GENETIC DETERMINANTS INVOLVED IN THE INVASIVE ADHERENT PATHOTYPE ESCHERICHIA COLI (AIEC) FOR IDENTIFICATION IN CROHN’S DISEASE. (Q3157086)
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Project Q3157086 in Spain
| Language | Label | Description | Also known as |
|---|---|---|---|
| English | GENETIC DETERMINANTS INVOLVED IN THE INVASIVE ADHERENT PATHOTYPE ESCHERICHIA COLI (AIEC) FOR IDENTIFICATION IN CROHN’S DISEASE. |
Project Q3157086 in Spain |
Statements
36,300.0 Euro
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72,600.0 Euro
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50.0 percent
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1 January 2014
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31 December 2016
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UNIVERSIDAD DE GERONA
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41°58'45.48"N, 2°49'11.78"E
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17079
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EL PATOTIPO ADHERENTE-INVASIVO DE ESCHERICHIA COLI (AIEC) HA SIDO IMPLICADO RECIENTEMENTE EN LA ETIOLOGIA DE LA ENFERMEDAD DE CROHN, ESPECIALMENTE EN PACIENTES CON AFECTACION ILEAL, AUNQUE CADA VEZ SON MAS LOS ESTUDIOS QUE TAMBIEN LO RELACIONAN CON OTRAS AFECTACIONES INTESTINALES COMO LA COLITIS ULCEROSA Y EL CANCER DE COLON. AMBAS ENFERMEDADES TIENEN UNA INCIDENCIA CRECIENTE EN PAISES DESARROLLADOS._x000D_ _x000D_ EL PATOTIPO AIEC SE DEFINE POR SU CAPACIDAD DE ADHERENCIA E INVASION DE CELULAS EPITELIALES INTESTINALES Y POR SER CAPAZ DE SOBREVIVIR Y REPLICARSE EN MACROFAGOS. LAS CEPAS AIEC AISLADAS HASTA EL MOMENTO SON GENETICAMENTE MUY DIVERSAS, PERTENECEN A DISTINTOS FILOGRUPOS Y PUEDEN PRESENTAR DIVERSOS GRUPOS DE GENES DE VIRULENCIA CARACTERISTICOS DE E. COLI PATOGENAS EXTRAINTESTINALES. NO OBSTANTE, EL HECHO DE TENER ESTOS GENES NO JUSTIFICA EL FENOTIPO AIEC. POR OTRO LADO, SE HA DEMOSTRADO QUE GENES DIRECTAMENTE IMPLICADOS EN LA PATOGENICIDAD DEL PATOTIPO SE HALLAN TAMBIEN EN CEPAS DE E. COLI NO PATOGENAS. EN RESUMEN, NO SE CONOCEN QUE DETERMINANTES GENETICOS ESTAN ESPECIFICAMENTE RELACIONADOS CON EL FENOTIPO AIEC. _x000D_ _x000D_ EN UN ESTUDIO PREVIO, NUESTRO GRUPO MOSTRO QUE AISLADOS DE E. COLI CON PULSOTIPOS IDENTICOS DIFIEREN EN EL FENOTIPO AIEC. EN EL ANTERIOR PROYECTO (GENAIEC, SAF2010-15896) SE SELECCIONARON TRES PAREJAS DE CEPAS (CADA PAREJA CONSISTE EN UN AISLADO AIEC Y UNO NO-AIEC CON EL MISMO PULSOTIPO) Y SE SECUENCIARON SUS GENOMAS. SE LLEVO A CABO UNA SECUENCIACION DE NOVO CON EL OBJETIVO DE TENER GENOMAS DE REFERENCIA DE ALTA CALIDAD EN QUE SE PUEDAN IDENTIFICAR NO SOLO DIFERENCIAS DE PRESENCIA/AUSENCIA DE GENES SINO TAMBIEN DIFERENCIAS ESTRUCTURALES. SE ANOTARON FUNCIONALMENTE LOS SEIS GENOMAS Y SE REALIZO UN ANALISIS COMPARATIVO DOS A DOS. LA COMPARACION DE CEPAS TAN CERCANAS GENETICAMENTE PERO QUE DIFIEREN EN EL FENOTIPO AIEC NOS HA PERMITIDO OBTENER UNA LISTA RELATIVAMENTE REDUCIDA DE ELEMENTOS GENETICOS CANDIDATOS. ADEMAS, AL SECUENCIAR TRES PAREJAS DE CEPAS QUE PERTENECEN A FILOGRUPOS DISTINTOS PODEMOS CONOCER QUE DIFERENCIAS SON ESPECIFICAS DE LA PAREJA ESTUDIADA Y CUALES SON ¿TRANSVERSALES¿ EN LAS AIEC DE DISTINTOS FILOGRUPOS._x000D_ EN EL PRESENTE PROYECTO PRETENDEMOS IDENTIFICAR ELEMENTOS GENETICOS DISTINTIVOS DEL PATOTIPO AIEC. EN PRIMER LUGAR SE PROPONE DISEÑAR HERRAMIENTAS MOLECULARES QUE PERMITAN LA DETECCION Y CUANTIFICACION DEL PATOTIPO AIEC, ACTUALMENTE INEXISTENTES, Y QUE PODRAN APLICARSE EN MUESTRAS DE PACIENTES. POR OTRO LADO, PRETENDEMOS CONOCER EL MECANISMO MEDIANTE EL CUAL ESTOS ELEMENTOS GENETICOS ESTAN IMPLICADOS EN LA PATOGENICIDAD DE LAS AIEC._x000D_ EL DISEÑO DE HERRAMIENTAS MOLECULARES PARA LA DETECCION DEL PATOTIPO AIEC PODRIA SER DE UTILIDAD EN EL DIAGNOSTICO DIFERENCIAL DE DISTINTOS SUBTIPOS DE ENFERMEDADES INFLAMATORIAS INTESTINALES. ADEMAS, ESTAS HERRAMIENTAS FACILITARIAN LOS ESTUDIOS A GRAN ESCALA, PUDIENDO CONOCER MEJOR LA PREVALENCIA DEL PATOTIPO E IDENTIFICAR LOS RESERVORIOS Y VIAS DE TRANSMISION. ESTOS ESTUDIOS SON DIFICILMENTE EJECUTABLES MEDIANTE LAS TECNICAS ACTUALES DE IDENTIFICACION DEL PATOTIPO. ADEMAS, ESCLARECER CUALES SON LOS DETERMINANTES GENETICOS RELACIONADOS CON SU PATOGENICIDAD NO SOLO AYUDARIA A COMPRENDER MEJOR EL MECANISMO DE PATO¬GENICIDAD DEL PATOTIPO SI NO QUE SIGNIFICARIA UN GRAN AVANCE EN LA DETECCION DE NUEVAS DIANAS TERAPEUTICAS PARA LA ENFERMEDAD DE CROHN. (Spanish)
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THE ADHERENT-INVASIVE PATHOTYPE OF ESCHERICHIA COLI (AIEC) HAS RECENTLY BEEN INVOLVED IN THE ETIOLOGY OF CROHN’S DISEASE, ESPECIALLY IN PATIENTS WITH ILEAL INVOLVEMENT, ALTHOUGH MORE AND MORE STUDIES ALSO RELATE IT TO OTHER INTESTINAL EFFECTS SUCH AS ULCERATIVE COLITIS AND COLON CANCER. Both DISEASES HAVE A GREAT INCIDENCE IN DEVELOPED COUNTRIES._x000D_ _x000D_ The AIEC pathotype is defamed by its capacity of ADHERENCE AND INVASION OF INTESTINAL EPITELIAL CELLS AND FOR BEING THERE ON and replicated in macrophages. THE AIEC STRAINS ISOLATED SO FAR ARE GENETICLY DIVERSE, BELONG TO DIFFERENT PHYLOGRUPOS AND MAY PRESENT DIFFERENT GROUPS OF VIRULENCE GENES CHARACTERISTIC OF E. COLI EXTRAINTESTINAL PATHOGENS. HOWEVER, HAVING THESE GENES DOES NOT JUSTIFY THE AIEC PHENOTYPE. ON THE OTHER HAND, IT HAS BEEN SHOWN THAT GENES DIRECTLY INVOLVED IN PATHOGENICITY OF THE PATHOTYPE ARE ALSO FOUND IN NON-PATHOGENOUS E. COLI STRAINS. IN SHORT, IT IS NOT KNOWN THAT GENETIC DETERMINANTS ARE SPECIFICALLY RELATED TO THE AIEC PHENOTYPE. _x000D_ _x000D_ in A PREVIOUS STUDY, OUR GROUP MOSSITED OF E. COLI WITH IDENTIC PULSOTIPES DIFY IN THE AIEC FENOTIPO. IN THE PREVIOUS PROJECT (GENAIEC, SAF2010-15896) THREE PAIRS OF STRAINS WERE SELECTED (EACH PAIR CONSISTS OF AN AIEC ISOLATE AND ONE NON-AIEC WITH THE SAME PULSOTIPO) AND THEIR GENOMES WERE SEQUENCED. A NOVO SEQUENCING WAS CARRIED OUT WITH THE AIM OF HAVING HIGH QUALITY REFERENCE GENOMES IN WHICH NOT ONLY DIFFERENCES IN PRESENCE/ABSENCE OF GENES BUT ALSO STRUCTURAL DIFFERENCES CAN BE IDENTIFIED. THE SIX GENOMES WERE RECORDED FUNCTIONALLY AND A COMPARATIVE ANALYSIS WAS PERFORMED TWO TO TWO. THE COMPARISON OF STRAINS SO CLOSE GENETICLY BUT DIFFERING IN THE AIEC PHENOTYPE HAS ALLOWED US TO OBTAIN A RELATIVELY SMALL LIST OF CANDIDATE GENETIC ELEMENTS. In addition, by sequencing THREE WORKS OF CEPAS THREE WE CAN KNOW THREE DIFFERENCES OF THE STUDY WORK AND WHAT WHAT ARE ANSVERSAL IN THE AIEC OF FILOGRUP DYSTINTS._x000D_ IN THE PRESENT PROJECT we intend to identify geographically disciplining GENETIC ELEMENTS of the AIEC pathotype. FIRSTLY, IT IS PROPOSED TO DESIGN MOLECULAR TOOLS THAT ALLOW THE DETECTION AND QUANTIFICATION OF THE CURRENTLY NON-EXISTENT AIEC PATHOTYPE AND THAT CAN BE APPLIED IN PATIENT SAMPLES. By another side, we intend to know the mechanism by means of which these GENETIC elements are involved in the pathotype AIEC._x000D_ the design of molecular tools for the detection of the pathotype AIEC could be of use in the DIAGGNOSTICO DIFFERENTIAL of different subtypes of INTESTINAL INFLAMATORY DISEASES. IN ADDITION, THESE TOOLS WOULD FACILITATE LARGE-SCALE STUDIES, BEING ABLE TO BETTER UNDERSTAND THE PREVALENCE OF THE PATHOTYPE AND IDENTIFY RESERVOIRS AND TRANSMISSION PATHWAYS. THESE STUDIES ARE DIFFICULT TO EXECUTE USING CURRENT PATHOTYPE IDENTIFICATION TECHNIQUES. IN ADDITION, CLARIFYING WHAT ARE THE GENETIC DETERMINANTS RELATED TO ITS PATHOGENICITY WOULD NOT ONLY HELP TO BETTER UNDERSTAND THE PATHOGENICITY MECHANISM OF THE PATHOTYPE BUT WOULD MEAN A GREAT ADVANCE IN THE DETECTION OF NEW THERAPEUTIC TARGETS FOR CROHN’S DISEASE. (English)
12 October 2021
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LE PATHOTYPE ENVAHISSANT D’ESCHERICHIA COLI (AIEC) A RÉCEMMENT ÉTÉ IMPLIQUÉ DANS L’ÉTIOLOGIE DE LA MALADIE DE CROHN, EN PARTICULIER CHEZ LES PATIENTS ATTEINTS D’UNE ATTEINTE ILÉALE, BIEN QUE DE PLUS EN PLUS D’ÉTUDES LE RELIENT À D’AUTRES EFFETS INTESTINAUX TELS QUE LA COLITE ULCÉREUSE ET LE CANCER DU CÔLON. Les deux DISEASES ont une grande INCIDENCE DANS LES PAYS DÉVELOPPÉS._x000D_ _x000D_ Le pathotype de l’AIEC est diffamé par sa capacité d’ADHERENCE ET D’INVASION DE CELLS EPITELIAL INTESTINAUX ET POUR L’ÊTRE SUR et répliqué dans les macrophages. LES SOUCHES AIEC ISOLÉES JUSQU’À PRÉSENT SONT GÉNÉTIQUEMENT DIVERSES, APPARTIENNENT À DIFFÉRENTS PHYLOGRUPOS ET PEUVENT PRÉSENTER DIFFÉRENTS GROUPES DE GÈNES DE VIRULENCE CARACTÉRISTIQUES DES PATHOGÈNES EXTRA-INTESTINAUX D’E. COLI. CEPENDANT, LA PRÉSENCE DE CES GÈNES NE JUSTIFIE PAS LE PHÉNOTYPE AIEC. D’AUTRE PART, IL A ÉTÉ DÉMONTRÉ QUE DES GÈNES DIRECTEMENT IMPLIQUÉS DANS LA PATHOGÉNICITÉ DU PATHOTYPE SE TROUVENT ÉGALEMENT DANS DES SOUCHES NON PATHOGÈNES D’E. COLI. EN BREF, ON IGNORE QUE LES DÉTERMINANTS GÉNÉTIQUES SONT SPÉCIFIQUEMENT LIÉS AU PHÉNOTYPE AIEC. _x000D_ _x000D_ dans UNE ÉTUDE PRÉVUE, NOTRE GROUPE MOSSITE D’E. COLI AVEC identiques PULSOTIPES DIVERS DANS LA FÉNOTOPO DE L’AIEC. DANS LE PROJET PRÉCÉDENT (GENAIEC, SAF2010-15896) TROIS PAIRES DE SOUCHES ONT ÉTÉ SÉLECTIONNÉES (CHAQUE PAIRE EST CONSTITUÉE D’UN ISOLAT AIEC ET D’UNE NON-AIEC AVEC LE MÊME PULSOTIPO) ET LEURS GÉNOMES ONT ÉTÉ SÉQUENCÉS. UN SÉQUENÇAGE NOVO A ÉTÉ RÉALISÉ DANS LE BUT D’AVOIR DES GÉNOMES DE RÉFÉRENCE DE HAUTE QUALITÉ DANS LESQUELS NON SEULEMENT DES DIFFÉRENCES DE PRÉSENCE/ABSENCE DE GÈNES, MAIS AUSSI DES DIFFÉRENCES STRUCTURELLES PEUVENT ÊTRE IDENTIFIÉES. LES SIX GÉNOMES ONT ÉTÉ ENREGISTRÉS SUR LE PLAN FONCTIONNEL ET UNE ANALYSE COMPARATIVE A ÉTÉ EFFECTUÉE DE DEUX À DEUX. LA COMPARAISON DES SOUCHES SI ÉTROITES SUR LE PLAN GÉNÉTIQUE, MAIS DIFFÉRENCIÉES PAR LE PHÉNOTYPE AIEC, NOUS A PERMIS D’OBTENIR UNE LISTE RELATIVEMENT RESTREINTE D’ÉLÉMENTS GÉNÉTIQUES CANDIDATS. En outre, en séquençant TROIS TRAVAILS DES CESPES TROIS NOUS NE SAVOIR TROIS DIFFERENCES DE L’ÉTUDE DE TRAVAIL ET QU’IL EST AVEC L’AIEC DES DYSTINTS DE FILOGRUP._x000D_ DANS LE PROJET PRÉSENT, nous avons l’intention d’identifier les ÉLÉMENTS GENETIQUEs de discipline géographique du pathotype AIEC. PREMIÈREMENT, IL EST PROPOSÉ DE CONCEVOIR DES OUTILS MOLÉCULAIRES QUI PERMETTENT LA DÉTECTION ET LA QUANTIFICATION DU PATHOTYPE AIEC ACTUELLEMENT INEXISTANT ET QUI PEUVENT ÊTRE APPLIQUÉS DANS DES ÉCHANTILLONS DE PATIENTS. D’un autre côté, nous avons l’intention de connaître le mécanisme par lequel ces éléments GENETIC sont impliqués dans le pathotype AIEC._x000D_ la conception d’outils moléculaires pour la détection du pathotype AIEC pourrait être utilisée dans le DIAGGNOSTICO DIFFERENTIAL de différents sous-types de DISEASES inflammatoires INTESTINAUX. DE PLUS, CES OUTILS FACILITERAIENT LES ÉTUDES À GRANDE ÉCHELLE, EN MESURE DE MIEUX COMPRENDRE LA PRÉVALENCE DU PATHOTYPE ET D’IDENTIFIER LES RÉSERVOIRS ET LES VOIES DE TRANSMISSION. CES ÉTUDES SONT DIFFICILES À RÉALISER À L’AIDE DES TECHNIQUES ACTUELLES D’IDENTIFICATION DES PATHOTYPES. EN OUTRE, PRÉCISER QUELS SONT LES DÉTERMINANTS GÉNÉTIQUES LIÉS À SA PATHOGÉNICITÉ AIDERAIT NON SEULEMENT À MIEUX COMPRENDRE LE MÉCANISME DE PATHOGÉNICITÉ DU PATHOTYPE, MAIS CONSTITUERAIT UNE AVANCÉE IMPORTANTE DANS LA DÉTECTION DE NOUVELLES CIBLES THÉRAPEUTIQUES POUR LA MALADIE DE CROHN. (French)
4 December 2021
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Girona
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Identifiers
SAF2013-43284-P
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