IDENTIFICATION OF SMAD PROTEIN INTERACTION SITES WITH COFACTORS USING HIGH RESOLUTION STRUCTURAL BIOLOGY (Q3135758)
Jump to navigation
Jump to search
Project Q3135758 in Spain
| Language | Label | Description | Also known as |
|---|---|---|---|
| English | IDENTIFICATION OF SMAD PROTEIN INTERACTION SITES WITH COFACTORS USING HIGH RESOLUTION STRUCTURAL BIOLOGY |
Project Q3135758 in Spain |
Statements
127,815.93 Euro
0 references
234,740.0 Euro
0 references
54.45 percent
0 references
1 January 2018
0 references
30 September 2022
0 references
FUNDACION INSTITUTO DE INVESTIGACION BIOMEDICA
0 references
8028
0 references
LA CASCADA DE SEÑALIZACION TGF-BETA ES UNA DE LAS CUATRO VIAS DE SEÑALIZACION CONSERVADAS EN TODOS LOS METAZOOS. LOS PRINCIPALES INTERMEDIARIOS RESPONSABLES DE LA TRANSMISION DE ESTA CASCADA SON LAS PROTEINAS DE LA FAMILIA SMAD, QUE REGULAN EL MANTENIMIENTO DEL ESTADO PLURIPOTENCIAL DE LAS CELULAS MADRE, Y CONTROLAN PROCESOS DE DIFERENCIACION CELULAR Y DE SUPRESION TUMORAL. _x000D_ LAS PROTEINAS SMADS FORMAN COMPLEJOS ENTRE DOS R-SMADS Y UN SMAD4. LOS R-SMAD Y SMAD4 UNEN VARIOS MOTIVOS DE ADN SEMEJANTES EN SECUENCIA. LOS PROMOTORES UNIDOS POR LOS SMADS SUELEN PRESENTAR AGRUPADAS LAS DIANAS DE ADN, INDICANDO QUE LOS SMADS PUEDEN RECONOCER DE FORMA COOPERATIVA LOS DISTINTOS SITIOS DE UNION (UNIENDO UN MOTIVO CADA SMAD DEL COMPLEJO HETEROTRIMERICO). LOS MOTIVOS NO SE REPITEN SIEMPRE DE IGUAL FORMA, SINO QUE SUELEN TENER DIFERENTES DISPOSICIONES ESPECIFICAS DEPENDIENDO DEL PROMOTOR DEL QUE SE TRATE, AÑADIENDO VERSATILIDAD Y FACILITANDO QUE LOS DISTINTOS COMPLEJOS DE SMADS UNAN A UN ELEVADO NUMERO DE PROMOTORES DIFERENTES._x000D_ EL PRINCIPAL OBJETIVO DE ESTE TRABAJO ES ENTENDER COMO LOS COMPLEJOS DE PROTEINAS SMADS CON DISTINTOS COACTIVADORES Y CORREPRESORES SON DETERMINANTES PARA LA UNION DE LOS SMADS A LOS CIENTOS DE PROMOTORES DIANA PRESENTES EN LOS DISTINTOS GENOMAS DE METAZOOS Y ASI EJECUTAR SU FUNCION._x000D_ PARA DESCIFRAR ESTAS INTERACCIONES Y SU RELEVANCIA, HEMOS SELECCIONADO NUEVE COFACTORES MUY BIEN ESTUDIADOS EN LA BIBLIOGRAFIA. ADEMAS, PLANEAMOS INCREMENTAR EL NUMERO DE COFACTORES MEDIANTE LA INCLUSION DE NUEVOS CANDIDATOS OBTENIDOS MEDIANTE EL ANALISIS BIOINFORMATICO DE DATOS PUBLICOS DEPOSITADOS EN EL PROYECTO ENCODE Y EN LA BASE DE DATOS GENE EXPRESSION OMNIBUS (GEO). SUS INTERACCIONES SE CORROBORARAN DE FORMA EXPERIMENTAL IN VITRO Y EN CELULAS (OBJETIVO 1)._x000D_ TAMBIEN DETERMINAREMOS LAS ESTRUCTURAS DE ESTOS COMPLEJOS SMADS-COFACTORES (MEDIANTE RMN, SAXS Y CRISTALOGRAFIA DE RAYOS X), QUE REVELARAN LAS INTERFACES DE UNION DE LAS PROTEINAS SMAD -UNA O VARIAS- QUE LES PERMITEN INTERACCIONAR CON UN NUMERO TAN ALTO DE COACTIVADORES Y REPRESORES. REVELARAN TAMBIEN LA CAPACIDAD DE LAS PROTEINAS SMAD PARA ADAPTARSE A DIFERENTES ESCENARIOS, LO QUE SE TRADUCE EN UNA GRAN ECONOMIA PARA LAS CELULAS: UN MISMO SISTEMA SIRVE PARA LEER DIFERENTES PROMOTORES Y ENHANCERS, CON LA AYUDA DE DIFERENTES COFACTORES (OBJETIVO 2)._x000D_ EN EL OBJETIVO 3 BUSCAREMOS MOLECULAS PEQUEÑAS QUE INTERACCIONEN CON LOS COMPLEJOS SMAD-COFACTORES, UTILIZANDO VARIAS BIBLIOTECAS DE COMPUESTOS DE ACCESO PUBLICO. ESTAS MOLECULAS EN PRINCIPIO PODRIAN INHIBIR O REFORZAR LA FORMACION DE COMPLEJOS DE SMAD-COFACTORES. SI SE PUDIESEN IDENTIFICAR, PODRIAN SERVIR PARA FACILITAR EL ANALISIS DETALLADO DE LA COMPLEJA RED DE INTERACCIONES DE PROTEINAS SMAD IN VIVO. PARA LAS PROTEINAS SMADS CON MUTACIONES TUMORALES -PERO QUE AUN FORMAN COMPLEJOS FUNCIONALES-, VAMOS A INVESTIGAR ESPECIFICAMENTE SI ALGUNAS DE LAS PEQUEÑAS MOLECULAS QUE INTERACTUAN CON LOS SMADS PUEDEN ACTUAR COMO CHAPERONES FARMACOLOGICOS._x000D_ FINALMENTE, EN EL OBJETIVO 4, OPTIMIZAREMOS LA RECONSTRUCCION DE COMPLEJOS HETEROTRIMERICOS DE SMAD3 Y SMAD4, USANDO LAS PROTEINAS ENTERAS. EL OBJETIVO SERA ESTUDIAR SUS PROPIEDADES DE HOMOGENEIDAD POR SAXS, Y EXPLORAR CONDICIONES PARA ESTUDIARLOS MEDIANTE LA TECNICA DE CRIO-EM. ESTAS ESTRUCTURAS SERAN LAS PRIMERAS ESTRUCTURAS DE COMPLEJOS SMADS DE LAS PROTEINAS COMPLETAS, DE GRAN INTERES PARA LA COMUNIDAD CIENTIFICA, QUE HASTA AHORA SOLO DISPONE DE COMPLEJOS DE LOS DOMINIOS INDEPENDIENTES. (Spanish)
0 references
THE TGF-BETA SIGNALING CASCADE IS ONE OF THE FOUR SIGNALING PATHWAYS CONSERVED IN ALL METAZOANS. THE MAIN INTERMEDIATES RESPONSIBLE FOR THE TRANSMISSION OF THIS CASCADE ARE THE PROTEINS FROM THE SMAD FAMILY, WHICH REGULATE THE MAINTENANCE OF THE PLURIPOTENT STATE OF THE STEM CELLS, AND CONTROL PROCESSES WITHIN THE CELL DIFFERENTIATION AND TUMOR SUPPRESSION CASCADES. SMAD PROTEINS FORM HETEROTRIMERIC COMPLEXES, BETWEEN TWO R-SMADS AND ONE SMAD4. AS TRANSCRIPTION FACTORS, THESE COMPLEXES BIND SEVERAL DNA MOTIFS RELATED IN SEQUENCE. THESE MOTIFS APPEAR CLUSTERED IN THE PROMOTERS BOUND BY SMADS. THESE CLUSTERED MOTIFS REPRESENT AN INTERACTION PLATFORM THAT FACILITATES THE COOPERATIVE INTERACTION OF SEVERAL SMADS PRESENT IN THE HETEROTRIMERIC COMPLEX. THE DIFFERENT GROUPS OF MOTIFS USUALLY HAVE SPECIFIC ARRANGEMENTS, WHICH ARE PROMOTER DEPENDENT. THIS FACT ADDS VERSATILITY TO THE BINDING SITES AND MAKE IT EASIER FOR SMADS TO RECOGNIZE A LARGE NUMBER OF DISTINCT PROMOTERS, WHICH DO NOT NEED TO HAVE LONG STRETCHES OF CONSERVED REGIONS._x000D_ _x000D_ THE MAIN OBJECTIVE OF THIS WORK IS TO DETERMINE HOW THE FINAL SELECTION OF THE BINDING SITES IN THE PROMOTERS IS CARRIED OUT BY SMAD PROTEINS AND TO UNDERSTAND IF THE BINDING OF THE SMAD COMPLEX WITH COFACTORS IS DETERMINANT FOR THE EFFECTIVE RECOGNITION OF THE BINDING SITES IN THE HUNDREDS OF DIFFERENT PROMOTERS RECOGNIZED BY SMADS ALONG THE METAZOAN GENOMES (AIM 1)._x000D_ _x000D_ TO SOLVE THIS QUESTION, WE HAVE SELECTED NINE COFACTORS DESCRIBED IN LITERATURE TO ANALYZE THEIR INTERACTIONS WITH THE SMAD PROTEINS. WE WILL INCREASE THE NUMBER OF BINDING COFACTORS BY INCLUDING NEW CANDIDATES OBTAINED FROM THE BIOINFORMATIC ANALYSIS OF PUBLIC DATA DEPOSITED IN THE ENCODE PROJECT AND THE GENE EXPRESSION OMNIBUS (GEO) DATABASES. THEIR INTERACTIONS WILL BE CORROBORATED EXPERIMENTALLY IN VITRO AND IN CELLS. _x000D_ _x000D_ OBTAINING HIGH RESOLUTION STRUCTURAL INFORMATION OF THESE COMPLEXES (USING NMR, SAXS AND X-RAY CRYSTALLOGRAPHY) WILL REVEAL THE EXTRAORDINARY ABILITY OF SMAD PROTEINS TO ADAPT TO DIFFERENT SCENARIOS, WHICH TRANSLATES INTO A GREAT ECONOMY FOR CELLS: THE SAME PROTEIN SYSTEM READS DIFFERENT CIS-REGULATORY ELEMENTS WITH THE HELP OF DIFFERENT COFACTORS. IT WILL ALSO REVEAL BINDING INTERFACES ENCODED IN SMAD PROTEINS, ALLOWING THEM TO INTERACT WITH A LARGE NUMBER OF COACTIVATORS AND REPRESSORS, AS THE EXPERIMENTAL EVIDENCES INDICATE (AIM 2)._x000D_ _x000D_ IN ADDITION (AIM 3), WE WILL LOOK FOR SMALL MOLECULES THAT INTERACT WITH THE SMAD-COFACTOR COMPLEXES, USING LIBRARIES OF COMPOUNDS WITH PUBLIC ACCESS, AND DETERMINE IF THESE MOLECULES INHIBIT OR REINFORCE THE FORMATION OF SMAD-COFACTOR COMPLEXES. IF IDENTIFIED, THESE MOLECULES COULD SERVE TO FACILITATE THE DETAILED ANALYSIS OF THE COMPLEX NETWORK OF INTERACTIONS OF SMAD PROTEINS IN VIVO. FOR SMADS PROTEINS WITH TUMOR MUTATIONS - BUT STILL FORMING FUNCTIONAL COMPLEXES - WE WILL SPECIFICALLY INVESTIGATE WHETHER SOME OF THE SMALL MOLECULES THAT INTERACT WITH SMAD PROTEINS CAN ACT AS PHARMACOLOGICAL CHAPERONES._x000D_ _x000D_ FINALLY (AIM 4) USING FULL LENGTH PROTEINS, WE PLAN TO OPTIMIZE THE RECONSTITUTION OF SMAD3 AND SMAD4 HETEROTRIMERIC COMPLEXES, IN ORDER TO STUDY THEIR HOMOGENEITY PROPERTIES USING SAXS TO EXPLORE IF THIS SYSTEM IS SUITABLE TO OBTAIN THE FIRST EVER FULL LENGTH STRUCTURES OF A SMAD COMPLEX USING CRYO-ELECTRON MICROSCOPY. THESE PROTEINS ARE OF GREAT INTEREST TO THE SCIENTIFIC COMMUNITY, BUT TO DATE, ONLY SCATTERED INFORMATION ON THEM IS AVAILABLE. (English)
0.0950070521806056
0 references
LA CASCADE DE SIGNALISATION TGF-BÊTA EST L’UN DES QUATRE SIGNES CONSERVÉS DANS TOUS LES METAZOOS. LES PRINCIPAUX INTERMÉDIAIRES RESPONSABLES DE LA TRANSMISSION DE CETTE CASCADE SONT LES PROTÉINES DE LA FAMILLE SMAD, QUI RÉGULENT LE MAINTIEN DE L’ÉTAT PLURIPOTENTIEL DES CELLULES MÈRES, ET CONTRÔLENT LES PROCESSUS DE DIFFÉRENCIATION CELLULAIRE ET DE SUPPRESSION DES TUMEURS. _x000D_ les SMADS PROTÉINS POUR LES MANAGEMENTS ENTRE DEUX R-SMADS ET A SMAD4. R-SMAD ET SMAD4 LIENT PLUSIEURS MOTIFS D’ADN SIMILAIRES DANS L’ORDRE. LES PROMOTEURS UNITED BY SMADS PRÉSENTENT GÉNÉRALEMENT DES CIBLES D’ADN GROUPÉES, CE QUI INDIQUE QUE LES SMADS PEUVENT RECONNAÎTRE EN COOPÉRATION LES DIFFÉRENTS SITES DE L’UNION (AVEC UN MOTIF CHAQUE SMAD DU COMPLEXE HETEROTRIMERICO). Les motivations ne sont pas répétées TOUJOURS DE FORMA IGUAL, mais elles ont généralement des dispositions spécifiques différentes du traitement du PROMOTOR, ajoutant la polyvalence et s’assurant que les différentes complexités des Smads se joignent à un certain nombre de développeurs différents._x000D_ la tâche principale de ce travail est à comprendre comme les combinaisons de protéines avec des co-activateurs et des co-presseurs qui sont déterminants pour l’union des selles aux sites de DIANA PROMOTORS présents dans les différents types de la génomique métazoïque et donc pour mettre en œuvre leur fonction._x000D_ pour déchiffrer ces interactions et leur pertinence, nous avons sélectionné de nouveaux cofacteurs bien établis dans la Bible. DE PLUS, NOUS PRÉVOYONS D’AUGMENTER LE NOMBRE DE COFACTEURS GRÂCE À L’INCLUSION DE NOUVEAUX CANDIDATS OBTENUS GRÂCE À L’ANALYSE BIOINFORMATIQUE DES DONNÉES PUBLIQUES DÉPOSÉES DANS LE PROJET D’ENCODE ET LA BASE DE DONNÉES D’EXPRESSION GÉNÉTIQUE OMNIBUS (GEO). Vos INTERACTIONS seront corroborées par une FORMULAIRE EXPÉRIMENTALE EN VITRO ET EN CELLS (OBJECTIVE 1)._x000D_ Nous déterminerons également les STRUCTURES DE ces cofacteurs SMADS (médiant RMN, SAXS et X-Ray cristalography), qu’ils révéleront les interfaces de l’union des PROTEINS SMAD — un ou variétal — qu’ils leur permettent d’interagir avec un très grand nombre de coactivateurs et de répresseurs. ILS RÉVÉLERONT ÉGALEMENT LA CAPACITÉ DES PROTÉINES SMAD À S’ADAPTER À DIFFÉRENTS SCÉNARIOS, CE QUI SE TRADUIT PAR UNE GRANDE ÉCONOMIE POUR LES CELLULES: Un SYSTÈME SYSTÈME POUR LIRE LES PROMOTEURS ET Améliorateurs DIFFÉRENTS, avec l’aide de différents cofacteurs (OBJECTIVE 2)._x000D_ EN OBJECTIVE 3 petits moulins interagissant avec des cofacteurs SMAD, utilisant des variétés bibliques de composés d’accord public. CES MOLÉCULES POURRAIENT EN PRINCIPE INHIBER OU RENFORCER LA FORMATION DE COMPLEXES DE COFACTEURS SMAD. S’ILS PEUVENT ÊTRE IDENTIFIÉS, ILS POURRAIENT FACILITER L’ANALYSE DÉTAILLÉE DU RÉSEAU COMPLEXE D’INTERACTIONS DES PROTÉINES SMAD IN VIVO. Pour les SMADS PROTEINS AVEC LES MUTATIONS tumorales -BUT les COMPLEMENTS FONCTIONNELS PAR LES COMPLEMENTS FONCTIONNELS-, NOUS NOUS RECHERCHES Spécifiquement ORDRES SPÉCIFIQUES des petites molécules qui interagissent avec les SMADS peuvent agir comme CHAPERONES pharmacologiques._x000D_ FINALENT, dans OBJECTIVE 4, nous optimiserons la RECONSTRUCTION DES COMPLEMENTS hétérotrimériques de SMAD3 et SMAD4, en utilisant les inters. L’OBJECTIF SERA D’ÉTUDIER LEURS PROPRIÉTÉS D’HOMOGÉNÉITÉ PAR SAXS ET D’EXPLORER LES CONDITIONS POUR LES ÉTUDIER À L’AIDE DE LA TECHNIQUE CRYO-EM. CES STRUCTURES SERONT LES PREMIÈRES STRUCTURES DE COMPLEXES SMAD DE PROTÉINES COMPLÈTES, D’UN GRAND INTÉRÊT POUR LA COMMUNAUTÉ SCIENTIFIQUE, QUI N’A JUSQU’À PRÉSENT QUE DES COMPLEXES DE DOMAINES INDÉPENDANTS. (French)
2 December 2021
0 references
DIE TGF-BETA SIGNALUNGSKASKADE IST EINES DER VIER ZEICHEN, DIE IN ALLEN METAZOOS KONSERVIERT SIND. DIE HAUPTVERMITTLER, DIE FÜR DIE ÜBERTRAGUNG DIESER KASKADE VERANTWORTLICH SIND, SIND DIE PROTEINE DER SMAD-FAMILIE, DIE DIE ERHALTUNG DES PLURIPOTENZIELLEN ZUSTANDS DER MUTTERZELLEN REGULIEREN UND PROZESSE DER ZELLDIFFERENZIERUNG UND TUMORUNTERDRÜCKUNG KONTROLLIEREN. _x000D_ die SMADS PROTEINS FÜR MANAGEMENTE BETWEEN TWO R-SMADS UND A SMAD4. R-SMAD UND SMAD4 BINDEN MEHRERE ÄHNLICHE DNA-MOTIVEN IN FOLGE. PROMOTOREN UNITED BY SMADS PRÄSENTIEREN IN DER REGEL DNA-ZIELE GRUPPIERT, WAS DARAUF HINDEUTET, DASS SMADS DIE VERSCHIEDENEN STANDORTE DER UNION KOOPERATIV ERKENNEN KÖNNEN (MIT EINEM MOTIV JEDES SMAD DES HETEROTRIMERICO-KOMPLEXES). Die Motive werden nicht wiederholt ALWAYS OF IGUAL FORMA, aber sie haben in der Regel unterschiedliche spezifische Bestimmungen der Behandlung des PROMOTORs, fügen Vielseitigkeit hinzu und stellen sicher, dass die unterschiedlichen Komplexitäten von Smads einer Reihe von verschiedenen Entwicklern beitreten._x000D_ Die Hauptaufgabe dieser Arbeit ist als die Kombinationen von Proteinen mit Co-Aktivatoren und Co-Pressoren zu verstehen, die entscheidend für die Verbindung von Sätteln zu den Standorten von DIANA PROMOTORS in den verschiedenen Orten sind. um diese Wechselwirkungen und ihre Relevanz zu entschlüsseln, haben wir neue, sehr etablierte Kofaktoren in der Bibel ausgewählt, um ihre Funktion zu implementieren._x000D_ um diese Wechselwirkungen und ihre Relevanz zu entziffern. DARÜBER HINAUS PLANEN WIR, DIE ZAHL DER KOFAKTORIEN DURCH DIE AUFNAHME NEUER KANDIDATEN ZU ERHÖHEN, DIE DURCH DIE BIOINFORMATISCHE ANALYSE DER IM ENCODE-PROJEKT HINTERLEGTEN ÖFFENTLICHEN DATEN UND DER GENEXPRESSION OMNIBUS (GEO) DATENBANK GEWONNEN WERDEN. Ihre INTERACTIONEN werden durch EXPERIMENTAL FORM IN VITRO UND IN CELLS (OBJECTIVE 1)._x000D_ Wir werden auch die STRUCTURES dieser SMADS-Kofaktor (Medant RMN, SAXS und X-Ray-Kristalographie) bestimmen, dass sie die Schnittstellen der Vereinigung der SMAD PROTEINS – ein oder Sorten – offenbaren, dass sie ihnen erlauben, mit einer sehr hohen Anzahl von Koaktivatoren und Repressoren zu interagieren. SIE WERDEN AUCH DIE FÄHIGKEIT VON SMAD-PROTEINEN ZEIGEN, SICH AN VERSCHIEDENE SZENARIEN ANZUPASSEN, WAS ZU EINER GROSSEN WIRTSCHAFT FÜR ZELLEN FÜHRT: Ein Systemsystem für die READing DIFFERENT PROMOTOREN UND Enhancer, mit Hilfe verschiedener Cofaktors (OBJECTIVE 2)._x000D_ IN OBJECTIVE 3 Einkaufsmöglichkeiten kleine Mühlen, die mit SMAD-Cofactors interagieren und bibliotische Sorten öffentlicher Vereinbarungen verwenden. DIESE MOLEKÜLE KÖNNTEN GRUNDSÄTZLICH DIE BILDUNG VON SMAD-KOFAKTORKOMPLEXEN HEMMEN ODER VERSTÄRKEN. WENN SIE IDENTIFIZIERT WERDEN KÖNNEN, KÖNNTEN SIE EINE DETAILLIERTE ANALYSE DES KOMPLEXEN NETZWERKS VON SMAD-PROTEIN-INTERAKTIONEN IN VIVO ERLEICHTERN. Für SMADS PROTEINS MIT Tumor-MUTATIONEN -BUT THE FUNCTIONAL COMPLEMENTS BY THE FUNCTIONAL COMPLEMENTS-, WE WE spezifisch WIEDER SPEZIFISCHE ORDERS DER SMALL MACHINES Moleküle, die mit den SMADS interagieren, können als pharmakologische CHAPERONES fungieren._x000D_ FINALENT, in OBJECTIVE 4 werden wir die RECONSTRUCTION OF heterotrimeric COMPLEMENTS OF SMAD3 und SMAD4 optimieren. ZIEL IST ES, IHRE HOMOGENITÄTSEIGENSCHAFTEN DURCH SAXS ZU UNTERSUCHEN UND DIE BEDINGUNGEN FÜR IHRE UNTERSUCHUNG MIT DER KRYO-EM-TECHNIK ZU ERFORSCHEN. DIESE STRUKTUREN WERDEN DIE ERSTEN STRUKTUREN VON SMAD-KOMPLEXEN VOLLSTÄNDIGER PROTEINE SEIN, DIE FÜR DIE WISSENSCHAFTLICHE GEMEINSCHAFT VON GROSSEM INTERESSE SIND, DIE BISHER NUR ÜBER KOMPLEXE UNABHÄNGIGER BEREICHE VERFÜGT. (German)
9 December 2021
0 references
DE TGF-BETA SIGNALERENDE CASCADE IS EEN VAN DE VIER TEKENS BEWAARD IN ALLE METAZOOS. DE BELANGRIJKSTE TUSSENPERSONEN DIE VERANTWOORDELIJK ZIJN VOOR DE OVERDRACHT VAN DEZE CASCADE ZIJN DE EIWITTEN VAN DE SMAD-FAMILIE, DIE HET BEHOUD VAN DE PLURIPOTENTIËLE STAAT VAN DE MOEDERCELLEN REGULEREN, EN CONTROLEPROCESSEN VAN CELDIFFERENTIATIE EN TUMORONDERDRUKKING. _x000D_ de SMADS PROTEINS VOOR MANAGEMENTEN BETWEEN TWEE R-SMADS EN een SMAD4. R-SMAD EN SMAD4 BINDEN VERSCHEIDENE GELIJKAARDIGE DNA-MOTIEVEN IN OPEENVOLGING. PROMOTORS UNITED BY SMADS PRESENTEREN MEESTAL DNA-DOELEN GEGROEPEERD, WAT EROP WIJST DAT SMADS DE VERSCHILLENDE LOCATIES VAN DE UNIE IN SAMENWERKING KUNNEN HERKENNEN (MET EEN MOTIEF VOOR ELK SMAD VAN HET HETEROTRIMERICO-COMPLEX). De motieven worden niet herhaald ALTIJD VAN IGUAL FORMA, maar ze hebben meestal verschillende specifieke bepalingen van de behandeling van de PROMOTOR, het toevoegen van veelzijdigheid en ervoor te zorgen dat de verschillende complexiteit van Smads toetreden tot een aantal verschillende ontwikkelaars._x000D_ de belangrijkste taak van dit werk is te worden begrepen als de combinaties van eiwitten met co-activators en co-pressoren die bepalend zijn voor de vereniging van zadels op de sites van DIANA PROMOTORS aanwezig in de verschillende soorten metazoaanse genomica en dus om hun functie te implementeren._x000D_ om deze interacties en hun relevantie te ontcijferen, hebben we nieuwe zeer gevestigde cofactoren in de Bijbel geselecteerd. DAARNAAST ZIJN WE VAN PLAN HET AANTAL COFACTOREN TE VERHOGEN DOOR NIEUWE KANDIDATEN OP TE NEMEN DIE ZIJN VERKREGEN DOOR DE BIO-INFORMATISCHE ANALYSE VAN PUBLIEKE GEGEVENS DIE ZIJN GEDEPONEERD IN HET ENCODE-PROJECT EN DE GENEXPRESSIE OMNIBUS (GEO) DATABASE. Uw INTERACTIES zullen worden bevestigd door EXPERIMENTAL FORM IN VITRO EN IN CELLS (OBJECTIVE 1)._x000D_ We zullen ook de STRUCTURES van deze SMADS-cofactoren (mediante RMN, SAXS en X-Ray cristalografie) bepalen, dat ze de interfaces van de vereniging van de SMAD PROTEINS — een of varietals — zullen onthullen dat ze hen in staat stellen om te interageren met een zeer groot aantal coactivatoren en repressoren. ZE ZULLEN OOK HET VERMOGEN VAN SMAD-EIWITTEN ONTHULLEN OM ZICH AAN TE PASSEN AAN VERSCHILLENDE SCENARIO’S, WAT ZICH VERTAALT IN EEN GROTE ECONOMIE VOOR CELLEN: Een SYSTEEM SYSTEEM SYSTEEM VOOR LEVERING DIFFERENT PROMOTORS EN Enhancers, met behulp van verschillende cofactoren (OBJECTIVE 2)._x000D_ IN OBJECTIVE 3 winkels kleine molens in wisselwerking met SMAD-cofactoren, met bibliotische varianten van publiekrechtelijke verbindingen. DEZE MOLECULEN ZOUDEN IN PRINCIPE DE VORMING VAN SMAD-COFACTORCOMPLEXEN KUNNEN REMMEN OF VERSTERKEN. ALS ZE KUNNEN WORDEN GEÏDENTIFICEERD, KUNNEN ZE EEN GEDETAILLEERDE ANALYSE VAN HET COMPLEXE NETWERK VAN SMAD-EIWITINTERACTIES IN VIVO VERGEMAKKELIJKEN. Voor SMADS PROTEINS MET tumor MUTATIONS -MAAR DE FUNCTIONELE COMPLEMENTEN VAN DE FUNCTIONELE COMPLEMENTEN-, kunnen we specifiek werken als farmacologische CHAPERONES._x000D_ FINALENT, in OBJECTIVE 4, zullen we de RECONSTRUCTIE van heterotrimerische COMPLEMENTEN van SMAD3 en SMAD4 optimaliseren. HET DOEL IS OM HUN HOMOGENITEITSEIGENSCHAPPEN DOOR SAXS TE BESTUDEREN EN DE OMSTANDIGHEDEN TE ONDERZOEKEN OM ZE TE BESTUDEREN MET BEHULP VAN DE CRYO-EM-TECHNIEK. DEZE STRUCTUREN ZULLEN DE EERSTE STRUCTUREN ZIJN VAN SMAD COMPLEXEN VAN VOLLEDIGE EIWITTEN, DIE VAN GROOT BELANG ZIJN VOOR DE WETENSCHAPPELIJKE GEMEENSCHAP, DIE TOT NU TOE ALLEEN COMPLEXEN VAN ONAFHANKELIJKE DOMEINEN HEEFT. (Dutch)
17 December 2021
0 references
LA CASCATA DI SEGNALAZIONE TGF-BETA È UNO DEI QUATTRO SEGNI CONSERVATI IN TUTTI I METAZOOS. I PRINCIPALI INTERMEDIARI RESPONSABILI DELLA TRASMISSIONE DI QUESTA CASCATA SONO LE PROTEINE DELLA FAMIGLIA SMAD, CHE REGOLANO IL MANTENIMENTO DELLO STATO PLURIPOTENZIALE DELLE CELLULE MADRI, E I PROCESSI DI CONTROLLO DELLA DIFFERENZIAZIONE CELLULARE E DELLA SOPPRESSIONE DEL TUMORE. _x000D_ gli SMADS PROTEINS PER GESTIONI TRA DUE R-SMADS e uno SMAD4. R-SMAD E SMAD4 LEGANO DIVERSI MOTIVI DEL DNA SIMILI IN SEQUENZA. I PROMOTER UNITED BY SMADS PRESENTANO SOLITAMENTE OBIETTIVI DI DNA RAGGRUPPATI, INDICANDO CHE GLI SMADS POSSONO RICONOSCERE IN MODO COOPERATIVO I DIVERSI SITI DELL'UNIONE (CON UN MOTIVO PER OGNI SMAD DEL COMPLESSO HETEROTRIMERICO). I motiv non sono ripetuti SEMPRE DI FORMA IGUALE, ma di solito hanno disposizioni specifiche diverse del trattamento del PROMOTOR, aggiungendo versatilità e assicurandosi che le diverse complessità di Smads si uniscano a diversi sviluppatori._x000D_ il compito principale di questo lavoro è da intendersi come le combinazioni di proteine con co-attivatori e co-pressori che sono determinanti per l'unione di selle ai siti di DIANA PROMOTORS presenti nei diversi tipi di metazoo genomica e quindi per implementare la loro funzione._x000D_ per decifrare queste interazioni e la loro pertinenza, abbiamo selezionato nuovi cofattori molto consolidati nella Bibbia. INOLTRE, SI PREVEDE DI AUMENTARE IL NUMERO DI COFATTORI ATTRAVERSO L'INCLUSIONE DI NUOVI CANDIDATI OTTENUTI ATTRAVERSO L'ANALISI BIOINFORMATICA DEI DATI PUBBLICI DEPOSITATI NEL PROGETTO ENCODE E NEL DATABASE OMNIBUS (GEO) ESPRESSIONE GENICA. Le vostre INTERAZIONI saranno corroborate dal FORM EXPERIMENTAL IN VITRO E IN CELLS (OBJECTIVE 1)._x000D_ Noi determineremo anche le STRUTTURE di questi cofattori SMADS (mediante RMN, SAXS e X-Ray cristalografia), che riveleranno le interfacce di unione dei PROTEINS SMAD — uno o varietali — che permettono loro di interagire con un numero molto elevato di coattivatori e repressori. RIVELERANNO ANCHE LA CAPACITÀ DELLE PROTEINE SMAD DI ADATTARSI A DIVERSI SCENARI, IL CHE SI TRADUCE IN UNA GRANDE ECONOMIA PER LE CELLULE: Un SISTEMA SISTEMA DI SISTEMA PER PROMOTORI DIFFERENTI DI LEGGIMENTO E VALUTATORI, con l'aiuto di diversi cofattori (OBJECTIVE 2)._x000D_ IN OBJECTIVE 3 piccoli mulini che interagiscono con i cofattori SMAD, utilizzando varietà bibliotiche di composti ad accordo pubblico. QUESTE MOLECOLE POTREBBERO IN LINEA DI PRINCIPIO INIBIRE O RAFFORZARE LA FORMAZIONE DI COMPLESSI SMAD-COFATTORE. SE POSSONO ESSERE IDENTIFICATI, POTREBBERO FACILITARE L'ANALISI DETTAGLIATA DELLA COMPLESSA RETE DI INTERAZIONI PROTEICHE SMAD IN VIVO. Per SMADS PROTEINS CON MUTAZIONI tumorali — MA I COMPLEMENTI FUNZIONALI DEI COMPLEMENTI FUNZIONALI DEI COMPLEMENTI FUNZIONALI-, NOI specificamente RICERCA QUALI ORDINI SPECIFICI DEI PICCOLI MACCHINE Le molecole che interagiscono con le SMADS possono fungere da CHAPERONES farmacologiche._x000D_ FINALENT, nell'OBIETTIVO 4, ottimizzeremo la RICONSTRUZIONE DEI COMPLEMENTI Eterotrimerici DI SMAD3 e SMAD4, UTILIZZARE L'Inters PROTEIN. L'OBIETTIVO SARÀ QUELLO DI STUDIARE LE LORO PROPRIETÀ DI OMOGENEITÀ DA PARTE DI SAXS, E DI ESPLORARE LE CONDIZIONI PER STUDIARLE UTILIZZANDO LA TECNICA CRIO-EM. QUESTE STRUTTURE SARANNO LE PRIME STRUTTURE DI COMPLESSI SMAD DI PROTEINE COMPLETE, DI GRANDE INTERESSE PER LA COMUNITÀ SCIENTIFICA, CHE FINORA HA SOLO COMPLESSI DI DOMINI INDIPENDENTI. (Italian)
16 January 2022
0 references
Ο ΚΑΤΑΡΡΆΚΤΗΣ ΣΗΜΑΤΟΔΌΤΗΣΗΣ TGF-BETA ΕΊΝΑΙ ΜΊΑ ΑΠΌ ΤΙΣ ΤΈΣΣΕΡΙΣ ΟΔΟΎΣ ΣΗΜΑΤΟΔΌΤΗΣΗΣ ΠΟΥ ΔΙΑΤΗΡΟΎΝΤΑΙ ΣΕ ΌΛΑ ΤΑ METAZOANS. ΟΙ ΚΎΡΙΟΙ ΕΝΔΙΆΜΕΣΟΙ ΦΟΡΕΊΣ ΠΟΥ ΕΊΝΑΙ ΥΠΕΎΘΥΝΟΙ ΓΙΑ ΤΗ ΜΕΤΆΔΟΣΗ ΑΥΤΟΎ ΤΟΥ ΚΑΤΑΡΡΆΚΤΗ ΕΊΝΑΙ ΟΙ ΠΡΩΤΕΪ́ΝΕΣ ΑΠΌ ΤΗΝ ΟΙΚΟΓΈΝΕΙΑ SMAD, ΟΙ ΟΠΟΊΕΣ ΡΥΘΜΊΖΟΥΝ ΤΗ ΔΙΑΤΉΡΗΣΗ ΤΗΣ ΠΟΛΥΔΎΝΑΜΗΣ ΚΑΤΆΣΤΑΣΗΣ ΤΩΝ ΒΛΑΣΤΟΚΥΤΤΆΡΩΝ, ΚΑΘΏΣ ΚΑΙ ΤΙΣ ΔΙΑΔΙΚΑΣΊΕΣ ΕΛΈΓΧΟΥ ΣΤΟ ΠΛΑΊΣΙΟ ΤΗΣ ΚΥΤΤΑΡΙΚΉΣ ΔΙΑΦΟΡΟΠΟΊΗΣΗΣ ΚΑΙ ΤΩΝ ΚΛΙΜΑΚΊΩΝ ΚΑΤΑΣΤΟΛΉΣ ΌΓΚΩΝ. ΟΙ ΠΡΩΤΕΪ́ΝΕΣ SMAD ΣΧΗΜΑΤΊΖΟΥΝ ΕΤΕΡΟΤΡΙΜΕΡΉ ΣΎΜΠΛΟΚΑ, ΜΕΤΑΞΎ ΔΎΟ R-SMADS ΚΑΙ ΕΝΌΣ SMAD4. ΩΣ ΠΑΡΆΓΟΝΤΕΣ ΜΕΤΑΓΡΑΦΉΣ, ΑΥΤΆ ΤΑ ΣΎΜΠΛΟΚΑ ΔΕΣΜΕΎΟΥΝ ΔΙΆΦΟΡΑ ΜΟΤΊΒΑ DNA ΠΟΥ ΣΧΕΤΊΖΟΝΤΑΙ ΜΕ ΑΛΛΗΛΟΥΧΊΑ. ΑΥΤΆ ΤΑ ΜΟΤΊΒΑ ΕΜΦΑΝΊΖΟΝΤΑΙ ΣΥΓΚΕΝΤΡΩΜΈΝΑ ΣΤΟΥΣ ΥΠΟΣΤΗΡΙΚΤΈΣ ΠΟΥ ΔΕΣΜΕΎΟΝΤΑΙ ΑΠΌ SMADS. ΑΥΤΆ ΤΑ ΟΜΑΔΟΠΟΙΗΜΈΝΑ ΜΟΤΊΒΑ ΑΝΤΙΠΡΟΣΩΠΕΎΟΥΝ ΜΙΑ ΠΛΑΤΦΌΡΜΑ ΑΛΛΗΛΕΠΊΔΡΑΣΗΣ ΠΟΥ ΔΙΕΥΚΟΛΎΝΕΙ ΤΗ ΣΥΝΕΡΓΑΤΙΚΉ ΑΛΛΗΛΕΠΊΔΡΑΣΗ ΑΡΚΕΤΏΝ SMADS ΠΟΥ ΥΠΆΡΧΟΥΝ ΣΤΟ ΕΤΕΡΟΤΡΙΜΕΡΈΣ ΣΎΜΠΛΕΓΜΑ. ΟΙ ΔΙΆΦΟΡΕΣ ΟΜΆΔΕΣ ΣΧΕΔΊΩΝ ΈΧΟΥΝ ΣΥΝΉΘΩΣ ΕΙΔΙΚΈΣ ΡΥΘΜΊΣΕΙΣ, ΟΙ ΟΠΟΊΕΣ ΕΞΑΡΤΏΝΤΑΙ ΑΠΌ ΤΟΝ ΦΟΡΈΑ ΠΡΟΏΘΗΣΗΣ. Αυτή η ΠΡΑΞΗ ΕΠΙΚΟΙΝΩΝΙΑ ΕΠΙΚΟΙΝΩΝΙΑ ΣΤΙΣ ΔΕΣΜΕΥΤΙΚΕΣ ΣΥΣΚΕΥΑΣΙΕΣ ΚΑΙ ΑΝΤΙΚΕΙΜΕΝΟ ΤΩΝ ΔΙΚΑΙΩΜΑΤΩΝ ΝΑ ΑΝΑΓΝΩΡΙΖΟΥΝ ΑΡΙΘΜΟΣ ΔΙΑΧΩΡΙΣΤΙΚΩΝ ΠΡΟΓΡΑΜΜΑΤΩΝ, που δεν απαιτουν να εχουν ΜΗΚΑΝΕΣ ΔΙΑΤΗΡΗΜΕΝΗΣ ΠΕΡΙΦΕΡΕΙΑΣ._x000D_ _x000D_ Ο Κύρια ΣΤΟΧΟΣ ΤΟΥ ΕΡΓΟΥ ειναι να καθιερωσει ΠΩΣ ΤΟ ΤΕΛΙΚΟ η ΕΠΙΛΟΓΗ των ΔΕΣΜΕΥΤΙΚΩΝ ΣΥΣΚΕΥΑΣΙΩΝ ΣΤΙΣ ΠΡΟΩΘΗΤΕΣ ΕΓΚΡΙΘΗΚΕ ΑΠΟ ΤΙΣ ΜΟΡΦΕΣ ΠΡΩΤΕΙΝΕΣ ΚΑΙ ΝΑ ΧΡΗΣΙΜΟΠΟΙΟΥΝΤΑΙ ΑΠΟ ΤΗ ΣΥΝΤΕΛΕΣΤΙΚΗ ΣΥΝΕΡΓΑΣΙΑ ΜΕ ΤΟΥΣ ΣΥΝΔΕΣΜΟΥΣ ΠΟΥ ΑΝΑΓΝΩΡΙΖΟΝΤΑΙ ΑΠΟ ΤΙΣ ΟΙΚΟΝΟΜΙΚΕΣ ΣΥΓΚΕΝΤΡΩΣΕΙΣ ΣΤΙΣ ΑΝΤΙΣΤΑΣΕΙΣ των ΔΙΑΦΟΡΩΝ ΠΡΟΪΟΝΤΩΝ που ΑΝΑΦΕΡΟΝΤΑΙ απο ΤΙΣ ΜΕΤΑΖΩΑΝΕΣ γονιδιώματα (AIM 1)._x000D_ _x000D_ Για να μειώσουμε αυτή την ερώτηση, έχουμε κληροδοτηθεί εννιά συμπαράγοντες που περιγράφονταν στη LITERATURE για να ανακαλέσουν τις αλληλεπιδράσεις τους με τα SMAD PROTEINS. ΘΑ ΑΥΞΉΣΟΥΜΕ ΤΟΝ ΑΡΙΘΜΌ ΤΩΝ ΔΕΣΜΕΥΤΙΚΏΝ ΣΥΜΠΑΡΆΓΟΝΤΩΝ ΜΕ ΤΗ ΣΥΜΠΕΡΊΛΗΨΗ ΝΈΩΝ ΥΠΟΨΗΦΊΩΝ ΠΟΥ ΛΑΜΒΆΝΟΝΤΑΙ ΑΠΌ ΤΗ ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΉ ΑΝΆΛΥΣΗ ΤΩΝ ΔΗΜΌΣΙΩΝ ΔΕΔΟΜΈΝΩΝ ΠΟΥ ΈΧΟΥΝ ΚΑΤΑΤΕΘΕΊ ΣΤΟ ΈΡΓΟ ΚΩΔΙΚΟΠΟΊΗΣΗΣ ΚΑΙ ΣΤΙΣ ΒΆΣΕΙΣ ΔΕΔΟΜΈΝΩΝ OMNIBUS (GEO) ΈΚΦΡΑΣΗΣ ΓΟΝΙΔΊΩΝ. ΟΙ ΑΛΛΗΛΕΠΙΔΡΆΣΕΙΣ ΤΟΥΣ ΘΑ ΕΠΙΒΕΒΑΙΩΘΟΎΝ ΠΕΙΡΑΜΑΤΙΚΆ IN VITRO ΚΑΙ ΣΕ ΚΎΤΤΑΡΑ. _x000D_ _x000D_ αποκτώντας ΥΨΗΛΗ ΔΙΑΡΘΡΩΤΙΚΗ ΠΛΗΡΟΦΟΡΙΑΚΗ ΠΛΗΡΟΦΟΡΙΕΣ ΤΩΝ ΣΥΜΠΛΗΡΩΜΑΤΩΝ (USING NMR, SAXS και X-RAY Crystallography) ΘΑ ΕΘΝΕΙ ΤΗΝ ΕΞΩΤΕΡΙΚΗ ΠΕΡΙΠΤΩΣΗ ΤΩΝ ΜΟΡΦΩΝ ΠΡΩΤΕΪΝΩΝ ΝΑ ΠΡΟΣΑΡΜΟΖΟΝΤΑΙ ΣΤΙΣ ΔΙΑΦΟΡΕΣ ΣΕΝΑΡΙΟΣ, ΟΠΟΙΕΣ ΜΕΤΑΦΡΑΖΕΙ ΜΕΓΑΛΗ ΟΙΚΟΝΟΜΙΑ ΓΙΑ ΚΑΛΕΣ: ΤΟ ΊΔΙΟ ΠΡΩΤΕΪΝΙΚΌ ΣΎΣΤΗΜΑ ΔΙΑΒΆΖΕΙ ΔΙΑΦΟΡΕΤΙΚΆ ΣΤΟΙΧΕΊΑ ΡΎΘΜΙΣΗΣ CIS ΜΕ ΤΗ ΒΟΉΘΕΙΑ ΔΙΑΦΟΡΕΤΙΚΏΝ COFACTORS. Θα ΕΠΙΣΗΣ ΑΝΑΘΕΩΡΕΙ ΣΥΜΠΛΗΡΩΜΑΤΙΚΕΣ ΕΝΕΡΓΕΙΕΣ που θα κωδικοποιηθούν σε SMAD PROTEINS, ΛΑΜΒΑΝΟΝΤΑΣ ΥΠΟΨΗ ΤΗ ΣΥΝΕΡΓΑΣΙΑ ΜΕ ΑΡΙΘΜΟ ΣΥΝΕΡΓΑΤΩΝ και καταπιεστών, ΩΣ ΤΟ ΔΙΚΑΙΩΜΑ ΔΑΠΑΝΗΣ ΕΚΔΟΣΕΩΝ (AIM 2)._x000D_ _x000D_ ΣΕ ΠΡΟΣΘΗΚΗ (AIM 3), θα θελαμε να εχουμε ΜΙΚΡΕΣ ΜΗΧΑΝΕΣ που θα διαδρασουν με ΤΙΣ ΣΥΜΠΛΗΡΩΣΕΙΣ SMAD-cofactor, που ΧΡΗΣΙΜΟΠΟΙΟΥΝΤΑΙ ΛΙΜΠΡΑΙΕΣ ΣΥΝΘΕΣΕΩΝ με το ΔΗΜΟΣΙΟ ΠΡΟΣΒΑΣΗ, και ΔΙΑΔΙΚΑΣΙΑ ΑΝ αυτα τα ΠΟΛΛΑΠΟΙΟΥΝ η ΕΝΙΣΧΥΣΗ ΤΗΣ ΔΗΜΟΣΙΑΣ ΣΥΜΜΕΤΟΧΗΣ ΣΥΓΚΟΙΝΩΝΙΩΝ. ΕΆΝ ΕΝΤΟΠΙΣΤΟΎΝ, ΑΥΤΆ ΤΑ ΜΌΡΙΑ ΘΑ ΜΠΟΡΟΎΣΑΝ ΝΑ ΔΙΕΥΚΟΛΎΝΟΥΝ ΤΗ ΛΕΠΤΟΜΕΡΉ ΑΝΆΛΥΣΗ ΤΟΥ ΣΎΝΘΕΤΟΥ ΔΙΚΤΎΟΥ ΑΛΛΗΛΕΠΙΔΡΆΣΕΩΝ ΤΩΝ ΠΡΩΤΕΪΝΏΝ SMAD IN VIVO. Για τα ΠΡΩΤΕΪΝΕΣ ΤΩΝ ΣΜΑΤΩΝ ΜΕ ΤΡΟΠΟΠΟΙΗΣΕΙΣ — αλλα ΜΟΡΦΩΣΗ ΛΕΙΤΟΥΡΓΙΚΩΝ ΣΥΜΜΕΤΟΧΩΝ — θα ΕΧΟΥΝ ΕΙΔΙΚΕΣ ΕΓΚΑΤΑΣΤΑΣΕΙΣ για ΤΙΣ ΜΙΚΡΕΣ ΜΟΡΦΕΣ ΤΩΝ ΜΙΚΡΩΝ ΠΡΩΤΕΙΝΩΝ που ΜΠΟΡΟΥΝ να ΣΥΝΑΛΛΑΓΟΥΝ ΩΣ ΦΑΡΜΑΚΟΛΟΓΙΚΑ ΧΑΡΜΑΚΟΛΟΛΟΓΙΚΑ ΧΑΡΑΚΤΗΡΙΣΤΙΚΑ._x000D_ _x000D_ FINALLY (AIM 4) ΧΡΗΣΙΜΟΠΟΙΗΣΗ ΠΡΩΤΕΙΝΩΝ LENGTH, ΕΧΟΝΤΑΣ ΥΠΟΨΗ τη μελέτη των SMAD3 και SMAD4 ετεροτριμερών συμπληρωμάτων, για να μεριμνήσουν για την παρακολούθηση των διαδικασιών τους που χρησιμοποιούν τους φόρους για να αναζητήσουν, αν το σύστημα αυτό είναι υποχρεωμένο να περιλάβει τις πρώτες πολύ μεγάλες διαστάσεις ενός μικροσκοπίου CRYO-ELECTRON. ΟΙ ΠΡΩΤΕΪ́ΝΕΣ ΑΥΤΈΣ ΠΑΡΟΥΣΙΆΖΟΥΝ ΜΕΓΆΛΟ ΕΝΔΙΑΦΈΡΟΝ ΓΙΑ ΤΗΝ ΕΠΙΣΤΗΜΟΝΙΚΉ ΚΟΙΝΌΤΗΤΑ, ΑΛΛΆ ΜΈΧΡΙ ΣΉΜΕΡΑ ΥΠΆΡΧΟΥΝ ΜΌΝΟ ΔΙΆΣΠΑΡΤΕΣ ΠΛΗΡΟΦΟΡΊΕΣ ΣΧΕΤΙΚΆ ΜΕ ΑΥΤΈΣ. (Greek)
17 August 2022
0 references
TGF-BETA-SIGNALKASKADEN ER EN AF DE FIRE SIGNALVEJE, DER ER BEVARET I ALLE METAZOER. DE VIGTIGSTE MELLEMPRODUKTER, DER ER ANSVARLIGE FOR OVERFØRSLEN AF DENNE KASKADE, ER PROTEINERNE FRA SMAD-FAMILIEN, SOM REGULERER VEDLIGEHOLDELSEN AF STAMCELLERNES PLURIPOTENTE TILSTAND, OG KONTROLPROCESSER INDEN FOR CELLEDIFFERENTIERING OG TUMOR SUPPRESSION KASKADER. SMAD-PROTEINER DANNER HETEROTRIMERISKE KOMPLEKSER MELLEM TO R-SMADS OG EN SMAD4. SOM TRANSSKRIPTIONSFAKTORER BINDER DISSE KOMPLEKSER FLERE DNA-MOTIVER RELATERET I RÆKKEFØLGE. DISSE MOTIVER SYNES AT VÆRE GRUPPERET I DE PROMOTORER, DER ER BUNDET AF SMADS. DISSE KLYNGEMOTIVER REPRÆSENTERER EN INTERAKTIONSPLATFORM, DER LETTER SAMARBEJDET MELLEM FLERE SMADS, DER ER TIL STEDE I DET HETEROTRIMERISKE KOMPLEKS. DE FORSKELLIGE GRUPPER AF MOTIVER HAR NORMALT SÆRLIGE ORDNINGER, SOM ER AFHÆNGIGE AF INITIATIVTAGERNE. Denne FACT føjer sig til de BINDINGSITER og gør det muligt for dem at genfremsætte en betydelig mængde af DISTINCT-PROMOTER, som ikke er i stand til at kontrollere, at bevarede REGIONS._x000D_ _x000D_ MAIN OBJEKTIVET FOR DENNE GENNEMFØRELSESBESKYTTELSE HVEDTAGET AF DENNE GENNEMFØRELSE AF DENNE GENNEMFØRELSE de FORENEDE BESLUTNINGER I PROMOTERNE SOM TAGER I BETRAGTNING, at det er afgørende for den EFFECTIVE RECOGNITION af de BINDINGER, der er i besiddelse af DIFFERENDE PROMOTERERNE, at det er af afgørende betydning for de EFFECTIVE genomer (AIM 1)._x000D_ _x000D_ _x000D_ _x000D_ at SOLVE THIS QUESTION, vi har modtaget NINE-kofaktorer, der er blevet udskilt i LITERATURE for at sikre, at de er i stand til at identificere dem med deres markedsføringsprotokoller. VI VIL ØGE ANTALLET AF BINDENDE KOFAKTORER VED AT INKLUDERE NYE KANDIDATER FRA BIOINFORMATISK ANALYSE AF OFFENTLIGE DATA DEPONERET I KODEPROJEKTET OG GENEKSPRESSION OMNIBUS (GEO) DATABASER. DERES INTERAKTIONER VIL BLIVE BEKRÆFTET EKSPERIMENTELT IN VITRO OG I CELLER. _x000D_ _x000D_ opnåelse af HØJDE RESOLUTION STRUCTURAL INFORMATION AF DENNE COMPLEXER (USING NMR, SAXS og X-RAY krystallografi) Vil VILENDE EKSTRAORDINARY ABILITY af SMAD PROTEINS til DAPT TIL DIFFERENT SCENARIOS, HVILSK TRANSLATES INTO EN GREAT ØKONOMY TIL CELLS: DET SAMME PROTEINSYSTEM LÆSER FORSKELLIGE CIS-REGULERINGSELEMENTER VED HJÆLP AF FORSKELLIGE COFAKTORER. IT VIL ALSO REVEAL BINDING INTERFACES indkodet i SMAD PROTEINS, ALLE OPLYSNINGER, AIM 2._x000D_ _x000D_ I ADDITION (AIM 3), vi vil LOOK TIL SMALL MOLEKULER DET INTERACT MED SMAD-cofactor COMPLEXES, Brug LIBRARIES af COMPOUNDs med PUBLIC ACCESS, OG DETERMINE, hvis de MOLEKULER INDEN ELLER REINFORMATION AF SMAD-cofactor COMPLEXES. HVIS DISSE MOLEKYLER IDENTIFICERES, KAN DE LETTE DEN DETALJEREDE ANALYSE AF DET KOMPLEKSE NETVÆRK AF INTERAKTIONER MELLEM SMAD-PROTEINER IN VIVO. For SMADSPROTEINS MED DUMOR MUTATIONER — MEN STILL TIL FUNKTIONAL COMPLEXER — VIL SPECIFIKALLY INVESTIGATE, hvis en anden af de mindste MOLEKULER, der er INTERACT MED SMAD PROTEINS KAN ACT AS PHARMACOLOGICAL CHAPERONES._x000D_ _x000D_ _x000D_ FINALLY (AIM 4) brug af FULL LENGTH PROTEINS vi vil gøre opmærksom på, at SMAD3 og SMAD4 heterotrimeriske komplikationer, i stedet for at være i stand til at gøre brug af SMAD3 og SMAD4 heterotrimer, kan anvendes til at eksponere sig, hvis det er muligt at anvende mikroskopien af en SMAD-ELECTRON. DISSE PROTEINER ER AF STOR INTERESSE FOR DET VIDENSKABELIGE FÆLLESSKAB, MEN INDTIL VIDERE FORELIGGER DER KUN SPREDTE OPLYSNINGER OM DEM. (Danish)
17 August 2022
0 references
TGF-BEETA-SIGNAALIEN KASKADI ON YKSI NELJÄSTÄ SIGNAALIREITISTÄ, JOTKA ON SÄILYTETTY KAIKISSA METAZOAANEISSA. TÄRKEIMMÄT VÄLITUOTTEET, JOTKA VASTAAVAT TÄMÄN KASKADIN SIIRTYMISESTÄ, OVAT SMAD-PERHEEN PROTEIINEJA, JOTKA SÄÄTELEVÄT KANTASOLUJEN PLURIPOTENTIN TILAN YLLÄPITOA JA KONTROLLIPROSESSEJA SOLUJEN ERILAISTUMISEN JA KASVAIMEN TUKAHDUTTAMISEN KASKADEISSA. SMAD-PROTEIINIT MUODOSTAVAT HETEROTRIMEERISIÄ KOMPLEKSEJA KAHDEN R-SMADSIN JA YHDEN SMAD4:N VÄLILLÄ. TRANSKRIPTIOTEKIJÖINÄ NÄMÄ KOMPLEKSIT SITOVAT USEITA DNA-AIHEITA SEKVENSSISSÄ. NÄMÄ AIHEET OVAT RYHMITELTY SMADSIN SITOMISSA PROMOOTTORISSA. NÄMÄ KLUSTEROIDUT AIHEET MUODOSTAVAT VUOROVAIKUTUSALUSTAN, JOKA HELPOTTAA HETEROTRIMEERISESSÄ KOMPLEKSISSA OLEVIEN USEIDEN SMADS-YHTYEEN YHTEISTOIMINTAA. ERI AIHERYHMILLÄ ON YLEENSÄ ERITYISIÄ JÄRJESTELYJÄ, JOTKA OVAT RIIPPUVAISIA HANKKEEN TOTEUTTAJISTA. Tämä FACT ADDS VERSATILITYSTÄ KOSKEVAT SITES- JA MAKE IT EASIER FOR SMADS to RECOGNISE LARGE NUMBER of DISTINCT PROMOTERS, MINÄ EI EI EI EI EI ONG STRETCHES konservoitujen REGIONS._x000D_ _x000D_ MAIN OBJECTIVE näiden TÄMÄN WORK on DETERMINE TEHTÄVÄT HYVÄKSYNNÄN HYVÄKSYNNÄN HYVÄKSYNNÄN HYVÄKSYNNÄN HYVÄKSYTTÄVÄT KÄYTTÖJÄRJESTELMÄN HYVÄKSYTTÄVÄT HYVÄKSYTTÄMÄN HYVÄKSYNNÄN HYVÄKSYTTÄVÄT KOSKEVAT SOPIMUKSET MÄÄRÄT TEHDÄT ON MÄÄRÄT MÄÄRÄ metazoan genomit (AIM 1)._x000D_ _x000D_ SOLVE TÄMÄN KYSYMYKSEEN, me ON SELECTED NINE cofactors DESCRIBED LITERATURE KOHTAISSA SMAD PROTEINS. LISÄÄMME SITOVIEN YHTEISTEKIJÖIDEN MÄÄRÄÄ OTTAMALLA MUKAAN UUSIA EHDOKKAITA, JOTKA ON SAATU KOODAUSPROJEKTIIN TALLENNETUN JULKISEN DATAN BIOINFORMAATTISESTA ANALYYSISTA JA GEENIN ILMENTYMISESTÄ OMNIBUS (GEO) -TIETOKANNOISTA. NIIDEN YHTEISVAIKUTUKSET VAHVISTETAAN KOKEELLISESTI IN VITRO JA SOLUISSA. _x000D_ _x000D_ saada HIGH RESOLUTION STRUCTURAL INFORMATION OF THE COMPLEXES (Käyttävät NMR, SAXS JA X-RAY kiteytys) VALMISTAVA SMAD PROTEINITYHTÄVÄ SMAD PROTEINSENARIOS, WHICH TRANSLATES INTO A GREAT ECONOMY FOR CELLS: SAMA PROTEIINIJÄRJESTELMÄ LUKEE ERI CIS-SÄÄNTELYELEMENTTEJÄ ERILAISTEN KOFAKTORIEN AVULLA. Se on koodattu SMAD PROTEINS: iin koodattuihin SISÄLTÖihin, jotka vastaavat koaktivaattorien ja repressorien LARGE NUMBER NUMBER, AS EXPERIMENTAL EVIDENCES INDICATE (AIM 2)._x000D_ _x000D_ IN ADDITION (AIM 3), meillä on pieniin MOLECULES iin, jotka ovat INTERACT kanssa SMAD-cofactor COMPLEXES, käyttö LIBRARIES COMPOUNDS että PABLIC ACCESS, JA KÄYTTÄMINEN MOLECULES INHIBIT TAI REINFORCE FORMATION of SMAD-cofactor COMPLEXES. JOS NÄMÄ MOLEKYYLIT TUNNISTETAAN, NE VOIVAT AUTTAA ANALYSOIMAAN YKSITYISKOHTAISESTI SMAD-PROTEIINIEN MONIMUTKAISTEN VUOROVAIKUTUSTEN VERKOSTON IN VIVO. TUOTTEET TUOTTEET – BUT STILL FORMING FUNCTIONAL COMPLEXES – WE WILL SPECIFICALLY INVESTIGATE WHETHER SOME of the Small MOLECULES TÄMÄT KÄYTTÄMÄT TUOTTEET, jotka voivat ACT AS PHARMACOLOGICAL CHAPERONES._x000D_ _x000D_ FINALLY (AIM 4) käyttää FULL LENGTH PROTEINS, meillä on mahdollisuus tutustua SMAD3: n ja SMAD4: n heterotrimeerisiin projekteihin, jotka ovat VAIKUTUKSESSA HOMOGENEITY PROPERTIES TEHTÄVÄT SAXS TEHTÄVÄT TÄMÄN SYSTEM on VAHVISTAA OBTAIN EVER FULL LENGTH STRUCTURES of SMAD COMPLEX käyttää CRYO-ELECTRON-mikroskopiaa. NÄMÄ PROTEIINIT KIINNOSTAVAT SUURESTI TIEDEYHTEISÖÄ, MUTTA TOISTAISEKSI NIISTÄ ON SAATAVILLA VAIN HAJANAISTA TIETOA. (Finnish)
17 August 2022
0 references
IL-KASKATA TAS-SINJALAR TGF-BETA HIJA WAĦDA MILL-ERBA’ PASSAĠĠI TA’ SINJALAR IKKONSERVATI FIL-METAŻOANI KOLLHA. L-INTERMEDJARJI EWLENIN RESPONSABBLI GĦAT-TRAŻMISSJONI TA’ DIN IL-KASKATA HUMA L-PROTEINI MILL-FAMILJA SMAD, LI JIRREGOLAW IŻ-ŻAMMA TAL-ISTAT PLURIPOTENTI TAĊ-ĊELLOLI STAMINALI, U L-PROĊESSI TA’ KONTROLL FI ĦDAN IL-KASKATI TAD-DIFFERENZJAZZJONI TAĊ-ĊELLOLI U TAS-SOPPRESSJONI TAT-TUMUR. PROTEINI SMAD JIFFURMAW KUMPLESSI ETEROTRIMERIĊI, BEJN ŻEWĠ R-SMADS U SMAD4 WIEĦED. BĦALA FATTURI TA’ TRASKRIZZJONI, DAWN IL-KUMPLESSI JORBTU DIVERSI MOTIFI TAD-DNA RELATATI F’SEKWENZA. DAWN IL-MOTIFI JIDHRU RAGGRUPPATI FIL-PROMOTURI MARBUTA MA’ SMADS. DAWN IL-MOTIFI RAGGRUPPATI JIRRAPPREŻENTAW PJATTAFORMA TA’ INTERAZZJONI LI TIFFAĊILITA L-INTERAZZJONI KOOPERATTIVA TA’ DIVERSI SMADS PREŻENTI FIL-KUMPLESS ETEROTRIMERIKU. IL-GRUPPI DIFFERENTI TA’ MOTIFI NORMALMENT IKOLLHOM ARRANĠAMENTI SPEĊIFIĊI, LI HUMA DIPENDENTI FUQ IL-PROMOTUR. Din il-FACT ADDS VERSATILITÀ LILL-SITES BINDJA U MILL-ISTATI GĦAL SMADS LI GĦANDHOM JIRRIKONOXXI NUMRU TA’ PROMOTI DISTINALI TA’ PROMOTI DISTINETTI, LI MA GĦANDUX LI STRETTI TAL-LONG HAVE TA’ REGIONSJONIJIET konservati._x000D_ _ _X000D_ L-OBJETTIVA MAIN TAGĦHOM LI GĦANDHOM DETERMINA HOW L-OBJETTIVA MAIN TIEGĦU DETERMINE HOW L-OBJETTIVA TAGĦHOM is-SELECJONI FINALI tas-SITI BINDINALI FIL-PROMOTERJI IS CARRIED OUT BY SMAD PROTEINI U LI UNDERSTANDU FIL-INDIREZZJONI TAL-KOMPATURI SMAD FIL-kofatturi determinanti għar-rikomodazzjoni EFFETTIVA tas-SITI BINDJATI FIL-UNDATI TAL-PROMOTERs DIFFERENTI MILL-MADS ALONG TIEGĦU ġenomi (AIM 1)._x000D_ _x000D_ GĦANDHOM LI SAĦĦA QUESTION, WE kofatturi NINE SELECTED SELECTED DESCRIBED F’LITERATURA GĦALL-INTERAZZJONIJIET TA’ L-ANALIZZJONI MILL-PROTENI SMAD. SE NŻIDU L-GĦADD TA’ KOFATTURI VINKOLANTI BILLI NINKLUDU KANDIDATI ĠODDA MIKSUBA MILL-ANALIŻI BIJOINFORMATIKA TAD-DATA PUBBLIKA DDEPOŻITATA FIL-PROĠETT TA’ ENCODE U L-BAŻIJIET TAD-DATA TAL-ESPRESSJONI TAL-ĠENI OMNIBUS (GEO). L-INTERAZZJONIJIET TAGĦHOM SER JIĠU KKORROBORATI B’MOD SPERIMENTALI IN VITRO U FIĊ-ĊELLOLI. _x000D_ _x000D_ kisba GĦOLJA RESOLUZZJONI STRUCTURAL INFORMAZZJONI TAL-KOMPLITIJIET GĦANDHOM (USING NMR, SAXS U Kristallografija X-RAY) Jirriflettu l-ABILITÀ ExTRAORDINARY TA ‘PROTEŻI SMAD biex ADAPT LI SCENARIOS DIFFERENT, LI TRANŻLATI INTO AEKONOMY GRATTA GĦAL ELLS: L-ISTESS SISTEMA TA’ PROTEINI TAQRA ELEMENTI REGOLATORJI DIFFERENTI TAS-CIS BL-GĦAJNUNA TA’ KOFATTURI DIFFERENTI. It-TWAL ALSO BINDING REVEAL INTERFACES enkowdjati FIL-PROTEŻI SMAD, LI JILQGĦU MILL-INTERACT MAL-INTERACT MAL-INTERACT MILL-INDIZZJONI TA’ L-INDIĊJU TAL-Koattivi u r-ripressuri, KIF L-INDIĊI TA’ EVIDEĊI ESPERMENTALI (AIM 2)._x000D_ _ _x000D_ F’ADDIZZJONI (AIM 3), WE se LOOK GĦALL MOLECULES FUQ LI INTERACT ma ‘l-KOMPLIŻI SMAD-kofattur, LIBRARJI TUŻA TAL-KOMPJONIJIET MA’ AĊĊESS PUBBLIKA PUBBLIKA, U DETERMINE TIEGĦU MOLECULES INHIBIT jew REINFORCE L-FORMAZZJONI TA ‘KOMPJETTI SMAD ko-fattur. JEKK JIĠU IDENTIFIKATI, DAWN IL-MOLEKULI JISTGĦU JSERVU BIEX JIFFAĊILITAW L-ANALIŻI DETTALJATA TAN-NETWERK KUMPLESS TA’ INTERAZZJONIJIET TA’ PROTEINI SMAD IN VIVO. Għal PROTEINI SMADS BIL-MUTAZZJONI TUMOR — BUT STILL FORMING KOMPLITI FONĊJONALI — WE LI SPECIFICALLY INVESTIGAT WHETHER SOME TAL-MOLECULES SMAD INTERACT MA PROTEINS SMAD CAN ACT AS PHARMACOLOGICAL CHAPERONES._x000D_ _x000D_ _x000D_ FINALLY (AIM 4) UŻA FULLENGTH PROTEINS, RIKONSITAZZJONI TA ‘SMAD3 U SMAD4 KOMMESSIĊI eterotrimeriċi, FIL-ORDJA GĦALL-PROPERTJONIJIET HOMOGENEITY TUŻA SAXS LI JISSOTTOLINJA FIL-ISSI SISTEMA TIEGĦU GĦANDHOM GĦANDHOM OBTAIN IL-FIRST EVER STRUSTIZZJONI LENGTH FULL LENGTH STRUCTURES TA ‘A SMAD COMPLEX Istati Uniti TUŻA CRYO-ELECTRON mikroskopju. DAWN IL-PROTEINI HUMA TA’ INTERESS KBIR GĦALL-KOMUNITÀ XJENTIFIKA, IŻDA SAL-LUM, HIJA DISPONIBBLI BISS INFORMAZZJONI MXERRDA DWARHOM. (Maltese)
17 August 2022
0 references
TGF-BETA SIGNALIZĀCIJAS KASKĀDE IR VIENS NO ČETRIEM SIGNALIZĀCIJAS CEĻIEM SAGLABĀTI VISOS METAZOĀNIEM. GALVENIE STARPPRODUKTI, KAS ATBILD PAR ŠĪS KASKĀDES PĀRNEŠANU, IR SMAD ĢIMENES PROTEĪNI, KAS REGULĒ CILMES ŠŪNU PLURIPOTENTĀ STĀVOKĻA UZTURĒŠANU UN KONTROLES PROCESUS ŠŪNU DIFERENCIĀCIJĀ UN AUDZĒJU NOMĀKUMA KASKĀDĒS. SMAD PROTEĪNI VEIDO HETEROTRIMĒRU KOMPLEKSUS STARP DIVIEM R-SMADS UN VIENU SMAD4. KĀ TRANSKRIPCIJAS FAKTORI ŠIE KOMPLEKSI SAISTĀS AR VAIRĀKIEM DNS MOTĪVIEM, KAS SAISTĪTI AR SECĪBU. ŠIE MOTĪVI IR SAGRUPĒTI INICIATOROS, KURUS SAISTA SMADS. ŠIE GRUPĒTIE MOTĪVI IR MIJIEDARBĪBAS PLATFORMA, KAS ATVIEGLO VAIRĀKU HETEROTRIMĒRU KOMPLEKSĀ ESOŠO SMADS SADARBĪBU. DAŽĀDĀM MOTĪVU GRUPĀM PARASTI IR ĪPAŠA KĀRTĪBA, KAS IR ATKARĪGA NO PROJEKTA VIRZĪTĀJA. Šī FACT pievieno VERSATILITĪTĀJIEM BINDING SITES UN MAKE IT EASIER SMADS RECOGNISE A LARGE NUMBER of DISTINCT PROMOTERS, Kurš nav nepieciešams, lai būtu saglabāti REĢIONI._x000D_ _x000D_ _x000D_ galvenais šī darba mērķis ir deTERMINE, kas atrodas galamērķī BINDING SITES PĀRSKATĪŠANA PROMOTERES IZMANTOTĀJIEM PAR DIFFERENTU PROTEINĀJUMIEM UN UZŅĒMĒJĀM, ja kofaktori ir noteicošie faktori DIFFERENT PROMOTERS DIFFERENT PROMOTERS BY SMADS BY SMADS ALONG THE metazoan genomi (AIM 1)._x000D_ _x000D_ SOLVE THIS QUESTION, mēs esam izolēti NINE kofaktori LITERATURE, lai analizējot tos INTERACTIONS ar SMAD PROTEINS. MĒS PALIELINĀSIM SAISTOŠO KOFAKTORU SKAITU, IEKĻAUJOT JAUNUS KANDIDĀTUS, KAS IEGŪTI NO BIOINFORMĀTISKĀS ANALĪZES PAR PUBLISKAJIEM DATIEM, KAS GLABĀJAS KODĒŠANAS PROJEKTĀ UN GĒNU EKSPRESIJAS OMNIBUS (GEO) DATUBĀZĒS. TO MIJIEDARBĪBA TIKS APSTIPRINĀTA EKSPERIMENTĀLI IN VITRO UN ŠŪNĀS. _x000D_ _x000D_ iegūt šo komplekso komplekso (lietojot NMR, SAXS un X-RAY kristalogrāfijas) augstas izšķirtspējas STRUCTURAL INFORMĀCIJAS IZMANTOŠANAS IZMANTOŠANAS IZMANTOŠANAS IZMANTOŠANAS IZMANTOŠANAS IZMANTOŠANAS PAR DIFFERENT SCENARIOS, WHICH TRANSLATES INTO GREAT ECONOMY FOR CELLS: VIENA UN TĀ PATI OLBALTUMVIELU SISTĒMA AR DAŽĀDU KOFAKTORU PALĪDZĪBU LASA DAŽĀDUS CIS REGULĒJOŠOS ELEMENTUS. Tas būs kodēts SMAD PROTEINĀNĀ, AR INTERFACES INFORMĀCIJAS INFORMĀCIJAS, APSTIPRINOT INTERACT ar koaktivatoru un represoru numuru, AS EXPERIMENTAL EVIDENCES INDICATE (AIM 2)._x000D_ _x000D_ _x000D_ IN ADDITION (AIM 3), mēs Būs LOOK par zemu MOLECULES, ka INTERACT ar SMAD-kofaktors COMPLEXES, izmantojot LIBRARIES COMPOUNDS ar PUBLIKĀCIJAS ACCESS, un DETERMINE, ja to MOLECULES INHIBIT VAI REINFORCE FORMĀCIJAS SMAD-kofaktors COMPLEXES. JA ŠĪS MOLEKULAS TIKS IDENTIFICĒTAS, TĀS VARĒTU VEICINĀT SMAD PROTEĪNU MIJIEDARBĪBAS KOMPLEKSA TĪKLA DETALIZĒTU ANALĪZI IN VIVO. For SMADS PROTEINS ar TUMOR MUTATIONS — BUT STILL FORMING FUNCTIONAL COMPLEXES — BĒS SPECIFIKĀLIJA INVESTIGĀTS, KAS MAZĪGĀ MĒRĶIS, KAS MĒRĶIS, KAS IZMANTOŠANAS KOMPLEKTES._x000D_ _x000D_ _x000D_ FINALLY (AIM 4), VĒRTĒJOT SMAD3 un SMAD4 heterotrimēru KONKURĒŠANAS RECONSTITŪCIJAS KOMPENSĀCIJAS PASŪTĪŠANAS PROPĒCIJAS LIETOŠANAS IZMANTOŠANAI IZMANTOŠANAI ŠIS SYSTEM ir SUITABLE TO OBTAINĀTES FIRSTĀTIEM FULL LENGTH STRUCTURES MUAD COMPLEX LIETOŠANAI CRYO-ELECTRON mikroskopiju. ŠIE PROTEĪNI IR ĻOTI IEINTERESĒTI ZINĀTNISKAJĀ KOPIENĀ, BET LĪDZ ŠIM IR PIEEJAMA TIKAI IZKLIEDĒTA INFORMĀCIJA PAR TIEM. (Latvian)
17 August 2022
0 references
SIGNALIZAČNÁ KASKÁDA TGF-BETA JE JEDNOU ZO ŠTYROCH SIGNALIZAČNÝCH CIEST ZACHOVANÝCH VO VŠETKÝCH METAZOANOCH. HLAVNÉ MEDZIPRODUKTY ZODPOVEDNÉ ZA PRENOS TEJTO KASKÁDY SÚ PROTEÍNY Z RODINY SMAD, KTORÉ REGULUJÚ UDRŽIAVANIE PLURIPOTENTNÉHO STAVU KMEŇOVÝCH BUNIEK A KONTROLNÉ PROCESY V BUNKOVEJ DIFERENCIÁCII A POTLÁČANÍ NÁDOROV KASKÁDAMI. PROTEÍNY SMAD TVORIA HETEROTRIMERICKÉ KOMPLEXY MEDZI DVOMA R-SMADS A JEDNÝM SMAD4. AKO TRANSKRIPČNÉ FAKTORY TIETO KOMPLEXY VIAŽU NIEKOĽKO MOTÍVOV DNA SÚVISIACICH POSTUPNE. TIETO MOTÍVY SA OBJAVUJÚ ZOSKUPENÉ V PROPAGÁTOROCH VIAZANÝCH SMADSOM. TIETO ZHLUKOVÉ MOTÍVY PREDSTAVUJÚ PLATFORMU INTERAKCIE, KTORÁ UĽAHČUJE SPOLUPRÁCU VIACERÝCH SMADS PRÍTOMNÝCH V HETEROTRIMERICKOM KOMPLEXE. RÔZNE SKUPINY MOTÍVOV MAJÚ ZVYČAJNE OSOBITNÉ OPATRENIA, KTORÉ SÚ ZÁVISLÉ OD NAVRHOVATEĽA. Tento FACT prispieva k BINDING SITES a robí to EASIER pre SMADS RECOGNISE LARGE NUMBER DISTINCT PROMOTERS, Ktorý nie je potrebné mať LONG STRETCHES konzervovaných REGIÓNOV._x000D_ _x000D_ _x000D_ MAIN OBJEKTIVE TÝKAJÚCEHO KTORÉHO KTORÉHO KTORÉHO ODHODNUTIA AKO FINAL SELECTION BINDING SITES IN THE PROMOTERS JE CARRIED OBCHODNÝCH PROTEÍN A NA UNDERSTÁLNE ZÁKLADNOSTI ZMLUVNÉHO SPOLOČENSTVA s kofaktormi je určujúci pre EFFECTIVE RECOGNITION of the BINDING SITES VÝSLEDKOVÝCH PROMOTEROV UZNÁMENÝCH SPOLOČNOSTÍ ZMLUVNÝCH genómov (AIM 1)._x000D_ _x000D_ Aby sa to vyriešilo, majú nastavené NINE kofaktory Zistené v LITERATURE ANALIZOVANIE Ich INTERACTIONS SMAD PROTEINS. ZVÝŠIME POČET ZÁVÄZNÝCH KOFAKTOROV ZAHRNUTÍM NOVÝCH KANDIDÁTOV ZÍSKANÝCH Z BIOINFORMATICKEJ ANALÝZY VEREJNÝCH ÚDAJOV ULOŽENÝCH V PROJEKTE KÓDOVANIA A GÉNOVEJ EXPRESII OMNIBUS (GEO) DATABÁZ. ICH INTERAKCIE BUDÚ POTVRDENÉ EXPERIMENTÁLNE IN VITRO A V BUNKÁCH. _x000D_ _x000D_ získanie VYSOKÉHO RESOLUTION STRUCTURAL INFORMÁCIE O SPOLOČNOSTI (POUŽÍVAJÚ NMR, SAXS A X-RAY kryštalografiu) UPOZORNENIE VYSOKÉHO ABILITY SMADNÝCH PROTERIÍN, KTORÝCH PREKLADY, KTORÉ PREKLADY VEĽKÝCH HOSPODÁRSKEJ HOSPODÁRSKE PRE CELLY: ROVNAKÝ PROTEÍNOVÝ SYSTÉM ČÍTA RÔZNE REGULAČNÉ PRVKY SNŠ POMOCOU RÔZNYCH KOFAKTOROV. Bude to tiež reálny BINDING INTERFACES zakódované v SMAD PROTEINS, VŠETKÝCH KONTROLY S LARGE Číslom koaktivátorov a represorov, ako EXPERIMENTAL EVIDENCES INDICATE (AIM 2)._x000D_ _x000D_ IN ADDITION (AIM 3), budeme sa snažiť o malé MOLECULÁLY, ktoré sa budú stretávať s komplexmi SMAD-kofaktor, používajúc LIBRARIES SPOLOČNÝCH SPOLOČNOSTÍ s UBLICKÝM ALEBO DETERMÍNOM, ak sa jedná o formu SMAD-kofaktorových komplikácií. AK SÚ TIETO MOLEKULY IDENTIFIKOVANÉ, MOHLI BY SLÚŽIŤ NA UĽAHČENIE PODROBNEJ ANALÝZY KOMPLEXNEJ SIETE INTERAKCIÍ PROTEÍNOV SMAD IN VIVO. Pre SMADS PROTEINS S TUMOR MUTATIONS – ALE STILL FORMING FUNKCTIONAL COMPLEXES – WE bude ŠPEKIFIKÁLNE INVESTIGATE, KTORÉ ZMLUVNÉ SMALL MOLECULES, že INTERACT SMAD PROTEINS CAN ACT AS PHARMACOLOGICKÉ CHAPERONES._x000D_ _x000D_ FINALLY (AIM 4) POUŽÍVANIE Úplne LENGTH PROTEINS, chceli by sme OPTIMIZUJÚCE RECONSTITUTION SMAD3 A SMAD4 heterotrimérnych komponentov, za cenu, že ich HOMOGENEITY PROPERTITUJE POUŽÍVANIE ODPORÚČANIA ODPORÚČAVAJÚCEHO ODPORÚČANIA SMADNÉHO SYSTÉMU POUŽÍVANIA, ak je tento systém vhodný na to, aby sa nezmenšil ani jeden z prvých prvkov mikroskopie SMAD COMPLEXING CRYO-ELECTRON. TIETO BIELKOVINY SÚ VEĽMI ZAUJÍMAVÉ PRE VEDECKÉ SPOLOČENSTVO, ALE K DNEŠNÉMU DŇU SÚ K DISPOZÍCII LEN ROZPTÝLENÉ INFORMÁCIE O NICH. (Slovak)
17 August 2022
0 references
TÁ CASCÁID CHOMHARTHAÍOCHTA TGF-BÉITE AR CHEANN DE NA CEITHRE CHONAIR CHOMHARTHAÍOCHTA A CHAOMHNAÍTEAR I NGACH MEITIZOANS. IS IAD NA PRÍOMHIDIRGHABHÁLAITHE ATÁ FREAGRACH AS AN GCASCÁID SEO A THARCHUR NA PRÓITÉINÍ ÓN TEAGHLACH SMAD, A RIALAÍONN COTHABHÁIL STÁT LÁNCHUMHACHTACH NA NGASCHEALL, AGUS PRÓISIS RIALAITHE LAISTIGH DEN DIFREÁIL CILLE AGUS CASCÁIDÍ SOCHTA MEALL. FOIRM PRÓITÉINÍ SMAD COIMPLÉISC HETEROTRIMERIC, IDIR DHÁ R-SMADS AGUS SMAD4 AMHÁIN. MAR FHACHTÓIRÍ TRASCRÍOBH, CEANGAL NA COIMPLÉISC SEO MÓITÍFEANNA DNA ÉAGSÚLA A BHAINEANN I SEICHEAMH. TÁ NA MÓITÍFEANNA SEO BRAISLITHE SNA TIONSCNÓIRÍ ATÁ FAOI CHEANGAL AG SMADS. IS IONANN NA MÓITÍFEANNA BRAISLITHE SEO ARDÁN IDIRGHNÍOMHAÍOCHTA A ÉASCAÍONN IDIRGHNÍOMHAÍOCHT CHOMHOIBRÍOCH ROINNT SMADS ATÁ I LÁTHAIR SA CHOIMPLÉASC HETEROTRIMERIC. BÍONN SOCRUITHE SONRACHA AG NA GRÚPAÍ ÉAGSÚLA MÓITÍFEANNA DE GHNÁTH, AR SOCRUITHE IAD ATÁ SPLEÁCH AR THIONSCNÓIRÍ. Ní bhaineann an t-ábhar sonraí seo le daoine atá faoi mhíchumas agus a chuireann cúnamh ar fáil chun déileáil le riachtanais chaomhnaithe._x000D_ _x000D_ _x000D_ _x000D_ _x000D_ _x000D_ _x000D_ _x000D_ _x000D_ chun an obair sin a scriosadh. [EN] (b) go bhfuil na substaintí seo a leanas á gcur i leataobh sna promháidí pearsanta agus go dtabharfar aird ar na srianta sin a bhaineann leis an gCOMHPHOBAL SMAD le comhfhachtóirí a bheith cinnte chun críoch a chur leis na géaga míleata (A 1). _x000D_ _ _ _ _000D_ chun na nithe seo a bhaint amach, cé gurbh iad Avondale rogha na coitianta tháinig buachaillí GCM le plean agus chuireadar I bhfeidhm é. MÉADÓIMID LÍON NA GCOMHFHACHTÓIRÍ CEANGAILTEACHA TRÍ IARRTHÓIRÍ NUA A FUARTHAS ÓN ANAILÍS BHITHFHAISNÉISEACH AR SHONRAÍ POIBLÍ A CUIREADH I DTAISCE SA TIONSCADAL IONCHÓDAITHE AGUS SNA BUNACHAIR SHONRAÍ OMNIBUS (GEO) GÉINE A CHUR SAN ÁIREAMH. COMHTHACÓFAR A N-IDIRGHNÍOMHAÍOCHTAÍ GO TURGNAMHACH IN VITRO AGUS I GCEALLA. _x000D_ _x000D_ _x000D_ Faisnéis RIALACHÁN NA gCOMHPHOBAL NA gCOMHPHOBAL (ag baint úsáide as NMR, SAXS agus X-RAY crystallography) Athchóirigh an t-eolas a fuarthas go speisialta chun dul i ngleic le SCENARIOS iontaofa, aistríonn an WHICH EACNAMAÍOCHT RÉIGIÚNACH DO teaghráin: LEIS AN GCÓRAS PRÓITÉINE CÉANNA LÉITEAR EILIMINTÍ ÉAGSÚLA RIALÚCHÁIN CIS LE CABHAIR Ó CHOFHACHTÓIRÍ ÉAGSÚLA. Gheobhaidh sé INTERFACES ATHBHREITHNIÚ ATHBHREITHNIÚ AIRGEADAIS IARRATAIS AIRGEADAIS IARRATAIS LE hAGHAIDH NA gcomhghníomhaitheoirí agus na n-athbhrúiteoirí, mar aon leis na nithe seo a leanas: MAIDIR LEIS AN gCÓRAS EILEANNA (AIM 2)._x000D_ _x000D_ i ADDITION (AIM 3), ba mhaith go mór leis an INTERACT leis na COMPLEXES SMAD-cofactor, ag baint úsáide as LIBRÍ NA gCOMPOUNDs le ACCESS poiblí, agus DETERMINE MAIDIR LE MOLECULES INHIBIT NÓ FAISNÉIS A DHÉANAMH AR AN gCOMHPHORTHÓIRÍ SMAD-fhachtóirí. DÁ N-AITHNEOFAÍ IAD, D’FHÉADFADH NA MÓILÍNÍ SIN ANAILÍS MHIONSONRAITHE A ÉASCÚ AR LÍONRA CASTA IDIRGHNÍOMHAÍOCHTAÍ PRÓITÉINÍ SMAD IN VIVO. Le haghaidh promhaidh SMADS le haghaidh Múnláidí TUMOR — Coimisiún Forbartha an Iarthair — Ba mhaith leis an gCoimisiún é a chur in oiriúint do riachtanais speisialta._x000D_ _x000D_ _x000D_ _x000D_ _x000D_ _x000D_ _x000D_ FIN000D_ FINALLY (AIM 4) ag baint úsáide as gnásanna iomlána, cé gurbh iad Avondale rogha na coitianta tháinig buachaillí GCM le plean agus chuireadar I bhfeidhm é. TÁ SUIM MHÓR AG AN BPOBAL EOLAÍOCHTA NA PRÓITÉINÍ SEO, ACH GO DTÍ SEO, NÍL ACH EOLAS SCAIPTHE ORTHU AR FÁIL. (Irish)
17 August 2022
0 references
TGF-BETA SIGNALIZAČNÍ KASKÁDA JE JEDNOU ZE ČTYŘ SIGNÁLNÍCH CEST UCHOVÁVANÝCH VE VŠECH METAZOÁNECH. HLAVNÍMI MEZIPRODUKTY ODPOVĚDNÝMI ZA PŘENOS TÉTO KASKÁDY JSOU PROTEINY Z RODINY SMAD, KTERÉ REGULUJÍ UDRŽOVÁNÍ PLURIPOTENTNÍHO STAVU KMENOVÝCH BUNĚK A KONTROLNÍ PROCESY V RÁMCI DIFERENCIACE BUNĚK A SUPRESE NÁDORŮ. SMAD PROTEINY TVOŘÍ HETEROTRIMERICKÉ KOMPLEXY, MEZI DVĚMA R-SMAD A JEDNÍM SMAD4. JAKO TRANSKRIPČNÍ FAKTORY TYTO KOMPLEXY VÁŽOU NĚKOLIK POSLOUPNÝCH MOTIVŮ DNA. TYTO MOTIVY SE OBJEVUJÍ SESKUPENY V PROMOTÉRECH VÁZANÝCH SMADS. TYTO SESKUPENÉ MOTIVY PŘEDSTAVUJÍ PLATFORMU PRO INTERAKCI, KTERÁ USNADŇUJE SPOLUPRÁCI NĚKOLIKA SMADŮ PŘÍTOMNÝCH V HETEROTRIMERICKÉM KOMPLEXU. RŮZNÉ SKUPINY MOTIVŮ MAJÍ OBVYKLE ZVLÁŠTNÍ USPOŘÁDÁNÍ, KTERÉ JSOU ZÁVISLÉ NA PROMOTÉRECH. Tento Fakt přidává Osobnost k BINDING SITES A ŘÍZENÍ OBCHODUJÍCÍCH PROSTŘEDKÝCH PŘÍSLUŠNÝCH PŘÍSLUŠNÝCH PŘÍSLUŠNÝCH PŘÍSLUŠNÝCH PŘÍSLUŠNÝCH PROSTŘEDKŮ, Které nejsou potřebné k tomu, aby měli k dispozici konzervované regiony._x000D_ BINDING SITES in the PROMOTERs is CARRIED on the SMAD PROTEINS AND TO UNDERSTAND IFINDING OF THE SMAD COMPLEX with the Cofactors is determinant for the EFFECTIVE RECOGNITION of the BINDING SITESES in the HUNDREDS of DIFFERENT PROMOTERS RECOGNISED byY SMADS ALONG THE metazoan genomes (AIM 1)._x000D_ _x000D_ _x000D_ Splnění této otázky, máme nastavené NINE kofaktory, které byly nalezeny v LITERATURE, aby se jejich interakce s SMAD PROTEINY. ZVÝŠÍME POČET ZÁVAZNÝCH KOFAKTORŮ ZAHRNUTÍM NOVÝCH KANDIDÁTŮ ZÍSKANÝCH Z BIOINFORMATICKÉ ANALÝZY VEŘEJNÝCH DAT ULOŽENÝCH V ENKÓDOVACÍM PROJEKTU A V DATABÁZÍCH GENOVÉ EXPRESE OMNIBUS (GEO). JEJICH INTERAKCE BUDOU EXPERIMENTÁLNĚ POTVRZENY IN VITRO A V BUŇKÁCH. _x000D_ _x000D_ získání VYSOKÉ RESOLUTION STRUCTURAL INFORMACÍ o těchto komplexech (Používající NMR, SAXS a X-RAY krystalografie) Bude reprodukovat EXTRAORDINARY ABILITY SMAD PROTEINS, které jsou určeny pro DIFFERENT SCENARIOS, KTERÉ TRANSLATES INTO a GREAT ECONOMY for CELLS: STEJNÝ PROTEINOVÝ SYSTÉM ČTE RŮZNÉ CIS-REGULAČNÍ PRVKY S POMOCÍ RŮZNÝCH KOFAKTORŮ. Bude VYBÍZIT VÝROBKU MINDING INTERFACES zakódovaných do SMAD PROTEINŮ, VYBÍZÍ k vzájemnému kontaktu s malým počtem koaktivátorů a represorů, jako EXPERIMENTAL EVIDENCES INDICATE (AIM 2)._x000D_ _x000D_ IN ADDITION (AIM 3), budeme se těšit na malé MOLECULES, že interakce s SMAD-cofactor COMPLEXES, použití LIBRARIES společnosti s PUBLIC ACCESS, a DETERMINE, pokud se jedná o MOLECULES INHIBIT nebo ReINFORCE FORMATION of SMAD-cofactor COMPLEXES. POKUD BY BYLY TYTO MOLEKULY IDENTIFIKOVÁNY, MOHLY BY USNADNIT PODROBNOU ANALÝZU KOMPLEXNÍ SÍTĚ INTERAKCÍ PROTEINŮ SMAD IN VIVO. Pro SMADS PROTEINS S TUMOR MUTATIONS – ALE STILL FORMING FUNCTIONAL COMPLEXES – Budeme zjišťovat, zda se jedná o všechny lidi, kteří se dostávají do styku se SMAD PROTEINY, které mohou působit jako PHARMACOLOGICKÉ CHAPERONY._x000D_ _x000D_ _x000D_ FINALLY (AIM 4) POUŽÍVÁNÍ LENGTH PROTEINY, máme v plánu operovat rekonstituci SMAD3 a SMAD4 heterotrimerických komplexů, v případě, že tento systém je vhodný k tomu, aby se ocitl v prvních letech, kdy se jedná o první LENGTH STRUCTURY SMAD COMPLEX POUŽÍVÁNÍ CRYO-ELECTRONové mikroskopie. TYTO BÍLKOVINY JSOU VELMI ZAJÍMAVÉ PRO VĚDECKÉ SPOLEČENSTVÍ, ALE K DNEŠNÍMU DNI JSOU K DISPOZICI POUZE ROZPTÝLENÉ INFORMACE O NICH. (Czech)
17 August 2022
0 references
O CASCADE de SINALIZAÇÃO TGF-BETA é um dos quatro percursos de SINALIZAÇÃO CONSERVADOS EM TODOS OS METAZOANOS. OS PRINCIPAIS INTERMEDIATOS RESPONSÁVEIS PELA TRANSMISSÃO DO PRESENTE CASCATO SÃO AS PROTEÍNAS DA FAMÍLIA SMAD, QUE REGULAM A MANUTENÇÃO DO ESTADO PLURIPOTENTE DAS CÉLULAS STEM, E OS PROCESSOS DE CONTROLO NOS CASCATOS DE DIFERENCIAÇÃO CELULAR E DE SUPPRESSÃO TUMOR. FORMA DE PROTEÍNAS SMAD COMPLEXOS HETEROTRIMÉRICOS, ENTRE DOIS R-SMADS E UM SMAD4. COMO FATORES DE TRANSCRIÇÃO, COMPLETAM VÁRIOS MOTIVOS DE ADN RELACIONADOS EM SEQUÊNCIA. Estes MOTIVOS Aparecem ALCANÇADOS NOS PROMOTORES BORDOS PELOS SMADS. Estes MOTIVOS CLUSTADOS REPRESENTAM UMA PLATAFORMA DE INTERACÇÃO QUE FACILITA A INTERACÇÃO COOPERATIVA DE VÁRIOS SMADS PRESENTES NO COMPLEXO HETEROTRIMÉRICO. Os diferentes grupos de migrantes têm habitualmente disposições específicas, que são mais favoráveis. ESTE FACTO ADICIONA A VERSATILIDADE AOS SÍTIOS VINCULANTES E FACILITA O RECONHECIMENTO PELOS SMADS DE UM GRANDE NÚMERO DE PROMOTORES DISTINTOS, QUE NÃO PRECISAM DE DETERMINAR OS SÍTIMOS VINCULANTES DAS REGIÕES CONSERVADAS._x000D_ _x000D_ O OBJETIVO PRINCIPAL DESTE TRABALHO É DETERMINAR A SELEÇÃO FINAL DOS SÍTIOS VINCULANTES NOS PROTEÍNTESES VINCULANTES E DETERMINAR SE A LIQUIDAÇÃO DO COMPLEXO VINCULANTE COM OS COFACTORES VINCULANTES É DETERMINANTE PARA O RECONHECIMENTO EFECTIVO DOS SÍTIVOS VINCULANTES NOS MÁVEIS_000_ Seleccionámos nove cofactores descritos em literatura para analisar as suas interacções com as proteínas SMAD. Iremos AUMENTAR O NÚMERO DE COFACTORES VINCULATIVOS, INCLUINDO NOVOS CANDIDATOS OBTIDOS A PARTIR DA ANÁLISE BIOINFORMÁTICA DOS DADOS PÚBLICOS DEPOIS DO PROJETO DE CÓDIGO E DAS BASES DE DADOS GENE EXPRESSÃO OMNIBUS (GEO). As suas interacções serão CORROBORADAS EXPERIMENTALMENTE EM VITRO E EM CÉLULAS. _x000D_ _x000D_ OBTENÇÃO DE INFORMAÇÕES ESTRUTURAIS DE ALTA RESOLUÇÃO DESTES COMPLEXOS (utilizando RMN, SEXOS E CRISTALLOGRAFIA DE RAIO X) REVISÃO DA CAPACIDADE EXTRAORDINÁRIA DAS PROTEÍNAS SMAD PARA ADAPTAR A DIFERENTES CENÁRIOS, QUE TRADUZEM PARA UMA GRANDE ECONOMIA PARA AS CÉLULAS: O MESMO SISTEMA DE PROTEÍNAS LÊ DIFERENTES ELEMENTOS REGULAMENTARES DO CIS COM A AJUDA DE DIFERENTES COFACTORES. Irá também rever as interfaces de ligação codificadas em proteínas saturadas, permitindo-lhes interagir com um grande número de co-activadores e repressores, como os indicadores de efeitos experimentais indicam (AIM 2)._x000D_ _x000D_ em adição (AIM 3), procuraremos pequenas moléculas que interajam com os componentes do co-factor saturado, utilizando bibliotecas de compostos com acesso público, e determinaremos se esses erros inibem ou reforçam a formação de componentes do co-factor saturado. Se forem identificadas, estas moléculas podem servir para facilitar a análise pormenorizada da rede completa de interacções das proteínas saturadas em VIVO. PARA PROTEÍNAS SMADS COM MUTAÇÕES DE TUMOR - MAS AINDA A FORMANDO COMPLEXOS FUNCIONAIS - INVESTIGAMOS ESPECIFICAMENTE se ALGUNS DAS PEQUENAS MOLÉCULAS QUE INTERACTAM COM PROTEÍNAS SMAD PODEM ATUAR COMO CHAPERONES FARMACOLÓGICOS._x000D_ _x000D_ FINALMENTE (OBJETO 4) Utilizando PROTEÍNAS DE COMPLEXO COMPLEXO DE COMPLEXO COMPLEXO DE COMPLEXO DE COMPLEXO COMPLEXO DE COMPLEXO DE COMPLEXO DE COMPLEXO DE COMPLEXO DE COMPLEXO DE COMPLEXO DE COMPLEMENTAÇÃO DE COMPLEXO. Estas proteínas são de grande interesse para a comunidade científica, mas até à data, apenas estão disponíveis informações detalhadas sobre elas. (Portuguese)
17 August 2022
0 references
TGF-BEETA SIGNAALIMINE KASKAAD ON ÜKS NELJAST SIGNAALIMISRADADEST, MIDA SÄILITATAKSE KÕIGIS METASOOLIDES. PEAMISED VAHEAINED, MIS VASTUTAVAD SELLE KASKAADI EDASTAMISE EEST, ON SMAD-PEREKONNA VALGUD, MIS REGULEERIVAD TÜVIRAKKUDE PLURIPOTENTSE OLEKU SÄILITAMIST NING RAKKUDE DIFERENTSEERUMISE JA KASVAJA SUPRESSIOONI KASKAADIDE KONTROLLPROTSESSE. SMAD-VALGUD MOODUSTAVAD HETEROTRIMEERILISED KOMPLEKSID KAHE R-SMADI JA ÜHE SMAD4 VAHEL. NEED KOMPLEKSID SEOVAD TRANSKRIPTSIOONIFAKTORINA MITU JÄRJESTIKKU SEOTUD DNA MOTIIVI. NEED MOTIIVID NÄIVAD OLEVAT RÜHMITATUD SMADIDEGA SEOTUD PROJEKTIARENDAJATESSE. NEED RÜHMITATUD MOTIIVID KUJUTAVAD ENDAST SUHTLUSPLATVORMI, MIS HÕLBUSTAB MITME HETEROTRIMEERILISES KOMPLEKSIS OLEVATE SMADIDE KOOSTÖÖD. MOTIIVIDE ERI RÜHMADEL ON TAVALISELT ERIKORD, MIS SÕLTUB PROJEKTI ELLUVIIJATEST. See FACT LISAS VERSATILITY BINDING SITES JA MAKE IT EASIER SMADS, et võtta vastu DISTINCT PROMOTERS NUMBER NUMBER, mida ei ole vaja, mida ei ole vaja, et konserveeritud REGIONSid._x000D_ _x000D_ _x000D_ MAIN OBJECTIVE of THIS WORK on DETERMINE HOWTERMINE SMADi COMPLEX WITHi kofaktorite BIND SITES LÕIGUSED, mis on seotud nende meetmetega, mida on hakatud ellu viima, on määrava tähtsusega metasoolistes piirkondades, mis on DIFFERITE PROMOTERSITE HUNDRESTEERITE ÜHENDUSTE ESINDAJATE VÕTNUD KOHTUASI genoomid (AIM 1)._x000D_ _x000D_ TÄHELEPANU KÕRGE Kvaliteedile, MIDA SELECTED NINE kofaktorid DESCRIBUD LITERATURE KASUTATAVAD SMAD PROTEINS. ME SUURENDAME SIDE KOFAKTORITE ARVU, LISADES UUSI KANDIDAATE, MIS ON SAADUD KODEERIMISPROJEKTI JA GEENIEKSPRESSIOONI OMNIBUS (GEO) ANDMEBAASIDESSE SALVESTATUD AVALIKE ANDMETE BIOINFORMAATILISEST ANALÜÜSIST. NENDE KOOSTOIMEID KINNITATAKSE KATSELISELT IN VITRO JA RAKKUDES. _x000D_ _x000D_ saades HIGH RESOLUTION STRUCTURAL INFORMATION of THESE COMPLEXES (Üksne NMR, SAXS JA X-RAY crystallography) SMAD PROTEINARI KÄESOLEVA TEADMISEKS TEADMISEKS TEADMISEKS KOHTA TEADMISEKS TEADMISEKS TRANSLATESID TEADMISEKS VÄLJANDUSED: SAMA VALGUSÜSTEEM LOEB ERINEVAID CIS-REGULATSIOONI ELEMENTE ERINEVATE KOFAKTORITE ABIL. IT ALSO ALSOAL BINDING INTERFACES kodeeritud SMAD PROTEINS, ALLOWER THE THE THE THEMINING THE THE INTERACT WITH A LARGE NUMBER of coactivators ja represseerijad, nagu EXPERIMENTAL EVIDENCES INDICATE (AIM 2)._x000D_ _x000D_ in ADDITION (AIM 3), seda, et SMAD-kofesor COMPLEXES, KASUTAVAD LIBRARIES LIBRARIES KOHUSTUSED PUBLIC ACCESS, ja DETERMINE, kui THESE MOLEKULID INHIBITE VÕI REINFORCE SMAD- kofektor COMPLEXES. KUI NEED MOLEKULID ON KINDLAKS TEHTUD, VÕIVAD NEED HÕLBUSTADA SMAD-VALKUDE KOOSTOIMETE KOMPLEKSSE VÕRGUSTIKU ÜKSIKASJALIKKU ANALÜÜSI IN VIVO. SMADS PROTEINS, WITH TUMOR MUTATIONS – BUT STILL FORMING FUNCTIONAL COMPLEXES – MIDA VÄLJA SPETSIFIKATSIOONID KINNITAMISE KASUTAMISEKS (AIM 4) KASUTATAKSE VÄLJA LENGITA PROTEINSED KASUTAMISE KASUTUSED._x000D_ _x000D_ _x000D_ FINALLY (AIM 4) KASUTAMISEL LENGITATUD PROTEINS, SMAD3 ja SMAD4 heterotrimeeriliste COMPLEXide RECONSTITUTION SMAD3 ja SMAD4 heterotrimeersete kompleksidega, mis on seotud SMAD COMPLEX USING CRYO-ELECTRONi mikroskoopiatega, et nad oleksid SMAD COMPLEX USING CRYO-ELECTRONi mikroskoopial SMAD COMPLEX USING CRYO-ELECTRONi mikroskoopilistes SMAD COMPLEX USING CRYO-ELECTRON’i mikroskoopiates. NEED VALGUD PAKUVAD TEADUSRINGKONDADELE SUURT HUVI, KUID PRAEGUSEKS ON NENDE KOHTA SAADAVAL AINULT HAJUTATUD TEAVE. (Estonian)
17 August 2022
0 references
A TGF-BÉTA JELÁTVITELI KASZKÁD EGYIKE AZ ÖSSZES METAZOÁNBAN MEGŐRZÖTT NÉGY JELÁTVITELI ÚTVONALNAK. A KASZKÁD ÁTVITELÉÉRT FELELŐS FŐ INTERMEDIEREK AZ SMAD CSALÁDBÓL SZÁRMAZÓ FEHÉRJÉK, AMELYEK SZABÁLYOZZÁK AZ ŐSSEJTEK PLURIPOTENS ÁLLAPOTÁNAK FENNTARTÁSÁT, VALAMINT A SEJTDIFFERENCIÁLÁS ÉS A TUMORSZUPPRESSZIÓS KASZKÁDOK ELLENŐRZÉSI FOLYAMATAIT. AZ SMAD FEHÉRJÉK HETEROTRIMER KOMPLEXEKET ALKOTNAK, KÉT R-SMAD ÉS EGY SMAD4 KÖZÖTT. MINT TRANSZKRIPCIÓS FAKTOROK, EZEK A KOMPLEXEK SZÁMOS DNS-MOTÍVUMOT KÖTNEK ÖSSZE, AMELYEK SZEKVENCIÁBAN KAPCSOLÓDNAK. EZEK A MOTÍVUMOK A SZMÁDOK ÁLTAL KÖTÖTT PROMÓTEREKBEN JELENNEK MEG. EZEK A KLASZTERES MOTÍVUMOK EGY OLYAN INTERAKCIÓS PLATFORMOT KÉPVISELNEK, AMELY MEGKÖNNYÍTI A HETEROTRIMER KOMPLEXUMBAN JELEN LÉVŐ TÖBB SMAD EGYÜTTMŰKÖDÉSÉT. A MOTÍVUMOK KÜLÖNBÖZŐ CSOPORTJAI ÁLTALÁBAN EGYEDI MEGÁLLAPODÁSOKKAL RENDELKEZNEK, AMELYEK A TÁMOGATÓKTÓL FÜGGNEK. Ez az esemény kiegészíti a BINDING SITES ÉS MAKE IT EASIER for SMADS to RECOGNISE A LARGE NUMBER of DISTINCT PROMOTERS, WHICH NEM kell, hogy LONG STRETCHES a konzervált területek._x000D_ _x000D_ A MAIN OBJECTI IRÁNYELV A MEGÁLLAPODÁS amennyiben a kofaktorokkal rendelkező SMAD COMPLEX-nek a kofaktorokkal való BINDÁLLÍTÁSA SZERZŐDŐ JEGYZÉKE ÉS KÖVETKEZTETÉSÉNEK AZ EGYÜTTMŰKÖDÉSEKRE VONATKOZÓ KÖVETELMÉNYEKRE VONATKOZÓ KÖVETELMÉNYEKRE VONATKOZÓ KÖVETELMÉNYEKRE VONATKOZÓ KÖVETELMÉNYEKRE VONATKOZÓ KÖTELEZETTETÉSEKRE VONATKOZOTT, hogy a metazoán genomokat összekötő egységek (AIM 1)._x000D_ _x000D_A kérdés eltörlése érdekében, Nine kofaktorokat szereltünk fel, amit a LITERATURE-ban találtak meg, hogy a SMAD PROTEINS-ben megszüntessék az eseményeket. NÖVELJÜK A KÖTELEZŐ KOFAKTOROK SZÁMÁT AZÁLTAL, HOGY BEVONJUK A KÓDOLÁSI PROJEKTBEN ELHELYEZETT NYILVÁNOS ADATOK BIOINFORMATIKUS ELEMZÉSÉBŐL ÉS AZ OMNIBUS (GEO) GÉNKIFEJEZÉSBŐL SZÁRMAZÓ ÚJ JELÖLTEKET. KÖLCSÖNHATÁSAIKAT KÍSÉRLETILEG IN VITRO ÉS SEJTEKBEN IS MEGERŐSÍTIK. _x000D_ _x000D_ A TERMÉKEK RESOLUTION STRUCTURAL INFORMÁCIÓK (USING NMR, SAXS and X-RAY crystallography) megszerzése, amely a KERESKEDELMI KERESKEDELMI TÁMOGATÁSRA VONATKOZÓ FELHASZNÁLÁSI FELTÉTELEKRE VONATKOZÓ FELHASZNÁLÁSI FELTÉTELEKRE VONATKOZÓ MEGHATÁROZÓK: UGYANAZ A FEHÉRJERENDSZER KÜLÖNBÖZŐ CIS-SZABÁLYOZÁSI ELEMEKET OLVAS KÜLÖNBÖZŐ KOFAKTOROK SEGÍTSÉGÉVEL. A KERESKEDELMI KÖVETKEZTETÉSEK KÖVETKEZTETÉSÉNEK KÖVETKEZTETÉSÉNEK KÖVETKEZTETÉSI JEGYZÉKE (AIM 2)._x000D_ _x000D_ _x000D_ IN ADDITION (AIM 3), mi lesz, ha a SMAD-kofaktor-komplexumokkal, a PUBLIC ACCESS-szel, és ha ezek a hibák vagy az SMAD-kofaktor-komplexumok formájáról van szó, akkor csak akkor, ha ezek az elemek, illetve a kofaktor-komplexumok formájából származnak. HA AZONOSÍTOTTÁK, EZEK A MOLEKULÁK ELŐSEGÍTHETIK AZ SMAD FEHÉRJÉK IN VIVO KOMPLEX INTERAKCIÓS HÁLÓZATÁNAK RÉSZLETES ELEMZÉSÉT. A TUMOR MUTÁCIÓK – A FUNKCIÓK KÉSZÜLT ÖSSZEFOGLALÓ KÖVETKEZTETÉSEK – MŰSZAKI FELTÜNTETENDŐ FELHASZNÁLÁSOK – A KÖVETKEZTETÉSI TÖRTÉNŐ MEGHATÁROZÁSOK KÖRNYEZETÉBEN (AIM 4) FULL LENGTH PROTEINS-t használva, a SMAD3 és a SMAD4 heterotrimer szerelvényeinek rekonstruálását a HOMOGENITITY PROPERTIITY HOMOGENITITY PROPERTIUMOKRA VONATKOZÓ MEGÁLLAPODÁSOKRA VONATKOZTATJA, amennyiben ez a rendszer a CRYO-ELECTRON mikroszkópia első fázisába kerül. EZEK A FEHÉRJÉK NAGY ÉRDEKLŐDÉST MUTATNAK A TUDOMÁNYOS KÖZÖSSÉG SZÁMÁRA, DE A MAI NAPIG CSAK SZÉTSZÓRT INFORMÁCIÓK ÁLLNAK RENDELKEZÉSRE RÓLUK. (Hungarian)
17 August 2022
0 references
СИГНАЛНАТА КАСКАДА НА TGF-БЕТА Е ЕДИН ОТ ЧЕТИРИТЕ СИГНАЛНИ ПЪТЕКИ, ЗАПАЗЕНИ ВЪВ ВСИЧКИ МЕТАЗОИ. ОСНОВНИТЕ МЕЖДИННИ ПРОДУКТИ, ОТГОВОРНИ ЗА ПРЕДАВАНЕТО НА ТАЗИ КАСКАДА, СА ПРОТЕИНИТЕ ОТ СЕМЕЙСТВО SMAD, КОИТО РЕГУЛИРАТ ПОДДЪРЖАНЕТО НА ПЛУРИПОТЕНТНОТО СЪСТОЯНИЕ НА СТВОЛОВИТЕ КЛЕТКИ И КОНТРОЛНИТЕ ПРОЦЕСИ В РАМКИТЕ НА КЛЕТЪЧНАТА ДИФЕРЕНЦИАЦИЯ И КАСКАДИТЕ ЗА ПОТИСКАНЕ НА ТУМОРА. SMAD ПРОТЕИНИТЕ ОБРАЗУВАТ ХЕТЕРОТРИМЕРНИ КОМПЛЕКСИ, МЕЖДУ ДВА R-SMADS И ЕДИН SMAD4. КАТО ТРАНСКРИПЦИОННИ ФАКТОРИ, ТЕЗИ КОМПЛЕКСИ СВЪРЗВАТ НЯКОЛКО ДНК МОТИВА, СВЪРЗАНИ ПОСЛЕДОВАТЕЛНО. ТЕЗИ МОТИВИ ИЗГЛЕЖДАТ ГРУПИРАНИ В ОРГАНИЗАТОРИТЕ, ОБВЪРЗАНИ СЪС SMADS. ТЕЗИ ГРУПИРАНИ МОТИВИ ПРЕДСТАВЛЯВАТ ПЛАТФОРМА ЗА ВЗАИМОДЕЙСТВИЕ, КОЯТО УЛЕСНЯВА ВЗАИМОДЕЙСТВИЕТО НА НЯКОЛКО SMADS, ПРИСЪСТВАЩИ В ХЕТЕРОТРИМЕРНИЯ КОМПЛЕКС. РАЗЛИЧНИТЕ ГРУПИ МОТИВИ ОБИКНОВЕНО ИМАТ СПЕЦИФИЧНИ ДОГОВОРЕНОСТИ, КОИТО СА ЗАВИСИМИ ОТ ОРГАНИЗАТОРА. Тази FACT ADDS VERSATILITY TO THE BINDING SITES И да го направи ЕАЗИЕР за SMADS, за да се запознаят с един голям брой дистриктни продукти, които не се нуждаят, за да има ЛОГ СТРЕТЕ на запазените РЕГИОНИ._x000D_ _x000D_ _x000D_ Главната Обещавка на това, което работи, за да се определи КАКВОТО НА РЕГИОНИТЕ НА РЕГИОНИТЕ ОКОНЧАТЕЛНОТО СЕЛЕКЦИЯ НА БИНДИНГИТЕ В ПРОМОТЕРИТЕ СЪОТВЕТСТВИЕ ОТ СМЕДНИ ПРОТЕМИ И ЕДИНСТАНИЕТО В случай, че разпределението на SMAD COMPLEX с кофактори е определящо за ЕФФЕКТИВНА РЕКОГНИЦИЯ НА БИНДИНГИТЕ СЪОТВЕТЕНОСТТА НА ДИФФЕРЕНТИТЕ ПРОМОТРИ, ИЗИСКВАНИ ОТ СМАДС АЛОГИНГ метазойните геноми (AIM 1)._x000D_ _x000D_ за решаване на този въпрос, ние сме разложили NINE кофактори в LITERATURE, за да АНАЛИЗИРАТ ИНТЕРАКЦИИ с SMAD PROTEINS. ЩЕ УВЕЛИЧИМ БРОЯ НА СВЪРЗВАЩИТЕ КОФАКТОРИ, КАТО ВКЛЮЧИМ НОВИ КАНДИДАТИ, ПОЛУЧЕНИ ОТ БИОИНФОРМАТИЧНИЯ АНАЛИЗ НА ПУБЛИЧНИ ДАННИ, ДЕПОЗИРАНИ В ПРОЕКТА ЗА КОДИРАНЕ И ГЕННАТА ЕКСПРЕСИЯ „ОМНИБУС“ (ГЕО) БАЗИ ДАННИ. ВЗАИМОДЕЙСТВИЯТА ИМ ЩЕ БЪДАТ ПОТВЪРДЕНИ ЕКСПЕРИМЕНТАЛНО IN VITRO И В КЛЕТКИ. _x000D_ _x000D_ получаване на СТРУКТУРЕН ИНФОРМАЦИЯ НА ИЗИСКВАНЕТО НА КОМПЛЕКСИТЕ (използвайки NMR, SAXS и X-RAY кристалография) Ще претърпим ИЗТОЧНИКАТА АБИЛИТИЯ НА СМЕДА ПРОТЕМИ, за да се придържаме към диференциални сенаарии, които се превръщат в велика ИКОНОМИЧЕСКА ИКОНОМИЧЕСКА ЗА ЦЕЛИ: ЕДНА И СЪЩА ПРОТЕИНОВА СИСТЕМА ЧЕТЕ РАЗЛИЧНИ CIS-РЕГУЛАТОРНИ ЕЛЕМЕНТИ С ПОМОЩТА НА РАЗЛИЧНИ КОФАКТОРИ. Той ще превърти ИНТЕРФАЦИИ, кодирани в SMAD PROTEINS, КАТО ВЪЗЛОЖИТЕЛЯТ В ИНТЕРАКТ С Големия брой на коактиваторите и репресорите, като ИНДИКАТ НА ВЪЗДЕЙСТВИЕТО (AIM 2)._x000D_ _x000D_ В ДОПЪЛНЕНИЕ (AIM 3), ние ще се радваме за малки множества, че Интеракт с комплексите на SMAD-кофакторите, използване на либрарии на компоненти с ПУБЛИЧНА АКСЕС, и детерминация, ако тези МОЛЕКУЛИЧНИ ИЛИ ВЪЗДУЖДАВАТ ФОРМАЦИЯ НА СМАД-кофактор КОМПЛЕКСИТЕ. АКО БЪДАТ ИДЕНТИФИЦИРАНИ, ТЕЗИ МОЛЕКУЛИ МОГАТ ДА ПОСЛУЖАТ ЗА УЛЕСНЯВАНЕ НА ПОДРОБНИЯ АНАЛИЗ НА СЛОЖНАТА МРЕЖА ОТ ВЗАИМОДЕЙСТВИЯ НА SMAD ПРОТЕИНИ IN VIVO. За SMADS PROTEINS WITH TUMOR MUTATIONS — Но все още ФУНКЦИОНАЛНИ ФУНКЦИОНАЛНИ КОМПЛЕКСКИ КОМПЛЕКСКИ — СПОРАЗУМИТЕЛНО ИНВЕСТИГИРАНЕ В КОМПЕЙТ НА МОЛИТЕ МОЛЕКТИ, че Интерактът с SMAD PROTEINS може да действа като PHARMACOLOGICAL CHHAPERONES._x000D_ _x000D_ FINALLY (AIM 4) ние се стремим да направим преглед на SMAD3 и SMAD4 хетеротримерни комплекси, в рамките на които може да се направи преглед на ХОМОГЕНИТИЯТА НА ПЪРВОТО ВЪЗЛОЖЕНИЕТО НА ПЪРВОТО ВЪЗЛОЖЕНИЕТО НА ПЪРВОТО НА ПЪРВОТО НА ПЪРВОТО НА ПЪРВОТО НА ПЪРВОТО НА ПЪРВОТО НА ПЪРВОТО НА СТРАНИЧНОТО СТРУКТУРИ НА СМЕДНА КОМПЛЕКЦИЯ НА КРИО-ЕЛЕКТРОННА микроскопия. ТЕЗИ ПРОТЕИНИ СА ОТ ГОЛЯМ ИНТЕРЕС ЗА НАУЧНАТА ОБЩНОСТ, НО КЪМ ДНЕШНА ДАТА Е НАЛИЧНА САМО РАЗПРЪСНАТА ИНФОРМАЦИЯ ЗА ТЯХ. (Bulgarian)
17 August 2022
0 references
TGF-BETA SIGNALIZAVIMO KASKADA YRA VIENAS IŠ KETURIŲ SIGNALIZAVIMO BŪDŲ, IŠSAUGOTŲ VISUOSE METAZOANUOSE. PAGRINDINIAI TARPINIAI PRODUKTAI, ATSAKINGI UŽ ŠIO KASKADOS PERDAVIMĄ, YRA SMAD ŠEIMOS BALTYMAI, KURIE REGULIUOJA KAMIENINIŲ LĄSTELIŲ PLIURIPOTENTINĖS BŪKLĖS PALAIKYMĄ IR KONTROLĖS PROCESUS LĄSTELIŲ DIFERENCIACIJOS IR NAVIKO SLOPINIMO KASKADOSE. SMAD BALTYMAI SUDARO HETEROTRIMERINIUS KOMPLEKSUS TARP DVIEJŲ R-SMAD IR VIENO SMAD4. KAIP TRANSKRIPCIJOS FAKTORIAI, ŠIE KOMPLEKSAI JUNGIA KELIS DNR MOTYVUS, SUSIJUSIUS SU SEKA. ŠIE MOTYVAI YRA SUSITELKĘ Į SMADS SURIŠTUS RĖMĖJUS. ŠIE SUGRUPUOTI MOTYVAI YRA SĄVEIKOS PLATFORMA, PALENGVINANTI KELIŲ HETEROTRIMERINIAME KOMPLEKSE ESANČIŲ SMAD BENDRADARBIAVIMO SĄVEIKĄ. ĮVAIRIOS MOTYVŲ GRUPĖS PAPRASTAI TURI SPECIFINIUS SUSITARIMUS, KURIE YRA PRIKLAUSOMI NUO PRODIUSERIŲ. Šis FACT PRIEŽIŪROS PRIEŽIŪROS PRIEŽIŪROS PRIEŽIŪROS IR PRIEŽIŪROS PRIEŽIŪROS PRIEŽIŪROS PRIEŽIŪROS PRIEŽIŪROS PRIEŽIŪROS PRIEŽIŪROS PROJEKTO PROJEKTAS, KURIO NUSTATYTI GYVYBĖS GYVYBĖS GALIMYBĖS._x000D_ _x000D_ BINDING SĄRAŠAS PROMOTERiuose yra pagrindinis veiksnys, leidžiantis užtikrinti, kad būtų galima gauti papildomų pasiūlymų, susijusių su tais pačiais produktais, kurie yra susiję su metazoano genomais (AIM 1)._x000D_ _x000D_ į SOLVE THIS KLAUSIMĄ, mes turime SELECTED NINE kofaktoriai DESCRIBED LITERATURE ANALYSE jų INTERACTIONS su SMAD PROTEINAI. MES PADIDINSIME PRIVALOMŲ KOFAKTORIŲ SKAIČIŲ, ĮTRAUKDAMI NAUJUS KANDIDATUS, GAUTUS IŠ BIOINFORMATIKOS VIEŠŲJŲ DUOMENŲ, DEPONUOTŲ KODAVIMO PROJEKTE, ANALIZĖS IR GENŲ RAIŠKOS OMNIBUS (GEO) DUOMENŲ BAZĖSE. JŲ SĄVEIKA BUS PATVIRTINTA EKSPERIMENTINIU BŪDU IN VITRO IR LĄSTELĖSE. _x000D_ _x000D_ AUKŠTŲ REZOLIUCIJOS STRUKTŪROS INFORMACIJA (naudojant NMR, SAXS IR X-RAY kristaloografiją) suteiks aukščiausios kokybės produktų, kad jie galėtų naudoti SCENARIOS, KURI TRANSLATES ĮGYVENDINTI EKONOMYJĄ CELLS: TA PATI BALTYMŲ SISTEMA NUSKAITO SKIRTINGUS NVS REGULIAVIMO ELEMENTUS, PASITELKDAMI SKIRTINGUS KOFAKTORIUS. Ji bus PRIEŽIŪROS PRIEŽIŪROS INTERFACES, užkoduotos SMAD PROTENCIJOS, AUKŠČIAUSIOS SUSITARIANČIOSIOS su koaktyvatorių ir represorių gausa, kaip EXPERIMENTAL EVIDENCES INDICATE (AIM 2)._x000D_ _x000D_ IN ADDITION (AIM 3), mes TIKISI DĖL MAŽINIŲ MOLEKTŲ, KURIUOS ĮSIPAREIGOJIMAI su SMAD-kofaktorių kompleksais, naudojančiais SMAD-kofaktorių KOMPLEKTŲ SUBLIKOS PAKUOTĖS, IR DETERMINĖS JŪSŲ PASLAUGOS ARBA REINFORMACIJA SMAD-kofaktorių COMPLEXŲ FORMACIJA. NUSTAČIUS ŠIAS MOLEKULES BŪTŲ LENGVIAU ATLIKTI IŠSAMIĄ KOMPLEKSINIO SMAD BALTYMŲ SĄVEIKOS TINKLO IN VIVO ANALIZĘ. SMADS PROTEINAI su TUMOR MUTATIONS – BUTĖJI TAIKOMOS FUNCCIJŲ KONKURSO KONKRETOS NUOSTATOS. _x000D_ _x000D_ _x000D_ _x000D_ _x000D_ _x000D_ _000D_ FINALLY (AIM 4) Naudojantys didžiulius LENGIJOS PROTENSUS, SMAD3 ir SMAD4 heterotrimerinių kompleksų RECONSTITUTION VEIKLOS PRIEŽIŪROS PRIEŽIŪROS PRIEŽIŪROS NUOSTATOS NUOSTATOS NUOSTATOS TAIKOMAS SMAD3 IR SMAD4 heterotrimeriniai kompleksiniai kompleksai, naudojami naudojant CRYO-ELECTRON mikroskopiją. ŠIE BALTYMAI YRA LABAI SVARBŪS MOKSLINEI BENDRUOMENEI, TAČIAU IKI ŠIOL GALIMA GAUTI TIK IŠSKLAIDYTĄ INFORMACIJĄ APIE JUOS. (Lithuanian)
17 August 2022
0 references
KASKADA ZA SIGNALIZACIJU TGF-BETA JEDAN JE OD ČETIRI SIGNALNA PUTANJA OČUVANA U SVIM METAZOANIMA. GLAVNI INTERMEDIJERI ODGOVORNI ZA PRIJENOS OVE KASKADE SU PROTEINI IZ OBITELJI SMAD, KOJI REGULIRAJU ODRŽAVANJE PLURIPOTENTNOG STANJA MATIČNIH STANICA I KONTROLNE PROCESE UNUTAR STANIČNE DIFERENCIJACIJE I KASKADE ZA SUPRESIJU TUMORA. SMAD PROTEINI TVORE HETEROTRIMERIČKE KOMPLEKSE, IZMEĐU DVA R-SMADA I JEDNOG SMAD4. KAO ČIMBENICI TRANSKRIPCIJE, OVI KOMPLEKSI VEŽU NEKOLIKO DNK MOTIVA POVEZANIH U SLIJEDU. OVI MOTIVI POJAVLJUJU SE GRUPIRANI U PROMOTORIMA VEZANIM SMADSOM. OVI SKUPNI MOTIVI PREDSTAVLJAJU INTERAKCIJSKU PLATFORMU KOJA OLAKŠAVA KOOPERATIVNU INTERAKCIJU NEKOLIKO SMADA PRISUTNIH U HETEROTRIMERIČKOM KOMPLEKSU. RAZLIČITE SKUPINE MOTIVA OBIČNO IMAJU POSEBNE ARANŽMANE KOJI OVISE O PROMOTORIMA. Ovaj FACT dodaje VERSATILITY na BINDING SITES i napraviti IT EASIER za SMADS za RECOGNISE NARGE NUMBER PROMOTERS DISTINKT, koji ne treba da imaju LONG STRETCHES očuvanih REGIONS._x000D_ _x000D_ _x000D_ MAIN OBJEKTIVE OVJETOVA je da se DETERMINE KAKO FINALNI SELECTION BINDING SITES U PROIZVODNJIH PROTEINA I KOJE PODUZIVANJE SMAD COMPLEX-a s kofaktorima je odrednica za UČITELJI IZMJEŠTAJ BINDNICIJIH STAJALIŠTVA U OBLIKU DIFFERENTNIH PROMOTERA UPOZIVAJI SMJEŠTAJ SMJEŠTAJA metazoanskih genoma (AIM 1)._x000D_ _x000D_ ZA PODRŽIVANJE THIS QUESTION, imali smo SELECTED NINE cofactors DESCRIBED u LITERATURE da ANALYSE IZVJEŠĆE sa SMAD PROTEINS. POVEĆAT ĆEMO BROJ OBVEZUJUĆIH KOFAKTORA UKLJUČIVANJEM NOVIH KANDIDATA DOBIVENIH IZ BIOINFORMATIČKE ANALIZE JAVNIH PODATAKA POHRANJENIH U PROJEKTU KODIRANJA I GENSKOG IZRAZA OMNIBUS (GEO) BAZE PODATAKA. NJIHOVE INTERAKCIJE ĆE BITI POTVRĐENE EKSPERIMENTALNO IN VITRO I U STANICAMA. _x000D_ _x000D_ dobivanje HIGH REZOLUCIJE STRUCTURAL INFORMACIJE OGRANIČENJA (USING NMR, SAXS i X-RAY kristalografija) Će pregledati EXTRAORDINARY ABILITY SMAD PROTEINSTI ZA PRIMJENE ZA DIFFERENT SCENARIOS, WHICH TRANSLATES INTO Velika ECONOMY ZA ČLANAK: ISTI PROTEINSKI SUSTAV ČITA RAZLIČITE CIS-REGULATORNE ELEMENTE UZ POMOĆ RAZLIČITIH KOFAKTORA. To će također biti PROVEDBENE INTERFACES kodirane u SMAD PROTEINS, POTVRĐUJUĆI na Interakciju s velikim brojem koaktivatora i represora, kao IZVJEŠĆE INDICIJE (AIM 2)._x000D_ _x000D_ U DODATNJU (AIM 3), mi ćemo LOOK za MALIM MOLECULES da je Interakt sa SMAD-kofaktor Kompezije, Upotrebljavajući LIBRARIES COMPOUNDS S PUBLIČNIH ACCESS, I DETERMINE IZVJEŠĆE MOLECULES INHIBIT I REINFORCIJE OBRAZOVANJE SMAD-kofaktora COMPLEXES. AKO SE UTVRDE, TE MOLEKULE MOGU POSLUŽITI ZA OLAKŠAVANJE DETALJNE ANALIZE SLOŽENE MREŽE INTERAKCIJA SMAD PROTEINA IN VIVO. Za SMADS PROTEINS S TUMOR MUTATIONS – ILI STILL FORMING FUNCTIONALALNE COMPLEXES – Ćemo SPECIFICALLY INVESTIGATE KOJE SMJEŠTAJ MOLECULES da je Interakcija sa SMAD PROTEINS CAN ACT AS PHARMACOLOGICAL KHAPERONES._x000D_ _x000D_ _x000D_ FINALLY (AIM 4) UPOZORENJE PROTEINA, SMAD3 i SMAD4 heterotrimeričke kompesije, u ORD-u, u OBUDIJALJU KOJE NAMJENE NAMJENE USLUGE KOJE SAKSTIVNOSTI IZVJEŠĆE SUSTAVNIH SUSTAVNIH SUSTAVNIH SUSTAVNIH SUSTAVNIH SUSTAVNIH SUSTAVNIH SUSTAVNIH SMJEŠTAJA SMADNIH SMADA I SMAD4 heterotrimeričkih kompesija SMAD4 SMADOM SMADOM SMAD4 heterotrimeričkim kompetizima SMAD3 i SMAD4 heterotrimeričkim kompetinzima, u slučaju da je ovaj SYSTEM SUSTEL SUSTELJIVNOG OBTATIVNOSTIH POTROŠNIH PRVILA FULLGTH STRUCTURE od SMAD COMPLEXa Uporaba CRYO-ELECTRON mikroskopije. TI SU PROTEINI OD VELIKOG INTERESA ZA ZNANSTVENU ZAJEDNICU, ALI DO DANAS SU DOSTUPNE SAMO RASPRŠENE INFORMACIJE O NJIMA. (Croatian)
17 August 2022
0 references
TGF-BETA-SIGNALKASKADEN ÄR EN AV DE FYRA SIGNALVÄGAR SOM BEVARAS I ALLA METAZOER. DE VIKTIGASTE INTERMEDIÄRERNA SOM ANSVARAR FÖR ÖVERFÖRINGEN AV DENNA KASKAD ÄR PROTEINERNA FRÅN SMAD-FAMILJEN, SOM REGLERAR UPPRÄTTHÅLLANDET AV STAMCELLERNAS PLURIPOTENTA TILLSTÅND, OCH KONTROLLPROCESSER INOM CELLDIFFERENTIERING OCH TUMÖRDÄMPNINGSKASKADER. SMAD-PROTEINER BILDAR HETEROTRIMERKOMPLEX, MELLAN TVÅ R-SMADS OCH EN SMAD4. SOM TRANSKRIPTIONSFAKTORER BINDER DESSA KOMPLEX FLERA DNA-MOTIV BESLÄKTADE I SEKVENS. DESSA MOTIV VERKAR GRUPPERADE I DE PROMOTORER SOM ÄR BUNDNA AV SMADS. DESSA KLUSTERMOTIV UTGÖR EN INTERAKTIONSPLATTFORM SOM UNDERLÄTTAR SAMARBETSSAMVERKAN MELLAN FLERA GALGAR NÄRVARANDE I HETEROTRIMERKOMPLEXET. DE OLIKA GRUPPERNA AV MOTIV HAR VANLIGTVIS SÄRSKILDA ARRANGEMANG, SOM ÄR BEROENDE AV SÄLJFRÄMJANDE ÅTGÄRDER. Denna FAKTAG TILL VERSATILITET TILL BINDINGSITES OCH MAKE IT EASIER FÖR SMADS TO RECOGNISE A STORA NUMMER AV DISTINCT PROMOTERS, som inte har någon anledning att ha kvar långa rester av konserverade regioner. av BINDINGSITES I PROMOTERSÄTTNINGARNA ÄR ENLIGA SAMAD PROTEINSER OCH FÖRSTÅR BIDEN av SMAD COMPLEX med kofaktorer som är avgörande för den EFFEKTIVA RECOGNITIONEN av BINDINGsplatserna i HUNDREDS of DIFFERENT PROMOTERS INSEDA BY SMADS ALONG the metazoan genomes (AIM 1)._x000D_ _x000D_ för att lösa denna fråga, vi har SELECTED NINE cofactors DESCRIBED I LITERATURE to ANALYSE THEIR INTERACTIONS MED SMAD PROTEINS. VI KOMMER ATT ÖKA ANTALET BINDANDE KOFAKTORER GENOM ATT INKLUDERA NYA KANDIDATER SOM ERHÅLLITS FRÅN DEN BIOINFORMATISKA ANALYSEN AV OFFENTLIGA DATA SOM DEPONERATS I KODPROJEKTET OCH GENUTTRYCKET OMNIBUS (GEO) DATABASER. DERAS INTERAKTIONER KOMMER ATT BEKRÄFTAS EXPERIMENTELLT IN VITRO OCH I CELLER. _x000D_ _x000D_ att erhålla stor RESOLUTION STRUCTURAL INFORMATION av dessa COMPLEX (USING NMR, SAXS & X-RAY crystallography) kommer att ta del av den EXTRAORDINARY ABILITY av SMAD PROTEINS att ADAPT TILL DIFFERENT SCENARIOS, WHICH TRANSLATES I en stor ECONOMY FÖR CELLS: SAMMA PROTEINSYSTEM LÄSER OLIKA CIS-REGLERANDE ELEMENT MED HJÄLP AV OLIKA KOFAKTORER. Det kommer också att göra det möjligt att återfinna INTERFACES som är kodade i SMAD PROTEINS, ALLA DET MED INSTÄLLNING med en stor mängd koaktivatorer och repressorer, i enlighet med de EXPERIMENTAL EVIDENCES INDICATE (AIM 2)._x000D_ _x000D_ I ADDITION (AIM 3), vi kommer att vänta för små MOLEKULER till dessa INTERACT med SMAD-koefficienterna, använda LIBRARIES of COMPOUNDS MED PUBLIC ACCESS, OCH DETERMINE IFSE MOLEKULES IHIBIT ELLER REINFORCE THE FORMATION of SMAD-cofactor COMPLEXES. OM DESSA MOLEKYLER IDENTIFIERAS KAN DE UNDERLÄTTA EN DETALJERAD ANALYS AV DET KOMPLEXA NÄTVERKET AV INTERAKTIONER MELLAN SMAD-PROTEINER IN VIVO. För SMADS PROTEINS MED TUMOR MUTATIONER – MEN STILL FORMING FUNCTIONAL COMPLEXES – Vi kommer att SPECIFICALLY INVESTIGERADE VÄMNA SOM SAMMA MOLECULES DETTA INTERACT MED SMAD PROTEINS CAN ACT som PHARMACOLOGICAL CHAPERONES._x000D_ _x000D_ FINALLY (AIM 4) Använd FULL LENGTH PROTEINS, vi PLAN TO OPTIMISE RECONSTITUTION of SMAD3 and SMAD4 heterotrimeric COMPLEXES, I ORDER TO STUDY THEIR HOMOGENEITY PROPERTIES ANVÄNDNING SAXSYSTEM för att EXPLORE IFTIS SYSTEM ÄR SYSTLIGA TILLSTÄLLNING AV FIRST EVER FULL LENGTH STRUCTURES OF A SMAD COMPLEX USING CRYO-ELECTRON mikroskopi. DESSA PROTEINER ÄR AV STORT INTRESSE FÖR DEN VETENSKAPLIGA GEMENSKAPEN, MEN HITTILLS FINNS ENDAST UTSPRIDD INFORMATION OM DEM TILLGÄNGLIG. (Swedish)
17 August 2022
0 references
CASCADA DE SEMNALIZARE TGF-BETA ESTE UNA DINTRE CELE PATRU CĂI DE SEMNALIZARE CONSERVATE ÎN TOATE METAZOANII. PRINCIPALII INTERMEDIARI RESPONSABILI PENTRU TRANSMITEREA ACESTEI CASCADE SUNT PROTEINELE DIN FAMILIA SMAD, CARE REGLEMENTEAZĂ MENȚINEREA STĂRII PLURIPOTENTE A CELULELOR STEM ȘI PROCESELE DE CONTROL ÎN CADRUL DIFERENȚIERII CELULARE ȘI AL CASCADELOR DE SUPRIMARE TUMORALĂ. PROTEINELE SMAD FORMEAZĂ COMPLEXE HETEROTRIMERICE, ÎNTRE DOUĂ R-SMADS ȘI UN SMAD4. CA FACTORI DE TRANSCRIERE, ACESTE COMPLEXE LEAGĂ MAI MULTE MOTIVE ADN LEGATE ÎN ORDINE. ACESTE MOTIVE APAR GRUPATE ÎN PROMOTORII LEGAȚI DE SMADS. ACESTE MOTIVE GRUPATE REPREZINTĂ O PLATFORMĂ DE INTERACȚIUNE CARE FACILITEAZĂ INTERACȚIUNEA COOPERATIVĂ A MAI MULTOR SMAD-URI PREZENTE ÎN COMPLEXUL HETEROTRIMERIC. DIFERITELE GRUPURI DE MOTIVE AU, DE OBICEI, ARANJAMENTE SPECIFICE, CARE SUNT DEPENDENTE DE PROMOTOR. Acest act adaugă VERSATILITATE SITES BINDING și a făcut ca acesta să fie responsabil pentru SMADS pentru a recupera un număr mare de PROMOTERI DISTINȚE, care nu au nevoie să aibă urme de religii conservate._x000D_ _x000D_ _x000D_ _x000D_ MAIN OBJECTIVE de acest lucru trebuie să se deterioreze în modul final de BINDING SITES ÎN PROMOTERS Este CARRIAT CU PROTEINȚE SMAD ȘI DE ADERSTANDĂ FAC BINDING COMPLEXUL SMAD cu cofactori este determinant pentru RECOGNIA EFFECTIVĂ a BINDING SITES în HUNDREDS DE PROMOTERE DIFERENTE RECOGNIZATE BY SMADS ALOARE genomurile metazoane (AIM 1)._x000D_ _x000D_ _x000D_ la SOLVE THISQUESTION, ne-am ales NINE cofactori desprinși în LITERATURĂ pentru a analiza interacțiile lor cu produsele SMAD. VOM CREȘTE NUMĂRUL DE COFACTORI OBLIGATORII PRIN INCLUDEREA DE NOI CANDIDAȚI OBȚINUȚI DIN ANALIZA BIOINFORMATICĂ A DATELOR PUBLICE DEPUSE ÎN PROIECTUL DE CODARE ȘI ÎN BAZELE DE DATE OMNIBUS (GEO). INTERACȚIUNILE LOR VOR FI CONFIRMATE EXPERIMENTAL IN VITRO ȘI ÎN CELULE. _x000D_ _x000D_ obținând INFORMAȚII STRUCTURALE DE REZOLUȚIE HIGH RESOLUTION STRUCTURAL INFORMAȚIILE COMPLEXELOR (folosind NMR, SAXS and X-RAY Crystallography) VA revedea ABILITATEA EXTRAORDINARĂ a PROTECILOR SMAD la DIFERENT SCENARIOS, WHICH TRANSLATES INTO O MARE ECONOMIE pentru CELLS: ACELAȘI SISTEM PROTEIC CITEȘTE DIFERITE ELEMENTE DE REGLEMENTARE CIS CU AJUTORUL DIFERIȚILOR COFACTORI. Aceasta le va permite să interacționeze cu un număr mare de coactivatori și represoare, precum INDICATUL EXPERIMENTAL (AIM 2)._x000D_ _x000D_ ÎN ADDITARE (AIM 3), ne vom da seama pentru mici dimensiuni că INTERACTUL CU COMPLEXELE SMAD-cofactor, care utilizează LIBRARIES DE COMPOUNDS CU ACCES PUBLIC, și DETERMINE, dacă acestea intră în contact sau reinformează forma de complecsoare SMAD-cofactor. DACĂ SUNT IDENTIFICATE, ACESTE MOLECULE AR PUTEA SERVI LA FACILITAREA ANALIZEI DETALIATE A REȚELEI COMPLEXE DE INTERACȚIUNI ALE PROTEINELOR SMAD IN VIVO. Pentru SMADS PROTEINS CU TUMOR MUTATIONS – Cu toate acestea, formând în continuare complecsele FUNCTIONALE – vom vedea cu adevărat INVESTIGIE CARE MOLECULELE MOLECULES MICI CĂ INTERACTUL CU PROTEINELE SMATE CAN ACTAȚIONAL CU PHARMACOLOGICAL CHAPERONES._x000D_ _x000D_ FINALLY (AIM 4) UTILIZARE FULL LENGTH PROTEINS, vom pune în funcțiune reconstituția complecțiilor heterotrimerice SMAD3 și SMAD4, în conformitate cu procedurile lor de operare care utilizează serviciile pentru a exmatricula dacă sistemul său este compatibil cu prima etapă a fiecăreia dintre etapele unei microscoape a unei structuri compacte care utilizează microscopia CRYO-ELECTRON. ACESTE PROTEINE SUNT DE MARE INTERES PENTRU COMUNITATEA ȘTIINȚIFICĂ, DAR PÂNĂ ÎN PREZENT SUNT DISPONIBILE DOAR INFORMAȚII DISPERSATE. (Romanian)
17 August 2022
0 references
SIGNALNA KASKADA TGF-BETA JE ENA OD ŠTIRIH SIGNALNIH POTI, OHRANJENIH V VSEH METAZOANIH. GLAVNI INTERMEDIATI, ODGOVORNI ZA PRENOS TE KASKADE, SO BELJAKOVINE IZ DRUŽINE SMAD, KI UREJAJO VZDRŽEVANJE PLURIPOTENTNEGA STANJA MATIČNIH CELIC IN NADZORNE PROCESE ZNOTRAJ DIFERENCIACIJE CELIC IN KASKAD ZA ZATIRANJE TUMORJEV. PROTEINI SMAD TVORIJO HETEROTRIMERNE KOMPLEKSE MED DVEMA R-SMADOMA IN ENIM SMAD4. TI KOMPLEKSI KOT TRANSKRIPCIJSKI FAKTORJI VEŽEJO VEČ MOTIVOV DNK, POVEZANIH S SEKVENCO. TI MOTIVI SE POJAVLJAJO MED PROMOTORJI, KI JIH VEŽEJO SMADI. TI ZDRUŽENI MOTIVI PREDSTAVLJAJO PLATFORMO ZA INTERAKCIJO, KI OMOGOČA SODELOVANJE MED VEČ SMADI, PRISOTNIMI V HETEROTRIMERNEM KOMPLEKSU. RAZLIČNE SKUPINE MOTIVOV IMAJO OBIČAJNO POSEBNE UREDITVE, KI SO ODVISNE OD PROMOTORJEV. Ta FACT DODATNI VREDNOST do BINDING SITES IN UPOŠTEVAJO, da se ZAHTEVA, da se lotimo množice DISTINCT PROMOTERjev, ki jih ne potrebujejo, da bi imeli LONG STRETCHES ohranjenih REGENJ._x000D_ _x000D_ MAIN OBJEKTI TEGA DEJAVNEGA DEJAVA, ki ga je treba pripraviti do končne SELEKCIJE BINDING SITES V PROMOTERjih, ki so vzniknili, ne da bi se SMAD PROTEINI IN NIKOLI IZKLJUČILI Z Združevanjem kofaktorjev je determinantna za EFFECTIVE RECOGNICIJA BINDING SITES V ODLOČILU DRUŽNIH PROMOTERjev, ki so se zavedali metazoanskih genomov (AIM 1)._x000D_ _x000D_ kofaktorji, ki so se vnesli v LITERATURE, naj analizirajo interaktorje, ki imajo SMAD PROTEINS. ŠTEVILO ZAVEZUJOČIH KOFAKTORJEV BOMO POVEČALI Z VKLJUČITVIJO NOVIH KANDIDATOV, PRIDOBLJENIH IZ BIOINFORMATIČNE ANALIZE JAVNIH PODATKOV, SHRANJENIH V PROJEKTU KODIRANJA, IN GENSKEGA IZRAZA OMNIBUS (GEO) PODATKOVNIH BAZ. NJIHOVE INTERAKCIJE BODO EKSPERIMENTALNO POTRJENE IN VITRO IN V CELICAH. _x000D_ _x000D_ pridobitev PRIPRAVLJENE STRUKTURALNE INFORMACIJE IZDELKOV (z uporabo NMR, SAXI IN X-RAY kristalografije) V PRIPRAVLJANJU ZDRAVILA ZDRAVILA ODPRTIH PROTEINSKIH PROTEINOV ZA DRUŽENE SCENARIOS, KI JIH TRANSLATEV VELJA ZA ODROČJE: ISTI BELJAKOVINSKI SISTEM BERE RAZLIČNE NORMATIVNE ELEMENTE CIS S POMOČJO RAZLIČNIH KOFAKTORJEV. Še vedno bo PREVOZNO BINDING INTERFACES, kodirane v SMAD PROTEINS, ki jih POSLOVNO PODJETJAJO Z ZELO ŠTEVILOM koaktivatorjev in represivnikov, kot so INDICATE INDICATE (AIM 2)._x000D_ _x000D_ V DODATJU (AIM 3), želim si, da bi se odzvali na MOLEKULE, ki imajo INTERACT z SMAD-cofactor COMPLEXES, ki uporabljajo LIBRARIES S PODROČJIH PODROČJA, IN DETERMINE IFSE MOLECULES IHIBIT A REINFORCE FORMATION OF SMAD-cofactor COMPLEXES. ČE SO TE MOLEKULE OPREDELJENE, BI LAHKO OLAJŠALE PODROBNO ANALIZO KOMPLEKSNE MREŽE INTERAKCIJ MED BELJAKOVINAMI SMAD IN VIVO. Za SMADS PROTEINS s TUMOR MUTACIJAMI – VELIKO IZKLJUČENE PRIPRAVLJENE PRIPRAVLJENE POSEBNE POSEBNE KI JIH MOLECULESNIH MOLECULESOV, da se INTERACT Z NADZORNIH PROTEINSKIH PARMACOLOGICALNIH CHAPERONES._x000D_ _x000D_ FINALLY (AIM 4) za uporabo FULL LENGTH PROTEINS, PLAN ZA OPOZORILO RECONSTITUTION SMAD3 IN SMAD4 heterotrimernih kompleksinov, V POROČILU, da se STUDY THEIR HOMOGENEITY PROPERTIJI UPORABLJAJO SAXI, da se eksplodirajo, če je SISTEM SUITABLE OBVEZNO OBVESTITEV PREDELGOVNIH STRUKOV SMAD COMPLEX UPORABA mikroskopije CRYO-ELECTRON. TE BELJAKOVINE SO ZELO ZANIMIVE ZA ZNANSTVENO SKUPNOST, VENDAR SO DO DANES NA VOLJO LE RAZPRŠENE INFORMACIJE O NJIH. (Slovenian)
17 August 2022
0 references
KASKADA SYGNALIZACYJNA TGF-BETA JEST JEDNĄ Z CZTERECH ŚCIEŻEK SYGNALIZACYJNYCH ZACHOWANYCH WE WSZYSTKICH METAZOANACH. GŁÓWNYMI PÓŁPRODUKTAMI ODPOWIEDZIALNYMI ZA TRANSMISJĘ TEJ KASKADY SĄ BIAŁKA Z RODZINY SMAD, KTÓRE REGULUJĄ UTRZYMANIE PLURIPOTENCJALNEGO STANU KOMÓREK MACIERZYSTYCH I PROCESY KONTROLNE W RAMACH RÓŻNICOWANIA KOMÓREK I KASKADY TŁUMIENIA NOWOTWORÓW. BIAŁKA SMAD TWORZĄ KOMPLEKSY HETEROTRIMEROWE, POMIĘDZY DWOMA R-SMADAMI I JEDNYM SMAD4. JAKO CZYNNIKI TRANSKRYPCYJNE, TE KOMPLEKSY WIĄŻĄ KILKA MOTYWÓW DNA ZWIĄZANYCH Z SEKWENCJĄ. TE MOTYWY POJAWIAJĄ SIĘ SKUPIONE W PROMOTORACH ZWIĄZANYCH PRZEZ SMADS. TE SKUPIONE MOTYWY STANOWIĄ PLATFORMĘ INTERAKCJI, KTÓRA UŁATWIA WSPÓŁPRACĘ KILKU SMADÓW OBECNYCH W KOMPLEKSIE HETEROTRIMEROWYM. RÓŻNE GRUPY MOTYWÓW MAJĄ ZAZWYCZAJ SZCZEGÓLNE ROZWIĄZANIA, KTÓRE SĄ ZALEŻNE OD PROMOTORÓW. Ten FACT DODATKU WERSATILITYCZNE DO BINDING SITES I UWZGLĘDNIAJĄC SIĘ DO SZCZEGÓŁYCH SZCZEGÓLNYCH DOTYCZĄCYCH PROMOCJI PROMOCYJNYCH PROMOCJI DYSTYCZNYCH, Które NIE PODKREŚLAJĄCYCH ŚRODKÓW TEGO STRETCHES OF Conserved REGIONS._x000D_ _x000D_ Główny cel tej pracy jest do determinacji poprzez FINALNY SELEKCJĘ BINDING SITES in the PROMOTERS SA CARRIED OUT BY NY SMAD PROTEINS I DO NIEDOSTĘPNEJ WYŁĄCZENIA WYŁĄCZENIA Z KOFNIKAMI JEST determinantem EFEKTYWNEJ RECOGNICYJNOŚCI BINDING SITES W HUNDRED PROMOTERÓW DYFERTYJNYCH ODNOTOWUJĄCYCH SMADYCH genomów metazoanowych (AIM 1)._x000D_ _x000D_ DO SOLVE THIS QUESTION, mamy wyodrębnione kofaktory NINE DESCRIBED w LITERATURE, aby zniwelować swoje INTERACTIONS z SMAD PROTEINS. ZWIĘKSZYMY LICZBĘ WIĄŻĄCYCH KOFAKTORÓW POPRZEZ WŁĄCZENIE NOWYCH KANDYDATÓW UZYSKANYCH Z BIOINFORMATYCZNEJ ANALIZY DANYCH PUBLICZNYCH ZDEPONOWANYCH W PROJEKCIE KODOWANIA ORAZ BAZ DANYCH O EKSPRESJI GENÓW OMNIBUS (GEO). ICH INTERAKCJE ZOSTANĄ POTWIERDZONE EKSPERYMENTALNIE IN VITRO I W KOMÓRKACH. _x000D_ _x000D_ uzyskanie HIGH RESOLUTION STRUCTURAL INFORMATION OF THESE COMPLEXES (USING NMR, SAXS I X-RAY krystalografia) będzie przeglądać EXTRAORDINARY ABILITY SMAD PROTEIN do ADAPT TO DIFFERENT SCENARIOS, UWZGLĘDNIAJĄCE TRANSLATES INTO GREAT ECONOMY FOR CELLS: TEN SAM SYSTEM BIAŁEK ODCZYTUJE RÓŻNE ELEMENTY REGULACYJNE CIS ZA POMOCĄ RÓŻNYCH KOFAKTORÓW. IT będzie ALSO REVEAL BINDING INTERFACES zakodowanych w małych PROTEINach, WYŁĄCZĄCYM SIĘ DO INTERACTU Z LARGE NUMER koaktywatorów i represorów, AS EXPERIMENTAL EVIDENCES INDICATE (AIM 2)._x000D_ _x000D_ IN ADDITION (AIM 3), będziemy się dobrze bawić dla małych MOLECULES, że INTERACT Z SMAD-kofactor COMPLEXES, UŻYTKOWANIE LIBRARIES KOMPUNDÓW Z PUBLICZNYM AKCESEM, I DETERMINE W przypadku tych MOLECULES INHIBIT LUB REINFORCJA FORMACJA KONKURENCYJNYCH KOFaktora SMAD-Cofactor COMPLEXES. JEŚLI ZOSTANĄ ZIDENTYFIKOWANE, CZĄSTECZKI TE MOGĄ SŁUŻYĆ DO UŁATWIENIA SZCZEGÓŁOWEJ ANALIZY ZŁOŻONEJ SIECI INTERAKCJI BIAŁEK SMAD IN VIVO. W przypadku PROTEIN SMADÓW Z MUTACJĄ TUMORU – ALE STILL FORMING FUNKCTIONAL COMPLEXES – WYDAJMY SPECYFIKACJI INWESTYCYJNEJ WHÓRYCH MAŁYCH MOLEKULÓW Z MAŁYCH PROJEKTami PROJEKCJI CAN ACT AS PHARMACOLOGICALICAL CHAPERONES._x000D_ _x000D_ FINALLY (AIM 4) UŻYTKOWANE PROJEKTY LENGII, my PLAN to OPTIMISE RECONSTITUTION OF SMAD3 I SMAD4 heterotrimeric COMPLEXES, W ZAMÓWIENIU I ICH PROPERTIÓW HOMOGENEITYCH UŻYTKOWNIKÓW SZCZEGÓŁOWYCH DO WYŁĄCZENIA JEGO SYSTEMU JEGO SYSTEMU JEST PODKREŚLAJĄCYCH PRZEDMIARÓW WYŁĄCZNYCH STRUKTURY CRYO-ELECTRON. BIAŁKA TE SĄ BARDZO INTERESUJĄCE DLA ŚRODOWISKA NAUKOWEGO, ALE DO TEJ PORY DOSTĘPNE SĄ TYLKO ROZPROSZONE INFORMACJE NA ICH TEMAT. (Polish)
17 August 2022
0 references
Barcelona
0 references
20 December 2023
0 references
Identifiers
BFU2017-82675-P
0 references