Study of transcriptome (Seq RNA) and miRNoma (Small RNA Seq) in non-small cell lung cancer for the study of intratumoral heterogeneity. Finding molecular markers prognostic and extreme sensitivity to treatment (Q3164239)
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Project Q3164239 in Spain
| Language | Label | Description | Also known as |
|---|---|---|---|
| English | Study of transcriptome (Seq RNA) and miRNoma (Small RNA Seq) in non-small cell lung cancer for the study of intratumoral heterogeneity. Finding molecular markers prognostic and extreme sensitivity to treatment |
Project Q3164239 in Spain |
Statements
51,000.0 Euro
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102,000.0 Euro
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50.0 percent
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1 January 2015
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31 March 2018
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FUNDACION CENTRO NAL DE INV. CARDIOVASCULARES CARLOS III
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40°25'0.12"N, 3°42'12.89"W
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28079
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El cáncer de pulmón es uno de los de mayor tasa de mortalidad a nivel mundial, y el de tipo no microcítico (CPNM) el más frecuente y de difícil tratamiento. En CPNM, aunque el fracaso en la aplicación clínica de los datos moleculares está vinculado a multitud de factores, la heterogeneidad intratumoral se cree que juega un papel clave. Se piensa que la heterogeneidad de un tumor tipo CPNM es debida a la capacidad de las células iniciadoras tumorales (CIT) de autorenovarse y de diferenciar en diferentes tipos de células tumorales, y que esto viene regulado por el microambiente tumoral. En el presente subproyecto planteamos determinar el impacto de diferentes componentes del microambiente tumoral de CPNM sobre el programa transcripcional de las CIT. A partir de muestras clínicas de pacientes se purificaran las CIT y se cocultivaran con diferentes componentes celulares de su microentorno. Mediante la secuenciación del transcriptoma (RNA-Seq) y del miRNoma (Small-RNASeq) de estas CITs determinaremos la contribución específica de diferentes componentes del microambiente en la autorenovación, proliferación y diferenciación de estas células clave para la formación, progresión y resistencia del CPNM. Este tipo de caracterización molecular podría resultar en la identificación nuevos biomarcadores de progresión o en dianas antitumorales. También caracterizaremos la transcriptómica (single-cell RNA Seq) de células tumorales circulantes que se encuentran en la sangre de pacientes en estadios avanzados. Se pretende así investigar cambios transcripcionales que arrojen luz sobre el proceso de metástasis y que abran nuevos caminos para combatirlo (Spanish)
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Lung cancer is one of the highest mortality rates worldwide, and non-small cell cancer (NCP) is the most frequent and difficult to treat. In NSCLC, although failure in the clinical application of molecular data is linked to a multitude of factors, intratumoral heterogeneity is believed to play a key role. The heterogeneity of a NSCLC-type tumor is thought to be due to the ability of tumor initiating cells (ITC) to self-renovate and to differentiate into different types of tumor cells, and that this is regulated by the tumor microenvironment. In this sub-project we propose to determine the impact of different components of the NSCLC tumor microenvironment on the ILC transcriptional program. From clinical samples of patients, CITs will be purified and cocultivated with different cellular components of their microenvironment. By sequencing the transcriptome (RNA-Seq) and miRNoma (Small-RNASeq) of these CITs we will determine the specific contribution of different components of the microenvironment in the self-renewal, proliferation and differentiation of these key cells for the formation, progression and resistance of NSCLC. This type of molecular characterisation could result in the identification of new progression biomarkers or antitumor targets. We will also characterise the transcriptomic (single-cell RNA Seq) of circulating tumor cells found in the blood of advanced-stage patients. It is intended to investigate transcriptional changes that shed light on the process of metastasis and open new ways to combat it. (English)
12 October 2021
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Le cancer du poumon est l’un des taux de mortalité les plus élevés au monde, et le cancer non à petites cellules (PCN) est le cancer le plus fréquent et le plus difficile à traiter. Dans le NSCLC, bien que l’échec de l’application clinique des données moléculaires soit lié à une multitude de facteurs, on croit que l’hétérogénéité intratumorale joue un rôle clé. On pense que l’hétérogénéité d’une tumeur de type NSCLC est due à la capacité des cellules initiatrices de tumeur (CTI) à s’autorénover et à se différencier en différents types de cellules tumorales, ce qui est régulé par le microenvironnement tumoral. Dans ce sous-projet, nous proposons de déterminer l’impact des différentes composantes du microenvironnement tumoral NSCLC sur le programme de transcription de l’ILC. À partir d’échantillons cliniques de patients, les CIT seront purifiés et cocultivés avec différents composants cellulaires de leur microenvironnement. En séquençant le transcriptome (RNA-Seq) et le miRNoma (Small-RNASeq) de ces CIT, nous déterminerons la contribution spécifique des différentes composantes du microenvironnement dans l’auto-renouvellement, la prolifération et la différenciation de ces cellules clés pour la formation, la progression et la résistance de NSCLC. Ce type de caractérisation moléculaire pourrait conduire à l’identification de nouveaux biomarqueurs de progression ou de cibles antitumorales. Nous allons également caractériser le transcriptomique (single-cellule RNA Seq) des cellules tumorales circulantes trouvées dans le sang de patients en stade avancé. Il vise à étudier les changements transcriptionnels qui éclairent le processus de métastase et ouvrent de nouvelles façons de le combattre. (French)
4 December 2021
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Lungenkrebs ist eine der höchsten Mortalitätsraten weltweit, und nicht-kleinzellige Krebsarten (NCP) sind am häufigsten und schwer zu behandeln. In NSCLC, obwohl das Versagen bei der klinischen Anwendung molekularer Daten mit einer Vielzahl von Faktoren verbunden ist, wird angenommen, dass intratumorale Heterogenität eine Schlüsselrolle spielt. Die Heterogenität eines NSCLC-Typ-Tumors wird angenommen, weil Tumorzellen (ITC) in der Lage sind, sich selbst zu renovieren und in verschiedene Arten von Tumorzellen zu differenzieren, und dass dies durch die Tumormikroumgebung reguliert wird. In diesem Teilprojekt schlagen wir vor, die Auswirkungen verschiedener Komponenten der NSCLC-Tumormikroumgebung auf das ILC-Transkriptionsprogramm zu ermitteln. Aus klinischen Proben von Patienten werden CITs gereinigt und mit verschiedenen zellulären Komponenten ihrer Mikroumgebung kokultiviert. Durch die Sequenzierung der Transkriptome (RNA-Seq) und miRNoma (Small-RNASeq) dieser CITs werden wir den spezifischen Beitrag verschiedener Komponenten der Mikroumgebung in der Selbsterneuerung, Proliferation und Differenzierung dieser Schlüsselzellen für die Bildung, Progression und Resistenz von NSCLC bestimmen. Diese Art der molekularen Charakterisierung könnte dazu führen, dass neue Progressions-Biomarker oder Antitumorziele identifiziert werden. Wir werden auch die Transkriptomik (Single-Zell RNA Seq) von zirkulierenden Tumorzellen im Blut von Patienten im fortgeschrittenen Stadium charakterisieren. Es soll transkriptionelle Veränderungen untersuchen, die den Prozess der Metastasierung beleuchten und neue Wege eröffnen, um ihn zu bekämpfen. (German)
9 December 2021
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Longkanker is een van de hoogste sterftecijfers ter wereld, en niet-kleincellige kanker (NCP) is de meest voorkomende en moeilijk te behandelen. In NSCLC, hoewel falen in de klinische toepassing van moleculaire gegevens is gekoppeld aan een veelheid van factoren, wordt aangenomen dat intratumorale heterogeniteit een belangrijke rol speelt. De heterogeniteit van een NSCLC-type tumor wordt verondersteld te wijten zijn aan het vermogen van tumor initiërende cellen (ITC) om zelf te renoveren en te differentiëren in verschillende soorten tumorcellen, en dat dit wordt geregeld door de tumormicroomgeving. In dit subproject stellen we voor om de impact van verschillende componenten van de NSCLC tumor micro-omgeving op het ILC transcriptional programma te bepalen. Uit klinische monsters van patiënten worden CIT’s gezuiverd en gecocultiveerd met verschillende cellulaire componenten van hun microomgeving. Door de transcriptome (RNA-Seq) en miRNoma (Small-RNASeq) van deze CITs te rangschikken zullen we de specifieke bijdrage van verschillende componenten van het micromilieu in de zelfvernieuwing, proliferatie en differentiatie van deze sleutelcellen voor de vorming, progressie en weerstand van NSCLC bepalen. Dit type moleculaire karakterisering kan leiden tot de identificatie van nieuwe progressie biomarkers of antitumor doelen. We zullen ook de transcriptomische (enkelcellige RNA Seq) van circulerende tumorcellen in het bloed van gevorderde patiënten karakteriseren. Het is de bedoeling om transcriptionele veranderingen te onderzoeken die licht werpen op het proces van metastase en nieuwe manieren openen om het te bestrijden. (Dutch)
17 December 2021
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Il cancro polmonare è uno dei più alti tassi di mortalità a livello mondiale, e il cancro non a piccole cellule (NCP) è il più frequente e difficile da trattare. In NSCLC, sebbene il fallimento nell'applicazione clinica dei dati molecolari sia legato a una moltitudine di fattori, si ritiene che l'eterogeneità intratumorale svolga un ruolo chiave. Si ritiene che l'eterogeneità di un tumore di tipo NSCLC sia dovuta alla capacità delle cellule di avvio del tumore (ITC) di auto-ristrutturarsi e di differenziarsi in diversi tipi di cellule tumorali, e che questo è regolato dal microambiente tumorale. In questo sottoprogetto proponiamo di determinare l'impatto dei diversi componenti del microambiente tumorale NSCLC sul programma di trascrizione ILC. Da campioni clinici di pazienti, i CIT saranno purificati e cocoltivati con diversi componenti cellulari del loro microambiente. Sequenziando il trascrittoma (RNA-Seq) e il miRNoma (Small-RNASeq) di questi CIT determineremo il contributo specifico delle diverse componenti del microambiente nell'auto-rinnovo, proliferazione e differenziazione di queste cellule chiave per la formazione, la progressione e la resistenza di NSCLC. Questo tipo di caratterizzazione molecolare potrebbe portare all'identificazione di nuovi biomarcatori di progressione o obiettivi antitumorali. Caratterizzeremo anche la trascrizione (single-cellule RNA Seq) delle cellule tumorali circolanti trovate nel sangue di pazienti in stadio avanzato. Ha lo scopo di studiare i cambiamenti trascrizionali che fanno luce sul processo di metastasi e aprire nuovi modi per combatterla. (Italian)
16 January 2022
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Madrid
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Identifiers
PI14_02120
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