GENOMICS AND EVOLUTION OF HOST SPECIFICITY IN PSEUDOMONAS SAVASTANOI: THE RACE LEVEL (Q3208129)
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Project Q3208129 in Spain
| Language | Label | Description | Also known as |
|---|---|---|---|
| English | GENOMICS AND EVOLUTION OF HOST SPECIFICITY IN PSEUDOMONAS SAVASTANOI: THE RACE LEVEL |
Project Q3208129 in Spain |
Statements
114,950.0 Euro
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229,900.0 Euro
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50.0 percent
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1 January 2015
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30 September 2018
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UNIVERSIDAD PUBLICA DE NAVARRA
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42°49'6.42"N, 1°38'39.34"W
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31201
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LAS ENFERMEDADES BACTERIANAS DE LAS PLANTAS CAUSAN IMPORTANTES PERDIDAS ECONOMICAS; SU CONTROL ES DIFICIL, Y SE ESPERA QUE LO SEA MAS EN EL FUTURO DEBIDO A LAS RESTRICCIONES DE LA UE PARA LA AUTORIZACION DE MATERIAS ACTIVAS DISPONIBLES PARA CONTROL INTEGRADO. PSEUDOMONAS SAVASTANOI PV. SAVASTANOI (PSV) PRODUCE TUMORES AEREOS EN EL HUESPED, PROVOCANDO UNA DE LAS ENFERMEDADES MAS IMPORTANTES DE OLIVO, AUNQUE TAMBIEN ES PATOGENO EN UN GRAN NUMERO DE ESPECIES DE PLANTAS. ADEMAS, PSV SE HA REVELADO RECIENTEMENTE COMO UN PATOGENO EMERGENTE EN LA ESPECIE ORNAMENTAL MANDEVILLA SANDERI (DIPLADENIA). P. SAVASTANOI PV. PHASEOLICOLA (PPH) ES UN PATOGENO DE IMPORTANCIA ECONOMICA EN JUDIA Y UNO DE LOS MODELOS DE INVESTIGACION MAS RELEVANTES EN FITOBACTERIOLOGIA. UNA DE LAS ESTRATEGIAS DE CONTROL DE PPH MAS DESEABLES ES EL USO DE VARIEDADES DE JUDIA RESISTENTES. LOS AISLADOS DE PPH SE CLASIFICAN EN 9 RAZAS EN FUNCION A SUS INTERACCIONES CON 8 VARIEDADES DIFERENTES DE JUDIA, QUE SE HAN EXPLICADO POR LA INTERACCION DE 5 PARES EN RELACION GEN A GEN, AUNQUE ES POSIBLE REALIZAR UNA MAYOR DIFERENCIACION EN HASTA 14 RAZAS. AMBOS PATOSISTEMAS OFRECEN UNA OPORTUNIDAD SIN PRECEDENTES PARA ESTUDIAR LAS BASES MOLECULARES DE LA ESPECIFICIDAD DE HUESPED. POR UN LADO, AUNQUE PPH ES UN PATOVAR GENETICAMENTE HOMOGENEO, LOS DIFERENTES AISLADOS MUESTRAN DIFERENCIAS EN SU VIRULENCIA, ASPECTO QUE REFLEJA LA ESPECIFICIDAD DE RAZA DE LOS MISMOS. DE OTRO LADO, LOS DIFERENTES PATOVARES DE P. SAVASTANOI INDUCEN SINTOMAS SIMILARES (TUMORES) TANTO EN HUESPEDES LEÑOSOS COMO HERBACEOS. LA DISPONIBILIDAD DE LOS GENOMAS CERRADOS DE LAS CEPAS MODELO PPH 1448A Y PSV NCPPB 3335, ASI COMO LAS HERRAMIENTAS GENETICAS Y FUNCIONALES DESARROLLADAS DURANTE LA EJECUCION DE NUESTROS PROYECTOS ANTERIORES, CONVIERTEN A ESTAS BACTERIAS EN MODELOS IDEALES PARA EL ANALISIS DE LA ESPECIFICIDAD DE HUESPED Y LA EVOLUCION DE LA VIRULENCIA. ASI, EL ANALISIS GENOMICO COMPARATIVO Y FUNCIONAL DE CEPAS BACTERIANAS FILOGENETICAMENTE RELACIONADAS FACILITARA LA IDENTIFICACION DE DETERMINANTES DE PATOGENICIDAD A NIVEL DE PATOVAR Y DE RAZA. LOS OBJETIVOS PRINCIPALES DE ESTE PROYECTO SON: 1) IDENTIFICAR Y CARACTERIZAR FUNCIONALMENTE DIFERENCIAS EN EL CONJUNTO DE GENES DE VIRULENCIA DE LOS PATOVARES DE PSV Y LAS RAZAS DE PPH RELACIONADAS CON LA ESPECIFICIDAD DE HUESPED; Y 2) APLICAR LA INFORMACION OBTENIDA MEDIANTE GENOMICA COMPARATIVA Y FUNCIONAL PARA EL DESARROLLO DE HERRAMIENTAS DE DIAGNOSTICO DE LAS RAZAS DE PPH Y DEL AISLADO EMERGENTE DE PSV EN MANDEVILLA. LOS OBJETIVOS ESPECIFICOS SON: 1) ASIGNAR UN PATOVAR A LAS CEPAS DE P. SAVASTANOI AISLADAS DE M. SANDERI. 2) SECUENCIAR Y ANOTAR LOS GENOMAS DE CEPAS REPRESENTATIVAS DE LOS PATOVARES Y LAS RAZAS DE P. SAVASTANOI. 3) REALIZAR UN ANALISIS GENOMICO COMPARATIVO Y UN ANALISIS FILOGENETICO DE LOS PATOVARES DE PSV Y DE LAS RAZAS DE PPH. 4) ESTUDIAR LA BIOLOGIA Y PAPEL EN LA ESPECIFICIDAD DE HUESPED DE LOS PLASMIDOS DE ESTAS CEPAS BACTERIANAS. 5) PROFUNDIZAR EN EL PAPEL EN LA ESPECIFICIDAD DE HUESPED DE LOS SISTEMAS DE SECRECION, DE LOS EFECTORES DEL SISTEMA DE SECRECION TIPO III Y, 6) DE OTROS FACTORES DE VIRULENCIA. 7) ESTUDIAR EL PAPEL DE LA EXPRESION GENICA EN LA ESPECIFICIDAD DE HUESPED. 8) DESARROLLAR HERRAMIENTAS DE DIAGNOSTICO ESPECIFICAS PARA LOS AISLADOS DE MANDEVILLA Y PARA LAS RAZAS DE PPH. (Spanish)
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BACTERIAL DISEASES OF PLANTS CAUSE SIGNIFICANT ECONOMIC LOSSES; THEIR CONTROL IS DIFFICULT, AND IS EXPECTED TO BE MORE DIFFICULT IN THE FUTURE DUE TO EU RESTRICTIONS ON THE AUTHORISATION OF ACTIVE SUBSTANCES AVAILABLE FOR INTEGRATED CONTROL. PSEUDOMONAS SAVASTANOI PV. SAVASTANOI (PSV) PRODUCES AIR TUMORS IN THE HOST, CAUSING ONE OF THE MOST IMPORTANT OLIVE DISEASES, ALTHOUGH IT IS ALSO PATHOGENOUS IN A LARGE NUMBER OF PLANT SPECIES. IN ADDITION, PSV HAS RECENTLY BEEN REVEALED AS AN EMERGING PATHOGEN IN THE ORNAMENTAL SPECIES MANDEVILLA SANDERI (DIPLADENIA). P. SAVASTANOI PV. PHASEOLICOLA (PPH) IS A PATHOGEN OF ECONOMIC IMPORTANCE IN JUDIA AND ONE OF THE MOST RELEVANT RESEARCH MODELS IN PHYTOBACTERIOLOGY. ONE OF THE MOST DESIRABLE PPH CONTROL STRATEGIES IS THE USE OF RESISTANT JEWISH VARIETIES. PPH ISOLATES ARE CLASSIFIED INTO 9 BREEDS ACCORDING TO THEIR INTERACTIONS WITH 8 DIFFERENT JEWISH VARIETIES, WHICH HAVE BEEN EXPLAINED BY THE INTERACTION OF 5 PAIRS IN GENE-TO-GEN RELATIONSHIP, ALTHOUGH IT IS POSSIBLE TO MAKE A GREATER DIFFERENTIATION IN UP TO 14 BREEDS. BOTH PATHOSYSTEMS OFFER AN UNPRECEDENTED OPPORTUNITY TO STUDY THE MOLECULAR BASES OF GUEST SPECIFICITY. ON THE ONE HAND, ALTHOUGH PPH IS A GENETICALLY HOMOGENOUS PATOVAR, THE DIFFERENT ISOLATES SHOW DIFFERENCES IN THEIR VIRULENCE, AN ASPECT THAT REFLECTS THEIR RACE SPECIFICITY. ON THE OTHER HAND, THE DIFFERENT PATOVARES OF P. SAVASTANOI INDUCE SIMILAR SYMPTOMS (TUMORS) IN BOTH WOODY AND HERBACEOUS HOSTS. THE AVAILABILITY OF THE CLOSED GENOMES OF THE PPH 1448A AND PSV NCPPB 3335 STRAINS, AS WELL AS THE GENETIC AND FUNCTIONAL TOOLS DEVELOPED DURING THE EXECUTION OF OUR PREVIOUS PROJECTS, MAKE THESE BACTERIA IDEAL MODELS FOR THE ANALYSIS OF GUEST SPECIFICITY AND THE EVOLUTION OF VIRULENCE. THUS, THE COMPARATIVE AND FUNCTIONAL GENOMIC ANALYSIS OF PHYLOGENETICALLY RELATED BACTERIAL STRAINS WILL FACILITATE THE IDENTIFICATION OF PATHOGENICITY DETERMINANTS AT THE PATOVAR AND BREED LEVEL. THE MAIN OBJECTIVES OF THIS PROJECT ARE: 1) FUNCTIONALLY IDENTIFY AND CHARACTERISE DIFFERENCES IN THE SET OF VIRULENCE GENES OF PSV PATHOVARS AND PPH BREEDS RELATED TO HOST SPECIFICITY; AND 2) APPLY THE INFORMATION OBTAINED BY COMPARATIVE AND FUNCTIONAL GENOMIC FOR THE DEVELOPMENT OF DIAGNOSTIC TOOLS FOR THE PPH BREEDS AND THE EMERGING ISOLATED PSV IN MANDEVILLA. THE SPECIFIC OBJECTIVES ARE: 1) ASSIGN A PATOVAR TO P. SAVASTANOI STRAINS ISOLATED FROM M. SANDERI. 2) SEQUENCE AND RECORD GENOMES OF REPRESENTATIVE STRAINS OF PATOVARS AND BREEDS OF P. SAVASTANOI. 3) PERFORM A COMPARATIVE GENOMIC ANALYSIS AND A PHYLOGENETIC ANALYSIS OF PSV PATHOVARS AND PPH BREEDS. 4) STUDY THE BIOLOGY AND ROLE IN THE SPECIFICITY OF HOST OF THE PLASMAIDS OF THESE BACTERIAL STRAINS. 5) TO DEEPEN THE ROLE IN THE GUEST SPECIFICITY OF THE SECRETION SYSTEMS, OF THE EFFECTORS OF THE TYPE III SECRETION SYSTEM AND, 6) OF OTHER VIRULENCE FACTORS. 7) TO STUDY THE ROLE OF GENIC EXPRESSION IN THE SPECIFICITY OF GUESTS. 8) DEVELOP SPECIFIC DIAGNOSTIC TOOLS FOR MANDEVILLA ISOLATES AND PPH BREEDS. (English)
13 October 2021
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LES MALADIES BACTÉRIENNES DES PLANTES CAUSENT DES PERTES ÉCONOMIQUES IMPORTANTES; LEUR CONTRÔLE EST DIFFICILE ET DEVRAIT L’ÊTRE À L’AVENIR EN RAISON DES RESTRICTIONS IMPOSÉES PAR L’UE À L’AUTORISATION DES SUBSTANCES ACTIVES DISPONIBLES POUR LE CONTRÔLE INTÉGRÉ. PSEUDOMONAS SAVASTANOI PV. LE SAVASTANOI (PSV) PRODUIT DES TUMEURS DE L’AIR DANS L’HÔTE, CAUSANT L’UNE DES MALADIES LES PLUS IMPORTANTES DE L’OLIVE, BIEN QU’IL SOIT ÉGALEMENT PATHOGÈNE CHEZ UN GRAND NOMBRE D’ESPÈCES VÉGÉTALES. EN OUTRE, LE VSP A RÉCEMMENT ÉTÉ RÉVÉLÉ COMME UN PATHOGÈNE ÉMERGENT CHEZ L’ESPÈCE ORNEMENTALE MANDEVILLA SANDERI (DIPLADENIA). P. SAVASTANOI PV. PHASEOLICOLA (PPH) EST UN AGENT PATHOGÈNE D’IMPORTANCE ÉCONOMIQUE EN JUDIA ET L’UN DES MODÈLES DE RECHERCHE LES PLUS PERTINENTS EN PHYSIOBACTÉRIOLOGIE. L’UNE DES STRATÉGIES DE LUTTE CONTRE LA PPH LES PLUS SOUHAITABLES EST L’UTILISATION DE VARIÉTÉS JUIVES RÉSISTANTES. LES ISOLATS DE PPH SONT CLASSÉS EN 9 RACES EN FONCTION DE LEURS INTERACTIONS AVEC 8 VARIÉTÉS JUIVES DIFFÉRENTES, CE QUI S’EXPLIQUE PAR L’INTERACTION DE 5 PAIRES DANS LA RELATION GÈNE-GEN, BIEN QU’IL SOIT POSSIBLE DE FAIRE UNE PLUS GRANDE DIFFÉRENCIATION CHEZ JUSQU’À 14 RACES. LES DEUX PATHOSYSTÈMES OFFRENT UNE OCCASION SANS PRÉCÉDENT D’ÉTUDIER LES BASES MOLÉCULAIRES DE LA SPÉCIFICITÉ DE L’INVITÉ. D’UNE PART, BIEN QUE LA PPH SOIT UN PATOVAR GÉNÉTIQUEMENT HOMOGÈNE, LES DIFFÉRENTS ISOLATS MONTRENT DES DIFFÉRENCES DANS LEUR VIRULENCE, UN ASPECT QUI REFLÈTE LEUR SPÉCIFICITÉ RACIALE. D’AUTRE PART, LES DIFFÉRENTS PATOVARES DE P. SAVASTANOI INDUISENT DES SYMPTÔMES SIMILAIRES (TUMEURS) CHEZ LES HÔTES LIGNEUX ET HERBACÉS. LA DISPONIBILITÉ DES GÉNOMES FERMÉS DES SOUCHES PPH 1448A ET PSV NCPPB 3335, AINSI QUE LES OUTILS GÉNÉTIQUES ET FONCTIONNELS DÉVELOPPÉS LORS DE L’EXÉCUTION DE NOS PROJETS PRÉCÉDENTS, FONT DE CES BACTÉRIES DES MODÈLES IDÉAUX POUR L’ANALYSE DE LA SPÉCIFICITÉ DE L’INVITÉ ET DE L’ÉVOLUTION DE LA VIRULENCE. AINSI, L’ANALYSE GÉNOMIQUE COMPARATIVE ET FONCTIONNELLE DES SOUCHES BACTÉRIENNES APPARENTÉES PHYLOGÉNÉTIQUEMENT FACILITERA L’IDENTIFICATION DES DÉTERMINANTS DE LA PATHOGÉNICITÉ AU NIVEAU PATOVAR ET AU NIVEAU DE LA RACE. LES PRINCIPAUX OBJECTIFS DE CE PROJET SONT LES SUIVANTS: 1) IDENTIFIER ET CARACTÉRISER FONCTIONNELLEMENT LES DIFFÉRENCES DANS L’ENSEMBLE DES GÈNES DE VIRULENCE DES PATHOVARS PSV ET DES RACES PPH LIÉES À LA SPÉCIFICITÉ DE L’HÔTE; ET 2) APPLIQUER LES INFORMATIONS OBTENUES PAR LA GÉNOMIQUE COMPARATIVE ET FONCTIONNELLE POUR LE DÉVELOPPEMENT D’OUTILS DE DIAGNOSTIC POUR LES RACES PPH ET LE PSV ISOLÉ ÉMERGENT CHEZ MANDEVILLA. LES OBJECTIFS SPÉCIFIQUES SONT LES SUIVANTS: 1) ASSIGNER UN PATOVAR À DES SOUCHES DE P. SAVASTANOI ISOLÉES DE M. SANDERI. 2) SÉQUENCE ET ENREGISTREMENT DES GÉNOMES DES SOUCHES REPRÉSENTATIVES DE PATOVARS ET DES RACES DE P. SAVASTANOI. 3) EFFECTUER UNE ANALYSE GÉNOMIQUE COMPARATIVE ET UNE ANALYSE PHYLOGÉNÉTIQUE DES PATHOGÈNES DU VSP ET DES RACES PPH. 4) ÉTUDIER LA BIOLOGIE ET LE RÔLE DANS LA SPÉCIFICITÉ DE L’HÔTE DU PLASMAIDS DE CES SOUCHES BACTÉRIENNES. 5) APPROFONDIR LE RÔLE DANS LA SPÉCIFICITÉ DE L’INVITÉ DES SYSTÈMES DE SÉCRÉTION, DES EFFECTEURS DU SYSTÈME DE SÉCRÉTION DE TYPE III ET, 6) D’AUTRES FACTEURS DE VIRULENCE. 7) ÉTUDIER LE RÔLE DE L’EXPRESSION GÉNIQUE DANS LA SPÉCIFICITÉ DES INVITÉS. 8) DÉVELOPPER DES OUTILS DE DIAGNOSTIC SPÉCIFIQUES POUR LES ISOLATS DE MANDEVILLA ET LES RACES PPH. (French)
5 December 2021
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BAKTERIELLE KRANKHEITEN VON PFLANZEN VERURSACHEN ERHEBLICHE WIRTSCHAFTLICHE VERLUSTE; IHRE KONTROLLE IST SCHWIERIG UND DÜRFTE IN ZUKUNFT AUFGRUND DER BESCHRÄNKUNGEN DER EU FÜR DIE ZULASSUNG VON WIRKSTOFFEN, DIE FÜR EINE INTEGRIERTE KONTROLLE VERFÜGBAR SIND, SCHWIERIGER SEIN. PSEUDOMONAS SAVASTANOI PV. SAVASTANOI (PSV) PRODUZIERT LUFTTUMOREN IM WIRT, WAS EINE DER WICHTIGSTEN OLIVENKRANKHEITEN VERURSACHT, OBWOHL ES AUCH IN EINER VIELZAHL VON PFLANZENARTEN PATHOGEN IST. DARÜBER HINAUS WURDE PSV KÜRZLICH ALS AUFKOMMENDER ERREGER IN DER ZIERART MANDEVILLA SANDERI (DIPLADENIA) ENTDECKT. P. SAVASTANOI PV. PHASEOLICOLA (PPH) IST EIN ERREGER VON WIRTSCHAFTLICHER BEDEUTUNG IN JUDIA UND EINES DER RELEVANTESTEN FORSCHUNGSMODELLE IN DER PHYTOBAKTERIOLOGIE. EINE DER BEGEHRTESTEN PPH-KONTROLLSTRATEGIEN IST DER EINSATZ RESISTENTER JÜDISCHER SORTEN. PPH-ISOLATE WERDEN IN 9 RASSEN NACH IHREN WECHSELWIRKUNGEN MIT 8 VERSCHIEDENEN JÜDISCHEN SORTEN KLASSIFIZIERT, DIE DURCH DIE WECHSELWIRKUNG VON 5 PAAREN IN GEN-ZU-GEN-BEZIEHUNG ERKLÄRT WURDEN, OBWOHL ES MÖGLICH IST, EINE GRÖSSERE DIFFERENZIERUNG BEI BIS ZU 14 RASSEN VORZUNEHMEN. BEIDE PATHOSYSTEME BIETEN EINE BEISPIELLOSE GELEGENHEIT, DIE MOLEKULAREN GRUNDLAGEN DER GASTSPEZIALITÄT ZU STUDIEREN. EINERSEITS, OBWOHL PPH EIN GENETISCH HOMOGENES PATOVAR IST, ZEIGEN DIE VERSCHIEDENEN ISOLATE UNTERSCHIEDE IN IHRER VIRULENZ, EIN ASPEKT, DER IHRE RASSENSPEZIALITÄT WIDERSPIEGELT. ANDERERSEITS VERURSACHEN DIE VERSCHIEDENEN PATOVARES VON P. SAVASTANOI ÄHNLICHE SYMPTOME (TUMOREN) SOWOHL BEI HOLZIGEN ALS AUCH KRAUTIGEN WIRTEN. DIE VERFÜGBARKEIT DER GESCHLOSSENEN GENOME DER PPH 1448A UND PSV NCPPB 3335 STÄMME SOWIE DIE GENETISCHEN UND FUNKTIONALEN WERKZEUGE, DIE BEI DER DURCHFÜHRUNG UNSERER BISHERIGEN PROJEKTE ENTWICKELT WURDEN, MACHEN DIESE BAKTERIEN IDEAL FÜR DIE ANALYSE DER GASTSPEZIALITÄT UND DIE ENTWICKLUNG DER VIRULENZ. SO WIRD DIE VERGLEICHENDE UND FUNKTIONELLE GENOMISCHE ANALYSE PHYLOGENETISCH VERWANDTER BAKTERIENSTÄMME DIE IDENTIFIZIERUNG VON PATHOGENITÄTSDETERMINANTEN AUF PATOVAR- UND RASSEEBENE ERLEICHTERN. DIE HAUPTZIELE DIESES PROJEKTS SIND: 1) FUNKTIONELL IDENTIFIZIEREN UND CHARAKTERISIEREN UNTERSCHIEDE IN DER GRUPPE VON VIRULENZGENEN VON PSV-POROVAREN UND PPH-ARTEN IM ZUSAMMENHANG MIT DER WIRTSSPEZIALITÄT; UND 2) DIE DURCH VERGLEICHENDE UND FUNKTIONALE GENOMIK GEWONNENEN INFORMATIONEN FÜR DIE ENTWICKLUNG VON DIAGNOSEWERKZEUGEN FÜR DIE PPH-ARTEN UND DIE SICH ABZEICHNENDE ISOLIERTE PSV IN MANDEVILLA ANWENDEN. DIE SPEZIFISCHEN ZIELE SIND: 1) ZUORDNUNG EINES PATOVAR ZU P. SAVASTANOI STÄMMEN, DIE VON M. SANDERI ISOLIERT SIND. 2) SEQUENZ UND AUFZEICHNUNG VON GENOME REPRÄSENTATIVER STÄMME VON PATOVARS UND RASSEN VON P. SAVASTANOI. 3) FÜHREN EINE VERGLEICHENDE GENOMISCHE ANALYSE UND EINE PHYLOGENETISCHE ANALYSE VON PSV PATHOVAREN UND PPH RASSEN DURCH. 4) STUDIUM DER BIOLOGIE UND ROLLE IN DER SPEZIFITÄT DES WIRTS DER PLASMAIDS DIESER BAKTERIENSTÄMME. 5) DIE ROLLE IN DER GASTSPEZIALITÄT DER SEKRETIONSSYSTEME, DER EFFEKTOREN DES TYPS III SEKRETIONSSYSTEM UND, 6) ANDERER VIRULENZFAKTOREN ZU VERTIEFEN. 7) DIE ROLLE DES GENGENAUSDRUCKS IN DER SPEZIFITÄT DER GÄSTE ZU UNTERSUCHEN. 8) ENTWICKELN SPEZIFISCHE DIAGNOSTISCHE WERKZEUGE FÜR MANDEVILLA ISOLATE UND PPH RASSEN. (German)
9 December 2021
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BACTERIËLE ZIEKTEN VAN PLANTEN VEROORZAKEN AANZIENLIJKE ECONOMISCHE VERLIEZEN; DE CONTROLE ERVAN IS MOEILIJK EN ZAL NAAR VERWACHTING IN DE TOEKOMST MOEILIJKER WORDEN ALS GEVOLG VAN EU-BEPERKINGEN OP DE TOELATING VAN WERKZAME STOFFEN DIE BESCHIKBAAR ZIJN VOOR GEÏNTEGREERDE CONTROLE. PSEUDOMONAS SAVASTANOI PV. SAVASTANOI (PSV) PRODUCEERT LUCHTTUMOREN IN DE GASTHEER, WAT EEN VAN DE BELANGRIJKSTE OLIJFZIEKTEN VEROORZAAKT, HOEWEL HET OOK PATHOGEEN IS BIJ EEN GROOT AANTAL PLANTENSOORTEN. DAARNAAST IS PSV ONLANGS ONTHULD ALS EEN OPKOMENDE ZIEKTEVERWEKKER IN DE SIERSOORT MANDEVILLA SANDERI (DIPLADENIA). P. SAVASTANOI PV. PHASEOLICOLA (PPH) IS EEN PATHOGEEN VAN ECONOMISCH BELANG IN JUDIA EN EEN VAN DE MEEST RELEVANTE ONDERZOEKSMODELLEN IN DE FYTOBACTERIOLOGIE. EEN VAN DE MEEST WENSELIJKE PPH CONTROLESTRATEGIEËN IS HET GEBRUIK VAN RESISTENTE JOODSE VARIËTEITEN. PPH ISOLATEN WORDEN INGEDEELD IN 9 RASSEN VOLGENS HUN INTERACTIES MET 8 VERSCHILLENDE JOODSE RASSEN, DIE ZIJN VERKLAARD DOOR DE INTERACTIE VAN 5 PAREN IN GEN-TOT-GEN RELATIE, HOEWEL HET MOGELIJK IS OM EEN GROTERE DIFFERENTIATIE TE MAKEN IN MAXIMAAL 14 RASSEN. BEIDE PATHOSYSTEMEN BIEDEN EEN ONGEKENDE KANS OM DE MOLECULAIRE BASEN VAN GASTSPECIFICITEIT TE BESTUDEREN. AAN DE ENE KANT, HOEWEL PPH EEN GENETISCH HOMOGEEN PATOVAR IS, VERTONEN DE VERSCHILLENDE ISOLATEN VERSCHILLEN IN HUN VIRULENTIE, EEN ASPECT DAT HUN RAS SPECIFICITEIT WEERSPIEGELT. ANDERZIJDS VEROORZAKEN DE VERSCHILLENDE PATOVARES VAN P. SAVASTANOI VERGELIJKBARE SYMPTOMEN (TUMOREN) BIJ ZOWEL HOUTACHTIGE ALS KRUIDACHTIGE GASTHEREN. DE BESCHIKBAARHEID VAN DE GESLOTEN GENOOM VAN DE PPH 1448A EN PSV NCPPB 3335 STAMMEN, EVENALS DE GENETISCHE EN FUNCTIONELE TOOLS ONTWIKKELD TIJDENS DE UITVOERING VAN ONZE VORIGE PROJECTEN, MAKEN DEZE BACTERIËN IDEALE MODELLEN VOOR DE ANALYSE VAN GASTSPECIFICITEIT EN DE EVOLUTIE VAN VIRULENTIE. ZO ZAL DE VERGELIJKENDE EN FUNCTIONELE GENOMISCHE ANALYSE VAN FYLOGENETISCH VERWANTE BACTERIËLE STAMMEN DE IDENTIFICATIE VAN PATHOGENITEITSDETERMINANTEN OP PATOVAR- EN RASNIVEAU VERGEMAKKELIJKEN. DE BELANGRIJKSTE DOELSTELLINGEN VAN DIT PROJECT ZIJN: 1) FUNCTIONEEL IDENTIFICEREN EN KARAKTERISEREN VERSCHILLEN IN DE REEKS VIRULENTIE GENEN VAN PSV PATHOVARS EN PPH RASSEN GERELATEERD AAN GASTHEER SPECIFICITEIT; EN 2) DE DOOR VERGELIJKENDE EN FUNCTIONELE GENOMIC VERKREGEN INFORMATIE TOEPASSEN VOOR DE ONTWIKKELING VAN DIAGNOSTISCHE HULPMIDDELEN VOOR DE PPH-RASSEN EN DE OPKOMENDE GEÏSOLEERDE PSV IN MANDEVILLA. DE SPECIFIEKE DOELSTELLINGEN ZIJN: 1) WIJS EEN PATOVAR TOE AAN P. SAVASTANOI STAMMEN GEÏSOLEERD VAN M. SANDERI. 2) SEQUENTIE EN RECORD GENOMEN VAN REPRESENTATIEVE STAMMEN VAN PATOVARS EN RASSEN VAN P. SAVASTANOI. 3) VOER EEN VERGELIJKENDE GENOMISCHE ANALYSE EN EEN FYLOGENETISCHE ANALYSE VAN PSV PATHOVARS EN PPH RASSEN UIT. 4) BESTUDEREN VAN DE BIOLOGIE EN ROL IN DE SPECIFICITEIT VAN DE GASTHEER VAN DE PLASMAIDS VAN DEZE BACTERIËLE STAMMEN. 5) OM DE ROL IN DE GASTSPECIFICITEIT VAN DE AFSCHEIDINGSSYSTEMEN, VAN DE EFFECTOREN VAN HET TYPE III AFSCHEIDINGSSYSTEEM EN, 6) VAN ANDERE VIRULENTIEFACTOREN TE VERDIEPEN. 7) OM DE ROL VAN GENIC EXPRESSIE IN DE SPECIFICITEIT VAN GASTEN TE BESTUDEREN. 8) ONTWIKKEL SPECIFIEKE KENMERKENDE HULPMIDDELEN VOOR MANDEVILLA-ISOLATEN EN PPH-RASSEN. (Dutch)
17 December 2021
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Pamplona/Iruña
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Identifiers
AGL2014-53242-C2-2-R
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