DEVELOPMENT OF STRATEGIES -OMICAS TO UNVEIL PANGENOMES, COEVOLUCION VIRICA AND ADAPTATION TO THE ENDS OF SALT CONCENTRATION SP2 (Q3157761)
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Project Q3157761 in Spain
| Language | Label | Description | Also known as |
|---|---|---|---|
| English | DEVELOPMENT OF STRATEGIES -OMICAS TO UNVEIL PANGENOMES, COEVOLUCION VIRICA AND ADAPTATION TO THE ENDS OF SALT CONCENTRATION SP2 |
Project Q3157761 in Spain |
Statements
94,380.0 Euro
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188,760.0 Euro
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50.0 percent
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1 January 2019
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31 December 2021
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UNIVERSIDAD DE ALICANTE
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03014
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EL PRESENTE PROYECTO COORDINADO INCLUYE UN CONSORCIO FORMADO POR CUATRO GRUPOS DE INVESTIGACION, CON SUS RESPECTIVOS SUBPROYECTOS, QUE SE CENTRARA EN EL ESTUDIO DEL PANGENOMA DE LAS ESPECIES PROCARIOTAS, LA COEVOLUCION CON SUS VIRUS Y LOS MECANISMOS DE ADAPTACION DE ESTAS A AMBIENTES QUE SE SITUAN EN LOS EXTREMOS DEL RANGO DE SALINIDAD (HIPERSALINOS Y OLIGOSALINOS) EMPLEANDO NUEVAS ESTRATEGIAS ¿OMICAS. LOS SISTEMAS A ANALIZAR SERAN AMBIENTES HIPERSALINOS CERCANOS A LA SATURACION DE SAL Y LAGOS SALADOS, Y AGUAS OLIGOTROFICAS DE CUEVAS. EL CONSORCIO ESTA CONSTITUIDO POR MICROBIOLOGOS, ECOLOGOS MICROBIANOS MOLECULARES, MATEMATICOS Y BIOINFORMATICOS, QUE DESARROLLARAN Y APLICARAN NUEVAS HERRAMIENTAS PARA CONTESTAR CUESTIONES COMO:_x000D_ ¿COMO SON LAS ESPECIES PROCARIOTICAS DESDE EL PUNTO DE VISTA DE SU CIRCUNSCRIPCION GENOMICA Y CUAL ES EL ALCANCE E IMPORTANCIA DE SU GENOMA ACCESORIO EN LOS PROCESOS DE ESPECIACION?_x000D_ ¿COMO EVOLUCIONAN LOS VIRUS EN LAS COMUNIDADES MICROBIANAS?_x000D_ ¿CUALES SON LOS LIMITES DE LA METAGENOMICA A LA HORA DE DETECTAR EVENTOS EVOLUTIVOS?_x000D_ ¿COMO EL CULTIVO SELECCIONA EL AISLAMIENTO DE DETERMINADOS MICROORGANISMOS Y SUS VIRUS?_x000D_ ¿COMO SE SELECCIONAN LAS COMUNIDADES MICROBIANAS POR EL EFECTO DE FACTORES BIOTICOS Y/O ABIOTICOS Y COMO RESPONDEN A LOS MISMOS? ¿CUAL ES EL IMPACTO DE LOS VIRUS EN EL PROCESO? ¿EXISTE ALGUN TIPO DE COMUNICACION EXTRACELULAR ENTRE VIRUS Y ENTRE VIRUS Y HOSPEDADORES?_x000D_ LAS TECNICAS A EMPLEAR EN EL PROYECTO ESTARAN DIRIGIDAS AL ANALISIS Y COMPARACION DE COMUNIDADES MICROBIANAS A NIVEL FILOGENETICO, Y TAMBIEN SE DESARROLLARAN HERRAMIENTAS QUE IMPLEMENTARAN LOS ESTUDIOS METAGENOMICOS, METAPROTEOMICOS, METABOLOMICOS Y DE CLASIFICACION IN SILICO DE VIRUS._x000D_ DENTRO DEL PROYECTO COORDINADO, EL SUBPROYECTO 2, DIRIGIDO POR JOSEFA ANTON Y FERNANDO SANTOS, DEL GRUPO DE ECOLOGIA MICROBIANA MOLECULAR (EMM) DE LA UNIVERSIDAD DE ALICANTE, SE CENTRARA PRINCIPALMENTE, PERO NO DE MANERA EXCLUSIVA, EN AQUELLOS ASPECTOS RELACIONADOS CON LOS VIRUS._x000D_ ESPECIFICAMENTE, LAS TAREAS QUE SERAN LLEVADAS A CABO EN EL SUBPROYECTO 2 SERAN:_x000D_ EL ANALISIS DE LAS COMUNIDADES VIRICAS PRESENTES EN LAS MUESTRAS NATURALES EMPLEADAS EN EL PROYECTO_x000D_ LOS EXPERIMENTOS ENCAMINADOS A ESTUDIAR LA EVOLUCION DE COMUNIDADES DE HALOVIRUS Y HALOVIRUS AISLADOS_x000D_ DETERMINAR CUALES SON LOS LIMITES DE LA METAGENOMICA A LA HORA DE DETECTAR CAMBIOS EVOLUTIVOS_x000D_ EXPLORAR EL EFECTO DE COMPUESTOS EXTRACELULARES EN LA COMUNICACION ENTRE VIRUS Y ENTRE ESTOS Y SUS HOSPEDADORES_x000D_ LA CONSTRUCCION DE METAGENOMAS DE POBLACIONES MICROBIANAS SELECCIONADAS MEDIANTE MICROFLUIDICA_x000D_ EL ESTUDIO DEL EFECTO DEL CULTIVO SOBRE EL CONTENIDO EN GC DE LOS AISLADOS OBTENIDOS_x000D_ PARA LA CONSECUCION DE ESTAS TAREAS SE EMPLEARAN APROXIMACIONES METAGENOMICAS, EXPERIMENTOS EN MESOCOSMOS, EXPERIMENTOS DE MICROFLUIDICA Y TECNICAS GENERALES DE ECOLOGIA MICROBIANA MOLECULAR, ASI COMO AQUELLAS HERRAMIENTAS DESARROLLADAS EN EL MARCO DEL PRESENTE PROYECTO PARA TAL FIN. (Spanish)
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THE CURRENT COORDINATED PROJECT INVOLVES FOUR PARTNERS, WITH THEIR RESPECTIVE SUBPROJECTS, THAT WILL JOINTLY ADDRESS THE STUDY OF SPECIES PANGENOMES, VIRAL COEVOLUTION AND ADAPTATION MECHANISMS IN ENVIRONMENTS AT THE SALT CONCENTRATION EDGES (HYPERSALINE - OLIGOSALINE) USING NEW -OMICS STRATEGIES. TWO TYPES OF SYSTEMS WILL BE ANALYZED: HYPERSALINE CLOSE-TO-SATURATION SALTERNS AND SALT LAKES AND THE OLIGOTROPHIC CAVE WATERS. THE CONSORTIUM INVOLVES MICROBIOLOGISTS, MOLECULAR MICROBIAL ECOLOGISTS, MATHEMATICIANS AND BIOINFOMATICIANS WHO WILL DEVELOP AND APPLY NEW TOOLS TO ADDRESS THE FOLLOWING QUESTIONS:_x000D_ - HOW GENOMICALLY DISCRETE PROKARYOTIC SPECIES ARE AND WHAT IS THE EXTENT OF AUXILIARY GENOME OF MODEL MICROBES/VIRUSES AT A GLOBAL SCALE AND ITS SPECIATION?_x000D_ - HOW VIRUSES EVOLVE IN MIXED MICROBIAL COMMUNITIES?_x000D_ - WHICH ARE THE LIMITS OF METAGENOMICS TO EXPLORE MICROBIAL/VIRAL EVOLUTIONARY EVENTS?_x000D_ - HOW CULTURE SELECTS FROM THE NATURALLY OCCURRING MICROBIAL POPULATIONS AND THEIR VIRUSES?_x000D_ - HOW MICROBIAL COMMUNITIES ARE SELECTED BY BIOTIC ABIOTIC FACTORS AND RESPOND TO THEM? WHICH IS THE IMPACT OF VIRUSES? IS THERE ANY EXTRACELLULAR VIRUS-VIRUS AND VIRUS-HOST COMMUNICATION?_x000D_ THE NEWLY DEVELOPED TOOLS WILL TARGET THE ANALYSIS AND COMPARISON OF MICROBIAL COMMUNITIES AT THE PHYLOGENETIC LEVEL AS WELL AS THE IMPROVEMENT OF METAGENOMICS, METAPROTEOMICS AND METABOLOMICS TOOLS, AND THE IMPROVEMENT OF IN SILICO VIRUS CLASSIFICATION SYSTEMS. _x000D_ WITHIN THE COORDINATED PROJECT, SUBPROJECT 2 (SP2), LEADED BY JOSEFA ANTON AND FERNANDO SANTOS FROM THE MOLECULAR MICROBIAL ECOLOGY (MME) GROUP OF THE UNIVERSITY OF ALICANTE, WILL FOCUS MAINLY, BUT NOT ONLY, ON THE ASPECTS RELATED WITH VIRUSES._x000D_ MOST SPECIFICALLY, THE TASKS CARRIED OUT BY SP2 WILL BE THE FOLLOWING:_x000D_ ANALYSIS OF THE VIRAL ASSEMBLAGES PRESENT IN THE ENVIRONMENTAL SAMPLES USED IN THE PROJECT._x000D_ EXPERIMENTAL EVOLUTION OF HALOVIRAL ASSEMBLAGES AND ISOLATES_x000D_ ASCERTAINING THE LIMITS OF VIRAL METAGENOMICS TO EXPLORE EVOLUTIONARY EVENTS_x000D_ EXPLORING THE EFFECT OF HOST RANGE IN HOST RANGE USING SALINIBACTER RUBER STRAINS AND THEIR VIRUSES_x000D_ EXPLORING THE EFFECT OF EXTRACELLULAR COMPOUNDS ON VIRUS-VIRUS AND VIRUS-CELL ¿COMMUNICATION¿_x000D_ CONSTRUCTION OF SINGLE POPULATIONS METAGENOMES BY USING A MICROFLUIDIC APPROACH._x000D_ STUDY THE CULTURE BIAS ON SELECTING HIGH GC CONTENT ISOLATES._x000D_ FOR THIS PURPOSE, A COMBINATION OF METAGENOMICS, MESOCOSMOS EXPERIMENTS, MICROFLUIDICS AND GENERAL MOLECULAR MICROBIAL ECOLOGY TOOLS WILL BE USED, AS WELL AS THE TOOLS NEWLY DEVELOPED WITHIN THE COORDINATED PROJECT. (English)
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Alicante/Alacant
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Identifiers
PGC2018-096956-B-C44
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