Antisense transcription requirement for plant external environment sensing. (Q84239)
Jump to navigation
Jump to search
Project Q84239 in Poland
| Language | Label | Description | Also known as |
|---|---|---|---|
| English | Antisense transcription requirement for plant external environment sensing. |
Project Q84239 in Poland |
Statements
3,500,000.0 zloty
0 references
3,500,000.0 zloty
0 references
1 December 2017
0 references
30 November 2020
0 references
INSTYTUT BIOCHEMII I BIOFIZYKI POLSKIEJ AKADEMII NAUK
0 references
Eukaryotic genomes including plants are pervasively transcribed producing a myriad of non-protein-coding RNA transcripts (ncRNA), including antisense transcripts. Although the prevalent nature of antisense transcription is now well accepted, its functional consequence is much less appreciated. In this application we propose existence of a novel, generic mechanism of Arabidopsis gene regulation by long, non-protein-coding antisense transcription in response to external environment. We will combine an in-depth analysis of antisense transcription absolute requirement for regulation by external signals, of a master regulator of seed dormancy - DOG1 with several, genome-wide approaches to test the proposed mechanism. Finally we will explore the mechanistic aspects of how DOG1 protein controls plant stress response. (Polish)
0 references
Eukaryotic genomes including plants are pervasively transcribed producing a myriad of non-protein-coding RNA transcripts (ncRNA), including antisense transcripts. Although the prevalent nature of antisense transcription is now well accepted, its functional consequence is much less appreciated. In this application we propose existence of a novel, generic mechanism of Arabidopsis gene regulation by long, non-protein-coding antisense transcription in response to external environment. We will combine an in-depth analysis of antisense transcription absolute requirement for regulation by external signals, of a master regulator of seed dormancy – DOG1 with several, genome-wide approaches to test the proposed mechanism. Finally we will explore the mechanistic aspects of how DOG1 protein controls plant stress response. (English)
14 October 2020
0 references
Les génomes eucaryotes, y compris les plantes, sont largement transcrits, produisant une myriade de transcriptions d’ARN non codés par des protéines (ARNnc), y compris des transcriptions antisens. Bien que la nature prédominante de la transcription antisens soit maintenant bien acceptée, sa conséquence fonctionnelle est beaucoup moins appréciée. Dans cette application, nous proposons l’existence d’un nouveau mécanisme générique de régulation des gènes d’Arabidopsis par transcription antisens longue et non protéique en réponse à un environnement externe. Nous allons combiner une analyse approfondie de l’exigence absolue de transcription antisens pour la régulation par des signaux externes, d’un régulateur maître de la dormance des semences — DOG1 avec plusieurs approches à l’échelle du génome pour tester le mécanisme proposé. Enfin, nous explorerons les aspects mécaniques de la façon dont la protéine DOG1 contrôle la réponse au stress des plantes. (French)
30 November 2021
0 references
Eukaryotische Genome, einschließlich Pflanzen, werden durchdringend transkribiert und produzieren eine Vielzahl von RNA Transcripts (ncRNA), einschließlich Antisense Transcripts. Obwohl die vorherrschende Natur der Antisense-Transkription jetzt gut akzeptiert wird, wird ihre funktionelle Konsequenz viel weniger geschätzt. In dieser Anwendung schlagen wir die Existenz eines neuartigen, generischen Mechanismus der Arabidopsis Genregulierung durch lange, nicht-eiweiß-kodierende Antisense Transkription als Reaktion auf externe Umgebung vor. Wir werden eine eingehende Analyse der absoluten Antisense Transkriptionspflicht für die Regulierung durch externe Signale, eines Masterregulators für Saatgutruhe – DOG1 mit mehreren genomweiten Ansätzen zur Prüfung des vorgeschlagenen Mechanismus kombinieren. Abschließend werden wir die mechanischen Aspekte untersuchen, wie DOG1-Protein die Reaktion auf Pflanzenstress kontrolliert. (German)
7 December 2021
0 references
Eukaryotic genoom waaronder planten worden doordringend getranscribeerd producerend een groot aantal niet-eiwit-coderende RNA Transcripts (ncRNA), met inbegrip van antisense Transcripts. Hoewel de overheersende aard van antisense transcriptie nu goed wordt geaccepteerd, wordt de functionele consequentie veel minder gewaardeerd. In deze toepassing stellen we het bestaan voor van een nieuw, generiek mechanisme van Arabidopsis genregulering door lange, niet-eiwitcoderende antisense transcriptie in reactie op externe omgeving. We zullen een diepgaande analyse van antisense transcriptie absolute vereiste voor regulering door externe signalen, van een master regulator van zaad dormancy — DOG1 combineren met verschillende, genoom-brede benaderingen om het voorgestelde mechanisme te testen. Tot slot zullen we de Mechanistische aspecten onderzoeken van hoe DOG1 eiwit de reactie op plantenstress controleert. (Dutch)
16 December 2021
0 references
I genomi eucariotici comprese le piante sono trascritti in modo pervasivo producendo una miriade di trascrizioni RNA non codificanti (ncRNA), comprese le trascrizioni antisense. Anche se la natura prevalente della trascrizione antisense è ormai ben accettata, la sua conseguenza funzionale è molto meno apprezzata. In questa applicazione proponiamo l'esistenza di un meccanismo nuovo e generico di regolazione genica Arabidopsis da lunga, non-proteina-coding antisense trascrizione in risposta all'ambiente esterno. Uniremo un'analisi approfondita del requisito assoluto di trascrizione antisense per la regolazione da parte di segnali esterni, di un regolatore master della dormienza dei semi — DOG1 con diversi approcci a livello genoma per testare il meccanismo proposto. Infine esamineremo gli aspetti meccanici di come la proteina DOG1 controlla la risposta allo stress delle piante. (Italian)
16 January 2022
0 references
Los genomas eucariotas, incluidas las plantas, se transcriben de forma generalizada produciendo una miríada de transcripciones de ARN que no codifican proteínas (ncRNA), incluyendo transcripciones antisentidos. Aunque la naturaleza prevalente de la transcripción antisentido es ahora bien aceptada, su consecuencia funcional es mucho menos apreciada. En esta aplicación proponemos la existencia de un mecanismo novedoso y genérico de regulación genética de Arabidopsis mediante una larga transcripción antisentido que no codifica proteicas en respuesta al entorno externo. Combinaremos un análisis en profundidad del requisito absoluto de transcripción antisentido para la regulación por señales externas, de un regulador maestro de la dormancia de semillas — DOG1 con varios enfoques genomas para probar el mecanismo propuesto. Finalmente exploraremos los aspectos mecánicos de cómo la proteína DOG1 controla la respuesta al estrés de las plantas. (Spanish)
19 January 2022
0 references
Eukarüootilised genoomid, sealhulgas taimed, transkribeeritakse, tekitades hulgaliselt mittevalgulisi RNA transkripte (ncRNA), sealhulgas antisense transkripte. Kuigi antisensi transkriptsiooni valdav iseloom on nüüd hästi aktsepteeritud, on selle funktsionaalne tagajärg palju vähem hinnatud. Selles taotluses teeme ettepaneku, et on olemas uudne, üldine mehhanism Arabidopsis geeni reguleerimine pika, mitte-valgu-kodeeriva antisense transkriptsiooni vastuseks väliskeskkonnale. Me ühendame süvaanalüüsi antisense transkriptsiooni absoluutse nõude reguleerimiseks väliste signaalide abil, seemnete puhkeoleku pearegulaatorist DOG1 mitme genoomiülese lähenemisviisiga, et katsetada kavandatud mehhanismi. Lõpuks uurime mehaanilisi aspekte, kuidas DOG1 valgu kontrolli taimede stressile reageerib. (Estonian)
13 August 2022
0 references
Eukariotiniai genomai, įskaitant augalus, yra plačiai transkribuojami, gaminantys daugybę nebaltymų kodavimo RNR transkriptų (ncRNR), įskaitant antisense transkriptus. Nors paplitęs antisense transkripcijos pobūdis dabar yra gerai priimtas, jo funkcinė pasekmė yra daug mažiau vertinama. Šioje paraiškoje siūlome sukurti naują, bendrinį arabidopsio genų reguliavimo mechanizmą, ilgą, nebaltymų kodavimą antisense transkripcija, reaguojant į išorinę aplinką. Mes sujungsime išsamią antisense transkripcijos absoliutaus reikalavimo reguliuoti išorinius signalus, pagrindinio sėklų ramybės reguliatoriaus â EUR DOG1 analizę su keliais, genomo masto metodais, skirtais išbandyti siūlomą mechanizmą. Galiausiai mes išnagrinėsime mechanistinius aspektus, kaip DOG1 baltymas kontroliuoja augalų streso atsaką. (Lithuanian)
13 August 2022
0 references
Eukariotski genomi, uključujući biljke, sveprisutni su transkripcijama koje proizvode brojne RNK transkripte koji nisu kodirani proteinima (ncRNA), uključujući transkripte antisense. Iako je raširena priroda transkripcije antisense sada dobro prihvaćena, njegova funkcionalna posljedica mnogo je manje cijenjena. U ovoj primjeni predlažemo postojanje novog, generičkog mehanizma regulacije gena Arabidopsis dugim antisense transkripcijom bez kodiranja proteina kao odgovor na vanjsku okolinu. Kombinirat ćemo dubinsku analizu transkripcije antisense apsolutne zahtjeve za regulaciju vanjskim signalima, glavnog regulatora mirovanja sjemena â EUR DOG1 s nekoliko pristupa na razini genoma za testiranje predloženog mehanizma. Konačno ćemo istražiti mehanističke aspekte kako DOG1 protein kontrolira odgovor na stres biljaka. (Croatian)
13 August 2022
0 references
Τα ευκαρυωτικά γονιδιώματα, συμπεριλαμβανομένων των φυτών, μεταγράφονται διάχυτα παράγοντας μυριάδες μη πρωτεϊνικών μεταγραφών RNA (ncRNA), συμπεριλαμβανομένων αντιαισθητικών μεταγραφών. Αν και η διαδεδομένη φύση της μεταγραφής κατά του αισθήματος είναι πλέον καλά αποδεκτή, οι λειτουργικές συνέπειές της είναι πολύ λιγότερο ευπρόσδεκτες. Σε αυτή την αίτηση προτείνουμε την ύπαρξη ενός νέου, γενικού μηχανισμού ρύθμισης των γονιδίων Arabidopsis με μακρόχρονη, μη πρωτεϊνική μεταγραφή αντιαισθητικής μεταγραφής ως απάντηση στο εξωτερικό περιβάλλον. Θα συνδυάσουμε μια σε βάθος ανάλυση της αντιαισθητικής μεταγραφής απόλυτη απαίτηση για ρύθμιση από εξωτερικά σήματα, ενός κύριου ρυθμιστή της λήθαργος σπόρου â EUR DOG1 με αρκετές, γονιδιωματικές προσεγγίσεις για τη δοκιμή του προτεινόμενου μηχανισμού. Τέλος, θα διερευνήσουμε τις μηχανιστικές πτυχές του τρόπου με τον οποίο η πρωτεΐνη DOG1 ελέγχει την αντίδραση στο στρες των φυτών. (Greek)
13 August 2022
0 references
Eukaryotické genómy vrátane rastlín sú prenikavo prepísané, čím sa vytvára nespočetné množstvo nekódovaných RNA transkriptov (ncRNA) vrátane antisense prepisov. Hoci prevládajúci charakter antisense prepisu je teraz dobre akceptovaný, jeho funkčný dôsledok je oveľa menej oceňovaný. V tejto aplikácii navrhujeme existenciu nového všeobecného mechanizmu regulácie génov Arabidopsis dlhým, nekódujúcim antisense prepisom v reakcii na vonkajšie prostredie. Skombinujeme hĺbkovú analýzu antisense transkripcie absolútnej požiadavky na reguláciu externými signálmi, hlavného regulátora dormancy semien â EUR DOG1 s niekoľkými, celogenómovými prístupmi na testovanie navrhovaného mechanizmu. Nakoniec preskúmame mechanické aspekty toho, ako proteín DOG1 riadi reakciu na stres rastlín. (Slovak)
13 August 2022
0 references
Eukaryoottiset genomit, kasvit mukaan lukien, transkriptioidaan kauttaaltaan ja tuottavat lukemattomia RNA-kopioita (ncRNA), mukaan lukien antisense-kopiot. Vaikka antisense transkriptio on nyt hyvin hyväksytty, sen toiminnallinen seuraus on paljon vähemmän arvostettu. Tässä hakemuksessa ehdotamme, että arabiidopsis-geenin säätelyyn käytetään uutta geneeristä mekanismia, jossa käytetään pitkää, proteiinitonta antisense-transkriptiota vastauksena ulkoiseen ympäristöön. Yhdistämme perusteellisen analyysin antisense transkriptio ehdoton vaatimus sääntelyä ulkoisten signaalien, master säädin siementen lepotila â EUR DOG1 useita, genomin laajuinen lähestymistapoja testata ehdotettu mekanismi. Lopuksi tutkimme mekanistisia näkökohtia siitä, miten DOG1-proteiini ohjaa kasvien stressiä. (Finnish)
13 August 2022
0 references
Az eukarióta genomokat, beleértve a növényeket is, széles körben átírják, és számtalan nem fehérjekódoló RNS transzkriptát (ncRNS) állítanak elő, beleértve az antisense transzkriptákat is. Bár az antisense transzkripció elterjedt természete mára jól elfogadott, funkcionális következménye sokkal kevésbé értékelt. Ebben az alkalmazásban azt javasoljuk, hogy létezik egy új, általános mechanizmusa Arabidopsis gén szabályozás hosszú, nem fehérjekódoló antisense transzkripció válaszul a külső környezetre. Kombináljuk az antisense transzkripció abszolút követelményének a külső jelek által történő szabályozására vonatkozó mélyreható elemzést, a mag nyugvóképességének fő szabályozóját a DOG1 számos, genom-szintű megközelítéssel a javasolt mechanizmus tesztelésére. Végül megvizsgáljuk, hogy a DOG1 fehérje hogyan szabályozza a növényi stressz választ. (Hungarian)
13 August 2022
0 references
Eukaryotické genomy včetně rostlin jsou všudypřítomně přepisovány a produkují nesčetné množství RNA transkriptů nekódujících proteinů (ncRNA), včetně přepisů antisense. Přestože převládající povaha antisense transkripce je nyní dobře akceptována, jeho funkční důsledek je mnohem méně ceněn. V této aplikaci navrhujeme existenci nového, generického mechanismu regulace genu Arabidopsis dlouhým, nekódujícím antisense transkripcí v reakci na vnější prostředí. Budeme kombinovat hloubkovou analýzu antisense transkripce absolutní požadavek na regulaci externími signály, hlavního regulátoru semínka â EUR DOG1 s několika, genom-široké přístupy k testování navrhovaného mechanismu. Nakonec prozkoumáme mechanistické aspekty toho, jak protein DOG1 řídí reakci na stres rostlin. (Czech)
13 August 2022
0 references
Eukaryotiskie genomi, tostarp augi, ir plaši transkribēti, radot neskaitāmus bezproteīnu kodēšanas RNS transkriptus (ncRNS), tostarp antisense transkriptus. Lai gan antisensa transkripcijas dominējošais raksturs tagad ir labi pieņemts, tā funkcionālās sekas ir daudz mazāk novērtētas. Šajā pieteikumā mēs ierosinām, ka pastāv jauns, vispārējs Arabidopsis gēnu regulēšanas mehānisms ar ilgu, bez proteīnu kodēšanas antisense transkripciju, reaģējot uz ārējo vidi. Mēs apvienosim padziļinātu analīzi par antisense transkripcijas absolūto prasību regulēšanu ar ārējiem signāliem, par galveno regulatoru sēklu miera â EUR DOG1 ar vairākām, genoma mēroga pieejas, lai pārbaudītu ierosināto mehānismu. Visbeidzot mēs pētīsim mehāniskus aspektus, kā DOG1 proteīns kontrolē augu stresa reakciju. (Latvian)
13 August 2022
0 references
Genomes eukaryotic lena n-áirítear plandaí atá tras-scríofa pervasively tháirgeadh iliomad tras-scríbhinní RNA neamh-próitéin-chódú (ncRNA), lena n-áirítear tras-scríbhinní antisense. Cé go nglactar go maith anois le nádúr leitheadach an tras-scríofa antisense, tá a iarmhairt fheidhmiúil i bhfad níos lú buíoch. San iarratas seo, molaimid meicníocht nua, cineálach de rialachán géine Arabidopsis a bheith ann trí thras-scríobh frith-chomhdaithe fada neamhphróitéine mar fhreagairt ar an timpeallacht sheachtrach. Cuirfimid le chéile anailís dhomhain ar an tras-scríobh ceanglas absalóideach antisense do rialáil ag comharthaí seachtracha, de rialtóir máistir dormancy síol â EUR OG1 le roinnt, cur chuige genome-leathan a thástáil an mheicníocht atá beartaithe. Ar deireadh déanfaimid iniúchadh a dhéanamh ar na gnéithe meicníoch ar conas rialuithe próitéin DOG1 freagra strus plandaí. (Irish)
13 August 2022
0 references
Evkariontski genomi, vključno z rastlinami, se splošno prepisujejo in proizvajajo nešteto transkriptov RNK, ki ne vsebujejo beljakovin, vključno z antisense transkripti. Čeprav je razširjena narava antisense transkripcije zdaj dobro sprejeta, je njegova funkcionalna posledica veliko manj cenjena. V tej vlogi predlagamo obstoj novega, generičnega mehanizma regulacije genov Arabidopsis z dolgim, nebeljakovinsko-kodiranjem antisense transkripcije v odziv na zunanje okolje. Združili bomo poglobljeno analizo antisense transkripcija absolutno zahtevo za regulacijo z zunanjimi signali, glavnega regulatorja semena mirujočega semena â EUR DOG1 z več, genom celotne pristope za testiranje predlaganega mehanizma. Na koncu bomo raziskali mehanistične vidike, kako DOG1 beljakovin nadzira odziv stresa rastlin. (Slovenian)
13 August 2022
0 references
Еукариотните геноми, включително растенията, се транскрибират повсеместно и произвеждат безброй непротеиново кодиращи РНК преписи (ncRNA), включително антисенсмислени преписи. Въпреки че преобладаващата природа на антисенсната транскрипция вече е добре приета, неговите функционални последици са много по-малко ценени. В това приложение предлагаме съществуването на нов, генеричен механизъм на регулация на арабидопсис ген чрез дълга, не-протеиново-кодираща антисенс транскрипция в отговор на външна среда. Ние ще съчетаем задълбочен анализ на антисенс транскрипция абсолютно изискване за регулиране от външни сигнали, на главен регулатор на семената сънливост â EUR DOG1 с няколко, геномни подходи за тестване на предложения механизъм. Накрая ще проучим механичните аспекти на начина, по който DOG1 протеин контролира реакцията на растителния стрес. (Bulgarian)
13 August 2022
0 references
Il-ġenomi ewkarjotiċi inklużi l-pjanti huma traskriti b’mod pervażiv u jipproduċu għadd kbir ta’ traskrizzjonijiet tal-RNA li ma jikkodifikawx il-proteini (ncRNA), inklużi traskrizzjonijiet kontra s-sens. Għalkemm in-natura prevalenti tat-traskrizzjoni antisense issa hija aċċettata sew, il-konsegwenza funzjonali tagħha hija ħafna inqas apprezzata. F’din l-applikazzjoni nipproponu l-eżistenza ta’ mekkaniżmu ġeneriku ġdid tar-regolamentazzjoni tal-ġene Għarbi permezz ta’ traskrizzjoni twila kontra s-sensi kontra l-kodifikazzjoni tal-proteini b’reazzjoni għall-ambjent estern. Aħna se tgħaqqad analiżi fil-fond ta ‘rekwiżit assolut antisense traskrizzjoni għar-regolament minn sinjali esterni, ta’ regolatur kaptan ta ‘żerriegħa dormancy â EUR DOG1 ma’ diversi, approċċi ġenoma wiesgħa biex jittestjaw il-mekkaniżmu propost. Fl-aħħar nett se nesploraw l-aspetti mekkanistiċi ta’ kif ir-rispons tal-istress tal-pjanti ta’ DOG1 jikkontrolla l-proteini. (Maltese)
13 August 2022
0 references
Genomas eucarióticos, incluindo plantas, são transcritos de forma generalizada, produzindo uma miríade de transcrições de RNA não codificadoras de proteínas (ncRNA), incluindo transcrições antisenses. Embora a natureza prevalente da transcrição antissensível seja agora bem aceita, sua consequência funcional é muito menos apreciada. Nesta aplicação, propomos a existência de um novo mecanismo genérico de regulação do gene Arabidopsis por transcrição antissensense longa e não-codificante em resposta ao ambiente externo. Combinaremos uma análise aprofundada do requisito absoluto de transcrição antisense para regulação por sinais externos, de um regulador mestre da dormência das sementes âEUR DOG1 com várias abordagens genômicas para testar o mecanismo proposto. Finalmente, exploraremos os aspetos mecanicistas de como a proteína DOG1 controla a resposta ao estresse da planta. (Portuguese)
13 August 2022
0 references
Eukaryotiske genomer, herunder planter, transskriberes gennemgående og producerer et utal af ikke-proteinkodende RNA-udskrifter (ncRNA), herunder antisense-udskrifter. Selv om den fremherskende karakter af antisense transskription nu er godt accepteret, dens funktionelle konsekvens er langt mindre værdsat. I denne ansøgning foreslår vi eksistensen af en ny, generisk mekanisme for Arabidopsis genregulering ved lang, ikke-protein-kodning antisense transkription som reaktion på eksterne miljøer. Vi vil kombinere en dybdegående analyse af antisense transskription absolut krav til regulering af eksterne signaler, af en master regulator af frø dormancy â EUR DOG1 med flere, genom-dækkende tilgange til at teste den foreslåede mekanisme. Endelig vil vi undersøge de mekanistiske aspekter af, hvordan DOG1 protein styrer plantens stressrespons. (Danish)
13 August 2022
0 references
Genomii eucariotici, inclusiv plantele, sunt transcriși pervaziv, producând o multitudine de transcrieri ale ARN-ului care nu conțin cod proteic (ARNC), inclusiv transcrieri antisens. Deși caracterul predominant al transcrierii antisens este acum bine acceptat, consecința sa funcțională este mult mai puțin apreciată. In aceasta aplicatie propunem existenta unui nou mecanism generic de reglare a genelor Arabidopsis prin transcrierea antisens lunga, non-proteina, ca raspuns la mediul extern. Vom combina o analiză aprofundată a cerinței absolute de reglementare a transcripției antisens prin semnale externe, a unui regulator master al latenței semințelor â EUR DOG1 cu mai multe abordări genomice pentru a testa mecanismul propus. În cele din urmă vom explora aspectele mecanice ale modului în care DOG1 controlează răspunsul la stresul plantelor. (Romanian)
13 August 2022
0 references
Eukaryotic genom inklusive växter transkriberas genomgående producerar en myriad av icke-proteinkodande RNA-transkript (ncRNA), inklusive antisense transkript. Även om den utbredda naturen av antisense transkription är nu väl accepterad, är dess funktionella konsekvens mycket mindre uppskattad. I denna ansökan föreslår vi att det finns en ny, generisk mekanism för Arabidopsis genreglering genom lång, icke-proteinkodande antisense transkription som svar på yttre miljö. Vi kommer att kombinera en djupgående analys av antisense transkription absolut krav på reglering av externa signaler, av en huvudregulator av utsäde dormancy â EUR DOG1 med flera, genom-omfattande metoder för att testa den föreslagna mekanismen. Slutligen kommer vi att undersöka de mekanistiska aspekterna av hur DOG1-protein styr växtstressresponsen. (Swedish)
13 August 2022
0 references
Identifiers
POIR.04.04.00-00-3C97/16
0 references