Study of the alteration of the respiratory microbiome in patients with severe community-acquired pneumonia and its relationship with inflammation biomarkers (Q3139297)
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Project Q3139297 in Spain
| Language | Label | Description | Also known as |
|---|---|---|---|
| English | Study of the alteration of the respiratory microbiome in patients with severe community-acquired pneumonia and its relationship with inflammation biomarkers |
Project Q3139297 in Spain |
Statements
38,500.0 Euro
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77,000.0 Euro
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50.0 percent
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1 January 2018
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31 March 2021
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ASOCIACION INSTITUTO BIODONOSTIA
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43°19'20.71"N, 1°59'2.00"W
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20069
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Proyecto coordinado interdisciplinar, en el que los objetivos del subproyecto Microbioma son: Principales. 1) Caracterizar y comparar la diversidad del microbioma del tracto respiratorio inferior de pacientes con neumonía comunitaria grave que requieran ventilación mecánica con la de pacientes control sin patología respiratoria infecciosa. 2) Establecer la relación de los diferentes niveles de biomarcadores séricos con el microbioma respiratorio en pacientes con neumonía grave. Secundarios. 3) Comparar el microbioma respiratorio entre pacientes con neumonía viral y bacteriana y en el transcurso de la infección. 4) Determinar la etiología y el papel diagnóstico de las nuevas técnicas de NGS en pacientes con neumonía grave. 5) Analizar el valor de las técnicas moleculares en el diagnóstico de la neumonía grave en el paciente con tratamiento antibiótico previo. Para ello se estudiará el microbioma respiratorio del mini-lavado broncoalveolar de 50 pacientes con neumonía adquirida en la comunidad con ventilación mecánica y de 20 pacientes control utilizando la plataforma de Ion Torrent y el kit ION 16S METAGENOMICS KIT (Life Technologies). A los mismos pacientes se les realizará comparativamente un diagnostico microbiológico exhaustivo con técnicas rutinarias: cultivo bacteriano y de hongos, detección de virus mediante PCR específica, detección de antígenos de neumococo y Legionella en orina. Este estudio aportará información sobre las modificaciones del microbioma respiratorio en la neumonía comunitaria grave, en función de su origen bacteriano y viral, mejorará la capacidad diagnóstica actual de la neumonía y permitirá confirmar o diseñar nuevas estrategias empíricas a incluir en las guías clínicas de tratamiento antibiótico. (Spanish)
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Coordinated interdisciplinary project, in which the objectives of the Microbioma subproject are: The main ones. 1) Characterise and compare the diversity of the microbiome of the lower respiratory tract of patients with severe community pneumonia requiring mechanical ventilation with that of control patients without infectious respiratory disease. 2) To establish the relationship between the different levels of serum biomarkers and the respiratory microbiome in patients with severe pneumonia. Secondary school. 3) Compare the respiratory microbiome between patients with viral and bacterial pneumonia and in the course of infection. 4) Determine the etiology and diagnostic role of new NGS techniques in patients with severe pneumonia. 5) Analyse the value of molecular techniques in the diagnosis of severe pneumonia in the patient with previous antibiotic treatment. The respiratory microbiome of bronchoalveolar mini-washing will be studied in 50 patients with community-acquired pneumonia with mechanical ventilation and 20 control patients using the Ion Torrent platform and the ION 16S metagenomics KIT (Life Technologies) kit. The same patients will receive a comparatively comprehensive microbiological diagnosis with routine techniques: bacterial and fungal culture, virus detection by specific PCR, detection of pneumococcal antigens and Legionella in urine. This study will provide information on changes in the respiratory microbiome in severe community pneumonia, depending on its bacterial and viral origin, will improve the current diagnostic capacity of pneumonia and will confirm or design new empirical strategies to be included in antibiotic treatment clinical guidelines. (English)
12 October 2021
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Projet interdisciplinaire coordonné, dans lequel les objectifs du sous-projet microbiome sont: Les principaux. 1) Caractériser et comparer la diversité du microbiome des voies respiratoires inférieures des patients atteints de pneumonie communautaire sévère nécessitant une ventilation mécanique avec celle des patients témoins sans maladie respiratoire infectieuse. 2) Établir la relation entre les différents niveaux de biomarqueurs sériques et le microbiome respiratoire chez les patients atteints de pneumonie sévère. L’école secondaire. 3) Comparer le microbiome respiratoire entre les patients atteints de pneumonie virale et bactérienne et en cours d’infection. 4) Déterminer le rôle étiologique et diagnostique des nouvelles techniques NGS chez les patients atteints de pneumonie sévère. 5) Analyser la valeur des techniques moléculaires dans le diagnostic de pneumonie sévère chez le patient avec un traitement antibiotique antérieur. Le microbiome respiratoire du mini-lavage bronchoalvéolaire sera étudié chez 50 patients atteints de pneumonie communautaire avec ventilation mécanique et 20 patients témoins utilisant la plate-forme Ion Torrent et le kit de métagénomique ION 16S (Life Technologies). Les mêmes patients recevront un diagnostic microbiologique relativement complet avec des techniques de routine: culture bactérienne et fongique, détection de virus par PCR spécifique, détection d’antigènes pneumococciques et de Legionella dans les urines. Cette étude fournira de l’information sur les changements du microbiome respiratoire dans la pneumonie communautaire sévère, en fonction de son origine bactérienne et virale, améliorera la capacité diagnostique actuelle de la pneumonie et confirmera ou élaborera de nouvelles stratégies empiriques à inclure dans les lignes directrices cliniques de traitement antibiotique. (French)
2 December 2021
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Koordiniertes interdisziplinäres Projekt, in dem die Ziele des Mikrobioma-Teilprojekts sind: Die wichtigsten. 1) Charakterisieren und vergleichen Sie die Vielfalt des Mikrobioms der unteren Atemwege von Patienten mit schwerer Lungenentzündung in der Gemeinschaft, die eine mechanische Belüftung mit der der Kontrollpatienten ohne infektiöse Atemwegserkrankungen erfordern. 2) Die Beziehung zwischen den verschiedenen Ebenen von Serumbiomarkern und dem Atemmikrobiom bei Patienten mit schwerer Lungenentzündung herzustellen. Sekundarschule. 3) Vergleichen Sie das Atemmikrobiom zwischen Patienten mit viraler und bakterieller Lungenentzündung und im Verlauf der Infektion. 4) Bestimmung der Ätiologie und der diagnostischen Rolle neuer NGS-Techniken bei Patienten mit schwerer Lungenentzündung. 5) Analyse des Wertes molekularer Techniken bei der Diagnose schwerer Lungenentzündung beim Patienten mit vorheriger Antibiotikabehandlung. Das Atemmikrobiom von Bronchoalveolar Mini-Waschung wird bei 50 Patienten mit an der Gemeinschaft erworbener Pneumonie mit mechanischer Belüftung und 20 Kontrollpatienten mit der Ion Torrent Plattform und dem ION 16S metagenomics KIT (Life Technologies)-Kit untersucht. Dieselben Patienten erhalten eine vergleichsweise umfassende mikrobiologische Diagnose mit Routinetechniken: Bakterien- und Pilzkultur, Virendetektion durch spezifische PCR, Nachweis von Pneumokokcal-Antigenen und Legionellen im Urin. Diese Studie wird Informationen über Veränderungen des Atemmikrobioms bei schwerer Lungenentzündung in der Gemeinschaft liefern, die je nach ihrem bakteriellen und viralen Ursprung die derzeitige diagnostische Leistungsfähigkeit der Lungenentzündung verbessern und neue empirische Strategien bestätigen oder entwickeln, die in die klinischen Leitlinien für die Antibiotikabehandlung aufgenommen werden sollen. (German)
9 December 2021
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Gecoördineerd interdisciplinair project, waarin de doelstellingen van het subproject microbioma zijn: De belangrijkste. 1) Karakter en vergelijk de diversiteit van het microbioom van de onderste luchtwegen van patiënten met ernstige gemeenschapspneumonie die mechanische ventilatie vereisen met die van controlepatiënten zonder infectieuze ademhalingsziekte. 2) Het verband tussen de verschillende niveaus van serumbiomarkers en het respiratoire microbiome bij patiënten met ernstige longontsteking vast te stellen. Middelbare school. 3) Vergelijk het respiratoire microbiome tussen patiënten met virale en bacteriële pneumonie en in de loop van infectie. 4) Bepaal de etiologie en de diagnostische rol van nieuwe NGS-technieken bij patiënten met ernstige longontsteking. 5) Analyseer de waarde van moleculaire technieken in de diagnose van ernstige pneumonie bij de patiënt met eerdere antibioticabehandeling. De respiratoire microbioom van bronchoalveolar mini-wassing zal worden onderzocht bij 50 patiënten met een door de gemeenschap verworven pneumonie met mechanische ventilatie en 20 controlepatiënten met behulp van het Ion Torrent-platform en de ION 16S metagenomics KIT (Life Technologies) kit. Dezelfde patiënten krijgen een relatief uitgebreide microbiologische diagnose met routinetechnieken: bacterie- en schimmelcultuur, virusdetectie door specifieke PCR, detectie van pneumokokkenantigenen en Legionella in urine. Dit onderzoek zal informatie verschaffen over veranderingen in het respiratoire microbioom bij ernstige gemeenschapspneumonie, afhankelijk van de bacteriële en virale oorsprong ervan, zal de huidige diagnostische capaciteit van pneumonie verbeteren en zal nieuwe empirische strategieën bevestigen of ontwerpen die moeten worden opgenomen in de klinische richtlijnen voor antibioticabehandeling. (Dutch)
17 December 2021
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Progetto interdisciplinare coordinato, in cui gli obiettivi del sottoprogetto microbioma sono: Quelli principali. 1) Caratterizzare e confrontare la diversità del microbioma del tratto respiratorio inferiore dei pazienti con polmonite di comunità grave che richiedono ventilazione meccanica con quella dei pazienti di controllo senza malattie respiratorie infettive. 2) stabilire la relazione tra i diversi livelli di biomarcatori sierici e il microbioma respiratorio in pazienti con polmonite grave. Scuola secondaria. 3) Confrontare il microbioma respiratorio tra i pazienti con polmonite virale e batterica e nel corso dell'infezione. 4) Determinare l'eziologia e il ruolo diagnostico delle nuove tecniche NGS in pazienti con polmonite grave. 5) Analizzi il valore delle tecniche molecolari nella diagnosi di polmonite grave nel paziente con trattamento antibiotico precedente. Il microbioma respiratorio del minilavaggio broncoalveolare sarà studiato in 50 pazienti con polmonite acquisita in comunità con ventilazione meccanica e 20 pazienti di controllo utilizzando la piattaforma Ion Torrent e il kit ION 16S metagenomics KIT (Life Technologies). Gli stessi pazienti riceveranno una diagnosi microbiologica relativamente completa con tecniche di routine: coltura batterica e fungina, individuazione del virus mediante PCR specifica, rilevamento di antigeni pneumococcici e Legionella nelle urine. Questo studio fornirà informazioni sui cambiamenti nel microbioma respiratorio nella polmonite grave della comunità, a seconda della sua origine batterica e virale, migliorerà l'attuale capacità diagnostica della polmonite e confermerà o definirà nuove strategie empiriche da includere nelle linee guida cliniche per il trattamento degli antibiotici. (Italian)
16 January 2022
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Donostia/San Sebastián
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Identifiers
PI17_01463
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