GENETIC ANALYSIS OF THE GENETIC DETERMINATION OF MILK PRODUCTION AND COMPOSITION, BODY FORMATION AND VIABILITY IN GOATS OF THE MURCIANO-GRANADINE BREED (Q3137408)
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Project Q3137408 in Spain
| Language | Label | Description | Also known as |
|---|---|---|---|
| English | GENETIC ANALYSIS OF THE GENETIC DETERMINATION OF MILK PRODUCTION AND COMPOSITION, BODY FORMATION AND VIABILITY IN GOATS OF THE MURCIANO-GRANADINE BREED |
Project Q3137408 in Spain |
Statements
105,875.0 Euro
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211,750.0 Euro
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50.0 percent
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30 December 2016
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31 December 2020
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CENTRO DE INVESTIGACION EN AGRIGENOMICA
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41°29'27.71"N, 2°8'15.00"E
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08266
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ESPAÑA ES EL SEGUNDO PAIS EUROPEO (DESPUES DE GRECIA) CON UN MAYOR CENSO CAPRINO, ESTANDO ESPECIALIZADO FUNDAMENTALMENTE EN LA PRODUCCION DE LECHE Y QUESO. LA RAZA MURCIANO-GRANADINA ES, SIN LUGAR A DUDAS, LA PRINCIPAL RAZA CAPRINA LECHERA ESPAÑOLA, PRESENTANDO PRODUCCIONES MEDIAS DE 530 KG DE LECHE POR LACTACION Y SIENDO EXPORTADA A DIVERSOS PAISES COMO POR EJEMPLO MEXICO, RUMANIA Y MARRUECOS. EN EL PRESENTE PROYECTO SE PLANTEA ABORDAR EL ESTUDIO DE LA ARQUITECTURA GENOMICA DE LOS CARACTERES LECHEROS EN LA RAZA MURCIANO-GRANADINA CON LA FINALIDAD DE EVALUAR SU EVENTUAL INCORPORACION, COMO FUENTE DE INFORMACION, EN EL PROGRAMA DE MEJORA GENETICA DE DICHA RAZA. EN PRIMER LUGAR, SE LLEVARA A CABO UN EXPERIMENTO BASADO EN LA TECNOLOGIA RNA-SEQ EN EL QUE SE COMPARARA LA EXPRESION MAMARIA DE GENES QUE CODIFICAN RNA MENSAJEROS Y RNA REGULADORES EN CUATRO ETAPAS PRODUCTIVAS (ANTES DE LA LACTACION, E INICIO, MITAD Y FINAL DE LA MISMA). ESTE EXPERIMENTO PERMITIRA IDENTIFICAR LOS GENES CUYA EXPRESION, EN LA GLANDULA MAMARIA, SE ACTIVA COMO CONSECUENCIA DEL ESTABLECIMIENTO Y MANTENIMIENTO DE LA LACTACION. EN PARALELO, SE LLEVARA A CABO EL GENOTIPADO DE 1200 CABRAS CON REGISTROS PRODUCTIVOS PARA LA PRODUCCION Y LA COMPOSICION DE LA LECHE Y LOS CARACTERES DE CONFORMACION CORPORAL Y DE LA UBRE. EL GENOTIPADO SE LLEVARA A CABO CON UN CHIP DE SNPS 50K, DE MODO QUE PUEDA CARACTERIZARSE LA VARIACION A UNA ESCALA GENOMICA. MEDIANTE LA COMBINACION DE LAS APROXIMACIONES GWAS Y RNASEQ, SE IDENTIFICARAN LAS REGIONES GENOMICAS ASOCIADAS SIGNIFICATIVAMENTE A LOS CARACTERES LECHEROS Y DE CONFORMACION CORPORAL. POR OTRA PARTE, SE ANALIZARAN CARACTERES RELACIONADOS CON LA VIABILIDAD DEL INDIVIDUO MEDIANTE UNA DOBLE ESTRATEGIA. EN PRIMER LUGAR SE USARA UN METODO BAYESIANO PARA DETECTAR REGIONES DEL GENOMA CAPRINO EN LAS QUE EXISTA UNA DISTORSION EN LA TRANSMISION DE ALELOS A LA DESCENDENCIA (ES DECIR, QUE SEGREGUEN EN PROPORCIONES NO-MENDELIANAS). ASIMISMO, SE ESTIMARAN COEFICIENTES DE CONSANGUINIDAD GENOMICOS Y SE IDENTIFICARAN REGIONES GENOMICAS EN LAS QUE EXISTA DEPRESION CONSANGUINEA PARA ALGUNOS DE LOS CARACTERES BAJO ESTUDIO. LA INFORMACION GENERADA EN EL PROYECTO PODRA UTILIZARSE PARA IDENTIFICAR MUTACIONES CON EFECTOS CAUSALES SOBRE LOS CARACTERES ESTUDIADOS QUE PUEDAN SER EMPLEADAS COMO CRITERIOS DE SELECCION ASISTIDA POR GENES. ASIMISMO, SE VALORARA LA UTILIDAD DE LA INFORMACION GENOMICA PARA PREDECIR EL POTENCIAL GENETICO DE LOS CANDIDATOS A REPRODUCTORES. (Spanish)
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SPAIN IS THE SECOND EUROPEAN COUNTRY (AFTER GREECE) WITH THE HIGHEST CAPRINE CENSUS, BEING MAINLY SPECIALISED IN THE PRODUCTION OF MILK AND CHEESE. THE MURCIANO-GRENADINE BREED IS UNDOUBTEDLY THE MAIN SPANISH DAIRY GOAT BREED, PRESENTING AVERAGE PRODUCTIONS OF 530 KG OF MILK PER LACTATION AND BEING EXPORTED TO VARIOUS COUNTRIES SUCH AS MEXICO, ROMANIA AND MOROCCO. IN THIS PROJECT IT IS PROPOSED TO ADDRESS THE STUDY OF THE GENOMIC ARCHITECTURE OF THE MILK CHARACTERS IN THE MURCIA-GRENADINE BREED WITH THE AIM OF EVALUATING THEIR POSSIBLE INCORPORATION, AS A SOURCE OF INFORMATION, IN THE PROGRAM OF GENETIC IMPROVEMENT OF THIS BREED. FIRST, AN EXPERIMENT BASED ON RNA-SEQ TECHNOLOGY WILL BE CARRIED OUT IN WHICH THE BREAST EXPRESSION OF GENES ENCODING MESSENGER RNA AND RNA REGULATORS WERE COMPARED IN FOUR PRODUCTIVE STAGES (BEFORE LACTATION, AND ONSET, HALF AND END OF IT). THIS EXPERIMENT WILL IDENTIFY GENES WHOSE EXPRESSION, IN THE MAMMARY GLAND, IS ACTIVATED AS A RESULT OF THE ESTABLISHMENT AND MAINTENANCE OF LACTATION. IN PARALLEL, THE GENOTYPING OF 1200 GOATS WILL BE CARRIED OUT WITH PRODUCTIVE RECORDS FOR THE PRODUCTION AND COMPOSITION OF MILK AND THE CHARACTERISTICS OF BODY AND UDDER FORMATION. GENOTYPING WILL BE CARRIED OUT WITH A 50K SNPS CHIP, SO THAT VARIATION CAN BE CHARACTERISED ON A GENOMIC SCALE. BY COMBINING THE GWAS AND RNASEQ APPROACHES, THE GENOMIC REGIONS ASSOCIATED SIGNIFICANTLY WITH THE DAIRY AND BODY-FORMING CHARACTERS WILL BE IDENTIFIED. ON THE OTHER HAND, CHARACTERS RELATED TO THE VIABILITY OF THE INDIVIDUAL WILL BE ANALYSED THROUGH A DUAL STRATEGY. FIRST, A BAYESIAN METHOD WILL BE USED TO DETECT REGIONS OF THE CAPRINE GENOME IN WHICH THERE IS A DISTORTION IN THE TRANSMISSION OF ALLELES TO THE OFFSPRING (I.E., THAT THEY DIVIDE INTO NON-MENDELIAN PROPORTIONS). IN ADDITION, GENOMIC CONSANGUINITY COEFFICIENTS WILL BE ESTIMATED AND GENOMIC REGIONS IDENTIFIED WHERE THERE IS CONSANGUINOUS DEPRESSION FOR SOME OF THE CHARACTERS UNDER STUDY. THE INFORMATION GENERATED IN THE PROJECT MAY BE USED TO IDENTIFY MUTATIONS WITH CAUSAL EFFECTS ON THE STUDIED CHARACTERS THAT CAN BE USED AS GENE-ASSISTED SELECTION CRITERIA. LIKEWISE, THE USEFULNESS OF THE GENOMIC INFORMATION IN PREDICTING THE GENETIC POTENTIAL OF THE CANDIDATES FOR BREEDING WILL BE EVALUATED. (English)
12 October 2021
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L’ESPAGNE EST LE DEUXIÈME PAYS EUROPÉEN (APRÈS LA GRÈCE) AVEC LE RECENSEMENT CAPRIN LE PLUS ÉLEVÉ, PRINCIPALEMENT SPÉCIALISÉ DANS LA PRODUCTION DE LAIT ET DE FROMAGE. LA RACE MURCIANO-GRENADINE EST SANS AUCUN DOUTE LA PRINCIPALE RACE DE CHÈVRES LAITIÈRES ESPAGNOLES, PRÉSENTANT UNE PRODUCTION MOYENNE DE 530 KG DE LAIT PAR LACTATION ET EXPORTÉE VERS DIVERS PAYS TELS QUE LE MEXIQUE, LA ROUMANIE ET LE MAROC. DANS CE PROJET, IL EST PROPOSÉ D’ABORDER L’ÉTUDE DE L’ARCHITECTURE GÉNOMIQUE DES CARACTÈRES LAITIERS DE LA RACE MURCIA-GRENADINE DANS LE BUT D’ÉVALUER LEUR ÉVENTUELLE INCORPORATION, COMME SOURCE D’INFORMATION, DANS LE PROGRAMME D’AMÉLIORATION GÉNÉTIQUE DE CETTE RACE. PREMIÈREMENT, UNE EXPÉRIENCE BASÉE SUR LA TECHNOLOGIE DE L’ARN-SEQ SERA RÉALISÉE AU COURS DE LAQUELLE L’EXPRESSION MAMMAIRE DES GÈNES CODANT L’ARN MESSENGER ET LES RÉGULATEURS D’ARN A ÉTÉ COMPARÉE EN QUATRE ÉTAPES PRODUCTIVES (AVANT LA LACTATION, ET L’APPARITION, LA MOITIÉ ET LA FIN DE CELLE-CI). CETTE EXPÉRIENCE PERMETTRA D’IDENTIFIER LES GÈNES DONT L’EXPRESSION, DANS LA GLANDE MAMMAIRE, EST ACTIVÉE PAR L’ÉTABLISSEMENT ET LE MAINTIEN DE LA LACTATION. EN PARALLÈLE, LE GÉNOTYPAGE DE 1200 CHÈVRES SERA RÉALISÉ AVEC DES REGISTRES DE PRODUCTION POUR LA PRODUCTION ET LA COMPOSITION DU LAIT ET LES CARACTÉRISTIQUES DE LA FORMATION DU CORPS ET DE LA MAMELLE. LE GÉNOTYPAGE SERA EFFECTUÉ AVEC UNE PUCE SNPS 50K, DE SORTE QUE LA VARIATION PEUT ÊTRE CARACTÉRISÉE SUR UNE ÉCHELLE GÉNOMIQUE. EN COMBINANT LES APPROCHES GWAS ET RNASEQ, LES RÉGIONS GÉNOMIQUES ASSOCIÉES DE FAÇON SIGNIFICATIVE AUX CARACTÈRES LAITIERS ET FORMANT LE CORPS SERONT IDENTIFIÉES. D’AUTRE PART, LES PERSONNAGES LIÉS À LA VIABILITÉ DE L’INDIVIDU SERONT ANALYSÉS AU MOYEN D’UNE DOUBLE STRATÉGIE. TOUT D’ABORD, UNE MÉTHODE BAYÉSIENNE SERA UTILISÉE POUR DÉTECTER DES RÉGIONS DU GÉNOME CAPRIN DANS LESQUELLES IL Y A UNE DISTORSION DANS LA TRANSMISSION DES ALLÈLES À LA PROGÉNITURE (I.E., QU’ILS SE DIVISENT EN PROPORTIONS NON-MENDÉLIENNES). DE PLUS, LES COEFFICIENTS DE CONSANGUINITÉ GÉNOMIQUE SERONT ESTIMÉS ET LES RÉGIONS GÉNOMIQUES IDENTIFIÉES OÙ IL Y A DÉPRESSION CONSANGUINOUSE POUR CERTAINS DES CARACTÈRES ÉTUDIÉS. L’INFORMATION GÉNÉRÉE DANS LE CADRE DU PROJET PEUT ÊTRE UTILISÉE POUR IDENTIFIER LES MUTATIONS AYANT DES EFFETS CAUSALS SUR LES CARACTÈRES ÉTUDIÉS QUI PEUVENT ÊTRE UTILISÉES COMME CRITÈRES DE SÉLECTION ASSISTÉS PAR UN GÈNE. DE MÊME, L’UTILITÉ DE L’INFORMATION GÉNOMIQUE POUR PRÉDIRE LE POTENTIEL GÉNÉTIQUE DES CANDIDATS À LA REPRODUCTION SERA ÉVALUÉE. (French)
2 December 2021
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SPANIEN IST DAS ZWEITE EUROPÄISCHE LAND (NACH GRIECHENLAND) MIT DER HÖCHSTEN ZIEGENZÄHLUNG, DIE HAUPTSÄCHLICH AUF DIE ERZEUGUNG VON MILCH UND KÄSE SPEZIALISIERT IST. DIE MURCIANO-GRENADIN RASSE IST ZWEIFELLOS DIE WICHTIGSTE SPANISCHE MILCHZIEGE, DIE DURCHSCHNITTLICHE PRODUKTIONEN VON 530 KG MILCH PRO LAKTATION ZEIGT UND IN VERSCHIEDENE LÄNDER WIE MEXIKO, RUMÄNIEN UND MAROKKO EXPORTIERT WIRD. IN DIESEM PROJEKT WIRD VORGESCHLAGEN, DIE STUDIE DER GENOMISCHEN ARCHITEKTUR DER MILCHFIGUREN IN DER MURCIA-GRENADIN RASSE MIT DEM ZIEL, IHRE MÖGLICHE EINBEZIEHUNG ALS INFORMATIONSQUELLE IN DAS PROGRAMM DER GENETISCHEN VERBESSERUNG DIESER RASSE ZU BEWERTEN. ERSTENS WIRD EIN AUF RNA-SEQ-TECHNOLOGIE BASIERENDES EXPERIMENT DURCHGEFÜHRT, IN DEM DIE BRUSTEXPRESSION VON GENEN, DIE MESSENGER RNA UND RNA-REGULATOREN KODIEREN, IN VIER PRODUKTIVEN STADIEN (VOR LAKTATION UND BEGINN, HÄLFTE UND ENDE) VERGLICHEN WURDE. IN DIESEM EXPERIMENT WERDEN GENE IDENTIFIZIERT, DEREN EXPRESSION IN DER BRUSTDRÜSE DURCH DIE EINRICHTUNG UND AUFRECHTERHALTUNG DER LAKTATION AKTIVIERT WIRD. PARALLEL DAZU WIRD DIE GENOTYPISIERUNG VON 1200 ZIEGEN MIT PRODUKTIVEN AUFZEICHNUNGEN ÜBER DIE ERZEUGUNG UND ZUSAMMENSETZUNG DER MILCH UND DIE MERKMALE DER KÖRPER- UND EUTERBILDUNG DURCHGEFÜHRT. GENOTYPISIERUNG WIRD MIT EINEM 50K SNPS CHIP DURCHGEFÜHRT, SO DASS VARIATIONEN IM GENOMISCHEN MASSSTAB CHARAKTERISIERT WERDEN KÖNNEN. DURCH DIE KOMBINATION DER GWAS- UND RNASEQ-ANSÄTZE WERDEN DIE GENOMISCHEN REGIONEN IDENTIFIZIERT, DIE SIGNIFIKANT MIT DEN MILCH- UND KÖRPERBILDENDEN CHARAKTEREN VERBUNDEN SIND. AUF DER ANDEREN SEITE WERDEN CHARAKTERE IM ZUSAMMENHANG MIT DER LEBENSFÄHIGKEIT DES INDIVIDUUMS DURCH EINE DUALE STRATEGIE ANALYSIERT. ERSTENS WIRD EINE BAYESISCHE METHODE VERWENDET, UM REGIONEN DES ZIEGENGENOMS ZU ERKENNEN, IN DENEN ES EINE VERZERRUNG IN DER ÜBERTRAGUNG VON ALLELEN AUF DIE NACHKOMMEN GIBT (I.E., DASS SIE IN NICHT-MENDELISCHE PROPORTIONEN TEILEN). DARÜBER HINAUS WERDEN GENOMISCHE KONSANGUINITÄTSKOEFFIZIENTEN GESCHÄTZT UND GENOMISCHE REGIONEN ERMITTELT, IN DENEN ES KONANGUINÖSE DEPRESSIONEN FÜR EINIGE DER UNTERSUCHTEN CHARAKTERE GIBT. DIE IM PROJEKT GENERIERTEN INFORMATIONEN KÖNNEN VERWENDET WERDEN, UM MUTATIONEN MIT URSÄCHLICHEN AUSWIRKUNGEN AUF DIE UNTERSUCHTEN ZEICHEN ZU IDENTIFIZIEREN, DIE ALS GENUNTERSTÜTZTE AUSWAHLKRITERIEN VERWENDET WERDEN KÖNNEN. EBENSO WIRD DIE NÜTZLICHKEIT DER GENOMISCHEN INFORMATIONEN BEI DER VORHERSAGE DES GENETISCHEN POTENZIALS DER ZUCHTKANDIDATEN BEWERTET. (German)
9 December 2021
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Cerdanyola del Vallès
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Identifiers
AGL2016-76108-R
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