Expansion of calculation capacity i storage of mass genomics data (Q3216201)
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Project Q3216201 in Spain
| Language | Label | Description | Also known as |
|---|---|---|---|
| English | Expansion of calculation capacity i storage of mass genomics data |
Project Q3216201 in Spain |
Statements
1,467,750.0 Euro
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2,935,500.0 Euro
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50.0 percent
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1 May 2015
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31 December 2022
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FUNDACION CENTRO DE REGULACION GENOMICA
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41°22'58.40"N, 2°10'38.75"E
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08019
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El Centro Nacional de Análisis Genómico (CNAG-CRG) es uno dels centros europeos con más capacidad de secuenciación de ácidos nucleicos. Actualmente dispone de una plataforma con 7 secuenciadores de ADN de segunda generación y 3 equipos de secuenciación mediante nanoporos, capaces de producir en total más de 1.000 Gb de secuencia cada 24 horas. Durante el 2018 y el 2019 está previsto renovar los equipos de secuenciación más antiguos y comprar un nuevo equipo de tercera generación más potente, y para ello se dispone de cofinanciación del proyecto ICTS-2017-04-CRG, de la convocatoria 2016 de Convenios ICTS (Infraestructuras Científicas y Técnicas Singulares). El nuevo conjunto de instrumentos podrá generar más de 6.000 Gb de secuencia al día. Para poder almacenar y analizar todos estos datos de secuenciación, el CNAG-CRG dispone de un potente centro de procesamiento de datos (CPD), con sistemas de comunicaciones con un gran ancho de banda (56 Gb por segundo), un sistema de almacenamiento de datos conectado por red (3,5 PB nets), un sistema de almacenamiento en cinta (3 PB) y servidores con diversas funcionalidades con 3.472 núcleos de computación, incluyendo servidores dedicados para los proyectos RDConnect (plataforma para la gestión de datos clínicos y genómicos en enfermedades raras) y 4DGenome (plataforma para el análisis de interacciones de la cromatina). En este proyecto se proponen una serie de actuaciones para mejorar y actualizar el rendimiento de las operaciones de los equipos de supercomputación del CNAG-CRG: - Acciones de reforma del CPD, incluyendo varios trabajos para mejorar la seguridad del acceso y la eficiencia energética. - Inversiones para comprar nuevos equipos troncales de comunicación, nodos de almacenamiento y nodos de computación. Las inversiones más importantes se realizarán en dos fases, en los años 2019 y 2022. Las adquisiciones previstas para el año 2019 permitirán disponer de un potente clúster con el doble de núcleos de computación (en total >5500) y 4 veces más capacidad de cálculo (unos 350 Tflops en total), así como discos de almacenamiento con el doble de rendimiento que los actuales (New Generation Netapp o similares, de 24 GB/sc) y un total de 3,8 PB. Se estima que los nuevos equipos contribuirán a disminuir el consumo energético en un 20-30%. La propuesta incluye también los gastos del personal necesario para migrar los servicios y funciones actuales a los nuevos servidores, e implementar-los en las tareas de producción. Finalmente, se incluye la adquisición de dos servidores para la transferencia de datos a los colaboradores. En resumen, la ampliación de los equipos informáticos del CNAG-CRG en los próximos años es esencial para aumentar la productividad y adecuarla a la capacidad de los nuevos secuenciadores, mejorar la eficiencia de las operaciones y reducir los costes de mantenimiento y electricidad. Juntamente con la compra de nuevos equipos de secuenciación, consolidará al CNAG-CRG como la principal infraestructura en Genómica del país y uno de los centros más potentes de Europa en esta área. (Spanish)
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The National Center for Genomic Analysis (CNAG-CRG) is one of the top European centers in terms of nucleic acid sequencing capacity. The platform currently manages 7 second generation DNA sequencing instruments and 3 nanopore-based sequencing instruments, that can produce more than 1.000 Gb of sequence every 24 hours. The plan for 2018 and 2019 is to substiture the 2nd generation sequencers bought in 2010-2011 and buy one large scale 3rd generation sequencer. The operation will be co-funded with project ICTS-2017-04-CRG-2 awarded in the 2016 call for Convenios ICTS (Infraestructuras Científicas y Técnicas Singulares). The new sequencing park will generate more than 6.000 Gb of sequencing data every day. The sequencing operation is supported by an extensive analysis and databasing facility (CPD), with an internal 56 Gb/s InfiniBand network, 3.5 petabyte (PB) of high performance data storage on disk and 3 PB on tapes and over 3,472 cores of computing, including two servers dedicated to the RDConnect project (clinic and genomic analysis plataform for rare diseases) and the 4Dgenome project (plataform for chromatin interaction analysis). In this proposal, we include several actions to improve the performance of the CNAG-CRG computing infrastructure operations: - CPD renovation actions, including works for improving access security and energy efficiency. - Adquisition of data center networking equipment, and storage and computing nodes. Investments will be done in two phases, in 2019 and 2022. Purchases planned for 2019 will provide the current cluster with twice as many computing nodes (>5.700 in total) and four times more computing capacity (360 Tflops in total), as well as storage disks that have twice the capacity and the efficiency of the current set up (New Generation Netapp o similar, with 24 GB/sc) and a total of 4 PB. We estimate that the new configuration will decrease energy consumption by 20-30%. The proposal also includes the adquisition of two servers for user data transfers. In summary, the improvements and extensions of the CNAG-CRG computing infrastructure in the next years is essential to increase productivity to cope with the higher capacity of the new genomic data generation instruments, to increase the efficiency of the computing operations and to decrease the maintenance and electricity costs. Along with the adquisition of state-of-the-art sequencing instruments, it will consolidate CNAG-CRG as the first Genomics national infrastructure and one of the top centers in Europe in this area. (English)
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Le Centre national d’analyse génomique (CNAG-CRG) est l’un des centres européens ayant la plus grande capacité de séquençage des acides nucléiques. Il dispose actuellement d’une plateforme de 7 séquenceurs d’ADN de deuxième génération et d’un équipement de séquençage de 3 nanopores, capable de produire un total de plus de 1000 Gb de séquence toutes les 24 heures. En 2018 et 2019, il est prévu de renouveler les équipements de séquençage les plus anciens et d’acheter un nouvel équipement de troisième génération plus puissant et, à cette fin, le cofinancement du projet ICTS-2017-04-CRG, de l’appel 2016 en faveur des infrastructures scientifiques et techniques uniques, est disponible. Le nouvel ensemble d’instruments sera capable de générer plus de 6000 Gb de séquence par jour. Pour stocker et analyser toutes ces données de séquençage, le CNAG-CRG dispose d’un puissant centre de traitement de données (CPD), avec des systèmes de communication à haute bande passante (56 Gb par seconde), un système de stockage de données connecté au réseau (3 filets PB), un système de stockage de bande (3 PB) et des serveurs avec diverses fonctionnalités avec 3 472 cœurs de calcul, y compris des serveurs dédiés pour RDConnect (plateforme pour la gestion des données cliniques et génomiques dans les maladies rares) et 4DGenome (plateforme pour l’analyse des interactions chromatines). Ce projet propose une série d’actions visant à améliorer et à actualiser les performances des opérations des équipes de supercalcul CNAG-CRG: — Actions de réforme de la CPD, y compris plusieurs travaux visant à améliorer la sécurité d’accès et l’efficacité énergétique. — Investissements pour acheter de nouveaux équipements de communication de base, des nœuds de stockage et des nœuds informatiques. Les investissements les plus importants seront réalisés en deux phases, en 2019 et 2022. Les acquisitions prévues pour 2019 permettront un cluster puissant avec deux fois plus de cœurs de calcul (au total >5500) et 4 fois plus de capacité de calcul (environ 350 Tflops au total), ainsi que des disques de stockage avec deux fois plus de performances que les disques actuels (New Generation Netapp ou similaire, 24 Go/sc) et un total de 3,8 PB. On estime que les nouveaux équipements contribueront à réduire la consommation d’énergie de 20 à 30 %. La proposition inclut également les dépenses de personnel nécessaires pour migrer les services et les fonctions actuels vers de nouveaux serveurs et les mettre en œuvre dans les tâches de production. Enfin, il comprend l’acquisition de deux serveurs pour le transfert de données à des collaborateurs. Bref, l’expansion de l’équipement informatique CNAG-CRG dans les années à venir est essentielle pour augmenter la productivité et l’adapter à la capacité des nouveaux séquenceurs, améliorer l’efficacité opérationnelle et réduire les coûts d’entretien et d’électricité. Avec l’achat de nouveaux équipements de séquençage, il consolidera CNAG-CRG en tant qu’infrastructure principale en génomique dans le pays et l’un des centres les plus puissants d’Europe dans ce domaine. (French)
5 December 2021
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Das Nationale Zentrum für Genomische Analyse (CNAG-CRG) ist eines der europäischen Zentren mit der höchsten Nukleinsäuresequenzierungskapazität. Derzeit verfügt es über eine Plattform mit 7 DNA-Sequenzern der zweiten Generation und 3 Nanoporensequenzierungsgeräten, die alle 24 Stunden insgesamt mehr als 1.000 Gb Sequenz erzeugen können. In den Jahren 2018 und 2019 ist geplant, die älteste Sequenzierungsausrüstung zu erneuern und eine neue, leistungsfähigere Ausrüstung der dritten Generation zu erwerben, und zu diesem Zweck ist eine Kofinanzierung des Projekts ICTS-2017-04-CRG, des Aufrufs 2016 für IKTS (Singular Scientific and Technical Infrastructures) verfügbar. Die neue Reihe von Instrumenten wird in der Lage sein, mehr als 6.000 Gb Sequenz pro Tag zu erzeugen. Um all diese Sequenzierungsdaten speichern und analysieren zu können, verfügt das CNAG-CRG über ein leistungsstarkes Rechenzentrum (CPD), mit Kommunikationssystemen mit hoher Bandbreite (56 Gb pro Sekunde), einem netzwerkgebundenen Datenspeichersystem (3 PB-Netze), einem Bandspeichersystem (3 PB) und Servern mit verschiedenen Funktionen mit 3.472 Rechenkernen, einschließlich dedizierter Server für RDConnect (Plattform zur Verwaltung klinischer und genomischer Daten bei seltenen Krankheiten) und 4DGenome (Plattform zur Analyse von Chromatin-Interaktionen). In diesem Projekt werden eine Reihe von Maßnahmen vorgeschlagen, um die Leistung der Operationen der CNAG-CRG-Supercomputing-Teams zu verbessern und zu aktualisieren: — PCD-Reformmaßnahmen, einschließlich mehrerer Arbeiten zur Verbesserung der Sicherheit des Zugangs und der Energieeffizienz. — Investitionen in neue Kernkommunikationsgeräte, Speicherknoten und Computerknoten. Die wichtigsten Investitionen werden in zwei Phasen erfolgen, in den Jahren 2019 und 2022. Die geplanten Akquisitionen für 2019 werden einen leistungsstarken Cluster mit doppelt so vielen Rechenkernen (insgesamt >5500) und viermal mehr Rechenkapazität (insgesamt etwa 350 Tflops) sowie Speicherplatten mit doppelter Leistung der aktuellen (New Generation Netapp or similar, 24 GB/sc) und insgesamt 3,8 PB ermöglichen. Schätzungen zufolge werden neue Geräte dazu beitragen, den Energieverbrauch um 20-30 % zu senken. Der Vorschlag enthält auch Personalkosten, die erforderlich sind, um aktuelle Dienste und Funktionen auf neue Server zu migrieren und sie in Produktionsaufgaben umzusetzen. Schließlich umfasst es die Erfassung von zwei Servern für die Übertragung von Daten an Mitarbeiter. Kurz gesagt, der Ausbau der IT-Ausrüstung von CNAG-CRG in den kommenden Jahren ist von entscheidender Bedeutung, um die Produktivität zu steigern und sie an die Kapazität neuer Sequenzer anzupassen, die Betriebseffizienz zu verbessern und die Wartungs- und Stromkosten zu senken. Zusammen mit dem Kauf neuer Sequenzierungsanlagen wird CNAG-CRG als wichtigste Infrastruktur in Genomics im Land und eines der leistungsstärksten Zentren Europas in diesem Bereich konsolidieren. (German)
10 December 2021
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Het Nationaal Centrum voor Genomic Analyse (CNAG-CRG) is een van de Europese centra met de hoogste nucleïnezuursequentiecapaciteit. Het heeft momenteel een platform met 7 tweede generatie DNA sequencers en 3 nanopore sequencing apparatuur, geschikt voor het produceren van een totaal van meer dan 1.000 Gb van sequentie elke 24 uur. In 2018 en 2019 is het de bedoeling om de oudste sequencingapparatuur te vernieuwen en een nieuwe, krachtigere apparatuur van de derde generatie aan te schaffen, en daartoe is medefinanciering van het project ICTS-2017-04-CRG beschikbaar van de oproep van 2016 tot het indienen van voorstellen voor ICTS (Singular Scientific and Technical Infrastructures). De nieuwe reeks instrumenten zal in staat zijn om meer dan 6.000 Gb sequentie per dag te genereren. Om al deze sequencinggegevens te kunnen opslaan en analyseren, beschikt de CNAG-CRG over een krachtig gegevensverwerkingscentrum (CPD), met communicatiesystemen met een hoge bandbreedte (56 Gb per seconde), een netwerkgekoppeld dataopslagsysteem (3 PB-netten), een tapeopslagsysteem (3 PB) en servers met verschillende functionaliteiten met 3,472 computerkernen, waaronder dedicated servers voor RDConnect (platform voor het beheren van klinische en genomische gegevens bij zeldzame ziekten) en 4DGenome (platform voor het analyseren van chromatine interacties). Dit project stelt een reeks acties voor om de prestaties van de operaties van de supercomputerteams van de CNAG-CRG te verbeteren en te actualiseren: — Maatregelen voor de hervorming van PCD, waaronder verscheidene werkzaamheden ter verbetering van de toegangszekerheid en de energie-efficiëntie. Investeringen om nieuwe kerncommunicatieapparatuur, opslagknooppunten en computerknooppunten te kopen. De belangrijkste investeringen zullen worden gedaan in twee fasen, in de jaren 2019 en 2022. De geplande overnames voor 2019 zullen zorgen voor een krachtig cluster met tweemaal zoveel computerkernen (in totaal >5500) en 4 keer meer rekencapaciteit (ongeveer 350 Tflops in totaal), evenals opslagschijven met tweemaal de prestaties van de huidige (New Generation Netapp of vergelijkbaar, 24 GB/sc) en een totaal van 3,8 PB. Geschat wordt dat nieuwe apparatuur het energieverbruik met 20-30 % zal helpen verminderen. Het voorstel omvat ook personeelskosten die nodig zijn om de huidige diensten en functies naar nieuwe servers te migreren en deze in productietaken uit te voeren. Ten slotte omvat het de verwerving van twee servers voor de overdracht van gegevens aan medewerkers. Kortom, de uitbreiding van CNAG-CRG IT-apparatuur in de komende jaren is essentieel om de productiviteit te verhogen en deze aan te passen aan de capaciteit van nieuwe sequencers, de operationele efficiëntie te verbeteren en de onderhoudskosten en de elektriciteitskosten te verlagen. Samen met de aankoop van nieuwe sequencing apparatuur, zal het CNAG-CRG consolideren als de belangrijkste infrastructuur in Genomics in het land en een van de krachtigste centra in Europa in dit gebied. (Dutch)
17 December 2021
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Barcelona
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Identifiers
IU16-006344
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