Targeted exonic next generation sequencing for the molecular diagnosis and cell free tumor DNA analysis as screening method for patients with DLBCL. (Q3141608)
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Project Q3141608 in Spain
| Language | Label | Description | Also known as |
|---|---|---|---|
| English | Targeted exonic next generation sequencing for the molecular diagnosis and cell free tumor DNA analysis as screening method for patients with DLBCL. |
Project Q3141608 in Spain |
Statements
40,750.0 Euro
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81,500.0 Euro
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50.0 percent
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1 January 2017
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31 March 2020
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FUNDACION INSTITUTO DE INVESTIGACION MARQUES DE VALDECILLA (IDIVAL)
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43°27'43.34"N, 3°48'35.89"W
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39075
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The aim of this Project is to characterize the genetic profile of a selected series of diffuse large B cell lymphoma patient samples by means of targeted exonic next generation sequencing. Diagnostic samples (tumor and normal DNA) from patients involved in three different clinical trials and a retrospective series of plasmablastic lymphoma cases will be analyzed using a targeted next generation sequencing approach, in order to identify markers associated with response to therapy. The samples are provided by three clinical trials from GELTAMO group (GEL-BRCAP21 (Nº EudraCT: 2012-005138-12), GEL-RCOMP 2013 (Nº EudraCT: 2013-001065-17) and LR-ESHAP (Nº EudraCT: 2010-018463-41). Plasmablastic lymphomas cases are obtained from biobank Valdecilla. Targeted exonic next generation sequencing will be performed using both normal and tumor DNA from patients. Library generation will be performed using a customized kit, developed in collaboration with Illumina, for this purpose. Sequencing will be done with MiSeq (Illumina) platform. In addition to his, we aim to develop a protocol for the accurate and sensitive detection of somatic mutations in the plasma of patients at diagnosis (circulating cell free tDNA) by means of digital PCR. This test may have an application in the screening and follow of patients with a suspicion or previously treated DLBCL, respectively. Next generation sequencing will also be used to explore the T cell repertoire in a selection of tumor samples with DLBCL and study its relationship with the mutational profiles, protein expression profiles and clinical outcome. (Spanish)
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The aim of this Project is to Characterise the genetic profile of a selected series of diffuse large B cell lymphoma patient samples by means of targeted exonic next generation sequencing. Diagnostic samples (tumor and normal DNA) from patients involved in three different clinical trials and a retrospective series of plasmablastic lymphoma cases will be analysed using a targeted next generation sequencing approach, in order to identify markers associated with response to therapy. The samples are provided by three clinical trials from GELTAMO group (GEL-BRCAP21) 2012-005138-12), GEL-RCOMP 2013 (EurdraCT No: 2013-001065-17) and LR-ESHAP (EurdraCT No: 2010-018463-41). Plasmablastic lymphomas cases are obtained from biobank Valdecilla. Targeted exonic next generation sequencing will be performed using both normal and tumor DNA from patients. Library generation will be performed using a customised kit, developed in collaboration with Illumina, for this purpose. Sequencing will be done with MiSeq (Illumina) platform. In addition to his, we aim to develop a protocol for the accurate and sensitive detection of somatic mutations in the plasma of patients at diagnosis (circulating cell free TDNA) by means of digital PCR. This test may have an application in the screening and follow of patients with a suspicion or previously treated DLBCL, respectively. Next generation sequencing will also be used to explore the T cell repertoire in a selection of tumor samples with DLBCL and study its relationship with the mutational profiles, protein expression profiles and clinical outcome. (English)
12 October 2021
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L’objectif de ce projet est de caractériser le profil génétique d’une série sélectionnée d’échantillons de lymphomes B diffus à l’aide d’un séquençage exonique ciblé de nouvelle génération. Des échantillons diagnostiques (ADNtumeur et ADN normal) de patients impliqués dans trois essais cliniques différents et une série rétrospective de cas de lymphome plasmablastique seront analysés à l’aide d’une approche de séquençage de nouvelle génération ciblée, afin d’identifier les marqueurs associés à la réponse au traitement. Les échantillons sont fournis dans le cadre de trois essais cliniques du groupe GELTAMO (GEL-BRCAP21) 2012-005138-12), GEL-RComp 2013 (no EurdraCT: 2013-001065-17) et LR-Eshap (no EurdraCT: 2010-018463-41). Les cas de lymphomes Plasmablastiques sont obtenus à partir de la biobanque Valdecilla. Le séquençage exonique ciblé de nouvelle génération sera effectué à la fois à l’aide de l’ADN normal et de l’ADN tumoral des patients. La génération de la bibliothèque sera réalisée à l’aide d’un kit personnalisé, développé en collaboration avec Illumina, à cette fin. Le séquençage se fera avec la plateforme MiSeq (Illumina). En plus de lui, nous visons à développer un protocole pour la détection précise et sensible des mutations somatiques dans le plasma des patients au diagnostic (ADNt sans cellules circulantes) au moyen de PCR numérique. Ce test peut faire l’objet d’une demande de dépistage et de suivi de patients soupçonnés ou déjà traités par DLBCL, respectivement. Le séquençage de nouvelle génération sera également utilisé pour explorer le répertoire des cellules T dans une sélection d’échantillons de tumeurs avec DLBCL et étudier sa relation avec les profils mutationnels, les profils d’expression des protéines et les résultats cliniques. (French)
2 December 2021
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Ziel dieses Projekts ist es, das genetische Profil einer ausgewählten Serie von diffusen großen B-Zell-Lymphom-Patientenproben durch gezielte Exonic-Sequenzierung der nächsten Generation zu charakterisieren. Diagnostische Proben (Tumor und normale DNA) von Patienten, die an drei verschiedenen klinischen Studien beteiligt sind, und eine retrospektive Reihe von Plasmablastic-Lymphom-Fällen werden anhand eines gezielten Sequencing-Ansatzes der nächsten Generation analysiert, um Marker zu identifizieren, die mit dem Ansprechen auf Therapie verbunden sind. Die Proben werden in drei klinischen Studien der GELTAMO-Gruppe (GEL-BRCAP21) bereitgestellt. 2012-005138-12), GEL-RComp 2013 (EurdraCT-Nr.: 2013-001065-17) und LR-Eshap (EurdraCT-Nr.: 2010-018463-41). Plasmablastic Lymphome Fälle werden aus der Biobank Valdecilla erhalten. Die gezielte Exonic-Sequenzierung der nächsten Generation wird sowohl mit normaler als auch mit Tumor-DNA von Patienten durchgeführt. Die Bibliotheksgenerierung wird mit einem maßgeschneiderten Kit durchgeführt, das in Zusammenarbeit mit Illumina zu diesem Zweck entwickelt wurde. Die Sequenzierung erfolgt mit der MiSeq (Illumina) Plattform. Zusätzlich zu seiner wollen wir ein Protokoll für die genaue und empfindliche Detektion von somatischen Mutationen im Plasma von Patienten bei der Diagnose (zirkulierende zellfreie tDNA) mittels digitaler PCR entwickeln. Dieser Test kann eine Anwendung im Screening und Follow von Patienten mit Verdacht oder zuvor behandeltem DLBCL haben. Die Sequenzierung der nächsten Generation wird auch verwendet, um das T-Zell-Repertoire in einer Auswahl von Tumorproben mit DLBCL zu erforschen und deren Beziehung zu den Mutationsprofilen, Proteinexpressionsprofilen und klinischen Ergebnissen zu untersuchen. (German)
9 December 2021
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Het doel van dit project is om het genetische profiel van een geselecteerde reeks diffuse grote B-cellymfoompatiëntenmonsters te karakteriseren door middel van gerichte exonic volgende generatie sequencing. Diagnostische monsters (tumor en normaal DNA) van patiënten die betrokken zijn bij drie verschillende klinische onderzoeken en een retrospectieve reeks gevallen van plasmablastisch lymfoom zullen worden geanalyseerd met behulp van een gerichte volgende generatie sequencingbenadering, om markers te identificeren die verband houden met respons op therapie. De monsters worden verstrekt door middel van drie klinische proeven van de GELTAMO-groep (GEL-BRCAP21). 2012-005138-12), GEL-RComp 2013 (EurdraCT-nr.: 2013-001065-17) en LR-Eshap (EurdraCT-nr.: 2010-018463-41). Plasmablastische lymfomen gevallen worden verkregen uit biobank Valdecilla. Gerichte exonic volgende generatie sequencing zal worden uitgevoerd met behulp van zowel normale als tumor DNA van patiënten. Bibliotheekgeneratie zal worden uitgevoerd met behulp van een aangepaste kit, ontwikkeld in samenwerking met Illumina, voor dit doel. Sequencing zal worden gedaan met MiSeq (Illumina) platform. Naast het zijne willen we een protocol ontwikkelen voor de nauwkeurige en gevoelige detectie van somatische mutaties in het plasma van patiënten bij diagnose (circulerend celvrij tDNA) door middel van digitale PCR. Deze test kan een toepassing hebben in de screening en follow-up van patiënten met een vermoeden of eerder behandelde DLBCL. Volgende generatie sequencing zal ook worden gebruikt om het T-celrepertoire in een selectie van tumormonsters met DLBCL te verkennen en zijn relatie met de mutatieprofielen, eiwitexpressieprofielen en klinische uitkomst te bestuderen. (Dutch)
17 December 2021
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L'obiettivo di questo progetto è quello di caratterizzare il profilo genetico di una serie selezionata di campioni di linfoma diffuso a grandi cellule B mediante sequenziamento esonico mirato di prossima generazione. I campioni diagnostici (dna tumorale e normale) provenienti da pazienti coinvolti in tre diversi studi clinici e in una serie retrospettiva di casi di linfoma plasmablastico saranno analizzati utilizzando un approccio di sequenziamento mirato della prossima generazione, al fine di identificare i marcatori associati alla risposta alla terapia. I campioni sono forniti da tre studi clinici del gruppo GELTAMO (GEL-BRCAP21) 2012-005138-12), GEL-RComp 2013 (n. EurdraCT: 2013-001065-17) e LR-Eshap (n. EurdraCT: 2010-018463-41). I casi di linfomi plasmablastici sono ottenuti da biobank Valdecilla. Il sequenziamento esonico mirato di prossima generazione sarà eseguito usando sia il DNA normale che quello tumorale dei pazienti. La generazione di librerie sarà eseguita utilizzando un kit personalizzato, sviluppato in collaborazione con Illumina, a tal fine. Il sequenziamento sarà effettuato con la piattaforma MiSeq (Illumina). Oltre al suo, miriamo a sviluppare un protocollo per la rilevazione accurata e sensibile delle mutazioni somatiche nel plasma dei pazienti al momento della diagnosi (tDNA cellulare circolante libero) mediante PCR digitale. Questo test può avere un'applicazione nello screening e nel seguito di pazienti con sospetto o DLBCL precedentemente trattati, rispettivamente. Il sequenziamento di prossima generazione sarà utilizzato anche per esplorare il repertorio delle cellule T in una selezione di campioni tumorali con DLBCL e studiare la sua relazione con i profili mutazionali, i profili di espressione proteica e l'esito clinico. (Italian)
16 January 2022
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Santander
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Identifiers
PI16_01397
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