Antisense transcription requirement for plant external environment sensing. (Q84239)
Jump to navigation
Jump to search
Project Q84239 in Poland
| Language | Label | Description | Also known as |
|---|---|---|---|
| English | Antisense transcription requirement for plant external environment sensing. |
Project Q84239 in Poland |
Statements
4,000,000.0 zloty
0 references
4,000,000.0 zloty
0 references
100.0 percent
0 references
1 December 2017
0 references
28 February 2022
0 references
INSTYTUT BIOCHEMII I BIOFIZYKI POLSKIEJ AKADEMII NAUK
0 references
Eukaryotic genomes including plants are pervasively transcribed producing a myriad of non-protein-coding RNA transcripts (ncRNA), including antisense transcripts. Although the prevalent nature of antisense transcription is now well accepted, its functional consequence is much less appreciated. In this application we propose existence of a novel, generic mechanism of Arabidopsis gene regulation by long, non-protein-coding antisense transcription in response to external environment. We will combine an in-depth analysis of antisense transcription absolute requirement for regulation by external signals, of a master regulator of seed dormancy - DOG1 with several, genome-wide approaches to test the proposed mechanism. Finally we will explore the mechanistic aspects of how DOG1 protein controls plant stress response. (Polish)
0 references
Eukaryotic genomes including plants are pervasively transcribed producing a myriad of non-protein-coding RNA transcripts (ncRNA), including antisense transcripts. Although the prevalent nature of antisense transcription is now well accepted, its functional consequence is much less appreciated. In this application we propose existence of a novel, generic mechanism of Arabidopsis gene regulation by long, non-protein-coding antisense transcription in response to external environment. We will combine an in-depth analysis of antisense transcription absolute requirement for regulation by external signals, of a master regulator of seed dormancy – DOG1 with several, genome-wide approaches to test the proposed mechanism. Finally we will explore the mechanistic aspects of how DOG1 protein controls plant stress response. (English)
14 October 2020
0.4622364614943585
0 references
Les génomes eucaryotes, y compris les plantes, sont transcrits de manière omniprésente produisant une myriade de transcriptions d’ARN non codant des protéines (NCRNA), y compris des transcriptions antisens. Bien que la nature prédominante de la transcription antisens soit maintenant bien acceptée, sa conséquence fonctionnelle est beaucoup moins appréciée. Dans cette application, nous proposons l’existence d’un nouveau mécanisme générique de régulation des gènes d’Arabidopsis par une transcription antisens longue et non protéique en réponse à l’environnement externe. Nous combinerons une analyse approfondie de l’exigence absolue de transcription antisens pour la régulation par signaux externes, d’un régulateur maître de la dormance des graines — DOG1 avec plusieurs approches à l’échelle du génome pour tester le mécanisme proposé. Enfin, nous explorerons les aspects mécanistes de la façon dont la protéine DOG1 contrôle la réponse au stress des plantes. (French)
30 November 2021
0 references
Eukaryotische Genome einschließlich Pflanzen werden durchdringend transkribiert und produzieren eine Vielzahl von nicht-proteinkodierenden RNA-Transkripten (ncRNA), einschließlich Antisense-Transkripten. Obwohl die vorherrschende Natur der Antisense-Transkription jetzt gut akzeptiert wird, wird ihre funktionelle Konsequenz viel weniger geschätzt. In dieser Anwendung schlagen wir die Existenz eines neuartigen, generischen Mechanismus der Arabidopsis-Genregulation durch lange, nicht-proteinkodierende Antisense-Transkription als Reaktion auf externe Umgebung vor. Wir werden eine eingehende Analyse der absoluten Antisense-Transkriptionsanforderungen für die Regulierung durch externe Signale, eines Master-Regulators der Samenruhe – DOG1 mit mehreren, genomweiten Ansätzen kombinieren, um den vorgeschlagenen Mechanismus zu testen. Abschließend werden wir die mechanistischen Aspekte untersuchen, wie DOG1-Protein die Stressreaktion von Pflanzen kontrolliert. (German)
7 December 2021
0 references
Eukaryotische genomen, waaronder planten, worden doordringend getranscribeerd en produceren een groot aantal niet-eiwitcoderende RNA-transcripties (ncRNA), inclusief antisense transcripten. Hoewel de heersende aard van antisense transcriptie nu goed wordt geaccepteerd, wordt het functionele gevolg ervan veel minder gewaardeerd. In deze applicatie stellen we het bestaan voor van een nieuw, generiek mechanisme van Arabidopsis genregulatie door lange, niet-proteïne-coderende antisense transcriptie in reactie op externe omgeving. We zullen een diepgaande analyse van antisense transcriptie absolute vereiste voor regulering door externe signalen, van een master regulator van zaad slaapstand — DOG1 combineren met verschillende, genoom-brede benaderingen om het voorgestelde mechanisme te testen. Tot slot zullen we de mechanistische aspecten onderzoeken van hoe DOG1 eiwit de reactie op stress van planten regelt. (Dutch)
16 December 2021
0 references
Genomi eucariotici comprese le piante sono pervasivamente trascritti producendo una miriade di trascrizioni non-proteine-coding RNA (ncRNA), comprese trascrizioni antisenso. Sebbene la natura prevalente della trascrizione antisenso sia ormai ben accettata, la sua conseguenza funzionale è molto meno apprezzata. In questa applicazione proponiamo l'esistenza di un nuovo meccanismo generico di regolazione genica Arabidopsis da lunga trascrizione antisenso non codificante in risposta all'ambiente esterno. Uniremo un'analisi approfondita del requisito assoluto di trascrizione antisenso per la regolazione da segnali esterni, di un regolatore principale della dormienza dei semi — DOG1 con diversi approcci a livello genomico per testare il meccanismo proposto. Infine esploreremo gli aspetti meccanicistici di come la proteina DOG1 controlla la risposta allo stress vegetale. (Italian)
16 January 2022
0 references
Los genomas eucariotas, incluidas las plantas, se transcriben generalizadamente produciendo una miríada de transcripciones de ARN no codificantes de proteínas (ncRNA), incluidas las transcripciones antisentido. Aunque la naturaleza prevaleciente de la transcripción antisentido es ahora bien aceptada, su consecuencia funcional es mucho menos apreciada. En esta aplicación proponemos la existencia de un novedoso mecanismo genérico de regulación genética de Arabidopsis mediante transcripción antisentido larga y no codificante de proteínas en respuesta al entorno externo. Combinaremos un análisis en profundidad del requisito absoluto de transcripción antisentido para la regulación por señales externas, de un regulador maestro de la latencia de semillas — DOG1 con varios enfoques de todo el genoma para probar el mecanismo propuesto. Finalmente exploraremos los aspectos mecánicos de cómo la proteína DOG1 controla la respuesta al estrés de las plantas. (Spanish)
19 January 2022
0 references
Eukarüootsed genoomid, sealhulgas taimed, transkribeeritakse pervasiivselt, tekitades hulgaliselt mittevalguvaid RNA transkriptsioone (ncRNA), sealhulgas antisense transkriptsioone. Kuigi antisense transkriptsiooni valdav olemus on nüüd hästi aktsepteeritud, on selle funktsionaalne tagajärg palju vähem hinnatud. Selles taotluses teeme ettepaneku, et oleks olemas uudne, üldine mehhanism Arabidopsis geeni reguleerimine pika, mitte-valgu kodeeriv antisense transkriptsioon vastuseks väliskeskkonnale. Me ühendame antisense transkriptsiooni absoluutse nõude põhjaliku analüüsi väliste signaalide reguleerimiseks, seemne ühiselamu – DOG1 pearegulaatorist koos mitme genoomiülese lähenemisviisiga kavandatud mehhanismi testimiseks. Lõpuks uurime mehaanilisi aspekte, kuidas DOG1 proteiin kontrollib taimset stressi. (Estonian)
13 August 2022
0 references
Eukariotiniai genomai, įskaitant augalus, yra plačiai transkribuojami, sukuriant daugybę baltymu nekoduojančių RNR transkriptų (ncRNR), įskaitant antisense nuorašus. Nors vyraujantis antisense transkripcijos pobūdis dabar yra gerai priimtas, jo funkcinė pasekmė yra daug mažiau vertinama. Šioje paraiškoje siūlome sukurti naują, bendrą arabidopsio genų reguliavimo mechanizmą, taikant ilgą, baltymų nekoduojančią antisense transkripciją, reaguojant į išorinę aplinką. Mes sujungsime išsamią antisense transkripcijos absoliutaus reikalavimo reguliavimo išorinių signalų, pagrindinio sėklų ramybės reguliatoriaus – DOG1 analizę su keliais genomo masto metodais, skirtais išbandyti siūlomą mechanizmą. Galiausiai mes išnagrinėsime mechanistinius aspektus, kaip DOG1 baltymas kontroliuoja augalų streso atsaką. (Lithuanian)
13 August 2022
0 references
Eukariotski genomi, uključujući biljke, sveprisutno su transkripti koji proizvode mnoštvo transkripata RNA koji nisu kodirani proteinima (ncRNA), uključujući antisense transkripte. Iako je prevladavajuća priroda antisense transkripcije sada dobro prihvaćena, njegova funkcionalna posljedica je mnogo manje cijenjena. U ovoj aplikaciji predlažemo postojanje novog, generičkog mehanizma regulacije arapidopsis gena dugim, ne-proteinskim kodiranjem antisense transkripcije kao odgovor na vanjsko okruženje. Kombinirat ćemo dubinsku analizu antisense transkripcije apsolutne potrebe za regulacijom vanjskim signalima, glavnog regulatora uspavanosti sjemena – DOG1 s nekoliko genomskih pristupa za testiranje predloženog mehanizma. Na kraju ćemo istražiti mehanističke aspekte kako DOG1 protein kontrolira odgovor na stres biljaka. (Croatian)
13 August 2022
0 references
Τα ευκαρυωτικά γονιδιώματα συμπεριλαμβανομένων των φυτών μεταγράφονται διάχυτα δημιουργώντας μια μυριάδα μη πρωτεϊνικών μεταγραφών RNA (ncRNA), συμπεριλαμβανομένων των αντιαισθητικών μεταγραφών. Αν και η επικρατούσα φύση της αντιαισθητικής μεταγραφής είναι τώρα καλά αποδεκτή, η λειτουργική της συνέπεια είναι πολύ λιγότερο εκτιμημένη. Σε αυτή την εφαρμογή προτείνουμε την ύπαρξη ενός νέου, γενικού μηχανισμού γονιδιακής ρύθμισης της Arabidopsis με μακρά, μη πρωτεϊνική αντιαισθητική μεταγραφή ως απάντηση στο εξωτερικό περιβάλλον. Θα συνδυάσουμε μια εις βάθος ανάλυση της απόλυτης απαίτησης αντιαισθητικής μεταγραφής για ρύθμιση από εξωτερικά σήματα, ενός κύριου ρυθμιστή της αδρανείας των σπόρων — με διάφορες προσεγγίσεις γονιδιώματος για τη δοκιμή του προτεινόμενου μηχανισμού. Τέλος, θα διερευνήσουμε τις μηχανιστικές πτυχές του τρόπου με τον οποίο η πρωτεΐνη DOG1 ελέγχει την απόκριση του στρες των φυτών. (Greek)
13 August 2022
0 references
Eukaryotické genómy vrátane rastlín sa všade prepisujú a vytvárajú nespočetné množstvo transkriptov RNA nekódujúcich proteíny (ncRNA), vrátane transkriptov proti zmyslom. Hoci prevládajúca povaha prepisu antisense je teraz dobre akceptovaná, jeho funkčný dôsledok je oveľa menej cenený. V tejto aplikácii navrhujeme existenciu nového, generického mechanizmu regulácie génov Arabidopsis dlhým, nekódujúcim antisense transkripciou v reakcii na vonkajšie prostredie. Skombinujeme hĺbkovú analýzu absolútnej požiadavky na reguláciu transkripcie antisense externými signálmi, hlavného regulátora dormancie osiva – DOG1 s niekoľkými prístupmi k testovaniu navrhovaného mechanizmu v celom genóme. Nakoniec preskúmame mechanické aspekty toho, ako proteín DOG1 kontroluje reakciu na stres rastlín. (Slovak)
13 August 2022
0 references
Eukaryoottiset genomit, mukaan lukien kasvit, ovat laajalle levinneitä transkriptioita, jotka tuottavat lukemattomia ei-proteiinikoodaavia RNA-transkripteja (ncRNA), mukaan lukien antisense-transkriptit. Vaikka antisense transkription yleinen luonne on nyt hyvin hyväksytty, sen toiminnallinen seuraus on paljon vähemmän arvostettu. Tässä hakemuksessa ehdotamme, että on olemassa uusi, yleinen mekanismi Arabidopsis-geenin säätelyyn pitkällä, ei-proteiinikoodaavalla antisense transkriptiolla vastauksena ulkoiseen ympäristöön. Yhdistämme perusteellisen analyysin antisense transkriptio absoluuttinen vaatimus sääntelyn ulkoisten signaalien, master säätelijä siementen dormancy – DOG1 useita, genomin laajuisia lähestymistapoja testata ehdotettu mekanismi. Lopuksi tutkimme mekanistisia näkökohtia siitä, miten DOG1-proteiini ohjaa kasvien stressivastetta. (Finnish)
13 August 2022
0 references
Az eukarióta genomok, beleértve a növényeket is, átírják számtalan nem fehérjekódoló RNS transzkriptát (ncRNS), beleértve az antiszensz transzkriptákat is. Bár az antiszensz transzkripció elterjedt jellege ma már elfogadott, funkcionális következményét sokkal kevésbé értékelik. Ebben az alkalmazásban az Arabidopsis génszabályozás új, generikus mechanizmusának létezését javasoljuk hosszú, nem fehérjekódoló antiszenz transzkripcióval, válaszul a külső környezetre. Kombináljuk az antiszensz transzkripció abszolút követelményének mélyreható elemzését a külső jelek által történő szabályozáshoz, a vetőmag-alvóképesség fő szabályozójának – DOG1 – számos genom-szintű megközelítésével a javasolt mechanizmus tesztelésére. Végül megvizsgáljuk, hogy a DOG1 fehérje hogyan szabályozza a növényi stresszválaszt. (Hungarian)
13 August 2022
0 references
Eukaryotické genomy včetně rostlin jsou pervazivně přepisovány a produkují nesčetné množství nekódujících RNA transkriptů (ncRNA), včetně přepisů antisense. Ačkoli převládající povaha antisense transkripce je nyní dobře přijata, jeho funkční důsledek je mnohem méně ceněn. V této aplikaci navrhujeme existenci nového, generického mechanismu regulace genů Arabidopsis dlouhým, nekódujícím antisensem transkripcí v reakci na vnější prostředí. Budeme kombinovat hloubkovou analýzu antisense transkripce absolutní požadavek na regulaci vnějšími signály, hlavního regulátora semen dormancy – DOG1 s několika, genom-široké přístupy k testování navrhovaného mechanismu. Nakonec se podíváme na mechanistické aspekty toho, jak protein DOG1 reguluje reakci na stres rostlin. (Czech)
13 August 2022
0 references
Eikariotiskos genomus, tostarp augus, plaši transkribē, radot neskaitāmas RNS transkripcijas bez proteīniem (ncRNS), ieskaitot antisense transkriptus. Lai gan antisense transkripcijas dominējošais raksturs tagad ir labi pieņemts, tās funkcionālās sekas ir daudz mazāk novērtētas. Šajā pieteikumā mēs ierosinām, ka pastāv jauns, vispārējs Arabidopsis gēnu regulēšanas mehānisms ar garu, bezproteīnu kodēšanas antisense transkripciju, reaģējot uz ārējo vidi. Mēs apvienosim padziļinātu analīzi par antisense transkripcijas absolūtu prasību regulēšanai ar ārējiem signāliem, galvenā regulatora sēklu neaktivitātes — DOG1 ar vairākām genoma mēroga pieejām, lai pārbaudītu ierosināto mehānismu. Visbeidzot, mēs izpētīsim mehānistiskos aspektus, kā DOG1 proteīns kontrolē augu stresa reakciju. (Latvian)
13 August 2022
0 references
Genomes eukaryotic lena n-áirítear plandaí atá tras-scríofa pervasively tháirgeadh iliomad tras-scríbhinní RNA neamh-próitéin-chódú (ncRNA), lena n-áirítear tras-scríbhinní antisense. Cé go nglactar go maith anois le nádúr leitheadach an tras-scríofa antisense, tá a iarmhairt fheidhmiúil i bhfad níos lú buíoch. San iarratas seo, molaimid meicníocht nua, cineálach de rialachán géine Arabidopsis a bheith ann trí thras-scríobh frith-chomhdaithe fada neamhphróitéine mar fhreagairt ar an timpeallacht sheachtrach. Déanfaimid anailís dhomhain ar an dearbhcheanglas tras-scríofa antisense a chomhcheangal le haghaidh rialáil trí chomharthaí seachtracha, máistir-rialtóir síl — DOG1 le roinnt cur chuige genome-leathan chun an mheicníocht atá beartaithe a thástáil. Ar deireadh déanfaimid iniúchadh a dhéanamh ar na gnéithe meicníoch ar conas rialuithe próitéin DOG1 freagra strus plandaí. (Irish)
13 August 2022
0 references
Evkariontski genomi, vključno z rastlinami, so prodorno prepisi, ki proizvajajo nešteto nebeljakovinskih transkriptov RNK (ncRNA), vključno s prepisi antisense. Čeprav je prevladujoča narava antisense transkripcije zdaj dobro sprejeta, je njena funkcionalna posledica veliko manj cenjena. V tej aplikaciji predlagamo obstoj novega, generičnega mehanizma regulacije genov Arabidopsis z dolgim, nebeljakovinskim antisense transkripcijo kot odziv na zunanje okolje. Poglobljeno analizo antisense transkripcije absolutne zahteve za regulacijo z zunanjimi signali, glavnega regulatorja semenskega mirovanja – DOG1 bomo združili z več genomskimi pristopi za testiranje predlaganega mehanizma. Na koncu bomo raziskali mehanistične vidike, kako DOG1 proteini nadzorujejo odziv rastlin na stres. (Slovenian)
13 August 2022
0 references
Еукариотните геноми, включително растенията, са широко транскрибирани, като произвеждат безброй непротеинови транскрипции на РНК (ncRNA), включително антисенс транскрипции. Въпреки че преобладаващата природа на антисенс транскрипцията сега е добре приета, неговата функционална последица е много по-малко оценена. В това приложение предлагаме съществуването на нов, генеричен механизъм за регулиране на гените на Arabidopsis чрез дълга, не-протеин-кодираща антисенс транскрипция в отговор на външна среда. Ще комбинираме задълбочен анализ на абсолютното изискване на антисенс транскрипция за регулиране от външни сигнали, на главен регулатор на латентността на семената — DOG1 с няколко, геномни подхода за тестване на предложения механизъм. Накрая ще разгледаме механичните аспекти на начина, по който протеинът DOG1 контролира реакцията на растителния стрес. (Bulgarian)
13 August 2022
0 references
Il-ġenomi ewkarjotiċi inklużi l-pjanti huma traskritti b’mod pervażiv u jipproduċu għadd kbir ta’ traskrizzjonijiet tal-RNA mingħajr kodifikazzjoni tal-proteini (ncRNA), inklużi traskrizzjonijiet antisense. Għalkemm in-natura prevalenti tat-traskrizzjoni antisense issa hija aċċettata sew, il-konsegwenza funzjonali tagħha hija ħafna inqas apprezzata. F’din l-applikazzjoni nipproponu l-eżistenza ta’ mekkaniżmu ġeneriku ġdid ta’ regolamentazzjoni tal-ġeni Arabidopsis permezz ta’ traskrizzjoni antisense twila, li ma tikkodifikax il-proteini b’reazzjoni għall-ambjent estern. Aħna se ngħaqqdu analiżi fil-fond tar-rekwiżit assolut ta’ traskrizzjoni antisense għal regolamentazzjoni minn sinjali esterni, ta’ regolatur ewlieni tar-rqad taż-żerriegħa — DOG1 b’diversi approċċi mifruxa mal-ġenoma kollha biex jiġi ttestjat il-mekkaniżmu propost. Fl-aħħar nett se nesploraw l-aspetti mekkanistiċi ta’ kif il-proteini DOG1 jikkontrollaw ir-rispons tal-istress tal-pjanti. (Maltese)
13 August 2022
0 references
Genomas eucarióticos, incluindo plantas, são transcritos de forma generalizada, produzindo uma miríade de transcrições de RNA não codificadoras de proteínas (ncRNA), incluindo transcrições antisenses. Embora a natureza prevalente da transcrição antissensível seja agora bem aceita, sua consequência funcional é muito menos apreciada. Nesta aplicação, propomos a existência de um novo mecanismo genérico de regulação do gene Arabidopsis por transcrição antissensense longa e não-codificante em resposta ao ambiente externo. Combinaremos uma análise aprofundada do requisito absoluto de transcrição antisense para regulação por sinais externos, de um regulador mestre da dormência das sementes — DOG1 com várias abordagens genômicas para testar o mecanismo proposto. Finalmente, exploraremos os aspetos mecanicistas de como a proteína DOG1 controla a resposta ao estresse da planta. (Portuguese)
13 August 2022
0 references
Eukaryote genomer, herunder planter er pervasivt transskriberet producerer et utal af ikke-protein-kodende RNA transkripter (ncRNA), herunder antisense transkripter. Selv om den fremherskende karakter af antisense transkription er nu godt accepteret, dens funktionelle konsekvens er langt mindre værdsat. I denne ansøgning foreslår vi eksistensen af en ny, generisk mekanisme af Arabidopsis genregulering ved lang, ikke-protein-kodning antisense transkription som reaktion på eksternt miljø. Vi vil kombinere en dybdegående analyse af antisense transkription absolutte krav til regulering af eksterne signaler, af en master regulator af frø dormancy — DOG1 med flere, genom-wide tilgange til at teste den foreslåede mekanisme. Endelig vil vi undersøge de mekanistiske aspekter af, hvordan DOG1 protein styrer plantens stressrespons. (Danish)
13 August 2022
0 references
Genomurile eucariotice, inclusiv plantele, sunt transscrise în general, producând o multitudine de transcrieri ARN care nu codifică proteine (NCRNA), inclusiv transcrieri antisens. Deși natura predominantă a transcripției antisens este acum bine acceptată, consecința sa funcțională este mult mai puțin apreciată. În această aplicație propunem existența unui mecanism nou, generic al reglării genelor Arabidopsis prin transcrierea antisenzorului lung, fără codificare a proteinelor, ca răspuns la mediul extern. Vom combina o analiză aprofundată a cerinței absolute de transcriere a antisensului pentru reglarea prin semnale externe, a unui regulator principal al latenței semințelor – DOG1 cu mai multe abordări la nivel de genom pentru a testa mecanismul propus. În cele din urmă, vom explora aspectele mecanice ale modului în care proteina DOG1 controlează răspunsul la stres al plantelor. (Romanian)
13 August 2022
0 references
Eukaryota genomer, inklusive växter, transkriberas pervasivt och producerar en myriad av icke-proteinkodande RNA-transkript (ncRNA), inklusive antisensiska transkript. Även om den utbredda karaktären av antisense transkription är nu väl accepterad, är dess funktionella konsekvens mycket mindre uppskattad. I denna ansökan föreslår vi att det finns en ny, generisk mekanism för Arabidopsis genreglering genom lång, icke-proteinkodande antisens transkription som svar på yttre miljö. Vi kommer att kombinera en fördjupad analys av antisens transkription absoluta krav för reglering av externa signaler, av en master regulator av utsäde vilande – DOG1 med flera, genom-omfattande metoder för att testa den föreslagna mekanismen. Slutligen kommer vi att undersöka de mekanistiska aspekterna av hur DOG1-protein styr växters stressrespons. (Swedish)
13 August 2022
0 references
Cały Kraj
0 references
6 July 2023
0 references
Identifiers
POIR.04.04.00-00-3C97/16
0 references