTHA DO NA FEABHSAITHEOIRÍ. DÍRÍONN ÁR LEASANNA AR AN RIALACHÁN MAIDIR LE TRAS-SCRÍOBH LOCUS A IONCHÓDAÍONN NA SLABHRAÍ GABHDÓRA ALPHA (A) AGUS DELTA (D) T-CHEALL (TCRA/TCRD) AG MÉADAITHEOIRÍ. SEO LOCUS LONNAITHE 1.8 MB AGUS TÁ DHÁ GÉINTE A IONCHÓDÚ AG NA SLABHRAÍ TCRA AGUS TCRD NA GABHDÓIRÍ ANTAIGIN T-CHILL, TCRAB AGUS TCRGD. IS GÁ NA GABHDÓIRÍ SEO A LÉIRIÚ CHUN DHÁ LÍNEÁN LIMFICÍTÍ T, AB AGUS GD A GHINIÚINT. CRUTHAÍTEAR GÉINTE NA SLABHRAÍ TCR TRÍ DHEIGHLEOGA GENICAL SCOITE, AR A DTUGTAR V, D AGUS J, AR GÁ IAD A ATHORDÚ AR LEIBHÉAL DNA I RÉAMHTHEACHTAITHE LIMFICÍTÍ NÓ TÍOMAICÍTÍ, TRÍ PHRÓISEAS AR A DTUGTAR ATHCHUINGRIÚ V(D)J, CHUN CUMRAÍOCHT GHÉIN ATHORDAITHE A CHRUTHÚ A D’FHÉADFAÍ A AISTRIÚ GO SLABHRA GABHDÓRA. DÁ BHRÍ SIN, TÉANN NA GÉINTE SEO Ó CHUMRAÍOCHT NEAMHORDAITHE AMHÁIN GO CEANN EILE A ATHORDAÍODH AR FUD FHORBAIRT THYMOCYTES. GNÍOMHACHTÚ AN V(D)J RECOMBINATION I NGACH CEANN DE NA GÉINTE ÉILÍONN GNÍOMHACHTÚ ENHANCER AR LEITH, A BHFUIL A GHNÍOMHACHTÚ RIALÚ MÓR LE LINN FORBARTHA CILLE. I GCÁS NA GÉIN TCRA, BRAITHEANN ATHCHUINGNIÚ VJ AR GHNÍOMHAÍOCHT FEABHSAITHEORA, NACH COSÚIL GO BHFUIL BAINT AG A GHNÍOMHAÍOCHT LEIS AN NGÉINE ATHORDAITHE A THRAS-SCRÍOBH I LYMPHOCYTES AB AIBÍ. SUIMIÚIL GO LEOR, NÍL AN ENHANCER ATÁ RIACHTANACH DO MHOLADH VDJ AN GHÉINE TCRD ÁBHARTHA FREISIN CHUN AN GÉIN TCRD ATHORDAITHE A THRASCHUR I LYMPHOCYTES GD AIBÍ, AGUS IS É ENHANCER AN GHÉINE TCRA AN GHNÉ ATÁ FREAGRACH AS AN BHFEIDHM SEO. TÁ SÉ ANAITHNID FAOI LÁTHAIR CONAS A THRAS-SCRÍOBH AN GÉIN TCRA ATHORDÚ I AB T LYMPHOCYTES RIALAITHE. DÁ BHRÍ SIN, TÁ ATHRÚ AR AN MEICNÍOCHT LE TRAS-SCRÍOBH GENIC AG GABHÁIL LEIS AN AISTRIÚ Ó CHUMRAÍOCHT NEAMHORDAITHE GO CUMRAÍOCHT ATHORDAITHE I NGACH CEANN DE NA GÉINTE SEO AGUS IN IMPLEACHT NA MÉADAITHEOIRÍ ÉAGSÚLA CHUN NA CRÍCHE SIN. SA TIONSCADAL SEO, MOLAIMID ÚSÁID A BHAINT AS TEICNÍCÍ GÉANÓMAÍOCHA LE HAGHAIDH TAIGHDE AR NA MEICNÍOCHTAÍ MÓILÍNEACHA A BHAINEANN LEIS AN RIALACHÁN Ó FHEABHSAITHEOIRÍ AITHEANTA AN LOCUS TCRA/TCRD LE LINN FORBAIRT LIMFICÍTÍ T, FEABHSAITHEOIR NUA A SHAINAITHINT A D’FHÉADFADH A BHEITH FREAGRACH AS GÉINE ATHORDAITHE TCRA AGUS LÉIRIÚ AN TSLABHRA TCRA I LIMFICÍTÍ AIBÍ CLUAISÍN A THRAS-SCRÍOBH, CHOMH MAITH LE CUARDACH A DHÉANAMH AR SHAMHAIL CHEALLACHA LENAR FÉIDIR STAIDÉAR A DHÉANAMH AR AN SÁSRA A BHAINEANN LE RIALÁIL NA N-ATHRUITHE I TOPOLOGY AN LOCUS LE LINN FORBAIRT TÍOMAICÍTÍ. D’FHÉADFADH AN T-EOLAS A THAGANN ÓN TIONSCADAL SEO CÚISEANNA NUA LE HIMDHÍONACHT AGUS LEUKEMIAS LYMPHOCYTE A NOCHTADH. (Irish)
17 August 2022
0 references
VÝVOJ RŮZNÝCH BUNĚČNÝCH LINIÍ A TVORBA ORGÁNŮ VYŽADUJE VELMI PŘESNOU ČASOVOU A PROSTOROVOU KONTROLU GENOVÉ TRANSKRIPCE, KTERÁ ZÁVISÍ PŘEDEVŠÍM NA AKTIVITĚ SPECIFICKÝCH REGULAČNÍCH SEKVENCÍ NAZÝVANÝCH TRANSKRIPČNÍ STIMULÁTORY NEBO ZESILOVAČE, KTERÉ JSOU PŘÍTOMNY V NEKÓDUJÍCÍ DNA. ZESILOVAČE AKTIVUJÍ TRANSKRIPCI SVÝCH GENŮ DIANA NA DLOUHÉ VZDÁLENOSTI PROSTŘEDNICTVÍM MOLEKULÁRNÍCH INTERAKCÍ MEZI TRANSKRIPČNÍMI FAKTORY A KOAKTIVÁTORY, KTERÉ JSOU SJEDNOCENY MEZI SEBOU A TRANSKRIPČNÍMI PROMOTORY. PRO NAVÁZÁNÍ TĚCHTO MOLEKULÁRNÍCH KONTAKTŮ MEZI ZESILOVAČEM A PROMOTOREM JSOU DŮLEŽITÉ JAK ORGANIZACE GENOMU V TOPOLOGICKY PŘIDRUŽENÝCH OBLASTECH, TAK NÁBOR SPECIFICKÝCH TRANSKRIPČNÍCH FAKTORŮ TKÁNÍ A DOBA VÝVOJE PRO STIMULÁTORY. NAŠE ZÁJMY SE ZAMĚŘUJÍ NA REGULACI LOKUSOVÉ TRANSKRIPCE, KTERÁ KÓDUJE ŘETĚZCE ALFA (A) A DELTA (D) T-BUNĚČNÝCH RECEPTORŮ (TCRA/TCRD) POMOCÍ ZESILOVAČŮ. TENTO LOKUS ZAUJÍMÁ 1,8 MB A OBSAHUJE DVA GENY, KTERÉ KÓDUJÍ TCRA A TCRD ŘETĚZCE T-BUNĚK ANTIGENOVÝCH RECEPTORŮ, TCRAB A TCRGD. EXPRESE TĚCHTO RECEPTORŮ JE NEZBYTNÁ PRO GENEROVÁNÍ DVOU LINIÍ T LYMFOCYTŮ, AB A GD. GENY TCR ŘETĚZŮ JSOU TVOŘENY IZOLOVANÝMI GENICALOVÝMI SEGMENTY, NAZÝVANÝMI V, D A J, KTERÉ JE TŘEBA PŘEORGANIZOVAT NA ÚROVNI DNA V PREKURZORECH T LYMFOCYTŮ NEBO THYMOCYTŮ PROSTŘEDNICTVÍM PROCESU ZVANÉHO REKOMBINACE V(D)J, ABY SE VYTVOŘILA REORGANIZOVANÁ GENOVÁ KONFIGURACE, KTERÁ MŮŽE BÝT PŘEVEDENA DO RECEPTOROVÉHO ŘETĚZCE. PROTO TYTO GENY PŘECHÁZEJÍ Z JEDNÉ NESPOŘÁDANÉ KONFIGURACE DO DRUHÉ, KTERÁ SE BĚHEM VÝVOJE THYMOCYTŮ MĚNÍ. AKTIVACE REKOMBINACE V(D)J V KAŽDÉM Z TĚCHTO GENŮ VYŽADUJE AKTIVACI SPECIFICKÉHO ZESILOVAČE, JEHOŽ AKTIVACE JE VYSOCE KONTROLOVÁNA BĚHEM VÝVOJE BUNĚK. V PŘÍPADĚ GENU TCRA ZÁVISÍ REKOMBINACE VJ NA AKTIVITĚ ZESILOVAČE, JEHOŽ AKTIVITA SE NEZDÁ BÝT ZAPOJENA DO PŘEPISU REORGANIZOVANÉHO GENU NA ZRALÉ AB-T LYMFOCYTY. JE ZAJÍMAVÉ, ŽE STIMULÁTOR, KTERÝ JE NEZBYTNÝ PRO DOPORUČENÍ VDJ GENU TCRD, TAKÉ NENÍ RELEVANTNÍ PRO TRANSKRIPCI REORGANIZOVANÉHO TCRD GENU DO ZRALÝCH GD T LYMFOCYTŮ, PŘIČEMŽ ZVÝRAZŇOVAČ GENU TCRA JE ODPOVĚDNÝM PRVKEM ZA TUTO FUNKCI. V SOUČASNÉ DOBĚ NENÍ ZNÁMO, JAK JE TRANSCRIBACE GENU TCRA V AB-T LYMFOCYTECH REGULOVÁNA. PROTO JE PŘECHOD Z NESPOŘÁDANÉ KONFIGURACE NA NOVĚ USPOŘÁDANOU KONFIGURACI V KAŽDÉM Z TĚCHTO GENŮ DOPROVÁZEN ZMĚNOU MECHANISMU GENOVÉ TRANSKRIPCE A IMPLIKACÍ RŮZNÝCH ZESILOVAČŮ PRO TENTO ÚČEL. V TOMTO PROJEKTU NAVRHUJEME VYUŽITÍ GENOMICKÝCH TECHNIK PRO VÝZKUM MOLEKULÁRNÍCH MECHANISMŮ ZAPOJENÝCH DO REGULACE ZNÁMÝCH ZVÝRAZŇOVAČŮ LOKUSU TCRA/TCRD PŘI VÝVOJI T LYMFOCYTŮ, IDENTIFIKACI NOVÉHO ZESILOVAČE, KTERÝ MŮŽE BÝT ZODPOVĚDNÝ ZA TRANSCRIBACI REORGANIZOVANÉHO GENU TCRA A EXPRESE ŘETĚZCE TCRA VE ZRALÝCH LYMFOCYTECH, JAKOŽ I HLEDÁNÍ BUNĚČNÉHO MODELU, KTERÝ UMOŽŇUJE STUDOVAT MECHANISMUS REGULACE ZMĚN TOPOLOGIE LOKUSU BĚHEM VÝVOJE THYMOCYTŮ. POZNATKY ZÍSKANÉ Z TOHOTO PROJEKTU BY MOHLY ODHALIT NOVÉ PŘÍČINY IMUNODEFICIENCÍ A LEUKÉMIE LYMFOCYTŮ. (Czech)
17 August 2022
0 references
O DESENVOLVIMENTO DAS DIFERENTES LINHAS CELULARES E A FORMAÇÃO DOS ORGANISMOS EXIGEM UM CONTROLO TEMPORAL E ESPACIAL MUITO PRECIENTE DA TRANSCRIÇÃO GENICA, QUE DEPENDE PRINCIPALMENTE DA ATIVIDADE DE SEQUÊNCIAS REGULAMENTARES ESPECÍFICAS APLICADAS AOS REFORÇOS OU REFORÇOS TRANSCRIPCIONAIS QUE ESTÃO PRESENTES NO ADN NÃO CODIFICADOR. REFORÇAR A TRANSCRIÇÃO DOS SEUS GENOS DE DIANA A UMA LONGA DISTÂNCIA ATRAVÉS DE INTERACÇÕES MOLECULARES ENTRE FATORES DE TRANSCRIÇÃO E COACTIVADORES UNIDOS AOS SEUS MESMOS E PROMOTORES DE TRANSCRIÇÃO. Para o estabelecimento destes contactos moleculares entre um reforçador e um promotor, são importantes tanto a organização do genoma em DOMÍNIOS TOPOLOGICAMENTE ASSOCIADOS como o reequacionamento de factores específicos de transmissão de tecidos e o tempo de desenvolvimento para os reforçadores. OS NOSSOS INTERESSES FOCOS NA REGULAMENTAÇÃO DA TRANSCRIÇÃO DE LOCUS CODIFICADA PELAS CADEIAS ALPHA (A) E DELTA (D) T-CELL RECEPTOR (TCRA/TCRD) PELOS MELHORES. Este LOCUS ocupa 1,8 MB e contém dois genes que estão incluídos nas cadeias TCRA e TCRD dos receptores de antigénio T-CELL, TCRAB e TCRGD. A EXPRESSÃO DESSES RECEPTORES É NECESSÁRIA PARA A GERAÇÃO DAS DUAS LINHAS DE TYMPHOCYTES, AB E GD. O GÉNERO DAS CADEIAS TCR É FORMADO POR SEGMENTOS GENICOS ISOLADOS, V, D E J, QUE DEVEM SER GRAVADOS AO NÍVEL DO ADN NOS PRECURSORES DE LIMPHOCYTES OU TYMOCYTES, ATRAVÉS DE UM PROCESSO DE RECOMBINAÇÃO V(D)J, PARA Surgirem A UMA CONFIGURAÇÃO GENICA GRAVADA POSSÍVEL DE SER TRANSLATADA PARA UMA CADEIA RECEPTORA. Portanto, estes genes passam de uma configuração não-transfronteiriça para outra em todo o desenvolvimento dos timocitas. A ATIVAÇÃO DA RECOMBINAÇÃO V(D)J EM CADA UM DOS GÉNEROS REQUERE A ATIVAÇÃO DE UM MELHOR ESPECÍFICO, CUJA ATIVAÇÃO É ALTAMENTE CONTROLADA DURANTE O DESENVOLVIMENTO CELULAR. No caso do TCRA GENE, a recombinação VJ depende da actividade de um reforço, cuja actividade não parece estar envolvida na transposição do GENE REORDERADO para a MATURE AB T LYMPHOCYTES. Interessantemente, o reforço necessário para a recomendação VDJ da TCRD GENE também não é relevante para a transposição da TCRD referenciada para os linfocitos GD T de maturidade, sendo o reforço da TCRA o elemento responsável por esta função. Atualmente, desconhece-se como é regulável a transcrição da TCRA codificada em linfocitos AB T. Por conseguinte, a transição de uma confirmação não-transfronteiriça para uma confirmação não-transfronteiriça em cada um destes genes é acompanhada por uma alteração no mecanismo de transferência genética e na aplicação de diferentes factores de melhoria para este fim. Neste projecto, propomos a utilização de técnicas genómicas para a investigação sobre os mecanismos moleculares envolvidos no regulamento dos reforços conhecidos do LOCUS TCRA/TCRD durante o desenvolvimento dos LYMPHOCYTES, a identificação de um novo reforço que possa ser responsável pela transcrição do TCRA GENE e a expressão da alteração do TCRA nos LYMPHOCYTES MATURAIS, bem como a procura de um modelo celular que permita estudar o mecanismo envolvido no regulamento das alterações na TOPOLOGIA do LOCAL durante o desenvolvimento dos THYMOCYTES. O CONHECIMENTO DERIVADO DO PRESENTE PROJECTO PODE REVOGAR NOVAS CAUSAS DE IMUNODEFICIÊNCIAS E DE T LIPMPHOCYTE LEUKEMIAS. (Portuguese)
17 August 2022
0 references
ERINEVATE RAKULIINIDE ARENG JA ELUNDITE MOODUSTUMINE NÕUAB VÄGA TÄPSET AJALIST JA RUUMILIST KONTROLLI GENEETILISE TRANSKRIPTSIOONI ÜLE, MIS SÕLTUB PEAMISELT MITTEKODEERIVAS DNA-S ESINEVATE TRANSKRIPTSIOONI TUGEVDAJATEKS VÕI VÕIMENDAJATEKS NIMETATAVATE KONKREETSETE REGULATIIVSETE JÄRJESTUSTE AKTIIVSUSEST. TUGEVDAJAD AKTIVEERIVAD OMA DIANA GEENIDE TRANSKRIPTSIOONI PIKKADE VAHEMAADE JOOKSUL TRANSKRIPTSIOONIFAKTORITE JA KOAKTIVAATORITE MOLEKULAARSETE KOOSTOIMETE KAUDU. NENDE MOLEKULAARSETE KONTAKTIDE LOOMISEKS TUGEVDAJA JA PROMOOTORI VAHEL ON OLULINE NII GENOOMI KORRALDAMINE TOPOLOOGILISELT SEOTUD VALDKONDADES KUI KA KONKREETSETE KOETRANSKRIPTSIOONITEGURITE LISANDUMINE NING ARENGUAEG TUGEVDAJATENI. MEIE HUVID KESKENDUVAD LOCUS TRANSKRIPTSIOONI REGULEERIMISELE, MIS KODEERIB VÕIMENDAJATE POOLT ALFA (A) JA DELTA (D) T-RAKU RETSEPTORI (TCRA/TCRD) AHELAID. SEE LOOKUS HÕLMAB 1,8 MB JA SISALDAB KAHTE GEENI, MIS KODEERIVAD TCRA JA TCRD AHELAD T-RAKU ANTIGEENIRETSEPTORID, TCRAB JA TCRGD. NENDE RETSEPTORITE EKSPRESSIOON ON VAJALIK KAHE T-LÜMFOTSÜÜTIDE, AB JA GD LIINI LOOMISEKS. TCR AHELATE GEENID MOODUSTUVAD ISOLEERITUD GENICAL-SEGMENTIDEST, MIDA NIMETATAKSE V, D JA J-KS, MIDA TULEB MUUTA DNA TASEMEL T-LÜMOTSÜÜTIDE VÕI TÜMOTSÜÜTIDE PREKURSORITES REKOMBINATSIOONI V(D)J ABIL, ET TEKITADA ÜMBERJÄRJESTATUD GEENKONFIGURATSIOON, MIDA ON VÕIMALIK TÕLKIDA RETSEPTORI AHELASSE. SEETÕTTU KANDUVAD NEED GEENID TÜMOTSÜÜTIDE ARENGU JOOKSUL ÜHEST EBAKORRAPÄRASEST KONFIGURATSIOONIST TEISE. V(D)J REKOMBINATSIOONI AKTIVEERIMINE IGAS NIMETATUD GEENIS NÕUAB SPETSIIFILISE VÕIMENDAJA AKTIVEERIMIST, MILLE AKTIVEERUMINE ON RAKKUDE ARENGU AJAL VÄGA KONTROLLI ALL. TCRA GEENI PUHUL SÕLTUB REKOMBINATSIOON VJ SELLISE TUGEVDAJA AKTIIVSUSEST, KELLE AKTIIVSUS EI NÄI OLEVAT SEOTUD ÜMBERJÄRJESTATUD GEENI TRANSKRIBEERIMISEGA KÜPS AB T-LÜMFOTSÜÜTIDEKS. HUVITAV ON SEE, ET TCRD GEENI VDJ SOOVITUSE JAOKS VAJALIK VÕIMENDAJA EI OLE OLULINE KA TCRD GEENI ÜMBERKIRJUTAMISEL KÜPSETEKS GD T-LÜMFOTSÜÜTIDEKS, KUSJUURES TCRA GEENI TUGEVDAJA ON SELLE FUNKTSIOONI EEST VASTUTAV ELEMENT. PRAEGU EI OLE TEADA, KUIDAS ON REGULEERITUD ÜMBERKORRALDATUD TCRA GEENI TRANSKRIBEERIMINE AB T-LÜMFOTSÜÜTIDES. SEETÕTTU KAASNEB IGA GEENI ÜLEMINEKUGA JÄRJESTAMATA KONFIGURATSIOONILT ÜMBERKORRALDATUD KONFIGURATSIOONILE GENEETILISE TRANSKRIPTSIOONI MEHHANISMI JA SEL EESMÄRGIL ERINEVATE TUGEVDAVATE AINETE MÕJU MUUTUS. SELLES PROJEKTIS TEEME ETTEPANEKU KASUTADA GENOOMILISI MEETODEID, ET UURIDA TCRA/TCRD TEADAOLEVATE TUGEVDAJATE MÄÄRUSEGA SEOTUD MOLEKULAARSEID MEHHANISME T-LÜMFOTSÜÜTIDE VÄLJATÖÖTAMISE AJAL, MÄÄRATA KINDLAKS UUS TUGEVDAJA, MIS VÕIB VASTUTADA TCRA ÜMBERJÄRJESTATUD GEENI TRANSKRIBEERIMISE JA TCRA AHELA EKSPRESSIOONI EEST KÜPSETES TAB-LÜMFOTSÜÜTIDES, SAMUTI OTSIDA RAKUMUDELIT, MIS VÕIMALDAB UURIDA MEHHANISMI, MIS ON SEOTUD LOOTSI TOPOLOOGIA MUUDATUSTE REGULEERIMISEGA TÜMOTSÜÜTIDE VÄLJATÖÖTAMISE AJAL. SELLE PROJEKTI KÄIGUS SAADUD TEADMISED VÕIVAD PALJASTADA IMMUNOPUUDULIKKUSE JA T-LÜMFOTSÜÜTIDE LEUKEEMIATE UUSI PÕHJUSEID. (Estonian)
17 August 2022
0 references
A KÜLÖNBÖZŐ SEJTVONALAK FEJLŐDÉSE ÉS A SZERVEK KIALAKULÁSA A GÉNÁTÍRÁS NAGYON PONTOS IDŐBELI ÉS TÉRBELI SZABÁLYOZÁSÁT IGÉNYLI, AMI ELSŐSORBAN A NEM KÓDOLÓ DNS-BEN JELEN LÉVŐ TRANSZKRIPCIÓS FOKOZÓKNAK VAGY FOKOZÓKNAK NEVEZETT SPECIFIKUS SZABÁLYOZÁSI SZEKVENCIÁK AKTIVITÁSÁTÓL FÜGG. AZ ERŐSÍTŐK NAGY TÁVOLSÁGOKON KERESZTÜL AKTIVÁLJÁK A DIANA GÉNJEIK ÁTÍRÁSÁT A TRANSZKRIPCIÓS FAKTOROK ÉS A TÁRSAKTIVÁTOROK KÖZÖTTI MOLEKULÁRIS KÖLCSÖNHATÁSOK RÉVÉN. A FOKOZÓ ÉS A PROMÓTER KÖZÖTTI MOLEKULÁRIS KAPCSOLATOK KIALAKÍTÁSÁHOZ FONTOS MIND A GENOM SZERVEZETE A TOPOLÓGIAILAG KAPCSOLÓDÓ TERÜLETEKEN, MIND A SPECIFIKUS SZÖVETÁTÍRÁSI TÉNYEZŐK FELVÉTELE, VALAMINT A FEJLŐDÉS IDEJE AZ ERŐSÍTŐK SZÁMÁRA. ÉRDEKLŐDÉSÜNK KÖZÉPPONTJÁBAN AZ ALFA (A) ÉS DELTA (D) T-SEJT RECEPTOR (TCRA/TCRD) LÁNCOK ÁLTAL KÓDOLT LOCUS TRANSZKRIPCIÓ SZABÁLYOZÁSA ÁLL. EZ A LOCUS 1,8 MB-OT FOGLAL EL, ÉS KÉT GÉNT TARTALMAZ, AMELYEK A T-SEJT ANTIGÉN RECEPTOROK, A TCRAB ÉS A TCRGD TCRA ÉS TCRD LÁNCAI ÁLTAL KÓDOLNAK. EZEKNEK A RECEPTOROKNAK A KIFEJEZŐDÉSE SZÜKSÉGES A T LIMFOCITÁK, AZ AB ÉS A GD KÉT VONALÁNAK ELŐÁLLÍTÁSÁHOZ. A TCR-LÁNCOK GÉNJEIT IZOLÁLT GENICAL-SZEGMENSEK (V, D ÉS J) ALKOTJÁK, AMELYEKET DNS-SZINTEN KELL ÁTRENDEZNI A T LIMFOCITÁK VAGY TIMOCITÁK PREKURZORAIBAN EGY REKOMBINÁCIÓS V(D)J FOLYAMATON KERESZTÜL, HOGY OLYAN ÁTRENDEZETT GÉN KONFIGURÁCIÓT EREDMÉNYEZZENEK, AMELY ÁTALAKÍTHATÓ EGY RECEPTORLÁNCBA. EZÉRT EZEK A GÉNEK AZ EGYIK RENDEZETLEN KONFIGURÁCIÓBÓL A MÁSIKBA MENNEK ÁT A TIMOCITÁK FEJLŐDÉSE SORÁN. A V(D)J REKOMBINÁCIÓ AKTIVÁLÁSA EZEN GÉNEK MINDEGYIKÉBEN EGY SPECIFIKUS FOKOZÓ AKTIVÁLÁSÁT IGÉNYLI, AMELYNEK AKTIVÁLÁSA A SEJTFEJLESZTÉS SORÁN ERŐSEN SZABÁLYOZOTT. A TCRA GÉN ESETÉBEN A REKOMBINÁCIÓ VJ EGY FOKOZÓ AKTIVITÁSÁTÓL FÜGG, AMELYNEK AKTIVITÁSA LÁTHATÓAN NEM JÁTSZIK SZEREPET AZ ÁTRENDEZETT GÉN ÉRETT AB T LIMFOCITÁKKÁ TÖRTÉNŐ ÁTÍRÁSÁBAN. ÉRDEKES, HOGY A TCRD GÉN VDJ AJÁNLÁSÁHOZ SZÜKSÉGES FOKOZÓ SEM RELEVÁNS AZ ÁTRENDEZETT TCRD GÉN ÉRETT GD T LIMFOCITÁKKÁ TÖRTÉNŐ ÁTÍRÁSA SZEMPONTJÁBÓL, MIVEL A TCRA GÉN FOKOZÓJA A FELELŐS ELEME ENNEK A FUNKCIÓNAK. JELENLEG NEM ISMERT, HOGY AZ AB T LIMFOCITÁKBAN AZ ÁTRENDEZETT TCRA GÉN ÁTÍRÁSA HOGYAN SZABÁLYOZOTT. EZÉRT A RENDEZETLEN KONFIGURÁCIÓRÓL AZ EGYES GÉNEK ÚJRARENDEZETT KONFIGURÁCIÓJÁRA VALÓ ÁTTÉRÉST A GÉNÁTÍRÁS MECHANIZMUSÁNAK VÁLTOZÁSA ÉS A KÜLÖNBÖZŐ FOKOZÓK E CÉLBÓL TÖRTÉNŐ BEVONÁSA KÍSÉRI. EBBEN A PROJEKTBEN A T LIMFOCITÁK FEJLESZTÉSE SORÁN A LOCUS TCRA/TCRD ISMERT FOKOZÓINAK SZABÁLYOZÁSÁBAN RÉSZT VEVŐ MOLEKULÁRIS MECHANIZMUSOK KUTATÁSÁRA IRÁNYULÓ GENOMIKUS TECHNIKÁK ALKALMAZÁSÁT JAVASOLJUK, EGY ÚJ FOKOZÓ AZONOSÍTÁSÁT, AMELY FELELŐS LEHET AZ ÁTRENDEZETT TCRA GÉN ÁTÍRÁSÁÉRT ÉS A TCRA-LÁNC ÉRETT LAPOS LIMFOCITÁKBAN VALÓ KIFEJEZÉSÉÉRT, VALAMINT EGY OLYAN SEJTMODELL KERESÉSÉT, AMELY LEHETŐVÉ TESZI A LOCUS TOPOLÓGIÁJÁBAN BEKÖVETKEZŐ VÁLTOZÁSOK SZABÁLYOZÁSÁBAN A TIMOCITÁK KIALAKULÁSA SORÁN ALKALMAZOTT MECHANIZMUS TANULMÁNYOZÁSÁT. AZ EBBŐL A PROJEKTBŐL SZÁRMAZÓ ISMERETEK FELTÁRHATJÁK AZ IMMUNHIÁNYOK ÉS A LIMFOCITA LEUKÉMIA ÚJ OKAIT. (Hungarian)
17 August 2022
0 references
РАЗВИТИЕТО НА РАЗЛИЧНИТЕ КЛЕТЪЧНИ ЛИНИИ И ОБРАЗУВАНЕТО НА ОРГАНИ ИЗИСКВА МНОГО ТОЧЕН ВРЕМЕВИ И ПРОСТРАНСТВЕН КОНТРОЛ НА ГЕННАТА ТРАНСКРИПЦИЯ, КОЙТО ЗАВИСИ ГЛАВНО ОТ АКТИВНОСТТА НА СПЕЦИФИЧНИ РЕГУЛАТОРНИ ПОСЛЕДОВАТЕЛНОСТИ, НАРЕЧЕНИ ТРАНСКРИПЦИОННИ ПОДОБРИТЕЛИ ИЛИ ПОДОБРИТЕЛИ, КОИТО ПРИСЪСТВАТ В НЕКОДИРАЩАТА ДНК. ПОДОБРИТЕЛИТЕ АКТИВИРАТ ТРАНСКРИПЦИЯТА НА ТЕХНИТЕ ГЕНИ DIANA НА ДЪЛГИ РАЗСТОЯНИЯ ЧРЕЗ МОЛЕКУЛЯРНО ВЗАИМОДЕЙСТВИЕ МЕЖДУ ТРАНСКРИПЦИОННИТЕ ФАКТОРИ И КОАКТИВАТОРИТЕ UNITED КЪМ СЕБЕ СИ И ТРАНСКРИПЦИОННИТЕ ПРОМОТОРИ. ЗА УСТАНОВЯВАНЕТО НА ТЕЗИ МОЛЕКУЛЯРНИ КОНТАКТИ МЕЖДУ ПОДОБРИТЕЛ И ПРОМОТОР СА ВАЖНИ КАКТО ОРГАНИЗАЦИЯТА НА ГЕНОМА В ТОПОЛОГИЧНО СВЪРЗАНИ ОБЛАСТИ, ТАКА И НАБИРАНЕТО НА СПЕЦИФИЧНИ ФАКТОРИ ЗА ТРАНСКРИПЦИЯ НА ТЪКАНИТЕ И ВРЕМЕТО НА РАЗВИТИЕ НА ПОДОБРИТЕЛИТЕ. НАШИТЕ ИНТЕРЕСИ СЕ ФОКУСИРАТ ВЪРХУ РЕГУЛИРАНЕТО НА ЛОКУС ТРАНСКРИПЦИЯТА, КОЯТО КОДИРА ЧРЕЗ АЛФА (А) И ДЕЛТА (D) T-КЛЕТЪЧЕН РЕЦЕПТОР (TCRA/TCRD) ВЕРИГИ ОТ ПОДОБРИТЕЛИ. ТОЗИ ЛОКУС ЗАЕМА 1,8 MB И СЪДЪРЖА ДВА ГЕНА, КОИТО КОДИРАТ ЧРЕЗ TCRA И TCRD ВЕРИГИТЕ НА T-КЛЕТЪЧНИТЕ АНТИГЕННИ РЕЦЕПТОРИ, TCRAB И TCRGD. ЕКСПРЕСИЯТА НА ТЕЗИ РЕЦЕПТОРИ Е НЕОБХОДИМА ЗА ГЕНЕРИРАНЕТО НА ДВЕТЕ ЛИНИИ НА T ЛИМФОЦИТИТЕ, AB И GD. ГЕНИТЕ НА TCR ВЕРИГИТЕ СЕ ОБРАЗУВАТ ОТ ИЗОЛИРАНИ GENICAL СЕГМЕНТИ, НАРЕЧЕНИ V, D И J, КОИТО ТРЯБВА ДА БЪДАТ ПРЕПОДРЕДЕНИ НА НИВО ДНК В ПРЕКУРСОРИТЕ НА T ЛИМФОЦИТИ ИЛИ ТИМОЦИТИ, ЧРЕЗ ПРОЦЕС, НАРЕЧЕН РЕКОМБИНАЦИЯ V(D)J, ЗА ДА СЕ ПОЛУЧИ ПРЕПОДРЕДЕНА ГЕННА КОНФИГУРАЦИЯ, КОЯТО МОЖЕ ДА БЪДЕ ПРЕНЕСЕНА В РЕЦЕПТОРНА ВЕРИГА. СЛЕДОВАТЕЛНО, ТЕЗИ ГЕНИ ПРЕМИНАВАТ ОТ ЕДНА НЕПОДРЕДЕНА КОНФИГУРАЦИЯ В ДРУГА, ПРЕПОДРЕДЕНИ ПО ВРЕМЕ НА РАЗВИТИЕТО НА ТИМОЦИТИТЕ. АКТИВИРАНЕТО НА РЕКОМБИНАЦИЯТА НА V(D)J ВЪВ ВСЕКИ ОТ ТЕЗИ ГЕНИ ИЗИСКВА АКТИВИРАНЕТО НА СПЕЦИФИЧЕН ПОДОБРИТЕЛ, ЧИЕТО АКТИВИРАНЕ Е СИЛНО КОНТРОЛИРАНО ПО ВРЕМЕ НА КЛЕТЪЧНОТО РАЗВИТИЕ. В СЛУЧАЯ НА ГЕНА TCRA РЕКОМБИНАЦИЯТА VJ ЗАВИСИ ОТ АКТИВНОСТТА НА ПОДОБРИТЕЛЯ, ЧИЯТО АКТИВНОСТ ИЗГЛЕЖДА НЕ УЧАСТВА В ТРАНСКРИБИРАНЕТО НА ПРЕПОДРЕДЕНИЯ ГЕН В ЗРЕЛИ AB T ЛИМФОЦИТИ. ИНТЕРЕСНОТО Е, ЧЕ ПОДОБРИТЕЛЯТ, КОЙТО Е НЕОБХОДИМ ЗА ПРЕПОРЪКАТА ЗА VDJ НА ГЕНА НА TCRD, СЪЩО НЕ Е ОТ ЗНАЧЕНИЕ ЗА ТРАНСКРИБИРАНЕТО НА ПРЕНАРЕДЕНИЯ ГЕН НА TCRD В ЗРЕЛИ GD T ЛИМФОЦИТИ, КАТО ПОДОБРИТЕЛЯТ НА ГЕНА TCRA Е ОТГОВОРЕН ЕЛЕМЕНТ ЗА ТАЗИ ФУНКЦИЯ. ПОНАСТОЯЩЕМ НЕ Е ИЗВЕСТНО КАК СЕ РЕГУЛИРА ТРАНСКРИБИРАНЕТО НА ПРЕНАРЕДЕНИЯ ГЕН НА TCRA В AB T ЛИМФОЦИТИ. СЛЕДОВАТЕЛНО ПРЕХОДЪТ ОТ НЕПОДРЕДЕНА КОНФИГУРАЦИЯ КЪМ ПРЕНАРЕДЕНА КОНФИГУРАЦИЯ ВЪВ ВСЕКИ ОТ ТЕЗИ ГЕНИ Е ПРИДРУЖЕН ОТ ПРОМЯНА В МЕХАНИЗМА ЗА ГЕННА ТРАНСКРИПЦИЯ И В ВЛИЯНИЕТО НА РАЗЛИЧНИ ПОДОБРИТЕЛИ ЗА ТАЗИ ЦЕЛ. В ТОЗИ ПРОЕКТ ПРЕДЛАГАМЕ ИЗПОЛЗВАНЕТО НА ГЕНОМНИ ТЕХНИКИ ЗА ИЗСЛЕДВАНЕ НА МОЛЕКУЛЯРНИТЕ МЕХАНИЗМИ, УЧАСТВАЩИ В РЕГУЛИРАНЕТО НА ИЗВЕСТНИТЕ ПОДОБРИТЕЛИ НА ЛОКУС TCRA/TCRD ПО ВРЕМЕ НА РАЗРАБОТВАНЕТО НА Т ЛИМФОЦИТИ, ИДЕНТИФИЦИРАНЕТО НА НОВ ПОДОБРИТЕЛ, КОЙТО МОЖЕ ДА БЪДЕ ОТГОВОРЕН ЗА ТРАНСКРИБИРАНЕТО НА ПРЕНАРЕДЕНИЯ ГЕН НА TCRA И ЕКСПРЕСИЯТА НА ВЕРИГАТА TCRA В ЗРЕЛИ ТАБ ЛИМФОЦИТИ, КАКТО И ТЪРСЕНЕТО НА КЛЕТЪЧЕН МОДЕЛ, КОЙТО ПОЗВОЛЯВА ДА СЕ ПРОУЧИ МЕХАНИЗМЪТ, УЧАСТВАЩ В РЕГУЛИРАНЕТО НА ПРОМЕНИТЕ В ТОПОЛОГИЯТА НА ЛОКУСА ПО ВРЕМЕ НА РАЗВИТИЕТО НА ТИМОЦИТИТЕ. ЗНАНИЯТА, ПОЛУЧЕНИ ОТ ТОЗИ ПРОЕКТ, МОГАТ ДА РАЗКРИЯТ НОВИ ПРИЧИНИ ЗА ИМУНОДЕФИЦИТИ И ЛЕВКЕМИЯ НА Т ЛИМФОЦИТИТЕ. (Bulgarian)
17 August 2022
0 references
SKIRTINGŲ LĄSTELIŲ LINIJŲ RAIDAI IR ORGANŲ FORMAVIMUISI REIKALINGA LABAI TIKSLI LAIKO IR ERDVINĖ GENINĖS TRANSKRIPCIJOS KONTROLĖ, KURI DAUGIAUSIA PRIKLAUSO NUO KONKREČIŲ REGULIUOJAMŲ SEKŲ, VADINAMŲ TRANSKRIPCIJOS STIPRIKLIAIS AR STIPRIKLIAIS, KURIE YRA NEKODUOJANČIOJE DNR, AKTYVUMO. STIPRIKLIAI AKTYVUOJA JŲ DIANA GENŲ TRANSKRIPCIJĄ DIDELIAIS ATSTUMAIS PER MOLEKULINĘ SĄVEIKĄ TARP TRANSKRIPCIJOS VEIKSNIŲ IR KOAKTYVATORIŲ, VIENIJANČIŲ SAVE IR TRANSKRIPCIJOS PROMOTORIUS. ŠIEMS MOLEKULINIAMS RYŠIAMS TARP STIPRIKLIO IR PROMOTORIAUS UŽMEGZTI SVARBU TIEK GENOMO ORGANIZAVIMAS TOPOLOGIŠKAI SUSIJUSIOSE SRITYSE, TIEK KONKREČIŲ AUDINIŲ TRANSKRIPCIJOS VEIKSNIŲ ĮTRAUKIMAS IR STIPRIKLIŲ KŪRIMO LAIKAS. MŪSŲ INTERESAI SUSIJĘ SU LOKUSO TRANSKRIPCIJOS REGLAMENTAVIMU, PAGAL KURĮ STIPRIKLIAI KODUOJA ALFA (A) IR DELTA (D) T-LĄSTELIŲ RECEPTORIŲ (TCRA/TCRD) GRANDINES. ŠIS LOKUSAS UŽIMA 1,8 MB IR JAME YRA DU GENAI, KURIE KODUOJA TCRA IR TCRD GRANDINES T-LĄSTELIŲ ANTIGENŲ RECEPTORIŲ, TCRAB IR TCRGD. ŠIŲ RECEPTORIŲ IŠRAIŠKA YRA BŪTINA DVIEJŲ LINIJŲ T LIMFOCITŲ – AB IR GD – GENERAVIMUI. TCR GRANDINIŲ GENUS SUDARO IZOLIUOTI GENICAL SEGMENTAI, VADINAMI V, D IR J, KURIE TURI BŪTI PERTVARKYTI DNR LYGIU T LIMFOCITŲ ARBA TIROCITŲ PIRMTAKUOSE, TAIKANT PROCESĄ, VADINAMĄ REKOMBINACIJA V(D)J, KAD BŪTŲ SUKURTA PERTVARKYTA GENINĖ KONFIGŪRACIJA, KURIĄ BŪTŲ GALIMA IŠVERSTI Į RECEPTORIŲ GRANDINĘ. DĖL TO, ŠIE GENAI PEREINA IŠ VIENOS NETVARKINGOS KONFIGŪRACIJOS Į KITĄ, PERTVARKYTĄ PER VISĄ TIMOCITŲ VYSTYMĄSI. V(D)J REKOMBINACIJOS AKTYVAVIMUI KIEKVIENAME IŠ ŠIŲ GENŲ REIKIA AKTYVINTI SPECIFINĮ STIPRIKLĮ, KURIO AKTYVAVIMAS YRA LABAI KONTROLIUOJAMAS LĄSTELIŲ VYSTYMOSI METU. TCRA GENO REKOMBINACIJA VJ PRIKLAUSO NUO STIPRIKLIO, KURIO AKTYVUMAS, ATRODO, NĖRA SUSIJĘS SU PERTVARKYTO GENO TRANSKRIBAVIMU Į SUBRENDUSIUS AB LIMFOCITUS, AKTYVUMO. ĮDOMU TAI, KAD TCRD GENO VDJ REKOMENDACIJAI REIKALINGAS STIPRIKLIS TAIP PAT NĖRA SVARBUS PERRAŠANT PERTVARKYTĄ TCRD GENĄ Į SUBRENDUSIUS GD T LIMFOCITUS, O TCRA GENO STIPRIKLIS YRA ATSAKINGAS UŽ ŠIĄ FUNKCIJĄ. ŠIUO METU NEŽINOMA, KAIP REGULIUOJAMAS PERTVARKYTO TCRA GENO AB T LIMFOCITUOSE TRANSKRIPCIJA. TODĖL PERĖJIMAS IŠ NETVARKINGOS KONFIGŪRACIJOS Į PERTVARKYTĄ KONFIGŪRACIJĄ KIEKVIENAME IŠ ŠIŲ GENŲ YRA SUSIJĘS SU GENINĖS TRANSKRIPCIJOS MECHANIZMO PAKEITIMU IR TUO TIKSLU ĮVAIRIŲ STIPRIKLIŲ POVEIKIU. ŠIAME PROJEKTE SIŪLOME NAUDOTI GENOMINIUS METODUS MOLEKULINIAMS MECHANIZMAMS, SUSIJUSIEMS SU ŽINOMŲ LOKUSO TCRA/TCRD STIPRIKLIŲ REGLAMENTAVIMU KURIANT T LIMFOCITUS, TIRTI, NUSTATYTI NAUJĄ STIPRIKLĮ, KURIS GALI BŪTI ATSAKINGAS UŽ PERTVARKYTO TCRA GENO TRANSKRIPCIJĄ IR TCRA GRANDINĖS EKSPRESIJĄ SUBRENDUSIŲ LENTELIŲ LIMFOCITUOSE, TAIP PAT IEŠKOTI LĄSTELIŲ MODELIO, KURIS LEISTŲ IŠTIRTI LOKUSO TOPOLOGIJOS POKYČIŲ REGULIAVIMO MECHANIZMĄ ČIOCITŲ VYSTYMOSI METU. ŠIO PROJEKTO METU GAUTOS ŽINIOS GALI ATSKLEISTI NAUJAS IMUNODEFICITO IR T LIMFOCITŲ LEUKEMIJOS PRIEŽASTIS. (Lithuanian)
17 August 2022
0 references
RAZVOJ RAZLIČITIH STANIČNIH LINIJA I FORMIRANJE ORGANA ZAHTIJEVA VRLO PRECIZNU VREMENSKU I PROSTORNU KONTROLU GENSKE TRANSKRIPCIJE, KOJA UGLAVNOM OVISI O DJELOVANJU ODREĐENIH REGULATORNIH SEKVENCI KOJI SE NAZIVAJU TRANSKRIPCIJSKI POJAČIVAČI ILI POJAČIVAČI KOJI SU PRISUTNI U NEKODIRANOJ DNK. POJAČIVAČI AKTIVIRAJU TRANSKRIPCIJU SVOJIH DIANA GENA NA VELIKE UDALJENOSTI KROZ MOLEKULARNE INTERAKCIJE IZMEĐU TRANSKRIPCIJSKIH FAKTORA I KOAKTIVATORA UJEDINJENIH U SEBI I TRANSKRIPCIJSKIH PROMOTORA. ZA USPOSTAVU TIH MOLEKULARNIH KONTAKATA IZMEĐU POJAČIVAČA I PROMOTORA VAŽNI SU I ORGANIZACIJA GENOMA U TOPOLOŠKI POVEZANIM DOMENAMA I NOVAČENJE SPECIFIČNIH ČIMBENIKA TRANSKRIPCIJE TKIVA TE VRIJEME RAZVOJA ZA POJAČIVAČE. NAŠI INTERESI USREDOTOČENI SU NA REGULACIJU TRANSKRIPCIJE LOKUSA KOJA KODIRAJU LANCE ALFA (A) I DELTA (D) RECEPTORA T-STANICA (TCRA/TCRD) POMOĆU POJAČIVAČA. LOKUS ZAUZIMA 1,8 MB I SADRŽI DVA GENA KOJI KODIRAJU TCRA I TCRD LANCE ANTIGENSKIH RECEPTORA T-STANICA, TCRAB I TCRGD. EKSPRESIJA OVIH RECEPTORA POTREBNA JE ZA STVARANJE DVIJU LINIJA T LIMFOCITA, AB I GD. GENI TCR LANACA NASTAJU IZOLIRANIM SEGMENTIMA GENICAL-A, KOJI SE NAZIVAJU V, D I J, KOJE TREBA REDEFINIRATI NA RAZINI DNK-A U PREKURSORIMA T LIMFOCITA ILI TIMOCITA, KROZ PROCES KOJI SE NAZIVA REKOMBINACIJA V(D)J, KAKO BI SE DOBILA PROMJENA GENSKE KONFIGURACIJE KOJA SE MOŽE PREVESTI U RECEPTORSKI LANAC. DAKLE, TI GENI PRELAZE IZ JEDNE NENAREĐENE KONFIGURACIJE U DRUGU REDEFINIRANU TIJEKOM RAZVOJA TIMOCITA. AKTIVACIJA REKOMBINACIJE V(D)J U SVAKOM OD TIH GENA ZAHTIJEVA AKTIVACIJU SPECIFIČNOG POJAČIVAČA ČIJA JE AKTIVACIJA VRLO KONTROLIRANA TIJEKOM RAZVOJA STANICA. U SLUČAJU TCRA GENA, REKOMBINACIJA VJ OVISI O AKTIVNOSTI POJAČIVAČA, ČIJA AKTIVNOST SE NE ČINI UKLJUČENIM U TRANSKRIBIRANJE RENAGIRANOG GENA U ZRELE AB T LIMFOCITE. ZANIMLJIVO JE DA POJAČIVAČ KOJI JE POTREBAN ZA VDJ PREPORUKU TCRD GENA TAKOĐER NIJE RELEVANTAN ZA TRANSKRIBIRANJE PRENAMJENOG TCRD GENA U ZRELE GD T LIMFOCITE, PRI ČEMU JE POJAČIVAČ TCRA GENA ODGOVORAN ELEMENT ZA OVU FUNKCIJU. TRENUTAČNO NIJE POZNATO KAKO JE REGULIRANA TRANSKRIBACIJA TCRA GENA U AB T LIMFOCITIMA. STOGA JE PRIJELAZ IZ NENAREĐENE KONFIGURACIJE U PRENAMIJENJENU KONFIGURACIJU U SVAKOM OD TIH GENA POPRAĆEN PROMJENOM MEHANIZMA ZA GENSKU TRANSKRIPCIJU I U IMPLIKACIJAMA RAZLIČITIH POJAČIVAČA U TU SVRHU. U OVOM PROJEKTU PREDLAŽEMO KORIŠTENJE GENOMSKIH TEHNIKA ZA ISTRAŽIVANJE MOLEKULARNIH MEHANIZAMA UKLJUČENIH U REGULACIJU POZNATIH POJAČIVAČA LOKUSA TCRA/TCRD TIJEKOM RAZVOJA T LIMFOCITA, IDENTIFIKACIJU NOVOG POJAČIVAČA KOJI MOŽE BITI ODGOVORAN ZA TRANSKRIBIRANJE PREOBLIKOVANOG TCRA GENA I EKSPRESIJU TCRA LANCA U ZRELIM TAB LIMFOCITIMA, KAO I POTRAGU ZA STANIČNIM MODELOM KOJI OMOGUĆUJE PROUČAVANJE MEHANIZMA UKLJUČENOG U REGULACIJU PROMJENA U TOPOLOGIJI LOKUSA TIJEKOM RAZVOJA TIMOCITA. ZNANJE IZVEDENO IZ OVOG PROJEKTA MOGLO BI OTKRITI NOVE UZROKE IMUNODEFICIJENCIJE I T LIMFOCITNE LEUKEMIJE. (Croatian)
17 August 2022
0 references
UTVECKLINGEN AV DE OLIKA CELLLINJERNA OCH BILDANDET AV ORGAN KRÄVER EN MYCKET EXAKT TIDSMÄSSIG OCH RUMSLIG KONTROLL AV DEN GENISKA TRANSKRIPTIONEN, SOM HUVUDSAKLIGEN BEROR PÅ AKTIVITETEN HOS SPECIFIKA REGELSEKVENSER SOM KALLAS TRANSKRIPTIONSFÖRSTÄRKARE ELLER FÖRSTÄRKARE SOM FINNS I DET ICKE-KODANDE DNA. FÖRSTÄRKARE AKTIVERAR TRANSKRIPTIONEN AV SINA DIANA-GENER ÖVER LÅNGA AVSTÅND GENOM MOLEKYLÄRA INTERAKTIONER MELLAN TRANSKRIPTIONSFAKTORER OCH SAMAKTIVATORER FÖRENADE TILL SIG SJÄLVA OCH TRANSKRIPTIONELLA PROMOTORER. FÖR UPPRÄTTANDET AV DESSA MOLEKYLÄRA KONTAKTER MELLAN EN FÖRSTÄRKARE OCH EN PROMOTOR ÄR BÅDE ORGANISATIONEN AV GENOMET I TOPOLOGISKT ASSOCIERADE DOMÄNER OCH REKRYTERINGEN AV SPECIFIKA VÄVNADSTRANSKRIPTIONSFAKTORER OCH TIDPUNKTEN FÖR UTVECKLING TILL FÖRSTÄRKARE VIKTIGA. VÅRA INTRESSEN FOKUSERAR PÅ REGLERINGEN AV LOCUS TRANSKRIPTION SOM KODAR AV ALFA (A) OCH DELTA (D) T-CELLRECEPTOR (TCRA/TCRD) KEDJOR AV FÖRSTÄRKARE. DENNA LOCUS UPPTAR 1,8 MB OCH INNEHÅLLER TVÅ GENER SOM KODAS AV TCRA- OCH TCRD-KEDJORNA AV T-CELLSANTIGENRECEPTORERNA, TCRAB OCH TCRGD. UTTRYCKET AV DESSA RECEPTORER ÄR NÖDVÄNDIGT FÖR ATT GENERERA DE TVÅ HÄRSTAMNINGARNA AV T LYMFOCYTER, AB OCH GD. GENERNA I TCR-KEDJORNA BILDAS AV ISOLERADE GENICAL-SEGMENT, SOM KALLAS V, D OCH J, SOM MÅSTE OMORDNAS PÅ DNA-NIVÅ I PREKURSORERNA TILL T LYMFOCYTER ELLER TYMOCYTER, GENOM EN PROCESS SOM KALLAS REKOMBINATION V(D)J, FÖR ATT GE UPPHOV TILL EN OMORDNAD GENISK KONFIGURATION SOM KAN ÖVERSÄTTAS TILL EN RECEPTORKEDJA. DÄRFÖR GÅR DESSA GENER FRÅN EN OORDNAD KONFIGURATION TILL EN ANNAN OMORDNAD UNDER HELA UTVECKLINGEN AV TYMOCYTER. AKTIVERING AV V(D)J-REKOMBINATIONEN I VAR OCH EN AV DESSA GENER KRÄVER AKTIVERING AV EN SPECIFIK FÖRSTÄRKARE, VARS AKTIVERING ÄR MYCKET KONTROLLERAD UNDER CELLUTVECKLINGEN. NÄR DET GÄLLER TCRA-GENEN BEROR REKOMBINATION VJ PÅ AKTIVITETEN HOS EN FÖRSTÄRKARE, VARS AKTIVITET INTE VERKAR VARA INVOLVERAD I TRANSKRIBERINGEN AV DEN OMORDNADE GENEN TILL MOGNA AB-LYMFOCYTER. INTRESSANT NOG ÄR FÖRSTÄRKAREN SOM ÄR NÖDVÄNDIG FÖR VDJ REKOMMENDATIONEN AV TCRD-GENEN INTE HELLER RELEVANT FÖR TRANSKRIBERING AV DEN OMORDNADE TCRD-GENEN TILL MOGNA GD T-LYMFOCYTER, MED FÖRSTÄRKAREN AV TCRA-GENEN SOM ANSVARIG FAKTOR FÖR DENNA FUNKTION. DET ÄR FÖR NÄRVARANDE OKÄNT HUR TRANSKRIBERING AV DEN OMORDNADE TCRA-GENEN I AB T LYMFOCYTER REGLERAS. ÖVERGÅNGEN FRÅN EN OORDNAD KONFIGURATION TILL EN OMORDNAD KONFIGURATION I VAR OCH EN AV DESSA GENER ÅTFÖLJS DÄRFÖR AV EN FÖRÄNDRING AV MEKANISMEN FÖR GENISK TRANSKRIPTION OCH I IMPLIKATIONEN AV OLIKA FÖRSTÄRKARE FÖR DETTA ÄNDAMÅL. I DETTA PROJEKT FÖRESLÅR VI ANVÄNDNING AV GENOMISKA TEKNIKER FÖR FORSKNING OM DE MOLEKYLÄRA MEKANISMER SOM ÄR INVOLVERADE I REGLERINGEN AV KÄNDA FÖRSTÄRKARE AV LOCUS TCRA/TCRD UNDER UTVECKLINGEN AV T LYMFOCYTER, IDENTIFIERING AV EN NY FÖRSTÄRKARE SOM KAN ANSVARA FÖR TRANSKRIBERING AV DEN OMORDNADE TCRA-GENEN OCH UTTRYCKET AV TCRA-KEDJAN I MOGNA FLIKLYMFOCYTER, SAMT SÖKANDET EFTER EN CELLMODELL SOM GÖR DET MÖJLIGT ATT STUDERA MEKANISMEN I REGLERINGEN AV FÖRÄNDRINGAR I LOKUSENS TOPOLOGI UNDER UTVECKLINGEN AV TYMOCYTER. DEN KUNSKAP SOM HÄRLEDS FRÅN DETTA PROJEKT KAN AVSLÖJA NYA ORSAKER TILL IMMUNBRISTER OCH LYMFOCYTLEUKEMI. (Swedish)
17 August 2022
0 references
DEZVOLTAREA DIFERITELOR LINII CELULARE ȘI FORMAREA ORGANELOR NECESITĂ UN CONTROL TEMPORAL ȘI SPAȚIAL FOARTE PRECIS AL TRANSCRIPȚIEI GENICE, CARE DEPINDE ÎN PRINCIPAL DE ACTIVITATEA SECVENȚELOR SPECIFICE DE REGLEMENTARE NUMITE AMELIORATORI TRANSCRIPȚIONALI SAU AMELIORATORI CARE SUNT PREZENȚI ÎN ADN-UL NECODIFICATOR. AMELIORATORII ACTIVEAZĂ TRANSCRIEREA GENELOR DIANA PE DISTANȚE LUNGI PRIN INTERACȚIUNI MOLECULARE ÎNTRE FACTORII DE TRANSCRIERE ȘI CO-ACTIVATORI UNIȚI ȘI PROMOTORII TRANSCRIPȚIONALI. PENTRU STABILIREA ACESTOR CONTACTE MOLECULARE ÎNTRE UN POTENȚIATOR ȘI UN PROMOTOR, ATÂT ORGANIZAREA GENOMULUI ÎN DOMENIILE ASOCIATE TOPOLOGIC, CÂT ȘI RECRUTAREA FACTORILOR SPECIFICI DE TRANSCRIERE A ȚESUTURILOR ȘI TIMPUL DE DEZVOLTARE PENTRU AMELIORATORI SUNT IMPORTANTE. INTERESELE NOASTRE SE CONCENTREAZĂ PE REGULAMENTUL DE TRANSCRIERE A LOCUSULUI CARE CODIFICĂ LANȚURILE RECEPTORILOR ALFA (A) ȘI DELTA (D) T (TCRA/TCRD) DE CĂTRE AMELIORATORI. ACEST LOCUS OCUPĂ 1,8 MB ȘI CONȚINE DOUĂ GENE CARE CODIFICĂ PRIN LANȚURILE TCRA ȘI TCRD ALE RECEPTORILOR ANTIGENULUI CELULELOR T, TCRAB ȘI TCRGD. EXPRESIA ACESTOR RECEPTORI ESTE NECESARĂ PENTRU GENERAREA CELOR DOUĂ LINII DE LIMFOCITE T, AB ȘI GD. GENELE LANȚURILOR TCR SUNT FORMATE DIN SEGMENTE GENICAL IZOLATE, NUMITE V, D ȘI J, CARE TREBUIE REORDONATE LA NIVELUL ADN ÎN PRECURSORII LIMFOCITELOR SAU TIMOCITELOR T, PRINTR-UN PROCES NUMIT RECOMBINARE V(D)J, PENTRU A DA NAȘTERE UNEI CONFIGURAȚII GENICE REORDONATE CARE POATE FI TRADUSĂ ÎNTR-UN LANȚ RECEPTOR. PRIN URMARE, ACESTE GENE TREC DE LA O CONFIGURAȚIE NEORDONATĂ LA ALTA REORDONATĂ PE TOT PARCURSUL DEZVOLTĂRII TIMOCITELOR. ACTIVAREA RECOMBINARII V(D)J ÎN FIECARE DINTRE ACESTE GENE NECESITĂ ACTIVAREA UNUI POTENȚIATOR SPECIFIC, A CĂRUI ACTIVARE ESTE FOARTE CONTROLATĂ ÎN TIMPUL DEZVOLTĂRII CELULARE. ÎN CAZUL GENEI TCRA, RECOMBINAREA VJ DEPINDE DE ACTIVITATEA UNUI POTENȚIATOR, A CĂRUI ACTIVITATE NU PARE SĂ FIE IMPLICATĂ ÎN TRANSCRIEREA GENEI REORDONATE ÎN LIMFOCITE AB MATURE. INTERESANT, POTENȚATORUL CARE ESTE NECESAR PENTRU RECOMANDAREA VDJ A GENEI TCRD NU ESTE, DE ASEMENEA, RELEVANT PENTRU TRANSCRIEREA GENEI TCRD REORDONATE ÎN LIMFOCITE TDG MATURE, CU POTENȚATORUL GENEI TCRA FIIND ELEMENTUL RESPONSABIL PENTRU ACEASTĂ FUNCȚIE. ÎN PREZENT, NU SE CUNOAȘTE MODUL ÎN CARE ESTE REGLEMENTATĂ TRANSCRIEREA GENEI TCRA REORDONATE ÎN LIMFOCITELE AB T. PRIN URMARE, TRECEREA DE LA O CONFIGURAȚIE NEORDONATĂ LA O CONFIGURAȚIE REORDONATĂ ÎN FIECARE DINTRE ACESTE GENE ESTE ÎNSOȚITĂ DE O MODIFICARE A MECANISMULUI DE TRANSCRIERE GENICĂ ȘI A IMPLICAȚIILOR DIFERIȚILOR AMELIORATORI ÎN ACEST SCOP. ÎN ACEST PROIECT PROPUNEM UTILIZAREA TEHNICILOR GENOMICE PENTRU CERCETAREA MECANISMELOR MOLECULARE IMPLICATE ÎN REGLEMENTAREA AMELIORATORILOR CUNOSCUȚI AI LOCUSULUI TCRA/TCRD ÎN TIMPUL DEZVOLTĂRII LIMFOCITELOR T, IDENTIFICAREA UNUI NOU POTENȚIATOR CARE POATE FI RESPONSABIL PENTRU TRANSCRIEREA GENEI TCRA REORDONATE ȘI EXPRESIA LANȚULUI TCRA ÎN LIMFOCITELE CU FILE MATURE, PRECUM ȘI CĂUTAREA UNUI MODEL CELULAR CARE SĂ PERMITĂ STUDIEREA MECANISMULUI IMPLICAT ÎN REGLEMENTAREA MODIFICĂRILOR TOPOLOGIEI LOCUSULUI ÎN TIMPUL DEZVOLTĂRII TIMOCITELOR. CUNOȘTINȚELE DERIVATE DIN ACEST PROIECT AR PUTEA DEZVĂLUI NOI CAUZE ALE IMUNODEFICIENȚELOR ȘI LEUCEMIEI LIMFOCITELOR. (Romanian)
17 August 2022
0 references
RAZVOJ RAZLIČNIH CELIČNIH LINIJ IN TVORBA ORGANOV ZAHTEVA ZELO NATANČNO ČASOVNO IN PROSTORSKO KONTROLO GENSKE TRANSKRIPCIJE, KI JE ODVISNA PREDVSEM OD DELOVANJA SPECIFIČNIH REGULATORNIH ZAPOREDIJ, IMENOVANIH TRANSKRIPCIJSKI OJAČEVALCI ALI OJAČEVALCI, KI SO PRISOTNI V NEKODIRANI DNK. OJAČEVALCI AKTIVIRAJO TRANSKRIPCIJO SVOJIH DIANSKIH GENOV NA DOLGE RAZDALJE S POMOČJO MOLEKULARNIH INTERAKCIJ MED TRANSKRIPCIJSKIMI FAKTORJI IN SOAKTIVATORJI, ZDRUŽENIMI SAMIM SEBOJ IN PROMOTORJI TRANSKRIPCIJE. ZA VZPOSTAVITEV TEH MOLEKULARNIH STIKOV MED OJAČEVALCEM IN PROMOTORJEM STA POMEMBNA TAKO ORGANIZACIJA GENOMA NA TOPOLOŠKO POVEZANIH PODROČJIH KOT TUDI NOVAČENJE POSEBNIH FAKTORJEV PREPUSTNOSTI TKIVA IN ČAS RAZVOJA OJAČEVALCEV. NAŠI INTERESI SE OSREDOTOČAJO NA UREDITEV LOCUS TRANSKRIPCIJE, KI KODIRA VERIGE RECEPTORJEV ALFA (A) IN DELTA (D) T-CELIC (TCRA/TCRD) Z OJAČEVALCI. TA LOKUS ZAVZEMA 1,8 MB IN VSEBUJE DVA GENA, KI KODIRATA VERIGE TCRA IN TCRD RECEPTORJEV T-CELIČNIH ANTIGENOV, TCRAB IN TCRGD. IZRAŽANJE TEH RECEPTORJEV JE POTREBNO ZA USTVARJANJE DVEH LINIJ LIMFOCITOV T, AB IN GD. GENE V VERIGAH TCR TVORIJO IZOLIRANI SEGMENTI GENICAL, IMENOVANI V, D IN J, KI JIH JE TREBA PONOVNO RAZVRSTITI NA RAVNI DNA V PREDHODNIH SESTAVINAH LIMFOCITOV ALI TIMOCITOV S POSTOPKOM, IMENOVANIM REKOMBINACIJA V(D)J, DA SE USTVARI REREGISTRIRANA GENSKA KONFIGURACIJA, KI JO JE MOGOČE PRETVORITI V VERIGO RECEPTORJEV. ZATO TI GENI PREHAJAJO IZ ENE NEREGISTRIRANE KONFIGURACIJE V DRUGO, PONOVNO RAZPOREJENI MED CELOTNIM RAZVOJEM TIMOCITOV. AKTIVACIJA REKOMBINACIJE V(D)J V VSAKEM OD TEH GENOV ZAHTEVA AKTIVACIJO DOLOČENEGA OJAČEVALCA, KATEREGA AKTIVACIJA JE MED CELIČNIM RAZVOJEM VISOKO NADZOROVANA. V PRIMERU GENA TCRA JE REKOMBINACIJA VJ ODVISNA OD AKTIVNOSTI OJAČEVALCA, KATEREGA AKTIVNOST OČITNO NE SODELUJE PRI PREPISOVANJU PONOVNO UREJENEGA GENA V ZRELE LIMFOCITE AB. ZANIMIVO JE, DA OJAČEVALEC, KI JE POTREBEN ZA PRIPOROČILO VDJ GENA TCRD, PRAV TAKO NI POMEMBEN ZA PREPISOVANJE REREGISTRIRANEGA GENA TCRD V ZRELE LIMFOCITE GD T, PRI ČEMER JE OJAČEVALEC GENA TCRA ODGOVOREN ELEMENT ZA TO FUNKCIJO. TRENUTNO NI ZNANO, KAKO JE UREJENO PREPISOVANJE REREGISTRIRANEGA GENA TCRA V LIMFOCITE AB. ZATO PREHOD IZ NEREGISTRIRANE KONFIGURACIJE V PONOVNO UREJENO KONFIGURACIJO V VSAKEM OD TEH GENOV SPREMLJA SPREMEMBA MEHANIZMA ZA GEOLOŠKO TRANSKRIPCIJO IN VPLIV RAZLIČNIH OJAČEVALCEV V TA NAMEN. V TEM PROJEKTU PREDLAGAMO UPORABO GENOMSKIH TEHNIK ZA RAZISKAVE MOLEKULARNIH MEHANIZMOV, VKLJUČENIH V REGULACIJO ZNANIH OJAČEVALCEV LOCUS TCRA/TCRD MED RAZVOJEM T LIMFOCITOV, IDENTIFIKACIJO NOVEGA OJAČEVALCA, KI JE LAHKO ODGOVOREN ZA TRANSKRIPCIJO REREGISTRIRANEGA GENA TCRA IN IZRAŽANJE VERIGE TCRA V ZRELIH LIMFOCITIH TCRA, TER ISKANJE CELIČNEGA MODELA, KI OMOGOČA PREUČEVANJE MEHANIZMA, VKLJUČENEGA V UREDITEV SPREMEMB TOPOLOGIJE LOKUSA MED RAZVOJEM TIMOCITOV. ZNANJE, PRIDOBLJENO IZ TEGA PROJEKTA, BI LAHKO RAZKRILO NOVE VZROKE ZA IMUNSKE POMANJKLJIVOSTI IN LIMFOCITNE LEVKEMIJE. (Slovenian)
17 August 2022
0 references
ROZWÓJ RÓŻNYCH LINII KOMÓRKOWYCH I TWORZENIE NARZĄDÓW WYMAGA BARDZO PRECYZYJNEJ KONTROLI CZASOWEJ I PRZESTRZENNEJ TRANSKRYPCJI GENETYCZNEJ, KTÓRA ZALEŻY GŁÓWNIE OD AKTYWNOŚCI OKREŚLONYCH SEKWENCJI REGULACYJNYCH ZWANYCH WZMACNIACZAMI TRANSKRYPCYJNYMI LUB WZMACNIACZAMI, KTÓRE SĄ OBECNE W NIEKODUJĄCYM DNA. WZMACNIACZE AKTYWUJĄ TRANSKRYPCJĘ GENÓW DIANA NA DUŻE ODLEGŁOŚCI POPRZEZ INTERAKCJE MOLEKULARNE MIĘDZY CZYNNIKAMI TRANSKRYPCYJNYMI A WSPÓŁAKTYWATORAMI UNITED DLA SIEBIE I PROMOTORÓW TRANSKRYPCYJNYCH. DLA USTANOWIENIA TYCH KONTAKTÓW MOLEKULARNYCH MIĘDZY WZMACNIACZEM A PROMOTOREM WAŻNE SĄ ZARÓWNO ORGANIZACJA GENOMU W DZIEDZINACH POWIĄZANYCH TOPOLOGICZNIE, JAK I REKRUTACJA OKREŚLONYCH CZYNNIKÓW TRANSKRYPCJI TKANEK ORAZ CZAS ROZWOJU DO WZMACNIACZY. NASZE ZAINTERESOWANIA SKUPIAJĄ SIĘ NA REGULACJI TRANSKRYPCJI LOCUS, KTÓRA KODUJE ŁAŃCUCHY RECEPTORÓW ALFA (A) I DELTA (D) KOMÓREK T (TCRA/TCRD) PRZEZ WZMACNIACZE. TO MIEJSCE ZAJMUJE 1,8 MB I ZAWIERA DWA GENY KODOWANE PRZEZ ŁAŃCUCHY TCRA I TCRD RECEPTORÓW ANTYGENOWYCH KOMÓREK T, TCRAB I TCRGD. EKSPRESJA TYCH RECEPTORÓW JEST NIEZBĘDNA DO WYTWORZENIA DWÓCH LINII LIMFOCYTÓW T, AB I GD. GENY ŁAŃCUCHÓW TCR SĄ TWORZONE PRZEZ IZOLOWANE SEGMENTY GENICAL, NAZYWANE V, D I J, KTÓRE MUSZĄ BYĆ PONOWNIE UPORZĄDKOWANE NA POZIOMIE DNA W PREKURSORACH LIMFOCYTÓW T LUB TYMOCYTÓW, POPRZEZ PROCES ZWANY REKOMBINACJĄ V(D)J, ABY SPOWODOWAĆ ZMIANĘ KOLEJNOŚCI KONFIGURACJI GENETYCZNEJ, KTÓRA MOŻE ZOSTAĆ PRZEŁOŻONA NA ŁAŃCUCH RECEPTORÓW. DLATEGO GENY TE PRZECHODZĄ Z JEDNEJ NIEUPORZĄDKOWANEJ KONFIGURACJI DO INNEJ, UŁOŻONEJ W TRAKCIE ROZWOJU TYMOCYTÓW. AKTYWACJA REKOMBINACJI V(D)J W KAŻDYM Z TYCH GENÓW WYMAGA AKTYWACJI KONKRETNEGO WZMACNIACZA, KTÓREGO AKTYWACJA JEST WYSOCE KONTROLOWANA PODCZAS ROZWOJU KOMÓREK. W PRZYPADKU GENU TCRA REKOMBINACJA VJ ZALEŻY OD AKTYWNOŚCI WZMACNIACZA, KTÓREGO AKTYWNOŚĆ NIE WYDAJE SIĘ BYĆ ZAANGAŻOWANA W TRANSKRYBACJĘ GENU ZMIENIONEGO DO DOJRZAŁYCH LIMFOCYTÓW AB T. CO CIEKAWE, WZMACNIACZ, KTÓRY JEST NIEZBĘDNY DO ZALECENIA VDJ GENU TCRD, NIE MA RÓWNIEŻ ZNACZENIA DLA TRANSKRYBOWANIA PRZEŁOŻONEGO GENU TCRD DO DOJRZAŁYCH LIMFOCYTÓW GD T, PRZY CZYM CZYNNIKIEM ODPOWIEDZIALNYM ZA TĘ FUNKCJĘ JEST WZMACNIACZ GENU TCRA. OBECNIE NIE WIADOMO, W JAKI SPOSÓB REGULOWANA JEST ZMIANA KOLEJNOŚCI GENU TCRA W LIMFOCYTACH AB T. W ZWIĄZKU Z TYM PRZEJŚCIU Z NIEUPORZĄDKOWANEJ KONFIGURACJI NA KONFIGURACJĘ UPORZĄDKOWANĄ W KAŻDYM Z TYCH GENÓW TOWARZYSZY ZMIANA MECHANIZMU TRANSKRYPCJI GENETYCZNEJ I IMPLIKACJI RÓŻNYCH WZMACNIACZY W TYM CELU. W RAMACH TEGO PROJEKTU PROPONUJEMY WYKORZYSTANIE TECHNIK GENOMOWYCH DO BADAŃ NAD MECHANIZMAMI MOLEKULARNYMI OBJĘTYMI REGULAMINEM ZNANYCH WZMACNIACZY LOCUS TCRA/TCRD PODCZAS ROZWOJU LIMFOCYTÓW T, IDENTYFIKACJA NOWEGO WZMACNIACZA, KTÓRY MOŻE BYĆ ODPOWIEDZIALNY ZA TRANSKRYBACJĘ ZMIENIONEGO GENU TCRA I EKSPRESJI ŁAŃCUCHA TCRA W DOJRZAŁYCH LIMFOCYTACH TAB, A TAKŻE POSZUKIWANIE MODELU KOMÓRKOWEGO, KTÓRY UMOŻLIWIA BADANIE MECHANIZMU ZWIĄZANEGO Z REGULAMINEM ZMIAN TOPOLOGII LOCUS PODCZAS ROZWOJU TYMOCYTÓW. WIEDZA WYWODZĄCA SIĘ Z TEGO PROJEKTU MOŻE UJAWNIĆ NOWE PRZYCZYNY NIEDOBORÓW ODPORNOŚCI I BIAŁACZKI LIMFOCYTOWEJ T. (Polish)
17 August 2022
0 references
Armilla
0 references
20 December 2023
0 references
Identifiers
BFU2016-79699-P
0 references