Metabolomic analysis of clinical samples to identify response biomarkers and mechanisms of resistance acquired to new therapies targeting lung cancer (Q3138270)
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Project Q3138270 in Spain
| Language | Label | Description | Also known as |
|---|---|---|---|
| English | Metabolomic analysis of clinical samples to identify response biomarkers and mechanisms of resistance acquired to new therapies targeting lung cancer |
Project Q3138270 in Spain |
Statements
68,500.0 Euro
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137,000.0 Euro
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50.0 percent
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1 January 2018
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31 March 2021
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FUNDACION PARA LA INVESTIGACION DEL HOSPITAL UNIVERSITARIO Y POLITECNICO LA FE DE LA CV. INSTITUTO DE INVESTIGACION SANITARIA LA FE
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39°28'10.96"N, 0°22'34.82"W
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46250
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El objetivo general de este proyecto es identificar, mediante análisis metabolómico y lipidómico, biomarcadores no invasivos de respuesta a las nuevas terapias dirigidas contra el cáncer de pulmón, y estudiar la reprogramación metabólica asociada a la adquisición de resistencias. Para ello, planteamos el análisis de biopsias de tejido tumoral y plasma/suero de pacientes diagnosticados con carcinoma pulmonar no microcítico (CPNM) procedentes de distintos centros de la Comunidad Valenciana, que reciben tratamientos con inhibidores de tirosina quinasa (ITQs) dirigidos contra el receptor del factor de crecimiento epidérmico (EGFR) o con inhibidores de puntos de control inmunitario (ICIs). El material biológico será analizado con una plataforma de metabolómica y lipidómica de última generación que proporciona una elevada cobertura metabólica (>2000 metabolitos), que incluye el uso de diferentes espectrómetros de masas (triple cuadrupolo, cuadrupolo-tiempo de vuelo con movilidad iónica) en combinación con distintas técnicas separativas como la cromatografía líquida (LC) y la cromatografía de gases (GC). En cuanto al diseño experimental, proponemos dos abordajes diferentes y complementarios: (i) estudios caso-control para la búsqueda, en biopsia líquida, de biomarcadores capaces de predecir la respuesta a los ITQs (en pacientes de CPNM EGFR mutados) y a los ICIs (en pacientes tratados con anti-PD1 y anti-PDL1); y (ii) un estudio longitudinal para monitorizar la reprogramación metabólica asociada a la resistencia adquirida a los ITQs en muestras seriadas de tejido tumoral y biopsia líquida. Paralelamente, y con el fin de comprobar el impacto funcional de las alteraciones metabólicas identificadas en los pacientes y establecer el posible mecanismo de acción, estudiaremos las alteraciones metabolómicas en modelos celulares de resistencia adquirida a los ITQs. (Spanish)
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The overall objective of this project is to identify, through metabolomic and lipidomic analysis, non-invasive biomarkers in response to new therapies directed against lung cancer, and to study metabolic reprogramming associated with the acquisition of resistance. To this end, we propose the analysis of biopsies of tumor tissue and plasma/serum of patients diagnosed with non-small cell lung carcinoma (NCP) from different centers in the Valencian Community, who receive treatments with tyrosine kinase inhibitors (ITQs) directed against the epidermal growth factor receptor (EGFR) or with immune control point inhibitors (ICIs). The biological material will be analysed with a state-of-the-art metabolomic and lipidomics platform that provides high metabolic coverage (>2000 metabolites), which includes the use of different mass spectrometers (triple quadrupole, quadrupole-flight time with ion mobility) in combination with different separative techniques such as liquid chromatography (LC) and gas chromatography (GC). Regarding experimental design, we propose two different and complementary approaches: (I) case-control studies for the search, in liquid biopsy, of biomarkers capable of predicting response to ITQs (in mutated EGFR NSCLC patients) and ICIs (in patients treated with anti-PD1 and anti-PDL1); and (ii) a longitudinal study to monitor metabolic reprogramming associated with acquired resistance to ITQs in serial samples of tumor tissue and liquid biopsy. In parallel, and in order to verify the functional impact of the metabolic alterations identified in patients and establish the possible mechanism of action, we will study metabolomic alterations in cell models of resistance acquired to ITQs. (English)
12 October 2021
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L’objectif général de ce projet est d’identifier, au moyen d’analyses métabolomiques et lipidomiques, des biomarqueurs non envahissants en réponse à de nouvelles thérapies dirigées contre le cancer du poumon et d’étudier la reprogrammation métabolique associée à l’acquisition de la résistance. À cette fin, nous proposons l’analyse des biopsies du tissu tumoral et du plasma/sérum des patients diagnostiqués avec un carcinome pulmonaire non à petites cellules (NCP) provenant de différents centres de la Communauté valencienne, qui reçoivent des traitements avec des inhibiteurs de la tyrosine kinase (ITQs) dirigés contre le récepteur du facteur de croissance épidermique (EGFR) ou avec des inhibiteurs du point de contrôle immunitaire (ICI). Le matériel biologique sera analysé à l’aide d’une plate-forme métabolomique et lipidomique de pointe qui offre une couverture métabolique élevée (> 2000 métabolites), qui comprend l’utilisation de différents spectromètres de masse (triple quadrupole, temps de vol quadripolaire avec mobilité ionique) en combinaison avec différentes techniques de séparation telles que la chromatographie en phase liquide (LC) et la chromatographie en phase gazeuse (GC). En ce qui concerne la conception expérimentale, nous proposons deux approches différentes et complémentaires: (I) études cas-témoins pour la recherche, dans la biopsie liquide, de biomarqueurs capables de prédire la réponse aux QIT (chez les patients atteints de NSCLC EGFR mutés) et aux ICI (chez les patients traités par anti-PD1 et anti-PDL1); et ii) une étude longitudinale visant à surveiller la reprogrammation métabolique associée à la résistance acquise aux QTI dans des échantillons en série de tissus tumoraux et de biopsie liquide. En parallèle, et afin de vérifier l’impact fonctionnel des altérations métaboliques identifiées chez les patients et d’établir le mécanisme d’action possible, nous étudierons les altérations métabolomiques dans les modèles cellulaires de résistance acquis aux QTI. (French)
2 December 2021
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Das übergeordnete Ziel dieses Projekts ist es, durch metabolomische und lipidomische Analyse nichtinvasive Biomarker als Reaktion auf neue Therapien gegen Lungenkrebs zu identifizieren und metabolische Reprogrammierung im Zusammenhang mit dem Erwerb von Resistenzen zu untersuchen. Zu diesem Zweck schlagen wir die Analyse von Biopsien von Tumorgewebe und Plasma/Serum von Patienten vor, die mit nicht-kleinzelligem Lungenkarzinom (NCP) aus verschiedenen Zentren der Valencianer Gemeinschaft diagnostiziert wurden, die Behandlungen mit Tyrosinkinase-Inhibitoren (ITQs) erhalten, die gegen den epidermalen Wachstumsfaktorrezeptor (EGFR) oder mit Immunkontrollpunktinhibitoren (ICIs) gerichtet sind. Das biologische Material wird mit einer hochmodernen Metabolom- und Lipidom-Plattform analysiert, die eine hohe metabolische Abdeckung (>2000 Metaboliten) bietet, die den Einsatz unterschiedlicher Massenspektrometer (Dreifachquardrupol, Vierfachflugzeit mit Ionenmobilität) in Kombination mit verschiedenen separativen Techniken wie Flüssigchromatographie (LC) und Gaschromatographie (GC) umfasst. In Bezug auf experimentelles Design schlagen wir zwei unterschiedliche und ergänzende Ansätze vor: I) Fallkontrollstudien zur Suche nach Biomarkern in flüssiger Biopsie, die das Ansprechen auf ITQs (bei mutierten EGFR-NSCLC-Patienten) und ICIs (bei Patienten, die mit Anti-PD1 und Anti-PDL1) behandelt wurden, vorhersagen können; und ii) eine Längsschnittstudie zur Überwachung der metabolischen Reprogrammierung im Zusammenhang mit der erworbenen Resistenz gegen ITQs in Serienproben von Tumorgewebe und flüssiger Biopsie. Parallel dazu und um die funktionellen Auswirkungen der bei Patienten identifizierten Stoffwechselveränderungen zu überprüfen und den möglichen Wirkmechanismus zu etablieren, werden wir metabolomische Veränderungen in Zellmodellen der Resistenz gegen ITQs untersuchen. (German)
9 December 2021
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Het algemene doel van dit project is om, door middel van metabolomische en lipidomische analyse, niet-invasieve biomarkers in reactie op nieuwe therapieën gericht tegen longkanker te identificeren, en om metabolische herprogrammering geassocieerd met de verwerving van weerstand te bestuderen. Daartoe stellen we de analyse voor van biopsies van tumorweefsel en plasma/serum van patiënten die gediagnosticeerd zijn met niet-kleincellig longcarcinoom (NCP) uit verschillende centra in de Valenciaanse Gemeenschap, die behandelingen krijgen met tyrosinekinaseremmers (ITQ’s) gericht tegen de epidermale groeifactorreceptor (EGFR) of met immuuncontrolepuntremmers (ICI’s). Het biologische materiaal zal worden geanalyseerd met een state-of-the-art metabolomische en lipidomics platform dat een hoge metabole dekking (>2000 metabolieten), die het gebruik van verschillende massaspectrometers (triple quadrupole, quadrupole-vlucht tijd met ionenmobiliteit) in combinatie met verschillende scheidingstechnieken zoals vloeibare chromatografie (LC) en gaschromatografie (GC). Wat het experimentele ontwerp betreft, stellen wij twee verschillende en complementaire benaderingen voor: (I) case-control studies voor het zoeken, in vloeibare biopsie, van biomarkers die de respons op ITQ’s (bij gemuteerde EGFR NSCLC-patiënten) en ICI’s (bij patiënten behandeld met anti-PD1 en anti-PDL1) kunnen voorspellen; en ii) een longitudinale studie om metabole herprogrammering te controleren in verband met verworven weerstand tegen ITQ’s in seriële monsters van tumorweefsel en vloeibare biopsie. Parallel, en om het functionele effect van de metabolische veranderingen in patiënten te controleren en het mogelijke mechanisme van actie vast te stellen, zullen wij metabolomic veranderingen in celmodellen van weerstand aan ITQs bestuderen. (Dutch)
17 December 2021
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L'obiettivo generale di questo progetto è quello di individuare, attraverso l'analisi metabolomica e lipidomica, biomarcatori non invasivi in risposta a nuove terapie dirette contro il cancro polmonare, e di studiare la riprogrammazione metabolica associata all'acquisizione della resistenza. A tal fine, proponiamo l'analisi delle biopsie del tessuto tumorale e plasma/siero di pazienti con diagnosi di carcinoma polmonare non a piccole cellule (NCP) provenienti da diversi centri della Comunità di Valencia, che ricevono trattamenti con inibitori della tirosina chinasi (ITQ) diretti contro il recettore del fattore di crescita epidermico (EGFR) o con inibitori del punto di controllo immunitario (ICI). Il materiale biologico sarà analizzato con una piattaforma metabolomica e lipidomica all'avanguardia che fornisce un'elevata copertura metabolica (>2000 metaboliti), che include l'uso di diversi spettrometri di massa (triplice quadrupolo, tempo di volo quadrupolo con mobilità ionica) in combinazione con diverse tecniche separative come la cromatografia liquida (LC) e la gascromatografia (GC). Per quanto riguarda la progettazione sperimentale, proponiamo due approcci diversi e complementari: I) studi di casi di controllo per la ricerca, nella biopsia liquida, di biomarcatori in grado di prevedere la risposta ai QTI (in pazienti mutati EGFR NSCLC) e ICI (in pazienti trattati con anti-PD1 e anti-PDL1); e ii) uno studio longitudinale per monitorare la riprogrammazione metabolica associata alla resistenza acquisita ai QTI in campioni seriali di tessuto tumorale e biopsia liquida. Parallelamente, e al fine di verificare l'impatto funzionale delle alterazioni metaboliche identificate nei pazienti e stabilire il possibile meccanismo d'azione, studieremo le alterazioni metabolomiche nei modelli cellulari di resistenza acquisita ai QTI. (Italian)
16 January 2022
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Valencia
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Identifiers
PI17_01282
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