STUDY OF THE GENETIC BASIS OF PROTEIN RICHNESS AND COAGULABILITY OF SHEEP MILK BY ANALYSIS OF THE TRANSCRIPTOME AND MICROBIOME OF THE MAMMARY GLAND (Q3209080)
Jump to navigation
Jump to search
Project Q3209080 in Spain
| Language | Label | Description | Also known as |
|---|---|---|---|
| English | STUDY OF THE GENETIC BASIS OF PROTEIN RICHNESS AND COAGULABILITY OF SHEEP MILK BY ANALYSIS OF THE TRANSCRIPTOME AND MICROBIOME OF THE MAMMARY GLAND |
Project Q3209080 in Spain |
Statements
121,886.32 Euro
0 references
223,850.0 Euro
0 references
54.45 percent
0 references
1 January 2016
0 references
30 June 2019
0 references
UNIVERSIDAD DE LEON
0 references
24071
0 references
LA PRODUCCION DE LECHE DE OVEJA EN ESPAÑA CONSTITUYE EL 21% DEL TOTAL DE LA UE, SIENDO CASTILLA Y LEON LA REGION MAS PRODUCTORA Y CON MAYOR CENSO DE NUESTRO PAIS. ESTA PRODUCCION ESTA DESTINADA CASI EN SU TOTALIDAD A LA ELABORACION DE QUESO DE ALTA CALIDAD, POR LO QUE EL AUMENTO DEL RENDIMIENTO QUESERO, ALTAMENTE DEPENDIENTE DEL CONTENIDO DE PROTEINA Y GRASA DE LA LECHE, ASI COMO SUS PROPIEDADES DE COAGULACION (MCP), SON DE GRAN INTERES PARA ESTE SECTOR. EL PRESENTE PROYECTO, PROTMILKOMA, PRETENDE UTILIZAR LA TECNICA DE SECUENCIACION MASIVA PARALELA DEL TRANSCRIPTOMA, O RNASEQ, PARA LA DETECCION DE VARIANTES GENETICAS CON EFECTOS SOBRE CARACTERES DE PRODUCCION LECHERA, PRINCIPALMENTE EL PORCENTAJE DE PROTEINA (PP) Y LAS MCP. ADEMAS, EL PROYECTO PROPONE CARACTERIZAR LA MICROBIOTA DE LA GLANDULA MAMARIA SANA DE LA OVEJA, CUYA COMPOSICION Y EQUILIBRIO PUEDEN AFECTAR AL BIENESTAR Y PRODUCTIVIDAD DEL ANIMAL, ASI COMO A LA CALIDAD Y PROPIEDADES TECNOLOGICAS DE LA LECHE PRODUCIDA. PARA ELLO SE PLANTEAN TRES OBJETIVOS ESPECIFICOS. EN EL PRIMERO SE ANALIZARA EL TRANSCRIPTOMA MAMARIO DE OVEJAS CON FENOTIPO DIVERGENTE PARA PP, REALIZANDOSE UN EXPERIMENTO DE RNASEQ EN DOS RAZAS OVINAS, CHURRA Y ASSAF (4 ANIMALES DE ALTO PP VS 4 AN. BAJO PP, EN CADA RAZA). DE TODAS LAS VARIANTES IDENTIFICADAS CON FRECUENCIAS EXTREMAS ENTRE LOS DOS GRUPOS, ESPECIALMENTE LAS LOCALIZADAS EN LOS GENES DE LAS CASEINAS Y PROTEINAS DEL LACTOSUERO Y LAS DE LOS GENES IDENTIFICADOS COMO EXPRESADOS DIFERENCIALMENTE (DEGS), SE SELECCIONARA UN GRUPO DE SNPS PARA SU INCLUSION EN UN CHIP DE BAJA DENSIDAD, EL MILKPROTEIN-CHIP (3.2K), CUYO GENOTIPADO EN POBLACIONES COMERCIALES (600 CHURRAS Y 600 ASSAF) SERVIRA PARA CONFIRMAR POSIBLES ASOCIACIONES CON CARACTERES LECHEROS. EN EL SEGUNDO OBJETIVO, DE FORMA PARALELA, SE REALIZARA UN EXPERIMENTO DE RNASEQ PARA COMPARAR EL TRANSCRIPTOMA MAMARIO DE OVEJAS ASSAF CON FENOTIPO EXTREMO DIVERGENTE PARA CARACTERES DE COAGULABILIDAD DE LA LECHE Y DE RENDIMIENTO QUESERO (4 AN. DE OPTIMAS MCP VS 4 AN. DE DEFICIENTES MCP). PARA ELLO, SE REALIZARA UNA DETERMINACION DE VARIOS PARAMETROS RELACIONADOS CON LAS MCP (RCT, K20, A30, A45, Y A90, RENDIMIENTO QUESERO, CONTENIDO EN CITRATO DE LA LECHE Y PH). DE NUEVO, DE LA VARIABILIDAD DIVERGENTE IDENTIFICADA EN ESTE EXPERIMENTO SE SELECCIONARAN SNPS (LOCALIZADOS EN LOS GENES DE LAS PROTEINAS DE LA LECHE, EN LOS DEGS Y LOS GENES DE LA RUTA DE SINTESIS DEL CITRATO) PARA INCLUIRLOS EN EL MILKPROTEIN-CHIP. LOS GENOTIPOS DE ESTE CHIP GENERADOS EN 400 OVEJAS ASSAF CON MEDIDAS DISPONIBLES PARA LOS CARACTERES TECNOLOGICOS EN ESTUDIO PERMITIRAN IDENTIFICAR VARIANTES ASOCIADAS CON DICHOS FENOTIPOS. FINALMENTE, EL TERCER OBJETIVO CARACTERIZARA LA MICROBIOTA MAMARIA DE LAS OVEJAS ASSAF MUESTREADAS EN EL OBJETIVO 2 MEDIANTE EL ANALISIS DE LA VARIABILIDAD DEL GEN 16S RRNA MEDIANTE SECUENCIACION, QUE SE USARA PARA LA ASIGNACION TAXONOMICA Y CUANTIFICACION DE LA MICROBIOTA MAMARIA. MEDIANTE POSTERIOR ANALISIS DE ASOCIACION SE PRETENDE IDENTIFICAR CIERTOS PERFILES MICROBIANOS QUE PUDIERAN TENER UN EFECTO POSITIVO PARA EL RENDIMIENTO QUESERO DE LA LECHE. ADEMAS, LAS MUESTRAS CON MAYOR VARIABILIDAD MICROBIANA SERAN SOMETIDAS A UNA SECUENCIACION COMPLETA DEL DNA BACTERIANO UTILIZANDO UN ENFOQUE METAGENOMICO. EN CONJUNTO, PROTMILKOMA, PRETENDE, A TRAVES DE LAS MAS MODERNAS HERRAMIENTAS Y TECNOLOGIAS GENOMICAS, PROPORCIONAR SOLUCIONES PRACTICAS AL SECTOR OVINO LECHERO. (Spanish)
0 references
THE PRODUCTION OF SHEEP’S MILK IN SPAIN CONSTITUTES 21 % OF THE TOTAL EU, WITH CASTILE AND LEON BEING THE MOST PRODUCING REGION AND WITH THE HIGHEST CENSUS OF OUR COUNTRY. THIS PRODUCTION IS DESTINED ALMOST ENTIRELY TO THE MANUFACTURE OF HIGH QUALITY CHEESE, SO THE INCREASE IN THE CHEESE YIELD, HIGHLY DEPENDENT ON THE PROTEIN AND FAT CONTENT OF THE MILK, AS WELL AS ITS COAGULATION PROPERTIES (MCP), ARE OF GREAT INTEREST FOR THIS SECTOR. THIS PROJECT, PROTMILKOMA, AIMS TO USE THE PARALLEL MASS SEQUENCE TECHNIQUE OF THE TRANSCRIPTOME, OR RNASEQ, FOR THE DETECTION OF GENETIC VARIANTS WITH EFFECTS ON DAIRY PRODUCTION CHARACTERS, MAINLY THE PERCENTAGE OF PROTEIN (PP) AND MCP. IN ADDITION, THE PROJECT PROPOSES TO CHARACTERISE THE MICROBIOTA OF THE HEALTHY BREAST GLAND OF THE SHEEP, WHOSE COMPOSITION AND BALANCE CAN AFFECT THE WELFARE AND PRODUCTIVITY OF THE ANIMAL, AS WELL AS THE QUALITY AND TECHNOLOGICAL PROPERTIES OF THE MILK PRODUCED. TO THIS END, THREE SPECIFIC OBJECTIVES ARE SET. IN THE FIRST ONE THE MAMMARY TRANSCRIPTOME OF SHEEP WITH DIVERGENT PHENOTYPE FOR PP WAS ANALYSED, PERFORMING AN EXPERIMENT OF RNASEQ IN TWO SHEEP BREEDS, CHURRA AND ASSAF (4 ANIMALS HIGH PP VS 4 AN. UNDER PP, IN EACH BREED). FROM ALL VARIANTS IDENTIFIED WITH EXTREME FREQUENCIES BETWEEN THE TWO GROUPS, ESPECIALLY THOSE LOCATED IN THE GENES OF THE CASEINS AND WHEY PROTEINS AND THOSE OF THE GENES IDENTIFIED AS DIFFERENTIALLY EXPRESSED (DEGS), A GROUP OF SNPS WILL BE SELECTED FOR INCLUSION IN A LOW-DENSITY CHIP, THE MILKPROTEIN-CHIP (3.2K), WHOSE GENOTYPING IN COMMERCIAL POPULATIONS (600 CHURRAS AND 600 ASSAF) WILL SERVE TO CONFIRM POSSIBLE ASSOCIATIONS WITH DAIRY CHARACTERS. IN THE SECOND OBJECTIVE, IN PARALLEL, A RNASEQ EXPERIMENT WAS PERFORMED TO COMPARE THE MAMMARY TRANSCRIPTOME OF ASSAF SHEEP WITH DIVERGING EXTREME PHENOTYPE FOR MILK COAGULABILITY AND CHEESE YIELD CHARACTERS (4 AN. OF OPTIMAL MCP VS 4 AN. OF POOR PCM). TO DO THIS, A DETERMINATION OF SEVERAL PARAMETERS RELATED TO MCPS (RCT, K20, A30, A45, AND A90, CHEESE YIELD, MILK CITRATE CONTENT AND PH) WILL BE PERFORMED. AGAIN, THE DIVERGING VARIABILITY IDENTIFIED IN THIS EXPERIMENT WILL SELECT SNPS (LOCATED IN THE GENES OF MILK PROTEINS, IN THE SDRS AND THE GENES OF THE CITRATE SYNTHESIS ROUTE) TO BE INCLUDED IN THE MILKPROTEIN-CHIP. THE GENOTYPES OF THIS CHIP GENERATED IN 400 ASSAF SHEEP WITH MEASURES AVAILABLE FOR THE TECHNOLOGICAL CHARACTERS UNDER STUDY WILL ALLOW TO IDENTIFY VARIANTS ASSOCIATED WITH THESE PHENOTYPES. FINALLY, THE THIRD OBJECTIVE WILL CHARACTERISE THE MAMMARY MICROBIOTA OF THE ASSAF SHEEP SAMPLED IN OBJECTIVE 2 BY ANALYSING THE VARIABILITY OF THE 16S RRNA GENE BY SEQUENCING, TO BE USED FOR TAXONOMIC ALLOCATION AND QUANTIFICATION OF THE MAMMARY MICROBIOTA. THE AIM IS TO IDENTIFY MICROBIAL PROFILES THAT COULD HAVE A POSITIVE EFFECT ON MILK’S CHEESE YIELD. IN ADDITION, SAMPLES WITH GREATER MICROBIAL VARIABILITY WILL BE SUBJECTED TO COMPLETE SEQUENCING OF BACTERIAL DNA USING A METAGENOMIC APPROACH. TOGETHER, PROTMILKOMA AIMS, THROUGH THE MOST MODERN TOOLS AND GENOMIC TECHNOLOGIES, TO PROVIDE PRACTICAL SOLUTIONS TO THE DAIRY SHEEP SECTOR. (English)
13 October 2021
0.583152408262662
0 references
LA PRODUCTION DE LAIT DE BREBIS EN ESPAGNE REPRÉSENTE 21 % DE L’ENSEMBLE DE L’UE, LA CASTILLE ET LEÓN ÉTANT LA RÉGION LA PLUS PRODUCTRICE ET LE RECENSEMENT LE PLUS ÉLEVÉ DE NOTRE PAYS. CETTE PRODUCTION EST DESTINÉE PRESQUE EXCLUSIVEMENT À LA FABRICATION DE FROMAGES DE HAUTE QUALITÉ, DE SORTE QUE L’AUGMENTATION DU RENDEMENT DU FROMAGE, FORTEMENT DÉPENDANTE DE LA TENEUR EN PROTÉINES ET EN MATIÈRES GRASSES DU LAIT, AINSI QUE DE SES PROPRIÉTÉS DE COAGULATION (MCP), SONT D’UN GRAND INTÉRÊT POUR CE SECTEUR. CE PROJET, PROTMILKOMA, VISE À UTILISER LA TECHNIQUE DE SÉQUENCE DE MASSE PARALLÈLE DU TRANSCRIPTOME, OU RNASEQ, POUR LA DÉTECTION DE VARIANTES GÉNÉTIQUES AYANT DES EFFETS SUR LES CARACTÈRES DE PRODUCTION LAITIÈRE, PRINCIPALEMENT LE POURCENTAGE DE PROTÉINES (PP) ET DE MCP. EN OUTRE, LE PROJET PROPOSE DE CARACTÉRISER LE MICROBIOTE DE LA GLANDE MAMMAIRE SAINE DU MOUTON, DONT LA COMPOSITION ET L’ÉQUILIBRE PEUVENT AFFECTER LE BIEN-ÊTRE ET LA PRODUCTIVITÉ DE L’ANIMAL, AINSI QUE LA QUALITÉ ET LES PROPRIÉTÉS TECHNOLOGIQUES DU LAIT PRODUIT. À CETTE FIN, TROIS OBJECTIFS SPÉCIFIQUES SONT FIXÉS. DANS LE PREMIER, LE TRANSCRIPTOME MAMMAIRE DES MOUTONS AVEC PHÉNOTYPE DIVERGENT POUR PP A ÉTÉ ANALYSÉ, EN RÉALISANT UNE EXPÉRIENCE DE RNASEQ CHEZ DEUX RACES DE MOUTONS, CHURRA ET ASSAF (4 ANIMAUX HAUT PP VS 4 AN. SOUS PP, DANS CHAQUE RACE). À PARTIR DE TOUTES LES VARIANTES IDENTIFIÉES AVEC DES FRÉQUENCES EXTRÊMES ENTRE LES DEUX GROUPES, EN PARTICULIER CELLES SITUÉES DANS LES GÈNES DES CASÉINES ET DES PROTÉINES DE LACTOSÉRUM ET CELLES DES GÈNES IDENTIFIÉS COMME EXPRIMÉS DIFFÉRENTIELLEMENT (DEGS), UN GROUPE DE SNP SERA SÉLECTIONNÉ POUR ÊTRE INCLUS DANS UNE PUCE DE FAIBLE DENSITÉ, LA PUCE-PROTÉINE-LAIT (3,2K), DONT LE GÉNOTYPAGE DANS LES POPULATIONS COMMERCIALES (600 CHURRAS ET 600 ASSAF) SERVIRA À CONFIRMER LES ASSOCIATIONS POSSIBLES AVEC LES CARACTÈRES LAITIERS. DANS LE DEUXIÈME OBJECTIF, EN PARALLÈLE, UNE EXPÉRIENCE RNASEQ A ÉTÉ RÉALISÉE POUR COMPARER LE TRANSCRIPTOME MAMMAIRE DU MOUTON ASSAF AVEC UN PHÉNOTYPE EXTRÊME DIVERGENT POUR LA COAGULABILITÉ DU LAIT ET LES CARACTÈRES DE RENDEMENT DU FROMAGE (4 AN). DE MCP OPTIMAL VS 4 AN. DE LA MAUVAISE PCM). POUR CE FAIRE, IL SERA PROCÉDÉ À LA DÉTERMINATION DE PLUSIEURS PARAMÈTRES LIÉS AUX MCP (RCT, K20, A30, A45 ET A90, RENDEMENT DU FROMAGE, TENEUR EN CITRATE DE LAIT ET PH). ENCORE UNE FOIS, LA VARIABILITÉ DIVERGENTE IDENTIFIÉE DANS CETTE EXPÉRIENCE SÉLECTIONNERA LES SNP (SITUÉS DANS LES GÈNES DES PROTÉINES DU LAIT, DANS LES DTS ET LES GÈNES DE LA VOIE DE SYNTHÈSE DU CITRATE) À INCLURE DANS LA PUCE-PROTÉINE-LAIT. LES GÉNOTYPES DE CETTE PUCE GÉNÉRÉS CHEZ 400 MOUTONS ASSAF AVEC DES MESURES DISPONIBLES POUR LES CARACTÈRES TECHNOLOGIQUES ÉTUDIÉS PERMETTRONT D’IDENTIFIER LES VARIANTES ASSOCIÉES À CES PHÉNOTYPES. ENFIN, LE TROISIÈME OBJECTIF CARACTÉRISERA LE MICROBIOTE MAMMAIRE DU MOUTON ASSAF ÉCHANTILLONNÉ DANS L’OBJECTIF 2 EN ANALYSANT LA VARIABILITÉ DU GÈNE DE L’ARNR 16S PAR SÉQUENÇAGE, À UTILISER POUR L’ATTRIBUTION TAXONOMIQUE ET LA QUANTIFICATION DU MICROBIOTE MAMMAIRE. L’OBJECTIF EST D’IDENTIFIER LES PROFILS MICROBIENS SUSCEPTIBLES D’AVOIR UN EFFET POSITIF SUR LE RENDEMENT EN FROMAGE DU LAIT. DE PLUS, LES ÉCHANTILLONS PRÉSENTANT UNE PLUS GRANDE VARIABILITÉ MICROBIENNE SERONT SOUMIS À UN SÉQUENÇAGE COMPLET DE L’ADN BACTÉRIEN SELON UNE APPROCHE MÉTAGÉNOMIQUE. ENSEMBLE, PROTMILKOMA VISE, À TRAVERS LES OUTILS LES PLUS MODERNES ET LES TECHNOLOGIES GÉNOMIQUES, À FOURNIR DES SOLUTIONS PRATIQUES AU SECTEUR DES OVINS LAITIERS. (French)
5 December 2021
0 references
DIE ERZEUGUNG VON SCHAFSMILCH IN SPANIEN MACHT 21 % DER GESAMTEN EU AUS, KASTILIEN UND LEON SIND DIE PRODUZIERENDE REGION UND MIT DER HÖCHSTEN VOLKSZÄHLUNG UNSERES LANDES. DIESE PRODUKTION IST FAST AUSSCHLIESSLICH FÜR DIE HERSTELLUNG VON HOCHWERTIGEM KÄSE BESTIMMT, SO DASS DIE ERHÖHUNG DER KÄSERENDITE, DIE STARK VOM EIWEISS- UND FETTGEHALT DER MILCH ABHÄNGIG IST, SOWIE DEREN GERINNUNGSEIGENSCHAFTEN (MCP) FÜR DIESEN SEKTOR VON GROSSEM INTERESSE IST. DIESES PROJEKT, PROTMILKOMA, ZIELT DARAUF AB, DIE PARALLELE MASSENSEQUENZTECHNIK DES TRANSKRIPTOMS ODER RNASEQ ZUM NACHWEIS GENETISCHER VARIANTEN MIT AUSWIRKUNGEN AUF DIE MILCHPRODUKTIONSCHARAKTERE ZU VERWENDEN, VOR ALLEM DEN ANTEIL VON PROTEINEN (PP) UND MCP. DARÜBER HINAUS SCHLÄGT DAS PROJEKT VOR, DIE MIKROBIOTA DER GESUNDEN BRUSTDRÜSE DER SCHAFE ZU CHARAKTERISIEREN, DEREN ZUSAMMENSETZUNG UND GLEICHGEWICHT DAS WOHLERGEHEN UND DIE PRODUKTIVITÄT DES TIERES SOWIE DIE QUALITÄT UND TECHNOLOGISCHEN EIGENSCHAFTEN DER ERZEUGTEN MILCH BEEINFLUSSEN KÖNNEN. ZU DIESEM ZWECK WERDEN DREI SPEZIFISCHE ZIELE FESTGELEGT. IN DER ERSTEN WURDE DAS MAMÄR-TRANSKRIPTOM VON SCHAFEN MIT UNTERSCHIEDLICHEM PHÄNOTYP FÜR PP ANALYSIERT UND EIN EXPERIMENT MIT RNASEQ IN ZWEI SCHAFRASSEN, CHURRA UND ASSAF (4 TIERE HOHE PP VS. 4 AN) DURCHGEFÜHRT. UNTER PP, IN JEDER RASSE). VON ALLEN VARIANTEN, DIE MIT EXTREMEN FREQUENZEN ZWISCHEN DEN BEIDEN GRUPPEN IDENTIFIZIERT WERDEN, INSBESONDERE IN DEN GENEN DER KASEIN- UND MOLKENPROTEINE UND DENEN DER GENE, DIE ALS DIFFERENZIALAUSDRÜCKE (DEGS) IDENTIFIZIERT WURDEN, WIRD EINE GRUPPE VON SNPS FÜR DIE AUFNAHME IN EINEN LOW-DENSITY-CHIP AUSGEWÄHLT, DEN MILCHPROTEIN-CHIP (3.2K), DESSEN GENOTYPISIERUNG IN KOMMERZIELLEN POPULATIONEN (600 CHURRAS UND 600 ASSAF) DAZU DIENEN WIRD, MÖGLICHE ASSOZIATIONEN MIT MILCHCHARAKTER ZU BESTÄTIGEN. IM ZWEITEN ZIEL WURDE PARALLEL EIN RNASEQ-EXPERIMENT DURCHGEFÜHRT, UM DAS MAMMARETRANSKRIPTOM VON ASSAF SCHAFEN MIT UNTERSCHIEDLICHEN EXTREMEN PHÄNOTYPEN FÜR MILCHGERINNBARKEIT UND KÄSEERTRAGSCHARAKTERE ZU VERGLEICHEN (4 UND. VON OPTIMALER MCP VS 4 AN. VON SCHLECHTEM PCM). DAZU WIRD EINE BESTIMMUNG MEHRERER PARAMETER IM ZUSAMMENHANG MIT MCP (RCT, K20, A30, A45 UND A90, KÄSEAUSBEUTE, MILCHCITRATGEHALT UND PH-WERT) DURCHGEFÜHRT. DIE IN DIESEM EXPERIMENT IDENTIFIZIERTE ABWEICHENDE VARIABILITÄT WIRD WIEDERUM SNPS (IN DEN GENEN VON MILCHPROTEINEN, IN DEN SDRS UND DEN GENEN DES CITRATSYNTHESEWEGS) AUSWÄHLEN, DIE IN DEN MILCHPROTEIN-CHIP AUFGENOMMEN WERDEN. DIE GENOTYPEN DIESES CHIPS, DIE IN 400 ASSAF-SCHAFEN ERZEUGT WURDEN, MIT MASSNAHMEN, DIE FÜR DIE UNTERSUCHTEN TECHNOLOGISCHEN CHARAKTERE ZUR VERFÜGUNG STEHEN, ERMÖGLICHEN ES, VARIANTEN ZU IDENTIFIZIEREN, DIE MIT DIESEN PHÄNOTYPEN VERBUNDEN SIND. SCHLIESSLICH WIRD DAS DRITTE ZIEL DIE MAMMARISCHE MIKROBIOTA DER IN ZIEL 2 UNTERSUCHTEN ASSAF SCHAFE CHARAKTERISIEREN, INDEM DIE VARIABILITÄT DES 16S RRNA-GENS DURCH SEQUENZIERUNG ANALYSIERT WIRD, DIE ZUR TAXONOMISCHEN ZUTEILUNG UND QUANTIFIZIERUNG DER MAMMARENMIKROBIOTA VERWENDET WERDEN SOLL. ZIEL IST ES, MIKROBIELLE PROFILE ZU IDENTIFIZIEREN, DIE SICH POSITIV AUF DEN KÄSEERTRAG VON MILCH AUSWIRKEN KÖNNTEN. DARÜBER HINAUS WERDEN PROBEN MIT EINER GRÖSSEREN MIKROBIELLEN VARIABILITÄT EINER VOLLSTÄNDIGEN SEQUENZIERUNG BAKTERIELLER DNA UNTER VERWENDUNG EINES METAGENOMIC ANSATZES UNTERZOGEN. GEMEINSAM WILL PROTMILKOMA DURCH MODERNSTE WERKZEUGE UND GENOMISCHE TECHNOLOGIEN PRAKTISCHE LÖSUNGEN FÜR DEN MILCHSCHAFSEKTOR LIEFERN. (German)
9 December 2021
0 references
DE PRODUCTIE VAN SCHAPENMELK IN SPANJE VERTEGENWOORDIGT 21 % VAN DE TOTALE EU, WAARBIJ CASTILIË EN LEON DE MEEST PRODUCERENDE REGIO ZIJN EN MET DE HOOGSTE TELLING VAN ONS LAND. DEZE PRODUCTIE IS VRIJWEL GEHEEL BESTEMD VOOR DE PRODUCTIE VAN KAAS VAN HOGE KWALITEIT, ZODAT DE TOENAME VAN DE KAASOPBRENGST, DIE STERK AFHANKELIJK IS VAN HET EIWIT- EN VETGEHALTE VAN DE MELK, EVENALS DE STOLLINGSEIGENSCHAPPEN (MCP), VAN GROOT BELANG ZIJN VOOR DEZE SECTOR. DIT PROJECT, PROTMILKOMA, HEEFT TOT DOEL DE PARALLELLE MASSASEQUENTIETECHNIEK VAN HET TRANSCRIPTOOM, OF RNASEQ, TE GEBRUIKEN VOOR DE DETECTIE VAN GENETISCHE VARIANTEN MET EFFECTEN OP DE ZUIVELPRODUCTIEKARAKTERS, VOORNAMELIJK HET PERCENTAGE EIWITTEN (PP) EN MCP. DAARNAAST WORDT IN HET PROJECT VOORGESTELD OM DE MICROBIOTA VAN DE GEZONDE BORSTKLIER VAN DE SCHAPEN TE KARAKTERISEREN, WAARVAN DE SAMENSTELLING EN HET EVENWICHT HET WELZIJN EN DE PRODUCTIVITEIT VAN HET DIER KUNNEN BEÏNVLOEDEN, EVENALS DE KWALITEIT EN TECHNOLOGISCHE EIGENSCHAPPEN VAN DE GEPRODUCEERDE MELK. DAARTOE WORDEN DRIE SPECIFIEKE DOELSTELLINGEN VASTGESTELD. IN DE EERSTE WERD HET MAMMAIRE TRANSCRIPTOOM VAN SCHAPEN MET EEN AFWIJKEND FENOTYPE VOOR PP GEANALYSEERD, WAARBIJ EEN EXPERIMENT VAN RNASEQ WERD UITGEVOERD IN TWEE SCHAPENRASSEN, CHURRA EN ASSAF (4 DIEREN HOOG PP VS 4 AN). ONDER PP, IN ELK RAS). UIT ALLE VARIANTEN DIE ZIJN GEÏDENTIFICEERD MET EXTREME FREQUENTIES TUSSEN DE TWEE GROEPEN, MET NAME DIE IN DE GENEN VAN DE CASEÏNE EN WEIPROTEÏNEN EN DIE VAN DE GENEN DIE ALS DIFFERENTIEEL ZIJN UITGEDRUKT (DEGS), ZAL EEN GROEP SNP’S WORDEN GESELECTEERD VOOR OPNAME IN EEN CHIP MET LAGE DICHTHEID, DE MILKPROTEÏNE-CHIP (3.2K), WAARVAN GENOTYPERING IN COMMERCIËLE POPULATIES (600 CHURRAS EN 600 ASSAF) ZAL DIENEN OM MOGELIJKE ASSOCIATIES MET ZUIVELKARAKTERS TE BEVESTIGEN. IN DE TWEEDE DOELSTELLING, PARALLEL, WERD EEN RNASEQ EXPERIMENT UITGEVOERD OM HET MAMMAIRE TRANSCRIPTOOM VAN ASSAF SCHAPEN TE VERGELIJKEN MET DIVERGING EXTREME FENOTYPE VOOR MELK STOLLBAARHEID EN KAAS OPBRENGST KARAKTERS (4 EEN. VAN OPTIMALE MCP VS 4 AN. VAN SLECHTE PCM). DAARTOE ZULLEN VERSCHILLENDE PARAMETERS MET BETREKKING TOT MCP’S (RCT, K20, A30, A45 EN A90, KAASOPBRENGST, MELKCITRAATGEHALTE EN PH) WORDEN BEPAALD. NOGMAALS, DE UITEENLOPENDE VARIABILITEIT DIE IN DIT EXPERIMENT WORDT VASTGESTELD, SELECTEERT SNP’S (GEPLAATST IN DE GENEN VAN MELKEIWITTEN, IN DE SDR’S EN DE GENEN VAN DE CITRAATSYNTHESEROUTE) DIE IN DE MILKPROTEÏNE-CHIP MOETEN WORDEN OPGENOMEN. DE GENOTYPES VAN DEZE CHIP GEGENEREERD IN 400 ASSAF SCHAPEN MET MAATREGELEN BESCHIKBAAR VOOR DE TECHNOLOGISCHE KARAKTERS IN STUDIE ZAL TOELATEN OM VARIANTEN GEASSOCIEERD MET DEZE FENOTYPES TE IDENTIFICEREN. TEN SLOTTE ZAL DE DERDE DOELSTELLING DE MAMMAIRE MICROBIOTA VAN DE ASSAF-SCHAPEN BEMONSTERD IN DOELSTELLING 2 KARAKTERISEREN DOOR DE VARIABILITEIT VAN HET 16S RRNA-GEN TE ANALYSEREN DOOR SEQUENCING, TE GEBRUIKEN VOOR TAXONOMISCHE TOEWIJZING EN KWANTIFICERING VAN DE MAMMAIRE MICROBIOTA. HET DOEL IS MICROBIËLE PROFIELEN TE IDENTIFICEREN DIE EEN POSITIEF EFFECT KUNNEN HEBBEN OP DE MELKKAASOPBRENGST. BOVENDIEN ZULLEN MONSTERS MET GROTERE MICROBIËLE VARIABILITEIT WORDEN ONDERWORPEN AAN VOLLEDIGE SEQUENCING VAN BACTERIËLE DNA MET BEHULP VAN EEN METAGENOMISCHE BENADERING. SAMEN STREEFT PROTMILKOMA MET DE MODERNSTE TOOLS EN GENOMISCHE TECHNOLOGIEËN NAAR PRAKTISCHE OPLOSSINGEN VOOR DE ZUIVELSECTOR. (Dutch)
17 December 2021
0 references
LA PRODUZIONE DI LATTE DI PECORA IN SPAGNA RAPPRESENTA IL 21 % DEL TOTALE DELL'UE, CON CASTIGLIA E LEON LA REGIONE PIÙ PRODUTTRICE E CON IL CENSIMENTO PIÙ ALTO DEL NOSTRO PAESE. QUESTA PRODUZIONE È DESTINATA QUASI INTERAMENTE ALLA PRODUZIONE DI FORMAGGI DI ALTA QUALITÀ, QUINDI L'AUMENTO DELLA RESA DEL FORMAGGIO, FORTEMENTE DIPENDENTE DAL CONTENUTO PROTEICO E GRASSO DEL LATTE, NONCHÉ DALLE SUE PROPRIETÀ DI COAGULAZIONE (MCP), SONO DI GRANDE INTERESSE PER QUESTO SETTORE. QUESTO PROGETTO, PROTMILKOMA, MIRA AD UTILIZZARE LA TECNICA DELLA SEQUENZA DI MASSA PARALLELA DEL TRASCRITTOMA, O RNASEQ, PER L'INDIVIDUAZIONE DI VARIANTI GENETICHE CON EFFETTI SUI CARATTERI DI PRODUZIONE LATTIERO-CASEARIA, PRINCIPALMENTE LA PERCENTUALE DI PROTEINE (PP) E MCP. INOLTRE, IL PROGETTO SI PROPONE DI CARATTERIZZARE IL MICROBIOTA DELLA SANA GHIANDOLA MAMMARIA DELLA PECORA, LA CUI COMPOSIZIONE ED EQUILIBRIO POSSONO INCIDERE SUL BENESSERE E SULLA PRODUTTIVITÀ DELL'ANIMALE, NONCHÉ SULLA QUALITÀ E LE PROPRIETÀ TECNOLOGICHE DEL LATTE PRODOTTO. A TAL FINE VENGONO FISSATI TRE OBIETTIVI SPECIFICI. NEL PRIMO È STATO ANALIZZATO IL TRASCRITTOMA MAMMARIO DI PECORE CON FENOTIPO DIVERGENTE PER PP, ESEGUENDO UN ESPERIMENTO DI RNASEQ IN DUE RAZZE OVINE, CHURRA E ASSAF (4 ANIMALI ALTI PP VS 4 AN. SOTTO PP, IN OGNI RAZZA). DA TUTTE LE VARIANTI IDENTIFICATE CON FREQUENZE ESTREME TRA I DUE GRUPPI, IN PARTICOLARE QUELLE SITUATE NEI GENI DELLE CASEINE E DELLE PROTEINE DEL SIERO DI LATTE E QUELLE DEI GENI IDENTIFICATI COME ESPRESSI IN MODO DIFFERENZIALE (DEGS), UN GRUPPO DI SNP SARÀ SELEZIONATO PER L'INCLUSIONE IN UN CHIP A BASSA DENSITÀ, IL MILKPROTEIN-CHIP (3.2K), LA CUI GENOTIPIZZAZIONE NELLE POPOLAZIONI COMMERCIALI (600 CHURRAS E 600 ASSAF) SERVIRÀ A CONFERMARE EVENTUALI ASSOCIAZIONI CON CARATTERI LATTICINI. NEL SECONDO OBIETTIVO, PARALLELAMENTE, È STATO ESEGUITO UN ESPERIMENTO RNASEQ PER CONFRONTARE IL TRASCRITTOMA MAMMARIO DELLE PECORE ASSAF CON UN FENOTIPO ESTREMO DIVERGENTE PER LA COAGULABILITÀ DEL LATTE E I CARATTERI DI RESA DEL FORMAGGIO (4 AN. DI MCP OTTIMALE VS 4 A. DI PCM POVERO). A TAL FINE, SARÀ EFFETTUATA UNA DETERMINAZIONE DI DIVERSI PARAMETRI RELATIVI AGLI MCP (RCT, K20, A30, A45 E A90, RESA DI FORMAGGIO, CONTENUTO DI CITRATO LATTE E PH). ANCORA UNA VOLTA, LA VARIABILITÀ DIVERGENTE IDENTIFICATA IN QUESTO ESPERIMENTO SELEZIONERÀ I SNP (SITUATI NEI GENI DELLE PROTEINE DEL LATTE, NEI DSP E NEI GENI DELLA VIA DI SINTESI DEL CITRATO) DA INCLUDERE NEL CHIP MILKPROTEIN. I GENOTIPI DI QUESTO CHIP GENERATO IN 400 PECORE ASSAF CON MISURE DISPONIBILI PER I CARATTERI TECNOLOGICI IN ESAME PERMETTERANNO DI IDENTIFICARE LE VARIANTI ASSOCIATE A QUESTI FENOTIPI. INFINE, IL TERZO OBIETTIVO CARATTERIZZERÀ IL MICROBIOTA MAMMARIO DELLA PECORA ASSAF CAMPIONATA NELL'OBIETTIVO 2 ANALIZZANDO LA VARIABILITÀ DEL GENE RRNA 16S MEDIANTE SEQUENZIAMENTO, DA UTILIZZARE PER L'ALLOCAZIONE TASSONOMICA E LA QUANTIFICAZIONE DEL MICROBIOTA MAMMARIO. L'OBIETTIVO È QUELLO DI INDIVIDUARE PROFILI MICROBICI CHE POSSANO AVERE UN EFFETTO POSITIVO SULLA RESA DEL LATTE. INOLTRE, I CAMPIONI CON MAGGIORE VARIABILITÀ MICROBICA SARANNO SOTTOPOSTI A SEQUENZIAMENTO COMPLETO DEL DNA BATTERICO UTILIZZANDO UN APPROCCIO METAGENOMICO. INSIEME, PROTMILKOMA MIRA, ATTRAVERSO GLI STRUMENTI PIÙ MODERNI E LE TECNOLOGIE GENOMICHE, A FORNIRE SOLUZIONI PRATICHE AL SETTORE OVINO DA LATTE. (Italian)
16 January 2022
0 references
Η ΠΑΡΑΓΩΓΉ ΠΡΌΒΕΙΟΥ ΓΆΛΑΚΤΟΣ ΣΤΗΝ ΙΣΠΑΝΊΑ ΑΠΟΤΕΛΕΊ ΤΟ 21 % ΤΟΥ ΣΥΝΌΛΟΥ ΤΗΣ ΕΕ, ΜΕ ΤΗΝ ΚΑΣΤΊΛΗ ΚΑΙ ΤΟΝ ΛΕΌΝ ΝΑ ΕΊΝΑΙ Η ΠΙΟ ΠΑΡΑΓΩΓΙΚΉ ΠΕΡΙΟΧΉ ΚΑΙ ΜΕ ΤΗΝ ΥΨΗΛΌΤΕΡΗ ΑΠΟΓΡΑΦΉ ΤΗΣ ΧΏΡΑΣ ΜΑΣ. Η ΠΑΡΑΓΩΓΉ ΑΥΤΉ ΠΡΟΟΡΊΖΕΤΑΙ ΣΧΕΔΌΝ ΕΞ ΟΛΟΚΛΉΡΟΥ ΓΙΑ ΤΗΝ ΠΑΡΑΣΚΕΥΉ ΤΥΡΙΟΎ ΥΨΗΛΉΣ ΠΟΙΌΤΗΤΑΣ, ΟΠΌΤΕ Η ΑΎΞΗΣΗ ΤΗΣ ΑΠΌΔΟΣΗΣ ΤΟΥ ΤΥΡΙΟΎ, Η ΟΠΟΊΑ ΕΞΑΡΤΆΤΑΙ ΣΕ ΜΕΓΆΛΟ ΒΑΘΜΌ ΑΠΌ ΤΗΝ ΠΕΡΙΕΚΤΙΚΌΤΗΤΑ ΤΟΥ ΓΆΛΑΚΤΟΣ ΣΕ ΠΡΩΤΕΪ́ΝΕΣ ΚΑΙ ΛΙΠΑΡΈΣ ΟΥΣΊΕΣ, ΚΑΘΏΣ ΚΑΙ ΑΠΌ ΤΙΣ ΙΔΙΌΤΗΤΕΣ ΠΉΞΗΣ (MCP), ΠΑΡΟΥΣΙΆΖΟΥΝ ΜΕΓΆΛΟ ΕΝΔΙΑΦΈΡΟΝ ΓΙΑ ΤΟΝ ΕΝ ΛΌΓΩ ΤΟΜΈΑ. ΤΟ ΈΡΓΟ ΑΥΤΌ, PROTMILKOMA, ΈΧΕΙ ΩΣ ΣΤΌΧΟ ΝΑ ΧΡΗΣΙΜΟΠΟΙΉΣΕΙ ΤΗΝ ΠΑΡΆΛΛΗΛΗ ΤΕΧΝΙΚΉ ΜΑΖΙΚΉΣ ΑΛΛΗΛΟΥΧΊΑΣ ΤΟΥ ΜΕΤΑΓΡΑΦΈΑ, Ή RNASEQ, ΓΙΑ ΤΗΝ ΑΝΊΧΝΕΥΣΗ ΓΕΝΕΤΙΚΏΝ ΠΑΡΑΛΛΑΓΏΝ ΜΕ ΕΠΙΠΤΏΣΕΙΣ ΣΤΟΥΣ ΧΑΡΑΚΤΉΡΕΣ ΠΑΡΑΓΩΓΉΣ ΓΑΛΑΚΤΟΚΟΜΙΚΏΝ ΠΡΟΪΌΝΤΩΝ, ΚΥΡΊΩΣ ΤΟ ΠΟΣΟΣΤΌ ΤΩΝ ΠΡΩΤΕΪΝΏΝ (PP) ΚΑΙ MCP. ΕΠΙΠΛΈΟΝ, ΤΟ ΣΧΈΔΙΟ ΠΡΟΤΕΊΝΕΙ ΤΟΝ ΧΑΡΑΚΤΗΡΙΣΜΌ ΤΗΣ ΜΙΚΡΟΒΙΌΤΗΣ ΤΟΥ ΥΓΙΟΎΣ ΑΔΈΝΑ ΤΟΥ ΜΑΣΤΟΎ ΤΩΝ ΠΡΟΒΆΤΩΝ, Η ΣΎΝΘΕΣΗ ΚΑΙ Η ΙΣΟΡΡΟΠΊΑ ΤΩΝ ΟΠΟΊΩΝ ΜΠΟΡΟΎΝ ΝΑ ΕΠΗΡΕΆΣΟΥΝ ΤΗΝ ΚΑΛΉ ΔΙΑΒΊΩΣΗ ΚΑΙ ΤΗΝ ΠΑΡΑΓΩΓΙΚΌΤΗΤΑ ΤΟΥ ΖΏΟΥ, ΚΑΘΏΣ ΚΑΙ ΤΙΣ ΠΟΙΟΤΙΚΈΣ ΚΑΙ ΤΕΧΝΟΛΟΓΙΚΈΣ ΙΔΙΌΤΗΤΕΣ ΤΟΥ ΠΑΡΑΓΌΜΕΝΟΥ ΓΆΛΑΚΤΟΣ. ΓΙΑ ΤΟ ΣΚΟΠΌ ΑΥΤΌ, ΤΊΘΕΝΤΑΙ ΤΡΕΙΣ ΕΙΔΙΚΟΊ ΣΤΌΧΟΙ. ΣΤΗΝ ΠΡΏΤΗ ΑΝΆΛΥΣΗ ΑΝΑΛΎΘΗΚΕ Η ΜΕΤΑΓΡΑΦΉ ΤΟΥ ΜΑΣΤΙΚΟΎ ΠΡΟΒΆΤΩΝ ΜΕ ΑΠΟΚΛΊΝΟΝΤΑ ΦΑΙΝΌΤΥΠΟ ΓΙΑ ΤΟ PP, ΠΡΑΓΜΑΤΟΠΟΙΏΝΤΑΣ ΈΝΑ ΠΕΊΡΑΜΑ RNASEQ ΣΕ ΔΎΟ ΦΥΛΈΣ ΠΡΟΒΆΤΩΝ, ΤΟ CHURRA ΚΑΙ ΤΟ ASSAF (4 ΖΏΑ ΥΨΗΛΆ PP ΈΝΑΝΤΙ 4 AN. ΣΕ PP, ΣΕ ΚΆΘΕ ΦΥΛΉ). ΑΠΌ ΌΛΕΣ ΤΙΣ ΠΑΡΑΛΛΑΓΈΣ ΠΟΥ ΠΡΟΣΔΙΟΡΊΖΟΝΤΑΙ ΜΕ ΑΚΡΑΊΕΣ ΣΥΧΝΌΤΗΤΕΣ ΜΕΤΑΞΎ ΤΩΝ ΔΎΟ ΟΜΆΔΩΝ, ΙΔΊΩΣ ΕΚΕΊΝΕΣ ΠΟΥ ΒΡΊΣΚΟΝΤΑΙ ΣΤΑ ΓΟΝΊΔΙΑ ΤΩΝ ΚΑΖΕΪΝΏΝ ΚΑΙ ΤΩΝ ΠΡΩΤΕΪΝΏΝ ΟΡΟΎ ΓΆΛΑΚΤΟΣ ΚΑΙ ΕΚΕΊΝΩΝ ΤΩΝ ΓΟΝΙΔΊΩΝ ΠΟΥ ΠΡΟΣΔΙΟΡΊΖΟΝΤΑΙ ΩΣ ΔΙΑΦΟΡΙΚΆ ΕΚΦΡΑΖΌΜΕΝΕΣ (DEGS), ΜΙΑ ΟΜΆΔΑ SNP ΘΑ ΕΠΙΛΕΓΕΊ ΓΙΑ ΝΑ ΣΥΜΠΕΡΙΛΗΦΘΕΊ ΣΕ ΈΝΑ ΤΣΙΠ ΧΑΜΗΛΉΣ ΠΥΚΝΌΤΗΤΑΣ, ΤΟ ΤΣΙΠ ΓΆΛΑΚΤΟΣ-ΠΡΩΤΕΪ́ΝΗΣ (3.2K), ΤΟΥ ΟΠΟΊΟΥ Η ΓΟΝΟΤΥΠΙΚΉ ΑΝΆΛΥΣΗ ΣΕ ΕΜΠΟΡΙΚΟΎΣ ΠΛΗΘΥΣΜΟΎΣ (600 CHURRAS ΚΑΙ 600 ASSAF) ΘΑ ΧΡΗΣΙΜΕΎΣΕΙ ΓΙΑ ΤΗΝ ΕΠΙΒΕΒΑΊΩΣΗ ΠΙΘΑΝΏΝ ΣΥΣΧΕΤΙΣΜΏΝ ΜΕ ΓΑΛΑΚΤΟΚΟΜΙΚΟΎΣ ΧΑΡΑΚΤΉΡΕΣ. ΣΤΟ ΔΕΎΤΕΡΟ ΣΤΌΧΟ, ΠΑΡΆΛΛΗΛΑ, ΠΡΑΓΜΑΤΟΠΟΙΉΘΗΚΕ ΈΝΑ ΠΕΊΡΑΜΑ RNASEQ ΓΙΑ ΤΗ ΣΎΓΚΡΙΣΗ ΤΟΥ ΜΑΣΤΙΚΟΎ ΜΕΤΑΓΡΑΦΈΑ ΤΩΝ ΠΡΟΒΆΤΩΝ ASSAF ΜΕ ΑΠΟΚΛΊΝΟΝΤΑ ΑΚΡΑΊΟ ΦΑΙΝΌΤΥΠΟ ΓΙΑ ΤΗΝ ΠΉΞΗ ΤΟΥ ΓΆΛΑΚΤΟΣ ΚΑΙ ΤΟΥΣ ΧΑΡΑΚΤΉΡΕΣ ΑΠΌΔΟΣΗΣ ΤΥΡΙΟΎ (4Α). ΤΗΣ ΒΈΛΤΙΣΤΗΣ MCP VS 4 A. ΦΤΩΧΌ PCM). ΓΙΑ ΝΑ ΓΊΝΕΙ ΑΥΤΌ, ΘΑ ΓΊΝΕΙ ΠΡΟΣΔΙΟΡΙΣΜΌΣ ΔΙΑΦΌΡΩΝ ΠΑΡΑΜΈΤΡΩΝ ΠΟΥ ΣΧΕΤΊΖΟΝΤΑΙ ΜΕ ΤΑ MCPS (RCT, K20, A30, A45 ΚΑΙ A90, ΑΠΌΔΟΣΗ ΤΥΡΙΟΎ, ΠΕΡΙΕΚΤΙΚΌΤΗΤΑ ΣΕ ΚΙΤΡΙΚΌ ΓΆΛΑ ΚΑΙ PH). ΚΑΙ ΠΆΛΙ, Η ΑΠΟΚΛΊΝΟΥΣΑ ΜΕΤΑΒΛΗΤΌΤΗΤΑ ΠΟΥ ΕΝΤΟΠΊΣΤΗΚΕ ΣΕ ΑΥΤΌ ΤΟ ΠΕΊΡΑΜΑ ΘΑ ΕΠΙΛΈΞΕΙ SNPS (ΠΟΥ ΒΡΊΣΚΟΝΤΑΙ ΣΤΑ ΓΟΝΊΔΙΑ ΤΩΝ ΠΡΩΤΕΪΝΏΝ ΓΆΛΑΚΤΟΣ, ΣΤΑ ΕΤΔ ΚΑΙ ΣΤΑ ΓΟΝΊΔΙΑ ΤΗΣ ΟΔΟΎ ΣΎΝΘΕΣΗΣ ΚΙΤΡΙΚΏΝ) ΠΟΥ ΘΑ ΣΥΜΠΕΡΙΛΗΦΘΟΎΝ ΣΤΟ ΤΣΙΠ ΓΆΛΑΚΤΟΣ-ΠΡΩΤΕΪ́ΝΗΣ. ΟΙ ΓΟΝΌΤΥΠΟΙ ΑΥΤΟΎ ΤΟΥ ΤΣΙΠ ΠΟΥ ΠΑΡΆΓΟΝΤΑΙ ΣΕ 400 ΠΡΌΒΑΤΑ ASSAF ΜΕ ΜΈΤΡΑ ΔΙΑΘΈΣΙΜΑ ΓΙΑ ΤΟΥΣ ΥΠΌ ΜΕΛΈΤΗ ΤΕΧΝΟΛΟΓΙΚΟΎΣ ΧΑΡΑΚΤΉΡΕΣ ΘΑ ΕΠΙΤΡΈΨΟΥΝ ΤΟΝ ΕΝΤΟΠΙΣΜΌ ΠΑΡΑΛΛΑΓΏΝ ΠΟΥ ΣΧΕΤΊΖΟΝΤΑΙ ΜΕ ΑΥΤΟΎΣ ΤΟΥΣ ΦΑΙΝΌΤΥΠΟΥΣ. ΤΈΛΟΣ, Ο ΤΡΊΤΟΣ ΣΤΌΧΟΣ ΘΑ ΧΑΡΑΚΤΗΡΊΣΕΙ ΤΙΣ ΜΑΣΤΙΚΈΣ ΜΙΚΡΟΒΙΏΣΕΙΣ ΤΩΝ ΠΡΟΒΆΤΩΝ ASSAF ΠΟΥ ΑΠΟΤΈΛΕΣΑΝ ΑΝΤΙΚΕΊΜΕΝΟ ΔΕΙΓΜΑΤΟΛΗΨΊΑΣ ΣΤΟ ΣΤΌΧΟ 2 ΜΕ ΑΝΆΛΥΣΗ ΤΗΣ ΜΕΤΑΒΛΗΤΌΤΗΤΑΣ ΤΟΥ ΓΟΝΙΔΊΟΥ RRNA 16S ΜΕ ΠΡΟΣΔΙΟΡΙΣΜΌ ΑΛΛΗΛΟΥΧΊΑΣ, ΤΟ ΟΠΟΊΟ ΘΑ ΧΡΗΣΙΜΟΠΟΙΗΘΕΊ ΓΙΑ ΤΗΝ ΤΑΞΙΝΌΜΗΣΗ ΚΑΙ ΤΟΝ ΠΟΣΟΤΙΚΌ ΠΡΟΣΔΙΟΡΙΣΜΌ ΤΗΣ ΜΙΚΡΟΒΙΌΒΙΑΣ ΜΑΣΤΙΚΉΣ. ΣΤΌΧΟΣ ΕΊΝΑΙ Ο ΕΝΤΟΠΙΣΜΌΣ ΜΙΚΡΟΒΙΑΚΏΝ ΠΡΟΦΊΛ ΠΟΥ ΘΑ ΜΠΟΡΟΎΣΑΝ ΝΑ ΈΧΟΥΝ ΘΕΤΙΚΉ ΕΠΊΔΡΑΣΗ ΣΤΗΝ ΑΠΌΔΟΣΗ ΤΟΥ ΤΥΡΙΟΎ ΤΟΥ ΓΆΛΑΚΤΟΣ. ΕΠΙΠΛΈΟΝ, ΤΑ ΔΕΊΓΜΑΤΑ ΜΕ ΜΕΓΑΛΎΤΕΡΗ ΜΙΚΡΟΒΙΑΚΉ ΜΕΤΑΒΛΗΤΌΤΗΤΑ ΘΑ ΥΠΟΒΆΛΛΟΝΤΑΙ ΣΕ ΠΛΉΡΗ ΠΡΟΣΔΙΟΡΙΣΜΌ ΤΗΣ ΑΛΛΗΛΟΥΧΊΑΣ ΤΟΥ ΒΑΚΤΗΡΙΑΚΟΎ DNA ΧΡΗΣΙΜΟΠΟΙΏΝΤΑΣ ΜΙΑ ΜΕΤΑΓΕΝΟΜΙΚΉ ΠΡΟΣΈΓΓΙΣΗ. ΜΑΖΊ, Η PROTMILKOMA ΣΤΟΧΕΎΕΙ, ΜΈΣΩ ΤΩΝ ΠΙΟ ΣΎΓΧΡΟΝΩΝ ΕΡΓΑΛΕΊΩΝ ΚΑΙ ΓΟΝΙΔΙΩΜΑΤΙΚΏΝ ΤΕΧΝΟΛΟΓΙΏΝ, ΣΤΗΝ ΠΑΡΟΧΉ ΠΡΑΚΤΙΚΏΝ ΛΎΣΕΩΝ ΣΤΟΝ ΤΟΜΈΑ ΤΩΝ ΠΡΟΒΆΤΩΝ ΓΑΛΑΚΤΟΠΑΡΑΓΩΓΉΣ. (Greek)
18 August 2022
0 references
PRODUKTIONEN AF FÅREMÆLK I SPANIEN UDGØR 21 % AF EU'S SAMLEDE PRODUKTION, IDET CASTILLA Y LEON ER DEN MEST PRODUCERENDE REGION OG HAR DEN HØJESTE FOLKETÆLLING I VORES LAND. DENNE PRODUKTION ER NÆSTEN UDELUKKENDE BEREGNET TIL FREMSTILLING AF OST AF HØJ KVALITET, SÅ STIGNINGEN I OSTEUDBYTTET, DER ER STÆRKT AFHÆNGIG AF MÆLKENS PROTEIN- OG FEDTINDHOLD SAMT DENS KOAGULATIONSEGENSKABER (MCP), ER AF STOR INTERESSE FOR DENNE SEKTOR. DETTE PROJEKT, PROTMILKOMA, HAR TIL FORMÅL AT ANVENDE DEN PARALLELLE MASSESEKVENSTEKNIK AF TRANSSKRIPTOMET, ELLER RNASEQ, TIL PÅVISNING AF GENETISKE VARIANTER MED VIRKNINGER PÅ MÆLKEPRODUKTIONSKARAKTERER, HOVEDSAGELIG PROCENTDELEN AF PROTEIN (PP) OG MCP. DESUDEN FORESLÅS DET I PROJEKTET AT KARAKTERISERE MIKROBIOTAEN I FÅRENES SUNDE BRYSTKIRTEL, HVIS SAMMENSÆTNING OG BALANCE KAN PÅVIRKE DYRETS VELFÆRD OG PRODUKTIVITET SAMT DEN PRODUCEREDE MÆLKS KVALITET OG TEKNOLOGISKE EGENSKABER. MED HENBLIK HERPÅ ER DER FASTSAT TRE SPECIFIKKE MÅL. I DEN FØRSTE BLEV PATTEDYRS TRANSKRIPTOM AF FÅR MED DIVERGERENDE FÆNOTYPE FOR PP ANALYSERET, IDET DER BLEV UDFØRT ET FORSØG MED RNASEQ I TO FÅRERACER, CHURRA OG ASSAF (4 DYR HØJ PP VS 4 AN. UNDER PP, I HVER RACE). FRA ALLE VARIANTER IDENTIFICERET MED EKSTREME FREKVENSER MELLEM DE TO GRUPPER, ISÆR DEM, DER ER PLACERET I GENER AF KASEINER OG VALLEPROTEINER OG DE GENER, DER ER IDENTIFICERET SOM DIFFERENTIALT UDTRYKTE (DEGS), VIL EN GRUPPE AF SNP'ER BLIVE UDVALGT TIL OPTAGELSE I EN LAV DENSITET CHIP, MÆLKEPROTEIN-CHIP (3.2K), HVIS GENOTYPEBESTEMMELSE I KOMMERCIELLE POPULATIONER (600 CHURRAS OG 600 ASSAF) VIL TJENE TIL AT BEKRÆFTE MULIGE SAMMENSLUTNINGER MED MEJERIPRODUKTER KARAKTERER. I DET ANDET MÅL BLEV DER SIDELØBENDE UDFØRT ET RNASEQ-FORSØG FOR AT SAMMENLIGNE ASSAF-FÅRENES PATTEDYRS TRANSKRIPTOM MED AFVIGENDE EKSTREM FÆNOTYPE FOR MÆLKEKOAGULERINGSEVNE OG OSTEUDBYTTETEGN (4 A). AF OPTIMAL MCP VS 4 A. AF DÅRLIG PCM). FOR AT GØRE DETTE VIL DER BLIVE FORETAGET EN BESTEMMELSE AF FLERE PARAMETRE VEDRØRENDE MCP'ER (RCT, K20, A30, A45 OG A90, OSTEYDELSE, MÆLKECITRATINDHOLD OG PH). IGEN VIL DEN DIVERGERENDE VARIABILITET, DER ER IDENTIFICERET I DETTE EKSPERIMENT, VÆLGE SNP'ER (PLACERET I GENER AF MÆLKEPROTEINER, I SDR OG GENER FRA CITRATSYNTESEVEJEN), DER SKAL INDGÅ I MÆLKEPROTEIN-CHIP. GENOTYPERNE AF DENNE CHIP GENERERET I 400 ASSAF FÅR MED FORANSTALTNINGER TIL RÅDIGHED FOR DE TEKNOLOGISKE TEGN, DER UNDERSØGES, VIL GØRE DET MULIGT AT IDENTIFICERE VARIANTER FORBUNDET MED DISSE FÆNOTYPER. ENDELIG VIL DET TREDJE MÅL KARAKTERISERE PATTEDYRETS MIKROBIOTA FOR ASSAF-FÅRENE, DER ER UDTAGET PRØVER AF I MÅL 2, VED AT ANALYSERE VARIABILITETEN AF 16S RRNA-GENET VED SEKVENTERING, DER SKAL ANVENDES TIL TAKSONOMISK ALLOKERING OG KVANTIFICERING AF PATTEDYRETS MIKROBIOTA. MÅLET ER AT IDENTIFICERE MIKROBIELLE PROFILER, DER KAN HAVE EN POSITIV INDVIRKNING PÅ MÆLKEOSTUDBYTTET. DESUDEN VIL PRØVER MED STØRRE MIKROBIEL VARIABILITET BLIVE UNDERKASTET FULDSTÆNDIG SEKVENTERING AF BAKTERIEL DNA VED HJÆLP AF EN METAGENOMISK TILGANG. SAMMEN SIGTER PROTMILKOMA GENNEM DE MEST MODERNE VÆRKTØJER OG GENOMTEKNOLOGIER MOD AT LEVERE PRAKTISKE LØSNINGER TIL MÆLKEFÅRSSEKTOREN. (Danish)
18 August 2022
0 references
ESPANJAN LAMPAANMAIDON TUOTANTO MUODOSTAA 21 PROSENTTIA KOKO EU:STA, JA KASTILIA JA LEÓN OVAT ENITEN TUOTTAVIA ALUEITA JA MAAMME KORKEIN VÄESTÖNLASKENTA. TÄMÄ TUOTANTO ON TARKOITETTU LÄHES KOKONAAN KORKEALAATUISEN JUUSTON VALMISTUKSEEN, JOTEN JUUSTON TUOTOKSEN KASVU, JOKA RIIPPUU SUURESTI MAIDON VALKUAIS- JA RASVAPITOISUUDESTA SEKÄ SEN HYYTYMISOMINAISUUKSISTA (MCP), ON ERITTÄIN KIINNOSTAVA TÄLLE ALALLE. PROTMILKOMA-HANKKEEN TAVOITTEENA ON KÄYTTÄÄ TRANSKRIPTOMIN ELI RNASEQIN RINNAKKAISMASSASEKVENSSIN TEKNIIKKAA SELLAISTEN GENEETTISTEN MUUNNELMIEN HAVAITSEMISEEN, JOILLA ON VAIKUTUKSIA MAIDONTUOTANTOHAHMOIHIN, PÄÄASIASSA PROTEIINEIHIN (PP) JA MCP:HEN. LISÄKSI HANKKEESSA EHDOTETAAN LAMPAIDEN TERVEEN RINTARAUHASEN MIKROBIOTA, JONKA KOOSTUMUS JA TASAPAINO VOIVAT VAIKUTTAA ELÄIMEN HYVINVOINTIIN JA TUOTTAVUUTEEN SEKÄ TUOTETUN MAIDON LAATUUN JA TEKNOLOGISIIN OMINAISUUKSIIN. TÄTÄ VARTEN ASETETAAN KOLME ERITYISTAVOITETTA. VUONNA ENSIMMÄINEN YKSI NISÄKÄS TRANSKRIPTOMI LAMPAITA, JOILLA ON ERILAINEN FENOTYYPPI PP ANALYSOITIIN, SUORITTAA KOKEILUN RNASEQ KAKSI LAMMASROTUJA, CHURRA JA ASSAF (4 ELÄINTÄ KORKEA PP VS 4 AN. ALLE PP, KUSSAKIN RODUSSA). KAIKISTA NÄIDEN KAHDEN RYHMÄN VÄLISILLÄ ÄÄRITAAJUUKSILLA YKSILÖIDYISTÄ MUUNNELMISTA, ERITYISESTI KASEIINIEN JA HERAPROTEIINIEN GEENEISSÄ SIJAITSEVISTA MUUNNELMISTA JA ERIYTETYSTI ILMAISTUIKSI (DEGS) TODETUISTA GEENEISTÄ, VALITAAN RYHMÄ SNP:TÄ SISÄLLYTETTÄVÄKSI PIENTIHEYKSISEEN SIRUUN, MAITOPROTEIINISIRU (3.2K), JONKA GENOTYYPPI KAUPALLISISSA POPULAATIOISSA (600 CHURRAS JA 600 ASSAF) VAHVISTAA MAHDOLLISIA MEIJERIHAHMOJA. TOISESSA TAVOITTEESSA TEHTIIN SAMANAIKAISESTI RNASEQ-KOE, JOSSA VERRATTIIN ASSAF-LAMPAIDEN NISÄKÄSKOPIOTA MAIDON HYYTYMISTÄ JA JUUSTON TUOTTOA KUVAAVIIN ÄÄRIMMÄINEN FENOTYYPPIIN (4 AN. OPTIMAALINEN MCP VS 4 AN. HUONO PCM). TÄTÄ VARTEN MÄÄRITETÄÄN USEITA MCP:HEN LIITTYVIÄ PARAMETREJA (RCT, K20, A30, A45 JA A90, JUUSTOTUOTOS, MAITOSITRAATTIPITOISUUS JA PH). TÄSSÄKIN KOKEESSA HAVAITTU ERILAINEN VAIHTELU VALITSEE MAITOPROTEIINI-SIRUIHIN SISÄLLYTETTÄVÄT SNP:T (JOTKA SIJAITSEVAT MAITOPROTEIINIEN GEENEISSÄ, ERITYISNOSTO-OIKEUKSISSA JA SITRAATTISYNTEESIREITIN GEENEISSÄ). TÄMÄN SIRUN GENOTYYPIT, JOTKA ON TUOTETTU 400 ASSAF LAMPAASSA JA KÄYTETTÄVISSÄ OLEVAT TEKNISET MERKIT, MAHDOLLISTAVAT NÄIHIN FENOTYYPPEIHIN LIITTYVIEN VARIANTTIEN TUNNISTAMISEN. KOLMAS TAVOITE LUONNEHTII ASSAF-LAMPAIDEN MAITOMIKROBIOTAA TAVOITTEESSA 2 ANALYSOIMALLA 16S RRNA -GEENIN VAIHTELEVUUTTA SEKVENSOINNIN AVULLA, JOTA KÄYTETÄÄN TAKSONOMISESSA KOHDENTAMISESSA JA MAITOMIKROBIOTANIN KVANTIFIOINNISSA. TAVOITTEENA ON TUNNISTAA MIKROBIPROFIILIT, JOILLA VOI OLLA MYÖNTEINEN VAIKUTUS MAIDON JUUSTON TUOTTOON. LISÄKSI NÄYTTEET, JOISSA ON SUUREMPI MIKROBIVAIHTELU, KOHDISTETAAN BAKTEERI-DNA:N TÄYDELLISEEN SEKVENSOINTIIN METAGENOMISEN LÄHESTYMISTAVAN MUKAISESTI. PROTMILKOMA PYRKII YHDESSÄ LÖYTÄMÄÄN NYKYAIKAISIMPIEN VÄLINEIDEN JA GENOMITEKNOLOGIAN AVULLA KÄYTÄNNÖN RATKAISUJA MAITOLAMMASALALLE. (Finnish)
18 August 2022
0 references
IL-PRODUZZJONI TAL-ĦALIB TAN-NAGĦAĠ FI SPANJA TIKKOSTITWIXXI 21 % TAT-TOTAL TAL-UE, B’CASTILE U LEON IKUNU L-AKTAR REĠJUN LI JIPPRODUĊI U BL-OGĦLA ĊENSIMENT TA’ PAJJIŻNA. DIN IL-PRODUZZJONI HIJA DESTINATA KWAŻI KOMPLETAMENT GĦALL-MANIFATTURA TA’ ĠOBON TA’ KWALITÀ GĦOLJA, U GĦALHEKK IŻ-ŻIEDA FIR-RENDIMENT TAL-ĠOBON, LI TIDDEPENDI ĦAFNA FUQ IL-KONTENUT TA’ PROTEINI U XAĦAM TAL-ĦALIB, KIF UKOLL IL-KARATTERISTIĊI TA’ KOAGULAZZJONI TIEGĦU (PKM), HUMA TA’ INTERESS KBIR GĦAL DAN IS-SETTUR. DAN IL-PROĠETT, PROTMILKOMA, GĦANDU L-GĦAN LI JUŻA T-TEKNIKA PARALLELA TA’ SEKWENZA TAL-MASSA TAT-TRASKRITOM, JEW RNASEQ, GĦAS-SEJBA TA’ VARJANTI ĠENETIĊI B’EFFETTI FUQ IL-KARATTRI TAL-PRODUZZJONI TAL-ĦALIB, PRINĊIPALMENT IL-PERĊENTWAL TA’ PROTEINA (PP) U MCP. BARRA MINN HEKK, IL-PROĠETT JIPPROPONI LI JIKKARATTERIZZA L-MIKROBIJOTA TAL-GLANDOLA TAS-SIDER B’SAĦĦITHA TAN-NAGĦAĠ, LI L-KOMPOŻIZZJONI U L-BILANĊ TAGĦHA JISTGĦU JAFFETTWAW IL-BENESSRI U L-PRODUTTIVITÀ TAL-ANNIMAL, KIF UKOLL IL-KWALITÀ U L-PROPRJETAJIET TEKNOLOĠIĊI TAL-ĦALIB PRODOTT. GĦAL DAN IL-GĦAN, ĠEW STABBILITI TLIET GĦANIJIET SPEĊIFIĊI. FL-EWWEL WIEĦED ĠIE ANALIZZAT IT-TRASKRITOMU MAMMARJU TAN-NAGĦAĠ B’FENOTIP DIVERĠENTI GĦAL PP, LI WETTAQ ESPERIMENT TA’ RNASEQ F’ŻEWĠ RAZEZ TA’ NAGĦAĠ, CHURRA U ASSAF (4 ANNIMALI B’LIVELL GĦOLI TA’ PP VS 4 AN. TAĦT PP, F’KULL RAZZA). MILL-VARJANTI KOLLHA IDENTIFIKATI BI FREKWENZI ESTREMI BEJN IŻ-ŻEWĠ GRUPPI, SPEĊJALMENT DAWK LI JINSABU FIL-ĠENI TAL-KASEINI U L-PROTEINI TAX-XORROX U DAWK TAL-ĠENI IDENTIFIKATI BĦALA ESPRESSI B’MOD DIFFERENZJALI (DEGS), SE JINTGĦAŻEL GRUPP TA’ SNPS GĦALL-INKLUŻJONI F’ĊIPPA TA’ DENSITÀ BAXXA, IĊ-ĊIPPA TAL-PROTEINA TAL-ĦALIB (3.2K), LI L-ĠENOTIPAR TIEGĦU FIL-POPOLAZZJONIJIET KUMMERĊJALI (600 CHURRAS U 600 ASSAF) SE JSERVI BIEX JIKKONFERMA L-ASSOĊJAZZJONIJIET POSSIBBLI B’KARATTRI TAL-ĦALIB. FIT-TIENI GĦAN, B’MOD PARALLEL, TWETTAQ ESPERIMENT RNASEQ BIEX IQABBEL IT-TRANSCRIPTOME MAMMARJU TAN-NAGĦAĠ ASSAF MA’ FENOTIP ESTREM DIVERĠENTI GĦALL-KOAGULABILITÀ TAL-ĦALIB U L-KARATTRI TAL-PRODUZZJONI TAL-ĠOBON (4 AN. TA ‘L-AĦJAR MCP VS 4 AN. TA’ PCM FQIRA). BIEX DAN ISIR, SE SSIR DETERMINAZZJONI TA’ DIVERSI PARAMETRI RELATATI MAL-MCPS (RCT, K20, A30, A45, U A90, IL-PRODUZZJONI TAL-ĠOBON, IL-KONTENUT TAĊ-ĊITRAT TAL-ĦALIB U L-PH). GĦAL DARB’OĦRA, IL-VARJABBILTÀ DIVERĠENTI IDENTIFIKATA F’DAN L-ESPERIMENT SE TAGĦŻEL SNPS (LI JINSABU FIL-ĠENI TAL-PROTEINI TAL-ĦALIB, FL-SDRS U L-ĠENI TAR-ROTTA TAS-SINTESI TAĊ-ĊITRAT) LI GĦANDHOM JIĠU INKLUŻI FIĊ-ĊIPPA TAL-PROTEINA TAL-ĦALIB. IL-ĠENOTIPI TA’ DIN IĊ-ĊIPPA ĠĠENERATI F’400 NAGĦĠA ASSAF B’MIŻURI DISPONIBBLI GĦALL-KARATTRI TEKNOLOĠIĊI LI QED JIĠU STUDJATI SE JIPPERMETTU LI JIĠU IDENTIFIKATI VARJANTI ASSOĊJATI MA’ DAWN IL-FENOTIPI. FL-AĦĦAR NETT, IT-TIELET OBJETTIV JIKKARATTERIZZA L-MIKROBIJOTA MAMMARJA TAN-NAGĦAĠ TAL-ASSAF INKLUŻI FIL-KAMPJUN FL-OBJETTIV 2 BILLI JANALIZZA L-VARJABBILTÀ TAL-ĠENE 16S RRNA PERMEZZ TAS-SEKWENZJAR, LI GĦANDU JINTUŻA GĦALL-ALLOKAZZJONI TASSONOMIKA U L-KWANTIFIKAZZJONI TAL-MIKROBIJOTA MAMMARJA. L-GĦAN HUWA LI JIĠU IDENTIFIKATI PROFILI MIKROBJALI LI JISTA’ JKOLLHOM EFFETT POŻITTIV FUQ IL-PRODUZZJONI TAL-ĠOBON TAL-ĦALIB. BARRA MINN HEKK, KAMPJUNI B’VARJABBILTÀ MIKROBIKA AKBAR SE JKUNU SOĠĠETTI GĦAL SEKWENZJAR KOMPLET TAD-DNA TAL-BATTERJI BL-UŻU TA’ APPROĊĊ METAĠENOMIKU. FLIMKIEN, PROTMILKOMA GĦANDU L-GĦAN, PERMEZZ TAL-GĦODOD L-AKTAR MODERNI U T-TEKNOLOĠIJI ĠENOMIĊI, LI JIPPROVDI SOLUZZJONIJIET PRATTIĊI GĦAS-SETTUR TAN-NAGĦAĠ TAL-ĦALIB. (Maltese)
18 August 2022
0 references
AITAS PIENA RAŽOŠANA SPĀNIJĀ VEIDO 21 % NO ES KOPSKAITA, UN KASTĪLIJA UN LEONA IR VISVAIRĀK RAŽOJOŠAIS REĢIONS UN AR VISAUGSTĀKO MŪSU VALSTS SKAITĪŠANU. ŠĪ PRODUKCIJA GANDRĪZ PILNĪBĀ PAREDZĒTA AUGSTAS KVALITĀTES SIERA RAŽOŠANAI, TĀPĒC ŠAJĀ NOZARĒ ĻOTI INTERESĒ SIERA RAŽAS PIEAUGUMS, KAS LIELĀ MĒRĀ ATKARĪGS NO PIENA OLBALTUMVIELU UN TAUKU SATURA, KĀ ARĪ TĀ KOAGULĀCIJAS ĪPAŠĪBĀM (MCP). ŠĀ PROJEKTA PROTMILKOMA MĒRĶIS IR IZMANTOT TRANSKRIPTOME JEB RNASEQ PARALĒLĀS MASAS SECĪBAS METODI, LAI NOTEIKTU ĢENĒTISKOS VARIANTUS AR IETEKMI UZ PIENA RAŽOŠANAS ĪPAŠĪBĀM, GALVENOKĀRT PROTEĪNU (PP) UN MCP PROCENTUĀLO DAUDZUMU. TURKLĀT PROJEKTĀ IEROSINĀTS RAKSTUROT AITU VESELĀ KRŪTS DZIEDZERA MIKROBIOTU, KURAS SASTĀVS UN LĪDZSVARS VAR IETEKMĒT DZĪVNIEKA LABTURĪBU UN PRODUKTIVITĀTI, KĀ ARĪ SARAŽOTĀ PIENA KVALITĀTI UN TEHNOLOĢISKĀS ĪPAŠĪBAS. ŠAJĀ NOLŪKĀ IR NOTEIKTI TRĪS KONKRĒTI MĒRĶI. PIRMAJĀ TIKA ANALIZĒTS AITU AR ATŠĶIRĪGU FENOTIPU TRANSKRIPTOMI, VEICOT RNSSEQ EKSPERIMENTU AR DIVĀM AITU ŠĶIRNĒM — CHURRA UN ASSAF (4 DZĪVNIEKI AR AUGSTU PP VS 4 AN. ZEM PP, KATRĀ ŠĶIRNĒ). NO VISIEM VARIANTIEM, KAS IDENTIFICĒTI AR GALĒJU BIEŽUMU STARP ABĀM GRUPĀM, JO ĪPAŠI TIEM, KAS ATRODAS KAZEĪNU UN SŪKALU PROTEĪNU GĒNOS, UN GĒNIEM, KAS IDENTIFICĒTI KĀ DIFERENCĒTI IZTEIKTI (DEGS), TIKS IZVĒLĒTA SNP GRUPA IEKĻAUŠANAI ZEMA BLĪVUMA MIKROSHĒMĀ, PIENA OLBALTUMVIELU ČIPĀ (3.2K), KURAS GENOTIPĒŠANA KOMERCIĀLAJĀS POPULĀCIJĀS (600 CHURRAS UN 600 ASSAF) KALPOS, LAI APSTIPRINĀTU IESPĒJAMĀS SAIKNES AR PIENA PRODUKTU ZĪMĒM. OTRAJĀ MĒRĶĪ PARALĒLI TIKA VEIKTS RNASEQ EKSPERIMENTS, LAI SALĪDZINĀTU ASSAF AITU PIENA TRANSKRIPTOMI AR ATŠĶIRĪGU EKSTRĒMO FENOTIPU ATTIECĪBĀ UZ PIENA RECĒŠANAS SPĒJU UN SIERA RAŽAS ĪPAŠĪBĀM (4 UN. NO OPTIMĀLĀ MCP VS 4 AN. SLIKTA PCM). LAI TO IZDARĪTU, TIKS NOTEIKTI VAIRĀKI PARAMETRI, KAS SAISTĪTI AR MCP (RCT, K20, A30, A45 UN A90, SIERA RAŽA, PIENA CITRĀTA SATURS UN PH). ARĪ ŠAJĀ EKSPERIMENTĀ KONSTATĒTĀ ATŠĶIRĪGĀ MAINĪBA ATLASĪS SNP (ATRODAS PIENA PROTEĪNU GĒNOS, SDR UN CITRĀTA SINTĒZES GĒNOS), KAS JĀIEKĻAUJ PIENA OLBALTUMVIELĀS. ŠĪS MIKROSHĒMAS GENOTIPI, KAS RADĪTI 400 ASSAF AITĀM AR PASĀKUMIEM, KAS PIEEJAMI PĒTĪJUMA TEHNOLOĢISKAJĀM RAKSTZĪMĒM, ĻAUS IDENTIFICĒT AR ŠIEM FENOTIPIEM SAISTĪTOS VARIANTUS. VISBEIDZOT, TREŠAIS MĒRĶIS RAKSTUROS NO 2. MĒRĶA IEGŪTO ASSAF AITU PIENA MIKROBIOTU, ANALIZĒJOT 16S RRNS GĒNA MAINĪGUMU AR SEKVENCĒŠANU, KO IZMANTOS PIENA MIKROBIOTAS TAKSONOMISKAI SADALEI UN KVANTITATĪVAI NOTEIKŠANAI. MĒRĶIS IR NOTEIKT MIKROBU PROFILUS, KAS VARĒTU POZITĪVI IETEKMĒT PIENA SIERA RAŽU. TURKLĀT PARAUGI AR LIELĀKU MIKROBU MAINĪBU TIKS PAKĻAUTI PILNĪGAI BAKTĒRIJU DNS SEKVENCĒŠANAI, IZMANTOJOT METAGENOMISKU PIEEJU. PROTMILKOMA KOPĀ AR MODERNĀKO INSTRUMENTU UN GENOMIKAS TEHNOLOĢIJU PALĪDZĪBU PIEDĀVĀ PRAKTISKUS RISINĀJUMUS PIENA AITKOPĪBAS NOZAREI. (Latvian)
18 August 2022
0 references
PRODUKCIA OVČIEHO MLIEKA V ŠPANIELSKU PREDSTAVUJE 21 % Z CELKOVEJ EÚ, PRIČOM REGIÓN KASTÍLIA A LEON SÚ NAJPRODUKTÍVNEJŠÍMI REGIÓNMI A S NAJVYŠŠÍM SČÍTANÍM OBYVATEĽOV NAŠEJ KRAJINY. TÁTO VÝROBA JE TAKMER VÝLUČNE URČENÁ NA VÝROBU VYSOKOKVALITNÉHO SYRA, TAKŽE NÁRAST VÝNOSU SYRA, KTORÝ JE VO VEĽKEJ MIERE ZÁVISLÝ OD OBSAHU BIELKOVÍN A TUKU V MLIEKU, AKO AJ JEHO KOAGULAČNÝCH VLASTNOSTÍ (MCP), MÁ VEĽKÝ VÝZNAM PRE TOTO ODVETVIE. CIEĽOM TOHTO PROJEKTU PROTMILKOMA JE POUŽIŤ TECHNIKU PARALELNEJ HMOTNOSTNEJ SEKVENCIE TRANSKRIPTÓMU ALEBO RNASEQ NA DETEKCIU GENETICKÝCH VARIANTOV S ÚČINKAMI NA POSTAVY MLIEČNEJ VÝROBY, NAJMÄ PERCENTO BIELKOVÍN (PP) A MCP. OKREM TOHO SA V PROJEKTE NAVRHUJE CHARAKTERIZOVAŤ MIKROFLÓRU ZDRAVEJ PRSNEJ ŽĽAZY OVIEC, KTOREJ ZLOŽENIE A VYVÁŽENOSŤ MÔŽE OVPLYVNIŤ DOBRÉ ŽIVOTNÉ PODMIENKY A PRODUKTIVITU ZVIERAŤA, AKO AJ KVALITU A TECHNOLOGICKÉ VLASTNOSTI VYPRODUKOVANÉHO MLIEKA. NA TENTO ÚČEL SÚ STANOVENÉ TRI KONKRÉTNE CIELE. V PRVOM Z NICH SA ANALYZOVALA PRSNÁ TRANSKRIPTÓM OVIEC S ROZDIELNYM FENOTYPOM PRE PP, PRIČOM SA VYKONAL EXPERIMENT S RNASEQ U DVOCH PLEMIEN OVIEC, CHURRA A ASSAF (4 ZVIERATÁ VYSOKÉ PP VS 4 A. POD PP, V KAŽDOM PLEMENE). ZO VŠETKÝCH VARIANTOV IDENTIFIKOVANÝCH S EXTRÉMNOU FREKVENCIOU MEDZI TÝMITO DVOMA SKUPINAMI, NAJMÄ TÝCH, KTORÉ SA NACHÁDZAJÚ V GÉNOCH KAZEÍNOV A SRVÁTKOVÝCH PROTEÍNOV A GÉNOV IDENTIFIKOVANÝCH AKO DIFERENCIÁLNE EXPRIMOVANÉ (DEGS), SA VYBERIE SKUPINA SNP NA ZARADENIE DO ČIPU S NÍZKOU HUSTOTOU, MLIEČNY PROTEÍNOVÝ ČIP (3,2K), KTORÉHO GENOTYPIZÁCIA V KOMERČNÝCH POPULÁCIÁCH (600 CHUROV A 600 ASSAF) BUDE SLÚŽIŤ NA POTVRDENIE MOŽNÉHO SPOJENIA S MLIEČNYMI POSTAVIČKAMI. V DRUHOM CIELI SA PARALELNE VYKONAL EXPERIMENT RNASEQ NA POROVNANIE MLIEČNEHO TRANSKRIPTÓMU OVIEC ASSAF S ODLIŠNÝM EXTRÉMNYM FENOTYPOM PRE KOAGULOVATEĽNOSŤ MLIEKA A ZNAKY VÝŤAŽNOSTI SYRA (4 A). OPTIMÁLNEHO MCP VS 4 A. ZLEJ PCM). NA TENTO ÚČEL SA VYKONÁ STANOVENIE NIEKOĽKÝCH PARAMETROV TÝKAJÚCICH SA MCP (RCT, K20, A30, A45 A A90, VÝŤAŽNOSŤ SYRA, OBSAH CITRÁTU MLIEKA A PH). OPÄŤ, ROZDIELNA VARIABILITA IDENTIFIKOVANÁ V TOMTO EXPERIMENTE VYBERIE SNP (UMIESTNENÉ V GÉNOCH MLIEČNYCH PROTEÍNOV, V SDR A GÉNOCH CITRÁTOVEJ SYNTÉZY), KTORÉ SA MAJÚ ZAHRNÚŤ DO MLIEČNEHO PROTEÍNOVÉHO ČIPU. GENOTYPY TOHTO ČIPU GENEROVANÉ U 400 ASSAF OVIEC S OPATRENIAMI DOSTUPNÝMI PRE SKÚMANÉ TECHNOLOGICKÉ ZNAKY UMOŽNIA IDENTIFIKOVAŤ VARIANTY SPOJENÉ S TÝMITO FENOTYPMI. TRETÍ CIEĽ BUDE CHARAKTERIZOVAŤ MIKROFLÓRU MLIEČNEJ MIKROFLÓRY OVIEC ASSAF ODOBRATÝCH V CIELI 2 ANALÝZOU VARIABILITY GÉNU 16S RRNA SEKVENOVANÍM, KTORÝ SA MÁ POUŽIŤ NA TAXONOMICKÚ ALOKÁCIU A KVANTIFIKÁCIU MLIEČNEJ MIKROFLÓRY. CIEĽOM JE IDENTIFIKOVAŤ MIKROBIÁLNE PROFILY, KTORÉ BY MOHLI MAŤ POZITÍVNY VPLYV NA VÝNOS SYRA MLIEKA. OKREM TOHO SA VZORKY S VÄČŠOU MIKROBIÁLNOU VARIABILITOU PODROBIA ÚPLNÉMU SEKVENOVANIU BAKTERIÁLNEJ DNA POMOCOU METAGENOMICKÉHO PRÍSTUPU. SPOLOČNOSŤ PROTMILKOMA SA SPOLOČNE SNAŽÍ PROSTREDNÍCTVOM NAJMODERNEJŠÍCH NÁSTROJOV A GENÓMOVÝCH TECHNOLÓGIÍ POSKYTNÚŤ PRAKTICKÉ RIEŠENIA PRE SEKTOR MLIEKA A MLIEČNYCH OVIEC. (Slovak)
18 August 2022
0 references
IS IONANN TÁIRGEADH BAINNE CAORACH SA SPÁINN AGUS 21 % D’IOMLÁN AN AE, AGUS IS É AN CHAISTÍL AGUS LEON AN RÉIGIÚN IS MÓ TÁIRGTHE AGUS IS É AN DAONÁIREAMH IS AIRDE INÁR DTÍR É. TÁ AN TÁIRGEADH SEO I NDÁN BEAGNACH GO HIOMLÁN DO MHONARÚ CÁISE AR ARDCHAIGHDEÁN, MAR SIN TÁ AN MÉADÚ AR THÁIRGEACHT NA CÁISE, AG BRATH GO MÓR AR CHION PRÓITÉINE AGUS SAILLE AN BHAINNE, CHOMH MAITH LENA AIRÍONNA TÉACHTA (MCP), AN-SPÉIS DON EARNÁIL SEO. IS É IS AIDHM DON TIONSCADAL SEO, PROTMILKOMA, ÚSÁID A BHAINT AS TEICNÍC CHOMHTHREOMHAR MAISE AN TRAS-SCRÍBHINNE, NÓ RNASEQ, CHUN ATHRAITHIGH GHÉINITEACHA A BHFUIL ÉIFEACHTAÍ ACU AR CHARACHTAIR TÁIRGTHE DÉIRÍOCHTA A BHRATH, GO PRÍOMHA CÉATADÁN NA PRÓITÉINE (PP) AGUS AN MCP. INA THEANNTA SIN, TÁ SÉ BEARTAITHE AG AN TIONSCADAL AN MICROBIOTA DE FHAIREOG CHÍCHE SLÁINTIÚIL NA GCAORACH A THRÉITHRIÚ, A BHFÉADFADH A CHOMHDHÉANAMH AGUS A CHOTHROMAÍOCHT DIFEAR A DHÉANAMH DO LEAS AGUS DO THÁIRGIÚLACHT AN AINMHÍ, CHOMH MAITH LE CÁILÍOCHT AGUS AIRÍONNA TEICNEOLAÍOCHTA AN BHAINNE A THÁIRGTEAR. CHUIGE SIN, LEAGTAR AMACH TRÍ CHUSPÓIR SHONRACHA. SA CHÉAD CHEANN RINNEADH ANAILÍS AR AN TRAS-SCRÍBHINN MHAMACH CAORACH LE FEINITÍOPA ÉAGSÚIL DO PP, AG DÉANAMH TURGNAMH RNASEQ IN DHÁ PHÓR CAORACH, CHURRA AGUS ASSAF (4 AINMHÍ ARD PP VS 4 A. FAOI PP, I NGACH PÓR). Ó GACH ATHRAITHEACH A AITHNÍTEAR LE MINICÍOCHTAÍ FOIRCNEACHA IDIR AN DÁ GHRÚPA, GO HÁIRITHE IAD SIÚD ATÁ SUITE I NGÉINTE NA GCÁISÍNÍ AGUS NA PRÓITÉINÍ MEADHG AGUS IAD SIÚD DE NA GÉINTE A AITHNÍTEAR MAR GHÉINTE A LÉIRÍTEAR GO DIFREÁLACH (DIÚLTA), ROGHNÓFAR GRÚPA SNPANNA LENA GCUR SAN ÁIREAMH I SLISEANNA ÍSEALDLÚIS, AN MILKPROTEIN-CHIP (3.2K), A BHFUIL A GÉINITÍOPÁIL I NDAONRAÍ TRÁCHTÁLA (600 CHURRAS AGUS 600 ASSAF) CHUN CEANGAL FÉIDEARTHA LE CARACHTAIR DÉIRÍOCHTA A DHEIMHNIÚ. SA DARA CUSPÓIR, AG AN AM CÉANNA, RINNEADH TURGNAMH RNASEQ CHUN COMPARÁID A DHÉANAMH IDIR AN TRAS-SCRÍBHINN MAMACH DE CHAOIRIGH ASSAF LE FEINITÍOPA FOIRCNEACH ÉAGSÚIL LE HAGHAIDH TÉACHTULABILITY BAINNE AGUS CARACHTAIR TORAIDH CÁISE (4 A. AN MCP IS FEARR AGUS IS FÉIDIR 4 A. VIDEO COMHRÁ PCM. CHUN SEO A DHÉANAMH, DÉANFAR CINNEADH AR ROINNT PARAIMÉADAR A BHAINEANN LE MCPANNA (RCT, K20, A30, A45, AGUS A90, TORADH CÁISE, CION CIOTRÁITE BAINNE AGUS PH). ARÍS, ROGHNÓIDH AN ÉAGSÚLACHT ÉAGSÚIL A AITHNÍTEAR SA TURGNAMH SEO SNPANNA (ATÁ SUITE I GÉINTE PRÓITÉINÍ BAINNE, SNA SDRANNA AGUS GÉINTE AN BHEALAIGH SINTÉISE CIOTRÁITE) LE CUR SAN ÁIREAMH SA SLISEANNA MILKPROTEIN. LEIS NA GÉINITÍOPAÍ DEN TSLIS SIN A GINEADH IN 400 CAOIRIGH ASSAF LE BEARTA ATÁ AR FÁIL DO NA CARACHTAIR THEICNEOLAÍOCHA ATÁ Á STAIDÉAR, BEIFEAR IN ANN MALAIRTÍ A BHAINEANN LEIS NA FEINITÍOPAÍ SIN A SHAINAITHINT. AR DEIREADH, BEIDH AN TRÍÚ CUSPÓIR INA SHAINTRÉITH DE MHICREABHITHEOLAÍOCHT MHAMACH CHAORACH ASSAF A SAMPLÁLADH I GCUSPÓIR 2 TRÍ ANAILÍS A DHÉANAMH AR INATHRAITHEACHT GHÉINE 16S RRNA TRÍ SHEICHEAMHÚ, A ÚSÁIDFEAR LE HAGHAIDH LEITHDHÁILEADH TACSANOMAÍOCH AGUS CAINNÍOCHTÚ NA MICRIBHITHÍRE MAMAIGH. IS É AN AIDHM ATÁ ANN PRÓIFÍLÍ MIOCRÓBACHA A SHAINAITHINT A BHFÉADFADH TIONCHAR DEARFACH A BHEITH ACU AR THÁIRGEACHT CÁISE BAINNE. INA THEANNTA SIN, BEIDH SAMPLAÍ A BHFUIL INATHRAITHEACHT MHIOCRÓBACH NÍOS MÓ IONTU FAOI RÉIR SEICHEAMHÚ IOMLÁN DNA BAICTÉARACH AG BAINT ÚSÁIDE AS CUR CHUIGE MEITIGÉANÓMAÍOCH. I DTEANNTA A CHÉILE, TÁ SÉ MAR AIDHM AG PROTMILKOMA, TRÍ NA HUIRLISÍ AGUS NA TEICNEOLAÍOCHTAÍ GÉANÓMAÍOCHA IS NUA-AIMSEARTHA, RÉITIGH PHRAITICIÚLA A CHUR AR FÁIL D’EARNÁIL NA GCAORACH DÉIRÍOCHTA. (Irish)
18 August 2022
0 references
PRODUKCE OVČÍHO MLÉKA VE ŠPANĚLSKU PŘEDSTAVUJE 21 % CELKOVÉ EU, PŘIČEMŽ NEJPRODUKOVANĚJŠÍM REGIONEM JSOU KASTILIE A LEÓN S NEJVYŠŠÍM SČÍTÁNÍM V NAŠÍ ZEMI. TATO VÝROBA JE URČENA TÉMĚŘ VÝHRADNĚ K VÝROBĚ VYSOCE KVALITNÍCH SÝRŮ, TAKŽE ZVÝŠENÍ VÝNOSU SÝRA, KTERÉ JE VYSOCE ZÁVISLÉ NA OBSAHU BÍLKOVIN A TUKU V MLÉCE, JAKOŽ I JEHO KOAGULAČNÍ VLASTNOSTI, JSOU PRO TOTO ODVĚTVÍ VELMI ZAJÍMAVÉ. TENTO PROJEKT, PROTMILKOMA, SI KLADE ZA CÍL VYUŽÍT TECHNIKU PARALELNÍ HMOTNOSTNÍ SEKVENCE TRANSKRIPTOMU, NEBOLI RNASEQ, PRO DETEKCI GENETICKÝCH VARIANT S ÚČINKY NA ZNAKY PRODUKCE MLÉKA, ZEJMÉNA PROCENTO BÍLKOVIN (PP) A MCP. KROMĚ TOHO PROJEKT NAVRHUJE CHARAKTERIZOVAT MIKROBIOTU ZDRAVÉ PRSNÍ ŽLÁZY OVCÍ, JEJÍŽ SLOŽENÍ A ROVNOVÁHA MOHOU OVLIVNIT DOBRÉ ŽIVOTNÍ PODMÍNKY A PRODUKTIVITU ZVÍŘETE, JAKOŽ I KVALITU A TECHNOLOGICKÉ VLASTNOSTI VYPRODUKOVANÉHO MLÉKA. ZA TÍMTO ÚČELEM JSOU STANOVENY TŘI SPECIFICKÉ CÍLE. V PRVNÍM Z NICH BYL ANALYZOVÁN PŘEPIS PRSU OVCÍ S ROZDÍLNÝM FENOTYPEM PRO PP, PROVEDENÍ EXPERIMENTU RNASEQ VE DVOU PLEMENECH OVCÍ, CHURRA A ASSAF (4 ZVÍŘATA VYSOKÁ PP VS 4 AN. POD PP, U KAŽDÉHO PLEMENE). ZE VŠECH VARIANT IDENTIFIKOVANÝCH S EXTRÉMNÍ ČETNOSTÍ MEZI OBĚMA SKUPINAMI, ZEJMÉNA TĚCH, KTERÉ SE NACHÁZEJÍ V GENECH KASEINŮ A SYROVÁTKOVÝCH PROTEINŮ A GENŮ IDENTIFIKOVANÝCH JAKO DIFERENCIÁLNĚ EXPRIMOVANÝCH (DEGS), BUDE VYBRÁNA SKUPINA SNP PRO ZAŘAZENÍ DO ČIPU S NÍZKOU HUSTOTOU, MLÉČNÝ PROTEINOVÝ ČIP (3.2K), JEHOŽ GENOTYPIZACE V KOMERČNÍCH POPULACÍCH (600 CHURRAS A 600 ASSAF) BUDE SLOUŽIT K POTVRZENÍ MOŽNÝCH SPOJENÍ S MLÉČNÝMI ZNAKY. VE DRUHÉM CÍLI BYL SOUBĚŽNĚ PROVEDEN EXPERIMENT RNASEQ ZA ÚČELEM POROVNÁNÍ PRSNÍHO TRANSKRIPTOMU OVCÍ ASSAF S ROZDÍLNÝM EXTRÉMNÍM FENOTYPEM PRO KOAGULOVATELNOST MLÉKA A ZNAKY VÝNOSU SÝRA (4 AN. OPTIMÁLNÍ MCP VS 4 A. CHUDÝCH PCM). ZA TÍMTO ÚČELEM BUDE PROVEDENO STANOVENÍ NĚKOLIKA PARAMETRŮ TÝKAJÍCÍCH SE MCP (RCT, K20, A30, A45 A A90, VÝNOS SÝRA, OBSAH CITRONANU MLÉKA A PH). ROZDÍLNÁ VARIABILITA ZJIŠTĚNÁ V TOMTO EXPERIMENTU OPĚT VYBERE SNP (UMÍSTĚNÉ V GENECH MLÉČNÝCH PROTEINŮ, V SDR A V GENECH SYNTÉZY CITRÁTŮ), KTERÉ BUDOU ZAHRNUTY DO ČIPU MILKPROTEIN-CHIPU. GENOTYPY TOHOTO ČIPU GENEROVANÉ U 400 OVCÍ ASSAF S OPATŘENÍMI DOSTUPNÝMI PRO ZKOUMANÉ TECHNOLOGICKÉ ZNAKY UMOŽNÍ IDENTIFIKOVAT VARIANTY SPOJENÉ S TĚMITO FENOTYPY. TŘETÍ CÍL BUDE CHARAKTERIZOVAT MLÉČNOU MIKROBIOTU OVCÍ ASSAF, ZE KTERÝCH BYLY ODEBRÁNY VZORKY V RÁMCI CÍLE 2, A TO ANALÝZOU VARIABILITY GENU 16S RRNA SEKVENOVÁNÍM, KTERÝ SE POUŽIJE PRO TAXONOMICKOU ALOKACI A KVANTIFIKACI MLÉČNÉ MIKROBIOTY. CÍLEM JE URČIT MIKROBIÁLNÍ PROFILY, KTERÉ BY MOHLY MÍT POZITIVNÍ VLIV NA VÝNOS SÝRA V MLÉCE. KROMĚ TOHO BUDOU VZORKY S VĚTŠÍ MIKROBIÁLNÍ VARIABILITOU PODROBENY KOMPLETNÍMU SEKVENOVÁNÍ BAKTERIÁLNÍ DNA POMOCÍ METAGENOMICKÉHO PŘÍSTUPU. SPOLEČNOST PROTMILKOMA SI SPOLEČNĚ PROSTŘEDNICTVÍM NEJMODERNĚJŠÍCH NÁSTROJŮ A GENOMICKÝCH TECHNOLOGIÍ KLADE ZA CÍL POSKYTNOUT PRAKTICKÁ ŘEŠENÍ PRO ODVĚTVÍ MLÉKA A MLÉČNÝCH OVCÍ. (Czech)
18 August 2022
0 references
A PRODUÇÃO DE LEITE DE OVELHA EM ESPANHA REPRESENTA 21 % DO TOTAL DA UE, SENDO CASTELA E LEÃO A REGIÃO MAIS PRODUTORA E COM O MAIOR CENSO DO NOSSO PAÍS. ESTA PRODUÇÃO DESTINA-SE QUASE INTEIRAMENTE AO FABRICO DE QUEIJOS DE ALTA QUALIDADE, PELO QUE O AUMENTO DO RENDIMENTO DO QUEIJO, ALTAMENTE DEPENDENTE DO TEOR DE PROTEÍNAS E MATÉRIAS GORDAS DO LEITE, BEM COMO DAS SUAS PROPRIEDADES DE COAGULAÇÃO (MCP), SÃO DE GRANDE INTERESSE PARA ESTE SETOR. ESTE PROJETO, PROTMILKOMA, TEM COMO OBJETIVO UTILIZAR A TÉCNICA DE SEQUÊNCIA DE MASSA PARALELA DO TRANSCRIPTOMA, OU RNASEQ, PARA A DETEÇÃO DE VARIANTES GENÉTICAS COM EFEITOS SOBRE CARATERES DE PRODUÇÃO LEITEIRA, PRINCIPALMENTE A PORCENTAGEM DE PROTEÍNA (PP) E MCP. ALÉM DISSO, O PROJETO PROPÕE CARACTERIZAR A MICROBIOTA DA GLÂNDULA MAMÁRIA SAUDÁVEL DAS OVELHAS, CUJA COMPOSIÇÃO E EQUILÍBRIO PODEM AFETAR O BEM-ESTAR E A PRODUTIVIDADE DO ANIMAL, BEM COMO A QUALIDADE E AS PROPRIEDADES TECNOLÓGICAS DO LEITE PRODUZIDO. PARA O EFEITO, SÃO DEFINIDOS TRÊS OBJETIVOS ESPECÍFICOS. NO PRIMEIRO FOI ANALISADO O TRANSCRIPTOMA MAMÁRIO DE OVINOS COM FENÓTIPO DIVERGENTE PARA PP, REALIZANDO-SE UM EXPERIMENTO DE RNASEQ EM DUAS RAÇAS DE OVINOS, CHURRA E ASSAF (4 ANIMAIS DE ALTA PP VS 4 AN. EM PP, EM CADA RAÇA). A PARTIR DE TODAS AS VARIANTES IDENTIFICADAS COM FREQUÊNCIAS EXTREMAS ENTRE OS DOIS GRUPOS, ESPECIALMENTE AS LOCALIZADAS NOS GENES DAS CASEÍNAS E PROTEÍNAS DE SORO DE LEITE E AS DOS GENES IDENTIFICADOS COMO EXPRESSAS DIFERENCIALMENTE (DEGS), UM GRUPO DE SNPS SERÁ SELECIONADO PARA INCLUSÃO EM UM CHIP DE BAIXA DENSIDADE, O MILKPROTEIN-CHIP (3,2K), CUJA GENOTIPAGEM EM POPULAÇÕES COMERCIAIS (600 CHURRAS E 600 ASSAF) SERVIRÁ PARA CONFIRMAR POSSÍVEIS ASSOCIAÇÕES COM CARATERES LÁCTEOS. NO SEGUNDO OBJETIVO, PARALELAMENTE, FOI REALIZADO UM EXPERIMENTO RNASEQ PARA COMPARAR O TRANSCRIPTOMA MAMÁRIO DE OVELHAS ASSAF COM FENÓTIPO EXTREMO DIVERGENTE PARA COAGULABILIDADE DO LEITE E CARATERES DE RENDIMENTO DE QUEIJO (4 AN. DE MCP IDEAL VS 4 AN. DE PCM POBRE). PARA ISSO, SERÁ REALIZADA A DETERMINAÇÃO DE VÁRIOS PARÂMETROS RELACIONADOS COM MCPS (RCT, K20, A30, A45 E A90, RENDIMENTO DE QUEIJO, TEOR DE CITRATO DE LEITE E PH). MAIS UMA VEZ, A VARIABILIDADE DIVERGENTE IDENTIFICADA NESTE EXPERIMENTO SELECIONARÁ SNPS (LOCALIZADOS NOS GENES DAS PROTEÍNAS DO LEITE, NOS SDRS E NOS GENES DA VIA DA SÍNTESE DO CITRATO) A SEREM INCLUÍDOS NO MILKPROTEIN-CHIP. OS GENÓTIPOS DESTE CHIP GERADOS EM 400 OVINOS ASSAF COM MEDIDAS DISPONÍVEIS PARA OS CARATERES TECNOLÓGICOS EM ESTUDO PERMITIRÃO IDENTIFICAR VARIANTES ASSOCIADAS A ESSES FENÓTIPOS. POR FIM, O TERCEIRO OBJETIVO CARACTERIZARÁ A MICROBIOTA MAMÁRIA DOS OVINOS ASSAF AMOSTRADOS NO OBJETIVO 2, ANALISANDO A VARIABILIDADE DO GENE 16S RRNA POR SEQUENCIAMENTO, A SER UTILIZADO PARA ALOCAÇÃO TAXONÔMICA E QUANTIFICAÇÃO DA MICROBIOTA MAMÁRIA. O OBJETIVO É IDENTIFICAR PERFIS MICROBIANOS QUE POSSAM TER UM EFEITO POSITIVO NO RENDIMENTO DO QUEIJO DO LEITE. ALÉM DISSO, AMOSTRAS COM MAIOR VARIABILIDADE MICROBIANA SERÃO SUBMETIDAS A SEQUENCIAMENTO COMPLETO DE DNA BACTERIANO USANDO UMA ABORDAGEM METAGENÔMICA. JUNTOS, A PROTMILKOMA TEM COMO OBJETIVO, ATRAVÉS DAS MAIS MODERNAS FERRAMENTAS E TECNOLOGIAS GENÔMICAS, FORNECER SOLUÇÕES PRÁTICAS PARA O SETOR DE OVELHAS LEITEIRAS. (Portuguese)
18 August 2022
0 references
LAMBAPIIMA TOOTMINE HISPAANIAS MOODUSTAB 21 % KOGU ELIST, KUSJUURES CASTILLA JA LEON ON KÕIGE ENAM TOOTVAD PIIRKONNAD JA MEIE RIIGI KÕRGEIM LOENDUS. SEE TOOTMINE ON MÕELDUD PEAAEGU TÄIELIKULT KÕRGEKVALITEEDILISE JUUSTU VALMISTAMISEKS, NII ET JUUSTU SAAGIKUSE SUURENEMINE, MIS SÕLTUB SUUREL MÄÄRAL PIIMA VALGU- JA RASVASISALDUSEST NING SELLE KALGENDAMISE OMADUSTEST, ON SELLES SEKTORIS VÄGA OLULINE. SELLE PROJEKTI PROTMILKOMA EESMÄRK ON KASUTADA TRANSKRIPTOME’I EHK RNASEQI PARALLEELSET MASSIJÄRJESTUSMEETODIT, ET AVASTADA PIIMATOOTMISE TUNNUSEID MÕJUTAVAID GENEETILISI VARIANTE, PEAMISELT VALGU (PP) JA MCP PROTSENTI. LISAKS TEHAKSE PROJEKTIS ETTEPANEK ISELOOMUSTADA LAMMASTE TERVE RINNANÄÄRME MIKROBIOOTIAT, MILLE KOOSTIS JA TASAKAAL VÕIVAD MÕJUTADA LOOMA HEAOLU JA TOOTLIKKUST, SAMUTI TOODETUD PIIMA KVALITEETI JA TEHNOLOOGILISI OMADUSI. SELLEKS ON SEATUD KOLM ERIEESMÄRKI. ESIMESES ANALÜÜSITI PP ERINEVA FENOTÜÜBIGA LAMMASTE RINNANÄÄRME TRANSKRIPTOME, TEHES RNASEQI KATSE KAHES LAMBATÕUS, CHURRA JA ASSAF (4 LOOMA KÕRGE PP VS 4 A. ALLA PP, IGA TÕU KOHTA). KÕIGIST NENDE KAHE RÜHMA VAHEL ÄÄRMUSLIKE SAGEDUSEGA VARIANTIDEST, ERITI KASEIINIDE JA VADAKUVALKUDE GEENIDES ASUVATEST VARIANTIDEST NING DIFERENTSIAALSELT EKSPRESSEERITUD GEENIDEST (DEGS), VALITAKSE VÄIKESE TIHEDUSEGA KIIBILE EHK PIIMAVALGUKIIBILE (3.2K), MILLE GENOTÜÜBI MÄÄRAMINE KAUBANDUSLIKES POPULATSIOONIDES (600 CHURRAS JA 600 ASSAF) SAAB KINNITADA VÕIMALIKKE SEOSEID PIIMANDUSLIKE TUNNUSTEGA, RÜHM SNP-SID. TEISE EESMÄRGI PUHUL VIIDI PARALLEELSELT LÄBI RNASEQI KATSE, ET VÕRRELDA ASSAFI LAMMASTE RINNANÄÄRME TRANSKRIPTOME PIIMA KOAGULEERITAVUSE JA JUUSTU SAAGIKUSE NÄITAJATE LAHKNEVA EKSTREEMSE FENOTÜÜBIGA (4 A). OPTIMAALSE MCP VS 4 A. VAESE PCMI PUHUL). SELLEKS MÄÄRATAKSE KINDLAKS MITU MCPGA SEOTUD PARAMEETRIT (RCT, K20, A30, A45 JA A90, JUUSTUSAAGIS, PIIMATSITRAADI SISALDUS JA PH). KÄESOLEVAS KATSES TUVASTATUD LAHKNEV VARIEERUVUS VALIB SNP-D (MIS ASUVAD PIIMAVALKUDE GEENIDES, SDRIDES JA TSITRAADI SÜNTEESITEE GEENIDES), MIS LISATAKSE PIIMAVALGU KIIBILE. SELLE KIIBI GENOTÜÜBID, MIS ON LOODUD 400 ASSAFI LAMBAL, KOOS UURITAVATE TEHNOLOOGILISTE TEGELASTE JAOKS KÄTTESAADAVATE MEETMETEGA, VÕIMALDAVAD TUVASTADA NENDE FENOTÜÜPIDEGA SEOTUD VARIANTE. LÕPUKS ISELOOMUSTAB KOLMAS EESMÄRK 2. EESMÄRGI RAAMES PROOVIKS VÕETUD ASSAFI LAMMASTE PIIMAMIKROBIOTAT, ANALÜÜSIDES 16S RRNA GEENI VARIEERUVUST JÄRJESTAMISE TEEL, MIDA KASUTATAKSE PIIMA MIKROBIOOTA TAKSONOOMILISEKS JAOTAMISEKS JA KVANTIFITSEERIMISEKS. EESMÄRK ON TEHA KINDLAKS MIKROOBSED PROFIILID, MILLEL VÕIB OLLA POSITIIVNE MÕJU PIIMAJUUSTU SAAGIKUSELE. LISAKS SELLELE TOIMUB SUUREMA MIKROOBSE VARIEERUVUSEGA PROOVIDES BAKTERIAALSE DNA TÄIELIK SEKVENEERIMINE METAGENOOMSE LÄHENEMISVIISI ABIL. PROTMILKOMA EESMÄRK ON PAKKUDA PIIMALAMMASTE SEKTORILE PRAKTILISI LAHENDUSI KÕIGE KAASAEGSEMATE VAHENDITE JA GENOOMILISTE TEHNOLOOGIATE KAUDU. (Estonian)
18 August 2022
0 references
SPANYOLORSZÁGBAN A JUHTEJTERMELÉS A TELJES EU 21%-ÁT TESZI KI, KASZTÍLIA ÉS LEÓN A LEGNAGYOBB TERMELŐ RÉGIÓ ÉS ORSZÁGUNK LEGNAGYOBB NÉPSZÁMLÁLÁSA. EZT A TERMELÉST SZINTE TELJES EGÉSZÉBEN KIVÁLÓ MINŐSÉGŰ SAJTOK ELŐÁLLÍTÁSÁRA SZÁNJÁK, ÍGY A SAJTHOZAM NÖVEKEDÉSE, AMELY NAGYMÉRTÉKBEN FÜGG A TEJ FEHÉRJE- ÉS ZSÍRTARTALMÁTÓL, VALAMINT VÉRALVADÁSI TULAJDONSÁGAITÓL (MCP), NAGY JELENTŐSÉGGEL BÍR AZ ÁGAZAT SZÁMÁRA. EZ A PROJEKT, A PROTMILKOMA, A TRANSZKRIPTÓM VAGY AZ RNASEQ PÁRHUZAMOS TÖMEGSZEKVENCIA TECHNIKÁJÁT KÍVÁNJA HASZNÁLNI A GENETIKAI VARIÁNSOK KIMUTATÁSÁRA, AMELYEK HATÁSSAL VANNAK A TEJTERMELÉSI KARAKTEREKRE, FŐKÉNT A FEHÉRJE SZÁZALÉKOS ARÁNYÁRA (PP) ÉS AZ MCP-RE. EMELLETT A PROJEKT A JUHOK EGÉSZSÉGES EMLŐMIRIGYÉNEK MIKROBIÓTA JELLEMZÉSÉT JAVASOLJA, AMELYNEK ÖSSZETÉTELE ÉS EGYENSÚLYA BEFOLYÁSOLHATJA AZ ÁLLAT JÓLÉTÉT ÉS TERMELÉKENYSÉGÉT, VALAMINT A TERMELT TEJ MINŐSÉGÉT ÉS TECHNOLÓGIAI TULAJDONSÁGAIT. E CÉLBÓL HÁROM KONKRÉT CÉLKITŰZÉST HATÁROZTAK MEG. AZ ELSŐBEN ELEMEZTÉK AZ ELTÉRŐ FENOTÍPUSÚ JUHOK EMLŐ TRANSZKRIPTÓMÁJÁT A PP-RE, ÉS AZ RNSSEQ-ET KÉT JUHFAJTÁBAN, A CHURRA ÉS AZ ASSAF (4 ÁLLAT MAGAS PP VS 4 AN) KÍSÉRLETÉVEL VÉGEZTÉK. ALATT PP, MINDEN FAJTA). A KÉT CSOPORT KÖZÖTT EXTRÉM GYAKORISÁGGAL AZONOSÍTOTT VALAMENNYI VARIÁNS KÖZÜL, KÜLÖNÖSEN A KAZEINEK ÉS A SAVÓFEHÉRJÉK GÉNJEIBEN ÉS A DIFFERENCIÁLTEN EXPRESSZÁLT GÉNEKBEN (DEGS) TALÁLHATÓ VÁLTOZATOK KÖZÜL AZ SNP-K EGY CSOPORTJA KERÜL KIVÁLASZTÁSRA EGY KIS SŰRŰSÉGŰ CHIPBE, A TEJFEHÉRJE-CHIP (3,2K), AMELYNEK GENOTIPIZÁLÁSA A KERESKEDELMI POPULÁCIÓKBAN (600 CHURRA ÉS 600 ASSAF) ARRA SZOLGÁL, HOGY MEGERŐSÍTSE A TEJJEL VALÓ LEHETSÉGES ÖSSZEFÜGGÉSEKET. A MÁSODIK CÉLKITŰZÉSBEN EZZEL PÁRHUZAMOSAN RNSSEQ-KÍSÉRLETET VÉGEZTEK AZ ASSAF JUH EMLŐTRANSKRIPTÓMÁJÁNAK ÖSSZEHASONLÍTÁSÁRA A TEJ KOAGULÁLHATÓSÁGÁRA ÉS A SAJTHOZAMRA VONATKOZÓ ELTÉRŐ EXTRÉM FENOTÍPUSSAL (4 A. AZ OPTIMÁLIS MCP VS 4 AN. SZEGÉNY PCM). ENNEK ÉRDEKÉBEN AZ MCP-KRE (RCT, K20, A30, A45 ÉS A90, SAJTHOZAM, TEJ-CITRÁT-TARTALOM ÉS PH) VONATKOZÓ PARAMÉTEREKET KELL MEGHATÁROZNI. AZ EBBEN A KÍSÉRLETBEN AZONOSÍTOTT ELTÉRŐ VARIABILITÁS ISMÉT KIVÁLASZTJA AZ SNP-KET (AMELYEK A TEJFEHÉRJÉK GÉNJEIBEN, AZ SDR-EKBEN ÉS A CITRÁTSZINTÉZISI ÚTVONAL GÉNJEIBEN TALÁLHATÓK), HOGY BEKERÜLJENEK A TEJFEHÉRJE-CHIPBE. ENNEK A CHIPNEK A GENOTÍPUSAI 400 ASSAF JUHBAN KELETKEZTEK, A VIZSGÁLT TECHNOLÓGIAI KARAKTEREKRE VONATKOZÓ INTÉZKEDÉSEKKEL, LEHETŐVÉ TESZIK AZ EZEKHEZ A FENOTÍPUSOKHOZ KAPCSOLÓDÓ VARIÁNSOK AZONOSÍTÁSÁT. VÉGÜL A HARMADIK CÉLKITŰZÉS A 2. CÉLKITŰZÉSBEN SZEREPLŐ ASSAF JUHOK EMLŐ MIKROBIÓTA JELLEMZÉSÉVEL FOGJA JELLEMEZNI A 16S RRNS GÉN VARIABILITÁSÁT SZEKVENÁLÁSSAL, AMELYET AZ EMLŐ MIKROBIÓTA TAXONÓMIAI FELOSZTÁSÁRA ÉS MENNYISÉGI MEGHATÁROZÁSÁRA KELL HASZNÁLNI. A CÉL OLYAN MIKROBIÁLIS PROFILOK AZONOSÍTÁSA, AMELYEK POZITÍV HATÁSSAL LEHETNEK A TEJ SAJTHOZAMÁRA. EZENKÍVÜL A NAGYOBB MIKROBIÁLIS VARIABILITÁSÚ MINTÁKAT METAGENOMIKUS MEGKÖZELÍTÉSSEL TELJES BAKTERIÁLIS DNS-SZEKVENÁLÁSNAK VETIK ALÁ. A PROTMILKOMA A LEGMODERNEBB ESZKÖZÖKKEL ÉS GENOMIKUS TECHNOLÓGIÁKKAL EGYÜTT ARRA TÖREKSZIK, HOGY GYAKORLATI MEGOLDÁSOKAT KÍNÁLJON A TEJELŐ JUHÁGAZAT SZÁMÁRA. (Hungarian)
18 August 2022
0 references
ПРОИЗВОДСТВОТО НА ОВЧЕ МЛЯКО В ИСПАНИЯ ПРЕДСТАВЛЯВА 21 % ОТ ЦЕЛИЯ ЕС, КАТО КАСТИЛИЯ И ЛЕОН СА НАЙ-ПРОИЗВОДИТЕЛНИЯТ РЕГИОН И С НАЙ-ВИСОКО ПРЕБРОЯВАНЕ НА НАСЕЛЕНИЕТО В СТРАНАТА НИ. ТОВА ПРОИЗВОДСТВО Е ПРЕДНАЗНАЧЕНО ПОЧТИ ИЗЦЯЛО ЗА ПРОИЗВОДСТВОТО НА ВИСОКОКАЧЕСТВЕНИ СИРЕНА, ТАКА ЧЕ УВЕЛИЧАВАНЕТО НА ДОБИВА НА СИРЕНЕ, КОЕТО ЗАВИСИ В ГОЛЯМА СТЕПЕН ОТ СЪДЪРЖАНИЕТО НА ПРОТЕИНИ И МАЗНИНИ В МЛЯКОТО, КАКТО И ОТ НЕГОВИТЕ СВОЙСТВА НА КОАГУЛАЦИЯ (MCP), СА ОТ ГОЛЯМ ИНТЕРЕС ЗА ТОЗИ СЕКТОР. ТОЗИ ПРОЕКТ, PROTMILKOMA, ИМА ЗА ЦЕЛ ДА ИЗПОЛЗВА ПАРАЛЕЛНАТА МАСОВА СЕКВЕНЦИЯ НА ТРАНССКРИПТОМА ИЛИ РНКСЕК ЗА ОТКРИВАНЕ НА ГЕНЕТИЧНИ ВАРИАНТИ С ВЪЗДЕЙСТВИЕ ВЪРХУ ХАРАКТЕРИСТИКИТЕ НА ПРОИЗВОДСТВОТО НА МЛЕЧНИ ПРОДУКТИ, ГЛАВНО ПРОЦЕНТА НА БЕЛТЪЧИНИ (PP) И MCP. ОСВЕН ТОВА ПРОЕКТЪТ ПРЕДЛАГА ДА СЕ ХАРАКТЕРИЗИРА МИКРОБИОТАТА НА ЗДРАВАТА ГРЪДНА ЖЛЕЗА НА ОВЦЕТЕ, ЧИЙТО СЪСТАВ И БАЛАНС МОГАТ ДА ПОВЛИЯЯТ НА ХУМАННОТО ОТНОШЕНИЕ И ПРОДУКТИВНОСТТА НА ЖИВОТНОТО, КАКТО И НА КАЧЕСТВОТО И ТЕХНОЛОГИЧНИТЕ СВОЙСТВА НА ПРОИЗВЕДЕНОТО МЛЯКО. ЗА ТАЗИ ЦЕЛ СА ОПРЕДЕЛЕНИ ТРИ КОНКРЕТНИ ЦЕЛИ. В ПЪРВАТА Е АНАЛИЗИРАНА МЛЕЧНАТА ТРАНСКРИПТОМ НА ОВЦЕ С РАЗЛИЧЕН ФЕНОТИП ЗА PP, КАТО СЕ ИЗВЪРШВА ЕКСПЕРИМЕНТ НА РНКСЕК В ДВЕ ПОРОДИ ОВЦЕ, CHURRA И ASSAF (4 ЖИВОТНИ ВИСОКИ PP VS 4 AN. ПОД СТР., ВЪВ ВСЯКА ПОРОДА). ОТ ВСИЧКИ ВАРИАНТИ, ИДЕНТИФИЦИРАНИ С ЕКСТРЕМНИ ЧЕСТОТИ МЕЖДУ ДВЕТЕ ГРУПИ, ОСОБЕНО ТЕЗИ, КОИТО СЕ НАМИРАТ В ГЕНИТЕ НА КАЗЕИНИТЕ И СУРОВАТЪЧНИТЕ ПРОТЕИНИ И ТЕЗИ НА ГЕНИТЕ, ИДЕНТИФИЦИРАНИ КАТО ДИФЕРЕНЦИАЛНО ИЗРАЗЕНИ (DEGS), ЩЕ БЪДЕ ИЗБРАНА ГРУПА ОТ SNP ЗА ВКЛЮЧВАНЕ В ЧИП С НИСКА ПЛЪТНОСТ, МЛЕЧЕН ПРОТЕИН-ЧИП (3.2K), ЧИЙТО ГЕНОТИП В ТЪРГОВСКИ ПОПУЛАЦИИ (600 CHURRAS И 600 ASSAF) ЩЕ ПОСЛУЖИ ЗА ПОТВЪРЖДАВАНЕ НА ВЪЗМОЖНИТЕ ВРЪЗКИ С МЛЕЧНИТЕ СИМВОЛИ. УСПОРЕДНО С ВТОРАТА ЦЕЛ БЕ ИЗВЪРШЕН ЕКСПЕРИМЕНТ С РНКСЕК, ЗА ДА СЕ СРАВНИ ТРАНСКРИПТОМЪТ НА МЛЕЧНИТЕ ЖЛЕЗИ НА ОВЦЕТЕ ASSAF С РАЗЛИЧАВАЩ СЕ ЕКСТРЕМЕН ФЕНОТИП ЗА КОАГУЛАЦИЯ НА МЛЯКОТО И ХАРАКТЕРИСТИКИ НА ДОБИВА НА СИРЕНЕ (4 A). НА ОПТИМАЛЕН MCP VS 4 AN. ОТ ЛОША PCM). ЗА ТАЗИ ЦЕЛ ЩЕ БЪДАТ ОПРЕДЕЛЕНИ НЯКОЛКО ПАРАМЕТЪРА, СВЪРЗАНИ С МДК (RCT, K20, A30, A45 И A90, ДОБИВ НА СИРЕНЕ, СЪДЪРЖАНИЕ НА МЛЕЧЕН ЦИТРАТ И PH). ОТНОВО, РАЗНОПОСОЧНАТА ПРОМЕНЛИВОСТ, УСТАНОВЕНА В ТОЗИ ЕКСПЕРИМЕНТ, ЩЕ ИЗБЕРЕ SNPS (РАЗПОЛОЖЕНИ В ГЕНИТЕ НА МЛЕЧНИТЕ ПРОТЕИНИ, В СПТ И ГЕНИТЕ НА СИНТЕЗА НА ЦИТРАТ), КОИТО ДА БЪДАТ ВКЛЮЧЕНИ В ЧИПА ЗА МЛЕЧЕН ПРОТЕИН. ГЕНОТИПОВЕТЕ НА ТОЗИ ЧИП, ГЕНЕРИРАНИ В 400 ASSAF ОВЦЕ С МЕРКИ, ДОСТЪПНИ ЗА ТЕХНОЛОГИЧНИТЕ ЗНАЦИ В ПРОЦЕС НА ИЗСЛЕДВАНЕ ЩЕ ПОЗВОЛИ ДА СЕ ИДЕНТИФИЦИРАТ ВАРИАНТИ, СВЪРЗАНИ С ТЕЗИ ФЕНОТИПОВЕ. И НАКРАЯ, ТРЕТАТА ЦЕЛ ЩЕ ХАРАКТЕРИЗИРА МЛЕЧНАТА МИКРОБИОТА НА ОВЦЕТЕ ASSAF, ОТ КОИТО СА ВЗЕТИ ПРОБИ В ЦЕЛ 2, КАТО АНАЛИЗИРА ВАРИАБИЛНОСТТА НА ГЕНА 16S RRNA ЧРЕЗ СЕКВЕНИРАНЕ, КОЙТО ДА СЕ ИЗПОЛЗВА ЗА ТАКСОНОМИЧНО РАЗПРЕДЕЛЕНИЕ И КОЛИЧЕСТВЕНО ОПРЕДЕЛЯНЕ НА МИКРОБИОТАТА НА МЛЕЧНАТА ЖЛЕЗА. ЦЕЛТА Е ДА СЕ ИДЕНТИФИЦИРАТ МИКРОБНИТЕ ПРОФИЛИ, КОИТО БИХА МОГЛИ ДА ОКАЖАТ ПОЛОЖИТЕЛНО ВЪЗДЕЙСТВИЕ ВЪРХУ ДОБИВА НА СИРЕНЕ ОТ МЛЯКО. ОСВЕН ТОВА ПРОБИТЕ С ПО-ГОЛЯМА МИКРОБНА ВАРИАБИЛНОСТ ЩЕ БЪДАТ ПОДЛОЖЕНИ НА ПЪЛНО СЕКВЕНИРАНЕ НА БАКТЕРИАЛНАТА ДНК, КАТО СЕ ИЗПОЛЗВА МЕТАГЕНОМИЧЕН ПОДХОД. ЗАЕДНО PROTMILKOMA ИМА ЗА ЦЕЛ ЧРЕЗ НАЙ-СЪВРЕМЕННИТЕ ИНСТРУМЕНТИ И ГЕНОМНИ ТЕХНОЛОГИИ ДА ПРЕДОСТАВИ ПРАКТИЧЕСКИ РЕШЕНИЯ ЗА СЕКТОРА НА МЛЕЧНИТЕ ОВЦЕ. (Bulgarian)
18 August 2022
0 references
AVIŲ PIENO GAMYBA ISPANIJOJE SUDARO 21 % VISOS ES, O KASTILIJA IR LEONAS YRA LABIAUSIAI GAMINANTIS REGIONAS IR SURAŠOMAS DIDŽIAUSIAS MŪSŲ ŠALIES GYVENTOJŲ SKAIČIUS. ŠI GAMYBA BEVEIK SKIRTA AUKŠTOS KOKYBĖS SŪRIŲ GAMYBAI, TODĖL ŠIAM SEKTORIUI LABAI SVARBUS SŪRIO IŠEIGOS PADIDĖJIMAS, LABAI PRIKLAUSOMAS NUO PIENO BALTYMŲ IR RIEBALŲ KIEKIO, TAIP PAT JO KOAGULIACIJOS SAVYBĖS. ŠIUO PROJEKTU PROTMILKOMA SIEKIAMA NAUDOTI TRANSKRIPTOMO ARBA RNRSEQ LYGIAGREČIOS MASĖS SEKOS METODĄ GENETINIAMS VARIANTAMS, TURINTIEMS POVEIKĮ PIENO GAMYBOS PERSONAŽUI, DAUGIAUSIA BALTYMŲ (PP) IR MCP PROCENTINEI DALIAI, APTIKTI. BE TO, PROJEKTE SIŪLOMA APIBŪDINTI SVEIKŲ AVIŲ KRŪTIES MIKROBIOTĄ, KURIOS SUDĖTIS IR PUSIAUSVYRA GALI TURĖTI ĮTAKOS GYVŪNO GEROVEI IR PRODUKTYVUMUI, TAIP PAT PAGAMINTO PIENO KOKYBEI IR TECHNOLOGINĖMS SAVYBĖMS. ŠIUO TIKSLU NUSTATYTI TRYS KONKRETŪS TIKSLAI. PIRMAJAME BUVO ANALIZUOJAMAS AVIŲ PIENO TRANSKRIPTOMAS SU SKIRTINGU FENOTIPU PP, ATLIEKANT RNRSEQ EKSPERIMENTĄ DVIEJOSE AVIŲ VEISLĖSE, CHURRA IR ASSAF (4 GYVŪNAI AUKŠTOS PP VS 4 AN. PAGAL PP, KIEKVIENOJE VEISLĖJE). IŠ VISŲ DVIEJŲ GRUPIŲ, YPAČ ESANČIŲ KAZEINŲ IR IŠRŪGŲ BALTYMŲ GENUOSE, IR GENŲ, IDENTIFIKUOTŲ KAIP SKIRTINGAI IŠREIKŠTŲ (DEGS), ATMAINŲ, TURINČIŲ KRAŠTUTINIUS DAŽNIUS, GRUPĖ BUS ATRINKTA ĮTRAUKTI Į MAŽO TANKIO MIKROSCHEMĄ, PIENO BALTYMŲ LUSTĄ (3,2K), KURIO GENOTIPAVIMAS KOMERCINĖSE POPULIACIJOSE (600 CHURRAS IR 600 ASSAF) PADĖS PATVIRTINTI GALIMAS SĄSAJAS SU PIENO PERSONAŽAIS. SIEKIANT ANTROJO TIKSLO, LYGIAGREČIAI BUVO ATLIKTAS RNRSEQ EKSPERIMENTAS SIEKIANT PALYGINTI ASSAFO AVIŲ PIENO TRANSKRIPTOMĄ SU SKIRTINGU KRAŠTUTINIU FENOTIPU PIENO KREŠĖJIMUI IR SŪRIO IŠEIGAI (4 AN. OPTIMALUS MCP VS 4 AN. PRASTAS PCM). ŠIUO TIKSLU BUS NUSTATYTI KELI SU MCP SUSIJĘ PARAMETRAI (RCT, K20, A30, A45 IR A90, SŪRIO IŠEIGA, PIENO CITRATO KIEKIS IR PH). VĖLGI, ŠIAME EKSPERIMENTE NUSTATYTAS SKIRTINGAS KINTAMUMAS PARINKS SNP (ESANČIUS PIENO BALTYMŲ GENUOSE, SST IR CITRATO SINTEZĖS BŪDO GENUOSE), KURIE BUS ĮTRAUKTI Į PIENO BALTYMŲ LUSTĄ. ŠIO LUSTO GENOTIPAI, SUKURTI 400 ASSAF AVIŲ SU PRIEMONĖMIS, KURIAS GALIMA NAUDOTI TECHNOLOGINIAMS PERSONAŽAMS TIRTI, LEIS NUSTATYTI SU ŠIAIS FENOTIPAIS SUSIJUSIUS VARIANTUS. GALIAUSIAI TREČIASIS TIKSLAS BUS APIBŪDINTI ASSAF AVIŲ PIENO MIKROBIOTĄ PAGAL 2 TIKSLĄ, ANALIZUOJANT 16S RRNR GENO KINTAMUMĄ PAGAL SEKĄ, KURI TURI BŪTI NAUDOJAMA TAKSONOMINIAM PIENO MIKROBIOTOS PASKIRSTYMUI IR KIEKYBINIAM VERTINIMUI. SIEKIAMA NUSTATYTI MIKROBŲ PROFILIUS, KURIE GALĖTŲ TURĖTI TEIGIAMĄ POVEIKĮ PIENO SŪRIO IŠEIGAI. BE TO, MĖGINIAI, KURIŲ MIKROBŲ KINTAMUMAS YRA DIDESNIS, BUS VISIŠKAI NUSTATOMI BAKTERIJŲ DNR SEKOS METODU, TAIKANT METAGENOMINĮ METODĄ. PROTMILKOMA KARTU, PASITELKDAMA MODERNIAUSIAS PRIEMONES IR GENOMINES TECHNOLOGIJAS, SIEKIA PATEIKTI PRAKTINIUS SPRENDIMUS PIENINĖMS AVIMS. (Lithuanian)
18 August 2022
0 references
PROIZVODNJA OVČJEG MLIJEKA U ŠPANJOLSKOJ ČINI 21 % UKUPNOG EU-A, PRI ČEMU SU KASTILJA I LEON NAJPROIZVEDNIJA REGIJA I S NAJVIŠIM POPISOM STANOVNIŠTVA NAŠE ZEMLJE. TA JE PROIZVODNJA GOTOVO U POTPUNOSTI NAMIJENJENA PROIZVODNJI VISOKOKVALITETNOG SIRA, STOGA JE POVEĆANJE PRINOSA SIRA, KOJE UVELIKE OVISI O SADRŽAJU BJELANČEVINA I MASTI U MLIJEKU, KAO I NJEGOVIM SVOJSTVIMA KOAGULACIJE (MCP), OD VELIKOG INTERESA ZA TAJ SEKTOR. OVAJ PROJEKT, PROTMILKOMA, IMA ZA CILJ KORISTITI USPOREDNU TEHNIKU MASOVNOG SLIJEDA TRANSKRIPTOMA, ILI RNASEQ, ZA OTKRIVANJE GENETSKIH VARIJANTI S UČINCIMA NA MLIJEČNU PROIZVODNJU, UGLAVNOM POSTOTAK PROTEINA (PP) I MCP. OSIM TOGA, PROJEKTOM SE PREDLAŽE KARAKTERIZACIJA MIKROBIOTE ZDRAVE DOJKE OVACA, ČIJI SASTAV I RAVNOTEŽA MOGU UTJECATI NA DOBROBIT I PRODUKTIVNOST ŽIVOTINJE, KAO I NA KVALITETU I TEHNOLOŠKA SVOJSTVA PROIZVEDENOG MLIJEKA. U TU SVRHU UTVRĐENA SU TRI POSEBNA CILJA. U PRVOM JE ANALIZIRAN PRIJEPIS MLIJEČNIH OVACA S RAZLIČITIM FENOTIPOM ZA PP, PROVODEĆI POKUS RNASEQ NA DVIJE PASMINE OVACA, CHURRA I ASSAF (4 ŽIVOTINJE VISOKE PP NASPRAM 4 AN. ISPOD PP, U SVAKOJ PASMINI). OD SVIH VARIJANTI IDENTIFICIRANIH EKSTREMNIM FREKVENCIJAMA IZMEĐU DVIJU SKUPINA, POSEBNO ONIH KOJE SE NALAZE U GENIMA KAZEINA I PROTEINA SIRUTKE I GENA IDENTIFICIRANIH KAO DIFERENCIJALNO IZRAŽENE (DEGS), SKUPINA SNP-OVA BIT ĆE ODABRANA ZA UKLJUČIVANJE U ČIP NISKE GUSTOĆE, MLIJEČNI PROTEIN-ČIP (3,2K), ČIJI ĆE GENOTIPIZACIJA U KOMERCIJALNIM POPULACIJAMA (600 CHURRASA I 600 ASSAF) POSLUŽITI KAO POTVRDA MOGUĆIH ASOCIJACIJA S MLIJEČNIM ZNAKOVIMA. U DRUGOM CILJU, PARALELNO JE PROVEDEN POKUS RNASEQ KAKO BI SE USPOREDIO TRANSKRIPTOM MLIJEČNE OVCE S RAZLIČITIM EKSTREMNIM FENOTIPOM ZA MLIJEČNU KOAGULABILNOST I SVOJSTVA PRINOSA SIRA (4 AN. OPTIMALNOG MCP VS 4 A. LOŠEG PCM-A). U TU ĆE SE SVRHU UTVRDITI NEKOLIKO PARAMETARA POVEZANIH S MCP-OVIMA (RCT, K20, A30, A45 I A90, PRINOS SIRA, SADRŽAJ MLIJEČNOG CITRATA I PH). OPET, RAZLIČITA VARIJABILNOST IDENTIFICIRANA U OVOM EKSPERIMENTU ODABIRE SNP-OVE (NALAZE SE U GENIMA MLIJEČNIH PROTEINA, U SDR-OVIMA I GENIMA SINTEZE CITRATA) KOJI ĆE BITI UKLJUČENI U MLIJEČNO-PROTEINSKI ČIP. GENOTIPOVI OVOG ČIPA GENERIRANI U 400 ASSAF OVACA S MJERAMA DOSTUPNIM ZA TEHNOLOŠKE ZNAKOVE KOJI SE PROUČAVAJU OMOGUĆIT ĆE IDENTIFIKACIJU VARIJANTI POVEZANIH S TIM FENOTIPOVIMA. NAPOSLJETKU, TREĆI CILJ OBILJEŽIT ĆE MLIJEČNE MIKROBIOTE OVACA ASSAF UZORKOVANE U CILJU 2. ANALIZOM VARIJABILNOSTI GENA 16S RRNA SEKVENCIRANJEM, KOJI ĆE SE UPOTREBLJAVATI ZA TAKSONOMSKU RASPODJELU I KVANTIFIKACIJU MLIJEČNE MIKROBIOTE. CILJ JE UTVRDITI MIKROBNE PROFILE KOJI BI MOGLI POZITIVNO UTJECATI NA PRINOS MLIJEČNIH SIREVA. OSIM TOGA, UZORCI S VEĆOM MIKROBNOM VARIJABILNOŠĆU BIT ĆE PODVRGNUTI POTPUNOM SEKVENCIRANJU BAKTERIJSKE DNK PRIMJENOM METAGENOMSKOG PRISTUPA. PROTMILKOMA ZAJEDNO NASTOJI, KROZ NAJMODERNIJE ALATE I GENOMSKE TEHNOLOGIJE, PRUŽITI PRAKTIČNA RJEŠENJA SEKTORU MLIJEČNIH OVACA. (Croatian)
18 August 2022
0 references
PRODUKTIONEN AV FÅRMJÖLK I SPANIEN UTGÖR 21 % AV EU:S TOTALA PRODUKTION, OCH KASTILIEN OCH LEON ÄR DEN MEST PRODUCERANDE REGIONEN OCH HAR DEN HÖGSTA FOLKRÄKNINGEN I VÅRT LAND. DENNA PRODUKTION ÄR NÄSTAN UTESLUTANDE AVSEDD FÖR FRAMSTÄLLNING AV OST AV HÖG KVALITET, SÅ DEN ÖKADE OSTAVKASTNINGEN, SOM I HÖG GRAD ÄR BEROENDE AV MJÖLKENS PROTEIN- OCH FETTHALT SAMT DESS KOAGULATIONSEGENSKAPER, ÄR AV STORT INTRESSE FÖR DENNA SEKTOR. DETTA PROJEKT, PROTMILKOMA, SYFTAR TILL ATT ANVÄNDA PARALLELL MASSSEKVENSTEKNIK AV TRANSKRIPTOMEN, ELLER RNASEQ, FÖR ATT UPPTÄCKA GENETISKA VARIANTER MED EFFEKTER PÅ MJÖLKPRODUKTIONSKARAKTÄRER, FRÄMST ANDELEN PROTEIN (PP) OCH MCP. DESSUTOM FÖRESLÅS ATT MIKROBIOTAN HOS FÅRENS FRISKA BRÖSTKÖRTEL SKA KARAKTERISERAS, VARS SAMMANSÄTTNING OCH BALANS KAN PÅVERKA DJURETS VÄLBEFINNANDE OCH PRODUKTIVITET SAMT KVALITETEN OCH DE TEKNISKA EGENSKAPERNA HOS DEN PRODUCERADE MJÖLKEN. I DETTA SYFTE HAR TRE SÄRSKILDA MÅL FASTSTÄLLTS. I DEN FÖRSTA ANALYSERADES DÄGGDJURSTRANSKRIPTOM AV FÅR MED DIVERGERANDE FENOTYP FÖR PP, VILKET UTFÖRDE ETT EXPERIMENT MED RNASEQ I TVÅ FÅRRASER, CHURRA OCH ASSAF (4 DJUR HÖG PP VS 4 A. UNDER PP, I VARJE RAS). FRÅN ALLA VARIANTER SOM IDENTIFIERATS MED EXTREMA FREKVENSER MELLAN DE TVÅ GRUPPERNA, SÄRSKILT DE SOM FINNS I GENERNA FÖR KASEINER OCH VASSLEPROTEINER OCH DE AV DE GENER SOM IDENTIFIERATS SOM DIFFERENTIALUTTRYCKTA (DEGS), KOMMER EN GRUPP SNP ATT VÄLJAS UT FÖR ATT INGÅ I ETT LÅGDENSITETSCHIP, MJÖLKPROTEINCHIPET (3.2K), VARS GENOTYPNING I KOMMERSIELLA POPULATIONER (600 CHURRASER OCH 600 ASSAF) KOMMER ATT ANVÄNDAS FÖR ATT BEKRÄFTA EVENTUELLA ASSOCIATIONER MED MEJERIKARAKTÄRER. I DET ANDRA MÅLET UTFÖRDES PARALLELLT ETT RNASEQ-EXPERIMENT FÖR ATT JÄMFÖRA DÄGGDJURSTRANSKRIPTOMEN HOS ASSAFS FÅR MED AVVIKANDE EXTREM FENOTYP FÖR MJÖLKKOAGULERBARHET OCH OSTUTBYTESTECKEN (4A). AV OPTIMAL MCP VS 4 A. AV DÅLIG PCM). FÖR ATT GÖRA DETTA KOMMER EN BESTÄMNING AV FLERA PARAMETRAR FÖR MCP (RCT, K20, A30, A45 OCH A90, OSTAVKASTNING, MJÖLKCITRATHALT OCH PH) ATT UTFÖRAS. ÅTERIGEN KOMMER DE OLIKA VARIATIONER SOM IDENTIFIERAS I DETTA EXPERIMENT ATT VÄLJA SNP (SOM LIGGER I GENERNA AV MJÖLKPROTEINER, I SDR OCH GENERNA I CITRATSYNTESVÄGEN) SOM SKA INGÅ I MJÖLKPROTEINCHIPET. GENOTYPERNA AV DETTA CHIP SOM GENERERAS HOS 400 ASSAF-FÅR MED TILLGÄNGLIGA ÅTGÄRDER FÖR DE TEKNISKA KARAKTÄRER SOM STUDERAS KOMMER ATT GÖRA DET MÖJLIGT ATT IDENTIFIERA VARIANTER SOM ÄR FÖRKNIPPADE MED DESSA FENOTYPER. SLUTLIGEN KOMMER DET TREDJE MÅLET ATT KARAKTERISERA DÄGGDJURSMIKROBIOTAN HOS ASSAF-FÅREN SOM PROVTAGITS I MÅL 2 GENOM ATT ANALYSERA VARIABILITETEN HOS 16S RRNA-GENEN GENOM SEKVENSERING, SOM SKA ANVÄNDAS FÖR TAXONOMISK FÖRDELNING OCH KVANTIFIERING AV DÄGGDJURSMIKROBIOTA. SYFTET ÄR ATT IDENTIFIERA MIKROBIELLA PROFILER SOM SKULLE KUNNA HA EN POSITIV EFFEKT PÅ MJÖLKENS OSTPRODUKTION. DESSUTOM KOMMER PROVER MED STÖRRE MIKROBIELL VARIABILITET ATT UTSÄTTAS FÖR FULLSTÄNDIG SEKVENSERING AV BAKTERIELLT DNA MED HJÄLP AV EN METAGENOMISK METOD. TILLSAMMANS STRÄVAR PROTMILKOMA MED DE MODERNASTE VERKTYGEN OCH GENOMTEKNIKEN FÖR ATT TILLHANDAHÅLLA PRAKTISKA LÖSNINGAR FÖR MJÖLKFÅRSEKTORN. (Swedish)
18 August 2022
0 references
PRODUCȚIA DE LAPTE DE OAIE ÎN SPANIA REPREZINTĂ 21 % DIN TOTALUL UE, CASTILIA ȘI LEON FIIND REGIUNEA CEA MAI PRODUCĂTOARE ȘI CU CEL MAI MARE RECENSĂMÂNT DIN ȚARA NOASTRĂ. ACEASTĂ PRODUCȚIE ESTE DESTINATĂ APROAPE ÎN ÎNTREGIME FABRICĂRII BRÂNZEI DE CALITATE SUPERIOARĂ, ASTFEL ÎNCÂT CREȘTEREA RANDAMENTULUI BRÂNZEI, CARE DEPINDE ÎN MARE MĂSURĂ DE CONȚINUTUL DE PROTEINE ȘI GRĂSIMI DIN LAPTE, PRECUM ȘI DE PROPRIETĂȚILE SALE DE COAGULARE (PCM), PREZINTĂ UN INTERES MAJOR PENTRU ACEST SECTOR. ACEST PROIECT, PROTMILKOMA, ÎȘI PROPUNE SĂ UTILIZEZE TEHNICA SECVENȚEI DE MASĂ PARALELĂ A TRANSCRIMINOMULUI, SAU ARNSEQ, PENTRU DETECTAREA VARIANTELOR GENETICE CU EFECTE ASUPRA CARACTERELOR PRODUCȚIEI DE LAPTE, ÎN PRINCIPAL PROCENTUL DE PROTEINE (PP) ȘI MCP. ÎN PLUS, PROIECTUL PROPUNE CARACTERIZAREA MICROBIOTEI GLANDEI MAMARE SĂNĂTOASE A OILOR, A CĂROR COMPOZIȚIE ȘI ECHILIBRU POT AFECTA BUNĂSTAREA ȘI PRODUCTIVITATEA ANIMALULUI, PRECUM ȘI CALITATEA ȘI PROPRIETĂȚILE TEHNOLOGICE ALE LAPTELUI PRODUS. ÎN ACEST SCOP, SUNT STABILITE TREI OBIECTIVE SPECIFICE. ÎN PRIMUL A FOST ANALIZAT TRANSCRIPȚIA MAMARĂ A OVINELOR CU FENOTIP DIVERGENT PENTRU PP, EFECTUÂND UN EXPERIMENT DE ARNSEQ ÎN DOUĂ RASE DE OVINE, CHURRA ȘI ASSAF (4 ANIMALE DE MARE PP VS 4 AN. SUB PP, ÎN FIECARE RASĂ). DINTRE TOATE VARIANTELE IDENTIFICATE CU FRECVENȚE EXTREME ÎNTRE CELE DOUĂ GRUPURI, ÎN SPECIAL CELE SITUATE ÎN GENELE CAZEINELOR ȘI PROTEINELOR DIN ZER ȘI CELE ALE GENELOR IDENTIFICATE CA FIIND EXPRIMATE DIFERENȚIAT (DEGS), UN GRUP DE SNP VA FI SELECTAT PENTRU A FI INCLUS ÎNTR-UN CIP CU DENSITATE SCĂZUTĂ, CIPUL DE PROTEINE LACTAT (3,2K), A CĂRUI GENOTIPARE ÎN POPULAȚIILE COMERCIALE (600 CHURRAS ȘI 600 ASSAF) VA SERVI LA CONFIRMAREA POSIBILELOR ASOCIERI CU CARACTERE LACTATE. ÎN AL DOILEA OBIECTIV, ÎN PARALEL, A FOST EFECTUAT UN EXPERIMENT ARNSEQ PENTRU A COMPARA TRANSCRIMINUL MAMAR AL OILOR ASSAF CU FENOTIP EXTREM DIFERIT PENTRU COAGULABILITATEA LAPTELUI ȘI CARACTERISTICILE RANDAMENTULUI BRÂNZEI (4 AN). DE MCP OPTIM VS 4 AN. PCM SĂRACĂ). ÎN ACEST SCOP, SE VA EFECTUA O DETERMINARE A MAI MULTOR PARAMETRI LEGAȚI DE PCM (RCT, K20, A30, A45 ȘI A90, RANDAMENTUL BRÂNZETURILOR, CONȚINUTUL DE CITRAT DE LAPTE ȘI PH-UL). DIN NOU, VARIABILITATEA DIFERITĂ IDENTIFICATĂ ÎN ACEST EXPERIMENT VA SELECTA PSE (SITUATE ÎN GENELE PROTEINELOR DIN LAPTE, ÎN DST ȘI ÎN GENELE TRASEULUI SINTEZEI CITRATULUI) PENTRU A FI INCLUSE ÎN CIPUL DE PROTEINE LACTAT. GENOTIPURILE ACESTUI CIP GENERAT LA 400 DE OI ASSAF CU MĂSURI DISPONIBILE PENTRU CARACTERELE TEHNOLOGICE STUDIATE VOR PERMITE IDENTIFICAREA VARIANTELOR ASOCIATE CU ACESTE FENOTIPURI. ÎN CELE DIN URMĂ, CEL DE-AL TREILEA OBIECTIV VA CARACTERIZA MICROBIOTA MAMARĂ A OILOR ASSAF EȘANTIONATE ÎN OBIECTIVUL 2, ANALIZÂND VARIABILITATEA GENEI ARNR 16S PRIN SECVENȚIERE, CARE URMEAZĂ SĂ FIE UTILIZATĂ PENTRU ALOCAREA TAXONOMICĂ ȘI CUANTIFICAREA MICROBIOTEI MAMARE. SCOPUL ESTE DE A IDENTIFICA PROFILURILE MICROBIENE CARE AR PUTEA AVEA UN EFECT POZITIV ASUPRA PRODUCȚIEI DE BRÂNZĂ A LAPTELUI. ÎN PLUS, PROBELE CU O VARIABILITATE MICROBIANĂ MAI MARE VOR FI SUPUSE SECVENȚIERII COMPLETE A ADN-ULUI BACTERIAN UTILIZÂND O ABORDARE METAGENOMICĂ. ÎMPREUNĂ, PROTMILKOMA ÎȘI PROPUNE, PRIN CELE MAI MODERNE INSTRUMENTE ȘI TEHNOLOGII GENOMICE, SĂ OFERE SOLUȚII PRACTICE SECTORULUI OILOR DE LAPTE. (Romanian)
18 August 2022
0 references
PROIZVODNJA OVČJEGA MLEKA V ŠPANIJI PREDSTAVLJA 21 % CELOTNE EU, PRI ČEMER STA REGIJA KASTILJA IN LEON NAJBOLJ PRIDELOVALNA REGIJA IN IMATA NAJVIŠJI POPIS V NAŠI DRŽAVI. TA PROIZVODNJA JE SKORAJ V CELOTI NAMENJENA PROIZVODNJI VISOKOKAKOVOSTNEGA SIRA, ZATO JE POVEČANJE DONOSA SIRA, KI JE ZELO ODVISNO OD VSEBNOSTI BELJAKOVIN IN MAŠČOB V MLEKU TER NJEGOVIH KOAGULACIJSKIH LASTNOSTI, ZA TA SEKTOR ZELO ZANIMIVO. NAMEN TEGA PROJEKTA, PROTMILKOMA, JE UPORABITI TEHNIKO VZPOREDNEGA MASNEGA ZAPOREDJA TRANSKRIPTOMA ALI RNASEQ ZA ODKRIVANJE GENETSKIH RAZLIČIC, KI VPLIVAJO NA LASTNOSTI MLEČNE PROIZVODNJE, PREDVSEM ODSTOTEK BELJAKOVIN (PP) IN MCP. POLEG TEGA PROJEKT PREDLAGA OPREDELITEV MIKROBIOTE ZDRAVE DOJKE OVC, KATERIH SESTAVA IN RAVNOTEŽJE LAHKO VPLIVATA NA DOBRO POČUTJE IN PRODUKTIVNOST ŽIVALI TER NA KAKOVOST IN TEHNOLOŠKE LASTNOSTI PROIZVEDENEGA MLEKA. V TA NAMEN SO DOLOČENI TRIJE POSEBNI CILJI. V PRVEM JE BIL ANALIZIRAN MLEČNI TRANSKRIPTOM OVC Z RAZLIČNIMI FENOTIPOM ZA PP, PRI ČEMER JE BIL OPRAVLJEN POSKUS RNASEQ V DVEH PASMAH OVC, CHURRA IN ASSAF (4 ŽIVALI Z VISOKIM PP VS 4 AN. POD PP, V VSAKI PASMI). MED VSEMI RAZLIČICAMI, OPREDELJENIMI S SKRAJNIMI FREKVENCAMI MED OBEMA SKUPINAMA, ZLASTI TISTIMI, KI SE NAHAJAJO V GENIH KAZEINOV IN PROTEINOV SIROTKE, TER GENOV, KI SO OPREDELJENI KOT DIFERENCIALNO IZRAŽENI (DEGS), BO SKUPINA SNP IZBRANA ZA VKLJUČITEV V ČIP Z NIZKO GOSTOTO, MLEČNI PROTEIN-ČIP (3.2K), KATEREGA GENOTIPIZACIJA V KOMERCIALNIH POPULACIJAH (600 CHURRAS IN 600 ASSAF) BO SLUŽILA ZA POTRDITEV MOREBITNIH POVEZAV Z MLEČNIMI ZNAKI. V DRUGEM CILJU JE BIL VZPOREDNO IZVEDEN POSKUS RNASEQ ZA PRIMERJAVO MLEČNIH TRANSKRIPTOMOV OVC ASSAF Z RAZLIČNIMI EKSTREMNIMI FENOTIPI ZA KOAGULACIJO MLEKA IN ZNAKI ZA DONOS SIRA (4 AN. OPTIMALNEGA MCP V PRIMERJAVI S 4 AN. SLABEGA PCM). V TA NAMEN SE BO DOLOČILO VEČ PARAMETROV, POVEZANIH Z MCP (RCT, K20, A30, A45 IN A90, DONOS SIRA, VSEBNOST MLEČNEGA CITRATA IN PH). ŠE ENKRAT, RAZLIČNA VARIABILNOST, UGOTOVLJENA V TEM POSKUSU, BO IZBRALA SNP (KI SE NAHAJAJO V GENIH MLEČNIH BELJAKOVIN, V SDR IN GENIH POTI SINTEZE CITRATA), KI BODO VKLJUČENI V ČIP MLEČNE BELJAKOVINE. GENOTIPI TEGA ČIPA, USTVARJENEGA V 400 ASSAF OVCAH Z UKREPI, KI SO NA VOLJO ZA TEHNOLOŠKE ZNAKE V ŠTUDIJI, BODO OMOGOČILI IDENTIFIKACIJO RAZLIČIC, POVEZANIH S TEMI FENOTIPI. POLEG TEGA BO TRETJI CILJ OPREDELIL MAMARNO MIKROBIOTO OVC ASSAF, VZORČENIH V OKVIRU CILJA 2, Z ANALIZO VARIABILNOSTI GENA 16S RRNA S SEKVENCIRANJEM, KI SE BO UPORABIL ZA TAKSONOMSKO DODELITEV IN KOLIČINSKO OPREDELITEV MIKROBIOT MLEČNIH MIKROBIOT. CILJ JE OPREDELITI MIKROBNE PROFILE, KI BI LAHKO POZITIVNO VPLIVALI NA DONOS SIRA V MLEKU. POLEG TEGA BODO VZORCI Z VEČJO MIKROBNO VARIABILNOSTJO PODVRŽENI POPOLNEMU ZAPOREDJU BAKTERIJSKE DNK Z METAGENOMSKIM PRISTOPOM. CILJ PROJEKTA PROTMILKOMA JE Z NAJSODOBNEJŠIMI ORODJI IN GENOMSKIMI TEHNOLOGIJAMI ZAGOTOVITI PRAKTIČNE REŠITVE ZA SEKTOR OVČJEREJE MOLZNICE. (Slovenian)
18 August 2022
0 references
PRODUKCJA MLEKA OWCZEGO W HISZPANII STANOWI 21 % CAŁEJ UE, PRZY CZYM REGION KASTYLIA I LEON SĄ NAJBARDZIEJ PRODUKCYJNYM REGIONEM I MAJĄ NAJWYŻSZY SPIS W NASZYM KRAJU. PRODUKCJA TA JEST PRZEZNACZONA NIEMAL W CAŁOŚCI DO PRODUKCJI SERA WYSOKIEJ JAKOŚCI, W ZWIĄZKU Z CZYM WZROST WYDAJNOŚCI SERA, W DUŻYM STOPNIU ZALEŻNY OD ZAWARTOŚCI BIAŁKA I TŁUSZCZU W MLEKU, A TAKŻE JEGO WŁAŚCIWOŚCI KRZEPNIĘCIA (MCP), JEST BARDZO INTERESUJĄCY DLA TEGO SEKTORA. TEN PROJEKT, PROTMILKOMA, MA NA CELU WYKORZYSTANIE TECHNIKI RÓWNOLEGŁEJ SEKWENCJI MASY TRANSKRYPTOMU, CZYLI RNASEQ, DO WYKRYWANIA WARIANTÓW GENETYCZNYCH MAJĄCYCH WPŁYW NA POSTAĆ PRODUKCJI MLECZNEJ, GŁÓWNIE PROCENT BIAŁKA (PP) I MCP. PONADTO W PROJEKCIE PROPONUJE SIĘ SCHARAKTERYZOWANIE MIKROBIOTY ZDROWYCH GRUCZOŁÓW PIERSIOWYCH OWIEC, KTÓRYCH SKŁAD I RÓWNOWAGA MOGĄ WPŁYWAĆ NA DOBROSTAN I WYDAJNOŚĆ ZWIERZĘCIA, A TAKŻE NA JAKOŚĆ I WŁAŚCIWOŚCI TECHNOLOGICZNE PRODUKOWANEGO MLEKA. W TYM CELU WYZNACZONO TRZY CELE SZCZEGÓŁOWE. W PIERWSZYM PRZEANALIZOWANO TRANSKRYPCJĘ SUTKOWĄ OWIEC Z ROZBIEŻNYM FENOTYPEM DLA PP, WYKONUJĄC EKSPERYMENT RNASEQ W DWÓCH RASACH OWIEC, CHURRA I ASSAF (4 ZWIERZĘTA O WYSOKIEJ PP VS 4 AN. PONIŻEJ PP, W KAŻDEJ RASIE). SPOŚRÓD WSZYSTKICH WARIANTÓW IDENTYFIKOWANYCH ZE SKRAJNYMI CZĘSTOTLIWOŚCIAMI MIĘDZY OBIEMA GRUPAMI, ZWŁASZCZA TYCH, KTÓRE ZNAJDUJĄ SIĘ W GENACH KAZEIN I BIAŁEK SERWATKI ORAZ GENÓW OKREŚLONYCH JAKO WYKAZANE RÓŻNICOWO (DEGS), GRUPA SNP ZOSTANIE WYBRANA DO WŁĄCZENIA DO CHIPA O NISKIEJ GĘSTOŚCI, CHIP MLEKA (3.2K), KTÓREGO GENOTYPOWANIE W POPULACJACH KOMERCYJNYCH (600 CHURRAS I 600 ASSAF) POSŁUŻY DO POTWIERDZENIA EWENTUALNYCH POWIĄZAŃ Z POSTACIAMI MLECZARSKIMI. W DRUGIM CELU RÓWNOLEGLE PRZEPROWADZONO EKSPERYMENT RNASEQ, ABY PORÓWNAĆ TRANSKRYPCJĘ SUTKOWĄ OWIEC ASSAF Z ROZBIEŻNYM EKSTREMALNYM FENOTYPEM DLA KOAGULOWALNOŚCI MLEKA I ZNAKÓW WYDAJNOŚCI SERA (4 AN. OPTYMALNEGO MCP VS 4 A. SŁABEGO PCM). W TYM CELU NALEŻY OKREŚLIĆ KILKA PARAMETRÓW ZWIĄZANYCH Z MCP (RCT, K20, A30, A45 I A90, WYDAJNOŚĆ SERA, ZAWARTOŚĆ CYTRYNIANU MLEKA I PH). PONOWNIE, ROZBIEŻNA ZMIENNOŚĆ ZIDENTYFIKOWANA W TYM EKSPERYMENCIE WYBIERZE SNPS (ZNAJDUJĄCE SIĘ W GENACH BIAŁEK MLEKA, W SDR I GENACH DROGI SYNTEZY CYTRYNIANU), KTÓRE MAJĄ ZOSTAĆ WŁĄCZONE DO CHIPA MLECZNEGO. GENOTYPY TEGO CHIPA WYGENEROWANE W 400 OWIEC ASSAF ZE ŚRODKAMI DOSTĘPNYMI DLA BADANYCH POSTACI TECHNOLOGICZNYCH POZWOLĄ ZIDENTYFIKOWAĆ WARIANTY ZWIĄZANE Z TYMI FENOTYPAMI. WRESZCIE TRZECI CEL SCHARAKTERYZUJE MIKROBIOTĘ SUTKOWĄ OWIEC Z ASSAF, Z KTÓRYCH POBRANO PRÓBKI W RAMACH CELU 2, POPRZEZ ANALIZĘ ZMIENNOŚCI GENU 16S RRNA POPRZEZ SEKWENCJONOWANIE, KTÓRY MA BYĆ STOSOWANY DO ALOKACJI TAKSONOMICZNEJ I OZNACZANIA ILOŚCIOWEGO MIKROBIOTY SUTKOWEJ. CELEM JEST OKREŚLENIE PROFILI MIKROBIOLOGICZNYCH, KTÓRE MOGŁYBY MIEĆ POZYTYWNY WPŁYW NA WYDAJNOŚĆ SERA W MLEKU. PONADTO PRÓBKI O WIĘKSZEJ ZMIENNOŚCI DROBNOUSTROJÓW ZOSTANĄ PODDANE CAŁKOWITEMU SEKWENCJONOWANIU DNA BAKTERYJNEGO PRZY UŻYCIU PODEJŚCIA METAGENOMICZNEGO. WSPÓLNIE PROTMILKOMA MA NA CELU, POPRZEZ NAJNOWOCZEŚNIEJSZE NARZĘDZIA I TECHNOLOGIE GENOMOWE, DOSTARCZENIE PRAKTYCZNYCH ROZWIĄZAŃ DLA SEKTORA OWIEC MLECZNYCH. (Polish)
18 August 2022
0 references
León
0 references
21 December 2023
0 references
Identifiers
AGL2015-66035-R
0 references