STUDY OF THE POSITIONING OF BIVALENT CHROMATIN NUCLEOSOMES IN PLURIPOTENT CELLS (Q3135695)
Jump to navigation
Jump to search
Project Q3135695 in Spain
| Language | Label | Description | Also known as |
|---|---|---|---|
| English | STUDY OF THE POSITIONING OF BIVALENT CHROMATIN NUCLEOSOMES IN PLURIPOTENT CELLS |
Project Q3135695 in Spain |
Statements
87,729.84 Euro
0 references
108,900.0 Euro
0 references
80.56 percent
0 references
1 January 2014
0 references
31 December 2017
0 references
UNIVERSIDAD DE GRANADA
0 references
18071
0 references
LAS CELULAS PLURIPOTENTES TIENEN UN GRAN POTENCIAL BIOMEDICO EN AREAS COMO EL MODELAJE DE ENFERMEDADES HUMANAS Y MEDICINA REGENERATIVA. SIN EMBARGO, PARA LA APLICACION DE ESTA TECNOLOGIA DE MANERA EXITOSA Y SEGURA, NECESITAMOS AVANZAR EN EL CONOCIMIENTO DE LAS BASES MOLECULARES QUE REGULAN LA PLURIPOTENCIA. EN CELULAS MADRES EMBRIONARIAS (ES) PLURIPOTENTES DE RATON, LOS COMPLEJOS REPRESIVOS POLYCOMB (PRC) SE UNEN Y REPRIMEN CIENTOS DE PROMOTORES DE GENES ESPECIFICOS DE LINAJE QUE SE ACTIVARAN MAS TARDE DURANTE EL DESARROLLO. ESTOS PROMOTORES MUESTRAN MARCAS CONTRADICTORIAS EN SUS HISTONAS ASOCIADAS CON REPRESION Y ACTIVACION TRANSCRIPCIONAL Y POR LO TANTO SE HAN DENOMINADO PROMOTORES BIVALENTES. LOS PROMOTORES REPRIMIDOS BIVALENTES TAMBIEN MUESTRAN RECLUTAMIENTO DE RNA POLIMERASA II (RNAPII), LA CUAL SE CREE QUE ESTA LISTA PARA TRANSCRIBIR LISTA PARA TRANSCRIBIR TRAS LA RECEPCION DE SEÑALES DE DIFERENCIACION. DURANTE MI POSTDOC EN EL LAB DE PROF. AMANDA FISHER, HEMOS IDENTIFICADO LA PROTEINA JARID2 COMO UNA NUEVA SUBUNIDAD DE PRC2 NECESARIA PARA RECLUTAR RNAPII A LOS GENES BIVALENTES. SIN EMBARGO, EL MECANISMO MOLECULAR POR EL CUAL JARID2 AFECTA EL RECLUTAMIENTO DE RNAPII ESTA AUN POR DILUCIDAR. EN ESTE PROYECTO, PROPONGO ANALIZAR EL PAPEL DEL POSICIONAMIENTO DE NUCLEOSOMAS EN EL ESTABLECIMIENTO DE CROMATINA BIVALENTE EN CELULAS PLURIPOTENTES ES. PARA EVITAR PATRONES COMBINATORIOS AMBIGUOS DE POSICIONES NUCLEOSOMICAS DEBIDO A HETEROGENEIDAD EN LA POBLACION DE CELULAS, COMBINAREMOS DOS TECNOLOGIAS DESARROLLADAS RECIENTEMENTE; SEPARACION DE CELULAS ES SEGUN FASE DE CICLO CELULAR (ELUTRIACION) Y ANALISIS DE UNION DE NUCLEOSOMAS CON RESOLUCION A NIVEL DE MOLECULAR UNICA (NOME-SEQ). SU USO COMBINADO NOS PERMITIRA LLEVAR A CABO UN NOVEDOSO ANALISIS A NIVEL GENOMICO DEL POSICIONAMIENTO DE LOS NUCLEOSOMAS CON RESOLUCION A NIVEL MOLECULAR Y A LO LARGO DEL CICLO CELULAR EN CELULAS PLURIPOTENTES. INTEGRACION DE ESTOS DATOS CON EL ANALISIS DE EXPRESION DE RNA Y UNION DE RNAPII A NIVEL GENOMICO NOS PERMITIRA ESTABLECER LA RELEVANCIA FUNCIONAL DE LOS MAPAS DE NUCLEOSOMAS OBTENIDOS. FINALMENTE, COMPLEMENTAREMOS NUESTRO ESTUDIO CON EL ANALISIS DEL PAPEL DE JARID2 Y OTRAS SUBUNIDADES DE POLYCOMB EN EL POSICIONAMIENTO DE NUCLEOSOMAS EN GENES BIVALENTES EN CELULAS PLURIPOTENTES. (Spanish)
0 references
MULTIPOTENT CELLS HAVE GREAT BIOMEDICAL POTENTIAL IN AREAS SUCH AS HUMAN DISEASE MODELLING AND REGENERATIVE MEDICINE. HOWEVER, FOR THE APPLICATION OF THIS TECHNOLOGY SUCCESSFULLY AND SAFELY, WE NEED TO ADVANCE KNOWLEDGE OF THE MOLECULAR BASES THAT REGULATE PLURIPOTENCE. IN RATON’S PLURIPOTENT EMBRYONIC STEM CELLS, POLYCOMB REPRESSIVE COMPLEXES (PRC) JOIN TOGETHER AND SUPPRESS HUNDREDS OF GENE-SPECIFIC GENE PROMOTERS THAT WILL BE ACTIVATED LATER DURING DEVELOPMENT. THESE PROMOTERS SHOW CONTRADICTORY MARKS IN THEIR HISTONES ASSOCIATED WITH REPRESSION AND TRANSCRIPTIONAL ACTIVATION AND HAVE THEREFORE BEEN CALLED BIVALENT PROMOTERS. BIVALENT REPRESSED PROMOTERS ALSO SHOW RECRUITMENT OF RNA POLYMERASE II (RNAPII), WHICH IS BELIEVED TO BE READY TO TRANSCRIBE AFTER RECEIVING DIFFERENTIATION SIGNALS. DURING MY POSTDOC AT PROF. AMANDA FISHER’S LAB, WE IDENTIFIED THE JARID2 PROTEIN AS A NEW SUBUNIT OF PRC2 NEEDED TO RECRUIT RNAPII TO BIVALENT GENES. HOWEVER, THE MOLECULAR MECHANISM BY WHICH JARID2 AFFECTS THE RECRUITMENT OF RNAPII IS STILL UNCLEAR. IN THIS PROJECT, I PROPOSE TO ANALYSE THE ROLE OF NUCLEOSOME POSITIONING IN THE ESTABLISHMENT OF BIVALENT CHROMATIN IN PLURIPOTENT CELLS IS. TO AVOID AMBIGUOUS COMBINATORIAL PATTERNS OF NUCLEOSOMIC POSITIONS DUE TO HETEROGENEITY IN THE CELL POPULATION, WE WILL COMBINE TWO NEWLY DEVELOPED TECHNOLOGIES; CELL SEPARATION IS SECOND PHASE OF CELL CYCLE (ELUTRIACION) AND ANALYSIS OF NUCLEOSOMES UNION WITH SINGLE MOLECULAR LEVEL RESOLUTION (NOME-SEQ). ITS COMBINED USE WILL ALLOW US TO CARRY OUT A NOVEL ANALYSIS AT THE GENOMIC LEVEL OF THE POSITIONING OF NUCLEOSOMES WITH RESOLUTION AT MOLECULAR LEVEL AND THROUGHOUT THE CELL CYCLE IN PLURIPOTENT CELLS. INTEGRATION OF THESE DATA WITH THE ANALYSIS OF EXPRESSION OF RNA AND UNION OF RNAPII AT THE GENOMIC LEVEL WILL ALLOW US TO ESTABLISH THE FUNCTIONAL RELEVANCE OF THE NUCLEOSOME MAPS OBTAINED. FINALLY, WE WILL COMPLEMENT OUR STUDY WITH THE ANALYSIS OF THE ROLE OF JARID2 AND OTHER POLYCOMB SUBUNITS IN THE POSITIONING OF NUCLEOSOMES IN BIVALENT GENES IN PLURIPOTENT CELLS. (English)
12 October 2021
0.5509468145646846
0 references
LES CELLULES MULTIPOTENTES ONT UN GRAND POTENTIEL BIOMÉDICAL DANS DES DOMAINES TELS QUE LA MODÉLISATION DES MALADIES HUMAINES ET LA MÉDECINE RÉGÉNÉRATIVE. CEPENDANT, POUR L’APPLICATION DE CETTE TECHNOLOGIE AVEC SUCCÈS ET EN TOUTE SÉCURITÉ, NOUS DEVONS FAIRE PROGRESSER LA CONNAISSANCE DES BASES MOLÉCULAIRES QUI RÉGULENT LA PLURIPOTENCE. DANS LES CELLULES SOUCHES EMBRYONNAIRES PLURIPOTENTES DE RATON, LES COMPLEXES RÉPRESSIFS DE POLYCOMB (PRC) S’UNISSENT ET SUPPRIMENT DES CENTAINES DE PROMOTEURS DE GÈNES SPÉCIFIQUES QUI SERONT ACTIVÉS PLUS TARD AU COURS DU DÉVELOPPEMENT. CES PROMOTEURS PRÉSENTENT DES MARQUES CONTRADICTOIRES DANS LEURS HISTONES ASSOCIÉES À LA RÉPRESSION ET À L’ACTIVATION TRANSCRIPTIONNELLE ET ONT DONC ÉTÉ APPELÉS PROMOTEURS BIVALENTS. LES PROMOTEURS BIVALENTS RÉPRIMÉS MONTRENT ÉGALEMENT LE RECRUTEMENT DE L’ARN POLYMÉRASE II (RNAPII), QUI EST CENSÉE ÊTRE PRÊT À TRANSCRIRE APRÈS AVOIR REÇU DES SIGNAUX DE DIFFÉRENCIATION. LORS DE MON POSTDOCTORAT AU LABORATOIRE DU PROF. AMANDA FISHER, NOUS AVONS IDENTIFIÉ LA PROTÉINE JARID2 COMME UNE NOUVELLE SOUS-UNITÉ DE PRC2 NÉCESSAIRE POUR RECRUTER DU RNAPII DANS LES GÈNES BIVALENTS. CEPENDANT, LE MÉCANISME MOLÉCULAIRE PAR LEQUEL JARID2 AFFECTE LE RECRUTEMENT DE RNAPII N’EST TOUJOURS PAS CLAIR. DANS CE PROJET, JE PROPOSE D’ANALYSER LE RÔLE DU POSITIONNEMENT DES NUCLÉOSOMES DANS L’ÉTABLISSEMENT DE LA CHROMATINE BIVALENTE DANS LES CELLULES PLURIPOTENTES. AFIN D’ÉVITER DES SCHÉMAS COMBINATOIRES AMBIGUS DES POSITIONS NUCLEOSOMIC EN RAISON DE L’HÉTÉROGÉNÉITÉ DE LA POPULATION CELLULAIRE, NOUS ALLONS COMBINER DEUX NOUVELLES TECHNOLOGIES; LA SÉPARATION CELLULAIRE EST LA DEUXIÈME PHASE DU CYCLE CELLULAIRE (ELUTRIACION) ET L’ANALYSE DES NUCLÉOSOMES UNION AVEC UNE RÉSOLUTION DE NIVEAU MOLÉCULAIRE UNIQUE (NOME-SEQ). SON UTILISATION COMBINÉE NOUS PERMETTRA D’EFFECTUER UNE NOUVELLE ANALYSE AU NIVEAU GÉNOMIQUE DU POSITIONNEMENT DES NUCLÉOSOMES AVEC UNE RÉSOLUTION AU NIVEAU MOLÉCULAIRE ET TOUT AU LONG DU CYCLE CELLULAIRE DANS LES CELLULES PLURIPOTENTES. L’INTÉGRATION DE CES DONNÉES À L’ANALYSE DE L’EXPRESSION DE L’ARN ET DE L’UNION DU RNAPII AU NIVEAU GÉNOMIQUE NOUS PERMETTRA D’ÉTABLIR LA PERTINENCE FONCTIONNELLE DES CARTES NUCLÉOSOMES OBTENUES. ENFIN, NOUS COMPLÉTERONS NOTRE ÉTUDE PAR L’ANALYSE DU RÔLE DE JARID2 ET D’AUTRES SOUS-UNITÉS POLYCOMB DANS LE POSITIONNEMENT DES NUCLÉOSOMES DANS LES GÈNES BIVALENTS DANS LES CELLULES PLURIPOTENTES. (French)
2 December 2021
0 references
MULTIPOTENTE ZELLEN HABEN GROSSES BIOMEDIZINISCHES POTENZIAL IN BEREICHEN WIE DER MODELLIERUNG MENSCHLICHER KRANKHEITEN UND DER REGENERATIVEN MEDIZIN. FÜR DIE ERFOLGREICHE UND SICHERE ANWENDUNG DIESER TECHNOLOGIE MÜSSEN WIR JEDOCH DAS WISSEN ÜBER DIE MOLEKULAREN GRUNDLAGEN FÖRDERN, DIE DIE PLURIPOTENZ REGULIEREN. IN RATON’S PLURIPOTENTEN EMBRYONALEN STAMMZELLEN VERBINDEN SICH POLYCOMB REPRESSIVE KOMPLEXE (PRC) ZUSAMMEN UND UNTERDRÜCKEN HUNDERTE VON GENSPEZIFISCHEN GENFÖRDERERN, DIE SPÄTER WÄHREND DER ENTWICKLUNG AKTIVIERT WERDEN. DIESE FÖRDERER ZEIGEN WIDERSPRÜCHLICHE SPUREN IN IHREN HISTONEN, DIE MIT REPRESSION UND TRANSKRIPTIONSAKTIVIERUNG IN VERBINDUNG STEHEN, UND WURDEN DAHER ALS BIVALENTE FÖRDERER BEZEICHNET. BIVALENTE REPRESSED PROMOTER ZEIGEN AUCH REKRUTIERUNG VON RNA POLYMERASE II (RNAPII), DIE NACH ERHALT VON DIFFERENZIERUNGSSIGNALEN ZUR TRANSKRIBATION BEREIT IST. WÄHREND MEINES POSTDOCS IM LABOR VON PROF. AMANDA FISHER IDENTIFIZIERTEN WIR DAS JARID2-PROTEIN ALS EINE NEUE UNTEREINHEIT VON PRC2, DIE FÜR DIE REKRUTIERUNG VON RNAPII FÜR BIVALENTE GENE BENÖTIGT WURDE. DER MOLEKULARE MECHANISMUS, MIT DEM JARID2 DIE REKRUTIERUNG VON RNAPII BEEINFLUSST, IST JEDOCH NOCH UNKLAR. IN DIESEM PROJEKT SCHLAGE ICH VOR, DIE ROLLE DER NUKLEOSOMENPOSITIONIERUNG BEI DER ETABLIERUNG VON BIVALENTEM CHROMATIN IN PLURIPOTENTEN ZELLEN ZU ANALYSIEREN. UM MEHRDEUTIGE KOMBINATORISCHE MUSTER VON NUCLEOSOMIC-POSITIONEN AUFGRUND DER HETEROGENITÄT IN DER ZELLPOPULATION ZU VERMEIDEN, WERDEN WIR ZWEI NEU ENTWICKELTE TECHNOLOGIEN KOMBINIEREN; DIE ZELLTRENNUNG IST DIE ZWEITE PHASE DES ZELLZYKLUS (ELUTRIACION) UND DIE ANALYSE VON NUCLEOSOMEN UNION MIT EINER EINZIGEN MOLEKULAREN AUFLÖSUNG (NOME-SEQ). SEINE KOMBINIERTE VERWENDUNG ERMÖGLICHT ES UNS, EINE NEUARTIGE ANALYSE AUF GENOMISCHER EBENE DER POSITIONIERUNG VON NUKLEOSOMEN MIT AUFLÖSUNG AUF MOLEKULARER EBENE UND WÄHREND DES GESAMTEN ZELLZYKLUS IN PLURIPOTENTEN ZELLEN DURCHZUFÜHREN. DIE INTEGRATION DIESER DATEN MIT DER ANALYSE DER EXPRESSION VON RNA UND UNION VON RNAPII AUF GENOMISCHER EBENE ERMÖGLICHT ES UNS, DIE FUNKTIONALE RELEVANZ DER ERHALTENEN NUKLEOSOMENKARTEN ZU ERMITTELN. SCHLIESSLICH ERGÄNZEN WIR UNSERE STUDIE MIT DER ANALYSE DER ROLLE VON JARID2 UND ANDEREN POLYCOMB-UNTEREINHEITEN BEI DER POSITIONIERUNG VON NUKLEOSOMEN IN BIVALENTEN GENEN IN PLURIPOTENTEN ZELLEN. (German)
9 December 2021
0 references
MULTIPOTENTE CELLEN HEBBEN EEN GROOT BIOMEDISCH POTENTIEEL OP GEBIEDEN ZOALS MENSELIJKE ZIEKTEMODELLERING EN REGENERATIEVE GENEESKUNDE. ECHTER, VOOR DE TOEPASSING VAN DEZE TECHNOLOGIE MET SUCCES EN VEILIG, MOETEN WE DE KENNIS VAN DE MOLECULAIRE BASEN DIE PLURIPOTENTIE REGULEREN TE BEVORDEREN. IN DE PLURIPOTENTE EMBRYONALE STAMCELLEN VAN RATON KOMEN POLYCOMB-REPRESSIEVE COMPLEXEN (PRC) SAMEN EN ONDERDRUKKEN HONDERDEN GENSPECIFIEKE GENPROMOTOREN DIE LATER TIJDENS ONTWIKKELING ZULLEN WORDEN GEACTIVEERD. DEZE PROMOTORS VERTONEN TEGENSTRIJDIGE KENMERKEN IN HUN HISTONEN GEASSOCIEERD MET REPRESSIE EN TRANSCRIPTIONELE ACTIVERING EN ZIJN DAAROM BIVALENT PROMOTORS GENOEMD. DE BIVALENTE ONDERDRUKTE PROMOTORS TONEN OOK REKRUTERING VAN RNA POLYMERASE II (RNAPII), DIE WORDT VERONDERSTELD KLAAR TE ZIJN OM NA HET ONTVANGEN VAN DIFFERENTIATIESIGNALEN TE TRANSCRIBEREN. TIJDENS MIJN POSTDOC IN PROF. AMANDA FISHERS LAB, IDENTIFICEERDEN WE HET JARID2-EIWIT ALS EEN NIEUWE SUBEENHEID VAN PRC2 DIE NODIG WAS OM RNAPII TE WERVEN VOOR BIVALENTE GENEN. HET MOLECULAIRE MECHANISME WAARMEE JARID2 DE REKRUTERING VAN RNAPII BEÏNVLOEDT, IS ECHTER NOG ONDUIDELIJK. IN DIT PROJECT STEL IK VOOR OM DE ROL VAN NUCLEOSOOM POSITIONERING IN DE VASTSTELLING VAN BIVALENT CHROMATINE IN PLURIPOTENTE CELLEN TE ANALYSEREN. OM DUBBELZINNIGE COMBINATIEPATRONEN VAN NUCLEOSOMIC POSITIES ALS GEVOLG VAN HETEROGENITEIT IN DE CELPOPULATIE TE VERMIJDEN, ZULLEN WE TWEE NIEUW ONTWIKKELDE TECHNOLOGIEËN COMBINEREN; CELSCHEIDING IS DE TWEEDE FASE VAN DE CELCYCLUS (ELUTRIACION) EN ANALYSE VAN NUCLEOSOMEN UNION MET ENKELVOUDIGE MOLECULAIRE NIVEAURESOLUTIE (NOME-SEQ). HET GECOMBINEERDE GEBRUIK ZAL ONS IN STAAT STELLEN OM EEN NIEUWE ANALYSE UIT TE VOEREN OP HET GENOMISCHE NIVEAU VAN DE POSITIONERING VAN NUCLEOSOMEN MET RESOLUTIE OP MOLECULAIR NIVEAU EN GEDURENDE DE CELCYCLUS IN PLURIPOTENTE CELLEN. INTEGRATIE VAN DEZE GEGEVENS MET DE ANALYSE VAN EXPRESSIE VAN RNA EN UNIE VAN RNAPII OP GENOMISCH NIVEAU ZAL ONS IN STAAT STELLEN DE FUNCTIONELE RELEVANTIE VAN DE VERKREGEN NUCLEOSOOMKAARTEN VAST TE STELLEN. TOT SLOT ZULLEN WE ONZE STUDIE AANVULLEN MET DE ANALYSE VAN DE ROL VAN JARID2 EN ANDERE POLYCOMB-SUBEENHEDEN IN DE POSITIONERING VAN NUCLEOSOMEN IN BIVALENTE GENEN IN PLURIPOTENTE CELLEN. (Dutch)
17 December 2021
0 references
LE CELLULE MULTIPOTENTI HANNO UN GRANDE POTENZIALE BIOMEDICO IN SETTORI COME LA MODELLAZIONE DELLE MALATTIE UMANE E LA MEDICINA RIGENERATIVA. TUTTAVIA, PER L'APPLICAZIONE DI QUESTA TECNOLOGIA CON SUCCESSO E SICUREZZA, ABBIAMO BISOGNO DI FAR PROGREDIRE LA CONOSCENZA DELLE BASI MOLECOLARI CHE REGOLANO LA PLURIPOTENZA. NELLE CELLULE STAMINALI EMBRIONALI PLURIPOTENTI DI RATON, I COMPLESSI REPRESSIVI POLYCOMB (PRC) SI UNISCONO E SOPPRIMONO CENTINAIA DI PROMOTORI GENICI SPECIFICI CHE SARANNO ATTIVATI IN SEGUITO DURANTE LO SVILUPPO. QUESTI PROMOTORI MOSTRANO SEGNI CONTRADDITTORI NEI LORO ISTONI ASSOCIATI ALLA REPRESSIONE E ALL'ATTIVAZIONE TRASCRIZIONALE E SONO STATI QUINDI CHIAMATI PROMOTORI BIVALENTI. I PROMOTORI REPRESSI BIVALENTI MOSTRANO ANCHE IL RECLUTAMENTO DI RNA POLIMERASI II (RNAPII), CHE SI RITIENE SIA PRONTO A TRASCRIVERE DOPO AVER RICEVUTO SEGNALI DI DIFFERENZIAZIONE. DURANTE IL MIO POSTDOC AL LABORATORIO DELLA PROF. AMANDA FISHER, ABBIAMO IDENTIFICATO LA PROTEINA JARID2 COME UNA NUOVA SUBUNITÀ DELLA PRC2 NECESSARIA PER RECLUTARE RNAPII NEI GENI BIVALENTI. TUTTAVIA, IL MECCANISMO MOLECOLARE CON CUI JARID2 INFLUISCE SUL RECLUTAMENTO DI RNAPII NON È ANCORA CHIARO. IN QUESTO PROGETTO, PROPONGO DI ANALIZZARE IL RUOLO DEL POSIZIONAMENTO NUCLEOSOMA NELL'ISTITUZIONE DELLA CROMATINA BIVALENTE NELLE CELLULE PLURIPOTENTI. PER EVITARE MODELLI COMBINATI AMBIGUI DI POSIZIONI NUCLEOSOMIC DOVUTE ALL'ETEROGENEITÀ NELLA POPOLAZIONE CELLULARE, COMBINAREMO DUE TECNOLOGIE DI RECENTE SVILUPPO; LA SEPARAZIONE CELLULARE È LA SECONDA FASE DEL CICLO CELLULARE (ELUTRIACION) E L'ANALISI DEI NUCLEOSOMI UNION CON RISOLUZIONE A LIVELLO MOLECOLARE SINGOLO (NOME-SEQ). IL SUO USO COMBINATO CI PERMETTERÀ DI EFFETTUARE UNA NUOVA ANALISI A LIVELLO GENOMICO DEL POSIZIONAMENTO DEI NUCLEOSOMI CON RISOLUZIONE A LIVELLO MOLECOLARE E PER TUTTO IL CICLO CELLULARE IN CELLULE PLURIPOTENTI. L'INTEGRAZIONE DI QUESTI DATI CON L'ANALISI DELL'ESPRESSIONE DEL RNA E DELL'UNIONE DI RNAPII A LIVELLO GENOMICO CI PERMETTERÀ DI STABILIRE LA PERTINENZA FUNZIONALE DELLE MAPPE NUCLEOSOMICHE OTTENUTE. INFINE, COMPLETEREMO IL NOSTRO STUDIO CON L'ANALISI DEL RUOLO DI JARID2 E DI ALTRE SUBUNITÀ POLYCOMB NEL POSIZIONAMENTO DEI NUCLEOSOMI NEI GENI BIVALENTI NELLE CELLULE PLURIPOTENTI. (Italian)
16 January 2022
0 references
ΤΑ ΠΟΛΥΔΎΝΑΜΑ ΚΎΤΤΑΡΑ ΈΧΟΥΝ ΜΕΓΆΛΟ ΒΙΟΪΑΤΡΙΚΌ ΔΥΝΑΜΙΚΌ ΣΕ ΤΟΜΕΊΣ ΌΠΩΣ Η ΜΟΝΤΕΛΟΠΟΊΗΣΗ ΑΝΘΡΏΠΙΝΩΝ ΑΣΘΕΝΕΙΏΝ ΚΑΙ Η ΑΝΑΓΕΝΝΗΤΙΚΉ ΙΑΤΡΙΚΉ. ΩΣΤΌΣΟ, ΓΙΑ ΤΗΝ ΕΦΑΡΜΟΓΉ ΑΥΤΉΣ ΤΗΣ ΤΕΧΝΟΛΟΓΊΑΣ ΜΕ ΕΠΙΤΥΧΊΑ ΚΑΙ ΑΣΦΆΛΕΙΑ, ΠΡΈΠΕΙ ΝΑ ΠΡΟΩΘΉΣΟΥΜΕ ΤΗ ΓΝΏΣΗ ΤΩΝ ΜΟΡΙΑΚΏΝ ΒΆΣΕΩΝ ΠΟΥ ΡΥΘΜΊΖΟΥΝ ΤΗΝ ΠΟΛΥΔΥΝΑΜΊΑ. ΣΤΑ ΠΟΛΥΔΎΝΑΜΑ ΕΜΒΡΥΪΚΆ ΒΛΑΣΤΟΚΎΤΤΑΡΑ ΤΟΥ RATON, ΤΑ ΠΟΛΥΚΟΜΒΙΚΆ ΚΑΤΑΣΤΑΛΤΙΚΆ ΣΎΜΠΛΟΚΑ (PRC) ΕΝΏΝΟΝΤΑΙ ΚΑΙ ΚΑΤΑΣΤΈΛΛΟΥΝ ΕΚΑΤΟΝΤΆΔΕΣ ΕΙΔΙΚΟΎΣ ΓΟΝΙΔΙΑΚΟΎΣ ΠΑΡΆΓΟΝΤΕΣ ΠΟΥ ΘΑ ΕΝΕΡΓΟΠΟΙΗΘΟΎΝ ΑΡΓΌΤΕΡΑ ΚΑΤΆ ΤΗ ΔΙΆΡΚΕΙΑ ΤΗΣ ΑΝΆΠΤΥΞΗΣ. ΑΥΤΟΊ ΟΙ ΥΠΟΣΤΗΡΙΚΤΈΣ ΔΕΊΧΝΟΥΝ ΑΝΤΙΦΑΤΙΚΆ ΣΗΜΆΔΙΑ ΣΤΟ ΙΣΤΟΡΙΚΌ ΤΟΥΣ ΠΟΥ ΣΧΕΤΊΖΟΝΤΑΙ ΜΕ ΤΗΝ ΚΑΤΑΣΤΟΛΉ ΚΑΙ ΤΗ ΜΕΤΑΓΡΑΦΙΚΉ ΕΝΕΡΓΟΠΟΊΗΣΗ ΚΑΙ, ΩΣ ΕΚ ΤΟΎΤΟΥ, ΈΧΟΥΝ ΟΝΟΜΑΣΤΕΊ ΔΙΤΤΟΊ ΥΠΟΣΤΗΡΙΚΤΈΣ. ΟΙ ΔΙΣΘΕΝΕΊΣ ΚΑΤΑΠΙΕΣΜΈΝΟΙ ΥΠΟΣΤΗΡΙΚΤΈΣ ΔΕΊΧΝΟΥΝ ΕΠΊΣΗΣ ΤΗ ΣΤΡΑΤΟΛΌΓΗΣΗ ΤΗΣ RNA ΠΟΛΥΜΕΡΆΣΗΣ II (RNAPII), Η ΟΠΟΊΑ ΠΙΣΤΕΎΕΤΑΙ ΌΤΙ ΕΊΝΑΙ ΈΤΟΙΜΗ ΝΑ ΜΕΤΑΓΡΆΨΕΙ ΜΕΤΆ ΤΗ ΛΉΨΗ ΣΗΜΆΤΩΝ ΔΙΑΦΟΡΟΠΟΊΗΣΗΣ. ΚΑΤΆ ΤΗ ΔΙΆΡΚΕΙΑ ΤΟΥ ΜΕΤΑΔΙΔΆΚΤΟΡΆ ΜΟΥ ΣΤΟ ΕΡΓΑΣΤΉΡΙΟ ΤΗΣ ΚΑΘΗΓΉΤΡΙΑΣ ΑΜΆΝΤΑ ΦΊΣΕΡ, ΑΝΑΓΝΩΡΊΣΑΜΕ ΤΗΝ ΠΡΩΤΕΪ́ΝΗ JARID2 ΩΣ ΜΙΑ ΝΈΑ ΥΠΟΜΟΝΆΔΑ ΤΗΣ ΛΔΚ2 ΠΟΥ ΧΡΕΙΆΖΕΤΑΙ ΓΙΑ ΝΑ ΠΡΟΣΛΆΒΕΙ RNAPII ΣΕ ΔΊΣΘΕΝΑ ΓΟΝΊΔΙΑ. ΩΣΤΌΣΟ, Ο ΜΟΡΙΑΚΌΣ ΜΗΧΑΝΙΣΜΌΣ ΜΕ ΤΟΝ ΟΠΟΊΟ ΤΟ JARID2 ΕΠΗΡΕΆΖΕΙ ΤΗΝ ΠΡΌΣΛΗΨΗ ΤΟΥ RNAPII ΠΑΡΑΜΈΝΕΙ ΑΣΑΦΈΣ. ΣΕ ΑΥΤΌ ΤΟ ΈΡΓΟ, ΠΡΟΤΕΊΝΩ ΝΑ ΑΝΑΛΥΘΕΊ Ο ΡΌΛΟΣ ΤΗΣ ΤΟΠΟΘΈΤΗΣΗΣ ΝΟΥΚΛΕΟΣΩΜΆΤΩΝ ΣΤΗΝ ΕΓΚΑΤΆΣΤΑΣΗ ΤΗΣ ΔΙΣΘΕΝΟΎΣ ΧΡΩΜΑΤΊΝΗΣ ΣΕ ΠΟΛΥΔΎΝΑΜΑ ΚΎΤΤΑΡΑ. ΓΙΑ ΝΑ ΑΠΟΦΎΓΟΥΜΕ ΔΙΦΟΡΟΎΜΕΝΑ ΣΥΝΔΥΑΣΤΙΚΆ ΠΡΌΤΥΠΑ ΤΩΝ NUCLEOSOMIC ΘΈΣΕΩΝ ΛΌΓΩ ΤΗΣ ΕΤΕΡΟΓΈΝΕΙΑΣ ΤΟΥ ΚΥΤΤΑΡΙΚΟΎ ΠΛΗΘΥΣΜΟΎ, ΘΑ ΣΥΝΔΥΆΣΟΥΜΕ ΔΎΟ ΝΈΕΣ ΤΕΧΝΟΛΟΓΊΕΣ. Ο ΚΥΤΤΑΡΙΚΌΣ ΔΙΑΧΩΡΙΣΜΌΣ ΕΊΝΑΙ Η ΔΕΎΤΕΡΗ ΦΆΣΗ ΤΟΥ ΚΥΤΤΑΡΙΚΟΎ ΚΎΚΛΟΥ (ELUTRIACION) ΚΑΙ Η ΑΝΆΛΥΣΗ ΤΗΣ ΈΝΩΣΗΣ ΝΟΥΚΛΕΟΣΩΜΆΤΩΝ ΜΕ ΕΝΙΑΊΑ ΜΟΡΙΑΚΉ ΑΝΆΛΥΣΗ ΕΠΙΠΈΔΟΥ (NOME-SEQ). Η ΣΥΝΔΥΑΣΜΈΝΗ ΧΡΉΣΗ ΤΟΥ ΘΑ ΜΑΣ ΕΠΙΤΡΈΨΕΙ ΝΑ ΠΡΑΓΜΑΤΟΠΟΙΉΣΟΥΜΕ ΜΙΑ ΝΈΑ ΑΝΆΛΥΣΗ ΣΤΟ ΓΟΝΙΔΙΩΜΑΤΙΚΌ ΕΠΊΠΕΔΟ ΤΗΣ ΤΟΠΟΘΈΤΗΣΗΣ ΝΟΥΚΛΕΟΣΩΜΆΤΩΝ ΜΕ ΑΝΆΛΥΣΗ ΣΕ ΜΟΡΙΑΚΌ ΕΠΊΠΕΔΟ ΚΑΙ ΚΑΘ’ ΌΛΗ ΤΗ ΔΙΆΡΚΕΙΑ ΤΟΥ ΚΥΤΤΑΡΙΚΟΎ ΚΎΚΛΟΥ ΣΕ ΠΟΛΥΔΎΝΑΜΑ ΚΎΤΤΑΡΑ. Η ΕΝΣΩΜΆΤΩΣΗ ΑΥΤΏΝ ΤΩΝ ΔΕΔΟΜΈΝΩΝ ΣΤΗΝ ΑΝΆΛΥΣΗ ΤΗΣ ΈΚΦΡΑΣΗΣ ΤΟΥ RNA ΚΑΙ ΤΗΣ ΈΝΩΣΗΣ RNAPII ΣΕ ΓΟΝΙΔΙΩΜΑΤΙΚΌ ΕΠΊΠΕΔΟ ΘΑ ΜΑΣ ΕΠΙΤΡΈΨΕΙ ΝΑ ΔΙΑΠΙΣΤΏΣΟΥΜΕ ΤΗ ΛΕΙΤΟΥΡΓΙΚΉ ΣΥΝΆΦΕΙΑ ΤΩΝ ΝΟΥΚΛΕΟΣΩΜΑΤΙΚΏΝ ΧΑΡΤΏΝ ΠΟΥ ΛΑΜΒΆΝΟΝΤΑΙ. ΤΈΛΟΣ, ΘΑ ΣΥΜΠΛΗΡΏΣΟΥΜΕ ΤΗ ΜΕΛΈΤΗ ΜΑΣ ΜΕ ΤΗΝ ΑΝΆΛΥΣΗ ΤΟΥ ΡΌΛΟΥ ΤΟΥ JARID2 ΚΑΙ ΆΛΛΩΝ ΥΠΟΜΟΝΆΔΩΝ POLYCOMB ΣΤΗΝ ΤΟΠΟΘΈΤΗΣΗ ΝΟΥΚΛΕΟΣΩΜΆΤΩΝ ΣΕ ΔΊΣΘΕΝΑ ΓΟΝΊΔΙΑ ΣΕ ΠΟΛΥΔΎΝΑΜΑ ΚΎΤΤΑΡΑ. (Greek)
17 August 2022
0 references
MULTIPOTENTE CELLER HAR ET STORT BIOMEDICINSK POTENTIALE PÅ OMRÅDER SOM MODELLERING AF SYGDOMME OG REGENERATIV MEDICIN. MEN FOR AT ANVENDE DENNE TEKNOLOGI MED SUCCES OG SIKKERT, ER VI NØDT TIL AT FREMME VIDEN OM DE MOLEKYLÆRE BASER, DER REGULERER PLURIPOTENS. I RATON'S PLURIPOTENT EMBRYONALE STAMCELLER SLUTTER POLYCOMB REPRESSIVE KOMPLEKSER (PRC) SIG SAMMEN OG UNDERTRYKKER HUNDREDVIS AF GENSPECIFIKKE GENPROMOTORER, DER VIL BLIVE AKTIVERET SENERE UNDER UDVIKLINGEN. DISSE PROMOTORER UDVISER SELVMODSIGENDE KARAKTERER I DERES HISTONER FORBUNDET MED UNDERTRYKKELSE OG TRANSSKRIPTIONSAKTIVERING OG ER DERFOR BLEVET KALDT BIVALENTE PROMOTORER. BIVALENTE UNDERTRYKTE PROMOTORER VISER OGSÅ REKRUTTERING AF RNA POLYMERASE II (RNAPII), SOM MENES AT VÆRE KLAR TIL AT TRANSSKRIBERE EFTER MODTAGELSE AF DIFFERENTIERINGSSIGNALER. UNDER MIN POSTDOC I PROF. AMANDA FISHER'S LAB, IDENTIFICEREDE VI JARID2-PROTEINET SOM EN NY UNDERENHED AF PRC2, DER VAR NØDVENDIG FOR AT REKRUTTERE RNAPII TIL BIVALENTE GENER. DEN MOLEKYLÆRE MEKANISME, HVORMED JARID2 PÅVIRKER REKRUTTERINGEN AF RNAPII, ER IMIDLERTID STADIG UKLAR. I DETTE PROJEKT FORESLÅR JEG AT ANALYSERE DEN ROLLE, SOM NUKLEOSOM POSITIONERING I ETABLERINGEN AF BIVALENT CHROMATIN I PLURIPOTENTE CELLER ER. FOR AT UNDGÅ TVETYDIGE KOMBINATORISKE MØNSTRE AF NUCLEOSOMIC POSITIONER PÅ GRUND AF HETEROGENITET I CELLEPOPULATIONEN, VIL VI KOMBINERE TO NYUDVIKLEDE TEKNOLOGIER; CELLEADSKILLELSE ER ANDEN FASE AF CELLECYKLUSSEN (ELUTRIACION) OG ANALYSE AF NUKLEOSOMER UNION MED OPLØSNING PÅ ENKELT MOLEKYLÆR NIVEAU (NOME-SEQ). DEN KOMBINEREDE ANVENDELSE VIL GØRE DET MULIGT FOR OS AT FORETAGE EN NY ANALYSE PÅ DET GENOMISKE NIVEAU AF PLACERINGEN AF NUKLEOSOMER MED OPLØSNING PÅ MOLEKYLÆR NIVEAU OG GENNEM HELE CELLECYKLUSSEN I PLURIPOTENTE CELLER. INTEGRATION AF DISSE DATA MED ANALYSEN AF UDTRYK AF RNA OG UNION OF RNAPII PÅ DET GENOMISKE NIVEAU VIL GØRE DET MULIGT AT FASTSLÅ DEN FUNKTIONELLE RELEVANS AF DE NUKLEOSOM KORT OPNÅEDE. ENDELIG VIL VI SUPPLERE VORES UNDERSØGELSE MED EN ANALYSE AF JARID2'S OG ANDRE POLYCOMB-UNDERENHEDERS ROLLE I PLACERINGEN AF NUKLEOSOMER I BIVALENTE GENER I PLURIPOTENTE CELLER. (Danish)
17 August 2022
0 references
MULTIPOTENT-SOLUILLA ON SUURI BIOLÄÄKETIETEELLINEN POTENTIAALI ESIMERKIKSI IHMISEN SAIRAUKSIEN MALLINTAMISESSA JA REGENERATIIVISESSA LÄÄKETIETEESSÄ. JOTTA TÄTÄ TEKNIIKKAA VOIDAAN SOVELTAA MENESTYKSEKKÄÄSTI JA TURVALLISESTI, MEIDÄN ON KUITENKIN LISÄTTÄVÄ TIETÄMYSTÄ MOLEKYYLIPERUSTOISTA, JOTKA SÄÄTELEVÄT PLURIPOTENSSIA. RATONIN PLURIPOTENT-ALKION KANTASOLUISSA POLYCOMB-REPRESSIIVISET KOMPLEKSIT (PRC) LIITTYVÄT YHTEEN JA TUKAHDUTTAVAT SATOJA GEENISPESIFISIÄ GEENIPROMOOTTORIT, JOTKA AKTIVOITUVAT MYÖHEMMIN KEHITYKSEN AIKANA. NÄIDEN PROMOOTTORIEN HISTONEEISSA ON RISTIRIITAISIA MERKKEJÄ, JOTKA LIITTYVÄT TUKAHDUTTAMISEEN JA TRANSKRIPTIOIDEN AKTIVOINTIIN, JA NIITÄ ON SIKSI KUTSUTTU KAKSIARVOISIKSI PROMOOTTORIKSI. KAKSIARVOISET TUKAHDUTTAVAT PROMOOTTORIT OSOITTAVAT MYÖS RNA POLYMERAASI II:N (RNAPII) REKRYTOINTIA, JONKA USKOTAAN OLEVAN VALMIS TRANSKRIPTIOON SAATUAAN ERILAISTUMISSIGNAALEJA. PROFESSORI AMANDA FISHERIN LABORATORIOSSA – TUNNISTIMME JARID2-PROTEIININ UUDEKSI ALAYKSIKÖKSI, JOTA TARVITAAN RNAPII:N VÄRVÄÄMISEEN BIVALENTTEIHIN GEENEIHIN. MOLEKYYLIMEKANISMI, JOLLA JARID2 VAIKUTTAA RNAPII:N REKRYTOINTIIN, ON KUITENKIN EDELLEEN EPÄSELVÄ. TÄSSÄ HANKKEESSA AION ANALYSOIDA NUKLEOMISEN PAIKANNUKSEN ROOLIA BIVALENTIN KROMATIININ PERUSTAMISESSA PLURIPOTENT-SOLUIHIN. JOTTA VÄLTETTÄISIIN NUCLEOSOMIC-ASEMIEN MONITULKINTAISET YHDISTELMÄMALLIT SOLUPOPULAATION HETEROGEENISYYDEN VUOKSI, YHDISTÄMME KAKSI ÄSKETTÄIN KEHITETTYÄ TEKNOLOGIAA; SOLUJEN EROTTAMINEN ON SOLUSYKLIN TOINEN VAIHE (ELUTRIACION) JA NUKLEOSOMIEN UNIONIN ANALYYSI YHDEN MOLEKYYLITASON RESOLUUTIOLLA (NOME-SEQ). SEN YHDISTETYN KÄYTÖN AVULLA VOIMME TEHDÄ UUDEN ANALYYSIN NUKLEOSOMIEN ASEMOINNIN GENOMITASOLLA MOLEKYYLITASOLLA JA KOKO SOLUSYKLIN AJAN PLURIPOTENT-SOLUISSA. NÄIDEN TIETOJEN YHDISTÄMINEN RNA:N JA RNAPII:N ILMENTYMÄN GENOMITASOLLA TAPAHTUVAAN ANALYYSIIN ANTAA MEILLE MAHDOLLISUUDEN TODETA SAATUJEN NUKLEOSOMEKARTTOJEN TOIMINNALLINEN MERKITYS. LOPUKSI TÄYDENNÄMME TUTKIMUSTAMME ANALYSOIMALLA JARID2- JA MUIDEN POLYCOMB-ALAYKSIKKÖJEN ROOLIA NUKLEOSOMIEN SIJOITTAMISESSA BIVALENTTEIHIN GEENEIHIN PLURIPOTENT-SOLUISSA. (Finnish)
17 August 2022
0 references
IĊ-ĊELLOLI MULTIPOTENTI GĦANDHOM POTENZJAL BIJOMEDIKU KBIR F’OQSMA BĦALL-IMMUDELLAR TAL-MARD TAL-BNIEDEM U L-MEDIĊINA RIĠENERATTIVA. MADANKOLLU, GĦALL-APPLIKAZZJONI TA’ DIN IT-TEKNOLOĠIJA B’SUĊĊESS U B’MOD SIKUR, JEĦTIEĠ LI NAVVANZAW L-GĦARFIEN TAL-BAŻIJIET MOLEKULARI LI JIRREGOLAW IL-PLURIPOTENZA. F’ĊELLOLI STAMINALI EMBRIJONIĊI PLURIPOTENTI TA’ RATON’S, IL-KUMPLESSI REPRESSIVI TAL-POLIKOMB (PRC) JINGĦAQDU FLIMKIEN U JRAŻŻNU MIJIET TA’ PROMOTURI TAL-ĠENI SPEĊIFIĊI GĦALL-ĠENI LI SE JIĠU ATTIVATI AKTAR TARD MATUL L-IŻVILUPP. DAWN IL-PROMOTURI JURU MARKI KONTRADITTORJI FIL-PEDAMENTI TAGĦHOM ASSOĊJATI MAR-REPRESSJONI U L-ATTIVAZZJONI TRASKRIZZJONALI U GĦALHEKK JISSEJĦU PROMOTURI BIVALENTI. IL-PROMOTURI BIVALENTI RIPRESSATI JURU WKOLL IR-REKLUTAĠĠ TA’ RNA POLYMERASE II (RNAPII), LI HUWA MAĦSUB LI HUWA LEST LI JITTRASKRIVI WARA LI JIRĊIEVI SINJALI TA’ DIFFERENZJAZZJONI. MATUL IL-POSTDOC TIEGĦI FIL-LABORATORJU PROF. AMANDA FISHER’S, AĦNA IDENTIFIKAJNA L-PROTEINA JARID2 BĦALA SUBUNITÀ ĠDIDA TA’ PRC2 MEĦTIEĠA BIEX TIRREKLUTA RNAPII GĦAL ĠENI BIVALENTI. MADANKOLLU, IL-MEKKANIŻMU MOLEKULARI LI BIH JARID2 JAFFETTWA R-REKLUTAĠĠ TA’ RNAPII GĦADU MHUX ĊAR. F’DAN IL-PROĠETT, NIPPROPONI LI JIĠI ANALIZZAT IR-RWOL TAL-POŻIZZJONAMENT TAN-NUKLEOSOMA FL-ISTABBILIMENT TAL-KROMATINA BIVALENTI F’ĊELLOLI PLURIPOTENTI. BIEX JIĠU EVITATI XEJRIET KOMBINATI AMBIGWI TA’ POŻIZZJONIJIET NUCLEOSOMIC MINĦABBA L-ETEROĠENEITÀ FIL-POPOLAZZJONI TAĊ-ĊELLOLI, AĦNA SER NGĦAQQDU ŻEWĠ TEKNOLOĠIJI ŻVILUPPATI ĠODDA; IS-SEPARAZZJONI TAĊ-ĊELLOLI HIJA T-TIENI FAŻI TAĊ-ĊIKLU TAĊ-ĊELLOLI (ELUTRIACION) U ANALIŻI TAN-NUKLEOŻOMI TAL-UNJONI B’RIŻOLUZZJONI TA’ LIVELL MOLEKULARI WIEĦED (NOME-SEQ). L-UŻU KKOMBINAT TIEGĦU SE JIPPERMETTILNA NWETTQU ANALIŻI ĠDIDA FIL-LIVELL ĠENOMIKU TAL-POŻIZZJONAMENT TAN-NUKLEOŻOMI B’RIŻOLUZZJONI FIL-LIVELL MOLEKULARI U MATUL IĊ-ĊIKLU TAĊ-ĊELLOLI F’ĊELLOLI PLURIPOTENTI. L-INTEGRAZZJONI TA’ DIN ID-DEJTA MAL-ANALIŻI TAL-ESPRESSJONI TAL-RNA U L-UNJONI TAL-RNAPII FIL-LIVELL ĠENOMIKU SE TIPPERMETTILNA NISTABBILIXXU R-RILEVANZA FUNZJONALI TAL-MAPEP NUKLEOŻOMI MIKSUBA. FL-AĦĦAR NETT, AĦNA SE NIKKUMPLIMENTAW L-ISTUDJU TAGĦNA BL-ANALIŻI TAR-RWOL TA’ JARID2 U SUBUNITAJIET OĦRAJN TA’ POLYCOMB FIL-POŻIZZJONAMENT TA’ NUKLEOŻOMI F’ĠENI BIVALENTI F’ĊELLOLI PLURIPOTENTI. (Maltese)
17 August 2022
0 references
MULTIPOTENTAJĀM ŠŪNĀM IR LIELS BIOMEDICĪNAS POTENCIĀLS TĀDĀS JOMĀS KĀ CILVĒKU SLIMĪBU MODELĒŠANA UN REĢENERATĪVĀ MEDICĪNA. TOMĒR, LAI VEIKSMĪGI UN DROŠI PIEMĒROTU ŠO TEHNOLOĢIJU, MUMS IR JĀUZLABO ZINĀŠANAS PAR MOLEKULĀRAJĀM BĀZĒM, KAS REGULĒ PLURIPOTENCI. RATONA PLURIPOTENTAJĀS EMBRIJA CILMES ŠŪNĀS POLIKOMBA REPRESĪVIE KOMPLEKSI (PRC) APVIENOJAS UN NOMĀC SIMTIEM GĒNU SPECIFISKU GĒNU VEICINĀTĀJU, KAS TIKS AKTIVIZĒTI VĒLĀK ATTĪSTĪBAS LAIKĀ. ŠIEM ATBALSTĪTĀJIEM IR PRETRUNĪGAS ATZĪMES SAVOS TOŅOS, KAS SAISTĪTI AR REPRESIJĀM UN TRANSKRIPCIJAS AKTIVIZĒŠANU, UN TĀPĒC TOS SAUC PAR DIVVĒRTĪGIEM VEICINĀTĀJIEM. BIVALENTIE REPRESĒTIE VEICINĀTĀJI PARĀDA ARĪ RNS POLIMERĀZES II (RNAPII) REKRUTĒŠANU, KAS, DOMĀJAMS, IR GATAVA TRANSKRIBĒT PĒC DIFERENCIĀCIJAS SIGNĀLU SAŅEMŠANAS. MANA POSTDOC LAIKĀ PROF. AMANDA FISHER’S LABORATORIJĀ MĒS IDENTIFICĒJĀM JARID2 PROTEĪNU KĀ JAUNU ĶTR2 APAKŠVIENĪBU, KAS NEPIECIEŠAMA, LAI PIESAISTĪTU RNAPII BIVALENTOS GĒNOS. TOMĒR MOLEKULĀRAIS MEHĀNISMS, AR KURU JARID2 IETEKMĒ RNAPII PIEŅEMŠANU DARBĀ, JOPROJĀM IR NESKAIDRS. ŠAJĀ PROJEKTĀ ES IEROSINU ANALIZĒT NUKLEOSOMU POZICIONĒŠANAS LOMU BIVALENTĀ HROMATĪNA IZVEIDĒ PLURIPOTENTĀS ŠŪNĀS. LAI IZVAIRĪTOS NO NEVIENDABĪGIEM NUCLEOSOMIC POZĪCIJU KOMBINATORISKIEM MODEĻIEM ŠŪNU POPULĀCIJAS NEVIENDABĪGUMA DĒĻ, MĒS APVIENOSIM DIVAS JAUNIZSTRĀDĀTAS TEHNOLOĢIJAS; ŠŪNU SEPARĀCIJA IR ŠŪNU CIKLA OTRĀ FĀZE (ELUTRIACION) UN NUKLEOSOMU SAVIENĪBAS ANALĪZE AR VIENA MOLEKULĀRĀ LĪMEŅA IZŠĶIRTSPĒJU (NOME-SEQ). TĀ KOMBINĒTĀ IZMANTOŠANA ĻAUS MUMS VEIKT JAUNU ANALĪZI GENOMISKAJĀ LĪMENĪ PAR NUKLEOSOMU POZICIONĒŠANU AR IZŠĶIRTSPĒJU MOLEKULĀRĀ LĪMENĪ UN VISĀ ŠŪNU CIKLĀ PLURIPOTENTAJĀS ŠŪNĀS. ŠO DATU INTEGRĀCIJA AR RNS UN RNAPII SAVIENĪBAS EKSPRESIJAS ANALĪZI GENOMA LĪMENĪ ĻAUS MUMS NOTEIKT IEGŪTO NUKLEOSOMU KARŠU FUNKCIONĀLO NOZĪMĪGUMU. VISBEIDZOT, MĒS PAPILDINĀSIM MŪSU PĒTĪJUMU AR ANALĪZI PAR JARID2 UN CITU POLIKOMBA APAKŠVIENĪBU LOMU NUKLEOSOMU IZVIETOŠANĀ DIVVĒRTĪGOS GĒNOS PLURIPOTENTĀS ŠŪNĀS. (Latvian)
17 August 2022
0 references
MULTITENTNÉ BUNKY MAJÚ VEĽKÝ BIOMEDICÍNSKY POTENCIÁL V OBLASTIACH, AKO JE MODELOVANIE ĽUDSKÝCH CHORÔB A REGENERAČNÁ MEDICÍNA. AVŠAK PRE ÚSPEŠNÉ A BEZPEČNÉ POUŽITIE TEJTO TECHNOLÓGIE MUSÍME POKROČIŤ V ZNALOSTI MOLEKULÁRNYCH ZÁKLADNÍ, KTORÉ REGULUJÚ PLURIPOTENCIU. V RATONOVÝCH PLURIPOTENTNÝCH EMBRYONÁLNYCH KMEŇOVÝCH BUNKÁCH SA POLYCOMB REPRESÍVNE KOMPLEXY (PRC) SPÁJAJÚ A POTLÁČAJÚ STOVKY GÉNOVÝCH PROMÓTOROV ŠPECIFICKÝCH PRE GÉNY, KTORÉ SA AKTIVUJÚ NESKÔR POČAS VÝVOJA. TÍTO PROPAGÁTORI VYKAZUJÚ PROTICHODNÉ ZNAKY VO SVOJICH HISTÓNOCH SPOJENÝCH S REPRESIOU A TRANSKRIPČNOU AKTIVÁCIOU, A PRETO SA NAZÝVAJÚ BIVALENTNÝMI PROPAGÁTORMI. BIVALENTNÉ REPRESÍVNE PROPAGÁTORY TIEŽ VYKAZUJÚ NÁBOR RNA POLYMERÁZY II (RNAPII), KTORÁ JE PRAVDEPODOBNE PRIPRAVENÁ NA PREPIS PO PRIJATÍ DIFERENCIAČNÝCH SIGNÁLOV. POČAS MÔJHO POSTDOC V LABORATÓRIU PROF. AMANDY FISHEROVEJ SME IDENTIFIKOVALI PROTEÍN JARID2 AKO NOVÚ PODJEDNOTKU ČĽR2 POTREBNÚ NA NÁBOR RNAPII DO BIVALENTNÝCH GÉNOV. MOLEKULÁRNY MECHANIZMUS, KTORÝM JARID2 OVPLYVŇUJE NÁBOR RNAPII, JE VŠAK STÁLE NEJASNÝ. V TOMTO PROJEKTE NAVRHUJEM ANALYZOVAŤ ÚLOHU NUKLEOZÓMOVEJ POLOHY PRI VYTVÁRANÍ DVOJMOCNÉHO CHROMATÍNU V PLURIPOTENTNÝCH BUNKÁCH. ABY SME SA VYHLI NEJEDNOZNAČNÝM KOMBINAČNÝM VZORCOM POZÍCIÍ NUCLEOSOMIC V DÔSLEDKU HETEROGÉNNOSTI V BUNKOVEJ POPULÁCII, SPOJÍME DVE NOVO VYVINUTÉ TECHNOLÓGIE; BUNKOVÁ SEPARÁCIA JE DRUHÁ FÁZA BUNKOVÉHO CYKLU (ELUTRIACION) A ANALÝZA NUKLEOZÓMOV ÚNIE S JEDINÝM MOLEKULÁRNYM ROZLÍŠENÍM (NOME-SEQ). JEHO KOMBINOVANÉ POUŽITIE NÁM UMOŽNÍ VYKONAŤ NOVÚ ANALÝZU NA GENOMICKEJ ÚROVNI POLOHOVANIA NUKLEOZÓMOV S ROZLÍŠENÍM NA MOLEKULÁRNEJ ÚROVNI A POČAS CELÉHO BUNKOVÉHO CYKLU V PLURIPOTENTNÝCH BUNKÁCH. INTEGRÁCIA TÝCHTO ÚDAJOV S ANALÝZOU EXPRESIE RNA A ÚNIE RNAPII NA GENOMICKEJ ÚROVNI NÁM UMOŽNÍ URČIŤ FUNKČNÚ RELEVANTNOSŤ ZÍSKANÝCH NUKLEOZÓMOVÝCH MÁP. NAKONIEC DOPLNÍME NAŠU ŠTÚDIU O ANALÝZU ÚLOHY JARID2 A ĎALŠÍCH PODJEDNOTIEK POLYCOMB PRI POLOHOVANÍ NUKLEOZÓMOV V BIVALENTNÝCH GÉNOCH V PLURIPOTENTNÝCH BUNKÁCH. (Slovak)
17 August 2022
0 references
TÁ ACMHAINNEACHT MHÓR BHITHLEIGHIS AG CEALLA ILCHUMHACHTACHA I RÉIMSÍ AMHAIL SAMHALTÚ GALAR DAONNA AGUS LEIGHEAS ATHGHINIÚNACH. MAR SIN FÉIN, CHUN AN TEICNEOLAÍOCHT SEO A CHUR I BHFEIDHM GO RATHÚIL AGUS GO SÁBHÁILTE, NÍ MÓR DÚINN EOLAS AR NA BOINN MHÓILÍNEACHA A RIALAÍONN PLURIPOTENCE A CHUR CHUN CINN. I GASCHEALLA SUTHACHA LÁNFHÁSTA RATON’S, COIMPLÉISC ATHBHRÚITE POLYCOMB (PRC) TEACHT LE CHÉILE AGUS NA CÉADTA TIONSCNÓIRÍ GÉINE A BHAINEANN GO SONRACH LE GÉINE A CHUR I BHFEIDHM NÍOS DÉANAÍ LE LINN FORBARTHA. LÉIRÍONN NA TIONSCNÓIRÍ SEO MARCANNA CONTRÁRTHA INA GCUID HISTONES A BHAINEANN LE COS AR BOLG AGUS GNÍOMHACHTÚ TRAS-SCRÍOFA AGUS DÁ BHRÍ SIN TUGADH TIONSCNÓIRÍ BIVALENT ORTHU. TAISPEÁNANN TIONSCNÓIRÍ DIANBHRÚ BIVALENT EARCÚ RNA POLYMERASE II (RNAPII), A MHEASTAR A BHEITH RÉIDH LE TRAS-SCRÍOBH TAR ÉIS COMHARTHAÍ DIFREÁLA A FHÁIL. LE LINN MO IARDHOCHTÚIREACHTA AG SAOTHARLANN AN OLLAIMH AMANDA FISHER, D’AITHIN MUID AN PRÓITÉIN JARID2 MAR FHO-AONAD NUA DE PRC2 A BHÍ AG TEASTÁIL CHUN RNAPII A EARCÚ GO GÉINTE DÉBHLAOSCACHA. MAR SIN FÉIN, TÁ AN MHEICNÍOCHT MHÓILÍNEACH TRÍNA NDÉANANN JARID2 DIFEAR D’EARCÚ RNAPII DOILÉIR FÓS. SA TIONSCADAL SEO, MOLAIM ANAILÍS A DHÉANAMH AR RÓL SUITE NÚICLÉAS I MBUNÚ CHROMATIN BIVALENT I GCEALLA PLURIPOTENT. A SHEACHAINT PATRÚIN DÉBHRÍOCH COMBINATORIAL DE PHOIST NUCLEOSOMIC MAR GHEALL AR ILCHINEÁLACHT SA DAONRA CILLE, BEIDH MUID LE CHÉILE DHÁ THEICNEOLAÍOCHTAÍ NUA-FHORBARTHA; IS É AN SCARADH CILLE AN DARA CÉIM DE THIMTHRIALL CILLE (ELUTRIACION) AGUS ANAILÍS AR AN AONTAS NÚICLÉASÓIM LE TAIFEACH AMHÁIN AR LEIBHÉAL MÓILÍNEACH (NOME-SEQ). LIGFIDH A ÚSÁID LE CHÉILE DÚINN ANAILÍS NUA A DHÉANAMH AR LEIBHÉAL GÉANÓMAÍOCH AR SHUÍOMH NA NÚICLÉASM LE TAIFEACH AR LEIBHÉAL MÓILÍNEACH AGUS AR FUD THIMTHRIALL NA GCEALL I GCEALLA ILCHUMHACHTACHA. MÁ DHÉANTAR NA SONRAÍ SIN A CHOMHTHÁTHÚ LEIS AN ANAILÍS AR LÉIRIÚ RNA AGUS AONTAS RNAPII AR AN LEIBHÉAL GÉANÓMAÍOCH, BEIFEAR IN ANN ÁBHARTHACHT FHEIDHMIÚIL NA LÉARSCÁILEANNA NÚICLÉIP A FHAIGHTEAR A BHUNÚ. MAR FHOCAL SCOIR, DÉANFAIMID ÁR STAIDÉAR A CHOMHLÁNÚ LEIS AN ANAILÍS AR RÓL JARID2 AGUS FO-AONAID POLYCOMB EILE I SUÍOMH NA NÚICLÉASM I NGÉINTE BIVALENT I GCEALLA LÁNFHÁSTA. (Irish)
17 August 2022
0 references
MULTIPOTENTNÍ BUŇKY MAJÍ VELKÝ BIOMEDICÍNSKÝ POTENCIÁL V OBLASTECH, JAKO JE MODELOVÁNÍ LIDSKÝCH NEMOCÍ A REGENERATIVNÍ MEDICÍNA. PRO ÚSPĚŠNÉ A BEZPEČNÉ POUŽITÍ TÉTO TECHNOLOGIE VŠAK MUSÍME POKROČIT VE ZNALOSTECH MOLEKULÁRNÍCH ZÁKLADEN, KTERÉ REGULUJÍ PLURIPOTENCI. V RATONOVÝCH PLURIPOTENTNÍCH EMBRYONÁLNÍCH KMENOVÝCH BUŇKÁCH SE POLYCOMB REPRESIVNÍ KOMPLEXY (PRC) SPOJUJÍ A POTLAČUJÍ STOVKY GENOVÝCH PROMOTORŮ, KTERÉ BUDOU AKTIVOVÁNY POZDĚJI BĚHEM VÝVOJE. TITO PROMOTÉŘI VYKAZUJÍ PROTICHŮDNÉ ZNÁMKY VE SVÝCH HISTONECH SPOJENÝCH S REPRESÍ A AKTIVACÍ TRANSKRIPCE, A PROTO BYLI NAZÝVÁNI BIVALENTNÍMI PROMOTÉRY. BIVALENTNÍ POTLAČENÉ PROMOTORY TAKÉ UKAZUJÍ NÁBOR RNA POLYMERÁZY II (RNAPII), KTERÝ JE POVAŽOVÁN ZA PŘIPRAVENÝ K PŘEPISU PO OBDRŽENÍ DIFERENCIAČNÍCH SIGNÁLŮ. BĚHEM MÉHO POSTDOCA V LABORATOŘI PROFESORKY AMANDY FISHEROVÉ JSME IDENTIFIKOVALI PROTEIN JARID2 JAKO NOVOU PODJEDNOTKU ČLR2 POTŘEBNOU K NÁBORU RNAPII DO BIVALENTNÍCH GENŮ. MOLEKULÁRNÍ MECHANISMUS, KTERÝM JARID2 OVLIVŇUJE NÁBOR RNAPII, JE VŠAK STÁLE NEJASNÝ. V TOMTO PROJEKTU NAVRHUJI ANALYZOVAT ROLI NUKLEOZOMOVÉHO UMÍSTĚNÍ PŘI VYTVÁŘENÍ BIVALENTNÍHO CHROMATINU V PLURIPOTENTNÍCH BUŇKÁCH. ABYCHOM SE VYHNULI NEJEDNOZNAČNÝM KOMBINATORICKÝM VZORŮM NUCLEOSOMIC POZIC V DŮSLEDKU HETEROGENITY V BUNĚČNÉ POPULACI, BUDEME KOMBINOVAT DVĚ NOVĚ VYVINUTÉ TECHNOLOGIE; SEPARACE BUNĚK JE DRUHÁ FÁZE BUNĚČNÉHO CYKLU (ELUTRIACION) A ANALÝZA UNIE NUKLEOZOMŮ S ROZLIŠENÍM JEDNO MOLEKULÁRNÍ HLADINY (NOME-SEQ). JEHO KOMBINOVANÉ POUŽITÍ NÁM UMOŽNÍ PROVÉST NOVOU ANALÝZU NA GENOMOVÉ ÚROVNI UMÍSTĚNÍ NUKLEOZOMŮ S ROZLIŠENÍM NA MOLEKULÁRNÍ ÚROVNI A V PRŮBĚHU BUNĚČNÉHO CYKLU V PLURIPOTENTNÍCH BUŇKÁCH. INTEGRACE TĚCHTO ÚDAJŮ S ANALÝZOU EXPRESE RNA A UNIE RNAPII NA GENOMOVÉ ÚROVNI NÁM UMOŽNÍ ZJISTIT FUNKČNÍ VÝZNAM ZÍSKANÝCH NUKLEOZOMOVÝCH MAP. ZÁVĚREM DOPLNÍME NAŠI STUDII ANALÝZOU ROLE JARID2 A DALŠÍCH POLYCOMBOVÝCH PODJEDNOTEK V POLOHOVÁNÍ NUKLEOZOMŮ V BIVALENTNÍCH GENECH V PLURIPOTENTNÍCH BUŇKÁCH. (Czech)
17 August 2022
0 references
As células multipotentes têm um grande potencial biomédico em áreas como a modificação da doença humana e a medicina regenerativa. No entanto, para a aplicação desta tecnologia com êxito e segurança, precisamos conhecer antecipadamente as bases moleculares que regulam a pluralidade. Nas CÉLULAS EMBRIONÓNICAS PLURIPOTENTES DE RATON, os COMPLEXOS REPRESSIVOS DE POLICOMB (PRC) juntam-se e abastecem-se de centenas de PROMOTORES GENE ESPECÍFICOS QUE SERÃO ATIVADOS MAIS DURANTE O DESENVOLVIMENTO. Estes promotores apresentam marcas contraditórias nos seus actos associados à representação e à actividade transcricional, pelo que foram chamados promotores paralelos. OS PROMOTORES REPRESSADOS BIVALENTES APRESENTAM TAMBÉM O RECRUTAMENTO DA POLIMERASE II DE ARN (RNAPII), QUE ESTÁ CONVENCIDA DE ESTAR PRONTO A TRANSCRIVER APÓS A RECEPÇÃO DE SINAIS DE DIFFERENTIAÇÃO. Durante o meu posto na Prof. Amanda Fisher's Lab, identificámos a proteína JARID2 como uma nova subunidade de PRC2 que precisa de recrutar o RNAPII em genes vivos. No entanto, o mecanismo molecular pelo qual o JARID2 afecta o RECRUTAMENTO do RNAPII ainda não é conhecido. Neste projeto, proponho analisar o papel do NUCLEOSSOMO no estabelecimento da cromatina BIVALENTE em células PLURIPOTENTES. Para evitar as influências conjugais ambíguas das posições nucleossómicas devidas à heterogeneidade da população celular, combinaremos duas tecnologias recentemente desenvolvidas; A SEPARAÇÃO CELULAR É A SEGUNDA FASE DO CICLO CELULAR (ELUTRIACION) E A ANÁLISE DA UNIÃO DOS NUCLEOSOMES COM RESOLUÇÃO DE NÍVEL MOLECULAR ÚNICO (NOME-SEQ). A sua utilização combinada permitir-nos-á efectuar uma nova análise a nível genómico do posicionamento dos nucleossomas com resolução a nível molecular e ao longo do ciclo celular em células pluviométricas. A integração destes dados com a análise da expressão do ARN e da UNIÃO de RNAPII a nível genómico permitir-nos-á estabelecer a relevância funcional dos MAPS NUCLEOSSOME obtidos. Finalmente, concluiremos o nosso estudo com a análise do papel do JARID2 e de outras subunidades de policombe no posicionamento de nucleossomas em genes betuminosos em células PLURIPOTENTES. (Portuguese)
17 August 2022
0 references
MULTIPOTENTSIAALSETEL RAKKUDEL ON SUUR BIOMEDITSIINILINE POTENTSIAAL SELLISTES VALDKONDADES NAGU INIMESTE HAIGUSTE MODELLEERIMINE JA REGENERATIIVNE MEDITSIIN. KUID SELLE TEHNOLOOGIA EDUKAKS JA OHUTUKS RAKENDAMISEKS PEAME EDENDAMA TEADMISI MOLEKULAARALUSTEST, MIS REGULEERIVAD PLURIPOTENTSUST. RATON’S PLURIPOTENTSETES EMBRÜONAALSETES TÜVIRAKKUDES ÜHENDAVAD POLÜCOMBI REPRESSIIVSED KOMPLEKSID (PRC) SADU GEENISPETSIIFILISI GEENIPROMOOTOREID, MIS AKTIVEERUVAD HILJEM ARENGU AJAL. NEED ELLUVIIJAD NÄITAVAD OMA HISTOONIDES VASTANDLIKKE MÄRKE, MIS ON SEOTUD REPRESSIOONIDE JA TRANSKRIPTSIOONI AKTIVEERIMISEGA, NING SEETÕTTU ON NEID NIMETATUD KAHEVALENTSETEKS PROMOOTORITEKS. BIVALENTSED REPRESSEERITUD PROMOOTORID NÄITAVAD KA RNA POLÜMERAASI II (RNAPII) VÄRBAMIST, MIS ARVATAKSE OLEVAT VALMIS TRANSKRIBEERIMISEKS PÄRAST DIFERENTSSIGNAALIDE SAAMIST. PROFESSOR AMANDA FISHERI LABORIS TEHTUD JÄRELDOKTORANTUURI AJAL TUVASTASIME, ET JARID2 VALK ON UUS PRC2 ALAMÜHIK, MIDA ON VAJA RNAPII’I VÄRBAMISEKS BIVALENTSETESSE GEENIDESSE. KUID MOLEKULAARNE MEHHANISM, MILLEGA JARID2 MÕJUTAB RNAPII VÄRBAMIST, ON ENDISELT EBASELGE. SELLES PROJEKTIS TEEN ETTEPANEKU ANALÜÜSIDA NUKLEOSOOMI POSITSIONEERIMISE ROLLI BIVALENTSE KROMATIINI LOOMISEL PLURIPOTENTSETES RAKKUDES. ET VÄLTIDA RAKUPOPULATSIOONI HETEROGEENSUSEST TINGITUD EBAMÄÄRASEID NUCLEOSOMIC POSITSIOONIDE KOMBINATORISEERIVAID MUSTREID, ÜHENDAME KAKS UUT TEHNOLOOGIAT; RAKKUDE ERALDAMINE ON RAKUTSÜKLI (ELUTRIACION) TEINE FAAS (ELUTRIACION) JA NUKLEOSOOMIDE LIIDU ANALÜÜS ÜHE MOLEKULAARSE LAHUTUSVÕIMEGA (NOME-SEQ). SELLE KOMBINEERITUD KASUTAMINE VÕIMALDAB MEIL TEHA UUDSE ANALÜÜSI NUKLEOSOOMIDE POSITSIONEERIMISE GENOOMI TASANDIL KOOS RESOLUTSIOONIGA MOLEKULAARTASANDIL JA KOGU RAKUTSÜKLI JOOKSUL PLURIPOTENTSES RAKKUDES. NENDE ANDMETE INTEGREERIMINE RNA JA RNAPII LIIDU EKSPRESSIOONI ANALÜÜSIGA GENOOMI TASANDIL VÕIMALDAB MEIL KINDLAKS TEHA SAADUD NUKLEOSOOMIKAARTIDE FUNKTSIONAALSE ASJAKOHASUSE. LÕPUKS TÄIENDAME OMA UURINGUT JARID2 JA TEISTE POLÜCOMBI ALLÜKSUSTE ROLLI ANALÜÜSIGA NUKLEOSOOMIDE POSITSIONEERIMISEL BIVALENTSETES GEENIDES PLURIPOTENTSETES RAKKUDES. (Estonian)
17 August 2022
0 references
A MULTIPOTENS SEJTEK NAGY ORVOSBIOLÓGIAI POTENCIÁLLAL RENDELKEZNEK OLYAN TERÜLETEKEN, MINT AZ EMBERI BETEGSÉGEK MODELLEZÉSE ÉS A REGENERATÍV ORVOSLÁS. ENNEK A TECHNOLÓGIÁNAK A SIKERES ÉS BIZTONSÁGOS ALKALMAZÁSÁHOZ AZONBAN TOVÁBB KELL FEJLESZTENÜNK A PLURIPOTENCIÁT SZABÁLYOZÓ MOLEKULÁRIS BÁZISOK ISMERETÉT. A RATON’S PLURIPOTENS EMBRIONÁLIS ŐSSEJTEKBEN A POLYCOMB REPRESSZÍV KOMPLEXEK (PRC) EGYESÜLNEK ÉS ELNYOMNAK TÖBB SZÁZ GÉNSPECIFIKUS GÉNPROMÓTERT, AMELYEK KÉSŐBB AKTIVÁLÓDNAK A FEJLŐDÉS SORÁN. EZEK A PROMÓTEREK ELLENTMONDÁSOS JELEKET MUTATNAK AZ ELNYOMÁSSAL ÉS A TRANSZKRIPCIÓS AKTIVÁLÁSSAL ÖSSZEFÜGGŐ HISZTONJAIKBAN, EZÉRT KÉT VEGYÉRTÉKŰ PROMÓTEREKNEK NEVEZTÉK ŐKET. A BIVALENS ELNYOMOTT PROMÓTEREK RNS POLIMERÁZ II (RNAPII) FELVÉTELÉT IS MUTATJÁK, AMELY VÉLHETŐEN A DIFFERENCIÁLÁSI JELEK FOGADÁSA UTÁN KÉSZ ÁTÍRÁSRA. AMANDA FISHER PROFESSZOR LABORJÁBAN A POSZTDOKTOROM ALATT AZONOSÍTOTTUK A JARID2 FEHÉRJÉT, MINT A KNK2 ÚJ ALEGYSÉGÉT, AMIRE AZ RNAPII-T KÉT VEGYÉRTÉKŰ GÉNEKRE KELL TOBOROZNI. TOVÁBBRA SEM VILÁGOS AZONBAN AZ A MOLEKULÁRIS MECHANIZMUS, AMELLYEL A JARID2 HATÁSSAL VAN AZ RNAPII FELVÉTELÉRE. EBBEN A PROJEKTBEN AZT JAVASLOM, HOGY ELEMEZZÉK A NUKLEZÓMA POZICIONÁLÁS SZEREPÉT A BIVALENS KROMATIN LÉTREHOZÁSÁBAN A PLURIPOTENS SEJTEKBEN. ANNAK ELKERÜLÉSE ÉRDEKÉBEN, HOGY A SEJTPOPULÁCIÓ HETEROGENITÁSA MIATT A NUCLEOSOMIC POZÍCIÓK KÉTÉRTELMŰ KOMBINATORIKUS MINTÁI LEGYENEK, KÉT ÚJONNAN KIFEJLESZTETT TECHNOLÓGIÁT KOMBINÁLUNK; A SEJTSZÉTVÁLASZTÁS A SEJTCIKLUS MÁSODIK SZAKASZA (ELUTRIACION) ÉS A NUKLEOZOMOK UNION ELEMZÉSE EGYETLEN MOLEKULÁRIS SZINTŰ FELBONTÁSSAL (NOME-SEQ). KOMBINÁLT ALKALMAZÁSA LEHETŐVÉ TESZI SZÁMUNKRA, HOGY ÚJ ELEMZÉST VÉGEZZÜNK A NUKLEOZOMOK MOLEKULÁRIS SZINTEN TÖRTÉNŐ POZICIONÁLÁSÁNAK GENOMIKUS SZINTJÉN ÉS A SEJTCIKLUS ALATT A PLURIPOTENS SEJTEKBEN. EZEKNEK AZ ADATOKNAK AZ RNS ÉS AZ RNAPII UNIÓJÁNAK GENOMIKUS SZINTŰ ELEMZÉSÉVEL VALÓ INTEGRÁLÁSA LEHETŐVÉ TESZI A KAPOTT NUKLEOSZÓMA-TÉRKÉPEK FUNKCIONÁLIS RELEVANCIÁJÁNAK MEGÁLLAPÍTÁSÁT. VÉGÜL KIEGÉSZÍTJÜK TANULMÁNYUNKAT A JARID2 ÉS MÁS POLYCOMB ALEGYSÉGEK SZEREPÉNEK ELEMZÉSÉVEL A NUKLEOZOMOK POZÍCIONÁLÁSÁBAN A PLURIPOTENS SEJTEKBEN A BIVALENS GÉNEKBEN. (Hungarian)
17 August 2022
0 references
МНОГОМОЩНИТЕ КЛЕТКИ ИМАТ ГОЛЯМ БИОМЕДИЦИНСКИ ПОТЕНЦИАЛ В ОБЛАСТИ КАТО МОДЕЛИРАНЕТО НА ЗАБОЛЯВАНИЯТА ПРИ ЧОВЕКА И РЕГЕНЕРАТИВНАТА МЕДИЦИНА. ВЪПРЕКИ ТОВА, ЗА ДА СЕ ПРИЛОЖИ ТАЗИ ТЕХНОЛОГИЯ УСПЕШНО И БЕЗОПАСНО, НИЕ ТРЯБВА ДА УСКОРИМ ПОЗНАНИЯТА ЗА МОЛЕКУЛЯРНИТЕ БАЗИ, КОИТО РЕГУЛИРАТ ПЛУРИПОТЕНТНОСТТА. В ПЛУРИПОТЕНТНИ ЕМБРИОНАЛНИ СТВОЛОВИ КЛЕТКИ НА РАТОН РЕПРЕСИВНИТЕ КОМПЛЕКСИ ОТ ПОЛИКОМБ (PRC) СЕ ОБЕДИНЯВАТ И ПОТИСКАТ СТОТИЦИ ГЕННИ ПРОМОТОРИ, КОИТО ЩЕ БЪДАТ АКТИВИРАНИ ПО-КЪСНО ПО ВРЕМЕ НА РАЗВИТИЕТО. ТЕЗИ ОРГАНИЗАТОРИ ПОКАЗВАТ ПРОТИВОРЕЧИВИ БЕЛЕЗИ В СВОИТЕ ХИСТОНИ, СВЪРЗАНИ С РЕПРЕСИИТЕ И ТРАНСКРИПЦИОННОТО АКТИВИРАНЕ, И СЛЕДОВАТЕЛНО СА НАРИЧАНИ ДВУВАЛЕНТНИ ОРГАНИЗАТОРИ. ДВУВАЛЕНТНИТЕ ПОТИСНАТИ ПРОМОТОРИ СЪЩО ПОКАЗВАТ НАБИРАНЕ НА РНК ПОЛИМЕРАЗА II (RNAPII), ЗА КОЯТО СЕ СМЯТА, ЧЕ Е ГОТОВА ДА ТРАНСКРИБИРА СЛЕД ПОЛУЧАВАНЕ НА СИГНАЛИ ЗА ДИФЕРЕНЦИАЦИЯ. ПО ВРЕМЕ НА ПОСТДОКТОРА МИ В ЛАБОРАТОРИЯТА НА ПРОФ. АМАНДА ФИШЕР, ИДЕНТИФИЦИРАХМЕ ПРОТЕИНА JARID2 КАТО НОВО ПОДРАЗДЕЛЕНИЕ НА КНР2, НЕОБХОДИМО ЗА ВЕРБУВАНЕ НА РНК II ЗА ДВУВАЛЕНТНИ ГЕНИ. ВЪПРЕКИ ТОВА МОЛЕКУЛЯРНИЯТ МЕХАНИЗЪМ, ЧРЕЗ КОЙТО JARID2 ОКАЗВА ВЛИЯНИЕ ВЪРХУ НАБИРАНЕТО НА РНАП II, ВСЕ ОЩЕ Е НЕЯСЕН. В ТОЗИ ПРОЕКТ ПРЕДЛАГАМ ДА СЕ АНАЛИЗИРА РОЛЯТА НА НУКЛЕОЗНОТО ПОЗИЦИОНИРАНЕ В УСТАНОВЯВАНЕТО НА ДВУВАЛЕНТНИЯ ХРОМАТИН В ПЛУРИПОТЕНТНИ КЛЕТКИ. ЗА ДА ИЗБЕГНЕМ ДВУСМИСЛЕНИ КОМБИНАТОРНИ МОДЕЛИ НА ПОЗИЦИИ NUCLEOSOMIC ПОРАДИ ХЕТЕРОГЕННОСТ В КЛЕТЪЧНАТА ПОПУЛАЦИЯ, ЩЕ КОМБИНИРАМЕ ДВЕ НОВОРАЗРАБОТЕНИ ТЕХНОЛОГИИ; КЛЕТЪЧНОТО РАЗДЕЛЯНЕ Е ВТОРАТА ФАЗА НА КЛЕТЪЧНИЯ ЦИКЪЛ (ELUTRIACION) И АНАЛИЗ НА НУКЛЕОЗОМИ UNION С РАЗДЕЛИТЕЛНА СПОСОБНОСТ НА ЕДНО МОЛЕКУЛНО НИВО (NOME-SEQ). КОМБИНИРАНАТА МУ УПОТРЕБА ЩЕ НИ ПОЗВОЛИ ДА ИЗВЪРШИМ НОВ АНАЛИЗ НА ГЕНОМНОТО НИВО НА ПОЗИЦИОНИРАНЕТО НА НУКЛЕОЗОМИТЕ С РАЗДЕЛИТЕЛНА СПОСОБНОСТ НА МОЛЕКУЛЯРНО НИВО И ПРЕЗ ЦЕЛИЯ КЛЕТЪЧЕН ЦИКЪЛ В ПЛУРИПОТЕНТНИ КЛЕТКИ. ИНТЕГРИРАНЕТО НА ТЕЗИ ДАННИ С АНАЛИЗА НА ЕКСПРЕСИЯТА НА РНК И СЪЮЗА НА РНК II НА ГЕНОМНО НИВО ЩЕ НИ ПОЗВОЛИ ДА УСТАНОВИМ ФУНКЦИОНАЛНОТО ЗНАЧЕНИЕ НА ПОЛУЧЕНИТЕ НУКЛЕОЗОМНИ КАРТИ. И НАКРАЯ, НИЕ ЩЕ ДОПЪЛНИМ НАШЕТО ПРОУЧВАНЕ С АНАЛИЗА НА РОЛЯТА НА JARID2 И ДРУГИ СУБЕДИНИЦИ POLYCOMB В ПОЗИЦИОНИРАНЕТО НА НУКЛЕОЗОМИ В ДВУВАЛЕНТНИ ГЕНИ В ПЛУРИПОТЕНТНИ КЛЕТКИ. (Bulgarian)
17 August 2022
0 references
DAUGIAPOTENTINĖS LĄSTELĖS TURI DIDELĮ BIOMEDICININĮ POTENCIALĄ TOKIOSE SRITYSE KAIP ŽMOGAUS LIGŲ MODELIAVIMAS IR REGENERACINĖ MEDICINA. TAČIAU NORINT SĖKMINGAI IR SAUGIAI TAIKYTI ŠIĄ TECHNOLOGIJĄ, TURIME TOBULINTI ŽINIAS APIE MOLEKULINES BAZES, KURIOS REGULIUOJA PLURIPOTENCIJA. RATON’S PLURIPOTENTINĖSE EMBRIONINĖSE KAMIENINĖSE LĄSTELĖSE POLYCOMB REPRESINIAI KOMPLEKSAI (KLR) SUJUNGIA IR SLOPINA ŠIMTUS GENAMS BŪDINGŲ GENŲ PRODUKTORIŲ, KURIE BUS AKTYVUOTI VĖLIAU VYSTYMOSI METU. ŠIE RĖMĖJAI SAVO HISTONUOSE RODO PRIEŠTARINGUS ŽENKLUS, SUSIJUSIUS SU REPRESIJOMIS IR TRANSKRIPCINIU AKTYVAVIMU, TODĖL BUVO VADINAMI DVIVALENTIAIS RĖMĖJAIS. DVIVALENTĖS REPRESUOTOS PRODIUSERIAI TAIP PAT RODO RNR POLIMERAZĖS II (RNAPII) ĮDARBINIMĄ, KURIS, KAIP MANOMA, YRA PASIRENGĘS TRANSKRIBUOTI GAVUS DIFERENCIACIJOS SIGNALUS. PER SAVO POSTDOC PROFESORIAUS AMANDA FISHER’S LABORATORIJOJE, MES NUSTATĖME JARID2 BALTYMĄ KAIP NAUJĄ SUBVIENETĄ KLR2 REIKIA ĮDARBINTI RNAPII DVIVALENTIŲ GENŲ. TAČIAU MOLEKULINIS MECHANIZMAS, KURIUO JARID2 VEIKIA RNAPII ĮDARBINIMĄ, VIS DAR NEAIŠKUS. ŠIAME PROJEKTE SIŪLAU IŠANALIZUOTI NUKLEOZINIO POZICIONAVIMO VAIDMENĮ KURIANT DVIVALENTĮ CHROMATĄ PLURIPOTENTINĖSE LĄSTELĖSE. SIEKDAMI IŠVENGTI DVIPRASMIŠKŲ NUCLEOSOMIC POZICIJŲ DERINIŲ DĖL LĄSTELIŲ POPULIACIJOS HETEROGENIŠKUMO, SUJUNGSIME DVI NAUJAI SUKURTAS TECHNOLOGIJAS; LĄSTELIŲ ATSKYRIMAS YRA ANTROJI LĄSTELIŲ CIKLO (ELUTRIACION) FAZĖ IR NUKLEOSOMŲ SĄJUNGOS, KURIOS SKIRIAMOJI GEBA YRA VIENA MOLEKULINĖ, ANALIZĖ (NOME-SEQ). JO BENDRAS NAUDOJIMAS LEIS MUMS ATLIKTI NAUJĄ ANALIZĘ GENOMINIU NUKLEOSOMŲ, KURIŲ SKIRIAMOJI GEBA MOLEKULINIU LYGMENIU IR LĄSTELIŲ CIKLU PLURIPOTENTINĖSE LĄSTELĖSE, NUSTATYMO LYGIU. ŠIŲ DUOMENŲ INTEGRAVIMAS Į RNR IŠRAIŠKOS IR RNAPII SĄJUNGOS ANALIZĘ GENOMINIU LYGIU LEIS MUMS NUSTATYTI GAUTŲ NUKLEOSOMŲ ŽEMĖLAPIŲ FUNKCINĘ SVARBĄ. GALIAUSIAI, MES PAPILDYSIME SAVO TYRIMĄ SU JARID2 IR KITŲ POLYCOMB SUBVIENETŲ VAIDMENS POZICIONUOJANT NUKLEOSOMAS DVIVALENTIŲ GENŲ PLURIPOTENTINĖSE LĄSTELĖSE ANALIZE. (Lithuanian)
17 August 2022
0 references
MULTIPOTENTNE STANICE IMAJU VELIKI BIOMEDICINSKI POTENCIJAL U PODRUČJIMA KAO ŠTO SU MODELIRANJE LJUDSKIH BOLESTI I REGENERATIVNA MEDICINA. MEĐUTIM, ZA USPJEŠNU I SIGURNU PRIMJENU OVE TEHNOLOGIJE MORAMO UNAPRIJEDITI ZNANJE O MOLEKULARNIM BAZAMA KOJE REGULIRAJU PLURIPOTENCE. U RATONOVIM PLURIPOTENTNIM EMBRIONALNIM MATIČNIM STANICAMA, REPRESIVNI KOMPLEKSI POLIKOMBA (PRC) POVEZUJU SE I POTISKUJU STOTINE GENSKIH PROMOTORA KOJI ĆE SE AKTIVIRATI KASNIJE TIJEKOM RAZVOJA. TI PROMOTORI POKAZUJU KONTRADIKTORNE OCJENE U SVOJIM HISTONIMA POVEZANIMA S REPRESIJOM I TRANSKRIPCIJSKOM AKTIVACIJOM TE SU STOGA NAZVANI BIVALENTNIM PROMOTORIMA. DVOVALENTNI POTISNUTI PROMOTORI TAKOĐER POKAZUJU REGRUTACIJU RNK POLIMERAZE II (RNAPII), ZA KOJU SE VJERUJE DA JE SPREMNA TRANSKRIBIRATI NAKON PRIMANJA SIGNALA DIFERENCIJACIJE. TIJEKOM MOG POSTDOKTORA U LABORATORIJU PROF. AMANDE FISHER, IDENTIFICIRALI SMO PROTEIN JARID2 KAO NOVU PODJEDINICU NRK2 POTREBNE ZA REGRUTIRANJE RNAPII U DVOVALENTNE GENE. MEĐUTIM, MOLEKULARNI MEHANIZAM KOJIM JARID2 UTJEČE NA NOVAČENJE RNAPII JOŠ UVIJEK NIJE JASAN. U OVOM PROJEKTU PREDLAŽEM ANALIZU ULOGE NUKLEOZOMSKOG POZICIONIRANJA U USPOSTAVLJANJU BIVALENTNOG KROMATINA U PLURIPOTENTNIM STANICAMA. KAKO BISMO IZBJEGLI DVOSMISLENE KOMBINATORNE OBRASCE NUCLEOSOMIC POZICIJA ZBOG HETEROGENOSTI STANIČNE POPULACIJE, KOMBINIRAT ĆEMO DVIJE NOVORAZVIJENE TEHNOLOGIJE; ODVAJANJE STANICA JE DRUGA FAZA STANIČNOG CIKLUSA (ELUTRIACION) I ANALIZA NUKLEOSOMA UNION S JEDNOSTRUKOM MOLEKULARNOM REZOLUCIJOM RAZINE (NOME-SEQ). NJEGOVA KOMBINIRANA UPORABA OMOGUĆIT ĆE NAM DA PROVEDEMO NOVU ANALIZU NA GENOMSKOJ RAZINI POZICIONIRANJA NUKLEOSOMA S REZOLUCIJOM NA MOLEKULARNOJ RAZINI I TIJEKOM STANIČNOG CIKLUSA U PLURIPOTENTNIM STANICAMA. INTEGRACIJA TIH PODATAKA S ANALIZOM EKSPRESIJE RNK I UNIJE RNAPII NA GENOMSKOJ RAZINI OMOGUĆIT ĆE NAM DA UTVRDIMO FUNKCIONALNU VAŽNOST DOBIVENIH NUKLEOSOMSKIH KARATA. KONAČNO, NADOPUNIT ĆEMO NAŠU STUDIJU ANALIZOM ULOGE JARID2 I DRUGIH POLYCOMB PODJEDINICA U POZICIONIRANJU NUKLEOSOMA U BIVALENTNIM GENIMA U PLURIPOTENTNIM STANICAMA. (Croatian)
17 August 2022
0 references
MULTIPOTENTA CELLER HAR STOR BIOMEDICINSK POTENTIAL INOM OMRÅDEN SOM MÄNNISKOSJUKDOMSMODELLERING OCH REGENERATIV MEDICIN. MEN FÖR ATT KUNNA TILLÄMPA DENNA TEKNIK FRAMGÅNGSRIKT OCH SÄKERT MÅSTE VI ÖKA KUNSKAPEN OM DE MOLEKYLÄRA BASER SOM REGLERAR PLURIPOTENS. I RATON’S PLURIPOTENTA EMBRYONALA STAMCELLER GÅR POLYCOMB REPRESSIVA KOMPLEX (PRC) SAMMAN OCH UNDERTRYCKER HUNDRATALS GENSPECIFIKA GENPROMOTORER SOM AKTIVERAS SENARE UNDER UTVECKLINGEN. DESSA PROMOTORER UPPVISAR MOTSÄGELSEFULLA MÄRKEN I SINA HISTONER FÖRKNIPPADE MED FÖRTRYCK OCH TRANSKRIPTIONELL AKTIVERING OCH HAR DÄRFÖR KALLATS BIVALENT PROMOTORER. BIVALENT REPRESSADE PROMOTORER VISAR OCKSÅ REKRYTERING AV RNA POLYMERAS II (RNAPII), SOM TROS VARA REDO ATT TRANSKRIBERA EFTER ATT HA FÅTT DIFFERENTIERINGSSIGNALER. UNDER MIN POSTDOKTOR PÅ PROF. AMANDA FISHER’S LAB IDENTIFIERADE VI JARID2-PROTEINET SOM EN NY SUBENHET AV PRC2 SOM BEHÖVDES FÖR ATT REKRYTERA RNAPII TILL BIVALENT GENER. DEN MOLEKYLÄRA MEKANISM GENOM VILKEN JARID2 PÅVERKAR REKRYTERINGEN AV RNAPII ÄR DOCK FORTFARANDE OKLAR. I DETTA PROJEKT FÖRESLÅR JAG ATT ANALYSERA ROLLEN AV NUKLEOSOMPOSITIONERING I ETABLERINGEN AV BIVALENT KROMATIN I PLURIPOTENTA CELLER ÄR. FÖR ATT UNDVIKA TVETYDIGA KOMBINATORISKA MÖNSTER AV NUCLEOSOMIC POSITIONER PÅ GRUND AV HETEROGENITET I CELLPOPULATIONEN, KOMMER VI ATT KOMBINERA TVÅ NYUTVECKLADE TEKNIKER; CELLSEPARATION ÄR DEN ANDRA FASEN AV CELLCYKELN (ELUTRIACION) OCH ANALYS AV NUKLEOSOMER UNION MED EN ENDA MOLEKYLNIVÅ UPPLÖSNING (NOME-SEQ). DESS KOMBINERADE ANVÄNDNING GÖR DET MÖJLIGT FÖR OSS ATT UTFÖRA EN NY ANALYS PÅ GENOMISK NIVÅ AV POSITIONERINGEN AV NUKLEOSOMER MED UPPLÖSNING PÅ MOLEKYLÄR NIVÅ OCH GENOM HELA CELLCYKELN I PLURIPOTENTA CELLER. INTEGRERINGEN AV DESSA DATA MED ANALYSEN AV RNA:S OCH RNAPII:S UTTRYCK PÅ GENOMNIVÅ KOMMER ATT GÖRA DET MÖJLIGT FÖR OSS ATT FASTSTÄLLA DEN FUNKTIONELLA RELEVANSEN HOS DE NUKLEOSOMKARTOR SOM ERHÅLLS. SLUTLIGEN KOMMER VI ATT KOMPLETTERA VÅR STUDIE MED ANALYSEN AV ROLLEN AV JARID2 OCH ANDRA POLYCOMB-SUBENHETER I POSITIONERINGEN AV NUKLEOSOMER I BIVALENT GENER I PLURIPOTENTA CELLER. (Swedish)
17 August 2022
0 references
CELULELE MULTIPOTENTE AU UN MARE POTENȚIAL BIOMEDICAL ÎN DOMENII PRECUM MODELAREA BOLILOR UMANE ȘI MEDICINA REGENERATIVĂ. CU TOATE ACESTEA, PENTRU APLICAREA CU SUCCES ȘI ÎN CONDIȚII DE SIGURANȚĂ A ACESTEI TEHNOLOGII, TREBUIE SĂ AVANSĂM CUNOAȘTEREA BAZELOR MOLECULARE CARE REGLEMENTEAZĂ PLURIPOTENȚA. ÎN CELULELE STEM EMBRIONARE EMBRIONARE PLURIPOTENTE ALE LUI RATON, COMPLEXELE REPRESIVE POLICOMB (PRC) SE UNESC ȘI SUPRIMĂ SUTE DE PROMOTORI GENETICI SPECIFICI CARE VOR FI ACTIVAȚI MAI TÂRZIU ÎN TIMPUL DEZVOLTĂRII. ACEȘTI PROMOTORI PREZINTĂ SEMNE CONTRADICTORII ÎN HISTONELE LOR ASOCIATE CU REPRESIUNEA ȘI ACTIVAREA TRANSCRIPȚIONALĂ ȘI, PRIN URMARE, AU FOST NUMIȚI PROMOTORI BIVALENȚI. PROMOTORII REPRIMAȚI BIVALENT ARATĂ, DE ASEMENEA, RECRUTAREA DE ARN POLIMERAZĂ II (RNAPII), CARE ESTE CONSIDERAT A FI GATA SĂ TRANSCRIU DUPĂ PRIMIREA SEMNALELOR DE DIFERENȚIERE. ÎN TIMPUL POSTDOCTOR LA LABORATORUL PROF. AMANDA FISHER, AM IDENTIFICAT PROTEINA JARID2 CA O NOUĂ SUBUNITATE A PRC2 NECESARĂ PENTRU A RECRUTA RNAPII PENTRU GENE BIVALENTE. CU TOATE ACESTEA, MECANISMUL MOLECULAR PRIN CARE JARID2 AFECTEAZĂ RECRUTAREA RNAPII ESTE ÎNCĂ NECLAR. ÎN ACEST PROIECT, PROPUN SĂ ANALIZĂM ROLUL POZIȚIONĂRII NUCLEOZOMICE ÎN STABILIREA CROMATINEI BIVALENTE ÎN CELULELE PLURIPOTENTE. PENTRU A EVITA TIPARELE COMBINATE AMBIGUE ALE POZITIILOR NUCLEOSOMIC DATORITA ETEROGENITATII POPULATIEI CELULARE, VOM COMBINA DOUA TEHNOLOGII NOU DEZVOLTATE; SEPARAREA CELULELOR ESTE A DOUA FAZĂ A CICLULUI CELULAR (ELUTRIACION) ȘI ANALIZA NUCLEOZOMILOR UNION CU REZOLUȚIE MOLECULARĂ UNICĂ (NOME-SEQ). UTILIZAREA SA COMBINATĂ NE VA PERMITE SĂ EFECTUĂM O NOUĂ ANALIZĂ LA NIVEL GENOMIC A POZIȚIONĂRII NUCLEOZOMILOR CU REZOLUȚIE LA NIVEL MOLECULAR ȘI PE TOT PARCURSUL CICLULUI CELULAR ÎN CELULELE PLURIPOTENTE. INTEGRAREA ACESTOR DATE CU ANALIZA EXPRIMĂRII ARN ȘI A UNIUNII RNAPII LA NIVEL GENOMIC NE VA PERMITE SĂ STABILIM RELEVANȚA FUNCȚIONALĂ A HĂRȚILOR NUCLEOZOMIALE OBȚINUTE. ÎN CELE DIN URMĂ, VOM COMPLETA STUDIUL NOSTRU CU ANALIZA ROLULUI JARID2 ȘI AL ALTOR SUBUNITĂȚI POLICOMB ÎN POZIȚIONAREA NUCLEOZOMILOR ÎN GENELE BIVALENTE ÎN CELULELE PLURIPOTENTE. (Romanian)
17 August 2022
0 references
MULTIPOTENTNE CELICE IMAJO VELIK BIOMEDICINSKI POTENCIAL NA PODROČJIH, KOT STA MODELIRANJE BOLEZNI PRI LJUDEH IN REGENERATIVNA MEDICINA. VENDAR PA MORAMO ZA USPEŠNO IN VARNO UPORABO TE TEHNOLOGIJE IZBOLJŠATI POZNAVANJE MOLEKULARNIH BAZ, KI UREJAJO PLURIPOTENCO. V RATON’S PLURIPOTENTNIH EMBRIONALNIH MATIČNIH CELICAH SE POLIKOMBNI REPRESIVNI KOMPLEKSI (PRC) ZDRUŽIJO IN ZAVIRAJO NA STOTINE GENSKO SPECIFIČNIH PROMOTORJEV GENOV, KI SE BODO AKTIVIRALI POZNEJE MED RAZVOJEM. TI PROMOTORJI KAŽEJO PROTISLOVNE ZNAKE V SVOJIH ZAPISIH, POVEZANIH Z REPRESIJO IN TRANSKRIPCIJSKO AKTIVACIJO, ZATO SO JIH IMENOVALI DVOVALENTNI PROMOTORJI. BIVALENTNI REPRESIVNI PROMOTORJI KAŽEJO TUDI NOVAČENJE RNA POLIMERAZE II (RNAPII), ZA KATERO SE DOMNEVA, DA JE PRIPRAVLJENA ZA TRANSKRIPCIJO PO PREJEMU DIFERENCIACIJSKIH SIGNALOV. MED MOJIM POSTDOKTORJEM V LABORATORIJU PROF. AMANDA FISHER SMO PREPOZNALI BELJAKOVINO JARID2 KOT NOVO PODENOTO PRC2, KI JE POTREBNA ZA VKLJUČITEV RNAPII V DVOVALENTNE GENE. VENDAR JE MOLEKULARNI MEHANIZEM, S KATERIM JARID2 VPLIVA NA ZAPOSLOVANJE RNAPII, ŠE VEDNO NEJASEN. V TEM PROJEKTU PREDLAGAM ANALIZO VLOGE POZICIONIRANJA NUKLEOSOMOV PRI VZPOSTAVLJANJU BIVALENTNEGA KROMATINA V PLURIPOTENTNIH CELICAH. DA BI SE IZOGNILI DVOUMNIM KOMBINIRANIM VZORCEM NUCLEOSOMIC POLOŽAJEV ZARADI HETEROGENOSTI V CELIČNI POPULACIJI, BOMO ZDRUŽILI DVE NOVO RAZVITI TEHNOLOGIJI; CELIČNO LOČEVANJE JE DRUGA FAZA CELIČNEGA CIKLA (ELUTRIACION) IN ANALIZA NUKLEOSOMOV UNION Z ENO MOLEKULARNO LOČLJIVOSTJO (NOME-SEQ). NJEGOVA KOMBINIRANA UPORABA NAM BO OMOGOČILA IZVEDBO NOVE ANALIZE NA GENOMSKI RAVNI POZICIONIRANJA NUKLEOSOMOV Z LOČLJIVOSTJO NA MOLEKULARNI RAVNI IN SKOZI CELOTEN CELIČNI CIKEL V PLURIPOTENTNIH CELICAH. INTEGRACIJA TEH PODATKOV Z ANALIZO IZRAŽANJA RNK IN ZVEZE RNAPII NA GENOMSKI RAVNI NAM BO OMOGOČILA, DA UGOTOVIMO FUNKCIONALNI POMEN PRIDOBLJENIH NUKLEOSOMSKIH KART. KONČNO BOMO DOPOLNILI NAŠO ŠTUDIJO Z ANALIZO VLOGE JARID2 IN DRUGIH PODENOT POLYCOMB PRI POZICIONIRANJU NUKLEOSOMOV V DVOVALENTNIH GENIH V PLURIPOTENTNIH CELICAH. (Slovenian)
17 August 2022
0 references
KOMÓRKI WIELOSILNE MAJĄ DUŻY POTENCJAŁ BIOMEDYCZNY W OBSZARACH TAKICH JAK MODELOWANIE CHORÓB LUDZKICH I MEDYCYNA REGENERACYJNA. ABY JEDNAK Z POWODZENIEM I BEZPIECZNIE ZASTOSOWAĆ TĘ TECHNOLOGIĘ, MUSIMY POSZERZYĆ WIEDZĘ NA TEMAT ZASAD MOLEKULARNYCH, KTÓRE REGULUJĄ PLURIPOTENCJĘ. W PLURIPOTENTNYCH EMBRIONALNYCH KOMÓRKACH MACIERZYSTYCH RATONA KOMPLEKSY REPRESYJNE POLYCOMB ŁĄCZĄ SIĘ I TŁUMIĄ SETKI GENOWYCH PROMOTORÓW GENÓW, KTÓRE ZOSTANĄ AKTYWOWANE PÓŹNIEJ PODCZAS ROZWOJU. PROMOTORZY CI WYKAZUJĄ SPRZECZNE ZNAKI W HISTONACH ZWIĄZANYCH Z REPRESJAMI I AKTYWIZACJĄ TRANSKRYPCYJNĄ I DLATEGO ZOSTALI NAZWANI PROMOTORAMI BIWALENTÓW. BIWALENTNI PROMOTORZY REPRESJONOWANI WYKAZUJĄ RÓWNIEŻ REKRUTACJĘ POLIMERAZY RNA II (RNAPII), KTÓRA UWAŻANA JEST ZA GOTOWĄ DO TRANSKRYPCJI PO OTRZYMANIU SYGNAŁÓW RÓŻNICUJĄCYCH. PODCZAS MOJEGO DOKTORATU W LABORATORIUM PROF. AMANDY FISHER ZIDENTYFIKOWALIŚMY BIAŁKO JARID2 JAKO NOWĄ PODJEDNOSTKĘ CHRL2 POTRZEBNĄ DO ZREKRUTOWANIA RNAPII DO GENÓW DWUWARTOŚCIOWYCH. MECHANIZM MOLEKULARNY, ZA POMOCĄ KTÓREGO JARID2 WPŁYWA NA REKRUTACJĘ RNAPII, POZOSTAJE JEDNAK NIEJASNY. W TYM PROJEKCIE PROPONUJĘ PRZEANALIZOWAĆ ROLĘ POZYCJONOWANIA NUKLEOSOMÓW W TWORZENIU DWUWARTOŚCIOWEJ CHROMATYNY W PLURIPOTENTNYCH KOMÓRKACH. ABY UNIKNĄĆ NIEJEDNOZNACZNYCH KOMBINACJI POZYCJI NUCLEOSOMIC ZE WZGLĘDU NA NIEJEDNORODNOŚĆ W POPULACJI KOMÓREK, POŁĄCZYMY DWIE NOWO OPRACOWANE TECHNOLOGIE; SEPARACJA KOMÓREK JEST DRUGĄ FAZĄ CYKLU KOMÓRKOWEGO (ELUTRIACION) I ANALIZĄ NUKLEOSOMÓW UNII O ROZDZIELCZOŚCI POJEDYNCZEGO POZIOMU MOLEKULARNEGO (NOME-SEQ). JEGO ŁĄCZNE ZASTOSOWANIE POZWOLI NAM NA PRZEPROWADZENIE NOWEJ ANALIZY NA POZIOMIE GENOMOWYM POZYCJONOWANIA NUKLEOSOMÓW Z ROZDZIELCZOŚCIĄ NA POZIOMIE MOLEKULARNYM I W CAŁYM CYKLU KOMÓRKOWYM W KOMÓRKACH PLURIPOTENTNYCH. INTEGRACJA TYCH DANYCH Z ANALIZĄ EKSPRESJI RNA I UNII RNAPII NA POZIOMIE GENOMU POZWOLI NAM NA USTALENIE FUNKCJONALNEGO ZNACZENIA UZYSKANYCH MAP NUKLEOSOMOWYCH. NA KONIEC UZUPEŁNIMY NASZE BADANIE ANALIZĄ ROLI JARID2 I INNYCH PODJEDNOSTEK POLYCOMB W POZYCJONOWANIU NUKLEOSOMÓW W GENACH DWUWARTOŚCIOWYCH W KOMÓRKACH PLURIPOTENTNYCH. (Polish)
17 August 2022
0 references
Granada
0 references
20 December 2023
0 references
Identifiers
SAF2013-40891-R
0 references