Towards the development of GPU accelerating ENALOS+ nodes (Q2720951)
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Project Q2720951 in Cyprus
| Language | Label | Description | Also known as |
|---|---|---|---|
| English | Towards the development of GPU accelerating ENALOS+ nodes |
Project Q2720951 in Cyprus |
Statements
21,241.5 Euro
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24,990.0 Euro
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85.0 percent
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7 July 2017
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1 February 2019
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NovaMechanics Ltd
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Η επιτυχία της ανακάλυψης νέων φαρμάκων, καθώς επίσης και του σχεδιασμού νέων υλικών με τη βοήθεια της χημειοπληροφορικής, εξαρτώνται σε μεγάλο βαθμό από την επιτυχία των υπολογιστικών μεθόδων και των εργαλείων που χρησιμοποιούνται για την επεξεργασία, την ανάλυση και την ερμηνεία των χημικών και βιολογικών δεδομένων και ιδιοτήτων. Η ανάγκη για αποτελεσματική εξόρυξη και ανάλυση δεδομένων είναι πλέον ιδιαίτερα έντονη, κυρίως λόγω του συνεχώς αυξανόμενου όγκου των δεδομένων που παράγονται από τις πειραματικές μεθόδους υψηλής απόδοσης και μαζικής πειραματικής αξιολόγησης δειγμάτων - High Throughput Screening (HTS). Για την αντιμετώπιση της αναδυόμενης αυτής ανάγκης, η εταιρία NovaMechanis Ltd έχει αναπτύξει και ενσωματώσει στην εργαλειοθήκη ?Enalos+? ένα ευρύ φάσμα κόμβων, λειτουργικών στο πλαίσιο της ηλεκτρονικής πλατφόρμας ΚΝΙΜΕ, οι οποίοι προσφέρουν την δυνατότητα χημειοπληροφορικής ανάλυσης δεδομένων και τον προσδιορισμό της δραστικότητας και ιδιοτήτων χημικών ενώσεων. Το πρόγραμμα EnalosGPU θα βασιστεί στη υπάρχουσα τεχνογνωσία και θα διερευνήσει-επαληθεύσει το πλεονέκτημα των υπολογισμών σε GPU σε μια προσπάθεια να: i. Επιτραπεί η ανάλυση μεγάλου όγκου δεδομένων στο ΚΝΜΕ μέσω των κόμβων Enalos+ ii. Επιταχυνθούν οι υπολογισμοί που πραγματοποιούνται στο ΚΝΙΜΕ μέσω των κόμβων Enalos+ iii. Προτείνει νέους, χρονικά και οικονομικά αποδοτικούς κόμβους, οι οποίοι θα ενσωματωθούν στην εργαλειοθήκη Enalos+ Πρόσφατες έρευνες έχουν επισημάνει τα πλεονεκτήματα των υπολογισμών σε GPU έναντι αυτών σε CPU. Αυτή η προσέγγιση θεωρείται κρίσιμη για την επιτάχυνση των υπολογισμών μέσω των κόμβων Enalos+, κυρίως λόγω του αυξανόμενου όγκου δεδομένων, της απαίτησης για χρονικά και οικονομικά αποδοτική επεξεργασία τους, που θα επιταχύνει τους υπολογισμούς και της ανάγκης για εκμετάλλευση των συνεχώς αυξανόμενων δυνατοτήτων των διαθέσιμων υπέρ-υπολογιστών, οι οποίοι είναι πλέον εύκολα προσβάσιμοι στο ευρύ κοινό. Οι κύριοι στόχοι του προγράμματος EnalosGPU συνοψίζονται ως εξής: i. Διερ (Greek)
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The success of the discovery of new drugs, as well as the design of new materials with the help of cheminformatics, depend largely on the success of the computational methods and tools used for the processing, analysis and interpretation of chemical and biological data and properties. The need for efficient data mining and analysis is now particularly pronounced, mainly due to the ever-increasing volume of data produced by high-performance experimental methods and mass experimental sample evaluation – High Throughput Screening (HTS). To address this emerging need, NovaMechanis Ltd has developed and integrated into the toolkit?Enalos+; a wide range of nodes, functional within the framework of the KNIME electronic platform, which offer the possibility of chemo-informatic data analysis and the determination of the activity and properties of chemical compounds. The EnalosGPU project will build on existing know-how and explore-verify the advantage of GPU calculations in an effort to: I. A large volume of data can be analysed in the CPU via Enalos+ ii nodes. Accelerate the calculations carried out in the KNIME via Enalos+ iii nodes. It proposes new, time-effective and cost-effective nodes, which will be integrated into the Enalos+ toolkit Recent research has highlighted the advantages of GPU calculations over those in CPUs. This approach is considered crucial for accelerating calculations through Enalos+ knots, mainly due to the increasing volume of data, the requirement for time and cost-effective processing, which will accelerate calculations and the need to exploit the ever-increasing potential of available supercomputers, which are now easily accessible to the general public. The main objectives of the EnalosGPU project are summarised as follows: I. dir (English)
31 May 2021
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Le succès de la découverte de nouveaux médicaments, ainsi que de la conception de nouveaux matériaux à l’aide de la chimio-informatique, dépend dans une large mesure du succès des méthodes et outils de calcul utilisés pour le traitement, l’analyse et l’interprétation des données et propriétés chimiques et biologiques. Le besoin d’une extraction et d’une analyse de données efficaces est aujourd’hui particulièrement aigu, principalement en raison de la quantité toujours croissante de données générées par des méthodes expérimentales de haute performance et le filtrage à haut débit (HTS). Pour répondre à ce besoin émergent, NovaMechanis Ltd a développé et intégré dans la boîte à outils?Enalos+, un large éventail de nœuds fonctionnels au sein de la plateforme électronique KNIME, qui offrent la possibilité d’analyser les données chimio-informatiques et de déterminer la puissance et les propriétés des composés chimiques. EnalosGPU s’appuiera sur le savoir-faire existant et explorera-vérifier l’avantage des calculs GPU afin de: I. Un grand volume de données peut être analysé dans le CNME par l’intermédiaire de nœuds Enalos+ ii. Accélérer les calculs effectués au CNIME par l’intermédiaire des nœuds Enalos+ iii. Il propose de nouveaux nœuds économes en temps et bon rapport coût-efficacité à intégrer dans la boîte à outils Enalos+ Des enquêtes récentes ont mis en évidence les avantages des calculs GPU par rapport à ceux des CPU. Cette approche est considérée comme cruciale pour accélérer les calculs par l’intermédiaire des nœuds Enalos+, principalement en raison de la quantité croissante de données, du besoin de temps et d’un traitement rentable, ce qui accélérera les calculs et de la nécessité d’exploiter le potentiel sans cesse croissant des supercalculateurs disponibles, qui sont désormais facilement accessibles au grand public. Les principaux objectifs du programme EnalosGPU sont résumés comme suit: I. Dier (French)
27 November 2021
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Der Erfolg der Entdeckung neuer Medikamente sowie die Entwicklung neuer Materialien mit Hilfe der Chemoinformatik hängt weitgehend vom Erfolg der Berechnungsmethoden und -werkzeuge für die Verarbeitung, Analyse und Interpretation chemischer und biologischer Daten und Eigenschaften ab. Die Notwendigkeit eines effektiven Datenbergbaus und -analysen ist jetzt besonders akut, vor allem aufgrund der ständig steigenden Datenmenge, die durch Hochleistungs-Experimente und Hochdurchsatz-Screening (HTS) erzeugt wird. Um diesem sich abzeichnenden Bedarf gerecht zu werden, hat NovaMechanis Ltd.Enalos+ eine breite Palette von Knoten entwickelt und integriert, die innerhalb der elektronischen Plattform KNIME funktionieren, die die Möglichkeit einer chemo-informatischen Datenanalyse und der Bestimmung der Potenz und Eigenschaften chemischer Verbindungen bieten. EnalosGPU wird auf bestehendem Know-how aufbauen und den Vorteil von GPU-Berechnungen prüfen, um: I. Ein großes Datenvolumen kann im CNME über Enalos+ ii Knoten analysiert werden. Beschleunigen Sie die Berechnungen am CNIME über Enalos+ iii Knoten. Sie schlägt neue, zeiteffiziente und kostengünstige Knoten vor, die in das Enalos±Toolbox integriert werden sollen. Die jüngsten Umfragen haben die Vorteile von GPU-Berechnungen gegenüber den in CPUs aufgezeigt. Dieser Ansatz gilt als entscheidend für die Beschleunigung der Berechnungen über Enalos±Knoten, vor allem aufgrund der steigenden Datenmenge, der Anforderung an Zeit und kosteneffektiver Verarbeitung, die die Berechnungen beschleunigen und das immer größere Potenzial verfügbarer Supercomputer ausschöpfen muss, die nun für die breite Öffentlichkeit leicht zugänglich sind. Die Hauptziele des EnalosGPU-Programms werden wie folgt zusammengefasst: I. Dier (German)
29 November 2021
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Het succes van het ontdekken van nieuwe geneesmiddelen, evenals het ontwerpen van nieuwe materialen met behulp van chemo-informatica, hangt grotendeels af van het succes van de rekenmethoden en -instrumenten die worden gebruikt voor de verwerking, analyse en interpretatie van chemische en biologische gegevens en eigenschappen. De behoefte aan effectieve datamining en -analyse is nu bijzonder acuut, voornamelijk vanwege de steeds toenemende hoeveelheid gegevens die worden gegenereerd door hoogwaardige experimentele methoden en High Throughput Screening (HTS). Om aan deze nieuwe behoefte tegemoet te komen, heeft NovaMechanis Ltd zich ontwikkeld en geïntegreerd in de toolbox?Enalos+; een breed scala aan knooppunten, functioneel binnen het elektronische platform KNIME, die de mogelijkheid bieden van chemo-informatische gegevensanalyse en de bepaling van de potentie en eigenschappen van chemische verbindingen. EnalosGPU bouwt voort op bestaande knowhow en onderzoekt het voordeel van GPU-berekeningen in een poging om: I. Een grote hoeveelheid gegevens kan in de CNME worden geanalyseerd via Enalos+ ii knooppunten. Versnel de berekeningen bij de CNIME via Enalos+ iii knooppunten. Het stelt nieuwe, tijdefficiënte en kosteneffectieve knooppunten voor die moeten worden geïntegreerd in de Enalos+ toolbox Recente enquêtes hebben de voordelen van GPU-berekeningen ten opzichte van die in CPU’s benadrukt. Deze aanpak wordt van cruciaal belang geacht voor het versnellen van berekeningen via Enalos±knooppunten, voornamelijk vanwege de toenemende hoeveelheid gegevens, de behoefte aan tijd en kosteneffectieve verwerking, die de berekeningen zal versnellen en de noodzaak om het steeds groter wordende potentieel van beschikbare supercomputers, die nu gemakkelijk toegankelijk zijn voor het grote publiek, te benutten. De belangrijkste doelstellingen van het EnalosGPU-programma worden als volgt samengevat: I. Dier (Dutch)
29 November 2021
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*Δεν έχει γεωγραφική διάσταση*
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Identifiers
34430
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