Evolution of resistors and Resistotypes in ICU: towards a Particularly Risk Analysis of Emergency Risk and Infection with Antibiotic Resistant Bacteria (Q3145312)
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Project Q3145312 in Spain
| Language | Label | Description | Also known as |
|---|---|---|---|
| English | Evolution of resistors and Resistotypes in ICU: towards a Particularly Risk Analysis of Emergency Risk and Infection with Antibiotic Resistant Bacteria |
Project Q3145312 in Spain |
Statements
82,875.0 Euro
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165,750.0 Euro
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50.0 percent
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1 January 2019
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31 March 2022
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FUNDACION INVESTIGACION BIOMEDICA HOSPITAL RAMON Y CAJAL
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40°25'0.12"N, 3°42'12.89"W
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28079
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La resistencia a antibióticos (RAM) es uno de los Retos de Salud Global del siglo XXI. En Europa, la agenda de investigación 2020-25 de RAM va dirigida a la compresión de los procesos adquisición (emergencia), transmisión y persistencia de bacterias RAM que permitan la implementación de estrategias de intervención eficaces. El riesgo de adquisición y transmisión de patógenos oportunistas RAM en el ámbito hospitalario se produce mayoritariamente en las UCIs y está asociado a las características individuales del hospedador y a los factores externos locales (consumo de antibióticos y otros fármacos, factores demográficos,..I) que determinan la estructura y la función de la microbiota intestinal a nivel individual (“resistencia/sensibilidad a la colonización”) y a nivel colectivo (“presión de colonización”). La falta de herramientas de alta sensibilidad y especificidad para determinar poblaciones bacterianas minoritarias y a nivel de subespecie; y la aplicación de sistemas de vigilancia y control de la infección hospitalaria mayoritariamente retrospectivos ha demorado la comprensión de dichos procesos. Este proyecto plantea un Análisis de los riesgos de adquisición y transmisión de microorganismos RAM, partiendo de la observación multidepartamental de la ecología y evolución de resistomas en una UCI durante 6 meses (pooling strategies, sistemas de alerta) y el estudio clínico de pacientes (metadatos h. clínica digital y-prot Resistencia Cero). El Resistoma de grupo permitirá seleccionar diferentes “escenarios RAM de riesgo” que serán analizados por técnicas “ómicas” de alto rendimiento generadas por este consorcio para i) la estratificación de pacientes en resistotipos (ResCap-SeqCapEZ), y enterotipos (kin-genomics, 16SRNA) ii) el análisis de los efectos de las intervenciones (genome-resolved metagenomics y metaproteómica), y iii) la identificación de biomarcadores. Las variables generadas allimentarán un sistema computacional de predicción i. Proyecto I+D+i multi (Spanish)
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Antibiotic Resistance (RAM) is one of the 21st century Global Health Challenges. In Europe, the 2020-25 research agenda of RAM is aimed at the compression of acquisition processes (emergency), transmission and persistence of RAM bacteria that allow the implementation of effective intervention strategies. The risk of acquisition and transmission of opportunistic ADR pathogens in hospitals occurs mostly in ICUs and is associated with individual host characteristics and local external factors (antibiotic and other drug consumption, demographic factors,..I) that determine the structure and function of the intestinal microbiota at the individual level (“resistance/sensitivity to colonisation”) and at the collective level (“colonisation pressure”). The lack of high sensitivity and specificity tools to identify minority and subspecies-level bacterial populations; and the implementation of mostly retrospective hospital infection surveillance and control systems has delayed understanding of these processes. This project proposes an Analysis of the risks of acquisition and transmission of AMR microorganisms, based on the multidepartmental observation of the ecology and evolution of resistomas in a ICU for 6 months (pooling strategies, warning systems) and the clinical study of patients (digital clinical metadata and-prot Zero Resistance). The group resistome will allow the selection of different “risk ADR scenarios” that will be analysed by high-performance “omics” techniques generated by this consortium for (i) the stratification of patients in resistotypes (ResCap-SeqCapEZ), and enterotypes (kin-genomics, 16SRNA) ii) the analysis of the effects of the interventions (genome-resolved metagenomics and metaproteoms), and iii) the identification of biomarkers. The variables generated will feed a computational prediction system i. Project R+D+i multi (English)
12 October 2021
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La résistance aux antibiotiques (RAM) est l’un des défis de la santé mondiale du XXIe siècle. En Europe, le programme de recherche 2020-25 sur la RAM vise la compression des processus d’acquisition (urgence), la transmission et la persistance des bactéries RAM qui permettent la mise en œuvre de stratégies d’intervention efficaces. Le risque d’acquisition et de transmission d’agents pathogènes opportunistes de l’ADR dans les hôpitaux se produit principalement dans les unités de soins intensifs et est associé aux caractéristiques individuelles de l’hôte et à des facteurs externes locaux (consommation antibiotique et autres médicaments, facteurs démographiques,..I) qui déterminent la structure et la fonction du microbiote intestinal au niveau individuel («résistance/sensibilité à la colonisation») et au niveau collectif («pression de colonisation»). L’absence d’outils de sensibilité et de spécificité élevés pour identifier les populations bactériennes minoritaires et sous-espèces; et la mise en place de systèmes de surveillance et de contrôle des infections hospitalières, pour la plupart rétrospectifs, a retardé la compréhension de ces processus. Ce projet propose une analyse des risques d’acquisition et de transmission de micro-organismes de résistance aux antimicrobiens, basée sur l’observation multidépartementale de l’écologie et de l’évolution des résistances en UTI pendant 6 mois (stratégies de mise en commun, systèmes d’avertissement) et l’étude clinique des patients (métadonnées cliniques numériques et résistance zéro prot). La résistance du groupe permettra la sélection de différents «scénarios d’ADR à risque» qui seront analysés par des techniques «omiques» à haute performance générées par ce consortium pour (i) la stratification des patients dans les résistotypes (RESCAP-SeqCapEZ), et les entérotypes (kin-génomique, 16SRNA) ii) l’analyse des effets des interventions (météonomie et métaprotéoms résolus au génome), et iii) l’identification des biomarqueurs. Les variables générées alimenteront un système de prévision computationnelle i. Projet R+D+i multi (French)
2 December 2021
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Antibiotikaresistenz (RAM) ist eine der globalen Gesundheitsherausforderungen des 21. Jahrhunderts. In Europa zielt die Forschungsagenda von RAM 2020-25 auf die Komprimierung von Akquisitionsprozessen (Notfall), Übertragung und Persistenz von RAM-Bakterien ab, die die Umsetzung wirksamer Interventionsstrategien ermöglichen. Das Risiko des Erwerbs und der Übertragung opportunistischer ADR-Erreger in Krankenhäusern tritt überwiegend in ICU auf und ist mit individuellen Wirtsmerkmalen und lokalen externen Faktoren (Antibiotika und andere Drogenkonsum, demografische Faktoren,..I) verbunden, die die Struktur und Funktion der Darmmikrobiota auf individueller Ebene („Widerstand/Empfindlichkeit gegenüber Kolonisation“) und auf kollektiver Ebene („Kolonisationsdruck“) bestimmen. Das Fehlen hoher Sensitivitäts- und Spezifitätsinstrumente zur Identifizierung von bakteriellen Populationen auf Minderheiten- und Unterartenebene; und die Implementierung von meist retrospektiven Krankenhausinfektionsüberwachungs- und -kontrollsystemen hat das Verständnis dieser Prozesse verzögert. Dieses Projekt schlägt eine Analyse der Risiken des Erwerbs und der Übertragung von AMR-Mikroorganismen vor, die auf der multiabteilungalen Beobachtung der Ökologie und der Entwicklung von Resistenzen in einer ICU für 6 Monate (Pooling-Strategien, Warnsysteme) und der klinischen Studie von Patienten (digitale klinische Metadaten und-prot Zero Resistance) basiert. Das Gruppenresistenz ermöglicht die Auswahl verschiedener „Risiko-ADR-Szenarien“, die durch Hochleistungs-„omics“-Techniken analysiert werden, die von diesem Konsortium für i) die Schichtung von Patienten in Resistotypen (RESCAP-SeqCapEZ) und Enterotypen (kin-genomics, 16SRNA) ii) die Analyse der Auswirkungen der Interventionen (genome-aufgelöste Metagenomics und Metaproteoms) und iii) die Identifizierung von Biomarkern. Die erzeugten Variablen werden ein Rechenvorhersagesystem i. Projekt R+D+i multi (German)
9 December 2021
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Antibioticaresistentie (RAM) is een van de 21e-eeuwse wereldwijde gezondheidsuitdagingen. In Europa is de onderzoeksagenda 2020-25 van RAM gericht op de compressie van acquisitieprocessen (noodsituatie), overdracht en persistentie van RAM-bacteriën die de implementatie van effectieve interventiestrategieën mogelijk maken. Het risico van verwerving en overdracht van opportunistische ADR-pathogenen in ziekenhuizen komt meestal voor in ICU’s en is geassocieerd met individuele gastheerkenmerken en lokale externe factoren (antibiotische en andere drugsconsumptie, demografische factoren,..I) die de structuur en functie van de darmmicrobiota op individueel niveau („resistentie/gevoeligheid voor kolonisatie”) en op collectief niveau („kolonisatiedruk”) bepalen. Het ontbreken van instrumenten met een hoge gevoeligheid en specificiteit om bacteriële populaties van minderheden en ondersoorten te identificeren; en de implementatie van meestal retrospectieve surveillance- en controlesystemen voor ziekenhuisinfecties heeft het inzicht in deze processen vertraagd. Dit project stelt een analyse voor van de risico’s van de verwerving en overdracht van AMR-micro-organismen, gebaseerd op de multidepartementale observatie van de ecologie en de evolutie van resistoma’s in een ICU gedurende 6 maanden (poolingstrategieën, waarschuwingssystemen) en de klinische studie van patiënten (digitale klinische metadata en-prot Zero Resistance). Het groepsresistoom zal de selectie mogelijk maken van verschillende „risico ADR-scenario’s” die zullen worden geanalyseerd door middel van krachtige „omics” technieken die door dit consortium worden gegenereerd voor (i) de stratificatie van patiënten in resistotypes (RESCAP-SeqCapEZ) en enterotypes (kin-genomica, 16SRNA) ii) de analyse van de effecten van de interventies (genoom-opgeloste metagenomica en metaproteoms), en iii) de identificatie van biomarkers. De gegenereerde variabelen voeden een rekenkundig voorspellingssysteem i. Project R+D+i multi (Dutch)
17 December 2021
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Madrid
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Identifiers
PI18_01942
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