EXTRAORDINARY EPIGENETIC DEREGULATION IN HUMAN CANCER (Q3145822)
Jump to navigation
Jump to search
Project Q3145822 in Spain
| Language | Label | Description | Also known as |
|---|---|---|---|
| English | EXTRAORDINARY EPIGENETIC DEREGULATION IN HUMAN CANCER |
Project Q3145822 in Spain |
Statements
329,422.5 Euro
0 references
605,000.0 Euro
0 references
54.45 percent
0 references
1 January 2015
0 references
31 December 2018
0 references
INSTITUTO DE INVESTIGACION BIOMEDICA DE BELLVITGE
0 references
8907
0 references
LA MAYORIA DE LA INVESTIGACION BIOLOGICA Y MEDICA DIRIGIDA A LAS REGIONES REGULADORAS DE NUESTRO GENOMA SE HAN REDUCIDO A LA PEQUEÑA REGION DEL ADN QUE RODEA EL PRINCIPAL INICIO DE TRANSCRIPCION DE LOS GENES (PROMOTOR MINIMO). EN ESTE SENTIDO, HEMOS OBVIADO O OLVIDADO, OTRAS SECUENCIAS MAS DISTANTES DEL GENOMA, CON LAS HONROSAS EXCEPCIONES DE LAS BUENA INVESTIGACIONES DESARROLLADAS EN ENHANCERS E INSULADORES. PERO OTRAS REGIONES HAN SIDO IGNORADAS Y EXISTE UNA NECESIDAD DE OBTENER ESTE CONOCIMIENTO PARA LAS REGIONES "HUERFANAS" DEL GENOMA, ASI COMO PARA ENTENDER SUS POSIBLES ALTERACIONES EN CANCER. EN ESTE CONTEXTO, SABEMOS QUE LA METILACION ABERRANTE DE DINUCLEOTIDOS CPG LOCALIZADOS EN PROMOTORES DE GENES SUPRESORES TUMORALES OCURRE EN LA HISTORIA NATURAL DEL CANCER, PERO IGNORAMOS QUE SUCEDE EN SECUENCIAS NO TAN CARACTERIZADAS. EL PRESENTE PROYECTO BUSCA ANALIZAR LOS PATRONES DE METILACION DEL ADN Y SUS CONSECUENCIAS FUNCIONALES EN CELULAS Y TEJIDOS NORMALES Y TRANSFORMADOS PARA CUATRO COMPARTIMENTOS "EXTRAORDINARIOS" DE NUESTRO GENOMA: SUPER-ENHANCERS, SECUENCIAS IMPLICADAS EN LOS BUCLES DE CROMATINA, DUONES Y, PROMOTORES ALTERNATIVOS. CONOZCAMOLOS AUNQUE SEA BREVEMENTE. EN LA PRIMAVERA DE 2013 HUBO LA IRRUPCION DE LOS PRIMEROS ESTUDIOS SERIOS SOBRE LOS "SUPER-ENHANCERS", GRANDES CLUSTERS DE ENHANCER TRANSCRIPCIONALES QUE CONTROLAN LA EXPRESION DE GENES CLAVES PARA LA IDENTIDAD CELULAR DESDE UNA LARGA DISTANCIA. PERO PARALELAMENTE AHORA SABEMOS, DEBIDO A LOS ESTUDIOS DE ULTRASECUENCIACION GENOMICA 3C (HI-C), QUE SE PRODUCEN OTROS BUCLES ENTRE SECUENCIAS DEL ADN ALEJADAS PARA CONTROLAR LA ACTIVIDAD GENICA. Y EL AÑO PASADO, SE PRODUJO OTRA VUELTA DE TUERCA EXCITANTE A LA REGULACION INEXPLORADA DEL GENOMA QUE NOS VINO DADA POR EL CONCEPTO DE LOS "DUONES": CODONES QUE TIENEN UN ROL DUAL, SIENDO CAPACES DE DETERMINAR AMINOACIDOS Y A LA VEZ ACTUANDO COMO SECUENCIAS REGULADORAS AL PERMITIR LA UNION DE FACTORES DE TRANSCRIPCION. FINALMENTE, HOY EXISTE LA ACEPTACION DE QUE CASI TODOS NUESTROS GENES ORIGINAN TRANSCRITOS DE ARN ALTERNATIVOS AL "PRINCIPAL", SIENDO MUCHOS DE ELLOS INICIADOS A PARTIR DE PROMOTORES INTERNOS DEL GEN EN CUESTION Y TENIENDO UNA REGULACION DESCONOCIDA Y AUN POR EXPLORAR. EN EL PRESENTE ESTUDIO NOS PROPONEMOS ANALIZAR EL PAPEL DE UNA MARCA EPIGENETICA, LA METILACION DEL ADN, EN EL CONTEXTO DE LOS CUATRO TIPOS DE SECUENCIAS DESCRITAS. TAMBIEN DETERMINAREMOS SI LOS PATRONES DE METILACION DEL ADN DE ESTA SECUENCIAS REGULADORAS "EXTRAORDINARIAS" SE ENCUENTRA DISTORSIONADO EN CANCER HUMANO. PARA CONSEGUIR ESTOS OBJETIVOS USAREMOS UNA COMBINACION DE LINEAS CELULARES DE CANCER ASI COMO TUMORES PRIMARIOS QUE SERAN "INTERROGADOS" MEDIANTE ACERCAMIENTOS EPIGENOMICOS (WHOLE GENOME BISULFITE SEQUENCING, 450K DNA METHYLATION MICROARRAY Y HI-C CHROMOSOME CONFORMATION CAPTURE) Y TRANSCRIPTOMICOS (RNA-SEQ, EXPRESSION MICROARRAYS Y RASL-SEQ). LAS SECUENCIAS CANDIDATAS SERAN FINALMENTE FUNCIONALMENTE ANALIZADAS EN MODELOS CELULARES Y MURINOS; ASI COMO SE PROCEDERA A ESTUDIAR SU VALOR TRANSLACIONAL EN ESTUDIOS CLINICOPATOLOGICOS DE TUMORES HUMANOS. (Spanish)
0 references
MOST BIOLOGICAL AND MEDICAL RESEARCH AIMED AT THE REGULATORY REGIONS OF OUR GENOME HAS BEEN REDUCED TO THE SMALL REGION OF DNA THAT SURROUNDS THE MAIN BEGINNING OF GENE TRANSCRIPTION (MINIMUM PROMOTER). IN THIS SENSE, WE HAVE IGNORED OR FORGOTTEN, OTHER SEQUENCES MORE DISTANT FROM THE GENOME, WITH THE HONORABLE EXCEPTIONS OF THE GOOD RESEARCH CARRIED OUT IN ENHANCERS AND INSULATORS. BUT OTHER REGIONS HAVE BEEN IGNORED AND THERE IS A NEED TO OBTAIN THIS KNOWLEDGE FOR THE “ORPHAN” REGIONS OF THE GENOME, AS WELL AS TO UNDERSTAND THEIR POSSIBLE ALTERATIONS IN CANCER. IN THIS CONTEXT, WE KNOW THAT THE ABERRANT METILATION OF CPG DINUCLEOTIDES LOCATED IN TUMOR SUPPRESSOR GENE PROMOTERS OCCURS IN THE NATURAL HISTORY OF CANCER, BUT WE IGNORE THAT IT HAPPENS IN LESS MARKED SEQUENCES. THIS PROJECT SEEKS TO ANALYSE THE PATTERNS OF DNA METILACION AND ITS FUNCTIONAL CONSEQUENCES IN CELLS AND NORMAL AND TRANSFORMED TISSUES FOR FOUR “EXTRAORDINARY” COMPARTMENTS OF OUR GENOME: SUPER-ENHANCERS, SEQUENCES INVOLVED IN CHROMATIN LOOPS, DUONES AND ALTERNATIVE PROMOTERS. GET TO KNOW THEM EVEN BRIEFLY. IN THE SPRING OF 2013 THERE WAS THE EMERGENCE OF THE FIRST SERIOUS STUDIES ON THE “SUPER-ENHANCERS”, LARGE TRANSCRIPTIONAL ENHANCER CLUSTERS THAT CONTROL THE EXPRESSION OF KEY GENES FOR CELL IDENTITY FROM A LONG DISTANCE. BUT AT THE SAME TIME WE NOW KNOW, DUE TO STUDIES OF 3C GENOMIC ULTRASECUTION (HI-C), THAT OTHER LOOPS ARE PRODUCED BETWEEN DISTANT DNA SEQUENCES TO CONTROL GENIC ACTIVITY. AND LAST YEAR, THERE WAS ANOTHER EXCITING TWIST TO THE UNEXPLORED REGULATION OF THE GENOME THAT CAME TO US BY THE CONCEPT OF THE “DUONES”: CODONS THAT HAVE A DUAL ROLE, BEING ABLE TO DETERMINE AMINO ACIDS AND AT THE SAME TIME ACTING AS REGULATORY SEQUENCES BY ALLOWING THE UNION OF TRANSCRIPTION FACTORS. FINALLY, TODAY THERE IS THE ACCEPTANCE THAT ALMOST ALL OF OUR GENES ORIGINATE TRANSCRIBING RNA ALTERNATIVES TO THE “MAIN”, MANY OF THEM BEING INITIATED FROM INTERNAL PROMOTERS OF THE GENE IN QUESTION AND HAVING AN UNKNOWN REGULATION AND STILL TO BE EXPLORED. IN THIS STUDY WE PROPOSE TO ANALYSE THE ROLE OF AN EPIGENETIC MARK, DNA METILATION, IN THE CONTEXT OF THE FOUR TYPES OF SEQUENCES DESCRIBED. WE WILL ALSO DETERMINE WHETHER THE DNA METILACION PATTERNS OF THIS “EXTRAORDINARY” REGULATORY SEQUENCES ARE DISTORTED IN HUMAN CANCER. TO ACHIEVE THESE OBJECTIVES WE WILL USE A COMBINATION OF CANCER CELL LINES AS WELL AS PRIMARY TUMORS THAT WILL BE “INTERROGATED” BY EPIGENOMIC APPROACHES (WHOLE GENOME BISULFITE SEQUENCING, 450K DNA METHYLATION MICROARRAY AND HI-C CHROMOSOME CONFORMATION CAPTURE) AND TRANSCRIPTOMICS (RNA-SEQ, EXPRESSION MICROARRAYS AND RASL-SEQ). THE CANDIDATE SEQUENCES WILL FINALLY BE FUNCTIONALLY ANALYSED IN CELL AND MURINE MODELS; AS WELL AS THE STUDY OF ITS TRANSLATIONAL VALUE IN CLINICOPATOLOGICAL STUDIES OF HUMAN TUMORS. (English)
12 October 2021
0.2658095448347916
0 references
LA PLUPART DES RECHERCHES BIOLOGIQUES ET MÉDICALES VISANT LES RÉGIONS RÉGULATRICES DE NOTRE GÉNOME ONT ÉTÉ RÉDUITES À LA PETITE RÉGION DE L’ADN QUI ENTOURE LE DÉBUT PRINCIPAL DE LA TRANSCRIPTION DES GÈNES (PROMOTEUR MINIMUM). EN CE SENS, NOUS AVONS IGNORÉ OU OUBLIÉ, D’AUTRES SÉQUENCES PLUS ÉLOIGNÉES DU GÉNOME, À L’EXCEPTION HONORABLE DES BONNES RECHERCHES MENÉES DANS LES AMPLIFICATEURS ET LES ISOLANTS. MAIS D’AUTRES RÉGIONS ONT ÉTÉ IGNORÉES ET IL EST NÉCESSAIRE D’OBTENIR CES CONNAISSANCES POUR LES RÉGIONS «ORPHELINES» DU GÉNOME, AINSI QUE DE COMPRENDRE LEURS ÉVENTUELLES ALTÉRATIONS DU CANCER. DANS CE CONTEXTE, NOUS SAVONS QUE LA METILATION ABERRANTE DES DINUCLÉOTIDES CPG SITUÉS DANS LES PROMOTEURS DE GÈNES SUPPRESSEURS DE TUMEURS SE PRODUIT DANS L’HISTOIRE NATURELLE DU CANCER, MAIS NOUS IGNORONS QU’ELLE SE PRODUIT DANS DES SÉQUENCES MOINS MARQUÉES. CE PROJET VISE À ANALYSER LES SCHÉMAS DE L’ADN METILACION ET SES CONSÉQUENCES FONCTIONNELLES DANS LES CELLULES ET LES TISSUS NORMAUX ET TRANSFORMÉS POUR QUATRE COMPARTIMENTS «EXTRAORDINAIRES» DE NOTRE GÉNOME: SUPER-HANCERS, SÉQUENCES IMPLIQUÉES DANS LES BOUCLES DE CHROMATINE, DUONES ET PROMOTEURS ALTERNATIFS. APPRENEZ À LES CONNAÎTRE, MÊME BRIÈVEMENT. AU PRINTEMPS 2013, IL Y A EU L’ÉMERGENCE DES PREMIÈRES ÉTUDES SÉRIEUSES SUR LES «SUPER-ENHANCERS», DE GRANDS GROUPES D’AMPLIFICATEURS TRANSCRIPTIONNELS QUI CONTRÔLENT L’EXPRESSION DE GÈNES CLÉS POUR L’IDENTITÉ CELLULAIRE À PARTIR D’UNE LONGUE DISTANCE. MAIS EN MÊME TEMPS, NOUS SAVONS MAINTENANT, GRÂCE AUX ÉTUDES DE L’ULTRASECUTION GÉNOMIQUE 3C (HI-C), QUE D’AUTRES BOUCLES SONT PRODUITES ENTRE DES SÉQUENCES D’ADN DISTANTES POUR CONTRÔLER L’ACTIVITÉ GÉNIQUE. ET L’ANNÉE DERNIÈRE, IL Y A EU UNE AUTRE TOURNURE PASSIONNANTE DE LA RÉGULATION INEXPLORÉE DU GÉNOME QUI NOUS EST VENUE PAR LE CONCEPT DES «DUONES»: LES CODONS QUI ONT UN RÔLE DOUBLE, ÉTANT CAPABLES DE DÉTERMINER LES ACIDES AMINÉS ET EN MÊME TEMPS AGISSANT COMME SÉQUENCES RÉGULATRICES EN PERMETTANT À L’UNION DES FACTEURS DE TRANSCRIPTION. ENFIN, IL Y A AUJOURD’HUI L’ACCEPTATION QUE PRESQUE TOUS NOS GÈNES PROVIENNENT DE LA TRANSCRIPTION D’ALTERNATIVES D’ARN AU «PRINCIPAL», NOMBRE D’ENTRE EUX ÉTANT INITIÉS PAR DES PROMOTEURS INTERNES DU GÈNE EN QUESTION ET AYANT UN RÈGLEMENT INCONNU ET ENCORE À EXPLORER. DANS CETTE ÉTUDE, NOUS PROPOSONS D’ANALYSER LE RÔLE D’UNE MARQUE ÉPIGÉNÉTIQUE, LA METILATION DE L’ADN, DANS LE CONTEXTE DES QUATRE TYPES DE SÉQUENCES DÉCRITES. NOUS DÉTERMINERONS ÉGALEMENT SI LES PATRONS DE METILACION DE L’ADN DE CES SÉQUENCES DE RÉGULATION «EXTRAORDINAIRES» SONT DÉFORMÉS DANS LE CANCER HUMAIN. POUR ATTEINDRE CES OBJECTIFS, NOUS UTILISERONS UNE COMBINAISON DE LIGNÉES CELLULAIRES CANCÉREUSES AINSI QUE DE TUMEURS PRIMAIRES QUI SERONT «INTERROGÉES» PAR DES APPROCHES ÉPIGÉNOMIQUES (SÉQUENÇAGE DU BISULFITE DU GÉNOME ENTIER, MICROARRAY DE MÉTHYLATION DE L’ADN 450K ET CAPTURE DE CONFORMATION CHROMOSOMIQUE HI-C) ET TRANSCRIPTOMIQUES (RNA-SEQ, MICROARRAYS D’EXPRESSION ET RASL-SEQ). LES SÉQUENCES CANDIDATES SERONT FINALEMENT ANALYSÉES FONCTIONNELLEMENT DANS DES MODÈLES CELLULAIRES ET MURINS; AINSI QUE L’ÉTUDE DE SA VALEUR TRANSLATIONNELLE DANS LES ÉTUDES CLINICOPATOLOGIQUES DES TUMEURS HUMAINES. (French)
2 December 2021
0 references
DIE MEISTEN BIOLOGISCHEN UND MEDIZINISCHEN FORSCHUNGEN, DIE AUF DIE REGULATORISCHEN REGIONEN UNSERES GENOMS AUSGERICHTET SIND, WURDEN AUF DIE KLEINE DNA-REGION REDUZIERT, DIE DEN HAUPTANFANG DER GENTRANSKRIPTION (MINDESTFÖRDERER) UMGIBT. IN DIESEM SINNE HABEN WIR IGNORIERT ODER VERGESSEN, ANDERE SEQUENZEN ENTFERNT VOM GENOM, MIT DEN EHRENWERTEN AUSNAHMEN DER GUTEN FORSCHUNG IN ENHANCER UND ISOLATOREN DURCHGEFÜHRT. ABER ANDERE REGIONEN WURDEN IGNORIERT, UND ES BESTEHT DIE NOTWENDIGKEIT, DIESES WISSEN FÜR DIE „ORPHAN-REGIONEN“ DES GENOMS ZU ERWERBEN UND IHRE MÖGLICHEN VERÄNDERUNGEN BEI KREBS ZU VERSTEHEN. IN DIESEM ZUSAMMENHANG WISSEN WIR, DASS DIE ABERRANTE METILATION VON CPG-DINUCLEOTIDEN, DIE SICH IN TUMORSUPPRESSOR-GENFÖRDERERN BEFINDEN, IN DER NATURGESCHICHTE VON KREBS VORKOMMT, ABER WIR IGNORIEREN, DASS ES IN WENIGER MARKIERTEN SEQUENZEN GESCHIEHT. DIESES PROJEKT ZIELT DARAUF AB, DIE MUSTER DER DNA METILACION UND IHRE FUNKTIONELLEN FOLGEN IN ZELLEN UND NORMALEN UND TRANSFORMIERTEN GEWEBEN FÜR VIER „AUSSERGEWÖHNLICHE“ KOMPARTIMENTE UNSERES GENOMS ZU ANALYSIEREN: SUPER-ENHANCERS, SEQUENZEN, DIE AN CHROMATINSCHLEIFEN, DUONES UND ALTERNATIVEN PROMOTOREN BETEILIGT SIND. LERNEN SIE SIE AUCH KURZ KENNEN. IM FRÜHJAHR 2013 ENTSTANDEN DIE ERSTEN ERNSTHAFTEN STUDIEN ZU DEN „SUPER-ENHANCERS“, GROSSEN TRANSKRIPTIONSVERSTÄRKERCLUSTERN, DIE DIE EXPRESSION VON SCHLÜSSELGENEN FÜR DIE ZELLIDENTITÄT AUS GROSSER ENTFERNUNG STEUERN. ABER GLEICHZEITIG WISSEN WIR JETZT, AUFGRUND VON STUDIEN ZUR 3C GENOMISCHEN ULTRASECUTION (HI-C), DASS ANDERE SCHLEIFEN ZWISCHEN ENTFERNTEN DNA-SEQUENZEN ZUR KONTROLLE DER GENAKTIVITÄT HERGESTELLT WERDEN. UND LETZTES JAHR GAB ES EINE WEITERE SPANNENDE WENDUNG ZUR UNERFORSCHTEN REGELUNG DES GENOMS, DAS UNS DURCH DAS KONZEPT DER „DUONES“ KAM: CODONS, DIE EINE DOPPELTE ROLLE SPIELEN, DIE IN DER LAGE SIND, AMINOSÄUREN ZU BESTIMMEN UND GLEICHZEITIG ALS REGULATORISCHE SEQUENZEN ZU FUNGIEREN, INDEM SIE DIE UNION VON TRANSKRIPTIONSFAKTOREN ZULASSEN. SCHLIESSLICH GIBT ES HEUTE DIE ANNAHME, DASS FAST ALLE UNSERE GENE DIE TRANSKRIBIERUNG VON RNA-ALTERNATIVEN ZUM „HAUPT“ HERVORRUFEN, VIELE VON IHNEN VON INTERNEN PROMOTOREN DES BETREFFENDEN GENS INITIIERT WERDEN UND EINE UNBEKANNTE VERORDNUNG HABEN UND NOCH ERFORSCHT WERDEN MÜSSEN. IN DIESER STUDIE SCHLAGEN WIR VOR, DIE ROLLE EINER EPIGENETISCHEN MARKE, DNA METILATION, IM ZUSAMMENHANG MIT DEN VIER BESCHRIEBENEN SEQUENZENTYPEN ZU ANALYSIEREN. WIR WERDEN AUCH BESTIMMEN, OB DIE DNA METILACION-MUSTER DIESER „AUSSERGEWÖHNLICHEN“ REGULATORISCHEN SEQUENZEN BEIM MENSCHLICHEN KREBS VERZERRT SIND. UM DIESE ZIELE ZU ERREICHEN, WERDEN WIR EINE KOMBINATION AUS KREBSZELLLINIEN UND PRIMÄREN TUMOREN VERWENDEN, DIE DURCH EPIGENOMISCHE ANSÄTZE (GANZE GENOM-BIULFIT-SEQUENZIERUNG, 450K DNA-METHYLIERUNG MICROARRAY UND HI-C-CHROMOSOM-KONFORMATIONSAUFNAHME) UND TRANSKRIPTOMIK (RNA-SEQ, EXPRESSION MICROARRAYS UND RASL-SEQ) „INTERROGIERT“ WERDEN. DIE KANDIDATENSEQUENZEN WERDEN SCHLIESSLICH IN ZELL- UND MURINMODELLEN FUNKTIONELL ANALYSIERT; SOWIE DIE UNTERSUCHUNG DES ÜBERSETZUNGSWERTS IN CLINICOPATOLOGICAL STUDIEN ZU MENSCHLICHEN TUMOREN. (German)
9 December 2021
0 references
HET MEESTE BIOLOGISCHE EN MEDISCHE ONDERZOEK GERICHT OP DE REGELGEVENDE REGIO’S VAN ONS GENOOM IS GEREDUCEERD TOT HET KLEINE GEBIED VAN DNA DAT HET BELANGRIJKSTE BEGIN VAN GENTRANSCRIPTIE (MINIMALE PROMOTOR) OMRINGT. IN DEZE ZIN HEBBEN WE GENEGEERD OF VERGETEN, ANDERE SEQUENTIES MEER VER VAN HET GENOOM, MET DE EERVOLLE UITZONDERINGEN VAN HET GOEDE ONDERZOEK UITGEVOERD IN VERSTERKERS EN ISOLATOREN. MAAR ANDERE REGIO’S ZIJN GENEGEERD EN ER IS EEN NOODZAAK OM DEZE KENNIS TE VERKRIJGEN VOOR DE „WEES” REGIO’S VAN HET GENOOM, EVENALS OM HUN MOGELIJKE VERANDERINGEN IN KANKER TE BEGRIJPEN. IN DIT VERBAND WETEN WE DAT DE AFWIJKENDE METILATIE VAN CPG DINUCLEOTIDES IN TUMOR SUPPRESSOR GEN PROMOTORS VOORKOMT IN DE NATUURLIJKE GESCHIEDENIS VAN KANKER, MAAR WE NEGEREN DAT HET GEBEURT IN MINDER GEMARKEERDE SEQUENTIES. DIT PROJECT IS GERICHT OP HET ANALYSEREN VAN DE PATRONEN VAN DNA METILACION EN DE FUNCTIONELE GEVOLGEN ERVAN IN CELLEN EN NORMALE EN GETRANSFORMEERDE WEEFSELS VOOR VIER „BUITENGEWONE” COMPARTIMENTEN VAN ONS GENOOM: SUPER-ENHANCERS, SEQUENTIES BETROKKEN BIJ CHROMATIN LOOPS, DUONES EN ALTERNATIEVE PROMOTORS. LEER ZE ZELFS KORT KENNEN. IN HET VOORJAAR VAN 2013 WAS ER DE OPKOMST VAN DE EERSTE SERIEUZE STUDIES OVER DE „SUPER-ENHANCERS”, GROTE TRANSCRIPTIONAL ENHANCER CLUSTERS DIE DE EXPRESSIE VAN SLEUTELGENEN VOOR CELIDENTITEIT VAN EEN LANGE AFSTAND CONTROLEREN. MAAR TEGELIJKERTIJD WETEN WE NU, ALS GEVOLG VAN STUDIES VAN 3C GENOMIC ULTRASECUTION (HI-C), DAT ANDERE LUSSEN WORDEN GEPRODUCEERD TUSSEN VERRE DNA-SEQUENTIES OM GENIC ACTIVITEIT TE CONTROLEREN. EN VORIG JAAR WAS ER NOG EEN SPANNENDE DRAAI AAN DE ONONTGONNEN VERORDENING VAN HET GENOOM DIE TOT ONS KWAM DOOR HET CONCEPT VAN DE „DUONES”: CODONS DIE EEN DUBBELE ROL HEBBEN, AMINOZUREN KUNNEN BEPALEN EN TEGELIJKERTIJD ALS REGELGEVINGSSEQUENTIES KUNNEN OPTREDEN DOOR DE UNIE VAN TRANSCRIPTIEFACTOREN TOE TE STAAN. TOT SLOT IS ER VANDAAG DE ACCEPTATIE DAT BIJNA AL ONZE GENEN AFKOMSTIG ZIJN VAN RNA-ALTERNATIEVEN VOOR HET „HOOFD”, VEEL VAN HEN WORDEN GEÏNITIEERD VAN INTERNE PROMOTOREN VAN HET GEN IN KWESTIE EN EEN ONBEKENDE VERORDENING HEBBEN EN NOG MOETEN WORDEN ONDERZOCHT. IN DEZE STUDIE STELLEN WE VOOR OM DE ROL VAN EEN EPIGENETISCH MERK, DNA METILATION, TE ANALYSEREN IN DE CONTEXT VAN DE VIER SOORTEN SEQUENTIES DIE WORDEN BESCHREVEN. WE ZULLEN OOK BEPALEN OF DE DNA METILACION PATRONEN VAN DEZE „BUITENGEWONE” REGELGEVENDE SEQUENTIES VERVORMD ZIJN BIJ KANKER BIJ DE MENS. OM DEZE DOELSTELLINGEN TE BEREIKEN ZULLEN WE EEN COMBINATIE VAN KANKERCELLIJNEN EN PRIMAIRE TUMOREN GEBRUIKEN DIE „ONDERVRAGING” ZULLEN WORDEN DOOR EPIGENOMIC BENADERINGEN (HET HELE GENOOMBISULFIET RANGSCHIKKEN, 450K DNA METHYLATION MICROARRAY EN HI-C CHROMOSOOM CONFORMATIE CAPTURE) EN TRANSCRIPTOMICS (RNA-SEQ, EXPRESSIE MICROARRAYS EN RASL-SEQ). DE KANDIDAATSEQUENTIES WORDEN UITEINDELIJK FUNCTIONEEL GEANALYSEERD IN CEL- EN MURINEMODELLEN; EVENALS DE STUDIE VAN ZIJN TRANSLATIONELE WAARDE IN CLINICOPATOLOGICAL STUDIES VAN MENSELIJKE TUMOREN. (Dutch)
17 December 2021
0 references
LA MAGGIOR PARTE DELLA RICERCA BIOLOGICA E MEDICA RIVOLTA ALLE REGIONI NORMATIVE DEL NOSTRO GENOMA È STATA RIDOTTA ALLA PICCOLA REGIONE DEL DNA CHE CIRCONDA L'INIZIO PRINCIPALE DELLA TRASCRIZIONE GENICA (PROMOTORE MINIMO). IN QUESTO SENSO, ABBIAMO IGNORATO O DIMENTICATO, ALTRE SEQUENZE PIÙ DISTANTI DAL GENOMA, CON LE ONORABILI ECCEZIONI DELLA BUONA RICERCA EFFETTUATA IN POTENZIATORI E ISOLANTI. MA ALTRE REGIONI SONO STATE IGNORATE E VI È LA NECESSITÀ DI OTTENERE QUESTA CONOSCENZA PER LE REGIONI "ORFANE" DEL GENOMA, NONCHÉ DI COMPRENDERE LE LORO POSSIBILI ALTERAZIONI DEL CANCRO. IN QUESTO CONTESTO, SAPPIAMO CHE LA METILAZIONE ABERRANTE DEI DINUCLEOTIDI CPG LOCALIZZATI NEI PROMOTORI GENICI SOPPRESSORI TUMORALI SI VERIFICA NELLA STORIA NATURALE DEL CANCRO, MA IGNORIAMO CHE ACCADE IN SEQUENZE MENO MARCATE. QUESTO PROGETTO MIRA AD ANALIZZARE I MODELLI DEL DNA METILACION E LE SUE CONSEGUENZE FUNZIONALI NELLE CELLULE E NEI TESSUTI NORMALI E TRASFORMATI PER QUATTRO COMPARTIMENTI "STRAORDINARI" DEL NOSTRO GENOMA: SUPER-ENHANCERS, SEQUENZE COINVOLTE IN LOOP DI CROMATINA, DUONES E PROMOTORI ALTERNATIVI. IMPARA A CONOSCERLI ANCHE BREVEMENTE. NELLA PRIMAVERA DEL 2013 SONO EMERSI I PRIMI SERI STUDI SUI "SUPER-ENHANCERS", GRANDI GRUPPI DI POTENZIATORI TRASCRIZIONALI CHE CONTROLLANO L'ESPRESSIONE DEI GENI CHIAVE PER L'IDENTITÀ CELLULARE DA UNA LUNGA DISTANZA. MA ALLO STESSO TEMPO SAPPIAMO ORA, A CAUSA DI STUDI DI ULTRASECUTION GENOMICA 3C (HI-C), CHE ALTRI CICLI SONO PRODOTTI TRA SEQUENZE DI DNA DISTANTI PER CONTROLLARE L'ATTIVITÀ GENETICA. E L'ANNO SCORSO, C'È STATA UN'ALTRA ECCITANTE SVOLTA ALLA REGOLAZIONE INESPLORATA DEL GENOMA CHE È VENUTO A NOI DAL CONCETTO DI "DUONES": I CODONI CHE SVOLGONO UN DUPLICE RUOLO, ESSENDO IN GRADO DI DETERMINARE GLI AMMINOACIDI E ALLO STESSO TEMPO FUNGERE DA SEQUENZE NORMATIVE, CONSENTENDO ALL'UNIONE DI FATTORI DI TRASCRIZIONE. INFINE, OGGI C'È L'ACCETTAZIONE CHE QUASI TUTTI I NOSTRI GENI HANNO ORIGINE TRASCRIBING ALTERNATIVE RNA AL "PRINCIPALE", MOLTI DI LORO SONO INIZIATI DA PROMOTORI INTERNI DEL GENE IN QUESTIONE E HANNO UN REGOLAMENTO SCONOSCIUTO E ANCORA DA ESPLORARE. IN QUESTO STUDIO PROPONIAMO DI ANALIZZARE IL RUOLO DI UN MARCHIO EPIGENETICO, LA METILAZIONE DEL DNA, NEL CONTESTO DEI QUATTRO TIPI DI SEQUENZE DESCRITTE. DETERMINEREMO ANCHE SE I MODELLI DI METILACION DEL DNA DI QUESTE SEQUENZE NORMATIVE "STRAORDINARIE" SONO DISTORTI NEL CANCRO UMANO. PER RAGGIUNGERE QUESTI OBIETTIVI USEREMO UNA COMBINAZIONE DI LINEE CELLULARI TUMORALI E TUMORI PRIMARI CHE SARANNO "INTERROGATI" DA APPROCCI EPIGENOMICI (SEQUENZIAMENTO INTERO DI BISULFITE DEL GENOMA, MICROARRAY DI METILAZIONE DEL DNA 450K E CATTURA DELLA CONFORMAZIONE CROMOSOMICA HI-C) E TRASCRITTOMICA (RNA-SEQ, ESPRESSIONE MICROARRAYS E RASL-SEQ). LE SEQUENZE CANDIDATE SARANNO INFINE ANALIZZATE FUNZIONALMENTE IN MODELLI CELLULARI E MURINI; COSÌ COME LO STUDIO DEL SUO VALORE TRASLAZIONALE NEGLI STUDI CLINICOPATOLOGICAL SUI TUMORI UMANI. (Italian)
16 January 2022
0 references
ΟΙ ΠΕΡΙΣΣΌΤΕΡΕΣ ΒΙΟΛΟΓΙΚΈΣ ΚΑΙ ΙΑΤΡΙΚΈΣ ΈΡΕΥΝΕΣ ΠΟΥ ΣΤΟΧΕΎΟΥΝ ΣΤΙΣ ΡΥΘΜΙΣΤΙΚΈΣ ΠΕΡΙΟΧΈΣ ΤΟΥ ΓΟΝΙΔΙΏΜΑΤΟΣ ΜΑΣ ΈΧΟΥΝ ΜΕΙΩΘΕΊ ΣΤΗ ΜΙΚΡΉ ΠΕΡΙΟΧΉ ΤΟΥ DNA ΠΟΥ ΠΕΡΙΒΆΛΛΕΙ ΤΗΝ ΚΎΡΙΑ ΑΡΧΉ ΤΗΣ ΜΕΤΑΓΡΑΦΉΣ ΓΟΝΙΔΊΩΝ (ΕΛΆΧΙΣΤΟ ΥΠΟΚΙΝΗΤΉ). ΜΕ ΑΥΤΉ ΤΗΝ ΈΝΝΟΙΑ, ΈΧΟΥΜΕ ΑΓΝΟΉΣΕΙ Ή ΞΕΧΆΣΕΙ, ΆΛΛΕΣ ΑΚΟΛΟΥΘΊΕΣ ΠΙΟ ΜΑΚΡΙΝΈΣ ΑΠΌ ΤΟ ΓΟΝΙΔΊΩΜΑ, ΜΕ ΤΙΣ ΑΞΙΈΠΑΙΝΕΣ ΕΞΑΙΡΈΣΕΙΣ ΤΗΣ ΚΑΛΉΣ ΈΡΕΥΝΑΣ ΠΟΥ ΔΙΕΞΆΓΕΤΑΙ ΣΕ ΕΝΙΣΧΥΤΈΣ ΚΑΙ ΜΟΝΩΤΈΣ. ΑΛΛΆ ΆΛΛΕΣ ΠΕΡΙΟΧΈΣ ΈΧΟΥΝ ΑΓΝΟΗΘΕΊ ΚΑΙ ΥΠΆΡΧΕΙ ΑΝΆΓΚΗ ΝΑ ΑΠΟΚΤΗΘΟΎΝ ΑΥΤΈΣ ΟΙ ΓΝΏΣΕΙΣ ΓΙΑ ΤΙΣ «ΟΡΦΑΝΈΣ» ΠΕΡΙΟΧΈΣ ΤΟΥ ΓΟΝΙΔΙΏΜΑΤΟΣ, ΚΑΘΏΣ ΚΑΙ ΝΑ ΚΑΤΑΝΟΗΘΟΎΝ ΟΙ ΠΙΘΑΝΈΣ ΜΕΤΑΒΟΛΈΣ ΤΟΥΣ ΣΤΟΝ ΚΑΡΚΊΝΟ. ΣΕ ΑΥΤΌ ΤΟ ΠΛΑΊΣΙΟ, ΓΝΩΡΊΖΟΥΜΕ ΌΤΙ Η ΠΑΡΕΚΚΛΊΝΟΥΣΑ METILATION ΤΩΝ ΔΙΝΟΥΚΛΕΟΤΙΔΊΩΝ CPG ΠΟΥ ΒΡΊΣΚΟΝΤΑΙ ΣΕ ΥΠΟΚΙΝΗΤΈΣ ΓΟΝΙΔΊΩΝ ΚΑΤΑΣΤΑΛΤΙΚΏΝ ΌΓΚΩΝ ΕΜΦΑΝΊΖΕΤΑΙ ΣΤΗ ΦΥΣΙΚΉ ΙΣΤΟΡΊΑ ΤΟΥ ΚΑΡΚΊΝΟΥ, ΑΛΛΆ ΑΓΝΟΟΎΜΕ ΌΤΙ ΣΥΜΒΑΊΝΕΙ ΣΕ ΛΙΓΌΤΕΡΟ ΈΝΤΟΝΕΣ ΑΛΛΗΛΟΥΧΊΕΣ. ΤΟ ΈΡΓΟ ΑΥΤΌ ΕΠΙΔΙΏΚΕΙ ΝΑ ΑΝΑΛΎΣΕΙ ΤΑ ΠΡΌΤΥΠΑ ΤΟΥ DNA METILACION ΚΑΙ ΤΙΣ ΛΕΙΤΟΥΡΓΙΚΈΣ ΣΥΝΈΠΕΙΈΣ ΤΟΥ ΣΤΑ ΚΎΤΤΑΡΑ ΚΑΙ ΣΤΟΥΣ ΦΥΣΙΟΛΟΓΙΚΟΎΣ ΚΑΙ ΜΕΤΑΣΧΗΜΑΤΙΣΜΈΝΟΥΣ ΙΣΤΟΎΣ ΓΙΑ ΤΈΣΣΕΡΑ «ΈΚΤΑΚΤΑ» ΔΙΑΜΕΡΊΣΜΑΤΑ ΤΟΥ ΓΟΝΙΔΙΏΜΑΤΟΣ ΜΑΣ: ΥΠΕΡ-ΕΝΙΣΧΥΤΈΣ, ΑΚΟΛΟΥΘΊΕΣ ΠΟΥ ΕΜΠΛΈΚΟΝΤΑΙ ΣΕ ΒΡΌΧΟΥΣ ΧΡΩΜΑΤΊΝΗΣ, DUONES ΚΑΙ ΕΝΑΛΛΑΚΤΙΚΟΎΣ ΠΡΟΩΘΗΤΈΣ. ΝΑ ΤΟΥΣ ΓΝΩΡΊΣΕΙΣ ΈΣΤΩ ΚΑΙ ΓΙΑ ΛΊΓΟ. ΤΗΝ ΆΝΟΙΞΗ ΤΟΥ 2013 ΥΠΉΡΞΕ Η ΕΜΦΆΝΙΣΗ ΤΩΝ ΠΡΏΤΩΝ ΣΟΒΑΡΏΝ ΜΕΛΕΤΏΝ ΣΧΕΤΙΚΆ ΜΕ ΤΟΥΣ «ΥΠΕΡ-ΕΝΙΣΧΥΤΈΣ», ΜΕΓΆΛΕΣ ΜΕΤΑΓΡΑΦΙΚΈΣ ΣΥΣΤΆΔΕΣ ΕΝΙΣΧΥΤΉ ΠΟΥ ΕΛΈΓΧΟΥΝ ΤΗΝ ΈΚΦΡΑΣΗ ΒΑΣΙΚΏΝ ΓΟΝΙΔΊΩΝ ΓΙΑ ΤΗΝ ΚΥΤΤΑΡΙΚΉ ΤΑΥΤΌΤΗΤΑ ΑΠΌ ΜΕΓΆΛΗ ΑΠΌΣΤΑΣΗ. ΑΛΛΆ ΤΗΝ ΊΔΙΑ ΣΤΙΓΜΉ ΓΝΩΡΊΖΟΥΜΕ ΤΏΡΑ, ΛΌΓΩ ΜΕΛΕΤΏΝ ΤΟΥ ΓΟΝΙΔΙΩΜΑΤΙΚΟΎ 3C ULTRASECUTION (HI-C), ΌΤΙ ΆΛΛΟΙ ΒΡΌΧΟΙ ΠΑΡΆΓΟΝΤΑΙ ΜΕΤΑΞΎ ΜΑΚΡΙΝΏΝ ΑΛΛΗΛΟΥΧΙΏΝ DNA ΓΙΑ ΤΟΝ ΈΛΕΓΧΟ ΤΗΣ ΓΟΝΙΚΉΣ ΔΡΑΣΤΗΡΙΌΤΗΤΑΣ. ΚΑΙ ΠΈΡΥΣΙ, ΥΠΉΡΞΕ ΜΙΑ ΑΚΌΜΗ ΣΥΝΑΡΠΑΣΤΙΚΉ ΑΝΑΤΡΟΠΉ ΣΤΗΝ ΑΝΕΞΕΡΕΎΝΗΤΗ ΡΎΘΜΙΣΗ ΤΟΥ ΓΟΝΙΔΙΏΜΑΤΟΣ ΠΟΥ ΉΡΘΕ ΣΕ ΜΑΣ ΑΠΌ ΤΗΝ ΈΝΝΟΙΑ ΤΟΥ «DUONES»: ΟΙ ΚΏΔΙΚΕΣ ΠΟΥ ΈΧΟΥΝ ΔΙΤΤΌ ΡΌΛΟ, ΕΊΝΑΙ ΣΕ ΘΈΣΗ ΝΑ ΚΑΘΟΡΊΖΟΥΝ ΤΑ ΑΜΙΝΟΞΈΑ ΚΑΙ ΤΑΥΤΌΧΡΟΝΑ ΝΑ ΕΝΕΡΓΟΎΝ ΩΣ ΡΥΘΜΙΣΤΙΚΈΣ ΑΛΛΗΛΟΥΧΊΕΣ ΕΠΙΤΡΈΠΟΝΤΑΣ ΣΤΗΝ ΈΝΩΣΗ ΤΟΥΣ ΠΑΡΆΓΟΝΤΕΣ ΜΕΤΑΓΡΑΦΉΣ. ΤΈΛΟΣ, ΣΉΜΕΡΑ ΥΠΆΡΧΕΙ Η ΑΠΟΔΟΧΉ ΌΤΙ ΣΧΕΔΌΝ ΌΛΑ ΤΑ ΓΟΝΊΔΙΑ ΜΑΣ ΠΡΟΈΡΧΟΝΤΑΙ ΑΠΌ ΤΗ ΜΕΤΑΓΡΑΦΉ ΕΝΑΛΛΑΚΤΙΚΏΝ RNA ΑΝΤΊ ΤΟΥ «ΚΎΡΙΟΥ», ΠΟΛΛΆ ΑΠΌ ΤΑ ΟΠΟΊΑ ΞΕΚΙΝΟΎΝ ΑΠΌ ΕΣΩΤΕΡΙΚΟΎΣ ΥΠΟΣΤΗΡΙΚΤΈΣ ΤΟΥ ΕΝ ΛΌΓΩ ΓΟΝΙΔΊΟΥ ΚΑΙ ΈΧΟΥΝ ΈΝΑΝ ΆΓΝΩΣΤΟ ΚΑΝΟΝΙΣΜΌ ΚΑΙ ΔΕΝ ΈΧΟΥΝ ΑΚΌΜΗ ΔΙΕΡΕΥΝΗΘΕΊ. ΣΕ ΑΥΤΉ ΤΗ ΜΕΛΈΤΗ ΠΡΟΤΕΊΝΟΥΜΕ ΝΑ ΑΝΑΛΥΘΕΊ Ο ΡΌΛΟΣ ΕΝΌΣ ΕΠΙΓΕΝΕΤΙΚΟΎ ΣΗΜΕΊΟΥ, ΤΟΥ DNA METILATION, ΣΤΟ ΠΛΑΊΣΙΟ ΤΩΝ ΤΕΣΣΆΡΩΝ ΤΎΠΩΝ ΑΛΛΗΛΟΥΧΙΏΝ ΠΟΥ ΠΕΡΙΓΡΆΦΟΝΤΑΙ. ΘΑ ΠΡΟΣΔΙΟΡΊΣΟΥΜΕ ΕΠΊΣΗΣ ΑΝ ΤΑ ΠΡΌΤΥΠΑ DNA METILACION ΑΥΤΉΣ ΤΗΣ «ΈΚΤΑΚΤΗΣ» ΡΥΘΜΙΣΤΙΚΉΣ ΑΚΟΛΟΥΘΊΑΣ ΔΙΑΣΤΡΕΒΛΏΝΟΝΤΑΙ ΣΤΟΝ ΚΑΡΚΊΝΟ ΤΟΥ ΑΝΘΡΏΠΟΥ. ΓΙΑ ΤΗΝ ΕΠΊΤΕΥΞΗ ΑΥΤΏΝ ΤΩΝ ΣΤΌΧΩΝ ΘΑ ΧΡΗΣΙΜΟΠΟΙΉΣΟΥΜΕ ΈΝΑΝ ΣΥΝΔΥΑΣΜΌ ΚΑΡΚΙΝΙΚΏΝ ΚΥΤΤΑΡΙΚΏΝ ΣΕΙΡΏΝ ΚΑΘΏΣ ΚΑΙ ΠΡΩΤΟΓΕΝΏΝ ΌΓΚΩΝ ΠΟΥ ΘΑ «ΑΝΑΚΡΙΘΟΎΝ» ΜΕ ΕΠΙΓΟΝΙΔΙΩΜΑΤΙΚΈΣ ΠΡΟΣΕΓΓΊΣΕΙΣ (ΟΛΌΚΛΗΡΗ ΑΛΛΗΛΟΥΧΊΑ ΔΙΘΕΙΏΔΟΥΣ ΓΟΝΙΔΙΏΜΑΤΟΣ, 450K DNA ΜΕΘΥΛΊΩΣΗ ΜΙΚΡΟΣΥΣΤΟΙΧΊΑ ΚΑΙ HI-C ΧΡΩΜΟΣΩΜΙΚΉ ΔΙΆΠΛΑΣΗ) ΚΑΙ ΜΕΤΑΓΡΑΦΙΚΆ (RNA-SEQ, ΈΚΦΡΑΣΗ ΜΙΚΡΟΣΥΣΤΟΙΧΊΕΣ ΚΑΙ RASL-SEQ). ΟΙ ΥΠΟΨΉΦΙΕΣ ΑΛΛΗΛΟΥΧΊΕΣ ΘΑ ΑΝΑΛΎΟΝΤΑΙ ΤΕΛΙΚΆ ΛΕΙΤΟΥΡΓΙΚΆ ΣΕ ΚΥΤΤΑΡΙΚΆ ΚΑΙ MURINE ΜΟΝΤΈΛΑ· ΚΑΘΏΣ ΚΑΙ Η ΜΕΛΈΤΗ ΤΗΣ ΜΕΤΑΓΡΑΦΙΚΉΣ ΑΞΊΑΣ ΤΟΥ ΣΕ ΚΛΙΝΟΠΑΤΟΛΟΓΙΚΕΣ ΜΕΛΈΤΕΣ ΤΩΝ ΑΝΘΡΏΠΙΝΩΝ ΌΓΚΩΝ. (Greek)
17 August 2022
0 references
DE FLESTE BIOLOGISKE OG MEDICINSKE FORSKNING RETTET MOD DE LOVGIVNINGSMÆSSIGE REGIONER I VORES GENOM ER BLEVET REDUCERET TIL DEN LILLE REGION AF DNA, DER OMGIVER HOVEDBEGYNDELSEN AF GENTRANSSKRIPTION (MINIMUM PROMOTOR). I DENNE FORSTAND, HAR VI IGNORERET ELLER GLEMT, ANDRE SEKVENSER MERE FJERNT FRA GENOMET, MED DE HÆDERLIGE UNDTAGELSER FRA DEN GODE FORSKNING UDFØRT I FORSTÆRKERE OG ISOLATORER. MEN ANDRE REGIONER ER BLEVET IGNORERET, OG DER ER BEHOV FOR AT OPNÅ DENNE VIDEN FOR DE "FORÆLDRELØSE" REGIONER I GENOMET, SAMT AT FORSTÅ DERES MULIGE ÆNDRINGER I KRÆFT. I DENNE FORBINDELSE VED VI, AT DEN AFVIGENDE METILATION AF CPG DINUCLEOTIDER PLACERET I TUMOR SUPPRESSOR GENPROMOTORER FOREKOMMER I NATURHISTORIEN AF KRÆFT, MEN VI IGNORERER, AT DET SKER I MINDRE MARKEREDE SEKVENSER. DETTE PROJEKT HAR TIL FORMÅL AT ANALYSERE DNA METILACIONS MØNSTRE OG FUNKTIONELLE KONSEKVENSER I CELLER OG NORMALE OG TRANSFORMEREDE VÆV FOR FIRE "EKSTRAORDINÆRE" RUM I VORES GENOM: SUPERFORSTÆRKERE, SEKVENSER INVOLVERET I CHROMATIN LOOPS, DUONES OG ALTERNATIVE PROMOTORER. LÆR DEM AT KENDE SELV KORT. I FORÅRET 2013 VAR DER FREMKOMSTEN AF DE FØRSTE SERIØSE UNDERSØGELSER AF "SUPER-ENHANCERS", STORE TRANSSKRIPTIONELLE FORSTÆRKERKLYNGER, DER STYRER EKSPRESSIONEN AF CENTRALE GENER FOR CELLEIDENTITET FRA LANG AFSTAND. MEN SAMTIDIG VED VI NU, PÅ GRUND AF STUDIER AF 3C GENOMISK ULTRASECUTION (HI-C), AT ANDRE SLØJFER PRODUCERES MELLEM FJERNE DNA-SEKVENSER FOR AT KONTROLLERE GENISK AKTIVITET. OG SIDSTE ÅR VAR DER ENDNU ET SPÆNDENDE TWIST TIL DEN UUDFORSKEDE REGULERING AF GENOMET, DER KOM TIL OS VED BEGREBET "DUONES": KODONER, DER HAR EN DOBBELT ROLLE, IDET DE KAN BESTEMME AMINOSYRER OG SAMTIDIG FUNGERE SOM REGULERINGSMÆSSIGE SEKVENSER VED AT TILLADE UNIONEN AF TRANSSKRIPTIONSFAKTORER. ENDELIG ER DER I DAG EN ACCEPT AF, AT NÆSTEN ALLE VORES GENER STAMMER FRA TRANSSKRIBERENDE RNA-ALTERNATIVER TIL "HOVEDET", MANGE AF DEM ER INITIERET FRA INTERNE PROMOTORER AF DET PÅGÆLDENDE GEN OG HAR EN UKENDT FORORDNING OG STADIG SKAL UNDERSØGES. I DENNE UNDERSØGELSE FORESLÅR VI AT ANALYSERE ROLLEN AF ET EPIGENETISK MÆRKE, DNA METILATION, I FORBINDELSE MED DE FIRE TYPER AF SEKVENSER BESKREVET. VI VIL OGSÅ AFGØRE, OM DNA METILACION-MØNSTRENE I DENNE "EKSTRAORDINÆRE" REGULERINGSSEKVENS ER FORVRÆNGET I KRÆFT HOS MENNESKER. FOR AT NÅ DISSE MÅL VIL VI BRUGE EN KOMBINATION AF KRÆFTCELLELINJER SAMT PRIMÆRE TUMORER, DER VIL BLIVE "INTERROGATED" VED EPIGENOMISKE TILGANGE (HELE GENOM BISULFIT SEKVENTERING, 450K DNA-METHYLERING MIKROARRAY OG HI-C KROMOSOM KROPSBYGNINGSOPTAGELSE) OG TRANSKRIPTOMICS (RNA-SEQ, EKSPRESSION MIKROARRAYS OG RASL-SEQ). KANDIDATSEKVENSERNE ANALYSERES ENDELIG FUNKTIONELT I CELLE- OG MURINEMODELLER. SAMT UNDERSØGELSEN AF SIN TRANSLATIONELLE VÆRDI I CLINICOPATOLOGICAL UNDERSØGELSER AF MENNESKELIGE TUMORER. (Danish)
17 August 2022
0 references
SUURIN OSA BIOLOGISESTA JA LÄÄKETIETEELLISESTÄ TUTKIMUKSESTA, JOKA ON SUUNNATTU GENOMIMME SÄÄNTELYALUEILLE, ON RAJOITTUNUT PIENEEN DNA-ALUEESEEN, JOKA YMPÄRÖI GEENITRANSKRIPTION PÄÄASIALLISTA ALKUA (VÄHIMMÄISPROMOOTTORI). TÄSSÄ MIELESSÄ OLEMME SIVUUTTANEET TAI UNOHTANEET, MUUT SEKVENSSIT KAUEMPANA GENOMISTA, LUKUUN OTTAMATTA KUNNIALLISIA POIKKEUKSIA HYVÄSTÄ TUTKIMUKSESTA, JOTA TEHDÄÄN TEHOSTAJILLE JA ERISTEILLE. MUUT ALUEET ON KUITENKIN JÄTETTY HUOMIOTTA, JA ON TARPEEN HANKKIA TÄMÄ TIETO GENOMIN ”ORPOJEN” ALUEIDEN OSALTA SEKÄ YMMÄRTÄÄ NIIDEN MAHDOLLISET SYÖPÄMUUTOKSET. TÄSSÄ YHTEYDESSÄ TIEDÄMME, ETTÄ KASVAIMEN VAIMENTAJAN GEENIPROMOOTTORIEN CPG-DINUKLEOTIDIEN POIKKEAVA METILATION TAPAHTUU SYÖVÄN LUONNONHISTORIASSA, MUTTA EMME OTA HUOMIOON SITÄ, ETTÄ SE TAPAHTUU VÄHEMMÄN MERKITTÄVISSÄ SEKVENSSEISSÄ. TÄSSÄ HANKKEESSA PYRITÄÄN ANALYSOIMAAN DNA METILACIONIN KUVIOITA JA SEN TOIMINNALLISIA SEURAUKSIA SOLUISSA JA NORMAALEISSA JA MUUNTUNEISSA KUDOKSISSA GENOMIN NELJÄN ”POIKKEUKSELLISEN” OSASTON OSALTA: SUPERTEHOSTIMET, KROMATIINISILMUKOIDEN SEKVENSSIT, DUONES JA VAIHTOEHTOISET PROMOOTTORIT. TUTUSTU HEIHIN EDES LYHYESTI. KEVÄÄLLÄ 2013 SYNTYI ENSIMMÄISET VAKAVAT TUTKIMUKSET ”SUPER-ENHANCERS”, SUURET TRANSKRIPTIONAALISET TEHOSTAJAKLUSTERIT, JOTKA OHJAAVAT SOLUIDEN IDENTITEETIN KESKEISTEN GEENIEN ILMENTYMISTÄ PITKÄLLÄ ETÄISYYDELLÄ. MUTTA SAMAAN AIKAAN TIEDÄMME NYT 3C-GENOMISTEN ULTRASECUTION (HI-C) TUTKIMUSTEN ANSIOSTA, ETTÄ ETÄISTEN DNA-SEKVENSSIEN VÄLILLÄ TUOTETAAN MUITA SILMUKOITA, JOILLA HALLITAAN GEENIAKTIIVISUUTTA. JA VIIME VUONNA, OLI TOINEN JÄNNITTÄVÄ KÄÄNNE TUTKIMATON ASETUS GENOMIN, JOKA TULI MEILLE KÄSITE ”DUONES”: KODONIT, JOILLA ON KAKSOISROOLI JA JOTKA PYSTYVÄT MÄÄRITTÄMÄÄN AMINOHAPPOJA JA TOIMIMAAN SAMALLA SÄÄNTELYSEKVENSSEINÄ SALLIMALLA UNIONIN TRANSKRIPTIOTEKIJÖIDEN KÄYTÖN. LOPUKSI, TÄNÄÄN ON HYVÄKSYTTÄVÄÄ, ETTÄ LÄHES KAIKKI GEENIMME OVAT PERÄISIN RNA:N ”PÄÄASIALLISISTA” VAIHTOEHDOISTA, JOISTA MONET OVAT PERÄISIN KYSEISEN GEENIN SISÄISILTÄ PROMOOTTORILTA JA JOILLA ON TUNTEMATON ASETUS JA JOITA ON VIELÄ TUTKITTAVA. TÄSSÄ TUTKIMUKSESSA EHDOTAMME, ETTÄ ANALYSOIDAAN EPIGENEETTISEN MERKIN, DNA METILATIONIN, ROOLIA KUVAILTUJEN NELJÄN SEKVENSSIN YHTEYDESSÄ. SELVITÄMME MYÖS, OVATKO NÄIDEN ”POIKKEUKSELLISTEN” SÄÄNTELYSEKVENSSIEN DNA METILACION-MALLIT VÄÄRISTYNEET IHMISEN SYÖVÄSSÄ. NÄIDEN TAVOITTEIDEN SAAVUTTAMISEKSI KÄYTÄMME YHDISTELMÄÄ SYÖPÄSOLULINJOJA SEKÄ PRIMAARISIA KASVAIMIA, JOITA ”KUULUTETAAN” EPIGENOMISILLA LÄHESTYMISTAVOILLA (KOKO GENOMIN BISULFIITIN SEKVENSOINTI, 450K DNA-METYLAATIOMIKROARRAY JA HI-C-KROMOSOMIKONFORMAATIOKAAPPAUS) JA TRANSKRIPTOMIIKKA (RNA-SEQ, EKSPRESSION MICROARRAYS JA RASL-SEQ). EHDOKASSEKVENSSIT ANALYSOIDAAN LOPULTA TOIMINNALLISESTI SOLU- JA HIIRIMALLEISSA; SEKÄ TUTKIMUS SEN TRANSLAATIOARVO CLINICOPATOLOGICAL TUTKIMUKSET IHMISEN KASVAIMIA. (Finnish)
17 August 2022
0 references
IL-BIĊĊA L-KBIRA TAR-RIĊERKA BIJOLOĠIKA U MEDIKA MMIRATA LEJN IR-REĠJUNI REGOLATORJI TAL-ĠENOMA TAGĦNA TNAQQSET GĦAR-REĠJUN ŻGĦIR TAD-DNA LI JDAWRU L-BIDU EWLIENI TAT-TRASKRIZZJONI TAL-ĠENI (PROMOTUR MINIMU). F’DAN IS-SENS, GĦANDNA INJORATI JEW MINSIJA, SEKWENZI OĦRA AKTAR IMBIEGĦDA MILL-ĠENOMA, BL-EĊĊEZZJONIJIET ONOREVOLI TA ‘L-RIĊERKA TAJBA MWETTQA FL ENHANCERS U IŻOLATURI. IŻDA REĠJUNI OĦRA ĠEW INJORATI U HEMM BŻONN LI JINKISEB DAN L-GĦARFIEN GĦAR-REĠJUNI “ORFNI” TAL-ĠENOMA, KIF UKOLL LI WIEĦED JIFHEM L-ALTERAZZJONIJIET POSSIBBLI TAGĦHOM FIL-KANĊER. F’DAN IL-KUNTEST, NAFU LI L-METILAZZJONI ABERRANTI TA’ CPG DINUCLEOTIDES LI JINSABU FIL-PROMOTURI TAL-ĠENI LI JRAŻŻNU T-TUMURI SSEĦĦ FL-ISTORJA NATURALI TAL-KANĊER, IŻDA NINJORAW LI DAN JIĠRI F’SEKWENZI INQAS IMMARKATI. DAN IL-PROĠETT IFITTEX LI JANALIZZA L-MUDELLI TAD-DNA METILACION U L-KONSEGWENZI FUNZJONALI TIEGĦU FIĊ-ĊELLOLI U T-TESSUTI NORMALI U TRASFORMATI GĦAL ERBA’ KOMPARTIMENTI “STRAORDINARJI” TAL-ĠENOMA TAGĦNA: SUPER-ENHANCERS, SEKWENZI INVOLUTI FIL-LOOPS TAL-KROMATIN, DUONES U PROMOTURI ALTERNATTIVI. KUN AFHOM SAĦANSITRA FIL — QOSOR. FIR-REBBIEGĦA TAL-2013 TFAĊĊAW L-EWWEL STUDJI SERJI DWAR IS-“SUPER-ENHANCERS”, RAGGRUPPAMENTI KBAR LI JTEJBU T-TRASKRIZZJONI LI JIKKONTROLLAW L-ESPRESSJONI TA’ ĠENI EWLENIN GĦALL-IDENTITÀ TAĊ-ĊELLOLI MINN DISTANZA TWILA. IŻDA FL-ISTESS ĦIN AĦNA ISSA NAFU, MINĦABBA STUDJI TA ‘ULTRASECUTION ĠENOMIKA 3C (HI-C), LI LOOPS OĦRA HUMA PRODOTTI BEJN SEKWENZI TAD-DNA BOGĦOD BIEX JIKKONTROLLAW L-ATTIVITÀ ĠENIKU. U S-SENA LI GĦADDIET, KIEN HEMM TWIST EĊĊITANTI IEĦOR GĦAR-REGOLAMENT MHUX ESPLORAT TAL-ĠENOMA LI DAĦAL LILNA MILL-KUNĊETT TA ‘L-“DUONES”: KODONS LI GĦANDHOM RWOL DOPPJU, LI JISTGĦU JIDDETERMINAW AĊIDI AMMINIĊI U FL-ISTESS ĦIN JAĠIXXU BĦALA SEKWENZI REGOLATORJI BILLI JIPPERMETTU LILL-UNJONI TA’ FATTURI TA’ TRASKRIZZJONI. FL-AĦĦAR NETT, ILLUM HEMM L-AĊĊETTAZZJONI LI KWAŻI KOLLHA TA ‘ĠENI TAGĦNA JORIĠINAW TRASKRIZZJONI ALTERNATTIVI RNA GĦALL- “PRINĊIPALI”, ĦAFNA MINNHOM QED JINBDEW MINN PROMOTURI INTERNI TAL-ĠENE INKWISTJONI U LI JKOLLHOM REGOLAMENT MHUX MAGĦRUF U GĦAD IRIDU JIĠU ESPLORATI. F’DAN L-ISTUDJU NIPPROPONU LI NANALIZZAW IR-RWOL TA’ MARKA EPIĠENETIKA, DNA METILATION, FIL-KUNTEST TAL-ERBA’ TIPI TA’ SEKWENZI DESKRITTI. SE NIDDETERMINAW UKOLL JEKK IL-MUDELLI TAL-METILACION TAD-DNA TA’ DAWN IS-SEKWENZI REGOLATORJI “STRAORDINARJI” HUMIEX MGĦAWĠA FIL-KANĊER TAL-BNIEDEM. BIEX JINTLAĦQU DAWN L-GĦANIJIET SE NUŻAW KOMBINAZZJONI TA’ LINJI TA’ ĊELLOLI TAL-KANĊER KIF UKOLL TUMURI PRIMARJI LI SE JKUNU “INTERROGATI” PERMEZZ TA’ APPROĊĊI EPIĠENOMIĊI (SEKWENZJAR TAL-ĠENOMA BISULFIT, 450K DNA METHYLATION MICROARRAY U QBID TA’ KONFORMAZZJONI TAL-KROMOŻOMI HI-C) U TRASKRISTOMIJA (RNA-SEQ, ESPRESSJONI MIKROARRAYS U RASL-SEQ). IS-SEKWENZI KANDIDATI FINALMENT SE JIĠU ANALIZZATI FUNZJONALMENT FIL-MUDELLI TAĊ-ĊELLOLI U TAL-ĠRIEDEN; KIF UKOLL L-ISTUDJU TAL-VALUR TRASLAZZJONALI TIEGĦU FL-ISTUDJI CLINICOPATOLOGICAL TAT-TUMURI UMANI. (Maltese)
17 August 2022
0 references
LIELĀKĀ DAĻA BIOLOĢISKO UN MEDICĪNISKO PĒTĪJUMU, KAS VĒRSTI UZ MŪSU GENOMA REGULATĪVAJIEM REĢIONIEM, IR SAMAZINĀTI LĪDZ NELIELAJAM DNS REĢIONAM, KAS IESKAUJ GALVENO GĒNU TRANSKRIPCIJAS SĀKUMU (MINIMĀLAIS VEICINĀTĀJS). ŠAJĀ ZIŅĀ MĒS ESAM IGNORĒJUŠI VAI AIZMIRSUŠI, CITAS SEKVENCES, KAS VAIRĀK ATTĀLINĀS NO GENOMA, AR CIENĪJAMIEM IZŅĒMUMIEM LABAJIEM PĒTĪJUMIEM, KAS VEIKTI PASTIPRINĀTĀJU UN IZOLATORU JOMĀ. BET CITI REĢIONI IR IGNORĒTI, UN IR NEPIECIEŠAMS IEGŪT ŠĪS ZINĀŠANAS PAR GENOMA “RETU SLIMĪBU” REĢIONIEM, KĀ ARĪ SAPRAST TO IESPĒJAMĀS IZMAIŅAS VĒZI. ŠAJĀ KONTEKSTĀ MĒS ZINĀM, KA CPG DINUKLEOTĪDU, KAS ATRODAS AUDZĒJU NOMĀCOŠO GĒNU VEICINĀTĀJU, ABERĒJOŠĀ METILĀ NOTIEK VĒŽA DABISKAJĀ VĒSTURĒ, BET MĒS IGNORĒJAM, KA TAS NOTIEK MAZĀK IZTEIKTĀS SEKVENCĒS. ŠĀ PROJEKTA MĒRĶIS IR ANALIZĒT DNS METILACION MODEĻUS UN TĀS FUNKCIONĀLĀS SEKAS ŠŪNĀS UN NORMĀLOS UN PĀRVEIDOTAJOS AUDOS ČETROS MŪSU GENOMA “ĀRKĀRTĒJOS” SEGMENTOS: SUPER-PASTIPRINĀTĀJI, SEKVENCES IESAISTĪTI HROMATĪNA CILPAS, DUONES UN ALTERNATĪVIEM VEICINĀTĀJIEM. IEPAZĪSTIET VIŅUS PAT ĪSI. 2013. GADA PAVASARĪ PARĀDĪJĀS PIRMIE NOPIETNIE PĒTĪJUMI PAR “SUPER-ENHANCERS”, LIELIEM TRANSKRIPCIJAS PASTIPRINĀTĀJU KLASTERIEM, KAS KONTROLĒ ŠŪNU IDENTITĀTES GALVENO GĒNU IZPAUSMI NO TĀLSATIKSMES. BET TAJĀ PAŠĀ LAIKĀ MĒS TAGAD ZINĀM, PATEICOTIES 3C GENOMIKAS ULTRASECUTION (HI-C) PĒTĪJUMIEM, KA CITAS CILPAS TIEK VEIDOTAS STARP TĀLĀM DNS SEKVENCĒM, LAI KONTROLĒTU ĢENERISKO AKTIVITĀTI. UN PAGĀJUŠAJĀ GADĀ BIJA VĒL VIENS AIZRAUJOŠS GRODUMS NEIZPĒTĪTAJAM GENOMA REGULĒJUMAM, KAS PIE MUMS NONĀCA PĒC “DUONES” KONCEPCIJAS: KODONI, KURIEM IR DIVĒJĀDA LOMA, JO TIE SPĒJ NOTEIKT AMINOSKĀBES UN VIENLAIKUS DARBOJAS KĀ REGULATĪVAS SECĪBAS, ĻAUJOT SAVIENĪBAI TRANSKRIPCIJAS FAKTORUS. VISBEIDZOT, ŠODIEN IR ATZĪTS, KA GANDRĪZ VISI MŪSU GĒNI RODAS, PĀRRAKSTOT RNS ALTERNATĪVAS “GALVENAJAM”, DAUDZI NO TIEM TIEK UZSĀKTI NO ATTIECĪGĀ GĒNA IEKŠĒJIEM VEICINĀTĀJIEM UN TIEM IR NEZINĀMS REGULĒJUMS, UN TIE VĒL IR JĀIZPĒTA. ŠAJĀ PĒTĪJUMĀ MĒS IEROSINĀM ANALIZĒT EPIĢENĒTISKĀS ZĪMES DNS METILATION LOMU ČETRU APRAKSTĪTO SEKVENČU VEIDU KONTEKSTĀ. MĒS ARĪ NOTEIKSIM, VAI ŠĪS “ĀRKĀRTĒJĀS” REGULATĪVĀS SECĪBAS DNS METILACION MODEĻI IR IZKROPĻOTI CILVĒKA VĒŽA GADĪJUMĀ. LAI SASNIEGTU ŠOS MĒRĶUS, MĒS IZMANTOSIM VĒŽA ŠŪNU LĪNIJU KOMBINĀCIJU, KĀ ARĪ PRIMĀROS AUDZĒJUS, KURUS “NOPRATINĀS” EPIGENOMIKAS PIEEJAS (VESELA GENOMA BISULFĪTA SEKVENCĒŠANA, 450K DNS METILĀCIJAS MIKROARRAY UN HI-C HROMOSOMU UZBŪVES UZTVERŠANA) UN TRANSKRIPTOMIKAS (RNS-SEQ, EKSPRESIJAS MIKROATRI UN RASL-SEQ). KANDIDĀTU SEKVENCES VISBEIDZOT TIKS FUNKCIONĀLI ANALIZĒTAS ŠŪNU UN PEĻU MODEĻOS; KĀ ARĪ PĒTĪJUMS PAR TĀS TULKOŠANAS VĒRTĪBU CLINICOPATOLOGICAL PĒTĪJUMOS PAR CILVĒKA AUDZĒJIEM. (Latvian)
17 August 2022
0 references
VÄČŠINA BIOLOGICKÉHO A LEKÁRSKEHO VÝSKUMU ZAMERANÉHO NA REGULAČNÉ OBLASTI NÁŠHO GENÓMU BOLA REDUKOVANÁ NA MALÚ OBLASŤ DNA, KTORÁ OBKLOPUJE HLAVNÝ ZAČIATOK GÉNOVEJ TRANSKRIPCIE (MINIMÁLNY PROMÓTOR). V TOMTO ZMYSLE SME IGNOROVALI ALEBO ZABUDLI, INÉ SEKVENCIE VZDIALENEJŠIE OD GENÓMU, S ČESTNÝMI VÝNIMKAMI Z DOBRÉHO VÝSKUMU VYKONÁVANÉHO V ZOSILŇOVAČOCH A IZOLÁTOROCH. ALE INÉ REGIÓNY BOLI IGNOROVANÉ A JE POTREBNÉ ZÍSKAŤ TIETO POZNATKY PRE „OSIROTENÉ“ REGIÓNY GENÓMU, AKO AJ POCHOPIŤ ICH MOŽNÉ ZMENY V RAKOVINE. V TEJTO SÚVISLOSTI VIEME, ŽE ABERANTNÁ METILÁCIA CPG DINUKLEOTIDOV NACHÁDZAJÚCICH SA V PROMÓTOROVÝCH PROMÓTOROVÝCH GÉNOV NÁDORU SA VYSKYTUJE V PRIRODZENEJ HISTÓRII RAKOVINY, ALE IGNORUJEME, ŽE SA TO DEJE V MENEJ VÝRAZNÝCH SEKVENCIÁCH. CIEĽOM TOHTO PROJEKTU JE ANALYZOVAŤ MODELY DNA METILACION A JEJ FUNKČNÉ DÔSLEDKY V BUNKÁCH A NORMÁLNYCH A TRANSFORMOVANÝCH TKANIVÁCH PRE ŠTYRI „MIMORIADNE“ ZLOŽKY NÁŠHO GENÓMU: SUPER-ENHANCERS, SEKVENCIE ZAPOJENÉ DO CHROMATÍNOVÝCH SLUČIEK, DUONES A ALTERNATÍVNE PROPAGÁTORY. SPOZNAJTE ICH EŠTE KRÁTKO. NA JAR 2013 DOŠLO K VZNIKU PRVÝCH ZÁVAŽNÝCH ŠTÚDIÍ O „SUPER-ENHANCEROCH“, VEĽKÝCH TRANSKRIPČNÝCH ZHLUKOCH, KTORÉ RIADIA EXPRESIU KĽÚČOVÝCH GÉNOV PRE BUNKOVÚ IDENTITU Z VEĽKEJ VZDIALENOSTI. ALE ZÁROVEŇ VIEME, ŽE VĎAKA ŠTÚDIÁM 3C GENOMICKEJ ULTRASECUTION (HI-C) SA VYTVÁRAJÚ INÉ SLUČKY MEDZI VZDIALENÝMI SEKVENCIAMI DNA NA KONTROLU GENETICKEJ AKTIVITY. A MINULÝ ROK DOŠLO K ĎALŠIEMU VZRUŠUJÚCEMU ZVRATU NEPRESKÚMANEJ REGULÁCIE GENÓMU, KTORÝ K NÁM PRIŠIEL KONCEPTOM „DUONES“: KODÓNY, KTORÉ MAJÚ DVOJAKÚ ÚLOHU, SÚ SCHOPNÉ URČIŤ AMINOKYSELINY A ZÁROVEŇ FUNGUJÚ AKO REGULAČNÉ SEKVENCIE TÝM, ŽE UMOŽŇUJÚ ÚNII TRANSKRIPČNÉ FAKTORY. A NAPOKON, DNES EXISTUJE SÚHLAS S TÝM, ŽE TAKMER VŠETKY NAŠE GÉNY POCHÁDZAJÚ Z PREPISOVANIA ALTERNATÍV RNA K „HLAVE“, PRIČOM MNOHÉ Z NICH SÚ INICIOVANÉ OD INTERNÝCH PROPAGÁTOROV PRÍSLUŠNÉHO GÉNU A MAJÚ NEZNÁMU REGULÁCIU A EŠTE ICH TREBA PRESKÚMAŤ. V TEJTO ŠTÚDII NAVRHUJEME ANALYZOVAŤ ÚLOHU EPIGENETICKEJ ZNAČKY DNA METILATION V SÚVISLOSTI SO ŠTYRMI TYPMI POPÍSANÝCH SEKVENCIÍ. BUDEME TIEŽ URČIŤ, ČI SÚ MODELY DNA METILACION TOHTO „MIMORIADNEHO“ REGULAČNÝCH SEKVENCIÍ SKRESLENÉ V ĽUDSKEJ RAKOVINE. NA DOSIAHNUTIE TÝCHTO CIEĽOV POUŽIJEME KOMBINÁCIU RAKOVINOVÝCH BUNKOVÝCH LÍNIÍ, AKO AJ PRIMÁRNYCH NÁDOROV, KTORÉ BUDÚ „VYŠETROVANÉ“ EPIGENOMICKÝMI PRÍSTUPMI (SEKVENOVANIE CELÉHO GENÓMU BISULFITU, MIKROARRAY METYLÁCIE DNA 450K A ZACHYTENIE CHROMOZÓMOVEJ KONFORMÁCIE HI-C) A TRANSKRIPTOMIKA (RNA-SEQ, EXPRESNÉ MIKROARRAY A RASL-SEQ). KANDIDÁTSKE SEKVENCIE SA NAKONIEC FUNKČNE ANALYZUJÚ V BUNKOVÝCH A MYŠOVÝCH MODELOCH; ROVNAKO AKO ŠTÚDIUM JEHO TRANSLAČNEJ HODNOTY V CLINICOPATOLOGICAL ŠTÚDIÁCH ĽUDSKÝCH NÁDOROV. (Slovak)
17 August 2022
0 references
TÁ AN CHUID IS MÓ TAIGHDE BITHEOLAÍOCH AGUS LEIGHIS ATÁ DÍRITHE AR NA RÉIGIÚIN RIALÁLA AR ÁR GENOME LAGHDAITHE GO DTÍ AN RÉIGIÚN BEAG DE DNA GO SURROUNDS AN TÚS IS MÓ DE TRAS-SCRÍOBH GÉINE (TIONSCNÓIR ÍOSTA). SA CHIALL SEO, NÍ MÓR DÚINN NEAMHAIRD NÓ DEARMAD, SEICHIMH EILE NÍOS FAIDE I GCÉIN ÓN GENOME, LEIS NA HEISCEACHTAÍ ONÓRACH AN TAIGHDE MAITH A RINNEADH I MÉADAITHEOIRÍ AGUS INSLITHEOIRÍ. ACH TÁ NEAMHAIRD DÉANTA AR RÉIGIÚIN EILE AGUS IS GÁ AN T-EOLAS SEO A FHÁIL DO RÉIGIÚIN “DÍLLEACHTA” AN GHÉANÓIM, CHOMH MAITH LE TUISCINT A FHÁIL AR A N-ATHRUITHE FÉIDEARTHA I AILSE. SA CHOMHTHÉACS SEO, TÁ A FHIOS AGAINN GO DTARLAÍONN METILATION ABERRANT DE DINUCLEOTIDES CPG ATÁ LONNAITHE I DTIONSCNÓIRÍ GÉINE SUPPRESSOR MEALL I STAIR NÁDÚRTHA AILSE, ACH DÉANAIMID NEAMHAIRD AIR GO DTARLAÍONN SÉ I SEICHIMH NACH BHFUIL CHOMH MARCÁILTE. FÉACHANN AN TIONSCADAL SEO LE HANAILÍS A DHÉANAMH AR PHATRÚIN DNA METILACION AGUS A IARMHAIRTÍ FEIDHMIÚLA I GCEALLA AGUS I BHFÍOCHÁIN GNÁTH AGUS CLAOCHLAITHE AR FEADH CEITHRE URRANN “URGHNÁCHA” DÁR NGÉANÓM: SUPER-ENHANCERS, SEICHIMH A BHFUIL BAINT ACU LE LÚBA CHROMATIN, DUONES AGUS TIONSCNÓIRÍ MALARTACHA. FAIGH A FHIOS ACU FIÚ GO HACHOMAIR. IN EARRACH NA BLIANA 2013 BHÍ TEACHT CHUN CINN NA CHÉAD STAIDÉIR THROMCHÚISEACHA AR NA “SUPER-ENHANCERS”, BRAISLÍ MÓRA FEABHSAITHE TRAS-SCRÍOFA A RIALAÍONN LÉIRIÚ NA BPRÍOMHGHÉINTE D’FHÉINIÚLACHT CILLE Ó ACHAR FADA. ACH AG AN AM CÉANNA TÁ A FHIOS AGAINN ANOIS, MAR GHEALL AR STAIDÉIR AR ULTRASECUTION GÉANÓMAÍOCH 3C (HI-C), GO DTÁIRGTEAR LÚBA EILE IDIR SEICHIMH DNA I BHFAD I GCÉIN CHUN GNÍOMHAÍOCHT GHÉINICE A RIALÚ. AGUS ANURAIDH, BHÍ CASADH SPREAGÚIL EILE ANN DON RIALACHÁN GAN INIÚCHADH AR AN GENOME A THÁINIG CHUGAINN AG COINCHEAP AN “DUONES”: TROISCÍNÍ A BHFUIL DHÁ RÓL ACU, ATÁ IN ANN AIMÍNAIGÉID A CHINNEADH AGUS AG GNÍOMHÚ MAR SHEICHIMH RIALÁLA AG AN AM CÉANNA TRÍ FHACHTÓIRÍ TRAS-SCRÍOFA A CHEADÚ DON AONTAS. AR DEIREADH, SA LÁ ATÁ INNIU ANN TÁ AN GLACADH LEIS GO DTIONSCNAÍONN BEAGNACH GACH CEANN DÁR GÉINTE ROGHANNA RNA TRANSCRIBING LEIS AN “PRÍOMH”, GO LEOR ACU Á THIONSCNAMH Ó THIONSCNÓIRÍ INMHEÁNACHA NA GÉINE ATÁ I GCEIST AGUS A BHFUIL RIALACHÁN ANAITHNID AGUS FÓS A INIÚCHADH. SA STAIDÉAR SEO, MOLAIMID ANAILÍS A DHÉANAMH AR RÓL MARK EPIGENETIC, METILATION DNA, I GCOMHTHÉACS NA GCEITHRE CHINEÁL SEICHEAMH A THUAIRISCÍTEAR. DÉANFAIMID CINNEADH FREISIN AN NDÉANTAR PATRÚIN DNA METILACION NA SEICHIMH RIALÁLA “URGHNÁCHA” SEO A SHAOBHADH IN AILSE AN DUINE. CHUN NA CUSPÓIRÍ SIN A BHAINT AMACH, BAINFIMID ÚSÁID AS MEASCÁN DE LÍNTE CILLE AILSE CHOMH MAITH LE SIADAÍ PRÍOMHÚLA A “CHUMHDÓFAR” TRÍ CHUR CHUIGE EIPIGÉANÓMACH (SEICHEAMHÚ DÉSHULFITE INA HIOMLÁINE, MICREADAR MEITILE DNA 450K AGUS GABHÁIL CRÓMASÓIM HI-C) AGUS TRANSCRIPTOMICS (RNA-SEQ, SLONN MICROARRAYS AGUS RASL-SEQ). DÉANFAR ANAILÍS FHEIDHMIÚIL AR NA SEICHIMH IARRTHÓIRÍ AR DEIREADH I MÚNLAÍ CILLE AGUS MURINE; CHOMH MAITH LEIS AN STAIDÉAR AR A LUACH AISTRIÚCHÁIN I STAIDÉIR CLINICOPATOLOGICAL NA SIADAÍ DAONNA. (Irish)
17 August 2022
0 references
VĚTŠINA BIOLOGICKÝCH A LÉKAŘSKÝCH VÝZKUMŮ ZAMĚŘENÝCH NA REGULAČNÍ OBLASTI NAŠEHO GENOMU BYLA SNÍŽENA NA MALOU OBLAST DNA, KTERÁ OBKLOPUJE HLAVNÍ ZAČÁTEK TRANSKRIPCE GENŮ (MINIMÁLNÍ PROMOTOR). V TOMTO SMYSLU JSME IGNOROVALI NEBO ZAPOMNĚLI, JINÉ SEKVENCE VZDÁLENĚJŠÍ OD GENOMU, S ČESTNÝMI VÝJIMKAMI Z DOBRÉHO VÝZKUMU PROVÁDĚNÉHO V ZESILOVAČÍCH A IZOLÁTORECH. ALE OSTATNÍ REGIONY BYLY IGNOROVÁNY A JE TŘEBA ZÍSKAT TYTO ZNALOSTI PRO „OSIŘE“ OBLASTI GENOMU, STEJNĚ JAKO POCHOPIT JEJICH MOŽNÉ ZMĚNY V RAKOVINĚ. V TÉTO SOUVISLOSTI VÍME, ŽE ABERANTNÍ METILACE DINUKLEOTIDŮ CPG UMÍSTĚNÝCH V NÁDOROVÝCH SUPRESOROVÝCH PROMOTORECH GENŮ SE VYSKYTUJE V PŘIROZENÉ HISTORII RAKOVINY, ALE IGNORUJEME, ŽE SE TO DĚJE V MÉNĚ VÝRAZNÝCH SEKVENCÍCH. TENTO PROJEKT SE SNAŽÍ ANALYZOVAT VZORY DNA METILACION A JEJÍ FUNKČNÍ DŮSLEDKY V BUŇKÁCH A NORMÁLNÍCH A TRANSFORMOVANÝCH TKÁNÍCH PRO ČTYŘI „MIMOŘÁDNÉ“ SLOŽKY NAŠEHO GENOMU: SUPER-ENHANCERS, SEKVENCE ZAPOJENÉ DO CHROMATINOVÝCH SMYČEK, DUONES A ALTERNATIVNÍCH PROMOTORŮ. SEZNAMTE SE S NIMI JEŠTĚ KRÁTCE. NA JAŘE 2013 SE OBJEVILY PRVNÍ VÁŽNÉ STUDIE „SUPER-ENHANCERS“, VELKÝCH TRANSKRIPČNÍCH STIMULÁTORŮ, KTERÉ KONTROLUJÍ EXPRESI KLÍČOVÝCH GENŮ PRO BUNĚČNOU IDENTITU Z DLOUHÉ VZDÁLENOSTI. ALE ZÁROVEŇ VÍME, DÍKY STUDIÍM 3C GENOMOVÉ ULTRASECUTION (HI-C), ŽE JINÉ SMYČKY JSOU VYTVÁŘENY MEZI VZDÁLENÝMI SEKVENCEMI DNA PRO KONTROLU GENOVÉ AKTIVITY. A LONI DOŠLO K DALŠÍMU VZRUŠUJÍCÍMU ZVRATU NEPROZKOUMANÉ REGULACE GENOMU, KTERÝ K NÁM PŘIŠEL KONCEPTEM „DUONES“: KODONY, KTERÉ MAJÍ DVOJÍ ÚLOHU, JSOU SCHOPNY URČIT AMINOKYSELINY A ZÁROVEŇ PŮSOBIT JAKO REGULAČNÍ SEKVENCE TÍM, ŽE UMOŽŇUJÍ UNII TRANSKRIPČNÍCH FAKTORŮ. A KONEČNĚ, DNES JE AKCEPTOVÁNO, ŽE TÉMĚŘ VŠECHNY NAŠE GENY POCHÁZEJÍ Z TRANSKRIPCE RNA ALTERNATIV K „HLAVNÍ“, MNOHÉ Z NICH JSOU INICIOVÁNY OD INTERNÍCH PROMOTÉRŮ DANÉHO GENU A MAJÍ NEZNÁMÉ NAŘÍZENÍ A STÁLE JE TŘEBA JE PROZKOUMAT. V TÉTO STUDII NAVRHUJEME ANALYZOVAT ROLI EPIGENETICKÉHO ZNAKU, DNA METILATION, V KONTEXTU ČTYŘ TYPŮ POPSANÝCH SEKVENCÍ. TAKÉ URČÍME, ZDA JSOU DNA METILACION VZORY TĚCHTO „MIMOŘÁDNÝCH“ REGULAČNÍCH SEKVENCÍ ZKRESLENY V LIDSKÉ RAKOVINĚ. K DOSAŽENÍ TĚCHTO CÍLŮ POUŽIJEME KOMBINACI LINIÍ NÁDOROVÝCH BUNĚK I PRIMÁRNÍCH NÁDORŮ, KTERÉ BUDOU „VYSLÝCHÁNY“ POMOCÍ EPIGENOMICKÝCH PŘÍSTUPŮ (SEKVENOVÁNÍ CELÉHO GENOMU BISULFITU, 450K DNA METHYLATION MICROARRAY A HI-C CHROMOZOMOVÉ KONFORMACE) A TRANSKRIPTOMIKY (RNA-SEQ, EXPRESE MICROARRAYS A RASL-SEQ). KANDIDÁTSKÉ SEKVENCE BUDOU NAKONEC FUNKČNĚ ANALYZOVÁNY V MODELECH BUNĚK A MYŠÍ; STEJNĚ JAKO STUDIUM JEHO TRANSLAČNÍ HODNOTY V CLINICOPATOLOGICAL STUDIÍ LIDSKÝCH NÁDORŮ. (Czech)
17 August 2022
0 references
A INVESTIGAÇÃO MAIS BIOLÓGICA E MÉDICA DESTINADA ÀS REGIÕES REGULAMENTARES DO NOSSO GENOME FOI REDUZIDA À PEQUENA REGIÃO DO ADN QUE ENCONTRA O PRINCIPAL INÍCIO DA TRANSCRIÇÃO GENE (PROMOTOR MÍNIMO). Neste sentido, ignoramos ou esquecemo-nos de outras sequências mais distantes do genoma, com as excepções horríveis da boa investigação realizada em fortalecedores e insufladores. MAS OUTRAS REGIÕES TEM SIDO IGNORADAS E É NECESSÁRIO OBTER ESTE CONHECIMENTO PARA AS REGIÕES “ORFANAS” DO GENOME, BEM COMO COMPREENDER AS SUAS POSSÍVEIS ALTERAÇÕES EM CANCRO. Neste contexto, sabemos que a metilação aberrante de dinucleótidos de CPG localizados em promotores de supressores de tumor ocorre na história natural do cancro, mas sabemos que acontece em sequências menos marcadas. O PRESENTE PROJECTO PRETENDE ANÁLISE DOS CONTEÚDOS DE METILACÃO DO ADN E DAS SUAS CONSEQUÊNCIAS FUNCIONAIS EM CÉLULAS E TECIDOS NORMAIS E TRANSFORMADOS PARA OS QUATRO COMPARTIMENTOS “EXTRAORDINÁRIOS” DO NOSSO GENOME: SUPER-ENHANTES, SEQUÊNCIAS ENVOLVIDAS EM LOOPS DE CROMATINA, DUONES E PROMOTORES ALTERNATIVOS. Conheça-os muito bem. Na primavera de 2013 houve a emergência dos primeiros estudos sérios sobre os "super-enhancers", grandes reatores transcricionais que controlam a expressão dos principais genes para a identificação de células a partir de uma longa distância. Mas, ao mesmo tempo, sabemos agora, devido a estudos de ULTRASECUÇÃO GENÓMICA 3C (HI-C), que outras cargas são produzidas entre sequências de ADN distantes para controlar a atividade genética. E, NO ÚLTIMO ANO, HOUVE UMA VERDADE EXCLUÍDA NA REGULAMENTAÇÃO NÃO EXCLUSIVA DO GENOME QUE VEM A NÓS PELO CONCEITO DOS “DUONES”: CÓDIGOS COM DUPLO PAPEL, QUE PODEM DETERMINAR AMINOÁCIDOS E ATUAR NO MESMO PONTO DE SEQUÊNCIA REGULAMENTAR, CONCEDENDO À UNIÃO FATORES DE TRANSCRIÇÃO. Em última análise, há hoje a aceitação de que quase todos os nossos genes originam alternativas de transmissão de ARN para o «principal», muitos dos quais são iniciados por promotores internos do gene em questão e têm um regulamento desconhecido e ainda por explorar. Neste estudo, propomos analisar o papel de uma marca epigenética, a METILAÇÃO DO ADN, no contexto dos quatro tipos de sequências descritas. Iremos igualmente determinar se os moldes de metilação do ADN destas sequências regulamentares «extraordinárias» são distorcidos no cancro humano. Para alcançar estes objetivos, utilizaremos uma combinação de linhas de células cancerígenas, bem como de tubos primários que serão «INTERROGADOS» por abordagens EPIGENÓMICAS (SEQUÊNCIA GENOMÁTICA BISULFITA, MICROARRAIO DE METILAÇÃO DO ADN DE 450 K E CAPTURA DE CONFORMAÇÃO DO CROMOSSOMO HI-C) E TRANSCRIPTOMICAS (RNA-SEQ, MICROARRAIAS DE EXPRESSÃO E RASL-SEQ). As sequências dos candidatos serão, em última análise, funcionalmente analisadas em modelos celulares e murinos; BEM COMO O ESTUDO DO SEU VALOR TRADUCIONAL EM ESTUDOS CLINICOPATOLÓGICOS DE TUMOR HUMANO. (Portuguese)
17 August 2022
0 references
ENAMIK BIOLOOGILISI JA MEDITSIINILISI UURINGUID, MIS ON SUUNATUD MEIE GENOOMI REGULEERIVATELE PIIRKONDADELE, ON VÄHENDATUD VÄIKESESSE DNA PIIRKONDA, MIS ÜMBRITSEB GEENI TRANSKRIPTSIOONI PEAMIST ALGUST (MINIMAALNE PROMOOTOR). SELLES MÕTTES, OLEME IGNOREERINUD VÕI UNUSTANUD, TEISED JÄRJESTUSED KAUGEMAL GENOOMI, AUVÄÄRSED ERANDID HEA TEADUSTÖÖ LÄBI TUGEVDAJAD JA ISOLAATORID. KUID TEISI PIIRKONDI ON IGNOREERITUD JA NEID TEADMISI ON VAJA OMANDADA GENOOMI HARVIKPIIRKONDADE JAOKS NING MÕISTA NENDE VÕIMALIKKE MUUTUSI VÄHIS. SELLES KONTEKSTIS TEAME, ET KASVAJA SUPRESSIOONI GEENI PROMOOTORITES PAIKNEVATE CPG DINUKLEOTIIDIDE HÄBEMATU METILATION ESINEB VÄHI LOOMULIKUS AJALOOS, KUID ME EIRAME, ET SEE JUHTUB VÄHEM MÄRGATAVATES JÄRJESTUSTES. PROJEKTI EESMÄRK ON ANALÜÜSIDA DNA METILACION’I MUSTREID JA SELLE FUNKTSIONAALSEID TAGAJÄRGI RAKKUDES NING NORMAALSETES JA TRANSFORMEERITUD KUDEDES MEIE GENOOMI NELJA „ERAKORRALISE“ SEKTSIOONI JAOKS: ÜLIKIIRENDAJAD, KROMATIINIAHELATE JÄRJESTUSED, DUONES JA ALTERNATIIVSED PROMOOTORID. ÕPI NEID ISEGI LÜHIDALT TUNDMA. 2013. AASTA KEVADEL TEKKISID ESIMESED TÕSISED UURINGUD „SUPER-ENHANCERS“, SUURTE TRANSKRIPTSIOONITUGEVDAJATE KLASTRITE KOHTA, MIS KONTROLLIVAD RAKU IDENTITEEDI VÕTMEGEENIDE EKSPRESSIOONI PIKAST VAHEMAAST. KUID SAMAL AJAL TEAME NÜÜD, ET 3C GENOOMILISE ULTRASECUTION (HI-C) UURINGUTE TÕTTU TOODETAKSE TEISI SILMUSEID KAUGETE DNA JÄRJESTUSTE VAHEL, ET KONTROLLIDA GEENSET AKTIIVSUST. JA EELMISEL AASTAL OLI VEEL ÜKS PÕNEV GENOOMI UURIMATA REGULATSIOON, MIS TULI MEILE „DUONES“ MÕISTEGA: KOODONID, MILLEL ON KAKSIKROLL, MIS SUUDAVAD MÄÄRATA AMINOHAPPEID JA TOIMIVAD SAMAL AJAL REGULATIIVSETE JÄRJESTUSTENA, VÕIMALDADES LIIDUL TRANSKRIPTSIOONIFAKTOREID. LÕPUKS, TÄNA ON VASTUVÕETAV, ET PEAAEGU KÕIK MEIE GEENID PÄRINEVAD TRANSCRIBING RNA ALTERNATIIVE „PEAMINE“, PALJUD NEIST ON ALGATATUD SISEMISE PROMOOTOR KÕNEALUSE GEENI JA ON TEADMATA MÄÄRUS JA VEEL UURIDA. SELLES UURINGUS TEEME ETTEPANEKU ANALÜÜSIDA EPIGENEETILISE MÄRGI DNA METILATION ROLLI NELJA KIRJELDATUD JÄRJESTUSE TÜÜBI KONTEKSTIS. SAMUTI TEEME KINDLAKS, KAS SELLE „ERAKORRALISE“ REGULATIIVSE JÄRJESTUSE DNA METILACION’I MUSTRID ON INIMESE VÄHIS MOONUTATUD. NENDE EESMÄRKIDE SAAVUTAMISEKS KASUTAME NII VÄHIRAKKUDE RIDADE KUI KA ESMASTE KASVAJATE KOMBINATSIOONI, MIDA „INTERROGEERITAKSE“ EPIGENOOMSETE LÄHENEMISVIISIDE ABIL (KOGU GENOOMI BISULFIITE SEKVENEERIMINE, 450K DNA METÜLATSIOONI MIKROARRAY JA HI-C KROMOSOOMI KONFORMATSIOONI PÜÜDMINE) JA TRANSKRIPTOOMIKA (RNA-SEQ, EKSPRESSIOON-MIKROARRAYS JA RASL-SEQ). KANDIDAATE ANALÜÜSITAKSE LÕPUKS FUNKTSIONAALSELT RAKU- JA HIIREMUDELITES; SAMUTI UURING SELLE TRANSLATIIVSE VÄÄRTUSE CLINICOPATOLOGICAL UURINGUD INIMESE KASVAJAD. (Estonian)
17 August 2022
0 references
A LEGTÖBB BIOLÓGIAI ÉS ORVOSI KUTATÁS CÉLJA, HOGY A SZABÁLYOZÁSI RÉGIÓK GENOM CSÖKKENT A KIS RÉGIÓ A DNS, AMELY KÖRÜLVESZI A FŐ KEZDETE A GÉNÁTÍRÁS (MINIMÁLIS PROMÓTER). EBBEN AZ ÉRTELEMBEN FIGYELMEN KÍVÜL HAGYTUK VAGY ELFELEJTETTÜK, MÁS SZEKVENCIÁKAT TÁVOLABB A GENOMTÓL, A TISZTELETREMÉLTÓ KIVÉTELEKKEL AZ ERŐSÍTŐKBEN ÉS SZIGETELŐKBEN VÉGZETT JÓ KUTATÁS ALÓL. MÁS RÉGIÓKAT AZONBAN FIGYELMEN KÍVÜL HAGYTAK, ÉS MEG KELL SZEREZNI EZT A TUDÁST A GENOM „ÁRVA” RÉGIÓI SZÁMÁRA, VALAMINT MEG KELL ÉRTENI A RÁK LEHETSÉGES VÁLTOZÁSAIT. EBBEN AZ ÖSSZEFÜGGÉSBEN TUDJUK, HOGY A TUMORSZUPPRESSZOR GÉNPROMÓTEREKBEN TALÁLHATÓ CPG DINUCLEOTIDOK ABNORMÁLIS METILATIONJA A RÁK TERMÉSZETES TÖRTÉNETÉBEN FORDUL ELŐ, DE FIGYELMEN KÍVÜL HAGYJUK, HOGY EZ KEVÉSBÉ MARKÁNS SORRENDBEN TÖRTÉNIK. A PROJEKT CÉLJA A DNS METILACION MINTÁINAK ÉS FUNKCIONÁLIS KÖVETKEZMÉNYEINEK ELEMZÉSE A SEJTEKBEN ÉS A NORMÁLIS ÉS ÁTALAKULT SZÖVETEKBEN A GENOM NÉGY „RENDKÍVÜLI” REKESZÉBEN: SZUPERERŐSÍTŐK, KROMATIN HURKOKBAN, DUONES-OKBAN ÉS ALTERNATÍV PROMÓTEREKBEN SZEREPET JÁTSZÓ SZEKVENCIÁK. ISMERD MEG ŐKET MÉG RÖVIDEN IS. 2013 TAVASZÁN MEGJELENTEK AZ ELSŐ KOMOLY VIZSGÁLATOK A „SZUPER-ERŐSÍTŐK”, A NAGY TRANSZKRIPCIÓS FOKOZÓ KLASZTEREKRŐL, AMELYEK NAGY TÁVOLSÁGRÓL IRÁNYÍTJÁK A SEJTAZONOSSÁG KULCSGÉNJEINEK KIFEJEZŐDÉSÉT. DE UGYANAKKOR MOST MÁR TUDJUK, HOGY A 3C GENOMIKUS ULTRASECUTION (HI-C) VIZSGÁLATAI MIATT MÁS HURKOK KELETKEZNEK A TÁVOLI DNS SZEKVENCIÁK KÖZÖTT A GÉNAKTIVITÁS SZABÁLYOZÁSÁRA. ÉS TAVALY, VOLT EGY ÚJABB IZGALMAS CSAVAR A FELTÁRATLAN SZABÁLYOZÁS A GENOM, HOGY JÖTT HOZZÁNK A KONCEPCIÓ A „DUONES”: KETTŐS SZEREPET JÁTSZÓ KODONOK, AMELYEK KÉPESEK AZ AMINOSAVAK MEGHATÁROZÁSÁRA, UGYANAKKOR SZABÁLYOZÁSI SZEKVENCIÁKKÉNT MŰKÖDNEK AZÁLTAL, HOGY LEHETŐVÉ TESZIK AZ UNIÓ SZÁMÁRA A TRANSZKRIPCIÓS TÉNYEZŐK MEGHATÁROZÁSÁT. VÉGÜL MA MÁR ELFOGADOTT, HOGY SZINTE MINDEN GÉNÜNK A „FŐ” RNS ALTERNATÍVÁINAK ÁTÍRÁSÁBÓL SZÁRMAZIK, AMELYEK KÖZÜL SOK A KÉRDÉSES GÉN BELSŐ TÁMOGATÓITÓL SZÁRMAZIK, ÉS ISMERETLEN SZABÁLYOZÁSSAL RENDELKEZNEK, ÉS MÉG MEG KELL VIZSGÁLNI ŐKET. EBBEN A TANULMÁNYBAN AZT JAVASOLJUK, HOGY ELEMEZZÉK AZ EPIGENETIKAI JEL, A DNS METILATION SZEREPÉT, A LEÍRT NÉGY SZEKVENCIÁVAL ÖSSZEFÜGGÉSBEN. AZT IS MEG FOGJUK HATÁROZNI, HOGY ENNEK A „RENDKÍVÜLI” SZABÁLYOZÁSI SZEKVENCIÁKNAK A DNS METILACION-MINTÁI TORZULNAK-E AZ EMBERI RÁKBAN. E CÉLOK ELÉRÉSÉHEZ A RÁKOS SEJTVONALAK, VALAMINT AZ ELSŐDLEGES DAGANATOK KOMBINÁCIÓJÁT HASZNÁLJUK, AMELYEKET EPIGENOMIKUS MEGKÖZELÍTÉSEK (EGÉSZ GENOM BISULFIT SZEKVENÁLÁS, 450K DNS-METILÁCIÓS MIKROARRAY ÉS HI-C KROMOSZÓMA KONFORMÁCIÓ) ÉS TRANSZKRIPTOMIKA (RNS-SEQ, EXPRESSZIÓS MIKROARRAY ÉS RASL-SEQ) „KÉRDEZNEK”. A JELÖLT SZEKVENCIÁKAT VÉGÜL FUNKCIONÁLISAN ELEMEZZÜK A SEJT- ÉS EGÉRMODELLEKBEN; VALAMINT AZ EMBERI DAGANATOK CLINICOPATOLOGICAL VIZSGÁLATÁBAN A TRANSZLÁCIÓS ÉRTÉKÉNEK TANULMÁNYOZÁSA. (Hungarian)
17 August 2022
0 references
ПОВЕЧЕТО БИОЛОГИЧНИ И МЕДИЦИНСКИ ИЗСЛЕДВАНИЯ, НАСОЧЕНИ КЪМ РЕГУЛАТОРНИТЕ РЕГИОНИ НА НАШИЯ ГЕНОМ, СА НАМАЛЕНИ ДО МАЛКИЯ РАЙОН НА ДНК, КОЙТО ЗАОБИКАЛЯ ОСНОВНОТО НАЧАЛО НА ГЕННАТА ТРАНСКРИПЦИЯ (МИНИМАЛЕН ПРОМОТОР). В ТОЗИ СМИСЪЛ, НИЕ СМЕ ИГНОРИРАЛИ ИЛИ ЗАБРАВЕНИ, ДРУГИ ПОСЛЕДОВАТЕЛНОСТИ ПО-ОТДАЛЕЧЕНИ ОТ ГЕНОМА, С ПОЧТЕНИТЕ ИЗКЛЮЧЕНИЯ НА ДОБРИТЕ ИЗСЛЕДВАНИЯ, ПРОВЕДЕНИ В ПОДОБРИТЕЛИ И ИЗОЛАТОРИ. НО ДРУГИ РЕГИОНИ СА ПРЕНЕБРЕГНАТИ И Е НЕОБХОДИМО ДА СЕ ПОЛУЧИ ТОВА ЗНАНИЕ ЗА „СИРАЦИТЕ“ РЕГИОНИ НА ГЕНОМА, КАКТО И ДА СЕ РАЗБЕРАТ ВЪЗМОЖНИТЕ ПРОМЕНИ В РАКА. В ТОЗИ КОНТЕКСТ, НИЕ ЗНАЕМ, ЧЕ АНОРМАЛНА METILATION НА CPG ДИНУКЛЕОТИДИ, РАЗПОЛОЖЕНИ В ТУМОР СУПРЕСОР ГЕННИ ПРОМОТОРИ СЕ СЛУЧВА В ЕСТЕСТВЕНАТА ИСТОРИЯ НА РАКА, НО НИЕ ИГНОРИРАМЕ, ЧЕ ТОВА СЕ СЛУЧВА В ПО-МАЛКО МАРКИРАНИ ПОСЛЕДОВАТЕЛНОСТИ. ТОЗИ ПРОЕКТ ИМА ЗА ЦЕЛ ДА АНАЛИЗИРА МОДЕЛИТЕ НА ДНК МЕТИЛАЦИОН И НЕГОВИТЕ ФУНКЦИОНАЛНИ ПОСЛЕДИЦИ В КЛЕТКИТЕ И НОРМАЛНИТЕ И ТРАНСФОРМИРАНИ ТЪКАНИ ЗА ЧЕТИРИ „ИЗВЪНРЕДНИ“ ОТДЕЛЕНИЯ НА НАШИЯ ГЕНОМ: СУПЕР ПОДОБРИТЕЛИ, ПОСЛЕДОВАТЕЛНОСТИ, УЧАСТВАЩИ В ХРОМАТИНОВИТЕ ВЕРИГИ, DUONES И АЛТЕРНАТИВНИ ПРОМОТОРИ. ОПОЗНАЙ ГИ ДОРИ ЗА КРАТКО. ПРЕЗ ПРОЛЕТТА НА 2013 Г. СЕ ПОЯВИХА ПЪРВИТЕ СЕРИОЗНИ ПРОУЧВАНИЯ ВЪРХУ „СУПЕР-УСИЛВАТЕЛИТЕ“, ГОЛЕМИ ТРАНСКРИПЦИОННИ ПОДОБРИТЕЛИ КЛЪСТЕРИ, КОИТО КОНТРОЛИРАТ ЕКСПРЕСИЯТА НА КЛЮЧОВИ ГЕНИ ЗА КЛЕТЪЧНА ИДЕНТИЧНОСТ ОТ ДАЛЕЧНО РАЗСТОЯНИЕ. НО В СЪЩОТО ВРЕМЕ ВЕЧЕ ЗНАЕМ, ПОРАДИ ПРОУЧВАНИЯ НА 3C ГЕНОМНА ULTRASECUTION (HI-C), ЧЕ ДРУГИ ЦИКЛИ СЕ ПРОИЗВЕЖДАТ МЕЖДУ ОТДАЛЕЧЕНИ ДНК ПОСЛЕДОВАТЕЛНОСТИ ЗА КОНТРОЛ НА ГЕННАТА АКТИВНОСТ. И МИНАЛАТА ГОДИНА ИМАШЕ ОЩЕ ЕДИН ВЪЛНУВАЩ ОБРАТ В НЕИЗСЛЕДВАНИЯ РЕГЛАМЕНТ НА ГЕНОМА, КОЙТО ДОЙДЕ ПРИ НАС ОТ КОНЦЕПЦИЯТА НА „ДУОНИТЕ“: КОДОНИ, КОИТО ИМАТ ДВОЙНА РОЛЯ, МОГАТ ДА ОПРЕДЕЛЯТ АМИНОКИСЕЛИНИТЕ И В СЪЩОТО ВРЕМЕ ДЕЙСТВАТ КАТО РЕГУЛАТОРНИ ПОСЛЕДОВАТЕЛНОСТИ, КАТО ПОЗВОЛЯВАТ НА СЪЮЗА НА ТРАНСКРИПЦИОННИТЕ ФАКТОРИ. И НАКРАЯ, ДНЕС СЕ ПРИЕМА, ЧЕ ПОЧТИ ВСИЧКИ НАШИ ГЕНИ ПРОИЗХОЖДАТ ОТ ТРАНСКРИБИРАЩИ РНК АЛТЕРНАТИВИ НА „ОСНОВНАТА“, КАТО МНОГО ОТ ТЯХ СА ИНИЦИИРАНИ ОТ ВЪТРЕШНИ ПРОМОТОРИ НА ВЪПРОСНИЯ ГЕН И ИМАТ НЕИЗВЕСТЕН РЕГЛАМЕНТ И ВСЕ ОЩЕ ПРЕДСТОИ ДА БЪДАТ ПРОУЧЕНИ. В ТОВА ПРОУЧВАНЕ ПРЕДЛАГАМЕ ДА СЕ АНАЛИЗИРА РОЛЯТА НА ЕПИГЕНЕТИЧНА МАРКА, ДНК МЕТИЛАЦИЯ, В КОНТЕКСТА НА ЧЕТИРИТЕ ВИДА ОПИСАНИ ПОСЛЕДОВАТЕЛНОСТИ. СЪЩО ТАКА ЩЕ ОПРЕДЕЛИМ ДАЛИ ДНК-МЕТИЛАЦИОНИТЕ МОДЕЛИ НА ТЕЗИ „ИЗВЪНРЕДНИ“ РЕГУЛАТОРНИ ПОСЛЕДОВАТЕЛНОСТИ СА ИЗКРИВЕНИ ПРИ РАК НА ЧОВЕКА. ЗА ПОСТИГАНЕТО НА ТЕЗИ ЦЕЛИ ЩЕ ИЗПОЛЗВАМЕ КОМБИНАЦИЯ ОТ РАКОВИ КЛЕТЪЧНИ ЛИНИИ, КАКТО И ПЪРВИЧНИ ТУМОРИ, КОИТО ЩЕ БЪДАТ „РАЗПИТАНИ“ ЧРЕЗ ЕПИГЕНОМИЧНИ ПОДХОДИ (ЦЕЛИ ГЕНОМ БИСУЛФИТ СЕКВЕНИРАНЕ, 450K ДНК МЕТИЛИРАНЕ МИКРОАРИ И HI-C ХРОМОЗОМНА КОНФОРМАЦИЯ УЛАВЯНЕ) И ТРАНСКРИПТОМИ (RNA-SEQ, ЕКСПРЕСНИ МИКРОАРИ И RASL-SEQ). СЕКВЕНЦИИТЕ КАНДИДАТ НАКРАЯ ЩЕ БЪДАТ ФУНКЦИОНАЛНО АНАЛИЗИРАНИ В КЛЕТЪЧНИ И МИШИ МОДЕЛИ; КАКТО И ИЗСЛЕДВАНЕ НА НЕГОВАТА ТРАНСЛАЦИОННА СТОЙНОСТ В CLINICOPATOLOGICAL ИЗСЛЕДВАНИЯ НА ЧОВЕШКИ ТУМОРИ. (Bulgarian)
17 August 2022
0 references
DAUGUMA BIOLOGINIŲ IR MEDICININIŲ TYRIMŲ, SKIRTŲ MŪSŲ GENOMO REGULIAVIMO REGIONAMS, BUVO SUMAŽINTI IKI MAŽO DNR REGIONO, KURIS SUPA PAGRINDINĘ GENŲ TRANSKRIPCIJOS PRADŽIĄ (MINIMALŲ PROMOTORĮ). ŠIA PRASME MES IGNORAVOME AR PAMIRŠOME, KITAS SEKAS, KURIOS YRA LABIAU NUTOLUSIOS NUO GENOMO, SU GARBINGOMIS IŠIMTIMIS GERIEMS TYRIMAMS, ATLIEKAMIEMS STIPRINTUVUOSE IR IZOLIATORIUOSE. TAČIAU KITI REGIONAI BUVO IGNORUOJAMI IR YRA POREIKIS GAUTI ŠIAS ŽINIAS APIE „RETŲJŲ“ GENOMO REGIONUS, TAIP PAT SUPRASTI JŲ GALIMUS VĖŽIO POKYČIUS. ŠIOMIS APLINKYBĖMIS ŽINOME, KAD NEPALANKUS CPG DINUKLEOTIDŲ, ESANČIŲ NAVIKO SLOPINTUVŲ GENŲ PRODUKTORIUOSE, METILACIJA ĮVYKSTA NATŪRALIOJE VĖŽIO ISTORIJOJE, TAČIAU MES IGNORUOJAME, KAD TAI VYKSTA MAŽIAU RYŠKIOMIS SEKOMIS. ŠIUO PROJEKTU SIEKIAMA ANALIZUOTI DNR METILACION MODELIUS IR JO FUNKCINES PASEKMES LĄSTELĖSE IR NORMALIUOSE BEI TRANSFORMUOTUOSE AUDINIUOSE KETURIEMS „YPATINGIEMS“ MŪSŲ GENOMO KOMPONENTAMS: SUPER-ENHANCERS, SEKOS, SUSIJUSIOS SU CHROMATINO KILPOMIS, DUONES IR ALTERNATYVŪS PROMOTORIAI. SUSIPAŽINKITE SU JAIS NET TRUMPAI. 2013 M. PAVASARĮ ATSIRADO PIRMIEJI RIMTI TYRIMAI DĖL „SUPER-ENHANCERS“, DIDELIŲ TRANSKRIPCINIŲ STIPRIKLIŲ KLASTERIŲ, KURIE KONTROLIUOJA LĄSTELIŲ TAPATUMO PAGRINDINIŲ GENŲ EKSPRESIJĄ IŠ TOLI. TAČIAU TUO PAČIU METU MES DABAR ŽINOME, DĖL 3C GENOMINIO ULTRASECUTION (HI-C) TYRIMŲ, KAD TARP TOLIMŲ DNR SEKŲ SUSIDARO KITOS KILPOS, KAD BŪTŲ GALIMA KONTROLIUOTI GENINĮ AKTYVUMĄ. IR PERNAI, TEN BUVO DAR VIENAS ĮDOMUS TVIST NEIŠTIRTAS REGLAMENTAS GENOMO, KAD ATĖJO PAS MUS SĄVOKA „DUONES“: KODUOLIAMS, KURIE ATLIEKA DVEJOPĄ VAIDMENĮ, GALI NUSTATYTI AMINORŪGŠTIS IR TUO PAČIU METU VEIKIA KAIP REGULIAVIMO SEKOS, LEIDŽIANT SĄJUNGAI NUSTATYTI TRANSKRIPCIJOS VEIKSNIUS. GALIAUSIAI ŠIANDIEN PRIPAŽĮSTAMA, KAD BEVEIK VISI MŪSŲ GENAI YRA KILĘ PERRAŠANT RNR ALTERNATYVAS „PAGRINDINIAM“, DAUGELIS IŠ JŲ INICIJUOJAMI IŠ ATITINKAMO GENO VIDINIŲ PRODIUSERIŲ IR TURI NEŽINOMĄ REGLAMENTĄ IR DAR TURI BŪTI IŠTIRTI. ŠIAME TYRIME SIŪLOME ANALIZUOTI EPIGENETINIO ŽENKLO, DNR METILACIJOS, VAIDMENĮ KETURIŲ APRAŠYTŲ SEKŲ TIPŲ KONTEKSTE. MES TAIP PAT NUSTATYSIME, AR ŠIOS „YPATINGOS“ REGULIAVIMO SEKOS DNR METILACION MODELIAI YRA IŠKREIPTI ŽMOGAUS VĖŽIUI. NORĖDAMI PASIEKTI ŠIUOS TIKSLUS, MES NAUDOSIME VĖŽINIŲ LĄSTELIŲ LINIJŲ, TAIP PAT PIRMINIŲ NAVIKŲ DERINYS, KURIS BUS „SUTARTAS“ EPIGENOMINIŲ METODŲ (VISAS GENOMO BISULFITO SEKOS NUSTATYMAS, 450K DNR METILINIMO MIKROARRAY IR HI-C CHROMOSOMŲ RAUMENINGUMO SURINKIMO) IR TRANSKRIPTOMIKOS (RNR-SEQ, EKSPRESIJOS MIKROARRAYS IR RASL-SEQ). GALIMOS SEKOS GALIAUSIAI BUS FUNKCIŠKAI ANALIZUOJAMOS LĄSTELIŲ IR PELIŲ MODELIUOSE; TAIP PAT JO VERTIMO VERTĖS TYRIMAS CLINICOPATOLOGICAL TYRIMUOSE SU ŽMOGAUS NAVIKAIS. (Lithuanian)
17 August 2022
0 references
VEĆINA BIOLOŠKIH I MEDICINSKIH ISTRAŽIVANJA USMJERENIH NA REGULATORNE REGIJE NAŠEG GENOMA SVEDENA JE NA MALU REGIJU DNK KOJA OKRUŽUJE GLAVNI POČETAK TRANSKRIPCIJE GENA (MINIMALNI PROMOTOR). U TOM SMISLU, ZANEMARILI SMO ILI ZABORAVILI, DRUGE SEKVENCE UDALJENIJE OD GENOMA, S ČASNIM IZNIMKAMA DOBRIH ISTRAŽIVANJA PROVEDENIH U POJAČIVAČIMA I IZOLATORIMA. NO, DRUGE REGIJE SU ZANEMARENE I POSTOJI POTREBA ZA DOBIVANJEM TOG ZNANJA ZA „SIROČE” REGIJE GENOMA, KAO I ZA RAZUMIJEVANJE NJIHOVIH MOGUĆIH PROMJENA U RAKU. U TOM KONTEKSTU ZNAMO DA SE ABERRANTNA METILACIJA CPG DINUKLEOTIDA KOJI SE NALAZE U PROMOTORIMA GENA ZA SUZBIJANJE TUMORA JAVLJA U PRIRODNOJ POVIJESTI RAKA, ALI IGNORIRAMO DA SE TO DOGAĐA U MANJE OZNAČENIM SEKVENCAMA. CILJ JE OVOG PROJEKTA ANALIZIRATI OBRASCE DNK METILACION-A I NJEGOVE FUNKCIONALNE POSLJEDICE U STANICAMA I NORMALNIM I TRANSFORMIRANIM TKIVIMA ZA ČETIRI „IZVANREDNA” ODJELJKA NAŠEG GENOMA: SUPER-POJAČIVAČI, SEKVENCE UKLJUČENE U KROMATSKE PETLJE, DUONES I ALTERNATIVNI PROMOTORI. UPOZNAJTE IH ČAK I NAKRATKO. U PROLJEĆE 2013. DOŠLO JE DO POJAVE PRVIH OZBILJNIH STUDIJA O „SUPER-POJAČIVAČIMA”, VELIKIM TRANSKRIPCIJSKIM POJAČIVAČIMA KOJI KONTROLIRAJU EKSPRESIJU KLJUČNIH GENA ZA IDENTITET STANICA S VELIKE UDALJENOSTI. ALI U ISTO VRIJEME SADA ZNAMO, ZBOG ISTRAŽIVANJA 3C GENOMSKE ULTRASECUTION (HI-C), DA SU DRUGE PETLJE PROIZVEDENE IZMEĐU UDALJENIH DNA SEKVENCI ZA KONTROLU GENSKE AKTIVNOSTI. I PROŠLE GODINE DOŠLO JE DO JOŠ JEDNOG UZBUDLJIVOG ZAOKRETA NA NEISTRAŽENU REGULACIJU GENOMA KOJI NAM JE DOŠAO PO KONCEPTU „DUONES”: KODONI KOJI IMAJU DVOSTRUKU ULOGU, MOGU ODREDITI AMINOKISELINE I ISTODOBNO DJELUJU KAO REGULATORNE SEKVENCE DOPUŠTAJUĆI UNIJI TRANSKRIPCIJSKE ČIMBENIKE. KONAČNO, DANAS JE PRIHVAĆENO DA GOTOVO SVI NAŠI GENI STVARAJU TRANSKRIBIRAJUĆE RNK ALTERNATIVE „GLAVNIM”, OD KOJIH SU MNOGE INICIRALI UNUTARNJI PROMOTORI PREDMETNOG GENA I IMAJU NEPOZNATU UREDBU I JOŠ UVIJEK TREBA ISTRAŽITI. U OVOJ STUDIJI PREDLAŽEMO ANALIZU ULOGE EPIGENETSKE OZNAKE, DNK METILATION, U KONTEKSTU ČETIRI VRSTE OPISANIH SEKVENCI. TAKOĐER ĆEMO UTVRDITI JESU LI OBRASCI DNK METILACION OVIH „IZVANREDNIH” REGULATORNIH SEKVENCI ISKRIVLJENI KOD RAKA KOD LJUDI. ZA POSTIZANJE TIH CILJEVA KORISTIT ĆEMO KOMBINACIJU STANICA RAKA, KAO I PRIMARNE TUMORE KOJI ĆE BITI „ISPITANI” EPIGENOMSKIM PRISTUPIMA (CIJELI GENOM BISULFITNI SEKVENCIRANJE, 450K DNA METILACIJA MIKROARRAY I HI-C KROMOSOM KONFORMACIJA HVATANJE) I TRANSKRIPTOMIKA (RNA-SEQ, EKSPRESNI MIKROARRAYS I RAZL-SEQ). SEKVENCE KANDIDATA KONAČNO ĆE SE FUNKCIONALNO ANALIZIRATI U MODELIMA STANICA I MURINA; KAO I PROUČAVANJE NJEGOVE TRANSLACIJSKE VRIJEDNOSTI U CLINICOPATOLOGICAL STUDIJAMA LJUDSKIH TUMORA. (Croatian)
17 August 2022
0 references
DE FLESTA BIOLOGISKA OCH MEDICINSKA FORSKNING SOM SYFTAR TILL REGLERINGSREGIONER AV VÅRT GENOM HAR REDUCERATS TILL DEN LILLA REGIONEN AV DNA SOM OMGER DEN HUVUDSAKLIGA BÖRJAN AV GENTRANSKRIPTION (MINSTA PROMOTOR). I DENNA MENING HAR VI IGNORERAT ELLER GLÖMT ANDRA SEKVENSER SOM ÄR MER AVLÄGSNA FRÅN GENOMET, MED DE HEDERVÄRDA UNDANTAGEN FRÅN DEN GODA FORSKNING SOM UTFÖRS I FÖRSTÄRKARE OCH ISOLATORER. MEN ANDRA REGIONER HAR IGNORERATS OCH DET FINNS ETT BEHOV AV ATT FÅ DENNA KUNSKAP FÖR DE SÄRLÖSA REGIONERNA I GENOMET, LIKSOM ATT FÖRSTÅ DERAS EVENTUELLA FÖRÄNDRINGAR I CANCER. I DETTA SAMMANHANG VET VI ATT DEN AVVIKANDE METILATIONEN AV CPG DINUCLEOTIDES SOM FINNS I TUMÖRSUPPRESSORGENPROMOTORER SKER I CANCERNS NATURLIGA HISTORIA, MEN VI IGNORERAR ATT DET SKER I MINDRE MARKERADE SEKVENSER. DETTA PROJEKT SYFTAR TILL ATT ANALYSERA MÖNSTER FÖR DNA METILACION OCH DESS FUNKTIONELLA KONSEKVENSER I CELLER OCH NORMALA OCH TRANSFORMERADE VÄVNADER FÖR FYRA ”EXTRAORDINÄRA” AVDELNINGAR AV VÅRT GENOM: SUPERENHANCERS, SEKVENSER INBLANDADE I KROMATIN LOOPAR, DUONES OCH ALTERNATIVA PROMOTORER. LÄR KÄNNA DEM ENS KORT. UNDER VÅREN 2013 UPPSTOD DE FÖRSTA SERIÖSA STUDIERNA AV ”SUPER-ENHANCERS”, STORA TRANSKRIPTIONSFÖRSTÄRKAREKLUSTER SOM STYR UTTRYCKET AV NYCKELGENER FÖR CELLIDENTITET PÅ LÅNGT AVSTÅND. MEN SAMTIDIGT VET VI NU, PÅ GRUND AV STUDIER AV 3C GENOMIC ULTRASECUTION (HI-C), ATT ANDRA LOOPAR PRODUCERAS MELLAN AVLÄGSNA DNA-SEKVENSER FÖR ATT KONTROLLERA GENIC AKTIVITET. OCH FÖRRA ÅRET VAR DET ÄNNU EN SPÄNNANDE TWIST TILL DEN OUTFORSKADE REGLERINGEN AV GENOMET SOM KOM TILL OSS MED BEGREPPET ”DUONES”: KODONER SOM HAR EN DUBBEL ROLL, ATT KUNNA BESTÄMMA AMINOSYROR OCH SAMTIDIGT FUNGERA SOM REGLERINGSSEKVENSER GENOM ATT TILLÅTA UNIONEN AV TRANSKRIPTIONSFAKTORER. SLUTLIGEN FINNS DET IDAG ACCEPTANSEN ATT NÄSTAN ALLA VÅRA GENER HÄRSTAMMAR FRÅN TRANSKRIBERING AV RNA-ALTERNATIV TILL ”HUVUDET”, MÅNGA AV DEM INITIERAS FRÅN INTERNA PROMOTORER AV GENEN I FRÅGA OCH HAR EN OKÄND FÖRORDNING OCH ÄNNU INTE UTFORSKATS. I DENNA STUDIE FÖRESLÅR VI ATT MAN ANALYSERAR ROLLEN AV ETT EPIGENETISKT MÄRKE, DNA METILATION, I SAMBAND MED DE FYRA TYPER AV SEKVENSER SOM BESKRIVS. VI KOMMER OCKSÅ ATT AVGÖRA OM DNA METILACION-MÖNSTREN I DESSA ”EXTRAORDINÄRA” REGELSEKVENSER ÄR FÖRVRÄNGDA I CANCER HOS MÄNNISKA. FÖR ATT UPPNÅ DESSA MÅL KOMMER VI ATT ANVÄNDA EN KOMBINATION AV CANCER CELLINJER SAMT PRIMÄRA TUMÖRER SOM KOMMER ATT ”INTERROGERAS” GENOM EPIGENOMISKA METODER (HELA GENOM BISULFIT SEKVENSERING, 450K DNA METYLERING MIKROARRAY OCH HI-C KROMOSOM KONFORMATION FÅNGA) OCH TRANSKRIPTOMIK (RNA-SEQ, UTTRYCK MIKROARRAYS OCH RASL-SEQ). KANDIDATSEKVENSERNA KOMMER SLUTLIGEN ATT ANALYSERAS FUNKTIONELLT I CELL- OCH MURINMODELLER. SAMT STUDIEN AV DESS TRANSLATIONELLA VÄRDE I CLINICOPATOLOGICAL STUDIER AV MÄNSKLIGA TUMÖRER. (Swedish)
17 August 2022
0 references
CELE MAI MULTE CERCETĂRI BIOLOGICE ȘI MEDICALE CARE VIZEAZĂ REGIUNILE DE REGLEMENTARE ALE GENOMULUI NOSTRU AU FOST REDUSE LA REGIUNEA MICĂ A ADN-ULUI CARE ÎNCONJOARĂ PRINCIPALUL ÎNCEPUT AL TRANSCRIERII GENELOR (PROMOTOR MINIM). ÎN ACEST SENS, AM IGNORAT SAU UITAT, ALTE SECVENȚE MAI ÎNDEPĂRTATE DE GENOM, CU EXCEPȚII ONORABILE ALE CERCETĂRII BUNE EFECTUATE ÎN AMELIORATORI ȘI IZOLATORI. DAR ALTE REGIUNI AU FOST IGNORATE ȘI ESTE NECESAR SĂ SE OBȚINĂ ACESTE CUNOȘTINȚE PENTRU REGIUNILE „ORFANE” ALE GENOMULUI, PRECUM ȘI SĂ SE ÎNȚELEAGĂ POSIBILELE MODIFICĂRI ALE ACESTORA ÎN CANCER. ÎN ACEST CONTEXT, ȘTIM CĂ METILAȚIA ABERANTĂ A DINUCLEOTIDELOR CPG SITUATE ÎN PROMOTORII GENELOR SUPRESOARE TUMORALE ARE LOC ÎN ISTORIA NATURALĂ A CANCERULUI, DAR IGNORĂM FAPTUL CĂ SE ÎNTÂMPLĂ ÎN SECVENȚE MAI PUȚIN MARCATE. ACEST PROIECT URMĂREȘTE SĂ ANALIZEZE MODELELE DE METILACION ADN ȘI CONSECINȚELE SALE FUNCȚIONALE ÎN CELULE ȘI ȚESUTURILE NORMALE ȘI TRANSFORMATE PENTRU PATRU COMPARTIMENTE „EXTRAORDINARE” ALE GENOMULUI NOSTRU: SUPER-AMELIORATORI, SECVENȚE IMPLICATE ÎN BUCLE DE CROMATINĂ, DUONES ȘI PROMOTORI ALTERNATIVI. SĂ-I CUNOȘTI ȘI PE SCURT. ÎN PRIMĂVARA ANULUI 2013 A EXISTAT APARIȚIA PRIMELOR STUDII SERIOASE PRIVIND „SUPER-HANCERS”, GRUPURI MARI DE POTENȚIATORI TRANSCRIPȚIONALI CARE CONTROLEAZĂ EXPRIMAREA GENELOR CHEIE PENTRU IDENTITATEA CELULARĂ DE LA O DISTANȚĂ LUNGĂ. DAR, ÎN ACELAȘI TIMP, ȘTIM ACUM, DATORITĂ STUDIILOR DE ULTRASECUTION GENOMICĂ 3C (HI-C), CĂ ALTE BUCLE SUNT PRODUSE ÎNTRE SECVENȚELE ADN ÎNDEPĂRTATE PENTRU A CONTROLA ACTIVITATEA GENICĂ. ȘI ANUL TRECUT, A EXISTAT O ALTĂ POFTĂ DE MÂNCARE PALPITANTĂ LA REGULAMENTUL NEEXPLORAT AL GENOMULUI CARE A VENIT LA NOI PRIN CONCEPTUL DE „DUONES”: CODONI CARE AU UN ROL DUBLU, FIIND CAPABILI SĂ DETERMINE AMINOACIZII ȘI ACȚIONÂND ÎN ACELAȘI TIMP CA SECVENȚE DE REGLEMENTARE, PERMIȚÂND UNIUNII FACTORILOR DE TRANSCRIERE. ÎN CELE DIN URMĂ, ASTĂZI EXISTĂ ACCEPTAREA FAPTULUI CĂ APROAPE TOATE GENELE NOASTRE PROVIN DIN TRADUCEREA ALTERNATIVELOR ARN LA „PRINCIPAL”, MULTE DINTRE ELE FIIND INIȚIATE DE LA PROMOTORII INTERNI AI GENEI ÎN CAUZĂ ȘI AVÂND UN REGULAMENT NECUNOSCUT ȘI CARE URMEAZĂ SĂ FIE EXPLORATE. ÎN ACEST STUDIU NE PROPUNEM SĂ ANALIZĂM ROLUL UNEI MĂRCI EPIGENETICE, METILAREA ADN-ULUI, ÎN CONTEXTUL CELOR PATRU TIPURI DE SECVENȚE DESCRISE. VOM DETERMINA, DE ASEMENEA, DACĂ MODELELE DE METILACION ADN ALE ACESTOR SECVENȚE DE REGLEMENTARE „EXTRAORDINARE” SUNT DISTORSIONATE ÎN CANCERUL UMAN. PENTRU A ATINGE ACESTE OBIECTIVE VOM FOLOSI O COMBINAȚIE DE LINII CELULARE CANCEROASE, PRECUM ȘI TUMORI PRIMARE CARE VOR FI „INTEROGATE” DE ABORDĂRI EPIGENOMICE (SECVENȚIEREA ÎNTREGULUI GENOM BISULFITE, 450K ADN METILARE MICROARRAY ȘI HI-C DE CONFORMAȚIE CROMOZOMIALĂ CAPTARE) ȘI TRANSCRIPTOMICS (ARN-SEQ, EXPRESIE MICROARRAYS ȘI RASL-SEQ). SECVENȚELE CANDIDATE VOR FI ÎN CELE DIN URMĂ ANALIZATE FUNCȚIONAL ÎN MODELE CELULARE ȘI MURINE; PRECUM ȘI STUDIUL VALORII SALE TRANSLAȚIONALE ÎN STUDIILE CLINICOPATOLOGICAL ALE TUMORILOR UMANE. (Romanian)
17 August 2022
0 references
VEČINA BIOLOŠKIH IN MEDICINSKIH RAZISKAV, NAMENJENIH REGULATORNIM REGIJAM NAŠEGA GENOMA, JE BILA ZMANJŠANA NA MAJHNO REGIJO DNK, KI OBDAJA GLAVNI ZAČETEK GENSKE TRANSKRIPCIJE (MINIMALNI PROMOTOR). V TEM SMISLU SMO PREZRLI ALI POZABILI, DRUGA ZAPOREDJA, KI SO BOLJ ODDALJENA OD GENOMA, Z ČASTNIMI IZJEMAMI DOBRIH RAZISKAV, KI SE IZVAJAJO V OJAČEVALCIH IN IZOLATORJIH. VENDAR SO BILE DRUGE REGIJE PREZRTE IN TO ZNANJE JE TREBA PRIDOBITI ZA REGIJE „OSIROTELEGA“ GENOMA TER RAZUMETI NJIHOVE MOŽNE SPREMEMBE PRI RAKU. V ZVEZI S TEM VEMO, DA SE ABERRANTNA METILACIJA CPG DINUKLEOTIDOV, KI SE NAHAJAJO V PROMOTORJIH GENOV ZA SUPRESIJO TUMORJEV, POJAVLJA V NARAVNI ZGODOVINI RAKA, VENDAR NE UPOŠTEVAMO, DA SE TO DOGAJA V MANJ OPAZNIH ZAPOREDJIH. NAMEN TEGA PROJEKTA JE ANALIZIRATI VZORCE DNK METILACION IN NJENIH FUNKCIONALNIH POSLEDIC V CELICAH IN NORMALNIH IN PREOBLIKOVANIH TKIVIH ZA ŠTIRI „IZREDNE“ PREDELKE NAŠEGA GENOMA: SUPEROJAČEVALCI, ZAPOREDJA, VKLJUČENA V KROMATIČNE ZANKE, DUONES IN ALTERNATIVNI PROMOTORJI. SPOZNAJTE JIH TUDI NA KRATKO. SPOMLADI 2013 SO SE POJAVILE PRVE RESNE ŠTUDIJE O „SUPER-OJAČEVALCIH“, VELIKIH TRANSKRIPCIJSKIH OJAČEVALCIH, KI NADZORUJEJO IZRAŽANJE KLJUČNIH GENOV ZA CELIČNO IDENTITETO Z DOLGE RAZDALJE. VENDAR PA ZDAJ VEMO, DA ZARADI ŠTUDIJ 3C GENOMSKE ULTRASECUTION (HI-C) NASTAJAJO DRUGE ZANKE MED ODDALJENIMI ZAPOREDJI DNK ZA NADZOR GENSKE AKTIVNOSTI. IN LANSKO LETO JE PRIŠLO DO ŠE ENEGA VZNEMIRLJIVEGA PREOBRATA V NERAZISKANI REGULACIJI GENOMA, KI JE PRIŠEL K NAM S KONCEPTOM „DUONES“: KODE, KI IMAJO DVOJNO VLOGO, SAJ LAHKO DOLOČAJO AMINOKISLINE IN HKRATI DELUJEJO KOT REGULATIVNA ZAPOREDJA Z OMOGOČANJEM ZVEZE TRANSKRIPCIJSKIH FAKTORJEV. KONČNO, DANES JE SPREJETO, DA SKORAJ VSI NAŠI GENI IZVIRAJO IZ TRANSKRIPCIJE RNA ALTERNATIVE „GLAVNI“, MNOGI OD NJIH SE ZAČNEJO OD NOTRANJIH PROMOTORJEV ZADEVNEGA GENA IN IMAJO NEZNANO UREDBO IN JIH JE ŠE TREBA RAZISKATI. V TEJ ŠTUDIJI PREDLAGAMO ANALIZO VLOGE EPIGENETIČNEGA ZNAKA, DNA METILATION, V OKVIRU ŠTIRIH VRST OPISANIH ZAPOREDIJ. UGOTOVILI BOMO TUDI, ALI SO VZORCI DNA METILACION TEH „IZREDNIH“ REGULATIVNIH ZAPOREDIJ IZKRIVLJENI PRI RAKU PRI LJUDEH. ZA DOSEGO TEH CILJEV BOMO UPORABILI KOMBINACIJO LINIJ RAKAVIH CELIC IN PRIMARNIH TUMORJEV, KI BODO „ZASLIŠANI“ Z EPIGENOMSKIMI PRISTOPI (CELOTNO SEKVENCIRANJE BISULFITA, 450K DNA METILACIJSKI MIKROARRAY IN ZAJEMANJE KROMOSOMSKIH KONFORMACIJ HI-C) IN TRANSKRIPTOMIKA (RNA-SEQ, EKSPRESIVNI MIKROARRAYI IN RASL-SEQ). KANDIDATNA ZAPOREDJA BODO KONČNO FUNKCIONALNO ANALIZIRANA V CELIČNIH IN MIŠJIH MODELIH; KOT TUDI ŠTUDIJO NJEGOVE TRANSLACIJSKE VREDNOSTI V CLINICOPATOLOGICALNIH ŠTUDIJAH ČLOVEŠKIH TUMORJEV. (Slovenian)
17 August 2022
0 references
WIĘKSZOŚĆ BADAŃ BIOLOGICZNYCH I MEDYCZNYCH UKIERUNKOWANYCH NA REGULACYJNE REGIONY NASZEGO GENOMU ZOSTAŁA ZREDUKOWANA DO NIEWIELKIEGO OBSZARU DNA OTACZAJĄCEGO GŁÓWNY POCZĄTEK TRANSKRYPCJI GENÓW (MINIMALNY PROMOTOR). W TYM SENSIE ZIGNOROWALIŚMY LUB ZAPOMNIELIŚMY, INNE SEKWENCJE BARDZIEJ ODDALONE OD GENOMU, Z HONOROWYMI WYJĄTKAMI DOBRYCH BADAŃ PRZEPROWADZONYCH W WZMACNIACZACH I IZOLATORACH. ALE INNE REGIONY ZOSTAŁY ZIGNOROWANE I ISTNIEJE POTRZEBA UZYSKANIA TEJ WIEDZY DLA „SIEROCYCH” REGIONÓW GENOMU, A TAKŻE ZROZUMIENIA ICH MOŻLIWYCH ZMIAN W RAKU. W TYM KONTEKŚCIE WIEMY, ŻE ABERRANT METILATION DINUKLEOTYDÓW CPG ZNAJDUJĄCYCH SIĘ W PROMOTORACH GENÓW TŁUMIĄCYCH NOWOTWORY WYSTĘPUJE W NATURALNEJ HISTORII RAKA, ALE IGNORUJEMY TO, ŻE DZIEJE SIĘ TO W MNIEJ WYRAŹNYCH SEKWENCJACH. PROJEKT TEN MA NA CELU ANALIZĘ WZORCÓW DNA METILACION I JEGO SKUTKÓW FUNKCJONALNYCH W KOMÓRKACH ORAZ NORMALNYCH I PRZEKSZTAŁCONYCH TKANEK DLA CZTERECH „NADZWYCZAJNYCH” KOMÓR NASZEGO GENOMU: SUPER-ENHANCERS, SEKWENCJE ZAANGAŻOWANE W PĘTLE CHROMATYNY, DUONES I ALTERNATYWNYCH PROMOTORÓW. POZNAJCIE ICH NAWET KRÓTKO. WIOSNĄ 2013 R. POJAWIŁY SIĘ PIERWSZE POWAŻNE BADANIA NAD „SUPER-ENHANCERS”, DUŻE KLASTRY WZMACNIACZY TRANSKRYPCYJNYCH, KTÓRE KONTROLUJĄ EKSPRESJĘ KLUCZOWYCH GENÓW DLA TOŻSAMOŚCI KOMÓRKOWEJ Z DUŻEJ ODLEGŁOŚCI. ALE JEDNOCZEŚNIE WIEMY TERAZ, ŻE DZIĘKI BADANIOM NAD GENOMEM 3C ULTRASECUTION (HI-C) POWSTAJĄ INNE PĘTLE POMIĘDZY ODLEGŁYMI SEKWENCJAMI DNA W CELU KONTROLOWANIA AKTYWNOŚCI GENETYCZNEJ. W ZESZŁYM ROKU POJAWIŁ SIĘ KOLEJNY EKSCYTUJĄCY ZWROT DO NIEZBADANYCH REGULACJI GENOMU, KTÓRY PRZYSZEDŁ DO NAS PRZEZ KONCEPCJĘ „DUONES”: KODONY, KTÓRE ODGRYWAJĄ PODWÓJNĄ ROLĘ, ZDOLNE DO OZNACZANIA AMINOKWASÓW, A JEDNOCZEŚNIE DZIAŁAJĄCE JAKO SEKWENCJE REGULACYJNE, UMOŻLIWIAJĄC UNII STOSOWANIE CZYNNIKÓW TRANSKRYPCYJNYCH. WRESZCIE, DZIŚ ISTNIEJE AKCEPTACJA, ŻE PRAWIE WSZYSTKIE NASZE GENY POCHODZĄ Z TRANSKRYBUJĄCYCH ALTERNATYW RNA DLA „GŁÓWNEJ”, WIELE Z NICH JEST INICJOWANYCH OD WEWNĘTRZNYCH PROMOTORÓW DANEGO GENU I MAJĄCYCH NIEZNANE ROZPORZĄDZENIE I WCIĄŻ DO ZBADANIA. W TYM BADANIU PROPONUJEMY ANALIZĘ ROLI ZNAKU EPIGENETYCZNEGO, DNA METILATION, W KONTEKŚCIE CZTERECH RODZAJÓW OPISANYCH SEKWENCJI. USTALIMY RÓWNIEŻ, CZY WZORCE METILACION DNA TYCH „NADZWYCZAJNYCH” SEKWENCJI REGULACYJNYCH SĄ ZNIEKSZTAŁCONE W LUDZKIM RAKU. DO OSIĄGNIĘCIA TYCH CELÓW UŻYJEMY KOMBINACJI LINII KOMÓREK NOWOTWOROWYCH, A TAKŻE GUZÓW PIERWOTNYCH, KTÓRE BĘDĄ „PRZESŁUCHIWANE” PRZEZ PODEJŚCIA EPIGENOMICZNE (SEKWENCJONOWANIE CAŁEGO GENOMU BISULFITE, MIKROARRAY METYLOWANIA DNA 450K I PRZECHWYTYWANIE CHROMOSOMÓW HI-C) ORAZ TRANSKRYPTOMIKA (RNA-SEQ, MIKROARRAY EKSPRESJI I RASL-SEQ). SEKWENCJE KANDYDATÓW ZOSTANĄ OSTATECZNIE PRZEANALIZOWANE FUNKCJONALNIE W MODELACH KOMÓRKOWYCH I MYSICH; JAK RÓWNIEŻ BADANIE JEGO WARTOŚCI TRANSLACYJNEJ W CLINICOPATOLOGICAL BADAŃ GUZÓW LUDZKICH. (Polish)
17 August 2022
0 references
Hospitalet de Llobregat, L'
0 references
20 December 2023
0 references
Identifiers
SAF2014-55000-R
0 references