GENOMIC, PROTEOMIC AND GENETIC ANALYSIS OF THE FLORAL DEVELOPMENT REGULATORY NETWORK IN ARABIDOPSIS (Q3199661)
Jump to navigation
Jump to search
Project Q3199661 in Spain
| Language | Label | Description | Also known as |
|---|---|---|---|
| English | GENOMIC, PROTEOMIC AND GENETIC ANALYSIS OF THE FLORAL DEVELOPMENT REGULATORY NETWORK IN ARABIDOPSIS |
Project Q3199661 in Spain |
Statements
125,180.55 Euro
0 references
229,900.0 Euro
0 references
54.45 percent
0 references
1 January 2015
0 references
30 June 2019
0 references
CENTRO DE INVESTIGACION EN AGRIGENOMICA
0 references
8193
0 references
EL OBJETIVO GLOBAL DE NUESTRO GRUPO ES EL ESTUDIO Y LA CARACTERIZACION DE LAS REDES DE REGULACION GENICA QUE EJECUTAN LOS PROCESOS DE DESARROLLO EN PLANTAS. EMPLEAMOS EL DESARROLLO DE LA FLOR EN ARABIDOPSIS COMO NUESTRO SISTEMA MODELO Y SUJETO EXPERIMENTAL, AL SER EL INICIO Y DESARROLLO DE LA FLOR UN EXCELENTE PARADIGMA PARA ESTUDIOS DE BIOLOGIA DEL DESARROLLO EN PLANTAS. MEDIANTE EL ANALISIS DE DATOS CORRELACIONADOS DE UNION IN VIVO DE FACTORES DE TRANSCRIPCION AL GENOMA (CHIP-SEQ) Y TRANSCRIPTOMICOS, HEMOS CARACTERIZADO LA RED REGULADORA DEL FACTOR APETALA1, Y DE OTROS FACTORES REGULADORES DEL DESARROLLO EN PLANTAS. SIN EMBARGO, ESTA CARACTERIZACION GLOBAL Y DINAMICA DEL PROCESO DE DESARROLLO ESTA BASADA PRINCIPLAMENTE EN EVALUAR LA EXPRESION GENICA EN TERMINOS DE TRANSCRIPTOMA, Y POR TANTO NO INCORPORANDO EL IMPORTANTE PAPEL DESEMPEÑADO POR PROCESOS REGULADORES QUE OCURREN DESPUES DE LA SINTESIS DE LOS TRANSCRITOS. EL TRABAJO PROPUESTO COMBINA METODOS GENOMICOS Y PROTEOMICOS PARA AVANZAR HACIA EL CONOCIMIENTO COMPLETO DE LA RED REGULADORA DEL DESARROLLO FLORAL EN ARABIDOPSIS (COMO "PROXY" DE LAS PLANTAS CON FLOR); PARA ENTENDER LA INFORMACION FUNCIONAL Y ESTRUCTURAL CODIFICADA EN EL GENOMA DE ARABIDOPSIS, EN CONCRETO EL PEPTIDOMA; Y PARA ASIGNAR FUNCIONES A GENES TODAVIA NO CARACTERIZADOS. OBJETIVOS ESPECIFICOS PARA ESTE PROYECTO SON: (1) CARACTERIZACION DE LA EXPRESION DEL GENOMA A LO LARGO DEL PROCESO DE DESARROLLO DE LA FLOR EN TERMINOS DE PROTEOMA (Y MODIFICACIONES DEL MISMO), Y SU CORRELACION CON EXPRESION TRANSCRIPCIONAL PARA DESCUBRIR NUEVOS MECANISMOS DE REGULACION; (2) CARACTERIZACION DEL PEPTIDOMA DE ARABIDOPSIS (SORFS Y SECUENCIAS CODIFICANTES "ESCONDIDAS" EN EL GENOMA DE ARABIDOPSIS), Y SU PAPEL EN EL DESARROLLO DE LA FLOR; (3) MECANISMOS MOLECULARES DE LA ACCION DE CUC1 (OTRO REGULADOR CRUCIAL EN EL PROCESO DE DESARROLLO DE LA FLOR, QUE PARTICIPA EN LA SEPARACION ENTRE LOS DISTINTOS MERISTEMOS Y ORGANOS); (4) ANALISIS GENETICO Y FUNCIONAL DE NUEVOS GENES DIANA DE AP1. HAY UN GRAN INTERES EN LA CARACTERIZACION DE REDES GENICAS REGULADORAS Y EN LAS ACTIVIDADES DE FACTORES DE TRANSCRIPCION SOBRE EL GENOMA DE ORGANISMOS EUCARIOTICOS (EL AREA DE ESTA PROPUESTA), PUES SON ESENCIALES PARA COMPRENDER, Y EVENTUALMENTE MANIPULAR, LAS BASES DEL DESARROLLO Y LA FISIOLOGIA DE LAS PLANTAS. ADEMAS, RESULTADOS RECIENTES OBTENIDOS CON DIVERSOS ORGANISMOS EUCARIOTAS INDICAN LA EXISTENCIA DE UNA FRACCION DEL PROTEOMA, MUY SUSTANCIAL PERO ESENCIALMENTE DESCONOCIDA, COMPUESTA FUNDAMENTALMENTE POR PEPTIDOS Y PROTEINAS PEQUEÑAS, Y CUYAS FUNCIONES ESTAN POR DESCUBRIR. ESTE PROYECTO ESTA BASADO EN LA INVESTIGACION QUE HEMOS LLEVADO A CABO EN LOS ULTIMOS AÑOS, PERO SE EXPANDE A NUEVAS AREAS USANDO LOS MAS RECIENTES AVANCES EN GENOMICA Y PROTEOMICA, PARA RESOLVER IMPORTANTES CUESTIONES EN ESTE AREA DE INVESTIGACION (DESARROLLO DE LA FLOR) Y EN LA BIOLOGIA DE PLANTAS EN GENERAL. LOS RESULTADOS DE NUESTRO GRUPO EN ESTA LINEA DE INVESTIGACION SE HAN PUBLICADO EN REVISTAS DE ALTO INDICE DE IMPACTO (SCIENCE, GENOME BIOLOGY). (Spanish)
0 references
THE OVERALL OBJECTIVE OF OUR GROUP IS THE STUDY AND CHARACTERISATION OF THE GENIC REGULATION NETWORKS THAT EXECUTE THE DEVELOPMENT PROCESSES IN PLANTS. WE USE THE DEVELOPMENT OF THE FLOWER IN ARABIDOPSIS AS OUR MODEL SYSTEM AND EXPERIMENTAL SUBJECT, BEING THE BEGINNING AND DEVELOPMENT OF THE FLOWER AN EXCELLENT PARADIGM FOR STUDIES OF BIOLOGY OF DEVELOPMENT IN PLANTS. BY ANALYSING CORRELATED UNION DATA IN VIVO OF GENOME TRANSCRIPTION FACTORS (CHIP-SEQ) AND TRANSCRIPTOMICS, WE HAVE CHARACTERISED THE REGULATORY NETWORK OF THE APETALA1 FACTOR AND OTHER FACTORS REGULATING DEVELOPMENT IN PLANTS. HOWEVER, THIS GLOBAL AND DYNAMIC CHARACTERISATION OF THE DEVELOPMENT PROCESS IS BASED PRIMARILY ON EVALUATING GENIC EXPRESSION IN TERMS OF TRANSCRIPTOME, AND THEREFORE NOT INCORPORATING THE IMPORTANT ROLE PLAYED BY REGULATORY PROCESSES THAT OCCUR AFTER THE SYNTHESIS OF THE TRANSCRIPTS. THE PROPOSED WORK COMBINES GENOMIC AND PROTEOMIC METHODS TO ADVANCE TOWARDS FULL KNOWLEDGE OF THE FLORAL DEVELOPMENT REGULATORY NETWORK IN ARABIDOPSIS (AS “PROXY” OF FLOWERING PLANTS); TO UNDERSTAND THE FUNCTIONAL AND STRUCTURAL INFORMATION ENCODED IN THE GENOME OF ARABIDOPSIS, SPECIFICALLY THE PEPTIDOMA; AND TO ASSIGN FUNCTIONS TO UNCHARACTERISED GENES. SPECIFIC OBJECTIVES FOR THIS PROJECT ARE: (1) CHARACTERISATION OF THE EXPRESSION OF THE GENOME THROUGHOUT THE FLOWER DEVELOPMENT PROCESS IN TERMS OF PROTEOME (AND MODIFICATIONS THEREOF), AND ITS CORRELATION WITH TRANSCRIPTIONAL EXPRESSION TO DISCOVER NEW MECHANISMS OF REGULATION; (2) CHARACTERISATION OF ARABIDOPSIS PEPTIDOMA (SORFS AND CODING SEQUENCES “HIDDEN” IN THE GENOME OF ARABIDOPSIS), AND ITS ROLE IN FLOWER DEVELOPMENT; (3) MOLECULAR MECHANISMS OF CUC1 ACTION (ANOTHER CRUCIAL REGULATOR IN THE FLOWER DEVELOPMENT PROCESS, WHICH PARTICIPATES IN THE SEPARATION BETWEEN THE DIFFERENT MERISTAMOS AND ORGANS); (4) GENETIC AND FUNCTIONAL ANALYSIS OF NEW DIANA GENES FROM AP1. THERE IS A GREAT INTEREST IN THE CHARACTERISATION OF REGULATORY GENICAS NETWORKS AND IN THE ACTIVITIES OF TRANSCRIPTION FACTORS ON THE GENOME OF EUKARYOTIC ORGANISMS (THE AREA OF THIS PROPOSAL), AS THEY ARE ESSENTIAL TO UNDERSTAND, AND EVENTUALLY MANIPULATE, THE BASES OF PLANT DEVELOPMENT AND PHYSIOLOGY. MOREOVER, RECENT RESULTS OBTAINED WITH VARIOUS EUKARYOTIC ORGANISMS INDICATE THE EXISTENCE OF A FRACTION OF THE PROTEOME, VERY SUBSTANTIAL BUT ESSENTIALLY UNKNOWN, COMPOSED MAINLY OF PEPTIDES AND SMALL PROTEINS, WHOSE FUNCTIONS ARE YET TO BE DISCOVERED. THIS PROJECT IS BASED ON THE RESEARCH WE HAVE CARRIED OUT OVER THE LAST FEW YEARS, BUT IT EXPANDS INTO NEW AREAS USING THE LATEST ADVANCES IN GENOMIC AND PROTEOMICS, TO SOLVE IMPORTANT ISSUES IN THIS AREA OF RESEARCH (FLOWER DEVELOPMENT) AND IN THE BIOLOGY OF PLANTS IN GENERAL. THE RESULTS OF OUR GROUP IN THIS LINE OF RESEARCH HAVE BEEN PUBLISHED IN HIGH IMPACT INDEX JOURNALS (SCIENCE, GENOME BIOLOGY). (English)
13 October 2021
0.091933764919442
0 references
L’OBJECTIF GÉNÉRAL DE NOTRE GROUPE EST L’ÉTUDE ET LA CARACTÉRISATION DES RÉSEAUX DE RÉGULATION GÉNIQUE QUI EXÉCUTENT LES PROCESSUS DE DÉVELOPPEMENT DANS LES PLANTES. NOUS UTILISONS LE DÉVELOPPEMENT DE LA FLEUR DANS ARABIDOPSIS COMME SYSTÈME MODÈLE ET SUJET EXPÉRIMENTAL, ÉTANT LE DÉBUT ET LE DÉVELOPPEMENT DE LA FLEUR UN EXCELLENT PARADIGME POUR LES ÉTUDES DE BIOLOGIE DU DÉVELOPPEMENT DES PLANTES. EN ANALYSANT LES DONNÉES DE L’UNION CORRÉLÉES IN VIVO DES FACTEURS DE TRANSCRIPTION DU GÉNOME (CHIP-SEQ) ET DE LA TRANSCRIPTOMIQUE, NOUS AVONS CARACTÉRISÉ LE RÉSEAU RÉGULATEUR DU FACTEUR APETALA1 ET D’AUTRES FACTEURS RÉGULANT LE DÉVELOPPEMENT DES PLANTES. TOUTEFOIS, CETTE CARACTÉRISATION GLOBALE ET DYNAMIQUE DU PROCESSUS DE DÉVELOPPEMENT REPOSE PRINCIPALEMENT SUR L’ÉVALUATION DE L’EXPRESSION GÉNIQUE EN TERMES DE TRANSCRIPTOME ET, PAR CONSÉQUENT, SUR L’ABSENCE D’INTÉGRATION DU RÔLE IMPORTANT JOUÉ PAR LES PROCESSUS RÉGLEMENTAIRES QUI SE PRODUISENT APRÈS LA SYNTHÈSE DES TRANSCRIPTIONS. LES TRAVAUX PROPOSÉS COMBINENT DES MÉTHODES GÉNOMIQUES ET PROTÉOMIQUES POUR PROGRESSER VERS UNE PLEINE CONNAISSANCE DU RÉSEAU DE RÉGULATION DU DÉVELOPPEMENT FLORAL EN ARABIDOPSIS (EN TANT QUE «PROXY» DES PLANTES À FLEURS); COMPRENDRE LES INFORMATIONS FONCTIONNELLES ET STRUCTURELLES CODÉES DANS LE GÉNOME D’ARABIDOPSIS, EN PARTICULIER LE PEPTIDOMA; ET D’ATTRIBUER DES FONCTIONS À DES GÈNES NON CARACTÉRISÉS. LES OBJECTIFS SPÉCIFIQUES DE CE PROJET SONT LES SUIVANTS: (1) LA CARACTÉRISATION DE L’EXPRESSION DU GÉNOME TOUT AU LONG DU PROCESSUS DE DÉVELOPPEMENT DES FLEURS EN TERMES DE PROTÉOME (ET DE SES MODIFICATIONS), ET SA CORRÉLATION AVEC L’EXPRESSION TRANSCRIPTIONNELLE POUR DÉCOUVRIR DE NOUVEAUX MÉCANISMES DE RÉGULATION; (2) LA CARACTÉRISATION D’ARABIDOPSIS PEPTIDOMA (SORFS ET SÉQUENCES CODANTES «CACHÉES» DANS LE GÉNOME D’ARABIDOPSIS), ET SON RÔLE DANS LE DÉVELOPPEMENT DES FLEURS; (3) MÉCANISMES MOLÉCULAIRES DE L’ACTION CUC1 (UN AUTRE RÉGULATEUR CRUCIAL DANS LE PROCESSUS DE DÉVELOPPEMENT DES FLEURS, QUI PARTICIPE À LA SÉPARATION ENTRE LES DIFFÉRENTS MERISTAMOS ET ORGANES); (4) ANALYSE GÉNÉTIQUE ET FONCTIONNELLE DES NOUVEAUX GÈNES DIANA DE AP1. IL Y A UN GRAND INTÉRÊT POUR LA CARACTÉRISATION DES RÉSEAUX RÉGULATEURS GENICAS ET POUR LES ACTIVITÉS DES FACTEURS DE TRANSCRIPTION SUR LE GÉNOME DES ORGANISMES EUCARYOTES (DOMAINE DE CETTE PROPOSITION), CAR ILS SONT ESSENTIELS POUR COMPRENDRE, ET FINALEMENT MANIPULER, LES BASES DU DÉVELOPPEMENT DES PLANTES ET DE LA PHYSIOLOGIE. DE PLUS, DES RÉSULTATS RÉCENTS OBTENUS AVEC DIVERS ORGANISMES EUCARYOTES INDIQUENT L’EXISTENCE D’UNE FRACTION DU PROTÉOME, TRÈS SUBSTANTIELLE MAIS ESSENTIELLEMENT INCONNUE, COMPOSÉE PRINCIPALEMENT DE PEPTIDES ET DE PETITES PROTÉINES, DONT LES FONCTIONS SONT ENCORE À DÉCOUVRIR. CE PROJET EST BASÉ SUR LES RECHERCHES QUE NOUS AVONS MENÉES CES DERNIÈRES ANNÉES, MAIS IL S’ÉTEND À DE NOUVEAUX DOMAINES EN UTILISANT LES DERNIÈRES AVANCÉES EN GÉNOMIQUE ET EN PROTÉOMIQUE, POUR RÉSOUDRE DES PROBLÈMES IMPORTANTS DANS CE DOMAINE DE LA RECHERCHE (DÉVELOPPEMENT DES FLEURS) ET DANS LA BIOLOGIE DES PLANTES EN GÉNÉRAL. LES RÉSULTATS DE NOTRE GROUPE DANS CETTE LIGNE DE RECHERCHE ONT ÉTÉ PUBLIÉS DANS DES REVUES À HAUT IMPACT (SCIENCES, BIOLOGIE DU GÉNOME). (French)
5 December 2021
0 references
DAS ÜBERGEORDNETE ZIEL UNSERER GRUPPE IST DIE UNTERSUCHUNG UND CHARAKTERISIERUNG DER GENTECHNISCH VERÄNDERTEN REGULIERUNGSNETZE, DIE DIE ENTWICKLUNGSPROZESSE IN PFLANZEN DURCHFÜHREN. WIR VERWENDEN DIE ENTWICKLUNG DER BLUME IN ARABIDOPSIS ALS UNSER MODELLSYSTEM UND EXPERIMENTELLES SUBJEKT, ALS BEGINN UND ENTWICKLUNG DER BLUME EIN AUSGEZEICHNETES PARADIGMA FÜR STUDIEN DER BIOLOGIE DER ENTWICKLUNG IN PFLANZEN. DURCH DIE ANALYSE KORRELIERTER UNIONSDATEN IN VIVO VON GENOM-TRANSKRIPTIONSFAKTOREN (CHIP-SEQ) UND TRANSKRIPTOMIK HABEN WIR DAS REGULATORISCHE NETZWERK DES APETALA1-FAKTORS UND ANDERE FAKTOREN CHARAKTERISIERT, DIE DIE ENTWICKLUNG IN PFLANZEN REGELN. DIESE GLOBALE UND DYNAMISCHE CHARAKTERISIERUNG DES ENTWICKLUNGSPROZESSES BERUHT JEDOCH IN ERSTER LINIE AUF DER BEWERTUNG DER GENEXPRESSION IN BEZUG AUF TRANSKRIPTOME UND DAMIT NICHT DIE WICHTIGE ROLLE, DIE REGULATORISCHE PROZESSE NACH DER SYNTHESE DER TRANSKRIPTE SPIELEN. DIE VORGESCHLAGENE ARBEIT KOMBINIERT GENOMISCHE UND PROTEOMISCHE METHODEN, UM DIE VOLLSTÄNDIGE KENNTNIS DES ORDNUNGSPOLITISCHEN NETZWERKS DER BLUMENENTWICKLUNG IN ARABIDOPSIS (ALS „PROXY“ VON BLÜHENDEN PFLANZEN) VORANZUBRINGEN; DIE FUNKTIONELLEN UND STRUKTURELLEN INFORMATIONEN ZU VERSTEHEN, DIE IM GENOM VON ARABIDOPSIS, INSBESONDERE IM PEPTIDOMA, KODIERT SIND; UND FUNKTIONEN NICHT CHARAKTERISIERTER GENE ZUZUORDNEN. SPEZIFISCHE ZIELE FÜR DIESES PROJEKT SIND: (1) CHARAKTERISIERUNG DER EXPRESSION DES GENOMS WÄHREND DES GESAMTEN BLUMENENTWICKLUNGSPROZESSES IN BEZUG AUF PROTEOM (UND ÄNDERUNGEN DARAN) UND SEINE KORRELATION MIT DER TRANSKRIPTIONELLEN EXPRESSION, UM NEUE MECHANISMEN DER VERORDNUNG ZU ENTDECKEN; (2) CHARAKTERISIERUNG VON ARABIDOPSIS PEPTIDOMA (SORFS UND CODING SEQUENZEN „VERSTECKT“ IM GENOM VON ARABIDOPSIS) UND SEINE ROLLE BEI DER BLÜTENENTWICKLUNG; (3) MOLEKULARE MECHANISMEN DER CUC1-AKTION (EIN WEITERER WICHTIGER REGULATOR IM BLUMENENTWICKLUNGSPROZESS, DER AN DER TRENNUNG ZWISCHEN DEN VERSCHIEDENEN MERISTAMOS UND ORGANEN BETEILIGT IST); (4) GENETISCHE UND FUNKTIONELLE ANALYSE NEUER DIANA-GENE VON AP1. ES BESTEHT EIN GROSSES INTERESSE AN DER CHARAKTERISIERUNG REGULATORISCHER GENICAS-NETZWERKE UND AN DEN AKTIVITÄTEN VON TRANSKRIPTIONSFAKTOREN AUF DAS GENOM EUKARYOTISCHER ORGANISMEN (DER BEREICH DIESES VORSCHLAGS), DA SIE WESENTLICH SIND, UM DIE GRUNDLAGEN DER PFLANZENENTWICKLUNG UND PHYSIOLOGIE ZU VERSTEHEN UND SCHLIESSLICH ZU MANIPULIEREN. DARÜBER HINAUS DEUTEN DIE JÜNGSTEN ERGEBNISSE AUS VERSCHIEDENEN EUKARYOTISCHEN ORGANISMEN DARAUF HIN, DASS EIN TEIL DES PROTEOMS SEHR GROSS, ABER IM WESENTLICHEN UNBEKANNT IST UND HAUPTSÄCHLICH AUS PEPTIDEN UND KLEINEN PROTEINEN BESTEHT, DEREN FUNKTIONEN NOCH ZU ENTDECKEN SIND. DIESES PROJEKT BASIERT AUF DER FORSCHUNG, DIE WIR IN DEN LETZTEN JAHREN DURCHGEFÜHRT HABEN, ABER ES ERWEITERT SICH IN NEUE BEREICHE MIT DEN NEUESTEN FORTSCHRITTEN IN DER GENOMIK UND PROTEOMIK, UM WICHTIGE FRAGEN IN DIESEM BEREICH DER BLUMENENTWICKLUNG UND IN DER PFLANZENBIOLOGIE IM ALLGEMEINEN ZU LÖSEN. DIE ERGEBNISSE UNSERER GRUPPE IN DIESER FORSCHUNGSLINIE WURDEN IN FACHZEITSCHRIFTEN (WISSENSCHAFT, GENOMBIOLOGIE) VERÖFFENTLICHT. (German)
9 December 2021
0 references
HET ALGEMENE DOEL VAN ONZE GROEP IS DE STUDIE EN KARAKTERISERING VAN DE GENIC REGULATION NETWERKEN DIE DE ONTWIKKELINGSPROCESSEN IN PLANTEN UITVOEREN. WIJ GEBRUIKEN DE ONTWIKKELING VAN DE BLOEM IN ARABIDOPSIS ALS ONS MODELSYSTEEM EN EXPERIMENTEEL ONDERWERP, ZIJNDE HET BEGIN EN DE ONTWIKKELING VAN DE BLOEM EEN UITSTEKEND PARADIGMA VOOR STUDIES VAN DE BIOLOGIE VAN ONTWIKKELING IN PLANTEN. DOOR GECORRELEERDE UNIEGEGEVENS IN VIVO VAN GENOOMTRANSCRIPTIEFACTOREN (CHIP-SEQ) EN TRANSCRIPTOMICS TE ANALYSEREN, HEBBEN WE HET REGELGEVENDE NETWERK VAN DE APETALA1-FACTOR EN ANDERE FACTOREN DIE DE ONTWIKKELING IN PLANTEN REGULEREN, GEKARAKTERISEERD. ECHTER, DEZE GLOBALE EN DYNAMISCHE KARAKTERISERING VAN HET ONTWIKKELINGSPROCES IS VOORNAMELIJK GEBASEERD OP HET EVALUEREN VAN GENIC EXPRESSIE IN TERMEN VAN TRANSCRIPTOOM, EN DUS NIET REKENING HOUDEND MET DE BELANGRIJKE ROL DIE WORDT GESPEELD DOOR REGELGEVINGSPROCESSEN DIE PLAATSVINDEN NA DE SYNTHESE VAN DE TRANSCRIPTEN. HET VOORGESTELDE WERK COMBINEERT GENOMISCHE EN PROTEOMISCHE METHODEN OM TE KOMEN TOT VOLLEDIGE KENNIS VAN HET REGELGEVENDE NETWERK VOOR BLOEMENONTWIKKELING IN ARABIDOPSIS (ALS „VOLMACHT” VAN BLOEIENDE PLANTEN); DE FUNCTIONELE EN STRUCTURELE INFORMATIE TE BEGRIJPEN DIE IS GECODEERD IN HET GENOOM VAN ARABIDOPSIS, MET NAME HET PEPTIDOMA; EN OM FUNCTIES TOE TE WIJZEN AAN NIET-GEKARAKTERISEERDE GENEN. SPECIFIEKE DOELSTELLINGEN VOOR DIT PROJECT ZIJN: (1) KARAKTERISERING VAN DE EXPRESSIE VAN HET GENOOM GEDURENDE HET GEHELE PROCES VAN BLOEMONTWIKKELING IN TERMEN VAN PROTEOOM (EN WIJZIGINGEN DAARVAN), EN DE CORRELATIE DAARVAN MET TRANSCRIPTIONELE EXPRESSIE OM NIEUWE MECHANISMEN VAN VERORDENING TE ONTDEKKEN; (2) KARAKTERISERING VAN ARABIDOPSIS PEPTIDOMA (SORFS EN CODERINGSSEQUENTIES „VERBORGEN” IN HET GENOOM VAN ARABIDOPSIS), EN ZIJN ROL IN DE BLOEMONTWIKKELING; (3) MOLECULAIRE MECHANISMEN VAN CUC1-ACTIE (EEN ANDERE CRUCIALE REGELGEVER IN HET BLOEMONTWIKKELINGSPROCES, DIE DEELNEEMT AAN DE SCHEIDING TUSSEN DE VERSCHILLENDE MERISTAMOS EN ORGANEN); (4) GENETISCHE EN FUNCTIONELE ANALYSE VAN NIEUWE DIANA GENEN VAN AP1. ER IS EEN GROTE BELANGSTELLING VOOR DE KARAKTERISERING VAN REGELGEVENDE GENICAS-NETWERKEN EN VOOR DE ACTIVITEITEN VAN TRANSCRIPTIEFACTOREN OP HET GENOOM VAN EUKARYOTISCHE ORGANISMEN (HET GEBIED VAN DIT VOORSTEL), AANGEZIEN ZIJ ESSENTIEEL ZIJN OM DE BASIS VAN DE PLANTAARDIGE ONTWIKKELING EN FYSIOLOGIE TE BEGRIJPEN EN UITEINDELIJK TE MANIPULEREN. BOVENDIEN, RECENTE RESULTATEN VERKREGEN MET VERSCHILLENDE EUKARYOTIC ORGANISMEN WIJZEN OP HET BESTAAN VAN EEN FRACTIE VAN HET PROTEOOM, ZEER SUBSTANTIEEL MAAR IN WEZEN ONBEKEND, VOORNAMELIJK SAMENGESTELD UIT PEPTIDEN EN KLEINE EIWITTEN, WAARVAN DE FUNCTIES NOG MOETEN WORDEN ONTDEKT. DIT PROJECT IS GEBASEERD OP HET ONDERZOEK DAT WE DE AFGELOPEN JAREN HEBBEN UITGEVOERD, MAAR HET BREIDT ZICH UIT NAAR NIEUWE GEBIEDEN MET BEHULP VAN DE NIEUWSTE ONTWIKKELINGEN OP HET GEBIED VAN GENOMIC EN PROTEOMICA, OM BELANGRIJKE KWESTIES OP DIT GEBIED VAN ONDERZOEK (BLOEMONTWIKKELING) EN IN DE BIOLOGIE VAN PLANTEN IN HET ALGEMEEN OP TE LOSSEN. DE RESULTATEN VAN ONZE GROEP IN DEZE ONDERZOEKSLIJN ZIJN GEPUBLICEERD IN HIGH IMPACT INDEX TIJDSCHRIFTEN (WETENSCHAP, GENOOMBIOLOGIE). (Dutch)
17 December 2021
0 references
L'OBIETTIVO GENERALE DEL NOSTRO GRUPPO È LO STUDIO E LA CARATTERIZZAZIONE DELLE RETI DI REGOLAZIONE GENICA CHE ESEGUONO I PROCESSI DI SVILUPPO NELLE PIANTE. USIAMO LO SVILUPPO DEL FIORE IN ARABIDOPSIS COME NOSTRO SISTEMA MODELLO E SOGGETTO SPERIMENTALE, ESSENDO L'INIZIO E LO SVILUPPO DEL FIORE UN OTTIMO PARADIGMA PER GLI STUDI DI BIOLOGIA DI SVILUPPO NELLE PIANTE. ANALIZZANDO I DATI DELL'UNIONE CORRELATI IN VIVO DEI FATTORI DI TRASCRIZIONE DEL GENOMA (CHIP-SEQ) E DELLA TRASCRITTAMICA, ABBIAMO CARATTERIZZATO LA RETE REGOLATORIA DEL FATTORE APETALA1 E ALTRI FATTORI CHE REGOLANO LO SVILUPPO DELLE PIANTE. TUTTAVIA, QUESTA CARATTERIZZAZIONE GLOBALE E DINAMICA DEL PROCESSO DI SVILUPPO SI BASA PRINCIPALMENTE SULLA VALUTAZIONE DELL'ESPRESSIONE GENICA IN TERMINI DI TRASCRIZIONE, E QUINDI NON INCORPORA L'IMPORTANTE RUOLO SVOLTO DAI PROCESSI REGOLATORI CHE SI VERIFICANO DOPO LA SINTESI DELLE TRASCRIZIONI. IL LAVORO PROPOSTO COMBINA METODI GENOMICI E PROTEOMICI PER PROGREDIRE VERSO LA PIENA CONOSCENZA DELLA RETE DI REGOLAMENTAZIONE DELLO SVILUPPO FLOREALE IN ARABIDOPSIS (COME "PROXY" DELLE PIANTE DA FIORE); COMPRENDERE LE INFORMAZIONI FUNZIONALI E STRUTTURALI CODIFICATE NEL GENOMA DI ARABIDOPSIS, IN PARTICOLARE IL PEPTIDOMA; E PER ASSEGNARE FUNZIONI A GENI NON CARATTERIZZANTI. GLI OBIETTIVI SPECIFICI DI QUESTO PROGETTO SONO I SEGUENTI: (1) CARATTERIZZAZIONE DELL'ESPRESSIONE DEL GENOMA DURANTE TUTTO IL PROCESSO DI SVILUPPO DEI FIORI IN TERMINI DI PROTEOMA (E RELATIVE MODIFICHE), E DELLA SUA CORRELAZIONE CON L'ESPRESSIONE TRASCRIZIONALE PER SCOPRIRE NUOVI MECCANISMI DI REGOLAMENTO; (2) CARATTERIZZAZIONE DI ARABIDOPSIS PEPTIDOMA (SORFS E SEQUENZE DI CODIFICA "NASCOSTE" NEL GENOMA DI ARABIDOPSIS), E IL SUO RUOLO NELLO SVILUPPO DEI FIORI; (3) MECCANISMI MOLECOLARI DI AZIONE CUC1 (UN ALTRO REGOLATORE CRUCIALE NEL PROCESSO DI SVILUPPO DEI FIORI, CHE PARTECIPA ALLA SEPARAZIONE TRA I DIVERSI MERISTAMOS E ORGANI); (4) ANALISI GENETICA E FUNZIONALE DEI NUOVI GENI DIANA DI AP1. C'È UN GRANDE INTERESSE PER LA CARATTERIZZAZIONE DELLE RETI REGOLATORIE GENICAS E PER LE ATTIVITÀ DEI FATTORI DI TRASCRIZIONE SUL GENOMA DEGLI ORGANISMI EUCARIOTICI (L'AREA DI QUESTA PROPOSTA), IN QUANTO SONO ESSENZIALI PER COMPRENDERE, E ALLA FINE MANIPOLARE, LE BASI DELLO SVILUPPO DELLE PIANTE E DELLA FISIOLOGIA. INOLTRE, RECENTI RISULTATI OTTENUTI CON VARI ORGANISMI EUCARIOTICI INDICANO L'ESISTENZA DI UNA FRAZIONE DEL PROTEOMA, MOLTO SOSTANZIALE MA ESSENZIALMENTE SCONOSCIUTA, COMPOSTA PRINCIPALMENTE DA PEPTIDI E PICCOLE PROTEINE, LE CUI FUNZIONI SONO ANCORA DA SCOPRIRE. QUESTO PROGETTO SI BASA SULLA RICERCA CHE ABBIAMO CONDOTTO NEGLI ULTIMI ANNI, MA SI ESPANDE IN NUOVE AREE UTILIZZANDO GLI ULTIMI PROGRESSI IN GENOMICA E PROTEOMICA, PER RISOLVERE QUESTIONI IMPORTANTI IN QUESTO SETTORE DELLA RICERCA (SVILUPPO DEI FIORI) E NELLA BIOLOGIA DELLE PIANTE IN GENERALE. I RISULTATI DEL NOSTRO GRUPPO IN QUESTA LINEA DI RICERCA SONO STATI PUBBLICATI SU RIVISTE AD ALTO IMPATTO (SCIENZA, BIOLOGIA DEL GENOMA). (Italian)
16 January 2022
0 references
MEIE GRUPI ÜLDINE EESMÄRK ON UURIDA JA ISELOOMUSTADA TAIMEDE ARENGUPROTSESSE TEOSTAVATE GEENIDE REGULEERIMISE VÕRGUSTIKKE. ME KASUTAME LILLE ARENGUT ARABIDOPSIS OMA MUDELISÜSTEEMI JA EKSPERIMENTAALSE TEEMANA, OLLES LILLE ALGUS JA ARENG SUUREPÄRANE PARADIGMA TAIMEDE ARENGU BIOLOOGIA UURIMISEKS. ANALÜÜSIDES GENOOMI TRANSKRIPTSIOONIFAKTORITE (KIP-SEQ) JA TRANSKRIPTOOMIKA KORRELEERUVAID LIIDU ANDMEID IN VIVO, OLEME ISELOOMUSTANUD APETALA1 FAKTORI REGULATIIVSET VÕRGUSTIKKU JA TEISI TAIMEDE ARENGUT REGULEERIVAID TEGUREID. ARENGUPROTSESSI ÜLEMAAILMNE JA DÜNAAMILINE ISELOOMUSTUS PÕHINEB AGA PEAMISELT GENEETILISE EKSPRESSIOONI HINDAMISEL TRANSKRIPTOOMI ALUSEL NING SEETÕTTU EI HÕLMA SEE OLULIST ROLLI, MIDA TÄIDAVAD PÄRAST TRANSKRIPTSIOONI SÜNTEESI TEKKIVAD REGULEERIMISPROTSESSID. KAVANDATAVAS TÖÖS ON ÜHENDATUD GENOOMILISED JA PROTEOOMILISED MEETODID, ET SAAVUTADA TÄIELIKUD TEADMISED LILLEDE ARENGU REGULEERIMISE VÕRGUSTIKUST ARABIDOPSIS (KUI ÕITSEVATE TAIMEDE „PROOXY“); MÕISTA ARABIDOPSIS’E GENOOMI, EELKÕIGE PEPTIDOMA GENOOMI SISESTATUD FUNKTSIONAALSET JA STRUKTUURITEAVET; JA MÄÄRATA FUNKTSIOONE ISELOOMUSTAMATA GEENIDELE. SELLE PROJEKTI KONKREETSED EESMÄRGID ON JÄRGMISED: (1) GENOOMI EKSPRESSIOONI ISELOOMUSTAMINE KOGU LILLE ARENGUPROTSESSI VÄLTEL PROTEOOMI (JA SELLE MUUTMISE) TÄHENDUSES JA SELLE KORRELATSIOON TRANSKRIPTSIOONIGA, ET AVASTADA UUSI REGULEERIMISMEHHANISME; (2) ARABIDOPSIS PEPTIDOMA ISELOOMUSTAMINE (ORFS JA KODEERIMISJÄRJESTUSED „PEIDETUD“ ARABIDOPSIS GENOOMIS) JA SELLE ROLL LILLEDE ARENGUS; (3) CUC1 TEGEVUSE MOLEKULAARSED MEHHANISMID (TEINE OLULINE REGULAATOR LILLEDE ARENGU PROTSESSIS, MIS OSALEB ERINEVATE MERISTAMOSE JA ELUNDITE ERALDAMISES); (4) AP1 UUTE DIANA GEENIDE GENEETILINE JA FUNKTSIONAALNE ANALÜÜS. ON SUUR HUVI REGULEERIVATE GENICAS VÕRGUSTIKE ISELOOMUSTAMISE JA EUKARÜOOTSETE ORGANISMIDE GENOOMI TRANSKRIPTSIOONIFAKTORITE TEGEVUSE VASTU (KÄESOLEVA ETTEPANEKU VALDKOND), KUNA NEED ON HÄDAVAJALIKUD TAIMEDE ARENGU JA FÜSIOLOOGIA ALUSTE MÕISTMISEKS JA LÕPUKS NENDEGA MANIPULEERIMISEKS. LISAKS NÄITAVAD MITMETE EUKARÜOOTSETE ORGANISMIDEGA SAADUD HILJUTISED TULEMUSED, ET PROTEOOMI OSA, MIS ON VÄGA OLULINE, KUID SISULISELT TEADMATA, KOOSNEB PEAMISELT PEPTIIDIDEST JA VÄIKESTEST VALKUDEST, MILLE FUNKTSIOONE EI OLE VEEL AVASTATUD. SEE PROJEKT PÕHINEB VIIMASTEL AASTATEL LÄBI VIIDUD UURINGUTEL, KUID LAIENEB UUTELE VALDKONDADELE, KASUTADES UUSIMAID EDUSAMME GENOOMI JA PROTEOOMIKA VALDKONNAS, ET LAHENDADA OLULISI KÜSIMUSI SELLES TEADUSVALDKONNAS (LILLEDE ARENDAMINE) JA TAIMEDE BIOLOOGIAS ÜLDISELT. MEIE RÜHMA TULEMUSED SELLES UURIMISLIINIS ON AVALDATUD SUURE MÕJUGA INDEKSIAJAKIRJADES (TEADUS, GENOOMIBIOLOOGIA). (Estonian)
4 August 2022
0 references
BENDRAS MŪSŲ GRUPĖS TIKSLAS – TIRTI IR APIBŪDINTI GENŲ REGULIAVIMO TINKLUS, KURIE VYKDO PLĖTROS PROCESUS GAMYKLOSE. MES NAUDOJAME ARABIDOPSIO GĖLIŲ VYSTYMĄSI KAIP MŪSŲ MODELIO SISTEMĄ IR EKSPERIMENTINĮ DALYKĄ, NES GĖLIŲ PRADŽIA IR VYSTYMASIS YRA PUIKI PARADIGMA AUGALŲ VYSTYMOSI BIOLOGIJOS TYRIMAMS. ANALIZUODAMI KORELIUOTUS SĄJUNGOS GENOMO TRANSKRIPCIJOS VEIKSNIŲ (LUSTO-SEQ) IR TRANSKRIPTOMIKOS DUOMENIS IN VIVO, APIBŪDINOME APETALA1 FAKTORIAUS REGULIAVIMO TINKLĄ IR KITUS AUGALŲ VYSTYMĄSI REGULIUOJANČIUS VEIKSNIUS. TAČIAU ŠIS VISUOTINIS IR DINAMIŠKAS VYSTYMOSI PROCESO APIBŪDINIMAS VISŲ PIRMA GRINDŽIAMAS GENINĖS RAIŠKOS VERTINIMU TRANSKRIPTOMOS ATŽVILGIU, TODĖL NEATSIŽVELGIAMA Į SVARBŲ REGULIAVIMO PROCESŲ, VYKSTANČIŲ PO STENOGRAMŲ SINTEZĖS, VAIDMENĮ. SIŪLOMAS DARBAS APIMA GENOMINIUS IR PROTEOMINIUS METODUS, KAD BŪTŲ GALIMA ĮGYTI IŠSAMIŲ ŽINIŲ APIE GĖLIŲ PLĖTROS REGULIAVIMO TINKLĄ ARABIDOPSIS (KAIP ŽYDINČIŲ AUGALŲ „PROXY“); SUPRASTI FUNKCINĘ IR STRUKTŪRINĘ INFORMACIJĄ, UŽKODUOTĄ ARABIDOPSIO GENOME, YPAČ PEPTIDOMA; IR PRISKIRTI FUNKCIJAS NEBŪDINGIEMS GENAMS. KONKRETŪS ŠIO PROJEKTO TIKSLAI: (1) GENOMO IŠRAIŠKOS APIBŪDINIMAS PER GĖLIŲ VYSTYMOSI PROCESĄ PROTEOMOS (IR JOS PAKEITIMŲ) ATŽVILGIU IR JOS KORELIACIJA SU TRANSKRIPCINE IŠRAIŠKA, SIEKIANT ATRASTI NAUJUS REGULIAVIMO MECHANIZMUS; (2) ARABIDOPSIS PEPTIDOMA APIBŪDINIMAS (SORFAI IR KODAVIMO SEKOS „PASLĖPTOS“ ARABIDOPSIO GENOME) IR JO VAIDMUO GĖLIŲ VYSTYMUISI; (3) MOLEKULINIAI CUC1 VEIKIMO MECHANIZMAI (KITAS SVARBUS GĖLIŲ VYSTYMOSI PROCESO REGULIATORIUS, KURIS DALYVAUJA ATSKIRIANT SKIRTINGUS MERISTAMOS IR ORGANUS); (4) NAUJŲ DIANA GENŲ IŠ AP1 GENETINĖ IR FUNKCINĖ ANALIZĖ. YRA DIDELIS SUSIDOMĖJIMAS REGULIUOJAMŲJŲ GENICAS TINKLŲ APIBŪDINIMU IR TRANSKRIPCIJOS VEIKSNIŲ, SUSIJUSIŲ SU EUKARIOTINIŲ ORGANIZMŲ GENOMU (ŠIO PASIŪLYMO SRITIS), VEIKLA, NES JIE YRA BŪTINI NORINT SUPRASTI IR GALIAUSIAI MANIPULIUOTI AUGALŲ VYSTYMOSI IR FIZIOLOGIJOS PAGRINDAIS. BE TO, NAUJAUSI REZULTATAI, GAUTI NAUDOJANT ĮVAIRIUS EUKARIOTINIUS ORGANIZMUS, RODO, KAD YRA DAUG PROTEOMOS, BET IŠ ESMĖS NEŽINOMA, KURIĄ SUDARO DAUGIAUSIA PEPTIDAI IR MAŽI BALTYMAI, KURIŲ FUNKCIJAS DAR REIKIA NUSTATYTI. ŠIS PROJEKTAS GRINDŽIAMAS PER PASTARUOSIUS KELERIUS METUS ATLIKTAIS TYRIMAIS, TAČIAU JIS PLEČIASI Į NAUJAS SRITIS, NAUDODAMAS NAUJAUSIUS GENOMIKOS IR PROTEOMIKOS LAIMĖJIMUS, KAD IŠSPRĘSTŲ SVARBIUS KLAUSIMUS ŠIOJE MOKSLINIŲ TYRIMŲ SRITYJE (GĖLIŲ PLĖTRA) IR APSKRITAI AUGALŲ BIOLOGIJOS SRITYJE. MŪSŲ GRUPĖS REZULTATAI ŠIOJE MOKSLINIŲ TYRIMŲ EILUTĖJE BUVO PASKELBTI DIDELIO POVEIKIO INDEKSO ŽURNALUOSE (MOKSLAS, GENOMO BIOLOGIJA). (Lithuanian)
4 August 2022
0 references
OPĆI CILJ NAŠE GRUPE JE PROUČAVANJE I KARAKTERIZACIJA MREŽA GENSKE REGULACIJE KOJE PROVODE RAZVOJNE PROCESE U BILJKAMA. RAZVOJ CVIJETA U ARABIDOPSISU KORISTIMO KAO MODELNI SUSTAV I EKSPERIMENTALNI PREDMET, ŠTO JE POČETAK I RAZVOJ CVIJETA IZVRSNA PARADIGMA ZA PROUČAVANJE BIOLOGIJE RAZVOJA BILJAKA. ANALIZOM KORELIRANIH PODATAKA UNIJE IN VIVO O ČIMBENICIMA TRANSKRIPCIJE GENOMA (CHIP-SEQ) I TRANSKRIPTOMICI, OKARAKTERIZIRALI SMO REGULATORNU MREŽU FAKTORA APETALA1 I DRUGE ČIMBENIKE KOJI REGULIRAJU RAZVOJ BILJAKA. MEĐUTIM, TA GLOBALNA I DINAMIČKA KARAKTERIZACIJA RAZVOJNOG PROCESA TEMELJI SE PRVENSTVENO NA PROCJENI GENSKOG IZRAZA U SMISLU TRANSKRIPTOMA I STOGA NE UKLJUČUJE VAŽNU ULOGU REGULATORNIH PROCESA KOJI SE JAVLJAJU NAKON SINTEZE TRANSKRIPTA. U PREDLOŽENOM RADU KOMBINIRAJU SE GENOMSKE I PROTEOMSKE METODE ZA NAPREDAK PREMA POTPUNOM POZNAVANJU REGULATORNE MREŽE ZA RAZVOJ CVIJEĆA U ARABIDOPSISU (KAO „PROXY” CVJETNICA); RAZUMJETI FUNKCIONALNE I STRUKTURNE INFORMACIJE KODIRANE U GENOMU ARABIDOPSISA, POSEBNO PEPTIDOMA; I DODIJELITI FUNKCIJE NEOKARAKTERIZIRANIM GENIMA. POSEBNI CILJEVI OVOG PROJEKTA SU: (1) KARAKTERIZACIJA EKSPRESIJE GENOMA TIJEKOM PROCESA RAZVOJA CVIJETA U SMISLU PROTEOMA (I NJEGOVIH MODIFIKACIJA) I NJEGOVA POVEZANOST S TRANSKRIPCIJSKIM IZRAZOM KAKO BI SE OTKRILI NOVI MEHANIZMI REGULACIJE; (2) KARAKTERIZACIJA ARABIDOPSIS PEPTIDOMA (SORFOVI I KODIRANJE SEKVENCE „SKRIVENE” U GENOMU ARABIDOPSIS), I NJEGOVA ULOGA U RAZVOJU CVIJEĆA; (3) MOLEKULARNI MEHANIZMI DJELOVANJA CUC1 (DRUGI KLJUČNI REGULATOR U PROCESU RAZVOJA CVIJEĆA, KOJI SUDJELUJE U RAZDVAJANJU RAZLIČITIH MERISTAMOSA I ORGANA); (4) GENETSKA I FUNKCIONALNA ANALIZA NOVIH DIANA GENA IZ AP1. POSTOJI VELIKI INTERES ZA KARAKTERIZACIJU REGULATORNIH GENICAS MREŽA I ZA AKTIVNOSTI TRANSKRIPCIJSKIH ČIMBENIKA NA GENOMU EUKARIOTSKIH ORGANIZAMA (PODRUČJE OVOG PRIJEDLOGA), JER SU ONI KLJUČNI ZA RAZUMIJEVANJE I NA KRAJU MANIPULACIJU OSNOVAMA RAZVOJA BILJAKA I FIZIOLOGIJE. ŠTOVIŠE, NEDAVNI REZULTATI DOBIVENI S RAZLIČITIM EUKARIOTSKIM ORGANIZMIMA UKAZUJU NA POSTOJANJE DIJELA PROTEOMA, VRLO ZNAČAJNOG, ALI U OSNOVI NEPOZNATOG, SASTAVLJENOG UGLAVNOM OD PEPTIDA I MALIH PROTEINA, ČIJE FUNKCIJE TEK TREBA OTKRITI. OVAJ PROJEKT SE TEMELJI NA ISTRAŽIVANJIMA KOJE SMO PROVELI POSLJEDNJIH NEKOLIKO GODINA, ALI SE ŠIRI NA NOVA PODRUČJA KORISTEĆI NAJNOVIJA DOSTIGNUĆA U GENOMSKOJ I PROTEOMICI, KAKO BI SE RIJEŠILA VAŽNA PITANJA U OVOM PODRUČJU ISTRAŽIVANJA (RAZVOJ CVIJEĆA) I BIOLOGIJE BILJAKA OPĆENITO. REZULTATI NAŠE GRUPE U OVOM NIZU ISTRAŽIVANJA OBJAVLJENI SU U ČASOPISIMA VISOKOG UČINKA INDEKSA (ZNANOST, GENOMSKA BIOLOGIJA). (Croatian)
4 August 2022
0 references
ΓΕΝΙΚΌΣ ΣΤΌΧΟΣ ΤΗΣ ΟΜΆΔΑΣ ΜΑΣ ΕΊΝΑΙ Η ΜΕΛΈΤΗ ΚΑΙ Ο ΧΑΡΑΚΤΗΡΙΣΜΌΣ ΤΩΝ ΔΙΚΤΎΩΝ ΡΎΘΜΙΣΗΣ ΓΕΝΝΗΤΙΚΏΝ ΟΡΓΆΝΩΝ ΠΟΥ ΕΚΤΕΛΟΎΝ ΤΙΣ ΔΙΑΔΙΚΑΣΊΕΣ ΑΝΆΠΤΥΞΗΣ ΣΕ ΜΟΝΆΔΕΣ. ΧΡΗΣΙΜΟΠΟΙΟΎΜΕ ΤΗΝ ΑΝΆΠΤΥΞΗ ΤΟΥ ΆΝΘΟΥΣ ΣΤΗΝ ARABIDOPSIS ΩΣ ΠΡΌΤΥΠΟ ΣΎΣΤΗΜΑ ΚΑΙ ΠΕΙΡΑΜΑΤΙΚΌ ΑΝΤΙΚΕΊΜΕΝΟ, ΌΝΤΑΣ Η ΑΡΧΉ ΚΑΙ Η ΑΝΆΠΤΥΞΗ ΤΟΥ ΆΝΘΟΥΣ ΈΝΑ ΕΞΑΙΡΕΤΙΚΌ ΠΑΡΆΔΕΙΓΜΑ ΓΙΑ ΤΙΣ ΜΕΛΈΤΕΣ ΤΗΣ ΒΙΟΛΟΓΊΑΣ ΤΗΣ ΑΝΆΠΤΥΞΗΣ ΣΤΑ ΦΥΤΆ. ΑΝΑΛΎΟΝΤΑΣ ΤΑ ΣΥΣΧΕΤΙΖΌΜΕΝΑ ΔΕΔΟΜΈΝΑ ΤΗΣ ΈΝΩΣΗΣ IN VIVO ΤΩΝ ΠΑΡΑΓΌΝΤΩΝ ΜΕΤΑΓΡΑΦΉΣ ΓΟΝΙΔΙΩΜΆΤΩΝ (CHIP-SEQ) ΚΑΙ ΤΗΣ ΜΕΤΑΓΡΑΦΙΚΉΣ, ΧΑΡΑΚΤΗΡΊΣΑΜΕ ΤΟ ΡΥΘΜΙΣΤΙΚΌ ΔΊΚΤΥΟ ΤΟΥ ΣΥΝΤΕΛΕΣΤΉ APETALA1 ΚΑΙ ΆΛΛΟΥΣ ΠΑΡΆΓΟΝΤΕΣ ΠΟΥ ΡΥΘΜΊΖΟΥΝ ΤΗΝ ΑΝΆΠΤΥΞΗ ΤΩΝ ΕΓΚΑΤΑΣΤΆΣΕΩΝ. ΩΣΤΌΣΟ, ΑΥΤΌΣ Ο ΠΑΓΚΌΣΜΙΟΣ ΚΑΙ ΔΥΝΑΜΙΚΌΣ ΧΑΡΑΚΤΗΡΙΣΜΌΣ ΤΗΣ ΑΝΑΠΤΥΞΙΑΚΉΣ ΔΙΑΔΙΚΑΣΊΑΣ ΒΑΣΊΖΕΤΑΙ ΚΥΡΊΩΣ ΣΤΗΝ ΑΞΙΟΛΌΓΗΣΗ ΤΗΣ ΓΟΝΙΚΉΣ ΈΚΦΡΑΣΗΣ ΑΠΌ ΤΗΝ ΆΠΟΨΗ ΤΗΣ ΜΕΤΑΓΡΑΦΉΣ ΚΑΙ, ΩΣ ΕΚ ΤΟΎΤΟΥ, ΔΕΝ ΕΝΣΩΜΑΤΏΝΕΙ ΤΟΝ ΣΗΜΑΝΤΙΚΌ ΡΌΛΟ ΠΟΥ ΔΙΑΔΡΑΜΑΤΊΖΟΥΝ ΟΙ ΡΥΘΜΙΣΤΙΚΈΣ ΔΙΑΔΙΚΑΣΊΕΣ ΠΟΥ ΠΡΟΚΎΠΤΟΥΝ ΜΕΤΆ ΤΗ ΣΎΝΘΕΣΗ ΤΩΝ ΜΕΤΑΓΡΑΦΏΝ. ΤΟ ΠΡΟΤΕΙΝΌΜΕΝΟ ΈΡΓΟ ΣΥΝΔΥΆΖΕΙ ΓΟΝΙΔΙΩΜΑΤΙΚΈΣ ΚΑΙ ΠΡΩΤΕΩΜΙΚΈΣ ΜΕΘΌΔΟΥΣ ΓΙΑ ΝΑ ΠΡΟΧΩΡΉΣΕΙ ΠΡΟΣ ΤΗΝ ΠΛΉΡΗ ΓΝΏΣΗ ΤΟΥ ΡΥΘΜΙΣΤΙΚΟΎ ΔΙΚΤΎΟΥ ΑΝΆΠΤΥΞΗΣ ΛΟΥΛΟΥΔΙΏΝ ΣΤΗΝ ARABIDOPSIS (ΩΣ «ΠΡΟΣΕΓΓΙΣΤΙΚΌΣ» ΤΩΝ ΑΝΘΟΦΌΡΩΝ ΦΥΤΏΝ)· ΚΑΤΑΝΌΗΣΗ ΤΩΝ ΛΕΙΤΟΥΡΓΙΚΏΝ ΚΑΙ ΔΟΜΙΚΏΝ ΠΛΗΡΟΦΟΡΙΏΝ ΠΟΥ ΚΩΔΙΚΟΠΟΙΟΎΝΤΑΙ ΣΤΟ ΓΟΝΙΔΊΩΜΑ ΤΗΣ ΑΡΑΒΙΔΌΠΣΗΣ, ΚΑΙ ΣΥΓΚΕΚΡΙΜΈΝΑ ΣΤΟ ΠΕΠΤΙΔΩΜΑ· ΚΑΙ ΝΑ ΑΝΑΘΈΣΟΥΜΕ ΛΕΙΤΟΥΡΓΊΕΣ ΣΕ ΜΗ ΧΑΡΑΚΤΗΡΙΣΜΈΝΑ ΓΟΝΊΔΙΑ. ΕΙΔΙΚΟΊ ΣΤΌΧΟΙ ΓΙΑ ΤΟ ΈΡΓΟ ΑΥΤΌ ΕΊΝΑΙ ΟΙ ΕΞΉΣ: 1) ΧΑΡΑΚΤΗΡΙΣΜΌΣ ΤΗΣ ΈΚΦΡΑΣΗΣ ΤΟΥ ΓΟΝΙΔΙΏΜΑΤΟΣ ΚΑΘ’ ΌΛΗ ΤΗ ΔΙΆΡΚΕΙΑ ΤΗΣ ΔΙΑΔΙΚΑΣΊΑΣ ΑΝΆΠΤΥΞΗΣ ΤΩΝ ΑΝΘΈΩΝ ΑΠΌ ΤΗΝ ΆΠΟΨΗ ΤΟΥ ΠΡΩΤΕΏΜΑΤΟΣ (ΚΑΙ ΤΩΝ ΤΡΟΠΟΠΟΙΉΣΕΏΝ ΤΟΥ) ΚΑΙ ΣΥΣΧΈΤΙΣΗ ΤΟΥ ΜΕ ΤΗ ΜΕΤΑΓΡΑΦΙΚΉ ΈΚΦΡΑΣΗ ΓΙΑ ΤΗΝ ΑΝΑΚΆΛΥΨΗ ΝΈΩΝ ΜΗΧΑΝΙΣΜΏΝ ΡΎΘΜΙΣΗΣ· (2) ΧΑΡΑΚΤΗΡΙΣΜΌΣ ΤΗΣ ARABIDOPSIS PEPTIDOMA (ΣΌΡΦ ΚΑΙ ΑΚΟΛΟΥΘΊΕΣ ΚΩΔΙΚΟΠΟΊΗΣΗΣ «ΚΡΥΦΈΣ» ΣΤΟ ΓΟΝΙΔΊΩΜΑ ΤΗΣ ΑΡΑΒΙΔΌΠΣΗΣ), ΚΑΙ ΤΟ ΡΌΛΟ ΤΟΥ ΣΤΗΝ ΑΝΆΠΤΥΞΗ ΛΟΥΛΟΥΔΙΏΝ. (3) ΜΟΡΙΑΚΟΊ ΜΗΧΑΝΙΣΜΟΊ ΤΗΣ ΔΡΆΣΗΣ CUC1 (ΈΝΑΣ ΆΛΛΟΣ ΚΡΊΣΙΜΟΣ ΡΥΘΜΙΣΤΉΣ ΣΤΗ ΔΙΑΔΙΚΑΣΊΑ ΑΝΆΠΤΥΞΗΣ ΛΟΥΛΟΥΔΙΏΝ, Ο ΟΠΟΊΟΣ ΣΥΜΜΕΤΈΧΕΙ ΣΤΟ ΔΙΑΧΩΡΙΣΜΌ ΜΕΤΑΞΎ ΤΩΝ ΔΙΑΦΌΡΩΝ MERISTAMOS ΚΑΙ ΤΩΝ ΟΡΓΆΝΩΝ). (4) ΓΕΝΕΤΙΚΉ ΚΑΙ ΛΕΙΤΟΥΡΓΙΚΉ ΑΝΆΛΥΣΗ ΝΈΩΝ ΓΟΝΙΔΊΩΝ DIANA ΑΠΌ ΤΗΝ AP1. ΥΠΆΡΧΕΙ ΜΕΓΆΛΟ ΕΝΔΙΑΦΈΡΟΝ ΓΙΑ ΤΟΝ ΧΑΡΑΚΤΗΡΙΣΜΌ ΤΩΝ ΡΥΘΜΙΣΤΙΚΏΝ ΔΙΚΤΎΩΝ GENICAS ΚΑΙ ΓΙΑ ΤΙΣ ΔΡΑΣΤΗΡΙΌΤΗΤΕΣ ΤΩΝ ΠΑΡΑΓΌΝΤΩΝ ΜΕΤΑΓΡΑΦΉΣ ΣΤΟ ΓΟΝΙΔΊΩΜΑ ΤΩΝ ΕΥΚΑΡΥΩΤΙΚΏΝ ΟΡΓΑΝΙΣΜΏΝ (ΤΟ ΠΕΔΊΟ ΤΗΣ ΠΑΡΟΎΣΑΣ ΠΡΌΤΑΣΗΣ), ΚΑΘΏΣ ΕΊΝΑΙ ΑΠΑΡΑΊΤΗΤΟΙ ΓΙΑ ΝΑ ΚΑΤΑΝΟΉΣΟΥΜΕ, ΚΑΙ ΤΕΛΙΚΆ ΝΑ ΧΕΙΡΑΓΩΓΉΣΟΥΜΕ, ΤΙΣ ΒΆΣΕΙΣ ΤΗΣ ΑΝΆΠΤΥΞΗΣ ΤΩΝ ΦΥΤΏΝ ΚΑΙ ΤΗΣ ΦΥΣΙΟΛΟΓΊΑΣ. ΕΠΙΠΛΈΟΝ, ΠΡΌΣΦΑΤΑ ΑΠΟΤΕΛΈΣΜΑΤΑ ΠΟΥ ΕΛΉΦΘΗΣΑΝ ΜΕ ΔΙΆΦΟΡΟΥΣ ΕΥΚΑΡΥΩΤΙΚΟΎΣ ΟΡΓΑΝΙΣΜΟΎΣ ΔΕΊΧΝΟΥΝ ΤΗΝ ΎΠΑΡΞΗ ΕΝΌΣ ΜΈΡΟΥΣ ΤΟΥ ΠΡΩΤΕΏΜΑΤΟΣ, ΠΟΛΎ ΣΗΜΑΝΤΙΚΌ ΑΛΛΆ ΟΥΣΙΑΣΤΙΚΆ ΆΓΝΩΣΤΟ, ΑΠΟΤΕΛΟΎΜΕΝΟ ΚΥΡΊΩΣ ΑΠΌ ΠΕΠΤΊΔΙΑ ΚΑΙ ΜΙΚΡΈΣ ΠΡΩΤΕΪ́ΝΕΣ, ΤΩΝ ΟΠΟΊΩΝ ΟΙ ΛΕΙΤΟΥΡΓΊΕΣ ΔΕΝ ΈΧΟΥΝ ΑΚΌΜΗ ΑΝΑΚΑΛΥΦΘΕΊ. ΤΟ ΈΡΓΟ ΑΥΤΌ ΒΑΣΊΖΕΤΑΙ ΣΤΗΝ ΈΡΕΥΝΑ ΠΟΥ ΠΡΑΓΜΑΤΟΠΟΙΉΣΑΜΕ ΤΑ ΤΕΛΕΥΤΑΊΑ ΧΡΌΝΙΑ, ΑΛΛΆ ΕΠΕΚΤΕΊΝΕΤΑΙ ΣΕ ΝΈΟΥΣ ΤΟΜΕΊΣ ΧΡΗΣΙΜΟΠΟΙΏΝΤΑΣ ΤΙΣ ΤΕΛΕΥΤΑΊΕΣ ΕΞΕΛΊΞΕΙΣ ΣΤΟΝ ΤΟΜΈΑ ΤΗΣ ΓΟΝΙΔΙΩΜΑΤΙΚΉΣ ΚΑΙ ΤΗΣ ΠΡΩΤΕΩΜΙΚΉΣ, ΓΙΑ ΤΗΝ ΕΠΊΛΥΣΗ ΣΗΜΑΝΤΙΚΏΝ ΖΗΤΗΜΆΤΩΝ ΣΕ ΑΥΤΌΝ ΤΟΝ ΤΟΜΈΑ ΤΗΣ ΈΡΕΥΝΑΣ (ΑΝΆΠΤΥΞΗ ΛΟΥΛΟΥΔΙΏΝ) ΚΑΙ ΣΤΗ ΒΙΟΛΟΓΊΑ ΤΩΝ ΦΥΤΏΝ ΓΕΝΙΚΌΤΕΡΑ. ΤΑ ΑΠΟΤΕΛΈΣΜΑΤΑ ΤΗΣ ΟΜΆΔΑΣ ΜΑΣ ΣΕ ΑΥΤΉ ΤΗ ΓΡΑΜΜΉ ΈΡΕΥΝΑΣ ΈΧΟΥΝ ΔΗΜΟΣΙΕΥΘΕΊ ΣΕ ΠΕΡΙΟΔΙΚΆ ΕΥΡΕΤΗΡΊΟΥ ΥΨΗΛΟΎ ΑΝΤΙΚΤΎΠΟΥ (ΕΠΙΣΤΉΜΗ, ΒΙΟΛΟΓΊΑ ΓΟΝΙΔΙΏΜΑΤΟΣ). (Greek)
4 August 2022
0 references
CELKOVÝM CIEĽOM NAŠEJ SKUPINY JE ŠTÚDIUM A CHARAKTERIZÁCIA GENETICKÝCH REGULAČNÝCH SIETÍ, KTORÉ VYKONÁVAJÚ VÝVOJOVÉ PROCESY V RASTLINÁCH. VÝVOJ KVETU V ARABIDOPSIS VYUŽÍVAME AKO MODELOVÝ SYSTÉM A EXPERIMENTÁLNY PREDMET, KTORÝ JE ZAČIATKOM A VÝVOJOM KVETU VYNIKAJÚCOU PARADIGMOU PRE ŠTÚDIUM BIOLÓGIE VÝVOJA RASTLÍN. ANALÝZOU KORELOVANÝCH ÚDAJOV ÚNIE IN VIVO GENÓMOVÝCH TRANSKRIPČNÝCH FAKTOROV (ČIP-SEQ) A TRANSKRIPTOMÍK SME CHARAKTERIZOVALI REGULAČNÚ SIEŤ FAKTORA APETALA1 A ĎALŠIE FAKTORY REGULUJÚCE VÝVOJ V RASTLINÁCH. TÁTO GLOBÁLNA A DYNAMICKÁ CHARAKTERIZÁCIA VÝVOJOVÉHO PROCESU JE VŠAK ZALOŽENÁ PREDOVŠETKÝM NA HODNOTENÍ GÉNOVEJ EXPRESIE Z HĽADISKA TRANSKRIPTÓMU, A PRETO NEZAHŔŇA DÔLEŽITÚ ÚLOHU REGULAČNÝCH PROCESOV, KTORÉ SA VYSKYTUJÚ PO SYNTÉZE PREPISOV. NAVRHOVANÁ PRÁCA KOMBINUJE GENOMICKÉ A PROTEOMICKÉ METÓDY S CIEĽOM POKROČIŤ SMEROM K PLNÉMU POZNANIU REGULAČNEJ SIETE PRE VÝVOJ KVETÍN V ARABIDOPSIS (AKO „PROXY“ KVITNÚCICH RASTLÍN); POCHOPIŤ FUNKČNÉ A ŠTRUKTURÁLNE INFORMÁCIE ZAKÓDOVANÉ V GENÓME ARABIDOPSIS, KONKRÉTNE PEPTIDOMA; A PRIRADIŤ FUNKCIE NECHARAKTERIZOVANÝM GÉNOM. KONKRÉTNE CIELE TOHTO PROJEKTU SÚ: (1) CHARAKTERIZÁCIA VYJADRENIA GENÓMU POČAS CELÉHO PROCESU VÝVOJA KVETOV Z HĽADISKA PROTEÓMU (A JEHO MODIFIKÁCIÍ) A JEHO KORELÁCIA S PREPISNÝM VYJADRENÍM S CIEĽOM OBJAVIŤ NOVÉ MECHANIZMY REGULÁCIE; (2) CHARAKTERIZÁCIA ARABIDOPSIS PEPTIDOMA (SORFS A KÓDOVANIE SEKVENCIÍ „SKRYTÉ“ V GENÓME ARABIDOPSIS) A JEJ ÚLOHA V ROZVOJI KVETOV; (3) MOLEKULÁRNE MECHANIZMY PÔSOBENIA CUC1 (ĎALŠÍ ROZHODUJÚCI REGULÁTOR V PROCESE VÝVOJA KVETOV, KTORÝ SA PODIEĽA NA ODDELENÍ MEDZI RÔZNYMI MERISTAMOS A ORGÁNMI); (4) GENETICKÁ A FUNKČNÁ ANALÝZA NOVÝCH GÉNOV DIANA Z AP1. EXISTUJE VEĽKÝ ZÁUJEM O CHARAKTERIZÁCIU REGULAČNÝCH SIETÍ GENICAS A O ČINNOSTI TRANSKRIPČNÝCH FAKTOROV TÝKAJÚCICH SA GENÓMU EUKARYOTICKÝCH ORGANIZMOV (OBLASŤ TOHTO NÁVRHU), PRETOŽE SÚ NEVYHNUTNÉ NA POCHOPENIE A PRÍPADNE MANIPULÁCIU SO ZÁKLADMI VÝVOJA RASTLÍN A FYZIOLÓGIE. OKREM TOHO NEDÁVNE VÝSLEDKY ZÍSKANÉ S RÔZNYMI EUKARYOTICKÝMI ORGANIZMAMI NAZNAČUJÚ EXISTENCIU FRAKCIE PROTEÓMU, VEĽMI VÝZNAMNEJ, ALE V PODSTATE NEZNÁMEJ, POZOSTÁVAJÚCEJ NAJMÄ Z PEPTIDOV A MALÝCH PROTEÍNOV, KTORÝCH FUNKCIE SA EŠTE LEN MUSIA OBJAVIŤ. TENTO PROJEKT JE ZALOŽENÝ NA VÝSKUME, KTORÝ SME VYKONALI V POSLEDNÝCH ROKOCH, ALE ROZŠIRUJE SA DO NOVÝCH OBLASTÍ S VYUŽITÍM NAJNOVŠÍCH POKROKOV V GENOMICKEJ A PROTEOMIKE, ABY SA VYRIEŠILI DÔLEŽITÉ OTÁZKY V TEJTO OBLASTI VÝSKUMU (VÝVOJ KVETOV) A V BIOLÓGII RASTLÍN VO VŠEOBECNOSTI. VÝSLEDKY NAŠEJ SKUPINY V TEJTO OBLASTI VÝSKUMU BOLI PUBLIKOVANÉ V INDEXOVÝCH ČASOPISOCH S VYSOKÝM VPLYVOM (VEDA, GENÓMOVÁ BIOLÓGIA). (Slovak)
4 August 2022
0 references
RYHMÄMME YLEISENÄ TAVOITTEENA ON TUTKIA JA LUONNEHTIA GEENIEN SÄÄNTELYVERKOSTOJA, JOTKA TOTEUTTAVAT LAITOSTEN KEHITYSPROSESSEJA. KÄYTÄMME KEHITYSTÄ KUKKA ARABIDOPSIS MEIDÄN MALLI JÄRJESTELMÄ JA KOKEELLINEN AIHE, JOKA ON ALKU JA KEHITYS KUKKA ERINOMAINEN PARADIGMA TUTKIMUKSIA BIOLOGIAN KEHITYSTÄ KASVEISSA. ANALYSOIMALLA GENOMIN TRANSKRIPTIOTEKIJÖIDEN (SIRU-SEQ) JA TRANSKRIPTOMIIKAN UNIONIN TIETOJA IN VIVO OLEMME LUONNEHTINEET APETALA1-TEKIJÄN SÄÄNTELYVERKOSTOA JA MUITA KASVIEN KEHITYSTÄ SÄÄTELEVIÄ TEKIJÖITÄ. TÄMÄ KEHITYSPROSESSIN MAAILMANLAAJUINEN JA DYNAAMINEN LUONNEHDINTA PERUSTUU KUITENKIN ENSISIJAISESTI GEENISEN ILMENTYMÄN ARVIOINTIIN TRANSKRIPTOMIN KANNALTA, EIKÄ SIINÄ NÄIN OLLEN OTETA HUOMIOON TEKSTIEN SYNTEESIN JÄLKEEN TAPAHTUVIEN SÄÄNTELYPROSESSIEN TÄRKEÄÄ ROOLIA. EHDOTETUSSA TYÖSSÄ YHDISTYVÄT GENOMI- JA PROTEOMISET MENETELMÄT, JOTTA VOIDAAN EDETÄ KOHTI TÄYDELLISTÄ TIETÄMYSTÄ ARABIDOPSIKSEN KUKKAKEHITYKSEN SÄÄNTELYVERKOSTOSTA (KUKKIVIEN KASVIEN ”PROKSI”); YMMÄRTÄÄ ARABIDOPSIKSEN GENOMIIN, ERITYISESTI PEPTIDOMAAN, KOODATUT TOIMINNALLISET JA RAKENTEELLISET TIEDOT; JA MÄÄRITTÄÄ TOIMINTOJA KARAKTERISOIMATTOMILLE GEENEILLE. HANKKEEN ERITYISTAVOITTEET OVAT SEURAAVAT: 1) GENOMIN ILMENTYMÄN LUONNEHDINTA KOKO KUKKAKEHITYSPROSESSIN AJAN PROTEOMIN (JA SEN MUUTOSTEN) OSALTA JA SEN KORRELAATIO TRANSKRIPTIOILMAISUN KANSSA ASETUKSEN UUSIEN MEKANISMIEN LÖYTÄMISEKSI; (2) ARABIDOPSIS PEPTIDOMAN (SORFS JA KOODAUSSEKVENSSIT ”PIILOTETTU” ARABIDOPSIKSEN GENOMIN) LUONNEHDINTA JA SEN ROOLI KUKKAKEHITYKSESSÄ; (3) CUC1-TOIMINNAN MOLEKYYLIMEKANISMIT (TOINEN KESKEINEN SÄÄDIN KUKKAKEHITYSPROSESSISSA, JOKA OSALLISTUU ERI MERISTAMOS- JA ELINTEN EROTTAMISEEN); (4) UUSIEN DIANA-GEENIEN GENEETTINEN JA TOIMINNALLINEN ANALYYSI AP1:STA. SÄÄNTELYYN PERUSTUVIEN GENICAS-VERKOSTOJEN LUONNEHDINTAA JA EUKARYOOTTISTEN ORGANISMIEN GENOMIN TRANSKRIPTIOTEKIJÖIDEN TOIMINTAA (TÄMÄN EHDOTUKSEN KOHDE) KIINNOSTAA SUURESTI, KOSKA NE OVAT VÄLTTÄMÄTTÖMIÄ KASVIEN KEHITTÄMISEN JA FYSIOLOGIAN PERUSTAN YMMÄRTÄMISEKSI JA LOPULTA MANIPULOIMISEKSI. LISÄKSI ERI EUKARYOOTTISISTA ORGANISMEISTA SAADUT VIIMEAIKAISET TULOKSET OSOITTAVAT, ETTÄ PROTEOMISTA ON OLEMASSA MURTO-OSA, JOKA ON HYVIN MERKITTÄVÄ MUTTA OLENNAISESTI TUNTEMATON JA JOKA KOOSTUU PÄÄASIASSA PEPTIDEISTÄ JA PIENISTÄ PROTEIINEISTA, JOIDEN TOIMINTOJA EI OLE VIELÄ LÖYDETTY. TÄMÄ HANKE PERUSTUU TUTKIMUKSEEN, JOTA OLEMME TEHNEET VIIME VUOSINA, MUTTA SE LAAJENEE UUSILLE ALUEILLE KÄYTTÄEN UUSINTA KEHITYSTÄ GENOMI- JA PROTEOMIIKAN ALALLA, JOTTA VOIDAAN RATKAISTA TÄRKEITÄ KYSYMYKSIÄ TÄLLÄ TUTKIMUKSEN ALALLA (KUKKAKEHITYS) JA KASVIEN BIOLOGIASSA YLEENSÄ. TÄMÄN TUTKIMUSLINJAN RYHMÄMME TULOKSET ON JULKAISTU VAIKUTUSINDEKSILEHDISSÄ (TIEDE, GENOMIBIOLOGIA). (Finnish)
4 August 2022
0 references
OGÓLNYM CELEM NASZEJ GRUPY JEST BADANIE I CHARAKTERYSTYKA SIECI REGULACJI GENICZNYCH, KTÓRE REALIZUJĄ PROCESY ROZWOJOWE W ZAKŁADACH. WYKORZYSTUJEMY ROZWÓJ KWIATU W ARABIDOPSIS JAKO NASZ MODELOWY SYSTEM I EKSPERYMENTALNY PRZEDMIOT, BĘDĄCY POCZĄTKIEM I ROZWOJEM KWIATU DOSKONAŁYM PARADYGMATEM DO BADAŃ BIOLOGII ROZWOJU W ROŚLINACH. ANALIZUJĄC SKORELOWANE DANE UNIJNE IN VIVO DOTYCZĄCE WSPÓŁCZYNNIKÓW TRANSKRYPCJI GENOMU (CHIP-SEQ) I TRANSKRYPTOMIKI, SCHARAKTERYZOWALIŚMY SIEĆ REGULACYJNĄ CZYNNIKA APETALA1 I INNE CZYNNIKI REGULUJĄCE ROZWÓJ W ZAKŁADACH. JEDNAK TA GLOBALNA I DYNAMICZNA CHARAKTERYSTYKA PROCESU ROZWOJU OPIERA SIĘ PRZEDE WSZYSTKIM NA OCENIE EKSPRESJI GENETYCZNEJ POD WZGLĘDEM TRANSKRYPCJI, A ZATEM NIE UWZGLĘDNIA WAŻNEJ ROLI PROCESÓW REGULACYJNYCH, KTÓRE WYSTĘPUJĄ PO SYNTEZIE TRANSKRYPCJI. PROPONOWANE PRACE ŁĄCZĄ METODY GENOMOWE I PROTEOMICZNE W CELU OSIĄGNIĘCIA PEŁNEJ WIEDZY NA TEMAT SIECI REGULACYJNEJ ROZWOJU KWIATOWEGO W ARABIDOPSIS (JAKO „PROXY” ROŚLIN KWITNĄCYCH); ZROZUMIENIE INFORMACJI FUNKCJONALNYCH I STRUKTURALNYCH ZAKODOWANYCH W GENOMIE ARABIDOPSIS, W SZCZEGÓLNOŚCI PEPTIDOMA; I PRZYPORZĄDKOWAĆ FUNKCJE DO NIEOKREŚLONYCH GENÓW. SZCZEGÓŁOWE CELE TEGO PROJEKTU TO: (1) CHARAKTERYSTYKA EKSPRESJI GENOMU W CAŁYM PROCESIE ROZWOJU KWIATÓW POD WZGLĘDEM PROTEOMU (I JEGO MODYFIKACJI) ORAZ JEGO KORELACJA Z EKSPRESJĄ TRANSKRYPCYJNĄ W CELU ODKRYCIA NOWYCH MECHANIZMÓW REGULACJI; (2) CHARAKTERYSTYKA ARABIDOPSIS PEPTIDOMA (SORFS I SEKWENCJE KODOWANIA „UKRYTE” W GENOMIE ARABIDOPSIS) I JEGO ROLA W ROZWOJU KWIATÓW; (3) MECHANIZMY MOLEKULARNE DZIAŁANIA CUC1 (INNY KLUCZOWY REGULATOR W PROCESIE ROZWOJU KWIATÓW, KTÓRY UCZESTNICZY W ROZDZIELENIU RÓŻNYCH MERISTAMOS I NARZĄDÓW); (4) ANALIZA GENETYCZNA I FUNKCJONALNA NOWYCH GENÓW DIANY Z AP1. ISTNIEJE DUŻE ZAINTERESOWANIE CHARAKTERYSTYKĄ SIECI REGULACYJNYCH GENICAS ORAZ DZIAŁALNOŚCIĄ CZYNNIKÓW TRANSKRYPCYJNYCH NA GENOMIE ORGANIZMÓW EUKARIOTYCZNYCH (OBSZAR, KTÓREGO DOTYCZY NINIEJSZY WNIOSEK), PONIEWAŻ SĄ ONE NIEZBĘDNE DO ZROZUMIENIA I OSTATECZNIE MANIPULOWANIA PODSTAWAMI ROZWOJU ROŚLIN I FIZJOLOGII. PONADTO OSTATNIE WYNIKI UZYSKANE Z RÓŻNYCH ORGANIZMÓW EUKARIOTYCZNYCH WSKAZUJĄ NA ISTNIENIE FRAKCJI PROTEOMU, BARDZO ISTOTNEJ, ALE ZASADNICZO NIEZNANEJ, SKŁADAJĄCEJ SIĘ GŁÓWNIE Z PEPTYDÓW I MAŁYCH BIAŁEK, KTÓRYCH FUNKCJE NIE ZOSTAŁY JESZCZE ODKRYTE. PROJEKT TEN OPIERA SIĘ NA BADANIACH, KTÓRE PRZEPROWADZILIŚMY W CIĄGU OSTATNICH KILKU LAT, ALE ROZSZERZA SIĘ NA NOWE OBSZARY WYKORZYSTUJĄC NAJNOWSZE OSIĄGNIĘCIA W DZIEDZINIE GENOMU I PROTEOMIKI, ABY ROZWIĄZAĆ WAŻNE KWESTIE W TEJ DZIEDZINIE BADAŃ (ROZWÓJ KWIATÓW) ORAZ W BIOLOGII ROŚLIN W OGÓLE. WYNIKI NASZEJ GRUPY W TEJ LINII BADAŃ ZOSTAŁY OPUBLIKOWANE W CZASOPISMACH O WYSOKIM WSKAŹNIKU ODDZIAŁYWANIA (NAUKA, BIOLOGIA GENOMOWA). (Polish)
4 August 2022
0 references
CSOPORTUNK ÁLTALÁNOS CÉLJA A GÉNSZABÁLYOZÁSI HÁLÓZATOK TANULMÁNYOZÁSA ÉS JELLEMZÉSE, AMELYEK VÉGREHAJTJÁK A FEJLESZTÉSI FOLYAMATOKAT A NÖVÉNYEKBEN. AZ ARABIDOPSIS VIRÁGFEJLŐDÉSÉT MODELLRENDSZERÜNKKÉNT ÉS KÍSÉRLETI ALANYUNKKÉNT HASZNÁLJUK, MIVEL A VIRÁG KEZDETE ÉS FEJLESZTÉSE KIVÁLÓ PARADIGMA A NÖVÉNYEK FEJLŐDÉSÉNEK BIOLÓGIA TANULMÁNYOZÁSÁHOZ. A GENOM TRANSZKRIPCIÓS FAKTOROK (CHIP-SEQ) ÉS A TRANSZKRIPTÓMIA KORRELÁCIÓS ADATAINAK IN VIVO ELEMZÉSÉVEL JELLEMEZTÜK AZ APETALA1 FAKTOR SZABÁLYOZÁSI HÁLÓZATÁT ÉS A NÖVÉNYEK FEJLŐDÉSÉT SZABÁLYOZÓ EGYÉB TÉNYEZŐKET. A FEJLESZTÉSI FOLYAMATNAK EZ A GLOBÁLIS ÉS DINAMIKUS JELLEMZÉSE AZONBAN ELSŐSORBAN A GENETIKAI KIFEJEZÉS TRANSZKRIPTÓMIÁBAN TÖRTÉNŐ ÉRTÉKELÉSÉN ALAPUL, ÉS EZÉRT NEM VESZI FIGYELEMBE AZ ÁTIRATOK SZINTÉZISÉT KÖVETŐ SZABÁLYOZÁSI FOLYAMATOK FONTOS SZEREPÉT. A JAVASOLT MUNKA ÖTVÖZI A GENOMIKUS ÉS PROTEOMIKUS MÓDSZEREKET AZ ARABIDOPSIS VIRÁGFEJLESZTÉSI SZABÁLYOZÁSI HÁLÓZATÁNAK TELJES KÖRŰ ISMERETE FELÉ (A VIRÁGZÓ NÖVÉNYEK „PROXYJAKÉNT”; AZ ARABIDOPSIS GENOMJÁBAN, KÜLÖNÖSEN A PEPTIDOMA-BAN KÓDOLT FUNKCIONÁLIS ÉS SZERKEZETI INFORMÁCIÓK MEGÉRTÉSE; ÉS A FUNKCIÓK HOZZÁRENDELÉSE A NEM JELLEMZETT GÉNEKHEZ. A PROJEKT KONKRÉT CÉLKITŰZÉSEI A KÖVETKEZŐK: (1) A GENOM KIFEJEZŐDÉSÉNEK JELLEMZÉSE A VIRÁGFEJLŐDÉSI FOLYAMAT SORÁN PROTEÓMA (ÉS ANNAK MÓDOSÍTÁSAI) ALAPJÁN, VALAMINT ANNAK A TRANSZKRIPCIÓS KIFEJEZÉSSEL VALÓ KORRELÁCIÓJA A SZABÁLYOZÁS ÚJ MECHANIZMUSAINAK FELFEDEZÉSE ÉRDEKÉBEN; (2) AZ ARABIDOPSIS PEPTIDOMA JELLEMZÉSE (AZ ARABIDOPSIS GENOMJÁBAN „REJTETT” SOROK ÉS KÓDSOROK) ÉS SZEREPE A VIRÁGFEJLŐDÉSBEN; (3) A CUC1 MOLEKULÁRIS MECHANIZMUSAI (EGY MÁSIK KULCSFONTOSSÁGÚ SZABÁLYOZÓ A VIRÁGFEJLŐDÉSI FOLYAMATBAN, AMELY RÉSZT VESZ A KÜLÖNBÖZŐ MERISTAMOS ÉS SZERVEK SZÉTVÁLASZTÁSÁBAN); (4) AZ AP1 ÚJ DIANA GÉNJEINEK GENETIKAI ÉS FUNKCIONÁLIS ELEMZÉSE. NAGY AZ ÉRDEKLŐDÉS A SZABÁLYOZÓ GENICAS HÁLÓZATOK JELLEMZÉSE ÉS AZ EUKARIÓTA SZERVEZETEK GENOMJÁRA VONATKOZÓ TRANSZKRIPCIÓS TÉNYEZŐK (E JAVASLAT TERÜLETE) IRÁNT, MIVEL EZEK ELENGEDHETETLENEK A NÖVÉNYFEJLESZTÉS ÉS A FIZIOLÓGIA ALAPJAINAK MEGÉRTÉSÉHEZ ÉS VÉGSŐ SORON MANIPULÁLÁSÁHOZ. EZENKÍVÜL A KÜLÖNBÖZŐ EUKARIÓTA ORGANIZMUSOKKAL VÉGZETT FRISS EREDMÉNYEK A PROTEOM EGY TÖREDÉKÉNEK LÉTEZÉSÉRE UTALNAK, AMELY NAGYON JELENTŐS, DE LÉNYEGÉBEN ISMERETLEN, FŐLEG PEPTIDEKBŐL ÉS KIS FEHÉRJÉKBŐL ÁLL, AMELYEK FUNKCIÓIT MÉG NEM FEDEZTÉK FEL. EZ A PROJEKT AZ ELMÚLT NÉHÁNY ÉVBEN VÉGZETT KUTATÁSOKON ALAPUL, DE A GENOMIKA ÉS PROTEOMIKA LEGÚJABB FEJLEMÉNYEIVEL ÚJ TERÜLETEKRE BŐVÜL, HOGY MEGOLDJA A KUTATÁS (VIRÁGFEJLESZTÉS) ÉS ÁLTALÁBAN A NÖVÉNYEK BIOLÓGIÁJA FONTOS KÉRDÉSEIT. CSOPORTUNK EREDMÉNYEI EBBEN A KUTATÁSBAN MEGJELENTEK A NAGY HATÁSÚ INDEX FOLYÓIRATOKBAN (TUDOMÁNY, GENOMBIOLÓGIA). (Hungarian)
4 August 2022
0 references
CELKOVÝM CÍLEM NAŠÍ SKUPINY JE STUDIUM A CHARAKTERIZACE GENOVÝCH REGULAČNÍCH SÍTÍ, KTERÉ PROVÁDĚJÍ VÝVOJOVÉ PROCESY V ZÁVODECH. VÝVOJ KVĚTU V ARABIDOPSIS VYUŽÍVÁME JAKO NÁŠ MODELOVÝ SYSTÉM A EXPERIMENTÁLNÍ PŘEDMĚT, COŽ JE ZAČÁTEK A VÝVOJ KVĚTU VYNIKAJÍCÍM PARADIGMATEM PRO STUDIUM BIOLOGIE VÝVOJE ROSTLIN. ANALÝZOU KORELOVANÝCH ÚDAJŮ UNIE IN VIVO O FAKTORECH TRANSKRIPCE GENOMU (ČIPOVÉ SEKVENCE) A TRANSKRIPTOMICE JSME CHARAKTERIZOVALI REGULAČNÍ SÍŤ FAKTORU APETALA1 A DALŠÍ FAKTORY UPRAVUJÍCÍ VÝVOJ ROSTLIN. TATO GLOBÁLNÍ A DYNAMICKÁ CHARAKTERIZACE VÝVOJOVÉHO PROCESU JE VŠAK ZALOŽENA PŘEDEVŠÍM NA HODNOCENÍ GENOVÉ EXPRESE Z HLEDISKA TRANSKRIPTOMU, A PROTO NEZAHRNUJE DŮLEŽITOU ÚLOHU REGULAČNÍCH PROCESŮ, KTERÉ VZNIKAJÍ PO SYNTÉZE PŘEPISŮ. NAVRHOVANÉ DÍLO KOMBINUJE GENOMICKÉ A PROTEOMICKÉ METODY S CÍLEM POKROČIT SMĚREM K PLNÉ ZNALOSTI REGULAČNÍ SÍTĚ PRO ROZVOJ KVĚTIN V ARABIDOPSIS (JAKO „PROXY“ KVETOUCÍCH ROSTLIN); POROZUMĚT FUNKČNÍM A STRUKTURÁLNÍM INFORMACÍM ZAKÓDOVANÝM V GENOMU ARABIDOPSIS, KONKRÉTNĚ PEPTIDOMA; A PŘIŘADIT FUNKCE NECHARAKTERIZOVANÝM GENŮM. KONKRÉTNÍMI CÍLI TOHOTO PROJEKTU JSOU: (1) CHARAKTERIZACE VÝRAZU GENOMU V PRŮBĚHU PROCESU VÝVOJE KVĚTIN Z HLEDISKA PROTEOMU (A JEHO MODIFIKACE) A JEHO KORELACE S TRANSKRIPČNÍM VYJÁDŘENÍM S CÍLEM OBJEVIT NOVÉ MECHANISMY REGULACE; (2) CHARAKTERIZACE ARABIDOPSIS PEPTIDOMA (SORFY A KÓDOVACÍ SEKVENCE „SKRYTÉ“ V GENOMU ARABIDOPSIS) A JEJÍ ÚLOHA PŘI VÝVOJI KVĚTIN; (3) MOLEKULÁRNÍ MECHANISMY PŮSOBENÍ CUC1 (DALŠÍ KLÍČOVÝ REGULÁTOR V PROCESU VÝVOJE KVĚTIN, KTERÝ SE PODÍLÍ NA ODDĚLENÍ RŮZNÝCH MERISTAMOS A ORGÁNŮ); (4) GENETICKÁ A FUNKČNÍ ANALÝZA NOVÝCH GENŮ DIANA Z AP1. EXISTUJE VELKÝ ZÁJEM O CHARAKTERIZACI REGULAČNÍCH SÍTÍ GENICAS A O ČINNOSTI TRANSKRIPČNÍCH FAKTORŮ NA GENOMU EUKARYOTICKÝCH ORGANISMŮ (OBLAST TOHOTO NÁVRHU), NEBOŤ JSOU NEZBYTNÉ PRO POCHOPENÍ A NAKONEC MANIPULACI ZÁKLADŮ VÝVOJE A FYZIOLOGIE ROSTLIN. KROMĚ TOHO NEDÁVNÉ VÝSLEDKY ZÍSKANÉ U RŮZNÝCH EUKARYOTICKÝCH ORGANISMŮ NAZNAČUJÍ EXISTENCI ZLOMKU PROTEOMU, VELMI PODSTATNÉHO, ALE V PODSTATĚ NEZNÁMÉHO, SLOŽENÉHO PŘEVÁŽNĚ Z PEPTIDŮ A MALÝCH PROTEINŮ, JEJICHŽ FUNKCE SE TEPRVE OBJEVÍ. TENTO PROJEKT JE ZALOŽEN NA VÝZKUMU, KTERÝ JSME PROVEDLI V POSLEDNÍCH NĚKOLIKA LETECH, ALE ROZŠIŘUJE SE DO NOVÝCH OBLASTÍ S VYUŽITÍM NEJNOVĚJŠÍCH POKROKŮ V GENOMICKÉ A PROTEOMICE, K ŘEŠENÍ DŮLEŽITÝCH OTÁZEK V TÉTO OBLASTI VÝZKUMU (VÝVOJ KVĚTIN) A V BIOLOGII ROSTLIN OBECNĚ. VÝSLEDKY NAŠÍ SKUPINY V TÉTO LINII VÝZKUMU BYLY PUBLIKOVÁNY V ČASOPISECH S VYSOKÝM INDEXEM DOPADU (VĚDA, GENOMOVÁ BIOLOGIE). (Czech)
4 August 2022
0 references
MŪSU GRUPAS VISPĀRĒJAIS MĒRĶIS IR PĒTĪT UN RAKSTUROT ĢENĒZES REGULĒŠANAS TĪKLUS, KAS ĪSTENO AUGU ATTĪSTĪBAS PROCESUS. MĒS IZMANTOJAM ZIEDU ATTĪSTĪBU ARABIDOPSIS KĀ MŪSU MODEĻA SISTĒMU UN EKSPERIMENTĀLO TĒMU, KAS IR ZIEDA SĀKUMS UN ATTĪSTĪBA IR LIELISKA PARADIGMA AUGU ATTĪSTĪBAS BIOLOĢIJAS IZPĒTEI. ANALIZĒJOT KORELĒTOS SAVIENĪBAS DATUS PAR GENOMA TRANSKRIPCIJAS FAKTORIEM (CHIP-SEQ) UN TRANSKRIPTOMIKU IN VIVO, MĒS ESAM RAKSTUROJUŠI APETALA1 FAKTORA REGULATĪVO TĪKLU UN CITUS FAKTORUS, KAS REGULĒ AUGU ATTĪSTĪBU. TOMĒR ŠIS ATTĪSTĪBAS PROCESA GLOBĀLAIS UN DINAMISKAIS RAKSTUROJUMS GALVENOKĀRT BALSTĀS UZ ĢENĒZES IZTEIKSMES NOVĒRTĒŠANU TRANSKRIPTOMETA IZTEIKSMĒ, UN TĀPĒC TAJĀ NAV IEKĻAUTA NOZĪMĪGĀ LOMA, KĀDA IR REGLAMENTĒJOŠIEM PROCESIEM, KAS NOTIEK PĒC STENOGRAMMU SINTĒZES. IEROSINĀTAIS DARBS APVIENO GENOMIKAS UN PROTEOMIKAS METODES, LAI VIRZĪTOS UZ PILNĪGĀM ZINĀŠANĀM PAR FLORU ATTĪSTĪBAS REGULATĪVO TĪKLU ARABIDOPSIS (KĀ ZIEDOŠU AUGU “PROXY”); IZPRAST FUNKCIONĀLO UN STRUKTURĀLO INFORMĀCIJU, KAS KODĒTA ARABIDOPSIS GENOMĀ, JO ĪPAŠI PEPTIDOMA; UN PIEŠĶIRT FUNKCIJAS NERAKSTURĪGIEM GĒNIEM. ŠĀ PROJEKTA KONKRĒTIE MĒRĶI IR ŠĀDI: (1) GENOMA EKSPRESIJAS RAKSTUROJUMS VISĀ ZIEDU ATTĪSTĪBAS PROCESĀ PROTEOMEA IZTEIKSMĒ (UN TĀ MODIFIKĀCIJAS) UN TĀ KORELĀCIJA AR TRANSKRIPCIJAS IZTEIKSMI, LAI ATKLĀTU JAUNUS REGULAS MEHĀNISMUS; (2) ARABIDOPSIS PEPTIDOMA RAKSTUROJUMS (ŠĶIRNES UN KODĒŠANAS SEKVENCES “SLĒPTAS” ARABIDOPSIS GENOMĀ) UN TO NOZĪME ZIEDU ATTĪSTĪBĀ; (3) MOLEKULĀRIE CUC1 DARBĪBAS MEHĀNISMI (CITS BŪTISKS REGULATORS ZIEDU ATTĪSTĪBAS PROCESĀ, KAS PIEDALĀS DAŽĀDU MERISTAMOS UN ORGĀNU ATDALĪŠANĀ); (4) JAUNO DIANA GĒNU ĢENĒTISKĀ UN FUNKCIONĀLĀ ANALĪZE NO AP1. PASTĀV LIELA INTERESE PAR REGULĒJOŠO GENICAS TĪKLU RAKSTUROŠANU UN TRANSKRIPCIJAS FAKTORU DARBĪBU UZ EIKARIOTISKO ORGANISMU GENOMU (ŠĀ PRIEKŠLIKUMA JOMA), JO TIE IR BŪTISKI, LAI IZPRASTU UN GALU GALĀ MANIPULĒTU AR AUGU ATTĪSTĪBAS UN FIZIOLOĢIJAS PAMATIEM. TURKLĀT JAUNĀKIE REZULTĀTI, KAS IEGŪTI AR DAŽĀDIEM EIKARIOTISKIEM ORGANISMIEM, LIECINA, KA PASTĀV ĻOTI NOZĪMĪGA, BET BŪTĪBĀ NEZINĀMA PROTEOMEA DAĻA, KAS SASTĀV GALVENOKĀRT NO PEPTĪDIEM UN MAZĀM OLBALTUMVIELĀM, KURU FUNKCIJAS VĒL NAV ATKLĀTAS. ŠIS PROJEKTS IR BALSTĪTS UZ PĒTĪJUMIEM, KO ESAM VEIKUŠI PĒDĒJO GADU LAIKĀ, BET TAS PAPLAŠINĀS JAUNĀS JOMĀS, IZMANTOJOT JAUNĀKOS GENOMIKAS UN PROTEOMIKAS SASNIEGUMUS, LAI ATRISINĀTU SVARĪGUS JAUTĀJUMUS ŠAJĀ PĒTNIECĪBAS JOMĀ (ZIEDU ATTĪSTĪBA) UN AUGU BIOLOĢIJĀ KOPUMĀ. MŪSU GRUPAS REZULTĀTI ŠAJĀ PĒTĪJUMU VIRZIENĀ IR PUBLICĒTI AUGSTAS IETEKMES INDEKSA ŽURNĀLOS (ZINĀTNE, GENOMA BIOLOĢIJA). (Latvian)
4 August 2022
0 references
IS É CUSPÓIR FORIOMLÁN ÁR NGRÚPA STAIDÉAR AGUS TRÉITHRIÚ NA LÍONRAÍ RIALACHÁN GENIC A FHORGHNÍOMHÚ NA PRÓISIS FORBARTHA I BPLANDAÍ. BAINIMID ÚSÁID AS FORBAIRT AN BHLÁTH I ARABIDOPSIS MAR ÁR GCÓRAS SAMHAIL AGUS ÁBHAR TURGNAMHACH, IS É SIN TÚS AGUS FORBAIRT AN BHLÁTH MAR PHARAIDÍM DEN SCOTH LE HAGHAIDH STAIDÉIR AR BHITHEOLAÍOCHT FORBARTHA I BPLANDAÍ. TRÍ ANAILÍS A DHÉANAMH AR SHONRAÍ COMHGHAOLAITHE AN AONTAIS IN VIVO D’FHACHTÓIRÍ TRAS-SCRÍOFA GÉANÓMACHA (SLIS-SEQ) AGUS TRAS-SCRÍBHINN, BHÍ LÍONRA RIALÁLA FHACHTÓIR APETALA1 AGUS TOSCA EILE LENA RIALAÍTEAR FORBAIRT PLANDAÍ TRÉITHRITHE AGAINN. MAR SIN FÉIN, TÁ TRÉITHRIÚ DOMHANDA DINIMICIÚIL AN PHRÓISIS FORBARTHA BUNAITHE GO PRÍOMHA AR AN LÉIRIÚ GÉICEACH A MHEAS I DTÉARMAÍ TRAS-SCRÍBHINNE, AGUS DÁ BHRÍ SIN, NÍ CHUIMSÍONN SÉ AN RÓL TÁBHACHTACH ATÁ AG PRÓISIS RIALÁLA A THARLAÍONN TAR ÉIS SHINTÉIS NA DTRAS-SCRÍBHINNÍ. COMHCHEANGLAÍONN AN OBAIR ATÁ BEARTAITHE MODHANNA GÉANÓMAÍOCHA AGUS PRÓITÉAMAÍOCHA CHUN DUL CHUN CINN A DHÉANAMH I DTREO EOLAS IOMLÁN AR AN LÍONRA RIALÁLA FORBARTHA BLÁTHANNA IN ARABIDOPSIS (MAR “PROXY” DE PHLANDAÍ BLÁTHANNA); TUISCINT A FHÁIL AR AN BHFAISNÉIS FHEIDHMIÚIL AGUS STRUCHTÚRACH ATÁ IONCHÓDAITHE I NGÉANÓM ARABIDOPSIS, GO HÁIRITHE PEPTIDOMA; AGUS FEIDHMEANNA A SHANNADH DO GÉINTE UNCHARACHERIZED. IS IAD SEO A LEANAS CUSPÓIRÍ SONRACHA AN TIONSCADAIL SEO: (1) TRÉITHRIÚ AR LÉIRIÚ AN GHÉANÓM AR FUD AN PHRÓISIS FORBARTHA BLÁTHANNA I DTÉARMAÍ PRÓITÓIM (AGUS MODHNUITHE AIR), AGUS A CHOMHGHAOLMHAIREACHT LE LÉIRIÚ TRAS-SCRÍOFA CHUN MEICNÍOCHTAÍ NUA AN RIALACHÁIN A FHÁIL AMACH; (2) TRÉITHRIÚ ARABIDOPSIS PEPTIDOMA (SORFS AGUS SEICHIMH CHÓDÚCHÁIN “I BHFOLACH” I NGÉANÓM ARABIDOPSIS), AGUS A RÓL I BHFORBAIRT BLÁTH; (3) MEICNÍOCHTAÍ MÓILÍNEACHA GNÍOMHAÍOCHTA CUC1 (RIALTÓIR RÍTHÁBHACHTACH EILE SA PHRÓISEAS FORBARTHA BLÁTHANNA, A GHLACANN PÁIRT SA SCARADH IDIR NA MERISTAMOS AGUS NA HORGÁIN ÉAGSÚLA); (4) ANAILÍS GHÉINITEACH AGUS FEIDHMIÚIL NA GÉINTE NUA DIANA Ó AP1. TÁ AN-SUIM ANN I DTRÉITHRIÚ LÍONRAÍ RIALÁLA GENICAS AGUS I NGNÍOMHAÍOCHTAÍ TOSCA TRAS-SCRÍOFA AR GHÉANÓM NA N-ORGÁNACH ÉUKARYOTIC (RÉIMSE AN TOGRA SEO), MAR GO BHFUIL SIAD RIACHTANACH CHUN BOINN FORBARTHA PLANDAÍ AGUS FISEOLAÍOCHTA A THUISCINT AGUS A IONRAMHÁIL AR DEIREADH. THAIRIS SIN, LÉIRÍONN TORTHAÍ A FUARTHAS LE DÉANAÍ LE HORGÁNAIGH EUKARYOTIC ÉAGSÚLA GO BHFUIL CODÁN DEN PHRÓITÉIN, AN-SUNTASACH ACH ANAITHNID GO BUNÚSACH, COMHDHÉANTA DEN CHUID IS MÓ DE PHEIPTÍDÍ AGUS DE PHRÓITÉINÍ BEAGA, A BHFUIL A BHFEIDHMEANNA FÓS LE FÁIL AMACH. TÁ AN TIONSCADAL SEO BUNAITHE AR AN TAIGHDE ATÁ DÉANTA AGAINN LE BLIANTA BEAGA ANUAS, ACH LEATHNAÍONN SÉ I RÉIMSÍ NUA AG BAINT ÚSÁIDE AS AN DUL CHUN CINN IS DÉANAÍ MAIDIR LE GÉANÓMAÍOCHT AGUS PRÓITÉAMAÍOCHT, CHUN SAINCHEISTEANNA TÁBHACHTACHA A RÉITEACH SA RÉIMSE SEO TAIGHDE (FORBAIRT BLÁTHANNA) AGUS I MBITHEOLAÍOCHT PLANDAÍ I NGINEARÁLTA. FOILSÍODH TORTHAÍ ÁR NGRÚPA SA LÍNE TAIGHDE SEO IN IRISÍ INNÉACS ARDTIONCHAIR (EOLAÍOCHT, BITHEOLAÍOCHT GENOME). (Irish)
4 August 2022
0 references
SPLOŠNI CILJ NAŠE SKUPINE JE PREUČEVANJE IN KARAKTERIZACIJA GENIH REGULATIVNIH MREŽ, KI IZVAJAJO RAZVOJNE PROCESE V OBRATIH. RAZVOJ CVETJA V ARABIDOPSISU UPORABLJAMO KOT MODELNI SISTEM IN EKSPERIMENTALNI PREDMET, SAJ JE ZAČETEK IN RAZVOJ CVETJA ODLIČNA PARADIGMA ZA ŠTUDIJE BIOLOGIJE RAZVOJA RASTLIN. Z ANALIZO KORELIRANIH PODATKOV UNIJE IN VIVO GENOMSKIH TRANSKRIPCIJSKIH FAKTORJEV (ČIP-SEQ) IN TRANSKRIPTOMIKE SMO OPREDELILI REGULATIVNO MREŽO FAKTORJA APETALA1 IN DRUGE DEJAVNIKE, KI UREJAJO RAZVOJ RASTLIN. VENDAR TA GLOBALNA IN DINAMIČNA KARAKTERIZACIJA RAZVOJNEGA PROCESA TEMELJI PREDVSEM NA OCENI GENEGA IZRAŽANJA V SMISLU TRANSKRIPTOMA IN ZATO NE VKLJUČUJE POMEMBNE VLOGE REGULATIVNIH POSTOPKOV, KI SE POJAVIJO PO SINTEZI PREPISOV. PREDLAGANO DELO ZDRUŽUJE GENOMSKE IN PROTEOMSKE METODE ZA NAPREDEK K POPOLNEMU POZNAVANJU REGULATORNE MREŽE CVETLIČNEGA RAZVOJA V ARABIDOPSISU (KOT „PROXY“ CVETOČIH RASTLIN); RAZUMETI FUNKCIONALNE IN STRUKTURNE INFORMACIJE, KODIRANE V GENOMU ARABIDOPSISA, ZLASTI PEPTIDOMA; IN DODELITI FUNKCIJE NEZNAČILNIM GENOM. POSEBNI CILJI TEGA PROJEKTA SO: (1) KARAKTERIZACIJA IZRAŽANJA GENOMA V CELOTNEM PROCESU RAZVOJA CVETOV V SMISLU PROTEOMA (IN NJEGOVIH SPREMEMB) IN NJEGOVE POVEZAVE S TRANSKRIPCIJSKIM IZRAZOM ZA ODKRIVANJE NOVIH MEHANIZMOV REGULACIJE; (2) KARAKTERIZACIJA ARABIDOPSIS PEPTIDOMA (SKRITIH SEKVENC IN KODIRANJA V GENOMU ARABIDOPSISA) IN NJEGOVA VLOGA PRI RAZVOJU CVETOV; (3) MOLEKULARNI MEHANIZMI DELOVANJA CUC1 (DRUGI KLJUČNI REGULATOR V PROCESU RAZVOJA CVETOV, KI SODELUJE PRI LOČEVANJU MED RAZLIČNIMI MERISTAMOS-I IN ORGANI); (4) GENETSKA IN FUNKCIONALNA ANALIZA NOVIH DIANSKIH GENOV IZ AP1. OBSTAJA VELIKO ZANIMANJE ZA KARAKTERIZACIJO REGULATIVNIH OMREŽIJ GENICAS IN ZA DEJAVNOSTI TRANSKRIPCIJSKIH FAKTORJEV NA GENOMU EVKARIONTSKIH ORGANIZMOV (PODROČJE TEGA PREDLOGA), SAJ SO BISTVENEGA POMENA ZA RAZUMEVANJE IN SČASOMA MANIPULIRANJE Z OSNOVAMI RAZVOJA RASTLIN IN FIZIOLOGIJE. POLEG TEGA NEDAVNI REZULTATI, PRIDOBLJENI Z RAZLIČNIMI EVKARIONTSKIMI ORGANIZMI, KAŽEJO NA OBSTOJ DELA PROTEOMA, KI JE ZELO POMEMBEN, VENDAR V BISTVU NEZNAN, SESTAVLJEN PREDVSEM IZ PEPTIDOV IN MAJHNIH BELJAKOVIN, KATERIH FUNKCIJE JE TREBA ŠE ODKRITI. TA PROJEKT TEMELJI NA RAZISKAVAH, KI SMO JIH IZVEDLI V ZADNJIH NEKAJ LETIH, VENDAR SE ŠIRI NA NOVA PODROČJA Z UPORABO NAJNOVEJŠIH DOSEŽKOV V GENOMSKI IN PROTEOMIKI, ZA REŠEVANJE POMEMBNIH VPRAŠANJ NA TEM PODROČJU RAZISKAV (RAZVOJ CVETJA) IN V BIOLOGIJI RASTLIN NA SPLOŠNO. REZULTATI NAŠE SKUPINE V TEJ VRSTI RAZISKAV SO BILI OBJAVLJENI V REVIJAH Z VISOKIM VPLIVOM (ZNANOST, GENOMSKA BIOLOGIJA). (Slovenian)
4 August 2022
0 references
ОБЩАТА ЦЕЛ НА НАШАТА ГРУПА Е ПРОУЧВАНЕТО И ХАРАКТЕРИЗИРАНЕТО НА МРЕЖИТЕ ЗА РЕГУЛИРАНЕ НА ВЪЗДЕЙСТВИЕТО ВЪРХУ ОКОЛНАТА СРЕДА, КОИТО ИЗПЪЛНЯВАТ ПРОЦЕСИТЕ НА РАЗРАБОТВАНЕ В РАСТЕНИЯТА. НИЕ ИЗПОЛЗВАМЕ РАЗВИТИЕТО НА ЦВЕТЕТО В ARABIDOPSIS КАТО НАШАТА МОДЕЛНА СИСТЕМА И ЕКСПЕРИМЕНТАЛЕН ОБЕКТ, КАТО НАЧАЛОТО И РАЗВИТИЕТО НА ЦВЕТЕТО ОТЛИЧНА ПАРАДИГМА ЗА ИЗСЛЕДВАНИЯ НА БИОЛОГИЯТА НА РАЗВИТИЕТО НА РАСТЕНИЯТА. АНАЛИЗИРАЙКИ КОРЕЛИРАНИТЕ ДАННИ НА СЪЮЗА IN VIVO ОТ ФАКТОРИТЕ ЗА ГЕНОМНА ТРАНСКРИПЦИЯ (ЧИП-SEQ) И ТРАНСКРИПТОМИКАТА, НИЕ ХАРАКТЕРИЗИРАХМЕ РЕГУЛАТОРНАТА МРЕЖА НА ФАКТОРА APETALA1 И ДРУГИ ФАКТОРИ, РЕГУЛИРАЩИ РАЗВИТИЕТО НА РАСТЕНИЯТА. ТАЗИ ГЛОБАЛНА И ДИНАМИЧНА ХАРАКТЕРИСТИКА НА ПРОЦЕСА НА РАЗРАБОТВАНЕ ОБАЧЕ СЕ ОСНОВАВА ПРЕДИ ВСИЧКО НА ОЦЕНКА НА ГЕННОТО ИЗРАЗЯВАНЕ ОТ ГЛЕДНА ТОЧКА НА ТРАНСКРИПТОМА И СЛЕДОВАТЕЛНО НЕ ВКЛЮЧВА ВАЖНАТА РОЛЯ НА РЕГУЛАТОРНИТЕ ПРОЦЕСИ, КОИТО ВЪЗНИКВАТ СЛЕД СИНТЕЗА НА ПРЕПИСИТЕ. ПРЕДЛОЖЕНАТА РАБОТА СЪЧЕТАВА ГЕНОМНИ И ПРОТЕОМНИ МЕТОДИ ЗА ПОСТИГАНЕ НА ПЪЛНО ПОЗНАВАНЕ НА РЕГУЛАТОРНАТА МРЕЖА ЗА РАЗВИТИЕ НА ФЛОРАТА В ARABIDOPSIS (КАТО „ПРОКСИ“ НА ЦЪФТЯЩИ РАСТЕНИЯ); ДА СЕ РАЗБЕРЕ ФУНКЦИОНАЛНАТА И СТРУКТУРНАТА ИНФОРМАЦИЯ, КОДИРАНА В ГЕНОМА НА АРАБИДОПСИС, ПО-СПЕЦИАЛНО В PEPTIDOMA; И ДА ВЪЗЛАГА ФУНКЦИИ НА НЕХАРАКТЕРИЗИРАНИ ГЕНИ. СПЕЦИФИЧНИТЕ ЦЕЛИ НА ТОЗИ ПРОЕКТ СА: (1) ХАРАКТЕРИЗИРАНЕ НА ЕКСПРЕСИЯТА НА ГЕНОМА ПРЕЗ ЦЕЛИЯ ПРОЦЕС НА РАЗВИТИЕ НА ЦВЕТЯТА ПО ОТНОШЕНИЕ НА ПРОТЕОМА (И НЕГОВИТЕ МОДИФИКАЦИИ) И НЕГОВАТА КОРЕЛАЦИЯ С ТРАНСКРИПЦИОННИЯ ИЗРАЗ ЗА ОТКРИВАНЕ НА НОВИ МЕХАНИЗМИ НА РЕГУЛИРАНЕ; (2) ХАРАКТЕРИЗИРАНЕ НА ARABIDOPSIS PEPTIDOMA (СОРБИ И КОДИРАЩИ ПОСЛЕДОВАТЕЛНОСТИ „СКРИТИ“ В ГЕНОМА НА АРАБИДОПСИС) И РОЛЯТА МУ В РАЗВИТИЕТО НА ЦВЕТЯТА; (3) МОЛЕКУЛЯРНИ МЕХАНИЗМИ НА ДЕЙСТВИЕ CUC1 (ДРУГ РЕШАВАЩ РЕГУЛАТОР В ПРОЦЕСА НА РАЗВИТИЕ НА ЦВЕТЯТА, КОЙТО УЧАСТВА В РАЗДЕЛЯНЕТО НА РАЗЛИЧНИТЕ MERISTAMOS И ОРГАНИ); (4) ГЕНЕТИЧЕН И ФУНКЦИОНАЛЕН АНАЛИЗ НА НОВИТЕ ГЕНИ DIANA ОТ AP1. НАЛИЦЕ Е ГОЛЯМ ИНТЕРЕС КЪМ ХАРАКТЕРИЗИРАНЕТО НА РЕГУЛАТОРНИТЕ МРЕЖИ GENICAS И КЪМ ДЕЙНОСТИТЕ НА ТРАНСКРИПЦИОННИТЕ ФАКТОРИ ВЪРХУ ГЕНОМА НА ЕУКАРИОТНИТЕ ОРГАНИЗМИ (ОБЛАСТТА НА НАСТОЯЩОТО ПРЕДЛОЖЕНИЕ), ТЪЙ КАТО ТЕ СА ОТ СЪЩЕСТВЕНО ЗНАЧЕНИЕ ЗА РАЗБИРАНЕТО И В КРАЙНА СМЕТКА МАНИПУЛИРАНЕТО НА ОСНОВИТЕ НА РАЗВИТИЕТО НА РАСТЕНИЯТА И ФИЗИОЛОГИЯТА. ОСВЕН ТОВА ПОСЛЕДНИТЕ РЕЗУЛТАТИ, ПОЛУЧЕНИ С РАЗЛИЧНИ ЕУКАРИОТНИ ОРГАНИЗМИ, ПОКАЗВАТ НАЛИЧИЕТО НА ЧАСТ ОТ ПРОТЕОМА, МНОГО ЗНАЧИМ, НО ПО СЪЩЕСТВО НЕИЗВЕСТЕН, СЪСТАВЕН ГЛАВНО ОТ ПЕПТИДИ И МАЛКИ ПРОТЕИНИ, ЧИИТО ФУНКЦИИ ТЕПЪРВА ПРЕДСТОИ ДА БЪДАТ ОТКРИТИ. ТОЗИ ПРОЕКТ СЕ ОСНОВАВА НА ИЗСЛЕДВАНИЯТА, КОИТО ИЗВЪРШИХМЕ ПРЕЗ ПОСЛЕДНИТЕ НЯКОЛКО ГОДИНИ, НО СЕ РАЗШИРЯВА В НОВИ ОБЛАСТИ, ИЗПОЛЗВАЙКИ НАЙ-НОВИТЕ ПОСТИЖЕНИЯ В ГЕНОМНАТА И ПРОТЕОМИКАТА, ЗА РЕШАВАНЕ НА ВАЖНИ ВЪПРОСИ В ТАЗИ ОБЛАСТ НА НАУЧНИТЕ ИЗСЛЕДВАНИЯ (РАЗВИТИЕ НА ЦВЕТЯ) И В БИОЛОГИЯТА НА РАСТЕНИЯТА КАТО ЦЯЛО. РЕЗУЛТАТИТЕ НА НАШАТА ГРУПА В ТАЗИ ОБЛАСТ НА ИЗСЛЕДВАНИЯ СА ПУБЛИКУВАНИ В СПИСАНИЯ С ВИСОК ИНДЕКС НА ВЪЗДЕЙСТВИЕ (НАУКА, ГЕНОМНА БИОЛОГИЯ). (Bulgarian)
4 August 2022
0 references
L-GĦAN ĠENERALI TAL-GRUPP TAGĦNA HUWA L-ISTUDJU U L-KARATTERIZZAZZJONI TAN-NETWERKS TAR-REGOLAMENTAZZJONI ĠENIKA LI TESEGWIXXI L-PROĊESSI TA’ ŻVILUPP FL-IMPJANTI. AĦNA NUŻAW L-IŻVILUPP TAL-FJURA FIL-GĦARBI BĦALA SISTEMA MUDELL TAGĦNA U SUĠĠETT SPERIMENTALI, LI L-BIDU U L-IŻVILUPP TAL-FJURA PARADIGMA EĊĊELLENTI GĦALL-ISTUDJI TAL-BIJOLOĠIJA TA ‘ŻVILUPP FIL-PJANTI. BL-ANALIŻI TA’ DATA KORRELATATA TAL-UNJONI IN VIVO TA’ FATTURI TA’ TRASKRIZZJONI TAL-ĠENOMA (CHIP-SEQ) U TRASKRISTOMIJA, AĦNA KKARATTERIZZAJNA N-NETWERK REGOLATORJU TAL-FATTUR APETALA1 U FATTURI OĦRA LI JIRREGOLAW L-IŻVILUPP FL-IMPJANTI. MADANKOLLU, DIN IL-KARATTERIZZAZZJONI GLOBALI U DINAMIKA TAL-PROĊESS TA’ ŻVILUPP HIJA BBAŻATA PRIMARJAMENT FUQ L-EVALWAZZJONI TAL-ESPRESSJONI ĠENIKA F’TERMINI TA’ TRASKRIZZJONI, U GĦALHEKK MA TINKORPORAX IR-RWOL IMPORTANTI LI GĦANDHOM IL-PROĊESSI REGOLATORJI LI JSEĦĦU WARA S-SINTEŻI TAT-TRASKRIZZJONIJIET. IL-ĦIDMA PROPOSTA TGĦAQQAD METODI ĠENOMIĊI U PROTEOMIĊI BIEX ISIR PROGRESS LEJN GĦARFIEN SĦIĦ TAN-NETWERK REGOLATORJU GĦALL-IŻVILUPP TAL-FJURI FL-GĦARAB (BĦALA “PROXY” TAL-PJANTI LI JAGĦMLU L-FJURI); LI JIFHEM L-INFORMAZZJONI FUNZJONALI U STRUTTURALI KKODIFIKATA FIL-ĠENOMA TAL-GĦARBI, SPEĊIFIKAMENT IL-PEPTIDOMA; U BIEX JASSENJAW FUNZJONIJIET LI ĠENI MHUX KARATTERIZZATI. L-OBJETTIVI SPEĊIFIĊI GĦAL DAN IL-PROĠETT HUMA: (1) IL-KARATTERIZZAZZJONI TAL-ESPRESSJONI TAL-ĠENOMA MATUL IL-PROĊESS KOLLU TAL-IŻVILUPP TAL-FJURI F’TERMINI TA’ PROTEOMA (U L-MODIFIKI TIEGĦU), U L-KORRELAZZJONI TIEGĦU MAL-ESPRESSJONI TRASKRIZZJONALI BIEX JIĠU SKOPERTI MEKKANIŻMI ĠODDA TAR-REGOLAMENT; (2) IL-KARATTERIZZAZZJONI TA’ ARABIDOPSIS PEPTIDOMA (SORFS U SEKWENZI TA’ KODIFIKAZZJONI “MOĦBIJA” FIL-ĠENOMA TAL-GĦARBIDOPSIS), U R-RWOL TAGĦHA FL-IŻVILUPP TAL-FJURI; (3) MEKKANIŻMI MOLEKULARI TAL-AZZJONI CUC1 (REGOLATUR KRUĊJALI IEĦOR FIL-PROĊESS TAL-IŻVILUPP TAL-FJURI, LI JIPPARTEĊIPA FIS-SEPARAZZJONI BEJN IL-MERISTAMOS U L-ORGANI DIFFERENTI); (4) ANALIŻI ĠENETIKA U FUNZJONALI TA’ ĠENI DIANA ĠODDA MILL-AP1. HEMM INTERESS KBIR FIL-KARATTERIZZAZZJONI TAN-NETWERKS REGOLATORJI TAL-GENICAS U FL-ATTIVITAJIET TA’ FATTURI TA’ TRASKRIZZJONI FUQ IL-ĠENOMA TA’ ORGANIŻMI EWKARJOTIĊI (IL-QASAM TA’ DIN IL-PROPOSTA), PERESS LI HUMA ESSENZJALI BIEX WIEĦED JIFHEM, U EVENTWALMENT JIMMANIPULA, IL-BAŻIJIET TAL-IŻVILUPP TAL-PJANTI U L-FIŻJOLOĠIJA. BARRA MINN HEKK, RIŻULTATI REĊENTI MIKSUBA B’DIVERSI ORGANIŻMI EWKARJOTIĊI JINDIKAW L-EŻISTENZA TA’ FRAZZJONI TAL-PROTEOMA, SOSTANZJALI ĦAFNA IŻDA ESSENZJALMENT MHUX MAGĦRUFA, MAGĦMULA PRINĊIPALMENT MINN PEPTIDI U PROTEINI ŻGĦAR, LI L-FUNZJONIJIET TAGĦHOM GĦAD IRIDU JIĠU SKOPERTI. DAN IL-PROĠETT HUWA BBAŻAT FUQ IR-RIĊERKA LI WETTAQNA MATUL L-AĦĦAR FTIT SNIN, IŻDA TESPANDI F’OQSMA ĠODDA LI JUŻAW L-AĦĦAR AVVANZI FIL ĠENOMIKA U PROTEOMIKA, BIEX ISOLVU KWISTJONIJIET IMPORTANTI F’DAN IL-QASAM TA ‘RIĊERKA (ŻVILUPP TAL-FJURI) U FIL-BIJOLOĠIJA TA’ PJANTI B’MOD ĠENERALI. IR-RIŻULTATI TAL-GRUPP TAGĦNA F’DIN IL-LINJA TA ‘RIĊERKA ĠEW IPPUBBLIKATI FIL-ĠURNALI INDIĊI IMPATT GĦOLI (XJENZA, BIJOLOĠIJA ĠENOMA). (Maltese)
4 August 2022
0 references
O OBJETIVO GERAL DO NOSSO GRUPO É O ESTUDO E CARACTERIZAÇÃO DAS REDES DE REGULAÇÃO GÊNICA QUE EXECUTAM OS PROCESSOS DE DESENVOLVIMENTO EM PLANTAS. USAMOS O DESENVOLVIMENTO DA FLOR EM ARABIDOPSIS COMO NOSSO SISTEMA MODELO E SUJEITO EXPERIMENTAL, SENDO O INÍCIO E DESENVOLVIMENTO DA FLOR UM EXCELENTE PARADIGMA PARA ESTUDOS DE BIOLOGIA DO DESENVOLVIMENTO EM PLANTAS. AO ANALISAR OS DADOS DA UNIÃO CORRELACIONADOS IN VIVO DE FATORES DE TRANSCRIÇÃO DO GENOMA (CHIP-SEQ) E TRANSCRIPTÔMICA, CARACTERIZAMOS A REDE REGULADORA DO FATOR APETALA1 E OUTROS FATORES QUE REGULAM O DESENVOLVIMENTO EM PLANTAS. NO ENTANTO, ESSA CARACTERIZAÇÃO GLOBAL E DINÂMICA DO PROCESSO DE DESENVOLVIMENTO BASEIA-SE PRINCIPALMENTE NA AVALIAÇÃO DA EXPRESSÃO GÊNICA EM TERMOS DE TRANSCRIPTOMA E, PORTANTO, NÃO INCORPORA O IMPORTANTE PAPEL DESEMPENHADO PELOS PROCESSOS REGULATÓRIOS QUE OCORREM APÓS A SÍNTESE DAS TRANSCRIÇÕES. O TRABALHO PROPOSTO COMBINA MÉTODOS GENÔMICOS E PROTEÔMICOS PARA AVANÇAR PARA O PLENO CONHECIMENTO DA REDE REGULADORA DO DESENVOLVIMENTO FLORAL EM ARABIDOPSIS (COMO «PROXY» DE PLANTAS COM FLORAÇÃO); COMPREENDER AS INFORMAÇÕES FUNCIONAIS E ESTRUTURAIS CODIFICADAS NO GENOMA DA ARABIDOPSIS, ESPECIFICAMENTE O PEPTIDOMA; E ATRIBUIR FUNÇÕES A GENES NÃO CARACTERIZADOS. OS OBJETIVOS ESPECÍFICOS DESTE PROJETO SÃO OS SEGUINTES: (1) CARACTERIZAÇÃO DA EXPRESSÃO DO GENOMA AO LONGO DO PROCESSO DE DESENVOLVIMENTO DA FLOR EM TERMOS DE PROTEOMA (E SUAS MODIFICAÇÕES), E SUA CORRELAÇÃO COM A EXPRESSÃO TRANSCRICIONAL PARA DESCOBRIR NOVOS MECANISMOS DE REGULAÇÃO; (2) CARACTERIZAÇÃO DA ARABIDOPSIS PEPTIDOMA (SORFES E SEQUÊNCIAS DE CODIFICAÇÃO «ESCONDIDAS» NO GENOMA DA ARABIDOPSIS), E SEU PAPEL NO DESENVOLVIMENTO DE FLORES; (3) MECANISMOS MOLECULARES DA AÇÃO CUC1 (OUTRO REGULADOR CRUCIAL NO PROCESSO DE DESENVOLVIMENTO DE FLORES, QUE PARTICIPA NA SEPARAÇÃO ENTRE OS DIFERENTES MERISTAMOS E ÓRGÃOS); (4) ANÁLISE GENÉTICA E FUNCIONAL DE NOVOS GENES DIANA DA AP1. HÁ UM GRANDE INTERESSE NA CARACTERIZAÇÃO DAS REDES REGULATÓRIAS GENICAS E NAS ATIVIDADES DE FATORES DE TRANSCRIÇÃO NO GENOMA DE ORGANISMOS EUCARIÓTICOS (A ÁREA DESTA PROPOSTA), POIS SÃO ESSENCIAIS PARA ENTENDER E, EVENTUALMENTE, MANIPULAR AS BASES DO DESENVOLVIMENTO E FISIOLOGIA DAS PLANTAS. ALÉM DISSO, RESULTADOS RECENTES OBTIDOS COM VÁRIOS ORGANISMOS EUCARIÓTICOS INDICAM A EXISTÊNCIA DE UMA FRAÇÃO DO PROTEOMA, MUITO SUBSTANCIAL, MAS ESSENCIALMENTE DESCONHECIDA, COMPOSTA PRINCIPALMENTE POR PEPTÍDEOS E PEQUENAS PROTEÍNAS, CUJAS FUNÇÕES AINDA ESTÃO POR DESCOBRIR. ESTE PROJETO BASEIA-SE NA PESQUISA QUE TEMOS REALIZADO NOS ÚLTIMOS ANOS, MAS SE EXPANDE PARA NOVAS ÁREAS USANDO OS MAIS RECENTES AVANÇOS EM GENÔMICA E PROTEÔMICA, PARA RESOLVER QUESTÕES IMPORTANTES NESTA ÁREA DE PESQUISA (DESENVOLVIMENTO DE FLORES) E NA BIOLOGIA DAS PLANTAS EM GERAL. OS RESULTADOS DO NOSSO GRUPO NESTA LINHA DE PESQUISA FORAM PUBLICADOS EM REVISTAS DE ALTO ÍNDICE DE IMPACTO (CIÊNCIA, BIOLOGIA DO GENOMA). (Portuguese)
4 August 2022
0 references
DET OVERORDNEDE FORMÅL MED VORES GRUPPE ER AT UNDERSØGE OG KARAKTERISERE DE GENISKE REGULERINGSNETVÆRK, DER UDFØRER UDVIKLINGSPROCESSERNE I PLANTER. VI BRUGER UDVIKLINGEN AF BLOMSTEN I ARABIDOPSIS SOM VORES MODELSYSTEM OG EKSPERIMENTELLE EMNE, SOM ER BEGYNDELSEN OG UDVIKLINGEN AF BLOMSTEN ET FREMRAGENDE PARADIGME FOR STUDIER AF BIOLOGI AF UDVIKLING I PLANTER. VED AT ANALYSERE KORRELEREDE EU-DATA IN VIVO OM GENOM TRANSSKRIPTIONSFAKTORER (CHIP-SEQ) OG TRANSKRIPTOMICS HAR VI KARAKTERISERET DET REGULERINGSMÆSSIGE NETVÆRK AF APETALA1-FAKTOREN OG ANDRE FAKTORER, DER REGULERER UDVIKLINGEN I PLANTER. DENNE GLOBALE OG DYNAMISKE KARAKTERISERING AF UDVIKLINGSPROCESSEN ER IMIDLERTID PRIMÆRT BASERET PÅ EN VURDERING AF GENISK UDTRYK I FORM AF TRANSSKRIPTOM OG DERFOR IKKE INDARBEJDE DEN VIGTIGE ROLLE, SOM REGULERINGSPROCESSERNE SPILLER EFTER SYNTESEN AF UDSKRIFTERNE. DET FORESLÅEDE ARBEJDE KOMBINERER GENOMISKE OG PROTEOMISKE METODER FOR AT GØRE FREMSKRIDT HEN IMOD FULDT KENDSKAB TIL REGULERINGSNETVÆRKET FOR BLOMSTERUDVIKLING I ARABIDOPSIS (SOM "PROXY" AF BLOMSTRENDE PLANTER); AT FORSTÅ DE FUNKTIONELLE OG STRUKTURELLE OPLYSNINGER, DER ER INDKODET I ARABIDOPSIS' GENOM, NAVNLIG PEPTIDOMA OG AT TILDELE FUNKTIONER TIL UKARAKTERISEREDE GENER. DE SPECIFIKKE MÅL FOR DETTE PROJEKT ER: 1) KARAKTERISERING AF GENOMETS UDTRYK UNDER HELE BLOMSTUDVIKLINGSPROCESSEN MED HENSYN TIL PROTEOM (OG MODIFIKATIONER HERAF) OG DETS SAMMENHÆNG MED TRANSSKRIPTIONSUDTRYK FOR AT OPDAGE NYE REGULERINGSMEKANISMER; 2) KARAKTERISERING AF ARABIDOPSIS PEPTIDOMA (SORFER OG KODNINGSSEKVENSER "SKJULT" I ARABIDOPSIS-GENOMET) OG DETS ROLLE I BLOMSTUDVIKLINGEN; (3) MOLEKYLÆRE MEKANISMER I CUC1-AKTIONEN (EN ANDEN AFGØRENDE REGULATOR I BLOMSTUDVIKLINGSPROCESSEN, SOM DELTAGER I ADSKILLELSEN MELLEM DE FORSKELLIGE MERISTAMOS OG ORGANER); (4) GENETISK OG FUNKTIONEL ANALYSE AF NYE DIANA-GENER FRA AP1. DER ER STOR INTERESSE FOR KARAKTERISERINGEN AF DE LOVGIVNINGSMÆSSIGE GENICAS-NETVÆRK OG FOR AKTIVITETER, DER UDFØRES AF TRANSSKRIPTIONSFAKTORER PÅ EUKARYOTISKE ORGANISMERS GENOM (DETTE FORSLAGS OMRÅDE), DA DE ER AFGØRENDE FOR AT FORSTÅ OG I SIDSTE ENDE MANIPULERE GRUNDLAGET FOR PLANTEUDVIKLING OG FYSIOLOGI. DESUDEN TYDER NYLIGE RESULTATER, DER ER OPNÅET MED FORSKELLIGE EUKARYOTISKE ORGANISMER, PÅ EKSISTENSEN AF EN BRØKDEL AF PROTEOMET, MEGET VÆSENTLIG, MEN I DET VÆSENTLIGE UKENDT, BESTÅENDE HOVEDSAGELIG AF PEPTIDER OG SMÅ PROTEINER, HVIS FUNKTIONER ENDNU IKKE ER OPDAGET. DETTE PROJEKT ER BASERET PÅ DEN FORSKNING, VI HAR UDFØRT I LØBET AF DE SIDSTE PAR ÅR, MEN DET UDVIDER SIG TIL NYE OMRÅDER VED HJÆLP AF DE SENESTE FREMSKRIDT INDEN FOR GENOMFORSKNING OG PROTEOMIK FOR AT LØSE VIGTIGE SPØRGSMÅL INDEN FOR DETTE FORSKNINGSOMRÅDE (BLOMSTERUDVIKLING) OG I PLANTERNES BIOLOGI GENERELT. RESULTATERNE AF VORES GRUPPE INDEN FOR DENNE FORSKNINGSLINJE ER BLEVET OFFENTLIGGJORT I INDEKSTIDSSKRIFTER MED HØJ EFFEKT (VIDENSKAB, GENOMBIOLOGI). (Danish)
4 August 2022
0 references
OBIECTIVUL GENERAL AL GRUPULUI NOSTRU ESTE STUDIUL ȘI CARACTERIZAREA REȚELELOR DE REGLEMENTARE GENICĂ CARE EXECUTĂ PROCESELE DE DEZVOLTARE ÎN INSTALAȚII. FOLOSIM DEZVOLTAREA FLORII ÎN ARABIDOPSIS CA MODEL DE SISTEM ȘI SUBIECT EXPERIMENTAL, FIIND ÎNCEPUTUL ȘI DEZVOLTAREA FLORII O PARADIGMĂ EXCELENTĂ PENTRU STUDIILE BIOLOGIEI DEZVOLTĂRII ÎN PLANTE. ANALIZÂND DATELE CORELATE ALE UNIUNII IN VIVO PRIVIND FACTORII DE TRANSCRIERE A GENOMULUI (CHIP-SEQ) ȘI TRANSCRIPOLOGIA, AM CARACTERIZAT REȚEAUA DE REGLEMENTARE A FACTORULUI APETALA1 ȘI A ALTOR FACTORI CARE REGLEMENTEAZĂ DEZVOLTAREA ÎN INSTALAȚII. CU TOATE ACESTEA, ACEASTĂ CARACTERIZARE GLOBALĂ ȘI DINAMICĂ A PROCESULUI DE DEZVOLTARE SE BAZEAZĂ ÎN PRIMUL RÂND PE EVALUAREA EXPRESIEI GENICE ÎN TERMENI DE TRANSCRIERE ȘI, PRIN URMARE, NU ÎNCORPOREAZĂ ROLUL IMPORTANT JUCAT DE PROCESELE DE REGLEMENTARE CARE AU LOC DUPĂ SINTEZA TRANSCRIERII. ACTIVITATEA PROPUSĂ COMBINĂ METODELE GENOMICE ȘI PROTEOMICE PENTRU A AVANSA CĂTRE O CUNOAȘTERE DEPLINĂ A REȚELEI DE REGLEMENTARE A DEZVOLTĂRII FLORALE DIN ARABIDOPSIS (CA „PROXY” A PLANTELOR CU FLORI); SĂ ÎNȚELEAGĂ INFORMAȚIILE FUNCȚIONALE ȘI STRUCTURALE CODIFICATE ÎN GENOMUL ARABIDOPSIS, ÎN SPECIAL PEPTIDOMA; ȘI SĂ ATRIBUIE FUNCȚII GENELOR NECARACTERIZATE. OBIECTIVELE SPECIFICE ALE ACESTUI PROIECT SUNT: (1) CARACTERIZAREA EXPRESIEI GENOMULUI PE TOT PARCURSUL PROCESULUI DE DEZVOLTARE A FLORILOR ÎN CEEA CE PRIVEȘTE PROTEOMUL (ȘI MODIFICĂRILE ACESTUIA) ȘI CORELAREA ACESTUIA CU EXPRESIA TRANSCRIPȚIONALĂ PENTRU A DESCOPERI NOI MECANISME DE REGLEMENTARE; (2) CARACTERIZAREA ARABIDOPSIS PEPTIDOMA (SORBE ȘI SECVENȚE DE CODIFICARE „ASCUNSE” ÎN GENOMUL ARABIDOPSIS) ȘI ROLUL SĂU ÎN DEZVOLTAREA FLORILOR; (3) MECANISMELE MOLECULARE ALE ACȚIUNII CUC1 (UN ALT REGULATOR ESENȚIAL ÎN PROCESUL DE DEZVOLTARE A FLORILOR, CARE PARTICIPĂ LA SEPARAREA DIFERITELOR MERISTAMOS ȘI ORGANE); (4) ANALIZA GENETICĂ ȘI FUNCȚIONALĂ A NOILOR GENE DIANA DIN AP1. EXISTĂ UN MARE INTERES PENTRU CARACTERIZAREA REȚELELOR DE REGLEMENTARE GENICAS ȘI PENTRU ACTIVITĂȚILE FACTORILOR DE TRANSCRIERE ASUPRA GENOMULUI ORGANISMELOR EUCARIOTE (DOMENIUL PREZENTEI PROPUNERI), DEOARECE ACESTEA SUNT ESENȚIALE PENTRU A ÎNȚELEGE ȘI, ÎN CELE DIN URMĂ, PENTRU A MANIPULA BAZELE DEZVOLTĂRII PLANTELOR ȘI FIZIOLOGIEI. MAI MULT, REZULTATELE RECENTE OBȚINUTE CU DIVERSE ORGANISME EUCARIOTE INDICĂ EXISTENȚA UNEI FRACȚIUNI DIN PROTEOM, FOARTE SUBSTANȚIALĂ, DAR ÎN ESENȚĂ NECUNOSCUTĂ, COMPUSĂ ÎN PRINCIPAL DIN PEPTIDE ȘI PROTEINE MICI, ALE CĂROR FUNCȚII URMEAZĂ SĂ FIE DESCOPERITE. ACEST PROIECT SE BAZEAZĂ PE CERCETĂRILE PE CARE LE-AM REALIZAT ÎN ULTIMII ANI, DAR SE EXTINDE ÎN DOMENII NOI, FOLOSIND CELE MAI RECENTE PROGRESE ÎN GENOMICĂ ȘI PROTEOMICĂ, PENTRU A REZOLVA PROBLEME IMPORTANTE ÎN ACEST DOMENIU DE CERCETARE (DEZVOLTAREA FLORILOR) ȘI ÎN BIOLOGIA PLANTELOR ÎN GENERAL. REZULTATELE GRUPULUI NOSTRU ÎN ACEASTĂ LINIE DE CERCETARE AU FOST PUBLICATE ÎN REVISTE CU INDICE DE IMPACT RIDICAT (ȘTIINȚĂ, BIOLOGIE GENOMICĂ). (Romanian)
4 August 2022
0 references
DET ÖVERGRIPANDE MÅLET FÖR VÅR GRUPP ÄR STUDIEN OCH KARAKTERISERINGEN AV DE GENISKA REGLERINGSNÄTVERK SOM GENOMFÖR UTVECKLINGSPROCESSERNA I ANLÄGGNINGAR. VI ANVÄNDER UTVECKLINGEN AV BLOMMAN I ARABIDOPSIS SOM VÅRT MODELLSYSTEM OCH EXPERIMENTELLA ÄMNE, SOM ÄR BÖRJAN OCH UTVECKLINGEN AV BLOMMAN ETT UTMÄRKT PARADIGM FÖR STUDIER AV BIOLOGI AV UTVECKLING I VÄXTER. GENOM ATT ANALYSERA KORRELERADE UNIONSDATA IN VIVO AV GENOMTRANSKRIPTIONSFAKTORER (CHIP-SEQ) OCH TRANSKRIPTOMIK HAR VI KARAKTERISERAT REGLERINGSNÄTVERKET FÖR APETALA1-FAKTORN OCH ANDRA FAKTORER SOM REGLERAR UTVECKLINGEN I VÄXTER. DENNA GLOBALA OCH DYNAMISKA KARAKTERISERING AV UTVECKLINGSPROCESSEN BYGGER DOCK I FÖRSTA HAND PÅ UTVÄRDERING AV GENISKA UTTRYCK I TERMER AV TRANSKRIPTOM OCH DÄRFÖR INTE INFÖRLIVAR DEN VIKTIGA ROLL SOM SPELAS AV REGLERINGSPROCESSER SOM UPPSTÅR EFTER SAMMANSTÄLLNINGEN AV TRANSKRIPTEN. DET FÖRESLAGNA ARBETET KOMBINERAR GENOMISKA OCH PROTEOMISKA METODER FÖR ATT FRÄMJA FULL KUNSKAP OM REGELVERKET FÖR BLOMSTERUTVECKLING I ARABIDOPSIS (SOM ”PROXY” AV BLOMMANDE VÄXTER). ATT FÖRSTÅ DEN FUNKTIONELLA OCH STRUKTURELLA INFORMATION SOM KODAS I GENOMET I ARABIDOPSIS, SÄRSKILT PEPTIDOMA, OCH ATT TILLDELA FUNKTIONER TILL OKARAKTERISERADE GENER. SÄRSKILDA MÅL FÖR DETTA PROJEKT ÄR FÖLJANDE: (1) KARAKTERISERING AV UTTRYCKET AV GENOMET UNDER HELA BLOMUTVECKLINGSPROCESSEN I TERMER AV PROTEOM (OCH ÄNDRINGAR AV DETTA) OCH DESS SAMBAND MED TRANSKRIPTIONELLA UTTRYCK FÖR ATT UPPTÄCKA NYA REGLERINGSMEKANISMER. (2) KARAKTERISERING AV ARABIDOPSIS PEPTIDOMA (SORFS OCH KODSEKVENSER ”DOLDA” I GENOMET I ARABIDOPSIS) OCH DESS ROLL I BLOMMANS UTVECKLING. (3) MOLEKYLÄRA MEKANISMER FÖR CUC1-ÅTGÄRDER (EN ANNAN AVGÖRANDE REGULATOR I BLOMUTVECKLINGSPROCESSEN, SOM DELTAR I SEPARATIONEN MELLAN DE OLIKA MERISTAMOS OCH ORGANEN). (4) GENETISK OCH FUNKTIONELL ANALYS AV NYA DIANAGENER FRÅN AP1. DET FINNS ETT STORT INTRESSE FÖR KARAKTERISERINGEN AV REGULATORISKA GENICAS-NÄTVERK OCH FÖR TRANSKRIPTIONSFAKTORER PÅ GENOMET HOS EUKARYOTISKA ORGANISMER (OMRÅDET FÖR DETTA FÖRSLAG), EFTERSOM DE ÄR VÄSENTLIGA FÖR ATT FÖRSTÅ OCH SÅ SMÅNINGOM MANIPULERA GRUNDERNA FÖR VÄXTUTVECKLING OCH FYSIOLOGI. DESSUTOM VISAR FÄRSKA RESULTAT SOM ERHÅLLITS MED OLIKA EUKARYOTISKA ORGANISMER FÖREKOMSTEN AV EN BRÅKDEL AV PROTEOMEN, MYCKET BETYDANDE MEN VÄSENTLIGEN OKÄND, SOM HUVUDSAKLIGEN BESTÅR AV PEPTIDER OCH SMÅ PROTEINER, VARS FUNKTIONER ÄNNU INTE HAR UPPTÄCKTS. DETTA PROJEKT BYGGER PÅ DEN FORSKNING VI HAR BEDRIVIT UNDER DE SENASTE ÅREN, MEN DET EXPANDERAR TILL NYA OMRÅDEN MED HJÄLP AV DE SENASTE FRAMSTEGEN INOM GENOMIK OCH PROTEOMIK, FÖR ATT LÖSA VIKTIGA FRÅGOR INOM DETTA FORSKNINGSOMRÅDE (BLOMMAUTVECKLING) OCH INOM VÄXTBIOLOGIN I ALLMÄNHET. RESULTATEN FRÅN VÅR GRUPP INOM DENNA FORSKNINGSLINJE HAR PUBLICERATS I HÖGEFFEKTINDEXTIDSKRIFTER (VETENSKAP, GENOMBIOLOGI). (Swedish)
4 August 2022
0 references
Cerdanyola del Vallès
0 references
20 December 2023
0 references
Identifiers
BFU2014-58289-P
0 references